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KR100624420B1 - 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어있는 마이크로어레이, 그를 제조하는 방법 및 그를이용하는 방법 - Google Patents

마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어있는 마이크로어레이, 그를 제조하는 방법 및 그를이용하는 방법 Download PDF

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KR100624420B1
KR100624420B1 KR1020040024738A KR20040024738A KR100624420B1 KR 100624420 B1 KR100624420 B1 KR 100624420B1 KR 1020040024738 A KR1020040024738 A KR 1020040024738A KR 20040024738 A KR20040024738 A KR 20040024738A KR 100624420 B1 KR100624420 B1 KR 100624420B1
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Abstract

본 발명은 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이, 상기 마이크로어레이를 제조하는 방법 및 상기 마이크로어레이 이용하는 방법을 제공한다. 본 발명의 마이크로어레이에 의하면, 마이크로어레이에 대한 정보를 용이하고 효율적으로 판독할 수 있다.
마이크로어레이, 스팟, 바코드

Description

마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이, 그를 제조하는 방법 및 그를 이용하는 방법{A microarray having microarray identification information stored in the form of a spot, method of producing the microarray and method of using the microarray}
도 1은 종래 마이크로어레이에 대한 정보가 바코드에 의하여 표시되어 있는 마이크로어레이 (A)와 스팟을 통하여 마이크로어레이에 대한 정보가 표시된 본 발명의 마이크로어레이 (B)를 도식적으로 나타낸 도면이다.
도 2a는 0 내지 9의 정수, 정보의 단위를 구분하기 위한 구분자, 및 정보의 끝을 나타내는 END 문자를 나타내는 스팟으로 표시된 2 진수 인코딩 표를 나타내는 도면이다.
2b 및 2c는 알파벳 26자를 나타내는 스팟으로 표시된 2 진수 인코딩 표를 나타내는 도면이다.
도 3은 마이크로어레이 정보 "SAIT-SM30003-1" 를 마이로어레이의 상단 3 줄의 스팟 영역에 스팟의 형태로 표시한 것을 나타내는 도면이다.
본 발명은 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이, 그를 제조하는 방법 및 상기 마이크로어레이를 이용하는 방법에 관한 것이다.
핵산 또는 단백질 마이크로어레이를 포함하는 마이크로어레이는 다양한 분석 방법에 사용되고 있다. 마이크로어레이를 이용하는 분석 방법은 빠른 시간에 많은 정보를 제공할 수 있다는 장점이 있다. 그러나, 마이크로어레이를 이용하여 얻어지는 분석 결과는, 마이크로어레이의 제작 조건이나 마이크로어레이 자체의 특성에 따라 다른 방법으로 해석하여야 한다. 그렇기 때문에, 마이크로어레이의 유통 과정에서의 제품 확인 (identification) 뿐만 아니라 실험 결과를 분석하는데 있어서 마이크로어레이 자체에 대한 정보를 확인하여야 할 필요성이 있다.
종래 마이크로어레이에 대한 정보를 바코드를 이용하는 방법이 알려져 있었다. 예를 들면, 미국특허 제6,399,365호에는 마이크로어레이에 대한 바코드를 포함하는 하우징을 포함하는 혼성화를 위한 패키지가 개시되어 있다. 또한, 미국특허 제6,215,894호에는 기계-판독가능한 어레이 확인 정보 (identifier)를 갖는 마이크로어레이가 개시되어 있다. 그러나, 마이크로어레이에 의하면 마이크로어레이를 이용한 분석에서 실험 결과를 판독하기 위하여 사용되는 일반적인 마이크로어레이 판독기 (reader)와는 별도로 판독기를 사용하여야 한다. 즉, 프로브 물질의 어레이와는 별도의 공간에 마이크로어레이 확인 정보를 표시하고, 별도의 판독기를 사용하여야 하는 문제점이 있었다. 또한, 바코드가 표시되는 위치가 마이크로어레이의 제작사에 따라 달라질 수 있기 때문에, 수동으로 판독기를 조정하여야 하는 과정을 필요로 한다.
본 발명자들은 이상과 같은 종래 기술의 문제점을 해결하고자 집중적으로 연구하던 중, 프로브 어레이와는 별도의 공간에 바코드와 같이 별도의 기기를 사용하여 판독이 가능한 방법을 이용하지 않고서도 마이크로어레이를 이용한 분석 방법에서 실험 데이터를 검출하기 위하여 사용되는 판독기와 동일한 판독기를 사용하여 마이크로어레이에 대한 정보를 판독할 수 있는 마이크로어레이를 발견하고, 본 발명을 완성하기에 이르렀다.
따라서, 본 발명의 목적은 마이크로어레에에 대한 정보를 용이하고 효율적으로 판독할 수 있는 마이크로어레이를 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 목적은 마이크로어레에에 대한 정보를 용이하고 효율적으로 판독할 수 있는 마이크로어레이를 제조하는 방법을 제공하는 것이다.
또한, 본 발명의 목적은 마이크로어레에에 대한 정보를 용이하고 효율적으로 판독할 수 있는 마이크로어레이를 이용하는 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 제1 구체예는, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명의 제1 구체예에 있어서, 상기 마이크로어레이에 대한 정보는 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟과 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 저장되어 있는 것일 수 있다. 검출가능한 물질이란, 빛의 조 사, 및 효소와 기질의 반응 등에 의하여 측정가능한 신호를 발생시키는 물질을 말한다. 측정가능한 신호의 예에는, 예를 들면 형광, 인광 및 방사선과 같은 빛 및 빛을 조사하였을 경우에 발생하는 굴절율의 차이가 포함된다. 또한, 상기 검출가능한 물질은 구체적으로 형광 물질, 방사능 물질 또는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 효소로 구성되는 군으로부터 선택되는 것일 수 있다. 상기 검출가능한 물질은, 바람직하게는 프로브 물질과 표적 물질과의 상호작용의 정도를 나타내는 신호와 동일한 신호를 발생시키는 것이다. 예를 들면, 표적 물질이 핵산인 경우 Cy-3 및 Cy-5와 같은 염료 물질이 표적 물질에 표지되어 사용되는 경우에는, 이러한 동일한 종류의 형광 염료를 검출가능한 물질로서 사용할 수 있다. 이렇게 함으로써, 프로브 물질과 표적 물질 사이의 상호작용의 결과를 측정하는데 사용되는 검출기를 마이크로어레이 정보의 판독에도 사용할 수 있기 때문에, 별도의 검출기를 사용하지 않아도 되는 장점이 있다. 또한, 상기 검출기에 의하여 측정 또는 판독되는 신호를 추출가능한 저장 매체에 기록할 수 있기 때문에, 별도로 마이크로어레이 정보를 입력할 필요가 없어지는 장점이 있다.
본 발명의 제1 구체예에 있어서, 상기 마이크로어레이에 대한 정보는 2 진법 또는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것일 수 있다. 본 발명에 있어서, "마이크로어레이에 대한 정보"란 마이크로어레이의 특성, 제작 과정, 제작사 및 고정화된 프로브 등에 관한 정보로서, 마이크로어레이에 자체에 대한 정보를 의미한다. 이러한 마이크로어레이에 대한 정보는 문자, 숫자 및 기호와 같은 인간이 읽고 이해가능한 언어로서 표시되는 것이 바람직하다. 본 발명에 있어서, 상기 마 이크로어레이 정보는 숫자로 인코딩되고, 숫자로 인코딩된 마이크로어레이 정보를 기판 상의 스팟의 형태를 이용하여 2 진법 또는 3 진법으로 나타낼 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 검출가능한 물질로서 하나의 종류의 검출가능한 물질이 사용되는 경우에는, 각각 순서대로 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자의 형태로 상기 마이크로어레이의 스팟에 저장될 수 있다. 또한, 상기 검출가능한 물질로서 2개 종류의 검출가능한 물질이 사용되는 경우에는, 각각 순서대로 상기 제1 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 마이크로어레이의 스팟에 저장될 수 있다.
본 명세서에 있어서, 마이크로어레이는 특정한 분자가 기판 상에 일정한 영역에 고밀도로 고정화되어 있는 것을 말한다. 이러한 마이크로어레이에는 예를 들면, 폴리뉴클레오티드 또는 단백질 마이크로어레이가 포함되나, 여기에 한정되는 것은 아니다. "폴리뉴클레오티드 마이크로어레이"란 기판 상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어 레이는 당업계에 잘 알려져 있다. 마이크로어레이에 관하여는 예를 들면, 미국특허 제5,445,934호 및 제5,744,305호에 개시되어 있다. 또한, 상기 마이크로어레이의 제조방법에는 일반적으로 포토리소그래피를 이용하는 방법이 알려져 있다. 포토리소그래피를 이용하는 경우, 제거가능한 기로 보호된 단량체가 도포된 기판 표면 상의 일정한 영역을 에너지 원에 노출시켜 보호기를 제거하고, 제거가능한 기로 보호된 단량체를 커플링시키는 단계를 반복함으로써, 폴리뉴클레오티드의 어레이를 제조할 수 있다. 이 경우, 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 상에 고정화되는 폴리뉴클레오티드는 단량체를 하나씩 연장시키는 방식으로 합성된다. 또한, 스팟팅 (spotting) 법에 의하는 경우, 마이크로어레이는 이미 합성된 폴리뉴클레오티드를 일정한 위치에 고정화시킴으로써 고정화된다. 이러한 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이의 제조방법은 예를 들면, 미국특허 제5,744,305호, 제5,143,854호 및 제5,424,186호에 개시되어 있다. 폴리뉴클레오티드 마이크로어레이 및 그의 제조방법에 관한 상기 문헌은 원용에 의하여 본 명세서에 그 전체로서 포함되어진다.
이와 같은 마이크로어레이에 있어서, "프로브 물질"이란 기판 상에 고정화되어 표적 물질과 특이적으로 결합하는 물질을 말한다. 상기 프로브 물질에는 상기 프로브 물질은 핵산, 단백질 또는 당류가 포함된다. 예를 들면, 표적 물질이 폴리뉴클레오티드인 경우 그와 상보적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드가 될 수 있으며, 표적 물질이 단백질인 경우 그와 특이적으로 결합하는 리간드, 항원, 또는 항체 등이 될 수 있다.
본 명세서에 있어서, "스팟"이란 상기 프로브 물질이 기판 상에서 행과 열의 형태로 일정한 영역에 고정화되어 있는 영역, 또는 그러한 물질이 고정화되어질 영역을 말한다. 상기 스팟에는 어떠한 프로브 물질도 고정화되어 있지 않은 기판 표면으로 구성되는 것도 포함된다.
본 발명의 제1 구체예에 있어서, 상기 마이크로어레이에 대한 정보는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있도록 표면이 처리된 스팟과 표면이 처리되지 않은 스팟의 조합에 의하여 저장되어 있는 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명에 있어서, 상기 마이크로어레이에 대한 정보는 2 진법 또는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것일 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 표면 처리가 하나의 형태로 형성되어 있는 경우, 각각 순서대로 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것일 수 있다. 또한, 상기 표면 처리가 2개의 형태로 되어 있는 경우, 각각 순서대로 상기 제1 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것일 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 표면 처리는 검출가능한 신호를 발생시키는 것이면 어떠한 처리라도 포함된다. 이러한 처리에는 빛의 굴절율을 변경시킬 수 있는 처 리, 예를 들면 표면에 격자를 형성하는 것이 포함될 수 있다.
본 발명의 제2 구체예는,
마이크로어레이에 대한 정보를 숫자로 코딩하는 단계; 및
고체 기판 상에 검출가능한 물질을 고정화하는 단계를 포함하고, 상기 코딩된 숫자는 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟과 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 나타내는 것을 특징으로 하는, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제조하는 방법을 제공한다.
본 발명의 제2 구체예에서, 상기 검출가능한 물질은 프로브 물질과 표적 물질과의 상호작용의 정도를 나타내는 신호와 동일한 신호를 발생시키는 것일 수 있다. 또한, 상기 마이크로어레이 정보는 예를 들면, 2 진법 또는 3 진법으로 표시되는 숫자로 표시하는 것일 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 제2 구체예에서, 상기 검출가능한 물질이 하나의 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자로 저장되는 것일 수 있다. 또한, 상기 검출가능한 물질이 2개 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 제1 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으 로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자로 저장되는 것일 수 있다.
본 발명의 제3 구체예는,
마이크로어레이에 대한 정보를 숫자로 코딩하는 단계; 및
고체 기판의 표면을 처리하여 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있도록 하는 단계를 포함하고, 상기 코딩된 숫자는 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟과 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 나타내는 것을 특징으로 하는, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제조하는 방법을 제공한다.
본 발명의 제3 구체예에서, 상기 마이크로어레이 정보는 2 진법 또는 3 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것일 수 있다.
본 발명의 제3 구체예에서, 상기 표면 처리가 하나의 형태로 형성되는 경우, 각각 순서대로 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자로 저장되는 것일 수 있다. 또한, 상기 표면 처리가 2개의 형태로 되는 경우, 각각 순서대로 상기 제1 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또 는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자로 저장되는 것일 수 있다.
본 발명의 제3 구체예에서, 상기 표면 처리는 검출가능한 신호를 발생시키는 것이면 어떠한 처리라도 포함된다. 이러한 처리에는 마이크로어레이를 판독하는 장치을 이용하여 확인할 수 있는 굴절율, 투과도 또는 에너지 수준의 차이를 발생시킬 수 있는 표면 처리가 포함될 수 있다. 이러한 표면 처리에는, 예를 들면 표면에 굴절율의 변화를 일으키는 물질의 코팅 또는 격자를 형성하는 것이 포함될 수 있으나, 이들 예에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 제4 구체예는,
본 발명의 상기 제1 구체예에 따른 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이 상에 고정화되어 있는 프로브 물질과 표적물질을 반응시키고 반응에 의하여 발생하는 신호를 측정하는 단계; 및
스팟의 형태로 저장되어 있는 상기 마이크로어레이 정보를 판독하는 단계를 포함하는, 프로브 마이크로어레이를 사용하는 방법을 제공한다.
본 발명의 제4 구체예에 있어서, 상기 프로브 마이크로어레이를 사용하는 방법은 상기 반응 신호의 측정과 상기 마이크로어레이 정보는 동일한 검출기를 사용하여 검출되는 것일 수 있다. 이렇게 함으로써, 별도의 검출기를 필요로 하지 않는 잇점이 있다.
본 발명의 제4 구체예에 있어서, 상기 프로브 마이크로어레이를 사용하는 방법은 상기 반응 신호의 측정에 의하여 얻어지는 데이터와 상기 마이크로어레이 정 보의 판독으로부터 얻어지는 마이크로어레이 정보를 추출가능한 저장매체에 저장하는 단계를 더 포함하는 것일 수 있다. 이렇게 함으로써, 마이크로어레이에 대한 정보를 별도로 저장 매체에 입력하지 않으면서, 실험 데이터와 그에 사용된 마이크로어레이를 동시에 처리할 수 있다. 이렇게 저장 매체에 입력되어진 실험 데이터와 마이크로어레이에 대한 정보는 추후의 컴퓨터를 이용한 연산이나 데이터의 교환 등에 편리하게 사용될 수 있다. 예를 들어, 마이크로어레이에 표시되어 있는 정보를 확인하여 제품의 제조회사 및 버전 정보를 확인하고, 이를 가지고 제조사의 서비스 사이트를 통해 제품을 분석하는 데 적합한 분석 알고리즘을 요청할 수 있다.
도 1은 종래 마이크로어레이에 대한 정보가 바코드에 의하여 표시되어 있는 마이크로어레이와 스팟을 통하여 마이크로어레이에 대한 정보가 표시된 본 발명의 마이크로어레이를 도식적으로 나타낸 도면이다. 도 1에 나타낸 바와 같이, 종래 종래 마이크로어레이에는 마이크로어레이에 대한 정보가 별도 공간에서 바코드로서 표시되나, 본 발명의 마이크로어레이에서는 스팟을 통하여 표시된다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
본 실시예에서는 마이크로어레이에 대한 정보를 2 진수로 인코딩한 다음, 이를 마이크로어레이의 기판 상에 프로브 어레이를 고정화하는 것과 동일한 방식으로 형광물질을 고정화하여 마이크로어레이에 대한 정보를 포함하는 스팟을 형성하였 다.
먼저, 0 내지 9의 정수, 알파벳 26자, 정보의 단위를 구분하기 위한 구분자, 및 정보의 끝을 나타내는 END 문자를 6자리의 2 진수를 이용하여 코딩하였다. 즉, 각 문자 정보를 스팟으로 표시한 2 진수로 전환하였다. 이와 같은 대응관계를 나타내는 표를 인코딩 표 (encoding table)이라 한다. 컴퓨터를 이용하여 마이크로어레이를 제작하고, 그를 이용하여 데이터를 분석하는 경우에는, 인코딩 표에 대한 정보가 컴퓨터 내에 저장되어 있어야 한다. 도 2a는 0 내지 9의 정수, 정보의 단위를 구분하기 위한 구분자, 및 정보의 끝을 나타내는 END 문자를 나타내는 스팟으로 표시된 2 진수 인코딩 표이다. 2b 및 2c는 알파벳 26자를 나타내는 스팟으로 표시된 2 진수 인코딩 표이다. 여기서, 색으로 채워진 스팟은 숫자 1을 빈 스팟은 0을 나타낸다. 색으로 채워진 스팟에는 예를 들면, Cy-3 및 Cy-5와 같은 검출가능한 물질이 코팅되거나 표면 처리된 것일 수 있다.
다음으로, 마이크로어레이 정보 "SAIT-SM30003-1" 이라는 제품 확인 정보 (product identifier)를 상기 인코딩 표를 이용하여 스팟으로 표시하였다. 여기서, 마이크로어레이 정보 "SAIT-SM30003-1"는 SAIT에서 만든 SM30003이라는 제품의 버전 1을 의미한다. 도 3은 마이크로어레이 정보 "SAIT-SM30003-1" 를 마이로어레이의 상단 3 줄의 스팟 영역에 스팟의 형태로 표시한 것을 나타내는 도면이다.
이렇게 2 진수로 표시된 마이크로어레이 정보는 마이크로어레이를 이용한 분석 과정에서 반응 결과를 측정하기 위한 검출기를 통하여, 별도의 검출기를 사용하지 않고서 실험 결과와 동시에 판독되어 추후의 데이터 분석에 함께 이용될 수 있 다.
본 발명의 마이크로어레이에 의하면, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟을 통하여 저장되어 있기 때문에 별도의 검출기를 사용하지 않고 마이크로어레이를 이용한 분석 방법에서 사용되는 검출기를 사용하여 마이크로어레이 정보를 판독할 수 있다. 또한, 상기 검출기를 이용하여 판독된 마이크로어레에 정보를 별도로 입력하는 과정을 거치지 않고, 동일한 상기 검출기를 이용하여 추출가능한 저장 매체에 저장되어 추후의 분석에 사용될 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이 제조방법에 의하면, 마이크로어레이에 대한 정보를 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제조할 수 있다.
본 발명의 마이크로어레이를 사용하는 방법에 의하면, 마이크로어레이를 이용하여 얻어진 실험 데이터와 마이크로어레이 자체에 대한 정보를 동일한 검출기를 이용하여 판독할 수 있으며, 추출가능한 저장 매체에 기록할 수 있다.

Claims (18)

  1. 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이.
  2. 제1항에 있어서, 상기 정보는 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟과 검 출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  3. 제1항에 있어서, 상기 정보는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있도록 표면이 처리된 스팟과 표면이 처리되지 않은 스팟의 조합에 의하여 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  4. 제2항 또는 제3항에 있어서, 상기 정보는 2 진법 또는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  5. 제2항에 있어서,
    상기 검출가능한 물질은 하나의 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  6. 제2항에 있어서,
    상기 검출가능한 물질은 2개 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 제1 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  7. 제2항에 있어서, 상기 검출가능한 물질은 형광물질, 방사능 물질 또는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 효소로 구성되는 군으로부터 선택되는 마이크로어레이.
  8. 제3항에 있어서, 상기 표면 처리는 격자를 형성하는 것인 마이크로어레이.
  9. 마이크로어레이에 대한 정보를 숫자로 코딩하는 단계; 및
    고체 기판 상에 검출가능한 물질을 고정화하는 단계를 포함하고, 상기 코딩된 숫자는 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟과 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 나타내는 것을 특징으로 하는, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  10. 마이크로어레이에 대한 정보를 숫자로 코딩하는 단계; 및
    고체 기판의 표면을 처리하여 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있도록 하는 단계를 포함하고, 상기 코딩된 숫자는 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟과 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟의 조합에 의하여 나타내는 것을 특징으로 하는, 마이크로어레이에 대한 정보가 스팟의 형태로 저장되어 있는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  11. 제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 정보는 2 진법 또는 3 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  12. 제9항에 있어서,
    상기 검출가능한 물질은 하나의 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  13. 제9항에 있어서,
    상기 검출가능한 물질은 2개 종류의 검출가능한 물질이 사용되고, 각각 순서대로 상기 제1 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 검출가능한 물질이 고정화되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 검출가능한 물질이 고정화되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  14. 제10항에 있어서, 상기 표면 처리는 격자를 형성하는 것인 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  15. 제3항에 있어서, 상기 표면 처리는 하나의 형태로 형성되어 있고, 각각 순서대로 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  16. 제3항에 있어서, 상기 표면 처리는 2개의 형태로 되어 있고, 각각 순서대로 상기 제1 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시된 숫자의 형태로 저장되어 있는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이.
  17. 제10항에 있어서, 상기 표면 처리는 하나의 형태로 형성되어 있고, 각각 순서대로 상기 표면 처리가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0 또는 1로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 2 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
  18. 제10항에 있어서, 상기 표면 처리는 2개의 형태로 되어 있고, 각각 순서대로 상기 제1 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 0, 1 또는 2로 하고, 상기 제2 표면 처리 형태가 되어 있는 스팟으로부터 발생하는 신호를 1, 2, 또는 0으로 하고, 상기 표면 처리가 되어 있지 않은 스팟으로부터 발생하는 신호를 2, 1 또는 0으로 나타냄으로써, 상기 정보는 3 진법으로 표시되는 숫자로 저장되는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이를 제조하는 방법.
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US11/090,650 US20050227271A1 (en) 2004-04-10 2005-03-25 Microarray having microarray identification information stored in the form of a spot, method of producing the microarray and method of using the microarray
EP05007430A EP1584372A3 (en) 2004-04-10 2005-04-05 A microarray having microarray identification information stored in the form of a spot. Method of producing the microarray and method of using the microarray
CNB2005100638085A CN100352942C (zh) 2004-04-10 2005-04-07 具有微阵列识别信息的微阵列及其生产方法和使用方法
JP2005111157A JP2005300543A (ja) 2004-04-10 2005-04-07 マイクロアレイに関する情報がスポットの形で保存されているマイクロアレイ、それを製造する方法及びそれを利用する方法

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Families Citing this family (61)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008096318A2 (en) * 2007-02-09 2008-08-14 Koninklijke Philips Electronics N.V. Identification system
US8355135B2 (en) * 2008-01-16 2013-01-15 Nippon Telegraph And Telephone Corporation Surface plasmon resonance measuring device, sample cell, and measuring method
DE102009019476A1 (de) * 2009-05-04 2010-11-11 Biametrics Marken Und Rechte Gmbh Wiedererkennbarer Träger für optische Meßverfahren
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
ES2555106T3 (es) * 2010-04-05 2015-12-29 Prognosys Biosciences, Inc. Ensayos biológicos codificados espacialmente
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
WO2014060483A1 (en) 2012-10-17 2014-04-24 Spatial Transcriptomics Ab Methods and product for optimising localised or spatial detection of gene expression in a tissue sample
CN105849275B (zh) 2013-06-25 2020-03-17 普罗格诺西斯生物科学公司 检测样品中生物靶标的空间分布的方法和系统
EP2933017A1 (en) * 2014-04-17 2015-10-21 AyoxxA Biosystems GmbH Encoded device and method for encoding and decoding reference areas on a substrate
EP4119677B1 (en) 2015-04-10 2023-06-28 Spatial Transcriptomics AB Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
CN109886058B (zh) * 2019-01-03 2021-07-13 青岛海信移动通信技术股份有限公司 一种检测图像的方法和设备
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
WO2020243579A1 (en) 2019-05-30 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
WO2021091611A1 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
EP4025711A2 (en) 2019-11-08 2022-07-13 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
ES2946357T3 (es) 2019-12-23 2023-07-17 10X Genomics Inc Métodos para el análisis espacial usando ligación con molde de ARN
EP4081656A1 (en) 2019-12-23 2022-11-02 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for using fixed biological samples in partition-based assays
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US20210230681A1 (en) 2020-01-24 2021-07-29 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using proximity ligation
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
US12076701B2 (en) 2020-01-31 2024-09-03 10X Genomics, Inc. Capturing oligonucleotides in spatial transcriptomics
US12110541B2 (en) 2020-02-03 2024-10-08 10X Genomics, Inc. Methods for preparing high-resolution spatial arrays
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US12129516B2 (en) 2020-02-07 2024-10-29 10X Genomics, Inc. Quantitative and automated permeabilization performance evaluation for spatial transcriptomics
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
US12281357B1 (en) 2020-02-14 2025-04-22 10X Genomics, Inc. In situ spatial barcoding
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
WO2021216708A1 (en) 2020-04-22 2021-10-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using targeted rna depletion
EP4153776B1 (en) 2020-05-22 2025-03-05 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
EP4153775B1 (en) 2020-05-22 2024-07-24 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
WO2021247543A2 (en) 2020-06-02 2021-12-09 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
AU2021283184A1 (en) 2020-06-02 2023-01-05 10X Genomics, Inc. Spatial transcriptomics for antigen-receptors
US12265079B1 (en) 2020-06-02 2025-04-01 10X Genomics, Inc. Systems and methods for detecting analytes from captured single biological particles
US12031177B1 (en) 2020-06-04 2024-07-09 10X Genomics, Inc. Methods of enhancing spatial resolution of transcripts
EP4162074B1 (en) 2020-06-08 2024-04-24 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
ES2999535T3 (en) 2020-06-10 2025-02-26 10X Genomics Inc Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
CN116034166A (zh) 2020-06-25 2023-04-28 10X基因组学有限公司 Dna甲基化的空间分析
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US12209280B1 (en) 2020-07-06 2025-01-28 10X Genomics, Inc. Methods of identifying abundance and location of an analyte in a biological sample using second strand synthesis
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US20230351619A1 (en) 2020-09-18 2023-11-02 10X Genomics, Inc. Sample handling apparatus and image registration methods
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
WO2022140028A1 (en) 2020-12-21 2022-06-30 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
EP4421491A3 (en) 2021-02-19 2024-11-27 10X Genomics, Inc. Method of using a modular assay support device
ES3008686T3 (en) 2021-03-18 2025-03-24 10X Genomics Inc Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
EP4428246A3 (en) 2021-04-14 2024-11-27 10X Genomics, Inc. Methods of measuring mislocalization of an analyte
EP4347879B1 (en) 2021-06-03 2025-02-19 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, kits, and systems for enhancing analyte capture for spatial analysis
EP4509614A3 (en) 2021-09-01 2025-05-14 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
WO2023086880A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for determining the location of an analyte in a biological sample
EP4305195A2 (en) 2021-12-01 2024-01-17 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for improved in situ detection of analytes and spatial analysis
WO2023122033A1 (en) 2021-12-20 2023-06-29 10X Genomics, Inc. Self-test for pathology/histology slide imaging device

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6215894B1 (en) 1999-02-26 2001-04-10 General Scanning, Incorporated Automatic imaging and analysis of microarray biochips
US6399365B2 (en) 1994-06-08 2002-06-04 Affymetrix, Inc. Bioarray chip reaction apparatus and its manufacture
US6534266B1 (en) 1999-04-22 2003-03-18 Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University Assay of transcription sites by multi-fluor fish
US6730515B2 (en) 2002-06-11 2004-05-04 Eastman Kodak Company Micro-array calibration means

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5143854A (en) * 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5744101A (en) * 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
JP3469504B2 (ja) * 1999-06-01 2003-11-25 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 マイクロアレイチップ及びそのインデックス方法
DE10042797C2 (de) * 2000-08-30 2003-12-04 Basf Lynx Bioscience Ag Analysen-Chip
CN1138145C (zh) * 2001-04-27 2004-02-11 上海晶泰生物技术有限公司 多样品微阵列生物芯片
AU2003256858B2 (en) * 2002-08-06 2010-07-01 Aspira Women’s Health Inc. Use of biomarkers for detecting ovarian cancer
US20040185481A1 (en) * 2003-02-06 2004-09-23 Canon Kabushiki Kaisha Testing method using DNA microarray
US20050049796A1 (en) * 2003-09-03 2005-03-03 Webb Peter G. Methods for encoding non-biological information on microarrays

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6399365B2 (en) 1994-06-08 2002-06-04 Affymetrix, Inc. Bioarray chip reaction apparatus and its manufacture
US6215894B1 (en) 1999-02-26 2001-04-10 General Scanning, Incorporated Automatic imaging and analysis of microarray biochips
US6534266B1 (en) 1999-04-22 2003-03-18 Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University Assay of transcription sites by multi-fluor fish
US6730515B2 (en) 2002-06-11 2004-05-04 Eastman Kodak Company Micro-array calibration means

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