[go: up one dir, main page]

RU2348695C2 - Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа - Google Patents

Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа Download PDF

Info

Publication number
RU2348695C2
RU2348695C2 RU2006117378/13A RU2006117378A RU2348695C2 RU 2348695 C2 RU2348695 C2 RU 2348695C2 RU 2006117378/13 A RU2006117378/13 A RU 2006117378/13A RU 2006117378 A RU2006117378 A RU 2006117378A RU 2348695 C2 RU2348695 C2 RU 2348695C2
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
seq
oligonucleotides
microchip
sequences
species identification
Prior art date
Application number
RU2006117378/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2006117378A (ru
Inventor
Игорь Эдуардович Грановский (RU)
Игорь Эдуардович Грановский
Игорь Петрович Белецкий (RU)
Игорь Петрович Белецкий
пникова Елена Андреевна Шл (RU)
Елена Андреевна Шляпникова
Александр Владимирович Гаврюшкин (RU)
Александр Владимирович Гаврюшкин
Сергей Владимирович Бирюков (RU)
Сергей Владимирович Бирюков
Original Assignee
Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии" filed Critical Закрытое акционерное общество "Молекулярно-медицинские технологии"
Priority to RU2006117378/13A priority Critical patent/RU2348695C2/ru
Priority to EP07794002A priority patent/EP2028273A4/de
Priority to PCT/RU2007/000248 priority patent/WO2007136303A1/ru
Publication of RU2006117378A publication Critical patent/RU2006117378A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2348695C2 publication Critical patent/RU2348695C2/ru

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

Изобретение относится к области микробиологии, вирусологии и молекулярной биологии и может быть использовано в медицине. В способе видовой идентификации инфекционных агентов проводят мультиплексную полимеразную цепную реакцию в присутствии специфических олигонуклеотидов в качестве праймеров с последующей гибридизацией ПЦР-продуктов с дифференцирующими олигонуклеотидами на микрочипе и определяют урогенитальную инфекцию по наличию гибридизационных комплексов. Отдельные специфические олигонуклеотиды и дифференцирующие олигонуклеотиды формируют композиции для идентификации Human herpesvirus 5, Human herpesvirus 4, herpesvirus 1 и/или Human herpesvirus 2, Human Streptococcus agalactiae и/или Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Candida albicans, Ureaplasma urealyticum и/или Ureaplasma parvum, Trichomonas vaginalis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis. Указанные специфические олигонуклеотиды и микрочип с дифференцирующими олигонуклеотидами входят в набор для видовой идентификации урогенитальной инфекции. Предложенное изобретение позволяет ускорить проведение анализа урогенитальной инфекции и повысить его точность. 18 н. и 31 з.п. ф-лы, 15 ил., 4 табл.

Description

Текст описания приведен в факсимильном виде.
Figure 00000001
Figure 00000002
Figure 00000003
Figure 00000004
Figure 00000005
Figure 00000006
Figure 00000007
Figure 00000008
Figure 00000009
Figure 00000010
Figure 00000011
Figure 00000012
Figure 00000013
Figure 00000014
Figure 00000015
Figure 00000016
Figure 00000017
Figure 00000018
Figure 00000019
Figure 00000020
Figure 00000021
Figure 00000022
Figure 00000023
Figure 00000024
Figure 00000025
Figure 00000026
Figure 00000027
Figure 00000028
Figure 00000029
Figure 00000030
Figure 00000031
Figure 00000032
Figure 00000033
Figure 00000034
Figure 00000035
Figure 00000036
Figure 00000037
Figure 00000038
Figure 00000039
Figure 00000040
Figure 00000041
Figure 00000042
Figure 00000043
Figure 00000044
Figure 00000045
Figure 00000046
Figure 00000047
Figure 00000048
Figure 00000049
Figure 00000050
Figure 00000051
Figure 00000052
Figure 00000053
Figure 00000054
Figure 00000055
Figure 00000056
Figure 00000057
Figure 00000058
Figure 00000059
Figure 00000060
Figure 00000061

Claims (48)

1. Способ идентификации урогенитальной инфекции, включающий обеспечение образца ДНК, одного или более инфекционных агентов в урогенитальной области, прямых и обратных праймеров, специфичных к ДНК, и биологического микрочипа, проведение ПЦР в присутствии образца ДНК, инкубацию ПЦР-продукта с дифференцирующими олигонуклеотидами, иммобилизованными на поверхности биологического микрочипа, в условиях гибридизации, определение урогенитальной инфекции детекцией образованных гибридизационных комплексов на микрочипе, отличающийся тем, что биологический микрочип содержит дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-87, в качестве специфичных праймеров используют праймеры, последовательность которых выбирают из группы, состоящей из SEQ ID NO:1-58, в качестве ПЦР используют мультипраймерную ассиметричную ПЦР, причем, в паре прямого и обратного праймеров один праймер содержит метку, которую после гибридизации ДНК детектируют, регистрируют и используют для идентификации инфекционных агентов в урогенитальной области.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что проводят детекцию образцов на наличие в них, по крайней мере, одной ДНК, принадлежащей гену, входящему в перечень патогенных организмов приведенных в таблице 1.
3. Способ по п.1, отличающийся тем, что образец исследуемой ДНК выделяют, по крайней мере, из одного образца биологического материала человека, входящего в группу, состоящую из крови, биопсийного материала, слюны, слезных выделений, мочи, бронхо-авеолярного лаважа, ликвора или их комбинаций.
4. Способ по п.1, где биологический микрочип получают модификацией несущей поверхности микрочипа и иммобилизацией на нее дифференциальных олигонуклеотидов.
5. Способ по п.1, отличающийся тем, что модификацию поверхности несущего элемента микрочипа осуществляют с применением раствора 3-аминопропилтриэтоксисилана.
6. Способ по п.1, где гибридизацию проводят при температуре от 35 до 50°С в буфере, содержащем от 0,5 × до 5 × SSC; 0,1% SDS; до 25% формамида и/или до 10 мМ ЭДТА.
7. Способ по п.1, отличающийся тем, что определяемую метку выбирают из группы, состоящей из каталитических, лигандных, флуоресцентных или радиоактивных молекул.
8. Способ по п.7, отличающийся тем, что каталитическую молекулу выбирают из группы, включающей гемин, цианкобаламин или флавин.
9. Способ по п.7, отличающийся тем, что лигандная молекула выбрана из группы, включающей биотин, диоксигенин или динитробензол.
10. Способ по п.7, отличающийся тем, что флуоресцентная молекула выбрана из группы, включающей FAM, TAMRA, Cy3, Cy5, Cy7, R6G, R110, ROX или JOE.
11. Способ по п.1, отличающийся тем, что детектирование и/или идентификацию инфекционных агентов осуществляют путем сравнительного анализа уровня сигналов исследуемого образца, положительного и отрицательного контролей.
12. Специфический олигонуклеотид для использования в способе идентификации урогенитальной инфекции по пп.1-11, который выбирают в качестве праймера ассиметричной мультипраймерной ПЦР и который характеризуется нуклеотидной последовательностью, выбранной из последовательностей, представленных в SEQ ID NO:1-58.
13. Дифференцирующий олигонуклеотид, в качестве зонда для видовой идентификации инфекционного агента для использования в способе идентификации урогенитальной инфекции по пп.1-11, который характеризуется нуклеотидной последовательностью, выбранной из последовательностей, представленных в SEQ ID NO:59-87.
14. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Chlamydia trachomatis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:59 и SEQ ID NO:1 и SEQ ID NO:2 либо SEQ ID NO:60 и SEQ ID NO:3 и SEQ ID NO:4.
15. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Neisseria gonorrhoeae, отличающаяся тем, включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:61 и SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6, либо SEQ ID NO:62 и SEQ ID NO:7 и SEQ ID NO:84, либо SEQ ID NO:63 и SEQ ID NO:9 и SEQ ID NO:10.
16. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Trichomonas vaginalis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:64 и SEQ ID NO:11 и SEQ ID NO:12 либо SEQ ID NO:65 и SEQ ID NO:13 и SEQ ID NO:14.
17. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Ureaplasma urealyticum и/или Ureaplasma parvum, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:66 и SEQ ID NO:15 и SEQ ID NO:16 либо SEQ ID NO:67 и SEQ ID NO:17 и SEQ ID NO:18.
18. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Candida albicans, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:68 и SEQ ID NO:19 и SEQ ID NO:20 либо SEQ ID NO:69 и SEQ ID NO:21 и SEQ ID NO:22.
19. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Mycoplasma genitalium, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:70 и SEQ ID NO:23 и SEQ ID NO:24, либо SEQ ID NO:71 и SEQ ID NO:25 и SEQ ID NO:26, либо SEQ ID NO:72 и SEQ ID NO:27 и SEQ ID NO:28.
20. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Mycoplasma hominis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:73 и SEQ ID NO:29 и SEQ ID NO:30, либо SEQ ID NO:74 и SEQ ID NO:31 и SEQ ID NO:32, либо SEQ ID NO:75 и SEQ ID NO:33 и SEQ ID NO:34.
21. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Gardnerella vaginalis, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:76 и SEQ ID NO:35 и SEQ ID NO:36, либо SEQ ID NO:77 и SEQ ID NO:37 и SEQ ID NO:38, либо SEQ ID NO:78 и SEQ ID NO:39 и SEQ ID NO:40.
22. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Streptococcus agalactiae, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями SEQ ID NO:79 и SEQ ID NO:41 и SEQ ID NO:42.
23. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Streptococcus agalactiae и/или Streptococcus pyogenes, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями SEQ ID NO:80 и SEQ ID NO:43 и SEQ ID NO:44.
24. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 1 и/или Human herpesvirus 2, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:81 и SEQ ID NO:45 и SEQ ID NO:46, либо SEQ ID NO:82 и SEQ ID NO:47 и SEQ ID NO:48.
25. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 4, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:83 и SEQ ID NO:49 и SEQ ID NO:50, либо SEQ ID NO:84 и SEQ ID NO:51 и SEQ ID NO:52, либо SEQ ID NO:85 и SEQ ID NO:53 и SEQ ID NO:54.
26. Композиция олигонуклеотидов для видовой идентификации инфекционного агента Human herpesvirus 5, отличающаяся тем, что включает олигонуклеотиды с последовательностями либо SEQ ID NO:86 и SEQ ID NO:55 и SEQ ID NO:56, либо SEQ ID NO:87 и SEQ ID NO:57 и SEQ ID NO:58.
27. Биологический микрочип для видовой идентификации урогенитальной инфекции, представляющий собой несущий элемент, на котором иммобилизованы дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-87
28. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент чипа выполнен из материалов входящих в группу, состоящую из: полимеров, стекла, металлов, керамики или их комбинаций.
29. Микрочип по п.28, отличающийся тем, что полимеры выбирают из группы состоящей из: полиметилметакрилата, полибутилметакрилата, поливинилхлорида, поликарбоната, сополимеров метилметакрилата и/или сополимеров бутилметакрилата с другими мономерами, такими, как стирол, акрилонитрил.
30. Микрочип по п.29, отличающийся тем, что в качестве полимера используют полиметилметакрилат.
31. Микрочип по п.29, отличающийся тем, что в качестве полимера используют поливинилхлорид.
32. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент чипа выполнен в виде плоских платформ, пленок.
33. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что форма несущего элемента, выполненного в виде плоских платформ или пленки, представляет собой прямоугольник, квадрат, многоугольник или круг.
34. Микрочип по п.33, отличающийся тем, что толщина несущего элемента составляет от 0,5 до 5,0 мм.
35. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что несущий элемент выполнен в форме индивидуального чипа или мультичипа.
36. Микрочип по п.35, отличающийся тем, что несущий элемент выполнен в форме мультичипа, состоящего из N отделяемых от несущего элемента индивидуальных чипов.
37. Микрочип по п.27, отличающийся тем, что дифференцирующие олигонуклеотиды иммобилизованы на несущей поверхности в форме кластеров.
38. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество кластеров, размещенных в рабочей зоне каждого индивидуального чипа, составляет от 2 до 1000.
39. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество кластеров, размещенных в рабочей зоне каждого индивидуального чипа, составляет 15.
40. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что состав кластеров, размещенных на рабочей зоне чипа, выбирают из группы: кластеры зондов, кластеры положительных контролей, кластеры отрицательных контролей.
41. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что соотношение между количеством кластеров, в которых размещают зонды, и кластеров, в которых размещают положительные контроли, выбирают в диапазоне от 1:1 до 500:1.
42. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что соотношение между количеством кластеров, в которых размещают зонды, и кластеров, в которых размещают отрицательные контроли, выбирают в диапазоне от 1:1 до 500:1.
43. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество нанесенных зондов одного типа дифференцирующего олигонуклеотида на поверхности каждого кластера составляет от 1 до 50.
44. Микрочип по п.37, отличающийся тем, что количество нанесенных зондов одного типа дифференцирующего олигонуклеотида в каждом кластере составляет 4 или 9.
45. Микрочип по п.40, отличающийся тем, что объем капель каждого зонда составляет не менее 0,005 мкл.
46. Микрочип по п.36, отличающийся тем, что отдельные микрочипы получают посредством отделения чипа от несущего элемента, причем отделение осуществляют отламыванием, отрезанием, отрубанием.
47. Набор для видовой идентификации урогенитальной инфекции, включающий:
а) по меньшей мере, один биологический индивидуальный микрочип для проведения разовой диагностики или биологический мультичип для проведения параллельного или последовательного скрининга, содержащий дифференцирующие олигонуклеотиды с последовательностями, представленными в SEQ ID NO:59-87;
б) реагенты, которые выбирают из реагентов для подготовки образца, реагентов для проведения ПЦР, реагентов для проведения гибридизации и их комбинации;
в) специфические олигонуклеотиды в качестве праймеров ПЦР для видовой идентификации инфекционного агента с последовательностями, которые выбирают из SEQ ID NO:1-58.
48. Набор по п.48, отличающийся тем, что дополнительно содержит устройство для проведения гибридизации и/или устройство для сканирования и интерпретации результатов анализа, причем для сканирования используют устройство, входящее в группу, состоящую из: ручного сканера, сканера индивидуальных чипов, планшетного сканера мультичипов, сканера дисковых мультичипов и компьютера как средства для интерпретации и хранения результатов диагностики.
RU2006117378/13A 2006-05-23 2006-05-23 Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа RU2348695C2 (ru)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2006117378/13A RU2348695C2 (ru) 2006-05-23 2006-05-23 Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа
EP07794002A EP2028273A4 (de) 2006-05-23 2007-05-21 Verfahren zum nachweis einer infektions des urogenitalbereichs, oligonukleotid, oligonukleotidkombination, biochip und darauf basierendes set
PCT/RU2007/000248 WO2007136303A1 (ru) 2006-05-23 2007-05-21 Способ идентификации урогенитальной инфекции, олигонуклеотид, комбинация олигонуклеотидов, биочип и набор на его основе

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2006117378/13A RU2348695C2 (ru) 2006-05-23 2006-05-23 Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2006117378A RU2006117378A (ru) 2007-12-10
RU2348695C2 true RU2348695C2 (ru) 2009-03-10

Family

ID=38723544

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2006117378/13A RU2348695C2 (ru) 2006-05-23 2006-05-23 Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа

Country Status (3)

Country Link
EP (1) EP2028273A4 (ru)
RU (1) RU2348695C2 (ru)
WO (1) WO2007136303A1 (ru)

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2470987C1 (ru) * 2011-12-22 2012-12-27 Ахматфаиль Магсумович Фахриев Нейтрализатор сероводорода и способ его получения
RU2534817C2 (ru) * 2009-04-17 2014-12-10 Авеллино Ко., Лтд Праймеры для диагностики дистрофии роговицы авеллино
RU2595398C1 (ru) * 2015-03-12 2016-08-27 Общество с ограниченной ответственностью "ИнтерЛабСервис" Набор реагентов для выявления днк neisseria gonorrhoeae и его применение
RU2612789C2 (ru) * 2009-04-04 2017-03-13 Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile
RU2663454C1 (ru) * 2017-12-26 2018-08-06 Общество с ограниченной ответственностью "НекстБио" Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК возбудителей вульвовагинального кандидоза в слизистой оболочке влагалища
RU2663453C1 (ru) * 2017-12-26 2018-08-06 ООО "НекстБио" Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis в слизистой оболочке влагалища
RU2730836C2 (ru) * 2014-08-14 2020-08-26 Мемед Диагностикс Лтд. Вычислительный анализ биологических данных с применением многообразия и гиперплоскости

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9212397B2 (en) 2009-06-23 2015-12-15 Gen-Probe Incorporated Compositions and methods for detecting nucleic acid from mollicutes

Family Cites Families (36)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0452596A1 (en) 1990-04-18 1991-10-23 N.V. Innogenetics S.A. Hybridization probes derived from the spacer region between the 16S and 23S rRNA genes for the detection of non-viral microorganisms
US5700636A (en) 1990-10-19 1997-12-23 Becton Dickinson And Company Methods for selectively detecting microorganisms associated with vaginal infections in complex biological samples
JPH05317099A (ja) * 1990-12-28 1993-12-03 Iatron Lab Inc ヒトサイトメガロウイルスの検出方法
JP3167138B2 (ja) 1991-02-25 2001-05-21 株式会社ヤトロン 単純ヘルペスウイルスの型特異的検出方法
US5843667A (en) 1991-03-22 1998-12-01 Amoco Corporation Nucleic acid probes for the detection for genital mycoplasmas
FR2694768B1 (fr) 1992-07-30 1994-12-23 Pasteur Institut Séquences d'oligonucléotides pour la détection spécifique de mollicutes par amplication de gènes conservés.
US5550040A (en) 1993-06-23 1996-08-27 Hoffman-La Roche Inc. Method, reagents and kits for the detection of Neisseria gonorrhoeae
EP1098007A1 (en) 1994-06-24 2001-05-09 Innogenetics N.V. Simultaneous detection, identification and differentiation of Eubacterial taxa using a hybridization assay
US5656427A (en) 1994-08-29 1997-08-12 Gen-Probe Incorporated Nucleic acid hybridization assay probes, helper probes and amplification oligonucleotides targeted to Mycoplasma pneumoniae nucleic acid
US6720149B1 (en) 1995-06-07 2004-04-13 Affymetrix, Inc. Methods for concurrently processing multiple biological chip assays
US20040234999A1 (en) 1996-04-02 2004-11-25 Farrar Gwenyth Jane Genetic suppression and replacement
JP4456182B2 (ja) 1996-09-16 2010-04-28 ザ カバメント オブ ザ ユーナイテッド ステイツ オブ アメリカ，リプリゼンテッド バイ ザ セクレタリー，デパートメント オブ ヘルス アンド ヒューマン サービシーズ，センターズ フォー ディジ Ｃａｎｄｉｄａ ｓｐｐ．の検出のための方法および組成物
US20030049636A1 (en) 1999-05-03 2003-03-13 Bergeron Michel G. Species-specific, genus-specific and universal DNA probes and amplification primers to rapidly detect and identify common bacterial and fungal pathogens and associated antibiotic resistance genes from clinical specimens for diagnosis in microbiology laboratories
US6242178B1 (en) 1997-07-30 2001-06-05 Centers For Disease Control And Prevention Nucleic acid probes for detecting Candida species
US20020177144A1 (en) 1997-12-30 2002-11-28 Jose Remacle Detection and/or quantification method of a target molecule by a binding with a capture molecule fixed on the surface of a disc
US6215894B1 (en) 1999-02-26 2001-04-10 General Scanning, Incorporated Automatic imaging and analysis of microarray biochips
AU782305B2 (en) 1999-05-28 2005-07-21 Enterprise Ireland Trading As Bioresearch Ireland Nucleic acid probes and methods for detecting clinically important fungal pathogens
JP2000032992A (ja) 1999-07-26 2000-02-02 Iatron Lab Inc ヒトサイトメガロウイルスの検出方法
WO2001036683A2 (en) * 1999-11-16 2001-05-25 Apollo Biotechnology, Inc. Method for rapid and accurate identification of microorganisms
RU2182328C2 (ru) 2000-02-17 2002-05-10 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН Флуоресцентный микроскоп
US6913879B1 (en) 2000-07-10 2005-07-05 Telechem International Inc. Microarray method of genotyping multiple samples at multiple LOCI
EP1432832A2 (en) 2000-10-24 2004-06-30 Vigen Laboratories, Inc. Detection and quantification of human herpes viruses
US6879915B2 (en) 2001-01-31 2005-04-12 Agilent Technologies, Inc. Chemical array fabrication and use
ES2344594T3 (es) 2001-01-31 2010-09-01 Mayo Foundation For Medical Education And Research Deteccion del virus del herpes simplex.
CA2438130A1 (en) 2001-02-13 2002-08-22 Children's Hospital Research Foundation Quantitative epstein barr virus pcr rapid assay
CA2478020C (en) 2001-03-01 2006-12-19 The Johns Hopkins University Quantitative assay for the simultaneous detection and speciation of bacterial infections
RU2247390C2 (ru) 2002-02-19 2005-02-27 Научно-исследовательский институт детских инфекций (НИИДИ) Способ диагностики инфекции, вызванной вирусом эпштейн- барр
US20050202436A1 (en) 2002-07-30 2005-09-15 Baback Gharizadeh Target-specific multiple sequencing primer pool for microbial typing and sequencing applications in DNA-sequencing technologies
CA2523016C (en) 2003-04-25 2018-05-15 Becton, Dickinson And Company Detection of herpes simplex virus types 1 and 2 by nucleic acid amplification
WO2004113524A1 (en) 2003-06-23 2004-12-29 National Research Council Of Canada Variants of aminoacylase, nucleic acids coding same, and uses thereof
US20050186580A1 (en) 2004-02-23 2005-08-25 Dellinger Douglas J. Quality control method for array manufacture
RU2265656C1 (ru) 2004-03-22 2005-12-10 Общество с ограниченной ответственностью "ИнтерЛабСервис" Питательная среда для выявления ureaplasma urealyticum и способ диагностики урогенитальных уреаплазмозов
RU2270254C2 (ru) 2004-04-30 2006-02-20 Институт Молекулярной Биологии Им. В.А. Энгельгардта Российской Академии Наук Способ идентификации трансгенных последовательностей днк в растительном материале и продуктах на его основе, набор олигонуклеотидов и биочип для осуществления этого способа
RU2272293C1 (ru) 2004-08-17 2006-03-20 Сергей Юрьевич Юрьев Способ серологической диагностики активной хламидийной инфекции у беременных женщин
RU2265668C1 (ru) 2004-09-15 2005-12-10 Общество с ограниченной ответственностью Инновационная Корпорация "БИОЗАЩИТА" Набор праймеров для детекции и/или идентификации трансгенных последовательностей днк в растительном материале и его содержащих продуктах (варианты), праймер (варианты), пара праймеров (варианты), способ детекции и/или идентификации с их использованием (варианты) и устройство для осуществления способа
RU2274449C1 (ru) 2004-10-19 2006-04-20 Кировская государственная медицинская академия (КГМА) Способ повышения чувствительности метода пцр диагностики микоплазменной урогенитальной инфекции у больных с выраженным экссудативным воспалением

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
PCR primer to detect Cytomegalovirus DNA encoding Immediate Early 1 protein. EMBL:E05993 (HIRAI, K et al.), 09.11.2005. *
YOSHIDA TAKASHI, MAEDA SHIN-ICHI, DEGUCHI TAKASHI, MIYAZAWA TAKAMARO, ISHIKO HIROAKI, Быстрое обнаружение Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma parvum и Ureaplasma urealyticum в урогенитальных образцах методом ПЦР-гибридизации на чашках для микротитрования. J. Clin. Microbiol. - 2003. 41, N 5, с.1850-1855. ВАЩЕНКО С.Н. Частота выявления возбудителей у лиц, обратившихся в специализированный медицинский центр по поводу воспалительных урогенитальных заболеваний. Дерматол. та венерол. - 2003, N 3, с.56-59. *

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2612789C2 (ru) * 2009-04-04 2017-03-13 Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. Способ детектирования и характеризации токсиногенного штамма clostridium difficile
RU2534817C2 (ru) * 2009-04-17 2014-12-10 Авеллино Ко., Лтд Праймеры для диагностики дистрофии роговицы авеллино
RU2470987C1 (ru) * 2011-12-22 2012-12-27 Ахматфаиль Магсумович Фахриев Нейтрализатор сероводорода и способ его получения
RU2730836C2 (ru) * 2014-08-14 2020-08-26 Мемед Диагностикс Лтд. Вычислительный анализ биологических данных с применением многообразия и гиперплоскости
RU2595398C1 (ru) * 2015-03-12 2016-08-27 Общество с ограниченной ответственностью "ИнтерЛабСервис" Набор реагентов для выявления днк neisseria gonorrhoeae и его применение
RU2663454C1 (ru) * 2017-12-26 2018-08-06 Общество с ограниченной ответственностью "НекстБио" Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК возбудителей вульвовагинального кандидоза в слизистой оболочке влагалища
RU2663453C1 (ru) * 2017-12-26 2018-08-06 ООО "НекстБио" Набор синтетических олигонуклеотидов для количественного определения ДНК Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis в слизистой оболочке влагалища

Also Published As

Publication number Publication date
WO2007136303A1 (ru) 2007-11-29
EP2028273A1 (de) 2009-02-25
RU2006117378A (ru) 2007-12-10
WO2007136303A8 (ru) 2009-07-16
EP2028273A4 (de) 2010-09-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2348695C2 (ru) Дифференцирующий и специфический олигонуклеотиды для идентификации последовательностей днк инфекционных агентов в биологических материалах, способ видовой идентификации инфекционных агентов, биочип и набор для осуществления этого способа
EP2350648B1 (en) Selective processing of biological material on a microarray substrate
US8637302B2 (en) Method for single nucleotide polymorphism and mutation detection using real time polymerase chain reaction microarray
Khodakov et al. An oligonucleotide microarray for multiplex real-time PCR identification of HIV-1, HBV, and HCV
JP6020164B2 (ja) 核酸の検出方法
JP2018529314A5 (ru)
WO2005029041A2 (en) High density sequence detection methods and apparatus
RU2003103771A (ru) Способ генотипирования на микрочипах множества образцов по множественным локусам
EP1788096A1 (en) Lid for PCR vessel comprising probes permitting PCR amplification and detection of the PCR product by hybridisation without opening the PCR vessel
US8741565B2 (en) Oligonucleotide microarray for identification of pathogens
WO2001073134A2 (en) Gene profiling arrays
US10538805B2 (en) Quantitative multiplexed identification of nucleic acid targets
Frans et al. Detection and identification of fish pathogens: what is the future?
CN103966320A (zh) 用于一体化检测的基因芯片及在片扩增方法
CN105018338A (zh) 一种预测他汀类药物疗效和安全性的基因突变检测芯片
Paul et al. Rapid extraction of plant nucleic acids by microneedle patch for in-field detection of plant pathogens
CN105331718A (zh) 检测中枢神经系统真菌性感染者脑脊液中病原菌的基因芯片及试剂盒
RU2005131568A (ru) Способ анализа генетического полиморфизма, определяющего предрасположенность к онкологическим заболеваниям и индивидуальную чувствительность к фармацевтическим препаратам с использованием олигонуклеотидного биологического микрочипа (биочипа)
KR100429967B1 (ko) Ｄｎａ칩을 이용한 유전자 분석방법
RU2670207C1 (ru) Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления ДНК Gardnerella vaginalis в слизистой оболочке влагалища
WO2006047911A1 (fr) Type de biopuce a haut debit et son application
Vernon et al. Microarray technology for use in molecular epidemiology

Legal Events

Date Code Title Description
PC41 Official registration of the transfer of exclusive right

Effective date: 20140923

RH4A Copy of patent granted that was duplicated for the russian federation

Effective date: 20160504

PD4A Correction of name of patent owner
PC41 Official registration of the transfer of exclusive right

Effective date: 20200623