KR20200138334A - 펩티드-MHC comPACT - Google Patents
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Abstract
Description
도 1은 대표적인 comPACT 미니-유전자의 설계를 나타낸다. SS는 임의적인 신호 서열을 지칭하며; US1은 제1 범용 표적 부위를 지칭하고; 신생항원은 항원 펩티드 서열 부위를 지칭하며; US2는 제2 범용 표적 부위를 지칭하고; L1은 임의적인 제1 링커 서열을 지칭하며; β2M은 β-2-마이크로글로불린 도메인 서열을 지칭하고; L2는 임의적인 제2 링커 서열을 지칭하며; MHC 중쇄는 MHC 중쇄 대립유전자를 지칭하고; L3는 임의적인 제3 링커 서열을 지칭하며; 정제 클러스터는 비오티닐화 서열, 프로테아제 절단 부위 및 친화성 태그 서열을 포함하는 임의적인 정제 클러스터를 지칭한다.
도 2는 선택된 MHC 대립유전자와 복합체화되는 항원 펩티드 리간드의 라이브러리를 빠르게 구성하기 위한 대표적인 모듈형 오프-더-쉘프 플랫폼(off-the-shelf platform)의 도식을 나타낸다.
도 3은 MHC 주형 중 견본 삽입물을 선택된 네오에피토프 서열로 대체하기 위한 대표적인 제한 분해 클로닝 반응의 도식이다. 견본 삽입물 (밑줄, 볼드체)은 상이한 프레임의 4개 정지 코돈 및 절단되지 않거나 재-라이게이션된 주형의 파괴를 위한 고유 제한 부위를 포함한다. 삽입물 양측상의 제한 부위를 박스 내에 나타내었다.
도 4는 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 대표적인 제한 분해 클로닝 반응의 도식이다. 네오에피토프 서열 (밑줄, 볼드체)은 2개의 상이한 제한 부위 (박스로 표시)가 플랭킹하는 프라이머로서 합성된다. 3' 제한 부위의 역상보체 서열 e를 포함하는 범용 프라이머가 PCR 반응에 사용됨으로써, 네오에피토프 서열의 이중 가닥 프라이머 이량체가 형성된다. 네오에피토프 및 MHC 주형 벡터 둘 다의 제한 분해는 선택된 네오에피토프 서열을 MHC 주형 서열에 삽입하는 라이게이션 반응을 가능하게 한다. 라이게이션 반응물은 이. 콜리로 형질전환되며, 형질전환된 이. 콜리로부터 제조되는 플라스미드는 포유동물 제조자 세포 형질감염 반응에 사용된다.
도 5는 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 제한 분해 클로닝 반응의 대표적인 대안적 형태의 도식이다. 5' 및 3' 제한 부위의 일부를 포함하는 2종의 상보성 NeoE-코딩 프라이머가 합성된다. 이들 프라이머는 어닐링되어, 제한 분해로부터의 오버행을 모방한다. 다음에, 사전절단된 벡터 (결정적으로 그의 오버행 말단에 5' 포스페이트를 보유함)가 어닐링된 NeoE 삽입물과 라이게이션되며, 라이게이션 생성물은 플라스미드 제조를 위해 이. 콜리로 형질전환된다.
도 6은 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 대표적인 PCR-기반 방법의 도식이다. 2종의 상보성 NeoE-코딩 프라이머가 합성되는데, MHC 주형 중 제2 범용 부위용 3' 서열을 갖는 순방향 프라이머(forward primer); 그리고 MHC 주형 중 제1 범용 부위의 상보성 서열용인 3' 서열을 갖는 역방향 프라이머(reverse primer)이다. 이들 프라이머는 제1 범용 서열 부위를 갖는 MHC 주형의 5' 단편, 그리고 제2 범용 부위 및 comPACT 미니-유전자의 나머지를 갖는 제2의 MHC 주형 단편과 혼합된다. 첫 번째 PCR 증폭 주기는 하류의 네오에피토프와 함께 제1 범용 부위 영역을 코딩하는 1종의 단편, 그리고 네오에피토프에 이어지는 comPACT 유전자의 나머지를 코딩하는 다른 종인 2종의 뉴클레오티드 단편을 생성시킨다. 고유 네오에피토프 서열에서 중복되는 이들 2종의 단편은 이후 조립되어, 전체 조립체가 증폭된 후, 형질감염용으로 세척된다.
도 7은 comPACT 유전자 (Neo12)로 형질감염된 포유동물 세포 30 mL에서의 7일 시간 경과 동안의 총 단백질 발현, 그리고 His-태그를 검출하는 NTA-HRP 시약을 사용한 웨스턴 블럿을 나타낸다.
도 8은 Neo12 comPACT 단백질의 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피 정제의 젤을 나타낸다. Pre는 조 용해물을 나타내며, FT는 유통을 나타내고, W는 세척을 나타내며, E는 용리를 나타낸다.
도 9는 정제된 Neo12 단백질의 크기 배제 크로마토그래피 스펙트럼을 나타낸다. 주 피크는 Neo12 단백질이며, 부 피크는 비오티닐화 단계 동안 첨가된 ATP이다.
도 10은 0.7의 세포 배양 부피를 사용한, 도 8에 나타낸 것과 유사한 정제 실험을 나타낸다.
도 11은 각각 상이한 항원 서열을 가지는, 8종의 상이한 NeoE comPACT 단백질의 조 단백질 및 정제된 단백질을 나타낸다.
도 12는 도 11의 8종 NeoE comPACT 단백질의 크기 배제 크로마토그래피 스펙트럼을 나타낸다.
도 13a는 플라스미드로부터 제조된 NeoE comPACT 단백질 (플라스미드)에 비교하여, 도 6에 기술된 PCR 조립 방법을 사용하여 제조된 NeoE comPACT 단백질 (선형 앰플리콘)을 나타낸다. 도 13b는 PCR 조립 방법에 의해 제조된 선형 앰플리콘의 DNA 젤을 나타낸다. 각 레인은 상이한 네오에피토프 서열을 포함하는 comPACT 미니-유전자를 함유하고 있다.
도 14는 comPACT 단백질의 완전한 비오티닐화에 대해 시험하기 위한 스트렙타비딘 비드 풀다운(pulldown) 검정을 나타낸다.
도 15는 스트렙타비딘-HRP를 사용한 웨스턴 블럿을 통해 가시화된 조 세포 용해물에서의 상이한 comPACT 단백질들의 비오티닐화를 나타낸다.
도 16a-c는 이. 콜리에서의 BirA 효소 (16b 및 16c) 및 TEV 프로테아제 (16a)의 제조 및 정제를 나타낸다.
도 17은 BirA를 사용한 comPACT 단백질의 비오티닐화 (레인 2) 및 TEV 프로테아제를 사용한 His6 태그의 절단 (레인 3)을 나타낸다. 미처리 comPACT 단백질은 레인 1에 나타내었다.
도 18은 V5 발현을 기준으로 한 BirA 및 V5로 형질도입된 세포들의 세포 분류를 나타낸다.
도 19는 다량체화된 comPACT 단백질을 사용한 T 세포의 항원-특이적 포획을 나타낸다.
도 20은 S88C β2M comPACT 단백질을 사용한 comPACT NTAmer 제조를 나타낸다.
도 21은 S88C comPACT 단백질 단량체에의 Cy5의 커플링을 나타낸다.
도 22a는 comPACT 폴리뉴클레오티드를 제조하기 위한 클로닝 전략의 대표적인 도식을 나타낸다. 도 22b는 824종 개별 comPACT 폴리뉴클레오티드들로부터 수득된 서열 검증 통계를 제공한다.
도 23은 대표적인 comPACT 단백질 선택을 위한 단백질 발현 및 정제를 나타낸다.
도 24는 comPACT 폴리뉴클레오티드 및 단백질을 제조하기 위한 작업 단계의 대표적인 도식을 제공한다.
도 25는 BirA를 사용한 EBV 및 MART-1 comPACT 단백질의 비오티닐화를 나타낸다.
도 26a-b는 comPACT HLA 레퍼토리 크기에 대비한 미국에서의 상부 HLA I 대립유전자에 의해 포괄되는 환자의 %를 나타낸다.
도 27a-c는 대표적인 comPACT 단백질의 선택을 위한 comPACT 단백질 단분산, 수율 및 발현을 나타낸다.
도 28a-c는 Cy5 및 His 태그를 사용하여 변형된 neo12 comPACT 분자가 neo12 TCR 편집된 T 세포에 결합한다는 것을 나타낸다.
도 29a-d는 Neo12 NTAmer가 항원 특이적인 방식으로 T 세포에 결합한다는 것, 그리고 이미다졸의 존재가 NTAmer 결합을 방해한다는 것을 나타낸다.
도 30a-d는 MART-1 NTAmer가 항원 특이적인 방식으로 T 세포에 결합한다는 것을 나타낸다.
도 31a-c는 F5 TCR 편집된 T 세포가 이미다졸에 의한 NTAmer 붕괴 후 빠른 Cy5 신호 붕괴를 나타낸다는 것을 나타낸다.
Claims (183)
- 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) 베타 2 마이크로글로불린 (β2M) 서열, 및 (v) 다중 조직적합성 복합체 (MHC) 대립유전자 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 분자.
- 제1항에 있어서, 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열, (vii) 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 태그 서열, (viii) 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (ix) 서열식별번호: 35에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드.
- 제1항에 있어서, 항원 펩티드가 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드가 신생항원인 폴리뉴클레오티드.
- 제4항에 있어서, 신생항원이 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제5항에 있어서, 분석이 인실리코 예측 알고리즘을 사용하여 수행되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제6항에 있어서, 예측 알고리즘이 추가로 신생항원과 MHC 대립유전자 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자가 포유동물 MHC 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자가 인간 MHC 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제8항에 있어서, MHC 대립유전자가 클래스 I HLA 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 대립유전자를 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 대상체의 HLA 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 대립유전자가 포유동물 β2M 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제15항에 있어서, β2M 대립유전자가 인간 β2M 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
- 제16항에 있어서, β2M 대립유전자가 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 길이가 20-70개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 20-45개 사이, 30-45개 사이, 40-70개 사이 또는 45-70개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 길이가 20-30개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 범용 표적 서열이 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 프라이머 표적 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 범용 표적 서열이 제한 효소 절단 부위를 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 추가로 신호 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제30항에 있어서, 신호 서열이 인간 성장 호르몬 신호 서열, hIG1 카파 경쇄 신호 서열, 베타 2 마이크로글로불린 신호 서열 또는 IL2 신호 서열을 포함하는 신호 서열을 코딩하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제31항에 있어서, 신호 서열이 서열식별번호: 1, 24, 26 또는 28에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제30항에 있어서, 신호 서열이 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 서열을 코딩하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제33항에 있어서, 신호 서열이 서열식별번호: 1에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제30항에 있어서, 신호 서열이 길이가 40-90, 40-60, 45-70, 50-80, 60-90, 55-70, 60-80 또는 70-90개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제36항에 있어서, 제1 및 제2 친화성 태그가 AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제36항에 있어서, 제1 친화성 태그가 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 태그가 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제36항에 있어서, 프로테아제 절단 부위 서열이 TEV 절단 부위 서열, 트롬빈 절단 부위 서열, 인자 Xa 절단 부위 서열, 엔테로펩티다제 절단 부위 서열 및 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위 서열로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제39항에 있어서, 프로테아제 절단 부위 서열이 서열식별번호: 31에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제39항에 있어서, 제1 친화성 태그 서열이 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하고, 프로테아제 절단 부위가 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하고, 제2 친화성 태그가 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 추가로 제1 링커 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제42항에 있어서, 제1 링커 서열이 서열식별번호: 10, 14, 16 또는 18에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리뉴클레오티드.
- 제44항에 있어서, 제2 링커 서열이 서열식별번호: 10 또는 20에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리뉴클레오티드.
- 제46항에 있어서, 제3 링커 서열이 서열식별번호: 12 또는 22에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 5' 말단이 추가로 제1 범용 표적의 5' 말단에 연결된 프로모터 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제48항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV, EF1α 및 SV40 프로모터로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제48항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV 프로모터 서열인 폴리뉴클레오티드.
- 제50항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV 프로모터 서열인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 추가로 폴리A 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제52항에 있어서, 폴리A 서열이 bGH 폴리A 서열, SV40 폴리A 서열, hGH 폴리A 서열 및 rbGlob 폴리A 서열에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제52항에 있어서, 폴리A 서열이 서열식별번호: 179에 나타낸 바와 같은 bGH 폴리A 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
- 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 따른 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 발현 구축물.
- 제55항에 있어서, 발현 구축물이 플라스미드 또는 바이러스 벡터를 포함하는 것인 구축물.
- 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 따른 폴리뉴클레오티드 분자 또는 발현 구축물을 포함하는 숙주 세포.
- 제57항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 게놈에 통합되는 것인 세포.
- 제57항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 염색체외의 것인 숙주 세포.
- 제57항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 숙주 세포가 포유동물 세포인 세포.
- 제60항에 있어서, 인간 세포인 세포.
- 제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 줄기 세포, 종양 세포, 무한증식 세포 및 태아 세포로 이루어진 군에서 선택되는 세포.
- 제57항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 숙주 세포가 원핵 세포인 세포.
- 제63항에 있어서, 에셰리키아 콜리 세포인 세포.
- 제57항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, BirA 단백질 또는 그의 단편을 발현하는 세포.
- 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 각 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인, 제1항 내지 제65항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 포함하는 라이브러리.
- 제66항에 있어서, MHC 대립유전자 서열이 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
- 제66항 또는 제67항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 라이브러리.
- 제66항 또는 제67항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 라이브러리.
- 제69항에 있어서, 적어도 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 대립유전자를 포함하는 라이브러리.
- 제69항에 있어서, 적어도 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열을 포함하는 라이브러리.
- 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 폴리펩티드.
- 제72항에 있어서, 5'에서 3' 방향으로 (i) 서열식별번호: 2에 나타낸 서열을 포함하는 프로모터 펩티드, (ii) 제1 범용 표적 펩티드, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 펩티드, (v) 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 펩티드, (vi) 서열식별번호: 38-103에 나타낸 서열을 포함하는 MHC 펩티드, (vii) 서열식별번호: 30에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 펩티드, (viii) 서열식별번호: 32에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 펩티드, 및 (ix) 서열식별번호: 36에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 펩티드를 포함하는 폴리펩티드.
- 제72항에 있어서, 항원 펩티드가 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 또는 제74항에 있어서, 항원 펩티드가 신생항원인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 신생항원이 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택되는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 분석이 인실리코 예측 알고리즘을 사용하여 수행되는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 예측 알고리즘이 추가로 신생항원과 MHC 펩티드 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 포유동물 MHC 펩티드인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 인간 MHC 펩티드인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 클래스 I HLA 펩티드인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, HLA 펩티드가 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 대상체의 HLA 펩티드인 폴리펩티드.
- 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 또는 HLA-C*17:01을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 서열식별번호: 38-103으로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, HLA 펩티드가 Y84A 또는 Y84C 돌연변이를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 펩티드가 포유동물 β2M 펩티드인 폴리펩티드.
- 제87항에 있어서, β2M 펩티드가 인간 β2M 펩티드인 폴리펩티드.
- 제88항에 있어서, β2M 펩티드가 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제88항에 있어서, β2M 펩티드가 아미노산 88에 S88C 돌연변이를 포함하는 서열식별번호: 107에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드가 길이가 7-15개 아미노산, 7-10, 8-9, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개 아미노산인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 펩티드가 추가로 신호 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제92항에 있어서, 신호 펩티드가 인간 성장 호르몬 신호 펩티드, hIG1 카파 경쇄 신호 펩티드, 베타 2 마이크로글로불린 신호 펩티드 또는 IL2 신호 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제93항에 있어서, 신호 펩티드가 서열식별번호: 2, 23, 25 또는 27에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제93항에 있어서, 신호 펩티드가 서열식별번호: 2에 나타낸 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 펩티드 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 신호 서열이 길이가 15-45, 15-30, 20-45, 20-30 또는 30-45개 사이 아미노산인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리펩티드의 카르복실 말단이 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 친화성 펩티드, (ii) 프로테아제 절단 부위, 및 (iii) 제2 친화성 펩티드를 포함하는 정제 클러스터를 추가로 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제97항에 있어서, 제1 및 제2 친화성 펩티드가 AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
- 제98항에 있어서, 제1 친화성 펩티드가 서열식별번호: 30을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 펩티드가 서열식별번호: 34를 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제97항에 있어서, 프로테아제 절단 부위가 TEV 절단 부위, 트롬빈 절단 부위, 인자 Xa, 엔테로펩티다제 절단 부위 및 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
- 제100항에 있어서, 프로테아제 절단 부위가 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제97항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 30에 나타낸 AviTag 펩티드 서열, 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열 및 서열식별번호: 34 또는 36에 나타낸 His6 펩티드 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제102항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 34에 나타낸 His6 펩티드 서열의 2개 이상 카피를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제97항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 37에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 펩티드가 추가로 서열식별번호: 9, 11, 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 링커를 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
- 제106항에 있어서, 제2 링커 서열이 서열식별번호: 9 또는 19에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
- 제108항에 있어서, 제3 링커 서열이 서열식별번호: 13 또는 21에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제72항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 비오티닐화되는 폴리펩티드.
- 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하며, 여기서 구별되는 폴리펩티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는, 제72항 내지 제110항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제111항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
- 제111항 또는 제112항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제111항 또는 제112항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제114항에 있어서, HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제72항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리펩티드가 입자에 부착되며, 여기서 입자는 표면, 나노입자, 비드 및 중합체로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
- 제116항에 있어서, 폴리펩티드가 링커를 통해 입자에 부착되는 것인 폴리펩티드.
- 제116항 또는 제117항에 있어서, 나노입자가 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자인 폴리펩티드.
- 제118항에 있어서, 자성 나노입자가 자성 산화 철을 포함하는 것인 폴리펩티드.
- 제116항에 있어서, 비드가 아가로스 비드 또는 세파로스 비드인 폴리펩티드.
- 제116항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 형광단을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
- 제121항에 있어서, 형광단이 링커가 있거나 없이 입자에 부착되는 것인 폴리펩티드.
- 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하고, 항원 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않으며, 각 구별되는 폴리펩티드는 입자에 부착되는 것인, 제116항 내지 제122항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제123항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
- 제123항 또는 제124항에 있어서, 각 구별되는 폴리펩티드의 정체성과 작동가능하게 연관된 고유의 정해진 바코드 서열을 추가로 포함하는 라이브러리.
- 제125항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제125항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
- 제1항 내지 제127항 중 어느 한 항에 따른 조성물, 및 사용 지침을 포함하는 키트.
- a. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열의 일부, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열의 일부를 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
c. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 서열에 대한 역상보체, 및 (iii) 제1 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체를 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
d. 상보성 서열이 어닐링되도록 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 함께 혼합하는 단계;
e. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및
f. DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 폴리뉴클레오티드와 어닐링된 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계
를 포함하는 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법. - 제129항에 있어서, 상보성 서열 어닐링 후 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드의 5' 뉴클레오티드를 인산화하는 것을 추가로 포함하며, 여기서 인산화는 효소를 사용하여 제1 또는 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 인큐베이션하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제130항에 있어서, 효소가 T4 키나제인 방법.
- 제129항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 추가로 프로모터 서열을 포함하는 것인 방법.
- 제132항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV, EF1α 또는 SV40 프로모터로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
- 제133항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV인 방법.
- 제129항 내지 제134항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함하는 것인 방법.
- 제129항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 추가로 폴리A 서열을 포함하는 것인 방법.
- 제129항 내지 제136항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 발현 구축물인 방법.
- 제129항 내지 제136항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제129항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터의 예측 데이터 세트를 수득하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제139항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 종양 서열분석 데이터로부터 항원 펩티드를 코딩하는 서열을 예측하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제139항 또는 제140항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 예측 서열을 바탕으로 항원 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 합성하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제129항 내지 제141항 중 어느 한 항에 있어서, 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 항원 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제142항에 있어서, MHC 대립유전자가 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
- 제143항에 있어서, 라이브러리가 20 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 것인 방법.
- 제143항에 있어서, 라이브러리가 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 것인 방법.
- 제129항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 발현 구축물인 방법.
- 제129항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제146항에 있어서, 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 2종 이상의 발현 구축물을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제148항에 있어서, MHC 대립유전자가 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
- 제149항에 있어서, MHC 대립유전자가 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택되는 것인 방법.
- 제129항 내지 제150항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 분자로부터 다중단백질 분자를 발현시키는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제151항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포로 형질감염 또는 형질도입되는 것인 방법.
- 제152항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 게놈에 통합되는 것인 방법.
- 제152항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 내에서 염색체외로 유지되는 것인 방법.
- 제152항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 세포가 포유동물 세포이며, 임의적으로 종양 세포주인 방법.
- 제152항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 세포가 원핵 세포인 방법.
- 제156항에 있어서, 세포가 에셰리키아 콜리 세포인 방법.
- 제151항 내지 제155항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질의 발현을 정량하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제158항에 있어서, 비-발현 다중단백질 서열을 사용하여 제140항에 따른 항원 펩티드 예측 분석 단계를 개선하는 방법.
- 제146항 내지 제158항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질을 비오티닐화하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제160항에 있어서, 다중단백질이 BirA 단백질을 사용하여 비오티닐화되는 것인 방법.
- 제146항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질을 정제하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제162항에 있어서, 정제 단계가 친화성 크로마토그래피를 포함하는 것인 방법.
- 제163항에 있어서, 친화성 크로마토그래피가 지지체, 킬레이팅제 및 2가 금속을 포함하는 고정 금속 친화성 크로마토그래피를 포함하는 것인 방법.
- 제164항에 있어서, 친화성 크로마토그래피용 킬레이팅제가 니트롤로트리아세트산 (NTA) 또는 이미니디아세트산 (IDA)인 방법.
- 제164항에 있어서, 2가 금속이 니켈 (Ni), 코발트 (Co), 구리 (Cu) 및 철 (Fe)로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
- 제164항에 있어서, 킬레이팅제가 NTA이며, 2가 금속이 Ni인 방법.
- 제164항 내지 제167항 중 어느 한 항에 있어서, 지지체가 아가로스 비드, 세파로스 비드 및 자성 비드로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
- 제160항 내지 제168항 중 어느 한 항에 있어서, 정제된 다중단백질의 비오티닐화 수준을 정량하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제162항 내지 제169항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1종의 입자에 폴리펩티드를 부착시키는 것을 추가로 포함하며, 여기서 입자는 표면, 나노입자, 비드 및 중합체로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
- 제170항에 있어서, 나노입자가 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자인 방법.
- 제171항에 있어서, 자성 나노입자가 자성 산화 철을 포함하는 것인 방법.
- 제170항에 있어서, 비드가 아가로스 비드 또는 세파로스 비드인 방법.
- 제170항 내지 제173항 중 어느 한 항에 있어서, 입자가 추가로 형광단을 포함하는 것인 방법.
- 제174항에 있어서, 형광단이 링커가 있거나 없이 적어도 1종의 입자에 부착되는 것인 방법.
- 제151항 내지 제175항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1종의 입자에 부착된 2종 이상의 구별되는 다중단백질을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리펩티드는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제176항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
- 제177항에 있어서, MHC 펩티드가 서열식별번호: 39-104로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택되는 것인 방법.
- 제176항 또는 제177항에 있어서, 라이브러리가 20 내지 500종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함하는 것인 방법.
- 제176항 또는 제177항에 있어서, 라이브러리가 적어도 66종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함하는 것인 방법.
- a. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
c. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계;
d. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제2 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및
e. DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계
를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법. - a. 제1 범용 표적 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열, (ii) β2M 서열, 및 (iii) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
c. 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드를 코딩하는 서열 및 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
d. 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드에 대한 역상보체 및 제1 범용 표적 서열에 대한 역상보체를 포함하는 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
e. 용액 중에서 제1, 제2, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드를 조합하는 단계;
f. 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 시약을 첨가하는 단계; 및
g. 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드 중 제2 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되고, 제1 및 제4 폴리뉴클레오티드 중 제1 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되고, 어닐링된 서열이 PCR 연장 및 증폭 반응에 프라이밍 서열을 제공하는 PCR 반응을 수행하는 단계
를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법. - a. 아미노 말단에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하며, 하나의 입자에 연결되어 있는 폴리펩티드를 제공하는 단계;
b. 1종 이상의 T 세포를 포함하는 것으로 알려져 있거나 의심되는 샘플을 제공하는 단계;
c. 폴리펩티드를 샘플과 접촉시키는 단계이며, 여기서 접촉이 단일 T 세포가 입자에 부착되어 있는 폴리펩티드에 결합하기에 충분한 조건을 제공하는 것을 포함하는 것인 단계; 및
d. 입자와 회합된 단일 T 세포를 단리하는 단계
를 포함하는, 항원 특이적 T 세포의 단리 방법.
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