KR20060123688A - 캔디다 알비칸스의 검출용 핵산 탐침 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 비바이러스 감염 유기체의 rRNA 유전자로부터 유도되어 그들 유기체를 생물학적 시료에서 검출 및 동정하는데 유용한 핵산 탐침 및 이 핵산 탐침을 포함하여 감염질환을 진단하는데 유용한 조성물 및 키트에 관한 것이다.
핵산 탐침, 감염질환, 검출, 동정
Description
도 1은 스타필로코코스 아우레우스, 슈도모나스 애루지노사, 프로테우스 미라빌리스, 크레브시엘라 뉴모니에, 아시네토박터 바우마니, 이. 콜라이 또는 엔테로코코스 페슘 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험을 위한 DNA 칩의 디자인을 도시한 것이다.
도 2는 스타필로코코스 아우레우스 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 3은 슈도모나스 애루지노사 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 4는 프로테우스 미라빌리스 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 5는 크레브시엘라 뉴모니에 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 6은 아시네토박터 바우마니 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 7은 이. 콜라이 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 8은 엔테로코코스 페슘 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 9는 스타필로코코스 에피더미디스 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험을 위한 DNA 칩의 디자인을 도시한 것이다.
도 10은 스타필로코코스 에피더미디스 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 9의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 11은 살모넬라 그룹 E 균 또는 살모넬라 그룹 B 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험을 위한 DNA 칩의 디자인을 도시한 것이다.
도 12는 살모넬라 그룹 E 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 11의 DNA 칩에서의 혼성화 반응결과를 보여준 다.
도 13은 살모넬라 그룹 B 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 11의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 14는 크레브시엘라 옥시토카 균 또는 벌코데리아 세파시아 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험을 위한 DNA 칩의 디자인을 도시한 것이다.
도 15는 크레브시엘라 옥시토카 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 14의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 16은 벌코데리아 세파시아 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 14의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다.
도 17은 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용되는 프라이머의 위치를 보여준다. (16S: 16S rRNA; ITS: 내부전사 스페이서 영역 (Internal Transcribed Spacer Region, 이하 "ITS"라 한다); 23S: 23S rRNA).
<기술분야>
본 발명은 생물학적 시료중에서 비바이러스 감염 유기체를 검출 및 동정하는데 유용하고 그러한 비바이러스 감염 유기체에 의해 발생되는 질환을 진단하는데 사용하는 핵산 탐침에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명은 비바이러스 감염 유기체의 rRNA 유전자로부터 유도되어 그들 유기체를 검출 및 동정하는데 유용한 핵산 탐침 및 이 핵산 탐침을 포함하여 감염질환을 진단하는데 유용한 조성물 및 키트에 관한 것이다.
<배경기술>
감염질환은 병원체가 혈액, 체액 및 조직 내에 출현하여 서식하기 시작하면서 발병하는 질환으로서, 원인균의 정확한 동정 및 적절한 치료가 이루어지지 않을 경우, 생명을 잃을 수 있는 질병이다. 더욱이 최근에는 항생제투여의 오남용으로 인해 병원체의 배양률이 감소하게 되었고, 이식에 따른 면역억제제 사용의 증가, 항암 치료로 인한 약물투여의 증가 등으로 인한 원인병원체가 다양해지게 되면서 배양 검사와 같은 기존의 감염질환을 진단하는 진단방법들이 점차 어려움에 부딪히고 있는 실정이다. 특히 혐기성 균을 포함한 특정 병원체의 경우 인체에 매우 치명적이고 중한 질환을 야기시키기 때문에 이를 조속히 진단함과 동시에 원인 병원체의 종류를 확인하는 것이 치료에 있어서 상당히 중요한 위치를 차지한다. 이와 같은 필요성으로 인해 오랫동안 감염질환 원인 미생물을 동정하고자 하는 진단 방법들이 연구 및 개발되어 왔다. 지난 10년 동안에 많은 미생물을 검출하는데 상당한 진보가 있어 왔지만 현재 이용되고 있는 진단 방법들은 여전히 많은 노동을 필요로 하고 있고 민감도 및 특이성이 낮은 형편이다.
바이러스를 제외하고, 모든 원핵 유기체는 원핵성 5S, 16S 및 23S rRNA 분자들의 상동체를 코딩하는 rRNA 유전자를 함유한다. 진핵 세포의 경우는 이들 rRNA 분자들이 원핵 세포의 분자와 실질적으로 유사한 5S rRNA, 5.8S rRNA, 18S rRNA 및 28S rRNA이다. 생물학적 시료에서 특정한 유기체 또는 유기체 군의 rRNA 아서열을 특정한 표적으로 하여 검출하기 위한 탐침들이 많이 공개되어 있다. 이러한 핵산 탐침을 잘 알려진 중합효소 연쇄 반응(PCR)과 함께 병용함으로써 종래의 진단 방법에서의 상기 문제점가운데 많은 것들이 해결될 수 있었다. 진단을 위한 핵산 탐침 기술에서는 증폭시키는 표적 유전자의 선택이 매우 중요한데 대체로 rRNA, 특히 23S rRNA 유전자 및 내부전사지역 (Internal Transcribed Spacer Region, ITS)이 이용되고 있으며 이들에 대한 핵산 탐침서열은 유리하게는 적당한 긴축 조건하에서 다른 유기체로부터 유래된 핵산과 교차 반응하는 확률이 낮은 것으로 알려져 있다 (P. Wattiau et. al., Appl. Microbiol. Biotechnol., 56, 816-819, 2001; D, A. Stahlm et. al., J. Bacteriol., 172, 116-124, 1990; Boddinghaus. et. al., J. Clin., Microbiol., 28, 1751-1759, 1990; T. Rogall et al., J. Gen. Microbiol., 136, 1915-1920, 1990; T. Rogall, et. al., Int. J. System. Bacteriol., 40, 323-330, 1990; K. Rantakokko-Jalava et. al., J. Clin., Mirobiol., 38(1), 32-39, 2000 ; Park et. al., J. Clin., Mirobiol., 38(11), 4080-4085, 2000; A. Schmalenberger et. al, Appl. Microbiol. Biotechnol., 67(8), 3557-3563, 2001; 국제특허공개 WO98/55646; Jannes 등의 미국특허 제6025132호; 및 Rossau 등의 미국특허 제6,277,577호).
그러나, 많은 병원체에 대하여 rRNA 유전자의 염기 서열이 동정되지 않은 상태에 있으며 그럼으로써 그러한 병원체의 rRNA 유전자의 염기 서열을 동정하고 그로부터 유도되는 고도의 특이성을 갖는 탐침을 개발할 필요가 여전히 남아있다. 또한, 비록 일부 병원체의 경우 rRNA 유전자의 염기 서열이 전체적으로 또는 부분적으로 밝혀져 있을 지라도, 그러한 병원체를 보다 특이적으로 검출할 수 있는 새로운 핵산 탐침은 계속 개발될 필요가 있다.
이에, 본 발명의 목적은 하기의 비바이러스 병원체를 검출 및 동정하는데 유용한 핵산 탐침을 개발하는데 있다:
(1) 아시네토박터 바우마니 (Acinetobacter baumanii);
(2) 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스
(Anaerobiospirillum succiniciproducens);
(3) 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis);
(4) 카디오박테리움 호미니스 (Cardiobacterium hominis);
(5) 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 (Chryseobacterium meningosepticum);
(6) 클로스트리디움 람모섬 (Clostridium ramosum);
(7) 코마모나스 아시도보란스 (Comamonas acidovorans);
(8) 코리네박테리움 디프테리애 (Corynebacterium diphtheriae);
(9) 크레브시엘라 옥시토카 (Klebsiella oxytoca);
(10) 오크로박트룸 안트로피 (Ochrobactrum anthropi);
(11) 펩토스트렙토코코스 프레보티 (Peptostreptococcus prevotii);
(12) 포피로모나스 진지발리스 (Porphyromonas gingivalis);
(13) 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 (Peptostreptococcus anarobius);
(14) 펩토스트렙토코커스 마그누스 (Peptostreptococcus magnus);
(15) 푸소박테리움 네크로포룸 (Fusobacterium necrophorum);
(16) 프로테우스 불가리스 (Proteus vulgaris);
(17) 엔테로박터 에어로게네스 (Enterobacter aerogenes);
(18) 스트렙토코커스 뮤탄스 (Streptococcus mutans);
(19) 킨젤라 킨갭 (Kingella kingaep);
(20) 박테로이데스 오바투스 (Bacteroides ovatus);
(21) 박테로이데스 테타이오타오미크론 (Bacteroides thetaiotaomicron);
(22) 클로스트리디움 디프실 (Clostridium diffcile);
(23) 해모필러스 아프로필라스 (Haemophilus aprophilas);
(24) 나이세리아 고노헤아 (Neisseria gonorrhea);
(25) 아이케넬라 코로덴스 (Eikenella corrodens);
(26) 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus);
(27) 브란하멜라 카타르할리스 (Branhamella catarrhalis);
(28) 수테렐라 와즈워텐시스 (Sutterella wadsworthensis);
(29) 액티노마이세스 이스라엘이 (Actinomyces israelii);
(30) 스타필로코코스 에피더미디스 (Staphylococcus epidrmidis);
(31) 벌코데리아 세파시아 (Burkholderia cepacia);
*(32) 살모넬라 엔테리티디스 (Salmonella spp.(enteritidis));
(33) 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli);
(34) 크레브시엘라 뉴모니에 (Klebsiella pneumoniae);
(35) 프로테우스 미라빌리스 (Proteus mirabilis);
(36) 스트렙토코코스 뉴모니에 (Streptococcus pneumoniae);
(37) 비브리오 벌른피커스 (Vibrio vulnificus);
(38) 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa);
(39) 에로모나스 하이드로필라 (Aeromonas hydrophila);
(40) 리스테리아 모노사이토제네스 (Listeria monocytogenes);
(41) 엔테로코코스 페슘 (Enterococcus faecium);
(42) 스타필로코코스 아우레우스 (Staphylococcus aureus);
(43) 나이세리아 메닌자이티디스 (Neisseria meningitidis);
(44) 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila);
(45) 캔디다 알비칸스 (Candida albicans); 및
(46) 캔디다 글라브라타 (Candida glabrata).
발명의 요약
본 발명자들은 상기 각 병원체의 rRNA 유전자와 특정적으로 혼성화하고 다른 유기체의 핵산과는 교차 반응하지 않는 염기 서열을 갖는 탐침을 개발하였고 또한 이들 탐침을 집적한 DNA 칩을 제작하여 임상 실험을 통해 그들 탐침의 각 특이성을 확인함으로써 상기 본 발명의 목적을 달성하였다. 상기 (1) 내지 (28)의 각 세균의 검출 및 동정을 위한 핵산 탐침은 본 발명자들에 의해 직접 동정된 각 세균의 23S rRNA 유전자 및 ITS의 전체 염기 서열(서열번호 1 내지 28)로부터 유도되어 이의 기원이 되는 세균의 23S rRNA 또는 ITS와 특정적으로 혼성화하고 그 외의 다른 유기체의 핵산과는 교차 반응하지 않는 특정 염기 서열을 갖는다. 상기 (29) 내지 (44)의 세균의 경우는 공지된 23S rRNA 유전자로부터 유도되어 이의 기원이 되는 세균의 23S rRNA 유전자와 특정적으로 혼성화하고 그 외 다른 유기체의 핵산과는 교차 반응하지 않는 특정 염기 서열을 갖는다. 상기 (45) 및 (46)의 진균의 경우는 공지된 18S rRNA 유전자로부터 유도되어 이의 기원이 되는 진균의 18S rRNA 유전자와 특정적으로 혼성화하고 그 외 다른 유기체의 핵산과는 교차 반응하지 않는 염기 서열을 갖는다.
한 관점으로, 본 발명은 상기 (1) 내지 (28)의 세균의 23S rRNA 유전자와 ITS의 전체 염기 서열로서 각각 서열번호 1 내지 28로 기술된 염기 서열을 갖는 핵산 분자를 제공한다.
다른 관점(1-i-a)으로, 본 발명은 아시네토박터 바우마니 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TGATGGAACTTGCTT (Acti004, 서열번호 29);
AGGGCACACATAATG (Acti23S01, 서열번호 30); 또는
ACGCTGTTGTTGGTG (Acti23S02, 서열번호 31).
다른 관점(1-i-b)으로, 본 발명은 아시네토박터 바우마니 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
ATACACAGTACTTCG (Acti3, 서열번호 32);
ATAGTGTTGCAAGGC (Acti002, 서열번호 33); 또는
TGAAAAGCCAGGGGA (Acti003, 서열번호 34).
다른 관점(1-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 29 내지 34중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(1-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 29 내지 34중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(1-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 29 내지 34중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 아시네토박터 바우마니 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(1-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 29 내지 34중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(1-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 29 내지 34중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아시네토박터 바우마니 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 아시네토박터 바우마니 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(2-i-a)으로, 본 발명은 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TGACTCGTGCCCATG (Anas001, 서열번호 45);
TACCGGGGTTAAAAG (Anas002, 서열번호 46);
ATCAGTGATCTGAGA (Anas003, 서열번호 47);
GAGACGAAGCACCAT (Anas004, 서열번호 48);
AGTTGATACAGGTAG (Anas011, 서열번호 49);
GGCCCCATCCGGGGT(Anas013, 서열번호 50); 또는
CAGTTGGAAGCAGAG (Anas23S03, 서열번호 51).
다른 관점(2-ii-b)으로, 본 발명은 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTCTTGATTCATTGC (Anas005, 서열번호 52);
CAGCCCAAAAGTTGA (Anas008, 서열번호 53);
AAACTGCAGGGCACA (Anas009, 서열번호 54); 또는
ATACTACCTGACGAC (Anas010, 서열번호 55).
다른 관점(2-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 45 내지 55중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(2-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 45 내지 55중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(2-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 45 내지 55중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분: 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
관점(2-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 45 내지 55중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(2-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 45 내지 55중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(3-i)으로, 본 발명은 박테로이데스 프라질리스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTCGAACCTGACAGT (Bf011, 서열번호 78).
다른 관점(3-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 78의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(3-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 78의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(3-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 78의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 박테로이데스 프라질리스균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제 공한다.
다른 관점(3-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 78의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(3-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 78의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 프라질리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 박테로이데스 프라질리스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(4-i-a)으로, 본 발명은 카디오박테리움 호미니스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AACCCTGGTGAAGGG (Car 006, 서열번호 93);
ATATGAAGATATGTG (Car 007, 서열번호 94);
TAGATTGACTTACGG (Car 008, 서열번호 95);
*GTAAAGTTTTACTAC (Car 009, 서열번호 96); 또는
CCAGCACACTGTTGG (Car2, 서열번호 97).
다른 관점(4-i-b)으로, 본 발명은 카디오박테리움 호미니스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AAAGAGAGAACAGCA (Car3(CarI), 서열번호 98);
TTGGCGACAACAGGC (Car001, 서열번호 99);
GCCCCGGGAAGCTGA (Car002, 서열번호 100);
TAGACTGCGGAAGCG (Car003, 서열번호 101); 또는
AATTAAGTTGCGTAT (Car004, 서열번호 102).
다른 관점(4-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 93 내지 102중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 카디오박테리움 호미니스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(4-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 93 내지 102중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 카디오박테리움 호미니스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(4-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 93 내지 102중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 카디오박테리움 호미니스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침 과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 카디오박테리움 호미니스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 93 내지 102중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 카디오박테리움 호미니스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 93 내지 102중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 카디오박테리움 호미니스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 카디오박테리움 호미니스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(5-i-a)으로, 본 발명은 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선 택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGCATATTTAGATGA (Chr23S04, 서열번호 105).
다른 관점(5-i-b)으로, 본 발명은 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 분리된 핵산 분자를 제공한다:
CTTAGGTGATCACTT (Chr001, 서열번호 106);
TAACCCCTTAGATTA (Chr003, 서열번호 107);
TCAAACCTCAAACTA (Chr004, 서열번호 108); 또는
AAGAAATCGAAGAGA (Chr005, 서열번호 109).
다른 관점(5-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 105 내지 109중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(5-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 105 내지 109중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(5-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 105 내지 109중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당 한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(5-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 105 내지 109중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(5-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 105 내지 109중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 크리서박테리움 메닌고셉티쿰 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(6-i)으로, 본 발명은 클로스트리디움 람모섬 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
CCAGTGTGTGAGGAG (C.ramosa04, 서열번호 115); 또는
CCCGGGAAGGGGAGT (C.ramo 004, 서열번호 116).
다른 관점(6-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 115 또는 116의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(6-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 115 또는 116의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(6-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 115 또는 116의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 클로스트리디움 람모섬 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(6-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 115 또는 116의 염기 서열을 포함한 핵산 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(6-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 115 또는 116의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 람모섬 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 클로스트리디움 람모섬 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(7-i)으로, 본 발명은 코마모나스 아시도보란스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TAGGGCGTCCAGTCG (Com 004, 서열번호 124);
CGCAGAGTACAGCTT (Com 005, 서열번호 125);
GTACCGATGTGTAGT (Com 006, 서열번호 126);
GAACTTGAACAAAGG (Com 007, 서열번호 127);
TGTGCTAGAGAAAAG (Coma2, 서열번호 128); 또는
ATCCGCCGGGCTTAG (Coma3, 서열번호 129).
다른 관점(7-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 124 내지 129중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코마모나스 아시도보란스 균의 검출 용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(7-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 124 내지 129중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코마모나스 아시도보란스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(7-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 124 내지 129중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코마모나스 아시도보란스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 코마모나스 아시도보란스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(7-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 124 내지 129중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코마모나스 아시도보란스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(7-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 124 내지 129중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코마모나스 아시도보란스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 코마모나스 아시도보란스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(8-i)으로, 본 발명은 코리네박테리움 디프테리애 균으로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
ACCATCTTCCCAAGG (C.diph003, 서열번호 135).
다른 관점(8-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 135의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(8-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 135의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(8-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 135의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존 재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 코리네박테리움 디프테리애 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(8-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 135의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(8-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 135의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 코리네박테리움 디프테리애 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 코리네박테리움 디프테리애 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(9-i)으로, 본 발명은 크레브시엘라 옥시토카 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GAACGTTACTAACGC (Ko001, 서열번호 142).
다른 관점(9-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 142의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(9-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 142의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
*다른 관점(9-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 142의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 크레브시엘라 옥시토카 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(9-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 142의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체 에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(9-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 142의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 옥시토카 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 크레브시엘라 옥시토카 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(10-i-a)으로, 본 발명은 오크로박트룸 안트로피 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGACCAGGCCAGTGG (Ochr04, 서열번호 151); 또는
GACCAGGCCAGTGGC (Ochr05, 서열번호 152).
다른 관점(10-i-b)으로, 본 발명은 오크로박트룸 안트로피 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTGATTGACACTTG (Ochr004, 서열번호 153);
TACCGCTCACGAGCC (Ochr005, 서열번호 154); 또는
GGGTCCGGAGGTTCA (Ochr007, 서열번호 155).
다른 관점(10-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 151 내지 155중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 오크로박트룸 안트로피 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(10-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 151 내지 155중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 오크르박트룸 안트로피 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(10-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 151 내지 155중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 오크로박트룸 안트로피 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 오크로박트룸 안트로피 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(10-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 151 내지 155중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 오크로박트룸 안트로피 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(10-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 151 내지 155중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 오크로박트룸 안트로피 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 오크로박트룸 안트로피 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(11-i)으로, 본 발명은 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
ACTAGGGAGAGCTCA (Pep002, 서열번호 166);
GCTTAGTAAAGCAAG (Pep003, 서열번호 167);
TACTAACATGTGACC (pep004, 서열번호 168);
AAGCAGAGAGAGCTC (Pep005, 서열번호 169);
CGAACGGTGAGGCCG (Pep006, 서열번호 170);
GTAGATGTTGATTAT (Pep007, 서열번호 171);
GTCGAATCATCTGGG (Pep23S02, 서열번호 172); 또는
TAAAACGTATCGGAT (Pep23S03, 서열번호 173).
다른 관점(11-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 166 내지 173중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(11-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 166 내지 173중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(11-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 166 내지 173중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 펩토스트렙토코코스 프레보티 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(11-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 166 내지 173중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(11-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존 재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 166 내지 173중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코코스 프레보티 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 펩토스트렙토코코스 프레보티 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(12-i-a)으로, 본 발명은 포피로모나스 진지발리스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGTTGGTGAGCGAGC (Por 003, 서열번호 178); 또는
CTGAGCTGTCGTGCA (Por23S08, 서열번호 179).
다른 관점(12-i-b)으로, 본 발명은 포피로모나스 진지발리스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTTTTGTGAGTGGA (Por 001, 서열번호 180); 또는
TGATGGGTGGGGTTG (Por 002, 서열번호 181).
다른 관점(12-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 178 내지 181중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 포피로모나스 진지발리스 균의 검 출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(12-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 178 내지 181중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 포피로모나스 진지발리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(12-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 178 내지 181 중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 포피로모나스 진지발리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 포피로모나스 진지발리스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(12-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 178 내지 181중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 포피로모나스 진지발리스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(12-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상 기 서열번호 178 내지 181중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 포피로모나스 진지발리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 포피로모나스 진지발리스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(13-i)으로, 본 발명은 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGGAGGAAGAGAAAG (P.anae003, 서열번호 186); 또는
GCGAAAGGAAAAGAG (P.anae004, 서열번호 187).
다른 관점(13-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 186 또는 187의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(13-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 186 또는 187의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(13-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 186 내지 187중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리 핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(13-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 186 또는 187의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(13-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 186 또는 187의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균은 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(14-i)으로, 본 발명은 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
CATGCAACGATCCGT (P.magn002, 서열번호 190).
다른 관점(14-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 190의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(14-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 190의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(14-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 190의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 펩토스트렙토코커스 마그누스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(14-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 190의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(14-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 190의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 펩토스트렙토코커스 마그누스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 펩토스트렙토코커스 마그누스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(15-i)으로, 본 발명은 푸소박테리움 네크로포룸 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TTTCGCAGACGTAAG (fnecro01, 서열번호 193);
GTTTTCTTGCGCTGT (fnecro02, 서열번호 194);
CCGTATTCATGTCAA (fnecro03, 서열번호 195);
CTGCAAGCTATTTCG (fnecro05, 서열번호 196);
CAGACGTAAGCAAAG (fnecro06, 서열번호 197); 또는
CCTGTATTGGTAGTT (fnecro07, 서열번호 198).
다른 관점(15-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 193 내지 198중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 푸소박테리움 네크로포룸 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(15-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 193 내지 198중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 푸소박테리움 네크로포룸 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(15-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 193 내지 198중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 푸소박테리움 네크로포룸 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 푸소박테리움 네크로포룸 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(15-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 193 내지 198중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 푸소박테리움 네크로포룸 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(15-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존 재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 193 내지 198중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 푸소박테리움 네크로포룸 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 푸소박테리움 네크로포룸 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(16-i-a)으로, 본 발명은 프로테우스 불가리스 균으로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGAGGAGGCTTAGTG (Pvulga04, 서열번호 199).
다른 관점(16-i-b)으로, 본 발명은 프로테우스 불가리스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
ATACGTGTTATGTGC (Pvulga01, 서열번호 200).
다른 관점(16-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 199 또는 200의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 불가리스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(16-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 199 또는 200의 염기 서열 을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 불가리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(16-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 199 또는 200의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 불가리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 프로테우스 불가리스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(16-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 199 또는 200의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 불가리스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(16-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 199 또는 200의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 불가리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하 에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 프로테우스 불가리스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(17-i)으로, 본 발명은 엔테로박터 에어로게네스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TTCCGACGGTACAGG (e.aero01, 서열번호 207);
GTATCAGTAAGTGCG (e.aero03, 서열번호 208); 및
TTATCCAGGCAAATC (e.aero04, 서열번호 209).
다른 관점(17-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 207 내지 209중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로박터 에어로게네스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(17-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 207 내지 209중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로박터 에어로게네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(17-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 207 내지 209중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로박터 에어로게네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침 과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 엔테로박터 에어로게네스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(17-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 207 내지 209중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로박터 에어로게네스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(17-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 207 내지 209중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로박터 에어로게네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 엔테로박터 에어로게네스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(18-i)으로, 본 발명은 스트렙토코커스 뮤탄스 균으로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분 자를 제공한다:
TAGGTATTCTCTCCT (S.mutan001, 서열번호 212).
다른 관점(18-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 212의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코커스 뮤탄스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(18-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 212의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코커스 뮤탄스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(18-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 212의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코커스 뮤탄스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 스트렙토코커스 뮤탄스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(18-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 212의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코커스 뮤탄스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(18-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 212의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코커스 뮤탄스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 스트렙토코커스 뮤탄스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(19-i)으로, 본 발명은 킨젤라 킨갭 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGTTAGCAAACTGTT (k.king02, 서열번호 218);
CCAGTAGGTGGAAAG (k.king03, 서열번호 219);
AACACCGAGACGTGA (k.king04, 서열번호 220); 또는
TATTCAATGCGATGG (k.king09, 서열번호 221).
다른 관점(19-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 218 내지 221중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 킨젤라 킨갭 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(19-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 218 내지 221중의 어느 하 나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 킨젤라 킨갭 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(19-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 218 내지 221중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 킨젤라 킨갭 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 킨젤라 킨갭 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(19-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 218 내지 221중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 킨젤라 킨갭 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(19-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 218 내지 221중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 킨젤라 킨갭 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세 척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 킨젤라 킨갭 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(20-i)으로, 본 발명은 박테로이데스 오바투스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TAGAAGGAAGCATTC (b.ovatus01, 서열번호 227);
CCAATGTTGTTACGG (b.ovatus02, 서열번호 228); 또는
TGTAGGACCACGATG (b.ovatus05, 서열번호 229).
다른 관점(20-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 227 내지 229중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 오바투스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(20-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 227 내지 229중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 오바투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(20-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 227 내지 229중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 오바투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 박테로이데스 오바투스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(20-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 227 내지 229중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 오바투스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(20-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 227 내지 229중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 오바투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 박테로이데스 오바투스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(21-i)으로, 본 발명은 박테로이데스 테타이오타오미크론 균으로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리 된 핵산 분자를 제공한다:
GCTAACGCAGGGAAC (b.thetaio006, 서열번호 234).
다른 관점(21-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 234의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 테타이오타오미크론 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(21-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 234의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 테타이오타오미크론 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(21-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 234의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 테타이오타오미크론 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 박테로이데스 테타이오타오미크론 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(21-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 234의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함한 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(21-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 234의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 테타이오타오미크론 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 박테로이데스 테타이오타오미크론 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(22-i)으로, 본 발명은 클로스트리디움 디프실 균으로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTCGTCCGCCCCTG (C.diffc005, 서열번호 240).
다른 관점(22-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 240의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(22-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 240의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(22-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 240의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 핵산 탐침을 포함 한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 클로스트리디움 디프실 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(22-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 240의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(22-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 240의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 클로스트리디움 디프실 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 클로스트리디움 디프실 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(23-i)으로, 본 발명은 해모필러스 아프로필라스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGTGAAGAACCCACT (H.aphro003, 서열번호 245).
다른 관점으로, 본 발명은 해모필러스 아프로필라스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TGGGAGTGGGTTGTC (H.aphro001, 서열번호 246); 또는
TAACAAACCGGAAAC (H.aphro002, 서열번호 247).
*다른 관점(23-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 245 내지 247중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 해모필러스 아프로필라스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(23-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 245 내지 247중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 해모필러스 아프로필라스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(23-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 245 내지 247중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 해모필러스 아프로필라스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침 과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 해모필러스 아프로필라스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(23-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 245 내지 247중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 해모필러스 아프로필라스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(23-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 245 내지 247중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 해모필러스 아프로필라스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 해모필러스 아프로필라스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(24-i-a)으로, 본 발명은 나이세리아 고노헤아 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리 된 핵산 분자를 제공한다:
TATCAAAGTAGGGAT (N.gono005, 서열번호 254); 또는
AGTCAACGGGTAGGT (N.gono006, 서열번호 255).
다른 관점(24-i-b)으로, 본 발명은 나이세리아 고노헤아 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AACCTCTCGCAAGAG (N.gono002, 서열번호 256)
다른 관점(24-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 254 내지 256중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 고노헤아 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(24-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 254 내지 256중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 고노헤아 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(24-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 254 내지 256중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 고노헤아 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는 데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 나이세리아 고노헤아 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(24-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 254 내지 256중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 고노헤아 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(24-Vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 254 내지 256중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 고노헤아 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 나이세리아 고노헤아 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(25-i-a)으로, 본 발명은 아이케넬라 코로덴스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGATAGGAGAAGGAA (E.corro005, 서열번호 262); 또는
ACTCATCATCGATCC (E.corro006, 서열번호 263).
다른 관점(25-i-b)으로, 본 발명은 아이케넬라 코로덴스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGTCGTAGAGCGGAG (E.corro001, 서열번호 264).
다른 관점(25-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 262 내지 264중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아이케넬라 코로덴스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(25-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 262 내지 264중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아이케넬라 코로덴스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(25-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 262 내지 264중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아이케넬라 코로덴스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 아이케넬라 코로덴스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(25-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 262 내지 264중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아이케넬라 코로덴스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(25-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 262 내지 264중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 아이케넬라 코로덴스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 아이케넬라 코로덴스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(26-i)으로, 본 발명은 박테로이데스 불가투스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGTCAGCGTCGAAGG (b.vulga03, 서열번호 268); 또는
CGAATGCGCATCAGT (b.vulga07, 서열번호 269).
다른 관점(26-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 268 또는 269의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 불가투스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(26-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 268 또는 269의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 불가투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(26-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 268 또는 269의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 불가투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 박테로이데스 불가투스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(26-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 268 또는 269의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 박테로이데스 불가투스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(26-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 268 또는 269중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함 하는 박테로이데스 불가투스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 박테로이데스 불가투스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(27-i)으로, 본 발명은 브란하멜라 카타르할리스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
ATATCTTCGCGCTGT (B.catar005, 서열번호 280).
다른 관점(27-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 280의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 브란하멜라 카타르할리스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(27-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 280의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 브란하멜라 카타르할리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(27-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 280의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 브란하멜라 카타르할리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또 는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 브란하멜라 카타르할리스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(27-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 280의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 브란하멜라 카타르할리스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(27-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 280의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 브란하멜라 카타르할리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 브란하멜라 카타르할리스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(28-i)으로, 본 발명은 수테렐라 와즈워텐시스 균의 ITS로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다;
TTCGGGTCCGTAATT (Swad02, 서열번호 292);
AATCAAGGCCGAGGC (Swad03, 서열번호 293); 또는
GCCGAGGCGTGATGA (Swad04, 서열번호 294).
다른 관점(28-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 292 내지 294중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 수테렐라 와즈워텐시스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(28-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 292 내지 294중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 수테렐라 와즈워텐시스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(28-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 292 내지 294중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 수테렐라 와즈워텐시스균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 수테렐라 와즈워텐시스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(28-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 292 내지 294중의 어느 하나 의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 수테렐라 와즈워텐시스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(28-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 292 내지 294중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 수테렐라 와즈워텐시스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 수테렐라 와즈워텐시스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(29-i)으로, 본 발명은 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AACCTGGCTGGTGGC (Aciil, 서열번호 296).
다른 관점(29-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 296의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(29-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 296의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(29-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 296의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 엑티노마이세스 이스라엘이 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(29-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 296의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(29-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 296의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엑티노마이세스 이스라엘이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 엑티노마이세스 이스라엘이 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(30-i)으로, 본 발명은 스타필로코코스 에피더미디스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GATAGATAACAGGTG (SeM01, 서열번호 299); 또는
AGGGTTCACGCCCAG (SeM02, 서열번호 300).
다른 관점(30-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 299 또는 300의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 에피더미디스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(30-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 299 또는 300의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 에피더미디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(30-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 299 또는 300의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 에피더미디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건 하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 스타필로코코스 에피더미디스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(30-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 299 또는 300의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 에피더미디스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(30-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 299 또는 300의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 에피더미디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 스타필로코코스 에피더미디스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(31-i)으로, 본 발명은 벌코데리아 세파시아 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TTGTTAGCCGAACGC (Bur23, 서열번호 304); 또는
GGGTGTGGCGCGAGC (Bur01, 서열번호 305).
다른 관점(31-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 304 또는 305의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 벌코데리아 세파시아 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(31-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 304 또는 305의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 벌코데리아 세파시아 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(31-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 304 또는 305의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 벌코데리아 세파시아균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 벌코데리아 세파시아 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(31-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 304 또는 305의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 벌코데리아 세파시아 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(31-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 304 또는 305의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 벌코데리아 세파시아 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 벌코데리아 세파시아 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(32-i)으로, 본 발명은 살모넬라 엔테리티디스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GCCTGAATCAGCATG (Styp23, 서열번호 307).
다른 관점(32-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 307의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 살모넬라 엔테리티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(32-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 307의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 살모넬라 엔테리티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(32-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 307의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 살모넬라 엔테리티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함 한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 살모넬라 엔테리티디스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(32-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 307의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 살모넬라 엔테리티디스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(32-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 307의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 살모넬라 엔테리티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 살모넬라 엔테리티디스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(33-i)으로, 본 발명은 에스케리치아 콜라이 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다.
CTGAAGCGACAAATG (E coli 003, 서열번호 312).
다른 관점(33-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 312의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에스케리치아 콜라이 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(33-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 312의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에스케리치아 콜라이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(33-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 312의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에스케리치아 콜라이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 에스케리치아 콜라이 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(33-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 312의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에스케리치아 콜라이 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체 에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(33-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 312의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에스케리치아 콜라이 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 에스케리치아 콜라이 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(34-i)으로, 본 발명은 크레브시엘라 뉴모니에 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTACACCAAAATGCA (Kpneu 23, 서열번호 317); 또는
GCTGAGACCAGTCGA (K.pneu002, 서열번호 318).
다른 관점(34-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 317 또는 318의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(34-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 317 또는 318의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(34-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 317 또는 318의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 크레브시엘라 뉴모니에 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(34-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 317 내지 318중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(34-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 317 또는 318의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 크레브시엘라 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 크레브시엘라 뉴모니에 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(35-i)으로, 본 발명은 프로테우스 미라빌리스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTACCAACAATCGT (Pm, 서열번호 321);
GGCGACGGTCGTCCC (Pm002, 서열번호 322);
GATGACGAACCACCA (Pm003, 서열번호 323); 또는
TGAAGCAATTGATGC (Pm004, 서열번호 324).
다른 관점(35-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 321 내지 324중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 미라빌리스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(35-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 321 내지 324중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 미라빌리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(35-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 321 내지 324중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 미라빌리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 프로테우스 미라빌리스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(35-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 321 내지 324중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 미라빌리스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(35-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 321 내지 324중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 프로테우스 미라빌리스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 프로테우스 미라빌리스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(36-i)으로, 본 발명은 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분 리된 핵산 분자를 제공한다:
TAGGACTGCAATGTG (StreppM, 서열번호 328).
다른 관점(36-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 328의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(36-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 328의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(36-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 328의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 스트렙토코코스 뉴모니에 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(36-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 328의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지 지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(36-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 328의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스트렙토코코스 뉴모니에 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 스트렙토코코스 뉴모니에 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(37-i)으로, 본 발명은 비브리오 벌른피커스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GTTGACGATGCATGT (Vvul02, 서열번호 333).
다른 관점(37-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 333의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 비브리오 벌른피커스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(37-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 333의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 비브리오 벌른피커스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(37-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 333의 염기 서열을 포 함한 핵산 분자를 포함하는 비브리오 벌른피커스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 비브리오 벌른피커스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(37-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 333의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 비브리오 벌른피커스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(37-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 333의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 비브리오 벌른피커스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 비브리오 벌른피커스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(38-i)으로, 본 발명은 슈도모나스 애루지노사 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GAAGTGCCGAGCATG (P.aeru001, 서열번호 339); 또는
GGATCTTTGAAGTGA (Pa03, 서열번호 340).
다른 관점(38-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 339 또는 340의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 슈도모나스 애루지노사 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(38-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 339 또는 340의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 슈도모나스 애루지노사 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(38-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 339 또는 340의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 슈도모나스 애루지노사 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 슈도모나스 애루지노사 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(38-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 339 또는 340의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 슈도모나스 애루지노사 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(38-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 339 또는 340의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 슈도모나스 애루지노사 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 슈도모나스 애루지노사 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(39-i)으로, 본 발명은 에로모나스 하이드로필라 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGCGCCTCGGTAGGG (Ah, 서열번호 347).
다른 관점(39-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 347의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에로모나스 하이드로필라 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(39-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 347의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에로모나스 하이드로필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(39-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 347의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에로모나스 하이드로필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 에로모나스 하이드로필라 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(39-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 347의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에로모나스 하이드로필라 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(39-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이며 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 347의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 에로모나스 하이드로 필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 에로모나스 하이드로필라 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(40-i)으로, 본 발명은 리스테리아 모노사이토제네스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GGGTGCAAGCCCGAG (LM, 서열번호 354).
다른 관점(40-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 354의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 리스테리아 모노사이토제네스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(40-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 354의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 리스테리아 모노사이토제네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(40-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 354의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 리스테리아 모노사이토제네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 리스테리아 모노사이토제네스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(40-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 354의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 리스테리아 모노사이토제네스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(40-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 354의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 리스테리아 모노사이토제네스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 리스테리아 모노사이토제네스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(41-i)으로, 본 발명은 엔테로코코스 페슘 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TTACGATTGTGTGAA (E.faecium002, 서열번호 359); 또는
ATAGCACATTCGAGG (E.faecium003, 서열번호 360).
다른 관점(41-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 359 또는 360의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로코코스 페슘 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(41-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 359 또는 360의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로코코스 폐습 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(41-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 359 또는 360의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로코코스 페슘 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 엔테로코코스 페슘 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(41-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 359 또는 360의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로코코스 페슘 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지 지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(41-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 359 또는 360중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 엔테로코코스 페슘 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 엔테로코코스 페슘 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(42-i)으로, 본 발명은 스타필로코코스 아우레우스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
GATTGCACGTCTAAG (S.aureus004, 서열번호 365);
AATCCGGTACTCGTT (S.aureus005, 서열번호 366); 또는
TCTTCGAGTCGTTGA (Saure03(Saureus03), 서열번호 367).
다른 관점(42-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 365 내지 367중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 아우레우스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(42-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 365 내지 367중의 어느 하 나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 아우레우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(42-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 365 내지 367중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 아우레우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 스타필로코코스 아우레우스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(42-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 365 내지 367중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 아우레우스 균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(42-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 365 내지 367중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 스타필로코코스 아우레우스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 스타필로코코스 아우레우스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(43-i)으로, 본 발명은 나이세리아 메닌자이티디스 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
AGATGTGAGAGCATC (Nm002, 서열번호 377).
다른 관점(43-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 377의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 메닌자이티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(43-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 377의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 메닌자이티디스균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(43-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 377의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 메닌자이티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성 된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 나이세리아 메닌자이티디스 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(43-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 377의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 메닌자이티디스균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(43-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 377의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 나이세리아 메닌자이티디스 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 나이세리아 메닌자이티디스 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(44-i)으로, 본 발명은 레지오넬라 뉴모필라 균의 23S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TGGAGAGCATTTTAT (L.pneu011, 서열번호 383);
GTGATTTTGAGGTGA (L.pneu012, 서열번호 384); 또는
AGATGGTAAAGAAGA (L.pneu013, 서열번호 385).
다른 관점(44-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 383 내지 385중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 레지오넬라 뉴모필라 균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(44-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 383 내지 385중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 레지오넬라 뉴모필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(44-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 383 내지 385중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 레지오넬라 뉴모필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 레지오넬라 뉴모필라 균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(44-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 383 내지 385중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산분자를 포함하는 레지오넬라 뉴모필라 균의 검출용 핵 산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(44-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 383 내지 385중의 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 레지오넬라 뉴모필라 균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 레지오넬라 뉴모필라 균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(45-i)으로, 본 발명은 캔디다 알비칸스 진균의 18S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
TGGTAGCCATTTATG (C.alic 001, 서열번호 396);
CTGGACCAGCCGAGC (C.alic 003, 서열번호 397);
TCAAGAACGAAAGTT (C.alic 006, 서열번호 398);
AAGGATTGACAGATT (C.alic 007, 서열번호 399); 또는
CATTAATCAAGAACG (C.alic 008, 서열번호 400).
다른 관점(45-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 396 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(45-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 396 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(45-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 396 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 캔디다 알비칸스 진균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(45-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 396 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(45-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상 기 서열번호 396 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 캔디다 알비칸스 진균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
다른 관점(46-i)으로, 본 발명은 캔디다 글라브라타 진균의 18S rRNA로부터 유도된 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹중에서 선택된 분리된 핵산 분자를 제공한다:
CTGGAATGCACCCGG (C.glab 001, 서열번호 404); 또는
TGGCTTGGCGGCGAA (C.glab 003, 서열번호 405).
다른 관점(46-ii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 404 또는 405의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 글라브라타 진균의 검출용 핵산 탐침을 제공한다.
다른 관점(46-iii)으로, 본 발명은 상기 서열번호 404 또는 405의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 글라브라타 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물을 제공한다.
다른 관점(46-iv)으로, 본 발명은 (a) 상기 서열번호 404 또는 405의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 글라브라타 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 캔디다 글라브라타 진균을 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 관점(46-v)으로, 본 발명은 상기 서열번호 404 또는 405의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 글라브라타 진균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 관점(46-vi)으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 서열번호 404 또는 405의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 캔디다 글라브라타 진균을 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
추가의 관점으로, 본 발명은 상기 탐침중에서 선택된 2종 이상의 탐침을 포 함한 조성물을 제공한다.
다른 추가의 관점으로, 본 발명은 상기 탐침중에서 선택된 2종 이상의 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 상기 균중 2종 이상을 동시에 검출 및 동정하기 위한 키트를 제공한다.
다른 추가의 관점으로, 본 발명은 상기 탐침중에서 선택된 2종 이상의 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다.
다른 추가의 관점으로, 본 발명은 (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 상기 탐침중에서 선택된 2종 이상의 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 상기 균중 2종 이상을 동시에 검출 및 동정하는 방법을 제공한다.
A. 용어 정의
다음의 정의는 아래 기술된 바와 같이 본 발명의 다른 양태에서 사용된 용어 및 표현을 설명해 준다.
"분리된" 핵산 분자는 핵산의 천연원에 존재하는 다른 핵산 분자로부터 분리된 것이다. 예를 들면, 게놈 DNA와 관련하여, 용어 "분리된"은 게놈 DNA가 천연적으로 결합하고 있는 염색체로부터 분리된 핵산 분자를 포함한다.
"탐침" 또는 "핵산 탐침"은 검출하고자 하는 표적 염기 서열과 충분히 상보적이어서 혼성화하는 염기 서열을 갖는 일본쇄-특이적 올리고뉴클레오타이드를 가리킨다.
"조성물"은 세균 또는 진균의 rRNA에 상보적인 탐침이 순수한 상태이거나 다른 탐침과 배합되어 있을 수 있음을 의미한다. 또한, 탐침은 염 또는 완충제와 배합되어 건조된 상태, 침전물로서 알코올 용액 또는 수용액의 상태로 있을 수 있다.
"표적"은 본 발명에 따른 탐침중 어느 것과도 상보적인 서열을 갖는 생물학적 시료 유래의 핵산 분자를 의미한다. 표적 핵산은 일본쇄 또는 이본쇄의 DNA (임의로 증폭 후 수득함)이거나 RNA일 수 있으며 적어도 한 개의 탐침 올리고뉴클레오타이드와 적어도 부분적인 상보성을 갖는 서열을 함유한다.
"생물학적 시료"는 목적하는 표적 서열을 검출하고자 하는 임상 시료 (예, 농즙, 타액, 혈액, 뇨 등), 환경 시료, 세균 콜로니, 오염된 또는 순수한 배양물, 정제된 핵산 등의 검체 (specimen)를 가리킨다.
"폴리핵산"은 적어도 10, 20, 30, 40 또는 50개의 뉴클레오타이드가 연속하 고 있는 일본쇄 또는 이본쇄 cDNA 또는 게놈 DNA 또는 RNA에 상응한다. 뉴클레오타이드의 길이가 100개 이하인 폴리핵산은 흔히 올리고뉴클레오타이드라고 한다. 일본쇄 폴리핵산 서열은 본 발명에서 항상 5' 말단으로부터 3' 말단으로 표시된다.
"올리고뉴클레오타이드"는 일반적으로 약 10개 내지 약 100개의 뉴클레오타이드로 구성된 뉴클레오타이드 고분자를 의미한다. 그러나, 뉴클레오타이드의 길이는 100개 이상이거나 10개 이하일 수 있다.
"뉴클레오타이드"는 포스페이트 그룹, 5-탄당 및 질소 염기로 구성된 핵산의 기본 단위이다. RNA에서 5-탄당은 리보스이다. DNA에서 5-탄당은 2-데옥시리보스이다. 5-뉴클레오타이드의 경우, 당은 5-탄당-2에서 하이드록실그룹(-OH)을 함유한다. 이 용어는 또한 리보스의 2 위치에 메톡시 그룹과 같이 상기 기본 단위의 유사체를 포함한다.
"상동성"은 동일성과 동의어로서, 예를 들면 90% 상동성이라고 하는 폴리핵산은 서열의 배열시 동일한 위치에서 90%의 동일한 염기쌍을 나타내는 것을 의미한다.
"혼성화"는 표적 핵산(검출하고자 하는 서열)에 상보 서열의 교잡(annealing)을 의미한다. 상보 서열을 포함한 두 핵산 고분자가 서로를 발견하고 염기 쌍 상호작용을 통해 교잡하는 능력은 잘 알려진 현상이다.
"프라이머"는 복제하고자 하는 핵산 본쇄에 상보적인 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로 작용할 수 있는 일본쇄 DNA 올리고뉴클레오타이드 서열을 가리킨다. 프라이머의 길이 및 서열은 이들이 연장 산물의 합성을 개시할 수 있을 정도이면 되는데 바람직하게는 약 5 내지 50개의 뉴클레오타이드로 구성된다. 특정한 길이 및 서열은 목적하는 DNA 또는 RNA 표적의 복잡성뿐만 아니라 온도 및 이온강도와 같은 프라이머 사용의 조건에 의해 결정될 것이다.
"긴축"은 혼성화 및 후속 과정동안의 온도 및 용매 조성을 기술하기 위해 사용된다. 고도의 긴축 조건하에서 단지 고도로 상보적인 핵산 하이브리드가 형성될 것이다. 반대로, 충분한 정도의 상보성이 결여되어서는 하이브리드는 형성되지 않는다. 따라서, 검정 조건의 긴축은 하이브리드를 형성하는 두 핵산 본쇄사이에 필요한 상보성의 양을 결정한다. 긴축은 표적 핵산 및 비표적 핵산과 형성과 형성된 하이브리드간에 안정성의 차이를 최대화하는데서 선택된다.
"상보성"은 개개 본쇄의 왓슨-크릭 염기 쌍사이에 수소 결합을 통해 하이브리드 또는 이본쇄 DNA:DNA, RNA:RNA 또는 DNA:RNA를 형성할 수 있는 DNA 또는 RNA의 일본쇄의 염기 서열에 의해 제공되는 성질을 가리킨다. 아데닌(A)은 통상 티민(T) 또는 우라실(U)과 상보적이고 구아닌(G)은 통상 시토신(C)과 상보적이다.
"부정합"은 하이브리드에서 정상적인 왓슨-크릭 수소 결합을 형성하지 않는 두 뉴클레오타이드의 모든 쌍을 가리킨다.
"표지"는 검출가능한 (바람직하게는 정량가능한) 시그날을 제공하고 핵산에 결합될 수 있는 모든 원자 또는 분자를 가리킨다. 표지는 형광, 방사성, 색도, X-선 회절 또는 흡수, 마그네티즘 등에 의해 검출가능한 시그날을 제공할 수 있다.
"하이브리드"는 상보적인 염기사이의 왓슨-크릭 염기 쌍 또는 비표준 염기 쌍에 의해 두개의 일본쇄 핵산 서열사이에 형성된 복합체이다.
"탐침 특이성"은 표적과 비표적 서열을 구분하는 능력을 기술하기 위한 탐침의 특징을 가리킨다. 이와 관련하여, 탐침이 특이적이다 라고 하는 것은 뉴클레오타이드 서열이 정해진 표적 서열과 혼성화하고 비표적 서열과는 실질적으로 하이브리드하지 않거나 비표적 서열과의 혼성화가 최소로 이루어진다는 것을 의미한다. 탐침 특이성은 서열 및 검정 조건에 의해 좌우된다.
"Tm"은 탐침의 50%가 혼성화 형태로부터 비혼성화 형태로 전환되는 시점의 온도를 가리킨다.
"표준균주"는 시판중에 있거나 용이하게 입수가능한 균주를 가리킨다.
탐침의 동정
균의 검출용 핵산 탐침을 제작하기 위해서는 각 균에만 특이성을 가져야 하는데 이를 위하여 먼저 각 균에 대한 특이 탐침 후보군을 선정한다. 특이 탐침 후보군은 가능한 모든 균들의 염기서열들을 다중 정렬(multiple alignment)을 통해서 일렬로 정렬 비교하여 각 균에만 존재하는 특이적인 염기서열을 별도로 구분하여 그 내부에 존재하는 탐침 후보군을 제작하여 선별한다. 탐침 후보군은 세균의 경우 각 균내의 23S rRNA 유전자 및/또는 ITS 부위 내에서 결정하고, 진균의 경우는 18S rRNA 유전자 부위 내에서 결정한다. 탐침 후보군의 특이성 여부는 먼저 BLAST 검색을 통해 균별간 유사성을 비교하여 확인하고 실제로 혼성화 반응에 균주들을 적용하여 각 균에서만 반응하는 탐침을 후보군 내에서 동정용으로 선별한다. 추가로, 상기와 같이 선별된 동정용 핵산 탐침은 여러 생물학적 시료를 대상으로 하는 임상 시험에 적응하여 민감성을 확인한다.
본 발명에 따라 선별된 핵산 탐침은 적어도 15량체의 올리고뉴클레오타이드이며, 바람직하게는 검출하고자 하는 표적의 완전한 상보서열과 70%, 80%, 90% 또는 95% 이상의 상동성을 갖는다. 본 발명에 따른 각 균의 검출 및 동정용 핵산 탐침의 올리고뉴클레오타이드의 길이는 50개 또는 그 이상도 가능하다. 본 발명에 사용되는 뉴클레오타이드는 리보뉴클레오타이드, 데옥시리보뉴클레오타이드 및 이노신 또는 변형 그룹을 함유한 뉴클레오타이드와 같은 변형된 뉴클레오타이드도 가능하나, 이들은 혼성화 특징에 반드시 영향을 미치지 않아야 한다.
탐침 이용
본 발명의 핵산 탐침은 진단 목적상 생물학적 시료중에서 표적 핵산의 유무를 시험하는데 있어서 공지된 모든 혼성화 기술, 예를 들면 도트-블롯이라고 하는 필터상에의 포인트 침착 기술(MANIATIS et al., Molecular Cloning, Cold Spring Harbor, 1982), 써던 블롯이라고 하는 DNA 전달 기술 (SOUTHERN, E.M., J. Mol. Biol., 98, 503 (1975)), 노썬 블롯이라고 하는 RNA 전달 기술에 따라 사용할 수 있다.
또한, 본 발명의 핵산 탐침은 핵산 탐침-기본 검정의 특이성을 높여주는 샌드위치 혼성화 시스템에 사용할 수 있다. 핵산 탐침-기본 검정에서 샌드위치 혼성화의 원리 및 사용은 공지되어 있다(DUNN and HASSEL, Cell, 12: 23-36, 1977; 및 RNAKI et al., Gene, 21: 77-85, 1983). 샌드위치 혼성화 기술은 포획 탐침 및/또는 검출 탐침이 사용되며 이들 탐침은 표적 핵산의 상이한 두 영역과 혼성화할 수 있고 그들 중 적어도 하나 (일반적으로 검출 탐침)가 목적하는 균에 대해 특이적인 표적의 영역과 혼성화할 수 있다. 포획 탐침과 검출 탐침은 적어도 부분적으로 상이한 뉴클레오타이드 서열을 가져야 한다. 직접적인 혼성화 검정이 유리한 역학을 제시하지만, 샌드위치 혼성화는 시그날-대-노이즈 비율이 높다는 점에서 유리하다. 또한, 샌드위치 혼성화는 핵산 탐침-기본 검정의 특이성을 높일 수 있다. 샌드위치 혼성화 과정의 주요 단계를 구성하는 배양 및 후속 세척 단계는 각각 항온, 약 20 내지 65℃에서 실시한다. 핵산 하이브리드는 혼성화된 염기의 수에 의해 좌우되고 (온도는 하이브리드의 크기에 비례하여 증가한다) 또한 혼성화된 염기의 성질 및 각각의 혼성화된 염기의 경우 인접한 염기의 성질에 의해 좌우되는 해리 온도를 갖는 것으로 알려져 있다. 샌드위치 혼성화 기술에서 사용되는 혼성화 온도는 주어진 탐침과 상보적인 서열의 표적사이에 형성된 하이브리드의 반-해리 온도 이하에서 선택되어야 한다. 이러한 반-해리 온도는 간단한 통상의 실험에 의해 결정할 수 있다.
또한, 본 발명의 핵산 탐침은 경쟁 혼성화 프로토콜에 사용할 수 있다. 경쟁 혼성화에서, 표적 분자는 특정 탐침과 이의 상보체사이에서의 하이브리드 형성과 경쟁한다. 표적이 더 많이 존재할수록 탐침과 이의 상보체사이에 형성된 하이브리드의 양은 줄어든다. 특정 표적이 존재함을 지시하는 양성 시그날은 표적이 첨가되지 않은 시스템과 비교하여 혼성화 반응이 감소하는 것으로 나타난다. 특정 양태로서, 편리하게는 표지되는 특이적 올리고뉴클레오타이드 탐침을 표적 분자와 혼성화한다. 이어서, 혼합물을 특이적 탐침과 상보적인 올리고뉴클레오타이드가 고정된 미세역가 디쉬 웰에 넣고 계속 혼성화 반응이 일어나도록 한다. 세척 후 상보적인 올리고뉴클레오타이드와 탐침사이의 하이브리드를 바람직하게는 사용된 표지에 따라 정량한다.
또한, 본 발명의 핵산 탐침은 역혼성화 (reversed hybridization) (Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:6230-6234, 1989)에 사용할 수 있다. 이 경우는 우선 표적 서열을 5 바이오티닐화 프라이머를 사용하여 PCR을 수행함으로써 효소적으로 증폭할 수 있다. 두 번째 단계로 증폭된 산물은 고체 지지체상에 고정된 특정 올리고뉴클레오타이드와의 혼성시켜 검출한다. 역혼성화는 증폭하지 않고서 실시할 수 있다. 이러한 경우는 생물학적 시료에 존재하는 핵산은 혼성화이전에 화학적으로나 특정 염료을 첨가하여 특이적으로 또는 비특이적으로 표지 또는 변형시켜야 한다.
본 발명의 핵산 탐침은 상기 본 발명에서 목적하는 병원균의 존재 여부를 신속히 결정하는데 사용할 수 있는 키트에 포함될 수 있다. 키트는 병원균의 존재를 검정하는데 필요한 모든 구성요소를 포함한다. 통상의 개념으로, 키트는 표지된 탐침의 안정한 제제, 표적과 탐침 핵산의 혼성화를 유도하기 위한 무수 또는 액체 형태의 혼성화액, 원치않거나 혼성화되지 않은 핵산을 세척하여 제거하기 위한 용액, 표지된 하이브리드를 검출하기 위한 기질 및 임의로 표지를 검출하기 위한 기기를 포함한다.
본 발명의 한 가지 특정 양태는 샌드위치 검정의 개념을 이용하는 키트를 포함한다. 이 키트는 환자의 특정 부위에서 검체를 수집하기 위한 제1 요소, 예를들면 검체의 스크랩핑 도구 또는 페이터 포인트, 수용 바이알, 분산 및 용해 완충액이 포함된다. 제2 요소는 표적과 탐침 핵산사이의 혼성화를 위한 무수 또는 액체 상태의 매질 및 혼성화되지 않고 원하지 않는 형태를 세척하여 제거하기 위한 매질을 포함한다. 제3 요소는 표적 핵산의 일부에 상보적인 비표지된 핵산 탐침이 고정되어 있거나 결합되어 있는 고체 지지체를 포함한다. 다수의 표적을 분석하는 경우는 개개 자신의 rRNA에 대해 특이적인 한종 이상의 포획 탐침이 딥스틱의 다른 개별 영역에 적용된다. 제4 요소는 제3 요소의 고정되고 비표지된 핵산 탐침이 혼성화되는 동일한 rRNA 본쇄의 제2의 다른 영역에 상보적인 표지된 탐침을 함유한다. 여기서, 핵산 탐침은 동결건조된 핵산과 같은 무수 형태 또는 알코올 침전된 핵산과 같은 침전형태 또는 완충액으로서 탐침의 배합물을 포함한다. 표지된 알려진 어떠한 표지도 가능할 수 있다. 예를 들면, 탐침은 통상적인 수단에 의해 바이오티닐화할 수 있으며 바이오티닐화된 탐침의 존재는 고추냉이 퍼옥시다제와 같은 효소에 결합된 아비딘을 첨가한 다음, 퍼옥시다제와 반응했을 때 시각적으로 모니터링하거나 색도계 또는 분광계를 이용한 장비로 모니터링할 수 있는 기질과 접촉시켜 검출할 수 있다. 이러한 표지 방법 및 기타 효소 형태의 표지는 방사능 표지방법과 비교하여 경제적이고, 고도로 민감하며, 비교적 안전하다는 이점을 갖는다. 검정 키트의 완성품에는 표지된 탐침의 검출을 위한 여러 시약 및 기타 키트에 포함되는 것들, 예를 들면 지침서, 양성 및 음성 대조군 및 여러 성분을 혼합 반응시키기 위한 용기 등이 포함된다.
DNA
칩
또한, 본 발명의 핵산 탐침은 유전자 칩으로 사용된다. 본 발명의 바람직한 양태는 본 발명의 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩을 제공한다. DNA 칩은 작은 기판상에 여러 염기 서열의 단편이 고밀도로 집적된 것으로 기판에 고정된 DNA와 이에 상보적인 미지의 DNA 시료사이의 혼성화에 의해 미지 시료의 DNA를 검출하는데 사용한다. 탐침을 고정시킬 기판은 유리, 실리콘 등과 같은 무기질이나 또는 아크릴계, 폴리에틸렌 테레프탈레이트 (polyethylene terephtalate, PET), 폴리스틸렌 (polystylene), 폴리카보네이트 (polycarbonate), 폴리프로필렌 (polypropylene) 등과 같은 고분자 물질로 이루어지고, 기판의 표면은 편평하거나 다수개의 구멍(hole)이 있는 것을 사용할 수 있다. 탐침의 고정은 5' 또는 3' 중 어느 한 위치가 기판에 공유결합으로 고정된다. 고정화 방법은 통상의 기술로서 예를 들면 정전기적 힘을 이용하거나, 합성된 올리고상에 아민기를 붙여 알데하이드 코팅된 슬라이드에 붙여 이 둘간의 결합을 유도하거나, 아민기 코팅된 슬라이드상에 혹은 L-라이신이 코팅된 슬라이드상에 혹은 니트로셀룰로즈 막이 코팅된 슬라이드 상에 집적함으로써 이루어질 수 있다. 본 발명의 한 양태로서, 탐침을 합성할 때 3' 위치에 아민기 (amino residue)를 가진 염기를 삽입하여 알데하이드 잔기로 코팅된 유리판에 공유결합 되도록 한다.
기판 표면에 각기 다른 탐침들을 고정, 배열하는 것은 핀 마이크로어레이, 잉크젯, 포토리소그래피, 전기적 어레이 등의 방법을 사용한다. 본 발명의 한 양태로는 탐침을 완충용액에 용해시킨 상태로 공지방법에 따라 제작된 마이크로어레이어(microarrayer)를 이용하여(Yoon et al, J. Microbiol. Biotechnol., 10(1), 21-26, 2000) 집적한다. 마이크로어레이어의 원리는 미세하게 제작된 핀이 DNA를 플레이트로부터 담아서 기판으로 컴퓨터가 지정한 똑같은 장소에 옮기는 것이다. 마이 크로어레이어에 의해 옮겨진 탐침의 고정을 위해 45% 내지 65% 정도, 바람직하게는 50% 내지 55% 정도의 습도가 유지되는 조건에서 탐침의 3' 위치의 아민기와 유리판에 코팅되어 있는 알데히드기 사이의 반응이 원활이 이루어지도록 하기 위해 1시간 이상 반응을 유도하고, 6시간 이상 방치하여 DNA 탐침을 고정시킨다.
생존 유기체로부터 유래된 세포 또는 유기체 자체를 검출하기 위해 필요한 경우 이들 세포를 화학적 및/또는 물리적 방법으로 부분적으로 또는 완전히 용해시켜 그들 세포의 RNA 및/또는 DNA에 접근이 용이하게 만들고 본 발명의 탐침과 접촉시킨다. 접촉은 액체 매질 또는 용액중에서 니트로셀룰로즈, 셀룰로즈 또는 나일론 필터와 같은 적절한 지지체상에서 수행할 수 있다. 이러한 접촉은 최적 조건, 하위 최적 조건 또는 제한 조건하에서 일으킬 수 있다, 이러한 조건은 온도, 반응물 농도, 핵산의 염기쌍 최적 온도를 낮추는 물질 (예, 포름아미드, 디메틸설폭사이드 및 우레아)의 존재 및 반응 부피를 저감시키고/시키거나 하이브리드 형성을 가속하는 물질 (예, 덱스트란 설페이트, 폴리에틸렌글리콜 또는 페놀)의 존재를 포함한다.
탐침 제작
핵산 탐침은 통상의 클로닝 방법(Maniatis, T., et al. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York, 1982)을 이용하여 목적하는 서열을 클로닝하거나 시판되는 DNA 합성기를 이용하여 화학적으로 합성하여 다량으로 얻을 수 있다.
본 발명의 탐침은 통상적인 방법에 따라 일본쇄 또는 이본쇄로 제작할 수 있 다. 일본쇄의 탐침을 얻는 방법으로서 가장 대표적인 예는 자동화학합성기에서 DMT (dimethoxytrityl) 오프 (off) 방식에 의해 합성하여 탈보호 반응을 시행한 후, 원하는 수의 염기로 이루어진 탐침을 합성하는 것이다. 이렇게 제작된 탐침은 합성시 한 쪽 가닥 말단에 FITC (fluorescein isothiocyanate)와 같은 형광물질을 부착하여 특정 핵산의 존재유무를 확인할 수 있다. 다른 방식으로는 일본쇄의 DNA를 주형으로 하여 그와 상보적인 염기서열을 가지는 탐침을 만드는 방법으로, 주형의 DNA에 프라이머를 교잡시키고, 그 프라이머로부터 클레노우(Klenow) 효소와 형광물질이 부착된 염기(dNTP)를 사용하여 탐침을 합성하게 된다. 이는 DNA 내부에 형광물질이 부착하게 되므로, 높은 민감도 및 특이성을 갖는 탐침을 합성할 수 있다. 이중가닥의 탐침을 얻는 방법으로서, 게놈 DNA 혹은 플라스미드 DNA를 특정 제한효소로 절단하여 원하는 부분의 유전자 혹은 염기부분을 포함한 탐침을 얻을 수 있다. 랜덤 프라이밍(random priming) 방법은 6개의 랜덤 핵사머(random hexamer)와 주형 DNA를 혼성화시킨 후, 형광물질이 부착되어 있는 다양한 길이의 탐침을 합성하는 방법이고, 또 다른 방식으로는 DNA의 5'말단에 32P를 T4 폴리뉴클레오타이드 키나아제(polynucleotide kinase)를 이용하여 옮겨서 형광물질이 부착된 탐침을 합성할 수도 있으며, DNA 분해효소(DNase) I을 이용하여 이본쇄의 DNA에 절단부분을 만든 후, 이 DNA를 주형으로 하여 DNA 중합효소 I과 형광물질이 부착된 염기(dNTP)를 사용하여 탐침을 합성할 수 있다. 이렇게 이중가닥으로 합성된 탐침은 변성(denaturation)과정을 거쳐 일본쇄로 만든 후 혼성화 반응에 사용된다.
본 발명의 탐침은 유리하게는 표지될 수 있다. 어떠한 통상의 표지도 사용할 수 있다. 탐침은 32P, 35S, 125I, 3H 및 14C와 같은 방사성 동위원소를 사용하여 표지할 수 있다. 방사성 표지는 3 또는 5 위치를 방사성 표지된 뉴클레오타이드, 폴리뉴클레오타이드 키나제, 말단 트랜스퍼라제 또는 리가제를 사용하여 말단 표지하는 것과 같은 통상적인 방법에 따라 수행할 수 있다. 방사성 표지의 다른 방법은 본 발명의 탐침을 화학적으로 요도드화하는 것이며 이러한 요오드화에 의해 탐침상에 수개의 125I 원자가 결합하게 된다. 이와 같이 본 발명의 탐침중 하나가 방사성으로 표지되면 일반적으로 자가방사기록, 액체 신틸레이션, 감마 계수 또는 다른 통상의 방법을 사용하여 방사선을 검출한다. 또한, 본 발명의 탐침은 면역 특성을 갖는 잔기(예, 항원 또는 합텐), 일부 시약에 대해 특이적 친화성을 갖는 잔기(예, 리간드), 검출가능한 효소 반응을 제공한 잔기(예, 효소, 보조효소, 효소 기질 또는 효소 반응에 참여하는 기질) 또는 어떤 파장에서 형광, 발광 또는 흡광의 물리적 특성을 제공하는 잔기과 결합하여 비방사성 표지될 수 있다. 또한, 탐침과 표적에 의해 형성된 하이브리드를 특이적으로 검출하는 항체를 사용할 수 있다. 비방사성 표지는 본 발명의 탐침을 화학적으로 합성할 때 제공할 수 있다. 아데노신, 구아노신, 시티딘, 티미딘 및 우라실 잔기는 다른 화학 잔기와 쉽게 결합하며 이에 탐침 또는 탐침과 상보적인 DNA 또는 RNA 단편사이에 형성된 하이브리드의 검출을 가능케 한다.
표적
생물학적 시료에서 세균을 검출하고 동정하는데 사용하기 위한 핵산 기질을 제공하기 위해 시료로부터 핵산을 추출한다. 핵산은 표준 기술 또는 시판되고 있는 키트를 사용하여 다양한 시료로부터 추출할 수 있다. 예를 들면, 조직 시료로부터 RNA 또는 DNA를 분리하는데 사용하는 키트는 Qiagen, Inc. (미국 캘리포니아) 및 Stratagene (미국 캘리포니아)에서 구입할 수 있다. QIAAMP 블러드 키트는 혈액뿐만 아니라 골수, 체액 또는 세포 현탁액으로부터 DNA의 분리를 가능케 한다. QIAAMP 조직 키트는 근육 및 기관으로부터 DNA의 분리를 가능케 한다. 생물학적 시료가 목적하는 균주의 존재를 지시하는 rRNA 또는 rDNA를 함유하는 지의 여부를 결정하는 바람직한 방법으로 핵산을 균주세포로부터 음파 분쇄, 예를 들면 Murphy 등의 미국특허 제5,374,522호에 기술된 방법에 따라 방출시킬 수 있다. 세포를 분쇄하는 다른 공지 방법으로는 효소 사용, 삼투압 쇼크, 화학 처리 및 유리 비드와의 와동이 포함된다. 균주로부터 핵산을 방출시킬 수 있는 다른 적합한 방법이 Clark 등의 미국특허 제5,837,452호 및 Kacian 등의 미국특허 제5,364,763호에 기술되어 있다. rRNA의 방출 후 또는 방출과 동시에 표지된 탐침을 혼성화 촉진제의 존재하에 첨가하고 최적의 혼성화 온도에서 유의적인 혼성화 반응에 도달하는데 필요한 시간 동안 배양할 수 있다.
표적 핵산이 이본쇄인 경우에는 검출 과정을 이행하기 이전에 변성을 실시하는 것이 바람직하다. 이본쇄 핵산의 변성은 화학적, 물리적 또는 효소적 변성의 공지 방법, 특히 적절한 온도, 80℃ 이상의 온도로 가열함으로써 수행할 수 있다.
또한, 탐침과 혼성화 반응을 하는 표적 DNA는 보통 두 종류의 방법으로 준비 될 수 있다. 첫째는, 서던 블럿 또는 노던 블럿시 사용되는 방법으로, 게놈 DNA 혹은 플라스미드 DNA를 적당한 제한효소로 자른 후 아가로스 겔(agarose gel) 상에서 전기영동을 하여 크기별로 DNA 조각을 분리하여 사용한다. 둘째는, PCR 방법을 이용하여 원하는 부분의 DNA를 증폭시켜 사용하는 방법이다. 이때, 사용하는 PCR 방법을 살펴보면, 전방향과 역방향의 프라이머 쌍을 동일한 양을 사용해서 증폭시키는 가장 보편화되어 있는 PCR과 전방향과 역방향의 프라이머 쌍을 비대칭적으로 첨가시켜서 2중 가닥과 단일 가닥의 밴드를 동시에 얻을 수 있는 비대칭 증폭 방법(Asymmetric PCR), 여러 가지의 프라이머 쌍을 넣어서 한꺼번에 증폭시킬 수 있는 다중 증폭 방법(Multiplex PCR), 특이적인 4개의 프라이머와 리가아제(Ligase)를 이용해 증폭한 후 효소면역법으로 형광량을 판정하는 리가아제 연쇄반응(Ligase Chain Reaction; LCR)방법, 이 밖에도 핫스타트 PCR, 네스트 PCR, 변성 올리고뉴클레오티드 프라이머 PCR, 역전사 효소 PCR, 반-정량적(Semi-quantitative) 역전사 효소 PCR, 실시간 PCR(Real time PCR), SACE(Rapid Amplification of cDNA Ends), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 연쇄반복(short tandem repeats; STR), 단일가닥입체다형화(Single Strand Conformation Polymorphism; SSCP), 동소 PCR, DDRT-PCR(Differential Display Reverse Transcriptase PCR) 등의 방법 등이 있다.
특정 PCR 산물의 증폭을 위한 주형으로서 비교적 균질한 시료(예, 혈액, 세균 콜로니 또는 뇌척수액)가 보다 복합적인 시료(예, 뇨, 타액 또는 배설물)보다 더 적합한 것으로 알려져 있다(Shibata in PCR:The Polymerase Chain Reaction, Mullis et al., eds., Birkhauser, Boston (1994), pp, 47-54). 뇌척수액과 같이 증폭하고자 하는 표적 핵산의 복제물이 비교적 적게 함유된 시료는 PCR에 직접 첨가할 수 있다. 혈액 시료는 적혈구의 억제 특성으로 인해 PCR시 특별히 다루어야 하는데 PCR에 혈액을 사용하기 전에 적혈구 세포를 제거해야 한다. 이 목적을 위해 많은 방법이 이용되고 있으며, 예를 들면 CHELEX 100 컬럼(BioRad) 등을 통과시키는 것과 QIAAMP 블러드 키트를 사용하는 것들이 포함된다. 타액으로부터 핵산을 추출하는 것은 목적하는 균외의 다른 세균 종을 사멸시키거나 성장을 억제하는 사전 정화 과정이 필요하다. 이러한 정화 과정은 시료를 N-아세틸-L-시스테인 및 NaOH로 처리함으로써 달성된다. 이러한 정화과정은 타액 시료를 분석하기 전에 배양할 때만이 필요하다.
본 발명의 바람직한 양태는 분리된 검체의 DNA를 주형으로 하고 비대칭 증폭 방법(Asymmetric PCR)을 수행하여 단편 유전자를 제작한다. 단편 유전자는 전방향 프라이머와 역방향 프라이머의 첨가비율을 1:5로 차별화 함으로써 한번의 중합효소연쇄반응으로 획득한다. 이때 사용한 프라이머는 세균의 경우 공통적으로 16S rRNA내지 23S rRNA에 존재하는 염기 서열 부분으로(Pirkko K. et al., Clin. Micorbiol., 36(8), 2205-2209, 1999) 다음과 같다:
프라이머 1 (센스): TTGTACACACCGCCCGTC (서열번호 406, 1585Fw)
프라이머 2 (안티센스): F-TTCGCCTTTCCCTCACGGTACT (서열번호 407, 23BR);
프라이머 3 (센스): AGTACCGTGAGGGAAAGGGGAA (서열번호 408, 23BFw)
프라이머 4 (안티센스): F-TGCTTCTAAGCCAACATCCT (서열번호 409, 37R); 및
프라이머 5 (센스): AGGATGTTGGCTTAGAAGCA (서열번호 410, MS37F)
프라이머 6 (안티센스): F-CCCGACAAGGAATTTCGCTACCTT (서열번호 411, MS38R).
이들 프라이머에 대한 대략 위치도는 도 1과 같고 F는 5' 말단에 부착된 FITC 형광물질을 가리킨다. PCR 수행시 탐침과 결합한 DNA를 확인하기 위해 5-FITC가 부착된 프라이머를 이용하여 증폭함으로써 형광을 통해 결합을 확인함으로써 감염 여부와 감염균의 종류를 알 수 있도록 한다. 또한, 이들 프라이머로 증폭할 수 없는 부분을 얻기 위해 바이오인포메틱스 (Bioinformatics) 방법으로 다중정렬, BLAST를 실시하여 프라이머를 디자인한다.
진균의 경우 사용한 프라이머는 진균류의 18S rRNA에 존재하는 염기 서열 부분으로 본 발명자가 직접 디자인하였고 염기서열은 다음과 같다:
프라이머 1(센스): GTAATTGGAATGAGTACAAT(서열번호 412, fun463F)와
프라이머 2(안티센스): F-CTACGACGGTATCTGATCAT(서열번호 413, fun986R).
본 발명의 바람직한 양태로서 PCR 반응은 10X PCR 완충액(100mM Tris-HCl(pH8.3), 500mM KCl, 15mM MgCl2) 5ul, dNTP 혼합물(dATP, dGTP, dCTP, dTTP 각각 2.5mM) 4ul, 10pmole 전방향 프라이머 0.5ul, 10pmole 역방항 프라이머 2.5ul, 1/10로 희석한 주형DNA(100ng) 1ul, Taq 폴리머라제(5unit/ul, Takara Shuzo Co., Shiga, Japan) 0.5ul를 첨가후 총 부피가 50ul가 되도록 물을 첨가한다. 첫 번째 변성은 94℃에서 7분간, 두 번째 변성은 94℃에서 1분간 수행한다. 교잡(annealing)은 52℃에서 1분, 연장(extension)은 72℃에서 1분간 수행하며, 이를 10회 반복한다. 그 후, 다시 세 번째 변성은 94℃에서 1분, 교잡은 54℃에서 1분, 연장은 72℃ 에서 1분간 수행하며, 이를 30회 반복한다. 이후 72℃에서 5분간 마지막 연장을 1회 수행한다. PCR 반응결과로 생성된 산물은 아가로스 겔 전기영동법(agarose gel electrophoresis)으로 확인한다.
혼성화
및 세척
혼성화 기술은 본 발명에서 특정적인 것이 아니다. 이 기술은 일반적으로 문헌(Nucleic Acid Hybridization: A Practical Approach, Ed. Hames, B. D. and Higgins, S. J., IRL Press, 1987; Gall and Pardue (1969), Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A., 63:378-383, and John, Burnsteil and Jones (1969) Nature, 223:582-587)에 기술되어 있다.
혼성화 조건은 긴축(stringency), 즉 작용 조건의 엄격함에 의해 결정된다. 혼성화가 이루어지는 긴축이 고도하면 할수록 혼성화는 더욱 특이적이 된다. 긴축은 특히 탐침/표적 결합체의 염기 조성뿐만 아니라 두 핵산사이의 부정합 정도의 함수이다. 긴축은 또한 혼성화 용액에 존재하는 이온의 농도 및 종류, 변성제의 성질 및 농도 및/또는 혼성화 온도와 같은 혼성화 반응 변수의 함수일 수 있다. 혼성화 반응이 수행되어야 하는 조건의 기축은 특히 사용된 탐침에 의존한다. 모든 이들 데이터는 잘 알려져 있으며 적절한 조건은 개개의 경우에 통상의 실험에 의해 결정할 수 있다. 일반적으로, 사용된 탐침의 길이에 따라 혼성화 반응의 온도는 약 0.8 내지 1 M 농도의 염수 용액중에서 약 20℃ 내지 65℃, 특히 35℃ 내지 65℃이다.
표지된 올리고뉴클레오타이드 탐침과 표적 핵산사이의 혼성화는 Hogan 등의 미국특허 제5,030,557호에 기술된 절차에 따라 비표지된 헬퍼올리고뉴클레오타이드를 사용하여 증가시킬 수 있다. 헬퍼올리고뉴클레오타이드는 탐침에 의해 결합되는 영역외의 다른 표적 핵산의 영역과 결합한다. 이 결합은 일본쇄 핵산의 표적 영역에 새로운 이차 및 삼차 구조를 취해서 탐침의 결합 속도를 가속화한다.
당업자는 탐침과 표적사이에 형성된 하이브리드의 열 안정성에 영향을 미치는 인자들 또한 탐침 특이성에 영향을 미칠 수 있음을 이해할 것이다. 따라서, 탐침과 표적의 하이브리드의 융점 온도를 포함하여 융점 프로필이 각각의 탐침과 표적의 하이브리드에 대해 경험적으로 결정되어야 한다. 이러한 결정은 Arnold 등의 미국특허 제5,283,174호에 기술된 방법에 따라 수행할 수 있다. 탐침과 표적의 하이브리드의 융점 온도를 결정하는 한 가지 방법은 혼성화 보호 검정을 수행하는 것으로 포함한다. 이 검정 방법에 따르면 리튬 라우릴설페이트를 함유한 리튬 석시네이트 완충 용액중의 과량의 표적의 조건하에서 탐침과 표적의 하이브리드를 형성한다. 미리 형성된 하이브리드의 일부를 혼성화 완충액에 희석하고 예상되는 융점 온도 (전형적으로 55℃) 이하에서 시작하여 2 내지 5℃를 증가시킨 여러 온도에서 5분 동안 배양한다. 그런 후 이 용액을 약알카리성 보레이트 완충액으로 희석하고 보다 낮은 온도 (예, 50℃)에서 10분동안 배양한다. 일본쇄 탐침에 연결된 아크리디늄 에스테르는 이들 조건하에서 가수분해되는 한편 혼성화된 탐침에 연결된 아크리디늄 에스테르는 상대적으로 보호된다. 이 절차를 혼성화 보호 검정이라고 한다. 남아 있는 화학발광의 양은 하이브리드의 양과 비례하며 과산화수소에 이어 알카리 를 차례로 첨가하여 발광계측기로 측정한다. 이 데이터를 온도에 대한 최대 시그날 (보통 최저 온도)의 퍼센트로 점적한다. 융점 온도는 최대 시그날의 50%가 남아 있는 포인트로서 정의된다. 다른 방도로서, 탐침과 표적의 하이브리드에 대한 융점 온도는 방사성 동위원소로 표지된 탐침을 이용하여 결정할 수 있다. 모든 경우에 있어서, 주어진 하이브리드에 대한 융점 온도는 혼성화 용액에 함유된 염, 세정제 및 기타 용질의 농도에 의해 다양할 수 있다. 이들 모든 인자는 열변성 동안에 상대적인 하이브리드 안정성에 영향을 미친다(Molecular Cloning: A Laboratory Manual Sambrook et al., eds. Cold Spring Harbor Lab Publ., 9.51 (1989)).
혼성화 조건은 몇 가지의 변수, 예를 들면 혼성화 온도, 매질 성분의 성질 및 농도, 형성된 하이브리드와 세척시 온도 등을 고려하여 모니터링할 수 있다. 혼성화 및 세척 온도는 탐침의 염기 서열, 종류 및 길이에 따라 상위 값으로 한정하며 최대 혼성화 또는 세척 온도는 약 30℃ 내지 60℃ 이다. 보다 높은 온도에서 혼성화와 탐침과 표적사이에 형성된 하이브리드의 해리 또는 변성과 경쟁한다. 혼성화 매질은 예를 들면 약 3xSSC (1xSSC=0.15 M NaCl, 0.015 M 시트르산나트륨, pH 7.0), 약 25 mM 인산염 완충액 PH 7.1 및 20% 탈이온 포름아미드, 0.02% 피콜, 0.02% 소혈청 알부민, 0.02% 폴리비닐피롤리돈 및 약 0.1 mg/ml 절삭되고 변성된 연어 정자 DNA를 함유한다. 세척 매질은 예를 들면 약 3xSSC, 25 mM 인산염 완충액 pH 7.1 및 20% 탈이온 포름아미드를 함유한다. 탐침 및 매질의 변형에 따라, 목적하는 특이성을 얻기 위해 혼성화 또는 세척 온도는 알려진 연관성에 따라 바꾸어 주어야 한다(B. D. HAMES and S. J. HIGGINS, (eds.). Nucleic acid hybridzation. A practical approach, IRL Press, Oxford, U.K., 1985). 이러한 관점에서, 일반적으로 DNA:DNA 하이브리드는 RNA:DNA 또는 RNA:RNA 하이브리드보다 덜 안정하기 때문에, 검출될 하이브리드의 성질에 따라 혼성화 조건은 특이적 검출을 달성하기 위해 적절히 조정되어야 한다.
본 발명의 바람직한 특정 양태로서, 혼성화 완충용액(6×SSPE (0.15M NaCl, 5mM C6H5Na3O7, pH 7.0), 20% (v/v) 포름아미드)을 PCR 증폭 유전자와 혼합하고 탐침이 고정된 유리판 위에 분주한 후 30℃에서 6시간 동안 반응시켜 상보적인 결합을 유도한다. 시간이 경과한 후 3×SPE, 2×SSPE, 1×SSPE 순으로 각각 5분씩 세척한다.
하이브리드의 정량은 통상적인 방법에 따라 표적을 상기된 탐침에서와 같이 형광 혹은 방사성 동위원소로 표지하여 이루어 질 수 있다. 표지는 프라이머 자체에 할 수도 있고 증폭 및 전사시에 형광 및 방사성 동위원소가 표지된 염기 잔기를 사용함으로써 이루어질 수 있다.
진단 용도
본 발명의 탐침은 키트, 특히 DNA 칩에 한종으로 적용하여 해당 균을 고도의 특이성으로 검출함으로서 각 균에 의해 유발되는 감염 질환을 단독으로 정확하게 진단할 수 있거나 2종 이상의 탐침을 적용함으로써 2종 이상의 감염 질환 원인균을 고도의 특이성으로 검출함으로서 그들 균에 의해 유발되는 감염 질환을 동시에 정확하게 진단할 수 있다. 본 발명에 따른 균에 의해 유발되는 감염 질환은 많은 문 헌을 통해 잘 알려져 있으며 예를 들면 다음과 같다:
아시네토박터 바우마니 균은 인체의 모든 장기에 화농성 감염(Glew RH. et al., Medicine (Baltimore). 56, 79-97, (1977)), 요도관이나 요로 결석과 관련되어 신우신염과 방광염(Glew RH et al., Medicine (Baltimore), 56, 79-97, (1977)), 뇌막염(Berk SL et al., Arch. Neurol. 38, 95-98, (1981)), 봉와직염(Gervich DH et al, Am. J. Infect. Control, 13, 210-215, (1985)), 창상감염(Tong MJ. JAMA. 219, 1044-1047, (1972)), 괴사성 근막염(Amsel MB et al., Curr. Surg. 42, 370-372, (1985)), 내안구염 (Peyman GA et al., Am. J. Ophthalmol. 80, 764-765, (1975)), 심내막염 (Gradon JD, et al., Clin. Infect. Dis. 14, 1145-1148, (1992)), 골수염, 세균성 관절염, 간농양, 췌장 농양(Henricksen SD. Bacteriol. Rev. 37, 522-561, (1973)) 등을 일으키고;
언에어로비오스피리룸 숙시니시프로더센스 균은 임상적으로는 주로 균혈증(Tee W et al., J. Clin. Microbiol. 36(5), 1209-1213, (1998)), 패혈증(Marcus L et al., Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 15(9), 741-744, (1996)), 설사(Malnick H et al., J. Clin. Pathol., 36(10), 1097, (1983) 등을 일으키고;
박테로이데스 프라질리스 균은 중추신경계에서 뇌막염(Feder HM. Rev. Infect. Dis. 9, 783-786, (1987)), 뇌농양, 경막하축농 또는 경막외 농양(Swartz MN. In: Finegold SM, George WL, eds. Anaerobic infections in humans. New York: Academic; 155-212, 1989), 만성 부비동염 (Frederick J et al., N. Engl. J. Med. 290, 135-137, (1974)), 복강 내 감염(Gorbach SL. Clin. Infect. Dis. 17, 961-967, (1993)), 간농양(Rubin RH et al., Am. J. Med. 57, 601-610, (1974)), 균혈증(Lombardi DP et al., Am. J. Med, 92, 53-60, (1992); Chow AW. et al., Medicine (Baltimore) 53, 93-123, (1974); 및 Redondo MC et al., Clin. Infect. Dis., 20, 1492-1496, (1995)), 심내막염(Felner JM et al., N. Engl. J. Med. 282, 1188-1192, (1970); Nastro LJ et al., Am. J. Med., 54, 482-496, (1973); 및 (Nastro LJ et al., Am. J. Med., 54, 482-496, (1973)), 창상 감염, 개와 사람으로 물린 창상, 괴사성 근막염, 당뇨병성 괴양 또는 봉와직염(Gerding D. Clin. Infect. Dis. 20(Suppl 2), S283-S288, (1995)), 만성 골수염, 세균성 관절염(Rosenkranz P et al., Rev. Infect. Dis. 12, 20-30, (1990)을 일으키고;
카디오박테리움 호미니스 균은 심내막염(Traveras J.Md. et al., South. Med. J., 86, 1439-1440, (1993)), 합병증으로 전신에 색전증 및 뇌에 동맥류, 심부전을 일으키고;
크리서박테리움 메닌고셉티쿰 신생아에서 뇌막염(Plotkin S.A. et al., JAMA. 198, 194-196, (1966); Pokrywka M. et al., Am. J. Infect. Control, 21, 139-145, (1993)), 호흡기 감염(Brown R.B. et al., Am. J. Infect. Control, 17, 121-125, (1989)), 패혈증, 심내막염, 봉와직염, 창상 감염, 복강 농양, 복막염, 내안구염(Olsen H. et al., Lancet, 1, 1294-1296, (1965); Sheridan R.L. et al., Clin. Infect. Dis., 17, 185-187, (1993)) 등을 일으키고;
클로스트리디움 람모섬 균은 염증성 장 질환(Senda S, et al., Microbial Immunol 1985;29(11):1019-28), 뇌농양(An Med Interna. 1998 Jul;15(7):392-3), 신장이식을 받은 환자에게 폐혈성 동맥성 색전 (Transplant Proc. 1983 Jun;15(2):1715-9) 등을 일으키고;
코마모나스 아시도보란스 균은 약물 남용자에게 심내막염(Horowitz H. et al., J. Clin. Microbiol., 28, 143-145, (1990))을 일으키고;
코리네박테리움 디프테리애 균은 호흡기 디프테리아(Dobie RA, et al., JAMA. 1979;242:2197-2201), 심근염(Boyer NH, et al., N Engl J Med. 1948;239:913.), 안구운동과 섬모의 마비(Kallick CA, et al., III Med J. 1970;137:505-512; 및 Naiditch MJ, et al., Am J Med. 1954;17:229-245), 얼굴과 인두 그리고 후두의 기능 장애, 말초신경염, 피부 디프테리아 (Koopman JS, et. al., J Infect Dis. 1975;131:239-244), 심내막염(Tiley SM, et al., Clin Infect Dis. 1993;16:271-275), 진균 동맥류(Gruner E, et al., Clin Infect Dis. 1994;18:94-96), 골수염(Patey O, et al., J Clin Microbiol. 1997;35:441-445) 및 관절염(Patey O, et al., J Clin Microbiol. 1997;35:441-445.)을 일으키고;
크레브시엘라 옥시토카 균은 폐렴(Korvick JA et al., South. Med. J. 84(2), 200-204, (1991); 및 Al-Moamary MS et al., Clin. Infect. Dis. 26(3), 765-766, (1998)), 소아에서 급성 신우신염(Ghiro L et al., Nephron. 90(1), 8-15, (2002)), 신생아 중환자실에서 돌연사(outbreak)(Jeong SH et al., J. Hosp. Infect, 48(4), 281-288, (2001)), 장염(Soussi F et al., Gastroenterol. Clin. Biol. 25(8-9), 814-816, (2001)을 일으키고;
오크로박트룸 안트로피 균은 혈관내 도관과 관련된 균혈증(Kern W.V. et al., Infection, 21, 306-310, (1993)), 심내막염(Mahmood M.S. et al., J. Infect., 40, 287-290, (2000)), 내안구염(Berman A.J. et al., Am. J. Ophthalmol., 123, 560-562, (1997)), 췌장 농양, 괴사성 근막염(Brivet F. et al., Clin. Infect. Dis., 17, 516-518, (1993)), 연골염(Barson W.J. et al., J. Clin. Microbiol., 25, 2014-2016, (1987)) 등을 일으키고;
펩토스트렙토코코스 프레보티 균은 인체 내에서 여러 가지 농양(예, 뇌농양), 만성 중이염, 급성 유양돌기염, 만성 부비동염, 폐렴, 폐농양, 농흉, 여성 생식기 감염증(Murdoch DA et al., J. Med. Microbiol. 41, 36-44, (1987)), 균혈증(Brook I, J. Infect. Dis. 160, 1071-1075, (1989)), 골수염, 척추 골수염, 유방염, 봉와직염, 괴사성 근막염(Murdoch DA, Clin. Michrobiol. Rev., 11, 81-120, (1998)), 당뇨병성 족부 감염(Wren MWD, Br. J. Biomed. Sci., 53, 294-301, (1996)), 산후 패혈증과 인공관절과 관련된 세균성 관절염(Brook I et al., Am. J. Med. 94, 21-28, (1993)), 심내막염, 심장 판막 주위 농양, 세균성 심막염, 종격염(Murdoch DA, Clin. Microbiol. Rev., 11, 81-120, (1998), 구강내 감염(Finegold SM, New York: Academic; 1977)을 일으키고;
포피로모나스 진지발리스 균은 구강내 감염, 치주 농양, 치주염, 급성 괴사성 괴양성 치주염(Darby I et al., Periodontol. 2000, 26, 33-53, (2001)), 유방 농양(Edmiston CE et al., J. Infect. Dis., 162, 695-699, (1990)), 만성 골수염(Brook I. et al., Am. J. Med. 94(1), 21-28, (1993)), 인후염(Brook I., J. Fam. Pract., 38(2), 175-179, (1994)), 폐렴, 폐농양, 농흉, 중이염, 창상 감염, 복막염, 조갑주위염, 만성 부비동염(Brook I., J. Med. Microbiol. 42(5), 340-347, (1995)), 질염, 골반내 감염(Buerden BI, FEMS Immunol. Med. Microbiol. 6(2-3), 223-227, (1993)), 균혈증(Lee SC et al., J. Microbiol. Immunol. Infect. 32(3), 213-216, (1999)), 심내막염(van Winkelhoff AJ et al., Periodontol. 2000, 20, 122-135, (1999)) 등을 일으키고;
펩토스트렙토코커스 언애어로비우스 균은 농양(Murdoch D. A. et al., J Med Microbiol 1994; 41: 36-44; Brook I., J Urol 1989; 141: 889-893; Brook I., Ann Otol Rhin Laryngol 1998; 107: 959-960; 및 Civen R. et al,, J Oral Pathol Med 2000; 29: 507-513), 치질 감염(Brook I. and Frazier E. H., Am J Gastroenterol 1996; 91: 333-335), 연부조직 감염(Brook I. and Frazier E. H., Arch Surg 1990; 125: 1445-1451), 심내막염(Montejo M. et al., Clin Infect Dis 1995; 20: 1431), 치은염과 치주염(Moore LVH, et al., J Dent Res 1987; 66: 989-995; 및 Wade WG, et al., J Clin Periodontol 1992; 19: 127-134), 등을 일으키고;
펩토스트렙토코커스 마그누스 균은 화농성 비인두염(Brook, I., et al., Arch. Otolaryngol. Head eck Surg. 122:4184, 1996), 농흉(Civen, R., H. et al., Clin. Infect. Dis. 20(Suppl. 2):S224S229, 1995; Marina, M., C. et al., Clin. Infect. Dis. 16(Suppl. 4):S256S262, 1993; 및 Murdoch, D. A., et al., J. Med. Microbiol. 41:3644, 1987), 괴사성 폐렴, 간농양(Brook, I. and E. H. Frazier. Pediatr. Infect. Dis. J. 12:743747, 1993), 몸통 표면 감염(Brook, I. and E. H. Frazier. Arch. Surg. 125:144514, 1990), 당뇨성 족부질환의 감염(Sanderson, P. J., Clin. Pathol. 30:266268, 1977), 급만성 비임신성 유방 농양, 봉와직염(Brook, I., and E. H. Frazier., Arch. Surg. 130:786792, 1995), 심내막염(Cofsky, R. D., and S. J. Seligman. 1985. Peptococcus magnus endocarditis. South. Med. J. 78:361362; 및 Pouedras, P., et al., Clin, Infect. Dis. 15:185), 뇌막염(Brown, M. A., et al., Am. J. Med. Sci. 308:18418, 1994), 골수염(Brook, I., and E. H. Frazier., Am. J. Med. 94:22128, 1993), 패혈증성의 관절염(Fitzgerald, R. H., et al., Clin. Orthoped. 164:14114, 1982), 화농성 심막염(Phelps, R., et al., JAMA 254:9479, 1985), 부비동염, 소아 중이염(Brook, I. 1994. Peptostreptococcal infection in children. Scand. J. Infect. Dis. 26:503510. and Clin. Microbiol. Rev. 8:4794) 등을 일으키고;
푸소박테리움 네크로포룸 균은 구강, 장관과 질내 감염(Mandell: Principles and Practice of Infectious Diseases, 5th ed., Copyright 2000 Churchill Livingstone, Inc p.2564-2566), Lemierre's 증후군 (Bilateral Lemierre's syndrome: a case report and literature review.Ear Nose Throat J. 2002 Apr;81(4):234-6, 238-40, 242)을 일으키고;
프로테우스 불가리스 균은 요로 감염(Silverblatt FJ. J Exp Med. 1974;140:1696; 및 Wray SK, Hull SI, Cook RG, et al. Proteus mirabilis. Infect Immun. 1986;54:43-49; 및 Mobley HL, Chippendale GR. J Infect Dis. 1990;161:525-530), 수막염, 해면체 정맥 혈전증(Bodur H, Colpan A, Gozukuck R et al.Scand J Infect Dis. 2002;34(9):694-6)을 일으키고;
엔테로박터 에어로게네스 균은 심부 감염(De Gheldre Y, Maes N, Rost F, et al. J Clin Microbiol. 1997;35:152-160), 비정형 폐렴(Holden DA, Stoller JK. Department of Pulmonary Disease, Cleveland Clinic Foundation, Ohio, West J Med 1992 Jan;156(1):79-824) 등을 일으키고;
스트렙토코커스 뮤탄스 균은 심내막염(Infective Endocarditis in Adults Eleftherios Mylonakis, M.D., and Stephen B. Calderwood, M.D. In New England Journal of medicine Volume 345:1318-1330 November 1, 2001), 균혈증(Elting LS, Bodey GP, Keefe BH. Clin Infect Dis. 1992;14:1201-1207), 뇌막염(Hoyne AL, Herzon H. Ann Intern Med. 1950;33:879-902), 폐렴(Lorber B, Swenson RM. Ann Intern Med. 1974;81:329-331), 급성 화농성 침샘염(Raad II, Sabbagh MF, Caranasos GJ. Clin Infect Dis. 1990;12:591-601), 구강안면치원성 감염(Gill Y, Scully C. Oral Surg Oral Med Oral Pathol. 1990;70;155-158), 내안구염(Principles and Practice of Infectious Diseases. 5th edition. Handell, Churchill Livingstone p.217), 중이염, 부비동염(Gaudreau C, Delage G. Rousseau D, et a. Can Med Assoc J. 1981;125:1246-1249) 등을 일으키고;
킨젤라 킨갭 균은 감염성 관절염, 골수염(Amir J, Schockelford PG, J Clin Microbiol. 1991;29:1083-1086; 및 Woolfrey BF, Lally RT, Faville RJ. Am J Clin Pathol. 1986;85:745-749), 심내막염(Wolff AH, Ullman RF, Strampfer MJ, Cunha BA. Heart Lung. 1987;16:579-583; Rabin RL, Wong P, Noonan JA, Plumley DD. Am J Dis Child. 1983;137:403-404; 및 Verbruggen A-M, Hauglustaine D, Schildermans F, et al. J Infect. 1986;13:133-142), 균혈증(Yagupsky P, Dagan R. Pediatr Infect Dis J. 1994;13:1148-1149; Birgisson H, Steingrimsson O, Gudnason T. Scand J Infect Dis. 1997;29:495-498; Roiz MP, Peralta FG, Arjona R. J Clin Microbiol, 1997;35:1916; Yagupsky P, Dagan R. Clin Infect Dis. 1997;24:860-866; 및 Redfield DC, Overturf GD, Ewing N, Powars D. Arch Dis Child. 1980;55:411-414), 폐렴, 후두덮개염, 뇌막염, 농양, 눈의 감염(Yagupsky P, Dagan R, Howard CW, et al. J Clin Microbiol. 1992;30:1278-1281; Kennedy CA, Rosen H. Am J Med. 1988;85:701-702; 및 Mollee T, Kelly P, Tilse M. J Clin Microbiol. 1992;30:2516-2517) 등을 일으키고;
박테로이데스 오바투스 균은 뇌막염, 뇌농양, 인두염, 이하선염, 복부내 감염, 설사, 여성 생식기 감염, 골수염, 패혈증성 관절염(Handell 5th , chapter 237 Bacteroides, Prevotella. Porphyromonas, and Fusobacterium Species and Other Medically Important Anaerobic Gram-Negative Bacilli, p, 2561- 2570)등을 일으키고;
박테로이데스 테타이오타오미크론 균은 항생제와 연관된 장염(George WL, Rolfe RD, Finegold SM. J Clin Microbiol. 1982;15:1049-1053; 및 Smith JA, Cooke DL, Hyde S, et al. J Med Microbiol. 1997;46:953-958)을 일으키고;
해모필러스 아프로필라스 균은 국소적으로 머리나 호흡기 감염, 부비동염, 중이염, 폐렴(Kiddy K, Webberley J. J Infect. 1987;15:161-163), 농흉, 균혈증, 심내막염(Geraci JE, Wilkowske CJ, Wilson WR, et al. Mayo Clin Proc. 1977;52:209-215), 감염성 관절염, 골수염(Petty BG, Burrow CR,Robinson RA, et al. Am J Med. 1985;78:159-162), 연조직 농양, 창상 감염, 괴사성 근막염, 뇌막염(Petty BG, Burrow CR, Robinson RA, et al, Am J Med. 1985;78:159-162), 뇌 농양(Kilian M., J Gen Microbiol. 1976;93:9-62; Page MI, King EO. Engl J Med. 1966;275:181-188; Sutter VL, Finegold SM. Ann NY Acad Sci. 1970;174:468-487; Kraut MS, Attebery HR, Finegold SM, et al. J Infect Dis. 1972;126:189-192; Elster SK, Mattes LM, Meyers BR, et al. Am J Cardiol. 1975;35:72-79; 및 Bieger RC, Brewer NS, Washington JA II, Medicine(Baltimore). 1978;57:345-355)을 일으키고;
나이세리아 고노헤아 균은 남성의 생식계에서 급성 요도염, 급성 부고환염, 생식기 주변 림프염, 요도주위 농양, 급성 전립선염, 타이슨샘과 카우퍼샘의 감염질환(Cohen MS, Cannon JG, Jerse AE, et al. J Infect Dis. 1994;169:532-537), 여성의 생식계에서 자궁경부염과 요도염, 수란관염(Platt R, Rice PA, McCormack WM. JAMA. 1983;250:3205-3209), 동성애자에서 항문직장 임질, 인두임질(Handsfield HH, Knapp JS, Diehr PK, et al. Sex Transm Dis. 1980;7:1-5), 안구감염, 급성 구개염, 구강 궤양, 피부 감염, 구강내 농양, 골반 염증성 질환(Quinn TC, Stamm WE, Goodell SE, et al. N Engl J Med. 1983;309:576-582) 등을 일으키고;
아이케넬라 코로덴스 균은 사람이 무는 것(Goldstein EJC. Clin Infect Dis. 1992;14:633-640), 두경부 감염(Tveteras K, Kristensten S, Bach V, et al. J Laryngol Otol. 1987;101:592-594), 호흡기 감염(Suwanagool S, Rothkopf MM, Smith SM, et al. Arch Intern Med. 1983;143:2265-2268), 부인과적 감염(Jeppson KG, Reimer LG. Obstet Gynecol. 1991;78:503-505; Drouet E, De Montclos H, Boude M, et al. Lancet. 1987;2:1089), 폐감염(Joshi N, O'BryanT, Appelbaum PC. Rev Infect Dis. 1991;13:1207-1212), 심내막염(Decker MD, Graham BS, Hunter EB, et al. Am J Med Sci. 1986;292:209-212) 등을 일으키고;
박테로이데스 불가투스 균은 뇌막염, 뇌농양, 인두염, 이하선염, 복부내 감염, 설사, 여성 생식기 감염, 골수염, 패혈증성 관절염(Mandell 5th, chapter 237 Bacteroides, Prevotella, Porphyromonas, and Fusobacterium Species and Other Medically Important Anaerobic Gram-Negative Bacilli, p. 2561- 2570)을 일으키고;
브란하멜라 카타르할리스 균은 중이염(Stenfors L-E, Raisanen S. J Laryngol Otol. 1990;104:749-757), 하부기도 감염, 만성 폐쇄성 호흡기 질환자의 급성 악화(Verghese A, Roberson D, Kalbfleisch JH, Sarubbi F. Antimicrob Agents Chemother. 1990;34:1041-1044), 폐렴(Collazos J, de Miguel J, Ayarza R. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1992;11:237-240), 호흡기 감염(McKenzie H, Morgan MG, Jordens JZ, et al. J Med Microbiol, 1992;37:70-76), 부비동염(Pentilla M, Savolainen S, Kuikaanniemi H, et al. Acta Otolaryngol (Stockh). 1997;(Suppl) 529:S165-S168), 균혈증(Ioannidis JPA, Worthington M, Griffiths JK, Snydman DR. Clin Infect Dis. 1995;21:390-397)을 일으키고,
수테렐라 와즈워텐시스 균은 충수돌기염, 복막염, 복강내 농양(Clin Infect Dis. 1997;25(Suppl 2):S88-S93)을 일으키고;
캔디다 알비칸스 균은 아구창(Schultz, F.W 1925. Am.J.Dis.Child, 29;283-285), 설염(Bassiouny, A et al. 1984. J.Laryngol.Otol.,98; 609-611), 구내염(Olsen, et al. 1978. Scand.J.Dent.Res, 86;392-398), 질염(Ryley,J.F, J.Med.Vet.Mycol., 24;5-22, 1986), 기관지 폐렴(Plummers,N.S. 1966 Symposium on Candida Infection. London, Churchill Livingstone,pp214-220), 식도염, 위염, 장염(Trier,J.S 1984. Am.J.Med.,77;39-43), 만성적 점막캔디다증(Jorizzo,J.L.1982. Arch. Dermatol., 118; 963-965), 조갑 진균증(Ray, T.L et al.1978. Int.J.Dermatol.,17;603-690), 기저귀 관련 질환(Leyden,J.J 1978. Arch. Dermatol.,114;56-59), 캔디다 육아종(Imperator,P.J 1968. Arch. Dermatol., 97;139-146), 심내막염(Ben Joseph, 1985. Harefuah,108;72-73), 비뇨기계 감염(Goldberg,P.K 1979. J.Am.Med.Assoc.,241;582-584), 수막염(Roessman.1967. Arch.Pathol.,84;495-498), 패혈증(Ashcraft,K 1970. J.Am.Med.Assoc.,217;454-456), 습진(Drouet, M. 1985. Allergie Immunol., 17;13-18), 천식(Wengrower,D et al. 1985. Respiration, 47; 209-213) 등을 일으키고;
캔디다 글라브라타 균은 진균증(Block, C. S., Young, C. N. and Myers, R. A. M. 1977. S. Afr. Med. J 51, 632∼636), 궤사성 화농성 염증, 육아종성 반응(Francis W. Chandler, Williams Kaplan et al. A Colour Atlas and Textbook of the Histopathology of Mycotic Disease. Wolfe Medical Publications Ltd. pp45), 패혈증(Minkowitz, S., D. Koffler, et al. 1963. Am. J. Med., 34:252∼255), 신우신염(Newman, D. M., and J. M. Hogg, et al. 1969. J. Urol., 102:547∼548), 호흡기 감염(Oldfiekld, F. S. J., L. Kapica, et al. 1968. Can. Med. Assoc. J., 98:165∼168), 심내막염(Carmody, T. J., K. K. Kane. 1986. Heart Lung, 15:40∼42; Heffner, D.K., and W. A. Franklin. 1978. Am. J. Clin. Pathol., 70:420∼423; Lees, A. W., S. S. Rau, et al. 1971. Lancet, 1:943∼944), 뇌수막염(Wickerham, L. J. 1957. J. Am. Med. Assoc., 165:47∼48), 안구내염(Larson, P. A., R. L. Lindhstrum, et al. 1978. Arch. Ophthalmol., 96:1019∼1022)을 일으킨다.
이하, 본 발명을 하기 실시예로 좀더 구체적으로 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 단지 예시하는 것으로 본 발명의 범위를 한정하는 것으로 이해되서는 안될 것이다.
실시예
1
균의 23S
rDNA
및
ITS
염기 서열 결정
하기의 균주를 표 1에 기술된 바와 같이 직접 구입하여 각 표준균주의 23S rDNA 및 ITS의 전체 염기 서열을 결정하였다.
균주를 배양하고 GIAmp DNA mini kit (QIAGEN, USA)을 이용하여 염색체 DNA를 추출하였다. 염기서열을 결정하기 위하여 추출한 DNA를 주형으로 하여 알려져 있는 각 균의 16S, ITS, 23S rDNA 부위를 다중 정렬 (multiple alignment)과 BLAST를 실시하여 상기 예시된 것중 공지된 모든 균에 공통적으로 가지고 있는 공통 프라이머를 제작하였다. 제작된 공통 프라이머 중 ITS부위를 증폭할 수 있는 16S 부위의 공통 프라이머 (1585Fw; 5-TTGTACACACCGCCCGTC)(서열번호 406)와 23S 부위의 공통 프라이머 중 520R, 23S 750F(T), 23S 750F, 970F, 930R, 2960R(T) 및 2960RC는 본 발명자가 직접 제작하였고 나머지 프라이머는 알려져 있는 23S rDNA의 공통 프라이머 (Anthony. R. M., et al., J. Clin. Microbiol. 38(2), 781-788, 2000)를 제작하여 사용하였다. 염기서열 분석시 사용된 제작된 공통 프라이머의 서열 및 그들의 대략적인 위치는 아래 표 2와 같다.
염기서열을 결정하기 위하여 이들 공통 프라이머를 사용하여 균주의 염색체 DNA를 주형으로 하고 PCR을 수행하여 산물을 정제하였다. ITS부분과 23S앞부분의 염기서열을 결정하기 위해서, 알려져 있는 균의 16S rDNA를 가지고 다중 정렬(multiple alignment)과 BLAST를 실시하여 상기 예시된 것중 공지된 모든 균에 공통적으로 가지고 있는 16S rDNA 염기서열 부분을 선정하여 1585Fw 프라이머를 제 작하였고, 23BR의 프라이머와 함께 PCR을 수행하였다. PCR 반응은 다음과 같은 조건으로 수행하였다. 첫 번째 변성은 94℃에서 7분간, 두 번째 변성은 94℃에서 1분간 수행하였다. 교잡은 52℃에서 1분, 연장은 72℃에서 1분간 수행하였으며, 이를 10회 반복하였다. 그 후, 다시 세 번째 변성은 94℃에서 1분, 교잡은 54℃에서 1분, 연장은 72℃에서 1분간 수행하였으며, 이를 20회 반복하였다. 이후 72℃에서 5분간 마지막 연장을 1회 수행하였다. PCR 반응결과로 생성된 산물은 아가로스 겔 전기영동법으로 확인하였다. 증폭된 PCR 산물을 정제하고 DNA 자동 스퀀서(Perkin Elmer, ABI prism 3700 sequencer)로 분석하고자 하는 염기서열의 부위에 따라 적절한 프라이머를 사용하여 염기 서열을 결정하였다. 염기서열의 분석시 사용된 프라이머는 일차적으로 제작된 공통 프라이머를 적용하였고 다음으로는 얻어진 염기서열을 기초로 520R, 23S 750F, 23S 750F(T) 프라이머를 제작하여 염기서열을 분석하였다. 상기의 23S rDNA 염기서열의 다음부분을 결정하기 위해서 23BFw와 MS38R을 가지고 PCR을 수행하였다.
PCR조건은 상기의 조건과 동일하게 수행하였고, 이것으로 얻어진 염기서열을 바탕으로 970F와 930R의 프라이머를 가지고, 염기서열을 분석하였다. 23S rDNA의 나머지 부분의 염기서열을 결정하기 위해서 기존의 알려져 있는 균들의 23S rDNA의 염기서열을 가지고 다중 정렬 (multiple alignment)과 BLAST를 실시하여 상기 예시된 것중 공지된 모든 균에 공통적으로 가지고 있는 2960R(T), 2960RC 프라이머를 제작하였다. 이 프라이머와 MS37F를 가지고 상기와 동일 조건의 PCR을 수행하였고, 이 프라이머를 이용하여 염기서열을 결정하였다. 이에 따라 결정된 각 균의 23S rDNA 및 ITS의 전체 염기 서열은 서열번호 1 내지 28로 기재되어 있다.
실시예
2
균을 동정하기 위한
DNA
탐침 후보군의 선별
각 균의 존재 여부 및 동정을 확인하기 위해서 각 균에만 특이적인 탐침을 제작하였다. 특이 탐침의 제작을 위해서는 각 균에만 특이성을 가져야 하는데 이를 위하여 먼저 그 균에 대한 특이 탐침 후보군을 선정하였다. 특이 탐침 후보군은 상기 실시예 1에서 동정되었거나 GenBank에 공지된 각 균의 23S rRNA 및 ITS 염기 서열과 함께 지금까지 밝혀진 가능한 모든 세균들의 염기서열들을 다중 정렬을 통해서 일렬로 정렬 비교하여 각 균에만 존재하는 특이적인 염기서열을 별도로 구분하여 그 내부에 존재하는 탐침 후보군을 제작하였다. 탐침 후보군은 세균의 경우 23S rRNA 유전자 및/또는 ITS 부위, 진균의 경우 18S rRNA 유전자 부위 내에서 결정하였다. 탐침 후보군의 특이성 여부는 BLAST 검색을 통해 균별간 유사성을 비교하여 확인하였다. 결과로서, 선별된 탐침 후보군은 하기 표 3에 수록되어 있다.
실시예
3
핵산 탐침의 합성
DNA 칩에 적용하기 위해 상기 실시예 2에서 선별된 각 탐침 후보군을 합성하였다. 모노뉴클레오타이드(Proligo Biochemie GmbH Hamburg Co.)를 자동화 합성기(ExpediteTM 8900, PE Biosystems Co.)에 투입하고 목적하는 탐침의 염기서열과 스케일을 입력하여 각각 0.05 umole의 순수한 핵산 탐침을 수득하였다. 수득된 탐 침은 전기영동을 하여 합성 여부를 확인하였다.
실시예
4
DNA
칩의 제작
DNA 탐침을 고정화하기 위해서는 알데히드기-아민기 사이의 결합을 이용하였다. DNA 탐침을 고정화하기 위해 모든 DNA 단편 탐침을 합성할 때, 3-첫번째 위치에 아미노링커컬럼(Aminolinker column, Cruachem, Glasgrow, Scotland)을 이용하여 아민기(amino residue)를 가진 염기를 삽입하였고, 유리판(slide glass)은 알데히드기(aldehyde residue)로 코팅화되어 있는 것을 구입(CEL Associates, Inc. Huston, Texas, USA)하였다.
탐침을 고정시킬때는 탐침을 3X SSC (0.45 M NaCl, 15 mM C6H5Na3O7, pH 7.0) 완충 용액에 용해시킨 상태로 공지 기술에 따라 제작한 마이크로어레이어(microarrayer)를 이용 (Yoon. S. H., et al, J. Microbiol. Biotechnol. 10(1), 21-26, 2000-이 문헌의 전체 내용은 본원에 참고로 원용된다)하여 스폿팅한 후, 55% 정도의 습도가 유지되는 조건에서 1시간 이상 화학 반응을 유도하고 6시간 이상 방치함으로써 DNA 탐침을 고정화하였다. 균 검색용 탐침은 100 pmole의 농도로 전체 탐침을 280 ㎛ 간격을 두고 순서대로 집적화시켜 탐침이 고정된 DNA 칩을 제작하였다.
탐침의 아민기와 유리판 위의 알데히드 사이의 반응이 원활히 이루어져 고정화가 잘 이루어졌는지 확인하기 위해 사이브로 그린 II (SYBRO green II, Molecular Probe, Inc., Leiden, Netherlands)로 염색하여 확인하였다.
실시예
5
표적 시료의 분리 및 증폭
실시예 1에 기술된 28종의 표준균주를 포함하여 하기 표 3에 수록된 31종의 표준균주로부터 게놈 DNA를 별도로 추출하였다:
적정 배지에 키운 균을 200㎕ 멸균된 증류수에 현탁하여 14,000rpm에서 10분간 원심분리한 뒤 상층액을 버리고 펠렛만 남겼다.
그람 음성균인 경우, ATL용액(Tissue Lysis용액, DNeasy Tissue Kit, QIAGEN) 180㎕에 부유시키고, Proteinase K 20㎕를 넣어 용균한 후 55℃ 에서 1시간 배양하였다. 15초간 와동(vortexing)을 한 후 AL용액 (Lysis용액, DNeasy Tissue Kit, QIAGEN) 200㎕를 넣어 섞은 후 70℃에서 10분간 배양하였다. 에탄올(100%) 200㎕을 넣고 섞은 후 DNeasy 미니 컬럼이 들어 있는 2-ml 튜브에 전용액을 옮겨 8,000rpm이상에서 1분간 원심분리하여 튜브에 모이는 액을 버렸다. AW1용액(Wash용액1, DNeasy Tissue Kit, Qiagen) 500㎕를 넣고 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버리고 다시 AW2용액(Wash용액2, DNeasy Tissue Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣어 전속(full speed)에서 3분간 원심분리하여 DNeasy 막을 말리고, 유출물을 버렸다. DNeasy 미니 컬럼을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm이상에서 1분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출하였다.
그람 양성균(표준균주)의 경우, 리소자임 용균 용액(20mm Tris-Cl, pH8.0, 2mM EDTA, 1.2% TritonX-100, 20mg/ml lysozyme) 180㎕에 현탁한 후 37℃에서 30분 이상 배양하여 Proteinase K 25㎕와 AL용액(용균용액, DNeasy Tissue Kit, QIAGEN) 200㎕을 넣어 잘 섞은 뒤 70℃에서 30분간 배양하였다. 에탄올(100%) 200㎕을 넣고 섞은 후 DNeasy 미니 컬럼이 들어 있는 2-ml 튜브에 전용액을 옮겨 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 튜브에 모이는 액을 버렸다. AW1용액(Wash용액1, DNeasy Tissue Kit, Qiagen) 500㎕를 넣고 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버리고 다시 AW2용액(Wash용액2, DNeasy Tissue Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣어 전속(full speed)에서 3분간 원심분리하여 DNeasy 막을 말리고, 유출물을 버렸다. DNeasy 미니 컬럼을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출하였다.
진균(표준균주)의 경우는, 200㎕의 멸균된 증류수에 현탁하여 14,000rpm에서 10분간 원심분리한 뒤 상층액을 버리고 펠렛을 수거하였다. 이 펠렛을 200㎕의 SDS TE 완충액(10% SDS, 100mM Tris-Cl, 20mM EDTA, pH 8.0)와 20㎕의 프로테이나제(proteinase) K(DNeasy Tissue kit에 포함) 용액과 혼합하고 55℃에서 2시간 및 95℃에서 10분간 차례로 배양하였다. 배양물에 에탄올(100%) 200㎕을 넣고 섞은 후 이 혼합액을 DNesay 미니 컬럼이 들어 있는 2-㎖ 튜브에 옮겨 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 튜브에 모이는 액을 버렸다. AW1용액(Wash용액1, DNesay Tissue Kit,Cat. No.69504 QIAGEN) 500㎕를 넣고 8,000rpm이상에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버리고 다시 AW2용액(Wash용액2, DNesay Tissue Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣어 전속(full speed)에서 3분간 원심분리하여 DNeasy 막을 말리고 유출물을 버렸다. DNesay 미니 컬럼을 1.5㎖ 튜브에 옮기고 AE용액(용출액, DNesay Tissue Kit, QIAGEN) 100㎕을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm 이상에서 1분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출시켰다. 다시 한번 더 DNesay 미니 컬럼에 AE용액(용출액, DNesay Tissue Kit, QIAGEN) 100㎕을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm이상에서 1분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출하였다.
상기에서와 같이 분리된 균주의 DNA를 주형으로 하고 비대칭 증폭방법(Asymmetric PCR)을 수행하여 단편 유전자를 제작하였다. 단편 유전자는 전방향 프라이머와 역방향 프라이머의 첨가비율을 1:5로 차별화 함으로써 한번의 중합효소연쇄반응으로 획득하였다. PCR 수행시 탐침과 결합한 DNA를 확인하기 위해 5-FITC(fluorescein isothiocyanate)가 부착된 프라이머를 이용하여 증폭함으로써 형광을 통해 결합을 확인하였다. PCR 반응에 사용한 프라이머는 DNA가 세균으로부터 분리된 경우 다음과 같은 3개 쌍의 프라이머가 동시에 사용되었다:
프라이머 1 (센스): TTGTACACACCGCCCGTC (서열번호 406, 1585Fw)와
프라이머 2 (안티센스): F-TTTCGCCTTTCCCTCACGGTACT (서열번호 407, 23BR);
프라이머 3 (센스): AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAA (서열번호 408, 23BFw)와
프라이머 4 (안티센스): F-TGCTTCTAAGCCAACATCCT (서열번호 409, 37R); 및
프라이머 5 (센스): AGGATGTTGGCTTAGAAGCA (서열번호 410, MS37F)와
프라이머 6 (안티센스): F-CCCGACAAGGAATTTCGCTACCTT (서열번호 411, MS38R).
상기 서열의 5' 말단에 부착된 F는 FITC 형광물질을 가리킨다.
DNA가 진균으로부터 분리된 경우 다음의 프라이머 쌍이 사용되었다:
프라이머 1 (센스): GTAATTGGAATGAGTACAAT(서열번호 412, fun463F)와
프라이머 2 (안티센스): F-CTACGACGGTATCTGATCAT(서열번호 413, fun986R).
PCR 반응은 다음과 같은 조건으로 수행하였다. 10X PCR 완충액(100mM Tris-HCl(pH 8.3), 500mM KCl, 15mM MgCl2) 5ul, dNTP 혼합물(dATP, dGTP, dCTP, dTTP 각각 2.5mM) 4ul, 10pmole 전방향 프라이머 0.5ul, 10pmole 역방향 프라이머 2.5ul, 1/10로 희석한 주형 DNA(100ng) 1ul, Taq 폴리미라제(5unit/ul, Takara Shuzo Co., Shiga, Japan) 0.5ul를 첨가후 총 부피가 50ul가 되도록 물을 첨가하였다. 첫 번째 변성은 94℃에서 7분간, 두 번째 변성은 94℃에서 1분간 수행하였다. 교잡(annealing)은 52℃에서 1분, 연장(extension)은 72℃에서 1분간 수행하였으며, 이를 10회 반복하였다. 그 후, 다시 세 번째 변성은 94℃에서 1분, 교잡은 54℃에서 1분, 연장은 72℃에서 1분간 수행하였으며, 이를 30회 반복하였다. 이후 72℃에서 5분간 마지막 연장을 1회 수행하였다. PCR 반응결과로 생성된 산물은 아가로스 겔 전기영동법(agarose gel electrophoresis)으로 확인하였다. 이의 결과, 각 균주들에 대해 DNA 이중 가닥과 단편 가닥이 동시에 합성되었음을 확인하였다.
실시예
6
혼성화
및 세척
탐침 후보군의 특이성과 민감도를 확인하기 위하여 균체로부터 증폭된 상기 PCR 생성물(실시예 4)을 핵산 탐침이 고정된 DNA 칩(실시예 3)에 적용하여 혼성화 반응을 실시하였다. 핵산 탐침을 이의 표준균주로부터 분리한 게놈 유전자와 혼성 화 반응 후 시그널이 나타나는 경우 나머지 종에 대해서 교차반응(특이성) 여부를 시험하였다.
유리판에 핵산 탐침이 고정된 DNA 칩에 수증기를 씌워 가수화를 시킨후, 70% 에탄올에 담금질함으로써 유리판에 고정되지 않은 탐침을 제거시켰다. 이후에, 혼성화 과정중에 형광물질이 유리판 표면에 남아있는 알데하이드 잔기에 부착되어 전체적인 시그널을 높여 특이적인 탐침의 시그널을 효과를 저해시키는 것을 방지하기 위해서 유리판을 차단용액(blocking solution)(1.3g NaBH4, 375ml PBS, 125ml 100% 에탄올)에 담근후 진탕기(shaker)에서 5분간 반응시켰다. 0.2% SDS로 5분간 세척후, 멸균수로 1분간 2-3번 세척해준 후, 원심분리기를 이용하여 유리판에 있는 물기를 제거하였다(1,000rpm, 2분간).
혼성화시킬 용액은 혼성화완충용액(hybridization buffer: 6×SSPE; 20XSSPE; 3M NaCl, 0.2M NaH2PO4·H2O, 0.02M EDTA, pH 7.4, 20% (v/v) 포름아미드; Sigma Co., St. Louis)에 비대칭 증폭 방법(Asymmetric PCR)으로 증폭시킨 유전자를 30㎕ 넣어서 총 부피가 200㎕가 되도록 제조하였다. 제조된 용액을 탐침이 고정화되어 있는 유리판 위에 분주한 후 프로브-클립 프레스-씰 배양실(probe-clip press-seal incubation chamber, Sigma Co., St. Louis, MO.)로 덮었다.
혼성화되는 동안 유리판 주변이 건조되는 것을 방지하기 위해서 혼성화 챔버에 물기가 있는 휴지를 넣은 후, 30℃ 항온진탕배양기(shaking incubator)에서 6시간 동안 반응시켜 상보적인 결합을 유도하였다. 시간이 경과한 후 3×SSPE (0.45M NaCl, 15mM C6H5Na3O7, pH 7.0), 2×SSPE (0.3M NaCl, 10mM C6H5Na3O7, pH 7.0), 1×SSPE (0.15M NaCl, 5mM C6H5Na3O7, pH 7.0) 순으로 각각 5분씩 세척한 후, 원심분리기를 이용하여 유리판에 있는 물기를 제거하였다(1,000rpm, 2분간).
실시예
7
하이브리드의
검출
혼성화 반응의 결과는 스캔어레이(Scanarray) 5000(GSI Lumonics Inc., Bedford, MA.)을 이용하여 검색하였고, 그 결과는 하기 표 4 내지 표 49에 나타나 있다.
표 4 내지 표 49
실시예
8
블라인드 시험
실시예 4에서와 같이 DNA 칩을 제작하고 이를 이용하여 12종의 균, 즉 스타괼로코코스 아우레우스, 슈도모나스 애루지노사, 프로테우스 미라빌리스, 크레브시엘라 뉴모니에, 아시네토박터 바우마니, 에스케리치아 콜라이, 엔테로코코스 페슘, 스타필로코코스 에피더미디스, 살모넬라 그룹 E, 살모넬라 그룹 B, 크레브시엘라 옥시토카 및 벌코데리아 세파시아에 대한 블라인드 시험을 실시하였다. 도 1, 9, 11 및 14는 블라인드 시험을 위한 DNA 칩의 디자인을 도시한 것이다. 이들 도면에 기재된 명칭은 상기 표 4 내지 49에 수록된 탐침이 유리판에 고정되어 있는 것을 가리킨다. 포지션 마커로서 아민 3'-AAAAAAAAAAAAAAA-5'-FITC(서열번호, 428)가 사용되었고 C로 표기되어있으며, 네가티브 콘트롤로서 탐침이 녹아있는 버퍼(3X SSC)를 사용하였고 N으로 표기되어있다. 칩상의 포지티브 콘트롤로서 공통의 세균 탐침을 사용하였으며 이는 하기 표 50에 수록되어 있다.
이 시험에 사용된 검체는 약 300명의 병원성 감염 환자의 특정부위로부터 채취된 것으로서, 균의 감염여부는 배양방법에 의해 확인되었다.
배양된 검체로부터 게놈 DNA를 다음과 같이 추출하였다. 검체가 체액인 경우, 10ml의 체액을 EDTA 튜브 혹은 플레인 튜브(plain tube)에 수집하였다. 검체의 양이 10ml 이상이면 5,000 xg에서 15분간 원심분리하고 10ml 이하이면 14,000rpm에서 15분간 원심분리한 뒤 침전물을 1.5ml 튜브 1-2개에 모았다. 리소자임 완충액(20mM Tris-Cl, pH 8.0, 2mM EDTA, 1.2% Triton X-100, 20mg/㎖ lysozyme) 180㎕에 현탁하여 37℃에서 30분간 배양한 후 프로테이나제 K 20㎕와 AL용액 (Lysis용 액, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 200㎕를 넣어 부드럽게 섞은 후 55℃에서 2시간 배양하고 다시 95℃에서 10분간 배양하였다. 에탄올 (100%) 200㎕을 넣고 섞은 후 QIAamp 스핀 컬럼이 들어있는 2-㎖ 튜브에 전 용액을 옮겨 8,000rpm에서 1분간 원심분리하여 튜브에 모이는 액을 버렸다. AW1용액(Wash용액1, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣고 8,000rpm에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버리고 다시 AW2용액(Wash용액2, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣어 14,000rpm에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버렸다. QIAamp 스핀 컬럼을 1.5㎖ 튜브에 옮기고 AE용액(Elution용액, DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 300㎕을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm에서 3분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출하였다. 에탄올 (100%) 750㎕를 넣어 -20℃에서 1시간 정치한 후 14,000rpm에서 20분간 원심분리한 후 상등물인 에탄올을 버리고 건조시킨 뒤 펠렛은 20㎕ 멸균된 증류수에 녹여 농축시켰다.
검체가 혈액인 경우, 10ml 혈액을 EDTA 튜브에 샘플링하였다. 4℃, 1,800rpm에서 10분간 원심분리하여 혈장 층을 1.5㎖ 튜브에 나누어 담고, 14,000rpm에서 10분간 원심분리 한 뒤 침전물을 1.5㎖ 튜브에 나누었다. 라이소자임 완충액(20mM Tris-Cl, pH 8.0, 2mM EDTA, 1.2% Triton X-100, 20mg/㎖ lysozyme) 180㎕에 현탁하여 37℃에서 30분간 배양한 후 프로테이나제 K 20㎕와 AL용액(Lysis용액, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 200㎕를 넣어 부드럽게 섞은 후 55℃ 에서 30분간 배양하고 다시 95℃에서 10분간 배양하였다. 에탄올(100%) 200㎕을 넣고 섞은 후 QIAamp 스핀 컬럼이 들어 있는 2-㎖ 튜브에 전 용액을 옮겨 8,000rpm에서 1분간 원 심분리하여 튜브에 모이는 액을 버렸다. AW1용액 (Wash용액1, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣고 8,000rpm에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버리고 다시 AW2용액 (Wash용액2, QIAamp DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 500㎕를 넣어 14,000rpm에서 1분간 원심분리하여 유출물을 버렸다. QIAamp 스핀 컬럼을 1.5㎖ 튜브에 옮기고 AE용액(Elution용액, DNA Blood Mini Kit, QIAGEN) 300㎕을 넣어 실온에서 15분간 정치한 후 8,000rpm에서 3분간 원심분리하여 게놈 DNA를 용출하였다. 에탄올(100%) 750㎕를 넣어 -20℃ 에서 1시간 정치한 후 14,000rpm에서 20분간 원심분리한 후 상등물인 에탄올을 버리고 건조시킨 뒤 펠렛은 20㎕ 멸균된 증류수에 녹여 농축시켰다.
증폭, 혼성화 반응, 세척 및 하이브리드의 검출은 상기 실시예 5 내지 7에서와 같이 동일하게 실시하였다. 그 결과는 하기 표 51에 기재되어 있다. 이 표에 수록된 데이터에서 분자는 검체의 분모는 검체의 적용 횟수이고 분자는 혼성화에 의한 시그널이 나타난 횟수를 가리킨다.
참고로, 도 2, 3, 4, 5, 6, 7 및 8은 스타필로코코스 아우레우스, 슈도모나스 애루지노사, 프로테우스 미라빌리스, 크레브시엘라 뉴모니에, 아시네토박터 바우마니, 이. 콜라이 및 엔테로코코스 페슘 균을 각각 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이(Scanarray) 5000을 이용하여 검색된 도 1의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 각각 보여준다. 도 10은 스타필로코코스 에피더미디스 균을 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 9의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 보여준다. 도 12 및 13은 살모넬라 그룹 E 및 살모넬라 그룹 B 균을 각각 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 11의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 각각 보여준다. 도 15 및 16은 크레브시엘라 옥시토카 및 벌코데리아 세파시아 균을 각각 포함한 검체에 대한 블라인드 시험에서 스캔어레이 5000을 이용하여 검색된 도 14의 DNA 칩에서의 혼성화 반응 결과를 각각 보여준다.
상기 본 발명에 의하여, 상기 각 병원체의 rRNA 유전자와 특정적으로 혼성화하고 다른 유기체의 핵산과는 교차 반응하지 않는 염기 서열을 갖는 탐침을 개발하였고 또한 이들 탐침을 집적한 DNA 칩을 제작하여 임상 실험을 통해 그들 탐침의 각 특이성을 확인함으로써, 항암치료에 필요한 감염질환을 진단하는 새로운 진단방법을 산업적으로 이용할 수 있을 것이다.
<110> MEDIGENES
<120> Nucleic Acid Probes for Detection of Non-viral Organisms
<130> P05-274
<160> 428
<170> KopatentIn 1.71
<210> 1
<211> 3510
<212> DNA
<213> Acinetobacter baumannii
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3510)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 1
ccatgggagt ttgttgcacc agaagtagct gcctaactgc aaagagggcg gttaccacgg 60
tgtggccgat gactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg taggggaacc tgcggctgga 120
tcacctcctt aacgaaagat tgacgattgg taagaatcca caacaagttg ttcttcatag 180
atgtatctga gggtctgtag ctcagttggt tagagcacac gcttgataag cgtggggtca 240
caagttcaag tcttgtcaga cccaccatga ctttgactgg ttgaagttat agataaaaga 300
tacatgactg atgatgtaag ctggggactt agcttagttg gtagagcgcc tgctttgcac 360
gcaggaggtc aggagttcga ctctcctagt ctccaccaga acttaagaga agttcggatt 420
acagaaatta gtaaatagag atttagatct tggtttatta acttctgtga tttaagtatc 480
acggtattaa gcatgacctg acgaaggcat gtttattcat taacagattg gcaaaattga 540
gtctgaaata aattgttcac tcaagagttt agattaagca attaatctag atgaattgag 600
aactagcaaa ttaactgaat caagcgtttt ggtatatgaa tttagattga agctgtacag 660
tgtttaaata cacagtactt cgaactgtat ggatgaatga gagatcattt gttctgttgc 720
tacaccaact tgtaggtgta acgactgttt ggggttgtat agtcaagtaa ttaagtgcat 780
gtggtggatg ccttggcagt cagaggcgat gaaagacgtg atagcctgcg aaaagctccg 840
gggaggcggc aaatatcctt tgatccggag atttctgaat gggggaaccc acctacttta 900
aggtaggtat tgcaacatga atacatagtg ttgcaaggcg aacgagggga agtgaaacat 960
ctcagtaccc ttaggaaaag aaatcaattg agattccctc agtagcggcg agcgaacggg 1020
gatcagccca ttaagttatg tgtgttttag tggaacgctc tgggaagtgc gaacgtagag 1080
ggtgatattc ccgtacacga aagggcacac ataatgatga cgagtagggc gaggcacgtg 1140
aaaccttgtc tgaatatggg gggaccatcc tccaaggcta aatactcctg actgaccgat 1200
agtgaaccag taccgtgagg gaaaggcgaa aagaacccct gtgaggggag tgaaatagat 1260
cctgaaaccg catgcataca agcagtggga gcaccttcgt ggtgtgactg cgtacctttt 1320
gtataatggg tcagcgactt atattcagta gcaaggttaa ccgtataggg gagccgtagg 1380
gaaaccgagt cttaataggg cgtttagttg ctgggtatag acccgaaacc aggcgatcta 1440
tccatgagca ggttgaaggt tgggtaacac taactggagg accgaaccca ctgtcgttga 1500
aaagccaggg gatgacttgt ggataggggg tgaaaggcta atcaagcctg gtgatagctg 1560
gttctccccg aaagctattt aggtagcgcc tcggacgaat accatagggg gtagagcact 1620
gtttcggcta gggggtcatc ccgacttacc aaaccgatgc aaactccgaa tacctatgag 1680
tactatccgg gagacagact gcgggtgcta acgtccgtag tcaagaggaa aacaatccag 1740
accgccagct aaggccccaa aatcatagtt aagtgggaaa cgatgtggga aggcatagac 1800
agctaggagg ttggcttaga agcagccacc ctttaaagaa agcgtaatag ctcactagtc 1860
gagtcggcct gcgcggaaga tgtaacgggg ctaaaactat gtgccgaagc tgcggatttg 1920
acattagtca agtggtaggg gagcgttctg taagccgatg aaggtgtatt gagaagtatg 1980
ctggaggtat cagaagtgcg aatgctgacg tgagtaacga caaaacgggt gaaaaacccg 2040
ttcgccgaaa gaccaagggt tccagtccaa cgttaatcgg ggctgggtga gtcgacccct 2100
aaggcgaggc cgaaaggcgt agtcgatggg aaattggtta atattccaat acttctgtgt 2160
aatgcgatga gaggacggag aaggttaagt cagcctggcg ttggttgtcc aggtggaagg 2220
atgtaggtat gtatcttagg caaatccggg gtactctata ctgagatccg atagcaagct 2280
gtacttgtac agtgaagtgg ctgataccat gcttccagga aaagtctcta agcttcagtt 2340
acacaggaat cgtacccgaa accgacacag gtggtcaggt cgagtagacc aaggcgcttg 2400
agagaactct gctgaaggaa ctaggcaaaa tggtaccgta acttcgggag aaggtacgct 2460
gttgttggtg atggaacttg cttcctgagc tgacgacagc cgcagaaacc aggccgctgc 2520
aactgtttat taaaaacata gcactctgca aacacgaaag tggacgtata gggtgtgatg 2580
cctgcccggt gctggaaggt taattgatgg ggttagcgta agcgaagctc ttgatcgaag 2640
ccccagtaaa cggcggccgt aactataacg gtcctaaggt agcgaaattc cttgtcgggt 2700
aagttccgac ctgcacgaat ggcataatga tggcggcgct gtctccagca gaggctcagt 2760
gaaatcgaaa tcgctgtgaa gatgcagtgt acccgcggct agacggaaag accccgtgaa 2820
cctttactgc agcttgacac tgaactttga ccttacttgt gtaggatagg tgggaggctt 2880
tgaagttgga acgctagttc caatggagcc gtccttgaaa taccaccctg gtaatgttga 2940
ggttctaact ctgtcccgtt atccgggacg aggaccgtgt ctggtgggta gtttgactgg 3000
ggcggtctcc tcctaaagag taacggagga gtacgaaggt gcgctcagcg tggtcggaaa 3060
tcacgcgtag agtataaagg caaaagcgcg cttaactgcg agacccacaa gtcgagcagg 3120
tacgaaagta ggtcttagtg atccggtggt tctgtatgga agggccatcg ctcaacggat 3180
aaaaggtact ctggggataa caggctgata ccgcccaaga gttcatatcg acggcggtgt 3240
ttggcacctc gatgtcggct catctcatcc tggggctgaa gcaggtccca agggtatggc 3300
tgttcgccat ttaaagaggt acgcgagctg ggtttagaac gtcgtgagac agttcggtcc 3360
ctatctaccg tgggcgctgg aaatttgaga ggatctgctc ctagtacgag aggaccagag 3420
tggacgaacc tctggtgtac cggttgtgac gccagtcgca tcgccgggta gctatgttcg 3480
gaagggataa ccgctgaaag tttttaagca 3510
<210> 2
<211> 2940
<212> DNA
<213> Anaerobiospirillum succiniciproducens
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(2940)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 2
cttccctcag tgattcaaga cagcgcagca tgtgttttgt tcttgattca ttgcagttaa 60
aaagttcttt aaaaatttat cagacaagct tatttaaagt aaaaactcaa ttagcaacta 120
tttaatgggt aaaaagacca aagtcttgta aacctttcgg cagttgttaa aagttacttg 180
atccaatcat gatcaaggcc ttacgacctt tcggggttgt atggtcaagc atgaaagcgc 240
acatggtgga tgccatggcg tcaggaggcg atgaaggacg tgccaatctg cgataagcct 300
aggtaagccg ataaggggcg cttgaaccta ggatttccga atggggaaac ccgacactta 360
gtgtcatcta tgctgaagtt atagaagcga accaggggaa gtgaaacatc tcagtaccct 420
gaggaaaaga aatcaaatca gagattccct cagtagcggc gagcgaacgg ggaacagccc 480
aaaagttgat atgttctagt agaagcagtt gggaaactgc agggcacagg gtgatactcc 540
cgtatacgaa ggagcatatt tgatgagcgt gagtagggcg ggacacgtga tatcctgtct 600
gaatatgggg ggaccatcct ccaaggctaa atactacctg acgaccgata gtgaaccagt 660
accgtgaggg aaaggcgaaa agaaccccgg gaggggagtg aaaaagaacc tgaaaccgtg 720
tgcgtacaag cagtgggagc ctacttgtta ggtgactgcg taccttttgt ataatgggtc 780
agcgagttat ctgtattagc aggttaacct atatggggga gccgtagaga aatcgagtcc 840
taaccggcga atagttgata caggtagacc cgaaactggg tgagctagtc ctggccaggt 900
tgaaagcagg gtaacacctg ccggaggacc gaacccacta acgttgcaaa gttaggggat 960
gagctgggac taggggtgaa aggccaatca aactcagtga tagcttggtt ctcctcgaaa 1020
gctatttagg tagcgttctg cgaggacgta tgggggtaga gcactgttat ggggaagggg 1080
ccccatccgg ggttgccaat ccattgcaaa ctttcgaata ccatacagtt ggaagcagag 1140
gacagacggt gggtgctaac gttcatcgtc aagagggaaa caacccggac cgccagctaa 1200
ggtccccaag ttctagttaa gtgggaaacg atgtgggaag gcatagacag ccaggatgtt 1260
ggcttagaag cagccatcat ttaaagaaag cgtaatagct cactggtcga gtcggcctgc 1320
gcggaagatg taacggggct aaactagaca ccgaagctgc ggattcacac gcaagtgtga 1380
gtggtagagg agcgttctgt aaactgatga aggtgaggcg ggagccgagc tggaggtaac 1440
agaagtgcga atgctgacgt aagtaacgat aaaacacgtg aaaagcgtgt tcgccgaaag 1500
accaagggtt cctgtccaac gttaatcggg gcagggtgag tcggtgccta aggcgaggct 1560
gaaaagcgta gtcgaaggga aacaggtcaa tattcctgta ctttacttaa gtgcgatgag 1620
atgacggaga agggaaagtc agccacttat tggattgtgg tgaaaggctg taggtagata 1680
ccggggttaa aagactggta tcagtgatct gagagctgag acgaagcacc attgtgtgaa 1740
gtgactcgtg cccatgcttc ctggaaaagt ctctaagctt cagcttaagt agagccgtac 1800
cccaaaccga cacaggtggt cgggtagagg ataccaaggc gcttgggaga actcaggtga 1860
aggaactagg caaaattgta ccgtaacttc gggataaggt acgctgttac cggtgagagg 1920
acttgctcct taagctggga acagccgcag tgaaatggtg gctgggactg tttaacaaaa 1980
acacagcact ctgcaaacct gaaaggggaa gtatagggtg tgacacctgc ccggtgctgg 2040
aagattaatt gatggggtgc aagctcctga tcgaagtccc agtaaacggc ggccgtaact 2100
ataacggtcc taaggtagcg aaattccttg tcgggcaagt tccgacctgc acgaatggca 2160
taatgatggc cacactgtct cctcctgaga ctcagtgaag ttgaaatgtt tgtgatgatg 2220
caatctcccc gcggctagac ggaaagaccc catgaacctt tactgcagct ttgcattgga 2280
ctttgaaccg atctgtgtag gataggtggg aggcagtgaa gctaggacgc cagtcttagc 2340
ggagccaacc ttgaaatacc accctgattt gtttgaggtt ctaacctagg agcgtaatcc 2400
gcttcgggga ccgtgcatgg taggcagttt gactggggcg gtctcctcct aaagggtaac 2460
ggaggagtgc gaaggtacgc taggtacggt cggaaatcgt gctgatagtg caatggcaaa 2520
agcgtgcttg actgcgagac cgacaagtcg agcagatacg aaagtaggtc atagtgatcc 2580
ggtggctctg catggaaggg ccatcgctca acggataaaa ggtactctgg ggataacagg 2640
ctgataccgc ccaagagttc atatcgacgg cggtgtttgg cacctcgatg tcggctcatc 2700
tcatcctggg gctgtagccg gtcccaaggg tatggctgtt cgccatttaa agaggtacgt 2760
gagctgggtt taaaacgtcg tgagacagtt ttgtccctat ctgccgtggg cgttggaaga 2820
ttgacggggg ctgctcctag tacgagagga ccggagtgga ctcacctctg gtgtaccggt 2880
tgtcacgcca gtggcatcgc cgggtagcta tgtggggaaa ggataaccgc tgaaattttt 2940
2940
<210> 3
<211> 3379
<212> DNA
<213> Bacteroides fragilis
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3379)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 3
gctctgggag ccgggggtac ctgaagtacg taaccgcaag gatcgtccta gggtaaaact 60
ggtgactggg gctaagtcgt aacaaggtag ccgtaccgga aggtgcggct ggaacacctc 120
ctttctggag cgatgttgaa aacgacgttc attggttcta aattgtacta ctggtacttg 180
tttatttata gaatatagat caaccatcta tagcaatata gatagagata aacaagagaa 240
aaacagaagc cgagtctaaa acaggacacg gttgaactag tcctatagct cagttggtta 300
gagcgctaca ctgataatgt agaggtcggc agttcaactc tgcctgggac taccaacaga 360
tagatatttt atcttgtatg attgggggat tagctcagct ggctagagca tctgccttgc 420
acgcagaggg tcaacggttc gaaatccgtt attctccact ccgataccgc gacctaacag 480
gcttgcgtgt aatcaaacga tctttgacat gatgtacaga aaaaagtaaa tttagtaaga 540
gctaaaagta tatatcgaac catttggttc agatcctttt taagaaaagg agatgaatct 600
ggcgataaaa gaaagtaaat aagggcgcat ggcggatgcc ttggctctcg gaggcgatga 660
angacgtgat aagctgcgat nagcttcggg taggtgcaaa tgacctttga ttccgaagat 720
ttccgaatgg gacaaccccg gcattctgaa ggaatgtcat ccaacttggt tggaggctaa 780
cgcagggaac tgaaacatct tagtacctgc aggaaaagaa aataaataat gattccccta 840
gtagtggcga gcgaacgggg attagcccaa accacccatg ttacggcatg tgtggggttg 900
taggaccacg ctctcgcaag acagttattg agaagaaacg actggaaagt cgtgccatag 960
acggtgatag cccggtattc taaggtaacc gaagcgtagt ggtatcctga gtagcgcgga 1020
gcacgaggaa ttctgcgtga accagccggg accatccggt aaggctaaat actcccgaga 1080
gaccgatagc gaaccagtac tgtgaaggaa aggtgaaaag cacttcgaat agaagagtga 1140
aatagtccct gaaaccatgc gcctacaagc ggtcggagca gcttaagctg tgacggcgtg 1200
ccttttgcat aatgaaccta cgagttactt tttccggcaa ggttaagcat cttgagatgt 1260
ggatccgaag cgaaagcgag tctgaacagg gcggatagtc ggaaggagta gacgcgaaac 1320
caagtgatct acccttgggc aggttgaagg ttaggtaaca ctaactggag gaccgaaccg 1380
ataagcgttg aaaagcttcc ggatgacctg agggtggggg gtgaaaggct aatcaaactt 1440
ggagatagct cgtactcccc gaaatgcatt taggtgcagc cttgagagtt actaatgtga 1500
ggtagagcga ctgataagat gcgagggctt caccgcctat caagtcttga taaactccga 1560
atgcgcatta gttctatctc aggagtgagg gcatgggtgt aaggtccatg tctaaagaga 1620
agaatccaga ccatcagtaa ggtccccaaa taaacattaa gttgacctaa cgaagtcaga 1680
ttgctaagac agctaggatg ttggcttgga agcagccatt catttaaaga gtgcgtaaca 1740
gctcactagt cgaggagttt ggcgtggata ataatcgggc ataagtgttt taccgaagct 1800
atgggatccg tatggatcgg taggggagca ttccactcag cgttgaaggc gaagcgtgag 1860
ctttactgga gcgtgtggaa aagcaaatgt aggtataagt aacgataaag ggggtgagaa 1920
accccctcgc cgcaagacta aggtttcctg atcaacgcta atcggatcag ggttagtcgg 1980
gtcctaaggc tcagccgaac ggtgaggccg atggcagaac aggttaatat tcctgtacta 2040
cctataagag tgatgtggag acggaggagt gacaacgccg cggactgacg gaatagtccg 2100
ttaaagggtg tagatgttga ttatcccagg caaatccggg ataagagtcg aacctgacag 2160
tataccaatt tcctcggaaa acggtaatag tgcgtgtaaa catactccca agaaaatccg 2220
ctaaacttaa tcttataggt acccgtaccg taaacggaca cacgtagtcg ggttgaatat 2280
actcaggcgc ttgagtgaat cacggttaag gaactaggca aattgaccct gtaacttcgg 2340
gataaagggt ccctacccgg tgacggggag ggcgcagaaa aataggtcca ggccaacctg 2400
tttaacaaaa acacagggct gtgcaaaatt gaaagatcac gtttacagcc ctgacacctg 2460
cccggtgctg gaaggttaag aggagatgtc atcgcaagag aagcattgaa ttgaagcccc 2520
agtaaacggc ggccgtaact ataacggtcc taaggtagcg aaattccttg tcgggtaagt 2580
tccgacctgc acgaatggcg taacgatggc cacactgtct ccaccagaga ctcagcgaag 2640
ttgaaatgtt tgtaatgatg catctccccg cggaaagacg gaaagacccc atgaaccttt 2700
actgtagctt tgtattggat tttgaacgga tctgtgtagg ataggtggga ggctttgaag 2760
tgaggacgct agttctcatg gagccgacgt tgaaatacca ccctggtgcg ttgaggttct 2820
aacccaggtc ccttatcggg atcggggaca gtgcatggta ggcagtttga ctggggcggt 2880
ctcctcccaa agcgtaacgg aggagttcga aggtacgcta gttacggtgc ggacatcgtg 2940
acgatagtgc aatggcataa gcgtgcttaa ctgcgagact gacaagtcga gcagatgcga 3000
aagcaggaca tagtgatccg gtggttctgt atggaagggc catcgctcaa cggataaaag 3060
gtactctggg gataacaggc tgataccgcc caagagttca tatcgacggc ggtgtttggc 3120
acctcgatgt cggctcatct catcctgggg ctgtagtcgg tcccaagggt atggctgttc 3180
gccatttaaa gaggtacgtg agctgggttt aaaacgtcgt gagacagttt ggtccctatc 3240
ttccgtgggc gctgcagatt tgaggaagcc tgctcctagt acgagaggac cggagtggac 3300
acacctctgg tgtatcggtt gtcacgccag tggcattgcc gagtagctaa gtgtggaaga 3360
gataaccgct gaacttttt 3379
<210> 4
<211> 3138
<212> DNA
<213> Cardiobacterium hominis
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3138)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 4
cccctgataa gggtgaggtc aaagttcaat ttttcagacc ccccaaaaag ggccatagct 60
cagctggaga gcgcctgctt ttgcacgcag agtcagagtt cgatcctcct gggctcccca 120
tttgaaacgt agtttgctaa agagagcaga aaattgaaca tgaagctaaa gctgatgtaa 180
gaacacagat ggagcacatg gtgttcaatt ttttgttgtc ttaggacaat gatctataac 240
aaccggaaac attcaattta aacaactaaa ttgagtagct gagaaaaaca agacgttgtt 300
acttatgttt tcctctgcgt agccaacaga tgatgagaga gcaaggcgaa agcgaagcat 360
acttcagaat ctgaaaacgt agagtagtaa agagagaaca gcacaaccga aagataactt 420
gaggttgtat gatcaagtga ataagtgcac acggtggatg ccttggcgac aacaggcgaa 480
gaaggacgtg gaaatctgcg aaaagccccg ggaagctgat aacaagcaat gatccgggga 540
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tggtgaaggg agtgaaatag aacctgaaac cgtgtgcata caagcagtca gagcatatga 960
agatatgtga tggcgtacct tttgtataat gggtcagcga gttacattca gtggcgaggt 1020
taaccgaata ggggagccgt agcgaaagcg agtcttaata gggcgataag tctctgggtg 1080
tagacccgaa accgggcgat ctatccatgg gcaggttgaa ggttgagtaa catcaactgg 1140
aggaccgaac ccacgcatgt tgaaaaatgc ggggatgacc tgtggatagg agtgaaaggc 1200
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tgacttacgg gggtagagca ctgtttcggc tagggggtca taccgactta ccaacccgat 1320
gcaaactcga ataccgtaaa gttttactac aggagacaca cggcgggtgc taacgtccgt 1380
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cgataatgcg ggtgaaaaac ccgcacaccg aaaacccaag gtttcctgcg caacgctaat 1740
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tgcgactgtt tatcaaaaac acagcactct gcaaacacgc aagtggacgt atagggtgtg 2220
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cgacctgcac gaatggcgta acgatggcgg cgctgtctct acccgagact cagtgaagtt 2400
gaaatcgctg tgaagatgca gtgtacccgc ggcaagacgg aaagaccccg tgaaccttca 2460
ctacagcttg acactgaaca ttgaaataag ttgcatagga taggtgggag gctttgaagc 2520
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<212> DNA
<213> Chryseobacterium meningosepticum
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3332)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 5
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tttagagcgt cctttggacg ataaacaaaa caaagatcac ttaggtgatc acttacttaa 180
acaaagcaca gctttggttt tactttggtt gctattacaa aagataaccc cttagattag 240
taacagggaa agagatagtt tataattatg aattttaatg aataattata aattaatgaa 300
gtctcgtagc tcagctggtt agagcgctac actgataatg tagaggtcgg cagttcgagc 360
ctgcccgaga ctactaattt aaaagatttg aagttagaga ttggaagttt gaagagataa 420
tttcaaacct caaactaaga atttcaaatt taagaggggg aattagctca gctggctaga 480
gcgcctgcct tgcacgcagg aggtcaaggg ttcgactccc ttattctcca cagttttaga 540
agagagacac aagtatacga atagagccaa taacaatatt cgtttgttga tcagaagaaa 600
agaacaaaag atcattgaca ttaacggtaa agacatcaca aagagataac cgagcactcc 660
ttgagtgcag agtaaaaaat aaattaatta ttaggaaaga aatcgttaag ggcgtatggc 720
ggatgcctag gctttcagag gcgacgaagg acgtggtaag ctgcgaaaag ctacggggat 780
tggcacacac gaattgatcc gtagatatcc gaatggggca acccggcata ttgaagatat 840
gtcacccagc aatgggagca aacccggaga actgaaacat ctaagtaccc ggaggaaaag 900
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ggaccatcct ccaaggctaa atactcctga aagaccgata gtgaacaagt actgtgaagg 1140
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catcgcctac caattcctga caaactccga atgctaataa atgtaacttg ggagtcagaa 1620
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aaatatatgt taagtggaaa aggatgtggc gttgcccaga caactaggat gttggcttag 1740
aagcagccat catttaaaga gtgcgtaata gctcactagt cgagtgatcc ggcatggata 1800
ataatcgggc ataagcatat taccgaagct atggcagtat ttatactggg taggggagca 1860
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ggcataagta acgataaagg gggcgagaaa ccccctcacc gaaagactaa ggtttcctca 1980
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cgctcatagg ataaaaggta ctccggggat aacaggctag tctcccccaa gagctcacat 3060
cgacggggag gttcggcacc tcgatgtcgg ctcgtcacat cctggggctg gagaaggtcc 3120
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<210> 6
<211> 3252
<212> DNA
<213> Clostridium ramosum
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3252)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 6
gcaccgctat agtttgtaac acccgaagtc ggtgaggtaa ccttttggag ccagccgccg 60
aaggtgggaa agaactgatt ggggatgata ttgtctttgt aacaagggta gccgtatccg 120
gaaggtgcgg ctggatcacc tcctttctaa ggaaattata cggaatgatc gaagacctga 180
tgcggtctta tagacaggtg cgtttngtag atacttgttt agttttgaag tgatcattcc 240
ttcaaagcgt atgactcaga gatcattgat tactggataa gtagacaatc acattgcaat 300
agaaatagca aaatnagatc gatcatagta attgtctata ttgacgggtt acgttactag 360
aaaacgcact gaaactaagt attttctcct aaaacataaa tcgaacggat ggatggattt 420
tagtaaatag ttgatgatag taatcaagca acaccatata ggtaagtaag aaaaggtatg 480
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gccgaaatag tgaagaagca cgagacagca cctgagtacg gcgggacacg aggaatccct 900
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ggagatagct tggttctccc cgaaatagct ttagggctag cagtcgtagt gtaaagtcag 1380
tgtgaaggta gagcactgta atatgtgatg gccccatctc ggggtactga acataatcaa 1440
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cgtatatggg gtgacgcctg cccggtgctg gaaggttaag aggatgtgtc agcgcaagcg 2400
aagcattgaa ttgaagcccc agtaaacggc ggccgtaact ataacggtct aagagggaat 2460
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tactgtagct tgatattgga ttctttgatg caaagatgta caggcatagg taggagtatg 2640
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gagttgctaa ccggatgcca tggaactggc aacgggcaca gtagtcaggt cgggcagttt 2760
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agcagggacg aaagtcgggc ttagtgatcc ggcggtgctg aatggaaagg ccgtcgctca 2940
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ttgggctgtt cgcccattaa agcggtacgc gagctgggtt cagaacgtcg tgagacagtt 3120
cggtccctat ctgtcgtggg cgtaggaagt ttgagaagat ctgtcctcag tacgagagga 3180
ccgggaggac atatcaatgg tgcaccagtt gtcacgccag ggcacagcgg tagctaaata 3240
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<212> DNA
<213> Comamonas acidovorans
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3531)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 7
ctcatgggag cgggtctcgc cgagtaggta gcctaaccgc aaggagggcg cttaccacgg 60
cggggttcgt gactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg tatcggaagg tgcggctgga 120
tcacctcctt tctggaaaac tgctgttcaa gttgaacgcc cacacttatc ggttgttgga 180
acaagccatg tgccctggtt gcagggtggg tggactgggt ctgtagctca gctggttaga 240
gcaccgtctt gataaggcgg gggtcgttgg ttcgagccca actagaccca ccaagattcc 300
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cttgaaaaag cagctggagg aagcgaaaag agcacgaaaa aagcgtgcta taatatttga 480
ctcaacacta aagcagtctc gtgtgagact gctttagtgt tgatagttat ctaactatca 540
atcggctgtt ctttaaaaat tcatagagtc gaaatcagcg ttgctgacgg aaagagattt 600
caatctcacc gtgccgtcag caacattttg attgcgtcaa aacgaatgaa actttgtttt 660
attcaagtaa tgacgaattg ttctcttgac agaaatgtca aagaattcat tcacattacg 720
gcataacgcg cgaggtgaga gacctcgcaa gtccttgaaa gaaaacggcg aaatctcgca 780
agagagatca aagttatagg gtcaagtgac taagagcatg tggtggatgc cttggcgatg 840
ataggcgacg aaagacgtga tagcctgcga taagcttcgg ggagctggca aattagcttt 900
gatccggaga tttctgaatg gggaaaccca cccgcaaggg tatcgcatac tgaatacata 960
ggtatgcgag gcgaacctgg agaactgaaa catctaagta cccagaggaa aagacatcaa 1020
ccgagattcc gaaagtagtg gcgagcgaaa tcggaagagc cttctagtga tagtcagacg 1080
gttaacaaaa cggaatggaa agtccggcca tagtaggtga tagccctgta tgtgaaaacc 1140
gactggtggt actgagctag agaaaagtag ggcggggcac gagaaaccct gtctgaatat 1200
ggggggacca tcctccaagg ctaaatactc atcatcgacc gatagtgaac cagtaccgtg 1260
agggaaaggc gaaaagaacc ccgggagggg agtgaaatag atcctgaaac cgcatgctta 1320
caaaaagtag gagcccgcaa gggtgactgc gtaccttttg tataatgggt cagcgactta 1380
cattcagtgg caaggttaac cgaatagggg agccgtagag aaatcgagtc cgaatagggc 1440
gtccagtcgc tgggtgtaga cccgaaacca agtgatctat ccatggccag gatgaaggtg 1500
ccgtaacagg tactggaggt ccgaaccgac tagtgttgca aaactagcgg atgagctgtg 1560
gataggggtg aaaggctaaa caaacttgga aatagctggt tctctccgaa aactatttag 1620
gtagtgcctc aagtattacc tgcgggggta gagcactgtt taggctaggg ggtcatggcg 1680
acttaccaaa cctatgcaaa ctccgaatac cgcagagtac agcttgggag acagagcacc 1740
gggtgctaac gtccggactc aagagggaaa caacccagac cgccagctaa ggtccctaaa 1800
attggctaag tgggaaacga agtgggaagg ctaaaacagt caggatgttg gcttagaagc 1860
agccatcatt taaagaaagc gtaatagctc actgatcgag tcgtcctgcg cggaagatgt 1920
aacggggcta agccagttac cgaagctgcg gatttgcaat ttattgcaag tggtaggaga 1980
gcgttctgta agcctgtgaa ggtgcctggt aacgggtgct ggaggtatca gaagtgcgaa 2040
tgctgacatg agtagcgtta aagggggtga aaagccccct cgccgtaagc gcaaggtttc 2100
ctacgcaacg ttcatcggcg tagggtgagt cggcccctaa ggcgaggcag agatgcgtag 2160
ctgatgggaa acaggtcaat attcctgtac cgatgtgtag tgcgatgtgg ggacggagaa 2220
ggttagctca gccaactgtt ggatatgttg gttcaagcct gtagtcgtgc ctggtaggca 2280
aatccgccgg gcttagatga ggggtgataa cgagtctgct tgcagacgaa gtgagtgata 2340
ccctgcttcc aggaaaagcc actaagcttc agctacacac gaccgtaccg caaaccgaca 2400
ctggtgcgcg agatgagtat tctaaggcgc ttgagagaac tctggagaag gaactcggca 2460
aattgatacc gtaacttcgg gagaaggtat gccgcaagta ggtgaacttg aacaaaggga 2520
gcccaaagcg gttgcaaaaa atcggtggct gcgactgttt aataaaaaca cagcactctg 2580
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ggggtgcaag ctcttgattg aagtcccagt aaacggcggc cgtaactata acggtcctaa 2700
ggtagcgaaa ttccttgtcg ggtaagttcc gacctgcacg aatggcgtaa cgatggccac 2760
actgtctcct ccagagactc agcgaagttg aaatgtttgt gatgatgcaa tctccccgcg 2820
gaaagacgga aagaccccat gaacctttac tgtagctttg tattggattt tgaacggatc 2880
tgtgtaggat aggtgggagg ctttgaagtg aggacgctag ttctcatgga gccgacgttg 2940
aaataccacc ctggtgcgtt tgaggttcta acccaggtcc cttatcggga tcggggacag 3000
tgcatggtag gcagtttgac tggggcggtc tcctcccaaa gcgtaacgga ggagttcgaa 3060
ggtacgctag ttacggtcgg acatcgtgac gatagtgcaa tggcataagc gtgcttaact 3120
gcgagactga caagtcgagc agatgcgaaa gcaggacata gtgatccggt ggttctgtat 3180
ggaagggcca tcgctcaacg gataaaaggt actctgggga taacaggctg ataccgccca 3240
agagttcata tcgacggcgg tgtttggcac ctcgatgtcg gctcatctca tcctggggct 3300
gtagtcggtc ccaagggtat ggctgttcgc catttaaaga ggtacgtgag ctgggtttaa 3360
aacgtcgtga gacagtttgg tccctatctt ccgtgggcgc tgcagatttg aggaagcctg 3420
ctcctagtac gagaggaccg gagtggacac acctctggtg tatcggttgt cacgccagtg 3480
gcattgccga gtagctaagt gtggaagaga taaccgctga aattttaacc a 3531
<210> 8
<211> 3200
<212> DNA
<213> Corynebacterium diphtheriae
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3200)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 8
acaccgcgcc gtcacaccac gcagcagttt gtaacacccc gagtcggtag ggtaaccctt 60
tatggagcca gccgccgaag gtgggacaga taattggggt gaagtcgtaa caaggtagct 120
gtatcggaag gtgcggctgg atcacctcct ttctaaggaa aaggaaacct gtgagttttc 180
gttcttctct atttgttcag ttttgagagg ttagtacttc tcagtatgtt tgttctttga 240
taactagata agaaagttag taaagttagc atagataatt tattatttat gacacaagta 300
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<212> DNA
<213> Klebsiella oxytoca
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(1830)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 9
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<210> 10
<211> 3618
<212> DNA
<213> Ochrobactrum anthropi
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3618)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 10
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gtcggtcata gtgatccggt ggtcccgcgt ggaagggcca tcgctcaacg gataaaaggt 3300
acgccgggga taacaggctg atgaccccca agagtccata tcgacggggt tgtttggcac 3360
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catttaaagc ggtacgtgag ttgggttcag aacgtcgtga gacagttcgg tccctatctg 3480
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<210> 11
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<212> DNA
<213> Peptostreptococcus prevotii
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<400> 11
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aacttacccc acgctaggac ggaaagaccc cgtggagctt tactgtaggc tgatattgga 2340
ctttgagatt agacgtacag gatagttggg agactttgaa acacgcacgc cagtgtatgt 2400
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ttgttccgcc aggagcatag ctgggtagct acgtgtggaa ttgataagcg ctgaac 2996
<210> 12
<211> 2047
<212> DNA
<213> Porphyromonas gingivalis
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(2047)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 12
atttatgaaa gttggtaaca cccgaaccgg tggcctaacc gttgtggggg agccgtcgaa 60
ggtgggactg gtgattagga ctaagtcgta acaaggtagc cgtaccggaa ggtgcggctg 120
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gtgcggggtt gtgggggcct tgtggttctg ctgccgcagg attggccagt gagaaatgtt 720
gcgtgaaggt gaagcgtctg ggaaggcgta ccggagtggg tgagagtcct gtaactgtaa 780
gcgtggcact ggtgtggggt tgccccgagt agcgtgggac tcgtggaatt tcgtgtgaat 840
tggcggggcc catcccgtaa ggctaaatac tcccgagaga ccgatagtga accagtaccg 900
tgagggaagg tgaaaaaacc tcgaacagag gactgcaatg accctgaacc cgtctgccta 960
caagcggtag gagcgccatt aaggtgtgac ttgcgtgcct tttgcataat gaacctacga 1020
gttactgttt gtggcaaggt taattgttat aatcaagaca aggagccgaa gcgaaagcga 1080
gtcttaaaag ggcgcccatt tagtcacgag cagtagacgc gaaaccaagt gatctaccct 1140
tggtcaggtt gaaggttagt aacactaact ggaggaccga atcggtagcg ttgaaaagct 1200
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ccccgaaatg catttaggta gcgcctcgga cgaataccat agggggtaga gcactgtttc 1320
ggctaggggg tcatcccgac ttaccaaacc gatgcaaact ccgaatacct atgagtacta 1380
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ttaaatg 2047
<210> 13
<211> 3567
<212> DNA
<213> Peptostreptococcus anaerobius
<400> 13
agcttgacat ccctcggacc ggtgtttaat cacaccttcc cttcggggct gaggtgacag 60
gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 120
gcaacccttg tctttagttg ccagcattca gttgggcact ctagagagac tgccagggat 180
aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgctt agggctacac 240
acgtgctaca atgggtggta cagagggttg ccaaaccgtg aggtggagct aatcccttaa 300
agccattctc agttcggatt gtaggctgaa actcgcctac atgaagctgg agttactagt 360
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caccatggga gtcggaaaca cccgaagccg attatccaac cgcaaggagg aagtcgtcga 480
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saattaraat taaatagctc atsaatatts cyrgtcaags saksaagggy rcarggtgga 1680
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atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 2700
atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 2760
atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 2820
atatatatat atgatagtag tagtagtngt agtaatagta gtagtagtag tagtagtagt 2880
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gntccgggta gatcgctcca taggtgtacg tgtagatggc ctctagtctg gntcggtagn 3540
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<210> 14
<211> 3104
<212> DNA
<213> Peptostreptococcus magnus
<400> 14
cccccgccnc cncnagagtt gataacnccc naagccggtg gcntgnccgc aagnaaggaa 60
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gatcattgan aactggataa tagaaaataa attgcgatag aaatagaaaa tgagatcgaa 300
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<210> 15
<211> 4243
<212> DNA
<213> Fusobacterium necrophorum
<400> 15
cccnccgtca acaccgacgc anagttggtt gcaccctgna agkagcaggc ctaaccttag 60
ggaaggatgc tccgagggtg tggttagcga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatccgnt 120
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gtaatnccgn aggaaaagta aagtaacaac gataccctaa gtagcggcga gcgaacgggg 540
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nnnnaaanng cgctgntatm tcttctnnnn nncccnnaag ggnngntaat gnnnnnnntt 780
ggnaacacnn gnargaannn nnnnnnnccn nnnttctnnn ngcasraatn ccccntnggw 840
gnantnnnnn nggacnncaa atnctcgtaa ggctanaata ctctctgcga ggtacccaam 900
tagctacgta mggtctmrat agwyggnncs tnasckaacn cgatagtcgc aymgtrccgt 960
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cttnccatcg tnnccgasat ggtcgaaacc amtttttccc agaccaccag mnnnttnaag 2280
ggatcccssa ttcsgtatct tamgtggtgc aaaagggagg ttgtgcakat tnctntaaac 2340
aantnnaggc agnaaaanng tgttngnnng cntgnattnt ntantgntnt nanttngttt 2400
nnnnacntnn nngtttnttt ttnntntttn tccnntantc ntnntctccc tcnncntnnt 2460
nnntnagttn ntttattatt tgatgncnng attctnnttt gtntntttct nttngnnntt 2520
nnttccnncc nnccccttcg ttnnatcgnc gtaaggtccc nnatcatatn taagntnnnt 2580
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gngctaagat atgaaccgaa gctgtggatg tcgtaagaca tggtaggaga gcgttctgta 2760
ggccgtcgaa ggaggactga aaggaactct ggaggtatca gaagtgagaa tgcaggaata 2820
agtagcgasa aggggagtga gaatctcccc cgctggaaga ccaaggtttt cagggtaaag 2880
cttgtcttcc ctgagtaagc cgggacctaa gcccaggcta gaatgcgtag gcgtaatgga 2940
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ctctgccaaa atggccccgt aacttccggg aagaaggggt gcctcttggt gtgagtatac 3300
aagcnataca aagcgcanag aggtcgcagt gaagaggctc aagcaactgt ttawcaaaaa 3360
cacaggtcta tgcgaagctg taaggcgaag tatatgggct gacacctgcc cagtgccgga 3420
aggttaanka ggaggtagtg agartctacc gcaattggaa ggccccggtg aacggcggca 3480
cgtaactata acggtcstaa ggtagcgaaa ttccttgtcg ggtaagttcc gacctgcacg 3540
aatggtgtaa tgatttgagc gctgtcttga cgggaggcct ggtgmmattg tattaccggt 3600
gaagataccg gttacctaca gtaggacgga aagaccccat gsagctttac tgtagcttgg 3660
tattgggttt tggcatggca tgtataggat agttgggaga ctgggaaggt atggcgctag 3720
ctgtaccgga gtcatcggtg gaataccaac cattccctgc tgaaattcta atctgtactt 3780
tggaggtatg gagacagtgc taggtgggca gtttgactgg ggcggtcgcc tmacraaaga 3840
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tcngctcatc cnatgntggg gnaagaaaaa annncccaag ggntgggctn nnccnnnnaa 4140
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<210> 16
<211> 2625
<212> DNA
<213> Proteus vulgaris
<400> 16
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ctttgtgatt catgactggg gtgaagtcgt aacaaggkaa cccgtanggg gaacctgcng 120
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aanaawagtt aagataattt tagcaagtta ttttaactat tatgctyttt taacmatctg 420
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ngtttgaggc ggccngngnn cngtnagngc cacnnacntt annangntag nnnggcganc 600
cctgccccac nacnnaangn natttgnncn nccntccccn cccnnacnng tcattaaaaa 660
gaaacatctt cgggttgtga ggttaagcga ataagcgtac acggtggatg cctaggcaat 720
cagaggcgat gaaggacgtg ctaatctgcg ataagcgtcg gtaaggtgat atgaaccgtt 780
atacccgacg atttccgaat ggggaaaccc aatatccaat ggatattatc attaactgaa 840
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ccgaagatgc tgttattgtg aactcgacga gtagggcggg acacgtgttc cmtccttgwc 1080
tagaatatgg ggggaccatc ctgccaaggc taaatactnc ctgawtgacc gnatagtgaa 1140
cccaangtac cgtgagggaa aggcgaaaag aaccccggcg aggggagtga aaaagaacct 1200
gaaaccgtgt acgtacaagc agtaggagcc ccancactaa gctnntggtg aactcacann 1260
nattcttttg catgataaan agcggnagac gacgcnaagt gacgtccaac caatccaatc 1320
aggcagagga ggcttagtgg tggggtgact gcgtaccttt tgtataatgg gtcancgact 1380
tatattctgt agcaaggtta accgaatagg ggagccgtag ggaaaccgag tcttaactgg 1440
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taggtacngc ctcgtgaact catcttcggg ggtagagcac tgtttcgact aggggggtca 1680
tcccgactta ccaactcgat gcaaactgct aataccgaag aatgttatca cngnagacac 1740
acggcgggtg ctaacgttcg tcgtgaagan ggaaacaacc canaccgcca gcttaggtnc 1800
caaagtcatg gttaagtggg aaacnaagtg ggaaggctca gacagccagg atgttggctt 1860
acaaccaccc ttatttnaag gaaagtcnct gngaagatgn agtgnagccn cngcnngacg 1920
gagagacccc gcgaacctnc cntatagctt gacactgaac atngagcctc cactgtgtag 1980
gnataggtgg gagactatga agtgtggacg ccagtctgca tggagtcanc cttgccaata 2040
nnccaccctt taacgtttgg atgttactaa cctaggcccn gtaatcncgg gtncgggtwa 2100
mcgtgtntcg cccgtgggta gtttgactgg ggcggtctcc tcctaaagag taacggagga 2160
gcacgaaggt tggctaagca tggtcggaca tcatgcggtt agtgcaaagg cataagccag 2220
cttgactgtg agagtgacgg ctcgagcagg tacgaaagta ggtcttagtg atccggtggt 2280
tctgaatgga agggccatcg ctcaacggat aaaaggtact ccggggataa caggctgata 2340
ccgcccaaga gttcatatcg acggcggtgt ttggcacctc gatgtcggct catcacatcc 2400
tggggctgaa gtaggtccca agggtatggc tgttcgccat ttaaagtggt acgcgagctg 2460
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ggggttgctc ctagtacgag aggaccggag tgaacgcacc actggtgttc ggggttgtca 2580
tgccaatggc attgcccgag tagctaagtg cggnaagcag ataac 2625
<210> 17
<211> 4372
<212> DNA
<213> Enterobacter aerogenes
<400> 17
cccggnaagg ggccccaann ncnngggtna antngnnann nnantnngga agggnnnacn 60
nnanccnagg ggggnnggnc ntnntnnncc ncccnccntt ttaanaaaag gnngaaacnc 120
cnttnncnnn annggngcct gcggnannat nncancgggn cnttananna anccgccnnt 180
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gttgtttcgc cagaagcata gccgggtagc taagttcgga agagaaaa 4488
<210> 20
<211> 3177
<212> DNA
<213> Bacteroides ovatus
<400> 20
atnnngnggn nnntnnnnnn nnnnnangcc cccnnncnaa ncncnnnaaa aaacncnggg 60
yccctraagg tacgttaccs carraaagck tcctangggt aaaactggta attggggsta 120
aagtsgtaac caaggwagcc ggtmccggaa aggtgcggct kgtaamaggn ccyccntttc 180
tggaagcgna atgccggtaa ctgtcmcaaa aacgtggnca ngccacctaa aaagmcttta 240
aanggtgtcn tgttttttnt gtactanctg gtacttgttt rtttatnana catatagatc 300
amccatctat tagaagtata gatagagata amcaagagaa aaagaagccg agtctagacg 360
aaaggtagac aaggttgaac tagtcctata gctcagttgg ttagagcgct acmctgataa 420
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aaggaagcat tccwctacca ayaccagtas gcagaaataa aacgtttgwa agtaaagtaa 780
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tattcgaagc taaatgaagc gtagtggtat cctgagtagc gcgggacacg aggaatcttg 1200
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ntnntngggg ggtccccnnt wtwttnntan ntncagaana angnatnnat tncntaatan 1860
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tnccatanca nnantnntnn tnnttccnnn anaantatta tnntanttac tttnnantat 1980
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tncnannnct anganntatt natanttntn tntgtttant tgnnntnntn ncntcttgnt 2160
ntncnacttt tttantannt ttcntancct ncanntncta nngtnnttan tncnntntcc 2220
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tcnnactnac tnctgnnttn atctaccatn cccgaattag gtacccaggc aatgcacctg 2340
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nnagtttant ctatcnnnan tcnnnnnaat tctttggnan cctanttttt ttnnaaanan 2940
tttnnggnnt antnntgtan tnttnagtct ncccnaattn tttnctnttt ntaacgttat 3000
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nntnnactnt ancnntnncn tnctaccatc tnntcttntt tctntcnagn ntnnttttta 3120
ttctnncacn aaccttcntc tccgntttnt ttctntnttt tncnnctttc ctccact 3177
<210> 21
<211> 2770
<212> DNA
<213> Bacteroides thetaiotaomicron
<400> 21
ggggggccnn ccnatnnggt ncctttttaa nntccnnaag gccncnantg ttttantncc 60
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ctagggtaaa ttntggnaat tggggcttaa gtygtnntca nanggtagcc gtaccsgaan 240
ggtgsggctg gaacmccctc ctttctggag cgnatgtsgt tacaacgatt tcatrggttt 300
ctattattgt actactggta cttgtttatt tataatatat agatcamcca tctatagaag 360
tatagataga gataamcaag agaaataaag aagccgagtc taacatcagg tagacaaggt 420
tgaactagtc ytatagctca gttggttaga gcgctacact gataatgtag aggtcggcag 480
ttcaactctg cctggganta ctccgaacaa aaattgtcgt tgccaataca gtgttggaat 540
gttcaattac tcttggggga ttagctcagc tggctagagc atctgccttg cacgcagagg 600
gtcaacggtt cgaatccgtt attctccacc atctctgaaa agagaaacga tctttgacat 660
gatgtacaaa aagtaaaatt tagtaaagag ctaaaagtat atatcgaacc gtacgtttta 720
agtacaacac tattaagtac tttgggttaa tacctgatac ttgataccta atacttaaaa 780
gtaagtttga aagaaagtaa gcaagggcgc atggcggatg ccttggctct cggaggcgat 840
gaaggacgtg ataagctgcg ataagctctg ggtaggtgca aataaccttt gatccagaga 900
tttccgaatg ggacaacccg gcattctgaa ggaatgtcat ccatctttga tggaagctaa 960
cgcagggaac tgaaacatct tagtacctgt aggaaaagaa aataataatg attcccctag 1020
tagtggcgag cgaacgggga atagcccaaa ccacccatgt tacggcatgt gtggggttgt 1080
aggaccacga tgtcgcaaga catttgatga gtagaatcct ctggaaagtt gaaccataga 1140
cggtgatagt ccggtatacg aagtcaaatt aagcgtagtg gtatcctgag tagcgcggga 1200
cacgagaaat cttgcgtgaa tnctgccggg accatnccgg taaggctaaa tactncccga 1260
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atatgmtata tacngctnng atrtatagct atggatagya ncctatatat ayatatatak 1980
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tantrtatat atacckatat ctatgggatn nnnnatgatn ggnanggtac ntatmccata 2100
tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tntncatata 2160
tatctatata tatatatnat atatanctat atatatatat atatatatat atatatatat 2220
agtatatata tatagtanat atattatata tanagtgtat agnctaccat atatatatan 2280
gatagactat atatatntnc ntacanatat atanntatnt ntctananan atgatatnnc 2340
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atccgntgat tccnatanan angtacatng ctcnatagna tatatagnat actccgggna 2460
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gtttaccagt tgtgccgcca ggtgcattgc ctggagtatn ctggagttcg ggtangcgaa 2760
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<210> 22
<211> 3455
<212> DNA
<213> Clostridium difficile
<400> 22
gngnnccnnc nnncnngccn ggggggggnn nccccccncc nncgagncnn tcnnccnncn 60
nncngnggcc nttnttannn gggggggncc cccnngnngg ggnggnnngn annccttcnn 120
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atatttagtg atatgacatc taatttgtaa tatataaagc tgataacttt tttaaaatta 840
wcgaangttg atrgcttctn aatctatcaa cnaccntttt taaytggntc aagttattaa 900
gggbgcaggg cggatgcctt ggcactangg arccratgaa ggamgtkant aacgytgcga 960
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tcacttactn gnccnngact cnnnaccggn ccatctnnnc atgnncatag atcnnaatta 1680
nagnnnntcc ccncnctggt cctanctntt atttnaagag tgcgtaatag ctnactggty 1740
ggagtgatcc tgcsccgaag atttccgggg stwtaaactt tactaccgaa agctacgggc 1800
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aggcccgtaa acccaaggtt tccaggggaa ggttcgtccg cccctgggtt agtcgggacc 1980
taagctgagg ccgaaaggcg taggtgatgg acaacaggtt gatattcctg tactaccgat 2040
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gcccaagcat tgaggcagtc aaagtaggca aatccgcttt gataatgctg ggatgtgatg 2160
gggagcgaaa tttagtagcg aagtagctga tttcacactg tcaagaaaag tctctatcga 2220
ggttaaaggt mcccgtaccc gcaaaccgac acaggtgggt gaggagaktw tcctaaggcc 2280
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cnaaaaacnt tnngnttnat nntnnnnnnn nnnnansgnn ntnttncann tnantgcctw 2460
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cattgggtct tggtactaca tgtacakgat aggtgggagg ctttgaaacc casgacgcca 2820
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ccatgaatct ggtcttggga cactgtcagg tgggcagtnt atgactggkg cggtcrcctc 2940
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gctcatcaca tcctggggct gtagtaggtc ccaagggttg ggctgttcgc ccattaaagt 3300
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accagtgtcc tccaagggca ggcnggagct atncn 3455
<210> 23
<211> 2651
<212> DNA
<213> Haemophilus aphrophilus
<400> 23
ccngncncnc cannnctggg agtgggttgt cmccgmagya gatagcttaa ccgcaawggg 60
ggcgtttacc mcggtatgat tcatgactgg ggtwmagtcg taacaaggkr accgtagggg 120
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ataaaacctg ttctttaaca aaccggaaac avgctgaaaa cgagactttc aagaaagtct 420
gagtgakagt gattgataaa aggtgattac tcttaatama ttaactgtya ctgcttagcr 480
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ccnccaggan taattcatcn nantannccc cngannanaa atcanccnnc nntttnttan 1380
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ggcaggttga aggttgggta tacactaact ggasgaccga accgactaat gttgaaanna 1920
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tgnttcntcc yygaaattct atktakgtaa anccctttgt ataramamct ktcggggggt 2040
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ncgttntncn atattttgnt cnngaacnan cnntnnttnn tntcntntgn tacanattnn 2160
nnntaacncn cnnttatttt tnttnttnnc tctnntttnt tnnnttnacn tggganacac 2220
nccnganggg tncncnacan ttnnttngtg tgnnnaaggg gaaaccnncc ccactaccng 2280
ntaaanttaa ngtnccnaaa annctttata tntnnantnt tcaanancaa aannattnat 2340
nctnnnnact ntgtttttnn tngttnnacn tnaanannan caaananaca ctntctnnag 2400
antanntnnn ttnntnnnac ttnantcntt ncncccccnn ananacnnnn tananantna 2460
nactnattnt tccnncanat atnnngntac cnnnaaccnc ctnnncnnat tngtanncnn 2520
tnnnntnana tngntnncna tcacntnnnc tnannttnan agagtancga ccaanactnc 2580
ntnctctaca tctnanctct actcnntccc ncccaatacn nncctacnnn ttcttatnaa 2640
cntacncttc n 2651
<210> 24
<211> 3077
<212> DNA
<213> Neisseria gonorrhoeae
<400> 24
ggntntgngt antgncaaan acnnncctcn agngtgnnnn gnattattat atgtccngnn 60
agaantgaaa cagngngggg nnnngngatn angtanttaa tngntgctnn nggcgngntn 120
gtnnatgnaa agngnttncn gngacancat aactgtnact attnctatnt tgcgcnctan 180
tggtgnagtt tatnngngna gttannnttn gngaagaann tccntnttaa ggannggnaa 240
ttatnnccta tnantngnnt acagtngttt ntnttttccn annttnncgg tnnnnncang 300
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ggttccncag acntatnnaa tatcccncta naaccnagng gnnnttgccn nntcgttngn 480
tcannnggnt anannnannc gcttnatnan nnnngggntn gnaggttnna ntccntcccn 540
nnccccncca anannngggg catagntcag tntggtnngn agcaccngct ttgcwagcag 600
ggggtcmtcg agtwcgatnc cgtttgcctc cncccnaaac tttacaaatg aannagcaag 660
tttgctgttt ttagcagctt attttngatt tntgcnngat agctagawta nacgacgcga 720
tmkatctttg ancaaattkg acaagcgcgm watcarcamc acamagacaa tgagtttgtt 780
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anngataaag cgggtnaaaa gcccgctcnc ngaaagccca aggtttcnta ngcaacgttn 1440
atcggngtag ggtaagtcgg cccctaaggc gaggcagaaa tgcgtagtcg atgggaaaca 1500
ggttaatatt cctgtacttg attcaaatgc gatgtgggga cggagaaggt taggttggca 1560
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cttaacaccg agaagtgatg acgagtgtct acggacacga agcaaccgat accacgcttc 1680
caggaaaagc cactaagctt cagtttgaat cgaaccgtac cgcaaaccga cacaggtggg 1740
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<210> 25
<211> 3540
<212> DNA
<213> Eikenella corrodens
<400> 25
cgccgtcaca ccatgggagt gggggatacc agaagcaggt agggtamccg caaggagccc 60
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naatgnnnna nnaaggggna aaanaaanng nagnatgcnc ntagngcatg nnanggnagn 2160
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ttacatnagt ancnataaan cgggtnaaaa gcccgctcnc ngaaagccca aggtttcntg 2280
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taggtcagca aactgttgga atagtttgtt caagccggta ggtggaagga ttaggcaaat 2460
ccggttcttc ataacaccga gaagtgataa cgagtatcta cggatacgaa gtgactgata 2520
ccacgcttcc aggaaaagcc actaagctct agcttaaatc gaaccgtacc gcaaaccgac 2580
acaggtgggc aggatgagaa ttctaaggcg cttgagagaa ctcgggagaa ggaactcggc 2640
aaattgatac tcgtaacttn cgggnagaag gtatgccctc tgaggtgaag gatttactcc 2700
gtaagctttg gagggtcgca gcagaatcgg tggctgcgac tgtttattaa aaacacagca 2760
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ttgaagtatg tgagagcatc ggatcgaagc cccagtaaac ggcggccgta actataacgg 2880
tncctaangt agcgaanttc cttgtcngnt aagttccgan ccgcacnaat ggcgtaacga 2940
tggccacnct gtnnnctacc gngactcngc gaagttnaag tggttgtgat tcatgcaatc 3000
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3540
<210> 26
<211> 2958
<212> DNA
<213> Bacteroides vulgatus
<400> 26
nccnnccnnn nnnaanntnn tnnnnnnnan nttcnnnnnn ggggnnnncn agtttnnnnc 60
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<210> 27
<211> 3908
<212> DNA
<213> Branhamella catarrhalis
<400> 27
ccccgcccgt cncaccatnt gggnagttga tctcaccaga aagtggttag cctaacgcaa 60
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gatgagatcg tgtcaaatca caatttgaca atcagaacga ttaagtggtc gggtswcggc 2040
gtaccttttg tataatgggg tcagcganct tatattctgt mncaanggtt aacncggaat 2100
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actagtncga gtcggcctgc gcggaaaaat gtaacggggc tcaaaaytag gagccgaagc 2340
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tnnctccagn agactactcg gnganaatca aacccncnnn tnataaatgt tnngnnccct 3300
gcntnatnnn angaaacnnn ccccngngna nnctttnacn acnanntntt tnnnaaanna 3360
nnctncncac cctnacactt ctnatacnnn nntcgngnnt cggaannctt ttcnnaatnn 3420
nanttacttc ccactcgtac ggntntntna tncccncacn ctaanncntn gcccacgcnn 3480
ttgtgnngnt nntnntggta ctttctnacn cantnagacn anccanncca angtccnnna 3540
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ngtnnnaaaa nttttngacn nnaatgagct actcgtaacn cgctanctac ngncctcanc 3660
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nnttcnnt 3908
<210> 28
<211> 3166
<212> DNA
<213> Sutterella wadsworthia
<220>
<221> rRNA
<222> (1)..(3166)
<223> 23S rRNA and Internal Transcribed Spacer Region
<400> 28
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ggctggatca cctcctttaa acagagtcgg ccttgaagcc gccgcaccta cggagtgggc 120
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ggatgtccga atgagggaac tcacccgcaa gggtatcttg aagtgaatac atagcttcaa 720
gaggcgaacg cagcgaactg aaacatctaa gtagctgcag gaaaagaaat caaccgagat 780
tctgaaagta gcggcgagcg aaattggaag agcctgcaag tgatattgaa ttcgatactg 840
gaacggtctg gaaagtccgg ctacagaggg tgacagcccc gtacgggaaa ttgggttcaa 900
ggtactgagc ttgcgagaag tagagcggga cacgtgaatc atccttgctc gaagatgggg 960
ggaccatcct ccaaggctaa atactcgtaa tcgaccgata gcgaacccag tactgtgaag 1020
gaaaggcgaa aagaaccccg ggaggggagt gaaatagatc ctgaaaccgc atacatacaa 1080
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gacaggcaaa tccgtcaacg gatctccaag gcgaaggatc gaggttgaga gatcaactga 1980
agtgactgaa tgggcttcca ggaaaagcct ctaagcatca gcttggaatt gaccgtaccg 2040
caaaccgaca ctggtgggcg agctgaatat gatcaggcgc ttgagagaac acaggagaag 2100
gaactcggca aattgacacc gtaacttcgg gataaggtgt gcctttgtag tgtgaagaga 2160
gaaacactcc gagcatgaag aggcctcaga gaatcggtgg ctgcaactgt ttactaaaaa 2220
cacagcactc ctgcaaagat gaaagtacga cgtatagggt gtgatgcctg cccggtgctg 2280
gaagattaat tgatggggtg caagctcctg atcgaagtcc cagtaaacgg cggccgtaac 2340
tataacggtc cctaaaggag cgaaattcct tgtcgggcaa gttccgacct gcagaatggc 2400
aaatgatggc cacactgtct cctcctagac tcagtaagtt gaaatgtttg tgatgatgca 2460
atctcccccg gctagacgga aagaccccat aaccttactg cagctttgca ttggactttg 2520
ataccgatct gtgtaggata ggtgggaggc agtgaagcta ggacgccagt cttagcggag 2580
ccaaccttca aataccaccc tgatttgttt gaggttacta acctaggcag acgtaagccg 2640
attgcggggc accgtgcatc ctaggcagtt tgatgggcgg tctcctccta aagggtaacg 2700
gaggagtgcg aaggtacgct aggtacggtc ggaaatcgtg ctgatagtgc aatggcaaaa 2760
gcgtgcttga ctgcgagacc gacaagtcga gcagatacga aagtaggtca tagtgatccg 2820
gtggctctgc atggaagggc catcgctcaa cggataaaag gtactctggg gataacaggc 2880
tgataccgcc caagagttca tatcgacggc ggtgtttggc acctcgatgt cggctcatct 2940
catcctgggg ctgtagccgg tcccaagggt atggctgttc gccatttaaa gaggtacgtg 3000
agctgggttt aaaacgtcgt gagacagttt tgtccctatc tgccgtgggc gttggaagat 3060
tgacgggggc tgctcctagt acgagaggac cggagtggac tcacctctgg tgtaccggtt 3120
gtcacgccag ggcatcgccg ggtaggctat gtgggaaagg aaaaca 3166
<210> 29
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti004
<400> 29
tgatggaact tgctt 15
<210> 30
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti23S01
<400> 30
agggcacaca taatg 15
<210> 31
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti23S02
<400> 31
acgctgttgt tggtg 15
<210> 32
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti3(Acti I)
<400> 32
atacacagta cttcg 15
<210> 33
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti002
<400> 33
atagtgttgc aaggc 15
<210> 34
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti003
<400> 34
tgaaaagcca gggga 15
<210> 35
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti1(Acti 23)
<400> 35
gggcacacat aatga 15
<210> 36
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti2(Acti M)
<400> 36
cggggtactc tatac 15
<210> 37
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti23S03
<400> 37
gtaggtatgt atctt 15
<210> 38
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti23S04
<400> 38
tactgagatc cgata 15
<210> 39
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acti001
<400> 39
aggtattgca acatg 15
<210> 40
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe ActiIT01
<400> 40
cagaagtagc tgcct 15
<210> 41
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe ActiIT02
<400> 41
agaagtagct gccta 15
<210> 42
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe ActiIT03
<400> 42
gaagtagctg cctaa 15
<210> 43
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe ActiIT04
<400> 43
aagtagctgc ctaac 15
<210> 44
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe ActiIT05
<400> 44
agtagctgcc taact 15
<210> 45
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas001
<400> 45
tgactcgtgc ccatg 15
<210> 46
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas002
<400> 46
taccggggtt aaaag 15
<210> 47
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas003
<400> 47
atcagtgatc tgaga 15
<210> 48
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas004
<400> 48
gagacgaagc accat 15
<210> 49
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas011
<400> 49
agttgataca ggtag 15
<210> 50
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas013
<400> 50
ggccccatcc ggggt 15
<210> 51
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S03
<400> 51
cagttggaag cagag 15
<210> 52
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas005
<400> 52
gttcttgatt cattg 15
<210> 53
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas008
<400> 53
cagcccaaaa gttga 15
<210> 54
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas009
<400> 54
aaactgcagg gcaca 15
<210> 55
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas010
<400> 55
atactacctg acgac 15
<210> 56
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas1(Anas7)
<400> 56
aaagtgcagg gcaca 15
<210> 57
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas2(AnasM)
<400> 57
tggattgtgg tgaaa 15
<210> 58
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas3(Anas7)
<400> 58
tagcgttctg cgagg 15
<210> 59
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas4(AnasM)
<400> 59
ttaaaagact ggtat 15
<210> 60
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas006
<400> 60
atccaatcat gatca 15
<210> 61
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas007
<400> 61
aagcatgaaa gcgca 15
<210> 62
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas014
<400> 62
gaggcgggag ccgag 15
<210> 63
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23001
<400> 63
ccccatccgg ggttg 15
<210> 64
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S01
<400> 64
tggcgtcagg aggcg 15
<210> 65
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S02
<400> 65
ataaggggcg cttga 15
<210> 66
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S04
<400> 66
tcacacgcaa gtgtg 15
<210> 67
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S05
<400> 67
gctgagacga agcac 15
<210> 68
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S06
<400> 68
ataccggggt taaaa 15
<210> 69
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas23S03
<400> 69
cagttggaag cagag 15
<210> 70
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Anas012
<400> 70
tagcgttctg cgagg 15
<210> 71
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT001
<400> 71
acagcgcagc atgtg 15
<210> 72
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT002
<400> 72
aattagcaac tattt 15
<210> 73
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT01
<400> 73
cttccctcag tgatt 15
<210> 74
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT02
<400> 74
ttccctcagt gattc 15
<210> 75
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT03
<400> 75
tccctcagtg attca 15
<210> 76
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT04
<400> 76
ccctcagtga ttcaa 15
<210> 77
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe AnasIT05
<400> 77
cctcagtgat tcaag 15
<210> 78
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 011
<400> 78
gtcgaacctg acagt 15
<210> 79
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bacf1(Bf23)
<400> 79
ggtaaccgaa gcgta 15
<210> 80
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bacf2(Bf)
<400> 80
ctcggaaaac ggtaa 15
<210> 81
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 001
<400> 81
agcgatgttg aaaac 15
<210> 82
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 002
<400> 82
tcaaccatct atagc 15
<210> 83
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 003
<400> 83
aacaagagaa aaaca 15
<210> 84
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 004
<400> 84
cgataccgcg accta 15
<210> 85
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 005
<400> 85
tatatcgaac cattt 15
<210> 86
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 006
<400> 86
gaatctggcg ataaa 15
<210> 87
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 007
<400> 87
tgcaaatgac ctttg 15
<210> 88
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 008
<400> 88
caacttggtt ggagg 15
<210> 89
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 009
<400> 89
acccatgtta cggca 15
<210> 90
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 010
<400> 90
agttgaccta acgaa 15
<210> 91
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bf 012
<400> 91
tgaacggatc tgtgt 15
<210> 92
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bacf3(Bf I)
<400> 92
ggttcagatc ctttt 15
<210> 93
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 006
<400> 93
aaccctggtg aaggg 15
<210> 94
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 007
<400> 94
atatgaagat atgtg 15
<210> 95
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 008
<400> 95
tagattgact tacgg 15
<210> 96
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 009
<400> 96
gtaaagtttt actac 15
<210> 97
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car2(CarM)
<400> 97
ccagcacact gttgg 15
<210> 98
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car3(CarI)
<400> 98
aaagagagaa cagca 15
<210> 99
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 001
<400> 99
ttggcgacaa caggc 15
<210> 100
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 002
<400> 100
gccccgggaa gctga 15
<210> 101
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 003
<400> 101
tagactgcgg aagcg 15
<210> 102
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 004
<400> 102
aattaagttg cgtat 15
<210> 103
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car1(Car23)
<400> 103
ccatacacaa tgaat 15
<210> 104
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Car 005
<400> 104
tactcgttgt cgacc 15
<210> 105
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr23S04
<400> 105
ggcatattta gatga 15
<210> 106
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr001
<400> 106
cttaggtgat cactt 15
<210> 107
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr003
<400> 107
taacccctta gatta 15
<210> 108
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr004
<400> 108
tcaaacctca aacta 15
<210> 109
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr005
<400> 109
aagaaatcga agaga 15
<210> 110
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chry1(Chry23)
<400> 110
atttagatga taaat 15
<210> 111
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chry2(Chry7)
<400> 111
taatcttact agcga 15
<210> 112
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr23S05
<400> 112
atcgtgaggt tacga 15
<210> 113
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chry3(ChryI)
<400> 113
tccttgagtg cagag 15
<210> 114
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Chr002
<400> 114
agcacagctt tggtt 15
<210> 115
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramosa04
<400> 115
ccagtgtgtg aggag 15
<210> 116
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramo 004
<400> 116
cccgggaagg ggagt 15
<210> 117
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramosa01
<400> 117
ggtgaagtat tagta 15
<210> 118
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramosa02
<400> 118
atgtacaggc atagg 15
<210> 119
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramosa03
<400> 119
tgagagacat gcacg 15
<210> 120
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramosa05
<400> 120
gtattggagt tgcta 15
<210> 121
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramo 001
<400> 121
tagttgatga tagta 15
<210> 122
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramo 002
<400> 122
gcttatctgt ggatg 15
<210> 123
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.ramo 003
<400> 123
ggaatccctc cttgt 15
<210> 124
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 004
<400> 124
tagggcgtcc agtcg 15
<210> 125
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 005
<400> 125
cgcagagtac agctt 15
<210> 126
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 006
<400> 126
gtaccgatgt gtagt 15
<210> 127
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 007
<400> 127
gaacttgaac aaagg 15
<210> 128
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Coma2(Com 7)
<400> 128
tgagctagag aaaag 15
<210> 129
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Coma3(Com M)
<400> 129
atccgccggg cttag 15
<210> 130
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Coma1(Com23)
<400> 130
aaaaccgact ggtgg 15
<210> 131
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 001
<400> 131
gctgacggaa agaga 15
<210> 132
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 002
<400> 132
ctcttgacag aaatg 15
<210> 133
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Com 003
<400> 133
aagaattcat tcaca 15
<210> 134
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Coma4(Com I)
<400> 134
acgcgcgagg tgaga 15
<210> 135
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph003
<400> 135
accatcttcc caagg 15
<210> 136
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.dipht 01
<400> 136
taactagata agaaa 15
<210> 137
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph001
<400> 137
accacgcagc agttt 15
<210> 138
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph002
<400> 138
cgagtcggta gggta 15
<210> 139
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph004
<400> 139
tgtttgttct ttgat 15
<210> 140
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph005
<400> 140
aaaatcagaa aaaca 15
<210> 141
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diph006
<400> 141
ggaaaatcag aaaaa 15
<210> 142
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko001
<400> 142
gaacgttact aacgc 15
<210> 143
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Koxy1(Ko M)
<400> 143
ccggaacgtt actaa 15
<210> 144
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Koxy3(Ko M)
<400> 144
aagagcgcca gctca 15
<210> 145
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko001
<400> 145
tttgaagttc taact 15
<210> 146
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko002
<400> 146
aagagcgcca gctac 15
<210> 147
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko002
<400> 147
tatctaccgc gggcg 15
<210> 148
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko003
<400> 148
gatgaagacc tcaaa 15
<210> 149
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ko003
<400> 149
ttacgggttg tcatg 15
<210> 150
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Koxy2(Ko I)
<400> 150
cgcgacacga cgatg 15
<210> 151
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr04
<400> 151
ggaccaggcc agtgg 15
<210> 152
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr05
<400> 152
gaccaggcca gtggc 15
<210> 153
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr004
<400> 153
gttgattgac acttg 15
<210> 154
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr005
<400> 154
taccgctcac gagcc 15
<210> 155
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr007
<400> 155
gggtccggag gttca 15
<210> 156
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr1(Ochr 23-1)
<400> 156
cggcgcgtga gcgag 15
<210> 157
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr2(Ochr 7-1)
<400> 157
gaacacctgt tgtcc 15
<210> 158
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr4(Ochr 23-2)
<400> 158
tcgtcggccc atgtg 15
<210> 159
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr5(Ochr 7-2)
<400> 159
ttagtgtatc gagca 15
<210> 160
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr002
<400> 160
cttcgggctg atgat 15
<210> 161
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr003
<400> 161
aggccagtca gcctg 15
<210> 162
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr006
<400> 162
gttggttctg ataca 15
<210> 163
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr008
<400> 163
cagttggaag cagag 15
<210> 164
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr3(Ochr I)
<400> 164
gatccgacga tttcc 15
<210> 165
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ochr001
<400> 165
taggaaagac gcagt 15
<210> 166
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep002
<400> 166
actagggaga gctca 15
<210> 167
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep003
<400> 167
gcttagtaaa gcaag 15
<210> 168
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep004
<400> 168
tactaacatg tgacc 15
<210> 169
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep005
<400> 169
aagcagagag agctc 15
<210> 170
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep006
<400> 170
cgaacggtga ggccg 15
<210> 171
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep007
<400> 171
gtagatgttg attat 15
<210> 172
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep23S02
<400> 172
gtcgaatcat ctggg 15
<210> 173
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep23S03
<400> 173
taaaacgtat cggat 15
<210> 174
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep1(Pep23)
<400> 174
actaaataaa ccagg 15
<210> 175
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep2(PepM)
<400> 175
ataatcaaca tctac 15
<210> 176
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep3(PepI)
<400> 176
tctgtataat agttc 15
<210> 177
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pep001
<400> 177
agaagctgat acgtc 15
<210> 178
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por 003
<400> 178
agttggtgag cgagc 15
<210> 179
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por23S08
<400> 179
ctgagctgtc gtgca 15
<210> 180
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por 001
<400> 180
gtttttgtga gtgga 15
<210> 181
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por 002
<400> 181
tgatgggtgg ggttg 15
<210> 182
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por1(Por7)
<400> 182
gttggatgtt atcat 15
<210> 183
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por2(PorM)
<400> 183
cgggcagcta aaacc 15
<210> 184
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por 004
<400> 184
acctatgagt actat 15
<210> 185
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Por3(PorI)
<400> 185
tgtttgtgcg acgtg 15
<210> 186
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.anae003
<400> 186
aggaggaaga gaaag 15
<210> 187
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.anae004
<400> 187
gcgaaaggaa aagag 15
<210> 188
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.anae001
<400> 188
tgcattacta agtga 15
<210> 189
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.anae002
<400> 189
gtaaggtcga taccc 15
<210> 190
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.magn002
<400> 190
catgcaacga tccgt 15
<210> 191
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.magn001
<400> 191
tagttgaaaa tagta 15
<210> 192
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.magn003
<400> 192
cagcacgtga atatg 15
<210> 193
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro01
<400> 193
tttcgcagac gtaag 15
<210> 194
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro02
<400> 194
gttttcttgc gctgt 15
<210> 195
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro03
<400> 195
ccgtattcat gtcaa 15
<210> 196
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro05
<400> 196
ctgcaagcta tttcg 15
<210> 197
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro06
<400> 197
cagacgtaag caaag 15
<210> 198
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe f.necro07
<400> 198
cctgtattgg tagtt 15
<210> 199
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga004
<400> 199
agaggaggct tagtg 15
<210> 200
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga01
<400> 200
atacgtgtta tgtgc 15
<210> 201
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga03
<400> 201
atatccaatg gatat 15
<210> 202
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga006
<400> 202
ggaaacccaa tatcc 15
<210> 203
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga007
<400> 203
gggaaaccca atatc 15
<210> 204
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga008
<400> 204
cactgtttcg actag 15
<210> 205
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga02
<400> 205
ctcacacaga cttgt 15
<210> 206
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.vulga005
<400> 206
gtgggttgca aaata 15
<210> 207
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.aero01
<400> 207
ttccgacggt acagg 15
<210> 208
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.aero03
<400> 208
gtatcagtaa gtgcg 15
<210> 209
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.aero04
<400> 209
ttatccaggc aaatc 15
<210> 210
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.aero02
<400> 210
gagcggggta gttga 15
<210> 211
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.aero005
<400> 211
aatcaaggct gaggt 15
<210> 212
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutan001
<400> 212
taggtattct ctcct 15
<210> 213
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutans01
<400> 213
gaaaaacgaa gggta 15
<210> 214
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutans02
<400> 214
atgactacgt ggtcg 15
<210> 215
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutans03
<400> 215
gtaatgcaag atatc 15
<210> 216
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutans004
<400> 216
ttgtatgcgc ggtag 15
<210> 217
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.mutans005
<400> 217
cgaaaagtat cgggg 15
<210> 218
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king02
<400> 218
ggttagcaaa ctgtt 15
<210> 219
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king03
<400> 219
ccagtaggtg gaaag 15
<210> 220
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king04
<400> 220
aacaccgaga cgtga 15
<210> 221
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king09
<400> 221
tattcaatgc gatgg 15
<210> 222
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king01
<400> 222
tgattcaatg cgatg 15
<210> 223
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king05
<400> 223
tataattaaa cgcat 15
<210> 224
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king06
<400> 224
aatgttgtcg atttg 15
<210> 225
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king07
<400> 225
aggcaacaaa tcgaa 15
<210> 226
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.king08
<400> 226
tatcaactaa tcttg 15
<210> 227
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus01
<400> 227
tagaaggaag cattc 15
<210> 228
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus02
<400> 228
ccaatgttgt tacgg 15
<210> 229
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus005
<400> 229
tgtaggacca cgatg 15
<210> 230
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus003
<400> 230
ggaccgaacc gataa 15
<210> 231
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus004
<400> 231
ggacacgagg aatct 15
<210> 232
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus006
<400> 232
tgaaggaatg tcatc 15
<210> 233
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.ovatus007
<400> 233
cccacgatag ataga 15
<210> 234
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio006
<400> 234
gctaacgcag ggaac 15
<210> 235
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio01
<400> 235
ttattgtact actgg 15
<210> 236
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio02
<400> 236
atcaggtaga caagg 15
<210> 237
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio03
<400> 237
ttgtcgttgc caata 15
<210> 238
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio04
<400> 238
cagtgttgga atgtt 15
<210> 239
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.thetaio05
<400> 239
actatactat agtca 15
<210> 240
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diffc005
<400> 240
gttcgtccgc ccctg 15
<210> 241
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diffc001
<400> 241
gcatatatat ttagt 15
<210> 242
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diffc002
<400> 242
gatatgacat ctaat 15
<210> 243
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diffc003
<400> 243
tttcggggag ttgca 15
<210> 244
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.diffc004
<400> 244
catgtggaca gtatg 15
<210> 245
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro003
<400> 245
ggtgaagaac ccact 15
<210> 246
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro001
<400> 246
tgggagtggg ttgtc 15
<210> 247
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro002
<400> 247
taacaaaccg gaaac 15
<210> 248
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro004
<400> 248
atcattatct gaatc 15
<210> 249
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro005
<400> 249
agaaatcaac cgtag 15
<210> 250
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro006
<400> 250
attagcggat gactc 15
<210> 251
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro007
<400> 251
aacccagtgg gtgaa 15
<210> 252
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro008
<400> 252
aaacccagtg ggtga 15
<210> 253
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe H.aphro009
<400> 253
gaaacccagt gggtg 15
<210> 254
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono005
<400> 254
tatcaaagta gggat 15
<210> 255
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono006
<400> 255
agtcaacggg taggt 15
<210> 256
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono002
<400> 256
aacctctcgc aagag 15
<210> 257
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono003
<400> 257
catagtattt gggtg 15
<210> 258
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono004
<400> 258
ttgtatcaga cttaa 15
<210> 259
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono001
<400> 259
aatgagtttg ttttg 15
<210> 260
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono007
<400> 260
caatgagttt gtttt 15
<210> 261
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe N.gono008
<400> 261
cgtaactata acggt 15
<210> 262
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro005
<400> 262
ggataggaga aggaa 15
<210> 263
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro006
<400> 263
actcatcatc gatcc 15
<210> 264
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro001
<400> 264
agtcgtagag cggag 15
<210> 265
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro002
<400> 265
agatccgccc aggta 15
<210> 266
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro003
<400> 266
gttgctgcat cttgc 15
<210> 267
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.corro004
<400> 267
gcaggattcg gacac 15
<210> 268
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga03
<400> 268
agtcagcgtc gaagg 15
<210> 269
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga07
<400> 269
cgaatgcgca tcagt 15
<210> 270
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga01
<400> 270
catcttgaga tgtgc 15
<210> 271
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga02
<400> 271
agtcgggcgt ggata 15
<210> 272
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga04
<400> 272
acgctaatcg gatca 15
<210> 273
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga05
<400> 273
gaccgataga gcatg 15
<210> 274
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga06
<400> 274
tgacacactg taact 15
<210> 275
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga08
<400> 275
attgtcatga gccac 15
<210> 276
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga09
<400> 276
aatttgcgtg gctct 15
<210> 277
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga10
<400> 277
ctccatcgga aacgt 15
<210> 278
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga11
<400> 278
actccatcgg aaacg 15
<210> 279
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.vulga12
<400> 279
gggactacga acgga 15
<210> 280
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar005
<400> 280
atatcttcgc gctgt 15
<210> 281
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar001
<400> 281
agtctgggtt aatta 15
<210> 282
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar002
<400> 282
acaagttgtt ctttg 15
<210> 283
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar003
<400> 283
aacataggtg aatcg 15
<210> 284
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar004
<400> 284
aagtaatgaa gtgca 15
<210> 285
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar006
<400> 285
gaggataaca atgaa 15
<210> 286
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar007
<400> 286
cgaatgagtt tgtca 15
<210> 287
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar008
<400> 287
acccgaatat ccgac 15
<210> 288
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar009
<400> 288
gacccaccat tttgg 15
<210> 289
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar010
<400> 289
ataatggggt cagcg 15
<210> 290
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar011
<400> 290
agcctgtgaa ggtgc 15
<210> 291
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe B.catar012
<400> 291
aagaattgat gacca 15
<210> 292
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.wad 02
<400> 292
gctccgacaa gaact 15
<210> 293
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.wad03
<400> 293
cgagttgttg aattc 15
<210> 294
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.wad04
<400> 294
gtcgtcttgt gcttt 15
<210> 295
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.wad 01
<400> 295
ctcagtaaga cgttt 15
<210> 296
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acii1(Acii23)
<400> 296
aacctggctg gtggc 15
<210> 297
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acii2(AciiM)
<400> 297
gacacttttg tgtca 15
<210> 298
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Acii3(Aci I)
<400> 298
gttgggtggt tgcct 15
<210> 299
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe SeM01
<400> 299
gatagataac aggtg 15
<210> 300
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe SeM02
<400> 300
agggttcacg cccag 15
<210> 301
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Se1(Se 23)
<400> 301
ttctctcttg agtgg 15
<210> 302
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Se2(Se M)
<400> 302
cgtgctgttg gagtg 15
<210> 303
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Se3(Se I)
<400> 303
gctatttatt ttgaa 15
<210> 304
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bur(Bur23)
<400> 304
ttgttagccg aacgc 15
<210> 305
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bur01
<400> 305
gggtgtggcg cgagc 15
<210> 306
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Bur001
<400> 306
gccaggaggg tgaag 15
<210> 307
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Styp(Styp23)
<400> 307
gcctgaatca gcatg 15
<210> 308
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Styp01
<400> 308
gctgaggata cggtt 15
<210> 309
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Styp02
<400> 309
ccgcaaaaca agcag 15
<210> 310
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Styp03
<400> 310
acgattgacg gagcg 15
<210> 311
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Sal.typ001
<400> 311
tcgcgccgtc acagt 15
<210> 312
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E coli 003
<400> 312
ctgaagcgac aaatg 15
<210> 313
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Eco1(Eco23)
<400> 313
gagcctgaat cagtg 15
<210> 314
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Eco2(Ecoli)
<400> 314
gttagcggta acgcg 15
<210> 315
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E coli 001
<400> 315
gttagcggta acgcg 15
<210> 316
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E coli 002
<400> 316
atgcacatat tgtga 15
<210> 317
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Kpneu(Kpneu 23)
<400> 317
gtacaccaaa atgca 15
<210> 318
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.pneu002
<400> 318
gctgagacca gtcga 15
<210> 319
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe K.pneu001
<400> 319
acgctggtgt gtagg 15
<210> 320
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Kpneu01
<400> 320
accttcgggt gtgac 15
<210> 321
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm
<400> 321
gttaccaaca atcgt 15
<210> 322
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm002
<400> 322
ggcgacggtc gtccc 15
<210> 323
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm003
<400> 323
gatgacgaac cacca 15
<210> 324
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm004
<400> 324
tgaagcaatt gatgc 15
<210> 325
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm001
<400> 325
aaggctaggt tgtcc 15
<210> 326
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm005
<400> 326
taaagtccct cgcgg 15
<210> 327
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pm01
<400> 327
aggcagagtg attag 15
<210> 328
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Strepp(StreppM)
<400> 328
taggactgca atgtg 15
<210> 329
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Strepp01
<400> 329
atgtggtaca gacac 15
<210> 330
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Strepp02
<400> 330
ggttaaacgc tagaa 15
<210> 331
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Strepp03
<400> 331
caggatactg ctaag 15
<210> 332
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Strepp04
<400> 332
gagtaaactc ttcgg 15
<210> 333
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Vvul02
<400> 333
gttgacgatg catgt 15
<210> 334
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe VvulM
<400> 334
agtaacagcc acttg 15
<210> 335
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe V.vul001
<400> 335
atagctcaat gaagc 15
<210> 336
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe V.vul002
<400> 336
ggcgccatag tctct 15
<210> 337
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Vvul 01
<400> 337
tttacatgtg ttaga 15
<210> 338
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Vvul 03
<400> 338
gttctatgaa cattg 15
<210> 339
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.aeru001
<400> 339
gaagtgccga gcatg 15
<210> 340
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pa03
<400> 340
ggatctttga agtga 15
<210> 341
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pa
<400> 341
gtttcccgtg aaggc 15
<210> 342
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.aeru002
<400> 342
gtgtcacgta agtga 15
<210> 343
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.aeru003
<400> 343
agtcgtcttt tagat 15
<210> 344
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe P.aeru004
<400> 344
actccgtaag ctctg 15
<210> 345
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pa01
<400> 345
taggataacc taggt 15
<210> 346
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Pa02
<400> 346
taagcttcat tgatt 15
<210> 347
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ah
<400> 347
ggcgcctcgg taggg 15
<210> 348
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ae.hy 001
<400> 348
taagccgtga gcagt 15
<210> 349
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ae.hy 002
<400> 349
catcttggaa gttag 15
<210> 350
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ae.hy 003
<400> 350
tcaaaccagg caccg 15
<210> 351
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ae.hy 004
<400> 351
gattcacgct aagcg 15
<210> 352
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ae.hy 005
<400> 352
acggtgcgga agcca 15
<210> 353
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Ah01
<400> 353
cacgaaaaca acctt 15
<210> 354
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe LM
<400> 354
gggtgcaagc ccgag 15
<210> 355
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Lm01
<400> 355
agtatcctta cgtga 15
<210> 356
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Lm02
<400> 356
gtgaggaagg cagac 15
<210> 357
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Lm03
<400> 357
ggctttccct ccaga 15
<210> 358
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Lm04
<400> 358
ccgcttctca cgaag 15
<210> 359
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.faecium002
<400> 359
ttacgattgt gtgaa 15
<210> 360
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.faecium003
<400> 360
atagcacatt cgagg 15
<210> 361
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Enfcium1(Enfaeci23)
<400> 361
gttctttcag atagt 15
<210> 362
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Enfcium2(Enfaeci M)
<400> 362
ctgaagagga gtcaa 15
<210> 363
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.faecium001
<400> 363
gctgatcata cgatc 15
<210> 364
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe E.faecium004
<400> 364
cttcttttct taagg 15
<210> 365
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.aureus004
<400> 365
gattgcacgt ctaag 15
<210> 366
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.aureus005
<400> 366
aatccggtac tcgtt 15
<210> 367
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saure03
<400> 367
tcttcgagtc gttga 15
<210> 368
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saur
<400> 368
gttaacgccc agaag 15
<210> 369
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.aureus001
<400> 369
aggacgacat tagac 15
<210> 370
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.aureus002
<400> 370
aaaatgttgt ctctc 15
<210> 371
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe S.aureus003
<400> 371
cgaagcgtgc gattg 15
<210> 372
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saure01
<400> 372
aagcagtaaa tgtgg 15
<210> 373
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saure02
<400> 373
gagaagacat tgtgt 15
<210> 374
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saureus01
<400> 374
atatcagaag gcaca 15
<210> 375
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saureus02
<400> 375
acaaaggacg acatt 15
<210> 376
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Saureus03
<400> 376
tcttcgagtc gttga 15
<210> 377
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm002
<400> 377
agatgtgaga gcatc 15
<210> 378
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm1(Nm)
<400> 378
ccctggaggg tcgca 15
<210> 379
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm2(Nm-1)
<400> 379
tttgaattga accgt 15
<210> 380
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm001
<400> 380
gtttactggc atggt 15
<210> 381
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm01
<400> 381
taaagcaatg atccc 15
<210> 382
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe Nm02
<400> 382
ccgggtcttc ttaac 15
<210> 383
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu011
<400> 383
tggagagcat tttat 15
<210> 384
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu012
<400> 384
gtgattttga ggtga 15
<210> 385
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu013
<400> 385
agatggtaaa gaaga 15
<210> 386
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu001
<400> 386
cctcaagatg agttt 15
<210> 387
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu002
<400> 387
gaagcccgtt gaaga 15
<210> 388
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu003
<400> 388
gcagtaatgc gtgaa 15
<210> 389
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu004
<400> 389
ttgtcttgac catat 15
<210> 390
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu005
<400> 390
accatataat ctgag 15
<210> 391
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu006
<400> 391
tgcccacaca gtttg 15
<210> 392
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu007
<400> 392
caaagtgccc acaca 15
<210> 393
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu008
<400> 393
tgattttgag gtgat 15
<210> 394
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu009
<400> 394
ccaccattta atgat 15
<210> 395
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe L.pneu010
<400> 395
agcattttat tctgg 15
<210> 396
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic001
<400> 396
tggtagccat ttatg 15
<210> 397
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic003
<400> 397
ctggaccagc cgagc 15
<210> 398
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic006
<400> 398
tcaagaacga aagtt 15
<210> 399
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic007
<400> 399
aaggattgac agatt 15
<210> 400
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic008
<400> 400
cattaatcaa gaacg 15
<210> 401
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic002
<400> 401
ttttcgatgc gtact 15
<210> 402
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic004
<400> 402
cagatgtcga aaggt 15
<210> 403
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.alic005
<400> 403
taggacgtta tggtt 15
<210> 404
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.glab001
<400> 404
ctggaatgca cccgg 15
<210> 405
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Probe C.glab003
<400> 405
tggcttggcg gcgaa 15
<210> 406
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 1585Fw
<400> 406
ttgtacacac cgcccgtc 18
<210> 407
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 23BR
<400> 407
ttcgcctttc cctcacggta ct 22
<210> 408
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 23BFw
<400> 408
agtaccgtga gggaaaggcg aa 22
<210> 409
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 37R
<400> 409
tgcttctaag ccaacatcct 20
<210> 410
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer MS37F
<400> 410
aggatgttgg cttagaagca 20
<210> 411
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer MS38R
<400> 411
cccgacaagg aatttcgcta cctt 24
<210> 412
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer fun463F
<400> 412
gtaattggaa tgagtacaat 20
<210> 413
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer fun986R
<400> 413
ctacgacggt atctgatcat 20
<210> 414
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 520R
<400> 414
gccaaggcat ccacc 15
<210> 415
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 23S 750F
<400> 415
agtagcggcg agcgaa 16
<210> 416
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 23S 750F(T)
<400> 416
agtagtggcg agcgaa 16
<210> 417
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 970F
<400> 417
aactggagga ccgaacc 17
<210> 418
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 930R
<400> 418
awtttgcyga gttcctt 17
<210> 419
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 2960R(T)
<400> 419
gcttagatgc tttcagca 18
<210> 420
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer 2960RC
<400> 420
gcttagatgc tttcagcg 18
<210> 421
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP1-01
<400> 421
cacggtggat gccct 15
<210> 422
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe Bap1-03
<400> 422
agtagcggcg agcga 15
<210> 423
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP1-06
<400> 423
gaccgatagt gaacc 15
<210> 424
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP2-01
<400> 424
agaacctgaa accgt 15
<210> 425
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP2-03
<400> 425
actggaggac cgaac 15
<210> 426
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP2-04
<400> 426
agggaaacaa cccag 15
<210> 427
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Control Probe BaP3
<400> 427
gtaaacggcg gccgt 15
<210> 428
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Position marker
<400> 428
aaaaaaaaaa aaaaa 15
Claims (6)
- 하기 염기 서열을 포함한 핵산 분자로 이루어진 그룹 중에서 선택된 분리된 핵산 분자:TCAAGAACGAAAGTT (C.alic 006, 서열번호 398);AAGGATTGACAGATT (C.alic 007, 서열번호 399); 및CATTAATCAAGAACG (C.alic 008, 서열번호 400).
- 제 1 항의 서열번호 398 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침.
- 제 1항의 서열번호 398 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물.
- (a) 제 1항의 서열번호 398 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물; (b) 임의로 생물학적 시료중의 폴리핵산을 증폭하는데 사용하는 전방향과 역방향 프라이머 쌍; (c) 상기 조성물에 함유된 탐침과 생물학적 시료중에 존재하는 폴리핵산 또는 이의 증폭된 산물사이에 혼성화 반응을 유도하는 완충액 또는 이러한 완충액을 생성하는데 필요한 성분; (d) 적당한 세척 조건하에서 형성된 하이브리드를 세척하기 위한 용액 또는 이러한 용액을 생성하는데 필요한 성분; 및 (e) 임의로 앞서 형성된 하이브리드를 검출하는 수단을 포함함을 특징으로 하여, 생물학적 시료에서 캔디다 알비칸스 진균을 검출 및 동정하기 위한 키트.
- 제 1항의 서열번호 398 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침이 고체 지지체에 고정된 DNA 칩.
- (a) 임의로 생물학적 시료로부터 중에 존재하는 폴리핵산을 분리 및/또는 농축하고, (b) 임의로 폴리핵산을 적절한 전방향과 역방향 프라이머 쌍으로 증폭하고; (c) 상기 단계 (a) 및 (b)의 폴리핵산을 제 1 항의 서열번호 398 내지 400중 어느 하나의 염기 서열을 포함한 핵산 분자를 포함하는 캔디다 알비칸스 진균의 검출용 핵산 탐침을 포함한 조성물과 적절한 혼성화 및 세척 조건하에서 접촉시키고; (d) 상기 (c) 단계에서 형성된 하이브리드를 검출하고; (e) 상기 (d) 단계에서 얻은 상이한 혼성화 시그날로부터 시료에 존재하는 균주를 동정함을 특징으로 하여, 상기 생물학적 시료중에서 캔디다 알비칸스 진균을 검출 및 동정하는 방법.
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-
2006
- 2006-11-13 KR KR1020060111598A patent/KR100781559B1/ko not_active Expired - Fee Related
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|---|---|---|---|---|
| EP2106450A1 (en) * | 2007-01-08 | 2009-10-07 | Medigenes Co., Ltd. | Dna chip for detection of escherichia coli |
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