CN1845936A - Ra抗原肽 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了新的经天然加工的MHC II类抗原肽,其来自γ干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶、整联蛋白β-2、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶、尿激酶型纤溶酶原激活物、免疫球蛋白重链V-III区(VH26)、DJ-1蛋白质、载脂蛋白B-100、26S蛋白酶体非腺苷三磷酸酶调节亚基8、白介素-1受体、纤调蛋白、GM-CSF/IL-3/IL-5受体、分选连接蛋白3、间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4、补体C4、补体C3(α-链)、补体C3(β-链)、结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3、白介素-4-诱导的蛋白质1、血红素结合蛋白、Hsc70-相互作用蛋白、不变链(Ii)、视黄酸受体应答蛋白2、纤连蛋白、组织蛋白酶B、三肽基-肽酶II、legumain、血小板活化因子受体、聚-α-2.8-唾液酸转移酶,和ras-相关蛋白质Rab-11B。还提供了这些抗原肽和它们所来自的蛋白质,它们用作侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记。此外,提供了与MHC II类分子连接的这些抗原肽、与所述抗原肽反应的抗体、编码所述抗原肽的核酸,和用于表达所述抗原肽的核酸构建体、宿主细胞和方法。本发明的抗原肽可以用作RA诊断中的标记和在治疗中用作抗-RA疫苗。
Description
本发明提供了新的天然加工的RA抗原肽,其是侵蚀性和非侵蚀性RA的候选标记。这些抗原肽由人MHC II类HLA-DR分子呈递。此外,提供了与MHC II类分子连接的抗原肽,以及与所述抗原肽反应的抗体、编码所述抗原肽的核酸,和用于表达所述抗原肽的核酸构建体和宿主细胞。本发明的抗原肽以及它们所来自的多肽可以用作RA诊断中的标记和用于治疗中作为抗-RA疫苗。
类风湿性关节炎(RA)最初称作慢性多关节炎,是系统性自身免疫病和关节炎症的最使患者虚弱的形式之一(Feldmann,M.等人,Cell 85(1996)307-310;Dedhia,H.V.& DiBartolomeo,A.,Critical care clinics 18(2002)841-854)。通常,RA导致关节疼痛、变形和严重的关节僵直。该疾病还在关节外表现出来,特别在对称作“类风湿因子”(RF)的自身抗体阳性的患者中表现出来(Mageed,R.A.,:van Venrooij,W.J.& Maini,R.N.编著,Manual of biological markers of disease,Kluwer Academic Publishers(1996)1-18)。RA在白种人群中相当频繁地出现,对RA的易感性受到遗传和环境因素的影响。两种因素对该自身免疫病的发作和发展都具有关键影响。总人口的约4%具有对RA的增加的遗传易感性,其中约20%(总人口的约1%)由于迄今还未鉴定的非遗传因素而患RA。此外,RA表现出性别比的显著偏倚:女人患RA的危险性比男人高3倍,表明性激素可能也涉及发病机理。
开始时,RA发展缓慢。通常早期症状是手掌出汗、手指晨僵和对称的关节炎症。此外,可以出现类风湿性结节,其表明关节外的组织病变。在简化模型中,免疫系统产生针对健康组织的自身抗体。这些自身抗体攻击关节中的关节软骨,导致关节炎症并且后来导致它的破坏。该破坏刺激免疫系统产生更多自身抗体。此外,产生细胞因子样肿瘤坏死因子α(TNF-α)和白介素-1(IL-1),它们进一步加强炎症反应(Houssiau,F.A.,ClinRheumatol 14 Suppl 2(1995)10-13)。由于免疫系统的额外细胞如巨噬细胞和T细胞的渗入,滑膜开始肿胀。这些细胞活跃地参与导致进一步细胞死亡和驱动关节炎症(Fox,D.A.,Arthritis Rheum 40(1997)598-609;Choy,E.H.& Panayi,G.S.,N Engl J Med 344(2001)907-916)。该过程类似于自身抗体产生、关节炎症和关节破坏的恶性循环。
通常,RA发展缓慢,所有RA患者的85-90%表现出轻微到中等的疾病发展。10-15%的患者经历导致完全丧失关节功能直到伤残程度的攻击性疾病形式。在该晚期RA状态,患者具有永久关节炎症并且显示出类风湿性结节。它们遭受强烈的慢性疼痛并且该炎症导致严重的手指僵硬和不可逆的关节变形或者错位。
诊断
不断增多的证据证明该疾病早期的治疗介入可以减小关节破坏的程度(Egsmose,C.等人,J Rheumatol 22(1995)2208-2213;Van der Heide,A.等人,Ann Intern Med 124(1996)699-707)。因为仅当危险:益处或者花费:效力比有利时,才有理由用缓解疾病的抗风湿性药物(DMARDs)进行治疗,所以必须能够在所述疾病发作后不久就能够区分RA和其他形式的关节炎(Kirwan,J.R.& Quilty,B.,Clin Exp Rheumatol 15(1997)15-25)。基于临床史、体检和实验室检测通过已建立的标准进行诊断。美国风湿病协会(American Society of Rheumatism)公布了一组标准用以帮助得到RA的客观证据(Arnett,F.C.等人,Arthritis Rheum 31(1987)315-324)。但是到目前为止,还没有得到对RA特异的一种测试。一些生物和生化标记,例如,C-反应蛋白(CRP)、红细胞沉降速率(ESR)、抗核抗体(ANA)或者RF用于评估RA。然而,这些标记不是特异的,因为它们在其他炎性或者自身免疫病中也出现。例如,RF是存在于约50%RA患者血清中的自身抗体。因为在其他炎性疾病,如舍格伦综合征、endokarditis或者慢性肝炎的背景中也可以发现相同自身抗体的增加的水平,所以RF不适宜作为RA的诊断标记。不是本身具有诊断价值,而是上述生物化学或者生物学标记可用于评估疾病活性和预后以及治疗和处理RA患者(Nakamura,R.M.,J ClinLab Anal 14(2000)305-313)。
最近,开发了一组诊断标准,其由临床和生物化学方面组成,声称所述标准可以在早期区分自限型、持久型非侵蚀性、和持久型侵蚀性RA(Visser,H.等人,Arthritis Rheum 46(2002)357-365)。自限型关节炎的特征是自然减轻:在一段时间内检查患者时没有关节炎。基于手和/或足的X光片上侵蚀的存在定义侵蚀性关节炎。具体地,使用识别环状瓜氨酸化肽(cyclic citrullinated peptide)的抗体似乎是有希望的并且暗示瓜氨酸化抗原在侵蚀性RA的早期诊断和预后中的重要作用(Schellekens,G.A.等人,JClin Invest 101(1998)273-281;Vincent,C.等人,J Rheumatol 25(1998)838-846)。侵蚀性RA的早期识别允许用DMARDs进行早期干预,这将导致更早的疾病控制和疾病结果的改善(Symmons,D.P.M.等人,J Rheumatol25(1998)1072-1077;Anderson,J.J.等人,Arthritis Rheum 43(2000)22-29)。同样地,自限型和非侵蚀性关节炎的早期识别将避免使用潜在毒性治疗剂的不必要的治疗(Fries,J.F.等人,Arthritis Rheum 36(1993)297-306)。
治疗
抗风湿疗法的目的是减轻疼痛以便放松日常生活的活动。迄今为止,RA的完全治愈是不可能的,但是通过应用现代疗法,可以延缓或者甚至停止疾病的发展。由于个体差异,每个患者需要个体化的治疗并且如前述的早期诊断是所希望的。RA治疗是复杂的并且包括终生药物治疗以及物理-和放射疗法。用于RA疗法的DMARDs是基本治疗剂(例如,氨甲蝶呤、柳氮磺吡啶、羟氯喹、来氟米特、硫唑嘌呤)、可的松、非类固醇消炎药(NSAID)或者针对促炎细胞因子TNF-α、IL-1β或它们的各自受体的单克隆抗体(
http://rheuma-online.de))。这些药物的共同点是它们通过抑制免疫应答而作为炎症的抑制剂。主要缺点是它们缺少对RA的特异性,它们的副作用和它们不能有效靶定RA的病因。
自身免疫
当启动针对自身抗原的特异适应性免疫应答时,开始自身免疫,其表现是产生自身反应性T或者B细胞。针对外来抗原的适应性免疫应答的正常结果是从身体清除抗原。然而,当产生针对自身抗原的适应性免疫应答时,在多数情况中,所述抗原不从身体完全除去,导致持续的免疫应答。结果,免疫的效应机理导致对组织的慢性炎性损伤。自身免疫病中组织损伤的机理基本上与保护性免疫和超敏反应中的机理相同。尽管还未很好地理解是什么引发的自身免疫,但是最近已经概述了现今认为有助于自身免疫病的诱导和自身抗原性靶标的选择的一些事件(Marrack,P.等人,NatMed 7(2001)899-905)。
自身免疫病受到每个个体的特定基因的性质和环境因素的控制。宿主的基因至少在三个水平上影响对自身免疫的易感性。首先,一些基因影响免疫系统的总体反应性,从而,可以使个体易患某些或者几种不同类型的自身免疫病。其次,该改变的免疫反应性被影响T细胞对抗原肽识别的其他基因集中于特定自身抗原和组织。第三,还有其他基因例如通过影响免疫系统的效应细胞的活性作用于靶组织调节免疫攻击的能力,其中所述效应细胞注定启动自身侵略性攻击。后两组基因决定哪些抗原将是自身免疫的靶标和因此哪些器官将受到攻击和将发生什么伤害。
此外,来自环境的信号在同样三个水平上,通过影响免疫系统的总反应性、抗原特异性和潜在靶组织的状态影响自身免疫的发展。最后,遗传和环境因素之间存在相互干扰。
主要组织相容性复合体(MHC)
种群研究、基因分型和在分子水平上的现代方法已经全体一致地表明主要组织相容性复合体(MHC)编码的某些基因赋予患RA的显著更高的危险性(Stastny,P.,Tissue Antigens 4(1974)571-579;Wordsworth,P.等人,PNAS 86(1989)10049-10053;Wordsworth,P.& Bell,J.,Springer SeminImmunopathol 14(1992)59-78)。具体地,一些人种群中II类MHC等位基因HLA-DRB1*0101、*0401、*0404和*0405增加对RA的易感性(Reveille,J.,Curr Opin Rheumatol 10(1998)187-200)。例如,90%以上的RF阳性RA患者携带这些易感性等位基因之一。HLA II类分子是MHC表面蛋白质,其结合细胞内的抗原肽并将它们呈递在抗原呈递细胞的表面上以与CD4+辅助T淋巴细胞的T细胞受体相互作用,从而启动细胞免疫应答(Banchereau,J.& Steinman,R.M.,Nature 392(1998)245-252)。特定HLAII类分子的RA结合以及滑膜组织中许多激活的CD4+T细胞的存在已经支持疾病诱导模型,其中疾病相关的HLA-DR分子呈递疾病相关的(例如,滑液)自身抗原并导致滑液T细胞的刺激和扩大,所述T细胞然后驱动炎症过程(Striebich,C.C.等人,J Immunol 161(1998)4428-4436)。
MHC II类HLA-DR(简写:DR)蛋白质是由单态α-和非常多态的β-链组成的异二聚体,其在肽结合沟中结合肽抗原。该沟通常具有四个主要口袋用来在肽的相对位置1、4、6和9接受侧链(Stern,L.J.等人,Nature 368(1994)215-221)。HLA II类分子的等位基因变异造成结合抗原肽的不同能力。这是为什么在HLA等位基因中不同的个体具有不同的抗原肽所有组成成分,从而导致免疫应答的质量不同的原理(Messaoudi,I.等人,Science298(2002)1797-1800)。
II类MHC分子结合的肽通常比I类MHC分子结合的肽(8-10个氨基酸)更长并且大小更加不同(11-25个氨基酸)。因为II类蛋白质的肽结合沟是开放的而肽被握在中间,所以它们的末端可以以可变的方式延伸出沟外(Jones,E.Y.,Curr Opin Immunol 9(1997)75-79)。结果,II类分子通常结合几组重叠肽,它们具有称作“T细胞表位”的共同的核心序列,但是具有不同的长度。
十多年前,认识到RA-连接的DRB1等位基因编码的DRβ链尽管显示出多态性差异,但是都共有在67-74位的一段相同或者几乎相同的氨基酸序列,称作“共有表位”(Gregersen,P.K.等人,Arthritis Rheum 30(1987)1205-1213)。因为认为对自身抗原的免疫性对于RA的发病机理是关键的,所以假定该共有表位可以通过至少两种不同的机制将疾病与各自DR分子联系起来,所述机理为:首先,通过选择用于呈递的相关自身抗原肽,其次,通过在个体发育期间选择适宜的自身反应性T细胞。DR分子的三维结构已经实际上揭示共有表位位于肽结合沟一侧的α-螺旋侧翼的中心(Stern,L.J.等人,Nature 368(1994)215-221)。从而,在策略上该共有表位区如此定位使得它可以与结合的肽和T细胞受体都相互作用。
然而,风湿病学研究中一个未解决的秘密是人体中引起RA的发作和发展的关键的关节炎发生(arthritogenic)抗原和表位是什么。尽管已经在患者的血清和滑液中鉴定了具有不同特异性的自身抗体,但是通常不清楚在软骨降解时释放的抗原是否启动致病性或者它们是否仅仅是由于炎症导致的抗原扩散的结果(Corrigall,V.M.& Panayi G.S.,Crit Rev Immunol22(2002)281-293)。此外,难以确定致病机制,其中抗原存在于身体全身,包括关节,但是病理仅仅或者主要靶定关节。
自身抗原
使用来自确定的慢性RA患者的血清,和较不经常地,T细胞进行的研究得到RA中许多可能的自身抗原。在DR分子背景中提出的最令人信服的关节特异抗原之一是II型胶原(CII),其是关节软骨中主要的蛋白质。发现在RA患者的血清和关节中针对CII的自身抗体浓度升高,但是还不清楚抗-CII抗体在RA中是否致病(Banerjee,S.等人,Clin Exp Rheumatol6(373-380)。Snowden和同事已经证明来自RA患者的外周血T细胞增殖产生CII,这在具有抗-CII抗体的患者中最显著。然而,仅在50%的患者中见到该反应(Snowden,N.等人,Rheumatology 40(1997)1210-1218)。在用CII的小鼠模型免疫中,表明CII在表达II类MHC等位基因DRB1*0401和*0101的小鼠中诱导关节炎(Rosloniec,E.F.等人,J Exp Med 185(1997)1113-1122;Rosloniec,E.F.等人,J immunol 160(1998)2573-2578)。*0401和*0101转基因小鼠中免疫显性表位定位于人CII的残基261-273的肽内(Fugger,L.等人,Eur J Immunol 26(1996)928-933)。CII的相同表位能够刺激RA患者,尤其处于疾病早期的RA患者中T细胞应答。滑液T细胞特别敏感(Kim,H.Y.等人,Arthritis Rheum 42(1999)2085-2093)。
尽管已经提出其他软骨抗原作为RA候选抗原,但是仅已经对人软骨糖蛋白39(HCgp39)确定了DR4-结合表位。该蛋白质由滑膜细胞和关节软骨细胞分泌并且在炎症期间在血浆和关节中它的表达受到上调(Vos,K.等人,Ann Rheum Dis 59(2000)544-548)。类似于CII,HCgp39处理在小鼠中诱导关节炎。此外,检测到RA患者的外周血T细胞的HCgp39应答(Verheijden,G.F.等人,Arthritis Rheum 40(1997)1115-1125)。DR4患者中T细胞识别的优势表位在残基263-275之间定义并且与用天然HCgp39免疫后在DRB1*0401-转基因小鼠中发现的优势免疫表位相同(Cope,A.P.等人,Arthritis Rheum 42(1999)1497-1507)。对该肽的应答尽管不是疾病特异的,但是与RA患者中疾病活性相关(Baeten,D.等人,Arthritis Rheum43(2000)1233-1243)。然而,已经在患有炎性疾病如炎性肠病和系统性红斑狼疮(SLE)的患者的血清中检测到针对HCgp39的抗体,尽管其水平低于RA中的水平。
在追踪RA中抗原特异T细胞的尝试中,用可溶性肽-DR4四聚体复B.L.等人,PNAS 97(2000)291-296)。CII-DR4复合体以特异方式结合CII肽反应性T细胞杂交瘤,但是不染色滑膜DR4+细胞的可检测级分。用HCgp39-DR4复合体得到几乎相似的结果,表明RA关节中存在的主要寡克隆CD4+T细胞增殖对于上述优势CII和HCgp39决定簇不是特异的。
总之,尽管强烈表明CII和HCgp39与RA有关,但是缺乏表明它们是RA中的重要抗原的证据。仍然缺少直接证据证明抗原呈递细胞以II类MHC限制的方式呈递CII或者HCgp39的肽,随后刺激和激活滑膜CD4+T细胞。此外,动物模型中的一个主要问题是未知它们与RA的相关性,因为通过免疫大鼠或者小鼠,CII诱导的关节炎在许多方面与RA不同。
天然加工的MHC II类结合肽
鉴定RA特异自身抗体和T细胞的备选策略依赖于结合MHC II类分子的天然加工的肽抗原的序列分析。通过单克隆抗体的帮助,可以从同源细胞纯化赋予对RA敏感性的II类HMC分子。可以从纯化的HLA II类分子酸洗脱RA相关的肽抗原。可以通过HPLC分离小肽混合物并且通过Edman测序或者质谱法可以确定肽序列。由于肽纯化和测序技术的限制,至今仅从已经从培养的B细胞系或者大量组织分离的MHC分子得到肽序列,并且分析局限于一些高丰度肽(Kropshofer等人,J.Exp.Med.175(1992)1799-1803;Chicz,R.M.等人,J Exp Med 178(1993)27-47)。由于高分辨率微毛细管HPLC柱和更灵敏的质谱仪的发展,可以更有效分析MHC结合的肽(Dongre,A.R.等人,Eur J Immunol 31(2001)1485-1494;Engelhard,V.H.等人,Mol Immunol 39(2002)127-137)。
在本发明中,用改进的肽分离和测序技术研究来自自体树突细胞(DC)的HLA-DR4分子的肽抗原所有组成成分,其中用来自RA患者的血清或者滑液脉冲所述树突细胞。该新方法的主要优点是使用在RA相关抗原加工和呈递中专门的人DC代替使用转基因动物模型或者人工B细胞系。
DC在类风湿性滑液和组织中富含并且来自循环的未成熟前体(Thomas,R.等人,J Immunol 152(1994)2613-2623)。它们是最强的抗原呈递细胞,其表达高水平MHC分子以及多种辅助分子(Mellman,I.等人,Trends Cell Biol 8(1998)231-237)。在最近研究中,表明在表型上类似于来自RA滑膜关节的抗原呈递细胞的先体外后体内(ex vivo)分化的人DC和巨噬细胞能够产生和呈递来自CII和HCgp39的优势免疫表位(Tsark,E.C.等人,J Immunol 169(2002)6625-6633)。DC能够引发CD4+辅助T细胞和有效激活细胞毒性CD8+T细胞(Ridge,T.等人,Nature 393(1998)474-478)。从而,结合MHC II类分子并且由DC呈递的肽在涉及T细胞驱动的免疫应答的疾病的发病机理中起重要作用。
因此,通过提供新的天然加工的MHC II类结合的RA抗原肽和它们所来自的多肽作为RA的标记解决了缺少关于RA的MHC II类限制的抗原肽的知识产生的问题。
本发明提供了新的经天然加工的抗原肽,其是侵蚀性和非侵蚀性RA中的候选RA标记。这些抗原肽由来自树突细胞的人MHC II类HLA-DR分子呈递,其中已经用来自具有确定的侵蚀性或者非侵蚀性RA的患者的血清或者滑液脉冲所述树突细胞。本发明的MHC II类抗原肽包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或者(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到39或者SEQ IDNOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列,并且所述抗原肽源于γ干扰素可诱导的溶酶体硫醇(thiol)还原酶、整联蛋白β-2、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶、尿激酶型纤溶酶原激活物、免疫球蛋白重链V-III区(VH26)、DJ-1蛋白质、载脂蛋白B-100、26S蛋白酶体非腺苷三磷酸酶调节亚基8、白介素-1受体、纤调蛋白、GM-CSF/IL-3/IL-5受体、分选连接蛋白(sorting nexin)3、间-α-胰蛋白酶抑制剂(inter-α-trypsin inhibitor)重链H4、补体C4、补体C3(α-链)、补体C3(β-链)、结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3、白介素-4-诱导的蛋白质1、血红素结合蛋白、Hsc70-相互作用蛋白、不变链(Ii)、视黄酸受体应答蛋白2、纤连蛋白、组织蛋白酶B、三肽基-肽酶II、legumain、血小板活化因子受体、聚-α-2.8-唾液酸转移酶,和ras-相关蛋白质Rab-11B。本发明还提供了这些抗原肽和它们所来自的蛋白质作为侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记。此外,提供了与MHC II类分子结合的这些抗原肽,以及与所述抗原肽反应的抗体、编码所述抗原肽的核酸,和用于表达所述抗原肽的核酸构建体、宿主细胞和方法。还提供了分离和鉴定RA抗原肽的方法。
图1:组织样品的树突细胞(DC)介导的分析图:将树突细胞(DC)-最专门化的抗原呈递细胞(APC)与抗原来源(例如,滑液)在抗原摄取和抗原加工的最佳条件下接触。作为对照,在相同条件不存在滑液抗原下培养DC。DC成熟后,纯化抗原-负载的MHC II类分子并分离和鉴定各自MHC II类结合的抗原肽。
图2A:从用RA患者的血清脉冲的树突细胞分离的MHC II类结合的抗原肽的ION-TRAP MS基峰层析图。将肽直接从RP-C18-HPLC柱洗脱到离子捕获质谱仪用于立即MS/MS鉴定。数字指出混合物中最突出肽峰在各自时间的存留时间(上限值)和分子量(下限值)。
图2B:65.4分钟存留时间时抗原肽的ION-TRAP MS谱。标记峰进一步片段化并相应于来自间-α-胰蛋白酶抑制剂ITIH4的双倍带电的肽离子(参考表3)。
图2C:在m/z 977.1下双倍带电肽的ION-TRAP MS/MS谱。使用SEQUEST算法对非冗余人数据库检索断裂质量,以及母本离子的质量。所检索的序列MPKNVVFVIDKSGSMSGR(单字母码)相应于间-α-胰蛋白酶抑制剂的优势表位ITIH4(271-288)。标记N-末端B-离子和C-末端Y-离子的指定系列的位置。
图3:受试的候选RA抗原在结合HLA-DRB1*0401等位基因的背景中差别结合能力概述。推定的HLA-DRB1*0401以加灰色框。并且作为对亲和力的测量,确定通过竞争将固定量的生物素化HA(307-319)肽的结合减少50%所需的肽浓度(IC50)。它的倒数(1/IC50)直接与肽亲和力相关。该研究中包括来自流感血凝素的生物素化HA(307-319)肽(Rothbard,J.B.等人,Cell 52(1988)515-523)作为报道分子。
本发明的抗原肽为与MHC分子结合并且由所述MHC分子呈递并且从而具有激活或者耐受T细胞的潜力的肽。因此,MHC II类分子呈递的抗原肽为MHC II类结合的或者MHC II类抗原肽,而MHC I类分子呈递的抗原肽是MHC I类结合的或者MHC I类抗原肽。
在身体的基因组或者APC编码的蛋白质衍生的肽称作“自身肽”。认为外周淋巴器官中DC呈递的自身肽的主要功能是诱导对自身蛋白质的T细胞耐受。耐受是不能应答抗原;当抗原由自身组织产生时,将耐受称作自身耐受。
来自个体自身身体的抗原称作“自体抗原”或者“自身抗原”。针对自身抗原的适应性免疫应答称作自身免疫应答。同样,对自身抗原特异的适应性免疫称作自身免疫。自身反应性描述针对自身抗原的免疫应答。RA可能是由于基于自身反应性T细胞和/或自身反应性抗体的参与的自身免疫应答。免疫原性肽包括,但不限于,能够导致或者刺激细胞或者体液免疫应答的抗原肽。此类肽也与抗体反应。
来自细菌、病毒或者其他外来侵入物的基因组编码并且与自身蛋白质不同的蛋白质的肽称作“外来抗原”或者“外来”肽。它们能够引起针对它们所来自的外来蛋白质的T细胞应答。
RA抗原肽是作为自身抗原起作用并且由于疾病错误引发针对自身组织的自身反应性导致的自身肽。
本发明提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。优选地,MHC II类抗原肽具有小于26个氨基酸的长度,更优选11到25个氨基酸的长度。甚至更优选长度为11到19个氨基酸的本发明抗原肽。最优选的是由包含四个锚定氨基酸的肽结合基序组成的本发明的抗原肽。
本发明还提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列与选自SEQ ID NOs.1到3的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.58和59的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.60的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.61的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.62的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.63的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.5的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.64到67的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.68的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.69和70的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.72的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
此外,提供了MHC II类抗原肽,其包含(a)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.73的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
本发明的MHC II类结合的新的抗原肽来自γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶(SEQ ID NOs.1到3)、整联蛋白β-2(SEQ ID NOs.58和59)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶(SEQ ID NO:60)、尿激酶型纤溶酶原激活物(SEQ ID NO:61)、免疫球蛋白重链V-III区(VH26)(SEQ ID NO:62)、DJ-1蛋白质(SEQ ID NO:63)、载脂蛋白B-100(SEQ ID NOs.4和5)、26S蛋白酶体非-腺苷三磷酸酶调节亚基8(SEQ ID NOs.64到67)、白介素-1受体(SEQ ID NO:68)、纤调蛋白(SEQ ID NOs.:69和70)、GM-CSF/IL-3/IL-5受体(SEQ ID NOs.71和72)、分选连接蛋白3(SEQID NO:73)、间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4(SEQ ID NOs.6到12)、补体C4(SEQ ID NOs.13到18)、补体C3(α-链)(SEQ ID NOs.19到23、74和75)、补体C3(β-链)(SEQ ID NOs.76和77)、结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3(SEQ ID NOs.24到27)、白介素-4-诱导的蛋白质1(SEQ IDNOs.28到30)、血红素结合蛋白(SEQ ID NOs.31到35和78)、Hsc70-相互作用蛋白(SEQ ID NOs.36到39)、不变链(Ii)(SEQ ID NOs.79到83)、视黄酸受体应答蛋白2(SEQ ID NOs.84到86)、纤连蛋白(SEQ ID NOs.87到91)、组织蛋白酶B(SEQ ID NO:92)、三肽基-肽酶II(SEQ ID NOs.93和94)、legumain(SEQ ID NO:95)、血小板活化因子受体(SEQ IDNO:96)、聚-α-2.8-唾液酸转移酶(SEQ ID NO:97)、和ras-相关蛋白质Rab-11B(SEQ ID NOs.98到102)。
MHC II类分子的单一肽结合沟长为约25_,但是与MHC I类分子相比,两边都是开放的(Stern LJ等人,Nature 1994;368,215-221)。从而,从人MHC II类分子洗脱的天然加工的抗原肽具有约11个残基的最小长度并且达到约25个残基的最大长度(Chicz RM等人,J Exp Med 1993;178,27-47)。
MHC-肽相互作用的稳定性由涉及肽主链的十二个以上的氢键和结合沟的特异性口袋与肽的适当定位的氨基酸侧链的互补性决定。配合到各自口袋的肽的氨基酸称作“锚”残基。对于多数HLA-DR等位基因,这些锚位于相对位置P1、P4、P6和P9。在这4个锚位置的氨基酸的组合赋予对各自HLA-DR等位基因产物的高稳定性结合并且在等位基因到等位基因之间不同。肽结合基序在本文中定义为9个氨基酸的序列,其包含四个锚氨基酸。本发明的MHC II类抗原肽的肽结合基序对于来自γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶的肽(SEQ ID NOs.1到3)在SEQ ID NO.49中描述,对于来自整联蛋白β-2的肽(SEQ ID NOs.58和59)在SEQ ID NO.103中描述,对于来自磷酸肌醇-4,5-二磷酸3-激酶的肽(SEQ ID NO:60)在SEQID NO.104中描述,对于来自尿激酶型纤溶酶原激活物的肽(SEQ ID NO:61)在SEQ ID NO.105中描述,对于来自免疫球蛋白重链V-III区(VH26)的肽(SEQ ID NO:62)在SEQ ID NO.106中描述,对于来自DJ-1蛋白质的肽(SEQ ID NO:63)在SEQ ID NO.107中描述,对于来自载脂蛋白B-100的肽(SEQ ID NOs.4和5)在SEQ ID NO.50中描述,对于来自26S蛋白酶体非-腺苷三磷酸酶调节亚基8的肽(SEQ ID NOs.64到67)在SEQ ID NO.108中描述,对于来自白介素-1受体的肽(SEQ ID NO:68)在SEQ ID NO.109中描述,对于来自纤调蛋白的肽(SEQ ID NOs.:69和70)在SEQ IDNO.110中描述,对于来自GM-CSF/IL-3/IL-5受体的肽(SEQ ID NOs.71和72)在SEQ ID NO.111中描述,对于来自分选连接蛋白3的肽(SEQ IDNO:73)在SEQ ID NO.112中描述,对于来自间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4的肽(SEQ ID NOs.6到12)在SEQ ID NO.51中描述,对于来自补体C4的肽(SEQ ID NOs.13到18)在SEQ ID NO.52中描述,对于来自补体C3(α-链)的肽(SEQ ID NOs.19到23、74和75)在SEQ ID NO.53中描述,对于来自补体C3(β-链)的肽(SEQ ID NOs.76和77)在SEQ ID NO.113中描述,对于来自结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3的肽(SEQ ID NOs.24到27)在SEQ ID NO.54中描述,对于来自白介素-4-诱导的蛋白质1的肽(SEQ ID NOs.28到30)在SEQ ID NO.55中描述,对于来自血红素结合蛋白的肽(SEQ ID NOs.31到35和78)在SEQ ID NO.56中描述,对于来自Hsc70-相互作用蛋白的肽(SEQ ID NOs.36到39)在SEQ ID NO.57中描述,对于来自不变链(Ii)的肽(SEQ ID NOs.79到83)在SEQ ID NO.114中描述,对于来自视黄酸受体应答蛋白2的肽(SEQ ID NOs.84到86)在SEQID NO.115中描述,对于来自纤连蛋白的肽(SEQ ID NOs.87到91)在SEQID NO.116中描述,对于来自组织蛋白酶B的肽(SEQ ID NOs.92)在SEQID NO.117中描述,对于来自三肽基肽酶II的肽(SEQ ID NOs.93和94)在SEQ ID NO.118中描述,对于来自legumain的肽(SEQ ID NOs.95)在SEQ ID NO.119中描述,对于来自血小板激活因子受体的肽(SEQ ID NOs.96)在SEQ ID NO.120中描述,对于来自聚-α-2.8唾液酸转移酶的肽(SEQID NOs.97)在SEQ ID NO.121中描述,对于来自Ras相关蛋白质Rab-11B的肽(SEQ ID NOs.98到102)在SEQ ID NO.122中描述。
所述肽结合基序还可以包含氨基酸序列的至少1个、至少2个、至少3个、至少4个或者至少5个修饰而仍然达到未修饰的肽结合基序的结合能力。优选地,经修饰的肽结合基序包含未经修饰的肽结合基序的4个锚氨基酸的至少3个。氨基酸修饰可以是如下描述的保守氨基酸替代。
通过涉及P1锚前和P9锚后残基的氢键提供了额外的结合能。与此一致的是,在多数天然加工的肽中,九聚物核心区(P1-P9)的N-和C-末端侧翼为3-4个残基。所以,多数肽为15-17-聚体(mer)。更长的肽从沟突出,从而允许外肽酶接近,所述外肽酶修剪肽的两端。
因此,本发明的MHC II类抗原肽包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或者(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列,优选包含提供额外结合能的额外的N-和C-末端侧翼氨基酸残基。
优选地,本发明的MHC II类抗原肽具有对相应MHC II类分子的结合能力,其为选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的相应肽的IC50的约1/10到10倍。通过测定经标记的报导肽的结合减少50%必需的浓度来测量肽的结合能力。将该值称作IC50。只要本发明的MHC II类抗原肽达到所建立的参考肽的IC50的1/10到10倍的IC50值,它就能保持对相关HLA II类分子的结合能力。
因为结合到肽结合沟之前和之后以个体方式发生肽修剪,所以具有共同的九聚体核心区的一些截短变体的发生是MHC II类结合的肽的共同特征。重要的是,表明相同表位的C-或N-末端截短变体可以引发不同的T细胞应答(Arnold等人,(2002)J.Immunol.169,739-749)。
可以设想对特定表位的截短变体的相对丰度有影响的一些参数,例如,相关抗原的丰度和完整性、抗原结合的蛋白质、蛋白酶的丰度、可利用的蛋白酶的类型和竞争性抗原和/或肽的提供。因为抗原提供是可能与样品的来源相关的主要特征,所以表位的特定截短变体的比率可以具有诊断价值。
本发明的肽是没有天然发生的负体(例如,突变的肽抗原)或者从例如组织,如胰腺、肝脏、脾脏、卵巢、睾丸、肌肉、关节组织、神经组织、胃肠组织或者体液,如血液、血清、滑液或者尿中天然伴随该肽的成分分离或者纯化。通常,当包含本发明肽的制备物由按干重计至少70%所述肽和小于30%的与所述肽天然结合的蛋白质和天然发生的有机分子组成时,认为所述肽是“分离的”。优选地,本发明的肽的制备物由按干重计至少80%,更优选至少90%,最优选至少99%本发明的肽组成。因为化学合成的肽在本质上与天然伴随该肽的成分分离,所以合成肽是“分离的”。
本发明还提供了本发明的抗原肽的类似物。术语类似物包括表现出这些抗原肽的功能方面的任意肽,所述功能方面包括结合能力IC50和被免疫系统的抗体和细胞识别。类似物显示出与相应参考肽基本上相同的IC50。术语类似物还包括肽的保守替换或者化学衍生物。
术语“类似物”包括具有与本文描述的序列基本上相同的氨基酸残基序列的多肽,该多肽中一个或多个残基已经用功能相似的残基替代,并且所述多肽表现出与本文描述的肽的功能方面。保守替代的实例包括将非极性(疏水)残基如苯丙氨酸、酪氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸或者甲硫氨酸用另一非极性残基替代,将极性(亲水)残基用另一极性残基替代,如精氨酸和赖氨酸之间、谷氨酰胺和天冬酰胺之间、苏氨酸和丝氨酸之间的替代,将一个碱性残基如赖氨酸、精氨酸或者组氨酸用另一碱性残基替代,或者将一个酸性残基如天冬氨酸或者谷氨酸用另一酸性残基替代。
短语“保守替代”还包括用化学衍生的氨基酸代替非衍生的氨基酸。“化学衍生物”指具有通过功能侧基的反应化学衍生的一个或多个氨基酸的主题多肽。此类经衍生的分子的实例包括例如,其中游离氨基已经经衍生形成胺盐酸盐、对-甲苯磺酰基、苄氧羰基、叔-丁氧基羰基、氯乙酰基、乙酰基或者甲酰基的那些分子。游离羧基可以经衍生形成盐、甲基或者乙基酯或者其他类型的酯或者酰肼。游离羟基可以经衍生形成O-酰基或者O-烷基衍生物。组氨酸的咪唑氮可以经衍生形成N-im-苄基组氨酸。还作为化学衍生物包括的为那些蛋白质或者肽,它们含有20种标准氨基酸的一种或多种天然发生的氨基酸衍生物。例如,4-羟基脯氨酸可以替代脯氨酸;5-羟基赖氨酸可以替代赖氨酸;3-甲基组氨酸可以替代组氨酸;同型丝氨酸可以替代丝氨酸;鸟氨酸或者瓜氨酸可以替代赖氨酸。
本发明的MHC II类抗原肽和它们所来自的蛋白质可以用作RA诊断中的标记和在治疗中用作抗-RA疫苗。本文所用的术语标记指生物分子,优选肽或者多肽,它在一组患有所诊断的疾病,如RA的患者中表达,并且达到与对照组相比显著增加或者减小的丰度。
本发明的标记可以用作预后标记预测对疾病的易感性,例如,预测对RA的易感性,作为诊断标记用于疾病的诊断,例如,用于RA的诊断,作为差别诊断标记以区分疾病的不同形式,例如,区分RA的不同形式,作为预后标记用于预测疾病的结果,例如,用于RA的预后,和作为应答标记确定治疗方案的功效,例如,作为RA治疗中的应答标记。
在另一实施方案中,包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ IDNOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或者(b)至少选自SEQ IDNOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽用作侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记。
在另一实施方案中,包含(a)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到3的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽用作非侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列,与SEQ IDNOs.58和59的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作非侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.60的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作非侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.61的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作非侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.62的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作非侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.63的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作非侵蚀性RA的标记。
在另一实施方案中,包含(a)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.5的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽用作侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.64到67的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.68的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.69和70的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.72的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作侵蚀性RA的标记。
此外,提供了包含(a)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ IDNO.73的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽,其用作侵蚀性RA的标记。
在另一实施方案中,提供了如上述的本发明的MHC II类抗原肽,其与MHC II类分子连接。
含有共价或非共价结合的根据本发明肽的MHC II类分子的多聚体(例如,二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体或者寡聚体)如果缀合可检测的标记(例如,荧光部分、放射性核素或者催化产生吸收或者发射确定波长的光的反应的酶)可以用于定量来自受试者(例如,人类患者)的T细胞,其中所述T细胞具有对此类复合体特异并且因此将结合该复合体的细胞表面受体。相对高数目的此类T细胞可能诊断疾病或者指出所述T细胞参与对该疾病的免疫。此外,连续监视结合多聚体的T细胞的相对数目可以用于建立疾病的过程或者治疗功效。使用含有HIV-1来源的或者流感病毒-15来源的肽的I类MHC分子的四聚体已经开发了此类测定法(Altman等人(1996),Science 274:94-96;Ogg等人(1998),Science279:2103-21061),并且预计相应的II类MHC多聚体也类似地有用。通过在目的肽存在下化学交联经纯化的已装配的II类MHC分子或者通过修改用于产生含有一种明确的肽的II类MHC分子的现有重组技术(Kazono等人(1994),Nature 369:151-154;Gauthier等人(1998),Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.95:11828-118331)可以产生此类复合体。此类多聚体的II类MHC分子单体可以是由全长α和β链组成的天然分子。备选地,它们可以是含有α和β链的胞外结构域或者含有形成肽结合裂缝的“壁”和“地板”的α和β链结构域的分子。
本发明还涉及针对并且与上述II类MHC抗原肽反应的抗体、其片段或者衍生物。产生抗体的一般方法学是公知的并且例如公开在Kohler和Milstein,1975,Nature 256,494或J.G.R.Hurrel,Monoclonal HybridomaAntibodies:Techniques and Applications,CRC Press Inc.,Boco Raron,FL(1982)中。抗体可以是多克隆的或者优选单克隆的,或者抗体片段,像F(ab′)2、Fab、Fv或scFv。本发明的抗体还可以是人源化的(Merluzzi S.等人,(2000),Adv.Clin.Path.,4(2):77-85)或者人抗体(Aujame L.等人,Hum.Antibodies,(1997),8(4):155-168)。
本发明还提供了编码本发明的MHC II类抗原肽的核酸分子,所述抗原肽包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或者(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。优选地,所述核酸分子是DNA分子。
此外,提供了编码与MHC II类分子连接的本发明的MHC II类抗原肽的核酸分子。
本发明还提供了包含有效连接表达载体的如上述的核酸分子的重组核酸构建体。适于用于本发明的表达载体包含至少一个表达控制元件,其有效连接编码所述抗原肽或者与MHC II类分子连接的所述抗原肽的核酸序列。重组表达构建体可以是DNA构建体。
将表达控制元件插入到载体中以控制和调节编码本发明的抗原肽的核酸序列的表达。表达控制元件的实例包括,但不限于,lac系统、λ噬菌体的操纵基因和启动子区、酵母启动子和来自多形瘤、腺病毒、逆转录病毒或SV40的启动子。额外优选的或者所需的操作元件包括,但不限于,前导序列、终止密码子、多腺苷酸化信号和必要或者优选用于宿主系统中核酸序列的适宜转录和随后翻译的任何其他序列。本领域技术人员将理解所需要的或者优选的表达控制元件的正确组合将取决于所选的宿主系统。将还理解表达载体应该含有转移和随后在宿主系统中复制含有所述核酸序列的表达载体所必需的额外元件。此类元件的实例包括,但不限于,复制起点和选择性标记。本领域技术人员将还理解此类载体可以使用常规方法容易地构建(“DNA Isolation and Sequencing″,Bruce A.Roe,Judy S.Crabtree和Akbar S.Khan,John Wiley & Sons出版,1996)或者可以通过商业途径得到。
本发明的另一方面涉及宿主生物或者宿主细胞,在所述宿主生物或宿主细胞中已经插入了重组核酸构建体,该构建体包含有效连接表达载体的如上述的核酸分子。用本发明包括的核酸构建体转化的宿主细胞包括真核生物,如动物、植物、昆虫和酵母细胞和原核生物,如大肠杆菌。将携带核酸序列的核酸构建体导入细胞的方法包括,但不限于,微注射、电穿孔、转导或者用DEAE-葡聚糖、脂转染、磷酸钙或者本领域技术人员已知的其他方法转染(Sambrook等人(1989),″Molecular Cloning.A LaboratoryManual″,Cold Spring Harbor Press,Plainview,New York)。
在优选实施方案中,使用在真核细胞中起作用的真核表达载体。此类载体的实例包括,但不限于,逆转录病毒载体、痘苗病毒载体、腺病毒载体、疱疹病毒载体、禽痘病毒载体、质粒或者杆状病毒转移载体。优选的真核细胞系包括,但不限于,COS细胞、CHO细胞、HeLa细胞、NIH/3T3细胞、293细胞(ATCC# CRL15731)、T2细胞、树突细胞、单核细胞或者Epstein-15 Barr病毒转化的B细胞。
本发明的抗原肽可以例如,通过从天然来源提取(例如,从MHC II分子洗脱);通过表达编码所述肽的重组核酸;或者通过化学合成得到。在与肽天然从中产生的来源不同的细胞系统中产生的肽是“分离的”,因为该肽与天然伴随它的组分分离。宿主生物表达的重组肽可以以粗裂解物得到或者通过本领域已知的标准蛋白质纯化方法纯化,所述方法包括示差沉淀、大小排阻层析、离子交换层析、等电聚焦、凝胶电泳、亲和和免疫亲和层析等等。可以通过任意适宜的方法,例如,通过质谱法或者HPLC分析测量分离程度或纯度。可以通过Merrifield,(1986)Science 232:341-347,和Barany和Merrifield,The Peptides,Gross和Meienhofer,编著(N.Y.,Academic Press),1-284页(1979)中描述的方法合成肽。可以在溶液或者固相中或者用自动合成仪(Stewart和Young,Solid Phase Peptide Synthesis,第二版,Rockford III.,Pierce Chemical Co.(1984))实施合成。
因此,本发明还提供了产生MHC II类抗原肽的方法,所述抗原肽包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列,所述方法包括步骤:在允许表达所述肽的条件下培养含有如上述重组核酸构建体的宿主细胞并从所述细胞或培养基回收所述肽。
在本发明的另一实施方案中,提供了以飞摩尔量分离和鉴定MHC II类结合的RA抗原肽的方法,该方法包括(a)以包含0.1到5μg MHC II类分子的数目提供不成熟树突细胞;(b)将(a)的细胞与血清或者滑液接触并通过加入TNFα诱导树突细胞成熟;(c)从所述细胞分离II类MHC分子-抗原肽复合体,分离所用的方法包括溶解细胞并通过免疫沉沉或者免疫亲和层析螯合MHC II类分子与抗原肽的复合体;(d)用超滤管中的水洗涤所螯合的MHC II类分子与抗原肽的复合体;(e)在37℃用稀释的三氟乙酸从MHC II类分子洗脱结合的抗原肽,和(f)通过液相层析和质谱法分离、检测和鉴定所分离的肽。此外,在本方法的步骤(f)中,液相层析包含在肽洗脱前用足够洗脱多数污染物的体积从反相材料的第一次线性洗脱步骤。此外,该方法可以还包括(g)通过方法分析所鉴定的肽,所述方法包含数据库和开发用于进行多个数据集间比较性数据分析的软件。
得到例如100ng MHC II类分子必需的组织或体液的量取决于表达MHC II类的细胞数和MHC II类分子的表达速率:例如,100ng MHC II类等价于可以从约50ml血液得到的约2×105个成熟DC或者5到10×106个外周血单核细胞或者约5×107个外周血单核细胞。
为了从细胞或者组织纯化II类MHC分子-抗原肽复合体,必须溶解细胞或者组织的膜。可以用本领域已知的方法,例如,冻融循环和使用去污剂,和它们的联合实施细胞裂解。优选裂解方法为使用去污剂溶解,所述去污剂优选为TX-100、NP40、正-辛基葡糖苷、Zwittergent、Lubrol、CHAPS,最优选TX-100或Zwittergent 3-12。必须通过离心从含有溶解的受体-肽复合体的细胞裂解物除去细胞残渣和细胞核。因此,用包括用去污剂溶解的方法从细胞分离II类MHC分子与抗原肽的复合体。
此外,通过包括免疫沉淀或者免疫亲和层析的方法从细胞裂解物纯化MHC II类分子-肽复合体。对于免疫沉淀或者免疫亲和层析,使用对MHCII类分子特异并且适于这些方法的抗体。所述特异抗体优选为单克隆抗体,并且例如通过蛋白A共价或非共价偶联到珠子,例如,sepharose或者agarose珠。用于现有技术的一系列宽范围抗-HLA抗体包括:抗-HLA-DR抗体:L243、TU36、DA6.147,优选L243;抗-HLA-DQ抗体:SPVL3、TU22、TU169,优选TU22和TU169;抗-HLA-DP抗体B7/21和抗-HLA-A,B,C抗体W6/32和B9.12。
对不同MHC II类分子特异的单克隆抗体可以通过商业途径获得(例如,Pharmingen,Dianova)或者使用蛋白A-或者蛋白G-亲和层析从各自杂交瘤细胞的上清液纯化。可以通过本领域已知的多种方法,优选通过将抗体氨基共价偶联到CNBr-活化的sepharose偶联所纯化的单克隆抗体。
通过将抗体-珠子与细胞裂解物在旋转下孵育数小时或者通过层析法将细胞裂解物泵动穿过微柱进行MHC分子的免疫分离。可以用eppendorf管或者微柱进行抗体-珠子的洗涤。可以通过SDS-PAGE和蛋白质印迹使用识别经变性的MHC分子的抗体(抗-HLA-DRα:1B5;抗-HLA I类:HC10或HCA2)分析免疫沉淀的功效。
洗脱前用水或者低盐缓冲液洗涤螯合的MHC II类分子-肽复合体以便除去残留的去污剂污染物。低盐缓冲液可以是Tris、磷酸盐或者乙酸盐缓冲液,其浓度范围为0.5-10mM,优选浓度为0.5mM。在更优选的实施方案中,用通常用于HPLC分析的超纯水(测序级),优选用来自MERCK的超纯水(测序级)洗涤MHC II类分子-肽复合体。可以通过超滤实施洗涤步骤。可以用截断值为30kD、20kD、10kD或5kD,优选30kD,管体积为0.5-1.0ml的超滤管(“Ultrafree”管;Millipore)实施超滤。可以用携带受体-肽复合体的珠子体积的10到20倍体积,优选用15倍珠子体积对超滤管实施4到12次,优选6到10次洗涤。可以用相同超滤管从剩余的MHC II类分子分离洗脱的肽。
通过从MHC II类分子洗脱肽,得到从潜在抗原来源和细胞内或细胞外来源的多肽衍生的经天然加工的肽的复杂混合物。仅仅在洗脱后,可以分离肽并对其进行序列分析。
可以通过本领域已知的多种方法洗脱本发明方法中的抗原肽,优选使用经稀释的酸,例如,经稀释的乙腈(Jardetzky TS等人,Nature 1991 353,326-329)、经稀释的乙酸并加热(Rudensky AY等人,Nature 1991,353,622-626;Chicz RM等人,Nature 1992,358,764-768)或者经稀释的三氟乙酸在37℃洗脱(Kropshofer H等人,J Exp Med 1992,175,1799-1803)。最优选地,在37℃用经稀释的三氟乙酸洗脱肽。
然后分离、检测和鉴定所分离的抗原肽。将检测理解为通过足够检测和对飞摩尔量的肽测序的方法阐明所分离的抗原肽混合物中各自肽的氨基酸序列。将鉴定理解为确定所述抗原肽来自哪些蛋白质或者多肽和它们构成这些蛋白质或多肽中的哪条序列。
在第一步中,可以通过多种可能的层析方法之一分离所洗脱肽的复杂混合物,所述方法为例如,反相层析、阴离子交换层析、阳离子交换层析或者它们的联合。优选地,通过C18-反相层析或者通过称作MudPit(Washburn MP等人,Nat Biotechnol.,(2001),19,242-247)的反相/阳离子交换二维HPLC进行分离。
以HPLC方式利用熔石英(fused-silica)微毛细管柱进行分离,所述微毛细管柱连接质谱仪的纳-流动(nano-flow)电喷射源或者连接微分级分离装置,其将级分在平板上点样用于MALDI分析。
液相层析包含通过使用强离子交换材料和疏水反相材料进行肽分级分离。为了从离子交换和反相材料洗脱肽,依次运行不同的洗脱程序,其包括用盐和用有机溶剂(例如乙腈)洗涤。用不同长度和斜度的几步线性梯度进行从反相材料的洗脱。待分级分离的样品中的污染可能是任意污染,它的洗脱与质谱仪中肽峰的检测竞争。因此,为了防止同时洗脱,在肽洗脱步骤前必需用足够溶剂体积洗脱污染物。取决于用于液相层析的柱子,肽洗脱步骤前足够洗脱污染物的溶剂体积可以为柱体积的100到200倍。
多种质谱技术是适宜的,优选MALDI-后源衰变(post source decay,PSD)MS或者电喷射离子化串联质谱法(ESI-MS),最优选离子阱ESI-MS。
可以通过本领域已知的方法确定个别肽的序列。优选地,通过肽的片段化和使用算法(例如MASCOT或SEQUEST)对片段谱进行计算机辅助的解释可以进行序列分析。两种计算机算法都使用蛋白质和核苷酸序列数据库进行实验和理论产生的串联质谱图的交互相关分析。这使得可以进行自动化高通量序列分析。
可以通过MHC结合基序、MHC结合能力和/或T细胞识别确认所分离和鉴定的本发明的抗原肽。
MHC结合基序
与特定MHC分子(等位基因变体)结合的肽具有共同的结构特征,称作结合基序,其是与MHC分子形成稳定复合体必需的。从MHC I类分子洗脱的肽配体相对较短,为8-11个氨基酸。此外,肽的2或3个侧链与结合有关。各自氨基酸侧链的位置随着HLA等位基因而变,最通常这些所称作的“锚”残基的两个位于2位和9位。关于特定锚位置,仅1或2个氨基酸通常可以以锚氨基酸起作用,例如,对于HLA-A2,锚氨基酸为2位的亮氨酸或者缬氨酸V。
对于MHC II类分子,肽长度在11到25个氨基酸之间变化,可以结合更长的肽,因为肽结合沟的两端都是开放的。多数HLA II类分子容纳多达在九聚物核心区中所含的相对位置P1、P4、P6和P9上的4个锚残基。然而,该核心区可以具有从肽的N-末端的可变距离。在多数情况中,2-4个N-末端残基在核心区的前面。所以,在多数HLA II类结合的肽中P1锚残基位于3、4或5位。从HLA-DR II类分子洗脱的肽共有大疏水P1锚,其由酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、甲硫氨酸、亮氨酸、异亮氨酸或者缬氨酸代表。
锚残基的位置和确切类型构成肽结合基序,其由于多数经常发生的HLA II类等位基因产物而出名。允许肽序列中基序验证的一种计算机算法是″Tepitope”,其可以通过vaccinome得到。
MHC结合能力
可以测试通过本发明方法鉴定的肽结合适宜的MHC II类分子的能力,所述测试可以通过本领域已知的方法,使用例如,分离的MHC II类分子和与通过本发明方法鉴定的肽具有相同氨基酸序列的合成肽来进行(Kropshofer H等人,J.Exp.Med.1992;175,1799-1803;Vogt AB等人,J.Immunol.1994;153,1665-1673;Sloan VS等人,Nature 1995;375,802-806)。备选地,可以使用表达MHC II类细胞系和生物素化肽,用细胞结合测定法验证所鉴定的表位(Arndt SO等人,EMBO J.,2000;19,1241-1251)。
在两种测定中,通过测定经标记的报道肽的结合减少50%所需的浓度测量肽的相对结合能力。该值称作IC50。以合理亲和性结合相关HLA II类分子的肽的IC50不超过已建立的参考肽的IC50的10倍。
也可以用相同的结合测定法测试肽结合备选的II类MHC分子(即不同于使用本发明方法洗脱的II类MHC分子的那些II类MHC分子)的能力。使用此类肽的本发明的诊断方法和使用所述肽和从它们衍生的肽的本发明治疗方法可以应用于表达此类备选II类MHC分子的受试者。
T细胞识别
表位验证方法可以包括对本发明方法鉴定的肽测试它们激活CD4+T群体的能力。合成具有与本发明鉴定的肽相同的氨基酸序列或者相应于从本发明鉴定的肽的嵌套组衍生的核心序列的氨基酸序列的肽。然后测试合成肽激活CD4+T细胞的能力,所述CD4+T细胞来自(a)表达目的MHC II类分子并且具有所述疾病的至少一种症状的测试受试者;和(b)表达目的MHC II类分子并且没有所述疾病的症状的对照受试者。额外的对照受试者可以为具有所述疾病的症状并且不表达目的MHC II类分子的受试者。
在一些疾病(例如,具有自身免疫成分的疾病)中,(b)中描述的测试受试者的CD4+T细胞而不是对照受试者的CD4+T细胞中的应答提供了确定证据证明相关表位是激活启动、促进或者恶化相关疾病的CD4+T细胞的表位。在其他疾病(例如,没有自身免疫成分的癌症或者感染性疾病)中,与前面句子中描述的应答性和非应答性的类似模式将表明相关肽是激活可以介导对所述疾病的免疫性或者至少所述疾病症状减轻的CD4+T细胞的表位。
可以通过本领域已知的多种体外方法测量CD4+T细胞应答。例如,可以用或者不用候选合成肽培养完整外周血单核细胞(PBMC)并且通过例如,它们的DNA中[3H]-胸苷的掺入测量它们的增殖应答。通过在测定前从PBMC除去CD4+T细胞或者通过加入结合T细胞上的CD4+分子的抑制性抗体,从而抑制T细胞的增殖来检验增殖性T细胞是CD4+T细胞。在两种情况中,仅当CD4+T细胞是增殖性细胞时,增殖应答才受到抑制。备选地,可以从PBMC纯化CD4+T细胞并在表达适宜的MHC II类分子的APC存在下测试对所述肽的增殖应答。此类APC可以是B-淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞或者树突细胞,或者完整PBMC。APC还可以是来自B-淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞或者树突细胞的永生化细胞系。APC可以内源性表达目的MHC II类分子或者它们可以表达编码此类分子的经转染的多核苷酸。在所有情况中,可以在测定前通过用例如,离子辐射或者丝裂霉素-C处理使得APC成为非增殖性的。
作为测量细胞增殖的备选方法,可以通过本领域技术人员已知的方法测量CD4+T细胞的细胞因子产生。细胞因子包括,但不限于,白介素-2(IL-2)、γ-干扰素(IFN-γ)、白介素-4(IL-4)、TNF-α、白介素6(IL-6)、白介素10(IL-10)、白介素12(IL-12)或者TGF-β。测量它们的测定法包括,但不限于,ELISA和生物测定法,其中在试样存在下测试响应相关细胞因子的细胞的响应性(例如,增殖)。
备选地,通过细胞内免疫荧光染色和流式细胞术可以直接显现CD4+淋巴细胞的细胞因子产生。
此外,本发明的MHC II类抗原肽可以用于诊断RA。因此,本发明的另一实施方案是将根据本发明的抗原肽用作RA的标记。
优选地,包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ IDNOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列的MHC II类抗原肽用作RA的标记。
在另一实施方案中,本发明的抗原肽可以用作应答标记来跟踪治疗方案的功效。基本上,可以测定抗原肽的基线值,然后施用给定治疗剂,并随后监视抗原肽的水平,而抗原肽水平的改变表明治疗性治疗的功效。
此外,仅在疾病,优选RA的某些阶段或者时期发现的抗原肽可以用作阶段-特异标记。基本上,常规地监视与某个疾病阶段相关的抗原肽的水平,从而提供关于该疾病的阶段和其发展的信息。
本发明还包括使用所述RA抗原肽所来自的多肽作为标记用于诊断和监视疾病,优选RA,尤其侵蚀性和非侵蚀性RA。使用各自蛋白质的基本原理是DC存在于多数组织中,在这些组织中它们通过特异受体和通过特化内吞机制(例如,大胞饮)捕获外来抗原,然后将所加工的抗原作为肽呈递在MHC II类分子上。以前的研究已经表明在MHC II类分子背景中发现的肽表位(例如,RA抗原肽)的频率在多数情况下反映了该具体肽所来自的蛋白质的丰度。因此,不仅RA抗原肽,而且相应的蛋白质也可以作为RA的标记。
因此,在本发明的另一实施方案中,提供了用作RA标记的多肽,所述多肽选自γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶(SEQ ID NO:40)、整联蛋白β-2(SEQ ID NO.123)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶(SEQ ID NO:124)、尿激酶型纤溶酶原激活物(SEQ ID NO.125)、免疫球蛋白重链V-III区(VH26)(SEQ ID NO.126)、DJ-1蛋白质(SEQ ID NO.127)、载脂蛋白B-100(SEQ ID NO:41)、26S蛋白酶体非-腺苷三磷酸酶调节亚基8(SEQID NO.128)、白介素-1受体(SEQ ID NO:129)、纤调蛋白(SEQ ID NO.130)、GM-CSF/IL-3/IL-5受体(SEQ ID NO.131)、分选连接蛋白3(SEQID NO.132)、间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4(SEQ ID NO:42)、补体C4(SEQ ID NO:43)、补体C3(SEQ ID NO:44)、结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3(SEQ ID NO:45)、白介素-4-诱导的蛋白质1(SEQ ID NO:46)、血红素结合蛋白(SEQ ID NO:47)、Hsc70-相互作用蛋白质(SEQID NO:48)、不变链(Ii)(SEQ ID NO.133)、视黄酸受体应答蛋白2(SEQID NO.134)、纤连蛋白(SEQ ID NO.135)、组织蛋白酶B(SEQ ID NO:136)、三肽基-肽酶II(SEQ ID NO.137)、legumain(SEQ ID NO.138)、血小板活化因子受体(SEQ ID NO.139)、聚-α-2.8-唾液酸转移酶(SEQ ID NO.140)、ras-相关蛋白质Rab-11B(SEQ ID NO.141)。优选使用所述多肽作为侵蚀性RA的标记。还优选使用所述多肽作为非侵蚀性RA的标记。特别优选使用白介素-4-诱导的蛋白质1(SEQ ID NO:46)作为RA的标记。Fig1多肽迄今为止还未知作为RA的标记,或认为是RA的重要的候选标记。
通过多种方法,通过检查RA的多肽或者肽标记的表达和/或组成可以进行RA诊断,所述方法包括酶联免疫吸附测定(ELISAs)、蛋白质印迹、免疫沉淀和免疫荧光。对来自个体的试样评估是否存在本发明多肽或者肽的表达的改变和/或组成的改变。多肽或者肽的表达的改变可以是例如,定量多肽表达的改变(即,产生的多肽的量);多肽组成的改变是定性多肽表达的改变(例如,突变多肽或者不同的剪接变体的表达)。
可以存在这两种改变(定量和定性的)。本文所用的多肽表达或者组成的“改变”指与对照样品中肽或多肽的表达或者组成相比,试样中表达或组成的改变。对照样品是相应于试样的样品(例如,来自相同类型的细胞),并且来自不受RA侵袭的个体。与对照样品相比,试样中所述肽或多肽的表达或组成的改变表明RA或者对RA的易感性。可以使用检查本发明的肽或者多肽的表达或组成的多种方法,其包括分光术、比色法、电泳、等电聚焦和免疫测定法(例如,David等人,美国专利号4,376,110),如免疫印迹(也参见Current Protocols in Molecular Biology,尤其第10章)。例如,在一个实施方案中,可以使用能够结合(如上述)多肽的抗体,优选具有可检测标记的抗体。抗体可以是多克隆的,或者更优选地,单克隆的。可以使用完整抗体,或者其片段(例如,Fab或F(ab′)2)。术语“标记的”关于探针或者抗体时,意在包括通过将可检测物质偶联(即,物理连接)到探针或者抗体直接标记该探针或者抗体,以及通过与经直接标记的另一试剂反应间接标记该探针或者抗体。间接标记的实例包括用荧光标记的二级抗体检测一级抗体,和用生物素末端标记DNA探针,从而可以用荧光标记的链霉抗生物素蛋白检测该探针。
使用特异结合本发明的肽或多肽的如上述的抗体,可以用蛋白质印迹分析测量试样中肽或多肽的水平或者量并将其与对照样品中所述肽或多肽的水平或量比较。优选地,用同质或者异质免疫测定法测量试样中肽或多肽。试样中多肽的水平或量高于或者低于对照样品中该多肽的水平或者量(从而差异是统计学上显著的)表明所述多肽的表达改变,并且诊断为RA或者对RA的易感性。
因此,本发明还涉及诊断组合物,其包含与本发明的MHC II类抗原肽反应的抗体。
在另一实施方案中,本发明的抗原肽或者它们所来自的蛋白质可以用于预防和治疗疾病,尤其RA。
本发明的一方面是治疗目的,其中一种或多种所鉴定的抗原肽用于接种患者以抵抗RA,优选抵抗侵蚀性和/或非侵蚀性RA。在接种过程中,抗原肽将在患者中诱导抗原特异的T细胞耐受性,其将最终导致疾病消退或者疾病发展的衰减。
在将来的临床试验中诱导特异免疫耐受性的一种有希望的策略是使用DNA耐受性(tolerizing)疫苗。编码自身抗原的DNA耐受性疫苗单独就表现出减小T细胞增殖应答(Ruiz,P.等人,J Immunol 162(1999)3336-3341),而共同递送自身抗原的DNA耐受性疫苗加上IL-4也诱导保护性TH2应答(Garren,H.等人,Immunity 15(2001)15-22)。发展中的非多核苷酸-特异的耐受性治疗的实例包括蛋白质抗原、天然加工的肽、经改变的肽配体、其他生物分子,如DNA,或者含有翻译后修饰的蛋白质和肽,和经口递送以诱导“口服耐受性”的抗原(Robinson,W.H.等人,Clin Immunol 103(2002)7-12中综述)。关于耐受性治疗的潜在不利效果是发生自身免疫性。
为此,可以将相关RA抗原肽以肽结合MHC分子和引起T细胞的外周耐受性足够的量直接施用于患者。
备选地,本发明的抗原肽可以用于产生基于DC的疫苗。在该情况中,可以用相关肽或者含有该相关肽序列的重组蛋白质脉冲来自患者的单核细胞的自体DC。
因此,本发明提供了药物组合物,其包含MHC II类抗原肽,该抗原肽包含(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,或(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ IDNOs.103到122的肽结合基序的氨基酸序列,与选自SEQ ID NOs.1到39和SEQ ID NOs.58到102的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列;和与所述抗原肽反应的抗体,或者选自由SEQ ID NOs 40到48和SEQ.IDNOs.123到141构成的组的多肽,和任选药学上可接受的赋形剂、稀释剂或者载体。所述抗原肽必需以足够耐受特定淋巴细胞的量存在。该量将取决于所用的肽、施用、待治疗的疾病的严重性和患者的一般状况并且例如,对于负荷在树突细胞的肽,所述量将通常为1到50mg/ml。
可接受的赋形剂、稀释剂或者载体可以是用于体外研究的磷酸缓冲盐水和用于体内应用的生理盐溶液。
本文的“接种”指主动免疫,即体内施用肽以直接在患者中引起体内免疫耐受性,和被动免疫,即使用肽在体外耐受CD4+T淋巴细胞或者刺激自体或者同种异体树突细胞,将其随后再接种到患者中。
本发明还提供了基本上如前描述,特别参考实施例描述的抗原肽、抗体、核酸、宿主细胞、方法、组合物和用途。
现在已经一般性描述了本发明,参考特定实施例将更好地理解本发明,除非另外说明,所述实施例包括在本文中与下面的附图一起仅用于阐明并且不意在限制本发明。
实施例
下面的实施例结合上述附图并且基于如下文描述的如图1中概述的方法进行阐明。除非另外指出,根据生产商的技术说明书使用实施例中提及的通过商业途径可获得的试剂。
发明方法
树突细胞和培养
如下述,用从单核细胞分化的人树突细胞进行研究。从人外周血纯化单核细胞。血液来自具有下面的单元型的健康供者:(1)HLA-DRB1*0401,*03011,(2)HLA-DRB1*0401,*0304,(3)HLA-DRB1*0401,*1301,(4)HLA-DRB1*0401,*0701,HLA-DRB1*0401,*0407。
在补加1mM丙酮酸盐、2mM谷氨酰胺和10%热失活的胎牛血清(Gibco BRL,Rockville,MD)的RPMI 1640培养基(缩写:RPMI)中培养细胞。
外周血单核细胞(PBMC)的分离
从德国Mannheim的血库得到外周血,其为来自健康供者的标准血沉棕黄层制剂。用肝素(200I.U./ml血液,Liquemine,Roche)防止凝血。在LSM_(1.077-1.080g/ml;ICN,Aurora,OH)中以800g(室温)离心30分钟分离外周血单核细胞(PBMC)。从相界面收集PBMC并用含有20mM Hepes的RPMI洗涤两次(500g 15分钟,300g 5分钟)。为了除去红细胞,在37℃用ALT缓冲液(140mM氯化铵,20mM Tris,pH 7.2)处理PBMC 3分钟。用含有20mM Hepes的RPMI洗涤PBMC两次(200g 5分钟)。
从外周血单核细胞产生树突细胞
根据生产商的方案用抗-CD14磁珠(Miltenyi Biotech,Auburn,CA)通过阳性分选从PBMC分离单核细胞。用补加1%非必需氨基酸(Gibco,BRL,Rockville,MD)、50ng/ml重组人粒细胞巨噬细胞-集落刺激因子(GM-CSF;S.A.1.1×107U/mg)(Leucomax;Novartis,Basel Switzerland)和3ng/ml重组人IL-4(S.A.2.9×104U/μg)(R&D Systems,Minneapolis,MN)的RPMI培养单核细胞。将单核细胞以0.3×106/ml接种在6孔板(Costar)中5天得到不成熟的树突细胞。
通过流式细胞术分析常规地监视单核细胞来源的不成熟树突细胞的质量并当它们表现出下面的表型是评定为是合适的:CD1a(高),CD3(阴性),CD14(低),CD19(阴性),CD56(阴性),CD80(低),CD83(阴性),CD86(低)和HLA-DR(高)。相比,成熟的树突细胞(参考下面)表现出下面的表型:CD1a(低),CD80(高),CD83(高),CD86(高)和HLA-DR(高)。从Pharmingen(San Diego,CA)购买针对CD1a、CD3、CD14、CD19、CD56、CD80、CD83、CD86的单克隆抗体以及各自同种型对照。
树突细胞对血清或者滑液的暴露
用137Cs(70TBq)照射血清和滑液30分钟。为了用血清-或者滑液-来源的抗原喂饲树突细胞,用1ml血清或者0.6ml滑液脉冲6×106个未成熟的树突细胞。同时,通过加入10ng/ml重组人肿瘤坏死因子α(TNFα;S.A.1.1×105U/μg)诱导树突细胞的成熟。作为对照,仅用TNFα孵育6×106个未成熟的树突细胞。
培养24小时后,通过以300g离心10分钟收获成熟的树突细胞。用PBS洗涤细胞并将其转移到eppendorf管。以400g离心3分钟后,完全除去上清液并在-70℃冷冻细胞。
产生抗-HLA II类珠
通过培养各自小鼠杂交瘤细胞系产生抗-HLA-DR单克隆抗体(mAb)L243(ATCC,Manassas,VA)。用蛋白A sepharose(Pharmacia,Uppsala,Sweden)纯化mAb L243并根据生产商的方案将mAb L243以2.5mg/ml的终浓度固定到CNBr活化的sepharose珠(Pharmacia)。用含有0.1%Zwittergent 3-12(Calbiochem,La Jolla,CA)的PBS保存L243珠。
HLA-DR-肽复合体的纳级(Nano-scale)纯化
将冷冻的树突细胞的沉淀重悬浮在10倍体积的冰预冷的裂解缓冲液(1%Triton-X-100,20mM Tris,pH7.8,5mM MgCl2,含有蛋白酶抑制剂胰凝乳蛋白酶抑制剂、胃蛋白酶抑制剂、PMSF和抑酶醛肽(Roche,Mannheim,德国))中并在水平摇床中以1000转/分钟,4℃裂解1小时。通过以10000g在4℃离心10分钟从细胞裂解物除去细胞沉淀和细胞核。将裂解物与L243珠(5-10μl L243珠子/100μl细胞裂解物)在水平摇床中以1000rpm,4℃共孵育2小时。通过以1000g,4℃离心1分钟沉淀结合L243珠的免疫沉淀的HLA-DR-肽复合体并用500μl溶于PBS的0.1% Zwittergent 3-12(Calbiochem)洗涤4次。
用抗-HLA-DRα-specific mAb 1B5通过蛋白质印迹(Adams,T.E.等人,Immunology 50(1983)613-624)对免疫沉淀之前和之后各自细胞裂解物和珠子的等分试样进行分析来监视HLA-DR-肽复合体耗竭的功效。
洗脱HLA-DR-结合的肽
将结合L243珠的HLA-DR-肽复合体重悬浮在100μl H2O(HPLC-级;Merck,Darmstadt,德国)中,转移到超滤管Ultrafree MC(30kD截断值)(Millipore,Bedford,MA)中并通过以10000g在室温离心1-2分钟用100μl H2O(HPLC-级)洗涤10次。为了洗脱结合的肽,加入H2O(HPLC-级)中的60μl 0.1%三氟乙酸(Fluka,Buchs,瑞士)并在37℃孵育30分钟。通过Ultrafree单位以10000g在室温下离心3分钟用新的eppendorf管收集洗脱的肽并将其在Speed-VacTM真空离心机中立即低压冻干。
通过二维纳流(nanoflow)LC分级分级
为了进行复合体肽混合物的高通量测序,使用MudPIT(多维蛋白质鉴定技术)(Washburn,M.P.等人,Nat Biotechnol 19(2001),242-247),该技术是基于液相层析分级分离后质谱序列测定。
为此,将从HLA分子洗脱的低压冻干的肽重悬浮在含有5%(v/v)乙腈(ACN)、0.5%(v/v)乙酸、0.012%(v/v)七氟丁酸(HFBA)和1%(v/v)甲酸的缓冲液中。在通过Model P-2000激光拔具(puller)(SutterInstrument Co.,Novato,CA)产生的熔石英微毛细管柱(100μm i.d.×375μm)上分级分离肽混合物。用3μm/C18反相材料(C18-ACE 3μm[ProntoSIL 120-3-C18 ACE-EPS,Leonberg,德国])然后用3cm的5μm阳离子交换材料(Partisphere SCX;Whatman,Clifton,USA)装填微柱。
在LC Packings UltiMate HPLC(LC Packings,San Francisco,USA)上实施完全自动化8步梯度分离,使用下面的缓冲液:5%ACN/0.012%HFBA/0.5%乙酸(缓冲液A),80%ACN/0.012%HFBA/0.5%乙酸(缓冲液B),250mM乙酸铵/5%ACN/0.012%HFBA/0.5%乙酸(缓冲液C),和1.5M乙酸铵/5%ACN/0.012%HFBA/0.5%乙酸(缓冲液D)。前116分钟的步骤由从0到40%缓冲液B的75分钟梯度,然后从40到80%缓冲液B的10分钟梯度,在80%缓冲液B保持6分钟和用100%缓冲液A平衡10分钟组成。下面的5步(每步146分钟)的特征在于下面的方案:5分钟100%缓冲液A,5分钟0到x%缓冲液C的梯度,5分钟100%缓冲液A,30分钟0到10%缓冲液B的梯度,55分钟10到35%缓冲液B的梯度,20分钟35到50%缓冲液B的梯度,10分钟50到80%缓冲液B的梯度,保持在80%缓冲液B 6分钟,和10分钟用100%缓冲液A的平衡步骤。步骤2-6中的缓冲液C百分数(x)如下:20、40、60、80和90%。需要从0到10%缓冲液B的30分钟梯度(其是从反相材料的第一次线性洗脱步骤)以便足够从主要污染物(m/z=945)的洗脱液分离肽洗脱液,否则将导致更亲水的肽峰的损失。步骤7由下面的方案组成:5分钟100%缓冲液A,20分钟100%缓冲液C,5分钟从0到10%缓冲液B的梯度,35分钟10到35%缓冲液B的梯度,50分钟35到50%缓冲液B的梯度,10分钟50到80%缓冲液B的梯度,保持在80%缓冲液B 5分钟和用100%缓冲液A的10分钟平衡步骤。步骤8与步骤7相同,只是使用缓冲液D代替缓冲液C。
离子阱MS/MS质谱
HPLC柱直接连接到Finnigan LCQ Deca XP Plus离子阱质谱仪(Thermo Finnigan,San Jose,USA),其装备纳-LC电喷射离子化源。根据生产商的方案以MS/MS模式进行质谱。通过SEQUEST算法(美国专利6,017,693和5,538,897)鉴定肽。
MALDI-TOF质谱
点样在AnchorChip板上的肽与基质(5mg/ml;α-氰-4-羟基-肉桂酸(Merck,Darmstadt,德国),50%乙腈,0.1%三氟乙酸)共结晶。为了定性分析完整肽所有组成成分,在UltraflexTM MALDI-TOF质谱仪(Bruker,Bremen,德国)上根据生产商的方案分析样品。
通过SEQUEST进行序列鉴定和差别数据集分析
用软件SEQUEST(Thermo Finnigan,San Jose,USA)分析MS/MS片段化数据。SEQUEST为每个光谱从内部蛋白质数据库(基于公共数据库Swiss-Prot和TrEMBL产生)提取对应于亲本离子的分子量的所有肽序列并测量该实验光谱和理论的、在计算机芯片上(in silico)产生的光谱之间的相似性程度。仅仅列出得分最高的候选序列。
将来自SEQUEST分析的肽序列和它们的关于质量准确度、得分参数和肽来源的伴随信息储存在适当设计的关系数据库中并进一步处理。为了保证仅储存满足SEQUEST得分的重要序列,实施某些限制。两个最重要的限制是:(i)仅保留具有高于某些值的交互相关系数(CC)的那些序列和(ii)从剩余的序列保留具有预定的delta交互相关系数(ΔCC)的那些序列。对于这两个标准,最小的所选值基于解释SEQUEST结果的经验知识。
将数据集定义为来自光谱的特定集合的数据总和。数据库和软件的设计允许对单个数据集进行查询和比较多个数据集。此类数据库和软件设计使得可以进行比较性样品分析,其不由SEQUEST提供。例如,对单个数据集的可能的查询提供关于所储存的光谱中得分分布的信息、关于其他序列长度变体或者共同子序列的存在的信息,或者关于肽序列的蛋白质来源的信息。因为相同表位的截短变体的出现是II类MHC结合的肽的一般特征,所以数据集中长度变体的存在提供了关于一组光谱中存在表位的额外的强有力证据。
多个数据集的分析中最重要的特征是可能提取序列的满足给定标准的共同子集。这种标准可以基于例如,一组数据集的所有序列中的序列相似性,选择与其他序列具有至少一个子序列的那些序列。不同数据集之间的这种比较构成了差别方法(RA样品对对照样品)并从而优化了对候选RA标记肽的搜索。
通过软件程序计算序列之间的逐对相似性,所述程序是标准字符串比较算法的实现。随后,通过另外开发的软件程序(基于成熟的算法(系统聚类(hierarchical clustering),UPGMA)),将那些得分用于以良好分离的聚类分组密切相关的序列(具有共同子序列的序列)。
然后所产生的聚类(例如,肽截短变体的聚类)用于鉴定不同数据集之间密切相关的序列。
总之,该数据评估软件提供了进行快速和可再现地进行如下内容的能力:
-从SEQUEST产生的数据输出选择满足可靠经验标准的序列。
-将数据储存在适当设计用于将来发现过程的数据库中。
-提取关于每个储存的数据集的序列内容的信息。该信息在评估给定数据集内和随后多个数据集间个体序列的重要性中是有价值的。
-通过多个数据集比较,提供实现所述差别方法-即研究一个样品对其他样品的实际序列内容-的工具。
HLA-DR分子的纯化
通过亲和层析,使用如前描述的抗-DR单克隆抗体L243(Kropshofer H.等人,PNAS 92(1995)8313-8317)从1010个EBV-转化的B细胞系或者T2-转染子纯化HLA-DR分子。
体外肽结合测定
HA(307-319)——PKYVKQNTLKLAT是来自流感病毒血凝素的优势免疫表位,其良好地结合HLA-DR4分子并且用作体外肽结合测定法中的报道肽(Rothbard,J.B.等人,Cell(1988)52:515-523)。
在总体积50μl的结合缓冲液(50nM磷酸钠,50mM柠檬酸钠,pH4.8,0.1% Zwittergent 3-12)中37℃下将经纯化的去污剂溶解的HLA-DR4分子(200nM)与生物素化HA(307-319)肽(200nM)和竞争肽的等级量(100nM-10μM)共同孵育24小时。所述竞争肽来自该研究中鉴定的候选RA抗原并且以合成肽从Medprobe(Lund,瑞典)购买。
然后将3×10μl在含有0.05%Tween-20和1%BSA的PBS中稀释10倍并在微量滴定板(Nalge Nunc)中孵育2小时,其中所述微量滴定板已经用抗-DR单克隆抗体L243过夜包被。之后,通过根据生产商的方案用0.1μg/ml EU-标记的链霉抗生物素蛋白(Wallay Oy,Turku,Finland)孵育45分钟将样品显色。用溶于PBS的0.05%Tween-20充分洗涤后,用时间分辨荧光计(VICTOR 1420,Wallac/Perkin Elmer Life Sciences)测量铕荧光以定量生物素化HA(307-319)肽与HLA-DR4分子的结合(Arndt,S.O.等人,EMBO J.19(2000)1241-1251)。
实施例1
在该实施例中,图1中提到的技术用于鉴定来自非侵蚀性RA患者的血清和滑液的新的HLA-DR-结合的肽标记。
将6×106个未成熟的树突细胞用非侵蚀性RA患者的1ml血清(5个样品)或者0.6ml滑液(2个样品)脉冲并在10ng/ml TNFα存在下培养24小时。作为对照,在TNFα(10ng/ml)存在下不加入血清而是加入1ml PBS下培养6x 106个树突细胞。在额外实验中,用来自两名健康受试者的1ml血清脉冲6x 106个树突细胞并在TNFα(10ng/ml)存在下培养24小时。
用去污剂TX-100裂解树突细胞并用mAb L243分离HLA-DR分子。用0.1%TFA洗脱HLA-DR-结合的肽并通过高通量2D-LC-MS/MS技术分析。通过使用SEQUEST算法实现肽鉴定。将来自SEQUEST分析的肽序列和关于质量准确度、打分参数和肽来源的伴随信息储存在数据库中并进一步处理。
从未脉冲的DC(对照1)和来自用健康受试者的血清的DC(对照2)鉴定的肽序列与从用非侵蚀性RA患者的血清脉冲的DC鉴定的肽序列比较。在RA特异序列中,仅选择在5个非侵蚀性RA样品的至少3个样品中再出现的那些肽用于进一步评估。
在每个血清样品中,鉴定了大概600±150个个体肽序列(交互相关系数CC>3.0并且ACC>0.15)。在滑液样品中,个体肽序列的数目稍小(400+30)。在对照样品中也鉴定了在RA中发现的约80-85%肽,强调了该分析的高度再现性。在多数情况中,可以鉴定相同表位的一些长度变体,其是MHC II类MFC结合的抗原的典型特征并支持所述结果的真实性(Jones,E.Y.,Curr Opin Immunol 9(1997)75-79)。数据质量的进一步置信度依赖于如下事实:在MHC II类分子的背景中已经描述了一些所鉴定的肽或者蛋白质:经常检测到来自遍在蛋白样Hsp70、烯醇化酶、膜联蛋白II、组织蛋白酶C或者胶原II,以及来自MHC分子(HLA-A,-B,-C,-E,-G,和β2-微球蛋白)和CLIP(Chicz,R.M.等人,J Exp Med 178(1993)27-47;Sinigaglia,F.& Hammer,J.,Curr Opin Immunol 6(1994)52-56;Arnold-Schild,D.等人,J Immunol 162(1999)3757-3760;Vogt,A.B.&Kropshofer,H.,Trends Biochem Sci 4(1999)150-154)的表位。
使用TEPITOPE软件(Hammer,J.等人,Adv Immunol 66(1997)67-100)关于对RA易感性等位基因DRB1*0401进一步验证RA-特异肽序列。该软件提供了定性和定量预测T细胞表位的方法。
研究输出由仅在非侵蚀性RA样品中发生的表位(除了一个例外)组成(表1)。
γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶
在来自血清和滑液的7个非侵蚀性RA样品的3个样品中鉴定了一种非常有趣的表位,它来自γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶(GILT):具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的16聚体GILT(192-207)(表1)。三个其他样品中的其他长度变体支持该表位的相关性(表1):14-聚体(mer)GILT(192-205;SEQ ID NO:1)和17-聚体GILT(192-208;SEQ ID NO:2)。
如从最短长度变体GILT(192-205)判断的,该表位关于对RA易感性等位基因DRB1*0401的结合含有适宜的结合基序:196M作为P1锚,199M作为P4锚,201A作为P6锚。根据TEPITOPE打分,该表位具有1%的结合分(阈值),其类似于来自流感血细胞凝集素的表位(307-319)的结合得分,流感血细胞凝集素的表位是强DRB1*0401结合子(表1)(Rothbard,J.B.等人,Cell 52(1988)515-523)。
GILT在抗原呈递细胞,如树突细胞、巨噬细胞和B细胞中组成性表达,并且通过酶促还原二硫键促进含有MHC II类的隔室(MIIC)中内吞抗原的解折叠(Phan,U.T.等人,J Biol Chem 275(2000)25907-25914)。已经关于B细胞报导了GILT对HLA-DR分子的直接结合(Arunachalam,B.等人,J Immunol 160(1998)5797-5806)。发现GILT的相当长的另一表位结合HLA-DR3分子:氨基酸序列SPLQALDFFGNGPPVNYKTGNL的22-聚体GILT(38-59)(Chicz,R.M.等人,J Exp Med 178(1993)27-47)。
除了GILT(192-207),在一些RA样品和对照样品中鉴定了相同蛋白质的另一表位:具有氨基酸序列QPPHEYVPWVTVNGKPLE的GILT(210-227)。该表位伴随着3种其他长度变体:16-聚体GILT(210-225)、17-聚体GILT(210-226)和19-聚体GILT(210-228)。
如通过GILT的名称指出的,通过包括巨噬细胞、内皮细胞和成纤维细胞的多种细胞类型中促炎细胞因子γ-干扰素(IFN-γ)可以诱导GILT表达(Luster,A.D.等人,J Biol Chem 263(1988)12036-12043)。由于已知IFN-γ存在于RA患者的发炎的关节中,所以GILT可以在滑液和血清中过表达,从而可以被DC作为外来抗原摄入。GILT(192-207)可以来自外源GILT。也存在于对照样品中的其他GILT表位可以来自DC表达的内源GILT。备选地,万一GILT加工和DC对GILT来源的表位呈递当与RA-结合的物质接触时被关键性改变,那么GILT(192-207)和GILT(210-227)可以来自内源GILT。
使用合成的GILT(192-205)肽和纯化的HLA-DR4分子,用体外结合测定法进一步分析已经详细描述的γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶的所鉴定的表位GILT(192-205)(图3):与TEPITOPE打分一致,发现该肽以与病毒HA(307-319)肽相当的高亲和性结合HLA-DR4。
整联蛋白β-2
进一步分析揭示在来自血清和滑液的7名非侵蚀性RA样品的2个样品中存在一种表位并且其来自整联蛋白的β亚基(ITB2):具有氨基酸序列NIQPIFAVTSRMVKTYE的17-聚体ITB2(315-331;SEQ.ID NO:58)(表1)。发现了一种长度变体:19聚体ITB2(313-331;SEQ.ID NO:59),支持所鉴定的表位的真实性(表1)。
该肽序列含有中等HLA-DRB1*0401结合基序,316I和319I分别作为P1和P4锚(TEPITOPE结合分:2%)
整联蛋白为细胞表面受体家族,在胚胎发生、伤口愈合、免疫应答和细胞粘附中起重要作用。ITB2是细胞间和血管粘着分子(ICAMs和VCAMs)的异二聚体受体并且仅在白细胞上表达。ICAMs和VCAMs是免疫球蛋白超家族成员,所述超家族在体液和细胞介导的免疫应答中起中心功能。许多细胞因子,如γ-干扰素IL-1和TNFα在像RA的炎性疾病中受到上调,诱导内皮细胞表面上ICAMs的表达。已表明与骨关节炎患者相比,RA患者的滑膜组织中ICAM-1和VCAM-1的表达更高(Furuzawa-Carballeda,J.等人,Scand J Immunol 50(1999)215-222)。
ITB2和其他整联蛋白对ICAMs的结合允许淋巴细胞渗入到它们的靶组织,例如,炎症部位。为了以非粘附的或者循环方式发挥功能,白细胞组成性表达ITB2和其他具有低配体结合能力的整联蛋白。ITB2/ICAM-1相互作用已经成为接近炎症、自身免疫病和癌症的重要的战略靶标(Yusuf-Makagiansar,H.等人,Med Res Rev 22(2002)146-167),因此这些发现强烈支持所鉴定的ITB2表位作为RA的候选标记的真实性。
磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶
在两种非侵蚀性血清样品中鉴定了具有中等HLA-DRB1*0401结合基序的另外一个表位:具有氨基酸序列NKVFGEDSVGVIFKNGD的17-聚体PI3K(792-808;SEQ.ID NO:60),其来自磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)(表1)。在该肽中,794V可以作为疏水P1锚,797E作为带负电的P4锚,799S作为典型的DR4-P6锚(TEPITOPE结合分:3%)。
PI3K在许多细胞类型和磷酸化脂类,主要在磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸中广泛表达。该蛋白质以存活因子受体(包括生长因子、细胞因子和整联蛋白)的关键信号转导物出现(Toker,A.& Cantley,L.,Nature 387(1997)673-676综述)。此外,PI3K在Toll-样受体(TLRs)的信号转导途径中起重要作用,所述Toll-样受体识别多种微生物产物,它们统称为病原体-结合的分子模式(PAMPs)(Fukao,T.& Koyasu,S.,Trends Immunol 24(2003)358-363)。由TLRs通过PAMPs(如脂多糖(LPS)(内毒素))刺激引起产生多种细胞因子,包括IL-12,其是TLR-介导的Th1应答中的关键细胞因子。已表明PI3K是TLR-介导的IL-12产生的内源抑制剂并且限制过量Th1极化。从而,提出PI3K是先天性免疫应答的负调节物用于防止对宿主有害的先天性免疫的长时间激活。RA的自身免疫应答取决于Th1细胞因子这一知识最终将PI3K与RA联系起来。尽管非特异性病原一致地与RA的发展有关,但是认为RA以两个阶段发展,其中外来抗原诱导最初应答,其随后发展成自动维持的自身免疫应答(Klinman,D.,Arthritis Rheum 48(2003)590-593)。
尿激酶型纤溶酶原激活物
仅在非侵蚀性RA样品中发现的另一种表位来自尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA):具有氨基酸序列YPEQLKMTVVKLISHR的16聚体uPA(328-343;SEQ.ID NO:61)(表1)。关于HLA-DRB1*0401结合,该序列揭示中等结合基序:332L、335T和337V分别是推定的P1、P4和P6锚(TEPITOPE结合分:2%)。
纤溶酶原激活物(PA)是高度特异的丝氨酸蛋白酶,其从纤溶酶原产生纤溶酶。在哺乳动物中已经鉴定了两种类型的PA:尿激酶型(uPA)和组织型(tPA)。PA的活性受到天然抑制剂(PAI)的控制。纤溶酶通过诱导细胞因子如TGFβ参与炎症反应,并且参与软骨和血纤蛋白降解。关于类风湿关节内进行的凝固以及uPA合成的增强和关节炎关节中的激活的证据已经导致提出假说:PA/纤溶酶系统与关节的临床严重性有关(Busso,N.&Hamilton,J.A.,Arthritis Rheum 46(2002)2268-2279综述)。基于体外研究,在RA患者的发炎的关节中存在一些细胞类型,尤其单核细胞和滑液成纤维细胞,它们可以表达PA和PAI并且因此可以促进体内水平。PA(即uPA)的活性受到细胞因子,如IL-1和TNFα的刺激,已知所述细胞因子在RA患者的血清以及滑液中受到高度上调。这些证据使得uPA(328-343)是RA的推定的肽标记。
免疫球蛋白重链V-III区(VH26)
所鉴定的关于HLA-DRB1*0401结合表现出非常强的结合基序的表位之一来自免疫球蛋白重链的VH26基因片段:具有氨基酸序列KNTLYLQMNSLRAEDT的16聚体VH26(95-110;SEQ.ID NO:62)(表1)。99Y作为非常强的P1锚、102M作为中等P4锚,104S作为典型的HLA-DR4P6锚证明了高TEPITOPE结合分(1%)。
免疫球蛋白(Ig)负责抗原结合和例如,通过结合同种型特异的Fc受体刺激其他免疫反应。有趣的是,人VH26基因片段似乎编码高亲合力滑膜类风湿性因子并从而似乎对RA发展具有影响(Wong,A.等人,Autoimmunity 20(1995)191-199)。在两名血清阳性RA患者的血清中发现了所鉴定的表位VH26(95-110)这一事实与上面的观察有关。
DJ-1蛋白质
在两个非侵蚀性RA样品中,我们的继续研究揭示存在来自称作DJ-1的蛋白质的表位:具有氨基酸序列NGGHYTYSENRVEKDG的16聚体DJ-1(135-150;SEQ.ID NO:63)。根据TEPITOPE打分,该肽含有相当弱的HLA-DRB1*0401结合基序,其用139Y作为P1锚,142S作为P4锚,144N作为可能的P6锚(结合得分:8%)。
DJ-1属于ThiJ/PfpI蛋白质家族,它们的成员在进化上分布于古细菌(archaea)到真核生物。ThiJ/PfpI蛋白质共有保守的ThiJ结构域,其在结构上与I型谷氨酰胺酰胺转移酶结构域相关(Lee,S.J.等人,J Biol Chem25(2003)印刷前Epub)。
DJ-1优先在睾丸中表达并且在其他组织中适度表达,首先将DJ-1鉴定为癌基因产物的新的候选者,它与ras协同转化小鼠NIH3T3细胞。同时,揭示了DJ-1的额外的生理角色,包括与帕金森病和精子受精的强相关性。DJ-1似乎具有多个功能-这里我们首次指出DJ-1与RA相关。
实施例2
在该实施例中,使用与实施例1中详细描述的相同的技术。诊断为侵蚀性RA的患者的血清(6个样品)和滑液(2个样品)用于该情况中以鉴定对侵蚀性RA特异的候选标记。
将在侵蚀性RA样品中发现的肽序列与未经脉冲的DC(对照1)和用健康受试者的血清脉冲的DC(对照2)中鉴定的序列比较。在RA特异性序列中,在6个侵蚀性RA样品的至少3个样品中再发生的那些肽才被选择用于进一步评估。
在该研究中,除了一个意外,发现了仅在侵蚀性RA样品中发生的一种表位。
载脂蛋白B-100
主要在侵蚀性RA血清(8个侵蚀性RA样品中的4个)中发现的表位来自载脂蛋白B-100:具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的16聚体ApoB(2877-2892)(表2)。此外,鉴定了相同表位的长度变体(表2):17聚体ApoB(2877-2893;SEQ ID NO:5)。可以预测下面的DRB1*0401结合基序:2881L作为P1锚,2884D作为P4锚,2886N作为P6锚(结合分3%)。
在关于EBV-B细胞的较早研究中,已经在HLA-DR4背景中发现了与本文描述的表位部分重叠的表位ApoB(2885-2900)(Chicz,R.M.等人,J Exp Med 178(1993)27-47)。
载脂蛋白B-100是极低密度脂蛋白(VLDL)和低密度脂蛋白(LDL)的成分并且作为识别信号用于细胞结合和通过ApoB/E受体对LDL颗粒的内化(Yang,C.Y.等人,Nature 323(1986)738-742)。有趣的是,在新近诊断的RA患者中观察到LDL胆固醇对HDL胆固醇的增加的比率(Park,Y.B.等人,J Rheumatol 26(1999)1701-1704)。通过用DMARDs而不使用脂类降低剂治疗RA患者可以改善活性RA的不利脂类图谱(Park,Y.B.等人,AmJ Med 113(2002)188-193)。因为详细记载了在患有慢性炎性疾病(如RA)的患者中增加的心血管死亡率(Symmons,D.P.等人,J Rheumatol 25(1998)1072-1077),所以提出RA中的局部炎症导致改变的血脂水平,从而增加动脉粥样硬化的危险。目前还不能回答如下问题:脂蛋白代谢的成分是病理发生的原因或者仅仅受到RA发展期间进行的免疫反应的影响。然而,在RA患者中不利脂类图谱的观察支持所呈递的ApoB表位作为血清来源的RA候选标记的真实性。
在两名健康对照的样品中已经鉴定了长度变体ApoB(2877-2892),但不是ApoB(2877-2893)(表2)。因为载脂蛋白B构成所有血浆蛋白质的1%,所以健康对照样品中ApoB表位的存在并不令人惊奇。所述结果表明仅长度变体ApoB(2877-2893;SEQ ID NO:5)是对侵蚀性RA特异的。
26S蛋白酶体非腺苷三磷酸调节亚基8
在来自血清和滑液的多数侵蚀性RA样品中通常鉴定的一种表位来自26S蛋白酶体的调节亚基8(PSMD8):具有氨基酸序列GPNNYYSFASQQQKP的15-聚体PSMD8(218-232;SEQ.ID NO:64)(表2)。鉴定了三种额外的长度变体:16-聚体PSMD8(218-233;SEQ.ID NO:65)、17-聚体PSMD8(218-234;SEQ.ID NO:66)和18-聚体PSMD8(218-234;SEQ.ID NO:67)(表2)。长度变体的存在证明了所鉴定的表位作为II类MHC衍生的抗原肽的真实性。该肽关于DRB1*0401结合显示出中等结合基序(TEPITOPE结合分:3%)。使用合成的PSMD8(218-233)肽和经纯化的HLA-DR4分子用体外结合测定法证实了对HLA-DR4的结合(图3):根据它针对报道肽HA(308-319)的IC50值,PSMD8(218-233;SEQ.ID NO:65)以中等亲和力结合HLA-DR4,证实了TEPITOPE预测。曾经在未脉冲的对照样品中鉴定了15-聚体PSMD8(218-232;SEQ.ID NO:64)。
所述蛋白酶体占细胞质蛋白质库的约1%并且参与遍在蛋白化蛋白质的ATP依赖性降解。此外,该蛋白酶体负责一些转录因子(即,核因子-κB)的加工,和细胞周期控制和MHC I类限制抗原的产生。该蛋白酶体的调节亚基对于蛋白质降解的选择性是重要的。具体地,已知非腺苷三磷酸酶调节亚基8是细胞分裂控制蛋白28(Cdc28)-酵母细胞中一种基本的细胞周期调节物-的激活所必需的。
重要的是,在从患有不同系统性自身免疫病(包括RA)的患者得到的血清样品中检测到循环蛋白酶体(cProteasomes)的强烈增强的水平(Egerer,K.等人,J Reumatol 29(2002)2045-2052)。在cProteasome水平和疾病活性之间似乎存在紧密的相关性并且讨论在患有严重RA cProteasome的患者中C-反应性蛋白质的浓度引发随后的免疫应答,其将表明抗原驱动的机制。所释放的蛋白酶体抗原的浓度似乎反映了自身免疫病中细胞破坏的幅度。Egerer和同事从他们的发现断定cProteasome将代表自身免疫过程中疾病严重性的新的标记。因为主要在侵蚀性RA样品中鉴定了表位PSMD8(218-232;SEQ.ID NO:64),所以我们的分析支持该结论。
白介素-1受体
侵蚀性RA的另一候选标记是白介素-1受体(IL-1R),其在两个侵蚀性血清样品中通过它的具有氨基酸序列EKLWFVPAKVEDSGHY的肽IL-1R(79-94;SEQ.ID NO:68)鉴定(表2)。IL-1R(79-94;SEQ.ID NO:68)以83F作为P1锚,86A作为P4锚,88V作为P6锚,含有关于对RA易感性等位基因DRB1*0401的结合的强结合基序(TEPITOPE结合分:1%)。在体外结合测定中,证明合成肽以类似于HA(309-319)肽的高亲和力结合HLA-DR4分子(图3)。
白介素-1(IL-1)是促炎细胞因子并且涉及多种感染性免疫应答以及RA和其他炎性疾病中(Dinarello,C.,Blood 87(1996)2095-2147)。它结合其各自受体,所述受体作为信号转导物引发细胞增殖和刺激蛋白质合成。在RA患者中已经观察到增加的IL-1产生并且其在RA的临床表现中起关键作用(Dayer,J.M.,Rheumatology 42(2003)ii3-ii19)。认为IL-1通过巨噬细胞和T-和B-淋巴细胞的激活作为RA中的关键介体。此外,IL-1通过诱导细胞黏着分子、其他细胞因子和趋化因子的表达促进炎症。此外,IL-1通过刺激基质金属蛋白酶的产生在RA中骨和软骨的破坏中也是重要的。从而,IL-1/IL-1R复合体是消炎治疗剂的第一类靶标。已经批准重组人IL-1受体拮抗剂(IL-1RA)用于治疗RA患者。
纤调蛋白
三个侵蚀性RA样品给出来自分泌性基质蛋白质纤调蛋白(FM)的表位:具有氨基酸序列LRELHLDHNQISR的13-聚体FM(178-190;SEQ.IDNO:70)(表2)。此外,鉴定了14-聚体FM(177-190;SEQ.ID NO:69),其也曾经在未脉冲的对照实验中发现。所述表位描绘了强DRB1*0401结合基序,其以181L作为P1锚,以184D作为P4锚,以186N作为P6锚(TEPITOPE结合分:1%)。
纤调蛋白属于小富亮氨酸蛋白聚糖(SLRPs)家族,其结合TGFβ和胶原和其他细胞外基质分子。在体外,证明SLRP调节胶原原纤维生成——发育、组织修复和肿瘤转移中的基本过程。为了更好地理解在体内SLRPs的功能,产生SLRP-缺陷小鼠并且发现它发生多种疾病(例如,骨质疏松和骨关节炎),这些疾病的多数主要来自异常的胶原原纤维生成(Ameye,L.&Young,M.F.,Glycobiology 12(2002)107R-116R)。因为胶原形成和降解在RA患者的发炎关节中高度增强,可以设想纤调蛋白的水平增加。根据该考虑,事实上主要在滑液来源的RA样品中发现所鉴定的FM表位(4个滑液样品中的3个)。
GM-CSF/IL-3/IL-5受体
在来自侵蚀性RA患者的8个样品中的5个样品中,可以鉴定多细胞因子受体CYRB的β链的一个表位:具有氨基酸序列ETMKMRYEHIDHTFE的15-聚体CYRB(359-373;SEQ.ID NO:71)及其长度变体17-聚体CYRB(359-375;SEQ.ID NO:72)(表2)。在体外结合测定法中,表明合成的CYRB(359-375)肽以中等亲和力结合HLA-DR4分于(图3)。这与TEPITOPE一致,TEPITOPE预测关于DRB1*0401结合的中等肽结合基序(TEPITOPE结合分:3%)。该表位显然在RA样品中被过度代表(overrepresented),因为仅在一名健康受试者的血清中鉴定了该表位。
GM-CSF/IL-3/IL-5受体是I型膜蛋白质并且在整个造血系统中差别表达(Geijsen,N.等人,Cytokine Growth Factor Rev 12(2001)19-25综述)。它的配体IL-3和GM-CSF由CD4+T细胞分泌并且是重要的刺激物用于从骨髓中的组细胞形成树突细胞。树突细胞在免疫应答的起始和发展中的关键角色表明它们通过将自身抗原运输到引流淋巴结(在这里DC遇到和引发幼稚T细胞)在自身免疫炎性疾病如RA的发展中起关键作用。GM-CSF的活性与RA中的促炎效果有关,证明所鉴定的受体表位CYRB(359-373;SEQ.ID NO:71)可以作为RA诊断中推定的候选肽标记。
分选连接蛋白3
似乎指示侵蚀性RA的另一表位来自称作分选连接蛋白(sortingnexin)3(SNX3):具有氨基酸序列HMFLQDEIIDKSYTPS的16-聚体SNX3(142-157;SEQ.ID NO:73)(表2)。在该表位中,144F、147D和149I可以分别作为RA易感性等位基因DRB1*0401的肽结合沟中的P1、P4和P6锚(TEPITOPE结合分:2%)。
分选连接蛋白是细胞运输蛋白的不同组,它们具有共同的磷脂结合基序(Worby,C.A.& Dixon,J.E.,Nat Rev Mol Cell Biol 3(2002)919-31综述)。这些蛋白质结合特定磷脂的能力,以及它们形成蛋白质-蛋白质复合体的倾向指出这些蛋白质涉及膜运输和蛋白质分选。分选连接蛋白3具体存在于胞质溶胶和内体中并且似乎涉及从早期内体到回收内体的膜运输。当前还不知道分选连接蛋白3是否例如通过影响抗原呈递途径在RA中起作用。该研究中鉴定的表位SNX3(142-157;SEQ.ID NO:73)表明分选连接蛋白和自身免疫之间存在联系。
实施例3
在实施例1和2从非侵蚀性和侵蚀性RA样品鉴定的所有肽序列都用于该实施例中以搜索两种RA类型相关的共有标记。再次将RA特异序列与对照样品(未脉冲的DC和用两名健康受试者的血清脉冲的DC)的肽序列比较,并且仅选择在总共15个RA样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的至少3个样品中再发生的那些肽用于进一步评估。
间-α-胰蛋白酶抑制剂
11个血清样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)中的10个给出来自间-α-胰蛋白酶抑制剂的重链H4的表位:具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的ITIH4(271-287)(表3)。除了ITIH4表位的主要长度变体外,可以鉴定相同ITIH4表位的6种长度变体(表3):19-聚体ITIH4(271-289;SEQ ID NO:6)、18-聚体ITIH4(271-288;SEQ ID NO:7)、16-聚体ITIH4(274-289;SEQ IDNO:12)、15-聚体ITIH4(273-287;SEQ ID NO:10)、15-聚体(274-288;SEQID NO:11)和14-聚体ITIH4(274-287;SEQ ID NO:9)。
如从最短长度变体ITIH4(274-287)判断的,该表位含有关于对RA易感性等位基因DRB1*0401的结合的非常强的结合基序:277F作为P1锚,280D作为P4锚,282S作为P6锚(结合分:1%)。
ITIH4属于间-α-胰蛋白酶抑制剂(IαI)家族,其是一组血清蛋白酶抑制剂,这些抑制剂结合透明质酸(HA)并且似乎参与急性期反应(Salier,J.P.等人,Biochemical Journal 315(1996)1-9)。
HA是在身体的所有组织,尤其在疏松结缔组织,例如,关节液中发现的多糖(Evered,D.& Whelan,J.编者,The Biology of Hyaluronan,JohnWiley & Sons(1989))。HA在软骨和其他组织中具有重要的结构功能,在软骨和其他组织中,HA通过与蛋白聚糖形成聚集物稳定细胞外基质。HA通过结合细胞表面蛋白质如CD44和ICAM-1调节细胞活性而被分配重要的生物学功能(Knudson,C.B.& Knudson,W.,FASEB J 7(1993)1233-1241;Hall,C.L.等人,J Ceu Biol 126(1994)575-588)。RA伴随着关节液以及血清中总HA的大量增加,表明循环HA来自类风湿性关节(Engstr_m-Laurent,A.等人,Scand J Clin Lab Invest 45(1985)497-504)。
在RA患者的滑液中大量观察到HA和一些IαI家族成员的复合体(Jessen,T.E.等人,Biological Chemistry Hoppe-Seyler 375(1994)521-526)。炎症反应中IαI-HA复合体的角色可能是修饰介导白细胞活化和侵入的CD44-HA反应(Isacke,C.M.& Yarwood,H.,Int J Biochem CellBiol 34(2002)718-721)。此外,RA患者的滑液含有升高水平的TSG-6,其是消炎性糖蛋白并且是HA-结合蛋白质的hyaladherin家族的成员(Wisniewski,H.G.等人,J Immunol 151(1993)6593-6601)。已经表明TSG和IαI家族成员的复合体抑制纤溶酶的活性,纤溶酶是炎症相关酶的激活中的中心分子(Wisniewski,H.G.等人,J Immunol 156(1996)1609-1615)。考虑到发炎关节的滑液中HA、TSG-6和IαI家族成员的高含量,可以证明一些急性期血浆蛋白质,即TSG-6和IαI家族成员对纤溶酶活性的调节在RA中是重要的。
该证据以及相同表位的多种长度变体和强HLA-DR4结合基序的鉴定有利地证明所呈递的ITIH4表位作为血清来源的RA候选标记的真实性。
补体C4
在所测试的11个RA血清(侵蚀性和非侵蚀性)的8个血清中,鉴定了来自补体C4的另一种优势表位:具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的15-聚体C4(1697-1711)(表3)。可以发现该相同表位的5种其他长度变体:12-聚体C4(1697-1708;SEQ ID NO:18)、13-聚体C4(1698-1710;SEQ ID NO:17)、14-聚体C4(1697-1710;SEQ ID NO:15)、16-聚体C4(1697-1712;SEQID NO:14)和18-聚体C4(1697-1714;SEQ ID NO:16)。此外,所呈递的表位显示出非常强的DRB1*0401结合基序:1700Y作为P1锚,1704D作为P2锚,1706N作为P6锚(结合分:1%)。
构成血浆蛋白质质量约0.5%的C4在补体系统的中心途径的引发中起关键作用。该蛋白质以单链前体合成,分泌前经酶促切割形成不同的α-、β-,和γ-链的三聚体。所鉴定的表位C4(1697-1711)位于C4γ-链的最C-末端。C4α-链经活化的C1进一步蛋白水解降解形成C4a过敏毒素,其是局部炎症过程的介体(Moon,K.E.等人,J Biol Chem 256(1981)8685-8692)。
通常,补体级联涉及炎症反应的诱导和发展并且是针对多种致病体的主要防御系统,所述致病体包括细菌、病毒和其他抗原(Morgan,B.P.,Methods Mol Biol 150(2000)1-13)。然而,不适宜的活化可以导致组织损伤和疾病的表现(Speth,C.等人,Wien Klin Wochenschr 111(1999)378-391)。
研究表明在RA患者的血浆、滑液和滑膜组织中补体代谢产物(包括C4和C4a)的水平增加(Neumann,E.等人,Arthritis Rheum 46(2002)934-945),根据这些研究反复表明补体系统的活化与RA的病理发生有关。此外,小鼠中胶原诱导的关节炎(CIA)的特征是存在补体活化产物(Linton,S.M.& Morgan,B.P.,Mol Immunol 36(1999)905-914)。用抗-C5单克隆抗体(Wang,Y.等人,PNAS 92(1995)8955-8959)或者用通过基因治疗的递送的可溶性CR1-补体系统抑制剂治疗后CIA受到防止(Dreja,H.等人,Arthritis Rheum 43(2000)1698-1709)。关节中补体因子的激活可能通过多种免疫复合体的存在诱导并且假定感染物和细胞因子对先天性免疫系统的刺激可能促进RA的启动(Friese,M.A.等人,Clin Exp Immunol 121(2000)406-414)。
在健康对照样品中也鉴定了6种呈递的C4表位的2种:15聚体和18聚体(表3),表明该C4表位的仅一些长度变体,即SEQ ID NOs:14、15、17和18的抗原肽是RA特异的。
补体C3
在侵蚀性和非侵蚀性RA样品中发现了来自补体C3(α链)的另一种表位:具有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的14-聚体C3(1431-1444)(表3)。在血清中鉴定了相同表位的6种额外的长度变体(表3):13-聚体C3(1431-1443;SEQ ID NO:23)、14-聚体C3(1429-1442;SEQ ID NO:74)、15-聚体C3(1431-1445;SEQ ID NO:22)、15-聚体C3(1429-1443;SEQ ID NO:20)、17-聚体C3(1427-1443;SEQ ID NO:75)和19-聚体C3(1426-1444;SEQ ID NO:19)。如从最短长度变体C3(1431-1443)判断的,可以推测DRB1*0401结合基序:1434Y作为P1锚,1437D作为P4锚,1439A作为P6锚。
在侵蚀性和非侵蚀性RA样品中,发现了来自补体C3(β-链)的另一种表位:具有SEQ.ID NO:76的氨基酸序列的19聚体C3(157-175)(表3)。在血清中鉴定了相同表位的另一额外的长度变体(表3):20-聚体C3(157-176;SEQ.ID NO:77)。
构成约1-2%血浆蛋白质质量的补体C3在补体系统的激活中起关键作用并且属于急性期蛋白质家族。它由C3转化酶加工成C3a过敏毒素和C3b是经典补体途径和补体旁路中的中心步骤(Barrington,R.等人,ImmunolRev 180(2001)5-15)。激活后,C3b可以通过活性硫酯共价结合细胞表面糖类或者免疫聚集物(Isaac,L.& Isenman,D.E.,J Biol Chem 267(1992)10062-10069)。所鉴定的表位C3(1431-1444)位于C3b的C-末端。
如已经在补体表位C4(1697-1711)的上下文讨论的,越来越多的证据表明补体级联的成分在RA的病理生理中的重要作用。该研究在RA患者的血清中鉴定了来自补体C3和C4的两种主要表位,该研究结果强调了激活的补体系统和RA病理发生之间的密切联系。该巧合引起了关于所呈递的C3/C4表位作为血清来源的候选RA标记的真实性的激烈争论。
结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3
十分经常在RA患者的血清(11个侵蚀性和非侵蚀性RA样品中的6个)中阐明的另一种表位来自结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3(SH3BGRL3):具有SEQ ID NO:25的氨基酸序列的SH3BGRL3(15-26)(表3)。鉴定了相同表位的三种长度变体(表3):14-聚体SH3BGRL3(13-26;SEQ ID NO:26)、14-聚体SH3BGRL3(15-28;SEQ ID NO:27)和16-聚体SH3BGRL3(13-28;SEQ ID NO:24)。DRB1*0401结合基序为:17I作为P1锚,20Q作为P4锚,22S作为P6锚(结合分4%)。
SH3BGRL3是属于SH3BGR家族的小10kD蛋白质。该蛋白质的确切功能还未知,但是推测它作为谷氧还蛋白生物活性的调节剂(Mazzocco,M.等人,Biochem Biophys Res Commun 285(2001)540-545)。迄今为止,还未在RA背景中描述SH3BGRL3。
有趣的是,该分析阐明了相同蛋白质的另一表位,其在所有RA和对照样品中丰度很高,该表位为具有氨基酸序列DGKRIQYQLVDISQDN的16-聚体SH3BGRL3(29-44)。此外,在多数样品中也发现该相同表位的多种长度变体。如从最短长度变体SH3BGRL3(31-42)判断的,该表位含有与SH3BGRL3(15-26)相比几乎相似的DRB1*0401锚残基:33I作为P1锚,36Q作为P4锚,38V作为P6锚(结合分-2)。该相似性通过相当的结合分反映。
该第二SH3BGRL3表位的存在支持了SH3BGRL3(15-26)表位的真实性,因为两种肽都来自同一蛋白质,然而,它们中的仅一种——表位SH3BGRL3(15-26)似乎以RA特异方式产生。在实施例1中已经对GILT描述了相似的观察。
在健康对照样品中也鉴定了四种SH3BGRL3长度变体中最长的变体SH3BGRL3(13-28)。然而,该特定长度变体仅发现一次,表明RA背景中SH3BGRL3表位的显著富集。
白介素-4(IL-4)诱导的蛋白质1
在所有研究的滑液(侵蚀性和非侵蚀性RA)中和11个血清(侵蚀性和非侵蚀性RA)中的8个血清中,鉴定了来自IL-4诱导的蛋白质1(Fig1)的人同源物的一种高度优势表位:具有SEQ ID NO:28的氨基酸序列的Fig1(293-309)(表3)。一些样品中额外长度变体(表3):16-聚体Fig1(293-308;SEQ ID NO:30)和19-聚体Fig1(293-311;SEQ ID NO:29)的存在进一步证明了该表位的真实性。此外。所述氨基酸序列显示出典型的DRB1*0401结合基序:299V作为P1锚,302E作为P4锚,304S作为P6锚(结合分1%)。
在一个未脉冲的样品以及一个健康对照样品中鉴定了相同表位的两种长度变体Fig1(293-308)和Fig1(293-309)。然而,在所测试的几乎所有RA样品但是不在所有对照样品中Fig1表位的存在强烈表明RA背景中的富集。
在IL-4刺激的B细胞培养物中首次鉴定了人fig1基因(Chu,C.C.&Paul,W.E.,PNAS 94(1997)2507-2512)。人fig1位于染色体19q13.3-19q13.4上,染色体19q13.3-19q13.4是以前经鉴定涉及对自身免疫病(包括SLE、关节炎、多发性硬化和依赖胰岛素的糖尿病)的易感性的区域(Becker K.G.等人,PNAS 95(1998)9979-9984)。因为fig1的表达很大程度上局限于免疫组织并且它的调节取决于IL-4——免疫应答中的一种关键调节调节剂,所以fig1是自身免疫疾病易感性的吸引人的候选基因(Chavan,S.S.等人,Biochim Biophys Acta 1576(2002)70-80)。Fig1表位的HLA-DR4-受限的呈递首次表明Fig1蛋白质在RA的疾病发展中产生并且可能涉及RA的疾病发展。直到现在才知道Fig1多肽是RA的标记并且认为它是RA的重要候选标记。
血红素结合蛋白
在血清样品(11个样品中的10个)和滑液样品(4个样品中的2个)(侵蚀性和非侵蚀性RA)中经常鉴定的另一种RA候选标记来自血红素结合蛋白(HPX):具有SEQ ID NO:32的氨基酸序列的HPX(351-367)(表3)。发现了一些长度变体,其支持该表位的真实性(表3),所述长度变体为:13-聚体HPX(351-363;SEQ ID NO:33)、14-聚体HPX(350-363;SEQ ID NO:34)、15-聚体HPX(351-365;SEQ ID NO:35)、18-聚体HPX(351-368;SEQID NO:31)和18-聚体HPX(350-367;SEQ ID NO:78)。此外,该表位含有非常强的DRB1*0401结合基序:355I作为P1锚,358D作为P4锚,360V作为P6锚(结合分:1%)。
在健康对照样品中也可以鉴定相同表位的两种长度变体HPX(351-367;SEQ ID NO:32)和HPX(351-365;SEQ ID NO:35)(表3),表明仅一些长度变体,即SEQ ID NOs.31、33、34和78的抗原肽是RA特异的。
HPX是对血红素具有高结合亲和力的60kD血浆糖蛋白(Müller-Eberhard,U.,Methods Enzymol 163(1988)536-565)。它主要在肝脏中表达,并且属于急性期蛋白,它的合成在炎性条件下诱导。RA是慢性炎性自身免疫病,已经报导一些急性期蛋白质(包括C-反应性蛋白和血清淀粉样蛋白A)的升高的水平(Nakamura,R.,J Clin Lab Anal 14(2000)305-313)。HPX对细胞因子IL-1和IL-6响应,IL-1和IL-6在RA患者中受到上调(Feldmann,M.& Maini,R.N.,Rheumatology 38,Suppl 2(1999)3-7)。
HPX是血浆中血红素运输的主要载体,它的主要角色是防止血红素介导的氧化应激和血红素结合的铁的损失(Tolosano,E.& Altruda,F.,DNACell Biol 21(2002)297-306)。它可以通过诱导细胞内抗氧化剂如血红素加氧酶、金属硫蛋白和铁蛋白的表达保护细胞免于氧化应激。金属硫蛋白是尤其在滑膜成纤维细胞中表达的胞质溶胶蛋白质(Backman,J.T.等人,Virchows Arch 433(1998)153-160)。有重要的实验证据证明在RA患者的滑膜组织中存在氧化应激(Schett,G.等人,Arthritis Res 3(2000)80-86中综述)。此外,报导HPX促进人T淋巴细胞的增殖(Smith,A.等人,Exp CellRes 232(1997)246-254)。这些研究使得可能HPX属于RA患者的血清和滑液中受到上调的蛋白质,从而提供了HPX(351-367)作为RA特异候选标记的关联性的理论。
Hsc70-相互作用蛋白质
主要在血清样品(11个侵蚀性和非侵蚀性RA样品中的4个)中鉴定并且也与应激应答有关的一种表位来自Hsc70-相互作用蛋白质Hip:具有SEQ ID NO:38的氨基酸序列的Hip(83-98)(表3)。鉴定了该表位的两种长度变体(表3):18-聚体Hip(83-100;SEQ ID NO:36)和15-聚体Hip(84-98;SEQ ID NO:39)。在一个侵蚀性滑膜样品中发现了额外的长度变体(表3):15-聚体Hip(85-99;SEQ ID NO:37)。如从最短长度变体Hip(84-98)所判断的,可以推测得到8%的中等得分的DRB1*0401结合基序:89I作为P1锚,92D作为P4锚,94D作为P6锚。
在真核细胞的胞质溶胶中,Hip和Hop蛋白质与Hsc70结合以便参与Hsc70分子伴侣活性的调节(Frydman,J.& H_hfeld,J.,Trends BiochemSci 22(1997)87-92)。42kD Hip蛋白质结合Hsc70的腺苷三磷酸酶结构域。推测Hip可能增加分子伴侣-底物复合体的半寿期,从而提供了Hsc70与下游分子伴侣系统的有效协同的分子基础。已经表明Hsc70和Hsp90在体外蛋白质折叠期间协同(Jakob,U.& Buchner,J.,Trends Biochem Sci 19(1994)205-211;Freeman,B.C.& Morimoto,R.I.,EMBO J 15(1996)2969-2979)并且在热变性中起作用(Schneider,C.等人,PNAS 93(1996)14536-14541)。RA患者的滑膜组织中,Hsc70和Hsp90与应激-适应的结合最终将Hip与应激应答(包括热休克蛋白的诱导)联系起来(Schett,G.等人,Arthritis Res 3(2001)80-86中综述)。
ITIH4、C4、C3、SH3BGRL3、Fig1、HPX和Hip的结合性质
为了进一步研究ITIH4、C4、C3、SH3BGRL3、Fig1、HPX和Hip的上述抗原肽对HLA-DR4分子的结合性质,进行体外结合测定法(图3):根据它们对于报道肽HA(309-317)的IC50值,合成肽ITIH4(274-287)、SH3BGRL3(13-26)和Fig1(293-309)以高亲和性结合HLA-DR4(图3)。对合成肽C4(1696-1709)和HPX(351-365)测量到对HLA-DR4的中等结合。合成肽C3(1431-1444)仅微弱结合HLA-DR4,与TEPITOPE打分(9%)相一致。对Hip(84-98)肽没有测量到结合(数据未显示)。
不变链(Ii)
在看起来指示侵蚀性和非侵蚀性RA的候选标记肽中是来自HLA-DR-结合的不变链(Ii)的表位:具有氨基酸序列ATPLLMQALPMGALP的15-聚体Ii(110-124;SEQ.ID NO:83)(表3)。此外,鉴定了四种长度变体:16-聚体Ii(109-124;SEQ.ID NO:81)、17-聚体Ii(109-125;SEQ.ID NO:80)、18-聚体Ii(109-126;SEQ.ID NO:79)和21-聚体Ii(109-129;SEQ.ID NO:82)(表3)。长度变体的存在支持所鉴定的肽序列,该序列表现出中等DRB1*0401结合基序(TEPITOPE结合分:5%),其以114L作为P1锚,117A作为P4锚,119P作为P6锚。在两个侵蚀性和三个非侵蚀性RA样品中鉴定了该表位。在一个未脉冲的样品和两个健康受试者样品中发现了两种Ii长度变体。
MHC II类分子的肽负荷受到II类途径中的两种辅助分子:不变链Ii和HLA-DM的调节(Bakke,O.& Nordeng T.W.,Immunol Rev 172(1999)171-187和Kropshofer,H.等人,Immunol Today 18(1997)77-82综述)。Ii三聚体结合粗糙内质网(ER)中的新生MHC II类分子并阻断肽结合沟,稳定该II类分子并防止ER中可用的配体的结合。II类/Ii复合体通过高尔基体转运到内体,在内体中Ii被降解成嵌套组的II类结合的Ii肽(CLIP)。CLIP的释放使得内体肽结合MHC II类分子并被呈递到细胞表面的T细胞受体。所鉴定的表位Ii(110-124)与CLIP的C-末端部分重叠。有趣的是,描述了CLIP与RA-结合的HLA-DR等位基因的减小的相互作用(Patil,N.S.等人,J Immunol 167(2001)7157-7168),表明减小的相互作用可以促进RA中自身免疫的病理生理。
视黄酸受体应答蛋白2
在11个血清样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的4个样品中鉴定了来自视黄酸受体应答蛋白2(RARRES2)的表位:具有氨基酸序列HPPVQWAFQETSVESAVDTPFP的22-聚体RARRES2(40-61;SEQ.IDNO:86)(表3)。在该表位的C-末端部分,可以鉴定两种长度变体:23-聚体RARRES2(40-62;SEQ.ID NO:84)和24-聚体RARRES2(40-63;SEQ.IDNO:85)(表3)。该表位以45W作为P1锚,以48Q作为P4锚,以50T作为P6锚,在DRB1*0401背景中显示出中等结合基序(TEPITOPE结合分:3%)。
RARRES2是小的18.6kD蛋白质并且主要在内皮和表皮中表达。该表达似乎是激素依赖性的并且鉴定了对皮肤中视黄酸和脊髓来源的基质细胞中某些促骨激素的应答(Nagpal,S.等人,J Invest Dermatol 109(1997)91-95和Adams,A.E.等人,J Cell Biochem 74(1999)587-595)。RARRES2的功能大部分未知并且可以想象例如通过受损的破骨细胞发生与RA相关联。
纤连蛋白
仅在4个滑膜样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的3个样品中发现的另一种HLA-DR4结合的肽来自纤连蛋白(Fn),其是血浆和细胞外基质中的主要糖蛋白,所述肽是:具有氨基酸序列IYLYTLNDNARSSPV的15-聚体Fn(1881-1895;SEQ.ID NO:90)(表3)。该表位似乎是极好的DRB1*0401结合物,它以1885Y作为疏水性P1锚,以1888N作为P4锚,以1890N作为P6锚(TEPITOPE结合分:1%)。此外鉴定了四种长度变体:16-聚体Fn(1881-1896;SEQ.ID NO:91)、16-聚体Fn(1880-1895;SEQ.ID NO:88)、17-聚体Fn(1881-1897;SEQ.ID NO:89)和17-聚体Fn(1880-1896;SEQ.ID NO:87),强烈支持所鉴定的Fn表位的真实性(表3)。
纤连蛋白在细胞粘附、细胞运动和调理作用中起重要作用。它结合胶原和血纤蛋白并且介导成纤维细胞对胶原纤维的粘附。纤连蛋白在RA和骨关节炎患者的滑膜被覆层中强烈表达并且与患病关节的超常增生相关。仅在滑膜来源的样品中表位Fn(1881-1895)的鉴定与这些发现符合并且指出高度丰富的纤连蛋白在自身免疫中的推定的角色。
组织蛋白酶B
15个RA样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)中的3个样品给出来自组织蛋白酶B(CatB)的表位:具有氨基酸序列YNSYSVSNSEKDIMA的15-聚体CatB(227-241;SEQ.ID NO:92)(表3)。该肽显示出中等DRB1*0401结合基序,以230Y作为疏水P1锚,以233位和235位的丝氨酸残基作为推定的P4和P6锚(TEPITOPE结合分:6%)。
组织蛋白酶B是硫醇肽酶并且认为它参与蛋白质(例如胶原)的细胞内降解和更新。它位于包括白细胞的不同细胞类型的溶酶体中。在炎症和疾病背景中,表明组织蛋白酶B促进骨关节炎中软骨破坏和RA和癌症中病理性蛋白酶解(Cunnane,G.等人,Arthritis Rheum 44(2001)1744-1753)。组织蛋白酶B和其他溶酶体肽酶的酶活性与RA发展相关,这支持表位CatB(227-241)作为推定的RA标记肽的真实性(Sohar,N.等人,Biol Chem383(2002)865-869)。
三肽基-肽酶II
在15个RA样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的3个样品中发现的另一种肽酶来源的表位来自三肽基-肽酶II(TPP2):具有氨基酸序列AGSLTLSKTELGKKA的15-聚体TPP2(970-984;SEQ.ID NO:93)(表3)。此外,鉴定了长度变体TPP2(970-985;SEQ.ID NO:94)。该肽酶表位含有典型的DRB1*0401结合基序,以973L、976S和978T分别作为P1、P4和P6锚(TEPITOPE结合分:3%)。
类似于组织蛋白酶B,三肽基-肽酶II涉及溶酶体蛋白质降解。RA背景中表位TPP2(970-984)的鉴定首次表明TPP2可能参与炎症和RA背景中受损蛋白质降解。
Legumain
Legumain(LGMN)完成了在本研究中发现的三种肽酶集合。所鉴定的具有氨基酸序列VPKDYTGEDVTPQN(表3)的表位LGMN(99-112;SEQ.ID NO:95)显示出关于HLA等位基因DRB1*0401的典型结合基序,其中103Y可以作为P1锚,106E作为P4锚,108V作为P6锚(TEPITOPE结合分:1%)。
Legumain在抗原呈递细胞如树突细胞的内体和溶酶体级分中发生(Schwarz,G.等人,Biol Chem 383(2002)1813-1816)。它对天冬酰胺酰基键的水解具有严格专一性并且经证明在用于MHC II类呈递的细菌抗原的加工中起重要作用(Manoury,B.等人,Nature 396(1998)695-699)。Legumain是否参与自身免疫病(如RA)还未知,但是在该研究中鉴定了三种溶酶体肽酶以及GILT和26S蛋白酶体这一事实表明方便抗原加工的蛋白质降解机器可能在RA背景中受到显著改变。
血小板激活因子受体
在11个血清RA样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的3个样品中鉴定了来自血小板激活因子受体(PAFR)的表位:具有氨基酸序列DSKFHQAINDAHQ的13-聚体PAFR(264-276;SEQ.ID NO:96)(表3)。根据TEPITOPE打分(3%),该表位含有中等DRB1*0401结合基序,以267F作为P1锚,以270A作为P4锚,以272N作为P6锚(表3)。
血小板激活因子(PAF)是促炎脂类介体,其结合多种细胞类型的表面上G-蛋白偶联的7次跨膜受体。通过受体结合,PAF转导多效性功能,其包括细胞运动、平滑肌收缩、和细胞因子的合成和释放(Honda,Z.等人,JBiochem 131(2002)773-779综述)。药理学研究和PAFR(-/-)小鼠的建立已经表明PAF在包括变态反应、炎症、中和功能、生殖和动脉粥样硬化的多种环境下发挥功能。有趣的是,在RA患者的滑液中发现PAF水平升高并且表明它诱导经常在类风湿性滑膜炎中观察到的新血管生成(Lupia,E.等人,Eur J Immunol 26(1996)1690-1694)。该类型的证据进一步证实表位PAFR(264-276)为RA相关的标记肽。
聚-α-2,8-唾液酸转移酶
在11个血清样品(侵蚀性和非侵蚀性RA)的3个样品中发现的另一种表位来自聚唾液酸转移酶(PST),该表位为:15-聚体PST(333-347;SEQ.IDNO:97)——MPLEFKTLNVLHNRG(表3),它对于DRB1*0401结合显示出中等结合基序(TEPITOPE打分:2%)。337F可以作为P1锚,340L作为P4锚,342V作为P6锚。
聚唾液酸是由α-2,8-连接的唾液酸残基的线性均聚物组成的糖。该聚糖主要连接到神经细胞黏着分子(N-CAM)并且通过调节N-CAM的黏着性质参与神经细胞的许多形态发生过程中。膜蛋白质聚唾液酸转移酶催化唾液酸残基的缩聚并且在胎儿脑、肺和肾中,和成年人心脏、脾脏和胸腺中高水平表达,在外周血白细胞中表达程度较低(Nakayama,J.等人,ProcNatl Acad Sci 92(1995)7031-7035)。在患有转移性肿瘤的患者的血清中观察到升高的PST水平并且增加的酶活性也与类风湿性关节炎有关(Berge,P.G.等人,Klin Wochenschr 60(1982)445-449)。在一些RA样品中表位PST(333-347)的鉴定与这些观察一致并且支持RA中PST的推定角色。
Ras相关蛋白质Rab-11B
在RA样品的该分析中给出的最后一种表位来自Ras-相关蛋白质Rab-11B,该表位为:具有氨基酸序列RSIQVDGKTIKAQ的13-聚体Rab-11B(51-63;SEQ.ID NO:102)(表3,通过使用TEPITOPE软件(Hammer,J.等人,Adv Immunol 66(1997)67-100)关于对RA易感性等位基因DRB1*0301的结合证实了该表位序列)。该表位和四种另外的长度变体14-聚体Rab-11B(50-63;SEQ.ID NO:100)、15-聚体Rab-11B(49-63;SEQ.ID NO:98)、17-聚体Rab-11B(49-65;SEQ.ID NO:101)和18-聚体Rab-11B(49-66;SEQ.ID NO:99)在三种侵蚀性和两种非侵蚀性RA样品中发现(表3)。在12个对照样品的1个样品中鉴定了15-聚体Rab-11B(49-63)。
Rab蛋白质是小GTP酶,其在沿着细胞内和细胞外途径的膜运输中起重要作用。设想Rab-11B对于内化的转铁蛋白从回收隔室向质膜的运输是必需的。在大鼠破骨细胞中鉴定了其他Rab-11B并且它可能在骨再吸收中其额外的作用。表位Rab-11B(51-63)首次指出Rab-11B在RA发展中的角色。
表1:来自多数非侵蚀性RA患者的血浆和滑液的HLA-DR结合的肽抗原
SEQ.ID.NO. | RA-类型a | RFb(IU/ml) | 样品c | 单元型d | 长度 | 序列e | DRB1*0401-结合分f | 蛋白质来源g |
12323358 | NNNNNEN | -6.86.89.19.120.79.1 | SSSSynSynSSyn | 1334434 | 14171617161617 | GDRGMQLMHANAQRGDRGMQLMHANAQRTDAGDRGMQLMHANAQRTDGDRGMQLMHANAQRTDAGDRGMQLMHANAQRTDGDRGMQLMHANAQRTDNIQPIFAVTSRMVKTYE | 1%2% | γ-干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶(192-205)整联蛋白β-2(315-331) |
5859606061616262 | NNNNNNNN | 9.19.1153889.19.115388 | SSSSSSynSS | 44554455 | 1719171716161616 | NIQPIFAVTSRMVKTYEENNIQPIFAVTSRMVKTYENKVFGEDSVGVIFKNGDNKVFGEDSVGVIFKNGDYPEQLKMTVVKLISHRYPEQLKMTVVKLISHRKNTLYLQMNSLRAEDTKNTLYLQMNSLRAEDT | 3%2%1% | 磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶(792-808)尿激酶-型纤溶酶原激活物(328-343)免疫球蛋白重链V-III区(VH26)(95-110) |
6363 | NN | 15388 | SS | 55 | 1616 | NGGHYTYSENRVEKDGNGGHYTYSENRVEKDG | 8% | DJ-1蛋白质(135-150) |
强HLA-DRB1*0401结合物中等HLA-DRB1*0401结合物弱HLA-DRB1*0401结合物 | PKYVKQNTLKLATh(i)KHKVYACEVTHQGLSh(ii)KTIAYDEEARRh(iii) | 1%2%>10% | 流感血细胞凝集素(307-319)免疫球蛋白κ(188-202)M.tuberculosis Hsp65(3-13) |
a基于临床诊断的患者的RA-类型:持久性侵蚀性(E)或持久性非侵蚀性(N)RA
b类风湿因子
c样品描述:用血清(S)或者滑液(Syn)脉冲的树突细胞
d血沉棕黄层的单元型:(1)HLA-DRB1*0401,*03011;(2)HLA-DRB1*0401,*0304;(3)HLA-DRB1*0401,*1301;(4)HLA-DRB1*0401,*0701;(5)HLA-DRB1*0401,*0407,*0401,*1301;(4)HLA-DRB1*0401,*0701
e单字母表示的RA来源肽的序列。对HLA-DRB1*0401结合基序加灰色框。
f基于TEPITOPE程序(Hammer,J.等人,Adv Immunol 66(1997)67-100)的HLA-DRB1*0401等位基因背景中表位的得分。
g根据Swiss-Prot/TrEMBL数据库的蛋白质名称。括号中的数字代表各自表位的最短长度变体。
h(i)Rothbard,J.B.等人,Cell 52(1988)515-523.h(ii)Chicz,R.M.等人,J Exp Med 178(1993)27-47.h(iii)vanSchooten,W.C.等人,Eur J Immunol 19(1989)2075-2079。
表2:来自多数侵蚀性RA患者的血清和滑液的HLA-DR结合的肽抗原
SEQ.ID.NO. | RA-型a | RFb(IU/ml) | 样品c | 单元型d | 长度 | 序列e | DRB1*0401-结合分f | 蛋白质来源g |
4444546464 | EEEEENEE | -+13420.720.7-1340 | SSSSSSSS | 12333135 | 1616161617161515 | INNQLTLDSNTKYFHK**INNQLTLDSNTKYFHK**INNQLTLDSNTKYFHK**INNQLTLDSNTKYFHK**INNQLTLDSNTKYFHKLINNQLTLDSNTKYFHK**GPNNYYSFASQQQKPGPNNYYSFASQQQKP | 3%3% | 载脂蛋白B-100(2877-2892)26S蛋白酶体非腺苷三磷酸酶调节亚基8(218-232) |
64656666676868697069 | EEENNEEEEE | 4011341346.86.80401-20.720.7 | SSynSynSynSynSSSSynSyn | 5333355133 | 15161717181616141314 | GPNNYYSFASQQQKPGPNNYYSFASQQQKPEGPNNYYSFASQQQKPEDGPNNYYSFASQQQKPEDGPNNYYSFASQQQKPEDTEKLWFVPAKVEDSGHYEKLWFVPAKVEDSGHYSLRELHLDHNQISRLRELHLDHNQISRSLRELHLDHNQISR | 1%1% | 白介素-1受体(79-94)纤调蛋白(178-190) |
70697071717172727171 | ENNEEEEENN | 1346.86.813420.704011346.86.8 | SynSynSynSSSSSynSSyn | 3333355333 | 13141315151517171515 | LRELHLDHNQISRSLRELHLDHNQISRLRELHLDHNQISRETMKMRYEHIDHTFE*ETMKMRYEHIDHTFE*ETMKMRYEHIDHTFE*ETMKMRYEHIDHTFEIQETMKMRYEHIDHTFEIQETMKMRYEHIDHTFE*ETMKMRYEHIDHTFE* | 3% | GM-CSF/IL-3/IL-5受体(359-373) |
7373 | EE | 0401 | SS | 55 | 1616 | HMFLQDEIIDKSYTPSHMFLQDEIIDKSYTPS | 2% | 分选连接蛋白3(142-157) |
a基于临床诊断的患者的RA-类型:持久性侵蚀性(E)或持久性非侵蚀性(N)RA
b类风湿因子
c样品描述:用血清(S)或者滑液(Syn)脉冲的树突细胞
d血沉棕黄层的单元型:(1)HLA-DRB1*0401,*03011;(2)HLA-DRB1*0401,*0304;(3)HLA-DRB1*0401,*1301;(4)HLA-DRB1*0401,*0701;(5)HLA-DRB1*0401,*0407
e单字母表示的RA来源肽的序列。对HLA-DRB1*0401结合基序加灰色框。
f基于TEPITOPE程序(Hammer,J.等人,Adv Immunol 66(1997)67-100)的HLA-DRB1*0401等位基因背景中表位的得分。
g根据Swiss-Prot/TrEMBL数据库的蛋白质名称。括号中的数字代表各自表位的最短长度变体。
*在1名健康对照样品中也鉴定的各自表位的长度变体。
**在2名健康对照样品中也鉴定的各自表位的长度变体。
表3:来自侵蚀和非侵蚀性RA患者的血清或滑液的HLA-DR结合的肽抗原
SEQ.IDNo. | RA-型a | RFb(IU/ml) | 样品c | 单元型d | 长度 | 序列e | DRB1*0401-结合分f | 蛋白质来源g |
67889810811678812 | EEEEEEEEENNNNN | -++13413413413420.720.7-6.86.86.86.8 | SSSSSSSSSSSSSS | 33333221133333 | 1918171714171517151918171716 | MPKNVVFVIDKSGSMSGRKMPKNVVFVIDKSGSMSGRMPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSG*NVVFVIDKSGSMSGMPKNVVFVIDKSGSMSG*KNVVFVIDKSGSMSGMPKNVVFVIDKSGSMSG*NVVFVIDKSGSMSGRMPKNVVFVIDKSGSMSGRKMPKNVVFVIDKSGSMSGRMPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSG*NVVFVIDKSGSMSGRK | 1% | 间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4(274-287) |
8881087871314151316171318141318 | NNNEEEEENNNNNNNNEEE | 6.815388000401401---6.89.19.19.19.1--- | SSSSSSSSSSSSSSSSSSS | 1555555511134444111 | 17171715171817181516141518131512161512 | MPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSG*KNVVFVIDKSGSMSGMPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSGRMPKNVVFVIDKSGSMSG*MPKNVVFVIDKSGSMSGRGHPQYLLDSNSWIEE**GHPQYLLDSNSWIEEMGHPQYLLDSNSWIEGHPQYLLDSNSWIEE**GHPQYLLDSNSWIEEMPS*HPQYLLDSNSWIEGHPQYLLDSNSWIEE**GHPQYLLDSNSWGHPQYLLDSNSWIEEMGHPQYLLDSNSNSWIEE**GHPQYLLDSNSW | 1% | 补体C4(1697-1708) |
131315161316131920212223217475 | EEEEEEENNNNNENE | +13413413420.720.709.1----+880 | SSSSSSSSSSSSSSS | 233333541111255 | 151514181518151915141513141714 | GHPQYLLDSNSWIEE**GHPQYLLDSNSWIEE**GHPQYLLDSNSWIEGHPQYLLDSNSWIEEMPS*GHPQYLLDSNSWIEEGHPQYLLDSNSWIEEMPS*GHPQYLLDSNSWIEE**GVDRYISKYELDKAFSDRNRYISKYELDKAFSDRISKYELDKAFSDRNISKYELDKAFSDRNTISKYELDKAFSDRISKYELDKAFSDRNVDRYISKYELDKAFSDRRYISKYELDKAFSD* | 9% | 补体C3(α-链)(1431-1443) |
7676767776772425262427262525 | NNEEEENNNNNEEE | 15388004014016.8------134 | SSSSSSSSSSSSSS | 55555531111113 | 1919192019201612141614141212 | LPVGRTVMVNIENPEGIPVLPVGRTVMVNIENPEGIPVLPVGRTVMVNIENPEGIPVLPVGRTVMVNIENPEGIPVKLPVGRTVMVNIENPEGIPVLPVGRTVMVNIENPEGIPVKGSREIKSQQSEVTRIL*REIKSQQSEVTRGSREIKSQQSEVTRGSREIKSQQSEVTRIL*REIKSQQSEVTRILGSREIKSQQSEVTRREIKSQQSEVTRREIKSQQSEVTR | 3%4% | 补体C3(β-链)(157-175)结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3(15-26) |
252426252829292828283030282830282828 | EEEEEEEEEEEENNNNNN | 20.720.740140120.720.7134-+13413420.76.89.19.1-9.16.8 | SSSSSynSynSynSSSSSSSSSSynSyn | 335533312333344143 | 121614121719191717171616171716171717 | REIKSQQSEVTRGSREIKSQQSEVTRIL*GSREIKSQQSEVTRREIKSQQSEVTRGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARNLKGPHDVHVQIETSPPARNLKGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPAR*GPHDVHVQIETSPPAR*GPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPAR*GPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARNGPHDVHVQIETSPPARN | 1% | 白介素-4-诱导的蛋白质1(293-308) |
283132333232333435323135323532783533 | ENNNNNNNNNEEEEENNN | 0-9.19.16.89.19.19.16.86.8+13413420.720.71538888 | SSSSSynSynSynSynSSSSSSSSSS | 514434443323333555 | 171817131717131415171815171517181513 | GPHDVHVQIETSPPARNTPHGIILDSVDAAFICPGTPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAA**TPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAA**GTPHGIILDSVDAATPHGIILDSVDAAFI*TPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAAFICPGTPHGIILDSVDAAFI*TPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILLDSVDAAFI*TPHGIILDSVDAAFICP**GTPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAAFI**TPHGIILDSVDAA** | 1%1% | 白介素-4-诱导的蛋白质1(293-309)血红素结合蛋白(351-363) |
32783533353236373839363838798081 | NEEEEEEEEENNNEEE | 8800401401401134134--9.1-6.8+++ | SSSSSSSynSynSSSSSSSS | 5555553311413222 | 17181513151718151615181616181716 | TPHGIILDSVDAAFICP**GTPHGIILDSVDAAFICP**TPHGIILDSVDAAFI**TPHGIILDSVDAA**TPHGIILDSVDAAFI**TPHGIILSVDAAFICP**IDKEGVIEPDTDAPQEMGKEGVIEPDTDAPQEMIDKEGVIEPDTDAPQEDKEGVIEPDTDAPQEIDKEGVIEPDTDAPQEMGIDKEGVIEPDTDAPQEIDKEGVIEPDTDAPQEMATPLLMQALPMGALPQGMATPLLMQALPMGALPQ**MATPLLMQALPMGALP | 8%5% | Hsc70-相互作用蛋白(84-98)不变链(Ii)(110-124) |
80828382848586848584 | ENNNEEEEEN | 1349.16.86.8000401401153 | SynSSSynSSSSSS | 3433555555 | 17211521232422232423 | MATPLLMQALPMGALPQ**MATPLLMQALPMGALPQGPMQ**ATPLLMQALPMGALPMATPLLMQALPMGALPQGPMQ**HPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAGHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAGHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPA | 3% | 视黄酸受体应答蛋白2(40-61) |
8685848587888990919090929292 | NNNNEEEEEENEEN | 153153888820.720.720.720.720.71346.81341346.8 | SSSSSynSynSynSynSynSynSynSSynS | 55553333333333 | 2224232417161715161515151515 | HPPVQWAFQETSVESAVDTPFPHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAGHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAGKIYLYTLNDNARSSPVVKIYLYTLNDNARSSPVIYLYTLNDNARSSPVVIIYLYTLNDNARSSPVIYLYTLNDNARSSPVVIYLYTLNDNARSSPVIYLYTLNDNARSSPVYNSYSVSNSEKDIMAYNSYSVSNSEKDIMAYNSYSVSNSEKDIMA | 1%6% | 纤连蛋白(1881-1895)组织蛋白酶B(227-241) |
9393949495959596969697979798989899 | EEENENNEENEENEEEE | 0401401153--9.1040188040188-+20.720.7 | SSSSSSSynSSSSSSSSSS | 55551145555551233 | 1515161614141413131315151515151518 | AGSLTLSKTELGKKAAGSLTLSKTELGKKAAGSLTLSKTELGKKADAGSLTLKSTELGKKADVPKDYTGEDVTPQNVPKDYTGEDVTPQNVPKDYTGEDVTPQNDSKFFHQAINDAHQDSKFHQAINDAHQDSKFHQAINDAHQMPLEFKTLNVLHNRGMPLEFKTLNVLHNRGMPLEFKTLNVLHNRGATRSIQVDGKTIKAQ_ATRSIQVDGKTIKAQ_ATRSIQVDGKTIKAQ_ATRSIQVDGKTIKAQIWD_ | 3%1%3%2%1%_ | 三肽基-肽酶II(970-984)Legumain(99-112)血小板活化因子受体(264-276)聚-α-2,8-唾液酸转移酶(333-347)Ras-相关蛋白质Rab-11B(51-63) |
1009910198102 | NNNNN | 6.86.86.8-- | SSSSS | 33311 | 1418171513 | TRSRSIQVDGKTKAQ_ATRSIQVDGKTIKAQIWD_ATRSIQVDGKTIKAQIW_ATRSIQVDGKTIKAQ_RSIQVDGKTIKAQ_ |
a基于临床诊断的患者的RA-类型:持久性侵蚀性(E)或持久性非侵蚀性(N)RA
b类风湿因子
c样品描述:用血清(S)或者滑液(Syn)脉冲的树突细胞
d血沉棕黄层的单元型:(1)HLA-DRB1*0401,*03011;(2)HLA-DRB1*0401,*0304;(3)HLA-DRB1*0401,*1301;(4)HLA-DRB1*0401,*0701;(5)HLA-DRB1*0401,*0407
e单字母表示的RA来源肽的序列。推定的HLA-DRB1*0401(_*0301)结合基序加灰色框。
f基于TEPITOPE程序(Hammer,J.等人,Adv Immunol 66(1997)67-100)的HLA-DRB1*0401(_*0301)等位基因背景中表位的得分。
g根据Swiss-Prot/TrEMBL数据库的蛋白质名称。括号中的数字代表各自表位的最短长度变体。
*(**)在1(2)名健康对照样品中也鉴定的各自表位的长度变体。
表4:候选RA标记总结
RA-类型 | 蛋白质来源a | RA样品中的频率b | 检索号c |
多数非侵蚀性 | γ干扰素可诱导的溶酶体硫醇还原酶整联蛋白β-2磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶尿激酶型纤溶酶原激活物免疫球蛋白重链V-III区(VH26)DJ-1蛋白质 | 7N的3个7N的2个7N的2个7N的2个7N的2个7N的2个 | P13284P05107P42338P00749P01764Q99497 |
多数侵蚀性 | 载脂蛋白B-10026S蛋白酶体非腺苷三磷酸酶调节亚基8 | 8E的4个8E的4个 | P04114P48556 |
白介素-1受体纤调蛋白GM-CSF/IL-3/IL-5受体分选连接蛋白3 | 8E的2个8E的3个8E的5个8E的2个 | P14778Q06828P32927O60493 | |
侵蚀性和非侵蚀性 | 间-α-胰蛋白酶抑制剂重链H4补体C4补体C3结合SH3结构域的富谷氨酸样蛋白质3 | 8E的6个/7N的4个8E的5个/7N的3个8E的2个/7N的3个8E的4个/7N的2个 | Q14624P01028P01024Q9H299 |
白介素-4-诱导的蛋白质1血红素结合蛋白Hsc70-相互作用蛋白不变链(Ii)视黄酸受体应答蛋白2纤连蛋白组织蛋白酶B | 8E的7个/7N的5个8E的5个/7N的7个8E的2个/7N的3个8E的2个/7N的3个8E的2个/7N的2个8E的2个/7N的1个8E的2个/7N的1个 | Q96RQ9P02790P50502P04233Q99969P02751P07858 |
三肽基-肽酶IILegumain血小板活化因子受体α-2,8-唾液酸转移酶Ras-相关蛋白质Rab-11B | 8E的2个/7N的1个8E的1个/7N的2个8E的2个/7N的1个8E的2个/7N的1个8E的3个/7N的2个 | P29144Q99538P25105Q92187Q15907 |
a根据Swiss-Prot/TrEMBL数据库的蛋白质名称。
b RA样品中所鉴定表位的频率。患者的RA类型基于临床症断:持久性侵蚀性(E)或持久性非侵蚀性(N)RA。
c涉及Swiss-Prot数据库
序列表
<110>弗.哈夫曼-拉罗切有限公司
<120>RA抗原肽
<130>21796
<160>141
<170>PatentIn版本3.2
<210>1
<211>14
<212>PRT
<213>人(Homo sapiens)
<400>1
Gly Asp Arg Gly Met Gln Leu Met His Ala Asn Ala Gln Arg
1 5 10
<210>2
<211>17
<212>PRT
<213>人
<400>2
Gly Asp Arg Gly Met Gln Leu Met His Ala Asn Ala Gln Arg Thr Asp
1 5 10 15
Ala
<210>3
<211>16
<212>PRT
<213>人
<400>3
Gly Asp Arg Gly Met Gln Leu Met His Ala Asn Ala Gln Arg Thr Asp
1 5 10 15
<210>4
<211>16
<212>PRT
<213>人
<400>4
Ile Asn Asn Gln Leu Thr Leu Asp Ser Asn Thr Lys Tyr Phe His Lys
1 5 10 15
<210>5
<211>17
<212>PRT
<213>人
<400>5
Ile Asn Asn Gln Leu Thr Leu Asp Ser Asn Thr Lys Tyr Phe His Lys
1 5 10 15
Leu
<210>6
<211>19
<212>PRT
<213>人
<400>6
Met Pro Lys Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser
1 5 10 15
Gly Arg Lys
<210>7
<211>18
<212>PRT
<213>人
<400>7
Met Pro Lys Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser
1 5 10 15
Gly Arg
<210>8
<211>17
<212>PRT
<213>人
<400>8
Met Pro Lys Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser
1 5 10 15
Gly
<210>9
<211>14
<212>PRT
<213>人
<400>9
Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser Gly
1 5 10
<210>10
<211>15
<212>PRT
<213>人
<400>10
Lys Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser Gly
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<212>PRT
<213>人
<400>11
Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser Gly Arg
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<210>12
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<212>PRT
<213>人
<400>12
Asn Val Val Phe Val Ile Asp Lys Ser Gly Ser Met Ser Gly Arg Lys
1 5 10 15
<210>13
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<212>PRT
<213>人
<400>13
Gly His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp Ile Glu Glu
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<210>14
<211>16
<212>PRT
<213>人
<400>14
Gly His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp Ile Glu Glu Met
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<210>15
<211>14
<212>PRT
<213>人
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Gly His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp Ile Glu
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<210>16
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<212>PRT
<213>人
<400>16
Gly His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp Ile Glu Glu Met
1 5 10 15
Pro Ser
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<212>PRT
<213>人
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His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp Ile Glu
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<212>PRT
<213>人
<400>18
Gly His Pro Gln Tyr Leu Leu Asp Ser Asn Ser Trp
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<212>PRT
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Gly Val Asp Arg Tyr Ile Ser Lys Tyr Glu Leu Asp Lys Ala Phe Ser
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Asp Arg Asn
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<212>PRT
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Arg Tyr Ile Ser Lys Tyr Glu Leu Asp Lys Ala Phe Ser Asp Arg
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<212>PRT
<213>人
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Ile Ser Lys Tyr Glu Leu Asp Lys Ala Phe Ser Asp Arg Asn
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<212>PRT
<213>人
<400>22
Ile Ser Lys Tyr Glu Leu Asp Lys Ala Phe Ser Asp Arg Asn Thr
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<212>PRT
<213>人
<400>23
Ile Ser Lys Tyr Glu Leu Asp Lys Ala Phe Ser Asp Arg
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<212>PRT
<213>人
<400>24
Gly Ser Arg Glu Ile Lys Ser Gln Gln Ser Glu Val Thr Arg Ile Leu
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<212>PRT
<213>人
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Arg Glu Ile Lys Ser Gln Gln Ser Glu Val Thr Arg
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Gly Ser Arg Glu Ile Lys Ser Gln Gln Ser Glu Val Thr Arg
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Arg Glu Ile Lys Ser Gln Gln Ser Glu Val Thr Arg Ile Leu
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Gly Pro His Asp Val His Val Gln Ile Glu Thr Ser Pro Pro Ala Arg
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Asn
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<212>PRT
<213>人
<400>29
Gly Pro His Asp Val His Val Gln Ile Glu Thr Ser Pro Pro Ala Arg
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Asn Leu Lys
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<212>PRT
<213>人
<400>30
Gly Pro His Asp Val His Val Gln Ile Glu Thr Ser Pro Pro Ala Arg
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<210>31
<211>18
<212>PRT
<213>人
<400>31
Thr Pro His Gly Ile Ile Leu Asp Ser Val Asp Ala Ala Phe Ile Cys
1 5 10 15
Pro Gly
<210>32
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<212>PRT
<213>人
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Thr Pro His Gly Ile Ile Leu Asp Ser Val Asp Ala Ala Phe Ile Cys
1 5 10 15
Pro
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<213>人
<400>33
Thr Pro His Gly Ile Ile Leu Asp Ser Val Asp Ala Ala
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Gly Thr Pro His Gly Ile Ile Leu Asp Ser Val Asp Ala Ala
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Thr Pro His Gly Ile Ile Leu Asp Ser Val Asp Ala Ala Phe Ile
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<213>人
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Ile Asp Lys Glu Gly Val Ile Glu Pro Asp Thr Asp Ala Pro Gln Glu
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Met Gly
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<213>人
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Lys Glu Gly Val Ile Glu Pro Asp Thr Asp Ala Pro Gln Glu Met
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<212>PRT
<213>人
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Ile Asp Lys Glu Gly Val Ile Glu Pro Asp Thr Asp Ala Pro Gln Glu
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<211>15
<212>PRT
<213>人
<400>39
Asp Lys Glu Gly Val Ile Glu Pro Asp Thr Asp Ala Pro Gln Glu
1 5 10 15
<210>40
<211>261
<212>PRT
<213>人
<300>
<308>Swiss-Prot/P13284
<309>1990-01-01
<313>(1)..(261)
<400>40
Met Asp Ser Arg His Thr Phe Ala Pro Ala Ala Met Thr Leu Ser Pro
1 5 10 15
Leu Leu Leu Phe Leu Pro Pro Leu Leu Leu Leu Leu Asp Val Pro Thr
20 25 30
Ala Ala Val Gln Ala Ser Pro Leu Gln Ala Leu Asp Phe Phe Gly Asn
35 40 45
Gly Pro Pro Val Asn Tyr Lys Thr Gly Asn Leu Tyr Leu Arg Gly Pro
50 55 60
Leu Lys Lys Ser Asn Ala Pro Leu Val Asn Val Thr Leu Tyr Tyr Glu
65 70 75 80
Ala Leu Cys Gly Gly Cys Arg Ala Phe Leu Ile Arg Glu Leu Phe Pro
85 90 95
Thr Trp Leu Leu Val Met Glu Ile Leu Asn Val Thr Leu Val Pro Tyr
100 105 110
Gly Asn Ala Gln Glu Gln Asn Val Ser Gly Arg Trp Glu Phe Lys Cys
115 120 125
Gln His Gly Glu Glu Glu Cys Lys Phe Asn Lys Val Glu Ala Cys Val
130 135 140
Leu Asp Glu Leu Asp Met Glu Leu Ala Phe Leu Thr Ile Val Cys Met
145 150 155 160
Glu Glu Phe Glu Asp Met Glu Arg Ser Leu Pro Leu Cys Leu Gln Leu
165 170 175
Tyr Ala Pro Gly Leu Ser Pro Asp Thr Ile Met Glu Cys Ala Met Gly
180 185 190
Asp Arg Gly Met Gln Leu Met His Ala Asn Ala Gln Arg Thr Asp Ala
195 200 205
Leu Gln Pro Pro His Glu Tyr Val Pro Trp Val Thr Val Asn Gly Lys
210 215 220
Pro Leu Glu Asp Gln Thr Gln Leu Leu Thr Leu Val Cys Gln Leu Tyr
225 230 235 240
Gln Gly Lys Lys Pro Asp Val Cys Pro Ser Ser Thr Ser Ser Leu Arg
245 250 255
Ser Val Cys Phe Lys
260
<210>41
<211>4563
<212>PRT
<213>人
<300>
<308>Swiss-Prot/P04114
<309>1986-11-01
<313>(1)..(4563)
<400>41
Met Asp Pro Pro Arg Pro Ala Leu Leu Ala Leu Leu Ala Leu Pro Ala
1 5 10 15
Leu Leu Leu Leu Leu Leu Ala Gly Ala Arg Ala Glu Glu Glu Met Leu
20 25 30
Glu Asn Val Ser Leu Val Cys Pro Lys Asp Ala Thr Arg Phe Lys His
35 40 45
Leu Arg Lys Tyr Thr Tyr Asn Tyr Glu Ala Glu Ser Ser Ser Gly Val
50 55 60
Pro Gly Thr Ala Asp Ser Arg Ser Ala Thr Arg Ile Asn Cys Lys Val
65 70 75 80
Glu Leu Glu Val Pro Gln Leu Cys Ser Phe Ile Leu Lys Thr Ser Gln
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Cys Thr Leu Lys Glu Val Tyr Gly Phe Asn Pro Glu Gly Lys Ala Leu
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Leu Lys Lys Thr Lys Asn Ser Glu Glu Phe Ala Ala Ala Met Ser Arg
115 120 125
Tyr Glu Leu Lys Leu Ala Ile Pro Glu Gly Lys Gln Val Phe Leu Tyr
130 135 140
Pro Glu Lys Asp Glu Pro Thr Tyr Ile Leu Asn Ile Lys Arg Gly Ile
145 150 155 160
Ile Ser Ala Leu Leu Val Pro Pro Glu Thr Glu Glu Ala Lys Gln Val
165 170 175
Leu Phe Leu Asp Thr Val Tyr Gly Asn Cys Ser Thr His Phe Thr Val
180 185 190
Lys Thr Arg Lys Gly Asn Val Ala Thr Glu Ile Ser Thr Glu Arg Asp
195 200 205
Leu Gly Gln Cys Asp Arg Phe Lys Pro Ile Arg Thr Gly Ile Ser Pro
210 215 220
Leu Ala Leu Ile Lys Gly Met Thr Arg Pro Leu Ser Thr Leu Ile Ser
225 230 235 240
Ser Ser Gln Ser Cys Gln Tyr Thr Leu Asp Ala Lys Arg Lys His Val
245 250 255
Ala Glu Ala Ile Cys Lys Glu Gln His Leu Phe Leu Pro Phe Ser Tyr
260 265 270
Asn Asn Lys Tyr Gly Met Val Ala Gln Val Thr Gln Thr Leu Lys Leu
275 280 285
Glu Asp Thr Pro Lys Ile Asn Ser Arg Phe Phe Gly Glu Gly Thr Lys
290 295 300
Lys Met Gly Leu Ala Phe Glu Ser Thr Lys Ser Thr Ser Pro Pro Lys
305 310 315 320
Gln Ala Glu Ala Val Leu Lys Thr Leu Gln Glu Leu Lys Lys Leu Thr
325 330 335
Ile Ser Glu Gln Asn Ile Gln Arg Ala Asn Leu Phe Asn Lys Leu Val
340 345 350
Thr Glu Leu Arg Gly Leu Ser Asp Glu Ala Val Thr Ser Leu Leu Pro
355 360 365
Gln Leu Ile Glu Val Ser Ser Pro Ile Thr Leu Gln Ala Leu Val Gln
370 375 380
Cys Gly Gln Pro Gln Cys Ser Thr His Ile Leu Gln Trp Leu Lys Arg
385 390 395 400
Val His Ala Asn Pro Leu Leu Ile Asp Val Val Thr Tyr Leu Val Ala
405 410 415
Leu Ile Pro Glu Pro Ser Ala Gln Gln Leu Arg Glu Ile Phe Asn Met
420 425 430
Ala Arg Asp Gln Arg Ser Arg Ala Thr Leu Tyr Ala Leu Ser His Ala
435 440 445
Val Asn Asn Tyr His Lys Thr Asn Pro Thr Gly Thr Gln Glu Leu Leu
450 455 460
Asp Ile Ala Asn Tyr Leu Met Glu Gln Ile Gln Asp Asp Cys Thr Gly
465 470 475 480
Asp Glu Asp Tyr Thr Tyr Leu Ile Leu Arg Val Ile Gly Asn Met Gly
485 490 495
Gln Thr Met Glu Gln Leu Thr Pro Glu Leu Lys Ser Ser Ile Leu Lys
500 505 510
Cys Val Gln Ser Thr Lys Pro Ser Leu Met Ile Gln Lys Ala Ala Ile
515 520 525
Gln Ala Leu Arg Lys Met Glu Pro Lys Asp Lys Asp Gln Glu Val Leu
530 535 540
Leu Gln Thr Phe Leu Asp Asp Ala Ser Pro Gly Asp Lys Arg Leu Ala
545 550 555 560
Ala Tyr Leu Met Leu Met Arg Ser Pro Ser Gln Ala Asp Ile Asn Lys
565 570 575
Ile Val Gln Ile Leu Pro Trp Glu Gln Asn Glu Gln Val Lys Asn Phe
580 585 590
Val Ala Ser His Ile Ala Asn Ile Leu Asn Ser Glu Glu Leu Asp Ile
595 600 605
Gln Asp Leu Lys Lys Leu Val Lys Glu Ala Leu Lys Glu Ser Gln Leu
610 615 620
Pro Thr Val Met Asp Phe Arg Lys Phe Ser Arg Asn Tyr Gln Leu Tyr
625 630 635 640
Lys Ser Val Ser Leu Pro Ser Leu Asp Pro Ala Ser Ala Lys Ile Glu
645 650 655
Gly Asn Leu Ile Phe Asp Pro Asn Asn Tyr Leu Pro Lys Glu Ser Met
660 665 670
Leu Lys Thr Thr Leu Thr Ala Phe Gly Phe Ala Ser Ala Asp Leu Ile
675 680 685
Glu Ile Gly Leu Glu Gly Lys Gly Phe Glu Pro Thr Leu Glu Ala Leu
690 695 700
Phe Gly Lys Gln Gly Phe Phe Pro Asp Ser Val Asn Lys Ala Leu Tyr
705 710 715 720
Trp Val Asn Gly Gln Val Pro Asp Gly Val Ser Lys Val Leu Val Asp
725 730 735
His Phe Gly Tyr Thr Lys Asp Asp Lys His Glu Gln Asp Met Val Asn
740 745 750
Gly Ile Met Leu Ser Val Glu Lys Leu Ile Lys Asp Leu Lys Ser Lys
755 760 765
Glu Val Pro Glu Ala Arg Ala Tyr Leu Arg Ile Leu Gly Glu Glu Leu
770 775 780
Gly Phe Ala Ser Leu His Asp Leu Gln Leu Leu Gly Lys Leu Leu Leu
785 790 795 800
Met Gly Ala Arg Thr Leu Gln Gly Ile Pro Gln Met Ile Gly Glu Val
805 810 815
Ile Arg Lys Gly Ser Lys Asn Asp Phe Phe Leu His Tyr Ile Phe Met
820 825 830
Glu Asn Ala Phe Glu Leu Pro Thr Gly Ala Gly Leu Gln Leu Gln Ile
835 840 845
Ser Ser Ser Gly Val Ile Ala Pro Gly Ala Lys Ala Gly Val Lys Leu
850 855 860
Glu Val Ala Asn Met Gln Ala Glu Leu Val Ala Lys Pro Ser Val Ser
865 870 875 880
Val Glu Phe Val Thr Asn Met Gly Ile Ile Ile Pro Asp Phe Ala Arg
885 890 895
Ser Gly Val Gln Met Asn Thr Asn Phe Phe His Glu Ser Gly Leu Glu
900 905 910
Ala His Val Ala Leu Lys Ala Gly Lys Leu Lys Phe Ile Ile Pro Ser
915 920 925
Pro Lys Arg Pro Val Lys Leu Leu Ser Gly Gly Asn Thr Leu His Leu
930 935 940
Val Ser Thr Thr Lys Thr Glu Val Ile Pro Pro Leu Ile Glu Asn Arg
945 950 955 960
Gln Ser Trp Ser Val Cys Lys Gln Val Phe Pro Gly Leu Asn Tyr Cys
965 970 975
Thr Ser Gly Ala Tyr Ser Asn Ala Ser Ser Thr Asp Ser Ala Ser Tyr
980 985 990
Tyr Pro Leu Thr Gly Asp Thr Arg Leu Glu Leu Glu Leu Arg Pro Thr
995 1000 1005
Gly Glu Ile Glu Gln Tyr Ser Val Ser Ala Thr Tyr Glu Leu Gln
1010 1015 1020
Arg Glu Asp Arg Ala Leu Val Asp Thr Leu Lys Phe Val Thr Gln
1025 1030 1035
Ala Glu Gly Ala Lys Gln Thr Glu Ala Thr Met Thr Phe Lys Tyr
1040 1045 1050
Asn Arg Gln Ser Met Thr Leu Ser Ser Glu Val Gln Ile Pro Asp
1055 1060 1065
Phe Asp Val Asp Leu Gly Thr Ile Leu Arg Val Asn Asp Glu Ser
1070 1075 1080
Thr Glu Gly Lys Thr Ser Tyr Arg Leu Thr Leu Asp Ile Gln Asn
1085 1090 1095
Lys Lys Ile Thr Glu Val Ala Leu Met Gly His Leu Ser Cys Asp
1100 1105 1110
Thr Lys Glu Glu Arg Lys Ile Lys Gly Val Ile Ser Ile Pro Arg
1115 1120 1125
Leu Gln Ala Glu Ala Arg Ser Glu Ile Leu Ala His Trp Ser Pro
1130 1135 1140
Ala Lys Leu Leu Leu Gln Met Asp Ser Ser Ala Thr Ala Tyr Gly
1145 1150 1155
Ser Thr Val Ser Lys Arg Val Ala Trp His Tyr Asp Glu Glu Lys
1160 1165 1170
Ile Glu Phe Glu Trp Asn Thr Gly Thr Asn Val Asp Thr Lys Lys
1175 1180 1185
Met Thr Ser Asn Phe Pro Val Asp Leu Ser Asp Tyr Pro Lys Ser
1190 1195 1200
Leu His Met Tyr Ala Asn Arg Leu Leu Asp His Arg Val Pro Glu
1205 1210 1215
Thr Asp Met Thr Phe Arg His Val Gly Ser Lys Leu Ile Val Ala
1220 1225 1230
Met Ser Ser Trp Leu Gln Lys Ala Ser Gly Ser Leu Pro Tyr Thr
1235 1240 1245
Gln Thr Leu Gln Asp His Leu Asn Ser Leu Lys Glu Phe Asn Leu
1250 1255 1260
Gln Asn Met Gly Leu Pro Asp Phe His Ile Pro Glu Asn Leu Phe
1265 1270 1275
Leu Lys Ser Asp Gly Arg Val Lys Tyr Thr Leu Asn Lys Asn Ser
1280 1285 1290
Leu Lys Ile Glu Ile Pro Leu Pro Phe Gly Gly Lys Ser Ser Arg
1295 1300 1305
Asp Leu Lys Met Leu Glu Thr Val Arg Thr Pro Ala Leu His Phe
1310 1315 1320
Lys Ser Val Gly Phe His Leu Pro Ser Arg Glu Phe Gln Val Pro
1325 1330 1335
Thr Phe Thr Ile Pro Lys Leu Tyr Gln Leu Gln Val Pro Leu Leu
1340 1345 1350
Gly Val Leu Asp Leu Ser Thr Asn Val Tyr Ser Asn Leu Tyr Asn
1355 1360 1365
Trp Ser Ala Ser Tyr Ser Gly Gly Asn Thr Ser Thr Asp His Phe
1370 1375 1380
Ser Leu Arg Ala Arg Tyr His Met Lys Ala Asp Ser Val Val Asp
1385 1390 1395
Leu Leu Ser Tyr Asn Val Gln Gly Ser Gly Glu Thr Thr Tyr Asp
1400 1405 1410
His Lys Asn Thr Phe Thr Leu Ser Cys Asp Gly Ser Leu Arg His
1415 1420 1425
Lys Phe Leu Asp Ser Asn Ile Lys Phe Ser His Val Glu Lys Leu
1430 1435 1440
Gly Asn Asn Pro Val Ser Lys Gly Leu Leu Ile Phe Asp Ala Ser
1445 1450 1455
Ser Ser Trp Gly Pro Gln Met Ser Ala Ser Val His Leu Asp Ser
1460 1465 1470
Lys Lys Lys Gln His Leu Phe Val Lys Glu Val Lys Ile Asp Gly
1475 1480 1485
Gln Phe Arg Val Ser Ser Phe Tyr Ala Lys Gly Thr Tyr Gly Leu
1490 1495 1500
Ser Cys Gln Arg Asp Pro Asn Thr Gly Arg Leu Asn Gly Glu Ser
1505 1510 1515
Asn Leu Arg Phe Asn Ser Ser Tyr Leu Gln Gly Thr Asn Gln Ile
1520 1525 1530
Thr Gly Arg Tyr Glu Asp Gly Thr Leu Ser Leu Thr Ser Thr Ser
1535 1540 1545
Asp Leu Gln Ser Gly Ile Ile Lys Asn Thr Ala Ser Leu Lys Tyr
1550 1555 1560
Glu Asn Tyr Glu Leu Thr Leu Lys Ser Asp Thr Asn Gly Lys Tyr
1565 1570 1575
Lys Asn Phe Ala Thr Ser Asn Lys Met Asp Met Thr Phe Ser Lys
1580 1585 1590
Gln Asn Ala Leu Leu Arg Ser Glu Tyr Gln Ala Asp Tyr Glu Ser
1595 1600 1605
Leu Arg Phe Phe Ser Leu Leu Ser Gly Ser Leu Asn Ser His Gly
1610 1615 1620
Leu Glu Leu Asn Ala Asp Ile Leu Gly Thr Asp Lys Ile Asn Ser
1625 1630 1635
Gly Ala His Lys Ala Thr Leu Arg Ile Gly Gln Asp Gly Ile Ser
1640 1645 1650
Thr Ser Ala Thr Thr Asn Leu Lys Cys Ser Leu Leu Val Leu Glu
1655 1660 1665
Asn Glu Leu Asn Ala Glu Leu Gly Leu Ser Gly Ala Ser Met Lys
1670 1675 1680
Leu Thr Thr Asn Gly Arg Phe Arg Glu His Asn Ala Lys Phe Ser
1685 1690 1695
Leu Asp Gly Lys Ala Ala Leu Thr Glu Leu Ser Leu Gly Ser Ala
1700 1705 1710
Tyr Gln Ala Met Ile Leu Gly Val Asp Ser Lys Asn Ile Phe Asn
1715 1720 1725
Phe Lys Val Ser Gln Glu Gly Leu Lys Leu Ser Asn Asp Met Met
1730 1735 1740
Gly Ser Tyr Ala Glu Met Lys Phe Asp His Thr Asn Ser Leu Asn
1745 1750 1755
Ile Ala Gly Leu Ser Leu Asp Phe Ser Ser Lys Leu Asp Asn Ile
1760 1765 1770
Tyr Ser Ser Asp Lys Phe Tyr Lys Gln Thr Val Asn Leu Gln Leu
1775 1780 1785
Gln Pro Tyr Ser Leu Val Thr Thr Leu Asn Ser Asp Leu Lys Tyr
1790 1795 1800
Asn Ala Leu Asp Leu Thr Asn Asn Gly Lys Leu Arg Leu Glu Pro
1805 1810 1815
Leu Lys Leu His Val Ala Gly Asn Leu Lys Gly Ala Tyr Gln Asn
1820 1825 1830
Asn Glu Ile Lys His Ile Tyr Ala Ile Ser Ser Ala Ala Leu Ser
1835 1840 1845
Ala Ser Tyr Lys Ala Asp Thr Val Ala Lys Val Gln Gly Val Glu
1850 1855 1860
Phe Ser His Arg Leu Asn Thr Asp Ile Ala Gly Leu Ala Ser Ala
1865 1870 1875
Ile Asp Met Ser Thr Asn Tyr Asn Ser Asp Ser Leu His Phe Ser
1880 1885 1890
Asn Val Phe Arg Ser Val Met Ala Pro Phe Thr Met Thr Ile Asp
1895 1900 1905
Ala His Thr Asn Gly Asn Gly Lys Leu Ala Leu Trp Gly Glu His
1910 1915 1920
Thr Gly Gln Leu Tyr Ser Lys Phe Leu Leu Lys Ala Glu Pro Leu
1925 1930 1935
Ala Phe Thr Phe Ser His Asp Tyr Lys Gly Ser Thr Ser His His
1940 1945 1950
Leu Val Ser Arg Lys Ser Ile Ser Ala Ala Leu Glu His Lys Val
1955 1960 1965
Ser Ala Leu Leu Thr Pro Ala Glu Gln Thr Gly Thr Trp Lys Leu
1970 1975 1980
Lys Thr Gln Phe Asn Asn Asn Glu Tyr Ser Gln Asp Leu Asp Ala
1985 1990 1995
Tyr Asn Thr Lys Asp Lys Ile Gly Val Glu Leu Thr Gly Arg Thr
2000 2005 2010
Leu Ala Asp Leu Thr Leu Leu Asp Ser Pro Ile Lys Val Pro Leu
2015 2020 2025
Leu Leu Ser Glu Pro Ile Asn Ile Ile Asp Ala Leu Glu Met Arg
2030 2035 2040
Asp Ala Val Glu Lys Pro Gln Glu Phe Thr Ile Val Ala Phe Val
2045 2050 2055
Lys Tyr Asp Lys Asn Gln Asp Val His Ser Ile Asn Leu Pro Phe
2060 2065 2070
Phe Glu Thr Leu Gln Glu Tyr Phe Glu Arg Asn Arg Gln Thr Ile
2075 2080 2085
Ile Val Val Val Glu Asn Val Gln Arg Asn Leu Lys His Ile Asn
2090 2095 2100
Ile Asp Gln Phe Val Arg Lys Tyr Arg Ala Ala Leu Gly Lys Leu
2105 2110 2115
Pro Gln Gln Ala Asn Asp Tyr Leu Asn Ser Phe Asn Trp Glu Arg
2120 2125 2130
Gln Val Ser His Ala Lys Glu Lys Leu Thr Ala Leu Thr Lys Lys
2135 2140 2145
Tyr Arg Ile Thr Glu Asn Asp Ile Gln Ile Ala Leu Asp Asp Ala
2150 2155 2160
Lys Ile Asn Phe Asn Glu Lys Leu Ser Gln Leu Gln Thr Tyr Met
2165 2170 2175
Ile Gln Phe Asp Gln Tyr Ile Lys Asp Ser Tyr Asp Leu His Asp
2180 2185 2190
Leu Lys Ile Ala Ile Ala Asn Ile Ile Asp Glu Ile Ile Glu Lys
2195 2200 2205
Leu Lys Ser Leu Asp Glu His Tyr His Ile Arg Val Asn Leu Val
2210 2215 2220
Lys Thr Ile His Asp Leu His Leu Phe Ile Glu Asn Ile Asp Phe
2225 2230 2235
Asn Lys Ser Gly Ser Ser Thr Ala Ser Trp Ile Gln Asn Val Asp
2240 2245 2250
Thr Lys Tyr Gln Ile Arg Ile Gln Ile Gln Glu Lys Leu Gln Gln
2255 2260 2265
Leu Lys Arg His Ile Gln Asn Ile Asp Ile Gln His Leu Ala Gly
2270 2275 2280
Lys Leu Lys Gln His Ile Glu Ala Ile Asp Val Arg Val Leu Leu
2285 2290 2295
Asp Gln Leu Gly Thr Thr Ile Ser Phe Glu Arg Ile Asn Asp Val
2300 2305 2310
Leu Glu His Val Lys His Phe Val Ile Asn Leu Ile Gly Asp Phe
2315 2320 2325
Glu Val Ala Glu Lys Ile Asn Ala Phe Arg Ala Lys Val His Glu
2330 2335 2340
Leu Ile Glu Arg Tyr Glu Val Asp Gln Gln Ile Gln Val Leu Met
2345 2350 2355
Asp Lys Leu Val Glu Leu Thr His Gln Tyr Lys Leu Lys Glu Thr
2360 2365 2370
Ile Gln Lys Leu Ser Asn Val Leu Gln Gln Val Lys Ile Lys Asp
2375 2380 2385
Tyr Phe Glu Lys Leu Val Gly Phe Ile Asp Asp Ala Val Lys Lys
2390 2395 2400
Leu Asn Glu Leu Ser Phe Lys Thr Phe Ile Glu Asp Val Asn Lys
2405 2410 2415
Phe Leu Asp Met Leu Ile Lys Lys Leu Lys Ser Phe Asp Tyr His
2420 2425 2430
Gln Phe Val Asp Glu Thr Asn Asp Lys Ile Arg Glu Val Thr Gln
2435 2440 2445
Arg Leu Asn Gly Glu Ile Gln Ala Leu Glu Leu Pro Gln Lys Ala
2450 2455 2460
Glu Ala Leu Lys Leu Phe Leu Glu Glu Thr Lys Ala Thr Val Ala
2465 2470 2475
Val Tyr Leu Glu Ser Leu Gln Asp Thr Lys Ile Thr Leu Ile Ile
2480 2485 2490
Asn Trp Leu Gln Glu Ala Leu Ser Ser Ala Ser Leu Ala His Met
2495 2500 2505
Lys Ala Lys Phe Arg Glu Thr Leu Glu Asp Thr Arg Asp Arg Met
2510 2515 2520
Tyr Gln Met Asp Ile Gln Gln Glu Leu Gln Arg Tyr Leu Ser Leu
2525 2530 2535
Val Gly Gln Val Tyr Ser Thr Leu Val Thr Tyr Ile Ser Asp Trp
2540 2545 2550
Trp Thr Leu Ala Ala Lys Asn Leu Thr Asp Phe Ala Glu Gln Tyr
2555 2560 2565
Ser Ile Gln Asp Trp Ala Lys Arg Met Lys Ala Leu Val Glu Gln
2570 2575 2580
Gly Phe Thr Val Pro Glu Ile Lys Thr Ile Leu Gly Thr Met Pro
2585 2590 2595
Ala Phe Glu Val Ser Leu Gln Ala Leu Gln Lys Ala Thr Phe Gln
2600 2605 2610
Thr Pro Asp Phe Ile Val Pro Leu Thr Asp Leu Arg Ile Pro Ser
2615 2620 2625
Val Gln Ile Asn Phe Lys Asp Leu Lys Asn Ile Lys Ile Pro Ser
2630 2635 2640
Arg Phe Ser Thr Pro Glu Phe Thr Ile Leu Asn Thr Phe His Ile
2645 2650 2655
Pro Ser Phe Thr Ile Asp Phe Val Glu Met Lys Val Lys Ile Ile
2660 2665 2670
Arg Thr Ile Asp Gln Met Gln Asn Ser Glu Leu Gln Trp Pro Val
2675 2680 2685
Pro Asp Ile Tyr Leu Arg Asp Leu Lys Val Glu Asp Ile Pro Leu
2690 2695 2700
Ala Arg Ile Thr Leu Pro Asp Phe Arg Leu Pro Glu Ile Ala Ile
2705 2710 2715
Pro Glu Phe Ile Ile Pro Thr Leu Asn Leu Asn Asp Phe Gln Val
2720 2725 2730
Pro Asp Leu His Ile Pro Glu Phe Gln Leu Pro His Ile Ser His
2735 2740 2745
ThrIle Glu Val Pro Thr Phe Gly Lys Leu Tyr Ser Ile Leu Lys
2750 2755 2760
Ile Gln Ser Pro Leu Phe Thr Leu Asp Ala Asn Ala Asp Ile Gly
2765 2770 2775
Asn Gly Thr Thr Ser Ala Asn Glu Ala Gly Ile Ala Ala Ser Ile
2780 2785 2790
Thr Ala Lys Gly Glu Ser Lys Leu Glu Val Leu Asn Phe Asp Phe
2795 2800 2805
Gln Ala Asn Ala Gln Leu Ser Asn Pro Lys Ile Asn Pro Leu Ala
2810 2815 2820
Leu Lys Glu Ser Val Lys Phe Ser Ser Lys Tyr Leu Arg Thr Glu
2825 2830 2835
His Gly Ser Glu Met Leu Phe Phe Gly Asn Ala Ile Glu Gly Lys
2840 2845 2850
Ser Asn Thr Val Ala Ser Leu His Thr Glu Lys Asn Thr Leu Glu
2855 2860 2865
Leu Ser Asn Gly Val Ile Val Lys Ile Asn Asn Gln Leu Thr Leu
2870 2875 2880
Asp Ser Asn Thr Lys Tyr Phe His Lys Leu Asn Ile Pro Lys Leu
2885 2890 2895
Asp Phe Ser Ser Gln Ala Asp Leu Arg Asn Glu Ile Lys Thr Leu
2900 2905 2910
Leu Lys Ala Gly His Ile Ala Trp Thr Ser Ser Gly Lys Gly Ser
29l5 2920 2925
Trp Lys Trp Ala Cys Pro Arg Phe Ser Asp Glu Gly Thr His Glu
2930 2935 2940
Ser Gln Ile Ser Phe Thr Ile Glu Gly Pro Leu Thr Ser Phe Gly
2945 2950 2955
Leu Ser Asn Lys Ile Asn Ser Lys His Leu Arg Val Asn Gln Asn
2960 2965 2970
Leu Val Tyr Glu Ser Gly Ser Leu Asn Phe Ser Lys Leu Glu Ile
2975 2980 2985
Gln Ser Gln Val Asp Ser Gln His Val Gly His Ser Val Leu Thr
2990 2995 3000
Ala Lys Gly Met Ala Leu Phe Gly Glu Gly Lys Ala Glu Phe Thr
3005 3010 3015
Gly Arg His Asp Ala His Leu Asn Gly Lys Val Ile Gly Thr Leu
3020 3025 3030
Lys Asn Ser Leu Phe Phe Ser Ala Gln Pro Phe Glu Ile Thr Ala
3035 3040 3045
Ser Thr Asn Asn Glu Gly Asn Leu Lys Val Arg Phe Pro Leu Arg
3050 3055 3060
Leu Thr Gly Lys Ile Asp Phe Leu Asn Asn Tyr Ala Leu Phe Leu
3065 3070 3075
Ser Pro Ser Ala Gln Gln Ala Ser Trp Gln Val Ser Ala Arg Phe
3080 3085 3090
Asn Gln Tyr Lys Tyr Asn Gln Asn Phe Ser Ala Gly Asn Asn Glu
3095 3100 3105
Asn Ile Met Glu Ala His Val Gly Ile Asn Gly Glu Ala Asn Leu
3110 3115 3120
Asp Phe Leu Asn Ile Pro Leu Thr Ile Pro Glu Met Arg Leu Pro
3125 3130 3135
Tyr Thr Ile Ile Thr Thr Pro Pro Leu Lys Asp Phe Ser Leu Trp
3140 3145 3150
Glu Lys Thr Gly Leu Lys Glu Phe Leu Lys Thr Thr Lys Gln Ser
3155 3160 3165
Phe Asp Leu Ser Val Lys Ala Gln Tyr Lys Lys Asn Lys His Arg
3170 3175 3180
His Ser Ile Thr Asn Pro Leu Ala Val Leu Cys Glu Phe Ile Ser
3185 3190 3195
Gln Ser Ile Lys Ser Phe Asp Arg His Phe Glu Lys Asn Arg Asn
3200 3205 3210
Asn Ala Leu Asp Phe Val Thr Lys Ser Tyr Asn Glu Thr Lys Ile
3215 3220 3225
Lys Phe Asp Lys Tyr Lys Ala Glu Lys Ser His Asp Glu Leu Pro
3230 3235 3240
Arg Thr Phe Gln Ile Pro Gly Tyr Thr Val Pro Val Val Asn Val
3245 3250 3255
Glu Val Ser Pro Phe Thr Ile Glu Met Ser Ala Phe Gly Tyr Val
3260 3265 3270
Phe Pro Lys Ala Val Ser Met Pro Ser Phe Ser Ile Leu Gly Ser
3275 3280 3285
Asp Val Arg Val Pro Ser Tyr Thr Leu Ile Leu Pro Ser Leu Glu
3290 3295 3300
Leu Pro Val Leu His Val Pro Arg Asn Leu Lys Leu Ser Leu Pro
3305 3310 3315
His Phe Lys Glu Leu Cys Thr Ile Ser His Ile Phe Ile Pro Ala
3320 3325 3330
Met Gly Asn Ile Thr Tyr Asp Phe Ser Phe Lys Ser Ser Val Ile
3335 3340 3345
Thr Leu Asn Thr Asn Ala Glu Leu Phe Asn Gln Ser Asp Ile Val
3350 3355 3360
Ala His Leu Leu Ser Ser Ser Ser Ser Val Ile Asp Ala Leu Gln
3365 3370 3375
Tyr Lys Leu Glu Gly Thr Thr Arg Leu Thr Arg Lys Arg Gly Leu
3380 3385 3390
Lys Leu Ala Thr Ala Leu Ser Leu Ser Asn Lys Phe Val Glu Gly
3395 3400 3405
Ser His Asn Ser Thr Val Ser Leu Thr Thr Lys Asn Met Glu Val
3410 3415 3420
Ser Val Ala Lys Thr Thr Lys Ala Glu Ile Pro Ile Leu Arg Met
3425 3430 3435
Asn Phe Lys Gln Glu Leu Asn Gly Asn Thr Lys Ser Lys Pro Thr
3440 3445 3450
Val Ser Ser Ser Met Glu Phe Lys Tyr Asp Phe Asn Ser Ser Met
3455 3460 3465
Leu Tyr Ser Thr Ala Lys Gly Ala Val Asp His Lys Leu Ser Leu
3470 3475 3480
Glu Ser Leu Thr Ser Tyr Phe Ser Ile Glu Ser Ser Thr Lys Gly
3485 3490 3495
Asp Val Lys Gly Ser Val Leu Ser Arg Glu Tyr Ser Gly Thr Ile
3500 3505 3510
Ala Ser Glu Ala Asn Thr Tyr Leu Asn Ser Lys Ser Thr Arg Ser
3515 3520 3525
Ser Val Lys Leu Gln Gly Thr Ser Lys Ile Asp Asp Ile Trp Asn
3530 3535 3540
Leu Glu Val Lys Glu Asn Phe Ala Gly Glu Ala Thr Leu Gln Arg
3545 3550 3555
Ile Tyr Ser Leu Trp Glu His Ser Thr Lys Asn His Leu Gln Leu
3560 3565 3570
Glu Gly Leu Phe Phe Thr Asn Gly Glu His Thr Ser Lys Ala Thr
3575 3580 3585
Leu Glu Leu Ser Pro Trp Gln Met Ser Ala Leu Val Gln Val His
3590 3595 3600
Ala Ser Gln Pro Ser Ser Phe His Asp Phe Pro Asp Leu Gly Gln
3605 3610 3615
Glu Val Ala Leu Asn Ala Asn Thr Lys Asn Gln Lys Ile Arg Trp
3620 3625 3630
Lys Asn Glu Val Arg Ile His Ser Gly Ser Phe Gln Ser Gln Val
3635 3640 3645
Glu Leu Ser Asn Asp Gln Glu Lys Ala His Leu Asp Ile Ala Gly
3650 3655 3660
Ser Leu Glu Gly His Leu Arg Phe Leu Lys Asn Ile Ile Leu Pro
3665 3670 3675
Val Tyr Asp Lys Ser Leu Trp Asp Phe Leu Lys Leu Asp Val Thr
3680 3685 3690
Thr Ser Ile Gly Arg Arg Gln His Leu Arg Val Ser Thr Ala Phe
3695 3700 3705
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3710 3715 3720
Lys Val Leu Ala Asp Lys Phe Ile Thr Pro Gly Leu Lys Leu Asn
3725 3730 3735
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3740 3745 3750
Thr Asp Leu Gln Val Pro Ser Cys Lys Leu Asp Phe Arg Glu Ile
3755 3760 3765
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3770 3775 3780
Pro Thr Leu Pro Glu Val Lys Phe Pro Glu Val Asp Val Leu Thr
3785 3790 3795
Lys Tyr Ser Gln Pro Glu Asp Ser Leu Ile Pro Phe Phe Glu Ile
3800 3805 3810
Thr Val Pro Glu Ser Gln Leu Thr Val Ser Gln Phe Thr Leu Pro
3815 3820 3825
Lys Ser Val Ser Asp Gly Ile Ala Ala Leu Asp Leu Asn Ala Val
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290 295 300
Lys Val Leu Leu Asp Gly Val Gln Asn Leu Arg Ala Glu Asp Leu Val
305 310 315 320
Gly Lys Ser Leu Tyr Val Ser Ala Thr Val Ile Leu His Ser Gly Ser
325 330 335
Asp Met Val Gln Ala Glu Arg Ser Gly Ile Pro Ile Val Thr Ser Pro
340 345 350
Tyr Gln Ile His Phe Thr Lys Thr Pro Lys Tyr Phe Lys Pro Gly Met
355 360 365
Pro Phe Asp Leu Met Val Phe Val Thr Asn Pro Asp Gly Ser Pro Ala
370 375 380
Tyr Arg Val Pro Val Ala Val Gln Gly Glu Asp Thr Val Gln Ser Leu
385 390 395 400
Thr Gln Gly Asp Gly Val Ala Lys Leu Ser Ile Asn Thr His Pro Ser
405 410 415
Gln Lys Pro Leu Ser Ile Thr Val Arg Thr Lys Lys Gln Glu Leu Ser
420 425 430
Glu Ala Glu Gln Ala Thr Arg Thr Met Gln Ala Leu Pro Tyr Ser Thr
435 440 445
Val Gly Asn Ser Asn Asn Tyr Leu His Leu Ser Val Leu Arg Thr Glu
450 455 460
Leu Arg Pro Gly Glu Thr Leu Asn Val Asn Phe Leu Leu Arg Met Asp
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Arg Ala His Glu Ala Lys Ile Arg Tyr Tyr Thr Tyr Leu Ile Met Asn
485 490 495
Lys Gly Arg Leu Leu Lys Ala Gly Arg Gln Val Arg Glu Pro Gly Gln
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Asp Leu Val Val Leu Pro Leu Ser Ile Thr Thr Asp Phe Ile Pro Ser
515 520 525
Phe Arg Leu Val Ala Tyr Tyr Thr Leu Ile Gly Ala Ser Gly Gln Arg
530 535 540
Glu Val Val Ala Asp Ser Val Trp Val Asp Val Lys Asp Ser Cys Val
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Gly Ser Leu Val Val Lys Ser Gly Gln Ser Glu Asp Arg Gln Pro Val
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Pro Gly Gln Gln Met Thr Leu Lys Ile Glu Gly Asp His Gly Ala Arg
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Val Val Leu Val Ala Val Asp Lys Gly Val Phe Val Leu Asn Lys Lys
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610 615 620
Ile Gly Cys Thr Pro Gly Ser Gly Lys Asp Tyr Ala Gly Val Phe Ser
625 630 635 640
Asp Ala Gly Leu Thr Phe Thr Ser Ser Ser Gly Gln Gln Thr Ala Gln
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675 680 685
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Ser Leu Val Ala Ser Gln Asp Trp Lys Ala Glu Arg Ser Gln Asp Pro
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50 55 60
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65 70 75 80
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Leu Ser Phe Ala Glu Ala Leu Arg Ala His Ser Cys Leu Ser Asp Arg
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Leu Gln Tyr Ser Arg Ile Val Gly Gly Trp Asp Leu Leu Pro Arg Ala
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Leu Leu Ser Ser Leu Ser Gly Leu Val Leu Leu Asn Ala Pro Val Val
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Glu Lys Val Asp Gly Ala Leu Cys Met Glu Lys Ser Leu Gly Pro Asn
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Leu Tyr Cys Tyr Ser Asp Val Glu Lys Leu Asn Ala Ala Lys Ala Leu
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Gln
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Cys Phe Ile Asp Tyr Pro Lys Lys Glu Asp Tyr Ile Val Tyr Leu Gly
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405 410 415
Pro Trp Ile Arg Ser His Thr Lys Glu Glu Asn Gly Leu Ala Leu
420 425 430
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1 5 10 15
Val Gln Cys Glu Val Gln Leu Leu Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln
20 25 30
Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe
35 40 45
Ser Ser Tyr Ala Met Ser Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu
50 55 60
Glu Trp Val Ser Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Gly
65 70 75 80
Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Ser Lys Asn
85 90 95
Thr Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val
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Tyr Tyr Cys Ala Lys
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1 5 10 15
Met Glu Thr Val Ile Pro Val Asp Val Met Arg Arg Ala Gly Ile Lys
20 25 30
Val Thr Val Ala Gly Leu Ala Gly Lys Asp Pro Val Gln Cys Ser Arg
35 40 45
Asp Val Val Ile Cys Pro Asp Ala Ser Leu Glu Asp Ala Lys Lys Glu
50 55 60
Gly Pro Tyr Asp Val Val Val Leu Pro Gly Gly Asn Leu Gly Ala Gln
65 70 75 80
Asn Leu Ser Glu Ser Ala Ala Val Lys Glu Ile Leu Lys Glu Gln Glu
85 90 95
Asn Arg Lys Gly Leu Ile Ala Ala Ile Cys Ala Gly Pro Thr Ala Leu
100 105 110
Leu Ala His Glu Ile Gly Phe Gly Ser Lys Val Thr Thr His Pro Leu
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Ala Lys Asp Lys Met Met Asn Gly Gly His Tyr Thr Tyr Ser Glu Asn
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Arg Val Glu Lys Asp Gly Leu Ile Leu Thr Ser Arg Gly Pro Gly Thr
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Ser Phe Glu Phe Ala Leu Ala Ile Val Glu Ala Leu Asn Gly Lys Glu
165 170 175
Val Ala Ala Gln Val Lys Ala Pro Leu Val Leu Lys Asp
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Ser Lys Cys Gly Glu Glu Leu Gly Arg Leu Lys Leu Val Leu Leu Glu
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35 40 45
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Tyr Tyr Phe Asp Tyr Lys Glu Gln Leu Pro Glu Ser Ala Tyr Met His
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Gln Leu Leu Gly Leu Asn Leu Leu Phe Leu Leu Ser Gln Asn Arg Val
100 105 110
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115 120 125
Thr Asn Val Tyr Ile Lys His Pro Val Ser Leu Glu Gln Tyr Leu Met
130 135 140
Glu Gly Ser Tyr Asn Lys Val Phe Leu Ala Lys Gly Asn Ile Pro Ala
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Glu Ser Tyr Thr Phe Phe Ile Asp Ile Leu Leu Asp Thr Ile Arg Asp
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Glu Ile Ala Gly Cys Ile Glu Lys Ala Tyr Glu Lys Ile Leu Phe Thr
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Phe Ala Ser Gln Gln Gln Lys Pro Glu Asp Thr Thr Ile Pro Ser Thr
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Glu Leu Ala Lys Gln Val Ile Glu Tyr Ala Arg Gln Leu Glu Met Ile
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Val
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Ser Leu Glu Ala Asp Lys Cys Lys Glu Arg Glu Glu Lys Ile Ile Leu
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Leu Trp Phe Val Pro Ala Lys Val Glu Asp Ser Gly His Tyr Tyr Cys
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Val Val Arg Asn Ser Ser Tyr Cys Leu Arg Ile Lys Ile Ser Ala Lys
100 105 110
Phe Val Glu Asn Glu Pro Asn Leu Cys Tyr Asn Ala Gln Ala Ile Phe
115 120 125
Lys Gln Lys Leu Pro Val Ala Gly Asp Gly Gly Leu Val Cys Pro Tyr
130 135 140
Met Glu Phe Phe Lys Asn Glu Asn Asn Glu Leu Pro Lys Leu Gln Trp
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Tyr Lys Asp Cys Lys Pro Leu Leu Leu Asp Asn Ile His Phe Ser Gly
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Val Lys Asp Arg Leu Ile Val Met Asn Val Ala Glu Lys His Arg Gly
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Asn Tyr Thr Cys His Ala Ser Tyr Thr Tyr Leu Gly Lys Gln Tyr Pro
195 200 205
Ile Thr Arg Val Ile Glu Phe Ile Thr Leu Glu Glu Asn Lys Pro Thr
210 215 220
Arg Pro Val Ile Val Ser Pro Ala Asn Glu Thr Met Glu Val Asp Leu
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Gly Ser Gln Ile Gln Leu Ile Cys Asn Val Thr Gly Gln Leu Ser Asp
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Ile Ala Tyr Trp Lys Trp Asn Gly Ser Val Ile Asp Glu Asp Asp Pro
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Val Leu Gly Glu Asp Tyr Tyr Ser Val Glu Asn Pro Ala Asn Lys Arg
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Phe Tyr Lys His Pro Phe Thr Cys Phe Ala Lys Asn Thr His Gly Ile
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Asp Ala Ala Tyr Ile Gln Leu Ile Tyr Pro Val Thr Asn Phe Gln Lys
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His Met Ile Gly Ile Cys Val Thr Leu Thr Val Ile Ile Val Cys Ser
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Val Phe Ile Tyr Lys Ile Phe Lys Ile Asp Ile Val Leu Trp Tyr Arg
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Tyr Asp Ala Tyr Ile Leu Tyr Pro Lys Thr Val Gly Glu Gly Ser Thr
385 390 395 400
Ser Asp Cys Asp Ile Phe Val Phe Lys Val Leu Pro Glu Val Leu Glu
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Gly Glu Asp Ile Val Glu Val Ile Asn Glu Asn Val Lys Lys Ser Arg
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Arg Leu Ile Ile Ile Leu Val Arg Glu Thr Ser Gly Phe Ser Trp Leu
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Gly Gly Ser Ser Glu Glu Gln Ile Ala Met Tyr Asn Ala Leu Val Gln
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Ile Arg Trp Ser Gly Asp Phe Thr Gln Gly Pro Gln Ser Ala Lys Thr
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Gln Ala Gln Tyr Glu Asp Asp Pro His Trp Trp Phe His Tyr Leu Arg
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Ser Gln Gln Ser Thr Tyr Tyr Asp Pro Tyr Asp Pro Tyr Pro Tyr Glu
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Thr Tyr Glu Pro Tyr Pro Tyr Gly Val Asp Glu Gly Pro Ala Tyr Thr
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Tyr Gly Ser Pro Ser Pro Pro Asp Pro Arg Asp Cys Pro Gln Glu Cys
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Asp Cys Pro Pro Asn Phe Pro Thr Ala Met Tyr Cys Asp Asn Arg Asn
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Gln Asn Asn Gln Ile Thr Ser Ile Gln Glu Gly Val Phe Asp Asn Ala
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Thr Gly Leu Leu Trp Ile Ala Leu His Gly Asn Gln Ile Thr Ser Asp
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Lys Val Gly Arg Lys Val Phe Ser Lys Leu Arg His Leu Glu Arg Leu
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Ser Leu Arg Glu Leu His Leu Asp His Asn Gln Ile Ser Arg Val Pro
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Asn Asn Ala Leu Glu Gly Leu Glu Asn Leu Thr Ala Leu Tyr Leu Gln
195 200 205
His Asn Glu Ile Gln Glu Val Gly Ser Ser Met Arg Gly Leu Arg Ser
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Leu Tyr Leu Leu Asp Leu Ser Tyr Asn His Leu Arg Lys Val Pro Asp
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Gly Leu Pro Ser Ala Leu Glu Gln Leu Tyr Met Glu His Asn Asn Val
245 250 255
Tyr Thr Val Pro Asp Ser Tyr Phe Arg Gly Ala Pro Lys Leu Leu Tyr
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Val Arg Leu Ser His Asn Ser Leu Thr Asn Asn Gly Leu Ala Ser Asn
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Thr Phe Asn Ser Ser Ser Leu Leu Glu Leu Asp Leu Ser Tyr Asn Gln
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Gln Gly Asn Arg Ile Asn Glu Phe Ser Ile Ser Ser Phe Cys Thr Val
325 330 335
Val Asp Val Val Asn Phe Ser Gln Leu Gln Val Val Arg Leu Asp Gly
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Asn Glu Met Lys Arg Ser Ala Met Pro Ala Glu Ala Pro Leu Cys Leu
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Arg Leu Ala Ser Leu Ile Glu Ile
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Leu Arg Cys Tyr Asn Asp Tyr Thr Ser His Ile Thr Cys Arg Trp Ala
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Asp Thr Gln Asp Ala Gln Arg Leu Val Asn Val Thr Leu Ile Arg Arg
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Val Asn Glu Asp Leu Leu Glu Pro Val Ser Cys Asp Leu Ser Asp Asp
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Met Pro Trp Ser Ala Cys Pro His Pro Arg Cys Val Pro Arg Arg Cys
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Val Ile Pro Cys Gln Ser Phe Val Val Thr Asp Val Asp Tyr Phe Ser
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130 135 140
Gln Asp His Phe Leu Leu Thr Trp Ser Val Ala Leu Gly Ser Pro Gln
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Ser His Trp Leu Ser Pro Gly Asp Leu Glu Phe Glu Val Val Tyr Lys
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Ser Gln Ala Thr Leu Gly Pro Glu His Leu Met Pro Ser Ser Thr Tyr
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Asp Glu Ala Gln Pro Gln Asn Leu Glu Cys Phe Phe Asp Gly Ala Ala
245 250 255
Val Leu Ser Cys Ser Trp Glu Val Arg Lys Glu Val Ala Ser Ser Val
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Ser Phe Gly Leu Phe Tyr Lys Pro Ser Pro Asp Ala Gly Glu Glu Glu
275 280 285
Cys Ser Pro Val Leu Arg Glu Gly Leu Gly Ser Leu His Thr Arg His
290 295 300
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Val Ser Val Gln Pro Arg Arg Ala Glu Lys His Ile Lys Ser Ser Val
325 330 335
Asn Ile Gln Met Ala Pro Pro Ser Leu Asn Val Thr Lys Asp Gly Asp
340 345 350
Ser Tyr Ser Leu Arg Trp Glu Thr Met Lys Met Arg Tyr Glu His Ile
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Asp His Thr Phe Glu Ile Gln Tyr Arg Lys Asp Thr Ala Thr Trp Lys
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Asp Ser Lys Thr Glu Thr Leu Gln Asn Ala His Ser Met Ala Leu Pro
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Ala Leu Glu Pro Ser Thr Arg Tyr Trp Ala Arg Val Arg Val Arg Thr
405 410 415
Ser Arg Thr Gly Tyr Asn Gly Ile Trp Ser Glu Trp Ser Glu Ala Arg
420 425 430
Ser Trp Asp Thr Glu Ser Val Leu Pro Met Trp Val Leu Ala Leu Ile
435 440 445
Val Ile Phe Leu Thr Ile Ala Val Leu Leu Ala Leu Arg Phe Cys Gly
450 455 460
Ile Tyr Gly Tyr Arg Leu Arg Arg Lys Trp Glu Glu Lys Ile Pro Asn
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Pro Ser Lys Ser His Leu Phe Gln Asn Gly Ser Ala Glu Leu Trp Pro
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Pro Gly Ser Met Ser Ala Phe Thr Ser Gly Ser Pro Pro His Gln Gly
500 505 510
Pro Trp Gly Ser Arg Phe Pro Glu Leu Glu Gly Val Phe Pro Val Gly
515 520 525
Phe Gly Asp Ser Glu Val Ser Pro Leu Thr Ile Glu Asp Pro Lys His
530 535 540
Val Cys Asp Pro Pro Ser Gly Pro Asp Thr Thr Pro Ala Ala Ser Asp
545 550 555 560
Leu Pro Thr Glu Gln Pro Pro Ser Pro Gln Pro Gly Pro Pro Ala Ala
565 570 575
Ser His Thr Pro Glu Lys Gln Ala Ser Ser Phe Asp Phe Asn Gly Pro
580 585 590
Tyr Leu Gly Pro Pro His Ser Arg Ser Leu Pro Asp Ile Leu Gly Gln
595 600 605
Pro Glu Pro Pro Gln Glu Gly Gly Ser Gln Lys Ser Pro Pro Pro Gly
610 615 620
Ser Leu Glu Tyr Leu Cys Leu Pro Ala Gly Gly Gln Val Gln Leu Val
625 630 635 640
Pro Leu Ala Gln Ala Met Gly Pro Gly Gln Ala Val Glu Val Glu Arg
645 650 655
Arg Pro Ser Gln Gly Ala Ala Gly Ser Pro Ser Leu Glu Ser Gly Gly
660 665 670
Gly Pro Ala Pro Pro Ala Leu Gly Pro Arg Val Gly Gly Gln Asp Gln
675 680 685
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690 695 700
Pro Gly Val Ala Ser Gly Tyr Val Ser Ser Ala Asp Leu Val Phe Thr
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Pro Asn Ser Gly Ala Ser Ser Val Ser Leu Val Pro Ser Leu Gly Leu
725 730 735
Pro Ser Asp Gln Thr Pro Ser Leu Cys Pro Gly Leu Ala Ser Gly Pro
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Pro Gly Ala Pro Gly Pro Val Lys Ser Gly Phe Glu Gly Tyr Val Glu
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Ala Asp Val Ser Pro Thr Ser Pro Gln Pro Glu Gly Leu Leu Val Leu
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Leu Ser Leu Arg Ser Lys Pro Ser Ser Pro Gly Pro Gly Pro Glu Ile
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Lys Asn Leu Asp Gln Ala Phe Gln Val Lys Lys Pro Pro Gly Gln Ala
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Asp Tyr Leu Ser Leu Pro Pro Trp Glu Val Asn Lys Pro Gly Glu Val
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Cys
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Asp Leu Phe Met His Gln Lys Val His Thr Ala Glu Lys Pro His Lys
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Cys Asp Lys Cys Asp Lys Gly Phe Phe His Ile Ser Glu Leu His Ile
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His Trp Arg Asp His Thr Gly Glu Lys Val Tyr Lys Cys Asp Asp Cys
50 55 60
Gly Lys Asp Phe Ser Thr Thr Thr Lys Leu Asn Arg His Lys Lys Ile
65 70 75 80
His Thr Val Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Tyr Glu Cys Gly Lys Ala Phe
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Asn Trp Ser Pro His Leu Gln Ile His Met Arg Val His Thr Gly Glu
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Lys Pro Tyr Val Cys Ser Glu Cys Gly Arg Gly Phe Ser Asn Ser Ser
115 120 125
Asn Leu Cys Met His Gln Arg Val His Thr Gly Glu Lys Pro Phe Lys
130 135 140
Cys Glu Glu Cys Gly Lys Ala Phe Arg His Thr Ser Ser Leu Cys Met
145 150 155 160
His Gln Arg Val His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Lys Cys Tyr Glu Cys
165 170 175
Gly Lys Ala Phe Ser Gln Ser Ser Ser Leu Cys Ile His Gln Arg Val
180 185 190
His Thr Gly Glu Lys Pro Tyr Arg Cys Cys Gly Cys Gly Lys Ala Phe
195 200 205
Ser Gln Ser Ser Ser Leu Cys Ile His Gln Arg Val His Thr Gly Glu
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Lys Pro Phe Lys Cys Asp Glu Cys Gly Lys Ala Phe Ser Gln Ser Thr
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Ser Leu Cys Ile His Gln Arg Val His Thr Lys Glu Arg Asn His Leu
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Lys Ile Ser Val Ile
260
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<313>(1)..(296)
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Met His Arg Arg Arg Ser Arg Ser Cys Arg Glu Asp Gln Lys Pro Val
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Met Asp Asp Gln Arg Asp Leu Ile Ser Asn Asn Glu Gln Leu Pro Met
20 25 30
Leu Gly Arg Arg Pro Gly Ala Pro Glu Ser Lys Cys Ser Arg Gly Ala
35 40 45
Leu Tyr Thr Gly Phe Ser Ile Leu Val Thr Leu Leu Leu Ala Gly Gln
50 55 60
Ala Thr Thr Ala Tyr Phe Leu Tyr Gln Gln Gln Gly Arg Leu Asp Lys
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Leu Thr Val Thr Ser Gln Asn Leu Gln Leu Glu Asn Leu Arg Met Lys
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Leu Pro Lys Pro Pro Lys Pro Val Ser Lys Met Arg Met Ala Thr Pro
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Leu Leu Met Gln Ala Leu Pro Met Gly Ala Leu Pro Gln Gly Pro Met
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Gln Asn Ala Thr Lys Tyr Gly Asn Met Thr Glu Asp His Val Met His
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Leu Leu Gln Asn Ala Asp Pro Leu Lys Val Tyr Pro Pro Leu Lys Gly
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Ser Phe Pro Glu Asn Leu Arg His Leu Lys Asn Thr Met Glu Thr Ile
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Met Ser Arg His Ser Leu Glu Gln Lys Pro Thr Asp Ala Pro Pro Lys
195 200 205
Val Leu Thr Lys Cys Gln Glu Glu Val Ser His Ile Pro Ala Val His
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Pro Gly Ser Phe Arg Pro Lys Cys Asp Glu Asn Gly Asn Tyr Leu Pro
225 230 235 240
Leu Gln Cys Tyr Gly Ser Ile Gly Tyr Cys Trp Cys Val Phe Pro Asn
245 250 255
Gly Thr Glu Val Pro Asn Thr Arg Ser Arg Gly His His Asn Cys Ser
260 265 270
Glu Ser Leu Glu Leu Glu Asp Pro Ser Ser Gly Leu Gly Val Thr Lys
275 280 285
Gln Asp Leu Gly Pro Val Pro Met
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Val Gly Val Ala Glu Leu Thr Glu Ala Gln Arg Arg Gly Leu Gln Val
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Ala Leu Glu Glu Phe His Lys His Pro Pro Val Gln Trp Ala Phe Gln
35 40 45
Glu Thr Ser Val Glu Ser Ala Val Asp Thr Pro Phe Pro Ala Gly Ile
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Phe Val Arg Leu Glu Phe Lys Leu Gln Gln Thr Ser Cys Arg Lys Arg
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Asp Trp Lys Lys Pro Glu Cys Lys Val Arg Pro Asn Gly Arg Lys Arg
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<213>人
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Met Leu Arg Gly Pro Gly Pro Gly Leu Leu Leu Leu Ala Val Gln Cys
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Leu Gly Thr Ala Val Pro Ser Thr Gly Ala Ser Lys Ser Lys Arg Gln
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Ala Gln Gln Met Val Gln Pro Gln Ser Pro Val Ala Val Ser Gln Ser
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Lys Pro Gly Cys Tyr Asp Asn Gly Lys His Tyr Gln Ile Asn Gln Gln
50 55 60
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65 70 75 80
Gly Ser Arg Gly Phe Asn Cys Glu Ser Lys Pro Glu Ala Glu Glu Thr
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100 105 110
Glu Arg Pro Lys Asp Ser Met Ile Trp Asp Cys Thr Cys Ile Gly Ala
115 120 125
Gly Arg Gly Arg Ile Ser Cys Thr Ile Ala Asn Arg Cys His Glu Gly
130 135 140
Gly Gln Ser Tyr Lys Ile Gly Asp Thr Trp Arg Arg Pro His Glu Thr
145 150 155 160
Gly Gly Tyr Met Leu Glu Cys Val Cys Leu Gly Asn Gly Lys Gly Glu
165 170 175
Trp Thr Cys Lys Pro Ile Ala Glu Lys Cys Phe Asp His Ala Ala Gly
180 185 190
Thr Ser Tyr Val Val Gly Glu Thr Trp Glu Lys Pro Tyr Gln Gly Trp
195 200 205
Met Met Val Asp Cys Thr Cys Leu Gly Glu Gly Ser Gly Arg Ile Thr
210 215 220
Cys Thr Ser Arg Asn Arg Cys Asn Asp Gln Asp Thr Arg Thr Ser Tyr
225 230 235 240
Arg Ile Gly Asp Thr Trp Ser Lys Lys Asp Asn Arg Gly Asn Leu Leu
245 250 255
Gln Cys Ile Cys Thr Gly Asn Gly Arg Gly Glu Trp Lys Cys Glu Arg
260 265 270
His Thr Ser Val Gln Thr Thr Ser Ser Gly Ser Gly Pro Phe Thr Asp
275 280 285
Val Arg Ala Ala Val Tyr Gln Pro Gln Pro His Pro Gln Pro Pro Pro
290 295 300
Tyr Gly His Cys Val Thr Asp Ser Gly Val Val Tyr Ser Val Gly Met
305 310 315 320
Gln Trp Leu Lys Thr Gln Gly Asn Lys Gln Met Leu Cys Thr Cys Leu
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Pro Asn Lys Leu Gln Cys Cys Gln Asn Leu
210 215
Claims (29)
1.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122构成的组的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少选自SEQ ID NOs.49到57和SEQ ID NOs.103到122构成的组的肽结合基序的氨基酸序列,与选自由SEQ ID NOs.1到39和SEQ IDNOs.58到102构成的组的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
2.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.49的肽结合基序的氨基酸序列与选自由SEQ IDNOs.1到3构成的组的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
3.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.103的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NOs.58和59的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
4.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.104的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.60的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
5.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.105的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.61的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
6.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.106的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.62的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
7.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.107的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.63的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
8.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.50的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.5的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
9.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.108的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.64到67的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
10.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.109的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.68的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
11.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.110的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.69到70的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
12.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.111的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.72的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
13.MHC II类抗原肽,其包含
(a)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列,或者
(b)至少SEQ ID NO.112的肽结合基序的氨基酸序列与SEQ ID NO.73的序列的额外的N-和C-末端侧翼序列。
14.根据权利要求1到13任一项的MHC II类抗原肽,其连接MHCII类分子。
15.抗体,其与根据权利要求1到13任一项的MHC II类抗原肽反应。
16.核酸分子,其编码根据权利要求1到14任一项的肽或多肽。
17.重组核酸构建体,其包含与表达载体有效连接的根据权利要求16的核酸分子。
18.宿主细胞,其含有根据权利要求17的核酸构建体。
19.产生根据权利要求1到13任一项的MHC II类抗原肽的方法,其包括在允许所述肽表达的条件下培养权利要求18的宿主细胞并从所述细胞或者培养基回收所述肽的步骤。
20.分离和鉴定飞摩尔量MHC II类结合的RA抗原肽的方法,该方法包括
(a)以包含0.1到5μg MHC II类分子的数目提供不成熟树突细胞;
(b)将(a)的细胞与血清或者滑液接触并通过加入TNFα诱导树突细胞成熟;
(c)从细胞分离II类MHC分子-抗原肽复合体,分离所用的方法包括溶解所述细胞并通过免疫沉淀或者免疫亲和层析螯合MHC II类分子与抗原肽的复合体;
(d)在超滤管中用抗原肽洗涤所螯合的MHC II类分子与抗原肽的复合体;
(e)在37℃用经稀释的三氟乙酸从MHC II类分子洗脱结合的抗原肽,和
(f)通过液相层析和质谱法分离、检测和鉴定所分离的肽。
21.根据权利要求20的方法,其中在该方法的步骤(f)中,液相层析包括在肽洗脱步骤前使用足够从反相材料洗脱污染物的体积的第一次线性洗脱步骤。
22.根据权利要求20和21任一项的方法,其还包括
(g)通过方法分析所鉴定的肽,所述方法包含数据库和经开发用于在多个数据集间进行比较性数据分析的软件。
23.药物组合物,其包含根据权利要求1到13任一项的MHC II类抗原肽、根据权利要求15的抗体、或者选自SEQ ID NOs 40到48和SEQID NOs.123到141的多肽,和任选地药学上可接受的载体。
24.诊断组合物,其包含根据权利要求15的抗体。
25.根据权利要求1的MHC II类抗原肽的用途,其中该抗原肽是侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记。
26.根据权利要求2到7任一项的MHC II类抗原肽的用途,其中该抗原肽是非侵蚀性RA的标记。
27.根据权利要求8到13任一项的MHC II类抗原肽的用途,其中该抗原肽是侵蚀性RA的标记。
28.选自SEQ ID NOs 40到48和SEQ.ID NOs.123到141的多肽的用途,用作RA的标记,优选用作侵蚀性和/或非侵蚀性RA的标记。
29.基本上如本文前面,特别参考前面的实施例描述的抗原肽、抗体、核酸、宿主细胞、方法、组合物和用途。
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