MX2007002245A - Compuesto de fosforamidita y metodo para la produccion de un acido oligorribonucleico. - Google Patents
Compuesto de fosforamidita y metodo para la produccion de un acido oligorribonucleico.Info
- Publication number
- MX2007002245A MX2007002245A MX2007002245A MX2007002245A MX2007002245A MX 2007002245 A MX2007002245 A MX 2007002245A MX 2007002245 A MX2007002245 A MX 2007002245A MX 2007002245 A MX2007002245 A MX 2007002245A MX 2007002245 A MX2007002245 A MX 2007002245A
- Authority
- MX
- Mexico
- Prior art keywords
- compound
- group
- general formula
- following general
- same
- Prior art date
Links
- -1 Phosphoramidite compound Chemical class 0.000 title claims abstract description 141
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 47
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 claims abstract description 41
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims abstract description 32
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims abstract description 32
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims abstract description 21
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims abstract description 16
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 claims abstract description 16
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims abstract description 14
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 claims abstract description 10
- 125000006575 electron-withdrawing group Chemical group 0.000 claims abstract description 9
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 205
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 67
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 59
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N acetic acid anhydride Natural products CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 43
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 43
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 35
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 32
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 claims description 32
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 27
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims description 25
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 claims description 24
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 20
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 claims description 20
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 claims description 19
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 claims description 19
- 230000002152 alkylating effect Effects 0.000 claims description 17
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 17
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 17
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 14
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 14
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N ether Substances CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 claims description 11
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 claims description 11
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims description 10
- 125000004423 acyloxy group Chemical group 0.000 claims description 9
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 9
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 claims description 9
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 8
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 7
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 claims description 7
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 claims description 7
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 7
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 7
- 108091027075 5S-rRNA precursor Proteins 0.000 claims description 6
- 125000004414 alkyl thio group Chemical group 0.000 claims description 6
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 claims description 6
- 125000005360 alkyl sulfoxide group Chemical group 0.000 claims description 5
- 125000005110 aryl thio group Chemical group 0.000 claims description 5
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 claims description 5
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 5
- MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N Dioxygen Chemical compound O=O MYMOFIZGZYHOMD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 150000003973 alkyl amines Chemical class 0.000 claims description 4
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 claims description 4
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 4
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 4
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 4
- GNFTZDOKVXKIBK-UHFFFAOYSA-N 3-(2-methoxyethoxy)benzohydrazide Chemical compound COCCOC1=CC=CC(C(=O)NN)=C1 GNFTZDOKVXKIBK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 150000001409 amidines Chemical class 0.000 claims description 3
- FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 Chemical compound C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N 0.000 claims description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical group [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 claims description 2
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 claims description 2
- HRDXJKGNWSUIBT-UHFFFAOYSA-N methoxybenzene Chemical group [CH2]OC1=CC=CC=C1 HRDXJKGNWSUIBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000002743 phosphorus functional group Chemical group 0.000 claims description 2
- 230000001012 protector Effects 0.000 claims description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 12
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 11
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 abstract description 8
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 abstract 1
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 abstract 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 180
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 93
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 88
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 48
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 46
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 46
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 description 39
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 36
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 30
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 29
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 27
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 26
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 26
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 26
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 26
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 22
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 22
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 2-cyanoethoxy-n,n-di(propan-2-yl)phosphonamidous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(O)OCCC#N FINYOTLDIHYWPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 18
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 18
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 18
- 239000002585 base Substances 0.000 description 17
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 16
- VZGDMQKNWNREIO-UHFFFAOYSA-N tetrachloromethane Chemical compound ClC(Cl)(Cl)Cl VZGDMQKNWNREIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 14
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 14
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 14
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 14
- WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 1,2-Dichloroethane Chemical compound ClCCCl WSLDOOZREJYCGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 13
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 13
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 13
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 101150041968 CDC13 gene Proteins 0.000 description 11
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 11
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- LQZMLBORDGWNPD-UHFFFAOYSA-N N-iodosuccinimide Chemical compound IN1C(=O)CCC1=O LQZMLBORDGWNPD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N Trichloro(2H)methane Chemical compound [2H]C(Cl)(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-MICDWDOJSA-N 0.000 description 11
- 230000029936 alkylation Effects 0.000 description 11
- 238000005804 alkylation reaction Methods 0.000 description 11
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 11
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 11
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 11
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 11
- OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 2,6-dimethylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC(C)=N1 OISVCGZHLKNMSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 9
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 9
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 9
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- BWZVCCNYKMEVEX-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-Trimethylpyridine Chemical compound CC1=CC(C)=NC(C)=C1 BWZVCCNYKMEVEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- NXXJKXHLERAGKZ-UHFFFAOYSA-N 3-chloro-2-[(3-chloro-2-cyanopropoxy)methyl]propanenitrile Chemical compound ClCC(C#N)COCC(CCl)C#N NXXJKXHLERAGKZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000009833 condensation Methods 0.000 description 8
- 230000005494 condensation Effects 0.000 description 8
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 8
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N N-bromosuccinimide Chemical compound BrN1C(=O)CCC1=O PCLIMKBDDGJMGD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000012300 argon atmosphere Substances 0.000 description 7
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 description 7
- 230000002140 halogenating effect Effects 0.000 description 7
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 7
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- UIIMBOGNXHQVGW-DEQYMQKBSA-M Sodium bicarbonate-14C Chemical compound [Na+].O[14C]([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-DEQYMQKBSA-M 0.000 description 6
- 150000008065 acid anhydrides Chemical class 0.000 description 6
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 6
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 6
- 125000004663 dialkyl amino group Chemical group 0.000 description 6
- 230000026030 halogenation Effects 0.000 description 6
- 238000005658 halogenation reaction Methods 0.000 description 6
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 6
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 6
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 6
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 6
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 6
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 6
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 6
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 6
- ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-N triflic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C(F)(F)F ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- NHPBDVZRYPODPF-UHFFFAOYSA-N 2-[(2-cyano-3-methylsulfanylpropoxy)methyl]-3-methylsulfanylpropanenitrile Chemical compound CSCC(C#N)COCC(C#N)CSC NHPBDVZRYPODPF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 125000004183 alkoxy alkyl group Chemical group 0.000 description 5
- CZKMPDNXOGQMFW-UHFFFAOYSA-N chloro(triethyl)germane Chemical compound CC[Ge](Cl)(CC)CC CZKMPDNXOGQMFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 5
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 5
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 5
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 5
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 5
- WGYKZJWCGVVSQN-UHFFFAOYSA-N propylamine Chemical group CCCN WGYKZJWCGVVSQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 4
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 4
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 4
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000012046 mixed solvent Substances 0.000 description 4
- 125000004437 phosphorous atom Chemical group 0.000 description 4
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical class O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- WJKHJLXJJJATHN-UHFFFAOYSA-N triflic anhydride Chemical compound FC(F)(F)S(=O)(=O)OS(=O)(=O)C(F)(F)F WJKHJLXJJJATHN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- DDFHBQSCUXNBSA-UHFFFAOYSA-N 5-(5-carboxythiophen-2-yl)thiophene-2-carboxylic acid Chemical compound S1C(C(=O)O)=CC=C1C1=CC=C(C(O)=O)S1 DDFHBQSCUXNBSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 3
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M Chloride anion Chemical compound [Cl-] VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 3
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 3
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 3
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 3
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 3
- 238000010533 azeotropic distillation Methods 0.000 description 3
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 3
- 238000006482 condensation reaction Methods 0.000 description 3
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 3
- 239000012025 fluorinating agent Substances 0.000 description 3
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 3
- 150000008282 halocarbons Chemical class 0.000 description 3
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 3
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000001953 recrystallisation Methods 0.000 description 3
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N sym-collidine Natural products CC1=CN=C(C)C(C)=C1 GFYHSKONPJXCDE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000001981 tert-butyldimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([H])(C([H])([H])[H])[*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- CIHOLLKRGTVIJN-UHFFFAOYSA-N tert‐butyl hydroperoxide Chemical compound CC(C)(C)OO CIHOLLKRGTVIJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 3
- RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N thiophenol Chemical compound SC1=CC=CC=C1 RMVRSNDYEFQCLF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- IMFACGCPASFAPR-UHFFFAOYSA-N tributylamine Chemical compound CCCCN(CCCC)CCCC IMFACGCPASFAPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FTVLMFQEYACZNP-UHFFFAOYSA-N trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate Chemical compound C[Si](C)(C)OS(=O)(=O)C(F)(F)F FTVLMFQEYACZNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000008096 xylene Substances 0.000 description 3
- CCSBNBKMACZDGN-UHFFFAOYSA-N (2-phenoxyacetyl) 2-phenoxyacetate Chemical compound C=1C=CC=CC=1OCC(=O)OC(=O)COC1=CC=CC=C1 CCSBNBKMACZDGN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- AVQQQNCBBIEMEU-UHFFFAOYSA-N 1,1,3,3-tetramethylurea Chemical compound CN(C)C(=O)N(C)C AVQQQNCBBIEMEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PMBXCGGQNSVESQ-UHFFFAOYSA-N 1-Hexanethiol Chemical compound CCCCCCS PMBXCGGQNSVESQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZRKMQKLGEQPLNS-UHFFFAOYSA-N 1-Pentanethiol Chemical compound CCCCCS ZRKMQKLGEQPLNS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 2
- CNDCQWGRLNGNNO-UHFFFAOYSA-N 2-(2-sulfanylethoxy)ethanethiol Chemical compound SCCOCCS CNDCQWGRLNGNNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 2
- QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 3-[chloro-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(Cl)OCCC#N QWTBDIBOOIAZEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N 3-chlorobenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC(Cl)=C1 LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001999 4-Methoxybenzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(=C([H])C([H])=C1OC([H])([H])[H])C(*)=O 0.000 description 2
- GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 5-ethylsulfanyl-2h-tetrazole Chemical compound CCSC=1N=NNN=1 GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N Ethylamine Chemical compound CCN QUSNBJAOOMFDIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N Methanethiol Chemical compound SC LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N Trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 125000004390 alkyl sulfonyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N anhydrous collidine Natural products CC1=CC=NC(C)=C1C HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000004063 butyryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 2
- IKCMAHCPTMKAAB-UHFFFAOYSA-N chloro-n,n-di(propan-2-yl)phosphonamidous acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)P(O)Cl IKCMAHCPTMKAAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UTBIMNXEDGNJFE-UHFFFAOYSA-N collidine Natural products CC1=CC=C(C)C(C)=N1 UTBIMNXEDGNJFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940125810 compound 20 Drugs 0.000 description 2
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 2
- 238000011033 desalting Methods 0.000 description 2
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 2
- RJGHQTVXGKYATR-UHFFFAOYSA-L dibutyl(dichloro)stannane Chemical compound CCCC[Sn](Cl)(Cl)CCCC RJGHQTVXGKYATR-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 2
- ZUOUZKKEUPVFJK-UHFFFAOYSA-N diphenyl Chemical compound C1=CC=CC=C1C1=CC=CC=C1 ZUOUZKKEUPVFJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 2
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethanethiol Chemical compound CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000002170 ethers Chemical class 0.000 description 2
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 2
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 238000002523 gelfiltration Methods 0.000 description 2
- JAXFJECJQZDFJS-XHEPKHHKSA-N gtpl8555 Chemical compound OC(=O)C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N1CCC[C@@H]1C(=O)N[C@H](B1O[C@@]2(C)[C@H]3C[C@H](C3(C)C)C[C@H]2O1)CCC1=CC=C(F)C=C1 JAXFJECJQZDFJS-XHEPKHHKSA-N 0.000 description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- BFJHYSGJACSDGV-HAXDFEGKSA-N n-[9-[(2r,3r,4r,5r)-3-(2-cyanoethoxymethoxy)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-6-oxo-3h-purin-2-yl]-2-phenoxyacetamide Chemical compound N#CCCOCO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(N=C(NC(=O)COC=2C=CC=CC=2)NC2=O)=C2N=C1 BFJHYSGJACSDGV-HAXDFEGKSA-N 0.000 description 2
- CPTCAQGBNUBEDO-XNIJJKJLSA-N n-[9-[(2r,3r,4r,5r)-3-(2-cyanoethoxymethoxy)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]purin-6-yl]acetamide Chemical compound C1=NC=2C(NC(=O)C)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1OCOCCC#N CPTCAQGBNUBEDO-XNIJJKJLSA-N 0.000 description 2
- JCPSQLQYXOEPIW-QSYCCZFCSA-N n-[9-[(2r,3r,4r,5r)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-(2-cyanoethoxymethoxy)-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-3h-purin-2-yl]acetamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](OCOCCC#N)[C@H](N2C3=C(C(N=C(NC(C)=O)N3)=O)N=C2)O1 JCPSQLQYXOEPIW-QSYCCZFCSA-N 0.000 description 2
- 125000000740 n-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N phosphoryl trichloride Chemical compound ClP(Cl)(Cl)=O XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SCVFZCLFOSHCOH-UHFFFAOYSA-M potassium acetate Chemical compound [K+].CC([O-])=O SCVFZCLFOSHCOH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- SUVIGLJNEAMWEG-UHFFFAOYSA-N propane-1-thiol Chemical compound CCCS SUVIGLJNEAMWEG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001501 propionyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 150000003222 pyridines Chemical class 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L sodium thiosulfate Chemical class [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=S AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- YBBRCQOCSYXUOC-UHFFFAOYSA-N sulfuryl dichloride Chemical compound ClS(Cl)(=O)=O YBBRCQOCSYXUOC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 2
- DHCDFWKWKRSZHF-UHFFFAOYSA-L thiosulfate(2-) Chemical compound [O-]S([S-])(=O)=O DHCDFWKWKRSZHF-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000025 triisopropylsilyl group Chemical group C(C)(C)[Si](C(C)C)(C(C)C)* 0.000 description 2
- LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K tripotassium phosphate Chemical compound [K+].[K+].[K+].[O-]P([O-])([O-])=O LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 2
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SSUJUUNLZQVZMO-UHFFFAOYSA-N 1,2,3,4,8,9,10,10a-octahydropyrimido[1,2-a]azepine Chemical compound C1CCC=CN2CCCNC21 SSUJUUNLZQVZMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AUHZEENZYGFFBQ-UHFFFAOYSA-N 1,3,5-Me3C6H3 Natural products CC1=CC(C)=CC(C)=C1 AUHZEENZYGFFBQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMVXCPBXGZKUPN-UHFFFAOYSA-N 1-hexanamine Chemical compound CCCCCCN BMVXCPBXGZKUPN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001637 1-naphthyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2C(*)=C([H])C([H])=C([H])C2=C1[H] 0.000 description 1
- 125000004214 1-pyrrolidinyl group Chemical group [H]C1([H])N(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- XGDRLCRGKUCBQL-UHFFFAOYSA-N 1h-imidazole-4,5-dicarbonitrile Chemical compound N#CC=1N=CNC=1C#N XGDRLCRGKUCBQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JNJFONBBNLVENC-UHFFFAOYSA-N 1h-imidazole;trifluoromethanesulfonic acid Chemical compound C1=CNC=N1.OS(=O)(=O)C(F)(F)F JNJFONBBNLVENC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GQHTUMJGOHRCHB-UHFFFAOYSA-N 2,3,4,6,7,8,9,10-octahydropyrimido[1,2-a]azepine Chemical compound C1CCCCN2CCCN=C21 GQHTUMJGOHRCHB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LDXJRKWFNNFDSA-UHFFFAOYSA-N 2-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)-1-[4-[2-[[3-(trifluoromethoxy)phenyl]methylamino]pyrimidin-5-yl]piperazin-1-yl]ethanone Chemical compound C1CN(CC2=NNN=C21)CC(=O)N3CCN(CC3)C4=CN=C(N=C4)NCC5=CC(=CC=C5)OC(F)(F)F LDXJRKWFNNFDSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001622 2-naphthyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2C([H])=C(*)C([H])=C([H])C2=C1[H] 0.000 description 1
- BPSNETAIJADFTO-UHFFFAOYSA-N 2-pyridinylacetic acid Chemical compound OC(=O)CC1=CC=CC=N1 BPSNETAIJADFTO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XECYTQKOWWBNNU-UHFFFAOYSA-N 2h-benzotriazole;trifluoromethanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C(F)(F)F.C1=CC=C2NN=NC2=C1 XECYTQKOWWBNNU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IFVYLGBXAXTHSC-UHFFFAOYSA-N 3-(3-sulfanylpropoxy)propane-1-thiol Chemical compound SCCCOCCCS IFVYLGBXAXTHSC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BIIYXLIZNQFLAZ-UHFFFAOYSA-N 3-(methylsulfanylmethoxy)propanenitrile Chemical compound CSCOCCC#N BIIYXLIZNQFLAZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KORYEUNRGHBEFS-PYTKSMOKSA-N 3-[[(2r,3r,4r,5r)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxymethoxy]propanenitrile Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](OCOCCC#N)[C@H](N2C(NC(=O)C=C2)=O)O1 KORYEUNRGHBEFS-PYTKSMOKSA-N 0.000 description 1
- 125000004080 3-carboxypropanoyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C(O[H])=O 0.000 description 1
- WSGYTJNNHPZFKR-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxypropanenitrile Chemical compound OCCC#N WSGYTJNNHPZFKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XERPPPIHBVEQIR-UHFFFAOYSA-N 3-hydroxypropanenitrile;3-(methylsulfanylmethoxy)propanenitrile Chemical compound OCCC#N.CSCOCCC#N XERPPPIHBVEQIR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QAJJXHRQPLATMK-UHFFFAOYSA-N 4,5-dichloro-1h-imidazole Chemical compound ClC=1N=CNC=1Cl QAJJXHRQPLATMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VWAMCRGFVJJNHC-UHFFFAOYSA-N 4-(4-sulfanylbutoxy)butane-1-thiol Chemical compound SCCCCOCCCCS VWAMCRGFVJJNHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WLHCBQAPPJAULW-UHFFFAOYSA-N 4-methylbenzenethiol Chemical compound CC1=CC=C(S)C=C1 WLHCBQAPPJAULW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NEJMTSWXTZREOC-UHFFFAOYSA-N 4-sulfanylbutan-1-ol Chemical compound OCCCCS NEJMTSWXTZREOC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JXHLORIBHSZXGL-UHFFFAOYSA-N 5-(5-sulfanylpentoxy)pentane-1-thiol Chemical compound SCCCCCOCCCCCS JXHLORIBHSZXGL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NQIIORIRYQSRAL-UHFFFAOYSA-N 6-(6-sulfanylhexoxy)hexane-1-thiol Chemical compound SCCCCCCOCCCCCCS NQIIORIRYQSRAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DFGKGUXTPFWHIX-UHFFFAOYSA-N 6-[2-[4-[2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-ylamino)pyrimidin-5-yl]piperazin-1-yl]acetyl]-3H-1,3-benzoxazol-2-one Chemical compound C1C(CC2=CC=CC=C12)NC1=NC=C(C=N1)N1CCN(CC1)CC(=O)C1=CC2=C(NC(O2)=O)C=C1 DFGKGUXTPFWHIX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UGZAJZLUKVKCBM-UHFFFAOYSA-N 6-sulfanylhexan-1-ol Chemical compound OCCCCCCS UGZAJZLUKVKCBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- NLHHRLWOUZZQLW-UHFFFAOYSA-N Acrylonitrile Chemical compound C=CC#N NLHHRLWOUZZQLW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- 108020005544 Antisense RNA Proteins 0.000 description 1
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M Fluoride anion Chemical compound [F-] KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N N-Methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920003189 Nylon 4,6 Polymers 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- CWRVKFFCRWGWCS-UHFFFAOYSA-N Pentrazole Chemical compound C1CCCCC2=NN=NN21 CWRVKFFCRWGWCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 1
- 108091030071 RNAI Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000008351 acetate buffer Substances 0.000 description 1
- PVDVPOZEJCXUAM-UHFFFAOYSA-N acetonitrile;n,n-diethylethanamine Chemical compound CC#N.CCN(CC)CC PVDVPOZEJCXUAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WGZCUXZFISUUPR-UHFFFAOYSA-N acetonitrile;oxolane Chemical compound CC#N.C1CCOC1 WGZCUXZFISUUPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010306 acid treatment Methods 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002877 alkyl aryl group Chemical group 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N ammonia Natural products N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 238000005349 anion exchange Methods 0.000 description 1
- 125000003435 aroyl group Chemical group 0.000 description 1
- ZXVOCOLRQJZVBW-UHFFFAOYSA-N azane;ethanol Chemical compound N.CCO ZXVOCOLRQJZVBW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PXXJHWLDUBFPOL-UHFFFAOYSA-N benzamidine Chemical compound NC(=N)C1=CC=CC=C1 PXXJHWLDUBFPOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004305 biphenyl Substances 0.000 description 1
- 235000010290 biphenyl Nutrition 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N butan-1-amine Chemical compound CCCCN HQABUPZFAYXKJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WQAQPCDUOCURKW-UHFFFAOYSA-N butanethiol Chemical compound CCCCS WQAQPCDUOCURKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 125000001589 carboacyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000010531 catalytic reduction reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 239000007810 chemical reaction solvent Substances 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 description 1
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 description 1
- 239000012351 deprotecting agent Substances 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- ZLRAAUUPULJGTL-UHFFFAOYSA-N diaminophosphinous acid Chemical compound NP(N)O ZLRAAUUPULJGTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GSCBVGBIRKBMAC-UHFFFAOYSA-N dibutyltin;dihydrochloride Chemical compound Cl.Cl.CCCC[Sn]CCCC GSCBVGBIRKBMAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001578 disiloxane-1,3-diyl group Chemical group [H][Si]([H])(*)O[Si]([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 1
- 238000004508 fractional distillation Methods 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 125000003104 hexanoyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N hydroxyacetaldehyde Natural products OCC=O WGCNASOHLSPBMP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001972 isopentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 1
- 125000005524 levulinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 1
- CQRPUKWAZPZXTO-UHFFFAOYSA-M magnesium;2-methylpropane;chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].C[C-](C)C CQRPUKWAZPZXTO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 1
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 125000005322 morpholin-1-yl group Chemical group 0.000 description 1
- MUYDGIFENPRESI-VYRNGDHESA-N n-[9-[(2r,3r,4r,5r)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-(2-cyanoethoxymethoxy)-4-hydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-3h-purin-2-yl]-2-phenoxyacetamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](OCOCCC#N)[C@H](N2C3=C(C(NC(NC(=O)COC=4C=CC=CC=4)=N3)=O)N=C2)O1 MUYDGIFENPRESI-VYRNGDHESA-N 0.000 description 1
- IQUBNLVPESSAFU-QGGAYTEESA-N n-[9-[(2r,3r,4r,5r)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-(2-cyanoethoxymethoxy)-4-hydroxyoxolan-2-yl]purin-6-yl]acetamide Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OC)=CC=1)(C=1C=CC=CC=1)OC[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](OCOCCC#N)[C@H](N2C3=NC=NC(NC(C)=O)=C3N=C2)O1 IQUBNLVPESSAFU-QGGAYTEESA-N 0.000 description 1
- 125000004108 n-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000004123 n-propyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001038 naphthoyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC=CC=C12)C(=O)* 0.000 description 1
- 125000001971 neopentyl group Chemical group [H]C([*])([H])C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000006384 oligomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 125000003431 oxalo group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- BSCHIACBONPEOB-UHFFFAOYSA-N oxolane;hydrate Chemical compound O.C1CCOC1 BSCHIACBONPEOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CCVKPWUMYBYHCD-UHFFFAOYSA-N oxolane;pyridine Chemical compound C1CCOC1.C1=CC=NC=C1 CCVKPWUMYBYHCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000005192 partition Methods 0.000 description 1
- KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-M periodate Chemical class [O-]I(=O)(=O)=O KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000005502 peroxidation Methods 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 125000000587 piperidin-1-yl group Chemical group [H]C1([H])N(*)C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 229920003053 polystyrene-divinylbenzene Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 235000011056 potassium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001103 potassium chloride Substances 0.000 description 1
- 235000011164 potassium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 229910000160 potassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011009 potassium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- YWVYZMVYXAVAKS-UHFFFAOYSA-N pyridin-1-ium;trifluoromethanesulfonate Chemical compound C1=CC=[NH+]C=C1.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F YWVYZMVYXAVAKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 238000006722 reduction reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- 125000002914 sec-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 235000002639 sodium chloride Nutrition 0.000 description 1
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 1
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011008 sodium phosphates Nutrition 0.000 description 1
- 235000019345 sodium thiosulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- TZGODTCAKVHMFG-UHFFFAOYSA-N sulfanylmethoxymethanethiol Chemical compound SCOCS TZGODTCAKVHMFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001973 tert-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 1
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O triethylammonium ion Chemical compound CC[NH+](CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 125000003774 valeryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07C—ACYCLIC OR CARBOCYCLIC COMPOUNDS
- C07C255/00—Carboxylic acid nitriles
- C07C255/01—Carboxylic acid nitriles having cyano groups bound to acyclic carbon atoms
- C07C255/11—Carboxylic acid nitriles having cyano groups bound to acyclic carbon atoms containing cyano groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same saturated acyclic carbon skeleton
- C07C255/13—Carboxylic acid nitriles having cyano groups bound to acyclic carbon atoms containing cyano groups and singly-bound oxygen atoms bound to the same saturated acyclic carbon skeleton containing cyano groups and etherified hydroxy groups bound to the carbon skeleton
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/067—Pyrimidine radicals with ribosyl as the saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/167—Purine radicals with ribosyl as the saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
- C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/582—Recycling of unreacted starting or intermediate materials
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Se describe un nuevo compuesto de fosforamidita que es util para la sintesis de un oligo-RNA. Se describe especificamente un compuesto de fosforamidita representado por la siguiente formula general (I). [En la formula Bx represente una base de acido nucleico que puede tener un grupo protector; R1 representa un sustituyente representado por la siguiente formula general (2); (en donde R11, R12 y R13 pueden ser los mismos o diferentes y representan respectivamente un hidrogeno o un alcoxi); R2a y R2b pueden ser los mismos o diferentes y representan respectivamente un alquilo o forman un grupo de anillo aminado saturado, de 5 a 6 miembros, junto con un atomo de nitrogeno adyacente, y el grupo de anillo aminado saturado puede tener un atomo de oxigeno o un atomo de azufre con un atomo formador del anillo, diferente del atomo de nitrogeno; y WG1 y WG2 pueden los mismos o diferentes y representan respectivamente un grupo extractor de electrones].
Description
COMPUESTO DE FOSFORAMIDITA Y MÉTODO PARA LA PRODUCCIÓN DE UN ACIDO OLIGORRIBONUCLEICO
CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a un nuevo compuesto de fosforamidita en el cual un nuevo grupo protector es introducido al grupo 2 ' -hidroxilo, y un agente para introducir el grupo protector.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Los ácidos oligorribonucleicos (oligo-ARN) son útiles como sondas de RNA como sondas de ácido ribonucleico
(RNA, por sus siglas en inglés) para el análisis de genes, materiales farmacéuticos de RNA (RNA antisentido, ribozimas, RNA para el control mediado por RNAi de la expresión de genes), enzimas artificiales y aptámeros . Un método de síntesis sólida para preparar oligo-ARN fue establecido a finales de los años 1980' s. En el primer reporte del método, los compuestos de fosforamidita con ter-butildimetilsililo (TBDMS) o triisopropilsililo (TIPS) como un grupo protector de 2 '-hidroxilo fueron utilizados (documento 1 no de patente) . La síntesis química de los oligo-ARN presenta muchos más problemas que la síntesis química de los ácidos oligo-desorribonucleicos (oligo de DNAs) constituidos de
R?f: 179817 desoxirribonucleicos únicamente. Por ejemplo, el uso del grupo TBDMS como un grupo protector de 2 '-hidroxilo puede provocar una reacción colateral en la cual el grupo TBDMS que protege el grupo 2 ' -hidroxilo migra hacia el grupo 3 ' -hidroxilo durante la fosforamiditación del grupo 3-hidroxilo. Además, el uso de un sustituyente voluminoso tal como el grupo TBDMS como un grupo protector de 2-hidroxilo puede disminuir la velocidad de la reacción de condensación para la formación del enlace internucleotídico debido al impedimento estérico en la cercanía del átomo de fósforo en la posición 3 ' , dando como resultado posiblemente la escisión o el reacomodo del enlace internucleotídico durante la eliminación del grupo protector de 2 '-hidroxilo después de la oligomerización. Con el fin de superar los problemas anteriores, métodos más eficientes para la síntesis de oligo-ARN están ahora bajo investigación. Como un grupo protector de 2 ' -hidroxilo, el grupo 1- (2-cianoetoxi) etilo (CEE) se sabe que es eliminado junto con el grupo bis-sililo protector de la posición 3' y 5', bajo condiciones neutras capaces de eliminar el grupo protector de bis-sililo (documento 2 no de patente) . Con base en esta información, Wada desarrolló un compuesto de fosforamidita para producir los oligo-ARN en los cuales el grupo CEE, es capaz de ser eliminado bajo condiciones neutras, es introducida al grupo 2 '-hidroxilo (documento 3 no de patente y documento 4 no de patente) . No obstante, ya que la introducción del grupo CEE en la posición de 2 '-hidroxilo conduce a la formación de un nuevo centro asimétrico, los oligo-ARN en los cuales son protegidos los grupos 2 '-hidroxilo por el grupo CEE son una mezcla diastereoisomérica. Por lo tanto, la purificación y aislamiento de oligo-RNA deseado es complicada. Además, ya que los oligo-ARN a los cuales ha sido introducida el grupo CEE tienen un grupo metilo sobre el carbono enlazado al átomo de 2 '-oxígeno, se espera algún impedimento estérico alrededor del átomo de fósforo enlazado al grupo 3 ' -hidroxilo, produciendo problemas respecto a una reducción en la eficiencia de condensación y la velocidad de reacción de condensación. Documento 1 no de patente: N. A. Usman et al., Journal of the American Chemical Society, Vol. 109, 7845 (1987) . Documento 2 no de patente: Wolfgang Pfleiderer et al., Helvética Chimica Acta, Vol. 81, 1545 (1998). Documento 3 no de patente: Takeshi Wada, Bioindustry, Vol. 21, No. 1, 17 (2004). Documento 4 no de patente: T. Umemoto et al., Tetrahedron Letters, Vol. 45, 9529 (2004) BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN
PROBLEMA QUE VA A SER RESUELTO POR LA INVENCIÓN Un objetivo principal de la presente invención es proporcionar un compuesto de fosfaramidita útil y novedoso, para un método de síntesis simple y de alto rendimiento para los oligo-ARN. Otro objetivo más de la presente invención es proporcionar un nuevo compuesto de éter el cual pueda ser utilizado para acoplar un grupo protector al grupo 2'-hidroxilo de ribosa, donde el grupo protector pueda ser eliminado bajo condiciones neutras.
MEDIOS PARA RESOLVER LOS PROBLEMAS Después de estudios intensos y diligentes, los presentes inventores encontraron un compuesto que podría lograr los objetivos anteriores, y de este modo completaron la presente invención.
I. Un compuesto de fosforamidita de la presente invención La presente invención puede incluir un compuesto de fosforamidita por la siguiente fórmula general (1) (de aquí en adelante denominado como el compuesto de "fosforamidita de la presente invención").
(1) En donde : Bx representa una nucleobase que puede tener un grupo protector; R1 es un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (2),
(2)
R11, R12 y R13 son los mismos o diferentes y cada uno representa hidrógeno o alcoxi . R2a y R2b son los mismos o diferentes y cada uno representa alquilo, o R2a y Rb junto con el átomo de nitrógeno adyacente, puede formar un grupo aminocíclico saturado de 5 a 6 miembros, el grupo aminocíclico tiene opcionalmente un átomo de oxígeno o de azufre como un miembro de composición del anillo, además del átomo de nitrógeno adyacente; y W01 y W02 son los mismos o diferentes y cada uno representa un grupo extractor de electrones.
Los ejemplos de la "nucleobase" Bx no está particularmente limitada, en cuanto a que ésta es una nucleobase utilizada en la síntesis de un ácido nucleico, y puede incluir, por ejemplo, adenina, guanina, citosina, uracilo o una forma modificada de los mismos. Una "forma modificada" de una nucleobase significa un compuesto en el cual una nucleobase posee uno o más sustituyentes arbitrales. Los ejemplos de "sustituyente" para la "forma modificada" o de Bx puede incluir halógeno, acilo, alquilo, arilalquilo, alcoxi, alcoxialquilo, hidroxilo, amino, monoalquilamino, dialquilamino, carboxilo, ciano y nitro. La forma modificada de Bx puede estar sustituida con 1 a 3 de estos sustituyentes. La nucleobase Bx puede estar protegida.
Particularmente, es preferible que el grupo amino de una nucleobase que tiene un grupo amino, tal como adenina, guanina y citosina, esté protegida. El grupo protector del grupo amino no está particularmente limitado, siempre y cuanto éste sea un grupo protector utilizado como un grupo protector de un ácido nucleico, y puede incluir, por ejemplo, los grupos benzoilo, 4-metoxibenzoilo, acetilo, propionilo, butirilo, isobutirilo, fenilacetilo, fenoxiacetilo, 4-ter-butilfenoxiacetilo, 4-isopropilfenoxiacetilo y (dimetilamino) metileno.
Los ejemplos del "amino cíclico saturado" de R2 pueden incluir los grupos pirrolidin-1-ilo, piperidin-1-ilo, morfolin-1-ilo y tiomorfolin-1-ilo . Los grupos extractores de electrones W01 y W02 pueden incluir los grupos ciano, nitro, alquilsulfonilo y halógeno. Entre ellos, es preferible el ciano. Los ejemplos de "halógeno" del compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir flúor, cloro, bromo y yodo. Los ejemplos del grupo "acilo" del compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir un alcanoilo lineal o ramificado que tiene 1 a 6 átomos de carbono y aroilo que tiene 7 a 13 átomos de carbono. Específicamente, el grupo acilo puede incluir, por ejemplo, los grupos formilo, acetilo, n-propionilo, isopropionilo, n-butirilo, isobutirilo, ter-butirilo, valerilo, hexanoilo, benzoilo, naftoilo y levulinilo. Los ejemplos del grupo "alquilo" del compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir un alquilo lineal o ramificado que tiene 1 a 5 átomos de carbono. Específicamente, el alquilo puede incluir, por ejemplo, los grupos metilo, etilo, n-propilo, isopropilo, n-butilo, isobutilo, sec-butilo, ter-butilo, n-pentilo, isopentilo, neopentilo y ter-pentilo. El alquilo puede estar sustituido y los ejemplos del "sustituyente" pueden incluir los grupos halógeno, alquilo, alcoxi, ciano y nitro. El alquilo puede estar sustituido con 1 a 3 de estos sustituyentes. Los ejemplos de la porción "alquilo" del "arilalquilo", "alcoxialquilo", "monoalquilamino" ,
"dialquilamino" y "alquilsulfonilo" del compuesto de fosforamidita de la presente invención, pueden incluir los mismos grupos alquilo anteriormente mencionados. Los ejemplos del grupo "alcoxi" de compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir un alcoxi lineal o ramificado que tiene 1 a 4 átomos de carbono. Específicamente, el alcoxi puede incluir, por ejemplo, los grupos metoxi, etoxi, n-propoxi, isopropoxi, n-butoxi , isobutoxi, sec-butoxi, ter-butoxi . Entre estos, los grupos alcoxi de tienen 1 a 3 átomos de carbono son preferibles, y el metoxi es más preferible. Los ejemplos de la porción "alcoxi" del "alcoxialquilo" del compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir los mismos grupos alcoxi mencionados anteriormente. Los ejemplos de la porción "arilo" del "arilalquilo" del compuesto fosforamidita de la presente invención pueden incluir los grupos arilo que tienen 6 a 12 átomos de carbono . Específicamente, el arilo puede incluir, por ejemplo, fenilo, 1-naftilo, 2-naftilo y bifenilo. El arilo puede estar sustituido, y los ejemplos del "sustituyente" pueden incluir halógeno, alquilo, alcoxi, ciano y nitro. El arilo puede estar sustituido con 1 a 3 sustituyente. Los ejemplos de "halógeno", "alquilo" y "alcoxi", que son sustituyentes de alquilo o arilo del compuesto de fosforamidita de la presente invención, pueden incluir, respectivamente, los mismos grupos anteriormente mencionados. El compuesto de fosforamidita de la presente invención puede ser utilizado como un reactivo para producir oligo-ARN. El compuesto de fosforamidita de la presente invención es un compuesto de fosforamidita que tiene un grupo protector tipo éter en la posición 2 ' -hidroxilo, que puede ser eliminado bajo condiciones neutras. Además, el compuesto de fosforamidita de la presente invención está caracterizado por el hecho de que la reacción de condensación procede en un tiempo más corto y da como resultado un mejor rendimiento durante la síntesis de los oligo-ARN cuando se compara con un compuesto de fosforamidita convencional. Esto es debido a que el grupo protector tipo éter introducido al grupo 2 ' -hidroxilo es un grupo protector lineal, y por lo tanto no obstruye esféricamente el espacio alrededor del átomo de fósforo enlazado al grupo 3 ' -hidroxilo. El compuesto de fosforamidita de la presente invención hace posible producir los oligo-ARN de alta pureza esencialmente mediante el mismo método utilizado en la producción de los oligo-DNAs En el presente documento, el término "oligo-DNA" significa un ácido oligonucleico que tiene desoxirribonucléotidos únicamente. Además > en el presente el término "oligo-RNA" significa un ácido oligonucleico que contiene al menos un ribonucleótido, el cual puede también tener uno o más desoxirribonucleótidos. Los ejemplos específicos del compuesto de fosforamidita de la presente invención pueden incluir los siguientes compuestos 1 al 5 :
1. 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de R6-acetil- 5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina
2. 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-acetil-5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina
3. 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-fenoxiacetil-5'-0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil ) guanosina
4. 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N4-acetil-5' -O- (4, 4 '-dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) citidina
5. 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de 5'-0-(4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil)uridina
BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS FIGURA 1 La figura 1 muestra un cromatograma obtenido mediante análisis de HPLC de fase inversa. En la figura, el eje vertical indica el tiempo (minutos) , y el eje horizontal indica la absorbancia óptica.
MEJOR MODALIDAD PARA LLEVAR A CABO LA INVENCIÓN
II. Método de producción del compuesto de fosforamidita de la presente invención El compuesto de fosforamidita de la presente invención puede ser producido como sigue. En el siguiente método de producción, es común, cuando las materias primas tienen un sustituyente que afecta la reacción (por ejemplo, hidroxilo, amino y carboxilo) para las materias primas que van a ser utilizadas para la reacción después de ser protegidas con un grupo protector adecuado de acuerdo a un método conocido .
Después de que se termina la reacción, el grupo protector puede ser eliminado mediante un método conocido, tal como reducción catalítica, tratamiento con álcali, tratamiento con ácido o similares. El compuesto de fosforamidita de la presente invención puede ser producida a partir de un compuesto conocido o un intermediario que puede ser fácilmente producido a través de los siguientes pasos a al h, por ejemplo. El método de producción del compuesto de fosforamidita de la presente invención es descrito con detalle en seguida.
(1) Paso a: Proceso para la producción de un derivado de nucleósido representado por las siguientes fórmulas generales (15) y (15'), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser eliminado bajo condiciones neutras, es introducida al grupo 2 '-hidroxilo al permitir que un reactivo de alquilación actúe sobre un derivado nucleosídico, representado por la siguiente fórmula general (14) .
( 1 4 ) ( 1 5 ) ( 1 5 ' ) En donde: Bx, R1 y WG1 son los mismos como se definieron anteriormente . Los ejemplos del "reactivo de alquilación" pueden incluir un compuesto tipo éter representado por la siguiente fórmula general (13).
(13) En donde: L representa halógeno, un grupo ariltio, un grupo sulfóxido de alquilo o un grupo alquiltio; y WG1 es el mismo que se definió anteriormente. Los ejemplos del "halógeno", la porción "arilo" del "grupo ariltio", y las porciones "alquilo" del "grupo alquilsulfóxido" y el "grupo alquiltio" de L pueden incluir el mismo halógeno, arilo y alquilo, respectivamente, que aquellos del compuesto de fosforamidita de la presente invención. Los ejemplos específicos del compuesto éter (13) pueden incluir los siguientes compuestos 1 y 2 : 1. 2-cianoetiléter de clorometilo 2. 2-cianoetilmetiltiometiléter El compuesto éter (13) es un nuevo reactivo de alquilación que puede introducir un sustituyente tipo éter, el cual es removible bajo condiciones neutras, a la posición 2 '-hidroxilo bajo condiciones básicas, y que es útil como un reactivo para producir el compuesto de fosforamidita de la presente invención. El compuesto éter (13) puede ser producido mediante los siguientes pasos 1 al 4.
Paso 1: Proceso para producir un compuesto representado por la siguiente fórmula general (24) mediante la alquiltiometilación de un compuesto alcohol representado por la siguiente fórmula general (20) .
(2°) (24) En donde: WG1 es el mismo que se definió anteriormente; y R3 representa alquilo o arilo. El compuesto (24) es el compuesto éter (13) en donde L es un grupo alquiltio. Los ejemplos del "alquilo" de R3 pueden incluir el mismo alquilo que aquel del compuesto de fosforamidita de la presente invención. Cuando R3 es metilo, los ejemplos del "reactivo de alquiltiometilación" pueden incluir un solvente mixto que contiene sulfóxido de dimetilo, anhídrido acético y ácido acético. La cantidad del sulfóxido de dimetilo que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 10 a 200 mol por mol del compuesto (20) y preferentemente de 20 a 100 mol por mol del compuesto. La cantidad de ácido acético que va ser utilizado puede estar en el intervalo de 10 a 150 mol por mol del compuesto 20, y preferentemente 20 a 100 mol por mol del compuesto. La cantidad de anhídrido acético que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 10 a 150 mol por mol del compuesto 20, y preferentemente de 20 a 100 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 02C a 100SC. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 y 48 horas.
Paso 2 : Proceso para producir un compuesto representado por la siguiente fórmula general (25) mediante halogenación del compuesto (24) .
, G1 ..WG1
(24) (25) En donde : WG1 y R3 son los mismos que se definieron anteriormente; y X2 representa el halógeno. El compuesto (25) es un compuesto en donde L del compuesto éter (13) es un halógeno. Los ejemplos del "halógeno" X2 pueden incluir el mismo halógeno que aquel del compuesto de fosforamidita de la presente invención. El paso puede ser llevado a cabo mediante un método conocido (por ejemplo, T. Benneche et al., Synthesis 762 (1983) ) . El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, un hidrocarburo halogenado tal como diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono y 1, 2-dicloroetano . Los ejemplos del "agente de halogenación" pueden incluir cloruro de sulfurilo y oxicloruro de fósforo. La cantidad del agente de halogenación que va a ser utilizado puede estar adecuadamente en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (24) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 0aC a 1002C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas.
Paso 3 : Proceso para la producción de un compuesto representado por la siguiente fórmula general (25a) mediante la ariltiolación del compuesto (25) .
(25) (25a)
En donde: WG1 y X2 son los mismos que se definieron anteriormente; y R3a representa arilo. El compuesto (25a) es un compuesto de la clase de los compuestos éter (13) en donde L es un grupo ariltio. Los ejemplos del "arilo" R3a pueden incluir el mismo arilo que aquel del compuesto de fosforamidita de la presente invención. El paso puede ser llevado a cabo mediante un método conocido. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclorometano y acetonitrilo. Los ejemplos de "reactivo de ariltiolación" pueden incluir el tiofenol y el 4-metilbencenotiol . La cantidad del reactivo de ariltiolación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (25), y preferentemente 1 a 5 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 0SC a 100 SC. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 1 y 48 horas.
Paso 4 : Proceso para la producción de un compuesto representado por la siguiente fórmula general (24a) mediante oxidación del compuesto (24) .
„WG1 .WG1 R3S^O^ II O (24) (24a) En donde : WG1 y R3 son los mismos que se definieron anteriormente . El compuesto (24a) es un compuesto de la clase de los compuestos éter (13) en donde L es un grupo sulfóxido de alquilo. Los ejemplos del "alquilo" R3 pueden incluir el mismo alquilo que aquel del compuesto de fosforamidita de la presente invención. El paso puede ser llevado a cabo mediante un método conocido . El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo y metanol.
Los ejemplos del "agente de oxidación" pueden incluir el ácido metaclorobenzoico, sal de metaperyodato y peróxido de hidrógeno. La cantidad del agente de oxidación que va a ser utilizado en el intervalo de 1 a 10 mol por mol del compuesto (24) , y preferentemente 1 a 2 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 02C a 1002C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 a 48 horas. Cuando el compuesto (25) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue. El paso puede ser realizado mediante la reacción del reactivo de alquilación y una base del compuesto (14) que es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, un hidrocarburo halogenado tal como diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono y 1, 2-dicloroetano . La cantidad del reactivo de alquilación utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (14) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. En el paso, por medio del intermediario producido por reacción de un reactivo metálico y una base con el compuesto (14) , el reactivo de alquilación puede hacerse reaccionar si es necesario. Los ejemplos del "reactivo metálico" pueden incluir dicloruro de dibutilestanilo. La cantidad del reactivo metálico que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (14) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos de la "base" pueden incluir una base orgánica tal como piridina, 2 , 6-dimetilpiridina, 2,4,6-trimetilpiridina, N-metilimidazol, trietilamina, tributilamina, N,N-diisopropiletilamina y 1,8-diazabiciclo [5.4.0] -undeceno . La cantidad de la base que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (14) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 0SC a 1202C. El tiempo de reacción varía del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas. Cuando el compuesto (24) ó (25a) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue. El paso puede ser realizado mediante la reacción del reactivo de alquilación, un ácido y un reactivo para la halogenación del átomo de azufre sobre el compuesto (14) que es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido (por ejemplo, M. Matteucci, Tetrahedron Letters, Vol. 31, 2385 (1990)). La cantidad del reactivo de alquilación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 5 mol por mol del compuesto (14) , y preferentemente 1.05 a 3 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "ácido" pueden incluir ácido trifluorometansulfónico, trifluorometansulfonato de plata y trifluorometansulfonato de trimetililsililo . La cantidad del ácido que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 0.01 a 20 mol por mol del compuesto (14) y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1, 2-dicloroetano, benceno, tolueno, xileno, tetrahidrofurano, acetonitrilo y mezclas de los mismos. Los ejemplos del "reactivo para la halogenación de un átomo de azufre" que va a ser utilizado en el paso pueden incluir N-bromosuccinimida (NBS) y N-yodosuccinimida (NIS) . La cantidad del reactivo para la halogenación de un átomo de azufre que va a ser utilizado, puede estar en el intervalo de 1 a 10 mol por mol del compuesto (14), y preferentemente 1.05 a 5 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de -782C a 302C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tiempo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 5 minutos y 5 horas. Cuando el compuesto (24a) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue. El paso puede ser realizado mediante la reacción del reactivo de alquilación, un anhídrido de ácido y una base con el compuesto (14) , el cual es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. La cantidad del reactivo de alquilación que va a ser utilizado puede ser del intervalo de 1 a 5 mol por mol del compuesto (14) , y preferentemente 1.05 a 3 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "anhídrido de ácido" pueden incluir el anhídrido trifluorometansulfónico y anhídrido acético. La cantidad del anhídrido de ácido que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 0.01 a 20 mol por mol del compuesto (14), y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos de la "base" pueden incluir tetrametilurea y colidina. La cantidad de la base que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 0.01 a 20 mol por mol del compuesto (14), y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1, 2-dicloroetano y mezclas de los mismos. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de -782C a 302C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tiempo de los materiales y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 5 minutos y 24 horas.
(2) Paso b: Proceso para el aislamiento y purificación del derivado nucleosídico (15) producido por el paso (a) . En el paso, el derivado de nucleósido puede ser aislado y purificado a partir de la mezcla producida por el paso (a) , mediante el uso de una técnica estándar de separación y purificación, tal como la cromatografía en capa delgada, cromatografía en columna de gel de sílice o similar.
(3) Paso c: El proceso, el cual es realizado separadamente del paso (b) , para producir un compuesto de ácido ribonocleico representado por la siguiente fórmula general (17), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser eliminado bajo condiciones neutras, es introducido al grupo 2 ' -hidroxilo, al permitir que un reactivo de alquilación actúe sobre un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (16) .
(24) (24a) En donde : Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente; y A representa un sustituyente de silicio representado por la siguiente fórmula general (18a) ó (18b) .
(18 a) (18b) En donde : R6 representa alquilo. Los ejemplos del "alquilo" de R6 pueden incluir el mismo alquilo que aquel del compuesto de fosforamidita de la presente invención. Los ejemplos de "reactivo de alquilación" pueden incluir los mismos compuestos que se mencionaron anteriormente. Cuando el compuesto (25) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue. El paso puede ser realizado mediante la reacción del reactivo de alquilación y una base con el compuesto (16) , que es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. El solvente que va a ser utilizado, no es específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, un hidrocarburo halogenado tal como diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono y 1, 2-dicloroetano. La cantidad del reactivo de alquilación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (14) y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. En el paso, después de pasar por el intermediario producido al hacer reaccionar un reactivo metálico y una base con el compuesto (16) , el reactivo de alquilación, puede hacerse reaccionar, si es necesario. Los ejemplos del "reactivo metálico" pueden incluir dicloruro de dibutil-estanilo y el cloruro de t-butil-magnesio. La cantidad del reactivo metálico que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (16) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos de la "base" pueden incluir una base orgánica tal como piridina, 2,6-dimetilpiridina, 2 , 4, 6-trimetilpiridina, N-metilimidazol, trietilamina, tributilamina, N,N-diisopropiletilamina y 1,8-diazabiciclo [5.4.0] -7-undeceno. La cantidad de la base que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 02C a 1202C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas. Cuando el compuesto (24) ó (25a) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue . El paso puede ser realizado al hacer reaccionar el reactivo de alquilación, un ácido y un reactivo para halogenar el átomo de azufre del compuesto (16) , el cual es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido (por ejemplo, M. Matteucci, Tetrahedron Letters, Vol. 31, 2385 (1990)). La cantidad del reactivo de alquilación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 5 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 1.05 a 3 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "ácido" pueden incluir el ácido trifluorometansulfónico, trifluorometansulfonato de plata o trifluorometansulfonato de trimetilsililo. La cantidad del ácido que va a ser utilizado en el intervalo de 0.01 a 20 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono y 1,2-dicloroetano, benceno, tolueno, xileno, tetrahidrofurano, acetonitrilo y mezclas de los mismos. Los ejemplos del "reactivo para halogenar un átomo de azufre" que va a ser utilizado en el paso, pueden incluir N-bromosuccinimida (NBS) , N-yodosuccinimida (NIS) . La cantidad del reactivo para la halogenación de un átomo de azufre que va a ser utilizado, puede estar en el intervalo de 1 a 10 mol por mol del compuesto (16), y preferentemente 1.05 a 5 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de -78C a 30 SC. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 5 minutos y 5 horas . Cuando el compuesto (24a) es utilizado como el reactivo de alquilación, el paso puede ser realizado como sigue. El paso puede ser realizado mediante la reacción de un reactivo de alquilación, un anhídrido de ácido y una base con el compuesto (16), que es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. La cantidad del reactivo de alquilación que va a ser utilizado, puede estar en el intervalo de 1 a 5 mol por mol del compuesto (16) , y preferentemente 1.05 a 3 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "anhídrido de ácido" pueden incluir el anhídrido trifluorometansulfónico y anhídrido acético. La cantidad del anhídrido de ácido que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1.01 a 20 mol por mol del compuesto (16), y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos de la "base" pueden incluir tetrametilurea y colidina. La cantidad de la base que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 0.01 a 20 mol por mol del compuesto (16), y preferentemente 0.02 a 10 mol por mol del compuesto. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono y 1, 2-dicloroetano y mezclas de los mismos. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de -78C a 30 SC. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 5 minutos y 24 horas.
(4) Paso d: El proceso, que es realizado separadamente de los pasos (a) al (c) , para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general
(19) , al permitir que el sulfóxido de dimetilo, el ácido acético y el anhídrido acético actúen sobre el compuesto de ácido ribonucleico (16) .
En donde: A y Bx son los mismos que se definieron anteriormente . El paso puede ser realizado al hacer reaccionar el sulfóxido de dimetilo, el ácido acético y anhídrido acético con el compuesto (14) , el cual es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. El paso puede ser realizado al hacer reaccionar el sulfóxido de dimetilo, ácido acético y anhídrido acético con el compuesto (14) , el cual es comercialmente disponible o es sintetizado de acuerdo a un método conocido. La cantidad del sulfóxido de dimetilo que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 10 a 200 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 20 a 100 veces mol por mol del compuesto. La cantidad del ácido acético que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 10 a 150 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 20 a 100 mol por mol del compuesto. La cantidad del anhídrido acético que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 10 a 150 mol por mol del compuesto (16) y preferentemente 20 a 100 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 10 SC a 502C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente de 30 minutos y 24 horas.
(5) Paso e: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico es representado por la siguiente fórmula general (17), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser removido bajo condiciones neutras es introducido al grupo 2'-hidroxilo, al permitir que un compuesto alcohol representado por la siguiente fórmula general (20), un ácido y un reactivo para halogenar un átomo de azufre, actúen sobre un derivado de nucleósido (19) producido por el paso (d) .
A Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente . El paso puede ser realizado al hacer reaccionar el alcohol del compuesto (20), un ácido y un reactivo para halogenar el átomo de azufre sobre el compuesto de ácido ribonucleico (19) de acuerdo a un método conocido. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, cloroformo, tetracloruro de carbono, 1, 2 -dicloroetano, benceno, tolueno, xileno, tetrahidrofurano, acetonitrilo y mezclas de los mismos. La cantidad del compuesto alcohol que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (19) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "ácido" pueden incluir el ácido trif luorometansulf ónico, trifluorometansulfonato de plata y trifluorometansulfonato de trimetilisililo . Los ejemplos del "reactivo para halogenar un átomo de azufre" pueden incluir N-bromosuccinimida (NBS) , N-yodosuccinimida (NIS) . La cantidad del reactivo para la halogenación de un átomo de azufre que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 0.1 a 20 mol por mol del compuesto (19) y preferentemente 0.2 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de -1002C a 202C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 5 minutos y 12 horas.
(6) Paso f: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (21), al eliminar los grupos protectores de los grupos 3'- y 5 '-hidroxilo del compuesto de ácido ribonucleico (17) producido por el paso (c) o el paso (e) .
En donde : A, Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente. El paso puede ser realizado al disolver el compuesto (17) en un solvente orgánico, y haciendo reaccionar un agente de fluoración y un ácido como una mezcla de una proporción de mezclado arbitrario. Los ejemplos del "agente de fluoración" que van a ser utilizados en el paso, pueden incluir fluoruro de amonio, fluoruro de tetra-n-butilamonio
(TBAF) , trifluorhidrato de trietilamina, fluoruro ácido de piridina. La cantidad del agente de fluoración que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 0.1 a 20 mol por mol del compuesto (17), y preferentemente 0.2 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 02C a 1202C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas.
(7) Paso g: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico (15) al introducir un grupo protector R1, el cual puede ser removido bajo condiciones acidas, en el grupo 5 '-hidroxilo del compuesto de ácido ribonucleico (21) producido por el paso (f) .
( 2 1 ) ( 1 5 ) En donde : A, Bx, R1 y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente; y X3 representa halógeno. Los ejemplos del "halógeno" de X3 pueden incluir el mismo halógeno que aquellos del compuesto de fosforamidita de la presente invención. El paso puede ser realizado al hacer reaccionar R1X3 con el compuesto (21) de acuerdo a un método conocido. La cantidad de R1X3 que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mmol por mol del compuesto
(21) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, acetonitrilo tetrahidrofurano. Los ejemplos de las "bases" pueden incluir una base orgánica tal como piridina, 2 , 6-dimetilpiridina, 2,4,6-trimetilpiridina, N-metilimidazol, trietilamina, tributilamina, N,N-diisopropiletilamina y 1,8-diazabiciclo [5.4.0] -7-undenceno. La cantidad de la base que va a ser utilizada puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (21) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 0SC a 120SC. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas.
(8) Paso h: Proceso para producir el compuesto de fosforamidita de la presente invención mediante la fosforamiditación del grupo 3 '-hidroxilo al permitir que un reactivo de fosforamiditación y si es necesario un agente de activación, actúen sobre un derivado de nucleósido (15) producido por el paso (b) o el paso (f) .
En donde : Bx, R1 , R2a, R b, WG1 y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente. Los ejemplos del "reactivo de fosforamiditación" pueden incluir el compuesto representado por la siguiente fórmula general (22) y (23) .
En donde: R2a, R2b y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente; y X1 representa halógeno. Los ejemplos del "halógeno" de X1 pueden incluir el mismo halógeno que aquellos del compuesto de fosforamidita de la presente invención. El paso es una reacción para la fosforamiditación del grupo 3 '-hidroxilo al hacer reaccionar el reactivo de fosforamiditación con el compuesto (15), y puede ser realizado de acuerdo a un método conocido. Un agente de activación puede ser utilizado, si es necesario. El solvente que va a ser utilizado no es específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir por ejemplo, acetonitrilo y tetrahidrofurano. La cantidad del reactivo de fosforamiditación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (15), y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. Los ejemplos del "agente de activación" pueden incluir lH-tetrazol, 5-etiltiotetrazol , 4, 5-dicloroimidazol, 4, 5-dicianoimidazol, triflato de benzotriazol, triflato de imidazol, triflato de piridinio, N,N-diisopropiletilamina y 2 , 4, 6-colidina/N-metilimidazol . La cantidad del agente de activación que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 20 mol por mol del compuesto (15) , y preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto. La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 0eC a 1202C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo de materias primas y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 30 minutos y 24 horas. El compuesto de fosforamidita de la presente invención producido de este modo puede ser aislado y purificado mediante un método conocido per se, tal como concentración, conversión a fase líquida, partición, extracción con solvente, cristalización, recristalización, destilación fraccional o cromatografía.
III. Método para producir oligo-ARN La presente invención puede incluir un método para producir los oligo-ARN representados por la siguiente fórmula general (3), el método comprende el uso del compuesto de fosforamidita de la presente invención. Los detalles se describen en seguida: En donde : cada B representa independientemente adenina, guanina, citosina, uracilo, timina o una forma modificada de las mismas; cada R representa independientemente H o hidroxilo, y al menos uno de R es hidroxilo; Z representa hidrógeno o un grupo fosfato; y n representa un número entero entre 1 y 100. n es preferentemente un número entero entre 10 y
50, y más preferentemente un número entero entre 15 y 30. Los ejemplos del "sustituyente" para la "forma modificada" de B pueden incluir halógeno, acilo, alquilo, arilalquilo, alcoxi, hidroxilo, amino, monoalquilamino, dialquilamino, carboxilo, ciano y nitro; y la forma modificada de B puede estar sustituida con 1 a 3 de estos sustituyentes . Los ejemplos del "halógeno", "arilo", "alquilo",
"arilalquilo", "alcoxi", "alcoxialquilo", "amino", "monoalqui lamino" y "dialquilamino" para la "forma modificada" de B pueden incluir los mismos ítems que aquellos del compuesto de fosforamidita de la presente invención . Un método para producir un oligo-RNA (3) con el compuesto de fosforamidita de la presente invención puede ser realizado mediante el método conocido y, por ejemplo, puede ser realizado mediante la condensación de un compuesto monomérico de ácido nucleico a la dirección de 3' a 5', paso por paso, de acuerdo a los siguientes pasos A al G. Los compuestos y reactivos que van a ser utilizados en el siguiente paso, excepto el compuesto de fosforamidita de la presente invención no están particularmente limitados, siempre y cuando éstos sean en general utilizados en la síntesis de oligo-ARN u oligo-DNAs. Además, todos los pasos pueden ser realizados mediante el uso de un sintetizador automático para el DNA o en forma manual como en el caso del uso de agentes convencionales para la síntesis de un ácido nucleico. El uso de un sintetizador automatizado es deseable desde el punto de vista de simplicidad y facilidad del método y la precisión de síntesis. Los compuestos y reactivos descritos en los siguientes pasos A al G, excepto un compuesto monomérico de ácido nucleico, no están particularmente limitados, siempre y cuando éstos sean en general utilizados en la síntesis de los oligo-DNAs u oligo-ARN.
(1) Paso A: Proceso para producir un compuesto representado por la siguiente fórmula general (5) al eliminar el grupo 5'-hidroxilo de un compuesto representado por la siguiente fórmula general (4) mediante reacción de un ácido.
(4 ) (5 ) En donde n, R1 y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente; cada B representa independientemente adenina, guanina, citosina, uracilo, timina o una forma modificada de los mismos; y cada R4 representa independientemente hidrógeno, aciloxi o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (6) .
(6) En donde : WG1 es el mismo que se definió anteriormente; y E representa acilo o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (7) .
-Q-i ligador Usoporte sólido (7 )
En donde: Q representa un enlace simple o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (8) .
(8) En donde : WG2 es el mismo que se definió anteriormente; y T representa hidrógeno, aciloxi, un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (6) ó (7) con la condición de que E o T sea un sustituyente (7) . El paso es realizado al hacer reaccionar un ácido a un compuesto representado por la siguiente fórmula general (26a), (26b) [un compuesto (4) en donde n es 1] que está enlazado al soporte sólido, o un oligo-RNA o un oligo-DNA, producido mediante la realización de las operaciones del paso A al paso D [el compuesto (4) en donde n es 2 a 100] que es acoplado al soporte sólido (de aquí en adelante denominado como el "compuesto enlazado al soporte sólido") .
( 2 6 a ) ( 2 6 b ) En donde : Bx y R1 son los mismos que se definieron anteriormente; RL y R4L representan un sustituyente (7); R2 representa aciloxi; y R4 representa hidrógeno, aciloxi o un sustituyente
(6) Los ejemplos de la porción "acilo" del grupo
"aciloxi" de R2 y R4 pueden incluir acetilo, propionilo, butirilo, isobutirilo, benzoilo, 4-metoxibenzoilo, fenilacetilo, fenoxiacetilo, 4-ter-butilfenoxiacetilo y 4-isopropilfenoxiacetilo. Los ejemplos del "soporte sólido" pueden incluir un vidrio de poro controlado (CPG, por sus siglas en inglés) , un vidrio de poro controlado con oxalilo
(ver por ejemplo, Alul et al., Nucleic Acids Research, Vol. 19, 1527 (1991)), el soporte TentaGel-soporte de derivatización de aminopolietilenglicol (ver por ejemplo, Wright et al., Tetrahedron Letters, Vol. 34, 3373 (1993)) y un copolímero de poros-poliestireno y divinilbenceno. Los ejemplos del "ligador" pueden incluir 3-aminopropilo, succinilo, 2 , 2 ' -dietanolsulfonilo y un alquilamino de cadena larga (LCAA) . Los compuestos (26a) y (26b) son enlazados al soporte sólido, los cuales son producidos de acuerdo al método conocido o son comercialmente disponibles, y los ejemplos de una modalidad preferible son un compuesto representado por la siguiente fórmula general (27) ó (28).
(27) (28)
En donde: Bx, R1, R4 y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente . Los compuestos (27) y (28) en donde R4 es un sustituyente (6) pueden ser producidos a partir de un compuesto de fosforamidita de la presente invención, de acuerdo a un método conocido. Los ejemplos del "ácido" que va a ser utilizado en el paso, pueden incluir ácido trifluoacético, ácido dicloroacético y ácido tricloroácético . El ácido que va a ser utilizado en el paso puede ser diluido en un solvente adecuado para estar a una concentración de 1 a 5%. El solvente no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción y puede incluir, por ejemplo, diclorometano, acetonitrilo, agua, y mezclas de los mismos. La temperatura de reacción en la reacción está preferentemente en el intervalo de 20aC a 502C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del ácido y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 minuto y 1 hora . La cantidad del reactivo que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y más preferentemente de 1 a 10 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido.
(2) Paso B: Proceso para la producción de un compuesto representado por la siguiente fórmula general (9) mediante la condensación de un compuesto de monómero de ácido nucleico con el compuesto producido mediante el paso A utilizando un agente de activación.
( 5 ) ( 9) En donde Bx, E , n, R1 , R4 , T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente. El paso puede ser realizado mediante la reacción de un compuesto monomérico de ácido nucleico y un agente de activación con un compuesto enlazado al soporte sólido. Los ejemplos del "compuesto monomérico de ácido nucleico" pueden incluir el compuesto de fosforamidita de la presente invención y un compuesto representado por la siguiente fórmula general (29) que es comercialmente disponible.
( 2 9 ) En donde : R1, R2a, R2b y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente; y By representa una nucleobase que puede tener un grupo protector. Los ejemplos de la "nucleobase" By no están particularmente limitados siempre y cuando éste sea una nucleobase utilizada para sintetizar un ácido nucleico, y pueden incluir, por ejemplo, adenina, guanina, citosina, timina y una forma modificada de las mismas. La forma modificada es la misma que la se definió anteriormente para Bx. Los ejemplos del "sustituyente" para la "forma modificada" de By pueden incluir halógeno, alquilo, arilalquilo; alcoxi, hidroxilo, amino, monoalquilamino, dialquilamino, carboxilo, ciano y nitro; y la forma modificada de By puede estar sustituida con 1 a 3 de estos sustituyentes. Los ejemplos del "halógeno", "arilo", "alquilo", "arilalquilo", "alcoxi", "alcoxialquilo", "amino", "monoalquilamino" y "dialquilamino" para la "forma modificada" de By pueden incluir ítems que aquellos del compuesto de fosforamidita de la presente invención. La nucleobase de By puede estar protegida y especialmente, la nucleobase que tiene un grupo amino (por ejemplo adenina, guanina, citosina) puede estar preferentemente protegida del grupo amino . El grupo protector del grupo amino de By puede incluir los mismos ítems que aquellos de Bx. Los ejemplos del "agente de activación" pueden incluir los mismo ítems que se mencionaron anteriormente . El solvente de reacción no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y pueden incluir, por ejemplo, acetonitrilo y tetrahidrofurano. La temperatura de reacción en la reacción está preferentemente en el intervalo de 20°C a 50°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del agente de activación y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 minuto y 1 hora. La cantidad del agente que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y más preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido.
(3) Paso C:
Proceso para encasquetar el grupo 5 '-hidroxilo del compuesto (5) sin reaccionar en el Paso B.
(5) (10) En donde : Bx, E, n, R4, T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente; y R5 representa metilo o fenoximetilo. El Paso es una reacción para proteger el grupo 5 ' -hidroxilo sin reaccionar en el Paso (B) , y puede ser realizado mediante la reacción de un agente de encasquetamiento con un compuesto enlazado al soporte sólido.
Los ejemplos del "agente de encasquetamiento" pueden incluir anhídrido acético y anhídrido fenoxiacético . El agente de encasquetamiento que va a ser utilizado puede ser diluido en un solvente adecuado para ser de una concentración de 0.5 a 1 M. El solvente no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, piridina, diclororometano, acetonitrilo, tetrahidrofurano y mezclas de los mismos. Además, por ejemplo, puede ser utilizada la 4-dimetilaminopiridina, o el N-metilimidazol como un acelerador de la reacción en el Paso, si es necesario. La temperatura de reacción en la reacción está preferentemente en el intervalo de 20°C a 50°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del agente de encasquetamiento y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 y 30 minutos. La cantidad del agente que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y más preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido.
(4) Paso D: Proceso para convertir un grupo fósforo a un grupo fosfato, mediante la reacción de un agente oxidante con el compuesto (9) producido en el Paso B.
( 9 ) (11)
En la presente: Bx, E, n, R1, R4, T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente. El Paso es una reacción para convertir el fósforo trivalente a fósforo pentavalente, mediante el uso de un agente oxidante, y puede ser realizado mediante la reacción de un agente oxidante con un compuesto enlazado al sólido. Los ejemplos del "agente oxidante" pueden incluir yodo e hidroperóxido de ter-butilo. Además, el agente oxidante que va a ser utilizado puede ser diluido en un solvente adecuado, para estar a una concentración de 0.05 a 1 M. El solvente no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y pueden incluir, por ejemplo, piridina, tetrahidrofurano, agua y mezclas de los mismos. Por ejemplo, se pueden utilizar mezclas de yodo/agua/piridina-tetrahidrof rano, yodo/piridina-ácido acético y un agente de peroxidación (t-butilhidroperóxido/cloruro de metileno y similares ) . La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 202C a 50 °C . El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del agente oxidante y de la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 y 30 minutos . La cantidad del agente que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y más preferentemente 1 a 50 mol por mol del compuesto.
( 5 ) Paso E : Proceso para escindir el compuesto ( 11 ) producido mediante el Paso D a partir del soporte sólido , y luego eliminando los grupos protectores de cada nucleobase y cada grupo 2 ' -hidroxilo .
( 1 1)
En donde : B, Bx, E, R, R1 , R4 , n, T , WG2 y Z son los mismos que se definieron anteriormente . El Paso de escisión es una reacción para escindir un oligo-RNA que tiene una longitud de cadena deseada a partir del soporte sólido y un ligador con un agente de escisión, y se realiza mediante la adición de un agente de escisión al soporte sólido, el cual contiene un oligo-RNA que tiene una longitud de cadena deseada. En el Paso, el grupo protector de una nucleobase puede ser eliminado. Los ejemplos del "agente de escisión" pueden incluir amoniaco acuoso concentrado y metilamina. El agente de escisión que va a ser utilizado en el Paso puede ser diluido por, por ejemplo, metanol, etanol, alcohol isopropílico, acetonitrilo, tetrahidrofurano y mezclas de los mismos. Entre ellos, el etanol es el preferible. La temperatura de reacción puede estar en el intervalo de 15°C a 75°C, preferentemente 15°C a 30°C, y más preferentemente 18°C a 25°C. El tiempo de reacción para la desprotección puede estar en el intervalo de 1 a 30 horas, preferentemente 1 a 24 horas y más preferentemente 1 a 4 horas. La concentración del hidróxido de amonio en la solución que va a ser utilizado para la desprotección puede ser 20 a 30% en peso, preferentemente 25 a 30% en peso, más preferentemente 28 a 30% en peso. La cantidad del agente que va a ser utilizado puede estar en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y preferentemente de 10- a 50-veces mol por mol del compuesto. El Paso de eliminación del grupo protector del grupo 2 ' -hidroxilo es realizado mediante la reacción del agente para eliminar el grupo protector del grupo 2 ' -hidroxilo, tal como fluoruro de tetrabutialmonio , trihidrogenof luoruro/sal de trietilamina . El solvente que va a ser utilizado no está específicamente limitado , a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y pueden incluir, por ej emplo , tetrahidrofurano, N-metilpirrolidona , piridina , sulfóxido de dimetilo y mezclas de los mismos . Si es necesario , se puede agregar alquilamina , amidina , tiol , derivados de tiol o mezclas de éstos , como un compuesto que depura el acrilonitrilo que es un subproducto en el Paso . Los ej emplos de la " alquilamina" pueden incluir una alquilamina lineal que 1 a 6 átomos de carbono. Específicamente, la "alq^ila ina" puede incluir, por ejemplo, metilamina, etilamina, n-propilamina, n-butilamina, n-pent i lamina y n-hexi lamina. Los ejemplos de la "amidina" pueden incluir benzamidina y f ormarrddina . Los ejemplos del "tiol" pueden incluir un tiol lineal que tiene 1 a 6 átomos de carbono. Específicamente, el "tiol" puede incluir, por ejemplo, metanotiol, etanotiol, 1-propanotiol , 1-butanotiol, 1-pentanotiol y 1 -hexano tiol . Los ejemplos del "derivado de tiol" pueden incluir el mismo o un diferente alcohol y éter que tiene un alquiltio lineal que tiene 1 a 5 átomos de carbono. Específicamente, el derivado de tiol puede incluir, por ejemplo, 2-mercaptoetanol , 4-mercapto-l-butanol, 6-mercapto-l-hexanol, éter mercaptomet ílico, éter 2-mercaptoetílico , éter 3 -mercaptopropílico , éter 4-mercaptobutílico , éter 5-mercaptopentílico y éter 6-mercaptohexílico . La temperatura de reacción está preferentemente en el intervalo de 20°C a 80°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del agente desprotector que va a ser utilizado y de la temperatura de reacción, y está preferentemente en el intervalo de 1 hora a 100 horas. La cantidad del agente que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 50 a 500 mol por mol del grupo protector eliminado, y más preferentemente 50 a 100 mol por mol del grupo protector eliminado. El oligo-RNA protegido del grupo 5 ' -hidroxilo puede ser aislado y purificado a partir de la mezcla de reacción anteriormente mencionada mediante el uso de una técnica estándar de separación y purificación tal como extracción, concentración, neutralización, filtración, centrifugación, recristalización, cromatografía en columna sobre gel de sílice, cromatografía en capa delgada, cromatografía en columna hidrofóbica, cromatografía en columna de intercambio iónico, cromatografía en columna de filtración en gel, diálisis, ultrafiltración y similares.
(6) Paso F: Proceso para eliminar el grupo 5' -hidroxilo del compuesto (12) producido por el Paso E.
En donde: B, n, R, R1 y Z son los mismos que se definieron anteriormente . El Paso es una reacción para eliminar finalmente el grupo protector del grupo 5' -hidroxilo del oligorribonucleótido, y puede ser realizado mediante la formación de un ácido sobre el oligo-RNA escindido del soporte sólido. Los ejemplos del "ácido" que van a ser utilizados en el Paso pueden incluir ácido tricloroacético, ácido dicloroacético y ácido acético. El ácido diluido en un solvente adecuado puede ser utilizado en el Paso. El solvente no está específicamente limitado, a no ser que éste esté involucrado en la reacción, y puede incluir, por ejemplo, diclororometano, acetonitrilo, agua, un amortiguador en donde pH está en el intervalo de 2 a 5 , y mezclas de los mismos. Los ejemplos de la "solución amortiguadora" pueden incluir un amortiguador de acetato. La temperatura de reacción en la reacción está preferentemente en el intervalo de 20°C a 50°C. El tiempo de reacción varía dependiendo del tipo del ácido y la temperatura de reacción, y está preferentemente entre 1 minuto y 1 hora. La cantidad del agente que va a ser utilizado está preferentemente en el intervalo de 1 a 100 mol por mol del compuesto enlazado al soporte sólido, y más preferentemente 1 a 10 mol por mol del compuesto.
(7) Paso G: Proceso para el aislamiento y purificación del compuesto (3) producido por el Paso F. El Paso de aislamiento y purificación es un Paso para aislar y purificar un oligo-RNA deseado, a partir de la mezcla de reacción anterior, con un método conocido para el aislamiento y purificación, el cual puede incluir, por ejemplo, extracción, concentración, neutralización, filtración, separación centrífuga, recristalización, cromatografía en columna de fase inversa, (Cs a Cis) , columna de cartucho de fase inversa (Cs a Cis) , cromatografía en columna de intercambio iónico positivo, cromatografía de columna de intercambio aniónico, cromatografía en columna de filtración en gel, cromatografía líquida de alta resolución, diálisis, ultrafiltración y combinaciones de las mismas. Los ejemplos del "eluyente" pueden incluir acetonitrilo, metanol, etanol, alcohol isopropílico, agua y solvente mezclados a una proporción arbitraria. En este caso, por ejemplo, el pH de la solución puede ser controlado para estar en el intervalo de pH 1 a 9 mediante la adición de fosfato de sodio, fosfato de potasio, cloruro de sodio, cloruro de potasio, acetato de amonio, acetato de trietilamonio, acetato de sodio, acetato de potasio, ácido tris-clorhídrico o ácido etilendiaminotetraacético como un aditivo en una concentración de 1 mM a 2 M. Un oligo-RNA que tiene una longitud de cadena deseada puede ser producida mediante la repetición de los Pasos A al D. Además, en el método, el compuesto (26a) en donde R4 es el sustituyente (6) , el compuesto (26a) en donde R4 es hidrógeno o aciloxi, o el compuesto (26b) en donde R2 es alquiloxi etc., son utilizados. Cuando se utiliza el compuesto (26a) en donde R4 es hidrógeno o aciloxi o el compuesto (26b) en donde R2 es alquiloxi como un material inicial, es necesario utilizar uno o más compuestos de fosforamiditas de la presente invención como un compuesto monomérico de ácido nucleico. Además, en el método, el aislamiento y la purificación de un oligo-RNA es también realizado al llevar a cabo las operaciones del Paso F anterior realizando las operaciones del Paso E, las operaciones del Paso F, y luego las operaciones del G.
EJEMPLOS La presente invención será descrita ahora con más detalle con referencia a los Ejemplos, no obstante a los cuales no está limitada la presente invención.
Ejemplo 1 2-cianoetiléter de clorometilo
Paso 1 Producción del 2-cianoetiléter de metiltiometilo Se disolvió 3-hidroxipro?ionitrilo (32 g, 450 mmol) en 450 ml de sulfóxido de dimetilo, y se agregaron a éste 324 ml de anhídrido acético y 231 ml de ácido acético, y la solución de reacción se agitó a temperatura ambiente por 24 horas. Se disolvieron 990 g de bicarbonato de sodio en 4.5 litros de agua, y la solución de reacción se agregó a la solución acuosa de bicarbonato de sodio, gota a gota, en 1 hora. La solución de reacción se agitó por 1 hora, y se sometió a extracción con acetato de etilo, y el extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. El producto aceitoso obtenido se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener 41 g del 2-cianoetiléter de metiltiometilo como un producto aceitoso incoloro (rendimiento 70 %) . RMN H (CDC13) : 2.18 (s, 3H) ; 2.66 (t, 2H, J =6.3 Hz); 3.77 (t, 2H, J =6.3 Hz); 4.69 (s, 2H) Paso 2 Producción del 2-cianoetiléter de clorometilo El 2-cianoetiléter de metiltiometilo (3.3 g, 25 mmol) se disolvió en 70 ml de cloruro de metileno, y se agregaron gota a gota 2 ml de cloruro de sulfurilo
(25 mmol) , y la reacción se realizó adicionalmente a temperatura ambiente por 1 hora. Después de que se completó la reacción, el solvente se destiló bajo presión reducida para obtener 2.5 g del compuesto objetivo como un producto aceitoso incoloro (rendimiento 85 %) . Punto de ebullición: 84-85 °C (0.3 Torr) RMN XH (CDC13) : 2.72 (t, 2H, J =6.3 Hz); 3.92 (t, 2H, J =
6.3 Hz) ; 5.52 (s, 2H)
Ejemplo 2 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de 5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) ridina
Paso 1 Producción de la 5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil ) ridina La 5 ' -0- (4, 4 '-dimetoxitritil) uridina (546 mg, 1 mmol) se disolvió en 4 ml de 1, 2-dicloroetano, y se agregaron a ésta 452 mg de diisopropiletilamina (3.5 mmol) y se agregaron adicionalmente a ésta 365 mg de dicloruro de dibutilestanilo (1.2 mmol). La reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora. Subsecuentemente, la reacción se realizó a 80°C, y se agregaron gota a gota a ésta 155.4 mg de 2-cianoetiléter de clorometilo (1.3 mmol), y la solución de reacción se agitó por 30 minutos. Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se agregó a una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se sometió a extracción con cloruro de metileno, y el extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó con 30 g de gel de sílice para cromatografía en columna, para obtener la 5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) uridina (197 mg; rendimiento 34 %) . RMN XH (CDC13) : 2.47 (d, ÍH, J =7.8 Hz) ; 2.69 (t, 2H, J =6.3 Hz); 3.55 (dd, ÍH, J =11.3, 2.2 Hz) ; 3.62 (dd, ÍH, J =11.3, 2.2 Hz); 3.83 (s, 6H) ; 3.87 (t, 2H, J =6.3 Hz) ; 4.07 - 4.08 (m, ÍH) ; 4.32 (dd, ÍH, J =5.3, 1.9 Hz) ; 4.54 (q, ÍH, J =5.3 Hz); 4.94, 5.11 (2d, 2H, J =6.9 Hz) ; 5.32 (d, ÍH, J =8.2 Hz); 6.00 (d, ÍH, J =1.9 Hz); 6.85 - 6.88 (m, 4H) ; 7.29 - 7.41 (m, 9H) ; 8.02 (d, ÍH, J =8.2 Hz); 8.53 (s amplio, ÍH) ESI-Masa: 652 [M+Na]+ Paso 2 Producción del la 3 ' -0- (2-cianoetil N,N-diisopropil-fosforamidita) de la 5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) uridina La 5 ' -0- (4, 4 '-dimetoxitritil) -2' -0- (2-cianoetoximetil) uridina (209 g, 0.332 mmol) se disolvió en 2 ml de acetonitrilo obtenido en el Paso 1 y 23 mg de tetrazol (0.332 mmol), y 150 mg de la fosforodiamidita de 2-cianoetil-N,N,N' ,N' -tetraisopropilo (0.498 mmol), y la reacción se realizó a 45°C por 1.5 horas. Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se mezcló con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio y se sometió a extracción con acetato de etilo, y el extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó con 20 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener el compuesto objetivo (200 mg; rendimiento 73%) . ESI-Masa: 852 [M+Na]+.
Ejemplo 3 2 ' -0- (2-cianoetoximetil)uridina Paso 1 Producción de la 3 ' , 5 ' -O- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) - 2 ' -O- (2-cianoetoximetil) uridina La 3 ' , 5 ' -O- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) uridina (150 mg, 0.3 mmol) se disolvió en 7 ml de tetrahidrofurano bajo una atmósfera de argón, y se agregaron 54 mg de 2-cianoetiléter metiltiometilo (0.4 mmol) y 100 mg de tamices moleculares de 4Á, y la solución de reacción se agitó por 10 minutos. La reacción se realizó a 0°C, y se agregaron 2 ml de una solución de ácido trifluorometansulfónico (10 mg, 0.06 prnol) en tetrahidrofurano. Luego, se agregaron 92 mg de N-yodosuccinimida (0.4 mmol), la solución de reacción se agitó por 1 hora. Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se filtró con celite y se lavó con cloruro de metileno, y la capa orgánica obtenida se lavó con una solución acuosa 1M de tiosulfato ácido de sodio. La capa orgánica se lavó con solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía en capa delgada para obtener la 3,5'-O- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil ) uridina (150 mg; rendimiento 85 %). RMN XH (CDC13) : 0.97-1.12 (m, 28H) ; 2.68-2.73 (m, 2H) ; 3.78-3.86 (m, ÍH) ; 3.96-4.05 ( , 2H) ; 4.12-4.30 (m, 4H) ; 5.0-5.04 (m, 2H) ; 5.70 (d, ÍH, J = 8.2 Hz) ; 5.75 (s, ÍH) ; 7.90 (d, ÍH, J = 8.2 Hz); 9.62 (s amplio, ÍH) ESI-Masa: 570 [M+H]+
Paso 2 Producción de la 2 ' -O- (2-cianoetoximetilo) ridina La 3 ' , 5 ' -O- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) ridina (200 mg, 0.35 mmol) obtenida en el
Paso 1 se disolvió en 2 ml de metanol, y se agregaron a ésta
65 mg de fluoruro de amonio (1.76 mmol), y la solución de reacción se agitó con calentamiento a 50°C por 5 horas. Después del enfriamiento con aire, se agregó acetonitrilo a la solución de reacción. La solución se agitó, se filtró y se concentró. El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (108 mg; rendimiento 94%) . RMN ? (CE^OD) : 2.72-2.76 (t, 2H, J = 6.2 Hz) ; 3.68-3.92 (m, 4H) ; 4.00-4.03 ( , ÍH); 4.26-4.32 (m, 2H) ; 4.81-4.95 (m, 2H) ; 5.71 (d, ÍH, J = 8.1 Hz); 6.00 (d, ÍH, J = 3.3 Hz) ; 8.10 (d, ÍH, J = 8.1 Hz) ESI-Masa: 350 [M+Na]+
Ejemplo 4 Producción de la 5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil ) uridina La 2 ' -0- (2-cianoetoximetil) uridina (14 g, 43 mmol) se sometió a destilación azeotrópica con piridina, y luego se secó con una bomba de vacío por 30 minutos. El residuo se disolvió en 300 ml de tetrahidrofurano, y se agregaron 68 g de piridina (856 mmol) y 20 g de tamices moleculares de 4Á, bajo una atmósfera de argón, y la mezcla se agitó por 10 minutos . A la solución de reacción se agregaron 19.6 g de cloruro de 4 , 4 ' -dimetoxitritilo (57.8 mmol) en 3 porciones cada hora, y la mezcla se agitó adicionalmente por 1 hora. Posteriormente se agregaron 10 ml de metanol y la solución de reacción se agitó por 2 minutos, la solución de reacción se filtró con celite, y se lavó con acetato de etilo. Después de concentrar el filtrado, el residuo se disolvió en acetato de etilo, y se lavó con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. Después de que la capa orgánica se lavó con una salmuera saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, el solvente se destiló. El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (26.5 g, rendimiento 98%). Ejemplo 5 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropil-fosforamidita) de la N4-acetil-5 ' -O- (4,4' -dimetoxitritil) -2-0- (2-cianoetoximetil) citidina Paso 1 Producción de la N4-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) citidina La N4-acetil-5-0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) citidina (588 mg, 1 mmol) se disolvió en 4 ml de 1, 2-dicloroetano, y se agregaron 452 mg de diisopropiletilamina (3.5 mmol), y luego se agregaron adicionalmente 365 mg de dicloruro de dibutilestanilo (1.2 mmol) . La reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora. Luego, la reacción se realizó a 80aC, y se agregaron gota a gota 155.4 mg de 2-cianoetiléter de clorometilo (1.3 mmol), y la solución de reacción se agitó por 60 minutos. Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se agregó a una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se extrajo con cloruro de metileno. El extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó con 30 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener la N4-acetil-5'-0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina (219 mg; rendimiento 35 %) . RMN 1H (CDC13) : 2.19 (s, 3H) ; 2.56 (d, ÍH, J = 8.8 Hz); 2.65 (t, 2H, J = 6.2 Hz); 3.55 (dd, ÍH, J = 10.5, 2.5 Hz); 3.63 (dd, ÍH, J = 10.5, 2.5 Hz) ; 3.82 (s, 6H) ; 3.86 (t, 2H, J = 6.2 Hz); 4.09-4.14 (m, ÍH) ; 4.28 (d, ÍH, J =5.1 Hz) ; 4.44-4.49 ( , ÍH) ; 4.97, 5.24 (2d, 2H, J = 6.9 Hz) ; 5.96 (s, ÍH) ; 6.86-6.88 ( , 4H) ; 7.09 (d, ÍH, J = 6.9 Hz) ; 7.26-7.42 (m, 9H) ; 8.48 (d, ÍH, J = 6.9 Hz) ; 8.59 (s amplio, ÍH) ESI-Masa: 693 [M+Na]+
Paso 2 Producción de la 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de la N-acetil-5 ' -O- (4 , 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina La N4-acetil-5'-0-(4,4'-dimetoxitritil)-2'-0-(2-cianoetoximetil) citidina (205 mg, 0.306 mmol ) obtenida en el Paso 1 se disolvió en 2 ml de cloruro de metileno, y se agregaron 105 mg de diisopropiletilamina (0.812 mmol), y 116 mg de N,N-diisopropilclorofosforamidita de 2-cianoetilo (0.49 mmol) se agregó gota a gota. La solución de reacción se hizo reaccionar a temperatura ambiente por 1 hora. Después de que se completó la reacción, el solvente se destiló, y La mezcla obtenida se purificó con 20 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener el compuesto objetivo (242 mg; rendimiento 91 %) . ESI-Masa: 871 [M+H]+
Ejemplo 6 N4-acetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina Paso 1 Producción de N-acetil-3 ' , 5 ' -0- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina La N4-acetil-3 ' , 5 ' -0- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) citidina (1.00 g, 1.89 mmol) y el 2-cianoetiléter de metiltiometilo (500 mg, 3.79 mol) se mezclaron, y la mezcla se disolvió en un solvente mixto de 10 ml de tolueno y 10 ml of tetrahidrofurano. Subsecuentemente, se agregaron 975 mg de trifluorometansulfonato de plata y se secó mediante la adición de tamices moleculares 4Á. Bajo enfriamiento con hielo, se agregaron 370 mg de N-bromosuccinimida (2.08 mmol), y la solución de agitó por 10 minutos en el recipiente de reacción protegido de la luz . Además, se agregaron 70 mg de N-bromosuccinimida (0.39 mmol) y se agitó por 25 minutos. Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se diluyó con cloruro de metileno, y se lavó con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. El extracto se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener la N4-acetil-3 ' , 5 ' -0- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) citidina (936 mg; rendimiento 81 %) . RMN XH (CDC13) : 0.90-1.11 (m, 28H) ; 2.28 (s, 3H) ; 2.62-2.79 (m, 2H) ; 3.78-3.89 (m, ÍH) ; 3.96-4.04 (m, 2H) ; 4.19-4.23 (m, 3H) ; 4.30 (d, ÍH, J = 13.6 Hz) ; 5.00 (d, ÍH, J = 6.8 Hz); 5.09 (d, ÍH, J = 6.8 Hz); 5.77 (s, ÍH) ; 7.44 (d, ÍH, J = 7.5 Hz); 8.30 (d, ÍH, J = 7.5 Hz); 10.13 (s, ÍH) ESI-Masa: 611 [M+H]+
Paso 2 Producción del N4-acetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina La N-acetil-3 ' , 5 ' -O- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) citidina (500 mg, 0.819 mmol) obtenida en el Paso 1 se disolvió en un solvente mixto de 2.5 ml de tetrahidrofurano y 2.5 ml de metanol, y se agregaron 150 mg de fluoruro de amonio (4.10 mmol), y luego la solución de reacción se hizo reaccionar a 502C por 4 horas . Después de que se terminó la reacción, la solución de reacción se diluyó con acetonitrilo y se filtró, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (210 mg; rendimiento 70%) . RMN XH (D20) : 2.13 (s, 3H) ; 2.66-2.71 (m, 2H) ; 3.72-3.78 (m, 3H) ; 3.90 (dd, ÍH, J = 13.0, 2.6 Hz); 4.06-4.11 (m, ÍH) ; 4.20 (dd, ÍH, J = 7.1, 5.2 Hz); 4.29 (dd, ÍH, J = 5.1, 2.9 Hz); 4.83 (d, ÍH, J = 7.2 Hz) ; 4.94 (d, ÍH, J = 7.2 Hz); 5.95 (d, ÍH, J = 2.9 Hz); 7.25 (d, ÍH, J = 7.6 Hz); 8.25 (d, ÍH, J = 7.6 Hz) ESI-Masa: 391 [M+Na]+
Ejemplo 7 Producción de la N4-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0-(2-cianoetoximetil) citidina La 2 ' -0- (2-cianoetoximetil) citidina (9.9 g, 26.8 mmol) se sometió a destilación azeotrópica con piridina, y luego se secó con una bomba de vacío por 30 minutos. El residuo se disolvió en 190 ml de tetrahidrofurano, y se agregaron 43 g de piridina (538 mmol) y 20 g de tamices moleculares 4Á, bajo una atmósfera de argón, y la mezcla se agitó por 10 minutos. A la solución de reacción se agregaron 11.8 g de cloruro de 4 , 4 ' -dimetoxitritilo (34.9 mmol) en 3 porciones cada hora, y la mezcla se agitó adicionalmente por 1 hora. Después se agregó 2 ml de metanol y la solución de reacción se agitó por 2 minutos, la solución de reacción se filtró con celite, y se lavó con acetato de etilo. Después de concentrar el filtrado con evaporación, el residuo se volvió a disolver en acetato de etilo, y se lavó con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. Posteriormente la capa orgánica se lavó con salmuera saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló.
El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (15 g; rendimiento 83 %) .
Ejemplo 8 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de la N2-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximeti1) guanosina
Paso 1 Producción de la N2-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-acetil-5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) guanosina
(627 mg, 1 mmol) se disolvió en 4 ml de 1, 2-dicloroetano, y se agregaron 452 mg de diisopropiletilamina (3.5 mmol) y luego se agregaron 365 mg de dicloruro de dibutilestanilo
(1.2 mmol) . Y luego, la solución de reacción se hizo reaccionar a temperatura ambiente por 1 hora. Luego, la solución de reacción se calentó a 80°C, y se agregaron gota a gota 155.4 mg de 2-cianoetiléter de clorometilo (1.3. mol), y la solución se agitó por 60 minutos . Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se mezcló con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se sometió a extracción con cloruro de metileno. El extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó con 30 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener la N2-acetil-5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- ( 2-cianoetoximetil) guanosina (450 mg; rendimiento 63%).
RMN XH (CDC13) : 1.92 (s, 3H) ; 2.47-2.51 (m, 2H) ; 2.68 (s amplio, ÍH) ; 3.30 (dd, ÍH, J = 10.7, 3.8 Hz); 3.47 (dd, ÍH, J
= 10.7, 3.8 Hz) ; 3.55-3.60 (m, ÍH) ; 3.65-3.70 (m, ÍH) ; 3.74,
3.75 (2s, 6H) ; 4.22-4.23 (m, ÍH) ; 4.55-4.58 (m, ÍH) ; 4.78, 4.83 (2d, 2H, J = 7.0 Hz); 5.01 (t, ÍH, J = 5.1 Hz); 5.99 (d,
ÍH, J = 5.1 Hz); 6.76-6.79 (m, 4H) ; 7.17-7.44 (m, 9H) ; 7.88
(s, ÍH) ; 8.36 (s amplio, ÍH) ; 12.06 (s amplio, ÍH)
Paso 2 Producción de la 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de la N2-acetil-5 ' -O- (4 , 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-acetil-5 ' -O- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) guanosina (400 mg, 0.563 mmol) obtenida en el Paso 1 se disolvió en 2 ml de cloruro de metileno, y se agregaron 181 mg de diisopropiletilamina (1.4 mmol), y se agregaron gota a gota 161 mg de N,N-diisopropilclorofosforamidita de 2-cianoetil (0.68 mmol). Luego, la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora.
Después de que completó la reacción, el solvente se destiló y la mezcla obtenida se purificó con 20 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener el compuesto objetivo (471 mg; rendimiento 92%) .
Ejemplo 9 3 ' - O- ( 2 - c ianoet i l -N , N-di i sopropi l f os f oramidi ta ) de la N6-acetil-5 ' -O- ( 4 , 4 ' -dimetoxitritil ) -2 ' -O- (2-cianoetoximet i 1 ) adenos ina
Paso 1 Producción de la N6-acetil-5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina La N6-acetil-5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) adenosina (22.0 g, 36.0 mmol) se disolvió en 170 ml de 1,2-dicloroetano, y se agregaron 16.3 g de diisopropiletilamina (126 mmol), y se agregó subsecuentemente 12.1 g de dicloruro de dibutilestanilo (39.7 mmol). Luego, la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora. Luego, la solución de reacción se calentó a 80°C, y se agregaron gota a gota 4.30 g de 2-cianoetiléter de clorometilo (36.0 mmol) y la solución se agitó por 30 minutos . Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se agregó a una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se sometió a extracción con cloruro de metileno. El extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener la N6-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina (7.47 g; rendimiento 33%). RMN XH (CDC13) : 2.51 (t, 2H, J = 6.2 Hz); 2.58 (d, ÍH, J = 5.5Hz); 2.61 (s, 3H) ; 3.45 (dd, ÍH, J = 10.7, 4.0Hz); 3.54 (dd, ÍH, J = 10.7, 3.2 Hz) ; 3.62-3.79 (m, 2H) ; 3.79 (s, 6H) ; 4.25 (q amplio, ÍH, J = 4.6 Hz); 4.59 (q, ÍH, J = 5.2Hz), 4.87-4.94 (m, 3H) ; 6.23 (d, ÍH, J = 4.4 Hz); 6.80-6.83 (m, 4H) ; 7.22-7.32 (m, 7H) ; 7.40-7.43 (m, 2H) ; 8.20 (s, ÍH) ; 8.61 (s amplio, ÍH) ; 8.62 (s, ÍH) . ESI-Masa: 695 [M+H]+
Paso 2 Producción de la 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de la N6-acetil-5 ' -O- (4 , 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) adenosina La N6-acetil-5 ' -O- (4, 4 '-dimetoxitritil) -2' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina (10.0 g, 14.4 mmol) obtenida en el Paso 1 se disolvió en 75 ml de cloruro de metileno, y se agregaron 4.7 g de diisopropiletilamina (36 mmol), y 4.82 g de N,N-diisopropilclorofosforamidita de 2-cianoetilo (20.3 mmol) gota a gota. Luego, la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora. Después de que se completó la reacción, el solvente se destiló y la mezcla obtenida, en la cual permanecían aproximadamente 30 ml del solvente, se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (12.0. g; rendimiento 93%). ESI-Masa: 895 [M+H]+
Ejemplo 10 N6-acetil-2 ' -0- (2-cianoetoximetil ) adenosina Paso 1 Producción de la N6-acetil-3 ' , 5 ' -O- ( tetraisopropildisiloxan- 1, 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) adenosina En 8 ml de cloruro de metileno se suspendieron 245 mg de N-yodosuccinimida (1.09 mmol) y 280 mg de trifluorometansulfonato de plata (1.09 mmol), y la solución se secó mediante la adición de tamices moleculares de 4Á. A la solución de reacción se agregó una solución de N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) adenosina (400 mg, 0.73 mmol) y 145 mg de 2-cianoetiléter de metiltiometilo (1.11 mmol) en 4 ml de cloruro de metileno bajo enfriamiento con hielo, y la mezcla de reacción se agitó por 3 horas . Después de que se completó la reacción, la mezcla de reacción se diluyó con cloruro de metileno, y se lavó con solución saturada de tiosulfato de sodio, y solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. El extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener la N5-acetil-3 ' , 5 ' -0-(tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina (201 mg; rendimiento 45 %) . RMN H (CDC13) : 0.98-1.11 (m, 28H) ; 2.62 (s, 3H) ; 2.69 (td, 2H, 6.5, J = 1.5 Hz); 3.81 - 3.89 (m, ÍH) ; 4.02 4.09 (m, 2H) ; 4.17 (d, ÍH, J = 9.4 Hz); 4.28 (d, ÍH, J = 13.4 Hz) ; 4.50 (d, ÍH, J = 4.5 Hz); 4.67 (dd, ÍH, J = 8.8, 4.5 Hz); 5.02 (d, ÍH, J = 7.0 Hz); 5.08 (d, ÍH, J = 7.0 Hz); 6.10 (s, ÍH) ; 8.34 (s, ÍH) ; 8.66 (S, ÍH) ; 8.67 (s, ÍH) ESI-Masa: 636 [M+H]+
Paso 2 Producción de la N6-acetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil) adenosina La N6-acetil-3 ' , 5 ' -O- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) adenosina (300 mg, 0.47 mmol) obtenida en el Paso 1 se disolvió en un solvente mixto de 0.1 ml de ácido acético y 2 ml de una solución 0.5 M de fluoruro de tetrabutilamonio, y la solución de reacción se agitó a temperatura ambiente por 2 horas. Después de que se completó la reacción, la mezcla de reacción obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (160 mg; rendimiento 86%) . RMN XH (DMSO-d6) : 2.25 (s, 3H) ; 2.53-2.68 (m, 2H) ; 3.41-3.46 (m, ÍH) ; 3.56-3.64 (m, 2H) ; 3.69-3.73 (m, ÍH) ; 4.00-4.01 (m, ÍH) ; 4.36-4.37 (m, ÍH) ; 4.72-4.78 (m, 3H) ; 5.20 (bt, 2H) ; 5.41 (d, ÍH, J = 5.2 Hz) ; 6.17 (d, ÍH, J = 5.7 Hz) ; 8.66 (s, ÍH) ; 8.72 (s, ÍH) ; 10.72 (s, ÍH) ESI-Masa: 415 [M+Na]+
Ejemplo 11 Producción de la N6-acetil-5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0-(2-cianoetoximetil) adenosina La N6-acetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil) adenosina (9.50 g, 24.2 mmol) se disolvió en 100 ml de piridina deshidratada, y luego se secó mediante concentración.
Posteriormente, el residuo se disolvió en 100 ml de piridina deshidratada bajo una atmósfera de argón. Bajo enfriamiento con hielo, se agregaron 10.7 g de cloruro de 4, 4 ' -dimetoxitrifilo (31.2 mmol), y la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora y 20 minutos.
Después de que se completó la reacción, la solución de reacción se diluyó con cloruro de metileno, y se lavó con agua. El extracto fue secado sobre sulfato de sodio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo 13.8 g; rendimiento 82%) .
Ejemplo 12 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-fenoxiacetil-5'-0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2'-0- (2-cianoetoximetil ) guanosina
Paso 1 Producción de la N2-fenoxiacetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-fenoxiacetil-5'-0- (4,4'-dimetoxitritil) guanosina (720 mg, 1 mmol) se disolvió en 4 ml de 1, 2-dicloroetano, y se agregaron 452 mg de diisopropiletilamina (3.5 mmol), y 365 mg de diclorhidrato de dibutilestanilo (1.2 mmol) subsecuentemente. Luego, la reacción se llevó a cabo a temperatura ambiente por 1 hora. Luego, la reacción se realizó a 80°C, y se agregaron 155.4 mg de 2-cianoetiléter clorometílico (1.3 mmol) gota a gota, y la solución se agitó por 60 minutos. Después de que la reacción se completó, la solución de reacción se mezcló con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, y se sometió a extracción con cloruro de metileno. El extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó con 30 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener la N2-fenoxiacetil-5'-0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2' -O- (2-cianoetoximetil) guanosina (384 mg; rendimiento 48 %) . RMN XH (CDC13) : 2.47-2.51 (m, 2H) ; 2.58 (s amplio, ÍH) ; 3.42 (dd, ÍH, J = 10.1, 3.8 Hz) ; 3.46 (dd, ÍH, J = 10.1, 3.8 Hz) ; 3.53-3.57 (m, ÍH) ; 3.69-3.73 (m, ÍH) ; 3.77 (s, 6H) ; 4.24-4.26 (m, ÍH) ; 4.48-4.50 (m, ÍH) ; 4.61-4.65 (m, 2H) ; 4.83, 4.87 (2 d, 2H, J = 7.0 Hz) ; 4.88 (t, ÍH, J = 5.7 Hz); 6.05 (d, ÍH, J = 5.7 Hz); 6.80-6.82 (m, 4H) ; 6.92-6.96 (m, 3H) ; 7.07-7.11 (m, 2H) ; 7.20-7.42 (m, 9H) ; 7.84 (s, ÍH) ; 8.99 (s, ÍH) ; 11.81 (s amplio, ÍH) . ESI-Masa: 825 [M+Na]+
Paso 2 Producción de la 3 ' -O- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-fenoxiacetil-5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-fenoxiacetil-5 ' -O- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0-(2-cianoetoximetil) guanosina (320 mg, 0.399 mmol) obtenida en el paso 1 se disolvió en 4 ml de cloruro de metileno, y se agregaron 128.8 mg de diisopropiletilamina (0.996 mmol), y se agregaron gota a gota 141.5 mg de 2-cianoetil N,N-diisopropilclorofosforamidita (0.598 mmol). Luego, la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora.
Después de que la reacción se completó, el solvente se destiló y la mezcla obtenida se purificó con 30 g de gel de sílice para cromatografía en columna para obtener el compuesto objetivo (316 mg; rendimiento 79 %) . ESI-Masa: 1003 [M+H]+
Ejemplo 13 N2-fenoxiacetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil) guanosina
Paso 1 Producción de la N-fenoxiacetil-3 ' , 5 ' -O- (tetraisopropil disiloxan-1, 3-diil)-2'-0- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-fenoxiacetil-3' , 5 ' -0- (tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) guanosina (2.0 g, 3.0 mmol) se disolvió en 16 ml de tetrahidrofurano, y se agregaron 0.99 g de metiltiometil 2-cianoetiléter (7.6 mmol) y 1.0 g de tamices moleculares de 4 Á se agregaron, y la solución de reacción se agitó a -45°C por 10 minutos bajo una atmósfera de argón . Después que se agregó una solución de 0.68 g de ácido trifluorometansulfónico (4.5 mmol) in 5 ml de tetrahidrofurano y la solución de reacción se agitó, se agregó 1.02 g de N-yodosuccinimida (4.5 mmol), y la solución de reacción se agitó por 15 minutos. Después se agregó una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio a la solución de reacción y luego la solución de reacción se filtró, la capa orgánica se lavó con una solución acuosa de tiosulfato ácido de sodio 1 M. Posteriormente, la solución de reacción se lavó con agua y salmuera saturada secuencialmente, y el extracto se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, y el solvente se destiló . El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice para obtener la N2-fenoxiacetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) -2 ' -O- (2-cianoetoximetil ) guanosina (2.0 g; rendimiento 89
%) . RMN XH (CDC13) : 0.99-1.11 (m, 28H); 2.59-2.77 (m, 2H) ;
3.82-4.05 (m, 3H) ; 4.15 (d, ÍH, J = 9.3 Hz); 4.25-4.35 (m, 2H) ; 4.52-4.56 (dd, ÍH, J = 9.3, 4.3 Hz); 5.00-5.07
(2 d, 2H, J = 7.2 Hz); 5.95 (s, ÍH) , 6.99-7.12 (m, 3H) ;
7.35-7.40 (m, 2H) ; 8.09 (s, ÍH) ; 9.38 (s amplio, ÍH) ;
11.85 (s amplio, ÍH) ESI-Masa: 766 [M+Na]+
Paso 2 Producción de la N2-fenoxiacetil-2 ' -O- (2-cianoetoximetil ) guanosina Una solución consistente de 0.14 ml de ácido acético (0.14 mmol) y 2.83 ml de 1 M fluoruro de tetrabutilamonio en tetrahidrofurano (2.83 mmol) fue preparada. La N2-fenoxiacetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina (1.0 g, 1,35 mmol) obtenida en el paso 1 se disolvió en 2.83 ml de tetrahidrofurano, y la solución preparada anteriormente se agregó, y la reacción se realizó a temperatura ambiente por 1 hora bajo una atmósfera de argón. La solución de reacción se concentró bajo presión reducida, y el residuo se disolvió en cloruro de metileno, y se purificó mediante
.cromatografía en columna sobre gel de sílice' para obtener el compuesto objetivo (0.67 g; rendimiento 99 %) . RMN 1H (DMSO-d6) : 2.59-2.66 (m, 2H) ; 3.41-3.63 (m, 4H) ;
3.98 (m, ÍH) ; 4.32 (m, ÍH) ; 4.58-4.62 (t, ÍH, J = 5.3 Hz); 4.71-4.78 (dd, 2H, J = 13.1, 6.8 Hz); 4.87 (s, 2H) ;
5.12 (s, ÍH) 5.37 (s, ÍH) ; 5.97 (d, ÍH, J = 6.1 Hz ) 6.96- 6.99 (m, 3H) ; 7.28-7.34 (m, 2H) ; 8.30 (s, ÍH) ; 11.78 (s amplio, 2H ) ESI-Masa: 500 [M-H]"
Ejemplo 14 N2-fenoxiacetil-5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina La N2-Fenoxiacetil-2'-0- (2-cianoetoximetil) guanosina (660 mg, 1.32 mmol) se sometió a destilación azeotrópica con piridina, y luego se secó con una bomba de vacío por 30 minutos. El residuo se disolvió en 9 ml de tetrahidrofurano, y se agregaron de 2.1 g de piridina (26.4 mmol) y 600 mg de tamices moleculares de 4 Á bajo una atmósfera de argón, y la solución de reacción se agitó por 10 minutos. A la solución de reacción se agregaron 540 mg de 4,4'-cloruro de dimetoxi tri tilo (1.58 mmol) en 3 porciones cada hora, y la solución de reacción se agitó adicionalmente por 1 hora. Después se agregaron 2 ml de metanol y la solución de reacción se agitó por 2 minutos, la solución de reacción se filtró con celite, y se lavó con acetato de etilo. Después de concentrar el filtrado con evaporación, el residuo se disolvió en acetato de etilo, y se separó con una solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. Después la capa orgánica se lavó con una salmuera saturada y se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, el solvente se destiló. El residuo obtenido se purificó mediante cromatografía sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (800 mg; rendimiento 75 %) .
Ejemplo 15 N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina
Paso 1 Producción de la N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -0- metiltiometiladenosina La N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -adenosina (2.00 g, 3.62 mmol) se disolvió en 25 ml de sulfóxido de dimetilo, y se agregaron 17.5 ml de anhídrido acético y 12.5 ml de ácido acético, y la solución de reacción se agitó a temperatura ambiente por 14 horas. Después de que la reacción se completó, la solución de reacción se agregó a 200 ml de agua, se extrajo con acetato de etilo, y se lavó con solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio. El extracto se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener la N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1 , 3-diil) -2 ' -0-metiltiometiladenosina (1.36 g; rendimiento 61 %) . RMN XH (CDC1 ) : 0.96-1.11 (m, 28H) ; 2.20 (s, 3H) ; 2.61 (s, 3H) ; 4.03 (dd, ÍH, J = 13.4, 2.4 Hz) ; 4.18 (d, ÍH, J = 9.1 Hz) ; 4.27 (d, ÍH, J = 13.4 Hz) ; 4.63-4.71 (m, 2H) ; 5.00 (d, ÍH, J = 11.5 Hz) ; 5.07 (d, ÍH, J = 11.5 Hz) ; 6.09 (s, ÍH) ; 8.31 (s, ÍH) ; 8.65 (s, ÍH) ; 8.69 (s, ÍH) ESI-Masa: 635 [M+Na]+
Paso 2 Producción de la N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina La N6-acetil-3 ' , 5 ' -0- ( tetraisopropildisiloxan-1, 3-diil) -2 ' -O-metiltiometil adenosina (1.00 g, 1.63 mmol) obtenida en el paso 1 se disolvió en 25 ml de tetrahidrofurano. A la solución de reacción se agregaron 5.88 g de 3-hidroxipropionitrilo (82.7 mmol), y la solución se secó mediante la adición de tamices moleculares de 4 Á, y se enfrió a -45°C. A la solución de reacción se agregaron 440 mg de N-yodosuccinimida (1.96 mmol) y luego 490 mg de ácido trifluorometansulfónico (3.26 mmol), y la solución de reacción se agitó a -45°C por 15 minutos. Después de que la reacción se completó, la solución de reacción se neutralizó mediante la adición de trietilamina mientras que se enfriaba, y se diluyó con cloruro de metileno. La solución de reacción se lavó con solución acuosa de tiosulfato de sodio y con solución acuosa saturada de bicarbonato de sodio, el extracto se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y el solvente se destiló. La mezcla obtenida se purificó mediante cromatografía en columna sobre gel de sílice para obtener el compuesto objetivo (722 mg; rendimiento 71 %) .
Ejemplo 16 Uridilil- [3 '?5' ] -uridilil- [3 '->5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil-[3 ' ?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 ' ?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil-[3 '?5'] -uridilil- [3 '?5'] -uridilil- [3 '?5'] -uridilil- [3 '?5' ]-uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil-[3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridina El oligo-RNA del compuesto del título se sintetizó al introducir un soporte sólido de CPG comercialmente disponible (37 mg, 1 µmol) que contenía 2 ' /3 ' -O-benzoil-5 ' -0-(4 , 4 ' -dimetoxitritil) ridina a una columna con un filtro de vidrio, y utilizando un sintetizador automático por ácido nucleico (Expedite™: Applied Biosystems) . 3 ' -0- (2-cianoetil N,N-diisopropilfosforamidita) de la 5 ' -0- (4,4' -Dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) uridina como un compuesto monomérico de ácido nucleico, tetrazol como un catalizador de condensación, solución de yodo como un agente oxidante, anhídrido acético y solución de N-metilimidazol como una solución de encasquetamiento fueron utilizados. Después la condensación los compuestos monoméricos de ácido nucleico 20 veces, el oligo-RNA fue escindido mediante la reacción con solución etanólica acuosa 10 M de metilamina como un agente de escisión a temperatura ambiente por 1 a 2 horas, y los grupos protectores de cada parte de fosfato fueron eliminados. Después de la concentración de la mezcla de reacción bajo presión reducida y eliminación de los picos innecesarios con una columna de fase inversa (ODS) , la solución de reacción se purificó con un eluyente (amortiguador de acetonitrilo-trietilamina 50 mM-acetato) . Después de concentrar el residuo bajo presión reducida, el residuo se hizo reaccionar con una solución THF 1 M de fluoruro de tetrabutilamonio a temperatura ambiente por 1 hora para eliminar el grupo protector de 2 ' -hidroxilo . Después de desalar la solución de reacción, el grupo protector del extremo 5' fue eliminado con ácido acético al 80% (tratamiento a temperatura ambiente por 10 minutos) . Después de concentrar bajo presión reducida, la capa acuosa se lavó con éter, y el compuesto objetivo de alta pureza fue obtenido sin purificación. MALDI-TOF-MS: Calculado 6367.52 [M+H]+ Encontrado 6366.50 [M+H]+
Es claro a partir del resultado analítico con la
HPLC de fase inversa de la Figura 1, que el compuesto obtenido es de alta pureza. La condición de medición es como sigue: Condición de medición: Dispositivo de HPLC Unidad para aspiración: LC-6A (SHIMADZU CORPORATION) Detector: SPD-6A (SHIMADZU CORPORATION) Columna de HPLC de fase inversa: Mightysil RP-18GP <4.6 mm fxl5 cm> (KANTO KAGAKU) Temperatura de la columna: 35°C Gradiente de fase móvil: gradiente lineal, 20 min. (Solución
B: 0%-70%) Solución A: amortiguador de trietilamina 50 mM-acetato que incluye 5% de acetonitrilo Solución B: amortiguador de trietilamina 50 mM-acetato que incluye 90% de acetonitrilo Una velocidad de flujo de una fase móvil: 1 ml/min. Longitud de onda para la detección con el espectrofotómetro de ultravioleta-visible: 260 nm
Ejemplo 17 Citidilil- [3 '?5' ] -uridilil- [3 '?5' ] -uridilil- [3 '?5 ' ]-adenilil-[ 3 '?5'] -citidilil- [ 3 ' ?5 ' ] -guanilil- [3 '?5 '] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '-5 ' ] -guanilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -guanilil-[3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '->5' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 • ] -guanilil-[3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -uridina El oligo-RNA del compuesto del título se sintetizó al introducir el soporte sólido de CPG comercialmente disponible (37 mg, 1 µmol) que contenía 2 ' /3 ' -O-benzoil-5 ' -O- (4, 4 ' -dimetoxitritil) uridina a una columna con un filtro de vidrio y utilizando un sintetizador automático de ácido nucleico (Expedite™: Applied Biosystems). La 3'-0-(2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de 5'-0-(4,4'-dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) uridina, 3'-0-(2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N4-acetil-5 ' -0- (4,4' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) citidina, 3 ' -0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N6-acetil-5 ' -0- (4, 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) adenosina y 3'-0- (2-cianoetil-N,N-diisopropilfosforamidita) de N2-fenoxiacetil-5'-0- (4 , 4 ' -dimetoxitritil) -2 ' -0- (2-cianoetoximetil) guanosina como un compuesto monomérico de ácido nucleico; 5-etiltiotetrazol como un catalizador de condensación; solución de yodo como un agente oxidante; anhídrido fenoxiacético y solución de N-metilimidazol como una solución de encasquetamiento fueron utilizados. Después de condensar los compuestos monoméricos de ácido nucleico 19 veces, el grupo protector del hidroxilo del extremo 5' fue eliminado sobre la fase sólida. Luego, el oligo-RNA fue escindido mediante la reacción con una mezcla de amoniaco acuoso concentrado-etanol (3:1) como un agente de escisión a 40°C por 4 horas, y los grupos protectores de cada parte de fosfato y base fueron eliminados. Después de concentrar la mezcla de reacción bajo presión reducida, el residuo se hizo reaccionar con una solución en THF 1 M de fluoruro de tetrabutilamonio que contenía 10% de n-propilamina y 0.6% de 2-mercaptoetiléter a temperatura ambiente por 1 hora para eliminar el grupo protector 2 ' -hidroxilo . Después de desalar la solución de reacción, la solución de reacción se purificó con resina de intercambio iónico-DEAE (TOYOPEARLDEAE-650 ) para obtener el compuesto objetivo de alta pureza (112 OD26o; rendimiento 58%) . Aquí, la absorbancia de ultravioleta en longitud de onda de 260 nm (OD26o) muestra un rendimiento de un compuesto objetivo. De aquí en adelante, la absorbancia (OD26o) significa un rendimiento de un compuesto objetivo. MALDI-TOF-MS: Calculado 6305.9 [M+H]+ Encontrado 6304.8 [M+H]+
Ejemplo 18 Adenilil- [3 '?5' ] -citidilil- [3 '-5 ' ] -adenilil- [3 '-5' ] -uridilil- [3'->5' ] -citidilil- [3 '?5' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3'?5' ] -uridilil- [3 '-5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3'?5' ] -guanilil- [3 '?5' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ]-guanilil- [3'?5' ] -adenilil- [3'?5' ] -guanilil- [3'?5' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -guanilil- [3 '?5 ' ]-adenilil-[3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '->5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -guanilil- [3 '?5 ' ] -uridina El compuesto objetivo se sintetizó de la misma manera que el Ejemplo 17 (92 OD26o; rendimiento 31%) . MALDI-TOF-MS: Calculado 9519.8 [M+H]+ Encontrado 9520.4 [M+H]+
Ejemplo 19 Uridilil- [3 '?5' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3'?5' ]-uridilil--[3'?5']-uridilil-- [3'?5' ]-uridilil--[3'?5']-uridilil-[3'?5' ]--uridilil-[3'?5' ]--uridilil-[3'?5']--uridilil- [3'?5' ]-uridilil--t3'?5']-uridilil--[3'?5' ]-uridilil--[3'?5']-uridilil-[3'?5']--uridilil-[3'?5']--uridilil-[3'?5' ]--uridilil- [3'?5' ] -uridilil--[3'?5' ]-uridilil--[3'-5']-uridilil--[3'-»5']~ uridilil-[3'?5']--uridilil-[3'?5' ]--uridilil-[3'?5']--uridilil- [3 '-5' ]-uridilil--[3'?5']-uridilil--[3'?5' ]-uridilil--[3'?5']-uridilil-[3'-5']--uridilil-[3'?5']--uridilil-[3'?5']--uridilil- [3'?5']-uridilil--[3'?5']- ridilil--[3'?5']-uridilil--[3'-.5']~ uridilil-[3'-?5']--uridilil-[3'-5']--uridilil-[3'?5' ]• -uridilil- [3 ' ?5 ' ] -uridina El compuesto objetivo se sintetizó de la misma manera que el Ejemplo 17 (254 OD260; rendimiento 65%) . MALDI-TOF-MS:
Calculado 12185.8 [M+H]+ Encontrado 12183.3 [M+H]+
Ejemplo 20 Adenilil- [3 ' ->5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 ' ?5 ' ] -citidilil- [3'?5' ] -adenilil- [3 '?5'] -citidilil- [3 '?5' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -guanilil- [3 '-5' ] -adenilil- [3'?5' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3'?5' ] -citidilil- [3 '?5' ] -guanilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -guanilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3'?5' ] -uridilil- [3 '?5'] -guanilil- [3 '?5' ] -citidilil- [3 '?5 ' ]-adenilil- [3 '->5' ] -guanilil- [3'?5' ] -uridilil- [3'?5' ] -guanilil- [3'?5' ] -adenilil- [3 '?5' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 '] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '->5' ] -uridilil- [3'?5' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3'?5' ] -adenilil- [3'?5' ] -timidina El compuesto objetivo se sintetizó de la misma manera que el Ejemplo 17 (75 OD6o; rendimiento 19%) . MALDI-TOF-MS: Calculado 12731.8 [M+H]+ Encontrado 12731.7 [M+H]+
Ejemplo 21 Uridilil- [3'?5' ] -guanilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -adenilil-[3 '?5 ' ] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -citidilil- [3 '?5 ' ] -adenilil-[3'?5']--adenilil-[3'?5']-adenilil-_3'?5']-uridilil- [3'?5'] -citidilil-[3'?5' ] -adenilil ~[3'?5'] -citidilil-[3'?5']-adenilil-[3'?5']--guanilil-[3'?5']-adenilil -[3'?5']-adenilil- [3'?5'] -uridilil--[3'?5'] -citidilil -[3'?5'1 -guanilil -[3'?5'3-uridilil-[3'?5']--citidilil-[3'?5'] -guanilil-[3'?5'] -uridilil- [3'?5'] -adenilil--[3'?5'] -uridilil- [3'?5']-guanilil- [3'?5']-citidilil-[3'?5'] -adenilil-[3'?5'] -guanilil-[3'?5'] -uridilil- [3'?5'] -guanilil--[3'?5'] -adenilil- [3'?5']-adenilil- [3'?5']-adenilil-[3'?5']--adenilil-[3'?5']-citidilil-[3'?5'] -uridilil-[3'?5'] -citidilil-[3'?5' ] -uridilil -[3'?5'] -citidilil-[3'?5']-uridilil-[3'?5' ]--uridilil-[3'?5']-citidilil-[3'?5' ] -adenilil- [3'?5'] -adenilil--[3'?5'] -uridilil- [3'?5']-uridilil- [3'?5']-citidilil-[3'?5']t -uridilil-[3'?5'] -uridilil-[3'?5'] -uridilil- [3 '?5 ' ] -adenilil- [3 '?5 ' ] -timidina El compuesto fue sintetizado de la misma manera que el Ejemplo 17 (83 OD26o; rendimiento 15%) . MALDI-TOF-MS: Calculado 17476.6 [M+H]+ Encontrado 17474.6 [M+H]+
POSIBILIDAD DE APLICACIÓN INDUSTRIAL El compuesto de fosforamidita de la presente invención tiene un grupo protector tipo éter el cual es introducido dentro del grupo 2 ' -hidroxilo. El grupo protector tipo éter es un grupo protector lineal y la estructura esférica alrededor de un átomo de fósforo enlazado al grupo 3 '-hidroxilo no está voluminosa, y por lo tanto el compuesto de fosforamidita de la presente invención hacen posible proceder a una reacción de condensación en un tiempo mucho más corto y obtener un mejor rendimiento de condensación en el proceso de síntesis de un oligo-RNA, en comparación con un compuesto de fosforamidita convencional. El uso del compuesto de fosforamidita de la presente invención hace posible producir un oligo-RNA de alta pureza utilizando esencialmente el mismo método que en la producción de un oligo-DNA.
Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.
Claims (12)
1. Un compuesto de fosforamidita representado por la siguiente fórmula general (1) , (1) caracterizado porque: Bx representa una nucleobase que puede tener un grupo protector; R1 es un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (2), (2) en donde :
R , R y R son los mismos o diferentes y cada uno representa hidrógeno o alcoxi . R2a y R2b son los mismos o diferentes y cada uno representa alquilo, o R2a y R2b junto con el átomo de nitrógeno adyacente, puede formar un grupo aminocíclico saturado de 5 a 6 miembros, el grupo aminocíclico tiene opcionalmente un átomo de oxígeno o de azufre como un miembro de composición del anillo, además del átomo de nitrógeno adyacente; y W01 y 02 son los mismos o diferentes y cada uno representa un grupo extractor de electrones. 2. El compuesto de fosforamidita de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque WG1 es ciano. 3. Un método para producir un oligorribonucleótido representado por la siguiente fórmula general (3), caracterizado porque se usa compuesto de fosforamidita de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, en donde : cada B representa independientemente adenina, guanina, citosina, uracilo, timina o una forma modificada de los mismos; cada R representa independientemente hidrógeno o hidroxilo, y al menos uno de Rs es hidroxilo; Z representa hidrógeno o un grupo fosfato; y n representa un número entero en el intervalo de 1 a 100. 4. El método para producir el oligorribonucleótido (3) de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque comprende los siguientes pasos A al G, paso A: proceso para producir un compuesto representado por la siguiente fórmula general (5) mediante eliminación del grupo 5 '-hidroxilo al hacer reaccionar un ácido con un compuesto representado por la siguiente fórmula general (4), (4) (5) en donde : n es el mismo que se definió anteriormente; cada Bx representa independientemente una nucleobase que puede tener un grupo protector; y R1 es un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (2) , (2) en donde : R11, R12 y R13 son los mismos o diferentes y cada uno representa hidrógeno o alcoxi; cada WG2 representa un grupo extractor de electrones; y cada R4 representa independientemente hidrógeno, aciloxi o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general ( 6) , ^O^WG1 (6) en donde : WG1 representa un grupo extractor de electrones; y E representa acilo o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (7),
— CH ligador f-|soporte sólido | (7 ) en donde : Q representa un enlace sencillo o un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (8) ,
O=P-O-
\ WG2 (8) en donde : WG2 es el mismo que se definió anteriormente; y T representa hidrógeno, aciloxi, o el sustituyente representado por la fórmula general anterior (6), con la condición de que ya sea E o T sea un sustituyente (7) , paso B: proceso para producir un compuesto representado por la siguiente fórmula general (9) al condensar un compuesto monomérico de ácido nucleico con el compuesto producido en el paso A utilizando un agente de activación, ( 5 ) (9) en donde: Bx, E, n, R1, R4, T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente , paso C: proceso para ptoteger el grupo 5 '-hidroxilo del compuesto (5) sin reaccionar en el paso B, (5) (10) en donde: Bx, E, n, R4, T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente;
Y R5 representa metilo o fenoximetilo, paso D: el proceso para convertir un grupo fósforo en un grupo fosfato al hacer reaccionar a un agente oxidante con el compuesto (9) , que es producido en el paso B, (9) (11) en donde : Bx, E, n, R1, R4, T y WG2 son los mismos que se definieron anteriormente, paso E: el proceso para escindir el compuesto (11) producido por el paso D a partir del soporte sólido, y luego desproteger cada nucleobase y cada grupo 2 ' -hidroxilo, ( 1 1) ( 1 2 ) en donde : B, Bx, E, n, R, R1, R4, T, WG2 y Z son los mismos que se definieron anteriormente, paso F: proceso para eliminar el grupo 5 '-hidroxilo del compuesto (12) producido por el paso (E) , en donde: B, n, R, R1 y Z son los mismos que se definieron anteriormente, paso G: proceso para aislar y purificar el oligorribonucleótido (3) producido en el paso F. 5. El método para producir el oligorribonucleótido (3) que tiene una longitud de cadena deseada de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado porque se repiten los pasos A al D. 6. El método para producir un oligorribonucleótido de conformidad con la reivindicación 4 ó 5, caracterizado por la adición de alquilamina, amidina, tiol, un derivado de tiol o mezclas de los mismos en el paso
E. 7. Un compuesto de éter representado por la siguiente fórmula general (13),
,WG1 (13) caracterizado porque: L representa halógeno, un grupo ariltio, un grupo sulfóxido de alquilo o un grupo alquiltio; y WG1 representa un grupo extractor de electrones. 8. El compuesto éter de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque WG1 es ciano.
9. Un método para producir a compuesto de fosforamidita representado por la siguiente fórmula general (1) , caracterizado porque comprende los pasos a al h, en d Aon *de : 1 ) Bx representa una nucleobase que puede tener un grupo protector; y R1 representa un sustituyente representado por la siguiente fórmula general (2), (2) en donde : R11, R12 y R13 son los mismos o diferentes y cada uno representa hidrógeno o alcoxi; R2a y R2b son los mismos o diferentes y cada uno representa alquilo, o R2a y R2b tomados conjuntamente con el átomo de nitrógeno adyacente pueden formar un grupo aminocíclico saturado de 5 a 6 miembros, el grupo aminocíclico tiene opcionalmente un átomo de oxígeno o azufre como un miembro de composición del anillo además del átomo de nitrógeno adyacente; y WG1 y WG2 son los mismos o diferentes y cada uno representa un grupo extractor de electrones, Paso a: proceso para la producción de un derivado de nucleósido representado por las siguientes fórmulas generales (15) y (15'), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser eliminado bajo condiciones neutras, es introducida al grupo 2 ' -hidroxilo al permitir que un reactivo de alquilación actúe sobre un derivado nucleosídico, representado por la siguiente fórmula general (14), ( 1 4 ) ( 1 5) ( 1 5 ' ) en donde : Bx representa una nucleobase que puede tener un grupo protector; y R1 y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente, paso b: proceso para aislar y purificar el derivado nucleosídico (15) producido por el paso a, paso c: el proceso, que es realizado separadamente del paso b, para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (17), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser eliminado bajo condiciones neutras es introducido al grupo 2 ' -hidroxilo, al permitir que un reactivo de alquilación actúe sobre un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (16), ( 1 6 ) ( 1 7 ) §h donde : Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente; y A representa un sustituyente de silicio representado por la siguiente fórmula general (18a) ó (18b), (18a) (18b) en donde: R6 representa alquilo. Paso d: El proceso, que es realizado separadamente de los pasos a al c, para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (19), al permitir que el sulfóxido de dimetilo, el ácido acético y el anhídrido acético actúen sobre el compuesto de ácido ribonucleico (16) , en donde: A y Bx son los mismos que se definieron anteriormente, Paso e: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (17), en donde un grupo protector tipo éter que puede ser removido bajo condiciones neutras es introducido al grupo 2'-hidroxilo, al permitir que un compuesto alcohol representado por la siguiente fórmula general (20), un ácido y un reactivo para halogenar un átomo de azufre, actúen sobre un derivado de nucleósido (19) producido por el paso d, en donde: A Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente, , Paso f: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico representado por la siguiente fórmula general (21), al eliminar los grupos protectores de los grupos 3'- y 5 '-hidroxilo del compuesto de ácido ribonucleico (17) producido por el paso c o el paso e , en donde : A, Bx y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente Paso g: Proceso para producir un compuesto de ácido ribonucleico (15) al introducir un grupo protector (R1) , el cual puede ser removido bajo condiciones acidas, en el grupo 5 '-hidroxilo del compuesto de ácido ribonucleico (21) producido por el paso (f), (21) (15) en donde: Bx, R1 y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente; y X3 representa halógeno, Paso h: proceso para producir un compuesto de fosforamidita representado por la siguiente fórmula general (1) , mediante la fosforamidación del grupo 3 '-hidroxilo al permitir que un reactivo fosforamiditación y si es necesario un agente de activación, actúen sobre el derivado de nucleósido (15) producido por el paso b o paso g, en donde : Bx, R1 y WG1 son los mismos que se definieron anteriormente; R2a y R2 son los mismos o diferentes y cada uno representa alquilo, o R2a y R2b tomados conjuntamente con el átomo de nitrógeno adyacente pueden formar un grupo aminocíclico saturado de 5 a 6 miembros, el grupo aminocíclico tiene opcionalmente un átomo de oxígeno o azufre como un miembro de composición del anillo además del átomo de nitrógeno adyacente; y WG2 representa un grupo extractor de electrones.
10. El método para producir un compuesto de fosforamidita de conformidad con la reivindicación 9, caracterizado porque el reactivo de alquilación es un compuesto éter representado por la siguiente fórmula general (13), (13) en donde: L representa halógeno, un grupo ariltio, un grupo sulfóxido de alquilo o un alquiltio; y WG1 representa un grupo extractor de electrones.
11. El método para producir un compuesto de fosforamidita de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 9 ó 10, caracterizado porque WG1 es ciano.
12. El método para producir un compuesto de fosforamidita de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 9 a 11, caracterizado porque el reactivo fosforamiditación es un compuesto representado por la siguiente fórmula general (22) o (23), en donde:
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2004246185 | 2004-08-26 | ||
| JP2005110817 | 2005-04-07 | ||
| JP2005193313 | 2005-07-01 | ||
| PCT/JP2005/015420 WO2006022323A1 (ja) | 2004-08-26 | 2005-08-25 | ホスホロアミダイト化合物及びオリゴｒｎａの製法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| MX2007002245A true MX2007002245A (es) | 2007-04-20 |
Family
ID=35967530
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| MX2007002245A MX2007002245A (es) | 2004-08-26 | 2005-08-25 | Compuesto de fosforamidita y metodo para la produccion de un acido oligorribonucleico. |
Country Status (12)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US8691970B2 (es) |
| EP (1) | EP1795536B1 (es) |
| JP (1) | JP5157168B2 (es) |
| KR (1) | KR101281836B1 (es) |
| CN (1) | CN101048423B (es) |
| AT (1) | ATE556085T1 (es) |
| AU (1) | AU2005275801B2 (es) |
| BR (1) | BRPI0514644A (es) |
| CA (1) | CA2577922C (es) |
| ES (1) | ES2386709T3 (es) |
| MX (1) | MX2007002245A (es) |
| WO (1) | WO2006022323A1 (es) |
Families Citing this family (43)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CA2643108A1 (en) * | 2006-02-27 | 2007-09-07 | Nippon Shinyaku Co., Ltd. | Method for removing a protecting group for nucleic acids |
| JPWO2007097447A1 (ja) * | 2006-02-27 | 2009-07-16 | 日本新薬株式会社 | 核酸保護基の脱離方法 |
| US8158774B2 (en) * | 2006-08-02 | 2012-04-17 | Nippon Shinyaku Co., Ltd. | Method for introducing a nucleic-acid protecting group |
| JP2008174524A (ja) * | 2007-01-22 | 2008-07-31 | Nippon Shinyaku Co Ltd | リボ核酸化合物の製造方法 |
| CN102282155B (zh) | 2008-12-02 | 2017-06-09 | 日本波涛生命科学公司 | 磷原子修饰的核酸的合成方法 |
| KR101885383B1 (ko) | 2009-07-06 | 2018-08-03 | 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 | 신규한 핵산 프로드러그 및 그의 사용 방법 |
| EP2479182B8 (en) * | 2009-09-16 | 2016-07-13 | Wave Life Sciences Japan, Inc. | Novel protecting group for synthesizing rna and derivative thereof |
| WO2011108682A1 (ja) * | 2010-03-05 | 2011-09-09 | 国立大学法人 東京大学 | リボヌクレオシドホスホロチオエートの製造方法 |
| JP5868324B2 (ja) | 2010-09-24 | 2016-02-24 | 株式会社Ｗａｖｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｊａｐａｎ | 不斉補助基 |
| EP2647644B1 (en) * | 2010-11-30 | 2020-09-09 | Wave Life Sciences Japan, Inc. | 2'-o-modified rna |
| ES2626488T3 (es) | 2011-07-19 | 2017-07-25 | Wave Life Sciences Pte. Ltd. | Procedimientos para la síntesis de ácidos nucleicos funcionalizados |
| EP2749565B1 (en) * | 2011-08-25 | 2017-05-31 | Bonac Corporation | Nucleoside phosphoramidates for producing nucleic acids |
| KR101835401B1 (ko) | 2012-07-13 | 2018-03-08 | 신 니뽄 바이오메디칼 라보라토리즈, 엘티디. | 키랄 핵산 어쥬번트 |
| SG10201912895PA (en) | 2012-07-13 | 2020-02-27 | Wave Life Sciences Ltd | Chiral control |
| SG11201500239VA (en) | 2012-07-13 | 2015-03-30 | Wave Life Sciences Japan | Asymmetric auxiliary group |
| CA2924186C (en) * | 2013-09-14 | 2023-03-28 | Chemgenes Corporation | Highly efficient synthesis of long rna using reverse direction approach |
| WO2015108048A1 (ja) | 2014-01-15 | 2015-07-23 | 株式会社新日本科学 | 抗腫瘍作用を有するキラル核酸アジュバンド及び抗腫瘍剤 |
| WO2015108047A1 (ja) | 2014-01-15 | 2015-07-23 | 株式会社新日本科学 | 免疫誘導活性を有するキラル核酸アジュバンド及び免疫誘導活性剤 |
| EP3095460A4 (en) | 2014-01-15 | 2017-08-23 | Shin Nippon Biomedical Laboratories, Ltd. | Chiral nucleic acid adjuvant having anti-allergic activity, and anti-allergic agent |
| CA2936712A1 (en) | 2014-01-16 | 2015-07-23 | Meena | Chiral design |
| CN104211741B (zh) * | 2014-09-05 | 2017-05-31 | 河南师范大学 | 一种氘代核苷亚磷酰胺单体的合成方法 |
| WO2019208571A1 (ja) | 2018-04-24 | 2019-10-31 | 住友化学株式会社 | アミダイト化合物及び該化合物を用いたポリヌクレオチドの製造方法 |
| US12173028B2 (en) | 2018-09-07 | 2024-12-24 | Sumitomo Chemical Company, Limited | Method for producing glycoside compound |
| EP4043473A4 (en) | 2019-10-11 | 2024-03-27 | Sumitomo Chemical Company, Limited | METHOD FOR PRODUCING NUCLEIC ACID OLIGOMERS |
| EP4047004B1 (en) * | 2019-10-18 | 2024-03-06 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | Phosphoramidite activator |
| KR20220086589A (ko) | 2019-10-23 | 2022-06-23 | 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 | 배당체 화합물, 아미다이트 화합물, 및 이들 화합물을 사용한 폴리뉴클레오티드의 제조 방법 |
| WO2021153770A1 (en) | 2020-01-29 | 2021-08-05 | Sumitomo Chemical Company, Limited | Process of preparing nucleic acid oligomer |
| US20230312635A1 (en) | 2020-01-29 | 2023-10-05 | Sumitomo Chemical Company, Limited | Method for producing nucleic acid oligomer |
| WO2021193954A1 (ja) | 2020-03-27 | 2021-09-30 | 住友化学株式会社 | 核酸オリゴマーの製造方法 |
| WO2021210409A1 (ja) | 2020-04-14 | 2021-10-21 | 住友化学株式会社 | 核酸オリゴマーを含む組成物 |
| KR20220167300A (ko) | 2020-04-14 | 2022-12-20 | 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 | 핵산 올리고머의 제조 방법 |
| KR20230034969A (ko) | 2020-07-09 | 2023-03-10 | 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 | 핵산 올리고머의 제조 방법 |
| EP4219520A4 (en) | 2020-09-24 | 2024-09-18 | Sumitomo Chemical Company, Limited | METHOD FOR PRODUCING A NUCLEIC ACID OLIGOMER |
| WO2023282120A1 (ja) | 2021-07-06 | 2023-01-12 | 住友化学株式会社 | 核酸オリゴマーを含む組成物 |
| US20250051256A1 (en) | 2021-09-28 | 2025-02-13 | Sumitomo Chemical Company, Limited | Production method for purified dichloroacetic acid |
| KR20240149415A (ko) | 2022-02-04 | 2024-10-14 | 닛토덴코 가부시키가이샤 | 올리고뉴클레오티드의 제조 방법 |
| JPWO2023149563A1 (es) | 2022-02-04 | 2023-08-10 | ||
| CN118891269A (zh) | 2022-03-23 | 2024-11-01 | 住友化学株式会社 | 核酸寡聚物的制造方法 |
| KR20250042734A (ko) | 2022-07-22 | 2025-03-27 | 스미또모 가가꾸 가부시끼가이샤 | 올리고뉴클레오티드의 제조 방법 |
| WO2024024873A1 (ja) | 2022-07-28 | 2024-02-01 | 住友化学株式会社 | チオ化溶液 |
| CN115010769B (zh) * | 2022-08-04 | 2022-11-15 | 上海百力格生物技术有限公司 | 固相亚磷酰胺三酯法合成长链rna核酸的方法 |
| JPWO2024089953A1 (es) | 2022-10-27 | 2024-05-02 | ||
| CN119264195B (zh) * | 2024-12-12 | 2025-04-08 | 天津奥瑞芙生物医药有限公司 | 一种亚磷酰胺单体的纯化方法 |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US3956500A (en) | 1973-04-03 | 1976-05-11 | Union Carbide Corporation | Carbamate pesticidal compositions |
| US4629814A (en) | 1985-08-27 | 1986-12-16 | Rohm And Haas Company | Process for preparing bis-bromoalkyl ethers |
| US4925856A (en) * | 1987-07-28 | 1990-05-15 | Sri International | Aldoxime-substituted imidazolium derivatives useful in the treatment of poisoning by phosphorus-containing chemicals |
| JP2794461B2 (ja) | 1989-08-17 | 1998-09-03 | 有機合成薬品工業株式会社 | ホスホアミダイト化合物及びそれを用いたオリゴリボヌクレオチドの固相合成法 |
| GB9126355D0 (en) | 1991-12-11 | 1992-02-12 | Ici Plc | Production of hydrofluorocarbons |
| US5637776A (en) | 1992-12-10 | 1997-06-10 | Imperial Chemical Industries Plc | Production of hydrofluorocarbons |
| AR037328A1 (es) * | 2001-10-23 | 2004-11-03 | Dow Agrosciences Llc | Compuesto de [7-bencil-2,6-dioxo-1,5-dioxonan-3-il]-4-metoxipiridin-2-carboxamida, composicion que lo comprende y metodo que lo utiliza |
-
2005
- 2005-08-25 ES ES05780944T patent/ES2386709T3/es active Active
- 2005-08-25 BR BRPI0514644-5A patent/BRPI0514644A/pt not_active IP Right Cessation
- 2005-08-25 MX MX2007002245A patent/MX2007002245A/es active IP Right Grant
- 2005-08-25 CN CN2005800363733A patent/CN101048423B/zh active Active
- 2005-08-25 AT AT05780944T patent/ATE556085T1/de active
- 2005-08-25 JP JP2006531972A patent/JP5157168B2/ja active Active
- 2005-08-25 AU AU2005275801A patent/AU2005275801B2/en not_active Ceased
- 2005-08-25 KR KR1020077006676A patent/KR101281836B1/ko active Active
- 2005-08-25 WO PCT/JP2005/015420 patent/WO2006022323A1/ja active Application Filing
- 2005-08-25 US US11/574,308 patent/US8691970B2/en active Active
- 2005-08-25 EP EP05780944A patent/EP1795536B1/en active Active
- 2005-08-25 CA CA2577922A patent/CA2577922C/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| ATE556085T1 (de) | 2012-05-15 |
| EP1795536B1 (en) | 2012-05-02 |
| AU2005275801A2 (en) | 2006-03-02 |
| US8691970B2 (en) | 2014-04-08 |
| EP1795536A1 (en) | 2007-06-13 |
| CA2577922A1 (en) | 2006-03-02 |
| CN101048423A (zh) | 2007-10-03 |
| KR101281836B1 (ko) | 2013-07-03 |
| US20070282097A1 (en) | 2007-12-06 |
| WO2006022323A1 (ja) | 2006-03-02 |
| BRPI0514644A (pt) | 2008-06-17 |
| ES2386709T3 (es) | 2012-08-27 |
| JPWO2006022323A1 (ja) | 2008-05-08 |
| CN101048423B (zh) | 2011-06-08 |
| AU2005275801A1 (en) | 2006-03-02 |
| EP1795536A4 (en) | 2009-04-08 |
| KR20070054688A (ko) | 2007-05-29 |
| JP5157168B2 (ja) | 2013-03-06 |
| CA2577922C (en) | 2013-06-25 |
| AU2005275801B2 (en) | 2012-05-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CA2577922C (en) | Phosphoramidite compound and method for producing oligo-rna | |
| EP1995253B1 (en) | Method for detaching protecting group on nucleic acid | |
| CA2642693A1 (en) | Method for removal of nucleic acid-protecting group | |
| EP2017282A1 (en) | Method of capping oligonucleic acid | |
| IL108467A (en) | Oligodiaxiribonucliotides are installed in their preparation and medical uses | |
| EP2053054B1 (en) | Method for introducing nucleic-acid-protecting group | |
| RU2415862C2 (ru) | Производное фосфорамидита и способ получения олиго-рнк | |
| WO2011090052A1 (ja) | リン酸化試薬 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FG | Grant or registration |