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KR20170120124A - 암 검출을 위한 바이오마커 패널 - Google Patents

암 검출을 위한 바이오마커 패널 Download PDF

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KR20170120124A
KR20170120124A KR1020177025428A KR20177025428A KR20170120124A KR 20170120124 A KR20170120124 A KR 20170120124A KR 1020177025428 A KR1020177025428 A KR 1020177025428A KR 20177025428 A KR20177025428 A KR 20177025428A KR 20170120124 A KR20170120124 A KR 20170120124A
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KR
South Korea
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mir
methylation
marker
mgrn1
cancer
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Application number
KR1020177025428A
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바바라 브루윈클
롱씨 양
안드레아스 슈니바이스
Original Assignee
루프레히트-칼스-유니페어지테트 하이델베르크
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Publication date
Application filed by 루프레히트-칼스-유니페어지테트 하이델베르크 filed Critical 루프레히트-칼스-유니페어지테트 하이델베르크
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Abstract

본 발명은 메틸화 및 miRNA 마커의 패널 뿐만 아니라, 암 예후, 진단 및/또는 치료에서의 그의 용도, 상기 마커를 검출하기 위한 수단, 상기 수단을 포함하는 키트, 및 마커 패널 분석용 장치에 관한 것이다.

Description

암 검출을 위한 바이오마커 패널
본 발명은 메틸화 및 miRNA 마커의 패널 뿐만 아니라, 암 예후, 진단 및/또는 치료에서의 그의 용도, 상기 마커를 검출하기 위한 수단, 상기 수단을 포함하는 키트, 및 마커 패널 분석용 장치에 관한 것이다.
암이 세계에서 가장 중요한 의학상 및 건강상 문제들 중 하나이다. 전 세계의 주된 사망 원인으로서, 2008년에는 1,240만 건의 신규 암 사례와 760만 건의 암 관련 사망이 있었다. 전 세계적으로 암으로 인한 사망은 계속해서 증가할 것이며, 2030년에는 암에 의해 1,200만 건의 사망이 발생하게 될 것으로 예측되고 있다. 유방암은 여성들 사이에서 가장 일반적인 암이다. 약 여성 9명당 1명에서 그녀의 생애 동안 유방암이 발생하게 될 것이다 (문헌 [Feuer, E.J., et al., The lifetime risk of developing breast cancer. J Natl Cancer lnst 85, 892-897 (1993)]). 전 세계적으로 매년 대략 130만 명의 여성에서 유방암이 발생하고 있다. 조기 진단 및 치료에서의 모든 노력과 진보에 기인하여 사망률은 수년 간 계속해서 감소하고 있다 (문헌 [Jemal A, Bray F, Center MM, Ferlay J, Ward E, Forman D. Global cancer statistics. CA Cancer J Clin 2011; 61:69-90]). 그럼에도 불구하고, 해마다 수천 명의 여성이 상기 질환으로 사망하고 있다. 미국에서, 이미 원위 기관으로 퍼진 때에는 23%인 것과 대조적으로, 여성이 조기에 진단을 받은 경우에는 전체 5년 생존율이 98%이다. 따라서, 조기 유방암 검출이 상기 질환과의 사투에서 주된 도전 과제들 중 하나에 속한다. 진단 표준으로서 유방조영술 스크리닝이 현재 적용되고 있다. 그러나, 그의 이온화 방사선 사용 및 8-10%의 위양성률에 기인하여, 또한 스크리닝하고자 하는 개체의 연령에 따라 한계가 있다 (문헌 [Taplin S, Abraham L, Barlow WE, Fenton JJ, Berns EA, Carney PA, Cutter GR, Sickles EA, Carl D, Elmore JG. Mammography facility characteristics associated with interpretive accuracy of screening mammography. J Natl Cancer Inst 2008; 100: 876-87]).
대부분의 유방암은 산발적으로 발생하는 반면, 가족성 유방암은 전체 유방암 사례의 약 10%를 차지한다 (문헌 [Fackenthal, J.D. & Olopade, O.I. Breast cancer risk associated with BRCA1 and BRCA2 in diverse populations. Nat Rev Cancer 7, 937-948 (2007)]). 주요 유방암 관련 유전자, BRCA1 및 BRCA2에서의 돌연변이는 모든 가족성 사례의 25%를 차지하고, 다른 중간 및 낮은 침투도의 유전자는 약 5%를 차지한다 (문헌 [Familial risk in breast cancer, 251-256 (Springer, 2010)]). 최근의 게놈와이드 연관 분석 연구 (GW AS) 및 단일 후보 유전자 접근법이 유방암에 대한 유전적 저위험 변이체를 검출하는 데 있어 큰 성공을 거두어 왔다 (문헌 [Thomas, G., et al. A multistage genome-wide association study in breast cancer identifies two new risk alleles at 1 p 11.2 and 14q24.1 (RAD51 L1). Nat Genet 41, 579-584 (2009)]; [Cox, A., et al. A common coding variant in CASP8 is associated with breast cancer risk. Nat Genet 39, 352-358 (2007)]; [Stacey, S.N., et al. Common variants on chromosome 5p12 confer susceptibility to estrogen receptor-positive breast cancer. Nat Genet 40, 703-706 (2008)]; [Ahmed, S., et al. Newly discovered breast cancer susceptibility loci on 3p24 and 17q23.2. Nat Genet 41,585-590 (2009)]; [Easton, D.F., et al. Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci. Nature 447, 1087-1093 (2007)]; [Milne, R.L., et al. Risk of estrogen receptor-positive and -negative breast cancer and single-nucleotide polymorphism 2q35-rs13387042. J Natl Cancer Inst 101, 1012-1018 (2009)]; [Frank, B., et al. Association of a common AKAP9 variant with breast cancer risk: a collaborative analysis. J Natl Cancer Inst 100,437-442 (2008)]). 그러나, 다수의 유방암 위험 인자는 여전히 탐구되고 있다.
BC와 비교하였을 때, 난소암 (OvCa)은 비교할 수 있을 만큼 발생 빈도가 낮지만, 그의 악성도는 높기 때문에 부인과 암에 기인하는 사망의 주된 원인이 된다. 2008년, 전 세계에서 225,000명의 여성이 난소암 진단을 받았고, 이들 여성 중 140,000명이 상기 질환으로 사망하였다. 전형적으로, OvCa를 앓는 여성은 조기 증상을 거의 보이지 않으며, 따라서, 상기 질환은 난소 너머로까지 널리 확산된다. 췌장암 (PaCa)은 모든 상피성 악성 종양 중 가장 공격적인 종양이다. 전 세계적으로 279,000명이 새로 PaCa 진단을 받았으며, PaCa 환자의 전체 5년 생존율은 5% 미만이다. 비록 최근의 게놈와이드 연관 분석 연구 (GWAS)를 통해 BC, OvCa 및 PaCa의 위험과 연관된 수개의 유전적 변이체가 성공적으로 검출되기는 하였지만, BC를 조기 검출하는 데 가치가 있는 마커는 확인되지 못한 상태이다.
전이성 유방암 (MBC)은 전 세계적으로 중대한 건강상의 문제가 된다. 현행 치료 전략법은 주로 완화 치료를 목표로 하며, 극소수 건의 사례만이 치유되고 있다. MBC를 해결하는 대안적 접근법은 고위험군 및 요법 반응을 확인하는 스크리닝 방법 및 바이오마커 적용법을 개발하는 것이다. 이는 임상의의 결정을 가속화시킬 수 있고, 임상의가 상기 환자에 적절한 치료 요법을 채택하는 데에도 도움을 줄 수 있다.
순환 종양 세포 (CTC)는 전이에 대한, 구체적으로, 무진행 생존 및 전체 생존에 대한 것으로서 FDA의 승인을 받은 비의존적 예후 마커로서 제안되어 왔다. 기본 컷 오프가 혈액 7.5 ml당 5개 초과의 CTC인 것인 CTC 양성인 것으로 정의되었다 (문헌 [Cristofanilli M, Budd GT, Ellis MJ, Stopeck A, et al; Circulating tumor cells, disease progression, and survival in metastatic breast cancer; N Engl J Med. 2004 Aug 19;351(8):781-91]). 그러나, 현성의 원위부로의 전이를 보이는 상당부의 환자들은 CTC에 대하여 음성을 띤다는 것을 아는 것이 중요하다. 이는 부분적으로는 CTC에서의 상피-간엽 이행 현상에 기여할 수 있는데, 이러한 경우, 상피 마커, 예컨대, EpCAM 또는 시토케라틴-8, -18 및 -19의 발현을 이용하는 열거 기술에 의해 누락될 수 있다.
CTC 이외에도 또한 단백질 기반 순환 종양 마커, 예컨대, 암배아 항원 (CEA) 및 탄수화물 항원 15-3 (CA 15-3)은 예후 마커로서 뿐만 아니라, 유방암 치료 성공 및 추적 검사를 모니터링하는 데 널리 사용된다 (문헌 [Uehara M, Kinoshita T, Hojo T, Akashi-Tanaka S, Iwamoto E, Fukutomi T. Long-term prognostic study of carcinoembryonic antigen (CEA) and carbohydrate antigen 15-3 (CA 15-3) in breast cancer. Int J Clin Oncol 2008;13:447-51]; [Harris L, Fritsche H, Mennel R, Norton L, Ravdin P, Taube S, Somerfield MR, Hayes DF, Bast RC, Jr. American Society of Clinical Oncology 2007 update of recommendations for the use of tumor markers in breast cancer. J Clin Oncol 2007; 25:5287-312]). 그러나, 이들 마커의 감도는 낮다. 그러므로, 감도가 높고 비특이적이며, 그뿐만 아니라, 최소로 침습적인 신규한 마커가 요구되고 있다.
후성적 변화란, 게놈 DNA 서열상의 임의의 변경에 기인하는 것이 아닌 유전자 발현의 변화로서 정의된다. 비정상적인 후성적 시그너처가 인간 암의 홀마크로서 간주되어 왔다 (문헌 [Esteller, M. Cancer epigenomics: DNA methylomes and histone-modification maps. Nat Rev Genet 8, 286-298 (2007)]). 가장 중요한 후성적 시그너처 중 하나인, DNA 메틸화는 유전자 활성을 제어하는 데 및 세포 핵 구조에서 중요한 역할을 한다 (문헌 [Chromosome-wide and promoter-specific analyses identify sites of differential DNA methylation in normal and transformed human cells. Nat Genet 37, 853-862 (2005)]). 추가로, 유전적 마커 또는 변이체와 달리, DNA 메틸화는 대체로 가역적이다. 그러므로, 특정 유전자의 메틸화 프로파일은 치료학적 표적이 되는 것으로 간주된다 (문헌 [Mack, G.S. Epigenetic cancer therapy makes headway. J Natl Cancer Inst 98, 1443-1444 (2006]). 한편, DNA 메틸화는 가변적인 특징에 기인하여 환경 인자와 게놈 사이의 링크로서의 역할을 할 수 있다. 환경 인자 또는 노화에 의해 조절된 DNA 메틸화는 세포의 중요한 유전자의 발현을 변경시키고, 그 결과로 세포의 악성 형질전환 또는 심지어는 암을 유도할 수 있다 (문헌 [Widschwendter, M., et al. Epigenotyping in peripheral blood cell DNA and breast cancer risk: a proof of principle study. P LoS One 3, e2656 (2008]).
암 발생에서의 조기 이벤트로서 DNA 메틸화 변화는 특히, 암의 조기 검출을 위한 마커로서 유망하다. 최근 연구 결과, 혈액 세포 DNA의 메틸화 분석이 신뢰가능하고, 견실한 마커로서의 역할을 할 수 있다는 것이 밝혀졌다. 집중 연구를 통해 체세포 수준에서의 암에서의 DNA 메틸화 시그너처 변경이 개시된 반면, 후보-유전자-접근법을 이용하는 단지 소수의 연구에서만 암에서의 말초 혈액 DNA 중의 메틸화 시그너처 분석이 이루어졌다.
종래 연구는 유방암에서 그의 정상적인 인접한 조직과의 비교로 종양 억제인자 유전자의 프로모터 영역에서의 과다메틸화 및 온코진의 프로모터 영역에서의 저메틸화를 이용하였다 (문헌 [Ito, Y., et al. Somatically acquired hypomethylation of IGF2 in breast and colorectal cancer. Hum Mol Genet 17, 2633-2643 (2008)]; [Potapova, A., Hoffman, A.M., Godwin, A.K., Al-Saleem, T. & Cairns, P. Promoter hypermethylation of the PALB2 susceptibility gene in inherited and sporadic breast and ovarian cancer. Cancer Res 68, 998-1002 (2008)]; [Radpour, R., et al. Methylation profiles of 22 candidate genes in breast cancer using high-throughput MALDI-TOF mass array. Oncogene 28, 2969-2978 (2009)]; [Widschwendter, M. & Jones, P.A. DNA methylation and breast carcinogenesis. Oncogene 21, 5462-5482 (2002)]). 극소수의 연구가 말초 혈액 DNA에서의 메틸화 시그너처 및 유방암 위험에 주력하였다. 상기 연구에서, 오직 특이적인 유전자, 예컨대, BRCA1 (문헌 [Iwamoto, T., Yamamoto, N., Taguchi, T., Tamaki, Y. & Noguchi, S. BRCAl promoter methylation in peripheral blood cells is associated with increased risk of breast cancer with BRCA1 promoter methylation. Breast Cancer Res Treat 129, 69-77 (2011)), ATM (문헌 Flanagan, J.M., et al. Gene-body hyperrnethylation of ATM in peripheral blood DNA of bilateral Breast cancer patients. Hum Mol Genet 18, 1332-1342 (2009]), 및 특이적인 경로에 있는 유전자 (문헌 [Widschwendter et al. (2008), loc. cit.])가 연구되었다.
따라서, 당업계에서는 바람직하게는, 침습성이 낮은 수단에 의해 샘플을 수득함으로써, 예컨대, 혈액 샘플을 채취함으로써 이환된 대상체를 확인할 수 있도록 허용하는, 유방암 및 다른 암에 대한 추가의 후성적 마커의 확인이 요구되고 있다.
MiRNA는 mRNA 분자를 분해하거나, 또는 그의 번역을 차단함으로써 전사 후 수준에서 유전자 발현을 조절하는 작은, 비코딩 RNA (길이가 ~18-25개의 뉴클레오티드 길이)이다 (문헌 [Bartel DP.: MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell 2004; 116: 281-97]). 그러나, 이는 암을 비롯한, 다수의 생물학적 프로세스의 조절에서 필수적인 역할을 한다 (문헌 [Calin GA, Dumitru CD, Shimizu M, Bichi R, Zupo S, Noch E, Aldler H, Rattan S, Keating M, Rai K, Rassenti L, Kipps T, et al. Frequent deletions and down-regulation of micro- RNA genes miR15 and miR16 at 13q14 in chronic lymphocytic leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A 2002; 99:15524-9]). 표준 명명법 체계하에서, 명칭은 실험을 통해 확인된 miRNA에 지정된다. "mir"라는 접두사 다음에 대시 기호 및 숫자가 이어진다. 소문자 "mir-"은 프리-miRNA를 지칭하는 반면, 대문자 "miR-"은 성숙한 형태를 지칭한다. 서열 막대가 거의 동일한 MiRNA의 경우, 1 또는 2개의 뉴클레오티드는 추가의 소문자 주석을 가진다. 기원이 된 종은 3문자 접두사, 예컨대, 호모 사이엔스(Homo sapiens) (인간)인 경우, hsa로 지정된다. 동일한 프리-miRNA의 반대 아암으로부터 생성되는 2개의 성숙한 miRNA는 3p 또는 -5p라는 접미사로 표시된다.
순환 miRNA는 체액, 예컨대, 혈장, 혈청 등의 무세포 성분에 존재하는 miRNA인 것으로 정의된다. 로리에(Lawrie) 등 (문헌 [Lawrie CH, Gal S, Dunlop HM, Pushkaran B, Liggins AP, Pulford K, Banham AH, Pezzella F, Boultwood J, Wainscoat JS, Hatton CS, Harris AL. Detection of elevated levels of tumour-associated microRNAs in serum of patients with diffuse large B-cell lymphoma. Br J Haematol 2008; 141:672-5])이 최초로 체액 중 miRNA의 존재를 입증하였다. 그 이래로, 순환 miRNA는 다른 유형의 암, 예컨대, 전립선 암종, 결장직장 암종, 또는 식도 암종의 혈액 혈장 또는 혈청에서 비정상적으로 발현되는 것으로 보고되었다 (문헌 [Brase JC, Johannes M, Schlomm T, Falth M, Haese A, Steuber T, Beissbarth T, Kuner R, Sultmann H. Circulating miRNAs are correlated with tumor progression in prostate cancer. Int J Cancer 2011;128:608-16]; [Huang Z, Huang D, Ni S, Peng Z, Sheng W, Du X. Plasma microRNAs are promising novel markers for early detection of colorectal cancer. Int J Cancer 2010;127:118-26.]; [Zhang C, Wang C, Chen X, Yang C, Li K, Wang J, Dai J, Hu Z, Zhou X, Chen L, Zhang Y, Li Y, et al. Expression profile of microRNAs in serum: a fingerprint for esophageal squamous cell carcinoma. Clin Chem 2010; 56:1871-9]). 그의 가장 중요한 장점으로는 최소의 침습적인 방식으로 반복적으로 측정될 수 있다는 가능성 뿐만 아니라, 대개는 엑소좀 밖에서 순환하고, 아르고노트(Argonaute) 단백질에의 그의 결합에 기인하여 안정성을 띠는, 혈장/혈청 중에서의 주목할 만한 그의 안정성을 포함한다 (문헌 [Mitchell PS, Parkin RK, Kroh EM, Fritz BR, Wyman SK, Pogosova-Agadjanyan EL, Peterson A, Noteboom J, O'Briant KC, Allen A, Lin DW, Urban N, et al. Circulating microRNA as stable blood-based markers for cancer detection. Proc Natl Acad Sci U S A 2008;105:10513-8]; [Turchinovich A, Weiz L, Langheinz A, Burwinkel B. Characterization of extracellular circulating microRNA. Nucleic Acids Res 2011;39:7223-33]; [Arroyo JD, Chevillet JR, Kroh EM, Ruf IK, Pritchard CC, Gibson DF, Mitchell PS, Bennett CF, Pogosova-Agadjanyan EL, Stirewalt DL, Tait JF, Tewari M. Argonaute2 complexes carry a population of circulating microRNAs independent of vesicles in human plasma. Proc Natl Acad Sci U S A 2011; 108:5003-8]).
따라서, 당업계에서는 유방암, 특히 원발성 유방암, 및 전이성 유방암을 진단 및 예후하기 위한 개선된 방법이 시급하게 요구되고 있다. 상기 방법은 또한 바람직하게는 겉보기상 건강해 보이는 대상체를 예방적으로 스크리닝하는 데에도 사용될 수 있고, 저등급의 침습이 바람직할 것이다.
제1 측면에서, 본 발명은 대상체에서 (a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및 (b) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법에 관한 것이다.
제2 측면에서, 본 발명은 (a) 대상체의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법에 관한 것이다.
제3 측면에서, 본 발명은 (a) 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및 (d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법에 관한 것이다.
제4 측면에서, 본 발명은 (a) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고, 여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법에 관한 것이다.
제5 측면에서, 본 발명은 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법에 관한 것이다.
제6 측면에서, 본 발명은 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법에 관한 것이다.
제7 측면에서, 본 발명은 (i) 대상체의 제1 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계; (ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계, (iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계; (iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계; (v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는 (vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에 관한 것이다.
제8 측면에서, 본 발명은 a) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단, 및 b) 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단을 포함하는, i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험, ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는 iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한 수단에 관한 것이다.
제9 측면에서, 본 발명은 제8 측면의 수단을 포함하는 키트에 관한 것이다.
제10 측면에서, 본 발명은 i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험, ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는 iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한, 제8 측면의 수단, 또는 제9 측면의 키트의 용도에 관한 것이다.
제11 측면에서, 본 발명은 (a) 대상체의 샘플 중 (i) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하기 위한 검출제, 및 (ii) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA의 존재를 측정하기 위한 검출제를 포함하는 분석 유닛; 및 (b) 분석 유닛에 의해 측정된 양을 참조물과 비교하기 위한 알고리즘이 유형적으로 내장되어 있고, 상기 비교에 기초하여 확립된 진단을 포함하는 출력 파일을 생성할 수 있는 데이터 프로세서를 포함하는 평가 유닛을 포함하는, 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 확인하기 위한 장치에 관한 것이다.
도 1: 유방암의 조기 검출을 위한 혈액 기반의 바이오마커 패널에 관한 샘플 설명.
도 2: 3회에 걸친 검증 라운드에서 8개의 유전자의 메틸화 차이.
도 3: 다른 센터로부터의 샘플에서의 건강한 대조군과 BC 사례를 구별하는 DNA 메틸화 마커 세트의 판별력.
도 4: 본 발명자들의 군으로부터의 샘플 중 건강한 대조군과 BC 사례를 구별하는 DNA 메틸화 마커 세트 및 miRNA 마커 세트의 판별력.
도 5: 상이한 임상적 특징을 보이는 산발성 BC 환자 (2회차 검증 라운드로부터의 사례)에서의 8개의 유전자의 메틸화 수준.
도 6: 상이한 임상적 특징을 보이는 산발성 BC 환자 (본 발명자들의 군으로부터의 사례)에서의 8개의 유전자의 메틸화 수준.
도 7: 췌장암의 조기 검출을 위한 혈액 기반의 바이오마커 패널에 관한 샘플 설명.
도 8: PaCa 사례와 대조군을 비교하는 유전자의 메틸화 차이.
도 9: 성별로 계층화된, PaCa 사례와 대조군을 비교하는 유전자의 메틸화 차이.
도 10: 건강한 대조군과 PaCa 사례를 구별하는 유전자 메틸화의 판별력.
도 11: 상이한 임상적 특징을 보이는 PaCa 환자에서의 유전자의 메틸화.
도 12: 난소암의 조기 검출을 위한 혈액 기반의 바이오마커 패널에 관한 샘플 설명.
도 13: OvCa 사례와 대조군을 비교하는 유전자의 메틸화 차이.
도 14: 건강한 대조군과 OvCa 사례를 구별하는 유전자 메틸화의 판별력.
도 15: HYAL2 중에서의 유방암 관련 CpG 섬 쇼어(CpG island shore)의 측정.
도 16: 백혈구에서의 S100P, SLC22A18 및 DYRK4의 발현과 메틸화 사이의 역의 상관관계.
도 17: 일루미나 450K(Illumina 450K)에 의한 HYAL2 CpG 부위의 메틸화 수준.
도 18: 일루미나 450K에 의한 S100P CpG 부위의 메틸화 수준.
도 19: 일루미나 450K에 의한 SLC22A18 CpG 부위의 메틸화 수준.
도 20: 일루미나 450K에 의한 DYRK4 CpG 부위의 메틸화 수준.
도 21: 일루미나 450K에 의한 FUT7 CpG 부위의 메틸화 수준.
도 22: 일루미나 450K에 의한 RAPSN CpG 부위의 메틸화 수준.
도 23: 일루미나 450K에 의한 RPTOR CpG 부위의 메틸화 수준.
도 24: 일루미나 450K에 의한 MGRN1 CpG 부위의 메틸화 수준.
도 25: 백혈구에서의 HYAL2의 발현과 메틸화 사이의 역의 상관관계. (a) 박스 플롯은 36건의 산발성 BC 사례 및 40건의 건강한 대조군으로부터의 백혈구에서 HYAL2-A 앰플리콘 중의 cg27091787 및 인접한 CpG 부위의 메틸화 수준을 보여주는 것이다. cg27091787의 박스 플롯는 강조하기 위해 박스로 프레임 표시되어 있다. (b) 박스 플롯은 산발성 BC 사례 및 건강한 대조군으로부터의 백혈구에서의 HYAL2의 발현 수준을 보여주는 것이다. 제시된 p-값은 만-휘트니(Mann-Whitney) U 검정으로 산출되었다. 동그라미 표시는 이상점을 나타낸다. (c) 백혈구에서 cg27091787의 메틸화 수준과 HYAL2 발현 사이의 역의 상관관계.
도 26: 분류된 백혈구 분획 중 HYAL2-A 앰플리콘에서의 4개의 CpG 부위의 메틸화 수준. 7건의 산발성 BC 사례 및 14건 건강한 대조군으로부터의 샘플 (전체 혈액으로부터의 DNA 및 분류된 백혈구 분획으로부터의 DNA) 중에서 메틸화 수준을 삼중으로 측정하였다. 사례와 대조군 사이의 메틸화 차이는 t 검정으로 산출하였다. cg27091787의 메틸화 수준은 박스 및 휘스커 플롯으로 제시되어 있다. 동그라미 표시는 이상점을 나타낸다.
서열 목록
서열 번호: 1 hsa-miR-652-3p (MIMAT0003322): aauggcgccacuaggguugug
서열 번호: 2 hsa-miR-652-5p (MIMAT0022709): caacccuaggagagggugccauuca
서열 번호: 3 염색체 1 상에 위치하는 miR-801: 28847698 - 28847793: gauugcucugcgugcggaaucgac
서열 번호: 4 hsa-miR-376c-3p (MIMAT0000720): aacauagaggaaauuccacgu
서열 번호: 5 hsa-miR-376c-5p (MIMAT0022861): gguggauauuccuucuauguu
서열 번호: 6 hsa-miR-376a-3p (MIMAT0000729): aucauagaggaaaauccacgu
서열 번호: 7 hsa-miR-376a-5p (MIMAT0003386): guagauucuccuucuaugagua
서열 번호: 8 hsa-miR-127-3p (MIMAT0000446): ucggauccgucugagcuuggcu
서열 번호: 9 hsa-miR-127-5p (MIMAT0004604): cugaagcucagagggcucugau
서열 번호: 10 hsa-miR-409-3p (MIMAT0001639): gaauguugcucggugaaccccu
서열 번호: 11 hsa-miR-409-5p (MIMAT0001638): agguuacccgagcaacuuugcau
서열 번호: 12 hsa-miR-148b-3p (MIMAT0000759): ucagugcaucacagaacuuugu
서열 번호: 13 hsa-miR-148b-5p (MIMAT0004699): aaguucuguuauacacucaggc
서열 번호: 14 HYAL2 (NM_003773.4)
서열 번호: 15 HYAL2 (NM_033158.4)
서열 번호: 16 HYAL2 (NP_003764.3)
서열 번호: 17 HYAL2 (NP_149348.2)
서열 번호: 18 MGRN1 (NM_001142289.2)
서열 번호: 19 MGRN1 (NM_001142290.2)
서열 번호: 20 MGRN1 (NM_001142291.2)
서열 번호: 21 MGRN1 (NM_015246.3)
서열 번호: 22 MGRN1 (NP_001135761.2)
서열 번호: 23 MGRN1 (NP_001135762.1)
서열 번호: 24 MGRN1 (NP_001135763.2)
서열 번호: 25 MGRN1 (NP_056061.1)
서열 번호: 26 RPTOR (NM_001163034.1)
서열 번호: 27 RPTOR (NM_020761.2)
서열 번호: 28 RPTOR (NP_001156506.1)
서열 번호: 29 RPTOR (NP_065812.1)
서열 번호: 30 SLC22A18 (NM_002555.5)
서열 번호: 31 SLC22A18 (NM_183233.2)
서열 번호: 32 SLC22A18 (NP_002546.3)
서열 번호: 33 SLC22A18 (NP_899056.2)
서열 번호: 34 FUT7 (NM_004479.3)
서열 번호: 35 FUT7 (NP_004470.1)
서열 번호: 36 RAPSN (NM_005055.4)
서열 번호: 37 RAPSN (NM_032645.4)
서열 번호: 38 RAPSN (NP_005046.2)
서열 번호: 39 RAPSN (NP_116034.2)
서열 번호: 40 S100P (NM_005980.2)
서열 번호: 41 S100P (NP_005971.1)
서열 번호: 42 DYRK4 (NM_001282285.1)
서열 번호: 43 DYRK4 (NM_001282286.1)
서열 번호: 44 DYRK4 (NM_003845.2)
서열 번호: 45 DYRK4 (NP_001269214.1)
서열 번호: 46 DYRK4 (NP_001269215.1)
서열 번호: 47 DYRK4 (NP_003836.1)
서열 번호: 33 HYAL2 프라이머의 센스 서열
서열 번호: 34 HYAL2 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 33 HYAL2-is-310 프라이머의 센스 서열
서열 번호: 34 HYAL2-is-310 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 33 HYAL2-is-325 프라이머의 센스서열
서열 번호: 34 HYAL2-is-325 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 35 MGRN1 프라이머의 센스서열
서열 번호: 36 MGRN1 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 37 RPTOR 프라이머의 센스서열
서열 번호: 38 RPTOR 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 39 SLC22A18 프라이머의 센스서열
서열 번호: 40 SLC22A18 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 41 FUT7 프라이머의 센스서열
서열 번호: 42 FUT7 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 43 RAPSN 프라이머의 센스서열
서열 번호: 44 RAPSN 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 45 S100P 프라이머의 센스서열
서열 번호: 46 S100P 프라이머의 안티센스 서열
서열 번호: 47 DYRK4 프라이머의 센스서열
서열 번호: 48 DYRK4 프라이머의 안티센스 서열
정의
하기에 본 발명을 상세히 기술하기 이전에, 본 발명은 본원에 기술된 특정 방법, 프로토콜 및 시약으로 제한되지 않는데, 그 이유하는 그러한 것이 달라질 수 있기 때문임을 이해하여 하여야 한다. 본원에서 사용되는 용어는 단지 특정 실시양태를 기술하기 위한 목적이며, 오직 첨부된 특허청구범위에 의해서만 제한이 되는 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 의도되지 않는다는 것 또한 이해하여야 한다. 달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술 용어 및 과학 용어은 당업자가 보편적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 가진다.
본 명세서 본문 전역에 걸쳐 수개의 문헌이 인용된다. 상기에서든 또는 하기에서든 본원에서 인용된 문헌들은 각각 (모든 특허, 특허 출원, 과학 공개 문헌, 제조사의 설명서, 지침서 등 포함) 그 전문이 본원에서 참조로 포함된다. 본원의 어떤 것도 본 발명자들이 선행 발명에 의해 이러한 개시내용을 앞서는 자격을 갖지 않음을 인정하는 것으로 해석되어서는 안된다. 본원에서 인용된 문헌 중 일부는 "참조로 포함됨"을 특징으로 한다. 상기 포함된 참고 문헌의 정의 또는 교시와, 본 명세서에서 언급된 정의 또는 교시가 상충하는 경우, 본 명세서의 본문이 우선한다.
하기에서 본 발명의 요소가 기술될 것이다. 이들 요소는 구체적인 실시양태와 함께 열거되지만, 이들은 어느 방식으로든 및 어느 순서로든 조합됨으로써 추가의 실시양태를 생성할 수 있다는 것을 이해하여야 한다. 다양하게 기술된 예 및 바람직한 실시양태는 본 발명은 단지 명백하게 기술된 실시양태로 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다. 본 기술내용은 명백하게 기술된 실시양태를 임의 개수의 개시된 및/또는 바람직한 요소와 조합하는 실시양태를 지원하고, 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 추가로, 본 출원에서 기술된 모든 요소의 임의의 순열 및 조합은 문맥상 달리 명시되지 않는 한, 본 출원의 기술내용에 의해 개시되는 것으로 간주되어야 한다.
하기의 본 명세서 및 특허청구범위 전역에 걸쳐, 문맥상 달리 요구되지 않는 한, "포함하다(comprise)"라는 단어, 및 예컨대, "포함하다(comprises)" 및 "포함하는"이라는 파생어는 임의의 다른 정수 또는 단계, 또는 정수들 또는 단계들의 군을 배제시키는 것이 아니라, 언급된 정수 또는 단계, 또는 정수들 또는 단계들의 군을 포함한다는 것으로 시사하는 것임을 이해하여야 한다.
본원에서 및 첨부된 특허청구범위에서 사용되는 바, "하나("a", "an") 및 "그"라는 단수 형태는 내용상 명확하게 달리 언급되지 않는 한, 복수 개의 지시 대상을 포함한다.
수치와 관련하여 사용할 때 "약"이라는 용어는 명시된 수치보다 5% 작은 하한을 가지고, 명시된 수치보다 5% 큰 상한을 가지는 범위 내에 있는 수치를 포함하는 것을 의미한다.
"핵산 분자"란, 뉴클레오티드 단량체로부터 제조되는 중합체 또는 올리고머 거대분자로서 이해된다. 뉴클레오티드 단량체는 뉴클레오염기, 5탄당 (예컨대, 제한하는 것은 아니지만, 리보스 또는 2'-데옥시리보스), 및 1 내지 3개의 포스페이트 기로 구성된다. 전형적으로, 폴리뉴클레오티드는 개별 뉴클레오티드 단량체 사이의 포스포디에스테르 결합을 통해 형성된다. 본 발명과 관련하여 핵산 분자는 리보핵산 (RNA), 데옥시리보핵산 (DNA), 및 그의 혼합물, 예컨대, 예로서, RNA-DNA 하이브리드를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. "폴리뉴클레오티드," "핵산" 및 "핵산 분자"라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 핵산은 예컨대, 포스포트리에스테르 방법 (예를 들어, 문헌 [Uhlmann, E. & Peyman, A. (1990) Chemical Reviews, 90, 543-584] 참조)에 따라 화학적으로 합성될 수 있다. 압타머는 폴리펩티드, 여기서는 mir146-a에 고친화도로 결합하는 핵산이다. 압타머는 상이한 단일 가닥 RNA 분자들로 이루어진 풀로부터 예컨대, SELEmir146-a와 같은 선별 방법에 의해 단리될 수 있다 (예컨대, 문헌 [Jayasena (1999) Clin. Chem., 45, 1628-50]; [Klug and Famulok (1994) M. Mol. Biol. Rep., 20, 97-107]; US 5,582,981 참조). 압타머는 또한 합성되고, 그의 거울상 형태, 예를 들어, L-리보뉴클레오티드로서 선택될 수 있다 (문헌 [Nolte et al. (1996) Nat. Biotechnol., 14, 1116-9]; [Klussmann et al. (1996) Nat. Biotechnol., 14, 1112-5]). 어느 방식으로든 단리된 형태는 자연적으로 발생된 리보뉴클레아제에 의해 분해되지 않고, 이로써, 더욱 큰 안정성을 가진다는 이점을 누리게 된다. 핵산은 엔도뉴클레아제 또는 엑소뉴클레아제, 특히, 세포 내에서 발견될 수 있는 DN아제 및 RN아제에 의해 분해될 수 있다. 그러므로, 핵산을 분해되지 않게 그로부터 안정화시킴으로써 고농도의 핵산이 장기간 동안에 세포 내에서 유지되도록 핵산을 변형시키는 것이 이롭다 (문헌 [Beigelman et al. (1995) Nucleic Acids Res. 23:3989-94; WO95/11910]; WO98/37240; WO97/29116). 전형적으로, 뉴클레오티드간 하나 이상의 인 기를 도입함으로써 또는 뉴클레오티드간 하나 이상의 비-인을 도입함으로써 안정화시킬 수 있다. 적합한 변형된 뉴클레오티드간의 것은 문헌 [Uhlmann and Peyman (1990), 상기 문헌 동일] (또한 문헌 [Beigelman et al. (1995) Nucleic Acids Res. 23:3989-94]; WO95/11910; WO98/37240; WO 97/29116 참조)에 컴파일링되어 있다. 본 발명에 따른 용도 중 하나에서 사용될 수 있는 핵산 중의 변형된 뉴클레오티드간 포스페이트 라디칼 및/또는 비-인 브릿지로는 예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포로티오에이트, 포스포르아미데이트, 포스포로디티오에이트 및/또는 포스페이트 에스테르를 함유하는 반면, 비-인 뉴클레오티드간 유사체로는 예를 들어, 실록산 브릿지, 카르보네이트 브릿지, 카르복시메틸 에스테르, 아세트아미데이트 브릿지 및/또는 티오에테르 브릿지를 함유한다. 또한 이러한 변형은 본 발명에 따른 용도 중 하나에서 사용될 수 있는 약제 조성물의 내구성을 개선시켜야 하는 것을 의도로 한다. 핵산은 펩티드 핵산 (PNA), 잠금 핵산 (LNA), 글리콜 핵산 (GNA), 트레오스 핵산 (TNA), 마이크로RNA (miRNA), 및 소형 간섭 RNA (siRNA), 폴리뉴클레오티드 프로브, 프라이머(들) (예컨대, 프라이머 쌍), 특히, 중합효소 연쇄 반응 (PCR), 역전사 (RT) 반응, 또는 DNA 서열분석을 위한 프라이머(들)로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명의 다른 측면과 관련하여, 핵산이라는 용어는 게놈 DNA, cDNA, 재조합 DNA, cRNA, mRNA, 마이크로RNA (miRNA) 및 소형 간섭 RNA (siRNA)를 포함한다. 핵산은 전체 유전자, 또는 그의 일부로 구성될 수 있다. 핵산은 또한 인공 핵산일 수 있다. 인공 핵산으로는 폴리아미드 또는 펩티드 핵산 (PNA), 모르폴리노 및 잠금 핵산 (LNA) 뿐만 아니라, 글리콜 핵산 (GNA) 및 트레오스 핵산 (TNA)을 포함한다. 이들은 각각 당업자에게 널리 공지되어 있는 바와 같이, 분자 골격에 대한 변화에 의해 자연적으로 발생된 DNA 또는 RNA로부터 구별된다.
본원에서 사용되는 바, "마이크로RNA"라는 용어 및 예컨대, "miRNA" 및 "miR"라는 파생어는 당업자에 의해 이해되며, 이는 진핵 세포에서 및 후생동물 유기체의 체액 중에서 발견되는 짧은 리보핵산 (RNA) 분자에 관한 것이다. MiRNA는 인간 miRNA, 성숙한 단일 가닥 miRNA, 전구체 miRNA (프리-miR), 및 그의 변이체 (자연적으로 발생될 수 있는 것)를 포함한다. 일부 경우에서, "miRNA"라는 용어는 또한 1차 miRNA 전사체 (프리-miRNA) 및 이중체 miRNA를 포함한다. 본원에서 사용될 때, 달리 언급되지 않는 한, 구체적인 명칭의 miRNA는 성숙한 miRNA를 지칭한다. MiRNA-전구체는 25 내지 수천 개의 뉴클레오티드, 전형적으로, 40 내지 130개, 50 내지 120개, 또는 60 내지 110개의 뉴클레오티드로 구성된 것일 수 있다. 전형적으로, 성숙한 miRNA는 5 내지 100개의 뉴클레오티드, 대개는 10 내지 50개, 12 내지 40개, 또는 18 내지 26개의 뉴클레오티드로 구성된다. miRNA라는 용어는 또한, 결국에는 RNA 유도 침묵 복합체 (RISC)로 유입되는 "가이드" 가닥 뿐만 아니라, 그에 상보적인 "패신저" 가닥을 포함한다.
수개의 miRNA 서열이 당업계에 공지되어 있으며, 당업자는 널리 공지된 서열 데이터베이스, 예컨대, miRBase (http://www.mirbase.org/), (문헌 [Griffiths-Jones S., NAR 2004 32(Database Issue):D109-D111]; [Kozomara A, Griffiths-Jones S., NAR 2011 39(Database Issue):D152-D157])을 통해 쉽게 접근가능하다. 하기 명시되는, 개별 miRNA의 데이터베이스 수탁 번호는 인간 기원의 miRNA의 것임을 이해하여야 한다. 그러나, 상기 데이터베이스 엔트리는 또한 상이한 기원의 각 miRNA, 예로서, 예컨대, 임의의 포유동물, 파충류, 또는 조류 기원의 mirNA, 예로서, 예컨대, 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 및 고릴라 miRNA로 이루어진 군으로부터 선택되는 것의 데이터베이스 수탁 번호를 제공한다. 그의 번호로 특정 miRNA를 지칭하는 것 (예컨대, miR-652)은 동일하게 -3p 및 -5p 서열 (miR-652-3p 및 miR-652-5p)를 지칭하는 것임을 이해하여야 한다.
miR-652의 서열은 각각 본 발명의 서열 번호: 1 및 2에 상응하는 hsa-miR-652-3p (MIMAT0003322) 및 hsa-miR-652-5p (MIMAT0022709)를 포함하는 miRBase ID MI0003667로 기탁되어 있다.
miR-801의 서열은 miRBase ID MI0005202: 5'-GAUUGCUCUGCGUGCGGAAUCGAC-3'으로 기탁되었지만, 현재는 U11 스플라이세오솜 RNA의 단편으로서 간주되고 있으며, 따라서, miRBase로부터 제거되었다. 프리-miRNA-801은 chr1: 28847698 - 28847793에 위치한다. 그의 서열은 본 발명의 서열 번호: 3에 상응한다.
miR-368로도 지칭되는 miR-376c는 각각 본 발명의 서열 번호: 4 및 5에 상응하는 miR-376c-3p (MIMAT0000720) 및 hsa-miR-376c-5p (MIMAT0022861)를 포함하는 miRBase ID MI0000776으로 기탁되어 있다.
miR-376a의 서열은 각각 본 발명의 서열 번호: 6 및 7에 상응하는 hsa-miR-376a-3p (MIMAT0000729) 및 hsa-miR-376a-5p (MIMAT0003386)를 포함하는 miRBase ID MI0000784로 기탁되어 있다.
miR-127의 서열은 각각 본 발명의 서열 번호: 8 및 9에 상응하는 hsa-miR-127-3p (MIMAT0000446) 및 hsa-miR-127-5p (MIMAT0004604)를 포함하는 miRBase ID MI0000472로 기탁되어 있다.
miR-409의 서열은 각각 본 발명의 서열 번호: 10 및 11에 상응하는 hsa-miR-409-3p (MIMAT0001639) 및 hsa-miR-409-5p (MIMAT0001638)를 포함하는 miRBase ID MI0001735로 기탁되어 있다.
miR-148b의 서열은 각각 본 발명의 서열 번호: 12 및 13에 상응하는 hsa-miR-148b-3p (MIMAT0000759) 및 hsa-miR-148b-5p (MIMAT0004699)를 포함하는 miRBase ID MI0000811로 기탁되어 있다.
"miRNA의 조합"이라는 용어는 본 발명의 miRNA의 조합을 지칭한다. miRNA의 양은 당업계에 널리 공지된 기술에 의해 대상체의 샘플 중에서 측정될 수 있다. 샘플의 성질에 의존하여, 상기 양은 폴리뉴클레오티드의 양을 정량하는 PCR 기반 기술에 의해, 또는 질량 분석법 또는 (차세대) 서열분석법과 같은 다른 방법 또는 실시예에 기술되어 있는 방법들 중 하나에 의해 측정될 수 있다 (문헌 [Cissell KA, Deo SK. Trends in microRNA detection. Anal Bioanal Chem. 2009;394(4):1109-1116] 또는 [de Planell-Saguer M, Rodicio MC. Analytical aspects of microRNA in diagnostics: a review. Anal Chim Acta 2011 Aug 12;699(2):134-52]). 본원에서 사용되는 바, "miRNA의 조합 중 적어도 miRNA의 양을 측정하는 것"이라는 용어는 바람직하게는 상기 조합의 각 miRNA의 양을 상기 miRNA에 특이적인 참조와 비교할 수 있도록 하기 위해 별개로 조합된 miRNA 각각의 양을 측정하는 것을 지칭한다.
본원에서 사용되는 바, "프로브"라는 용어는 전형적으로는 상기 프로브의 서열에 상보적인 표적 RNA 및/또는 DNA 서열을 검출하는 데 사용되는 단일 가닥 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 프로브는 프로브와 표적 서열 사이의 상보성에 기인하여 그의 뉴클레오티드 서열이 뉴클레오티드 쌍을 형성할 수 있도록 하는 단일 가닥 핵산 (DNA 또는 RNA)에 하이브리드화한다. 프로브의 길이는 의도하는 용도 뿐만 아니라, 프로브의 요구되는 특이성에 의존한다. 전형적으로, 프로브의 길이는 20-500개의 (즉, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 300, 400, 500개의) 뉴클레오티드 길이, 바람직하게, 20-100개의 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게, 20-50개의 길이이다. 마이크로RNA를 검출하는 경우, 프로브는 12 내지 30개의 뉴클레오티드이다. 프로브는 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, 써던 및 노던 블롯, 실시간 PCR을 위해 및 동소 하이브리드화 (ISH) 뿐만 아니라, 마이크로어레이 실험을 위해 다양한 실험 환경에서 사용된다. 프로브는 표지되지 않을 수 있거나, 또는 직접 표지되거나, 또는 추후에 스트렙트아비딘 복합체의 결합이 이루어질 수 있는 비오틴으로 간접 표지될 수 있다. 상기 표지는 분광, 광화학, 생화학, 면역화학, 화학 또는 다른 물리적 수단에 의해 검출가능한 분자일 수 있다. 예를 들어, 적합한 표지로는 32P, 형광성 염료, 고전자 밀도 시약, 효소 (예컨대, 보편적으로 ELISA에서 사용되는 것), 비오틴, 디옥시게닌, 또는 합텐, 및 검출가능한 것이거나, 검출가능하게 만들 수 있는 다른 엔티티를 포함한다. 표지는 핵산내 임의 위치에, 예컨대, 3' 단부에, 5' 단부에 또는 내부에 혼입될 수 있다. "프로브"라는 용어는 또한 그의 골격 조성이 상이한 핵산, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, 펩티드 핵산 (PNA), locked 핵산 (LNA), 글리콜 핵산 (GNA) 및 트레오스 핵산 (TNA)을 포함한다.
본원에서 사용되는 바, "프라이머"라는 용어는 전형적으로 DNA 복제 효소를 위한 출발점으로서의 역할을 하는 단일 가닥 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 프라이머는 DNA 주형에 결합하거나, 또는 그와 하이브리드화하고, 전형적으로는 그가 결합하게 되는 DNA 서열에 상보적인 서열을 포함한다. 프라이머는 또한 추가 서열, 예컨대, 뉴클레아제 절단 부위로서의 역할을 하는 서열 (예컨대, Bam H1, Hind III 등)을 포함할 수 있다. 프라이머의 길이는 의도하는 용도에 따라 선택된다. 예를 들어, 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에서 DNA의 증폭을 위해 사용되는 프라이머의 길이는 전형적으로 적어도 10개의 뉴클레오티드, 바람직하게, 10 내지 50개의 (즉, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50개의) 뉴클레오티드, 더욱 바람직하게, 15 내지 30개의 뉴클레오티드 길이이다. DNA 주형의 서열분석을 위해서는 적어도 5개의 뉴클레오티드로 이루어진 프라이머보다 더 짧은 것이 사용된다. 유사하나, 동일하지는 않은 프라이머의 혼합물인 "축퇴성 프라이머" 또한 "프라이머"라는 용어에 포함된다. 프라이머는 분광, 광화학, 생화학, 면역화학, 화학 또는 다른 물리적 수단에 의해 검출가능한 마커 분자로 태깅되거나, 또는 표지될 수 있다.
"발현 수준"이라는 용어는 특정 시점에 체내 또는 샘플 중에 존재하는 유전자 생성물의 양을 지칭한다. 발현 수준은 예컨대, 유전자로부터 발현되는 단백질 또는 mRNA에 의해 측정/정량화/검출될 수 있다. 발현 수준은 예를 들어, 동일 샘플 또는 참조 샘플 (예컨대, 동일한 개체로부터 동시에 채취한 샘플 또는 같은 크기 (중량, 부피)의 동일 샘플의 일부) 중 동일 카테고리 (전체 단백질 또는 mRNA)의 유전자 생성물의 총량으로 샘플 중에 존재하는 관심의 대상이 되는 유전자 생성물의 양을 정규화함으로써 또는 정의된 샘플 크기 (중량, 부피 등)당 관심의 대상이 되는 유전자 생성물의 양을 확인함으로써 정량화될 수 있다. 발현 수준은 당업계에 공지된 바와 같은 임의 방법에 의해, 예컨대, 관심의 대상이 되는 유전자 생성물을 직접적으로 검출 및 정량화하는 방법 (예컨대, 질량 분석법) 또는 일반적으로, 관심의 대상이 되는 유전자 생성물에 대해 특이적인 하나 이상의 상이한 분자 또는 검출 수단 (예컨대, 프라이머(들), 프로브, 항체, 단백질 스캐폴드)과 관심의 대상이 되는 유전자 생성물의 결합을 통해 작용하는, 관심의 대상이 되는 유전자 생성물을 간접적으로 검출 및 측정하는 방법에 의해 측정 또는 검출될 수 있다. (예컨대, 핵산 프로브 또는 프라이머, 예컨대, 정량적 PCR, 다중 라이게이션-의존 증폭 (MLPA) PCR을 통한) 하나 이상의 단편의 부재 또는 존재 측정 또한 포함하는 유전자 카피 수준 측정 또한 당업자의 지식 범위 내에 포함되어 있다.
"단백질" 및 "폴리펩티드"라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용되며, 이는 길이 또는 번역 후 변형과 상관 없이, 아미노산으로 이루어진 임의의 펩티드 연결된 쇄를 지칭한다. 본 발명에서 사용가능한 단백질 (단백질 유도체, 단백질 변이체, 단백질 단편, 단백질 절편, 단백질 에피토프 및 단백질 도메인 포함)은 화학적 변형에 의해 추가로 변형될 수 있다. 이는 상기와 같이 화학적으로 변형된 폴리펩티드가 자연적으로 발생된 20종의 아미노산 이외의 다른 화학기를 포함한다는 것을 의미한다. 상기와 같은 다른 화학기의 예로는 제한 없이, 글리코실화된 아미노산 및 인산화된 아미노산을 포함한다. 폴리펩티드의 화학적 변형은 모체 폴리펩티드와 비교하였을 때, 예컨대, 안정성 증진, 생물학적 반감기 증가, 또는 수가용성 증가 중 하나 이상의 것과 같은 이로운 특성을 제공할 수 있다. 본 발명에서 사용가능한 변이체에 적용가능한 화학적 변형으로는 제한 없이, PEG화, 비-글리코실화된 모체 폴리펩티드의 글리코실화, 또는 모체 폴리펩티드에 존재하는 글리코실화 패턴의 변형을 포함한다.
본 발명의 다른 측면과 관련하여, "펩티드"라는 용어는 펩티드 결합에 의해 연결된 아미노산으로 이루어진 짧은 중합체를 지칭한다. 이는 단백질과 동일한 화학적 (펩티드) 결합을 가지지만, 보편적으로는 그 길이가 더 짧다. 가장 짧은 펩티드는, 단일 펩티드 결합에 의해 연결된 2개의 아미노산으로 구성되어 있는 디펩티드이다. 트리펩티드, 테트라펩티드, 펜타펩티드 등도 또한 존재할 수 있다. 바람직하게, 펩티드의 길이는 최대 8, 10, 12, 15, 18 또는 20개의 아미노산으로 이루어진 길이이다. 펩티드가 사이클릭 펩티드가 아닌 한, 펩티드는 아미노 단부 및 카르복실 단부를 가진다.
본 발명의 다른 측면과 관련하여, "폴리펩티드"라는 용어는 펩티드 결합에 의해 함께 결합된 아미노산으로 이루어진 단일의 선형 쇄를 지칭하고, 이는 적어도 약 21개의 아미노산을 포함한다. 폴리펩티드는 1객 초과의 쇄로 구성된 단백질로 이루어진 하나의 쇄일 수 있거나, 또는 단백질이 하나의 쇄로 구성되어 있다면, 단백질 그 자체일 수 있다.
본 발명의 다른 측면과 관련하여, "단백질"이라는 용어는 2차 및 3차 구조를 다시 차지하는 하나 이상의 폴리펩티드를 포함하는 분자를 지칭하며, 추가로 4차 구조를 형성하는 수개의 폴리펩티드, 즉, 수개의 서브유니트로 구성된 단백질도 지칭한다. 단백질에는 종종, 보결 분자단 또는 보조인자로도 불릴 수 있는 비-펩티드 기가 종종 부착되어 있다. 단백질 또는 폴리펩티드의 1차 구조는 폴리펩티드 쇄 중의 아미노산 서열이다. 단백질에서 2차 구조는 일반적인 3차원 형태의 단백질의 국재적 절편이다. 그러나, 이는 4차원 구조로 간주되는 3차원 공간상에서의 특정의 원자 위치를 기술하는 것이 아니다. 단백질에서, 2차 구조는 골격 아미드와 카르복실 기 사이의 수소 결합의 패턴에 의해 정의된다. 단백질의 3차 구조는 원자 좌표에 의해 결정되는 단백질의 3차원 구조이다. 4차 구조는 다중 서브유니트 복합체 중 다중 폴딩된 또는 코일형 단백질 또는 폴리펩티드 분자 분자의 배열이다. "아미노산 쇄" 및 "폴리펩티드 쇄"라는 용어는 본 발명과 관련하여 동의어로 사용된다. 본원에서 사용되는 바, "번역 후"라는 용어는 뉴클레오티드 트리플렛의 아미노산으로의 번역 및 서열 중 선행 아미노산에의 펩티드 결합 형성 이후에 발생하는 이벤트를 지칭한다. 상기 번역 후 이벤트는 전체 폴리펩티드가 형성된 이후에, 또는 이미 번역된 폴리펩티드의 일부분 상에서의 번역 프로세스 동안에 이미 발생할 수 있다. 번역 후 이벤트는 전형적으로 생성된 폴리펩티드의 화학적 또는 구조적 특성을 변경 또는 변형시킨다. 번역 후 이벤트의 예로는 예컨대, 아미노산의 글리코실화 또는 인산화, 또는 예컨대, 엔도펩티다제에 의한 펩티드 쇄의 절단을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 본원에서 사용되는 바, "동시 번역"이라는 용어는 뉴클레오티드 트리플렛의 아미노산 쇄로의 번역 프로세스 동안에 발생하는 이벤트를 지칭한다. 상기 이벤트는 전형적으로 생성된 아미노산 쇄의 화학적 또는 구조적 특성을 변경 또는 변형시킨다. 동시 번역 이벤트의 예로는 번역 프로세스를 완전히 정지시킬 수 있거나, 또는 펩티드 결합 형성을 중단시켜 별개의 두 번역 생성물을 생성할 수 있는 이벤트를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
"절편"이라는 용어는 거대분자 (예컨대, 폴리펩티드, 단백질 또는 폴리단백질)가 분할될 수 있는 상기 거대분자의 임의의 일부분을 지칭한다. 거대분자는 하나 이상의 절편으로 이루어질 수 있다. 상기 절편화는 거대분자 및/또는 개별 절편의 기능적 특성 (예컨대, 면역반응성 특징 또는 막 부착 기능을 가지는 것) 또는 구조적 특성 (예컨대, 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열, 또는 2차 또는 3차 구조)에 기인하여 존재할 수 있다. 본 발명과 관련하여, "절편"이라는 용어는 단백질 또는 폴리단백질의 일부를 지칭하는 것이 바람직하다. 상기 절편이 단백질 또는 폴리단백질의 나머지 부분과는 상관없이 폴딩하고/거나, 작용하는 것이 특히 바람직하다.
항원성 결정기로도 또한 알려져 있는 "에피토프"는 면역계, 구체적으로 항체, B 세포, 또는 T 세포에 의해 인식되는 거대분자의 절편이다. 상기 에피토프는 항체 또는 그의 항원 결합 단편에 결합할 수 있는 거대분자의 일부분 또는 절편이다. 이와 관련하여, "결합하는"이라는 용어는 바람직하게는 특이적인 결합에 관한 것이다. 본 발명과 관련하여, "에피토프"라는 용어는 면역계에 의해 인식되는 단백질 또는 폴리단백질의 절편을 지칭한다. 에피토프는 일반적으로 예컨대, 아미노산 또는 당 측쇄와 같은 분자의 화학적으로 활성인 표면 그룹으로 구성되며, 일반적으로 특이적인 3차원 구조 특징 뿐만 아니라, 특이적인 전하 특징을 가진다. 입체적 에피토프와 비-입체적 에피토프는 변성 용매의 존재하에서는 후자가 아닌 전자에의 결합이 상실된다는 점에서 구별된다.
본원에서 사용되는 바, "도메인"이라는 용어는 단백질 쇄의 나머지 부분과는 상관 없이 진화, 기능 및/또는 존재할 수 있는 단백질 또는 폴리단백질 서열 또는 구조 (또는 상응하는 뉴클레오티드 서열)의 절편을 지칭한다. 전형적으로, 단백질은, 이들 각각이 단백질 쇄의 나머지 부분과는 상관 없이 안정적이고, 폴딩되는 3차원 구조인 것인 하나 또는 수개의 도메인으로 구성된다. 상기 도메인은 전형적으로 단백질 내에서 비의존적인 기능성 단위 (예컨대, 막횡단 도메인, 면역글로불린 유사 도메인, 또는 DNA 결합 도메인)을 형성한다.
수개의 펩티드 및 단백질의 아미노산 서열 뿐만 아니라, 각 펩티드 및 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 당업계에 널리 공지되어 있으며, 널리 공지된 서열 데이터베이스, 예로서, 예컨대, 진뱅크(Genbank) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)를 통해 당업자에게 쉽게 접근가능하다. 하기 명시하는 개별 서열의 데이터베이스 수탁 번호는 인간 기원의 것임을 이해하여야 한다. 그러나, 상기 데이터베이스 엔트리는 또한 상이한 기원의 각 뉴클레오티드 서열, 예로서, 예컨대, 임의의 포유동물, 파충류, 또는 조류 기원의 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열, 예로서, 예컨대, 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 및 고릴라 뉴클레오티드 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열로 이루어진 군으로부터 선택되는 것의 데이터베이스 수탁 번호도 제공한다.
HYAL2:
진뱅크 수탁 번호(Genbank Acc No): NM_003773.4 (GI:289802998) (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 14에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_033158.4 (GI:289802999) (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 15에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_003764.3 (GI:15022801) (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 HYAL2 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 16에 상응), 및
진뱅크 수탁 번호: NP_149348.2 (GI:34304377) (전사체 변이체 2에 의해 코딩된 HYAL2 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 17에 상응)
MGRN1:
진뱅크 수탁 번호: NM_001142289.2 (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 18에 상응), 및
진뱅크 수탁 번호: NM_001142290.2 (전사체 변이체 3에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 19에 상응), 및
진뱅크 수탁 번호: NM_001142291.2 (전사체 변이체 4에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 20에 상응), 및
진뱅크 수탁 번호: NM_015246.3 (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 21에 상응), 및
진뱅크 수탁 번호: NP_001135761.2 (전사체 변이체 2에 의해 코딩된 MGRN1 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 22에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_001135762.1 (전사체 변이체 3에 의해 코딩된 MGRN1 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 23에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_001135763.2 (전사체 변이체 4에 의해 코딩된 MGRN1 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 24에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_056061.1 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 MGRN1 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 25에 상응);
RPTOR
진뱅크 수탁 번호: NM_001163034.1 (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 26에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_020761.2 (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 27에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_001156506.1 (전사체 변이체 2에 의해 코딩된 RPTOR 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 28에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_065812.1 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 RPTOR 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 29에 상응);
SLC22A18
진뱅크 수탁 번호: NM_002555.5 (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 30에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_183233.2 (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 31에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_002546.3 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 SLC22A18 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 32에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_899056.2 (전사체 변이체 2에 의해 코딩된 SLC22A18 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 33에 상응);
FUT7
진뱅크 수탁 번호: NM_004479.3 (전사체에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 34에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_004470.1 (전사체에 의해 코딩된 FUT7 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 35에 상응);
RAPSN
진뱅크 수탁 번호: NM_005055.4 (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 36에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_032645.4 (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 37에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_005046.2 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 RAPSN 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 38에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_116034.2 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 RAPSN 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 39에 상응);
S100P
진뱅크 수탁 번호: NM_005980.2 (전사체에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 40에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_005971.1 (전사체에 의해 코딩된 S100P 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 41에 상응);
DYRK4
진뱅크 수탁 번호: NM_001282285.1 (전사체 변이체 2에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 42에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_001282286.1 (전사체 변이체 3에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 43에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NM_003845.2 (전사체 변이체 1에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 44에 상응)
진뱅크 수탁 번호: NP_001269214.1 (전사체 변이체 2에 의해 코딩된 DYRK4 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 45에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_001269215.1 (전사체 변이체 3에 의해 코딩된 DYRK4 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 46에 상응);
진뱅크 수탁 번호: NP_003836.1 (전사체 변이체 1에 의해 코딩된 DYRK4 폴리펩티드에 대한 것, 본 발명의 서열 번호: 47에 상응);
본원에서 사용되는 바, "변이체"라는 용어는 그의 유래 기점이 되는 폴리뉴클레오티드 또는 단백질과 비교하였을 때, 그의 길이 또는 서열에 있어 하나 이상의 변이에 의해 차이가 나는 폴리뉴클레오티드 또는 단백질인 것으로 이해하여야 한다. 단백질 또는 핵산 변이체의 유래 기점이 되는 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드는 또한 모체 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드로도 알려져 있다. "변이체"라는 용어는 모체 분자의 "단편" 또는 "유도체"를 포함한다. 전형적으로, "단편"은 길이 또는 크기가 모체 분자보다 더 작은 반면, "유도체"는 모체 분자와 비교하였을 때, 그의 서열에서 하나 이상의 차이를 보인다. 제한하는 것은 아니지만, 예컨대, 번역 후 변형된 단백질 (예컨대, 글리코실화된, 비오티닐화된, 인산화된, 유비퀴틴화된, 팔미토일화된, 또는 단백질 가수분해 처리된 절단된 단백질) 및 변형된 핵산, 예컨대, 메틸화된 DNA 또한 변형된 분자에 포함된다. 상이한 분자의 혼합물, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, RNA-DNA 하이브리드 또한 "변이체"라는 용어에 포함된다. 전형적으로, 변이체는 인공적으로, 바람직하게는 유전자 기술 수단에 의해 구성되는 반면, 모체 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드는 야생형 단백질 또는 폴리뉴클레오티드이다. 그러나, 본원에서 사용되는 바, 자연적으로 발생된 변이체 또한 "변이체"라는 용어에 포함됨을 이해하여야 한다. 추가로, 변이체가 모체 분자의 적어도 하나의 생물학적 활성을 보인다면, 즉, 기능적으로 활성을 띤다면, 본 발명에서 사용가능한 변이체는 또한 모체 분자의 호모로그, 오솔로그 또는 파라로그로부터, 또는 인공적으로 구성된 변이체로부터 유도될 수도 있다.
바람직한 실시양태에서, 본 발명에서 사용가능한 변이체는 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열 중 총 최대 200개의 (최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 또는 200개의) 변이 (즉, 치환, 삽입, 결실, 5'-, 3'-, N-말단, 및/또는 C-말단 말단절단)를 나타낸다. 아미노산 치환은 보존적 및/또는 비-보전적 치환일 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 본 발명에서 사용가능한 변이체는 그의 유래 기점이 된 단백질 또는 폴리뉴클레오티드과 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 또는 100개의 아미노산 또는 핵산 치환만큼 상이하다. 대안적으로 또는 추가로, 본원에서 사용되는 바, "변이체"는 그의 유래 기점이 된 모체 폴리펩티드 또는 모체 폴리뉴클레오티드와 특정 정도의 서열 동일성을 특징으로 할 수 있다. 더욱 정확하게는, 본 발명과 관련하여 단백질 변이체는 그의 모체 폴리펩티드와 적어도 80%의 서열 동일성을 나타낸다. 본 발명과 관련하여 폴리뉴클레오티드 변이체는 그의 모체 폴리뉴클레오티드와 적어도 80%의 서열 동일성을 나타낸다. 바람직하게, 단백질 변이체의 서열 동일성은 20, 30, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100개 이상의 아미노산으로 이루어진 연속된 스트레치 상에서 이루어진다. 바람직하게, 폴리뉴클레오티드 변이체의 서열 동일성은 60, 90, 120, 135, 150, 180, 210, 240, 270, 300개 이상의 뉴클레오티드로 이루어진 연속된 스트레치 상에서 이루어진다.
"적어도 80% 서열 동일성"이라는 용어는 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드 서열 비교와 관련하여 본 명세서 번역에 걸쳐 사용된다. 상기 발현은 바람직하게는 각각의 참조 폴리펩티드와, 또는 각각의 참조 폴리뉴클레오티드와 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 지칭한다. 바람직하게, 해당 폴리펩티드 및 참조 폴리펩티드는 20, 30, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100개 이상의 아미노산으로 이루어진 연속된 스트레치 상에 걸쳐 또는 전장의 참조 폴리펩티드 상에 걸쳐 명시된 서열 동일성을 나타낸다. 바람직하게, 해당 폴리뉴클레오티드 및 참조 폴리뉴클레오티드는 60, 90, 120, 135, 150, 180, 210, 240, 270, 300개 이상의 뉴클레오티드로 이루어진 연속된 스트레치 상에 걸쳐 또는 전장의 참조 폴리펩티드 상에 걸쳐 명시된 서열 동일성을 나타낸다.
"결실 변이체" 및 "단편"이라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 단편은 자연적으로 발생할 수 있거나 (예컨대, 스플라이스 변이체), 또는 인공적으로, 바람직하게는 유전자 기술 수단에 의해 구성될 수 있다. 바람직하게, 단편 (또는 결실 변이체)은 모체 폴리펩티드와 비교하였을 때, 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 또는 100개의 아미노산 또는 핵산의 결실을 가진다. 두 서열을 비교하고, 서열 동일성(%) 산출의 비교 대상이 되는 참조 서열이 명시되지 않은 경우, 구체적으로 달리 명시되지 않은 경우, 서열 동일성은 비교하고자 하는 두 서열 중 더욱 긴 서열을 기준으로 산출되어야 한다. 참조 서열이 명시된 경우, 서열 동일성은 구체적으로 달리 명시되지 않은 경우, 서열 번호로 명시된 전장의 참조 서열을 기준으로 하여 측정된다.
뉴클레오티드 및 아미노산 서열의 유사성, 즉, 서열 동일성(%)은 서열 정렬을 통해 특정될 수 있다. 상기 정렬은 당업계에 공지된 수개의 알고리즘을 이용하여, 바람직하게, 칼린(Karlin) 및 알트슐(Altschul)의 수학적 알고리즘 (문헌 [Karlin & Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 5873-5877])을 이용하여, hmmalign (HMMER 패키지, http://hmmer.wustl.edu/)을 이용하여, 또는 예컨대, http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/ 상에서, 또는 http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html 상에서, 또는 http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_clustalw.html 상에서 이용가능한 CLUSTAL 알고리즘 (문헌 [Thompson, J. D., Higgins, D. G. & Gibson, T. J. (1994) Nucleic Acids Res. 22, 4673-80])을 이용하여 수행될 수 있다. 사용하는 데 있어 바람직한 파라미터는 http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/ 또는 http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html 상에서 설정되어 있는 바와 같은 디폴트 파라미터이다. 서열 동일성 (서열 매칭) 등급은 예컨대, BLAST, BLAT 또는 BlastZ (또는 BlastX)를 사용하여 산출될 수 있다. 유사한 알고리즘은 문헌 [Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215: 403-410]의 BLASTN 및 BLASTP 프로그램에 도입되어 있다. BLAST 폴리뉴클레오티드 검색은 상동성 폴리뉴클레오티드 서열을 수득하기 위해 BLASTN 프로그램, 스코어 = 100, 워드 길이 = 12를 이용하여 수행된다.
"하이브리드화"는 또한 두 핵산 서열 사이의 서열 동일성 또는 상동성의 척도로서 사용될 수 있다. F, N, 또는 M2-1, 또는 상기 중 임의의 것의 일부를 코딩하는 핵산 서열은 하이브리드화 기술에 따라 하이브리드화 프로브로서 사용될 수 있다. F, N, 또는 M2-1 프로브의 시험 공급원으로부터의 DNA 또는 RNA에의 하이브리드화가 각각 시험 공급원 중의 F DNA 또는 RNA, N DNA 또는 RNA, 또는 M2-1 DNA 또는 RNA의 존재를 나타낸다. 하이브리드화 조건은 당업자에게 공지되어 있고, 이는 예를 들어, 문헌 [Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y., 6.3.1-6.3.6, 1991]에서 살펴볼 수 있다. "중간 정도의 하이브리드화 조건"이란, 30℃에서 2X 염화나트륨/시트르산 나트륨 (SSC) 중에서의 하이브리드화에 이어서, 50℃에서 1X SSC, 0.1% SDS 중에서의 세척과 동일한 것으로 정의된다. "고도로 엄격한 조건"이란 45에서 6X 염화나트륨/시트르산 나트륨 (SSC) 중에서의 하이브리드화에 이어서, 65℃에서 0.2 X SSC, 0.1% SDS 중에서의 세척과 동일한 것으로 정의된다.
반-보존적 치환 및 특히, 아미노산이 화학적으로 관련된 아미노산으로 치환되는 보존적 아미노산 치환이 바람직하다. 전형적인 치환은 지방족 아미노산 중에서, 지방족 히드록실 측쇄를 가지는 아미노산 중에서, 산성 잔기를 가지는 아미노산 중에서, 아미드 유도체 중에서, 염기성 장기를 가지는 아미노산 중에서, 또는 방향족 잔기를 가지는 아미노산 중에서 이루어진다. 전형적으로 반-보존적 치환 및 보존적 치환은 하기와 같다:
Figure pct00001
새 시스테인이 유리 티올로서 그대로 남아있다며, A, F, H, I, L, M, P, V, W 또는 Y에서 C로의 변이는 반-보존적인 것이다. 추가로, 당업자는 입체적으로 요구되는 위치에 있는 글리신은 치환되지 않아야 하고, P는 알파-나선 또는 베타-쉬트 구조의 일부분 내로 도입되지 않아야 함을 이해할 것이다.
본원에서 사용되는 바, "조직"이란, 공동으로 특정 기능을 이행하는 동일 기원의 세포 전체를 지칭한다. 조직의 예로는 결합 조직, 근육 조직, 신경 조직, 및 상피 조직을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 다중 조직은 함께 "기관"을 형성함으로써 특정 기능을 수행한다. 기관의 예로는 선, 근육, 혈액, 뇌, 심장, 간, 신장, 위, 골격, 관절, 및 피부를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
"질환" 및 "장애"라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용되며, 이는 조직, 기관 또는 개체가 더 이상 그의 기능을 효율적으로 이행할 수 없는 비정상적인 상태, 특히, 비정상적인 의학적 상태, 예컨대, 질병 또는 손상을 지칭한다. 전형적으로, 반드시 그러한 것은 아니지만, 질환은 상기 질환의 존재를 나타내는 특정 증상 또는 징후와 연관이 있다. 따라서, 상기 증상 또는 징후의 존재가 질환을 앓는 조직, 기관 또는 개체를 나타내는 것일 수 있다. 상기 증상 또는 징후 변경이 상기 질환의 진행을 나타내는 것일 수 있다. 질환의 진행은 전형적으로 질환의 "악화" 또는 "호전"을 나타낼 수 있는 상기 증상 또는 징후의 증가 또는 감소를 특징으로 한다. 질환의 "악화"는 조직, 기관 또는 유기체가 그의 기능을 효율적으로 이행할 수 있는 능력의 감소를 특징으로 하는 반면, 질환의 "호전"은 전형적으로 조직, 기관 또는 개체가 그의 기능을 효율적으로 이행할 수 있는 능력의 증가를 특징으로 한다. 질환이 "발생될 위험이 있는" 조직, 기관 또는 개체는 건강한 상태이기는 하지만, 질환이 출현할 잠재성을 보이는 것이다. 전형적으로, 질환이 발생될 위험은 상기 질환의 조기 또는 약한 징후 또는 증상과 연관이 있다. 그러한 경우, 상기 질환의 발병을 치료에 의해 예방할 수 있다. 질환의 예로는 외상성 질환, 염증성 질환, 감염성 질환, 피부 병태, 내분비 질환, 장 질환, 신경계 장애, 관절 질환, 유전적 장애, 자가면역 질환, 및 각종 유형의 암을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
"암"이란, 대상체의 다른 조직 또는 기관으로 침윤 또는 확장될 수 있는 비정상적인 세포 성장을 포함하는 증식성 장애를 지칭한다. 암은 종양 세포가 유사하고, 따라서, 종양의 기원이 되는 것으로 추정되는 세포 유형에 의해 분류된다. 상기 유형으로는 암종 (상피 세포로부터 유래된 암), 육종 (결합 조직, 예로서, 예컨대, 골, 연골, 지방, 신경으로부터 유발된 암), 림프종 및 백혈병 (골수에서 떠나 림프절 및 혈액 중에서 성숙화되는 경향이 있는 조혈 세포로부터 유발된 암), 생식 세포 종양 (다능성 세포로부터 유래된 암), 및 모세포종 (미성숙한 "전구체" 세포 또는 배아 조직으로부터 유래된 암)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 특히, 암으로는 급성 림프모구성 백혈병 (ALL), 급성 골수성 백혈병, 부신 피질 암종, AIDS-관련 암, AIDS-관련 림프종, 항문암, 충수암, 성상세포종, 소아 소뇌 또는 대뇌암, 기저 세포 암종, 간외 담관암, 방광암, 골 종양, 골육종/악성 섬유성 조직구종, 뇌간 신경아교종, 뇌암, 뇌 종양 (소뇌 성상세포종, 대뇌 성상세포종/악성 신경아교종, 상의세포종, 수모세포종, 천막상 원시 신경외배엽 종양, 시각 경로 및 시상하부 신경아교종), 유방암, 기관지 선종/카르시노이드, 버킷 림프종, 카르시노이드 종양, 중추 신경계 림프종, 소뇌 성상세포종, 자궁경부암, 만성 기관지염, 만성 림프구성 백혈병, 만성 골수구성 백혈병, 만성 골수증식성 장애, 결장암, 피부 T 세포 림프종, 섬유조직형성 작은 원형 세포 종양, 자궁내막암, 상의세포종, 식도암, 유잉 패밀리의 종양 중 유잉 육종, 두개외 생식 세포 종양, 고환외 생식 세포 종양, 간외 담관암, 눈암 (안구내 흑색종, 망막모세포종), 담낭암, 위암(gastric cancer) (위암(stomach cancer)), 위장 카르시노이드 종양, 위장 간질 종양 (GIST), 생식 세포 종양 (두개외, 고환외, 또는 난소), 임신성 융모성 종양, 뇌간 신경아교종, 위암 카르시노이드, 모양 세포성 백혈병, 두부경부암, 심장암, 간세포 암 (간암), 호지킨 림프종, 하인두암, 시상하부 및 시각 경로 신경아교종, 안구내 흑색종, 섬세포 암종 (내분비 췌장), 카포시 육종, 신장암 (신장 세포 암), 후두암, 백혈병 (급성 림프모구성, 급성 골수성, 만성 림프구성, 만성 골수구성), 구순암 및 구강암, 지방 육종, 간암, 폐암 (비-소세포, 소세포), 림프종 (AIDS-관련, 버킷, 피부 T 세포, 호지킨, 원발성 중추 신경계), 마크로글로불린혈증 (발텐스트롬), 남성 유방암, 골/골육종의 악성 섬유성 조직구종, 수모세포종, 흑색종, 메르켈 세포 암, 중피종, 잠복 원발성 구강암(mouth cancer)을 동반한 전이성 경부 편평 세포 암, 다발성 내분비샘 종양 증후군, 다발성 골수종/형질 세포 신생물, 균상 식육종, 골수 형성이상 증후군, 골수 형성이상/골수증식성 질환, 골수구성 백혈병, 만성, 골수성 백혈병, 골수종, 골수증식성 장애, 비강암 및 부비동암, 비인두 암종, 신경모세포종, 희소돌기아교세포종, 구강암(oral cancer), 구인두암, 골의 골육종/악성 섬유성 조직구종, 난소암, 난소 상피 암, 난소 생식 세포 종양, 난소 저악성 잠재성 종양, 췌장암, 부비동암 및 비강암, 부갑상선암, 음경암, 인두암, 크롬 친화성 세포종, 송과체 성상세포종, 송과체 배세포종, 송과체모세포종 및 천막상 원시 신경외배엽 종양, 뇌하수체 선종, 형질 세포 종양/다발성 골수종, 흉막폐 모세포종, 원발성 중추 신경계 림프종, 전립선암, 직장암, 신장 세포 암종, 신우 및 요관, 망막모세포종, 횡문근육종, 타액선암, 육종 (유잉 육종 계열의 종양, 카포시, 연조직, 자궁), 세자리 증후군, 피부암 (암종, 흑색종, 비-흑색종, 메르켈 세포), 소세포 폐암, 소장암, 연조직 육종, 편평 세포 암, 인후암, 흉선종, 흉선종 및 흉선 암종, 갑상선암, 신우 및 요관의 이행 세포 암, 융모성 종양, 요도암, 자궁암 (자궁내막, 육종), 질암, 시각 경로 및 시상하부 신경아교종, 외음부암, 빌름스 종양 (신장암)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바, "유방 종양"이라는 용어는 양성 (비-암성) 종양 또는 악성 (암성) 종양일 수 있는, 대상체에서의 유방 조직 세포의 비정상적인 과다 증식에 관한 것이다. 양성 유방 종양은 바람직하게는 섬유선종, 과립 세포 종양, 관내 유두종, 및 엽상 종양을 포함한다. 악성 종양은 본원 상기에서 언급된 바와 같은 유방암 (BC)이다.
본원에서 사용되는 바, "전이성 유방암" (MBC)이라는 용어는 암 세포가 전이성의 적어도 하나의 속발성 부위, 즉, 대상체 신체의 비-인접한 기관 또는 부분으로서 성장하는 유방암에 관한 것이다.
본원에서 사용되는 바, "난소 종양"이라는 용어는 양성 (비-암성) 종양 또는 악성 (암성) 종양일 수 있는, 대상체에서의 난소 조직 세포의 비정상적인 과다 증식에 관한 것이다. 악성 종양은 본원 상기에서 언급된 바와 같은 난소암 (OvaCa)이다.
본원에서 사용되는 바, "췌장 종양"이라는 용어는 양성 (비-암성) 종양 또는 악성 (암성) 종양일 수 있는, 대상체에서의 난소 조직 세포의 비정상적인 과다 증식에 관한 것이다. 악성 종양은 본원 상기에서 언급된 바와 같은 췌장암 (PaCa)이다.
"순환 종양 세포" 또는 "CTC"라는 용어는 당업자에 의해 이해되고 있으며, 이는 원발성 또는 전이성 종양으로부터 박리되어 혈류 중에서 순환하는 종양 세포에 관한 것이다. CTC의 개수가 유방암에서 질환 및 요법 결과에 대한 예후 마커, 예컨대, 전체 생존에 대한 예후 마커라는 것을 이해하여야 한다. "CTC 상태"라는 용어는 샘플 중 참조량 초과의 CTC 존재 또는 부재에 관한 것이다. 바람직하게, CTC의 참조량은 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 5.5, 6, 6.5, 7, 또는 7.5개의 CTC/7.5 ml 혈액이고, 5개의 CTC/7.5 ml 혈액이 더욱 바람직하다. 혈액 샘플이 상기 참조량 초과의 CTC를 포함하는 대상체에서 CTC 상태는 바람직하지 못한 것이며, 이는 치료가 성공할 확률이 낮고, 무진행 및 전체 생존 확률이 낮다는 것을 나타낸다. 반대로, 혈액 샘플이 상기 참조량 미만의 CTC를 포함하는 대상체에서 CTC 상태는 바람직한 것이며, 이는 치료가 성공할 확률이 높고, 무진행 및 전체 생존 확률이 높다는 것을 나타낸다. 이롭게는, 본원 하기에서 정의되는 바와 같이 대상체의 CTC 상태를 측정하는 데 사용되는 miRNA의 양이 대상체의 CTC 상태를 나타낸다는 것이 본 발명에서 밝혀졌다. 따라서, 본원에서 사용되는 바, 대상체의 CTC 상태를 측정하는 것이 상기 miRNA 또는 상기 miRNA들의 양 또는 양들을 측정하고, 이로써, 대상체의 CTC 상태의 적응증을 수득하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 상태는 "바람직한 것" 또는 "비바람직한 것"으로 진단받을 수 있다.
질환의 "증상"은 상기 질환을 앓는 조직, 기관, 또는 유기체에 의해 눈에 띄게 나타나게 되는 질환에 연루된 결과로, 이는 조직, 기관 또는 개체의 통증, 쇠약, 압통, 염좌, 경직, 및 경련을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 질환의 "징후" 또는 "신호"로는 특정 지표, 예컨대, 바이오마커 또는 분자 마커의 변화 또는 변경, 예컨대, 존재, 부재, 증가 또는 상승, 감소 또는 하락, 또는 증상의 발생, 존재, 또는 악화를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
"지표" 및 "마커"라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용되며, 병태에 대한 징후 또는 신호를 지칭하거나, 또는 병태를 모니터링하는 데 사용된다. 상기 "병태"는 세포, 조직 또는 기관의 생물학적 생물학적 상태, 또는 개체의 건강한 및/또는 질환 상태를 지칭한다. 지표는 펩티드, 단백질, 및 핵산을 포함하나, 이에 제한되지 않는 분자의 존재 또는 부재일 수 있거나, 또는 세포, 또는 조직, 기관 또는 개체 중 상기 분자의 발현 수준 또는 패턴의 변화일 수 있다. 지표는 한 개체에서의 질환의 발병, 발생 또는 존재에 대한 징후, 또는 상기 질환의 추가 진행에 대한 징후일 수 있다. 지표는 또한 개체에서 질환이 발생하게 될 위험에 대한 징후일 수 있다.
본원에서 사용되는 바, "유전자 생성물"은 바람직하게는 거대분자의 물리적 엔티티에 관한 것으로, 세포내 그의 존재는 상기 세포에서의 상기 유전자의 발현에 의존한다. 전사, 즉, 상기 유전자 또는 그의 일부에 상응하는 RNA의 형성, 및 번역, 즉, 유전자 코드에 따른 상기 RNA에 의해 코딩되는 아미노산 서열을 가지는 폴리펩티드 분자의 생산에 관한 기초적인 기전을 포함하는 유전자 발현 기전은 당업자에게 널리 공지되어 있으며; 예컨대, RNA 프로세싱, 예컨대, RNA 편집, 단백질 분해 프로세싱, 단백질 편집 등과 같은 다른 세포 프로세스도 또한 유전자 발현에 관여할 수 있다는 것은 당업자에게 널리 공지되어 있다. 따라서, 유전자 생성물이라는 용어는 RNA, 바람직하게, mRNA 뿐만 아니라, 상기 유전자로부터 발현된 폴리펩티드를 포함한다. 유전자 생성물이라는 용어는 상기 RNA(들)의 단편, 바람직하게는, 길이가 적어도 10, 적어도 12, 적어도 20, 적어도 50, 또는 적어도 100개의 뉴클레오티드로 이루어진 길이를 가지는 단편, 및 상기 폴리펩티드로부터의 단편 (펩티드), 바람직하게는, 길이가 적어도 8, 적어도 10, 적어도 12, 적어도 15, 적어도 20개의 아미노산으로 이루어진 길이를 가지는 것을 포함한다는 것이 상기로부터 명백하다.
유전자 생성물의 양을 "측정하는"이라는 것은 상기 유전자 생성물의 양을 바람직하게는 반정량적으로 또는 정량적으로 측정하는 것에 관한 것이다. 측정은 직접적으로 또는 간접적으로 이루어질 수 있다. 바람직하게, 측정은 샘플로부터 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드를 추출하는 것을 포함하는 프로세싱을 통해 프로세싱된 샘플에 대하여 수행된다. 그러나, 유전자 생성물은 동소에서, 예컨대, 면역조직화학법 (IHC)에 의해 측정된다는 것 또한 본 발명에 의해 구상된다.
본 발명의 폴리뉴클레오티드의 양은 당업계에 널리 공지된 수개의 방법으로 측정될 수 있다. 정량화는 바람직하게는 절대적인 것, 즉, 폴리뉴클레오티드의 구체적인 개수에 관한 것이거나, 또는 더욱 바람직하게는 상대적인 것, 즉, 정규화된 임의 단위로 측정되는 것이다. 바람직하게, 정규화는 특정 폴리뉴클레오티드의 개수 및 폴리뉴클레오티드 또는 참조 증폭 생성물의 총 개수의 비를 산출함으로써 수행된다. 절대적 또는 상대적 정량화를 허용하는 방법은 당업계에 널리 공지되어 있다. 예컨대, 정량적 PCR 방법은 상대적 정량화를 위한 방법이며; 보정 곡선이 상기 검정법에 도입될 경우, 상대적 정량화를 이용하여 절대적 정량화를 수득할 수 있다. 공지된 다른 방법으로는 예컨대, 핵산 서열-기반 증폭 (NASBA) 또는 도트 블롯과 조합된 분지형 DNA 신호 증폭 검정 방법 또는 증폭된 폴리뉴클레오티드의 루미넥스 검출이 있다. 바람직하게, 폴리뉴클레오티드 양은 정규화된 폴리뉴클레오티드 양, 즉, 수득된 폴리뉴클레오티드 양은 적어도 하나의 참조 증폭 생성물과 관련시킴으로써 바람직하게는 폴리뉴클레오티드 양을 샘플 중 세포의 개수 및/또는 폴리뉴클레오티드 증폭률과 관련시킨 것이다. 따라서, 바람직하게, 참조 증폭 생성물은 각 세포내 존재비가 일정한 것으로 알려져 있는 폴리뉴클레오티드, 즉, 가장 바람직하게는, 샘플의 모든 세포에 대략 동일한 양으로 포함되어 있는 폴리뉴클레오티드로부터 수득된 생성물이다. 더욱 바람직하게, 참조 증폭 생성물은 염색체 또는 미토콘드리아 유전자로부터, 또는 하우스키핑 유전자의 mRNA로부터 증폭된다. 폴리뉴클레오티드의 양은 샷건(Shotgun) 서열분석, 브릿지(Bridge) PCR, 생어(Sanger) 서열분석, 피로시퀀싱, 차세대 서열분석, 단일 분자 실시간 서열분석, 아이온 토렌트(Ion Torrent) 서열분석, 합성에 의해 서열분석, 라이게이션에 의해 서열분석, 대량 병렬 시그너처 서열분석, 폴로니(Polony) 서열분석, DNA 나노볼 서열분석, 헬리스코프(Heliscope) 단일 분자 서열분석, 단일 분자 실시간 (SMRT) 서열분석, 나노포어 DNA 서열분석, 터널링 전류(Tunnelling currents) DNA 서열분석, 하이브리드화에 의해 서열분석, 질량 분석법을 이용한 서열분석, 미세유체 생어 서열분석, 투과 전자 현미경 검사 DNA 서열분석, RNA 폴리머라제 서열분석, 시험관내 바이러스 고처리량 서열분석, RNA 정제에 의한 크로마틴 단리 (ChIRP-Seq), 글로벌 런-온 서열분석(GRO-Seq: Global Run-on Sequencing), 리보솜 프로파일링 서열분석 (Ribo-Seq)/ARTseq, RNA 면역침강 서열분석 (RIP-Seq), CLIP cDNA 라이브러리의 고처리량 서열분석 (HITS-CLIP), 가교결합 및 면역침강 서열분석, 광활성화가능한 리보뉴클레오시드-증강 가교결합 및 면역침강 (PAR-CLIP), 개별 뉴클레오티드 분해 CLIP (iCLIP), 천연 신장 전사체 서열분석 (NET-Seq), 폴리좀 mRNA의 표적화된 정제 (TRAP-Seq), 하이브리드의 가교결합, 라이게이션, 및 서열분석 (CLASH-Seq), RNA 단부 서열분석에 관한 병렬 분석 (PARE-Seq), 캡핑되지 않은 전사체의 게놈 와이드 맵핑 (GMUCT), 전사체 이소폼 서열분석 (TIF-Seq), TSS의 쌍형성된 단부 분석 (PEAT), 프라이머 연장 서열분석에 의해 분석되는 선택적 2'-히드록실 아실화 (SHAPE-Seq), RNA 구조의 병렬 분석 (PARS-Seq), 단편화 서열분석 (FRAG-Seq), CXXC 친화성 정제 서열분석 (CAP-Seq), 알칼리성 포스파타제 소 장-담배 산성 피로포스파타제 서열분석 (CIP-TAP), 이노신 화학 소거 서열분석 (ICE), m6A-특이적인 메틸화된 RNA 면역침강 서열분석 (MeRIP-Seq), 디지털 RNA 서열분석, 단일 세포에 대한 전체-전사체 증폭 (콰츠-Seq(Quartz-Seq)), 디자인된 프라이머-기반 RNA 서열분석 (DP-Seq), RNA 주형의 5' 단부에서의 스위치 메커니즘 (스마트-Seq(Smart-Seq)), RNA 주형 버전 2의 5' 단부에서의 스위치 메커니즘 (스마트-Seq2), 독특한 분자 식별자 (UMI), 선형 증폭 서열분석에 의한 세포 발현 (CEL-Seq), 단일 세포 태깅된 역전사 서열분석 (STRT-Seq), 단일 분자 분자 역전 프로브 (smMIP), 다중 치환 증폭 (MDA), 다중 어닐링 및 루핑-기반 증폭 사이클 (MALBAC), 올리고뉴클레오티드-선택적 서열분석 (OS-Seq), 이중체 서열분석 (이중체-Seq), 비술파이트 서열분석 (BS-Seq), 비술파이트 이후의 어댑터 태깅 (PBAT), 태그부착-기반 전체 게놈 비술파이트 서열분석 (T-WGBS), 산화 비술파이트 서열분석 (옥스BS-Seq), Tet-지원 비술파이트 서열분석 (TAB-Seq), 메틸화된 DNA 면역침강 서열분석 (MeDIP-Seq), 메틸화-포획 (메틸Cap) 서열분석, 메틸-결합-도메인-포획 (MBDCap) 서열분석, 환원형 비술파이트 서열분석(RRBS-Seq: Reduced-Representation Bisulfite Sequencing), DNase 1 고감도 부위 서열분석 (DNase-Seq), 뉴클레오좀 서열분석의 MNase-지원 단리 (MAINE-Seq), 크로마틴 면역침강 서열분석 (ChIP-Seq), 조절 요소의 포름알데히드-지원 단리 (FAIRE-Seq), 트랜스포사제-접근가능 크로마틴 서열분석 검정법 (ATAC-Seq), 쌍형성된-단부 태그 서열분석에 의한 크로마틴 상호작용 분석 (ChIA-PET), 크로마틴 입체형태 포획 (Hi-C/3C-Seq), 환형 크로마틴 입체형태 포획 (4-C 또는 4C-Seq), 크로마틴 입체형태 포획 탄소 카피 (5-C), 레트로트랜스포존 포획 서열분석 (RC-Seq), 트랜스포존 서열분석 (Tn-Seq) 또는 삽입 서열분석 (INSeq), 전위-포획 서열분석 (TC-Seq), 형광 기반 방법 (예컨대, 현미경 검사, 실시간 PCR), 질량 기반 방법 (질량 분석법), 제한 효소 기반 방법, 항체-면역침강 기반 방법, 및 디지털 PCR에 의해 측정될 수 있다.
본 발명의 펩티드 또는 폴리펩티드의 양은 다양한 방식으로 측정될 수 있다. 직접적으로 측정하는 것은 펩티드 또는 폴리펩티드 그 자체로부터 수득된 신호, 및 샘플 중에 존재하는 펩티드 분자의 개수와 직접적인 상관관계가 있는 신호와 강도에 기초하여 펩티드 또는 폴리펩티드의 양을 측정하는 것에 관한 것이다. 종종 강도 신호도로 지칭되는 상기 신호는 예컨대, 펩티드 또는 폴리펩티드의 특이적인 물리적 또는 화학적 특성의 강도 값을 측정함으로써 수득될 수 있다. 간접적으로 측정하는 것은 2차 성분 (즉, 펩티드 또는 폴리펩티드 그 자체가 아닌 성분) 또는 생물학적 판독 시스템, 예컨대, 측정가능한 세포 반응, 리간드, 표지, 또는 효소적 반응 생성물로부터 수득되는 신호를 측정하는 것을 포함한다.
펩티드 또는 폴리펩티드의 양을 측정하는 것은 샘플 중의 펩티드 양을 측정하기 위한 것으로 공지된 모든 수단에 의해 달성될 수 있다. 상기 수단으로는 다양한 샌드위치, 경쟁 또는 다른 검정 포맷으로 표지된 분자를 사용할 수 있는 면역검정법 및/또는 면역조직화학법 장치 및 방법을 포함할 수 있다. 상기 검정법은 펩티드 또는 폴리펩티드의 존재 또는 부재를 나타내는 신호를 발생시킬 것이다. 또한, 신호 강도는 바람직하게는 샘플 중 존재하는 폴리펩티드의 양과 직접적인 또는 간접적인 (예컨대, 반비례인) 상관관계를 가질 수 있다. 추가로 적합한 방법으로는 펩티드 또는 폴리펩티드에 특이적인 물리적 또는 화학적 특서어, 예컨대, 그의 정확한 분자 질량 또는 NMR 스펙트럼을 측정하는 것을 포함한다. 상기 방법은 바람직하게는 바이오센서, 면역검정법에 커플링된 광학 장치, 바이오칩, 분석 장치, 예컨대, 질량분석계, NMR 분석기, 또는 크로마토그래피 장치를 포함한다. 추가로, 방법은 마이크로플레이트 ELISA-기반 방법, 전자동화 또는 로봇식 면역검정법, 코발트 결팝 검정법, 및 라텍스 응집 검정법을 포함한다.
펩티드 또는 폴리펩티드의 양을 측정하는 것은 샘플 중 펩티드 또는 폴리펩티드로부터 수득가능한 특이적인 강도의 신호를 측정하는 단계를 포함한다. 상기 기술된 바와 같이, 상기 신호는 펩티드 또는 폴리펩티드에 특이적인 질량 스펙트럼 또는 NMR 스펙트럼에서 관찰되는 펩티드 또는 폴리펩티드에 특이적인 m/z 변수로 관찰되는 신호 강도일 수 있다.
펩티드 또는 폴리펩티드의 양을 측정하는 것은 바람직하게는 (a) 펩티드를 특이적인 리간드와 접촉시키는 단계, (b) (임의적으로) 비-결합 리간드를 제거하는 단계, (c) 결합한 리간드의 양을 측정하는 단계를 포함할 수 있다. 결합한 리간드는 강도 신호를 생성하게 될 것이다. 본 발명에 따른 결합은 공유 및 비-공유 결합, 둘 모두를 포함한다. 본 발명에 따른 리간드는, 본원에 기술된 펩티드 또는 폴리펩티드에 결합하는 임의의 화합물, 예컨대, 펩티드, 폴리펩티드, 핵산, 또는 소분자일 수 있다. 바람직한 리간드로는 항체, 핵산, 펩티드 또는 폴리펩티드, 예컨대, 펩티드에 대한 결합 도메인을 포함하는, 펩티드 또는 폴리펩티드 및 그의 단편에 대한 수용체 또는 결합 파트너, 및 압타머, 예컨대, 핵산 또는 펩티드 압타머를 포함한다. 상기 리간드를 제조하는 방법은 당업계에 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 적합한 항체 또는 압타머의 확인 및 제조 또한 상업적 공급업체에 의해 제공된다. 당업자는 더욱 높은 친화도 또는 특이성을 가진 상기 리간드의 유도체를 개발하는 방법에 대해 잘 알고 있다. 예를 들어, 무작위 돌연변이를 핵산, 펩티드 또는 폴리펩티드 내로 도입할 수 있다. 본원에서 사용되는 바, "항체"라는 용어는 막횡단 영역이 없고, 따라서, 혈류 및 체강 내로 방출될 수 있는 분비된 면역글로불린을 지칭한다. 항체는 전형적으로 디술피드 결합을 통해 연결되어 있고, "Y"자형 거대분자를 닮은, 2개의 동일한 중쇄 및 2개의 동일한 경쇄를 포함하는 4개의 폴리펩티드 쇄로 제조된다. 항체를 파파인으로 분해하면, 각각이 단일 항원 결합 부위를 가지는, "Fab 단편" (이는 또한 "Fab 부분" 또는 "Fab 영역"으로도 지칭된다)으로 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편, 및 그의 명칭이 쉽게 결정화될 수 있는 그의 능력을 반영하는 것인 나머지 "Fc 단편" (이는 또한 "Fc 부분" 또는 "Fc 영역"으로도 지칭된다)이 생성된다. 인간 IgG Fc 영역의 결정 구조는 측정되었다 (문헌 [Deisenhofer (1981) Biochemistry 20:2361-2370]). IgG, IgA 및 IgD 이소타입에서 Fc 영역은 항체의 두 중쇄의 CH2 및 CH3으로부터 유래된, 2개의 동일한 단백질 단편으로 구성된 것이고; IgM 및 IgE 이소타입에서 Fc 영역은 각 폴리펩티드 쇄 중의 3개의 중쇄 불변 도메인 (CH2-4)을 함유한다. 추가로, 더 작은 면역글로불린 분자가 자연적으로 존재하거나, 또는 인공적으로 구성되어 왔다. "Fab' 단편"이라는 용어는 Ig 분자의 힌지 영역을 추가로 포함하는 Fab 단편을 지칭하는 반면, "F(a')2 단편"은 디술피드 결합을 통해 화학적으로 결합 또는 연결된 2개의 Fab′단편을 포함하는 것으로 이해된다. "단일 도메인 항체 (sdAb)" (문헌 [Desmyter et al. (1996) Nat. Structure Biol. 3:803-811]) 및 "나노바디"는 오직 단일 VH 도메인만을 포함하지만, "단일 쇄 Fv (scFv)" 단편은 짧은 링커 펩티드를 통해 경쇄 가변 도메인에 연결된 중쇄 가변 도메인을 포함한다 (문헌 [Huston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 5879-5883]). 2가 단일 쇄 가변 단편 (디-scFv)은 2개의 scFv (scFvA-scFvB)를 연결시킴으로써 조작될 수 있다. 이는 2개의 VH 및 2개의 VL 영역을 가지는 단일 펩티드를 생성하여 "탠덤 scFv" (VHA-VLA-VHB-VLB)를 수득함으로써 수행될 수 있다. 또 다른 가능성은 2개의 가변 영역이 함께 폴딩되기에는 너무 짧은 링커를 포함하는 scFv를 생성하여 가압적으로 scFv를 이량체화시키는 것이다. 보통, 길이가 5개의 잔기로 이루어진 길이의 링커는 상기와 같은 이량체를 생성하는 데 사용된다. 이러한 유형은 "디아바디"로 공지되어 있다. VH와 VL 도메인 사이의 더욱더 짧은 링커 (1 또는 2개의 아미노산)를 통해서는 소위 "트리아바디" 또는 "트리바디"로 불리는 단일특이적인 삼량체가 형성되게 된다. 이중특이적인 디아바디는 각각 배열 VHA-VLB 및 VHB-VLA 또는 VLA-VHB 및 VLB-VHA를 가지는 쇄를 발현하도록 함으로써 형성된다. 단일 쇄 디아바디 (scDb)는 12-20개의 아미노산, 바람직하게, 14개의 아미노산으로 이루어진 링커 펩티드 (P)에 의해 연결된 VHA-VLB 및 VHB-VLA 단편 (VHA-VLB-P-VHB-VLA)을 포함한다. "이중특이적인 T 세포 관여 항체 (BiTE)"는, scFv 중 하나는 CD3 수용체를 통해 T 세포에 결합하고, 나머지 다른 하나는 종양 특이 분자를 통해 종양 세포에 결합하는 것인, 상이한 항체의 두 scFv로 이루어진 융합 단백질이다 (문헌 [Kufer et al. (2004) Trends Biotechnol. 22:238-244]). 이중 친화성 재표적화 분자 ("DART" 분자)는 C-말단 디술피드 브릿지를 통해 추가로 안정화된 디아바디이다. 본 발명은 또한, 원하는 항원 특이성을 보이는 비-인간 공여자 항체의 아미노산 서열이 인간 수용자 항체의 서열과 조합된 인간화 하이브리드 항체 및 단일 쇄 항체를 포함한다.
공여자 서열은 일반적으로 적어도 공여자의 항원 결합 아미노산 잔기를 포함하게 되지만, 공여자 항체의 다른 구조상 및/또는 기능상 관련된 아미노산 잔기 또 포함할 수 있다. 상기 하이브리드는 당업계에 널리 공지된 여러 방법에 의해 제조될 수 있다. 바람직하게, 리간드 또는 작용제는 펩티드 또는 폴리펩티드에 특이적으로 결합한다. 본 발명에 따른 특이적인 결합이란, 리간드 또는 작용제가 분석하고자 하는 샘플 중에 존재하는 또 다른 펩티드, 폴리펩티드 또는 물질에는 싱질적으로 결합하지 않아야 (그와 "교차 반응"하지 않아야) 한다는 것을 의미한다. 바람직하게, 특이적으로 결합된 펩티드 또는 폴리펩티드는 임의의 다른 관련된 펩티드 또는 폴리펩티드보다 적어도 3배 더 높은, 더욱 바람직하게, 적어도 10배 더 높은 및 더욱더 바람직하게, 적어도 50배 더 높은 친화도로 결합되어야 한다. 비특이적인 결합이 예컨대, 웨스턴 블롯 상에서의 그의 크기에 따라, 또는 샘플 중 그의 비교적 더 높은 존재비에 의해 여전히 명확하게 구별가능하고, 측정가능하다면, 이는 용인될 수 있다. 리간드의 결합은 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 측정될 수 있다. 바람직하게, 상기 방법은 반-정량적 또는 정량적인 것일 수 있다. 적합한 방법은 하기에서 기술된다.
첫 번째로, 리간드의 결합은 예컨대, NMR 또는 표면 플라스몬 공명에 의해 직접적으로 측정될 수 있다. 두 번째로, 리간드가 관심의 대상이 되는 펩티드 또는 폴리펩티드의 효소 활성의 기질로서의 역할을 한다면, 효소 반응 생성물이 측정될 수 있다 (예컨대, 프로테아제의 양은 예컨대, 웨스턴 블롯 상에서 절단된 기질의 양을 측정함으로써 측정될 수 있다). 대안적으로, 리간드는 효소적 특성 그 자체를 보일 수 있고, "리간드/펩티드 또는 폴리펩티드" 복합체 또는 펩티드 또는 폴리펩티드에 의해 결합된 리간드는 각각 강도 신호의 생성에 의해 검출될 수 있도록 적합한 기질과 접촉시킬 수 있다. 효소 반응 생성물의 측정을 위해, 기질의 양은 포화된 것이 바람직하다. 기질은 또한 반응 이전에 검출가능한 표지로 표지될 수 있다. 바람직하게, 샘플을 적절한 기간 동안 기질과 접촉시킨다. 적절한 기간이란, 검출가능한, 바람직하게는, 측정가능한 양의 생성물이 제조되는 데 필요한 시간을 지칭한다. 생성물의 양을 측정하는 대신, 주어진 (예컨대, 검출가능한) 양의 생성물이 출현하는 데 필요한 시간이 측정될 수 있다. 세 번째로, 리간드를 리간드가 검출 및 측정될 수 있도록 허용하는 표지에 공유적으로 또는 비-공유적으로 커플링시킬 수 있다. 표지는 직접적 또는 간접적 방법에 의해 수행될 수 있다. 직접적인 표지는 표지를 직접 (공유적으로 또는 비-공유적으로) 리간드에 커플링시키는 것을 포함한다. 간접적인 표지는 2차 리간드를 1차 리간드에 (공유적으로 또는 비-공유적으로) 결합시키는 것을 포함한다. 2차 리간드는 1차 리간드에 특이적으로 결합하여야 한다. 상기 2차 리간드는 적합한 표지에 커플링될 수 있고/거나, 상기 2차 리간드에 결합하는 3차 리간드의 표적 (수용체)일 수 있다. 2차, 3차, 또는 심지어는 더 높은 고차 리간드를 사용하는 것은 대개 신호 강도를 증가시키기 위해 사용된다. 적합한 2차 및 더 높은 고차 리간드로는 항체, 2차 항체, 및 널리 공지된 스트렙트아비딘-비오틴 시스템 (벡터 라보라토리즈, 인크.(Vector Laboratories, Inc.)을 포함한다. 리간드 또는 기질은 또한 당업계에 공지된 바와 같은 하나 이상의 태그로 "태깅"될 수 있다. 이어서, 상기 태그는 더 높은 고차 리간드에 대한 표적이 될 수 있다. 적합한 태그로는 비오틴, 디곡시게닌, 히스-태그, 글루타티온-S-트랜스퍼라제, FLAG, GFP, myc-태그, 인플루엔자 A 바이러스 헤마글루티닌 (HA), 말토스 결합 단백질 등을 포함한다. 펩티드 또는 폴리펩티드의 경우, 태그는 바람직하게 N-말단 및/또는 C-말단에 위치한다. 적합한 표지는 적절한 검출 방법에 의해 검출가능한 임의의 표지이다. 전형적인 표지로는 금 입자, 라텍스 비드, 아크리단 에스테르, 루미놀, 루테늄, 효소적으로 활성인 표지, 방사성 표지, 자성 표지 ("예컨대, 자성 비드," 상자성 및 초상자성 표지 포함), 및 형광성 표지를 포함한다. 효소적으로 활성인 표지로는 예컨대, 호스래디시 퍼옥시다제, 알칼리성 포스파타제, 베타-갈락토시다제, 루시페라제, 및 그의 유도체를 포함한다. 검출에 적합한 기질로는 디-아미노-벤지딘 (DAB), 3,3'-5,5'-테트라메틸벤지딘, NBT-BCIP (4-니트로 블루 테트라졸리움 클로라이드 및 5-브로모-4-클로로-3-인돌릴-포스페이트), CDP-스타(CDP-Star)™ (아머샴 바이오사이언시스(Amersham Biosciences)), ECF™ (아머샴 바이오사이언시스)를 포함한다. 적합한 효소-기질 조합은 (예컨대, 감광 필름 또는 적합한 카메라 시스템을 이용하여) 당업계에 공지된 방법에 따라 측정될 수 있는 발색된 반응 생성물, 형광 또는 화학발광을 생성할 수 있다. 효소 반응을 측정하는 것과 관련하여, 상기 주어진 기준이 유사하게 적용된다. 전형적인 형광성 표지로는 형광성 단백질 (예컨대, GFP 및 그의 유도체), Cy3, Cy5, 텍사스 레드(Texas Red), 플루오레세인, 및 알렉사 염료 (예컨대, 알렉사 568)를 포함한다. 예컨대, 몰레큘라 프로브즈(Molecular Probes) (Oregon: 미국 오레곤주)추가의 형광성 표지가 이용가능하다. 형광성 표지로서 양자점을 사용하는 것 또한 고려된다. 전형적인 방사성 표지로는 35S, 125I, 32P, 33P 등을 포함한다. 방사성 표지는 공지되고, 적합한 임의의 방법, 예컨대, 감광 필름 또는 포스포르 이미저에 의해 검출될 수 있다. 본 발명에 따라 적합한 측정 방법으로는 또한 침강 (특히 면역침강), 전기 화학발광 (전자-발생 화학발광), RIA (방사성 면역검정법), ELISA (효소-결합 면역흡착 검정법), 샌드위치 효소 면역 테스트, 전기 화학발광 샌드위치 면역검정법 (ECLIA), 해리-증강 란타나이드 형광 면역검정법 (DELFIA), 섬광 근접 검정법 (SPA), 탁도 측정, 혼탁법, 라텍스-증강 탁도 측정 또는 혼탁법, 또는 고체상 면역 테스트 등, 예컨대, 역상 단백질 어레이 또는 항체 어레이를 포함한다. 당업계에 공지된 추가 방법 (예컨대, 겔 전기영동, 2D 겔 전기영동, SDS 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 (SDS-PAGE), 웨스턴 블롯팅, 및 질량 분석법)이 단독으로, 또는 상기 기술된 바와 같은 표지 또는 다른 검출 방법과 함께 조합하여 사용될 수 있다.
펩티드 또는 폴리펩티드의 양은 또한 하기와 같이: (a) 상기 언급된 바와 같은 펩티드 또는 폴리펩티드에 대한 리간드를 포함하는 고체 지지체를 펩티드 또는 폴리펩티드를 포함하는 샘플과 접촉시키는 단계, 및 (b) 상기 지지체에 결합된 펩티드 또는 폴리펩티드의 양을 측정하는 단계에 의해 측정될 수 있다. 바람직하게 핵산, 펩티드, 폴리펩티드, 항체 및 압타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 리간드는 바람직하게는 고정화된 형태로 고체 지지체 상에 존재한다. 고체 지지체 제조용 물질은 당업계에 널리 공지되어 있고, 특히 상업적으로 이용가능한 칼럼 물질, 폴리스티렌 비드, 라텍스, 비드, 자성 비드, 콜로이드 금속 입자, 유리 및/또는 실리콘 칩 및 표면, 니트로셀룰로스 스트립, 막, 쉬트, 두라사이트, 반응 트레이의 웰 및 벽, 플라스틱 튜브 등을 포함한다. 리간드 또는 작용제는 다수의 상이한 캐리어에 결합될 수 있다. 널리 공지된 캐리어의 예로는 유리, 폴리스티렌, 폴리비닐 클로라이드, 폴리프로필렌, 폴리에틸렌, 폴리카르보네이트, 덱스트란, 나일론, 아밀로스, 천연 및 변형된 셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 아가로스, 및 자철석을 포함한다. 캐리어의 성질은 본 발명의 목적을 위해 가용성 또는 불용성일 수 있다. 상기 리간드를 고정/고정화시키는 데 적합한 방법은 널리 공지되어 있고, 이온성, 소수성, 공유 상호작용 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 본 발명에 따른 어레이로서, "현탁 어레이"를 사용하는 것 또한 고려된다 (문헌 [Nolan 2002, Trends Biotechnol. 20(1):9-12]). 상기 현탁 어레이에서, 캐리어, 예컨대, 마이크로비드 또는 마이크로스피어는 현탁액에 존재한다. 어레이는 상이한 리간드를 운반하는, 가능하게는 표지된 상이한 마이크로비드 또는 마이크로스피어로 이루어진다. 상기 어레이를 제조하는 방법, 예를 들어, 고체상 화학법 및 광불안정성 보호기에 기반한 것이 일반적으로 알려져 있다 (US 5,744,305).
본원에서 사용되는 바, "CpG 부위"라는 용어는 폴리뉴클레오티드에 포함된, 바람직하게, DNA에 포함된, 더욱 바람직하게, 대상체의 게놈 DNA에 포함된 디뉴클레오티드 서열 5'-CG-3'에 관한 것이다. 본 발명에 따라 분석하고자 하는 CpG 부위는 관심 유전자의 인트론, 엑소, 또는 프로모터 영역에 위치하는 CpG 부위이다. CpG 부위가 프로모터 영역에 위치하는 경우, 상기 영역은 바람직하게는 각 관심 유전자의 번역 출발 부위의 상류에 있는 바람직하게는, 3000 뉴클레오티드, 2500 뉴클레오티드, 2100 뉴클레오티드, 또는 1750 뉴클레오티드이다. 더욱 바람직하게, 본 발명에 따라 분석하고자 하는 CpG 부위는 관심 유전자의 번역 출발 부위의 상류에 있는 영역 1750-3000 뉴클레오티드, 2100-3000 뉴클레오티드, 또는 2500-3000 뉴클레오티드에 위치하는 CpG 부위이다.
따라서, 본 발명의 CpG 부위에 상응하는 CpG 부위의 분석 또한 본 발명에 의해 포함된다. 당업자는 예컨대, 관심 유전자의 번역 출발 부위를 측정함으로써 및/또는 샘플로부터 상기 서열을 관심 유전자의 서열에 대해 정렬함으로써 본원 상기에서 상세하게 설명된 CpG 부위에 상응하는, 샘플 중의 CpG 부위를 측정하는 방법에 대해 알고 있다. 추가로, 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태를 측정하는 것 이외에도 다른 CpG 부위의 메틸화 상태를 측정하는 것 또한 본 발명에 의해 구상된다.
"메틸화 상태를 측정하는 것"이라는 용어는 폴리뉴클레오티드 중 시토신의 피리미딘 고리의 5번 위치에 존재하는지 여부를 측정하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 시토신 잔기 다음으로 3' 방향으로 구아노신 잔기가 이어지며, 상기 두 잔기가 CpG 부위를 형성한다. 상기 메틸 기의 존재는 예컨대, 메틸화 특이적 PCR (MSP), 전체 게놈 비술파이트 서열분석 또는 다른 서열분석 기반 방법 (비술파이트 서열분석 (BS-Seq), 비술파이트 이후의 어댑터 태깅 (PBAT), 태그부착-기반 전체 게놈 비술파이트 서열분석 (T-WGBS), 산화 비술파이트 서열분석 (옥스BS-Seq), Tet-지원 비술파이트 서열분석 (TAB-Seq), 메틸화된 DNA 면역침강 서열분석 (MeDIP-Seq), 메틸화-포획 (메틸Cap) 서열분석, 메틸-결합-도메인-포획 (MBDCap) 서열분석, 환원형 비술파이트 서열분석 (RRBS-Seq)), 비술파이트 처리된 DNA의 실시간 PCR 기반 방법, 예컨대, 메틸라이트(Methylight), 예컨대, 라이게이션 매개 PCR에 의한 HpaII 작은 단편 증강 (HELP) 검정법에서 메틸화 감수성 제한 효소를 이용한 제한, 비술파이트 처리된 DNA의 피로시퀀싱, 또는 기타 AIMS, 메틸화된 부위 사이의 증폭; BC-seq, 비술파이트 전환에 이은 포획 및 서열분석; BiMP, 비술파이트 메틸화 프로파일링; BS, 비술파이트 서열분석; BSPP, 비술파이트 패드락 프로브; CHARM, 상대적 메틸화에 대한 복합 고처리량 어레이; COBRA, 조합된 비술파이트 제한 분석; DMH, 차별적인 메틸화 하이브리드화; HELP, 라이게이션 매개 PCR에 의한 HpaII 작은 단편 증강; MCA, 메틸화된 CpG 섬 증폭; MCAM, 마이크로어레이 하이브리드화를 이용한 MCA; MeDIP, mDIP 및 mCIP, 메틸화된 DNA 면역침강; MIRA, 메틸화된 CpG 섬 회수 검정법; MMASS, 단일 샘플의 마이크로어레이 기반 메틸화 사정; MS-AP-PCR, 메틸화 감수성 임의적으로 프라임이된 PCR; MSCC, 메틸화 감수성 컷 카운팅; MSP, 메틸화 특이적 PCR; MS-SNuPE, 메틸화 감수성 단일 뉴클레오티드 프라이머 연장; NGS, 차세대 서열분석; RLGS, 제한 랜드마크 게놈 스캐닝; RRBS, 환원형 비술파이트 서열분석; -seq, 후속하여 서열분석이 수행되는 방법; WGSBS, 전체 게놈 샷건 비술파이트 서열분석을 비롯한, 당업자에게 널리 공지된 각종 방법에 의해 측정될 수 있다 (문헌 [Manel Esteller, Cancer epigenomics: DNA methylomes and histone-modification maps, Nature, 2007, 8:286-298]; [Peter W. Laird, Principles and challenges of genome-wide DNA methylation analysis. Nature Review Genetics, 2010, 11: 191-203]). 바람직하게, 메틸화 상태는 본원 하기 실시예에 기술된 방법, 예컨대, 서열분석 기반 인피니움(Infinium) 27K 메틸화 검정법 또는 MALDI-TOF 질량 분석법의 질량 분석법 기반 방법에 의해 측정된다. 따라서, 특이적 폴리뉴클레오티드 분자 중 특정 시토신 잔기의 메틸화 상태는 오직 "메틸화되지 않은" 것 (0% 메틸화를 의미) 또는 "메틸화된" (100% 메틸화를 의미) 것일 수 있다. 2개의 시토신 잔기를 포함하는 이중 가닥 DNA 분자 중의 CpG 부위의 경우에서, 메틸화 상태는 "메틸화되지 않은" 것 (0% 메틸화, 즉, 2개의 시토신 잔기 중 어느 것도 메틸화되지 않은 것을 의미), "반메틸화된" 것 (50% 메틸화, 즉, 2개의 시토신 잔기 중 하나가 메틸화된 것을 의미), 또는 "메틸화된" 또는 "완전히 메틸화된" 것 (100% 메틸화, 즉, 2개의 시토신 잔기 모두가 메틸화된 것을 의미)일 수 있다. 그러나, 다수의 세포로부터 폴리뉴클레오티드를 수득하고, 상기 다수의 폴리뉴클레오티드 내의 특정 시토신 잔기의 메틸화 상태를 측정한다면, 평균 메틸화 상태가 측정되고, 예컨대, 바람직하게는 백분율 (메틸화(%))로서 표현될 수 있고, 0% 내지 100% 사이의 임의의 값을 나타낼 수 있다는 것을 당업자는 이해한다. 상이한 세포 집단의 평균 메틸화를 측정하는 경우, 메틸화 상태는 백분율로서 표현될 수 있다는 것 또한 당업자는 이해한다. 예컨대, 본 발명에 따른 혈액 세포는 변이체 세포 유형의 혼합물이다. 특정 세포 유형은 높은 메틸화 수준을 가지는 반면, 다른 세포 유형은 더 낮은 메틸화 수준을 가지고, 최종적으로는 예컨대, 50%인 평균 메틸화에 도달하게 될 수도 있다.
본원에서 사용되는 바, "검출제"라는 용어는 관심 유전자와 특이적으로 상호작용하고, 이로써, 상기 유전자의 발현 수준, 관심 유전자의 메틸화 상태, 또는 본 발명의 miRNA의 존재 또는 양을 인식하는 작용제에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 검출제는 단백질, 폴리펩티드, 펩티드, 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드이다. 바람직하게, 검출제는 적절한 수단에 의해 상기 검출제가 검출될 수 있도록 허용하는 방식으로 표지된다. 표지는 당업계에 널리 공지된 각종 기술에 의해 및 사용하고자 하는 표지에 의존하여 수행될 수 있다. 사용하고자 하는 바람직한 표지는 특히, 형광 색소, 예컨대, 플루오레세인, 로다민, 또는 텍사스 레드(Texas Red)를 포함하는 형광성 표지이다. 그러나, 표지는 또한 효소 또는 항체일 수도 있다. 표지로서 사용하고자 하는 효소는 기질과의 반응에 의해 검출가능한 신호를 생성하게 된다는 것이 구상된다. 적합한 효소, 기질 및 기술은 당업계에 널리 공지되어 있다. 표지로서 사용하고자 하는 검출제는 직접적으로 (예컨대, 그 자체가 형광성을 띠는 표적 분자) 또는 간접적으로 (예컨대, 검출가능한 신호를 발생시키는 표적 분자, 예컨대, 효소) 검출될 수 있는 표적 분자를 특이적으로 인식할 수 있다. 샘플의 표지된 검출제를 샘플에 접촉시켜 특이적인 상호작용이 이루어질 수 있도록 할 것이다. 비-특이적으로 결합된 검출제를 제거하기 위해 세척이 요구될 수 있는데, 그렇지 않을 경우, 잘못된 값을 얻을 수 있다. 상기 상호작용 단계 완료 후, 연구원은 검출 장치를 판독기 장치 또는 스캐너에 배치할 것이다. 형광성 표지 검출 장치는 바람직하게, 일부 레이저, 바람직하게, 전문 현미경, 및 카메라로 구성된다. 형광성 표지는 레이저에 의해 여기될 것이며, 현미경 및 카메라는 함께 작동하여 샘플의 디지털 영상을 생성하게 된다. 이어서, 상기 데이터는 컴퓨터에 저장될 수 있고, 예컨대, 배경 데이터를 공제시키기 위해 전문 프로그램이 사용될 것이다. 생성된 데이터는 바람직하게, 정규화되고, 수치 단위 및 공통 단위 포맷으로 변환될 수 있다. 샘플을 참조와 비교하고, 유의적인 변화를 확인하기 위해 데이터를 분석하게 될 것이다.
본원에서 사용되는 바, "비교하는 것"은 분석하고자 하는 샘플에 포함된, 본원에서 언급된 지표의 존재, 부재, 또는 양을 적합한 참조 샘플 중의 상기 지표의 존재, 부재, 또는 양과 비교하는 것을 포함한다. 본원에서 사용되는 바, 비교한다는 것은 상응하는 파라미터 또는 값을 비교하는 것을 지칭하며, 예컨대, 본원에서 언급된 바와 같은 지표의 절대량을 상기 지표의 절대 참조량과 비교하고; 지표의 농도를 상기 지표의 참조 농도와 비교하교; 샘플 중 본원에서 언급된 바와 같은 지표로부터 수득된 강도 신호를 참조 샘플 중 상기 지표의 같은 유형의 강도 신호와 비교하는 것임을 이해하여야 한다. 언급된 비교는 수동식으로 또는 컴퓨터 지원 방식으로 수행될 수 있다. 컴퓨터 지원 방식의 비교를 위해, 측정된 양의 값을 컴퓨터 프로그램에 의해 데이터베이스에 저장된 적합한 참조에 상응하는 값과 비교할 수 있다. 컴퓨터 프로그램은 전문가 시스템에 의해 비교 결과를 추가로 평가할 수 있다. 따라서, 본원에서 언급된 확인 결과는 적합한 출력 포맷으로 자동적으로 제공될 수 있다.
"샘플" 또는 "관심 샘플"은 조직, 기관 또는 개체 전체를 나타내는 것으로 의도되는, 전형적으로는 조직, 기관 또는 개체보다 더 작은 조직, 기관 또는 개체의 일부 또는 조각을 지칭하는 것으로, 이는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 분석시, 샘플은 기관 또는 개체의 조직 상태 또는 건강한 또는 이환된 상태에 관한 정보를 제공한다. 샘플의 예로는 유체 샘플, 예컨대, 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체, 또는 조직 샘플, 예로서, 예컨대, 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 샘플에 대한 추가 예로는 세포 배양물 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한하는 것은 아니지만, 각종 암 세포의 배양물이다.
샘플은 널리 공지된 기술에 의해 수득될 수 있고, 이 바람직하게는 소화관, 간, 췌장, 항문관, 구강, 상부 호흡소화관 및 표피로부터의 스크레이프, 스왑 또는 생검을 포함한다. 상기 샘플은 브러쉬, (면) 스왑, 스패튤라, 세정액/세척액, 천공 생검 장치, 바늘이 장착된 공동 천자, 또는 수술 장치의 사용에 의해 수득될 수 있다. 조직 또는 기관 샘플은 예컨대, 생검 또는 다른 수술 방법에 의해 임의의 조직 또는 기관으로부터 수득될 수 있다. 더욱 바람직하게, 샘플은 체액, 예컨대, 바람직하게, 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 타액, 눈물 및 유선으로부터 수득가능한 유체, 예컨대, 모유 샘플이다. 가장 바람직하게, 체액 샘플은 대상체의 세포를 포함한다. 분리된 세포는 예컨대, 여과, 원심분리 또는 세포 분류와 같은 분류 기술에 의해 체액 또는 조직 또는 기관으로부터 수득될 수 있다. 바람직하게, 샘플은 본원 하기에서 기술되는 체액으로부터 수득된다. 더욱 바람직하게, 세포는 본원 하기에서 기술되는 상기 체액으로부터 단리된다.
샘플 분석은 시각적 또는 화학적 근거에 기초하여 달성될 수 있다. 시각적 분석은 샘플의 형태학적 평가가 이루어질 수 있도록 허용하는 현미경적 영상화 또는 방사선 스캐닝을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 화학적 분석으로는 특이 지표의 존재 또는 부재 또는 그의 양 또는 수준의 변경 검출을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용되는 바, "참조 샘플"이라는 용어는 관심 샘플과 실질적으로 동일한 방식으로 분석되고, 그의 정보가 관심 샘플의 정보와 비교가 되는 샘플을 지칭한다. 그를 통해 참조 샘플은 관심 샘플로부터 수득된 정보를 평가할 수 있도록 허용하는 표준을 제공하게 된다. 참조 샘플은 건강한 또는 정상적인 조직, 기관 또는 개체로부터 유래된 것일 수 있고, 이로써, 조직, 기관 또는 개체의 건강한 상태의 표준을 제공하게 된다. 정상적인 참조 샘플의 상태와 관심 샘플의 상태 사이의 차이가 질환 발생 위험, 또는 상기 질환 또는 장애의 존재 또는 추가 진행을 나타낼 수 있다. 참조 샘플은 비정상적인 또는 이환된 조직, 기관 또는 개체로부터 유래된 것일 수 있고, 이로써, 조직, 기관 또는 개체의 이환된 상태의 표준을 제공하게 된다. 비정상적인 참조 샘플의 상태와 관심 샘플의 상태 사이의 차이가 질환 발생 위험 하락, 또는 상기 질환 또는 장애의 부재 또는 호전을 나타낼 수 있다. 참조 샘플은 또한 관심 샘플과 동일한 조직, 기관, 또는 개체로부터 유래된 것일 수 있지만, 조기 시점에 채취된 것이다. 조기에 채취된 참조 샘플의 상태와 관심 샘플의 상태 사이의 차이가 질환의 진행, 즉, 시간 경과에 따른 질환의 호전 또는 악화를 나타낼 수 있다. 참조 샘플 채취와 관심 샘플 채취 사이에 일정 기간의 시간이 경과한 경우에는 참조 샘플을 조기 또는 후기 시점에 채취하였다. 상기 기간은 수년 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100년), 수개월 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12개월), 수주 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8주), 수일 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500일), 수시간 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12시간), 수분 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60분), 또는 수초 (예컨대, 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 60초)를 나타낼 수 있다.
참조 샘플 및 관심 샘플, 둘 모두가 단일 인자만을 제외하고, 실질적으로 동일한 방식으로 처리된 경우, 참조 샘플은 관심 샘플과 "상이하게 처리" 또는 "상이하게 노출"된 것일 수 있다. 상기 단일 인자로는 특정 물질에의 노출 시간, 노출 농도, 또는 노출 온도를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 따라서, 관심 샘플은 참조 샘플과는 상이한 투여량으로 특정 물질에 노출될 수 있거나, 또는 참조 샘플과는 상이한 시간 간격 동안 노출될 수 있거나, 또는 참조 샘플과는 상이한 온도에서 노출될 수 있다. 관심 샘플이 노출될 수 있는 상이한 투여량으로는, 참조 샘플이 노출된 투여량의 2배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배 및/또는 1,000배 증가 또는 감소된 투여량을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 관심 샘플이 노출될 수 있는 상이한 노출 시간으로는 참조의 노출보다 2배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배 및/또는 1,000배 더 길거나, 또는 더 짧은 기간을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 관심 샘플이 노출될 수 있는 상이한 노출 온도로는 참조의 노출보다 2배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배 및/또는 1,000배 증가 또는 감소된 온도를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 비제한적인 예에서, 관심 샘플은 참조 샘플보다 10재 증가된 농도의 물질에 노출될 수 있다. 이어서, 두 샘플 모두의 분석은 증가된 농도의 상기 물질이 관심 샘플에 미치는 효과, 즉, 유익한 또는 유해한 효과를 측정할 수 있도록 허용하는, 실질적으로 동일한 방식으로 수행된다. 이러한 예는 상이한 범위의 농도, 상이한 노출 시간, 및/또는 노출시의 상이한 온도에도 준용됨을 당업자는 이해할 것이다.
지표 수준의 "하락" 또는 "감소"라는 용어는 샘플 중 상기 지표의 수준이 참조물 또는 참조 샘플과 비교하였을 때 감소하였음을 지칭한다. 지표 수준의 "상승" 또는 "증가"라는 용어는 샘플 중 상기 지표의 수준이 참조물 또는 참조 샘플과 비교하였을 때 더 높다는 것을 지칭한다.
원칙적으로, 참조량은 통계학상의 표준 방법을 적용시킴으로써 주어진 miRNA에 대한 평균 또는 중앙값에 기초하여 본원에 언급된 바와 같은 대상체의 군 또는 코호트에 대하여 산출될 수 있다. 특히, 시험의 정확도, 예컨대, 이벤트 여부를 진단하고자 하는 방법은 그의 수신자 조작 특성 (ROC)에 의해 가장 잘 기술된다 (특별히, 문헌 [Zweig 1993, Clin. Chem. 39:561-577] 참조). ROC 그래프는 전 범위의 관찰 데이터에 걸쳐 계속하여 결정 임계를 달리함으로써 생성되는 민감도 대 특이도 쌍 모두의 플롯이다. 진단 방법의 임상적 수행 성능은 그의 정확도, 즉, 대상체를 특정 예후 또는 진단으로 정확하게 배정할 수 이쓴 그의 능력에 의존한다. ROC 플롯은 구별하는 데 적합한 완전한 범위의 임계에 대하여 민감도 대 1-특이도를 플롯팅함으로써 이루어지는 두 분포 사이의 중복을 나타낸다. 진양성 시험 결과의 개수 및 위음성 시험 결과의 개수의 총합에 대한 진양성 시험 결과의 개수의 비로서 정의되는, 민감도, 또는 진양성 분율은 y축 상에 존재한다. 이는 또한 질환 또는 병태의 존재 양성으로도 지칭되어 왔다. 이는 단지 이환된 하위군으로부터만 산출된다. 진음성 결과의 개수 및 위양성 결과의 개수의 총합에 대한 위양성 결과의 개수의 비로서 정의되는, 위양성 분율, 또는 1-특이도는 x축 상에 존재한다. 이는 특이도 지수이며, 전체적으로 이환되지 않은 하위군으로부터 산출된다. 진양성 및 위양성 분율은 상이한 두 하위군으로부터의 시험 결과를 사용함으로써 전체적으로 별개로 산출되기 때문에, ROC 플롯은 코호트에서 이벤트의 이환율과는 관계가 없다. ROC 플롯 상의 각 점은 특정 결정 임계에 상응하는 민감도/-특이도 쌍을 나타낸다. 완벽한 구별이 이루어지는 (두 결과 분포에서 중복이 이루어지지 않는) 시험은, 진양성 분율이 1.0, 또는 100% (완벽한 민감도)이고, 위양성 분율이 0 (완벽한 특이도)인, 좌측 상단 코너를 통과하는 ROC 플롯을 가진다. 구별이 이루어지지 않는 (두 군에 대한 결과가 동일한 분포를 보이는) 시험에 대한 이론상의 플롯은 좌측 하단 코너로부터 우측 상단 코너로의 45°대각선이다. 대부분의 플롯은 상기 두 극단 사이에 포함되어 있다. ROC 플롯이 완전히 45°대각선 아래에 포함되어 있다면, 이는 "양성"에 대한 기준을 "~보다 큰 것"에서부터 "~보다 작은 것"으로, 또는 그 반대의 경우에는 역으로 역전시킴으로써 쉽게 교정된다. 정질적으로, 플롯이 좌측 상단 코너에 가까울수록, 시험의 전체 정확도는 더 높다. 원하는 신뢰 구간에 의존하여, 임계는 각각 민감도 및 특이도의 적절한 균형을 이용하여 주어진 이벤트에 대한 진단 또는 예측을 허용하면서 ROC 곡선으로부터 도출될 수 있다. 따라서, 본 발명의 방법에 사용하고자 하는 참조는 바람직하게는 상기 기술된 바와 같이 상기 코호트에 대한 ROC를 확립하고, 그로부터 임계량을 도출해냄으로써 생성될 수 있다. 진단 방법에 대하여 원하는 민감도 및 특이도에 의존하여, ROC 플롯을 통해 적합한 임계를 도출해낼 수 있다. 바람직하게, 참조량은 적어도 75%의 민감도 및 적어도 45%의 특이도, 또는 적어도 80%의 민감도 및 적어도 40%의 특이도, 또는 적어도 85%의 민감도 및 적어도 33%의 특이도, 또는 적어도 90%의 민감도 및 적어도 25%의 특이도를 나타내는 값 범위 안에 있다.
바람직하게, 본원에서 사용되는 바, 참조량은 치료 이전이지만, 그의 공여자가 BC 또는 MBC에 이환되었는지 여부에 대해서는 공지되어 있는 경우에는 그에 대하여 수득된 대상체의 샘플로부터 유래된 것이다. 이러한 참조량 수준은 별개의 수치일 수 있거나, 또는 수치 범위일 수 있다. 명백하게는, 참조 수준 또는 양은 개별 종의 miRNA 사이에 차이가 있을 수 있다. 그러므로, 측정 시스템은 한 샘플 또는 각각의 특정 miRNA의 공지된 양을 포함하는 샘플 시리즈를 이용하여 보정된다. 상기와 같은 경우, miRNA의 양은 바람직하게는 임의 단위 (AU)로 표현될 수 있다는 것을 당업자는 이해하여야 한다. 따라서, 바람직하게, miRNA의 양은 샘플로부터 수득된 신호를 보정 곡선에 포함된 신호와 비교함으로써 측정된다. 개별 대상체에 대하여 적용가능한 참조량은 다양한 생리학적 파라미터, 예컨대, 연령 또는 하위집단에 의존하여 달라질 수 있다. 따라서, 적합한 참조량은 시험 샘플과 함께, 즉, 동시에 또는 순차적으로 분석하고자 하는 참조 샘플로부터 본 발명의 방법에 의해 측정될 수 있다. 또한, 임계량은 바람직하게는 참조량으로서 사용될 수 있다. 참조량은 바람직하게는 BC 또는 MBC에 이환된 것으로 공지되어 있는, BC 또는 MBC에 이환된 한 대상체 또는 대상체들로 이루어진 군의 샘플로부터 유래된 것일 수 있다. 참조량은 바람직하게는 또한 BC 또는 MBC에 이환되지 않은 것으로 공지되어 있는 한 대상체 또는 대상체들로 이루어진 군의 샘플로부터 유래된 것일 수 있다. 상기 언급된 양은 통계치 및 측정 오차에 기인하여 달라질 수 있다는 것을 이해하여야 한다. 본원에서 지칭되는 miRNA의 편차, 즉, 감소 또는 증가는 바람직하게는 통계학상 유의적인 편차, 즉, 통계학상 유의적인 감소 또는 통계학상 유의적인 증가이다.
본원에서 사용되는 바, 질환 또는 장애를 "치료하다," 그를 "치료하는" 또는 그의 "치료"란, 하기 (a) 장애의 중증도를 감소시키는 것; (b) 치료되는 장애(들)의 특징적인 증상의 발생을 제한 또는 예방하는 것; (c) 치료되는 장애(들)의 특징적인 증상의 악화를 억제시키는 것; (d) 이전에 장애(들)를 앓은 경험이 있는 개체에서 장애(들)의 재발을 제한 또는 예방하는 것; 및 (e) 이전에 장애(들)에 대한 증상을 보인 개체에서 증상의 재발을 제한 또는 예방하는 것 중 하나 이상의 것을 달성하는 것을 의미한다.
본원에서 사용되는 바, 질환 또는 장애를 "예방하다," 그를 "예방하는," 그의 "예방," 또는 "예방적 처치"란, 상기 질환 또는 장애가 환자에서 발생하는 것을 막는 것을 의미한다.
본원에서 사용되는 바, "요법"이라는 용어는 본원에서 언급되는 질환 또는 장애, 또는 그에 동반되는 증상을 유의적인 정도까지 호전시키기 위하여 대상체에게 적용되는 모든 조치를 지칭한다. 본원에서 사용되는 바, 상기 요법은 또한 본원에서 언급되는 질환 또는 장애와 관련된 건강 상태를 완전히 회복시키는 조치도 포함한다. 본 발명에 따라 사용되는 요법이 치료하고자 하는 모든 대상체에서 효과적일 수는 없다는 것을 이해하여야 한다. 그러나, 상기 용어는 본원에서 언급되는 질환 또는 장애를 앓는 대상체 중 통계학상 유의적인 상당부를 성공적으로 치료할 수 있어야 한다. 상당부가 통계학상 유의적인지 여부는 본원 상기에서 논의된, 널리 공지된 각종의 통계학적 평가 도구를 사용하여 당업자에 의해 순조롭게 측정될 수 있다.
본원에서 사용되는 바, "유방암 요법"이라는 용어는 전이성 유방암을 비롯한 유방암을 앓는 대상체에게, 상기 대상체로부터 암 세포를 제거하기 위한, 암 세포의 성장을 억제시키기 위한, 암 세포를 사멸시키기 위한, 또는 환자 신체가 암 세포의 성장을 억제하도록 또는 암 세포를 사멸시키도록 유발하기 위한 조치를 적용시키는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 유방암 요법은 화학요법, 항-호르몬 요법, 표적화 요법, 면역요법, 또는 그의 임의 조합이다. 그러나, 암 요법은 단독, 또는 다른 치료 요법과 조합된 방사선 요법 또는 수술이라는 것 또한 구상된다. 유방암 요법의 선택은 대상체의 연령, 종양 병기 분류, 및 종양 세포의 수용체 상태와 같은 여러 인자에 의존한다는 것을 당업자는 이해하여야 한다. 그러나, 유방암 요법의 선택은 본 발명의 방법을 지원받을 수 있다는 것 또한 당업자는 이해하여야 한다: 만약, 예컨대, BC 진단 방법에 의해 BC 진단은 받았지만, MBC 진단 방법에 의해서는 MBC 진단을 받지 않았다면, 종양의 수술을 통한 제거도 충분할 수 있다. 만약, 예컨대, BC 진단 방법에 의해 BC 진단을 받고, MBC 진단 방법에 의해 MBC 진단을 받았다면, 수술 이외의 요법 조치, 예컨대, 화학요법 및/또는 표적화 요법이 적절할 수 있다. 유사하게, 만약, BC 진단 방법에 의해 BC 진단을 받았고, CTC 상태 측정 방법에 의해 CTC 상태가 나쁜 것으로 측정되었다면, 예컨대, 치료 요법 이외의 면역요법을 추가로 부가시키는 것이 필요할 수 있다.
본원에서 사용되는 바, "화학요법"이라는 용어는 대상체를 항신생물성 약물로 치료하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 화학요법은 알킬화제 (예컨대, 시클로포스파미드), 백금 (예컨대, 카르보플라틴), 안트라시클린 (예컨대, 독소루비신, 에피루비신, 아이다루비신, 또는 다우노루비신) 및 토포이소머라제 II 억제제 (예컨대, 에토포시드, 이리노테칸, 토포테칸, 캄프토테신, 또는 VP16), 역형성 림프종 키나제 (ALK)-억제제 (예컨대, 크리조티닙 또는 AP26130), 오로라 키나제 억제제 (예컨대, N-[4-[4-(4-메틸피페라진-1-일)-6-[(5-메틸-1H-피라졸-3-일)아미노]피리미딘-2-일]술파닐페닐]시클로프로판카르복스아미드 (VX-680)), 항혈관신생제 (예컨대, 베바시주맙), 또는 아이오딘131-1-(3-아이오도벤질)구아니딘 (치료학적 메타아이오도벤질구아니딘), 히스톤 데아세틸라제 (HDAC) 억제제 단독, 또는 그의 임의의 적합한 조합을 포함하는 치료법이다. 화학요법은 바람직하게는 상기와 같은 적용 없이, 수일 또는 수주의 간격을 두고 대상체에게 완전한 치료 주기, 즉, 연속된 수회 (예컨대, 4, 6, 또는 8회)에 걸친 항신생물성 약물 또는 약물들을 투약 적용하는 것에 관한 것임을 이해하여야 한다.
"항-호르몬 요법"이라는 용어는 종양 세포 상에서 발현되는 호르몬 수용체, 예컨대, 에스트로겐 수용체 또는 프로게스테론 수용체를 차단함으로써, 또는 에스트로겐의 생합성을 차단함으로써 이루어지는 유방암 요법에 관한 것이다. 호르몬 수용체를 차단하는 것은 바람직하게는 상기 호르몬 수용체에 특이적으로 결합하고, 이로써, 그의 활성을 차단하는 화합물, 예컨대, 타목시펜을 투여함으로써 달성될 수 있다. 에스트로겐의 생합성을 차단하는 것은 바람직하게는 아로마타제 억제제, 예컨대, 아나스트로졸 또는 레트로졸의 투여에 의해 달성된다. 종양 세포가 호르몬 수용체를 발현하는 경우에는 항-호르몬 요법만이 유일하게 권고할만하다는 것을 당업자는 알고 있을 것이다.
본원에서 사용되는 바, "표적화 요법"이라는 용어는 종양 발생, 또는 암 또는 암 세포 성장에 필요한 것으로 공지된 특이 분자를 간섭함으로써 암 세포의 성장을 차단하는 것으로 공지된 화학 물질을 환자에게 적용하는 것에 관한 것이다. 당업자에게 공지된 예로는 소분자, 예컨대, PARP-억제제 (예컨대, 이니파립), 또는 모노클로날 항체, 예컨대, 트라스투주맙이 있다.
본원에서 사용되는 바, "면역요법"이라는 용어는 대상체의 면역 반응을 조절함으로써 암을 치료하는 것에 관한 것이다. 상기 조절은 상기 면역 반응을 유도하거나, 증진시키거나, 또는 억제시키는 것일 수 있다. "세포 기반 면역요법"이라는 용어는 면역 세포, 예컨대, T 세포, 바람직하게, 종양 특이적 NK 세포를 대상체에게 적용시키는 것을 포함하는 유방암 요법에 관한 것이다.
"방사선 요법" 또는 "방사선 치료"는 당업자에게 공지되어 있다. 상기 용어는 암을 치료 또는 조절하기 위해 이온화 방사선을 이용하는 것에 관한 것이다. 당업자는 또한 유방암 치료를 위한 수술 조치, 예컨대, 종양 조직 절제에 관한 것인, "수술"이라는 용어에 대해서도 알고 있다.
본원에서 사용되는 바, "요법 모니터링"이라는 용어는 암에 대한 치료가 상기 암을 앓는 대상체의 암 상태에 미치는 효과에 대하여 나타나는 징후를 수득하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 요법 모니터링은 제1 샘플을 제2 샘플 이전 시점에 수득하는 것인, 동일 대상체로부터 얻은 2개의 샘플에 대하여 본 발명의 방법을 적용시키는 것을 포함한다. 바람직하게, 제1 샘플을 수득하는 시점은 제2 샘플을 수득하는 시점으로부터 약 1주, 약 2주, 약 3주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 7주, 약 2개월, 약 3개월, 약 5개월, 약 6개월, 또는 약 6개월 초과만큼의 간격을 두고 있다. 그러나, 요법 모니터링 방법은 대상체를 장기간 동안 모니터링하는 데, 예컨대, 무재발 생존 기간 등을 모니터링하는 데 사용된다는 것 또한 본 발명에 의해 구상된다. 상기와 같은 경우, 제1 샘플을 수득하는 시점은 제2 샘플을 수득하는 시점으로부터 바람직하게, 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년, 적어도 4년, 적어도 5년, 또는 적어도 6년만큼의 간격을 두고 있다. 제1 샘플은 바람직하게는 암 요법 시작 이전에 수득되는 반면, 제2 샘플은 바람직하게는 요법 시작 이후에 수득된다는 것은 당업자에게 공지되어 있다. 그러나, 두 샘플 모두 요법 시작 이후에 수득된다는 것 또한 본 발명에 의해 구상된다. 본 발명의 요법 모니터링 방법에 따라 2개 초과의 연속된 샘플을 수득할 수 있고, 상기와 같은 경우, 제1 시점에 수득된 샘플이 제2 샘플과 비교되는 제1 샘플로서 뿐만 아니라, 제3 샘플에 대한 제1 샘플로서도 사용될 수 있다는 것 또한 당업자는 이해하고 있다. 이를 준용하여, 제2 시점에 수득된 샘플은 그렇더라도 제3 샘플 등과 비교되는 제1 샘플로서 사용될 수 있다.
본원에서 사용되는 바, "치료 성공"이라는 용어는 바람직하게는 본원에서 언급된 질환 또는 장애, 또는 그에 동반되는 증상이 유의적인 정도까지 호전된 것에 관한 것이다. 더욱 바람직하게, 상기 용어는 상기 대상체의 완전한 치유, 즉, 적어도 5년 동안 전이성 유방암의 진행 및/또는 재발을 막는 것에 관한 것이다. 따라서, "치료 성공 여부를 측정하는 것"은 대상체가 성공적으로 치료되었는지에 따른 확률을 사정하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 용어는 더욱 바람직하게는 특정 기간 동안 대상체의 무진행 생존 및/또는 전체 생존을 예측하는 것에 관한 것이다. "무진행 생존을 예측하는 것"은 특정 기간 동안 전이성 유방암의 재발 및/또는 진행 없이 생존하게 될 대상체의 확률을 측정하는 것에 관한 것이다. 따라서, "전체 생존을 예측하는 것"이라는 용어는 대상체가 특정 기간 동안 생존하게 되는 확률을 측정하는 것에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 기간은 적어도 12개월, 더욱 바람직하게, 적어도 24개월이다.
"약제," "의약" 및 "약물"이라는 용어는 조직 상태 또는 질환을 확인, 예방 또는 치료하는 데 사용되는 물질 및/또는 물질의 조합을 지칭하는 것으로서, 본원에서 상호교환적으로 사용된다.
본원에서 사용되는 바, "키트"라는 용어는 바람직하게는 별개로 또는 단일 용기 내에서 제공되는 상기 언급되는 컴포넌트의 집합을 지칭한다. 용기는 또한 바람직하게는 본 발명의 방법 수행에 관한 지침서를 포함한다. 키트의 상기 컴포넌트의 예 뿐만 아니라, 그의 사용 방법은 상기 설명서에 제공되어 있다. 키트는 바람직하게는 즉석 제제 중에 상기 언급된 컴포넌트를 함유한다. 바람직하게, 키트는 지침서, 예컨대, 컴포넌트, 예컨대, 검출제의 농도를 조정하기 위한, 및 본 발명의 방법에 의해 제공된 진단에 관한 임의의 측정(들) 결과를 해석하기 위한 사용자 매뉴얼을 추가로 포함할 수 있다. 특히, 상기 매뉴얼은 측정된 유전자 생성물의 양을 진단 유형으로 배정하는 것에 관한 정보를 포함할 수 있다. 상세한 설명은 상기 설명서 어디에서든 찾아볼 수 있어야 한다. 추가로, 상기 사용자 매뉴얼은 각 바이오마커의 양(들)을 측정하기 위해 키트의 컴포넌트를 정확하게 사용하는 것에 관한 지침서를 제공할 수 있다. 사용자 매뉴얼은 서면으로, 또는 예컨대, CD 또는 CD ROM 상에 저장된 것과 같은 전자식 형태로 제공될 수 있다. 본 발명은 또한 본 발명에 따른 방법들 중 임의의 것에서의 상기 키트의 용도에 관한 것이다.
본원에서 사용되는 바, "장치"라는 용어는 적어도, 진단할 수 있도록 서로 작동적으로 연결된 상기 언급된 수단을 포함하는 수단의 시스템에 관한 것이다. 유전자의 메틸화 상태 또는 양을 측정하는 데 바람직한 수단, 비교 수행 수단은 본 발명의 방법과 관련하여 상기에 개시되어 있다. 수단을 작동 방식으로 연결하는 방법은 장치 내에 포함되어 있는 수단의 유형에 의존하게 될 것이다. 예를 들어, 유전자 생성물의 메틸화 상태 또는 양을 자동적으로 측정하기 위한 수단이 적용되는 경우, 진단 확립을 위해 상기 자동적으로 작동하는 수단에 의해 수득된 데이터는 예컨대, 컴퓨터 프로그램에 의해 프로세싱될 수 있다. 바람직하게, 상기와 같은 경우, 수단은 단일 장치로 구성된다. 따라서, 상기 장치는 샘플 중 유전자 생성물의 메틸화 상태 또는 양을 측정하기 위한 분석 유닛, 및 진단을 위해 생성된 데이터를 프로세싱하는 평가 유닛을 포함할 수 있다. 바람직한 검출 수단은 상기 본 발명의 방법에 관한 실시양태와 관련하여 개시되어 있다. 상기 경우에서, 수단은 시스템의 사용자가 양의 측정 결과, 및 매뉴얼에 제공된 설명 및 해석에 기인하여 그의 진단 값을 함께 종합한다는 점에서 작동적으로 연결되어 있다. 상기 실시양태에서, 수단은 별개의 장치로 보여질 수 있고, 바람직하게, 키트로서 함께 ㅐ키징되어 있다. 당업자는 추가의 발명 기술 없이도 수단을 연결시키는 방법을 알고 있을 것이다. 바람직한 장치는 전문 임상의의 특별한 지식 없이도 적용될 수 있는 것, 예컨대, 단지 샘플 로딩만을 필요로 하는 테스트 스트라이프 또는 전자 장치이다. 결과는 파라미터 진단의 원시 데이터의 출력값으로서, 바람직하게는, 절대량 또는 상대량으로서 제공될 수 있다. 상기 데이터는 임상의에 의해 해석되어야 함을 이해하여야 한다. 그러나, 출력값이, 그의 해석을 위해 전문 임상의를 필요로 하지 않는 것인 프로세싱된 진단 원시 데이터를 포함하는 전문가 시스템 또한 구성된다. 추가의 바람직한 장치는 분석 유닛/장치 (예컨대, 바이오센서, 어레이, 폴리펩티드를 특이적으로 인식하는 리간드에 커플링된 고체 지지체, 플라스몬 표면 공명 장치, NMR 분석기, 질량분석계 등) 또는 본 발명의 방법에 따라 상기 지칭된 평가 유닛/장치를 포함한다.
실시양태
제1 측면에서 본 발명은 대상체에서
(a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및
(b) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재를 측정하는 단계를 포함하는, 대상체에서 질환을 예후 및/또는 진단하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 질환은 증식성 세포 질환이다. 특정 실시양태에서 질환은 암이다. 특히, 암은 유방암, 췌장암 및 난소암으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, miR-652라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-652-3p)의 서열을 지칭하고, miR-801이라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥의 서열을 지칭하고, miR-376c라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-376c-3p)의 서열을 지칭하고, miR-376a라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-376a-3p)의 서열을 지칭하고, miR-127이라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-127-3p)의 서열을 지칭하고, miR-409라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-409-3p)의 서열을 지칭하고, miR-148b라는 용어는 -3p 또는 -5p 가닥 (특히, miR-148-3p)의 서열을 지칭한다.
추가의 실시양태에서, 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 of HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준의 변경이 조직 상태 또는 질환의 변화, 예컨대, 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 악화 또는 호전을 나타낸다. 특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 감소는 조직 상태 또는 질환이 악화되었음을 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 증가는 조직 상태 또는 질환의 호전을 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 변경은 또한 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생할 위험을 나타내기도 한다. 더욱 구체적으로, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 감소는 퇴행성 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생될 위험이 있음을 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 변경, 특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 감소는 또한 개체가 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암을 앓는다는 것을 나타낸다. 추가로, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태 변경, 예컨대, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태의 수준 상승 또는 하락은 대상체에서 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 진행 또는 병기를 나타낸다. 특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 메틸화 상태의 감소는 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 악화를 나타낸다.
특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 증가는 조직 상태 또는 질환의 악화를 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 감소는 조직 상태 또는 질환의 호전을 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 변경은 또한 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생될 위험이 있음을 나타낸다. 더욱 구체적으로, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 증가는 퇴행성 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생될 위험이 있음을 나타낸다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 변경, 특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 증가는 또한 개체가 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암을 앓는다는 것을 나타낸다. 추가로, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 변경, 예컨대, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 상승 또는 하락은 대상체에서 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 진행 또는 병기를 나타낸다. 특히, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4의 발현 수준 증가는 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 악화를 나타낸다.
추가의 실시양태에서, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준 변경은 조직 상태 또는 질환의 변화, 예컨대, 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 악화 또는 호전을 나타낸다.
특히, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b의 수준 변경은 조직 상태 또는 질환의 악화를 나타낸다. miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b의 수준 하락은 조직 상태 또는 질환의 호전을 나타낸다. miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준의 변경은 또한 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생될 위험이 있음을 나타낸다. 더욱 구체적으로, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b의 수준 상승은 퇴행성 조직 상태 또는 질환, 특히, 암이 발생될 위험이 있음을 나타낸다. miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준 변경, 특히, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준 상승은 또한 개체가 변경된 조직 상태 또는 질환, 특히, 암을 앓는다는 것을 나타낸다. 추가로, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준 변경, 예컨대, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b의 수준 상승 또는 하락은 대상체에서 조직 상태 암 질환의 진행 또는 병기를 나타낸다. 특히, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및/또는 miR-148b 수준 상승은 조직 상태 또는 질환, 특히, 암의 악화를 나타낸다.
적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재, 특히, 그의 양은 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타낸다. 암의 예후 및/또는 진단은
i. 암 발생 위험,
ii. 암의 존재, 및/또는
iii. 암의 진행, 특히, 악화 또는 호전을 포함한다.
특정 실시양태에서, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127p, miR-409, 및 miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 한 miRNA 마커의 존재, 특히 그의 양을 측정한다.
특정 실시양태에서, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 한 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정한다.
특정 실시양태에서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7 또는 8개의 상이한 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 상이한 miRNA 마커의 존재, 특히 그의 양을 측정한다. 특히, 7개의 miRNA 마커 모두를 측정한다. 7개의 miRNA 마커 모두를 측정하는 경우, 이 조합은 miR-7로 지칭되며, 즉, miR-7은 7개의 miRNA 마커, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127p, miR-409, 및 miR-148b 모두를 포함한다.
메틸화 마커 및 miRNA의 다양한 구체적인 조합이 암을 예후 및/또는 진단하는 데 사용될 수 있다는 것을 이해하여야 한다.
특정 실시양태에서, 메틸화 마커의 하기 조합 중 하나 이상의 것의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준이 측정된다:
HYAL2 + RAPSN; S100P + RAPSN; RPTOR + HYAL2; MGRN1 + HYAL2; SLC22A18 + S100P; HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + S100P; miR-7 + DYRK4; RPTOR + RAPSN; FUT7 + RAPSN; MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + FUT7; FUT7 + MGRN1; miR-7 + MGRN1; MGRN1 + S100P; DYRK4 + RAPSN; FUT7 + S100P; RPTOR + DYRK4; RPTOR + miR-7; DYRK4 + MGRN1; FUT7 + HYAL2; miR-7 + RAPSN; MGRN1 + RAPSN; HYAL2 + S100P; miR-7 + SLC22A18; RPTOR + MGRN1; DYRK4 + SLC22A18; SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + HYAL2; DYRK4 + S100P; FUT7 + SLC22A18; miR-7 + HYAL2; RPTOR + SLC22A18; miR-7 + S100P; miR-7 + FUT7; DYRK4 + FUT7;
miR-7 + DYRK4 + FUT7; miR-7 + MGRN1 + HYAL2; RPTOR + MGRN1 + RAPSN; MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + S100P; miR-7 + MGRN1 + S100P; RPTOR + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + FUT7 + HYAL2; FUT7 + HYAL2 + SLC22A18; FUT7 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + S100P; DYRK4 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + MGRN1 + HYAL2; DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + DYRK4 + MGRN1; miR-7 + DYRK4 + S100P; DYRK4 + S100P + RAPSN; DYRK4 + MGRN1 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1; DYRK4 + FUT7 + MGRN1; miR-7 + FUT7 + RAPSN; miR-7 + MGRN1 + RAPSN; RPTOR + HYAL2 + S100P; HYAL2 + S100P + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + RAPSN; MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; FUT7 + MGRN1 + S100P; RPTOR + DYRK4 + RAPSN; FUT7 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + S100P; DYRK4 + HYAL2 + RAPSN; FUT7 + HYAL2 + S100P; RPTOR + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + HYAL2; HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + MGRN1 + S100P; miR-7 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + RAPSN; miR-7 + FUT7 + MGRN1; RPTOR + DYRK4 + HYAL2; FUT7 + MGRN1 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1; FUT7 + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + DYRK4; miR-7 + DYRK4 + SLC22A18; RPTOR + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + RAPSN; RPTOR + HYAL2 + SLC22A18; SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1; RPTOR + SLC22A18 + S100P; MGRN1 + SLC22A18 + S100P; MGRN1 + HYAL2 + S100P; miR-7 + HYAL2 + S100P; RPTOR + MGRN1 + S100P; RPTOR + FUT7 + SLC22A18; MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7; DYRK4 + FUT7 + HYAL2; RPTOR + FUT7 + RAPSN; DYRK4 + HYAL2 + S100P; FUT7 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7; miR-7 + FUT7 + HYAL2; miR-7 + MGRN1 + SLC22A18; miR-7 + FUT7 + SLC22A18; miR-7 + DYRK4 + HYAL2; MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; FUT7 + MGRN1 + HYAL2; DYRK4 + FUT7 + SLC22A18; HYAL2 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + FUT7 + S100P; RPTOR + DYRK4 + SLC22A18; DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + MGRN1 + HYAL2; DYRK4 + SLC22A18 + RAPSN; FUT7 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + SLC22A18; miR-7 + FUT7 + S100P; miR-7 + HYAL2 + SLC22A18;
RPTOR + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + FUT7 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + HYAL2; DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + S100P; miR-7 + DYRK4 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + SLC22A18; miR-7 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18; DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + RAPSN; MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + S100P; MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + S100P; FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + HYAL2; miR-7 + FUT7 + HYAL2 + S100P; miR-7 + FUT7 + SLC22A18 + S100P; FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + FUT7 + S100P + RAPSN; FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2; RPTOR + miR-7 + FUT7 + S100P; RPTOR + miR-7 + HYAL2 + S100P; DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; FUT7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18; MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18; DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + S100P; miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1; DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + HYAL2; miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + DYRK4 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + RAPSN; RPTOR + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + RAPSN; RPTOR + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18; miR-7 + DYRK4 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2; miR-7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + FUT7 + HYAL2 + RAPSN; HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1; RPTOR + miR-7 + FUT7 + RAPSN; FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + S100P + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + S100P; DYRK4 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + HYAL2; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + S100P; miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + DYRK4 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + S100P; FUT7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + S100P; DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18; FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + S100P; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18; miR-7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18; miR-7 + MGRN1 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + RAPSN; RPTOR + FUT7 + SLC22A18 + S100P; FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + HYAL2 + RAPSN; DYRK4 + MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1; miR-7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18; DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + RAPSN; MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + S100P; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + S100P; miR-7 + DYRK4 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + S100P; miR-7 + FUT7 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + RAPSN; miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + SLC22A18; FUT7 + MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + HYAL2; DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + SLC22A18 + S100P; DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2;
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RPTOR + miR-7 + DYRK4 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; miR-7 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + S100P; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN;
miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18; miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + S100P + RAPSN;
RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + S100P + RAPSN; miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P; RPTOR + miR-7 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; RPTOR + miR-7 + DYRK4 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN; 및
RPTOR + miR-7 + DYRK4 + FUT7 + MGRN1 + HYAL2 + SLC22A18 + S100P + RAPSN.
특정 실시양태에서, 메틸화 마커 RPTOR, MGRN1, 및 RAPSN의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준이 측정되고, miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, 및 miR-148b의 존재, 특히, 그의 양이 측정된다. 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 또한 측정된다.
특정 실시양태에서, 메틸화 마커 DYRK4, S100P, FUT7, 및 SLC22A18의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준이 측정되고, miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, 및 miR-148b의 존재, 특히, 그의 양이 측정된다. 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 또한 측정된다.
추가의 실시양태에서, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4 의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준이 측정되고, miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, 및 miR-148b의 존재가 측정된다. 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 또한 측정된다.
특정 실시양태에서, 메틸화 상태를 측정하는 것은 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및/또는 DYRK4 유전자 내의 적어도 하나의 CpG 부위의 메틸화를 측정하는 것을 포함한다. 특히, 상기 유전자의 프로모터, 인트론 및/또는 엑손 영역의 메틸화 상태가 측정된다.
특히, HYAL2 유전자는 인간 염색체 3에 위치하는 인간 HYAL2 유전자 (진뱅크 수탁 번호: NC_000003.11 GI: 224589815)이다. 특히, 인간 염색체 3 상의 위치 50334760 내지 위치 50335700 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치 50335694 (cg27091787), 50335584 (HYAL_CpG_1), 50335646 (HYAL_CpG_2), 또는 50335671 (HYAL_CpG_3), 50335166 (HYAL-is-310 CpG_1), 50335180 (HYAL-is-310 CpG_2), 50335192 (HYAL-is-310 CpG_3), 50335195 (HYAL-is-310 CpG_4), 50335227 (HYAL-is-310 CpG_5), 50335233 (HYAL-is-310 CpG_6), 50335300 (HYAL-is-310 CpG_7), 50335315 (HYAL-is-310 CpG_8), 50335375 (HYAL-is-310 CpG_9), 50335392 (HYAL-is-310 CpG_10), 50335401 (HYAL-is-310 CpG_11), 50334744 (HYAL2-is-325_CpG_1), 50334761 (HYAL2-is-325_CpG_2), 50334804 (HYAL2-is-325_CpG_3), 50334844 (HYAL2-is-325_CpG_4), 50334853 (HYAL2-is-325_CpG_5), 50334862 (HYAL2-is-325_CpG_6), 50334880 (HYAL2-is-325_CpG_7), 50334906 (HYAL2-is-325_CpG_8), 50334913 (HYAL2-is-325_CpG_9), 50334917 (HYAL2-is-325_CpG_10), 0334928 (HYAL2-is-325_CpG_11), 50334944 (HYAL2-is-325_CpG_12), 50334956 (HYAL2-is-325_CpG_13), 50334980 (HYAL2-is-325_CpG_14), 50334982 (HYAL2-is-325_CpG_15), 50335010 (HYAL2-is-325_CpG_16) 50335014 (HYAL2-is-325_CpG_17), 50331237 (cg08776109) 및 50330420 (cg06721473)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다.
더욱 구체적으로, 적어도 하나의 CpG 부위는 위치 50335694의 cg27091787, 위치 50335584의 HYAL_CpG_1, 위치 50335646의 HYAL_CpG_2, 및 위치 50335671의 HYAL_CpG_3으로 이루어진 목록으로부터 선택된다. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 HYAL2 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다. 예컨대, HYAL2 유전자는 염색체 3 상의 빌드37/hg19 중 위치 50,355,221-50,360,337에 위치하지만, 염색체 3 상의 빌드36/hg18 중에서는 위치 50,330,244-50,335,146에 위치한다.
특히, MGRN1 유전자는 인간 염색체 16에 위치하는 인간 MGRN1 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000016.10, 범위: 4624824-4690974, 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: NC_018927.2, 범위: 4674882-4741756, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1; 진뱅크 수탁 번호: AC_000148.1, 범위: 4641815-4707494, 대안적 어셈블리 HuRef). 특히, 인간 염색체 16 상의 위치 4654000 내지 위치 4681000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 특히, CpG 부위(들)는 염색체 16의 하기 영역: 4670069-4670542, 4654000-4655000, 4669000-4674000, 및 4678000-4681000 중 하나 이상의 것에 위치한다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 4670487 (MGRN1_CpG_1), 4670481 (MGRN1_CpG_2), 4670466 (MGRN1_CpG_3), 4670459 (MGRN1_CpG_4), 4670442 (MGRN1_CpG_5), 4670440 (MGRN1_CpG_6), 4670435 (MGRN1_CpG_7), 4670433 (MGRN1_CpG_8), 4670422 (MGRN1_CpG_9), 4670414 (MGRN1_CpG_10), 4670411 (MGRN1_CpG_11), 4670402 (MGRN1_CpG_12), 4670393 (MGRN1_CpG_13), 4670357 (MGRN1_CpG_14), 4670352 (MGRN1_CpG_15), 4670343 (MGRN1_CpG_16), 4670341 (MGRN1_CpG_17), 4670336 (MGRN1_CpG_18), 4670313 (MGRN1_CpG_19), 4670310 (MGRN1_CpG_20), 4670301 (MGRN1_CpG_21), 4670292 (MGRN1_CpG_22), 4670287 (MGRN1_CpG_23), 4670281 (MGRN1_CpG_24), 4670276 (MGRN1_CpG_25), 4670264 (MGRN1_CpG_26), 4670234 (MGRN1_CpG_27), 4670211 (MGRN1_CpG_28), 4670180 (MGRN1_CpG_29), 4670174 (MGRN1_CpG_30), 4670157 (MGRN1_CpG_31), 4670137 (MGRN1_CpG_32), 4670123 (MGRN1_CpG_33), 4670117 (MGRN1_CpG_34)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 MGRN1 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, RPTOR 유전자는 인간 염색체 17에 위치하는 인간 RPTOR 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000017.11, 범위: 80544825-80966373, GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: NG_013034.1, 범위: 5001-426549, RefSeqGene; 진뱅크 수탁 번호: NC_018928.2, 범위: 78604958-79026514, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1; 진뱅크 수탁 번호: NG_013034.1; 진뱅크 수탁 번호: AC_000149.1,범위: 73954508-74378467, 대안적 어셈블리 HuRef). 특히, 인간 염색체 17 상의 위치 76.297.000 내지 위치 76.416.000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 특히, CpG 부위(들)는 염색체 17의 하기 영역: 476.369.937-76.370.536. 76.297.000-76.310.000, 76.333.000-76.341.000, 76.360.000-76.380.000, 및 76.411.000-76.416.000 중 하나 이상의 것에 위치한다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 76370001 (RPTOR_CpG_1), 76370037 (RPTOR_CpG_2), 76370073 (RPTOR_CpG_3), 76370092 (RPTOR_CpG_4), 76370172 (RPTOR_CpG_5), 76370199 (RPTOR_CpG_6), 76370220 (RPTOR_CpG_7), 76370253 (RPTOR_CpG_8)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태, 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 RPTOR 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, SLC22A18 유전자는 인간 염색체 11에 위치하는 인간 SLC22A18 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000011.10, 범위: 2899721-2925246， 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: NG_011512.1, 범위: 5001-30526，RefSeqGene; 진뱅크 수탁 번호: NT_187585.1, 범위: 131932-157362, 참조 GRCh38 ALT_REF_LOCI_1; 진뱅크 수탁 번호: AC_000143.1, 범위: 2709509-2734907, 대안적 어셈블리 HuRef; 진뱅크 수탁 번호: NC_018922.2, 범위:2919878-2945340, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1). 특히, 인간 염색체 11 상의 위치 2876000 내지 위치 2883000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 특히, CpG 부위는 2.877.113-2.877.442에 위치한다. 더욱 구체적으로, chr11: 2.876.000 - chr11: 2.883.000의, 7,000 bp의 암 연관된, 특히 BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 연관된, 차별적인 메틸화 영역이 SLC22A18 (전사체 변이체)의 프로모터 영역, CpG 섬 및 유전자 본체 영역의 일부분을 커버한다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 2877395 (SLC22A18_CpG_1), 2877375 (SLC22A18_CpG_2), 2877365 (SLC22A18_CpG_3), 2877341 (SLC22A18_CpG_4), 2877323 (SLC22A18_CpG_5), 2877311 (SLC22A18_CpG_6), 2877193 (SLC22A18_CpG_7), 2877140 (SLC22A18_CpG_8)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 SLC22A18 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, FUT7 유전자는 인간 염색체 9에 위치하는 인간 FUT7 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000009.12, 범위: 137030174-137032840, 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: NG_007527.1, 범위: 5001-7667, RefSeqGene; 진뱅크 수탁 번호: AC_000141.1, 범위: 109383478-109386144, 대안적 어셈블리 HuRef; 진뱅크 수탁 번호: NC_018920.2, 범위: 140073389-140076055, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1). 특히, 인간 염색체 9 상의 위치 139046000 내지 위치 139048000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 더욱 구체적으로, FUT7의 프로모터 영역에 위치하는 2,000 bp의 BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 연관된, 차별적인 메틸화 영역. 특히, CpG 부위는 139.047.218-139.047.610, 139.046.000-139.048.000, 및 139.045.065-139.045.817에 위치한다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 139047253 (FUT_CpG_1), 139047314 (FUT_CpG_2), 139047346 (FUT_CpG_3), 139047427 (FUT_CpG_4), 139047445 (FUT_CpG_5), 139047467 (FUT_CpG_6), 139047483 (FUT_CpG_7), 139047566 (FUT_CpG_8)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 FUT7 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, RAPSN 유전자는 인간 염색체 11에 위치하는 인간 RAPSN 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000011.10, 범위: 47437757-.47449178, 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: NG_008312.1, 범위: 5001-16423, RefSeqGene; 진뱅크 수탁 번호: NC_018922.2, 범위: 47458570-47469991, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1; 진뱅크 수탁 번호: AC_000143.1, 범위: 47159075-47170494, 대안적 어셈블리 HuRef). 특히, 인간 염색체 11 상의 위치 47427500 내지 위치 47428500 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 바람직하게, CpG 부위는 47427500-47428300에 위치한다. 더욱 구체적으로, RAPSN의 프로모터 영역에 위치하는 1,000 bp의 암 연관된, 바람직하게, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 연관된, 차별적인 메틸화 영역. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 47427787 (RAPSN_CpG_1), 47427825 (RAPSN_CpG_2), 47427883 (RAPSN_CpG_3), 47427915 (RAPSN_CpG_4), 47427930 (RAPSN_CpG_5), 47427976 (RAPSN_CpG_6), 47428029 (RAPSN_CpG_7), 47428110 (RAPSN_CpG_8)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 RAPSN 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, S100P 유전자는 인간 염색체 4에 위치하는 인간 S100P 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000004.12, 범위: 6693839-6697170, 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: AC_000136.1, 범위: 6627254-6630595, 대안적 어셈블리 HuRef; 진뱅크 수탁 번호: NC_018915.2, 범위: 6693944-6697285, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1). 특히, 인간 염색체 4 상의 위치 6746000 내지 위치 6747000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 더욱 구체적으로, S100P의 프로모터 영역에서부터 제1 엑손까지에 위치하는 1,000 bp의 암 연관된 (바람직하게, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 연관된) 차별적인 메틸화 영역. 특히, CpG 부위는 6.746.537-6.746.823에 위치한다. 더욱 구체적으로, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 6746565 (S100P_CpG_1), 6746599 (S100P_CpG_2), 6746609 (S100P_CpG_3), 6746616 (S100P_CpG_4), 6746623 (S100P_CpG_5), 6746634 (S100P_CpG_6), 6746710 (S100P_CpG_7), 6746728 (S100P_CpG_8), 6746753 (S100P_CpG_9), 6746779 (S100P_CpG_10), 6746788 (S100P_CpG_11), 6746791 (S100P_CpG_12)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태. 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 S100P 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
특히, DYRK4 유전자는 인간 염색체 12에 위치하는 인간 DYRK4 유전자이다 (진뱅크 수탁 번호: NC_000012.12, 범위: 4590072-4613888, 참조 GRCh38 1차 어셈블리; 진뱅크 수탁 번호: AC_000144.1, 범위: 4555932-4579747, 대안적 어셈블리 HuRef; 진뱅크 수탁 번호: NC_018923.2, 범위: 4698860-4722666, 대안적 어셈블리 CHM1_1.1). 특히, 인간 염색체 12 상의 위치 4569000 내지 위치 4571000 사이에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태가 측정된다. 더욱 구체적으로, DYRK4의 프로모터 영역에 위치하는 2,000 bp의, 암 연관된, 바람직하게, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 연관된, 차별적인 메틸화 영역. 특히, CpG 부위는 4569448-4569945에 위치한다. 더욱 구체적으로, 특히, 인간 게놈의 빌드36.1/hg18을 지칭하는 경우, 위치: 4569879 (DYRK4_CpG_1), 4569809 (DYRK4_CpG_2), 4569707 (DYRK4_CpG_3), 4569493 (DYRK4_CpG_4)에 위치하는 CpG 부위 중 적어도 하나의 메틸화 상태, 특히, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 또는 적어도 15개의 본 발명의 CpG 부위의 메틸화 상태가 측정된다. 상기 CpG 부위의 정확한 넘버링은 특정 게놈 서열에, 및 분석하고자 하는 샘플 중에 포함된 DYRK4 프로모터 영역의 특정 서열에 의존할 수 있다는 것을 당업자는 이해할 것이다.
추가의 실시양태에서, 암을 예후 및/또는 진단하는 방법은 상기 대상체에서의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 하나 이상의 참조(들)에서의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양과 비교하는 단계를 추가로 포함한다. 특히, 참조는 임계치, 참조 값 또는 참조 샘플이다.
실시양태에서, 참조가 임계치일 경우, 임계치 미만인, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태는 대상체가 암을 앓거나, 암 발생 위험이 증가되어 있거나, 또는 질환이 악화되었음을 나타내는 반면; 임계치와 동일하거나, 또는 그를 초과하는 메틸화 상태는 대상체가 암을 앓지 않거나, 암 발생 위험이 감소되어 있거나, 또는 질환이 호전되었음을 나타낸다. 상기 언급된 수준은 측정값의 통계치 및 오차에 기인하여 달라질 수 있음을 이해하여야 한다.
실시양태에서, 참조가 임계치일 경우, 임계치와 동일하거나, 또는 그를 초과하는, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준은 대상체가 암을 앓거나, 암 발생 위험이 증가되어 있거나, 또는 질환이 악화되었음을 나타내는 반면; 임계치 미만인 발현 수준은 대상체가 암을 앓지 않거나, 암 발생 위험이 감소되어 있거나, 또는 질환이 호전되었음을 나타낸다. 상기 언급된 수준은 측정값의 통계치 및 오차에 기인하여 달라질 수 있음을 이해하여야 한다.
실시양태에서, 참조가 임계치일 경우, 임계치와 동일하거나, 또는 그를 초과하는, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양은 대상체가 암을 앓거나, 암 발생 위험이 증가되어 있거나, 또는 질환이 악화되었음을 나타내는 반면; 임계치 미만인 양은 대상체가 암을 앓지 않거나, 암 발생 위험이 감소되어 있거나, 또는 질환이 호전되었음을 나타낸다. 상기 언급된 양은 측정값의 통계치 및 오차에 기인하여 달라질 수 있음을 이해하여야 한다.
특정 실시양태에서, 대상체가 암을 앓거나, 암 발생 위험이 증가되어 있거나, 또는 질환이 악화되었음을 나타내는 것에 관한 임계치는, HYAL2의 경우, 대조군의 90% 미만인 메틸화 상태 및 대조군보다 1.2배 초과로 더 높은 발현 수준이다. 특정 실시양태에서, MGRN1 경우의 임계치는 대조군의 90% 미만인 메틸화 상태이다. 특정 실시양태에서, RPTOR 경우의 임계치는 대조군의 95% 미만인 메틸화 상태이다. 특정 실시양태에서, SLC22A18 경우의 임계치는 대조군의 95% 미만인 메틸화 상태 및 대조군보다 1.1배 초과로 더 높은 발현 수준이다. 특정 실시양태에서, FUT7 경우의 임계치는 대조군의 92% 미만인 메틸화 상태이다. 특정 실시양태에서, RAPSN 경우의 임계치는 대조군의 98% 미만인 메틸화 상태이다. 특정 실시양태에서, S100P 경우의 임계치는 대조군의 90% 미만인 메틸화 상태 및 대조군보다 2배 초과로 더 높은 발현 수준이다. 특정 실시양태에서, DYRK4 경우의 임계치는 대조군의 85% 미만인 메틸화 상태이다.
특정 실시양태에서, miR-652에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-801에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.6Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.5배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-376c에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-376a에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.6Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.5배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-127에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-409에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.4Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.3배 초과로 더 높은 양)이다. 특정 실시양태에서, miR-148b에 대한 임계 수준은 대조군보다 적어도 0.3Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.2배 초과로 더 높은 양)이다.
실시양태에서, 참조가 참조 값인 경우, 상기 참조 값은 암의 부재, 암의 존재 또는 암 발생 위험의 증가 또는 감소를 나타내는 값이다.
추가의 실시양태에서, 참조 샘플은 건강한 개체로부터 유래된 참조 샘플, 이환된 개체로부터 유래된 참조 샘플, 조기 시점 또는 후기 시점에 채취된, 관심 샘플과 동일한 개체로부터 유래된 참조 샘플, 및 건강한 개체를 나타내거나, 또는 암의 존재 또는 부재를 나타내거나, 또는 암 발생 위험의 증가 또는 감소를 나타내는 참조 샘플로 이루어진 군으로부터 선택된다.
실시양태에서, 참조가 건강한 대상체, 또는 암의 부재를 나타내는 것인 암 발생 위험 또는 메틸화 마커의 메틸화 상태 또는 miRNA의 양이 감소된 대상체인 경우, 참조와 비교하였을 때, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 수준 감소 및/또는 그의 발현 증가 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그의 양 증가는 대상체에서
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타낸다.
실시양태에서, 참조가 이환된 대상체, 또는 암의 존재를 나타내는 것인 암 발생 위험 또는 메틸화 마커의 메틸화 상태 또는 miRNA의 양이 증가된 대상체인 경우, 적어도 하나의 메틸화 마커의 유사한 메틸화 상태 또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 유사한 양은 대상체에서
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타낸다.
실시양태에서, 참조 샘플이 관심 샘플과 동일한 개체로부터 유래된 것이고, 조기 시점에 채취된 것일 경우, 대상체에서
(i) 참조와 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 감소 및/또는 그의 발현 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그의 양의 증가는
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타내고/거나,
(ii) 참조와 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 증가 및/또는 그의 발현 감소, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그의 양의 감소는
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험 감소,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 부재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행 감소를 나타내고/거나,
(iii) 참조와 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 유사한 메틸화 수준 및/또는 발현 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 유사한 양은
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험 유사,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행의 정체, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존속을 나타낸다.
특정 실시양태에서, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 측정된다. 특히, miR-652의 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-801의 대조군보다 적어도 0.6Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.5배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-376c의 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-376a의 대조군보다 적어도 0.6Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.5배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-127의 대조군보다 적어도 0.5Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.4배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-409의 대조군보다 적어도 0.4Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.3배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다. 특정 실시양태에서, miR-148의 대조군보다 적어도 0.3Ct 값 적은 양 (또는 대조군보다 1.2배 초과로 더 높은 양)은 암임을 나타낸다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 추가의 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액은 혈액이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제2 측면에서, 본 발명은
(a) 대상체의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
(b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는,
대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양은 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조로 측정된다.
특정 실시양태에서, 약제의 투여량은 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 결정된다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액은 혈액이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 바람직하게, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제3 측면에서, 본 발명은
(a) 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및
(d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
c) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 증가하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면, 약제의 투여량은 증가된다.
특정 실시양태에서,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 증가하였다면
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
c) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면, 약제의 투여량은 감소된다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제4 측면에서, 본 발명은
(a) 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
(c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고,
여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플은 시간 및/또는 농도와 관련하여 상기 물질에 다르게 노출된다. 따라서, 관심 샘플은 더욱 긴 또는 더욱 짧은 기간 동안, 및/또는 더 높거나, 또는 더 낮은 농도의 상기 물질로 상기 물질에 노출될 수 있다.
실시양태에서, 관심 샘플이 더 높은 농도에 및/또는 더욱 긴 기간 동안 노출된 경우,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
c) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 증가하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면, 물질은 유해한 효과를 가지는 것으로 측정된다.
실시양태에서, 관심 샘플이 더 높은 농도에 및/또는 더욱 긴 기간 동안 노출된 경우,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 증가하였다면,
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
c) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 is equal to decreased 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 증가하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면, 물질은 유익한 효과를 가지는 것으로 측정된다.
실시양태에서, 관심 샘플이 더 낮은 농도에 및/또는 더욱 짧은 기간 동안 노출된 경우,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
c) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 증가하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 동일하거나, 또는 증가하였다면, 물질은 효과가 없거나, 또는 유해한 효과를 가지는 것으로 측정된다.
실시양태에서, 관심 샘플이 더 낮은 농도에 및/또는 더욱 짧은 기간 동안 노출된 경우,
a) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 증가하였다면,
b) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소하였다면,
c) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 동일하거나, 또는 감소하였다면,
d) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
e) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
f) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 감소하였다면,
g) 질환의 부재 또는 질환의 발생 위험 감소를 나타내는 참조, 또는 건강한 대상체의 또는 질환의 부재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA의 양이 동일하거나, 또는 감소하였다면,
h) 질환의 존재 또는 질환의 발생 위험 증가를 나타내는 참조, 또는 이환된 대상체의 또는 질환의 존재를 나타내는 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면,
i) 조기 시점에 상기 대상체로부터 수득된 참조 샘플과 비교하여 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소하였다면, 물질은 유익한 효과를 가지는 것으로 측정된다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제5 측면에서, 본 발명은 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 대상체로부터 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제6 측면에서, 본 발명은 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
제7 측면에서, 본 발명은
(i) 대상체의 제1 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계;
(ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 대상체의 치료를 시작하는 단계,
(iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 제2 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계;
(iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계;
(v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 대상체를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는
(vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 대상체를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 대상체를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 체액 샘플 또는 조직 샘플이다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액, 혈청, 혈장, 윤활액, 소변, 타액, 림프액, 눈물, 및 선, 예로서, 예컨대, 유선 또는 전립선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 체액 샘플은 혈액 샘플이다.
추가의 실시양태에서, 조직 샘플은 종양 조직, 또는 종양에 인접한 조직으로부터 수득된 조직 추출물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 세포 배양물, 또는 조직 배양물, 예컨대, 제한 없이, 각종 암 세포의 배양물이다. 추가의 실시양태에서, 관심 샘플 및/또는 참조 샘플은 상기 세포 배양물 또는 조직 배양물로부터 수득된 배지이다.
특정 실시양태에서, 대상체는 포유동물, 파충류, 또는 조류이다. 특히, 대상체는 실험실용 동물 (예컨대, 마우스 또는 래트), 가축 (예컨대, 기니아 피그, 토끼, 말, 당나귀, 소, 양, 염소, 돼지, 닭, 낙타, 고양이, 개, 바다거북, 육지 거북, 뱀, 또는 도마뱀 포함), 또는 침팬지, 보노보, 고릴라, 및 인간을 비롯한 영장류로 이루어진 군으로부터 선택된다. 인간이 특히 바람직하다.
특정 실시양태에서, 치료 요법은 화학요법, 항-호르몬 요법, 면역요법, 및 방사선 요법으로 이루어진 목록으로부터 선택된다.
제8 측면에서, 본 발명은
c) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단, 및
d) 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단을 포함하는,
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한 수단에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 상기 수단은 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 검출한다.
추가의 실시양태에서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검출하기 위한 하나 이상의 수단으로는 적어도 하나의 메틸화 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시양태에서, 메틸화 특이적 폴리뉴클레오티드는 메틸화 특이적인 프라이머 및/또는 메틸화 특이적인 프로브이다.
추가의 실시양태에서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단으로는 결합 모이어티를 포함한다. 상기 결합 모이어티는 특히 폴리뉴클레오티드, 펩티드, 단백질, 또는 압타머이다. 추가의 실시양태에서, 결합 모이어티는 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, Fab 단편, Fc 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, 단일 도메인 항체 (sdAb), 나노바디, 단일 쇄 Fv (scFv), 2가 단일 쇄 가변 단편 (디-scFv), 탠덤 scFv, 디아바디, 트리아바디, 이중특이적 디아바디, 단일 쇄 디아바디 (scDb), 이중특이적 T 세포 관여 항체 (BiTE), 및 DART" 분자로 이루어진 군으로부터 선택된다.
특정 실시양태에서, 결합 모이어티는 메틸화 마커의 유전자 생성물의 일부분에 결합한다. 따라서, 결합 모이어티가 폴리뉴클레오티드인 실시양태에서, 상기 폴리뉴클레오티드는 각 메틸화 마커의 유전자, 즉, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 또는 DYRK4의 유전자로부터 전사된 mRNA에 결합한다.
결합 모이어티가 펩티드, 단백질 또는 압타머인 실시양태에서, 상기 펩티드, 단백질, 또는 압타머는 각 메틸화 마커의 유전자, 즉, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 또는 DYRK4의 유전자로부터 번역된 단백질의 일부분, 특히, 에피토프에 결합한다.
특정 실시양태에서, 상기 수단은 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커를 검출한다.
추가의 실시양태에서, 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단으로는 적어도 하나의 miRNA 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시양태에서, 상기 적어도 하나의 miRNA 특이적 폴리뉴클레오티드는 서열 번호: 1-13에 따른 서열을 가진다.
특정 실시양태에서, 상기 수단은 상기에서 상세하게 언급된 방법에서 사용하기 위한 것이다. 특히, 상기 수단은
(i) (a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및 (b) 대상체에서 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법,
(ii) (a) 대상체의 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법,
(iii) (a) 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및 (d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법,
(iv) (a) 관심 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고, 여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법,
(v) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법,
(vi) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법, 및
(vii) (i) 대상체의 제1 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계; (ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계, (iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계; (iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계; (v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는 (vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법으로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법에서 사용하기 위한 것이다.
제9 측면에서, 본 발명은 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 검출하기 위한 수단으로서, 상기 언급된 것과 같은 수단을 포함하는 키트에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 키트는
(a) 용기, 및/또는
(b) 정보, 예컨대,
(i) 암 발생 위험을 확인하고/거나, 암의 존재를 확인하고/거나, 암 진행을 모니터링하는 방법에 관한 지침서,
(ii) 특히, 샘플 중, 더욱 구체적으로, 개체로부터의 샘플 및/또는 키트의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의 사용에 관한 지침서,
(iii) 품질 정보, 예컨대, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의, 및/또는 키트의 로트/배치 번호, 제조 또는 조립 사이트 또는 유효기일 또는 유통 기한에 관한 정보, 키트의 올바른 보관 또는 취급에 관한 정보,
(iv) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 완충제(들), 희석제(들), 시약(들)의 조성 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의 조성에 관한 정보,
(v) 암을 확인하고/거나, 암의 진행을 모니터링하는 상기 언급된 방법을 수행하였을 때 수득된 정보의 해석에 관한 정보,
(vi) 부적당한 방법 및/또는 부적당한 수단을 적용하였을 때의 가능한 잘못된 해석 또는 잘못된 결과에 관한 주의 사항, 및/또는
(vii) 부적당한 시약(들) 및/또는 완충제(들)를 사용하였을 때의 가능한 잘못된 해석 또는 잘못된 결과에 관한 주의 사항을 포함하는 것인 데이터 캐리어를 추가로 포함한다.
특정 실시양태에서, 상기 키트는 상기에서 상세하게 언급된 방법에서 사용하기 위한 것이다. 특히, 상기 키트는
(i) (a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및 (b) 대상체에서 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법,
(ii) (a) 대상체의 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법,
(iii) (a) 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및 (d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법,
(iv) (a) 관심 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고, 여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법,
(v) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법,
(vi) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법, 및
(vii) (i) 대상체의 제1 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계; (ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계, (iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계; (iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계; (v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는 (vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법으로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법에서 사용하기 위한 것이다.
제10 측면에서, 본 발명은
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한, 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 검출하기 위한 수단, 또는 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, 상기 수단을 포함하는 키트의 용도에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 상기 수단 및/또는 상기 키트의 용도는 상기에서 상세하게 언급된 방법들 중 하나에서의 용도이다. 특히,
(i) (a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및 (b) 대상체에서 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법,
(ii) (a) 대상체의 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법,
(iii) (a) 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및 (d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법,
(iv) (a) 관심 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고, 여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법,
(v) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법,
(vi) 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법, 및
(vii) (i) 대상체의 제1 샘플 중 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계; (ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계, (iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계; (iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계; (v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는 (vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법으로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법에서의 용도.
제11 측면에서, 본 발명은
(a) 대상체의 샘플 중
(i) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하기 위한 검출제, 및
(ii) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA의 존재를 측정하기 위한 검출제를 포함하는 분석 유닛; 및
(b) 분석 유닛에 의해 측정된 양을 참조물과 비교하기 위한 알고리즘이 유형적으로 내장되어 있고, 상기 비교에 기초하여 확립된 진단을 포함하는 출력 파일을 생성할 수 있는 데이터 프로세서를 포함하는 평가 유닛을 포함하는, 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 확인하기 위한 장치에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 상기 검출제는 상기에서 상세하게 언급된 바와 같은 수단이다.
특정 장치는 전문 임상의의 특별한 지식 없이도 적용될 수 있는 것, 예컨대, 단지 샘플 로딩만을 필요로 하는 테스트 스트라이프 또는 전자 장치이다. 결과는 파라미터 진단의 원시 데이터의 출력값으로서, 특히, 절대량 또는 상대량으로서 제공될 수 있다. 상기 데이터는 임상의에 의해 해석되어야 함을 이해하여야 한다. 그러나, 출력값이, 그의 해석을 위해 전문 임상의를 필요로 하지 않는 것인 프로세싱된 진단 원시 데이터를 포함하는 전문가 시스템 또한 구성된다. 추가의 바람직한 장치는 분석 유닛/장치 (예컨대, 바이오센서, 어레이, 본 발명의 miRNA를 특이적으로 인식하는 리간드에 커플링된 고체 지지체, 플라스몬 표면 공명 장치, NMR 분석기, 질량분석계 등) 또는 평가 유닛/장치를 포함한다.
본 발명의 추가 측면은 하기와 같다:
1. 단지 다른 암도 또한 본 측면에 포함되는지 여부를 확실하게 하기 위해, 대상체에서 a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및
b) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 바람직하게, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고,
여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법.
2. 제1 측면에 있어서, 암을 예후 및/또는 진단하는 것이
i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행, 바람직하게, 악화 또는 호전을 포함하는 것인 방법.
3. 제1 또는 제2 측면에 있어서,
a) 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 상이한 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
b) 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 상이한 miRNA 마커의 존재를 측정하는 것인 방법.
4. 제1 내지 제3 측면 중 어느 한 측면에 있어서,
a) 메틸화 마커 MGRN1, RPTOR, 및 RAPSN, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
5. 제1 내지 제3 측면 중 어느 한 측면에 있어서,
a) 메틸화 마커 SLC22A18, FUT7, S100P, 및 DYRK4, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
6. 제1 내지 제4 측면 중 어느 한 측면에 있어서,
a) 메틸화 마커 MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
7. 제1 내지 제7 측면 중 어느 한 측면에 있어서, 메틸화 상태를 측정하는 것이 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4 유전자 내의 적어도 하나의 CpG 부위, 특히, 상기 유전자의 프로모터, 인트론 또는 엑손 영역의 메틸화를 측정하는 것을 포함하는 것인 방법.
8. 제7 측면에 있어서, 적어도 하나의 CpG 부위가 S100P 중 cg22266967, SLC22A18 중 cg21019522, DYRK4 중 cg09418321, 및 FUT7 중 cg0279745, RPTOR 중 cg06418238, MGRN1 중 cg00736299, MGRN1 중 cg01662869, RAPSN 중 cg27466532, HYAL2 중 cg27091787로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
9. 제1 내지 제8 측면 중 어느 한 측면에 있어서,
c) 상기 대상체 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재를 하나 이상의 참조(들) 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및 적어도 하나의 miRNA의 양과 비교하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
10. 제9 측면에 있어서, 참조가 임계치, 참조 값 또는 참조 샘플인 것인 방법.
11. 제10 측면에 있어서, 참조 샘플이 건강한 개체, 이환된 개체 또는 조기 시점 또는 후기 시점의, 시험된 개체와 동일한 개체, 또는 암의 부재, 암의 존재, 또는 암 발생 위험의 증가 또는 감소를 나타내는 값으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
12. 제10 또는 제11 측면에 있어서, 참조 샘플이 건강한 개체로부터 유래된 참조 샘플, 이환된 개체로부터 유래된 참조 샘플, 조기 시점 또는 후기 시점에 채취된, 관심 샘플과 동일 개체로부터 유래된 참조 샘플, 및 건강한 개체를 나타내거나, 또는 암의 존재 또는 부재를 나타내거나, 또는 암 발생 위험의 증가 또는 감소를 나타내는 참조 샘플로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
13. 제10 내지 제12 측면 중 어느 한 측면에 있어서, 참조가 건강한 대상체, 또는 암 발생 위험, 또는 암의 부재를 나타내는 메틸화 상태 또는 miRNA의 양이 감소되어 있는 대상체이고, 여기서, 대상체에서 참조와 비교하였을 때, 메틸화 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 과다발현 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는
iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타내는 것인 방법.
14. 제10 측면 내지 제12 측면 중 어느 한 측면에 있어서, 참조가 이환된 개체 또는 암 발생 위험이 증가되어 있거나, 또는 암의 존재를 나타내는 값이 증가되어 있는 개체이고, 여기서, 대상체에서 적어도 하나의 메틸화 마커의 유사한 메틸화 상태 또는 발현 및 유사한 양의 적어도 하나의 miRNA 마커는
iv. 암, 특히 BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타내는 것인 방법.
15. 제10 측면 내지 제12 측면 중 어느 한 측면에 있어서, 참조 샘플이 관심 샘플과 동일한 개체로부터 유래된 것이고, 조기 시점에 채취된 것이며, 여기서, 대상체에서
(i) 참조와 비교하였을 때, 메틸화 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 과다발현 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는
iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 나타내고/거나,
(ii) 참조와 비교하였을 때, 메틸화 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 하락 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는
iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험 감소,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 부재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행 감소를 나타내고/거나,
(iii) 참조와 비교하였을 때, 유사한 수준의 메틸화 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 및 유사한 양의 적어도 하나의 miRNA 마커는
iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험이 유사,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행 정체, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존속을 나타내는 것인 방법.
16. (a) 대상체의 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
(b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법.
17. (a) 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및
(d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법.
18. (a) 관심 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
(b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
(c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고,
여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법.
19. 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법.
20. 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법.
21. (i) 대상체의 제1 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계;
(ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계,
(iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계;
(iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계;
(v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는
(vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법.
22. 제1 측면 내지 제21 측면 중 어느 한 측면에 있어서, 관심 샘플이 조직 샘플 및/또는 체액 샘플인 것인 방법.
23. 제22 측면에 있어서, 조직 샘플이 종양 샘플이고/거나, 체액 샘플이 혈액, 혈장, 혈청, 소변, 타액, 눈물 및 유선으로부터 수득가능한 유체로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
24. a) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단, 및
b) 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단을 포함하는,
iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한 수단.
25. 제24 측면에 있어서,
a) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태를 검출하기 위한 하나 이상의 수단이 적어도 하나의 메틸화 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함하고/거나,
b) 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단이 mRNA 특이적 폴리뉴클레오티드, 결합 모이어티, 특히, 단백질 또는 펩티드로 이루어진 군으로부터 선택되는 것, 더욱 구체적으로 모노클로날 또는 폴리클로날 항체를 포함하고,
c) 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단이 적어도 하나의 miRNA 특이적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것인 수단.
26. 제24 측면 또는 제25 측면의 수단을 포함하는 키트.
27. 제26 측면에 있어서, 키트가
(a) 용기, 및/또는
(b) 정보, 예컨대,
(i) 암 발생 위험을 확인하고/거나, 암의 존재를 확인하고/거나, 암 진행을 모니터링하는 방법에 관한 지침서,
(ii) 특히, 샘플 중, 더욱 구체적으로, 개체로부터의 샘플 및/또는 키트의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의 사용에 관한 지침서,
(iii) 품질 정보, 예컨대, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의, 및/또는 키트의 로트/배치 번호, 제조 또는 조립 사이트 또는 유효기일 또는 유통 기한에 관한 정보, 키트의 올바른 보관 또는 취급에 관한 정보,
(iv) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 완충제(들), 희석제(들), 시약(들)의 조성 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 수단의 조성에 관한 정보,
(v) 암을 확인하고/거나, 암의 진행을 모니터링하는 상기 언급된 방법을 수행하였을 때 수득된 정보의 해석에 관한 정보,
(vi) 부적당한 방법 및/또는 부적당한 수단을 적용하였을 때의 가능한 잘못된 해석 또는 잘못된 결과에 관한 주의 사항, 및/또는
(vii) 부적당한 시약(들) 및/또는 완충제(들)를 사용하였을 때의 가능한 잘못된 해석 또는 잘못된 결과에 관한 주의 사항을 포함하는 것인 데이터 캐리어를 추가로 포함하는 것인 키트.
28. iv. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
v. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
vi. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한, 제24 측면 또는 제25 측면의 수단, 또는 제26 측면 또는 제27 측면의 키트의 용도.
29. 제1 측면 내지 제21 측면 중 어느 한 측면에 따른 방법에서의 제24 측면 또는 제25 측면의 수단, 또는 제26 측면 또는 제27 측면의 키트의 용도.
30. (a) 대상체의 샘플 중
(i) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하기 위한 검출제, 및
(ii) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127-3p, miR-409-3p, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA의 존재를 측정하기 위한 검출제를 포함하는 분석 유닛; 및
(b) 분석 유닛에 의해 측정된 양을 참조물과 비교하기 위한 알고리즘이 유형적으로 내장되어 있고, 상기 비교에 기초하여 확립된 진단을 포함하는 출력 파일을 생성할 수 있는 데이터 프로세서를 포함하는 평가 유닛을 포함하는, 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 확인용 장치.
하기 실시예는 단지 본 발명을 제시하는 것이어야 한다. 이는 어쨌든 본 발명의 범주를 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다.
실시예
연구 집단
본 연구는 하이델베르크 대학교(University of Heidelberg: 독일)의 윤리 위원회(Ethics Committee)로부터 승인을 받았다. 암 환자 및 건강한 대조군 모두 백인이었다. 동원된 사례 및 대조군 모두 본 연구에 대한 서면으로 사전 동의하였다. 게놈 DNA를 퀴아젠(Qiagen)으로부터의 DNA 단리 키트를 사용하여 말초 전혈로부터 단리시켰다. 단리 후 백혈구를 액체 질소 중에서 급냉시키고, 사용시까지 -80℃에서 보관하였다. DNA 및 RNA를 퀴아젠으로부터의 올프렙 DNA/RNA/프로테인 미니 키트(AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kit)를 사용하여 백혈구로부터 단리시켰다. 샘플에 대한 상세한 정보는 하기 표 1에 제시되어 있다. 산발성 BC 환자의 임상 데이터에 대해서는 하기 표 5 및 표 6을 참조한다.
BC 사례 및 매치되는 대조군
하이델베르크 및 쾰른 소재의 유전성 유방암 및 난소암에 대한 독일 컨소시엄(German Consortium for Hereditary Breast and Ovarian Cancer) 센터에 의해 270명의 BRCA1/2 돌연변이-음성 지수 가족성 BC 환자 (1회차 검증 라운드)로부터의 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 가족력 기준에 따라 가족성 BC 사례 모두가 동원되었다. 하이델베르크 대학 병원(University Hospital of Heidelberg)에서 임의의 BC 치료 및 수술 이전 1차 BC 진단 시점에 350명의 산발성 BC 환자 (2회차 검증 라운드에서 189명, 및 3회차 검증 라운드에서 161명)로부터의 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 미국 암 연합 위원회(American Joint Committee on Cancer: AJCC)의 암 병기 분류 매뉴얼에 따라 산발성 BC 환자의 임상적 특징을 정의하였다. 바덴-뷔르템베르크-헤센의 독일 적십자 혈액 서비스(German Red Cross Blood Service of Baden-Wurttemberg-Hessen)에 의해 혈액 공여자로부터 459명의 건강한 여성 대조군 (1회차 검증 라운드에서 251명 및 2회차 검증 라운드에서 189명)으로부터의 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 151명의 건강한 여성 대조군 (3회차 검증 라운드)으로부터의 말초 혈액 샘플을 하이델베르크 대학 병원에서 수집하였다. 3회차 검증 라운드에서 상기 사례 및 대조군 모두 같은 방식으로 동시에 프로세싱하였다. 하이델베르크 대학 병원에서의 혈액 수집 후 4시간 이내에 적혈구 용해 완충제를 사용하여 말초 혈액으로부터 백혈구를 단리시켰다. 사례 및 대조군으로부터 얻은 백혈구 모두를 동시에 프로세싱하였다.
PaCa 사례 및 매치되는 대조군
147명의 산발성 PaCa 환자 (80명의 남성 사례 및 67명의 여성 사례)로부터의 말초 혈액 샘플을 독일 소재의 다수의 센터로부터 수집하였다. 특별히 병기 단계가 조기인 사례를 더 높은 비율로 하여 PaCa 사례를 선택하였다. 191명의 건강한 대조군 (115명의 남성 사례 및 76명의 여성 사례)으로부터의 말초 혈액 샘플을 바덴-뷔르템베르크-헤센의 독일 적십자 혈액 서비스에 의해 혈액 공여자로부터 수집하였다.
OvCa 사례 및 매치되는 대조군
84명의 산발성 OvCa 환자로부터의 말초 혈액 샘플을 하이델베르크 대학 병원에서 수집하였다. 특별히 병기 단계가 조기인 사례를 더 높은 비율로 하여 OvCa 사례를 선택하였다. 148명의 건강한 대조군으로부터의 말초 혈액 샘플을 하이델베르크 대학 병원에서 수집하였다.
실시예 1: 메틸화 마커 분석
인피니움 27k 메틸화 검정법 및 인피니움 450k 메틸화 검정법
발견 라운드에서, 각 샘플로부터의 500 ng 게놈 DNA를 비술파이트 전환을 위해 EZ-96 DNA 메틸화 키트 (자이모 리서치(Zymo Research))에 의해 처리하고, 그에 대해 제조사의 권고 사항에 따라 인간 메틸화27 비드칩 (일루미나) 및 인피니움 인간메틸화450 비드칩 키트 (일루미나)에 의해 게놈-와이드 메틸화를 수행하였다 (문헌 [Steemers FJ, Chang W, Lee G, Barker DL, Shen R, Gunderson KL. Whole-genome genotyping with the single-base extension assay. Nat Methods 2006;3:31-3]. [Bork S, Pfister S, Witt H, et al. DNA methylation pattern changes upon long-term culture and aging of human mesenchymal stromal cells. Aging Cell 2009;9:54-63]). 샘플 모두 제조사의 지침서에 따라 품질 관리를 통과하였다.
Maldi - TOF 질량 분석법에 의한 메틸화 분석
브라이틀링(Breitling) 등 (문헌 [Breitling LP, Yang R, Korn B, Burwinkel B, Brenner H. Tobacco-smoking-related differential DNA methylation: 27K discovery and replication. Am J Hum Genet 2011;88:450-7])에 의해 기술된 MALDI-TOF 질량 분석법 (시쿼놈(Sequenom))을 다양한 검증 라운드에서 사용하였다. DNA를 EZ-96 DNA 메틸화 골드 키트 (자이모 리서치)에 의해 비술파이트 전환시키고, 비술파이트 특이적인 프라이머에 의해 증폭시켰다 (도 1). PCR 생성물을 시쿼놈 에피타이퍼 어세이(Sequenom EpiTyper Assay)의 표준 프로토콜에 따라 처리하고, 나노디스펜서(Nanodispenser)에 의해 384 스펙트로칩(384 SpectroCHIP)에 분배하였다. 시쿼놈 질량 분석계 시스템에 의해 칩을 판독하였다. 스펙트로어퀴이어(SpectroACQUIRE) v3.3.1.3 소프트웨어에 의해 데이터를 수집하고, 매스어레이 에피타이퍼(MassArray EpiTyper) v1.0 소프트웨어로 시각화하였다. 이중 분석을 위해 5% 샘플을 무작위로 서택하였다.
RNA 발현을 위한 정량적 실시간 PCR
택맨® 역전사 시약(TaqMan® Reverse Transcription Reagents) (어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems))에 의해 각 샘플로부터의 100 ng의 전체 RNA를 cDNA로 전사시켰다. HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, 및 DYRK4 유전자, 및 내인성 대조군으로서 하우스키핑 유전자 HPRT1에 대해, 택맨 유전자 발현 검정법 (어플라이드 바이오시스템즈)과 함께 조합하여 라이트사이클러(LightCycler) 480 (로슈(Roche))를 사용하여 정량적 실시간 PCR을 수행하였다. 라이트사이클러 480 기본 소프트웨어 (로슈)에 의해 2차 도함수 최대 방법을 사용하여 교차점 값을 산출하였다. HPRT1에 대한 정규화에 의해 ΔΔCt 방법에 따라 각 샘플에 대한 유전자의 상대 발현을 산출하였다. 상기 사례 및 대조군 모두 동시에 프로세싱하였다.
Figure pct00002
통계학적 분석
디폴트 설정과 함께 일루미나 비드스튜디오(Illumina BeadStudio) 소프트웨어에 의해 일루미나 27K 어레이 데이터를 프로세싱하였다. 검출 P 값이 > 0.01인 프로브는 제거하고, 샘플을 변위치 정규화하였다. R 패키지 베타reg(betareg) v2.2-3 30을 이용하는 로지스틱 링크 및 연관 월드 검정(Wald test)으로 베타-회귀 모델에 의해 사례/대조군 상태와 프로브의 연관성을 사정하였다. 칩 효과에 의한 교란에 기인하는 가능한 거짓 히트를 확인하기 위해 우도비 검정을 이용하여 칩 사이에 대하여 사례/대조군 모델을 내포된 모델과 비교하였다. 위발견율을 0.05 수준으로 조절하는 벤자미니-호츠버그(Benjamini-Hochberg) 방법을 이용하여 다중 검정 조정을 수행하였다. 모든 분석은 통계 소프트웨어 R v2.11.1을 이용하여 수행하였다.
유전자 발현 데이터의 모든 통계학적 분석은 SPSS 통계 17.0 소프트웨어에 의해 수행하였다. 스피어먼 순위 상관 계수에 의해 상관관계를 사정하였다. 2개 군 및 다중 군 사이의 비교를 위해 로지스틱 회귀 모델 및 비-파라미터 검정을 사용하였다. 로지스틱 회귀 모델에 추가의 공변량을 포함시킴으로써 연령 및 상이한 측정 배치의 가능한 교란 효과에 대하여 로지스틱 회귀 결과를 조정하였다. 수신자 조작 특성 (ROC) 곡선 분석을 수행하여 메틸화 수준의 판별력을 검정하였다.
실시예 2: miRNA 마커 분석
혈액 프로세싱 및 혈장으로부터의 miRNA 단리
EDTA 혈액 샘플을 사례 및 대조군 개체로부터 수집하고, 수집 후 2시간 이내에 혈장에 대하여 프로세싱하였다. 초기 피부 천자로부터의 상피 세포의 오염을 막기 위해, 정맥 절개술 동안 수집된 제1 혈액 튜브를 혈장에 대해 프로세싱하지 않았다. 혈액을 10℃에서 20분 동안 1,300 g로 원심분리하였다. 상청액 (혈장)을 미세원심분리관으로 옮긴 후, 이어서, 10℃에서 10분 동안 15,500 g로 제2 고속 원심분리 단계를 수행하여 세포 파편 및 단편을 제거하였다. 혈장을 냉동 바이알로 분취하고, 액체 질소에서 급냉시키고, 사용시까지 -80℃에서 보관하였다. 전체 RNA (miRNA 포함)를 400 ㎕의 혈장으로부터 추출하였다. TRIzol LS (인비트로겐(Invitrogen: Germany))을 사용하여 제조사의 프로토콜에 따르되, 단, 10 fmol의 C. 엘레간스(C. elegans) miR-39/miR-238 혼합물을 스파이킹(spiked-in)하여 최소로 변형시키면서, 변성 및 상 분리를 수행하였다. 수성 상을 또 다른 튜브로 옮기고, 1.5 부피의 무수 에탄올을 첨가하고, 혼합물을 miRN이지 미니 키트(miRNeasy Mini kit) 칼럼 (퀴아젠: 독일)에 적용시켰다. 세척 후, miRNA를 30 ㎕의 RN아제 무함유 물에서 용리시켰다.
선별된 마커 후보 검증
택맨 miRNA 역전사 키트 (어플라이드 바이오시스템즈: 독일) 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b에 대한 miRNA-특이 RT 프라미어 (어플라이드 바이오시스템즈: 독일)를 이용하여 역전사 (RT) 반응을 수행하였다. 각각 7.5 ㎕ 또는 15 ㎕ 부피 중에서 싱글플렉스 (원발성 유방암) 또는 멀티플렉스 (전이성 유방암) 반응을 수행하였다. 각 반응물은 1x RT 완충제, 1 mM dNTP, 0.3x miRNA-특이 RT 프라이머, 0.25 U RN아제 억제제, 3.3 U 멀티스크라이브 리버스 트랜스크립타제(Multiscribe Reverse Transcriptase) 및 고정 부피의 miRNA 주형 (각각 2 또는 1 ㎕)을 포함하였다. 양성 및 악성 유방암 조직 샘플의 경우, 반응물은 15 ㎕로 수행하였고, 이는 하기: 1x RT 완충제, 1mM dNTP, 0.6x miRNA-특이 및 RNU6B RT 프라이머, 0.25 U RN아제 억제제, 3.3U 멀티스크라이브 리버스 트랜스크립타제 ?? 5 ng RNA를 포함하였다. 검증 동안의 편향 및 배치 효과를 최소화하기 위해 샘플, 및 반응 플레이트 상의 사례 및 대조군의 무작위화된 동시 조사에 관한 맹검화를 의도하였다. 하기 조건: 16℃에서 30 min 동안, 42℃에서 30 min 동안 및 85℃에서 5 min 동안, 이어서, 4℃에서 유지시키는 조건하에서 G-STORM GS2 PCR 사이클러 (알파메트릭스(Alphametrix: 독일))에서 RT를 수행하였다.
AmpErase UNG (어플라이드 바이오시스템즈: 독일) 무함유, 0.25 ㎕ 20x miRNA-특이 프라이머/프로브 믹스 (어플라이드 바이오시스템즈: 독일) 및 2.25 ㎕의 역전사 생성물 (1:4로 희석)과 함께 2.5 ㎕ 택맨 2x 범용 PCR 마스터 믹스(Universal PCR Master Mix)를 포함하는 규모가 축소된 반응물 중에서 택맨 실시간 PCR 반응을 삼중으로 수행하였다. 하기 조건: 95℃에서 10 min 동안, 이어서, 95℃에서 15 s 동안 60℃에서 30 s 동안, 및 72℃에서 30 s 동안 50회 사이클, 이어서, 4℃에서 유지시키는 조건하에 라이트사이클러 480 써모사이클러 (로슈: 독일)에서 실시간 PCR을 수행하였다.
크로(Kroh) 등 (문헌 [Kroh EM, Parkin RK, Mitchell PS, Tewari M. Analysis of circulating microRNA biomarkers in plasma and serum using quantitative reverse transcription-PCR (qRT-PCR). Methods 2010;50:298-301]에 기술된 바와 같이, 혈액 혈장에서의 검증 연구로부터 얻은 원시 데이터를 스파이킹된 cel-miR-39에 대해 정규화하였다. 문헌 [User Bulletin #2: ABI PRISM 7700 Sequence Detection System] (어플라이드 바이오시스템즈)에 기술된 바와 같이 유방 조직 샘플로부터의 원시 Ct 값을 RNU6B에 대해 정규화하였다.
암 사례와 대조군 비교
유방암 및 전립선암 검출 잠재능을 평가하기 위하여 수신자 조작 특성 (ROC) 곡선을 작성하고, 곡선하 면적 (AUC)를 산출하였다. 95% 신뢰 구간을 가지는 ROC 곡선에 기초하여, miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b에 대한, 미리 정의된 민감도 (75% 내지 90%)에서의 최저 특이도를 산정하였다. ROC 곡선에 기초하여, 95% 신뢰 구간의 하한으로서 miRNA의 정보학상 가장 유용하고, 최소 중복성을 띠는 모델에 대해 미리 정의된 민감도 (75% 내지 90%)에서의 최저 특이도를 산정하였다 (문헌 [Tom Fawcett (2006) "An introduction to ROC analysis". Pattern Recognition Letters 27, 861-874. DOI: 10.1016/j.patrec.2005.10.010; using R package pROC v1.3.2]).
혈장 중 miR -652, miR -801, miR -376c, miR -376a, miR -127, miR -409, 및 miR -148b의 진단학적 잠재능
ROC 곡선 분석을 수행하여 혈액 혈장 중 유방암 및 전립선암에 대한 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b의 진단학적 잠재능을 평가하였다. 종양과 대조군 샘플 사이의 판별력은 곡선하 면적 (AUC)로 표시되어 있다.
miR-148b, miR-376c, miR-409-3p 및 miR-801의 상이한 조합을 조사함으로써, 본 발명자들은 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, 및 miR-148b 7개 모두와의 조합된 ROC 곡선이 0.89의 AUC로 정보학상 가장 유용하고, 최소 중복성을 띠는 miRNA 패널을 제공하였다는 것을 발견하게 되었다.
실시예 3: 메틸화 및 miRNA 마커의 조합
샘플 제조
하이델베르크 대학 병원에서 임의의 BC 치료 및 수술 이전 1차 BC 진단 시점에 161명의 산발성 BC 환자 (3회차 검증 라운드)로부터의 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 미국 암 연합 위원회 (AJCC)의 암 병기 분류 매뉴얼에 따라 산발성 BC 환자의 임상적 특징을 정의하였다. 하이델베르크 대학 병원에서 151명의 건강한 여성 대조군 (3회차 검증 라운드)으로부터의 말초 혈액 샘플을 수집하였다. 3회차 검증 라운드에서 상기 사례 및 대조군 모두 같은 방식으로 동시에 프로세싱하였다. 전혈로부터의 DNA 및 혈장으로부터의 miRNA를 각 샘플로부터 추출하였다.
DNA 메틸화 수준 및 miRNA 수준 측정. 실시예 1에 기술된 바와 같이 MALDI-TOF 질량 분석법 (시쿼놈)에 의해 DNA 메틸화 수준을 측정하였다. 혈장으로부터의 miRNA 수준은 실시예 2에 기술된 바와 같이 실시간 PCR에 의해 측정하였다.
통계학적 분석
유전자 발현 데이터의 모든 통계학적 분석은 SPSS 통계 17.0 소프트웨어에 의해 수행하였다. 로지스틱-회귀 알고리즘을 이용하여 마커 세트 (DNA 메틸화 및 miRNA 마커의 조합)의 결과를 생성하였다. 2개 군 및 다중 군 사이의 비교를 위해 로지스틱 회귀 모델을 사용하고, 비-파라미터 검정을 사용하였다. 로지스틱 회귀 모델에 추가의 공변량을 포함시킴으로써 연령 및 상이한 측정 배치의 가능한 교란 효과에 대하여 로지스틱 회귀 결과를 조정하였다. 수신자 조작 특성 (ROC) 곡선 분석을 수행하여 메틸화 수준의 판별력을 검정하였다.
SEQUENCE LISTING <110> Ruprecht-Karls-Universitat Heidelberg <120> BIOMARKER PANEL FOR THE DETECTION OF CANCER <130> IPA170816-DE <150> EP 15156389.7 <151> 2015-02-24 <160> 67 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 aauggcgcca cuaggguugu g 21 <210> 2 <211> 25 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 caacccuagg agagggugcc auuca 25 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 gauugcucug cgugcggaau cgac 24 <210> 4 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 aacauagagg aaauuccacg u 21 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 gguggauauu ccuucuaugu u 21 <210> 6 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 6 aucauagagg aaaauccacg u 21 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 guagauucuc cuucuaugag ua 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 ucggauccgu cugagcuugg cu 22 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 cugaagcuca gagggcucug au 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 10 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cgagaccgtc cactacaaga gaggggtgag ccagcagttc tccctgccct 660 ccttcaagat tgacttctcg gaatggaagg atgacgagct gaactttgac ctggaccggg 720 gcgtgtttcc agtagtcatc caggctgtgg tggacgaagg agatgtggtg gaagtgactg 780 gccacgccca cgtgctcttg gctgcctttg aaaagcacat ggacggcagc ttctctgtga 840 agcctttaaa gcagaagcaa attgtggacc gggtcagcta cctcctgcag gagatctatg 900 gcattgagaa caagaacaac caggagacca agccctcgga cgacgagaac agcgacaaca 960 gcaacgagtg tgtggtgtgc ctgtccgacc tgcgggacac gctgatcctg ccctgccgcc 1020 acctgtgcct ctgtacctcc tgcgccgaca cgctgcgcta ccaggccaac aactgcccca 1080 tctgccggct gcctttccgg gccctcctgc agatccgggc ggtgcggaag aagccaggag 1140 ccctgtcccc cgtgtccttc agccccgtcc tggcccagag cctggagcat gatgagcact 1200 ctaactctga cagcgtccca cctggctacg agcccatctc gctgctcgag gcgctcaacg 1260 gcctccgggc tgtctccccg gccatcccct cggcccctct ttatgaagaa atcacctatt 1320 caggcatctc ggacggcctg tcccaggcca gctgtcccct cgcggctatc gaccacatcc 1380 tggacagcag ccgccagaag ggcaggccgc agagcaaggc ccccgacagc accctacggt 1440 ccccgtcttc ccccatccac gaagaggatg aggagaagct ctccgaggac gtggacgccc 1500 ctcccccact gggtggcgca gagctggccc tgcgggaaag cagctcccct gagagtttca 1560 taacagaaga ggttgatgag tcgtcgtcac cacagcaagg gacccgagca gcttccattg 1620 agaatgtcct gcaggacagc agccccgagc actgtggccg aggcccacct gctgacatct 1680 acctgccagg acggcccacc tccatggaga cggcccacgg cctcgccacc accagcccca 1740 cctggcctcc acttggtggc cccagccccg atcccagcgc cgccgagctg accccactct 1800 gagagcctgg ccgagctggc agcatggagc cctcggctcc ccagactttg ccgaggggct 1860 gctccggacc ccgttgtgag ccggcctcct gtctgcatgc cccctgtggc caccaggctc 1920 cgaggggccg tggtgactct tgatcaaaga gcacagtgaa ctgtcccttc tgagtctccc 1980 ttttctacag ttgatatatt tgtaactggt acaagatgaa ggacagcagc tttccatccc 2040 tagttcagag cccccgttcc ccagggtcct gtgggctgag cggctggggc tggggctgcc 2100 cacgtgtggc ctccgctggc tctgcctgct cctgcaacag tgcggtccct gcccggagaa 2160 ctcaggaggc ctgcagaaga gaactgattg gtggtcgaag caccatcttc acagatgttc 2220 aggggcagtg gggggctcca ggcacggtca atgaaggaaa cagtgcctgt ccacccaccc 2280 tgcgtgtcac tgtggcggcc 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ggccgcagat ggcaaaggga gtgcctgggc ctggtgaccc 3180 agggctggat ccacccctgc ggagccctgg gccaggcagg tgtctgctgc tcacctggct 3240 ctggagggct gccctgcagc tgggcctggg gacaggtcgg ctgtggggca gctcagtacc 3300 ctccctgagg ctcacggtgg ctccgagcat gaggtccgcc tcctgggcga gacccagcag 3360 tggacagcat ggtcctcaca cccagctccc tgcacaccca ggccagccac ccctcccgct 3420 cgtgcacagg cacgcagatg cgctcacacg tacacacaca caaatgcacg cccacttgca 3480 catgctcacg cacatgttca cacatgcaca ctcacgctca cacatgctgt cacgcataca 3540 cacacgcaca tactcctgca catgttccca tgcatgtgtg tgcactcgga ccgagcatct 3600 cccacgcacc tctaccccac cccaagcacc tctctccccc catgcacctc tccccaacaa 3660 cacacacagc cccctgcacc gcccgccccc cgcccccacc aaggccccag cctctggcca 3720 tcagtcctgg tgccagagct ttgcgtgaag ttcgggccgc agagtggccc gctgggactc 3780 ccatgtgctg ccgtctgatg tgctcagatg ggctcatcgt tggttcgttt ttactgtata 3840 tttatagtaa taaaatcatg cagcaata 3868 <210> 19 <211> 6471 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 19 gtgggggctc gaggcgcctc cgcggccgtg gacgagcgtc cgtgcggcct ggtccgggcc 60 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caagaacaac caggagacca agccctcgga cgacgagaac agcgacaaca 960 gcaacgagtg tgtggtgtgc ctgtccgacc tgcgggacac gctgatcctg ccctgccgcc 1020 acctgtgcct ctgtacctcc tgcgccgaca cgctgcgcta ccaggccaac aactgcccca 1080 tctgccggct gcctttccgg gccctcctgc agatccgggc ggtgcggaag aagccaggag 1140 ccctgtcccc cgtgtccttc agccccgtcc tggcccagag cctggagcat gatgagcact 1200 cttgtccctt taaaaaatca aagccgcacc ccgcctccct ggccagcaag aaacctaaaa 1260 gggaaacaaa ctctgacagc gtcccacctg gctacgagcc catctcgctg ctcgaggcgc 1320 tcaacggcct ccgggctgtc tccccggcca tcccctcggc ccctctttat gaagaaatca 1380 cctattcagg catctcggac ggcctgtccc aggccagctg tcccctcgcg gctatcgacc 1440 acatcctgga cagcagccgc cagaagggca ggccgcagag caaggccccc gacagcaccc 1500 tacggtcccc gtcttccccc atccacgaag aggatgagga gaagctctcc gaggacgtgg 1560 acgcccctcc cccactgggt ggcgcagagc tggccctgcg ggaaagcagc tcccctgaga 1620 gtttcataac agaagaggtt gatgagtcgt cgtcaccaca gcaagggacc cgagcagctt 1680 ccattgagaa tgtcctgcag gacagcagcc ccgagcactg tggccgaggc ccacctgctg 1740 acatctacct gccagccctg gggcccgact cctgctctgt tggtatagac gagtaagccg 1800 gtacgtgacc tcccagacgc gcttcggggg ctctgacgcg cgtccttgga gagaggagcc 1860 ctcccctgct ctctggcggg ggttccttct ggtttttggg tcttcgtccg catccgcatc 1920 ttcccagggg ccctggattc cgaatccaga gctctccagt ggctgctgca ccttccccca 1980 gaaagtggcc tcctgggggg tcctgacttt cggggccaga ggtctctcca tctggactag 2040 gcggccggtc aggctcttct tccagccttg aggggccctg gaacagtccc agcccaggca 2100 gggagacaga cacagcccag gtgcgccaga gccactgtcc actgcgggag gcaggagctt 2160 gagggatgag ggcagcaccg tggagggaac cccagggaga catggggtga gcgtcccaag 2220 gggagaggcc tgggcctggc cttgttccgg atggtcccac catgagttcg catcggtcct 2280 gcagcagaca cgttaggacg ctcagcaggt ccactcccgt gttccggtcg tggctttaac 2340 aattcatggg gaaagaatgc gccccgattg ggagagcccc tggatcacgt cttcccaagc 2400 tcagtccctg tctcttggag ggagtccgtc ctcgaggggc cctctggtgc ccaggggaga 2460 gtatcttgcg tcctgtcctg agggcgtccg ctcacacagc cacctgctcc cccgctccct 2520 ccttcccttg tcagcatggc caccgtgggc ctggcatcac catgggcctg gcacacagtc 2580 cctcgtgggc 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ctccctctgc tcccacctgc aggacggccc acctccatgg agacggccca 4320 cggcctcgcc accaccagcc ccacctggcc tccacttggt ggccccagcc ccgatcccag 4380 cgccgccgag ctgaccccac tctgagagcc tggccgagct ggcagcatgg agccctcggc 4440 tccccagact ttgccgaggg gctgctccgg accccgttgt gagccggcct cctgtctgca 4500 tgccccctgt ggccaccagg ctccgagggg ccgtggtgac tcttgatcaa agagcacagt 4560 gaactgtccc ttctgagtct cccttttcta cagttgatat atttgtaact ggtacaagat 4620 gaaggacagc agctttccat ccctagttca gagcccccgt tccccagggt cctgtgggct 4680 gagcggctgg ggctggggct gcccacgtgt ggcctccgct ggctctgcct gctcctgcaa 4740 cagtgcggtc cctgcccgga gaactcagga ggcctgcaga agagaactga ttggtggtcg 4800 aagcaccatc ttcacagatg ttcaggggca gtggggggct ccaggcacgg tcaatgaagg 4860 aaacagtgcc tgtccaccca ccctgcgtgt cactgtggcg gcctggctgt cgctgctttt 4920 tgtcctctgc cgtgtttgcg cggcctcagt gccctccctg gtgcgtctgc gctggggccc 4980 tcagtgctcg gggccttggg gtgcatgggt gccgccctgg gcagctagag tgtctcagcc 5040 cggtgctggg cctggccgag gggcggaggc acagctgctt ccagcagcca gcattcagtg 5100 gccttgtcac 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Ser Met Thr Ser Pro Gly Gln Ser Lys Asn Phe Ser Leu Lys Asn 500 505 510 Thr Asn Val Leu Pro Pro Ile Val 515 520 <210> 48 <211> 37 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence of HYAL2 primer <400> 48 aggaagagag ttttaaattt agtagggtgt gagagga 37 <210> 49 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence HYAL2 primer <400> 49 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tctcatccat attataaaaa accccc 56 <210> 50 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence of HYAL2-is-310 primer <400> 50 aggaagagag tttttttggg gtgagttttt ttagt 35 <210> 51 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence HYAL2-is-310 primer <400> 51 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tcacctaatc ctaaacccat aacctt 56 <210> 52 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence of HYAL2-is-325 primer <400> 52 aggaagagag ttgtttagtt tttgaggttt tttgg 35 <210> 53 <211> 55 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence HYAL2-is-325 primer <400> 53 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tattacactc cctccctctc ctaac 55 <210> 54 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence MGRN1 primer <400> 54 aggaagagag ttttggggta taagggaagt ttaag 35 <210> 55 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence MGRN1 primer <400> 55 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tcctaaccaa caaaaaacct aaaaaa 56 <210> 56 <211> 34 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence RPTOR primer <400> 56 aggaagagag gtggggtttt tgtagtagtt gaga 34 <210> 57 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence RPTOR primer <400> 57 cagtaatacg actcactata gggagaaggc ttaataaccc aaaaccaaac cctaac 56 <210> 58 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence of SLC22A18 primer <400> 58 aggaagagag taagtggaat tttggtattt ttgga 35 <210> 59 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence SLC22A18 primer <400> 59 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tcactccaaa cctaaactca cctcta 56 <210> 60 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence FUT7 primer <400> 60 aggaagagag gaagaggaag ggatttagtt tgaag 35 <210> 61 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence FUT7 primer <400> 61 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tacaaacctt aacctcccaa aatact 56 <210> 62 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence RAPSN primer <400> 62 aggaagagag gatttttagt tggtgagagg tttga 35 <210> 63 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence RAPSN primer <400> 63 cagtaatacg actcactata gggagaaggc taaaaccact aaattaccca accaaa 56 <210> 64 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence S100P primer <400> 64 aggaagagag ggaaggtggg tttgaattta gtatt 35 <210> 65 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence S100P primer <400> 65 cagtaatacg actcactata gggagaaggc tctatccctc ttacctctaa acccct 56 <210> 66 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sense sequence DYRK4 primer <400> 66 aggaagagag ggttttttta aaattggttt tggat 35 <210> 67 <211> 55 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antisense sequence DYRK4 primer <400> 67 cagtaatacg actcactata gggagaaggc taaaccccat ttttattccc ataat 55

Claims (15)

  1. 대상체에서 (a) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하는 단계, 및
    (b) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재, 특히, 그의 양을 측정하는 단계를 포함하고,
    여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 존재가 상기 대상체의 예후 및/또는 진단을 나타내는 것인, 대상체에서 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA를 예후 및/또는 진단하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 암의 예후 및/또는 진단이
    i. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
    ii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
    iii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행, 특히, 악화 또는 호전을 포함하는 것인 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    a) 메틸화 마커 RPTOR, MGRN1, 및 RAPSN, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
    b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
    a) 메틸화 마커 DYRK4, S100P, FUT7, 및 SLC22A18, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
    b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
  5. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
    a) 메틸화 마커 MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4, 및 임의적으로, HYAL2의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하고/거나,
    b) miRNA 마커 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b의 존재를 측정하는 것인 방법.
  6. (a) 대상체의 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및 임의적으로, 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양과의 비교를 위해 참조물 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
    (b) 관심 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양에 의존하여, 임의적으로, 관심 샘플 및 참조물 또는 참조 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양의 비교에 의존하여, 약제의 투여량을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체에서의 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 결정하는 방법.
  7. (a) 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
    (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
    (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플의 수준과 상이한지 여부에 관하여 시험 샘플을 조사하는 단계, 및
    (d) 관심 샘플 중의 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 의존하여 약제의 투여량을 조정하는 단계를 포함하는, 암 변경용, 또는 암 예방 또는 치료용 약제의 투여량을 조정하는 방법.
  8. (a) 관심 샘플 중 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계,
    (b) 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계, 및
    (c) 상기 관심 샘플 중에 존재하는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플 중의 수준과 상이한지 여부에 관하여 관심 샘플을 조사하는 단계를 포함하고,
    여기서, 관심 샘플은 하나 이상의 참조물 또는 참조 샘플과는 다르게 물질에 노출되었던 것인, 상기 물질이 암 또는 암의 발생에 미치는 유익한 효과 및/또는 유해한 효과를 측정하는 방법.
  9. 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 부재 또는 그 양의 감소는 치료에 대하여 반응하였음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 반응자로서 확인하는 방법.
  10. 제1 샘플 중, 및 상기 제1 샘플 후속으로 채취된 하나 이상의 추가의 샘플 중에서의 HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준, 및 miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 측정하는 단계를 포함하고, 여기서, 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태의 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준의 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 존재 또는 그 양의 증가는 치료에 대하여 반응하지 않음을 나타내는 것인, 환자를 암 치료에 대한 비-반응자로서 확인하는 방법.
  11. (i) 대상체의 제1 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계;
    (ii) 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제1 치료 요법을 이용하여 상기 환자의 치료를 시작하는 단계,
    (iii) 후속으로 채취된, 상기 대상체의 하나 이상의 추가의 샘플 중 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준, 및 적어도 하나의 miRNA의 양을 측정하는 단계;
    (iv) 임의적으로, 단계 (ii) 및 (iii)을 1회 이상 반복하는 단계;
    (v) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 실질적으로 증가 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 하락, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 감소 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재하지 않는다면, 상기 환자를 제1 치료 요법으로 계속해서 치료하는 단계, 또는
    (vi) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태가 감소 및/또는 적어도 하나의 메틸화 마커의 발현 수준이 증가, 및 적어도 하나의 miRNA 마커의 양이 증가 또는 적어도 하나의 miRNA 마커가 존재한다면, 상기 치료를 수정하거나, 또는 제1 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 것을 종결하고, 대신 제1 치료 요법에 포함되지 않은 하나 이상의 항암제 또는 요법을 포함하는 제2 치료 요법을 이용하여 환자를 치료하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법.
  12. a) 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 검출하기 위한 하나 이상의 수단, 및
    b) 적어도 하나의 miRNA 마커의 양을 검출하기 위한 하나 이상의 수단을 포함하는,
    vii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
    viii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
    ix. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한 수단.
  13. 제12항의 수단을 포함하는 키트.
  14. vii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 발생 위험,
    viii. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 존재, 및/또는
    ix. 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA의 진행을 예후 및/또는 진단하기 위한, 제12항의 수단, 또는 제13항의 키트의 용도.
  15. (a) 대상체의 샘플 중
    (i) HYAL2, MGRN1, RPTOR, SLC22A18, FUT7, RAPSN, S100P, DYRK4로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 메틸화 마커의 메틸화 상태 및/또는 발현 수준을 측정하기 위한 검출제, 및
    (ii) miR-652, miR-801, miR-376c, miR-376a, miR-127, miR-409, miR-148b로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 miRNA의 존재를 측정하기 위한 검출제를 포함하는 분석 유닛; 및
    (b) 분석 유닛에 의해 측정된 양을 참조물과 비교하기 위한 알고리즘이 유형적으로 내장되어 있고, 상기 비교에 기초하여 확립된 진단을 포함하는 출력 파일을 생성할 수 있는 데이터 프로세서를 포함하는 평가 유닛을 포함하는, 암, 특히, BC, OvaCa, 및/또는 PaCA 확인용 장치.
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