MXPA04008989A - Alelos hmga novedosos y usos de los mismos como marcadores geneticos para el crecimiento, gordura, calidad de la carne y caracteristicas de eficiencia alimenticia. - Google Patents
Alelos hmga novedosos y usos de los mismos como marcadores geneticos para el crecimiento, gordura, calidad de la carne y caracteristicas de eficiencia alimenticia.Info
- Publication number
- MXPA04008989A MXPA04008989A MXPA04008989A MXPA04008989A MXPA04008989A MX PA04008989 A MXPA04008989 A MX PA04008989A MX PA04008989 A MXPA04008989 A MX PA04008989A MX PA04008989 A MXPA04008989 A MX PA04008989A MX PA04008989 A MXPA04008989 A MX PA04008989A
- Authority
- MX
- Mexico
- Prior art keywords
- polymorphism
- hmga
- animal
- genotype
- gene
- Prior art date
Links
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 title claims abstract description 54
- 230000012010 growth Effects 0.000 title claims abstract description 43
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 title claims description 43
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title abstract description 45
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims abstract description 126
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 79
- NPOAOTPXWNWTSH-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxy-3-methylglutaric acid Chemical group OC(=O)CC(O)(C)CC(O)=O NPOAOTPXWNWTSH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 38
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 claims abstract description 18
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 12
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 12
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 69
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 69
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 57
- 108010049069 HMGA Proteins Proteins 0.000 claims description 53
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 32
- 102000009012 HMGA Proteins Human genes 0.000 claims description 31
- 102100028999 High mobility group protein HMGI-C Human genes 0.000 claims description 30
- 108700039143 HMGA2 Proteins 0.000 claims description 29
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 28
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 27
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 27
- 101150073387 Hmga2 gene Proteins 0.000 claims description 26
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 24
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 24
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 claims description 24
- 101000986380 Homo sapiens High mobility group protein HMG-I/HMG-Y Proteins 0.000 claims description 23
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 23
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 23
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 23
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 23
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 20
- 102100029009 High mobility group protein HMG-I/HMG-Y Human genes 0.000 claims description 18
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 14
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 13
- 235000013305 food Nutrition 0.000 claims description 13
- 230000029087 digestion Effects 0.000 claims description 12
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 11
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 claims description 9
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 claims description 9
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 claims description 9
- 238000000123 temperature gradient gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 8
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 7
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 7
- 238000003935 denaturing gradient gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 6
- 108091027305 Heteroduplex Proteins 0.000 claims description 4
- 101150107737 Hmga1 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 101100395337 Homo sapiens HMGA2 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 claims description 4
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 4
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 4
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 3
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 3
- 101150005218 GA2 gene Proteins 0.000 claims description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 2
- 239000011544 gradient gel Substances 0.000 claims description 2
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 claims description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 2
- 101150028074 2 gene Proteins 0.000 claims 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 65
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 24
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 23
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 21
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 18
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 15
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 15
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 13
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 13
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 11
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 10
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 10
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 10
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 9
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 9
- 101000986379 Homo sapiens High mobility group protein HMGI-C Proteins 0.000 description 8
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 8
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 8
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 8
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 8
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 8
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 8
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 108700039142 HMGA1a Proteins 0.000 description 7
- 102000049983 HMGA1a Human genes 0.000 description 7
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 7
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 7
- 238000013461 design Methods 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 7
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 7
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 6
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 6
- 101150066015 GA1 gene Proteins 0.000 description 6
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 6
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 6
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 6
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 5
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 5
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 5
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- 230000004044 response Effects 0.000 description 5
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 4
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 4
- 206010024612 Lipoma Diseases 0.000 description 4
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 4
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 4
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 4
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 4
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 4
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 4
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- -1 nucleoside triphosphates Chemical class 0.000 description 4
- 235000015277 pork Nutrition 0.000 description 4
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 4
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 3
- 102000049982 HMGA2 Human genes 0.000 description 3
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 3
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 3
- 108700005089 MHC Class I Genes Proteins 0.000 description 3
- 241000699660 Mus musculus Species 0.000 description 3
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 3
- 241000255969 Pieris brassicae Species 0.000 description 3
- 210000001789 adipocyte Anatomy 0.000 description 3
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 3
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 3
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 3
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 3
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 3
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 3
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 3
- 238000011160 research Methods 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 238000003307 slaughter Methods 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- JLKIGFTWXXRPMT-UHFFFAOYSA-N sulphamethoxazole Chemical compound O1C(C)=CC(NS(=O)(=O)C=2C=CC(N)=CC=2)=N1 JLKIGFTWXXRPMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 3
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 3
- 101000764535 Homo sapiens Lymphotoxin-alpha Proteins 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100026238 Lymphotoxin-alpha Human genes 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- 241000282887 Suidae Species 0.000 description 2
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 2
- 230000001186 cumulative effect Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 2
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 2
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 2
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 2
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 2
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Chemical group 0.000 description 2
- 108010071967 protein K Proteins 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 2
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 3,3',5,5'-tetramethylbenzidine Chemical compound CC1=C(N)C(C)=CC(C=2C=C(C)C(N)=C(C)C=2)=C1 UAIUNKRWKOVEES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 7-hydroxycoumarin Natural products O1C(=O)C=CC2=CC(O)=CC=C21 CJIJXIFQYOPWTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N Aspirin Chemical compound CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000713838 Avian myeloblastosis virus Species 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 101100000858 Caenorhabditis elegans act-3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100129922 Caenorhabditis elegans pig-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000986346 Chironomus tentans High mobility group protein I Proteins 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 1
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 101100520057 Drosophila melanogaster Pig1 gene Proteins 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000148064 Enicostema verticillatum Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000978418 Homo sapiens Melanocortin receptor 4 Proteins 0.000 description 1
- HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N Ibuprofen Chemical compound CC(C)CC1=CC=C(C(C)C(O)=O)C=C1 HEFNNWSXXWATRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 1
- 102100023724 Melanocortin receptor 4 Human genes 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 241000714177 Murine leukemia virus Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 1
- 238000010222 PCR analysis Methods 0.000 description 1
- 206010033799 Paralysis Diseases 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 244000088415 Raphanus sativus Species 0.000 description 1
- 235000006140 Raphanus sativus var sativus Nutrition 0.000 description 1
- 102000001218 Rec A Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 108010055016 Rec A Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 101000882572 Sus scrofa Estrogen receptor Proteins 0.000 description 1
- 101001123445 Sus scrofa Prolactin receptor Proteins 0.000 description 1
- 241000589596 Thermus Species 0.000 description 1
- 241000589500 Thermus aquaticus Species 0.000 description 1
- 108010020713 Tth polymerase Proteins 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 1
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 210000003567 ascitic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 230000008033 biological extinction Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 125000004057 biotinyl group Chemical class [H]N1C(=O)N([H])[C@]2([H])[C@@]([H])(SC([H])([H])[C@]12[H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 238000009640 blood culture Methods 0.000 description 1
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 1
- 244000144987 brood Species 0.000 description 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 108091092328 cellular RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- 210000004252 chorionic villi Anatomy 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 230000008711 chromosomal rearrangement Effects 0.000 description 1
- 230000014107 chromosome localization Effects 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000004883 computer application Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 108091092330 cytoplasmic RNA Proteins 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000003292 diminished effect Effects 0.000 description 1
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 1
- 230000008482 dysregulation Effects 0.000 description 1
- 230000000459 effect on growth Effects 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 210000003722 extracellular fluid Anatomy 0.000 description 1
- 210000004700 fetal blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000000834 fixative Substances 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 238000011331 genomic analysis Methods 0.000 description 1
- 150000003278 haem Chemical group 0.000 description 1
- 238000003505 heat denaturation Methods 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229920001519 homopolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000012482 interaction analysis Methods 0.000 description 1
- 230000016507 interphase Effects 0.000 description 1
- 230000002427 irreversible effect Effects 0.000 description 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 1
- 235000020997 lean meat Nutrition 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 235000004213 low-fat Nutrition 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 210000001161 mammalian embryo Anatomy 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 230000031864 metaphase Effects 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 238000011056 performance test Methods 0.000 description 1
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 1
- 210000004976 peripheral blood cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000005105 peripheral blood lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000012985 polymerization agent Substances 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Chemical group 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 1
- 239000012429 reaction media Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 239000001044 red dye Substances 0.000 description 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000022532 regulation of transcription, DNA-dependent Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001850 reproductive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 210000000582 semen Anatomy 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 1
- 210000000278 spinal cord Anatomy 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000002459 sustained effect Effects 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000005496 tempering Methods 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Chemical compound C1=CC(=O)OC2=CC(O)=CC=C21 ORHBXUUXSCNDEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N umbelliferone Natural products Cc1cc2C=CC(=O)Oc2cc1OCC=CC(C)(C)O HFTAFOQKODTIJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
Se describen en la presente marcadores geneticos para crecimiento de animal, calidad de carne y eficiencia alimenticia, metodos para identificar tales marcadores, y metodos para seleccionar animales para determinar aquellos que con mayor posibilidad producen crecimiento deseado, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia y preferiblemente se seleccionan aquellos animales para propositos de reproduccion futuros. Los marcadores se basan en la presencia o ausencia de ciertos polimorfismos en una secuencia de nucleotido HMGA.
Description
ALELOS HMGA NOVEDOSOS Y USOS DE LOS MISMOS COMO MARCADORES
GENETICOS PARA EL CRECIMIENTO, GORDURA, CALIDAD DE LA CARNE Y CARACTERISTICAS DE EFICIENCIA ALIMENTICIA
DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN Existen diferencias genéticas entre animales individuales así como entre razas que pueden ser aprovechadas por técnicas de 'reproducción para lograr animales con características deseables. Por ejemplo, las razas chinas se conocen por alcanzar la pubertad en una etapa temprana y por su tamaño de cría grande, mientras las razas americanas se conocen por sus velocidades de crecimiento mayores y flacura. Sin embargo, la heredabilidad para características deseadas es con frecuencia baja, y los métodos de reproducción estándares que seleccionan individuos basados en variaciones fenotípicas no toman completamente én cuenta la variabilidad genética o interacciones genéticas complejas que existen. El análisis de polimorfismo de longitud del fragmento de restricción (RFLP) ha sido utilizado por varios grupos para estudiar ADN de puercos . Jung et al . , Theor . Appl . Gene . , 77:271-274 (1989), incorporada en la presente para referencia, describe el uso de técnicas RFLP para mostrar variabilidad genética entre dos razas de puerco. El polimorfismo se demostró para genes de la Clase I de antígeno de leucocito de cerdo (SLA) en estas razas. Hoganson et al., Abstract for Annual Meeting of Midwestern Section of the American Society of Animal Science, Marzo 26-28, 1990, incorporada en la presente para referencia, reporta en el polimorfismo de genes de complejo de histocompatibilidad mayor de cerdo (MHC) para puercos chinos, también demostrado por análisis de RFLP. Jung et al., Theor . Appl . Gene . , 77:271-274 (1989), incorporada en la presente para referencia, reporta en el análisis de RFLP de los genes de la Clase I de SLA en ciertos jabalís. Los autores establecen que los resultados sugieren que puede haber una asociación entre genes de la Clase I de SLA/MHC de cerdo y las características de producción y rendimiento. Estos pueden establecer que el uso de los fragmentos de restricción de la Clase I de SLA, como marcadores genéticos, puede tener potencial en el futuro para mejorar el rendimiento de crecimiento del puerco. La capacidad para seguir un alelo genético favorable específico implica un proceso novedoso y extenso de la identificación de un marcador molecular de ADN para un gen de mayor efecto. El marcador puede unirse a un solo gen con un mayor efecto o unirse a un número de genes con efectos aditivos. Los marcadores de ADN tienen varias ventajas; la segregación es fácil para medirse y es inequívoca, y los marcadores de ADN son co-dominantes , es decir, animales heterócigo y homócigo pueden identificarse de manera distinta. Una vez que un sistema marcado se establece las decisiones de selección podrían hacerse muy fácilmente, ya que los marcadores de ADN pueden ensayarse en cualquier momento después de que un tejido o muestra sanguínea puedan recolectarse a partir de la cría individual, o aún un embrión . El uso de diferencias genéticas en genes receptores ha llegado a ser un sistema marcador valioso para selección. Por ejemplo, las Patentes Norteamericanas 5,550,024 y 5,374,526 expedida a Rothschild et al., describen un polimorfismo en el gen receptor de estrogeno de puerco que se asocia con un tamaño de cría más grande, la descripción de la cual se incorpora en la presente para referencia. La patente Norteamericana 5,935,784 describe marcadores polimórficos en el gen receptor de prolactina de puerco que se asocia con tamaño de cría más grande y eficiencia reproductiva total. La calidad de la carne de puerco cruda está influenciada por un gran número de factores genéticos y no genéticos. Lo último incluye la granja, transporte, condiciones de matanza y procesamiento. Los científicos de la carne han realizado una cantidad sustancial de investigaciones en estos factores, que ha conducido a mejoramiento de calidad considerable. Parte de la investigación ha sido también dedicada al antecedente genético de los animales y varios estudios han revelado la importancia de factores genéticos. Esto ha hecho a la industria consciente de que la reproducción selectiva de animales y el uso de tecnología genética pueden jugar un papel importante para mejorar la calidad de la carne de puerco . La información en el nivel de ADN puede ayudar a fijar un mayor gen específico, pero puede también ayudar a la selección de característica cuantitativa para lo cual ya se seleccionó. La información molecular además de los datos fenotípicos puede incrementar la exactitud de selección y por lo tanto la respuesta de selección. El tamaño de la respuesta extra en tal programa de Selección Auxiliada por Marcador (MAS) ha sido considerado por muchos trabajadores de un punto teórico de vista. En términos generales, MAS es más conveniente para características con una baja heredabilidad y que son caros para medirse fenotípicamente . Aunque las características tales como crecimiento, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia no se consideran normalmente en esta forma ya que existen aún ventajas significativas para el uso de marcadores para estas características. Por ejemplo, Meu issen y goddard consideró el impacto de MAS para diferentes tipos de características, en donde la característica se mide después de la matanza y una respuesta adicional de hasta 64% podría lograrse con la incorporación de información marcadora. Esta figura fue relativamente pequeña, 8% para características de crecimiento, que pueden medirse en el animal vivo. Sin embargo, una vez que la asociación ha sido demostrada esta información marcadora puede utilizarse antes que los animales se prueban o fenotípicamente se seleccionen (véase después) y en esta situación una respuesta de hasta 38% se predijo. Ciertamente, el mejor enfoque para mejorar genéticamente características económicas es encontrar marcadores de ADN relevantes directamente en la población bajo selección. Las mediciones fenotípicas pueden realizarse continuamente en algunos animales a partir de las poblaciones de núcleo de organizaciones de reproducción. Ya que una evaluación completa de más de estas características puede únicamente hacerse después de la matanza, los datos deben recolectarse en animales seleccionados y no pueden obtenerse sobre animales de reproducción en potencia. Estos datos fenotípicos se recolectan para permitir la detección de marcadores de ADN relevantes, y para validar marcadores identificados utilizando las poblaciones experimentales o para probar genes candidatos. Los marcadores o genes significativos pueden entonces incluirse directamente en el proceso de selección. Una ventaja de la información molecular es que se puede obtener ya a una edad muy joven del animal de reproducción, que significa que los animales pueden pre-seleccionarse basados en marcadores de ADN antes de que se complete la prueba de rendimiento de crecimiento. Esto es una ventaja mayor para la prueba total y sistema de selección. Puede verse a partir de lo anterior que existe una necesidad para la identificación de marcadores que pueden utilizarse para mejorar características económicamente benéficas en animales identificando y seleccionando animales con las características mejoradas en el nivel genético. Un objeto de la presente invención es proporcionar un marcador genético basado en o sin una secuencia de nucleótido que codifica H GA que es indicativa de características económicas favorables tales como crecimiento, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia. Otro objeto de la invención es proporcionar un ensayo para determinar la presencia de este marcador genético . Un objeto adicional de la invención es proporcionar un método para evaluar animales que incrementan exactitud de selección y métodos de reproducción para las características deseadas . Aún otro objeto de la invención es proporcionar una prueba de amplificación PCR que expedirá grandemente la determinación de la presencia del o los marcadores. Objetos y ventajas adicionales de la invención se establecerán en parte en la descripción que sigue, y en parte será obvio a partir de la descripción o puede aprenderse por la práctica de la invención. Los objetos y ventajas de la invención se alcanzarán por medio de la mediación y combinaciones particularmente señaladas en las reivindicaciones anexas. Esta invención se relaciona al descubrimiento de formas genéticas alternas de las secuencias de nucleótido que codifican HMGA las cuales son útiles para identificación genética de animales para rastrear linaje o como marcadores genéticos asociados con características de crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia en animales. A la extensión que estos genes se conservan entre las especies y animales, y se espera que los diferentes alelos descritos en la presente también se correlacionarán con la variabilidad en este o estos genes en otros animales que producen carne o económicos, tales como ganado, oveja, pollos, etc. Para lograr los objetos y de acuerdo con el propósitos de la invención, como se personifica y describe ampliamente en la presente, la presente invención proporciona el descubrimiento de genotipos alternos que proporcionan un método para categorizar animales genéticamente y clasificar animales para determinar aquellos más probablemente que poseen características de crecimiento favorable, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia o para selección contra animales que tienen alelos que indican características de crecimiento menos favorable, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia. Como se utiliza en la presente, una "característica de crecimiento favorable, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia" significa una mejora significativa (incremento o disminución) en una de muchas características de crecimiento medible, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia anteriores al promedio de una población dada, de manera que esta información puede utilizarse en la reproducción para lograr una población uniforme que se optimiza para crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia, esto puede incluir un incremento en algunas características o una disminución en otros dependiendo de las características deseadas . Para una revisión de algunas características económicas ejemplares, lo siguiente puede consultarse: Sosnicki, A.A. , E.R. Wilson, E.B. Sheiss, A. deVries, 1998 "Is there a cost effective; way to produce high quality pork?", Reciprocal Meat Conference Proceedings , Vol . 51. De este modo, la presente invención proporciona un método para reproducir animales para identificar aquellos de mayor posibilidad para producir crecimiento favorable, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia, y/o aquellos de menor probabilidad para producir crecimiento favorable, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia para optimizar las técnicas de reproducción y selección para el mejor crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia. Los métodos para ensayar para estas características generalmente comprenden las etapas 1) obtener una muestra biológica de un animal; y 2) analizar el ADN genómico o proteína obtenida en 1) para determinar que el o los alelos de HMGA se presentan. Los datos de haplotipo que permite una serie de polimorfismos en los genes HMGA para combinarse en un protocolo de selección o identificación para maximizar los beneficios de cada uno de estos marcadores pueden también utilizarse. Ya que varios de los polimorfismos pueden implicar cambios en composición de aminoácido de la proteína HMGA o serán indicativos de la presencia de este cambio, métodos de ensayo pueden aún implicar determinando la composición de aminoácido de la proteína HMGA. Los métodos para este tipo o purificación y análisis normalmente implican aislamiento de la proteína a través de medios que incluyen fluorescencia etiquetando con anticuerpos, separación y purificación de la proteína (es decir, a través del sistema de HPLC de fase inversa) , y uso de un secuenciador de proteína automático para identificar la secuencia de aminoácido presente. Los protocolos para este ensayo son estándares y se conocen en la técnica y se describen en Ausubel et . al. (eds.), Short Protocols in Molecular Biology Fourth ed. John Wiley and Sons En una modalidad preferida se analiza una muestra genética. Brevemente, una muestra del material genético se obtiene a partir de un animal, y la muestra se analiza para determinar la presencia o ausencia de uno o unos polimorfismos en las secuencias de nucleótido de HMGA que se correlacionan con crecimiento mejorado, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia. Como es bien conocido por aquellos expertos en la técnica, pueden utilizarse una variedad de técnicas cuando se comparan las moléculas de ácido nucleico para diferencias de secuencia. Estas incluyen a manera de ejemplo, el análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción, análisis heterodúplex, análisis de polimorfismo de conformación de una hebra, electroforesis de gradiente desnaturalizada y electroforesis de gradiente de temperatura. En una modalidad preferida el polimorfismo es un polimorfismo de longitud de fragmento de restricción y el ensayo comprende identificar los genes de HMGA de animal a partir de material genético aislado; exponiendo los genes a una enzima de restricción que produce fragmentos de restricción de los genes para variar la longitud; separando los fragmentos de restricción para formar un patrón de restricción, tal como por electroforesis o separación de HPLC; y comparando el patrón de fragmento de restricción resultante a partir de unas secuencias de nucleótido de HMGA que son ya sea conocidas por tener o no tener los marcadores deseados. Si un animal prueba positivo para los marcadores, tal animal puede considerarse por inclusión en el programa de reproducción. Si el animal no prueba positivo para el genotipo marcador el animal puede seleccionarse a partir del grupo y de otra manera utilizarse. El uso de datos de haplotipo puede también incorporarse con la clasificación para alelos múltiples para diferentes aspectos de crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia. En una modalidad más preferida estos genes se aislan por el uso de cebadores y polimerasa de ADN para amplificar una región específica de estos genes que contienen el polimorfismo. Después de la región amplificada se digiere con una enzima de restricción y fragmentos son nuevamente separados. La visualización del patrón RFLP es por simple tinción de los fragmentos, o etiquetando los cebadores o los trifosfatos de nucleosido utilizados en amplificación. En otra modalidad, la invención comprende un método para identificar marcadores genéticos para crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia en una población particular. Se determina que los animales machos y hembras de la misma raza o raza cruzada o linaje genético similar son reproducción y crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia producida por cada animal. Se identifica un polimorfismo en uno o ambos de los genes de HMGA de cada animal y se asocia con el crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia. Preferiblemente, el análisis RFLP se utiliza para determinar el polimorfismo. En otra modalidad, la invención comprende un método para identificar un marcador genético para crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia en cualquier animal económico particular diferente de un animal. En base a la naturaleza altamente conservada de este gen entre diferentes animales se espera que sin más de la prueba de rutina como se describe en la presente este marcador puede aplicarse a diferentes especies animales seleccionadas para crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia en base a las enseñanzas en la presente. Se determina y correlaciona que los animales machos y hembras de la misma raza o cruce de raza o linaje genético similar son la reproducción y el crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia producida por cada animal. Para otros animales en el cual las secuencias están disponibles, una comparación BLAST de secuencias puede utilizarse para verificar si el alelo particular es análogo a uno descrito en la presente. El polimorfismo análogo estará presente en otros animales y en otros genes estrechamente relacionados. El término "polimorfismo análogo" será un polimorfismo que es el mismo como cualquiera de aquellos descritos en la presente como se determina por comparaciones BLAST. Los siguientes términos se utilizan para describir las relaciones de secuencia entre dos o más ácidos nucleicos o polinucleótidos : (a) "secuencia de referencia", (b) "ventana de comparación", (c) "identidad de secuencia", (d) "porcentaje de identidad de secuencia", y (e) "identidad sustancial" . (a) Como se utiliza en la presente, "secuencia de referencia" es una secuencia definida utilizada como una base para comparación de secuencia. En este caso, las secuencias HMGA de Referencia. Una secuencia de referencia pueden ser un subconjunto o la totalidad de una secuencia específica; por ejemplo, como un segmento de una secuencia genética o de ADN de longitud completa, o la secuencia genética o de ADNc completa. (b) Como se utiliza en la presente, "ventana de comparación" incluye referencia a un segmento contiguo y específico de una secuencia de polinucleótido, en donde la secuencia de polinucleótido puede compararse a una secuencia de referencia y en donde la porción de la secuencia de polinucleótido en la ventana de comparación puede comprender adiciones o eliminaciones (es decir, aberturas) comparadas a la secuencia de referencia (que no comprende adiciones o eliminaciones) para alineación óptima de las dos secuencias. Generalmente, la ventana de comparación es al menos 20 nucleótidos contiguos de longitud, y opcionalmente puede ser 30, 40, 50, 100 o más largos. Aquellos de experiencia en la técnica entienden que para evitar una similaridad elevada a una secuencia de referencia debido a la inclusión de aberturas en la secuencia de polinucleótido , una penalidad de abertura se introduce normalmente y se sustrae a partir del número de equivalencia. Los métodos de alineación de secuencias para comparación son bien conocidos en la técnica. La alineación óptima de secuencias para comparación puede conducirse por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman, Adv. Appl . Math. 2:482 (1981); por la alineación de homología de Needleman y Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970); por la búsqueda para el método de similaridad de Pearson y Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. 85:2444 (1988); por implementaciones computarizadas de estos algoritmos, incluyendo pero no limitándose a: CLUSTAL en el programa PC/Genético por Intelligenetics, ountain View, California; GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA, y TFASTA en the Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (CGG) , 575 Science Dr., Madison, Wisconsin, USA; el programa CLUSTAL se describe bien por Higgins and Sharp, Gene 73:237-244 (1988); Higgins and Sharp, CABIOS 5:151-153 (1989); Corpet, et. al., Nucleic Acids Research 16:10881-90 (1988); Huang, et al., Computer Applications in the Biosciences 8:155-65 (1992) y Pearson, et al., Methods in Molecular Biology 24:307-331 (1994). La familia BLAST de programas que pueden utilizarse para investigaciones de similaridad de base de datos incluye: BLASTN para secuencias de búsqueda de nucleótido contra secuencias de base de datos de proteína; BLASTP para secuencias de búsqueda de proteína contra secuencias de base de datos de nucleótido; y TBLASTX para secuencias de búsqueda de nucleótido contra secuencias de base de datos de nucleótidos. Véase, Current Protocole in Molecular Biology, Chapter 19, Ausubel , et al., Eds . , Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York (1995) . A menos que se establezca de otra manera, los valores de identidad/similaridad de secuencia proporcionados en la presente se refieren al valor obtenido utilizando el juego BLAST 2.0 de programas utilizando parámetros de incumplimiento. Altschul et a., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402 (1997) . El software para realizar análisis de BLAST está públicamente disponible, por ejemplo, a través de the National Center for Biotechnology-Information (http://www.hcbi.nlm.nih.gov/) . Este algoritmo implica identificar primero pares de secuencia de puntuación elevada (los HSP) para identificar palabras cortas de longitud W en la secuencia de búsqueda, que iguala o satisface alguna puntuación T de umbral valuada positiva cuando se alinea con una palabra de la misma longitud en una secuencia de base de datos. T se refiere como el umbral de puntuación de palabra vecino (Altschul et al., supra) . Estos golpes de palabra vecinos iniciales actúa como semillas para iniciar investigaciones para encontrar HSP más largos que los que contienen. Estos golpes de palabra se extienden entonces en ambas direcciones a lo largo con cada secuencia tan rápido como la puntuación de alineación acumulada pueda incrementarse. Las puntuaciones acumuladas se calculan utilizando, para secuencias de nucleótido, los parámetros M (puntuación remunerada para un par de residuos igualados; siempre >0) y N (puntuación de penalidad para residuos mal igualados; siempre <0) . Para secuencias de aminoácido, una matriz de puntuación se utiliza para calcular la puntuación acumulativa. La extensión de los golpes de palabra en cada dirección se paraliza cuando: la puntuación de alineación acumulada cae por la cantidad X a partir de su valor logrado máximo; la puntuación acumulada va de cero o debajo, debido a la acumulación de una o más alineaciones de residuo de puntuación negativa; o el final de cualquier secuencia se alcanza. Los parámetros de algoritmo de BLAST W, T, y X determina la sensibilidad y velocidad de la alineación. El programa BLASTN (para secuencias de nucleótido) utiliza como un incumplimiento una longitud de palabra (W) de 11, una expectación (E) de 10, un atajo de 100, M=5, N=-4, y una comparación de ambas hebras. Para secuencias de aminoácido, el programa BLASTP utiliza como incumplimiento una longitud de palabra (W) de 3, una expectación (E) de 10 y la matriz de puntuación BLOSUM62 (véase Henikoff & Henikoff (1989) Proc . Nati. Acad. Sci. USA 89:10915) . Además de calcular el porcentaje de identidad de secuencia, el algoritmo BLAST también realiza un análisis estadístico de la similaridad entre dos secuencias (véase por ejemplo, Karlin & Altschul, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90:5873-5787 (1993)). Una medida de similaridad proporcionada por el algoritmo BLAST es la probabilidad de suma más pequeña (P(N)), que proporciona una indicación de la probabilidad por la cual una equivalencia entre dos nucleótidos o secuencias de aminoácido ocurriría por casualidad. Las investigaciones de BLAST asumen que las proteínas pueden modelarse como secuencias aleatorias. Sin embargo, muchas proteínas reales comprenden regiones de secuencias no aleatorias que pueden ser tractos homopoliméricos, repeticiones de periodo corto, o regiones enriquecidas en uno o más aminoácidos. Tales regiones de complejidad baja pueden alinearse entre proteínas no relacionadas aun cuando otras regiones de la proteína son disimilares completamente. Un número de programas de filtro de baja complejidad pueden emplearse para reducir tales alineaciones de complejidad baja. Por ejemplo, el SEG ( ooten y Federhen, Comput. Chem. , 17:149.163 (1993)) y X U (Claverie y States, Comput. Chem., 17:191-201 (1993)) filtros de baja complejidad pueden emplearse solos o en una combinación. (c) Como se utiliza en la presente, "identidad de secuencia" o "identidad" en el contexto de dos ácidos nucleicos o secuencias de polipéptido incluyen referencia a los residuos en las dos secuencias que son las mismas cuando se alinean para correspondencia máxima sobre una ventana de comparación específica. Cuando el porcentaje de identidad de secuencia se utiliza en referencia a proteínas se reconoce que las posiciones de residuo que no son idénticas con frecuencia difieren por sustituciones de aminoácido conservadoras, en donde los residuos de aminoácido se sustituyen por otros residuos aminoácidos con propiedades químicas similares (por ejemplo, cargo o hidrofobicidad) y por lo tanto no cambia las propiedades funcionales de la molécula. En donde las secuencias difieren en sustituciones conservadoras, el porcentaje de identidad de secuencia puede ajustarse hacia arriba para corregir la naturaleza conservadora de la sustitución. Las secuencias que difieren para tales sustituciones conservadoras son tener "similaridad de secuencia" o "similaridad" . Los medios para realizar este ajuste son bien conocidos por aquellos de experiencia en la técnica. Normalmente esto implica clasificar una sustitución conservadora como una incompatibilidad parcial en lugar de completa, por lo que se incrementa el porcentaje de identidad de secuencia. De este modo, por ejemplo, cuando se da un aminoácido idéntico una puntuación de 1 y una sustitución no conservadora se da una puntuación de cero, una sustitución conservadora se da una puntuación entre cero y 1. La puntuación de las sustituciones conservadoras se calcula, por ejemplo, de acuerdo al algoritmo de Meyers y Miller, Computer Applic. Biol . Sci., 4:11-17 (1988), por ejemplo, como se implementa en el programa PC/GENE (Intelligenetics , Mountain View, California, USA) . (d) Como se utiliza en la presente, "porcentaje de identidad de secuencia" significa el valor determinado para comparar dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, en donde la porción de la secuencia de polinucleótido en la ventana de comparación puede comprender adiciones o eliminaciones (es decir, aberturas) como se compara a la secuencia de referencia (que no comprende adiciones o eliminaciones) para alineación óptima de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando el número de posiciones en donde la base de ácido nucleico idéntica o residuo de aminoácido ocurre en ambas secuencias para producir el número de posiciones igualadas, dividiendo el número de posiciones igualadas por el número total de posiciones en la ventana de comparación y multiplicando el resultado por 100 para producir el porcentaje de identidad de secuencia . (e) (I) El término "identidad sustancial" de secuencias de polinucleotido significa que un polinucleotido comprende una secuencia que tiene al menos 70% de identidad de secuencia, preferiblemente al menos 80%, más preferiblemente al menos 90% y más preferiblemente al menos 95%, comparado a una secuencia de referencia utilizando uno de los programas de alineación descritos utilizando parámetros estándares. Alguien de experiencia reconocerá que estos valores pueden ajustarse apropiadamente para determinar identidad correspondiente de proteínas codificadas por dos secuencias de nucleótido tomando en cuenta deterioro de codón, similaridad de aminoácido, colocación de cuadro de lectura y similares. La identidad sustancial de secuencias de aminoácido para estos propósitos normalmente significa identidad de secuencia de al menos 60% o preferiblemente al menos 70%, 80%, 90% y más preferiblemente al menos 95%. Estos programas y algoritmos pueden determinar la analogía de un polimorfismo particular en un gen objetivo a aquellos descritos en la presente. Se espera que este polimorfismo existirá en otros animales y utilizará los mismos en otros animales que descritos en la presente implican no más de la optimización rutinaria de parámetros utilizando las enseñanzas en la presente. Es también posible establecer la unión entre los alelos específicos de marcadores de ADN alternativos y alelos de marcadores de ADN conocidos por asociarse con un gen particular (por ejemplo, los genes HMGA discutidos en la presente) , que han sido previamente mostrados para asociarse con una característica particular. De este modo, en la presente situación, tomando uno o ambos de los genes HMGA, sería posible, al menos en el término corto, seleccionar para animales probablemente para producir crecimiento deseado, gordura, calidad de la carne y eficiencia alimenticia, o alternativamente contra animales probablemente para producir menos crecimiento deseable, gordura, calidad de la carne y eficiencia alimenticia, indirectamente seleccionando para ciertos alelos de un marcador asociado con HMGA a través de la selección de alelos específicos de marcadores de cromosoma alternativos. Como se utiliza en la presente, el término "marcador genético" incluirá no únicamente los polimorfismos nucleótidos descritos por cualesquiera medios de ensayo para los cambios de proteína asociados con el polimorfismo, serán marcadores unidos, el uso de microsatélites, o aún otros medios para ensayar los cambios de proteína causativos indicados por el marcador y el uso del mismo para influenciar el crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia de un animal. Como se utiliza en la presente, con frecuencia la designación de un polimorfismo particular se hace por el nombre de una enzima de restricción particular. Esto no se pretende para implicar que la única forma que el sitio puede identificarse es por el uso de esa enzima de restricción. Existen numerosas bases de datos y recursos disponibles por aquellos de experiencia en la técnica para identificar otras enzimas de restricción que pueden utilizarse para identificar un polimorfismo particular por ejemplo, http : //darwin . bio . geneseo . edu que puede dar enzimas de restricción hasta el análisis de una secuencia y el polimorfismo para identificarse. De hecho como se describe en las enseñanzas en la presente existen numerosas formas de identificar un polimorfismo particular o alelo con métodos alternos que no pueden aún incluir una enzima de restricción, pero que ensayan para la misma forma alternativa genética o proteómica. Las figuras anexas, que se incorporan en la presente y que constituyen una parte de esta especificación, ilustran una modalidad de la invención y, junto con la descripción, sirven para explicar los principios de la invención. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La Figura 1 a y b muestran los resultados de la prueba PCR-RFLP Ban I (a) y Nae I (b) para HMGA I. La Figura 2 muestra los resultados de la prueba HMGA2 Hhal PCR-RFLP.
La Figura 3 es la secuencia de consenso del puerco haiga1. (SEC. DE IDENT. NO. 19) . Dos sitios de reconocimiento Banl se indican como subrayados y en negras. Uno de los cuales contiene el polimorfismo de nucleótido único en la posición 54. El sitio polimorfico Nael (GCYGGC) se indica como subrayado. Y = C o T La Figura 4 es a. secuencia de consenso del puerco hmga.2 , Longitud: 1168 Tres sitios de reconocimiento Hhal (GCGC) se subrayan y dos de ellos se acentúan con polimorfismos de ADN que contienen gris. SEC. DE IDENT. NO. 20 Caja 1 es el fragmento de PCR aproximado de la
Mezcla 1. Caja 2 es el fragmento de PCR aproximado de la
Mezcla 2. K = G o T Y = C o T La Figura 5 es una gráfica de la frecuencia de recombinación del cromosoma de puerco 1 en la familia cruzada Berkshire y Yorkshire mostrada en la tabla, (frac, recombinante, Kosambi cM) . La Figura 6 es una gráfica del mapa genético del cromosoma 7 porcino en la familia cruzada Berkshire y Yorkshire. Mapa de promedio de sexo (frac. Recombinante, Kosambi cM) . La Figura 7 es un resumen de las ubicaciones cebadoras adicionales y regiones de H GA1. LA Figura 8 es una secuencia de ADN de porcino H GA1 (Resumen Contig 1) Longitud: 2484 pb. SEC. DE IDENT. NOS. 21-24 La Figura 9 es una secuencia de ADN de porcino HMGA1 (Resumen Contig 2) Longitud: 1103 pb SEC. DE IDENT. NOS 25-29. Se hará referencia ahora en detalle a las modalidades actualmente referidas de la invención, que junto con los siguientes ejemplos, sirven para explicar los principios de la invención. La invención se relaciona a marcadores genéticos para características económicamente valiosas en animales. Los marcadores representan alelos que se asocian significativamente con una característica de crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia y esto proporciona un método para clasificar animales para determinar aquellos más probables para producir crecimiento deseado, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia (niveles de uno o todos de estos) cuando se reproducen identificando la presencia o ausencia de un polimorfismo en una o ambas de las secuencias de nucleótido HMGA, que se correlacionan con el crecimiento deseado, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia. De este modo, la invención se relaciona a marcadores genéticos y métodos para identificar aquellos marcadores en un animal de una reproducción particular, cepa, población o grupo, por lo que el animal es más probable para producir carne de crecimiento deseado, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia. De acuerdo a la invención, alelos novedosos de las secuencias de nucleótido H GA han sido identificados los cuales se asocian con características mejoradas en animales. En una modalidad de la invención, alelos HMGA1 de porcino novedosos identificables por un sitio de restricción Ban I o Nae I han sido mostrados para asociarse con contenido de grasa bajo y otras de tales características de grasa, crecimiento, calidad de la carne, y/o eficiencia alimenticia. En aún otra modalidad, un alelo Hha I novedoso en el gen HMGA2 ha sido identificado el cual se asocia con características de grasa y crecimiento. En aún otra modalidad adicional, los marcadores han sido mostrados por tener un efecto aditivo juntos. Cualquier método para identificar la presencia o ausencia de este marcador puede utilizarse, incluyendo por ejemplo el análisis de polimorfismo de conformación de una sola hebra (SSCP) , exploración de secuencia de excisión base (BESS) , análisis RFLP, análisis heterodúplex, electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización, y electroforesis de gradiente de temperatura, PCR alélico, secuenciación directa de reacción de cadena ligasa, mini secuenciación, hibridización de ácido nucleico, detección de tipo de microdisposición de un gen HMGA, u otras secuencias unidas de los genes HMGA. También dentro del alcance de la invención incluye ensayar para conformación de proteína o cambios de secuencias que ocurren en la presencia de este polimorfismo. El polimorfismo puede o no ser la mutación causativa, pero será indicativo de la presencia de este cambio y uno puede ensayar para las bases de proteína o genética para la diferencia fenotípica. La siguiente es una visión general de técnicas que pueden utilizarse para evaluar los polimorfismos de la invención. En la presente invención, una muestra de material genético se obtiene a partir de un animal. Las muestras pueden obtenerse de sangre, tejido, semen, etc. Generalmente, las células de sangre periférica se utilizan como la fuente, y el material genético es ADN. Una cantidad suficiente de células se obtienen para proporcionar una cantidad suficiente de ADN para análisis. Esta cantidad se conocerá o será fácilmente determinable por aquellos expertos en la técnica. El ADN se aisla de las células sanguíneas por técnicas conocidas por aquellos expertos en al técnica.
Aislamiento y Amplificación del Ácido Nucleico Las muestras de ADN genómico se aislan a partir de cualquier fuente conveniente incluyendo saliva, células bucales, raíces de pelo, sangre, sangre del cordón, fluido amniótico, fluido intersticial, fluido peritoneal, vello coriónico, y otras células adecuadas o muestra de tejido con células de metafase o núcleo de interfase intacta. Las células pueden obtenerse a partir de te ido sólido como de un órgano reciente o conservado o de una muestra de tej ido o biopsia. La muestra puede contener compuestos que no se intermezclan naturalmente con el material biológico tal como conservadores, anticoagulantes, reguladores, fijadores, nutrientes, antibióticos o similares. Los métodos para aislamiento de ADN genómico a partir de estas fuentes diversas se describen en, por ejemplo, Kirby, DNA Fingerprinting, An Introduction, W.H. Freeman & Co. New York (1992) . El ADN genómico puede también aislarse de los cultivos celulares primarios o secundarios cultivados o de líneas celulares transformadas derivadas de cualquiera de las muestras de tejido antes mencionadas. Las muestras del ARN animal pueden también utilizarse. El ARN puede aislarse a partir de tejidos que expresan un gen H GA como se describe en Sambrook et al . , supra. El ARN puede ser ARN celular total, ARNm, poli A+ ARN, o cualquier combinación de los mismos. Para mejores resultados, el ARN se purifica, pero puede también ser ARN citoplásmico no purificado. El ARN puede transcribirse inverso para formar el ADN que se utiliza luego como la plantilla de amplificación, de manera que el PCR indirectamente amplifica una población especifica de transcripciones de ARN. Véase, por ejemplo, Sambrook, supra, Kawasaki et al., Capitulo 8 en PCR Technology, (1992) supra, y Berg et al., Hum. Genet . 85:655-658 (1990). Amplificación de PCR Los medios más comunes para la amplificación es la reacción de cadena de polimerasa (PCR) , como se describe en las Patentes Norteamericanas Nos. 4,683,195, 4,683,202, 4,965,188 cada una de las cuales se incorpora en la presente para referencia. Si PCR se utiliza para amplificar las regiones objetivo en células sanguíneas, la sangre completa heparinizada debe extraerse en un tubo de vacío sellado mantenido separado a partir de otras muestras y manejado con guantes limpios. Para mejores resultados, la sangre debe procesarse inmediatamente después de la recolección; si esto es imposible, debe mantenerse en un recipiente sellado a 4°C hasta el uso. Las células en otros fluidos fisiológicos pueden también ensayarse. Cuando se utiliza cualquiera de estos fluidos, las células en el fluido deben separarse a partir del componente fluido por centrifugación. Los tejidos deben picarse en trozos apenas utilizando un escalpelo desechable estéril, y una aguja estéril (o dos escalpelos) en un plato Petri de 5 mm. Los procedimientos para remover parafina a partir de las secciones de tejido se describen en una variedad de manuales especializados bien conocidos por aquellos expertos en la técnica. Para amplificar la secuencia de ácido nucleico objetivo en una muestra por PCR, la secuencia debe ser accesible a los componentes del sistema de amplificación. Un método para aislar el ADN objetivo es extracción cruda que es útil para muestras relativamente grandes. Brevemente, las células mononucleares a partir de muestras de sangre, amiocitos a partir de fluido amniótico, células de vellosidades coriales cultivadas o similares se aislan estratificando un gradiente Ficoll -Hypaque estéril por procedimientos estándares. Las células de interfase se recolectan y lavan tres veces en solución salina regulada con fosfato estéril antes de la extracción de ADN. Si se prueba ADN a partir de linfocitos de sangre periférica, se sugiere un choque osmótico (tratamiento del gránulo para 10 segundos con agua destilada) , seguido por dos lavados adicionales si los glóbulos rojos residuales son visibles después de los lavados iniciales. Esto evitará el efecto inhibidor del grupo heme transportado por hemoglobina en la reacción de PCR. Si la prueba de PCR no se realiza inmediatamente después de la recolección de la muestra, las alícuotas de las células 106 pueden granularse en tubos de Eppendorf estériles y el gránulo seco congelado a -20 °C hasta el uso. Las células se resuspenden (células nucleadas 106 por 100 µ?) en un regulador de 50 mM de Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM de KC1 1.5 mM de MgCl2/ 0.5% de Tween 20, 0.5% de NP40 suplementado con 100 g/ml de proteinaza . Después de incubar a 56 °C durante 2 horas, las células se calientan a 95 °C durante 10 minutos para inactivar la proteinaza K y mover inmediatamente a hielo húmedo (enfriado instantáneo) . Si los agregados toscos se presentan, otro ciclo de digestión en el mismo regulador debe emprenderse. Diez µ? de este extracto se utiliza para amplificación. Cuando se extrae ADN a partir del tejido, por ejemplo, células de vellosidades coriales o células cultivadas confluentes, la cantidad del regulado antes mencionado con proteinaza K puede variar de acuerdo al tamaño de la muestra de tejido. El extracto se incuba durante 4-10 horas a 50°-60°C y luego a 95°C durante 10 minutos para inactivar la proteinaza. Durante las incubaciones más largas, la proteinaza reciente K debe agregarse después de aproximadamente 4 horas en la concentración original . Cuando la muestra contiene un número pequeño de células, la extracción puede lograrse por métodos como se describe en Higuchi, "Simple and Rapid Preparation of Samples for PCR" , en PCR Technology, Ehrlich, H.A. (ed.) , Stockton Press, New York, que se incorpora en la presente para referencia. La PCR puede emplearse para amplificar las regiones objetivo en números muy pequeños de células (1000-5000) derivadas de colonias individuales a partir de médula espinal y cultivos sanguíneos periféricos. Las células en la muestra se suspenden en 20 µ? de regulador de lisis PCR (10 mM de Tris-Hcl pH 8.3), 50 mM de KC1, 2.5 mM de MgCl2/ 0.1 mg/ml de gelatina, 0.45% de NP40, 0.45% de Tween 20) y se congela hasta el uso. Cuando PCR va a realizarse, se agrega 0.6 µ? de proteinaza K (2 mg/ml) a las células en el regulador de lisis PCR. La muestra se calienta entonces a aproximadamente 60 °C e incuba durante 1 hora. La digestión se detiene a través de la inactivación de la proteinaza K calentando las muestras a 95 °C durante 10 minutos y luego enfriándola en hielo. Un procedimiento relativamente fácil para extraer ADN para PCR es un procedimiento de inversión de solución salina adaptada a partir del método descrito por millar et . Al., Nucleic Acids Res. 16:1215 (1998), la cual se incorpora en la presente para referencia. Las células mononucleares se separan en un gradiente Ficoll-Hypaque . Las células se resuspenden en 3 mi de regulador de lisis (10 mM de Tris-HCl, 400 mM de NaCl, 2 mM de Na2 EDTA, pH 8.2) . Cincuenta µ? de una solución de 20 mg/ml de proteinaza K y 150 µ? de una solución de SDS al 20% se agregan a las células y luego se incuban a 37 °C durante la noche. Sacudir los tubos durante la incubación mejorará la digestión de la muestra. Si la digestión de proteinaza K está incompleta después de la incubación durante la noche (los fragmentos son aún visibles) , 50 µ? adicionales de la solución de proteinaza K de 20 mg/ml se mezcla en la solución e incuba para otra noche a 37°C en un plataforma giratoria o balanceo suavemente. Después de la digestión adecuada, uno mi de una solución de 6M de NaCl se agrega a la muestra y se mezcla vigorosamente. La solución resultante se centrífuga durante 15 minutos a 3000 rpm. El gránulo contiene las proteínas celulares precipitadas, mientras el sobrenadante contiene el ADN. El sobrenadante se remueve a un tubo de 15 mi que contiene 4 mi de isopropanol . Los contenidos del tubo se mezclan suavemente hasta que las fases de agua y alcohol han mezclado y un precipitado de ADN blanco se ha formado. El precipitado de ADN se remueve y sumerge en una solución de 70% de etanol y se mezcla suavemente. El precipitado de ADN se remueve a partir de etanol y se seca con aire. El precipitado se coloca en agua destilada y se disuelve. Los equipos para la extracción de ADN de peso molecular elevado para PCR incluyen un Equipo de Aislamiento Genómico A.S.A.P. (Boehringer Mannheim, Indianápolis , Ind.) Sistema de Aislamiento de ADN Genómico (GIBCO BRL, Gaithersburg, Md.), Equipo de Purificación de ADN Elu-Quik (Schleicher & Schuell, Keene, N.H.), Equipo de Extracción de ADN (Stratagene, LaJolla, Calif.), Equipo de Aislamiento TurboGen (Invitrogen, San Diego, Calif.), y similares. El uso de estos equipos de acuerdo a las instrucciones del fabricante es generalmente aceptable para purificación de ADN antes de practicar los métodos de la presente invención. La concentración y pureza del ADN extraído puede determinarse por análisis espectrofotométrico de la absorbancia de una alícuota diluida a 260 nm y 280 nm. Después de la extracción del ADN, puede proseguir la amplificación de PCR. La primera etapa de cada ciclo del PCR implica la separación del ácido nucleico dúplex formado por la extensión cebadora. Una vez que las hebras se separan, la siguiente etapa en PCR implica hibridizar las hebras separadas con cebadores que flanquean la secuencia objetivo. Los cebadores se extienden entonces para formar copias complementarias de las hebras objetivo. Para amplificación de PCR exitosa, los cebadores se diseñan de manera que la posición a la cual cada cebador hibridiza junto a una secuencia dúplex es tal que un producto de extensión se sintetiza a partir de un cebador, cuando se separa de la plantilla (complemento) , sirve como una plantilla para la extensión del otro cebador. El ciclo de desnaturalización, hibridización y extensión se repite tantas veces como sea necesario para obtener la cantidad deseada de ácido nucleico amplificado . En una modalidad particularmente útil de amplificación de PCR, la separación de hebra se logra calentando la reacción a una temperatura suficientemente elevada para un tiempo suficiente para provocar la desnaturalización del dúplex, pero no provoca una desnaturalización irreversible de la polimerasa (véase la Patente Norteamericana No. 4,965,188 incorporada en la presente para referencia) . La desnaturalización de calor normal implica temperaturas que varían de aproximadamente 80 °C a 105 °C para tiempos que varían de segundos a minutos. La separación de hebra, sin embargo puede lograrse por cualquier método de desnaturalización adecuado que incluye medios físicos, químicos o enzimáticos. La separación; de hebra puede inducirse por una helicasa, por ejemplo, o una enzima capaz de exhibir actividad de helicasa. Por ejemplo, le enzima RecA tiene actividad helicasa en la presencia de ATP . Las condiciones de reacción adecuadas para separación de hebra por helicasas se conocen en la técnica (véase Kuhn Hoffman-Berling, 1978, CSH-Quantitative Biology, 43:63-67; y Radding, 1982, Ann. Rev. Genetics 16:405-436, cada uno de los cuales se incorpora en la presente para referencia) . La extensión dependiente de plantilla de cebadores en PCR se cataliza por un agente de polimerización en la presencia de cantidades adecuadas de cuatro trifosfatos desoxirribonucleótidos (normalmente dATP, dGTP, dCTP y dTTP) en un medio de reacción comprendido de las sales apropiadas, cationes metálicos, y sistemas que regulan el pH. Los agentes de polimerización adecuados son enzimas conocidas para catalizar la síntesis de ADN dependiente de plantilla. En algunos casos, las regiones objetivo pueden codificar al menos una porción de una proteína expresada por la célula. En este caso, ARNm puede utilizarse para la amplificación de la región objetivo. Alternativamente, PCR puede utilizarse para generar una biblioteca de ADNc a partir de ARN para amplificación adicional, la plantilla inicial para extensión cebadora es ARN. Los agentes de polimerización adecuados para sintetizar una secuencia complementaria, ADN copia (ADNc) a partir de la plantilla de ARN son transcriptasa inversa (RT) , tal como virus de mieloblastosis aviar RT, virus de leucemia murina RT Moloney, o polimerasa de ADN Thermus thermophilus (Tth) , una polimerasa de ADN termoestable con actividad de transcriptasa inversa marcada por Perkin Elmer Cetus, Inc. Normalmente, la plantilla de ARN genómica se degrada por calor durante la primera etapa de desnaturalización después de la etapa de transcripción inversa inicial que conduce únicamente plantilla de ADN. La polimerasa adecuada para uso con la plantilla de ADN incluye, por ejemplo, polimerasa de ADN E. coli I o su fragmento Klenow, polimerasa de ADN T4 , polimerasa Tth, y polimerasa Taq, una polimerasa de ADN estable al calor aislada a partir de Thermus aquaticus y comercialmente disponible de Perkin Elmer Cetus, Inc. La última enzima se utiliza ampliamente en la amplificación y secuenciación de los ácidos nucleicos. Las condiciones de reacción para utilizar polimerasa Taq se conocen en la técnica y se describen en Gelfand, 1989, PCR Technology, supra . PCR Específico de Alelo Los diferenciados dé PCR específicos de alelo entre regiones objetivo que difieren en la presencia o ausencia de una variación de polimorfismo. Los cebadores de amplificación de PCR se eligen los cuales unen únicamente a ciertos alelos de la secuencia objetivo. Este método se describe por Gibbs, Nucleic Acid Res. 17:12427-2448 (1989). Métodos de Clasificación de Oligonucleotido Específico de Alelo Los métodos de clasificación de diagnóstico adicional emplean los métodos de clasificación de oligonucleotido específico de alelo (ASO) como se describe por Saiki et al., Nature 324:163-166 (1986). Los oligonucleótidos con uno o más equivalencias de par de bases se generan por cualquier alelo particular. Los métodos de clasificación ASO detectan equivalencias entre el variante objetivo genómico o ADN amplificado por PCR y oligonucleótidos no imitantes, mostrando unión disminuida del oligonucleótido en relación a un oligonucleótido mutante. Las sondas de oligonucleótido pueden designarse que bajo severidad se unirá a ambas formas polimórficas de los alelos, pero que a severidad elevada, se une al alelo al cual corresponde. Alternativamente, las condiciones de severidad pueden desarrollarse en donde se obtiene una respuesta esencialmente binaria, es decir, un ASO correspondiente a una forma variante del gen objetivo hibridizará a ese alelo, y no al alelo de tipo silvestre. Método de Detección de Alelo Mediado por Ligasa Las regiones objetivo de un ADN del sujeto de prueba puede compararse con regiones objetivo en miembros de la familia no afectados y afectados por detección de alelo mediado por ligasa. Véase Landegren et al., Science 241:107-1080 (1988) . La ligasa puede también utilizarse para detectar mutaciones de punto en la reacción de amplificación de ligación descrita en Wu et al., Genomics 4:560-569 (1989). La reacción de amplificación de ligación (LAR) utiliza amplificación de la secuencia de ADN específica utilizando ciclos secuenciales de plantilla dependientes de ligación como se describe en Wu, supra, y Barany, Proc . Nat . Acad. Sci. 88:189-193 (1990) . Electroforesis de Gel de Gradiente de Desnaturalización Los productos de amplificación generados que utilizan la reacción de cadena de polimerasa pueden analizarse por el uso de electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización. Diferentes alelos pueden identificarse en base a las diferentes propiedades de fusión dependiente de secuencia y migración electroforática de ADN en solución. Las moléculas de ADN cumplen en segmentos, llamados dominios de fusión, bajo condiciones de temperatura incrementada o desnaturalización. Cada dominio de fusión se funde cooperativamente en un distinta temperatura de fusión específica de base (TM) . Los dominios de fusión son al menos 20 pares de bases en longitud, y pueden ser hasta varios cientos de pares de bases de longitud. La diferenciación entre los alelos basados en diferencias de dominio de fusión específicos de secuencia pueden evaluarse utilizando electroforesis en gel de poliacrilamida, como se describe en el Capítulo 7 de Erlich, e d. , PCR Technology, Principies and Applications for DNA Amplification, W.H., Freeman and Co . , New York (1992), los contenidos de los cuales se incorporan en la presente para referencia. Generalmente, una región objetivo para analizarse por electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización se amplifica utilizando cebadores de PCR que flanquean la región objetivo. El producto de PCR amplificado se aplica a un gel de poliacrilamida con un gradiente de desnaturalización lineal como se describe en Myers et al., Meth. Enzymol. 155:501-527 (1986), y Myers et al., Genomic Análisis, A Practical Approach K. Davies Ed. IRL Press Limited, Oxford, p . 95-139 (1988), los contenidos de los cuales se incorporan en la presente para referencia. El sistema de electroforesis se mantiene a una temperatura ligeramente debajo de Tm de los dominios de fusión de las secuencias objetivo. En un método alternativo de electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización, las secuencias objetivo puede unirse inicialmente a una expansión de nucleótidos GC, llamados una abrazadera GC, como se describe en el Capítulo 7 de Erlich, supra. Preferiblemente, al menos 80% de los nucleótidos en la abrazadera GC son ya sea guanina o citosina. Preferiblemente, la abrazadera GC es al menos 30 bases de largo. Este método es particularmente adecuado a las secuencias objetivo con Tm elevadas. Generalmente, la región objetivo se amplifica por la reacción de cadena de polimerasa como se describe anteriormente. Uno de los cebadores de PCR de oligonucleotido transporta a su extremo 5' , la región de abrazadera de GC, al menos 30 bases de la secuencia rica en GC, que se incorpora en el extremo 5' de la región objetivo durante la amplificación. La región objetivo amplificada resultante se opera en un gel de electroforesis bajo condiciones de gradiente de desnaturalización como se describe anteriormente. Los fragmentos de ADN que difieren por un solo cambio de base migrará a través del gel a diferentes posiciones, que pueden visualizarse por tinción de bromuro de etidio. Electroforesis de Gel dé Gradiente de Temperatura La electroforesis de gel de . gradiente de Temperatura (TGGE) se basa en los mismos principios fundamentales como electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización, excepto que el gradiente de desnaturalización se produce por diferencias en temperatura en lugar de diferencias en la concentración de un desnaturalizante químico. La TGGE estándar utiliza un aparato de electroforesis con un gradiente de temperatura que corre a lo largo de la trayectoria de electroforesis. Como las muestras tnigran a través de un gel con una concentración uniforme de un desnaturalizante químico, encuentran temperaturas incrementadas. Un método alternativo de TGGE, electroforesis de gel de gradiente de temperatura temporal (TTGE o tTGGE) utiliza una temperatura firmemente incrementada del gel de electroforesis completo para lograr el mismo resultado. Ya que las muestras migran a través del gel la temperatura del gel completo se incrementa, conduciendo las muestras para incrementar temperatura incrementada ya que migran a través del gel. La preparación de las muestras, incluyendo amplificación de PCR con incorporación de una abrazadera GC, y visualización de productos son los mismos como para electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización. Análisis de Polimorfismo de Conformación de una
Sola Hebra Las secuencias objetivo o alelos en un lugar HMGA pueden diferenciarse utilizando análisis de polimorfismo de conformación de una sola hebra, que identifica diferencias de base por alteración en migración electroforética de productos PCR de una sola hebra, como se describe en Orita et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 85:2766-2770 (1989) . Los productos de PCR amplificados pueden generarse como se describe anteriormente, y se calientan de otra manera desnaturalizados, para formar productos de amplificación de una sola hebra. Los ácidos nucleicos de una sola hebra pueden volverse a doblar o forma estructuras secundarias que son parcialmente dependientes de la secuencia base. De este modo, la movilidad electroforética de los productos de amplificación de una sola hebra puede detectar la diferencia de secuencia base entre los alelos o las secuencias objetivo. Desdoblamiento Químico o Enzimático de Incompatibilidades Las diferencias entre las secuencias objetivo pueden también detectarse por desdoblamiento químico diferencial de pares de bases incompatibles como se describe en Grompe et al., Am. J. Hum. Genet . 48:212-222 (1991). En otro método, las diferencias entre las secuencias objetivo pueden detectarse por desdoblamiento enzimático de pares de bases imcompatibles, como se describe en Nelson et al., Nature Genetics 4:11-18 (1993). Brevemente, el material genético a partir de un animal y un miembro de familia afectado puede utilizarse para generar dúplexes de ADN heterohíbrido libre de incompatibilidad. Como se utiliza en la presente, "heterohíbrido" significa una hebra doble de ADN que comprende una hebra de ADN a partir de un animal, y una segunda hebra de ADN de otro animal , usualmente un animal que difiere en el fenotipo para la característica de interés. La selección positiva para heterohíbridos libres de incompatibilidades permite la determinación de pequeñas inserciones, eliminaciones u otros polimorfismos que pueden asociarse con polimorfismos de H GA. Sistemas Sin Gel Otras posibles técnicas incluyen sistemas sin gel tales como TaqMan™ (Perkin Elmer) . En este sistema, los cebadores de PCR oligonucleótidos se designan que flanquean la mutación en cuestión y permiten amplificación de PCR de la región. Una tercera sonda de oligonucleótido se designa entonces para hibridizar a la región que contiene la base objeto para cambiar entre diferentes alelos del gen. Esta sonda se etiqueta con tintes fluorescentes en ambos extremos 5' y 3'. Estos tintes se eligen de tal manera que mientras en esta proximidad entre sí la fluorescencia de uno de ellos se extingue por el otro y no puede detectarse. La extensión por polimerasa de ADN Taq a partir del cebador de PCR colocado 5' la plantilla en relación a la sonda conduce al desdoblamiento del tinte unido al extremo 5' de la sonda endurecida a través de la actividad de nucleasa 5' de la polimerasa de ADN Taq. Esto elimina el efecto de extinción que permite la detección de la fluorescencia a partir del tinte en el extremo 3' de la sonda. La discriminación entre diferentes secuencias de ADN se eleva a través del hecho que si la hibridización de la sonda a la molécula de la plantilla no se completa, es decir, existe una equivalencia de alguna forma, el desdoblamiento del tinte no toma lugar. De esta manera únicamente si la secuencia de nucleótido de la sonda oligonucleótido es completamente complementaria a la molécula de la plantilla a la cual se une se removerá por extinción. Una mezcla de reacción puede contener dos diferentes secuencias de sonda cada una diseñada contra diferentes alelos que podría presentarse permitiendo así la detección de ambos alelos en una reacción. Aún otra técnica incluye un Ensayo Invasor que incluye amplificación isotérmica que se basa en una liberación catalítica de fluorescencia. Véase Third Wave Technology at www . twt . com. Diagnósticos a Base de ADN sin PCR La identificación de una secuencia de ADN unida a una secuencia de HMGA puede hacerse sin una etapa de amplificación, basada en los polimorfismos incluyendo polimorfismos de longitud de fragmento de restricción en un animal y un miembro de la familia. Las sondas de hibridización son generalmente oligonucleótidos que se unen a través de apareamiento de base complementaria a todo o parte de un ácido nucleico objetivo. Las sondas normalmente unen secuencias objetivo que carecen de complementariedad completa con la secuencia de sonda dependiendo de la severidad de las condiciones de hibridización. Las sondas se etiquetan preferiblemente de manera directa o indirecta, de manera que evaluando por la presencia o ausencia de la sonda uno puede detectar la presencia o ausencia de la secuencia objetivo. Los métodos de etiquetado directos incluyen etiquetado de radioisótopo, tales como con 32P o 35S. Los métodos de etiquetado indirecto incluyen etiquetas de fluorescencia, complejos de biotina que pueden unirse a avidina o estreptavidina, o etiquetas de péptido o proteína. Los métodos de detección visual incluyen fotoluminiscentes , rojo Texas, rodamina y sus derivados, tinte leuco rojo y 3 , 3 ' , 5 , 5 ' -tetrametilbencidina (TMB) , fluoresceína, y sus derivados, dansilo, umbeliferona y similares o con peroxidasa de rábano, fosfatasa alcalina y similares. Las sondas de hibridización incluyen cualquier secuencia de nucleótido capaz de hibridizar un cromosoma de porcino en donde uno de los residuos de secuencia de codificación HMGA, y define así un marcado genético unido a uno de los genes de HMGA, incluyendo un polimorfismo de longitud de fragmento de restricción, una región hipervariable, elemento repetitivo o una repetición de tándem de número variable. Las sondas de hibridización pueden ser cualquier gen o un análogo adecuado. Otras sondas de hibridización adecuadas incluyen fragmentos exon o porciones de los ADNc o genes conocidos para mapear la región relevante del cromosorna . Las sondas de hibridización de repetición tándem preferidas para uso de acuerdo a la presente invención son aquellas que reconocen un pequeño número de fragmentos a un lugar específico a condiciones de hibridización severas elevadas, o que reconoce un número grande de fragmentos en ese lugar cuando las condiciones de severidad se disminuyen. Una o más enzimas de restricción adicionales y/o sondas y/o cebadores pueden utilizarse. Las enzimas adicionales, sondas construidas, y cebadores pueden determinarse por experimentación rutinaria por aquellos con experiencia ordinaria en la técnica y se pretenden para estar dentro del alcance de la invención.
Aunque los métodos descritos en la presente pueden ser en términos del uso de una sola enzima de restricción y un solo conjunto de cebadores, los métodos no se limitan entonces. Una o más enzimas de restricción adicionales y/o sondas y/o cebadores pueden utilizarse, si se desea. De hecho, en algunas situaciones, puede ser preferible utilizar combinaciones de marcadores dando haplotipos específicos. Las enzimas adicionales, sondas construidas y cebadores pueden determinarse a través de experimentación rutinaria combinada con las enseñanzas proporcionadas e incorporadas en la presente . De acuerdo con la invención, los polimorfismos en una o ambas de las secuencias de nucleótido HMGA han sido identificados que tienen una asociación con el crecimiento, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia. La presencia o ausencia de los marcadores, en una modalidad pueden evaluarse por análisis PCR RFLP utilizando las endonucleasas de restricción y los cebadores de amplificación pueden designarse utilizando análogos humanos, de puerco u otros de las secuencias de HMGA debido a su elevada homología en la región que rodea los polimorfismos, o pueden designarse utilizando secuencias de HMGA conocidas (por ejemplo, humano) como se ejemplifica en GenBank o aún diseñado a partir de secuencias obtenidas a partir de datos de unión a partir de genes estrechamente circundantes basados en las enseñanzas y referencias en la presente. Las secuencias que rodean el polimorfismo facilitará el desarrollo de pruebas de PCR alternos en donde un cebador de aproximadamente 4-30 bases contiguas tomadas a partir de la secuencia inmediatamente adyacente al polimorfismo se utiliza junto con una reacción de cadena de polimerasa para amplificar grandemente la región antes del tratamiento con la enzima de restricción deseada. Los cebadores no necesitan ser el complemento exacto; secuencias sustancialmente equivalentes son aceptables. El diseño de cebadores para amplificación por PCR se conoce por aquellos de experiencia en la técnica y se discute en detalle en Ausubel (ed.), "Short Protocols in Molecular Biology, Fourth Edition" , John Wiley and Sons 1999. Lo siguiente es una breve descripción del diseño cebador. ESTRATEGIA DE DISEÑO DEL CEBADOR El uso incrementado de métodos de reacción de cadena de polimerasa (PCR) ha estimulado el desarrollo de muchos programas para ayudar en el diseño o selección de oligonucleótidos utilizados como cebadores para PCR. Cuatro ejemplos de tales programas que están libremente disponibles a través del Internet son: CEBADOR por Mark Daly and Steve Lincoln of the Whitehead Institute, (UNIX, VMS , DOS, y Macintosh) , Programa de Selección de Oligonucleótido (OSP) por Phil Green and LaDeana Hiller of Washington University en St. Louis (UNIX, VMS, DOS y Macintosh), PGEN por Yoshi (DOS únicamente) , y Amplify by Bill Engeles of the University of Wisconsin (Macintosh únicamente) . Generalmente, estos programas ayuda en el diseño de cebadores PCR investigando por bits de elementos de secuencia repetida conocida y luego optimizando la Tm analizando la longitud y contenido de GC de un cebador putativo. El software comercial está también disponible y los procedimientos de selección del cebador se incluyen rápidamente en la mayoría de los paquetes de análisis de secuencia general. Secuenciación y Cebadores de PCR Los oligonucleótidos de diseño para uso como cualesquiera cebadores de secuenciación o PCR requieren la selección de una secuencia apropiada que reconoce específicamente el objetivo y luego prueba la secuencia para eliminar la posibilidad que el oligonucleótido tendrá una estructura secundaria estable. Las repeticiones invertidas en la secuencia puede identificarse utilizando una identificación de repetición o programa de plegado de ARN tal como aquellos descritos anteriormente (véase predicción de Estructura de Acido Nucleico) . Si se observa una estructura de tallo posible, la secuencia del cebador puede alternarse con unos pocos nucleótidos en cualquier dirección para minimizar la estructura secundaria de predicción. La secuencia del oligonucleótido debe también compararse con las secuencias de ambas hebras del vector apropiado y el ADN de inserción. Obviamente, un cebador de secuenciación debe únicamente tener una sola equivalencia al ADN objetivo. Es también conveniente excluir cebadores que tienen únicamente una sola incompatibilidad con una secuencia de ADN objetivo indeseada. Para cebadores de PCR utilizados para amplificar el ADN genómico, la secuencia cebadora debe compararse con las secuencias en la base de datos GenBank para determinar si cualesquiera equivalencias significativas ocurren. Si la secuencia de oligonucleótido se presenta en cualquier secuencia de ADN conocida o, más importantemente, en cualesquiera elementos repetitivos conocidos, la secuencia cebadora debe cambiarse. Los métodos y materiales de la invención pueden también utilizarse más generalmente para evaluar el ADN animal, categorizar genéticamente animales individuales, y detectar diferencias genéticas en animales. En particular, una muestra del ADN genómico de animal puede evaluarse por referencia a uno o más controles para determinar si un polimorfismo en una de las secuencias de HMGA se presenta. Preferiblemente, el análisis de RFLP se realiza con respecto a las secuencias de HMGA de animal, y los resultados se comparan con un control . El control es el resultado de un análisis de RFLP de uno o ambos de las secuencias de HMGA de un animal diferente en donde el polimorfismo de los genes de HMGA del animal se conoce. De manera similar, el genotipo de HMGA de un animal puede determinarse obteniendo una muestra de su ADN genómico, conduciendo el análisis de RFLP de los genes de HMGA en el ADN, y comparando los resultados con un control. Nuevamente, el control es el resultado del análisis de RFLP de una de las secuencias de HMGA de un diferente animal. Los resultados genéticamente categorizan al animal especificando el o los polimorfismos en sus genes de HMGA. Finalmente, las diferencias genéticas entre animales pueden detectarse obteniendo muestras del ADN genómico a partir de al menos dos animales, identificando la presencia o ausencia de un polimorfismo en una de las secuencias de nucleótido de HMGA y comparando los resultados. Estos ensayos son útiles para identificar los marcadores genéticos con relación al crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia, como se discute,, anteriormente, para identificar otros polimorfismos en los genes de HMGA que pueden correlacionarse con otras características, y para el análisis científico general de los genotipos y fenotipos del animal. Los ejemplos y métodos en la presente describen ciertos genes que han sido identificados por tener un polimorfismo que se asocia ya sea positiva o negativamente con una característica benéfica que tendrá un efecto en crecimiento, gordura, calidad de carne y eficiencia alimenticia para animales que transportan este polimorfismo.
La identificación de la existencia de un polimorfismo dentro de un gen se hace con frecuencia por una sola base alternativa que resulta en un sitio de restricción en ciertas formas alélicas. Un cierto alelo, sin embargo, como se demuestra y discute en la presente, puede tener un número de cambios de base asociados con esto que podría evaluarse para lo cual son indicativos del mismo polimorfismo (alelo) . Además, otros marcadores genéticos o genes pueden unirse a los polimorfismos descritos en la presente de manera que los ensayos pueden implicar identificación de otros genes o fragmentos genéticos, pero que últimamente se basan en caracterización genética de animales para el mismo polimorfismo. Cualquier ensayo que clasifica e identifica animales en base a las diferencias alélicas descritas en la presente se pretenden para incluirse dentro del alcance de esta invención. Alguien con experiencia en la técnica, una vez que un polimorfismo ha sido identificado y una correlación a una característica particular establecida, se entenderá que existen muchas maneras para animales genotipo para este polimorfismo. El diseño de tales pruebas alternativas simplemente representa optimización de parámetros conocidos por aquellos con experiencia en la técnica y se pretenden que estén dentro del alcance de esta invención como se describe completamente en la presente.
EJEMPLOS La familia genética de HMGI (HMGA bajo una nueva nomenclatura; Bustin, 2001) consiste de dos genes que codifican tres proteínas (HMG-I, -Y, y -C) asociada con estructura de cromatina y control de transcripción. Las proteínas HMGI/Y son productos de ARN empalmados alternativamente de un solo gen, pero una diferencia genética que codifica HMGIC. El gen HMGIY (HMGA1) se ubica en la región cromosomal 6p21 en humanos (Friedman et al., 1993) y puede implicarse en la regulación de expresión genética para crecimiento celular y diferenciación (Reeves and Beckerbauer, 2001) . Por lo tanto, lo aberrante o la sobreexpresión de la proteína HMGI/Y ha sido fuertemente correlacionado con muchos tipos de formación de cáncer (Hess, 1998; Tallin and Dal Cin, 1999; Reeves, 2000) . Ya que las proteínas HMGI/Y juegan un papel transcripcional en la expresión de genes específicos de adipocito, el HMGI/Y podría tener un papel importante en el crecimiento y diferenciación celular adipocítica (Melillo et al. , 2001) . El gen humano HMGIC (HMGA2) se asignó físicamente al cromosoma 12ql4-12 y está región se mostró para un sitio de redisposiciones cromosomales que frecuentemente provocan lipomas, un tumor principalmente compuesto de células grasas maduras (Asher et al., 1995). Estos hallazgos se confirmaron en ratones transgénicos que expresan dominios truncados del gen HMGIC. Estos ratones transgénicos desarrollaron adiposidad y prevalencia anormalmente elevada de lipomas (Arlotta et al., 2000). De otra manera, los ratones adormecidos con el gen HMGIC mostraron una reducción del peso corporal adulto, afectando principalmente el tejido graso (Zhou et al., 1995). Estos resultados indican que la variación en genes HMGA podrían asociarse con la variación en obesidad humana y gordura en animales. HMGA1: Pruebas PCR-RFLP Cebadores : Delantero (HMGYl) - 5' AGA AGG AGC CCA GCG AAG T 3' SEC . DE IDENT . NO . 1 Inverso (HMYS2) - 5' ACA GTG CTC ACC CAA TGG C 3' SEC. DE IDENT. NO. 2 Ubicación: Ambos en exon Condiciones de PCR: Mezcla 1 Regulador 10 x PCR 1.0 µ? MgCl2 (25 mM) 0.6 µ? dNTPs (2.5 mM) 0.5 µ? HMGYl (25 pmol/µ?) 0.1 µ? HMYS 2 (25 pmol//il) 0.1 µ? Taq Polimerasa (5U/il) 0.07 µ? ddH20 7.63 µ? ADN genómico 1.0 µ? Combinar la Mezcla 1 y el ADN en un tubo de reacción de PCR. Revestir la mezcla con aceite mineral. Correr el siguiente programa PCR: 94 °C durante 3 minutos; 36 ciclos de 94°C durante 30 segundos, 63.8°C durante 1 minuto, y 72 °C durante 1 minuto 30 segundos; seguido por una extensión final a 72 °C durante 10 minutos. Checar 2 µ? del PCR en un gel de agarosa al 1.6% para confirmar el éxito de amplificación y el resultado de limpieza deseable en el control negativo. La digestión puede realizarse por los siguientes procedimientos : Reacción de digestión BanI : Reacción de digestión
Nael Producto PCR 4.0 µ? producto PCR 4.0 µ? Regulador NE 4 1.0 µ? Regulador NE 1 1.0 µ? BSA (10 tng/ml) 0.1 µ? BSA (10 mg/ml) 0.1 µ? BanI (20?/µ1) 0.2 µ? Nael (lOU/µ?) 0.4 µ? DdH20 4.7 µ? ddH20 4.5 µ? Realizar un cóctel del producto PCR, regulador, enzima y agua. Incubar por al menos 4 horas o durante la noche a 37°C. Mezclar la digestión con tinte de carga (2:5) y correr en un gel de agarosa NuSieve al 3%: HMGA1: Pruebas Hhal PCR-RFLP Cebadores para H GIC-5: 5' ACT GAA GAG ACA TCC TCA CA 3' SEC , DE IDENT. NO. 3 HMGIC-T1: 5' CTA AAC CTG GGA CTG TGA AG 3' SEC . DE IDENT. NO: 4 Cebadores para Mezcla 2; 660 bp HMGIC-SF: 5' GAT AGG ACT AGA TAG AAC TTA C 3' SEC. DE IDENT. NO. 5 HMGIC-T2: 5' GGA TAT ATT GCA TCT CTG GC 3' SEC. DE IDENT. NO. 6 Mezcla 1: 250 bp
Condiciones PCR: Mezcla 1: Mezcla 2: Regulador Promega fOX 1. 0 UL Regulador Promega T0X 1. 0 UL 25 mM MgClj 0.6 HL 25 mM MgCl2 0 . 6 UL dNTPs mezcla ( cada 2.5mM ) 0.5 |iL dNTPs mezcla ( cada 2.5roM ) 0. 5 UL
pmol/UL HMGIC 5 0.1 UL 25 pmol/uL HMGIC SF 0 . 1 UL
pmol/UL HMGIC TI 0.1 UL 25 pmol/ML HMGIC T2 0 . 1 UL dd estéril H20 7 .4 UL dd estéril H20 7 . 4 UL Polimerasa Taq (5 U/uL) 0. 07 UL Polimerasa Taq (5 U/UL) 0. 07 UL ADN genómico (12.5ng/uL) 1. 0 UL ADN genómico (12.5ng/uL) 1. 0 UL 1. Operar el siguiente programa PCR: 94 °C durante 2 minutos; 35 ciclos de 94°C durante 30 segundos, 56°C (mezcla 1) y 52 °C (Mezcla 2) 1 minuto, y 72 °C 1 minuto 30 segundos; seguido por una extensión final a 72 °C durante 10 minutos. Cuando los cebadores HMGIC-5 y HMGIC-T2 se utilizan para amplificación de PCR (56 °C de temperatura templada) , el fragmento de PCR (1.2 kb) contiene ambos sitios polimórficos Hhal . 2. Checar 3 µ? de la reacción de PCR en un gel de agarosa al 1% estándar para confirmar el éxito de amplificación y control negativo limpio. 3. Reacción de Digestión Hhal : Agregar 5 µ? a cada tubo de reacción que contiene el ADN. Incubar a 37 °C al menos 4 horas o durante la noche. Mezclar el tinte de carga con reacción de digestión y cargar el' volumen total en un gel de agarosa al 3%. Producto PCR 5.0 µ? Regulador 10 X NE 4 1.0 µ? BSA (10 mg/ml) 0.3 µ? Enzima Hhal (20 U/µ?) 0.3 µ? H20 estéril dd 3.6 µ? Dos sitios de reconocimiento BanI de la Figura se indican como subrayados y en negritas. Uno de los cuales contiene el polimorfismo nucleótido único en la posición 54. La Figura 1 muestra la secuencia de HMGA con el sitio polimórfico Nael subrayado (GCYGGC) . Y = C o T Tres sitios de reconocimiento Hhal (GCGC) se subrayan y dos de ellos se acentúan con polimorfismo de ADN que contiene gris. Caja 1 es el fragmento de PCR aproximado de la
Mezcla 1. Caja 2 es el fragmento de PCR aproximada de la Mezcla 2.
K = G o T Y = C O T Se secuencian y se analizan ambos fragmentos HMGA1 y HMGA2 de porcino amplificados a partir de la reacción de cadena de polimerasa. La secuencia del fragmento genético HMGA2 de porcino, abarcando exon 5 y 3'UTR mostró aproximadamente 79% de identidad en el nivel de ADN a la secuencia humana correspondiente. La secuencia del fragmento genético HMGA1 de porcino, abarcando exon 6 y 7 mostró aproximadamente 93% de identidad en el nivel de ADN a la secuencia exónica humana correspondiente. Se identificaron varias sustituciones de nucleótido único (los SNP) en ambos genes HMGA1 y HMGA2 de porcino. Dos de los SNP identificados en el gen H GA1 se situaron dentro de los sitios de reconocimiento de enzima de restricción, BanI y Nael, respectivamente y otros dos de los SNP identificados en el gen H GA2 se situaron en el sitio de reconocimiento Hhal . Las pruebas PCR RFLP para estos SNP se desarrollaron y se probaron para muestras de ADN a partir de animales de la familia de generación Berkshire x Yorkshire 3 y poblaciones comerciales PIC. QTL y análisis de asociación se realizaron utilizando genotipos a partir de las pruebas PCR-RFLP en las muestras de ADN mencionadas anteriormente. Ambos genes HMGA se ubican bajo regiones QTL para características relacionadas con grasa en familia de referencia cruzada Berkshire y Yorkshire . La presencia del polimorfismo Nael del alelo 1 para el gen HMGA1 se asocia significativamente con menos grasa trasera en animales de varias poblaciones comerciales de PIC. Además, los genotipos HMGA2 se asocian también con características de grasa y crecimiento en aquellas poblaciones comerciales. Los análisis combinados de ambos genes en la familia de referencia claramente muestran efectos aditivos de dos genes en las características de grasa. Estos resultados indican que estos polimorfismos se asocian con muchas características económicamente importantes para producción de puerco y calidad de la carne de puerco y además el uso de estos polimorfismos será útil para selección exacta de animales con rendimiento y fenotipos deseables para programa de reproducción. Análisis de asociación de genes HMGA en poblaciones
PIC. Promedios (s.e.) y sigma P se calculan en todos los animales en la calidad de la carne presentados en agosto 1, 2000. Todos los resultados son de modelo mezclado con semental como el efecto aleatorio y fecha de matanza como se establece . Niveles significativos promedios LS : significación de y d a b p<.3 a p<.3 c d p<.1 b p<.1 e f p<.05 c p<.05 g - h p<.01 d p<.01 i j p<.005 e p<.005 k - 1 p<.001 f p<.001 m n p<.0005 g p<-0005 o P p<.0001 h p<.0001 -B- El estimado se predispone. geno p: valor p para genotipo en el modelo CARACTERÍSTICAS = Semental + Fecha de Matanza + Genotipo expl . %ae2 reducción en varianza de error debido al
"Genotipo" a y d efecto de aditivo y ascendencia del marcador a partir del modelo CARACTERÍSTICA + Semental + SI. fecha + ADD + DOM los resultados se dan en los valores de la característica .
Característica Descripción Peso impuro Peso impuro del animal muerto hcw Peso del animal muerto caliente ccw Peso del animal muerto frío L binwt Hueso en peso del lomo (un lomo) L blswt Peso sin hueso del lomo (un lomo) loinminl Clasificación de color objetivo minolta L del lomo loinmina Clasificación de color objetivo minolta a del lomo loinminb Clasificación de color objetivo minolta b del lomo Japcs Medición subjetiva: clasificación de color japonesa (1-6) Jaspeado Clasificación subjetiva de jaspeado en el lomo (1-5) Firmeza Clasificación subjetiva de firmeza de lomo (1- 3) LoinpH PH del lomo en 24 horas H binwt Hueso en peso del jamón (un jamón) H_blswt Peso sin hueso del músculo interior del jamón (un jamón) hamminl Clasificación de color objetivo minolta L del jamón hammina Clasificación de color objetivo minolta a del jamón hamminb Clasificación de color objetivo minolta b del jamón hampH PH del jamón en 24 horas dripprct Porcentaje de driploss (reducción del peso de la muestra) después de 48 horas hprofat Espesor de grasa trasera de sonda Henessey
hpromeat Profundidad del lomo de sonda Henessey
LMprct Porcentaje de carne magra del animal muerto
Aloc_f Posición P2 de espesor de grasa trasera Aloca Endwt Peso del animal en el final de la prueba
Días Días hasta el final del periodo de prueba
LDG, g/d Ganancia diaria de vida útil (del nacimiento al final del periodo de prueba)
TDG, g/d Ganancia diaria mientras en prueba US_MD Profundidad de músculo en el final del t <J1 O ai Análisis de características de la calidad y producción de carne con HMGA1 Nae I en US-Landrace Análisis de características de calidad y producción de carne con HMGA1 Nae I en US Blanco Grande Análisis de características de calidad y producción de carne con HMGA 1 Nae I en US Blanco Grande x Duroc tfo. de animales Lspromedio (s.e.) geno a d
Característica Promedio (s.e.) 11 12 22 11 12 22 P característica (s.e.) P característica (s.e.l P
BprofaC 15.88 (0 .16) 3.46 128 245 109 15.41 (0.37) c 15.45 (0.29) e 16.31 (0.39)d £ 0.06 0.45 (0.23 ) b -0.28 (0.19) a
¦Ios_£ 13 .83 (0.15) 3.47 148 274 119 13.35 (0.321 c i 13.98 (0.26) d 14.68 (0.36)3 c o.oio 0. 67 (0.22) -0.02 (0. 18)
Análisis de características de calidad y producción de carne con H GA1 Na I A través de todas las Líneas
Análisis de características de calidad y producción de carne con HMGA2 en US-landrace No. de animales Lspromedio (s.e.) geno O S
Característica Promedio (s.e.) ¾ U 12 22 11 12 22 P característica (s.e.) P característica (s.e.) P
BproCat 12.96 (0.16) 2.56 6 60 186 13.83 (0.99)a 12.53 (0.37)ba 13.35 (0.27) f 0.07 -0.24 (0.49) -0.71 (0.39) b
LUprct 46.78 (0.08) 1.17 5 51 135 46.07 (0.49)e a 47.16 (0.19) fg 46.67 (0.1S)bh 0.01 0.30 (0.24) a 0.53 (0.19) d
111.6 (0.43) 6.94 6 61 192 107.5 (2.811c 110.4 (0.96)e 112.4 (0.68)d £ 0.04 2.48 (1.41) b 0.28 (1.11) g/4 683.0 (2.98) 48 S 61 192 633.0 (23. )a 661.8 (6.93)c 674.2 (5.63)bd 0.09 18.08 (11.5) a 3.78 (8.66) nía, o/a 896.1 (5.58) 73.2 3 43 126 850.1 (41.0)a 875.2 (12.1)0 900.9 (9.76)b f 0.08 25.41 (20.4) a -0.22 (15.4) Análisis de características de calidad y producción de carne con HMGA2 en US- Grande Blanco NO. de animales Lspromedio (s.e.) geno O d
Característica Promedio (s.e.) 11 12 22 11 12 22 P característica (s.e.) P característica (s.e.) P luMmt 19.78 (0.16) 1.72 12 55 47 20.29 (0.45)e 19.97 (0.2S)e 19.26 (0.26) f 0.02 -0.52 (0.23) c 0.13 (0.20)
L_blB«7t 6.68 (0.06) 0.59 12 55 47 6.77 (0.15)c 6.69 (0.09)e 6.49 (0.09)d f 0.08 -0.14 (0.08) b 0.04 (0.07)
Bnúw 109.9 (0.50) 6.12 12 68 72 109.1 (1.85) 109.4 (0.93)e 107.2 (0.94) f 0.12 -0.94 (0.95) 0.80 (0.78)
-JX3, oa 662.4 (3.08) 38 12 68 72 670.2 (11.2)a 677.3 (5.89)1 658.0 (5.21)b j 0.009 -6.12 (5.67) a 8.78 (4.63) b
TOO, g/á 863.5 (5.50) 65.8 11 61 71 877.7 (19.3) a 876.9 (9.85)g 848.3 <8.78)b h 0.02 -14.7 (9.79) a 9.25 (8.00) a
t o o
Análisis de características de calidad y producción e carne con HMGA2 en US-Duroc No. de animales Lspromedio (s.e.) geno a S
Característica Promedio (s.e.) °» 11 12 22 11 12 22 P característica (s e.) P característica (s.e.) P d rty wt 230 .6 (1.65) 19.1 50 48 36 227.6 (3.36)é 227.8 (2.96) e 236.0 (3 .24) f 0.07 4.20 (2.10) c -2. 68 (2 .21) a
BpTOfat 13.49 (0.28) 3.1 46 46 34 14.71 (0.67) i c 12.58 (0.59)j 13.29 (0.64)d 0.01 -0.71 ( 0.39) b -0.94 (0.40) c
_ta- hffc 101 .0 (0.86) 9.97 50 49 35 104.6 (1.921 c 104.7 (1.67)e 109.1 (1.93)d f 0.09 2.24 (1.17) b -1.41 (1.20) a uw, a A 655.4 (4.65) 53.9 50 49 35 648.1 (10.8)a 63E .5 (9.60)b e 660.9 (10.9)b £ 0.09 6.40 (5.94) a -12.0 ( 5.95) c roa, e/A 847.4 (8.81) 100 49 48 33 836.9 <19.4)a. 81S.2 (17.0 )b 860.8 (19.5)b f 0.09 11.95 (11.1) a -21.8 (11.2) b
56.83 (0.60) 6.94 50 49 35 55.01 (1.03) e c 57.54 (0.91) £ 57.44 (1.05) d 0.08 1.22 (0.65) b 0.88 ( 0.68) a
Análisis de características de calidad y producción de carne con HMGA2 en US-Grande Blanco x Duroc No. de animales Lspromedio (s.e.) geno a s
Característica Promedio (s.e.) 11 12 22 11 12 22 P característica (s.e.) P característica (s.e.) P t »afc 53.77 (0.45) 7.57 55 147 83 54.78 (1.06)e 51.31 (0.68)f i 55.05 (0.88)3 0.002 0.13 (0.67) -2.07 (0.58) £
ErparorU» 15.07 (0.36) 4.03 4B 125 63 13.89 [0.711c e 15.18 (0.48)d 15.76 (0.61) £ 0.09 0.93 (0.43) c 0.24 (0.36)
Utprct 45.49 (0.09)- 1.37 48 125 63 45.91 (0.22 )c 45.50 (0.15)d 45.87 (0.191c 0.07 -0.02 (0.13) -0.26 (0.11) c
Dias 151.1 (0.65) 8.85 40 100 44 152.0 (1.29)a 150.6 (0.84)e 153.8 (1.24)b £ 0.08 0.89 (0.85) a -1.56 (0.78) c
LOO, e/A 684.3 (3.35) 57.2 57 151 84 668.0 (7.96)>a 678.9 (4.85)b 672.8 (5.82) 0.41 2.40 (4.91) 5.68 (4.30) a DB. ß/? 883.5 (6.72) 76.1 21 62 45 850.3 (13.91c 877.1 (8.45)da 862.5 (10.1)b 0.17 6.08 (8.55) 13.82 (7.41) b
OS _J£D 60.25 (0.59) 6.12 17 51 40 5S .61 (1.58) a 60.12 (0.94>a 61.88 (1.09) b 0.35 1.13 (0.96) a -0.42 (0.77 )
Análisis de Interacción entre genes HMGA con características de grasa en la familia de referencia A. Los animales F2 a partir de la familia cruzada Berkshire y Yorkshire 1) Frecuencias Genéticas HMGAl Frecuencia Por ciento Frecuencia Por ciento (Banl) 11 88 17.85 88 17 .85 12 232 47.06 320 64 .91 22 173 35.05 433 100 .00 HMGA2 Frecuencia Por ciento Frecuencia Por ciento 11 64 12.75 64 12 .75 12 234 46.61 298 59 .36 22 204 40.64 502 100 .00
Frecuencia Por ciento HMGAl Row Pct Col Pct 11 12! 221 Total 60 12.37
224 HMGA 2 46.19
201 41.44
485 100.00 EFECTO EN LA ULTIMA CARACTERISTICA DE GRASA DE COSTILLA (lrib) Ambos genotipos HMGA1 y HMGA2 se asocian con la última variación de característica de costilla. La presencia de alelo HMGA2 incrementó moderadamente el último contenido de grasa de la costilla (comparando 12 y 22 genotipos) . La presencia del alelo HMGA1 muestra fuerte asociación con el contenido de grasa incrementada. HMGA2 irib LSMEAN Error 11 3.18575614 0.11603336 12 3.12045322 0.04885318 22 3.22801544 0.04984788
HMGAl Irib LSMEAN Error 11 3.35804436 07798118 12 3.16165424 04771340 22 3.07576363 04890591
Ultima HMGAl costilla HMGA2 11 12 22 11 3.38 3.21 2.96 12 3.28 3.14 3.00 3.44 3.20 3.21 3) EFECTO EN LA CARACTERÍSTICA DE GRASA LUMBAR
(lum) Ambos genotipos HMGAl y HMGA2 muestran una asociación con la grasa lumbar. El resultado de la combinación HMGAl y HMGA2 muestra claramente el efecto aditivo en la grasa lumbar.
HMGA2 lum LSMEAN Error 11 3.47003685 0.13421404 12 3.53704166 0.05650774 22 3.55401930 0.05765829 HMGA1 lum LSMEAN Error 11 3 .77507026 0. 08990991 12 3 .55616811 0. 05501209 22 3 .39947934 0.05638702
Grasa HMGA1 Lum HMGA2 11 12 22 11 3.65 3.72 3.31 12 3.69 3.60 3.39 22 3.91 3.63 3.50 C) EFECTO EN LA CARACTERÍSTICA DE LÍPIDO TOTAL (tlip) Los genotipos HMGA2 se asocian con la variación de lípido total HMGA2 tlip LSMEAN Error 11 2.88214497 0.23811466 12 3.06472896 0.10025272 22 3.23158737 0.10229396 HMGA1 tlip LSMEAN Error 11 3.33719722 0.16344925 12 3. 03313238 0.10000771 22 3. 10162605 0.10250722
H 3A1 HMGA2 11 12 22 11 2.83 2.56 3.04 12 3.25 2.91 3.15 22 3.46 3.38 2.99
) EFECTO EN LA 10a CARACTERÍSTICA DE GRASA DE COSTILLA (trib) Los genotipos H GA1 se asocian significativamente con 10a grasa de costilla. H GA2 trib LSMEAN Error 11 3.00876115 0. 13088375 12 3.08337129 0. 05507852 22 3.11863733 0. 05619663 HMGA1 trib LSMEAN Error 11 3.28558871 0. 08686549 12 3.07574337 0. 05310117 22 2.98812120 0. 05442963
10a H GA1 costilla HMGA2 11 12 22 11 3.05 3.20 2.95 12 3.26 3.11 2.94 22 3.35 3.23 3.02
1. Mapa genético del cromosoma 1 de puerco en la familia cruzada Berkshire y Yorkshire Véase la Figura 4 9 SW1515 0.0 0.17 17· .3 2 S0316 17.3 0.03 3 .4 1 SWR2300 20.8 0.11 10 .9 0 S0008 31.6 0.16 16 .0 4 SW781 47.7 0.04 4 .3 8 S0312 51.9 0.13 13 .4 7 S0331 65.4 0.03 3 .3 1 MC4 68.6 0.04 4 .0 0 HHOA2 72.6 0.15 15 .2 6 SW974 87.8 0.17 17 .1 3 S 373 104.9 0.22 23 .0 5 SW1301 128.0 * denota fracción recombinante mantenida fija en este análisis logl0_like = -1425.68 9 SW1515 0.0 0.0 0.19 19.7 0.15 14.9 2 S0316 19.7 14.9 0.03 3.2 0.02 2.3 1 SWR2300 22.9 17.2 0.08 7.6 0.16 16.1 0 S0008 30.5 33.3 0.16 16.6 0.14 14.8 SW781 47.1 48.1 0.02 2.0 0.07 7.0 8 S0312 49.1 55.1 0.22 23.4 0.04 4.1 S0331 72.5 59.2 0.04 4.5 0.02 2.1 1 MC4R 77.0 61.3 0.06 5.6 0.02 2.2 0 HMGA2 82.5 63.5 0.20 21.3 0.09 9.5 6 SW974 103.8 73.0 0.20 21.6 0.13 13.3 3 SW373 125.4 86.3 0.19 19.4 0.24 26.4 5 SW1301 144.8 112.7
* denota fracción recombinante mantenida fija en e análisis logl0_like = -1396.97 2. Mapa genético del cromosoma 7 de puerco en la familia cruzada Berkshire y Yorkshire Véase la Figura 5 Sex_averaged map (recomb. frae . , Kosambi cM) : 10 S0025 0.0 0.27 29.7 9 S0064 29.7 0.17 18.1 8 TNFB 47.8 0.04 4.4 0 HMGAl 52.3 0.12 12.5 7 SWR1928 64.7 0.10 9.7 2 S 2040 74.4 0.09 9.0 5 SW252 83.5 0.06 6.1 1 SW632 89.6 0.05 5.5 4 SW1083 95.1 0.20 21.6 3 S0101 116.7 0.21 22.6 6 SW764 139.3 * denota fracción recombinante mantenida fija en este análisis loglO_like -1441.45 Sex_especific map (recomb . frae . , Kosambi cM --femenino, masculino) :
S0025 0.0 0.0 0.30 35.4 0 .23 24 .9 9 S0064 35.4 24.9 0.14 14.2 0 .21 22 .1 8 TNFB 9.6 47.0 0.06 5.6 0 .04 3 .5 0 HMGAl 55.2 50.5 0.17 17.8 0 .08 7 .9 7 SW 1928 72.9 58.4 0.G8 7.8 0 .12 11 .9 2 SW2040 80.7 70.3 0.12 12.1 0 .06 5 .9 5 SW252 92.9 76.2 0.09 9.0 0 .04 3 .8 1 SW632 101.8 80.0 0.05 5.0 0 .06 6 .3 4 SW1083 106.9 86.3 0.21 21.8 0 .20 21 .3 3 S0101 128.7 107.6 0.25 27.3 0 .17 17 .8 6 SW764 156.0 125.5 logl0_like - -1428.65
Cebadores Adicionales y nuevas secuencias para HMGAl Cebadores : HMA1-F1 (hacia delante) 5' AAG CAG CCT CCG GTG AGT C 3' SEC. DE IDENT . NO.: 7 HMA1-R1 (hacia delante) 5' CAC TTC GCT GGG CTC CTT CT 31 SEC. DE IDENT. NO.: 8 Ubicado en exon 5 en intron 5 (~1800 bp, temperatura templada (Ta) es 65°)
HM766F (hacia delante) 5' TCT CTA GTT CCT CAT TCC 3' SEC. DE IDENT. NO.: 9 HM766R (hacia delante) 5' CCC AAG ACA GAA TAA AAA G 3' SEC. DE IDENT. NO . : 10 Ubicado dentro intron 5 (~800 bp, Ta es 51.7°) HM867F (hacia delante) 5' CCT CTT GTC ATT TTA CTG TC 3' SEC. DE IDENT. NO. : 11 HM867R (hacia delante) 5' ACC CCA CTT TCC TCA ACT 3' SEC. DE IDENT. NO.: 12 Ubicado en intron 5 en intron 6 (~390 bp, Ta es 57.4°) HM978F (hacia delante) 5' CTC TGC CTC CAC TCT CTA 3' SEC. DE IDENT. NO.: 13 HM978R (hacia delante) 5' TGC CAA AGG TGA CAA GAC 3' SEC. DE IDENT. NO.: 14 Ubicado dentro intron 5 (-1000 bp, Ta es 59.3°) HMAI2F (hacia delante) 5' CCA GGA AGG AAA CCA AGG G 3' SEC. DE IDENT. NO. :15 HMAI2R (hacia delante) 5' TGA CTC AGC AAC CTC CAC G 3' SEC. DE IDENT. NO.: 16 Ubicado en exon 7 en intron 7 (-1200 bp, Ta es 60°) HMAI2F (hacia delante) 5' CCA GGA AGG AAA CCA AGG G 3· SEC. DE IDENT. NO.: 17 HMAI3R (hacia delante) 5' TGA CTC AGC AAC CTC CAC G 3' SEC. DE IDENT. NO.: 18 Ubicado en exon 7 en intron 7 (-800 bp. Ta es 56") Condiciones de PCR: Mezcla 1 10 X Regulador PCR 1.0 µ? MgCl2 (25mM) 0.6 µ? dNTPs (2.5 M) 0.5 µ? HMGY1 (25 pmol/µ?) 0. ?µ? H YS 2 (25 pmol/µ?) ?.?µ? Polimerasa Taq (SU/µ?) 0.07µ1 ?s?207.63µ1 ADN genómico 1.0 µ? Combinar la Mezcla 1 y ADN en un tubo de reacción PCR. Revestir la mezcla con aceite mineral. Correr el siguiente programa PCR: 94 °C durante 3 minutos; 36 ciclos de
94 °C durante 30 segundos, Ta durante 1 minuto, y 72 °C durante
1 minuto 40 segundos; seguido por una extensión final a 72 °C durante 10 minutos. Checar 2 µ? del PCR en un gel de agarosa al 1.6% para confirmar el éxito de amplificación y el resultado de limpieza deseable en el control negativo. (Cada conjunto cebador se corrió en el mismo programa con temperaturas de templadas apropiadas como se establece en paréntesis anterior) . Nota: Se identificaron SNPS adicionales para análisis de secuencia. Las posiciones de SNP se indican por tipo de letra en negrita. Comparación de secuencia contig. A través de la especie y secuencia de consenso para HMGA1 Nota: Se identificaron SNPS adicionales por análisis de secuencia. Secuenciación para cuatro diferentes especies de puercos reveló varios polimorfismos en la secuencia de ADN del gen HMGA1. Las posiciones de SNP se indican por el símbolo (*, +) y la flecha. La descripción de los SNP sigue. Tabla 1: Descripción de ubicació y cambio de base de nuevos los SNP identificados por el análisis de secuencia para
Contig 1 y 2
Nota: Existen otros de los SNP potenciales para contig 2 que no podrían confirmarse por secuencia.
Referencias Arlotta, P-, Tai, A. K. , Manfioletti, G. , Clifford, C, Jay, G., Ono, S. J. 2000. Transgenic mice expressing a truncated form of the high mobility group I-C protein develop adiposity and an abnormally high prevalence of lipomas. J. Biol . Chem. 275, 14394-14400. Ashar, H. R. , Fejzo, M. S., Tkachenko, A., Zhou, X. , Fletcher, J. A., Weremowicz, S., Morton, C. C, Chada, K. 1995. Disruption of the architectural factor HMGI-C: DNA- binding AT hook motifs fused in lipomas to distinct transcriptional regulatory domains. Cell 82:57-65. Bustin, . , 2001. Revised nomenclature for high mobility group (HMG) chromosomal proteins. Trends Biochem. Sci . 26, 152-153. Friedmann, M . , Holth, L. T.( Zoghbi, H. Y., Reeves, R. 1993. Organ zation, inducible-expression and chromosome localization of the human H GI (Y) nonhistone protein gene. Nucleic Acids Res. 21, 4259-4267. Hess, J. L. 1998. Chromosomal translocaitons in benign tumors. Am. J. Clin. Path. 109, 251-261. Melillo, R. M, , Pierantoni, G. M, , Scala. S., Battista, S., Fedele, M. , Stella, A., De Biasio, M. C, Chiappetta, G. , Fidanza, V., Condorelli, G. , Santoro, . , Croce, C. M . , Viglietto, G., Fusco, A. 2001. Critical role of the HMGI (Y) proteins in adipocytic cell growth and differentiation. Mol. Cell . Biol . 21, 2485-2495. Tallini, G. , Dal Cin, P. 1999. HMGI (Y) and HMGI-C dysregulation : a common occurrence in human tumors . Adv.
Anat. Pathod. 6, 237-246. Reeves, R. 2000. Structure and function of the HMGI (Y) family of architectural transcription and chromatin structure.
Environ. Health Perspect . 108, 803-809. Reeves, R. ( Beckerbauer, L. 2001. HMGI/Y proteins: flexible regulators of transcription and chromatin structure.
Biochim. Biophy. Acta 1519, 13-29. Zhou, X., Benson, K. F., Ashar, H. R. , Chada, K. 1995. Mutation responsable for the raouse pygtny phenotype in the developmentally regulated factor HMGI-C. Nature 376, 771-
Claims (31)
- REIVINDICACIONES 1. Un método para identificar un animal que posee un genotipo indicativo de una característica fenotípica, el método está caracterizado porque comprende: obtener una muestra de ácido nucleico a partir del animal, y evaluando por la presencia de un genotipo caracterizado por un polimorfismo en un gen HMGA1 o HMGA2 de la muestra, o un polimorfismo unido al mismo, el genotipo es uno que ha sido mostrado para asociarse significativamente con una característica genotípica; y asociando al animal con la característica fenotípica basada en el genotipo presente en el animal .
- 2. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el polimorfismo resulta en un cambio de aminoácido de un gen H GA o su equivalente como se determinó por una comparación BLAST.
- 3. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el polimorfismo se ubica en el gen HMGA1
- 4. El método de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque el genotipo es un polimorfismo Nae I, o Ban I .
- 5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el polimorfismo se ubica en el gen H GA2.
- 6. El método de conformidad con la reivindicación 5, caracterizado porque el genotipo es un polimorfismo Hha I.
- 7. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque la etapa para evaluar se selecciona del grupo que consiste de: análisis del polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) , minisecuenciación, MALD-TOF, SINE, análisis heterodúplex, polimorfismo conformacional de una sola hebra (SSCP) , electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización (DGGE) y electroforesis de gel de gradiente de temperatura (TGGE) .
- 8. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el animal es un puerco.
- 9. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado además porque comprende la etapa; de amplificar la cantidad de una secuencia de nucleótido de HMGA o una porción de la misma que contiene el polimorfismo.
- 10. El método de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado porque la amplificación incluye las etapas de: seleccionar un cebador delantero y un inverso capaz de amplificar una región de una secuencia de nucleótido HMGA que contiene uno o más sitios Nae I, Ban I polimórficos .
- 11. El método de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado porque los cebadores delanteros e inversos se seleccionan del grupo que consiste de: SEC. DE IDENT. NO: 1 y 2, 3 y 4, 5 y 6, 7 y 8, 9 y 10, 11 y 12, 13 y 14, 15 y 16, o 17 y 18.
- 12. Un método para seleccionar animales para determinar aquellos más probables para exhibir características de crecimiento, gordura, calidad de carne, y eficiencia alimenticia mejorados, caracterizado porque comprende: obtener una muestra biológica del material a partir del animal; y evaluar por la presencia de un genotipo, en el animal que se asocia con características de crecimiento, gordura, calidad de la carne y eficiencia alimenticia mejorados, el genotipo se caracteriza por lo siguiente: a) un polimorfismo en una secuencia de nucleótido HMGA, el polimorfismo resulta en uno o más sitios Nae I, BAN I o Hha I.
- 13. El método de conformidad con la reivindicación 12, caracterizado porque comprende además la etapa de amplificar la cantidad de un gen de secuencia de nucleótido que codifica HMGA o una porción del mismo que contiene el polimorfismo.
- 14. Una secuencia o alelo de nucleótido que codifica la expresión de una proteína HMGA, la secuencia de nucleótido comprende una variante debido al sitio polimórfico Nae I , Ban I o Hha I .
- 15. La proteína HMGA de conformidad con la reivindicación 11.
- 16. Un método para identificar un animal que posee un genotipo deseado indicativo de una característica fenotípica significativamente correlacionada, el método está caracterizado porque comprende: obtener una muestra de ácido nucleico a partir de un animal, la muestra comprende un gen HMGA 1 o HMGA2 , digerir la muestra con una enzima de restricción que reconoce el mismo sitio como Ban I, Nae I, o Hha I par obtener fragmentos, separar los fragmentos obtenidos a partir de la digestión, e identificar la presencia o ausencia de un sitio Ban I, Nae I, o Hha I en un alelo del gen HMGA1 6 2, en donde la presencia del alelo indica que el animal posee un genotipo indicativo de una característica fenotípica asociada significativamente.
- 17. Un método para seleccionar animales para características deseadas, caracterizado porque comprende, las etapas de: obtener una muestra de ácido nucleico a partir de un animal, identificar un polimorfismo, el polimorfismo es un nucleótido en un gen HMGA1 o HMGA 2 caracterizado por un sitio de restricción Ban I, Nae I, o Hha I, y selecciona los animales que tienen el nucleótido asociado con la característica asociada.
- 18. Un método para selección indirecta para un polimorfismo en un gen HMGA, caracterizado porque com rende: obtener una muestra de ácido nucleico a partir de un animal, e identificar un polimorfismo en un gen HMGA1 o HMGA 2 caracterizado por un sitio de restricción Ban I, Nae I, o Hha I con un marcador de ADN conocido por asociarse con el gen HMGA, el marcador de ADN además es uno el cual se conoce se asocia con características favorables utilizadas para hacer la identificación indirecta de la sustitución de nucleótido, y seleccionar animales con base a la presencia de la sustitución de nucleótido.
- 19. Un método para identificar animales que poseen un genotipo deseado indicativo de características fenotípicas, el método está caracterizado porque comprende: determinar una asociación entre un genotipo HMGA y una característica de interés obteniendo una muestra de animales de una línea o especie de interés preparando una muestra de ácido nucleico para cada animal en la muestra, determinando el genotipo del gen HMGA seleccionando por un polimorf smo, en donde la presencia del polimorfismo indica que el animal posee un genotipo indicativo de característica fenotípica favorable y calculando la asociación entre el genotipo HMGA y la característica.
- 20. Un método para seleccionar animales para reproducción, el método está caracterizado porque comprende: obtener una muestra de ácido nucleico a partir del animal; evaluar la presencia de un polimorfismo en el gen HMGA 1 o HMGA2 de la muestra, el polimorfismo es uno el cual ha sido previamente mostrado para correlacionarse significativamente con una característica fenotípica; y utilizando el genotipo HMGA1 o HMGA2 como parte de un modelo de selección basado en el valor estimado del efecto del genotipo marcador, y después de esto seleccionar animales en base a este valor estimado para uso en la reproducción.
- 21. Un método para segregar animales para proporcionar uniformidad en matanza, caracterizado porque comprende: obtener una muestra de ácido nucleico a partir del animal; y evaluar por la presencia de un polimorfismo en el gen HMGA de la muestra, el polimorfismo es uno que se asocia con calidad de carne, segregando animales basados en el polimorfismo presente en el animal.
- 22. Un método para seleccionar animales para determinar aquellos más probables para producir crecimiento, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia deseados, caracterizado porque comprende: obtener una muestra de material genético a partir del animal ; y evaluar por la presencia de un genotipo en el animal que se asocia con crecimiento, gordura, calidad de la carne, y eficiencia alimenticia incrementados, el genotipo se caracteriza por lo siguiente: a) un polimorfismo en un gen HMGA.
- 23. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque los resultados de polimorfismo en un cambio de aminoácido de un gen HMGA o su equivalente como se determinó por una comparación BLAST.
- 24. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque los polimorfismos se ubican en los genes HMGA1 o HMGA2
- 25. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque el genotipo es un polimorfismo Nae I , Ban I o Hha I .
- 26. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque la etapa de evaluar se selecciona del grupo que consiste de: análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) , minisecuenciación, MALD-TOF, SINE, análisis heterodúplex, polimorfismo conformacional de una sola hebra (SSCP) , electroforesis de gel de gradiente de desnaturalización (DGGE) y electroforesis de gel de gradiente de temperatura (TGGE) .
- 27. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque el animal es un puerco.
- 28. El método de conformidad con la reivindicación 22, caracterizado porque además comprende la etapa de amplificar la cantidad de una secuencia de nucleótido HMGA o una porción de la misma que contiene el polimorfismo.
- 29. El método de conformidad con la reivindicación 28, caracterizado porque la amplificación incluye las etapas de: seleccionar un cebador delantero e inverso capaz de amplificar una región de una secuencia de nucleótido HMGA que contiene uno o más sitios Nae I, Ban I o Hha I polimórficos .
- 30. Una secuencia o alelo de nucleótido que codifica la expresión de una proteína HMGA, la secuencia de nucleótido está caracterizada porque comprende las SEC. DE IDENT. NOS: 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 ó 29.
- 31. Una proteína HMGA de conformidad con la reivindicación 30.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US36495902P | 2002-03-15 | 2002-03-15 | |
| PCT/US2003/008027 WO2003078651A2 (en) | 2002-03-15 | 2003-03-14 | Novel hmga alleles and use of the same as genetic markers for growth, fatness, meat quality and feed efficiency traits |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| MXPA04008989A true MXPA04008989A (es) | 2005-06-03 |
Family
ID=28041994
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| MXPA04008989A MXPA04008989A (es) | 2002-03-15 | 2003-03-14 | Alelos hmga novedosos y usos de los mismos como marcadores geneticos para el crecimiento, gordura, calidad de la carne y caracteristicas de eficiencia alimenticia. |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US7244564B2 (es) |
| EP (1) | EP1485504A4 (es) |
| JP (1) | JP2005535292A (es) |
| CN (1) | CN1643162A (es) |
| AU (1) | AU2003220315A1 (es) |
| BR (1) | BR0308340A (es) |
| CA (1) | CA2477911A1 (es) |
| MX (1) | MXPA04008989A (es) |
| WO (1) | WO2003078651A2 (es) |
Families Citing this family (17)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| MXPA04008989A (es) | 2002-03-15 | 2005-06-03 | Univ Iowa State Res Found Inc | Alelos hmga novedosos y usos de los mismos como marcadores geneticos para el crecimiento, gordura, calidad de la carne y caracteristicas de eficiencia alimenticia. |
| US7511127B2 (en) * | 2002-12-31 | 2009-03-31 | Cargill, Incorporated | Compositions, methods and systems for inferring bovine breed |
| CA2543786A1 (en) * | 2003-10-24 | 2005-05-06 | Mmi Genomics, Inc. | Methods and systems for inferring traits to manage non-beef livestock |
| WO2007065206A1 (en) * | 2005-12-05 | 2007-06-14 | Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation | Selection markers for net feed intake |
| GB0722068D0 (en) * | 2007-11-09 | 2007-12-19 | Mars Inc | Predictive test |
| US20100291267A1 (en) | 2007-11-29 | 2010-11-18 | Monsanto Technology Llc | Meat products with increased levels of beneficial fatty acids |
| US20110054246A1 (en) * | 2009-08-28 | 2011-03-03 | Clutter Archie C | Whole genome scan to discover quantitative trai loci (qtl) affecting growth, body composition, and reproduction in maternal pig lines |
| CN102220410B (zh) * | 2010-04-16 | 2013-05-22 | 中国农业大学 | 一种辅助鉴定具有不同体重性状鸡的方法 |
| JP2014518071A (ja) * | 2011-06-15 | 2014-07-28 | エヌエスイー プロダクツ インコーポレイテッド | カロリー制限およびカロリー制限模倣物の同定用マーカー |
| CN103409440B (zh) * | 2013-07-02 | 2015-05-06 | 江西农业大学 | Phkg1基因及其在种猪肉质性状遗传改良中的应用 |
| CN103898107B (zh) * | 2014-04-17 | 2015-07-22 | 江西农业大学 | 影响猪生长性状的主效snp标记及其在种猪生产性能遗传改良中的应用 |
| CN109694916B (zh) * | 2019-01-08 | 2022-03-25 | 甘肃农业大学 | 一种与绵羊饲料转化率相关的分子标记及其应用 |
| CN109554489B (zh) * | 2019-01-25 | 2022-03-25 | 甘肃农业大学 | 一种与绵羊饲料转化率相关的分子标记及其应用 |
| CN110904243B (zh) * | 2019-12-12 | 2020-11-10 | 东北农业大学 | 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用 |
| CN111363833B (zh) * | 2020-04-24 | 2023-10-31 | 佛山科学技术学院 | 与猪肉质导电率性状相关的snp分子标记及其应用 |
| CN111560421B (zh) * | 2020-06-16 | 2023-05-30 | 西北农林科技大学 | 一种夏南牛HMGA2基因Indel标记的检测方法及应用 |
| CN117265139B (zh) * | 2023-11-23 | 2024-02-20 | 北京康普森生物技术有限公司 | 一种萨福克羊体重相关snp标记及其筛选方法与应用 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1998030689A1 (en) | 1997-01-10 | 1998-07-16 | Nutreco Nederland B.V. | Selection for dwarfism in poultry |
| MXPA04008989A (es) | 2002-03-15 | 2005-06-03 | Univ Iowa State Res Found Inc | Alelos hmga novedosos y usos de los mismos como marcadores geneticos para el crecimiento, gordura, calidad de la carne y caracteristicas de eficiencia alimenticia. |
-
2003
- 2003-03-14 MX MXPA04008989A patent/MXPA04008989A/es not_active Application Discontinuation
- 2003-03-14 US US10/388,703 patent/US7244564B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2003-03-14 AU AU2003220315A patent/AU2003220315A1/en not_active Abandoned
- 2003-03-14 CN CNA038061198A patent/CN1643162A/zh active Pending
- 2003-03-14 CA CA002477911A patent/CA2477911A1/en not_active Abandoned
- 2003-03-14 EP EP03716613A patent/EP1485504A4/en not_active Withdrawn
- 2003-03-14 WO PCT/US2003/008027 patent/WO2003078651A2/en not_active Application Discontinuation
- 2003-03-14 BR BR0308340-3A patent/BR0308340A/pt not_active IP Right Cessation
- 2003-03-14 JP JP2003576643A patent/JP2005535292A/ja not_active Withdrawn
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2003078651A2 (en) | 2003-09-25 |
| BR0308340A (pt) | 2005-05-24 |
| AU2003220315A1 (en) | 2003-09-29 |
| CN1643162A (zh) | 2005-07-20 |
| CA2477911A1 (en) | 2003-09-25 |
| EP1485504A4 (en) | 2007-03-07 |
| EP1485504A2 (en) | 2004-12-15 |
| AU2003220315A2 (en) | 2003-09-29 |
| US20040029145A1 (en) | 2004-02-12 |
| WO2003078651A3 (en) | 2004-02-26 |
| JP2005535292A (ja) | 2005-11-24 |
| US7244564B2 (en) | 2007-07-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU2001288980B2 (en) | Novel PRKAG3 alleles and use of the same as genetic markers for reproductive and meat quality traits | |
| AU2001288980A1 (en) | Novel PRKAG3 alleles and use of the same as genetic markers for reproductive and meat quality traits | |
| US7625703B2 (en) | Calpastatin (CAST) alleles | |
| US7244564B2 (en) | HMGA alleles and use of the same as genetic markers for growth, fatness, meat quality, and feed efficiency traits | |
| WO2006101623A2 (en) | Cstf1 and c20orf43 markers for meat quality and growth rate in animals | |
| US20070037154A1 (en) | Fine mapping of chromosome 17 quantitative trait loci and use of same for marker assisted selection | |
| US20070003956A1 (en) | Approaches to identifying genetic traits in animals | |
| US7074562B2 (en) | Ghrelin alleles and use of the same for genetically typing animals | |
| RU2267538C2 (ru) | Способ скрининга животных с повышенным уровнем численности приплода и/или предпочтительными признаками качества мяса, белок prkag3 (варианты) и кодирующая его нуклеотидная последовательность (варианты) | |
| US20110263435A1 (en) | Genetic markers for boar taint | |
| US7700291B2 (en) | Genetic test for the identification of dwarfism in cattle | |
| Rothschild et al. | Ghrelin alleles and use of the same for genetically typing animals | |
| WO2006099055A2 (en) | Sequence, polymorphisms, and marker test technology for disease resistance and growth (nfkb1) |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA | Abandonment or withdrawal |