LSM4

LSM4
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 3JCR
Ідентифікатори
Символи	LSM4, GRP, YER112W, LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated
Зовнішні ІД	OMIM: 607284 MGI: 1354692 HomoloGene: 134555 GeneCards: LSM4
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • U6 snRNA binding • RNA binding • PH domain binding Клітинна компонента • spliceosomal tri-snRNP complex • U6 snRNP • P-body • нуклеоплазма • neuron projection • spliceosomal complex • клітинне ядро • гіалоплазма • мембрана • GO:0009327 protein-containing complex • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • U2-type precatalytic spliceosome • Lsm2-8 complex Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • mRNA processing • spliceosomal snRNP assembly • spliceosomal complex assembly • P-body assembly • exonucleolytic catabolism of deadenylated mRNA • Сплайсинг РНК • mRNA splicing, via spliceosome • nuclear-transcribed mRNA catabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	25804	50783
Ensembl	ENSG00000130520	ENSMUSG00000031848
UniProt	Q9Y4Z0	Q9QXA5
RefSeq (мРНК)	NM_012321 NM_001252129	NM_015816 NM_001359042
RefSeq (білок)	NP_001239058 NP_036453	NP_056631 NP_001345971
Локус (UCSC)	Хр. 19: 18.31 – 18.32 Mb	Хр. 8: 71.13 – 71.13 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

LSM4 (англ. LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 139 амінокислот, а молекулярна маса — 15 350.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLPLSLLKTA		QNHPMLVELK		NGETYNGHLV		SCDNWMNINL		REVICTSRDG
DKFWRMPECY		IRGSTIKYLR		IPDEIIDMVK		EEVVAKGRGR		GGLQQQKQQK
GRGMGGAGRG		VFGGRGRGGI		PGTGRGQPEK		KPGRQAGKQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до рибонуклеопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, ацетилювання. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Salgado-Garrido J., Bragado-Nilsson E., Kandels-Lewis S., Seraphin B. (1999). Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451—3462. PMID 10369684 DOI:10.1093/emboj/18.12.3451
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Див. також

• Хромосома 19