Nombor Suruhanjaya Enzim

Nombor Suruhanjaya Enzim (nombor EC) ialah skema pengelasan berangka bagi enzim berdasarkan tindak balas kimia yang dimangkinkannya.^[1] Sebagai sistem tatanama enzim, setiap nombor EC dikaitkan dengan nama yang disyorkan bagi tindak balas pemangkinan enzim sepadan.

Nombor EC tidak menyatakan enzim, tetapi tindak balas yang dimangkinkan enzim. Jika enzim yang berbeza (contohnya daripada organisma yang berbeza) memangkinkan tindak balas yang sama, maka mereka menerima nombor EC yang sama.^[2] Tambahan pula, melalui evolusi konvergen, lipatan protein yang berbeza boleh memangkinkan tindak balas yang sama (ini kadangkala dipanggil enzim berfungsi sama bukan homolog),^[3] dan oleh itu akan diberikan nombor EC yang sama. Sebaliknya, pengecam UniProt menentukan protein secara khusus mengikut urutan asid aminonya.^[4]

Format nombor

Setiap kod enzim terdiri daripada huruf "EC" diikuti dengan empat nombor yang dipisahkan oleh noktah. Nombor tersebut mewakili pengelasan enzim yang semakin khusus. Nombor EC awal wujud dan mempunyai 'n' sebagai sebahagian daripada digit keempat (siri) (cth EC 3.5.1.n3).^[2]

Sebagai contoh, aminopeptidase tripeptida mempunyai kod "EC 3.4.11.4", yang komponennya menunjukkan kumpulan enzim berikut:

Enzim EC 3 ialah enzim hidrolase (enzim yang menggunakan air untuk memecahkan beberapa molekul lain)
EC 3.4 ialah hidrolase yang bertindak terhadap ikatan peptida
EC 3.4.11 ialah hidrolase yang memisahkan asid amino terminal amino daripada polipeptida
EC 3.4.11.4 ialah yang memisahkan hujung terminal amino daripada tripeptida

Kod peringkat teratas

NB: Nombor pengelasan enzim adalah berbeza daripada 'NOMBOR FORMAT'

Nombor EC peringkat atas ^[5]
Kelas	Reaksi dimangkin	Tindak balas am	Contoh enzim dengan nama lazim
EC 1 Oksidoreduktase	Tindak balas pengoksidaan/penurunan; pemindahan atom atau elektron H dan O daripada satu bahan ke bahan yang lain	AH + B → A + BH (penurunan) A + O → AO (pengoksidaan)	Dehidrogenase, oksidase
EC 2 Transferase	Pemindahan kumpulan berfungsi dari satu bahan ke bahan lain. Kumpulan itu mungkin kumpulan metil-, asil-, amino- atau fosfat	AB + C → A + BC	Transaminase, kinase
EC 3 Hidrolase	Pembentukan dua produk daripada substrat melalui hidrolisis	AB + H ₂ O → AOH + BH	Lipase, amilase, peptidase, fosfatase
EC 4 Liases	Penambahan bukan hidrolitik atau penyingkiran kumpulan daripada substrat. Bon CC, CN, CO atau CS boleh dibelah	RCOCOOH → RCOH + CO ₂ atau [X-A+BY] → [A=B + XY]	Dekarboksilase
EC 5 Isomerase	Penyusunan semula intramolekul, iaitu perubahan isomerisasi dalam satu molekul	ABC → BCA	Isomerase, mutase
EC 6 Ligase	Mencantumkan dua molekul melalui sintesis ikatan CO, CS, CN atau CC baharu dengan pecahan serentak ATP	X + Y + ATP → XY + ADP + P_i	Sintetase
EC 7 Translokase	Memangkinkan pergerakan ion atau molekul merentasi membran atau pemisahannya dalam membran		Pengangkut

Persamaan tindak balas

Persamaan antara tindak balas enzim boleh dikira dengan menggunakan perubahan ikatan, pusat tindak balas atau metrik substruktur (dahulunya EC-BLAST, kini Portal Enzim EMBL-EBI).^[6]

Sejarah

Sebelum pembangunan sistem nombor EC, enzim telah dinamakan dengan sewenang-wenangnya, dan nama yang memberikan sedikit atau tiada petunjuk tentang tindak balas yang dimangkin seperti "enzim kuning lama" dan "enzim malik" biasa diberi. Kebanyakan nama ini telah tidak digunakan, walaupun beberapa nama, terutamanya enzim proteolik dengan kekhususan yang sangat rendah seperti pepsin dan papain masih digunakan kerana pengelasan rasional berdasarkan pengkhususan adalah sangat sukar.

Menjelang tahun 1950-an, aneka penamaan sebegini menjadi terlalu ketara, dan selepas Hoffman-Ostenhof^[7] dan Dixon dan Webb^[8] telah mencadangkan skema yang agak serupa untuk mengelaskan tindak balas pemangkin enzim, Kongres Antarabangsa Biokimia di Brussels menubuhkan Suruhanjaya Enzim di bawah jawatan pengerusi Malcolm Dixon pada tahun 1955. Versi pertama diterbitkan pada tahun 1961, dan Suruhanjaya Enzim telah dibubarkan pada masa itu, walaupun namanya kekal dalam istilah Nombor EC. Edisi keenam semasa, diterbitkan oleh Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa (IUBMB) pada tahun 1992 sebagai versi terakhir yang diterbitkan sebagai buku bercetak, mengandungi 3196 enzim berbeza. Tambahan 1-4 diterbitkan pada 1993–1999. Tambahan seterusnya telah diterbitkan secara elektronik di laman web Jawatankuasa Tatanama Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa.^[5] Pada Ogos 2018, IUBMB mengubah suai sistem dengan menambahkan kategori EC 7 di peringkat teratas bagi translokase.^[9]

Rujukan

^ Webb, E. C. (1992). Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Academic Press. ISBN 978-0-12-227164-9.
^ ^a ^b "ENZYME (Enzyme nomenclature database)". ExPASy. Diarkibkan daripada yang asal pada 21 March 2019. Dicapai pada 24 April 2019.
^ "Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution". Biology Direct. 5 (1): 31. 2010. doi:10.1186/1745-6150-5-31. PMC 2876114. PMID 20433725.
^ "UniProt: the Universal Protein knowledgebase". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D115–9. Jan 2004. doi:10.1093/nar/gkh131. PMC 308865. PMID 14681372.
^ ^a ^b Moss GP. "Recommendations of the Nomenclature Committee". International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse. Diarkibkan daripada yang asal pada 2018-09-10. Dicapai pada 2006-03-14.
^ "EC-BLAST: a tool to automatically search and compare enzyme reactions". Nature Methods. 11 (2): 171–174. Feb 2014. doi:10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987. PMID 24412978.
^ Hoffman-Ostenhof, O (1953). "Suggestions for a more rational classification and nomenclature of enzymes". Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology. Advances in Enzymology and Related Subjects of Biochemistry. 14. m/s. 219–260. doi:10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID 13057718.
^ Dixon, M; Webb, E.C. (1958). Enzymes. London: Longmans Green. m/s. 183–227.
^ Tipton, Keith (August 2018). "Enzyme Nomenclature News: Translocases (EC 7): A new EC Class". ExplorEnz: the primary source of the IUBMB enzyme list. Diarkibkan daripada yang asal pada 10 September 2018. Dicapai pada 3 November 2018.

Pautan luar

Nomenklatur Enzim, laman web berwibawa oleh Jawatankuasa Tatanama Kesatuan Biokimia dan Biologi Molekul Antarabangsa, yang diselenggara oleh GP Moss
Pangkalan data nomenklatur enzim — oleh ExPASy
Senarai semua nombor EC — oleh BRENDA
Semak imbas struktur PDB mengikut nombor EC
Semak imbas domain SCOP mengikut nombor EC — mengikut dcGO
Bandingkan nombor EC menggunakan EC-Blast Diarkibkan 2019-05-30 di Wayback Machine </link>

[isbn0-12-227164-5-1] Webb, E. C. (1992). Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Academic Press. ISBN 978-0-12-227164-9.

[expasy-2] "ENZYME (Enzyme nomenclature database)". ExPASy. Diarkibkan daripada yang asal pada 21 March 2019. Dicapai pada 24 April 2019.

[pmid20433725-3] "Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution". Biology Direct. 5 (1): 31. 2010. doi:10.1186/1745-6150-5-31. PMC 2876114. PMID 20433725.

[pmid14681372-4] "UniProt: the Universal Protein knowledgebase". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): D115–9. Jan 2004. doi:10.1093/nar/gkh131. PMC 308865. PMID 14681372.

[moss-5] Moss GP. "Recommendations of the Nomenclature Committee". International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse. Diarkibkan daripada yang asal pada 2018-09-10. Dicapai pada 2006-03-14.

[asad-6] "EC-BLAST: a tool to automatically search and compare enzyme reactions". Nature Methods. 11 (2): 171–174. Feb 2014. doi:10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987. PMID 24412978.

[7] Hoffman-Ostenhof, O (1953). "Suggestions for a more rational classification and nomenclature of enzymes". Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology. Advances in Enzymology and Related Subjects of Biochemistry. 14. m/s. 219–260. doi:10.1002/9780470122594.ch7. ISBN 9780470122594. PMID 13057718.

[8] Dixon, M; Webb, E.C. (1958). Enzymes. London: Longmans Green. m/s. 183–227.

[9] Tipton, Keith (August 2018). "Enzyme Nomenclature News: Translocases (EC 7): A new EC Class". ExplorEnz: the primary source of the IUBMB enzyme list. Diarkibkan daripada yang asal pada 10 September 2018. Dicapai pada 3 November 2018.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]