SBNO2

SBNO2
Identifikatori
Aliasi	SBNO2
Vanjski ID-jevi	OMIM: 615729 MGI: 2448490 HomoloGene: 8981 GeneCards: SBNO2
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 19 (čovjek) Bend 19p13.3 Početak 1,107,637 bp Kraj 1,174,268 bp
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 10 (miš) Bend 10|10 C1 Početak 79,892,826 bp Kraj 79,941,405 bp
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	22904	216161
Ensembl	ENSG00000064932 ENSG00000278788	ENSMUSG00000035673
UniProt	Q9Y2G9	Q7TNB8
RefSeq (mRNK)	NM_001100122 NM_014963	NM_183426 NM_001359635 NM_001359636 NM_001359637
RefSeq (bjelančevina)	NP_001093592 NP_055778	NP_906271 NP_001346564 NP_001346565 NP_001346566
Lokacija (UCSC)	Chr 19: 1.11 – 1.17 Mb	Chr 10: 79.89 – 79.94 Mb
PubMed pretraga
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Jagodasti zarezni homolog 2 (Drosophila) je protein koji je kod ljudi kodiran genom SBNO2.

Kloniranje i ekspresija

Skriningom cDNK s potencijalom da kodiraju velike proteine eksprimirane u mozgu, Nagase et al. (1999) klonirali su SBNO2, koji su nazvali KIAA0963. Predviđeni protein od 1.366 aminokiselina ima značajnu homologiju s jagodasim zareznim proteinom roda Drosophila, što sugerira da bi mogao biti uključen u upravljanje nukleinskim kiselinama. RT-PCR analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju SBNO2, s najvišim nivoom u kičmenoj moždini. Koristeći kvantitativni PCR, Maruyama et al. (2013) otkrili su obilnu ekspresiju Sbno2 u slezeni i koštanoj srži miša, s manjim u ostalim organima, kao što su bubrezi, jetri, mozgu, koži, srcu i mišićima. Među hematopoetskim ćelijama miša ekspresija je bila bogata u kultiviranim osteoklastima, sa nižom ekspresijom u primarnim makrofagima i dendritskim ćelijama, a najmanjom u primarnim B- i T-ćelijama i kultiviranim osteoblastima.

Mapiranje

Hibridnom analizom zračenja, Nagase et al. (1999) locirali su gen SBNO2 na hromosomu 19. Gross (2014) bliže ga jemapirao na poziciji 19p13.3, na osnovu poravnanja sekvence SBNO2 (GenBank BC127011) sa genomskom sekvencom (GRCh37).

Aminokiselinska sekvenca

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MLAVGPAMDR		DYPQHEPPPA		GSLLYSPPPL		QSAMLHCPYW		NTFSLPPYPA
FSSDSRPFMS		SASFLGSQPC		PDTSYAPVAT		ASSLPPKTCD		FAQDSSYFED
FSNISIFSSS		VDSLSDIVDT		PDFLPADSLN		QVSTIWDDNP		APSTHDKLFQ
LSRPFAGFED		FLPSHSTPLL		VSYQEQSVQS		QPEEEDEAEE		EEAEELGHTE
TYADYVPSKS		KIGKQHPDRV		VETSTLSSVP		PPDITYTLAL		PSDSGALSAL
QLEAITYACQ		QHEVLLPSGQ		RAGFLIGDGA		GVGKGRTVAG		VILENHLRGR
KKALWFSVSN		DLKYDAERDL		RDIEATGIAV		HALSKIKYGD		TTTSEGVLFA
TYSALIGESQ		AGGQHRTRLR		QILDWCGEAF		EGVIVFDECH		KAKNAGSTKM
GKAVLDLQNK		LPLARVVYAS		ATGASEPRNM		IYMSRLGIWG		EGTPFRNFEE
FLHAIEKRGV		GAMEIVAMDM		KVSGMYIARQ		LSFSGVTFRI		EEIPLAPAFE
CVYNRAALLW		AEALNVFQQA		ADWIGLESRK		SLWGQFWSAH		QRFFKYLCIA
AKVRRLVELA		REELARDKCV		VIGLQSTGEA		RTREVLGEND		GHLNCFVSAA
EGVFLSLIQK		HFPSTKRKRD		RGAGSKRKRR		PRGRGAKAPR		LACETAGVIR
ISDDSSTESD		PGLDSDFNSS		PESLVDDDVV		IVDAVGLPSD		DRGPLCLLQR
DPHGPGVLER		VERLKQDLLD		KVRRLGRELP		VNTLDELIDQ		LGGPQRVAEM
TGRKGRVVSR		PDGTVAFESR		AEQGLSIDHV		NLREKQRFMS		GEKLVAIISE
ASSSGVSLQA		DRRVQNQRRR		VHMTLELPWS		ADRAIQQFGR		THRSNQVSAP
EYVFLISELA		GERRFASIVA		KRLESLGALT		HGDRRATESR		DLSKYNFENK
YGTRALHCVL		TTILSQTENK		VPVPQGYPGG		VPTFFRDMKQ		GLLSVGIGGR
ESRNGCLDVE		KDCSITKFLN		RILGLEVHKQ		NALFQYFSDT		FDHLIEMDKR
EGKYDMGILD		LAPGIEEIYE		ESQQVFLAPG		HPQDGQVVFY		KISVDRGLKW
EDAFAKSLAL		TGPYDGFYLS		YKVRGNKPSC		LLAEQNRGQF		FTVYKPNIGR
QSQLEALDSL		RRKFHRVTAE		EAKEPWESGY		ALSLTHCSHS		AWNRHCRLAQ
EGKDCLQGLR		LRHHYMLCGA		LLRVWGRIAA		VMADVSSSSY		LQIVRLKTKD
RKKQVGIKIP		EGCVRRVLQE		LRLMDADVKR		RQAPALGCPA		PPAPRPLALP
CGPGEVLDLT		YSPPAEAFPP		PPHFSFPAPL		SLDAGPGVVP		LGTPDAQADP
AALAHQGCDI		NFKEVLEDML		RSLHAGPPSE		GALGEGAGAG		GAAGGGPERQ
SVIQFSPPFP		GAQAPL

Funkcija gena

Skriningom mišićnih makrofaga s nedostatkom Il10, rano nakon stimulacije samim lipopolisaharidom (LPS) ili LPS i IL10, nakon čega slijede studije na ljudskim makrofagima, El Kasmi et al. (2007) otkrili su da IL10 inducira ekspresiju ETV3 i SBNO2. Indukcija ETV3 i SBNO2 posredovana IL10-om ovisila je o stimulaciji STAT3 i Toll-olikog receptora. SBNO2 i ETV3 potisnuli su transkripciju NFKB, ali ne i IRF7. Predložili su da su ETV3 i SBNO2 komponente puteva koji doprinose nizvodnim protivupalnim efektima IL10.

Životinjski model

Maruyama et al. (2013) generirali su Sbno2-null miševe i otkrili su da su ženke proizvedene u očekivanom mendelovskom omjeru mendelija, dok je proizvedeno manje od očekivanog broja muških Sbno2-null miševa. Miševi kojima nedostaje Sbno2 nisu imali promjene u aktivaciji Nfkb. Međutim, Sbno2-null miševi su bili osteopetrozni, sa povećanjem volumena i broja trabekulskih kostiju i oštećenom osteoblastogenezom. Kod miševaa Sbno2-null također je oštećena i fuzija osteoklasta, kao i stvaranje višedjelnih osteoklasta kao odgovor na Rankl (TNFSF11). Stimulacija divljeg tipa, ali ne i Sbno2-null, Mcsf (CSF1) izvedenih makrofaga sa Rankl-ovom povećanom ekspresijom Dcstamp-a (TM7SF4). Dodatni eksperimenti pokazali su da se miš Sbno2 vezao za Tal1 i umanjio njegovu inhibiciju ekspresije Dcstamp, što je dovelo do aktiviranja promotora Dcstamp preko Mitf-a. Zaključili su da SBNO2 igra ključnu ulogu u homeostazi kostiju finim podešavanjem formiranja osteoklasta. Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Hirosawa, M., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 6: 63-70, 1999. [PubMed]: 10231032</ref>

Dopunska literatura

• The Wellcome Trust Case Control Consortium, Anderson CA, Massey DC, Barrett JC, Prescott NJ, Tremelling M, et al. (februar 2009). "Investigation of Crohn's disease risk loci in ulcerative colitis further defines their molecular relationship". Gastroenterology. 136 (2): 523–9.e3. doi:10.1053/j.gastro.2008.10.032. PMC 2675137. PMID 19068216.
• Törkvist L, Halfvarson J, Ong RT, Lördal M, Sjöqvist U, Bresso F, Björk J, Befrits R, Löfberg R, Blom J, Carlson M, Padyukov L, D'Amato M, Seielstad M, Pettersson S (juni 2010). "Analysis of 39 Crohn's disease risk loci in Swedish inflammatory bowel disease patients". Inflammatory Bowel Diseases. 16 (6): 907–9. doi:10.1002/ibd.21105. PMID 19760754.
• El Kasmi KC, Smith AM, Williams L, Neale G, Panopoulos AD, Panopolous A, Watowich SS, Häcker H, Foxwell BM, Murray PJ (decembar 2007). "Cutting edge: A transcriptional repressor and corepressor induced by the STAT3-regulated anti-inflammatory signaling pathway". Journal of Immunology. 179 (11): 7215–9. doi:10.4049/jimmunol.179.11.7215. PMID 18025162.
• Grill M, Syme TE, Noçon AL, Lu AZ, Hancock D, Rose-John S, Campbell IL (oktobar 2015). "Strawberry notch homolog 2 is a novel inflammatory response factor predominantly but not exclusively expressed by astrocytes in the central nervous system". Glia. 63 (10): 1738–52. doi:10.1002/glia.22841. PMC 4676294. PMID 25903009.