SCOP

Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması) veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.^[1]^[2]^[3]

Hiyerarşik yapısı

SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:

Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi.
Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok.
Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. divergent) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok
Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.

Yapısal sınıflar

Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir:

α-helical bölgeler
β-sheet bölgeler
α/β domains Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler
α+β domains birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş
çoklu bölgeli proteinler
membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç)
"küçük" proteinler
burgulu burgu (coiled-coil) proteinler
düşük çözünürlüklü protein yapıları
peptidler and parçaları
suni dizili tasarlanmış proteinler

Kaynakça

^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). "SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures". J. Mol. Biol. 247 (4). ss. 536-40. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. PMID 7723011.
^ Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). "SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics". Nucleic Acids Res. 30 (1). ss. 264-7. doi:10.1093/nar/30.1.264. PMID 11752311.
^ Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). "SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue). ss. D226-9. doi:10.1093/nar/gkh039. PMID 14681400.

Dış bağlantılar

SCOP (İngilizce)
QSCOP — Yapısal ilişkilere göre nicellenmiş SCOP (İngilizce)
SUPERFAMILY17 Ekim 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. Genomları tamamen okunmuş canlılarıdaki SCOP süperailelerinin HMM biçimli listeleri (İngilizce)

[pmid7723011-1] Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). "SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures". J. Mol. Biol. 247 (4). ss. 536-40. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. PMID 7723011.

[pmid11752311-2] Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). "SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics". Nucleic Acids Res. 30 (1). ss. 264-7. doi:10.1093/nar/30.1.264. PMID 11752311.

[pmid14681400-3] Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). "SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue). ss. D226-9. doi:10.1093/nar/gkh039. PMID 14681400.

[1]

[2]

[3]