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KR20200138334A - 펩티드-MHC comPACT - Google Patents

펩티드-MHC comPACT Download PDF

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KR20200138334A
KR20200138334A KR1020207031104A KR20207031104A KR20200138334A KR 20200138334 A KR20200138334 A KR 20200138334A KR 1020207031104 A KR1020207031104 A KR 1020207031104A KR 20207031104 A KR20207031104 A KR 20207031104A KR 20200138334 A KR20200138334 A KR 20200138334A
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KR
South Korea
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glu
ala
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KR1020207031104A
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마이클 티. 베순
카일 마틴 자코비
샤오얀 로버트 바오
올리비에르 달마스
젱 판
바바라 세니노
알렉스 프랜주소프
송밍 펭
Original Assignee
팩트 파마, 인크.
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Publication date
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Abstract

본원에서 개시되는 것은 comPACT로 지칭되는 항원 펩티드-MHC 분자, 그리고 그와 같은 분자의 제조 방법이다. 역시 본원에서 개시되는 것은 comPACT 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드의 라이브러리 제조 방법, 그리고 암 네오에피토프-반응성 T 세포를 포획하는 데에 있어서의 그의 대표적인 용도이다.

Description

펩티드-MHC comPACT
[관련 출원의 상호 참조]
본 출원은 2018년 4월 2일자 U.S. 가출원 제62/651,639호의 우선권을 주장하며, 모든 목적에 있어서 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
[서열 목록]
본 출원은 EFS-Web을 통해 제출되었으며 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 서열 목록을 포함하고 있다. 20XX년 XX월에 생성된 상기 아스키(ASCII) 카피는 명칭이 XXXXXUS_sequencelisting.txt이며, 크기가 X,XXX,XXX 바이트이다.
T 세포는 적응성 면역의 일차 매개인자이다. 각 T 세포 고유의 T 세포 수용체 (TCR)의 특이성의 안내로, T 세포는 자가면역을 조절하고, B 세포 및 선천성 이펙터의 활성화를 돕고, 정밀하게 표적화된 방식으로 감염된 세포 및 암성 세포를 직접적으로 사멸시킨다. 각 TCR은 표적 세포상 주요 조직적합성 복합체(major histocompatibility complex) (MHC) 분자에 의해 제시되는 리간드를 인식한다. 관련 펩티드-MHC 복합체 리간드의 식별은 종양 및 병원체에 대한 면역 반응을 이해하는 데에 역할을 한다. MHC 복합체 리간드는 자가 및 식이 항원에 대한 반응을 이해하는 데에도 중요하다. 이와 같은 이해는 표적 항원에 대한 면역 반응을 개시하거나, 증폭하거나, 감쇠시키는 임상적으로 유익한 면역치료법들 (예컨대 TCR 유전자 전달 및 백신)을 가능하게 한다.
돌연변이된 '네오에피토프(neoepitope)'는 암에 대한 내인성 및 조작된 면역 반응의 중요한 표적이다. 네오에피토프-반응성 TIL이 내인성 레퍼토리에 존재하면, 입양성 전달(adoptive transfer)을 통해 종양을 퇴행시킨다. 마찬가지로, 종양 돌연변이 부하는 CTLA-4 또는 PD-1 차단의 임상적 효과를 보장함으로써, 이러한 체크포인트 억제 전략이 네오에피토프-반응성 T 세포를 방출하는 것에 의해 종양 퇴행에 영향을 준다는 것을 시사한다. 네오에피토프는 종양 세포에서의 체세포 돌연변이에 기인하므로, 일반적으로 그것이 중추 관용을 유도하는 흉선 상피 세포에 의해 제시되지 않는다. 따라서, 이러한 네오에피토프에 의해 유도되는 T 세포 반응은 종양-특이적이며, 고도-친화성 및 환자-특이적 (즉 개인적)일 가능성이 있다. 임상적인 관점에서, 이는 기회와 과제를 제공하며: 네오에피토프는 면역치료법의 뛰어난 표적이기는 하지만, TCR 단리 방법이 임상적으로 유용한 규모에서의 치료적 적용을 가능하게 하기에 충분하게 고-처리량이어야 한다.
기본 및 중개(translational) 연구 모두를 위한 빠르고 강력한 TCR 리간드 발견 기술에 대한 충족되지 않은 필요가 존재한다. 펩티드-MHC 다량체는 유전자 치료법용으로 종양-특이적 TCR을 단리하는 데에 중요한 단계인 그의 TCR의 항원 특이성에 따라 T 세포를 분류하는 것을 가능하게 한다. 현재의 통상적인 펩티드-MHC 제조 프로토콜은 해당 펩티드 리간드(들)의 고체-상 합성으로 시작한다. 동시에, 범용 β2-마이크로글로불린 및 관련 MHC 클래스 I 분자가 이. 콜리(E. coli)에서 이종유래로 발현됨으로써, 미스폴딩된(misfolded) 봉입체가 산출된다. 각 펩티드는 β2M 및 관련 MHC I 분자를 함유하는 리폴딩 반응액에 첨가된다. 마지막으로, 올바르게 리폴딩되는 삼차 복합체 중 일부가 펩티드-MHC 다량체 제조에서 사용하기 위해 정제 및 제제화될 수 있다. 많은 상이한 펩티드 리간드들과의 특정 MHC 분자의 병행 제조를 용이하게 하기 위해, 슈마허(Schumacher)와 동료들은 조건부 리간드로서의 특정 MHC 분자에 결합하는 광절단가능 펩티드를 고안하였다. 해당 조건부 리간드에 결합된 그 MHC 분자를 생성시키기 위해, 단일 리폴딩 반응이 수행된다. UV 광에의 노출시, 조건부 리간드는 절단되어, 과량으로 존재하는 원하는 펩티드로 교체된다. 많은 그와 같은 교체 반응이 병행 수행됨으로써, 그 특정 MHC 대립유전자에 대한 pMHC 라이브러리의 구성을 가능하게 할 수 있다. 하지만, 이와 같은 현행-기술상의 기술은 까다로운 한계를 가지고 있다. 첫 번째로, 이. 콜리 봉입체에서 발현되는 MHC 분자의 제조, 정제 및 재폴딩이 어려워서, 낮은 수율의 적정하게 폴딩된 펩티드-MHC 복합체를 산출한다. 두 번째로, 상업용 펩티드 합성의 소요 시간 (수주)이 환자-특이적 네오에피토프에 의해 유도되는 개인적으로 요구되는 TCR 유전자 치료법의 맥락에서 최적인 일정과 상충한다. 세 번째로, 많은 예상 리간드들이 이와 같은 접근법을 통해 T 세포를 스크리닝하는 데에 사용될 수 없는데, 펩티드의 생물물리학적인 특성 (예컨대 소수성)이 그의 합성 또는 교체를 방해하기 때문이다. 네 번째로, 교체 효율이 일반적으로 저조하다 (대부분의 예상 HLA-결합 펩티드에서 <50 %의 교체 효율). 생성되는 적정하게 폴딩된 교체된 MHC와 미스폴딩된 비리간드화 MHC의 혼합물은 노이즈에 비해 낮은 신호를 갖는 다량체 염색으로 이어지는데, 다중화된 펩티드-MHC 시약의 풀을 사용하여 T 세포를 스크리닝하는 경우, 문제는 악화된다. 다섯 번째로, 새로운 각 MHC 대립유전자에 대한 조건부 리간드의 설계 및 검증이 어려우며, 강력한 보증을 하지 못한다. MHC 좌위는 인간 게놈에서 가장 다중-대립유전자성인 좌위이므로, 이는 다양한 MHC 일배체형을 갖는 환자들에 걸쳐 네오에피토프를 표적으로 하는 유전자 치료법을 실행하는 데에 있어서 주요 장애가 된다. 합쳐보면, 이러한 한계들은 이와 같은 분야에서의 새로운 기술에 대한 필요성을 부각시킨다. 본원에서 개시되는 것은 이러한 한계들에 대처하는 펩티드-MHC 다량체를 제조하기 위한 다양한 조성물 및 방법이다.
[발명의 개요]
본원에서 기술되는 방법 및 조성물은 면역 반응에 의해 표적화되는 항원의 빠른 식별, 및 그와 같은 반응을 매개하는 T 세포 및 그에 따른 TCR 서열의 단리를 가능하게 한다. 이와 같이 빠른 식별은 감염 질환, 종양 면역학, 자가면역 및 면역치료법 분야에서의 연구 및 약물 개발의 목표이다. 상기 조성물은 약물 개발을 위해 항원-특이적 T 세포 및 그의 코딩되는 MHC I-제한 TCR을 식별하고 단리하는 데에 적용될 수 있다. 항원-특이적 T 세포의 식별 및 특성화는 치료적 치료 (-전 및 -후)의 맥락에서 면역 반응 및 질환의 진단, 모니터링 및 예후에 적용될 수도 있다. comPACT 접근법은 또한 MHC II-제한 T 세포 반응의 표적을 식별하는 데에 적용될 수 있다. 그와 같은 반응은 자가면역 질환의 핵심으로서, 암 면역치료법의 중요한 구성요소로 떠오르고 있다. 또한, 본원에서 기술되는 방법에서 생성되는 포유동물 세포 발현 데이터로부터의 comPACT 단백질 분비의 효율은 잠재적으로 적정한 단백질 폴딩 및 그에 따른 해당 동계 MHC 분자에 대한 각 네오에피토프 리간드의 친화성의 대안적인 측정기준으로 유용하다. 따라서, 이와 같은 기술은 덜 충분하게 연구되어 있는 MHC 대립유전자의 MHC 결합 알고리즘을 개선하여 네오에피토프 백신과 같은 다른 표적화되는 면역치료법을 향상시키는 특별한 능력을 부여할 수 있다. 이렇게 하여, 본원에서 개시되는 조성물은 인간 건강에 대한 광범위한 적용분야 및 분명한 상업적 잠재력을 갖게 된다.
일 측면에서, 본원에서 개시되는 것은 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) 베타 2 마이크로글로불린 (β2M) 서열, 및 (v) 다중 조직적합성 복합체 (MHC) 대립유전자 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 분자이다. 일 실시양태에서, 상기 폴리뉴클레오티드 분자는 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호(SEQ ID NO): 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원(neoantigen)인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열, (vii) 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 태그(tag) 서열, (viii) 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (ix) 서열식별번호: 35에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 태그 서열을 포함한다.
일 실시양태에서, 항원 펩티드는 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택된다. 또 다른 실시양태에서, 항원 펩티드는 신생항원이다.
일부 실시양태에서, 신생항원은 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택된다. 일 실시양태에서, 상기 분석은 인실리코(in silico) 예측 알고리즘을 사용하여 수행된다. 또 다른 실시양태에서, 예측 알고리즘은 추가로 신생항원과 MHC 대립유전자 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함한다.
일부 실시양태에서, MHC 대립유전자는 포유동물 MHC 대립유전자이다. 일부 실시양태에서, MHC 대립유전자는 인간 MHC 대립유전자이다. 일부 실시양태에서, MHC 대립유전자는 클래스 I HLA 대립유전자이다. 다른 실시양태에서, HLA 대립유전자는 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 대립유전자를 포함한다. HLA 대립유전자는 대상체의 HLA 대립유전자이다.
일부 실시양태에서, HLA 대립유전자는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01.
일부 실시양태에서, HLA 대립유전자는 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, β2M 대립유전자는 포유동물 β2M 대립유전자이다. 일부 실시양태에서, β2M 대립유전자는 인간 β2M 대립유전자이다. 일부 실시양태에서, β2M 대립유전자는 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 길이가 20-60개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 20-45개 사이, 30-45개 사이, 40-60개 사이 또는 45-60개 사이 뉴클레오티드이다. 일 실시양태에서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 길이가 20-30개 사이 뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 제1 범용 표적 서열은 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드이다. 일 실시양태에서, 제1 범용 표적 서열은 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서, 제1 범용 표적 서열은 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서, 제1 범용 표적 서열은 길이가 4-6개 사이 뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 제2 범용 표적 서열은 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드이다. 일 실시양태에서, 제2 범용 표적 서열은 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서, 제2 범용 표적 서열은 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드이다. 또 다른 실시양태에서, 제2 범용 표적 서열은 길이가 4-6개 사이 뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 제1 및 제2 범용 표적 서열은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 프라이머 표적 서열을 포함한다. 다른 실시양태에서, 제1 및 제2 범용 표적 서열은 제한 효소 절단 부위를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 범용 표적의 서열은 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 범용 표적의 서열은 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 범용 표적 서열은 추가로 신호 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 서열은 인간 성장 호르몬 신호 서열, hIG1 카파 경쇄 신호 서열, 베타 2 마이크로글로불린 신호 서열 또는 IL2 신호 서열을 포함하는 신호 서열을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 1, 24, 26 또는 28에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 신호 서열은 인간 성장 호르몬 (HGH)을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 1에 나타낸 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 신호 서열은 길이가 40-90, 40-60, 45-70, 50-80, 60-90, 55-70, 60-80 또는 70-80개 사이 뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단은 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 및 제2 친화성 태그는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그는 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 태그는 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 서열은 하기로 이루어진 군에서 선택된다: TEV 절단 부위 서열, 트롬빈 절단 부위 서열, 인자 Xa 절단 부위 서열, 엔테로펩티다제 절단 부위 서열 및 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위 서열. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 서열은 서열식별번호: 31에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하며, 프로테아제 절단 부위는 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하고, 제2 친화성 태그는 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제2 범용 표적 서열은 추가로 제1 링커 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 제1 링커 서열은 서열식별번호: 10, 14, 16 또는 18에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 추가로 β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 제2 링커 서열은 서열식별번호: 10 또는 20에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 추가로 MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 제3 링커 서열은 서열식별번호: 12 또는 22에 나타낸 서열을 포함한다.
폴리뉴클레오티드 서열의 5' 말단은 추가로 제1 범용 표적의 5' 말단에 연결된 프로모터 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV, EF1α 또는 SV40 프로모터이다. 일 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV 프로모터이다. 일 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV 프로모터 서열이다.
폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단은 추가로 폴리A 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 폴리A 서열은 SV40, hGH, BHG 또는 rbGlob 폴리A 서열이다. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 서열식별번호: 179에 나타낸 바와 같은 bGH 폴리A 서열을 포함한다.
일 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 분자는 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열, (iv) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (v) β2M 서열, (v) MHC 대립유전자 서열, (vi) 제1 친화성 태그 서열, (vii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (viii) 제2 친화성 태그 서열을 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 본원에서 개시되는 바와 같은 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 발현 구축물이다. 일 실시양태에서, 상기 발현 구축물은 플라스미드 또는 바이러스 벡터를 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 이전에 기술한 바와 같은 폴리뉴클레오티드 분자 또는 발현 구축물을 포함하는 숙주 세포이다. 일 실시양태에서, 상기 폴리뉴클레오티드는 세포 게놈에 통합된다. 또 다른 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 염색체외의 것이다. 일부 실시양태에서, 상기 숙주 세포는 포유동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 인간 세포이다. 일 실시양태에서, 세포는 줄기 세포, 종양 세포, 무한증식 세포 또는 태아 세포이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 원핵 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 에셰리키아 리(Escherichia coli ) 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 BirA 단백질 또는 그의 단편을 발현한다.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 본원에서 기술되는 바와 같은 폴리뉴클레오티드 분자 또는 발현 구축물을 포함하는 라이브러리이며, 상기 라이브러리는 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 각 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 MHC 대립유전자 서열은 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 20 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 대립유전자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열을 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 폴리펩티드이다. 일부 실시양태에서, 항원 펩티드는 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택된다. 일 실시양태에서, 항원 펩티드는 신생항원이다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 5'에서 3' 방향으로 (i) 서열식별번호: 2에 나타낸 서열을 포함하는 프로모터 펩티드, (ii) 제1 범용 표적 펩티드, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 펩티드, (v) 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 펩티드, (vi) 서열식별번호: 38-103에 나타낸 서열을 포함하는 MHC 펩티드, (vii) 서열식별번호: 30에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 펩티드, (viii) 서열식별번호: 32에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 펩티드, 및 (ix) 서열식별번호: 36에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 신생항원은 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택된다. 일 실시양태에서, 상기 분석은 인실리코 예측 알고리즘을 사용하여 수행된다. 또 다른 실시양태에서, 예측 알고리즘은 추가로 신생항원과 MHC 펩티드 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함한다.
일 실시양태에서, 항원 펩티드는 길이가 7-15개 아미노산, 7-10, 8-9, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개 아미노산이다.
일부 실시양태에서, MHC 펩티드는 포유동물 MHC 펩티드이다. 일부 실시양태에서, MHC 펩티드는 인간 MHC 펩티드이다. 일부 실시양태에서, MHC 펩티드는 클래스 I HLA 펩티드이다. 다른 실시양태에서, HLA 펩티드는 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 펩티드를 포함한다. 일 실시양태에서, HLA 펩티드는 대상체의 HLA 펩티드이다. 일 실시양태에서, HLA 펩티드는 Y84A 또는 Y84C 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, β2M 펩티드는 포유동물 β2M 펩티드이다. 일부 실시양태에서, β2M 펩티드는 인간 β2M 펩티드이다. 일부 실시양태에서, β2M 펩티드는 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, β2M 펩티드는 S88C 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, β2M 펩티드는 아미노산 88에 S88C 돌연변이를 포함하는 서열식별번호: 107에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, HLA 펩티드는 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 또는 HLA-C*17:01을 포함한다. 일부 실시양태에서, HLA 펩티드는 서열식별번호: 38-103으로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 범용 표적 펩티드는 추가로 신호 펩티드를 포함한다. 일 실시양태에서, 신호 서열은 길이가 15-45개 사이, 15-30개 사이, 20-45개 사이, 20-30개 사이 또는 30-45개 사이 아미노산이다. 일 실시양태에서, 신호 펩티드는 인간 성장 호르몬을 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 펩티드는 인간 성장 호르몬 신호 펩티드, hIG1 카파 경쇄 신호 펩티드, 베타 2 마이크로글로불린 신호 펩티드 또는 IL2 신호 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 펩티드는 서열식별번호: 2, 23, 25 또는 27에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 펩티드는 서열식별번호: 2에 나타낸 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 펩티드 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 제2 범용 표적 펩티드는 서열 GGGGSGGGGSGGGGS를 포함한다. 일 실시양태에서, 제2 범용 표적 펩티드는 서열식별번호: 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드의 카르복실 말단은 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 친화성 펩티드, (ii) 프로테아제 절단 부위, 및 (iii) 제2 친화성 펩티드를 포함하는 정제 클러스터를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제1 및 제2 친화성 펩티드는 AviTag, 스트렙-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및/또는 Myc-태그로 이루어진 군에서 선택된다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 펩티드는 서열식별번호: 30을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 펩티드는 서열식별번호: 34를 포함하는 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위는 TEV 절단 부위, 트롬빈 절단 부위, 인자 Xa 절단 부위, 엔테로펩티다제 절단 부위 또는 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위이다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, TEV 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위는 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 서열식별번호: 30에 나타낸 AviTag 펩티드 서열, 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열 및 서열식별번호: 34 또는 36에 나타낸 His6 펩티드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 서열식별번호: 34에 나타낸 His6 펩티드 서열의 2개 이상 카피를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 서열식별번호: 37에 나타낸 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제2 범용 표적 펩티드는 추가로 서열식별번호: 9, 11, 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 링커를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제2 링커 서열은 서열식별번호: 9 또는 19에 나타낸 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 추가로 MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제3 링커 서열은 서열식별번호: 13 또는 21에 나타낸 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 비오티닐화된다.
일 실시양태에서, 폴리펩티드는 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, (v) MHC 펩티드, (vi) 제1 친화성 태그 펩티드, (vii) 프로테아제 절단 부위, 및 (viii) 제2 친화성 태그 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 비오티닐화된다.
또 다른 측면에서, 본원에서 개시되는 것은 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하는 라이브러리이며, 여기서 구별되는 폴리펩티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 MHC 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 또 다른 실시양태에서, 상기 라이브러리는 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 라이브러리는 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 폴리펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 입자에 부착되며, 여기서 입자는 표면, 나노입자, 비드 또는 중합체이다. 일 실시양태에서, 폴리펩티드는 링커를 통해 입자에 부착된다. 일 실시양태에서, 입자는 나노입자이며, 나노입자는 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자이다. 일 실시양태에서, 자성 나노입자는 자성 산화 철을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 비드는 아가로스 비드 또는 세파로스 비드이다. 일부 실시양태에서, 입자에 부착되는 폴리펩티드는 추가로 형광단을 포함한다. 일 실시양태에서, 형광단은 링커가 있거나 없이 입자에 부착된다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드의 라이브러리는 입자에 부착되며, 여기서 라이브러리는 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하고, 항원 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않으며, 각 구별되는 폴리펩티드는 입자에 부착된다. 일 실시양태에서, MHC 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 일 실시양태에서, 라이브러리는 추가로 각 구별되는 폴리펩티드의 정체성과 작동가능하게 연관된 고유의 정해진 바코드 서열을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함한다.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 상기 실시양태들 중 어느 것의 조성물 및 사용 지침을 포함하는 키트이다.
또 다른 측면에서, 본원에서 개시되는 것은 하기의 단계들을 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법이다: (a) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (b) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열의 일부, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열의 일부를 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계; (c) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 서열에 대한 역상보체, 및 (iii) 제1 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체를 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계; (d) 상보성 서열이 어닐링되도록 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 함께 혼합하는 단계; (e) 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및 (f) DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 폴리뉴클레오티드와 어닐링된 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 추가로 상보성 서열 어닐링 후 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드의 5' 뉴클레오티드를 인산화하는 것을 포함하며, 여기서 인산화는 효소를 사용하여 제1 또는 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 인큐베이션하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 효소는 T4 키나제이다. 일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드는 발현 구축물이다. 일부 실시양태에서는, 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 폴리뉴클레오티드는 추가로 프로모터 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV, EF1α 또는 SV40 프로모터이다.
또 다른 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단은 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함한다.
일 실시양태에서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단은 추가로 폴리A 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계는 추가로 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터의 예측 데이터 세트를 수득하는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계는 추가로 종양 서열분석 데이터로부터 항원 펩티드를 코딩하는 서열을 예측하는 것을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계는 추가로 예측 서열을 바탕으로 항원 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 합성하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 추가로 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 항원 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 라이브러리를 제조하는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 MHC 대립유전자는 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 40 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 추가로 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 방법은 추가로 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 2종 이상의 발현 구축물을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 라이브러리를 제조하는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 MHC 대립유전자는 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 20 내지 500종의 구별되는 발현 구축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, MHC 대립유전자는 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 추가로 폴리뉴클레오티드 분자로부터 다중단백질 분자를 발현시키는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 세포로 형질감염 또는 형질도입된다. 일 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 세포 게놈에 통합된다. 또 다른 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 세포 내에서 염색체외로 유지된다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 포유동물 세포 또는 인간 세포이다. 일 실시양태에서, 세포는 줄기 세포, 종양 세포, 무한증식 세포 또는 태아 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 원핵 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 에셰리키아 콜리 세포이다.
일 실시양태에서, 방법은 추가로 다중단백질의 발현을 정량하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서는, 발현 및 비-발현 다중단백질 서열을 사용하여 방법 중 항원 펩티드 예측 분석 단계를 개선한다. 일 실시양태에서, 방법은 추가로 다중단백질을 비오티닐화하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 다중단백질을 정제하는 것을 포함한다. 정제 단계는 친화성 크로마토그래피를 포함할 수 있다. 일 실시양태에서, 친화성 크로마토그래피는 지지체, 킬레이팅제 및 2가 금속을 포함하는 고정 금속 친화성 크로마토그래피를 포함한다. 친화성 크로마토그래피용 킬레이팅제는 니트롤로트리아세트산 (NTA) 또는 이미니디아세트산 (IDA)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 상기 2가 금속은 하기로 이루어진 군에서 선택된다: 니켈 (Ni), 코발트 (Co), 구리 (Cu) 및 철 (Fe). 일 실시양태에서, 킬레이팅제는 NTA이며, 2가 금속은 Ni이다. 다른 실시양태에서, 지지체는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: 아가로스 비드, 세파로스 비드 및 자성 비드. 일부 실시양태에서, 방법은 추가로 정제된 다중단백질의 비오티닐화 수준을 정량하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 추가로 표면, 나노입자, 비드 또는 중합체인 입자에 폴리펩티드를 부착시키는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 폴리펩티드는 링커를 통해 입자에 부착된다. 일 실시양태에서, 입자는 나노입자이며, 나노입자는 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자이다. 일 실시양태에서, 자성 나노입자는 자성 산화 철을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 비드는 아가로스 비드 또는 세파로스 비드이다. 일부 실시양태에서, 입자에 부착된 폴리펩티드는 추가로 형광단을 포함한다. 일 실시양태에서, 형광단은 링커가 있거나 없이 입자에 부착된다.
또 다른 실시양태에서, 방법은 추가로 적어도 1종의 입자에 부착된 2종 이상의 구별되는 다중단백질을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리펩티드는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 라이브러리를 제조하는 것을 포함한다. 일 실시양태에서, 상기 MHC 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다. 또 다른 실시양태에서, 상기 라이브러리는 20 내지 500종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 66종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, MHC 펩티드는 서열식별번호: 39-104로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택된다.
또 다른 측면에서, 본원에서 개시되는 것은 하기의 단계들을 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법이다: (a) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (b) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계; (c) 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; (d) 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제2 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및 (e) DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계.
또 다른 측면에서, 본원에서 기술되는 것은 하기의 단계들을 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법이다: (a) 제1 범용 표적 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (b) 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열, (ii) β2M 서열, 및 (iii) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (c) 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드를 코딩하는 서열 및 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (d) 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드에 대한 역상보체 및 제1 범용 표적 서열에 대한 역상보체를 포함하는 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계; (e) 용액 중에서 제1, 제2, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드를 조합하는 단계; (f) 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 시약을 첨가하는 단계; 및 (g) 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드 중 제2 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되며, 제1 및 제4 폴리뉴클레오티드 중 제1 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되고, 어닐링된 서열이 PCR 연장 및 증폭 반응에 프라이밍 서열을 제공하는 PCR 반응을 수행하는 단계.
역시 본원에서 개시되는 것은 하기의 단계들을 포함하는, 항원 특이적 T 세포의 단리 방법이다: (a) 아미노 말단에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하며, 하나의 입자에 연결되어 있는 폴리펩티드를 제공하는 단계; (b) 1종 이상의 T 세포를 포함하는 것으로 알려져 있거나 의심되는 샘플을 제공하는 단계; (c) 폴리펩티드를 샘플과 접촉시키는 단계이며, 여기서 접촉이 단일 T 세포가 입자에 부착되어 있는 폴리펩티드에 결합하기에 충분한 조건을 제공하는 것을 포함하는 단계; 및 (d) 입자와 회합된 단일 T 세포를 단리하는 단계.
개시되는 조성물 및 방법의 이들 및 기타 특징, 측면 및 장점들은 하기 상세한 설명 및 첨부 도면과 관련하여 더 잘 이해되게 될 것이며, 그 중:
도 1은 대표적인 comPACT 미니-유전자의 설계를 나타낸다. SS는 임의적인 신호 서열을 지칭하며; US1은 제1 범용 표적 부위를 지칭하고; 신생항원은 항원 펩티드 서열 부위를 지칭하며; US2는 제2 범용 표적 부위를 지칭하고; L1은 임의적인 제1 링커 서열을 지칭하며; β2M은 β-2-마이크로글로불린 도메인 서열을 지칭하고; L2는 임의적인 제2 링커 서열을 지칭하며; MHC 중쇄는 MHC 중쇄 대립유전자를 지칭하고; L3는 임의적인 제3 링커 서열을 지칭하며; 정제 클러스터는 비오티닐화 서열, 프로테아제 절단 부위 및 친화성 태그 서열을 포함하는 임의적인 정제 클러스터를 지칭한다.
도 2는 선택된 MHC 대립유전자와 복합체화되는 항원 펩티드 리간드의 라이브러리를 빠르게 구성하기 위한 대표적인 모듈형 오프-더-쉘프 플랫폼(off-the-shelf platform)의 도식을 나타낸다.
도 3은 MHC 주형 중 견본 삽입물을 선택된 네오에피토프 서열로 대체하기 위한 대표적인 제한 분해 클로닝 반응의 도식이다. 견본 삽입물 (밑줄, 볼드체)은 상이한 프레임의 4개 정지 코돈 및 절단되지 않거나 재-라이게이션된 주형의 파괴를 위한 고유 제한 부위를 포함한다. 삽입물 양측상의 제한 부위를 박스 내에 나타내었다.
도 4는 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 대표적인 제한 분해 클로닝 반응의 도식이다. 네오에피토프 서열 (밑줄, 볼드체)은 2개의 상이한 제한 부위 (박스로 표시)가 플랭킹하는 프라이머로서 합성된다. 3' 제한 부위의 역상보체 서열 e를 포함하는 범용 프라이머가 PCR 반응에 사용됨으로써, 네오에피토프 서열의 이중 가닥 프라이머 이량체가 형성된다. 네오에피토프 및 MHC 주형 벡터 둘 다의 제한 분해는 선택된 네오에피토프 서열을 MHC 주형 서열에 삽입하는 라이게이션 반응을 가능하게 한다. 라이게이션 반응물은 이. 콜리로 형질전환되며, 형질전환된 이. 콜리로부터 제조되는 플라스미드는 포유동물 제조자 세포 형질감염 반응에 사용된다.
도 5는 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 제한 분해 클로닝 반응의 대표적인 대안적 형태의 도식이다. 5' 및 3' 제한 부위의 일부를 포함하는 2종의 상보성 NeoE-코딩 프라이머가 합성된다. 이들 프라이머는 어닐링되어, 제한 분해로부터의 오버행을 모방한다. 다음에, 사전절단된 벡터 (결정적으로 그의 오버행 말단에 5' 포스페이트를 보유함)가 어닐링된 NeoE 삽입물과 라이게이션되며, 라이게이션 생성물은 플라스미드 제조를 위해 이. 콜리로 형질전환된다.
도 6은 MHC 주형에 선택된 네오에피토프 서열을 삽입하기 위한 대표적인 PCR-기반 방법의 도식이다. 2종의 상보성 NeoE-코딩 프라이머가 합성되는데, MHC 주형 중 제2 범용 부위용 3' 서열을 갖는 순방향 프라이머(forward primer); 그리고 MHC 주형 중 제1 범용 부위의 상보성 서열용인 3' 서열을 갖는 역방향 프라이머(reverse primer)이다. 이들 프라이머는 제1 범용 서열 부위를 갖는 MHC 주형의 5' 단편, 그리고 제2 범용 부위 및 comPACT 미니-유전자의 나머지를 갖는 제2의 MHC 주형 단편과 혼합된다. 첫 번째 PCR 증폭 주기는 하류의 네오에피토프와 함께 제1 범용 부위 영역을 코딩하는 1종의 단편, 그리고 네오에피토프에 이어지는 comPACT 유전자의 나머지를 코딩하는 다른 종인 2종의 뉴클레오티드 단편을 생성시킨다. 고유 네오에피토프 서열에서 중복되는 이들 2종의 단편은 이후 조립되어, 전체 조립체가 증폭된 후, 형질감염용으로 세척된다.
도 7은 comPACT 유전자 (Neo12)로 형질감염된 포유동물 세포 30 mL에서의 7일 시간 경과 동안의 총 단백질 발현, 그리고 His-태그를 검출하는 NTA-HRP 시약을 사용한 웨스턴 블럿을 나타낸다.
도 8은 Neo12 comPACT 단백질의 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피 정제의 젤을 나타낸다. Pre는 조 용해물을 나타내며, FT는 유통을 나타내고, W는 세척을 나타내며, E는 용리를 나타낸다.
도 9는 정제된 Neo12 단백질의 크기 배제 크로마토그래피 스펙트럼을 나타낸다. 주 피크는 Neo12 단백질이며, 부 피크는 비오티닐화 단계 동안 첨가된 ATP이다.
도 10은 0.7의 세포 배양 부피를 사용한, 도 8에 나타낸 것과 유사한 정제 실험을 나타낸다.
도 11은 각각 상이한 항원 서열을 가지는, 8종의 상이한 NeoE comPACT 단백질의 조 단백질 및 정제된 단백질을 나타낸다.
도 12는 도 11의 8종 NeoE comPACT 단백질의 크기 배제 크로마토그래피 스펙트럼을 나타낸다.
도 13a는 플라스미드로부터 제조된 NeoE comPACT 단백질 (플라스미드)에 비교하여, 도 6에 기술된 PCR 조립 방법을 사용하여 제조된 NeoE comPACT 단백질 (선형 앰플리콘)을 나타낸다. 13b는 PCR 조립 방법에 의해 제조된 선형 앰플리콘의 DNA 젤을 나타낸다. 각 레인은 상이한 네오에피토프 서열을 포함하는 comPACT 미니-유전자를 함유하고 있다.
도 14는 comPACT 단백질의 완전한 비오티닐화에 대해 시험하기 위한 스트렙타비딘 비드 풀다운(pulldown) 검정을 나타낸다.
도 15는 스트렙타비딘-HRP를 사용한 웨스턴 블럿을 통해 가시화된 조 세포 용해물에서의 상이한 comPACT 단백질들의 비오티닐화를 나타낸다.
도 16a-c이. 콜리에서의 BirA 효소 (16b16c) 및 TEV 프로테아제 (16a)의 제조 및 정제를 나타낸다.
도 17은 BirA를 사용한 comPACT 단백질의 비오티닐화 (레인 2) 및 TEV 프로테아제를 사용한 His6 태그의 절단 (레인 3)을 나타낸다. 미처리 comPACT 단백질은 레인 1에 나타내었다.
도 18은 V5 발현을 기준으로 한 BirA 및 V5로 형질도입된 세포들의 세포 분류를 나타낸다.
도 19는 다량체화된 comPACT 단백질을 사용한 T 세포의 항원-특이적 포획을 나타낸다.
도 20은 S88C β2M comPACT 단백질을 사용한 comPACT NTAmer 제조를 나타낸다.
도 21은 S88C comPACT 단백질 단량체에의 Cy5의 커플링을 나타낸다.
도 22a는 comPACT 폴리뉴클레오티드를 제조하기 위한 클로닝 전략의 대표적인 도식을 나타낸다. 22b는 824종 개별 comPACT 폴리뉴클레오티드들로부터 수득된 서열 검증 통계를 제공한다.
도 23은 대표적인 comPACT 단백질 선택을 위한 단백질 발현 및 정제를 나타낸다.
도 24는 comPACT 폴리뉴클레오티드 및 단백질을 제조하기 위한 작업 단계의 대표적인 도식을 제공한다.
도 25는 BirA를 사용한 EBV 및 MART-1 comPACT 단백질의 비오티닐화를 나타낸다.
도 26a-b는 comPACT HLA 레퍼토리 크기에 대비한 미국에서의 상부 HLA I 대립유전자에 의해 포괄되는 환자의 %를 나타낸다.
도 27a-c는 대표적인 comPACT 단백질의 선택을 위한 comPACT 단백질 단분산, 수율 및 발현을 나타낸다.
도 28a-c는 Cy5 및 His 태그를 사용하여 변형된 neo12 comPACT 분자가 neo12 TCR 편집된 T 세포에 결합한다는 것을 나타낸다.
도 29a-d는 Neo12 NTAmer가 항원 특이적인 방식으로 T 세포에 결합한다는 것, 그리고 이미다졸의 존재가 NTAmer 결합을 방해한다는 것을 나타낸다.
도 30a-d는 MART-1 NTAmer가 항원 특이적인 방식으로 T 세포에 결합한다는 것을 나타낸다.
도 31a-c는 F5 TCR 편집된 T 세포가 이미다졸에 의한 NTAmer 붕괴 후 빠른 Cy5 신호 붕괴를 나타낸다는 것을 나타낸다.
정의
청구범위 및 명세서에서 사용되는 용어들은 달리 상술되지 않는 한 하기에 제시된 바와 같이 정의된다.
본원에서 개시되는 조성물 및 방법의 실시양태들은 동계 T 세포와 쌍을 형성할 수 있는 재조합 항원-MHC 복합체를 포함한다. 본원에서 사용될 때, "항원-MHC", "항원-MHC 복합체", "재조합 항원-MHC 복합체", "펩티드 MHC" 및 "p/MHC"는 MHC 항원 결합 그루브에 펩티드를 포함하는 주요 조직적합성 복합체를 지칭하는 데에 호환가능하게 사용된다.
본원에서 사용될 때, "항원"에는 환자-특이적 신생항원을 포함한 임의의 항원이 포함된다. "항원 펩티드"는 MHC 분자에 결합할 수 있는 펩티드 또는 펩티드 단편을 지칭한다. "신생항원"은 신생항원 또는 신생항원의 제시가 그의 상응하는 야생형 항원과 구별되도록 하는 적어도 하나의 변경, 예를 들면 폴리펩티드 서열의 돌연변이를 포함하는 항원을 지칭하는 것으로서, 차이는 번역-후 변형 또는 발현 수준에서의 차이이다. "종양 신생항원"은 종양 또는 암, 예컨대 환자의 종양으로부터 유래하는 신생항원을 지칭한다.
본원에서 사용될 때, "폴리뉴클레오티드"는 ssDNA, dsDNA, ssRNA, dsRNA 또는 mRNA를 지칭할 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자라면, 예컨대 폴리뉴클레오티드가 사용될 상황을 기준으로 어떤 형태가 바람직할 것인지를 알 수 있다.
"생체내"라는 용어는 세포를 포함한 살아있는 생물체 내에서 발생하는 과정을 지칭한다.
본원에서 사용될 때의 "포유동물"이라는 용어에는 인간 및 비-인간 모두가 포함되며, 인간, 비-인간 영장류, 개, 고양이, 뮤린, 소, 말 및 돼지가 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다.
2종 이상 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 맥락에서, % "동일성"이라는 용어는 하기 기술하는 서열 비교 알고리즘들 (예컨대 BLASTP 및 BLASTN, 또는 통상의 기술자에게 가용한 기타 알고리즘들) 중 1종을 사용하여, 또는 시각적 검사에 의해 측정하였을 때의 최대 유사성으로 비교하여 정렬되었을 때 동일한 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기의 구체적인 백분율을 갖는 2종 이상의 서열 또는 하위서열을 지칭한다. 적용분야에 따라, % "동일성"은 비교되는 서열의 하나의 영역에 걸쳐, 예컨대 기능성 도메인에 걸쳐 존재하거나, 또는 대안적으로는, 비교될 2종 서열의 전체 길이에 걸쳐 존재할 수 있다.
서열 비교에 있어서, 통상적으로 하나의 서열은 시험 서열이 비교되는 참조 서열로 작용한다. 서열 비교 알고리즘을 사용할 경우, 시험 및 참조 서열은 컴퓨터에 입력되며, 필요할 경우 연속 좌표가 지정된 후, 서열 알고리즘 프로그램 파라미터들이 지정된다. 이후, 서열 비교 알고리즘이 지정된 프로그램 파라미터들을 기준으로 참조 서열에 대비하여 시험 서열(들)의 % 서열 동일성을 계산한다.
비교를 위한 서열의 최적의 정렬은 예를 들면 문헌 [Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)]의 국소적 상동성 알고리즘에 의해, 문헌 [Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)]의 상동성 정렬 알고리즘에 의해, 문헌 [Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)]의 유사성 연구 방법에 의해, 이러한 알고리즘들 (위스콘신 매디슨 575 사이언스 Dr 소재 위스콘신 제네틱스 소프트웨어 패키지(Wisconsin Genetics Software Package), 제네틱스 컴퓨터 그룹(Genetics Computer Group)의 GAP, BESTFIT, FASTA 및 TFASTA)의 컴퓨터 실행에 의해, 또는 시각적 검사 (일반적으로 하기 문헌 [Ausubel et al.] 참조)에 의해 수행될 수 있다.
% 서열 동일성 및 서열 유사성을 측정하는 데에 적합한 알고리즘의 하나의 예는 BLAST 알고리즘으로서, 문헌 [Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)]에 기술되어 있다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 국립 생물공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information) (www.ncbi.nlm.nih.gov/)를 통해 공적으로 가용하다.
명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용될 때, 단수 형태는 문맥상 분명하게 달리 나타내지 않는 한 복수의 언급을 포함한다는 것에 유의해야 한다.
기타 해석상의 관례
본원에서 언급되는 범위는 언급되어 있는 종말점을 포함하여 그 범위 내 모든 값들의 약기인 것으로 이해된다. 예를 들어, 1 내지 50의 범위는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 및 50로 이루어진 군에 속하는 모든 숫자, 숫자 조합 또는 하위-범위를 포함하는 것으로 이해된다. 예를 들어, 1 내지 50의 하위-범위에는 2-40, 5-25 및 10-20이 포함될 수 있다.
뉴클레오티드 및 펩티드 조성물
T-세포 매개 면역은 그의 표면상에 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 중 항원을 제시하는 세포에서 사멸을 유도할 수 있는 항원-특이적 세포독성 T 세포의 활성화를 특징으로 할 수 있다. 항원이 적재되어 있는 MHC 복합체를 제시하는 이러한 세포에는 바이러스-감염 세포, 세포내 박테리아가 있는 세포, 내재화되거나 포식된 세포외 단백질 공급원을 포함하는 세포, 및 종양 항원을 제시하는 암 세포가 포함된다.
자연상의 클래스 I MHC 중쇄는 약 350개의 아미노산을 포함하며; 자연 β2-마이크로글로불린은 약 100개의 아미노산을 포함하고; 클래스 I 항원 펩티드는 통상적으로 약 7 내지 약 15개 아미노산의 길이를 갖는다. 클래스 I 중쇄는 인간에서 HLA-A, -B 및 -C로 지칭되며 마우스에서는 H-2K, D 및 L로 지칭되는 주요 조직적합성 복합체의 유전자에 의해 코딩된다. 클래스 I 중쇄 및 β2-마이크로글로불린은 상이한 염색체상에 별도로 코딩된다. 항원 펩티드는 보통 예를 들면 바이러스, 박테리아 또는 암 세포와 같은 단백질 공급원에 속하는 세포에 의해 처리된다. 인간의 HLA-A, -B 및 -C MHC 유전자는 물론, 뮤린 H-2K, D 및 L MHC 유전자에 의해 코딩되는 폴리펩티드들에서 다양한 변이들이 확인되어 있다.
본원에서 개시되는 방법의 실시양태들은 선택된 항원 (예컨대 신생항원)이 β2-마이크로글로불린 (β2M) 및 MHC 중쇄를 포함하는 MHC 복합체에 연결되어 있는 단일 분자의 제조 방법에 관한 것이다. 상이한 MHC 중쇄가 β2M 분자에 연결됨으로써, 다양한 수의 MHC 주형들이 형성될 수 있다. 항원 삽입 부위에 플랭킹하는 범용 표적 서열을 이용한 제한 분해 또는 PCR-기반 조립을 통해 MHC 주형에 항원을 삽입하는 본원에서 개시되는 방법은 예를 들면 해당 환자에 대해 개인화될 수 있는 고-처리량 방법에서 상이한 항원-MHC 복합체들의 라이브러리를 구축하는 능력으로 이어진다. 이러한 전형적인 복합체는 "comPACT"라는 용어로 포괄되며, 이후 예를 들면 환자-특이적 신생항원을 표적으로 하는 환자-특이적 T 세포 군집의 단리 및 식별에 사용하기 위해 입자, 바코드화된 입자 또는 표면에 연결될 수 있다. 항원-MHC 복합체의 연결 방법 및 그와 같은 복합체의 사용에 대해서는 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 2018년 3월 8일자 PCT/US2018/021611호에 개시되어 있다.
펩티드- MHC 복합체
간단하게 말하자면, 본원에서 사용될 때, "comPACT"는 범용 표적 서열, 항원 펩티드, 제2 범용 표적 서열, β2-마이크로글로불린, 및 예컨대 MHC 제시 잔기(display moiety)를 형성하는 α1, α2 및 α3 도메인을 포함하는 MHC 클래스 I 중쇄를 포함하는 단일 폴리펩티드 융합체를 지칭한다. MHC 제시 잔기는 재조합 MHC 분자를 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, comPACT는 각각 본원에 참조로 포함되는 US 공개 제2009/0117153호 및 US 공개 제2008/0219947호에 기술되어 있는 바와 같은 디술피드 트랩(trap)을 포함할 수 있다. comPACT에 의해 형성되는 항원-MHC 복합체는 그것이 동계 TCR 분자에 의해 인식될 수 있도록 하는 항원의 제시로 이어진다. 일부 실시양태에서, MHC 복합체는 CD8-양성 (CD8+) T "킬러" 세포와 쌍을 형성하는 MHC 클래스 I (MHC I) 복합체일 수 있다. 일부 실시양태에서, MHC 복합체는 CD4-양성 (CD4+) T 세포와 쌍을 형성하는 MHC 클래스 II (MHC II) 복합체일 수 있다. 각 comPACT에 코딩되는 MHC 대립유전자는 다른 MHC I 또는 II 대립유전자로 용이하게 교체됨으로써, 임의 MHC 일배체형을 갖는 환자로부터의 T 세포의 항원 조사(antigenic interrogation)를 가능하게 할 수 있다.
일부 실시양태에서, comPACT의 MHC 클래스 I 중쇄 서열은 프롤린이 아닌 다른 비-방향족 아미노산에 의한 tyr-84의 치환과 같은 하나 이상의 아미노산 치환, 첨가 및/또는 결실을 포함할 수 있다. 이러한 실시양태에서, 아미노산 치환은 류신, 이소류신, 발린, 세린, 트레오닌, 알라닌, 히스티딘, 글루타민, 아스파라긴, 리신, 아스파르트산, 글루탐산, 시스테인, 아르기닌, 세린 또는 글리신과 같이 표준 유전자 코드에 의해 코딩되는 아미노산일 수 있거나, 또는 변형 또는 비일반(unusual) 아미노산일 수 있다. 일 실시양태에서, comPACT의 MHC 클래스 I 중쇄 서열은 티로신-84 대 알라닌 치환을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, comPACT의 MHC 클래스 I 중쇄 서열은 티로신-84 대 시스테인 치환을 포함한다.
일부 실시양태에서, MHC 대립유전자에는 막횡단 도메인이 결핍되어 있다. 일부 실시양태에서, MHC 대립유전자에는 세포질 도메인이 결핍되어 있다. 일부 실시양태에서, MHC 대립유전자에는 막횡단 도메인 및 세포질 도메인이 결핍되어 있다. 일부 실시양태에서, HLA 대립유전자에는 막횡단 도메인이 결핍되어 있다. 일부 실시양태에서, HLA 대립유전자에는 세포질 도메인이 결핍되어 있다. 일부 실시양태에서, HLA 대립유전자에는 막횡단 및 세포질 도메인이 결핍되어 있다.
어떠한 MHC 또는 HLA 대립유전자도 본원에서 기술되는 comPACT에 사용될 수 있다. 대표적인 HLA 대립유전자에는 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01이 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 다른 적합한 HLA 대립유전자도 본원에서 기술되는 comPACT에 사용될 수 있다.
β2-마이크로글로불린 (β2M)은 재조합 β2M 분자를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, β2M 서열은 상기 기술한 바와 같이 하나 이상의 아미노산 치환, 첨가 및/또는 결실을 포함할 수 있다. 일 실시양태에서, 이와 같은 치환은 세린-88 대 시스테인 치환을 포함한다.
hGH 신호 서열, 견본 신생항원 삽입물, HLA*A02:01 대립유전자, AviTag 펩티드, TEV 절단 부위 및 콘카테머화된(concatenated) His 태그를 포함하는 대표적인 comPACT 단백질의 아미노산 및 뉴클레오티드 서열을 하기 표 1에 나타내었다.
<표 1>
Figure pct00001
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 분자는 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열, (vii) 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 태그 서열, (viii) 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (ix) 서열식별번호: 35에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 태그 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 분자는 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 분자는 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열, (vii) 제1 친화성 태그 서열, (viii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (ix) 제2 친화성 태그를 포함한다.
일부 실시양태에서, 폴리펩티드는 5'에서 3' 방향으로 (i) 서열식별번호: 2에 나타낸 서열을 포함하는 프로모터 펩티드, (ii) 제1 범용 표적 펩티드, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 제2 범용 표적 펩티드, (v) 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 펩티드, 및 (vi) 서열식별번호: 38-103에 나타낸 서열을 포함하는 MHC 펩티드를 포함한다.
범용 서열
항원 펩티드에는 일반적으로 범용 표적 서열 또는 그의 일부가 플랭킹한다. 이러한 서열은 폴리뉴클레오티드 MHC 주형에 뉴클레오티드를 코딩하는 항원 펩티드를 대체시키거나 삽입하기 위한 빠른 고처리량의 방법을 가능하게 한다. 범용 서열은 제한 분해-기반 클로닝을 위한 제한 부위를 포함할 수 있다. 대표적인 제한 부위에는 NotI, BamHI, BlpI, BspEI, BstBI, Xbal, HindIII, EcoRI, ApaI, NotI 및 이들의 임의 조합이 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 특정 측면에서는, 예를 들면 표적-외 효과를 감소시키거나 제거하기 위해, 및/또는 특이성을 증가시키기 위해, 조작되는 유전자 재료에 1종 이상의 범용 표적 서열이 존재하지 않는다.
범용 표적 서열은 길이가 4-100개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이, 30-40개 사이, 15-75개 사이, 50-100개 사이, 50-75개 사이, 75-100개 사이, 25-50개 사이, 40-50개 사이, 50-60개 사이, 60-70개 사이, 70-80개 사이, 80-90개 사이 또는 90-100개 사이 뉴클레오티드일 수 있다. 범용 서열은 길이가 적어도 4, 적어도 10, 적어도 15, 적어도 20, 적어도 25, 적어도 30, 적어도 35, 적어도 40, 적어도 45, 적어도 50, 적어도 60, 적어도 70, 적어도 80, 적어도 90 또는 적어도 100개 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 실시양태에서, 범용 표적 서열은 길이가 4-8개, 예컨대 4, 5, 6, 7 또는 8개 뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서, 범용 표적 서열은 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드, 예컨대 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 또는 35개 뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서, 범용 표적 서열은 길이가 35-75개 사이 뉴클레오티드, 예컨대 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74 또는 75개 뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서, 범용 표적 서열은 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 동일하지 않은 적어도 2개의 범용 표적 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 동일한 적어도 2개의 범용 표적 서열을 포함한다.
대표적인 범용 표적 서열을 표 2에 나타내었다.
<표 2>
Figure pct00002
일부 실시양태에서, 범용 표적 서열은 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 프라이머 표적 서열 또는 프라이머 결합 부위를 포함한다. 본원에서 개시되는 조성물 및 방법에서는, 관련 기술분야에 알려져 있는 범용 프라이머 서열이 사용될 수 있거나, 또는 이전에 기술된 범용 프라이머 서열과 서열이 다를 수 있다.
일부 실시양태에서, 제1 및/또는 제2 범용 표적 서열은 제한 효소 절단 부위를 포함한다.
링커
다양한 실시양태에서, comPACT는 항원 펩티드 분절과 β2-마이크로글로불린 분절 사이에 개재된 제1 유연성 링커를 포함할 수 있다. 그와 같은 링커는 항원 펩티드 분절의 카르복실 말단으로부터 연장되어 그것을 β2-마이크로글로불린 분절의 아미노 말단에 연결하거나, 또는 그 반대일 수 있다. 이론에 얽매이는 것은 아니나, comPACT가 발현될 때, 연결된 펩티드 리간드는 결합 그루브로 폴딩되어 기능성인 comPACT 단백질로 이어질 수 있다. 다양한 실시양태에서, 이와 같은 링커는 적어도 약 4개의 아미노산, 약 20개 이하의 아미노산, 예컨대 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 아미노산을 포함할 수 있다.
다양한 실시양태에서, comPACT는 β2-마이크로글로불린 분절과 MHC 중쇄 분절 사이에 개재된 제2 유연성 링커를 포함할 수 있다. 그와 같은 링커는 β2-마이크로글로불린 분절의 카르복실 말단으로부터 연장되어 그것을 중쇄 분절의 아미노 말단에 연결하거나, 또는 그 반대일 수 있다. 이론에 얽매이는 것은 아니나, comPACT가 발현될 때, β2-마이크로글로불린 및 중쇄는 결합 그루브로 폴딩되어 T 세포 증식을 촉진하는 데에 기능할 수 있는 분자로 이어질 수 있다. 다양한 실시양태에서, 이와 같은 링커는 적어도 약 4개의 아미노산, 약 20개 이하의 아미노산, 예컨대 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 아미노산을 포함할 수 있다.
다양한 실시양태에서, comPACT는 MHC 중쇄 분절과 정제 클러스터 사이에 개재된 제3 유연성 링커를 포함할 수 있다. 그와 같은 링커는 중쇄 분절의 카르복실 말단으로부터 연장되어 그것과 정제 클러스터의 아미노 말단을 연결하거나, 또는 그 반대일 수 있다.
관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 적절한 유연성 링커 서열도 사용될 수 있다. 그와 같은 링커 서열에는 GS, SG, GGGGS (G4S), GGGS (G3S), GSGGS 또는 GCGGS 서열 모티프 중 1종 이상의 반복 단위를 포함하는 글리신-세린 서열이 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 다수의 연속되는 링커 서열 모티프 단위가 사용될 수도 있다. 일부 실시양태에서, 유연성 링커 서열은 적절한 링커 서열의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 또는 10개 반복 단위를 포함한다.
링커는 링커 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이의 디술피드 결합을 위한 시스테인 잔기를 포함함으로써, 시스테인 잔기가 디술피드 트랩을 형성하도록 할 수도 있다. 일부 실시양태에서, 링커 서열 또는 제2 범용 표적 펩티드는 시스테인 잔기를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커 서열 또는 제2 범용 표적 펩티드는 MHC 대립유전자와 디술피드 결합을 형성하는 시스테인 잔기를 포함한다.
신호 서열
다양한 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드는 예를 들면 폴리뉴클레오티드의 경우 신호 펩티드를 코딩하는 신호 서열을 포함할 수 있다. 신호 서열은 분비 신호 서열일 수 있다. 분비 신호 서열은 포유동물 세포에서 번역된 단백질을 분비 경로를 통해 안내하고, 번역된 단백질이 세포 품질 제어에 적용되는 것을 보장한다. 분비 신호의 포함은 comPACT 단백질이 세포 배지로 분비됨으로써 그것이 균질하게 잘 폴딩되고 배지 또는 정화된 상청액으로부터 더 용이하게 단리되는 것을 보장할 수 있다.
일 실시양태에서, 신호 서열은 인간 성장 호르몬 (hGH) 유래의 신호 서열이다. 또 다른 실시양태에서, 신호 서열은 hIG1 카파 경쇄, 베타 2 마이크로글로불린 (β2M) 또는 IL2 신호 서열 유래의 신호 서열이다. β2M (예컨대 인간 β2M) 또는 관련 기술분야에 알려져 있는 임의의 다른 진핵 또는 원핵 신호 서열 유래의 신호 서열을 포함하여, 추가적인 신호 서열이 사용될 수도 있다.
신호 서열은 길이가 10-100, 10-20, 10-50, 10-40, 20-40, 20-60, 40-90, 40-60, 45-70, 50-80, 60-90, 55-70, 60-80, 70-80, 50-100, 60-100, 70-100, 80-100 또는 90-100개 사이 뉴클레오티드일 수 있다. 신호 펩티드는 길이가 3-33, 3-10, 10-30, 10-20, 15-30 또는 20-30개 사이 아미노산일 수 있다.
대표적인 신호 서열을 표 3에 나타내었다.
<표 3>
Figure pct00003
일부 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 1, 24, 26 또는 28에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 2, 23, 25 또는 27에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 신호 서열은 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 서열을 코딩한다. 또 다른 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 1에 나타낸 서열을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 신호 서열은 서열식별번호: 2에 나타낸 서열을 포함한다.
프로모터
comPACT 폴리뉴클레오티드 조성물은 추가로 예를 들면 숙주 세포에 의해 번역될 수 있는 mRNA 전사체의 전사를 위한 프로모터를 포함할 수 있다. 프로모터는 기원이 원핵 또는 진핵 (예컨대 포유동물)일 수 있다. EF1α, 시토메갈로바이러스 (CMV) 또는 SV40과 같이, 세포에서의 유전자 전사를 위한 어떠한 적절한 프로모터도 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 CMV 프로모터를 포함한다.
다양한 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 서열의 5' 말단은 추가로 제1 범용 표적의 5' 말단에 연결된 프로모터 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV, EF1α 및 SV40 프로모터로 이루어진 군에서 선택된다. 일 실시양태에서, 프로모터 서열은 CMV 프로모터 서열이다. 일 실시양태에서, 프로모터 서열은 서열식별번호: 37에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함한다.
친화성 태그
comPACT 폴리뉴클레오티드 조성물은 추가로 친화성 태그 또는 펩티드를 코딩하는 적어도 1종의 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 적어도 2종의 친화성 태그 또는 펩티드 서열을 포함한다.
어떠한 적절한 친화성 태그 또는 펩티드도 comPACT 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드에 사용될 수 있다. 그와 같은 펩티드에는 AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그가 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 폴리뉴클레오티드 comPACT 유전자의 서열은 통상적으로 comPACT 폴리펩티드 중 펩티드들로 번역된다. 이러한 에피토프는 친화성 크로마토그래피 정제 또는 발현되는 comPACT 폴리펩티드의 정량에 사용될 수 있다. 예를 들면, His6 태그는 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 comPACT 단백질을 정제하는 데에 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, Hs6 태그는 임의적인 링커 서열과 함께 다수의 His6 단위를 포함하는 콘카테머화된 His6 태그일 수 있다. 제1 및 제2 친화성 태그는 동일할 수 있거나, 즉 모두 His6 태그 또는 모두 HA 태그일 수 있거나, 또는 그것이 상이한 태그, 즉 스트렙타비딘-태그 및 His6 태그일 수 있다.
또한, AviTag는 BirA 효소에 의해 인식되는 비오티닐화 부위를 코딩한다. 단백질에서의 이와 같은 펩티드 서열의 포함은 BirA에 의한 효소적 변형을 통한 서열의 비오티닐화를 가능하게 한다. 이에 따라, AviTag 서열 및 His6 태그를 포함하는 comPACT 폴리펩티드는 비오티닐화될 수 있으며, His6 태그를 통한 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 정제될 수 있고, 스트렙타비딘 또는 다른 아비딘 시약을 사용한 비오틴 가시화를 통해 정제된 단백질의 순도 또는 양이 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 His6 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 His6 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 콘카테머화된 His6 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열 및 His6 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열 및 콘카테머화된 His6 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드 및 His6 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드 및 콘카테머화된 His6 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 및 제2 친화성 태그는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그.
일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 FLAG 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 FLAG 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 HA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 HA 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 Myc 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 Myc 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 스트렙타비딘 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 스트렙타비딘 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열 및 FLAG 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드 및 FLAG 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열 및 HA 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드 및 HA 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 AviTag 서열 및 스트렙타비딘 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 AviTag 펩티드 및 스트렙타비딘 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 FLAG 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 펩티드, TEV 절단 부위 및 FLAG 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 HA 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 펩티드, TEV 절단 부위 및 HA 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 Myc 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 펩티드, TEV 절단 부위 및 Myc 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 스트렙타비딘 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 펩티드, TEV 절단 부위 및 스트렙타비딘 펩티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 His 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 FLAG 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 HA 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 Myc 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 스트렙타비딘 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 His 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 FLAG 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 HA 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 Myc 펩티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 스트렙타비딘 펩티드를 포함한다.
프로테아제 절단 부위
comPACT 폴리뉴클레오티드 조성물은 추가로 예를 들면 정제 클러스터에 프로테아제 절단 부위를 코딩하는 서열을 포함할 수 있다. 이와 같은 절단 부위는 제1 및 제2 친화성 태그 서열 사이에 코딩되어, 일단 comPACT가 발현되고 정제 과정을 받고 나면 comPACT 단백질로부터의 제2 친화성 태그의 절단을 가능하게 할 수 있다. 비제한적으로 특히 TEV, 트롬빈, 인자 Xa, 엔테로펩티다제 및 리노바이러스 3C 프로테아제에 의해 인식되는 절단 부위를 포함하여, 관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 적절한 프로테아제 절단 부위도 사용될 수 있다.
일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위 서열, 트롬빈 절단 부위 서열, 인자 Xa 절단 부위 서열, 엔테로펩티다제 절단 부위 서열 및/또는 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위 서열이다. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 뉴클레오티드 서열은 TEV 절단 부위를 코딩한다. 또 다른 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드는 TEV 프로테아제 절단 부위 ENLYFQG를 포함한다. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 뉴클레오티드 서열은 인자 Xa 절단 부위를 코딩한다. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 뉴클레오티드 서열은 리노바이러스 3C 절단 부위를 코딩한다. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 뉴클레오티드 서열은 엔테로펩티다제 절단 부위를 코딩한다. 일 실시양태에서, 프로테아제 절단 부위 뉴클레오티드 서열은 트롬빈 절단 부위를 코딩한다.
일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 TEV 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, TEV 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 트롬빈 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, 트롬빈 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 인자 Xa 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, 인자 Xa 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 엔테로펩티다제 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, 엔테로펩티다제 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 친화성 태그 서열은 AviTag 펩티드를 코딩하며, 프로테아제 절단 부위 서열은 리노바이러스 3C 절단 부위를 코딩하고, 제2 친화성 태그는 His6 펩티드를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 정제 클러스터는 AviTag 에피토프, 리노바이러스 3C 절단 부위 및 His6 에피토프를 포함한다.
폴리A 테일
comPACT 폴리뉴클레오티드 조성물은 추가로 폴리아데닐화 (폴리A) 테일을 포함할 수 있다. 포유동물, 진핵 또는 원핵 폴리A 서열 모티프가 사용될 수 있다. 이와 같은 서열은 comPACT 폴리뉴클레오티드가 (예컨대 발현 구축물 또는 벡터의 맥락이 아닌) 숙주 세포에의 직접적인 형질감염을 위해 PCR을 통해 조립되는 경우에 포함될 수 있다. 비제한적으로 SV40, hGH, bGH 및 rbGlob 서열을 포함한 어떠한 적절한 폴리A 테일 및 서열 모티프도 comPACT 폴리뉴클레오티드에 사용될 수 있다. 그와 같은 서열에는 하기 RNA 서열 모티프가 포함된다: AAUAA. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 bGH 폴리A 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 bGH 폴리A 서열, SV40 폴리A 서열, hGH 폴리A 서열 및 rbGlob 폴리A 서열에서 선택된다. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 SV40 폴리A 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 hGH 폴리A 서열을 포함한다. 일 실시양태에서, 폴리A 서열은 rbGlob 폴리A 서열을 포함한다.
항원 서열
항원 서열은 길이가 5-100개 사이, 5-10개 사이, 10-20개 사이, 10-30개 사이, 10-40개 사이, 10-50개 사이, 10-60개 사이, 10-70개 사이, 10-80개 사이, 10-90개 사이, 10-100개 사이, 20-100개 사이, 30-100개 사이, 40-100개 사이, 50-100개 사이, 60-100개 사이, 70-100개 사이, 80-100개 사이, 90-100개 사이, 20-40개 사이, 20-50개 사이, 20-60개 사이, 20-70개 사이, 20-80개 사이, 20-19개 사이, 20-100개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 20-45개 사이, 30-45개 사이, 30-50개 사이, 30-60개 사이, 30-70개 사이, 30-80개 사이, 30-90개 사이, 30-100개 사이, 40-50개 사이, 40-60개 사이, 45-60개 사이, 40-70개 사이, 40-80개 사이, 40-90개 사이, 40-100개 사이, 50-60개 사이, 50-70개 사이, 50-80개 사이, 50-90개 사이, 50-100개 사이, 60-70개 사이, 60-80개 사이, 60-90개 사이, 60-100개 사이, 70-80개 사이, 80-90개 사이, 80-100개 사이 또는 90-100개 사이 뉴클레오티드일 수 있다. 항원 서열은 길이가 적어도 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 또는 100개 뉴클레오티드일 수 있다. 항원 펩티드는 길이가 3-50개 사이, 3-10개 사이, 5-15개 사이, 7-15개 사이, 5-20개 사이, 7-20개 사이, 10-15개 사이, 10-20개 사이, 15-20개 사이, 20-25개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 30-40개 사이 또는 40-50개 사이 아미노산일 수 있다. 항원 펩티드는 길이가 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개 아미노산일 수 있다. 항원 펩티드는 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 또는 미생물 항원을 포함할 수 있다. 일 실시양태에서, 항원 펩티드는 신생항원이다. 항원 펩티드는 1종 이상의 체세포 돌연변이를 갖는 항원을 선택하기 위해 환자 데이터로부터 선택될 수 있다. 항원 펩티드의 예측은 예측 알고리즘, 및 항원 펩티드 또는 신생항원과 HMC 대립유전자의 예측 결합을 포함할 수 있다. 항원 펩티드의 예측에 대해서는 하기에서 추가로 논의된다.
일부 실시양태에서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 길이가 20-60개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 20-45개 사이, 30-45개 사이, 40-60개 사이 또는 45-60개 사이 뉴클레오티드이다. 다른 실시양태에서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 길이가 20-30개 사이 뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 항원 펩티드는 길이가 7-15개 아미노산, 7-10, 8-9, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개 아미노산이다. 일부 실시양태에서, 항원 펩티드는 길이가 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 20개 아미노산이다.
비오티닐
본원에서 기술되는 comPACT 단백질은 추가로 임의의 적절한 방법을 통해 비오티닐화될 수 있다. 한 가지 그와 같은 방법은 BirA 비오틴-단백질 리가제를 이용하며, 시중에서 구입가능하다. 해당 단백질에는 AvtiTag 서열 (GLNDIFEAQKIEWHE)로 알려져 있는 특정 아미노산 서열이 코딩된다. BirA 리가제, d-비오틴 및 ATP가 해당 단백질을 함유하는 반응 혼합물에 첨가된다. BirA는 AviTag 서열 중 리신에 비오틴을 공유 라이게이션시킴으로써, 해당 단백질을 비오티닐화한다. 이후, 새로 비오티닐화된 단백질은 정제되어 하류 적용분야에 사용될 수 있다. 단백질을 비오티닐화하는 다른 관련 기술분야 공지의 방법이 이용될 수도 있다.
일부 실시양태에서, comPACT 단백질은 정제된 BirA 단백질을 사용하여 단백질 정제 후에 비오티닐화된다. 일부 실시양태에서, comPACT 단백질은 정제된 BirA 단백질을 사용하여 단백질 정제 동안 세포 용해물 중에서 비오티닐화된다. 정제된 BirA 및 정제되거나 부분적으로 정제된 comPACT 단백질을 사용한 그와 같은 방법은 "시험관내" 비오티닐화로 지칭된다. 일부 실시양태에서, comPACT 단백질은 세포에서의 단백질 제조 동안 세포 세포질 중의, 세포 표면상의, 또는 세포 배양 배지로 분비된 세포-발현 BirA 단백질에 의해 비오티닐화된다. 세포-발현 BirA 및 미정제 comPACT 단백질을 사용한 그와 같은 방법은 "생체내" 비오티닐화로 지칭된다.
발현 구축물 및 벡터
comPACT 폴리뉴클레오티드 분자는 예를 들면 플라스미드 및 단백질 제조를 위해 발현 구축물 또는 벡터에 삽입될 수 있다. 발현 구축물 또는 벡터는 플라스미드 또는 바이러스 벡터일 수 있다. 박테리아 발현 플라스미드, 예컨대 에셰리키아 콜리 또는 바실루스 서브틸리스 (Bacillus subtilis ) 플라스미드; 진핵 발현 벡터, 예컨대 피치아 파스토리스 (Pichia pastoris ) 발현 벡터; 또는 바이러스 벡터, 예컨대 렌티바이러스 벡터, 박시니아 벡터 또는 바큘로바이러스 벡터를 포함하여, 관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 적합한 발현 구축물 또는 벡터도 사용될 수 있다. 중국 햄스터 난소 (CHO), HEK293, Expi293 또는 임의의 다른 적합한 포유동물 세포주와 같은 배양된 포유동물 세포주에서 사용하기 위한 포유동물 발현 벡터 역시 고려된다. 또한, 발현 구축물 또는 벡터는 뉴클레오티드 바코드를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 바코드는 각 발현 구축물 또는 벡터에 대해 고유할 수 있다. 일부 실시양태에서는, 신호 서열, 베타-2-마이크로글로불린 및 MHC 대립유전자를 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 비-코딩 또는 견본 항원 삽입물과 함께 발현 구축물 또는 벡터에 라이게이션될 수 있다. 이후, 이와 같은 비-코딩 항원 삽입물이 제한 분해와 같은 적절한 클로닝 기술에 의해 제거되고, 라이게이션 또는 임의의 다른 적절한 클로닝 기술을 통해 원하는 항원 서열이 삽입될 수 있다.
일부 측면에서, 본원에서 제공되는 것은 상이한 MHC 대립유전자를 코딩하는 2종 이상의 구별되는 벡터를 포함하는 라이브러리이다.
숙주 세포
또 다른 측면에서, 본원에서 제공되는 것은 본원에서 기술되는 바와 같은 폴리뉴클레오티드 분자 또는 발현 구축물을 포함하는 숙주 세포이다. 숙주 세포는 비제한적으로 박테리아 세포 예컨대 에셰리키아 콜리 또는 바실루스 서브틸리스, 또는 진핵 숙주 세포 예컨대 중국 햄스터 난소 (CHO), HEK293, Expi293, HeLa, 곤충 세포주 예컨대 Sf9 또는 Sf12, 또는 효모 세포 예컨대 피치아 파스토리스를 포함하여, 관련 기술분야에 알려져 있는 임의의 적합한 숙주 세포일 수 있다. 숙주 세포는 비오티닐화 효소 BirA를 안정하게 발현할 수도 있다. 숙주 세포는 초대 세포 또는 무한증식 세포일 수 있다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 세포 게놈에 통합된다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 염색체외의 것이다. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 포유동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 인간 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: 줄기 세포, 종양 세포, 무한증식 세포 및 태아 세포. 일부 실시양태에서, 숙주 세포는 원핵 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 에셰리키아 콜리 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 BirA 단백질 또는 그의 단편을 발현한다.
라이브러리
역시 고려되는 것은 2종 이상의 구별되는 comPACT 폴리뉴클레오티드 분자, 폴리펩티드 분자, 또는 입자에 부착된 폴리펩티드 분자를 포함하는 라이브러리이다. 라이브러리는 2 내지 1000종의 분자를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 2-900, 2-800, 2-700, 2-600, 2-500, 2-480, 2-400, 2-300, 2-200, 2-100, 2-50, 2-66, 2-48, 2-30, 2-20, 2-19, 10-1000, 10-900, 10-800, 10-700, 10-600, 10-500, 10-480, 10-400, 10-300, 10-200, 10-100, 10-50, 10-66, 10-48, 10-30, 10-20, 20-1000, 20-900, 20-800, 20-700, 20-600, 20-500, 20-480, 20-400, 20-300, 20-200, 20-100, 20-50, 20-50, 20-66, 20-48, 20-30, 30-1000, 30-900, 30-800, 30-700, 30-600, 30-500, 30-480, 30-400, 30-300, 30-200, 30-100, 30-50, 30-50, 30-66, 30-48, 30-40, 40-1000, 40-900, 40-800, 40-700, 40-600, 40-500, 40-480, 40-400, 40-300, 40-200, 40-100, 40-60, 40-50, 40-66, 40-48, 50-1000, 50-900, 50-800, 50-700, 50-600, 50-500, 50-480, 50-400, 50-300, 50-200, 50-100, 50-60, 50-66, 60-1000, 60-900, 60-800, 60-700, 60-600, 60-500, 60-480, 60-400, 60-300, 60-200, 60-100, 70-1000, 70-900, 70-800, 70-700, 70-600, 70-500, 70-480, 70-400, 70-300, 70-200, 70-100, 70-80, 70-90, 80-1000, 80-900, 80-800, 80-700, 80-600, 80-500, 80-480, 80-400, 80-300, 80-200, 80-100종 사이의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 2-19종, 48-480종 사이, 48-66종 사이, 66-480종 사이, 220-240종 사이, 40-60종 사이, 48-66종 사이, 50-70종 사이 또는 60-80종 사이의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 2, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 48, 50, 55, 60, 65, 66, 70, 75, 80, 85, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375, 400, 425, 450, 475, 500, 525, 550, 600, 562, 650, 675, 700, 725, 750, 775, 800, 825, 850, 875, 900, 925, 950, 975 또는 1000종의 comPACT 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 2, 10, 15, 20, 24, 48, 66, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900 또는 1000종의 comPACT 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 분자를 포함한다. 상기 분자들은 폴리뉴클레오티드, 폴리펩티드, 또는 입자에 부착된 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시양태에서, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 분자들은 구별되는 항원 펩티드 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 2종 이상의 분자들은 구별되는 항원 펩티드 서열 및 구별되는 MHC 분자를 갖는다.
일부 실시양태에서, 라이브러리는 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 각 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 MHC 대립유전자 서열은 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않다.
일 실시양태에서, 라이브러리는 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 대립유전자 중 적어도 2종 이상을 포함한다. 일 실시양태에서, 라이브러리는 적어도 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 대립유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 라이브러리는 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하고, 항원 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않으며, 각 구별되는 폴리펩티드는 입자에 부착된다. 일부 실시양태에서, 라이브러리는 추가로 각 구별되는 폴리펩티드의 정체성과 작동가능하게 연관된 고유의 정해진 바코드 서열을 포함한다.
실시양태는 정해진 바코드 서열을 포함하는 바코드화된 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 바코드화된 폴리뉴클레오티드는 T 세포 단리 후의 식별을 위한 고유의 항원-특이적 서열을 제공하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 이에 따라, 각 고유 comPACT는 고유의 정해진 바코드 서열을 갖는 입자에 부착된다. 이는 그 쌍에 고유한 주어진 항원과 주어진 바코드 사이의 작용가능한 연관을 가능하게 한다.
바코드화 폴리뉴클레오티드는 ssDNA 또는 dsDNA일 수 있다. 바코드를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 그의 5' 말단에서 입자에의 부착을 위한 부착 잔기를 포함하도록 변형될 수 있다. 예를 들어, 바코드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드는 덱스트란과 같은 입자에 부착된 스트렙타비딘-코어에의 결합을 위해 비오틴 분자에 접합된다. 그러나, 어떠한 적합한 부착 잔기도 입자에의 폴리뉴클레오티드의 부착에 사용될 수 있다. 본원에서 기술되는 바와 같이, 그리고 관련 기술분야 통상의 기술자라면 알고 있을 바와 같이, 적합한 부착 잔기 쌍에 대해서는 관련 기술분야에 알려져 있다. 부착 잔기의 비-제한적인 예에는 티올, 말레이미드, 아다만탄, 시클로덱스트린, 아민, 카르복시, 아지드 및 알킨이 포함된다.
입자
본원에서 사용될 때, "나노입자" 또는 대안적으로 "입자"는 특이적으로 분류 또는 단리될 수 있으며, 다른 것이 거기에 부착될 수 있는 기재를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 나노입자는 예를 들면 자석을 사용한 단리를 위해, 자성이다. 일부 실시양태에서, 자성 나노입자는 자성 산화 철을 포함한다. 자성 입자의 예에는 다이나비즈(Dynabeads)™ (서모 피셔(Thermo Fisher) 사)가 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 일부 실시양태에서, 나노입자는 예를 들면 중력에 의한 단리를 위한 폴리스티렌 입자이다. 다른 실시양태에서, 입자는 표면, 비드 또는 중합체일 수 있다. 비드의 예에는 아가로스 비드 및 세파로스 비드가 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 구체적인 실시양태에서, 입자 또는 나노입자는 형광성이거나, 또는 직간접적으로 형광단에 부착될 수 있다.
특정 실시양태에 있어서, 나노입자는 추가적인 분자를 부착시키기 위한 부착 잔기를 사용하여 개질된다. 나노입자의 개질에는 폴리뉴클레오티드에 부착되어 있는 상응하는 동계 (예컨대 상보성인) 부착 잔기와 쌍을 형성할 수 있는 (예컨대 거기에 공유 결합할 수 있는) 부착 잔기가 포함된다. 어떠한 적합한 부착 잔기 쌍도 부착용으로 나노입자 및 폴리뉴클레오티드 검출 태그를 개질하는 데에 사용될 수 있다. 부착 잔기 쌍의 비-제한적인 예에는 스트렙타비딘/비오틴 시스템, 티올 기 (예컨대 시스테인)와 말레이미드, 아다만탄과 시클로덱스트린, 아미노기와 카르복시 기, 그리고 아지도 기와 알키닐 기가 포함된다. 일부 실시양태에서, 부착 잔기는 절단 잔기를 포함할 수 있다. 다른 실시양태에서, 상보성인 동계 부착 잔기에 결합된 부착 잔기는 환원성 티올 기와 같이 가역적일 수 있다. 대표적인 실시양태에서, 개질된 나노입자는 스트렙타비딘 코팅된 자성 나노입자, 예컨대 1 μm 나노입자 (예컨대 서모피셔 사이언티픽(ThermoFisher Scientific)사의 다이나비드™ 마이원(MyOne)™ 스트렙타비딘 T1 비드)이며, 폴리뉴클레오티드는 개질된 나노입자에의 부착을 위해 비오티닐화될 수 있다.
입자는 덱스트란, 예컨대 비오티닐화된 덱스트란 또는 스트렙타비딘 코팅된 덱스트란일 수 있다. 개질된 덱스트란에 대해서는 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 문헌 [Bethune et al., BioTechniques 62:123-130 Mar. 2017] 및 US 공개 제2015/0329617호에 더 상세하게 기술되어 있다. 비오티닐화된 comPACT는 스트렙타비딘 코팅된 덱스트란에 부착될 수 있다.
comPACT는 스트렙타비딘 코어에 결합된 1, 2, 3 또는 4개의 비오티닐화된 comPACT 단백질을 포함하는 사량체로 조립될 수도 있다. 사량체는 또한 스트렙타비딘 코어에 결합된 형광단, 예컨대 피코에리트린 (PE) 또는 알로피코시아닌 (APC)을 포함할 수 있다. MHC 클래스 I 및 II 사량체에 대해서는 관련 기술분야에 잘 알려져 있다. MHC 클래스 I 사량체에 대해서는 문헌 [Burrow SR et al., J Immunol December 1, 2000, 165 (11) 6229-6234]에 더 상세하게 기술되어 있으며, MHC 클래스 II 사량체에 대해서는 문헌 [Nepom GT, J Immunol March 15, 2012, 188 (6) 2477-2482]에 더 상세하게 기술되어 있으며, 모두 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
comPACT 단백질은 또한 다량체로 조립될 수 있다. 일부 실시양태에서, comPACT 단백질 다량체는 이량체, 삼량체, 사량체, 오량체, 육량체 또는 더 고급 수준의 다량체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 다량체는 적어도 2개 이상의 comPACT 단백질을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 다량체는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 comPACT 단백질을 포함할 수 있다.
제조 방법
항원 예측
comPACT를 제조하는 데에는, 개시 단계들 중 하나로서 환자의 종양-특이적 항원 (예컨대 신생항원)의 식별이 포함될 수 있다. 이와 같은 방법에 의해 제조되는 조성물은 이후 예를 들면 환자-특이적 암 면역치료법을 위한 T-세포 매개 면역 과정에서 이용될 수 있다. 환자의 추정상 신생항원 (종양 또는 병원체)의 식별을 위해서는, 전체 게놈, 전체 엑솜 또는 전사체 서열분석 데이터를 포함한 종양, 바이러스 또는 박테리아 서열분석 데이터를 분석하여 추정상 발현 신생항원에 상당하는 1종 이상의 돌연변이를 식별하는 인실리코 예측 알고리즘 프로그램이 이용될 수 있다. 또한, 그 전체 내용이 본원에 참조로 포함되는 문헌 [Fritsch et al., 2014, Cancer Immunol Res., 2:522-529]에 검증되어 있는 바와 같이, 환자의 종양 또는 혈액 샘플로부터 인간 백혈구 항원 (HLA) 유형화가 결정될 수 있는데, 이와 같은 HLA 정보는 식별된 추정상 신생항원 펩티드 서열과 함께 MHC 결합을 위한 예측 알고리즘에서 이용될 수 있다. 백인에서의 HLA-A*02, 24, 01; HLA-B*35, 44, 51; DRB1*11, 13, 07, 아프리카계-브라질인에서의 HLA-A*02, 03, 30; HLA-B*35, 15, 44; DRB1*13, 11, 03, 및 아시아인에서의 HLA-A*24, 02, 26; HLA-B*40, 51, 52; DRB1*04, 15, 09와 같이 인간 군집에서 흔하게 발견되는 HLA가 신생항원 예측 알고리즘에 포함될 수도 있다. HLA 대립유전자들의 특정 쌍형성이 사용될 수도 있다. 인간 군집에서 발견되는 통상적인 대립유전자에 대해서는 문헌 [Bardi et al. (Rev Bras Hematol Hemoter. 2012; 34(1): 25-30.)]에 더 기술되어 있다.
신생항원을 식별하기 위한 방법의 추가적인 예에는 서열분석을 질량-분광법 및 MHC 제시 예측과 조합하는 것 (예컨대 US 공개 제2017/0199961호) 및 서열분석을 MHC 결합 친화성 예측과 조합하는 것 (예컨대 공고된 US 특허 9,115,402호)이 포함된다. 또한, 예컨대 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 US 공개 제2017/0003288호 및 PCT/US17/59598호에 기술되어 있는 바와 같이, 신생항원 특이적 T 세포가 환자 샘플에 존재하는지 여부를 확인하는 데에 유용한 방법들이 본원에서 기술되는 방법과의 조합으로서 사용될 수 있다. 이러한 분석들은 동계 항원-특이적 T 세포의 스크리닝을 위한 일상적인 방법을 사용하여 용이하게 합성될 수 있는 환자의 후보 신생항원 펩티드들의 순위화된 목록으로 이어진다.
프라이머 어닐링 및 제한 분해 조립
일반적으로, comPACT 폴리뉴클레오티드의 제조는 본원에서 개시되는 절차에 의해, 그리고 알려져 있는 재조합 DNA 기술들, 예컨대 플라스미드 DNA의 제조, 제한 효소를 사용한 DNA의 절단, DNA의 라이게이션, 숙주의 형질전환 또는 형질감염, 숙주의 배양, 및 발현된 융합 복합체의 단리 및 정제에 의해 수행될 수 있다. 그와 같은 절차들에 대해서는 일반적으로 알려져 있으며, 상기 문헌 [Sambrook et al.]과 같은 표준 참고문헌에 개시되어 있다.
일부 측면에서, MHC 클래스 I 중쇄를 코딩하는 DNA는 예를 들면 인간 림프모세포성 세포와 같은 적합한 세포주로부터 수득될 수 있다. 다양한 구성으로, 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 또는 관련 기술분야에 알려져 있는 다른 수단에 의해 클래스 I 중쇄를 코딩하는 유전자 또는 cDNA가 증폭될 수 있다. 일부 측면에서, PCR 생성물은 링커, 및/또는 해당 서열의 라이게이션을 위한 1종 이상의 제한 효소 부위를 코딩하는 서열을 포함할 수도 있다.
일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드를 코딩하는 벡터는 항원 펩티드를 코딩하는 서열에의 MHC 중쇄 및 β2-마이크로글로불린을 코딩하는 서열의 라이게이션에 의해 제조될 수 있다. 항원 펩티드를 코딩하는 DNA는 자연 공급원 유래의 DNA를 단리하는 것에 의해, 또는 공지의 합성 방법, 예컨대 포스페이트 트리에스테르법에 의해 수득될 수 있다. 예를 들면 문헌 [Oligonucleotide Synthesis, IRL Press (M. Gait, ed., 1984)]을 참조한다. 합성 올리고뉴클레오티드는 시중에서 구입가능한 자동 올리고뉴클레오티드 합성기를 사용하여 제조될 수도 있다. 본원에서 논의되는 바와 같은 범용 표적 서열을 코딩하는 DNA 서열은 신호 서열을 코딩하는 서열과 항원 펩티드를 코딩하는 서열 사이에 개재될 수 있으며, 제2 범용 표적 서열은 항원 펩티드 분절을 코딩하는 서열과 β2-마이크로글로불린 분절을 코딩하는 서열 사이에 개재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 분절들은 리가제를 사용하여 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 항원 펩티드를 코딩하는 서열은 적합한 폴리뉴클레오티드 키나제를 사용하여 인산화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드 키나제는 상기 T4 폴리뉴클레오티드 키나제이다. 비제한적으로 T7 폴리뉴클레오티드 키나제로도 알려져 있는 T4 폴리뉴클레오티드 키나제를 포함하여, 관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 적절한 폴리뉴클레오티드 키나제도 사용될 수 있다.
PCR 조립
일부 측면에서, comPACT는 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 증폭을 통해 조립될 수 있다. 제한 분해 방법과 유사하게, MHC 중쇄 및 β2-마이크로글로불린을 코딩하는 DNA는 적합한 공급원으로부터 수득될 수 있다. 선택된 신호 서열을 코딩하는 두 번째 DNA 단편 역시 적합한 공급원으로부터 수득될 수 있다. 두 DNA 단편은 상이한 범용 표적 서열을 가지고 있어서, 하나의 범용 서열을 위한 프라이머가 제2 범용 서열에는 어닐링되지 않을 수 있다. 선택된 항원 펩티드를 코딩하는 2종의 서열이 합성될 수 있는데; 1종은 5' 말단에 항원 서열을, 그리고 3' 말단에 MHC DNA 단편상 범용 프라이머 서열의 상보체를 갖는 순방향 프라이머이며; 1종은 5' 말단에 선택된 항원 서열의 역상보체를, 그리고 3' 말단에 신호 서열 단편으로부터의 범용 프라이머의 역상보체를 갖는 역방향 프라이머이다. 4종 전체 DNA 단편, 그리고 신호 서열 단편의 5' 말단 및 MHC 대립유전자 단편의 3' 말단을 위한 프라이머를 사용한 PCR 반응은 3' 말단의 신호 서열 및 5' 말단의 항원 서열을 갖는 1종, 그리고 3' 말단의 항원 서열 및 3' 말단의 MHC 대립유전자를 갖는 1종인 2종 DNA 단편의 증폭을 초래하게 된다. 추가적인 PCR 증폭 주기는 중복되는 항원 펩티드 서열이 어닐링되는 것을 가능하게 함으로써, 단일 전체-길이 DNA 단편을 초래하게 된다. 일부 실시양태에서, 신호 펩티드 단편은 추가로 프로모터 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, MHC 단편은 추가로 정제 클러스터 및/또는 폴리A 테일을 포함한다.
숙주 세포의 형질감염, 형질도입 및 유전자 변형
comPACT 폴리뉴클레오티드는 비제한적으로 형질감염, 형질도입, 전기천공, 리포펙션, 초음파천공, 기계적 교란 또는 바이러스 벡터를 포함한 적절한 공지의 방법을 통해 숙주 세포에 삽입될 수 있다. 대표적인 형질감염 시약에는 엑스피펙타민, 리포펙타민, 폴리에틸렌이민 (PEI) 또는 퓨젠이 포함되나, 이에 제한되는 것은 아니다. 일부 예에서는, 엑스피펙타민이 comPACT 폴리뉴클레오티드를 사용하여 포유동물 세포를 형질감염시키는 데에 사용된다.
comPACT 폴리뉴클레오티드는 일시적으로 또는 안정하게 숙주 세포에서 발현될 수 있다. 일부 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 숙주 게놈에 통합된다. 다른 실시양태에서, comPACT 폴리뉴클레오티드는 염색체-외로 유지된다. 크리스퍼(CRISPR)/Cas9, 아연-핑거 뉴클레아제 또는 TALEN 뉴클레아제를 포함하여, 관련 기술분야에 알려져 있는 어떠한 적절한 유전자 편집 기술도 comPACT 폴리뉴클레오티드를 사용하여 숙주 세포를 변형시키는 데에 사용될 수 있다.
발현
수많은 전략들이 comPACT 다중단백질을 발현시키는 데에 사용될 수 있다. 예를 들면, comPACT는 제한 효소 및 리가제의 사용과 같은 공지의 방법에 의해 적합한 벡터에 통합될 수 있다 (예컨대 상기 문헌 [Sambrook et al.] 참조). 벡터는 클로닝 프로토콜과 관련된 인자들을 기준으로 선택될 수 있다. 예를 들면, 벡터는 사용되는 숙주와 상용성이며, 그를 위한 적정한 레플리콘을 포함할 수 있다. 적합한 숙주 세포에는 진핵 및 원핵 세포가 포함되며, 용이하게 형질전환되어 배양 배지에서 빠른 성장을 나타낼 수 있는 세포일 수 있다. 숙주 세포의 예에는 원핵생물 예컨대 이. 콜리 및 바실루스 서브틸리스, 그리고 진핵생물 예컨대 동물 세포 및 효모, 예를 들자면 포유동물 세포 및 인간 세포가 포함된다. comPACT를 발현시키기 위한 숙주로서 사용될 수 있는 포유동물 세포의 비-제한적인 예에는 J558, NSO, SP2-O, 293T, Expi293 및 CHO가 포함된다. 가능한 숙주의 다른 예로는 통상적인 배양 조건을 사용하여 성장될 수 있는 Sf9 또는 Sf12와 같은 곤충 세포가 포함된다. 상기 문헌 [Sambrook, et al.]을 참조한다. 다양한 실시양태에서, comPACT 폴리펩티드를 발현하는 세포는 공지의 방법을 사용하여 식별될 수 있다. 예를 들면, comPACT 폴리펩티드의 발현은 comPACT의 MHC 중쇄 부분에 대해 유도된 항체 프로브, 또는 His6와 같은 친화성 태그에 대한 항체, 또는 comPACT가 비오티닐화되어 있을 경우 스트렙타비딘 시약을 사용하여, 엘리사(ELISA) 또는 웨스턴 블럿(Western blot)에 의해 측정될 수 있다.
일부 측면에서, comPACT는 포유동물 세포에서 발현된다. 이. 콜리 세포 대신 포유동물 세포에서 단백질을 발현시키는 것의 이점은 다양하다. 이. 콜리 세포에서 발현되는 단백질은 지질다당류 (LPS)로부터 조심스럽게 정제 분리되어야 한다. 포유동물 세포에서의 단백질의 발현은 정제된 단백질의 LPS 오염으로 이어지지 않는다. 또한, 포유동물 세포는 포유동물 단백질을 적정하게 폴딩할 가능성이 더 높은데, 포유동물 세포가 적정한 디술피드 결합의 형성을 포함하여, 적정한 폴딩에 필요한 올바른 번역-후 변형을 동반하는 단백질을 생성시키기 때문이다. 또한, 포유동물 세포는 내형질 세망 또는 골지체에서의 단백질 폴딩을 돕는 올바른 샤프롱 단백질을 제공한다. 이는 이. 콜리 세포에서 발현되는 단백질과 비교하였을 때, 균질하게 잘 폴딩된 단백질의 정제 증가로 이어진다.
comPACT에는 LPS가 실질적으로 없을 수 있다. comPACT에는 LPS가 없을 수 있는데, 예를 들면 comPACT는 관련 기술분야에 알려져 있는 LPS-검출 방법을 사용하여 측정하였을 때, 검출가능한 LPS를 포함하지 않을 수 있다. comPACT는 글리코실화될 수 있다. comPACT는 진핵 또는 포유동물 세포에서의 발현을 통해, 예를 들면 글리코실화와 같은 1종 이상의 번역후 변형을 통해 변형될 수 있다. comPACT는 하나 이상의 번역-후 번형을 포함할 수 있다. comPACT는 (1) 거기에 LPS가 실질적으로 없거나 LPS가 없을 수 있으며; (2) 글리코실화될 수 있다.
대표적인 comPACT 작업단계 과정
도 24는 comPACT 단백질의 조립 및 발현의 대표적인 개략적 표시를 나타낸다. 원하는 신생항원 펩티드 서열을 코딩하는 센스 및 안티센스 올리고는 합성되고 어닐링되어 5' 및 3' 말단에 오버행을 갖는 이중 가닥 올리고를 형성하며, 그것은 이후 β2M 유전자 및 MHC 대립유전자를 포함하는 플라스미드로 라이게이션될 수 있다. 전체 comPACT 올리고는 이중 가닥 앰플리콘으로 증폭된 후, 단백질 발현 및 임의적인 비오티닐화를 위해 세포에 형질감염될 수 있다. comPACT 단백질은 SDS-PAGE를 통해 평가될 수 있다. comPACT는 이후 이. 콜리에서의 규모 증대 플라스미드 제조용으로 선택될 수 있다. 단백질 제조자 세포가 선택된 플라스미드로 형질감염되며, comPACT는 기능성 검정에서 사용하기 위해 제조자 세포로부터 정제된다.
정제 (크로마토그래피)
발현된 comPACT 폴리펩티드는 알려져 있는 방법에 의해 단리 및 정제될 수 있다. 예를 들어, His6 친화성 태그를 포함하는 comPACT는 일반적으로 공지 및 개시되어 있는 절차에 의한 Ni-NTA 컬럼상에서의 친화성 크로마토그래피를 통해 정제될 수 있다. 또한, 인간 HLA 서열을 포함하는 comPACT는 일반적으로 공지 및 개시되어 있는 절차에 의한 단일클론 항체-세파로스 컬럼상에서의 친화성 크로마토그래피에 의해 정제될 수 있다.
T 세포 단리
또 다른 측면에서, 본원에서 제공되는 것은 하기의 단계들을 포함하는, 항원 특이적 T 세포의 단리 방법이다: (a) 아미노 말단에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하며, 하나의 입자에 연결되어 있는 폴리펩티드를 제공하는 단계; (b) 1종 이상의 T 세포를 포함하는 것으로 알려져 있거나 의심되는 샘플을 제공하는 단계; (c) 폴리펩티드를 샘플과 접촉시키는 단계이며, 여기서 접촉이 단일 T 세포가 입자에 부착되어 있는 폴리펩티드에 결합하기에 충분한 조건을 제공하는 것을 포함하는 단계; 및 (d) 입자와 회합된 단일 T 세포를 단리하는 단계.
본원에서 기술되는 바와 같은 comPACT를 사용한 환자-유래이며 항원-특이적인 T 세포의 단리 및 식별은 환자-유래 T 세포와 함께 comPACT 단백질을 인큐베이션하는 것을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서는, 적어도 2종의 comPACT를 포함하는 라이브러리가 환자-유래 T 세포와 함께 인큐베이션될 수 있다. T 세포는 혈액, 림프절 또는 종양과 같은 조직으로부터 시작하는 표준 방법을 사용하여 제조될 수 있다.
환자-유래 T 세포는 환자의 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 또는 종양 침윤성 림프구 (TIL)로부터 단리될 수 있다. 예를 들면, 항-CD4 및 항-CD8 형광 항체를 사용하여 PBMC 또는 TIL로부터 CD4+ 및 CD8+ T 세포 둘 다가 표지 및 분류될 수 있으며, CD4+ 또는 CD8+ 세포만을 단리하기 위해서는, 형광-활성화 세포 분류 (FACS)를 사용하여 분류된 CD4+ 및 CD8+ 단일-양성 세포의 살아있는 군집을 사용한다. 일부 실시양태에서, CD4 및 CD8 둘 다에 대해 양성인 T 세포는 항-CD3 형광 항체 후 이어서 FACS를 사용하여 단리될 수 있다. 관련 기술분야 통상의 기술자라면, 사용되는 comPACT 단백질의 유형 또는 유형들에 맞추어 단리할 T 세포의 유형을 결정할 수 있다.
T 세포 현탁액을 동반한 comPACT 또는 comPACT 라이브러리의 인큐베이션은 다양한 T-세포 수용체에의 입자-결합 항원의 완전하고 철저한 노출을 가능하게 한다. 이와 같은 방법은 세포의 요동 또는 회전을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, comPACT는 입자와 회합된다.
comPACT 또는 comPACT 라이브러리와 T 세포의 인큐베이션 후, 결합된 comPACT-T 세포 복합체는 선택적으로 분리되거나, 선택적으로 수집된다. T 세포는 동일한 comPACT 라이브러리 요소의 많은 동일한 카피에 결합되었을 가능성이 있어서, 이러한 상호작용을 바탕으로 분리될 수 있게 된다. 예를 들어, comPACT가 형광단을 포함하거나 형광단이 있는 입자에 부착되는 경우, 단일-세포 분류를 포함한 형광 연관 세포 분류 (FACS)가 T 세포를 선택적으로 단리하는 데에 사용될 수 있다. comPACT가 자성 입자에 부착되는 경우, 현탁액에 자석을 적용하는 것이 항원-쌍형성 T 세포와 복합체화된 입자의 분리 및 쌍을 형성하지 않은 T 세포의 제거를 가능하게 할 수 있다. 대안적으로, 입자가 폴리스티렌 입자인 경우, 쌍을 형성하지 않은 T 세포는 중력에 의해 (예컨대 원심분리) 분리될 수 있다. 쌍을 형성하지 않은 T 세포의 제거 후, 일부 실시양태에서, 분리된 결합된 입자는 임의의 비-특이적으로 회합된 T 세포를 제거하기 위해 적어도 1회 세척된다.
comPACT-결합 T 세포는 또한 FACS에 의해 다중-웰 플레이트와 같은 개별 수집 용기로 분리될 수 있다. 개별 수집 용기는 단일-세포 반응 용기일 수 있다. 예를 들면, 하류 처리 및 분석에 사용되는 성분이 각 단일-세포 반응 용기에 첨가될 수 있다. comPACT-결합 T 세포는 FACS에 의해 총괄 수집 용기로 분리될 수 있다 (예를 들면, 단리되는 모든 T 세포가 동일 용기에 수집됨).
comPACT-결합 T 세포는 액적 생성 미세유체공학 장치 (즉 "액적 생성기")를 사용하여 개별적으로 액적으로 단리될 수도 있다. 예를 들면 US 공개 제2006/0079583호, US 공개 제2006/0079584호, US 공개 제2010/0021984호, US 공개 제2015/0376609호, US 공개 제2009/0235990호 및 US 공개 제2004/0180346호에 기술되어 있는 바와 같이, 단일 세포를 캡슐화하는 데에 사용되는 액적 생성 장치가 관련 기술분야 통상의 기술자에게 알려져 있다.
단일-세포 반응 용기에의 comPACT-결합 T 세포의 단리 (예컨대 개별 웰 또는 액적에 단리되는 것) 후, comPACT-결합 T 세포의 핵산은 하류의 분석을 위해 추가로 처리될 수 있다. 구체적으로, 발현된 TCRα 및 TCRβ mRNA 전사체가 먼저 역전사에 의해 cDNA로 전환된 후, 비제한적으로 합성 기술에 의해 서열분석하는 것 (일루미나(Illumina))을 포함하여, 관련 기술분야 통상의 기술자에게 알려져 있는 차세대 서열분석 (NGS) 방법용으로 cDNA가 증폭될 수 있다.
[ 실시예 ]
실시예 1: 제한 분해 클로닝을 통한 comPACT 미니-유전자의 설계 및 클로닝
제한 분해용 comPACT 미니-유전자의 구조:
comPACT 미니-유전자의 기본적인 대표적 구성요소는 단백질의 분비를 안내하는 신호 서열, 범용 표적 서열 예컨대 제한 부위 또는 프라이머 결합 부위, 항원 펩티드 (또는 신생항원, NeoE), 제2 범용 표적 부위, 불변 β2M, MHC 대립유전자의 세포외 도메인, 그리고 친화성 태그를 통해 comPACT의 효소적 변형 (예컨대 비오티닐화) 및 정제를 가능하게 하는 정제 클러스터이다. 상기 클러스터는 프로테아제 절단 부위, 및 펩티드 구성요소들 사이의 링커 서열을 포함할 수도 있다. 미니-유전자는 또한 디술피드 트랩으로 작용하는 시스테인 돌연변이를 포함할 수 있다. comPACT 미니-유전자의 도식을 도 1에 나타내었다. 다른 MHC 대립유전자를 삽입하여 다른 MHC 주형을 구성하고 MHC 주형 라이브러리를 구축하기 위해, MHC 중쇄 서열 상류 및 하류의 추가적인 제한 부위들이 사용될 수 있다 ( 2). 신호 서열, 범용 표적 서열, 불변 β2M, 및 MHC 대립유전자의 세포외 도메인을 코딩하는 DNA 단편이 기본 MHC 주형이다.
제한 분해 클로닝 방법의 경우, 각 comPACT DNA 구축물은 3개 프레임의 정지 코돈, 및 미절단 또는 재-라이게이션 주형의 파괴를 위한 고유 제한 부위를 포함하는 견본 항원 서열 삽입물을 포함하는 기본 MHC 주형으로서 (도 3), 그 MHC 대립유전자와 복합체화되는 항원 펩티드들의 빠르게 구성되는 라이브러리를 위한 오프-더-쉘프 플랫폼의 일부로 사용될 수 있다. MHC 대립유전자는 폴딩을 개선하거나 항원 펩티드의 MHC 단백질과의 결합을 증가시키기 위해 변형되거나 돌연변이될 (예컨대 Y84A 또는 Y84C) 수도 있다. 또한, β2M 단백질 역시 그것이 티올 염료에 결합하는 것을 가능하게 하기 위해 돌연변이될 (예컨대 S88C) 수 있다.
이와 같은 실시예에서, comPACT 미니-유전자는 하기의 구조로 나타난다: 5' 말단의 NotI 제한 부위; 표 3에 나타낸 인간 성장 호르몬 hGH 유래의 신호 서열; 표 2에 나타낸, 항원 펩티드 영역 상류의 제한 부위 Blp1 및 항원 펩티드 서열 하류의 BamHI 제한 부위; 주로 글리신 및 세린 잔기인 링커 서열 (즉 Gly-Ser 링커); β2M 서열; BspI 제한 부위를 갖는 제2 Gly-Ser 링커 서열; MHC 중쇄; BstBI 제한 부위를 갖는 제3 Gly-Ser 링커 서열; 및 AviTag 서열, TEV 절단 부위 및 콘카테머화된 히스티딘 태그를 포함하는 정제 클러스터.
comPACT 미니-유전자의 제한 분해 클로닝 및 조립
본원에서는, 제한 분해를 통해 신생항원을 삽입하는 세 가지 상이한 방법이 기술된다. 첫 번째로, 도 4에 도식으로 나타낸 항원 펩티드 (NeoE)-코딩 프라이머가 5' 말단의 제1 제한 부위 (본 실시예에서는 BlpI) 및 3' 말단의 제2 제한 부위 (본 실시예에서는 BamHI)를 포괄한다. 이와 같은 프라이머는 제2 제한 부위를 코딩하는 범용 역방향 프라이머를 증폭시킴으로써, ~70 bp의 프라이머 이량체를 산출한다.
두 번째 방법에서는, 항원 펩티드-코딩 프라이머가 5' 말단으로서의 제2 제한 부위를 포괄하는데, 항원의 역상보체이다. 이와 같은 프라이머는 신호 서열을 코딩하는 주형 DNA를 역 방향으로 프라이밍한다. 제1 제한 부위 서열을 포괄하는 순방향 프라이머와 쌍을 형성하는 이와 같은 반응은 70 bp 생성물, 또는 항원 부위 더 상류의 제한 부위를 포괄하는 순방향 프라이머가 사용되는 경우, ~140 bp 생성물을 산출한다.
첫 번째 및 두 번째 방법 모두에서, 삽입물은 시중 컬럼상에서 세척되어, 적절한 제한 효소를 사용하여 분해되고, 다시 시중 컬럼상에서 세척된 다음, 사전-분해된 벡터 중 MHC 주형과 라이게이션된다. 라이게이션 반응물은 이. 콜리로 형질전환되며, 형질전환된 이. 콜리로부터 제조되는 플라스미드는 포유동물 제조자 세포 형질감염 반응에 사용된다.
실시예 2: 프라이머 어닐링을 통한 comPACT 미니-유전자의 설계 및 클로닝
MHC 주형 벡터 라이게이션에 있어서의 세 번째 변형에서는, 2종의 역상보성 신생항원-코딩 프라이머를 어닐링하는 것에 의해, PCR 및 제한 분해를 우회하였다. 이들 프라이머는 제한 분해로부터의 오버행을 모방하는 상보성 서열에서 시작하고 종결되는 5' 및 3' 말단을 가지도록 설계하였다 ( 5). 센스 및 안티센스 프라이머를 T4 폴리뉴클레오티드 키나제 및 ATP와 함께 인큐베이션함으로써, 5' 말단을 인산화하였다 ( 22a). 이들 프라이머를 서로 어닐링시킬 때, 이들은 그것이 제한 효소를 사용하여 분해된 것처럼 오버행 뉴클레오티드를 갖는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 형성하였다. 인산화된 신생항원 삽입물을 사전절단된 벡터 중 MHC 주형에 라이게이션시켰다. comPACT 미니유전자는 실시예 1에서 기술된 것과 동일한 구조를 가졌다. 다음에, 라이게이션 생성물을 북엔드(bookend) 범용 프라이머를 사용한 선형 comPACT 앰플리콘의 PCR 증폭에 사용함으로써, 완전한 comPACT 유전자를 증폭하고, 서열분석하였다. 이와 같은 방법을 사용하여 고유한 신생항원 서열을 갖는 824종의 comPACT를 제조하며, 99 %를 초과하는 생성 comPACT가 올바른 신생항원 서열을 가졌다 (도 22b).
다음에, 이. 콜리에 라이게이션 생성물 플라스미드를 형질전환시킨 후, 암피실린을 함유하는 선택성 아가 플레이트상에 플레이팅하였다. 개별 콜로니를 선별하여, 플라스미드 정제용으로 밤새 성장시키고, 전체 유전자 검증을 위해 서열분석하였다. 서열분석 검증 후, 플라스미드 로트(lot)를 보관하고, 더 많은 양으로 번식시켰다.
대안적으로, 사전절단된 MHC 주형 벡터가 그의 오버행 말단상에 5' 포스페이트를 보유하고 있는 경우, T4 키나제는 사용되지 않는다. 어닐링된 항원 삽입물은 이후 절단된 MHC 벡터와 라이게이션될 수 있으며, 라이게이션 생성물은 플라스미드 제조를 위해 이. 콜리로 형질전환된다.
실시예 3: PCR 조립을 통한 comPACT 미니-유전자의 설계 및 클로닝
PCR 조립용 comPACT 미니-유전자의 구조:
신생항원을 삽입하는 네 번째 방법이 사용될 수도 있다. 이와 같은 방법에서, 신생항원은 2.5 kb 미니-유전자를 형성시키는 폴리머라제 연쇄 반응을 통해 상류의 프로모터 및 하류의 폴리아데닐화 신호가 플랭킹하는 MHC 주형에 삽입된다. PCR 조립 반응의 도식을 도 6에 나타내었다.
이와 같은 실시예에서, comPACT 미니-유전자는 하기의 구조로 나타난다: 5' 말단의 프로모터; 제1 범용 표적 서열을 동반한 신호 서열; 항원 펩티드; 주로 글리신 및 세린 잔기인 링커 서열 (즉 GlySer 링커)을 동반한 제2 범용 표적 서열; β2M 서열; 제2 Gly-Ser 링커 서열; MHC 중쇄 대립유전자; 제3 Gly-Ser 링커 서열; 정제 클러스터; 및 폴리A 서열. 이와 같은 방법에서, 범용 표적 서열은 동일하지 않다.
comPACT 미니-유전자의 PCR 조립:
본 방법에서는, 선택된 신생항원 서열을 갖는 2종의 프라이머 (<60 nt)가 합성된다. 제1 프라이머는 5' 말단에 신생항원 서열을 가지며, 3' 말단에 제2 범용 표적 서열의 연장체가 이어진다. 제2 프라이머는 5' 말단에 신생항원 서열의 역상보체를, 그리고 3' 말단에 제1 범용 서열의 역상보체를 포함한다. 이들 프라이머는 프로모터 영역, 신호 서열 및 제1 범용 표적 서열을 코딩하는 DNA 단편, 및 제2 범용 표적 서열, β2M 서열, MHC 대립유전자, 정제 클러스터 및 폴리A 서열을 코딩하는 또 다른 DNA 단편과 혼합된다. 각 항원 펩티드 프라이머가 그의 상보성 서열과 어닐링된 후, PCR 반응이 전개됨으로써, 프로모터 단편 또는 MHC 대립유전자 단편 중 어느 하나상에 신생항원 서열을 증폭시킨다. 이들 2종의 새롭게 합성되는 단편들은 이제 각각 신생항원 서열을 포함한다. 추가적인 PCR 반응은 프로모터 서열의 5' 말단 및 폴리A 서열의 3' 말단을 위한 프라이머와 함께 신생항원 서열이 서로 어닐링되어, 전체 길이 선형 comPACT 앰플리콘의 조립을 프라이밍하는 것을 가능하게 한다.
전체적으로 조립된 선형 comPACT 폴리뉴클레오티드는 이후 포유동물 제조자 세포에의 직접적인 형질감염을 위해 세척되며, 이. 콜리 및 플라스미드 제조를 사용하는 단계를 완전히 우회한다.
실시예 4: 플라스미드로부터의 comPACT 단백질의 발현 및 정제
단백질의 발현
신생항원12 (neo12)를 HLA-A2 주형 서열에 라이게이션시킨 후, NotI 및 BamHI 제한 부위의 제한 분해, 그리고 이전에 기술된 바와 같은 라이게이션을 통해 발현 플라스미드 (pPACT0010)에 삽입하였다.
진탕 플라스크 부피 30 mL 중 Expi293 포유동물 제조자 세포에 -1일차에 엑스피펙타민 형질감염 시약을 사용하여 인큐베이션된 pPACT0010을 형질감염시켰다. 0일차에는, 엑스피펙타민 형질감염 키트에 포함되어 있는 인핸서를 첨가하였다. 1일차 내지 7일차에, 세포 상청액으로부터 샘플을 수집한 후, SDS-PAGE를 통해 분비된 단백질을 평가하고, 세이프스테인(Safestain) (서모피셔 사)을 사용하여 전체 단백질을 염색하였다. 분비되는 comPACT 단백질의 농도는 3일차까지 증가하였으며, 그 시점에 단백질 분비가 안정상태가 되었다 ( 7). 분비된 comPACT 단백질을 처음에는 그의 겉보기 분자량 (=53 kDa)으로 식별하였으며, His6 친화성 태그를 검출하는 NTA-HRP를 사용한 웨스턴 블럿에 의해 확인하였다.
단백질의 정제
7일차에 수집된 Neo12 comPACT 단백질을 His6 친화성 태그의 결합을 통해 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피로 정제하였다. SDS-PAGE 및 세이프스테인을 통해 총 단백질에 대해 샘플을 검정하였다. 친화성 컬럼 유통 (FT) 분획 중 comPACT 단백질의 결핍은 His6 태그가 발현 및 정제 동안 절단되지 않았음을 확인해주었다 (도 8). 정제 수율은 배양 부피 L 당 >400 mg이었다.
Neo12 comPACT 단백질을 비오티닐화하고 (하기 실시예 6에서 논의됨), 크기-배제 크로마토그래피에 의해 추가로 정제하였다. 단일 주 피크가 관찰됨으로써, 단백질이 적정하게 폴딩되고 단량체성이며, 응집이 거의 없음을 시사하였다 ( 9). 제2 피크는 ATP로서, BirA-촉매촉진 비오티닐화 반응에 첨가되었던 것이다.
제조 부피 및 병행 제조의 최적화
진탕 플라스크 중 배양 부피 30 mL로부터 96 딥-웰(deep-well) 진탕 블록 중 0.7 mL로 comPACT의 제조를 규모 축소하였다. Expi293 포유동물 제조자 세포에 pPACT0010 플라스미드를 포함하는 플라스미드 DNA를 형질감염시키고, 분비되는 Neo12 comPACT 단백질을 이전에 기술된 바와 같이 정제하였다. 30 mL 정제 실험으로부터의 >400 mg/L인 이전에 기술되었던 수율과 비교하였을 때, 0.7 mL 웰 부피에서는 437 mg/L의 정제된 Neo12 comPACT 단백질이 수집되었다 ( 10). 0.7 mL 실험으로부터의 단백질 수율은 >300 마이크로그램의 단백질, 또는 통상적인 유동 세포측정 실험에 통상적으로 요구되는 것에 비해 ~1000-배 더 많은 것에 해당한다.
다음에, 다수 comPACT 구축물의 병행 발현을 평가하였다. 상이한 신생항원 (신생항원 10, 15, 64, 65, 66, 67, 80 및 83)을 갖는 8종의 상이한 comPACT 구축물을 중간-처리량 검정으로서 30 mL 진탕기 플라스크에서 발현시켰다 ( 11). 각 comPACT 구축물을 이전에 기술된 바와 같이 세포에 형질감염시키고, 거기에서 comPACT 단백질을 발현시킨 후, 세포 상청액으로 분비시켰다. 발현된 단백질은 이전에 기술된 바와 같이 정제하고, 농축하여, 정규화하였다. 조 상청액 및 농축된 단백질의 샘플을 이전에 기술된 바와 같이 총 단백질에 대해 검정하였다. 크기 배제 크로마토그래피를 통해 comPACT 단백질을 정제하였다 ( 12). 각 단백질에 대해 2-20 mg의 단백질을 함유하는 단일 피크가 관찰됨으로써, 역시 comPACT 단백질이 적정하게-폴딩되고 단량체성이라는 것을 시사하였다.
실시예 5: 선형 앰플리콘으로부터의 comPACT 단백질의 발현 및 정제
이전 실시예들에서, comPACT 단백질은 포유동물 제조자 세포에 형질감염된 플라스미드로부터 발현되었었다. 대안적인 접근법으로, 프로모터 서열 및 폴리A 서열이 플랭킹하는 neo12 comPACT 미니-유전자 (HLA-A2 주형 서열을 갖는 미니-유전자로 조립된 신생항원 12)의 선형 앰플리콘을 96-딥 웰 플레이트 중 0.7 mL의 제조자 세포에 형질감염시켰다. 대조로서, pPACT0010 플라스미드도 별도의 제조자 세포에 형질감염시켰다. 두 샘플로부터의 단백질을 발현시키고, 정제한 후, 이전에 기술된 바와 같이 총 단백질에 대해 검정하였다. 선형 앰플리콘과 플라스미드 둘 다에 의해 유사한 수준의 발현 단백질이 생성됨으로써 (도 13a), comPACT 미니-유전자에 의해 코딩되는 단백질이 플라스미드 중간물을 사용하지 않고도 제조될 수 있다는 것을 시사하였다. 제조자 세포의 직접적인 형질감염을 위해, 상이한 네오에피토프 서열을 갖는 다수의 상이한 comPACT 미니-유전자들을 제조하였다 (도 13b).
실시예 2에 기술되어 있는 어닐링 및 인산화 작업단계를 사용하여, 상이한 HLA 대립유전자를 갖는 추가적인 comPACT들을 제조하였다. 북엔드 PCR 및 범용 프라이머들을 사용하여 발현 벡터로부터 선형 앰플리콘을 유도하여, comPACT 단백질 제조용 Expi293F 세포에 형질감염시켰다. 23은 어닐링 클로닝 작업흐름을 사용하여 제조된 대표적인 comPACT 단백질의 단백질 젤을 나타낸다. comPACT 단백질을 SDS-PAGE 젤상에서 전개하고, 세이프스테인 (서모피셔 사)으로 염색하였다.
실시예 6: comPACT 단백질의 비오티닐
단리된 BirA 효소를 사용한 comPACT의 시험관내 비오티닐
comPACT 정제 클러스터는 비오티닐화를 위한 BirA 인식 서열 (Avitag)을 포함한다. 정제된 comPACT 단백질을 비오티닐화하지 않거나 (BirA 처리 없음), 또는 시중의 BirA 단백질을 사용하여 제조자의 지침에 따라 비오티닐화하였다 (BirA-처리). 밤샘 BirA 효소 처리 후, 샘플을 2 종의 상이한 유형의 자성 스트렙타비딘 비드 (C1 및 T1)에 결합시켜 인큐베이션함으로써, 비오티닐화된 단백질이 스트렙타비딘 비드에 결합하도록 하였다. SDS-PAGE를 통해 상청액 (SN)과 비드 ("펠렛", P)를 분리하였다. 세이프스테인을 사용한 총 단백질 및 NTA-HRP에 의한 웨스턴 블럿을 통한 comPACT 단백질의 존재에 대해 샘플을 검정하였다 (도 14). 미처리 샘플에서는, comPACT 단백질이 주로 SN 분획에서 발견됨으로써, 그것이 비오티닐화되지 않았음을 확인해주었다. 비오티닐화된 샘플에서는, 비오티닐화된 단백질과 C1 스트렙타비딘 비드 사이의 상호작용이 가장 완전하기는 하였지만, C1 및 T1 스트렙타비딘 비드 모두의 펠렛 샘플에서 comPACT 단백질이 발견되었다. C1 스트렙타비딘 비드-고갈 상청액에서는 웨스턴 블럿을 통해 비오티닐화된 comPACT 단백질이 검출되지 않음으로써, ~100 %의 comPACT 단백질이 비오티닐화되었음을 시사하였다.
comPACT 단백질은 정제 전에 정화된 상청액에서도 비오티닐화될 수 있다. 다수의 comPACT 단백질을 이전에 기술된 바와 같이 제조자 세포에서 발현시켰다. 세포 배양 상청액을 수집하고, 원심분리를 통해 정화하였다. 정화된 상청액을 시중의 BirA 단백질을 사용하여 제조자의 지침에 따라 처리한 다음, Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 정제하고, 웨스턴 블럿을 통해 비오티닐화를 평가하였다 ( 15). 시험된 모든 comPACT 단백질이 이와 같은 방법을 사용하여 비오티닐화됨으로써, 정화된 세포 상청액에서의 comPACT 단백질의 비오티닐화가 효과적임을 표시하였다.
comPACT 단백질의 고-처리량 비오티닐화를 위한 충분한 BirA를 제조하기 위해, 이. 콜리 세포에서 His6 태그를 포함하는 BirA 단백질을 발현시켰다. 이와 같이 His6 태그화된 BirA를 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 정제하였는데 (도 16b), comPACT 단백질을 비오티닐화하는 데에 사용될 수 있다. TEV-절단가능 His6 태그를 포함하는 BirA-His6의 두 번째 버전도 발현시키고, Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 정제하였다 ( 16c). 이와 같은 BirA-TEV-His6 단백질은 Ni-NTA를 통해 정제될 수 있으며, TEV 절단을 통해 His6 태그가 제거될 수 있고, 이후 태그가 없는 BirA가 비오티닐화된 comPACT 단백질에 사용될 수 있다. comPACT 단백질의 비오티닐화 후, 태그가 없는 BirA 단백질은 이어서 Ni-NTA 친화성 크로마토그래피를 통해 정제 분리될 수 있다. 또한, 비오티닐화된 comPACT 단백질 제조에서 사용하기 위한 BirA-TEV-His6와의 용도를 위해, 이. 콜리에서 비균질하게 TEV 프로테아제를 발현시켰다 (도 16a).
비오티닐화 후 comPACT 단백질상에서의 His6 태그의 절단도 평가하고, 결과를 도 17에 나타내었다. 이전에 기술된 바와 같이 그것을 비오티닐화하기 위해 BirA를 사용하여 comPACT 단백질을 처리하거나, 또는 처리하지 않았다 (도 17의 레인 1 및 2). 세 번째 comPACT 단백질 샘플을 BirA로 처리한 다음 TEV로 처리함으로써, 단백질상에 존재하는 His6 태그를 절단하였다 (레인 3). SDS-PAGE를 통해 샘플을 분리하고, 세이프스테인을 통해 총 단백질을 평가하였다. 3종 전체 샘플이 동일한 양의 comPACT 단백질을 포함하였다. 비오틴 신호용으로 SA-HRP 시약을, 그리고 His6 태그용으로 NTA-HRP 시약을 사용한 웨스턴 블럿을 통해 comPACT 단백질의 비오티닐화 및 His6 태그의 절단을 평가하였다. 비오티닐화되지 않은 샘플은 비오틴 신호는 나타내지 않았으나, His6 신호를 나타내었으며, 비오티닐화되고 절단되지 않은 샘플은 두 신호를 나타내었다. 비오티닐화되고 TEV 절단된 샘플은 비오틴 신호만을 나타냄으로써, His6 태그가 comPACT 단백질로부터 성공적으로 절단 제거되었음을 표시하였다.
BirA를 발현하는 세포에서의 comPACT의 생체내 비오티닐
comPACT를 비오티닐화하기 위한 세 번째 접근법은 Expi293 제조자 세포에서 BirA를 발현시키고 정제 전에 생체내에서 comPACT를 비오티닐화하는 것이다. Expi293 세포에 렌티바이러스 벡터를 형질도입함으로써, 세포 표면 형질도입 마커로 작용하는 V5가 플랭킹하는 BirA를 공동-발현시켰다. V5+로 분류된 형질도입된 세포는 BirA도 발현한다 ( 18). 이러한 세포는 comPACT 단백질 정제 전에 생체내에서 비오티닐화된 comPACT를 제조하는 데에 사용될 수 있다. 배지로 BirA를 분비하거나 (Expi293v0223) 세포 표면상에 BirA를 발현하는 (Expi293v0263) 2종의 세포주를 생성시켰다. 내형질 세망 (ER) 유지 서열 KDEL이 플랭킹하는 BirA를 발현하는 세 번째 세포주도 구성하였다.
시험관내 또는 생체내 비오티닐화 접근법하에서의 비오틴 표지 효율을 평가하기 위해, 스트렙타비딘 풀 다운 검정을 수행하였다. BirA 효소 및 적정한 반응 성분들을 사용하여 정화된 배지를 처리하는 것 (효소적, 시험관내) 또는 comPACT를 BirA와 공동-발현시키는 것 (생체내) 중 어느 하나에 의해 comPACT 단백질 (EBV 또는 MART-1)을 비오티닐화하고, 증가하는 농도의 스트렙타비딘 코팅 비드를 사용하여 인큐베이션하였다. 스트렙타비딘으로 코팅된 자성 비드 (다이나비드, 서모 피셔 사)를 20 μg의 comPACT 단백질 샘플에 첨가하고, 실온에서 30분 인큐베이션하였다. 튜브 또는 웰의 저부에서 자화에 의해 자성 비드를 단리하고, SDS-PAGE에 의해 상청액의 단백질 함량을 검정하였다. 25는 SDS-PAGE 젤 결과를 나타낸다. 정제 동안 BirA 효소를 첨가하는 것 (시험관내)에 의해, 또는 BirA 효소와 comPACT 단백질을 공동-발현시키는 것 (생체내)에 의해 거의 완전한 비오티닐화가 달성될 수 있다. 스트렙타비딘 비드가 결핍되어 있는 샘플은 상청액에서 상당량의 비오티닐화된 단백질을 나타낸 반면, 증가하는 양의 스트렙타비딘 비드의 첨가는 거의 모든 단백질이 상청액으로부터 제거되는 것으로 이어짐으로써, comPACT 단백질의 비오티닐화를 표시하였다.
실시예 7: comPACT 단백질을 사용한 항원-특이적 T 세포 염색 및 친화성 평가
comPACT 및 통상적인 펩티드-MHC를 사용한 항원-특이적 T 세포 염색을 비교하기 위해, 공지의 프로토콜 (문헌 [Bethune, M. T., et al. BioTechniques 62, 123-130, doi:10.2144/000114525 (2017)])에 따라 comPACT 덱스트라머(dextramer)를 제조하였다. A2/neo12-특이적 TCR을 발현하도록 T 세포를 조작하고, HLA-A2/neo12 펩티드-MHC 덱스트라머 또는 HLA-A2/neo12 펩티드 comPACT 덱스트라머 중 어느 하나를 사용하여 염색하였다. comPACT 덱스트라머를 사용한 염색은 적어도 펩티드-MHC 덱스트라머의 것만큼 효율적이었다 ( 19). 이와 같은 데이터는 comPACT 덱스트라머가 TCR 서열분석을 위해 항원-특이적 T 세포를 분류하는 데에 사용될 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 8: 기능성 T 세포 검정
NTAmer 결합 검정
재료 및 방법
T 세포의 항원-특이적 포획 이외에, comPACT의 분자 설계 및 제조-용이성은 기능성 T 세포 검정에서의 그의 사용을 촉진한다. 예를 들어, β2M의 돌연변이된 버전 (S88C)의 통합은 comPACT가 말레이미드-염료 접합체로 표지되고, NTAmer로 조립되어, TCR-comPACT 결합의 동역학 파라미터를 측정하는 데에 사용되는 것을 가능하게 한다. 예를 들어, NTAmer는 살아있는 세포에서 일가 TCR-MHC I 결합 사례를 해결하는 데에 사용될 수 있다. 면역 시냅스에서의 CD8 결합 및 다중 TCR-MHC I 상호작용은 T 세포와 항원 제시 세포 사이의 접촉을 연장하는 것을 가능하게 한다. 형광 염료 접합-comPACT NTAmer는 comPACT의 TCR과의 결합을 가능하게 하기 위해 세포와 함께 인큐베이션된다. NTAmer의 Ni-PE 입자 구성요소가 이미다졸의 첨가를 통해 comPACT로부터 해리되며, 시간 경과에 따라 형광-comPACT의 방출이 측정된다.
염료 접합
S88C 돌연변이 comPACT 단백질을 구성하고, ~150 mg/L로 발현시켰다. 이러한 돌연변이 comPACT는 비-돌연변이 comPACT와 유사한 순도 및 용리 프로파일을 나타낸다 ( 20). Cy5와 같은 다른 염료도 S88C comPACT에 접합될 수 있다. 트리스(2-카르복시에틸)포스파인 히드로클로리드 (TCEP)를 사용하여 comPACT88C-His태그 단량체를 환원시키고, 말레이미드-Cy5와 커플링시킴으로써, comPACT88c-Cy5 표지된 단량체를 생성시켰다. 21은 Cy5로 표지된 comPACT의 A280, A260 및 A650 정량을 나타낸다. comPACT에 대한 염료의 비는 67 %이었다.
NTAmer 조립
니켈 (Ni)을 사용하여 비오틴-NTA를 변화시킨 (비오틴-NiNTA) 다음, 비오틴-NiNTA 및 PE-스트렙타비딘 (SA)을 사용하여 comPACT-Cy5를 조립함으로써, 비오티닐화된 comPACT를 PE-비오틴-NTA 비드에 결합시켰다. 5 mg 비오틴-NTA를 1 mL의 니켈 충전 용액 (100 mM HEPES pH7.5 중 50 mM NiSO4)과 혼합함으로써 Ni2+NTA-비오틴 (7 nM)을 산출하는 것에 의해, 비오틴-NiNTA를 생성시켰다. HBS를 사용하여 용액을 희석함으로써, 70 uM Ni2+NTA-비오틴 용액을 산출하였다. Ni2+NTA-비오틴 용액을 5회 첨가, 각 첨가간 5분으로 SA-PE (300 kDa)과 조합하였다. 다음에, 20 uM Cy5-S88C comPACT를 NTAmer 코어에 첨가하고, 실온의 암흑하에서 10분 동안 인큐베이션하여, 4C로 저장하였다. Neo12 및 MART1 comPACT 둘 다를 제조하고, NTAmer로 조립하였다. comPACT 단백질상의 His 태그는 NiNTA에 결합하며, 그것은 자체적으로 PE-스트렙타비딘에 결합한다. 각 NTAmer는 형광단을 포함하는 스트렙타비딘 코어에 결합된 comPACT 단량체의 다수 카피를 포함한다. NTAmer의 조립에 대해서는 모두 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 문헌 [Schmidt et al., J. Biol Chem, December 2, 2011, 286 (48) 41723-41735] 및 [Schmidt et al., Front Immunol, July 30, 2013 doi: 10.3389/fimmu.2013.00218]에 추가로 논의되어 있다.
비오티닐화된 Neo12 및 MART1 comPACT 단백질도 PE-표지된 사량체 및 덱스트라머로 조립하였다. neo12 항원 펩티드를 포함하는 펩티드-결합된 재폴딩된 MHC I 분자도 대조로서 PE-표지된 덱스트라머로 조립하였다. 사량체 및 덱스트라머로 펩티드-MHC 단백질을 조립하는 방법에 대해서는 관련 기술분야에 일반적으로 알려져 있다.
T 세포 결합
Neo12 또는 MART1 신생항원에 결합하는 TCR을 발현하는 유전자 편집 T 세포를 1-2 x 106 세포/mL 사이의 밀도로 1x 염색 완충제 (BD 소 혈청 알부민 염색 완충제, BD554657)에 재현탁하였다. 검정 기간 동안, 세포는 4 ℃로 유지하였다. NTAmer를 1:50-1:400 (v:v 희석)의 다양한 농도로 염색 완충제 중 T 세포에 첨가하고, 4 ℃의 암흑하에서 15분 동안 인큐베이션함으로써, 다량체화된 NTAmer가 T 세포에 결합하도록 하였다. 1x 염색 완충제 중에서 T 세포를 2회 세척함으로써, 비결합 NTAmer를 제거한 후, 염색 완충제에 재현탁하였다. 다량체화된 NTAmer를 붕괴시키고 Cy5 신호 붕괴를 모니터링하기 위해, 이미다졸 붕괴 완충제 (1.452 g의 이미다졸 및 50 mL의 1x 행크 완충 식염수(Hank's Buffered Saline))를 첨가하고, 혼합한 후, 유동 세포측정기를 통해 샘플을 평가함으로써, Cy5 신호 붕괴를 모니터링하였다. 4 ℃의 암흑하에서 15분 동안 T 세포를 인큐베이션하고 1x 염색 완충제 중에서 2회 세포를 세척하는 것에 의해, 다양한 세포 마커들의 검출을 위한 추가적인 항체 염색을 수행하였다. 다음에, IC 고정 완충제 (이바이오사이언스(eBioscience) IC 고정 완충제, 00-8222-49)를 사용하여 T 세포를 고정하였다.
결과
먼저, 해당 동계 TCR에 결합하는 비오티닐화된 comPACT-Cy5 NTAmer의 능력을 평가하였다. neo12 펩티드-결합된 재폴딩된 MHC I 분자, neo12 comPACT 분자 또는 neo12 NTAmer를 덱스트라머로 조립하고, neo12 TCR을 발현하는 T 세포와 함께 인큐베이션하였다. 세포에 대한 각 덱스트라머 분자의 결합을 측정하였다. 28a는 neo12 TCR을 발현하는 유전자 편집된 T 세포가 neo12 펩티드-결합된 재폴딩된 MHC I 분자 덱스트라머에 대해 특이적인 결합을 나타내며 (저부 플롯, x-축은 덱스트라머 PE 신호임), 이와 같은 결합이 해당 표면에 CD3을 발현하는 T 세포 군집에 해당한다는 것을 보여준다 (상부 플롯, x-축은 PE-Cy3 신호임). 28b는 neo12 TCR을 발현하는 유전자 편집된 T 세포가 neo12 comPACT 분자 덱스트라머에 대해 특이적인 결합을 나타내며 (저부 플롯, x-축은 덱스트라머 PE 신호임), 이와 같은 결합이 해당 표면에 CD3을 발현하는 T 세포 군집에 해당한다는 것을 보여준다 (상부 플롯, x-축은 PE-Cy3 신호임). 28c는 neo12 TCR을 발현하는 유전자 편집된 T 세포가 neo12 comPACT NTAmer 덱스트라머에 대해 특이적인 결합을 나타내며 (저부 플롯, x-축은 덱스트라머 PE 신호임), 이와 같은 결합이 해당 표면에 CD3을 발현하는 T 세포 군집에 해당한다는 것을 보여준다 (상부 플롯, x-축은 PE-Cy3 신호임).
다음에, 항원 특이적인 방식으로 TCR에 결합하는 비오티닐화된 comPACT-Cy5 NTAmer의 능력을 확인하였다. neo12 또는 F5 TCR T 세포를 neo12 항원을 포함하는 NTAmer와 함께 인큐베이션하였다. F5 TCR T 세포를 음성 대조로 사용하였다. neo12 TCR T 세포도 neo12 comPACT 단백질로 구성되는 덱스트라머와 함께 인큐베이션하였다. 다음에, 결합된 T 세포를 기술된 바와 같은 이미다졸과 함께 인큐베이션하고, 이전에 기술된 바와 같이 NTAmer와 덱스트라머의 결합을 평가하였다. 이미다졸의 첨가는 neo12 T 세포에 결합하는 neo12-comPACT NTAmer의 능력을 억제하였다 (도 29a-c). neo12 TCR T 세포는 neo12 NTAmer 시약에 대해 특이적인 결합을 나타내었다 (도 29a, NTAmer Cy5 신호는 y-축임). neo12-comPACT NTAmer는 Neo12 T 세포에 대해 특이적이며, F5 TCR을 발현하는 T 세포에는 결합하지 않았다 ( 29b). neo12 comPACT 덱스트라머 역시 neo12 TCR T 세포에 결합하였다 ( 29d). neo12 TCR T 세포는 이미다졸의 존재하에서 인큐베이션되었을 경우에는 neo12 NTAmer 시약에 대해 결합을 나타내지 않았으며 (도 29c), 이는 S88C 변형된 comPACT 분자로부터 Cy5 신호를 관찰하는 데에 있어서의 다량체화된 시약의 필요성을 나타내었다.
또한, MART-1 NTAmer를 사용하여 F5 TCR을 발현하도록 편집된 T 세포의 항원 특이적 결합을 나타내었다 (도 30a-d). 30a는 F5 TCR T 세포에 대한 MART-1 comPACT 덱스트라머의 결합을 보여준다. 30b는 M1W TCR T 세포에 대한 MART-1 comPACT 덱스트라머의 결합을 보여준다. 30c는 F5 TCR T 세포에 대한 MART-1 comPACT NTAmer의 결합을 보여준다. 30d는 M1W TCR T 세포에 대한 MART-1 comPACT NTAmer의 결합을 보여준다. M1W T 세포에 대한 낮은 수준의 MART-1 comPACT NTAmer 결합은 동계 항원인 MHC I 단백질에 대한 M1W TCR의 낮은 친화성에 기인할 가능성이 있다.
동일 펩티드인 MHC I 복합체 (HLA:A02+MART-1)에 대해 차등적인 TCR:MHC I 결합 친화성을 갖는 2종의 TCR인 MART-1 F5 및 M1W의 Cy5 신호 붕괴를 측정하는 것에 의해, 단량체성 TCR:pMHC-Cy5 해리를 평가하였다. 이미다졸 유도 NTAmer 붕괴 부재하에서는, F5 TCR을 발현하는 T 세포에 대한 MART1 NTAmer의 결합이 오랜 시간 동안 안정하였다 ( 31a). 그러나, 이미다졸을 사용한 다량체화된 MART-1 NTAmer의 붕괴는 F5 TCR에 대한 단량체성 MART-1 comPACT 분자의 시간 의존성 해리로 이어졌다 ( 31b). 31c도 31b로부터의 시간 데이터의 하위세트 확대도를 나타낸다.
결론적으로, neo12 및 F5 T 세포는 NTAmer와 등가의 comPACT 덱스트라머 사이에서 유사한 결합 수준을 나타내며, comPACT NTAmer는 항원 특이적인 방식으로 신생항원 T 세포에 결합할 수 있다. neo12 및 F5 T 세포는 neo12 및 MART-1 comPACT 둘 다에 대해 NTAmer와 comPACT 덱스트라머 사이에서 유사한 결합 수준을 나타낸다. 또한, NTAmer 복합체는 이미다졸 첨가에 의해 붕괴될 수 있으며, 살아있는 T 세포에서의 comPACT-Cy5 신호의 붕괴에 의해 일가 TCR:MHC I 오프-레이트(off-rate)가 측정될 수 있다. 이와 같은 붕괴는 수십초의 시간 규모에 걸쳐 이루어진다.
실시예 9: comPACT 라이브러리 제조
높은 대상체 HLA 빈도 포괄을 초래하는 HLA 레퍼토리에 포함될 최적 대립유전자 수를 확인하기 위해, 생물정보공학에 의해, 대립유전자 빈도 네트 데이터베이스(Allele Frequency Net Database) (www.allelefrequencies.net)로부터 US 인간 군집에 걸친 HLA 대립유전자 다양성을 분석하였다. 9736종의 대립유전자를 분석하였다. 도 26a는 HLA A, B 및 C 좌위 각각으로부터의 하나 또는 두 대립유전자가 66종 HLA 대립유전자의 라이브러리에 의해 포괄되는 환자의 백분율 분석을 보여준다. 굵은 선은 1종의 대립유전자가 포괄되는 것을 표시하는 반면, 단속선은 두 대립유전자가 포괄되는 것을 표시한다. 66종의 대립유전자는 총 군집 중 >95 %에서 환자 당 6종 HLA 대립유전자 중 적어도 4종의 포괄을, 그리고 군집의 >80 %에서 6/6 대립유전자의 포괄을 가능하게 한다 ( 26b). 가장 빈번한 HLA-I 대립유전자는 ~50 %의 US 분포를 갖는 HLA-A02:01이다. 따라서, 본원에서 먼저 나타낸 HLA 라이브러리는 전 세계의 다양한 군집에 대한 개인화된 neoTCR-T 세포 치료법의 광범위한 실행을 위한 가장 큰 가능성을 가능하게 한다.
다음에, 상이한 네오에피토프 및 선택된 HLA 대립유전자를 포함하는 comPACT 단백질 라이브러리를 구성하였다. 네오에피토프 후보들은 면역 에피토프 데이터베이스(Immune Epitope Database) (www.iedb.org)로부터 선택하였다. IMGT 데이터베이스로부터 레퍼토리 중 66 종의 HLA-I 대립유전자 각각의 전체 서열을 입수하여, Y84C 돌연변이를 포함하도록 변형시켰다. 모든 클론의 서열을 확인하고, 데이터베이스 및 시약 목록에 배열하였다. IEDB 데이터베이스로부터 10종의 네오에피토프 펩티드를 선택하여, 36종 HLA 대립유전자 패널에 삽입하였다. 선택된 네오에피토프 및 HLA 대립유전자의 comPACT를 발현시킨 후, 아길렌트 인피니티(Agilent Infinity) II HPLC 시스템 (SEC-HPLC)에 연결된 크기 배제 크로마토그래피 컬럼 (아길렌트 Sec Bio 300)을 통해 제조자의 지침에 따라 정제하였다. 결과를 도 27a-c에 나타내었다. 단분산 폴리펩티드로서 comPACT를 정제하고, 전체 크로마토그램하의 면적으로 나눈 단량체 피크의 곡선하 면적을 측정하는 것에 의해 SEC-HPLC를 통해 평가하였다 (도 27a 및 27b). 대부분의 comPACT는 높은 역가로 발현되었다 ( 27c). 기술된 각 HLA 대립유전자에 대해 적어도 1종의 comPACT 단백질을 정제하고, HPLC를 통해 특성화하며, comPACT 플랫폼이 강력하며 많은 대립유전자에 적합하다는 것을 표시하였다.
바람직한 실시양태 및 다양한 대안적 실시양태들을 참조하여 본 발명을 구체적으로 나타내고 기술하기는 하였지만, 관련 기술분야 통상의 기술자라면, 본 발명의 기술사상 및 영역에서 벗어나지 않고도 그 안에서 형태 및 세부사항에 있어서의 다양한 변화가 이루어질 수 있다는 것이 이해될 것이다.
본 명세서의 내용에서 언급된 모든 참고문헌, 공고 특허 및 특허 출원들은 모든 목적에 있어서 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
서열 목록
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SEQUENCE LISTING <110> PACT PHARMA, INC. <120> PEPTIDE-MHC COMPACTS <130> 087520.0114 <150> PCT/US2019/025415 <151> 2019-04-02 <150> 62/651,639 <151> 2018-04-02 <160> 218 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 78 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 atggcgacgg gttcaagaac ttccctactt cttgcatttg gcctgctttg tttgccgtgg 60 ttacaggagg gctcagca 78 <210> 2 <211> 26 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Ala Thr Gly Ser Arg Thr Ser Leu Leu Leu Ala Phe Gly Leu Leu 1 5 10 15 Cys Leu Pro Trp Leu Gln Glu Gly Ser Ala 20 25 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Universal target sequence <400> 3 cgtggttaca ggagggctca gca 23 <210> 4 <211> 19 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Universal target sequence <400> 4 ggatgcggag gatccggcg 19 <210> 5 <211> 19 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Universal target sequence <400> 5 ggaagcggag gatccggcg 19 <210> 6 <211> 21 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Universal target sequence <400> 6 ggaagcggag gatccaccag c 21 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 7 atgtacgggc cagatatacg c 21 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 8 acacccgccg cgcttaatg 19 <210> 9 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 9 Gly Gly Gly Gly Ser 1 5 <210> 10 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 10 ggcggcggcg gcagc 15 <210> 11 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 11 Gly Ser Gly Gly Ser 1 5 <210> 12 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 12 ggcagcggcg gcagc 15 <210> 13 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oligonucleotide <400> 18 ggcggcggcg gcagcggcgg cggcggcagc ggcggcggcg gcagc 45 <210> 19 <211> 20 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 19 Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly 1 5 10 15 Gly Gly Gly Ser 20 <210> 20 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 20 ggcggcggcg gcagcggcgg cggcggcagc ggcggcggcg gcagcggcgg cggcggcagc 60 <210> 21 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 21 Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Ala Gly Gly 1 5 10 <210> 22 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 22 ggcagcggcg gcagcggcgg cagcgcgggc ggc 33 <210> 23 <211> 22 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 23 Met Asp Met Arg Val Pro Ala Gln Leu Leu Gly Leu Leu Leu Leu Trp 1 5 10 15 Leu Ser 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Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 29 ggcctgaacg acatcttcga ggctcagaaa atcgaatggc acgaa 45 <210> 30 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 30 Gly Leu Asn Asp Ile Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His Glu 1 5 10 15 <210> 31 <211> 23 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: TEV cleavage site <400> 31 gagagaacct gtacttccag ggc 23 <210> 32 <211> 7 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: TEV cleavage site <400> 32 Glu Asn Leu Tyr Phe Gln Gly 1 5 <210> 33 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 33 catcatcatc atcatcat 18 <210> 34 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic 6xHis tag <400> 34 His His His His His His 1 5 <210> 35 <211> 66 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 35 catcatcatc atcatcatgg cggcggcagc ggcggcggca gcggcagcca tcatcatcat 60 catcat 66 <210> 36 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 36 His His His His His His Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Ser 1 5 10 15 His His His His His His 20 <210> 37 <211> 49 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 37 Gly Leu Asn Asp Ile Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His Glu Gly 1 5 10 15 Gly Gly Glu Asn Leu Tyr Phe Gln Gly Gly Ser His His His His His 20 25 30 His Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Ser His His His His His 35 40 45 His <210> 38 <211> 576 <212> DNA <213> Cytomegalovirus <400> 38 tagtaatcaa ttacggggtc attagttcat agcccatata tggagttccg cgttacataa 60 cttacggtaa atggcccgcc tggctgaccg cccaacgacc cccgcccatt gacgtcaata 120 atgacgtatg ttcccatagt aacgccaata gggactttcc attgacgtca atgggtggag 180 tatttacggt aaactgccca cttggcagta catcaagtgt atcatatgcc aagtacgccc 240 cctattgacg tcaatgacgg taaatggccc gcctggcatt atgcccagta catgacctta 300 tgggactttc ctacttggca gtacatctac gtattagtca tcgctattac catggtgatg 360 cggttttggc agtacatcaa tgggcgtgga tagcggtttg actcacgggg atttccaagt 420 ctccacccca ttgacgtcaa tgggagtttg ttttggcacc aaaatcaacg ggactttcca 480 aaatgtcgta acaactccgc cccattgacg caaatgggcg gtaggcgtgt acggtgggag 540 gtctatataa gcagagctgg tttagtgaac cgtcag 576 <210> 39 <211> 276 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 39 Gly Ser His Ser Met Arg Tyr Phe Phe Thr Ser Val Ser Arg Pro Gly 1 5 10 15 Arg Gly Glu Pro Arg Phe Ile Ala Val Gly Tyr Val Asp Asp Thr Gln 20 25 30 Phe Val Arg Phe Asp Ser Asp Ala Ala Ser Gln Lys Met Glu Pro Arg 35 40 45 Ala Pro Trp Ile Glu Gln Glu Gly Pro Glu Tyr Trp Asp Gln Glu Thr 50 55 60 Arg Asn Met Lys Ala His Ser Gln Thr Asp Arg Ala Asn Leu Gly Thr 65 70 75 80 Leu Arg Gly Cys Tyr Asn Gln Ser Glu Asp Gly Ser His Thr Ile Gln 85 90 95 Ile Met Tyr Gly Cys Asp Val Gly Pro 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ccatccagat aatgtatggc 300 tgcgacgtgg ggccggacgg gcgcttcctc cgcgggtacc ggcaggacgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa cgaggacctg cgctcttgga ccgcggcgga catggcagct 420 cagatcacca agcgcaagtg ggaggcggtc catgcggcgg agcagcggag agtctacctg 480 gagggccggt gcgtggacgg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcacggacc cccccaagac acatatgacc caccacccca tctctgacca tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctggg cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggggaggacc agacccagga cacggagctc gtggagacca ggcctgcagg ggatggaacc 720 ttccagaagt gggcggctgt ggtggtgcct tctggagagg agcagagata cacctgccat 780 gtgcagcatg agggtctgcc caagcccctc accctgagat gggagctg 828 <210> 110 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 110 ggctctcact ccatgaggta tttcttcaca tccgtgtccc ggcccggccg cggggagccc 60 cgcttcatcg cagtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgcggttcga cagcgacgcc 120 gcgagccaga ggatggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggagggtcc cgagtattgg 180 gacggggaga cacggaaagt gaaggcccac tcacagactc accgagtgga cctggggacc 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc ggttctcaca ccgtccagag gatgtatggc 300 tgcgacgtgg ggtcggactg gcgcttcctc cgcgggtacc accagtacgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa agaggacctg cgctcttgga ccgcggcgga catggcagct 420 cagaccacca agcacaagtg ggaggcggcc catgtggcgg agcagttgag agcctacctg 480 gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcacggacg cccccaaaac gcatatgact caccacgctg tctctgacca tgaagccacc 600 ctgaggtgct gggccctgag cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggggaggacc agacccagga cacggagctc gtggagacca ggcctgcagg ggatggaacc 720 ttccagaagt gggcggctgt ggtggtgcct tctggacagg agcagagata cacctgccat 780 gtgcagcatg agggtttgcc caagcccctc accctgagat gggagccg 828 <210> 111 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 111 ggctcccact ccatgaggta tttcttcaca tccgtgtccc ggcccggccg cggggagccc 60 cgcttcatcg ccgtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgcggttcga cagcgacgcc 120 gcgagccaga ggatggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccaggaga cacggaatgt gaaggcccag tcacagactg accgagtgga 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gcgagccaga ggatggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccaggaga cacggaatgt gaaggcccac tcacagactg accgagagag cctgcggatc 240 gcgctccgct gctacaacca gagcgaggcc ggttctcaca ccatccagat gatgtatggc 300 tgcgacgtgg ggccggacgg gcgcctcctc cgcgggtacc agcaggacgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccttgaa cgaggacctg cgctcttgga ccgcggcgga catggcggct 420 cagatcaccc agcgcaagtg ggaggcggcc cgtgtggcgg agcagttgag agcctacctg 480 gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcacggacg cccccaagac gcatatgact caccacgctg tctctgacca tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctgag cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggggaggacc agacccagga cacggagctt gtggagacca ggcctgcagg ggatggaacc 720 ttccagaagt gggcgtctgt ggtggtgcct tctggacagg agcagagata cacctgccat 780 gtgcagcatg agggtctgcc caagcccctc accctgagat gggagccg 828 <210> 116 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 116 ggctcccact ccatgaggta tttcaccaca tccgtgtccc ggcccggccg cggggagccc 60 cgcttcatcg ccgtgggcta cgtggacgac acgcagttcg 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ccgtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgcggttcga cagcgacgcc 120 gcgagccaga ggatggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccggaaca cacggaatgt gaaggcccag tcacagactg accgagtgga cctggggacc 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc ggttctcaca ccatccagat gatgtatggc 300 tgcgacgtgg ggtcggacgg gcgcttcctc cgcgggtacc ggcaggacgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa agaggacctg cgctcttgga ccgcggcgga catggcagct 420 cagaccacca agcacaagtg ggaggcggcc catgtggcgg agcagtggag agcctacctg 480 gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcacggacg cccccaaaac gcatatgact caccacgctg tctctgacca tgaagccacc 600 ctgaggtgct gggccctgag cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggggaggacc agacccagga cacggagctc gtggagacca ggcctgcagg ggatggaacc 720 ttccagaagt gggtggctgt ggtggtgcct tctggacagg agcagagata cacctgccat 780 gtgcagcatg agggtttgcc caagcccctc accctgagat gggagccg 828 <210> 118 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 118 ggctcccact ccatgaggta tttctacacc tccgtgtccc ggcccggccg cggggagccc 60 cgcttcatct cagtgggcta cgtggacgac acccagttcg tgaggttcga cagcgacgcc 120 gcgagtccga gagaggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccggaaca cacagatcta caaggcccag gcacagactg accgagagag cctgcggaac 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc gggtctcaca ccctccagag catgtacggc 300 tgcgacgtgg ggccggacgg gcgcctcctc cgcgggcatg accagtacgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa cgaggacctg cgctcctgga ccgccgcgga cacggcggct 420 cagatcaccc agcgcaagtg ggaggcggcc cgtgaggcgg agcagcggag agcctacctg 480 gagggcgagt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga caagctggag 540 cgcgctgacc ccccaaagac acacgtgacc caccacccca tctctgacca tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctggg tttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggcgaggacc aaactcagga cactgagctt gtggagacca gaccagcagg agatagaacc 720 ttccagaagt gggcagctgt ggtggtgcct tctggagaag agcagagata cacatgccat 780 gtacagcatg aggggctgcc gaagcccctc accctgagat gggagccg 828 <210> 119 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 119 ggctcccact ccatgaggta 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tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctggg cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggcgaggacc aaactcagga cactgagctt gtggagacca gaccagcagg agatagaacc 720 ttccagaagt gggcagctgt ggtggtgcct tctggagaag agcagagata cacatgccat 780 gtacagcatg aggggctgcc gaagcccctc accctgagat gggagcca 828 <210> 165 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 165 ggctcccact ccatgaggta tttctacacc gccatgtccc ggcccggccg cggggagccc 60 cgcttcatcg cagtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgaggttcga cagcgacgcc 120 gcgagtccga gagaggagcc gcgggcgccg tggatagagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccggaaca cacagatcta caaggcccag gcacagactg accgagagag cctgcggaac 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc gggtctcaca cttggcagac gatgtatggc 300 tgcgacctgg ggccggacgg gcgcctcctc cgcgggcata accagttagc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa cgaggacctg agctcctgga ccgcggcgga caccgcggct 420 cagatcaccc agcgcaagtg ggaggcggcc cgtgaggcgg agcagctgag agcctacctg 480 gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcgcggacc ccccaaagac 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gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagaa gacgctgcag 540 cgcgcggaac acccaaagac acacgtgacc caccatcccg tctctgacca tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctggg cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggcgaggacc aaactcagga caccgagctt gtggagacca ggccagcagg agatggaacc 720 ttccagaagt gggcagctgt ggtggtgcct tctggagaag agcagagata cacgtgccat 780 gtgcagcacg aggggctgcc agagcccctc accctgagat gggggcca 828 <210> 169 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 169 tgctcccact ccatgaggta tttctacacc gccgtgtccc ggcccggccg cggagagccc 60 cgcttcatcg cagtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgcagttcga cagcgacgcc 120 gcgagtccaa gaggggagcc gcgggcgccg tgggtggagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccgggaga cacagaagta caagcgccag gcacagactg accgagtgag cctgcggaac 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc gggtctcaca ccctccagag gatgtatggc 300 tgcgacctgg ggcccgacgg gcgcctcctc cgcgggtata accagttcgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa tgaggacctg cgctcctgga ccgccgcgga caaggcggct 420 cagatcaccc agcgcaagtg ggaggcggcc cgtgaggcgg 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agcgcaagtg ggaggcggcc cgtgaggcgg agcagtggag agcctacctg 480 gagggcacgt gcgtggagtg gctccgcaga tacctggaga acgggaagga gacgctgcag 540 cgcgcggaac acccaaagac acacgtgacc caccatcccg tctctgacca tgaggccacc 600 ctgaggtgct gggccctggg cttctaccct gcggagatca cactgacctg gcagcgggat 660 ggcgaggacc aaactcagga caccgagctt gtggagacca ggccagcagg agatggaacc 720 ttccagaagt gggcagctgt ggtggtgcct tctggagaag agcagagata cacgtgccat 780 gtgcagcacg aggggctgcc ggagcccctc accctgagat gggagcca 828 <210> 171 <211> 828 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 171 tgctcccact ccatgaggta tttctacacc gccgtgtccc ggcccggccg cggagagccc 60 cgcttcatcg cagtgggcta cgtggacgac acgcagttcg tgcggttcga cagcgacgcc 120 gcgagtccaa gaggggagcc gcgggcgccg tgggtggagc aggaggggcc ggagtattgg 180 gaccgggaga cacagaagta caagcgccag gcacaggctg accgagtgag cctgcggaac 240 ctgcgcggct gctacaacca gagcgaggcc gggtctcaca ccctccagtg gatgtatggc 300 tgcgacctgg ggcccgacgg gcgcctcctc cgcgggtatg accagtccgc ctacgacggc 360 aaggattaca tcgccctgaa cgaggacctg cgctcctgga ctgccgcgga 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Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 176 Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Ala Gly Gly Gly Leu Asn Asp Ile 1 5 10 15 Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His Glu Gly Gly Gly Glu Asn Leu 20 25 30 Tyr Phe Gln Gly Gly Ser His His His His His His Gly Gly Gly Ser 35 40 45 Gly Gly Gly Ser Gly Ser His His His His His His 50 55 60 <210> 177 <211> 78 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Signal sequence universal target sequence <400> 177 atggcgacgg gttcaagaac ttccctactt cttgcatttg gcctgctttg tttgccgtgg 60 ttacaggagg gctcagca 78 <210> 178 <211> 26 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Signal sequence universal target sequence <400> 178 Met Ala Thr Gly Ser Arg Thr Ser Leu Leu Leu Ala Phe Gly Leu Leu 1 5 10 15 Cys Leu Pro Trp Leu Gln Glu Gly Ser Ala 20 25 <210> 179 <211> 225 <212> DNA <213> Bos taurus <400> 179 tgtgccttct agttgccagc catctgttgt ttgcccctcc cccgtgcctt ccttgaccct 60 ggaaggtgcc actcccactg tcctttccta ataaaatgag gaaattgcat 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DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: rbGlob polyA sequence <400> 182 ttcactcctc aggtgcaggc tgcctatcag aaggtggtgg ctggtgtggc caatgccctg 60 gctcacaaat accactgaga tctttttccc tctgccaaaa attatgggga catcatgaag 120 ccccttgagc atctgacttc tggctaataa aggaaattta ttttcattgc aatagtgtgt 180 tggaattttt tgtgtctctc actcggaagg acatatggga gggcaaatca tttaaaacat 240 cagaatgagt atttggttta gagtttggca acatatgccc atatgctggc tgccatgaac 300 aaaggttggc tataaagagg tcatcagtat atgaaacagc cccctgctgt ccattcctta 360 ttccatagaa aagccttgac ttgaggttag atttttttta tattttgttt tgtgttattt 420 ttttctttaa catccctaaa attttcctta catgttttac tagccagatt tttcctcctc 480 tcctgactac tcccagtcat agctgtccct cttctcttat ggagatc 527 <210> 183 <211> 6 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Thrombin cleavage site <400> 183 Leu Val Pro Arg Gly Ser 1 5 <210> 184 <211> 18 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Thrombin cleavage site <400> 184 ctggtgccgc gcggcagc 18 <210> 185 <211> 4 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Factor Xa site <400> 185 Ile Glu Gly Arg 1 <210> 186 <211> 12 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Factor Xa site <400> 186 attgaaggcc gc 12 <210> 187 <211> 8 <212> PRT <213> Rhinovirus <400> 187 Leu Glu Val Leu Phe Gln Gly Pro 1 5 <210> 188 <211> 24 <212> DNA <213> Rhinovirus <400> 188 ctggaagtgc tgtttcaggg cccg 24 <210> 189 <211> 5 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Enterokinase site <400> 189 Asp Asp Asp Asp Lys 1 5 <210> 190 <211> 15 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Enterokinase site <400> 190 gatgatgatg ataaa 15 <210> 191 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 191 gattacaagg atgacgacga taag 24 <210> 192 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 192 Asp Tyr Lys Asp Asp Asp Asp Lys 1 5 <210> 193 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 193 tacccatacg atgttccaga ttacgct 27 <210> 194 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 194 Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala 1 5 <210> 195 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 195 gaacaaaaac ttatttctga agaagatctg 30 <210> 196 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 196 Glu Gln Lys Leu Ile Ser Glu Glu Asp Leu 1 5 10 <210> 197 <211> 549 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 197 cgcaagatcg tcgttgcagc catcgccgtt tccctgacca cggtctcgat tacggccagc 60 gcttcggcag acccctccaa ggactcgaag gcccaggtct cggccgccga ggccggcatc 120 accggcacct ggtacaacca gctcggctcg accttcatcg tgaccgcggg cgccgacggc 180 gccctgaccg gaacctacga gtcggccgtc ggcaacgccg agagccgcta cgtcctgacc 240 ggtcgttacg acagcgcccc ggccaccgac ggcagcggca ccgccctcgg ttggacggtg 300 gcctggaaga ataactaccg caacgcccac tccgcgacca cgtggagcgg ccagtacgtc 360 ggcggcgccg aggcgaggat caacacccag tggctgctga cctccggcac caccgaggcc 420 aacgcctgga agtccacgct ggtcggccac gacaccttca ccaaggtgaa gccgtccgcc 480 gcctccatcg acgcggcgaa gaaggccggc gtcaacaacg gcaacccgct cgacgccgtt 540 cagcagtag 549 <210> 198 <211> 182 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 198 Arg Lys Ile Val Val Ala Ala Ile Ala Val Ser Leu Thr Thr Val Ser 1 5 10 15 Ile Thr Ala Ser Ala Ser Ala Asp Pro Ser Lys Asp Ser Lys Ala Gln 20 25 30 Val Ser Ala Ala Glu Ala Gly Ile Thr Gly Thr Trp Tyr Asn Gln Leu 35 40 45 Gly Ser Thr Phe Ile Val Thr Ala Gly Ala Asp Gly Ala Leu Thr Gly 50 55 60 Thr Tyr Glu Ser Ala Val Gly Asn Ala Glu Ser Arg Tyr Val Leu Thr 65 70 75 80 Gly Arg Tyr Asp Ser Ala Pro Ala Thr Asp Gly Ser Gly Thr Ala Leu 85 90 95 Gly Trp Thr Val Ala Trp Lys Asn Asn Tyr Arg Asn Ala His Ser Ala 100 105 110 Thr Thr Trp Ser Gly Gln Tyr Val Gly Gly Ala Glu Ala Arg Ile Asn 115 120 125 Thr Gln Trp Leu Leu Thr Ser Gly Thr Thr Glu Ala Asn Ala Trp Lys 130 135 140 Ser Thr Leu Val Gly His Asp Thr Phe Thr Lys Val Lys Pro Ser Ala 145 150 155 160 Ala Ser Ile Asp Ala Ala Lys Lys Ala Gly Val Asn Asn Gly Asn Pro 165 170 175 Leu Asp Ala Val Gln Gln 180 <210> 199 <211> 9 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Neo12 epitope sequence <400> 199 Tyr Leu Tyr His Arg Val Asp Val Ile 1 5 <210> 200 <211> 10 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: MART1 epitope sequence <400> 200 Glu Leu Ala Gly Ile Gly Ile Leu Thr Val 1 5 10 <210> 201 <211> 26 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 201 Met Ala Thr Gly Ser Arg Thr Ser Leu Leu Leu Ala Phe Gly Leu Leu 1 5 10 15 Cys Leu Pro Trp Leu Gln Glu Gly Ser Ala 20 25 <210> 202 <211> 1514 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polynucleotide <400> 202 atggcgacgg gttcaagaac ttccctactt cttgcatttg gcctgctttg tttgccgtgg 60 ttacaggagg gctcagcatg actcgagata aaatgtgaat aatgaggatg cggaggatcc 120 ggcggaggcg ggagcggagg cggagggtca tccagcgtac tccaaagatt caggtttact 180 cacgtcatcc agcagagaat ggaaagtcaa atttcctgaa ttgctatgtg tctgggtttc 240 atccatccga cattgaagtt gacttactga agaatggaga gagaattgaa aaagtggagc 300 attcagactt gtctttcagc aaggactggt ctttctatct cttgtactac actgaattca 360 cccccactga aaaagatgag tatgcctgcc gtgtgaacca tgtgactttg tcacagccca 420 agatagttaa gtgggatcga gacatgggcg gaggcgggag cggcggaggc gggtccggcg 480 gaggcgggtc cggaggggga ggcagcggct ctcactccat gaggtatttc ttcacatccg 540 tgtcccggcc cggccgcggg gagccccgct tcatcgcagt gggctacgtg gacgacacgc 600 agttcgtgcg gttcgacagc gacgccgcga gccagaggat ggagccgcgg gcgccgtgga 660 tagagcagga gggtcccgag tattgggacg gggagacacg gaaagtgaag gcccactcac 720 agactcaccg agtggacctg gggaccctgc gcggctgcta caaccagagc gaggccggtt 780 ctcacaccgt ccagaggatg tatggctgcg acgtggggtc ggactggcgc ttcctccgcg 840 ggtaccacca gtacgcctac gacggcaagg attacatcgc cctgaaagag gacctgcgct 900 cttggaccgc ggcggacatg gcagctcaga ccaccaagca caagtgggag gcggcccatg 960 tggcggagca gttgagagcc tacctggagg gcacgtgcgt ggagtggctc cgcagatacc 1020 tggagaacgg gaaggagacg ctgcagcgca cggacgcccc caaaacgcat atgactcacc 1080 acgctgtctc tgaccatgaa gccaccctga ggtgctgggc cctgagcttc taccctgcgg 1140 agatcacact gacctggcag cgggatgggg aggaccagac ccaggacacg gagctcgtgg 1200 agaccaggcc tgcaggggat ggaaccttcc agaagtgggc ggctgtggtg gtgccttctg 1260 gacaggagca gagatacacc tgccatgtgc agcatgaggg tttgcccaag cccctcaccc 1320 tgagatggga gccgggcagc ggcggcagcg ggggctccgc cggcggaggc ctgaacgaca 1380 tcttcgaagc ccagaagatc gagtggcacg agggcggggg agagaacctg tacttccagg 1440 gcggcagcca ccaccatcac caccatggcg gcggaagcgg cggcgggtcc ggcagccacc 1500 atcaccatca ccat 1514 <210> 203 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 203 Leu Glu Ile Lys Cys Glu 1 5 <210> 204 <211> 386 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 204 Gly Cys Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Ile 1 5 10 15 Gln Arg Thr Pro Lys Ile Gln Val Tyr Ser Arg His Pro Ala Glu Asn 20 25 30 Gly Lys Ser Asn Phe Leu Asn Cys Tyr Val Ser Gly Phe His Pro Ser 35 40 45 Asp Ile Glu Val Asp Leu Leu Lys Asn Gly Glu Arg Ile Glu Lys Val 50 55 60 Glu His Ser Asp Leu Ser Phe Ser Lys Asp Trp Ser Phe Tyr Leu Leu 65 70 75 80 Tyr Tyr Thr Glu Phe Thr Pro Thr Glu Lys Asp Glu Tyr Ala Cys Arg 85 90 95 Val Asn His Val Thr Leu Ser Gln Pro Lys Ile Val Lys Trp Asp Arg 100 105 110 Asp Met Arg Lys Val Lys Ala His Ser Gln Thr His Arg Val Asp Leu 115 120 125 Gly Thr Leu Arg Gly Cys Tyr Asn Gln Ser Glu Ala Gly Ser His Thr 130 135 140 Val Gln Arg Met Tyr Gly Cys Asp Val Gly Ser Asp Trp Arg Phe Leu 145 150 155 160 Arg Gly Tyr His Gln Tyr Ala Tyr Asp Gly Lys Asp Tyr Ile Ala Leu 165 170 175 Lys Glu Asp Leu Arg Ser Trp Thr Ala Ala Asp Met Ala Ala Gln Thr 180 185 190 Thr Lys His Lys Trp Glu Ala Ala His Val Ala Glu Gln Leu Arg Ala 195 200 205 Tyr Leu Glu Gly Thr Cys Val Glu Trp Leu Arg Arg Tyr Leu Glu Asn 210 215 220 Gly Lys Glu Thr Leu Gln Arg Thr Asp Ala Pro Lys Thr His Met Thr 225 230 235 240 His His Ala Val Ser Asp His Glu Ala Thr Leu Arg Cys Trp Ala Leu 245 250 255 Ser Phe Tyr Pro Ala Glu Ile Thr Leu Thr Trp Gln Arg Asp Gly Glu 260 265 270 Asp Gln Thr Gln Asp Thr Glu Leu Val Glu Thr Arg Pro Ala Gly Asp 275 280 285 Gly Thr Phe Gln Lys Trp Ala Ala Val Val Val Pro Ser Gly Gln Glu 290 295 300 Gln Arg Tyr Thr Cys His Val Gln His Glu Gly Leu Pro Lys Pro Leu 305 310 315 320 Thr Leu Arg Trp Glu Pro Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Ala Gly 325 330 335 Gly Gly Leu Asn Asp Ile Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His Glu 340 345 350 Gly Gly Gly Glu Asn Leu Tyr Phe Gln Gly Gly Ser His His His His 355 360 365 His His Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ser Gly Ser His His His His 370 375 380 His His 385 <210> 205 <211> 4 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 205 Gly Gly Gly Ser 1 <210> 206 <211> 4 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Retention sequence <400> 206 Lys Asp Glu Leu 1 <210> 207 <211> 60 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 207 ggagggctca gcatgactcg agataaaatg tgaataatga ggatgcggag gatccggcgg 60 <210> 208 <211> 42 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic polypeptide <400> 208 Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Ala Gly Gly Gly Leu Asn Asp Ile 1 5 10 15 Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His Glu Gly Gly Gly Glu Asn Leu 20 25 30 Tyr Phe Gln Gly His His His His His His 35 40 <210> 209 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 209 tcagcatacc tgtaccaccg ggtggacgtg atcggatgcg gag 43 <210> 210 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 210 gatccggcgg 10 <210> 211 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 211 tgagccctcc 10 <210> 212 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 212 gatcctccgc atccgatcac gtccacccgg tggtacaggt atgc 44 <210> 213 <211> 16 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 213 Gly Gly Gly Leu Asn Asp Ile Phe Glu Ala Gln Lys Ile Glu Trp His 1 5 10 15 <210> 214 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(3) <223> a, c, t, g, unknown or other <400> 214 nnngctcagc atacctgtac caccgggtgg acgtgatcgg aagcggagga tccggc 56 <210> 215 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(4) <223> a, c, t, g, unknown or other <400> 215 nnnngccggt acctccgctt cc 22 <210> 216 <211> 200 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: MHC sequence <400> 216 gtttaaactt aagcttgcgg ccgccatggc gacgggttca agaacttccc tacttcttgc 60 atttggcctg ctttgtttgc cgtggttaca ggagggctca gcatacctgt accaccgggt 120 ggacgtgatc ggatgcggag gatccggcgg aggcgggagc ggaggcggag ggtctatcca 180 gcgtactcca aagattcagg 200 <210> 217 <211> 43 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 217 tcagcatacc tgtaccaccg ggtggacgtg atcggatgcg gag 43 <210> 218 <211> 44 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 218 gatcctccgc atccgatcac gtccacccgg tggtacaggt atgc 44

Claims (183)

  1. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) 베타 2 마이크로글로불린 (β2M) 서열, 및 (v) 다중 조직적합성 복합체 (MHC) 대립유전자 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 분자.
  2. 제1항에 있어서, 5'에서 3' 방향으로 (i) 프로모터 서열, (ii) 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 제1 범용 표적 서열, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 서열, (v) 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 서열, (vi) 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 MHC 대립유전자 서열, (vii) 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 태그 서열, (viii) 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (ix) 서열식별번호: 35에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드.
  3. 제1항에 있어서, 항원 펩티드가 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드가 신생항원인 폴리뉴클레오티드.
  5. 제4항에 있어서, 신생항원이 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  6. 제5항에 있어서, 분석이 인실리코 예측 알고리즘을 사용하여 수행되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  7. 제6항에 있어서, 예측 알고리즘이 추가로 신생항원과 MHC 대립유전자 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자가 포유동물 MHC 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자가 인간 MHC 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  10. 제8항에 있어서, MHC 대립유전자가 클래스 I HLA 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  11. 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 대립유전자를 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  12. 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 대상체의 HLA 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  13. 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  14. 제10항에 있어서, HLA 대립유전자가 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 대립유전자가 포유동물 β2M 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  16. 제15항에 있어서, β2M 대립유전자가 인간 β2M 대립유전자인 폴리뉴클레오티드.
  17. 제16항에 있어서, β2M 대립유전자가 서열식별번호: 106에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 길이가 20-70개 사이, 20-30개 사이, 25-35개 사이, 20-45개 사이, 30-45개 사이, 40-70개 사이 또는 45-70개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드를 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 길이가 20-30개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  22. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 서열식별번호: 3에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 4-50개 사이, 4-15개 사이, 15-40개 사이, 15-35개 사이, 15-30개 사이, 20-40개 사이, 25-40개 사이 또는 30-40개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 25-35개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  26. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 길이가 적어도 약 15개 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 서열식별번호: 4에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  28. 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 범용 표적 서열이 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 프라이머 표적 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 범용 표적 서열이 제한 효소 절단 부위를 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  30. 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 서열이 추가로 신호 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  31. 제30항에 있어서, 신호 서열이 인간 성장 호르몬 신호 서열, hIG1 카파 경쇄 신호 서열, 베타 2 마이크로글로불린 신호 서열 또는 IL2 신호 서열을 포함하는 신호 서열을 코딩하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  32. 제31항에 있어서, 신호 서열이 서열식별번호: 1, 24, 26 또는 28에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  33. 제30항에 있어서, 신호 서열이 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 서열을 코딩하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  34. 제33항에 있어서, 신호 서열이 서열식별번호: 1에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  35. 제30항에 있어서, 신호 서열이 길이가 40-90, 40-60, 45-70, 50-80, 60-90, 55-70, 60-80 또는 70-90개 사이 뉴클레오티드인 폴리뉴클레오티드.
  36. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  37. 제36항에 있어서, 제1 및 제2 친화성 태그가 AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  38. 제36항에 있어서, 제1 친화성 태그가 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 태그가 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  39. 제36항에 있어서, 프로테아제 절단 부위 서열이 TEV 절단 부위 서열, 트롬빈 절단 부위 서열, 인자 Xa 절단 부위 서열, 엔테로펩티다제 절단 부위 서열 및 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위 서열로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  40. 제39항에 있어서, 프로테아제 절단 부위 서열이 서열식별번호: 31에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  41. 제39항에 있어서, 제1 친화성 태그 서열이 서열식별번호: 29에 나타낸 서열을 포함하고, 프로테아제 절단 부위가 서열식별번호: 31에 나타낸 서열을 포함하고, 제2 친화성 태그가 서열식별번호: 33에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  42. 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 서열이 추가로 제1 링커 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  43. 제42항에 있어서, 제1 링커 서열이 서열식별번호: 10, 14, 16 또는 18에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  44. 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리뉴클레오티드.
  45. 제44항에 있어서, 제2 링커 서열이 서열식별번호: 10 또는 20에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  46. 제1항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리뉴클레오티드.
  47. 제46항에 있어서, 제3 링커 서열이 서열식별번호: 12 또는 22에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  48. 제1항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 5' 말단이 추가로 제1 범용 표적의 5' 말단에 연결된 프로모터 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  49. 제48항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV, EF1α 및 SV40 프로모터로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  50. 제48항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV 프로모터 서열인 폴리뉴클레오티드.
  51. 제50항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV 프로모터 서열인 폴리뉴클레오티드.
  52. 제1항 내지 제51항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 추가로 폴리A 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  53. 제52항에 있어서, 폴리A 서열이 bGH 폴리A 서열, SV40 폴리A 서열, hGH 폴리A 서열 및 rbGlob 폴리A 서열에서 선택되는 것인 폴리뉴클레오티드.
  54. 제52항에 있어서, 폴리A 서열이 서열식별번호: 179에 나타낸 바와 같은 bGH 폴리A 서열을 포함하는 것인 폴리뉴클레오티드.
  55. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항에 따른 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 발현 구축물.
  56. 제55항에 있어서, 발현 구축물이 플라스미드 또는 바이러스 벡터를 포함하는 것인 구축물.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 따른 폴리뉴클레오티드 분자 또는 발현 구축물을 포함하는 숙주 세포.
  58. 제57항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 게놈에 통합되는 것인 세포.
  59. 제57항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 염색체외의 것인 숙주 세포.
  60. 제57항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 숙주 세포가 포유동물 세포인 세포.
  61. 제60항에 있어서, 인간 세포인 세포.
  62. 제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 줄기 세포, 종양 세포, 무한증식 세포 및 태아 세포로 이루어진 군에서 선택되는 세포.
  63. 제57항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 숙주 세포가 원핵 세포인 세포.
  64. 제63항에 있어서, 에셰리키아 콜리 세포인 세포.
  65. 제57항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, BirA 단백질 또는 그의 단편을 발현하는 세포.
  66. 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 각 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인, 제1항 내지 제65항 중 어느 한 항에 따른 조성물을 포함하는 라이브러리.
  67. 제66항에 있어서, MHC 대립유전자 서열이 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
  68. 제66항 또는 제67항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 라이브러리.
  69. 제66항 또는 제67항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 라이브러리.
  70. 제69항에 있어서, 적어도 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 대립유전자를 포함하는 라이브러리.
  71. 제69항에 있어서, 적어도 서열식별번호: 109-174에 나타낸 서열을 포함하는 라이브러리.
  72. 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 폴리펩티드.
  73. 제72항에 있어서, 5'에서 3' 방향으로 (i) 서열식별번호: 2에 나타낸 서열을 포함하는 프로모터 펩티드, (ii) 제1 범용 표적 펩티드, (iii) 항원 펩티드를 코딩하며, 상기 항원 펩티드가 종양 신생항원인 뉴클레오티드 서열, (iv) 서열식별번호: 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 제2 범용 표적 펩티드, (v) 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 β2M 펩티드, (vi) 서열식별번호: 38-103에 나타낸 서열을 포함하는 MHC 펩티드, (vii) 서열식별번호: 30에 나타낸 서열을 포함하는 제1 친화성 펩티드, (viii) 서열식별번호: 32에 나타낸 서열을 포함하는 프로테아제 절단 부위 펩티드, 및 (ix) 서열식별번호: 36에 나타낸 서열을 포함하는 제2 친화성 펩티드를 포함하는 폴리펩티드.
  74. 제72항에 있어서, 항원 펩티드가 종양 항원, 신생항원, 종양 신생항원, 바이러스 항원, 박테리아 항원, 포스포항원 및 미생물 항원으로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
  75. 제72항 또는 제74항에 있어서, 항원 펩티드가 신생항원인 폴리펩티드.
  76. 제72항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 신생항원이 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터를 분석하여, 1종 이상의 체세포 돌연변이를 식별하는 것에 의해 선택되는 것인 폴리펩티드.
  77. 제72항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 분석이 인실리코 예측 알고리즘을 사용하여 수행되는 것인 폴리펩티드.
  78. 제72항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 예측 알고리즘이 추가로 신생항원과 MHC 펩티드 사이의 결합을 예측하는 MHC 결합 알고리즘을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  79. 제72항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 포유동물 MHC 펩티드인 폴리펩티드.
  80. 제72항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 인간 MHC 펩티드인 폴리펩티드.
  81. 제72항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 펩티드가 클래스 I HLA 펩티드인 폴리펩티드.
  82. 제72항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, HLA 펩티드가 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  83. 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 대상체의 HLA 펩티드인 폴리펩티드.
  84. 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 또는 HLA-C*17:01을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  85. 제82항에 있어서, HLA 펩티드가 서열식별번호: 38-103으로 이루어진 군에서 선택되는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  86. 제72항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, HLA 펩티드가 Y84A 또는 Y84C 돌연변이를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  87. 제72항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 펩티드가 포유동물 β2M 펩티드인 폴리펩티드.
  88. 제87항에 있어서, β2M 펩티드가 인간 β2M 펩티드인 폴리펩티드.
  89. 제88항에 있어서, β2M 펩티드가 서열식별번호: 105에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  90. 제88항에 있어서, β2M 펩티드가 아미노산 88에 S88C 돌연변이를 포함하는 서열식별번호: 107에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  91. 제72항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 항원 펩티드가 길이가 7-15개 아미노산, 7-10, 8-9, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개 아미노산인 폴리펩티드.
  92. 제72항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 범용 표적 펩티드가 추가로 신호 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  93. 제92항에 있어서, 신호 펩티드가 인간 성장 호르몬 신호 펩티드, hIG1 카파 경쇄 신호 펩티드, 베타 2 마이크로글로불린 신호 펩티드 또는 IL2 신호 펩티드를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  94. 제93항에 있어서, 신호 펩티드가 서열식별번호: 2, 23, 25 또는 27에 나타낸 서열을 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  95. 제93항에 있어서, 신호 펩티드가 서열식별번호: 2에 나타낸 인간 성장 호르몬 (HGH) 신호 펩티드 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  96. 제72항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 신호 서열이 길이가 15-45, 15-30, 20-45, 20-30 또는 30-45개 사이 아미노산인 폴리펩티드.
  97. 제72항 내지 제96항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리펩티드의 카르복실 말단이 아미노에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 친화성 펩티드, (ii) 프로테아제 절단 부위, 및 (iii) 제2 친화성 펩티드를 포함하는 정제 클러스터를 추가로 포함하는 것인 폴리펩티드.
  98. 제97항에 있어서, 제1 및 제2 친화성 펩티드가 AviTag, 스트렙타비딘-태그, 폴리히스티딘 (His6)-태그, FLAG-태그, HA-태그 및 Myc-태그로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
  99. 제98항에 있어서, 제1 친화성 펩티드가 서열식별번호: 30을 포함하는 서열을 포함하며, 제2 친화성 펩티드가 서열식별번호: 34를 포함하는 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  100. 제97항에 있어서, 프로테아제 절단 부위가 TEV 절단 부위, 트롬빈 절단 부위, 인자 Xa, 엔테로펩티다제 절단 부위 및 리노바이러스 3C 프로테아제 절단 부위로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
  101. 제100항에 있어서, 프로테아제 절단 부위가 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  102. 제97항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 30에 나타낸 AviTag 펩티드 서열, 서열식별번호: 32에 나타낸 TEV 절단 부위 서열 및 서열식별번호: 34 또는 36에 나타낸 His6 펩티드 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  103. 제102항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 34에 나타낸 His6 펩티드 서열의 2개 이상 카피를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  104. 제97항에 있어서, 정제 클러스터가 서열식별번호: 37에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  105. 제72항 내지 제104항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 범용 표적 펩티드가 추가로 서열식별번호: 9, 11, 15 또는 17에 나타낸 서열을 포함하는 링커를 포함하는 것인 폴리펩티드.
  106. 제72항 내지 제105항 중 어느 한 항에 있어서, β2M 서열과 MHC 대립유전자 서열 사이에 제2 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
  107. 제106항에 있어서, 제2 링커 서열이 서열식별번호: 9 또는 19에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  108. 제72항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, MHC 대립유전자 서열과 제1 친화성 태그 사이에 제3 링커 서열을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
  109. 제108항에 있어서, 제3 링커 서열이 서열식별번호: 13 또는 21에 나타낸 서열을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  110. 제72항 내지 제109항 중 어느 한 항에 있어서, 비오티닐화되는 폴리펩티드.
  111. 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하며, 여기서 구별되는 폴리펩티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는, 제72항 내지 제110항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  112. 제111항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
  113. 제111항 또는 제112항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  114. 제111항 또는 제112항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  115. 제114항에 있어서, HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A*03:01, HLA-A*24:02, HLA-A*30:02, HLA-A*31:01, HLA-A*32:01, HLA-A*33:01, HLA-A*68:01, HLA-A*11:01, HLA-A*23:01, HLA-A*30:01, HLA-A*33:03, HLA-A*25:01, HLA-A*26:01, HLA-A*29:02, HLA-A*68:02, HLA-B*07:02, HLA-B*14:02, HLA-B*18:01, HLA-B*27:02, HLA-B*39:01, HLA-B*40:01, HLA-B*44:02, HLA-B*46:01, HLA-B*50:01, HLA-B*57:01, HLA-B*58:01, HLA-B*08:01, HLA-B*15:01, HLA-B*15:03, HLA-B*35:01, HLA-B*40:02, HLA-B*42:01, HLA-B*44:03, HLA-B*51:01, HLA-B*53:01, HLA-B*13:02, HLA-B*15:07, HLA-B*27:05, HLA-B*35:03, HLA-B*37:01, HLA-B*38:01, HLA-B*41:02, HLA-B*44:05, HLA-B*49:01, HLA-B*52:01, HLA-B*55:01, HLA-C*02:02, HLA-C*03:04, HLA-C*05:01, HLA-C*07:01, HLA-C*01:02, HLA-C*04:01, HLA-C*06:02, HLA-C*07:02, HLA-C*16:01, HLA-C*03:03, HLA-C*07:04, HLA-C*08:01, HLA-C*08:02, HLA-C*12:02, HLA-C*12:03, HLA-C*14:02, HLA-C*15:02 및 HLA-C*17:01 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  116. 제72항 내지 제115항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리펩티드가 입자에 부착되며, 여기서 입자는 표면, 나노입자, 비드 및 중합체로 이루어진 군에서 선택되는 것인 폴리펩티드.
  117. 제116항에 있어서, 폴리펩티드가 링커를 통해 입자에 부착되는 것인 폴리펩티드.
  118. 제116항 또는 제117항에 있어서, 나노입자가 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자인 폴리펩티드.
  119. 제118항에 있어서, 자성 나노입자가 자성 산화 철을 포함하는 것인 폴리펩티드.
  120. 제116항에 있어서, 비드가 아가로스 비드 또는 세파로스 비드인 폴리펩티드.
  121. 제116항 내지 제120항 중 어느 한 항에 있어서, 형광단을 추가로 포함하는 폴리펩티드.
  122. 제121항에 있어서, 형광단이 링커가 있거나 없이 입자에 부착되는 것인 폴리펩티드.
  123. 2종 이상의 구별되는 폴리펩티드 분자를 포함하고, 항원 펩티드는 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않으며, 각 구별되는 폴리펩티드는 입자에 부착되는 것인, 제116항 내지 제122항 중 어느 한 항에 따른 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  124. 제123항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 라이브러리.
  125. 제123항 또는 제124항에 있어서, 각 구별되는 폴리펩티드의 정체성과 작동가능하게 연관된 고유의 정해진 바코드 서열을 추가로 포함하는 라이브러리.
  126. 제125항에 있어서, 20 내지 500종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  127. 제125항에 있어서, 적어도 66종의 구별되는 폴리펩티드를 포함하는 라이브러리.
  128. 제1항 내지 제127항 중 어느 한 항에 따른 조성물, 및 사용 지침을 포함하는 키트.
  129. a. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열의 일부, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열의 일부를 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
    c. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체, (ii) 항원 펩티드를 코딩하는 서열에 대한 역상보체, 및 (iii) 제1 범용 표적 서열의 일부에 대한 역상보체를 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
    d. 상보성 서열이 어닐링되도록 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 함께 혼합하는 단계;
    e. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및
    f. DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 폴리뉴클레오티드와 어닐링된 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계
    를 포함하는 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법.
  130. 제129항에 있어서, 상보성 서열 어닐링 후 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드의 5' 뉴클레오티드를 인산화하는 것을 추가로 포함하며, 여기서 인산화는 효소를 사용하여 제1 또는 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드를 인큐베이션하는 것을 포함하는 것인 방법.
  131. 제130항에 있어서, 효소가 T4 키나제인 방법.
  132. 제129항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 추가로 프로모터 서열을 포함하는 것인 방법.
  133. 제132항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV, EF1α 또는 SV40 프로모터로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  134. 제133항에 있어서, 프로모터 서열이 CMV인 방법.
  135. 제129항 내지 제134항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 친화성 태그 서열, (ii) 프로테아제 절단 부위 서열, 및 (iii) 제2 친화성 태그 서열을 포함하는 정제 클러스터 서열을 추가로 포함하는 것인 방법.
  136. 제129항 내지 제135항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 폴리뉴클레오티드 서열의 3' 말단이 추가로 폴리A 서열을 포함하는 것인 방법.
  137. 제129항 내지 제136항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 발현 구축물인 방법.
  138. 제129항 내지 제136항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  139. 제129항 내지 제138항 중 어느 한 항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 대상체로부터의 종양 서열분석 데이터의 예측 데이터 세트를 수득하는 것을 포함하는 것인 방법.
  140. 제139항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 종양 서열분석 데이터로부터 항원 펩티드를 코딩하는 서열을 예측하는 것을 포함하는 것인 방법.
  141. 제139항 또는 제140항에 있어서, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계가 추가로 예측 서열을 바탕으로 항원 펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 합성하는 것을 포함하는 것인 방법.
  142. 제129항 내지 제141항 중 어느 한 항에 있어서, 2종 이상의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 항원 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  143. 제142항에 있어서, MHC 대립유전자가 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
  144. 제143항에 있어서, 라이브러리가 20 내지 500종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 것인 방법.
  145. 제143항에 있어서, 라이브러리가 적어도 66종의 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 것인 방법.
  146. 제129항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 폴리뉴클레오티드가 발현 구축물인 방법.
  147. 제129항 내지 제144항 중 어느 한 항에 있어서, 발현 구축물에 제조된 폴리뉴클레오티드를 삽입하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  148. 제146항에 있어서, 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자를 포함하는 2종 이상의 발현 구축물을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리뉴클레오티드 분자는 (i) 제1 범용 표적 서열, (ii) 항원 펩티드를 코딩하며, 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 뉴클레오티드 서열, (iii) 제1 범용 표적 서열과 구별되는 제2 범용 표적 서열, (iv) β2M 서열, 및 (v) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  149. 제148항에 있어서, MHC 대립유전자가 2종 이상의 폴리뉴클레오티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
  150. 제149항에 있어서, MHC 대립유전자가 서열식별번호: 109-174로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택되는 것인 방법.
  151. 제129항 내지 제150항 중 어느 한 항에 있어서, 폴리뉴클레오티드 분자로부터 다중단백질 분자를 발현시키는 것을 추가로 포함하는 방법.
  152. 제151항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포로 형질감염 또는 형질도입되는 것인 방법.
  153. 제152항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 게놈에 통합되는 것인 방법.
  154. 제152항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 세포 내에서 염색체외로 유지되는 것인 방법.
  155. 제152항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 세포가 포유동물 세포이며, 임의적으로 종양 세포주인 방법.
  156. 제152항 내지 제154항 중 어느 한 항에 있어서, 세포가 원핵 세포인 방법.
  157. 제156항에 있어서, 세포가 에셰리키아 콜리 세포인 방법.
  158. 제151항 내지 제155항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질의 발현을 정량하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  159. 제158항에 있어서, 비-발현 다중단백질 서열을 사용하여 제140항에 따른 항원 펩티드 예측 분석 단계를 개선하는 방법.
  160. 제146항 내지 제158항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질을 비오티닐화하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  161. 제160항에 있어서, 다중단백질이 BirA 단백질을 사용하여 비오티닐화되는 것인 방법.
  162. 제146항 내지 제160항 중 어느 한 항에 있어서, 다중단백질을 정제하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  163. 제162항에 있어서, 정제 단계가 친화성 크로마토그래피를 포함하는 것인 방법.
  164. 제163항에 있어서, 친화성 크로마토그래피가 지지체, 킬레이팅제 및 2가 금속을 포함하는 고정 금속 친화성 크로마토그래피를 포함하는 것인 방법.
  165. 제164항에 있어서, 친화성 크로마토그래피용 킬레이팅제가 니트롤로트리아세트산 (NTA) 또는 이미니디아세트산 (IDA)인 방법.
  166. 제164항에 있어서, 2가 금속이 니켈 (Ni), 코발트 (Co), 구리 (Cu) 및 철 (Fe)로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  167. 제164항에 있어서, 킬레이팅제가 NTA이며, 2가 금속이 Ni인 방법.
  168. 제164항 내지 제167항 중 어느 한 항에 있어서, 지지체가 아가로스 비드, 세파로스 비드 및 자성 비드로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  169. 제160항 내지 제168항 중 어느 한 항에 있어서, 정제된 다중단백질의 비오티닐화 수준을 정량하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  170. 제162항 내지 제169항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1종의 입자에 폴리펩티드를 부착시키는 것을 추가로 포함하며, 여기서 입자는 표면, 나노입자, 비드 및 중합체로 이루어진 군에서 선택되는 것인 방법.
  171. 제170항에 있어서, 나노입자가 자성 나노입자 또는 폴리스티렌 나노입자인 방법.
  172. 제171항에 있어서, 자성 나노입자가 자성 산화 철을 포함하는 것인 방법.
  173. 제170항에 있어서, 비드가 아가로스 비드 또는 세파로스 비드인 방법.
  174. 제170항 내지 제173항 중 어느 한 항에 있어서, 입자가 추가로 형광단을 포함하는 것인 방법.
  175. 제174항에 있어서, 형광단이 링커가 있거나 없이 적어도 1종의 입자에 부착되는 것인 방법.
  176. 제151항 내지 제175항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 1종의 입자에 부착된 2종 이상의 구별되는 다중단백질을 포함하며, 여기서 구별되는 폴리펩티드는 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하는 것인 라이브러리를 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  177. 제176항에 있어서, MHC 펩티드가 2종 이상의 폴리펩티드 분자 각각에 대해 동일하지 않은 것인 방법.
  178. 제177항에 있어서, MHC 펩티드가 서열식별번호: 39-104로 이루어진 군에서 나타낸 서열에서 선택되는 것인 방법.
  179. 제176항 또는 제177항에 있어서, 라이브러리가 20 내지 500종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함하는 것인 방법.
  180. 제176항 또는 제177항에 있어서, 라이브러리가 적어도 66종의 구별되는 단일 다중단백질을 포함하는 것인 방법.
  181. a. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제한 부위를 포함하는 제1 범용 표적 서열, (ii) 제1 범용 표적 서열과 동일하지 않은 제한 부위를 포함하는 제2 범용 표적 서열, (iii) β2M 서열, 및 (iv) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제1 범용 표적 서열, (i) 항원 펩티드를 코딩하는 서열, 및 (iii) 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드를 수득하는 단계;
    c. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제1 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계;
    d. 적어도 1종의 제한 효소를 사용하여 제2 폴리뉴클레오티드 서열상에서 제한 분해를 수행하는 단계; 및
    e. DNA 라이게이션 반응 시약과 함께 분해된 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 혼합함으로써, 제1 및 제2 폴리뉴클레오티드를 함께 라이게이션시키는 단계
    를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법.
  182. a. 제1 범용 표적 서열을 포함하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    b. 5'에서 3' 방향으로 (i) 제2 범용 표적 서열, (ii) β2M 서열, 및 (iii) MHC 대립유전자 서열을 포함하는 제2 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    c. 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드를 코딩하는 서열 및 제2 범용 표적 서열을 포함하는 제3 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    d. 5'에서 3' 방향으로 항원 펩티드에 대한 역상보체 및 제1 범용 표적 서열에 대한 역상보체를 포함하는 제4 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하는 단계;
    e. 용액 중에서 제1, 제2, 제3 및 제4 폴리뉴클레오티드를 조합하는 단계;
    f. 폴리머라제 연쇄 반응 (PCR) 시약을 첨가하는 단계; 및
    g. 제2 및 제3 폴리뉴클레오티드 중 제2 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되고, 제1 및 제4 폴리뉴클레오티드 중 제1 범용 표적 서열의 상보성 영역이 서로 어닐링되고, 어닐링된 서열이 PCR 연장 및 증폭 반응에 프라이밍 서열을 제공하는 PCR 반응을 수행하는 단계
    를 포함하는, 폴리뉴클레오티드 분자의 제조 방법.
  183. a. 아미노 말단에서 카르복실 말단 방향으로 (i) 제1 범용 표적 펩티드, (ii) 항원 펩티드, (iii) 제1 범용 표적 펩티드와 구별되는 제2 범용 표적 펩티드, (iv) β2M 펩티드, 및 (v) MHC 펩티드를 포함하며, 하나의 입자에 연결되어 있는 폴리펩티드를 제공하는 단계;
    b. 1종 이상의 T 세포를 포함하는 것으로 알려져 있거나 의심되는 샘플을 제공하는 단계;
    c. 폴리펩티드를 샘플과 접촉시키는 단계이며, 여기서 접촉이 단일 T 세포가 입자에 부착되어 있는 폴리펩티드에 결합하기에 충분한 조건을 제공하는 것을 포함하는 것인 단계; 및
    d. 입자와 회합된 단일 T 세포를 단리하는 단계
    를 포함하는, 항원 특이적 T 세포의 단리 방법.
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