Claims (58)
1. Нуклеиновая кислота, где последовательность указанной нуклеиновой кислоты включает по меньшей мере одну последовательность открытой рамки считывания (ORF), выбранной из группы, состоящей из ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 и ORF-5; где:1. Nucleic acid, where the sequence of the specified nucleic acid includes at least one open reading frame (ORF) sequence selected from the group consisting of ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 and ORF-5; where:
ORF-1 по меньшей мере на 80% идентична последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:1,ORF-1 is at least 80% identical to the nucleic acid sequence of SEQ ID NO:1,
ORF-2 по меньшей мере на 80% идентична последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:2,ORF-2 is at least 80% identical to the nucleic acid sequence of SEQ ID NO:2,
ORF-3 по меньшей мере на 80% идентична последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:3,ORF-3 is at least 80% identical to the nucleic acid sequence of SEQ ID NO:3,
ORF-4 по меньшей мере на 80% идентична последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:4, иORF-4 is at least 80% identical to the nucleic acid sequence of SEQ ID NO:4, and
ORF-5 по меньшей мере на 80% идентична последовательности нуклеиновой кислоты SEQ ID NO:5.ORF-5 is at least 80% identical to the nucleic acid sequence of SEQ ID NO:5.
2. Нуклеиновая кислота по п.1, где:2. Nucleic acid according to claim 1, where:
последовательность указанной нуклеиновой кислоты включает по меньшей мере ORF-1, ORF-2, ORF-3 и ORF-4, как определено в п.1; и/илиthe sequence of the specified nucleic acid includes at least ORF-1, ORF-2, ORF-3 and ORF-4, as defined in paragraph 1; and/or
последовательность указанной нуклеиновой кислоты по меньшей мере на 80% идентична вирусному геному согласно SEQ ID NO:6.the sequence of the specified nucleic acid is at least 80% identical to the viral genome according to SEQ ID NO:6.
3. Нуклеиновая кислота, где:3. Nucleic acid, where:
последовательность указанной нуклеиновой кислоты комплементарна любой из SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:5, и/илиthe sequence of said nucleic acid is complementary to any of SEQ ID NO:1 - SEQ ID NO:5, and/or
последовательность указанной нуклеиновой кислоты комплементарна SEQ ID NO:6.the sequence of said nucleic acid is complementary to SEQ ID NO:6.
4. Вирус, который инфицирует и способен вызывать гибель пинагора (Cyclopterus lumpus), где вирусный геном включает последовательность нуклеиновой кислоты по любому из пп. 1-3, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит основание урацил (U) вместо основания тимина (T).4. A virus that infects and is capable of causing the death of lumpfish ( Cyclopterus lumpus ), where the viral genome includes a nucleic acid sequence according to any one of paragraphs. 1-3, wherein said nucleic acid sequence contains a uracil base (U) instead of a thymine base (T).
5. Вирус по п.4, где указанный вирус включает ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 и ORF-5 по п.1, где указанные ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 и ORF-5 кодируют вирусные полипептиды, которые по меньшей мере на 80% идентичны SEQ ID NO 7-11.5. Virus according to claim 4, where said virus includes ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 and ORF-5 according to claim 1, where said ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 and ORF-5 encode viral polypeptides that are at least 80% identical to SEQ ID NOs 7-11.
6. Вирус по п.5, где указанные ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 и ORF-5 кодируют вирусные полипептиды, которые по меньшей мере на 95% идентичны SEQ ID NO 7-11, соответственно.6. The virus of claim 5, wherein said ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4, and ORF-5 encode viral polypeptides that are at least 95% identical to SEQ ID NOs 7-11, respectively.
7. Вирус по п.5 или 6, где указанные ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 и ORF-5 кодируют вирусные полипептиды, которые представляют собой содержащие консервативные замены варианты SEQ ID NO 7-11, соответственно, или вирусные полипептиды, включающие аминокислотные последовательности SEQ ID NO 7-11, соответственно.7. The virus according to claim 5 or 6, where said ORF-1, ORF-2, ORF-3, ORF-4 and ORF-5 encode viral polypeptides that are variants of SEQ ID NO 7-11 containing conservative substitutions, respectively , or viral polypeptides comprising the amino acid sequences of SEQ ID NOs 7-11, respectively.
8. Вирус по любому из пп. 4-7, где заражение пинагора вирусом вызывает следующие симптомы у рыбы:8. The virus according to any one of paragraphs. 4-7, where infection of lumpfish with a virus causes the following symptoms in fish:
повреждение ткани в кишечнике, и/или диарею.tissue damage in the intestines, and/or diarrhea.
9. Вирус по любому из пп. 4-8, где:9. The virus according to any one of paragraphs. 4-8, where:
вирус является оболочечным вирусом; и/илиthe virus is an enveloped virus; and/or
вирус является коронавирусом, предпочтительно торовирусом.the virus is a coronavirus, preferably a torovirus.
10. Олигонуклеотидный праймер, который:10. An oligonucleotide primer that:
включает последовательность по меньшей мере из 9 последовательных нуклеотидов, где указанная последовательность комплементарна последовательности нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме вируса по любому из пп. 4-6,includes a sequence of at least 9 consecutive nucleotides, where the specified sequence is complementary to the nucleic acid sequence that is contained in the genome of the virus according to any one of paragraphs. 4-6,
включает по меньшей мере 9 последовательных нуклеотидов последовательности, которая представляет собой часть, или комплементарна части, референсной последовательности нуклеиновой кислоты, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 или SEQ ID NO:6, илиincludes at least 9 consecutive nucleotides of a sequence that is part of, or complementary to part of, a reference nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO :4, SEQ ID NO:5 or SEQ ID NO:6, or
включает по меньшей мере 9 последовательных нуклеотидов последовательности, которая по меньшей мере на 80% идентична последовательности, которая представляет собой или комплементарна последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:12 - SEQ ID NO:80;includes at least 9 consecutive nucleotides of a sequence that is at least 80% identical to a sequence that is or is complementary to a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:12 - SEQ ID NO:80;
при условии, что указанный олигонуклеотидный праймер не включает последовательность, выбранную из группы, состоящей из SEQ ID NO:21 - SEQ ID NO:23.provided that said oligonucleotide primer does not include a sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:21 - SEQ ID NO:23.
11. Применение по меньшей мере одного олигонуклеотидного праймера в способе обнаружения вируса по любому из пп. 4-9, где по меньшей мере один праймер включает последовательность по меньшей мере из 9 последовательных нуклеотидов, и где указанная последовательность комплементарна последовательности нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме указанного вируса.11. The use of at least one oligonucleotide primer in the method for detecting a virus according to any one of paragraphs. 4-9, where at least one primer includes a sequence of at least 9 consecutive nucleotides, and where the specified sequence is complementary to the nucleic acid sequence that is contained in the genome of the specified virus.
12. Способ обнаружения вируса, который инфицирует и способен вызывать гибель рыбы, включающий следующие стадии:12. A method for detecting a virus that infects and is capable of causing the death of fish, comprising the following steps:
контакт нуклеиновой кислоты, выделенной из биологического образца рыбы, по меньшей мере с одним олигонуклеотидным праймером, с получением смеси, где по меньшей мере один олигонуклеотидный праймер комплементарен последовательности нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме вируса по любому из пп.4-9,contacting a nucleic acid isolated from a biological fish sample with at least one oligonucleotide primer to obtain a mixture, where at least one oligonucleotide primer is complementary to the nucleic acid sequence that is contained in the virus genome according to any one of claims 4 to 9,
определение, присутствует ли после амплификации смеси a) продукт амплификации, где присутствие продукта амплификации указывает на присутствие РНК, ассоциированной с вирусом, и следовательно, на присутствие вируса в биологическом образце,determining whether, after amplification, the mixture is present a) an amplification product, where the presence of the amplification product indicates the presence of virus-associated RNA and hence the presence of a virus in the biological sample,
где, необязательно, олигонуклеотидный праймер является олигонуклеотидным праймером по п.10.where, optionally, the oligonucleotide primer is the oligonucleotide primer according to claim 10.
13. Способ обнаружения вируса, который инфицирует и способен вызывать гибель рыбы, включающий следующие стадии:13. A method for detecting a virus that infects and is capable of causing the death of fish, including the following steps:
секвенирование нуклеиновой кислоты, выделенной из биологического образца рыбы, иsequencing a nucleic acid isolated from a biological fish sample, and
сравнение полученной последовательности нуклеиновой кислоты с последовательностью нуклеиновой кислоты, которая представляет собой или комплементарна референсной последовательности, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 и SEQ ID NO:6, где по меньшей мере 80% идентичность последовательности между двумя последовательностями указывает на присутствие вируса в биологическом образце.comparing the resulting nucleic acid sequence with a nucleic acid sequence that is or is complementary to a reference sequence selected from the group consisting of SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:5 and SEQ ID NO:6, where at least 80% sequence identity between the two sequences indicates the presence of the virus in the biological sample.
14. Антитело, которое связывает полипептид, где полипептид кодируется последовательностью нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме вируса по любому из пп. 4-9,14. An antibody that binds a polypeptide, where the polypeptide is encoded by a nucleic acid sequence that is contained in the genome of the virus according to any one of paragraphs. 4-9,
необязательно, где полипептид выбран из группы, состоящей из:optionally, where the polypeptide is selected from the group consisting of:
полипептида, включающего аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO:7;a polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:7;
полипептида, включающего аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO:8;a polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:8;
полипептида, включающего аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO:9;a polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:9;
полипептида, включающего аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO:10; иa polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:10; and
полипептида, включающего аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична SEQ ID NO:11.a polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to SEQ ID NO:11.
15. Набор для обнаружения вируса в биологическом образце рыбы, где набор включает олигонуклеотидный праймер по п.10 и/или антитело по п.14,15. A kit for detecting a virus in a biological fish sample, where the kit includes an oligonucleotide primer according to claim 10 and/or an antibody according to claim 14,
необязательно, где набор является тестом ОТ-ПЦР в реальном времени.optionally, where the kit is a real-time RT-PCR test.
16. Антитело по п.14 для применения в лечении рыбы, инфицированной вирусом по любому из пп. 4-6.16. An antibody according to claim 14 for use in the treatment of fish infected with a virus according to any one of paragraphs. 4-6.
17. Применение вируса по любому из пп. 4-9 для получения вакцины.17. The use of the virus according to any one of paragraphs. 4-9 to get a vaccine.
18. Вирусный полипептид, включающий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 80% идентична любой из SEQ ID NO 7-11.18. A viral polypeptide comprising an amino acid sequence that is at least 80% identical to any of SEQ ID NOs 7-11.
19. Вирусный полипептид по п.18, включающий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 90% идентична любой из SEQ ID NO 7-11.19. A viral polypeptide according to claim 18, comprising an amino acid sequence that is at least 90% identical to any of SEQ ID NOs 7-11.
20. Вирусный полипептид по п.18, включающий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 95% идентична любой из SEQ ID NO 7-11.20. A viral polypeptide according to claim 18, comprising an amino acid sequence that is at least 95% identical to any of SEQ ID NOs 7-11.
21. Вирусный полипептид по любому из пп. 18-20, включающий аминокислотную последовательность, включающую любую из SEQ ID NO: 7-11, или ее вариант, содержащий консервативную замену.21. Viral polypeptide according to any one of paragraphs. 18-20, comprising an amino acid sequence comprising any of SEQ ID NOs: 7-11, or a variant thereof containing a conservative substitution.
22. Вирусный полипептид по любому из пп. 18-20, включающий аминокислотную последовательность, включающую любую из SEQ ID NO 7-11.22. Viral polypeptide according to any one of paragraphs. 18-20, comprising an amino acid sequence comprising any of SEQ ID NOs 7-11.
23. Вакцина, включающая:23. Vaccine, including:
последовательность нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме вируса по любому из пп. 4-9;the nucleic acid sequence that is contained in the genome of the virus according to any one of paragraphs. 4-9;
нуклеиновую кислоту, как заявлено в любом из пп. 1-3;nucleic acid, as stated in any of paragraphs. 1-3;
вирусный полипептид, кодируемый последовательностью нуклеиновой кислоты, которая содержится в геноме вируса по любому из пп. 4-9;a viral polypeptide encoded by a nucleic acid sequence that is contained in the virus genome according to any one of paragraphs. 4-9;
вирусный полипептид по любому из пп. 18-22; илиa viral polypeptide according to any one of paragraphs. 18-22; or
вирус по любому из пп. 4-9.virus according to any one of paragraphs. 4-9.
24. Вакцина по п.23, где последовательность нуклеиновой кислоты является последовательностью нуклеиновой кислоты, заявленной в любом из пп. 1-3, где указанная последовательность нуклеиновой кислоты содержит основание урацил (U) вместо основания тимина (T).24. The vaccine according to claim 23, where the nucleic acid sequence is a nucleic acid sequence as claimed in any of paragraphs. 1-3, wherein said nucleic acid sequence contains a uracil base (U) instead of a thymine base (T).
25. Молекула интерферирующей РНК (иРНК) для применения в лечении рыбы, инфицированной вирусом, где молекула иРНК включает по меньшей мере 12 последовательных нуклеотидов или комплементарна последовательности нуклеиновой кислоты, содержащейся в геноме вируса по любому из пп. 4-9.25. An interfering RNA (mRNA) molecule for use in the treatment of fish infected with a virus, where the mRNA molecule comprises at least 12 consecutive nucleotides or is complementary to the nucleic acid sequence contained in the virus genome according to any one of paragraphs. 4-9.