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WO2022025299A1 - 疾患罹患性の評価方法 - Google Patents

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WO2022025299A1
WO2022025299A1 PCT/JP2021/029242 JP2021029242W WO2022025299A1 WO 2022025299 A1 WO2022025299 A1 WO 2022025299A1 JP 2021029242 W JP2021029242 W JP 2021029242W WO 2022025299 A1 WO2022025299 A1 WO 2022025299A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
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gene
hs3st4
pain
cells
cell
Prior art date
Application number
PCT/JP2021/029242
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English (en)
French (fr)
Inventor
静衣 大岡
和隆 池田
大輔 西澤
Original Assignee
公益財団法人東京都医学総合研究所
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 公益財団法人東京都医学総合研究所 filed Critical 公益財団法人東京都医学総合研究所
Publication of WO2022025299A1 publication Critical patent/WO2022025299A1/ja

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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/10Cells modified by introduction of foreign genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6827Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor

Definitions

  • the present invention relates to a method for evaluating disease morbidity by analysis of HS3ST4 (Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransphase 4) gene and the like. Specifically, the present invention relates to a method for evaluating disease susceptibility, which links a gene polymorphism in the HS3ST4 gene or the like with disease morbidity of an individual.
  • HS3ST4 Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransphase 4
  • VZV Varicella-zoster virus
  • PPN postherpetic neuralgia
  • Non-Patent Document 1 Yukiko Takao, et al. , Incidenses of Herpes Zoster and Positive Cohort Study in Japanese Adults Aged 50 Years and Older From Cohort Study-based , J. Epidemiology, 2015; 25 (10): 617-625.
  • Non-Patent Document 2 Yawn BP, Gilden D. et al. , The global epidemiology of herpes zoster. , Neurology, 2013; 81 (10): 928-930.
  • Non-Patent Document 3 Tiwari V. et al. , 2005, BBRC, 338: 930-937.
  • Non-Patent Document 4 Xiaoli Yu et al. , Varicella Zoster Virus Infection of Highly Pure Terminally Differentiated Human Neurons. , J. Neurovirol. , 2013; 19 (1): 75-81.
  • the present invention has been made in consideration of the above situation, and provides the following method for evaluating disease susceptibility.
  • a method for evaluating disease susceptibility which comprises associating a gene polymorphism of HS3ST4 gene, IGF2R gene or IGF2 gene with disease susceptibility of an individual.
  • the method according to (1) above which comprises evaluating the tendency of an individual to have a high or low disease susceptibility based on the analysis result of the gene polymorphism.
  • (3) (a) A step of performing gene polymorphism analysis using a sample derived from a subject and selecting a gene polymorphism.
  • B The step of analyzing the relationship between the genotype of the gene polymorphism selected in step (a) and the disease susceptibility, and (c) the gene polymorphism significantly associated with the disease susceptibility in the subject.
  • the method according to (1) or (2) above which comprises a step used for evaluating disease susceptibility.
  • the gene polymorphism is at least one selected from the group consisting of single nucleotide polymorphisms, insertion polymorphisms, deletion polymorphisms, and base repeat polymorphisms. The method described in any one.
  • HS3ST4 genetic polymorphisms is, rs9989408, rs4511540, rs4578651, rs4381608, rs7190143, rs7359341, rs6497898, rs4238925, rs12708686, rs4787337, rs4533289, rs4303490, rs8050110, rs12596324, rs7205880, rs4787766, rs9928735, rs4331339, rs7196138, rs7200813 , Rs4305024, rs11640970, rs4238926, rs4787338, rs205162, rs4787777, and rs12933515.
  • Gene polymorphisms of the IGF2R gene consist of at least one selected from the group consisting of rs1805075, rs2274849, rs4709396, rs7746122, rs8191821, rs8191829, rs8191898, rs2282138, rs2282139, rs3774112, rs8191816, and rs8191818.
  • the gene polymorphism of the IGF2 gene is rs321316, The method according to any one of (1) to (7) above.
  • Any one of (1) to (8) above, wherein an oligonucleotide consisting of a base sequence having a length of at least 10 bases containing the second base or a base sequence complementary to the base sequence is used. The method described in the section.
  • kits for evaluating disease susceptibility which comprises an oligonucleotide consisting of a base sequence having a length of at least 10 bases containing the second base or a base sequence complementary to the base sequence.
  • a gene polymorphism marker for evaluating the tendency of an individual to have a high or low disease susceptibility which comprises a gene polymorphism of the HS3ST4 gene, the IGF2R gene or the IGF2 gene.
  • a candidate substance is brought into contact with a transgenic animal cell introduced so that the HS3ST4 gene can be expressed, and the state of cell fusion and / or cell extension of the animal cell is evaluated, and the obtained evaluation result is used as an index.
  • a method of screening for a therapeutic or prophylactic drug for pain is used as a method of screening for a therapeutic or prophylactic drug for pain.
  • the method according to (12) above, wherein the pain is chronic pain or pain associated with herpes zoster.
  • the chronic pain is at least one selected from the group consisting of postherpetic neuralgia, spinal canal stenosis, herniated disk, periarthritis, and rheumatoid arthritis.
  • the animal cells to which the candidate substance is brought into contact are infected with the varicella-zoster virus.
  • INDUSTRIAL APPLICABILITY it is possible to provide a method for evaluating disease susceptibility using a gene polymorphism such as the HS3ST4 gene, which can evaluate individual differences in susceptibility to diseases such as pain.
  • the evaluation method and the like are useful for tailor-made prevention and treatment for diseases such as pain.
  • HS3ST4 IGF2R, IGF2 SNPs are significantly associated with postherpetic neuralgia (PHN) and postherpetic neuralgia (HZ), and HS3ST4 SNPs are also significantly associated with peripheral neuropathic pain and neuralgia other than PHN and HZ. It is a figure which shows that it is doing. Each numerical value in the figure is a value (p-value) indicating the superiority of the correlation. It is a figure which shows that the plaque margin is clear (7th day of infection) in the VZV-infected HS3ST4 expression cell.
  • the present inventor has found that the HS3ST4 protein promotes cell fusion during replication of the varicella-zoster virus (VZV), which is the causative virus of herpes zoster, not only statistically but also in fact, and the HS3ST4 protein promotes herpes zoster. It was shown that the neuropathy at the onset may be exacerbated.
  • the present inventor also found that the HS3ST4 protein is involved in the prolongation of cell extension time, and showed that the prolongation of axon extension time during injured nerve regeneration may contribute to the persistence of pain.
  • the exacerbation and persistence mechanism of chronic pain, including neuropathic pain in general, elucidated in the present invention can be directly linked to pain other than PHN.
  • the present inventor also analyzed the SNP of the IGF2R (Insulin-like growth factor 2 receptor) gene, which has been reported as a receptor for VZV, and the IGF2 (Insulin-like growth factor 2) gene, which is a ligand of IGF2R. It was found to be significantly associated with PHN and herpes zoster. From this, it was confirmed that these SNPs are significant in the SNPs of genes that are expected to be associated with VZV infection.
  • IGF2R Insulin-like growth factor 2 receptor
  • the phenotype that is, disease susceptibility relating to the morbidity of diseases such as chronic pain and pain associated with herpes zoster is described. Individual differences can be evaluated. The results of the evaluation of disease morbidity show the likelihood of developing diseases such as chronic pain and pain associated with herpes zoster in individuals, as well as their aggravation (including possible and severe conditions) and persistence. It provides important information that can be used to predict sex (including prolongation potential and protracted condition) and to determine the frequency, dose and type of therapeutic and prophylactic agents for the disease.
  • the present invention is a method for evaluating disease susceptibility based on the analysis results of gene polymorphisms of HS3ST4 gene, IGF2R gene, and IGF2 gene, specifically, presence or absence of disease susceptibility of an individual (individual). It provides a method (specifically, knowing or predicting in advance) for evaluating (specifically, the presence or absence of the genetic factor) and the tendency of high or low disease susceptibility.
  • the gene polymorphisms of the HS3ST4 gene, the IGF2R gene, and the IGF2 gene have a tendency of individual (individual) disease susceptibility (specifically, the presence or absence of the genetic factor) and disease susceptibility.
  • the term "individual” means a subject who is evaluated for disease susceptibility and is an individual subject.
  • the gene polymorphisms of the HS3ST4 gene, IGF2R gene, and IGF2 gene in the present invention mainly include, but are not limited to, single nucleotide polymorphisms (SNPs). It can also include deletion-type polymorphisms and base-repeating polymorphisms.
  • Single nucleotide polymorphisms (SNPs)) mean gene polymorphisms caused by the replacement of a specific base of a gene with another base.
  • Insertion / deletion type polymorphism means a gene polymorphism due to deletion / insertion of one or more bases.
  • the base repetition polymorphism means a gene polymorphism caused by a difference in the number of repetitions of the base sequence.
  • the variable number tandem repeat type is divided into a microsatellite polytype (number of bases: about 2 to 4 bases) and a VNTR (variable number number of tendem repeat) polytype (repeatable bases: several bases to several tens of bases) depending on the number of repeated bases. It is divided and the number of repetitions varies from person to person.
  • the gene polymorphism names of the gene polymorphisms (HS3ST4 gene, IGF2R gene, and SNP in the IGF2 gene) that can be used for the evaluation of disease susceptibility in the present invention are as listed below. These gene polymorphisms are statistically identified (P value ⁇ 0.05) by the method shown in the examples of the present application described later, or are statistically highly linked to them (nearby). R 2 ⁇ 0.8 for SNPs, LOD ⁇ 2 for distant SNPs (according to linkage disequilibrium analysis) or high.
  • the gene polymorphism name is the name of the SNP at the position on the genome and is registered in the dbSNP database (accessible from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/). be. Basically, an ID of "rs" is given before a number having four or more digits to identify which SNP it is.
  • -SNP in the HS3ST4 gene rs9989408, rs4511540, rs4578651, rs4381608, rs7190143, rs7359341, rs6497898, rs4238925, rs12708686, rs4787337, rs4533289, rs4303490, rs8050110, rs12596324, rs7205880, rs4787766, rs9928735, rs4331339, rs7196138, rs7200813, rs4305024, rs11640970, rs4238926, rs4787338, rs205162, rs4787777, rs12933515
  • -SNP in the IGF2R gene rs1805075, rs2274849, rs4709396, rs7746122, rs8191821, rs8191829, rs8191898, rs2282138, rs22821139, rs3777412, rs8191816, rs8191818
  • the present invention is an oligonucleotide capable of specifically hybridizing to a DNA fragment containing an HS3ST4 gene, an IGF2R gene, or a gene polymorphism of the IGF2 gene, that is, specifically, any of the above-mentioned SNPs of each gene polymorphism name.
  • an oligonucleotide containing one or the other is the 51st base of the base sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 1 to 38, 42 and 43.
  • the base of the oligonucleotide of the present invention preferably has at least 10 bases, preferably 10 to 150 bases, more preferably 10 to 45 bases, and even more preferably 14 to 25 bases.
  • the oligonucleotide of the present invention is an oligonucleotide selected from the nucleotide sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 1 to 38, 42 and 43, or a nucleotide sequence complementary to the nucleotide sequence, or one of the oligonucleotides. Part (however, including the gene polymorphic site).
  • the oligonucleotide of the present invention can be used as a specific probe and primer for the HS3ST4 gene, the IGF2R gene, or the IGF2 gene in the detection of gene polymorphism described later.
  • Table 1-1 and Table 1-2 below base sequences having a length of 101 bases (SEQ ID NOs: 1 to 38, 42 and 43) are displayed, and the gene polymorphism site is displayed at the 51st position of each. ing. For example, what is displayed as [G / A] means that it is a gene polymorphism of "G" and "A”, and what is displayed as [C / G / T] is "C" and "G".
  • gene polymorphisms in the HS3ST4 gene, IGF2R gene, and IGF2 gene may be correlated with disease susceptibility (phenotype).
  • the disease morbidity includes morbidity to pain, and examples thereof include morbidity to chronic pain and pain associated with herpes zoster.
  • Chronic pain includes, for example, at least one selected from the group consisting of postherpetic neuralgia (PHN), spinal stenosis, herniated disc, periarthritis, and rheumatoid arthritis.
  • each gene polymorphism and the phenotype can be generally examined as follows, for example, (1) to (3).
  • Tag SNP which is a typical gene polymorphism
  • the frequency of gene polymorphisms in subjects and healthy subjects is compared.
  • the subjects may be further classified according to the difference in phenotype, and the gene polymorphism frequency and genotype of the healthy subject and the subject may be compared for each classification.
  • the gene polymorphism can be used to evaluate the genetic predisposition to disease susceptibility.
  • the gene polymorphism can be used for evaluation of the genetic predisposition of disease vulnerability.
  • a person has the above-mentioned gene polymorphism risk allele, there is a probability of having pain or risk of pain, for example, with a probability of 50% or more, 60% or more, 70% or more, 80% or more, 90% or more, or 95% or more. Can be determined or presumed to be.
  • gene polymorphisms are influenced by race, place of origin, etc.
  • gene polymorphisms similar to those in the population used to find related gene polymorphisms eg, SNP. It is desirable to perform the above evaluation using the gene polymorphism in the population showing.
  • the correlation between the gene polymorphisms in the HS3ST4 gene, IGF2R gene, and IGF2 gene and disease susceptibility (phenotype) investigated as described above is the susceptibility to the onset of diseases such as chronic pain and pain associated with herpes zoster.
  • the present invention when it is determined that the patient is in pain or is at risk of pain, a prophylactic or therapeutic agent for pain can be administered to the patient or the subject. Therefore, the present invention provides a method for preventing or treating pain, which comprises a step of administering a preventive agent or a therapeutic agent for pain to a patient or a subject who is determined to be at risk of pain.
  • the preventive or therapeutic agent for pain is not particularly limited, and examples thereof include non-opioids or opioid analgesics.
  • antidepressants, antiepileptic drugs, and other central nervous system agonists can also be used for chronic pain, neuropathic pain, and the like.
  • the usage of the prophylactic or therapeutic agent is not limited, but a parenteral or oral method is usually adopted.
  • a parenteral or oral method When preparing an oral solid preparation, a preparation containing an excipient, a binder, a disintegrant, a lubricant, a colorant, a flavoring agent, etc. alone or in an appropriate combination, for example, tablets, coated tablets, granules, etc. It can be a fine granule, a powder, a capsule, or the like.
  • a parenteral preparation such as an injection, add a pH adjuster, a buffer, a suspending agent, a solubilizing agent, a stabilizer, an isotonic agent, a preservative, etc. as necessary.
  • it is an intravenous, subcutaneous, or intramuscular injection preparation, and is provided in the form of a unit dose ampoule or a multi-dose container. If necessary, it can be freeze-dried.
  • the dose of the prophylactic or therapeutic agent varies depending on the administration method, administration time, administration interval, etc., as well as the degree of symptom of the patient, age, gender, body weight, etc., and is not particularly limited and is appropriately selected.
  • the administration may be administered 1 to 5 times daily, or intermittently every 1 to 14 days or every 2 to 6 weeks.
  • the subject is not particularly limited, and examples thereof include Japanese and Westerners, but in the present invention, it is preferable that the subject is Japanese or a person having a gene polymorphism tendency similar to that of Japanese.
  • gene polymorphisms are analyzed using samples derived from a plurality of subjects. Therefore, when detecting the disease susceptibility of an individual subject, as a result of statistical analysis (for example, Spearman's rank correlation coefficient, etc.) by quantitative analysis of gene mutations in genomic DNA (for example, aller-specific PCR method, etc.), the individual is the whole. By investigating the position of the throat to which it exists or belongs, it is possible to know the disease susceptibility (potential or risk) of each individual subject. In addition, an analysis between gene polymorphism and disease susceptibility was performed in a predetermined number of subjects (primary population), and the obtained measured values were used as basic data, and this basic data and the target of detection were used. The results of the analysis can also be associated with phenotypic disease susceptibility by comparing gene polymorphisms from one or more subjects.
  • statistical analysis for example, Spearman's rank correlation coefficient, etc.
  • the number of subjects (population) to be targeted is increased. Thereby, the accuracy of the analysis can be improved.
  • Genome samples from subjects can be extracted from biological samples such as blood, saliva, and skin, but the genome samples are not limited to those that can be collected. Methods for extracting and purifying genomic DNA are well known. For example, genomic DNA is purified from samples such as blood, saliva, and skin collected from humans by using the phenol method or the like. At that time, a commercially available genomic DNA extraction kit or device such as GFX Genomic Blood DNA Purification Kit may be used. If the SNP to be investigated is in an open reading frame, mRNA or total RNA may be extracted instead of genomic DNA. The following is an example of a gene polymorphism detection method for the above test sample.
  • Detection using PCR method In order to amplify a test sample by PCR, it is preferable to use a DNA polymerase having a high fidelity, for example, KOD Dash polymerase (TOYOBO).
  • the primer to be used is designed and synthesized so that the gene polymorphism is contained at an arbitrary position of the primer so that the target SNP in the test sample can be amplified. After the amplification reaction is completed, the amplification product is detected to determine the presence or absence of polymorphism.
  • the method for obtaining gene polymorphism information is, for example, as follows.
  • Genomic DNA is purified from a sample (for example, blood) collected from a human by using a phenol method or the like.
  • a commercially available genomic DNA extraction kit or device such as GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (manufactured by GE Healthcare Bioscience Co., Ltd.) may be used.
  • GFX Genomic Blood DNA Purification Kit manufactured by GE Healthcare Bioscience Co., Ltd.
  • Next, using the obtained genomic DNA as a template the genomic DNA is divided into several parts and amplified by the PCR method to obtain a template DNA for sequencing. Since the present invention targets gene polymorphisms, it is desirable to use an enzyme with as high fidelity as possible for the PCR method.
  • each gene polymorphism is amplified by PCR by about 500 to 1000 bp using a primer designed based on the sequence information published in GenBank.
  • the nucleotide sequences of the entire region of these PCR fragments are decoded by a sequence method of about 500 to 700 bp each using a primer designed based on the sequence information published in GenBank, and the gene polymorphism information of interest is obtained. Obtainable.
  • the polymorphism of the present invention can also be detected by the nucleotide sequence determination method based on the dideoxy method.
  • a commercially available ABI series (Amersham Bioscience) is used as the sequencer used for the nucleotide sequence determination.
  • a DNA microarray is one in which a nucleotide probe is immobilized on a support, and includes a DNA chip, a Gene chip, a microchip, a bead array, and the like.
  • the polynucleotide of the test sample is isolated, amplified by PCR, and labeled with a fluorescent reporter group.
  • labeled DNA / mRNA, total RNA is incubated with the array.
  • the array is then inserted into a scanner to detect hybridization patterns. Hybridization data is collected as luminescence from fluorescent reporter groups bound to the probe array (ie, incorporated into the target sequence).
  • a probe that perfectly matches the target sequence produces a stronger signal than one that has a portion that does not match the target sequence. Since the sequence and position of each probe on the array is known, complementarity can determine the sequence of the target polynucleotide that has reacted with the probe array.
  • the method for obtaining gene polymorphism information is as follows.
  • Genomic DNA is purified from a sample (for example, blood) collected from a human by using a phenol method or the like.
  • a commercially available genomic DNA extraction kit or device such as GFX Genomic Blood DNA Purification Kit (manufactured by GE Healthcare Bioscience Co., Ltd.) may be used.
  • the obtained genomic DNA is dissolved in TE buffer (10 mM tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0) and adjusted to 100 ng / ⁇ l.
  • TE buffer (10 mM tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.0
  • Whole-genome genotyping is performed according to the manufacturer's protocol by the Infinium assay II method using the iScan system (Illumina, San Diego, CA) manufactured by Illumina.
  • the TaqMan PCR method is a method using a fluorescently labeled allele-specific oligo and a PCR reaction using Taq DNA polymerase.
  • the allele-specific oligo (referred to as TaqMan probe) used in the TaqMan PCR method can be designed based on the gene polymorphism information.
  • the invader method is a method for detecting a gene polymorphism by hybridizing an allele-specific oligo and a template. Kits for performing the invader method are commercially available, and it is possible to easily detect gene polymorphisms by this method.
  • kits for assessing disease morbidity.
  • the gene polymorphism detection kit of the present invention contains one or more components necessary for carrying out the present invention.
  • the kit of the present invention preferably contains a reaction component necessary for storing or supplying an enzyme and / or performing gene polymorphism detection.
  • the components include, but are not limited to, for example, the oligonucleotides of the invention, enzyme buffers, dNTPs, control reagents (eg, tissue samples, target oligonucleotides for positive and negative controls, etc.), labeling and / Or detection reagents, solid-phase supports, instructions, etc. may be mentioned.
  • the kit of the present invention may be a partial kit containing only a part of necessary components, in which case the user can prepare other components.
  • the kit of the present invention can also be provided as a microarray in which the above oligonucleotides are immobilized on a support.
  • the microarray is one in which the oligonucleotide of the present invention is immobilized on a support, and includes a DNA chip, a Gene chip, a microchip, a bead array, and the like.
  • the kit of the present invention contains a gene polymorphism in the HS3ST4 gene, the IGF2R gene, and / or the IGF2 gene found in the present invention, and an oligonucleotide capable of specifically hybridizing to a DNA fragment containing the gene polymorphism. It is preferable to include.
  • a gene polymorphism by the kit of the present invention for example, blood is collected before or after the disease, and DNA containing the HS3ST4 gene, the IGF2R gene, and / or the IGF2 gene is isolated, and the gene is used in the kit. React with an oligonucleotide to determine genotype. From the determined genotypes and gene polymorphisms, the ease of onset of diseases such as chronic pain and pain associated with herpes zoster, their aggravation (including possible and severe conditions) and persistence (including severe conditions) It is also possible to predict (including the possibility of prolongation and the protracted condition), and to develop a dosing plan such as the type or dose of a therapeutic or prophylactic drug for the disease. As a result, the effects of prediction, diagnosis, treatment, and prevention suitable for the individual can be obtained, which is useful for personalized medicine.
  • HS3ST4 protein which enhances the cell fusion ability at the time of varicella-zoster virus (VZV) infection and cell expansion. It was also found that the time required for the disease was prolonged, and these phenomena caused the ease of onset of pain (pain associated with herpes zoster, chronic pain, etc.) and the aggravation of the pain (possibility of aggravation and aggravation). We have found that it can be a factor in (including the condition of being present) and sustainability (including the possibility of prolongation and the condition of prolongation).
  • VZV varicella-zoster virus
  • the present invention also provides a method for screening a therapeutic agent or a preventive agent for pain.
  • a candidate substance is brought into contact with a transgenic animal cell introduced so that the HS3ST4 gene can be expressed, and the state of cell fusion and / or cell extension of the animal cell is evaluated, and the obtained evaluation result is obtained.
  • a method for performing the screening is provided using the above as an index.
  • the pain includes, for example, chronic pain or pain associated with herpes zoster, as in the above-described evaluation method of the present invention, and the chronic pain includes post-shingles. These include neuralgia, spinal stenosis, shingles, periarthritis, and rheumatoid arthritis.
  • animal cells introduced so that the HS3ST4 gene can be expressed are not limited, and are limited to human-derived cells, various non-human animal cells (rodents (rats) animals such as mice, rats and guinea pigs, and the like. , Rabbit, pig, itachi, dog, cat, monkey, sheep, bovine, horse and other mammal-derived cells), with human-derived cells being preferred.
  • human-derived cells include human malignant melanoma cells (MeWo cells, COLO679 cells, G-361 cells, DEOC-1 cells, HMV-I cells, HMV-II cells, HTMM cells), and human pluripotent stem cells (iPSC).
  • IPSC-derived differentiated cells cervical epithelial cancer (HeLa cells, HeLa S3 cells), human glioma-derived cells (NP2 cells, NP3 cells, NP5 cells, NP8 cells, A172 cells, ONDA10 cells, ONDA11 cells) , KG-1-C cells, TM-31 cells), human neuroblastoma cells (SK-N-NH cells, SK-N-MC cells, HSNB cells, TN-2 cells, SCCH-26 cells, NB- 1 cell, TN-1 cell, NH-12 cell, NH-6 cell, IMR32 cell), undifferentiated neuroendoblastic tumor cell (FU-RPNT-1 cell, FU-RPNT-2 cell), human fibroblast (Detroit 551 cells), human glioblastoma cell line (U87MG cell, U373 cell, U138 cell), human fetal fibroblast cell line (HEF cell, KMST-6 cell), human bone tumor cell (U2OS cell), human fetal lung Cells (MRC-5 cells
  • Transgenic animal cells introduced so that the HS3ST4 gene can be expressed can be appropriately produced using known gene recombination techniques.
  • the transgenic animal cells used in the screening method of the present invention are preferably, for example, those infected with varicella-zoster virus (VZV) in advance.
  • VZV-infected transgenic animal cells are preferably used primarily for assessing the state of cell fusion of the animal cells.
  • the contact (addition, etc.) of the candidate substance to the transgenic animal cell is not limited, and known methods, conditions, and the like can be adopted.
  • the amount to be contacted can also be appropriately set in consideration of the type and state of animal cells, the type of candidate substance, and the like.
  • the candidate substance is also not particularly limited, and examples thereof include substances that suppress or inhibit the expression of HS3ST4 protein.
  • the candidate substance can be evaluated to be screenable as a therapeutic or prophylactic agent for pain.
  • the screening method of the present invention may include some other steps, if necessary.
  • the present invention also provides an invention relating to transgenic animal cells used for the above screening. Further, in the present invention, an invention relating to a pharmaceutical composition for treating or preventing pain (chronic pain, pain associated with herpes zoster, etc.), including a therapeutic or prophylactic agent obtained by the above screening method, or the pharmaceutical composition. Also provided are inventions relating to methods of treating or preventing pain, comprising administering to a patient suffering or may be suffering from the pain. In this case, the dosage form, usage, dosage, etc. of the therapeutic agent or preventive agent are the same as described above.
  • the present inventor has a gene HS3ST4 in which a single nucleotide polymorphism (SNP) is present, which is extremely significantly associated with all of neuropathic pain and herpes zoster, and postherpetic neuralgia (PHN) by genome-wide association study and the like. I found. It has been reported that this HS3ST4 protein encodes a modifying enzyme of heparan sulfate bound to a cell membrane surface protein or the like and is involved in herpes simplex virus type 1 (HSV-1) infection (see Non-Patent Document 3 above). ..
  • SNP single nucleotide polymorphism
  • HSV-1 is a closely related virus belonging to the same herpesvirus family as varicella-zoster virus (VZV)
  • VZV varicella-zoster virus
  • Simple herpesvirus type 1 is a virus closely related to the varicella-zoster virus that causes herpes zoster, and since herpes zoster is a disease that causes severe pain and further progresses to post-herpes zoster nerve pain, the relevant SNP of the HS3ST4 gene and herpes zoster.
  • HS3ST4 SNPs that are significantly associated with any of chronic pain, PHN, herpes zoster, chronic pain (excluding PHN), and chronic pain (excluding herpes zoster) are rs451140, rs4578651, They were rs4381608, rs64987898, rs127088686, rs4787777, rs4533289, rs4303490, rs8050101, and rs125963324.
  • telomeres were introduced into human malignant melanoma cells (MeWo cells) and then selected with G418 to obtain monoclonal cells MeWo-HS3ST4, MeWo-vector. The expression of HS3ST4 in those cells was confirmed and used in the experiment.
  • Virus infection experiment VZV wild strain infected MeWo cells were infected with target cells.
  • PFU plaque forming unit
  • MeWo-HS3ST4, MeWo-vector, MeWo cells were seeded on a 12-well plate, etc.
  • the day after seeding serially diluted VZV wild-strain infected MeWo cells were added, and the mixture was added in a 5% CO 2 incubator at 37 ° C. for about 6 days. It was warm. During that time, observation under a microscope was performed. Finally, the medium was replaced with a crystal violet fixed stain containing formalin and left at room temperature for 2 hours, and then the fixed stain was washed and dried, and morphological observation and counting were performed.
  • Fusion assay 50 ⁇ l which is half the 100 ⁇ l of the supernatant of infected cells or the like or cells the day after electroporation, is dispensed into a new 96-well plate and performed according to the CytoTox 96 non-radioactive cytotoxicity assay (Promega) protocol. rice field.
  • Quantitative PCR Total DNA was purified from infected cells and the like in a 24-well plate using QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen). Analysis was performed with the 7500Fast real-time PCR system (Applied Biosystems) using the TaqMan real-time PCR master mix (Thermo Fisher). The VZV probe and primer are as follows. For cell number assessment, cell RNase P copy number was detected with TaqMan TM Copy Number Reference Assay, human, RNase P (VIC-TAMRA).
  • RNaseP genome detection probe / primer TaqMan TM Copy Number Reference Assay, human, RNase P (VIC-TAMRA) used in 1x
  • PCR reaction 50 ° C 2 minutes 95 ° C 10 minutes or more 1 cycle 95 ° C 15 seconds 60 ° C 1 minute or more 40 cycles
  • HSV-1 is a virus closely related to VZV that causes herpes zoster, and since herpes zoster is a disease with severe pain and further progresses to PHN, statistical analysis of the relationship between the HS3ST4 gene rs9989408 SNP and herpes zoster, PHN. (Fig. 1).
  • the HS3ST4 gene rs9989408 SNP was significantly associated with PHN and shingles morbidity.
  • HS3ST4 SNPs confirmed a significant association or significant tendency. Therefore, it was suggested that HS3ST4 SNPs are also associated with peripheral nerve pain in general, which does not depend on VZV infection.
  • VZV-infected cells were added to and infected with MeWo-HS3ST4 cells and MeWo-vector cells, which are negative control cells, and a plaque assay was performed (FIG. 2). Comparing the plaque margins, it is considered that the plaque boundaries are clear in the HS3ST4-expressing cells, and the plaque margins are collectively peeled off.
  • MeWo-HS3ST4 cells and negative control cells were infected with VZV, and VZV-infected cells were observed under a microscope (FIG. 3-1).
  • the size of the fused cells, which are infected cells was larger in the HS3ST4 expressing cells than in the negative control cells, and it was considered that the HS3ST4 expressing cells were efficiently fused by VZV infection. It is considered that the plaque margin was clear in the HS3ST4-expressing cells because the infected cells fused with the cells were collectively peeled off.
  • HSV-2 Herpes simplex virus type 2
  • VZV-2 Herpes simplex virus type 2
  • Fig. 5 Since it is known that infected cells also cause cell fusion in HSV-2, MeWo-HS3ST4 cells or MeWo-vector cells are infected with HSV-2, and the infected cells are observed under a microscope.
  • a method for evaluating disease susceptibility using a gene polymorphism such as the HS3ST4 gene which can evaluate individual differences in susceptibility to diseases such as pain.
  • Etc. are useful for tailor-made prevention and treatment for diseases such as pain.
  • SEQ ID NO: 39 Synthetic DNA
  • SEQ ID NO: 40 Synthetic DNA
  • SEQ ID NO: 41 Synthetic DNA

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Abstract

疾患罹患性を評価する方法を提供する。本発明は、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型と、個体の疾患罹患性とを関連づけることを特徴とする、疾患罹患性の評価方法に係るものである。

Description

疾患罹患性の評価方法
 本発明は、HS3ST4(Heparan sulfate glucosamine 3−O−sulfotransferase 4)遺伝子などの解析により疾患罹患性を評価する方法等に関する。具体的には、HS3ST4遺伝子等における遺伝子多型と個体の疾患罹患性とを関連づける、疾患罹患性の評価方法に関する。
 水疱瘡の原因ウイルスである水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)が感染後、生涯潜伏感染し、免疫力が低下した際などに再活性化されると、強い痛みを伴う帯状疱疹(HZ)が引き起こされる。50歳以上でHZ罹患者が急増するが、50歳以上では帯状疱疹罹患者の18%程度、80歳以上では帯状疱疹罹患者の33%において、帯状疱疹後神経痛(PHN)が発症し、長期間に渡り神経障害性疼痛を引き起こし、高齢になるほどPHNを発症しやすいことが知られている(例えば、非特許文献1、2)。PHNで痛みが続く原因は、VZV増殖に伴う神経損傷によるが、PHNの発症のしやすさが人により異なる理由や、疼痛が長期間続くメカニズムについては未解明である。
 また、上記の帯状疱疹罹患やPHNによる痛み以外にも、一般に、神経障害性疼痛全般を含む慢性疼痛には、根本原因が不明なものが多く、疼痛持続の個人差の原因なども未解明である。
 先行技術文献
 非特許文献1:Yukiko Takao,et al.,Incidences of Herpes Zoster and Postherpetic Neuralgia in Japanese Adults Aged 50 Years and Older From a Community−based Prospective Cohort Study:The SHEZ Study.,J.Epidemiology,2015;25(10):617−625.
 非特許文献2:Yawn BP,Gilden D.,The global epidemiology of herpes zoster.,Neurology,2013;81(10):928−930.
 非特許文献3:Tiwari V.et al.,2005,BBRC,338:930−937.
 非特許文献4:Xiaoli Yu et al.,Varicella Zoster Virus Infection of Highly Pure Terminally Differentiated Human Neurons.,J.Neurovirol.,2013;19(1):75−81.
 このような状況下において、疾患(疼痛等)の罹患性を評価する方法等の開発が望まれていた。
 本発明は、上記状況を考慮してなされたもので、以下に示す、疾患罹患性の評価方法等を提供するものである。
(1)HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型と、個体の疾患罹患性とを関連づけることを特徴とする、疾患罹患性の評価方法。
(2)前記遺伝子多型の解析結果に基づいて、個体の疾患罹患性の高低の傾向を評価することを特徴とする、上記(1)に記載の方法。
(3)(a)被験者由来の試料を用いて遺伝子多型解析を行い、遺伝子多型を選択する工程、
 (b)工程(a)において選択された遺伝子多型の遺伝子型と、疾患罹患性との間の関連を解析する工程、及び
 (c)前記被験者における疾患罹患性と有意に関連した遺伝子多型を、疾患罹患性の評価に用いる工程
を含む、上記(1)又は(2)に記載の方法。
(4)前記疾患が疼痛である、上記(1)~(3)のいずれか1つに記載の方法。
(5)前記疼痛が、慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛である、上記(4)に記載の方法。
(6)慢性疼痛が、帯状疱疹後神経痛、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチからなる群から選択される少なくとも1つである、上記(5)に記載の方法。
(7)遺伝子多型が、一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型及び塩基繰り返し多型からなる群から選択される少なくとも1つである、上記(1)~(6)のいずれか1つに記載の方法。
(8)HS3ST4遺伝子の遺伝子多型が、rs9989408、rs4511540、rs4578651、rs4381608、rs7190143、rs7359341、rs6497898、rs4238925、rs12708686、rs4787337、rs4533289、rs4303490、rs8050110、rs12596324、rs7205880、rs4787766、rs9928735、rs4331339、rs7196138、rs7200813、rs4305024、rs11640970、rs4238926、rs4787338、rs205162、rs4787777、及びrs12933515からなる群から選択される少なくとも1つであり、
 IGF2R遺伝子の遺伝子多型が、rs1805075、rs2274849、rs4709396、rs7746102、rs8191821、rs8191829、rs8191898、rs2282138、rs2282139、rs3777412、rs8191816、及びrs8191818からなる群から選択される少なくとも1つであり、
 IGF2遺伝子の遺伝子多型が、rs3213216である、
上記(1)~(7)のいずれか1つに記載の方法。
(9)HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズしうる、配列番号1~38、42及び43の少なくとも1つに示される塩基配列のうち第51番目の塩基を含む少なくとも10塩基長の塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする、上記(1)~(8)のいずれか1つのいずれか1項に記載の方法。
(10)HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝の遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズしうる、配列番号1~38、42及び43の少なくとも1つに示される塩基配列のうち第51番目の塩基を含む少なくとも10塩基長の塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを含む、疾患罹患性の評価用キット。
(11)HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型を含む、個体の疾患罹患性の高低の傾向を評価するための遺伝子多型マーカー。
(12)HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入されたトランスジェニック動物細胞に、候補物質を接触させて、該動物細胞の細胞融合及び/又は細胞伸展の状態を評価し、得られる評価結果を指標として、疼痛の治療薬又は予防薬をスクリーニングする方法。
(13)前記疼痛が、慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛である、上記(12)に記載の方法。
(14)慢性疼痛が、帯状疱疹後神経痛、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチからなる群から選択される少なくとも1つである、上記(13)に記載の方法。
(15)候補物質を接触させる前記動物細胞が、水痘帯状疱疹ウイルスを感染させたものである、上記(12)に記載の方法。
(16)前記動物細胞がヒト由来細胞である、上記(12)に記載の動物細胞。
(17)HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入された、疼痛の治療薬又は予防薬をスクリーニングするために用いられるトランスジェニック動物細胞。
(18)前記動物細胞が、水痘帯状疱疹ウイルスを感染させたものである、上記(17)に記載の方法。
(19)前記動物細胞がヒト由来細胞である、上記(17)又は(18)に記載の動物細胞。
 発明の効果
 本発明により、疼痛等の疾患の罹患性に関する個人差を評価することができる、HS3ST4遺伝子等の遺伝子多型を用いた疾患罹患性の評価方法等を提供することができる。当該評価方法等は、疼痛等の疾患に対する、テーラーメイド予防及び治療などに有用である。
HS3ST4,IGF2R,IGF2のSNPsは、帯状疱疹後神経痛(PHN)や帯状疱疹罹患(HZ)に有意に関連し、HS3ST4のSNPsはPHNやHZ以外の末梢神経障害性疼痛、神経痛にも有意に関連していることを示す図である。図中の各数値は、相関の優位性を示す値(p値)である。 VZV感染HS3ST4発現細胞の方が、プラーク辺縁が明瞭である(感染7日目)ことを示す図である。 HS3ST4発現細胞では水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)感染により効率的に細胞融合する(感染2日目)ことを示す図である。 HS3ST4発現細胞ではVZV感染により効率的に細胞融合する(フュージョンアッセイによる)ことを示す図である。 HS3ST4発現細胞ではVZV糖タンパク質gB,gH,gLの発現により細胞融合が促進される(フュージョンアッセイによる)ことを示す図である。 単純ヘルペスウイルス2型(HSV−2)感染でもHS3ST4発現により融合が促進される(感染細胞の顕微鏡観察による)ことを示す図である。 HS3ST4発現細胞ではVZV複製効率がほとんど低下しない又は少し低下する(定量PCRによる)ことを示す図である。 HS3ST4発現細胞の方が、播種後細胞が伸展しにくい(播種24時間後)ことを示す図である。 SNPと各表現型との関連を示す図である。図中の各数値は、相関の優位性を示す値(p値)である。図8−1、図8−2及び図9の全体を通して、No.2−5,10−16,18,21−23,25,及び29−39のSNPは、#印または*印を付したSNP(No.1,6−9,17,19−20,24,及び26−28)の連鎖不平衡SNPである。 SNPと各表現型との関連を示す図である(図8−1の続き)。 SNPと各表現型との関連を示す図である(図8−2の続き)。
 以下、本発明を詳細に説明する。本発明の範囲はこれらの説明に拘束されることはなく、以下の例示以外についても、本発明の趣旨を損なわない範囲で適宜変更し実施することができる。なお、本明細書は、本願優先権主張の基礎となる、特願2020−130379号明細書(令和2年(2020年)7月31日出願)の全体を包含する。本明細書において引用された全ての刊行物、例えば先行技術文献、及び公開公報、特許公報その他の特許文献は、参照として本明細書に組み込まれる。
1.本発明の概要
 一般に、神経障害性疼痛全般を含む慢性疼痛には、根本原因が不明なものが多く、疼痛持続の個人差の原因なども未解明である。本発明者は、ゲノムワイド関連解析(GWAS)等により、神経障害性疼痛全般、並びに帯状疱疹罹患、及び帯状疱疹後神経痛(PHN)のいずれとも非常に関連の強い一塩基多型(SNP)が存在する遺伝子として、HS3ST4(Heparan sulfate glucosamine 3−O−sulfotransferase 4)遺伝子を発見した。この発見は、PHN以外の神経障害性疼痛にも、帯状疱疹罹患やPHNと同一の要因が関与する集団が存在する可能性を強く示唆する。さらに、本発明者は、統計上だけではなく実際に、帯状疱疹の原因ウイルスである水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)複製時に、HS3ST4タンパク質により細胞融合が促進されることを見出し、HS3ST4タンパク質により帯状疱疹発症時の神経障害が増悪する可能性を示した。また、本発明者は、HS3ST4タンパク質が細胞伸展時間の長期化に関わることも見出し、損傷神経再生時の軸索伸長時間の長期化が疼痛持続に寄与する可能性を示した。本発明において解明する、神経障害性疼痛全般を含む慢性疼痛の憎悪及び持続機構は、PHN以外の疼痛にも直結し得るものである。
 また、本発明者は、VZVの受容体として報告のあるIGF2R(Insulin−like growth factor 2 receptor)の遺伝子や、IGF2RのリガンドであるIGF2(Insulin−like growth factor 2)の遺伝子のSNPについても解析したところ、PHN及び帯状疱疹罹患と有意に関連していた。このことから、これらSNPは、VZV感染に関連が予想される遺伝子のSNPで有意となることが確認された。
 さらに、上述した遺伝子のSNPが、PHNや帯状疱疹罹患以外の、末梢神経障害性疼痛・神経痛と関連するかを検討したところ、例えば、HS3ST4のSNPsでは、有意な関連あるいは有意な傾向が確認された。従って、HS3ST4 SNPsは、VZV感染に寄らない末梢神経疼痛全般にも関連することが示唆された。
 本発明によれば、HS3ST4遺伝子や、IGF2R遺伝子や、IGF2遺伝子の遺伝子多型を解析することによって、例えば慢性疼痛や帯状疱疹に伴う疼痛といった疾患の罹患に関する表現型(すなわち疾患罹患性)についての個体差を評価することができる。疾患罹患性について評価した結果は、個体における慢性疼痛や帯状疱疹に伴う疼痛といった疾患の、発症のしやすさ、並びにその憎悪性(重症化の可能性及び重症化している状態を含む)及び持続性(長期化の可能性及び長期化している状態を含む)の予測や、当該疾患の治療薬や予防薬の投与回数、投与量及び種類などの決定において利用可能な重要な情報となる。よって、本発明は、HS3ST4遺伝子や、IGF2R遺伝子や、IGF2遺伝子の遺伝子多型の解析結果に基づいて、疾患罹患性を評価する方法、具体的には、個体(個人)の疾患罹患性の有無(詳しくは、その遺伝的要因の有無)や疾患罹患性の高低の傾向を評価する(具体的には、予め知るまたは予測する)方法を提供するものである。
 また本発明では、HS3ST4遺伝子や、IGF2R遺伝子や、IGF2遺伝子の遺伝子多型は、個体(個人)の疾患罹患性の有無(詳しくは、その遺伝的要因の有無)や疾患罹患性の高低の傾向を評価する(予め知る又は予測することを意味することがある。)ための、遺伝子多型マーカーとして利用することができる。
 本明細書において、「個体」とは、疾患罹患性を評価する対象者であり、被験者個人を意味する。
2.遺伝子多型
 本発明における、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及びIGF2遺伝子の遺伝子多型としては、主に一塩基多型(single nucleotide polymorphism;SNP)を含むが、限定はされず、挿入型多型、欠失型多型、および塩基繰り返し多型をも含み得る。
 一塩基多型(SNP(SNPs))とは、遺伝子の特定の1塩基が他の塩基に置換することによる遺伝子多型を意味する。挿入/欠失型多型とは、1以上の塩基が欠失/挿入することによる遺伝子多型を意味する。
 また、塩基繰り返し多型とは塩基配列の繰り返し数の異なることにより生じる遺伝子多型を意味する。塩基繰り返し多型は繰り返す塩基数の違いにより、マイクロサテライト多型(塩基数:2塩基~4塩基程度)とVNTR(variable number of tandem repeat)多型(繰り返し塩基:数塩基~数十塩基)に分けられ、その繰り返し数が個々人によって異なる。
 本発明における疾患罹患性の評価に用い得る遺伝子多型(HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及びIGF2遺伝子におけるSNP)の遺伝子多型名は、以下に列挙する通りである。これらの遺伝子多型は、後述する本願実施例で示す方法により統計学的に同定されたもの(P値<0.05)であるか、あるいは、それらと統計学的に連鎖性が高い(近傍SNPについてはr≧0.8、遠方SNPについてはLOD≧2、連鎖不平衡解析による)又は高いと予測されるものである。なお、遺伝子多型名は、ゲノム上の位置におけるSNPの名称であり、dbSNPデータベース(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/からアクセス可能)に登録されたものである。基本的に、4桁以上の数字の前に「rs」のIDが付与され、どのSNPであるかが識別されている。
・HS3ST4遺伝子におけるSNP:
 rs9989408、rs4511540、rs4578651、rs4381608、rs7190143、rs7359341、rs6497898、rs4238925、rs12708686、rs4787337、rs4533289、rs4303490、rs8050110、rs12596324、rs7205880、rs4787766、rs9928735、rs4331339、rs7196138、rs7200813、rs4305024、rs11640970、rs4238926、rs4787338、rs205162、rs4787777、rs12933515
・IGF2R遺伝子におけるSNP:
 rs1805075、rs2274849、rs4709396、rs7746102、rs8191821、rs8191829、rs8191898、rs2282138、rs2282139、rs3777412、rs8191816、rs8191818
・IGF2遺伝子におけるSNP:
 rs3213216
 本発明は、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、又はIGF2遺伝子の遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチド、すなわち、具体的には、上述した各遺伝子多型名のSNPのいずれか1つを含むオリゴヌクレオチドを提供する。当該遺伝子多型部位は、配列番号1~38、42及び43のいずれか1つに示される塩基配列の第51番目の塩基である。
 本発明のオリゴヌクレオチドの塩基は、少なくとも10塩基、好ましくは10~150塩基、より好ましくは10~45塩基、さらに好ましくは14~25塩基を有することが好ましい。本発明のオリゴヌクレオチドとしては、配列番号1~38、42及び43のいずれか1つに示される塩基配列または当該塩基配列に相補的な塩基配列から選択されるオリゴヌクレオチド、あるいは当該オリゴヌクレオチドの一部(但し、前記遺伝子多型部位を含む)が挙げられる。
 本発明のオリゴヌクレオチドは、後述する遺伝子多型の検出において、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、又はIGF2遺伝子の特異的なプローブおよびプライマーとして用いることができる。
 下記の表1−1及び表1−2には、101塩基長の塩基配列(配列番号1~38、42及び43)が表示されており、それぞれの51番目に、遺伝子多型部位が表示されている。例えば、[G/A]と表示したものは「G」と「A」の遺伝子多型であることを意味し、[C/G/T]と表示したものは「C」と「G」と「T」の遺伝子多型であることを意味し、[T/A/C/G]と表示したものは「T」と「A」と「C」と「G」の遺伝子多型であることを意味する。なお、遺伝子多型部位に関し、「メジャーアレル」および「マイナーアレル」は、それぞれ日本人健常者のゲノム上での多数派および少数派となるアレルを表す。表1−1及び表1−2中の遺伝子多型部位の表記において、左端のアレルがメジャーアレル、それ以外のアレルがマイナーアレルを意味する。例えば、遺伝子多型部位が[C/G/T]と表記されているものであれば、メジャーアレルが「C」であり、マイナーアレルが「G」と「T」である。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
3.遺伝子多型と疾患罹患性との相関
 遺伝子に遺伝子多型が生じると、タンパク質の機能や発現量が変化する場合があると考えられる。従って、多型と、遺伝子によりコードされるタンパク質に関するさまざまな表現型とは相関関係にある場合がある。本発明に関しては、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及びIGF2遺伝子における遺伝子多型と、疾患罹患性(表現型)とは、相関関係にある場合がある。ここで、疾患罹患性としては、疼痛に対する罹患性が挙げられ、例えば、慢性疼痛や帯状疱疹に伴う疼痛に対する罹患性が挙げられる。慢性疼痛としては、例えば、帯状疱疹後神経痛(PHN)、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチからなる群から選択される少なくとも1つが挙げられる。
 各遺伝子多型と、表現型との相関は、一般的には、例えば、以下の(1)~(3)のように調べることができる。
(1)健常者における連鎖不平衡解析等の結果、推定された連鎖不平衡ブロック内の遺伝子多型を選択する。例えば、代表的な遺伝子多型であるTag SNPを表現型との相関解析用の遺伝子多型として選択する。
(2)次に、被験者(疾患に罹患している患者)における当該遺伝子多型についての遺伝子多型頻度を解析する。遺伝子多型と疾患罹患性との相関を調べる場合、被験者と健常者の遺伝子多型頻度との比較を行う。比較においてはχ乗検定などの統計手法を用いることが有効である。ここで、さらに、表現型の違いにより被験者を分類し、分類毎に健常者と被験者の遺伝子多型頻度や遺伝子型を比較してもよい。
(3)被験者において疾患罹患性と有意に関連した遺伝子多型があれば、当該遺伝子多型を疾患罹患性の遺伝的素因の評価に用いることができる。また、健常者と被験者との間で遺伝子多型頻度に有意差のある遺伝子多型があれば、当該遺伝子多型を疾患脆弱性の遺伝的素因の評価に用いることができる。
 従って、上記遺伝子多型のリスクアレルを有する場合は、例えば50%以上、60%以上、70%以上、80%以上、90%以上又は95%以上の確率で、疼痛を有する、又は疼痛のリスクがあると判断又は推定することができる。
 ただし、遺伝子多型の傾向は、人種や出身地等に影響されることが示唆されているため、関連する遺伝子多型(例えばSNP)を見出すのに用いた母集団と同様な遺伝子多型を示す集団おいて、当該遺伝子多型を用いる上記評価を行うことが望ましい。
 上記のように調べられた、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及びIGF2遺伝子における遺伝子多型と疾患罹患性(表現型)との相関は、慢性疼痛や帯状疱疹に伴う疼痛といった疾患の発症のしやすさ、並びにその憎悪性(重症化の可能性及び重症化している状態を含む)及び持続性(長期化の可能性及び長期化している状態を含む)を評価する(予め知る、予測する)方法や、当該疾患の治療法又は予防法を選択する(治療薬や予防薬の適正投与量を決定等することも含む)方法などの指標として利用することができる。
 従って、上記遺伝子多型は、疾患罹患性の遺伝的素因の評価、疾患の診断、疾患の有無の判断等のための基礎情報又は補助資料となる。
 本発明により、疼痛である、又は疼痛のリスクがあると判定したときは、患者又は被験者に対して疼痛に対する予防薬又は治療薬を投与することができる。従って、本発明は、前記疼痛のリスクがあると判定された患者又は被検者に対して、疼痛に対する予防薬又は治療薬を投与する工程を含む、疼痛の予防方法又は治療方法を提供する。
 疼痛に対する予防薬又は治療薬としては、特に限定されるものではないが、例えば非オピオイド又はオピオイド鎮痛薬が挙げられる。また、抗うつ薬、抗てんかん薬、その他の中枢神経系作用薬も慢性疼痛や神経障害性疼痛等に使用することができる。
 上記予防薬又は治療薬の投与については、その用法は限定されるものではないが、通常、非経口又は経口用法が採用される。
 経口用固形製剤を調製する場合には、賦形剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、着色剤、矯味矯臭剤などを単独で又は適宜組み合わせた製剤、例えば錠剤、被覆錠剤、顆粒剤、細粒剤、散剤、カプセル剤等とすることができる。
 注射剤等の非経口投与製剤を調製する場合には、必要によりpH調整剤、緩衝剤、懸濁化剤、溶解補助剤、安定化剤、等張化剤、保存剤などを添加して、例えば、静脈、皮下、筋肉内注射剤製剤とし、単位投与量アンプル又は多投与量容器の状態等で提供される。必要により、凍結乾燥物とすることもできる。
 上記予防薬又は治療薬の投与量は、投与方法、投与時期、投与間隔などのほか、患者の症状の程度、年齢、性別、体重等によって異なり、特に限定されず、適宜選択される。その投与は、1日1~5回毎日投与してもよく、1日~14日おきに又は2~6週間おきに間欠的に投与してもよい。
 また、本発明の遺伝子多型または評価方法を用いて、人種の違いによる疾患罹患性を評価することも可能である。対象者は特に限定されるものではなく、日本人、欧米人などが挙げられるが、本発明においては日本人又は日本人と同様の遺伝子多型傾向を有する者であることが好ましい。
 ところで、本発明の方法では、複数の被験者由来の試料を用いて遺伝子多型を解析している。従って、被験者個人の疾患罹患性を検出する場合、ゲノムDNAにおける遺伝子変異の定量解析(例えばアレル特異的PCR法等)による統計解析(例えばスピアマンの順位相関係数等)の結果、当該個人が全体のどの位置に存在又は属するかを調べることによって、各被験者個人の疾患罹患性(可能性又はリスク)を知ることができる。また、予め規定された数の被験者(1次母集団)において遺伝子多型と疾患罹患性との間の分析を行い、得られた測定値を基本データとして、この基本データと、検出の対象となる単数又は複数の被験者由来の遺伝子多型とを比較することにより、解析結果を、表現型である疾患罹患性と関連付けすることもできる。
 上記測定された被験者由来のデータを前記母集団の値に組み込んで遺伝子多型情報と疾患罹患性のリスクレベルを再度データ処理しておくと、対象となる被験者(母集団)の例数を増やすことにより、解析の精度を高めることができる。
4.遺伝子多型の検出
 被験者からのゲノムサンプルは、血液、唾液、皮膚等の生体試料から抽出することができるが、ゲノムサンプルを採取できるものであれば、これに限定されるものではない。ゲノムDNAの抽出及び精製法は周知である。例えば、ヒトから採取した血液、唾液、皮膚等の検体から、フェノール法等を用いてゲノムDNAを精製する。その際、GFX Genomic Blood DNA Purification Kit等の市販のゲノムDNA抽出キットや装置を用いてもよい。調査するSNPがオープンリーディングフレーム中にある場合は、ゲノムDNAの代わりにmRNAやtotal RNAを抽出してもよい。以下、上記の被験サンプルの遺伝子多型検出法の一例を示す。
(1)PCR法を用いた検出
 PCRにより被験サンプルを増幅するには、Fidelityの高いDNAポリメラーゼ、例えば、KOD Dashポリメラーゼ(TOYOBO社)を用いることが好ましい。用いるプライマーは、被験サンプル中の対象SNPを増幅できるようにプライマーの任意の位置に遺伝子多型が含まれるように設計し合成する。
 増幅反応終了後は、増幅産物の検出を行い、多型の有無を判定する。
 遺伝子多型情報を得る方法は、例えば、以下の通りである。
 (i)ヒトから採取した検体(例えば血液)から、フェノール法等を用いてゲノムDNAを精製する。その際、GFX Genomic Blood DNA Purification Kit(GEヘルスケア バイオサイエンス株式会社製)等の市販のゲノムDNA抽出キットや装置を用いてもよい。
 (ii)次に、得られたゲノムDNAを鋳型として、PCR法によりゲノムDNAをいくつかに分けて増幅し、シークエンス用の鋳型DNAとする。本発明は、遺伝子多型を対象とするため、PCR法に用いる酵素はなるべくFidelity(忠実度)の高いものを用いることが望ましい。
 (iii)各遺伝子多型周辺の領域を、GenBankに公開されている配列情報に基づいて設計したプライマーを用いて約500~1000bpずつPCRにより増幅を行う。
 (iv)これらのPCR断片の全領域の塩基配列を、GenBankに公開されている配列情報に基づいて設計したプライマーを用いて約500~700bpずつシークエンス法により解読し、目的の遺伝子多型情報を得ることができる。
(2)塩基配列決定法による検出
 本発明においては、ジデオキシ法に基づく塩基配列決定法により本発明の多型を検出することもできる。塩基配列決定に用いるシークエンサーには、市販のABIシリーズ(アマシャムバイオサイエンス)を用いる。
(3)DNAマイクロアレイによる検出
 DNAマイクロアレイは、支持体上にヌクレオチドプローブが固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイなどを含む。
 まず、被験サンプルのポリヌクレオチドを単離し、PCRにより増幅し、蛍光レポーター基により標識する。続いて、標識化DNA/mRNA,total RNAをアレイと共にインキュベートする。次にこのアレイをスキャナーに差し込み、ハイブリダイゼーションパターンを検出する。ハイブリダイゼーションのデータは、プローブアレイに結合した(すなわち標的配列に取り込まれた)蛍光レポーター基からの発光として採集する。標的配列と完全に一致したプローブは、標的配列と一致していない部分を有するものよりも強いシグナルを生じる。アレイ上の各プローブの配列及び位置は分かっているため、相補性によって、プローブアレイと反応させた標的ポリヌクレオチドの配列を決定することができる。
 遺伝子多型情報を得る方法は、以下の通りである。
 (i)ヒトから採取した検体(例えば血液)から、フェノール法等を用いてゲノムDNAを精製する。その際、GFX Genomic Blood DNA Purification Kit(GEヘルスケア バイオサイエンス株式会社製)等の市販のゲノムDNA抽出キットや装置を用いてもよい。
 (ii)次に、得られたゲノムDNAをTE buffer(10mM tris−HCl,1mM EDTA,pH8.0)に溶解し、100ng/μlに調整する。
 (iii)イルミナ社製、iScanシステム(Illumina,San Diego,CA)を利用したInfinium assay II法などにより、メーカー側のプロトコルに従い全ゲノムジェノタイピングを行う。
 (iv)BeadStudio Genotyping module v3.3.7(Illumina)などを用いて全ゲノムジェノタイピングデータ解析を行い、各サンプルの遺伝子多型データの品質評価(Quality control)を行う。
 (v)これらの全ゲノムジェノタイピングデータより、目的の遺伝子名のアノテーション情報を手掛かりにしてその遺伝子領域及びフランキング領域に含まれる遺伝子多型を選定し、BeadStudio Genotyping module v3.3.7(Illumina)などの出力機能を用いてそれらの遺伝子多型情報を全て抽出する。
(4)TaqMan PCR法による検出
 TaqMan PCR法は、蛍光標識したアレル特異的オリゴとTaq DNAポリメラーゼによるPCR反応とを利用した方法である。TaqMan PCR法で用いるアレル特異的オリゴ(TaqManプローブという)は、前記遺伝子多型情報に基づいて設計することができる。
(5)インベーダー法による遺伝子多型の検出
 インベーダー法は、アレル特異的オリゴと鋳型とをハイブリダイゼーションすることにより遺伝子多型を検出する方法である。インベーダー法を行うためのキットは市販されており、この方法により容易に遺伝子多型を検出することが可能である。
5.キット
 本発明は、疾患罹患性を評価するためのキットを提供する。本発明の遺伝子多型検出用キットは、本発明を実施するために必要な1種以上の成分を含む。
 例えば、本発明のキットは、酵素を保存若しくは供給するためのもの、および/または遺伝子多型検出を実施するために必要な反応成分を含むことが好ましい。当該成分としては、限定されるものではないが、例えば、本発明のオリゴヌクレオチド、酵素緩衝液、dNTP、コントロール用試薬(例えば、組織サンプル、ポジティブおよびネガティブコントロール用標的オリゴヌクレオチドなど)、標識用および/または検出用試薬、固相支持体、説明書などが挙げられる。また本発明のキットは、必要な成分のうちの一部のみを含む部分的キットであってもよく、その場合には、ユーザーが他の成分を用意することができる。
 本発明のキットは、上記オリゴヌクレオチドを支持体に固定したマイクロアレイとして提供することもできる。マイクロアレイは、支持体上に本発明のオリゴヌクレオチドが固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイなどを含む。
 本発明のキットは、本発明において見出された、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及び/又はIGF2遺伝子における遺伝子多型を含み、当該遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズしうるオリゴヌクレオチドを含むことが好ましい。
 本発明のキットにより遺伝子多型を判定する場合、例えば、疾患の罹患前又は罹患後に採血して、HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子、及び/又はIGF2遺伝子を含むDNAを単離し、当該遺伝子をキット中のオリゴヌクレオチドと反応させて遺伝子型を判定する。
 判定した遺伝子型および遺伝子多型から、慢性疼痛や帯状疱疹に伴う疼痛といった疾患の、発症のしやすさや、その憎悪性(重症化の可能性及び重症化している状態を含む)及び持続性(長期化の可能性及び長期化している状態を含む)を予測したり、当該疾患の治療薬や予防薬の種類または用量などの投与計画を作成することもできる。その結果、個体に合った予測・診断・治療・予防の効果を得ることができ、オーダーメイド医療に有用となる。
6.疼痛治療又は予防薬のスクリーニング
 後述する本願実施例においても示すとおり、本発明者は、HS3ST4タンパク質の発現上昇により、水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)感染時の細胞融合能が亢進することや、細胞伸展に要する時間が長期化することも見出し、これらの現象が、疼痛(帯状疱疹に伴う疼痛や慢性疼痛など)の発症のしやすさや、その疼痛の憎悪性(重症化の可能性及び重症化している状態を含む)及び持続性(長期化の可能性及び長期化している状態を含む)の要因となり得ることを見出した。
 従って、本発明においては、疼痛の治療薬又は予防薬をスクリーニングする方法なども提供される。
 具体的には、HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入されたトランスジェニック動物細胞に、候補物質を接触させて、該動物細胞の細胞融合及び/又は細胞伸展の状態を評価し、得られる評価結果を指標として、前記スクリーニングを行う方法などが提供される。
 ここで、前記疼痛としては、先に述べた本発明の評価方法での説明と同様に、例えば、慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛などが挙げられ、また、慢性疼痛としては、帯状疱疹後神経痛、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチなどが挙げられる。
 また、HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入される動物細胞としては、限定はされず、ヒト由来細胞や、各種非ヒト動物細胞(マウス、ラット及びモルモット等の齧歯類(ネズミ目)動物や、ウサギ、ブタ、イタチ、イヌ、ネコ、サル、ヒツジ、ウシ及びウマ等のヒトを除く哺乳類動物由来の細胞)が挙げられるが、ヒト由来細胞が好ましい。ヒト由来細胞としては、例えば、ヒト悪性メラノーマ細胞(MeWo細胞、COLO679細胞、G−361細胞、DEOC−1細胞、HMV−I細胞、HMV−II細胞、HTMM細胞)、ヒト多能性幹細胞(iPSC)、iPSC由来分化細胞、子宮頸部類上皮がん(HeLa細胞、HeLa S3細胞)、ヒト神経膠腫由来細胞(NP2細胞,NP3細胞,NP5細胞,NP8細胞、A172細胞、ONDA10細胞、ONDA11細胞、KG−1−C細胞、TM−31細胞)、ヒト神経芽細胞腫細胞(SK−N−NH細胞、SK−N−MC細胞、HSNB細胞、TN−2細胞、SCCH−26細胞、NB−1細胞、TN−1細胞、NH−12細胞、NH−6細胞、IMR32細胞)、未分化神経外胚葉性腫瘍細胞(FU−RPNT−1細胞、FU−RPNT−2細胞)、ヒト繊維芽細胞(Detroit551細胞)、ヒト膠芽腫細胞株(U87MG細胞、U373細胞、U138細胞)、ヒト胎児線維芽細胞株(HEF細胞、KMST−6細胞)、ヒト骨腫瘍細胞(U2OS細胞)、ヒト胎児肺細胞(MRC−5細胞、HEL細胞)、および、ヒト網膜芽細胞腫由来細胞株(WERI−Rb−1細胞、NCC−RbC−39細胞、NCC−RbC−51、NCC−RbC−54、NCC−RbC−59細胞、NCC−RbC−60細胞、NCC−RbC−67細胞、NCC−RbC−83細胞、NCC−RbC−92細胞、NCC−RbC−T1細胞)などが挙げられる。
 HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入されたトランスジェニック動物細胞は、公知の遺伝子組換え技術を用いて、適宜作製することができる。なお、本発明のスクリーニング方法に用いるトランスジェニック動物細胞は、例えば、予め、水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)を感染させたものであることが好ましい。VZV感染トランスジェニック動物細胞は、主に、当該動物細胞の細胞融合の状態を評価する場合に、好ましく用いられる。
 トランスジェニック動物細胞への候補物質の接触(添加等)は、限定はされず、公知の方法及び条件等を採用することができる。接触させる量についても、動物細胞の種類及び状態、並びに候補物質の種類等を考慮して、適宜設定可能である。
 候補物質についても、特に制限はされず、例えば、HS3ST4タンパク質の発現上昇を抑制する又は当該発現を阻害する物質などが挙げられる。具体的には、例えば、天然又は人為的に合成された各種ペプチド、タンパク質(酵素や抗体を含む)、核酸(ポリヌクレオチド(DNA(アンチセンスDNAなど),RNA)、オリゴヌクレオチド(siRNA、shRNA及びマイクロRNA等)、ペプチド核酸(PNA)など)、低分子、中分子又は高分子有機化合物等を例示することができる。
 トランスジェニック動物細胞の細胞融合の状態の評価は、候補物質の接触前に比べて、細胞融合の促進が、有意に抑制又は阻害されているかどうかを評価することが好ましい。また、トランスジェニック動物細胞の細胞伸展の状態の評価は、候補物質の接触前に比べて、細胞伸展の抑制が、有意に抑制又は阻害されているかどうかを評価することが好ましい。有意性が認められれば、その候補物質は、疼痛の治療薬又は予防薬としてスクリーニングし得るものであると評価できる。
 なお、本発明のスクリーニング方法は、必要に応じ、他の何らかの工程を含んでいてもよい。
 また本発明においては、上記スクリーニングをするために用いられるトランスジェニック動物細胞に係る発明も提供される。さらに本発明においては、上記スクリーニング方法により得られた治療又は予防薬を含む、疼痛(慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛など)の治療又は予防用医薬組成物に係る発明や、当該医薬組成物を、当該疼痛を患っている又は患っている可能性がある患者に投与することを含む、疼痛の治療又は予防方法に係る発明も提供される。
 この場合の治療薬又は予防薬の剤型、用法、用量等は前記と同様である。
 以下に、実施例を挙げて本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
 本発明者は、ゲノムワイド関連解析等により、神経障害性疼痛および帯状疱疹罹患、並びに帯状疱疹後神経痛(PHN)の全てと極めて有意な関連がある一塩基多型(SNP)が存在する遺伝子HS3ST4を見出した。このHS3ST4タンパク質は、細胞膜表面タンパク質等に結合しているヘパラン硫酸の修飾酵素をコードし、単純ヘルペスウイルス1型(HSV−1)感染に関与するとの報告がある(前掲の非特許文献3参照)。HSV−1は、水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)と同じヘルペスウイルス科に属する近縁ウイルスであるため、VZV感染にもHS3ST4タンパク質が関与する可能性が考えられ、ひいてはPHNのみならず神経障害性疼痛全般にも関連する可能性が考えられた。そこで、HS3ST4タンパク質がVZV感染に及ぼす影響を解明すると同時に、HS3ST4タンパク質が痛みに関わる機構を明らかにする。
1.方法
ゲノム解析
 JR総合東京病院、順天堂大学病院、日本大学医学部附属板橋病院に来院した194名の末梢神経障害性疼痛患者、および関東近辺在住の282名の健常人の全血サンプルからDNAを抽出し、全ゲノムジェノタイピングをInfinium assay IIを用いiScan system(Illumina,San Diego,CA,USA)で解析した。194名の末梢神経障害性疼痛患者サンプルについてはHumanOmni1−Quad v1.0(total markers:1,134,514)and HumanOmniExpress−12 v1.1(total markers:719,665)のBeadChipsを用いた。282名の健常人サンプルにはHumanOmniExpressExome−8 v1.2(total markers:964,193)BeadChipを用いた。
 全ゲノムジェノタイピングデータの質をGenomeStudio with the Genotyping module v3.3.7(Illumina)で評価した。Call rateが0.95未満のものを除外したところ、194名の末梢神経障害性疼痛患者サンプルのうち3名のサンプルが除外された。ゲノムワイド関連解析(GWAS)の結果、末梢神経障害性疼痛との関連が有意に強いSNPの中に、単純ヘルペスウイルス1型との関連が報告されているHS3ST4遺伝子のSNP rs9989408があった。単純ヘルペスウイルス1型は、帯状疱疹を引き起こす水痘帯状疱疹ウイルスの近縁ウイルスであり、帯状疱疹は激痛を伴う疾患で、さらに帯状疱疹後神経痛に進行することから、HS3ST4遺伝子の当該SNPと帯状疱疹罹患、帯状疱疹後神経痛患者との関連の統計解析を行った。末梢神経障害性疼痛患者サンプルの中から、帯状疱疹罹患経験者96名、帯状疱疹後神経痛患者91名、神経痛患者(帯状疱疹後神経痛患者を除く)39名を抽出し、それぞれ健常人との比較解析を当該SNPについてSSPSソフトウェア(IBM)を用いて分割表解析を行った。また、当該SNP近傍のGWAS掲載SNPのうち、慢性疼痛、PHN、帯状疱疹、慢性疼痛(PHN除く)、慢性疼痛(帯状疱疹除く)のいずれかと有意な関連があるHS3ST4 SNPは、rs4511540、rs4578651、rs4381608、rs6497898、rs12708686、rs4787777、rs4533289、rs4303490、rs8050110、rs12596324であった。これらのいずれかのSNPまたはrs9989408 SNPと連鎖不平衡にある、rs7205880、rs4787766、rs9928735、rs205162、rs6497898、rs4305024、rs7190143、rs7359341、rs4238925、rs11640970、rs4238926、rs4787337、rs4787338、rs4331339、rs7196138、rs7200813、rs12933515の中でGWASに掲載がない、rs4305024、rs7190143、rs7359341、rs4238925、rs11640970、rs4238926、rs4787337、rs4787338、について、TaqMan SNP遺伝子型決定アッセイ(Thermo Fisher)により各サンプルの遺伝子型を同定し、追加統計解析を行った。慢性痛と有意な関連があるIGF2R SNP rs1805075と連鎖不平衡にある、rs2274849、rs4709396、rs7746102、rs8191821、rs8191829、rs8191898、rs2282138、rs2282139、rs3777412、rs8191816、rs8191818、の中でGWASに掲載がない、rs2282138、rs2282139、rs3777412、rs8191816、rs8191818、について、TaqMan SNP遺伝子型決定アッセイにより各サンプルの遺伝子型を同定し、追加統計解析を行った。
定常発現細胞作製
 HS3ST4 cDNAをpcDNA3ベクターに導入したプラスミドを作製した。pcDNA3−HS3ST4,pcDNA3をヒト悪性メラノーマ細胞(MeWo細胞)に導入後G418で選択しモノクローナル細胞MeWo−HS3ST4,MeWo−vectorを得た。それらの細胞でのHS3ST4の発現を確認し実験に使用した。
ウイルス感染実験
 VZV野生株感染MeWo細胞をターゲット細胞に感染させた。MeWo−HS3ST4,MeWo−vector,MeWo細胞を24穴または96穴プレートに播種し、翌日1000plaque forming unit(PFU)相当の感染MeWo細胞を添加し(multiplicity of infection=0.01)、37℃、5%COインキュベーター内で加温した。随時顕微鏡下観察を行った。
プラークアッセイ
 MeWo−HS3ST4,MeWo−vector,MeWo細胞を12穴プレート等に播種翌日にVZV野生株感染MeWo細胞を段階希釈したものを添加し、37℃、5%COインキュベーター内で6日間程度加温した。その間に顕微鏡下観察を行った。最終的に培地をホルマリン入りクリスタルバイオレット固定染色液に交換し2時間室温に放置後、固定染色液を洗浄し乾燥させ、形態観察、計数を行った。
エレクトロポレーション
 Amaxa 4D Nucleofector Kit SF(Lonza)と添付の16wellキュベットを用い、Amaxa 4D Nucleofector X unit(Lonza)で細胞に遺伝子導入し96穴プレートに播種後、4~6時間後に新鮮な培地100μlに交換した。
フュージョンアッセイ
 96穴プレート中の感染細胞等またはエレクトロポレーション翌日の細胞の上清100μlの半量である50μlを新しい96穴プレートに分取し、CytoTox 96 non−radioactive cytotoxicity assay(プロメガ)のプロトコルに従って行った。
定量PCR
 24穴プレートの感染細胞等から、QIAamp DNA Mini Kit(Qiagen)を用いてトータルDNAを精製した。TaqManリアルタイムPCRマスターミックス(Thermo Fisher)を用い、7500FastリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)で解析を行った。VZVプローブ、プライマーは下記の通りである。細胞数評価のために、細胞のRNasePコピー数をTaqManTM Copy Number Reference Assay,human,RNase P(VIC−TAMRA)で検出した。
VZV genome検出(前掲の非特許文献4参照)
 プローブ(final 0.25μM):
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000003
 プライマー(final 0.9μM):
Figure JPOXMLDOC01-appb-I000004
RNaseP genome検出
 プローブ・プライマー:
 TaqManTM Copy Number Reference Assay,human,RNase P(VIC−TAMRA)を1×で使用
 PCR反応:
 50℃  2分
 95℃  10分  以上1サイクル
 95℃  15秒
 60℃  1分  以上40サイクル
細胞伸展観察
 MeWo−HS3ST4,MeWo−vector,MeWo細胞を播種後、経時的に顕微鏡下観察を行った。
2.結果
ゲノム解析
 末梢神経障害性疼痛との関連をGWASで検討した結果、Trend modelの上位4位にHSV−1との関連が報告されているHS3ST4遺伝子のrs9989408 SNPが入っていた。HSV−1は、帯状疱疹を引き起こすVZVの近縁ウイルスであり、帯状疱疹は激痛を伴う疾患で、さらにPHNに進行することから、HS3ST4遺伝子rs9989408 SNPと帯状疱疹罹患、PHNとの関連の統計解析を行った(図1)。HS3ST4遺伝子rs9989408 SNPはPHNおよび帯状疱疹罹患と有意に関連していた。また、HS3ST4遺伝子のrs12708686 SNPでも同様の結果が得られた。さらに、VZVの受容体として報告のあるIGF2Rのrs1805075 SNPと、VZVの関連は報告がないIGF2RのリガンドであるIGF2のrs3213216 SNPについても解析したところ、PHNおよび帯状疱疹罹患と有意に関連していたことから、VZV感染に関連が予想される遺伝子のSNPで有意となることが確認された。
 次に、これらの遺伝子のSNPが、PHNや帯状疱疹罹患以外の末梢神経障害性疼痛・神経痛と関連するかを検討したところ、IGF2RおよびIGF2のSNPでは有意な関連が見られなかったのに対し、HS3ST4 SNPsでは有意な関連あるいは有意傾向が確認された。したがって、HS3ST4 SNPsはVZV感染に寄らない末梢神経疼痛全般にも関連することが示唆された。
 さらに、末梢神経疼痛全般、PHNおよび帯状疱疹罹患と有意に関連していた上記HS3ST4 SNPsについて(図8−1及び8−2中のSNPs(#印あり))、近傍のGWAS掲載SNPsの統計解析を行い、いずれかの疼痛表現型で有意な関連を示したものを選抜した(図8−1及び8−2中のSNPs(*印あり))。それら(図8−1及び8−2中のSNPs(#印あり及び*印あり))の連鎖不平衡SNP(図8−1及び8−2のSNPs(#印なしかつ*印なし))についても統計解析を行ったところ、連鎖不平衡関係にあるSNPsはいずれも似通った傾向を示し、いずれかの疼痛表現型で有意な関連を示していた(図8−1及び8−2)。末梢神経疼痛全般、PHNおよび帯状疱疹罹患と有意に関連していた上記IGF2R SNP(図9のSNP(#印あり))についても同様に、連鎖不平衡SNP(図9のSNPs(#印なしかつ*印なし))について統計解析を行い、HS3ST4 SNPsと同様の結果を得た(図9)。
HS3ST4発現によるVZV等感染への影響
 HS3ST4 SNPがVZV関連疼痛および非関連疼痛両方に関与することから、まず、HS3ST4発現によるVZV感染に対する影響を検討した。MeWo−HS3ST4細胞およびネガティブコントロール細胞であるMeWo−vector細胞にVZV感染細胞を添加し感染させ、プラークアッセイを行った(図2)。プラーク辺縁部を比較すると、HS3ST4発現細胞ではプラーク境界が明瞭であり、プラーク辺縁がまとまって剥がれていると考えられる。
 次に、MeWo−HS3ST4細胞およびネガティブコントロール細胞にVZVを感染させ、VZV感染細胞を顕微鏡下観察した(図3−1)。感染2日後、ネガティブコントロール細胞よりもHS3ST4発現細胞の方が、感染細胞である融合細胞の大きさが大きく、HS3ST4発現細胞ではVZV感染により効率的に細胞融合すると考えられた。プラーク辺縁がHS3ST4発現細胞で明瞭だったのも、細胞融合した感染細胞がまとめて剥がれるためと考えられる。
 そこで、細胞融合の度合いを数値化するために、フュージョンアッセイを行ったところ(図3−2)、感染3日後にHS3ST4発現細胞の方が、盛んに融合が起こっていることが明らかとなった。感染4日後には、ネガティブコントロール細胞でも細胞融合以外のウイルス感染による細胞死の影響が見られてくると考えらえる。以上の結果から、HS3ST4はVZV感染下、細胞融合が活性化されることが示唆された。
 VZV感染時の細胞融合が、VZVのどの因子によって引き起こされるのかを検討した。VZVの糖タンパク質のうち、gB,gH,gLが特によく細胞融合に関与する報告があることから、VZVを感染させずこれらの糖タンパク質のみをHS3ST4発現細胞およびネガティブコントロール細胞に発現させ、細胞融合が惹起されるかをフュージョンアッセイで検討した(図4)。HS3ST4発現細胞では、gB,gH,gLの発現により細胞融合が促進されていたことから、gB,gH,gL発現がHS3ST4による細胞融合を引き起こすことが明らかになった。
HS3ST4発現のVZV近縁ウイルス感染による細胞融合に及ぼす影響
 VZV近縁ウイルスによる細胞融合促進現象が見られるのかを検討した。VZVと同じαヘルペスウイルス亜科に属する単純ヘルペスウイルス2型(HSV−2)は、帯状疱疹等と同様に疼痛を伴う病態を示すことが知られているので、HSV−2の細胞融合現象に対するHS3ST4発現の効果を検討した(図5)。HSV−2も感染細胞が細胞融合を起こすことが知られているので、MeWo−HS3ST4細胞またはMeWo−vector細胞にHSV−2を感染させ、顕微鏡下感染細胞の観察を行い、感染細胞集団のうち細胞融合を起こしているものの割合を調べたところ、MeWo−HS3ST4細胞ではネガティブコントロール細胞に比べ細胞融合を起こしている感染細胞集団の割合が高いことが判明した。したがって、VZV感染同様、HSV−2感染でもHS3ST4発現により細胞融合が促進されることが示唆された。
HS3ST4発現のVZV感染・複製に及ぼす影響
 次に、HS3ST4発現がVZV感染・複製に及ぼす影響を検討した。MeWo−HS3ST4細胞またはMeWo−vector細胞を播種翌日、VZV感染細胞を添加し、経時的に細胞を採取し、細胞内に含まれるVZV genome DNAのコピー数と、それを細胞数あたりに換算するために、細胞数を反映するRNaseP genomeコピー数をリアルタイムPCR法で測定した(図6)。感染48時間後からVZV genomeコピー数がいずれの細胞でも上昇し始めたが、96時間後まで常にMeWo−HS3ST4細胞よりもネガティブコントロール細胞の方が2倍前後の高値を示した。以上の結果から、両細胞間でのウイルスコピー数の差は大きくはないものの、HS3ST4の発現により、VZVの感染または複製がわずかに阻害されることが示唆された。先にHS3ST4発現細胞ではVZV感染により細胞融合が促進されることを示したが、VZV感染構造体での複製が細胞融合により阻害されることにより、ウイルスの複製が阻害される可能性が考えられる。
HS3ST4発現による細胞伸展への影響
 ヒトゲノム解析の結果から、HS3ST4はVZVに関連しない一般の末梢神経障害性疼痛や神経痛にも関連することが示唆されている。したがって、HS3ST4は、上記のウイルス感染複製関連への寄与以外に、ウイルスに関連しない表現型を誘導する可能性が考えられた。そこで、HS3ST4発現の有無による細胞の性質の違いを観察した。MeWo−HS3ST4細胞またはMeWo−vector細胞を播種後、経時的に顕微鏡下観察を行ったところ、MeWo−HS3ST4細胞の方が播種後ネガティブコントロール細胞と同様に接着はするものの、伸展までに長い時間がかかることを見出した(図7)。この結果から、HS3ST4発現により細胞伸展に抑制効果が見られることが明らかとなった。
 本発明によれば、疼痛等の疾患の罹患性に関する個人差を評価することができる、HS3ST4遺伝子等の遺伝子多型を用いた疾患罹患性の評価方法等を提供することができ、当該評価方法等は、疼痛等の疾患に対する、テーラーメイド予防及び治療などに有用である。
 配列番号39:合成DNA
 配列番号40:合成DNA
 配列番号41:合成DNA

Claims (19)

  1.  HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型と、個体の疾患罹患性とを関連づけることを特徴とする、疾患罹患性の評価方法。
  2.  前記遺伝子多型の解析結果に基づいて、個体の疾患罹患性の高低の傾向を評価することを特徴とする、請求項1に記載の方法。
  3.  (a)被験者由来の試料を用いて遺伝子多型解析を行い、遺伝子多型を選択する工程、
     (b)工程(a)において選択された遺伝子多型の遺伝子型と、疾患罹患性との間の関連を解析する工程、及び
     (c)前記被験者における疾患罹患性と有意に関連した遺伝子多型を、疾患罹患性の評価に用いる工程
    を含む、請求項1又は2に記載の方法。
  4.  前記疾患が疼痛である、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
  5.  前記疼痛が、慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛である、請求項4に記載の方法。
  6.  慢性疼痛が、帯状疱疹後神経痛、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチからなる群から選択される少なくとも1つである、請求項5に記載の方法。
  7.  遺伝子多型が、一塩基多型、挿入型多型、欠失型多型及び塩基繰り返し多型からなる群から選択される少なくとも1つである、請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
  8.  HS3ST4遺伝子の遺伝子多型が、rs9989408、rs4511540、rs4578651、rs4381608、rs7190143、rs7359341、rs6497898、rs4238925、rs12708686、rs4787337、rs4533289、rs4303490、rs8050110、rs12596324、rs7205880、rs4787766、rs9928735、rs4331339、rs7196138、rs7200813、rs4305024、rs11640970、rs4238926、rs4787338、rs205162、rs4787777、及びrs12933515からなる群から選択される少なくとも1つであり、
     IGF2R遺伝子の遺伝子多型が、rs1805075、rs2274849、rs4709396、rs7746102、rs8191821、rs8191829、rs8191898、rs2282138、rs2282139、rs3777412、rs8191816、及びrs8191818からなる群から選択される少なくとも1つであり、
     IGF2遺伝子の遺伝子多型が、rs3213216である、
    請求項1~7のいずれか1項に記載の方法。
  9.  HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズしうる、配列番号1~38、42及び43の少なくとも1つに示される塩基配列のうち第51番目の塩基を含む少なくとも10塩基長の塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを用いることを特徴とする、請求項1~8のいずれか1項に記載の方法。
  10.  HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝の遺伝子多型を含むDNA断片に特異的にハイブリダイズしうる、配列番号1~38、42及び43の少なくとも1つに示される塩基配列のうち第51番目の塩基を含む少なくとも10塩基長の塩基配列又は該塩基配列に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを含む、疾患罹患性の評価用キット。
  11.  HS3ST4遺伝子、IGF2R遺伝子又はIGF2遺伝子の遺伝子多型を含む、個体の疾患罹患性の高低の傾向を評価するための遺伝子多型マーカー。
  12.  HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入されたトランスジェニック動物細胞に、候補物質を接触させて、該動物細胞の細胞融合及び/又は細胞伸展の状態を評価し、得られる評価結果を指標として、疼痛の治療薬又は予防薬をスクリーニングする方法。
  13.  前記疼痛が、慢性疼痛、又は帯状疱疹に伴う疼痛である、請求項12に記載の方法。
  14.  慢性疼痛が、帯状疱疹後神経痛、脊柱管狭窄、椎間板ヘルニア、関節周囲炎、及び関節リウマチからなる群から選択される少なくとも1つである、請求項13に記載の方法。
  15.  候補物質を接触させる前記動物細胞が、水痘帯状疱疹ウイルスを感染させたものである、請求項12に記載の方法。
  16.  前記動物細胞がヒト由来細胞である、請求項12に記載の動物細胞。
  17.  HS3ST4遺伝子が発現可能なように導入された、疼痛の治療薬又は予防薬をスクリーニングするために用いられるトランスジェニック動物細胞。
  18.  前記動物細胞が、水痘帯状疱疹ウイルスを感染させたものである、請求項17に記載の方法。
  19.  前記動物細胞がヒト由来細胞である、請求項17又は18に記載の動物細胞。
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