1999 Fransa Bisiklet Turu 1999 yılı 3 Temmuz-31 Temmuz tarihlerinde yer alan 86. Fransa Bisiklet Turu'dur. Tur, Lance Armstrong tarafından kazanıldı. Bu onun arkası arkaya ilk yedinci zaferiydi. Bu tur tarihinde en büyük zaferdi.
1999 Fransa Bisiklet Turu, iki tuhaf şeye sahne oldu. Bunların ilki Gois geçidi' nde 2. etapta 25 bisikletçinin birbiri üzerine yığılmalarıydı. Gois geçidi, yayalar için iki millik bir yoldu ve sular altında kalabiliyordu. İkinci tuhap olay ise, yarışın 10. etabında L'Alpe d'Huez' den bir km uzakta yaşandı. Lider olan İtalyan binici Giuseppe Guerini yolun ortasında elinde bir kamera tutan bir seyirciyle karşı karşıya geldi. Guerini, seyirciye çarptı fakat toparlanarak etabı kazanmak için devam etti.
^On 24 August 2012, the United States Anti-Doping Agency announced that they had disqualified Armstrong from all his results since 1998, including his victory in the 1999 Tour de France.[1] The Union Cycliste Internationale, responsible for the international cycling, confirmed this verdict on 22 October 2012.[2]