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CN118272574B - 棉花GaIAA14基因突变位点及应用 - Google Patents

棉花GaIAA14基因突变位点及应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及棉花GaIAA14基因突变位点及应用,通过改变IAA14的2号外显子G393A,导致生长素的上调,并产生杯状叶表型,为IAA14特异性基因编辑提供新型候选靶点,促进棉花卷叶品种的选育,可以有效改善棉花群体密度大,易造成冠层郁蔽,影响群体光能利用率,后期脱叶不彻底,不利于机采的问题。

Description

棉花GaIAA14基因突变位点及应用
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,具体地说,涉及棉花GaIAA14基因突变位点及应用。
背景技术
在农作物中进行定点可控的基因编辑,有助于快速、高效地获得优良性状的植株。新疆维吾尔自治区是我国棉花的主产区,“密、矮、早”栽培技术被广泛应用。在该种植模式下,群体密度大,易造成冠层郁蔽,影响群体光能利用率,后期脱叶不彻底,不利于机采。因此,针对棉花叶片发育机理开展研究,调控叶片形态,改善冠层结构,提高有效光能利用率和脱叶率,简化栽培措施具有重要意义。
Auxin/indole-3-acetic acidAux/IAA)基因家族是生长素的早期响应因子,属于转录抑制因子,负责调控生长素下游基因的转录。生长素浓度高时,AUX/IAA蛋白会形成AUX/IAA-生长素-SCFTIR1/AFB复合物,将泛素连接到AUX/IAA蛋白上,导致AUX/IAA蛋白的降解(WEIJERS et al., 2005; PARRY et al., 2009; TAN et al., 2007)。生长素浓度低时,AUX/IAA蛋白与ARF和TPL形成三元复合物,结合在生长素调控基因的上游启动子上,抑制其转录。AUX/IAA蛋白结构域II具有保守的“GWPPV(I)”基序,该基序被称为降解子,可结合TIR1型SCF并调控AUX/IAA蛋白的降解。AUX/IAA蛋白保守结构域II的降解子“GWPPV(I)”中的氨基酸变异往往导致显性或半显性突变,产生功能获得型突变体。例如甘蓝型油菜IAA2蛋白中“GWPPV”改变为“GWSPV”(TAN et al., 2023)和“GWPSV”(HUANG et al.,2020)、IAA7蛋白中“GWPPV”改变为“EWPPV”(WEI et al., 2021)、“EWLPV”(CHENG et al.,2019)以及拟南芥IAA8蛋白中“GWPPV”改变为“EWPPV”(WANG et al., 2013)都产生了叶片卷曲。前人研究表明,IAA14在侧根形成中发挥重要作用。拟南芥slr突变体IAA14基因发生单碱基变异,导致“GWPPV”改变为“GWPSV”,产生了无侧根、耐旱、冷胁迫敏感、叶绿素生物合成基因表达上调等表型。
调控棉花叶片形态,改善冠层结构,提高有效光能利用率和脱叶率具有重要意义,但目前尚没有通过改变IAA14得到新型棉花品种的相关研究。
发明内容
本发明涉及棉花GaIAA14基因单碱基变异及其应用,通过单碱基改变来调控相应基因/蛋白功能是基因编辑技术的基本要求和目标,目的基因的关键碱基和潜在的突变类型是进行精准基因编辑的基础。本发明通过改变IAA14的2号外显子G393A,导致生长素的上调,并产生杯状叶(卷叶的一种)表型,为IAA14特异性基因编辑提供新型候选靶点,促进卷叶品种的选育。
本发明的技术方案如下:
一种与调控棉花叶片形态相关的基因突变位点,其特征在于,所述突变为位点为IAA14基因的2号外显子第393位G>A位点突变。
优选的是,所述棉花叶片形态为杯状叶形态。
IAA14基因第393位G>A位点突变在棉花株型改良中的应用。
确定与调控棉花叶片形态相关的基因突变位点的方法,包括如下步骤:
EMS诱变材料CU及野生型材料SXY1中扩增Ga03G0409(GaIAA14) 的基因组序列,将所得PCR产物切胶回收,连接转化至TOPO平末端克隆载体,进行测序分析,得到突变位点并对突变位点进行分析,再对突变表型鉴定。
优选的是,使用体积分数0.6%的EMS溶液在28 ℃下黑暗处理野生型材料SXY1种子8 h,播种于大田,经多代自交纯化,获得稳定遗传的杯状叶突变体材料CU
优选的是,PCR引物如序列1和序列2所示。使用KOD One TM PCR Master Mix-Blue-分别在EMS诱变材料CU及野生型材料SXY1中扩增Ga03G0409(GaIAA14) 的基因组序列。
PCR引物:
序列1 09F: ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGA
序列2 09R:TTAGACTCTGCTCTTGCATTTCTCC
优选的是,杯状叶基因GaIAA14,其基因组DNA (1559bp) 如序列3所示,CDS(747bp) 如序列4所示,GaIAA14单碱基G393A突变后基因组DNA (1559bp) 如序列5所示,CDS (747bp) 如序列6所示。
上述任一方案优选的是,单碱基G393A突变位于 GaIAA14的2号外显子,导致CDS发生由G到A的单碱基变异,导致 GaIAA14蛋白发生了由缬氨酸(V)到异亮氨酸(I)的替换,在三维构象上缺失了一段α螺旋。
上述任一方案优选的是,单碱基G393A突变导致CU突变体杯状叶表型。
为了鉴定有利于棉花株型改良的IAA14单碱基突变位点,本发明通过EMS诱变获取的一株亚洲棉杯状叶材料,鉴定到了IAA14基因的一个新型突变位点,可应用于基因编辑技术,定向形成杯状叶,创制适宜于密植的材料,大幅提高生产效率。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图简单地介绍,应当理解,以下附图仅示出了本发明的实施例,因此不应被看作是对范围的限定,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他相关附图。
图1为突变体CU与野生型SXY1中GaIAA14基因组序列比对图;
图2为突变体CU与野生型SXY1中GaIAA14基因CDS序列比对图;
图3为GaIAA14基因G393A突变导致CDS变异位点图;
图4为G393A突变导致GaIAA14蛋白α螺旋部分缺失结构图;
图5为单碱基G393A突变导致CU突变体杯状叶表型图。
具体实施方式
下述实施例中所使用的方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明均可从商业途径获得。
实施例
本发明确定与调控棉花叶片形态相关的基因突变位点的方法为:在EMS诱变材料CU及野生型材料SXY1中扩增Ga03G0409(GaIAA14) 的基因组序列,将所得PCR产物切胶回收,连接转化至TOPO平末端克隆载体,进行测序分析,得到突变位点并对突变位点进行分析,再对突变表型鉴定。
(1)GaIAA4单碱基G393A突变测序验证
使用体积分数0.6%的EMS溶液在28 ℃下黑暗处理野生型材料SXY1种子8 h,播种于大田,经多代自交纯化,获得稳定遗传的杯状叶突变体材料CU。如图1所示,使用KOD OneTM PCR Master Mix-Blue-分别在EMS诱变材料CU及野生型材料SXY1中扩增Ga03G0409(GaIAA14) 的基因组序列。
PCR引物:
序列109F: ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGA
序列209R:TTAGACTCTGCTCTTGCATTTCTCC
将所得PCR产物切胶回收(步骤详见天根DP209-02/DP209-03普通琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒说明书),连接至TOPO二代平末端克隆载体(5 min TA/Blunt-Zero CloningKit,25 ℃下反应5min),载体转化大肠杆菌,将大肠杆菌菌液送至擎科生物进行Sanger测序分析。结果表明,EMS诱变材料CUGaIAA14基因第393bp处发生了由G至A的突变。同理进一步在上述材料中扩增Ga03G0409(GaIAA14)的CDS序列,测序结果如图2所示,G393A单碱基突变后Ga03G0409(GaIAA14)的CDS序列出现由G至A的突变。
(2)GaIAA14单碱基G393A突变位点分析
结合测序结果发现,单碱基G393A突变位于GaIAA14的2号外显子,导致CDS发生由G到A的单碱基变异 (图3),导致GaIAA14蛋白发生了由缬氨酸(V)到异亮氨酸(I)的替换,在三维构象上缺失了一段α螺旋 (图4)。
(3)GaIAA14单碱基G393A突变表型鉴定
CU突变体中GaIAA14基因发生单碱基G393A突变,与野生型SXY1相比,CU突变体叶片的边缘向内向上卷曲,呈现杯状(图5中的C),CU突变体子叶就呈现杯状(图5中的B),整株所有真叶也都呈现杯状(图5中的A)。
本发明中杯状叶基因GaIAA14,其基因组DNA (1559bp) 如序列3所示,CDS(747bp) 如序列4所示,GaIAA14单碱基G393A突变后基因组DNA (1559bp) 如序列5所示,CDS(747bp) 如序列6所示。
序列3:
5’-ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGAACTTCAAAGAGACCGAGCTGTGTCTCGGCCTGCCTGGTGGAAGTGGTGGAGGAGGAGGAGCTGCCGCCGTCGGTGGTGGTGGTAAAAATGAAGTGGAAAGTTCCCCAAAGACCACCGGGAAAAGAGGCTACTCCGAGACTGTTGATTTGAAGCTCAATCTTCAGTCTAAAGAAGGTTGCATGGATCTGAATCAGAACCTAGAAAATGGTTCAAAAGAAAAGAATCATCTCCCTGCAAAACCACCAGCCAAgtatgtcaaaaaaaaaactaccattgaaacatattatatttgttttttttctatatttgtgtgtatatattgatttgtggttggattttaagGGCACAAGTATTGGGTTGGCCACCAGTTCGATCTTATAGGAAGAACATTATGGCTAACCAGAAGAACAACAGTGACGAAATTAGTGACAGAGCTAGCAGTGGCAGTGGGGGTGCAGCGTTTGTGAAGGTTTGCATGGATGGTGCACCATATTTGCGTAAAGTAGATTTGAAGATGTACAACAGCTACCAAAAGTTATCCGATGCCTTGGCTAAGATGTTCAGTTCCTTCACCATGGgtaagttttacggttcgaaccttaacatgcagcttagggttgatacttcatcatcatggatagatataacatttgttttttaagacaatgatatgatattttgagggttgtaatagtaagaaatctgagtaacttggtgggtttttttttttttttgaagGGAGTTATGGATGTGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTCAACAGTTCTGATTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGATGGCGACTGGATGCTCGTGGGCGATGTCCCATGGGAgtatgtttcacatattttatatatatatatatatgcatgctagtcttcattagatatctccccacagtcatgcatgcacatcttttagcagctcacctcacctacaaattaatctgctttcctttcgatatatattctagtacacccagttaggtgaaaaaattaacatttctagtatataattgagtttttattaatttattaaacgtaaaatgataaaaatattttcataattatataacttactttatacataaaagaatgttttaataatttctcagattaagttagtgtccgattgacacgtaacattaactcaattatgaacttaatataattataaatatagataaaagttgatgtacttatagtacgtaattctatgcacttaacatatctacatcaaaaaattttaaatctaaatctacttaacttcattttttaacaaaatctcatcattttatttcttattttttcacagGATGTTTGTTGAATCATGTAAACGTTTGCGCATAATGAAAGGATCAGAGGCAATAGGGCTTGgtacgtttgattttttatttatatacatacatgaattcaattcacaaatgtaaagttaatttgttgatattaatttcagCTCCAAGAGCAATGGAGAAATGCAAGAGCAGAGTCTAA-3’
序列4:
5’-ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGAACTTCAAAGAGACCGAGCTGTGTCTCGGCCTGCCTGGTGGAAGTGGTGGAGGAGGAGGAGCTGCCGCCGTCGGTGGTGGTGGTAAAAATGAAGTGGAAAGTTCCCCAAAGACCACCGGGAAAAGAGGCTACTCCGAGACTGTTGATTTGAAGCTCAATCTTCAGTCTAAAGAAGGTTGCATGGATCTGAATCAGAACCTAGAAAATGGTTCAAAAGAAAAGAATCATCTCCCTGCAAAACCACCAGCCAAGGCACAAGTATTGGGTTGGCCACCAGTTCGATCTTATAGGAAGAACATTATGGCTAACCAGAAGAACAACAGTGACGAAATTAGTGACAGAGCTAGCAGTGGCAGTGGGGGTGCAGCGTTTGTGAAGGTTTGCATGGATGGTGCACCATATTTGCGTAAAGTAGATTTGAAGATGTACAACAGCTACCAAAAGTTATCCGATGCCTTGGCTAAGATGTTCAGTTCCTTCACCATGGGGAGTTATGGATGTGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTCAACAGTTCTGATTATGTGCCAACCTAT
GAAGATAAGGATGGCGACTGGATGCTCGTGGGCGATGTCCCATGGGAGATGTTTGTTGAATCATGTAAACGTTTGCGCATAATGAAAGGATCAGAGGCAATAGGGCTTGCTCCAAGAGCAATGGAGAAATGCAAGAGCAGAGTCTAA-3’
序列5:
5’-ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGAACTTCAAAGAGACCGAGCTGTGTCTCGGCCTGCCTGGTGGAAGTGGTGGAGGAGGAGGAGCTGCCGCCGTCGGTGGTGGTGGTAAAAATGAAGTGGAAAGTTCCCCAAAGACCACCGGGAAAAGAGGCTACTCCGAGACTGTTGATTTGAAGCTCAATCTTCAGTCTAAAGAAGGTTGCATGGATCTGAATCAGAACCTAGAAAATGGTTCAAAAGAAAAGAATCATCTCCCTGCAAAACCACCAGCCAAgtatgtcaaaaaaaaaactaccattgaaacatattatatttgttttttttctatatttgtgtgtatatattgatttgtggttggattttaagGGCACAAGTATTGGGTTGGCCACCAATTCGATCTTATAGGAAGAACATTATGGCTAACCAGAAGAACAACAGTGACGAAATTAGTGACAGAGCTAGCAGTGGCAGTGGGGGTGCAGCGTTTGTGAAGGTTTGCATGGATGGTGCACCATATTTGCGTAAAGTAGATTTGAAGATGTACAACAGCTACCAAAAGTTATCCGATGCCTTGGCTAAGATGTTCAGTTCCTTCACCATGGgtaagttttacggttcgaaccttaacatgcagcttagggttgatacttcatcatcatggatagatataacatttgttttttaagacaatgatatgatattttgagggttgtaatagtaagaaatctgagtaacttggtgggtttttttttttttttgaagGGAGTTATGGATGTGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTCAACAGTTCTGATTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGATGGCGACTGGATGCTCGTGGGCGATGTCCCATGGGAgtatgtttcacatattttatatatatatatatatgcatgctagtcttcattagatatctccccacagtcatgcatgcacatcttttagcagctcacctcacctacaaattaatctgctttcctttcgatatatattctagtacacccagttaggtgaaaaaattaacatttctagtatataattgagtttttattaatttattaaacgtaaaatgataaaaatattttcataattatataacttactttatacataaaagaatgttttaataatttctcagattaagttagtgtccgattgacacgtaacattaactcaattatgaacttaatataattataaatatagataaaagttgatgtacttatagtacgtaattctatgcacttaacatatctacatcaaaaaattttaaatctaaatctacttaacttcattttttaacaaaatctcatcattttatttcttattttttcacagGATGTTTGTTGAATCATGTAAACGTTTGCGCATAATGAAAGGATCAGAGGCAATAGGGCTTGgtacgtttgattttttatttatatacatacatgaattcaattcacaaatgtaaagttaatttgttgatattaatttcagCTCCAAGAGCAATGGAGAAATGCAAGAGCAGAGTCTAA-3’
序列6:
5’-ATGCTAGGAACTGAGCATGATTTGAACTTCAAAGAGACCGAGCTGTGTCTCGGCCTGCCTGGTGGAAGTGGTGGAGGAGGAGGAGCTGCCGCCGTCGGTGGTGGTGGTAAAAATGAAGTGGAAAGTTCCCCAAAGACCACCGGGAAAAGAGGCTACTCCGAGACTGTTGATTTGAAGCTCAATCTTCAGTCTAAAGAAGGTTGCATGGATCTGAATCAGAACCTAGAAAATGGTTCAAAAGAAAAGAATCATCTCCCTGCAAAACCACCAGCCAAGGCACAAGTATTGGGTTGGCCACCAATTCGATCTTATAGGAAGAACATTATGGCTAACCAGAAGAACAACAGTGACGAAATTAGTGACAGAGCTAGCAGTGGCAGTGGGGGTGCAGCGTTTGTGAAGGTTTGCATGGATGGTGCACCATATTTGCGTAAAGTAGATTTGAAGATGTACAACAGCTACCAAAAGTTATCCGATGCCTTGGCTAAGATGTTCAGTTCCTTCACCATGGGGAGTTATGGATGTGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGCAAGTTGATGGATCTTCTCAACAGTTCTGATTATGTGCCAACCTATGAAGATAAGGATGGCGACTGGATGCTCGTGGGCGATGTCCCATGGGAGATGTTTGTTGAATCATGTAAACGTTTGCGCATAATGAAAGGATCAGAGGCAATAGGGCTTGCTCCAAGAGCAATGGAGAAATGCAAGAGCAGAGTCTAA-3’
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并不用以限制本发明,凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (2)

1.棉花GaIAA14基因在调控叶片形态中的应用,其特征在于,所述GaIAA14基因如序列5所示,所述调控为使棉花形成杯状叶。
2.如权利要求1所述的应用,其特征在于,GaIAA14基因CDS如序列6所示。
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