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TWI795928B - 用於預測透析中不良事件之系統、方法及其電腦可讀媒介 - Google Patents

用於預測透析中不良事件之系統、方法及其電腦可讀媒介 Download PDF

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TWI795928B
TWI795928B TW110136257A TW110136257A TWI795928B TW I795928 B TWI795928 B TW I795928B TW 110136257 A TW110136257 A TW 110136257A TW 110136257 A TW110136257 A TW 110136257A TW I795928 B TWI795928 B TW I795928B
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Taiwan
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hemodialysis
dialysis
machine learning
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TW110136257A
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TW202313132A (zh
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李光申
楊智宇
劉懿璇
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國立陽明交通大學
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Abstract

本揭露提供一種透析中不良事件之預測系統及方法,其利用二元分類的機器學習模型近乎即時地預測透析中的不良事件,使得即時提取自進行中的血液透析療程之特徵能被用於警示血液透析療程中即將發生的不良事件。因此,可提醒臨床醫師採取必要措施,並提前調整血液透析機設置。此外,本揭露另提供上述系統及方法之電腦可讀媒介。

Description

用於預測透析中不良事件之系統、方法及其電腦可讀媒介
本揭露涉及醫學監測應用,且更具體地涉及用於即時預測透析中不良事件之系統、方法及其電腦可讀媒介。
血液透析(hemodialysis,HD)療法在照護管理中扮演重要角色。由於少尿甚至無尿,大多數腎衰竭病患在血液透析治療(HD療程)期間必須去除液體以維持血容量正常。高血壓之體積依賴性要素可以藉由液體排除來糾正,但超過濾過程使血液透析病患面臨血流動力學不穩定之風險,這可能導致如心臟驟停的致命後果。透析中低血壓是血液透析期間最常見之併發症,且已被確定為血液透析療效降低之原因。急性地,透析中不良事件可能致命;長期地,頻繁的透析中不良事件則會增加病患之發病率和長期全因死亡率。
已開發的裝置(例如,費森尤斯醫療(Fresenius Medical Care)所開發之Crit-Line監測器)為以光傳輸方法非侵入性地監測即時血容比、氧飽和度和透析中體積狀態來協助超過濾過程中之液體排除。儘管非對照研究表明此裝 置減少了透析中的症狀,且有助於評估目標體重,但一項非盲隨機對照試驗顯示,Crit-Line組之住院率高於對照組。
人工智慧亦被應用於血液透析病患以輔助臨床實務,諸如尿素清除率、膳食蛋白質攝入量、體積狀態、紅血球生成素刺激劑反應、補鐵反應、血紅素值、血液透析品質、死亡率等的預測。儘管人工智慧亦被應用於預測透析中低血壓風險,先前針對此應用之研究仍欠缺對時間序列資料輸入之考量。
因此,如何在機器學習手段中考量時間序列資料,並以無偏差作法預測比低血壓風險更多的透析中不良事件,為本技術領域中尚未滿足的需求。
有鑑於此,本揭露提供了一種用於預測透析中不良事件之系統,其包括:特徵提取模組,其經配置以收集和處理有關病患之血液透析療程的資料;以及模型建立與優化模組,其經配置以基於該資料建立用於預測該血液透析療程之期間的該透析中不良事件之機器學習模型。
本揭露另提供了一種用於預測透析中不良事件之方法,其包括:配置特徵提取模組以收集和處理關於病患之血液透析療程的資料;以及配置模型建立與優化模組以基於該資料建立用於預測該血液透析療程期間之該透析中不良事件之機器學習模型。
在本揭露的至少一個實施例中,關於該病患之該血液透析療程的該資料係包括:人口學資訊、生理數據、透析資料和所登錄透析中不良事件中之一或多者。
在本揭露的至少一個實施例中,該資料包括具有複數筆紀錄之資料集,該複數筆紀錄具有在相應時間戳記處之測量。
在本揭露的至少一個實施例中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該測量導出平均值、該平均值的標準差、變異係數、線性回歸斜率及線性回歸R平方中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
在本揭露的至少一個實施例中,該測量包括靜脈壓和跨膜壓,並且其中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該靜脈壓和該跨膜壓之該測量導出變化率之最大值、最小值和平均值,以及二次微分中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
在本揭露的至少一個實施例中,該機器學習模型係基於有關欲預測之目標透析中不良事件之第一維度,以及有關欲預測之該透析療程期間的目標時段之第二維度所建立。
在本揭露的至少一個實施例中,該機器學習模型係藉由標記有相關於該透析中不良事件之結果之該資料進行訓練。
在本揭露的至少一個實施例中,該機器學習模型係藉由自該資料提取之關鍵特徵組合進行訓練。
在至少一個實施例中,本揭露所述之系統另包括資料儲存模組,其經配置以儲存該資料,且本揭露所述之方法另包括配置資料儲存模組以儲存該資料。
本揭露另提供一種電腦可讀媒介,其儲存有電腦可執行代碼,該電腦可執行代碼在執行後實施如上述之方法。
1:系統
10:特徵提取模組
20:資料儲存模組
30:模型建立與優化模組
S1~S4:步驟
藉由閱讀以下實施例之描述,並參考伴隨圖式,能更全面地理解本揭露,其中:
圖1為根據本揭露的實施例顯示用於預測透析中不良事件之系統的示例性結構示意圖;
圖2為根據本揭露的實施例顯示用於選擇病患和血液透析療程之決策過程的步驟流程圖;
圖3A和圖3B為根據本揭露的實施例顯示用於預測屬於第1組不良事件之機器學習模型的效能示意圖;ctr:對照;f72、f76、f77、f78、f82:表4和表5中所指特徵之編號;平均△(UF速率):超過濾速率變化之平均值;
圖4為根據本揭露的實施例顯示用於預測屬於第2組不良事件之機器學習模型之效能的示意圖;ctr:對照;平均△(UF速率):超過濾速率變化的平均值;平均UF體積:超過濾體積的平均值;
圖5為根據本揭露的實施例顯示用於預測屬於第3組不良事件之機器學習模型之效能的示意圖;ctr:對照;以及
圖6和圖7為根據本揭露的實施例顯示基於機器學習模型對不良事件之預測機率隨時間推移之一致性的示意圖。
以下實施例用於闡明本揭露。本技術領域中具有通常知識者閱讀本揭露內容後,可輕易理解本揭露之優點和效果,亦可以在其他不同實施例中實施或應用。因此,本文所載本揭露範圍內任何要件或方法,可以與本揭露任何實施例中所揭示之任何其他要件或方法結合。
本揭露之圖式所示的比例關係、結構、尺寸等特徵僅用於闡明本文所描述的實施例,以使本技術領域中具有通常知識者能夠閱讀和理解本揭露 內容,並非旨在限制本揭露的範圍。對所述特徵之任何變更、修改或調整,在不影響本揭露構思目的和效果下,均應屬於本揭露技術內容之範圍。
在本文中,當描述對象「包括」、「包含」或「具有」技術特徵時,除非另有說明,否則可另外包含其他要件、成分、結構、區域、部件、裝置、系統、步驟、連結等,且不應排除其他特徵。
在本文中,諸如「第一」、「第二」等順序術語僅被引用以方便描述或區分諸如要件、成分、結構、區域、部件、裝置、系統等之技術特徵,非旨在限制本揭露的範圍,亦非旨在限制此類技術特徵間的空間順序。此外,除非另有說明,諸如「一(a)」、「一(an)」和「該」等單數形式用語亦指涉複數形式,且諸如「或」和「及/或」等用語可以交互使用。
如本文中所使用,術語「對象」、「個體」和「病患」可交互使用,且可指動物,例如,包括人類之哺乳動物。除非特別指明一種性別,否則術語「對象」可同時指男性和女性。
在本文中,術語「包含」、「包羅」、「包括」、「包蘊」、「具有」、「具備」、「蘊含」、「涵蓋」或其任何其他變體旨在涵括非排他性的包含。例如,包含一系列要件之組成物、混合物、過程或方法不一定僅限於那些要件,而是可以包括未明確列出的、或是此類組成物、混合物、過程或方法固有之其他要件。
在本文中,關於一系列的一個或多個要件的用語「至少一」應理解為意指選自所述一系列要件中之任何一個或多個要件的至少一個要件,但不一定包括所述一系列要件中列出之每個要件中的至少一個,且不排除所述一系列要件中之要件的任何組合。此定義還允許除用語「至少一」所指一系列要件中指稱的要件以外的要件選擇性地存在,無論其與指稱要件相關或不相關。因此, 作為非限制性示例,「A和B中的至少一個」(或等效地,「A或B中的至少一個」,或等效地,「A及/或B中的至少一個」)可以:在一實施例中,意指至少一個、可選地包括多於一個A且沒有B(並可選地包括B以外的要件);在另一實施例中,意指至少一個、可選地包括多於一個B且沒有A(並可選地包括A以外的要件);在又一實施例中,意指至少一個、可選地包括多於一個A,和至少一個、可選地包括多於一個B(且可選地包括其他要件)。
在本文中,術語「一或多」和「至少一」可以具有相同含義並且包括一個、兩個、三個或更多個。
在本文中,術語「測量」和「量測」可以與「判定」、「評估」、「測定」、「檢測」等互換,其指定量和定性的判定。在欲進行定量判定之情況,可使用「測量數量」等用語。在欲進行定性或定量判定的情況,則可使用「測量水平」或「判定水平」之用語。
參照圖1,其顯示用於預測透析中不良事件的系統1,包括:特徵提取模組10、資料儲存模組20和模型建立與優化模組30。該系統1之要件可藉由任意合適的有線或無線方式相互連接,本揭露並不限於此。
在一些實施例中,特徵提取模組10可以耦接至或實施於血液透析(HD)機(未圖示),使得血液透析療程期間自病患獲得的任何紀錄皆可被收集並用於現場特徵提取。
在一些實施例中,資料儲存模組20配置為維護經特徵提取模組10接收和處理之資料,以便在後期供予資料檢查及/或模型建立。資料儲存模組20可以任意合適之資料儲存裝置、系統、資料庫、雲端存儲、或類似者實現,本揭露並不限於此。
在一些實施例中,模型建立與優化模組30配置為建立用於預測病患透析中不良事件之機器學習模型,及/或基於來自病患之血液透析療程的改善 資料品質而增進機器學習模型的效能。在至少一個實施例中,模型建立與優化模組30可建立一個以上的機器學習模型,以對應特徵提取模組10所收集各類特性的資料。舉例而言,機器學習模型可建基於二個維度上:欲預測之目標透析中不良事件(例如,血壓升高、肌肉痙攣和除血壓升高以外之所有事件);以及欲預測之血液透析療程期間的目標時段(例如,血液透析療程期間不同之30分鐘時段)。然而,所建立之機器學習模型的數量和預測目標並不旨在限制本揭露的範圍,而可根據規劃需求以任意合適作法變更。
在一些實施例中,系統之要件可被個別地實現為任意合適的運算裝置、設備、應用程式、系統、或類似者,但本揭露不限於此。舉例而言,特徵提取模組10、資料儲存模組20和模型建立與優化模組30中的任意二個或三個可以整合在一起,而非實現為三個獨立單元。在一些實施例中,所述三個要件亦可在雲端運算環境中整合並實現。然而,在不偏離本揭露操作理念的情況下,系統中所述要件之配置可以實現為任意合適形式,且不應侷限本揭露之範圍。
圖1中進一步描述系統1之上述要件間的操作關係,其以箭號表示(在此描述為「步驟」)並詳述於此。
在一些實施例中,步驟S1表示特徵提取模組10將在血液透析療程期間即時收集和處理有關病患之紀錄的資料,並將該資料儲存在資料儲存模組20中。
在一些實施例中,步驟S2表示模型建立與優化模組30將利用儲存在資料儲存模組20中的資料建立及/或優化用於預測病患透析中不良事件的機器學習模型。舉例而言,機器學習模型可以基於線性模型、隨機森林支持向量回歸、XGBoost、LASSO回歸、集成方法、深度學習、或類似者中的任一種或上述各者的任意組合,本揭露並不限於此。
在一些實施例中,步驟S3表示對於經模型建立與優化模組30建立並充分訓練的機器學習模型,特徵提取模組10還可將有關病患在血液透析療程期間之紀錄的資料發送至該機器學習模型,以用於即時預測透析中不良事件。
在一些實施例中,步驟S4表示在機器學習模型完成其預測後,預測結果將發送回特徵提取模組10(或與其配對之血液透析機),以告知病患的透析中不良事件風險。
在一些實施例中,還存在一種電腦可讀媒介,其儲存有電腦可執行代碼,此電腦可執行代碼經配置以在被執行後實施本揭露上述所討論的步驟。
由此處開始,將詳述特徵提取模組10、資料儲存模組20和模型建立與優化模組30之工作機制如何規劃。
方法
研究方案和研究對象
在一項於單一機構進行的回顧性觀察研究之實作中,審閱所有在彰化基督教醫院接受維持性血液透析治療之病患的紀錄。圖2顯示依據本文所述實施例中如何選擇病患和血液透析療程以用於研究之決策過程。舉例而言,在三個月期間內,129名符合條件之病患中有108名完成此為期三個月的研究,並基於以下理由排除所述108名病患的血液透析療程:(1)因透析機替換導致療程中斷;(2)因病患排尿或排便導致中斷超過一次的療程;及/或(3)病患在期間無法自由表達其不適的療程。最終,來自所述108名病患之總共4221個血液透析療程被用於建立機器學習模型以預測透析中不良事件,其中每位病患在3個月研究期間內各接受了39或40個血液透析療程。
透析和生理數據收集
在本文所描述的實施例中,特徵提取模組10收集了數種類型的資料以用於建立機器學習模型,例如,人口學資訊、生理數據、透析資料和所登錄透析中不良事件。上述類型之資料可以藉由人工(例如,由醫務人員進行測量)或自動方式(例如,由血液透析機自行測量)來收集,本揭露並不限於此。
在至少一個實施例中,人口學資訊可以從病歷中導出,並且可以包括諸如任意病患之年齡、性別和透析治療年資等資訊。
在至少一個實施例中,生理數據為在參與病患的每個血液透析療程期間以大約每30到60分鐘的間隔進行測量和記錄(每個血液透析療程大約4小時)。
在至少一個實施例中,透析資料為在參與病患的每個血液透析療程期間自血液透析機收集。與透析資料相關之血液透析機讀數的示例如下表1所示。
Figure 110136257-A0202-12-0009-1
在至少一個實施例中,所登錄的透析不良事件為根據測量到的生理數據或病患陳訴來記錄。所記錄到參與病患之透析中不良事件的示例如下表2所示。
Figure 110136257-A0202-12-0010-2
Figure 110136257-A0202-12-0011-3
參照下表3-1至3-2,其揭示了特徵提取模組10所收集之資料的示例。在研究來自108名病患、共4221個血液透析療程之實作中,特徵提取模組10替每個血液透析療程i(i=1至4221)所收集之資料集HDi為由複數筆紀錄{Yj,k,Tk}組成,其中,j(參見表3-1,其範圍為1至9)為來自透析和生理測量之資料的類別的索引值;k為測量發生之時間的索引值;而Yj,k則為在時間Tk之測量j的數值。參照表3-1中以粗邊界標記的紀錄,其顯示於時間戳記「T4=9:35:44」(即,{Yj,4,T4})所測量的所有類別的資料點Yj,4。根據製造商默認的設置,一旦靜脈壓(VP)或跨膜壓(TMP)之數值發生變化並與在T=Tk-1的前次測量不同,通常會從血液透析機自動記錄透析資料及/或生理數據。因此,任兩筆連續紀錄間的時間間隔Tk-Tk-1可能不相等。
Figure 110136257-A0202-12-0012-4
Figure 110136257-A0202-12-0012-5
續表3-2,每個資料集HDi還包括額外的非時變病患特定資訊Yj(j=10至13),其分別代表病患於對應血液透析療程期間的年齡、性別、血液透析年資和透析前體重等資訊。
應當理解,當系統準備好投入實際使用時(例如,開發出經充分訓練的機器學習模型時),表3-1中描述的資料集HDi可直接用於特徵提取和透析 中不良事件的預測。然而,亦可登錄透析中不良事件至資料集HDi以作為建立機器學習模型之訓練資料。
特徵提取
在資料收集後,特徵提取模組10接續從來自血液透析療程的資料集HDi中提取的資料以作為分析用的特徵。在本文所描述的實施例中,特徵提取理想地為使用AWK程式執行,但可用任意合適的程式或應用程式,本揭露並不限於此。
為避免因每個血液透析療程中設置和啟動透析的操作程序不同而在資料集HDi的起始處出現假影,故每個資料集HDi起始處若有血流速率(即,資料點Y5,k)於時間戳記T1和T2間發生改變的情況,則此資料集HDi的第一個資料點Yj,1(即,紀錄{Yj,1,T1})將被排除。任何在給定時間戳記Tk處的紀錄{Yj,k,Tk}在由於透析中斷(例如,透析機替換或病患排尿/排便)導致血流速率等於或低於零的情況下亦將被排除。若血液透析療程被中斷超過一次,則整個血液透析療程(完整資料集HDi)將從特徵提取流程中排除。
對於訓練資料,來自血液透析療程之HDi資料集的紀錄{Yj,k,Tk}的完整集合在無登錄透析中不良事件(例如前述表2中所列任一不良事件)的情況下將被納入以作特徵提取。另一方面,對於已登錄透析中不良事件的血液透析療程,僅有在第一次發生不良事件前之相應資料集HDi的紀錄{Yj,k,Tk}會被納入以作特徵提取,意味著此血液透析療程持續時間少於4小時。
由於兩筆相鄰紀錄{Yi,k,Tk}間的時間間隔和血液透析療程持續時間各不相同,使得回歸分析具有挑戰性,且需將所量測變量的時間特徵納入用於 分類的分析中。為此,特徵提取模組10自透析和生理測量的紀錄{Yj,k,Tk}中導出平均值、平均值的標準差及變異係數,連同線性回歸的斜率和R平方,以作為分析之特徵。此外,特徵提取模組10還導出靜脈壓(VP)和跨膜壓(TMP)變化率的最大值、最小值和平均值(一次微分),連同二次微分以作為分析之特徵。
參照下表4和表5,其揭示特徵提取模組10從血液透析療程中提取之特徵的示例。舉例而言,總共提取的84項特徵{Xh}(h=1至84,其指如下所示之特徵編號,其中「#」代表「編號」)中,包括來自上述HDi資料集之原始測量的特徵和從中導出之時間方面的特徵。然而,基於實務中資料集HDi的內容,特徵總數可為大於或小於84,本揭露並不限於此。
Figure 110136257-A0202-12-0014-6
Figure 110136257-A0202-12-0015-7
Figure 110136257-A0202-12-0015-8
說明:
A:時間間隔≡Ti-Ti-1,i=1~n
B:Ki=△Xi/(Ti-Ti-1)=(Xi-Xi-1)/(Ti-Ti-1)
C:△Xi≡Xi-Xi-1
D:平均值*為依持續時間加權,然後除以總記錄時間:
Σ((Xi-Xi-1)×(Ti-Ti-1))/Σ(Ti-Ti-1)=Σ((Xi-Xi-1)×(Ti-Ti-1))/(Tn-T0)
於特徵提取後,特徵提取模組10將所提取之特徵儲存至資料儲存模組20中以備後用(例如,用於建立機器學習模型),或者直接發送至模型建立與優化模組30以預測透析中不良事件。如上所述,HDi資料集的{Yj,k,Tk}在靜脈壓或跨膜壓改變時即被記錄下來。因此,在兩個相鄰測量時間戳記Tk和Tk-1間的 時間Tp處的任意測量值可被指定為{Yj,k,Tp}={Yj,k,Tk-1}。亦即,於特徵提取模組10實時運作時,可在任意時間(例如,Tp)終止血液透析療程中資料集HDi的特徵提取以進行儲存或預測。
用於模型建立的結果標記
於訓練期間,在將相應資料集HDi及/或其提取的特徵用於模型建立之前,可以先標記與血液透析療程相關之結果。舉例而言,在所研究的4221個血液透析療程中,具有一個或多個不良事件的血液透析療程標記為1,而無不良事件的血液透析療程標記為0。亦可在不考慮真實結果並保持與實驗集相同的0對1比率下,藉由隨機重新標記所述4221個血液透析療程來設立陰性對照集。
在結果標記後,模型建立與優化模組30執行其機器學習模型的建立過程包括:(1)建立二元分類模型(例如,使用諸如集成或感知器的演算法),其根據輸入時給定的資料集HDi輸出0或1之標記;以及(2)藉由四重交叉驗證(例如,利用微軟開發的Azure服務)評估所述二元分類模型。對於每個機器學習模型,其模型建立以引入不同隨機數之方式重覆上述建立過程至少三次來執行。
選取最佳表現特徵
除標記結果之外,機器學習模型還可以基於從全84項特徵中挑選之關鍵特徵建立。舉例而言,模型建立與優化模組30還被配置為在建立機器學習模型期間實行演算法以選取與透析中不良事件發生相關之關鍵特徵。藉由判定模型建立的關鍵特徵,能在不損失預測準確度的情況下有效降低運算負載。進一步地,機器學習模型基於關鍵特徵預測透析中不良事件後,所述關鍵特徵可 作為調整血液透析機參數之參考依據。
舉例而言,為查明在預測目標透析中不良事件中哪些特徵比其他特徵更重要,可選取關鍵特徵(從全84項特徵中)並用在模型建立與優化模組30的模型建立,如此便可比較使用選定的關鍵特徵及與使用全84項特徵所建立之機器學習模型之預測結果間的差異。由此,可使用MATLAB(例如,邁斯沃克公司(MathWorks Inc.)開發的MATrixLABoratory)來執行關鍵特徵之選取,但亦可利用任意合適的程式或應用程式,而不會限制本揭露的範圍。然後,所選取的關鍵特徵可用於建立如上所討論之機器學習模型(例如,使用集成隨機下採樣提升樹建立二元分類模型,並藉由四重交叉驗證進行評估)。接著,可藉由從所建立的機器學習模型的預測結果中總和真陽性和真陰性的百分比來給予所建立的機器學習模型的評分,以用於稍後階段中之比較。
關鍵特徵選取之過程在此進一步詳述。首先,藉由依次使用84項特徵中的單一項特徵來建立第一組機器學習模型,並為第一組機器學習模型中的每一個根據其預測結果(基於真陽性和真陰性的百分比)給出一個評分。接著,從二項特徵組合池中選出最佳二項特徵組合來建立第二組機器學習模型,所述二項特徵組合池藉由從上一步驟中所得第一組機器學習模型的評分中所選出之最佳特徵(例如,貢獻最高分之機器學習模型的特徵)和每一個其餘83項特徵各自結合所建立的。接下來,為第二組機器學習模型所選取得分高於第一組機器學習模型之最高分的二項特徵組合被保留以用於下一步驟。同樣地,可以從三項特徵組合池中選取最佳之三項特徵組合來建立第三組機器學習模型,所述三項特徵組合池藉由從第二組機器學習模型的評分中所選出之最佳二項特徵組合(例如,貢獻最高分之機器學習模型的二項特徵組合)和每一個其餘82項特徵各自結 合所建立的,並且為第三組機器學習模型所選取得分高於第二組機器學習模型之最高分的三項特徵組合被保留以用於下一步驟。此過程被重複,直到選出最佳20項特徵組合,而最常出現在這些20項特徵組合中的特徵被定義為關鍵特徵。
結果
研究參與者的人口學特徵
下表6依據本文所描述的實施例顯示概述參與的108名病患之特徵的表。舉例而言,在上述108名病患中,平均年齡為63.6歲;60名病患(55.6%)為男性;血液透析平均年資為7.7年;47名病患(43.5%)患有糖尿病;69名病患(63.9%)患有高血壓;11名病患(10.2%)患有冠狀動脈疾病;12名病患(11.1%)患有鬱血性心衰竭;7名病患(6.5%)有中風病史;3名病患(2.8%)患有慢性阻塞性肺疾病;2名病患(1.9%)患有周邊血管疾病;以及2名病患(1.9%)患有惡性腫瘤。
Figure 110136257-A0202-12-0018-10
資料以適當的平均值±標準差或百分比表示。
此外,依據從此108名病患所記錄到的透析中不良事件(參見表2)的發生情況來看,4個血液透析療程有超過3個透析中不良事件;19個血液透析療程有3次不良事件;106個血液透析療程有兩個不良事件和276個血液透析療程有一個不良事件。在總共4221個血液透析療程中,有406個血液透析療程有不良事件。
預測模型之表現
為增加結果1對0的比率(即,有不良事件的血液透析療程標記為1,沒有不良事件的血液透析療程標記為0),表2中列出的27項不良事件分為三組,以用於建立機器學習模型。第一組對應除血壓升高、血管通路阻塞和血管通路栓塞之外的所有透析中不良事件,共323個血液透析療程被分派到此組(第1組)。第二組對應之透析中不良事件包括肌肉痙攣,138個血液透析療程被分派到此組(第2組)。第三組對應之透析中不良事件包括血壓升高,108個血液透析療程被分派到該組(第3組)。
第1組:除血壓升高以外之所有事件
圖3A和圖3B及表7描述了用於預測屬於第1組不良事件之機器學習模型的效能,曲線a至k代表使用不同特徵組合建立之機器學習模型。在此場景中,使用學習率為20且最大疊代次數為20的二元分類平均感知器於模型建立。
Figure 110136257-A0202-12-0020-11
對於84項特徵模型(曲線a),平均曲線下面積(AUC)為0.83、標準差(SD)為0.03、F1分數為0.53、敏感度為0.53、而特異度為0.96。與陰性對照(曲線b)相比(平均AUC為0.50、SD為0.04、而F1分數為0.15),二元分類平均感知器的84項特徵模型能合理預測不良事件。亦測試了其他演算法的預測。舉例而言,二元分類支持向量機器(SVM)得到的平均AUC為0.83(SD 0.02)、F1分數為0.55、敏感度為0.53、而特異度為0.96。此結果與平均感知器獲得的結果相似。與平均感知器和SVM算法相比,二元分類邏輯式回歸和決策森林並不 能很好地預測不良事件。邏輯式回歸得到的平均AUC為0.82(SD 0.02),且F1分數為0.48,決策森林得到的平均AUC為0.83(SD 0.02),且F1分數為0.46。額外地,用於抽樣的病患內分區(平均AUC為0.83、SD 0.03,而平均F1分數為0.53、SD 0.02)和病患間分區(平均AUC為0.82、SD 0.04,而平均F1分數為0.50、SD 0.06)並未在預測上呈現顯著差異。
超過濾速率和超過濾體積為血液透析相關參數。然而,本文中模型之效能顯示,採用單一特徵,例如,超過濾體積最大值(特徵78,參照曲線k)或超過濾速率變化平均值(特徵77,參照曲線j),無法妥當預測不良事件。由超過濾體積最大值(定義為最末時間點所記錄到的超過濾體積)所建立之模型,其AUC為0.48,且F1分數為0.15,與陰性對照結果相似。另一方面,由血液透析療程期間超過濾速率變化之平均值所建立的模型具有AUC為0.70,且F1分數為0.28。結合兩項超過濾相關特徵(曲線h)亦無法預測不良事件。在使用多達6項與超過濾體積相關之特徵(特徵78至83,參照曲線f)進行預測後,AUC自0.48增加至0.82,而F1分數自0.15增加至0.46。具有14項超過濾特徵(特徵70至83,參照曲線e)之模型具有AUC為0.83,且F1分數為0.52。
接下來,選取20項特徵組合中出現頻率最高的21項特徵進行評估(曲線c)。基於這些表現最佳的21項特徵,但略過超過濾相關特徵之二元分類平均感知器模型,顯示平均AUC為0.82(SD 0.02),而F1分數為0.45。然而,為此模型增加一或兩項特徵並不會顯著增強預測(例如,23項最佳特徵模型僅得到平均AUC為0.82、SD 0.02、而F1分數為0.46)。與基於不包括超過濾相關特徵之所有特徵的模型相比(參照曲線d,其使用了70項特徵,且AUC為0.81、F1分數 為0.45),21項最佳特徵模型(不含超過濾相關特徵)的結果顯示,使用全84項特徵中的四分之一即足以用於預測不良事件。
準確地說,從全84項特徵中選出的21項特徵為年齡、最大跨膜壓、最小收縮壓(SBP)、最小舒張壓(DBP)、最小脈搏壓、最小血流速率、平均SBP、平均靜脈壓、平均跨膜壓、SBP線性回歸斜率、DBP線性回歸斜率、脈搏壓線性回歸斜率、脈搏率線性回歸斜率、跨膜壓線性回歸斜率、血流速率平均值標準差、脈搏壓線性回歸R平方、以及靜脈壓二次微分之相關參數(參照列於表4和5中之特徵2、5、6、8、11、14、17、20、21、26、29、31、36、47至52、57及59)。
第2組:肌肉痙攣
圖4和表8描述了用於預測屬於第2組不良事件之機器學習模型的效能,曲線a到k代表使用不同特徵組合建立之機器學習模型。
Figure 110136257-A0202-12-0022-12
如圖4和表8所見,基於14個超過濾相關特徵(參照曲線d)的模型在預測肌肉痙攣發生之平均AUC為0.85(SD 0.04),且F1分數為0.45,此結果類似於84項特徵模型(參照曲線a,其平均AUC為0.82、SD為0.04、且F1分數為0.42),並且優於基於不包括超過濾相關特徵之所有特徵所建立之模型(參照曲線c,其平均AUC為0.79、SD為0.04、而F1分數為0.30)。然而,單一超過濾相關特徵(參照曲線i和k)無法妥當預測痙攣。兩項超過濾相關特徵之組合亦無法預測肌肉痙攣(參照曲線f,其包括特徵70至77,並具有AUC為0.79,且F1分數為0.29;或曲線e,其包括特徵78至83,並具有AUC為0.84,且F1分數為0.37)。上述結果說明超過濾相關特徵比其他特徵對於肌肉痙攣預測的貢獻更大。
第3組:血壓升高
圖5和表9描述了用於預測屬於第3組不良事件之機器學習模型的效能,曲線a到d代表使用不同特徵組合建立之機器學習模型。
Figure 110136257-A0202-12-0023-13
如圖5和表9所見,基於全84項特徵以預測高血壓發生之模型(參照曲線a)具有平均AUC為0.93(SD 0.02),而F1分數為0.41。與基於14項超過濾相關特徵所建立的模型(參照曲線c,其AUC為0.72,且F1分數為0.22)相比,其結果顯示超過濾參數未能在預測透析中的高血壓發揮重要作用。儘管基於24項血壓相關特徵的模型(參照曲線d,其AUC為0.92、SD為0.03、且F1分數為0.38)之AUC高於0.9,但血壓以外之特徵可以使F1分數獲得額外改進。
隨時間推移的不良事件預測機率之一致性
圖6和圖7及表10描述了基於時間序列特徵來預測透析中不良事件之機器學習模型的表現,表示為0、5、10、15、20和60分鐘的曲線代表所述機器學習模型在發生任何透析中不良事件前之表示時間時的預測能力。
Figure 110136257-A0202-12-0024-14
在本文描述的實施例中,時間序列特徵在整個血液透析療程中從血液透析療程開始直到記錄到不良事件前的時間點,或血液透析療程正要結束 的時間點(即,未記錄到不良事件)期間所收集。在此情況下,特徵收集的結尾若在其結束時間點正好在記錄到不良事件發生之前,則將被定義為0分鐘。除0分鐘外,特徵收集的截止結束時間點亦被設為不良事件發生前的5、10、15、20、及60分鐘,以評估預測準確性。
如圖6和表10所示,用於預測所有透析中不良事件(血壓升高除外)的機器學習模型顯示,與由較早截止時間點之特徵所習得的效能相比,即便來自在記錄到的不良事件前或無不良事件之血液透析療程的結束前之5、10、15和20分鐘截止結束時間點之特徵的AUC分數為約0.80,且其F1分數都低於0.5,0分鐘截止之特徵導致最佳AUC和F1分數(參見0分鐘曲線,其AUC為0.83,而F1分數為0.53)。此結果表明,落在索引不良事件前的20分鐘時間窗中的資訊是有價值的,但落在索引不良事件前的5分鐘時間窗中的資訊對事件預測的影響更大。
參見圖7,為進一步了解預測準確度對截止結束時間點的依賴,隨機挑選500個血液透析療程,以與自84項特徵獲得在記錄的不良事件發生前0、5、10、15和20分鐘的不良事件之預測機率比較。如圈選資料點所示,有5個血液透析療程在使用基於不同截止結束時間點所提取的特徵對不良事件的預測機率有很強的一致性,且這5個血液透析療程有發生不良事件。由於在隨機挑選的500個血液透析療程中應有約40個血液透析療程發生不良事件,因此結果顯示至少有十分之一具有不良事件的血液透析療程最早得以提前20分鐘被預測,且可以藉由使用後續截止結束時間點之特徵的即時機器學習作進一步確認。
儘管84項特徵中沒有一項包含明確時間序列資訊,但特徵提取所採用的線性和差值分析可能會受到血液透析療程時長影響。因此,將無不良事件 (陰性)的血液透析療程截短,並將其預測結果與未截短的血液透析療程之預測結果進行比較。由於發生不良事件(陽性)的血液透析療程平均長度為3.3小時,陰性血液透析療程被截短並隨機設置3到3.5小時間的結束點(Tend),而陽性療程的結束點保持不變。結束點Tend處的{Yj,k,Tk}紀錄依照與任意時間Tp處{Yj,k,Tk}紀錄所使用的相同方法定義之。在結果方面,其平均AUC為0.89(SD 0.019)、F1分數為0.55、敏感度為0.52、且特異度為0.97。替代地,當結束點精確設在3.3小時時,其AUC為0.86,而F1分數為0.55。與持續約4小時之未截短的陰性HD療程所獲得的原始結果相比(AUC為0.83、F1分數為0.53、敏感度為0.53、且特異度為0.96),結束點設於較早時的預測結果較佳。事實上,當陰性血液透析療程的結束點隨機設於2.5和3.5小時之間時,其AUC為0.92、F1分數為0.62、敏感度為0.61、而特異度為0.98。
貢獻和主要觀察
根據本文描述的實施例之發現可知,將線性和差值分析與二元分類機器學習相結合之演算法對於預測透析中不良事件具有高AUC。當試圖從全84項特徵中找出對預測高血壓以外所有不良事件(第1組)貢獻最大的特徵時,最佳23項特徵中僅有特徵76和特徵82與超過濾(超過濾速率變化次數及超過濾體積線性回歸斜率)有關。排除上述兩項超過濾相關特徵後,發現剩餘21項特徵便足以準確預測並具有良好區辨能力,其AUC從0.83(84項特徵)略降到0.82(21項特徵)。藉由14項超過濾相關特徵建立的模型亦有良好的0.83的AUC。因此,選取最佳21項與超過濾無關的特徵或整合共14項與超過濾相關的特徵,而不將 所有84項特徵都包含在模型建立中,能夠減少運算負載。圖3A和圖3B顯示的結果還表明,所述兩群特徵(曲線c和e)可能埋置有導致不良事件發生的相似因素。
在根據本文描述的實施例之發現中,肌肉痙攣為在血液透析療程期間最頻繁發生的不良事件。肌肉痙攣是血液透析治療期間常見的不良事件,在所有血液透析治療中盛行率為28%。肌肉痙攣為由骨骼肌組織缺血所引起,代表低血壓的早期跡象,且可能導致血液透析療程過早中斷。血液透析期間組織缺血與超過濾速率呈正相關。在嘗試識別對預測肌肉痙攣(第2組)貢獻最大的特徵時,由14項超過濾相關特徵所建立的模型在本研究中預測肌肉痙攣發生之AUC為0.85。當排除所有與超過濾相關的特徵(包括超過濾速率和超過濾體積)來測試預測準確度時,AUC從0.82(84項特徵)下降到0.79(70項特徵),表明超過濾相關特徵對於預測肌肉痙攣是相關但非必需的。機器學習的結果顯示,與超過濾無關之特徵亦有助於預測透析中的肌肉痙攣。
一般而言,有症狀的低血壓發生於20%到30%的血液透析療程中。透析中低血壓有兩種主要的病理生理機制。首先,當由超過濾去除血漿液體的速率超過血漿重新填充血管的速率時,血容量就會減少。同時,若心血管和神經荷爾蒙系統不能補償超過濾期間的急性血管容量損失,就會發生低血壓。透析中低血壓的頻繁發作可能導致超過濾減少、「乾體重」不足、前負荷增加、和心臟功能受損,最終導致更多的低血壓發作,從而形成惡性循環。同時,頻繁的透析中,低血壓會破壞透析效率和功效,其與較高的罹病率和死亡率有關,這在一定程度上解釋了心血管疾病為血液透析病患的罹病率和死亡率之主因。現有產品近期開發了一種智慧系統來預測透析中的低血壓。然而,根據本文描述的實施例的機器學習模型,不僅能進一步排除與超過濾相關的特徵,還可以檢查整體透析中的 不良事件,而非僅聚焦在低血壓事件。
例如,如下表11所示,列出了主要有助於預測肌肉痙攣的最佳16項特徵,其包括病患特徵、靜脈壓、跨膜壓、超過濾、血流速率、和脈搏壓等。在此,靜脈壓最小值和跨膜壓平均值為命中次數最多之特徵(分別為20次和17次),因此是前兩大特徵。用於預測肌肉痙攣的此前兩大特徵為由血液透析機輸出參數所導出,表明有可能將本文討論的演算法整合至血液透析機軟體中,以提醒臨床醫師並提前調整血液透析機設置。不過,與第1組不良事件之預測不同(其最佳23項特徵中只有2項與超過濾有關),就預測肌肉痙攣而言,其最佳16項特徵中有8項與超過濾有關,這表明超過濾相關參數為肌肉痙攣之相關因素。
Figure 110136257-A0202-12-0028-15
Figure 110136257-A0202-12-0029-25
在根據本文描述的實施例所建立的數個二元分類模型(貝氏點機器、增強決策樹和SVM)中,由二元分類平均感知器所建立的模型具有最佳的AUC和F1分數。臨床醫師正面臨人工智慧的新時代,電腦科學與透析醫學的整合被認為是全面提高血液透析病患照護品質的第一步。本文所描述的實施例展示了此種整合的可行性。此外,將機器學習與血液透析機相結合並藉由雲端運算和資料集的積累即時調整演算法,有望進一步提高預測表現。
有關提前預測透析中不良事件,鑑於使用基於不同截止結束時間點的特徵所得不良事件的預測機率之一致性約為預測有不良事件預測之血液透析療程的十分之一(參見圖6和圖7和表10),可預期在模型訓練中增加具有不良事件血液透析療程的數量,可以改善不平衡的資料,並可能讓警報時間提前。進一步地,由於大多數不良事件發生在血液透析後半段,可預期若包含更多血液透析資料集,則血液透析後半段的資料集即足以進行預測。此外,若招納更多具有不良事件的血液透析療程,可預期為每一個不良事件個別建立預測模型是可達成的,而無需為減少不平衡的資料結果而將不良事件編組。
在本文描述的實施例中,建立了AUC高於0.8的二元分類機器學習模型以近乎即時地預測透析中的不良事件。從進行中的血液透析療程中即時提取的特徵所獲得透析中不良事件之預測機率的一致性,能為血液透析療程即將發生的不良事件發出警示。此種藉由雲端運算實現的方法,可以警告臨床醫師 提前採取必要措施及調整血液透析機設置。
本揭露藉由示例性實施例闡明其特徵和功效,但不旨在限制本揭露的範圍。本揭露在不脫離其範圍的前提下,本技術領域中具有通常知識者可對其進行各種變更和修改。然而,任何根據本揭露實現的等同變更和修改,均應視為包含在本揭露的範圍內。本揭露的範圍應由所附之申請專利範圍加以限定。
1:系統
10:特徵提取模組
20:資料儲存模組
30:模型建立與優化模組
S1~S4:步驟

Claims (17)

  1. 一種用於預測透析中不良事件之系統,其包括:特徵提取模組,其經配置以收集和處理有關病患之血液透析療程的資料;以及模型建立與優化模組,其經配置以基於該資料建立用於預測該血液透析療程之期間的該透析中不良事件之機器學習模型;其中,該機器學習模型係基於有關欲預測之目標透析中不良事件之第一維度以及有關欲預測之該血液透析療程期間的目標時段之第二維度所建立。
  2. 如請求項1所述之系統,其中,有關該病患之該血液透析療程之該資料包括人口學資訊、生理數據、透析資料和所登錄透析中不良事件中的一或多者。
  3. 如請求項1所述之系統,其中,該資料包括具有複數筆紀錄之資料集,該複數筆紀錄具有在相應時間戳記處的測量。
  4. 如請求項3所述之系統,其中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該測量中導出平均值、該平均值之標準差、變異係數、線性回歸斜率及線性回歸R平方中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
  5. 如請求項3所述之系統,其中,該測量包括靜脈壓和跨膜壓,並且其中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該靜脈壓和該跨膜壓的該測量導出變化率的最大值、最小值和平均值,以及二次微分中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
  6. 如請求項1所述之系統,其中,該機器學習模型係藉由標記有相關於該透析中不良事件之結果之該資料進行訓練。
  7. 如請求項1所述之系統,其中,該機器學習模型係藉由自該資料提取之關鍵特徵組合進行訓練。
  8. 如請求項1所述之系統,另包括資料儲存模組,其經配置以儲存該資料。
  9. 一種預測透析中不良事件之方法,其包括:配置特徵提取模組,以收集和處理關於病患之血液透析療程的資料;以及配置模型建立與優化模組,以基於該資料建立用於預測該血液透析療程期間之該透析中不良事件之機器學習模型;其中,該機器學習模型係基於有關欲預測之目標透析中不良事件之第一維度以及有關欲預測之該血液透析療程期間的目標時段之第二維度所建立。
  10. 如請求項9所述之方法,其中,關於該病患之該血液透析療程的該資料包括人口學資訊、生理數據、透析資料和所登錄透析中不良事件中的一或多者。
  11. 如請求項9所述之方法,其中,該資料包括具有複數筆紀錄之資料集,該複數筆紀錄具有在相應時間戳記處的測量。
  12. 如請求項11所述之方法,其中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該測量導出平均值、該平均值之標準差、變異係數、線性回歸斜率及線性回歸R平方中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
  13. 如請求項11所述之方法,其中,該測量包括靜脈壓和跨膜壓,且其中,該特徵提取模組收集和處理有關該病患之該血液透析療程的該資料係藉由:從該靜脈壓和該跨膜壓之該測量導出變化率的最大值、最小值和平均值,以及二次微分中的至少一者,以作為該複數筆紀錄之特徵。
  14. 如請求項9所述之方法,其中,該機器學習模型係藉由標記有相關於該透析中不良事件之結果之該資料進行訓練。
  15. 如請求項9所述之方法,其中,該機器學習模型係藉由從該資料提取之關鍵特徵組合進行訓練。
  16. 如請求項9所述之方法,另包括配置資料儲存模組,以儲存該資料。
  17. 一種電腦可讀媒介,其儲存有電腦可執行代碼,該電腦可執行代碼在執行後實施如請求項9所述之方法。
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