KR102702774B1 - 위치기반 단일 세포 유전자 발현 분석 방법 및 장치 - Google Patents
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Abstract
Description
도 2는 본 발명의 장치가 포함하는 RT 바코드 분사 헤드와 상기 헤드에 포함된 분사 노즐, 그리고 분사되는 올리고뉴클레오티드 구조의 모식도 이다. RT 바코드 분사 헤드에서 분사되는 올리고뉴클레오티드는 다른 것과 구별되는 유니크 서열(RT 바코드 서열)과 범용적 프라이머 서열(poly (T))을 포함하고, Unique molecular identifiers과 추후 PCR 프라이머가 결합할 annealing site를 포함한다.
도 3은 본 발명의 위치기반 단일 세포 유전체 분석 방법에서 RT 바코드 분사에 의해 특정 위치에 세포 유전체가 RT 바코드로 역전사 과정에서 표지되는 과정의 개략도 이다.
도 4는 본 발명의 장치가 포함하는 PCR 바코드 분사 헤드와 상기 헤드에 포함된 분사 노즐, 그리고 분사되는 올리고뉴클레오티드 구조의 모식도 이다. PCR 바코드 분사 헤드에서 분사되는 올리고뉴클레오티드는 다른 것과 구별되는 유니크 서열(PCR 바코드 서열)과 프라이머 서열을 포함한다.
도 5는 본 발명 방법에 의해 최종 생산물이 cDNA 증폭 산물의 구조와 상기 증폭 산물의 NGS 수행 결과에 따라, 2개 헤드와 8개 노즐을 갖는 장치에서 복수 개의 세포를 위치 정보를 포함한 유전체 분석 결과 획득 원리를 간단하게 나타낸 그림이다.
도 6은 본 발명 장치가 3개 헤드와 8개 노즐을 갖는 경우 분석가능한 세포의 수를 나타낸 그림이다.
Claims (11)
- 조직에 액적을 분사하는 위치기반세포의 유전자 발현 분석 장치에 있어서,
조직 샘플 슬라이드를 고정하는 고정부;
고정수단에 의해 슬라이드 상에 조직에 RT 바코드 프라이머 및 PCR 바코드 프라이머 중 적어도 하나를 분사하는 디스펜서;
디스펜서 및 고정수단 중 적어도 하나를 움직이는 이동부;
조직을 촬영하는 이미지촬영부; 그리고,
상기 디스펜서에서 분사되는 RT 바코드 프라이머 및 PCR 바코드 프라이머 중 적어도 하나의 위치를 이미지촬영부에서 촬영한 이미지에 입력하는 입력부;를 포함하고,
상기 디스펜서는 RT 바코드 프라이머 및 PCR 바코드 프라이머 중 적어도 하나의 분사량 조절 및 분사 영역의 직경 조절이 가능하고,
상기 이동부는 X축 및 Y축 이동이 가능한 조직에 액적을 분사하는 위치기반세포의 유전자 발현 분석 장치.
- 제1항에 있어서,
고정부는
조직이 담긴 슬라이드; 그리고
슬라이드를 고정하는 슬라이드 홀더;를 포함하는 조직에 액적을 분사하는 위치기반세포의 유전자 발현 분석 장치.
- 제1 항에 있어서,
디스펜서는
RT 바코드 프라이머를 분사하는 제1 디스펜서; 그리고
PCR 바코드 프라이머를 분사하는 제2 디스펜서;를 포함하며,
RT 바코드와 PCR 바코드를 모두 분사하는 조직에 액적을 분사하는 위치기반세포의 유전자 발현 분석 장치.
- 삭제
- (1) 조직 샘플을 고정하는 단계;
(2) 디스펜서를 통해 상기 조직 샘플의 2 이상의 위치에 서로 구별되는 염기 서열로 이루어진 바코드를 분사하는 단계;
(3) 상기 조직 샘플의 유전자를 풀링하는 단계; 및
(4) 상기 풀링된 유전자의 서열분석을 수행하는 단계;를 포함하고,
상기 디스펜서는 고정된 조직 샘플에 RT 바코드 프라이머 및 PCR 바코드 프라이머 중 적어도 하나를 분사하는 것이고,
상기 디스펜서는 RT 바코드 프라이머 또는 PCR 바코드 프라이머의 분사량 조절 및 분사 영역의 직경 조절이 가능하고,
상기 고정된 조직 샘플 또는 디스펜서는 X축 및 Y축 이동이 가능한 이동부에 의해 움직이는 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법.
- 삭제
- 제5항에 있어서,
상기 (2) 단계는 하기 (a) 및 (b) 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법:
(a) 상기 샘플의 2 이상의 위치에 서로 구별되는 염기 서열로 이루어진 바코드를 포함하는 역전사 프라이머(RT 바코드 프라이머)를 분사하는 단계; 및
(b) 상기 각 위치에 서로 구별되는 염기 서열로 이루어진 바코드를 포함하는 유전자 증폭 프라이머(PCR 바코드 프라이머)를 분사하는 단계.
- 제7항에 있어서,
상기 (b) 단계의 PCR 바코드 프라이머는 정방향 프라이머와 역방향 프라이머가 서로 구별되는 염기 서열로 이루어진 바코드를 포함하는 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법.
- 제5항에 있어서,
상기 RT 바코드 프라이머 또는 PCR 바코드 프라이머는 1~100 pL 분사하는 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법.
- 제5항에 있어서,
상기 RT 바코드 프라이머 또는 PCR 바코드 프라이머가 분사되는 영역의 직경은 1~99 μm인 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법.
- 제5항에 있어서,
상기 RT 바코드 프라이머 또는 PCR 바코드 프라이머의 분사는 압전 또는 열전사 액적 분사기를 이용하여 수행되는 것을 특징으로 하는, 위치기반 세포의 유전자 발현 분석 방법.
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