Kalpain-7
Kalpain-7 (PALB, homolog Aspergillus nidulans, PALBH) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CAPN7 sa p kraka hromosoma 3, sekvenca p25.1. Genomske koordinate su u rasponu : 3:15,206,246-15,252,916. (prema NCBI).
Kalpain je unutarćelijska, nelizosomna cisteinska proteaza čija je aktivnost regulisana kalcijem. Mikro- i milikanalni bolovi (CAPN1, 114220 i CAPN2, 114230), koji se razlikuju po potrebi za kalcijem za aktivnost proteaze, su sveprisutno izraženi. Ostali kalpaini su eksprimirani u specifičnim tkivima, kao što su CAPN3 (114240) i CAPN9 (606401), koji su dominantni u skeletnim mišićima i gastrointestinalnom tkivu (Huang i Wang, 2001).[5]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 813 aminokiselina, a molekulska težina 92.652 Da.
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MDATALERDA | VQFARLAVQR | DHEGRYSEAV | FYYKEAAQAL | IYAEMAGSSL | ||||
| ENIQEKITEY | LERVQALHSA | VQSKSADPLK | SKHQLDLERA | HFLVTQAFDE | ||||
| DEKENVEDAI | ELYTEAVDLC | LKTSYETADK | VLQNKLKQLA | RQALDRAEAL | ||||
| SEPLTKPVGK | ISSTSVKPKP | PPVRAHFPLG | ANPFLERPQS | FISPQSCDAQ | ||||
| GQRYTAEEIE | VLRTTSKING | IEYVPFMNVD | LRERFAYPMP | FCDRWGKLPL | ||||
| SPKQKTTFSK | WVRPEDLTNN | PTMIYTVSSF | SIKQTIVSDC | SFVASLAISA | ||||
| AYERRFNKKL | ITGIIYPQNK | DGEPEYNPCG | KYMVKLHLNG | VPRKVIIDDQ | ||||
| LPVDHKGELL | CSYSNNKSEL | WVSLIEKAYM | KVMGGYDFPG | SNSNIDLHAL | ||||
| TGWIPERIAM | HSDSQTFSKD | NSFRMLYQRF | HKGDVLITAS | TGMMTEAEGE | ||||
| KWGLVPTHAY | AVLDIREFKG | LRFIQLKNPW | SHLRWKGRYS | ENDVKNWTPE | ||||
| LQKYLNFDPR | TAQKIDNGIF | WISWDDLCQY | YDVIYLSWNP | GLFKESTCIH | ||||
| STWDAKQGPV | KDAYSLANNP | QYKLEVQCPQ | GGAAVWVLLS | RHITDKDDFA | ||||
| NNREFITMVV | YKTDGKKVYY | PADPPPYIDG | IRINSPHYLT | KIKLTTPGTH | ||||
| TFTLVVSQYE | KQNTIHYTVR | VYSACSFTFS | KIPSPYTLSK | RINGKWSGQS | ||||
| AGGCGNFQET | HKNNPIYQFH | IEKTGPLLIE | LRGPRQYSVG | FEVVTVSTLG | ||||
| DPGPHGFLRK | SSGDYRCGFC | YLELENIPSG | IFNIIPSTFL | PKQEGPFFLD | ||||
| FNSIIPIKIT | QLQ |
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Pretraživanjem baze podataka EST za homologe atipskog Aspergillus-ovog kalpaina Palb, praćenog RACE, Futai et al. (2001) su dobili cDNK koji kodiraju mišji i ljudski CAPN7, koji su nazvali PALBH. Izvedeni ljudski protein od 814 aminokiselina sadrži domen cisteinske proteaze sličan kalpainu i C-terminalni PBH domen. Northern blot analiza je otkrila široku ekspresiju 3,8-kb CAPN7 transkripta. Ekspresija je bila jaka u pankreasu, umjerena u skeletnim mišićima, jetri i placenti, a slaba u bubrezima, plućima, mozgu i srcu. Western blot analiza otkrila je ekspresiju proteina od 92 kD. Imunofluorescentna mikroskopija pokazala je jedarnu ekspresiju CAPN7, za razliku od drugih kalpaina. Funkcionalna analiza nije mogla pokazati komplementaciju u mutantnom kvascu ili aktivnost protiv konvencijskih supstrata kalpaina.[6]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000131375 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021893 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Huang, Y., Wang, K. K. W. The calpain family and human disease. Trends Molec. Med. 7: 355-362, 2001. PubMed: 11516996.
- ^ Futai, E., Kubo, T., Sorimachi, H., Suzuki, K., Maeda, T. Molecular cloning of PalBH, a mammalian homologue of the Aspergillus atypical calpain PalB. Biochim. Biophys. Acta 1517: 316-319, 2001. PubMed: 11342116.