[go: up one dir, main page]

CN103667534A - 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒 - Google Patents

一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN103667534A
CN103667534A CN201310681720.4A CN201310681720A CN103667534A CN 103667534 A CN103667534 A CN 103667534A CN 201310681720 A CN201310681720 A CN 201310681720A CN 103667534 A CN103667534 A CN 103667534A
Authority
CN
China
Prior art keywords
hiv
nucleic acid
kit
aids
immune deficiency
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201310681720.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN103667534B (zh
Inventor
李望丰
蔡一荣
关尔鑫
赵世源
王丹
肖樊
周凯
任旭
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
NORTHEAST PHARMACEUTICAL GROUP LIAONING BIOLOGICAL PHARMACEUTICAL CO Ltd
Original Assignee
NORTHEAST PHARMACEUTICAL GROUP LIAONING BIOLOGICAL PHARMACEUTICAL CO Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by NORTHEAST PHARMACEUTICAL GROUP LIAONING BIOLOGICAL PHARMACEUTICAL CO Ltd filed Critical NORTHEAST PHARMACEUTICAL GROUP LIAONING BIOLOGICAL PHARMACEUTICAL CO Ltd
Priority to CN201310681720.4A priority Critical patent/CN103667534B/zh
Publication of CN103667534A publication Critical patent/CN103667534A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN103667534B publication Critical patent/CN103667534B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

一种应用于生物医学临床诊断领域中的艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,所述试剂盒的基因扩增位点位于HIV基因组的5’LTR保守区域;试剂盒包括磁珠法核酸提取试剂盒和HIV核酸扩增试剂盒,其中磁珠法核酸提取试剂盒包括裂解结合液、漂洗液A、漂洗液B、漂洗液C、洗脱液、磁珠液;HIV核酸扩增试剂盒包括RT-PCR反应液、酶混合液、HIV-内标、HIV定量参考品1-4、阴性质控品、临界阳性质控品、强阳性质控品。该发明操作简便快速、成本低廉、检测灵敏度高,重复性好、引物和探针基因型覆盖率高、保守性高、特异性强、引入高效的内标系统、解决靶基因和内标同时扩增而导致的相互抑制和干扰问题。

Description

一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒
技术领域
本发明涉及生物医学临床诊断领域中的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒。
背景技术
人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)是导致一种慢性致死性疾病艾滋病(Acquired immune defiiency syndrome,AIDS)的病原微生物。由于艾滋病具有传染性和高致死性,因此已经成为世界范围内重点防控的主要疾病之一。自第一例艾滋病病例于1981首次报告艾滋病病例以来,到目前为止,艾滋病已造成超过两千五百万人死亡。中国自1985年首次发现艾滋病病例以来,艾滋病的流行呈快速爬升倾向。近年来,中国艾滋病的感染与发病人数也增长较快。中国艾滋病现状,据联合国驻华机构显示的数据,目前中国艾滋病病毒感染者约84万人,加上已经过世的24万人,总数应在100万人左右。根据世界卫生组织预测,目前虽然中国艾滋病病毒携带者占总人口的比例虽然很低,但感染总人数在亚洲位居第2位,在全球居第14位。鉴于中国是世界人口基数最大,人口最为密集的国家,一旦艾滋病大规模流行将成为一场公共卫生灾难。
HIV的诊断目前常用的诊断手段包括病毒学诊断和血清学诊断,HIV感染的病毒学诊断技术常用方法为共培养法,即用正常人外周血液分离单个核细胞,加PHA刺激并培养后,加入病人单个核细胞进行艾滋病的诊断。血清学检测中,酶联免疫法是目前诊断艾滋病的一个主要手段。HIV酶联免疫试剂目前已经普遍用于临床,急诊,血液筛查等各个领域。但是,酶联免疫方法作为一种间接滞后的检测方法,他所检测的目标是人体内产生的抗体而不是病原体本身。因此,虽然酶联免疫方法经过几代的改良和进化,在灵敏度、特异性、精确度和稳定性等方面有了巨大的提高。近年来核酸分子检测技术在检验医学和临床研究中显示出强大的优势,相比较酶联免疫诊断技术具有灵敏度高、特异性强、诊断快速等优点。血清中的HIV RNA是病毒复制和艾滋病进程的确切标志,所以血清中HIV RNA的检测,已成为诊断艾滋病的“金标准”方法。近几年来,通过荧光定量PCR方法直接检测HIV RNA已经成为一种通用艾滋病医学检测方法,大大提高了艾滋病的检测准确性,有利于疾病的早期诊断,可将“窗口期”大大的缩短。在艾滋病预防过程中,艾滋病高危人群的诊断是“防艾”的关键环节,而核酸诊断试剂在确诊艾滋病病毒携带者的过程中发挥了重要作用,目前,已经成为艾滋病确诊的金标准试剂。艾滋病核酸定量检测目前已经是通过国家认证临床PCR实验室的常规检测项目之一。在艾滋病患者确诊,用药和疗效预判,以及康复治疗过程中具有指导意义。同时,艾滋病病毒载量的精确判读,也为患者提供了准确的病情控制信息。
HIV为逆转录病毒科慢病毒亚科,HIV有十分高的遗传变异率,高度变异区在env基因内,变异率为20%-30%。gag和pol基因虽然较少变异,但是也存在一定概率变异,分别为gag1基因约5%-22%,pol基因为15%。所以,对于HIV核酸检测试剂来说,所用扩增引物的保守性和基因型覆盖能力,以及检测不同基因型样品的灵敏度是否一致,一直是评价此类诊断试剂产品性能的重要指标之一。也是困扰当今HIV诊断试剂向国际化发展的技术壁垒之一。
近年来,相比于传统的病毒核酸提取技术,市场上涌现了一些简单方便的离心柱法病毒核酸提取技术,由于提取技术中的离心柱配套使用的高通量自动化离心设备成本过高,难于普及推广。因此,研究开发一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒是目前急待解决的新课题。
发明内容
本发明的目的在于提供一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒,该发明从根本上解决现有HIV-1核酸定量PCR技术存在的基因型覆盖不全、漏检率高、灵敏度低、准确性差等问题,其设计的引物和TaqMan荧光探针位于HIV基因组的5’LTR区域,该引物和探针具有基因型覆盖范围广,检测灵敏度高,特异性强、稳定性好等优点。同时应用磁珠法进行RNA提取,方法简单,核酸纯度高,提取样本可为血清或血浆,样本量大,采用内标和防污染体系提高检测精确度,采用耐DNase和RNase假病毒作为工作标准品和质控品,提高试剂盒的稳定性。
本发明的目的是这样实现的:一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,所述试剂盒的基因扩增位点位于HIV基因组的5’LTR保守区域;试剂盒包括磁珠法核酸提取试剂盒和HIV核酸扩增试剂盒,其中磁珠法核酸提取试剂盒包括裂解结合液、漂洗液A、漂洗液B、漂洗液C、洗脱液、磁珠液;HIV核酸扩增试剂盒包括RT-PCR反应液、酶混合液、HIV-内标、HIV定量参考品1-4、阴性质控品、临界阳性质控品、强阳性质控品;所述磁珠法核酸提取试剂盒中裂解结合液组成为含有十二烷基硫酸钠0.5-2.5%,Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,异硫氰酸胍2-6.0mol/L,1-10mM/L EDTA(PH7.5);所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液A组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化锂0.5-1mol/L;所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液B组成为含有TritonX-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钾0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇;所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液C组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钠0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇;所述磁珠法核酸提取试剂盒中洗脱液组成为含有10mmol/L Tris.HCl(PH8.3),0.01-0.05%Prolin300;所述磁珠法核酸提取试剂盒中磁珠液组成为直径为1μm的氧化硅超顺纳米磁珠,浓度为10-40mg/ml;所述HIV核酸扩增试剂盒中RT-PCR反应液包括用于检测靶基因和内标的探针、用于扩增靶基因和内标的上游引物以及下游引物、RT-PCR缓冲液;HIV核酸扩增试剂盒中用于检测靶基因的探针序列为:5'-ATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAGCT-'3(SEQ ID NO:1),5'端标记为FAM荧光发生基团,3'端标记为BHQ1荧光淬灭基团;用于内标检测的探针序列为:5'-CAGACTCCACATCGACCCTACCCGACTGC-'3(SEQ ID NO:2),5'端标记为HEX荧光发生基团,3'端标记为BHQ1荧光淬灭基团;用于扩增靶基因的上游引物序列为:5'-CCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAG-'3(SEQ ID NO:3);用于扩增靶基因的下游引物序列为:5'-TCACACAACAGACGGGCACACAC-'3(SEQ ID NO:4);用于扩增内标的上游引物序列为:5'-TTCGATCTCCGTCGAACCTTG-'3(SEQ ID NO:5);用于扩增内标的下游引物序列为:5'-TTCTCAGGACTCCAGTCGCTG-'3(SEQ ID NO:6);所述HIV核酸扩增试剂盒中用于检测靶基因的探针使用浓度为5-20pmol,优选靶基因探针使用浓度为8pmol;用于检测内标的探针使用浓度为5-20pmol,优选内标探针使用浓度为8pmol;用于检测靶基因的上下游引物使用浓度为10-30pmol,优选靶基因上下游引物使用浓度为20pmol;用于检测内标的上下游引物使用浓度为5-20pmol,优选内标上下游引物使用浓度为8pmol;所述HIV核酸扩增试剂盒中RT-PCR缓冲液组成为50mmol/L Tris-HCl(PH8.3),10mmol/L(NH4)2SO4,75mmol/LKCl,2.5mmol/LMgSO4,0.15mmol/L dNTPs;所述HIV核酸扩增试剂盒中酶混合液包括逆转录酶(M-MLV酶)、热启动Taq酶、尿嘧啶糖基化酶(UNG)、RNase抑制剂、T4噬菌体GP32蛋白;其中M-MLV酶用量为50-200U/人份,热启动Taq酶用量为3-8U/人份、尿嘧啶糖基化酶的用量为0.05-0.2U/人份、RNase抑制剂用量为5-10U/人份、T4噬菌体GP32蛋白用量为1-5μg/人份;所述试剂盒中HIV-内标是将序列5'-TTCGATCTCCGTCGAACCTTGCACTCTGCATCCTGGACTCATGCTGACTGCAGACTCCACATCGACCCTACCCGACTGCTCTACTGCACTCCTGCGTCATCACGCGACTGGAGTCCTGAGAA-'3(SEQ IDNO:7)插入到pUC18T载体而构成的重组体;HIV内标质粒使用浓度为100-500copies/次,优选使用浓度为100copies/次;所述试剂盒中阴性质控品为灭活阴性人源血浆,HIV定量参考品1-4,临界阳性质控品和强阳性质控品均由含有HIV RNA片段假病毒颗粒稀释而成,稀释基质为灭活阴性人源血浆;浓度分别为1.0×107,1.0×106,1.0×105,1.0×104,1.0×103,1.0×106IU/ml;所述试剂盒需要进行RT-PCR反应,其扩增的最佳反应温度和时间为:55℃逆转录20min,1个循环;95℃5min,1个循环;最后94℃10s,60℃30s,42个循环采集荧光信号;所述试剂盒检测样本类型为血清和血浆;试剂盒的检测灵敏度为100IU/ml,检测线性范围为500-1×109IU/ml;所述荧光定量RT-PCR检测过程使用了M-MLV+Taq酶的双酶一步法技术进行逆转录和扩增。
本发明的要点在于一种人类免疫缺陷病毒(HIV-1)核酸定量检测试剂盒。其基本原理是:首先采用纳米磁珠法提取血清、血浆样品中HIV RNA作为扩增模板,然后应用TaqMan荧光探针技术完成对该模板实时荧光定量RT-PCR检测过程。同时扩增体系中引入了高效的内标系统,通过检测内标是否正常来监测待测样本中是否具有PCR抑制物,避免PCR假阴性。其中,通过应用专业生物信息学软件,分析比较了1000多条HIV基因组序列,设计了高保守性、特异性和高效性的TaqMan荧光探针和引物以及内标的探针和引物。所述靶基因和内标探针分别标记FAM和HEX荧光报告基团;所述实时荧光定量PCR产物在70-130个碱基对范围。同时,荧光定量RT-PCR检测过程使用了双酶一步法技术,避免了两步法的易污染,操作繁琐,灵敏度低等众多缺陷。”
本发明试剂盒采用吸附效果好、易于纯化的磁珠法提取血清、血浆样品中艾滋病病毒核酸作为模板,应用TaqMan荧光探针技术完成对该模板荧光定量PCR检测过程。同时在反应体系中添加了高效的内标,通过检测内标是否正常来监测待测样本中是否具有PCR抑制物,避免PCR假阴性的存在。”
本发明的优点在于:
1、引物和探针基因型覆盖率高、保守性高、特异性强。经测试表明本发明能够覆盖HIV-1的9个基因型,与国际先进的艾滋病核酸诊断试剂性能基本相当。
2、检测灵敏度高,重复性好。本发明使用自主开发的磁珠法核酸提取技术,能够从样品中获得高纯度艾滋病病毒(HIV-1)核酸,消除提取物对PCR反应的干扰,加大了检测样本量,提高了检测灵敏度和稳定性。
3、引入了高效的内标系统,解决了靶基因和内标同时扩增而导致的相互抑制和干扰等问题,能够高效的监控整个PCR扩增整个过程,避免出现假阴性结果。
4、引入RNA假病毒制备工艺,增加了HIV核酸检测试剂的安全性,并能提供稳定的工作标准品和阳性质控品。同时,工作标准品和阳性质控品与样本同步参与核酸提取过程,能够很好的模拟真实病毒的提取状态。
5、本发明操作简便、快速、成本低廉,并且易于开发为自动化检测系统,以便对大量样品的进行高通量筛检。所检测的样品中包括人源或动物源的血液、精液、唾液。适合常规血液样品的检测,也适合自动化和高通量检测。该诊断试剂可以判断传染病的病情、预后和传染性,预测抗病毒治疗的效果,监测和评价抗病毒药物的疗效,提高血液和血液制品的筛选质量和应用于流行病学调查领域,为临床病原体载量的监测和治疗方案以及药物的筛选提供了重要参考。
一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒与现有技术相比,具有操作简便快速、成本低廉、检测灵敏度高,重复性好、引物和探针基因型覆盖率高、保守性高、特异性强、引入高效的内标系统、解决靶基因和内标同时扩增而导致的相互抑制和干扰问题等优点,将广泛的应用于生物医学临床诊断领域中。
附图说明
下面结合附图及实施例对本发明进行详细说明。
图1是本发明检测中检所国家灵敏度参考品血清盘检测结果图。
图2是本发明检测中检所国家阴阳性参考品血清盘检测结果图。
图3是本发明检测国际HIV基因型血清盘的检测结果图。
图4是本发明内标检测结果图。
具体实施方式
以下实施例将有助于对本发明的了解,但这些实施例仅为了对本发明加以说明,本发明并不限于这些内容。
实施例一
HIV RNA的荧光定量PCR检测实例
(1)试剂准备
a.RT-PCR反应液的配制
RT-PCR缓冲液组成为50mmol/L Tris-HCl(PH8.3),10mmol/L(NH4)2SO4,75mmol/LKCl,2.5mmol/L MgSO4,0.15mmol/L dNTPs。扩增靶基因的上游引物以及下游引物,使用浓度为20pmol,靶基因检测的探针使用浓度为8pmol,内标的上游引物以及下游引物使用浓度为8pmol,内标探针使用浓度为8pmol。
b.按比例(裂解结合液400μl/人份+内标0.1μl/人份)取相应量的裂解结合液及内标,充分混匀成裂解结合液-mix,瞬时离心后备用。
c.根据待测样本、阴性对照、阳性对照、临界阳性和工作标准品1-4的量,按比例(RT-PCR反应液28.5μl/人份+酶混合液1.5μl/人份),充分混匀成PCR-mix,瞬时离心后备用。酶混合液组成包括逆转录酶(M-MLV酶)120U、热启动Taq酶3U、尿嘧啶糖基化酶(UNG)0.1U、RNase抑制剂5U、T4噬菌体GP32蛋白1μg。
(2)标本提取
a.取适量1.5ml离心管,分别标记阴性对照、阳性对照、临界阳性对照、工作标准品1-4及待测样本,每管中加入400μl裂解结合液,裂解液组成为含有十二烷基硫酸钠0.5-2.5%,Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,异硫氰酸胍2-6.0mol/L,1-10mM EDTA(PH7.5);
b.每管加入200μl待测样本或阴性对照、阳性对照、临界阳性对照、工作标准品1-4;每管加入10μl磁珠悬液(磁珠液直径为1μm的氧化硅超顺纳米磁珠,浓度为20mg/ml),震荡混匀10秒钟后,室温静置10分钟,瞬时离心;
c.将离心管置于磁力架上吸附约2分钟,弃掉上清液,瞬时离心,吸干残液;
d.加入600μl漂洗液A,漂洗液A组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化锂0.5-1mol/L,60-80%乙醇。用移液器反复吸打10次后,瞬时离心。在磁力架上吸附2分钟,弃掉上清液,然后瞬时离心,将离心管再置于磁力架上吸附约2分钟,吸干残液;
e.加入600μl漂洗液B,所述漂洗液B组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钾0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇;用移液器反复吸打10次后,瞬时离心。在磁力架上吸附2分钟,弃掉上清液,然后瞬时离心,将离心管再置于磁力架上吸附约2分钟,吸干残液;
f.加入600μl漂洗液C,所述漂洗液C组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钠0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇。用移液器反复吸打10次后,瞬时离心。在磁力架上吸附2分钟,弃掉上清液,然后瞬时离心,将离心管再置于磁力架上吸附约2分钟,吸干残液;
g.加入40μl洗脱液,所述洗脱液为含有10mmol/L Tris.HCl(PH8.3),0.01-0.05%Prolin300。震荡混匀10秒钟,然后65℃温浴2分钟;将离心管放置在磁力架上吸附2分钟,吸出上清液。
(3)加样和检测
向含有RT-PCR反应液的反应管中,分别加入提取的样本、阴性对照、阳性对照、临界阳性对照、及工作标准品各20μl,盖紧管盖,置于PCR仪上进行检测。扩增程序如下:
以ABI7500为例,设置如表1:
表1PCR扩增程序
Figure BDA0000435754870000091
检测通道选择:荧光信号收集设定为F1(FAM)和F2(VIC)通道,然后设置四个工作标准品的浓度。
(4)结果判定
a.反应结束后保存检测数据文件;
b.分析条件设置:点击Analysis按钮进入分析界面,手动调整Baseline;
c.检测样本中500IU/ml≤HIV RNA≤1×109IU/ml,结果有效,可直接报告阳性及相应拷贝量;
d.检测样本中HIV RNA>1×109IU/ml,即可直接报告为>1×109IU/ml,也可用正常人HIV RNA阴性血清按10倍梯度做相应稀释,使其拷贝量在1×105~1×107IU/ml范围内再重新测定,测定结果应按稀释倍数进行校正;
e.检测样本中HIV RNA的拷贝量为100~500IU/ml时,同时,内标检测为阳性且Ct≤35,则报告为HIV RNA阳性,HIV RNA浓度定量值仅供参考。
f.检测样本中HIV RNA的拷贝量<100IU/ml,同时,内标检测为阳性且Ct≤35,则报告为灰区,HIV RNA浓度低于试剂盒检测下限。
g.若定量检测结果不显示,同时,内标检测为阳性且Ct≤35,则报告为HIVRNA阴性。
(5)质量控制
标准曲线的相关系数R≥0.980。阳性对照的HIV RNA拷贝量应为5×105~5×106IU/ml,临界阳性对照拷贝量应为500~5×103IU/ml,阴性对照的Ct值应不显示,同时内标的Ct≤35,试验视为有效。
(一)国家灵敏度参考品测试
以中检所HIV核酸国家定量参考品中的灵敏度参考品血清盘(B1-B5)为待测样本,采用本发明方法进行检测,检测结果见图1和表2。检测结果表明,本发明对于B1-B3的血清盘样本检测结果符合参考品说明书的质量标准,同时本发明对于低拷贝的B4和B5也能够有效的检出,表明本发明的检测灵敏度符合国家的规范要求。
表2中检所国家灵敏度参考品检测结果
灵敏度参考品 产品质量标准(IU/ml) 实际检测值 结果评价
B1 8.71E+04—4.88E+05 符合
B2 2.25E+03—1.51E+05 符合
B3 2.42E+02—1.57E+04 符合
(二)国家阴阳性参考品测试
以中检所HIV核酸国家定量参考品中的阴阳性参考品血清盘(N1-N8,P1-P8)为待测样本,采用本发明方法进行检测,检测结果见图2。检测结果表明,本发明对于阴性参考品血清盘N1-N8的检测结果皆为阴性,对于阳性参考品血清盘P1-P8的检测结果都为阳性,符合参考品说明书的质量标准。表明本发明的试剂检测特异性符合国家的规范要求。
(三)国家基因型血清盘测试
以国际NIBSC HIV-1基因型血清盘,包括A,B,C,D,AE,F,G,AG-GH和O等共9个基因型作为待测样本,采用本发明方法进行检测,检测结果见图3。检测结果表明,本发明对于A,B,C,D,AE,F,G,AG-GH和O等9个基因型都能够有效的检出。表明本发明的基因型覆盖率至少能够涵盖9个基因型。
(四)内标干扰测试
以中检所的灵敏度参考品血清盘(B1-B6)和阳性参考品血清盘(P1-P8)为待测样本,在测试样本中添加HIV内标,每个样本中内标添加浓度为100copies。测试结果表明,在这14个样本检测过程中,内标检测信号稳定,内标阳性检出率为100%。并且内标没有对低浓度的B5血清盘(浓度约为100IU/ml)样本检测带来负面影响。同时高浓度的B1血清盘(浓度约为1x106IU/ml)样本也没有对内标扩增产生影响,结果如图4。测试结果表明,运用本发明的内标能够对PCR扩增假阴性起到高效的监控作用。
综上,本发明与目前国内外常用的柱提法相比,无论是在基因型覆盖率,灵敏度上,还是在操作的简便程度上都有很大的优势。本发明适用于临床血液检测和诊断,监测和评价药物的疗效,也可用于中心血站血液筛查以及流行病学调查。

Claims (12)

1.一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述试剂盒的基因扩增位点位于HIV基因组的5’LTR保守区域。
2.一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:试剂盒包括磁珠法核酸提取试剂盒和HIV核酸扩增试剂盒,其中磁珠法核酸提取试剂盒包括裂解结合液、漂洗液A、漂洗液B、漂洗液C、洗脱液、磁珠液;HIV核酸扩增试剂盒包括RT-PCR反应液、酶混合液、HIV-内标、HIV定量参考品1-4、阴性质控品、临界阳性质控品、强阳性质控品。
3.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述磁珠法核酸提取试剂盒中裂解结合液组成为含有十二烷基硫酸钠0.5-2.5%,Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,异硫氰酸胍2-6.0mol/L,1-10mM/L EDTA(PH7.5);所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液A组成为含有TritonX-1000.5-2.0ml/100ml,氯化锂0.5-1mol/L;所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液B组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钾0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇;所述磁珠法核酸提取试剂盒中漂洗液C组成为含有Triton X-1000.5-2.0ml/100ml,氯化钠0.1-0.3mol/L,60-80%乙醇;所述磁珠法核酸提取试剂盒中洗脱液组成为含有10mmol/L Tris.HCl(PH8.3),0.01-0.05%Prolin300;所述磁珠法核酸提取试剂盒中磁珠液组成为直径为1μm的氧化硅超顺纳米磁珠,浓度为10-40mg/ml。
4.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述HIV核酸扩增试剂盒中RT-PCR反应液包括用于检测靶基因和内标的探针、用于扩增靶基因和内标的上游引物以及下游引物、RT-PCR缓冲液;HIV核酸扩增试剂盒中用于检测靶基因的探针序列为:5'-ATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAGCT-'3(SEQ ID NO:1),5'端标记为FAM荧光发生基团,3'端标记为BHQ1荧光淬灭基团;用于内标检测的探针序列为:5'-CAGACTCCACATCGACCCTACCCGACTGC-'3(SEQ ID NO:2),5'端标记为HEX荧光发生基团,3'端标记为BHQ1荧光淬灭基团;用于扩增靶基因的上游引物序列为:5'-CCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAG-'3(SEQ ID NO:3);用于扩增靶基因的下游引物序列为:5'-TCACACAACAGACGGGCACACAC-'3(SEQ ID NO:4);用于扩增内标的上游引物序列为:5'-TTCGATCTCCGTCGAACCTTG-'3(SEQ ID NO:5);用于扩增内标的下游引物序列为:5'-TTCTCAGGACTCCAGTCGCTG-'3(SEQ ID NO:6)。
5.如权利要求2或4所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述HIV核酸扩增试剂盒中用于检测靶基因的探针使用浓度为5-20pmol,优选靶基因探针使用浓度为8pmol;用于检测内标的探针使用浓度为5-20pmol,优选内标探针使用浓度为8pmol;用于检测靶基因的上下游引物使用浓度为10-30pmol,优选靶基因上下游引物使用浓度为20pmol;用于检测内标的上下游引物使用浓度为5-20pmol,优选内标上下游引物使用浓度为8pmol。
6.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述HIV核酸扩增试剂盒中RT-PCR缓冲液组成为50mmol/LTris-HCl(PH8.3),10mmol/L(NH4)2SO4,75mmol/LKCl,2.5mmol/LMgSO4,0.15mmol/L dNTPs。
7.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述HIV核酸扩增试剂盒中酶混合液包括逆转录酶(M-MLV酶)、热启动Taq酶、尿嘧啶糖基化酶(UNG)、RNase抑制剂、T4噬菌体GP32蛋白;其中M-MLV酶用量为50-200U/人份,热启动Taq酶用量为3-8U/人份、尿嘧啶糖基化酶的用量为0.05-0.2U/人份、RNase抑制剂用量为5-10U/人份、T4噬菌体GP32蛋白用量为1-5μg/人份。
8.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述试剂盒中HIV-内标是将序列5'-TTCGATCTCCGTCGAACCTTGCACTCTGCATCCTGGACTCATGCTGACTGCAGACTCCACATCGACCCTACCCGACTGCTCTACTGCACTCCTGCGTCATCACGCGACTGGAGTCCTGAGAA-'3(SEQ IDNO:7)插入到pUC18T载体而构成的重组体;HIV内标质粒使用浓度为100-500copies/次,优选使用浓度为100copies/次。
9.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述试剂盒中阴性质控品为灭活阴性人源血浆,HIV定量参考品1-4,临界阳性质控品和强阳性质控品均由含有HIV RNA片段假病毒颗粒稀释而成,稀释基质为灭活阴性人源血浆;浓度分别为1.0×107,1.0×106,1.0×105,1.0×104,1.0×103,1.0×106IU/ml。
10.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述试剂盒需要进行RT-PCR反应,其扩增的最佳反应温度和时间为:55℃逆转录20min,1个循环;95℃5min,1个循环;最后94℃10s,60℃30s,42个循环采集荧光信号。
11.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述试剂盒检测样本类型为血清和血浆;试剂盒的检测灵敏度为100IU/ml,检测线性范围为500-1×109IU/ml。
12.如权利要求2所述的一种艾滋病(HIV-1)高精确核酸定量检测试剂盒,其特征在于:所述荧光定量RT-PCR检测过程使用了M-MLV+Taq酶的双酶一步法技术进行逆转录和扩增。
CN201310681720.4A 2013-12-12 2013-12-12 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒 Active CN103667534B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310681720.4A CN103667534B (zh) 2013-12-12 2013-12-12 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310681720.4A CN103667534B (zh) 2013-12-12 2013-12-12 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN103667534A true CN103667534A (zh) 2014-03-26
CN103667534B CN103667534B (zh) 2015-03-25

Family

ID=50306304

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201310681720.4A Active CN103667534B (zh) 2013-12-12 2013-12-12 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN103667534B (zh)

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106119413A (zh) * 2016-07-01 2016-11-16 浙江省疾病预防控制中心 一种艾滋病病毒多重荧光pcr检测试剂盒及检测方法
CN107326102A (zh) * 2017-08-01 2017-11-07 广西中医药大学附属瑞康医院(广西中西医结合医院) 一种艾滋病试剂盒
CN107523648A (zh) * 2017-07-26 2017-12-29 李桂秋 一种人类免疫缺陷病毒核酸定量检测试剂盒
CN108998570A (zh) * 2018-08-14 2018-12-14 首都医科大学附属北京佑安医院 可覆盖多亚型的hiv-1总dna定量检测引物对、探针及检测试剂盒
CN112159866A (zh) * 2020-04-03 2021-01-01 苏州艾可瑞斯生物科技有限公司 一种基于流感病毒载体的hiv-1核酸检测质控品的制备方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009128960A2 (en) * 2008-01-14 2009-10-22 Ultrapid Nanodiagnostics, Inc. Rapid test including genetic sequence probe
CN103074446A (zh) * 2013-01-10 2013-05-01 湖南圣湘生物科技有限公司 一种人类免疫缺陷病毒核酸检测试剂盒
CN103276091A (zh) * 2013-06-05 2013-09-04 杭州市儿童医院 一种检测hiv前病毒dna的试剂盒

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2009128960A2 (en) * 2008-01-14 2009-10-22 Ultrapid Nanodiagnostics, Inc. Rapid test including genetic sequence probe
WO2009128960A3 (en) * 2008-01-14 2010-03-11 Ultrapid Nanodiagnostics, Inc. Rapid test including genetic sequence probe
CN103074446A (zh) * 2013-01-10 2013-05-01 湖南圣湘生物科技有限公司 一种人类免疫缺陷病毒核酸检测试剂盒
CN103276091A (zh) * 2013-06-05 2013-09-04 杭州市儿童医院 一种检测hiv前病毒dna的试剂盒

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106119413A (zh) * 2016-07-01 2016-11-16 浙江省疾病预防控制中心 一种艾滋病病毒多重荧光pcr检测试剂盒及检测方法
CN107523648A (zh) * 2017-07-26 2017-12-29 李桂秋 一种人类免疫缺陷病毒核酸定量检测试剂盒
CN107326102A (zh) * 2017-08-01 2017-11-07 广西中医药大学附属瑞康医院(广西中西医结合医院) 一种艾滋病试剂盒
CN108998570A (zh) * 2018-08-14 2018-12-14 首都医科大学附属北京佑安医院 可覆盖多亚型的hiv-1总dna定量检测引物对、探针及检测试剂盒
CN108998570B (zh) * 2018-08-14 2021-11-02 首都医科大学附属北京佑安医院 可覆盖多亚型的hiv-1总dna定量检测引物对、探针及检测试剂盒
CN112159866A (zh) * 2020-04-03 2021-01-01 苏州艾可瑞斯生物科技有限公司 一种基于流感病毒载体的hiv-1核酸检测质控品的制备方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN103667534B (zh) 2015-03-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103642942B (zh) 一种丙型肝炎病毒(hcv)高精确核酸定量检测试剂盒
CN103642941B (zh) 一种乙型肝炎病毒(hbv)核酸定量检测试剂盒
Cui et al. Diagnostic methods and potential portable biosensors for coronavirus disease 2019
Diao et al. Accuracy of a nucleocapsid protein antigen rapid test in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection
Lin et al. Comparison of throat swabs and sputum specimens for viral nucleic acid detection in 52 cases of novel coronavirus (SARS-Cov-2)-infected pneumonia (COVID-19)
Shen et al. A rapid and sensitive recombinase aided amplification assay to detect hepatitis B virus without DNA extraction
Mahapatra et al. Clinically practiced and commercially viable nanobio engineered analytical methods for COVID-19 diagnosis
Sharma et al. COVID-19 diagnosis: current and future techniques
Rockett et al. Detection of novel polyomaviruses, TSPyV, HPyV6, HPyV7, HPyV9 and MWPyV in feces, urine, blood, respiratory swabs and cerebrospinal fluid
CN103667534B (zh) 一种艾滋病(hiv-1)高精确核酸定量检测的方法及其试剂盒
CN103898239B (zh) 一种同管检测htlv-i和htlv-ii前病毒的引物和方法
Butler et al. High prevalence of hepatitis delta virus in Cameroon
Shen et al. Comparison of four commercial RT‐PCR diagnostic kits for COVID‐19 in China
Zhang et al. Rapid and sensitive detection of hepatitis B virus by lateral flow recombinase polymerase amplification assay
Drain et al. Duration of viral infectiousness and correlation with symptoms and diagnostic testing in non-hospitalized adults during acute SARS-CoV-2 infection: A longitudinal cohort study
Ali et al. Assessment of cell free mitochondrial DNA as a biomarker of disease severity in different viral infections
Farrukh et al. How strong is the evidence that it is possible to get SARS‐CoV‐2 twice? A systematic review
Kapoor et al. Validation of the VirCapSeq-VERT system for differential diagnosis, detection, and surveillance of viral infections
Lei et al. Different methods of COVID-19 detection
Besombes et al. Performances of NeuMoDx™, a random-access system for hepatitis B virus DNA and hepatitis C virus RNA quantification
Chang et al. Field evaluation of Abbott Real Time HIV-1 Qualitative test for early infant diagnosis using dried blood spots samples in comparison to Roche COBAS Ampliprep/COBAS TaqMan HIV-1 Qual Test in Kenya
CN112011605B (zh) 微生物菌群在疾病诊断中的应用
Xia et al. Serological test is an efficient supplement for detecting RNA to confirm SARS-CoV-2 infection
Poljak Simplification of hepatitis C testing: a time to act
Chen et al. The current status and future prospects of CRISPR-based detection of monkeypox virus: A review

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant