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TW202421186A - 用於治療癌症的聯合療法 - Google Patents

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TW202421186A
TW202421186A TW112140921A TW112140921A TW202421186A TW 202421186 A TW202421186 A TW 202421186A TW 112140921 A TW112140921 A TW 112140921A TW 112140921 A TW112140921 A TW 112140921A TW 202421186 A TW202421186 A TW 202421186A
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TW
Taiwan
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cancer
seq
combination
polypeptide
present
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TW112140921A
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English (en)
Inventor
蘇切克 勞拉
貢蒂尼 法比奧
瑪梭法里斯 丹尼爾
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西班牙商佩普托米克公司
瓦爾希伯倫私人腫瘤研究基金會
卡塔蘭研究和高級研究院
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Abstract

本發明涉及PARP抑制劑與Omomyc、其功能等同變體、包含Omomyc或所述功能等同變體的綴合物、編碼所述多肽的多核苷酸、包含所述多核苷酸的載體和能夠分泌所述多肽或所述綴合物的細胞的組合。本發明還涉及含有本發明組合的藥物組合物及其醫學用途,特別是其在治療癌症中的用途。

Description

用於治療癌症的聯合療法
本發明涉及癌症領域,且更具體地,涉及包含聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制劑和Omomyc的組合及其在醫學中的用途,更具體而言,在預防和/或治療癌症中的用途。
癌症是全球死亡的主要原因,在2020年死亡人數達到近1000萬。它是以異常細胞的失控生長為特徵的一大類疾病。DNA損傷是癌症發展的原因性因素之一,並且不同DNA修復系統中的突變會增加對各種癌症類型的易感性。
已經設計抗癌藥物來靶向整組癌症特徵。在過去的十年裡,聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制劑成為第一種進入臨床的靶向DNA損傷應答的藥物。四種PARP抑制劑(奧拉帕尼、蘆卡帕尼、尼拉帕尼和他拉唑帕尼)已經被美國食品和藥品管理局(FDA)和歐洲藥品管理局(EMA)批准。
PARP抑制劑抑制PARP-1和PARP-2酶的催化活性,所述酶參與DNA單鏈斷裂的鹼基切除修復。PARP抑制導致單鏈斷裂的積累,最終導致雙鏈斷裂。除了催化抑制外,PARP抑制劑還將PARP酶-DNA複合物捕獲在單鏈斷裂上,從而導致雙鏈斷裂。聚(ADP-核糖)聚合酶捕獲被認為是抗腫瘤活性的主要機制。PARP抑制在具有同源重組缺陷(諸如病原性乳癌BRCA-1或BRCA-2突變)的細胞中特別有效。
所述PARP抑制劑已經在治療多種癌症類型(諸如卵巢癌、乳癌、前列腺、胰腺癌和小細胞肺癌)中顯示出有效性,並正在臨床試驗中探索其它適應症。
一般而言,具有由DNA修復缺陷和/或癌基因誘導的複製起點激發增加而導致的高水平複製應激和基因組不穩定性的癌症對PARP抑制劑特別敏感。但是,仍有挑戰需要克服。
對PARP抑制劑的抗藥性和不良作用是臨床實踐中的常見問題,而且可能限制長期治療。
因此,在習知技術中仍然需要開發用於治療癌症的新的和改進的治療方案。
在第一方面,本發明涉及一種組合,其包含: i)第一組分,其選自: a)包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體; b)綴合物,其含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體以及促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分; c)多核苷酸,其編碼a)的多肽或b)的綴合物; d)載體,其包含根據c)的多核苷酸;和 e)細胞,其能夠向培養基中分泌根據a)的多肽或根據b)的綴合物; 和 ii)作為PARP抑制劑的第二組分。
在第二方面,本發明涉及一種藥物組合物,其包含藥學有效量的根據本發明的組合和藥學上可接受的賦形劑。
在協力廠商面,本發明涉及用於醫學的根據本發明的組合或根據本發明的藥物組合物。
在第四方面,本發明涉及用於預防和/或治療癌症的根據本發明的組合或根據本發明的藥物組合物。
本發明涉及用於預防和治療癌症的新治療組合的提供。
除非另有定義,否則在本文中使用的所有技術術語具有與本發明所屬領域的具有通常知識者通常理解的相同的含義。
關於本發明的一個方面公開的所有實施方案可應用於其它方面。
本發明的組合和藥物組合物
隨同提供的定義以及在本發明的每個其它方面中提供的定義同樣可應用於整個發明。
本發明的發明人已經發現,令人驚奇的是,Omomyc和PARP抑制劑的組合在治療癌症中具有協同效應。發明人已經證實,Omomyc和PARP抑制劑奧拉帕尼的組合協同地降低三重陰性的乳癌細胞系MDA-MB-231、SUM149和MX-1的生存力;以及MIA-PACA-2胰腺導管腺癌細胞系的生存力。無論劑量如何,都能保持這種協同效應(圖1和圖2),從而產生有益的效果,具體地,本發明的組合物相對於其每種組分的治療效果的增加,使得它可以用較低劑量的每種組分達到相同的結果,從而減少對接受本發明的組合物的受試者的副作用。
此外,發明人已經發現,令人驚奇的是,Omomyc能夠恢復奧拉帕尼抗性,從而增強對PARP抑制劑的敏感性並克服PARP抑制劑抗性,所述抗性是用PARP抑制劑治療的主要缺點之一。本發明的組合擴大了可能對基於PARP抑制劑的療法有應答的群體。
因此,Omomyc與PARP抑制劑的組合可以是用於治療BRCA突變型和野生型腫瘤以及用於治療對PARP抑制劑具有抗性的腫瘤的有效療法。
因而,在第一方面,本發明涉及一種組合,其包含: i)第一組分,其選自: a)包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體; b)綴合物,其含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體以及促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分; c)多核苷酸,其編碼a)的多肽或b)的綴合物; d)載體,其包含根據c)的多核苷酸;和 e)細胞,其能夠向培養基中分泌根據a)的多肽或根據b)的綴合物; 和 ii)作為PARP抑制劑的第二組分。
根據本發明,表述「組合」代表化合物(i)和(ii)的各種組合,例如在被配製為單一制劑的組合物中,在由每種組分的單獨製劑組成的組合混合物中,諸如可以組合用於聯合用作組合製品的「罐式混合物」,以及當以依次方式施用(即在合理短的階段內(諸如幾小時或幾天)一個接一個地施用)時或同時施用時,單一活性成分的組合使用。在本發明中,化合物(i)表示治療有效量的包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體;或表示綴合物,其含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體以及促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分;或表示編碼所述多肽或所述綴合物的多核苷酸;或表示包含所述多核苷酸的載體;或表示能夠向培養基中分泌所述多肽或所述綴合物的細胞。在本發明中,化合物(ii)表示治療有效量的PARP抑制劑。優選地,應用化合物(i)和(ii)的順序對於實施本發明不是重要的。
所述組合可以是部件套件,其中每個部件單獨配製和包裝。
化合物(i)和(ii)的組合可以配製用於其同時、分開或依次施用。具體地,如果所述化合物的施用不是同時的,則在相隔接近的時間內施用。此外,可以以相同的或不同的劑型或通過相同的或不同的途徑施用所述化合物,例如可以口服施用一種化合物,靜脈內施用另一種化合物。優選地,靜脈內施用化合物(i),口服施用化合物(ii)。在另一個實施方案中,靜脈內施用化合物(i)和(ii)。
可以如下施用兩種化合物(i)和(ii)的組合: -作為同一藥物製劑的組成部分的組合,然後兩種化合物總是同時施用。 -作為兩個單元的組合,每個單元含有所述物質之一,從而產生同時、依次或分開施用的可能性。
在一個特定實施方案中,本發明組合的化合物(i)獨立於化合物(ii)施用,即在兩個單元中施用,但同時施用。
在另一個特定實施方案中,首先施用本發明組合的化合物(i),並然後施用化合物(ii),即分開或依次施用化合物(ii)。
在又另一個特定實施方案中,首先施用本發明組合的化合物(ii),並然後施用化合物(i),即分開或依次施用化合物(i),如所定義。
如果分開施用,本發明組合的化合物(i)和(ii)可以在相隔一段時間內施用,例如在相隔1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時內施用。在另一個實施方案中,本發明組合的化合物(i)和(ii)可以在相隔1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24天內施用,優選在相隔1天內,更優選在相隔10天內。在一個優選的實施方案中,在化合物(i)的第一次施用10天后施用化合物(ii)。在一個實施方案中,在開始施用第二化合物之前停止第一化合物的施用。
在另一個方面,本發明涉及組合或藥物組合物,其包含協同有效量的根據本發明的第一個方面的第一組分和PARP抑制劑。
本發明組合的化合物(i)
在一個優選的實施方案中,本發明的化合物(i)是包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體;更優選包含序列SEQ ID NO: 1的多肽。
術語「多肽」和「肽」在本文中互換地用於表示任何長度的胺基酸的聚合物。本發明的多肽可以包含經修飾的胺基酸,並且可以被非胺基酸中斷。在一個優選的實施方案中,所述多肽僅由胺基酸形成。優選地,形成所述組合的專案(i)的多肽具有80至500個胺基酸之間、更優選地80至300個胺基酸之間、更優選地80至250個胺基酸之間、更優選地80至150個胺基酸之間、甚至更優選地80至130個胺基酸之間、優選地90至130個胺基酸之間、優選地不超過125個胺基酸、更優選地不超過100個胺基酸的長度。在一個優選的實施方案中,所述多肽具有90至98個胺基酸之間、優選地90至95個胺基酸之間、更優選91個胺基酸的長度。
術語「胺基酸」表示天然存在的胺基酸和合成的胺基酸,以及以與天然存在的胺基酸類似的方式起作用的胺基酸類似物和胺基酸模擬物。此外,術語「胺基酸」包括D-胺基酸和L-胺基酸(立體異構體)。優選地,所述胺基酸是L-胺基酸。
術語「天然的胺基酸」或「天然存在的胺基酸」包含20種天然存在的胺基酸;經常在體內被翻譯後修飾的那些胺基酸,包括,例如,羥基脯胺酸、磷酸絲胺酸和磷酸蘇胺酸;和其它罕見的胺基酸,包括、但不限於2-胺基己二酸、羥基賴胺酸、異鎖鏈素、正纈胺酸、正亮胺酸和鳥胺酸。
本文中使用的術語「非天然的胺基酸」或「合成的胺基酸」表示在位置「a」被胺基取代並在結構上與天然胺基酸相關的羧酸或其衍生物。經修飾的或不常見的胺基酸的示例性的非限制性例子包括2-胺基己二酸、3-胺基己二酸、β-丙胺酸、2-胺基丁酸、4-胺基丁酸、6-胺基己酸、2-胺基庚酸、2-胺基異丁酸、3-胺基異丁酸、2-胺基庚二酸、2,4-二胺基丁酸、鎖鏈素、2,2'-二胺基庚二酸、2,3-二胺基丙酸、N-乙基甘胺酸、N-乙基天冬醯胺、羥基賴胺酸、鹵代(alio)羥基賴胺酸、3-羥基脯胺酸、4-羥基脯胺酸、異鎖鏈素、別異亮胺酸、N-甲基甘胺酸、N-甲基異亮胺酸、6-N-甲基-賴胺酸、N-甲基纈胺酸、正纈胺酸、正亮胺酸、鳥胺酸等。
本發明的多肽也可以包含非胺基酸部分,例如,連接至肽的疏水部分(各種直鏈、支鏈、環狀、多環或雜環烴和烴衍生物);附著至化合物的末端以減少降解的各種保護基團。在Green和Wuts,「Protecting Groups in Organic Synthesis」, John Wiley and Sons,第5章和第7章, 1991中描述了合適的保護官能團。
可以包括在所述多肽中存在的化學(非胺基酸)基團,以改善各種生理學性能,諸如減少降解或清除;減少通過各種細胞泵的排斥,改善各種施用模式,增加特異性,增加親和力,增加穩定性、生物利用度、溶解度,降低毒性等。
「類比物」包括模仿肽結構的化學結構並保留肽結構的功能性能的分子。設計肽類似物、衍生物和模擬物的方案是本領域已知的。
在一個實施方案中,本發明的多肽是由序列SEQ ID NO: 1組成的多肽或由SEQ ID NO: 1的功能等同變體組成的多肽,優選地是由序列SEQ ID NO: 1組成的多肽。
SEQ ID NO: 1對應於 TEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSCA (SEQ ID NO: 1)
序列SEQ ID NO: 1的多肽對應於Omomyc蛋白序列。本文中使用的術語「Omomyc」表示由攜帶E61T、E68I、R74Q和R75N突變的Myc的bHLHZip結構域的突變形式組成的多肽(其中突變位置的編號是相對於對應於在2015年3月15日發佈的NCBI資料庫中的登錄號NP_002458下定義的多肽的胺基酸365-454的Myc區的序列給出)。在NCBI資料庫中在登錄號NP_002458下提供的c-Myc的序列如下所示(SEQ ID NO: 2),其中衍生出Omomyc的區域以底線顯示: 1 MDFFRVVENQ QPPATMPLNV SFTNRNYDLD YDSVQPYFYC DEEENFYQQQ QQSELQPPAP 61 SEDIWKKFEL LPTPPLSPSR RSGLCSPSYV AVTPFSLRGD NDGGGGSFST ADQLEMVTEL 121 LGGDMVNQSF ICDPDDETFI KNIIIQDCMW SGFSAAAKLV SEKLASYQAA RKDSGSPNPA 181 RGHSVCSTSS LYLQDLSAAA SECIDPSVVF PYPLNDSSSP KSCASQDSSA FSPSSDSLLS 241 STESSPQGSP EPLVLHEETP PTTSSDSEEE QEDEEEIDVV SVEKRQAPGK RSESGSPSAG 301 GHSKPPHSPL VLKRCHVSTH QHNYAAPPST RKDYPAAKRV KLDSVRVLRQ ISNNRKCTSP 361 RSSD TEENVK RRTHNVLE RQ RRNELKRSF F ALRDQIPELE NNEKAPKVVI LKKATAYILS421 VQAEEQKLIS EEDLLRKRRE QLKHKLEQLR NSCA(SEQ ID NO: 2)
Omomyc也含有c-Myc的M2結構域,其具有序列RQRRNELKRSF (SEQ ID NO: 3) (參見Dang和Lee, Mol.Cell. Biol., 1988, 8:4048-4054)(以上雙底線),並且其對應於核定位訊號。
Omomyc的特徵在於,它顯示出增加的與所有三種致癌Myc蛋白(c-Myc、N-Myc和L-Myc)的二聚化能力。Omomyc可以衍生自本領域已知的任何Myc蛋白的bHLHZip結構域,前提條件是,導致腫瘤抑制作用的突變被保留。因此,可以用在本發明中的Omomyc可以衍生自任何哺乳動物物種,包括、但不限於家養和耕作動物(牛、馬、豬、綿羊、山羊、狗、貓或齧齒類動物)、靈長類動物和人類。優選地,Omomyc蛋白衍生自人Myc蛋白(登錄號NP_002458,2019年3月12日發佈)。
本文中使用的術語「Myc」表示包括c-Myc、N-Myc和L-Myc的轉錄因數家族。Myc蛋白通過與共有序列CACGTG(增強子-盒序列或E-盒以及募集組蛋白乙醯基-轉移酶或HAT)結合來活化許多基因的表現。但是,Myc還可以充當轉錄阻遏物。通過結合Miz-1轉錄因數並替換p300共活化劑,它抑制Miz-1靶基因的表現。Myc在控制DNA複製方面也具有直接作用。
Myc b-HLH-LZ或Myc鹼性區螺旋-環-螺旋亮胺酸拉鍊結構域表示決定Myc與Max蛋白二聚化和與Myc-靶基因的結合的區域。該區域對應於人Myc的胺基酸365-454,並且特徵在於通過環連接的兩個α螺旋(Nair, S. K.,和Burley, S. K., 2003, Cell, 112: 193-205)。
在一個優選的實施方案中,本發明的多肽是包含以下所示的SEQ ID NO: 4、由其組成或基本上由其組成的多肽。 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSCA (SEQ ID NO: 4)
在該上下文中,「基本上由……組成」是指,特定分子將不含有會改變SEQ ID NO: 4的活性的任何另外序列。
優選地,所述多肽由SEQ ID NO: 4組成。
術語「功能等同變體」表示相對於SEQ ID NO: 1的多肽由一個或多個胺基酸的插入或添加和/或一個或多個胺基酸的缺失和/或一個或多個胺基酸的保守置換產生的任何多肽,和/或由SEQ ID NO: 1的多肽的化學修飾產生並且基本上保留SEQ ID NO: 1的腫瘤抑制活性的任何多肽。優選地,所述功能等同變體表示相對於SEQ ID NO: 1的多肽由一個或多個胺基酸的插入或添加和/或一個或多個胺基酸的缺失和/或一個或多個胺基酸的保守置換產生並且基本上保留SEQ ID NO: 1的腫瘤抑制活性的任何多肽;更優選地相對於SEQ ID NO: 1的多肽由一個或多個胺基酸的插入或添加產生。
具有通常知識者將理解,腫瘤抑制活性的保留需要所述變體可以與Myc和/或其專性配偶體p21/p22Max二聚化並抑制Myc活性,能夠跨細胞膜易位並且能夠跨核膜易位。在某些實施方案中,本發明的多肽的功能等同變體比Omomyc更少地同源二聚化,或者不通過二硫橋的形成而被迫形成同源二聚體。具體地,本發明多肽的某些實施方案的同源二聚體形式中的二硫橋形成少於多肽Omomyc中的二硫橋形成。
本文中使用的「更少地同源二聚化」涉及即使在還原條件下形成本發明多肽的專性同源二聚體的較低能力。在一個優選的實施方案中,所述能力比形成Omomyc的同源二聚體的能力低至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%。
本文中使用的還原條件涉及還原劑的存在,還原劑是一種在氧化還原化學反應中向另一種化學物質提供電子的化合物。還原劑的示例性的非限制性例子為DTT (二硫蘇糖醇)、b-巰基乙醇或TCEP (三(2-羧基乙基)膦)。同源二聚體的量在體外可能是相同的,並且功能等同變體和Omomyc之間的差異僅在於存在異源二聚化配偶體的細胞中,其中二硫化物的缺失使得可能更高程度地形成異源二聚體。
可以使用幾種測定法來確定肽的同源二聚化,例如通過圓二色性監測的熱變性作為示例性的非限制性例子,因此可以通過折疊和熱穩定性定量來檢測二聚化。
合適的功能等同變體包括基本上由SEQ ID NO: 1的多肽組成的多肽。在該上下文中,「基本上由……組成」是指,特定分子將不含有會改變SEQ ID NO: 1的活性的任何另外序列。
在一個優選的實施方案中,SEQ ID NO: 1的功能等同變體是相對於SEQ ID NO: 1的多肽由一個或多個胺基酸的插入或添加產生的多肽。在一個實施方案中,所述功能等同變體由小於10個胺基酸、更優選地小於5個胺基酸的插入產生,更優選由一個胺基酸的插入產生。在一個優選的實施方案中,由一個胺基酸的插入產生,所述胺基酸是甲硫胺酸。
在另一個實施方案中,SEQ ID NO: 1的功能等同變體是相對於SEQ ID NO: 1的多肽由一個或多個胺基酸的缺失產生的多肽。在一個實施方案中,所述功能等同變體由小於10個胺基酸、更優選地小於5個胺基酸的缺失產生,更優選地由一個胺基酸的缺失產生。
靶向肽的合適功能變體是相對於SEQ ID NO: 1的肽顯示出約大於25%胺基酸序列同一性(諸如25%、30%、40%、50%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%)的同一性程度的那些。使用本領域中具有通常知識者廣泛已知的電腦演算法和方法來確定兩種多肽之間的同一性程度。優選地通過使用如前所述的BLASTP演算法來確定兩個胺基酸序列之間的同一性(BLAST Manual, Altschul, S.,等人, NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894, Altschul, S.,等人, J. Mol. Biol. 1990;215: 403-410)。在一個優選的實施方案中,在SEQ ID NO: 1的多肽的整個長度上或在變體或兩者的整個長度上確定序列同一性。
本發明的多肽的功能等同變體還可以包括翻譯後修飾,諸如糖基化、乙醯化、異戊二烯化、肉豆蔻醯化、蛋白水解加工等。
在另一個實施方案中,靶向肽的合適功能變體是這樣的變體:其中在本發明的多肽內的一個或多個位置含有胺基酸,所述胺基酸是在上述蛋白中存在的胺基酸的保守置換。「保守胺基酸置換」源自用具有相似結構和/或化學性質的另一種胺基酸替換一種胺基酸。例如,以下六組各自含有對於彼此為保守置換的胺基酸:1)丙胺酸(A)、絲胺酸(S)、蘇胺酸(T);2)天冬胺酸(D)、谷胺酸(E);3)天冬醯胺(N)、穀胺醯胺(Q);4)精胺酸(R)、賴胺酸(K);5)異亮胺酸(I)、亮胺酸(L)、甲硫胺酸(M)、纈胺酸(V);和6)苯丙胺酸(F)、酪胺酸(Y)、色胺酸(W)。這樣的保守胺基酸置換的選擇在本領域具有通常知識者的技術範圍內,並且例如由Dordo等人(J. Mol. Biol, 1999, 217;721-739)和Taylor等人(J. Theor. Biol., 1986, 119:205-218)所描述。
應當理解,在一個優選的實施方案中,Omomyc的功能等同變體在對應於源自人c-Myc的Omomyc中發現的突變E61T、E68I、R74Q和R75N的位置處含有突變。其中所述突變在功能等同變體中必須發生的位置可以通過不同Myc序列的多序列比對來確定,並通過與對應於源自人c-Myc的Omomyc的序列內的位置61、68、74和75的那些位置的比對來鑒定。在一個實施方案中,Omomyc的功能等同變體在對應於源自人c-Myc的Omomyc中發現的突變E61T、E68I、R74Q和R75N的位置處含有突變。
在另一個實施方案中,Omomyc的功能等同變體在對應於Omomyc的序列內的E61、E68、R74和R75的位置處含有突變,其中E61已經突變為E61A或E61S;E68已經突變為E68L、E68M或E68V;R74已經突變為R74N;且R75已經突變為R75Q。
多序列比對是逐對比對的擴展,以每次包含超過兩個序列。多比對方法會比對給定查詢集中的所有序列。優選的多序列比對程序(及其演算法)是ClustalW、Clusal2W或ClustalW XXL (參見Thompson等人. (1994) Nucleic Acids Res 22:4673-4680)。一旦將來自不同生物體的c-Myc的序列和變體的序列如本文所述進行對比(比對),熟練的具有通常知識者就可以容易地鑒定在每個序列內對應於在Omomyc中發現的位置E61T、E68I、R74Q和R75N的位置,並在Omomyc變體中引入對應於在源自人c-Myc的Omomyc中發現的E61T、E68I、R74Q和R75N突變的突變。
用於確定多肽是否可以被認為是Omomyc的功能等同變體的合適測定包括、但不限於: -       測量多肽與Max和Myc形成二聚體複合物的能力的測定,諸如Soucek等人(Oncogene, 1998, 17: 2463 - 2472)所描述的基於報導基因表現的測定,以及PLA(蛋白連接測定)或共免疫沉澱。 -       測量多肽結合DNA內的Myc/Max識別位點(CACGTG位點)的能力的測定,諸如Soucek等人(出處同上)所描述的電泳遷移率偏移測定(EMSA)。 -       測量抑制Myc誘導的反式活化的能力的測定,諸如Soucek等人(出處同上)描述的基於在對Myc/Max特異性的DNA結合位點控制下的報導基因表現的測定。 -       基於多肽的抑制表現myc癌基因的細胞的生長的能力的測定,如Soucek等人(出處同上)所述。 -       測量多肽的增強myc-誘導的細胞凋亡的能力的測定,諸如Soucek等人(Oncogene, 1998: 17, 2463 - 2472)所描述的測定。此外,可以使用本領域公知的用於評估細胞凋亡的任何測定法,諸如Hoechst染色、碘化丙啶(PI)或膜聯蛋白V染色、錐蟲藍、DNA梯度法/片段化和TUNEL。
在一個優選的實施方案中,如果多肽在上述測定法中的一種或多種中顯示出天然Omomyc的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的活性,則該多肽被認為是Omomyc的功能等同變體。
在一個特定實施方案中,SEQ ID NO: 1的多肽的功能等同變體包含SEQ ID NO: 1的多肽,其中在SEQ ID NO: 1的位置89處的殘基X不是半胱胺酸。優選地,在SEQ ID NO: 1的位置89處的殘基X是脂族胺基酸、或硫化胺基酸、或二羧酸胺基酸或它們的醯胺、或具有兩個鹼性基團的胺基酸、或芳香族胺基酸、或環狀胺基酸、或羥基化的胺基酸。更優選地是選自絲胺酸、蘇胺酸和丙胺酸的胺基酸,優選地選自絲胺酸和丙胺酸。
在下表中公開了SEQ ID NO: 1的合適功能等同變體,其具有在SEQ ID NO: 1的位置89處的殘基X,該殘基不是半胱胺酸。
SEQ ID NO 序列
SEQ ID NO: 5 TEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSXA (其中X是不同於Cys的任何胺基酸)
SEQ ID NO: 6 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSXA (其中X是不同於Cys的任何胺基酸)
SEQ ID NO: 7 TEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSSA
SEQ ID NO: 8 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSSA
SEQ ID NO: 9 TEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSAA
SEQ ID NO: 10 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSAA
因而,在一個優選的實施方案中,SEQ ID NO: 1的多肽的功能等同變體選自SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9和SEQ ID NO: 10。優選地,所述功能等同變體是SEQ ID NO: 4。
另外,Omomyc的功能等同變體也能夠在所述變體與所述細胞接觸後轉導細胞。應當理解,Omomyc的功能等同變體含有在天然Omomyc中發現的蛋白轉導結構域或另一種功能性蛋白轉導結構域。
在一個優選的實施方案中,如果多肽能夠轉導靶細胞的效率是SEQ ID NO: 1的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%,則所述多肽被視為SEQ ID NO: 1的功能等同變體。
另外,SEQ ID NO: 1的功能等同變體也能夠易位到靶腫瘤細胞的細胞核。
在一個優選的實施方案中,如果多肽能夠易位到靶腫瘤細胞的細胞核的效率是SEQ ID NO: 1的至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%,則所述多肽被視為SEQ ID NO: 1的功能等同變體。
就多肽的跨細胞膜和向細胞核易位的能力而言,用於確定多肽是否是SEQ ID NO: 1的功能等同變體的合適測定包括用對所述多肽特異性的試劑和特異性地標記細胞的細胞核的染料(諸如DAPI或Hoechst染料)對細胞進行雙重標記。通過共焦顯微術或通過螢光顯微術可以進行本發明的多肽的檢測。
在另一個優選的實施方案中,本發明的化合物(i)是綴合物,其含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體以及促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分。
本文中使用的術語「綴合物」表示兩種或更多種化合物,它們共價連接在一起,使得每種化合物的功能被保留在綴合物中。
術語「化學部分」表示含有至少一個碳原子的任何化學化合物。化學部分的例子包括、但不限於富含疏水胺基酸和疏水化學部分的任何肽鏈。
在優選的實施方案中,根據本發明的綴合物包含至少1個、至少2個、至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個或更多個化學部分,其促進所述多肽或所述多肽的功能等同變體的細胞攝取。
在一個實施方案中,促進所述多肽的細胞攝取的化學部分是脂質或脂肪酸。
脂肪酸通常是包含在鏈末端具有酸性部分(例如,羧酸)的碳鏈的分子。脂肪酸的碳鏈可以是任何長度,但是,優選碳鏈的長度為至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20個或更多個碳原子,以及其中可匯出的任何範圍。在某些實施方案中,在脂肪酸的鏈部分中,所述碳鏈的長度為4至18個碳原子。在某些實施方案中,所述脂肪酸碳鏈可以包含奇數個碳原子,但是,在某些實施方案中,所述碳鏈包含偶數個碳原子可能是優選的。在其碳鏈中僅包含單鍵的脂肪酸被稱為飽和的,而在其鏈中包含至少一個雙鍵的脂肪酸被稱為不飽和的。所述脂肪酸可以是支鏈的,儘管在本發明的優選實施方案中,它是無支鏈的。具體的脂肪酸包括、但不限於亞油酸、油酸、棕櫚酸、亞麻酸、硬脂酸、月桂酸、肉豆蔻酸、花生酸、棕櫚油酸和花生四烯酸。
在一個優選的實施方案中,促進包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分是細胞穿透肽序列,在這種情況下,所述綴合物將包含融合蛋白,所述融合蛋白含有包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體和細胞穿透肽序列。
術語「融合蛋白」涉及通過基因技術產生的蛋白,其由源自不同蛋白的兩個或更多個功能結構域組成。融合蛋白可以通過常規方式獲得,例如,借助於編碼所述融合蛋白的核苷酸序列在合適的細胞中的基因表現。應當理解,細胞穿透肽表示這樣的細胞穿透肽,其不同於形成包含SEQ ID NO: 1的多肽或SEQ ID NO: 1的功能等同變體的一部分的細胞穿透肽。
術語「細胞穿透肽序列」在本說明書中可與「CPP」、「蛋白轉導結構域」或「PTD」互換使用。它表示可變長度的肽鏈,其指導蛋白在細胞內的運輸。向細胞中的遞送過程通常通過胞吞作用發生,但所述肽也可以借助於直接的膜易位內化到細胞中。CPP通常具有這樣的胺基酸組成:其含有高相對豐度的帶正電荷的胺基酸諸如賴胺酸或精胺酸,或者具有含極性的/帶電荷的胺基酸和非極性的疏水性胺基酸的交替模式的序列。
可以用於本發明中的CPP的例子包括、但不限於在果蠅觸角足蛋白中發現的CPP(RQIKIWFQNRRMKWKK. SEQ ID NO:13)、在單純皰疹病毒1 (HSV-1) VP22 DNA-結合蛋白中發現的CPP (DAATATRGRSAASRPTERPRAPARSASRPRRPVE,SEQ ID NO:14)、Bac-7的CPP (RRIRPRPPRLPRPRPRPLPFPRPG;SEQ ID NO: 15)、由胺基酸49-57 (RKKRRQRRR,SEQ ID NO: 16)、胺基酸48-60 (GRKKRRQRRRTPQ,SEQ ID NO: 17)、胺基酸47-57 (YGRKKRRQRRR;SEQ ID NO: 18)組成的HIV-1 TAT蛋白的CPP;S413-PV肽的CPP (ALWKTLLKKVLKAPKKKRKV;SEQ ID NO: 19)、穿膜肽的CPP (RQIKWFQNRRMKWKK;SEQ ID NO: 20)、SynB1的CPP (RGGRLSYSRRRFSTSTGR;SEQ ID NO: 21)、SynB3的CPP (RRLSYSRRRF;SEQ ID NO: 22)、PTD-4的CPP (PIRRRKKLRRLK;SEQ ID NO: 23)、PTD-5的CPP (RRQRRTSKLMKR;SEQ ID NO: 24)、FHV衣殼-(35-49)的CPP (RRRRNRTRRNRRRVR;SEQ ID NO: 25)、BMV Gag-(7-25)的CPP (KMTRAQRRAAARRNRWTAR;SEQ ID NO: 26)、HTLV-II Rex-(4-16)的CPP (TRRQRTRRARRNR;SEQ ID NO: 27)、D-Tat的CPP (GRKKRRQRRRPPQ;SEQ ID NO: 28)、R9-Tat的CPP (GRRRRRRRRRPPQ;SEQ ID NO: 29)、MAP的CPP (KLALKLALKLALALKLA;SEQ ID NO: 30)、SBP的CPP (MGLGLHLLVLAAALQGAWSQPKKKRKV;SEQ ID NO: 31)、FBP的CPP (GALFLGWLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV;SEQ ID NO: 32)、MPG的CPP (ac-GALFLGFLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV-cya;SEQ ID NO: 33)、MPG(ENLS)的CPP (ac-GALFLGFLGAAGSTMGAWSQPKSKRKV-cya;SEQ ID NO: 34)、Pep-1的CPP (ac-KETWWETWWTEWSQPKKKRKV-cya;SEQ ID NO: 35)、Pep-2的CPP (ac-KETWFETWFTEWSQPKKKRKV-cya;SEQ ID NO: 36)、具有結構RN的聚精胺酸序列(其中N是在4至17之間)、GRKKRRQRRR序列(SEQ ID NO: 37)、RRRRRRLR序列(SEQ ID NO: 38)、RRQRRTS KLMKR序列(SEQ ID NO: 39);轉運素GWTLNSAGYLLGKINLKALAALAKKIL (SEQ ID NO: 40);KALAWEAKLAKALAKALAKHLAKALAKALKCEA (SEQ ID NO: 41);RQIKIWFQNRRMKWKK (SEQ ID NO: 42)、YGRKKRRQRRR序列(SEQ ID NO: 43);RKKRRQRR序列(SEQ ID NO: 44);YARAAARQARA序列(SEQ ID NO: 45);THRLPRRRRRR序列(SEQ ID NO: 46);GGRRARRRRRR序列(SEQ ID NO: 47)。
在一個優選的實施方案中,所述細胞穿透肽不是在SEQ ID NO: 1中所含的內源性肽。
在一個優選的實施方案中,所述CPP是由胺基酸49-57 (RKKRRQRRR,SEQ ID NO: 16)組成的HIV-1 TAT蛋白的CPP。在另一個優選的實施方案中,所述CPP是GRKKRRQRRR序列(SEQ ID NO: 37)或RRRRRRLR (SEQ ID NO: 38)。在另一個實施方案中,所述CPP是GRKKRRQRRR序列(SEQ ID NO: 37)或RRRRRRRR (SEQ ID NO: 65)。
在某些實施方案中,CPP是如在WO2019/018898中所述的CPP,其內容通過引用整體併入本文。
在一個實施方案中,所述細胞穿透肽序列融合在本發明的多肽或所述多肽的功能等同變體的N-端處。在另一個實施方案中,所述細胞穿透肽融合在本發明的多肽或所述多肽的功能等同變體的C-端處。
在優選的實施方案中,除了在SEQ ID NO: 1的多肽或所述多肽的功能等同變體中發現的自身細胞穿透肽之外,根據本發明組合的綴合物或融合蛋白還包含至少1個、至少2個、至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個或更多個另外的細胞穿透肽。
本發明的合適融合蛋白包括如下定義的多肽Omomyc*TAT和Omomyc*LZArg:
名稱 SEQ ID NO: 序列
Omomyc*TAT 11 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSCAGRKKRRQRRR
Omomyc*LZArg 12 MTEENVKRRTHNVLERQRRNELKRSFFALRDQIPELENNEKAPKVVILKKATAYILSVQAETQKLISEIDLLRKQNEQLKHKLEQLRNSCARRRRRRLR
因而,在一個優選的實施方案中,所述融合蛋白是選自SEQ ID NO: 11和12的多肽。
用於確定綴合物是否保留Omomyc的細胞膜易位能力的合適測定包括、但不限於測量所述綴合物在培養物中轉導細胞的能力的測定。該測定是基於使所述綴合物與培養細胞接觸並檢測所述綴合物在細胞內位置的存在。
在另一個優選的實施方案中,本發明組合的綴合物還包含另外的核定位訊號。
本文中使用的術語「核定位訊號」(NLS)表示長度為約4-20個胺基酸殘基的胺基酸序列,其用於將蛋白引導至細胞核。通常,核定位序列富含鹼性胺基酸,並且示例性的序列是本領域眾所周知的(Gorlich D. (1998) EMBO 5.17:2721-7)。在某些實施方案中,所述NLS選自SV40大T抗原NLS (PKKKRKV,SEQ ID NO: 48);核漿素NLS (KRPAATKKAGQAKKKK,SEQ ID NO: 49);CBP80 NLS (RRRHSDENDGGQPHKRRK,SEQ ID NO: 50);HIV-I Rev蛋白NLS (RQARRNRRRWE,SEQ ID NO: 51);HTLV-I Rex (MPKTRRRPRRSQRKRPPT,SEQ ID NO: 52);hnRNP A NLS (NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFKPRNQGGY,SEQ ID NO: 53);rpL23a NLS (VHSHKKKKIRTSPTFTTPKTLRLRRQPKYPRKSAPRRNKLDHY,SEQ ID NO: 54)。在本發明的一個實施方案中,所述核定位訊號包含基序K (K/R) X (K/R)。
在一個甚至更優選的實施方案中,所述核定位訊號選自PKKKRKV (SEQ ID NO: 48)、PAAKRVKLD (SEQ ID NO: 56)和KRPAATKKAGQ AKKKK (SEQ ID NO: 49)。
在另一個優選的實施方案中,所述NLS可以是在包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體的綴合物或融合蛋白的N-端或C-端。
具有通常知識者將理解,可能合乎需要的是,本發明的綴合物進一步包含一種或多種柔性肽,其連接包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體、細胞穿透肽序列和/或NLS。因而,在一個特定實施方案中,包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體直接連接至細胞穿透肽序列。在另一個特定實施方案中,包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體通過柔性肽連接至細胞穿透肽序列。在一個實施方案中,包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體直接連接至NLS。在另一個實施方案中,所述包含SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體通過柔性肽連接至NLS。
在一個特定實施方案中,根據本發明的綴合物的多肽直接連接至細胞穿透肽序列和NLS。
在一個實施方案中,所述NLS是內源性地出現在Myc序列中的NLS之一,諸如M1肽(PAAKRVKLD,SEQ ID NO: 56)或M2肽(RQRRNELKRSF,SEQ ID NO: 57)。
在另一個實施方案中,所述另外的NLS表示不同於在包含SEQ ID NO: 1的多肽或SEQ ID NO: 1的功能等同變體中發現的內源性NLS的NLS。
在優選的實施方案中,除了在本發明的多肽或其功能等同變體中發現的內源性NLS以外,根據本發明的綴合物或融合蛋白還包含至少1個、至少2個、至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個、至少9個、至少10個NLS。
在另一個特定實施方案中,根據本發明使用的綴合物的多肽通過第一柔性肽接頭連接至細胞穿透肽序列,並通過第二柔性肽接頭連接至NLS。
本文中使用的術語「柔性肽」、「間隔肽」或「接頭肽」表示共價結合兩個蛋白或部分但不是任一個多肽的一部分的肽,其允許一個相對於另一個移動,而不會對所述蛋白或所述部分的功能造成實質性有害影響。因此,柔性接頭不影響多肽序列的腫瘤追蹤活性、細胞穿透肽的細胞穿透活性或NLS的核定位能力。
所述柔性肽包含至少1個胺基酸、至少2個胺基酸、至少3個胺基酸、至少4個胺基酸、至少5個胺基酸、至少6個胺基酸、至少7個胺基酸、至少8個胺基酸、至少9個胺基酸、至少10個胺基酸、至少12個胺基酸、至少14個胺基酸、至少16個胺基酸、至少18個胺基酸、至少20個胺基酸、至少25個胺基酸、至少30個胺基酸、至少35個胺基酸、至少40個胺基酸、至少45個胺基酸、至少50個胺基酸、至少60個胺基酸、至少70個胺基酸、至少80個胺基酸、至少90個胺基酸或約100個胺基酸。在某些實施方案中,所述柔性肽將允許一個蛋白相對於另一個蛋白移動,以增加所述蛋白的溶解度和/或提高其活性。合適的接頭區域包括聚-甘胺酸區域,甘胺酸、脯胺酸和丙胺酸殘基組合的GPRRRR序列(SEQ ID NO: 58)。
在一個特定實施方案中,根據本發明的綴合物包含結合到所述綴合物或所述多肽或融合蛋白或其變體的C-端或N-端結構域的標籤。所述標籤通常可以用於分離或純化所述融合蛋白的肽或胺基酸序列。因此,所述標籤能夠以高親和性結合一種或多種配體,例如親和基質(諸如色譜法支持物或珠子)的一種或多種配體。所述標籤的一個例子是組胺酸標籤(His-標籤或HT),諸如包含6個組胺酸殘基(His6或H6)的標籤,其可以以高親和力結合鎳(Ni 2+)或鈷(Co 2+)柱。His-標籤具有合乎需要的特徵,即它可以在將大多數蛋白變性和破壞大多數蛋白-蛋白相互作用的條件下結合其配體。因此,它可以用於在誘餌已經參與的蛋白-蛋白相互作用被破壞之後除去用H6標記的誘餌蛋白。
可用於分離或純化綴合物或包含SEQ ID NO: 1的多肽或其變體或融合蛋白的標籤的另外的示例性的、非限制性的例子包括Arg-標籤、FLAG-標籤(DYKDDDDK;SEQ ID NO:59)、Strep-標籤(WSHPQFEK,SEQ ID NO:60)、能夠被抗體識別的表位諸如c-myc-標籤(被抗-c-myc抗體識別)、HA標籤(YPYDVPDYA,SEQ ID NO:61)、V5標籤(GKPIPNPLLGLDST,SEQ ID NO:62)、SBP-標籤、S-標籤、鈣調蛋白結合肽、纖維素結合結構域、甲殼質結合結構域、谷胱甘肽S-轉移酶-標籤、麥芽糖結合蛋白、NusA、TrxA、DsbA、Avi-標籤等(Terpe K., Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003, 60:523-525)、胺基酸序列諸如AHGHRP (SEQ ID NO:63)或PIHDHDHPHLVIHSGMTCXXC (SEQ ID NO:64)、β-半乳糖苷酶等。
如果需要的話,所述標籤可以用於分離或純化所述融合蛋白。
在另一個優選的實施方案中,本發明的化合物(i)是編碼上述多肽或融合蛋白的多核苷酸。在一個優選的實施方案中,本發明的化合物(i)是編碼包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體的多核苷酸。在另一個實施方案中,本發明的化合物(i)是編碼綴合物的多核苷酸,所述綴合物含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體和化學部分,所述化學部分促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取;更優選地是編碼包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體和細胞穿透肽序列之間的融合蛋白的多核苷酸。
術語「多核苷酸」、「核酸」和「核酸分子」互換使用以表示任何長度的核苷酸的聚合形式。所述多核苷酸可以含有去氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或其類似物。核苷酸可以具有任何三維結構,並且可以執行任何已知或未知的功能。術語「多核苷酸」包括,例如,單鏈、雙鏈和三螺旋分子、基因或基因片段、外顯子、內含子、mRNA、tRNA、rRNA、核酶、cDNA、重組多核苷酸、支鏈多核苷酸、質體、載體、任何序列的分離DNA、任何序列的分離RNA、核酸探針和引物。除了天然核酸分子之外,本發明的核酸分子還可以包含經修飾的核酸分子。本文中使用的mRNA表示可以在細胞中翻譯的RNA。
在優選的實施方案中,本發明的多核苷酸是mRNA。
mRNA可以化學合成,可以借助於體外轉錄獲得,或可以在靶細胞中體內合成。形成編碼本發明的綴合物或融合蛋白的多核苷酸的核苷酸序列在其表現的相同正確讀碼框中。
在一個優選的實施方案中,本發明組合的組分(i)是編碼由序列SEQ ID NO: 1組成的多肽或由SEQ ID NO: 1的功能等同變體組成的多肽或由SEQ ID NO: 4組成的多肽的mRNA。
在另一個實施方案中,本發明組合的組分(i)是包含本發明的多核苷酸的載體。
本文中使用的術語「載體」表示這樣的核酸序列:其包含必要的序列,從而在細胞中轉錄和翻譯所述序列之後,產生由本發明的多核苷酸編碼的多肽。所述序列可操作地連接至另外區段,所述另外區段提供其在感興趣的宿主細胞中的自主複製。優選地,所述載體是表現載體,其被定義為除了在宿主細胞中自主複製的區域之外,還含有與本發明的核酸可操作連接並且能夠增強根據本發明的核酸產物表現的區域的載體。本發明的載體可以通過本領域中廣泛已知的技術獲得。
載體的例子包括、但不限於,病毒載體、裸露DNA或RNA表現載體、質體、黏質體或噬菌體載體、與陽離子縮合劑結合的DNA或RNA表現載體、被包囊在脂質體中的DNA或RNA表現載體和某些真核細胞,諸如生產細胞。包含本發明的多核苷酸的合適載體是衍生自以下載體的載體:原核生物中的表現載體諸如pUC18、pUC19、pBluescript及其衍生物、mp18、mp19、pBR322、pMB9、ColE1、pCRl、RP4,噬菌體,和「穿梭」載體諸如pSA3和pAT28,酵母中的表現載體諸如2-微米質體型的載體、整合質體、YEP載體、著絲粒質體和類似物,昆蟲細胞中的表現載體諸如pAC系列和pVL系列的載體,植物中的表現載體,諸如pIBI、pEarleyGate、pAVA、pCAMBIA、pGSA、pGWB、pMDC、pMY、pORE系列的載體和類似物,和基於病毒載體(腺病毒、與腺病毒相關的病毒以及逆轉錄病毒且特別是慢病毒)以及非病毒載體諸如pSilencer 4.1-CMV (Ambion)、pcDNA3、pcDNA3.1/hyg、pHCMV/Zeo、pCR3.1、pEFl/His、pIND/GS、pRc/HCMV2、pSV40/Zeo2、pTRACER-HCMV、pUB6/V5-His、pVAXl、pZeoSV2、pCI、pSVL、pKSV-10、pBPV-1、pML2d和pTDT1的高級真核生物細胞中的表現載體。在一個優選的實施方案中,本發明的多核苷酸被包含在選自pEGFP或pBabe逆轉錄病毒載體和pTRIPZ或pSLIK慢病毒載體的載體中。
本發明的載體可以用於轉化、轉染或感染可被所述載體轉化、轉染或感染的細胞。所述細胞可以是原核細胞或真核細胞。
所述載體優選地包含與調節本發明的多核苷酸的表現的序列可操作地結合的本發明的多核苷酸。在本發明中使用的調節序列可以是核啟動子,或可替換地,增強子序列和/或增加異源核酸序列的表現的其它調節序列。大體而言,任何啟動子都可以用在本發明中,只要所述啟動子與要在其中表現所述多核苷酸的細胞相容。因此,適合用於實現本發明的啟動子包括、但不一定限於,組成型啟動子(諸如真核病毒基因組的衍生物,例如多瘤病毒、腺病毒、SV40、CMV、禽肉瘤病毒、乙型肝炎病毒)、金屬硫蛋白基因啟動子、單純皰疹病毒胸苷激酶基因啟動子、逆轉錄病毒的LTR區域、免疫球蛋白基因啟動子、肌動蛋白基因啟動子、EF-1α基因啟動子以及誘導型啟動子(其中蛋白表現依賴於分子或外源訊號的添加,諸如四環素系統、NFκB/紫外線系統、Cre/Lox系統和熱激基因啟動子)、在WO 2006/135436中描述的可調節的RNA聚合酶II啟動子和組織特異性的啟動子。
在另一個實施方案中,本發明組合的組分(i)是細胞,其能夠向培養基中分泌本發明的多肽或本發明的綴合物,優選本發明的多肽或本發明的融合蛋白。
能夠分泌本發明的多肽的合適細胞包括但不限於心肌細胞、脂肪細胞、內皮細胞、上皮細胞、淋巴細胞(B和T細胞)、肥大細胞、嗜酸性粒細胞、血管內膜細胞、不同器官的分離細胞的原代培養物,優選分離自朗格漢斯島的細胞、肝細胞、白細胞(包括單核白細胞)、間質、臍帶或成年人(皮膚、肺、腎和肝)、破骨細胞、軟骨細胞和其它結締組織細胞。已經建立的細胞系諸如Jurkat T細胞、NIH-3T3、CHO、Cos、VERO、BHK、HeLa、COS、MDCK、293、3T3細胞、C2C12成肌細胞和W138細胞也是合適的。本領域中具有通常知識者將理解,可以發現能夠向培養基中分泌本發明的多肽的細胞形成微米顆粒或微米囊,從而所述細胞在患者中具有更大的使用壽命。適用於形成本發明的微米顆粒目標的材料包括允許治療產物的連續分泌並充當細胞的支持物的任何生物相容的聚合材料。因此,所述生物相容的聚合材料可以是例如熱塑性聚合物或氫聚合物。在熱塑性聚合物中,我們具有丙烯酸、丙烯醯胺、甲基丙烯酸2-胺基乙酯、聚(四氟乙烯-共-六氟丙烯)、甲基丙烯酸-(7-焦烷氧基(cumaroxy))乙基酯酸、N-異丙基丙烯醯胺、聚丙烯酸、聚丙烯醯胺、聚醯胺基胺、聚(胺基)-對二甲苯、聚(氯乙基乙烯基醚)、聚己內酯、聚(己內酯-共-碳酸三甲酯)、聚(碳酸脲)胺基甲酸酯、聚(碳酸酯)胺基甲酸酯、聚乙烯、聚乙烯和丙烯醯胺共聚物、聚乙二醇、聚乙二醇甲基丙烯酸酯、聚對苯二甲酸乙二醇酯、聚(丙烯酸4-羥基丁酯)、聚(甲基丙烯酸羥乙酯)、聚(甲基丙烯酸N-2-羥基丙酯)、聚(乳酸-羥乙酸)、聚(L-乳酸)、聚(γ-甲基, L谷胺酸酯)、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(富馬酸丙烯酯)、聚(環氧丙烷)、聚吡咯、聚苯乙烯、聚(四氟乙烯)、聚胺酯、聚乙烯醇、超高分子量的聚乙烯、6-(對乙烯基苯甲醯胺)-己酸N-對乙烯基苄基-D-丙二醯胺(maltonamide)和含有超過一種所述聚合物的共聚物。在水凝膠類型的聚合物中,我們具有海藻酸鹽、瓊脂糖、膠原、澱粉、透明質酸、牛血清白蛋白、纖維素及其衍生物、果膠、硫酸軟骨素、纖維蛋白和絲心蛋白的天然物質,以及合成的水凝膠諸如Sepharose®和Sephadex®。
本發明組合的化合物(ii)
本發明組合的化合物(ii)是PARP抑制劑。
本文中使用的「PARP」(EC 2.4.2.30)表示聚(ADP-核糖)聚合酶,也被稱作NAD+ ADP-核糖基轉移酶或聚(ADP-核糖)合酶,並且是在維持DNA完整性(作為DNA修復的鹼基切除途徑的一部分)中發揮關鍵作用的酶家族。PAR酶催化ADP-核糖部分從細胞NAD+向形成ADP-核糖聚合物的核蛋白的轉移,這導致第一抑制劑是阻斷NAD+結合、從而抑制PARP活性的NAD+的結構類似物。PARP具有酶和支架性能。人類的PARP超家族具有17個已知成員。PARP1、PARP2、端錨聚合酶1、端錨聚合酶2和vPARP被認為在DNA修復中發揮作用,但PARP1占細胞PARP活性的90%以上。因此,在一個優選的實施方案中,PARP選自PARP1和/或PARP2。
PARP1在單鏈DNA (ssDNA)斷裂的修復中發揮作用。PARP1具有三個負責DNA結合、自修飾和催化的結構域。DNA切割導致PARP1的募集並結合到損傷位點,伴有其催化活性的增加、以及長的支鏈聚(ADP-核糖) (PAR)鏈的形成。PAR具有淨負電荷,其促進參與鹼基切除修復途徑的DNA修復蛋白募集到DNA損傷位點,並促進PARP1從損傷位點的移除,從而允許接近其它修復蛋白。此外,PARP1已經涉入到同源重組和非同源末端連接途徑中。人類中的PARP1蛋白的序列對應於Uniprot資料庫中的序列序列P09874(截至2022年10月12日的該條目的259版)。
PARP2與PARP1一起參與鹼基切除修復,但其功能仍在研究中。PARP2在結構域結構上與PARP1有實質不同,但與PARP1的催化結構域具有顯著的結構同源性。人類中的PARP2蛋白的序列對應於Uniprot資料庫中Q9UGN5的序列(截至2022年10月12日的該條目的202版)。
本文中使用的「PARP抑制劑」表示能夠造成PARP活性的降低、特別是PARP1和PARP2的活性降低的任何化合物,包括阻止PARP基因表現的那些化合物,尤其是阻止PARP1和PARP2基因表現的那些化合物,以及導致PARP mRNA或蛋白水平降低的化合物,尤其是導致PARP1和/或PARP2 mRNA或蛋白水平降低的那些化合物。PARP抑制劑主要抑制PARP1和PARP2酶的催化活性。因此,在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑選自PARP1抑制劑、PARP2抑制劑以及PARP1和PARP2抑制劑組成的組。
當蛋白或核酸的水平相對於參考值降低至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少100%(即,不存在)時,認為所述蛋白或核酸的表現減少。
參考值表示對照受試者中的蛋白或核酸水平,所述對照受試者可以是未患特定疾病的受試者。
用於確定抑制劑是否能夠降低PARP mRNA水平、特別是PARP1和/或PARP2 mRNA水平的合適方法,包括、但不限於,用於確定mRNA表現水平的標準測定諸如qPCR、RT-PCR、RNA保護分析、RNA印跡、RNA斑點印跡、原位雜交、微陣列技術,基於標籤的方法諸如基因表現的系列分析(SAGE)(包括變體諸如LongSAGE和SuperSAGE)、微陣列、螢光原位雜交(FISH)(包括變體諸如Flow-FISH、qFiSH和雙融合FISH (D-FISH))等。優選地,定量或半定量RT-PCR是優選。即時定量或半定量RT-PCR是特別有利的。
在樣品(例如,從受試者製備的細胞或組織)中包含的核酸首先根據標準方法(例如使用裂解酶或化學溶液)提取,或者按照生產商的說明書用核酸結合樹脂提取。
如果測量在生物樣品中的mRNA,可以對所述生物樣品進行處理,以物理地、機械地或化學地破壞組織或細胞結構,將細胞內組分釋放到水溶液或有機溶液中,從而製備核酸用於進一步分析。通過具有通常知識者已知的和商購可得的程序從樣品中提取核酸。然後通過本領域中的任何典型方法,例如, Sambrook, J.,等人, 2001. Molecular cloning: A Laboratory Manual,第3版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, N.Y.,第1-3卷,從冷凍或新鮮樣品中提取RNA。優選地,在提取過程中注意避免RNA的降解。
使用從福馬林固定的、石蠟包埋的組織樣品中獲得的mRNA,可以確定表現水平。可以從首先脫石蠟的存檔病理學樣品或活組織檢查樣品中分離mRNA。一種示例性的脫石蠟方法包含用有機溶劑諸如二甲苯洗滌石蠟化的樣品。脫石蠟的樣品可以用低級醇的水溶液再水合。合適的低級醇,例如,包括甲醇、乙醇、丙醇和丁醇。例如,通過用遞減濃度的低級醇溶液連續洗滌,可以使脫石蠟的樣品再水合。可替換地,同時對樣品進行脫石蠟和再水合。然後裂解樣品並從樣品中提取RNA。也可以從新鮮腫瘤組織諸如切除的腫瘤獲得樣品。在一個特定實施方案中,可以從新鮮腫瘤組織或從OCT包埋的冷凍組織獲得樣品。
為了在不同樣品之間歸一化mRNA表現值,可以將試驗樣品中相關mRNA的表現水平與對照RNA的表現水平進行對比。本文中使用的「對照RNA」涉及這樣的RNA:其表現水平在腫瘤細胞中相對於非致瘤細胞不改變或僅以有限的量改變。優選地,對照RNA是衍生自管家基因的mRNA,並且其編碼被組成性地表現並執行基本細胞功能的蛋白。用於本發明中的優選管家基因包括 β-2-微球蛋白、泛素、18-S核糖體蛋白、親環蛋白、IPO8、HPRT、GAPDH、PSMB4、微管蛋白和β-肌動蛋白。
使用管家基因作為內源對照並使用商業RNA對照作為校準物,根據對比閾值循環(Ct)方法可以計算相對基因表現定量。根據公式2 -(ΔCt 樣品-ΔCt 校準物)確定最終結果,其中通過從對照基因的Ct值減去靶基因的Ct值來確定校準物和樣品的ΔCt值。
用於確定抑制劑是否通過降低PARP蛋白水平、特別是PARP1和/或PARP2蛋白水平而起作用的合適方法包括,借助於常規方法進行定量,例如,使用具有特異性地結合由PARP基因、特別是PARP1和/或PARP2基因編碼的蛋白(或其含有抗原決定簇的片段)的能力的抗體,並隨後對所得的抗體-抗原複合物定量。
要在這些測定中採用的抗體可以是,例如,多克隆血清、雜交瘤上清液或單克隆抗體、抗體片段、Fv、Fab、Fab’和F(ab’)2、ScFv、雙體、三體、四體和人源化抗體。與此同時,所述抗體可以被標記或不被標記。可以使用的標誌物的示例性的、但是非排它性的例子包括放射性同位素、酶、螢光團、化學發光試劑、酶底物或輔因數、酶抑制劑、顆粒、著色劑等。存在多種眾所周知的可以用於本發明中的測定,其使用未標記的抗體(一級抗體)和標記的抗體(二級抗體);這些技術包括西方墨點法或蛋白質轉移、ELISA (酶聯免疫吸附測定)、RIA (放射免疫測定)、競爭性的EIA (酶免疫測定)、DAS-ELISA (雙抗體夾心ELISA)、免疫細胞化學和免疫組織化學技術、基於包括特異性抗體的生物晶片或蛋白微陣列的使用的技術或基於膠體沉澱的測定(以諸如浸漬棒的形式)。檢測和量化感興趣蛋白的水平的其它方法包括親和色譜法、結合配體測定等技術。
另一方面,PARP蛋白、特別是PARP1和/或PARP2蛋白的水平的確定可以如下進行:構建含有組裝的受試者樣品的組織微陣列(TMA),並通過免疫組織化學技術確定相應蛋白的表現水平。免疫染色強度可以由兩個或更多個不同的病理學家進行評價,並使用統一且明確的截止標準進行評分,以保持該方法的再現性。可以通過同時重新評價來解決差異。簡而言之,可以將免疫染色的結果記錄為陰性表現(0)相對於陽性表現,以及低表現(1+)相對於中(2+)和高(3+)表現,並考慮在腫瘤細胞中的表現和每種標誌物的特異性截止值。作為一般標準,選擇截止值是為了促進再現性,並在可能的情況下翻譯生物事件。可替換地,通過使用成像技術和自動化方法,諸如Rojo, M.G. 等人(Folia Histochem. Cytobiol.2009;47: 349-54)或Mulrane, L. 等人(Expert Rev. Mol. Diagn. 2008;8: 707-25)公開的那些,可以評價免疫染色強度。
可替換地,在另一個特定實施方案中,通過西方墨點法確定PARP蛋白、特別是PARP1和/或PARP2蛋白的水平。西方墨點法是基於特定蛋白的檢測,所述特定蛋白先前在變性條件下通過凝膠電泳解析,並通過與抗體特異性的顯影系統(例如化學發光劑)一起溫育而固定化在膜(通常是硝酸纖維素)上。
PARP抑制劑可以將PARP活性、特別是PARP1和/或PARP2活性抑制至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或甚至100%,和在5%至100%之間的所有範圍。用於確定抑制劑是否通過降低PARP活性而起作用的合適方法包括允許檢測底物菸鹼醯胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)的消耗或這三種產物(即ADP-核糖(pADPr或PAR)的聚合物、煙醯胺和質子)中的任一種的形成的任何方法。用於檢測PARP活性、特別是PARP1活性的方法是本領域已知的,並且包括、但不限於在以下文獻中公開的方法:Shah G. 等人, Methods in Molecular Biology. 第780卷, 2011,第3-34頁; Putt KS等人, Anal Biochem. 2004年3月1日;326(1):78-86; Yelamos J. 等人, Am J Cancer Res. 2011; 1(3): 328-346。用於測定酶活性的測定法是具有通常知識者已知的,並且包括、但不限於初始速率測定法、進展曲線測定法、瞬態動力學測定法和弛豫測定法。酶活性的連續測定包括、但不限於分光光度法、螢光法、量熱法、化學發光法、光散射法和微尺度熱分析法。酶活性的不連續測定包括、但不限於放射測定法和色譜測定法。如具有通常知識者所理解的,可能影響酶活性的因素包含鹽濃度、溫度、pH和底物濃度。
PARP抑制劑可以是任何有機或無機分子,包括修飾的和未修飾的核酸諸如反義核酸、RNA干擾(RNAi)試劑諸如siRNA、shRNA或miRNA、肽、蛋白、肽模擬物、受體、配體、抗體和可用於治療癌症的小有機分子。
在一個優選的實施方案中,可用於本發明的PARP抑制劑選自表1。
表1:適合根據本發明使用的PARP抑制劑
I 蘆卡帕尼(CO-338, AG014699, PF-0367338),奧拉帕尼(AZD-2281),維利帕尼(ABT-888),尼拉帕尼(MK-4827),他拉唑帕 尼(BMN-673 LT-673), CEP-9722, E7016 (GPI 21016),公開在Kummar等人, BMC Medicine 2012 10:25;帕米帕利(BGB-290),氟帕唑利(SHR- 3162), INO-1001, MP-124, NMS-P118, XAV939
II 與PARP-1的DNA結合結構域相互作用的抑制劑,其充當PARP-1的非競爭性抑制劑,諸如依尼帕利布(BSI-201)
III 菸鹼醯胺;NU1025;3-胺基苯甲醯胺;4-胺基-1,8-萘二甲醯亞胺;1,5-異喹啉二醇;6(5H)-菲啶酮;1, 3,4,5,-四氫苯並(c)(1,6)-和(c)(1,7)-萘啶-6-酮類;腺苷取代的2,3-二氫-1H -異吲哚-1-酮類;AG14361;AGO14699;2-(4-氯苯基)-5-喹喔啉羧酰胺;5-氯-2-[3-(4-苯基-3,6 -二氫-1(2H)-吡啶基)丙基]-4(3H)-喹唑啉酮;異吲哚啉酮衍生物INO-1001;4-羥基喹唑啉;2-[3-[ 4-(4-氯苯基)-1-哌嗪基]丙基]-4-3(4)-喹唑啉酮;1,5-二羥基異喹啉(DHIQ);3,4-二 氫-5 [4-(1-哌啶基)(丁氧基)-1(2H)-異喹諾酮;CEP-6800;GB-15427;PJ34;DPQ;BS-201;AZD2281;BS401;CHP101;CHP1022 ;INH2BP;BSI201;BSI401;TIQ-A;和咪唑並苯並二氮雜環庚三烯類,公開在US 20090170860 A1
IV 對PARP序列、特別是對PARP1和/或PARP2序列具有特異性的干擾RNA
V 對PARP序列、特別是對PARP1和/或PARP2序列具有特異性的反義寡核苷酸
VI 對PARP序列、特別是對PARP1和/或PARP2序列具有特異性的核酶或DNA酶
VII 特異性地結合PARP並抑制PARP活性、特別是PARP1和/或PARP2活性的抑制性抗體
VIII 適體和Spiegelmer
本文中使用的「 小化學化合物」表示一種調節生物過程(在本發明的情況下,抑制PARP的催化活性)的分子。這種化合物可以是天然的或人工的。
在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑選自奧拉帕尼、蘆卡帕尼、維利帕尼、尼拉帕尼、他拉唑帕尼、帕米帕利、氟唑帕利和依尼帕利布;優選地選自奧拉帕尼、蘆卡帕尼、維利帕尼、尼拉帕尼、他拉唑帕尼、帕米帕利和氟唑帕利;更優選地選自奧拉帕尼、蘆卡帕尼、維利帕尼、尼拉帕尼和他拉唑帕尼。
在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑是奧拉帕尼。奧拉帕尼是PARP1和PARP2的有效口服抑制劑。
在另一個實施方案中,所述PARP抑制劑是他拉唑帕尼。他拉唑帕尼是口服PARP抑制劑。
術語奧拉帕尼、蘆卡帕尼、維利帕尼、尼拉帕尼、他拉唑帕尼、帕米帕利、氟唑帕利和依尼帕利布也包括其藥學上可接受的鹽、溶劑化物、多晶型物或共晶。
在一個更優選的實施方案中,所述PARP抑制劑選自在表I的項目I、II或III中列出的化合物或其藥學上可接受的鹽;優選在表I的項目I、II和III中列出的化合物。
在一個更優選的實施方案中,所述PARP抑制劑選自在表I的項目I和II中列出的化合物或其藥學上可接受的鹽;優選在表I的項目I和II中列出的化合物。
術語「藥學上可接受的」表示,從藥理學/毒理學角度來看患者可接受的那些性質和/或物質,以及從關於組成、製劑、穩定性、患者接受度和生物利用度的物理/化學角度來看製造藥物化學家可接受的那些性質和/或物質。
術語「藥學上可接受的鹽」包括與藥學上可接受的酸或鹼形成的鹽。藥學上可接受的酸包括無機酸,例如並且不限於鹽酸、硫酸、磷酸、二磷酸、氫溴酸、氫碘酸和硝酸,以及有機酸,例如並且不限於檸檬酸、富馬酸、馬來酸、蘋果酸、扁桃酸、抗壞血酸、草酸、琥珀酸、酒石酸、苯甲酸、乙酸、甲磺酸、乙磺酸、苯磺酸、環己基胺基磺酸(環拉酸)或對甲苯磺酸。藥學上可接受的鹼包括鹼金屬(例如鈉或鉀)和鹼土金屬(例如鈣或鎂)氫氧化物和有機鹼,例如並且不限於烷基胺、芳基烷基胺和雜環胺。
根據本發明的術語「溶劑化物」應當理解為是指具有通過非共價鍵合連接至它的另一種分子的上述化合物的任何固體形式。溶劑化物的例子包括水合物和醇化物,優選C1-C6醇化物,例如甲醇化物。
根據本發明的術語「多晶型物」應理解為可以以不同形式結晶的化合物的特定結晶形式。
本文中使用的術語「共晶」應理解為由PARP抑制劑和至少另一種組分組成的晶體結構。本文中使用的術語「 干擾 RNA」或「iRNA」表示能夠沉默PARP、特別是PARP1和/或PARP2的表現或者PARP功能所需的任何基因的表現的RNA分子。為此目的,iRNA通常是具有至少30個鹼基對長度的雙鏈寡核苷酸,並且它們更優選地包含約25、24、23、22、21、20、19、18或17個核糖核酸鹼基對。幾種不同類型的分子已經在iRNA技術中被有效地使用,包括小干擾RNA (siRNA)(有時被稱為短干擾RNA或沉默子RNA),微RNA (miRNA)(通常不同於siRNA,因為它們從單鏈RNA前體加工而成,而且被證實與靶mRNA僅部分互補)以及短髮夾RNA (shRNA)。
小干擾RNA (siRNA)試劑能夠通過干擾RNA而抑制靶基因表現。siRNA可以化學合成,或者可以通過體外轉錄獲得,或者可以在靶細胞中體內合成。通常,siRNA由長度為15至40個核苷酸的雙鏈RNA組成,並且可以含有長度為1至6個核苷酸的在3’和/或5’側的突出區域。突出區域的長度與siRNA分子的總長度無關。siRNA通過靶信使的轉錄後降解或沉默而發揮作用。
siRNA可以呈現shRNA (短髮夾RNA)特徵,因為形成siRNA的反平行鏈通過環或髮夾區域連接。siRNA由短的反義序列(19至25個核苷酸)、隨後的5-9個核苷酸的環和有義鏈構成。shRNA可以由質體或病毒編碼,特別是逆轉錄病毒,更特別是反轉錄病毒,並受啟動子諸如RNA聚合酶III的U6啟動子的控制。
在本發明的上下文中使用的siRNA與PARP mRNA、特別是PARP1和/或PARP2 mRNA、或者編碼其蛋白的基因組序列基本上同源。術語「基本上同源」被理解為是指,siRNA具有與靶mRNA充分互補或相似的序列,使得siRNA可能能夠通過RNA干擾引起mRNA降解。引起干擾的合適siRNA包括由RNA形成的siRNA,以及含有不同化學修飾的siRNA,諸如:
-核苷酸之間的連接不同於在自然界中出現的連接的siRNA,諸如硫代磷酸酯連接;
-鏈RNA與功能試劑(如螢光團)綴合;
-通過與在2'-位置的不同功能性羥基的組合來修飾RNA鏈的末端,特別是3'末端;
-糖-修飾的核苷酸,諸如在2’-位置的O-烷基化的殘基,例如2’-O-甲基核糖或2’-O-氟核糖;
-鹼基修飾的核苷酸,諸如鹵化鹼基(例如5-溴尿嘧啶和5-碘尿嘧啶)、烷基化的鹼基(例如7-甲基-鳥苷)。
使用本領域中具有通常知識者已知的一系列技術,可以獲得在本發明的上下文中使用的siRNA和shRNA。例如,可以在常規DNA/RNA合成儀中從受保護的核糖核苷亞磷醯胺化學合成siRNA。可替換地,可以通過重組切酶(dicer)從質體和病毒載體產生siRNA,其中一條或多條siRNA鏈的編碼區由RNA聚合酶III啟動子的操作控制。RNA酶Dicer在細胞中將shRNA加工成siRNA。
作為siRNA設計基礎的PARP區域不是限制性的,並且可以含有編碼序列的區域(在起始密碼子和終止密碼子之間),或可替換地,可以含有來自5’或3’非翻譯區的序列,優選25至50個核苷酸長度並且在相對於起始密碼子的3’位置的任何位置。siRNA設計的程序包括鑒定序列基序AA(N19)TT,其中N可以是在PARP序列中的任何核苷酸,並選擇表現出高G/C含量的那些核苷酸。如果沒有發現所述序列基序,則可能鑒定序列基序NA(N21),其中N可以是任何核苷酸。
在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑是siRNA。在一個更優選的實施方案中,所述siRNA是來自Santa Cruz Biotechnology的商業siRNA,特別是sc-29437或sc-106356。
在另一個實施方案中,所述抑制劑是對PARP特異性的「反義寡核苷酸」,即這樣的分子:其序列與編碼PARP的mRNA互補,特別是與PARP1和/或PARP2互補,即與cDNA編碼鏈互補。所述反義寡核苷酸可以與整個編碼區互補,或者與其包括編碼區和5’和3’非翻譯區的區域互補。所述反義寡核苷酸可以由5、10、15、20、25、30、35、40、45、50個或更多個核苷酸長度組成。所述反義寡核苷酸可以通過化學合成或通過本領域中具有通常知識者廣泛已知的酶促結合反應獲得。例如,反義寡核苷酸可以進一步含有經修飾的核苷酸,其提高其生物穩定性或在反義寡核苷酸與靶多核苷酸之間形成的雙鏈(bicatenary)DNA-RNA複合物的穩定性,諸如硫代磷酸酯衍生物、肽核酸和吖啶-取代的寡核苷酸。可用於製備反義核酸的經修飾的寡核苷酸包括5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黃嘌呤、黃嘌呤、4-乙醯基-胞嘧啶、5-(羧基羥基甲基)尿嘧啶、5-羧甲基胺基甲基-2-硫尿苷、5-羧甲基-胺基甲基尿嘧啶、二氫尿嘧啶、β-D-半乳糖基Q核苷、肌苷、N6-異戊烯基腺嘌呤、1-甲基鳥嘌呤、1-甲基肌苷、2、2-二甲基鳥嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鳥嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-腺嘌呤、7-甲基鳥嘌呤、5-甲基胺基甲基尿嘧啶、5-甲氧基胺基甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基Q核苷、5’-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-N6-異戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5-氧基乙酸、假尿嘧啶、Q核苷、2-硫胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-氧基乙酸甲酯、5-甲基-2-硫尿嘧啶、3-(3-胺基-3-N-2-羧基丙基)尿嘧啶和2,6-二胺基嘌呤。可替換地,使用其中已經克隆了反義定向核酸的表現載體,可以生物生產反義核酸。
可以形成本發明的一部分的另一組化合物是被稱為核酶的催化活性核酸。「 核酶」包含催化區域和第二區域,所述第二區域的序列與靶核酸互補並賦予核酶底物特異性。通過靶核酸與核酶的互補區之間的雜交和偶聯使核酶與其底物相互作用之後,產生催化區域的活化,從而引發靶核酸的分子間或分子內斷裂。核酶設計的基本考慮因素是本領域中具有通常知識者廣泛已知的(參見,例如, Doherty和Doudna (Annu. Ref. Biophys. Biomolstruct. 2000;30:457- 75)。
可以形成本發明的組合物的一部分的另一類化合物包括抑制性抗體。根據本發明,術語「 抑制性抗體」被理解為是指,與PARP結合、特別是與PARP1和/或PARP2結合從而抑制其催化活性的抗體。
使用本領域中具有通常知識者已知的任何方法,可以製備抗體。因此,通過給動物免疫接種旨在被抑制的蛋白來製備多克隆抗體。使用Kohler, Milstein等人(Nature, 1975, 256: 495)描述的方法,可以製備單克隆抗體。一旦鑒定出能夠與PARP結合的抗體,將使用上述用於確定PARP活性的測定法選擇能夠抑制PARP活性、特別是PARP1和/或PARP2的那些。在本發明中合適的抗體包括包含抗原結合可變區和恆定區的完整抗體、片段「Fab」、「F(ab´)2」、「Fab´」、Fv、scFv、雙體和雙特異性抗體。
可以形成本發明組合物的一部分的能夠抑制PARP表現的其它化合物包括適體和Spiegelmer。「 適體和 Spiegelmer」是單鏈或雙鏈D-或L-核酸,其特異性地結合所述蛋白,從而導致所述蛋白(PARP、特別是PARPI和/或PARP2)的生物活性的改變。適體和Spiegelmer是15至80個核苷酸長度,並優選20至50個核苷酸長度。
在一個實施方案中,本發明的組合是本發明組合的組分(i)和組分(ii)之間的綴合物,特別是包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體和PARP抑制劑之間的綴合物。
在某些實施方案中,組分(i)和(ii)之間的綴合是通過不可切割的接頭進行的。在某些實施方案中,組分(i)和(ii)之間的綴合是通過可切割的接頭進行的。示例性的不可切割的接頭和可切割的接頭描述於US8088387、US8142784、WO2013075048、US6630579、US8512707、US9120854、US9023351、US20160095938、US9446146、WO2005009369、US5773001、US6214345、US10111954、US8153768、US7829531、US20160082119、WO2018218004、US8568728、WO2015057699、US20170182181、US9198979,其內容通過引用整體併入本文。
在另一個方面,本發明涉及一種藥物組合物,其包含藥學有效量的本發明的組合以及藥學上可接受的賦形劑。
如在本發明中所使用的,表述「藥物組合物」涉及一種製劑,其已經適用於向細胞、細胞群、器官、組織或細胞分裂不受控制(如癌症)的動物施用預定劑量的一種或幾種有用的治療試劑。
本發明的藥物組合物含有藥學有效量的根據本發明的組合和藥學上有活性的載體。本發明的藥物組合物含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽、其功能等同變體、根據本發明的綴合物、編碼所述多肽或所述綴合物的多核苷酸、包含所述多核苷酸的載體或能夠向培養基中分泌所述多肽或所述綴合物的細胞和PARP抑制劑。用於根據本發明的藥物組合物的SEQ ID NO: 1的多肽的合適功能等同變體、合適的綴合物、融合蛋白、多核苷酸、載體或細胞,如上面所定義。
本文中使用的表述「藥學有效量」被理解為能夠提供治療效果的量,並且其可以由本領域中具有通常知識者通過常用手段來確定。在根據本發明的藥物組合物中可以組合的Omomyc多肽、其功能等同變體、綴合物、融合蛋白、多核苷酸、載體、細胞或PARP抑制劑的量將根據受試者和特定施用模式而變化。本領域中具有通常知識者將理解,劑量也可以用來自以下文獻的指導來確定:Goodman和Goldman的The Pharmacological Basis of Therapeutics,第九版(1996),附錄II,第1707-1711頁,以及Goodman和Goldman的The Pharmacological Basis of Therapeutics,第十版(2001),附錄II,第475-493頁。
在藥物組合物中的活性成分的適當劑量將取決於要治療的癌症的類型、疾病的嚴重程度和病程、所述組合物是否用於預防或治療目的、既往療法、患者的臨床病史和對肽或多肽的應答、以及主治醫師的考慮。
將包含序列SEQ ID NO:1的多肽、其功能等同變體、融合蛋白、綴合物、多核苷酸、載體或細胞的量在一次或一系列治療中適當地施用給患者。根據疾病的類型和嚴重程度,適當的劑量水平將通常為每天約0.01至500 mg /kg患者體重,其可以在單次或多次劑量中施用。優選地,所述劑量水平將為每天約0.1至約250 mg/kg;更優選每天約0.5至約100 mg/kg。
在一個優選的實施方案中,所述第一組分的量是每天約3.75 mg/kg受試者體重,優選每週施用4次,優選鼻內施用。在一個優選的實施方案中,所述第一組分的量是每天約8至15 mg/m 2,優選10至12 mg/m 2,更優選11.25 mg/m 2,優選每週施用4次,優選鼻內施用。
在一個優選的實施方案中,所述第一組分的量是每天約50 mg/kg受試者體重,優選每週施用2次,優選靜脈內施用。在一個優選的實施方案中,所述第一組分的量是每天約100至200 mg/m 2,優選125至175 mg/m 2,優選140至160 mg/m 2,更優選150 mg/m 2,優選每週施用2次,優選靜脈內施用。
合適的劑量水平可以是每天約0.01至250 mg/kg,每天約0.05至100 mg/kg,或每天約0.1至50 mg/kg。在該範圍內,所述劑量可以是每天0.05至0.5、0.5至5或5至50 mg/kg。對於口服施用,所述組合物優選以片劑形式提供,所述片劑含有1.0至1000mg活性成分,特別是1.0,5.0,10.0、15.0,20.0,25.0,50.0,75.0,100.0,150.0,200.0,250.0,300.0,400.0,500.0,600.0,750.0,800.0,900.0和1000.0mg活性成分,針對待治療的患者的劑量的症狀判斷。所述化合物可以以每天1-4次、優選每天一次或兩次的方案施用。
在一個實施方案中,可以施用所述組合或組合物每週一次、每週兩次、每週三次、每週四次、每週五次、每週六次或每週七次。在一個實施方案中,可以施用所述組合或組合物每週一次。在另一個實施方案中,可以施用所述組合或組合物每週兩次。在另一個實施方案中,可以施用所述組合或組合物每週四次。在另一個優選的實施方案中,施用所述組合或組合物的第一組分每週四次,並且施用所述組合或組合物的第二組分每週一次。在另一個實施方案中,施用所述組合或組合物的第一組分每週兩次,並且施用所述組合或組合物的第二組分每週一次。兩種化合物可以伴隨施用或依次施用。當依次施用化合物時,在開始施用第二化合物之前,停止第一化合物的施用。
治療的持續時間可以是至少一周、至少兩周、至少三周、至少四周、至少五周、至少六周、至少七周、至少八周、至少九周、至少十周或更長時間。優選地,治療的持續時間是至少四周。在另一個實施方案中,治療的持續時間是至少三周。
PARP抑制劑的量取決於所使用的具體藥劑,並且可以是每天約0.01 mg/kg至約200 mg/kg、優選0.01 mg/kg至約150 mg/kg、更優選0.01 mg/kg至約100 mg/kg、優選0.01 mg/kg至約75 mg/kg、0.01 mg/kg至約50 mg/kg、更優選0.5 mg/kg至約50 mg/kg,且優選約1 mg/kg至約25 mg/kg受試者體重,每天一或多次,以獲得期望的治療效果。在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約2.5 mg/kg受試者體重或每天7.5 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約0.5 mg/kg受試者體重或每天1.5 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。在一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約5 mg/kg受試者體重或每天15 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。在另一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約10 mg/kg受試者體重,或每天30 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。在另一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約50 mg/kg受試者體重,或每天150 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。在另一個優選的實施方案中,所述PARP抑制劑的量是每天約100 mg/kg受試者體重,或每天300 mg/m 2,優選每週施用一次,更優選口服施用。所述PARP抑制劑優選每週施用6天,優選在4周中施用。
含有第一組分(i)(其選自根據本發明的包含SEQ ID NO:1的多肽、其功能等同變體、融合蛋白、綴合物、多核苷酸、載體或細胞)和第二組分(ii)(其為PARP抑制劑)的根據本發明的藥物組合物可以作為單一制劑(例如,作為包含固定量的每種組分的片劑或膠囊劑)呈現,或者另一方面,可以作為將在以後組合用於聯合、依次或分開施用的分開製劑呈現。本發明的組合物還包括作為部件套件的製劑,其中所述組分分開配製,但包裝在同一容器中。本領域中具有通常知識者將理解,在根據本發明的藥物組合物中的不同組分的製劑可以是相似的,換而言之,類似地配製(片劑或丸劑),這允許它們通過相同途徑施用。在本發明的不同組分被分開配製的情況下,兩種組分可以呈現在泡罩中。每個泡罩含有必須在一天中消耗的藥物。如果必須每天施用藥物幾次,則可以將與每次施用對應的藥物放置在泡罩的不同部位,優選地在泡罩的每個部位記錄在一天中應該施用它們的時間。可替換地,可以不同地配製本發明的組合物的組分,使得不同的組分被不同地施用。因此,可能將第一組分配製用於靜脈內施用,並將第二組分配製為片劑或膠囊劑用於口服施用,或反之亦然。作為根據本發明的組合或藥物組合物的組成部分的組分之間的比率可以由具有通常知識者根據在每種特定情況下使用的抗腫瘤劑以及期望的適應症來調節。因此,本發明考慮這樣的組合物,其中組分(i)和組分(ii)的量之間的比率可以在50:1至1:50、特別是40:1至1:40、特別是30:1至1:30、特別是20:1至1:20、1:10至10:1或5:1至1:5的範圍內。在一個更具體的實施方案中,量之間的比率是在1:1至1:5的範圍內,優選地在1:1至1:3的範圍內。在一個更優選的實施方案中,所述比率是在1:1至1:1.5、優選1:1.3至1:1.4、更優選1:1.34的範圍內。在另一個優選的實施方案中,所述比率是在1:1至1:2.8、優選1:2.6至1:2.7、更優選1:2.67的範圍內。在另一個特定實施方案中,量之間的比率是在30:1至5:1、優選30:1至8:1、更優選25:1至15:1、更優選20:1至10:1的範圍內。在一個優選的實施方案中,量之間的比率是在20:1至1:20的範圍內。在一個實施方案中,所述比率是20:1。在另一個實施方案中,所述比率是1:20。在另一個實施方案中,所述比率是10:1。優選地,這些比率是重量/重量比率。在一個優選的實施方案中,這些比率是Omomyc:奧拉帕尼的比率。儘管這些比率對於治療任何類型的癌症是有效的,但更優選地,當治療選自三重陰性的乳癌和胰腺導管腺癌的癌症時獲得這些比率。
本發明還考慮這樣的組合物,其中組分(i)與組分(ii)的量之間的比率,更優選地Omomyc:他拉唑帕尼的比率,可以在900,000:1至1:900,000的範圍內,特別是800,000:1至1:800,000,特別是700,000:1至1:700,000,特別是600,000:1至1:600,000,特別是500,000:1至1:500,000,特別是400,000:1至1:400,000,特別是300,000:1至1:300,000,特別是200,000:1至1:200,000,特別是150,000:1至1:150,000,特別是100,000:1至1:100,000,特別是75,000:1至1:75,000,特別是50,000:1至1:50,000,特別是30,000:1至1:30,000,特別是25,000:1至1:25,000,特別是15,000:1至1:15,000,特別是10,000:1至1:10,000,特別是5,000:1至1:5,000,特別是3,500:1至1:3,500,特別是2,000:1至1:2,000,特別是1,800:1至1:1,800,特別是1,600:1至1:1,600,特別是1,500:1至1;1,500,特別是1,000:1至1:1,000,特別是850:1至1:850,特別是800:1至1:800,特別是500:1至1:500,特別是300:1至1:300,特別是200:1至1:200,特別是150:1至1:150,特別是100:1至1:100,特別是90:1至1:90,特別是75:1至1:75,特別是60:1至1:60,特別是55:1至1:55。
當組分(i):組分(ii)的比率、更優選地Omomyc:他拉唑帕尼的比率在1:1至900,000:1、優選地1:50至900,000:1、優選地50:1至900,000:1、優選地100:1至500,000:1、優選地100:1至250,000:1、優選地200:1至100,000:1的範圍內時,已經得到了特別好的結果。儘管這些比率對於治療任何類型的癌症都是有效的,但更優選地,當治療三重陰性的乳癌時獲得這些比率。
優選地,這些比率是重量/重量比率。
可以同時施用本發明的藥物組合物或組合的組分。「同時施用」涵蓋兩種治療劑的共同施用,不論各種藥劑的施用的相對頻率或時機。因此,同時施用涵蓋在相同時間以相同的施用頻率共同施用兩種治療劑。此外,同時施用表示兩種治療劑的共同施用,其中一種藥劑的施用頻率高於其它藥劑。此外,同時施用表示兩種治療劑的共同施用,其中一種藥劑在施用其它藥劑期間僅施用一次。
在一個實施方案中,鼻內施用組分(i),在另一個實施方案中,靜脈內施用組分(i)。在另一個實施方案中,口服施用組分(ii)。在另一個實施方案中,胃腸外、特別是腹膜內或靜脈內施用組分(ii)。
在一個優選的實施方案中,靜脈內施用本發明的組合或藥物組合物的組分(i),而口服施用PARP抑制劑。對於靜脈內施用,本發明的組合或組合物的組分(i)的優選劑量、優選地所述多肽或其功能等同變體、融合蛋白或綴合物的優選劑量是在0.01至250 mg/kg的範圍內,其可以在單次或多次劑量中施用,更優選每天0.1至約100 mg/kg。用於口服施用的PARP抑制劑的優選劑量是0.01至200 mg/kg,優選0.01至150 mg/Kg,更優選0.1至100 mg/kg之間,更優選0.5至100 mg/kg,甚至更優選10至100 mg/kg,最優選50至100 mg/kg。優選地,所述PARP抑制劑每週施用6天,持續4周。
在另一個實施方案中,靜脈內地施用本發明的組合或藥物組合物的組分(i)和(ii)。
本發明的藥物組合物還可以含有一種或幾種另外的化合物用於預防和/或治療其中存在不受控制的細胞分裂的病症,諸如癌症。所述另外的化合物(諸如抗腫瘤劑)可以作為獨立實體形成藥物組合物的一部分。在一個優選的實施方案中,本發明的組合或藥物組合物包含一種或多種抗腫瘤劑,所述抗腫瘤劑選自細胞毒性劑、抗血管生成劑、抗轉移劑和抗增殖劑。
本發明的藥物組合物還含有一種或幾種另外的藥學上可接受的賦形劑。「藥學上可接受的賦形劑」被理解為用於摻入活性成分的治療上無活性的物質,並且其從藥理學/毒理學的角度來看是患者可接受的,並且從關於組成、製劑、穩定性、患者接受度和生物利用度的物理/化學角度來看是製造藥物化學家可接受的。所述賦形劑可以是載體。本文中使用的「載體」是指用於改善藥物組合物內的活性成分的遞送和有效性的任何物質。在一個優選的實施方案中,所述載體不允許組分(i)和/或(ii)直接遞送到細胞的細胞質,即所述載體不能與靶細胞的質膜融合。藥學上可接受的載體的例子包括水、鹽水、磷酸鹽緩衝鹽水、右旋糖、甘油、乙醇等中的一種或多種,以及它們的組合。在許多情況下,在所述組合或組合物中將優選包括等滲劑,例如,糖、多元醇諸如甘露醇、山梨醇或氯化鈉。藥學上可接受的載體可以進一步包含微量的輔助物質,諸如潤濕劑或乳化劑、防腐劑或緩衝劑,其提高構成本發明的組合或組合物的一部分的組分的儲存期限或有效性。合適載體的例子是在文獻中眾所周知的(參見例如Remington's Pharmaceutical Sciences,第19版,Mack Publishing Company, Easton, PA, 1995)。載體的例子不受限制地為一系列糖諸如乳糖、右旋糖、蔗糖、山梨醇、甘露醇、木糖醇、赤蘚醇和麥芽糖醇;一系列澱粉諸如玉米澱粉、小麥澱粉、米澱粉和馬鈴薯澱粉;一系列纖維素諸如纖維素、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉和羥丙基甲基纖維素;和一系列填充劑諸如明膠和聚乙烯吡咯烷酮。在某些情況下,可以添加崩解劑諸如交聯的聚乙烯吡咯烷酮、瓊脂、海藻酸或海藻酸鈉。
藥學上可接受的賦形劑的數目和性質取決於期望的劑型。所述藥學上可接受的賦形劑是本領域中具有通常知識者已知的(Faulíy Trillo C. (1993)「Tratado de Farmacia Galénica」, Luzán 5, S.A. Ediciones,馬德里)。借助於習知技術中已知的常規方法,可以製備所述組合物(「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」,第20版(2003) Genaro A.R.,編, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia, US)。
對於包含作為核酸分子的藥劑的藥物組合物,所述核酸分子可以存在於本領域具有通常知識者已知的多種遞送系統中的任一種內,包括核酸和細菌、病毒和哺乳動物表現系統,諸如、例如,本文提供的重組表現構建體。將DNA摻入這樣的表現系統中的技術是本領域具有通常知識者眾所周知的。所述DNA也可以是「裸的」,例如Ulmer等人, Science 259:1745-49, 1993中所描述,和Cohen, Science 259:1691-1692, 1993所綜述。通過將DNA包被在可生物降解的珠子(所述珠子被有效地運輸進細胞中)上,可以增加裸露DNA的攝取。
根據本領域內描述的幾種方法中的任一種,可以將核酸分子遞送進細胞(參見,例如,Akhtar等人, Trends Cell Bio. 2:139 (1992); Delivery Strategies for Antisense Oligonucleotide Therapeutics, Akhtar編, 1995, Maurer等人, Mol. Membr. Biol. 16:129-40 (1999); Hofland和Huang, Handb. Exp. Pharmacol. 137:165-92 (1999); Lee等人, ACS Symp. Ser. 752:184-92 (2000);美國專利號6,395,713;國際專利申請公開號WO 94/02595);Selbo等人, Int. J. Cancer 87:853-59 (2000); Selbo等人, Tumour Biol. 23:103-12 (2002);美國專利申請公開號2001/0007666,和2003/077829)。本領域中具有通常知識者已知的這樣的遞送方法包括、但不限於,脂質體包囊,通過離子透入法,或通過摻入其它媒介物諸如可生物降解的聚合物、水凝膠、環糊精(參見,例如,Gonzalez等人, Bioconjug. Chem. 10: 1068-74 (1999);Wang等人,國際申請公開號WO 03/47518和WO 03/46185)、聚乳酸-羥基乙酸共聚物(PLGA)和PLCA微球(也可用於遞送肽和多肽和其它物質) (參見,例如,美國專利號6,447,796;美國專利申請公開號2002/130430)、可生物降解的奈米膠囊和生物黏附微球,或通過蛋白性載體(國際申請公開號WO 00/53722)。在另一個實施方案中,所述核酸分子還可以與聚乙烯亞胺及其衍生物諸如聚乙烯亞胺-聚乙二醇-N-乙醯基半乳糖胺(PEI-PEG-GAL)或聚乙烯亞胺-聚乙二醇-三-N-乙醯基半乳糖胺(PEI-PEG-三GAL)衍生物配製或絡合(也參見,例如,美國專利申請公開號2003/0077829)。
在一個特定實施方案中,當根據本發明的組合物或組合包含核酸(DNA、RNA、siRNA、反義寡核苷酸、核酶、適體和Spiegelmer)時,所述藥物組合物可以作為用於基因療法中的組合物進行配製;作為說明而非限制,該藥物組合物可以含有病毒或非病毒載體,其包含合適的多核苷酸或基因構建體。作為說明而非限制,所述載體可以是病毒載體,例如基於逆轉錄病毒、腺病毒等或非病毒諸如ADN-脂質體、ADN-聚合物、ADN-聚合物-脂質體複合物等[參見「Nonviral Vectors for Gene Therapy」, Huang, Hung和Wagner編, Academic Press (1999)]。含有相應的多核苷酸或基因構建體的所述載體可以通過常規方法直接施用給受試者。可替換地,所述載體可以用於離體轉化、轉染或感染細胞,例如哺乳動物細胞,包括人,隨後將其植入人體或動物以得到期望的治療效果。對於施用給人體或動物,將在對細胞生存力沒有不利影響的合適培養基中配製所述細胞。
本發明的組合或藥物組合物可以通過任何類型的合適途徑施用,諸如通過口服途徑、局部途徑,通過吸入或胃腸外途徑,從而將包括期望劑型的配製所需的藥學上可接受的賦形劑。其它施用途徑可以是經直腸、經腦池內或經陰道內。所述組合或藥物組合物的優選施用途徑是靜脈內途徑。可替換地,可以靜脈內施用組分(i),且可以口服施用組分(ii)。
「口服途徑」被理解為經吞咽後整合到生物體中的藥物組合物。在一個特定實施方案中,本發明的藥物組合物可以是適合通過口服途徑施用它的劑型,無論它是固體還是液體。適合通過口服途徑施用的劑型可以是片劑、膠囊劑、糖漿劑或溶液,並且可以含有本領域已知的任何常規賦形劑,諸如黏合劑,例如糖漿劑、阿拉伯膠、明膠、山梨醇或聚乙烯吡咯烷酮;填充劑,例如乳糖、糖、玉米澱粉、磷酸鈣、山梨醇或甘胺酸;用於壓縮的潤滑劑,例如,硬脂酸鎂;崩解劑,例如澱粉、聚乙烯吡咯烷酮、澱粉的乙醇酸鈉或微晶纖維素;或藥學上可接受的潤濕劑諸如月桂基硫酸鈉。借助於混合、填充或壓縮的常規工藝,可以製備所述固體口服組合物。重複的混合操作可以用於將活性劑完全分佈在使用大量填充劑的那些組合物中。所述操作是本領域中的常規操作。例如,借助於濕法或幹法制粒,可以製備所述片劑,並任選地根據常見製藥實踐中已知的工藝對其進行包衣,特別是用腸溶包衣。
另一方面,「局部途徑」被理解為通過非全身途徑施用,並包括將本發明的藥物組合物從外部施用在表皮上、口腔中,以及將所述組合物滴注到耳、眼和鼻中,並且它在其中不會顯著進入血流。用於本發明的化合物的局部或透皮施用的劑型包括軟膏劑、糊劑、乳膏劑、洗劑、凝膠劑、粉劑、溶液劑、噴霧劑、吸入劑或貼劑。
眼用製劑、滴耳劑和滴眼劑也被考慮為在本發明的範圍內。另外,本發明考慮使用透皮貼劑,其具有向身體提供化合物的受控遞送的附加優點。這樣的劑型可以通過將化合物溶解或分散於適當介質中來製備。還可以使用吸收增強劑增加所述化合物穿過皮膚的通量。通過提供控制速率的膜或通過在聚合物基質或凝膠中分散所述化合物,可以控制該速率。
在一個實施方案中,全身性地施用所述組合或藥物組合物。
「全身途徑」被理解為通過口服途徑、靜脈內途徑、腹膜內途徑和肌肉內途徑施用。治療或預防效果所需的組分(i)和(ii)的量自然會根據所選擇的化合物、正在治療的疾病的性質和嚴重程度以及患者而變化。優選地,口服施用所述組合或藥物組合物。
在另一個實施方案中,鼻內施用所述組合或藥物組合物。在一個優選的實施方案中,通過滴注或鼻吸入進行鼻內施用。
「吸入」被理解為通過鼻內途徑和通過口服吸入施用。適用於所述施用的劑型,諸如在氣霧劑或計量吸入器中的製劑,可以通過常規技術製備。在一個實施方案中,所述施用途徑是鼻內途徑。
本文中使用的術語「胃腸外」包括通過靜脈內途徑、腹膜內途徑、肌肉內途徑或皮下途徑施用。胃腸外施用的皮下、肌肉內和靜脈內劑型通常是優選的。
在一個實施方案中,靜脈內施用所述組合或藥物組合物。在一個實施方案中,本發明的組合或藥物組合物可以適用於其胃腸外施用,諸如呈適當劑量單位形式的無菌溶液、混懸液或低壓凍幹產品。適合其注射用途的組合或藥物組合物包括無菌水溶液(當它們可溶於水時),或用於即時製備無菌可注射溶液或分散體的分散體和無菌粉末。對於通過靜脈內途徑施用,一些合適的載體包括用磷酸鹽緩衝的鹽水溶液(PBS)。在所有情況下,所述組合或組合物必須是無菌的,並且必須是流體,達到易於注射的程度。它必須在製備和儲存條件下是穩定的,並且必須被保護免於微生物諸如細菌和真菌的污染活動。所述載體可以是溶劑或分散介質,其含有例如水,乙醇,藥學上可接受的多元醇諸如甘油、丙二醇、液體聚乙二醇及其合適的混合物。可以維持合適的流動性,例如,借助於使用包衣諸如卵磷脂,借助於維持所需的顆粒尺寸(在分散體的情況下)以及借助於使用表面活性劑。借助於各種抗細菌劑和抗真菌劑,例如,對羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗壞血酸、硫柳汞等,可以實現微生物作用的預防。在大多數情況下,將優選在所述組合物中包括等滲劑,例如,糖;多元醇諸如甘露醇、山梨醇;或氯化鈉。可注射組合物的延長吸收可以通過包含延遲吸收的試劑(例如,單硬脂酸鋁和明膠)造成。
可以如下製備可注射的無菌溶液:將所需量的活性化合物與所需要的前述成分中的一種或組合一起摻入合適的溶劑中,隨後通過穿過無菌膜過濾進行滅菌。通常,通過將活性化合物摻入無菌媒介物中來製備分散體,所述無菌媒介物含有基本分散介質和來自先前列出的那些成分的所需其餘成分。在用於製備可注射無菌溶液的無菌粉末的情況下,優選的製備工藝是真空乾燥和低壓凍幹,其產生含有活性成分加上來自其先前過濾的無菌溶液的任何期望另外成分的粉末。
可以借助於脈衝輸注適當地施用本發明的組合或藥物組合物,例如,逐漸減小所述組合物的劑量。優選地,借助於注射劑來施用所述劑量,更優選靜脈內或皮下注射,部分地取決於所述施用是急性的還是慢性的。
可替換地,如上所述,不同地施用所述組合物的不同組分。
因而,在一個實施方案中,靜脈內施用所述組合或組合物的組分(i),優選本發明的多肽或功能等同變體或綴合物,同時口服施用PARP抑制劑。
在另一個實施方案中,靜脈內施用兩種組分(i)和(ii)。
在另一個實施方案中,鼻內或通過吸入施用所述組合或組合物的組分(i),優選所述多肽或其功能等同變體,或所述組合物的綴合物。
意圖用於鼻內和肺內施用的組合物的劑型優選為液體、混懸液或固體。混懸液是一種含有分散在液體媒介物中的固體顆粒的液體製品。優選對劑型進行計量。例如,計量的滴劑/噴霧劑意味著包括所述滴劑/噴霧劑的分配器遞送含有計量劑量(預定量)的用於根據本發明使用的組合物的液滴/噴霧。
在鼻內施用途徑的上下文中,一種優選的劑型包括滴鼻劑。液滴主要沉積在鼻的後部,並因此迅速離開進入鼻咽。滴劑的一個問題經常是如何精確控制藥物的劑量,這對所述組合物的施用特別重要。
可以用於施用本發明的藥物組合物的另一種鼻內劑型是鼻噴霧劑。鼻噴霧劑通常含有溶解或懸浮在非加壓分配器內的賦形劑(例如防腐劑、黏度調節劑、乳化劑、緩衝劑)的溶液或混合物中的綴合物。鼻噴霧劑具有幾個優點,包括遞送裝置的緊湊性、方便性、使用簡單性以及25至200 pL的遞送劑量的準確性。它們沉積在鼻的前部,並通過黏液纖毛清除緩慢清除到鼻咽中。本文中使用的鼻噴霧劑可以是液體或混懸液。
另一種鼻內劑型是鼻氣霧劑。鼻氣霧劑與鼻噴霧劑的不同之處在於分配組合物的方法:在氣霧劑中,化合物由於壓強過大而被分配,並通過閥門釋放。在噴霧劑中,化合物由於微泵桶產生的離開力而被分配,而在小瓶中的壓強與大氣壓強相似。氣霧劑具有與噴霧劑相似的優點。
根據本發明的組合物可替換地優選地可以通過鼻乳劑、軟膏劑、凝膠、糊劑或乳膏劑進行施用。這些是應用於鼻黏膜的高黏性溶液或混懸液。
由於可以有效遞送至鼻黏膜的組合物的體積有限,液體鼻內劑型通常具有比相應的靜脈內劑型更高的濃度。當物質在液體形式變得難溶或不穩定時,粉劑可以用於施用本發明的組合物。粉劑的其它優點是,它們不需要防腐劑,並且通常具有與液體製劑相比更高的穩定性。鼻內粉末應用的主要限制與其對鼻黏膜的刺激作用有關。
在肺內施用的上下文中的一種劑型是吸入氣霧劑。吸入氣霧劑通常在壓力下包裝並含有根據本發明的組合物,所述組合物在閥系統被活化後釋放進呼吸道,特別是肺中。釋放的氣溶膠是細小固體顆粒(懸浮液)或液體微滴(溶液)在空氣或其它氣體中的膠體。因此,氣溶膠可以是溶液或懸浮氣溶膠。液體微滴或固體顆粒優選地具有小於100 pm、更優選地小於10 pm、最優選地小於1 pm的直徑。
在肺內施用的上下文中的另一種劑型是吸入噴霧劑。吸入噴霧劑通常是水基製劑並且不含任何推進劑。通過口服吸入將綴合物遞送到肺。
霧化的吸入溶液和混懸液也可以用於通過肺內途徑遞送所述綴合物。霧化的吸入溶液和混懸液通常是含有根據本發明的組合物的水基製劑。霧化的吸入溶液和混懸液通過口服吸入將所述組合物輸送到肺以產生全身效應,並與噴霧器一起使用。
乾燥粉末吸入是氣霧劑吸入的一種替代。所述組合物通常被包括在用於手動裝載的膠囊中或吸入器內。乾燥粉末通常由吸入器通過口服吸入遞送到肺。本文中使用的乾燥粉末可以配製成純淨的。純淨製劑含有單獨的或准單獨的藥物,例如作為噴霧乾燥的粉末。本文中使用的乾燥粉末也可以用載體諸如乳糖配製。
優選對肺內劑型進行計量,即以預定量遞送至肺。
在本發明的上下文中用於鼻內遞送的裝置包括噴霧泵系統、用於遞送液滴的移液管、計量劑量噴霧泵、鼻加壓計量劑量吸入器、粉末噴霧系統、呼吸致動的粉末吸入器和鼻粉末吹入器。可以給鼻內遞送裝置填充單次劑量量或多次劑量量的鼻內製劑。
使用肺內途徑,所述綴合物可以與計量劑量吸入器一起施用。計量劑量吸入器(MDI)提供綴合物的細霧,通常具有小於5 pm的空氣動力學顆粒尺寸。
乾燥粉末吸入器可替代地可以用於將所述組合物輸送到肺內。乾燥粉末吸入器以單次劑量或多次劑量粉末的形式提供粉末。
用於肺內遞送的另一種裝置是噴霧器,包括超聲和空氣噴射噴霧器。在超聲噴霧器中,超音波由陶瓷壓電晶體在超聲霧化器室中形成,所述陶瓷壓電晶體在電激勵時會振動。這會在溶液表面處產生氣溶膠雲。由空氣噴射噴霧器產生的氣溶膠在壓縮空氣被迫穿過孔口時產生。液體可以從垂直噴嘴中排出(伯努利效應)以與使用擋板霧化的空氣射流混合,從而促進氣溶膠雲的形成。
在一個實施方案中,用載體製備本發明的組合或藥物組合物的每種組分,所述載體將保護組分、特別是組分(i)免於從體內快速消除,諸如控釋製劑,包括植入物和微囊化的施用系統。可以使用可生物降解的生物相容的聚合物諸如乙烯-乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原、聚原酸酯和聚乳酸。用於製備所述製劑的方法對於本領域中具有通常知識者來說將是清楚的。所述材料也可以從Alza Corporation和Nova Pharmaceuticals, Inc商業獲得。
所述持續釋放組合物也包括懸浮在合適的製劑中的晶體製品,其可以將晶體保持在懸浮液中。當通過皮下或腹膜內途徑注射它們時,這些製品可以產生持續釋放效果。其它組合物還包括被捕獲在脂質體中的組分(i)和/或(ii)。借助於已知方法製備含有這樣的組分的脂質體,諸如Epstein等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (1985) 82:3688-3692;Hwang等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (1980) 77:4030-4034;EP 52,322;EP 36,676;EP 88,046;EP 143,949。在一個優選的實施方案中,將組分(i)和/或(ii)包含在脂質體中,優選兩種組分都被包含在脂質體中,更優選在相同的脂質體中。
儘管事實上本發明的Omomyc、其功能等同變體、綴合物和融合蛋白能夠跨生物膜轉移,但可能在奈米顆粒中配製Omomyc、其功能等同變體中的任一種、綴合物、多核苷酸、載體或細胞。所述奈米顆粒可以有助於保持生物流體中的所述組分的完整性,直到它到達靶器官。此外,在包含組分(ii)或其它抗腫瘤劑的組合物的情況下,所述組合物的包囊可以減少由抗腫瘤劑造成的副作用。此外,還可以對奈米顆粒進行修飾,從而包括允許將奈米顆粒靶向至感興趣器官的部分。以這種方式,本發明的組合或組合物的組分(i)將被遞送至靶器官附近,從而促進組分(i)進入需要其生物活性的細胞的內部。
因而,在另一個實施方案中,提供本發明的組合或組合物的組分(i)以形成奈米顆粒的一部分。在另一個實施方案中,提供本發明的組合或組合物的兩種組分以形成奈米顆粒的一部分,優選將兩種組分提供在同一奈米顆粒內。
本文中使用的術語「奈米顆粒」表示具有在1-1,000 nm範圍內的尺寸的任何材料。在某些實施方案中,奈米顆粒具有在2-200 nm範圍內的尺寸,優選在2-150 nm範圍內,且甚至更優選在2-100 nm範圍內。可以用在本發明中的奈米顆粒包括,諸如基於脂質的奈米顆粒、超順磁奈米顆粒、奈米殼、半導體奈米晶體、量子點、基於聚合物的奈米顆粒、基於矽的奈米顆粒、基於二氧化矽的奈米顆粒、基於金屬的奈米顆粒、富勒烯和奈米管等奈米級材料。分子可以被嵌入奈米顆粒基質中,或者可以被吸附在其表面上,優選地分子被嵌入奈米顆粒中。
在一個優選的實施方案中,所述奈米顆粒是脂質體。
靶向遞送可以通過添加配體來實現,且不會損害奈米顆粒的遞送其內容物的能力。考慮到,這將實現遞送到特定的細胞、組織和器官。基於配體的遞送系統的靶向特異性是基於配體受體在不同細胞類型上的分佈。靶向配體可以與奈米顆粒非共價地或共價地結合,並且可以通過本文所討論的多種方法綴合至奈米顆粒。
可以用於靶向奈米顆粒的蛋白或肽的例子包括轉鐵蛋白、乳鐵蛋白、TGF-β、神經生長因數、白蛋白、HIV Tat肽、RGD肽和胰島素,以及其它。
應當理解,在奈米顆粒中的本發明製劑並非旨在或不僅僅旨在促進組分(i)和/或(ii)進入細胞內部,還保護組分(i)和/或(ii)不被降解和/或促進奈米顆粒靶向至相關的器官。
在一個實施例中,所述奈米顆粒可以由可生物降解的聚合物諸如聚(丁基氰基丙烯酸酯) (PBCA)組成。元素奈米顆粒的例子包括碳奈米顆粒和氧化鐵奈米顆粒,其然後可以用油酸(OA)-Pluronic(R)塗布。在該方案中,將藥物(例如,疏水的或不溶於水的藥物)載入到奈米顆粒中。其它奈米顆粒由二氧化矽製成。
奈米顆粒可以由任何有用的聚合物形成。聚合物的例子包括可生物降解的聚合物,諸如聚(氰基丙烯酸丁酯)、聚(丙交酯)、聚(乙交酯)、聚-s-己內酯、聚(琥珀酸丁二酯)、聚(琥珀酸乙二酯)和聚(對二氧雜環己烷酮);聚(乙二醇);聚-甲基丙烯酸2-羥基乙酯(聚(HEMA));共聚物,諸如聚丙交酯-乙交酯共聚物、聚(丙交酯)-聚(乙二醇)、聚(聚(乙二醇)氰基丙烯酸酯-十六烷基氰基丙烯酸酯)共聚物和聚[HEMA-甲基丙烯酸]共聚物;蛋白,諸如纖維蛋白原、膠原、明膠和彈性蛋白;和多糖,諸如支鏈澱粉、直鏈澱粉和殼聚糖。
其它奈米顆粒包括固體脂質奈米顆粒(SLN)。固體脂質奈米顆粒的脂質分子的例子包括硬脂酸和經修飾的硬脂酸,諸如硬脂酸-PEG 2000;大豆卵磷脂;和乳化蠟。固體脂質奈米顆粒可以任選地包括其它組分,包括表面活性劑,諸如Epicuron(R) 200、泊洛沙姆188 (Pluronic(R) F68)、Brij 72、Brij 78、聚山梨酯80 (Tween 80);和鹽,諸如牛磺膽酸鈉。可以通過針對脂質體討論的多種方法將試劑引入固體脂質奈米顆粒中,這樣的方法可以進一步包括高壓勻漿化和微乳液的分散。
奈米顆粒還可以包括奈米大小的膠束。膠束可以由本文描述的任何聚合物形成。用於形成膠束的示例性聚合物包括嵌段共聚物,諸如聚(乙二醇)和聚(ε-己內酯)。(例如,PEO- b-PCL嵌段共聚物,包括ε-己內酯和α-甲氧基-ω-羥基-聚(乙二醇)的聚合物)。
在某些實施方案中,通過用表面活性劑塗布來改變奈米顆粒的性質。可以使用任何生物相容的表面活性劑,例如,聚山梨酯表面活性劑,諸如聚山梨酯20、40、60和80 (Tween 80);Epicuron(R) 200;泊洛沙姆表面活性劑,諸如188 (Pluronic(R) F68)泊洛沙姆908和1508;和Brij表面活性劑,諸如Brij 72和Brij 78。
可以任選地將奈米顆粒修飾為包括親水性聚合物基團(例如,聚(乙二醇)或聚(丙二醇)),例如,通過共價將親水性聚合物基團連接到表面,或使用含有這樣的親水性聚合物基團的聚合物(例如,聚[甲氧基聚(乙二醇)氰基丙烯酸酯-共-氰基丙烯酸十六烷酯])。奈米顆粒可以任選地交聯,這對於基於蛋白的奈米顆粒可以是特別有用的。
在另一個實施方案中,本發明的藥物組合物是奈米乳液。本文中使用的「奈米乳液」是指微滴(或顆粒)的膠體分散體,其中至少一些液滴具有在奈米尺寸範圍內的直徑。所述奈米乳液由在水相中富含omega-3、-6或-9脂肪酸的油構成,並由兩親性表面活性劑(其構成介面表面膜)在熱力學上穩定化,其使用高剪切微流體化工藝生產,通常具有在約80-220 nm範圍內的微滴直徑。
本發明的治療用途
在一個方面,本發明涉及用於醫學的本發明的組合或藥物組合物。
在另一個方面,本發明涉及用於預防和/或治療癌症的本發明的組合或藥物組合物。
在另一個方面,本發明涉及用於製備藥物的本發明的組合或藥物組合物,所述藥物用於預防和/或治療癌症。
在另一個方面,本發明也涉及一種用於預防和/或治療癌症的方法,所述方法包含給有此需要的受試者施用治療有效量的本發明的組合或藥物組合物。
在一個優選的實施方案中,根據本發明的預防或治療方法涉及直接使用組合或組合物,其含有包含Omomyc的多肽、其功能等同變體、綴合物或融合蛋白。因而,在一個優選的實施方案中,根據本發明的預防或治療方法不涉及編碼包含Omomyc的多肽或其功能等同變體或融合蛋白的核酸的施用、或者編碼該核酸的載體或包含所述核酸的細胞的施用。
「預防」被理解為在疾病的初始或早期階段施用本發明的組合或組合物,或者也預防其發作。
術語「治療」是指在已經出現臨床徵象之前或之後施用本發明的組合或組合物以控制疾病的進展。疾病進展的控制被理解為有益的或期望的臨床結果,其包括、但不限於,症狀的減少、疾病持續時間的縮短、病理學狀況的穩定(特別是避免另外的損傷)、延遲疾病的進展、改善病理學狀況和減輕(部分和完全)。與不應用治療的預期生存期相比,疾病進展的控制還涉及生存期的延長。在一個優選的實施方案中,疾病進展的控制以健康的肺/胸體積比來衡量。在另一個實施方案中,疾病進展的控制以腫瘤體積的減小來衡量。在另一個實施方案中,疾病進展的控制以腫瘤細胞生存力的降低來衡量。
術語「癌症」表示以失控的細胞分裂(或存活或細胞凋亡抗性的增加)、所述細胞侵襲其它鄰近組織的能力(侵襲)或通過淋巴管和血管擴散到所述細胞通常不會定位的身體其它區域(轉移)為特徵的疾病。根據腫瘤是否可以通過侵襲和轉移而傳播,將其分類為良性的或惡性的:良性腫瘤是不可通過侵襲或轉移而傳播的腫瘤,即,它們只能局部生長;而惡性腫瘤是能夠通過侵襲和轉移而傳播的腫瘤。根據本發明的方法可用於治療局部和惡性腫瘤。
在一個實施方案中,癌症包括、但不限於白血病(例如,急性白血病、急性淋巴細胞性白血病、急性粒細胞性白血病、急性成髓細胞白血病、急性早幼粒細胞性白血病、急性粒單核細胞性白血病、急性單核細胞性白血病、急性紅白血病、慢性白血病、慢性粒細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病)、毛細胞白血病、真性紅細胞增多症、淋巴瘤(例如,霍奇金病或非霍奇金病)、AIDS-相關的白血病、沃爾登斯特倫巨球蛋白血症、多發性骨髓瘤、重鏈病和實體瘤諸如肉瘤和癌瘤(例如,纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、軟骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤(mendotheliosarcoma)、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、滑膜瘤、間皮瘤、尤因瘤、平滑肌肉瘤、橫紋肌肉瘤、卡波西肉瘤、結腸癌、胰腺癌、乳癌、膽道癌、食管癌、卵巢癌、前列腺癌、口癌(包括鱗狀細胞癌)、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、囊腺癌、髓樣癌、支氣管原癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、畸胎瘤、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾曼瘤、子宮頸癌、子宮癌、睾丸癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、上皮內贅生物(包括博文氏病和佩吉特病)、神經膠質瘤、神經膠質瘤、星形細胞瘤、多形性膠質母細胞瘤(GBM,也被稱作膠質母細胞瘤)、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、少突神經膠質瘤、許旺細胞瘤(schwannoma)、神經纖維肉瘤、腦膜瘤、黑素瘤、神經母細胞瘤和視網膜母細胞瘤)。
在某些實施方案中,所述癌症是神經膠質瘤、星形細胞瘤、多形性膠質母細胞瘤(GBM,也被稱作膠質母細胞瘤)、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、少突神經膠質瘤、許旺細胞瘤、神經纖維肉瘤、腦膜瘤、黑素瘤、神經母細胞瘤或視網膜母細胞瘤。
在某些實施方案中,所述癌症是聽神經瘤、星形細胞瘤(例如I級–毛細胞性星形細胞瘤、II級–低級星形細胞瘤、III級–間變性星形細胞瘤或IV級–膠質母細胞瘤(GBM))、脊索瘤、CNS淋巴瘤、顱咽管瘤、腦幹神經膠質瘤、室管膜瘤、混合性神經膠質瘤、視神經神經膠質瘤、室管膜下瘤、髓母細胞瘤、腦膜瘤、轉移性腦腫瘤、少突神經膠質瘤、垂體瘤、原始性神經外胚層(PNET)腫瘤或許旺細胞瘤。在某些實施方案中,所述癌症是相比成年人在兒童中更常見的類型,諸如腦幹神經膠質瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、青少年毛細胞性星形細胞瘤(JPA)、髓母細胞瘤、視神經神經膠質瘤、松果體腫瘤、原始性神經外胚層腫瘤(PNET)或杆狀瘤。在某些實施方案中,所述患者是成年人。在某些實施方案中,所述患者是兒童或兒科患者。
在另一個實施方案中,癌症包括、但不限於間皮瘤、肝膽(肝和膽管)癌、骨癌、胰腺癌、皮膚癌、頭頸癌、皮膚或眼內黑素瘤、卵巢癌、結腸癌、直腸癌、肛門癌、胃癌、胃腸癌(胃癌、結腸直腸癌和十二指腸癌)、子宮癌、輸卵管癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、陰道癌、外陰癌、霍奇金病、食道癌、小腸癌、內分泌系統癌、甲狀腺癌、甲狀旁腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、前列腺癌、睾丸癌、慢性或急性白血病、慢性髓性白血病、淋巴細胞性淋巴瘤、膀胱癌、腎或輸尿管癌、腎細胞癌、腎盂癌、非霍奇金淋巴瘤、脊髓軸腫瘤、腦幹神經膠質瘤、垂體腺瘤、腎上腺皮質癌、膽囊癌、多發性骨髓瘤、膽管癌、纖維肉瘤、神經母細胞瘤、視網膜母細胞瘤、或前述癌症中的一種或多種的組合。
在某些實施方案中,所述癌症選自肝細胞癌、卵巢癌、卵巢上皮癌或輸卵管癌;乳頭狀漿液囊腺癌或子宮乳頭狀漿液性癌(UPSC);前列腺癌;睾丸癌;膽囊癌;肝膽管癌;軟組織和骨滑膜肉瘤;橫紋肌肉瘤;骨肉瘤;軟骨肉瘤;尤因肉瘤;間變性甲狀腺癌;腎上腺皮質腺瘤;胰腺癌;胰腺導管癌或胰腺腺癌;胃腸/胃(GIST)癌;淋巴瘤;頭頸部鱗狀細胞癌(SCCHN);唾液腺癌;神經膠質瘤,或腦癌;神經纖維瘤病-1相關的惡性周邊神經鞘腫瘤(MPNST);沃爾登斯特倫巨球蛋白血症;或髓母細胞瘤。
在某些實施方案中,所述癌症選自肝細胞癌(HCC)、肝胚細胞瘤、結腸癌、直腸癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、輸卵管癌、乳頭狀漿液囊腺癌、子宮乳頭狀漿液性癌(UPSC)、肝膽管癌、軟組織和骨滑膜肉瘤、橫紋肌肉瘤、骨肉瘤、間變性甲狀腺癌、腎上腺皮質腺瘤、胰腺癌、胰腺導管癌、胰腺腺癌、神經膠質瘤、神經纖維瘤病-1相關的惡性周邊神經鞘腫瘤(MPNST)、沃爾登斯特倫巨球蛋白血症或髓母細胞瘤。
在某些實施方案中,癌症是實體瘤,諸如肉瘤、癌瘤或淋巴瘤。實體瘤通常包括異常的組織團塊,其通常不包括囊腫或液體區域。在某些實施方案中,所述癌症選自腎細胞癌或腎癌;肝細胞癌(HCC)或肝胚細胞瘤或肝癌;黑素瘤;乳癌;結腸直腸癌或結腸直腸癌;結腸癌;直腸癌;肛門癌;肺癌,諸如非小細胞肺癌(NSCLC)或小細胞肺癌(SCLC);卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢癌或輸卵管癌;乳頭狀漿液囊腺癌或子宮乳頭狀漿液性癌(UPSC);前列腺癌;睾丸癌;膽囊癌;肝膽管癌;軟組織和骨滑膜肉瘤;橫紋肌肉瘤;骨肉瘤;軟骨肉瘤;尤因肉瘤;間變性甲狀腺癌;腎上腺皮質癌;胰腺癌;胰腺導管癌或胰腺腺癌;胃腸/胃(GIST)癌;淋巴瘤;頭頸部鱗狀細胞癌(SCCHN);唾液腺癌;神經膠質瘤,或腦癌;神經纖維瘤病-1相關的惡性周邊神經鞘腫瘤(MPNST);沃爾登斯特倫巨球蛋白血症;或髓母細胞瘤。
在某些實施方案中,所述癌症選自肝細胞癌(HCC)、肝胚細胞瘤、結腸癌、直腸癌、卵巢癌、卵巢上皮癌、卵巢癌、輸卵管癌、乳頭狀漿液囊腺癌、子宮乳頭狀漿液性癌(UPSC)、肝膽管癌、軟組織和骨滑膜肉瘤、橫紋肌肉瘤、骨肉瘤、間變性甲狀腺癌、腎上腺皮質癌、胰腺癌、胰腺導管癌、胰腺腺癌、神經膠質瘤、神經纖維瘤病-1相關的惡性周邊神經鞘腫瘤(MPNST)、沃爾登斯特倫巨球蛋白血症或髓母細胞瘤。
在某些實施方案中,所述癌症是肝細胞癌(HCC)。在某些實施方案中,所述癌症是肝胚細胞瘤。在某些實施方案中,所述癌症是結腸癌。在某些實施方案中,所述癌症是直腸癌。在某些實施方案中,所述癌症是卵巢癌或卵巢癌。在某些實施方案中,所述癌症是卵巢上皮癌。在某些實施方案中,所述癌症是輸卵管癌。在某些實施方案中,所述癌症是乳頭狀漿液囊腺癌。在某些實施方案中,所述癌症是子宮乳頭狀漿液性癌(UPSC)。在某些實施方案中,所述癌症是肝膽管癌。在某些實施方案中,所述癌症是軟組織和骨滑膜肉瘤。在某些實施方案中,所述癌症是橫紋肌肉瘤。在某些實施方案中,所述癌症是骨肉瘤。在某些實施方案中,所述癌症是間變性甲狀腺癌。在某些實施方案中,所述癌症是腎上腺皮質癌。在某些實施方案中,所述癌症是胰腺癌或胰腺導管癌。在某些實施方案中,所述癌症是胰腺腺癌。在某些實施方案中,所述癌症是神經膠質瘤。在某些實施方案中,所述癌症是惡性周邊神經鞘腫瘤(MPNST)。在某些實施方案中,所述癌症是神經纖維瘤病-1相關的MPNST。在某些實施方案中,所述癌症是沃爾登斯特倫巨球蛋白血症。在某些實施方案中,所述癌症是髓母細胞瘤。
在某些實施方案中,癌症是病毒相關癌症,包括人免疫缺陷病毒(HIV)相關的實體瘤、人乳頭瘤病毒(HPV)-16陽性的無法治癒的實體瘤和成年人T-細胞白血病,其由人T-細胞白血病病毒I型(HTLV-I)造成並且是以HTLV-I在白血病細胞中的克隆整合為特徵的CD4+ T-細胞白血病的高侵襲形式(參見https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/ NCT02631746);以及在胃癌、鼻咽癌、宮頸癌、陰道癌、外陰癌、頭頸部鱗狀細胞癌和梅克爾細胞癌中的病毒相關腫瘤(參見https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT02488759;也參見https://clinicaltrials.gov/ct2/show/study/NCT0240886; https://clinicaltrials.gov/ct2/show/ NCT02426892)。
其它癌症將是本領域具有通常知識者已知的。
在一個優選的實施方案中,所述癌症選自乳癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肺癌、結腸直腸癌、胃/胃部癌、子宮內膜/子宮/子宮頸癌、膀胱癌、頭頸癌、白血病、肉瘤、膽管癌、膠質母細胞瘤、多發性骨髓瘤、淋巴瘤。更優選地,所述癌症選自乳癌、卵巢癌和前列腺癌,甚至優選地,它是乳癌或卵巢癌,更優選地,它是乳癌。
在某些實施方案中,癌症是黑素瘤癌。
在一個優選的實施方案中,所述癌症是乳癌。術語「乳癌」涉及乳房細胞的任何惡性增殖性障礙,最常見地來自乳導管內襯或給導管供應乳的小葉。起源於導管的癌症被稱為導管癌,而起源於小葉的癌症則被稱為小葉癌。
在一個優選的實施方案中,所述癌症是三重陰性的乳癌(TNBC)。術語三重陰性的乳癌表示以下事實:通過雌激素受體(ER)、孕酮受體(PR)和人表皮生長因數受體2 (HER2)的表現的缺乏在免疫組織化學上定義癌細胞,即所述細胞在所有3項試驗中為陰性。它是一種高度惡性的乳癌亞型,與其它乳癌類型相比,其通常與相對差的臨床結果、更早的復發和高內臟轉移傾向有關。這些癌症傾向於在40歲以下的女性(其為黑人或具有BRCA1突變)中更常見。因而,在一個更優選的實施方案中,所述癌症是具有BRCA1突變的癌症,優選地是具有BRCAl突變的TNBC。在另一個實施方案中,所述癌症是具有BRCA1野生型的癌症,優選具有BRCA1野生型的TNBC。
本文中使用的「BRCA1」表示早發型乳癌1,並且是修復DNA中的雙鏈斷裂的複合物的一部分。BRCA1與PARP1/PARG在相同的相關DNA修復途徑中發揮作用。人類中BRCA1蛋白的序列對應於Uniprot資料庫中的序列P38398(截至2022年10月12日該條目的267版)。
在另一個實施方案中,所述癌症是具有BRCA2突變的癌症。
本文中使用的「BRCA2」表示早發型乳癌2,並且修復DNA中的雙鏈斷裂的複合物的一部分。人類中BRCA2蛋白的序列對應於Uniprot資料庫中的序列P51587(截至2022年10月12日該條目的234版)。
如果BRCA1或BRCA2本身因乳房細胞中的BRCA突變而受損,受損的DNA無法得到適當修復,並且這會增加乳癌和卵巢癌的風險。
更優選地,所述癌症是具有BRCA1突變、BRCA2突變或BRCA1和BRCA2兩者突變的癌症。
在另一個實施方案中,所述癌症是具有BRCA1和/或BRCA2野生型的癌症。
在另一個優選的實施方案中,所述癌症是胰腺癌,特別是胰腺導管腺癌。
在另一個實施方案中,所述癌症是膠質母細胞瘤。
「膠質母細胞瘤」(也被稱作膠質母細胞瘤和IV級星形細胞瘤)是始於腦的最常見的且最具侵襲性的癌症。
在另一個實施方案中,所述癌症是肺癌。
術語「肺癌」或「肺腫瘤」表示以肺組織中失調的細胞生長為特徵的哺乳動物中的生理狀況。術語肺癌意在表示肺的任何癌症,並且包括非小細胞肺癌和小細胞肺癌。在一個實施方案中,所述肺癌是非小細胞肺癌(NSCLC)。在另一個實施方案中,所述肺癌是小細胞肺癌(SCLC)。
本文中使用的術語非小細胞肺癌(NSCLC)表示因為它們的預後和治療大致相同而分組到一起的一組異質性疾病,並且根據世界衛生組織/國際肺癌研究協會的組織學分類(Travis WD等人. Histological typing of lung and pleural tumours. Berlin: Springer-Verlag, 1999年第3版)包括: (i)鱗狀細胞癌(SCC),占NSCLC的30%至40%,其始於較大的呼吸管,但較慢地生長,這意味著這些腫瘤的大小因診斷而異。 (ii)腺癌是NSCLC的最常見亞型,占NSCLC的50%至60%,其始於肺的氣體交換表面附近,並且其包括一種亞型,即細支氣管肺泡癌,其可能對治療有不同應答。 (iii)大細胞癌是生長在肺表面附近的一種快速生長的形式。它主要是一種排除性診斷,並且當進行更多的研究時,它通常會被重新歸類為鱗狀細胞癌或腺癌。 (iv)腺鱗癌是包含兩類細胞的癌症類型:鱗狀細胞(襯在某些器官內的薄的扁平細胞)和腺樣細胞。 (v)具有多形性、肉瘤樣或肉瘤成分的癌。這是一組罕見的腫瘤,反映了組織學異質性以及上皮和間質分化的連續性。 (vi)類癌腫瘤是一種緩慢生長的神經內分泌肺腫瘤,並且始於能夠回應於神經系統所提供的刺激而釋放激素的細胞。 (vii)唾液腺型癌始於位於肺的大氣道內的唾液腺細胞。 (viii)未分類的癌包括不屬於前述癌症類別中的任一種的癌症。
在一個特定實施方案中,所述NSCLC選自肺的鱗狀細胞癌、肺的大細胞癌和肺的腺癌。
本文中使用的術語小細胞肺癌(SCLC)表示具有獨特的且嚴格的形態學特徵的小細胞的增殖,其含有緻密的神經分泌顆粒,所述神經分泌顆粒給該腫瘤提供相關的內分泌/副腫瘤綜合征。大多數病例發生在較大的氣道(原發性和繼發性支氣管)。這些癌症快速地生長並在病程早期擴散。
在一個甚至更優選的實施方案中,所述肺癌是腺癌,更優選KRas驅動的肺腺癌,優選與KRAS基因中的突變相關的癌症。在一個實施方案中,所述KRAS基因中的突變是在位置12的甘胺酸處、在位置13的甘胺酸處或在位置61的穀胺醯胺處的突變。在一個更優選的實施方案中,所述突變選自G12S突變、G12V突變、G12D突變、G13D突變、G12C突變、G12R突變、G12F突變、G12I突變、G13C突變、G13R突變或Q61L突變。在一個優選的實施方案中,所述突變是G12D突變。在另一個實施方案中,所述肺癌是KRas GD12/p53驅動的肺癌,優選KRas GD12/p53驅動的NSCLC。
在另一個優選的實施方案中,根據本發明要治療的癌症的特徵在於表現增加水平的PARP、特別是PARP1和/或PARP2。當所述癌症的樣品中的PARP、特別是PARP1和/或PARP2的水平顯示出至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少100%、至少110%、至少120%、至少130%、至少140%、至少150%或更多的增加時,認為PARP水平、特別是PARP1和/或PARP2水平相對於參考值增加。所述參考值可以是對應於非癌症樣品中PARP、特別是PARP1和/或PARP2的表現水平的值。
在另一個實施方案中,所述癌症是激素依賴性的癌症。激素依賴性的癌症表示具有激素敏感性的癌症。所述癌症的例子有、但不限於乳房、子宮內膜、卵巢、前列腺、睾丸、甲狀腺和骨肉瘤的癌症。在一個特定實施方案中,所述癌症是類固醇依賴性的癌症,更優選雌激素和孕激素癌症。在一個更優選的實施方案中,所述孕激素依賴性的癌症是孕激素依賴性的乳癌。在另一個實施方案中,所述癌症是雄激素依賴性的癌症,更優選雄激素依賴性的前列腺癌。
在一個實施方案中,所述癌症是原發性腫瘤。本文中使用的術語「原發性腫瘤」表示起源於其存在的部位或器官並且沒有從另一個部位轉移到該部位的腫瘤。
在另一個實施方案中,所述癌症是癌症轉移。在本發明的上下文中,「轉移」被理解為癌症從它開始的器官向不同器官的傳播。它通常通過血液或淋巴系統發生。當癌細胞擴散並形成新的腫瘤時,後者被稱為繼發性或轉移性腫瘤。形成繼發性腫瘤的癌細胞與原始腫瘤的那些相似。例如,如果乳癌擴散(轉移)到肺,則繼發性腫瘤由惡性乳癌細胞形成。肺中的疾病是轉移性乳癌,且不是肺癌。本發明的作者還已經觀察到,本發明的組合或組合物能夠減少細胞增殖,不管所述癌症是否顯示出增加的Myc蛋白表現或活性。在一個優選的實施方案中,所述要預防或治療的癌症是Myc-誘導的癌症。
在一個實施方案中,所述癌症是實體瘤。
在另一個實施方案中,所述癌症是對PARP抑制劑具有抗性的癌症。
「抗性」是藥物用於治療疾病或病症的有效性的降低。本文使用的表述「癌症抗性的」表示對PARP抑制劑具有抗性(先天性或獲得性抗性)的癌症。當PARP抑制劑由於預先存在的抗性機制從治療開始就無效時,發生先天性抗性。當PARP抑制劑在治療過程中和在已經觀察到臨床益處以後變得無效時,發生獲得性抗性。
本發明的化合物和癌症類型的所有組合都被包括在本發明中。
在某些實施方案中,本發明的組合或組合物產生腫瘤生長的阻止。在某些實施方案中,本發明的組合或組合物使腫瘤大小(例如,體積或質量)相對於治療前的腫瘤大小減少至少5%、10%、25%、50%、75%、90%或99%。在某些實施方案中,本發明的組合或組合物使患者中的腫瘤量相對於治療前的腫瘤量減少至少5%、10%、25%、50%、75%、90%或99%。
本文中使用的「受試者」包括具有癌症或表現出癌症症狀、或處於具有癌症或表現出癌症症狀的風險中的任何動物。合適的受試者(患者)包括實驗動物(諸如小鼠、大鼠、兔或豚鼠)、耕作動物和家養動物或寵物(諸如貓或狗)。包括非人靈長類動物,且優選人患者。優選地,所述受試者是哺乳動物,最優選人。
使用有效治療或減輕癌症的嚴重程度的任何量和任何施用途徑,可以施用用於預防和/或治療癌症的組合或組合物。所要求的確切量將在受試者之間變化,取決於受試者的物種、年齡和總體狀況;疾病或病症的嚴重程度;特定藥劑;其施用模式等。本發明的化合物優選地以劑量單位形式配製,以便於施用和劑量均一性。本文中使用的表述「劑量單位形式」表示適合於待治療患者的物理上離散的藥劑單位。但是,應當理解,本發明的化合物和組合物的總日用量由主治醫師在合理的醫學判斷範圍內確定。任何特定患者或生物體的具體有效劑量水平將取決於多種因素,包括所治療的障礙和障礙的嚴重程度;使用的具體化合物的活性;所用的具體組合物;患者的年齡、體重、一般健康、性別和飲食;所用具體化合物的施用時間、施用途徑和排泄速率;治療的持續時間;與所使用的具體化合物聯合或同時使用的藥物,和醫學領域中眾所周知的類似因素。
在一個優選的實施方案中,本發明的組分(i),優選所述多肽或其功能等同變體或所述綴合物,在治療癌症中與所述組合或組合物的PARP抑制劑協同地相互作用(以實現治療效果)。
具體地,在一個更優選的實施方案中,用於預防和/或治療癌症的組合或藥物組合物是這樣的組合或藥物組合物:其中所述多肽或其功能等同變體或所述綴合物的量能夠與PARP抑制劑在治療癌症中協同地相互作用。
術語「協同效應」或「協同地相互作用」互換使用。協同效應是大於通過對體外單一藥劑的實際效應求和而預測的累加效應的效應。在體內,協同效應是一種生理效應,並且尤其是治療效應,其大於通過對體內單一藥劑的實際效應求和而預測的累加效應。
因此,如果施用兩種藥劑,它們一起提供可測量的生理效應,並且尤其是治療效應,如果所述藥劑一起的實際效應大於通過對單一藥劑的實際治療效應求和所預測的效應。具體地,在以下情況下提供協同效應:第一藥劑單獨提供某種可測量的效應,第二藥劑單獨提供某種可測量的效應,並且兩種藥劑一起提供的可測量的效應大於兩種單一藥劑之和所提供的效應。更具體地,在以下情況下提供協同效應:第一藥劑單獨不提供可測量的效應,第二藥劑單獨提供某種可測量的效應,並且兩種藥劑一起提供的可測量的效應大於第二藥劑單獨提供的效應。更具體地,在以下情況下提供協同效應:單獨第一試劑或單獨第二試劑都不提供任何可測量的效應,但兩種藥劑一起提供可測量的效應。由於組分(i)和(ii)協同地起作用,本發明的組合或組合物的組分(i)和/或(ii)的量可以小於僅使用它們中的一種作為治療劑的單一療法所需的量。優選地,在這些組合或組合物中,可以施用0.01-1.000 μg/kg體重/天的劑量的一種或另一種治療劑。
在所述組合或組合物中存在的治療劑的量可以不超過在包含該治療劑作為唯一活性劑的組合物中通常施用的量。優選地,在本組合物中的治療劑的量將為在包含該藥劑作為唯一治療活性劑的組合物中通常存在的量的約50%至100%。在某些實施方案中,一種治療劑的施用劑量為該藥劑通常施用的量的約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%或約95%。本文中使用的短語「通常施用」是指按照FDA標籤插頁,FDA批准的治療劑被批准用於定量施用的量。
本發明的組合或組合物也可以與已知的治療過程組合使用,例如,與化學療法、放射療法、免疫療法、光療、外科手術干預、激素或這些的組合相組合。
本發明的組合的所有實施方案也可應用於本發明的治療方法。
製成品和試劑盒
本公開內容還提供了在一個或多個容器中包含本文公開的組合或藥物組合物中的任一種的製成品。在某些實施方案中,所述製成品包含例如宣傳材料、印刷的說明書、標籤或包裝插頁,其指導用戶(例如,分銷商或最終使用者)組合和/或使用製成品的組合物來預防和/或治療癌症。
在某些實施方案中,所述製成品包含例如瓶子、管形瓶、筒、盒子、皮下注射器(syringe)、注射器或它們的任何組合。在某些實施方案中,所述標籤表示根據本文公開的方法在製成品中使用或施用所述組合或所述藥物組合物。在某些方面,所述標籤建議例如使用的方案、治療、預防或改善癌症的方案。
貫穿本申請可能引用的所有引用的參考文獻(包括文獻來源、專利、專利申請和網站)的內容特此明確地通過引用整體併入用於任何目的,其中引用的參考文獻也如此。
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除非另外說明,否則本文中使用的所有術語應理解為本領域已知的其普通含義。在本申請中使用的某些術語的其它更具體的定義如下所述,並且旨在統一應用於說明書和申請專利範圍,除非另有明確闡述的定義提供了更寬的定義。貫穿說明書和申請專利範圍,詞語「包含」和該詞語的變體無意排除其它技術特徵、添加劑、組分或步驟。此外,詞語「包含」涵蓋「由……組成」的情況。本發明的另外目的、優點和特徵對本領域中具有通常知識者來說將在審查說明書後變得顯而易見,或者可以通過本發明的實踐來學習。此外,本發明涵蓋本文所描述的特定實施方案的所有可能組合。
在本說明書和所附請求項中,單數形式「一個」、「一種」和「所述」包括複數指示物,除非上下文另外清楚地指明。術語「一個」(或「一種」)以及術語「一個/種或多個/種」和「至少一個/種」可以在本文中互換使用。此外,本文中使用的「和/或」應被視為兩個特定特徵或組分中的每一個的具體公開,有或沒有另一個。因此,本文中在短語諸如「A和/或B」中使用的術語「和/或」意圖包括「A和B」、「A或B」、「A」(單獨)和「B」(單獨)。同樣,在短語諸如「A、B和/或C」中使用的術語「和/或」意圖涵蓋以下方面中的每一個:A、B和C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A (單獨);B (單獨);和C (單獨)。貫穿本說明書和申請專利範圍,與數值結合使用的術語「約」表示本領域中具有通常知識者熟悉的和可接受的準確度區間。一般而言,這樣的準確度區間為±15%。除非另外定義,否則在本文中使用的所有技術和科學術語具有與本公開內容相關領域的具有通常知識者通常理解的相同的含義。單位、首碼和符號以其國際單位制(SI)接受的形式表示。數位範圍包括限定所述範圍的數位。除非另外指出,否則胺基酸序列以胺基到羧基方向從左到右書寫。本文提供的標題不是對本公開內容的各個方面的限制,所述方面可以通過參考整個說明書而獲得。因此,以下緊接著定義的術語通過參考說明書整體得到更充分的定義。
將經由下述實施例來描述本發明,這些實施例應當被認為僅示例性的,而不是限制本發明的範圍。
實施例
Omomyc 的生產和純化 將Omomyc肽序列SEQ ID NO: 4(包括N-端末端的甲硫胺酸)反轉錄,進行密碼子優化以在大腸桿菌中表現,克隆在pET3a表現載體(Novagen)中,並使用改編自以下文獻中描述的Max°純化方案的方案,從BL21 (DE3)阿拉伯糖-可誘導的(Invitrogen®)細菌菌株中純化:J.-F. Naud等人. 2003. J Mol Biol, 326:1577-1595;F.-O.和Mcduff等人. 2009. J Mol Recognit, 22:261-269。所獲得的純化的構建體是SEQ ID NO: 4的多肽。通過質譜法和西方墨點法分析確認每種純化的構建體的身份。將Omomyc通過陽離子交換色譜法純化,並通過質譜法分析、SDS-PAGE和紫外光譜法證實純度。
與PARP 抑制劑組合的Omomyc 協同地起作用以降低三重陰性的乳癌細胞的生存力 將三重陰性的乳癌(TNBC)細胞系MDA-MB-231、SUM149和MX-1用遞增濃度的奧拉帕尼或他拉唑帕尼和Omomyc肽序列SEQ ID NO: 4(單獨和組合)處理5天。 然後,在進行了3次生物學重複以後,由SynergyFinder.org計算協同作用得分。 協同作用得分可以解釋為由於藥物相互作用而產生的平均過度應答。接近0的協同作用得分對協同作用或拮抗作用提供有限的信任。因此,當協同作用得分小於-10時,兩種藥物之間的相互作用可能是拮抗性的。在-10至10時,兩種藥物之間的相互作用可能是累加性的。在大於10時,兩種藥物之間的相互作用可能是協同性的。 圖1的A表明,在MDA-MB-231 TNBC細胞中,Omomyc處理顯著降低了細胞的生存力。此外,發明人已經通過微陣列分析發現,Omomyc處理使MDA-MB-231細胞中的基因選擇顯著下調(資料未顯示)。具體地,Omomyc處理減少了同源重組(HR-)和BRCA1/2-缺陷相關的基因和途徑的表現。用Omomyc和PARP抑制劑奧拉帕尼對這些BRCA野生型細胞(MDA-MB-231)的處理揭示,這些藥物的組合具有協同作用。值得注意的是,圖1的B和圖1的C顯示,具有BRCA突變的但對PARP抑制劑具有抗性的細胞系(SUM149和MX-1)也對奧拉帕尼和Omomyc組合表現出協同應答。 Omomyc和他拉唑帕尼之間的組合在MDA-MB-231細胞(圖3的A)中以及在MX-1 (BRCA1/2突變體)和SUM149 (BRCA1突變體) (圖3的B和圖3的C)中顯示出協同作用。這證實了對於奧拉帕尼和他拉唑帕尼,協同輸出與細胞系的突變譜無關。 上述所有證據表明,Omomyc與PARP抑制劑的組合是治療BRCA突變型和野生型腫瘤的有效療法,可能使整個TNBC群體受益。重要的是,Omomyc能夠逆轉奧拉帕尼引起的抗性。
與PARP 抑制劑組合的Omomyc 協同地起作用以降低胰腺導管腺癌細胞的生存力 將胰腺導管腺癌(PDAC) MIA-PACA-2細胞用遞增濃度的奧拉帕尼和Omomyc肽序列SEQ ID NO: 4(單獨和組合)處理5天。 然後,在如上所述進行了3次生物學重複以後,由SynergyFinder.org計算協同作用得分。 圖2顯示,PDDAC BRCA野生型細胞系MIA-PACA-2也對Omomyc和奧拉帕尼的組合表現出強大的協同作用。該細胞系似乎對奧拉帕尼特別具有抗性(圖2A的第一圖),並且Omomyc能夠在這些細胞中逆轉奧拉帕尼抗性。
Omomyc 與PARP 抑制劑聯合在體內協同地起作用 將SUM149細胞衍生的異種移植物(CDX)模型小鼠用於體內研究。對每隻小鼠用500萬個細胞原位接種在乳腺脂肪墊中。當腫瘤達到100 mm 3時,將小鼠隨機分為4個治療組。具體而言,將小鼠用Omomyc每週治療1次(50 mg/kg,靜脈內),用奧拉帕尼每週治療6次(50 mg/kg經口管飼法),用兩種藥物的組合(combo),或用單獨媒介物治療4周。將相對體積計算為相對於隨機化當天和治療開始時腫瘤生長的百分比。在終點時,各組的平均值分別為:媒介物901.8%,Omomyc 663.6%,奧拉帕尼623.6%,和組合335.8%。 SUM149細胞衍生的異種移植物(CDX)的體內初步結果證實,這種協同作用也可以在小鼠體內看到。實際上,在Omomyc +奧拉帕尼組合治療4周後,媒介物與組合之間的平均生長減少值大於媒介物與單一療法之間的生長減少值之和(圖4)。
圖1代表Omomyc和奧拉帕尼對三種三重陰性的乳癌(TNBC)細胞系的協同組合的橫條圖。(A) MDA-MB-231;(B) SUM149;(C) MX-1。 圖2代表Omomyc和奧拉帕尼在胰腺導管腺癌(PDAC) MIA-PACA-2細胞系中的協同組合的橫條圖。 圖3代表Omomyc和他拉唑帕尼對三種三重陰性的乳癌(TNBC)細胞系的協同組合的橫條圖。(A) MDA-MB-231;(B) SUM149;(C) MX-1。 圖4代表來自SUM149 CDX模型的初步體內資料的點圖。通過單因素方差分析和Tukey氏多重比較檢驗來確定統計顯著性(*=p-值<0.05,**=p-值<0.01,***=p-值<0.001,****=p-值<0.001)。

Claims (17)

  1. 一種組合,其包含: i)第一組分,其選自: a)包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體; b)綴合物,其含有包含序列SEQ ID NO: 1的多肽或其功能等同變體以及促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分; c)多核苷酸,其編碼a)的多肽或b)的綴合物; d)載體,其包含根據c)的多核苷酸;和 e)細胞,其能夠向培養基中分泌根據a)的多肽或根據b)的綴合物; 和 ii)作為PARP抑制劑的第二組分。
  2. 如請求項1所述的組合,其中所述第一組分是包含序列SEQ ID NO: 1的多肽。
  3. 如請求項1所述的組合,其中SEQ ID NO: 1的功能等同變體選自SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO;6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9和SEQ ID NO: 10。
  4. 如請求項1或3中的任一項所述的組合,其中促進所述多肽或其功能等同變體的細胞攝取的化學部分是細胞穿透肽序列,並且其中所述細胞穿透肽序列和所述多肽或其功能等同變體形成融合蛋白。
  5. 如請求項1或3至4中的任一項所述的組合,其中所述綴合物另外包括另外的核定位訊號。
  6. 如請求項1至5中的任一項所述的組合,其中所述PARP抑制劑選自奧拉帕尼、他拉唑帕尼、蘆卡帕尼、尼拉帕尼、維利帕尼、帕米帕利、氟唑帕利和依尼帕利布。
  7. 如請求項6所述的組合,其中所述PARP抑制劑是奧拉帕尼。
  8. 一種藥物組合物,其包含藥學有效量的如請求項1至7中的任一項所述的組合和藥學上可接受的賦形劑。
  9. 用於醫學的如請求項1至7中的任一項所述的組合或如請求項8所述的藥物組合物。
  10. 如請求項1至7中的任一項所述的組合或如請求項8所述的藥物組合物在藥物製備中的用途,所述藥物用於預防和/或治療癌症。
  11. 如請求項1所述的組合的第一組分在藥物製備中的用途,所述藥物用於與PARP抑制劑聯合使用用於預防和/或治療癌症。
  12. 一種PARP抑制劑在藥物製備中的用途,所述藥物用於與如請求項1所述的組合的第一組分聯合使用用於預防和/或治療癌症。
  13. 如請求項10至12中的任一項所述的用途,其中所述癌症選自乳癌和胰腺癌。
  14. 如請求項13所述的用途,其中所述癌症選自三重陰性的乳癌和胰腺導管腺癌。
  15. 如請求項10至14中的任一項所述的用途,其中所述癌症是對PARP抑制劑具有抗性的癌症。
  16. 如請求項9至15中的任一項所述的用途,其中全身性地、優選地靜脈內地施用所述藥物。
  17. 如請求項9至15中的任一項所述的用途,其中靜脈內施用所述藥物的所述第一組分,並且口服施用所述第二組分。
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