TW202038977A - 包含細菌菌株之組成物 - Google Patents

Abstract

本發明提供一種包含細菌菌株的組成物，其用於在個體中治療或預防革蘭氏陽性細菌感染，其中該菌株產生纈草酸。

Description

包含細菌菌株之組成物

本發明處於包含單離自哺乳動物消化道之細菌菌株的組成物及此類組成物在疾病之治療中之用途的領域。

認為人類之腸在子宮內爲無菌的，但在出生後立即暴露於多種多樣之母體及環境微生物。此後，微生物定殖及演替之動態期發生，其受諸如分娩方式、環境、飲食、及宿主基因型之因素影響，所有該等因素皆影響腸微生物區之組成，特別是在生命早期。隨後，微生物區穩定，且變得像成人一樣[ [1]]。人類腸微生物區含有多於500-1000種不同的演化型，其基本上屬於兩個主要細菌分類(擬桿菌(Bacteroidetes)及厚壁菌(Firmicutes))[[2]]。由人類腸之細菌定殖引起的成功共生關係已經產生廣泛多種代謝、結構、保護、及其他有益功能。經定殖之腸之代謝活動增強確保以其他方式難消化之膳食組分降解，同時釋放副產物，提供用於宿主之重要營養源。類似地，腸微生物區之免疫學重要性為公認的，且在免疫系統受損之無菌動物中經例證，該受損的免疫系統在引入共生細菌後在功能上復原[[3]-,[[4]],[5]]。

已在諸如炎性腸病(IBD)之胃腸病症中記錄了微生物區組成之顯著變化。例如，在IBD患者中，梭菌屬(Clostridium )群集XIVa細菌之水準降低，而大腸桿菌(E. coli )之數目增加，表明腸內共生生物與致病生物(pathobiont)之平衡發生了偏移[[6]-,[[7]],[[8]],[9]]。

鑒於某些細菌菌株可對動物腸具有潛在的積極作用，已提出將各種菌株用於治療各種疾病(參見例如[[10]-,[[11]],[[12]],[13]])。亦已提出將某些菌株(包括大多數乳桿菌屬(Lactobacillus )及雙叉桿菌屬(Bifidobacterium )菌株)用於治療各種與腸無直接關聯的炎性及自體免疫疾病(參見[[14]]及[[15]]之綜述)。然而，不同疾病與不同細菌菌株之間的關係，以及具體細菌菌株對腸及在全身水準下及對任何具體類型疾病之確切作用尚未充分表徵。

亦已知，「健康的」微生物組抑制病原革蘭氏陽性細菌對腸的定殖。革蘭氏陽性細菌之特徵在於在革蘭氏染色測試中得到陽性結果[[16]]。它們通常被表徵為使細胞質脂質膜及厚的外肽聚醣鏈交聯以形成剛性細胞壁。已鑑別出許多病原革蘭氏陽性菌株，其在人類及其他個體中引起一系列感染。特別是，革蘭氏陽性細菌艱難梭菌為在醫院及其他醫療設施中的抗生素相關腹瀉的最常見原因。老年人特別易患艱難梭菌感染且由艱難梭菌感染所致之不良後果之風險增加[[17]]。

艱難梭菌在2%-5%群體中無症狀地存在於胃腸道中，但是在處於風險的個體中，諸如老年人、或者免疫系統較弱的個體、或者已經歷或正在經歷抗生素療法的個體，可能發生艱難梭菌之病理性擴增，其可引起多種艱難梭菌相關疾病(CDAD)，範圍自輕度腹瀉至嚴重的結腸炎及毒性巨結腸症。

革蘭氏陽性細菌(諸如艱難梭菌)之病理性擴增之機制仍然未知，但是艱難梭菌感染可用抗生素且在一定程度上藉由糞便物質移植(faecal matter transplant；FMT)療法進行治療。個體仍然易患復發性感染，並且儘管FMT被吹捧為有效的抗復發性感染治療選項，但是FMT為非標準化程序，且將供體分辨物質移植至宿主胃腸道中的長期結果仍然未知[[18]]。因此，需要開發用於治療革蘭氏陽性細菌感染(諸如艱難梭菌感染)的療法。

本發明已開發出新的用於在個體中治療及預防革蘭氏陽性細菌感染之療法。具體而言，發明人已鑑別出，產生纈草酸之細菌有效殺傷革蘭氏陽性細菌。此外，已顯示纈草酸降低病原革蘭氏陽性細菌之生存力[19]。因此，本發明之組成物可特別有效用於治療或預防病原革蘭氏陽性細菌感染。

實例顯示，產生纈草酸之共生細菌菌株殺傷革蘭氏陽性細菌枯草桿菌(Bacillus subtilis )。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防革蘭氏陽性細菌感染中降低革蘭氏陽性細菌之生存力。換言之，組成物關於引起感染之革蘭氏陽性細菌具有胞毒活性。實例顯示，產生纈草酸之共生細菌菌株抑制革蘭氏陽性細菌枯草桿菌之生長。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防革蘭氏陽性細菌感染中抑制革蘭氏陽性細菌之生長。換言之，組成物關於革蘭氏陽性細菌具有細胞生長抑制活性。

除減輕與革蘭氏陽性細菌之水準升高有關的症狀之外，本發明之細菌還可用於將病原革蘭氏陽性細菌水準恢復至無症狀水準或將病原革蘭氏陽性細菌從個體完全消除，從而治療革蘭氏陽性細菌感染。

在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防選自由以下組成之清單之屬之革蘭氏陽性細菌感染：梭菌屬(Clostridium )、葡萄球菌屬(Staphylococcus )、腸球菌屬(Enterococcus spp )、桿菌屬(Bacillus )、丹毒桿菌屬(Erysipelothrix )、或李斯特菌屬(Listeria )。在一些實施例中，進行治療或預防之革蘭氏陽性細菌感染為艱難梭菌(Clostridium difficile )感染。在一些實施例中，進行治療或預防之革蘭氏陽性細菌感染為炭疽桿菌(Bacillus anthracis )感染。在一些實施例中，進行治療或預防之革蘭氏陽性細菌感染為產氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens )感染。在一些實施例中，進行治療或預防之革蘭氏陽性細菌感染為李斯特菌屬感染。在一些實施例中，進行治療或預防之革蘭氏陽性細菌感染為金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus )感染。

在一些實施例中，產生纈草酸之細菌可實用於在個體之胃腸道中治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在一些實施例中，本發明之組成物為特別有利的，因為它們可消除或減少向個體投與用於治療革蘭氏陽性細菌感染之抗生素之需要。在一些實施例中，本發明之組成物可消除或減少向個體投與廣效抗生素之需要。此等實施例為特別有利的，因為它們可治療感染且預防與抗生素療法有關、可由於共生細菌之非特異性靶向而發生之不良副作用之發作。換言之，抗生素之投與可導致非病原細菌之殺傷。此類非特異性靶向可造成對經歷療法之個體有害的副作用。本發明之組成物因此可藉由在治療革蘭氏陽性細菌感染之時程期間減少向個體投與抗生素之需要來有效減少此等副作用。

在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防艱難梭菌感染。已顯示，纈草酸降低艱難梭菌之生存力[19]。因此，本發明之組成物可在治療或預防艱難梭菌感染期間在個體中降低艱難梭菌之生存力。如實例中所測試之艱難梭菌及枯草桿菌均為產孢子革蘭氏陽性細菌。在一些實施例中，可達成細菌感染之治療或預防，而無與諸如抗生素療法之傳統療法有關的脫靶效應(例如，微生物組中之非病原細菌之殺傷)。降低艱難梭菌之生存力而不殺傷其他非病原細菌為特別有利的，因為其可在個體中減少當在使用此項技術之療法期間殺傷其他非病原細菌時可發生的艱難梭菌感染之復發。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防復發性艱難梭菌感染。本發明之實施例

1. 一種包含細菌菌株的組成物，其用於在個體中治療或預防革蘭氏陽性細菌感染，其中該菌株產生纈草酸。

2. 如實施例1之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染係在胃腸道中。

3. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為病原革蘭氏陽性細菌感染。

4. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中，當向該個體投與時，該組成物降低革蘭氏陽性細菌之生存力。

5. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中，當向該個體投與時，該組成物抑制革蘭氏陽性細菌之生長。

6. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該組成物延遲復發性感染之發作。

7. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該組成物預防復發性感染。

8. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該個體處於發展革蘭氏陽性細菌感染之風險。

9. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該個體為革蘭氏陽性細菌之無症狀攜帶者。

10. 如實施例1至9中任一項之供使用之組成物，其中該個體已投與或正投與一或多種抗生素，其中視情況該一或多種抗生素包含廣效抗生素。

11. 如實施例10之供使用之組成物，其中該抗生素選自由以下組成之清單：萬古黴素、菌特靈(Bactrium)、偉霸黴素(Doxycyline)、頭孢比普(Ceftobiprole)、頭孢洛林(Ceftaroline)、克林達黴素、達巴萬星(Dalbavancin)、達托黴素(Daptomycin)、梭鏈孢酸、利奈唑胺(Linezolid)、莫匹羅星(Mupirocin)、奧利萬星(Oritavancin)、特地唑胺(Tedizolid)、特拉萬星(Telavancin)、老虎黴素(Tigecycline)、胺基醣苷類抗生素(Aminoglycosides)、碳青黴烯類抗生素(Carbapenems)、頭孢他啶(Ceftazidime)、頭孢吡肟(Cefepime)、頭孢比普(Ceftobiprole)、頭孢洛紮(Ceftolozane)/他唑巴坦(tazobactam)、氟喹諾酮類抗生素(Fluoroquinolones)、哌拉西林(Piperacillin)/他唑巴坦、替卡西林(Ticarcillin)/克拉維酸(clavulanic acid)、利奈唑胺、鏈陽菌素類抗生素、老虎黴素、及達托黴素(Daptomycin)。

12. 如實施例1至9中任一項之供使用之組成物，其中為了治療或預防該革蘭氏陽性細菌感染，不欲同時、分開、或依序向該個體投與作為同一治療方案之一部分之抗生素。

13. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌對抗生素療法具有抗性。

14. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌為選自由以下組成之清單之屬：梭菌屬、葡萄球菌屬、腸球菌屬、桿菌屬、丹毒桿菌屬、或李斯特菌屬。

15. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為艱難梭菌感染。

16. 如實施例15之供使用之組成物，其中該組成物預防或治療以下與艱難梭菌感染有關的病狀中之一或多者：腹瀉、腹痛、發熱、便血、脫水、體重減輕、毒性巨結腸症、胃腸穿孔、腹脹、結腸擴張(colonic distension)、噁心、偽膜性結腸炎、多器官功能異常症候群、或敗血症。

17. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為炭疽桿菌感染。

18. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為產氣莢膜梭菌感染。

19. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為李斯特菌屬感染。

20. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為單核球增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes )感染。

21. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為金黃色葡萄球菌感染。

22. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該菌株為巨型球菌屬(Megasphaera )。

23. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與巨型球菌屬之細菌菌株之16S rRNA序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。

24. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:3、4、5、6、或7中任一者有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16s rRNA基因序列，或其中該細菌菌株具有由SEQ ID NO: 3、4、5、6、或7中任一者表示之16s rRNA基因序列。

25. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該菌株為馬塞巨型球菌(Megasphaeramassiliensis )種。

26. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:1或2有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性之16s rRNA基因序列。

27. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:2有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性之16s rRNA基因序列。

28. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌為以登錄號NCIMB 42787寄存於NCIMB之菌株。

29. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株經工程化以產生纈草酸。

30. 如實施例22之供使用之組成物，其中該組成物不含有來自任何其他屬之細菌或者其僅包含微量或生物學不相關量的來自另一屬之細菌。

31. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株亦產生丁酸鹽及己酸中之一或兩者。

32. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株消耗乙酸鹽及丙酸鹽中之一或兩者。

33. 如任一前述實施例之供使用之組成物，其中該細菌菌株亦產生丁酸鹽及己酸且消耗乙酸鹽及丙酸鹽。

34. 如任一前述實施例之組成物，其中該組成物用於經口投與。

35. 如任一前述實施例之組成物，其中該組成物包含一或多種醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。

36. 如任一前述實施例之組成物，其中該細菌菌株為凍乾的。

37. 如任一前述實施例之組成物，其中該細菌菌株為有活力的且能夠部分或完全定殖於腸。

38. 如任一前述實施例之組成物，其中該組成物包含巨型球菌屬之單一菌株。

39. 如任一前述實施例之組成物，其包含作為微生物共生體之一部分的巨型球菌屬細菌菌株。

40. 一種包含如任一前述實施例之組成物之食物產品，其用於任一前述實施例。

41. 一種抗生素，其選自由以下組成之清單：萬古黴素、菌特靈、偉霸黴素、頭孢比普、頭孢洛林、克林達黴素、達巴萬星、達托黴素、梭鏈孢酸、利奈唑胺、莫匹羅星、奧利萬星、特地唑胺、特拉萬星、老虎黴素、胺基醣苷類抗生素、碳青黴烯類抗生素、頭孢他啶、頭孢吡肟、頭孢比普、頭孢洛紮/他唑巴坦、氟喹諾酮類抗生素、哌拉西林/他唑巴坦、替卡西林/克拉維酸、利奈唑胺、鏈陽菌素類抗生素、老虎黴素、及達托黴素，該抗生素用於在個體中治療革蘭氏陽性細菌感染，其中欲向該個體投與實施例1至36中任一項之組成物。

42. 一種組合，其包含如實施例1至36中任一項之組成物及選自由以下組成之清單之抗生素：萬古黴素、菌特靈、偉霸黴素、頭孢比普、頭孢洛林、克林達黴素、達巴萬星、達托黴素、梭鏈孢酸、利奈唑胺、莫匹羅星、奧利萬星、特地唑胺、特拉萬星、老虎黴素、胺基醣苷類抗生素、碳青黴烯類抗生素、頭孢他啶、頭孢吡肟、頭孢比普、頭孢洛紮/他唑巴坦、氟喹諾酮類抗生素、哌拉西林/他唑巴坦、替卡西林/克拉維酸、利奈唑胺、鏈陽菌素類抗生素、老虎黴素、及達托黴素，該組合用於在個體中治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

43. 一種抗生素，其用於在個體中治療革蘭氏陽性細菌感染，其中該個體已投與或欲投與如實施例1-36中任一項之組成物。

44. 一種作為NCIMB 42787寄存之馬塞巨型球菌菌株之細胞或其衍生物，其用於實施例1-36中任一項中所定義之方法。

45. 一種組成物，其包含馬塞巨型球菌種之一或多種細菌菌株，該組成物用於實施例1-36中任一項中所定義之方法。

46. 一種治療或預防革蘭氏陽性細菌感染之方法，其包含向有需要之個體投與如任一前述實施例之組成物。

47. 一種用於療法之細菌菌株，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:3、4、5、6、或7中任一者有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。

48. 一種具有由SEQ ID NO: 3、4、5、6、或7中任一者表示之16S rRNA序列之細菌菌株，其用於療法。

細菌菌株

本發明之組成物包含實用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染之細菌菌株。本發明之細菌菌株表現出不尋常的產生纈草酸之特性。已顯示，纈草酸(亦稱為戊酸)降低革蘭氏陽性病原細菌艱難梭菌之生存力[[19]]且實例顯示產生纈草酸之馬塞巨型球菌之菌株有效降低革蘭氏陽性細菌之生存力。

發明人已發現，本發明之細菌抑制革蘭氏陽性細菌之生長及/或降低其生存力。例如，發明人已發現，在本發明之體外革蘭氏陽性細菌模型中，特定細菌菌株抑制革蘭氏陽性細菌枯草桿菌之生長及/或降低其生存力。因此，本發明之細菌菌株可有效用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。具體而言，本發明之組成物可實用於治療或預防病原革蘭氏陽性細菌感染。

本發明之組成物包含產生纈草酸之細菌菌株。在一些實施例中，本發明之細菌菌株為共生細菌菌株。共生細菌菌株為來源於諸如人類之哺乳動物之胃腸道的共生生物。可得到共生細菌菌株之屬之實例包括擬桿菌屬、腸球菌屬、埃希氏菌屬(Escherichia )、克雷伯氏菌屬(Klebsiella )、雙叉桿菌屬、葡萄球菌屬、乳桿菌屬、巨型球菌屬、梭菌屬、變形桿菌屬(Proteus )、假單胞菌屬(Pseudomonas )、沙門氏菌屬(Salmonella )、柔嫩梭菌屬(Faecalibacterium )、消化鏈球菌屬(Peptostreptococcus )、或消化球菌屬(Peptococcus )。在一些實施例中，共生細菌菌株為巨型球菌屬。較佳的是，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:1或2有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。較佳的是，序列一致性為相較於SEQ ID NO:2之一致性。較佳的是，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示之16S rRNA序列。較佳的是，用於本發明之巨型球菌屬種包括埃氏巨型球菌(Megasphaeraelsdenii )、釀酒巨型球菌(Megasphaera cerevisiae )、馬塞巨型球菌、印度巨型球菌(Megasphaeraindica )、少食巨型球菌(Megasphaerapaucivorans )、瑞典巨型球菌(Megasphaerasueciensis )、及微核巨型球菌(Megasphaeramicronuciformis )。用於本發明之巨型球菌種之另一實例為己酸巨型球菌(Megasphaerahexanoica )。巨型球菌為反芻動物或非反芻動物(包括人類)之專性厭氧、乳酸發酵的胃腸微生物。較佳的是，細菌菌株來源於意欲投與組成物之種。在本發明之每一態樣之較佳實施例中，組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。

馬塞巨型球菌之模式菌株為NP3 (=CSUR P245=DSM 26228) [[20]]。馬塞巨型球菌菌株NP3之16S rRNA基因序列之GenBank登錄號為JX424772.1 (本文揭示為SEQ ID NO:1)。

實例中所測試之馬塞巨型球菌細菌在本文中稱為菌株42787。SEQ ID NO:2中提供所測試之42787菌株之16S rRNA序列。較佳的是，用於本發明之細菌為馬塞巨型球菌種，具體而言為菌株42787。

菌株42787於2017年7月13日由4D Pharma Research Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Cornhill Road, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland)寄存於國際寄存機構NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland)，且經分配登錄號NCIMB 42787。

亦預期與實例中所測試之菌株密切相關之細菌菌株有效治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與馬塞巨型球菌之細菌菌株之16S rRNA序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致的16S rRNA序列。較佳的是，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO: 2有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。較佳的是，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:2表示之16S rRNA序列。

亦預期作為菌株42787之生物型之細菌菌株有效治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。生物型為具有相同或非常類似的生理及生物化學特徵之緊密相關之菌株。

作為42787之生物型且合適用於本發明之菌株可藉由對菌株42787之其他核苷酸序列進行定序來鑑別。例如，實質上可對全基因體進行定序，且用於本發明之生物型菌株可在其全基因體之至少80%內(例如，在至少85%、90%、95%、或99%內，或在其全基因體內)具有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%序列一致性。用於鑑別生物型菌株之其他合適序列可包括hsp60或重複序列諸如BOX、ERIC、(GTG)₅ 、或REP [[21]]。生物型菌株可具有與菌株42787之相應序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%序列一致性的序列。

實用於本發明之細菌菌株為產生纈草酸且根據實例中所揭示之方法減少革蘭氏陽性細菌之生長的細菌菌株。此一特性為此項技術中迄今為止不尋常的分類細菌的手段。此外，產生纈草酸之細菌菌株之特性為迄今為止在治療革蘭氏陽性細菌感染之情形下未認識到的優勢。

此類細菌可藉由常規剖析細菌菌株之代謝物之產生來鑑別。使用實例1中所述之方法之代謝物剖析可用於鑑別產生纈草酸之候選細菌菌株。該方法已鑑別出若干具有產生纈草酸之有利特性之其他馬塞巨型球菌菌株(參見圖5；菌株Ref 1、Ref 2、及Ref 3)。然後可使用實例2中所揭示之檢定鑑別用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染之候選細菌菌株。

發明人已發現，實例中所用之細菌菌株產生丁酸鹽及己酸且消耗乙酸鹽及丙酸鹽(參見圖4)。亦發現馬塞巨型球菌菌株Ref 1、Ref 2、及Ref 3消耗且產生此等代謝物(圖5及6)。因此，在一些實施例中，本發明之細菌菌株亦產生丁酸鹽及己酸中之一或兩者。在一些實施例中，本發明之細菌菌株消耗乙酸鹽及丙酸鹽中之一或兩者。在較佳實施例中，本發明之細菌菌株產生丁酸鹽、纈草酸、及己酸且消耗乙酸鹽及丙酸鹽。

此外，能夠產生纈草酸之合適的生物型為含有產生纈草酸之代謝路徑之生物型。此類菌株可藉由基因組分析，例如藉由確定細菌菌株是否編碼纈草酸之生物合成所需之酶來鑑別。

替代地，作為以菌株42787之生物型且合適用於本發明之菌株可藉由使用菌株42787及限制片段分析及/或PCR分析例如藉由使用螢光擴增片段長度多態性(FAFLP)及重複DNA元件(rep)-PCR指紋分析、或蛋白剖析、或部分16S或23S rDNA定序來鑑別。在較佳實施例中，此類技術可用於鑑別其他馬塞巨型球菌菌株。

在某些實施例中，作為以菌株42787之生物型且合適用於本發明之菌株為當藉由擴增核糖體DNA限制分析(ARDRA)來分析時，例如當使用Sau3AI限制酶時(對於示範性方法及指導，參見例如[[22]])，提供與菌株42787相同的模式之菌株。替代地，將生物型菌株鑑別為具有與菌株42787相同的碳水化合物發酵模式之菌株。

實用於本發明之組成物及方法之其他細菌菌株(諸如生物型42787)可使用任何適當方法或策略(包括實例中所述之檢定)來鑑別。具體而言，具有與42787類似的生長模式、代謝類型、及/或表面抗原之細菌菌株可實用於本發明。實用之菌株將具有與42787相當的免疫調節活性。具體而言，生物型菌株將如實例中所示引發相當的對革蘭氏陽性細菌生長限制的作用，其可藉由使用實例中所述之培養及投與方案來鑑別。

本發明之尤其較佳菌株為馬塞巨型球菌菌株42787。此為實例中所測試之示範性菌株且顯示為有效治療或預防體外枯草桿菌感染。因此，本發明提供馬塞巨型球菌菌株42787或其衍生物之細胞(諸如經單離之細胞)。本發明亦提供包含馬塞巨型球菌菌株42787或其衍生物之細胞之組成物。本發明亦提供馬塞巨型球菌菌株42787之生物學純的培養物。本發明亦提供馬塞巨型球菌菌株42787或其衍生物之細胞，其用於療法，具體而言本文所述之疾病之療法。

本發明之菌株之衍生物可為子代菌株(後代)或自原始菌株培養(次選殖)之菌株。本發明之菌株之衍生物可例如在遺傳層面上進行修飾，而不消除生物活性。具體而言，本發明之衍生菌株具有治療活性。衍生菌株將具有與42787菌株相當的治療活性。具體而言，衍生菌株將對實例中所示之革蘭氏陽性細菌感染模型引發相當的作用，其可藉由使用實例中所述之培養及投與方案來鑑別。42787菌株之衍生物通常將為42787菌株之生物型。

對馬塞巨型球菌42787菌株之細胞的提及涵蓋具有與菌株42787相同的安全性及治療功效特徵的任何細胞，且此類細胞由本發明所涵蓋。

在較佳實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為有活力的且能夠部分或完全定殖於腸。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含馬塞巨型球菌菌株42787之細胞。

此外，另外的細菌菌株於2019年5月6日作為馬塞巨型球菌(以登錄號NCIMB 43388及NCIMB 43389)及巨型球菌種(登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、及NCIMB 43387)由4D Pharma Research Ltd. (Life Sciences Innovation Building, Cornhill Road, Aberdeen, AB25 2ZS, Scotland)寄存於國際寄存機構NCIMB, Ltd. (Ferguson Building, Aberdeen, AB21 9YA, Scotland)。據此，在替代實施例中，本發明之組成物包含此等細菌菌株中之一或多種或其生物型或衍生物。為避免存疑，上文所提及之Ref 1為以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株，上文所提及之Ref 2為以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株，且上文所提及之Ref 3為以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株。

亦預期與實例中所測試之菌株密切相關之細菌菌株有效治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為以登錄號NCIMB 43388寄存之馬塞巨型球菌菌株。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於療法。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株之細胞，其用於本文所述之任一疾病。

在較佳實施例中，本發明提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43388寄存於NCIMB之菌株或其衍生物或生物型，較佳的是，該組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含以登錄號NCIMB 43388寄存之馬塞巨型球菌菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為巨型球菌屬之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為馬塞巨型球菌種之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43388寄存之菌株。

據此，在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為以登錄號NCIMB 43389寄存之馬塞巨型球菌菌株。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於療法。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株之細胞，其用於本文所述之任一疾病。

在較佳實施例中，本發明提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43389寄存於NCIMB之菌株或其衍生物或生物型，較佳的是，該組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含以登錄號NCIMB 43389寄存之馬塞巨型球菌菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為巨型球菌屬之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為馬塞巨型球菌種之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43389寄存之菌株。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:4有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:4表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有與SEQ ID NO:4有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列，該細菌菌株用於療法。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有由SEQ ID NO:4表示之16S rRNA序列，其用於療法。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:5有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:5表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有與SEQ ID NO:5有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列，該細菌菌株用於療法。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有由SEQ ID NO:5表示之16S rRNA序列，其用於療法。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與巨型球菌屬之細菌菌株之16S rRNA序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株屬於巨型球菌屬。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為以登錄號NCIMB 43385寄存之巨型球菌菌株。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於療法。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株之細胞，其用於本文所述之任一疾病。

在較佳實施例中，本發明提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43385寄存於NCIMB之菌株或其衍生物或生物型，較佳的是，該組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含以登錄號NCIMB 43385寄存之馬塞巨型球菌菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為巨型球菌屬之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為馬塞巨型球菌種之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43385寄存之菌株。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為以登錄號NCIMB 43386寄存之巨型球菌菌株。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43386寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於療法。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43386寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43386寄存之菌株之細胞，其用於本文所述之任一疾病。

在較佳實施例中，本發明提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43386寄存於NCIMB之菌株或其衍生物或生物型，較佳的是，該組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含以登錄號NCIMB 43386寄存之馬塞巨型球菌菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為巨型球菌屬之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43386寄存之菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為馬塞巨型球菌種之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43386寄存之菌株。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為以登錄號NCIMB 43387寄存之巨型球菌菌株。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43387寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於療法。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43387寄存之菌株或其衍生物之細胞，其用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43387寄存之菌株之細胞，其用於本文所述之任一疾病。

在較佳實施例中，本發明提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43387寄存於NCIMB之菌株或其衍生物或生物型，較佳的是，該組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含以登錄號NCIMB 43387寄存之馬塞巨型球菌菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為巨型球菌屬之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43387寄存之菌株。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為馬塞巨型球菌種之細菌菌株，其中細菌菌株不為以登錄號NCIMB 43387寄存之菌株。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:3有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:4有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:6有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:7有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與SEQ ID NO:3、4、6、或7有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有與SEQ ID NO:3、4、6、或7有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列，該細菌菌株用於療法。

在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:3表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:4表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:6表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:7表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有由SEQ ID NO:3、4、6、或7表示之16S rRNA序列。在某些實施例中，本發明提供一種細菌菌株，其具有由SEQ ID NO: 3、4、6、或7表示之16S rRNA序列，其用於療法。

亦預期，為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型的細菌菌株有效治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。生物型為具有相同或非常類似的生理及生物化學特徵之緊密相關之菌株。

在某些實施例中，本發明提供以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之細菌菌株或其生物型，其用於療法。

作為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型且合適用於本發明的菌株可藉由對以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之其他核苷酸序列進行定序來鑑別。例如，實質上可對全基因體進行定序，且用於本發明之生物型菌株可在其全基因體之至少80%內(例如，在至少85%、90%、95%、或99%內，或在其全基因體內)具有至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%序列一致性。用於鑑別生物型菌株之其他合適序列可包括hsp60或重複序列諸如BOX、ERIC、(GTG)₅ 、或REP。生物型菌株可具有與以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之對應序列有至少85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%序列一致性的序列。

替代地，作為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型且合適用於本發明之菌株可藉由使用以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者以及限制片段分析及/或PCR分析，例如藉由使用螢光擴增片段長度多態性(FAFLP)及重複DNA元件(rep)-PCR指紋分析、或蛋白剖析、或部分16S或23S rDNA定序來鑑別。在較佳實施例中，此類技術可用於鑑別其他馬塞巨型球菌菌株。

在某些實施例中，作為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型且合適用於本發明的菌株為當藉由擴增核糖體DNA限制分析(ARDRA)來分析時，例如當使用Sau3AI限制酶時，提供與以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者相同的模式之菌株。替代地，將生物型菌株鑑別為具有與以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者相同的碳水化合物發酵模式之菌株。

實用於本發明之組成物及方法的其他菌株，諸如以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型，可使用適當方法或策略(包括實例中所述之檢定)來鑑別。

在某些實施例中，本發明之較佳菌株為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株。因此，本發明提供以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者或其衍生物之細胞，諸如經單離之細胞。本發明亦提供一種組成物，其包含以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者或其衍生物之細胞。本發明亦提供以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物學純的培養物。本發明亦提供以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者或其衍生物之細胞，其用於療法，具體而言本文所述之疾病之療法

本發明之菌株之衍生物可為子代菌株(後代)或自原始菌株培養(次選殖)之菌株。本發明之菌株之衍生物可例如在遺傳層面上進行修飾，而不消除生物活性。具體而言，本發明之衍生菌株具有治療活性。衍生菌株將具有與以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者相當的治療活性。具體而言，衍生菌株將產生纈草酸，對實例中所示之革蘭氏陽性細菌感染模型引發相當的作用，其可藉由使用實例中所述之培養及投與方案來鑑別。以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之衍生物將大體上分別為以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之生物型。

對以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者之細胞之提及涵蓋具有分別與以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43386、NCIMB 43387、NCIMB 43388、及/或NCIMB 43389寄存之菌株中之一或多者相同的安全性及治療功效特徵的任何細胞，且本發明涵蓋此類細胞。

發明人已發現，實例中所用之細菌菌株產生2-甲基-丙酸及3-甲基-丙酸且消耗甲酸(參見圖7)。亦發現以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43388、及NCIMB 43389寄存之菌株產生2-甲基-丙酸及3-甲基-丙酸。此外亦發現，以登錄號NCIMB 43385及NCIMB 43388寄存之菌株消耗甲酸。因此，在一些實施例中，本發明之細菌菌株產生代謝物2-甲基-丙酸及3-甲基-丙酸中之一或多者。在一些實施例中，本發明之細菌菌株消耗甲酸。在一些實施例中，本發明之細菌菌株產生2-甲基-丙酸及3-甲基-丙酸且消耗甲酸。在較佳實施例中，本發明之細菌菌株產生丁酸鹽、纈草酸、己酸、2-甲基-丙酸、及3-甲基-丙酸且消耗乙酸鹽、丙酸鹽、及甲酸。

在某些實施例中，藉由本發明之菌株或藉由用於本發明之菌株的SCFA (例如纈草酸)之產生可使用氣相層析/質譜法(GC/MS)來確定。在某些實施例中，氣相層析/質譜法用於分析在培養本發明之細菌菌株或用於本發明之細菌菌株之後單離之無細胞上清液中之SCFA (例如纈草酸)之含量。在某些實施例中，使用鹽酸將無細胞上清液中之SCFA之樣本酸化，之後進行GC/MS分析。在某些例示之實施例中，使用安裝於與四極桿偵測器偶聯之氣相層析儀中的高極性柱進行GS/MS分析。在某些實施例中，在GS/MS分析之前添加氘標記之內標準。在較佳實施例中，本發明之菌株或用於本發明之菌株產生纈草酸，其中纈草酸之產生使用氣相層析/質譜法(GC/MS)分析來確定。氣相層析/質譜法(GC/MS)為熟習此項技術者常規的技術，特別是用於小分子之偵測及分析。

在某些實施例中，用於本發明之巨型球菌種包括釀酒巨型球菌、馬塞巨型球菌、印度巨型球菌、少食巨型球菌、瑞典巨型球菌、微核巨型球菌、及己酸巨型球菌。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株為釀酒巨型球菌種、馬塞巨型球菌種、印度巨型球菌種、少食巨型球菌種、瑞典巨型球菌種、微核巨型球菌種、或己酸巨型球菌種。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株具有與釀酒巨型球菌種、馬塞巨型球菌種、印度巨型球菌種、少食巨型球菌種、瑞典巨型球菌種、微核巨型球菌種、或己酸巨型球菌種之細菌菌株之16S rRNA基因序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA基因序列。

在某些實施例中，本發明之組成物不包含埃氏巨型球菌。在某些實施例中，實用於本發明之組成物及方法之細菌菌株不為埃氏巨型球菌。

在某些實施例中，本發明之細菌菌株單離自人類。在某些實施例中，用於本發明之細菌菌株單離自人類。 治療用途

如實例中所說明，本發明之細菌組成物有效治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。具體而言，以本發明之組成物進行的治療降低革蘭氏陽性細菌之生存力及/或抑制其生長。病原革蘭氏陽性細菌之水準升高與感染有關。因此，本發明之組成物用於治療或預防病原革蘭氏陽性細菌感染。有名的病原革蘭氏陽性細菌為艱難梭菌。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防艱難梭菌感染(CDI)。在一些實施例中，本發明之組成物用於治療及/或預防與CDI有關的症狀。

發明人亦鑑出，本發明之細菌可用於在處於革蘭氏陽性細菌感染之個體中預防革蘭氏陽性細菌感染。本發明之組成物可投與至「處於風險的」個體，使得個體發展革蘭氏陽性細菌感染之機率減小。因此，本發明之組成物可實用於預防革蘭氏陽性細菌感染。

「處於風險的」個體為與一般公眾成員相比更易發展革蘭氏陽性細菌感染的個體。「處於風險的」個體包括但不限於老年個體、免疫力低下的個體、或者作為病原革蘭氏陽性細菌之無症狀攜帶者的個體。易患特定革蘭氏陽性細菌感染的子群將根據革蘭氏陽性細菌感染之類型而有所不同。

在一些實施例中，本發明之組成物可實用於在處於革蘭氏陽性細菌感染之個體中預防或治療革蘭氏陽性細菌感染。例如，在處於風險的老年或免疫力低下的個體中，包括正在經歷或最近已經歷抗生素療法、化學治療、類固醇治療、或削弱免疫系統的一些其他此類療法的個體，本發明之組成物可實用於降低個體患革蘭氏陽性細菌感染(諸如艱難梭菌感染)之風險。因此，本發明之組成物可在此等個體中實用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在一些實施例中，本發明之組成物為特別有利的，因為它們可消除或減少向個體投與用於治療革蘭氏陽性細菌感染之抗生素之需要。在一些實施例中，本發明之組成物可消除或減少向個體投與廣效抗生素之需要。此等實施例為特別有利的，因為它們治療感染且預防與抗生素療法有關的不良副作用之發作。這是因為，不向個體投與抗生素療法來治療感染。因此，在一些實施例中，本發明之組成物可放棄藉由向個體投與抗生素來治療或預防革蘭氏陽性細菌感染的需要。換言之，在一些實施例中，在治療革蘭氏陽性細菌感染期間避免了與抗生素療法有關的不良副作用，因為不向個體投與抗生素。

在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染，其中個體未或尚未同時、分開、或依序投與抗生素。如本文所用，「同時」意謂抗生素及本發明之組成物欲或已作為同一治療方案之部分同時投與；「依序」意謂抗生素及本發明之組成物之劑量欲或已作為同一治療方案之部分並行地投與；且「分開」意謂抗生素及本發明之組成物之劑量欲或已作為同一治療方案之部分相繼地投與。在此等實施例之情境中，「治療方案」係指包含向個體投與抗生素及本發明之組成物的治療計劃之處方，即，醫師主動囑咐同時投與抗生素及本發明之組成物以便治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。「治療方案」不涵蓋以下情況，在該情況中，囑咐個體首先投與例如抗生素，然後回應於抗生素對革蘭氏陽性細菌感染之亞理想清除率隨後囑咐投與本發明之組成物。

在一些實施例中，該組成物用於對抗生素療法無反應的個體。因此，該組成物對於在個體中治療抗生素抗性革蘭氏陽性細菌感染來說是尤其有利的。

在一些實施例中，本發明之組成物可用於消除無症狀水準的革蘭氏陽性細菌，其中「無症狀」係指個體中存在之革蘭氏陽性細菌之水準低於引起感染所需的濃度臨限。因此，本發明之組成物可用於預防革蘭氏陽性細菌感染，因為它們在病原革蘭氏陽性細菌之無症狀攜帶者中預防潛在的感染浮現。

在一些實施例中，本發明之組成物用於已投與或正投與一或多種抗生素的個體。該一或多種抗生素可包含廣效抗生素。「廣效抗生素」為靶向多種引起疾病的細菌的抗生素。例如當存在多種細菌感染時或當疑似有細菌感染但病原細菌之身份未知時，使用此類抗生素。廣效抗生素為有效的，但是它們靶向各種各樣的細菌且可因此亦消除或減少非病原細菌。非廣效的其他抗生素可仍然消除或減少微生物組中非病原細菌之水準。因此，當與抗生素組合使用時，本發明之組成物是尤其有利的，因為其在抗生素之投與期間或之後與非病原細菌一起重新存在於個體之腸。在一些實施例中，組成物之細菌菌株對已或正向個體投與之抗生素具有抗性。此為有利的，因為這意謂抗生素及本發明之組成物可組合投與，而抗生素不會抑制細菌菌株之治療活性。在一些實施例中，本發明之組成物經工程化以獲得對正向個體投與或欲向個體投與之抗生素之抗性。

在一些實施例中，本發明之組成物作為包含一或多種抗生素之組合療法來投與。在一些實施例中，組合療法可減少該一或多種抗生素之投與時間。不希望受理論束縛，本發明之組成物可減少抗生素之投與期或在以抗生素進行的治療之後藉由消除抗生素治療期結束時可能留下的殘餘的病原革蘭氏陽性細菌池來減少感染之復發，從而減少或預防革蘭氏陽性細菌感染之復發或重新浮現。在一些實施例中，本發明之組成物之菌株對組合療法之抗生素有抗性。此為有利的，因為它使重疊期(即，向個體投與組合療法之兩種要素的時期)更長，這是因為組成物之菌株在存在抗生素之情況下為有活力的。

如本文所用，術語「本發明之組合」、「本發明之治療組合」、及「治療組合」可互換使用並且指代以下治療組合：(a)包含本發明之細菌菌株之組成物；及(b)如本文所揭示之抗生素。應理解，在治療組合之情境中術語「組合」不指代有必要在同一組成物中及/或同時投與之組合之組分(a)及(b)。

在一些實施例中，本發明之組成物可投與至已投與或正投與一或多種選自由以下組成之清單之抗生素的個體：萬古黴素、菌特靈、偉霸黴素、頭孢比普、頭孢洛林、克林達黴素、達巴萬星、達托黴素、梭鏈孢酸、利奈唑胺、莫匹羅星、奧利萬星、特地唑胺、特拉萬星、老虎黴素、胺基醣苷類抗生素、碳青黴烯類抗生素、頭孢他啶、頭孢吡肟、頭孢比普、頭孢洛紮/他唑巴坦、氟喹諾酮類抗生素、哌拉西林/他唑巴坦、替卡西林/克拉維酸、利奈唑胺、鏈陽菌素類抗生素、老虎黴素、及達托黴素。

較佳的是，本發明之組成物對該一或多種抗生素有抗性，其實現較長的作為治療組合之該一或多種抗生素及本發明之組成物之投與期之重疊期。

治療或預防可指代例如症狀嚴重性減輕、或惡化發生率減少、或作為患者之問題的觸發範圍減小。 艱難梭菌感染(CDI)

艱難梭菌(亦稱為艱難梭菌(C. difficile 或C diff ))感染係指當個體之胃腸道定殖有艱難梭菌時表現出的病理性症狀之集合。CDI常指代為與艱難梭菌有關的疾病(CDAD)。

CDI通常在艱難梭菌孢子進入個體之胃腸道(亦稱為「腸」)且隨後定殖於該胃腸道時發生。艱難梭菌孢子定殖於腸的傾向取決於個體之微生物組及代謝概況。出於此原因，以根除共生微生物組的抗生素治療之個體發展CDI之風險更大，因為共生微生物組之消除(即時是暫時的)提供艱難梭菌定殖者旺盛生長的環境。其他「處於風險的」個體群(即，更易於發展CDI的個體)包括老年個體(至少65歲的個體)、膳食營養不均衡的個體、或免疫力低下的個體，諸如接受或已接受免疫療法、化學療法、或輻射療法的個體或者正經歷或已經歷類固醇治療療程的個體。CDI亦可在諸如攜帶無症狀水準的艱難梭菌的個體中自發地表現。本發明之組成物可用於在任何個體群中治療或預防CDI。

CDI係指在輕度腹瀉至毒性巨結腸症或重度結腸炎之範圍內的症狀之集合。例如，具有CDI之個體可罹患一或多種選自由以下組成之清單之病況：腹瀉、腹痛、發熱、便血、脫水、體重減輕、毒性巨結腸症、胃腸穿孔、腹脹、結腸擴張、噁心、偽膜性結腸炎、多器官功能異常症候群、或敗血症。此非窮舉清單在本文中統稱為「與CDI有關的症狀」。本發明之組成物可用於治療或預防此等與CDI有關的症狀中之任一者或組合。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在經診斷具有升高之水準的艱難梭菌之個體中治療或預防一或多種與CDI有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防一或多種與CDI有關的症狀時在個體中降低艱難梭菌之水準。

CDI為可收縮的且可在處於風險的個體群在近距離內消磨時間時傳播。例如，在居住在療養院中的個體中和住院的個體中CDI發生率較高。如本文所用，「較高」係指相對於在一般群體中的發生率水準的在任何個體子群中的發生率水準。因此，本發明之組成物可有利地投與至處於CDI之風險的個體，以預防CDI或預防一或多種與CDI有關的症狀之發展。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中防止艱難梭菌之水準增加，以在個體中預防一或多種與CDI有關的症狀之發作。

在一些實施例中，本發明之組成物可用於向經診斷患有CDI之個體投與。CDI可使用偵測來自個體之樣品中之一或多種艱難梭菌毒素之水準的診斷套組來診斷。診斷可為症狀前的(即，有可能診斷出艱難梭菌之無症狀攜帶者)，意謂本發明之組成物可在浮現出一或多種與CDI有關的症狀之前向個體投與。

在個體之血漿中偵測出艱難梭菌毒素(例如，毒素A及/或毒素B)指示CDI。可使用其他診斷測試，諸如特異於艱難梭菌之基因序列(例如，艱難梭菌之16s RNA序列)之核酸擴增、艱難梭菌產物(例如，麩胺酸去氫酶(GDH)、芳族脂肪酸、TcdA、及/或TcdB)之偵測、及/或產毒培養。並非所有上述方法均可在艱難梭菌之「無症狀攜帶者」與患有CDI之個體之間進行區分，但是，任何上述診斷方法均可用於確定個體是否為艱難梭菌之至少無症狀攜帶者。經診斷為艱難梭菌之至少無症狀攜帶者之個體可合適於在治療或預防CDI中投與本發明之組成物。在經診斷為無症狀攜帶者之個體中以及在「處於風險的」個體群中之個體中使用組成物有利地在與CDI有關的症狀浮現之前在個體中降低艱難梭菌之水準，從而避免對一或多種與CDI有關的症狀進行額外治療的需要。

CDI之復發發生率高。換言之，一旦個體罹患了CDI，或已治療了CDI之初始發作，在約8週內復發之機會為15-25%。對於已遭受復發的個體，再次復發之可能性為60-80%。

在一些實施例中，本發明之組成物用於預防復發性CDI。換言之，本發明之組成物可用於延遲或預防CDI復發。不希望受理論束縛，本發明之組成物可尤其有益於藉由抑制感染之後剩餘的無症狀水準的艱難梭菌之生長來預防復發性感染，以使胃腸道之正常微生物區自身重建。在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中降低個體中之艱難梭菌之水準以預防復發性CDI。在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中降低個體中之艱難梭菌之水準以延遲復發性CDI。

在一些實施例中，在投與本發明之組成物之後，在個體中糞便中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在來自個體之糞便樣本中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在個體之遠端腸道中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在盲腸中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在結腸中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在直腸中之艱難梭菌之水準降低。在一些實施例中，在小腸中之艱難梭菌之水準降低。

在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防艱難梭菌感染之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。炭疽桿菌感染

炭疽桿菌為革蘭氏陽性、產內孢子的棒狀細菌，寬度為1.0-1.2 µm且長度為3-5 µm [[23]]。升高之水準之炭疽桿菌與炭疽有關。在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體之胃腸道中降低炭疽桿菌之水準，以便治療或預防炭疽。

當攝入的孢子定殖於個體之腸道時，在胃腸道中發生炭疽。胃腸道中之炭疽為罕見的，但大約25%的病例為致命的。因此，本發明之組成物可用於在治療胃腸炭疽中降低炭疽桿菌之水準。在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防炭疽桿菌感染之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。

與胃腸炭疽有關的症狀包括發熱及受寒、頸部腫脹、吞咽疼痛、嘶啞、噁心及嘔吐(尤其是血性嘔吐)、腹瀉、潮紅及紅眼、以及腹脹。在本文中，症狀之此非窮舉清單被稱為「與胃腸炭疽有關的症狀」。

本發明之組成物可用於治療或預防任何一或多種與胃腸炭疽有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在胃腸道中具有升高之水準的炭疽桿菌之個體中治療或預防一或多種與胃腸炭疽有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防一或多種與胃腸炭疽有關的症狀時在個體中降低炭疽桿菌之水準。

在一些實施例中，本發明之組成物可用於向經診斷患有胃腸炭疽之個體投與。炭疽可使用培養技術偵測炭疽桿菌之存在來診斷。炭疽桿菌在5%的羊血瓊脂上及在其他常規培養基中生長良好。多黏菌素-溶菌酶-EDTA-乙酸亞鉈可用於自受污染的樣品單離出炭疽桿菌。碳酸氫鹽瓊脂可用作誘導莢膜形成的鑑別方法。炭疽桿菌通常在35℃下、於環境空氣(室溫)中、或於5% CO2中孵育24小時內生長。若將碳酸氫鹽瓊脂用於鑑定，則必須在5% CO2中孵育培養基。炭疽桿菌菌落為中等大小、灰色、平的、且不規則伴有漩渦狀的突出物。它們在5%的羊血瓊脂上不具有溶血性。炭疽桿菌無運動性、易受青黴素影響、且在蛋黃瓊脂上產生一大片卵磷脂酶。鑑別炭疽桿菌之確認測試包括γ噬菌體測試、間接血球凝集、及偵測抗體之酶聯免疫吸附檢定[[24]]。炭疽之最佳確認沉澱測試為Ascoli測試，其為在炭疽之血清學診斷中使用的熟知沉澱素測試。

在一些實施例中，在投與本發明之組成物之後，在個體中糞便中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在來自個體之糞便樣本中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在個體之遠端腸道中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在盲腸中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在結腸中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在直腸中之炭疽桿菌之水準降低。在一些實施例中，在小腸中之炭疽桿菌之水準降低。產氣莢膜梭菌感染

產氣莢膜梭菌為自然界中普遍存在的革蘭氏陽性、棒狀、產孢子病原細菌且常常存在於哺乳動物之胃腸道。產氣莢膜梭菌為人類食品中毒的最常見原因之一。產氣莢膜梭菌食品中毒發生在胃腸道中。引起食品中毒的胃腸道產氣莢膜梭菌感染在本文中被稱為「產氣莢膜梭菌食品中毒」。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中治療產氣莢膜梭菌感染。在一些實施例中，本發明之組成物用於治療產氣莢膜梭菌食品中毒。由產氣莢膜梭菌所致的食品中毒常常由在食用之前準備且長時間保溫的食品導致。這種環境使產氣莢膜梭菌能夠快速繁殖並產生當攝入時在個體之胃腸道中導致毒性的細菌毒素。導致食品中毒的毒素為耐熱的，且因此即使攝入了無活力的產氣莢膜梭菌也可能在個體中產生毒性。這通常在重新加熱受污染的食品時發生。但是，亦可能攝入有活力的產氣莢膜梭菌並原位產生毒素。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中治療產氣莢膜梭菌食品中毒，其中產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀已存在多於24小時。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中治療產氣莢膜梭菌食品中毒，其中產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀已存在多於48小時。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中治療產氣莢膜梭菌食品中毒，其中產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀已存在多於72小時。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在個體中治療產氣莢膜梭菌食品中毒，其中產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀已存在多於一週。

產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀通常在24小時內消逝，但是在症狀持續時間長於此時間段的個體中，這可指示已經攝入了有活力的產氣莢膜梭菌並原位產生毒素。在此情況下，可向此等個體投與本發明之組成物以在治療產氣莢膜梭菌食品中毒中降低產氣莢膜梭菌之生存力。在一些實施例中，可向此等個體投與本發明之組成物以在治療產氣莢膜梭菌食品中毒中抑制產氣莢膜梭菌之生長。

在一些實施例中，本發明之組成物用於經診斷為患有產氣莢膜梭菌感染之個體。在一些實施例中，本發明之組成物用於經診斷為患有產氣莢膜梭菌食品中毒之個體。產氣莢膜梭菌感染可藉由納格勒氏反應(Nagler's reaction)來診斷，在納格勒氏反應中在蛋黃培養基板上培養可疑生物。板之一側含有抗α毒素，而另一側不含。兩側均放置了可疑生物劃線。在不具有抗α毒素的一側將形成渾濁區域，指示卵磷脂酶活性不受抑制。此外，實驗室可藉由確定糞便中之細菌數來診斷細菌。在從疾病開始時的48小時內，若個體每克糞便具有多於106個細菌孢子，則將該病診斷為產氣莢膜梭菌食品中毒。

在一些實施例中，在投與本發明之組成物之後，在個體中糞便中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在來自個體之糞便樣本中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在個體之遠端腸道中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在盲腸中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在結腸中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在直腸中之產氣莢膜梭菌之水準降低。在一些實施例中，在小腸中之產氣莢膜梭菌之水準降低。

在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防產氣莢膜梭菌食品中毒之一或多種症狀。產氣莢膜梭菌食品中毒之症狀包括但不限於：腹瀉、噁心、腹痛、脫水、發熱、食欲不振、及體重減輕。症狀之此非窮舉清單在本文中被稱為「與產氣莢膜梭菌食品中毒有關的症狀」。

本發明之組成物可用於治療或預防一或多種與產氣莢膜梭菌食品中毒有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在胃腸道中具有升高之水準的產氣莢膜梭菌的個體中治療或預防一或多種與產氣莢膜梭菌食品中毒有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防一或多種與產氣莢膜梭菌食品中毒有關的症狀時在個體中降低產氣莢膜梭菌之水準。

在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防產氣莢膜梭菌感染之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防產氣莢膜梭菌食品中毒之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。李斯特菌感染

李斯特菌感染(或「李斯特菌症(Listeriosis)」)為最常見由革蘭氏陽性細菌單核球增多性李斯特菌引起之細菌感染，但是其亦可由綿羊李斯特菌(Listeria ivanovii )及灰色李斯特菌(Listeria grayi )引起。李斯特菌症通常在透過受污染的食品(諸如未巴氏消毒的食品或在受污染的土壤中生長的未洗滌的蔬菜)攝入李斯特菌時發生。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防李斯特菌感染。

李斯特菌病可能在妊娠期間發生，在此期間在感染之後李斯特菌可無症狀地在陰道及子宮內增殖。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於在妊娠個體中治療李斯特菌感染，特別是治療尚未蔓延至陰道或子宮的李斯特菌感染。

在妊娠期間的感染可引起新生兒李斯特菌感染(「新生兒李斯特菌症」)，其可在新生個體中導致早產、早發型敗血症、及/或晚發型腦膜炎。因此，在一些實施例中，本發明之組成物可用於藉由降低妊娠個體之胃腸道中之李斯特菌之水準來預防新生兒李斯特菌症。

李斯特菌症亦可在個體中導致胃腸炎。因此，本發明之組成物可用於在患有李斯特菌症之個體中治療或預防胃腸炎。患有由李斯特菌感染引起的胃腸炎之個體可表現出一或多種以下症狀：發熱、肌肉酸痛、胃腸噁心或腹瀉、頭痛、頸部僵硬、精神錯亂、失去平衡、或抽搐。在本文中，此等症狀被稱為「與胃腸道中之李斯特菌感染有關的症狀」。

本發明之組成物可用於治療或預防任何一或多種與胃腸道中之李斯特菌感染有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在胃腸道中具有升高之水準的李斯特菌之個體中治療或預防一或多種與胃腸道中之李斯特菌感染有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防一或多種與李斯特菌胃腸感染有關的症狀時在個體中降低李斯特菌之水準。

在一些實施例中，李斯特菌感染由單核球增多性李斯特菌引起。

在一些實施例中，本發明之組成物用於經診斷為患有李斯特菌感染之個體。在一些實施例中，本發明之組成物用於經診斷為具有升高之水準的李斯特菌之個體。在一些實施例中，該組成物用於無症狀的個體。在一些實施例中，該組成物用於有症狀的個體。

通常當來自身體組織或體液(諸如血液、脊髓液、或胎盤)之細菌培養生長出李斯特菌(諸如單核球增多性李斯特菌)時，診斷為李斯特菌症。

在一些實施例中，在投與本發明之組成物之後，在個體中糞便中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在來自個體之糞便樣本中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在個體之遠端腸道中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在盲腸中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在結腸中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在直腸中之李斯特菌之水準降低。在一些實施例中，在小腸中之李斯特菌之水準降低。

在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防李斯特菌感染之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。金黃色葡萄球菌感染

當個體攝入受污染的食品或飲料時，可引起金黃色葡萄球菌感染。金黃色葡萄球菌感染可引起葡萄球菌腸炎，其為由金黃色葡萄球菌腸毒素引起之小腸發炎。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防金黃色葡萄球菌感染。在一些實施例中，本發明之組成物用於在患有金黃色葡萄球菌感染之個體中治療或預防葡萄球菌腸炎。

金黃色葡萄球菌感染之其他症狀包括噁心、嘔吐、腹痛、頭痛、虛弱、腹瀉、及發熱。症狀之此非窮舉清單在本文中被稱為「與金黃色葡萄球菌感染有關的症狀」。

本發明之組成物可用於在患有金黃色葡萄球菌感染之個體中治療或預防任何一或多種與金黃色葡萄球菌感染有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在胃腸道中具有升高之水準的金黃色葡萄球菌之個體中治療或預防一或多種與金黃色葡萄球菌感染有關的症狀。

在一些實施例中，本發明之組成物用於在治療或預防一或多種與金黃色葡萄球菌感染有關的症狀時在個體中降低金黃色葡萄球菌之水準。

金黃色葡萄球菌感染科藉由偵測來自個體之糞便樣本中之金黃色葡萄球菌來診斷。在一些實施例中，本發明之組成物用於經診斷為患有金黃色葡萄球菌感染之個體。

在一些實施例中，在投與本發明之組成物之後，在個體中糞便中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在來自個體之糞便樣本中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在個體之遠端腸道中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在盲腸中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在結腸中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在直腸中之金黃色葡萄球菌之水準降低。在一些實施例中，在小腸中之金黃色葡萄球菌之水準降低。

在較佳實施例中，用於在個體中治療或預防金黃色葡萄球菌感染之組成物包含馬塞巨型球菌種之菌株。 投與模式

較佳的是，本發明之組成物欲向胃腸道投與以使得能夠用本發明之細菌菌株遞送至腸及/或部分或完全定殖於腸。通常，本發明之組成物係經口投與，但其亦可經直腸、鼻內、或經由頰或舌下途徑投與。

在某些實施例中，包含本發明之細菌菌株之組成物可呈泡沫、呈噴霧劑、或凝膠來投與。

在某些實施例中，本發明之組成物可呈栓劑(諸如直腸栓劑，例如呈可可油(可可脂)、合成硬脂肪(例如，suppocire、witepsol)、甘油-明膠、聚乙二醇、或皂甘油組成物之形式)來投與。

在某些實施例中，本發明之組成物經由管(諸如鼻胃管、口胃管、胃管、空腸管(J管))、經皮內窺鏡胃造口術(PEG)或口(諸如提供胃、空腸之進入的胸壁口及其他合適進入口)來向胃腸道投與。

本發明之組成物可投與一次，或其可作為治療方案之部分來依序投與。在某些實施例中，欲每日投與本發明之組成物。

在本發明之某些實施例中，根據本發明之治療伴隨著對患者腸道微生物區之評估。若未達成本發明之菌株之遞送及/或用本發明之菌株進行的部分或完全定殖以致於未觀察到功效，則重複治療，或者若遞送及/或部分或完全定殖成功且觀察到功效，則可停止治療。

在某些實施例中，可向妊娠動物(例如哺乳動物，諸如人類)投與本發明之組成物以預防在其子宮內的兒童中發展及/或在該兒童出生後發展之革蘭氏陽性細菌感染。

本發明之組成物可投與至已診斷為患有革蘭氏陽性細菌感染之患者、或者經鑑別為處於發展革蘭氏陽性細菌感染之患者、或者已鑑別為革蘭氏陽性細菌感染之無症狀攜帶者之患者。該等組成物亦可作為防治性措施投與，以在健康患者中預防革蘭氏陽性細菌感染之發展。

本發明之組成物可投與至已鑑別為具有異常腸道微生物區之患者。例如，該患者可具有減少的或不存在巨型球菌之定殖，且特別是馬塞巨型球菌之定殖。

包含本發明之細菌之組成物可作為食品諸如營養補充劑投與。

在一些實施例中，包含細菌菌株之組成物及抗生素組成物欲同時、分開、或依序投與。不同組成物之各者可藉由本文所述之投與模式之任何組合來投與。通常，本發明之組成物用於治療人類，但其可用於治療包括單胃哺乳動物(諸如家禽、豬、貓、狗、馬或兔)之動物。本發明之組成物可實用於增強動物之生長及表現。若向動物投與，則可使用經口管飼法。

在一些實施例中，本發明之組成物不呈糞便微生物移植組成物投與。

在某些實施例中，本發明之組成物用於向人類投與。在某些實施例中，用於本發明之組成物用於向人類投與。 組成物

通常，本發明之組成物包含細菌。在本發明之較佳實施例中，組成物以冷凍乾燥形式調配。例如，本發明之組成物可包含有包含本發明之細菌菌株的顆粒或明膠膠囊，例如硬明膠膠囊。在一些實施例中，單獨的組成物之各者以冷凍乾燥形式調配。本發明之組成物之調配之一般指導可例如見於Aulton's Pharmaceutics: The Design and Manufacture of Medicines 。

較佳的是，本發明之組成物包含凍乾細菌。細菌之凍乾為一種良好確立的程序，且相關指導可在例如參考文獻[[25]]、[[26]]、[[27]]中獲得。

或者，本發明之組成物可包含活的、活性細菌培養物。

在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株未經滅活，例如未經熱滅活。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株未經殺滅，例如未經熱殺滅。在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株未經減毒，例如未經熱減毒。例如，在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株未經殺滅、滅活、及/或減毒。例如，在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為活的。例如，在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為有活力的。例如，在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株能夠部分或完全定殖於腸。例如，在一些實施例中，本發明之組成物中之細菌菌株為有活力的，且能夠部分或完全定殖於腸。

在一些實施例中，組成物包含活的細菌菌株與已經殺滅之細菌菌株的混合物。

在較佳實施例中，本發明之組成物經封裝以使細菌菌株能夠遞送至腸。封裝保護組成物免受降解直至經由例如用化學或物理刺激(諸如壓力、酶活性或物理崩解(其可由pH值變化觸發))破裂來在目標位置處遞送。可使用任何適當封裝方法。示範性封裝技術包括包埋在多孔基質內、附著或吸附在固體載劑表面上、藉由絮凝或用交聯劑之自聚集、及機械容納在微孔膜或微膠囊後。關於可適用於製備本發明之組成物之封裝的指導可在例如參考文獻[[28]]及[[29]]中獲得。

組成物可經口投與且可為錠劑、膠囊、或散劑之形式。封裝產品為較佳的，因為巨型球菌為厭氧菌。可包括其他成分(例如，諸如維生素C)作為氧清除劑及益生元受質以改善活體內遞送及/或部分或完全定殖及存活。或者，本發明之益生菌組成物可作為食物或營養產品(諸如基於乳或乳清之發酵乳產品)或作為醫藥產品經口投與。

組成物可經調配為益生菌。

本發明之組成物包括治療有效量的本發明之細菌菌株。治療有效量的本發明之細菌菌株足以對患者發揮有益作用。治療有效量的細菌菌株可足以造成遞送至患者之腸及/或部分或完全定殖於患者之腸。

例如，對於成人，合適的細菌日劑量可為約1 × 10³ 至約1 × 10¹¹ 個菌落形成單位(CFU)；例如約1 × 10⁷ 至約1 × 10¹⁰ CFU；在另一實例中為約1 × 10⁶ 至約1 × 10¹⁰ CFU；在另一實例中為約1 × 10⁷ 至約1 × 10¹¹ CFU；在另一實例中為約1 × 10⁸ 至約1 × 10¹⁰ CFU；在另一實例中為約1 × 10⁸ 至約1 × 10¹¹ CFU。

在某些實施例中，細菌之劑量為每日至少10⁹ 個細胞，諸如每日至少10¹⁰ 個、至少10¹¹ 個或至少10¹² 個細胞。

在某些實施例中，相對於組成物之重量，組成物含有約1 × 10⁶ 至約1 × 10¹¹ CFU/g之量的細菌菌株；例如約1 × 10⁸ 至約1 × 10¹⁰ CFU/g。劑量可為例如1 g、3 g、5 g、及10 g。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中相對於組成物之重量，細菌菌株之量為每克約1 × 10³ 至約1 × 10¹¹ 個菌落形成單位。

通常，益生菌(諸如本發明之組成物)視情況與至少一種合適的益生元化合物組合。益生元化合物通常為不可消化之醣，諸如寡糖或多糖或糖醇，其不會在上消化道中降解或吸收。已知益生元包括商業產品，諸如菊糖及反式半乳寡醣。

在某些實施例中，相對於總重量組成物，本發明之益生菌組成物包括約1重量%至約30重量% (例如，5重量%至20重量%)之量的益生元化合物。醣可選自由以下組成之群：果寡糖(或FOS)、短鏈果寡糖、菊糖、異麥芽寡糖、果膠、木寡糖(或XOS)、幾丁聚糖-寡糖(或COS)、β-葡聚糖、阿拉伯膠、改質及耐受性澱粉、聚葡萄糖、D-塔格糖、阿拉伯膠纖維、角豆樹、燕麥、及柑橘纖維。在一個態樣中，益生元為短鏈果寡糖(為簡單起見，在下文中示為FOS-c.c)；FOS-c.c.為不可消化之醣，一般藉由甜菜糖之轉化獲得，且包括三個葡萄糖分子所鍵結之蔗糖分子。

本發明之組成物可包含醫藥學上可接受之賦形劑或載劑。此等合適賦形劑之實例可見於參考文獻[[30]]。用於治療用途的可接受之載劑或稀釋劑為醫藥技術領域中熟知的，且描述於例如參考文獻[[31]]中。合適載劑之實例包括乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露醇、山梨醇、及其類似物。合適稀釋劑之實例包括乙醇、甘油、及水。醫藥載劑、賦形劑、或稀釋劑之選擇可關於預期投與途徑及標準醫藥實踐來選擇。醫藥組成物可包含任何合適的一種(或多種)黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、塗佈劑、增溶劑作為載劑、賦形劑或稀釋劑，或包含除了任何合適的一種(或多種)黏合劑、潤滑劑、懸浮劑、塗佈劑、增溶劑以外的載劑、賦形劑或稀釋劑。合適黏合劑之實例包括澱粉、明膠、天然糖(諸如葡萄糖、無水乳糖、自由流動乳糖、β-乳糖)、玉米甜味劑、天然及合成膠(諸如阿拉伯膠、黃蓍膠或海藻酸鈉)、羧甲基纖維素、及聚乙二醇。合適潤滑劑之實例包括油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉、氯化鈉、及其類似物。可在醫藥組成物中提供防腐劑、穩定劑、染料、及甚至調味劑。防腐劑之實例包括苯甲酸鈉、山梨酸、及對羥基苯甲酸酯。亦可使用抗氧化劑及懸浮劑。

本發明之組成物可經調配為食物產品。例如，除了本發明之治療作用外，食物産品亦可諸如在營養補充劑中提供營養益處。類似地，可調配食物產品以增強本發明組成物之味道，或藉由更加類似於普通食物而非醫藥組成物來使組成物更具消費吸引力。在某些實施例中，本發明之組成物經調配成基於乳之產品。術語「基於乳之產品」意指具有不同脂肪含量的基於任何液體或半固體乳或乳清之產品。基於乳之產品可為例如牛乳、山羊乳、綿羊乳、脫脂乳、全乳、不經任何處理而由乳粉及乳清重組之乳、或加工產品諸如酸奶、凝結乳(curdled milk)、凝乳、酸乳、酸全乳、黃油乳、及其他酸乳產品。另一重要群包括乳飲料，諸如乳清飲料、發酵乳、濃縮乳、嬰兒或幼兒乳；調味乳、冰淇淋；含乳食物，諸如糖果。

在一些實施例中，本發明之組成物包含巨型球菌屬之一或多個細菌菌株，且不含有來自任何其他屬之細菌，或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個屬之細菌。因此，在一些實施例中，本發明提供包含巨型球菌屬之一或多個細菌菌株之組成物，其不含有來自任何其他屬之細菌或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個屬之細菌，該組成物用於療法中。

在一些實施例中，本發明之組成物包含馬塞巨型球菌種之一或多個細菌菌株且不含有來自任何其他種之細菌，或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個種之細菌。因此，在一些實施例中，本發明提供包含馬塞巨型球菌種之一或多個細菌菌株之組成物，其不含有來自任何其他種之細菌或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個種之細菌，該組成物用於療法中。

在一些實施例中，本發明之組成物包含馬塞巨型球菌種之一或多個細菌菌株且不含有來自任何其他巨型球菌種之細菌，或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一巨型球菌種之細菌。因此，在一些實施例中，本發明提供包含馬塞巨型球菌種之一或多個細菌菌株之組成物，其不含有來自任何其他巨型球菌種之細菌或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一巨型球菌種之細菌，該組成物用於療法中。

在某些實施例中，本發明之組成物含有單個細菌菌株或種，且不含有任何其他細菌菌株或種。此類組成物可僅包含微小量的或生物學不相關量的其他細菌菌株或種。此類組成物可為實質上不含其他種生物之培養物。

在一些實施例中，本發明提供包含巨型球菌屬之單一個細菌菌株之組成物，其不含有來自任何其他菌株之細菌或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個菌株之細菌，該組成物用於療法中。

在一些實施例中，本發明提供包含馬塞巨型球菌種之單一個細菌菌株之組成物，其不含有來自任何其他菌株之細菌或其僅包含微小量的或生物學不相關量的來自另一個菌株之細菌，該組成物用於療法中。

在一些實施例中，本發明之組成物包含多於一個細菌菌株。例如，在一些實施例中，本發明之組成物包含來自同一種內之多於一個菌株(例如，多於1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、或45個菌株)，且視情況不含來自任何其他種之細菌。在一些實施例中，本發明之組成物包含來自同一種內之小於50個菌株(例如，小於45、40、35、30、25、20、15、12、10、9、8、7、6、5、4、或3個菌株)，且視情況不含來自任何其他種之細菌。在一些實施例中，本發明之組成物包含來自同一種內之1-40、1-30、1-20、1-19、1-18、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25、或31-50個菌株，且視情況不含來自任何其他種之細菌。本發明包含前述者之任何組合。

在一些實施例中，組成物包含微生物共同體。例如，在一些實施例中，組合物包含巨型球菌細菌菌株作為微生物共同體之一部分。例如，在一些實施例中，巨型球菌細菌菌株與一或多個(例如，至少2、3、4、5、10、15、或20個)來自可與其共生生活於活體內的其他屬之其他細菌菌株組合存在於腸中。例如，在一些實施例中，組成物包含本發明之巨型球菌之細菌菌株以及來自不同屬之細菌菌株。在一些實施例中，微生物共生體包含兩個或兩個以上由單一生物(例如人)之糞便樣品獲得的細菌菌株。在一些實施例中，微生物共生體在自然界中未發現在一起。例如，在一些實施例中，微生物共生體包含由至少兩種不同生物之糞便樣品獲得的細菌菌株。在一些實施例中，兩個不同有機體來自同一物種，例如兩個不同的人。在一些實施例中，兩種不同生物爲人類嬰兒及成年人類。在一些實施例中，兩種不同生物爲人類及非人類哺乳動物。

在替代實施例中，本發明之組成物包含16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、或更少種不同的細菌種。在某些實施例中，組成物包含4或更少種不同的細菌種。在某些實施例中，組成物包含3或更少種不同的細菌種。在某些實施例中，組成物包含2或更少種不同的細菌種。在某些實施例中，組成物包含巨型球菌種，特別是馬塞巨型球菌，且無其他細菌種。在較佳實施例中，本發明之組成物包含單一巨型球菌菌株，特別是單一馬塞巨型球菌菌株，且無其他細菌菌株或細菌種。此類組成物可僅包含微小量的或生物學不相關量的其他細菌菌株或種。驚人的是，實例表明，本發明之僅包含單一菌株之組成物可具有有效作用(參見例如實例1及3)，而不依賴於其他菌株或種。

在一些實施例中，本發明之組成物另外包含一細菌菌株，其具有與菌株42787相同的安全性及治療功效特徵，但不為42787，或不為馬塞巨型球菌。

在本發明之組成物包含多於一個細菌菌株、種、或屬的一些實施例中，各個細菌菌株、種、或屬可用於分開、同時、或依序的投與。例如，組成物可包含多於一個細菌菌株、種、或屬之全部，或細菌菌株、種、或屬可分開儲存且可分開、同時、或依序投與。在一些實施例中，多於一個細菌菌株、種、或屬分開儲存，但在使用前混合在一起。

在一些實施例中，用於本發明之細菌菌株獲自人類成人糞便。在本發明之組成物包含多於一個細菌菌株之一些實施例中，所有細菌菌株皆獲自人類成人糞便，或若存在其他細菌菌株，則該等其他細菌菌株僅以微小量存在。細菌可在自人類成人糞便中獲得之後培養，且在本發明之組成物中使用。

如上文所提及，在一些實施例中，一或多個巨型球菌細菌菌株為本發明組成物中唯一的一種(或多種)治療活性劑。在一些實施例中，組成物中之一個(或多個)細菌菌株為本發明組成物中唯一的一種(或多種)治療活性劑。

根據本發明使用之組成物可需要或不需要銷售批准。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾的。在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為噴霧乾燥的。在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為活的。在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為有活力的。在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其能夠部分或完全定殖於腸。在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾或噴霧乾燥的，且其中其為有活力的且能夠部分或完全定殖於腸。

在一些情況下，經凍乾之細菌菌株在投與前經復原。在一些情況下，復原係藉由使用本文所述之稀釋劑來進行。

本發明之組成物可包含醫藥學上可接受之賦形劑、稀釋劑、或載劑。

在某些實施例中，本發明提供一種醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以當向有需要之個體投與時治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明提供醫藥組成物，其包含：本發明之細菌菌株；及醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑；其中該細菌菌株之量足以治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中相對於組成物之重量，細菌菌株之量為每克約1 × 10³ 至約1 × 10¹¹ 個菌落形成單位。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成合物，其中組成物以1 g、3 g、5 g、或10 g之劑量投與。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中組成物藉由選自由以下組成之群的方法來投與：經口、經直腸、皮下、經鼻、經頰、及舌下。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其包含選自由以下組成之群的載劑：乳糖、澱粉、葡萄糖、甲基纖維素、硬脂酸鎂、甘露醇、及山梨醇。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其包含選自由以下組成之群的稀釋劑：乙醇、甘油、及水。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其包含選自由以下組成之群的賦形劑：澱粉、明膠、葡萄糖、無水乳糖、自由流動乳糖、β-乳糖、玉米甜味劑、阿拉伯膠、黃蓍膠、海藻酸鈉、羧甲基纖維素、聚乙二醇、油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、乙酸鈉、及氯化鈉。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其進一步包含防腐劑、抗氧化劑、及穩定劑中之至少一者。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其包含選自由以下組成之群的防腐劑：苯甲酸鈉、山梨酸、及對羥基苯甲酸酯。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中該細菌菌株為凍乾的。

在某些實施例中，本發明提供以上醫藥組成物，其中當組成物在約4℃或約25℃下儲存在密封容器中且容器置於具有50%相對濕度之氣氛中時，如以菌落形成單位所量測，在至少約1個月、3個月、6個月、1年、1.5年、2年、2.5年、或3年之時期後剩餘至少80%細菌菌株。

在一些實施例中，本發明之組成物在包含如本文所述之組成物的密封容器中提供。在一些實施例中，密封容器為小袋或瓶子。在一些實施例中，本發明之組成物在包含如本文所述之組成物的注射器中提供。

在一些實施方式中，本發明之組成物可作為醫藥調配物提供。例如，組成物可作為錠劑或膠囊提供。在一些實施例中，膠囊為明膠膠囊(「凝膠帽」)。

在一些實施例中，本發明之組成物係經口投與。經口投與可涉及吞咽以使化合物進入胃腸道及/或經頰、經舌或舌下投與以使化合物直接從口腔進入血流。

適用於經口投與之醫藥調配物包括固體栓、固體微粒、半固體及液體(包括多相或分散系統)，諸如錠劑；含有多微粒或奈米微粒之軟膠囊或硬膠囊、液體(例如水溶液)、乳劑或散劑；口含錠(包括液體填充的)；咀嚼劑；凝膠；快速分散劑型；膜劑；卵形體；噴霧劑；及頰/黏膜黏附貼劑。

在一些實施例中，醫藥調配物為腸溶調配物，即適用於藉由經口投與來將本發明組成物遞送至腸的胃耐受性調配物(例如，耐受胃pH)。當組成物之細菌或另一組分爲酸敏感性的(在胃條件下易於降解)時，腸溶調配物可尤其有用。

在一些實施例中，腸溶調配物包含腸溶包衣。在一些實施例中，調配物為腸溶包衣之劑型。例如，調配物可為腸溶包衣之錠劑或腸溶包衣之膠囊或其類似物。腸溶包衣可為習知腸溶包衣，例如用於錠劑、膠囊或其類似物以進行經口傳遞之習知包衣。調配物可包含膜包衣，例如腸溶聚合物(例如酸不溶性聚合物)之薄膜層。

在一些實施例中，腸溶調配物為固有腸溶的，例如胃耐受性的，而無需腸溶包衣。因此，在一些實施例中，調配物為不包含腸溶包衣之腸溶調配物。在一些實施例中，調配物為由熱膠凝材料製成之膠囊。在一些實施例中，熱膠凝材料為纖維質材料，諸如甲基纖維素、羥甲基纖維素、或羥丙基甲基纖維素(HPMC)。在一些實施例中，膠囊包含不含任何成膜聚合物之殼。在一些實施例中，膠囊包含殼，且該殼包含羥丙基甲基纖維素且不包含任何成膜聚合物(例如，參見[[32]])。在一些實施例中，調配物為固有腸溶膠囊(例如，來自Capsugel之Vcaps®)。

在一些實施例中，調配物為軟膠囊。軟膠囊為可由於添加軟化劑(諸如例如膠囊殼中存在之甘油、山梨醇、麥芽糖醇、及聚乙二醇)而具有一定彈性及柔軟度之膠囊。軟膠囊可例如在明膠或澱粉之基礎上生產。基於明膠之軟膠囊可由不同供應商購得。視投與方法(諸如，例如經口或直腸)而定，軟膠囊可具有各種形狀，可為例如圓形、橢圓形、長方形、或魚雷形。軟膠囊可藉由習知方法，諸如例如藉由Scherer方法、Accogel方法或微滴或吹製方法來生產。 培養方法

用於本發明之細菌菌株可使用如在例如參考文獻[[33]]、[[34]]、及[[35]]中所詳述之標準微生物學技術來培養。

用於培養之固體或液體培養基可為YCFA瓊脂或YCFA培養基。YCFA培養基可包括(每100 ml，近似值)：酪腖(1.0 g)、酵母萃取液(0.25 g)、NaHCO₃ (0.4 g)、半胱胺酸(0.1 g)、K₂ HPO₄ (0.045 g)、KH₂ PO₄ (0.045 g)、NaCl (0.09 g)、(NH₄ )₂ SO₄ (0.09 g)、MgSO₄ ·7H₂ O (0.009 g)、CaCl₂ (0.009 g)、刃天青(0.1 mg)、氯高鐵血紅素(1 mg)、生物素(1 μg)、鈷胺素(1 μg)、對胺基苯甲酸(3 μg)、葉酸(5 μg)、及吡哆胺(15 μg)。 用於疫苗組成物之細菌菌株

發明人已鑑別出，本發明之細菌菌株實用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。此可能由於本發明之細菌菌株對宿主免疫系統有作用。因此，當作為疫苗組成物投與時，本發明之組成物亦可實用於預防革蘭氏陽性細菌感染。在某些此類實施例中，本發明之細菌菌株可經殺傷、滅活、或減毒。在某些此類實施例中，該等組成物可包含疫苗佐劑。在某些實施例中，組成物係用於經由注射(諸如經由皮下注射)來投與。 總則

除非另外指示，否則本發明之實踐將採用此技術之技能範圍內之化學、生物化學、分子生物學、免疫學、及藥理學之習知方法。此等技術在文獻中有充分說明。參見例如，參考文獻[[36]]及[[37], [38], [39], [40], [41], [42], [43]]等。

術語「包含」涵蓋「包括」以及「由…組成」，例如「包含」X之組成物可僅由X組成，或可包括另外者，例如X + Y。

關於數值x 之術語「約」為可選的，且意指例如x + 10%。

詞「實質上」不排除「完全」，例如「實質上不含」Y之組成物可完全不含Y。必要時，詞「實質上」可從本發明之定義中省略。

對兩個核苷酸序列之間的序列一致性百分比之提及意指當比對時，該百分比的核苷酸在比較兩個序列時為相同的。此比對及同源性或序列一致性百分比可使用此項技術中已知的軟體程式，例如參考文獻[[44]]之7.7.18節所述之彼等軟體程式來判定。較佳比對係藉由Smith-Waterman同源性搜索算法，使用空隙開放罰分為12且空隙延伸罰分為2、BLOSUM矩陣為62的仿射空隙搜索來判定。Smith-Waterman同源性搜索算法揭示於參考文獻[[45]]中。

除非特別說明，否則包含許多步驟之過程或方法可在方法開始或結束時包含另外步驟，或可包括另外的介入步驟。而且，適當時，步驟可經組合、省略、或以替代性順序執行。

本文中描述本發明之各種實施例。應當理解，各實施例中指定之特徵可與其他指定特徵組合，以提供進一步實施例。具體而言，本文中強調為合適、一般或較佳的實施例可彼此組合(除了當該等實施例互相排斥時)。進行本發明之方式 實例 1- 菌株 42787 降低革蘭氏陽性枯草桿菌之生長 介紹

發明人試圖確認，在體外感染模型中，菌株42787是否降低革蘭氏陽性細菌之生長。材料及方法 總則

在與厭氧菌株一起使用之前，將瓊脂板及隔夜培養肉湯於厭氧箱中預平衡至少24小時。

在使用之前，將瓊脂板及與厭氧菌株一起使用之液體培養基預升溫。感染模型

在預升溫之YCFA瓊脂板之上表面上斑點接種10 µl菌株42787培養物(「測試菌株」，如圖1所示)。亦添加10 µl YCFA之陰性對照斑點。將接種之YCFA板於厭氧通風櫥中孵育24-48 h以實現菌株42787之生長。

之後，將1%熔化的LBA (55℃)之試管與200 µl革蘭氏陽性細菌(枯草桿菌)之隔夜培養物一起孵育。將管渦流震盪十秒。將接種液傾倒在YCFA瓊脂板表面上(「指標菌株菌苔」-圖1)。然後將板在30℃、有氧條件下再孵育48 h。 結果

藉由在菌株42787斑點周圍存在生長抑制區來可視化對枯草桿菌的抗微生物活性(參見圖1)。在對照孔周圍未偵測到生長抑制(參見圖3)。其他測試菌株(圖1-菌株12、41、40、39等)表現出最小的抗微生物活性。結果表明，菌株42787抑制革蘭氏陽性細菌之生長(圖2及3)。 實例 2- 馬塞巨型球菌菌株 NCIMB 42787 產生纈草酸 介紹

腸微生物區(其具有非常好的多樣性及代謝能力)代表用於產生多種分子的大型代謝貯存庫。發明人試圖確認，馬塞巨型球菌菌株NCIMB 42787產生何種短鏈脂肪酸及中鏈脂肪酸。材料及方法 細菌培養物及無細胞上清液收集

使細菌之純培養物缺氧地生長於YCFA肉湯中，直至其達到其靜止生長期。將培養物在5,000 x g下離心5分鐘，且使用0.2 µM過濾器(Millipore，UK)過濾無細胞上清液(CFS)。將1 mL等分試樣的CFS在-80℃下儲存直至使用。丁酸鈉、己酸、及戊酸獲自Sigma Aldrich (UK)，且懸浮液係於YCFA肉湯中製備。細菌上清液之 SCFA 及 MCFA 量化

如下藉由MS Omics APS分析且量化來自細菌上清液之短鏈脂肪酸(SCFA)及中鏈脂肪酸(MCFA)。使用鹽酸將樣品酸化，且添加氘標記之內標準。將所有樣品以隨機次序分析。使用安裝在與四極桿偵測器(59977B，Agilent)偶聯之GC (7890B，Agilent)中之高極性柱(Zebron™ ZB-FFAP，GC Cap. 柱30 m x 0.25 mm x 0.25 μm)進行分析。藉由ChemStation (Agilent)控制系統。將原始數據使用Chemstation (Agilent)轉換成netCDF格式，之後輸入數據且於Matlab R2014b (Mathworks, Inc.)中使用[[46]]中所述之PARADISe軟體處理。結果 菌株 42787 產生纈草酸

在分別5.08 mM及1.60 mM之平均濃度下，菌株42787產生纈草酸及己酸(圖4)。已顯示，纈草酸降低艱難梭菌之生存力[19]。發明人亦發現，馬塞巨型球菌種之其他菌株產生相當水準的纈草酸、己酸、丁酸且消耗類似量的乙酸鹽及丙酸鹽(圖5及6)。 實例 3- 菌株 42787 降低革蘭氏陽性艱難梭菌超強致病性 RT 027 之生長

為了研究產生纈草酸的細菌對病原革蘭氏陽性細菌的潛在抑制活性，發明人測試了在體外感染模型中菌株42787是否可減少艱難梭菌超強致病性RT 027之生長。

對於該模型，用自英國公共衛生部標準生物製品保藏庫(Public Health England culture collection)凍乾之儲備液(NCTC 13366)復活的第一代肉湯培養物產生菌苔。一旦病原體均勻地蔓延至腦心浸液及YCFA瓊脂上，便將來自菌株42787之靜止期上清液以小體積(10 µL)點斑至板上。

結果表明，來源於菌株42787之上清液有效降低艱難梭菌超強致病性RT 027之生長。這指示，菌株42787具有針對病原革蘭氏陽性種之抗微生物活性。 實例 4- 代謝物分析

除實例2中所提供之數據之外，圖7說明馬塞巨型球菌菌株NCIMB 42787以及以登錄號NCIMB 43385、NCIMB 43388、及NCIMB 43389寄存之其他菌株產生及消耗哪些其他短鏈脂肪酸。

馬塞巨型球菌菌株NCIMB 42787減少甲酸，同時增加2-甲基丙酸及3-甲基-丙酸之水準(圖7)。因此，菌株NCIMB 42787產生2-甲基丙酸及3-甲基-丙酸且消耗甲酸。發明人亦發現，其他寄存之菌株產生相當水準的2-甲基-丙酸及3-甲基-丙酸且消耗類似量的甲酸。 實例 5- 馬塞巨型球菌菌株 DSM 26228 、埃氏巨型球菌菌株 NCIMB 8927 、及馬塞巨型球菌菌株 NCIMB 42787 對體外短鏈脂肪酸產生之作用 概述

此研究調查了DSM 26228、NCIMB 8927、及NCIMB 42787對體外短鏈脂肪酸(SCFA)之產生之作用。SCFA包括乙酸鹽、丙酸鹽、纈草酸鹽、異丁酸鹽、及異纈草酸鹽，為膳食纖維之微生物副產物。任何SCFA之增加表明微生物區之生產力增加且為所欲的性狀。材料及方法

使DSM 26228、NCIMB 8927、及NCIMB 42787之純培養物缺氧地生長於YCFA+肉湯[每公升：酪蛋白水解產物10.0 g、酵母萃取液2.5 g、碳酸氫鈉4.0 g、葡萄糖2.0 g、纖維雙糖2.0 g、可溶性澱粉2.0 g、磷酸氫二鉀0.45 g、磷酸二氫鉀0.45 g、刃天青0.001 g、鹽酸L-半胱胺酸1.0 g、硫酸銨0.9 g、氯化鈉0.9 g、硫酸鎂0.09 g、氯化鈣0.09 g、氯高鐵血紅素0.01 g、SCFA 3.1 ml (乙酸2.026 ml/L、丙酸0.715 ml/L、正纈草酸0.119 ml/L、異纈草酸0.119 ml/L、異丁酸0.119 ml/L)、維生素混合物1：1 ml (生物素1 mg/100 ml、氰鈷胺明1 mg/100 ml、對胺基苯甲酸3 mg/100 ml、吡哆醇15 mg/100 ml)、維生素混合物2：1 ml (噻胺5 mg/100 ml、核黃素5 mg/100 ml)、維生素混合物3：1 ml (葉酸5 mg/100 ml)]中，直至它們達到其靜止生長期。將培養物以5000 x g離心10分鐘，並且使用0.45 μM、之後使用0.2 μM過濾器(Millipore，UK)過濾無細胞上清液(CFS)，其後將1 mL CFS等分試樣在-80℃下儲存直至使用。

藉由MSOmics APS (Denmark)分析且量化細菌上清液之短鏈脂肪酸(SCFA)及中鏈脂肪酸(MCFA)。使用鹽酸將樣品酸化，且添加氘標記之內標準。將所有樣品以隨機次序分析。使用安裝在與四極桿偵測器(5977B，Agilent)偶聯之氣相層析儀(7890B，Agilent)中之高極性柱(Zebron^™ ZB-FFAP, GC Cap.柱30 m x 0.25 mm x 0.25 μm)進行分析。藉由ChemStation (Agilent)控制系統。將原始數據使用Chemstation (Agilent)轉換成netCDF格式，之後輸入數據且於Matlab R2014b (Mathworks, Inc.)中使用參考文獻[46]中所述之PARADISe軟體處理。結果

針對各細菌菌株觀察到以下模式：

	乙酸	甲酸	丙酸	2- 甲基 - 丙酸	丁酸	3- 甲基 - 丁酸	戊酸	4- 甲基 - 戊酸	己酸	庚酸
DSM 26228	-17.6	-0.4	-4.9	1.7	16.0	1.5	5.8	0.0	1.6	0.1
NCIMB 8927	-2.4	-0.1	-2.5	0.2	10.7	0.5	2.8	0.0	0.3	0.1
NCIMB 42787	-20.2	-0.4	-5.6	2.1	15.8	4.5	6.6	0.0	2.2	0.1

此等數據說明，巨型球菌之所有三種菌株均增加丁酸鹽(丁酸)及纈草酸(戊酸)。

如上文所概述，纈草酸降低病原革蘭氏陽性細菌之生存力。因此，增加纈草酸之細菌菌株實用於治療或預防革蘭氏陽性細菌感染。馬塞巨型球菌及埃氏巨型球菌菌株均引起有益的纈草酸之增加。因此，在某些實施例中，根據纈草酸之增加，本發明之組成物顯示在治療或預防革蘭氏陽性細菌感染、特別是病原革蘭氏陽性細菌感染中之功效。

例如藉由增加上皮細胞緊密連結之組分之表現(經由活化HIF-1轉錄因子)，丁酸鹽減輕腸道發炎並改善腸障壁功能。據此，丁酸鹽藉由穩定腸障壁、緩和革蘭氏陽性細菌感染之局部發炎反應及全身性後果來保護腸上皮細胞免受革蘭氏陽性細菌毒素引起之傷害。據此，增加丁酸鹽之水準的細菌菌株可實用於治療及/或預防與革蘭氏陽性細菌感染(例如艱難梭菌感染)有關的症狀。馬塞巨型球菌及埃氏巨型球菌菌株均引起有益的丁酸鹽之增加。在某些實施例中，根據丁酸鹽之增加，本發明之組成物顯示在治療或預防革蘭氏陽性細菌感染或者治療或預防與革蘭氏陽性細菌感染有關的症狀中之治療功效。 實例 6- 以登錄號 NCIMB 42787 寄存之馬塞巨型球菌菌株回應於抗原攻擊顯著降低 BALB/c 小鼠之脾細胞中之 TNFα 產生之功效 材料及方法

將BALBc (Envigo, UK)成年雄性小鼠在12 h明-暗週期下分組圈養；隨意供應標準齧齒動物食物及水。所有試驗均根據歐洲指導進行。在實驗開始時動物為8週齡。

使動物在到達動物中心(animal unit)之後習慣於其飼養室(holding room)達一週。在15:00與17:00之間連續6天，小鼠接受以1 × 10⁹ CFU之劑量的作為活生物治療劑之NCIMB 42787之口服管飼(200 μL劑量)。第7天，將動物砍頭，且收穫組織以供實驗。將脾移除，收集於5 mL RPMI培養基(具有L-麩醯胺及碳酸氫鈉，R8758 Sigma + 10 % FBS (F7524,Sigma) + 1%青黴素/鏈黴素(P4333，Sigma))中，且在揀選之後立即處理以供離體免疫刺激。

使用脾細胞介素檢定來量化促發炎標誌物(例如TNFα)之周邊水準。在殺死之後立即於5 mL RPMI培養基中收集脾且立即培養。首先將脾細胞在RPMI培養基中勻漿化。勻漿步驟之後係RBC溶解步驟，其中將細胞在1 ml RBC溶解緩衝液(11814389001 ROCHE，Sigma)中孵育5 min。添加10 ml培養基以停止溶解，接著進行200g離心5 min。接下來係最終步驟，在該步驟中使細胞穿過40 μm過濾器。然後將勻漿在40 μm過濾器上過濾，以200 g離心5 min並重懸於培養基中。對細胞進行計數且接種(4,000,000/mL培養基)。2.5 h適應之後，以伴刀豆球蛋白A (ConA-2.5 μg/ml)刺激細胞達24 h。刺激之後，收穫上清液以使用促發炎組1 (小鼠) V-PLEX套組(Meso Scale Discovery，Maryland，USA)評定TNFα之細胞介素釋放。使用MESO QuickPlex SQ 120、SECTOR成像器2400、SECTOR成像器6000、SECTOR S 600進行分析。結果

圖8B說明，與用媒劑對照治療的小鼠相比，在ConA刺激之後，自投與NCIMB 42787之小鼠單離之脾細胞產生的TNFα水準顯著降低。此外，單獨投與NCIMB 42787確實在不存在刺激之情況下改變脾細胞產生TNFα之功效(圖8A)。結論

馬塞巨型球菌菌株NCIMB 42787抑制脾細胞所引發之促發炎反應，特別是藉由降低此等細胞產生TNFα之功效來實現。局部及全身發炎過程均涉及艱難梭菌感染，後者在臨床上表現為發熱。TNFα被視為艱難梭菌感染之全身發炎反應之關鍵因素，且與患有艱難梭菌感染之患者之預後不良有關。因此，投與馬塞巨型球菌將減少TNFα產生且抑制全身發炎反應，為患有艱難梭菌感染之患者提供治療益處。

據此，本發明之菌株或用於本發明之菌株不僅具有治療或預防艱難梭菌感染之殺菌特性，而且其能夠改善患有感染之患者之症狀。因此，在一些實施例中，本發明之組成物用於治療或預防艱難梭菌感染(CDI)。在一些實施例中，本發明之組成物用於治療及/或預防與CDI有關的症狀。在一些實施例中，本發明之組成物藉由減少發炎反應、特別是藉由減少TNFα的產生來治療或預防與CDI有關的症狀。 實例 7- 馬塞巨型球菌菌株 NCIMB 43389 及巨型球菌種菌株 NCIMB 43385 增加結腸上皮細胞株中之 E- 鈣黏蛋白及密封蛋白水準 材料及方法

將細胞(HT29及HCT116)以10,000個細胞/孔之密度接種於黑色96孔板中隔夜且並用10%細菌上清液處理24 h。然後，在室溫(RT)下用在PBS (pH 7.3)中之4%多聚甲醛將細胞固定20 min。將固定之細胞用PBS洗滌且用在PBS中之0.5%曲通X-100透化10 min。在用PBS洗滌之後，將板與封閉緩衝液(4% BSA/PBS)在RT下孵育1 h，之後添加一級看題(抗密封蛋白(71-1500；ThermoFisher)，在4℃下於1% BSA/PBS中1:200稀釋達12 h；或抗E-鈣黏蛋白(13-1700，ThermoFisher)，在4℃下於1% BSA/PBS中1:1000稀釋達1 h)。然後將其用PBS洗滌兩次，接著在RT下與Alexa Flour 488綴合之抗小兔(Molecular Probes Inc)及Alexa Flour 594 ((Molecular Probes Inc)綴合之孵育1 h。在用PBS洗滌3X之後，將板用DAPI標記且用PBS洗滌3x。使用配備有20x物鏡及合適於偵測所用之螢光染料之濾光器組之ImageExpressPIco顯微鏡(MolecularDevices)觀察板。將存儲之圖像另存為TIFF文件。使用GraphPad Prism 7軟體繪製並分析由PICO分析模組生成之原始分析數據。選擇代表性影像以說明所檢查之蛋白之豐度及位置之差異。結果

圖9a顯示對於HCT116細胞來說，與未處理細胞及用單獨YCFA+培養基處理之細胞相比，用巨型球菌種菌株NCIMB 43385或馬塞巨型球菌菌株NCIMB 43389之上清液處理之細胞具有較高水準的密封蛋白及E-鈣黏蛋白。圖9b顯示對於HT29細胞來說，與未處理細胞及用單獨YCFA+培養基處理之細胞相比，用巨型球菌種菌株NCIMB 43385之上清液處理之細胞具有較高水準的密封蛋白及E-鈣黏蛋白。結論

E-鈣黏蛋白及密封蛋白均為涉及細胞-細胞黏附之跨膜蛋白，其中密封蛋白尤其為上皮緊密連結之組分[47, 48]。結果表明，巨型球菌菌株之上清液能夠上調HCT116及HT29細胞中之此等蛋白，該等細胞均為人類結腸上皮細胞株。連同實例5，此等結果支持以下結論，即巨型球菌菌株可例如經由丁酸鹽信號傳導來改善腸障壁功能。據此，這提供了進一步證據，即巨型球菌菌株可實用於保護腸上皮細胞免遭由革蘭氏陽性細菌毒素引起之傷害。 實例 8- 馬塞巨型球菌菌株 NCIMB 43389 及巨型球菌種菌株 NCIMB 43385 之短鏈 / 中鏈脂肪酸產生概況 材料及方法

使馬塞巨型球菌菌株NCIMB 43389及巨型球菌種菌株NCIMB 43385之純培養物缺氧地生長於YCFA+肉湯中。藉由MSOmics APS (Denmark)分析且量化細菌上清液之短鏈脂肪酸(SCFA)及中鏈脂肪酸(MCFA)。使用鹽酸將樣品酸化，且添加氘標記之內標準。將所有樣品以隨機次序分析。使用安裝在與四極桿偵測器(5977B，Agilent)偶聯之氣相層析儀(7890B，Agilent)中之高極性柱(Zebron^™ ZB-FFAP, GC Cap.柱30 m x 0.25 mm x 0.25 μm)進行分析。藉由ChemStation (Agilent)控制系統。將原始數據使用Chemstation (Agilent)轉換成netCDF格式，之後輸入數據且於Matlab R2014b (Mathworks, Inc.)中使用PARADISe軟體處理。結果

菌株	短鏈/中鏈脂肪酸濃度之變化(mM)
琥珀酸	甲酸	乙酸	丙酸	丁酸	纈草酸	己酸
馬塞巨型球菌NCIMB 43389	未偵測出	1.51	-16	-5.25	27.86	6.44	0.96
巨型球菌屬菌株NCIMB 43385	未偵測出	未偵測出	7.73	-1.07	16.28	5.94	1.22

結果與實例5 (及圖5-7)中針對馬塞巨型球菌菌株NCIMB 43389及巨型球菌種菌株NCIMB 43385所報道之結果一致，進一步證實了此等菌株之短鏈/中鏈脂肪酸概況。 序列 SEQ ID NO:1 (16S核糖體RNA之馬塞巨型球菌基因，部分序列，菌株：NP3 - JX424772.1)

SEQ ID NO:2 (馬塞巨型球菌菌株42787之共同16S rRNA序列) TGAGAAGCTTGCTTCTTATCGATTCTAGTGGCAAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAACCTGCCCTTCAGATGGGGACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGAATACGTTCTTTCCGCCGCATGACGGGAAGAAGAAAGGGAGGCCTTCGGGCTTTCGCTGGAGGAGGGGCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAACGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAAGTTCTGTTATATGGGACGAACAGGACATCGGTTAATACCCGGTGTCTTTGACGGTACCGTAAGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGGCATCGCAAGTCGGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGTGAAGCTCGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCCAGGGGAGCAAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACTCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGCCTTGACATTGATTGCTACGGAAAGAGATTTCCGGTTCTTCTTCGGAAGACAAGAAAACAGGTGGTGCACGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCTGTTGCCAGCACCTCGGGTGGGGACTCAGAAGAGACTGCCGCAGACAATGCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGGCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTCTTAATAGAGGGAAGCGAAGGAGCGATCCGGAGCAAACCCCAAAAACAGAGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTCATTCACACCCGAAGCCGGTGAGGCAACCGCAAG SEQ ID NO: 3 (以登錄號NCIMB 43385寄存之巨型球菌菌株之共同16S rRNA序列) GGCTGGTTCCTTGCGGTTGCCTCACCGGCTTCGGGTGTGAATGACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCTGCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGGGACTCTGTTTTTGGGGTTTGCTCCGGATCGCTCCTTCGCTTCCCTCTATTAAGAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGCCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGCATTGTCTGCGGCAGTCTCTTCTGAGTCCCCACCCTTAGTGCTGGCAACAGAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCGTGCACCACCTGTTTTCTTGTCTTCCGAAGAAGAACCGGAAATCTCTTTCCGTAGCAATCAATGTCAAGGCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGGATACTTATTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGAGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTTTACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCACGGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAGGGATAACGGGTATTGACCGCTATCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCTCTCAGACCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACTAGCTAATCAGACGCAAGCCCCTCCTCCAGCGAAAGCCCGAAGGCCTCCCTTTCTTCATCCCGTCATGCGGCGGAAAGAACGTATTCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCATCTGAAGGGCAGGTTGCTTACGCGTTACTCACCCGTTTGCCACTCGAATTGATAAGAAGCAAGCTTCTCATC SEQ ID NO: 4 (以登錄號NCIMB 43388寄存之馬塞巨型球菌菌株之共同16S rRNA序列) GGCTGGTTCCTTGCGGTTGCCTCACCGGCTTCGGGTGTGAATGACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCTGCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGGGACTCTGTTTTTGGGGTTTGCTCCGGATCGCTCCTTCGCTTCCCTCTATTAAGAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGCCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGCATTGTCTGCGGCAGTCTCTTCTGAGTCCCCACCCGAGGTGCTGGCAACAGAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCGTGCACCACCTGTTTTCTTGTCTTCCGAAGAAGAACCGGAAATCTCTTTCCGTAGCAATCAATGTCAAGGCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGGATACTTATTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGAGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTTTACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCACGGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAAAGACACCGGGTATTAACCGATGTCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCTCTCAGACCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACTAGCTAATCAGACGCAAGCCCCTCCTCCAGCGAAAGCCCGAAGGCCTCCCTTTCTTCTTCCCGTCATGCGGCGGAAAGAACGTATTCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCATCTGAAGGGCAGGTTGCTTACGCGTTACTCACCCGTTTGCCACTAGAATCGATAAGAAGCAAGCTTCTCATGTCTTCT SEQ ID NO: 5 (以登錄號NCIMB 43389寄存之馬塞巨型球菌菌株之共同16S rRNA序列) CGACGGCTGGTTCCTTGCGGTTGCCTCACCGGCTTCGGGTGTGAATGACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCTGCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGGGACTCTGTTTTTGGGGTTTGCTCCGGATCGCTCCTTCGCTTCCCTCTATTAAGAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGCCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGCATTGTCTGCGGCAGTCTCTTCTGAGTCCCCACCCGAGGTGCTGGCAACAGAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCGTGCACCACCTGTTTTCTTGTCTTCCGAAGAAGAACCGGAAATCTCTTTCCGTAGCAATCAATGTCAAGGCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGGATACTTATTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGAGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTTTACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCACGGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAAAGACACCGGGTATTAACCGATGCCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCTCTCAGACCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACCAGCTAATCAGACGCAAGCCCCTCCTCCAGCGAAAGCCCGAAGGCCTCCCTTTCTTCTTCCCGTCATGCGGCGGAAAGAACGTATTCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCATCTGAAGGGCAGGTTGCTTACGCGTTACTCACCCGTTTGCCACTAGAATCGATAAGAAGCAAGCTTCTCATGTCTTCTCGTTCGACTTGCAT SEQ ID NO: 6 (以登錄號NCIMB 43386寄存之巨型球菌菌株之共同16S rRNA序列) CGACGGCTGGTTCCTTGCGGTTGCCTCACCGGCTTCGGGTGTGAATGACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCTGCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGGGACTCTGTTTTTGGGGTTTGCTCCGGATCGCTCCTTCGCTTCCCTCTATTAAGAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGCCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGCATTGTCTGCGGCAGTCTCTTCTGAGTCCCCACCCTTAGTGCTGGCAACAGAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCGTGCACCACCTGTTTTCTTGTCTTCCGAAGAAGAACCGGAAATCTCTTTCCGTAGCAATCAATGTCAAGGCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGGATACTTATTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGAGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTTTACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCACGGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAGGGATAACGGGTATTGACCGCTATCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCTCTCAGACCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACTAGCTAATCAGACGCAAGCCCCTCCTCCAGCGAAAGCCCGAAGGCCTCCCTTTCTTCATCCCGTCATGCGGCGGAAAGAACGTATTCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCATCTGAAGGGCAGGTTGCTTACGCGTTACTCACCCGTTTGCCACTCGAATTGATAAGAAGCAAGCTTCTCATCTCTTCTCGTTCGACTGCA SEQ ID NO: 7 (以登錄號NCIMB 43387寄存之巨型球菌菌株之共同16S rRNA序列) TCGAACGGCTGGTTCCTTGCGGTTGCCTCACCGGCTTCGGGTGTGAATGACTTTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGTATGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCTGCTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGGGACTCTGTTTTTGGGGTTTGCTCCGGATCGCTCCTTCGCTTCCCTCTATTAAGAGCCATTGTAGTACGTGTGTAGCCCAAGCCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCCCGCCTTCCTCCGCATTGTCTGCGGCAGTCTCTTCTGAGTCCCCACCCTTAGTGCTGGCAACAGAAGATAGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCGTGCACCACCTGTTTTCTTGTCTTCCGAAGAAGAACCGGAAATCTCTTTCCGTAGCAATCAATGTCAAGGCTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATACTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGGATACTTATTGCGTTAACTCCGGCACAGAAGGAGTCGATACCTCCTACACCTAGTATCCATCGTTTACGGCCAGGACTACCGGGGTATCTAATCCCGTTTGCTCCCCTGGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCACGGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAGGGATAACGGGTATTGACCGCTATCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACGCGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCATCCTCTCAGACCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCTCCAACTAGCTAATCAGACGCAAGCCCCTCCTCCAGCGAAAGCCCGAAGGCCTCCCTTTCTTCATCCCGTCATGCGGCGGAAAGAACGTATTCGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTCCCCATCTGAAGGGCAGGTTGCTTACGCGTTACTCACCCGTTTGCCACTCGAATTGATAAGAAGCAAGCTTCTCATCTCTTCTCGTTCGACTTGCA 參考文獻

本發明藉由以下圖式加以說明，其中：

圖 1 顯示革蘭氏陽性細菌感染模型檢定之實例

圖 2 顯示菌株42787減少枯草桿菌之生長桿

圖 3 顯示抑制枯草桿菌之生長之菌株42787之第二複製試樣

圖 4 顯示菌株42787產生纈草酸

圖 5 顯示代謝物產量(上清液中之纈草酸)之水準

圖 6 顯示代謝物產量(上清液中之有機酸)之水準。

圖 7 ： NCIMB 42787、NCIMB 43385、NCIMB 43388、及NCIMB 43389之有機酸產生及消耗。

圖 8 ： 在離體ConA刺激之後，NCIMB 42787之投與顯著降低小鼠脾細胞所產生之TNFα之水準(A-未刺激；B-ConA刺激)。

圖 9 ： (a)顯示NCIMB 43385及NCIMB 43389上清液增加HCT116細胞中之密封蛋白(上圖)及E-鈣黏蛋白(下圖)之水準。圖9(b)顯示NCIMB 43385上清液顯著增加HT29細胞中之密封蛋白(上圖)及E-鈣黏蛋白(下圖)之水準。

Claims (23)

1. 一種包含細菌菌株的組成物，其用於在個體中治療或預防革蘭氏陽性細菌感染，其中該菌株產生纈草酸。
2. 如申請專利範圍第1項之供使用之組成物，其中該菌株之纈草酸之產生係使用氣相層析法/質譜法(GC/MS)確定的。
3. 如申請專利範圍第1項或第2項之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染係在胃腸道中。
4. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為病原革蘭氏陽性細菌感染。
5. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中，當向該個體投與時，該組成物降低該等革蘭氏陽性細菌之生存力。
6. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中，當向該個體投與時，該組成物抑制該等革蘭氏陽性細菌之生長。
7. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該組成物延遲復發性革蘭氏陽性細菌感染之發作或預防復發性革蘭氏陽性細菌感染。
8. 如申請專利範圍第1項至第7項中任一項之供使用之組成物，其中該個體已投與或正投與一或多種抗生素，其中視情況該抗生素選自由以下組成之清單：萬古黴素、菌特靈(Bactrium)、偉霸黴素(Doxycyline)、頭孢比普(Ceftobiprole)、頭孢洛林(Ceftaroline)、克林達黴素、達巴萬星(Dalbavancin)、達托黴素(Daptomycin)、梭鏈孢酸、利奈唑胺(Linezolid)、莫匹羅星(Mupirocin)、奧利萬星(Oritavancin)、特地唑胺(Tedizolid)、特拉萬星(Telavancin)、老虎黴素(Tigecycline)、胺基醣苷類抗生素(Aminoglycosides)、碳青黴烯類抗生素(Carbapenems)、頭孢他啶(Ceftazidime)、頭孢吡肟(Cefepime)、頭孢比普(Ceftobiprole)、頭孢洛紮(Ceftolozane)/他唑巴坦(tazobactam)、氟喹諾酮類抗生素(Fluoroquinolones)、哌拉西林(Piperacillin)/他唑巴坦、替卡西林(Ticarcillin)/克拉維酸(clavulanic acid)、利奈唑胺、鏈陽菌素類抗生素、老虎黴素、及達托黴素(Daptomycin)，其中視情況該一或多種抗生素包含廣效抗生素。
9. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染係由以下細菌引起：梭菌屬(Clostridium )、葡萄球菌屬(Staphylococcus )、腸球菌屬(Enterococcus spp )、桿菌屬(Bacillus )、丹毒桿菌屬(Erysipelothrix )、或李斯特菌屬(Listeria )。
10. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該革蘭氏陽性細菌感染為艱難梭菌(Clostridium difficile )感染。
11. 如申請專利範圍第10項之組成物，其中該組成物預防或治療以下與艱難梭菌感染有關的病狀中之一或多者：腹瀉、腹痛、發熱、便血、脫水、體重減輕、毒性巨結腸症、胃腸穿孔、腹脹、結腸擴張(colonic distension)、噁心、偽膜性結腸炎、多器官功能異常症候群、或敗血症。
12. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該菌株為巨型球菌屬(Megasphaera )。
13. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與巨型球菌屬之細菌菌株之16S rRNA序列有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。
14. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO: 2或1有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16s rRNA序列，其中視情況該細菌為以登錄號NCIMB 42787寄存於NCIMB之菌株。
15. 如申請專利範圍第14項之供使用之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO: 2有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16s rRNA序列，其中視情況該細菌為以登錄號NCIMB 42787寄存於NCIMB之菌株。
16. 如任一前述申請專利範圍之組成物，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:3、4、5、6、或7中任一者有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16s rRNA基因序列，或其中該細菌菌株具有由SEQ ID NO: 3、4、5、6、或7中任一者表示之16s rRNA基因序列。
17. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該菌株不為埃氏巨型球菌(Megasphaeraelsdenii )種。
18. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該菌株為以下種：釀酒巨型球菌(Megasphaera cerevisiae )、馬塞巨型球菌(Megasphaeramassiliensis )、印度巨型球菌(Megasphaeraindica )、少食巨型球菌(Megasphaerapaucivorans )、瑞典巨型球菌(Megasphaerasueciensis )、微核巨型球菌(Megasphaeramicronuciformis )、或己酸巨型球菌(Megasphaerahexanoica )。
19. 如任一前述申請專利範圍之供使用之組成物，其中該菌株為馬塞巨型球菌種。
20. 如申請專利範圍第12項至第19項中任一項之供使用之組成物，其中該組成物不含有來自任何其他屬之細菌或者其僅包含微量或生物學不相關量的來自另一屬之細菌。
21. 一種抗生素，其用於在個體中治療革蘭氏陽性細菌感染，其中該個體已投與或欲投與如申請專利範圍第1項至第20項中任一項之組成物。
22. 一種細菌菌株，其用於療法，其中該細菌菌株具有與SEQ ID NO:3、4、5、6、或7中任一者有至少95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或99.9%一致性的16S rRNA序列。
23. 一種細菌菌株，其具有由SEQ ID NO: 3、4、5、6、或7中任一者表示之16S rRNA序列，該細菌菌株用於療法。 [[1]] Sporet al. (2011)Nat Rev Microbiol . 9(4):279-90. [[2]] Eckburget al. (2005)Science . 10;308(5728):1635-8. [[3]] Macphersonet al . (2001)Microbes Infect . 3(12):1021-35 [[4]] Macphersonet al. (2002)Cell Mol Life Sci. 59(12):2088-96. [[5]] Mazmanianet al. (2005)Cell 15;122(1):107-18. [[6]] Franket al. (2007)PNAS 104(34):13780-5. [[7]] Scanlanet al. (2006)JClin Microbiol . 44(11):3980-8. [[8]] Kanget al . (2010)Inflamm Bowel Dis . 16(12):2034-42. [[9]] Machielset al . (2013)Gut . 63(8):1275-83. [[10]] WO2013/050792 [[11]] WO03/046580 [[12]] WO2013/008039 [[13]] WO2014/167338 [[14]] Goldin and Gorbach (2008)Clin Infect Dis . 46Suppl 2:S96-100. [[15]] Azadet al . (2013)BMJ . 347:f6471. [[16]] Holt, JGet al (1994) Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (9th Ed) Lippincott Williams &Wilkins, p. 11 [[17]] Ferreyroet al (2014)Cell Host and Microbe 16: 770-7 [[18]] Smitset al (2016)Nat Rev Dis Primers 2: Article number 16020 [[19]] McDonaldet al (2018)Gastroenterolgy https://doi.org/10.1053/j.gastro.2018.07.014 [[20]] Padmanabhanet al. (2013) Standards in Genomic Sciences 8:525-538 [[21]] Mascoet al . (2003) Systematic and Applied Microbiology, 26:557-563 [[22]] Srůtkováet al. (2011)J. Microbiol. Methods , 87(1):10-6. [[23]] Spenceret al (2003).Journal of Clinical Pathology , 56(3), 182–7 [[24]] Forbes (2002).Bailey &Scott's Diagnostic Microbiology 11th ed. [[25]] Miyamoto-Shinoharaet al. (2008)J. Gen. Appl. Microbiol. , 54, 9–24. [[26]] Cryopreservation and Freeze-Drying Protocols, ed. by Day and McLellan, Humana Press. [[27]] Leslieet al . (1995)Appl. Environ. Microbiol. 61, 3592–3597. [[28]] Mitropoulouet al. (2013)JNutr Metab . (2013) 716861. [[29]] Kailasapathyet al. (2002)Curr Issues Intest Microbiol. 3(2):39-48. [[30]] Handbook of Pharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by AWade and PJWeller [[31]] Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985) [[32]] US2016/0067188 [[33]]Handbook of Microbiological Media, Fourth Edition ( 2010) Ronald Atlas, CRCPress. [[34]]Maintaining Cultures for Biotechnology and Industry (1996) Jennie C. Hunter-Cevera, Academic Press [[35]] Strobel (2009)Methods Mol Biol . 581:247-61. [[36]] Gennaro (2000)Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN: 0683306472. [[37]]Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratory Course , (Reamet al. , eds., 1998, Academic Press). [[38]]Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.) [[39]]Handbook of Experimental Immunology , Vols. I-IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986, Blackwell Scientific Publications) [[40]] Sambrooket al. (2001)Molecular Cloning: ALaboratory Manual , 3rd edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press). [[41]]Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRCPress, 1997) [[42]] Ausubelet al . (eds) (2002)Short protocols in molecular biology ,5th edition (Current Protocols). [[43]]PCR (Introduction to Biotechniques Series ), 2nd ed. (Newton &Graham eds., 1997, Springer Verlag) [[44]]Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubelet al. , eds., 1987) Supplement 30 [[45]] Smith &Waterman (1981)Adv. Appl. Math. 2: 482-489. [[46]] Johnsenet al (2017)Journal of Chromatography A . 1503: 57-64 [47] van Roy and Berx (2008)Cell Mol Life Sci 65(23):3756-3788 [48] Feldmanet al (2005)Adv Drug Deliv Rev 57(6):883-917

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