KR20240129626A - 변형된 백본 화학을 갖는 스플라이스 스위처 안티센스 올리고뉴클레오티드 - Google Patents
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Abstract
1개 이상의 스페이서를 갖거나 또는 스페이서를 갖지 않는 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서(들)를 갖는 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시키거나 또는 미스-스플라이싱된 KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 전사체를 감소시키고, 전장 STMN2, KCNQ2, UNC13A, SMN 전사체를 증가시켜, 신경계 질환, 예컨대 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), 알츠하이머병 (AD) 또는 척수성 근육 위축 (SMA)에 대한 치료 효능을 부여한다.
Description
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2021년 12월 3일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/285,933, 2021년 12월 3일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/285,628, 2021년 12월 3일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/285,786, 2021년 12월 3일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/285,631, 2022년 6월 8일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/350,206, 2022년 8월 18일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/398,987 및 2022년 8월 18일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 63/398,992의 이익 및 우선권을 주장하며, 이들 각각의 전체 개시내용은 모든 목적을 위해 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 질환과 연관된 특정 유전자의 발현을 억제하는 데 사용될 수 있는 핵산-기반 화합물이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 일반적으로 표적 유전자와 혼성화하도록 설계될 수 있지만, 통상적인 안티센스 올리고뉴클레오티드는 종종 불량한 효능을 나타낸다. 따라서, 예를 들어 신경계 질환을 포함한 질환을 예방, 호전 및 치료하기 위한 개선된 성능 및 효능을 나타내는 변형된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 개발하는 것에 대한 필요가 있다.
따라서, 신경계 질환, 예컨대 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 신경 손상 (예를 들어, 상완 신경총 손상), 신경병증 (예를 들어, 화학요법 유발 신경병증), TDP43 단백질병증 (예를 들어, 만성 외상성 뇌병증, 페리 증후군, 알츠하이머병과 연관된 루이 소체 치매, 치매 동반 또는 비동반 파킨슨병, 및 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, CTE, 척수성 근육 위축 (SMA), 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증을 예방, 호전 및 치료할 수 있는 화합물 및/또는 조성물을 확인하는 것에 대한 절실한 필요가 존재한다.
스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다. 추가적으로, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되며, 여기서 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
추가적으로, 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
추가적으로, TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
다양한 실시양태에서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호(SEQ ID NO): 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 변형된 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물이 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
추가적으로, TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되고, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다.
추가적으로, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시되고, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 10, 9, 또는 8개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 모든 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 또는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 또는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 뉴클레오티드 염기에 연결될 수 없는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 9 사이에 위치하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 18 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8에 위치하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 16에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제3 스페이서를 추가로 포함하며, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제3 스페이서를 추가로 포함하며, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서 및 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 3개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖도록 올리고뉴클레오티드 내의 위치에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개는 구아닌 핵염기에 인접한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개의 각각은 구아닌 핵염기에 바로 선행한다. 다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이고, 여기서 비-당 치환물은 케톤, 알데히드, 케탈, 헤미케탈, 아세탈, 헤미아세탈, 아미날 또는 헤미아미날 모이어티를 함유하지 않고, 뉴클레오티드 염기와 공유 결합을 형성할 수 없다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (X)에 의해 나타내어지고, 여기서:
고리 A는 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기 또는 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이고, 여기서 헤테로시클릴 기는 O, S 및 N으로부터 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자를 함유하며, 단 A는 핵염기에 대해 공유 결합을 형성할 수 없고; 
기호는 뉴클레오시드간 연결에 대한 이음 지점을 나타낸다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Xa)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 고리 A는 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸 및 시클로옥틸로부터 선택된 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기; 또는 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 1,4-디옥사닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 모르폴리닐 및 아제파닐로부터 선택된 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이다.
다양한 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로푸라닐이다. 다양한 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로피라닐이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 I에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 I'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Ia)에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Ia')에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 II에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 II'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Iia)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Iia')에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIi)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIi')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIib)에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Iiib')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 III에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 III'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (IIIa)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (IIIa')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 20%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 25%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 50%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 12 내지 40개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 1개 이상의 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 오직 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 및 위치 4 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 추가로 연결된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 포함하며, 여기서 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 포함하고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기는 적어도 2개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기는 적어도 5개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 여기서 소정의 범위의 염기는 적어도 2개의 스페이서 사이에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 1개 이상의 뉴클레오시드간 연결은 변형된 뉴클레오시드간 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 변형된 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 다양한 실시양태에서, 포스포로티오에이트 연결은 Rp 배위 또는 Sp 배위 중 하나로 존재한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 1개의 변형된 당 모이어티를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 변형된 당 모이어티는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA) 중 하나이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 단백질의 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 단백질의 적어도 100% 증가를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 단백질의 적어도 200% 증가를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 단백질의 적어도 300% 증가를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 단백질의 적어도 400% 증가를 나타낸다.
다양한 실시양태에서, 전장 단백질의 증가는 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 단백질의 감소된 수준과 비교하여 측정된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 전장 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 미스-스플라이싱된 전사체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 감소를 나타낸다.
추가적으로, 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 환자에게 본원에 개시된 바와 같은 화합물 또는 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 치매 동반 파킨슨병, 루이 소체 치매, 시뉴클레인병증, 헌팅톤병, 상완 신경총 손상, 말초 신경 손상, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 결절성 경화증 복합증, 픽병, 타우병증, 원발성 연령-관련 타우병증, 다운 증후군, 간질/발작 장애, 우울증, 외상성 뇌 손상 (TBI), 만성 외상성 뇌병증 (CTE), HIV-연관 신경인지 장애 (HAND), 다계통 위축, 기억상실 경도 인지 장애, 피질기저 변성 (CBD) 및/또는 신경병증 예컨대 화학요법 유발 신경병증, 척수소뇌성 운동실조 (SCA), SCA 유형 2, 척수성 근육 위축 (SMA), 파킨슨증, 니만-픽병 유형 C (NPC), 샤르코-마리-투스병 (CMT), 뮤코폴리사카라이드증 유형 II (MPSIIA), 점액지질증 IV, GM1 강글리오시드증, 산발성 봉입체 근염 (sIBM), 헤노흐-쉔라인 자반증 (HSP), 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 고셔병, 및 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, 페리병, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 ALS이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 FTD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 FTD 동반 ALS이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 AD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 PD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 척수성 근육 위축 (SMA)이다. 다양한 실시양태에서, 신경병증은 화학요법 유발 신경병증이다.
추가적으로, 뉴런의 축삭 생장 및/또는 재생을 회복시키는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 뉴런을 본원에 개시된 바와 같은 화합물 또는 올리고뉴클레오티드에 노출시키는 것을 포함한다.
추가적으로, 뉴런에서 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 발현 및/또는 기능 중 어느 하나를 증가, 촉진, 안정화 또는 유지시키는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 세포를 본원에 개시된 바와 같은 화합물 또는 올리고뉴클레오티드에 노출시키는 것을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 뉴런은 운동 뉴런이다. 다양한 실시양태에서, 뉴런은 척수 뉴런이다. 다양한 실시양태에서, 뉴런은 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자의 뉴런이다. 다양한 실시양태에서, 신경병증은 화학요법 유발 신경병증이다. 다양한 실시양태에서, 노출시키는 것은 생체내 또는 생체외에서 수행된다. 다양한 실시양태에서, 노출시키는 것은 올리고뉴클레오티드를 그를 필요로 하는 환자에게 투여하는 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 국소로, 비경구로, 척수강내로, 시상내로, 수조내로, 경구로, 직장으로, 협측으로, 설하로, 질로, 경폐로, 기관내로, 비강내로, 경피로, 십이지장내로 또는 뇌실내로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 경구로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 치료 유효량의 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로 또는 수조내로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 환자는 인간이다.
추가적으로, 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 제약 조성물이 본원에 개시된다.
다양한 실시양태에서, 제약 조성물은 국소, 척수강내, 시상내, 수조내, 뇌실내, 비경구, 경구, 폐, 기관내, 비강내, 경피, 직장, 협측, 설하, 질, 또는 십이지장내 투여에 적합하다.
추가적으로, 신경계 질환 또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 또는 신경병증을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 신경계 질환 또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 본원에 개시된 제약 조성물을 투여하는 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 치매 동반 파킨슨병, 루이 소체 치매, 시뉴클레인병증, 헌팅톤병, 상완 신경총 손상, 말초 신경 손상, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 결절성 경화증 복합증, 픽병, 타우병증, 원발성 연령-관련 타우병증, 다운 증후군, 간질/발작 장애, 우울증, 외상성 뇌 손상 (TBI), 만성 외상성 뇌병증 (CTE), HIV-연관 신경인지 장애 (HAND), 다계통 위축, 기억상실 경도 인지 장애, 피질기저 변성 (CBD) 및/또는 신경병증 예컨대 화학요법 유발 신경병증, 척수소뇌성 운동실조 (SCA), SCA 유형 2, 척수성 근육 위축 (SMA), 파킨슨증, 니만-픽병 유형 C (NPC), 샤르코-마리-투스병 (CMT), 뮤코폴리사카라이드증 유형 II (MPSIIA), 점액지질증 IV, GM1 강글리오시드증, 산발성 봉입체 근염 (sIBM), 헤노흐-쉔라인 자반증 (HSP), 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 고셔병, 및 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, 페리병, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 ALS이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 FTD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 FTD 동반 ALS이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 AD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 PD이다. 다양한 실시양태에서, 신경계 질환은 척수성 근육 위축 (SMA)이다. 다양한 실시양태에서, 신경병증은 화학요법 유발 신경병증이다.
다양한 실시양태에서, 제약 조성물은 국소로, 비경구로, 경구로, 경폐로, 직장으로, 협측으로, 설하로, 질로, 기관내로, 비강내로, 수조내로, 척수강내로, 시상내로, 경피로, 십이지장내로 또는 뇌실내로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 제약 조성물은 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 치료 유효량의 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 다양한 실시양태에서, 환자는 인간이다.
추가적으로, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 알츠하이머병 (AD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 AD를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 전두측두엽 치매 (FTD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
추가적으로, 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 오직 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 및 위치 4 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 추가로 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 포함하며, 여기서 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 포함하고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기는 적어도 2개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기는 적어도 5개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 여기서 소정의 범위의 염기는 적어도 2개의 스페이서 사이에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 19량체(mer), 21량체, 23량체, 또는 25량체 중 어느 하나이다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
추가적으로, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제가 본원에 개시되며, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 면역-매개 탈수초성 질환의 세포 또는 인간 환자에서 기능적 단백질의 번역이 가능한 STMN2, KCNQ2, 또는 UNC13A mRNA 중 1개 이상의 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있고, 여기서 발현 및/또는 활성 및/또는 기능의 증가, 회복 또는 안정화의 수준은 면역-매개 탈수초성 질환의 치료를 위한 의약으로서 올리고뉴클레오티드의 사용을 충분하게 한다.
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물 또는 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 키랄 중심 및/또는 이중 결합을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 제약 조성물 또는 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드는 기하 이성질체, 거울상이성질체 및 부분입체이성질체로부터 선택된 입체이성질체로서 존재한다.
추가적으로, 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 또는 신경병증을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 제약 조성물을 제2 치료제와 조합하여 투여하는 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 제2 치료제는 상기 신경계 질환을 치료하기 위한 릴루졸 (릴루텍), 프라임C, 에다라본 (라디카바), 리바스티그민, 도네페질, 갈란타민, 선택적 세로토닌 재흡수 억제제, 항정신병제, 콜린에스테라제 억제제, 메만틴, 벤조디아제핀 항불안 약물, AMX0035 (엘리브리오), 질루코플란 (RA101495), 프리도피딘, 이중 AON 척수강내 투여 (예를 들어, BIIB067, BIIB078, 및 BIIB105), BIIB100, 레보도파/카르비도파, 도파민성 작용제 (예를 들어, 로피니롤, 프라미펙솔, 로티고틴), 메드록시프로스테론, KCNQ2/KCNQ3 개방제 (예를 들어, 레티가빈, XEN1101, 또는 QRL-101), 생물활성 스캐폴드, 항경련제 및 정신자극제, 요법 (예를 들어, 호흡 관리, 물리 요법, 작업 요법, 언어 요법, 영양 지원으로부터 선택됨), 심부 뇌 자극, 레보도파 및 카르비도파 (듀오파, 라이타리, 시네메트, 인브리자), 이스트라데필린 (노우리안즈), 사피나미드 (크사다고), 프라미펙솔 (미라펙스), 로티고틴 (뉴프로), 로피니롤 (레큅), 아만타딘 (고코브리, 시메트렐, 오스몰렉스), 벤즈트로핀 (코젠틴), 트리헥시페니딜 (아르탄), 셀레길린 (엘데프릴, 젤라파르), 라사길린, 엔타카폰 (콤탄), 오피카폰 (온겐티스), 톨카폰 (타스마르), 아포모르핀 (아포킨, 킨모비), 엑세나티드, 링지, BIIB054, BIIB094, 카페인, 사리조탄, 배아 도파민 세포 이식, 아두카나맙 (아두흘렘), 메만틴 (나멘다), 도네페질 (아리셉트), 리바스티그민 (엑셀론), 갈란타민 (라자다인), 남제릭, 수보렉산트 (벨솜라), 레카네맙, 올란자핀 (지프렉사), 퀘티아핀 (세로쿠엘), SSRI (시탈로프람 (시프라밀), 다폭세틴 (프릴리기), 에스시탈로프람 (시프랄렉스), 플루옥세틴 (프로작 또는 옥삭틴), 플루복사민 (파베린), 파록세틴 (세록사트), 세르트랄린 (루스트랄), 보르티옥세틴 (브린텔릭스)), 디발프로엑스 소듐 (데파코트), 카르바마제핀 (테그레톨), 메드록시프로게스트론, 브리바라세탐 (브리박트), 칸나비디올 (에피디올렉스), 카르바마제핀 (카르바트롤, 테그레톨), 세노바메이트 (엑스코프리), 디아제팜 (발리움), 로라제팜 (아티반), 클로나제팜 (클로노핀), 에슬리카르바제핀 (압티옴), 에토숙시미드 (자론틴), 펠바메이트 (펠바톨), 펜플루라민 (핀테플라), 라코사미드 (빔파트), 라모트리진 (라믹탈), 레베티라세탐 (케프라), 옥스카르바제핀 (옥스텔라 xr, 트리렙탈), 페람파넬 (피콤파), 페노바르비탈, 페니토인 (딜란틴), 프레가발린 (리리카), 티아가빈 (가비트릴), 토피라메이트 (토파맥스), 발프로에이트 (데파켄, 데파코트), 및/또는 조니사미드 (조네그란)로부터 선택된다.
추가적으로, 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 제약 조성물을 투여하는 것을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 콜레스테롤, 리포산, 판토텐산, 폴리에틸렌 글리콜, 및 혈액 뇌 장벽을 가로지르는 항체로부터 선택된 표적화 또는 접합체 모이어티를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 뉴클레오티드 염기에 연결될 수 없는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 9 사이에 위치하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 18 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8에 위치하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 16에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제3 스페이서를 추가로 포함하며, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제3 스페이서를 추가로 포함하며, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 제2 스페이서 및 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 3개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖도록 올리고뉴클레오티드 내의 위치에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개는 구아닌 핵염기에 인접한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개의 각각은 구아닌 핵염기에 바로 선행한다. 다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이고, 여기서 비-당 치환물은 케톤, 알데히드, 케탈, 헤미케탈, 아세탈, 헤미아세탈, 아미날 또는 헤미아미날 모이어티를 함유하지 않고, 뉴클레오티드 염기와 공유 결합을 형성할 수 없다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (X)에 의해 나타내어지고, 여기서:
고리 A는 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기 또는 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이고, 여기서 헤테로시클릴 기는 O, S 및 N으로부터 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자를 함유하며, 단 A는 핵염기에 대해 공유 결합을 형성할 수 없고;
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Xa)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 고리 A는 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸 및 시클로옥틸로부터 선택된 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기; 또는 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 1,4-디옥사닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 모르폴리닐 및 아제파닐로부터 선택된 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이다.
다양한 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로푸라닐이다. 다양한 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로피라닐이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (I')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Ia)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Ia')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 II에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 II'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (IIa)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (Iia')에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIi)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIi')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIib)에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIib')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 III에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 III'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (IIIa)에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서는 독립적으로 화학식 (IIIa')에 의해 나타내어진다:
다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 20%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 25%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 적어도 50%의 GC 함량을 갖는다.
도 1은 STMN2 전사체 및 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화하도록 설계된 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 부분의 개략적 도시이다.
도 2는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 244, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 3은 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173, 서열식별번호: 181, 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 215, 서열식별번호: 385, 및 서열식별번호: 400)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 4는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173, 서열식별번호: 181, 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 215, 서열식별번호: 385, 및 서열식별번호: 400)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 5a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 185, 서열식별번호: 209, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 390)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 5b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 185, 서열식별번호: 209, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 390)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 6a는 2회의 이중 실험에 걸쳐 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 6b는 2회의 이중 실험에 걸쳐 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 7a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 181, 및 서열식별번호: 185)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 7b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 181, 및 서열식별번호: 185)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 8a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 197, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 8b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 197, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 9a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 3종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144, 서열식별번호: 173, 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 9b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 3종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144, 서열식별번호: 173, 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 10a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 181 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 10b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 181 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 11a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 11b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 12a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 12b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 13a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 13b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 14a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 14b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 15a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 15b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 16은 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준의 정규화된 양, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 237)의 경우의 전장 STMN2 전사체의 회복을 보여주는 단백질 블롯 및 정량화된 막대 그래프이다.
도 17a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 17b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 18a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 18b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 19a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 19b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 20a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 20b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 21a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 21b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 22a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 22b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 23은 심지어 프로테아솜 억제 증가의 관점에서 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드를 사용한 잠재 엑손 유도의 역전을 보여주는 막대 그래프이다.
도 24는 STMN2 AON의 증가하는 농도에 따른 전장 STMN2 전사체의 증가하는 회복을 예시하는 용량 반응 곡선을 보여준다.
도 25a는 보다 높은 농도의 STMN2 AON에 반응한 전장 STMN2 단백질의 정성적 증가를 입증하는 단백질 블롯 검정을 보여준다.
도 25b는 상이한 농도의 STMN2 AON에 반응한 GAPDH에 대해 정규화된 전장 STMN2 단백질의 정량화된 수준을 보여준다.
도 26a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 144 AON (서열식별번호: 1589), 서열식별번호: 173 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 173 (서열식별번호: 1590), 서열식별번호: 237 AON, 및 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 237 AON (서열식별번호: 1591)을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 26b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 144 AON (서열식별번호: 1589), 서열식별번호: 173 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 173 (서열식별번호: 1590), 서열식별번호: 237 AON, 및 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 237 AON (서열식별번호: 1591)을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 27a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 27b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 28a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 28b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 29a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 29b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 30a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 30b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 31a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 31b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 32a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 32b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 33a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 33b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 34a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 34b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 35는 TDP43 안티센스로의 처리 및 서열식별번호: 144, 서열식별번호: 1589, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1616, 서열식별번호: 237, 및 서열식별번호: 1591을 포함하는 STMN2 AON을 사용한 회복 후 정규화된 STMN2 단백질 수준을 보여주는 막대 그래프이다.
도 2는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 55, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 244, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 3은 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173, 서열식별번호: 181, 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 215, 서열식별번호: 385, 및 서열식별번호: 400)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 4는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173, 서열식별번호: 181, 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 215, 서열식별번호: 385, 및 서열식별번호: 400)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 5a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 185, 서열식별번호: 209, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 390)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 5b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 6종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 185, 서열식별번호: 209, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 390)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 6a는 2회의 이중 실험에 걸쳐 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 6b는 2회의 이중 실험에 걸쳐 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 7a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 181, 및 서열식별번호: 185)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 7b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 36, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 177, 서열식별번호: 181, 및 서열식별번호: 185)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 8a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 197, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 8b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 5종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 197, 서열식별번호: 203, 서열식별번호: 237, 서열식별번호: 380, 및 서열식별번호: 395)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 9a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 3종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144, 서열식별번호: 173, 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 9b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 3종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 144, 서열식별번호: 173, 및 서열식별번호: 237)의 존재 하의 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 10a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 181 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 10b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 181 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 11a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 11b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 12a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 12b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 13a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 13b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 14a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 14b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 15a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 15b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 16은 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준의 정규화된 양, 및 2종의 상이한 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 237)의 경우의 전장 STMN2 전사체의 회복을 보여주는 단백질 블롯 및 정량화된 막대 그래프이다.
도 17a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 17b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 18a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 18b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 19a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 19b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 20a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 20b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 21a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 21b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 22a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 22b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상이한 변이체를 사용한 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 23은 심지어 프로테아솜 억제 증가의 관점에서 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드를 사용한 잠재 엑손 유도의 역전을 보여주는 막대 그래프이다.
도 24는 STMN2 AON의 증가하는 농도에 따른 전장 STMN2 전사체의 증가하는 회복을 예시하는 용량 반응 곡선을 보여준다.
도 25a는 보다 높은 농도의 STMN2 AON에 반응한 전장 STMN2 단백질의 정성적 증가를 입증하는 단백질 블롯 검정을 보여준다.
도 25b는 상이한 농도의 STMN2 AON에 반응한 GAPDH에 대해 정규화된 전장 STMN2 단백질의 정량화된 수준을 보여준다.
도 26a는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 144 AON (서열식별번호: 1589), 서열식별번호: 173 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 173 (서열식별번호: 1590), 서열식별번호: 237 AON, 및 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 237 AON (서열식별번호: 1591)을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 26b는 TDP43 siRNA 및 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 144 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 144 AON (서열식별번호: 1589), 서열식별번호: 173 AON, 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 173 (서열식별번호: 1590), 서열식별번호: 237 AON, 및 2개의 스페이서를 갖는 서열식별번호: 237 AON (서열식별번호: 1591)을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 27a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 27b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 28a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 28b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 29a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 29b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 30a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 30b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 31a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 31b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 32a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 32b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 33a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 33b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 34a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 34b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 TDP43 및 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다.
도 35는 TDP43 안티센스로의 처리 및 서열식별번호: 144, 서열식별번호: 1589, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1616, 서열식별번호: 237, 및 서열식별번호: 1591을 포함하는 STMN2 AON을 사용한 회복 후 정규화된 STMN2 단백질 수준을 보여주는 막대 그래프이다.
본 개시내용의 특색 및 다른 세부사항은 이제 보다 구체적으로 기재될 것이다. 명세서, 실시예 및 첨부된 청구범위에 사용된 특정 용어가 여기에 수집되어 있다. 이들 정의는 본 개시내용의 나머지에 비추어 읽혀져야 하고, 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 이해되어야 한다. 달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 과학 용어는 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.
유전자로부터 전사된 전사체의 영역을 표적화할 수 있는 올리고뉴클레오티드가 본원에 개시된다. 다양한 실시양태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 STMN2 전사체를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 전사체를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 전사체를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 SMN2 전사체를 표적화한다. 추가적으로, 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 및 이를 사용하여 신경계 질환, 예컨대 근위축성 측삭 경화증 및 전두측두엽 치매, 및/또는 신경병증, 예컨대 화학요법 유발 신경병증을 치료하는 방법이 본원에 개시된다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 STMN2 전사체의 잠재 엑손 서열을 표적화하여, 그에 의해 잠재 엑손 서열을 갖는 STMN2 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 전사체의 서열을 표적화하여, 미스-스플라이싱된 KCNQ2 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 전사체의 서열을 표적화하여, 미스-스플라이싱된 UNC13A 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 SMN2 전사체의 서열을 표적화하여, 미스-스플라이싱된 SMN2 전사체의 수준을 감소시킨다. 또한, 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하기 위한, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 영역을 표적화하는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물; 및 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 데 사용되는, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 영역을 표적화하는 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 함유하는 의약의 제조가 개시된다. 또한, 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하기 위한, KCNQ2 전사체의 영역을 표적화하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물; 및 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 데 사용되는, KCNQ2 전사체의 영역을 표적화하는 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 함유하는 의약의 제조가 개시된다. 또한, 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하기 위한, UNC13A 전사체의 영역을 표적화하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물; 및 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 데 사용되는, UNC13A 전사체의 영역을 표적화하는 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 함유하는 의약의 제조가 개시된다. 또한, 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하기 위한, SMN2 전사체의 영역을 표적화하는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물; 및 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 데 사용되는, SMN2 전사체의 영역을 표적화하는 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드를 함유하는 의약의 제조가 개시된다.
정의
용어 "치료하다", "치료", "치료하는" 등은 일반적으로 목적하는 약리학적 및/또는 생리학적 효과를 얻는 것을 의미하는 것으로 본원에 사용된다. 효과는 질환 및/또는 질환에 기인한 유해 효과를 부분적으로 또는 완전히 치유하는 관점에서 치료적일 수 있다. 본원에 사용된 용어 "치료"는 포유동물, 특히 인간에서의 질환의 임의의 치료를 포괄하고, (a) 질환을 억제하는 것, 즉 질환의 중증도 또는 범주의 증가를 예방하는 것; (b) 질환을 완화시키는 것, 즉 질환의 부분 또는 완전 호전을 유발하는 것; 또는 (c) 질환의 재발을 예방하는 것, 즉 질환 증상의 이전 성공적인 치료 또는 질환의 치료 후에 질환의 활성 상태로의 복귀를 예방하는 것을 포함한다.
"예방"은 상태, 장애, 질환 또는 병태를 앓거나 그에 걸리기 쉬울 수 있지만 아직 상태, 장애, 질환 또는 병태의 임상 또는 준임상 증상을 경험하거나 나타내지 않는 대상체에서 발생하는 상태, 장애, 질환 또는 병태의 임상 증상, 합병증 또는 생화학적 징후의 발병을 지연시키는 것을 포함한다. "예방"은 대상체 내의 또는 대상체에서 발생하는 상태, 장애, 질환 또는 병태의 임상 증상, 합병증 또는 생화학적 징후를 예방적으로 치료하는 것을 비롯하여, 대상체 내의 또는 대상체에서 발생하는 상태, 장애, 질환 또는 병태를 예방적으로 치료하는 것을 포함한다.
본원에서 상호교환가능하게 사용된 용어 "제약상 허용되는 담체" 또는 "제약상 허용되는 부형제"는 제약 투여와 상용성인 임의의 및 모든 용매, 분산 매질, 코팅, 등장화제 및 흡수 지연제 등을 지칭한다. 제약 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 작용제의 사용은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 조성물은 또한 보충적, 부가적 또는 증진된 치료 기능을 제공하는 다른 활성 화합물을 함유할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "제약 조성물"은 1종 이상의 제약상 허용되는 부형제와 함께 제제화된, 본원에 개시된 바와 같은 적어도 1종의 생물학적 활성 화합물, 예를 들어 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 포함하는 조성물을 지칭한다.
"개체", "환자" 또는 "대상체"는 상호교환가능하게 사용되고, 포유동물, 바람직하게는 마우스, 래트, 다른 설치류, 토끼, 개, 고양이, 돼지, 소, 양, 말 또는 비-인간 영장류, 가장 바람직하게는 인간을 비롯한 임의의 동물을 포함한다. 본 발명의 화합물은 포유동물, 예컨대 인간에게 투여될 수 있지만, 또한 다른 포유동물, 예컨대 수의학적 치료를 필요로 하는 동물, 예를 들어 가축 (예를 들어, 개, 고양이 등), 농장 동물 (예를 들어, 소, 양, 돼지, 말 등) 및 실험 동물 (예를 들어, 래트, 마우스, 기니 피그, 비-인간 영장류 등)에게도 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 치료되는 포유동물은 바람직하게는 STMN2 발현 및/또는 활성의 조정이 요구되는 포유동물이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 치료되는 포유동물은 바람직하게는 KCNQ2 발현 및/또는 활성의 조정이 요구되는 포유동물이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 치료되는 포유동물은 바람직하게는 UNC13A 발현 및/또는 활성의 조정이 요구되는 포유동물이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 방법에서 치료되는 포유동물은 바람직하게는 SMN2 발현 및/또는 활성의 조정이 요구되는 포유동물이다.
본원에 사용된 어구 "TDP43에 의해 조절되는"은 TDP43에 의해 직접적으로 조절되고 간접적으로 조절되는 표적을 포괄한다. TDP43에 의해 직접적으로 조절되는 표적의 예는 STMN2 및 UNC13A를 포함한다. TDP43에 의해 간접적으로 조절되는 표적의 예는 KCNQ2를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "AON"은 STMN2, KCNQ2, UNC13, 및 SMN2 중 임의의 것의 유전자 또는 유전자 산물을 표적화하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포괄한다. "안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "AON"은 모 올리고뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드 변이체, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드, 또는 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드 변이체 중 임의의 것을 포괄한다. 안티센스 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나를 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "모 올리고뉴클레오티드"는 전사체 (예를 들어, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 전사체)를 표적화하고, 전장 활성, 예를 들어 전장 발현, 예를 들어 전장 mRNA 및/또는 전장 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 모 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하지 않는다. 모 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1-446 및 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529 및 서열식별번호: 4531-5794 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 하기 기재된 바와 같이, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 변이체는 상응하는 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다.
용어 "올리고뉴클레오티드 변이체"는 상응하는 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타내는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 변이체는 모 올리고뉴클레오티드의 단축된 버전을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 변이체는 15량체, 16량체, 17량체, 18량체, 19량체, 20량체, 21량체, 22량체, 23량체, 24량체, 25량체, 26량체, 또는 27량체 중 어느 하나이다. 올리고뉴클레오티드 변이체의 예는 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1521, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 서열식별번호: 7059-8322 및 서열식별번호: 9710-10141 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드" 또는 "스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드"는 적어도 1개의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는, 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서, 2개의 스페이서, 3개의 스페이서, 4개의 스페이서, 5개의 스페이서, 6개의 스페이서, 7개의 스페이서, 8개의 스페이서, 9개의 스페이서, 또는 10개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 적어도 1개의 절편을 포함한다. 예를 들어, 5'에서 3' 방향으로 기재된 바와 같이, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편, 이어서 스페이서, 9개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 제2 스페이서, 및 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편을 포함할 수 있다. 여기서, 7개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편 및 7개의 연결된 뉴클레오시드의 제3 절편은 각각 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 나타낸다. 또 다른 예로서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 제2 스페이서, 및 3개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편을 포함할 수 있다. 여기서, 3개의 연결된 뉴클레오시드의 제3 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 다중 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드의 모든 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 23량체일 수 있고, 23량체를 각각 7개의 연결된 뉴클레오시드의 3개의 개별 절편으로 분할하는 2개의 스페이서를 포함할 수 있다. 따라서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
일반적으로, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 상응하는 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 올리고뉴클레오티드 변이체와 관련하여 기재된다. 1개 이상의 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1417-1420, 서열식별번호: 1451-1664, 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 서열식별번호: 4477-4530, 서열식별번호: 9596-9696, 서열식별번호: 10574-10640, 및 서열식별번호: 10644-10651 중 임의의 것을 포함한다.
STMN2
본원에 사용된 "STMN2" (또한 상경 신경절-10 단백질, 스타트민-유사 2, SCGN10, SCG10, 뉴런 성장-연관 단백질, 뉴런-특이적 성장-연관 단백질, 또는 단백질 SCG10 (상경 신경절 NEAR 신경 특이적 10)으로도 공지됨)는 엔트레즈 유전자 식별 번호 11075 및 그의 대립유전자 변이체에 의해 확인되는 유전자 또는 유전자 산물 (예를 들어, 유전자에 의해 코딩된 단백질 또는 mRNA 전사체 (프리-mRNA 포함)), 뿐만 아니라 비-인간 종 (예를 들어, 비-인간 영장류 또는 마우스)에서 발견되는 오르토로그를 지칭한다.
용어 "STMN2 전사체"는 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체를 지칭한다. 잠재 엑손을 포함하는 이러한 STMN2 전사체는 STMN2 프리-mRNA 서열 또는 STMN2 성숙 RNA 서열일 수 있다. 용어 "잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체"는 1개 이상의 잠재 엑손 서열을 포함하는 STMN2 전사체를 지칭한다. STMN2 전사체 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
용어 "STMN2 올리고뉴클레오티드", "STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "STMN2 AON"은 전장 STMN2 활성, 예를 들어 전장 STMN2 발현, 예를 들어 전장 STMN2 mRNA 및/또는 전장 STMN2 단백질 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일반적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드는 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체를 표적화함으로써 잠재 엑손을 갖는 성숙 STMN2 전사체의 수준을 감소시킨다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 프리-mRNA의 조기 폴리아데닐화를 억제하고/거나 STMN2의 활성 또는 기능을 증가, 회복, 또는 안정화시킴으로써 잠재 엑손을 갖는 성숙 STMN2 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341의 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341의 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 85 내지 98% 상보적인 서열을 포함한다. STMN2 표적 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 갖는 것을 특징으로 하며, 여기서 각각의 스페이서는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 연결된 뉴클레오시드의 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 갖는다. 한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서에 의해 분리된 2개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서에 의해 분리된 3개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 이러한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 갖는다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 단부로 5개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 제2 스페이서, 및 8개의 연결된 뉴클레오시드를 가질 수 있다. 따라서, 5개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 충족시킨다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 4개의 절편으로 분할하는 3개의 스페이서를 갖는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
본원에 사용된 용어 "STMN2 올리고뉴클레오티드"는 "STMN2 모 올리고뉴클레오티드", "1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드" (예를 들어, 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드), "1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체"를 포괄한다. STMN2 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "STMN2 모 올리고뉴클레오티드"는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 표적화하고, 전장 STMN2 활성, 예를 들어 전장 STMN2 발현, 예를 들어 전장 STMN2 mRNA 및/또는 전장 STMN2 단백질 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. STMN2 모 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하지 않는다. STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1-446 및 서열식별번호: 893-1338 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 하기 기재된 바와 같이, 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 및 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다.
용어 "STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체"는 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타내는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 단축된 버전을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 15량체, 16량체, 17량체, 18량체, 19량체, 20량체, 21량체, 22량체, 23량체, 24량체, 25량체, 26량체, 또는 27량체 중 어느 하나이다. STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 예는 서열식별번호: 1342-1366 또는 서열식별번호: 1392-1521 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 이러한 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 서열식별번호: 1342-1366 및 서열식별번호: 1392-1416 중 어느 하나의 서열을 포함한다.
용어 "1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드" 또는 "스페이서를 포함하는 STMN2 올리고뉴클레오티드"는 적어도 1개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는, 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서, 2개의 스페이서, 3개의 스페이서, 4개의 스페이서, 5개의 스페이서, 6개의 스페이서, 7개의 스페이서, 8개의 스페이서, 9개의 스페이서, 또는 10개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 적어도 1개의 절편을 포함한다. 예를 들어, 5'에서 3' 방향으로 기재된 바와 같이, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편, 이어서 스페이서, 9개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 제2 스페이서, 및 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편을 포함할 수 있다. 여기서, 7개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편 및 7개의 연결된 뉴클레오시드의 제3 절편은 각각 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 나타낸다. 또 다른 예로서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 제2 스페이서, 및 3개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편을 포함할 수 있다. 여기서, 3개의 연결된 뉴클레오시드의 제3 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 다중 절편을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드의 모든 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 23량체일 수 있고, 23량체를 각각 7개의 연결된 뉴클레오시드의 3개의 개별 절편으로 분할하는 2개의 스페이서를 포함할 수 있다. 따라서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
일반적으로, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체와 관련하여 기재된다. 1개 이상의 스페이서를 포함하는 예시적인 STMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1417-1420 및 서열식별번호: 1451-1664 중 임의의 것을 포함한다.
어구 "STMN2 전사체를 표적화하는 STMN2 올리고뉴클레오티드"는 STMN2 전사체에 결합하는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. STMN2 전사체의 예시적인 영역이 표 1에 제시되고, 이는 분지점 (예를 들어, 분지점 1, 2, 및 3) 영역, 3' 스플라이스 수용자 영역, ESE 결합 영역, TDP43 결합 부위, 잠재 엑손, 및 폴리 A 영역에 상응하는 서열을 도시한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 영역에 결합하며, 상기 영역은 분지점 (예를 들어, 분지점 1, 2, 및 3) 3' 스플라이스 수용자 영역, ESE 결합 영역, TDP43 결합 부위, 잠재 엑손 및 폴리 A 영역 중 임의의 것의 75개 미만의 핵염기의 상류 또는 하류에 위치한다.
KCNQ2
본원에 사용된 "KCNQ2" (또한 Kv7.2, KCNA11, HNSPC, ENB1, BNFC, 칼륨 채널, 전압 게이팅 KQT-유사 서브패밀리 Q, 구성원 2, 신경모세포종-특이적 칼륨 채널 서브유닛 알파 KvLQT2, 칼륨 전압-게이팅 채널 서브패밀리 KQT 구성원 2로도 공지됨)는 서열식별번호: 3032-3043 및 그의 대립유전자 변이체 중 어느 하나에 의해 확인되는 유전자 또는 유전자 산물 (예를 들어, 유전자에 의해 코딩된 단백질 또는 mRNA 전사체 (프리-mRNA 포함)), 뿐만 아니라 비-인간 종 (예를 들어, 비-인간 영장류 또는 마우스)에서 발견되는 오르토로그를 지칭한다.
용어 "KCNQ2 전사체"는 KCNQ2 전사체를 지칭한다. 이러한 KCNQ2 전사체는 KCNQ2 프리-mRNA 서열 또는 KCNQ2 성숙 RNA 서열일 수 있다. KCQN2 전사체 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
용어 "KCNQ2 올리고뉴클레오티드", "KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "KCNQ2 AON"은 전장 KCNQ2 활성, 예를 들어 전장 KCNQ2 발현, 예를 들어 전장 KCNQ2 mRNA 및/또는 전장 KCNQ2 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일반적으로, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 표적 서열을 갖는 KCNQ2 프리-mRNA 또는 미스-스플라이싱된 KCNQ2)를 표적화함으로써 미스-스플라이싱된 KCNQ2 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 85 내지 98% 상보적인 서열을 포함한다. KCQN2 표적 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 갖는 것을 특징으로 하며, 여기서 각각의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 연결된 뉴클레오시드의 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 갖는다. 한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서에 의해 분리된 2개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서에 의해 분리된 3개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 이러한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 갖는다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 단부로 5개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 제2 스페이서, 및 8개의 연결된 뉴클레오시드를 가질 수 있다. 따라서, 5개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 충족시킨다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 4개의 절편으로 분할하는 3개의 스페이서를 갖는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
본원에 사용된 용어 "KCNQ2 올리고뉴클레오티드"는 "KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드", "1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드" (예를 들어, 2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 또는 3개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드), "1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체"를 포괄한다. KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드"는 KCNQ2 전사체를 표적화하고, 전장 KCNQ2 활성, 예를 들어 전장 KCNQ2 발현, 예를 들어 전장 KCNQ2 mRNA 및/또는 전장 KCNQ2 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하지 않는다. KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1676-1851 및 서열식별번호: 2028-2529 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 하기 기재된 바와 같이, 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 및 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다.
용어 "KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체"는 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타내는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 단축된 버전을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 15량체, 16량체, 17량체, 18량체, 19량체, 20량체, 21량체, 22량체, 23량체, 24량체, 25량체, 26량체, 또는 27량체 중 어느 하나이다. KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체의 예는 서열식별번호: 3046-3221 및 서열식별번호: 3398-3899 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 이러한 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 서열식별번호: 4469-4476 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 서열을 포함한다.
일반적으로, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체와 관련하여 기재된다. 1개 이상의 스페이서를 포함하는 예시적인 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 임의의 것을 포함한다.
어구 "KCNQ2 전사체를 표적화하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드"는 KCNQ2 전사체에 결합하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다.
UNC13A
본원에 사용된 "UNC13A" (또한 Unc-13 상동체 A, Munc13-1, KIAA1032, unc-13 상동체 A (씨. 엘레간스), 또는 단백질 Unc-13 상동체 A로도 공지됨)는 엔트레즈 유전자 식별 번호 23025 및 그의 대립유전자 변이체에 의해 확인되는 유전자 또는 유전자 산물 (예를 들어, 유전자에 의해 코딩된 단백질 또는 mRNA 전사체 (프리-mRNA 포함)), 뿐만 아니라 비-인간 종 (예를 들어, 비-인간 영장류 또는 마우스)에서 발견되는 오르토로그를 지칭한다. UNC13A 전사체 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
용어 "UNC13A 전사체"는 UNC13A 프리-mRNA 서열 또는 UNC13A 성숙 RNA 서열일 수 있는 UNC13A 전사체를 지칭한다. 용어 "UNC13A 올리고뉴클레오티드", "UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "UNC13A AON"은 전장 UNC13A 활성, 예를 들어 전장 UNC13A 발현, 예를 들어 전장 UNC13A mRNA 및/또는 전장 UNC13A 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일반적으로, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 전사체 (예를 들어, 표적 서열을 갖는 UNC13A 프리-mRNA 또는 미스-스플라이싱된 UNC13A)를 표적화함으로써 미스-스플라이싱된 UNC13A 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9587-9595에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9587-9595의 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 85 내지 98% 상보적인 서열을 포함한다. UNC13A 표적 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 갖는 것을 특징으로 하며, 여기서 각각의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 연결된 뉴클레오시드의 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 갖는다. 한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서에 의해 분리된 2개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서에 의해 분리된 3개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 이러한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 갖는다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 단부로 5개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 제2 스페이서, 및 8개의 연결된 뉴클레오시드를 가질 수 있다. 따라서, 5개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 충족시킨다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 4개의 절편으로 분할하는 3개의 스페이서를 갖는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
본원에 사용된 용어 "UNC13A 올리고뉴클레오티드"는 "UNC13A 모 올리고뉴클레오티드", "1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드" (예를 들어, 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 또는 3개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드), "1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체"를 포괄한다. UNC13A 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 및 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "UNC13A 모 올리고뉴클레오티드"는 UNC13A 전사체를 표적화하고, 전장 UNC13A 활성, 예를 들어 전장 UNC13A 발현, 예를 들어 전장 UNC13A mRNA 및/또는 전장 UNC13A 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. UNC13A 모 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하지 않는다. UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 4531-5794 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 하기 기재된 바와 같이, 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 및 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다.
용어 "UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체"는 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타내는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 단축된 버전을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 15량체, 16량체, 17량체, 18량체 19량체, 20량체, 21량체, 22량체 23량체, 또는 24량체 중 어느 하나이다. UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체의 예는 서열식별번호: 7059-8322 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 이러한 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 서열식별번호: 9596-9696 중 어느 하나의 서열을 포함한다.
일반적으로, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체와 관련하여 기재된다. 1개 이상의 스페이서를 포함하는 예시적인 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9596-9696 중 임의의 것을 포함한다.
어구 "UNC13A 전사체를 표적화하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드"는 UNC13A 전사체에 결합하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 지칭한다.
SMN2
본원에 사용된 "SMN2" (또한 생존 운동 뉴런 2, SMNC, TRD16B, BCD541, GEMINI1, 생존 운동 뉴런 단백질, 튜더 도메인 함유 16B, 성분 Gems 1, Gemin-1, C-BCD541, SMNT, SMN으로도 공지됨)는 서열식별번호: 9698-9709 및 그의 대립유전자 변이체 중 어느 하나에 의해 확인되는 유전자 또는 유전자 산물 (예를 들어, 유전자에 의해 코딩된 단백질 또는 mRNA 전사체 (프리-mRNA 포함)), 뿐만 아니라 비-인간 종 (예를 들어, 비-인간 영장류 또는 마우스)에서 발견되는 오르토로그를 지칭한다.
용어 "SMN2 전사체"는 SMN2 전사체를 지칭한다. 이러한 SMN2 전사체는 SMN2 프리-mRNA 서열 또는 SMN2 성숙 RNA 서열일 수 있다. SMN2 전사체 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
용어 "SMN2 올리고뉴클레오티드", "SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "SMN2 AON"은 전장 SMN2 활성, 예를 들어 전장 SMN2 발현, 예를 들어 전장 SMN2 mRNA 및/또는 전장 SMN2 단백질 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일반적으로, SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 전사체 (예를 들어, 표적 서열을 갖는 SMN2 프리-mRNA 또는 미스-스플라이싱된 SMN2)를 표적화함으로써 미스-스플라이싱된 SMN2 전사체의 수준을 감소시킨다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 85 내지 98% 상보적인 서열을 포함한다. SMN2 표적 서열은 티민 (T)을 함유하는 것으로 제시되지만, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 티민 (T)이 일반적으로 RNA 서열에서 우라실 (U)로 대체될 수 있다는 것을 인지할 것이다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 갖는 것을 특징으로 하며, 여기서 각각의 스페이서는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 연결된 뉴클레오시드의 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 갖는다. 한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서에 의해 분리된 2개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서에 의해 분리된 3개의 절편의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 이러한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 갖는다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드는 5'에서 3' 단부로 5개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 스페이서, 10개의 연결된 뉴클레오시드, 이어서 제2 스페이서, 및 8개의 연결된 뉴클레오시드를 가질 수 있다. 따라서, 5개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 1개의 절편을 충족시킨다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 4개의 절편으로 분할하는 3개의 스페이서를 갖는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
본원에 사용된 용어 "SMN2 올리고뉴클레오티드"는 "SMN2 모 올리고뉴클레오티드", "1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드" (예를 들어, 2개의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 또는 3개의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드), "1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체"를 포괄한다. SMN2 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651 및 서열식별번호: 10783-10808 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
용어 "SMN2 모 올리고뉴클레오티드"는 SMN2 전사체를 표적화하고, 전장 SMN2 활성, 예를 들어 전장 SMN2 발현, 예를 들어 전장 SMN2 mRNA 및/또는 전장 SMN2 단백질 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. SMN2 모 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하지 않는다. 하기 기재된 바와 같이, 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다.
용어 "SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체"는 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타내는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 단축된 버전을 나타낸다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 15량체, 16량체, 17량체, 18량체 19량체, 20량체, 21량체, 22량체 23량체, 또는 24량체 중 어느 하나이다. SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 예는 서열식별번호: 9710-10141 중 어느 하나의 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 서열식별번호: 10574-10643 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 서열을 포함할 수 있다.
일반적으로, 1개 이상의 스페이서를 포함하는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체와 관련하여 기재된다. 1개 이상의 스페이서를 포함하는 예시적인 SMN2 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 임의의 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 1개 이상의 위치에 위치할 수 있다. 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 제1 위치와 제2 위치 사이에 위치할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 제1 위치와 제2 위치 사이에 위치하는 스페이서는 제1 위치에 위치하거나, 제2 위치에 위치하거나, 또는 제1 위치 및 제2 위치에 의해 샌드위치된 올리고뉴클레오티드의 임의의 위치에 위치하는 스페이서를 포괄한다.
본 명세서에서, 용어 "치료 유효량"은 연구원, 수의사, 의사 또는 다른 임상의에 의해 추구되는 조직, 시스템, 동물 또는 인간의 생물학적 또는 의학적 반응을 도출할, 올리고뉴클레오티드의 양을 의미한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341의 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9587-9595에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9587-9595의 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% 동일성을 갖는 서열을 포함하는 전사체의 동등한 길이 부분, 또는 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대한 인접 15 내지 50개의 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 올리고뉴클레오티드는 질환, 병태, 장애 또는 상태, 예를 들어 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료 및/또는 예방하기 위한 치료 유효량으로 투여된다. 대안적으로, 올리고뉴클레오티드의 치료 유효량은 목적하는 치료 및/또는 예방 효과를 달성하는 데 필요한 양, 예컨대 운동 뉴런에서 감소된 STMN2 활성과 연관된 질환과 연관된 증상의 예방 또는 감소를 발생시키는 양, 운동 뉴런에서 감소된 KCNQ2 활성과 연관된 질환과 연관된 증상의 예방 또는 감소를 발생시키는 양, 운동 뉴런에서 감소된 UNC13A 활성과 연관된 질환과 연관된 증상의 예방 또는 감소를 발생시키는 양, 및/또는 운동 뉴런에서 감소된 SMN2 활성과 연관된 질환과 연관된 증상의 예방 또는 감소를 발생시키는 양이다.
본원에 사용된 용어 "제약상 허용되는 염(들)"은 본 발명의 조성물에 사용된 STMN2 올리고뉴클레오티드, 본 발명의 조성물에 사용된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드, 본 발명의 조성물에 사용된 UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및/또는 본 발명의 조성물에 사용된 SMN2 올리고뉴클레오티드에 존재할 수 있는 산성 또는 염기성 기의 염을 지칭한다. 속성상 염기성인 본 발명의 조성물에 포함된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 다양한 무기 및 유기 산과 매우 다양한 염을 형성할 수 있다. 이러한 염기성 화합물의 제약상 허용되는 산 부가염을 제조하는 데 사용될 수 있는 산은 비-독성 산 부가염, 즉 약리학상 허용되는 음이온을 함유하는 염, 예컨대 비제한적으로 말레이트, 옥살레이트, 클로라이드, 브로마이드, 아이오다이드, 니트레이트, 술페이트, 비술페이트, 포스페이트, 산 포스페이트, 이소니코티네이트, 아세테이트, 락테이트, 살리실레이트, 시트레이트, 타르트레이트, 올레에이트, 탄네이트, 판토테네이트, 비타르트레이트, 아스코르베이트, 숙시네이트, 말레에이트, 겐티시네이트, 푸마레이트, 글루코네이트, 글루쿠로네이트, 사카레이트, 포르메이트, 벤조에이트, 글루타메이트, 메탄술포네이트, 에탄술포네이트, 벤젠술포네이트, p-톨루엔술포네이트 및 파모에이트 (즉, 1,1'-메틸렌-비스-(2-히드록시-3-나프토에이트)) 염을 형성하는 것이다. 아미노 모이어티를 포함하는 본 발명의 조성물에 포함된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 상기 언급된 산 이외에 다양한 아미노산과 제약상 허용되는 염을 형성할 수 있다. 속성상 산성인 본 발명의 조성물에 포함된 화합물은 다양한 약리학상 허용되는 양이온과 염기 염을 형성할 수 있다. 이러한 염의 예는 알칼리 금속 또는 알칼리 토금속 염, 특히 칼슘, 마그네슘, 나트륨, 리튬, 아연, 칼륨 및 철 염을 포함한다. 본 개시내용의 제약상 허용되는 염은, 예를 들어 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것의 서열을 포함하는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 염; 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 임의의 것의 서열을 포함하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 염; 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 및 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것의 서열을 포함하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 염; 및 서열식별번호: 9710-10141 및 서열식별번호: 10574-10651 중 임의의 것의 서열을 포함하는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 염을 포함한다.
본 개시내용의 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 키랄 중심, 기, 연결 및/또는 이중 결합을 함유할 수 있고, 따라서 입체이성질체, 예컨대 기하 이성질체, 거울상이성질체 또는 부분입체이성질체로서 존재할 수 있다. 본원에 사용된 용어 "입체이성질체"는 모든 기하 이성질체, 거울상이성질체 또는 부분입체이성질체로 이루어진다. 이들 화합물은 입체생성 원자, 예를 들어 입체생성 탄소, 인 또는 황 원자 주위의 치환기의 배위에 따라 기호 "R" 또는 "S" (또는 "Rp" 또는 "Sp")로 지정될 수 있다. 일부 실시양태에서, 화합물의 1개 이상의 연결은 Rp 또는 Sp 배위를 가질 수 있다 (예를 들어, 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결은 Rp 또는 Sp 배위를 가짐). 각각의 포스포로티오에이트 연결의 배위는 또 다른 포스포로티오에이트 연결과 독립적일 수 있다 (예를 들어, 1개의 포스포로티오에이트 연결은 Rp 배위를 갖고, 제2 포스포로티오에이트 연결은 Sp 배위를 가짐). 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결의 혼합된 배위를 가질 수 있다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 Rp 배위의 5개의 포스포로티오에이트 연결, 이어서 Sp 배위의 15개의 포스포로티오에이트 연결, 이어서 Rp 배위의 5개의 포스포로티오에이트 연결을 가질 수 있다. 본 발명은 이들 화합물의 다양한 입체이성질체 및 그의 혼합물을 포괄한다. 입체이성질체는 거울상이성질체 및 부분입체이성질체를 포함한다. 거울상이성질체 또는 부분입체이성질체의 혼합물은 명명법에서 "(±)"로 지정될 수 있지만, 통상의 기술자는 구조가 키랄 중심을 함축적으로 나타낼 수 있음을 인식할 것이다.
본 발명의 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 개별 입체이성질체는 비대칭 또는 입체생성 중심을 함유하는 상업적으로 입수가능한 출발 물질로부터 합성적으로 제조될 수 있거나, 또는 라세미 혼합물의 제조에 이어서 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 널리 공지된 분해 방법에 의해 제조될 수 있다. 이들 분해 방법은 (1) 거울상이성질체의 혼합물의 키랄 보조제에의 부착, 생성된 부분입체이성질체의 혼합물의 재결정화 또는 크로마토그래피에 의한 분리 및 보조제로부터의 광학적으로 순수한 산물의 유리, (2) 광학 활성 분해제를 사용한 염 형성, 또는 (3) 키랄 크로마토그래피 칼럼 상에서의 광학 거울상이성질체의 혼합물의 직접 분리에 의해 예시된다. 입체이성질체 혼합물은 또한 널리 공지된 방법, 예컨대 키랄-상 기체 크로마토그래피, 키랄-상 초임계 유체 크로마토그래피, 키랄-상 모의 이동층 크로마토그래피, 키랄-상 고성능 액체 크로마토그래피, 키랄 염 복합체로서의 화합물의 결정화, 또는 키랄 용매 중 화합물의 결정화에 의해 그의 성분 입체이성질체로 분해될 수 있다. 입체이성질체는 또한 널리 공지된 비대칭 합성 방법에 의해 입체이성질체적으로-순수한 중간체, 시약 및 촉매로부터 수득될 수 있다.
본원에 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용되는 용매, 예컨대 물, 에탄올 등과의 용매화 형태뿐만 아니라 비용매화 형태로 존재할 수 있고, 본 발명은 용매화 및 비용매화 형태 둘 다를 포괄하는 것으로 의도된다.
본 개시내용은 또한 본 발명의 형광 표지된 화합물을 포괄한다. 본 개시내용은 또한 1개 이상의 원자가 자연에서 풍부하게 발견되는 원자 질량 또는 질량수와 상이한 원자 질량 또는 질량수를 갖는 원자에 의해 대체된 것을 제외하고는 본원에 언급된 것과 동일한 본 발명의 동위원소 표지된 화합물 (즉, 동위원소 표지된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드)을 포괄한다. 본 발명의 화합물 내로 혼입될 수 있는 동위원소의 예는 수소, 탄소, 질소, 산소, 인, 플루오린 및 염소의 동위원소, 예컨대 각각 2H, 3H, 11C, 13C, 14C, 15N, 18O, 17O, 31P, 32P, 33P, 35S, 18F, 및 36Cl을 포함한다.
특정 동위원소 표지된 개시된 화합물 (예를 들어, 3H, 14C, 또는 35S로 표지된 것)은 화합물 및/또는 기질 조직 분포 검정에 유용하다. 삼중수소화 (즉, 3H), 탄소-14 (즉, 14C), 또는 35S 동위원소는 그의 제조 용이성 및 검출감도로 인해 특히 바람직하다. 추가로, 보다 무거운 동위원소, 예컨대 중수소 (즉, 2H)로의 치환은 보다 큰 대사 안정성으로부터 생성된 특정의 치료 이점 (예를 들어, 증가된 생체내 반감기 또는 감소된 투여량 요건)을 제공할 수 있고, 따라서 일부 상황에서 바람직할 수 있다.
본원에 사용된 "2'-O-(2-메톡시에틸)" (또한 2'-MOE 및 2'-O(CH2)2OCH3 및 MOE)는 푸라노스 고리의 2' 위치의 O-메톡시에틸 변형을 지칭한다. 2'-O-(2-메톡시에틸)은 본 개시내용에서 "2'-O-메톡시에틸"과 상호교환가능하게 사용된다. 2'-MOE로 변형된 뉴클레오시드 내의 당 모이어티는 변형된 당이다.
본원에 사용된 "2'-MOE 뉴클레오시드" (또한 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드)는 2'-MOE 변형된 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오시드를 의미한다.
본원에 사용된 "2'-치환된 뉴클레오시드"는 푸라노스 고리의 2'-위치에서 H 또는 OH 이외의 치환기를 포함하는 뉴클레오시드를 의미한다. 특정 실시양태에서, 2' 치환된 뉴클레오시드는 비시클릭 당 변형을 갖는 뉴클레오시드를 포함한다.
본원에 사용된 "5-메틸 시토신" (5-MeC)은 5 위치에 부착된 메틸 기로 변형된 시토신을 의미한다. 5-메틸 시토신 (5-MeC)은 변형된 핵염기이다.
본원에 사용된 "비시클릭 당"은 2개의 원자의 가교에 의해 변형된 푸라노스 고리를 의미한다. 비시클릭 당은 변형된 당이다.
본원에 사용된 "비시클릭 뉴클레오시드" (또한 BNA)는 당 고리의 2개의 탄소 원자를 잇는 가교를 포함하는 당 모이어티를 가짐으로써 비시클릭 고리계를 형성하는 뉴클레오시드를 의미한다. 특정 실시양태에서, 가교는 당 고리의 4'-탄소와 2'-탄소를 잇는다.
본원에 사용된 "캡 구조" 또는 "말단 캡 모이어티"는 안티센스 화합물의 어느 하나의 말단에 혼입된 화학적 변형을 의미한다.
본원에 사용된 "cEt" 또는 "구속성 에틸"은 4'-탄소와 2'-탄소를 잇은 가교를 포함하는 당 모이어티를 갖는 비시클릭 뉴클레오시드를 의미하며, 여기서 가교는 화학식: 4'-CH(CH3)-O-2'를 갖는다.
본원에 사용된 "구속성 에틸 뉴클레오시드" (또한 cEt 뉴클레오시드)는 4'-CH(CH3)-O-2' 가교를 포함하는 비시클릭 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오시드를 의미한다. 일부 실시양태에서, cEt는 변형될 수 있다. 일부 실시양태에서, cEt는 S-cEt (S-구속성 에틸 2'-4'-가교된 핵산)일 수 있다. 일부 다른 실시양태에서, cEt는 R-cEt일 수 있다.
본원에 사용된 "뉴클레오시드간 연결"은 올리고뉴클레오티드에서 인접한 뉴클레오시드 사이의 공유 연결을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 본원에 사용된 "비-천연 연결"은 "변형된 뉴클레오시드간 연결"을 지칭한다.
올리고뉴클레오티드와 관련하여 본원에 사용된 "인접한"은 서로 바로 인접한 뉴클레오시드, 핵염기, 당 모이어티 또는 뉴클레오시드간 연결을 지칭한다. 예를 들어, "인접한 핵염기"는 서열에서 서로 바로 인접한 핵염기를 의미한다. 그 반대의 예로서, 스페이서에 의해 분리된 2개의 뉴클레오시드는 인접하지 않는다.
본원에 사용된 "잠금 핵산" 또는 "LNA" 또는 "LNA 뉴클레오시드"는 뉴클레오시드 당 단위의 4' 및 2' 위치 사이의 2개의 탄소 원자를 이어서, 그에 의해 비시클릭 당을 형성하는 가교 (예를 들어, 메틸렌, 에틸렌, 아미노옥시 또는 옥시이미노 가교)를 갖는 핵산 단량체를 의미한다. 이러한 비시클릭 당의 예는 (A) α-L-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') LNA, (B) β-D-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') LNA, (C)에틸렌옥시 (4'-(CH2)2-O-2') LNA, (D) 아미노옥시 (4'-CH2-O-N(R)-2') LNA 및 (E) 옥시아미노 (4'-CH2-N(R)-O-2') LNA를 포함하나 이에 제한되지는 않으며; 여기서 R은 H, C1-C12 알킬, 또는 보호기이다 (2008년 9월 23일에 허여된 미국 특허 번호 7,427,672 참조).
본원에 사용된 LNA 화합물은 당의 4' 및 2' 위치 사이에 적어도 1개의 가교를 갖는 화합물을 포함하나 이에 제한되지는 않으며, 여기서 각각의 가교는 독립적으로 [C(R1)(R2)]n -, -C(R1)=C(R2)-, -C(R1)=N-, -C(=NR1)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(R1)2-, -S(=O)x- 및 -N(R1) -로부터 독립적으로 선택된 1 또는 2 내지 4개의 연결기를 포함하고; 여기서 x는 0, 1 또는 2이고; n은 1, 2, 3, 또는 4이고; 각각의 R1 및 R2는 독립적으로, H, 보호기, 히드록실, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴, C5-C7 지환족 라디칼, 치환된 C5-C7 지환족 라디칼, 할로겐, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, CN, 술포닐 (S(=O)2-J1), 또는 술폭실 (S(=O)- J1)이고; 각각의 J1 및 J2는 독립적으로 H, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 아실 (C(=O) -H), 치환된 아실, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, C1-C12 아미노알킬, 치환된 C1-C12 아미노알킬 또는 보호기인 화합물을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
LNA의 정의 내에 포괄되는 4'-2' 가교기의 예는 화학식: -[C(R1)( R2)]n -, - [C(R1)(R2)]n-O-, - C(R1R2)-N(R1)-O- 또는 -C(R1R2)-O-N(R1)- 중 하나를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 추가로, LNA의 정의 내에 포괄되는 다른 가교 기는 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2', 4'- CH2-O-N(R1)-2' 및 4'- CH2-N(R1)-O-2'- 가교이고, 여기서 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 H, 보호기 또는 C1-C12 알킬이다.
또한, 본 발명에 따른 LNA의 정의에는 리보실 당 고리의 2'-히드록실 기가 당 고리의 4' 탄소 원자에 이어짐으로써 가교를 형성하여 비시클릭 당 모이어티를 형성한 LNA가 포함된다. 가교는 2' 산소 원자와 4' 탄소 원자를 잇은 메틸렌 (-CH2-) 기일 수 있으며, 이 경우 용어 메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') LNA가 사용된다. 추가로, 이 위치에 에틸렌 가교 기를 갖는 비시클릭 당 모이어티의 경우에, 용어 에틸렌옥시 (4'-CH2CH2-O-2') LNA가 사용된다.
본원에 사용된 "스페이서"는 뉴클레오시드-대체 기 (예를 들어, STMN2 모 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드, UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 존재하는 뉴클레오시드를 대체하는 비-뉴클레오시드 기)를 지칭한다. 스페이서는 뉴클레오티드 염기의 결여 및 뉴클레오시드 당 모이어티의 비-당 치환물로의 대체를 특징으로 한다. 스페이서의 비-당 치환 기는 알데히드, 케톤, 아세탈, 케탈, 헤미아세탈 또는 헤미케탈 기가 결여되어 있다. 따라서, 스페이서의 비-당 치환 기는 본원에 기재된 바와 같은 뉴클레오시드간 링커를 통해 스페이서에 인접한 뉴클레오시드의 3' 및 5' 위치에 이어질 수 있지만, 뉴클레오티드 염기와 공유 결합을 형성할 수는 없다 (즉, 핵염기를 또 다른 기, 예컨대 올리고뉴클레오티드 내의 뉴클레오시드간 연결, 접합체 기, 또는 말단 기에 연결할 수 없음). 일반적으로, 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재되고, 여기서 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드를 대체한다. 일반적으로, 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재되고, 여기서 스페이서는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드를 대체한다. 일반적으로, 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재되고, 여기서 스페이서는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드를 대체한다. 일반적으로, 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재되고, 여기서 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드를 대체한다. 본 개시내용의 모든 실시양태에서, 스페이서는 AON 올리고뉴클레오티드 길이의 번호 순서 내에서 STMN2 전사체, KCNQ2 전사체, UNC13A 전사체, 및/또는 SMN2 전사체의 상응하는 위치에서 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드에 혼성화할 수 없다 (즉, 스페이서가 AON의 뉴클레오시드 4 다음에 (즉, 5'-단부로부터 위치 5에) 위치하는 경우에, 스페이서는 표적 STMN2 전사체, KCNQ2 전사체, UNC13A 전사체, 및/또는 SMN2 전사체의 동일한 상응하는 위치에서 뉴클레오시드 (A, C, G, 또는 U)에 대해 상보적이지 않음).
본원에 사용된 "미스매치" 또는 "비-상보적 기"는 제1 핵산의 기 (예를 들어, 핵염기)가 제2 또는 표적 핵산의 상응하는 기 (예를 들어, 핵염기)와 쌍형성할 수 없는 경우를 지칭한다.
본원에 사용된 "변형된 뉴클레오시드간 연결"은 자연 발생 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포디에스테르 뉴클레오시드간 결합)로부터의 치환 또는 임의의 변화를 지칭한다.
본원에 사용된 "변형된 핵염기"는 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 또는 우라실 이외의 임의의 핵염기를 의미한다. 변형된 핵염기의 예는 5-메틸 시토신, 슈도우리딘, 또는 5-메톡시우리딘을 포함한다. "비변형된 핵염기"는 퓨린 염기 아데닌 (A) 및 구아닌 (G), 및 피리미딘 염기 티민 (T), 시토신 (C), 및 우라실 (U)을 의미한다.
본원에 사용된 "변형된 뉴클레오시드"는 독립적으로 변형된 당 모이어티 및/또는 변형된 핵염기를 갖는 뉴클레오시드를 의미한다. 범용 염기는 5개의 비변형된 핵염기 중 어느 하나와 쌍형성할 수 있는 변형된 핵염기이다. 변형된 뉴클레오시드는 핵염기가 결여된 무염기성 뉴클레오시드를 포함한다. 그러나, 변형된 뉴클레오시드는 핵염기를 연결할 수 없는 스페이서 또는 다른 기를 포함하지 않는다.
본원에 사용된 "연결된 뉴클레오시드"는 인접 서열에 이어진 뉴클레오시드이다 (즉, 연결된 것들 사이에 추가의 뉴클레오시드가 존재하지 않음). 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 통해 이어진 연결된 뉴클레오시드의 상이한 절편을 가질 수 있다. 여기서, 스페이서 (즉, 뉴클레오시드 대체물)는 뉴클레오시드로 간주되지 않고, 따라서 올리고뉴클레오티드를 연결된 뉴클레오시드의 2개의 절편으로 분할한다. 올리고뉴클레오티드는 Y개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편 (예를 들어, 인접 서열에 이어진 Y개의 뉴클레오시드), 이어서 스페이서, 및 이어서 Z개의 연결된 뉴클레오시드의 제2 절편을 가질 수 있다. 여기서, Y 및 Z 연결된 뉴클레오시드는 5'에서 3' 방향으로 또는 3'에서 5' 방향으로 기재된다. 다양한 실시양태에서, 제1 절편은 7개 이하의 연결된 뉴클레오시드 (예를 들어, Y = 7 이하)로 이루어지는 한편, 제2 절편은 8개 이상의 연결된 뉴클레오시드 (예를 들어, Z = 8 이상)를 포함한다.
본원에 사용된 "변형된 올리고뉴클레오티드"는 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 변형된 뉴클레오시드간 연결, 변형된 당 및/또는 변형된 핵염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 의미한다.
본원에 사용된 "변형된 당" 또는 "변형된 당 모이어티"는 변형된 푸라노실 당 모이어티, 또는 핵염기를 또 다른 기, 예컨대 뉴클레오시드간 연결, 접합체 기 또는 올리고뉴클레오티드의 말단 기에 연결할 수 있는 푸라노실 모이어티 이외의 것을 갖는 변형된 당 모이어티를 의미한다.
본원에 사용된 "단량체"는 올리고머의 단일 단위를 의미한다. 단량체는 자연 발생이든 변형된 것이든 뉴클레오시드 및 뉴클레오티드를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 "모티프"는 안티센스 화합물에서 비변형 및 변형된 뉴클레오시드의 패턴을 의미한다.
본원에 사용된 "천연 당 모이어티"는 DNA (2'-H) 또는 RNA (2'-OH)에서 발견되는 당 모이어티를 의미한다.
본원에 사용된 "자연 발생 뉴클레오시드간 연결"은 3'에서 5'로의 포스포디에스테르 연결을 의미한다.
본원에 사용된 "비-상보적 핵염기"는 서로 수소 결합을 형성하지 않거나 또는 달리 혼성화를 지지하지 않는 한 쌍의 핵염기를 지칭한다.
본원에 사용된 "핵산"은 단량체 뉴클레오티드로 구성된 분자를 지칭한다. 핵산은 리보핵산 (RNA), 데옥시리보핵산 (DNA), 단일-가닥 핵산, 이중-가닥 핵산, 비-코딩 RNA, 소형 간섭 리보핵산 (siRNA), 짧은-헤어핀 RNA (shRNA), 및 마이크로RNA (miRNA)를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 "핵염기"는 또 다른 핵산의 염기와 염기 쌍형성할 수 있는 헤테로시클릭 모이어티를 의미한다.
본원에 사용된 "핵염기 상보성"은 또 다른 핵염기와 염기 쌍형성을 할 수 있는 핵염기를 지칭한다. 예를 들어, DNA에서, 아데닌 (A)은 티민 (T)에 대해 상보적이다. 예를 들어, RNA에서, 아데닌 (A)은 우라실 (U)에 대해 상보적이다. 특정 실시양태에서, 상보적 핵염기는 그의 표적 핵산의 상응하는 핵염기와 염기 쌍형성을 할 수 있는 안티센스 화합물의 핵염기를 지칭한다. 예를 들어, 안티센스 화합물의 특정 위치에서의 핵염기가 표적 핵산의 특정 위치에서의 핵염기와 수소 결합할 수 있는 경우에, 올리고뉴클레오티드와 표적 핵산 사이의 수소 결합의 위치는 그 핵염기 쌍에서 상보적인 것으로 간주된다.
본원에 사용된 "핵염기 서열"은 임의의 당, 연결 및/또는 핵염기 변형과 독립적인 핵염기의 순서를 의미한다.
본원에 사용된 "뉴클레오시드"는 당에 연결된 핵염기를 지칭한다. 용어 "뉴클레오시드"는 또한 독립적으로 변형된 당 모이어티 및/또는 변형된 핵염기를 갖는 "변형된 뉴클레오시드"를 포함한다.
본원에 사용된 "뉴클레오시드 모방체"는 올리고머 화합물의 1개 이상의 위치에서 당, 당 및 염기, 또는 염기, 및 반드시는 아니지만 연결을 대체하는 데 사용되는 구조, 예컨대 예를 들어, 모르폴리노, 시클로헥세닐, 시클로헥실, 테트라히드로피라닐, 비시클로 또는 트리시클로 당 모방체, 예를 들어 비-푸라노스 당 단위를 갖는 뉴클레오시드 모방체를 포함한다. 뉴클레오티드 모방체는 올리고머 화합물의 1개 이상의 위치에서 뉴클레오시드 및 연결을 대체하는 데 사용되는 구조, 예컨대 예를 들어, 펩티드 핵산 또는 모르폴리노 (포스포로디아미데이트 또는 다른 비-포스포디에스테르 연결에 의해 연결된 모르폴리노)를 포함한다. 당 대용물은 약간 더 넓은 용어 뉴클레오시드 모방체와 중첩되지만 단지 당 단위 (푸라노스 고리)만의 대체를 나타내는 것으로 의도된다. 본원에 제공된 테트라히드로피라닐 고리는 푸라노스 당 기가 테트라히드로피라닐 고리계로 대체된 당 대용물 예의 예시이다. "모방체"는 당, 핵염기 및/또는 뉴클레오시드간 연결 대신 치환된 기를 지칭한다. 일반적으로, 당 또는 당-뉴클레오시드간 연결 조합 대신 모방체가 사용되고, 선택된 표적에 대한 혼성화를 위해 핵염기는 유지된다.
본원에 사용된 "뉴클레오티드"는 뉴클레오시드의 당 부분에 공유 연결된 포스페이트 기를 갖는 뉴클레오시드를 의미한다.
본원에 사용된 "올리고머 화합물" 또는 "올리고머"는 핵산 분자의 적어도 한 영역에 혼성화할 수 있는 연결된 단량체 서브유닛의 중합체를 의미한다.
본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드"는 각각 서로 독립적으로 변형 또는 비변형될 수 있는 연결된 뉴클레오시드의 1개 이상의 절편의 중합체를 의미한다.
본원에 사용된 "핫스팟 영역"은 표적 핵산의 스플라이싱의 올리고머 화합물-매개 조정에 적용가능한 표적 핵산 상의 소정의 범위의 핵염기이다.
본원에 사용된 "혼성화"는 상보적 올리고뉴클레오티드 및/또는 핵산의 쌍형성 또는 어닐링을 의미한다. 특정한 메카니즘에 제한되지는 않지만, 가장 흔한 혼성화 메카니즘은 수소 결합을 수반하며, 이는 상보적 핵염기들 사이의 왓슨-크릭, 후그스틴 또는 역 후그스틴 수소 결합일 수 있다.
본원에 사용된 "활성의 양을 증가시키는 것"은 비처리 또는 대조군 샘플에서의 전사 발현 또는 활성에 비해 보다 많은 전사 발현, 보다 정확한 스플라이싱으로 전장 성숙 mRNA 및/또는 단백질 발현, 및/또는 보다 많은 활성을 발생시키는 것을 지칭한다.
안티센스 치료제
안티센스 치료제는 전사체, 예컨대 mRNA를 조정하는 데 사용될 수 있는 핵산-기반 화합물의 부류이다. 다양한 실시양태에서, 안티센스 치료제는 1개 이상의 스페이서를 포함하고, 유전자로부터 전사되는 전사체, 예컨대 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA, KCNQ2 프리-mRNA, UNC13A 프리-mRNA, 및/또는 SMN2 프리-mRNA를 조정하는 데 사용될 수 있다.
안티센스 치료제는 단일- 또는 이중-가닥 데옥시리보핵산 (DNA)-기반, 리보핵산 (RNA)-기반, 또는 DNA/RNA 화학적 유사체 화합물일 수 있다. 일반적으로, 안티센스 치료제는 안티센스 치료제와 프리-mRNA 또는 mRNA 사이의 결합을 촉진하기 위해 주어진 유전자로부터 전사된 mRNA 또는 프리-mRNA 서열에 대해 상보적이거나 거의 상보적인 서열을 포함하도록 설계된다. 특정 실시양태에서, 안티센스 치료제는 mRNA 또는 프리-mRNA에 결합하여 그에 의해 단백질 번역을 억제하고/거나, 프리-mRNA의 성숙 mRNA로의 스플라이싱을 변경시키고/거나 (예를 들어, 스플라이싱 활성화제 단백질과 같은 적절한 단백질이 결합하는 것을 막는 것에 의함), mRNA의 파괴를 유발함으로써 작용한다. 특정 실시양태에서, 안티센스 치료제 서열은 표적화된 유전자 또는 mRNA의 센스 서열의 부분에 대해 상보적이다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 안티센스 치료제는 프리-mRNA 센스에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열 또는 그의 부분, 및 1개 이상의 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드-기반 화합물이다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 안티센스 치료제는 또한 뉴클레오티드 화학적 유사체-기반 화합물일 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 개시된 바와 같은 올리고뉴클레오티드는 5 내지 100개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 10 내지 60개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 12 내지 50개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 14 내지 40개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 10 내지 30개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 14 내지 30개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 14 내지 25개 또는 15 내지 22개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 또는 27개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이의 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. 본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드 단위"는 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 (예를 들어, 당 및/또는 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드) 또는 뉴클레오시드-대체 기 (예를 들어, 스페이서)를 지칭한다.
특정한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 또는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 18개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 20개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 22개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 24개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 26개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 27개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다.
특정 실시양태에서, AON은 화학적으로 변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-O-메틸화된 뉴클레오시드 또는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드)뿐만 아니라 변형된 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 연결)을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 AON은 RNA 서열, 예컨대 STMN2 mRNA 서열에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 AON은 화학적으로 변형된 뉴클레오시드 및 변형된 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 연결)을 포함할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 기재된 AON은 1개 이상의 스페이서를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 21개의 핵염기 및 2개의 뉴클레오시드 대체 기 (예를 들어, 2개의 스페이서)를 갖는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위를 포함한다. 1개의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드 및 2개의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드의 추가의 실시양태가 본원에 기재된다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다.
일부 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 유전자 전사체의 억제제 (예를 들어, shRNA, siRNA, PNA, LNA, 2'-O-메틸 (2'OMe) 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON), 2'-O-(2-메톡시에틸) (MOE) AON, 또는 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO))), 또는 이러한 화합물을 포함하는 조성물일 수 있으나 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 2'OMe (예를 들어, 1개 이상의 2'OMe 변형된 당을 포함하는 AON), MOE (예를 들어, 1개 이상의 MOE 변형된 당을 포함하는 AON), 펩티드 핵산 (예를 들어, 당-포스페이트 백본 대신 반복 단위로서 아미드 결합 또는 카르보닐 메틸렌 연결에 의해 연결된 1개 이상의 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위를 포함하는 AON), 잠금 핵산 (예를 들어, 1개 이상의 잠금 리보스를 포함하고, 2'-데옥시 뉴클레오티드 또는 2'OMe 뉴클레오티드의 혼합물일 수 있는 AON), c-ET (예를 들어, 1개 이상의 cET 당을 포함하는 AON), 구속성 메톡시에틸 (cMOE) (예를 들어, 1개 이상의 cMOE 당을 포함하는 AON), 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 1개 이상의 PMO를 포함하는 백본을 포함하는 AON), 데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드 (예를 들어, 1개 이상의 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드를 포함하는 AON), 트리시클로-DNA (tcDNA) (예를 들어, 1개 이상의 tcDNA 변형된 당을 포함하는 AON), 2'-O,4'-C-에틸렌-가교된 핵산 (ENA) (예를 들어, 1개 이상의 ENA 변형된 당을 포함하는 AON), 또는 헥시톨 핵산 (HNA) (예를 들어, 1개 이상의 HNA 변형된 당을 포함하는 AON)을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)이다. 일부 실시양태에서, AON은 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO) (모르폴리노) 연결, PNA 연결, 또는 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO) (모르폴리노) 연결, 및 PNA 연결의 임의의 조합으로부터 독립적으로 선택된 1개 이상의 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON, KCNQ2 AON UNC13A AON, 또는 SMN2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 또는 포스포로티오에이트 및 포스포디에스테르 연결의 조합을 포함한다.
펩티드 핵산 (PNA)은 DNA 또는 RNA를 모방하는 구조를 갖는 짧은 인공 합성 중합체이다. PNA는 펩티드 결합에 의해 연결된 반복 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위로 구성된 백본을 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 PNA는 높은 특이성으로 RNA 서열에 결합하고, 수준 (예를 들어, 전장 UNC13A mRNA 또는 단백질 수준) 및/또는 활성 (예를 들어, 생물학적 활성, 예를 들어 UNC13A 활성)을 증가, 회복, 및/또는 안정화시키는 안티센스 치료제로서 사용될 수 있다.
잠금 핵산 (LNA)은 리보스 모이어티가 2' 산소와 4' 탄소를 잇는 추가의 가교에 의해 변형된 1개 이상의 변형된 RNA 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열이다. LNA는 유사한 올리고뉴클레오티드 서열보다 더 높은 Tm을 갖는 것으로 여겨진다. 특정 실시양태에서, 본원에 기재된 LNA는 높은 특이성으로 RNA 서열에 결합하는 안티센스 치료제로서 사용될 수 있다. 예를 들어, LNA는 STMN2 프리-RNA에 결합하고, STMN2 프리-mRNA의 조기 폴리아데닐화를 억제하고, STMN2 수준 (예를 들어, STMN2 mRNA 또는 단백질 수준) 및/또는 활성 (예를 들어, 생물학적 활성, 예를 들어, STMN2 활성)을 증가, 회복, 및/또는 안정화시킬 수 있고/거나; LNA는 KCNQ2 프리-RNA에 결합하고, KCNQ2 프리-mRNA의 미스-스플라이싱을 감소시키고, KCNQ2 수준 (예를 들어, KCNQ2 mRNA 또는 단백질 수준) 및/또는 활성 (예를 들어, 생물학적 활성, 예를 들어, KCNQ2 활성)을 증가, 회복 및/또는 안정화시킬 수 있고/거나; LNA는 UNC13A 프리-mRNA에 결합하고, UNC13A 프리-mRNA의 미스-스플라이싱을 방지하고, UNC13A 수준 (예를 들어, UNC13A mRNA 또는 단백질 수준) 및/또는 활성 (예를 들어, 생물학적 활성, 예를 들어, UNC13A 활성)을 증가, 회복 및/또는 안정화시킬 수 있고/거나; LNA는 SMN2 프리-RNA에 결합하고, SMN2 프리-mRNA의 미스-스플라이싱을 감소시키고, SMN2 수준 (예를 들어, SMN2 mRNA 또는 단백질 수준) 및/또는 활성 (예를 들어, 생물학적 활성, 예를 들어, SMN2 활성)을 증가, 회복 및/또는 안정화시킬 수 있다.
모르폴리노 올리고머는 포스포로디아미데이트 기를 통해 연결된 메틸렌모르폴린 고리의 백본에 부착된 염기를 포함하는 올리고뉴클레오티드 화합물이다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 모르폴리노 올리고머는 특정 관심 프리-mRNA 서열에 결합하도록 설계될 수 있다.
잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체에 대해 상보적인 STMN2 올리고뉴클레오티드
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 85 내지 98% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 90-95% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 84 내지 88% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 89 내지 92% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 94 내지 96% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 또는 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 또는 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON에 의해 표적화되는 STMN2 전사체의 영역은 잠재 엑손 서열이다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON에 의해 표적화되는 STMN2 전사체의 영역은 잠재 엑손 서열의 상류 또는 하류 (예를 들어, 100 또는 200개 염기 상류 또는 하류)에 위치하는 서열이다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다.
STMN2 AON 결합 특이성은 파라미터, 예컨대 해리 상수, 용융 온도, 또는 다른 기준, 예컨대 단백질 또는 RNA 발현 수준에서의 변화의 측정 또는 STMN2 활성 또는 발현을 측정하는 다른 검정을 통해 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 비-듀플렉스화된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 2개의 올리고뉴클레오티드의 듀플렉스를 포함할 수 있으며, 여기서 제1 올리고뉴클레오티드는 STMN2 프리-mRNA 서열에 대해 완전히 또는 거의 완전히 상보적인 핵염기 서열을 포함하고, 제2 올리고뉴클레오티드는 제1 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열에 대해 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 1가지 이상의 종의 STMN2 유전자로부터 생산된 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA를 표적화할 수 있다. 예를 들어, STMN2 AON은 포유동물 STMN2 유전자, 예를 들어 인간 (즉, 호모 사피엔스) STMN2 유전자의 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA를 표적화할 수 있다. 특정한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손을 포함하는 인간 STMN2 프리-mRNA를 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 유전자 또는 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA의 핵염기 서열 또는 그의 부분에 대해 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
본원에 기재된 STMN2 AON은 하기 표 1에 열거된 올리고뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다:
표 1. STMN2 AON 서열, 본 개시내용에 기재된 각각의 1개 이상의 스페이서가 본 발명의 올리고뉴클레오티드의 생성을 위해 포함됨.
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
하기 표 2는 추가의 STMN2 AON 서열을 확인시켜준다:
표 2. 추가의 STMN2 AON 서열 (서열식별번호: 1-446에 상응하지만, 티민 염기가 우라실 염기로 대체됨)
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
하기 표 3은 예시적인 STMN2 AON 서열을 확인시켜준다:
표 3. 예시적인 STMN2 AON 서열, 본 개시내용에 기재된 각각의 1개 이상의 스페이서가 본 발명의 올리고뉴클레오티드의 생성을 위해 포함됨.
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 표 3에 열거된 STMN2 AON 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이고 (스페이서가 존재하는 경우는 제외, 연결은 포스포로티오에이트 연결일 수 있거나 또는 아닐 수 있음), 올리고뉴클레오티드의 각각의 연결된 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-MeC로 대체된다. 일부 실시양태에서, 표 3에 열거된 STMN2 AON 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이고, 올리고뉴클레오티드의 각각의 연결된 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 뉴클레오시드이고, 모든 'C"가 5-MeC로 대체되는 것은 아니거나, 'C" 중 어느 것도 5-MeC로 대체되지 않는다.
하기 표 4는 추가의 예시적인 STMN2 AON 서열을 확인시켜준다:
표 4. 추가의 예시적인 STMN2 AON 서열 (표 3에 제시된 AON에 상응하지만 티민 염기가 우라실 염기로 대체됨)
잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체
한 실시양태에서, STMN2 AON은 잠재 엑손 서열을 포함하는 STMN2 전사체의 영역을 표적화하며, STMN2 전사체는 서열식별번호: 1339로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 1339)
STMN2 전사체 내의 잠재 엑손 서열은 서열식별번호: 1340으로서 제공된다.
(서열식별번호: 1340) (공급원: NCBI 참조 서열: NC_000008.11).
다양한 실시양태에서, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체는 서열식별번호: 1339와 90-100% 동일성을 공유한다. 다양한 실시양태에서, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체는 서열식별번호: 1341과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 공유한다.
한 실시양태에서, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체는 프리-mRNA STMN2 전사체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체는 서열식별번호: 1341로서 제공된 서열을 포함할 수 있다.
(서열식별번호: 1341)
STMN2 전사체의 영역을 표적화하는 STMN2 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 STMN2 AON은 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 특정 영역에 대해 상보적이다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 특정 영역에 대해 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 95% 상보적인 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON (예를 들어, STMN2 AON)은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. STMN2 AON의 절편은 스페이서를 통해 STMN2 AON의 다른 절편으로부터 분리될 수 있다. STMN2 AON의 절편은 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체)의 특정 영역에 대해 상보적이다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 144-168, 173-197, 185-209, 또는 237-261 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 위치 121-144, 146-170, 150-170, 150-172, 150-170, 150-172, 150-174, 169-193, 170-194, 171-195, 172-196, 197-221, 249-273, 252-276, 또는 276-300 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 144-164, 144-166, 145-167, 146-166, 146-168, 147-165, 또는 148-168 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 173-191, 173-193, 173-195, 173-197, 175-195, 175-197, 177-197, 또는 179-197 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 185-205, 187-209, 189-209, 또는 191-209 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 237-255, 237-259, 239-259, 239-261, 241-261, 또는 243-261 중 어느 하나를 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 144-168, 173-197, 185-209, 또는 237-261 중 어느 하나로 이루어진 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 144-164, 144-166, 145-167, 146-166, 146-168, 147-165, 또는 148-168 중 어느 하나로 이루어진 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 173-191, 173-193, 173-195, 173-197, 175-195, 175-197, 177-197, 또는 179-197 중 어느 하나로 이루어진 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 185-205, 187-209, 189-209, 또는 191-209 중 어느 하나로 이루어진 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 STMN2 전사체의 특정 부분, 서열식별번호: 1339의 위치 237-255, 237-259, 239-259, 239-261, 241-261, 또는 243-261 중 어느 하나로 이루어진 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화한다.
STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 이하에서 STMN2 AON 변이체로 지칭되는 상이한 변이체를 포함한다. STMN2 AON 변이체는 5 내지 100개의 핵염기 길이, 예를 들어, 10 내지 40개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 40개의 핵염기 길이, 10 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 16 내지 28개의 핵염기 길이, 예를 들어, 19 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 21 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 핵염기 길이의 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. STMN2 AON 변이체는 STMN2 프리-mRNA 서열 또는 STMN2 유전자 서열의 부분에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON 변이체는 서열식별번호: 1-446 또는 서열식별번호: 893-1338 중 어느 하나로부터 선택된 핵염기 서열을 포함하는 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타낸다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON 변이체는 서열식별번호: 1-446 또는 서열식별번호: 893-1338 중 어느 하나로부터 선택된 STMN2 AON의 핵염기 서열의 단축된 버전을 나타내는 핵염기 서열을 포함한다. 한 예로서, STMN2 모 올리고뉴클레오티드가 25량체 (예를 들어, 25개의 뉴클레오티드 염기 길이)를 포함하는 경우, 변이체 (예를 들어, STMN2 변이체)는 25량체 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 보다 짧은 버전 (예를 들어, 15량체, 17량체, 19량체, 21량체, 또는 23량체)을 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, STMN2 AON 변이체의 핵염기 서열은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열의 3' 및 5' 단부 중 하나 또는 둘 다로부터 제거되었다는 점에서 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상응하는 핵염기 서열과 상이하다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부 중 하나로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 1개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 4개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 3개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 STMN2 AON 변이체는 6개의 뉴클레오티드 염기가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다.
STMN2 AON 변이체의 예시적인 서열을 하기 표 5A 및 5B에 제시한다.
표 5A. STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
표 5B: 추가의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
하기 표 6은 STMN2 AON 서열의 추가의 변이체를 확인시켜준다:
표 6. 추가의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
KCNQ2 전사체에 상보적인 KCNQ2 올리고뉴클레오티드
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 90-95% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 85% 내지 90% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 84% 내지 88% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 89% 내지 92% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 3032-3043)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 94% 내지 96% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다.
KCNQ2 AON 결합 특이성은 파라미터, 예컨대 해리 상수, 용융 온도, 또는 다른 기준, 예컨대 단백질 또는 RNA 발현 수준에서의 변화의 측정 또는 KCNQ2 활성 또는 발현을 측정하는 다른 검정을 통해 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 비-듀플렉스화된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 2개의 올리고뉴클레오티드의 듀플렉스를 포함할 수 있으며, 여기서 제1 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 프리-mRNA 서열에 대해 완전히 또는 거의 완전히 상보적인 핵염기 서열을 포함하고, 제2 올리고뉴클레오티드는 제1 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열에 대해 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 1가지 이상의 이소형의 KCNQ2 mRNA를 표적화할 수 있다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 유전자 또는 KCNQ2 mRNA의 핵염기 서열에 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
본원에 기재된 KCNQ2 AON은 하기 표 7A 및 7B에 열거된 올리고뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다:
표 7A. KCNQ2 전사체의 인트론 4 영역 내의 서열에 상보적인 예시적인 KCNQ2 AON 서열.
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
표 7B. KCNQ2 전사체의 서열에 상보적인 예시적인 KCNQ2 AON 서열.
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
KCNQ2 전사체
다양한 실시양태에서, KCNQ2 전사체는 서열식별번호: 3032로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3032 (공급원 NCBI 참조 번호: NM_001382235.1)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3033으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3033) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_004518.6).
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3034로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3034) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_172106.3).
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3035로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3035) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_172107.4).
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3036으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3036) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_172108.5).
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3037로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3037) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_172109.3).
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3038로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3038) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011528811.2)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3039로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3039) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017027844.2)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3040으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3040) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017027841.2)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3041로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3041) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017027842.2)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3042로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3042) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017027843.1)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 3043으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 3043) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017027845.1)
다양한 실시양태에서, KCNQ2 전사체는 KCNQ2 프리-mRNA 전사체이다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 3044로서 제공된 서열을 포함한다.
NCBI 참조 서열 NG_009004.2는 서열식별번호: 3044이다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 3045로서 제공된 서열을 포함한다. NCBI 참조 서열 NC_000020.11 참조 GRCh38.p13 1차 어셈블리는 서열식별번호: 3045이다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 전사체는 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나와 90-100% 동일성을 공유하거나, 또는 서열식별번호: 3044 또는 서열식별번호: 3045를 포함하는 KCNQ2 프리-mRNA 전사체에 대해 90-100% 동일성을 공유한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 전사체는 서열식별번호: 3032-3043과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 공유하거나, 또는 서열식별번호: 3044 또는 서열식별번호: 3045로부터 전사된 KCNQ2 프리-mRNA 전사체와 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 공유한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2는 TDP43에 의해 간접적으로 조절되고, 따라서 어구 "TDP43에 의해 조절되는"에 포괄된다.
KCNQ2 전사체의 영역을 표적화하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 KCNQ2 AON은 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 전사체)의 특정 영역에 상보적이다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 95% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 KCNQ2 전사체의 특정 영역에 대해 95 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCQN2 전사체는 프리-mRNA 전사체이고, 특정 영역은 KCNQ2 프리-mRNA 전사체의 인트론 4이다. 다양한 실시양태에서, KCQN2 전사체는 프리-mRNA 전사체이고, 특정 영역은 KCNQ2 프리-mRNA 전사체의 인트론 5이다. 다양한 실시양태에서, 특정 영역은 KCNQ2 프리-mRNA 전사체의 엑손 5이다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON (예를 들어, KCNQ2 AON)은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. KCNQ2 AON의 절편은 스페이서를 통해 KCNQ2 AON의 다른 절편으로부터 분리될 수 있다. KCNQ2 AON의 절편은 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 전사체)의 특정 영역에 상보적이다.
KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 이하에서 KCNQ2 AON 변이체로 지칭되는 상이한 변이체를 포함한다. KCNQ2 AON 변이체는 5 내지 100개의 핵염기 길이, 예를 들어, 10 내지 40개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 40개의 핵염기 길이, 10 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 16 내지 28개의 핵염기 길이, 예를 들어, 19 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 21 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 핵염기 길이의 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. KCNQ2 AON 변이체는 KCNQ2 프리-mRNA 서열 또는 KCNQ2 유전자 서열의 부분에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. 예시적인 KCNQ2 AON 변이체는 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 또는 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나로부터 선택된 핵염기 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON 변이체는 서열식별번호: 1676-1851 및 서열식별번호: 2028-2529 중 어느 하나로부터 선택된 핵염기 서열을 포함하는 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타낸다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON 변이체는 서열식별번호: 1676-1851 및 서열식별번호: 2028-2529 중 어느 하나로부터 선택된 KCNQ2 AON의 핵염기 서열의 단축된 버전을 나타내는 핵염기 서열을 포함한다. 한 예로서, KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드가 25량체 (예를 들어, 25개의 뉴클레오티드 염기 길이)를 포함하는 경우, 변이체 (예를 들어, KCNQ2 변이체)는 25량체 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 보다 짧은 버전 (예를 들어, 15량체, 17량체, 19량체, 21량체, 또는 23량체)을 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, KCNQ2 AON 변이체의 핵염기 서열은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열의 3' 및 5' 단부 중 하나 또는 둘 다로부터 제거되었다는 점에서 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 상응하는 핵염기 서열과 상이하다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부 중 하나로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 1개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 4개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 3개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 KCNQ2 AON 변이체는 6개의 뉴클레오티드 염기가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다.
KCNQ2 AON 변이체의 예시적인 서열을 하기 표 8A 및 8B에 제시한다.
표 8A. KCNQ2 전사체의 서열에 상보적인 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
표 8B: KCNQ2 전사체의 서열에 상보적인 추가의 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
UNC13A 전사체에 상보적인 UNC13A 올리고뉴클레오티드
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 90-95% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 85% 내지 90% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 84% 내지 88% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, UNC13A AON은 미스-스플라이싱된 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 89% 내지 92% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9587-9595)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 94% 내지 96% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 및 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 및 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 스페이서를 포함하고, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 스페이서를 포함하고, 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다.
UNC13A AON 결합 특이성은 파라미터, 예컨대 해리 상수, 용융 온도, 또는 다른 기준, 예컨대 단백질 또는 RNA 발현 수준에서의 변화의 측정 또는 UNC13A 활성 또는 발현을 측정하는 다른 검정을 통해 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 비-듀플렉스화된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 2개의 올리고뉴클레오티드의 듀플렉스를 포함할 수 있으며, 여기서 제1 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 프리-mRNA 서열에 대해 완전히 또는 거의 완전히 상보적인 핵염기 서열을 포함하고, 제2 올리고뉴클레오티드는 제1 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열에 대해 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 1종 이상의 종의 UNC13A 유전자로부터 생산된 UNC13A 프리-mRNA를 표적화할 수 있다. 예를 들어, UNC13A AON은 포유동물 UNC13A 유전자, 예를 들어 인간 (즉, 호모 사피엔스) UNC13A 유전자의 UNC13A 프리-mRNA를 표적화할 수 있다. 특정한 실시양태에서, UNC13A AON은 인간 UNC13A 프리-mRNA를 표적화한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 유전자 또는 UNC13A 프리-mRNA 또는 그의 부분의 핵염기 서열에 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
본원에 기재된 UNC13A AON은 하기 표 9에 열거된 올리고뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다:
표 9. 예시적인 UNC13A AON 서열.
* 올리고뉴클레오티드 서열의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
UNC13A 전사체
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9587로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9587 (공급원 NCBI 참조 서열 NM_001080421.3)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9588로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9588 (공급원 NCBI 참조 서열 NM_001387021.1)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9589로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9589 (공급원 NCBI 참조 서열 NM_001387022.1)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9590으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9590 (공급원 NCBI 참조 서열 NM_001387023.1)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9591로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9591 (공급원 NCBI 참조 서열 XM_011527810.2)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9592로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9592 (공급원 (NCBI 참조 서열 XM_017026502.1)).
다양한 실시양태에서, UNC13A mRNA 전사체는 서열식별번호: 9593으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9593 (공급원 NCBI 참조 서열 XM_011527811.2)).
다양한 실시양태에서, UNC13A 전사체는 프리-mRNA UNC13A 전사체이다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 9594로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9594 (공급원 NCBI 참조 서열 NG_052872.1)).
다양한 실시양태에서, UNC13A 전사체는 프리-mRNA UNC13A 전사체이다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 9595로서 제공된 서열을 포함한다. NCBI 참조 서열 NC_000019.10 참조 GRCh38.p13 1차 어셈블리는 서열식별번호: 9595이다.
UNC13A 전사체의 영역을 표적화하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 UNC13A AON은 서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 특정 영역에 상보적이다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체의 특정 영역에 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 95% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 UNC13A 전사체의 특정 영역에 대해 95 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON (예를 들어, UNC13A AON)은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. UNC13A AON의 절편은 스페이서를 통해 UNC13A AON의 다른 절편으로부터 분리될 수 있다. UNC13A AON의 절편은 서열식별번호: 9587-9593 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 전사체) 또는 서열식별번호: 9594 또는 9595로부터 전사된 UNC13A 프리-mRNA 전사체의 특정 영역에 상보적이다.
UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 이하에서 UNC13A AON 변이체로 지칭되는 상이한 변이체를 포함한다. UNC13A AON 변이체는 5 내지 100개의 핵염기 길이, 예를 들어, 10 내지 40개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 40개의 핵염기 길이, 10 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 16 내지 28개의 핵염기 길이, 예를 들어, 19 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 21 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 핵염기 길이의 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. UNC13A AON 변이체는 UNC13A 프리-mRNA 서열 또는 UNC13A 유전자 서열의 부분에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON 변이체는 서열식별번호: 4531-5794 중 어느 하나로부터 선택된 핵염기 서열을 포함하는 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타낸다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON 변이체는 서열식별번호: 4531-5794 중 어느 하나로부터 선택된 UNC13A AON의 핵염기 서열의 단축된 버전을 나타내는 핵염기 서열을 포함한다. 한 예로서, UNC13A 모 올리고뉴클레오티드가 25량체 (예를 들어, 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이)를 포함하는 경우, 변이체 (예를 들어, UNC13A 변이체)는 25량체 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 보다 짧은 버전 (예를 들어, 15량체, 17량체, 19량체, 21량체, 또는 23량체)을 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, UNC13A AON 변이체의 핵염기 서열은 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열의 3' 및 5' 단부 중 하나 또는 둘 다로부터 제거되었다는 점에서 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 상응하는 핵염기 서열과 상이하다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 2개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부 중 하나로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 1개의 뉴클레오티드 염기가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 2개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 4개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 3개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 UNC13A AON 변이체는 6개의 올리고뉴클레오티드 단위가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다.
UNC13A AON 변이체의 예시적인 서열을 하기 표 10에 제시한다.
표 10. 예시적인 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
SMN2 전사체에 상보적인 SMN2 올리고뉴클레오티드
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 90-95% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 85% 내지 90% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 84% 내지 88% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 89% 내지 92% 상보적인 서열을 포함한다. 특정한 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체 (예를 들어, 서열식별번호: 9698-9709)의 영역에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열에 대해 94% 내지 96% 상보적인 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 9710-10141 및 서열식별번호: 10574-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 9710-10141 및 서열식별번호: 10574-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 스페이서를 포함하고, 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다.
SMN2 AON 결합 특이성은 파라미터, 예컨대 해리 상수, 용융 온도, 또는 다른 기준, 예컨대 단백질 또는 RNA 발현 수준에서의 변화의 측정 또는 SMN2 활성 또는 발현을 측정하는 다른 검정을 통해 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 비-듀플렉스화된 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 2개의 올리고뉴클레오티드의 듀플렉스를 포함할 수 있으며, 여기서 제1 올리고뉴클레오티드는 SMN2 프리-mRNA 서열에 대해 완전히 또는 거의 완전히 상보적인 핵염기 서열을 포함하고, 제2 올리고뉴클레오티드는 제1 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열에 대해 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 1가지 이상의 이소형의 SMN2 mRNA를 표적화할 수 있다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 유전자 또는 SMN2 mRNA의 핵염기 서열에 상보적인 핵염기 서열을 포함한다.
SMN2 전사체
다양한 실시양태에서, SMN2 전사체는 서열식별번호: 9698로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9698 (공급원 NCBI 참조 번호: NM_017411.4)
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9699로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9699) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_022875.3).
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9700으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9700) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_022876.2).
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9701로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9701) (공급원: NCBI 참조 서열: NM_022877.2).
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9702로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9702) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011543602.3).
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9703으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9703) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011543603.3).
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9704로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9704) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011543600.2
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9705로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9705) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011543601.1)
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9706으로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9706) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_011543599.1)
다양한 실시양태에서, SMN2 mRNA 전사체는 서열식별번호: 9707로서 제공된 서열을 포함한다.
(서열식별번호: 9707) (공급원: NCBI 참조 서열: XM_017009787.1)
다양한 실시양태에서, SMN2 전사체는 SMN2 프리-mRNA 전사체이다. 다양한 실시양태에서, SMN2 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 9708로서 제공된 서열을 포함한다. NCBI 참조 서열 NG_008728.1은 서열식별번호: 9708이다.
다양한 실시양태에서, SMN2 프리-mRNA 전사체는 서열식별번호: 9709로서 제공된 서열을 포함한다. NCBI 참조 서열 NC_000005.10은 서열식별번호: 9709이다.
다양한 실시양태에서, SMN2 전사체는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나와 90-100% 동일성을 공유하거나, 또는 서열식별번호: 9708 또는 서열식별번호: 9709를 포함하는 SMN2 프리-mRNA 전사체에 대해 90-100% 동일성을 공유한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 전사체는 서열식별번호: 9698-9707과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 공유하거나, 또는 서열식별번호: 9708 또는 서열식별번호: 9709로부터 전사된 SMN2 프리-mRNA 전사체와 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 공유한다.
SMN2 전사체의 영역을 표적화하는 SMN2 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 SMN2 AON은 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 전사체)의 특정 영역에 상보적이다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체의 특정 영역에 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체의 특정 영역에 대해 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 적어도 100% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체의 특정 영역에 대해 90 내지 95% 상보적인 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 SMN2 전사체의 특정 영역에 대해 95 내지 99% 상보적인 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON (예를 들어, SMN2 AON)은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 갖는다. SMN2 AON의 절편은 스페이서를 통해 SMN2 AON의 다른 절편으로부터 분리될 수 있다. SMN2 AON의 절편은 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 전사체)의 특정 영역에 상보적이다.
SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 이하에서 SMN2 AON 변이체로 지칭되는 상이한 변이체를 포함한다. SMN2 AON 변이체는 5 내지 100개의 핵염기 길이, 예를 들어, 10 내지 40개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 40개의 핵염기 길이, 10 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 14 내지 30개의 핵염기 길이, 예를 들어, 16 내지 28개의 핵염기 길이, 예를 들어, 19 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 21 내지 23개의 핵염기 길이, 예를 들어, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 또는 30개의 핵염기 길이의 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. SMN2 AON 변이체는 SMN2 프리-mRNA 서열 또는 SMN2 유전자 서열의 부분에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열일 수 있다. 예시적인 SMN2 AON 변이체는 서열식별번호: 9710-10141 중 어느 하나로부터 선택된 핵염기 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON 변이체는 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 변형된 버전을 나타낸다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON 변이체는 SMN2 모 AON의 핵염기 서열의 단축된 버전을 나타내는 핵염기 서열을 포함한다. 한 예로서, SMN2 모 올리고뉴클레오티드가 25량체 (예를 들어, 25개의 뉴클레오티드 염기 길이)를 포함하는 경우, 변이체 (예를 들어, SMN2 변이체)는 25량체 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 보다 짧은 버전 (예를 들어, 15량체, 17량체, 19량체, 21량체, 또는 23량체)을 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, SMN2 AON 변이체의 핵염기 서열은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 핵염기 서열의 3' 및 5' 단부 중 하나 또는 둘 다로부터 제거되었다는 점에서 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 상응하는 핵염기 서열과 상이하다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부 중 하나로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 1개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 23량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 2개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 4개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 21량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 3개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 및 5' 단부 각각으로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 상응하는 SMN2 AON 변이체는 6개의 뉴클레오티드 염기가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 포함된 25량체의 3' 또는 5' 단부로부터 제거된 19량체를 포함할 수 있다.
SMN2 AON 변이체의 예시적인 서열을 하기 표 11에 제시한다.
표 11. SMN2 전사체의 서열에 상보적인 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체 서열
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 갖는 안티센스 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, AON 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 AON 올리고뉴클레오티드 변이체)는 1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 1개의 LNA를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 2개의 LNA를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 3개의 LNA를 포함한다. 일반적으로, LNA는 뉴클레오시드 당 단위의 4' 및 2' 위치 사이의 2개의 탄소 원자를 이어서, 그에 의해 비시클릭 당을 형성하는 가교 (예를 들어, 메틸렌, 에틸렌, 아미노옥시 또는 옥시이미노 가교)를 갖는 핵산 단량체를 지칭한다. 일반적으로, LNA는 핵염기 (예를 들어, A, C, G, 또는 T 중 1개)를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 시토신 핵염기를 갖는 LNA는 변형된 시토신 핵염기 (예를 들어, 5-메틸시토신 핵염기)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 2개의 상이한 위치에 위치한 2개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 제1 LNA 및 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 제2 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 제1 LNA 및 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 제2 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 제1 LNA 및 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 제2 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 제1 LNA 및 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 제2 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 3개의 상이한 위치에 위치한 3개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드는, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 제1 LNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 제2 LNA, 및 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 제3 LNA를 포함한다.
1개 이상의 스페이서를 갖는 안티센스 올리고뉴클레오티드
다양한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 스페이서를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다. 일반적으로, 스페이서는 뉴클레오티드 염기가 결여되어 있고 뉴클레오시드 당 모이어티가 비-당 치환 기에 의해 대체된 뉴클레오시드-대체 기를 지칭한다. 비-당 치환 기는 핵염기에 연결될 수 없지만, 뉴클레오시드간 연결 기를 통해 스페이서에 인접한 뉴클레오시드의 3' 및 5' 위치와 연결될 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 개시된 바와 같은 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 5 내지 100개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 10 내지 60개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 12 내지 50개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 14 내지 40개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 10 내지 30개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 14 내지 30개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 예를 들어 14 내지 25개 또는 15 내지 22개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이, 또는 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이를 갖는 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 본원에 사용된 "올리고뉴클레오티드 단위"는 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 (예를 들어, 당 및/또는 핵염기를 포함하는 뉴클레오시드) 또는 뉴클레오시드-대체 기 (예를 들어, 스페이서)를 지칭한다.
특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 또는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 18개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 20개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 22개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 24개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1451-1664 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 80% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1451-1664 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1451-1664 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1451-1664 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 서열식별번호: 1451-1664 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 80% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 서열식별번호: 4402-4468, 서열식별번호: 4469-4476, 및 서열식별번호: 4477-4530 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 80% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 80% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 99% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 서열식별번호: 10574-10640 및 서열식별번호: 10644-10651 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (X)을 갖고:
여기서 고리 A는 본원에 정의된 바와 같다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Xa)을 갖고:
여기서 고리 A는 본원에 정의된 바와 같고, -CH2-O- 기는 -O- 기에 인접한 고리 A 원자 상에 있다.
본원에 일반적으로 정의된 바와 같이, 화학식 (X) 및 (Xa)의 고리 A는 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기 (예를 들어 고리 A는 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸, 시클로옥틸임) 또는 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이고, 여기서 헤테로시클릴 기는 O, S 및 N으로부터 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자를 함유한다 (예를 들어 고리 A는 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 1,4-디옥사닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 모르폴리닐, 아제파닐임). 일부 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로푸라닐이다. 일부 실시양태에서, 고리 A는 테트라히드로피라닐이다. 일부 실시양태에서, 고리 A는 피롤리디닐이다. 일부 실시양태에서, 고리 A는 시클로펜틸이다. 일부 실시양태에서, 모노시클릭 시클로알킬 또는 모노시클릭 헤테로시클릴은 추가로 치환되지 않는다. 일부 실시양태에서, 시클로알킬 또는 헤테로시클릴은 할로 (예를 들어, -F, -Cl), -OMe, -OEt -O(CH2)OMe, -O(CH2)2OMe 및 CN으로부터 선택된 0, 1, 2 또는 3개의 치환기로 추가로 치환된다.
일부 실시양태에서, 테트라히드로푸라닐은 할로 (예를 들어, -F, -Cl), -OMe, -OEt -O(CH2)OMe, -O(CH2)2OMe 및 CN으로부터 선택된 1 또는 2개의 치환기로 치환된다. 일부 실시양태에서, 테트라히드로푸라닐은 할로 (예를 들어, -F, -Cl), -OMe, -OEt -O(CH2)OMe, -O(CH2)2OMe 및 CN으로부터 선택된 2개의 치환기로 치환된다. 일부 실시양태에서, 테트라히드로푸라닐은 할로 (예를 들어, -F, -Cl), -OMe, -OEt -O(CH2)OMe, -O(CH2)2OMe 및 CN으로부터 선택된 1개의 치환기로 치환된다. 일부 실시양태에서, 테트라히드로푸라닐은 -O(CH2)2OMe로 치환된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (I')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Ia)에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Ia')에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3이다.
본원에 일반적으로 정의된 바와 같이, X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, X는 -CH2-이다. 다른 실시양태에서, X는 -O-이다.
본원에 일반적으로 정의된 바와 같이, n은 0, 1, 2 또는 3이다. 일부 실시양태에서, n은 0이다. 일부 실시양태에서, n은 1 또는 2이다. 일부 실시양태에서, n은 1이다. 다른 실시양태에서, n은 2이다. 특정 실시양태에서, n은 3이다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (II)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (II')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Iia)에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (Iia')에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIib)에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIib')에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (III)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (III')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIIa)에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 스페이서는 화학식 (IIIa')에 의해 나타내어진다:
일부 실시양태에서, 화학식 (I), (I'), (Ia), (Ia'), (II), (II'), (Iia), (Iia'), (III), (III'), (IIIa) 및 (IIIa')의 개방 위치 (즉, X의 -CH2- 기를 포함한, 독점적으로 수소 원자를 보유하는 것으로 구체적으로 도시되지 않은 위치)는 할로 (예를 들어, -F, -Cl), - OMe, -OEt -O(CH2)OMe, -O(CH2)2OMe 및 CN으로부터 선택된 0-3개의 치환기로 추가로 치환된다. 일부 실시양태에서, 화학식 (I), (I'), (Ia), (Ia'), (II), (II'), (Iia), (Iia'), (III), (III'), (IIIa) 및 (IIIa')는 추가로 치환되지 않는다.
STMN2
하기 추가로 기재되는 바와 같이, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서가 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체한다는 점에서 STMN2 모 올리고뉴클레오티드와 상이하다. 하기 사용된 바와 같이, STMN2 올리고뉴클레오티드의 "위치"는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅된 바와 같은 특정한 위치를 지칭한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25 중 어느 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7, 8, 11, 14, 16, 19, 또는 22 중 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체하는 1개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 1개의 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 15 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 10에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 12에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 12와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 12에 위치할 수 있다. 따라서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 11개의 핵염기 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 11에 위치할 수 있다. 따라서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 10개의 핵염기 길이이다. 또 다른 예로서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 15에 위치할 수 있다. 따라서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 1개는 14개의 핵염기 길이이고, 2개의 절편 중 제2 절편은 10개의 핵염기 길이이다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 2개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 2개의 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 2개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 적어도 7개의 핵염기, 적어도 8개의 핵염기, 적어도 9개의 핵염기, 또는 적어도 10개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하지 않는다.
특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 11, 위치 9와 11, 위치 10과 11, 위치 7과 10, 위치 7과 9, 위치 7과 8, 위치 8과 10, 위치 8과 9, 또는 위치 9와 10 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 22, 위치 16과 22, 위치 17과 22, 위치 18과 22, 위치 19와 22, 위치 20과 22, 위치 21과 22, 위치 15와 21, 위치 16과 21, 위치 17과 21, 위치 18과 21, 위치 19와 21, 위치 20과 21, 위치 15와 20, 위치 16과 20, 위치 17과 20, 위치 18과 20, 위치 19와 20, 위치 15와 19, 위치 16과 19, 위치 17과 19, 위치 18과 19, 위치 15와 18, 위치 16과 18, 위치 17과 18, 위치 15와 17, 위치 16과 17, 또는 위치 15와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 16에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 22에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 3개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 3개의 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 3개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 일부 실시양태에서, 제1 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드 내의 3개의 스페이서는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 위치한다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드는 제1 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제1 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제1 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제2 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제2 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편, 이어서 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제4 절편을 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (아데노신 또는 티민 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 동등한 수의 아데노신/티민 뉴클레오시드 및 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 내의 제1 스페이서는 아데노신/티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서는 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 서열 내용을 제어하기 위해 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 스페이서 중 적어도 1개가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 인접한 1개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 2개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 3개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 인접한 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 스페이서는 서열에서 구아닌 기에 바로 선행한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 선행하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 구아닌 기에 스페이서가 바로 후속한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 후속하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서는 구아닌 기에 인접한 스페이서의 수를 최대화하도록 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하여 1개 이상의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 2개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 2개의 스페이서 각각은 구아닌 기에 인접하여 위치한다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 특정한 GC 함량을 갖는다. 본원에 사용된 GC 함량 (또는 구아닌-시토신 함량)은 구아닌 (G) 또는 시토신 (C)인 올리고뉴클레오티드 내의 질소함유 염기의 백분율이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량, 적어도 20%의 GC 함량, 적어도 25%의 GC 함량, 적어도 30%의 GC 함량, 적어도 35%의 GC 함량, 적어도 40%의 GC 함량, 적어도 45%의 GC 함량, 적어도 50%의 GC 함량, 적어도 55%의 GC 함량, 적어도 60%의 GC 함량, 적어도 65%의 GC 함량, 적어도 75%의 GC 함량, 적어도 80%의 GC 함량, 적어도 85%의 GC 함량, 적어도 90%의 GC 함량, 또는 적어도 95%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 GC 함량을 최대화하기 위해 STMN2 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드에서 스페이서에 의한 대체를 위해 구아닌 또는 시토신을 선택하는 대신, 티민 또는 아데닌을 스페이서에 의한 대체를 위해 선택할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 1) STMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 적어도 2, 3, 또는 4개의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 설계된다. 일부 실시양태에서, 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드는 1) STMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 각각의 2개의 스페이서가 구아닌 기에 선행하도록 설계된다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 STMN2 단백질 또는 전장 STMN2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 STMN2 단백질 또는 전장 STMN2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다.
표 12A, 12B, 13 및 14는 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 올리고뉴클레오티드, 및 상응하는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드에 대한 그의 관계를 기록한다. 각각의 STMN2 올리고뉴클레오티드에 서열 명칭이 지정된다. 하기 사용된 바와 같이, 서열 명칭의 명명법은 "X_spA" (1개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 경우), "X_spA_spB" (2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 경우), 또는 "X_spA_spB_spC" (3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 경우)로 표현된다. 여기서, "X"는 STMN2 AON의 길이를 지칭하고, "A"는 제1 스페이서가 위치하는 STMN2 AON에서의 위치를 지칭하고, "B"는 제2 스페이서가 위치하는 STMN2 AON에서의 위치를 지칭하고, 존재하는 경우에, "C"는 제3 스페이서가 위치하는 STMN2 AON에서의 위치를 지칭한다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 변이체, 예컨대 23량체, 21량체, 또는 19량체 중 어느 하나이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 STMN2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 STMN2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 12 사이에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 11에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 12에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15에 위치한다.
1개의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON을 하기 표 12A에 기록한다.
표 12A: 1개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 확인. 여기서, 각각의 STMN2 AON은 2개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 STMN2 올리고뉴클레오티드를 3개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON을 하기 표 12B에 기록한다.
표 12B: 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 확인. 여기서, 각각의 STMN2 AON은 3개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다. 3개의 스페이서의 포함은 STMN2 올리고뉴클레오티드를 4개의 개별 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 STMN2 올리고뉴클레오티드의 상이한 위치에 위치한다.
다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON은 27개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 예를 들어, 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON은 STMN2 AON을 4개의 개별 절편으로 분할할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 각각의 4개의 개별 절편은 6개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 예를 들어, STMN2 AON은 (5'에서 3' 단부로) 다음과 같을 수 있다: 6개의 연결된 뉴클레오시드의 제1 절편, 제1 스페이서, 6개의 연결된 뉴클레오시드의 제2 절편, 제2 스페이서, 6개의 연결된 뉴클레오시드의 제3 절편, 제3 스페이서, 및 6개의 연결된 뉴클레오시드의 제4 절편.
3개의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON을 하기 표 13에 기록한다.
표 13: 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON 또는 AON 변이체의 확인. 여기서, 각각의 STMN2 AON은 4개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 AON은 상기 표 12B 및 13에 기재된 STMN2 AON과 비교하여 길이가 감소된다. 예를 들어, 이러한 STMN2 AON은 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체일 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 23량체, 21량체, 또는 19량체이다. 다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체가 2개의 스페이서에 의해 분할된 3개의 절편을 포함하도록 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체가 하기 표 14에 제시된다.
표 14: 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON 또는 AON 변이체. 여기서, 각각의 STMN2 AON 변이체는 3개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 1개 이상의 스페이서뿐만 아니라 1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 2개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 3개의 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 및 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 제1 스페이서는 제1 LNA에 인접하여 위치하고, 제2 스페이서는 제2 LNA에 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서 및 1개 이상의 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치하지 않는다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있고, 제3 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있다.
KCNQ2
하기 추가로 기재되는 바와 같이, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 KCNQ2 변이체 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 스페이서가 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 KCNQ2 변이체 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체한다는 점에서 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 KCNQ2 변이체 올리고뉴클레오티드와 상이하다. 하기 사용된 바와 같이, KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 "위치"는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅된 바와 같은 특정한 위치를 지칭한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 KCNQ2 변이체 올리고뉴클레오티드의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25 중 어느 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 또는 KCNQ2 변이체 올리고뉴클레오티드의 위치 7, 8, 11, 14, 16, 19, 또는 22 중 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체하는 1개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 1개의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 15 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 10에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 12에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 12와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 12에 위치할 수 있다. 따라서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 11개의 핵염기 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 11에 위치할 수 있다. 따라서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 10개의 핵염기 길이이다. 또 다른 예로서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 15에 위치할 수 있다. 따라서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 1개는 14개의 핵염기 길이이고, 2개의 절편 중 제2 절편은 10개의 핵염기 길이이다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 2개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 2개의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 2개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 적어도 7개의 핵염기, 적어도 8개의 핵염기, 적어도 9개의 핵염기, 또는 적어도 10개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하지 않는다.
특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 11, 위치 9와 11, 위치 10과 11, 위치 7과 10, 위치 7과 9, 위치 7과 8, 위치 8과 10, 위치 8과 9, 또는 위치 9와 10 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 22, 위치 16과 22, 위치 17과 22, 위치 18과 22, 위치 19와 22, 위치 20과 22, 위치 21과 22, 위치 15와 21, 위치 16과 21, 위치 17과 21, 위치 18과 21, 위치 19와 21, 위치 20과 21, 위치 15와 20, 위치 16과 20, 위치 17과 20, 위치 18과 20, 위치 19와 20, 위치 15와 19, 위치 16과 19, 위치 17과 19, 위치 18과 19, 위치 15와 18, 위치 16과 18, 위치 17과 18, 위치 15와 17, 위치 16과 17, 또는 위치 15와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 14에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 16에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 22에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 9에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 3개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 3개의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 3개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 일부 실시양태에서, 제1 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 내의 3개의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 위치한다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 제1 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제1 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제1 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제2 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제2 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편, 이어서 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제4 절편을 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (아데노신 또는 티민 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 동등한 수의 아데노신/티민 뉴클레오시드 및 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 내의 제1 스페이서는 아데노신/티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서는 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 서열 내용을 제어하기 위해 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 스페이서 중 적어도 1개가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 인접한 1개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 2개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 3개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 인접한 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 스페이서는 서열에서 구아닌 기에 바로 선행한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 선행하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 구아닌 기에 스페이서가 바로 후속한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 후속하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서는 구아닌 기에 인접한 스페이서의 수를 최대화하도록 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하여 1개 이상의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 2개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 2개의 스페이서 각각은 구아닌 기에 인접하여 위치한다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 특정한 GC 함량을 갖는다. 본원에 사용된 GC 함량 (또는 구아닌-시토신 함량)은 구아닌 (G) 또는 시토신 (C)인 올리고뉴클레오티드 내의 질소함유 염기의 백분율이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량, 적어도 20%의 GC 함량, 적어도 25%의 GC 함량, 적어도 30%의 GC 함량, 적어도 35%의 GC 함량, 적어도 40%의 GC 함량, 적어도 45%의 GC 함량, 적어도 50%의 GC 함량, 적어도 55%의 GC 함량, 적어도 60%의 GC 함량, 적어도 65%의 GC 함량, 적어도 75%의 GC 함량, 적어도 80%의 GC 함량, 적어도 85%의 GC 함량, 적어도 90%의 GC 함량, 또는 적어도 95%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 GC 함량을 최대화하기 위해 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, KCNQ2 올리고뉴클레오티드에서 스페이서에 의한 대체를 위해 구아닌 또는 시토신을 선택하는 대신, 티민 또는 아데닌을 스페이서에 의한 대체를 위해 선택할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 1) KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 적어도 2, 3, 또는 4개의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 설계된다. 일부 실시양태에서, 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 1) KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 각각의 2개의 스페이서가 구아닌 기에 선행하도록 설계된다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 KCNQ2 단백질 또는 전장 KCNQ2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 KCNQ2 단백질 또는 전장 KCNQ2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 KCNQ2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 KCNQ2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다.
표 15A, 15B, 16 및 14는 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 KCNQ2 올리고뉴클레오티드, 및 상응하는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드에 대한 그의 관계를 기록한다. 각각의 KCNQ2 올리고뉴클레오티드에 서열 명칭이 지정된다. 하기 사용된 바와 같이, 서열 명칭의 명명법은 "X_spA" (1개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 경우), "X_spA_spB" (2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 경우), 또는 "X_spA_spB_spC" (3개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 경우)로 표현된다. 여기서, "X"는 KCNQ2 AON의 길이를 지칭하고, "A"는 제1 스페이서가 위치하는 KCNQ2 AON에서의 위치를 지칭하고, "B"는 제2 스페이서가 위치하는 KCNQ2 AON에서의 위치를 지칭하고, 존재하는 경우에, "C"는 제3 스페이서가 위치하는 KCNQ2 AON에서의 위치를 지칭한다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 변이체, 예컨대 23량체, 21량체, 또는 19량체 중 어느 하나이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 12 사이에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 11에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 12에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15에 위치한다. 1개의 스페이서를 갖는 예시적인 KCNQ2 AON을 하기 표 15A에 기록한다.
표 15A: 1개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 확인. 여기서, 각각의 KCNQ2 AON은 2개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 3개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 KCNQ2 AON을 하기 표 15B에 기록한다.
표 15B: 2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 확인. 여기서, 각각의 KCNQ2 AON은 3개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다. 3개의 스페이서의 포함은 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 4개의 개별 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 상이한 위치에 위치한다. 3개의 스페이서를 갖는 예시적인 KCNQ2 AON을 하기 표 16에 기록한다.
표 16: 3개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON 또는 AON 변이체의 확인. 여기서, 각각의 KCNQ2 AON은 4개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON은 상기 표 15B 및 16에 기재된 KCNQ2 AON과 비교하여 길이가 감소된다. 예를 들어, 이러한 KCNQ2 AON은 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체일 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 23량체, 21량체, 또는 19량체이다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체가 2개의 스페이서에 의해 분할된 3개의 절편을 포함하도록 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체가 하기 표 17에 제시된다.
표 17: 2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON 변이체. 여기서, 각각의 KCNQ2 AON 변이체는 3개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 1개 이상의 스페이서뿐만 아니라 1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 2개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 3개의 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 및 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 제1 스페이서는 제1 LNA에 인접하여 위치하고, 제2 스페이서는 제2 LNA에 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서 및 1개 이상의 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치하지 않는다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있고, 제3 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있다.
UNC13A
하기 추가로 기재되는 바와 같이, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 상응하는 UNC13A 변이체 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 스페이서가 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 UNC13A 변이체 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체한다는 점에서 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 UNC13A 변이체 올리고뉴클레오티드와 상이하다. 하기 사용된 바와 같이, UNC13A 올리고뉴클레오티드의 "위치"는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅된 바와 같은 특정한 위치를 지칭한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 UNC13A 변이체 올리고뉴클레오티드의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25 중 어느 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 UNC13A 변이체 올리고뉴클레오티드의 위치 7, 8, 11, 14, 16, 19, 또는 22 중 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체하는 1개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 1개의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 15 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 10에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 12에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 12와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 12에 위치할 수 있다. 따라서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 11개의 핵염기 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 11에 위치할 수 있다. 따라서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 10개의 핵염기 길이이다. 또 다른 예로서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 15에 위치할 수 있다. 따라서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 1개는 14개의 핵염기 길이이고, 2개의 절편 중 제2 절편은 10개의 핵염기 길이이다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 2개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 2개의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 2개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 적어도 7개의 핵염기, 적어도 8개의 핵염기, 적어도 9개의 핵염기, 또는 적어도 10개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하지 않는다.
특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 11, 위치 9와 11, 위치 10과 11, 위치 7과 10, 위치 7과 9, 위치 7과 8, 위치 8과 10, 위치 8과 9, 또는 위치 9와 10 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 22, 위치 16과 22, 위치 17과 22, 위치 18과 22, 위치 19와 22, 위치 20과 22, 위치 21과 22, 위치 15와 21, 위치 16과 21, 위치 17과 21, 위치 18과 21, 위치 19와 21, 위치 20과 21, 위치 15와 20, 위치 16과 20, 위치 17과 20, 위치 18과 20, 위치 19와 20, 위치 15와 19, 위치 16과 19, 위치 17과 19, 위치 18과 19, 위치 15와 18, 위치 16과 18, 위치 17과 18, 위치 15와 17, 위치 16과 17, 또는 위치 15와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 14에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 위치 16에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 22에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 9에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 3개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 3개의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 3개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 일부 실시양태에서, 제1 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드 내의 3개의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 위치한다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 제1 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제1 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제1 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제2 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제2 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편, 이어서 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제4 절편을 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (아데노신 또는 티민 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 동등한 수의 아데노신/티민 뉴클레오시드 및 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 내의 제1 스페이서는 아데노신/티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서는 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 서열 내용을 제어하기 위해 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 스페이서 중 적어도 1개가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 인접한 1개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 2개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 3개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 인접한 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 스페이서는 서열에서 구아닌 기에 바로 선행한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 선행하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 구아닌 기에 스페이서가 바로 후속한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 후속하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서는 구아닌 기에 인접한 스페이서의 수를 최대화하도록 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하여 1개 이상의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 2개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 2개의 스페이서 각각은 구아닌 기에 인접하여 위치한다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 특정한 GC 함량을 갖는다. 본원에 사용된 GC 함량 (또는 구아닌-시토신 함량)은 구아닌 (G) 또는 시토신 (C)인 올리고뉴클레오티드 내의 질소함유 염기의 백분율이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량, 적어도 20%의 GC 함량, 적어도 25%의 GC 함량, 적어도 30%의 GC 함량, 적어도 35%의 GC 함량, 적어도 40%의 GC 함량, 적어도 45%의 GC 함량, 적어도 50%의 GC 함량, 적어도 55%의 GC 함량, 적어도 60%의 GC 함량, 적어도 65%의 GC 함량, 적어도 75%의 GC 함량, 적어도 80%의 GC 함량, 적어도 85%의 GC 함량, 적어도 90%의 GC 함량, 또는 적어도 95%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 GC 함량을 최대화하기 위해 UNC13A 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, UNC13A 올리고뉴클레오티드에서 스페이서에 의한 대체를 위해 구아닌 또는 시토신을 선택하는 대신, 티민 또는 아데닌을 스페이서에 의한 대체를 위해 선택할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 1) UNC13A 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 적어도 2, 3, 또는 4개의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 설계된다. 일부 실시양태에서, 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 1) UNC13A 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 각각의 2개의 스페이서가 구아닌 기에 선행하도록 설계된다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 UNC13A 단백질 또는 전장 UNC13A mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 UNC13A 단백질 또는 전장 UNC13A mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 UNC13A 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 UNC13A 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다.
표 18A, 18B, 19, 및 20은 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및 상응하는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드에 대한 그의 관계를 기록한다. 각각의 UNC13A 올리고뉴클레오티드에 서열 명칭이 지정된다. 하기 사용된 바와 같이, 서열 명칭의 명명법은 "X_spA" (1개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 경우), "X_spA_spB" (2개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 경우), 또는 "X_spA_spB_spC" (3개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 경우)로 표현된다. 여기서, "X"는 UNC13A AON의 길이를 지칭하고, "A"는 제1 스페이서가 위치하는 UNC13A AON에서의 위치를 지칭하고, "B"는 제2 스페이서가 위치하는 UNC13A AON에서의 위치를 지칭하고, 존재하는 경우에, "C"는 제3 스페이서가 위치하는 UNC13A AON에서의 위치를 지칭한다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 변이체, 예컨대 23량체, 21량체, 또는 19량체 중 어느 하나이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 12 사이에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 11에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 12에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15에 위치한다. 1개의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A AON을 하기 표 18A에 기록한다.
표 18A: 1개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 확인. 여기서, 각각의 UNC13A AON은 2개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 3개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A AON을 하기 표 18B에 기록한다.
표 18B: 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 확인. 여기서, 각각의 UNC13A AON은 3개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다. 3개의 스페이서의 포함은 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 4개의 개별 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 상이한 위치에 위치한다. 3개의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A AON을 하기 표 19에 기록한다.
표 19: 3개의 스페이서를 갖는 UNC13A AON 또는 AON 변이체의 확인. 여기서, 각각의 UNC13A AON은 4개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A AON은 상기 표 18B 및 19에 기재된 UNC13A AON과 비교하여 길이가 감소된다. 예를 들어, 이러한 UNC13A AON은 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체일 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 23량체, 21량체, 또는 19량체이다. 다양한 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체가 2개의 스페이서에 의해 분할된 3개의 절편을 포함하도록 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체가 하기 표 20에 제시된다.
표 20: 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 UNC13A AON 변이체. 여기서, 각각의 UNC13A AON 변이체는 3개의 절편을 갖고, 여기서 적어도 1개의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체)는 1개 이상의 스페이서뿐만 아니라 1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 2개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 3개의 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 및 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 제1 스페이서는 제1 LNA에 인접하여 위치하고, 제2 스페이서는 제2 LNA에 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서 및 1개 이상의 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치하지 않는다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있고, 제3 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있다.
SMN2
하기 추가로 기재되는 바와 같이, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드와 관련하여 기재된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서가 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체한다는 점에서 SMN2 모 올리고뉴클레오티드와 상이하다. 하기 사용된 바와 같이, SMN2 올리고뉴클레오티드의 "위치"는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅된 바와 같은 특정한 위치를 지칭한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25 중 어느 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7, 8, 11, 14, 16, 19, 또는 22 중 하나에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 대체하는 1개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 1개의 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 1개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 15 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9와 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 10에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 12에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 12와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 15에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드는 23개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 12에 위치할 수 있다. 따라서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 11개의 핵염기 길이이다. 다양한 실시양태에서, 1개의 스페이서를 포함하는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드는 21개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 11에 위치할 수 있다. 따라서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 둘 다는 10개의 핵염기 길이이다. 또 다른 예로서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이일 수 있고, 스페이서는 위치 15에 위치할 수 있다. 따라서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 스페이서에 의해 분할된 2개의 절편을 가지며, 여기서 2개의 절편 중 1개는 14개의 핵염기 길이이고, 2개의 절편 중 제2 절편은 10개의 핵염기 길이이다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 2개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 2개의 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 2개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 적어도 7개의 핵염기, 적어도 8개의 핵염기, 적어도 9개의 핵염기, 또는 적어도 10개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된다. 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서 및 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하지 않는다.
특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 11, 위치 9와 11, 위치 10과 11, 위치 7과 10, 위치 7과 9, 위치 7과 8, 위치 8과 10, 위치 8과 9, 또는 위치 9와 10 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 다양한 실시양태에서, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 15와 22, 위치 16과 22, 위치 17과 22, 위치 18과 22, 위치 19와 22, 위치 20과 22, 위치 21과 22, 위치 15와 21, 위치 16과 21, 위치 17과 21, 위치 18과 21, 위치 19와 21, 위치 20과 21, 위치 15와 20, 위치 16과 20, 위치 17과 20, 위치 18과 20, 위치 19와 20, 위치 15와 19, 위치 16과 19, 위치 17과 19, 위치 18과 19, 위치 15와 18, 위치 16과 18, 위치 17과 18, 위치 15와 17, 위치 16과 17, 또는 위치 15와 16 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 16에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 11에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 22에서 뉴클레오시드를 대체한다. 바람직한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 9에서 뉴클레오시드를 대체하고, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 19에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에서 뉴클레오시드를 각각 대체하는 3개의 스페이서를 포함한다 (예를 들어, 3개의 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 3개의 별개의 뉴클레오시드를 대체함). 특정한 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 7과 11 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 14와 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 21과 24 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 일부 실시양태에서, 제1 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 2와 5 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제2 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 8과 12 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다. 특정한 실시양태에서, 제3 스페이서는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 위치 18과 22 사이에서 뉴클레오시드를 대체한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드 내의 3개의 스페이서는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 4개의 절편 각각이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 위치한다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드는 제1 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제1 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제1 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제2 스페이서에 이어진 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제2 절편, 이어서 하나의 단부에서는 제2 스페이서에 이어지고 또 다른 단부에서는 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제3 절편, 이어서 제3 스페이서에 이어진 6개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 제4 절편을 가질 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 (아데노신 또는 티민 뉴클레오시드와 대조적으로) 1개 이상의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9개의 구아닌 또는 시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 동등한 수의 아데노신/티민 뉴클레오시드 및 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드 내의 제1 스페이서는 아데노신/티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서는 구아닌/시토신 뉴클레오시드를 대체할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 서열 내용을 제어하기 위해 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 1개 이상의 스페이서는 스페이서 중 적어도 1개가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 인접한 1개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 2개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 3개의 스페이서, 구아닌 기에 인접한 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 인접한 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 스페이서는 서열에서 구아닌 기에 바로 선행한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 선행하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 선행하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 5' 단부로부터 카운팅하는 경우에, 구아닌 기에 스페이서가 바로 후속한다. 따라서, 다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 올리고뉴클레오티드는 구아닌 기에 바로 후속하는 1개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 2개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 3개의 스페이서, 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 4개의 스페이서, 또는 구아닌 기에 각각 바로 후속하는 5개의 스페이서를 포함할 수 있다. 다양한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서는 구아닌 기에 인접한 스페이서의 수를 최대화하도록 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 1개 이상의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체하여 1개 이상의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, 2개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드 내의 아데노신 또는 티민 뉴클레오시드를 대체할 수 있고, 2개의 스페이서 각각은 구아닌 기에 인접하여 위치한다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 특정한 GC 함량을 갖는다. 본원에 사용된 GC 함량 (또는 구아닌-시토신 함량)은 구아닌 (G) 또는 시토신 (C)인 올리고뉴클레오티드 내의 질소함유 염기의 백분율이다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 10%의 GC 함량, 적어도 20%의 GC 함량, 적어도 25%의 GC 함량, 적어도 30%의 GC 함량, 적어도 35%의 GC 함량, 적어도 40%의 GC 함량, 적어도 45%의 GC 함량, 적어도 50%의 GC 함량, 적어도 55%의 GC 함량, 적어도 60%의 GC 함량, 적어도 65%의 GC 함량, 적어도 75%의 GC 함량, 적어도 80%의 GC 함량, 적어도 85%의 GC 함량, 적어도 90%의 GC 함량, 또는 적어도 95%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 30%의 GC 함량을 갖는다. 특정한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 적어도 40%의 GC 함량을 갖는다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서는 GC 함량을 최대화하기 위해 SMN2 올리고뉴클레오티드 내에 위치한다. 예를 들어, SMN2 올리고뉴클레오티드에서 스페이서에 의한 대체를 위해 구아닌 또는 시토신을 선택하는 대신, 티민 또는 아데닌을 스페이서에 의한 대체를 위해 선택할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 1) SMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 적어도 2, 3, 또는 4개의 스페이서가 구아닌 기에 인접하여 위치하도록 설계된다. 일부 실시양태에서, 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 1) SMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖고 2) 각각의 2개의 스페이서가 구아닌 기에 선행하도록 설계된다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 SMN2 단백질 또는 전장 SMN2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 전장 SMN2 단백질 또는 전장 SMN2 mRNA를 회복시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 SMN2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 감소시키지 않는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드에 1개 이상의 스페이서를 포함시키는 것은 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 효과와 비교하여 SMN2 전사체의 양을 감소시키는 데 있어서 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 유효성을 증가시킨다.
표 21A, 21B, 22, 및 23은 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 SMN2 올리고뉴클레오티드, 및 상응하는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드에 대한 그의 관계를 기록한다. 각각의 SMN2 올리고뉴클레오티드에 서열 명칭이 지정된다. 하기 사용된 바와 같이, 서열 명칭의 명명법은 "X_spA" (1개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON의 경우), "X_spA_spB" (2개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON의 경우), 또는 "X_spA_spB_spC" (3개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON의 경우)로 표현된다. 여기서, "X"는 SMN2 AON의 길이를 지칭하고, "A"는 제1 스페이서가 위치하는 SMN2 AON에서의 위치를 지칭하고, "B"는 제2 스페이서가 위치하는 SMN2 AON에서의 위치를 지칭하고, 존재하는 경우에, "C"는 제3 스페이서가 위치하는 SMN2 AON에서의 위치를 지칭한다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 1개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 변이체, 예컨대 23량체, 21량체, 또는 19량체 중 어느 하나이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 SMN2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 SMN2 올리고뉴클레오티드를 2개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 10개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다.
다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 15 사이에 위치한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10과 12 사이에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 10에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 11에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 12에 위치한다. 특정한 실시양태에서, 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 15에 위치한다. 1개의 스페이서를 갖는 예시적인 SMN2 AON을 하기 표 21A에 기록한다.
표 21A: 1개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON의 확인. 여기서, 각각의 SMN2 AON은 2개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 스페이서의 포함은 SMN2 올리고뉴클레오티드를 3개의 개별 절편으로 분할하고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이다. 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 SMN2 AON을 하기 표 22B에 기록한다.
표 22B: 2개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON의 확인. 여기서, 각각의 SMN2 AON은 3개의 절편을 갖고, 여기서 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 3개의 스페이서를 포함한다. 3개의 스페이서의 포함은 SMN2 올리고뉴클레오티드를 4개의 개별 절편으로 분할한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 스페이서는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드 길이이도록 SMN2 올리고뉴클레오티드의 상이한 위치에 위치한다. 3개의 스페이서를 갖는 예시적인 SMN2 AON을 하기 표 23에 기록한다.
표 23: 3개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON 또는 AON 변이체의 확인. 여기서, 각각의 SMN2 AON은 4개의 절편을 갖고, 여기서 각각의 절편은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 AON은 상기 표 22B 및 23에 기재된 SMN2 AON과 비교하여 길이가 감소된다. 예를 들어, 이러한 SMN2 AON은 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체일 수 있다. 다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 23량체, 21량체, 또는 19량체이다. 다양한 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체가 2개의 스페이서에 의해 분할된 3개의 절편을 포함하도록 2개의 스페이서를 포함한다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 중 적어도 1개는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 다양한 실시양태에서, 3개의 절편 각각은 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는다. 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체가 하기 표 24에 제시된다.
표 24: 2개의 스페이서를 갖는 SMN2 AON 변이체. 여기서, 각각의 SMN2 AON 변이체는 3개의 절편을 갖는다.
* 핵염기 서열의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 1개 이상의 스페이서뿐만 아니라 1개 이상의 잠금 핵산 (LNA)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 2개의 LNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체)는 2개의 스페이서 및 3개의 LNA를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 및 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
특정한 실시양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 제1 스페이서는 제1 LNA에 인접하여 위치하고, 제2 스페이서는 제2 LNA에 인접하여 위치한다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제15 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제7 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 또 다른 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제9 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제17 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다.
다양한 실시양태에서, 1개 이상의 스페이서 및 1개 이상의 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드에서 서로 인접하여 위치하지 않는다. 예를 들어, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있다. 예로서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 5'에서 3'으로 카운팅하는 경우에, 제1 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제4 위치에 위치할 수 있고, 제1 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제8 위치에 위치할 수 있고, 제2 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제12 위치에 위치할 수 있고, 제2 스페이서는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제16 위치에 위치할 수 있고, 제3 LNA는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제20 위치에 위치할 수 있다.
스페이서를 위한 스페이서 빌딩 블록의 예시적인 합성
추가적으로, 스페이서, 예컨대 화학식 (I), (I'), (Ia), (Ia'), (II), (II'), (Iia), (Iia'), (IIi), (IIi'), (IIib), (IIib'), (III), (III'), (IIIa) 및 (IIIa') 중 임의의 것의 스페이서를 합성하기 위한 조성물 및 방법이 본원에 개시된다. 특정한 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물 및 방법은 화학식 (IIib) 또는 (IIib')의 스페이서를 포함하는 AON을 합성하는 데 유용하다.
다양한 실시양태에서, 화학식 (IIib) 또는 (IIib')의 스페이서를 합성하는 방법은 5 단계 합성 프로토콜을 사용하여 스페이서 빌딩 블록을 생성한다. 예시적인 5 단계 합성 프로토콜은 하기에 제시된다. 특히 5 단계 합성 프로토콜은 화합물 A로 시작하여, 중간체 화합물 (예를 들어, 화합물 B, 화합물 C, 화합물 D, 및 화합물 E)을 생성하고, 최종적으로 화합물 F를 생성한다. 여기서, 화합물 F는 화학식 (IIib) 또는 (IIib')의 스페이서를 포함하는 AON을 합성하기 위한 스페이서 빌딩 블록을 나타낸다.
다양한 실시양태에서, 단계 1은 벤조일 보호 단계를 수반한다. 다양한 실시양태에서, 단계 2는 환원성 핵염기 절단 단계를 수반한다. 다양한 실시양태에서, 단계 3은 비누화 단계를 수반한다. 다양한 실시양태에서, 단계 4는 DMT 보호 단계를 수반한다. 다양한 실시양태에서, 단계 5는 포스포르아미다이트 설치 단계를 수반한다.
STMN2 올리고뉴클레오티드의 성능
일반적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드 및/또는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것의 서열을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드)는 기능적 STMN2 단백질 (예를 들어, 전장 STMN2)을 생산하도록 번역될 수 있는 STMN2 mRNA의 발현 수준을 증가, 회복, 구제, 또는 안정화시키기 위해 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 전장 STMN2 단백질의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 전장 STMN2 단백질의 적어도 100%, 200%, 300%, 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 STMN2 단백질의 퍼센트 증가는 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 STMN2 단백질의 감소된 수준과 비교한 증가이다. 예를 들어, TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전장 STMN2 단백질을 고갈시킨 후, STMN2 AON을 사용하여 전장 STMN2 단백질을 증가시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 전장 STMN2 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 STMN2의 퍼센트 구제는 음성 대조군 (예를 들어, 고갈 또는 처리를 거치지 않은 세포 또는 비히클 용액으로 처리된 세포)과 비교하여 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용한 고갈 및 STMN2 AON을 사용한 처리 후의 전장 STMN2의 %를 지칭한다.
KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 성능
일반적으로, KCNQ2 올리고뉴클레오티드 및/또는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 임의의 것의 서열을 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드)는 기능적 KCNQ2 단백질 (예를 들어, 전장 KCNQ2)을 생산하도록 번역될 수 있는 KCNQ2 mRNA의 발현 수준을 증가, 회복, 구제 또는 안정화시키기 위해 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 mRNA)를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 mRNA의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 mRNA의 적어도 100%, 200%, 300% 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 미스-스플라이싱된 KCNQ2 mRNA의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 감소를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 단백질의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 단백질의 적어도 100%, 200%, 300% 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 KCNQ2 단백질의 퍼센트 증가는 KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 KCNQ2 단백질의 감소된 수준과 비교한 증가이다. 예를 들어, KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전장 KCNQ2 단백질을 고갈시킨 후, KCNQ2 AON을 사용하여 전장 KCNQ2 단백질을 증가시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 KCNQ2의 퍼센트 구제는 음성 대조군 (예를 들어, 고갈 또는 처리를 거치지 않은 세포 또는 비히클 용액으로 처리된 세포)과 비교하여 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용한 고갈 및 KCNQ2 AON을 사용한 처리 후의 전장 KCNQ2의 %를 지칭한다.
UNC13A 올리고뉴클레오티드의 성능
일반적으로, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것의 서열을 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드)는 기능적 UNC13A 단백질 (예를 들어, 전장 UNC13A)을 생산하도록 번역될 수 있는 UNC13A mRNA의 발현 수준을 증가, 회복, 구제 또는 안정화시키기 위해 서열식별번호: 9587-9595에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 전장 UNC13A mRNA의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 전장 UNC13A mRNA의 적어도 100%, 200%, 300% 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 미스-스플라이싱된 UNC13A mRNA의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 감소를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 전장 UNC13A 단백질의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 전장 UNC13A 단백질의 적어도 100%, 200%, 300%, 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 UNC13A 단백질의 퍼센트 증가는 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 UNC13A 단백질의 감소된 수준과 비교한 증가이다. 예를 들어, TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전장 UNC13A 단백질을 고갈시킨 후, UNC13A AON을 사용하여 전장 UNC13A 단백질을 증가시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 전장 UNC13A 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 UNC13A의 퍼센트 구제는 음성 대조군 (예를 들어, 고갈 또는 처리를 거치지 않은 세포 또는 비히클 용액으로 처리된 세포)과 비교하여 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용한 고갈 및 UNC13A AON을 사용한 처리 후의 전장 UNC13A의 %를 지칭한다.
SMN2 올리고뉴클레오티드의 성능
일반적으로, SMN2 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 모 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 9710-10141 및 서열식별번호: 10574-10581 중 임의의 것의 서열을 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드)는 기능적 SMN2 단백질 (예를 들어, 전장 SMN2)을 생산하도록 번역될 수 있는 SMN2 mRNA의 발현 수준을 증가, 회복, 구제 또는 안정화시키기 위해 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 mRNA)를 표적화한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 전장 SMN2 단백질의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타낼 수 있다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 전장 SMN2 단백질의 적어도 100%, 200%, 300%, 또는 400% 증가를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 SMN2 단백질의 퍼센트 증가는 SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 SMN2 단백질의 감소된 수준과 비교한 증가이다. 예를 들어, SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 전장 SMN2 단백질을 고갈시킨 후, SMN2 AON을 사용하여 전장 SMN2 단백질을 증가시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 전장 SMN2 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타낼 수 있다. 일부 실시양태에서, 전장 SMN2의 퍼센트 구제는 음성 대조군 (예를 들어, 고갈 또는 처리를 거치지 않은 세포 또는 비히클 용액으로 처리된 세포)과 비교하여 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용한 고갈 및 SMN2 AON을 사용한 처리 후의 전장 SMN2의 %를 지칭한다.
변형
뉴클레오시드는 염기-당 조합이다. 뉴클레오시드의 핵염기 (염기로도 공지됨) 부분은 통상적으로 헤테로시클릭 염기 모이어티이다. 뉴클레오티드는 뉴클레오시드의 당 부분에 공유 연결된 포스페이트 기를 추가로 포함하는 뉴클레오시드이다. 펜토푸라노실 당을 포함하는 뉴클레오시드의 경우, 포스페이트 기는 당의 2', 3' 또는 5' 히드록실 모이어티에 연결될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 인접한 뉴클레오시드의 서로에 대한 공유 연결을 통해 형성되어 선형 중합체 올리고뉴클레오티드를 형성한다. 올리고뉴클레오티드 구조 내에서, 포스페이트 기는 통상적으로 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드간 연결을 형성하는 것으로 언급된다.
안티센스 화합물에 대한 변형은 뉴클레오시드간 연결, 당 모이어티, 또는 핵염기에 대한 치환 또는 변화를 포괄한다. 변형된 안티센스 화합물은 바람직한 특성, 예컨대 예를 들어, 증진된 세포 흡수, 핵산 표적에 대한 증진된 친화도, 뉴클레아제의 존재 하에 증가된 안정성, 또는 증가된 활성 때문에 천연 형태에 비해 종종 바람직하다.
화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 또한 그의 표적 핵산에 대한 단축된 또는 말단절단된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 결합 친화도를 증가시키기 위해 사용될 수 있다. 결과적으로, 이러한 화학적으로 변형된 뉴클레오시드를 갖는 보다 짧은 안티센스 화합물을 사용하여 종종 대등한 결과가 수득될 수 있다.
변형된 뉴클레오시드간 연결
RNA 및 DNA의 자연 발생 뉴클레오시드간 연결은 3'에서 5'로의 포스포디에스테르 연결이다. 1개 이상의 변형된, 즉 비-자연 발생 뉴클레오시드간 연결을 갖는 안티센스 화합물은 바람직한 특성, 예컨대 예를 들어, 증진된 세포 흡수, 표적 핵산에 대한 증진된 친화도 및 뉴클레아제의 존재 하에 증가된 안정성 때문에 자연 발생 뉴클레오시드간 연결을 갖는 안티센스 화합물에 비해 종종 선택된다.
변형된 뉴클레오시드간 연결을 갖는 올리고뉴클레오티드는 인 원자를 보유하는 뉴클레오시드간 연결뿐만 아니라 인 원자를 갖지 않는 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 대표적인 인 함유 뉴클레오시드간 연결은 포스포디에스테르, 포스포트리에스테르, 메틸포스포네이트, 포스포르아미데이트, 및 포스포로티오에이트를 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 인-함유 및 비-인-함유 연결의 제조 방법은 널리 공지되어 있다.
특정 실시양태에서, STMN2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, KCNQ2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, UNC13A 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, SMN2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오시드간 연결은 안티센스 화합물 전반에 걸쳐 사이에 배치된다. 특정 실시양태에서, 변형된 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 특정 실시양태에서, 안티센스 화합물의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다. 특정 실시양태에서, STMN2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 적어도 1개의 포스포디에스테르 연결 및 적어도 1개의 포스포로티오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, KCNQ2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 적어도 1개의 포스포디에스테르 연결 및 적어도 1개의 포스포로티오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, UNC13A 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 적어도 1개의 포스포디에스테르 연결 및 적어도 1개의 포스포로티오에이트 연결을 포함한다. 특정 실시양태에서, SMN2 핵산을 표적화하는 안티센스 화합물은 적어도 1개의 포스포디에스테르 연결 및 적어도 1개의 포스포로티오에이트 연결을 포함한다.
변형된 당 모이어티
안티센스 화합물은 임의로 당 기가 변형된 1개 이상의 뉴클레오시드를 함유할 수 있다. 이러한 당 변형된 뉴클레오시드는 안티센스 화합물에 증진된 뉴클레아제 안정성, 증가된 결합 친화도 또는 일부 다른 유익한 생물학적 특성을 부여할 수 있다. 특정 실시양태에서, 뉴클레오시드는 화학적으로 변형된 리보푸라노스 고리 모이어티를 포함한다. 화학적으로 변형된 리보푸라노스 고리의 예는 비제한적으로 치환기의 부가 (5' 및 2' 치환기 포함, 비시클릭 핵산 (BNA)을 형성하기 위한 비-같은자리 고리 원자의 가교, 리보실 고리 산소 원자의 S, N(R) 또는 C(R1)(R2) (R, R1 및 R2는 각각 독립적으로 H, C1-C12 알킬 또는 보호기임) 및 그의 조합을 포함한다. 화학적으로 변형된 당의 예는 2'-F-5'-메틸 치환된 뉴클레오시드 (다른 개시된 5',2'-비스 치환된 뉴클레오시드에 대해서는 2008년 8월 21일에 공개된 PCT 국제 출원 WO 2008/101157 참조) 또는 리보실 고리 산소 원자의 S로의 대체와 2'-위치에서의 추가의 치환 (2005년 6월 16일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US2005-0130923 참조) 또는 대안적으로 BNA의 5'-치환 (2007년 11월 22일에 공개된 PCT 국제 출원 WO 2007/134181 참조, 여기서 LNA는 예를 들어 5'-메틸 또는 5'-비닐 기로 치환됨)을 포함한다.
변형된 당 모이어티를 갖는 뉴클레오시드의 예는 5'-비닐, 5'-메틸 (R 또는 5), 4'-S, 2'-F, 2'-OCH3, 2'-OCH2CH3, 2'-O CH2 CH2F 및 2'-O(CH2)2OCH3 치환기를 포함하는 뉴클레오시드를 비제한적으로 포함한다. 2' 위치에서의 치환기는 또한 알릴, 아미노, 아지도, 티오, O-알릴, O-C1-C10 알킬, OCF3, OCH2F, O(CH2)2S CH3, O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), 및 O-CH2-C(=O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)-로부터 선택될 수 있고, 여기서 각각의 Rl, Rm 및 Rn은 독립적으로 H 또는 치환 또는 비치환된 C1-C10 알킬이다.
변형된 당 모이어티의 추가의 예는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA)를 포함한다.
본원에 사용된 "비시클릭 뉴클레오시드"는 비시클릭 당 모이어티를 포함하는 변형된 뉴클레오시드를 지칭한다. 비시클릭 뉴클레오시드의 예는 4' 및 2' 리보실 고리 원자들 사이의 가교를 포함하는 뉴클레오시드를 비제한적으로 포함한다. 특정 실시양태에서, 본원에 제공된 안티센스 화합물은 4'와 2' 가교를 포함하는 1개 이상의 비시클릭 뉴클레오시드를 포함한다. 이러한 4'와 2' 가교된 비시클릭 뉴클레오시드의 예는 하기 화학식 중 하나를 포함하나 이에 제한되지는 않는다: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)-S-2'; 4'-(CH2)2-O-2' (ENA); 4'-CH(CH3)-O-2' 및 4'-CH(CH2OCH3)-O-2' (및 그의 유사체, 2008년 7월 15일에 허여된 미국 특허 번호 7,399,845 참조); 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' (및 그의 유사체, 2009년 1월 8일에 공개된 국제 출원 공개 WO/2009/006478 참조); 4'-CH2-N(OCH3)-2' (및 그의 유사체, 2008년 12월 11일에 공개된 국제 출원 공개 WO/2008/150729 참조); 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (2004년 9월 2일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US2004-0171570 참조); 4'- CH2-N(R)-O-2' (여기서 R은 H, C1-C12 알킬, 또는 보호기임) (2008년 9월 23일에 허여된 미국 특허 번호 7,427,672 참조); 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (문헌 [Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134] 참조); 및 4'-CH2-C-(=CH2)-2' (및 그의 유사체, 2008년 12월 8일에 공개된 국제 출원 공개 WO 2008/154401 참조).
비시클릭 뉴클레오시드에 관한 추가의 보고는 또한 공개된 문헌에서 찾아볼 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(26) 8362-8379; Elayadi et al., Curr. Opinion Invest. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; 및 Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243]; 미국 특허 번호 6,268,490; 6,525,191; 6,670,461; 6,770,748; 6,794,499; 7,034,133; 7,053,207; 7,399,845; 7,547,684; 및 7,696,345; 미국 특허 공개 번호 US2008-0039618; US2009-0012281; 미국 특허 일련 번호 60/989,574; 61/026,995; 61/026,998; 61/056,564; 61/086,231; 61/097,787; 및 61/099,844; 공개된 PCT 국제 출원 WO 1994/014226; WO 2004/106356; WO 2005/021570; WO 2007/134181; WO 2008/150729; WO 2008/154401; 및 WO 2009/006478 참조). 예를 들어 α-L-리보푸라노스 및 β-D-리보푸라노스를 포함한 1개 이상의 입체화학적 당 배위를 갖는 각각의 상기 비시클릭 뉴클레오시드가 제조될 수 있다 (WO 99/14226으로서 1999년 3월 25일에 공개된 PCT 국제 출원 PCT/DK98/00393 참조).
특정 실시양태에서, BNA 뉴클레오시드의 비시클릭 당 모이어티는 펜토푸라노실 당 모이어티의 4' 및 2' 위치 사이에 적어도 1개의 가교를 갖는 화합물을 포함하나 이에 제한되지는 않고, 여기서 이러한 가교는 독립적으로 -[C(Ra)(Rb)]n-, -C(Ra)=C(Rb)-, -C(Ra)=N-, -C(=O)-, -C(=NRa)-, -C(=S) -, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O)x-, 및 -N(Ra)-로부터 독립적으로 선택된 1 또는 2 내지 4개의 연결된 기를 포함하고;
여기서:
x는 0, 1, 또는 2이고;
n은 1, 2, 3, 또는 4이고;
각각의 Ra 및 Rb는 독립적으로 H, 보호기, 히드록실, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴, C5-C7 지환족 라디칼, 치환된 C5-C7 지환족 라디칼, 할로겐, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, CN, 술포닐 (S(=O)2-J1), 또는 술폭실 (S(=O)-J1)이고;
각각의 J1 및 J2는 독립적으로 H, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, C1-C12 아미노알킬, 치환된 C1-C12 아미노알킬 또는 보호기이다.
특정 실시양태에서, 비시클릭 당 모이어티의 가교는 -[C(Ra)(Rb)]n-, -[-[C(Ra)(Rb)]n-O-, -C(RaRb)-N(R)-O- 또는 -C(RaRb)-O-N(R)-이다. 특정 실시양태에서, 가교는 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-O-2', 4'-(CH2)2-O-2', 4'-CH2-O-N(R)-2' 및 4'-CH2-N(R)-O-2'-이고, 여기서 각각의 R은 독립적으로 H, 보호기 또는 C1-C12 알킬이고, 각각의 Ra 및 Rb는 독립적으로 H, 보호기, 히드록실, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, 헤테로아릴, 치환된 헤테로아릴, C5-C7 지환족 라디칼, 치환된 C5-C7 지환족 라디칼, 할로겐, OJ1, NJ1J2, SJ1, N3, COOJ1, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, CN, 술포닐 (S(=O)2-J1), 또는 술폭실 (S(=O)-J1)이고; 각각의 J1 및 J2는 독립적으로 H, C1-C12 알킬, 치환된 C1-C12 알킬, C2-C12 알케닐, 치환된 C2-C12 알케닐, C2-C12 알키닐, 치환된 C2-C12 알키닐, C5-C20 아릴, 치환된 C5-C20 아릴, 아실 (C(=O)-H), 치환된 아실, 헤테로사이클 라디칼, 치환된 헤테로사이클 라디칼, C1-C12 아미노알킬, 치환된 C1-C12 아미노알킬 또는 보호기이고; R은 H, C1-C12 알킬, 또는 보호기이다 (2008년 9월 23일에 허여된 미국 특허 번호 7,427,672 참조).
특정 실시양태에서, 비시클릭 뉴클레오시드는 이성질체 배위에 의해 추가로 정의된다. 예를 들어, 4'-2' 메틸렌-옥시 가교를 포함하는 뉴클레오시드는 α-L 배위 또는 β-D 배위일 수 있다. 이전에, α-L-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') BNA는 안티센스 활성을 나타낸 안티센스 올리고뉴클레오티드 내로 혼입되었다 (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372).
특정 실시양태에서, 비시클릭 뉴클레오시드는 α-L-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') BNA, β-D-메틸렌옥시 (4'-CH2-O-2') BNA, 에틸렌옥시 (4'-(CH2)2-O-2) BNA, 아미노옥시 (4'-CH2-O-N(R)-2') BNA, 옥시아미노 (4'-CH2-N(R)-O-2') BNA, 메틸(메틸렌옥시) (4'-CH(CH3)-O-2') BNA, 메틸렌-티오 (4'-CH2-S-2') BNA, 메틸렌-아미노 (4'-CH2-N(R)-2') BNA, 메틸 카르보시클릭 (4'-CH2-CH(CH3)-2') BNA, 및 프로필렌 카르보시클릭 (4'-(CH2)3-2') BNA를 포함하나, 이에 제한되지는 않고; 여기서 R은 H, C1-C12 알킬, 또는 보호기이다 (2008년 9월 23일에 허여된 미국 특허 번호 7,427,672 참조).
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 환자에게 1개 이상의 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약상 허용되는 조성물, 예를 들어, 제약상 허용되는 제제를 투여하는 방법을 추가로 포함하는, 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료, 호전, 또는 예방하는 방법을 제공한다. STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 활성, 예를 들어 STMN2 활성, 및/또는 STMN2 발현, 예를 들어 STMN2 mRNA 및/또는 단백질 발현의 수준을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다. KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 KCNQ2 활성, 예를 들어 KCNQ2 활성, 및/또는 KCNQ2 발현, 예를 들어 KCNQ2 mRNA 및/또는 단백질 발현의 수준을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다. UNC13A 올리고뉴클레오티드는 UNC13A 활성, 예를 들어 UNC13A 활성, 및/또는 UNC13A 발현, 예를 들어 UNC13A mRNA 및/또는 단백질 발현의 수준을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다. SMN2 올리고뉴클레오티드는 SMN2 활성, 예를 들어 SMN2 활성, 및/또는 SMN2 발현, 예를 들어 SMN2 mRNA 및/또는 단백질 발현의 수준을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다.
본 개시내용은 또한 1종 이상의 제약상 또는 화장품용으로 허용되는 부형제와 함께 제제화된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 이들 제제는 경구, 설하, 기관내, 비강내, 경피, 폐, 척수강내, 시상내, 수조내, 뇌실내, 비경구 (예를 들어, 피하, 근육내, 피내, 십이지장내, 또는 정맥내) 투여, 경점막 (예를 들어, 협측, 질, 및 직장)에 적합한 것, 또는 예를 들어 피부 및/또는 점막에 국소로 적용하기에 적합한 조성물, 예를 들어 겔, 페이스트, 왁스, 크림, 스프레이, 액체, 폼, 로션, 연고, 국소 용액, 경피 패치, 분말, 증기, 또는 팅크제 형태의 조성물의 일부로서 국소 사용에 적합한 것을 포함한다. 임의의 주어진 경우에 가장 적합한 투여 형태는 치료될 상태의 정도 및 중증도 및 사용될 특정한 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 성질에 좌우될 것이다.
본 개시내용은 또한 STMN2 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 (예를 들어, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것의 서열을 포함하는 STMN2 AON)을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 본 개시내용은 또한 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 (예를 들어, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 임의의 것의 서열을 포함하는 KCNQ2 AON)을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 본 개시내용은 또한 UNC13A 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 (예를 들어, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것의 서열을 포함하는 UNC13A AON)을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 본 개시내용은 또한 SMN2 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 (예를 들어, 서열식별번호: 9710-10141 및 서열식별번호: 10574-10581 중 임의의 것의 서열을 포함하는 SMN2 AON)을 포함하는 제약 조성물을 제공한다.
본 개시내용은 또한 1종 이상의 제약상 허용되는 부형제와 함께 제제화된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON을 포함하는 제약 조성물의 사용을 포함하는 방법을 제공한다. 본원에 제공된 예시적인 조성물은 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON 및 1종 이상의 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 조성물을 포함한다. 제제는 경구, 설하, 기관내, 비강내, 경피, 폐, 척수강내, 시상내, 수조내, 뇌실내, 비경구 (예를 들어, 피하, 근육내, 피내, 십이지장내, 또는 정맥내) 투여, 경점막 (예를 들어, 협측, 질, 및 직장), 또는 국소 사용에 적합한 것을 포함한다. 임의의 주어진 경우에 가장 적합한 투여 형태는 대상체에서 예방하고자 하는 상태, 장애, 질환, 또는 병태의 임상 증상, 합병증, 또는 생화학적 징후; 대상체에서 예방하고자 하는 상태, 장애, 질환, 또는 병태; 및/또는 사용될 특정한 화합물 및/또는 조성물의 성질에 좌우될 것이다.
추가의 화학적으로 변형된 올리고뉴클레오티드
본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 변형된 리보뉴클레오시드 및 변형된 데옥시리보뉴클레오시드를 비롯한 화학적으로 변형된 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 우라신, 우리딘, 2'-O-(2-메톡시에틸) 변형, 예를 들어 2'-O-(2-메톡시에틸)구아노신, 2'-O-(2-메톡시에틸)아데노신, 2'-O-(2-메톡시에틸)시토신, 및 2'-O-(2-메톡시에틸)티미딘을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 혼합 양식, 예를 들어 STMN2 펩티드 핵산 (PNA) 및 STMN2 잠금 핵산 (LNA)의 조합, KCNQ2 펩티드 핵산 (PNA) 및 KCNQ2 잠금 핵산 (LNA)의 조합, UNC13A 펩티드 핵산 (PNA) 및 UNC13A 잠금 핵산 (LNA)의 조합, 및/또는 SMN2 펩티드 핵산 (PNA) 및 SMN2 잠금 핵산 (LNA)의 조합. 화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 또한 잠금 핵산 (LNA), 2'-O-메틸, 2'-플루오로, 및 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오티드 (FANA), 및 플루오로 시클로헥세닐 핵산 (F-CeNA) 변형을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다. 본원에 기재된 STMN2 AON에 포함될 수 있는 화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 문헌 [Johannes and Lucchino, (2018) "Current Challenges in Delivery and Cytosolic Translocation of Therapeutic RNAs" Nucleic Acid Ther. 28(3): 178-93; Rettig and Behlke, (2012) "Progress toward in vivo use of siRNAs-II" Mol Ther 20:483-512; 및 Khvorova and Watts, (2017) "The chemical evolution of oligonucleotide therapies of clinical utility" Nat Biotechnol., 35(3):238-48]에 기재되어 있으며, 이들 각각의 내용은 본원에 참조로 포함된다.
본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON은 올리고뉴클레오티드의 말단 5'-포스페이트의 안정화를 촉진하고 5'-포스페이트의 포스파타제-저항성 유사체인 화학적 변형을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드 말단 5'-포스페이트 안정화를 촉진하거나 또는 5'-포스페이트의 포스파타제-저항성 유사체인 화학적 변형은 5'-메틸 포스포네이트, 5'-메틸렌포스포네이트, 5'-메틸렌포스포네이트 유사체, 5'-E-비닐 포스포네이트 (5'-E-VP), 5'-포스포로티오에이트 및 5'-C-메틸 유사체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. AON 말단 5'-포스페이트 안정화를 촉진하고 5'-포스페이트의 포스파타제-저항성 유사체인 화학적 변형은 문헌 [Khvorova and Watts, (2017) "The chemical evolution of oligonucleotide therapies of clinical utility" Nat Biotechnol., 35(3):238-48]에 기재되어 있으며, 이의 내용은 본원에 참조로 포함된다.
본원에 기재된 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 화학적으로 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어 2' O-메틸 리보뉴클레오시드, 예를 들어 2' O-메틸 시티딘, 2' O-메틸 구아노신, 2' O-메틸 우리딘 및/또는 2' O-메틸 아데노신을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 5-메틸피리미딘, 예를 들어 5-메틸시토신 및/또는 5-메틸퓨린, 예를 들어 5-메틸구아닌을 비롯한 1개 이상의 화학적으로 변형된 염기를 포함할 수 있다. 화학적으로 변형된 뉴클레오시드는 슈도-우리딘 또는 5'메톡시우리딘을 추가로 포함할 수 있다. 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 하기 화학적으로 변형된 뉴클레오시드 중 임의의 것을 포함할 수 있다: 5-메틸-2'-O-메틸시티딘, 5-메틸-2'-O-메틸티미딘, 5-메틸시티딘, 5-메틸우리딘 및/또는 5-메틸 2'-데옥시시티딘.
본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON은 올리고뉴클레오시드 연결 중 1개 이상이 포스페이트 연결인 포스페이트 백본을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON은 서열의 뉴클레오시드 연결 중 1개 이상이 포스포로티오에이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 (예를 들어, 포스포로디아미데이트 모르폴리노 (PMO), 3' 아미노 리보스, 또는 5' 아미노 리보스를 포함함) 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 변형된 올리고뉴클레오티드 백본을 포함할 수 있다. 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON의 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 예를 들어, 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON의 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 1, 2, 3개 또는 그 초과의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 본원에 기재된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON의 바람직한 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
STMN2
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것의 STMN2 AON의 모든 뉴클레오티드 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것의 STMN2 AON의 뉴클레오티드 연결 중 1개 이상은 포스포로티오에이트 연결이다.
다양한 실시양태에서, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것과 같은 본원에 기재된 STMN2 AON의 뉴클레오티드 연결은 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개가 포스포디에스테르 결합인 것에 더하여, STMN2 AON은 2개의 스페이서를 추가로 포함한다. 2개의 스페이서는 STMN2 AON이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하도록 STMN2 AON에 위치할 수 있다. 2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 4의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON의 위치 3 및 위치 4의 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있고, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3 및 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타내고, "E"는 위치 4의 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 STMN2 AON은 1개 이상의 스페이서를 포함하고, 포스포디에스테르 결합은 1개 이상의 스페이서에 관하여 위치한다. 일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 특정한 실시양태에서, Y는 2개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, STMN2 AON의 위치 13 및 14의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 STMN2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 STMN2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다.
일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. 특정한 실시양태에서, Y는 1개의 염기이고, Z는 1개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, STMN2 AON의 위치 14 및 16의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S"는 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 STMN2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하거나 또는 그에 바로 후속하는 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 STMN2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, STMN2 AON의 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기 및 후속하는 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 예를 들어, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결되고 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 추가로 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예시적인 21량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 21량체 STMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 또 다른 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기는 비-포스포디에스테르 결합, 예컨대 포스포로티오에이트 결합을 통해 제1 스페이서에 연결될 수 있다. 추가적으로, 제2 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 21량체 STMN2 AON의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제1 스페이서 S1에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제2 스페이서 S2는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
이러한 21량체 STMN2 AON의 또 다른 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제2 스페이서 S2에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제1 스페이서 S1은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된다. 예를 들어, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, STMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 25량체)의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 제1 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타내고, "F"는 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "H"는 제2 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 AON은 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 2개의 스페이서 사이에 위치한 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 4개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서에서 Y개의 염기의 수에 후속하고 제2 스페이서에서 Z개의 염기의 수에 선행하여 위치한다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 5개의 염기이고, Z는 4개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D", "E", "F", 및 "H"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 4개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, H는 제2 스페이서의 4개의 염기 앞에 위치함). AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 4개의 염기이고, Z는 3개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 STMN2 AON (예를 들어, 23량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D" 및 "E"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 3개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, E는 제2 스페이서의 3개의 염기 앞에 위치함). 다양한 실시양태에서, 2개의 스페이서의 위치는 상기 제시된 것과 상이하고, 따라서 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 상이하게 위치한다. 다양한 실시양태에서, STMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
하기 표 25는 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 갖는 STMN2 AON의 예를 추가로 도시한다. 특히, 표 25는 스페이서 및 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 포함하는 STMN2 AON의 예를 도시한다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
표 25: 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 결합의 혼합을 갖는 예시적인 STMN2 AON.
일부 실시양태에서, 개시된 STMN2 AON은 예를 들어 5' 또는 3' 단부 중 오직 1개에 또는 5' 및 3' 단부 둘 다에 또는 올리고뉴클레오티드 서열을 따라 위치하는 적어도 1개의 변형된 핵염기, 예를 들어 5-메틸시토신 및/또는 적어도 1개의 메틸포스포네이트 뉴클레오티드를 가질 수 있다.
STMN2 AON은 적어도 1개의 변형된 당을 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 구성하는 적어도 1개의 뉴클레오티드의 당 모이어티는 2'-OH 기가 OR, R, R'OR, SH, SR, NH2, NR2, N3, CN, F, Cl, Br, 및 I (여기서 R은 알킬 또는 아릴이고, R'는 알킬렌임)로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나에 의해 대체될 수 있는 리보스이다. 변형된 당 모이어티의 예는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE 또는 MOE), 2'-O-(N-메틸아세트아미드), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA)를 포함한다.
일부 실시양태에서, STMN2 AON은 2'OMe (예를 들어, 1개 이상의 2'OMe 변형된 당을 포함하는 STMN2 AON), 2'-MOE 또는 MOE (예를 들어, 1개 이상의 2'MOE 변형된 당을 포함하는 STMN2 AON), PNA (예를 들어, 당-포스페이트 백본 대신 반복 단위로서 아미드 결합 또는 카르보닐 메틸렌 연결에 의해 연결된 1개 이상의 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위를 포함하는 STMN2 AON), LNA (예를 들어, 1개 이상의 잠금 리보스를 포함하고, 2'-데옥시 뉴클레오티드 또는 2'Ome 뉴클레오티드의 혼합물일 수 있는 STMN2 AON), c-ET (예를 들어, 1개 이상의 cET 당을 포함하는 STMN2 AON), cMOE (예를 들어, 1개 이상의 cMOE 당을 포함하는 STMN2 AON), 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 1개 이상의 PMO를 포함하는 백본을 포함하는 STMN2 AON), 데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드 (예를 들어, 1개 이상의 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드를 포함하는 STMN2 AON), tcDNA (예를 들어, 1개 이상의 tcDNA 변형된 당을 포함하는 STMN2 AON), ENA (예를 들어, 1개 이상의 ENA 변형된 당을 포함하는 STMN2 AON), 또는 HNA (예를 들어, 1개 이상의 HNA 변형된 당을 포함하는 STMN2 AON)를 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, PNA 연결, 또는 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, 및 PNA 연결의 임의의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, STMN2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 또는 포스포로티오에이트 및 포스포디에스테르 연결의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 서열을 갖는 STMN2 AON은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드, 예컨대 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 9,982,257, 미국 특허 번호 10,590,413, US 10,724,035, US 10,450,568, 및 PCT 공개 번호 WO2019200185 중 임의의 것에 기재된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
예를 들어, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 서열을 갖는 STMN2 AON은 적어도 1종의 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이고, 여기서 각각의 유형은 1) 염기 서열; 2) 백본 연결의 패턴; 3) 백본 키랄 중심의 패턴; 및 4) 백본 X-모이어티의 패턴 (-X-L-R1)에 의해 규정되고; 여기서: 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결 및 1개 이상의 포스페이트 디에스테르 연결을 포함하고; 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 적어도 2개의 연속적인 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하고; 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 하기 구조를 갖는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하며:
여기서 P*는 비대칭 인 원자이고, Rp 또는 Sp이고;
W는 O, S 또는 Se이고; 각각의 X, Y 및 Z는 독립적으로 -O-, -S-, -N(-L-R1)-, 또는 L이고; L은 공유 결합 또는 임의로 치환된, 선형 또는 분지형 C1-C50 알킬렌이고, 여기서 L의 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; R1은 할로겐, R, 또는 임의로 치환된 C1-C10 지방족이고, 여기서 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; 각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이거나, 또는: 동일한 질소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 헤테로시클릭 또는 헤테로아릴 고리를 형성하거나, 또는 동일한 탄소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 아릴, 카르보시클릭, 헤테로시클릭, 또는 헤테로아릴 고리를 형성하고; -Cy-는 페닐렌, 카르보시클릴렌, 아릴렌, 헤테로아릴렌, 또는 헤테로시클릴렌으로부터 선택된 임의로 치환된 2가 고리이고; 각각의 R은 독립적으로 수소, 또는 C1-C6 지방족, 페닐, 카르보시클릴, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴로부터 선택된 임의로 치환된 기이고; 각각의 는 독립적으로 뉴클레오시드에 이어진 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나의 서열을 갖는 STMN2 AON은 미국 특허 번호 10,450,568에 기재된 바와 같은 특정 화학적 변형 (예를 들어, 2'F (2' 리보스 위치에 (RNA 단량체 내의 2'-히드록실 기 대신) 플루오린 분자를 함유하는 2' 플루오로), 2'-OMe, 포스포로티오에이트 연결, 지질 접합 등)을 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
KCNQ2
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 임의의 것의 KCNQ2 AON의 모든 뉴클레오티드 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 임의의 것의 KCNQ2 AON의 뉴클레오티드 연결 중 1개 이상은 포스포로티오에이트 연결이다.
다양한 실시양태에서, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 임의의 것과 같은 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 뉴클레오티드 연결은 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개가 포스포디에스테르 결합인 것에 더하여, KCNQ2 AON은 2개의 스페이서를 추가로 포함한다. 2개의 스페이서는 KCNQ2 AON이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하도록 KCNQ2 AON에 위치할 수 있다. 2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 4의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON의 위치 3 및 위치 4의 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있고, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3 및 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타내고, "E"는 위치 4의 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 KCNQ2 AON은 1개 이상의 스페이서를 포함하고, 포스포디에스테르 결합은 1개 이상의 스페이서에 관하여 위치한다. 일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 특정한 실시양태에서, Y는 2개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, KCNQ2 AON의 위치 13 및 14의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 KCNQ2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 KCNQ2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다.
일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. 특정한 실시양태에서, Y는 1개의 염기이고, Z는 1개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, KCNQ2 AON의 위치 14 및 16의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S"는 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 KCNQ2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하거나 또는 그에 바로 후속하는 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 KCNQ2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기 및 후속하는 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 예를 들어, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결되고 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 추가로 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예시적인 21량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 21량체 KCNQ2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 또 다른 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기는 비-포스포디에스테르 결합, 예컨대 포스포로티오에이트 결합을 통해 제1 스페이서에 연결될 수 있다. 추가적으로, 제2 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 21량체 KCNQ2 AON의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제1 스페이서 S1에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제2 스페이서 S2는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
이러한 21량체 KCNQ2 AON의 또 다른 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제2 스페이서 S2에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제1 스페이서 S1은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된다. 예를 들어, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, KCNQ2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 25량체)의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 제1 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타내고, "F"는 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "H"는 제2 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON은 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 2개의 스페이서 사이에 위치한 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 4개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서에서 Y개의 염기의 수에 후속하고 제2 스페이서에서 Z개의 염기의 수에 선행하여 위치한다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 5개의 염기이고, Z는 4개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D", "E", "F", 및 "H"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 4개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, H는 제2 스페이서의 4개의 염기 앞에 위치함). AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 4개의 염기이고, Z는 3개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 KCNQ2 AON (예를 들어, 23량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D" 및 "E"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 3개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, E는 제2 스페이서의 3개의 염기 앞에 위치함). 다양한 실시양태에서, 2개의 스페이서의 위치는 상기 제시된 것과 상이하고, 따라서 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 상이하게 위치한다. 다양한 실시양태에서, KCNQ2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 개시된 KCNQ2 AON은 예를 들어 5' 또는 3' 단부 중 오직 1개에 또는 5' 및 3' 단부 둘 다에 또는 올리고뉴클레오티드 서열을 따라 위치하는 적어도 1개의 변형된 핵염기, 예를 들어 5-메틸시토신 및/또는 적어도 1개의 메틸포스포네이트 뉴클레오티드를 가질 수 있다.
KCNQ2 AON은 적어도 1개의 변형된 당을 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 구성하는 적어도 1개의 뉴클레오티드의 당 모이어티는 2'-OH 기가 OR, R, R'OR, SH, SR, NH2, NR2, N3, CN, F, Cl, Br, 및 I (여기서 R은 알킬 또는 아릴이고, R'는 알킬렌임)로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나에 의해 대체될 수 있는 리보스이다. 변형된 당 모이어티의 예는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE 또는 MOE), 2'-O-(N-메틸아세트아미드), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA)를 포함한다.
일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 2'OMe (예를 들어, 1개 이상의 2'OMe 변형된 당을 포함하는 KCNQ2 AON), 2'-MOE 또는 MOE (예를 들어, 1개 이상의 2'MOE 변형된 당을 포함하는 KCNQ2 AON), PNA (예를 들어, 당-포스페이트 백본 대신 반복 단위로서 아미드 결합 또는 카르보닐 메틸렌 연결에 의해 연결된 1개 이상의 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위를 포함하는 KCNQ2 AON), LNA (예를 들어, 1개 이상의 잠금 리보스를 포함하고, 2'-데옥시 뉴클레오티드 또는 2'OMe 뉴클레오티드의 혼합물일 수 있는 KCNQ2 AON), c-ET (예를 들어, 1개 이상의 cET 당을 포함하는 KCNQ2 AON), cMOE (예를 들어, 1개 이상의 cMOE 당을 포함하는 KCNQ2 AON), 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 1개 이상의 PMO를 포함하는 백본을 포함하는 KCNQ2 AON), 데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드 (예를 들어, 1개 이상의 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드를 포함하는 KCNQ2 AON), tcDNA (예를 들어, 1개 이상의 tcDNA 변형된 당을 포함하는 KCNQ2 AON), ENA (예를 들어, 1개 이상의 ENA 변형된 당을 포함하는 KCNQ2 AON), 또는 HNA (예를 들어, 1개 이상의 HNA 변형된 당을 포함하는 KCNQ2 AON)를 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, PNA 연결, 또는 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, 및 PNA 연결의 임의의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 또는 포스포로티오에이트 및 포스포디에스테르 연결의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나의 서열을 갖는 KCNQ2 AON은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드, 예컨대 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 9,982,257, 미국 특허 번호 10,590,413, US 10,724,035, US 10,450,568, 및 PCT 공개 번호 WO2019200185 중 임의의 것에 기재된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
예를 들어, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나의 서열을 갖는 KCNQ2 AON은 적어도 1종의 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이고, 여기서 각각의 유형은 1) 염기 서열; 2) 백본 연결의 패턴; 3) 백본 키랄 중심의 패턴; 및 4) 백본 X-모이어티의 패턴 (-X-L-R1)에 의해 규정되고; 여기서: 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결 및 1개 이상의 포스페이트 디에스테르 연결을 포함하고; 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 적어도 2개의 연속적인 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하고; 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 하기 구조를 갖는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하며:
여기서 P*는 비대칭 인 원자이고, Rp 또는 Sp이고;
W는 O, S 또는 Se이고; 각각의 X, Y 및 Z는 독립적으로 -O-, -S-, -N(-L-R1)-, 또는 L이고; L은 공유 결합 또는 임의로 치환된, 선형 또는 분지형 C1-C50 알킬렌이고, 여기서 L의 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; R1은 할로겐, R, 또는 임의로 치환된 C1-C10 지방족이고, 여기서 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; 각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이거나, 또는: 동일한 질소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 헤테로시클릭 또는 헤테로아릴 고리를 형성하거나, 또는 동일한 탄소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 아릴, 카르보시클릭, 헤테로시클릭, 또는 헤테로아릴 고리를 형성하고; -Cy-는 페닐렌, 카르보시클릴렌, 아릴렌, 헤테로아릴렌, 또는 헤테로시클릴렌으로부터 선택된 임의로 치환된 2가 고리이고; 각각의 R은 독립적으로 수소, 또는 C1-C6 지방족, 페닐, 카르보시클릴, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴로부터 선택된 임의로 치환된 기이고; 각각의 는 독립적으로 뉴클레오시드에 이어진 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나의 서열을 갖는 KCNQ2 AON은 미국 특허 번호 10,450,568에 기재된 바와 같은 특정 화학적 변형 (예를 들어, 2'F (2' 리보스 위치에 (RNA 단량체 내의 2'-히드록실 기 대신) 플루오린 분자를 함유하는 2' 플루오로), 2'-OMe, 포스포로티오에이트 연결, 지질 접합 등)을 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
UNC13A
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것의 UNC13A AON의 모든 뉴클레오티드 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것의 UNC13A AON의 뉴클레오티드 연결 중 1개 이상은 포스포로티오에이트 연결이다.
다양한 실시양태에서, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것과 같은 본원에 기재된 UNC13A AON의 뉴클레오티드 연결은 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개가 포스포디에스테르 결합인 것에 더하여, UNC13A AON은 2개의 스페이서를 추가로 포함한다. 2개의 스페이서는 UNC13A AON이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하도록 UNC13A AON에 위치할 수 있다. 2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 4의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON의 위치 3 및 위치 4의 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있고, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3 및 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타내고, "E"는 위치 4의 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 UNC13A AON은 1개 이상의 스페이서를 포함하고, 포스포디에스테르 결합은 1개 이상의 스페이서에 관하여 위치한다. 일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 특정한 실시양태에서, Y는 2개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, UNC13A AON의 위치 13 및 14의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 UNC13A AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 UNC13A AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다.
일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. 특정한 실시양태에서, Y는 1개의 염기이고, Z는 1개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, UNC13A AON의 위치 14 및 16의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S"는 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 UNC13A AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하거나 또는 그에 바로 후속하는 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 UNC13A AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, UNC13A AON의 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기 및 후속하는 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 예를 들어, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결되고 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 추가로 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예시적인 21량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 21량체 UNC13A AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 또 다른 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기는 비-포스포디에스테르 결합, 예컨대 포스포로티오에이트 결합을 통해 제1 스페이서에 연결될 수 있다. 추가적으로, 제2 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 21량체 UNC13A AON의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제1 스페이서 S1에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제2 스페이서 S2는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
이러한 21량체 UNC13A AON의 또 다른 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제2 스페이서 S2에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제1 스페이서 S1은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된다. 예를 들어, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, UNC13A AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 25량체)의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 제1 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타내고, "F"는 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "H"는 제2 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, UNC13A AON은 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 2개의 스페이서 사이에 위치한 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 4개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서에서 Y개의 염기의 수에 후속하고 제2 스페이서에서 Z개의 염기의 수에 선행하여 위치한다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 5개의 염기이고, Z는 4개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D", "E", "F", 및 "H"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 4개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, H는 제2 스페이서의 4개의 염기 앞에 위치함). AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 4개의 염기이고, Z는 3개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 UNC13A AON (예를 들어, 23량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D" 및 "E"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 3개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, E는 제2 스페이서의 3개의 염기 앞에 위치함). 다양한 실시양태에서, 2개의 스페이서의 위치는 상기 제시된 것과 상이하고, 따라서 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 상이하게 위치한다. 다양한 실시양태에서, UNC13A AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 개시된 UNC13A AON은 예를 들어 5' 또는 3' 단부 중 오직 1개에 또는 5' 및 3' 단부 둘 다에 또는 올리고뉴클레오티드 서열을 따라 위치하는 적어도 1개의 변형된 핵염기, 예를 들어 5-메틸시토신 및/또는 적어도 1개의 메틸포스포네이트 뉴클레오티드를 가질 수 있다.
UNC13A AON은 적어도 1개의 변형된 당을 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 구성하는 적어도 1개의 뉴클레오티드의 당 모이어티는 2'-OH 기가 OR, R, R'OR, SH, SR, NH2, NR2, N3, CN, F, Cl, Br, 및 I (여기서 R은 알킬 또는 아릴이고, R'는 알킬렌임)로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나에 의해 대체될 수 있는 리보스이다. 변형된 당 모이어티의 예는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE 또는 MOE), 2'-O-(N-메틸아세트아미드), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA)를 포함한다.
일부 실시양태에서, UNC13A AON은 2'OMe (예를 들어, 1개 이상의 2'OMe 변형된 당을 포함하는 UNC13A AON), 2'-MOE 또는 MOE (예를 들어, 1개 이상의 2'MOE 변형된 당을 포함하는 UNC13A AON), PNA (예를 들어, 당-포스페이트 백본 대신 반복 단위로서 아미드 결합 또는 카르보닐 메틸렌 연결에 의해 연결된 1개 이상의 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위를 포함하는 UNC13A AON), LNA (예를 들어, 1개 이상의 잠금 리보스를 포함하고, 2'-데옥시 뉴클레오티드 또는 2'OMe 뉴클레오티드의 혼합물일 수 있는 UNC13A AON), c-ET (예를 들어, 1개 이상의 cET 당을 포함하는 UNC13A AON), cMOE (예를 들어, 1개 이상의 cMOE 당을 포함하는 UNC13A AON), 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 1개 이상의 PMO를 포함하는 백본을 포함하는 UNC13A AON), 데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드 (예를 들어, 1개 이상의 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드를 포함하는 UNC13A AON), tcDNA (예를 들어, 1개 이상의 tcDNA 변형된 당을 포함하는 UNC13A AON), ENA (예를 들어, 1개 이상의 ENA 변형된 당을 포함하는 UNC13A AON), 또는 HNA (예를 들어, 1개 이상의 HNA 변형된 당을 포함하는 UNC13A AON)를 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, PNA 연결, 또는 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, 및 PNA 연결의 임의의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, UNC13A AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 또는 포스포로티오에이트 및 포스포디에스테르 연결의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 서열을 갖는 UNC13A AON은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드, 예컨대 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 9,982,257, 미국 특허 번호 10,590,413, US 10,724,035, US 10,450,568, 및 PCT 공개 번호 WO2019200185 중 임의의 것에 기재된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
예를 들어, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 서열을 갖는 UNC13A AON은 적어도 1종의 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이고, 여기서 각각의 유형은 1) 염기 서열; 2) 백본 연결의 패턴; 3) 백본 키랄 중심의 패턴; 및 4) 백본 X-모이어티의 패턴 (-X-L-R1)에 의해 규정되고; 여기서: 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결 및 1개 이상의 포스페이트 디에스테르 연결을 포함하고; 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 적어도 2개의 연속적인 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하고; 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 하기 구조를 갖는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하며:
여기서 P*는 비대칭 인 원자이고, Rp 또는 Sp이고;
W는 O, S 또는 Se이고; 각각의 X, Y 및 Z는 독립적으로 -O-, -S-, -N(-L-R1)-, 또는 L이고; L은 공유 결합 또는 임의로 치환된, 선형 또는 분지형 C1-C50 알킬렌이고, 여기서 L의 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; R1은 할로겐, R, 또는 임의로 치환된 C1-C10 지방족이고, 여기서 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; 각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이거나, 또는: 동일한 질소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 헤테로시클릭 또는 헤테로아릴 고리를 형성하거나, 또는 동일한 탄소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 아릴, 카르보시클릭, 헤테로시클릭, 또는 헤테로아릴 고리를 형성하고; -Cy-는 페닐렌, 카르보시클릴렌, 아릴렌, 헤테로아릴렌, 또는 헤테로시클릴렌으로부터 선택된 임의로 치환된 2가 고리이고; 각각의 R은 독립적으로 수소, 또는 C1-C6 지방족, 페닐, 카르보시클릴, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴로부터 선택된 임의로 치환된 기이고; 각각의 는 독립적으로 뉴클레오시드에 이어진 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나의 서열을 갖는 UNC13A AON은 미국 특허 번호 10,450,568에 기재된 바와 같은 특정 화학적 변형 (예를 들어, 2'F (2' 리보스 위치에 (RNA 단량체 내의 2'-히드록실 기 대신) 플루오린 분자를 함유하는 2' 플루오로), 2'-OMe, 포스포로티오에이트 연결, 지질 접합 등)을 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
SMN2
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 임의의 것의 SMN2 AON의 모든 뉴클레오티드 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 임의의 것의 SMN2 AON의 뉴클레오티드 연결 중 1개 이상은 포스포로티오에이트 연결이다.
다양한 실시양태에서, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 임의의 것과 같은 본원에 기재된 SMN2 AON의 뉴클레오티드 연결은 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 연결의 혼합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 3의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개가 포스포디에스테르 결합인 것에 더하여, SMN2 AON은 2개의 스페이서를 추가로 포함한다. 2개의 스페이서는 SMN2 AON이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하도록 SMN2 AON에 위치할 수 있다. 2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
2개의 스페이서를 갖고 위치 3의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결 중 1개는 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 선행하는 염기 또는 후속하는 염기에 연결될 수 있다. 위치 4의 염기를 선행하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
위치 4의 염기를 후속하는 염기에 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 4의 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON의 위치 3 및 위치 4의 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 결합이다. 예를 들어, 위치 3의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있고, 위치 4의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 각각의 인접한 염기 (예를 들어, 선행하는 염기 및 후속하는 염기)에 연결될 수 있다. 위치 3 및 4의 염기를 연결하는 포스포디에스테르 결합을 갖는 예시적인 25량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 위치 3의 염기를 나타내고, "E"는 위치 4의 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 본원에 기재된 SMN2 AON은 1개 이상의 스페이서를 포함하고, 포스포디에스테르 결합은 1개 이상의 스페이서에 관하여 위치한다. 일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 특정한 실시양태에서, Y는 2개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, SMN2 AON의 위치 13 및 14의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 SMN2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 SMN2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기에 연결된다. 다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다.
일부 실시양태에서, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. 특정한 실시양태에서, Y는 1개의 염기이고, Z는 1개의 염기이다. 예를 들어, 스페이서가 위치 15에 위치하는 경우에, SMN2 AON의 위치 14 및 16의 염기는 각각 포스포디에스테르 결합을 통해 그의 각각의 인접한 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S"는 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 스페이서는 SMN2 AON 내의 다양한 위치에 위치할 수 있고, 따라서 스페이서에 바로 선행하거나 또는 그에 바로 후속하는 염기는 스페이서가 어디에 위치하는지에 따라 SMN2 AON 내에서 달라질 수 있다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 1개 초과의 스페이서를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 스페이서 중 오직 1개만이 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 실시양태에서, SMN2 AON의 다른 스페이서는 포스포로티오에이트 결합을 통해 각각의 선행하는 염기 및 후속하는 염기에 연결된다. 예를 제공하기 위해, 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 예를 들어, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결되고 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 추가로 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예시적인 21량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, 21량체 SMN2 AON은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 또 다른 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기는 비-포스포디에스테르 결합, 예컨대 포스포로티오에이트 결합을 통해 제1 스페이서에 연결될 수 있다. 추가적으로, 제2 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. 21량체 SMN2 AON의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S1에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제1 스페이서 S1에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제2 스페이서 S2는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
이러한 21량체 SMN2 AON의 또 다른 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 S2에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 "D"에 바로 선행하는 염기를 나타낸다. 여기서, 염기 "D"는 비-포스포디에스테르 결합 (예를 들어, 포스포로티오에이트 결합)을 통해 제2 스페이서 S2에 연결된다. 추가적으로, 염기 "D"는 포스포디에스테르 결합을 통해 염기 "E"에 연결된다. 제1 스페이서 S1은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 선행하는 염기에 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 스페이서 중 1개는 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된다. 예를 들어, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 포함하며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 스페이서 중 1개가 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)일 수 있다. 예를 들어, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제1 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
또 다른 예로서, SMN2 AON은 포스포디에스테르 결합을 통해 바로 후속하는 염기에 연결된 제2 스페이서를 갖는 21량체일 수 있으며, 이는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 스페이서 중 2개는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON 내의 각각의 스페이서는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된, 스페이서에 바로 선행하는 Y개의 염기의 수 및 스페이서에 바로 후속하는 Z개의 염기의 수를 갖는다. 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 25량체)의 예는 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타내고, "D"는 제1 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "E"는 제1 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타내고, "F"는 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기를 나타내고, "H"는 제2 스페이서에 바로 후속하는 염기를 나타낸다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, SMN2 AON은 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 2개의 스페이서 사이에 위치한 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된다. 다양한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 2개의 염기를 포함한다. 특정한 실시양태에서, 소정의 범위의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 4개의 염기를 포함한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
다양한 실시양태에서, 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서에서 Y개의 염기의 수에 후속하고 제2 스페이서에서 Z개의 염기의 수에 선행하여 위치한다. 다양한 실시양태에서, Y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. 다양한 실시양태에서, Z는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 염기이다. Y 및 Z는 서로 독립적일 수 있다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 5개의 염기이고, Z는 4개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 25량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D", "E", "F", 및 "H"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 5개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 4개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, H는 제2 스페이서의 4개의 염기 앞에 위치함). AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
특정한 실시양태에서, Y는 4개의 염기이고, Z는 3개의 염기이다. 예를 제공하기 위해, 이러한 SMN2 AON (예를 들어, 23량체)은 하기와 같이 표시될 수 있고:
여기서 "S1"은 제1 스페이서를 나타내고, "S2"는 제2 스페이서를 나타내고, "o"는 포스포디에스테르 결합을 나타낸다. 염기 "D" 및 "E"는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 나타낸다. 이러한 예에서, 소정의 범위의 염기는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치하고 (예를 들어, D는 제1 스페이서의 4개의 염기 다음에 위치함), 소정의 범위의 염기는 제2 스페이서에서 3개의 염기를 선행하여 위치한다 (예를 들어, E는 제2 스페이서의 3개의 염기 앞에 위치함). 다양한 실시양태에서, 2개의 스페이서의 위치는 상기 제시된 것과 상이하고, 따라서 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기는 상이하게 위치한다. 다양한 실시양태에서, SMN2 AON의 모든 다른 염기는 포스포로티오에이트 결합을 통해 연결된다. AON 내의 임의의 핵염기는 핵염기 유사체일 수 있다.
일부 실시양태에서, 개시된 SMN2 AON은 예를 들어 5' 또는 3' 단부 중 오직 1개에 또는 5' 및 3' 단부 둘 다에 또는 올리고뉴클레오티드 서열을 따라 위치하는 적어도 1개의 변형된 핵염기, 예를 들어 5-메틸시토신 및/또는 적어도 1개의 메틸포스포네이트 뉴클레오티드를 가질 수 있다.
SMN2 AON은 적어도 1개의 변형된 당을 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 구성하는 적어도 1개의 뉴클레오티드의 당 모이어티는 2'-OH 기가 OR, R, R'OR, SH, SR, NH2, NR2, N3, CN, F, Cl, Br, 및 I (여기서 R은 알킬 또는 아릴이고, R'는 알킬렌임)로 이루어진 군으로부터 선택된 어느 하나에 의해 대체될 수 있는 리보스이다. 변형된 당 모이어티의 예는 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE 또는 MOE), 2'-O-(N-메틸아세트아미드), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA)를 포함한다.
일부 실시양태에서, SMN2 AON은 2'OMe (예를 들어, 1개 이상의 2'OMe 변형된 당을 포함하는 SMN2 AON), 2'-MOE 또는 MOE (예를 들어, 1개 이상의 2'MOE 변형된 당을 포함하는 SMN2 AON), PNA (예를 들어, 당-포스페이트 백본 대신 반복 단위로서 아미드 결합 또는 카르보닐 메틸렌 연결에 의해 연결된 1개 이상의 N-(2-아미노에틸)-글리신 단위를 포함하는 SMN2 AON), LNA (예를 들어, 1개 이상의 잠금 리보스를 포함하고, 2'-데옥시 뉴클레오티드 또는 2'OMe 뉴클레오티드의 혼합물일 수 있는 SMN2 AON), c-ET (예를 들어, 1개 이상의 cET 당을 포함하는 SMN2 AON), cMOE (예를 들어, 1개 이상의 cMOE 당을 포함하는 SMN2 AON), 모르폴리노 올리고머 (예를 들어, 1개 이상의 PMO를 포함하는 백본을 포함하는 SMN2 AON), 데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드 (예를 들어, 1개 이상의 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드를 포함하는 SMN2 AON), tcDNA (예를 들어, 1개 이상의 tcDNA 변형된 당을 포함하는 SMN2 AON), ENA (예를 들어, 1개 이상의 ENA 변형된 당을 포함하는 SMN2 AON), 또는 HNA (예를 들어, 1개 이상의 HNA 변형된 당을 포함하는 SMN2 AON)를 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, PNA 연결, 또는 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 포스포트리에스테르 연결, 메틸포스포네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 모르폴리노 연결, 및 PNA 연결의 임의의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, SMN2 AON은 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결, 포스포디에스테르 연결, 또는 포스포로티오에이트 및 포스포디에스테르 연결의 조합을 포함한다.
일부 실시양태에서, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 어느 하나의 서열을 갖는 SMN2 AON은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드, 예컨대 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 번호 9,982,257, 미국 특허 번호 10,590,413, US 10,724,035, US 10,450,568, 및 PCT 공개 번호 WO2019200185 중 임의의 것에 기재된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
예를 들어, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 어느 하나의 서열을 갖는 SMN2 AON은 적어도 1종의 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이고, 여기서 각각의 유형은 1) 염기 서열; 2) 백본 연결의 패턴; 3) 백본 키랄 중심의 패턴; 및 4) 백본 X-모이어티의 패턴 (-X-L-R1)에 의해 규정되고; 여기서: 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결 및 1개 이상의 포스페이트 디에스테르 연결을 포함하고; 적어도 1종의 유형의 올리고뉴클레오티드는 적어도 2개의 연속적인 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하고; 적어도 1종의 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드는 독립적으로 하기 구조를 갖는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하며:
여기서 P*는 비대칭 인 원자이고, Rp 또는 Sp이고;
W는 O, S 또는 Se이고; 각각의 X, Y 및 Z는 독립적으로 -O-, -S-, -N(-L-R1)-, 또는 L이고; L은 공유 결합 또는 임의로 치환된, 선형 또는 분지형 C1-C50 알킬렌이고, 여기서 L의 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; R1은 할로겐, R, 또는 임의로 치환된 C1-C10 지방족이고, 여기서 1개 이상의 메틸렌 단위는 임의로 및 독립적으로, 임의로 치환된 C1-C6 알킬렌, C1-C6 알케닐렌, -C≡C-, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)-, -N(R')C(O)O-, -OC(O)N(R')-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -N(R')S(O)2-, -SC(O)-, -C(O)S-, -OC(O)-, 또는 -C(O)O-에 의해 대체되고; 각각의 R'는 독립적으로 -R, -C(O)R, -CO2R, 또는 -SO2R이거나, 또는: 동일한 질소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 헤테로시클릭 또는 헤테로아릴 고리를 형성하거나, 또는 동일한 탄소 상의 2개의 R'는 그의 개재 원자와 함께 임의로 치환된 아릴, 카르보시클릭, 헤테로시클릭, 또는 헤테로아릴 고리를 형성하고; -Cy-는 페닐렌, 카르보시클릴렌, 아릴렌, 헤테로아릴렌, 또는 헤테로시클릴렌으로부터 선택된 임의로 치환된 2가 고리이고; 각각의 R은 독립적으로 수소, 또는 C1-C6 지방족, 페닐, 카르보시클릴, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴로부터 선택된 임의로 치환된 기이고; 각각의 는 독립적으로 뉴클레오시드에 이어진 것을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808 중 어느 하나의 서열을 갖는 SMN2 AON은 미국 특허 번호 10,450,568에 기재된 바와 같은 특정 화학적 변형 (예를 들어, 2'F (2' 리보스 위치에 (RNA 단량체 내의 2'-히드록실 기 대신) 플루오린 분자를 함유하는 2' 플루오로), 2'-OMe, 포스포로티오에이트 연결, 지질 접합 등)을 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드이다.
운동 뉴런 질환
운동 뉴런 질환은 뇌에 의한 근육의 수의 운동을 조정하는 운동 뉴런의 기능 상실을 특징으로 하는 질환 군이다. 운동 뉴런 질환은 상부 및/또는 하부 운동 뉴런에 영향을 미칠 수 있고, 산발성 또는 가족성 기원을 가질 수 있다. 운동 뉴런 질환은 근위축성 측삭 경화증 (ALS 또는 루게릭병), 진행성 연수 마비, 가성 연수 마비, 진행성 근육 위축, 원발성 측삭 경화증, 척수성 근육 위축, 소아마비후 증후군 및 전두측두엽 치매 동반 ALS를 포함한다.
운동 뉴런 질환의 증상은 근육 부패 또는 약화, 근육 통증, 연축, 불명료한 언어, 삼킴 곤란, 근육 제어 상실, 관절통, 강직성 사지, 호흡 곤란, 침흘림, 및 호흡, 삼킴, 섭식, 말하기 및 사지 운동과 같은 기본 기능에 대한 완전한 근육 제어 상실을 포함한다. 이들 증상은 또한 때때로 우울증, 기억 상실, 계획 곤란, 언어 결핍, 행동 변경 및 공간적 관계 및/또는 인격 변화의 평가 곤란을 동반한다.
운동 뉴런 질환은 다양한 도구 및 시험을 사용하여 숙련된 임상의, 예를 들어 신경과의사에 의해 평가 및 진단될 수 있다. 예를 들어, 운동 뉴런 질환의 존재 또는 발생 위험은 혈액 및 소변 시험 (예를 들어, 크레아티닌 키나제의 존재에 대해 검정하는 시험), 자기 공명 영상화 (MRI), 전기근운동기록 (EMG), 신경 전도 연구 (NCS), 척수 천자, 요추 천자 및/또는 근육 생검을 사용하여 평가 또는 진단될 수 있다. 운동 뉴런 질환은 운동 및 감각 기술, 신경 기능, 청각 및 언어, 시각, 협응 및 균형, 정신 상태 및 기분 또는 행동의 변화를 평가하기 위해 신체 검사 및/또는 신경계 검사의 보조 하에 진단될 수 있다.
근위축성 측삭 경화증
ALS는 모든 수의근에 대한 신호를 파괴하는 진행성 운동 뉴런 질환이다. ALS는 상부 및 하부 운동 뉴런 둘 다의 위축을 유발한다. ALS의 증상은 연수근의 약화 및 소모, 전신 및 양측 강도 상실, 경직, 근육 연축, 근육 경련, 섬유속연축, 불명료한 언어 및 호흡 곤란 또는 호흡 능력 상실을 포함한다. ALS를 갖는 일부 개체는 또한 인지 저하를 앓는다. 분자 수준에서, ALS는 RNA-결합 단백질 TDP43의 응집체를 포함한, 운동 뉴런의 세포질 내의 단백질 및 RNA 응집체를 특징으로 한다.
ALS는 40세가 넘는 남성에서 가장 흔하지만, 여성 및 소아에서도 발생할 수 있다. ALS의 위험은 또한 흡연하거나, 납과 같은 화학물질에 노출되거나, 또는 군복무를 한 개체에서 높아진다. ALS의 대부분의 경우는 산발성이며, 사례의 단지 약 10%만이 가족성이다. ALS의 원인은 산발성 또는 유전성 유전자 돌연변이, 높은 수준의 글루타메이트, 단백질 취급 미숙을 포함한다. ALS와 연관된 유전자 돌연변이는 유전자 SOD1, C9orf72, TARDBP, FUS, ANG, ATXN2, CHCHD10, CHMP2B, DCTN1, ErbB4, FIG 4, HNRPA1, MATR3, NEFH, OPTN, PFN1, PRPH, SETX, SIGMAR1, SMN1, SPG11, SQSTM1, TBK1, TRPM7, TUBA4A, UBQLN2, VAPB, 및 VCP 내의 돌연변이를 포함한다.
전두측두엽 치매
전두측두엽 치매 (FTD)는 뇌의 전두엽 및 측두엽에 영향을 미치는 치매 형태이다. FTD는 전두측두엽 변성 (FTLD)을 포함한다. 이는 알츠하이머병보다 평균 발병 연령이 더 이르다 - 40세. FTD의 증상은 행동 및 인격의 극도의 변화, 언어 및 어휘 문제, 및 운동-관련 증상, 예컨대 진전, 강직, 근육 연축, 쇠약 및 삼킴 곤란을 포함한다. FTD의 하위유형은 인격 및 행동의 변화를 특징으로 하는 행동 변이형 전두측두엽 치매 (bvFTD), 및 언어 기술, 말하기, 쓰기 및 이해에 영향을 미치는 원발성 진행성 실어증 (PPA)을 포함한다. FTD는 타우 단백질 축적 (픽 바디) 및 변경된 TDP43 기능과 연관된다. FTD 사례의 약 30%는 가족성이고, 질환의 가족력 이외의 다른 위험 인자는 공지되어 있지 않다. FTD와 연관된 유전자 돌연변이는 유전자 C9orf72, 프로그래뉼린 (GRN), 미세관-연관 단백질 타우 (MAPT), UBQLN2, VPC, CHMP2B, TARDBP, FUS, ITM2B, CHCHD10, SQSTM1, PSEN1, PSEN2, CTSF, CYP27A1, TBK1 및 TBP 내의 돌연변이를 포함한다.
전두측두엽 치매 동반 근위축성 측삭 경화증
전두측두엽 치매 동반 근위축성 측삭 경화증 (FTD 동반 ALS)은 FTD 및 ALS가 동일한 개체에서 발생하는 임상 증후군이다. 흥미롭게도, C9orf72 내의 돌연변이가 ALS 및 FTD의 가족성 형태의 가장 흔한 원인이다. 추가적으로, TBK1, VCP, SQSTM1, UBQLN2 및 CHMP2B 내의 돌연변이가 또한 FTD 동반 ALS와 연관된다. FTD 동반 ALS의 증상은 인격의 극적인 변화, 뿐만 아니라 근육 약화, 근육 위축, 섬유속연축, 경직, 구음장애, 연하곤란, 및 척수, 운동 뉴런 및 뇌의 전두엽 및 측두엽의 변성을 포함한다. 분자 수준에서, FTD 동반 ALS는 TDP-43 및/또는 FUS 단백질의 축적을 특징으로 한다. TBK1 돌연변이는 ALS, FTD 및 FTD 동반 ALS와 연관된다.
변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)
변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)은 뇌, 구체적으로 변연계에서 미스폴딩된 TDP-43 단백질의 축적을 특징으로 한다. LATE는 고령 환자 (예를 들어, 80세 초과)에서 전형적으로 나타나는 신경계 장애이다. LATE는 치매에 대한 진단일 수 있고, LATE는 종종 기억 상실, 혼란, 및 기분 변화를 비롯한 알츠하이머병의 증상을 모방한다.
척수성 근육 위축
척수성 근육 위축 (SMA)은 수의근을 제어하는 신경 세포 (운동 뉴런)에 영향을 미치는 유전적 신경근육 장애 군이다. 운동 뉴런의 손실은 진행성 근육 약화, 및 근육 소모 (위축)로 인한 운동의 손실을 유발한다. 증상의 중증도, 증상이 시작되는 연령, 및 유전적 원인은 유형에 따라 다르다. 많은 유형의 SMA는 주로 걷기, 앉기, 팔 운동 및 머리 조절에 수반되는 근육에 영향을 미친다. 많은 유형의 SMA에서 질환이 진행됨에 따라 또한 호흡 및 삼킴이 어려워질 수 있다. 일부 유형의 SMA에서, 운동 뉴런의 손실은 손 및 발의 운동을 제어하기 어렵게 만든다.
SMA에 이환된 개체에서, SMN1 유전자는 엑손 7에서 발생한 결실 또는 다른 점 돌연변이로 인해 SMN 단백질을 정확하게 코딩할 수 없는 방식으로 돌연변이된다. SMA에 대한 완전한 치유는 없다. 치료는 증상을 관리하고 합병증을 예방하는 것으로 이루어진다. SMA를 치료하기 위한 3종의 승인된 요법이 존재한다: 누시너센 (스핀라자), 오나셈노진 아베파르보벡-크시오이 (졸겐스마), 및 리스디플람 (에브리스디).
치료 방법 - STMN2
본 개시내용은, 부분적으로, STMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 및 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE) 중 임의의 것을 포함한 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 상기 질환을 치료하는 것을 고려한다. 일부 실시양태에서, 개시된 STMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 본 개시내용의 일부 실시양태에서, 유효량의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 이를 필요로 하는 환자에게 투여하여 신경계 질환을 치료하고/거나, 기능적 STMN2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 STMN2 mRNA의 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시켜 그에 의해 STMN2 활성 및/또는 기능을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, 신경계 질환을 치료하는 것은 신경계 질환과 연관된 1종의 증상을 적어도 호전 또는 감소시키는 것 (예를 들어, ALS를 갖는 환자에서 근육 약화를 감소시키는 것)을 포함한다. 개시된 STMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환 (예를 들어, ALS, FTD, 또는 FTD 동반 ALS)을 앓고 있는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 신경계 질환, 예를 들어 운동 뉴런 질환의 진행을 늦추는 방법이 제공된다.
개시된 STMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료, 그의 발생 위험의 감소 또는 그의 발병의 지연을 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하거나, 그가 발생할 위험을 감소시키거나 또는 그의 발병을 지연시키는 방법이 본원에 제공된다. 방법은, 예를 들어 신경계 질환이 발생할 위험이 있는 대상체를 치료하는 것; 예를 들어 대상체에게 유효량의 개시된 STMN2 AON을 투여하는 것을 포함한다. 이러한 방식으로 치료될 수 있는 신경계 질환은 운동 뉴런 질환, ALS, FTD, FTD 동반 ALS, 진행성 연수 마비, 가성구 마비, 진행성 근육 위축, 원발성 측삭 경화증, 척수성 근육 위축, 및 소아마비후 증후군을 포함한다.
신경계 질환 (예를 들어, PD, ALS, FTD, 및 FTD 동반 ALS)을 예방 또는 치료하는 방법은 본 개시내용의 일부를 형성한다. 이러한 방법은 그를 필요로 하는 환자 또는 위험이 있는 환자에게 본원에 개시된 STMN2 AON을 포함하는 제약 제제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 신경계 질환의 예방 또는 치료를 필요로 하는 환자에게 본원에 개시된 STMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환을 예방 또는 치료하는 방법이 제공된다.
상기 방법을 사용하여 치료된 환자는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후에, 예를 들어 1일, 2일, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 또는 6개월 또는 그 초과 후에 기능적 STMN2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 STMN2 mRNA 발현의 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 심지어 50%의 증가, 회복, 또는 안정화, 그에 의한 표적 세포 (예를 들어, 운동 뉴런)에서의 STMN2 활성 및/또는 기능의 증가, 회복, 또는 안정화를 경험할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것은, 예를 들어 적어도 1일 기준으로 이루어질 수 있다. STMN2 올리고뉴클레오티드는 경구로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로 또는 수조내로 투여된다. 예를 들어, 본원에 기재된 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드는 약 3개월마다 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 본원에 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 결과로서 환자에서의 신경계 질환의 임상 징후의 지연 또는 호전은 본원에 개시된 것과 같은 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하지 않은 환자와 비교하여 적어도 예를 들어, 6개월, 1년, 18개월 또는 심지어 2년 또는 그 초과일 수 있다.
STMN2 올리고뉴클레오티드는 단독으로 또는 서로 조합되어 사용될 수 있고, 여기서 적어도 2종의 STMN2 올리고뉴클레오티드는 단일 조성물로 또는 치료 요법의 일부로서 함께 사용된다. STMN2 올리고뉴클레오티드는 또한 신경계 질환 또는 상태를 치료하기 위한 다른 약물 또는 AON과 조합되어 사용될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
치료 방법 - KCNQ2
본 개시내용은, 부분적으로, KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 및 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE) 중 임의의 것을 포함한 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 상기 질환을 치료하는 것을 고려한다. 일부 실시양태에서, 개시된 KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 본 개시내용의 일부 실시양태에서, 유효량의 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 이를 필요로 하는 환자에게 투여하여 신경계 질환을 치료하고/거나, 기능적 KCNQ2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 KCNQ2 mRNA의 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시켜 그에 의해 KCNQ2 활성 및/또는 기능을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, 신경계 질환을 치료하는 것은 신경계 질환과 연관된 1종의 증상을 적어도 호전 또는 감소시키는 것 (예를 들어, ALS를 갖는 환자에서 근육 약화를 감소시키는 것)을 포함한다. 개시된 KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환 (예를 들어, ALS, FTD, 또는 FTD 동반 ALS)을 앓고 있는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 신경계 질환, 예를 들어 운동 뉴런 질환의 진행을 늦추는 방법이 제공된다.
개시된 KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료, 그의 발생 위험의 감소 또는 그의 발병의 지연을 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하거나, 그가 발생할 위험을 감소시키거나 또는 그의 발병을 지연시키는 방법이 본원에 제공된다. 방법은, 예를 들어 신경계 질환이 발생할 위험이 있는 대상체를 치료하는 것; 예를 들어 대상체에게 유효량의 개시된 KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함한다. 이러한 방식으로 치료될 수 있는 신경계 질환은 운동 뉴런 질환, ALS, FTD, FTD 동반 ALS, 진행성 연수 마비, 가성구 마비, 진행성 근육 위축, 원발성 측삭 경화증, 척수성 근육 위축, 및 소아마비후 증후군을 포함한다.
신경계 질환 (예를 들어, PD, ALS, FTD, 및 FTD 동반 ALS)을 예방 또는 치료하는 방법은 본 개시내용의 일부를 형성한다. 이러한 방법은 그를 필요로 하는 환자 또는 위험이 있는 환자에게 본원에 개시된 KCNQ2 AON을 포함하는 제약 제제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 신경계 질환의 예방 또는 치료를 필요로 하는 환자에게 본원에 개시된 KCNQ2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환을 예방 또는 치료하는 방법이 제공된다.
상기 방법을 사용하여 치료된 환자는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후에, 예를 들어 1일, 2일, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 또는 6개월 또는 그 초과 후에 기능적 KCNQ2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 KCNQ2 mRNA 발현의 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 심지어 50%의 증가, 회복, 또는 안정화, 그에 의한 표적 세포 (예를 들어, 운동 뉴런)에서의 KCNQ2 활성 및/또는 기능의 증가, 회복, 또는 안정화를 경험할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것은, 예를 들어 적어도 1일 기준으로 이루어질 수 있다. KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 경구로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 예를 들어, 본원에 기재된 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 약 3개월마다 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 본원에 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여한 결과로서 환자에서의 신경계 질환의 임상 징후의 지연 또는 호전은 본원에 개시된 것과 같은 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여하지 않은 환자와 비교하여 적어도 예를 들어, 6개월, 1년, 18개월 또는 심지어 2년 또는 그 초과일 수 있다.
KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 단독으로 또는 서로 조합되어 사용될 수 있고, 여기서 적어도 2종의 KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 단일 조성물로 또는 치료 요법의 일부로서 함께 사용된다. KCNQ2 올리고뉴클레오티드는 또한 신경계 질환 또는 상태를 치료하기 위한 다른 약물 또는 AON과 조합되어 사용될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
치료 방법 - UNC13A
본 개시내용은, 부분적으로, UNC13A AON을 투여하는 것을 포함하는, 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, CTE, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증) 중 임의의 것을 포함한 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 상기 질환을 치료하는 것을 고려한다. 일부 실시양태에서, 개시된 UNC13A AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 본 개시내용의 일부 실시양태에서, 유효량의 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 이를 필요로 하는 환자에게 투여하여 신경계 질환을 치료하고/거나, 기능적 UNC13A 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 UNC13A mRNA의 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시켜 그에 의해 UNC13A 활성 및/또는 기능을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, 신경계 질환을 치료하는 것은 신경계 질환과 연관된 1종의 증상을 적어도 호전 또는 감소시키는 것 (예를 들어, ALS를 갖는 환자에서 근육 약화를 감소시키는 것)을 포함한다. 개시된 UNC13A AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환 (예를 들어, ALS, FTD, 또는 FTD 동반 ALS)을 앓고 있는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 신경계 질환, 예를 들어 운동 뉴런 질환의 진행을 늦추는 방법이 제공된다.
개시된 UNC13A AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료, 그의 발생 위험의 감소 또는 그의 발병의 지연을 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하거나, 그가 발생할 위험을 감소시키거나 또는 그의 발병을 지연시키는 방법이 본원에 제공된다. 방법은, 예를 들어 신경계 질환이 발생할 위험이 있는 대상체를 치료하는 것; 예를 들어 대상체에게 유효량의 개시된 UNC13A AON을 투여하는 것을 포함한다. 이러한 방식으로 치료될 수 있는 신경계 질환은 운동 뉴런 질환, ALS, FTD, FTD 동반 ALS, 진행성 연수 마비, 가성구 마비, 진행성 근육 위축, 원발성 측삭 경화증, 척수성 근육 위축, 및 소아마비후 증후군을 포함한다.
신경계 질환 (예를 들어, PD, ALS, FTD, 및 FTD 동반 ALS)을 예방 또는 치료하는 방법은 본 개시내용의 일부를 형성한다. 이러한 방법은 그를 필요로 하는 환자 또는 위험이 있는 환자에게 본원에 개시된 UNC13A AON을 포함하는 제약 제제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 신경계 질환의 예방 또는 치료를 필요로 하는 환자에게 본원에 개시된 UNC13A AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환을 예방 또는 치료하는 방법이 제공된다.
상기 방법을 사용하여 치료된 환자는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여한 후에, 예를 들어 1일, 2일, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 또는 6개월 또는 그 초과 후에 기능적 UNC13A 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 UNC13A mRNA 발현의 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 심지어 50%의 증가, 회복, 또는 안정화, 그에 의한 표적 세포 (예를 들어, 운동 뉴런)에서의 UNC13A 활성 및/또는 기능의 증가, 회복, 또는 안정화를 경험할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것은, 예를 들어 적어도 1일 기준으로 이루어질 수 있다. UNC13A 올리고뉴클레오티드는 경구로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로 또는 수조내로 투여된다. 예를 들어, 본원에 기재된 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드는 약 3개월마다 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 본원에 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여한 결과로서 환자에서의 신경계 질환의 임상 징후의 지연 또는 호전은 본원에 개시된 것과 같은 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여하지 않은 환자와 비교하여 적어도 예를 들어, 6개월, 1년, 18개월 또는 심지어 2년 또는 그 초과일 수 있다.
UNC13A 올리고뉴클레오티드는 단독으로 또는 서로 조합되어 사용될 수 있고, 여기서 적어도 2종의 UNC13A 올리고뉴클레오티드는 단일 조성물로 또는 치료 요법의 일부로서 함께 사용된다. UNC13A 올리고뉴클레오티드는 또한 신경계 질환 또는 상태를 치료하기 위한 다른 약물 또는 AON과 조합되어 사용될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
다양한 실시양태에서, 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
치료 방법 - SMN2
본 개시내용은, 부분적으로, SMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 척수성 근육 위축 (SMA)을 포함한 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 상기 질환을 치료하는 것을 고려한다. 일부 실시양태에서, 개시된 SMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 본원에 제공된다. 본 개시내용의 일부 실시양태에서, 유효량의 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드를 이를 필요로 하는 환자에게 투여하여 신경계 질환을 치료하고/거나, 기능적 SMN2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 SMN2 mRNA의 발현을 증가, 회복, 또는 안정화시켜 그에 의해 SMN2 활성 및/또는 기능을 증가, 회복, 또는 안정화시킬 수 있다.
일부 실시양태에서, 신경계 질환을 치료하는 것은 신경계 질환과 연관된 1종의 증상을 적어도 호전 또는 감소시키는 것 (예를 들어, SMA를 갖는 환자에서 근육 약화를 감소시키는 것)을 포함한다. 개시된 SMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환 (예를 들어, SMA)을 앓고 있는 환자에서 신경계 질환을 치료하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 신경계 질환, 예를 들어 운동 뉴런 질환의 진행을 늦추는 방법이 제공된다.
개시된 SMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환의 치료, 그의 발생 위험의 감소 또는 그의 발병의 지연을 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하거나, 그가 발생할 위험을 감소시키거나 또는 그의 발병을 지연시키는 방법이 본원에 제공된다. 방법은, 예를 들어 신경계 질환이 발생할 위험이 있는 대상체를 치료하는 것; 예를 들어 대상체에게 유효량의 개시된 SMN2 AON을 투여하는 것을 포함한다. 이러한 방식으로 치료될 수 있는 신경계 질환은 척수성 근육 위축 (SMA)을 포함한다.
신경계 질환 (예를 들어, SMA)을 예방 또는 치료하는 방법은 본 개시내용의 일부를 형성한다. 이러한 방법은 그를 필요로 하는 환자 또는 위험이 있는 환자에게 본원에 개시된 SMN2 AON을 포함하는 제약 제제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 신경계 질환의 예방 또는 치료를 필요로 하는 환자에게 본원에 개시된 SMN2 AON을 투여하는 것을 포함하는, 신경계 질환을 예방 또는 치료하는 방법이 제공된다.
상기 방법을 사용하여 치료된 환자는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후에, 예를 들어 1일, 2일, 1주, 2주, 3주, 4주, 5주, 6주, 7주, 8주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월, 또는 6개월 또는 그 초과 후에 기능적 SMN2 단백질을 생산하도록 번역될 수 있는 SMN2 mRNA 발현의 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 심지어 50%의 증가, 회복, 또는 안정화, 그에 의한 표적 세포 (예를 들어, 운동 뉴런)에서의 SMN2 활성 및/또는 기능의 증가, 회복, 또는 안정화를 경험할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것은, 예를 들어 적어도 1일 기준으로 이루어질 수 있다. SMN2 올리고뉴클레오티드는 경구로 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 예를 들어, 본원에 기재된 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드는 약 3개월마다 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여된다. 본원에 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 결과로서 환자에서의 신경계 질환의 임상 징후의 지연 또는 호전은 본원에 개시된 것과 같은 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하지 않은 환자와 비교하여 적어도 예를 들어, 6개월, 1년, 18개월 또는 심지어 2년 또는 그 초과일 수 있다.
SMN2 올리고뉴클레오티드는 단독으로 또는 서로 조합되어 사용될 수 있고, 여기서 적어도 2종의 SMN2 올리고뉴클레오티드는 단일 조성물로 또는 치료 요법의 일부로서 함께 사용된다. SMN2 올리고뉴클레오티드는 또한 신경계 질환 또는 상태를 치료하기 위한 다른 약물 또는 AON과 조합되어 사용될 수 있다.
다양한 실시양태에서, 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법이 본원에 개시되며, 상기 방법은 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651 및 서열식별번호: 10783-10808 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며; 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고/거나, 여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함한다.
치료 및 평가
본원에 기재된 바와 같은 환자는 포유동물, 영장류 및 인간을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 신경계 질환의 위험이 있거나, 신경계 질환을 앓고 있거나 또는 신경계 질환으로 진단된 임의의 동물을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 환자는, 예를 들어 고양이, 개 또는 말과 같은 비-인간 포유동물일 수 있다. 환자는 신경계 질환, 예컨대 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 신경 손상 (예를 들어, 상완 신경총 손상), 신경병증 (예를 들어, 화학요법 유발 신경병증), TDP43 단백질병증 (예를 들어, 만성 외상성 뇌병증, 페리 증후군, 알츠하이머병과 연관된 루이 소체 치매, 치매 동반 또는 비동반 파킨슨병, 및 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, CTE, 시냅스 질환, 예컨대 자폐증 및 척수성 근육 위축 (SMA)이 발생할 위험이 높은 것으로 진단된 개체, 신경계 질환으로 진단된 사람, 이전에 신경계 질환을 앓았던 사람, 또는 신경계 질환의 증상 또는 적응증, 예를 들어 신경계 질환과 연관된 징후 또는 증상 중 임의의 것에 대해 평가된 개체일 수 있다.
본원에 사용된 "필요로 하는 환자"는 신경계 질환의 임의의 증상 또는 징후를 앓고 있는 환자, 신경계 질환의 임의의 증상 또는 징후를 앓을 수 있는 환자, 또는 신경계 질환을 치료하기 위한 본 개시내용의 방법으로부터 이익을 얻을 수 있는 임의의 환자를 지칭한다. 필요로 하는 환자는 신경계 질환이 발생할 위험이 있는 것으로 진단된 환자, 과거에 신경계 질환을 앓았던 환자, 또는 이전에 신경계 질환에 대해 치료받은 환자를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 "유효량"은 환자에게 투여되는 경우에 상태를 적어도 부분적으로 치료하기에 충분한 작용제의 양을 지칭한다. 치료 유효량은 상태의 중증도, 성분의 투여 경로, 및 치료될 환자의 연령, 체중 등에 따라 달라질 것이다. 따라서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드의 유효량은, 작용제의 투여가 대상체에서 신경계 질환이 발생하는 것을 방지하거나, 신경계 질환 진행을 방지하거나 (예를 들어, 신경계의 증상, 예컨대 근육 약화, 연축 또는 섬유속연축의 발병 또는 증가된 중증도를 방지하거나), 또는 신경계 질환의 모든 연관된 증상을 경감시키거나 완전히 호전시키도록, 즉 질환의 퇴행을 유발하도록 환자에서 신경계 질환을 치료하는 데 필요한 STMN2 올리고뉴클레오티드의 양이다. 따라서, 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 유효량은, 작용제의 투여가 대상체에서 신경계 질환이 발생하는 것을 방지하거나, 신경계 질환 진행을 방지하거나 (예를 들어, 신경계의 증상, 예컨대 근육 약화, 연축 또는 섬유속연축의 발병 또는 증가된 중증도를 방지하거나), 또는 신경계 질환의 모든 연관된 증상을 경감시키거나 완전히 호전시키도록, 즉 질환의 퇴행을 유발하도록 환자에서 신경계 질환을 치료하는 데 필요한 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 양이다. 따라서, 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 유효량은, 작용제의 투여가 대상체에서 신경계 질환이 발생하는 것을 방지하거나, 신경계 질환 진행을 방지하거나 (예를 들어, 신경계의 증상, 예컨대 근육 약화, 연축 또는 섬유속연축의 발병 또는 증가된 중증도를 방지하거나), 또는 신경계 질환의 모든 연관된 증상을 경감시키거나 완전히 호전시키도록, 즉 질환의 퇴행을 유발하도록 환자에서 신경계 질환을 치료하는 데 필요한 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 양이다. 따라서, 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드의 유효량은, 작용제의 투여가 대상체에서 신경계 질환이 발생하는 것을 방지하거나, 신경계 질환 진행을 방지하거나 (예를 들어, 신경계의 증상, 예컨대 근육 약화, 연축 또는 섬유속연축의 발병 또는 증가된 중증도를 방지하거나), 또는 신경계 질환의 모든 연관된 증상을 경감시키거나 완전히 호전시키도록, 즉 질환의 퇴행을 유발하도록 환자에서 신경계 질환을 치료하는 데 필요한 SMN2 올리고뉴클레오티드의 양이다.
치료 효능은 신경계 질환과 연관된 육안 증상의 평가, 조직 조직학의 분석, 생화학적 검정, 영상화 방법, 예컨대 예를 들어, 자기 공명 영상화, 또는 다른 공지된 방법에 의해 평가될 수 있다. 예를 들어, 치료 효능은 신경계 질환을 앓고 있는 환자에게 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후, 질환의 육안 증상, 예컨대 근육 강도 및 제어의 변화 또는 신경계 질환과 연관된 육안 병리상태의 다른 측면을 분석함으로써 평가될 수 있다. 예를 들어, 치료 효능은 신경계 질환을 앓고 있는 환자에게 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후, 질환의 육안 증상, 예컨대 근육 강도 및 제어의 변화 또는 신경계 질환과 연관된 육안 병리상태의 다른 측면을 분석함으로써 평가될 수 있다. 예를 들어, 치료 효능은 신경계 질환을 앓고 있는 환자에게 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여한 후, 질환의 육안 증상, 예컨대 근육 강도 및 제어의 변화 또는 신경계 질환과 연관된 육안 병리상태의 다른 측면을 분석함으로써 평가될 수 있다. 예를 들어, 치료 효능은 신경계 질환을 앓고 있는 환자에게 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후, 질환의 육안 증상, 예컨대 근육 강도 및 제어의 변화 또는 신경계 질환과 연관된 육안 병리상태의 다른 측면을 분석함으로써 평가될 수 있다.
치료의 효능은 또한 조직 또는 세포 수준에서, 예를 들어 조직 생검 (예를 들어, 뇌, 척수, 근육, 운동 뉴런 조직 생검, 또는 후각 신경구체 세포 생검)을 수득하고 육안 조직 또는 세포 형태 또는 염색 특성을 평가함으로써 평가될 수 있다. 단백질 또는 RNA 발현을 검사하는 생화학적 검정이 또한 치료의 효능을 평가하는 데 사용될 수 있다. 예를 들어, 면역세포화학, 면역조직화학, 웨스턴 블롯팅, 또는 노던 블롯팅 방법, 또는 RNA 수준을 평가하는 데 유용한 방법, 예컨대 정량적 또는 반-정량적 폴리머라제 연쇄 (예를 들어, 디지털 PCR (디지털PCR, dPCR 또는 ddPCR), qPCR 등) 반응을 통해, 해리된 세포 또는 비-해리된 조직에서 신경계 질환을 나타내는 단백질 또는 유전자 산물의 수준을 평가할 수 있다. 또한, 척수액, 뇌척수액, 세포외 소포 (예를 들어, 엑소솜-유사 뇌척수액 세포외 소포 ("CSF 엑소솜"), 예컨대 문헌 [Welton et al., (2017) "Cerebrospinal fluid extracellular vesicle enrichment for protein biomarker discovery in neurological disease; multiple sclerosis" J Extracell Vesicles., 6(1):1-10; 및 Street et al., (2012) "Identification and proteomic profiling of exosomes in human cerebrospinal fluid" J Transl. Med., 10:5]에 기재된 것), 소변, 분변물, 림프액, 혈액, 혈장 또는 혈청에서 발견되는 유용한 바이오마커 (예를 들어, 신경필라멘트 경쇄 (NEFL), 신경필라멘트 중쇄 (NEFH), TDP-43 또는 p75 세포외 도메인 (p75ECD))의 존재 또는 발현 수준을 평가하여 질환 상태 및 치료 효능을 평가할 수 있다. 또한 혈장, 뉴런 세포외 소포/엑소솜에서 발견되는 유용한 바이오마커의 발현의 존재 또는 수준을 평가할 수 있다. 효능의 추가의 측정은 강도 지속기간 시간 상수 (SDTC), 짧은 간격 피질 억제 (SICI), 동력측정법, 사지 등척성 강도의 정확한 시험 (ATLIS), 복합 근육 활동 전위 (CMAP) 및 ALSFRS-R을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 소변 뉴로트로핀 수용체 p75 세포외 도메인 (p75ECD)은 근위축성 측삭 경화증 (ALS)에서의 질환 진행 및 예후 바이오마커이다. 뇌척수액 (CSF) 내의 인산화된 신경필라멘트 중쇄 (pNFH)는 C9ORF72-연관 근위축성 측삭 경화증 (c9ALS) 환자에서 질환 상태 및 생존을 예측한다. 임상 시험을 위한 예후 바이오마커로서 CSF pNFH는 c9ALS에 대한 치료가 성공적으로 발생할 가능성을 증가시킬 것이다.
STMN2
치료 효능을 평가하는 데 있어서, 유효한 평가를 보장하기 위해 적합한 대조군을 선택할 수 있다. 예를 들어, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 후의 신경계 질환 환자에서 평가된 증상을, 치료 전 또는 치료 과정의 초기 시점에서의 동일한 환자 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 또 다른 환자에서의 증상과 비교할 수 있다. 대안적으로, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 후 조직의 생화학적 또는 조직학적 분석의 결과를, 동일한 환자로부터의 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 STMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 전의 동일한 환자로부터의 조직의 것과 비교할 수 있다. 추가적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 혈액, 혈장, 혈청, 세포, 소변, 림프액, 척수액, 뇌척수액 또는 분변 샘플을, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체 또는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 대등한 샘플과 비교할 수 있다. 일부 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 세포외 소포 (예를 들어 CSF 엑소솜)를, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 세포외 소포와 비교할 수 있다.
STMN2 올리고뉴클레오티드의 검증은 STMN2 발현 수준 또는 활성의 직접 또는 간접 평가에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, STMN2 단백질 또는 RNA 발현을 측정하는 생화학적 검정을 사용하여 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 평가할 수 있다. 예를 들어, 웨스턴 블롯에 의해 세포 또는 조직에서 STMN2 단백질 수준을 측정하여 전반적인 STMN2 수준을 평가할 수 있다. 또한, 노던 블롯 또는 정량적 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 STMN2 mRNA 수준을 측정하여 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 결정할 수 있다. 또한, 면역세포화학적 또는 면역조직화학적 방법을 통해, 해리된 세포, 비-해리된 조직, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 혈청 또는 분변물에서 STMN2 단백질 수준 또는 STMN2 신호전달 활성을 나타내는 또 다른 단백질의 수준을 평가할 수 있다.
서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 혈장, 척수액, 뇌척수액, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 소변, 림프액, 분변물, 또는 조직에서 발견되는 유용한 바이오마커 (예를 들어, 신경필라멘트 경쇄 (NEFL), 신경필라멘트 중쇄 (NEFH), TDP-43, 또는 p75ECD의 존재 또는 발현 수준을 측정하여 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 발현 조정을 평가함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 생리학적 바이오마커, 예컨대 복합 근육 활동 전위 (CMAP)의 존재 또는 발현 수준를 측정함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 추가의 측정은 강도 지속기간 시간 상수 (SDTC), 짧은 간격 피질 억제 (SICI), 피롤리디닐, 사지 등척성 강도의 정확한 시험 (ATLIS), 복합 근육 활동 전위, 및 ALSFRS-R을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 소변 뉴로트로핀 수용체 p75 세포외 도메인 (p75ECD)은 근위축성 측삭 경화증 (ALS)에서의 질환 진행 및 예후 바이오마커이다. 뇌척수액 (CSF) 내의 인산화된 신경필라멘트 중쇄 (pNFH)는 c9ALS 환자에서 질환 상태 및 생존을 예측한다. 임상 시험을 위한 예후 바이오마커로서 CSF pNFH는 c9ALS에 대한 치료가 성공적으로 발생할 가능성을 증가시킬 것이다.
본 개시내용은 또한 신경계 질환을 앓고 있는 환자의 세포에서 전장 STMN2 전사체의 발현을 회복시키는 방법을 제공한다. 전장 STMN2 전사체는 신경계 (중추 신경계 (예를 들어, 척수 또는 뇌), 말초 신경계, 운동 뉴런, 신경교 세포, 성상세포, 핍지교세포, 소교세포, 뇌, 뇌간, 전두엽, 측두엽, 척수 포함), 근골격계, 척수액, 및 뇌척수액의 세포를 비롯한, STMN2 발현 또는 활성이 발생하는 임의의 세포에서 회복될 수 있다. 근골격계의 세포는 골격근 세포 (예를 들어, 근세포)를 포함한다. 운동 뉴런은 상부 운동 뉴런 및 하부 운동 뉴런을 포함한다.
KCNQ2
치료 효능을 평가하는 데 있어서, 유효한 평가를 보장하기 위해 적합한 대조군을 선택할 수 있다. 예를 들어, 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 투여 후의 신경계 질환 환자에서 평가된 증상을, 치료 전 또는 치료 과정의 초기 시점에서의 동일한 환자 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 또 다른 환자에서의 증상과 비교할 수 있다. 대안적으로, 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 투여 후 조직의 생화학적 또는 조직학적 분석의 결과를, 동일한 환자로부터의 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 투여 전의 동일한 환자로부터의 조직의 것과 비교할 수 있다. 추가적으로, KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 혈액, 혈장, 혈청, 세포, 소변, 림프액, 척수액, 뇌척수액 또는 분변 샘플을, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체 또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 대등한 샘플과 비교할 수 있다. 일부 실시양태에서, KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 세포외 소포 (예를 들어 CSF 엑소솜)를, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 세포외 소포와 비교할 수 있다.
KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 검증은 KCNQ2 발현 수준 또는 활성의 직접 또는 간접 평가에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, KCNQ2 단백질 또는 RNA 발현을 측정하는 생화학적 검정을 사용하여 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체에 대한 전반적인 효과를 평가할 수 있다. 예를 들어, 웨스턴 블롯에 의해 세포 또는 조직에서 KCNQ2 단백질 수준을 측정하여 전반적인 KCNQ2 수준을 평가할 수 있다. 또한, 노던 블롯 또는 정량적 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 KCNQ2 mRNA 수준을 측정하여 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 결정할 수 있다. 또한, 면역세포화학적 또는 면역조직화학적 방법을 통해, 해리된 세포, 비-해리된 조직, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 혈청 또는 분변물에서 KCNQ2 단백질 수준 또는 KCNQ2 신호전달 활성을 나타내는 또 다른 단백질의 수준을 평가할 수 있다.
서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 혈장, 척수액, 뇌척수액, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 소변, 림프액, 분변물, 또는 조직에서 발견되는 유용한 바이오마커 (예를 들어, 신경필라멘트 경쇄 (NEFL), 신경필라멘트 중쇄 (NEFH), TDP-43, 또는 p75ECD의 존재 또는 발현 수준을 측정하여 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)의 발현 조정을 평가함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 생리학적 바이오마커, 예컨대 복합 근육 활동 전위 (CMAP)의 존재 또는 발현 수준을 측정함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 추가의 측정은 강도 지속기간 시간 상수 (SDTC), 짧은 간격 피질 억제 (SICI), 동력측정, 사지 등척성 강도의 정확한 시험 (ATLIS), 복합 근육 활동 전위, 및 ALSFRS-R을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 소변 뉴로트로핀 수용체 p75 세포외 도메인 (p75ECD)은 근위축성 측삭 경화증 (ALS)에서의 질환 진행 및 예후 바이오마커이다. 뇌척수액 (CSF) 내의 인산화된 신경필라멘트 중쇄 (pNFH)는 c9ALS 환자에서 질환 상태 및 생존을 예측한다. 임상 시험을 위한 예후 바이오마커로서 CSF pNFH는 c9ALS에 대한 치료가 성공적으로 발생할 가능성을 증가시킬 것이다.
본 개시내용은 또한 신경계 질환을 앓고 있는 환자의 세포에서 전장 KCNQ2 전사체의 발현을 회복시키는 방법을 제공한다. 전장 KCNQ2 전사체는 신경계 (중추 신경계 (예를 들어, 척수 또는 뇌), 말초 신경계, 운동 뉴런, 신경교 세포, 성상세포, 핍지교세포, 소교세포, 뇌, 뇌간, 전두엽, 측두엽, 척수 포함), 근골격계, 척수액, 및 뇌척수액의 세포를 비롯한, KCNQ2 발현 또는 활성이 발생하는 임의의 세포에서 회복될 수 있다. 근골격계의 세포는 골격근 세포 (예를 들어, 근세포)를 포함한다. 운동 뉴런은 상부 운동 뉴런 및 하부 운동 뉴런을 포함한다.
UNC13A
치료 효능을 평가하는 데 있어서, 유효한 평가를 보장하기 위해 적합한 대조군을 선택할 수 있다. 예를 들어, 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 투여 후의 신경계 질환 환자에서 평가된 증상을, 치료 전 또는 치료 과정의 초기 시점에서의 동일한 환자 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 또 다른 환자에서의 증상과 비교할 수 있다. 대안적으로, 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 투여 후 조직의 생화학적 또는 조직학적 분석의 결과를, 동일한 환자로부터의 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드의 투여 전의 동일한 환자로부터의 조직의 것과 비교할 수 있다. 추가적으로, UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 혈액, 혈장, 혈청, 세포, 소변, 림프액, 척수액, 뇌척수액 또는 분변 샘플을, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체 또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 대등한 샘플과 비교할 수 있다. 일부 실시양태에서, UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 세포외 소포 (예를 들어 CSF 엑소솜)를, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 세포외 소포와 비교할 수 있다.
UNC13A 올리고뉴클레오티드의 검증은 UNC13A 발현 수준 또는 활성의 직접 또는 간접 평가에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, UNC13A 단백질 또는 RNA 발현을 측정하는 생화학적 검정을 사용하여 서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 평가할 수 있다. 예를 들어, 웨스턴 블롯에 의해 세포 또는 조직에서 UNC13A 단백질 수준을 측정하여 전반적인 UNC13A 수준을 평가할 수 있다. 또한, 노던 블롯 또는 정량적 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 UNC13A mRNA 수준을 측정하여 서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 결정할 수 있다. 또한, 면역세포화학적 또는 면역조직화학적 방법을 통해, 해리된 세포, 비-해리된 조직, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 혈청 또는 분변물에서 UNC13A 단백질 수준 또는 UNC13A 신호전달 활성을 나타내는 또 다른 단백질의 수준을 평가할 수 있다.
서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 혈장, 척수액, 뇌척수액, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 소변, 림프액, 분변물, 또는 조직에서 발견되는 유용한 바이오마커 (예를 들어, 신경필라멘트 경쇄 (NEFL), 신경필라멘트 중쇄 (NEFH), TDP-43, 또는 p75ECD의 존재 또는 발현 수준을 측정하여 서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 발현 조정을 평가함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 서열식별번호: 5057-5065 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 생리학적 바이오마커, 예컨대 복합 근육 활동 전위 (CMAP)의 존재 또는 발현 수준을 측정함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 추가의 측정은 강도 지속기간 시간 상수 (SDTC), 짧은 간격 피질 억제 (SICI), 동력측정, 사지 등척성 강도의 정확한 시험 (ATLIS), 복합 근육 활동 전위, 및 ALSFRS-R을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 소변 뉴로트로핀 수용체 p75 세포외 도메인 (p75ECD)은 근위축성 측삭 경화증 (ALS)에서의 질환 진행 및 예후 바이오마커이다. 뇌척수액 (CSF) 내의 인산화된 신경필라멘트 중쇄 (pNFH)는 c9ALS 환자에서 질환 상태 및 생존을 예측한다. 임상 시험을 위한 예후 바이오마커로서 CSF pNFH는 c9ALS에 대한 치료가 성공적으로 발생할 가능성을 증가시킬 것이다.
본 개시내용은 또한 신경계 질환을 앓고 있는 환자의 세포에서 전장 UNC13A 전사체의 발현을 회복시키는 방법을 제공한다. 전장 UNC13A 전사체는 신경계 (중추 신경계 (예를 들어, 척수 또는 뇌), 말초 신경계, 운동 뉴런, 신경교 세포, 성상세포, 핍지교세포, 소교세포, 뇌, 뇌간, 전두엽, 측두엽, 척수 포함), 근골격계, 척수액, 및 뇌척수액의 세포를 비롯한, UNC13A 발현 또는 활성이 발생하는 임의의 세포에서 회복될 수 있다. 근골격계의 세포는 골격근 세포 (예를 들어, 근세포)를 포함한다. 운동 뉴런은 상부 운동 뉴런 및 하부 운동 뉴런을 포함한다.
SMN2
치료 효능을 평가하는 데 있어서, 유효한 평가를 보장하기 위해 적합한 대조군을 선택할 수 있다. 예를 들어, 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 후의 신경계 질환 환자에서 평가된 증상을, 치료 전 또는 치료 과정의 초기 시점에서의 동일한 환자 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 또 다른 환자에서의 증상과 비교할 수 있다. 대안적으로, 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 후 조직의 생화학적 또는 조직학적 분석의 결과를, 동일한 환자로부터의 또는 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 투여 전의 동일한 환자로부터의 조직의 것과 비교할 수 있다. 추가적으로, SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 혈액, 혈장, 혈청, 세포, 소변, 림프액, 척수액, 뇌척수액 또는 분변 샘플을, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체 또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 대등한 샘플과 비교할 수 있다. 일부 실시양태에서, SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여한 후의 세포외 소포 (예를 들어 CSF 엑소솜)를, 신경계 질환으로 진단되지 않은 개체로부터의 또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하기 전의 동일한 환자로부터의 세포외 소포와 비교할 수 있다.
SMN2 올리고뉴클레오티드의 검증은 SMN2 발현 수준 또는 활성의 직접 또는 간접 평가에 의해 결정될 수 있다. 예를 들어, SMN2 단백질 또는 RNA 발현을 측정하는 생화학적 검정을 사용하여 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체에 대한 전반적인 효과를 평가할 수 있다. 예를 들어, 웨스턴 블롯에 의해 세포 또는 조직에서 SMN2 단백질 수준을 측정하여 전반적인 SMN2 수준을 평가할 수 있다. 또한, 노던 블롯 또는 정량적 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 SMN2 mRNA 수준을 측정하여 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)에 대한 전반적인 효과를 결정할 수 있다. 또한, 면역세포화학적 또는 면역조직화학적 방법을 통해, 해리된 세포, 비-해리된 조직, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 혈청 또는 분변물에서 SMN2 단백질 수준 또는 SMN2 신호전달 활성을 나타내는 또 다른 단백질의 수준을 평가할 수 있다.
서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 혈장, 척수액, 뇌척수액, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 혈액, 소변, 림프액, 분변물, 또는 조직에서 발견되는 유용한 바이오마커 (예를 들어, 신경필라멘트 경쇄 (NEFL), 신경필라멘트 중쇄 (NEFH), TDP-43, 또는 p75ECD의 존재 또는 발현 수준을 측정하여 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)의 발현 조정을 평가함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)의 발현 수준의 조정은 또한 파라미터, 예컨대 자가포식, 세포내이입, 단백질 응집, 및 생리학적 바이오마커, 예컨대 복합 근육 활동 전위 (CMAP)의 존재 또는 발현 수준을 측정함으로써 간접적으로 평가될 수 있다. 추가의 측정은 강도 지속기간 시간 상수 (SDTC), 짧은 간격 피질 억제 (SICI), 동력측정, 사지 등척성 강도의 정확한 시험 (ATLIS), 및 복합 근육 활동 전위를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 소변 뉴로트로핀 수용체 p75 세포외 도메인 (p75ECD)은 근위축성 측삭 경화증 (ALS)에서의 질환 진행 및 예후 바이오마커이다. 뇌척수액 (CSF) 내의 인산화된 신경필라멘트 중쇄 (pNFH)는 c9ALS 환자에서 질환 상태 및 생존을 예측한다. 임상 시험을 위한 예후 바이오마커로서 CSF pNFH는 c9ALS에 대한 치료가 성공적으로 발생할 가능성을 증가시킬 것이다.
본 개시내용은 또한 신경계 질환을 앓고 있는 환자의 세포에서 전장 SMN2 전사체의 발현을 회복시키는 방법을 제공한다. 전장 SMN2 전사체는 신경계 (중추 신경계 (예를 들어, 척수 또는 뇌), 말초 신경계, 운동 뉴런, 신경교 세포, 성상세포, 핍지교세포, 소교세포, 뇌, 뇌간, 전두엽, 측두엽, 척수 포함), 근골격계, 척수액, 및 뇌척수액의 세포를 비롯한, SMN2 발현 또는 활성이 발생하는 임의의 세포에서 회복될 수 있다. 근골격계의 세포는 골격근 세포 (예를 들어, 근세포)를 포함한다. 운동 뉴런은 상부 운동 뉴런 및 하부 운동 뉴런을 포함한다.
제약 조성물 및 투여 경로
본 개시내용은 또한 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제약 조성물의 투여를 통해 신경계 질환을 치료하는 방법을 제공한다. 또 다른 측면에서, 본 개시내용은 신경계 질환을 치료하는 데 사용하기 위한 제약 조성물을 제공한다. 제약 조성물은 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 담체로 구성될 수 있다. 본원에 사용된 용어 "제약 조성물"은, 예를 들어 신경계 질환을 치료하기 위해 포유동물, 예를 들어 인간에게 투여될 제약상 허용되는 담체 중에 명시된 양의 치료 화합물, 예를 들어 치료 유효량의 치료 화합물을 함유하는 혼합물을 의미한다. 일부 실시양태에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물이 본원에 기재된다. 또 다른 측면에서, 본 개시내용은 신경계 질환을 치료하기 위한 의약의 제조에서의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 용도를 제공한다. 본원에 사용된 "의약"은 용어 "제약 조성물"과 본질적으로 동일한 의미를 갖는다.
본원에 사용된 "제약상 허용되는 담체"는 합리적인 이익/위험 비에 상응하게, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응 또는 다른 문제 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 완충제, 담체 및 부형제를 의미한다. 담체(들)는 제제의 다른 성분과 상용성이고 수용자에게 유해하지 않다는 의미에서 "허용"되어야 한다. 제약상 허용되는 담체는 제약 투여와 상용성인 완충제, 용매, 분산 매질, 코팅, 등장화제 및 흡수 지연제 등을 포함한다. 제약 활성 물질을 위한 이러한 매질 및 작용제의 사용은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 한 실시양태에서, 제약 조성물은 경구로 투여되고, 소화기계 또는 소화관 내에서 캡슐화 물질의 흡수 부위를 조절하기에 적합한 장용 코팅을 포함한다. 예를 들어, 장용 코팅은 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 그의 임의의 제약 조성물은 하나 또는 여러 경로에 의해, 예컨대 국소로, 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로, 수조내로, 비경구로, 경구로, 직장으로, 협측으로, 설하로, 질로, 경폐로, 기관내로, 비강내로, 경피로, 또는 십이지장내로 투여될 수 있다. 본원에 사용된 용어 비경구는 피하 주사, 췌장내 투여, 정맥내, 수조내, 뇌실내, 척수강내, 시상내, 근육내, 복강내, 흉골내 주사 또는 주입 기술을 포함한다. 예를 들어, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드 , KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 대상체에게 피하로 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 대상체에게 경구로 투여될 수 있다. 또 다른 예에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 비경구 투여를 통해 신경계, 또는 신경계의 특정 영역 또는 세포 (예를 들어, 뇌, 뇌간, 하부 운동 뉴런, 척수, 상부 운동 뉴런)에 직접 투여될 수 있고, 예를 들어 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로 또는 수조내로 투여될 수 있다.
다양한 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 투여 전에 칼슘-함유 완충제에 노출될 수 있다. 이러한 칼슘-함유 완충제는 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 독성 유해 효과를 완화시킬 수 있다. 예시적인 안티센스 올리고뉴클레오티드를 칼슘-함유 완충제에 노출시키는 것에 대한 추가의 세부사항은 문헌 [Moazami, et al., Quantifying and Mitigating Motor Phenotypes Induced by Antisense Oligonucleotides in the Central Nervous System, bioRxiv 2021.02.14.431096]에 기재되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 나노입자 코팅 내에 캡슐화될 수 있다. 나노입자 캡슐화는 AON 분해를 방지하고 세포 흡수를 증진시키는 것으로 여겨진다. 예를 들어, 일부 실시양태에서 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 양이온성 중합체, 예를 들어 합성 중합체 (예를 들어, 폴리-L-리신, 폴리아미도아민, 폴리(β-아미노 에스테르), 및 폴리에틸렌이민) 또는 자연 발생 중합체 (예를 들어, 키토산 및 프로타민)의 코팅 내에 캡슐화된다. 일부 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 지질 또는 지질-유사 물질, 예를 들어, 양이온성 지질, 양이온성 지질-유사 물질, 또는 산성 pH에서만 양으로 하전되는 이온화가능한 지질 내에 캡슐화된다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드는 소수성 모이어티, 예를 들어 콜레스테롤 및/또는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG) 지질을 포함하는 지질 나노입자 내에 캡슐화된다.
개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예컨대 본원에 개시된 것을 함유하는 제약 조성물은 투여 단위 형태로 제공될 수 있고, 임의의 적합한 방법에 의해 제조될 수 있다. 제약 조성물은 그의 의도된 투여 경로와 상용성이도록 제제화되어야 한다. 유용한 제제는 제약 기술분야에 널리 공지된 방법에 의해 제조될 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th ed. (Mack Publishing Company, 1990)]을 참조한다.
일부 실시양태에서, 제약 제제는 멸균된다. 멸균은, 예를 들어 멸균 여과 막을 통한 여과에 의해 달성될 수 있다. 조성물이 동결건조되는 경우, 동결건조 및 재구성 전 또는 후에 여과 멸균이 수행될 수 있다.
비경구 투여
본 개시내용의 제약 조성물은 비경구 투여를 위해 제제화될 수 있으며, 예를 들어 정맥내, 수조내, 뇌실내, 근육내, 피하, 척수강내, 시상내, 병변내 또는 복강내 경로를 통한 주사를 위해 제제화될 수 있다. 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 함유하는 수성 조성물, 예컨대 수성 제약 조성물의 제조는 본 개시내용에 비추어 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있을 것이다. 전형적으로, 이러한 조성물은 액체 용액 또는 현탁액으로서 주사제로 제조될 수 있고; 주사 전에 액체의 첨가시 용액 또는 현탁액을 제조하는 데 사용하기에 적합한 고체 형태가 또한 제조될 수 있으며; 제제는 또한 유화될 수 있다.
주사가능한 용도에 적합한 제약 형태는 멸균 수용액 또는 분산액; 생리 염수, 인공 뇌척수액, 참깨 오일, 땅콩 오일 또는 수성 프로필렌 글리콜을 포함하는 제제; 및 멸균 주사가능한 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말을 포함한다. 모든 경우에, 형태는 멸균되어야 하고, 용이한 시린지성이 존재하는 정도로 유동성이어야 한다. 이는 제조 및 저장 조건 하에 안정해야 하고, 미생물, 예컨대 박테리아 및 진균의 오염 작용에 대해 보존되어야 한다.
유리 염기 또는 약리학상 허용되는 염으로서의 활성 화합물의 용액은 계면활성제, 예컨대 히드록시프로필셀룰로스와 적합하게 혼합된 물 중에서 제조될 수 있다. 분산액은 또한 글리세롤, 액체 폴리에틸렌 글리콜 및 그의 혼합물 중에서 및 오일 중에서 제조될 수 있다. 또한, 멸균 고정 오일이 용매 또는 현탁 매질로서 사용될 수 있다. 이러한 목적을 위해, 합성 모노- 또는 디글리세리드를 포함한 임의의 무자극 고정 오일이 사용될 수 있다. 또한, 지방산, 예컨대 올레산이 주사제의 제조에 사용될 수 있다. 멸균 주사가능한 제제는 또한 비독성의 비경구로 허용되는 희석제 또는 용매 중의 멸균 주사가능한 용액, 현탁액 또는 에멀젼, 예를 들어 1,3-부탄디올 중의 용액일 수 있다. 사용될 수 있는 허용되는 비히클 및 용매 중에는 물, 링거액, U.S.P. 및 등장성 염화나트륨 용액이 있다. 한 실시양태에서, 개시된 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드는 1% (w/v) 소듐 카르복시메틸셀룰로스 및 0.1% (v/v) 트윈(TWEEN)™ 80을 포함하는 담체 유체 중에 현탁될 수 있다. 통상적인 저장 및 사용 조건 하에, 이들 제제는 미생물의 성장을 방지하기 위해 보존제를 함유한다.
주사가능한 제제, 예를 들어 멸균 주사가능한 수성 또는 유성 현탁액은 적합한 분산제 또는 습윤제 및 현탁화제를 사용하여 공지된 기술에 따라 제제화될 수 있다. 일반적으로, 분산액은 다양한 멸균된 활성 성분을 염기성 분산 매질 및 상기 열거된 것으로부터의 필요한 다른 성분을 함유하는 멸균 비히클 내로 혼입시킴으로써 제조된다. 본 개시내용의 멸균 주사가능한 용액은 필요한 양의 적절한 용매 중에 개시된 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드, UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 상기 열거된 다양한 다른 성분과 함께 혼입시킨 후, 필요에 따라 여과 멸균함으로써 제조될 수 있다. 멸균 주사가능한 용액의 제조를 위한 멸균 분말의 경우에, 바람직한 제조 방법은 활성 성분 플러스 그의 이전에 멸균-여과된 용액으로부터의 임의의 추가의 목적하는 성분의 분말을 생성하는 진공-건조 및 동결-건조 기술이다. 주사가능한 제제는, 예를 들어 박테리아-보유 필터를 통한 여과에 의해 멸균될 수 있다.
근육내 주사를 위한 더 농축되거나 고도로 농축된 용액의 제조가 또한 고려된다. 이와 관련하여, 용매로서 DMSO를 사용하는 것이 바람직하며, 이것이 개시된 올리고뉴클레오티드의 고농도를 작은 영역으로 전달하는 극도로 신속한 침투를 유발할 것이기 때문이다.
이러한 용액에 사용하기 적합한 보존제는 벤즈알코늄 클로라이드, 벤제토늄 클로라이드, 클로로부탄올, 티메로살 등을 포함한다. 적합한 완충제는 pH를 약 pH 6 내지 pH 8, 예를 들어 약 pH 7 내지 pH 7.5로 유지하기에 충분한 양의 붕산, 중탄산나트륨 및 중탄산칼륨, 붕산나트륨 및 붕산칼륨, 탄산나트륨 및 탄산칼륨, 아세트산나트륨, 이인산나트륨 등을 포함한다. 적합한 장성 작용제는 덱스트란 40, 덱스트란 70, 덱스트로스, 글리세린, 염화칼륨, 프로필렌 글리콜, 염화나트륨 등이며, 이에 따라 용액의 염화나트륨 당량은 0.9 플러스 또는 마이너스 0.2% 범위이다. 적합한 항산화제 및 안정화제는 중아황산나트륨, 메타중아황산나트륨, 소듐 피롤리디닐, 티오우레아 등을 포함한다. 적합한 습윤제 및 정화제는 폴리소르베이트 80, 폴리소르베이트 20, 폴록사머 282 및 틸록사폴을 포함한다. 적합한 점도-증가제는 덱스트란 40, 덱스트란 70, 젤라틴, 글리세린, 히드록시에틸셀룰로스, 히드록시메틸프로필셀룰로스, 라놀린, 메틸셀룰로스, 페트롤라툼, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐피롤리돈, 카르복시메틸셀룰로스 등을 포함한다.
경구 투여
일부 실시양태에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 경구 전달에 적합한 조성물, 예를 들어 장용 코팅, 예를 들어 위-저항성 코팅을 포함하는 정제가 본원에서 고려되며, 이에 따라 조성물은 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를, 예를 들어 환자의 위장관으로 전달할 수 있다.
예를 들어, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체를 표적화하는 임의의 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669에 의해 나타내어지는 STMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 과립 (예를 들어, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성됨)을 포함하는 경구 투여용 정제가 제공된다. 이러한 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 고려되는 정제는 제약상 허용되는 부형제, 예컨대 충전제, 결합제, 붕해제 및/또는 윤활제, 뿐만 아니라 착색제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제, 예컨대 윈터그린, 오렌지, 크실리톨, 소르비톨, 프룩토스, 및 말토덱스트린, 및 퍼퓸제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 STMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 염을 포함하는 과립내 상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664 및 서열식별번호: 10655-10669 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 STMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다.
예를 들어, 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체를 표적화하는 임의의 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530에 의해 나타내어지는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 과립 (예를 들어, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성됨)을 포함하는 경구 투여용 정제가 제공된다. 이러한 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 고려되는 정제는 제약상 허용되는 부형제, 예컨대 충전제, 결합제, 붕해제 및/또는 윤활제, 뿐만 아니라 착색제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제, 예컨대 윈터그린, 오렌지, 크실리톨, 소르비톨, 프룩토스, 및 말토덱스트린, 및 퍼퓸제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 염을 포함하는 과립내 상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 KCNQ2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 3032-3043 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899 및 서열식별번호: 4402-4530 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다.
예를 들어, 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체를 표적화하는 임의의 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696, 또는 서열식별번호: 10670-10779에 의해 나타내어지는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 과립 (예를 들어, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성됨)을 포함하는 경구 투여용 정제가 제공된다. 이러한 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 고려되는 정제는 제약상 허용되는 부형제, 예컨대 충전제, 결합제, 붕해제 및/또는 윤활제, 뿐만 아니라 착색제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제, 예컨대 윈터그린, 오렌지, 크실리톨, 소르비톨, 프룩토스, 및 말토덱스트린, 및 퍼퓸제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 염을 포함하는 과립내 상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 UNC13A 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9696 또는 서열식별번호: 10670-10779 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다.
예를 들어, 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체를 표적화하는 임의의 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 및 서열식별번호: 10783-10808에 의해 나타내어지는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 과립 (예를 들어, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성됨)을 포함하는 경구 투여용 정제가 제공된다. 이러한 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 고려되는 정제는 제약상 허용되는 부형제, 예컨대 충전제, 결합제, 붕해제 및/또는 윤활제, 뿐만 아니라 착색제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제, 예컨대 윈터그린, 오렌지, 크실리톨, 소르비톨, 프룩토스, 및 말토덱스트린, 및 퍼퓸제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651 및 서열식별번호: 10783-10808 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 염을 포함하는 과립내 상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 고려되는 제약 제제는 개시된 SMN2 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체를 표적화하는 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651 및 서열식별번호: 10783-10808 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다.
예를 들어, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 충전제는 임의로 다른 부형제와 함께 블렌딩되어 과립으로 형성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 습식 과립화를 사용하여 과립내 상을 형성할 수 있으며, 예를 들어 블렌딩된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 및 충전제에 액체 (예를 들어, 물)를 첨가한 후, 조합물을 건조, 밀링 및/또는 체질하여 과립을 생산한다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 다른 방법을 사용하여 과립내 상을 달성할 수 있음을 이해할 것이다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제제는 과립외 상을 포함하며, 이는 1종 이상의 제약상 허용되는 부형제를 포함할 수 있고, 과립내 상과 블렌딩되어 개시된 제제를 형성할 수 있다.
개시된 제제는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다. 예시적인 충전제는 셀룰로스, 젤라틴, 인산칼슘, 락토스, 수크로스, 글루코스, 만니톨, 소르비톨, 미세결정질 셀룰로스, 펙틴, 폴리아크릴레이트, 덱스트로스, 셀룰로스 아세테이트, 히드록시프로필메틸 셀룰로스, 부분 예비-젤라틴화 전분, 탄산칼슘 및 그의 조합을 포함한 다른 것을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 개시된 제제는 일반적으로 제약 제제의 성분을 함께 보유하는 기능을 할 수 있는 결합제를 포함하는 과립내 상 및/또는 과립외 상을 포함할 수 있다. 본 개시내용의 예시적인 결합제는 전분, 당, 셀룰로스 또는 변형된 셀룰로스, 예컨대 히드록시프로필 셀룰로스, 락토스, 예비-젤라틴화 메이즈 전분, 폴리비닐 피롤리돈, 히드록시프로필 셀룰로스, 히드록시프로필메틸 셀룰로스, 저 치환된 히드록시프로필 셀룰로스, 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스, 당 알콜 및 그의 조합을 포함한 다른 것을 포함할 수 있으나 이에 제한되지는 않는다.
예를 들어 과립내 상 및/또는 과립외 상을 포함하는 고려되는 제제는 붕해제, 예컨대 비제한적으로 전분, 셀룰로스, 가교 폴리비닐 피롤리돈, 소듐 스타치 글리콜레이트, 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 알기네이트, 옥수수 전분, 크로스카르멜로스 소듐, 가교 카르복시메틸 셀룰로스, 저 치환된 히드록시프로필 셀룰로스, 아카시아 및 그의 조합을 포함한 다른 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 과립내 상 및/또는 과립외 상은 붕해제를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제제는 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드, 및 만니톨, 미세결정질 셀룰로스, 히드록시프로필메틸 셀룰로스 및 소듐 스타치 글리콜레이트 또는 그의 조합으로부터 선택된 부형제를 포함하는 과립내 상, 및 미세결정질 셀룰로스, 소듐 스타치 글리콜레이트 및 스테아르산마그네슘 또는 그의 혼합물 중 1종 이상을 포함하는 과립외 상을 포함한다.
일부 실시양태에서, 고려되는 제제는 윤활제를 포함할 수 있고, 예를 들어 과립외 상은 윤활제를 함유할 수 있다. 윤활제는 활석, 실리카, 지방, 스테아린, 스테아르산마그네슘, 인산칼슘, 이산화규소, 규산칼슘, 인산칼슘, 콜로이드성 이산화규소, 금속성 스테아레이트, 수소화 식물성 오일, 옥수수 전분, 벤조산나트륨, 폴리에틸렌 글리콜, 아세트산나트륨, 스테아르산칼슘, 소듐 라우릴 술페이트, 염화나트륨, 마그네슘 라우릴 술페이트, 활석 및 스테아르산을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 제약 제제는 장용 코팅을 포함한다. 일반적으로, 장용 코팅은 경구 의약에 대해 약물이 소화관을 따라 흡수되는 위치를 제어하는 장벽을 생성한다. 장용 코팅은 pH에 따라 상이한 속도로 붕해되는 중합체를 포함할 수 있다. 장용 코팅은, 예를 들어 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트, 메틸 아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 셀룰로스 아세테이트 숙시네이트, 히드록실프로필메틸 셀룰로스 프탈레이트, 메틸 메타크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 메타크릴산 공중합체 유형 C, 폴리비닐 아세테이트-프탈레이트 및 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트를 포함할 수 있다.
예시적인 장용 코팅은 오파드라이(Opadry)® AMB, 아크릴-EZE®, 유드라짓(Eudragit)® 등급을 포함한다. 일부 실시양태에서, 장용 코팅은 고려되는 정제의 약 5 중량% 내지 약 10 중량%, 약 5 중량% 내지 약 20 중량%, 8 중량% 내지 약 15 중량%, 약 8 중량% 내지 약 20 중량%, 약 10 중량% 내지 약 20 중량%, 또는 약 12 중량% 내지 약 20 중량% 또는 약 18 중량%를 구성할 수 있다. 예를 들어, 장용 코팅은 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함할 수 있다.
예를 들어, 고려되는 실시양태에서, 약 0.5 중량% 내지 약 70 중량%, 예를 들어 약 0.5 중량% 내지 약 10 중량%, 또는 약 1 중량% 내지 약 20 중량%의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진 정제가 제공된다. 이러한 정제는, 예를 들어 약 0.5 중량% 내지 약 60 중량%의 만니톨, 예를 들어 약 30 중량% 내지 약 50 중량%의 만니톨, 예를 들어 약 40 중량%의 만니톨; 및/또는 약 20 중량% 내지 약 40 중량%의 미세결정질 셀룰로스 또는 약 10 중량% 내지 약 30 중량%의 미세결정질 셀룰로스를 포함할 수 있다. 예를 들어, 개시된 정제는 약 30 중량% 내지 약 60 중량%, 예를 들어 약 45 중량% 내지 약 65 중량% 또는 대안적으로 약 5 내지 약 10 중량%의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드, 약 30 중량% 내지 약 50 중량% 또는 대안적으로 약 5 중량% 내지 약 15 중량%의 만니톨, 약 5 중량% 내지 약 15 중량%의 미세결정질 셀룰로스, 약 0 중량% 내지 약 4 중량% 또는 약 1 중량% 내지 약 7 중량%의 히드록시프로필메틸셀룰로스, 및 약 0 중량% 내지 약 4 중량%, 예를 들어 약 2 중량% 내지 약 4 중량%의 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다.
또 다른 고려되는 실시양태에서, 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 경구 투여를 위한 제약 정제 제제는 과립내 상을 포함하며, 여기서 과립내 상은 개시된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON 또는 그의 제약상 허용되는 염 (예컨대 나트륨 염) 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하고, 상기 제제는 또한 제약상 허용되는 부형제, 예컨대 붕해제를 포함할 수 있는 과립외 상을 포함할 수 있다. 과립외 상은 미세결정질 셀룰로스, 스테아르산마그네슘 및 그의 혼합물로부터 선택된 성분을 포함할 수 있다. 제약 조성물은 또한 정제의 약 12 중량% 내지 20 중량%인 장용 코팅을 포함할 수 있다. 예를 들어, 경구 사용을 위한 제약상 허용되는 정제는 약 0.5 중량% 내지 10 중량%의 개시된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON, 예를 들어 개시된 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON 또는 그의 제약상 허용되는 염, 약 30 중량% 내지 50 중량% 만니톨, 약 10 중량% 내지 30 중량% 미세결정질 셀룰로스, 및 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함하는 장용 코팅을 포함할 수 있다.
또 다른 예에서, 경구 사용을 위한 제약상 허용되는 정제는 약 5 내지 약 10 중량%의 개시된 STMN2 AON, 예를 들어 개시된 STMN2 AON 또는 그의 제약상 허용되는 염, 약 40 중량% 만니톨, 약 8 중량% 미세결정질 셀룰로스, 약 5 중량% 히드록시프로필메틸 셀룰로스 및 약 2 중량% 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함하는 과립내 상; 약 17 중량% 미세결정질 셀룰로스, 약 2 중량% 소듐 스타치 글리콜레이트, 약 0.4 중량% 스테아르산마그네슘을 포함하는 과립외 상; 및 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함하는 정제 상의 장용 코팅을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 제약 조성물은 약 13 중량% 또는 약 15 중량%, 16 중량%, 17 중량% 또는 18 중량%를 포함하는 장용 코팅, 예를 들어 아크릴EZE® (예를 들어, 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 PCT 공개 번호 WO 2010/054826 참조)를 함유할 수 있다.
코팅이 용해되고 활성 성분이 방출되는 속도가 그의 용해 속도이다. 한 실시양태에서, 고려되는 정제는, 예를 들어 USP/EP 유형 2 장치 (패들) 내 100 rpm 및 37℃에서 pH 7.2의 포스페이트 완충제 중에서 시험하였을 때, 약 120분 내지 약 240분 후에, 예를 들어 180분 후에 STMN2 올리고뉴클레오티드의 약 50% 내지 약 100%가 방출되는 용해 프로파일을 가질 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 고려되는 정제는, 예를 들어 USP/EP 유형 2 장치 (패들) 내 100 rpm 및 37℃에서 pH 1.0의 묽은 HCl 중에서 시험하였을 때, 120분 후에 STMN2 올리고뉴클레오티드 중 실질적으로 어떤 것도 방출되지 않는 용해 프로파일을 가질 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 고려되는 정제는, 예를 들어 USP/EP 유형 2 장치 (패들) 내 100 rpm 및 37℃에서 pH 6.6의 포스페이트 완충제 중에서 시험하였을 때, 30분 후에 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드의 약 10% 내지 약 30% 또는 약 50% 이하가 방출되는 용해 프로파일을 가질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 방법은 본원에 개시된 질환 및 장애의 치료에 관한 적어도 1종의 다른 작용제를 투여하는 것을 추가로 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 고려되는 다른 작용제는 (예를 들어, 순차적으로 또는 동시에) 공-투여될 수 있다.
투여량 및 투여 빈도
하기 기재된 투여량 또는 양은 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 지칭한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 적어도 1 μg, 적어도 5 μg, 적어도 10 μg, 적어도 20 μg, 적어도 30 μg, 적어도 40 μg, 적어도 50 μg, 적어도 60 μg, 적어도 70 μg, 적어도 80 μg, 적어도 90 μg, 또는 적어도 100 μg의 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드, UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 10 mg 내지 500 mg, 1 mg 내지 10 mg, 10 mg 내지 20 mg, 20 mg 내지 30 mg, 30 mg 내지 40 mg, 40 mg 내지 50 mg, 50 mg 내지 60 mg, 60 mg 내지 70 mg, 70 mg 내지 80 mg, 80 mg 내지 90 mg, 90 mg 내지 100 mg, 100 mg 내지 150 mg, 150 mg 내지 200 mg, 200 mg 내지 250 mg, 250 mg 내지 300 mg, 300 mg 내지 350 mg, 350 mg 내지 400 mg, 400 mg 내지 450 mg, 450 mg 내지 500 mg, 500 mg 내지 600 mg, 600 mg 내지 700 mg, 700 mg 내지 800 mg, 800 mg 내지 900 mg, 900 mg 내지 1 g, 1 mg 내지 50 mg, 20 mg 내지 40 mg, 또는 1 mg 내지 500 mg의 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 약 10 mg, 15 mg, 20 mg, 25 mg, 30 mg, 35 mg, 40 mg, 50 mg, 60 mg, 70 mg, 80 mg, 90 mg, 100 mg, 110 mg, 120 mg, 130 mg, 140 mg, 150 mg, 160 mg, 170 mg, 180 mg, 190 mg, 200 mg, 250 mg, 300 mg, 350 mg, 400 mg, 450 mg, 500 mg, 600 mg, 700 mg, 800 mg, 900 mg, 1 g, 1.5 g, 2.0 g, 2.5 g, 3.0 g, 3.5 g, 4.0 g, 4.5 g, 또는 5.0 g의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제제를 투여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제제는 약 40 mg, 80 mg 또는 160 mg의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 적어도 100 μg의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 제제는 약 0.1 mg, 0.2 mg, 0.3 mg, 0.4 mg, 0.5 mg, 1 mg, 5 mg, 10 mg, 15 mg, 20 mg, 25 mg, 또는 30 mg의 개시된 STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 투여되는 양은 치료될 질환 또는 적응증의 유형 및 정도, 환자의 전반적 건강 및 크기, STMN2 올리고뉴클레오티드의 생체내 효력, 제약 제제 및 투여 경로와 같은 변수에 좌우될 것이다. 초기 투여량은 목적하는 혈액-수준 또는 조직 수준을 신속하게 달성하기 위해 상위 수준을 넘어 증가될 수 있다. 대안적으로, 초기 투여량은 최적량보다 더 적을 수 있고, 투여량은 치료 과정 동안 점진적으로 증가될 수 있다. 인간 투여량은, 예를 들어 통상적인 I상 용량 증량 연구에서 최적화될 수 있다. 투여 빈도는 투여 경로, 투여량 및 치료될 질환과 같은 인자에 따라 달라질 수 있다. 예시적인 투여 빈도는 1일에 1회, 1주에 1회 및 2주마다 1회이다. 일부 실시양태에서, 투여는 7일 동안 1일에 1회이다. 일부 실시양태에서, 투여는 4주마다 1회, 5주마다 1회, 6주마다 1회, 7주마다 1회, 8주마다 1회, 9주마다 1회, 10주마다 1회, 11주마다 1회, 또는 12주마다 1회이다. 일부 실시양태에서, 투여는 1개월 1회 내지 3개월마다 1회이다.
조합 요법
다양한 실시양태에서, 본원에 개시된 바와 같은 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 1종 이상의 추가의 요법과 조합되어 투여될 수 있다. 개시된 올리고뉴클레오티드 및 1종 이상의 추가의 요법의 조합 요법은, 일부 실시양태에서, 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 헌팅톤병, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 피질기저 변성 (CBD), 신경 손상 (예를 들어, 상완 신경총 손상), 신경병증 (예를 들어, 화학요법 유발 신경병증), 및 TDP43 단백질병증 (예를 들어, 만성 외상성 뇌병증, 페리 증후군, 파킨슨병과 연관된 루이 소체 치매, 치매 동반 또는 비동반 파킨슨병, 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, CTE, 근위축성 측삭 경화증 (ALS 또는 루게릭병), 진행성 연수 마비, 가성 연수 마비, 진행성 근육 위축, 원발성 측삭 경화증, 척수성 근육 위축, 소아마비후 증후군, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증 중 임의의 것을 치료하는 데 있어서 상승작용적일 수 있다.
파킨슨병 (PD)에 대한 요법의 비제한적 예는 심부 뇌 자극, 레보도파 및 카르비도파 (듀오파, 라이타리, 시네메트, 인브리자), 이스트라데필린 (노우리안즈), 사피나미드 (크사다고), 프라미펙솔 (미라펙스), 로티고틴 (뉴프로), 로피니롤 (레큅), 아만타딘 (고코브리, 시메트렐, 오스몰렉스), 벤즈트로핀 (코젠틴), 트리헥시페니딜 (아르탄), 셀레길린 (엘데프릴, 젤라파르), 라사길린, 엔타카폰 (콤탄), 오피카폰 (온겐티스), 톨카폰 (타스마르), 아포모르핀 (아포킨, 킨모비), 엑세나티드, 링지, BIIB054, BIIB094, 카페인, 사리조탄, 누플라지드 및 배아 도파민 세포 이식을 포함한다.
알츠하이머병 (AD)에 대한 요법의 비제한적 예는 아두카나맙 (아두흘렘), 메만틴 (나멘다), 도네페질 (아리셉트), 리바스티그민 (엑셀론), 갈란타민 (라자다인), 남제릭, 수보렉산트 (벨솜라) 및 레카네맙을 포함한다.
근위축성 측삭 경화증 (ALS)에 대한 요법의 비제한적 예는 프리도피딘이다.
전두측두엽 치매 (FTD)에 대한 요법의 비제한적 예는 올란자핀 (지프렉사), 퀘티아핀 (세로쿠엘), SSRI (시탈로프람 (시프라밀), 다폭세틴 (프릴리기), 에스시탈로프람 (시프랄렉스), 플루옥세틴 (프로작 또는 옥삭틴), 플루복사민 (파베린), 파록세틴 (세록사트), 세르트랄린 (루스트랄), 보르티옥세틴 (브린텔릭스)), 디발프로엑스 소듐 (데파코트), 카르바마제핀 (테그레톨), 및 메드록시프로게스트론을 포함한다.
예시적인 추가의 요법은 릴루졸 (릴루텍), 프라임C, 에다라본 (라디카바), 리바스티그민, 도네페질, 갈란타민, 선택적 세로토닌 재흡수 억제제, 항정신병제, 콜린에스테라제 억제제, 메만틴, 벤조디아제핀 항불안 약물, AMX0035 (엘리브리오), 질루코플란 (RA101495), 프리도피딘, 이중 AON 척수강내 투여 (예를 들어, BIIB067, BIIB078, 및 BIIB105), BIIB100, 레보도파/카르비도파, 도파민성 작용제 (예를 들어, 로피니롤, 프라미펙솔, 로티고틴), 메드록시프로스테론, KCNQ2/KCNQ3 개방제 (예를 들어, 레티가빈, XEN1101, 또는 QRL-101), 생물활성 스캐폴드, 항경련제 및 정신자극제 중 임의의 것을 포함한다. 추가의 요법은 호흡 관리, 물리 요법, 작업 요법, 언어 요법 및 영양 지원을 추가로 포함할 수 있다. 추가의 요법의 추가의 비제한적 예는 심부 뇌 자극, 레보도파 및 카르비도파 (듀오파, 라이타리, 시네메트, 인브리자), 이스트라데필린 (노우리안즈), 사피나미드 (크사다고), 프라미펙솔 (미라펙스), 로티고틴 (뉴프로), 로피니롤 (레큅), 아만타딘 (고코브리, 시메트렐, 오스몰렉스), 벤즈트로핀 (코젠틴), 트리헥시페니딜 (아르탄), 셀레길린 (엘데프릴, 젤라파르), 라사길린, 엔타카폰 (콤탄), 오피카폰 (온겐티스), 톨카폰 (타스마르), 아포모르핀 (아포킨, 킨모비), 엑세나티드, 링지, BIIB054, BIIB094, 카페인, 사리조탄, 배아 도파민 세포 이식, 아두카나맙 (아두흘렘), 메만틴 (나멘다), 도네페질 (아리셉트), 리바스티그민 (엑셀론), 갈란타민 (라자다인), 남제릭, 수보렉산트 (벨솜라), 레카네맙, 올란자핀 (지프렉사), 퀘티아핀 (세로쿠엘), SSRI (시탈로프람 (시프라밀), 다폭세틴 (프릴리기), 에스시탈로프람 (시프랄렉스), 플루옥세틴 (프로작 또는 옥삭틴), 플루복사민 (파베린), 파록세틴 (세록사트), 세르트랄린 (루스트랄), 보르티옥세틴 (브린텔릭스))), 디발프로엑스 소듐 (데파코트), 카르바마제핀 (테그레톨), 메드록시프로게스트론, 브리바라세탐 (브리박트), 칸나비디올 (에피디올렉스), 카르바마제핀 (카르바트롤, 테그레톨), 세노바메이트 (엑스코프리), 디아제팜 (발리움), 로라제팜 (아티반), 클로나제팜 (클로노핀), 에슬리카르바제핀 (압티옴), 에토숙시미드 (자론틴), 펠바메이트 (펠바톨), 펜플루라민 (핀테플라), 라코사미드 (빔파트), 라모트리진 (라믹탈), 레베티라세탐 (케프라), 옥스카르바제핀 (옥스텔라 xr, 트리렙탈), 페람파넬 (피콤파), 페노바르비탈, 페니토인 (딜란틴), 프레가발린 (리리카), 티아가빈 (가비트릴), 토피라메이트 (토파맥스), 발프로에이트 (데파켄, 데파코트), 및 조니사미드 (조네그란) 중 임의의 것을 포함한다. 다양한 실시양태에서, 추가의 요법은 제2 안티센스 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 예로서, 제2 안티센스 올리고뉴클레오티드는 STMN2 전사체, KCNQ2 전사체, UNC13A 전사체, 및/또는 SMN2 전사체 (예를 들어, STMN2 프리-mRNA, KCNQ2 프리-mRNA, UNC13A 프리-mRNA, 및/또는 SMN2 프리-mRNA, 성숙 STMN2 mRNA, KCNQ2 mRNA, UNC13A mRNA, 및/또는 SMN2 mRNA)를 표적화하여 전장 STMN2 단백질, KCNQ2 단백질, UNC13A 단백질, 및/또는 SMN2 단백질의 발현 수준을 조정할 수 있다.
척수 손상에 대한 요법의 비제한적 예는 생물활성 스캐폴드, 예컨대 증진된 초분자 운동을 갖는 생물활성 스캐폴드를 포함한다. 척수 손상에 대한 요법으로서 예시적인 생물활성 스캐폴드의 추가의 세부사항은 문헌 [Alvarez et al., "Bioactive scaffolds with enhanced supramolecular motion promote recovery from spinal cord injury." Science, 374, 848-856 (2021)]에 기재되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
척수성 근육 위축에 대한 예시적인 추가의 요법은 누시너센 (스핀라자), 오나셈노진 아베파르보벡-크시오이 (졸겐스마), 및 리스디플람 (에브리스디) 중 임의의 것을 포함한다.
다양한 실시양태에서, 개시된 올리고뉴클레오티드 및 1종 이상의 추가의 요법은 서로 접합되고 접합된 형태로 제공될 수 있다. 개시된 올리고뉴클레오티드를 수반하는 접합체에 관한 추가의 설명이 하기에 기재된다. 다양한 실시양태에서, 개시된 올리고뉴클레오티드 및 1종 이상의 추가의 요법은 공동으로 제공된다. 다양한 실시양태에서, 개시된 올리고뉴클레오티드 및 1종 이상의 추가의 요법은 동시에 제공된다. 다양한 실시양태에서, 개시된 올리고뉴클레오티드 및 1종 이상의 추가의 요법은 순차적으로 제공된다.
접합체
특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, STMN2 올리고뉴클레오티드, KCNQ2 올리고뉴클레오티드, UNC13A 올리고뉴클레오티드, 및/또는 SMN2 올리고뉴클레오티드) 및 임의로 1개 이상의 접합체 기 및/또는 말단 기를 포함하는 올리고머 화합물이 본원에 제공된다. 접합체 기는 1개 이상의 접합체 모이어티 및 접합체 모이어티를 올리고뉴클레오티드에 연결하는 접합체 링커를 포함한다. 접합체 기는 올리고뉴클레오티드의 한쪽 또는 양쪽 말단 및/또는 임의의 내부 위치에 부착될 수 있다. 특정 실시양태에서, 접합체 기는 변형된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드의 2'-위치에 부착된다. 특정 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 한쪽 또는 양쪽 단부에 부착된 접합체 기는 말단 기이다. 특정의 이러한 실시양태에서, 접합체 기 또는 말단 기는 올리고뉴클레오티드의 3' 및/또는 5'-단부에 부착된다. 특정의 이러한 실시양태에서, 접합체 기 (또는 말단 기)는 올리고뉴클레오티드의 3'-단부에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체 기는 올리고뉴클레오티드의 3'-단부 근처에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체 기 (또는 말단 기)는 올리고뉴클레오티드의 5'-단부에 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체 기는 올리고뉴클레오티드의 5'-단부 근처에 부착된다.
말단 기의 예는 접합체 기, 캡핑 기, 포스페이트 모이어티, 보호기, 변형 또는 비변형된 뉴클레오시드 및 독립적으로 변형 또는 비변형된 2개 이상의 뉴클레오시드를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
접합체 기
특정 실시양태에서, STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON 및/또는 SMN2 AON은 1개 이상의 접합체 기에 공유 부착된다. 특정 실시양태에서, 접합체 기는 약역학, 약동학, 안정성, 결합, 흡수, 조직 분포, 세포 분포, 세포 흡수, 전하 및 클리어런스를 포함하나 이에 제한되지는 않는, 부착된 올리고뉴클레오티드의 1개 이상의 특성을 변형시킨다. 특정한 실시양태에서, 접합체 기는 혈류 내의 올리고뉴클레오티드의 순환 시간을 변형시켜 (예를 들어, 증가시켜) 증가된 농도의 올리고뉴클레오티드가 뇌로 전달되도록 한다. 특정한 실시양태에서, 접합체 기는 표적 기관 (예를 들어, 뇌)에서 올리고뉴클레오티드의 체류 시간을 변형시켜 (예를 들어, 체류 시간을 증가시켜) 올리고뉴클레오티드의 증가된 체류 시간이 그의 성능 (예를 들어, 효능)을 개선시키도록 한다. 특정한 실시양태에서, 접합체 기는 혈액 뇌 장벽 및/또는 뇌 실질을 통한 (예를 들어, 수용체 매개된 세포통과를 통한) 뇌로의 올리고뉴클레오티드의 전달을 증가시킨다. 특정한 실시양태에서, 접합체 기는 올리고뉴클레오티드가 특정 기관 (예를 들어, 뇌)을 표적화할 수 있게 한다. 특정 실시양태에서, 접합체 기는 부착된 올리고뉴클레오티드에 새로운 특성, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 검출을 가능하게 하는 형광단 또는 리포터 기를 부여한다. 특정 접합체 기 및 접합체 모이어티, 예를 들어: 콜레스테롤 모이어티 (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556), 콜산 (Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053-1060), 티오에테르, 예를 들어 헥실-S-트리틸티올 (Manoharan et al., Ann. NY. Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), 티오콜레스테롤 (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20, 533-538), 지방족 쇄, 예를 들어 도-데칸-디올 또는 운데실 잔기 (Saison-Behmoaras et al., EMBO J, 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), 인지질, 예를 들어 디-헥사데실-rac-글리세롤 또는 트리에틸-암모늄 l,2-디-O-헥사데실-rac-글리세로-3-H-포스포네이트 (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), 폴리아민 또는 폴리에틸렌 글리콜 쇄 (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), 또는 아다만탄 아세트산 팔미틸 모이어티 (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), 옥타데실아민 또는 헥실아미노-카르보닐-옥시콜레스테롤 모이어티 (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277, 923-937), 토코페롤 기 (Nishina et al., Molecular Therapy Nucleic Acids, 2015, 4, e220; 및 Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), 또는 GalNAc 클러스터 (예를 들어, WO2014/179620)가 이전에 기재되었다.
접합체 모이어티
접합체 모이어티는, 비제한적으로, 삽입제, 리포터 분자, 폴리아민, 폴리아미드, 펩티드, 탄수화물, 비타민 모이어티, 폴리에틸렌 글리콜, 티오에테르, 폴리에테르, 콜레스테롤, 티오콜레스테롤, 콜산 모이어티, 폴레이트, 지질, 인지질, 비오틴, 페나진, 페난트리딘, 안트라퀴논, 아다만탄, 아크리딘, 플루오레세인, 로다민, 쿠마린, 형광단, 염료, 담즙산, 및 페닐부티르산을 포함한다. 특정한 실시양태에서, 접합체 모이어티는 펩티드, 지질, N-아세틸갈락토사민 (GalNAc), 콜레스테롤, 비타민 E, 리포산, 판토텐산, 폴리에틸렌 글리콜, 항체 (예를 들어, 혈액 뇌 장벽을 횡단하기 위한 항체, 예컨대 항-트랜스페린 수용체 항체), 또는 세포-침투 펩티드 (예를 들어, 전사의 전사활성인자 (TAT) 및 페네트라틴)로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 접합체 모이어티는 활성 약물 물질, 예를 들어 아스피린, 와파린, 페닐부타존, 이부프로펜, 수프로펜, 펜부펜, 케토프로펜, (S)-(+)-프라노프로펜, 카프로펜, 단실사르코신, 2,3,5-트리아이오도벤조산, 핑골리모드, 플루페남산, 폴린산, 벤조티아디아지드, 클로로티아지드, 디아제핀, 인도메타신, 바르비투레이트, 세팔로스포린, 술파 약물, 항당뇨병제, 항박테리아제 또는 항생제를 포함한다.
접합체 링커
접합체 모이어티는 접합체 링커를 통해 STMN2 AON, KCNQ2 AON, UNC13A AON, 및/또는 SMN2 AON에 부착된다. 특정 올리고머 화합물에서, 접합체 링커는 단일 화학 결합이다 (즉, 접합체 모이어티는 단일 결합을 통해 올리고뉴클레오티드에 직접 부착됨). 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 쇄 구조, 예컨대 탄화수소 쇄, 또는 반복 단위, 예컨대 에틸렌 글리콜, 뉴클레오시드 또는 아미노산 단위의 올리고머를 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아미드, 디술피드, 폴리에틸렌 글리콜, 에테르, 티오에테르 및 히드록실아미노로부터 선택된 1개 이상의 기를 포함한다. 특정의 이러한 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬, 아미노, 옥소, 아미드 및 에테르 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬 및 아미드 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 알킬 및 에테르 기로부터 선택된 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 1개의 인 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 1개의 포스페이트 기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 적어도 1개의 중성 연결기를 포함한다.
특정 실시양태에서, 상기 기재된 접합체 링커를 포함한 접합체 링커는 이관능성 연결 모이어티, 예를 들어 접합체 기를 모 화합물, 예컨대 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드에 부착시키는 데 유용한 것으로 관련 기술분야에 공지된 것이다. 일반적으로, 이관능성 연결 모이어티는 적어도 2개의 관능기를 포함한다. 관능기 중 하나는 모 화합물 상의 특정한 부위에 결합하도록 선택되고, 다른 것은 접합체 기에 결합하도록 선택된다. 이관능성 연결 모이어티에 사용되는 관능기의 예는 친핵성 기와 반응하기 위한 친전자체 및 친전자성 기와 반응하기 위한 친핵체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 이관능성 연결 모이어티는 아미노, 히드록실, 카르복실산, 티올, 알킬, 알케닐 및 알키닐로부터 선택된 1개 이상의 기를 포함한다.
접합체 링커의 예는 피롤리딘, 8-아미노-3,6-디옥사옥탄산 (ADO), 숙신이미딜 4-(N-말레이미도메틸) 시클로헥산-l-카르복실레이트 (SMCC) 및 6-아미노헥산산 (AHEX 또는 AHA)을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 다른 접합체 링커는 치환 또는 비치환된 C1-C10 알킬, 치환 또는 비치환된 C2-C10 알케닐 또는 치환 또는 비치환된 C2-C10 알키닐을 포함하나 이에 제한되지는 않으며, 여기서 바람직한 치환기의 비제한적 목록은 히드록실, 아미노, 알콕시, 카르복시, 벤질, 페닐, 니트로, 티올, 티오알콕시, 할로겐, 알킬, 아릴, 알케닐 및 알키닐을 포함한다.
특정 실시양태에서, 접합체 링커는 1-10개의 링커-뉴클레오시드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 2-5개의 링커-뉴클레오시드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 접합체 링커는 3개의 링커-뉴클레오시드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 이러한 링커-뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드이다. 특정 실시양태에서, 이러한 링커-뉴클레오시드는 변형된 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시양태에서, 링커-뉴클레오시드는 비변형된다. 특정 실시양태에서, 링커-뉴클레오시드는 퓨린, 치환된 퓨린, 피리미딘 또는 치환된 피리미딘으로부터 선택된 임의로 보호된 헤테로시클릭 염기를 포함한다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 우라실, 티민, 시토신, 4-N-벤조일시토신, 5-메틸 시토신, 4-N-벤조일-5-메틸 시토신, 아데닌, 6-N-벤조일아데닌, 구아닌 및 2-N-이소부티릴구아닌으로부터 선택된 뉴클레오시드이다. 전형적으로 링커-뉴클레오시드는 올리고머 화합물이 표적 조직에 도달한 후에 화합물로부터 절단되는 것이 바람직하다. 따라서, 링커-뉴클레오시드는 전형적으로 절단가능한 결합을 통해 서로 및 올리고머 화합물의 나머지에 연결된다. 특정 실시양태에서, 이러한 절단가능한 결합은 포스포디에스테르 결합이다.
본원에서, 링커-뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 일부인 것으로 간주되지 않는다. 따라서, 올리고머 화합물이 명시된 수 또는 범위의 연결된 뉴클레오시드 및/또는 참조 핵산에 대한 명시된 퍼센트 상보성으로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고머 화합물이 또한 링커-뉴클레오시드를 포함하는 접합체 링커를 포함하는 접합체 기를 포함하는 실시양태에서, 이들 링커-뉴클레오시드는 올리고뉴클레오티드의 길이에 대해 카운팅되지 않고, 참조 핵산에 대한 올리고뉴클레오티드의 퍼센트 상보성을 결정하는 데 사용되지 않는다.
특정 실시양태에서, 접합체 기가 AON으로부터 절단되는 것이 바람직하다. 예를 들어, 특정 상황에서, 특정한 접합체 모이어티를 포함하는 올리고머 화합물은 특정한 세포 유형에 의해 보다 잘 흡수되지만, 올리고머 화합물이 흡수되면, 접합체 기가 절단되어 비접합 또는 모 올리고뉴클레오티드를 방출시키는 것이 바람직하다. 따라서, 특정 접합체 링커는 1개 이상의 절단가능한 모이어티를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 절단가능한 결합이다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 적어도 1개의 절단가능한 결합을 포함하는 원자단이다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 1, 2, 3, 4개 또는 4개 초과의 절단가능한 결합을 갖는 원자단을 포함한다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 세포 또는 세포하 구획, 예컨대 리소솜 내부에서 선택적으로 절단된다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 내인성 효소, 예컨대 뉴클레아제에 의해 선택적으로 절단된다.
특정 실시양태에서, 절단가능한 결합은 아미드, 에스테르, 에테르, 포스포디에스테르의 하나 또는 둘 다의 에스테르, 포스페이트 에스테르, 카르바메이트 또는 디술피드 중에서 선택된다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 결합은 포스포디에스테르의 에스테르 중 하나 또는 둘 다이다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 포스페이트 또는 포스포디에스테르를 포함한다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 올리고뉴클레오티드와 접합체 모이어티 또는 접합체 기 사이의 포스페이트 연결이다.
특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 1개 이상의 링커-뉴클레오시드를 포함하거나 또는 그로 이루어진다. 특정의 이러한 실시양태에서, 1개 이상의 링커-뉴클레오시드는 절단가능한 결합을 통해 서로 및/또는 올리고머 화합물의 나머지에 연결된다. 특정 실시양태에서, 이러한 절단가능한 결합은 비변형된 포스포디에스테르 결합이다. 특정 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 포스페이트 뉴클레오시드간 연결에 의해 올리고뉴클레오티드의 3' 또는 5'-말단 뉴클레오시드에 부착되고 포스페이트 또는 포스포로티오에이트 연결에 의해 접합체 링커 또는 접합체 모이어티의 나머지에 공유 부착되는 2'-데옥시 뉴클레오시드이다. 특정의 이러한 실시양태에서, 절단가능한 모이어티는 2'-데옥시 아데노신이다.
말단 기
특정 실시양태에서, 올리고머 화합물은 1개 이상의 말단 기를 포함한다. 특정의 이러한 실시양태에서, 올리고머 화합물은 안정화된 5'-포스페이트를 포함한다. 안정화된 5'-포스페이트는 5'-비닐포스포네이트를 포함하나 이에 제한되지는 않는 5'-포스포네이트를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 말단 기는 1개 이상의 무염기성 뉴클레오시드 및/또는 역전된 뉴클레오시드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 말단 기는 1개 이상의 2'-연결된 뉴클레오시드를 포함한다. 특정의 이러한 실시양태에서, 2'-연결된 뉴클레오시드는 무염기성 뉴클레오시드이다. 다양한 실시양태에서, 말단 기는 1개 이상의 스페이서를 포함한다.
진단 방법 - STMN2
본 개시내용은 또한 환자의 1개 이상의 생물학적 샘플에서 STMN2 발현 신호 수준의 검출에 의존하는 신경계 질환을 갖는 환자를 진단하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 용어 "STMN2 발현 신호"는 STMN2 유전자 발현, 또는 유전자 또는 유전자 산물 활성의 임의의 지표를 지칭할 수 있다. STMN2 유전자 산물은 RNA (예를 들어, mRNA), 펩티드 및 단백질을 포함한다. 평가될 수 있는 STMN2 유전자 발현의 인덱스는 STMN2 유전자 또는 염색질 상태, 유전자 발현을 조절하는 세포 성분과의 STMN2 유전자 상호작용, 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 유전자 산물 발현 수준 (예를 들어, STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 발현 수준), 또는 STMN2 RNA 또는 단백질과 전사, 번역, 또는 번역후 프로세싱 기구의 상호작용을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
STMN2 발현 신호의 검출은 생체내, 시험관내 또는 생체외 방법을 통해 달성될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 검출 방법은 환자의 혈액, 혈청, 분변물, 조직, 뇌척수액, 척수액, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 세포에서의 검출을 수반할 수 있다. 검출은 전체 조직, 조직 외식편, 세포 배양물, 해리된 세포, 세포 추출물, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 혈액, 척수액, 뇌척수액, 소변, 림프액 또는 혈청을 포함한 체액에서 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 STMN2 전사체 (예를 들어, 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 프리-mRNA)의 발현 신호를 측정함으로써 달성될 수 있다. 검출 방법은 STMN2 유전자 산물 발현의 수준을 측정하는 검정, 예컨대 웨스턴 블롯팅, FACS, ELISA, 다른 정량적 결합 검정, 세포 또는 조직 성장 검정, 노던 블롯, 정량적 또는 반-정량적 폴리머라제 연쇄 반응, 의학적 영상화 방법 (예를 들어, MRI), 또는 면역염색 방법 (예를 들어, 면역조직화학 또는 면역세포화학)을 포함한다.
진단 방법 - KCNQ2
본 개시내용은 또한 환자의 1개 이상의 생물학적 샘플에서 KCNQ2 발현 신호 수준의 검출에 의존하는 신경계 질환을 갖는 환자를 진단하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 용어 "KCNQ2 발현 신호"는 KCNQ2 유전자 발현, 또는 유전자 또는 유전자 산물 활성의 임의의 지표를 지칭할 수 있다. KCNQ2 유전자 산물은 RNA (예를 들어, mRNA), 펩티드 및 단백질을 포함한다. 평가될 수 있는 KCNQ2 유전자 발현의 인덱스는 KCNQ2 유전자 또는 염색질 상태, 유전자 발현을 조절하는 세포 성분과의 KCNQ2 유전자 상호작용, 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 유전자 산물 발현 수준 (예를 들어, KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)의 발현 수준), 또는 KCNQ2 RNA 또는 단백질과 전사, 번역, 또는 번역후 프로세싱 기구의 상호작용을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
KCNQ2 발현 신호의 검출은 생체내, 시험관내 또는 생체외 방법을 통해 달성될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 검출 방법은 환자의 혈액, 혈청, 분변물, 조직, 뇌척수액, 척수액, 소변, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 세포에서의 검출을 수반할 수 있다. 검출은 전체 조직, 조직 외식편, 세포 배양물, 해리된 세포, 세포 추출물, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 혈액, 척수액, 뇌척수액, 소변, 림프액 또는 혈청을 포함한 체액에서 서열식별번호: 3032-3045 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 KCNQ2 전사체 (예를 들어, KCNQ2 프리-mRNA)의 발현 신호를 측정함으로써 달성될 수 있다. 검출 방법은 KCNQ2 유전자 산물 발현의 수준을 측정하는 검정, 예컨대 웨스턴 블롯팅, FACS, ELISA, 다른 정량적 결합 검정, 세포 또는 조직 성장 검정, 노던 블롯, 정량적 또는 반-정량적 폴리머라제 연쇄 반응, 의학적 영상화 방법 (예를 들어, MRI), 또는 면역염색 방법 (예를 들어, 면역조직화학 또는 면역세포화학)을 포함한다.
진단 방법 - UNC13A
본 개시내용은 또한 환자의 1개 이상의 생물학적 샘플에서 UNC13A 발현 신호 수준의 검출에 의존하는 신경계 질환을 갖는 환자를 진단하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 용어 "UNC13A 발현 신호"는 UNC13A 유전자 발현, 또는 유전자 또는 유전자 산물 활성의 임의의 지표를 지칭할 수 있다. UNC13A 유전자 산물은 RNA (예를 들어, mRNA), 펩티드 및 단백질을 포함한다. 평가될 수 있는 UNC13A 유전자 발현의 인덱스는 UNC13A 유전자 또는 염색질 상태, 유전자 발현을 조절하는 세포 성분과의 UNC13A 유전자 상호작용, 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 유전자 산물 발현 수준 (예를 들어, UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 발현 수준), 또는 UNC13A RNA 또는 단백질과 전사, 번역, 또는 번역후 프로세싱 기구의 상호작용을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
UNC13A 발현 신호의 검출은 생체내, 시험관내 또는 생체외 방법을 통해 달성될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 검출 방법은 환자의 혈액, 혈청, 분변물, 조직, 뇌척수액, 척수액, 소변, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 세포에서의 검출을 수반할 수 있다. 검출은 전체 조직, 조직 외식편, 세포 배양물, 해리된 세포, 세포 추출물, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 혈액, 척수액, 뇌척수액, 소변, 림프액, 혈장 또는 혈청을 포함한 체액에서 서열식별번호: 9587-9595 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 UNC13A 전사체 (예를 들어, UNC13A 프리-mRNA)의 발현 신호를 측정함으로써 달성될 수 있다. 검출 방법은 UNC13A 유전자 산물 발현의 수준을 측정하는 검정, 예컨대 웨스턴 블롯팅, FACS, ELISA, 다른 정량적 결합 검정, 세포 또는 조직 성장 검정, 노던 블롯, 정량적 또는 반-정량적 폴리머라제 연쇄 반응, 의학적 영상화 방법 (예를 들어, MRI), 또는 면역염색 방법 (예를 들어, 면역조직화학 또는 면역세포화학)을 포함한다.
진단 방법 - SMN2
본 개시내용은 또한 환자의 1개 이상의 생물학적 샘플에서 SMN2 발현 신호 수준의 검출에 의존하는 신경계 질환을 갖는 환자를 진단하는 방법을 제공한다. 본원에 사용된 용어 "SMN2 발현 신호"는 SMN2 유전자 발현, 또는 유전자 또는 유전자 산물 활성의 임의의 지표를 지칭할 수 있다. SMN2 유전자 산물은 RNA (예를 들어, mRNA), 펩티드 및 단백질을 포함한다. 평가될 수 있는 SMN2 유전자 발현의 인덱스는 SMN2 유전자 또는 염색질 상태, 유전자 발현을 조절하는 세포 성분과의 SMN2 유전자 상호작용, 서열식별번호: 9698-9709 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 유전자 산물 발현 수준 (예를 들어, SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)의 발현 수준), 또는 SMN2 RNA 또는 단백질과 전사, 번역, 또는 번역후 프로세싱 기구의 상호작용을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.
SMN2 발현 신호의 검출은 생체내, 시험관내 또는 생체외 방법을 통해 달성될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 본 개시내용의 방법은 시험관내에서 수행될 수 있다. 검출 방법은 환자의 혈액, 혈청, 분변물, 조직, 뇌척수액, 척수액, 소변, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 세포에서의 검출을 수반할 수 있다. 검출은 전체 조직, 조직 외식편, 세포 배양물, 해리된 세포, 세포 추출물, 세포외 소포 (예를 들어, CSF 엑소솜), 또는 혈액, 척수액, 뇌척수액, 소변, 림프액 또는 혈청을 포함한 체액에서 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나에 대해 적어도 90% (예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%) 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 SMN2 전사체 (예를 들어, SMN2 프리-mRNA)의 발현 신호를 측정함으로써 달성될 수 있다. 검출 방법은 SMN2 유전자 산물 발현의 수준을 측정하는 검정, 예컨대 웨스턴 블롯팅, FACS, ELISA, 다른 정량적 결합 검정, 세포 또는 조직 성장 검정, 노던 블롯, 정량적 또는 반-정량적 폴리머라제 연쇄 반응, 의학적 영상화 방법 (예를 들어, MRI), 또는 면역염색 방법 (예를 들어, 면역조직화학 또는 면역세포화학)을 포함한다.
일반적 변형
본원에 기재된 특정 화합물, 조성물 및 방법이 특정 실시양태에 따라 구체적으로 기재되었지만, 하기 실시예는 단지 본원에 기재된 화합물을 예시하는 역할을 하고, 이를 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 본 출원에 인용된 각각의 참고문헌, 진뱅크 수탁 번호 등은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
본 출원에 첨부된 서열 목록은 각각의 서열을 필요에 따라 "RNA" 또는 "DNA"로서 식별하지만, 실제로 그러한 서열은 화학적 변형의 임의의 조합에 의해 변형될 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 변형된 올리고뉴클레오티드를 기재하기 위한 "RNA" 또는 "DNA"와 같은 지정이 특정 경우에 임의적이라는 것을 용이하게 인지할 것이다. 예를 들어, 2'-OH 당 모이어티 및 티민 염기를 포함하는 뉴클레오시드를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 변형된 당을 갖는 DNA (DNA의 1개의 2'-H 대신에 2'-OH)로서 또는 변형된 염기를 갖는 RNA (RNA의 우라실 대신에 티민 (메틸화 우라실))로서 기재될 수 있다. 따라서, 서열 목록의 핵산 서열을 포함하나 이에 제한되지는 않는 본원에 제공된 핵산 서열은 변형된 핵염기를 갖는 이러한 핵산을 포함하나 이에 제한되지는 않는, 천연 또는 변형된 RNA 및/또는 DNA의 임의의 조합을 함유하는 핵산을 포괄하는 것으로 의도된다. 추가의 예로서 및 제한 없이, 핵염기 서열 "ATCGATCG"를 갖는 올리고머 화합물은 변형되었든 또는 비변형되었든 이러한 핵염기 서열을 갖는 임의의 올리고머 화합물, 예컨대 비제한적으로 RNA 염기, 예컨대 서열 "AUCGAUCG"를 갖는 것 및 일부 DNA 염기 및 일부 RNA 염기, 예컨대 "AUCGATCG"를 갖는 것을 포함하는 이러한 화합물 및 다른 변형된 핵염기, 예컨대 "ATmCGAUCG"를 갖고, 여기서 mC는 5-위치에서 메틸 기를 포함하는 시토신 염기를 나타내는 것인 올리고머 화합물을 포괄한다.
본원에 기재된 특정 화합물 (예를 들어, 변형된 올리고뉴클레오티드)은 1개 이상의 비대칭 중심을 가지며, 따라서 절대 입체화학의 관점에서, (R) 또는 (S)로서, 예컨대 당 아노머에 대해 α 또는 β로서, 또는 예컨대 아미노산에 대해 (D) 또는 (L) 등으로서 정의될 수 있는 거울상이성질체, 부분입체이성질체, 및 다른 입체이성질체 배위를 생성한다. 특정 입체이성질체 배위를 갖는 것으로 도시되거나 기재된 본원에 제공된 화합물은 단지 표시된 화합물만을 포함한다. 달리 명시되지 않는 한, 정의되지 않은 입체화학으로 도시되거나 기재된 입체중심을 함유하는 본원에 제공된 화합물은 그의 입체무작위 및 광학적으로 순수한 형태를 비롯한 모든 이러한 가능한 이성질체를 포함하였다. 마찬가지로, 달리 나타내지 않는 한, 본원의 화합물의 모든 호변이성질체 형태가 또한 포함된다. 달리 나타내지 않는 한, 본원에 기재된 화합물은 상응하는 염 형태를 포함하는 것으로 의도된다.
본원에 기재된 화합물은 1개 이상의 원자가 표시된 원소의 비-방사성 동위원소 또는 방사성 동위원소로 대체된 변형을 포함한다. 예를 들어, 수소 원자를 포함하는 본원의 화합물은 각각의 1H 수소 원자에 대한 모든 가능한 중수소 치환을 포괄한다. 본원의 화합물에 의해 포괄되는 동위원소 치환은 하기를 포함하나 이에 제한되지는 않는다: 1H 대신 2H 또는 3H, 12C 대신 13C 또는 14C, 14N 대신 15N, 16O 대신 17O 또는 18O, 및 32S 대신 33S, 34S, 35S, 또는 36S. 특정 실시양태에서, 비-방사성 동위원소 치환은 올리고머 화합물에 치료 또는 연구 도구로서 사용하기에 유익한 새로운 특성을 부여할 수 있다.
실시예
개시내용은 하기 실시예에 의해 추가로 예시된다. 실시예는 단지 예시적 목적으로 제공되며, 어떠한 방식으로든 개시내용의 범주 또는 내용을 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
실시예 1: STMN2 올리고뉴클레오티드의 설계 및 선택
잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 양을 감소시킬 수 있는 STMN2 AON을 확인하기 위해 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체를 표적화하는 STMN2 AON 올리고뉴클레오티드를 설계하고 시험한다. 이러한 STMN2 AON은 서열식별번호: 1-446 또는 서열식별번호: 893-1338 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드를 포함한다. STMN2 모 올리고뉴클레오티드는 25개의 뉴클레오시드 길이이다. STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-MOE 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-MeC로 대체된다. 추가적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 사이의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다.
도 1은 STMN2 전사체 및 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 특정 부분을 표적화하도록 설계된 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 부분의 도시이다. 구체적으로, STMN2 전사체의 영역은 분지점 (예를 들어, 분지점 1, 2, 및 3) 3' 스플라이스 수용자 영역, ESE 결합 영역, TDP43 결합 부위, 및 폴리 A 영역을 포함한다. STMN2 올리고뉴클레오티드는 STMN2 올리고뉴클레오티드가 상응하는 STMN2 전사체의 위치에 따라 확인된다. 예를 들어, 도 1은 분지점 1을 포함하는 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 위치 36 내지 60을 표적화하는 STMN2 올리고뉴클레오티드를 도시한다. 유사하게, 상이한 STMN2 올리고뉴클레오티드는 분지점 3을 포함하는 잠재 엑손을 포함하는 STMN2 전사체의 위치 144 내지 178을 표적화한다. 다른 STMN2 올리고뉴클레오티드는 상기 개시된 서열 중 임의의 것을 사용하여 설계될 수 있다.
일반적으로, STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 길이는 25개의 뉴클레오티드 염기 길이이다. 그러나, STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 변이체를 또한 다양한 길이 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)로 설계하였다. 이들 변이체 STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 1342-1366 또는 서열식별번호: 1392-1521의 서열을 포함하도록 설계하였다.
실시예 2: STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 SY5Y 세포 및 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 평가하였다. 세포를 6-웰 또는 96-웰 플레이트에 플레이팅하고, 80% 전면생장률로 배양하였다. TDP43에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 RNAiMax (써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific), 미국 매사추세츠주 월섬)로 형질감염시켜 잠재 엑손을 발현시키고, 따라서 전장 STMN2 (STMN2-FL) 산물의 전사를 막았다. 비히클은 RNAiMax 단독으로 처리하였다. 양성 대조군은 TDP43 siRNA 단독 ("siRNA TDP43") 및/또는 TDP43 AON 단독 ("AON TDP43" 또는 "TDP43 AON")으로 처리된 세포를 포함하였다. siRNA TDP43은 호리즌(Horizon)/다마콘(Dharmacon)으로부터 온-타겟플러스(ON-TARGETplus) 인간 TARDBP (23435) siRNA - 스마트풀 (#L-012394-00-0005)로서 구입하였다. TARDBP (23435) siRNA는 4개의 별개의 서열을 표적화하는 4개의 개별 siRNA를 포함한다:
1) 표적 서열 1: GCUCAAGCAUGGAUUCUAA (서열식별번호: 1665)
2) 표적 서열 2: CAAUCAAGGUAGUAAUAUG (서열식별번호: 1666)
3) 표적 서열 3: GGGCUUCGCUACAGGAAUC (서열식별번호: 1667)
4) 표적 서열 4: CAGGGUGGAUUUGGUAAUA (서열식별번호: 1668)
TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669)
여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
STMN2-FL을 회복시키는 STMN2 AON 능력을 평가하기 위해, STMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 RNAiMax 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 96시간 후에, 전사체 수준 (예를 들어, STMN2 전장 전사체, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체, 또는 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 검출하기 위해 하기 프라이머 서열을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다: 1) 정방향 프라이머: 5' - CTCAGTGCCTTATTCAGTCTTCTC - 3' (서열식별번호: 1670), 2) 역방향 프라이머: 5' - TCTTCTGCCGAGTCCCATTT-3' (서열식별번호: 1671) 및 3) 프로브: 5' - /56-FAM/TCAGCGTCTGCACATCCCTACAAT /3BHQ_1/ -3' (서열식별번호: 1672). 전장 STMN2 전사체를 검출하기 위해 하기 프라이머 서열을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다: 1) 정방향 프라이머: 5' - CCACGAACTTTAGCTTCTCCA - 3' (서열식별번호: 1673), 2) 역방향 프라이머: 5' - GCCAATTGTTTCAGCACCTG - 3' (서열식별번호: 1674), 및 3) 프로브: 5' -/56-FAM/ACTTTCTTCTTTCCTCTGCAGCCTCC /3BHQ_1/ - 3' (서열식별번호: 1675).
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems)® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
STMN2-FL 또는 STMN2 잠재 신호 (Ct)를 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, STMN-FL의% 증가)를 가시화하기 위해, 정규화된 STMN2-FL 신호를 비히클 (RNAiMax 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다.
잠재 엑손 발현을 갖는 STMN2의 퍼센트 감소는 하기 방정식을 사용하여 계산하였다:
전장 STMN2 mRNA 전사체의 퍼센트 증가는 하기 방정식을 사용하여 계산하였다:
STMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 또한 인간 운동 뉴런에서 잠재 엑손을 감소시키고 STMN2 전장 전사체를 증가시키는 데 있어서의 효력에 대해 평가하였다. iCell 인간 운동 뉴런 (셀룰라 다이나믹스 인터내셔널(Cellular Dynamics International))을 제조업체의 지침서에 따라 RT-qPCR RNA 정량화를 위해 96-웰 플레이트에 15 x 103개 세포/웰로 또는 웨스턴 블롯 단백질 정량화를 위해 6-웰 플레이트에 3 x 105개 세포/웰로 플레이팅하였다. 뉴런을 엔도포터 (진툴스, 엘엘씨.(GeneTools, LLC.))를 사용하여 TDP43 AON 및/또는 STMN2 AON으로 형질감염시키거나 또는 엔도포터 단독으로 처리하였다. 처리 조건을 생물학적 삼중 (qRT-PCR) 또는 이중 (웨스턴 블롯) 웰에서 시험하였다. 상기 기재된 동일한 TDP43 AON을 여기서 인간 운동 뉴런을 평가하는 데 사용한다. TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669)
여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA.
72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 72시간 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하거나, 또는 웨스턴 블롯을 위해 6-웰 플레이트로부터 단백질을 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, STMN2 잠재 엑손, STMN2 전장 전사체 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다. SY5Y 세포와 관련하여 상기 기재된 바와 같이, GAPDH, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체, 및 전장 STMN2를 검출하기 위한 동일한 프라이머를 여기서 인간 운동 뉴런에 대한 RT-qPCR을 수행하는 데 적용하였다. 단백질 정량화를 위해, 단백질 수집물의 가용성 부분을 변성시키고, SDS-PAGE에 의해 분리하고, 폴리비닐리덴 디플루오라이드 막으로 옮기고, GAPDH (프로테인테크(Proteintech), 60004-1-1g), TDP-43 (프로테인테크, 10782-2-AP), 및 스타트민-2 (써모피셔, PA5-23049)에 대한 항체로 프로빙하였다.
실시예 3: STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 변이체는 전장 STMN2를 회복시키고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시킨다
STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 변이체는 TDP43 침묵 세포에서 전장 STMN2 mRNA (즉, 전장 STMN2로 번역되는 mRNA) 수준을 증가 또는 회복시키는 그의 능력에 대해 시험된다. 일부 경우에, STMN2 올리고뉴클레오티드는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시키는 그의 능력에 대해 시험된다. 하기 추가로 기재된 바와 같이, STMN2-FL의 정량화된 백분율 증가/회복 및/또는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 백분율 감소는 대조군 (예를 들어, 500 nM TDP43 AON으로 처리된 세포)에서의 STMN-FL 및/또는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 수준과 관련하여 기재된다.
도 2를 참조하면, 500 nM TDP43 AON으로 처리된 경우에 TDP43 전사체는 약 52% 감소하였고, STMN2-FL은 약 57% 감소하였다. 서열식별번호: 36을 갖는 STMN2 모 AON의 500 nM 처리는 TDP43 수준을 25% 증가시켰고, STMN-FL 수준을 55% 증가시켰다 (67%로 구제됨). 서열식별번호: 177을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 및 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 각각 58% (66%로 구제됨) 및 53% (68%로 구제됨) 증가시켰다. 서열식별번호: 203을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 TDP43 수준을 15% 증가시켰고, STMN-FL 수준을 72% 증가시켰다 (74%로 구제됨). 서열식별번호: 395를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 및 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 각각 49% (64%로 구제됨) 및 37% (59%로 구제됨) 증가시켰다.
도 3을 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 20-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 68% 감소시켰다. 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 65% 감소시켰다. 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 39% 감소시켰다. 서열식별번호: 215를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 31% 감소시켰다. 서열식별번호: 385를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 53% 감소시켰다. 서열식별번호: 400을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 74% 감소시켰다.
도 4를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 약 59% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 66% 증가시켰다 (68%로 구제됨). 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 46% 증가시켰다 (60%로 구제됨).
도 5a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 36-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 58% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 87% 감소시켰다. 서열식별번호: 380을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 70% 감소시켰다. 서열식별번호: 390을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 58% 감소시켰다.
도 5b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 66% 감소하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 109% 증가시켰다 (71%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 247% 증가시켰다 (118%로 구제됨).
도 6a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON (2종의 상이한 합성)으로 처리한 경우에 20-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 83 내지 88% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 92 내지 93% 감소시켰다.
도 6b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 약 80% 감소하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 276% 내지 329% 증가시켰다 (79% 내지 90%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 390% 내지 438% 증가시켰다 (103% 내지 113%로 구제됨).
도 7a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 23-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 83% 감소시켰다. 서열식별번호: 177을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 83% 감소시켰다. 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 72% 감소시켰다.
도 7b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 약 58% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 119% 증가시켰다 (92%로 구제됨). 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 88% 증가시켰다 (79%로 구제됨). 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 74% 증가시켰다 (73%로 구제됨).
도 8a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 20-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 65% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 94% 감소시켰다.
도 8b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 59% 감소하였다. 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 85% 증가시켰다 (76%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 127% 증가시켰다 (93%로 구제됨). 서열식별번호: 380을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 71% 증가시켰다 (70%로 구제됨).
도 9a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 50-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 92% 감소시켰다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 82% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 96% 감소시켰다.
도 9b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 67% 감소하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 135% 증가시켰다 (87%로 구제됨). 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 132% 증가시켰다 (86%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 143% 증가시켰다 (90%로 구제됨).
도 10a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 65-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 50% 감소시켰다. 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 73% 감소시켰다. 도 10b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 67% 감소하였다. 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 처리는 STMN-FL 수준을 115% 증가시켰다 (71%로 구제됨). 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 97% 증가시켰다 (65%로 구제됨). 서열식별번호: 181을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 94% 증가시켰다 (64%로 구제됨).
도 11a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 26-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 47% 감소시켰다. 도 11b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 74% 감소하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 처리는 STMN-FL 수준을 73% 증가시켰다 (45%로 구제됨). 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 246% 증가시켰다 (90%로 구제됨). 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 165% 증가시켰다 (69%로 구제됨).
도 12a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 41-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 51% 감소시켰다. 도 12b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 65% 감소하였다. 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 20 nM 처리는 STMN-FL 수준을 86% 증가시켰다 (65%로 구제됨). 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 처리는 STMN-FL 수준을 131% 증가시켰다 (81%로 구제됨). 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 154% 증가시켰다 (89%로 구제됨). 서열식별번호: 197을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 169% 증가시켰다 (94%로 구제됨).
도 13a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 41-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 93% 감소시켰다. 도 13b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 84% 감소하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 처리는 STMN-FL 수준을 75% 증가시켰다 (28%로 구제됨). 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 260% 증가시켰다 (57%로 구제됨). 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 444% 증가시켰다 (87%로 구제됨).
도 14a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 24-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 59% 감소시켰다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 70% 감소시켰다. 도 14b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 62% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 100% 증가시켰다 (76%로 구제됨). 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 158% 증가시켰다 (98%로 구제됨).
도 15a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 70-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 78% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 92% 감소시켰다. 도 15b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 77% 감소하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 50 nM 처리는 STMN-FL 수준을 87% 증가시켰다 (43%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 200 nM 처리는 STMN-FL 수준을 135% 증가시켰다 (54%로 구제됨). 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 209% 증가시켰다 (71%로 구제됨).
도 16을 참조하면, STMN2 단백질 수준은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 44% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN 단백질 수준을 52% 증가시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN 단백질 수준을 34% 증가시켰다.
도 17a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 30-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 96% 감소시켰다. 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 97% 감소시켰다. 서열식별번호: 1349를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 97% 감소시켰다. 서열식별번호: 1360을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 71% 감소시켰다.
도 17b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 76% 감소하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 238% 증가시켰다 (81%로 구제됨). 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 63% 증가시켰다 (39%로 구제됨). 서열식별번호: 1359을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 96% 증가시켰다 (47%로 구제됨). 서열식별번호: 1360을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 125% 증가시켰다 (54%로 구제됨).
도 18a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 19-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 83% 감소시켰다. 서열식별번호: 1347을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 85% 감소시켰다. 서열식별번호: 1356을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 56% 감소시켰다. 서열식별번호: 1357을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 78% 감소시켰다. 서열식별번호: 1364를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 78% 감소시켰다.
도 18b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 82% 감소하였다. 서열식별번호: 185를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 161% 증가시켰다 (47%로 구제됨). 서열식별번호: 1347을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 144% 증가시켰다 (44%로 구제됨). 서열식별번호: 1356을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 128% 증가시켰다 (41%로 구제됨). 서열식별번호: 1357을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 144% 증가시켰다 (44%로 구제됨). 서열식별번호: 1364를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 183% 증가시켰다 (51%로 구제됨).
도 19a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 23-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 81% 감소시켰다. 서열식별번호: 1345를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 86% 감소시켰다. 서열식별번호: 1354를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 81% 감소시켰다. 서열식별번호: 1355를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 47% 감소시켰다. 서열식별번호: 1362를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 75% 감소시켰다.
도 19b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 83% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 265% 증가시켰다 (62%로 구제됨). 서열식별번호: 1345를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 206% 증가시켰다 (52%로 구제됨). 서열식별번호: 1354를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 212% 증가시켰다 (53%로 구제됨). 서열식별번호: 1355를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 88% 증가시켰다 (32%로 구제됨). 서열식별번호: 1362를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 188% 증가시켰다 (49%로 구제됨).
도 20a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 35-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 91% 감소시켰다. 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 94% 감소시켰다. 서열식별번호: 1349를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 96% 감소시켰다. 서열식별번호: 1365를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 82% 감소시켰다. 서열식별번호: 1366을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 38% 감소시켰다. 서열식별번호: 1358을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 33% 감소시켰다.
도 20b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 80% 감소하였다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 325% 증가시켰다 (85%로 구제됨). 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 350% 증가시켰다 (90%로 구제됨). 서열식별번호: 1366을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 105% 증가시켰다 (41%로 구제됨). 서열식별번호: 1358을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 20% 증가시켰다 (24%로 구제됨).
도 21a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 11-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 72% 감소시켰다. 서열식별번호: 1346을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 85% 감소시켰다. 서열식별번호: 1353을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 55% 감소시켰다. 서열식별번호: 1662 (G*A*G*TCCTGCAATATGAATATA*AT*T*T, 여기서 *는 포스포디에스테르 연결을 나타냄)를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 49% 감소시켰다. 서열식별번호: 1663 (GAGTCCTG*C*A*A*T*A*TGAATATAATTT, 여기서 *는 포스포디에스테르 연결을 나타냄)을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 57% 감소시켰다.
도 21b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 73% 감소하였다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 85% 증가시켰다 (50%로 구제됨). 서열식별번호: 1353을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 85% 증가시켰다 (50%로 구제됨). 서열식별번호: 1662를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 74% 증가시켰다 (47%로 구제됨). 서열식별번호: 1663을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 89% 증가시켰다 (51%로 구제됨).
도 22a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 13-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 91% 감소시켰다. 서열식별번호: 1344를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 80% 감소시켰다. 서열식별번호: 1342를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 85% 감소시켰다.
도 22b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 65% 감소하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 94% 증가시켰다 (68%로 구제됨). 서열식별번호: 1343을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 11% 증가시켰다 (39%로 구제됨). 서열식별번호: 1351을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 9% 증가시켰다 (38%로 구제됨). 서열식별번호: 1344를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 114% 증가시켰다 (75%로 구제됨). 서열식별번호: 1350을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 3% 증가시켰다 (36%로 구제됨). 서열식별번호: 1361을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 9% 증가시켰다 (38%로 구제됨).
실시예 4: 스타트민-2 잠재 스플라이싱 조정제에 의해 표적화될 수 있는 적응증으로서 신경병증
실험상, iCell 인간 운동 뉴런 (셀룰라 다이나믹스 인터내셔널)을 제조업체의 지침서에 따라 96-웰 플레이트에 19,000개 세포/웰로 플레이팅하였다. 뉴런을 플레이팅 후 제7일에 삼중 웰로 서열식별번호: 237 및 엔도포터 (진툴스, 엘엘씨.)로 처리하거나 또는 엔도포터 단독으로 처리하였다. 72시간 후, 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, MG132를 첨가하였다. 18시간 후에, RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, STMN2 잠재 엑손 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 멀티플렉스화 QPCR 검정을 수행하였다.
도 23을 참조하면, 이는 심지어 프로테아솜 억제 증가의 관점에서 서열식별번호: 237 STMN2 모 올리고뉴클레오티드를 사용한 잠재 엑손 유도의 역전을 보여주는 막대 그래프를 예시한다. 대조군으로서, 엔도포터 단독 (AON 없음)으로 처리한 다음, 후속적으로 MG132로 (MG132의 모든 농도에 걸쳐) 처리한 세포는 높은 수준의 잠재 엑손을 입증하였다. 이는 인간 운동 뉴런에서 프로테아솜 억제에 의해 유발된 TDP-43 병리상태를 나타낸다. TDP-43의 국재화오류는 STMN2 미스-스플라이싱 및 증가된 잠재 엑손 발현으로 이어진다. 서열식별번호: 237 모 올리고뉴클레오티드의 첨가는 높은 효력 (IC50 <5nM)으로 잠재 엑손 유도를 역전시킨다. 도 23에 제시된 바와 같이, 증가하는 농도의 서열식별번호: 237 (5 nM에서 500 nM까지의 범위)은 잠재 엑손 상대량을 유의하게 감소시킨다.
전체적으로, 이러한 데이터는 서열식별번호: 237 모 올리고뉴클레오티드가 잠재 엑손 발현의 단백질독성 스트레스 유도에 대해 보호한다는 것을 확립한다. 이는 뉴런이 신경변성 장애에 존재하는 단백질독성 스트레스로부터 보호되어야 하는 상황에서 적용가능하다.
실시예 5: 스타트민-2 잠재 스플라이싱 조정제를 사용한 전장 STMN2 mRNA 및 STMN2 단백질의 용량 반응 회복
실험을 인간 신경모세포종 SY5Y 세포에서 이전에 기재된 바와 같이 수행하였다. 세포를 6-웰 또는 96-웰 플레이트에 플레이팅하고, 80% 전면생장률로 배양하였다. 세포에서의 TDP-43 발현을 TDP43에 대한 AON을 사용하여 녹다운시켜 잠재 엑손을 발현시켰고, 이에 따라 전장 STMN2 (STMN2-FL) 산물의 전사는 막혔다. 세포를 다양한 용량 (5nM, 50nM, 100nM, 200nM, 및 500nM)의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체 (구체적으로, 서열식별번호: 1348)로 추가적으로 공동-형질감염시켰다. RNA 및 단백질을 QPCR 및 웨스턴 블롯 검정을 위해 단리하였다.
도 24는 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 증가하는 농도에 따른 전장 STMN2 전사체의 증가하는 회복을 예시하는 용량 반응 곡선을 보여준다. 일반적으로, 증가하는 농도의 올리고뉴클레오티드는 전장 STMN2 mRNA를 증가시켰고, 잠재 엑손 수준을 감소시켰다. 구체적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 5nM 처리는 전장 STMN2 전사체의 ~40% 회복을 발생시켰다. STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500nM 처리는 전장 STMN2 전사체의 거의 100% 회복을 발생시켰다. 추가적으로, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500nM 처리는 잠재 엑손의 유의한 감소 (0%에 근접함)를 발생시켰다.
도 25a는 보다 높은 농도의 서열식별번호: 1348을 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체에 반응한 전장 STMN2 단백질의 정성적 증가를 입증하는 단백질 블롯 검정을 보여준다. 도 25b는 상이한 농도의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체에 반응한 GAPDH에 대해 정규화된 전장 STMN2 단백질의 정량화된 수준을 보여준다. 일반적으로, 도 25a 및 25b 둘 다는 증가하는 농도의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체가 증가하는 농도의 전장 STMN2 단백질을 생성하였음을 보여준다. 구체적으로, 도 25b에 제시된 바와 같이, 보다 낮은 농도 (5nM 및 50nM)의 STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체는 대조군 (세포 단독)의 ~60%인 전장 STMN2 단백질 농도를 생성하였다. 특히, STMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 500nM 처리는 (세포 단독 대조군과 비교하여) 전장 STMN2 단백질의 거의 100% 회복을 발생시켰다.
실시예 6: 스페이서를 갖는 STMN2 AON 기술은 전장 STMN2를 회복시키고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시킨다
2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON을 개발하였다. 여기서, 스페이서는 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -O-이고;
n은 1이다.
STMN2 AON (예를 들어, 각각 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드)을 TDP43 침묵 세포에서 전장 STMN2 mRNA (즉, 전장 STMN2로 번역되는 mRNA) 수준을 증가 또는 회복시키는 그의 능력에 대해 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 시험하였다. 일부 경우에, STMN2 올리고뉴클레오티드는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시키는 그의 능력에 대해 시험된다. 하기 추가로 기재된 바와 같이, STMN2-FL의 정량화된 백분율 증가/회복 및/또는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 백분율 감소는 대조군 (예를 들어, 500 nM TDP43 AON으로 처리된 세포)에서의 STMN-FL 및/또는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 수준과 관련하여 기재된다.
2개의 스페이서를 갖는 3종의 상이한 STMN2 올리고뉴클레오티드를 생성하였다. 이들 3종의 예시적인 STMN2 올리고뉴클레오티드는 1) 서열식별번호: 1589 (위치 11에 제1 스페이서 및 위치 22에 제2 스페이서를 갖는 25량체), 2) 서열식별번호: 1590 (위치 7에 제1 스페이서 및 위치 14에 제2 스페이서를 갖는 25량체), 및 3) 서열식별번호: 1591 (위치 8에 제1 스페이서 및 위치 19에 제2 스페이서를 갖는 25량체)로 명명된다. STMN2 AON을 표 26에 제시한다.
표 26: STMN2 AON (STMN2 모 올리고뉴클레오티드 및 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드 포함)
* 달리 나타내지 않는 한, 표 26에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
도 26a를 참조하면, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 양은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 27-배 초과로 증가하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 71% 감소시켰다. 서열식별번호: 1589를 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 88% 감소시켰다. 여기서, 서열식별번호: 1589는 서열식별번호: 144 (2개의 스페이서를 갖지 않음)와 비교하여 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 추가의 감소를 나타내었다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 77% 감소시켰다. 서열식별번호: 1590을 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 48% 감소시켰다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 93% 감소시켰다. 서열식별번호: 1591을 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 96% 감소시켰다. 여기서, 서열식별번호: 1591은 서열식별번호: 237 (2개의 스페이서를 갖지 않음)와 비교하여 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체의 유사한 감소를 나타내었다.
도 26b를 참조하면, STMN2-FL은 500 nM TDP43 AON으로 처리한 경우에 68% 감소하였다. 서열식별번호: 144를 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 165% 증가시켰다 (85%로 구제됨). 서열식별번호: 1589를 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 256% 증가시켰다 (114%로 구제됨). 여기서, 서열식별번호: 1589는 서열식별번호: 144 (2개의 스페이서를 갖지 않음)와 비교하여 STMN2 FL mRNA의 개선된 회복을 나타내었다. 서열식별번호: 173을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 184% 증가시켰다 (91%로 구제됨). 서열식별번호: 1590을 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 156% 증가시켰다 (82%로 구제됨). 여기서, 서열식별번호: 1590은 서열식별번호: 173 (2개의 스페이서를 갖지 않음)과 비교하여 STMN2 FL mRNA의 유사한 회복을 나타내었다. 서열식별번호: 237을 갖는 STMN2 모 올리고뉴클레오티드의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 225% 증가시켰다 (104%로 구제됨). 서열식별번호: 1591을 갖는 STMN2 AON의 500 nM 처리는 STMN-FL 수준을 225% 증가시켰다 (104%로 구제됨). 여기서, 서열식별번호: 1591은 서열식별번호: 237 (2개의 스페이서를 갖지 않음)과 비교하여 STMN2 FL mRNA의 유사한 회복을 나타내었다.
추가의 예시적인 STMN2 AON (상기 표 26에 기재된 STMN2 AON 포함)이 하기 표 27에 제시된다. 구체적으로, 표 27은 2개의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON 및 3개의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON을 포함한다. 또한, 표 27은 표 26에서 상기 기재된 STMN2 모 올리고뉴클레오티드와 비교하여 길이가 더 짧은 1개 이상의 스페이서를 갖는 예시적인 STMN2 AON 변이체 (예를 들어, 23량체, 21량체 또는 19량체)를 포함한다.
표 27: 2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON 및 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON 변이체.
* 달리 나타내지 않는 한, 표 27에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
표 13은 2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON을 포함한 STMN2 AON의 성능을 도시한다.
2개의 스페이서를 포함하는 STMN2 AON은 STMN2-FL의 수준을 증가시켰다. 예를 들어, 200nM ASO의 용량에서, 서열식별번호: 1608 및 서열식별번호: 1609는 STMN-FL의 수준을 각각 0.65 및 0.78로 증가시켰다. 추가적으로, 200nM ASO의 용량에서, 서열식별번호: 1610 및 서열식별번호: 1611은 STMN-FL의 수준을 각각 0.95 및 1.09로 증가시켰다. 특히, 다수의 STMN2 AON은 STMN-FL의 수준을 보다 적은 정도로 증가시켰다. 구체적으로, 200 nM 용량의 STMN2 AON에서, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 및 서열식별번호: 1615는 STMN-FL의 수준을 0.10 내지 0.20으로 증가시켰다.
200nM AON의 용량에서, 서열식별번호: 197로부터 유래된 모든 STMN2 AON은 STMN-FL의 수준을 유의하게 증가시켰다. 구체적으로, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619는 STMN-FL의 수준을 각각 0.99, 0.94, 및 1.00으로 증가시켰다.
전체적으로, 이들 결과는 2개의 스페이서를 포함하는 상이한 STMN2 AON이 STMN-FL을 그의 비-스페이서 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 173 또는 서열식별번호: 197)에 근접하거나 대등한 수준으로 증가시킬 수 있음을 입증한다.
서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 및 서열식별번호: 1615를 포함한 서열식별번호: 173으로부터 유래된 STMN2 AON과 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함한 서열식별번호: 197로부터 유래된 STMN2 AON 사이의 성능 차이는 각각의 STMN2 AON 내의 GC 함량에 기인할 수 있다. 구체적으로, 표 28에 제시된 바와 같이, 서열식별번호: 173으로부터 유래된 STMN2 AON은 30% 미만의 GC 함량을 가졌으며, 이는 그의 감소된 성능으로 이어질 수 있다. 대조적으로, 표 28에 제시된 바와 같이, 서열식별번호: 197로부터 유래된 STMN2 AON은 40% 초과의 GC 함량을 가졌다. 따라서, 보다 높은 GC 함량 AON에서 2개 이상의 스페이서를 포함하는 것이 바람직할 수 있다.
GC 함량에 더하여, 구아닌 및 시토신 핵염기에 대한 스페이서의 위치가 또한 STMN2 AON의 성능에 영향을 미칠 수 있다. 예를 들어, 200 nM AON 용량에서, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 및 서열식별번호: 1597은 STMN2-FL의 수준을 0.12, 0.26, 및 0.29로 증가시켰다. 각각의 이들 STMN2 AON은 3개의 스페이서를 갖는다. 비교하면, 200 nM AON 용량에서, 서열식별번호: 1418은 STMN2-FL의 수준을 0.73으로 증가시켰다. 서열식별번호: 1418은 구아닌 염기에 바로 선행하는 스페이서의 수를 최대화하기 위해 위치하는 스페이서를 포함한다. 구체적으로, 서열식별번호: 1418의 제1 및 제2 스페이서는 각각 구아닌 염기에 선행한다. 따라서, 구아닌 염기에 바로 선행하는 STMN2 AON 내의 스페이서의 수를 최대화하는 것은 STMN2 AON의 성능을 개선시킬 수 있다.
표 28: 2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON을 포함한 다양한 STMN2 AON의 성능.
* 달리 나타내지 않는 한, 표 28에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 7: 추가의 실험은 스페이서를 갖는 STMN2 AON 기술이 전장 STMN2를 회복시키고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시킨다는 것을 입증한다
1, 2, 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON을 개발하였다. 일반적으로, 본 실시예에서, 하기 기재된 서열식별번호: 1649를 제외하고, 스페이서는 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -O-이고;
n은 1이다.
서열식별번호: 1649의 경우, ASO에 포함된 각각의 스페이서는 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -O-이고;
n은 2이다.
스페이서를 갖는 STMN2 AON을 특징화하고, 스페이서 대응물을 갖지 않는 STMN2 AON과 비교하였다. 구체적으로, 스페이서를 갖는 STMN2 AON 및 갖지 않는 STMN2 AON의 용융 온도를 결정하여 STMN2 AON의 구조적 차이를 입증하였다. 표 29는 2회의 상이한 반복에 걸친 STMN2 AON의 상이한 용융 온도를 보여준다. 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON과 비교하여 더 낮은 용융 온도 (대략 10℃ 더 낮음)를 나타내었다.
표 29: 스페이서를 갖는 STMN2 AON 및 갖지 않는 STMN2 AON의 용융 온도.
* 달리 나타내지 않는 한, 표 29에서 확인되는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 스페이서는 뉴클레오시드가 아니고, 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')에 의해 나타내어진다.
STMN2 AON (예를 들어, 1, 2, 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드)을 TDP43 침묵 세포에서 전장 STMN2 mRNA (즉, 전장 STMN2로 번역되는 mRNA) 수준을 증가 또는 회복시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 일부 경우에, STMN2 올리고뉴클레오티드를 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체를 감소시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 도 27-35는 전장 STMN2 mRNA ("STMN2 FL")의 증가 및/또는 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 ("STMN2 잠재")의 감소에 있어서 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 효과를 보여준다. 또한, 표 30은 각각의 STMN2 AON뿐만 아니라 그의 각각의 성능을 확인시켜준다. 처리군은 도 27-35의 X-축 상에서 확인되고, 특정 AON 서열의 농도를 포함한다. 여기서, 특정 AON 서열은 그의 상응하는 서열식별번호에 따라 라벨링된다.
도 27a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 27b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 27a 및 27b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON (서열식별번호: 173)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1608, 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 서열식별번호: 1611, 서열식별번호: 1612, 서열식별번호: 1613, 서열식별번호: 1614, 서열식별번호: 1615, 서열식별번호: 1596, 서열식별번호: 1597, 및 서열식별번호: 1418)의 성능을 입증한다. 여기서, 스페이서를 갖는 다수의 STMN2 AON는 마찬가지로 기능하거나, 또는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON (서열식별번호: 173)을 능가한다. 구체적으로, 200 nM의 서열식별번호: 1609, 서열식별번호: 1610, 및 서열식별번호: 1611은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON (서열식별번호: 173)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준 및 STMN2 전장 mRNA 수준의 대등한 수준을 달성한다.
도 28a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 28b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1346, 서열식별번호: 1631, 서열식별번호: 1353, 및 서열식별번호: 1598을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 28a 및 28b는 스페이서를 갖지 않는 그의 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1346, 및 서열식별번호: 1353)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1632, 서열식별번호: 1631, 및 서열식별번호: 1598)의 성능을 입증한다. 여기서, 50nM 또는 200 nM 용량의 서열식별번호: 1632는 스페이서를 갖지 않는 50nM 또는 200nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 173)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준 및 STMN2 전장 mRNA 수준의 대등한 수준을 달성한다. 200 nM 용량의 서열식별번호: 1631은 스페이서를 갖지 않는 200 nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 1346)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준의 대등한 수준을 달성한다.
도 29a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 29b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 173 및 서열식별번호: 1610을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 29a 및 29b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 173)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1610)의 성능을 입증한다. 상이한 용량 (예를 들어, 500 nM, 200 nM, 50 nM, 20 nM, 및 5 nM)에 걸쳐, 서열식별번호: 1610은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 173)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준 및 STMN2 전장 mRNA 수준의 대등한 수준을 달성한다.
도 30a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 30b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 185 및 서열식별번호: 1635를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 30a 및 30b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 185)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1635)의 성능을 입증한다. 상이한 용량 (예를 들어, 500 nM, 200 nM, 50 nM, 20 nM, 및 5 nM)에 걸쳐, 서열식별번호: 1610은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 185)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다.
도 31a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 31b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1347, 서열식별번호: 1633, 및 서열식별번호: 1634를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 31a 및 31b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 1347)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1633 및 서열식별번호: 1634)의 성능을 입증한다. 상이한 용량 (예를 들어, 500 nM, 200 nM, 50 nM, 20 nM, 및 5 nM)에 걸쳐, 서열식별번호: 1633은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 1347)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다. 유사하게, 상이한 용량 (예를 들어, 500 nM, 200 nM, 50 nM, 20 nM, 및 5 nM)에 걸쳐, 서열식별번호: 1634는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 1347)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다.
도 32a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 32b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 197, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619를 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 32a 및 32b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 197)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1617, 서열식별번호: 1618, 및 서열식별번호: 1619)의 성능을 입증한다. 50 nM 또는 200 nM 용량에서, 서열식별번호: 1617은 스페이서를 갖지 않는 50 nM 또는 200 nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 197)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다. 50 nM 또는 200 nM 용량에서, 서열식별번호: 1618은 스페이서를 갖지 않는 50 nM 또는 200 nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 197)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다. 50 nM 또는 200 nM 용량에서, 서열식별번호: 1619는 스페이서를 갖지 않는 50 nM 또는 200 nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 197)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다.
도 33a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 33b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 서열식별번호: 1651, 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 33a 및 33b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 및 서열식별번호: 1651)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1620)의 성능을 입증한다. 50 nM 또는 200 nM 용량에서, 서열식별번호: 1620은 스페이서를 갖지 않는 50 nM 또는 200 nM 용량의 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 252, 서열식별번호: 1650, 서열식별번호: 1434, 및 서열식별번호: 1651)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 대등하거나 감소된 수준 및 대등하거나 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다.
도 34a는 TDP43 안티센스의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 도 34b는 TDP43 안티센스의 존재 하의 STMN2 전장 mRNA 수준, 및 서열식별번호: 1434 및 서열식별번호: 1620을 포함하는 STMN2 AON의 상이한 투여량에 걸친 전장 STMN2 전사체의 회복의 RT-qPCR 분석의 결과를 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 34a 및 34b는 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 1434)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1620)의 성능을 입증한다. 상이한 용량 (예를 들어, 500 nM, 200 nM, 50 nM, 20 nM, 및 5 nM)에 걸쳐, 서열식별번호: 1620은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (서열식별번호: 1434)과 비교하여 TDP43의 존재 하의 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 mRNA 수준의 감소된 수준 및 증가된 STMN2 전장 mRNA 수준을 달성한다.
도 35는 TDP43 안티센스로의 처리 및 서열식별번호: 144, 서열식별번호: 1589, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 1616, 서열식별번호: 237, 및 서열식별번호: 1591을 포함하는 500 nM STMN2 AON을 사용한 회복 후 정규화된 STMN2 단백질 수준을 보여주는 막대 그래프이다. 일반적으로, 도 35는 스페이서를 갖지 않는 그의 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 144, 서열식별번호: 173, 서열식별번호: 237)과 비교하여 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1589, 서열식별번호: 1616, 및 서열식별번호: 1591)의 성능을 입증한다. 일반적으로, 스페이서를 갖는 STMN2 AON은 그의 STMN2 AON 대응물과 비교하여 STMN2 단백질 수준의 대등한 수준을 달성할 수 있다. 구체적으로, 서열식별번호: 1589는 서열식별번호: 144와 비교하여 STMN2 단백질 수준의 대등한 수준을 달성한다. 서열식별번호: 1616은 서열식별번호: 173과 비교하여 STMN2 단백질 수준의 대등한 수준을 달성한다. 서열식별번호: 1591은 서열식별번호: 237과 비교하여 STMN2 단백질 수준의 대등한 수준을 달성한다.
표 30 및 31A-31C를 참조하면, 이는 인간 운동 뉴런에서 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 성능 (예를 들어, 표 30 및 표 31B-31C) 및 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON의 성능 (예를 들어, 표 31A)을 보여준다. 표 30 및 31A-31C에 제공된 STMN2 전장 전사체에 대한 RT-qPCR 결과는 방정식 ((RQASO-RQTDP43)/(Rqendo-RQTDP43))*100을 사용하여 정규화된 값이며, 여기서 RQ는 상기 기재된 상대량을 지칭한다. 표 30 및 31A-31C에 제공된 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체에 대한 RT-qPCR 결과는 방정식 (1-((RQASO-RQTDP43)/(RQendo-RQTDP43)))*100을 사용하여 정규화된 값이며, 여기서 RQ는 상기 기재된 상대량을 지칭한다. 각각의 RT-qPCR 실험을 삼중 웰로 실행하였고, N회의 독립적인 반복 실행을 수행하였다. 표준 편차 또는 SD는 각각의 실행 사이의 SD로서 계산된다. N=1인 경우, SD는 단일 실험에서 삼중 웰 결과 사이의 표준 편차로서 보고되었다. 특히, 표 30에 제시된 바와 같이, 200nM 용량의 서열식별번호: 1631 (2개의 스페이서를 갖는 GTCCTGCSATATGAASATAATTT)은 전장 STMN2 mRNA를 69%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 49%로 감소시켰다 (51%만큼 감소시킴).
추가적으로, 표 30에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 1633 (2개의 스페이서를 갖는 GTCTTCTSCCGAGTCSTGCAATA)은 전장 STMN2 mRNA를 83%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 10%로 감소시켰다 (90%만큼 감소시킴). 비교상, 표 31A에 제시된 바와 같이, 200nM 용량의 서열식별번호: 1347 (스페이서가 없는 GTCTTCTGCCGAGTCCTGCAATA)은 전장 STMN2 mRNA를 40.2%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 20.8%로 감소시켰다 (80.2%만큼 감소시킴). 이는 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 1347)과 비교하여 서열식별번호: 1633의 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
추가적으로, 표 30에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 1618 (2개의 스페이서를 갖는 CTTTCTCSCGAAGGTSTTCTGCC)은 전장 STMN2 mRNA를 82%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 11%로 감소시켰다 (89%만큼 감소시킴). 200 nM 용량의 서열식별번호: 1619 (2개의 스페이서를 갖는 TTTCTCTSGAAGGTCSTCTGCCG)는 전장 STMN2 mRNA를 80%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 12%로 감소시켰다 (88%만큼 감소시킴). 비교상, 표 31A에 제시된 바와 같이, 200nM 용량의 서열식별번호: 197 (스페이서가 없는 CCTTTCTCTCGAAGGTCTTCTGCCG)은 전장 STMN2 mRNA를 79.3%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 12.1%로 감소시켰다 (87.9%만큼 감소시킴). 여기서, 200 nM 용량에서, 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1618 및 서열식별번호: 1619)의 성능은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 197)과 대등하다. 특히, 50nM 용량에서, 2개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON (예를 들어, 서열식별번호: 1618 및 서열식별번호: 1619)의 성능은 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 197)과 비교하여 개선된다. 구체적으로, 50 nM 용량에서, 서열식별번호: 1618은 전장 STMN2 mRNA를 46%로 구제하였고, 서열식별번호: 1619는 전장 STMN2 mRNA를 42%로 구제한 반면, 서열식별번호: 197 (스페이서를 갖지 않음)은 전장 STMN2 mRNA를 26.7%로 구제하였다.
추가적으로, 표 30에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 1620 (2개의 스페이서를 갖는 TCTCTCGSACACACGSACACATG)은 전장 STMN2 mRNA를 103%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 1%로 감소시켰다 (99%만큼 감소시킴). 50 nM 용량의 서열식별번호: 1620은 전장 STMN2 mRNA를 74%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 5%로 감소시켰다 (95%만큼 감소시킴). 비교상, 표 31A에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량 및 50 nM 용량의 서열식별번호: 1434 (스페이서가 없는 TCTCTCGCACACACGCACACATG)는 전장 STMN2 mRNA를 각각 77.5% 및 16.6%로 구제하였고, 잠재 엑손을 갖는 STMN2 전사체 수준을 각각 2.7% (97.3%만큼 감소시킴) 및 18.3% (81.7%만큼 감소시킴)로 감소시켰다. 이는 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 STMN2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 1434)과 비교하여 서열식별번호: 1620의 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
추가의 STMN2 AON을 LNA 변형이 존재하도록 개발하고, STMN2 잠재 수준을 감소시키면서 STMN2 FL을 회복시키는 그의 능력에 대해 평가하였다. 하기 표 31D 및 31E는 평가 결과를 보여준다.
표 30: STMN2 AON (1, 2, 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 올리고뉴클레오티드)의 성능.
# 달리 나타내지 않는 한, 표 30에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체된다. *는 포스포디에스테르 연결의 존재를 나타낸다. 모든 다른 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다. S^는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (IIIa')의 스페이서를 나타낸다.
표 31A: STMN2 AON (스페이서를 갖지 않는 STMN2 올리고뉴클레오티드)의 성능.
# 달리 나타내지 않는 한, 표 31A에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체된다. *는 포스포디에스테르 연결의 존재를 나타낸다. 모든 다른 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
표 31B: 1, 2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 성능 (전장 (FL) STMN2의 회복에 의해 측정된 바와 같음).
# 달리 나타내지 않는 한, 표 31B에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체된다. "o"는 포스포디에스테르 연결의 존재를 나타낸다. 모든 다른 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
표 31C: 1, 2 또는 3개의 스페이서를 갖는 STMN2 AON의 성능 (STMN2 잠재 엑손의 감소에 의해 측정된 바와 같음).
# 달리 나타내지 않는 한, 표 31C에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체된다. "o"는 포스포디에스테르 연결의 존재를 나타낸다. 모든 다른 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
표 31D: LNA 변형을 갖는 STMN2 AON의 성능.
표 31E: LNA 변형을 갖는 STMN2 AON의 성능.
* 달리 나타내지 않는 한, 표 31D 및 31E에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드-대체 기이고, 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다. [LNA-X]는 상응하는 염기 X를 갖는 잠금 핵산을 지칭한다 (예를 들어, LNA-A는 아데닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-G는 구아닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-T는 티민 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-C는 5-메틸시토신 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭함).
실시예 8: KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 설계 및 선택
미스-스플라이싱된 KCNQ2 전사체의 양을 감소시킬 수 있는 KCNQ2 AON을 확인하기 위해 KCNQ2 전사체를 표적화하는 KCNQ2 AON을 설계하고 시험한다. 이러한 KCNQ2 AON은 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 또는 서열식별번호: 4402-4409 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 하위세트를 포함한다. KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드는 25개의 뉴클레오시드 길이이다. KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-MOE 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-MeC로 대체된다. 추가적으로, KCNQ2 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 사이의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다.
일반적으로, KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 길이는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 그러나, KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 변이체를 또한 다양한 길이로 설계하였다 (예를 들어, 23량체). 이들 변이체 KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 3046-3221 및 서열식별번호: 3398-3899의 서열의 하위세트를 포함하도록 설계하였다.
표 32: KCNQ2 AON (KCNQ2 모 올리고뉴클레오티드 및 2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드 포함)
* 달리 나타내지 않는 한, 표 32에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 9: KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
KCNQ2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 iPSC 유래 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 50,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. TDP43에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 형질감염시켜 엑손 5 함유 KCNQ2 전사체의 발현을 증가시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 운동 뉴런 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 TDP43 AON 단독 ("AON TDP43" 또는 "TDP43 AON")으로 처리된 세포를 포함하였다.
TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669)
여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
TDP-43 녹다운의 존재 하에 엑손 5 포함을 회복시키는 KCNQ2 AON 능력을 평가하기 위해, KCNQ2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 72시간 후, 신선한 배지로 대체하고, 72시간 후에 RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, 전사체 내의 KCNQ2 엑손 5 포함 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, KCNQ2 엑손 5 함유 전사체 또는 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. KCNQ2 엑손 5 함유 전사체를 검출하기 위해 엑손 접합부 5/6을 표적화하는 맞춤 써모피셔 택맨을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다.
엑손 5/6 프라이머:
정방향: 5' GGGAGAACGACCACTTTGA 3' (서열식별번호: 10652)
역방향: 3' GAAGAAGGAGACACCGATGAG 3' (서열식별번호: 10653)
프로브: 5' TAGCCAATGGTGGTCAGCGTGATC 3' (서열식별번호: 10654)
또한 KCNQ2 엑손 5 함유 전사체를 검출하기 위해 엑손 접합부 4/5를 표적화하는 맞춤 써모피셔 택맨을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다.
엑손 4/5 프라이머:
정방향: 5' GGATGATCCGCATGGAC 3' (서열식별번호: 10,821)
역방향: 3' CCTTCTCTGCCAAGTACAC 3' (서열식별번호: 10,822)
프로브: 5' AGGCCAGGATGAGACAAAGGAAGC 3' (서열식별번호: 10,823)
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
KCNQ2 엑손 5 포함 (Ct)을 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, KCNQ2 엑손 5 포함의 % 증가)를 가시화하기 위해, 정규화된 KCNQ2 엑손 5 포함 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량 (RQ)을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다.
KCNQ2 엑손 접합부 5/6 및 4/5에 대한 RQ 값을 하기 식을 사용하여 정규화하였다:
표 33A, 33B, 및 34는 인간 운동 뉴런에서 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON의 RT-qPCR 결과 및 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON의 성능을 보여준다. KCNQ2 AON (예를 들어, 스페이서를 갖지 않거나 또는 1 또는 2개의 스페이서를 갖는 KCNQ2 올리고뉴클레오티드)을 전장 KCNQ2 mRNA (즉, 전사체 내에 엑손 5를 포함하는 전장 KCNQ2가 번역되는 mRNA) 수준을 증가 또는 회복시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 일부 경우에, 스페이서를 갖는 KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 mRNA ("KCNQ2 FL")를 증가시켰다. 일부 경우에, 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON은 전장 KCNQ2 mRNA ("KCNQ2 FL")를 증가시켰다. 특정 AON 서열은 그의 상응하는 서열식별번호에 따라 라벨링된다.
표 33A에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3621 (스페이서가 없는 GGCCAGGATGAGACAAAGGAAGC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -0.2490%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3621 (스페이서가 없는 GGCCAGGATGAGACAAAGGAAGC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 27.870%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4516 (2개의 스페이서를 갖는 GGCCAGGSTGAGACASAGGAAGC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 4.1655%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4516 (2개의 스페이서를 갖는 GGCCAGGSTGAGACASAGGAAGC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 59.333%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4516의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3621)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3564 (스페이서가 없는 AGACGGCACCACCATCATGACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -3.66%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3564 (스페이서가 없는 AGACGGCACCACCATCATGACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 16.627%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4515 (2개의 스페이서를 갖는 AGACGGCSCCACCATSATGACCAT)는 전장 KCNQ2 mRNA를 18.720%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4515 (2개의 스페이서를 갖는 AGACGGCSCCACCATSATGACCAT)는 전장 KCNQ2 mRNA를 26.191%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4515의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3564)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3534 (스페이서가 없는 CAGAAGCATCACCATCACCACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -4.824%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3534 (스페이서가 없는 CAGAAGCATCACCATCACCACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -4.822%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4510 (2개의 스페이서를 갖는 CAGAAGCSTCACCATSACCACCA)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -4.361%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4510 (2개의 스페이서를 갖는 CAGAAGCSTCACCATSACCACCA)은 전장 KCNQ2 mRNA를 31.426%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4510의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3534)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3536 (스페이서가 없는 ACCAGAAGCATCACCATCACCAC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -1.253%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3536 (스페이서가 없는 ACCAGAAGCATCACCATCACCAC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -4.846%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4511 (2개의 스페이서를 갖는 ACCAGAASCATCACCSTCACCAC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 11.898%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4511 (2개의 스페이서를 갖는 ACCAGAASCATCACCSTCACCAC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 27.103%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4511의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3536)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3535 (스페이서가 없는 CCAGAAGCATCACCATCACCACC)는 전장 KCNQ2 mRNA를 0.349%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3535 (스페이서가 없는 CCAGAAGCATCACCATCACCACC)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -2.195%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4512 (2개의 스페이서를 갖는 CCAGAAGSATCACCASCACCACC)는 전장 KCNQ2 mRNA를 12.326%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4512 (2개의 스페이서를 갖는 CCAGAAGSATCACCASCACCACC)는 전장 KCNQ2 mRNA를 18.047%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4512의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3535)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3491 (스페이서가 없는 TCAACACCATGACCACCATCACC)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -5.7868%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3491 (스페이서가 없는 TCAACACCATGACCACCATCACC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -0.189%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4508 (2개의 스페이서를 갖는 TCAACACSATGACCASCATCACC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 9.940%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4508 (2개의 스페이서를 갖는 TCAACACSATGACCASCATCACC)은 전장 KCNQ2 mRNA를 13.392%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4508의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3491)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33A에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3490 (스페이서가 없는 CAACACCATGACCACCATCACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -5.760%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3490 (스페이서가 없는 CAACACCATGACCACCATCACCA)은 전장 KCNQ2 mRNA를 2.607%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4509 (2개의 스페이서를 갖는 CAACACCSTGACCACSATCACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -3.772%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4509 (2개의 스페이서를 갖는 CAACACCSTGACCACSATCACCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 29.909%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4509의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3490)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33B에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3119 (스페이서가 없는 GCTCTTGAAGCAAACCCCAGGCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 1.091%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3119 (스페이서가 없는 GCTCTTGAAGCAAACCCCAGGCA)는 전장 KCNQ2 mRNA를 0.847%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4478 (2개의 스페이서를 갖는 GCTCTTGSAGCAAACSCCAGGCA)은 전장 KCNQ2 mRNA를 -5.0199%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4478 (2개의 스페이서를 갖는 GCTCTTGSAGCAAACSCCAGGCA)은 전장 KCNQ2 mRNA를 12.505%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4478의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3119)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
표 33B에 추가적으로 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3122 (스페이서가 없는 CTGACTCCATCCCTCCACCCAGG)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -3.1968%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 3122 (스페이서가 없는 CTGACTCCATCCCTCCACCCAGG)는 전장 KCNQ2 mRNA를 -2.600%로 구제하였다. 비교하여, 200nM 용량의 서열식별번호: 4480 (2개의 스페이서를 갖는 CTGACTCSATCCCTCSACCCAGG)은 전장 KCNQ2 mRNA를 0.28284%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 4480 (2개의 스페이서를 갖는 CTGACTCSATCCCTCSACCCAGG)은 전장 KCNQ2 mRNA를 10.232%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 4480의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 KCNQ2 AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 3122)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
전체적으로, 이들 결과는 2개의 스페이서를 포함하는 상이한 KCNQ2 AON이 KCNQ2-FL을 그의 비-스페이서 대응물에 근접하거나 대등한 수준으로 증가시킬 수 있음을 입증한다.
표 33A. 엑손 5 KCNQ2 AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 33A에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
표 33B. 추가의 KCNQ2 AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 33B에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
표 34. 추가의 KCNQ2 AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 34에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 10: UNC13A 올리고뉴클레오티드의 설계 및 선택
UNC13A 전사체 (예를 들어, 미스-스플라이싱된 UNC13A 전사체)의 양을 감소시킬 수 있는 UNC13A AON을 확인하기 위해 UNC13A 전사체를 표적화하는 UNC13A AON 올리고뉴클레오티드를 설계하고 시험한다. 이러한 UNC13A AON은 서열식별번호: 4531-5794 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 UNC13A 모 올리고뉴클레오티드 또는 서열식별번호: 7059-8322에 의해 나타내어지는 UNC13A 올리고뉴클레오티드 변이체를 포함한다. UNC13A 모 올리고뉴클레오티드는 25개의 뉴클레오시드 길이이다. UNC13A 모 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-MOE 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-MeC로 대체된다. 추가적으로, UNC13A 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 사이의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다.
일반적으로, UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드의 길이는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 그러나, UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드의 변이체를 또한 다양한 길이 (예를 들어, 23량체, 21량체, 또는 19량체)로 설계하였다. 이들 변이체 UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 7059-8322의 서열의 하위세트를 포함하도록 설계하였다.
표 35A: 예시적인 UNC13A AON (2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드를 포함함)
* 달리 나타내지 않는 한, 표 35A에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
화학식 (IIib')의 스페이서를 위한 스페이서 빌딩 블록을 합성하는 방법
여러 UNC13A AON을 본원에 개시된 바와 같이 화학식 (IIib')의 1개 이상의 스페이서와 함께 합성하였다. 스페이서 빌딩 블록을 생성하는 방법은 하기 기재된 5 단계 합성 방법을 수반하였다.
단계 1: 벤조일 보호
(2R,3R,4R,5R)-5-(2-아미노-6-옥소-1,6-디히드로-9H-퓨린-9-일)-2-((벤조일옥시)메틸)-4-(2-메톡시에톡시)테트라히드로푸란-3-일 벤조에이트 (2) & (2R,3R,4R,5R)-5-(2-벤즈아미도-6-옥소-1,6-디히드로-9H-퓨린-9-일)-2-((벤조일옥시)메틸)-4-(2-메톡시에톡시)테트라히드로푸란-3-일 벤조에이트 (2')
건조 피리딘 (300 mL) 중 2'-O-(2-메톡시에틸)-구아노신 (15.00 g, 42.6 mmol)의 용액에 실온에서 벤조산 무수물 (26.2 g, 114 mmol)에 이어서 4-디메틸아미노피리딘 (1.77 g, 14.2 mmol)을 첨가한 다음, 온도를 50℃로 상승시키고, 16시간 동안 교반되도록 하였다. LCMS는 출발 물질의 완전한 소모를 나타내었다. 이어서, 반응물을 물로 희석하고, 포화 수성 중탄산나트륨으로 켄칭하고, 에틸 아세테이트 (x3)로 추출하였다. 유기 층을 추가로 염수로 세척한 다음, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 진공 하에 농축시켰다. 조 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (디클로로메탄 중 0 - 15% 메탄올)에 의해 정제하여 화합물 B 및 화합물 B'의 대략 2:1 혼합물 (20.0 g)을 무색 오일로서 수득하였다. B에 대한 계산된 질량: C27H27N5O8 = 549.19; 실측치 = 550.3 (M+H)+. B'에 대한 계산된 질량: C34H31N5O9 = 653.21; 실측치 654.3 (M+H)+.
LCMS: CSH C18 AMB (3분): 화합물 B, RT = 1.33분, 화합물 B', RT = 1.48분.
단계 2: 환원성 핵염기 절단
((2R,3S,4S)-3-(벤조일옥시)-4-(2-메톡시에톡시) 테트라히드로푸란-2-일) 메틸 벤조에이트 (3)
아세토니트릴 (120 mL) 중 화합물 B & B' (20.0 g)의 혼합물에 트리에틸실란 (49.3 mL, 306 mmol)에 이어서 트리메틸실릴 트리플루오로메탄술포네이트 (37.3 mL, 204 mmol)를 실온에서 적가한 다음, 온도를 50℃로 상승시키고, 16시간 동안 교반되도록 하였다. 추가의 트리에틸실란 (28.9 mL, 179 mmol) 및 트리메틸실릴 트리플루오로메탄술포네이트 (21.8 mL, 119 mmol)를 첨가하고, 반응을 50℃에서 추가로 24시간 동안 계속하였다. LCMS는 출발 물질의 완전한 소모를 나타내었고, 따라서 반응물을 포화 수성 중탄산나트륨으로 켄칭한 다음, 디에틸 에테르 (x3)로 추출하였다. 유기 층을 합하고, 추가로 염수로 세척한 다음, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 진공 하에 농축시켰다. 조 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (헥산 중 0 - 50% 에틸 아세테이트)에 의해 정제하여 화합물 C (5.61 g, 33% 수율, 2 단계에 걸침)를 무색 오일로서 수득하였다. C22H24O7에 대한 계산된 질량 = 400.15; 실측치 = 401.3 (M+H)+.
1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 8.13 - 7.99 (m, 4H), 7.63 - 7.50 (m, 2H), 7.49 - 7.36 (m, 4H), 5.40 - 5.33 (m, 1H), 4.63 - 4.53 (m, 1H), 4.52 - 4.42 (m, 2H), 4.34 (q, J = 5.6 Hz, 1H), 4.24 (dd, J = 9.4, 5.7 Hz, 1H), 3.96 (dd, J = 9.4, 5.7 Hz, 1H), 3.69 - 3.63 (m, 2H), 3.45 - 3.39 (m, 2H), 3.23 (s, 3H). LCMS: CSH C18 AMB (3분): RT = 1.55분
단계 3: 비누화
(2R,3R,4S)-2-(히드록시메틸)-4-(2-메톡시에톡시) 테트라히드로푸란-3-올 (4)
테트라히드로푸란 (60 mL) 및 메탄올 (30 mL) 중 화합물 C (5.00 g, 12.5 mmol)의 용액에 메탄올 중 소듐 메톡시드의 25% 용액 (14.3 mL, 214 mmol)을 실온에서 첨가하고, 반응 혼합물을 실온에서 16시간 동안 교반하였다. LCMS 및 TLC는 출발 물질의 완전한 소모를 나타내었다. 이어서, 반응 혼합물을 진공 하에 농축시키고, 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (디클로로메탄 중 0% - 10% 메탄올)에 의해 정제하여 화합물 D (1.50 g, 62% 수율)를 무색 오일로서 수득하였다.
1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 4.08 - 4.00 (m, 2H), 3.94 (dd, J = 10.0, 5.1 Hz, 1H), 3.82 - 3.74 (m, 4H), 3.69 - 3.45 (m, 4H), 3.36 (s, 3H), 3.32 (s, 2H).
13C NMR (101 MHz, CDCl3): δ 83.84, 79.60, 71.93, 71.44, 70.67, 69.87, 62.56, 59.07.
단계 4: DMT-보호
(2R,3S,4S)-2-((비스(4-메톡시페닐) (페닐)메톡시) 메틸)-4-(2-히드록시에톡시) 테트라히드로푸란-3-올 (5)
2,6-루티딘 (20.0 mL) 중 화합물 D (1.00 g, 5.20 mmol) 및 4Å 분자체 (120 mg)의 현탁액에 4-디메틸아미노피리딘 (128 mg, 1.04 mmol)에 이어서 디클로로메탄 (10.0 mL) 중 4,4'-디메톡시트리틸 클로라이드 (3.60 g, 10.4 mmol)의 용액을 0℃에서 첨가한 다음, 온도를 실온으로 천천히 상승시키고, 16시간 동안 교반되도록 하였다. LCMS 및 TLC는 반응이 완결되었음을 나타내었고, 따라서 헥산 (10 mL) 및 메탄올 (10 mL)을 첨가하고, 혼합물을 진공 하에 농축시켰다. 이어서, 잔류물을 에틸 아세테이트 중에 용해시키고, 포화 수성 황산구리 (x2)에 이어서 염수로 세척한 다음, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 진공 하에 농축시켰다. 조 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (헥산 중 0 - 50% 에틸 아세테이트)에 의해 정제하여 화합물 E (1.85 g, 72% 수율)를 연황색 오일로서 수득하였다. C29H34O7에 대한 계산된 질량 = 494.23; 실측치 493.5 (M-H)-.
1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 7.47 - 7.40 (m, 2H), 7.37 - 7.30 (m, 3H), 7.30 - 7.22 (m, 3H), 7.21 - 7.13 (m, 1H), 6.81 (dd, J = 8.8, 1.7 Hz, 4H), 4.17 - 4.11 (m, 1H), 4.11 - 4.03 (m, 2H), 4.00 - 3.93 (m, 1H), 3.86 - 3.79 (m, 2H), 3.78 - 3.74 (m, 6H), 3.70 - 3.62 (m, 1H), 3.61 - 3.47 (m, 2H), 3.40 - 3.36 (m, 3H), 3.34 - 3.27 (m, 2H), 3.12 - 3.07 (m, 1H).
LCMS: CSH C18 AMB (7분) : RT = 3.28분
단계 5: 포스포르아미다이트 설치
(2R,3S,4S)-2-((비스(4-메톡시페닐) (페닐)메톡시) 메틸)-4-(2-메톡시에톡시) 테트라히드로푸란-3-일 (2-시아노에틸) 디이소프로필포스포르아미다이트
건조 디클로로메탄 (150 mL) 중 화합물 E (6.85 g, 13.9 mmol)의 현탁액에 N,N-디이소프로필에틸아민 (21.1 mL, 120 mmol)을 첨가하고, 생성된 용액을 질소 분위기 하에 0℃로 냉각시켰다. 이어서, 2-시아노에틸 N,N-디이소프로필클로로포스포르아미다이트 (6.18 mL, 27.7 mmol)를 적가하고, 생성된 용액을 실온에 도달하도록 하고, 16시간 동안 교반하였다. LCMS 및 TLC는 반응이 완결되었음을 나타내었다. 이어서, 반응 혼합물을 0℃로 냉각시키고, 디클로로메탄으로 희석하고, 차가운 포화 수성 중탄산나트륨에 이어서 염수로 세척한 다음, 황산나트륨 상에서 건조시키고, 진공 하에 농축시켰다. 이어서, 조 생성물을 실리카 겔 칼럼 크로마토그래피 (에틸 아세테이트 및 헥산 중 5% 트리에틸아민, 5 - 80%)에 의해 정제하여 동결건조 후에 화합물 F (6.35 g, 66% 수율)를 무색 오일 (P에서 부분입체이성질체의 혼합물)로서 수득하였다. C38H51N2O8P에 대한 계산된 질량 = 694.34; 실측치 = 695.6 (M+H)+.
실시예 11: UNC13a 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드를 iPSC 유래 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 50,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. TDP43에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 형질감염시켜 전장 UNC13a 전사체의 발현을 감소시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 운동 뉴런 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 TDP43 AON 단독 ("AON TDP43" 또는 "TDP43 AON")으로 처리된 세포를 포함하였다.
TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669), 여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
전장 UNC13A (UNC13A FL) mRNA (또한 정확하게 스플라이싱된 UNC13A (UNC13A CS) mRNA로도 지칭됨)를 회복시키는 UNC13a AON 능력을 평가하기 위해, UNC13A에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 72시간 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, UNC13A 전장 전사체 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, UNC13A 전장 전사체 또는 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔® 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. UNC13aFL 전사체를 검출하기 위해 써모피셔® 택맨 유전자 발현 검정 Hs00392638_m1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다.
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
UNC13A-FL (Ct)을 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, UNC13A-FL의 % 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 UNC13A-FL 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량 (RQ)을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다. UNC13A FL에 대한 RQ 값을 하기 식을 사용하여 정규화하였다:
(((RQAON - RQTDP43)/(RQendo-RQTDP43))*100
표 35B는 인간 운동 뉴런에서 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 RT-qPCR 결과 및 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON의 성능을 보여준다. UNC13A AON (예를 들어, 스페이서를 갖지 않거나 또는 1 또는 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드)을 전장 UNC13A mRNA (즉, 전장 UNC13A 단백질이 번역되는 mRNA) 수준을 증가 또는 회복시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 일부 경우에, 스페이서를 갖는 UNC13A AON은, 또한 본원에서 정확하게 스플라이싱된 UNC13A (UNC13A CS)로도 지칭되는, 전장 UNC13A mRNA ("UNC13A FL")를 증가시켰다. 일부 경우에, 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON은 전장 UNC13A mRNA 또는 정확하게 스플라이싱된 UNC13A mRNA를 증가시켰다. 특정 AON 서열은 그의 상응하는 서열식별번호에 따라 라벨링된다.
표 35B에 제시된 바와 같이, 500 nM 용량의 서열식별번호: 9683 (2개의 스페이서를 갖는 ACACAAASGGCCCAASCCTGAGT)은 전장 UNC13A mRNA를 55.690%로 구제하였다. 비교하여, 500 nM 용량의 서열식별번호: 7318 (스페이서가 없는ACACAAACGGCCCAATCCTGAGT)은 전장 UNC13A mRNA를 41.869%로 구제하였다. 이는 서열식별번호: 9683의 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 7318)과 비교하여 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
추가적으로 표 35B에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9689 (2개의 스페이서를 갖는 GATCCGCSACTTAATSCACCTAC)는 전장 UNC13A mRNA를 55.876%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 9689 (2개의 스페이서를 갖는 GATCCGCSACTTAATSCACCTAC)는 전장 UNC13A mRNA를 66.616%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8077 (스페이서가 없는 GATCCGCAACTTAATCCACCTAC)은 전장 UNC13A mRNA를 43.878%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 8077 (스페이서가 없는 GATCCGCAACTTAATCCACCTAC)은 전장 UNC13A mRNA를 66.9823%로 구제하였다. 이는 200 nM 및 500 nM 용량에서, 서열식별번호: 9689 (스페이서를 가짐)를 갖는 AON의 성능이 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 8077)의 성능과 유사하다는 것을 나타낸다.
추가적으로 표 35B에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9692 (2개의 스페이서를 갖는 CACCCACSCATCTAASTACCCCA)는 전장 UNC13A mRNA를 47.943%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 9692 (2개의 스페이서를 갖는 CACCCACSCATCTAASTACCCCA)는 전장 UNC13A mRNA를 83.190%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8182 (스페이서가 없는 CACCCACCCATCTAACTACCCCA)는 전장 UNC13A mRNA를 47.681%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 8182 (스페이서가 없는 CACCCACCCATCTAACTACCCCA)는 전장 UNC13A mRNA를 41.1564%로 구제하였다. 이는 200 nM 용량에서, 서열식별번호: 9692 (스페이서를 가짐)의 성능이 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 8182)의 성능과 유사하다는 것을 나타낸다. 그러나, 500 nM 용량에서, 서열식별번호: 9692의 스페이서의 부가는 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 8182)과 비교하여 성능을 개선시킨다.
추가적으로 표 35B에 제시된 바와 같이, 500 nM 용량의 서열식별번호: 9691 (2개의 스페이서를 갖는 CCCACCCSTCTAACTSCCCCAAA)은 전장 UNC13A mRNA를 43.097%로 구제하였다. 비교하여, 500 nM 용량의 서열식별번호: 8180 (스페이서가 없는 CCCACCCATCTAACTACCCCAAA)은 전장 UNC13A mRNA를 23.368%로 구제하였다. 이는 500 nM 용량에서, 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 8180)과 비교하여 서열식별번호: 9691을 갖는 AON의 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
추가적으로 표 35B에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9694 (2개의 스페이서를 갖는 AAGTGTCSTGGAGAGSGCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 35.388%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 9694 (2개의 스페이서를 갖는 AAGTGTCSTGGAGAGSGCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 6.602%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8304 (스페이서가 없는 AAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 19.044%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 8304 (스페이서가 없는 AAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 -34.581%로 구제하였다. 이는 200 nM 및 500 nM 용량에서, 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 8304)과 비교하여 서열식별번호: 9694를 갖는 AON의 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
추가적으로 표 35B에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9672 (2개의 스페이서를 갖는 GAAAGTGTSATGGAGAGTSCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 67.769%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 9672 (2개의 스페이서를 갖는 GAAAGTGTSATGGAGAGTSCAAGGG)는 전장 UNC13A mRNA를 84.785%로 구제하였다. 비교하여, 200 nM 용량의 서열식별번호: 5778 (스페이서가 없는 GAAAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)은 전장 UNC13A mRNA를 22.475%로 구제하였다. 500 nM 용량의 서열식별번호: 5778 (스페이서가 없는 GAAAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)은 전장 UNC13A mRNA를 24.836%로 구제하였다. 이는 200 nM 및 500 nM 용량에서, 스페이서의 부가가 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON 대응물 (예를 들어, 서열식별번호: 5778)과 비교하여 서열식별번호: 9672를 갖는 AON의 성능을 개선시킨다는 것을 나타낸다.
종합하면, 이들 결과는 2개의 스페이서를 포함하는 상이한 UNC13A AON이 UNC13A-FL mRNA를 그의 비-스페이서 대응물과 대등하거나 그를 넘어 개선된 수준으로 증가시킬 수 있음을 입증한다.
표 35B: UNC13A FL을 회복시키는 것에 대한 UNC13A AON (스페이서를 갖지 않거나 또는 1 또는 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드)의 성능.
* 달리 나타내지 않는 한, 표 35B에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 12: UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드를 iPSC 유래 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 40,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. TDP43에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 형질감염시켜 전장 UNC13A 전사체의 발현을 감소시키고 UNC13A 잠재 엑손의 발현을 증가시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 운동 뉴런 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 TDP43 AON 단독 ("AON TDP43" 또는 "TDP43 AON")으로 처리된 세포를 포함하였다.
TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669), 여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시키는 UNC13A AON 능력을 평가하기 위해, UNC13A에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지 단독으로 대체하였다. 추가 6일 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, UNC13A 잠재 엑손 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, UNC13A 잠재 엑손 및 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔® 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. UNC13a 잠재 엑손을 맞춤 서열을 사용하여 검출하였다.
UNC13a 잠재 엑손:
정방향 프라이머: ATTGTTCTGCACGTCGGT (서열식별번호: 10780)
역방향 프라이머: GTCTGGGTATGTCTCTTCCAG (서열식별번호: 10781)
프로브 서열: AGTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCA (서열식별번호: 10782)
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
UNC13A-잠재 (Ct)를 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, UNC13A-잠재의 % 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 UNC13A-잠재 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량 (RQ)을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다. UNC13A 잠재에 대한 RQ 값을 하기 식을 사용하여 정규화하였다:
(((RQAON - RQendo)/(RQTDP43- RQendo))*100
표 36은 인간 운동 뉴런에서 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 RT-qPCR 결과 및 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON의 성능을 보여준다.
표 36에 제시된 바와 같이, UNC13A AON (예를 들어, 스페이서를 갖지 않거나 또는 1 또는 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드)을 잠재 엑손을 갖는 UNC13A 전사체를 감소시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 일부 경우에, 스페이서를 갖는 UNC13A AON은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시켰다. 일부 경우에, 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시켰다. 특정 AON 서열은 그의 상응하는 서열식별번호에 따라 라벨링된다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4803 (스페이서가 없는 GAGACATACCCAGACACAAACGGCC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 4.4%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 4803 (스페이서가 없는 GAGACATACCCAGACACAAACGGCC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 20.3%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 7361 (스페이서가 없는 GTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 5.1%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 7361 (스페이서가 없는 GTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 26.0%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9686 (2개의 스페이서를 갖는 GTTCTTTSCAGGAAASCCAGGCA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 6.6%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9686 (2개의 스페이서를 갖는 GTTCTTTSCAGGAAASCCAGGCA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 41.2%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9670 (2개의 스페이서를 갖는 GCAGCTGGSAGAGACATASCCAGAC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 8.3%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9670 (2개의 스페이서를 갖는 GCAGCTGGSAGAGACATASCCAGAC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 31.0%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4833 (스페이서가 없는 GTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 8.8%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 4833 (스페이서가 없는 GTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 35.4%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9655 (2개의 스페이서를 갖는 GCAGCTSGAAGAGACATASCCAGAC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 11.8%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9655 (2개의 스페이서를 갖는 GCAGCTSGAAGAGACATASCCAGAC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 30.6%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4813 (스페이서가 없는 GCAGCTGGAAGAGACATACCCAGAC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 13.8%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 4813 (스페이서가 없는 GCAGCTGGAAGAGACATACCCAGAC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 66.0%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 7360 (스페이서가 없는 TTCTTTCCAGGAAACCCAGGCAG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 15.2%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 7360 (스페이서가 없는 TTCTTTCCAGGAAACCCAGGCAG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 34.4%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8115 (스페이서가 없는 ACATCCATCCATCCATCCATTCA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 15.8%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 8115 (스페이서가 없는 ACATCCATCCATCCATCCATTCA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 45.4%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9685 (2개의 스페이서를 갖는 TCTTTCCSGGAAACCSAGGCAGC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 18.2%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9685 (2개의 스페이서를 갖는 TCTTTCCSGGAAACCSAGGCAGC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 41.9%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9687 (2개의 스페이서를 갖는 TTCTTTCSAGGAAACSCAGGCAG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 20.1%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9687 (2개의 스페이서를 갖는 TTCTTTCSAGGAAACSCAGGCAG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 42.8%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 5589 (스페이서가 없는 ACACATCCATCCATCCATCCATTCA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 23.1%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 5589 (스페이서가 없는 ACACATCCATCCATCCATCCATTCA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 50.2%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 7359 (스페이서가 없는 TCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 25%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 7359 (스페이서가 없는 TCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 40.6%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4799 (스페이서가 없는 CATACCCAGACACAAACGGCCCAAT)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 27.2%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 4799 (스페이서가 없는 CATACCCAGACACAAACGGCCCAAT)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 43.4%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 5672 (스페이서가 없는 CTCTTTTATCCATCCACACACCCAC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 34.4%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 5672 (스페이서가 없는 CTCTTTTATCCATCCACACACCCAC)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 64.3%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8200 (스페이서가 없는 CTCTTTTATCCATCCACACACCC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 40.5%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 8200 (스페이서가 없는 CTCTTTTATCCATCCACACACCC)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 82.2%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 4831 (스페이서가 없는 TCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGCTG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 41.6%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 4831 (스페이서가 없는 TCTTTCCAGGAAACCCAGGCAGCTG)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 54.2%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 9695 (2개의 스페이서를 갖는 GAAAGTGSCATGGAGSGTGCAAG)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 42.0%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 9695 (2개의 스페이서를 갖는 GAAAGTGSCATGGAGSGTGCAAG)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 54.0%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 10670 (2개의 스페이서를 갖는 ATCTACSCTTTTATCCATSCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 44.5%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 10670 (2개의 스페이서를 갖는 ATCTACSCTTTTATCCATSCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 45.5%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 5677 (스페이서가 없는 ATCTACTCTTTTATCCATCCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 46.4%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 5677 (스페이서가 없는 ATCTACTCTTTTATCCATCCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 69.7%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 8177 (스페이서가 없는 ACACATCCATCCATCCATCCATT)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 47.8%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 10671 (2개의 스페이서를 갖는 CTACTCTSTTATCCASCCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 48.1%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 10671 (2개의 스페이서를 갖는 CTACTCTSTTATCCASCCACACA)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 76.5%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 10672 (2개의 스페이서를 갖는 ATCTACTCSTTTATCCATSCACACA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 48.2%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 10672 (2개의 스페이서를 갖는 ATCTACTCSTTTATCCATSCACACA)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 62.8%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 10673 (2개의 스페이서를 갖는 CTTTCAGSAATTCAASCACACAT)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 49.6%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 10673 (2개의 스페이서를 갖는 CTTTCAGSAATTCAASCACACAT)은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 70.9%로 감소시켰다.
표 36에 제시된 바와 같이, 200 nM 용량의 서열식별번호: 3774 (스페이서가 없는 AAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 49.8%로 감소시켰다. 50 nM 용량의 서열식별번호: 3774 (스페이서가 없는 AAGTGTCATGGAGAGTGCAAGGG)는 UNC13A 잠재 엑손 수준을 67.0%로 감소시켰다.
표 36. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 예시적인 UNC13A AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 36에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 13: UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
UNC13A 안티센스 올리고뉴클레오티드를 iPSC 유래 인간 운동 뉴런 (hMN)에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 40,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. TDP43에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 형질감염시켜 전장 UNC13A 전사체의 발현을 감소시키고 UNC13A 잠재 엑손의 발현을 증가시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 운동 뉴런 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 TDP43 AON 단독 ("AON TDP43" 또는 "TDP43 AON")으로 처리된 세포를 포함하였다.
TDP43 AON은 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*A*G*G*C*T*T*C*A*T*A*T*T*G*T*A*C*T*T*T 3' (서열식별번호: 1669), 여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시키는 UNC13A AON 능력을 평가하기 위해, UNC13A에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지 단독으로 대체하였다. 추가 6일 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, UNC13A 잠재 엑손 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, UNC13A 잠재 엑손 및 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔® 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. UNC13a 잠재 엑손을 맞춤 서열을 사용하여 검출하였다.
UNC13a 잠재 엑손:
정방향 프라이머: ATTGTTCTGCACGTCGGT (서열식별번호: 10780)
역방향 프라이머: GTCTGGGTATGTCTCTTCCAG (서열식별번호: 10781)
프로브 서열: AGTTCTTTCCAGGAAACCCAGGCA (서열식별번호: 10782)
UNC13A 정확하게 스플라이싱된 (CS) 엑손 접합부 20/21 수준을 감소시키는 UNC13A AON 능력을 평가하기 위해, UNC13A에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터 중 TDP43 AON과 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지 단독으로 대체하였다. 추가 6일 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, UNC13A CS 엑손 20/21 접합부 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, UNC13A 엑손 접합부 20/21 및 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔® 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. UNC13a 엑손 20/21 접합부를 택맨 유전자 발현 검정 Hs01000584_m1을 사용하여 검출하였다.
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
UNC13A-잠재 (Ct)를 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, UNC13A-잠재의 % 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 UNC13A-잠재 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량 (RQ)을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다. UNC13A 잠재에 대한 RQ 값을 하기 식을 사용하여 정규화하였다:
(((RQAON - RQendo)/(RQTDP43- RQendo))*100
표 37은 인간 운동 뉴런에서 스페이서를 갖는 UNC13A AON의 RT-qPCR 결과 및 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON의 성능을 보여준다.
표 37A 및 37B에 제시된 바와 같이, UNC13A AON (예를 들어, 스페이서를 갖지 않거나 또는 1 또는 2개의 스페이서를 갖는 UNC13A 올리고뉴클레오티드)을 잠재 엑손을 갖는 UNC13A 전사체를 감소시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. 일부 경우에, 스페이서를 갖는 UNC13A AON은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시켰다. 일부 경우에, 스페이서를 갖지 않는 UNC13A AON은 UNC13A 잠재 엑손 수준을 감소시켰다. 특정 AON 서열은 그의 상응하는 서열식별번호에 따라 라벨링된다.
정확하게 스플라이싱된 UNC13A (Ct)를 또한 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, 정확하게 스플라이싱된 UNC13A의 % 증가)를 가시화하기 위해, 정규화된 정확하게 스플라이싱된 UNC13A 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다.
전사체 수준의 상대량 (RQ)을 방정식 RQ=2^(-델타델타Ct)를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다. UNC13A 교정된 스플라이싱에 대한 RQ 값을 하기 식을 사용하여 정규화하였다:
(((RQAON - RQTDP43)/(RQendo-RQTDP43))*100
표 37A. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 예시적인 UNC13A AON
* 달리 나타내지 않는 한, 표 37A에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S, S1, 또는 S# 중 임의의 것에 의해 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다. S1은 화학식 (IIIa')의 스페이서를 나타내고; S#은 화학식 (IIib')의 스페이서를 나타낸다. [LNA-X]는 상응하는 염기 X를 갖는 잠금 핵산을 지칭한다 (예를 들어, LNA-A는 아데닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-G는 구아닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-T는 티민 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-C는 5-메틸시토신 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭함).
표 37B. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 예시적인 UNC13A AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 37B에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S, S1, 또는 S# 중 임의의 것에 의해 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다. S1은 화학식 (IIIa')의 스페이서를 나타내고; S#은 화학식 (IIib')의 스페이서를 나타낸다. [LNA-X]는 상응하는 염기 X를 갖는 잠금 핵산을 지칭한다 (예를 들어, LNA-A는 아데닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-G는 구아닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-T는 티민 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-C는 5-메틸시토신 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭함).
실시예 14: SMN2 올리고뉴클레오티드의 설계 및 선택
미스-스플라이싱된 SMN2 전사체의 양을 감소시킬 수 있는 SMN2 AON을 확인하기 위해 SMN2 전사체를 표적화하는 SMN2 AON 올리고뉴클레오티드를 설계하고 시험한다. 이러한 SMN2 AON은 서열식별번호: 9710-10141 중 임의의 것에 의해 나타내어지는 SMN2 올리고뉴클레오티드 변이체의 하위세트를 포함한다. SMN2 모 올리고뉴클레오티드는 25개의 뉴클레오시드 길이이다. SMN2 모 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-MOE 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-MeC로 대체된다. 추가적으로, SMN2 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오시드 사이의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다.
일반적으로, SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 길이는 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이이다. 그러나, SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 변이체를 또한 다양한 길이로 설계하였다 (예를 들어, 23량체). 이들 변이체 SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 예는 서열식별번호: 9710-10141의 서열의 하위세트를 포함하도록 설계하였다.
표 38: SMN2 AON (SMN2 모 올리고뉴클레오티드 및 2개의 스페이서를 갖는 SMN2 올리고뉴클레오티드 포함)
* 달리 나타내지 않는 한, 표 38에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 15: SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 SMA 환자 (NIGMS 인간 유전 세포 저장소, 코리엘 인스티튜트(Coriell Institute), 뉴저지주 캠던)로부터의 1차 인간 섬유모세포에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 20,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 섬유모세포 내로 형질감염시켜 전장 SMN2 전사체의 발현을 증가시키고 델타7 변이체의 발현을 감소시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 세포 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 AON 대조군 단독으로 처리된 세포를 포함하였다.
AON 대조군은 스플라이스 스위칭 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' A*T*T*C*A*C*T*T*T*C*A*T*A*A*T*G*C*T*G*G 3' (서열식별번호: 9697)
여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
SMN2-FL을 회복시키고 델타7 전사체를 감소시키는 SMN2 AON 능력을 평가하기 위해, SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터와 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 72시간 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, SMN2 전장 전사체, SMN2 델타7 전사체 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, SMN2 전장 전사체 또는 TDP43 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. SMN2 전사체를 검출하기 위해 하기 서열을 갖는 맞춤 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다:
SMN2-FL:
정방향 프라이머: 5' GCTCACATTCCTTAAATTAAGGAGAAA 3' (서열식별번호: 10810)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
SMN2 델타7:
정방향 프라이머: 5' TGGCTATCATACTGGCTATTATATGGAA 3' (서열식별번호: 10813)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
SMN2-FL 및 SMN2 델타7 (Ct)을 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, SMN2-FL의 % 증가, SMN2 델타7의 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 SMN2-FL 및 SMN2 델타7 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다.
표 39. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 SMN2 AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 39에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 16: SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 SMA 환자 (NIGMS 인간 유전 세포 저장소, 코리엘 인스티튜트, 뉴저지주 캠던)로부터의 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 40,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 운동 뉴런 내로 형질감염시켜 전장 SMN2 전사체의 발현을 증가시키고 델타7 변이체의 발현을 감소시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 세포 처리로 이루어졌다. 양성 대조군은 AON 대조군 단독으로 처리된 세포를 포함하였다.
AON 대조군은 스플라이스 스위칭 올리고뉴클레오티드이고, 하기 서열 및 화학을 갖는다:
5' T*C*A*C*T*T*T*C*A*T*A*A*T*G*C*T*G*G* 3' (서열식별번호: 10809)
여기서 * = 포스포로티오에이트, 밑줄표시 = DNA, 다른 것=2'-MOE RNA; 각각의 "C"는 5-MeC이다.
SMN2-FL을 회복시키고 델타7 전사체를 감소시키는 SMN2 AON 능력을 평가하기 위해, SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터와 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 6일 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, SMN2 전장 전사체, SMN2 델타7 전사체 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, SMN2 전장 전사체 또는 SMN2 델타7 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. SMN2 전사체를 검출하기 위해 하기 서열을 갖는 맞춤 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다:
SMN2-FL:
정방향 프라이머: 5' GCTCACATTCCTTAAATTAAGGAGAAA 3' (서열식별번호: 10810)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
SMN2 델타7:
정방향 프라이머: 5' TGGCTATCATACTGGCTATTATATGGAA 3' (서열식별번호: 10813)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다. 전사체 수준의 상대량 (RQ)을 표에 나타낸다.
SMN2-FL 및 SMN2 델타7 (Ct)을 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, SMN2-FL의 % 증가, SMN2 델타7의 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 SMN2-FL 및 SMN2 델타7 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다.
표 40. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 SMN2 AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 40에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다.
실시예 17: 잠금 핵산을 갖는 SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드의 평가 방법
SMN2 안티센스 올리고뉴클레오티드를 SMA 환자 (NIGMS 인간 유전 세포 저장소, 코리엘 인스티튜트, 뉴저지주 캠던)로부터의 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가하였다. 세포를 96-웰 플레이트에 40,000개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드 (AON)를 엔도포터 (진 툴스, 미국 오레곤주 필로매스)로 운동 뉴런 내로 형질감염시켜 전장 SMN2 전사체의 발현을 증가시키고 델타7 변이체의 발현을 감소시켰다. 비히클 대조군은 엔도포터 단독에 의한 세포 처리로 이루어졌다.
SMN2-FL을 회복시키고 델타7 전사체를 감소시키는 SMN2 AON 능력을 평가하기 위해, SMN2에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 세포에 첨가하기 전에 배지에서 엔도포터와 공동-인큐베이션하였다. 72시간 후, 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 엔도포터를 세척해내고, 신선한 배지로 대체하였다. 추가 6일 후, RT-qPCR을 위해 96-웰 플레이트로부터 RNA를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 생성하고, SMN2 전장 전사체, SMN2 델타7 전사체 및 참조 GAPDH 정량화를 위해 택맨 프로브를 사용하여 멀티플렉스화 RT-qPCR 검정을 수행하였다.
전사체 수준 (예를 들어, SMN2 전장 전사체 또는 SMN2 델타7 전사체)을 택맨을 사용하여 RT-qPCR에 의해 검출하였다. 구체적으로, GAPDH를 검출하기 위해 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정 Hs03929097_g1을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다. SMN2 전사체를 검출하기 위해 하기 서열을 갖는 맞춤 써모피셔 택맨 유전자 발현 검정을 사용하여 RT-qPCR을 수행하였다:
SMN2-FL:
정방향 프라이머: 5' GCTCACATTCCTTAAATTAAGGAGAAA 3' (서열식별번호: 10810)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
SMN2 델타7:
정방향 프라이머: 5' TGGCTATCATACTGGCTATTATATGGAA 3' (서열식별번호: 10813)
역방향 프라이머: 5' TCCAGATCTGTCTGATCGTTTCTT 3' (서열식별번호: 10811)
프로브 서열: 5' CTGGCATAGAGCAGCACTAAATGACACCAC 3' (서열식별번호: 10812)
RT-qPCR은 어플라이드 바이오시스템즈® 7500 실시간 PCR 시스템 상에서 수행하였다. 1 사이클의 역전사를 50℃의 온도에서 5분 동안 수행하였다. 1 사이클의 RT 불활성화/초기 변성을 95℃의 온도에서 20초 동안 수행하였다. 45 사이클의 증폭을 95℃의 온도에서 1초 동안, 이어서 60℃에서 20초 동안 수행하였다.
SMN2-FL 및 SMN2 델타7 (Ct)을 GAPDH (델타Ct)에 대해 정규화하였다. 정량적 변화 (예를 들어, SMN2-FL의 % 증가, SMN2 델타7의 감소)를 가시화하기 위해, 정규화된 SMN2-FL 및 SMN2 델타7 신호를 비히클 (엔도포터 단독으로 처리됨, 델타델타Ct)에 대해 추가로 정규화하였다. 전사체 수준의 상대량을 방정식 RQ=2-델타델타Ct를 사용하여 계산하였고, 이를 사용하여 정상, 건강한 수준 (1.0)에 대한 치료 조건 비교를 기재한다.
표 41. 인간 유래 iPSC 운동 뉴런에서 평가된 SMN2 LNA AON의 성능
* 달리 나타내지 않는 한, 표 37에 제시된 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE) 당 모이어티를 갖는 변형된 뉴클레오시드이고, 각각의 "C"는 5-메틸시토신 (5-MeC)으로 대체되고, 모든 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. S로 표시된 바와 같은 스페이서는 뉴클레오시드가 아니다. S는 본원에 개시된 바와 같은 화학식 (Iia')의 스페이서를 나타낸다. [LNA-X]는 상응하는 염기 X를 갖는 잠금 핵산을 지칭한다 (예를 들어, LNA-A는 아데닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-G는 구아닌 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-T는 티민 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭하고, LNA-C는 5-메틸시토신 핵염기를 갖는 잠금 핵산을 지칭함).
서열목록 전자파일 첨부
Claims (233)
- 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 여기서 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하는 것인 화합물.
- 제1항에 있어서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- 제1항에 있어서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하는 것인 화합물.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- 제1항, 제2항 및 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하는 것인 화합물.
- 제6항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- 스페이서를 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- 제8항에 있어서, 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 제8항에 있어서, TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 제8항 또는 제9항에 있어서, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 제8항, 제9항 및 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 올리고뉴클레오티드.
- STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하는 것인 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- 제13항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 올리고뉴클레오티드.
- 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 추가로 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 화합물.
- TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 화합물.
- 제16항에 있어서, 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- 제16항 또는 제18항에 있어서, 변형된 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 변형된 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드를 포함하는 화합물로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 화합물.
- 제20항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 화합물.
- 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- TDP-43에 의해 조절되는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- 제23항에 있어서, STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 제22항 또는 제24항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 올리고뉴클레오티드.
- STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- 제26항에 있어서, 변형된 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 것인 올리고뉴클레오티드.
- 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드로서, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결인 스플라이스-스위칭 올리고뉴클레오티드.
- 제28항에 있어서, 스페이서를 추가로 포함하는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 10, 9 또는 8개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 모든 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제30항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 95% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 100% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 11개의 연결된 뉴클레오시드 또는 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제39항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 85% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제39항 또는 제40항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 최대 6, 5, 4, 3, 또는 2개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나의 동등한 길이 부분과 적어도 90% 동일성을 공유하는 서열을 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 또는 적어도 25개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제42항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 19개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서가 뉴클레오티드 염기에 연결될 수 없는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 10 및 15 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 7 및 11 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 14 및 22 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제47항에 있어서, 스페이서 및 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제47항 또는 제48항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 7 및 9 사이에 위치하고, 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 15 및 18 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 8에 위치하고, 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 16에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제47항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 21 및 24 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 2 및 5 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제52항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8 및 12 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제53항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 18 및 22 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서 및 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 3개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖도록 올리고뉴클레오티드 내의 위치에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제55항에 있어서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개가 구아닌 핵염기에 인접한 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제56항에 있어서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개의 각각이 구아닌 핵염기에 바로 선행하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이고, 여기서 비-당 치환물은 케톤, 알데히드, 케탈, 헤미케탈, 아세탈, 헤미아세탈, 아미날 또는 헤미아미날 모이어티를 함유하지 않고, 뉴클레오티드 염기와 공유 결합을 형성할 수 없는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (X)에 의해 나타내어지고, 여기서:
고리 A는 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기 또는 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이고, 여기서 헤테로시클릴 기는 O, S 및 N으로부터 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자를 함유하며, 단 A는 핵염기에 대해 공유 결합을 형성할 수 없고; 기호는 뉴클레오시드간 연결에 대한 이음 지점을 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제59항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Xa)에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제59항 또는 제60항에 있어서, 고리 A가 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸 및 시클로옥틸로부터 선택된 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기; 또는 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 1,4-디옥사닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 모르폴리닐 및 아제파닐로부터 선택된 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기인 화합물 또는 뉴클레오티드.
- 제61항에 있어서, 고리 A가 테트라히드로푸라닐인 화합물 또는 뉴클레오티드.
- 제61항에 있어서, 고리 A가 테트라히드로피라닐인 화합물 또는 뉴클레오티드.
- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 I에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 I'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Ia)에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Ia')에 의해 나타내어지고, 여기서:
n은 0, 1, 2 또는 3인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 II에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 II'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Iia)에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Iia')에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIi)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIi')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIib)에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIib')에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 III에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 III'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드. - 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIIa)에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제44항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIIa')에 의해 나타내어지는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드:
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- 제1항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 잠금 핵산 (LNA)을 추가로 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제80항에 있어서, 잠금 핵산 (LNA)이 올리고뉴클레오티드의 위치 4, 7, 9, 12, 15 또는 20 중 1개에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 10%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 20%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 25%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 30%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 40%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제86항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 50%의 GC 함량을 갖는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 12 내지 40개의 올리고뉴클레오티드 단위 길이인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결이 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 1개 이상의 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제90항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 오직 1개의 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 및 위치 4 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제93항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제94항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 추가로 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제94항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 포함하며, 여기서 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제97항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제93항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제100항에 있어서, 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제100항 또는 제101항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 포함하고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제102항에 있어서, 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기가 적어도 2개의 염기를 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기가 적어도 5개의 염기를 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제104항 또는 제105항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 여기서 소정의 범위의 염기가 적어도 2개의 스페이서 사이에 위치하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 1개 이상의 뉴클레오시드간 연결이 변형된 뉴클레오시드간 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제107항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 변형된 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제107항 또는 제108항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제108항에 있어서, 포스포로티오에이트 연결이 Rp 배위 또는 Sp 배위 중 하나로 존재하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 1개의 변형된 당 모이어티를 포함하는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제111항에 있어서, 변형된 당 모이어티가 2'-OMe 변형된 당 모이어티, 비시클릭 당 모이어티, 2'-O-(2-메톡시에틸) (2'-MOE), 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 구속성 에틸 2'-4'-가교 핵산 (cEt), S-cEt, tcDNA, 헥시톨 핵산 (HNA), 및 트리시클릭 유사체 (예를 들어, tcDNA) 중 하나인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 단백질의 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 증가를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제113항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 단백질의 적어도 100% 증가를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 단백질의 적어도 200% 증가를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 단백질의 적어도 300% 증가를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제116항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 단백질의 적어도 400% 증가를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제113항 내지 제117항 중 어느 한 항에 있어서, 전장 단백질의 증가가 TDP43 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여 달성된 전장 단백질의 감소된 수준과 비교하여 측정된 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제118항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 전장 단백질의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 구제를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제119항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 미스-스플라이싱된 전사체의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 감소를 나타내는 것인 화합물 또는 올리고뉴클레오티드.
- 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 방법으로서, 상기 환자에게 제1항 내지 제120항 중 어느 한 항의 화합물 또는 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함하는 방법.
- 제121항에 있어서, 신경계 질환이 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 치매 동반 파킨슨병, 루이 소체 치매, 시뉴클레인병증, 헌팅톤병, 상완 신경총 손상, 말초 신경 손상, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 결절성 경화증 복합증, 픽병, 타우병증, 원발성 연령-관련 타우병증, 다운 증후군, 간질/발작 장애, 우울증, 외상성 뇌 손상 (TBI), 만성 외상성 뇌병증 (CTE), HIV-연관 신경인지 장애 (HAND), 다계통 위축, 기억상실 경도 인지 장애, 피질기저 변성 (CBD) 및/또는 신경병증 예컨대 화학요법 유발 신경병증, 척수소뇌성 운동실조 (SCA), SCA 유형 2, 척수성 근육 위축 (SMA), 파킨슨증, 니만-픽병 유형 C (NPC), 샤르코-마리-투스병 (CMT), 뮤코폴리사카라이드증 유형 II (MPSIIA), 점액지질증 IV, GM1 강글리오시드증, 산발성 봉입체 근염 (sIBM), 헤노흐-쉔라인 자반증 (HSP), 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 고셔병, 및 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, 페리병, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증으로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 ALS인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 FTD인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 FTD 동반 ALS인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 AD인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 PD인 방법.
- 제122항에 있어서, 신경계 질환이 척수성 근육 위축 (SMA)인 방법.
- 제121항에 있어서, 신경병증이 화학요법 유발 신경병증인 방법.
- 뉴런의 축삭 생장 및/또는 재생을 회복시키는 방법으로서, 뉴런을 제1항 내지 제120항 중 어느 한 항의 화합물 또는 올리고뉴클레오티드에 노출시키는 것을 포함하는 방법.
- 뉴런에서 STMN2, KCNQ2, UNC13A 또는 SMN2 발현 및/또는 기능 중 어느 하나를 증가, 촉진, 안정화 또는 유지시키는 방법으로서, 세포를 제1항 내지 제120항 중 어느 한 항의 화합물 또는 올리고뉴클레오티드에 노출시키는 것을 포함하는 방법.
- 제130항 또는 제131항에 있어서, 뉴런이 운동 뉴런인 방법.
- 제130항 또는 제131항에 있어서, 뉴런이 척수 뉴런인 방법.
- 제130항 내지 제133항 중 어느 한 항에 있어서, 뉴런이 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자의 뉴런인 방법.
- 제134항에 있어서, 신경병증이 화학요법 유발 신경병증인 방법.
- 제130항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 노출시키는 것이 생체내 또는 생체외에서 수행되는 것인 방법.
- 제130항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 노출시키는 것이 올리고뉴클레오티드를 그를 필요로 하는 환자에게 투여하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제130항 내지 제137항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 국소로, 비경구로, 척수강내로, 시상내로, 수조내로, 경구로, 직장으로, 협측으로, 설하로, 질로, 경폐로, 기관내로, 비강내로, 경피로, 십이지장내로 또는 뇌실내로 투여되는 것인 방법.
- 제138항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 경구로 투여되는 것인 방법.
- 제130항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 유효량의 올리고뉴클레오티드가 척수강내로, 시상내로, 뇌실내로 또는 수조내로 투여되는 것인 방법.
- 제130항 내지 제140항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 인간인 방법.
- 제1항 내지 제120항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 제약 조성물.
- 제142항에 있어서, 국소, 척수강내, 시상내, 수조내, 뇌실내, 비경구, 경구, 폐, 기관내, 비강내, 경피, 직장, 협측, 설하, 질, 또는 십이지장내 투여에 적합한 제약 조성물.
- 신경계 질환 또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 또는 신경병증을 치료하는 방법으로서, 신경계 질환 또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 제142항 또는 제143항의 제약 조성물을 투여하는 것을 포함하는 방법.
- 제144항에 있어서, 신경계 질환이 근위축성 측삭 경화증 (ALS), 전두측두엽 치매 (FTD), FTD 동반 ALS, 알츠하이머병 (AD), 파킨슨병 (PD), 치매 동반 파킨슨병, 루이 소체 치매, 시뉴클레인병증, 헌팅톤병, 상완 신경총 손상, 말초 신경 손상, 진행성 핵상 마비 (PSP), 뇌 외상, 척수 손상, 결절성 경화증 복합증, 픽병, 타우병증, 원발성 연령-관련 타우병증, 다운 증후군, 간질/발작 장애, 우울증, 외상성 뇌 손상 (TBI), 만성 외상성 뇌병증 (CTE), HIV-연관 신경인지 장애 (HAND), 다계통 위축, 기억상실 경도 인지 장애, 피질기저 변성 (CBD) 및/또는 신경병증 예컨대 화학요법 유발 신경병증, 척수소뇌성 운동실조 (SCA), SCA 유형 2, 척수성 근육 위축 (SMA), 파킨슨증, 니만-픽병 유형 C (NPC), 샤르코-마리-투스병 (CMT), 뮤코폴리사카라이드증 유형 II (MPSIIA), 점액지질증 IV, GM1 강글리오시드증, 산발성 봉입체 근염 (sIBM), 헤노흐-쉔라인 자반증 (HSP), 변연-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증 (LATE)), 경화증 동반 뇌 연령-관련 TDP-43 (CARTS), 고셔병, 및 안면 발병 감각 및 운동 뉴런병증, 괌 파킨슨-치매 복합증, 다계통 단백질병증, 페리병, 및 시냅스 질환 예컨대 자폐증으로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 ALS인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 FTD인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 FTD 동반 ALS인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 AD인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 PD인 방법.
- 제145항에 있어서, 신경계 질환이 척수성 근육 위축 (SMA)인 방법.
- 제144항에 있어서, 신경병증이 화학요법 유발 신경병증인 방법.
- 제144항 내지 제152항 중 어느 한 항에 있어서, 제약 조성물이 국소로, 비경구로, 경구로, 경폐로, 직장으로, 협측으로, 설하로, 질로, 기관내로, 비강내로, 수조내로, 척수강내로, 시상내로, 경피로, 십이지장내로 또는 뇌실내로 투여되는 것인 방법.
- 제144항 내지 제152항 중 어느 한 항에 있어서, 제약 조성물이 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여되는 것인 방법.
- 제144항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 치료 유효량의 올리고뉴클레오티드가 척수강내로, 시상내로 또는 수조내로 투여되는 것인 방법.
- 제144항 내지 제155항 중 어느 한 항에 있어서, 환자가 인간인 방법.
- 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 미스-스플라이싱이 신경계 질환으로 이어지는 전사체 또는 스플라이싱이 신경계 질환을 치료하도록 조정될 수 있는 전사체로부터의 서열의 동등한 길이 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 중 어느 하나의 전사체로부터의 서열에 대해 적어도 85% 상보적인 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 신경계 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 신경계 질환을 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 서열식별번호: 9596-9603, 서열식별번호: 9710-10141, 서열식별번호: 10574-10651, 서열식별번호: 10670-10779, 서열식별번호: 10783-10808, 및 서열식별번호: 10814-10820 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 ALS를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 알츠하이머병 (AD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 AD를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 전두측두엽 치매 (FTD)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 전두측두엽 치매 (FTD) 동반 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 FTD 동반 ALS를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게, 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖는 절편을 포함하고 서열식별번호: 1-466, 서열식별번호: 893-1338, 서열식별번호: 1342-1366, 서열식별번호: 1392-1664, 또는 서열식별번호: 10655-10669, 서열식별번호: 1676-1851, 서열식별번호: 2028-2529, 서열식별번호: 3046-3221, 서열식별번호: 3398-3899, 및 서열식별번호: 4402-4530, 또는 서열식별번호: 4531-5794, 서열식별번호: 7059-8322, 또는 서열식별번호: 9596-9603 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 공유하는 올리고뉴클레오티드 또는 그의 제약상 허용되는 염을 투여하는 것을 포함하며;
여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드 연결은 독립적으로 포스포디에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결, 알킬 포스페이트 연결, 포스포로디티오에이트 연결, 포스포트리에스테르 연결, 알킬포스포네이트 연결, 3-메톡시프로필 포스포네이트 연결, 메틸포스포네이트 연결, 아미노알킬포스포트리에스테르 연결, 알킬렌 포스포네이트 연결, 포스피네이트 연결, 포스포르아미데이트 연결, 포스포르아미도티오에이트 연결, 티오포스포로디아미데이트 연결, 포스포로디아미데이트 연결, 아미노알킬포스포르아미데이트 연결, 티오포스포르아미데이트 연결, 티오노알킬포스포네이트 연결, 티오노알킬포스포트리에스테르 연결, 티오포스페이트 연결, 셀레노포스페이트 연결, 및 보라노포스페이트 연결로 이루어진 군으로부터 선택되고/거나,
여기서 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드는 2'-O-(2-메톡시에틸) 뉴클레오시드, 2'-O-메틸 뉴클레오시드, 2'-O-(N-메틸아세트아미드) 뉴클레오시드, 2'-데옥시-2'-플루오로 뉴클레오시드, 2'-플루오로-β-D-아라비노뉴클레오시드, 잠금 핵산 (LNA), 트리시클릭 핵산, 구속성 메톡시에틸 (cMOE), 구속성 에틸 (cET), 및 펩티드 핵산 (PNA)으로 이루어진 군으로부터 선택된 성분으로 치환되고,
임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 추가로 포함하는 것인 방법. - 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 방법.
- 제164항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 또는 위치 4의 염기를 연결하는 오직 1개의 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 위치 3 및 위치 4 둘 다의 염기를 연결하는 뉴클레오시드 연결이 포스포디에스테르 연결인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제167항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된 것인 방법.
- 제168항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 추가로 연결된 것인 방법.
- 제168항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 포함하며, 여기서 제2 스페이서에 바로 선행하는 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 더 선행하는 염기에 연결된 것인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제171항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 염기만이 포스포디에스테르 결합을 통해 스페이서에 연결된 것인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 2개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 올리고뉴클레오티드 내의 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제174항에 있어서, 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제174항 또는 제175항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 포함하고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결되고, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개 이상의 염기는 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제176항에 있어서, 제2 스페이서에 바로 선행하는 1개의 염기 및 제2 스페이서에 바로 후속하는 1개의 염기가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 것인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기가 적어도 2개의 염기를 포함하는 것인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 포스포디에스테르 결합을 통해 연결된 소정의 범위의 염기를 포함하고, 소정의 범위의 염기가 적어도 5개의 염기를 포함하는 것인 방법.
- 제178항 또는 제179항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 2개 이상의 스페이서를 포함하고, 여기서 소정의 범위의 염기가 적어도 2개의 스페이서 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제164항 내지 제180항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 19량체, 21량체, 23량체, 또는 25량체 중 어느 하나인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 (즉, 1개 이상의) 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 방법.
- 제157항 내지 제163항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 모든 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 방법.
- 서열식별번호: 1339 또는 서열식별번호: 1341, 서열식별번호: 3032-3043, 서열식별번호: 9587-9595 또는 서열식별번호: 9698-9707 중 어느 하나의 동등한 길이 부분, 그와 90% 동일성을 갖는 서열, 또는 그의 15 내지 50개의 인접 핵염기 부분에 대해 적어도 85% 상보적인 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제로서, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 면역-매개 탈수초성 질환의 세포 또는 인간 환자에서 기능적 단백질의 번역이 가능한 STMN2, KCNQ2, UNC13A, 또는 SMN2 mRNA 중 1개 이상의 발현을 증가, 회복 또는 안정화시킬 수 있고, 여기서 발현 및/또는 활성 및/또는 기능의 증가, 회복 또는 안정화의 수준은 면역-매개 탈수초성 질환의 치료를 위한 의약으로서 올리고뉴클레오티드의 사용을 충분하게 하는 것인 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 부형제.
- 제1항 내지 제184항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 1개 이상의 키랄 중심 및/또는 이중 결합을 포함하는 것인 방법, 제약 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제185항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 기하 이성질체, 거울상이성질체, 및 부분입체이성질체로부터 선택된 입체이성질체로서 존재하는 것인 방법, 제약 조성물, 또는 올리고뉴클레오티드.
- 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 방법으로서, 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 제142항 또는 제143항의 제약 조성물을 제2 치료제와 조합하여 투여하는 것을 포함하는 방법.
- 제187항에 있어서, 제2 치료제가 상기 신경계 질환을 치료하기 위한 릴루졸 (릴루텍), 프라임C, 에다라본 (라디카바), 리바스티그민, 도네페질, 갈란타민, 선택적 세로토닌 재흡수 억제제, 항정신병제, 콜린에스테라제 억제제, 메만틴, 벤조디아제핀 항불안 약물, AMX0035 (엘리브리오), 질루코플란 (RA101495), 프리도피딘, 이중 AON 척수강내 투여 (예를 들어, BIIB067, BIIB078, 및 BIIB105), BIIB100, 레보도파/카르비도파, 도파민성 작용제 (예를 들어, 로피니롤, 프라미펙솔, 로티고틴), 메드록시프로스테론, KCNQ2/KCNQ3 개방제 (예를 들어, 레티가빈, XEN1101, 또는 QRL-101), 생물활성 스캐폴드, 항경련제 및 정신자극제, 요법 (예를 들어, 호흡 관리, 물리 요법, 작업 요법, 언어 요법, 영양 지원으로부터 선택됨), 심부 뇌 자극, 레보도파 및 카르비도파 (듀오파, 라이타리, 시네메트, 인브리자), 이스트라데필린 (노우리안즈), 사피나미드 (크사다고), 프라미펙솔 (미라펙스), 로티고틴 (뉴프로), 로피니롤 (레큅), 아만타딘 (고코브리, 시메트렐, 오스몰렉스), 벤즈트로핀 (코젠틴), 트리헥시페니딜 (아르탄), 셀레길린 (엘데프릴, 젤라파르), 라사길린, 엔타카폰 (콤탄), 오피카폰 (온겐티스), 톨카폰 (타스마르), 아포모르핀 (아포킨, 킨모비), 엑세나티드, 링지, BIIB054, BIIB094, 카페인, 사리조탄, 배아 도파민 세포 이식, 아두카나맙 (아두흘렘), 메만틴 (나멘다), 도네페질 (아리셉트), 리바스티그민 (엑셀론), 갈란타민 (라자다인), 남제릭, 수보렉산트 (벨솜라), 레카네맙, 올란자핀 (지프렉사), 퀘티아핀 (세로쿠엘), SSRI (시탈로프람 (시프라밀), 다폭세틴 (프릴리기), 에스시탈로프람 (시프랄렉스), 플루옥세틴 (프로작 또는 옥삭틴), 플루복사민 (파베린), 파록세틴 (세록사트), 세르트랄린 (루스트랄), 보르티옥세틴 (브린텔릭스)), 디발프로엑스 소듐 (데파코트), 카르바마제핀 (테그레톨), 메드록시프로게스트론, 브리바라세탐 (브리박트), 칸나비디올 (에피디올렉스), 카르바마제핀 (카르바트롤, 테그레톨), 세노바메이트 (엑스코프리), 디아제팜 (발리움), 로라제팜 (아티반), 클로나제팜 (클로노핀), 에슬리카르바제핀 (압티옴), 에토숙시미드 (자론틴), 펠바메이트 (펠바톨), 펜플루라민 (핀테플라), 라코사미드 (빔파트), 라모트리진 (라믹탈), 레베티라세탐 (케프라), 옥스카르바제핀 (옥스텔라 xr, 트리렙탈), 페람파넬 (피콤파), 페노바르비탈, 페니토인 (딜란틴), 프레가발린 (리리카), 티아가빈 (가비트릴), 토피라메이트 (토파맥스), 발프로에이트 (데파켄, 데파코트), 및/또는 조니사미드 (조네그란)로부터 선택된 것인 방법.
- 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에서 신경계 질환 및/또는 신경병증을 치료하는 방법으로서, 신경계 질환 및/또는 신경병증의 치료를 필요로 하는 환자에게 치료 유효량의 제142항 또는 제143항의 제약 조성물을 투여하는 것을 포함하고, 여기서 올리고뉴클레오티드의 적어도 1개의 뉴클레오시드 연결은 비-천연 연결이고, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 스페이서를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 콜레스테롤, 리포산, 판토텐산, 폴리에틸렌 글리콜, 및 혈액 뇌 장벽을 가로지르는 항체로부터 선택된 표적화 또는 접합체 모이어티를 추가로 포함하는 것인 방법.
- 제121항 내지 제141항, 제144항 내지 제183항 및 제185항 내지 제189항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서가 뉴클레오티드 염기에 연결될 수 없는 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기인 방법.
- 제190항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 10 및 15 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제190항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 7 및 11 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제190항 또는 제192항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 14 및 22 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제193항에 있어서, 스페이서 및 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드에서 적어도 5개의 핵염기, 적어도 6개의 핵염기, 또는 적어도 7개의 핵염기만큼 분리된 것인 방법.
- 제193항 또는 제194항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 7 및 9 사이에 위치하고, 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 15 및 18 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제193항 내지 제195항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 8에 위치하고, 제2 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 16에 위치하는 것인 방법.
- 제193항 내지 제196항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 21 및 24 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제190항에 있어서, 스페이서가 올리고뉴클레오티드의 위치 2 및 5 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제198항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제2 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 8 및 12 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제199항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 제3 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 위치 18 및 22 사이에 위치하는 것인 방법.
- 제190항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 제2 스페이서 및 제3 스페이서를 추가로 포함하고, 여기서 3개의 스페이서는 올리고뉴클레오티드의 각각의 절편이 최대 7개의 연결된 뉴클레오시드를 갖도록 올리고뉴클레오티드 내의 위치에 위치하는 것인 방법.
- 제201항에 있어서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개가 구아닌 핵염기에 인접한 것인 방법.
- 제202항에 있어서, 3개의 스페이서 중 적어도 2개의 각각이 구아닌 핵염기에 바로 선행하는 것인 방법.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 비-당 치환물을 포함하는 뉴클레오시드-대체 기이고, 여기서 비-당 치환물은 케톤, 알데히드, 케탈, 헤미케탈, 아세탈, 헤미아세탈, 아미날 또는 헤미아미날 모이어티를 함유하지 않고, 뉴클레오티드 염기와 공유 결합을 형성할 수 없는 것인 방법.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (X)에 의해 나타내어지고, 여기서:
고리 A는 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기 또는 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기이고, 여기서 헤테로시클릴 기는 O, S 및 N으로부터 선택된 1 또는 2개의 헤테로원자를 함유하며, 단 A는 핵염기에 대해 공유 결합을 형성할 수 없고;
기호는 뉴클레오시드간 연결에 대한 이음 지점을 나타내는 것인 방법.
- 제205항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Xa)에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제205항 또는 제206항에 있어서, 고리 A가 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로헥실, 시클로헵틸 및 시클로옥틸로부터 선택된 임의로 치환된 4-8원 모노시클릭 시클로알킬 기; 또는 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 1,4-디옥사닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 모르폴리닐 및 아제파닐로부터 선택된 4-8원 모노시클릭 헤테로시클릴 기인 방법.
- 제207항에 있어서, 고리 A가 테트라히드로푸라닐인 방법.
- 제207항에 있어서, 고리 A가 테트라히드로피라닐인 방법.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (I)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택되고;
n은 0, 1, 2 또는 3인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (I')에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Ia)에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Ia')에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 II에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 II'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIa)에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (Iia')에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIi)에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIi')에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIib)에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIib')에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 III에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 III'에 의해 나타내어지고, 여기서:
X는 -CH2- 및 -O-로부터 선택된 것인 방법. - 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIIa)에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제203항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 제1, 제2 또는 제3 스페이서가 독립적으로 화학식 (IIIa')에 의해 나타내어지는 것인 방법:
.
- 제190항 내지 제225항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 10%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 제190항 내지 제226항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 20%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 제190항 내지 제227항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 25%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 제190항 내지 제228항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 30%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 제190항 내지 제229항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 40%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 제190항 내지 제230항 중 어느 한 항에 있어서, 스페이서를 포함하는 올리고뉴클레오티드가 적어도 50%의 GC 함량을 갖는 것인 방법.
- 스페이서를 갖는 AON을 합성하는 방법으로서,
화학식에 의해 나타내어지는 화합물 A를 수득하는 단계;
화합물 A의 벤조일 보호 반응을 수행하여 화학식에 의해 나타내어지는 화합물 B를 생성하는 단계;
화합물 B의 환원성 핵염기 절단을 수행하여 화학식에 의해 나타내어지는 화합물 C를 생성하는 단계;
화합물 C의 비누화 반응을 수행하여 화학식에 의해 나타내어지는 화합물 D를 생성하는 단계;
화합물 D의 보호 반응을 수행하여 화학식에 의해 나타내어지는 화합물 E를 생성하는 단계; 및
화합물 E의 포스포르아미다이트 설치 반응을 수행하여 화학식에 의해 나타내어지는 화합물 F를 생성하는 단계
를 포함하는 방법. - 화학식를 갖는 화합물 F를 포함하는 조성물.
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PA0105 | International application |
Patent event date: 20240628 Patent event code: PA01051R01D Comment text: International Patent Application |
|
| PG1501 | Laying open of application |