KR20160125155A - 신규한 황반변성 진단용 마커 및 황반변성 진단방법 - Google Patents
신규한 황반변성 진단용 마커 및 황반변성 진단방법 Download PDFInfo
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Abstract
Description
도 2는 CFH 56YY, CFH 77LL 타입의 멀티플렉스 파이로 시퀀싱 분석 결과를 나타낸 것이다.
도 3은 CFH 56YY, CFH 77LS 타입의 멀티플렉스 파이로 시퀀싱 분석 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 CFH 56YC, CFH 77LL 타입의 멀티플렉스 파이로 시퀀싱 분석 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 CFH 1110 GG 타입(붉은색), CFH 1110 GA 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 6은 CFH 176 FF 타입(붉은색), CFH 176FL 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 7은 C3 16HH 타입(붉은색), C3 16HQ 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 8은 C3 636AA 타입(붉은색), C3 636AS 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 9는 C3 1134RR 타입(붉은색), C3 1134RQ 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 10은 CFB 208GG 타입(붉은색), CFB 208GS 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 11은 CFB 716VV 타입(붉은색), CFB 716VL 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
도 12는 CFI 204MM 타입(붉은색), CFI 204MR 타입(푸른색)의 Aligned Melt Curve 와 Difference Plot 을 HRM assay로 분석한 결과이다.
유전자 |
Coverage | |||||||
1X | 5X | 10X | 20X | 30X | 40X | 50X | 100X | |
CFH | 100.0 | 100.0 | 99.9 | 99.7 | 99.4 | 99.0 | 98.4 | 94.3 |
CFB | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 100.0 | 99.9 | 99.7 | 95.4 |
C3 | 100.0 | 100.0 | 99.8 | 98.1 | 94.2 | 89.9 | 85.6 | 62.7 |
Primer 이름 | Primer 서열 (5'~3') | 서열번호 | 크기 (bp) |
CFH_Y56C/L77S_F | TCC AGA AGG CAC CCA GGC TA | 서열번호 1 | 338 |
CFH_Y56C/L77S_BR* | CCA GGC GAT AGA GGG AGA CT | 서열번호 2 |
PCR product | 반응조건 |
CFH_Y56C/L778 | 94℃ 5분, (94℃ 30초, 60 ℃ 30초, 72℃30초) 35 cycles, 72℃ 5분 |
Primer 이름 | Primer 서열 (5'~3') | 서열번호 |
CFH_Y56C_SF | CTA TAA ATG CCG CCC TGG AT | 서열번호 3 |
CFH_L77S_SF | AGA ATG GGT TGC TCT TAA TC | 서열번호 4 |
Primer 이름 | Primer 서열 (5'~3') | 서열번호 | 크기 (bp) | |
CFH_G1110A_F | AGT GCT GTG TTT GCG TTT GC | 서열번호 5 | 178 |
|
CFH_G1110A_R | CAA CTG ATG AAG CTG GAG CA | 서열번호 6 | ||
CFH_F176L _F | CCA GTG ACA GCA CCA GAG AA | 서열번호 7 | 156 |
|
CFH_F176L _R | ACT CCA AAA ACC ATC GTC TGA | 서열번호 8 | ||
CFB_G208S_F | TTG CTC TCT ACC TTG CTC ACG | 서열번호 9 | 309 |
|
CFB_G208S_R | GAG GTG GGG AGA GAA GAC AGT | 서열번호 10 | ||
CFB_V716L_F | TGT CTT GCC TGC GTG TGT CA | 서열번호 11 | 234 |
|
CFB_V716L_R | TGT GAA AGT CTC GGG CGT GA | 서열번호 12 | ||
C3_H16Q_F | GCT GCT CCT GCT ACT AAC CC | 서열번호 13 | 187 |
|
C3_H16Q_R | CCA AAT GTC TGC TTC CAC CC | 서열번호 14 | ||
C3_A636S _F | GGT GGA GAA GGC AGA CAT CG | 서열번호 15 | 95 |
|
C3_A636S _R | CAC TGC TGC TCG TGA AGG TCA | 서열번호 16 | ||
C3_R1134Q_F | CCA TCC TTG CTT TCT GCT CT | 서열번호 17 | 173 |
|
C3_R1134Q_R | GCA TCG GGT AAG GTA GGG TA | 서열번호 18 | ||
CFI_M204R_F | CAT TGC CGA GGA TTA GAG ACC | 서열번호 19 | 116 |
|
CFI_M204R_R | CTC CAC CAA CCT GCT TTC TG | 서열번호 20 |
조성 | 부피( ul / sample ) |
2X buffer | 10 |
MeltDoctor™ | 1 |
Forward primer(5pmol/ul) | 1 |
Reverse primer(5pmol/ul) | 1 |
genomic DNA(20ng/ul) | 2 |
ultra pure D.W | 5 |
합계 | 20 |
PCR product | 반응조건 |
CFH_G1110A | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
CFH 176L | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
CFB_G208S | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
CFB_V716L | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
C3_H16Q | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
C3_A636S | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
C3_R1134Q | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
CFI_M204R | 95℃ 10분, (95℃ 15초, 60 ℃ 15초, 72℃15초) 35 cycles, 95℃ 10초, 60℃ 1분, 95℃ 15초, 60℃ 15초 |
Claims (14)
- 하기 단백질의 돌연변이 군으로부터 선택되는 하나 또는 둘 이상의 조합으로 구성된 돌연변이를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 황반변성 진단용 조성물:
CFH 단백질의 Y56C, L77S, D798E, F176L, G1110A;
C3 단백질의 R1134Q, A636S, C3 H16Q;
CFB 단백질의 G208S, V716L; 및
CFI 단백질의 M204R. - 제1항에 있어서,
상기 제제는 상기 단백질을 인코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍 또는 프로브인 것을 특징으로 하는 황변변성 진단용 조성물. - 제2항에 있어서,
상기 프라이머 쌍이 서열번호 1 및 2, 서열번호 3 및 4, 서열번호 5 및 6, 서열번호 7 및 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 11 및 12, 서열번호 13 및 14, 서열번호 15 및 16, 서열번호 17 및 18, 서열번호 19 및 20으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 또는 둘 이상의 프라이머 쌍의 조합으로 구성된 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 조성물. - 제 1항에 있어서,
상기 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체인 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 조성물. - 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항의 조성물을 포함하는, 황반변성 진단용 키트.
- 제5항에 있어서,
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 키트. - 제5항에 있어서,
상기 RT-PCR 키트가 상기 단백질을 인코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍을 포함하는 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 키트. - 제7항에 있어서,
상기 프라이머 쌍이 서열번호 1 및 2, 서열번호 3 및 4, 서열번호 5 및 6, 서열번호 7 및 8, 서열번호 9 및 10, 서열번호 11 및 12, 서열번호 13 및 14, 서열번호 15 및 16, 서열번호 17 및 18, 서열번호 19 및 20으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 또는 둘 이상의 프라이머 쌍의 조합으로 구성된 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 키트. - 제5항에 있어서,
상기 마이크로어레이 칩 키트가 상기 단백질을 인코딩하는 유전자에 특이적으로 결합하는 프로브를 포함하는 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 키트. - 제5항에 있어서,
상기 단백질 칩 키트가 상기 단백질에 특이적인 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는 황반변성 진단용 키트. - (i) 서열번호 1 및 2의 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계;
(ii) 상기 단계 (i)에서 수득한 PCR 산물에 대해 서열번호 3 및 4의 시퀀싱 프라이머를 이용하여 파이로시퀀싱(pyrosequencing)하는 단계를 포함하는, 황반변성 위험도와 관련된 유전자의 변이를 검출하는 방법. - 제11항에 있어서,
상기 황반변성 위험도와 관련된 유전자는 CFH(complement factor H)인 것을 특징으로 하는 방법. - 제12항에 있어서,
상기 CFH 유전자 변이에 의한 아미노산 변이는 CFH Y56C 또는 L77S인 것을 특징으로 하는 방법. - 서열번호 21의 56번 아미노산이 Tyr에서 Cys로 치환되는 돌연변이; 77번 아미노산이 Leu에서 Ser으로 치환되는 돌연변이; 798번 아미노산이 Asp에서 Glu로 치환되는 돌연변이; 176번 아미노산이 Phe에서 Leu으로 치환되는 돌연변이; 1110번 아미노산이 Gly에서 Ala으로 치환되는 돌연변이;
서열번호 22의 208번 아미노산이 Gly에서 Ser으로 치환되는 돌연변이; 716번 아미노산이 Val에서 Leu으로 치환되는 돌연변이;
서열번호 23의 1134번 아미노산이 Arg에서 Gln으로 치환되는 돌연변이; 636번 아미노산이 Ala에서 Ser으로 치환되는 돌연변이, 16번 아미노산이 His에서 Gln으로 치환되는 돌연변이; 및
서열번호 24의 204번 아미노산이 Met에서 Arg로 치환되는 돌연변이;로 구성되는 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 황반변성 질환 특이적 돌연변이 폴리펩티드.
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Legal Events
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Comment text: Notification of reason for refusal Patent event date: 20210503 Patent event code: PE09021S01D |
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