Conference Presentations by Jean-Michel Savoie
Communication du Séminaire d'archéobotanique de l'UMR AASPE, 26 mars 2019, MNHN, Paris
Les... more Communication du Séminaire d'archéobotanique de l'UMR AASPE, 26 mars 2019, MNHN, Paris
Les vestiges carpologiques découverts dans les comblements de silos archéologiques permettent d’aborder, notamment par comparaison avec les observations ethnographiques publiées (Gast et Sigaut 1979, 1981), plusieurs questions essentielles à la compréhension de ces structures, qu’il s’agisse de comblements en position primaire (espèces et types de restes stockés, état de nettoyage avant stockage, caractère monospécifique ou mixte du stock, destination humaine ou animale) ou secondaire (existence de rejets de stockage aérien en silo, gammes de plantes consommées, activités domestiques, artisanat, terroirs exploités, etc.). La découverte en France médiévale méditerranéenne de grandes aires d’ensilage comptant parfois plus de 2 000 silos redynamise aujourd’hui les questionnements liés aux pratiques de l’ensilage, et invite à repenser le mode de fonctionnement et le rôle de ces structures dans les sociétés passées.
En ce sens, le Projet Collectif de Recherche « Expérimentation archéologique d’ensilage souterrain préindustriel » (dir. C. Dominguez, E. Yebdri, Inrap) mène actuellement une recherche archéologique et archéobotanique expérimentale dont les premières phases de terrain ont démarré en 2016, en collaboration avec le SRA Languedoc-Roussillon, l’Inrap et l’INRA de Perpignan. Ces recherches sont menées au moyen de deux approches : (1) une approché archéologique, par la multiplication des fouilles d’aires d’ensilage, et l’application de protocoles d’observations et de prélèvements précis et d’études carpologiques systématiques, et (2) une approche expérimentale, par la création ex nihilo d’une nouvelle aire d’ensilage fonctionnelle. L’enjeu global au terme de ce travail est d’éclairer la communauté des archéologues sur différentes questions: gestion et évolution des stocks végétaux, des structures, taphonomie de constitution des comblements. Les différents aspects étudiés concernent ainsi à la fois la construction, le fonctionnement, le réemploi et le processus d’abandon du silo.
Par l’approche archéobotanique expérimentale, la recherche menée consiste à documenter plusieurs questions : effet(s) du stockage en silo sur la préservation/la dégradation des restes ensilés, rôle du nettoyage des récoltes sur la qualité de la conservation des semences, rôle et avantages du stockage mixte, effet de l’humidité sur le stock, risques de préservation du stock lors d’un nettoyage du silo par le feu, etc. Ce projet est prévu sur le temps long (10 ans) et comprend un rapport d’activité annuel. Les premiers résultats obtenus sont encourageants : les stocks de féveroles ensilés en 2016, récupérés à l’automne 2017, présentent un mode de conversation qui n’est pas décrit dans la littérature ethnographique et permettent de repenser la manière d’interpréter les assemblages carpologiques rencontrés dans les comblements de silos archéologiques.
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Papers by Jean-Michel Savoie
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Molecules
Enniatins are mycotoxins produced by Fusarium species contaminating cereals and various agricultu... more Enniatins are mycotoxins produced by Fusarium species contaminating cereals and various agricultural commodities. The co-occurrence of these mycotoxins in large quantities with other mycotoxins such as trichothecenes and the possible synergies in toxicity could lead to serious food safety problems. Using the agar dilution method, Ammoides pusilla was selected among eight Tunisian plants for the antifungal potential of its essential oil (EO) on Fusarium avenaceum mycelial growth and its production of enniatins. Two EO batches were produced and analyzed by GC/MS-MS. Their activities were measured using both contact assays and fumigant tests (estimated IC50 were 0.1 µL·mL−1 and 7.6 µL·L−1, respectively). The A. pusilla EOs and their volatiles inhibited the germination of spores and the mycelial growth, showing a fungistatic but not fungicidal activity. The accumulation of enniatins was also significantly reduced (estimated IC50 were 0.05 µL·mL−1 for the contact assays and 4.2 µL·L−1 fo...
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Journal of the Science of Food and Agriculture, 2016
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Bioresource Technology, 1995
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Agronomie, 1993
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BASE
Description of the subject. Pleurotus species are cultivated on lignocellulosic substrates, in wh... more Description of the subject. Pleurotus species are cultivated on lignocellulosic substrates, in which contaminant fungi such as Trichoderma spp. are common. A selective substrate for Pleurotus provides the necessary conditions for protection against contaminants. Studies show that Paenibacillus polymyxa and other thermophilic bacteria benefit from the selectivity of Pleurotus cultivation substrate, however, little is known regarding these bacterial communities. Objectives. To evaluate the effect of substrate inoculation with Paenibacillus polymyxa on the productivity of Pleurotus pulmonarius and its protection against Trichoderma. Method. Barley straw inoculated with P. polymyxa and non-inoculated straw (control) was used following 0, 3 or 5 days of fermentation prior to heat treatment in order to produce the cultivation substrate. The microbiological content before and after the heat treatment, the mycelial colonization by P. pulmonarius and Trichoderma viride in competition and the...
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Toxins
The maize pathogen Fusarium verticillioides and their mycotoxins cause damage to plants, animals,... more The maize pathogen Fusarium verticillioides and their mycotoxins cause damage to plants, animals, and human health. This work aimed to evaluate the effect of crude extracts (CEs) from Agaricus subrufescens, Lentinula edodes, and Pleurotus ostreatus fruiting bodies on in vitro production of biomass and mycotoxins by two strains of F. verticillioides. Stipes and pilei were separated before extraction for A. subrufescens and L. edodes. Comparative metabolomics and dereplication of phenolic compounds were used to analyze all CEs. Mushroom CEs did not significantly inhibit the production of mycelial biomass at concentrations of 2 mg mL−1. CEs from A. subrufescens (stipes and pilei) and L. edodes pilei inhibited the production of fumonisins B1 + B2 + B3 by 54% to 80%, whereas CE from P. ostreatus had no effect. In contrast, CE from L. edodes stipes dramatically increased the concentration of fumonisins in culture media. Fusaric acid concentration was decreased in cultures by all CEs excep...
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Scientia Fungorum
Background: Biological control for cereal diseases caused by mycotoxigenic fungi is part of the a... more Background: Biological control for cereal diseases caused by mycotoxigenic fungi is part of the alternative methods to be developed to secure food and feed production, recognizing the negative effects these fungi have on crop yield and their potential production of mycotoxins. Objective: Update recent knowledge about the potential of mushroom-forming fungi as biological control agents of mycotoxigenic fungi species, acting as antagonists on crop debris, as source of active extracts with antifungal and/or antimycotoxin properties and as detoxifying agents in solid-state fermentation processes of contaminated cereals. Methods: A literature review of the published works was carried out, the main topics were analyzed, as well as the species with the greatest potential of biological control agents of mycotoxingenic fungi. Results and conclusions: Mushroom forming fungi could be used as antagonists on crop debris or grains, as sources of active extracts with antifungal and/or antimycotoxi...
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Journal of the science of food and agriculture, Jan 23, 2018
Systemic infection through the seed is one of the routes used by mycotoxinogen pathogen Fusarium ... more Systemic infection through the seed is one of the routes used by mycotoxinogen pathogen Fusarium verticillioides for colonizing maize plants. The prohibition of most of the chemical fungicides by the EU promote the research of plant resistance inducers as an effective and sustainable alternative. Induction of a priming state in maize seeds might affect their susceptibility for contamination and accumulation of fumonisins. This state in plants, by a natural fertilizer applied called Chamae on maize seeds, was investigate in two varieties to control the colonization by the fungus and the accumulation of fumonisins B1, B2, and B3, germinating seeds, died plants and yield. After inoculation of F. verticillioides on germinating seeds, the colonization by the fungus and the accumulation of fumonisins were significantly lower in seedlings coming from treated seeds. A significant number of plant stop their development by necrosis. In a field trial, the 0,01% application dilution showed a lo...
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G3 (Bethesda, Md.), Jan 26, 2016
Comparative linkage mapping can rapidly facilitate the transfer of genetic information from model... more Comparative linkage mapping can rapidly facilitate the transfer of genetic information from model species to orphan ones. If such a macrosynteny analysis approach has been extensively used in plant species, few example are available in fungi and even less in mushroom crop species. Among them, the Agaricus genus comprises the most cultivable or potentially cultivable species. Agaricus bisporus, the button mushroom, is the model for edible and cultivable mushroom. We developed the first genetic linkage map for the basidiomycete Agaricus subrufescens, an emerging mushroom crop known for its therapeutic properties and potential medicinal applications. The map includes 202 markers distributed over 16 linkage groups and covers a total length of 1701 cM, with an average marker spacing of 8.2 cM. Using 96 homologous loci, we also demonstrated the high level of macrosynteny with the genome of A. bisporus. The 13 main linkage groups of A. subrufescens were syntenic to the 13 A. bisporus chrom...
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Mushroom Biotechnology, 2016
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Mushroom Biotechnology, 2016
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Applied Microbiology and Biotechnology, 2015
Strain breeding is much less advanced in the edible and medicinal species Agaricus subrufescens t... more Strain breeding is much less advanced in the edible and medicinal species Agaricus subrufescens than in Agaricus bisporus, the button mushroom. Both species have a unifactorial system of sexual incompatibility, a mating type locus tightly linked to a centromere, and basidia producing both homokaryotic (n) and heterokaryotic (n + n) spores. In A. bisporus, breeding is mainly based on direct selection among the heterokaryotic offspring and on hybridization between homokaryotic offspring. The parental heterozygosity is highly maintained in the heterokaryotic offspring due to suppression of recombination and preferential pairing in the spores of nuclei, each one per second meiotic divisions; such "non-sister nuclei" heterokaryons are fertile. In A. subrufescens, recent studies revealed that recombination is not suppressed and that nuclei from the same second meiotic division can also be paired in a spore that give rise to a "sister nuclei" heterokaryon in which the nuclei bear the same mating type allele. The objective of the present work was to investigate the potential function of the different categories of spores in A. subrufescens and their possible use in a genetic breeding program. Using eight co-dominant molecular markers, we found that half of the offspring of the A. subrufescens strain WC837 were heterokaryotic, one quarter of them being sister nuclei heterokaryons. These heterokaryons were infertile and behaved like homokaryons, being even able to cross between each other. In contrast, non-sister nuclei heterokaryons could fruit but inconsistently due to inbreeding depression. Potential roles of these two categories of heterokaryons in nature and consequences for strain breeding are discussed.
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Revista Iberoamericana de Micología
Mycelial growth rates are presented for 11 strains of Lentinula edodes and six strains of Lentinu... more Mycelial growth rates are presented for 11 strains of Lentinula edodes and six strains of Lentinula boryana cultivated on solid media: derived from malt extract (MEA); malt yeast extract (YMEA); and, YMEA plus soluble lignin derivatives (YMEA+WSLD). The results were compared with data for mycelial growth rates, of the same strains cultivated on substrates derived from wheat straw treated at different temperatures (50, 65, 75 and autoclaving at 121 degrees C). In general, the addition of WSLD significantly reduced mycelial growth rates in both species. The greatest mycelial growth rate was obtained on sterilized straw at 121 degrees C for the majority of strains. However, this growth was not significantly different from that obtained at 75 degrees C. L. edodes showed greater growth rates than L. boryana. The feasibility of using estimates of mycelial growth rate on YMEA and YMEA+WSLD are discussed as possible indicators of a strain's potential for mycelial growth on substrates de...
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Conference Presentations by Jean-Michel Savoie
Les vestiges carpologiques découverts dans les comblements de silos archéologiques permettent d’aborder, notamment par comparaison avec les observations ethnographiques publiées (Gast et Sigaut 1979, 1981), plusieurs questions essentielles à la compréhension de ces structures, qu’il s’agisse de comblements en position primaire (espèces et types de restes stockés, état de nettoyage avant stockage, caractère monospécifique ou mixte du stock, destination humaine ou animale) ou secondaire (existence de rejets de stockage aérien en silo, gammes de plantes consommées, activités domestiques, artisanat, terroirs exploités, etc.). La découverte en France médiévale méditerranéenne de grandes aires d’ensilage comptant parfois plus de 2 000 silos redynamise aujourd’hui les questionnements liés aux pratiques de l’ensilage, et invite à repenser le mode de fonctionnement et le rôle de ces structures dans les sociétés passées.
En ce sens, le Projet Collectif de Recherche « Expérimentation archéologique d’ensilage souterrain préindustriel » (dir. C. Dominguez, E. Yebdri, Inrap) mène actuellement une recherche archéologique et archéobotanique expérimentale dont les premières phases de terrain ont démarré en 2016, en collaboration avec le SRA Languedoc-Roussillon, l’Inrap et l’INRA de Perpignan. Ces recherches sont menées au moyen de deux approches : (1) une approché archéologique, par la multiplication des fouilles d’aires d’ensilage, et l’application de protocoles d’observations et de prélèvements précis et d’études carpologiques systématiques, et (2) une approche expérimentale, par la création ex nihilo d’une nouvelle aire d’ensilage fonctionnelle. L’enjeu global au terme de ce travail est d’éclairer la communauté des archéologues sur différentes questions: gestion et évolution des stocks végétaux, des structures, taphonomie de constitution des comblements. Les différents aspects étudiés concernent ainsi à la fois la construction, le fonctionnement, le réemploi et le processus d’abandon du silo.
Par l’approche archéobotanique expérimentale, la recherche menée consiste à documenter plusieurs questions : effet(s) du stockage en silo sur la préservation/la dégradation des restes ensilés, rôle du nettoyage des récoltes sur la qualité de la conservation des semences, rôle et avantages du stockage mixte, effet de l’humidité sur le stock, risques de préservation du stock lors d’un nettoyage du silo par le feu, etc. Ce projet est prévu sur le temps long (10 ans) et comprend un rapport d’activité annuel. Les premiers résultats obtenus sont encourageants : les stocks de féveroles ensilés en 2016, récupérés à l’automne 2017, présentent un mode de conversation qui n’est pas décrit dans la littérature ethnographique et permettent de repenser la manière d’interpréter les assemblages carpologiques rencontrés dans les comblements de silos archéologiques.
Papers by Jean-Michel Savoie
Les vestiges carpologiques découverts dans les comblements de silos archéologiques permettent d’aborder, notamment par comparaison avec les observations ethnographiques publiées (Gast et Sigaut 1979, 1981), plusieurs questions essentielles à la compréhension de ces structures, qu’il s’agisse de comblements en position primaire (espèces et types de restes stockés, état de nettoyage avant stockage, caractère monospécifique ou mixte du stock, destination humaine ou animale) ou secondaire (existence de rejets de stockage aérien en silo, gammes de plantes consommées, activités domestiques, artisanat, terroirs exploités, etc.). La découverte en France médiévale méditerranéenne de grandes aires d’ensilage comptant parfois plus de 2 000 silos redynamise aujourd’hui les questionnements liés aux pratiques de l’ensilage, et invite à repenser le mode de fonctionnement et le rôle de ces structures dans les sociétés passées.
En ce sens, le Projet Collectif de Recherche « Expérimentation archéologique d’ensilage souterrain préindustriel » (dir. C. Dominguez, E. Yebdri, Inrap) mène actuellement une recherche archéologique et archéobotanique expérimentale dont les premières phases de terrain ont démarré en 2016, en collaboration avec le SRA Languedoc-Roussillon, l’Inrap et l’INRA de Perpignan. Ces recherches sont menées au moyen de deux approches : (1) une approché archéologique, par la multiplication des fouilles d’aires d’ensilage, et l’application de protocoles d’observations et de prélèvements précis et d’études carpologiques systématiques, et (2) une approche expérimentale, par la création ex nihilo d’une nouvelle aire d’ensilage fonctionnelle. L’enjeu global au terme de ce travail est d’éclairer la communauté des archéologues sur différentes questions: gestion et évolution des stocks végétaux, des structures, taphonomie de constitution des comblements. Les différents aspects étudiés concernent ainsi à la fois la construction, le fonctionnement, le réemploi et le processus d’abandon du silo.
Par l’approche archéobotanique expérimentale, la recherche menée consiste à documenter plusieurs questions : effet(s) du stockage en silo sur la préservation/la dégradation des restes ensilés, rôle du nettoyage des récoltes sur la qualité de la conservation des semences, rôle et avantages du stockage mixte, effet de l’humidité sur le stock, risques de préservation du stock lors d’un nettoyage du silo par le feu, etc. Ce projet est prévu sur le temps long (10 ans) et comprend un rapport d’activité annuel. Les premiers résultats obtenus sont encourageants : les stocks de féveroles ensilés en 2016, récupérés à l’automne 2017, présentent un mode de conversation qui n’est pas décrit dans la littérature ethnographique et permettent de repenser la manière d’interpréter les assemblages carpologiques rencontrés dans les comblements de silos archéologiques.