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KR20190039473A - 여드름 치료를 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

여드름 치료를 위한 조성물 및 방법 Download PDF

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KR20190039473A
KR20190039473A KR1020187036343A KR20187036343A KR20190039473A KR 20190039473 A KR20190039473 A KR 20190039473A KR 1020187036343 A KR1020187036343 A KR 1020187036343A KR 20187036343 A KR20187036343 A KR 20187036343A KR 20190039473 A KR20190039473 A KR 20190039473A
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KR
South Korea
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bacteriophage
seq
nucleotide sequence
mutant
mutation
Prior art date
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Withdrawn
Application number
KR1020187036343A
Other languages
English (en)
Inventor
로버트 엘. 모드린
제프리 에프. 밀러
로라 제이. 마리넬리
그라함 에프. 해트풀
Original Assignee
더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아
유니버시티 오브 피츠버그 - 오브 더 커먼웰쓰 시스템 오브 하이어 에듀케이션
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아, 유니버시티 오브 피츠버그 - 오브 더 커먼웰쓰 시스템 오브 하이어 에듀케이션 filed Critical 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아
Publication of KR20190039473A publication Critical patent/KR20190039473A/ko
Withdrawn legal-status Critical Current

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Abstract

특정 양태에서, 본 발명은 프로피오니박테리움 아크네스(Propionibacterium acnes)를 표적화하는 돌연변이체 박테리오파지에 관한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 특정 양태에서, 본 명세서에 기재된 조성물 및 방법은 여드름의 치료에 유용하다.

Description

여드름 치료를 위한 조성물 및 방법
관련 출원의 상호 참조
본 출원은 2016년 5월 15일자, 미국 가출원번호 제 62/336,680호의 우선권을 주장하며, 상기 문헌은 본 명세서에 그 전체가 참조 문헌으로 포함된다.
연방 후원 연구에 대한 성명
본 발명은 미국 국립 보건원에 의해 수여된 승인 번호 AR060382 및 AR060655의 정부 지원을 통해 이루어졌다. 정부는 본 발명에 대해 특정 권리를 가지고 있다.
발명의 분야
본 발명은 여드름 치료에 사용하기 위해 확장된 숙주 범위를 가지는 프로피오니박테리움 아크네스(Propionibacterium acnes) 박테리오파지의 사용에 관한 것이다.
여드름은 미국 인구 내 감정적 및 물리적 질병 발명의 중요한 요인이다. 여드름(acne vulgaris)은 4천 5백만명을 초과하는 사람에게 영향을 미치며, 미국인의 80% 이상이 여드름으로 인해 생활에 고통받는 것으로 보고되어 있다. 미국 소비자는 여드름 치료를 위해 연간 12억 달러 이상을 지출한다. 이러한 질병은 환자의 자존감에 상당한 영향을 미칠 수 있으며, 흉터와 같은 장기적인 영향을 미칠 수 있다.
여드름의 병인에 관여하는 주요 종인, 프로피오니박테리움 아크네스 (P. 아크네스)는 항생제 요법에 점점 내성을 가지게 된다. 그람-양성 피부 공생균 P. 아크네스는 인간 모피지낭의 지배적인 서식자이며 (2), 이는 숙주 염증성 반응을 일부 유발하여, 여드름의 병인에 중요한 역할을 하는 것으로 여겨진다 (3). 여드름이 일반적으로 발병하는 시기인 사춘기에 P. 아크네스 집락형성이 상당히 증가하며, 여드름을 가진 10대는 피부에 존재하는 P. 아크네스 박테리아가 연령이 일치하는 건강한 대조군보다 100 배 더 많을 수 있다 (4). 여드름에서 대한 항생제의 효능은 피부 상에서의 P. 아크네스 박테리아의 감소에 연관될 뿐만 아니라 항염증성 성질에도 관련이 있으며 (5), 이는 여드름의 다인성 병인을 반영한다. P. 아크네스의 항생제-내성 균주의 등장은 최대 60%의 임상 분리균에서 발견되었으며 (6-8), 개선된 치료법에 대한 필요성을 강조한다 (5).
이에 따라, 당업계에는 중증 여드름의 치료에 유용한 방법 및 조성물을 제공해야 하는 필요성이 오래도록 존재해 왔다. 본 명세서에 기재된 본 발명은 이러한 조성물 및 방법을 제공한다.
본 명세서는 여드름과 같은 피부 병태를 치료 및/또는 예방하는데 관련된 방법 및 조성물을 제공한다. 일부 양태에서, 본 명세서는 프로피오니박테리움 아크네스 (P. 아크네스) 박테리오파지 돌연변이체 (예컨대, 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열(CRISPR, Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) 도피 돌연변이체) 및 박테리오파지 내성 P. 아크네스를 감염시킬 수 있는 박테리오파지 돌연변이체를 포함하는 조성물 (예컨대, 약제학적 조성물)을 제공한다. 본 명세서는 본 명세서에 개시된 박테리오파지 돌연변이체 및 조성물을 투여함으로써 대상체에서 여드름을 치료 또는 예방하는 방법을 제공한다. 일부 구체예에서, 돌연변이체는 1, 3, 및 4으로부터 선택되는 프로토스페이서에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 돌연변이는 다음으로부터 선택된다: T6502G, C6514A, G2762T, T2757C, G5919T, C5917A, A5892C, P9.1-2A, P9.1-2B, P9.1-3 및 P9.1-4. 박테리오파지는 서열 번호 1 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있으며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 A2, A3, T5, C6, T7, T8, C9, G11, G12, G13, G14, C17, G20, G21, 및 G22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 박테리오파지 돌연변이체는 A2T, A2C, A3C, T5G, G11T, G14T, C17A, G20T, G21C, C22G, 및 C22T으로부터 선택되는 서열 번호 1에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 9은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 서열 번호 2 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 A2, A3, T5, C6, T7, T8, C9, G11, G12, G13, G14, C17, T20, C21, 및 T22로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 A2T, A2C, A3C, T5G, G11T, G14T, C17A, T20G, C21G, T22G, 및 T22C으로부터 선택되는 서열 번호 2에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 9은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 박테리오파지는 서열 번호 3 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 A2, A3, A5, T6, T7, G8, A9, T11, T12, G13, G14, T20, G23, T25, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 T7C, T20G, G23A, T25G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 서열 번호 3에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 16은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 박테리오파지는 서열 번호 4 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A2, A3, T5, G6, C7, G8, C9, A11, A12, C13, A14, A15, A16, 및 G18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 일부 이러한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C7A, C9A, A12G, C13A, A15G, A16C, A16T, 및 G18T으로부터 선택되는 서열 번호 4에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 3은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 박테리오파지는 서열 번호 5 또는 이의 역보체와 적어도 약 95% 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A2, A3, T5, G6, C7, G8, C9, A11, A12, C13, A14, G15, T16, 및 T18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 일부 이러한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C7A, C9A, A12G, C13A, G15A, T16C, T16A, 및 T18G으로부터 선택되는 서열 번호 5에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 3은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 박테리오파지는 서열 번호 6 또는 이의 역보체와 적어도 약 95% 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며; 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A2, A3, G5, C6, A7, G8, C9, A11, T12, C13, T14, A31, T33, 및 G35으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 일부 이러한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 C6A, A7G, G8T, A31G, T33G, 및 G35A으로부터 선택되는 서열 번호 6에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지의 유전자 7은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 구체예에서, 박테리오파지의 게놈은 서열 번호 7과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지며, 이러한 박테리오파지는 G2761T, T2762C, G2767T, T2771C, T2771G, C6477A, A6507C, A6508C, T13160G, T13170G, G13171T, C13734A, T20501G, C23365A, G27713T, T28115G, 및 G28199T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 구체예에서, 전술한 청구항 중 어느 한 항의 박테리오파지로서, 박테리오파지의 게놈은 적어도 서열 번호 12와 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지며, 이러한 박테리오파지는 T2757C, G2760T, G2762T, T2766C, G3704T, C5890A, C5890T, A5892C, C5917A, G5919T, A6499C, T6502G, G6508T, G6511T, C6514A, A12404C, C16536A, G17863T, 및 G26907A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다.
일부 양태에서, 본 명세서는 본 명세서에 개시된 박테리오파지를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다. 약제학적 조성물은 하나 이상의 항균제, 예컨대, 항여드름제 (예컨대, 레티노이드, 벤조일 퍼옥사이드 및 항생제)를 포함할 수 있다. 약제학적 조성물은 국소 용도로 제형화될 수 있다.
본 명세서는 본 명세서에 개시된 조성물 (예컨대, 박테리오파지 내성 P. 아크네스를 감염시킬 수 있는 하나 이상의 프로피오니박테리움 아크네스 (P. 아크네스) 박테리오파지 돌연변이체를 포함하는 약제학적 조성물)의 치료학적 유효량을 투여함으로써, 여드름 치료를 필요로 하는 대상체 (예컨대, 이를 필요로 하는 대상체)에서 여드름을 치료하는 방법을 제공한다. 여드름은 파지-내성 P. 아크네스와 관련될 수 있다. 일부 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (CRISPR) 도피 돌연변이체이다. 일부 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 본 명세서에 개시된 박테리오파지 돌연변이체이다.
특허 또는 출원 파일은 컬러로 작성된 적어도 하나의 도면을 포함한다. 상기 특허 또는 특허 출원 간행물의 컬러 도면의 사본은 필요한 수수료의 지불 시 사무소에 의해 제공될 것이다.
발명을 예시하기 위한 목적으로, 본 발명의 특정 구체예가 도면에 도시되어 있다. 그러나, 본 발명은 도면에 도시된 구체예의 정확한 배열 및 수단에 제한되는 것은 아니다.
도 1은 P. 아크네스 파지 P100D의 게놈 지도를 도시한다.
도 2는 파지 도피 돌연변이체의 돌연변이를 도시한다. 4 개의 돌연변이체 각각에서, 돌연변이 (밑줄)는 다음의 3개의 프로토스페이서에 위치한다; 1 (노란색), 3 (초록색), 및 4 (갈색).
도 3은 플라크 형태형(morphotype)을 나타내는 ATCC_C (위) 및 ATCC_T (아래)의 단계 희석을 보여준다.
도 4는 분리된 파지 도피 돌연변이체의 수를 도시하며 플라크 형태형을 보여준다.
도 5는 파지 도피 돌연변이체의 돌연변이를 도시한다.
도 6은 P9.1 돌연변이체에서 프로토스페이서 돌연변이 서열을 도시한다.
도 7은 파지 내성인 분리균을 포함하는 두 개의 CRISPR의 서열 예시이다.
도 8은 B101.9 스페이서가 일치하는 P. 아크네스 파지 PS를 도시한다.
도 9은 B166.8 스페이서가 일치하는 P. 아크네스 파지 PS를 도시한다.
도 10은 WT 파지에 내성인 분리균을 효과적으로 감염시키는 P91 도피 돌연변이체를 나타낸다.
도 11은 WT 파지에 내성인 분리균을 효과적으로 감염시키는 P91 도피 돌연변이체를 나타낸다. B101.9에서 분리된 돌연변이체는 이러한 분리 균주와 B66.8을 감염시키며, B66.8에서 분리된 돌연변이체만이 분리균을 감염시킨다.
도 12는 CRISPR 도피 돌연변이체 내 PS 및 PAM가 점 돌연변이를 포함하는 것을 나타낸다.
도 13은 먼저 B66.8에서 분리된 돌연변이체에서 획득된 다음 B101.9를 통과하여 효율적으로 B101.9를 감염시키고 B101.9 PS-1 PAM에 점 돌연변이를 포함하는 2차 도피 돌연변이를 나타낸다.
도 14는 비내성 분리균에서 도피 돌연변이체의 숙주 범위는 영향을 받지 않음을 나타낸다.
도 15는 파지 도피 돌연변이체의 돌연변이를 도시한다.
I. 개요
현재의 치료법은 부적절하며, 파지-기반의 치료법은 여드름 치료에 대한 새로운 항균제 접근법을 제공한다. 여드름에 대한 경구 항생제 요법은 종종 임상적 변이 중 내성 (6-8)으로 인해 실패하며, 및 다음과 같은 원하지 않는 전신적 효과를 야기할 수 있다: 위장 장애, 광선 과민증, 칸디다 질염 및 치아 변색. 국소 레티노이드는 자극 및 광선 과민증을 야기하며, 전신적 레티노이드는 효과적이지만, 간독성 및 최기성(teratogenicity)을 비롯한 다중-전신 부작용을 가진다. 이에 따라, P. 아크네스를 특이적으로 표적화하는더욱 안전하고 보다 효과적인 치료법의 개발이 절실히 필요하다.
파지 치료법. 파지 치료법이 90 년에 걸쳐 활용되어 왔지만 (10), 항생제의 개발 및 유효성에 대한 오래된 의문으로 인해 미국 내 이의 사용은 제한되었다 (11,12). 그러나, 병원성 박테리아에 대한 항생제 내성의 출현은 파지 치료법에 대한 새로운 관심을 불러 일으켰다. 중요한 것은, 박테리오파지가 독성 없이 인간에게 투여되고 (13), 파지 치료법의 효능이 세균성 이질(Shigella dysenteriae) (14), 대장균(Escherichia coli) (15) 및 피부 황색포도상구균(Staphylococcus aureus)(16-18)에 의한 감염의 동물 모델에서 입증되었다. 국소 파지 치료법은 기니 피크 모델에서 피부 이식의 합병증인 녹농균(Pseudomonas) 감염을 효과적으로 치료하는데 사용되어 왔으며 (19), 인간 화상 피해자 및 만성 귀 감염을 가지는 개 모두에서 이의 치료적 효능이 입증되었다 (20,21). FDA는 육류 및 가금류 제품에서 리스테리아균(Listeria monocytogenes)에 대한 사용을 위한 6개의 개별적으로 저제된 파지로 구성된 파지 칵테일을 승인했으며 (10) 대장균(E. coli) 오염을 조절하기 위한 유사한 제품이 승인되었다. 현재 많은 회사들이 치료적 파지를 적극적으로 개발중이며 (10), 여러 활성 파지 치료 시험이 존재한다 (ClinicalTrials.gov). 이 모든 것에도 불구하고, 많은 인간 박테리아 감염은, 복용량, 특이성, 적용 경로, 내성, 허가, 및 면제가 불명확하게 남아있는 상태에서, 파지 치료법에 대한 심각한 어려움을 제시한다. 대조적으로, 여드름은 심각하지만 생명을 위헙하지 않는 고통이며, 국소 적용에 반응하며, 진보적인 파지 치료법 접근법에 매력적인 모델을 제시한다.
파지 내성의 가능성을 극복하기 위한 전략이 개발되었으며 (22) 다음을 포함한다: i) “침투 역치”를 달성하기 위한 고밀도의 파지 입자 (23), ii) 상이한 박테리아 수용체를 표적으로 하는 파지의 혼합물을 포함하는 파지 "칵테일"; 및/또는 iii) 상승적으로 작용하는 파지 및 항생제의 조합물 (24). 높은 파지 투여량 및 파지-유래의 파이오신을 사용하면 수동적인 치료법을 제공하여, 박테리아 용해를 야기한다. 이러한 접근법은 파지 치료법을 용이하게 하는 온전한 파지 입자의 숙주-의존성 증폭을 결여한다. 엔도라이신 기반의 파지-유래의 제품은 일부 박테리아에 대한 매우 효과적인 항균제이며, 내성은 감지되지 않는다 (25-2
7).
여드름에 국소 파지 치료법을 사용하는 것은 전신적 요법과 관련된 복잡성을 피하는 혁신적인 접근법을 대표한다. 또한, 이러한 치료법은 P. 아크네스를 직접적으로 및 특이적으로 표적화하는 수단을 제공할 것이다.
II. 정의
본 명세서에서 사용 시, 용어 "약"은 특정 값의 + 또는 - 10% 값의 범위를 지칭한다. 예를 들어, 문맥에 명백하게 모순되지 않는 한, 문구 "약 200"은 200의 + 또는 - 10%, 또는 180 내지 220을 포함한다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "투여하다"는 환자 내로 또는 환자 상에 (적절하게) 조성물을 실제로 물리적으로 도입하여 P. 아크네스와 관련된 여드름과 접촉하게 하는 것을 의미한다. 숙주 또는 세포 내로 조성물을 도입하는 임의의 및 모든 방법은 본 발명에 따르는 것으로 고려되며; 이러한 방법은 임의의 특정 도입 수단에 의존하지 않으며, 의존하는 것으로 해석되지 않는다. 도입 수단은 당업자에게 상세히 공지되어 있으며, 또한 본 명세서에 예시된다.
본 명세서에서 사용 시, "병용으로" 투여하는 것은 둘 이상의 제제 또는 조성물의 동시적 및 순차적 투여 모두를 지칭한다. 본 명세서에서 사용 시, 동시 또는 병용 투여는, 둘 이상의 제제 또는 조성물이 대상체에게 (a) 동시에, 또는 (b) 일반적인 치료 스케쥴의 과정 중 상이한 시점에 투여되는 것을 의미한다. 후자의 경우에, 둘 이상의 제제 또는 조성물은 의도된 효과를 달성하기 위해 충분히 근접한 시간으로 투여된다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 “박테리오파지”는 박테리아 내에서 감염 및 복제하는 바이러스를 지칭한다. 박테리오파지는 DNA 또는 RNA를 포함하는 게놈을 캡슐화하는 단백질로 구성된다. 박테리오파지는 박테리아 세포질 내에 박테리아 게놈을 주입한 이후 박테리아 내에서 복제된다. 박테리오파지는 “용해성 박테리오파지”를 포함하며, 이는 박테리아 대사를 방해하여, 박테리아가 용해, 즉, 파열되도록 한다. 바람직한 구체예에서, 본 발명의 박테리오파지는 P. 아크네스를 감염시킬 수 있다. 바람직한 구체예에서, 본 발명의 박테리오파지는 P. 아크네스의 다중 균주를 감염시킬 수 있다. 바람직한 구체예에서, 본 발명의 박테리오파지는 파지 내성을 극복하는 돌연변이를 포함한다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "유효량", "효과적인 투여량", "충분한 양", "효과적인 양", "치료학적 유효량" 또는 이의 문법적 등가물은, 원하는 결과를 생성하여, 증상을 개선시키거나, 또는 어떤 방법으로, 감소시키거나 또는 병태의 진행을 중단시키거나 역진행시키고, 증상(들)의 주관적인 경감 또는 임상의 또는 다른 자격을 갖춘 관찰자에 의해 지적된 객관적으로 식별가능한 개선을 제공하기에 충분한 복용량을 의미한다. 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물의 투여에 의한 특정 병태의 증상 개선은 약제학적 조성물의 투여와 연관될 수 있는, 영구적 또는 일시적과 관계없는, 임의의 약화, 지속, 또는 일시적임을 지칭한다.
용어 "충전제"는 제조 및 동결 건조 동안 재료 취급을 용이하게 할 수 있는 약제학적으로 허용되는 증량제(bulking agent)를 의미한다. 적합한 충전제로는 무기 염, 예컨대 소듐 클로라이드, 및 수용성 당 또는 당 알코올, 예컨대 수크로스, 말토스, 만니톨 또는 트레할로스를 포함한다.
용어 “분리된”, “정제된” 또는 “생물학적으로 순수한”은, 재료가 천연 상태로 발견되는 것과 같이, 일반적으로 동반되는 성분이 실질적으로 또는 본질적으로 존재하지 않는 물질을 지칭한다.
용어 "조절하다", "조절", 또는 "조절하는"은 당업계에서 인식되며, 반응의 상향-조절 (즉, 활성화, 자극, 증가), 또는 하향-조절 (즉, 저해, 억제, 감소, 또는 감소), 또는 상기 두 가지의 조합 또는 별개를 지칭한다.
본 명세서에서 사용 시, "선택적" 또는 "선택적으로"는 후속적으로 기재되는 사건 또는 상황이 발생하거나 발생하지 않을 수 있으며, 본 명세서가 상기 사건 또는 상황이 발생하는 사례, 및 상기 사건 또는 상황이 발생하지 않는 사례를 포함함을 의미한다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 “돌연변이”는 (야생형 또는 일반 핵산 서열과 비교하여) 암호화된 폴리펩타이드의 기능을 변경 또는 제거하거나, 생성된 암호화된 폴리펩타이드의 양을 변경 또는 제거하거나, 획득된 돌연변이를 가지는 핵산의 조절 기능을 변경 또는 제거하는 핵산 서열의 변화를 의미한다. 돌연변이는 점 돌연변이, 결실, 삽입, 역전, 복제, 등 당업계에 공지된 돌연변이를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "비경구" 경로는 경구 및 국소 경로가 아닌 경로를 의미한다. 본 발명에 사용하기 적합한 비경구 경로는, 예를 들어, 비강 경로일 수 있다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "박테리오파지 내성”은 박테리오파지에 의한 감염에 저항하는 박테리아에 대한 증가된 능력을 지칭한다. 바람직한 구체예에서, 박테리오파지 내성은 박테리아 암호화된 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (CRISPR)과 관련이 있다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "약제학적으로 허용되는"은 대상체, 바람직하게 인간 대상체에게 투여될 때, 생리학적으로 용인되며 일반적으로 알러지 또는 유사 부반응을 생성하지 않는 조성물을 지칭한다. 바람직하게, 본 명세서에서 사용 시, 용어 "약제학적으로 허용되는"은 연방 정부 또는 주정부의 규제 기관에 의해 승인되거나 또는 동물, 및 더욱 구체적으로 인간에게 사용하기 위해 미국 약전 또는 다른 일반적으로 인식되는 약전에 등재된 것을 의미한다.
본 명세서에서 사용 시, 용어 "치료하다", "치료하는", 및 "치료"는 병리학적 상태, 장애, 또는 질병을 저해함, 예컨대, 병리학적 상태, 장애, 또는 질병 또는 이의 임상적 증상의 진행을 저지 또는 저감시킴; 또는 병리학적 상태, 장애, 또는 질병을 완화시킴, 예컨대, 병리학적 상태, 장애, 또는 질병 또는 이의 임상적 증상의 퇴행을 유발시킴을 포함한다. 이러한 용어는 또한 치료 및 치유를 포함한다. 치료는 병리학적 상태, 장애, 또는 질병의 증상이 개선되거나 유리하게 변경되는 임의의 방식을 의미한다. 바람직하게, 이러한 치료를 필요로 하는 대상체는 포유동물, 더욱 바람직하게 인간이다.
"w/v"는 중량/부피를 지칭한다.
III. 조성물
본 발명자들은, 놀랍게도 그리고 예상치 못하게, 돌연변이체 P. 아크네스 박테리오파지의 투여가 여드름 치료에 유용한 것을 발견하였다. 또한, 본 명세서에 기재된 조성물은 파지-내성 P. 아크네스의 치료에 유용하다.
P. 아크네스 균주 및 균주 유형의 분리 및 결정 방법은 당업자에게 공지되어 있다 (WO2013/142378를 참조하며, 이는 본 명세서에 참조 문헌으로 포함된다).
특정 구체예에서, 본 발명은 박테리오파지-내성 P. 아크네스를 감염시킬 수 있는 돌연변이체 P. 아크네스 박테리오파지를 제공한다. 특정 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (CRISPR) 도피 돌연변이체이다. 특정 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 1, 3 및 4로부터 선택되는 프로토스페이서에 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 특정 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 다음으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다: T6502G, C6514A, G2762T, T2757C, G5919T, C5917A 및 A5892C. 특정 구체예에서, 박테리오파지 돌연변이체는 P9.1 및 유도체 P9.1-2A, P9.1-2B, P9.1-3 및 P9.1-4로부터 선택된다.
박테리오파지는 서열 번호 1 (GAAGTCTTCTGGGGTGCAGGGCATGTTGGCTGAGCG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 1은 파지 P9.1 유전자 9의 하위 서열 (서열 번호 12의 잔기 6445-6735)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 G1, A2, A3, G4, T5, C6, T7, T8, C9, T10, G11, G12, G13, G14, C17, G20, G21, 및 G22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 A2, A3, T5, G11, G14, 및 C17으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 G1A, A2T, A2C, A3C, G4A, T5G, T7G, T8C, T10G, G11T, G13T, G14T, C17A, G20T, G21C, C22G, 및 C22T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 A2T, T5G, G11T, G14T, 및 C17A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
박테리오파지는 서열 번호 2 (GAAGTCTTCTGGGGTGCAGTCTATGTTGGCTGAGCG) 또는 이의 역보체와적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 2는 파지 P1.1 유전자 9의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 6453-6743)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 G1, A2, A3, G4, T5, C6, T7, T8, C9, T10, G11, G12, G13, G14, C17, T20, C21, 및 T22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 A2, A3, T5, G11, G14, 및 C17으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 G1A, A2T, A2C, A3C, G4A, T5G, T7G, T8C, T10G, G11T, G13T, G14T, C17A, T20G, C21G, T22G, 및 T22C으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 A2C 및 A3C으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
박테리오파지는 서열 번호 3 (TAAGATTGAGTTGGCTGAGTCGGATGTGTTGCGGTT) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 3은 파지 P1.1 유전자 16 의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 12239-13399)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B66.8의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 A2, A3, A5, T6, T7, G8, A9, T11, T12, G13, G14, T16, G19, T20, G23, T25, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 T20, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 T7C, T16A, T16G, G19A, T20G, G23A, T25G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 T20G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
박테리오파지는 서열 번호 4 (CAACTGCGCCAACAAACGCATCTGATCCGAATACGG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 4는 파지 P9.1 유전자 3의 하위서열 (서열 번호 12의 잔기 1881-3206) (서열 번호 15의 잔기 6445-6735)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8프로토스페이서 3으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A2, A3, C4, T5, G6, C7, G8, C9, C10, A11, A12, C13, A14, A15, A16, 및 G18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A3, C7, C9, 및 A12으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C4T, C7A, C7G, C9A, C10T, A12G, C13A, C13T, A15G, A16C, A16G, A16T, 및 G18T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 A3T, C7A, C9A, 및 A12G으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
박테리오파지는 서열 번호 5 (CAACTGCGCCAACAGTCTCATCTGATCCGAATACGG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 5는 파지 P1.1 유전자 3의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 1886-3211)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8프로토스페이서 3으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A2, A3, C4, T5, G6, C7, G8, C9, C10, A11, A12, C13, A14, G15, T16, 및 T18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A3, C7, A12, 및 C13으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C4T, C7A, C7G, C9A, C10T, A12G, C13A, C13T, G15A, T16A, T16C, T16G, 및 T18G으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열 A3C, A3G, C7A, A12G, 및 C13A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
박테리오파지는 서열 번호 6 (CAACGCAGCAATCTCAGAAGGCCACAACAAATTCGT) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 서열 번호 6은 파지 P9.1 유전자 7의 하위서열 (서열 번호 12의 잔기 5610-6089)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8의 프로토스페이서 4으로 인식될 수 있다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A2, A3, G5, C6, A7, G8, C9, A11, T12, C13, T14, A16, A30, A31, T33, C34, G35, 및 T36으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A3, C7, A12, 및 C13으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 C6A, C6T, A7G, G8T, T12C, A16G, A30G, A31G, T33G, C34A, G35A, 및 T36A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열 C6A, G8T, T33G, 및 G35A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 박테리오파지는 천연 존재의 박테리오파지에서 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함하며, 예컨대, 하나 이상의 돌연변이는 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 자연적으로 발생하지 않는 적어도 하나의 돌연변이를 포함할 수 있다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 9 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 6453-6743 또는 서열 번호 12의 잔기 6445-6735)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1 (GAAGTCTTCTGGGGTGCAGGGCATGTTGGCTGAGCG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 1은 파지 P9.1 유전자 9의 하위서열 (서열 번호 12의 잔기 6445-6735)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 6453-6743 또는 서열 번호 12의 잔기 6445-6735와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 1과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 G1, A2, A3, G4, T5, C6, T7, T8, C9, T10, G11, G12, G13, G14, C17, G20, G21, 및 G22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 A2, A3, T5, G11, G14, 및 C17으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1에 대한 G1A, A2T, A2C, A3C, G4A, T5G, T7G, T8C, T10G, G11T, G13T, G14T, C17A, G20T, G21C, C22G, 및 C22T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1에 대한 A2T, T5G, G11T, G14T, 및 C17A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 1의 개방형 해독틀(open reading frame)에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 9에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 10 또는 서열 번호 15에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 9 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 6453-6743 또는 서열 번호 12의 잔기 6445-6735)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2 (GAAGTCTTCTGGGGTGCAGTCTATGTTGGCTGAGCG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 2는 파지 P1.1 유전자 9의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 6453-6743)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 6453-6743 또는 서열 번호 12의 잔기 6445-6735와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 2과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 G1, A2, A3, G4, T5, C6, T7, T8, C9, T10, G11, G12, G13, G14, C17, T20, C21, 및 T22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 A2, A3, T5, G11, G14, 및 C17으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2에 대한 G1A, A2T, A2C, A3C, G4A, T5G, T7G, T8C, T10G, G11T, G13T, G14T, C17A, T20G, C21G, T22G, 및 T22C으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2에 대한 A2C 및 A3C으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 2의 개방형 해독틀에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 9에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 10 또는 서열 번호 15에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 16 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 12239-13399 또는 서열 번호 12의 잔기 12238-13398)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3 (TAAGATTGAGTTGGCTGAGTCGGATGTGTTGCGGTT) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 3은 파지 P1.1 유전자 16 의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 12239-13399)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B66.8의 프로토스페이서 1으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 12239-13399 또는 서열 번호 12의 잔기 12238-13398와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 3과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 A2, A3, A5, T6, T7, G8, A9, T11, T12, G13, G14, T16, G19, T20, G23, T25, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 T20, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3에 대한 T7C, T16A, T16G, G19A, T20G, G23A, T25G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3에 대한 T20G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 3의 개방형 해독틀에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 16에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 11 또는 서열 번호 16에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 3 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 1886-3211 또는 서열 번호 12 잔기 1881-3206)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4 (CAACTGCGCCAACAAACGCATCTGATCCGAATACGG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 4는 파지 P9.1 유전자 3의 하위서열 (서열 번호 12의 잔기 1881-3206)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8프로토스페이서 3으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 1886-3211 또는 서열 번호 12의 잔기 1881-3206와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 4의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A2, A3, C4, T5, G6, C7, G8, C9, C10, A11, A12, C13, A14, A15, A16, 및 G18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A3, C7, C9, 및 A12으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4에 대한 A3T, A3C, A3G, C4T, C7A, C7G, C9A, C10T, A12G, C13A, C13T, A15G, A16C, A16G, A16T, 및 G18T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4에 대한 A3T, C7A, C9A, 및 A12G으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 4의 개방형 해독틀에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 3에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 8 또는 서열 번호 13에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 3 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 1886-3211 또는 서열 번호 12 잔기 1881-3206)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5 (CAACTGCGCCAACAGTCTCATCTGATCCGAATACGG) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 5는 파지 P1.1 유전자 3의 하위서열 (서열 번호 7의 잔기 1886-3211)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8프로토스페이서 3으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 1886-3211 또는 서열 번호 12의 잔기 1881-3206와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 5의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A2, A3, C4, T5, G6, C7, G8, C9, C10, A11, A12, C13, A14, G15, T16, 및 T18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A3, C7, A12, 및 C13으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5에 대한 A3T, A3C, A3G, C4T, C7A, C7G, C9A, C10T, A12G, C13A, C13T, G15A, T16A, T16C, T16G, 및 T18G으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5에 대한 A3C, A3G, C7A, A12G, 및 C13A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 5의 개방형 해독틀에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 3에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 8 또는 서열 번호 13에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명은 P. 아크네스 박테리오파지의 뉴클레오타이드 서열 암호화 유전자 7 (예컨대, 서열 번호 7의 잔기 5618-6097 또는 서열 번호 12의 5610-6089)에 관한 것이며, 이러한 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6 (CAACGCAGCAATCTCAGAAGGCCACAACAAATTCGT) 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 서열 번호 6은 파지 P9.1 유전자 7의 하위서열 (서열 번호 12의 5610-6089)이다. 이러한 하위서열은 P. 아크네스 균주 B101.9 및 B66.8의 프로토스페이서 4으로 인식될 수 있다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 7의 잔기 5618-6097 또는 서열 번호 12의 5610-6089와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열에 관한 것이며, 예컨대, 이러한 뉴클레오타이드 서열의 하위서열은 서열 번호 6의 역보체와 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가진다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A2, A3, G5, C6, A7, G8, C9, A11, T12, C13, T14, A16, A30, A31, T33, C34, G35, 및 T36으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A3, C7, A12, 및 C13으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함한다. 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6에 대한 C6A, C6T, A7G, G8T, T12C, A16G, A30G, A31G, T33G, C34A, G35A, 및 T36A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 바람직한 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6에 대한 C6A, G8T, T33G, 및 G35A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 구체예에서, 뉴클레오타이드 서열은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 뉴클레오타이드 서열은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 6의 개방형 해독틀에 의해 암호화된 아미노산 서열과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는, 유전자 7에 의해 암호화된 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 본 발명은 서열 번호 9 또는 서열 번호 14에 기재된 아미노산과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함하는 단백질에 관한 것이며, 이러한 단백질은 하나 이상의 전술한 뉴클레오타이드 돌연변이에 상응하는 하나 이상의 아미노산 치환체를 포함하고, 예컨대, 이러한 각각의 뉴클레오타이드 돌연변이는 비동의 돌연변이이다. 일부 구체예에서, 단백질은 천연 존재의 유기물에 발생하지 않으며, 예컨대, 단백질은 박테리오파지 P1.1, P9.1, P14.4, P100.1, P100A, P100D, P101A, P104A, P015, ATCC_C, 또는 ATCC_T에 발생하지 않는다. 일부 양태에서, 본 발명은 전술한 뉴클레오타이드 서열 또는 단백질을 포함하는 세포 또는 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 구체예에서, 본 발명의 박테리오파지는 하나 이상의 다른 박테리오파지 (박테리오파지 칵테일)와 조합으로 사용된다. 박테리오파지의 조합물은 P. 아크네스와 동일한 균주 또는 상이한 균주를 표적화할 수 있다. 박테리오파지 칵테일은 동시에 적용될 수 있어, 즉, 동일한 시간에 (예컨대, 동일한 적용으로 또는 심지어 동일한 조성물로) 적용될 수 있거나, 또는 동일한 시간으로 효과적인 시간 간격을 두고 개별 적용으로 적용될 수 있다. 박테리오파지는 단일 적용, 주기적 적용, 또는 연속 적용으로 적용될 수 있다.
박테리오파지 또는 박테리오파지의 조합은 하나 이상의 다른 항균제와 병용으로 사용될 수 있다. 항균제로는 공지된 항여드름제, 예컨대 레티노이드, 벤조일 퍼옥사이드 또는 항생제, 또는 신규의 항균제, 예컨대 그라눌라이신(granulysin) 또는 P. 아크네스 파지 엔도라이신 단백질을 포함할 수 있다. 일부 구체예에서, 항생제 또는 항체의 조합은 페니실린, 세팔로스포린, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 설폰아마이드, 퀴놀론, 마크로라이드, 테트라사이클린, 리포펩타이드 및 옥사졸리딘온으로부터 선택된다.
항생제는 아미노글리코사이드 항생제, 글리코펩타이드 항생제, 마크로라이드 항생제, 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 제제 그룹을 지칭한다. 예시적인 항생제는 그람-음성 박테리아에 대한 활성, 뿐만 아니라, 그람-양성 및 그램 음성 박테리아 모두에 대한 활성일 수 있다. 항생제의 비제한적인 예시로는 에리트로마이신, 가라마이신, 겐타마이신, 카나마이신, 네오마이신, 네틸마이신, 파라모마이신, 토브라마이신, 반코마이신, 및 이들의 유사체, 및 이의 조합을 포함한다. 본 발명의 방법에 사용될 수 있는 다양한 항생제가 존재한다. 일부 구체예에서, 항생제 또는 항체의 조합은 페니실린, 세팔로스포린, 카바페넴, 아미노글리코사이드, 설폰아마이드, 퀴놀론, 마크로라이드, 테트라사이클린, 리포펩타이드 및 옥사졸리딘온으로부터 선택된다. 적합한 항생제는, 대상체가 세팔로스포린 및 이의 조합과 같은 항생제의 부류에 과민성인 것으로 공지되어 있거나 이로 의심되는 경우, 치환될 수 있다.
일부 구체예에서, 항생제 또는 항생제의 조합은 대상체의 박테리아성 미생물의 내성 프로파일에 기초하여 특이적으로 선택될 수 있다.
일부 구체예에서, 항생제 또는 (적어도 두 개의 항생제를 포함하는) 항생제 칵테일은 다음으로부터 선택된다: 아목시실린 (amoxicillin), 암피실린 (ampicillin), 바캄피실린 (bacampicillin), 카베니실린 (carbenicillin), 클록사실린 (cloxacillin), 다이클록사실린(dicloxacillin), 플루클록사실린 (flucloxacillin), 메즐로실린(mezlocillin), 나프실린(nafcillin), 옥사실린(oxacillin), 페니실린 G(penicillin G), 페니실린 V(penicillin V), 피페라실린(Piperacillin), 피밤피실린(Pivampicillin), 피브메실리남(Pivmecillinam), 티카실린(Ticarcillin), 세파세트릴(cefacetrile), 세파드록실(cefadroxil), 세팔렉신(cephalexin), 세팔글리신(cefaloglycin), 세팔로늄(cefalonium), 세팔로라이딘(cefaloridine), 세팔로틴(cefalotin), 세파만돌(cefamandole), 세파피린(cefapirin), 세파톡신(cefatoxin), 세파트리진(cefatrizine), 세파카플루(cefazaflur), 세팔렉신(cephalexin), 세파제돈(cefazedone), 세파졸린(cefazolin), 세파페핌(cefepime), 세프라딘(cefradine), 세프록사딘(cefroxadine), 세프테졸(ceftezole), 세파클로르(cefaclor), 세포니시드(cefonicid), 세프프로질(cefprozil), 세퓨록심(cefuroxime), 세퓨조남(cefuzonam), 세피네타졸(cefinetazole), 세포테탄(cefotetan), 세폭시틴(cefoxitin), 로라카베프(loracarbef), 세프뷰페라존(cefbuperazone), 세피네타졸(cefinetazole), 세·c녹스(cefminox), 세포테탄(cefotetan), 세폭시틴(cefoxitin), 세프카펜(cefcapene), 세프달록심(cefdaloxime), 세프디니르(cefdinir), 세프디토렌(cefditoren), 세페타멧(cefetamet), 세픽심(cefixime), 세피네녹심(cefinenoxime), 세포디짐(cefodizime), 세포탁심(cefotaxime), 세포벡신(cefovecin), 세프피미졸(cefpimizole), 세프포독심(cefpodoxime), 세프테람(cefteram), 세프티뷰텐(ceftibuten), 세프티오푸르(ceftiofur), 세프티올렌(ceftiolene), 세프티족심(ceftizoxime), 세프트리악손(ceftriaxone), 세포페라존(cefoperazone), 세프타지딤(ceftazidime), 라타목세프(latamoxef), 세프클리딘(cefclidine), 세페핌(cefepime), 세플루프레남(cefluprenam), 세포셀리스(cefoselis), 세포조프란(cefozopran), 세프피롬(cefpirome), 세프퀴놈(cefquinome), 플루목세프(flomoxef), 세프토바이프롤(ceftobiprole), 세프타롤린(ceftaroline), 이미페넴(imipenem), 메로페넴(meropenem), 에르타페넴(ertapenem), 도리페넴(doripenem),파니페넴 (panipenem), 베타미프론(betamipron), 바이아페넴(biapenem), 라쥬페넴(razupenem), 아미카신(amikacin), 아베카신(arbekacin), 겐타마이신(gentamicin), 카나마이신(kanamycin), 네오마이신(neomycin), 네틸마이신(netilmicin), 파로모마이신(paromomycin), 리도스트렙토마이신(rhodostreptomycin), 스트렙토마이신(streptomycin), 토브라마이신(tobramycin), 아프라마이신(apramycin), 프라미세틴(framycetin), 리보스타마이신(ribostamycin), 베카나마이신(bekanamycin), 다이베카신(dibekacin), 토브라마이신(tobramycin), 스펙티노마이신(spectinomycin), 하이그로마이신 B(hygromycin B), 파로모마이신 설페이트(paromomycin sulfate), 시소마이신(sisomicin), 이세파마이신(isepamicin), 베르타마이신(verdamicin), 아스트로마이신(astromicin), 설파살라진(sulfasalazine), 설파메톡사졸(sulfamethoxazole), 설파메티졸(sulfamethizole), 설피속사졸(sulfisoxazole), 플루오로퀴놀론(fluoroquinolone), 케토라이드(ketolide), 세프토바이프롤(ceftobiprole), 플루메퀸(flumequine), 날리딕스산(nalidixic acid), 옥솔린산(oxolinic acid), 파이로미드산(piromidic acid), 피페미딘산(pipemidic acid), 로속사신(rosoxacin), 시프로플록사신(ciprofloxacin), 에녹사신(enoxacin), 로메플록사신(lomefloxacin), 나디플록사신(nadifloxacin), 노르플록사신(norfloxacin), 페플록사신(pefloxacin), 루플록사신(rufloxacin), 발로플록사신(balofloxacin), 가티플록사신(gatifloxacin), 그레파플록사신(grepafloxacin), 레보플록사신(levofloxacin), 목시플록사신(moxifloxacin), 파주플록사신(pazufloxacin), 스파르플록사신(sparfloxacin), 테마플록사신(temafloxacin), 토수플록사신(tosufloxacin), 클리나플록사신(clinafloxacin), 제미플록사신(gemifloxacin), 시타플록사신(sitafloxacin), 트로바플록사신(trovafloxacin), 프룰리플록사신(prulifloxacin), 아지트로마이신(azithromycin), 에리트로마이신(erythromycin), 클라리트로마이신(clarithromycin), 디리트로마이신(dirithromycin), 록시스로마이신(roxithromycin), 텔리트로마이신(telithromycin), 데메클로사이클린(demeclocycline), 독시사이클린(doxycycline), 미노사이클린(minocycline), 옥시테트라사이클린(oxytetracycline), 테트라사이클린(tetracycline), 리네졸리드(linezolid), 클리다마이신(clindamycin), 메트로니다졸(metronidazole), 반코마이신(vancomycin), 리파부틴(rifabutin), 리팜핀(rifampin), 나이트로퓨란토인(nitrofurantoin), 클로람페니콜(chloramphenicol), 및 이의 조합.
일부 구체예에서, 조성물은 20 시간 미만의 제거 반감기를 가지는 항생제를 포함한다. 일부 구체예에서, 조성물은 1 내지 12 시간의 제거 반감기를 가지는 항생제를 포함한다. 다음은 항생제 또는 항생제의 조합이 선택될 수 있는 약 1 내지 12 시간의 반감기를 가지는 일부 항생제의 예이다: 세파드록실(Cefadroxil), 세파졸린(cefazolin), 세팔렉신(cephalexin), 세팔로틴(cephalothin), 세파피린(cephapirin), 세파클러(cephacelor), 세프로질(cephprozil), 세파드린(cephadrine), 세파만돌(cefamandole), 세포니시드(cefonicid), 세포라나이드(ceforanide), 세퓨록심(cefuroxime), 세픽심(cefixime), 세포페라존(cefoperazone), 세포탁심(cefotaxime), 세프포독심(cefpodoxime), 세프탁시딤(ceftaxidime), 세프티뷰텐(ceftibuten), 세프티족심(ceftizoxime), 세프트리악손(ceftriaxone), 세페핌(cefepime), 세프메타졸(cefmetazole), 세포테탄(cefotetan), 세폭시틴(cefoxitin), 로라카베프(loracarbef), 이미페넴(imipenem), 에리트로마이신(erythromycin) (및 에리트로마이신 염 예컨대 에스톨레이트(estolate)), 에틸석시네이트(ethylsuccinate), 글루셉테이트(gluceptate), 락토바이오네이트(lactobionate), 스테아레이트(stearate)), 아지트로마이신(azithromycin), 클라리트로마이신(clarithromycoin), 디리트로마이신(dirithromycin), 트롤레아노마이신(troleanomycin), 페니실린 V(penicillin V), 페니실린 염, (및 복합체), 메티실린(methicillin), 나프실린(nafcillin), 옥사실린(oxacillin), 클록사실린(cloxacillin), 다이클록사실린(dicloxacillin), 아목시실린(amoxicillin), 아목시실린 및 클로블라네이트 포타슘(amoxicillin and clavulanate potassium), 암피실린(ampicillin), 바캄피실린(bacampicillin), 카베니실린 인단일 소듐(carbenicillin indanyl sodium) (및 카베니실린의 다른 염) 메즐로실린(mez좌llin), 피페라실린(piperacillin), 피페라실린 및 탁소박탐(piperacillin and taxobactam), 티카실린(ticarcillin), 티카실린 및 클로블라네이트 포타슘, 클린다마이신(clindamycin), 반코마이신, 노보바이오신(novobiocin), 아미노살리실산(아미노salicylic acid), 카프레오마이신(capreomycin), 사이클로세린(cycloserine), 에탐뷰톨 (ethambutol) HCl 및 다른 염, 에티온아마이드(ethionamide), 및 아이소니아자이드(isoniazid), 시프로플록산신(ciprofloxacin), 레보플록산신(levofloxacin), 로메플록산신(lomefloxacin), 날리딕스산, 노르플록사신(norfloxacin), 오플록사신(ofloxacin), 스파플록사신(sparfloxacin), 설파사이틴(sulfacytine), 설파메라진(sulfamerazine), 설파메타진(sulfamethazine), 설파메틱솔(sulfamethixole), 설파살사진(sulfasalazine), 설피속사졸(sulfisoxazole), 설파피리진(sulfapyrizine), 설파다이아진(sulfadiazine), 설파메톡사졸 (sulfinethoxazole), 설파피리딘(sulfapyridine), 메트로니다졸(metronidazole), 메텐아민(methenamine), 포스포마이신(fosfomycin), 나이트로퓨란토인(nitrofurantoin), 트리메토프림(trimethoprim), 클로파지밈(clofazimine), 코-트리아목사졸(co-triamoxazole), 펜타미딘(pentamidine), 및 트리메트렉사이트(trimetrexate).
일부 구체예에서, 항생제는 아미노글리코사이드 항생제, 글리코펩타이드 항생제, 마크로라이드 항생제, 및 이의 조합으로부터 선택된다. 일부 구체예에서, 항생제는 에리트로마이신, 겐타마이신, 토브라마이신, 반코마이신, 및 이의 조합으로부터 선택된다. 일부 구체예에서, 항생제는 겐타마이신이다.
항생제 또는 적어도 두 항생제의 조합 (종종 항생제 칵테일로서 지칭)은 대상체에 그 자체로, 또는 적합한 담체 또는 부형제와 혼합되어 약제학적 조성물로 투여될 수 있다.
IV. 제제, 복용량 및 투여
본 발명의 P. 아크네스 박테리오파지는, 이를 포함하는 조성물의 전체 중량에 대하여, 건조 중량으로 표현되는, 적어도 0.0001 중량%의 비율로, 특히 0.0001 중량% 내지 30 중량%의 비율, 특히 0.001 중량% 내지 20 중량%의 비율 및 더욱 구체적으로 0.01 중량% 내지 15 중량%의 비율, 특히 0.1 중량% 내지 10 중량% 및 1 중량% 내지 5 중량%의 비율의 조성물으로 제제화될 수 있다.
본 발명의 조성물 및 방법은 이를 필요로 하는 개체를 치료하도록 이용될 수 있다. 특정 구체예에서, 개체는 포유동물 예컨대 인간, 또는 비인간 포유동물이다. 동물, 예컨대 인간에게 투여되는 경우, 조성물 또는 박테리오파지는 바람직하게, 예를 들어, 본 발명의 박테리오파지 및 약제학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약제학적 조성물로서 투여된다.
약제학적으로 허용되는 담체는 기술 분야 내 널리 공지되어 있으며, 예를 들어, 수용액 예컨대 물 또는 생리학적 완충 염수 또는 다른 용매 또는 비히클 예컨대 글리콜, 글리세롤, 오일 예컨대 올리브 오일 또는 주사용 유기 에스터를 포함한다. 바람직한 구체예에서, 이러한 약제학적 조성물이 인간 투여용인 경우, 수용액은 파이로젠을 가지지 않거나, 또는 실질적으로 파이로젠을 가지지 않는다. 부형제는, 예를 들어, 제제의 지연된 방출을 수행하도록, 또는 하나 이상의 세포, 조직 또는 기관을 선택적으로 표적화하도록 선택될 수 있다. 약제학적 조성물은 예컨대 정제, 캡슐 (스프링클 캡슐 및 젤라틴 캡슐 포함), 과립, 분말, 시럽, 좌제, 주사 등의 투약 단위 형태일 수 있다. 조성물은 또한 경피 전달 시스템, 예컨대, 피부 패치에 존재할 수 있다. 조성물은 또한 국소 투여에 적합한 용액, 예컨대 점안약에 존재할 수 있다.
약제학적으로 허용되는 담체는, 예를 들어, 본 발명의 박테리오파지의 흡수를 안정화 또는 증가시키는 역할을 하는 생리학적으로 허용되는 제제를 포함할 수 있다. 이러한 생리학적으로 허용되는 제제는, 예를 들어, 탄수화물, 예컨대 글루코스, 수크로스 또는 덱스트란, 산화 방지제, 예컨대 아스코브르산 또는 글루타티온, 킬레이트화제, 저분자량 단백질 또는 다른 안정화제 또는 부형제를 포함한다. 생리학적으로 허용되는 제제를 비롯한 약제학적으로 허용되는 담체의 선택은, 예를 들어, 조성물의 투여 경로에 의존한다. 약제학적 조성물 (제제)는 또한 본 발명의 박테리오파지가 혼입될 수 있는, 예를 들어, 리포솜 또는 다른 중합체 매트릭스일 수 있다. 예를 들어, 인지질 또는 다른 지질을 포함하는 리포솜은, 비교적 조제 및 투여하기 간단하고, 비독성이고, 생리학적으로 허용되며, 대사 가능한 담체이다.
본 명세서에서, 문구 “약제학적으로 허용되는”은 적절한 의학적 판단 범위 내에서, 과도한 독성, 자극, 알러지 반응, 또는 기타 문제 또는 합병증 없이, 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합하고 타당한 유익/유해 비율에 상응하는 화합물, 물질, 조성물, 및/또는 투여 형태를 의미하기 위해 사용된다.
문구 "약제학적으로 허용되는 담체"는 본 명세서에서 사용 시, 약제학적으로 허용되는 재료, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 용매 또는 캡슐화 재료를 의미한다. 각각의 담체는 제제의 다른 성분과 상용성이 있으며환자에게 유해하지 않다는 의미에서, "허용가능"해야 한다. 약제학적으로 허용되는 담체로서 작용할 수 있는 물질의 일부 예시로는 다음을 포함한다: (1) 당류, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; (2) 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; (3) 셀룰로스, 및 이의 유도체, 예컨대 소듐 카복시메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; (4) 분말 트래거캔스; (5) 맥아(malt); (6) 젤라틴; (7) 탈크; (8) 부형제, 예컨대 코코아버터 및 좌제 왁스; (9) 오일, 예컨대 땅콩오일, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브 오일, 옥수수 오일 및 대두유; (10) 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; (11) 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; (12) 에스터, 예컨대 에틸 올리에이트 및 에틸 라우레이트; (13) 아가(agar); (14) 완충제, 예컨대 마그네슘 하이드록사이드 및 알루미늄 하이드록사이드; (15) 알긴산; (16) 파이로젠-없는 물; (17) 등장 식염수; (18) 링거액; (19) 에틸 알콜; (20) 포스페이트 완충 용액; 및 (21) 다른 비-독성 적합성 물질에서 사용되는 약제학적 제제.
약제학적 조성물 (제제)은 여러가지 투여 경로 중 임의의 경로에 의해 대상체에 투여될 수 있으며, 이러한 투여 경로로는, 예를 들어, 경구 (예를 들어, 혀에 적용하기 위한 수용액 또는 비수용액 내 물약제(drench) 또는 현탁액, 정제, 캡슐 (스프링클 캡슐 및 젤라틴 캡슐 포함), 볼루스(boluse), 분말, 과립, 페이스트); 경구 점막을 통한 흡수 (예컨대, 설하); 항문, 직장 내 또는 질내 (예를 들어, 질좌제, 크림 또는 거품으로서); 비경구 (근육 내, 정맥 내, 피하 또는 척수강 내, 예를 들어, 멸균 용액 또는 현탁액을 포함); 비강; 복강 내; 피하; 경피 (예를 들어 피부에 적용되는 패치로서); 및 국소 (예를 들어, 피부에 적용되는 크림, 연고 또는 스프레이로서, 또는 점안약으로서)을 포함한다. 박테리오파지는 또한 흡입용으로 제제화될 수 있다. 특정 구체예에서, 박테리오파지는 간단하게 멸균수에 용해 또는 현탁될 수 있다. 이에 적절한 투여 경로 및 적합한 조성물의 세부 사항은, 예를 들어, 미국 특허 제6,110,973호, 제5,763,493호, 제5,731,000호, 제5,541,231호, 제5,427,798호, 제5,358,970호 및 제4,172,896호, 뿐만 아니라 이에 인용된 특허에서 확인할 수 있다.
제제는 단위 투여 형태로 편리하게 제공될 수 있으며, 제약 분야에 널리 공지된 임의의 방법으로 제조될 수 있다. 단일 투약 형태를 제조하기 위해 담체 재료와 조합될 수 있는 활성 성분의 양은, 치료되는 숙주, 특정 투여 방식에 따라 달라질 것이다. 단일 투여 형태를 제조하기 위해 담체 재료와 조합될 수 있는 활성 성분의 양은, 일반적으로 치료 효과를 생성하는 박테리오파지의 양이 될 것이다. 일반적으로, 100 % 중에서, 이러한 양은 활성 성분의 약 1 % 내지 약 99 %, 바람직하게는 약 5 % 내지 약 70 %, 가장 바람직하게는 약 10 % 내지 약 30 % 범위가 될 것이다.
이러한 제제 또는 조성물을 제조하는 방법으로는, 본 발명의 박테리오파지와, 담체 및, 선택적으로, 하나 이상의 부 성분들과 조합하는 단계를 포함한다. 일반적으로, 이러한 제제는 본 발명의 박테리오파지와 액체 담체, 또는 미세하게 분할된 고체 담체, 또는 상기 둘 모두와 균일하게 그리고 밀도있게 조합한 다음, 필요에 따라 생성물을 성형함으로써 제조된다.
본 발명의 일부 구체예에서, 본 발명에 사용하기 적합한 박테리오파지는 경구, 국소 또는 비경구, 및 특히 국소로 투여될 수 있다.
국소 또는 경피 투여용 투약 형태로는, 분말, 스프레이, 연고, 페이스트, 크림, 로션, 겔, 용액, 패치 및 흡입제를 포함한다. 박테리오파지는 멸균 조건하에서 약제학적으로 허용되는 담체와, 및 필요할 수도 있는 임의의 보존제, 완충제, 또는 분사제와 혼합될 수 있다.
박테리오파지 이외에도, 연고, 페이스트, 크림, 및 겔은, 부형제, 가령, 동물성 및 식물성 지방, 오일, 왁스, 파라핀, 전분, 트라가칸트, 셀룰로오스 유도체, 폴리에틸렌 글리콜, 실리콘, 벤토나이트, 규산, 활석 및 산화 아연, 또는 이의 혼합물을 포함할 수 있다.
본 발명의 일부 구체예의 국소 제제의 다양한 성분의 예시적인 정체성이 하기 기재된다.
비히클
본 발명의 제제/ 조성물과 사용하기 적합한 국소 비히클 및 비히클 성분은 화장품 및 제약 업계에 널리 공지되어 있으며, 다음과 같은 비히클 (또는 비히클 성분)을 포함한다: 물; 유기 용매 예컨대 알코올 (특히 피부로부터 용이하게 증발할 수 있는 저급 알콜, 예컨대 에탄올), 글리콜 (예컨대 프로필렌 글리콜, 뷰틸렌 글리콜, 및 글리세롤 (글리세린)), 지방족 알코올 (예컨대 라놀린); 물 및 유기 용매의 혼합물 (예컨대 물 및 알코올), 및 유기 용매의 혼합물, 예컨대 알코올 및 글리세롤 (선택적으로 또한 물과의 혼합물); 지질계 재료, 예컨대 지방산, 아실글리세롤 (오일, 예컨대 미네랄 오일, 및 천연 또는 합성 유래의 지방 포함), 포스포글리세라이드, 스핑고리피드 및 왁스; 단백질계 물질, 예컨대 콜라겐 및 젤라틴; 실리콘계 물질 (비휘발성 및 휘발성 모두) 예컨대 사이클로메티콘, 다이메티콘올, 다이메티콘, 및 다이메이콘 코폴리올; 탄화수소계 물질, 예컨대 바셀린 및 스쿠알란; 및 피부에 투여하기 적합한 다른 비히클 및 비히클 성분, 뿐만 아니라 상기 식별된 또는 기술 분야 내 공지된 국소 비히클 성분의 혼합물.
하나의 구체예에서, 본 발명의 조성물은 수중유 에멀전이다. 본 발명의 조성물의 제제화에 사용하기 적합한 액체로는, 물, 및 수혼화성 용매 예컨대 글리콜 (예컨대, 에틸렌 글리콜, 뷰틸렌 글리콜, 아이소프렌 글리콜, 프로필렌 글리콜), 글리세롤, 액체 폴리올, 다이메틸 설폭사이드, 및 아이소프로필 알코올을 포함한다. 하나 이상의 수성 비히클이 존재할 수 있다.
일부 구체예에서, 제제는 메탄올, 에탄올, 프로판올, 또는 뷰탄올을 가지지 않는다.
계면 활성제 및 에멀전화제
많은 국소 제제는 표면 활성 성분 (에멀전화제 및 계면 활성제)을 사용하여 특히 용매 시스템에서 상이한 화합물을 분산시키기는 화학적 에멀전을 포함한다. 예를 들어, 대부분의 지질 유사 성분 (오일 또는 지방) 또는 친유성 성분은, 에멀전화제와 먼저 혼합되어 친유성 내부 및 친수성 외부을 포함하는 미시적인 수용성 구조 (액적)를 형성하여 수중유 에멀전을 생성하지 않는 한, 수성 용매에 균일하게 분산되지 않는다. 수중 매질에 용해되기 위해서, 분자는 극성이거나, 또는 극성인 물 분자와 유리하게 상호 작용할 수 있도록 하전되어야 하다. 이와 유사하게, 수용성 극성 또는 하전된 성분을 대량의 지질 또는 유성 용매에 용해시키기 위해 에멀전화제가 일반적으로 사용되어, 구조 내부는 친수성 성분을 포함하는 반면 외부는 친유성인 안정한 구조를 형성하여, 친유성 용매에 용해되어 유중수(water-in-oil) 에멀전을 형성할 수 있다. 이러한 에멀전이, 에멀전 액적 내에서 에멀전화제의 극성 또는 하전된 부분과 상호작용할 수 있는 염 또는 다른 하전된 성분의 첨가에 의해 불안정해질 수 있는 것은 잘 알려져있다. 에멀전 불안정화는 수성 및 친유성 성분을 두 개의 레이어로 분리시켜, 잠재적으로 국소 제품의 상용 가치를 떨어뜨린다.
본 발명에 사용하기 적합한 계면 활성제는 이온성 또는 비이온성일 수 있다. 이러한 계면활성제로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 세틸 알코올, 폴리소르베이트 (폴리소르베이트 20, 폴리소르베이트 40, 폴리소르베이트 60, 폴리소르베이트 80), 스테아레쓰-10 (Brij 76), 소듐 도데실 설페이트 (소듐 라우릴 설페이트), 라우릴 다이메틸 아민 옥사이드, 세틸트라이메틸암모늄 브로마이드 (CTAB), 폴리에톡시화 알코올, 폴리옥시에틸렌 소르비탄, 옥토자이놀, N,N-다이메틸도데실아민-N-옥사이드, 헥사데실트라이메틸암모늄 브로마이드 (HTAB), 폴리옥실 10 라우릴 에터, 담즙산 염 (예컨대 소듐 디옥시콜레이트 또는 소듐 콜레이트), 폴리옥실 캐스터 오일, 노닐페놀 에톡실레이트, 사이클로덱스트린, 레시틴, 다이메티콘 코폴리올, 라우라마이드 DEA, 코카마이드 DEA, 코카마이드 MEA, 올레일 베타인, 코카마이도프로필 베타인, 코카마이도프로필 포스파티딜 PG-다이모늄 클로라이드, 다이세틸 포스페이트 (다이헥사데실 포스페이트), 세테아레쓰-10 포스페이트, 메틸벤즈에토늄 클로라이드, 다이세틸 포스페이트, 세테쓰-10 포스페이트 (세테쓰-10은 세틸 알코올의 폴리에틸렌 글리콜 에터이며, 여기서 n은 평균 값이 10임; 세테쓰-10 포스페이트는 세테쓰-10의 인산 에스터의 혼합물임), 세테쓰-20, Brij S10 (폴리에틸렌 글리콜 옥타데실 에터, 평균 Mn ~ 711), 및 폴록사머 (비제한적으로 폴록사머 188 (HO(C2H4O)a(CH(CH3)CH2O)b(C2H4O)aH, 평균 분자량 8400) 및 폴록사머 407 (HO(C2H4O)a(CH(CH3)CH2O)b(C2H4O)aH, 여기서 a는 약 101이고 b는 약 56임) 포함). 이러한 계면 활성제의 적절한 조합물 또는 혼합물이 또한 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 이러한 다수의 계면 활성제는 또한 본 발명의 제제에 에멀전화제로서 역할을 할 수 있다.
본 발명의 제제에 사용하기 적합한 다른 에멀전화제로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 베헨트라이모늄 메토설페이트-세테아릴 알코올, 비이온성 에멀전화제 예컨대 에멀전화제 왁스, 폴리옥시에틸렌 올레일 에터, PEG-40 스테아레이트, 세토스테아릴 알코올 (세테아릴 알코올), 세테아레쓰-12, 세테아레쓰-20, 세테아레쓰-30, 세테아레쓰 알코올, 세테쓰-20 (세테쓰-20은 세틸 알코올의 폴리에틸렌 글리콜 에터이며 여기서 n은 평균 값이 20임), 올레산, 올레일 알코올, 글리세릴 스테아레이트, PEG-75 스테아레이트, PEG-100 스테아레이트, 및 PEG-100 스테아레이트, 세라마이드 2, 세라마이드 3, 스테아르산, 콜레스테롤, 스테아레쓰-2, 및 스테아레쓰-20, 또는 이의 조합/혼합물, 뿐만 아니라 양이온성 에멀전화제 예컨대 스테아라마이도프로필 다이메틸아민 및 베헨트라이모늄 메토설페이트, 또는 이의 조합물/혼합물.
보습제, 연화제, 및 습윤제
일반적으로 국소 제품, 및 화장품의 가장 중요한 측면 중 하나는, 특히, 제품의 심미적 품질에 대한 소비자의 인식이다. 예를 들어, 백색 바셀린은 우수한 보습제 및 피부 보호제이지만, 기름지고, 끈적이며, 피부에 용이하게 문질러 발라지지 않으며 의류에 묻을 수 있기 때문에, 특히 얼굴에는 단독으로 거의 사용되지 않는다. 소비자는 심미적으로 우아하며 피부에 허용되는 촉감 및 성능을 가지는 제품을 높이 평가한다. 본 발명의 제제에 사용하기 적합한 보습제로는, 락트산 및 다른 하이드록시산 및 이의 염, 글리세롤, 프로필렌 글리콜, 뷰틸렌 글리콜, 소듐 PCA, 소듐 히알루로네이트, 카보왁스 200, 카보왁스 400, 및 카보왁스 800을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 본 발명의 제제에 사용하기 적합한 연화제 또는 습윤제로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 판테놀, 세틸 팔미테이트, 글리세롤 (글리세린), PPG-15 스테아릴 에터, 라놀린 알코올, 라놀린, 라놀린 유도체, 콜레스테롤, 바셀린, 아이소스테아릴 네오펜타노에이트, 옥틸 스테아레이트, 미네랄 오일, 아이소세틸 스테아레이트, 미리스틸 미리스테이트, 옥틸 도데칸올, 2-에틸헥실 팔미테이트 (옥틸 팔미테이트), 다이메티콘, 페닐 트라이메티콘, 사이크로메티콘, C12-C15 알킬 벤조에이트, 다이메티콘올, 프로필렌 글리콜, 코포아수씨드버터(Theobroma grandiflorum seed butter), 세라마이드 (예컨대, 세라마이드 2 또는 세라마이드 3), 하이드록시프로필 비스팔미타마이드 MEA, 하이드록시프로필 비스라우라마이드 MEA, 하이드록시프로필 비스아이소스테아라마이드 MEA, 1,3-비스(N-2-(하이드록시에틸)스테아로일아미노)-2-하이드록시 프로페인, 비스-하이드록시에틸 토코페릴석신오일아미도 하이드록시프로페인, 우레아, 알로에, 알란토인, 글리시레틴산, 홍화 오일, 올레일 알코올, 올레산, 스테아르산, 다이카프릴레이트/다이카프레이트, 다이에틸 세바케이트, 아이소스테아릴 알코올, 펜틸렌 글리콜, 아이소노닐 아이소노나노에이트, 및 1,3-비스(N-2-(하이드록시에틸)팔미토일아미노)-2-하이드록시프로페인. 또한, 이러한 임의의 보습제 및 연화제의 적절한 조합물 및 혼합물이 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
보존제 및 산화 방지제
조성물은 적용되는 제제 안정성 또는 유효성을 개선하기 위해 조정되는 성분을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명에 사용하기 적합한 보존제로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 우레아, 예컨대 이미다졸리딘일 우레아 및 다이아졸리딘일 우레아; 페녹시에탄올; 소듐 메틸 파라벤, 메틸파라벤, 에틸파라벤, 및 프로필파라벤; 포타슘 소르베이트; 소듐 벤조에이트; 소르브 산; 벤조산; 폼알데하이드; 시트르산; 소듐 시트레이트; 클로린 다이옥사이드; 4차 암모늄 화합물, 예컨대 벤즈알코늄 클로라이드, 벤즈에토늄 클로라이드, 세트리미드, 데쿠알리늄 클로라이드, 및 세틸피리디늄 클로라이드; 수은 함유 제제, 예컨대 페닐머큐릭 나이트레이트, 페닐머큐릭 아세테이트, 및 티메로살; 피록톤 올아민(piroctone olamine); 포도씨오일(Vitis vinifera seed oil); 및 알콜 함유 제제, 예를 들어, 클로로뷰탄올, 다이클로로벤질 알코올, 페닐에틸 알코올, 및 벤질 알코올.
적합한 산화 방지제로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 아스코브르산 및 이의 에스터, 소듐 바이설파이트, 뷰틸화 하이드록시톨루엔, 뷰틸화 하이드록시아니솔, 토코페롤, 토코페릴 아세테이트, 소듐 아스코르베이트/아스코브르산, 아스코르빌 팔미테이트, 프로필 갈레이트, 및 킬레이트화제 예컨대 EDTA (예컨대, 다이소듐 EDTA), 시트르산, 및 소듐 시트레이트.
일부 구체예에서, 산화 방지제 또는 보존제는 (3-(4-클로로페녹시)-2-하이드록시프로필)카바메이트를 포함한다.
일부 구체예에서, 본 발명의 산화 방지제 또는 보존제는 예를 들어 보습제 또는 연화제로서 또한 작용할 수 있다.
또한, 이러한 보존제 또는 항산화제의 조합물 또는 혼합물이 또한 본 발명의 제제에 사용될 수 있다.
본 발명의 조성물 내에 혼입되기 적합한 추가의 성분은 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 피부 보호제, 흡착제, 보호제, 연화제, 보습제, 서방성 물질, 가용화제, 피부 침투제, 피부 진정제, 탈취제, 발한 억제제, 자외선 차단제, 선리스 태닝제(sunless tanning agent), 비타민, 모발 컨디셔닝제, 자극 억제제, 노화 방지제, 연마제, 흡수제, 케이크화 방지제, 대전 방지제, 수렴제 (예컨대, 위치 헤이즐(witch hazel), 알코올, 및 허브 추출물 예컨대 카모마일 추출물), 결합제/부형제, 완충제, 킬레이트화제, 필름 형성제, 컨디셔닝제, 백탁제, 지질, 면역조절제, 및 pH 조정제 (예컨대, 시트르산, 소듐 하이드록사이드, 및 소듐 포스페이트). 예를 들어, 건강한 피부 (또는 이의 기능적 균등물)에서 일반적으로 발견되는 지질이 본 발명의 에멀전에 혼입될 수 있다. 특정 구체예에서, 지질은 세라마이드, 콜레스테롤, 및 유리 지방산으로 구성된 군으로부터 선택된다. 지질의 예로는, 세라마이드 1, 세라마이드 2, 세라마이드 3, 세라마이드 4, 세라마이드 5, 세라마이드 6, 하이드록시프로필 비스팔미타마이드 MEA, 및 하이드록시프로필 비스라우라마이드 MEA, 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
진피-표피 연접부(dermal-epidermal junction)의 단백질 구조와 상호 작용하는 펩타이드의 예로는 팔미토일 다이펩타이드-5 다이아미노뷰티르오일 하이드록시트레오닌 및 팔미토일 다이펩타이드-6 다이아미노하이드록시뷰티레이트를 포함한다.
피부 진정제의 예로는 조류 추출물, 쑥 추출물, 스테아릴 글리시레티네이트(stearyl glycyrrhetinate), 비사볼올(bisabolol), 알란토인, 알로에, 아보카도 오일, 녹차 추출물, 호프 추출물, 카모마일 추출물, 콜로이드성 오트밀, 칼라민, 오이 추출물, 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
특정 구체예에서, 조성물은 베르가못 또는 베르가못 오일을 포함한다. 베르가못 오일은 천연 스킨 토너 및 해독제이다.
일부 구체예에서, 조성물은 비타민을 포함한다. 비타민의 예로는 비타민 A, D, E, K, 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 비타민 유사체가 또한 고려된다; 예를 들어, 비타민 D 유사체 칼시포트리엔(calcipotriene) 또는 칼시포트리올(calcipotriol). 일부 구체예에서, 비타민은 테트라헥실데실 아스코르베이트로서 존재할 수 있다. 이러한 화합물은 항산화 활성을 나타내어, 지질 과산화를 억제한다. 특정 구체예에서, UV 노출의 손상 효과를 완화시킬 수 있다. 연구에 따르면, 콜라겐 생성을 자극하고 멜라닌 생성 (색소 생성)을 억제하여 피부를 맑게하고 밝게함으로써 피부톤을 보다 균일하게 촉진한다.
일부 구체예에서, 조성물은 자외선 차단제를 포함한다. 자외선 차단제의 예로는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: p-아미노벤조산, 아보벤존, 시녹세이트, 다이옥시벤존, 호모살레이트, 멘틸 안트라닐레이트, 옥토크릴렌, 옥틸 메톡시시나메이트, 옥틸 살리실레이트, 옥시벤존, 팔디메이트 O, 페닐벤즈이미다졸 설폰산, 설아이소벤존, 티타늄 다이옥사이드, 트롤아민 살리실레이트, 아연 옥사이드, 4-메틸벤질리덴 캄퍼, 메틸렌 비스-벤조트리아졸릴 테트라메틸뷰틸페놀, 비스-에틸헥실옥시페놀 메톡시페닐 트라이아진, 테레프탈리덴 다ㅣ캄퍼 설폰산, 트로메트리졸 트라이실록세인, 다이소듐 페닐 다이벤즈이미다졸 테트라설포네이트, 다이에틸아미노 하이드록시벤조일 헥실 벤조에이트, 옥틸 트리아존, 다이에틸헥실 뷰트아미노 트리아존, 폴리실리콘-15, 및 이의 조합.
적합한 향료 및 색소가 본 발명의 제제에 사용될 수 있다. 국소 제품에 사용하기 적합한 향료 및 색소의 예는 기술 분야 내에 공지되어 있다.
분말 및 스프레이는, 박테리오파지 이외에도, 부형제 예컨대, 락토스, 활석, 규산, 알루미늄 하이드록사이드, 칼슘 실리케이트, 및 폴리아마이드 분말, 또는 이러한 물질의 혼합물을 포함할 수 있다. 스프레이는 관례적인 추진제, 예컨대, 클로로플루오로하이드로카본 및 휘발성 비치환 탄화수소, 예컨대, 뷰테인 및 프로페인을 추가로 포함할 수 있다.
경피 패치는 본 발명의 박테리오파지를 체내에 제어된 전달을 제공하는 추가의 이점을 가진다. 이러한 투여 형태는 박테리오파지를 적절한 매질에 용해 또는 분산시킴으로써 제조될 수 있다. 흡수 촉진제가 숙주를 통한 박테리오파지의 유입을 증가시키도록 또한 사용될 수 있다. 이러한 유동 속도는 속도 제어 막을 제공하거나, 폴리머 매트릭스 또는 겔에 박테리오파지를 분산시켜 제어될 수 있다.
본 발명의 P. 아크네스 박테리오파지는 이러한 경구 조성물 또는 식품 보충제에 일반적인 부형제 및 성분, 예컨대, 특히 지방 및/또는 수성 성분, 습윤제, 증점제, 보존제, 조직감부여제(texturizer), 향미 증진제 및/또는 코팅제, 산화 방지제 및 보존제 와 함께 제제화될 수 있다. 경구용 조성물 및 특히 식품 보조제용 제제화제 및 부형제는 기술 분야 내에 공지되어 있으며, 본 명세서에서는 상세한 설명의 주제가 아닐 것이다.
경구 투여를 위한 본 발명에 따른 조성물의 경우에, 섭취 가능한 지지체를 사용하는 것이 바람직하다. 섭취 가능한 지지체는 고려중인 조성물의 유형에 따라 다양한 성질을 가질 수 있다. 정제, 겔 캡슐 또는 로렌지, 현탁액, 건조 형태의 경구 보충제 및 액체 형태의 경구 보충제가 식품 지지체로서 사용하기에 특히 적합하다.
본 발명에 따른 경구 조성물의 제제화는, 음료용 용액, 당-코팅 정제, 겔 캡슐, 겔, 에멀전, 삼키거나 씹을 수 있는 정제, 웨이퍼 캡슐, 특히 연질 또는 경질 웨이퍼 캡슐, 용해되는 과립, 시럽, 고체 또는 액체 식품, 및 제어된 방출을 허용하는 하이드로겔을 제조하는 당업자에게 공지된 임의의 통상의 공정을 통해 수행될 수 있다.
특히, 본 발명에 따른 P. 아크네스 박테리오파지는 임의의 식품 보충제 형태 또는 농축 식품, 예를 들어 푸드 바, 또는 압축 또는 유리(loose) 분말 내로 혼입될 수 있다. 분말은 물, 소다, 유제품 또는 콩 유도체와 희석될 수 있거나, 또는 푸드 바 내로 혼입될 수 있다.
일부 구체예에서, 경구 투여되는 본 발명에 다른 조성물은 당-코팅 정제, 겔 캡슐, 겔, 에멀전, 정제, 웨이퍼 캡슐, 하이드로겔, 푸드 바, 압축 또는 유리 분말, 액체 현탁액 또는 용액, 과자류, 발효유, 발효 치즈, 츄잉 검, 치약 또는 스프레이 용액의 형태로 제제화될 수 있다.
유효량의 박테리오파지는 1일 단일 용량, 또는 1일에 분획 용량으로, 예를 들어 1일 2회 내지 3회로 투여될 수 있다. 예로서, 본 발명에 따른 박테리오파지의 투여는, 일반적으로 적어도 1 주, 2 주, 3 주, 4 주, 또는 심지어 4 내지 15 주의 장기간에 걸쳐, 선택적으로 하나 이상의 중단 기간 또는 중단 기간 이후 반복을 포함하여, 예를 들어, 1일 3회 이상의 비율로 수행될 수 있다.
당업자는 대상체에게 투여 시 악영향을 미치지 않는 본 발명의 조성물이 대상체에게 매일 투여될 수 있음을 이해할 것이다.
본 발명의 바람직한 구체예가 본 명세서에 기재된다. 물론, 상기 바람직한 구체예의 등가물의 변형, 변경, 수정 및 대체는 전술한 설명을 읽음으로써 당업자에게 명백해질 것이다. 본 발명자는 당업자가 이러한 균등물의 변형, 변경, 수정 및 대체를 적절하게 사용할 것을 예상하며, 본 발명자는 본 명세서에 구체적으로 기재된 것 이외의 방법으로 본 발명이 수행되는 것을 의도한다. 당업자는 본질적으로 유사한 결과를 산출하기 위하여 변화 또는 변경될 수 있는 중요하지 않은 다양한 지표를 용이하게 알고 있을 것이다. 따라서, 본 발명은 적용 가능한 법률이 허용하는 바에 따라 본 명세서에 첨부된 청구범위에 언급된 주제의 모든 변형 및 균등물을 포함한다. 게다가, 상기 설명한 구성의 모든 가능한 변형에 속하는 이러한 요소의 임의의 조합은, 본 명세서에서 달리 언급하지 않는 한 또는 달리 명확하게 본 내용에 대조되는 것으로 언급되지 않는 한 본 발명에 포함된다.
본 발명의 요소 각각이 여러 구체예를 포함하는 것으로 본 명세서에 기재되어 있지만, 달리 지시되지 않는 한, 본 발명의 주어진 요소의 구체예 각각은 본 발명의 다른 요소의 구체예 각각과 함께 사용될 수 있고, 이러한 각각의 사용은 본 발명의 상이한 구체예를 형성하는 것으로 의도된 것임을 이해해야 한다.
본 명세서에 언급된 모든 특허, 특허 출원, 및 과학 문헌은, 각 개별적인 간행물, 특허 또는 특허 출원이 구체적으로 및 개별적으로 참조로 포함되도록 지시된 바와 같이, 그 전체가 본 명세서에 참조 문헌으로 인용된다. 본 명세서에서 언급된 참조와 본 명세서의 특정 내용 사이의 충돌은 후자를 위해 해결되어야 한다. 마찬가지로, 분야에서 이해되는 단어 또는 문구의 정의와 본 명세서에서 구체적으로 교시되는 단어 또는 문구의 정의 사이의 충돌은 후자를 위해 해결되어야 한다.
상기 본 발명으로부터 알 수 있는 바와 같이, 본 발명은 광범위한 적용을 가진다. 본 발명은 다음의 실시예에 의해 추가적으로 설명되며, 이는 단지 예시적인 것이며, 본 발명의 정의 및 범위를 어떤 방식으로든 제한하려는 것은 아니다.
V. 실시예
하기 실시예는 본 발명의 방법의 특정 구체예 및 본 명세서에 기재된 조성물을 설명하기 위한 것이며, 어떠한 방식으로도 본 발명의 범위를 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
실시예 1
배경 및 예비 데이터
P. 아크네스 및 P. 아크네스 박테리오파지의 분리. 초기에는, 파지가 P. 아크네스 균주 유형에 사용되었고, 일부는 P. 아크네스 임상적 아형에 대한 광범위한 숙주 범위를 나타내는 것으로 발견되었다 (30-32). 그러나, P. 아크네스 박테리오파지가 인간 피부로부터 분리될 수 있는, 상대적인 용이함에도 불구하고, 오직 3 개의 P. 아크네스 파지의 완전한 게놈 서열이 보고되어 있으며 (33,34), 유전적 다양성 또는 박테리아 숙주와의 관계에 대한 분자적 기초에 대해서는 거의 알려지지 않았다 (33,34). 11개의 신규 P. 아크네스 파지를 건강한 사람과 여드름 환자로부터 모두 서열 분석하였고, 이러한 파지의 상세한 비교 게놈 분석 뿐만 아니라 표현형 특성을 수행하였다 (1). 다양성, 형태학, 유전자 함량, 뉴클레오타이드 서열 및 숙주 범위의 부족은 놀라운 발견이었다.
모든 파지는 동일한 시보바이러스 (siphoviral) 형태를 가지며, ~50 nm 직경의 등척성 머리 및 길고 유연한 꼬리를 가진다. 이들은 이전에 보고된 P. 아크네스 파지와 매우 유사하며 (32-36), 다른 파지-개체군에서 관찰되는 형태의 다양성을 가지지 않는다. 예를 들어, P. 아크네스 파지와 유전적으로 관련이 있는 마이코박테리오파지는 시포바이러스 (긴 비수축 꼬리) 및 미오바이러스 형태 (수축 꼬리) 모두를 가지며, 장형의 머리를 가지는 것을 포함하며 (37,38), 다른 숙주의 파지 (예컨대. E. coli, 스타필로코커스 및 슈도모나스 파지) 포도바이러스 (podoviral) 형태 (즉, 짧고 뭉툭한 꼬리를 가짐)를 포함한다 (39,40).
P. 아크네스 박테리오파지의 게놈 특성. 모든 11개 파지의 게놈은 이전에 보고된 3개의 P. 아크네스 파지와 유사한 크기 (29.5 kbp) 및 구조를 가지며 (33,34) (P. 아크네스 숙주와 다르지만) 게놈에서부터 게놈까지 GC%의 약간의 변이가 존재한다. 이것은 다른 파지의 상당한 GC % 변이와 대조된다. 14 개 게놈 전체에 걸쳐 높은 수준의 염기 서열 유사성이 존재하며, 이러한 다양성의 부족은 파지 개체군의 일반적인 다양성에서 벗어난 것이다. P. 아크네스 파지 게놈 지도의 정렬은 파지 게놈의 상당한 유사성을 보여준다. 마지막으로, 제한된 P. 아크네스 파지 다양성은 유전자 함량 네트워크 지도에 의해 설명된다 (1).
P. 아크네스 파지 게놈의 조직화. P. 아크네스 파지 게놈은 상대적으로 작으며 (30 kbp) DNA 패키징 및 비리온(virion) 구조 및 게놈의 왼쪽 절반을 차지하는 (좌표 1 - ~15 kbp) 유전자 간 간격이 거의 없는 오른쪽으로 전사된 오페론에서 게놈의 왼쪽 절반을 차지하는 조립 유전자 (1 - 19)로 구성된다 (도 1). 이러한 유전자는 뉴런 수준에서 고도로 보존되어 있으며, 잠재적(putative) 마이너 꼬리 단백질 유전자 (P100D 유전자 19 및 이의 친척)의 마지막은 주목할만 한 예외이다 (34). 변이는 이러한 유전자의 3 ' 절반에서 가장 크며, 단백질 생성물은 상응하는 C-말단 부분에서 실질적으로 다양하다. 이들의 높은 글리신 함량 (~20%) 및 가변적인 수의 (17에서 42까지) 콜라겐-유사 GXXG 반복부의 존재는 꼬리 섬유로서 이들의 가능한 역할을 뒷받침하며, 및 변이는 숙주 인식 및 숙주-범위 결정에 기여할 가능성이 있다. 엔도라이신 (gp20) 및 잠재적 홀린 (gp21) 꼬리 유전자를 오른쪽으로 암호화하는 용해 카세트는 펩타이도글리칸 가수분해 및 세포 용해를 촉진한다 (41).
맨 오른쪽 말단의 1-2개 유전자를 제외하고는, 다른 유전자는 왼쪽으로 전사되고, 밀접하게 간격을 두고 있으며, 아마도 공동으로 전사된다 (도 1). 소수만이 기능을 예측했으며, DNA 대사 및 조절이 관여하며, 이는 각각 DNA 프리마제, DnaB-유사 헬리카제, 및 RecB-유사 엑소뉴클리아제를 암호화하는 P100D 유전자 30/31, 33, 및 36 (및 이들의 친척)을 포함한다. P100D 유전자 23 및 이의 친척은 강력하게 예측된 헬릭스-턴-헬릭스 DNA-결합 모티프로 잠재적인 리프레서를 암호화한다. 대략 유전자의 1/3은 마이코박테리오파지 상동체를 가진다 (1).
P. 아크네스 파지 숙주 선호도 및 CRISPR-매개 내성. P. 아크네스 파지는 27종의 P. 아크네스 균주에 대해 광범위하지만 보편적인 숙주 범위를 가진다. 대부분의 파지는 다양한 플레이팅 효율성에도 불구하고 모든 숙주 균주를 감염시킨다. 그러나, 두 개의 균주 B66.8 및 B101.9는 각각 9개의 파지 및 10개의 파지에 높은 내성을 가지기 때문에 구별되며; 플레이팅 효율이 균주 6919와 비교하여 적어도 100,000 배 감소한다. 내성은 CRISPR에 의해 부여된 수용체 변이, 제한-변형, 유산성 감염, 용혈성 면역 또는 자연 면역을 포함하는 다양한 기작으로부터 발생할 수 있다 (42). 그러나, I-E형 서브페밀리의 CRISPR은 P. 아크네스 게놈 (43)에 기재되어 있으며, 및 6개의 P. 아크네스 분리균는 CRISPR-관련 (Cas) 유전자를 가져, 이들이 유사한 CRISPR 좌를 가지는 것을 나타낸다. 이 중 2개 (B66.8 및 B101.9)는 9-10개의 스페이서를 가지며, 이의 일부는 파지 프로토스페이서와 거의 일치하며, 파지-내성이 있다 (1). 다른 4개는 스페이서가 거의 없고 파지가 일치하지 않으며, 파지-민감성이다. 비교의 게놈 분석은 CRISPR 스페이서가 일치하는 프로토스페이서를 포함하는 파지에 내성에 대한 책임이 있다는 가설을 뒷받침한다 (1). 새로운 스페이서의 P. 아크네스 획득이 예상되지만, 아직 입증되지 않았다.
CRISPR 도피 돌연변이체. 허용되지 않는 숙주에 높은 역가 파지 용해물의 플레이팅은 확장된 숙주 범위 돌연변이체를 나타낼 수 있다. 예를 들어, 균주 B101.9를 감염시킬 수 있는 파지 P9.1 플라크는 ~10-6의 빈도로 검출된다. 4 개의 개별 플라크가 전파되어, 동일한 효능으로 두 숙주 모두를 재감염시킴을 나타냈으며, 돌연변이를 프로토스페이서로 매핑하였다 (도 2). 돌연변이체는 8개의 다른 숙주-파지 조합으로 관찰되었지만, 게놈적인 특징을 가지지 않는다.
P. 아크네스 파지 용해 효율. 파지 ATCC 29399B의 스톡은 ATCC로부터 입수하였다. 플레이팅 시, 박테리아 숙주, ATCC 6919 상에서 두 개의 플라크 형태가 관찰되었으며, 하나는 투명하고 하나는 혼탁하였다 (도 3). 이러한 파지는 ATCC_C (투명(clear)) 및 ATCC_T (혼탁(turbid))으로 지칭된다. ATCC_C는 ATCC_T의 단순한 용해성 (리프레서-결함) 변이체가 아니며, 이는 게놈 분석이 1,420개의 뉴클레오타이드 차이 모두가 비리온 구조 및 조작 유전자 내에 좌표 22와 13,920 사이에 매핑하는 것을 보여주기 때문이다 (유전자 1-17 모두, 도 1). 표현형은 구조 유전자의 발현의 파괴로 생길 수 있지만, 리프레서 손실에는 기인하지 않는다. 효과적인 살상이 치료법에 바람직하기 때문에, 이러한 관찰은 일반적인 접근법에 중요하다. 파지 게놈의 현저한 제한된 다양성이 있지만, 여기에서는 목표 3에서 제안된 바와 같이 용해 효능을 조절하는 기작을 확인하기 위한 제한된 차이점을 이용한다. ATCC_C의 생존자가 감염에 영향을 받기 쉽고, 염색체 좌(locus)의 재조합-의존성 국부 증폭으로 유래할 수 있음을 주목한다.
실험 계획
여드름 치료 양식으로서 사용하기 위한 P. 아크네스 박테리오파지를 최적화하기 위해, 간단한 실험을 수행할 수 있다.
1. CRISPR 및 다른 내성 기작을 우회할 수 있는 “슈퍼-파지(super-phage)”에 대한 유전적 선택. 여드름에 있어 성공적인 파지 치료법은 질병과 관련된 P. 아크네스 균주의 임상적 스펙트럼 전부, 또는 대부분을 감염시키고 살상하는 바이러스로부터 유리하다. 실제로, 내성이 예상된 발달을 우회하기 위해서는 광범위한 파지가 바람직하다. P. 아크네스 파지가 유전적 다양성이 제한되어 있고 광범위한 숙주 범위를 가지고 있다는 기존의 발견 외에도, 숙주 내성 기작을 우회할 수있는 슈퍼 파지를 확인하고 선택할 수 있다. 예를 들어, 원핵 생물의 내재적 면역, 뿐만 아니라 꼬리 섬유-수용체 상호작용의 시스템을 부여하는, 파지의 특정 서열을 표적화하는 CRISPR 요소는 중요한 최적화 영역이 될 수 있다. “슈퍼-파지”가 CRISPR 내성을 띄지 않아야한다는 가설에 기초하여, 전향적 유전 전략은 CRISPR 방어 또는 다른 숙주 방어 기작을 피하는 파지를 분리하는데 사용될 수 있다.
1.1. P. 아크네스 임상 분리균을 통한 연속적인 선별에 의해 내성을 극복하는 도피 돌연변이체 분리한다. 두 개의 P. 아크네스 분리균, B66.8 및 B101.9는, 아마도 CRISPR-매개 간섭으로 인해 높은 수준의 파지 내성을 나타낸다 (1). 이러한 분리균을 내성이 있는 각 파지 (파지 P1, P8, P14, P100A, P100D, P100.1, P101A, P104A 및 P105)의 높은 역가로 (>109 플라크 형성 단위(plaque forming units) [pfus])로 테스트하면, 추가의 돌연변이체를 동정할 수 있다. ATTC_C에 대해 B101.9는 내성을 가지며 B66.8은 부분적으로 내성을 가진다. 높은 역가 용해물은 각 박테리아 분리균의 론(lawn)에 연속적으로 플레이팅되고, 개별 플라크는 정제되고, 높은 역가 스톡이 제조될 수 있다. 예를 들어, 12개의 독립적인 용해물 (단일 플라크로부터 성장)이 사용될 수 있으며, 1-2개의 돌연변이체가 각 용해물로부터 회수되고, 현재 돌연변이체와 함께 분석된다. 돌연변이를 반복적으로 분리하고 시험함으로써, 숙주 선호도 결정을 야기하는 광범위한 돌연변이를 동정 할 수있다.
1.2. 공지된 리보타입(ribotype)의 P. 아크네스 임상 분리균을 사용하여 이러한 돌연변이체의 숙주 범위를 확립한다. 돌연변이체 각각에 대한 숙주 선호도는 털피지샘 단위로부터 분리되어 16S rDNA 리보타입에 따라 분류된 상이한 P. 아크네스 균주 상에 플레이팅하는 효율을 측정함으로써 결정될 수 있다. 10 개의 주요 리보타입이 기재되어 있으며, 이 중 2개, RT4 및 RT5는, 여드름과 관련이 있으며 RT6은 일반 피부와 관련이 있었다 (29). CRISPR 요소는, 여드름 및 건강한 피부 모두에 존재하는 RT2, 및 건강한 피부에서 주로 발견되는 RT6에서 발견되었으며, 여드름 환자로부터 유래한 리보타입에서는 발견되지 않았다는 것이 주목할 만 하다. 질병-특이적 리보타입 및 특정 리보타입 내 CRISPR의 존재의 동정이 선행된다. 그럼에도 불구하고, 90개의 P. 아크네스 균주의 수집은 상위 6개의 리보타입 각각에 대한 적어도 3개의 균주 및 CRISPR을 포함하는 전체 12 개의 균주를 포함한다. 숙주 범위 분석은 RT2 및 RT6으로부터 12개의 CRISPR 균주 전체 및 다른 4 개의 리보타입 각각에 대한 3 개, 총 24개를 사용하여 수행할 수 있다. 이러한 숙주 범위 분석 동안, 다른 내성 균주에 나타나는 추가적인 도피 돌연변이체가 관찰될 수 있으며, 그러한 경우 1에서와 같이 회수되어 특성화될 수 있다.
1.3. 야생형 대 돌연변이체 파지의 비교 게놈에 의한 내성 기작을 탐구한다.
각 숙주-파지 쌍으로부터 두 개의 분리균의 게놈 전체를 서열 분석함으로써, 돌연변이가 프로토스페이서 영역 내에 존재하는지 여부를 결정할 수 있다. 그러한 경우, PCR 증폭 및 모든 분리균의 프로토스페이서 영역의 서열 분석은 돌연변이 발생의 광범위한 스펙트럼을 확인할 수 있다. 프로토스페이서 외부에 돌연변이가 존재하는 경우, 서열 분석을 전체 파지 게놈으로 더욱 확장할 수 있다.
CRISPR-매개 간섭을 우회하는 변경된 프로토스페이서를 가지는 파지를 회수하면 내성에 기여하는 핵심 CRISPR-프로토스페이서 일치를 식별할 것이다. 프로토스페이서 돌연변이의 특정 역할을 조사하기 위해 파지 게놈을 조작하면 개별 돌연변이의 효과를 분리하는데 도움을 줄 수 있다. 게다가, CRISPRS 또는 특정 스페이서를 가지지 않는 질병과 관련된 P. 아크네스 균주 리보타입은 CRISPR (또는 스페이서) 획득 또는 다른 기작으로 인해 파지-내성을 가질 수 있다. 전향적 유전적 접근법은 파지 내성에 대한 유전적 기초의 광범위한 이해를 가능하게 할 것이다.
단일 (또는 소수의) '슈퍼파지'에 유익한 돌연변이를 결합시키면 개선된 균주가 치료제로 개발되거나, 또는 표적화된 전달을 위해 기존의 약물과 함께 조합되도록 할 것이다.
2. 파지의 게놈을 조작함으로써 “슈퍼-파지”를 구축한다. 전향적 유전적 전략을 사용하여 CRISPR 도피 돌연변이체를 동정하면 CRISPR-매개 면역에 더 큰 내성을 가지는 파지의 동정을 가능하게 할 것이다. 그러나, 원하는 모든 숙주 범위 성질을 가지는 단일 분리균을 산출하는 것은 쉽지 않으며, 개별 돌연변이의 역할이 불분명할 것이다. 효과적인 파지 치료법을 위해, P. 아크네스 부하를 감소시키고, 병원성 균주에 의한 CRISPR의 획득을 예상하기 위해, 모든 P. 아크네스 균주를 살상할 필요가 있다. 다수의 유리한 돌연변이를 포함하는 “슈퍼-파지”는 이러한 목표를 달성하는데 매우 유용할 수 있다.
2.1. 마이코박테리오파지-암호화된 재조합 효소를 사용하여 재조합 조작(recombineering)을 위한 P. 아크네스 시스템을 개발한다. P. 아크네스 및 이의 파지에 사용하기 위해, Hatfull 연구실에서 마이코박테리오파지 게놈을 위해 개발된 박테리오파지 재조합 조작 전기천공 DNA (BRED,Bacteriophage Recombineering of Electroporated DNA) 방법을 (44) 채택하면 (P. 아크네스 재조합 조작 시스템은 가능하지 않음) 원하는 박테리오파지 게놈의 생성을 도울 것이다. 마이코박테리아 재조합 조작 플라스미드 (45-48)는 P. 아크네스에서 평가될 수 있으며, 또는 재조합 조작 기능을 포함하는 신규의 플라스미드 및 P. 아크네스 플라스미드 복제 성질과 결합된 유도성 발현 시스템이 생성될 수 있다 (49). 이러한 플라스미드는 P. 아크네스 내로 도입될 수 있으며 (49), 재조합은 약물-내성 돌연변이를 유도하는 ssDNA 기질을 사용하여 분석될 수 있다 (45). 이것은 효과적이며, 신속한 최적화가 가능하다. 이러한 기법은 BRED 전략을 사용하여 파지 DNA 조작에 조정될 수 있다 (44).
2.2. 숙주 내성에 개별 파지 돌연변이의 역할을 테스트하는 재조합 조작 시스템을 사용한다. 재조합 조작은 1에서 식별된 단일 돌연변이로 정의된 파지 돌연변이체를 구축하는데 사용될 것이다. 조작은 이전에 기재된 바와 같이 파지 게놈 DNA를 사용하여 수행될 수 있고 (44), 단일 돌연변이가 도입되어 동질유전자형 파지 균주를 생성할 수 있다. 돌연변이체는 PCR에 의해 동정되고, 정제되고, 및 스탁 제조될 수 있다. 이러한 돌연변이체의 숙주 선호도는 이후 평가될 것이다.
2.3. 원하는 특징, 및 다른 잠재적 정제를 가지는 슈퍼-파지를 구축하기 위해 재조합 조작 시스템을 사용한다. 돌연변이 유발의 두 번째 라운드에서는, 하나의 파지 스캐폴드 게놈에 다중 돌연변이를 결합하여, 가능한 가장 광범위한 숙주 범위를 달성할 수 있다. 돌연변이체 구축 및 숙주 범위 테스트의 반복 과정이 사용될 수 있다. 특정 돌연변이는 예상 가능한 숙주 범위 표현형을 생성할 수 있지만, 다른 경우, 특히 CRISPR이 아닌 기작에 의해 내성이 부여되는 경우, 그렇지 않을 수 있다. 그러나, 이러한 특정 돌연변이는 또한 파지 돌연변이체/숙주 조합을 유도하여 분리 및 특징화될 수 있는 도피 돌연변이체를 생성할 수 있다. 이러한 전방향 및 억방향 유전자 접근법의 통합은 전체적인 전략의 강력하고 매력적인 측면을 제공한다.
파지 게놈을 조작하는 능력은 파지의 사용을 강화시키는 정제의 광범위한 어레이를 열어준다. 예를 들어, 항CRISPR 파지 유전자가 기재되어 있으며 (50) 이러한 유전자 (또는 관련 버전)는 상대적으로 짧은 수명의 돌연변이 CRISPR 회피를 극복할 수 있는 광범위한 CRISPR 회피, 전략을 추가하기 위해 P. 아크네스 파지 게놈으로 조작될 수 있다. 또한, 복제 라운드 수를 제한하는 돌연변이를 만들 수 있으므로 자기 제한적이다.
프로피오니박테리아와 마이코박테리아 사이의 계통발생학적 관련성을 고려할 때, 마이코박테리아 재조합 조작 시스템은, 예컨대, 단백질 발현 및 전기천공의 최적화를 통해 P. 아크네스에서도 기능하도록 조정될 수 있다. 택일적으로, 대용 숙주로서 M. 스메그마티스를 사용하여, P. 아크네스 파지 DNA를 재조합 조작-숙련된 M. 스메그마티스 내로 전기천공하고, P. 아크네스의 론에 감염성 센터 분석법으로 플레이팅할 수 있다. P. 아크네스 파지 유전학의 대용물로서 M. 스메그마티스를 사용하면, 이의 단순성, 마이코박테리아 유전적 도구 상자를 충분히 사용할 수 있는 가능성으로 인해 매력적이며, 유사한 대용 숙주 사용은 이전에 나타났다 (28). 돌연변이체를 동정하기 위한 숙주-매개 교환 및 광범위한 스크리닝에 의존하는 다른 전략이 또한 사용 가능하지만, 재조합 조작보다 덜 효과적이다.
P. 아크네스에 재조합 조작 시스템을 도입하면, 정의된 파지 돌연변이체 및 다수의 원하는 돌연변이를 가지는 파지를 구죽할 수 있다.
3. P. 아크네스 분리균 살상을 위한 최적의 효능을 가지는 “슈퍼-파지”의 분리. 여드름 및 건강한 피부의 털피지샘 단위로부터 분리된 파지는 P. 아크네스를 용해시키는 효율이 달라진다. 여드름 치료를 위한 개선된 “슈퍼-파지”는 광범위한 숙주 범위 및 높은 효능 둘 모두 유리할 것이다. 파지에 P. 아크네스의 임상 분리균을 효과적으로 살상하는 능력을 부여하는 결정 요인을 매핑하면 다양한 효과의 상호 작용을 명확히 하는데 도움을 줄 것이다.
3.1. ATCC_C에서 향상된 킬러 표현형의 유전적 결정 요인을 매핑한다. 파지 ATCC_C는 P. 아크네스의 효과적인 킬러인 반면, ATCC_T는 그렇지 못하다. 유전적 결정 요인을 매핑함으로써, 효능을 최적화하기 위해 슈퍼-파지에 어떤 돌연변이를 추가할지 배울 수 있다. 두 가지 사이에는 1,420개 이상의 염기 차이가 있지만, 모두 좌측 팔(left arm) 구조 유전자 내에 있다. 이러한 차이를 매핑하면 표현형의 원인이되는 차이를 쉽게 파악할 수 있다. 대략 5 kbp 간격으로 이격된 두 개의 파지에 독특한 제한 효소 부위를 도입하기 위해 조정된 (상기 논의된 바와 같이) BRED 재조합 조작을 사용할 수 있다. 그러면, 게놈을 시험관 내에서 소화시키고 재조합시킬 수 있으며, 재조합체의 효능 표현형을 결정할 수 있다. 돌연변이가 5kbp 간격으로 매핑되면, 간단한 파지 십자가를 수행하고, 재조합체를 회수하고, 간격을 배열하고, 돌연변이를 표현형과 상관시킬 수 있다. 동정된 돌연변이를 깨끗한 유전적 배경으로 재조합 조작하고, 효능을 죽이는데 기여하는 돌연변이 및 유전자를 확인하면 과정이 완료된다.
3.2. CRISPR-내성이며 우수한 효능을 가지는 치료적 파지를 구축한다. 재조합 조작은 최대 숙주 범위 및 효능에 요구되는 모든 돌연변이를 가지는 슈퍼-파지를 구축하는데 사용될 수 있다. 일부 돌연변이에는 유전적 갈등이 있을 수 있으며, 여러 가지 상이한 특정 조합을 만들어야 할 수도 있다. 다른 표현형 비교에서 나오는 추가적인 효능 돌연변이가 있다면, 슈퍼 파지에 첨가될 수 있다. 효능은 상이한 리보타입에 걸쳐 P. 아크네스 임상 분리균의 스펙트럼으로 모든 파지에 대해 테스트될 수 있습니다.
ATCC 돌연변이의 매핑은 BRED 전략을 사용하여 달성될 수 있다. 그러나, 파지 교차에 단독으로 의존하는 대안적인 전략 또는 재조합 플라스미드로부터의 매핑이 택일적으로 또는 추가적으로 적용될 수 있다. 예를 들어, 파지 게놈 세그먼트를 운반하는 재조합 플라스미드를 구축하고, 이러한 균주에 파지를 전파시키고, 재조합체를 동정하는 것이 원하는 목표를 달성 할 수 있다.
효과적인 살상에 기여하는 돌연변이를 매핑하면 파지의 치료 가능성이 높아지며, 광범위한 숙주 범위와 결합되는 경우 슈퍼 파지 효과에 도움이 될 것이다.
실시예 2 - P. 아크네스 박테리오파지 CRISPR 도피 돌연변이체
주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (CRISPR로서 공지됨)은 파지 내성을 매개하는 박테리아-암호화된 염색체 요소이다. CRISPR은 서열-특이적 방식으로 기능한다; 즉, 파지 내성은 '스페이서'로 불리는 CRISPR 좌 내 세그먼트 및 파지 게놈 내 '프로토스페이서'로서 공지된 해당 영역 사이의 서열 상동성에 의존한다.
6개의 P. 아크네스 임상 분리균은 CRISPR 좌를 포함하며, 이 중, 2개 (B66.8 및 B101.9)는 박테리오파지 게놈의 세그먼트와 일치하는 여러 스페이서를 가지며 이에 따라 내성을 부여할 것으로 예상된다. 따라서, 이러한 분리균은 광범위한 파지 내성을 나타내며, 이는 스페이서 매치와 상관관계가 있어, CRISPR-매개 간섭에 기인한 것임을 강하게 암시한다 (1). (Marinelli et al. 2012, 도 9를 참조한다).
이러한 관찰에 기초하여, 이러한 내성을 극복하는 CRISPR 도피 돌연변이체를 분리하고자 하였다. 이러한 분리균을 내성이 있는 각 파지 (파지 P1, P8, P14, P100A, P100D, P100.1, P101A, P104A 및 P105)의 높은 역가로 (>109 플라크 형성 단위(plaque forming units) [pfus])로 테스트한다. 대부분의 파지는 이러한 내성 분리균을 효과적으로 감염시키지 않았지만, 일부 경우에, 이러한 조건하에서 낮은 빈도로 플라크가 회수되었다. 플라크를 회수 및 정제하고 이의 표현형을 획윽하여 확인하였다 (예컨대, 내성 CRISPR-포함 분리균을 효과적으로 감염시키는 능력). 도 4를 참조한다.
잠재적 돌연변이체의 프로토스페이서 영역을 서열 분석하여 CRISPR-도피 파지에서 돌연변이화되는지 여부를 결정하였다. 예상되는 바와 같이, CRISPR 도피 돌연변이체는 이의 프로토스페이서 영역에 점 돌연변이를 포함하는 것으로 확인되었다 (반면에 WT 파지는 프로토스페이서 영역 내에 임의의 점 돌연변이를 포함하지 않는 것을 확인하였다). 또한, 하나의 CRISPR-포함 P. 아크네스 균주에서 분리된 돌연변이체는 다른 CRISPR 내성 균주를 효율적으로 감염시키는 능력이있다;현재, 이것이 (BEI로부터 유래된) 다른 CRISPR-포함 분리균에 대해 사실인지, 또는 이러한 파지가 P. 아크네스 균주에 대한 병독성 증진을 위해 추가로 진화할 수 있는지 여부가 시험되고 있다. 도 5 및 도 6을 참고한다. CRISPR 도피 돌연변이체의 게놈에서 모든 점 돌연변이의 위치와 동일성은 하기 표에 나와있다.
표 1:
Figure pct00001
표 2는 돌연변이를 확인하기 위해 도피 돌연변이 게놈을 서열 분석할 때 플레이팅 효율을 보여준다.
Figure pct00002
또한, 도피 돌연변이는 PS의 5' 말단에 농축되어 있다. 아래를 참고한다:
Figure pct00003
· 숫자는 돌연변이체가 회수된 회수를 나타낸다
· 강조 표시된 잔기는 CRISPR 도피 돌연변이체 파지 내 돌연변이화된 잔기를 나타낸다
· 화살표가 있는 잔기는 PS를 비활성화하지 않는 WT 파지를 나타내는 잔기를 나타낸다 (예컨대, 이 잔기가 돌연변이 된 경우, 도피를 위해 적어도 하나의 추가 돌연변이가 필요하다)
· 별 표시가 된 잔기는 일부 상황에서는 PS를 비활성화하지만, 다른 돌연변이와 함께 조합으로 도피를 중재할 수 있는 잔기를 나타낸다
· 밑줄 친 잔기도 또한 WTP1.1에서 B101.9/B66.8 PS-4를 비활성화하는 것처럼 보인다; 그러나, B66.8 PS-1와는 일치하지 않는 동일한 잔기이며, 도피 돌연변이체는 도피를 위해 적어도 하나의 추가적인 돌연변이를 필요로 하는 것으로 보인다
참고문헌
본 명세서에 인용된 특허 및 특허 출원을 포함하지만 이에 국한되지 않는, 모든 간행물은 다음의 참조 문헌은 본 명세서에 기재된 예시적인 절차 또는 다른 세부 사항을 제공하는 한, 개별적인 간행물이 구체적으로 및 개별적으로 완전히 기재된 것과 같이 본 명세서에 참조 문헌으로 포함되도록 지시된 것과 같이, 본 명세서에 구체적으로 전체 내용이 참조 문헌으로 포함된다.
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서열 번호 13
프로피오니박테리아 파지 P9.1 유전자 3 단백질 생성물 -
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서열 번호 14
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서열 번호 16
프로피오니박테리아 파지 P9.1 유전자 16 단백질 생성물 -
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Claims (43)

  1. 박테리오파지-내성 P. 아크네스를 감염시킬 수 있는 프로피오니박테리움 아크네스(Propionibacterium acnes, P. 아크네스((P. Acnes)) 박테리오파지 돌연변이체(bacteriophage mutant).
  2. 청구항 1에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, CRISPR) 도피 돌연변이체인 박테리오파지 돌연변이체.
  3. 청구항 1 또는 2에 있어서, 1, 3, 및 4로부터 선택되는 프로토스페이서(protospacer)에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  4. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 다음으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체: T6502G, C6514A, G2762T, T2757C, G5919T, C5917A 및 A5892C.
  5. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 P9.1-2A, P9.1-2B, P9.1-3 및 P9.1-4로부터 선택되는 박테리오파지 돌연변이체.
  6. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 1 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 1의 A2, A3, T5, C6, T7, T8, C9, G11, G12, G13, G14, C17, G20, G21, 및 G22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  7. 청구항 6에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 A2T, A2C, A3C, T5G, G11T, G14T, C17A, G20T, G21C, C22G, 및 C22T으로부터 선택되는 서열 번호 1에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  8. 청구항 6 또는 7에 있어서, 박테리오파지의 유전자 9는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  9. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 2 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 2의 A2, A3, T5, C6, T7, T8, C9, G11, G12, G13, G14, C17, T20, C21, 및 T22으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  10. 청구항 9에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 A2T, A2C, A3C, T5G, G11T, G14T, C17A, T20G, C21G, T22G, 및 T22C으로부터 선택되는 서열 번호 2에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  11. 청구항 9 또는 10에 있어서, 박테리오파지의 유전자 9는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  12. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 3 또는 이의 역보체와 적어도 약 95%의 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 3의 A2, A3, A5, T6, T7, G8, A9, T11, T12, G13, G14, T20, G23, T25, T30, 및 G31으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  13. 청구항 12에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 T7C, T20G, G23A, T25G, T30G, 및 G31T으로부터 선택되는 서열 번호 3에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  14. 청구항 12 또는 13에 있어서, 박테리오파지의 유전자 16은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  15. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 4 또는 이의 역보체와 적어도 약 95% 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 4의 A2, A3, T5, G6, C7, G8, C9, A11, A12, C13, A14, A15, A16, 및 G18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  16. 청구항 15에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C7A, C9A, A12G, C13A, A15G, A16C, A16T, 및 G18T으로부터 선택되는 서열 번호 4에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  17. 청구항 15 또는 16에 있어서, 박테리오파지의 유전자 3은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  18. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 5 또는 이의 역보체와 적어도 약 95% 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 5의 A2, A3, T5, G6, C7, G8, C9, A11, A12, C13, A14, G15, T16, 및 T18으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  19. 청구항 18에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 A3T, A3C, A3G, C7A, C9A, A12G, C13A, G15A, T16C, T16A, 및 T18G으로부터 선택되는 서열 번호 5에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  20. 청구항 18 또는 19에 있어서, 박테리오파지의 유전자 3은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  21. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서,
    박테리오파지는 서열 번호 6 또는 이의 역보체와 적어도 약 95% 서열 상동성을 가지는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며;
    뉴클레오타이드 서열은 서열 번호 6의 A2, A3, G5, C6, A7, G8, C9, A11, T12, C13, T14, A31, T33, 및 G35으로부터 선택되는 하나 이상의 뉴클레오타이드에 대한 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  22. 청구항 21에 있어서, 뉴클레오타이드 서열은 C6A, A7G, G8T, A31G, T33G, 및 G35A으로부터 선택되는 서열 번호 6에 대한 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지 돌연변이체.
  23. 청구항 21 또는 22에 있어서, 박테리오파지의 유전자 7은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 박테리오파지.
  24. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지의 게놈은 서열 번호 7과 적어도 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지며, 이러한 박테리오파지는 G2761T, T2762C, G2767T, T2771C, T2771G , C6477A, A6507C, A6508C, T13160G, T13170G , G13171T, C13734A, T20501G, C23365A, G27713T , T28115G, 및 G28199T으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지.
  25. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지의 게놈은 적어도 서열 번호 12와 약 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 상동성을 가지며, 이러한 박테리오파지는 T2757C, G2760T, G2762T, T2766C, G3704T, C5890A, C5890T, A5892C, C5917A, G5919T, A6499C, T6502G, G6508T, G6511T, C6514A, A12404C, C16536A, G17863T, 및 G26907A으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 박테리오파지.
  26. 전술한 청구항 중 어느 한 항의 박테리오파지 돌연변이체 중 하나 이상을 포함하는 약제학적 조성물.
  27. 청구항 26에 있어서, 하나 이상의 항균제를 추가적으로 포함하는 약제학적 조성물.
  28. 청구항 27에 있어서, 항균제는 항여드름제인 약제학적 조성물.
  29. 청구항 28에 있어서, 항여드름제는 레티노이드, 벤조일 퍼옥사이드 및 항생제로부터 선택되는 약제학적 조성물.
  30. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제학적 조성물은 국소 사용을 위해 제제화되는 약제학적 조성물.
  31. 여드름 치료를 필요로 하는 대상체에서 여드름을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 박테리오파지 내성 P. 아크네스를 감염시킬 수 있는 하나 이상의 프로피오니박테리움 아크네스 (P. 아크네스) 박테리오파지 돌연변이체를 포함하는 조성물의 치료학적 유효량을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  32. 청구항 31에 있어서, 여드름은 파지-내성 P. 아크네스와 관련된 방법.
  33. 청구항 31 또는 32에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 주기적 간격으로 분포하는 짧은 회문 구조의 반복서열 (CRISPR) 도피 돌연변이체인 방법.
  34. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 1, 3 및 4로부터 선택되는 프로토스페이서에 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 방법.
  35. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 다음으로부터 선택되는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 방법: T6502G, C6514A, G2762T, T2757C, G5919T, C5917A 및 A5892C.
  36. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 돌연변이체는 P9.1-2A, P9.1-2B, P9.1-3 및 P9.1-4로부터 선택되는 방법.
  37. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 약제학적 조성물은 전술한 청구항 중 어느 한 항의 박테리오파지 돌연변이체 중 하나 이상을 포함하는 방법.
  38. 전술한 청구항 중 어느 한 항에 있어서, 약제학적 조성물은 하나 이상의 항균제를 포함하는 방법.
  39. 청구항 38에 있어서, 항균제는 항여드름제인 방법.
  40. 청구항 39에 있어서, 항여드름제는 레티노이드, 벤조일 퍼옥사이드 및 항생제로부터 선택되는 방법.
  41. 여드름 치료에 사용하기 위한 전술한 청구항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물.
  42. 여드름 치료를 위한 전술한 청구항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물의 용도.
  43. 여드름 치료용 약제를 제조하기 위한 전술한 청구항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물의 용도.
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