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KR20140037100A - 황마 리그닌 생화학적 경로로부터의 효소들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들 - Google Patents

황마 리그닌 생화학적 경로로부터의 효소들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들 Download PDF

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KR20140037100A
KR20140037100A KR1020137031400A KR20137031400A KR20140037100A KR 20140037100 A KR20140037100 A KR 20140037100A KR 1020137031400 A KR1020137031400 A KR 1020137031400A KR 20137031400 A KR20137031400 A KR 20137031400A KR 20140037100 A KR20140037100 A KR 20140037100A
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하시나 칸
마붑 자만
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모함메드 사미울 하크
모함메드 샤히둘 이스람
무함매드 샤피울 아잠
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방글라데시 주트 리서치 인스티튜트
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Abstract

황마 식물의 리그닌을 위한 생합성 경로를 포함하는 폴리펩타이드들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들이 개시된다. 본 발명은 일반적으로 식물 리그닌 생합성 유전자들의 분야, 이러한 유전자들에 의해 인코드되는 폴리펩타이드들, 및 식물 리그닌 생산을 조절하기 위한 이러한 폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드 서열들의 용도에 관한 것이다. 또한 황마에 의해 생산된 섬유의 양과 질에 영향을 주도록 폴리뉴클레오타이드들 및 폴리펩타이드들을 사용하는 방법들이 개시된다.

Description

황마 리그닌 생화학적 경로로부터의 효소들을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드들 {Polynucleotides encoding enzymes from the jute lignin biosynthetic pathway}
본 발명은 황마 리그닌 생합성 경로의 다양한 부분들의 확인 및 특성분석에 관한 것이다. 보다 상세하게, 본 발명은 리그닌 합성을 담당하는 효소들을 인코드하는 황마 식물들로부터 얻은 폴리뉴클레오타이드들 또한 원하는 리그닌 함량 및 다른 특징들을 가진 섬유들을 주도록 이들 폴리뉴클레오타이드들 및 유전자 조절과 리그닌 생산의 조작에 효소들을 사용하는 방법들에 관한 것이다.
리그닌 (lignin)은, 보통 다단계 공정으로 페닐알라닌으로부터 유래되는 모노리그놀 (하이드록시시나밀 알코올들)의 복합 방향족 헤테로중합체의 총체적인 명칭이다 (Whetten, R. and Sederoff, R., (1995) Lignin Biosynthesis, Plant Cell, 7, pp. 1001-1013). 주로 세포벽들에 축적되는 이들 중합체들은 식물 줄기들의 필요한 기계적 강도 및 가장 중요하게는 식물의 도관 조직들의 소수성을 보장한다 (Vanholme, R. et al. (2010) Lignin biosynthesis and structure, Plant Physiol, 153, pp. 895-905). 그의 소수성 본성으로 인해, 리그닌은 도관 조직들의 주요 성분으로서 작용하고 물 운반에서 필수적인 역할을 담당한다. 그의 구조적 및 운반-방향성 역할에 추가하여, 리그닌은 식물의 방어 체계의 핵심 성분이기도 하다 (Goujon, T. et al. (2003) Genes involved in the biosynthesis of lignin precursors in Arabidopsis thaliana, Plant Physiology and Biochemistry , 41, pp. 677-687). 놀랍지는 않더라도, 환경적 조건들은 축적되는 리그닌의 양에 영향을 준다 (Boerjan, W. et al. (2003) Lignin biosynthesis, Annu Rev Plant Biol, 54, pp. 519-546). 예를 들면, 리그닌 생합성은 상처, 생명 결여의 (abiotic) 스트레스, 및 병원균 감염과 같은 다양한 스트레스 조건들에 반응하여 유도된다. 리그닌은 병원균 침입을 제한하고 미생물 분해에 대항하여 세포벽 탄수화물들을 보호한다 (Vanholme et al., 2010).
현재까지 우리의 리그닌 생합성의 대부분의 정보는 A 탈리아나 (A. thaliana) 및 P. 트리코카르파 (P. trichocarpa)에서 본 경로의 완벽한 이해로부터 나온다 (Goujon, et al., 2003; Shi, et al. (2010) Towards a systems approach for lignin biosynthesis in Populus trichocarpa: transcript abundance and specificity of the monolignol biosynthetic genes, Plant Cell Physiol, 51, pp. 144-163). 세 가지의 기본적인 모노리그놀 단일체들이 존재한다: p-쿠마릴 (p-coumaryl), 코니페릴 (coniferyl), 및 시나필 (sinapyl) 알코올들. 이들 리그놀들은 세 가지의 리그닌 단위들, 또는 형성 블록들 (building block) 내로 도입된다: p-하이드록시페닐 (H), 구아이아실 (G), 및 시린길 (S). 도 1을 참조하라. 이들 모노리그놀들은 메톡시기들의 수에서 서로 달라진다. P-하이드록시페닐 (H)은 메톡시기가 없고, 구아이아실 (G)은 한 개의 메톡시기를 가지고, 시린길 (S)은 두 개의 메톡시기를 가진다 (Goujon et al., 2003). 그러나, 이들 세 가지의 모노리그놀들에 추가하여, 하이드록시시나밀 알데하이드들, 하이드록시시나밀 에스테르들, 및 하이드록시시나밀 아세테이트들과 같은 여러 다른 페닐프로판노이드들도 역시 도입될 수 있다 (Boerjan et al., 2003).
이들 기본적인 리그닌 형성 블록들의 생합성 이후에, 그들은 리그닌화 영역들로 운반된다. 리그닌화 영역들에서, 중합화는 퍼옥시다제들 또는 라카제들 (laccases)에 의한 산화적 자유-라디칼-기초 결합 (coupling)을 통하여 일어나고, 메쉬-유사 구조가 셀룰로스 및 헤미셀룰로스와의 교차-결합에 의해 형성된다 (Boerjan et al., 2003; Vanholme, R. et al. (2008) Lignin engineering, Curr Opin Plant Biol, 11, pp. 278-285). 리그닌화 (lignification)는 탄수화물 기질 형성이 완전할 때 세포벽의 이차적인 비후화 과정 동안 서로 다른 단계들에서 일어난다. 리그닌 축적은 탄수화물 기질의 본성에 의해 영향을 받는다. 일차적인 세포벽에서, 이것은 구형의 구조들로서 관찰되는 한편; 이차적인 세포벽에서 이것은 층상구조 (lamellae)를 형성한다 (Boerjan et al., 2003).
식물의 생명에서 리그닌의 필수 불가결한 역할에도 불구하고, 이것은 펄프 및 생물연료 산업들에서 식물 재료의 비용-효과적/효율적인 사용에서 주요한 제한 요인이 된다. 리그닌은 섬유, 화학적, 및 에너지 생산을 위한 생물량의 사용도 역시 제한한다. 리그닌의 제거는 비용이 매우 많이 드는 공정이고 이들 산업들은 더 적은 리그닌 또는 분해되기 쉬운 리그닌을 가지는 생물량으로의 접근으로부터 유익을 얻게 될 것이다. 지난 수십 년 동안, 일부의 공정들이 전적으로 이해되지는 않더라도, 리그닌 생합성 경로의 일정 이해가 이루어져 왔다.
황마 식물의 전반적인 복지에 리그닌 합성의 중요성, 뿐만 아니라 섬유 질의 여러 측면들에 미치는 그의 효과에도 불구하고, 현재 황마에서 리그닌 생합성을 가세하게 다루는 입수가능한 정보가 전혀 존재하지 않는다. 따라서, 리그닌의 생합성에 관여하는 황마 식물로부터 얻은 유전자들 및 효소들을 확인하고, 분리하고, 사용할 필요성이 존재한다. 본 발명은 이러한 필요성을 주장하고 있다.
본 발명의 한 가지 관점은 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42, 44, 45, 47, 49, 및 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 핵산 서열과 적어도 90%의 서열 일치도를 가지는 분리된 핵산 분자이다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 16, 18, 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28, 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 35, 37, 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
한 가지 구현예에서, 분리된 핵산 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
본 발명의 한 가지 관점은 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 17, 19, 21, 23, 27, 30, 32, 34, 36, 38, 41, 43, 46, 48, 50, 및 52로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 아미노산 서열과 적어도 90%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자이다.
한 가지 구현예에서, cDNA의 증폭에 유용한 한 쌍의 전방 및 역방 프라이머들은 서열번호 53 및 서열번호 54; 서열번호 55 및 서열번호 56; 서열번호 57 및 서열번호 58; 서열번호 59 및 서열번호 60; 그리고 서열번호 61 및 서열번호 62로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
소정의 구현예들에서, 본 발명은 서열이 서열번호에 의해 확인된 임의의 서열들과 적어도 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%의 서열 일치도를 가지는, 상기 언급된 폴리뉴클레오타이드 서열들 또는 폴리펩타이드 서열들의 임의의 하나에 관한 것이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 분리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 폴리펩타이드 분자와 특이적으로 결합하는 분리된 항체 또는 그의 항원 결합 단편이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 벡터에 의해 형질전환된 형질전환된 식물 세포이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 형질전환 식물로부터 유래된 물질이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 벡터에 의해 형질전환된 식물로부터 얻은 종자이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 벡터로 적어도 하나의 식물 세포를 형질전환하는 단계; 및 적어도 하나의 식물 세포를 식물 내에서 성장시키는 단계:를 포함하는, 형질전환 식물을 제조하는 방법이다.
본 발명의 한 가지 관점은 본 발명의 비-자연적 핵산 서열을 황마 식물 내로 도입하는 단계를 포함하는, 황마 식물에서 성장, 섬유 수율, 섬유 강도, 질병 저항성, 또는 물 이용성을 개선하는 방법이다.
도 1은 황마의 제안된 모노리그놀 생합성 경로를 나타낸 것이다.
도 2a 및 도 2b는 식물 CAD 단백질 서열들과 ColCAD1, ColCAD2, ColCAD3, ColCAD4, ColCAD5, ColCAD6, 및 ColCAD7의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 3은 식물 CCoAOMT 단백질 서열들과 ColCCoAOMT1, ColCCoAOMT2 및 ColCCoAOMT3의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 4는 식물 4CL 단백질 서열들과 Col4CL1, Col4CL4 및 Col4CL6의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 5는 식물 6HCT 단백질 서열들과 Col6HCT1의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 6은 식물 C3H 단백질 서열들과 ColC3H의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 7은 식물 C4H 단백질 서열들과 ColC4H1 및 ColC4H2의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 8은 식물 PAL 단백질 서열들과 ColPAL1 및 ColPAL2의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 9는 식물 CCR 단백질 서열들과 ColCCR2의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 10은 식물 CCR 단백질 서열들과 ColCCR3의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 11은 식물 F5H 단백질 서열들과 ColF5H의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 12는 식물 COMT 단백질 서열들과 ColCOMT의 단백질 서열 정렬을 나타낸 것이다.
도 13은 ColCAD2의 DNA 젤을 나타낸 것이다.
도 14는 ColCCoAOMT1의 DNA 젤을 나타낸 것이다.
도 15는 Col4CL1의 DNA 젤을 나타낸 것이다.
도 16은 ColCCR3의 DNA 젤을 나타낸 것이다.
도 17은 ColF5H의 DNA 젤을 나타낸 것이다.
기지의 10개 효소 패밀리들이 모노리그놀 생합성과 연관된다 (Goujon et al., 2003). 패밀리들은 PAL (페닐알라닌 암모니아-용해효소), C4H (시나메이트-4-가수분해효소), 4CL (4-쿠마레이트:CoA 라이게이즈), HCT (p-하이드록시시나모일-CoA:쉬키메이드/퀴네이트 (shikimate/quinate) p-하이드록시시나모일 전이효소), C3H (4-쿠마레이트 3-가수분해효소), CCoAOMT (카페오일-CoA O-메틸전이효소), CCR (시나모일-CoA 환원효소), F5H (페룰레이트 5-가수분해효소), COMT (카페인산 O-메틸전이효소), 및 CAD (시나밀 알코올 탈수소화효소)이다. 황마의 모노리그놀 생합성 경로의 제안된 모식도는 도 1에 나타나 있다.
황마의 리그닌 생합성 경로는 그의 복합도가 부분적으로 여러 다중기능적 효소들의 존재, 및 여러 다양한 유전자 패밀리들로 확장되는 구성적 효소들로 인한다. 페닐프로판노이드 경로의 첫 번째 효소는 PAL (페닐알라닌-암모니아-용해효소)이고, 이는 페닐알라닌의 탈아민화를 유발하여 시나민산을 생산한다. 경로의 두 번째 효소인 C4H (시나메이트 4-가수분해효소)는 시나민산을 4-하이드록시시나민산으로 전환시키고, 이는 경로가 분지되면서 연속적인 하이드록실화 및 메틸화 단계들로 이어진다. 효소 4CL는 하이드록시시나민산들의 CoA 라이게이션을 촉매화하고, 리그닌 생합성을 위한 활성화된 페놀성 전구체들을 생성한다 (Hu et al. (1999) Repression of lignin biosynthesis promotes cellulose accumulation and growth in transgenic trees, Nat Biotech, 17, pp. 808-812).
모노리그놀 경로 (HCT)의 다음 효소는 C3H의 기질들인 p-쿠마로일-쉬키메이트/퀴네이트 에스테르들의 생산을 촉매화한다. HCT는 p-쿠마로일-CoA의 아실기를 쉬키메이트 또는 퀴네이드로 전달하는 것으로 관찰되었다 (Hoffman et al. (2005) Plant Biosystems, v. 139, No. 1, pp. 50-53). C3 및 C5에서 하이드록실화 단계들은 두 가지의 사이토크롬 P450 효소들인 4-쿠마레이트 3-가수분해효소 (C3H) 및 페룰레이트 5-가수분해효소 (F5H)에 의해 각각 수행된다. 메틸화 단계들은 CCoAOMT (카페오일-보조효소 A (CoA) O-메틸전이효소) 및 COMT (카페인-O-메틸전이효소)에 의해 수행된다. CCoAOMT는 카페오일-CoA를 페룰릴-CoA로 또한 5-하이드록시페룰로일-CoA를 시나포일-CoA로 전환시키는 이중기능적 효소이고, 페룰로일화된 탄수화물들의 합성의 역할을 담당한다 (Inoue et al., 1998). CCoAOMT는 지니아 엘리강스 (Zinnia elegans)의 분화적 도관 요소들의 리그닌 생합성에 관여하는 것으로 관찰되어 왔다 (Ye, Z. H. and Varner J. E. (1995) Differential expression of two O-methyltransferases in lignin biosynthesis in Zinnia elegans , Plant Physiol . 108, pp. 459-467). CCoAOMT는 식물 세포벽의 재강화에 관여하고, 또한 세포벽-결합 페룰린산 중합체들의 증가된 형성에 의해 상처 또는 병원균 감염에 대한 반응에도 관여한다.
모노리그놀 생합성 경로에 관여하는 추가적인 효소들은 시나모일 보조효소 A 환원효소 (CCR) 및 시나밀 알코올 탈수소화효소 (CAD)이다. CCR은 하이드록시시나모일 CoA 에스테르들의 환원을 촉매하여 시남알데하이드들을 생산하는 한편, CAD는 시나밀 알코올들로의 그들의 환원을 촉매화한다 (Goujon et al., 2003).
모노리그몰 경로에 관여하는 마지막 효소들의 하나는 시나밀 알코올 탈수소화효소 (CAD)이고, 이는 코니퍼알데하이드 (coniferaldehyde), 5-하이드록시-코니퍼알데하이드, 및 시나프알데하이드 (sinapaldehyde)의 해당하는 알코올들로의 DADPH 의존성 전환을 촉매화한다 (Kim, S. J. et al. (2004) Functional reclassification of the putative cinnamyl alcohol dehydrogenase multigene family in Arabidopsis, Proc . Natl . Acad . Sci . USA , 101, pp. 1455-60). 아라비돕시스 (Arabidopsis)에서, CAD 유전자들인 AtCAD-C 및 AtCAD-D의 단일 돌연변이체들은 더 낮은 CAD 활성들을 가지는 것으로 확인되었고, 두 가지 돌연변이체들을 교차시켜서 획득된 이중-돌연변이체는 줄기 리그닌 함량에서 40% 감소를 가지고, 따라서 이들은 줄기 리그닌 합성에 관여하는 주요한 CAD 유전자들인 점을 보여준다 (Sibout, R. et al. (2005) Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase-C and -D are the primary genes involved in lignin biosynthesis in the floral stem of Arabidopsis , Plant Cell , 17, pp. 2059-76).
두 가지의 효소들이 모노리그놀 생합성 경로에 특이적이다. 그들은 카페인산 O-메틸전이효소 (COMT) 및 시나모일 보조효소 A 환원효소 (CCR)이다. COMT는 처음으로 피자식물들 (angiosperm)에서 확인되었다. COMT은 카페인산을 페룰린산으로 전환시킬 뿐만 아니라 5-하이드록시페룰린산을 시납산으로 전환시킬 수 있다 (Dixon, R. A., et al. (2001) The biosynthesis of monolignols: a "metabolic grid", or independent pathways to guaiacyl and syringyl units? Phytochemistry, 57, pp. 1069-1084). 옥수수 (Zea mays)에서 COMT 유전자의 저하 조절 (down regulation)은 COMT 활성의 유의한 감소 (70 내지 85%의 강하)를 초래하여 리그닌 함량 및 조성의 변형을 유발하는 것으로 관찰되었고, 본 효소가 리그닌 합성을 위한 핵심 효소인 점을 가리킨다.
COMT에 의해 생성된 페룰린산은 사이토크롬 P450-의존성 모노옥시게나제인 페룰레이트 5 가수분해효소 (F5H)에 의해 가수분해되어 5-하이드록시-페룰린산을 형성할 수 있다. F5H는 코니퍼알데하이드 및 코니페릴 알코올을 가수분해하여 5-하이드록시-코니퍼알데하이드 및 5-하이드록시-코니페릴 알코올 각각도 역시 형성할 수 있다 (Meyer, K. et al. (1996) Ferulate-5-hydroxylase from Arabidopsis thaliana defines a new family of cytochrome P450-dependent monooxygenases, Proc . Natl . Acad. Sci . USA , 93, pp. 6869-74). F5H는 시린길 리그닌 생합성에서 속도 제한 단계인 것으로 여겨지고, 제안은 F5H 발현이 결핍된 아라비돕시스 돌연변이가 장각들 및 종자들에서 시나페이트 에스테르들의 수준에서도 역시 영향을 받는 점의 관찰에 의해 지지된다 (Ruegger, M. et al. (1999) Regulation of ferulate-5-hydroxylase expression in Arabidopsis in the context of sinapate ester biosynthesis, Plant Physiol., 119, pp. 101-10).
리그놀 생합성에 특이적으로 관여하는 두 번째 효소인 CCR은 페룰로일 CoA 및 5-하이드록시-페룰로일 CoA의 코니퍼알데하이드 및 5-하이드록시-코니퍼알데하이드 각각으로 전환을 촉매화한다. 이러한 단계는 G (코니퍼알데하이드) 및 S (5-하이드록시-코니퍼알데하이드) 리그닌 단위들의 생합성을 직접적으로 유도한다 (Ma et al., 2005). 담배에서, 안티센스 제작물들을 사용한 CCR 유전자의 저하 조절은 비정상적 발생 및 감소된 성장을 가진 식물들, 뿐만 아니라 비정상적 잎 형태 및 붕괴된 도관들을 생산하였다. G 리그닌 화합물들의 수준에서 연관된 감소도 역시 존재하였다 (Ralph, J. et al. (1998) NMR characterization of altered lignins extracted from tobacco plants down-regulated for lignification enzymes cinnamylalcohol dehydrogenase and cinnamoyl-CoA reductase, Proc . Natl . Acad . Sci USA, 95, pp. 12803-8).
유전자들 및 전사체들의 전산화적 확인
탁월하게, 우리는 리그닌 생합성에 관여하는 황마 효소들의 서열들을 결정하였다. 리그닌 생합성의 경로는 잘 특성분석되어 왔으며 각각의 효소는 대부분의 식물 종들에서 유전자 패밀리에 의해 인코딩된다. A. 탈리아나 및 P. 트리코카르파의 전부 106개의 유전자 서열들이 NCBI 및 P. 트리코카르파 게놈 데이타베이스 (http://genome.jgi-psfz.org/Poptr1_1/)로부터 복구되었다 (Goujon et al., 2003; Shi et al., 2010). 황마 모노리그놀 생합성 유전자들은 코르코러스 올리토리우스 (Corchorus olitorius) 게놈 조립의 유전자 모델들 및 BLASTN 프로그램을 1e-20에서 e-수치 컷-오프로 사용하는 C. 올리토리우스 및 C. 캡슐라리스 (C. capsularis)의 트랜스크립톰 (transcriptome) 데이타로부터 확인되었다 (Altschul, S.F., et al. (1990) Basic local alignment search tool, J Mol Biol, 215, pp. 403-410). 그 결과 얻은 gDNA 연속서열 (contigs)은 소프트웨어 AUGUSTUS를 사용한 유전자 모델 예측에 착수되었다 (Stanke, M. et al. (2004) AUGUSTUS: a web server for gene finding in eukaryotes, Nucleic Acids Research, 32, W309-W312). C. 올리토리우스 및 C. 캡슐라리스의 트랜스크립톰 데이타로부터 얻은 유전자 모델들 및 이소형 연속서열 (isotigs)은 심화 검증을 위해 NCBI nr (비-중복성) 데이타베이스와 대비하여 탐색되었다. C. 올리토리우스의 경우, 이소형 연속서열들이 GMAP (95%의 컷오프 수치)를 사용하여 예측된 유전자 모델들 상에서 지도가 작성되었다 (Wu, T.D. and Watanabe, C.K. (2005) GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences, Bioinformatics, 21, pp. 1859-1875).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 CAD 단백질들과 ColCAD 유전자들에 의해 인코딩된 추정된 단백질들의 정렬은 도 2a 및 도 2b에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들 (GeneBank Accession Number)을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColCAD 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: PtcCADL4 (포풀러스 트리코카르파 (Populus tricocarpa) 시나밀 알코올 탈수소화효소-유사 단백질, CADL4, 제 gi224138226호); RcoCAD (리시누스 커뮤니스 (Ricinus communis) 알코올 탈수소화효소, 추정 제 gi25558709호); FraCAD (프라가리아 x 아나나사 (Fragaria x ananassa), 시나밀 알코올 탈수소화효소, 제 gi13507210호) (Chandler et al. (2002) Cloning, expression and immunolocalization pattern of a cinnamyl alcohol dehydrogenase gene from strawberry (Fragaria x ananassa), J. Exp . Bot ., 53 (375), pp. 1723-1734); GhiCAD5 (고시피움 허사툼 (Gossypium hirsatum), 시나밀 알코올 탈수소화효소 5, 제 gi268528129호); PtcCAD (포풀러스 트리코카르파 (Populus tricocarpa), 제 gi183585165호) ((2010) Towards a systems approach for lignin biosynthesis in Populus trichocarpa: transcript abundance and specificity of the monolignol biosynthetic genes, Plant Cell Physiol., 51 (1), pp. 144-163); GhiCAD3 (고시피움 허사툼 , 제 gi229368450호) (Genes of phenylpropanoid pathway cloning and expression in developing cotton fibre); 및 GhiCAD (고시피움 허사툼 , 제 gi166865124호) ((2009) Molecular and biochemical evidence for phenylpropanoid synthesis and presence of wall-linked phenolics in cotton fibers, J Integr Plant Biol, 51 (7), pp. 626-637).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 CCoAOMT 단백질들과 ColCCoAOMT 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 3에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColCCoAOMT 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: PtrCCoAOMT (포풀러스 트레물로이데스 (Populus tremuloides), 제 gi3023436호); GhiCCoAOMT2 (고시피움 허사툼 , 제 gi229368460호); 및 GhiCCoAOMT1 (고시피움 허사툼 , 제 gi253509567호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 4CL 단백질들과 Col4CL 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 4에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 Col4CL 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: Ccap4CL1 (코르코러스 캡 슐라리스 (Corchorus capsularis), 제 gi294514718호); Rco4CL (리시누스 코뮤니스, 제 gi255565415호); 및 Ptc4CL (포풀러스 트리코카르파 , 제 gi224074401호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 Col6HCT 단백질들과 Col6HTL 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 5에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 Col6HCT 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: CycarHCT (사 이나라 카르던쿨러스 (Cynara cardunculus), 제 gi:73671233호) ((2007) Isolation and functional characterization of a cDNA coding a hydroxycinnamoyltransferase involved in phenylpropanoid biosynthesis in Cynara cardunculus , BMC Plant Biol. 7, 14); 및 PtcHCT (포풀러스 트리코카르파, 제 gi183585181호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 C3H 단백질들과 ColC3H 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 6에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColC3H 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: EglC3H (유칼립투스 글로불러스 (Eucalyptus globulus), 제 gi:295413824호); PtcC3H (포풀러스 트리코카르파, 제 gi:224139664); 및 PalxPgrC3H (포풀러스 알바 (Poplus alba) X 포풀러스 그랜디덴타타 (Populus grandidentata), 제 gi166209291호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 C4H 단백질들과 ColC4H 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 7에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColC4H 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: GarC4H (고시피움 아르보리움 (Gossypium arborium), 제 gi9965897호) 및 GarC4H (고시피움 아르보리움 , 제 gi9965899호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 PAL 단백질들과 ColPAL 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 8에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColPAL 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: JcoPAL (자트로파 쿠르카스 (Jatropha curcas), 제 gi113203757호) 및 PtrPAL (포풀러스 트리코카르파, 제 gi:183585195호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 CCR 단백질들과 ColCCR2 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 9에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColCCR2 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: AthCCR (아라비돕시스 탈리아나, 제 gi:15237678호); CofCCR (카멜리아 올레이페라 (Camellia oleifera) 제 gi228480464호); 및 AlyCCR (아라비돕시스 라이라타 (Arabidopsis lyrata), 제 gi:297793385호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 CCR 단백질들과 ColCCR3 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 10에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColCCR3 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: RcoCCR (리시누스 커뮤니스 (Ricinus communis), 제 gi:255556687호) 및 AthCCR (아라비돕시스 탈리아나, 제 gi:15226955호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 F5H 단백질들과 ColF5H 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 11에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColF5H 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: EglF5H (유칼립투스 글로불러스 (Eucalyptus globules), 제 gi:255970299호) 및 PtcF5H (포풀러스 트리코카르파, 제 gi:6688937호).
CLUSTAL W 프로그램을 사용하여 NCBI 데이타베이스에서 입수가능한 다른 COMT 단백질들과 ColCOMT 유전자들에 의해 인코드된 추정된 단백질들의 아미노산 서열 정렬은 도 12에 나타나 있다. 다음은 진뱅크 기탁번호들을 괄호들 내에 가진, 추정된 ColCOMT 단백질들과 함께 정렬된 단백질들의 리스트이다: GhiCOMT (고시피움 허수텀 (Gossypium hirsutum), 제 gi:253509569호) 및 EcaCOMT (유칼립투스 카말둘렌시스 (Eucalyptus camaldulensis), 제 gi:262474806호).
프로모터 부위들의 모티브 분석
각각의 예측된 유전자 모델들을 위해, 2,000개 bp의 상류 부위들의 가닥들 둘 다가 추출되었고 PlantCARE 데이타베이스 (http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)와 대비하여 시스-모티브 서열들에 대해 탐색되었다 (Lescot, M., et al. (2002) PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences, Nucleic Acids Res, 30, pp. 325-327). 선택된 서열들의 임의의 부분이 가까운 유전자와 중복 (overlapping)되는 것으로 확인되었던 경우라면, 상류 부위의 해당 부분은 심화 분석으로부터 배제되었다. 다양한 발생적 과정들 및 스트레스에 대한 반응에 관여하는 것으로 알려진 중요한 모티브들의 리스트가 수집되었다 (표 1). 표 1은 황마 모노리그놀 생합성 유전자들의 프로모터 부위에서 발견된 모티브들의 리스트를 나타낸다.
Figure pct00001
본 발명의 폴리뉴클레오타이드들은 코르코러스 올리토리우스 L.로부터 수집된 황마 식물 조직을 포함하는 cDNA 라이브러리들의 고-처리량 서열결정에 의해 분리되었다. 일정의 본 발명의 폴리뉴클레오타이드들은 부분적 서열들, 즉 전장의 폴리펩타이드를 인코딩하는 전장의 유전자를 재연하지 않는 것일 수 있다. 이러한 부분적 서열들은 프라이머들 및/또는 프로브들 그리고 잘 알려진 혼성화 및/또는 PCR 기법들을 사용하여 다양한 DNA 라이브러리들을 분석하고 서열결정하는 것에 의해 연장될 수 있다. 부분적 서열들은 폴리펩타이드를 인코딩하는 개방 해독틀 (open reading frame), 전장의 폴리뉴클레오타이드, 폴리펩타이드를 발현할 수 있는 유전자, 또는 게놈의 또 다른 유용한 부분이 확인될 때까지 연장될 수 있다.
게놈 DNA 및 이종유래 종 DNA의 확인은 표준 DNA/DNA 혼성화 기법들에 의해, 적당하게 엄격한 조건들 하에서 폴리뉴클레오타이드 서열의 전부 또는 일부를 적당한 라이브러리를 확인하는데 프로브로서 사용하여, 달성될 수 있다. 대안적으로, 기지의 게놈 DNA, cDNA, 또는 단백질 서열들을 기초로 하여 설계된 올리고뉴클레오타이드 프라이머들을 사용한 PCR 기법들이 게놈 및 cDNA 서열들을 증폭하고 확인하는 데 사용될 수 있다.
본 발명의 폴리펩타이들은 원하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 본 발명의 폴리뉴클레오타이드 서열을 발현 벡터 내로 삽입하고 적당한 벡터에서 폴리펩타이드를 발현하여 생산될 수 있다. 당업자들에게 알려진 임의의 다양한 발현 벡터들이 사용될 수 있을 것이다. 발현은 재조합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 분자를 포함하는 발현 벡터로 형질전환되거나 형질감염된 임의의 적당한 숙주세포에서 달성될 수 있다.
황마로부터 정제되거나, 재조합 방법들에 의해 생산된 리그닌 생합성 경로들을 포함하는 폴리펩타이드들은 본 명세서에서 정의된 바와 같은 단일클론 항체들, 항체 단편들 또는 유도체들을 기지의 방법들에 따라 생성하는 데 사용될 수 있다. 본 발명의 리그닌 생합성 경로들을 포함하는 폴리펩타이드들의 단편들을 인식하고 이들과 결합하는 항체들도, 항체들이 리그닌 생합성 경로를 포함하는 폴리펩타이드들에 특이적인 경우라면 역시 참작된다.
본 발명의 유전적 제작물들은 발명적 제작물을 포함하는 형질전환된 세포들의 검출을 허용하도록, 식물 세포들에서 효과적인 선택 마커도 역시 포함할 수 있다. 당해 기술분야에서 잘 알려져 있는 이러한 마커들은 전형적으로 하나 이상의 독소들에 대한 저항성을 부여하거나 형광현미경 하에서 그의 존재에 대한 시각적 신호들을 만든다. 대안적으로, 형질전환된 세포들에서 원하는 제작물의 존재는, 서던 및 웨스턴 블럿들과 같은 당해 기술분야에서 잘 알려져 있는 다른 기법들에 의해 결정될 수 있다. 본 발명의 유전적 제작물은 적어도 하나의 복제 시스템, 예를 들면 대장균 또는 효모 (사카로마이세스 세레비시아애 (Saccharomyces cerevisiae))를 가지는 벡터와 연결될 수 있고, 이에 의해 각각의 조작 이후에 그 결과로 얻은 제작물은 클론되어 서열결정될 수 있다.
본 발명의 유전적 제작물들은 외떡잎 식물 (예로, 쌀) 및 쌍떡잎 식물 (예로, 황마, 아라비돕시스)와 같은 다양한 식물들을 형질전환하는 데 사용될 수 있다. 바람직한 구현예에서, 발명적 유전적 제작물들은 황마를 형질전환하는 데 적용될 수 있다. 상기에 논의된 바와 같이, 본 발명의 유전적 제작물로 식물의 형질전환은 식물에서 변형된 리그닌 함량을 생산하는 데 사용될 수 있다.
유전적 제작물들을 표적 식물들의 게놈 내로 안정적으로 도입하는 기법들은 당해 기술분야에서 잘 알려져 있고 아그로박테리움 투메파시엔스 (Agrobacterium tumefaciens) 매개성 도입, 전기천공, 분열 조직 또는 생식 기관들 내로의 주입, 미성숙 배아들 내로의 주입 등을 포함한다. 기법의 선택은 형질전환될 표적 식물/조직/숙주에 의존할 것이다.
용어 "식물"은 전체 식물들, 발아 식물 기관들/구조들 (예로, 잎들, 줄기들, 괴경들), 뿌리들, 꽃들, 및 개화 기관들/구조들 (예로, 포엽들 (bracts), 악편들 (sepals), 화판들 (petals), 수술들 (stamens), 암술잎들 (carpels), 꽃밥들 (anthers), 및 배주들 (ovules)), 종자 (배아, 내배유 (endosperm) 및 종자막 (seed coat)을 포함함), 및 꽃 (성숙한 난소), 식물 조직 (예로, 도관 조직, 기저 조직 (ground tissue) 등) 그리고 세포들 (예로, 보호 세포들, 난자 세포들, 트리콤들 (trichomes) 등) 및 그들의 자손을 포함한다. 본 발명의 방법에서 사용될 수 있는 식물들의 부류는 일반적으로 피자식물들 (외떡잎 및 쌍떡잎 식물들), 나자식물들, 양치식물들, 선태류들, 및 다세포성 조류를 포함하는, 형질전환 기법들에 적응가능한 고등 및 하등 식물들의 부류와 같이 광범위하다.
여러 황마 효소들에 대한 전방 및 역방 프라이머들을 사용한 PCR 반응들의 DNA 젤들은 도 13 내지 도 17에 나타나 있다. 도 13에서, DNA 젤은 코르코러스 올리토리우스로부터 얻은 CAD2의 것이다. 레인 1은 cDNA를 주형으로서 사용한 CAD2의 PCR 산물이다. 전방 프라이머 및 역방 프라이머는 각각 서열번호 53 및 54이다. 레인 2는 1 Kb + 사다리이다. 도 14에서, DNA 젤은 코르코러스 올리토리우스로부터 얻은 CCoAOMT1의 것이다. 레인 1은 1 Kb + 사다리이고, 레인 2는 cDNA를 주형으로서 사용한 CCoAOMT1의 PCR 산물이다. 전방 프라이머 및 역방 프라이머는 각각 서열번호 55 및 56이다. 도 15에서, DNA 젤은 코르코러스 올리토리우스로부터 얻은 4CL1의 것이다. 레인 1은 1 Kb + 사다리이고, 레인 2는 cDNA를 주형으로서 사용한 4CL1의 PCR 산물이다. 전방 프라이머 및 역방 프라이머는 각각 서열번호 57 및 58이다. 도 16에서, DNA 젤은 코르코러스 올리토리우스로부터 얻은 CCR3의 것이다. 레인 1은 1 Kb + 사다리이고, 레인 2는 cDNA를 주형으로서 사용한 CCR3의 PCR 산물이다. 전방 프라이머 및 역방 프라이머는 각각 서열번호 59 및 60이다. 도 17에서, DNA 젤은 코르코러스 올리토리우스로부터 얻은 F5H의 것이다. 레인 1은 1 Kb + 사다리이고, 레인 2는 cDNA를 주형으로서 사용한 F5H의 PCR 산물이다. 전방 프라이머 및 역방 프라이머는 각각 서열번호 61 및 62이다.
정의들
세포들은 외래성 또는 이종유래 DNA가 세포 내부로 도입되었을 때 이러한 DNA에 의해 "형질전환"되거나 "형질감염"되었다. 형질전환하는 DNA는 세포의 게놈 내로 도입 (공유적으로 결합)되거나 되지 않을 수 있다. 예를 들면, 원핵생물들, 효모 및 포유동물 세포들에서, 형질전환하는 DNA는 플라스미드와 같은 에피좀 효소 상에서 유지될 수 있다. 진핵생물 세포들의 측면에서, 안정적으로 형질전환된 세포는 형질전환하는 DNA가 염색체 내로 도입되게 되어 염색체 복제를 통하여 딸 세포들에 의해 유전되는 것이다. 본 발명의 시행은 광범위하게 다양한 안정적으로 형질전환된 식물 세포들을 참작하고 있다.
"발현 카세트 (expression cassette)"는 숙주세포 내로 도입될 때, RNA 및/또는 폴리펩타이드의 전사 및/또는 해독을 각각 유도하는 핵산 제작물을 말한다. 발현 카세트는 mRNA 폴리아데닐화 신호들을 포함하는 서열이 있거나 없는 프로모터 서열, 및 이종유래 유전자 서열들의 삽입을 허용하는 프로모터로부터 하류에 위치하는 하나 이상의 제한효소 부위들을 포함하는 핵산을 포함할 수 있다. 발현 카세트는 이종유래 단백질을 인코딩하는 유전자가 프로모터와 하나의 제한효소 부위들 내로 삽입에 의해 작동적으로 연결될 때 이종유래 단백질의 발현을 유도할 수 있다. 재조합 발현 카세트는 이종유래 단백질을 포함하는 발현 카세트가 숙주세포 내로 도입될 때 숙주세포에서 이종유래 단백질의 발현을 허용한다. 발현 카세트들은 발현에 사용될 숙주세포에 의존하여 다양한 출처들로부터 유래될 수 있다. 예를 들면, 발현 카세트는 바이러스, 박테리아, 곤충, 식물, 또는 포유동물 출처로부터 유래된 구성성분들을 포함할 수 있다. 트랜스유전자들의 발현 및 내인성 유전자들의 저해 (예로, 안티센스, 또는 센스 억제) 둘 다의 경우에 삽입된 폴리뉴클레오타이드 서열은 일치할 필요가 없고 이것이 유래한 유전자의 서열과 "실질적으로 일치"할 수 있다. 바람직하게, 재조합 발현 카세트는 감염의 초기 단계에서 발현을 허용하고/하거나 이것은 식물과 같은 유기체의 실질적으로 모든 세포들에서 발현을 허용한다. 식물들의 형질전환에 적합한 발현 카세트들의 예들로는 미국 특허들 제 5,880,333호 및 제 6,002,072호; 국제특허출원 공고들 제 WO/1990/002189호 및 제 WO/2000/026388호; Ainley and Key (1990) Plant Mol . Biol., 14, pp. 949-967; 또한 Birch (1997) Annu . Rev . Plant Physiol . Plant Mol . Biol., 48, pp. 297-326에서 확인될 수 있고, 이들 모두는 본 명세서에서 참고문헌으로 통합된다.
용어 "숙주세포"는 임의의 유기체로부터 얻은 세포를 말한다. 바람직한 숙주 세포들은 식물들, 박테리아들, 효모들, 곰팡이들, 곤충들, 또는 기타 동물들로부터 유래된다. 용어 "재조합 숙주 세포들" (또는 단순하게 "숙주세포"는 재조합 발현 벡터가 내부로 도입되었던 세포를 말한다. 용어 "숙주세포"는 특정한 개체 세포가 아닌 이러한 세포의 자손을 말하려는 것으로 이해되어야 한다. 소정의 변형들이 돌연변이 또는 환경적 영향들 둘 중 하나로 인해 이어지는 세대들에서 일어날 수 있기 때문에, 이러한 자손은 사실상 부모 세포와 일치할 수는 없으나 여전히 본 명세서에서 사용되는 바 용어 "숙주세포"의 범주 이내에 포함된다. 폴리뉴클레오타이드 서열들을 다양한 유형들의 숙주 세포들 내로 도입하는 방법들이 당해 기술분야에서 잘 알려져 있다. 본 발명의 재조합 발현 카세트들로 형질전환된 숙주 세포들 또는 숙주 세포들의 자손이 제공된다. 숙주 세포들은 식물 세포들일 수 있다. 바람직하게, 식물 세포들은 황마 세포들이다.
용어 "작동적으로 연결된 (operably linked)" 또는 "작동적으로 삽입된 (operably inserted)"은 코딩 서열의 발현에 필요한 조절 서열들이 코딩 서열과 대비하여 핵산 분자에서 적당한 위치들에 놓여서 코딩 서열의 발현을 가능하게 하는 것을 의미한다. 이러한 동일한 정의가 때로 발현 카세트에서 다른 전사 조절 요소들 (예로, 인핸서들)의 배열에 적용된다. 전사 및 해독 조절 서열들은 프로모터들, 인핸서들, 폴리아데닐화 신호들, 및 종결인자들 등과 같이 숙주세포에서 코딩 서열의 발현을 제공하는 DNA 조절 서열들이다.
용어들 "프로모터", "프로모터 부위", 또는 "프로모터 서열"은 일반적으로 유전자의 전사 조절 부위들을 말하고, 이는 코딩 서열의 5' 또는 3' 측면에, 또는 코딩 부위 내에, 또는 인트론들 내에서 확인될 수 있다. 전형적으로, 프로모터는 세포에서 RNA 중합효소와 결합하고 하류 (3' 방향) 코딩 서열의 전사를 개시할 수 있는 DNA 조절 부위이다. 전형적인 5' 프로모터 서열은 전사 개시 부위에 인접한 그의 3' 말단에 부착되고 최소의 수의 염기들 또는 기저값 초과의 검출가능한 수준들로 전사를 개시하는 데 필요한 요소들을 포함하도록 상류 (5' 방향)로 연장된다. 전사 개시 부위 (핵산분해효소 S1으로 지도 작성하여 편의적으로 정의됨), 뿐만 아니라 RNA 중합효소의 결합을 부여하는 단백질 결합 도메인들 (공통 서열)은 프로모터 서열 내에 있다.
용어 "핵산 제작물" 또는 "DNA 제작물"은 때로 적당한 조절 서열들과 작동적으로 연결되고 세포를 형질전환하기 위한 발현 카세트 내로 삽입된 코딩 서열 또는 서열들을 말하는 데 사용된다. 이러한 용어는 용어 "형질전환하는 DNA" 또는 "트랜스유전자"와 상호교환적으로 사용될 수 있다. 이러한 핵산 제작물은 선택가능한 마커 유전자 및/또는 리포터 유전자와 함께 관심 있는 유전자 산물을 위한 코딩 서열을 포함할 수 있다. 용어 "선택가능한 마커 유전자"는, 발현될 때 형질전환된 세포 상에서 항생제 저항성과 같은 선택가능한 표현형을 부여하는 산물을 인코딩하는 유전자를 말한다. 용어 "리포터 유전자 (reporter gene)"는 표준 방법들에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 쉽게 검출가능한 산물을 인코도하는 유전자를 말한다.
핵산 제작물의 "이종유래 (heterologous)" 부위는 자연에서 주요 (larger) 분자와 연관하여 발견되지 않는 주요 분자 내에 있는 핵산 분자의 확인가능한 분절 (또는 분절들)이다. 이종유래 부위가 식물 유전자를 인코드할 때, 유전자는 보통 출처 유기체의 게놈에서 식물 게놈 DNA가 끼여있지 않은 DNA에 의해 끼여질 것이다. 또 다른 예에서, 이종유래 부위는 코딩 서열 자체가 자연에서 발견되지 않는 제작물이다 (예로, 게놈 코딩 서열이 인트론들을 포함하는 cDNA, 또는 자연적 유전자와는 다른 코돈들을 가지는 합성적 서열들). 대립유전자 다양성들 또는 자연적으로-발생하는 돌연변이적 사건들은 본 명세서에서 정의된 바와 같은 DNA의 이종유래 부위를 유발하지 않는다. 용어 "DNA 제작물"은 이종유래 부위, 상세하게는 세포의 형질전환의 용도를 위해 제작된 것을 말하는 데도 역시 사용된다.
용어 "벡터"는 연결되어 있었던 또 다른 핵산을 전달할 수 있는 핵산 분자를 말하려는 것이다. 한 가지 유형의 벡터는 "플라스미드"이고, 이는 추가적인 DNA 분절들이 내부에 라이게이션될 수 있는 원형의 이중가닥 DNA 루프를 말한다. 또 다른 유형의 벡터는 바이러스성 벡터이고, 여기에서 추가적인 DNA 분절들은 바이러스성 게놈 내로 라이게이션될 수 있다. 소정의 벡터들은 그들이 내부로 도입되는 숙주세포에서 자발적인 복제를 할 수 있다 (예로, 박테리아의 복제 원점을 가지는 박테리아성 벡터들 및 에피좀성 포유동물 벡터들). 기타 벡터들은 숙주세포 내로 도입 시 숙주세포의 게놈 내로 통합될 수 있고, 이에 의해 숙주 게놈과 함께 복제된다. 게다가, 소정의 벡터들은 그들이 작동적으로 연결된 유전자들의 발현을 유도할 수 있다. 이러한 벡터들은 본 명세서에서 "재조합 발현 벡터들" (또는 단순하게, "발현 벡터들")이라고 언급된다. 일반적으로, 재조합 DNA 기법들에서 유용한 발현 벡터들은 종종 플라스미드들의 형태로 있다. 본 명세서에서, "플라스미드" 및 "벡터"는 플라스미드가 벡터의 가장 보편적으로 사용되는 형태이기 때문에 상호교환적으로 사용될 수 있다. 그러나, 본 발명은 동등한 기능들을 부여하는, 바이러스성 벡터들과 같은 이러한 다른 형태들의 발현 벡터들을 포함하도록 (예로, 복제 결함성 레트로바이러스들, 아데노바이러스들 및 아데노-연관 바이러스들) 의도된다.
"서열 일치도의 백분율 (percentage of sequence identity)"는 비교창과 대비하여 두 개의 최적으로 정렬된 서열들을 비교하여 결정되고, 비교창에 있는 폴리뉴클레오타이드 서열의 일부는 두 개의 서열들의 최적의 정렬의 경우에 부가들 또는 결실들을 포함하지 않는 기준 서열과 비교된 바 부가들 또는 결실들 (예로, 갭들)을 포함할 수 있다. 백분율은 일치하는 핵산 염기 또는 아미노산 잔기가 둘 다의 서열들에서 발생하지 않는 위치들의 수를 결정하여 매칭된 위치들의 수를 수득하고, 매칭된 위치들의 수를 비교의 창에 있는 위치들의 전체 수로 나누고, 결과를 100으로 곱하여 서열 일치도의 백분율을 수득하는 단계에 의해 계산된다.
용어 폴리뉴클레오타이드 서열들의 "실질적인 일치도"는 폴리뉴클레오타이드가 본 명세서에서 기술된 프로그램들; 바람직하게 상기에 기술된 바와 같은 표준 매개변수들을 사용하는 BLAST를 사용하여 결정된 바와 같이 기준 서열과 비교하여 적어도 25%의 서열 일치도를 가지는 서열을 포함하는 것을 의미한다. 더욱 바람직한 구현예들은 기준 서열과 비교하여 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의　서열 일치도를 가지는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 이들 수치들은 두 개의 뉴클레오타이드 서열들에 의해 인코딩되는 단백질들의 해당하는 일치도를 결정하도록 코돈 중복성 (codon degeneracy), 아미노산 유사도, 및 해독틀 (reading frame)의 위치 결정 등을 고려하여 적당하게 조정될 수 있다.
용어 아미노산 서열들의 (및 이들 아미노산 서열들을 가지는 폴리펩타이드들의) "실질적인 일치도"는 정상적으로 본 명세서에서 기술된 프로그램들; 바람직하게 상기에 기술된 바와 같은 표준 매개변수들을 사용하는 BLAST를 사용하여 결정된 바와 같이 기준 서열과 비교하여 적어도 40%의 서열 일치도를 의미한다. 바람직한 아미노산들의 일치도 백분율은 40%부터 100%까지의 임의의 정수일 수 있다. 더욱 바람직한 구현예들은 기준 서열과 비교하여 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 일치도를 가지는 아미노산 서열들을 포함한다. "실질적으로 일치하는" 폴리펩타이드들은 일치하지 않는 잔기 위치들이 보존적인 아미노산 변화들에 의해 서로 달라지는 점을 제외하고는 상기에 주목된 바와 같은 아미노산 서열들을 공유한다. 보존적인 아미노산 치환들은 유사한 측쇄들을 가지는 잔기들의 상호교환 가능성을 말한다. 예를 들면, 지방족 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 글리신, 알라닌, 발린, 루이신, 및 이소루이신이고; 지방족-하이드록실 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 세린 및 트레오닌이고; 아마이드-포함하는 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 아스파라진 및 글루타민이고; 방향족 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 페닐알라닌, 타이로신, 및 트립토판이고; 염기성 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 라이신, 아르기닌, 및 히스티딘이고; 그리고 황-포함하는 측쇄들을 가지는 아미노산들의 그룹은 시스테인 및 메티오닌이다. 바람직한 보존적인 아미노산들 치환 그룹들은: 발린-루이신-이소루이신, 페닐알라닌-타이로신, 라이신-아르기닌, 알라닌-발린, 아스파트산-글루탐산, 및 아스파라진-글루타민이다.
참고문헌으로 통합
본 명세서에서 인용된 미국 특허들, 공고된 미국 특허출원들, 및 미국을 지정한 공고된 PCT 출원들 모두는 본 명세서에 의해 참고문헌으로 통합된다.
동등성들
본 발명의 여러 구현예들이 본 명세서에서 기술되었고 도시되었던 한편, 당업자들이라면 기능들을 수행하고/하거나 본 명세서에서 기술된 결과들 및/또는 하나 이상의 장점들을 획득하기 위하여 다양한 다른 수단들 및/또는 구조들을 바로 착상할 것이고, 각각의 이러한 다양성들 및/또는 변형들은 본 발명의 범주 내에 속하는 것으로 판단된다. 당업자들이라면 단지 일상적인 실험법만을 사용하여 본 명세서에서 기술된 본 발명의 특정한 구현예들과 동등한 많은 것들을 인지하거나, 규명할 것이다. 따라서, 전술한 구현예들은 단지 예로서 제시된 것이고, 또한 첨부된 청구항들 및 이와 동등물들의 범주 내에서 본 발명은 상세하게 기술되고 청구된 바 이상으로 달리 시행될 수 있는 것으로 이해되어야 한다.
SEQUENCE LISTING <110> BANGLADESH JUTE RESEARCH INSTITUTE ALAM, MAQSUDUL <120> POLYNUCLEOTIDES ENCODING ENZYMES FROM THE JUTE LIGNIN BIOSYNTHETIC PATHWAY <130> JGX-003.25 <140> PCT/US2012/034980 <141> 2012-04-25 <150> 61/480,668 <151> 2011-04-29 <160> 93 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1089 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 1 atgggcagtt taccagagca agagcacccc aaagaggctt ttggatgggc agctagagac 60 acttctggcc acctttctcc cttcaaattc tccagaaggg caacaggaga aaaagatgtg 120 gcattcaaag tgctttattg tgggatatgc cactcagatc ttcatatgat caagaatgaa 180 tggggcactg ccatctaccc tatggtccct gggcatgaga ttgttggaga agtaacagag 240 gtaggaagca aggtagaaaa gttcaaagtt ggagacaaag ttggagctgg agtcttggtt 300 aattcgtgcc gctcttgcga taactgtgct aataatcttg aaaactactg cccacaagcc 360 gttttcactt atgctgcaaa aaactacgat ggaaccatta cctatggagg ctactccgac 420 accatggttg ccgatgagca cttcataatc cgaattccag acactctgcc tctcgacgcc 480 gccgctcccc tgctctgcgc cggaatcaca gtttatagtc ctttgagata tttccaactc 540 gacaaaccgg gtttccatat tggtgtggtt ggccttggtg gtttaggcca tatggctgtc 600 aaatttgcca aggctatggg ggccaaggtc acagtgatta gcacctctcc caacaagaag 660 aaggaagctt tggaaaatct tggtgctgat tcgtttttga ttagcgcaga gcaggatcag 720 ctccagactg ccatgggaac aatggatggt atcattgata cagtgtctgc tccacaccct 780 ttactgccat tgatcggttt gttaaagtct catgcaaagc ttattttggt tggtcttcca 840 gacaaaccac ttgagctaca tgtcttccct atgatcatag ggaggaagac ggtggcagga 900 agtggcgtgg gagggataga ggagactcag gagatgatga attttgcagc caaatatgac 960 ttgaaaccag acattgaagt tatacccgtt gactatgtca acactgccat ggaacgcctt 1020 gtcaaaggcg atgttaaata cagatttgtc atcgacattg ggaacacact gaaggctaca 1080 tcatcttaa 1089 <210> 2 <211> 362 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 2 Met Gly Ser Leu Pro Glu Gln Glu His Pro Lys Glu Ala Phe Gly Trp 1 5 10 15 Ala Ala Arg Asp Thr Ser Gly His Leu Ser Pro Phe Lys Phe Ser Arg 20 25 30 Arg Ala Thr Gly Glu Lys Asp Val Ala Phe Lys Val Leu Tyr Cys Gly 35 40 45 Ile Cys His Ser Asp Leu His Met Ile Lys Asn Glu Trp Gly Thr Ala 50 55 60 Ile Tyr Pro Met Val Pro Gly His Glu Ile Val Gly Glu Val Thr Glu 65 70 75 80 Val Gly Ser Lys Val Glu Lys Phe Lys Val Gly Asp Lys Val Gly Ala 85 90 95 Gly Val Leu Val Asn Ser Cys Arg Ser Cys Asp Asn Cys Ala Asn Asn 100 105 110 Leu Glu Asn Tyr Cys Pro Gln Ala Val Phe Thr Tyr Ala Ala Lys Asn 115 120 125 Tyr Asp Gly Thr Ile Thr Tyr Gly Gly Tyr Ser Asp Thr Met Val Ala 130 135 140 Asp Glu His Phe Ile Ile Arg Ile Pro Asp Thr Leu Pro Leu Asp Ala 145 150 155 160 Ala Ala Pro Leu Leu Cys Ala Gly Ile Thr Val Tyr Ser Pro Leu Arg 165 170 175 Tyr Phe Gln Leu Asp Lys Pro Gly Phe His Ile Gly Val Val Gly Leu 180 185 190 Gly Gly Leu Gly His Met Ala Val Lys Phe Ala Lys Ala Met Gly Ala 195 200 205 Lys Val Thr Val Ile Ser Thr Ser Pro Asn Lys Lys Lys Glu Ala Leu 210 215 220 Glu Asn Leu Gly Ala Asp Ser Phe Leu Ile Ser Ala Glu Gln Asp Gln 225 230 235 240 Leu Gln Thr Ala Met Gly Thr Met Asp Gly Ile Ile Asp Thr Val Ser 245 250 255 Ala Pro His Pro Leu Leu Pro Leu Ile Gly Leu Leu Lys Ser His Ala 260 265 270 Lys Leu Ile Leu Val Gly Leu Pro Asp Lys Pro Leu Glu Leu His Val 275 280 285 Phe Pro Met Ile Ile Gly Arg Lys Thr Val Ala Gly Ser Gly Val Gly 290 295 300 Gly Ile Glu Glu Thr Gln Glu Met Met Asn Phe Ala Ala Lys Tyr Asp 305 310 315 320 Leu Lys Pro Asp Ile Glu Val Ile Pro Val Asp Tyr Val Asn Thr Ala 325 330 335 Met Glu Arg Leu Val Lys Gly Asp Val Lys Tyr Arg Phe Val Ile Asp 340 345 350 Ile Gly Asn Thr Leu Lys Ala Thr Ser Ser 355 360 <210> 3 <211> 1086 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 3 atgagcagat tgccagagga agagcaccct aacaaggctt ttggatgggc agccagagac 60 acttctggag ttctctctcc cttcaaattt tccagaaggg caacagggga gaaggatgtg 120 gcattcaagg tgctttattg tgggatatgc cattctgatc ttcacatggt caagaatgaa 180 tggggcgttt ccatctaccc tcttgtccct gggcacgaga ttgttggaga agtgacagaa 240 gtgggaagca aggtacaaaa gttcaaagtt ggagacagag ttggtgtcgg ctgcatggtt 300 gggtcatgtc attcctgtga tagctgcacc aacaatctcg agaactattg cccaaaaatg 360 atacttactt atggggcaaa gtactatgat ggaactatta catatggagg ttactctgac 420 actatggttg cagatgaaca cttcattgtc cgaattcctg aaaatttgcc acttgatgct 480 gctgctcctc ttctttgtgc tggaatcaca gtttatagcc cattgaaata ttatggactt 540 gacaagcctg gtttgcatgt gggtgtggtt ggccttggtg ggctaggcca tatggctgtc 600 aaatttgcca aggctatggg ggccaaggtc acagtaatta gcacttctcc taataagaag 660 aaggaagctt tggaaaatct tggtgctgat tcatttttgg tcagcaaaga ccaagatcag 720 attcaggccg ccatggacac attggatgga atcattgata cagtgtcagc tcaacatcct 780 atcctgccat tgcttgggat gttaaagact aatggaaagc ttgttctggt tggtgcaccg 840 gagaaaccac ttgagttgcc ggcgttccct ttactcggaa agaggaggct agtagcagga 900 agcatgattg ggggaatgaa ggagacacaa gagatgattg attttgcagc taaacacaac 960 attaaaccag acattgaagt tatagctatg gattatgtca acactgccat ggaccgcctt 1020 ctcaaagctg atgtcaaata cagatttgtc attgacattg gcaacacatt gaaaccaacc 1080 ccttaa 1086 <210> 4 <211> 361 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 4 Met Ser Arg Leu Pro Glu Glu Glu His Pro Asn Lys Ala Phe Gly Trp 1 5 10 15 Ala Ala Arg Asp Thr Ser Gly Val Leu Ser Pro Phe Lys Phe Ser Arg 20 25 30 Arg Ala Thr Gly Glu Lys Asp Val Ala Phe Lys Val Leu 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245 250 255 Ala Gln His Pro Ile Leu Pro Leu Leu Gly Met Leu Lys Thr Asn Gly 260 265 270 Lys Leu Val Leu Val Gly Ala Pro Glu Lys Pro Leu Glu Leu Pro Ala 275 280 285 Phe Pro Leu Leu Gly Lys Arg Arg Leu Val Ala Gly Ser Met Ile Gly 290 295 300 Gly Met Lys Glu Thr Gln Glu Met Ile Asp Phe Ala Ala Lys His Asn 305 310 315 320 Ile Lys Pro Asp Ile Glu Val Ile Ala Met Asp Tyr Val Asn Thr Ala 325 330 335 Met Asp Arg Leu Leu Lys Ala Asp Val Lys Tyr Arg Phe Val Ile Asp 340 345 350 Ile Gly Asn Thr Leu Lys Pro Thr Pro 355 360 <210> 5 <211> 921 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 5 atgatcaaga acgactgggg ctattccatc tatcctctcg tccctggaca tgaaatagtt 60 ggggaagtaa cagaggtggg ttctaaggta agcaagttca aagttggaga caaggttgga 120 gttggataca tggttggatc atgccgttct tgcgatgatt gctccgataa tcttgaaaac 180 tactgtccga aaatgatacc tacttgtggg gcaaagtacc atgatggaac tattacatat 240 ggaggtttct ctgacactat ggttgccgat gaacacttcg ttgtccgaat tccggacaac 300 atgccccttg atgcggcggc tcctcttctt tgtgccggaa ccacagttta cagtccaatg 360 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660 ttgagtcttc ttggtgcaga caactttgtt gtctcctctg accaagagca gatgaagggc 720 ctatcgaagt cattggactt tatagttgac actgcatctg gtgatcatcc ctttgatccc 780 tacatgtcac tcctgaagat tgctggtgtt tatgtccttg ttgggttccc aagtgaagtc 840 aaattcagcc ctgcaagtct caatctgggt atgagaacaa tctcaggaag cgtaacgggg 900 ggagtaaaag tgatccagga gatgatagac ttttgtgctg ctcataaagt ttacccgcag 960 atagaagtaa tcccaattca atatgcaaat gaagctcttg agaggctaga aaagagggat 1020 gtgaagtaca ggtttgtgat tgacatcgag aacagcctga aatga 1065 <210> 8 <211> 354 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 8 Met Asp Ser Gln Thr Lys Ser Asp Asn Cys Leu Gly Trp Ala Ala Arg 1 5 10 15 Asp Pro Ser Gly Val Leu Ser Pro Tyr Thr Phe Ser Arg Arg Pro Leu 20 25 30 Gly Ser Asn Asp Val Ser Ile Lys Ile Thr His Cys Gly Val Cys Tyr 35 40 45 Ala Asp Phe Ile Trp Ser Arg Asn Lys His Gly Asp Ser Met Tyr Pro 50 55 60 Val Val Pro Gly His Glu Ile Ala Gly Val Val Lys Glu Val Gly Ser 65 70 75 80 Asn Val His Arg Phe Lys Val Gly Asp Pro Val Gly Val Gly Thr Tyr 85 90 95 Val Asn Ser Cys 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<212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 28 tccaacacca acggcggcac caccgccgcc acggacacct tatgcctctg tatcaattcc 60 aacaacgccc ctatctcaaa tttctgcatc agcaaaaccg cagcccctgc tctcaaggaa 120 cacaaaagca cgctgttgag tgagtaaatg tgaaacaatg gcaaaacgca taacacaacg 180 tcgtcgtttt tcaggtaaag attggggttc tctccatcta cttgctgcgc tacgctcgtg 240 atcaagcttt tgtgggtcaa aacgactcct ttgggtaacc ctgttgttcc tgaagagaat 300 ggtaaagcaa cagggtcatc agggtcaatg gaaacttcgg ggatatcgtt ttcatttccc 360 tctgataaca ccgtgaaatg caagcagttt tctgggggat catcgatggt tacaactttg 420 aaatcttggc caattttagg gaagttttgg ttttgggtcg tctcatcctt aagcttgtcg 480 acatattggg attgcgtgat aataatctta gcccgagcag ctttgaattg tttgaagatt 540 tcgtttgatg tgtaaaaagg gttggcagtt gtggaaactg ctccaatcat ggaagctccc 600 atgaaagaga agacgaattc agcacagttt gggaggagaa tcatgatgac atcgcccttc 660 tcgatgccta aatttgacaa accagcggct gtctttcgag aaatcaagtg agtttcagag 720 aaagtgtagg ttttggcaga ggatattcca gagatcaaac atggcttgtc agggaaagag 780 gagagttttt caaagcagta agtatggaga gggaggtgat tggagatggg aatgtcaggc 840 aatttggacc tgaaaatgtg atgattagtt tgaggggaag gttttggtgt tgtcgaaagc 900 tctgctgcag gcttttgtgg ttcaacagga tgatcagcta tggagatcat ggtggtaatt 960 tggtttgatg agtacttgtt gggatttttg ggttagaggg aaagtgaatg aaaggaaaga 1020 aaagagaaat aaatataagg taataagaag tggcaagcaa gggccaagga gaggtaggtg 1080 gaagaggaa 1089 <210> 29 <211> 1689 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 29 atggcaacga gcttgaactc ccatttcagc ttcccaacct ccgaatccaa aacaactcgt 60 tttcctgact ggtattcacc ggaaacagga atctatacca gcaagcatgc ctccgtatcc 120 atccccacta atccatatct tgatgttgtt tccttcattt tctctcacca acatcaaggg 180 gtcactgctt tcattgattc ctcatctggg ttttcaatat cttactcaaa gctcttacct 240 ttggtccaat ctatggcttc tggtctccac cacctgggtg tttccaaagg tgacgtggtc 300 ttgcttttgt tgccaaattc tcttcactat cctattattt tcttcagtgt tttatattta 360 ggcgcaatcg ttacccctat gaatccactg agtagcattt ccgagatcaa gaaacagatt 420 gctgattcta atgtgcgttt cgctttcact cttcttgaaa cggttgacaa actggagaag 480 ttgggtgttc atgcaattgg ggtaccggaa aacatgaact 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attggtcttt tcgtggctgt catcttagcc 60 atcgccatct ctaaactccg gggaaagcgt tacaagctcc ctcctggtcc tttacccgtt 120 cccgtcttcg gcaactggct ccaagtgggc gacgacttga accaccgtaa cctaactgac 180 ttggccaaga aatatggcga catattcctc ctccgaatgg ggcagcgcaa cctggtggtg 240 gtgtcgtctc cggaactagc caaagaggtg ctccacaccc agggagtgga attcgggtca 300 agaacccgga atgtggtgtt tgacatattc accggcaagg gtcaagacat ggtgttcacg 360 gtgtacgttg tccagcagta ccggtttgga tgggaggagg aagccgctcg cgttgtggag 420 gatgtcaaga aaaatcccga ggctgccacc aatggcatcg ttctgaggag gaggttgcag 480 ctcatgatgt acaacaatat gtacagaatc atgttcgacc ggaggttcga gagcgaggag 540 gatcctctgt ttgttaaact caaggctttg aacggggaga ggagtcgatt ggctcagagt 600 tttgagtaca attatggaga ttttattcct attttgaggc ctttcttgag aggttacttg 660 aagatctgca aggaggttaa agagaggagg ttgcaactct tcaaggacta ctttgtcgaa 720 gagagaaaga aacttgcaag cacgaagagc atgagcaacg aaggattgaa atgtgccata 780 gatcatattt tggatgctca gcagaaaggg gagatcaacg aggacaatgt tctgtatatc 840 gtcgagaaca tcaatgttgc cgcaattgag acaacattat ggtcgatcga gtggggcatt 900 gcagagctgg tgaaccaccc tgaaatccag aagaagctgc gagatgaact tgacactctt 960 cttggacccg gccaccagat caccgaaccc gacacctaca aactccctta ccttcaggct 1020 gtcatcaagg agactttgag gcttcgtatg gccattcctc tgctcgtccc ccacatgaac 1080 ctccacgatg ctaagcttgc cggctatgat atccccgctg agagcaaaat cttggtcaat 1140 gcatggtggc tcgccaacaa ccctgcccag tggaaaaacc cccaggagtt taggcccgag 1200 aggttctttg aagaggaatc taaggttgag gccaatggca atgacttcag gtaccttcca 1260 tttggggttg gaagaagaag ttgccctgga attattctcg ctttgcccat ccttggtatc 1320 actttgggcc gcttagtaca gaatttcgag ctcttgcctc caccaggaca gtccaagatt 1380 gatacctccg agaaaggtgg acagttcagt ttgcacattt tgaagcattc caccattgtt 1440 ttgtaa 1446 <210> 36 <211> 481 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 36 Met Asp Leu Leu Phe Leu Glu Lys Ala Leu Ile Gly Leu Phe Val Ala 1 5 10 15 Val Ile Leu Ala Ile Ala Ile Ser Lys Leu Arg Gly Lys Arg Tyr Lys 20 25 30 Leu Pro Pro Gly Pro Leu Pro Val Pro Val Phe Gly Asn Trp Leu Gln 35 40 45 Val Gly Asp Asp Leu Asn His Arg Asn Leu Thr Asp Leu 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aggaagaagc tttcaagcac aaaaaggcct gacaacaatg ctctgaagtg tgccattgat 840 cacattcttg atgctcagca gaaaggagaa atcaatgaag ataatgttct ctacattgtt 900 gagaatatca atgttgctgc cattgaaaca actttgtggt caattgaatg gggaattgct 960 gagcttgtga accatcctga gatccagcag aagctccgca atgaaatcga cactgtactc 1020 ggaccaggag tgcaagttac cgaacccgac acccacaagc ttccatatct ccaggcagtg 1080 atcaaggaga ccctccggct ccggatggcc atccctctat tagtgccaca catgaacctc 1140 catgatgcta agcttggtgg ctatgacatc ccagctgaaa gcaagatcct tgttaacgca 1200 tggtggttag ccaacaaccc ggctcaatgg aagaacccgg aagagttcag gcccgaaagg 1260 tttttcgagg aggaagctaa ggttgaagcc aatggaaatg acttcaggta ccttccattt 1320 ggtgttggaa ggaggagttg cccaggaatt attcttgcct tgccaatctt aggaatcaca 1380 ttgggacgtt tggtgcaaaa ctttgagcta ttgcctcctc ctggacagtc aaagcttgat 1440 acctcagaga aaggaggaca attcagcttg cacattctca agcattcaac tattgttgca 1500 aagccacgag tcttttaa 1518 <210> 38 <211> 505 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 38 Met Asp Leu Leu Phe Leu Glu Lys Ala Leu Ile Ser Leu Phe Val 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Leu Thr His Lys Leu Lys His His Pro 165 170 175 Gly Gln Ile Glu Ala Ala Ala Ile Met Glu His Ile Leu Asp Gly Ser 180 185 190 Ser Tyr Ile Lys Ala Ala Gln Lys Leu His Glu Met Asp Pro Leu Gln 195 200 205 Lys Pro Lys Gln Asp Arg Tyr Ala Leu Arg Thr Ser Pro Gln Trp Leu 210 215 220 Gly Pro Gln Ile Glu Val Ile Arg Ser Ala Thr Lys Met Ile Glu Arg 225 230 235 240 Glu Ile Asn Ser Val Asn Asp Asn Pro Leu Ile Asp Val Ser Arg Asp 245 250 255 Lys Ala Leu His Gly Gly Asn Phe Gln Gly Thr Pro Ile Gly Val Ser 260 265 270 Met Asp Asn Thr Arg Leu Ala Ile Ala Ala Ile Gly Lys Leu Met Phe 275 280 285 Ala Gln Phe Ser Glu Leu Val Asn Asp Tyr Tyr Asn Asn Gly Leu Pro 290 295 300 Ser Asn Leu Ser Ala Ser Arg Asn Pro Ser Leu Asp Tyr Gly Phe Lys 305 310 315 320 Gly Ala Glu Ile Ala Met Ala Ser Tyr Cys Ser Glu Leu Gln Phe Leu 325 330 335 Gly Asn Pro Val Thr Asn His Val Gln Ser Ala Glu Gln His Asn Gln 340 345 350 Asp Val Asn Ser Leu Gly Leu Ile Ser Ala Arg Lys Thr Ala Glu Ala 355 360 365 Ile Asp Ile Leu Lys Leu Met Ser 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<211> 3455 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 44 tgaaatttca aaacatcata ttttactagc gaattaaaat ttagatatag aggaacatta 60 aatggtaggc taaatatacc catttaatat tgcttgatca attaaaagat caaaatatta 120 atgtcgacga gattattttt cagtccaata ttctatctat aaaaaagaaa aggaaaataa 180 aaaaacaact tttgacatta aatctttctt gatattcata tcttcttcag cagcttaaca 240 caaaatatca tgatgagagg caacctaaga ctgaatccga agtgattgtt cctcttgttg 300 tgctggcaga ggaagatgac ctttctcttg caagctcttc actgtttcat ataggcattg 360 cttcactgtg gtgaattcca accccaagtc cctcagcttt tggtttgtga acttgtaggg 420 ctttgctctt gggttcttct catccgagca cctgcatgga tttttaattg taattatata 480 tcataattag ttatgaaaaa aggattgaga attcttattt aatactaata ttttctatta 540 gcgttcgagt ctattagaaa attcattctt gataattaaa actacgagtc cagtactcta 600 caatcagacc tgaccggtat gtatgagttt taatcatacg ttgttcacct aacttccatt 660 tctatcattc aaagacaaaa agcctaaagc tatcttagag agtgtggaat tttcaaagac 720 aattctcaaa ggagaaatgg gaggacccat tttggccatt gttgcagccc cccatagttc 780 atagaaaatt ccaagaaaag aggccttttc ttcacccata tttcccttaa ttgggaaatc 840 tccatgattg aactactttg agtaggtgtg gatagaatag aatagaatat cattttcatt 900 tttatcctaa gtctcttgaa atgtttgttt tgaaagtgac attaggttag gtgaagttct 960 ctctgcacca ctactattta tactaactca gtatatagta taccatttac atttaatttt 1020 caacttgaaa aagaatagaa agaaaattca gtccaaaaaa cctacacttc ttcttgtagt 1080 aggtaagatt atgtcatttg tcaaaactgg tgtactcact gcccttcccc ttccccactc 1140 tgaattaaga aaaacaaatg aaaatttgct gtccatgctt atccacttaa ttatcttcca 1200 ataatctttt caatggcttc tacatcttat tcttatcttg tttttatttt ccttccaaat 1260 tttcttcttc tccttttata taggaagtgg tgatgtcatg agtgatgaga aaattcttta 1320 ataaaattca atgtcataat ctttaatatt attttctttt tcataatggg tttcaccttt 1380 ggatttcatt aagtttggtt tggacccatg attgccctcc actttttctt caataattat 1440 ttattatatc attatacttt ttattttcct tttccatttt ctcaagaaat tctccttgtg 1500 aacttttaac aaactttaga agaaaccata tatatctacc aagatgatga aagccaatat 1560 ttctaattcc aaatctacct ttggaagtaa aatcattttc atatatatat ttcttctaca 1620 tttttatgga ccatatatat ttaatcttga agatgagaac atcaaagttc ttcctgtcac 1680 tatcttccaa caaacaaagg ttgacattat atatttaacc aagttgtgga taatatctaa 1740 agccttggtt ttttattttc gaatattgtc gcacatttaa gacttagagc aagcaaatat 1800 atattgaata cgtgttgatg ttcaaattat tgacaattca aatgacccaa ttaaaacaat 1860 gaataagatt atcatctaat ctaagttttc aatttctttt ttgtttttaa gatttaggtg 1920 tgccactctt actataagaa acgtgttcat ataaataatt catttcaaag agaagtaaag 1980 ttaggttaaa gaaagtgaaa tgatctttcc ctctagatat ttctagatgt taaaataatg 2040 gaattcggct ccaaacttac cagaaattta gtgcaagccc ctctaaattt atttttttgt 2100 tctatttttt gtctataata atattaataa taactagaca tttggcttaa tctttggtac 2160 atgaaccctt aaatattccc ttatattctt ctaatgatat tccatgccat gtaaatctaa 2220 aagtggaccc taataaatcc tcagatatgt ctatttatta tgtttttgtt gactataatg 2280 acaacatatc gaacctgtta atgtttgtta gtatgatatt tttctcccct gtttgcaaat 2340 tggatagaaa aaattgcaag aagcaagttt acattattcc tctgcaaaca aggggtgtcc 2400 cacttaccta ctacagcact agaaaatcac taataaaatt tgattactat actaaaatta 2460 attcttaatt agcaattttt tgttaattaa 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tggcctgttt attactatgt ttttaattaa 3360 atacgcgtga cttggattct taatttcaat taattatttg tgattagtgg attcaattcc 3420 tgataatctc aagtatttac ttaattaaga aggtg 3455 <210> 45 <211> 969 <212> DNA <213> Corchorus olitorius <400> 45 atgtcgaagc aaggagaggc cgtgtgcgtt accggagcca gcggcgccat tggctcttgg 60 ctcgtcaagc tcctcctggc tcgcggttac actgtccacg gaaccgtcag aaatatcaag 120 gatgagaaag aaacgaagca tctagaatct ttggaaggag cagaatctcg tctccgtctc 180 ttccagatcg atctcctcga ttatgatgca atctccgccg ctatcgaagg ctgcgctggc 240 gtcttccacc tcgcctcccc ctgcaccgtc gatcaagttc acgaccctca gaaggagctt 300 ttggatcctg caattaaagg aacactcaat gtactgacag ctgccaagga gctcggtgtt 360 aagcgcgtgg ttgtcacgtc ttctgtctcc tccataacac ctagtccgaa ctggcctgca 420 gataagatta aaacagagga ttgctggact gatattgact actgcaagca aaatgagtta 480 tggtatccaa tttccaaaac actggctgag aaggcagcat gggaattttc caaggagaaa 540 ggtttggatg tggtggtggt gaaccctggc actgtgatgg gtccaaatat tcctccaacc 600 cttactgcta gcatgtggat gttgttgcgc ctattgcaag gctgcacaga gacatatcaa 660 gactttttca tgggatctgt ccatttcaaa gatgttgcat tagcacatat tttggtgtat 720 gagaacccat cagcaagtgg aaggcacatg tgtcttgagg ccatatctca ttatggtgat 780 tttgtcgcca aagttgctga actttaccct gaatataatg tgcccagttt gccgagggac 840 actcaacctg gactattaag ggctaagaat ggaggtcaaa agctgatgga tttggggttg 900 gaattcattc ccatggaaca gataatcaaa gatgctgtcg agagtttaaa aagcaagggc 960 cttatttaa 969 <210> 46 <211> 322 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 46 Met Ser Lys Gln Gly Glu Ala Val Cys Val Thr Gly Ala Ser Gly Ala 1 5 10 15 Ile Gly Ser Trp Leu Val Lys Leu Leu Leu Ala Arg Gly Tyr Thr Val 20 25 30 His Gly Thr Val Arg Asn Ile Lys Asp Glu Lys Glu Thr Lys His Leu 35 40 45 Glu Ser Leu Glu Gly Ala Glu Ser Arg Leu Arg Leu Phe Gln Ile Asp 50 55 60 Leu Leu Asp Tyr Asp Ala Ile Ser Ala Ala Ile Glu Gly Cys Ala Gly 65 70 75 80 Val Phe His Leu Ala Ser Pro Cys Thr Val Asp Gln Val His Asp Pro 85 90 95 Gln Lys Glu Leu Leu Asp Pro Ala Ile Lys Gly Thr Leu Asn Val Leu 100 105 110 Thr Ala Ala Lys Glu Leu Gly Val Lys Arg Val Val Val Thr Ser Ser 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<400> 47 tgcgatcgtg ccaaacccaa actggaatcc tcaaaccaac ggggccttcg atgagacatc 60 atggactgac ttggagtact gtaagagtcg acagaaatgg tatccagttt cgaagacgat 120 ggcagagaaa acagcatggg aatttgcaga gaagcatggg atggatgttg tggctataaa 180 cccagccacg tgtttaggcc ctctcttgca acccaacttg aatgccagct gcgctgtgtt 240 gttgcaattg ttggaaggat ccaaagatac ccaggaatac cattggttgg gagctgtgca 300 tgttaaagat gtcgccaagg ctcagatttt gttgtttgag tctccttctg cttctggtag 360 atatctttgc accaatggca tttatcagtt tggaactttc gctgaaactg tctcccacct 420 cttccctcag tatcctgtcc acaggtttac tggagataca caacctggct tagtttcttg 480 caaagatgca gcaaagcgat taattgagct aggtctaatc ttcaccccag ttgaagaagc 540 cgtccgagag accgtggaga gtctgcaagc caaaggcttc ttgaagcagc agcaaccatc 600 agagtcttag aaattaagtc tcttcttttt ttatcctttc tgtctctcaa aacagttaga 660 agctttatag tttatactag ttttttaggt ttatttagct gtaggtaaag catggattca 720 atcagaagtt ttgtgcctaa agcttctatt attgtttcat tgtgataagt tataacaagt 780 ataaata 787 <210> 48 <211> 202 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 48 Ala 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catgaagaag attctcgaga cctacgatgg attcgagggg 600 ctcaaaacat tggttgacgt tggtggtggt gttggtgcca cgcttaacat gatcgtctcc 660 aagcaccctt ccattaaggg cattaacttt gatttgcctc atgtcattga ggatgctcca 720 gctcttcctg gtgttgagca tgttggtgga gatatgtttg taagtgttcc aaaaggagat 780 gccattttca tgaagtggat atgtcatgat tggagcgatg aacactgcgt aaaattcttg 840 aagaagtgct atgaagcttt gccagacaat gggaaagtca tcgttgccga atgcattctt 900 cctgattacc cagatgctag ccttgccaca aagctagttg ttcatatcga ttgtatcatg 960 ttggctcaca accctggtgg gaaagaaagg acagagaagg aatttgaagc cttggcaaag 1020 ggggcaggtt ttcaaggttt ccaagtaaag tgttgtgctt ttggcactta catcatggag 1080 ttcctcaaaa ctgtttaa 1098 <210> 52 <211> 365 <212> PRT <213> Corchorus olitorius <400> 52 Met Gly Ser Thr Gly Glu Thr Gln Phe Thr Pro Thr Gln Val Ser Asp 1 5 10 15 Glu Glu Ala Asn Leu Phe Ala Met Gln Leu Ala Ser Ala Ser Val Leu 20 25 30 Pro Met Val Leu Lys Ser Ala Ile Glu Leu Asp Leu Leu Glu Val Met 35 40 45 Ala Lys Ala Gly Pro Gly Ala Phe Leu Ser Pro Thr Glu Val Ala Ser 50 55 60 Gln Leu 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Synthetic primer <400> 56 tctgccgtcg gattaagtga 20 <210> 57 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 57 cttccaacgc caggatcata 20 <210> 58 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 58 ctatgcttat tgcccaccct 20 <210> 59 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 59 aataccattg gttgggagct g 21 <210> 60 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 60 ggattcaatc agaagttttg tgcct 25 <210> 61 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 61 ccagccacca tagccataag 20 <210> 62 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic primer <400> 62 acagaatccc cgccaagt 18 <210> 63 <211> 362 <212> PRT <213> Populus trichocarpa <400> 63 Met Ala Asp Lys Leu Pro Glu Glu Glu His Pro Lys Pro Ala Phe Gly 1 5 10 15 Trp Ala Ala Arg Asp Gln Ser Gly Val Leu Ser Pro Phe Lys Phe Ser 20 25 30 Arg Arg Ala Thr Gly Glu Lys Asp Val Ala Phe Lys Val Leu Tyr Cys 35 40 45 Gly Ile Cys His Ser Asp Leu His Met Val Lys Asn Glu Trp Gly Val 50 55 60 Thr Gln Tyr Pro Leu Ile Pro Gly His Glu Ile Val Gly Val Val Thr 65 70 75 80 Glu Val Gly Ser Lys Val Glu Lys Phe Lys Val Gly Asp Lys Val Gly 85 90 95 Val Gly Cys Met Val Gly Ser Cys Arg Ser Cys Asp Ser Cys Asp Asn 100 105 110 Asn Leu Glu Asn Tyr Cys Ser Lys Lys Ile Leu Thr Tyr Gly Ala Lys 115 120 125 Tyr Tyr Asp Gly Thr Val Thr Tyr Gly Gly Tyr Ser Asp Asn Met Val 130 135 140 Ala Asp Glu His Phe Ile Val Arg Ile Pro Asn Asn Leu Pro Leu Asp 145 150 155 160 Ala Gly Ala Pro Leu Leu Cys Ala Gly Ile Thr Val Tyr Ser Pro Leu 165 170 175 Arg Tyr Phe Gly Leu Asp Lys Pro Gly Met His Val Gly Ile Val Gly 180 185 190 Leu Gly Gly Leu Gly His Val Ala Val Lys Phe Ala Arg Ala Met 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<210> 88 <211> 334 <212> PRT <213> Ricinus communis <400> 88 Met Ala Thr Gln Asn Lys Lys Glu Ala Val Cys Val Thr Gly Ala Asn 1 5 10 15 Gly Phe Ile Gly Ser Trp Leu Ile Gln Thr Leu Leu Gln His Gly Tyr 20 25 30 Thr Thr Ile His Ala Ser Ile Tyr Pro Ala Ser Asp Pro Ser His Leu 35 40 45 Phe His Leu Ile Ser Ser Ser Ser His Gly Asp Ile Ile Asn Leu Lys 50 55 60 Leu Tyr Glu Ala Asp Leu Leu Asp Tyr Asp Ala Ile Cys Lys Ala Val 65 70 75 80 Glu Gly Cys Gln Gly Val Phe His Val Ala Ser Pro Cys Thr Leu Glu 85 90 95 Glu Pro Lys Asp Pro Glu Lys Glu Leu Val Leu Pro Ala Val Gln Gly 100 105 110 Thr Ile Asn Val Leu Glu Ala Ala Arg Lys Phe Lys Val Arg Arg Val 115 120 125 Val Leu Thr Ser Ser Ile Ser Ala Leu Val Pro Asn Pro Asn Trp Pro 130 135 140 Ala Gly Lys Val Phe Asp Glu Ser Ser Trp Thr Asp Leu Asp Tyr Cys 145 150 155 160 Lys Ser Arg Gln Lys Trp Tyr Pro Val Ser Lys Ser Leu Ala Glu Lys 165 170 175 Ala Ala Trp Glu Phe Ala Glu Lys His Gly Met Asp Val Val Ala Ile 180 185 190 His Pro Ser Thr Cys Ile Gly Pro Leu Leu Gln Pro Ser Leu Asn Ala 195 200 205 Ser Ser Ala Val Leu Gln Gln Leu Leu Glu Gly Ser Lys Asp Thr Gln 210 215 220 Glu Tyr His Trp Leu Gly Ala Val His Val Lys Asp Val Ala Lys Ala 225 230 235 240 Gln Val Leu Leu Phe Glu Ala Pro Ser Ala Ser Gly Arg Tyr Leu Cys 245 250 255 Thr Asn Gly Ile Tyr Gln Phe Gly Asp Phe Ala Asp Arg Val Ser Lys 260 265 270 Leu Phe Pro Glu Phe Pro Val His Ser Phe Ile Gly Glu Thr Gln Pro 275 280 285 Gly Leu Thr Thr Cys Lys Asp Ala Ala Lys Arg Leu Ile Glu Leu Gly 290 295 300 Leu Val Phe Thr Pro Val Glu Asp Ala Val Gly Glu Ser Val Glu Ser 305 310 315 320 Leu Gln Ala Lys Gly Phe Leu Lys His Lys Thr Ser Glu Ser 325 330 <210> 89 <211> 318 <212> PRT <213> Arabidopsis thaliana <400> 89 Met Ala Lys Glu Thr Val Cys Val Thr Gly Ala Asn Gly Phe Ile Gly 1 5 10 15 Ser Trp Ile Ile Arg Thr Leu Ile Glu Lys Gly Tyr Thr Lys Ile His 20 25 30 Ala Ser Ile Tyr Pro Gly Ser Asp Pro Thr His Leu Leu Gln Leu Pro 35 40 45 Gly Ser Asp Ser Lys Ile Lys Ile Phe Glu Ala Asp Leu Leu Asp Ser 50 55 60 Asp Ala Ile Ser Arg Ala Ile Asp Gly Cys Ala Gly Val Phe His Val 65 70 75 80 Ala Ser Pro Cys Thr Leu Asp Pro Pro Val Asp Pro Glu Lys Glu Leu 85 90 95 Val Glu Pro Ala Val Lys Gly Thr Ile Asn Val Leu Glu Ala Ala Lys 100 105 110 Arg Phe Asn Val Arg Arg Val Val Ile Thr Ser Ser Ile Ser Ala Leu 115 120 125 Val Pro Asn Pro Asn Trp Pro Glu Lys Val Pro Val Asp Glu Ser Ser 130 135 140 Trp Ser Asp Leu Asp Phe Cys Lys Ser Arg Gln Lys Trp Tyr Pro Ile 145 150 155 160 Ser Lys Thr Leu Ala Glu Lys Ala Ala Trp Glu Phe Ser Glu Lys His 165 170 175 Gly Thr Asn Ile Val Thr Ile His Pro Ser Thr Cys Leu Gly Pro Leu 180 185 190 Leu Gln Pro Asn Leu Asn Ala Ser Cys Ala Val Leu Leu Gln Leu Leu 195 200 205 Gln Gly Ser Thr Glu Thr Gln Glu His His Trp Leu Gly Val Val His 210 215 220 Val Lys Asp Val Ala Lys Gly His Val Met Leu Phe Glu Thr Pro Asp 225 230 235 240 Ala Ser Gly Arg Phe Leu Cys Thr Asn Gly Ile Tyr Gln Phe Ser Glu 245 250 255 Phe Ala Ala Leu Val Ser Lys Leu Phe Pro Glu Phe Ala Val His Lys 260 265 270 Phe Asp Lys Glu Thr Gln Pro Gly Leu Thr Ser Cys Asn Asp Ala Ala 275 280 285 Lys Arg Leu Ile Glu Leu Gly Leu Val Phe Thr Ala Val Glu Asp Ala 290 295 300 Val Lys Glu Thr Val Gln Ser Leu Arg Asp Lys Gly Phe Leu 305 310 315 <210> 90 <211> 529 <212> PRT <213> Eucalyptus globules <400> 90 Met Asp Ile Phe Tyr Phe Tyr Ser Gln Leu Gln Ser Leu Val Gln Thr 1 5 10 15 Gln Leu Gln Gln Ser Pro Met Thr Leu Leu Leu Ser Val Val Pro Leu 20 25 30 Leu Leu Phe Leu Gly Leu Val Ala Arg Leu Arg Arg Lys Pro Pro Phe 35 40 45 Pro Pro Gly Pro Arg Gly Leu Pro Val Ile Gly Asn Met Leu Met Met 50 55 60 Gly Glu Leu Thr His Arg Gly Leu Ala Ser Leu Ala Lys Lys Tyr Gly 65 70 75 80 Gly Ile Phe His Leu Arg Met Gly Phe Leu His Met Val Ala Val Ser 85 90 95 Ser Pro Asp Val Ala Arg Gln Val Leu Gln Val His Asp Gly Ile Phe 100 105 110 Ser Asn Arg Pro Ala Thr Ile Ala Ile Ser Tyr Leu Thr Tyr Asp Arg 115 120 125 Ala Asp Met Ala Phe Ala His Tyr Gly Pro Phe Trp Arg Gln Met Arg 130 135 140 Lys Leu Cys Val Met Lys Leu Phe Ser Arg Lys Arg Ala Glu Ser Trp 145 150 155 160 Glu Ser Val Arg Asp Glu Val Asp Thr Met Val Arg Thr Val Ala Gly 165 170 175 Ser Glu Gly Thr Ala Val Asn Ile Gly Glu Leu Val Phe Glu Leu Thr 180 185 190 Arg Asp Ile Ile Tyr Arg Ala Ala Phe Gly Thr Ser Ser Thr Glu Gly 195 200 205 Gln Asp Glu Phe Ile Ser Ile Leu Gln Glu Phe Ser Lys Leu Phe Gly 210 215 220 Ala Phe Asn Ile Ala Asp Phe Ile Pro Tyr Leu Ser Trp Ile Asp Pro 225 230 235 240 Gln Gly Leu Thr Ala Arg Leu Val Lys Ala Arg Gln Ser Leu Asp Gly 245 250 255 Phe Ile Asp His Ile Ile Asp Asp His Met Asp Lys Lys Arg Asn Lys 260 265 270 Thr Ser Ser Gly Gly Gly Asp Gln Glu Val Asp Thr Asp Met Val Asp 275 280 285 Asp Leu Leu Ala Phe Tyr Ser Asp Glu Ala Lys Val Asn Glu Ser Asp 290 295 300 Asp Leu Gln Asn Ser Ile Arg Leu Thr Arg Asp Asn Ile Lys Ala Ile 305 310 315 320 Ile Met Asp Val Met Phe Gly Gly Thr Glu Thr Val Ala Ser Ala Ile 325 330 335 Glu Trp Ala Met Ala Glu Leu Met Arg Ser Pro Glu Asp Leu Lys Lys 340 345 350 Val Gln Gln Glu Leu Ala Asp Val Val Gly Leu Asp Arg Arg Val Glu 355 360 365 Glu Ser Asp Phe Glu Lys Leu Thr Tyr Leu Lys Cys Cys Leu Lys Glu 370 375 380 Thr Leu Arg Leu His Pro Pro Ile Pro Leu Leu Leu His Glu Thr Ala 385 390 395 400 Glu Asp Ala Val Ile Ser Gly Tyr Arg Ile Pro Ala Arg Ser Arg Val 405 410 415 Met Ile Asn Ala Trp Ala Ile Gly Arg Asp Pro Gly Ser Trp Thr Glu 420 425 430 Pro Asp Lys Phe Lys Pro Ser Arg Phe Leu Glu Ser Gly Met Pro Asp 435 440 445 Tyr Lys Gly Ser Asn Phe Glu Phe Ile Pro Phe Gly Ser Gly Arg Arg 450 455 460 Ser Cys Pro Gly Met Gln Leu Gly Leu Tyr Ala Leu Asp Met Ala Val 465 470 475 480 Ala His Leu Leu His Cys Phe Thr Trp Glu Leu Pro Asp Gly Met Lys 485 490 495 Pro Ser Glu Met Asp Met Gly Asp Val Phe Gly Leu Thr Ala Pro Arg 500 505 510 Ser Thr Arg Leu Val Ala Val Pro Thr Pro Arg Leu Val Gly Ala Leu 515 520 525 Tyr <210> 91 <211> 443 <212> PRT <213> Populus trichocarpa <400> 91 Gly Leu Phe His Met Arg Met Gly Tyr Leu His Met Val Ala Gly Ser 1 5 10 15 Ser Pro Glu Val Ala Arg Gln Val Leu Gln Val Gln Asp Asn Met Phe 20 25 30 Ser Asn Arg Pro Ala Asn Ile Ala Ile Ser Tyr Leu Thr Tyr Asp Arg 35 40 45 Ala Asp Met Ala Phe Ala His Tyr Gly Pro Phe Trp Arg Gln Met Arg 50 55 60 Lys Leu Cys Val Met Lys Leu Phe Ser Arg Lys Arg Ala Glu Ser Trp 65 70 75 80 Glu Ser Val Arg Asp Glu Val Asp Ser Met Val Lys Thr Val Glu Ser 85 90 95 Asn Ile Gly Lys Pro Val Asn Val Gly Glu Leu Ile Phe Thr Leu Thr 100 105 110 Met Asn Ile Thr Tyr Arg Ala Ala Phe Gly Ala Lys Asn Glu Gly Gln 115 120 125 Asp Glu Phe Ile Lys Ile Leu Gln Glu Phe Ser Lys Leu Phe Gly Ala 130 135 140 Phe Asn Ile Ser Asp Phe Ile Pro Trp Leu Gly Trp Ile Asp Pro Gln 145 150 155 160 Gly Leu Thr Ala Arg Leu Val Lys Ala Arg Lys Ala Leu Asp Lys Phe 165 170 175 Ile Asp His Ile Ile Asp Asp His Ile Gln Lys Arg Lys Gln Asn Asn 180 185 190 Tyr Ser Glu Glu Ala Glu Thr Asp Met Val Asp Asp Met Leu Thr Phe 195 200 205 Tyr Ser Glu Glu Thr Lys Val Asn Glu Ser Asp Asp Leu Gln Asn Ala 210 215 220 Ile Lys Leu Thr Arg Asp Asn Ile Lys Ala Ile Ile Met Asp Val Met 225 230 235 240 Phe Gly Gly Thr Glu Thr Val Ala Ser Ala Ile Glu Trp Ala Met Ala 245 250 255 Glu Leu Leu Lys Ser Pro Glu Asp Ile Lys Arg Val Gln Gln Glu Leu 260 265 270 Ala Asp Val Val Gly Leu Glu Arg Arg Val Glu Glu Ser Asp Phe Asp 275 280 285 Lys Leu Thr Phe Phe Lys Cys Thr Leu Lys Glu Thr Leu Arg Leu His 290 295 300 Pro Pro Ile Pro Leu Leu Leu His Glu Thr Ser Glu Asp Ala Glu Val 305 310 315 320 Ala Gly Tyr Tyr Val Pro Lys Lys Thr Arg Val Met Ile Asn Ala Tyr 325 330 335 Ala Ile Gly Arg Asp Lys Asn Ser Trp Glu Asp Pro Asp Ser Phe Lys 340 345 350 Pro Ser Arg Phe Leu Glu Pro Gly Val Pro Asp Phe Lys Gly Asn His 355 360 365 Phe Glu Phe Ile Pro Phe Gly Ser Gly Arg Arg Ser Cys Pro Gly Met 370 375 380 Gln Leu Gly Leu Tyr Ala Leu Asp Leu Ala Val Ala His Leu Leu His 385 390 395 400 Cys Phe Thr Trp Glu Leu Pro Asp Gly Met Lys Pro Ser Glu Leu Asp 405 410 415 Met Thr Asp Met Phe Gly Leu Thr Ala Pro Arg Ala Thr Arg Leu Val 420 425 430 Ala Val Pro Arg Lys Arg Val Val Cys Pro Leu 435 440 <210> 92 <211> 365 <212> PRT <213> Gossypium hirsutum <400> 92 Met Gly Ser Thr Gly Glu Thr Gln Met Thr Pro Thr Gln Val Ser Asp 1 5 10 15 Glu Glu Ala Asn Leu Phe Ala Met Gln Leu Thr Ser Ala Ser Val Leu 20 25 30 Pro Met Val Leu Lys Ser Ala Ile Glu Leu Asp Leu Leu Glu Ile Met 35 40 45 Ala Lys Ala Gly Pro Gly Ala Phe Leu Ser Pro Lys Glu Leu Ala Ser 50 55 60 Gln Leu Pro Thr Ser Asn Pro Asp Ala Pro Val Met Leu Asp Arg Ile 65 70 75 80 Leu Arg Leu Leu Ala Thr Tyr Ser Ile Leu Thr Cys Ser Leu Arg Thr 85 90 95 Leu Pro Asp Gly Lys Val Glu Arg Leu Tyr Gly Leu Gly Pro Val Cys 100 105 110 Lys Phe Leu Thr Lys Asn Glu Asp Gly Val Thr Leu Ser Ala Leu Ser 115 120 125 Leu Met Asn Gln Asp Lys Val Leu Met Glu Ser Trp Tyr Tyr Leu Lys 130 135 140 Asp Ala Val Leu Glu Gly Gly Ile Pro Phe Asn Lys Val Tyr Gly Met 145 150 155 160 Thr Ala Phe Glu Tyr His Gly Thr Asp Pro Arg Phe Asn Lys Val Phe 165 170 175 Asn Arg Gly Met Ser Asp His Ser Thr Ile Thr Met Lys Lys Ile Leu 180 185 190 Glu Thr Tyr Asp Gly Phe Glu Gly Leu Lys Thr Leu Val Asp Val Gly 195 200 205 Gly Gly Thr Gly Ala Thr Leu Asn Met Ile Val Thr Lys His Pro Ser 210 215 220 Ile Lys Gly Ile Asn Phe Asp Leu Pro His Val Ile Glu Asp Ala Pro 225 230 235 240 Ala Tyr Pro Gly Val Glu His Val Gly Gly Asp Met Phe Glu Ser Val 245 250 255 Pro Lys Gly Asp Ala Ile Phe Met Lys Trp Ile Cys His Asp Trp Ser 260 265 270 Asp Glu His Cys Ser Lys Phe Leu Lys Lys Cys Tyr Glu Ala Leu Pro 275 280 285 Asp Ser Gly Lys Val Ile Val Ala Glu Cys Ile Leu Pro Asp Tyr Pro 290 295 300 Asp Pro Ser Leu Ala Thr Lys Leu Val Val His Ile Asp Cys Ile Met 305 310 315 320 Leu Ala His Asn Pro Gly Gly Lys Glu Arg Thr Glu Lys Glu Phe Glu 325 330 335 Ala Leu Ala Arg Ser Ala Gly Phe Gln Gly Phe Gln Val Lys Cys Cys 340 345 350 Ala Phe Gly Thr Tyr Ile Met Glu Phe Val Lys Arg Val 355 360 365 <210> 93 <211> 366 <212> PRT <213> Eucalyptus camaldulensis <400> 93 Met Gly Ser Thr Gly Ser Glu Thr Gln Met Thr Pro Thr Gln Val Ser 1 5 10 15 Asp Glu Glu Ala Asn Leu Phe Ala Met Gln Leu Ala Ser Ala Ser Val 20 25 30 Leu Pro Met Val Leu Lys Ala Ala Ile Glu Leu Asp Leu Leu Glu Ile 35 40 45 Met Ala Lys Ala Gly Pro Gly Ala Phe Leu Ser Pro Gly Glu Val Ala 50 55 60 Ala Gln Leu Pro Thr Gln Asn Pro Glu Ala Pro Val Met Leu Asp Arg 65 70 75 80 Ile Phe Arg Leu Leu Ala Ser Tyr Ser Val Leu Thr Cys Thr Leu Arg 85 90 95 Asp Leu Pro Asp Gly Lys Val Glu Arg Leu Tyr Gly Leu Ala Pro Val 100 105 110 Cys Lys Phe Leu Val Lys Asn Glu Asp Gly Val Ser Ile Ala Ala Leu 115 120 125 Asn Leu Met Asn Gln Asp Lys Ile Leu Met Glu Ser Trp Tyr Tyr Leu 130 135 140 Lys Asp Ala Val Leu Glu Gly Gly Ile Pro Phe Asn Lys Ala Tyr Gly 145 150 155 160 Met Thr Ala Phe Glu Tyr His Gly Thr Asp Pro Arg Phe Asn Lys Ile 165 170 175 Phe Asn Arg Gly Met Ser Asp His Ser Thr Ile Thr Met Lys Lys Ile 180 185 190 Leu Glu Thr Tyr Lys Gly Phe Glu Gly Leu Glu Thr Val Val Asp Val 195 200 205 Gly Gly Gly Thr Gly Ala Val Leu Ser Met Ile Val Ala Lys Tyr Pro 210 215 220 Ser Met Lys Gly Ile Asn Phe Asp Leu Pro His Val Ile Glu Asp Ala 225 230 235 240 Pro Pro Leu Pro Gly Val Lys His Val Gly Gly Asp Met Phe Val Ser 245 250 255 Val Pro Lys Gly Asp Ala Ile Phe Met Lys Trp Ile Cys His Asp Trp 260 265 270 Ser Asp Asp His Cys Ala Lys Phe Leu Lys Asn Cys Tyr Asp Ala Leu 275 280 285 Pro Asn Asn Gly Lys Val Ile Val Ala Glu Cys Val Leu Pro Val Tyr 290 295 300 Pro Asp Thr Ser Leu Ala Thr Lys Asn Val Ile His Ile Asp Cys Ile 305 310 315 320 Met Leu Ala His Asn Pro Gly Gly Lys Glu Arg Thr Gln Lys Glu Phe 325 330 335 Glu Thr Leu Ala Lys Gly Ala Gly Phe Gln Gly Phe Gln Val Met Cys 340 345 350 Cys Ala Phe Gly Thr His Val Met Glu Phe Leu Lys Thr Ala 355 360 365

Claims (68)

  1. 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 16, 18, 20, 22, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 40, 42, 44, 45, 47, 49, 및 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 핵산 서열과 적어도 90%의 서열 일치도를 가지는 분리된 핵산 분자.
  2. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 상기 핵산 서열과 적어도 95%의 서열 일치도를 가지는, 분리된 핵산 분자.
  3. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 상기 핵산 서열과 적어도 98%의 서열 일치도를 가지는, 분리된 핵산 분자.
  4. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 상기 핵산 서열과 적어도 99%의 서열 일치도를 가지는, 분리된 핵산 분자.
  5. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 상기 핵산 서열과 100%의 서열 일치도를 가지는, 분리된 핵산 분자.
  6. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  7. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  8. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  9. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  10. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 및 15로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  11. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 16, 18 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  12. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 16, 18 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  13. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 16, 18 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  14. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 16, 18 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  15. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 16, 18 및 20으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  16. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  17. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  18. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  19. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  20. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 22, 24, 25, 26, 28 및 29로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  21. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  22. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  23. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  24. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  25. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 31로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  26. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  27. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  28. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  29. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  30. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 33으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  31. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 35, 37 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  32. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 35, 37 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  33. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 35, 37 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  34. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 35, 37 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  35. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 35, 37 및 39로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  36. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  37. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  38. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  39. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  40. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 40 및 42로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  41. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  42. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  43. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  44. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  45. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 44, 45, 및 47로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  46. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  47. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  48. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  49. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  50. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 49로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  51. 제 1항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  52. 제 2항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  53. 제 3항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  54. 제 4항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  55. 제 5항에 있어서,
    상기 분자는 서열번호 51로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 분리된 핵산 분자.
  56. 서열번호 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 17, 19, 21, 23, 27, 30, 32, 34, 36, 38, 41, 43, 46, 48, 50, 및 52로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 아미노산 서열과 적어도 90%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자.
  57. 제 31항에 있어서,
    상기 분자는 상기 아미노산 서열과 적어도 95%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자.
  58. 제 31항에 있어서,
    상기 분자는 상기 아미노산 서열과 적어도 98%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자.
  59. 제 31항에 있어서,
    상기 분자는 상기 아미노산 서열과 적어도 99%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자.
  60. 제 31항에 있어서,
    상기 분자는 상기 아미노산 서열과 100%의 서열 일치도를 가지는 분리된 폴리펩타이드 분자.
  61. 서열번호 53 및 서열번호 54; 서열번호 55 및 서열번호 56; 서열번호 57 및 서열번호 58; 서열번호 59 및 서열번호 60; 그리고 서열번호 61 및 서열번호 62로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 cDNA의 증폭에 유용한 한 쌍의 전방 및 역방 프라이머들.
  62. 제 1항의 분리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터.
  63. 제 31항의 폴리펩타이드 분자와 특이적으로 결합하는 분리된 항체 또는 그의 항원 결합 단편.
  64. 제 37항의 벡터를 포함하는 형질전환된 식물 세포.
  65. 제 39항의 형질전환 식물로부터 유래된 물질.
  66. 제 39항의 형질전환된 식물로부터 얻은 종자.
  67. 제 37항의 벡터로 적어도 하나의 식물 세포를 형질전환하는 단계; 및
    상기 적어도 하나의 식물 세포를 식물 내에서 성장시키는 단계:
    를 포함하는, 형질전환 식물을 제조하는 방법.
  68. 제 1항의 비-자연적 핵산 서열을 황마 식물 내로 도입하는 단계를 포함하는, 황마 식물에서 성장, 섬유 수율, 섬유 강도, 질병 저항성, 또는 물 이용성을 개선하는 방법.
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