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JPS60256059A - ポリヌクレオチドの測定法 - Google Patents

ポリヌクレオチドの測定法

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Publication number
JPS60256059A
JPS60256059A JP59112519A JP11251984A JPS60256059A JP S60256059 A JPS60256059 A JP S60256059A JP 59112519 A JP59112519 A JP 59112519A JP 11251984 A JP11251984 A JP 11251984A JP S60256059 A JPS60256059 A JP S60256059A
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JP
Japan
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polynucleotide
dna
stranded
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measured
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JP59112519A
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JPH0551280B2 (ja
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Yasushi Kasahara
笠原 靖
Yoshihiro Ashihara
義弘 芦原
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Fujirebio Inc
Original Assignee
Fujirebio Inc
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Publication date
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Publication of JPS60256059A publication Critical patent/JPS60256059A/ja
Publication of JPH0551280B2 publication Critical patent/JPH0551280B2/ja
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids

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  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
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  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
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  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 (産業上の利用分野) 特定の構造を有するデオキシリg核酸(DNA)あるい
はり?核酸(RNA)の測定は生化学分野において重要
でアシ、例えば人血清中のDNAを測定することKよっ
てウィルス感染の検査あるいは遺伝性疾患の発見などを
行なうことができる。本発明はこの上うなりNA及びR
NAの特定のものを簡便かつ正確に測定しうる方法を提
供するものである。
(従来の技術及び発明が解決しようとする問題点)従来
、このDNA及びRNAの測定方法としては、試料を変
性処理゛して得た一本鎖DNA (S −DNA )又
は一本鎖RNA (S −RNA )を固相に結合させ
、この固相にラジオアイソトープを標識したS −DN
A又はS −RNAを作用させて固相の5−DNA又は
S −RNAと・・イブリッドを形成させてから未反応
の標識S −DNA又けS −RNAを除去し、固相の
放射線を測定する方法が行なわれていた。この方法は測
定の際に固定化、洗浄等数多くの工程を必要とし、特に
試料の固定化に長時間を要するところから操作の労力及
び時間の両方に問題があったO また、測定対象である一本鎖ポリヌクレオチドと・・イ
ブリッドする一本鎖Iリヌクレオチドの20塩基から1
50塩基ごとに酵素、ビオチン、ハプテン等の標識物を
結合させ、この標識物を利用して測定する方法も知られ
ている。しかしながら、これらの方法は標識物の量を増
すと・・イブリッドするDNAへの特異性が低下し、一
方、標識物の量を減少させると測定感度が低下するとい
う問題点があった。
そのほか、最近DNA f ロープを短かく切断してそ
の5′端及び3′端に標識物を結合させる技術が開発さ
れたが(特開昭58−40099号公報)、この方法も
DNA70ローブが短かいだめ特異性が低く、また、標
識物の量が少ないため感度が充分でないという問題があ
った。
(問題点を解決するだめの手段) 本発明は、これらの問題点を解決したポリヌクレオチド
の測定方法を提供するものでラシ、測定対象の一重鎖I
リヌクレオチドとハイブリッドを形成する一本鎖ポリヌ
クレオチドの5′端あるいは3′端に高分子化合物を結
合させてもハイブリッドを形成する特異性が損なわれず
、まだこの高分子化合物に多数の標識物を結合させるこ
とによりこの・・イブリッドを高感度で測定できること
を見出してなされたものである。
すなわち、本発明は、測定対象である一本鎖ポリヌクレ
オチドを、標識物を有する高分子化合物が5′端又は3
′端に結合されかつ該測定対象一本鎖ポリヌクレオチド
と二本鎖ポリヌクレオチドを形成しうる一本鎖ポリヌク
レオチドと接触させることを特徴とするポリヌクレオチ
ドの測定方法に関するものである。
測定対象は一本鎖ポリヌクレオチド(以下、測定対象ポ
リヌクレオチドという。)である。測定対象ポリヌクレ
オチドにはDNA及びRNAを含む。
試料中に含まれるポリヌクレオチドが二本鎖である場合
には水酸化ナトリウム溶液の添加などのアルカリ処理あ
るいは熱処理などによシ一本鎖にしておく必要がある。
試料の種類は問わないが、例えば人血清、尿1組織抽出
物などである。人血清などのようにポリヌクレオチドが
蛋白と結合しているおそれがある場合には試料をズロテ
アーゼ等で処理して蛋白を分離しておくのがよい。
この測定対象ポリヌクレオチドと接触させる一本鎖ポリ
ヌクレオチド(以下、標識ポリヌクレオチドという。)
は標識物を有する高分子化合物が5′端又は3′端に結
合されかつ該測定対象一本Sポリヌクレオチドと二本鎖
ポリヌクレオチドを形成しうるものである。
この一本鎖ポリヌクレオチドは現在知られている固相ポ
リヌクレオチド合成法あるいはプラスミツドを用いる遺
伝子工学によるγ−DNA法などによシ合成することが
できる。また、一般の生化学的手法によ、5 DNAを
抽出し、これをアルカリで変性させてて一本鎖にするこ
ともできる。そのほか、既に市販されているものを利用
することもできる。
容易に多量に一本鎖のポリヌクレオチドを入手できる点
で遺伝子工学的手法を利用することは好ましい。例えば
、mp7フアージに目的のDNAを導入し、これをφ×
174に導入して培讐すると容易に鎖状の一本鎖DNA
を得ることができる。得られた一本鎖DNAはそれ自身
で二本鎖になることがないので通常の中性かつ常温下で
保在できる。このため、ポリヌクレオチド合成後に一本
鎖に変える処理が不要になシ、余分な手間を省略できる
高分子化合物は、水溶性で6Dかつ測定対象ポリヌクレ
オチドと非特異反応しないものであればよい。分子量は
1000以上のものが好ましい。
高分子化合物の例としては、ゼラチン、ヘモシアニン、
フェリチン等のぼりぜプチド、可溶性デキストラン、カ
ル?キンメチル化デキストラン、アミン化デキストラン
、アミロース等のポリサッカライド、ぼりリン酸、ポリ
エチレングリコール、ポリビニルアルコール、あるいは
ポリヌクレオチドなどを挙げることができる。これらは
、例えば標識物の導入を容易にするためにアミン基、カ
ルダキシル基、チオール基、水酸基、反応性りpル基な
どを予め導入しておいてもよい。
−重鎖4 リヌクレオチドの端部のうち、一般的には3
′端の高分子化合物を結合させるほうが一般的に容易で
あシ、また、このポリヌクレオチドへの影響も少ない。
3′端へ結合させる方法としては、例えばS−アセチル
ヘキソルアミノアデノシンジホスフェートに一本鎖ポリ
ヌクレオチドを加え、これにRNA T4リガーゼを作
用させると3′端にS〜ルアセチルが導入される。これ
に水酸化ナトリウム水溶液を作用させるとアセチル基が
除去されてSH基になる。
これにマレイミド基を導入した水溶性ゼラチンを作用さ
せれば、一本領?リヌクレオチドの3′端にゼラチンを
導入することができる。RNA T4リガーゼを利用す
ることによシ、3′端にアミノ基あるいはカルボキシル
基なども容易に導入できるので、これらを利用して高分
子化合物を結合させることもできる。これらの官能基を
利用して高分子化合物を結合させる方法は、例えば°’
 Method inImmunology and 
Immunochemistry ” (C,A。
Williams et al、 + 1976 r 
Academic Press N、Y、 )とか「酵
素免疫測定法」(石川ら、医学書院、1978年)など
の底置に記載されている方法のなかから適宜選択して利
用することができる。例えばアミノ基相互間を結合させ
る場合には、ソイフシアネート法、グルタルアルデヒド
法、ジフルオロベンゼン法、ベンゾキノン法等を利用す
ることができ、また、アミン基とカルボキシル基との間
を結合させる場合には、カルボキシル基をサクシンイミ
グエステル化する方法のほかカルピノイミド法、ウッド
ワード試薬法等を利用することができる。アミン基と糖
鎖を架橋する過ヨウ素酸酸化法(Nakane法)もあ
る。チオール基を利用する場合には、例えばもう一方の
側のカルボキシル基をサクシンイミドエステル化してこ
れにシスティンを反応させてチオール基を導入し、チオ
ール基反応性二価架橋試薬を用いて双方を結合すること
ができる。フェニル基を利用する方法としてはジアゾ化
法、アルキル化法などがある。
3′端に結合させる方法としては、上記の方法以外にも
例えば予め3′端に上i己の方法で高分子化合物を結合
させておいたヌクレオチドを用いて一重鎖ポリヌクレオ
チドを固相合成し、最後に固相部分より高分子化合物を
切シ離す方法もある。
一方、5′端に結合させる場合には、例えば二本鎖DN
A状態においてDNA T4 !Jガーゼを作用させて
予めアミン基やカルボキシル基等を結合させておいだ修
飾DJ’JAを5/端に結合させ、その後一本領DNA
に分離すれば5′端にアミン基やカルボキシル基等を導
入することができる。そこで、この官能基を利用して上
記の方法によシ高分子化合物を結合させればよい。
高分子化合物は3′端及び5′端の両方に導入してもよ
いことはいうまでもない。
標識物の種類は特に限定されるものではなく、酵素、グ
ロスティックグルーグビオチン、アビジン、ハゲテン、
螢光物質、化学発光物質、放射性同位元素などを広く利
用できる。これらは測定方法が簡単でかつ高分子化合物
への結合が容易なものが望ましい。
酵素の例としては、グルコース−6−リン酸脱水素酵素
、ヘキソキナーゼ、α−アミラーゼ、マレートデヒドロ
ゲナーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、被ルオキシダー
ゼ、β−ガラクトシダーゼ、クレアチンキナーゼ1.す
〆ヌクレアーゼ、被ニシリナーゼなどを挙げることがで
きる。酵素は特異性を高める点で耐熱性のものが好まし
い。
グロスティックグルーグの例としては、FADlNAD
H、NADPH2、アミノピロリン酸、ピリドキサール
リン酸、ADP 、 ATPなどを挙げることができる
ビオチンはアビジンを結合しうる誘導体であってもよい
アゼツノはビオチンと結合しうるものでl)、ストレプ
トアビジンあるいはこれらの誘導体でちってもよい。
ハゲテンは例えばジニトロフェノール、ジニトロアニリ
ンなどである。
螢光物質は、フルオレセイン、ローダミン、ダンジルク
ロライド、フルオレスフアミン、クマリン、アクリゾン
、ベンゾオキサノアゾール、トリアリールメタン、ピレ
ン類などである。
化学発光物質は、ルミノール、インルミノール、アクリ
ジニウム、ヒドロ被ルオキシド、ポルフィリン、イント
レン−3−イルヒドロベルオキシド、2.4.5−トリ
フェニルイミダゾール、ルシフェリン−ルシフェラーゼ
などである。
放射性同位元素には32P13H135S、′4C11
25Iなどを利用すればよい。
これらのなかで特に酵素、グロスティックグル−グ、ビ
オチン及びその誘導体並びにアビノン、ストレグトアビ
ソ/及びこれらの誘導体が使用の簡便さ、感度等の点で
好ましい。
標識物の高分子化合物への結合方法は前述の高分子化合
物を一本領ポリヌクレオチドに結合させる方法のなかか
ら適宜選択すればよい。
標識物の高分子化合物への結合量は多いほうが望ましい
このような標識Iリヌクレオチドを測定対象ポリヌクレ
オチドと接触させて二本鎖ポリヌクレオチドを形成させ
る。接触させる方法としては、まず測定対象?リヌクレ
オチドを含有する溶液にニトロセルロースフィルターを
浸して測定対象Iリヌクレオチドを吸着させ、これを充
分に洗浄する。
次ニ、このニトロセルロースフィルターを標識ポリヌク
レオチドを含む溶液に浸漬して反応させる。
反応条件はニトロセルロースフィルターに吸着されてい
る測定対象ボ°リヌクレオチドが標識Iリヌクレオチド
と充分に反応してノ・イブリッドを形成しうる程度がよ
い。この条件は標識ポリヌクレオチドの濃度等によるが
、通常は20〜75℃、PH5〜9程度で05〜48時
間程度である。
反応終了後はこのフィルターを充分に洗浄し、フィルタ
ーに吸着された標識物を測定する。測定方法は標識物の
種類に応じて各々の公知の方法に従って行なえばよい。
(作用) 本発明の方法においては、標識ポリヌクレオチドが測定
対象Iリヌクレオチドに対し特異的にハイブリッドを形
成する。そこで、このハイブリッドを形成した標識ポリ
ヌクレオチドの標識物の量を測定することによシ測定対
象f 1)ヌクレオチドの量をめることができる。
(発明の効果) 本発明の方法においては、標識、J IJスクレオチド
の端部以外には標識物が結合されていないところから測
定対象ポリヌクレオチドとノ・イブリッドを形成する特
異性が損なわれない。また、標識物を高分子化合物に結
合させているところから標識物の量を多くすることがで
き、その結果、測定感度を高めることができる。本発明
の方法は操作が簡単であるという利点も有する。
(実施例) 実施例1 (1) HBV −DNA f o−ブの調製500m
Jの慢性B型肝炎患者のプール血清を900 Orpm
で15分間遠心し、得られだ上清を4℃100000X
5’で5時間超遠心してHBV粒子をベレットとして集
めた。このRレットを0.1MNaC1、1mM FJ
DTA 、0.1チ2−メルカプトエタノール及びO4
1チBSAを含む0.OIM)リス−塩酸緩衝液(pH
7,5)Illlに溶かし、このウィルス溶液のうち5
 mlを保存し、残5 mlを100000X&で再度
5時間超遠心して被レットを得た。
この被レットを05チNP−40を含む]−0mM )
リス−塩酸、0.1 M NaC1p87.5溶液20
0μtで処理し、DNAポリメラーゼを活性化した。こ
の溶液に1 mM dATP z 1 mM a’r’
rp z 2.5μM dGTP 。
25μM dCTPを含む0.08 MMgC,a20
.2 M )リス緩衝液(pH7,5)50μtを加え
て3時間加温した。
この溶液を30%ンユークロース溶液の入った遠心チュ
ーズに重層し、5w650−ター(ベックマン社製)を
用い50000rpmで3時間遠心して被レットを得た
。この被レットをゾロナーゼで処理し、得られた溶液を
フェノールで2回抽出処理した。抽出液を5〜20%シ
ュークロースグラノエントで50000rpmにて3時
間遠心して15SDNA分画を集めこれをプールした。
この分画から158 DNA ヲエタノールを用いて沈
澱させ、乾燥して目的のHBV −DNAを得た。
(2) ニックトランスレーンヨンK J: ルDNA
 7’ローブの調製 5 mM MgC42,10mM 2−メルカプトエタ
ノール、5μMdTTP、5μMdGTP、5μMdC
TP及び5 μHdATPを含む50rrLMトリスー
HC4緩衝液(PH7,5)100μtに前項で得られ
た)(13V −DNA1 μ& 、 DNase 、
f 100 pl/及びDNAポリメラーゼ1100p
Fを加えて15℃で90分間インキュベートした。この
溶液をフェノールで抽出し、5ephadex G −
50カラムで精製してHBV−DNAを得だ。
(3)高分子化合物及び標識物の結合 このようにして得た二本鎖HBV −DNAを0.5N
水酸化ナトリウム溶液で分離させて一本鎖DNAとし、
この溶液を中和した。これに直ちにアミンヘキシルアプ
ツシ/ジホスフェートを加え、次にRNAりが−ゼIO
Uを加えた。1時間反応後、反応液をグル濾過してアミ
ノ化T(BV−一本鎖DNAを得た。
次に1これに分子量s o、o o oのCHM化ゼラ
チン1〜を加え、さらに水溶性力ルデノイミドl ml
を加えて37℃で1時間、H5,0に保持した。この反
応液を七フアクリルS−300カラムでグル濾過し、C
HM化ゼラチン結合HBV−一本鎖DNAを得た。
このCHM化ゼラチン結合HBV −一本鎖DNAに常
法によって得たSH化被ルオキシダーゼ10In9を加
え、pH7,0,4℃で一夜攪拌した。反応物をセファ
ロース4Bでダル濾過して未反応の被ルオキシダーゼを
除去し、目゛的の標識一本鎖DNAを得た。
(4) ポリヌクレオチドの測定 HBウィルス性肝炎患者血清100μノに0.5NNa
Q)l 10 Qμlを加えて室温で10分間攪拌した
次に、0.5 NHCl ] OOμjを加え、さらに
200μ97meのグロテインキナーゼに溶液200μ
ノを加えて70℃で1時間反応させた。それから、飽和
フェノール−クロロホルム水溶液(1: ] ) 20
0μEを加え、分層した水層200μlをニトロセルロ
ースを底に敷いた96ウエルのマイクログレートに入れ
た。各ウェルの水層を吸引濾過後85℃で1時間インキ
ュベートし、PBSで1回洗浄した。
これに前項で得られた標識一本鎖DNA 1μyを含む
溶液200μβを加え、40℃で18時間加温した。
このフィルターを0.1M酢酸−10μM EDTA 
−1M NaCL pH7,0で4回洗浄後、このフィ
ルターに0.5rrM4−メトキシナフトール及び2 
mM H2O2を含む基質溶液PH7,o 100μl
を加えて30分間反応させた。各フィルターに発色した
スポットをリフラクトメータ−で測定し、血清希釈率と
相対反応強度の関係をめた結果を第1図に示す。
各種血清のHBV −DNAの量を上記の方法によって
測定し、従来法であるラジオアイソ) −f標識固相法
による測定値と比較した結果を下表に示す。
A ] OOpg 96 p& B 25 41 C6871 D 365 41 1 FJnd nd F 5 1 0 4. 9 0 実施例2 実施例1で作製した二本鎖HBV−DNA 1 ml 
(1ml )とHBV−DNAを導した一本鎖M13−
ファジDNA5 ■(2ml ) Kホルムアミド8m
lを加え、5分間この混合液を沸とうさせた。次に、こ
れに2mlの緩衝液(0,07モル/l )リス−HC
12モル/l NaCA 、 15 mM EDTA 
pH7,5)を加え、50℃で4時間そしてさらに60
℃、で1時間加温した。
この反応液をBlo−Ge1 A30FFIでグル濾過
し、ハイブリッドしたDNAと未反応のDNAを分離し
た。
?イド分画の近くに溶出される最初のピークを・分画し
、これにNaC1が0.1−Mになるように粉末を加え
て溶かした。そして、さらに100チエタノールを溶液
1 mlに対し2倍の比率(2ml )で加え、−70
℃で2時間放置した。次に、]、7000X、9で10
分間遠心し、エタノール沈殿物を50m1の0、I N
 NaOH、0,25mM EDTA 、 0.001
%フェノールレッドで溶解した。ただちにこれをBlo
−Ge1A50でグル沖過し、目的の一本領HBV−D
NAを得たO この一本鎖DNAに6−Sアセチルメルカプトへキシル
アゾ、ノシンジホスフェー) (] OmM )及びR
NAリガーゼIOUを加え、10 mM トリス−HC
l 。
1 mM EDTA 、 0.1 、M NaC1pH
7,3で37℃で2時間反応させた。これをBioダル
A60でグル濾過し、修飾一本鎖DNA分画を分取した
。PEG−15000で2rnlに濃縮後、0. I 
N NaOHでpH11,0に維持し完全にブセチル基
を除去した。5PD−化ルミノール結合デキストラン1
0■をpH7,0で加え、4℃で一夜放置した。
次に、これをバイオグルA60でゲル濾過し、目的のル
ミノール結合標識J(BV−一本鎖DNAを得た。
HBウィルス性肝炎患者血清100μlに0.5NNn
OH100μlを加えて室温で10分間攪拌した。
次に、0.5 N HCl 1001tlを加え、さら
に200μg/#I6のプロティンキナーゼに溶液20
0μ1lFr加えて70℃で1時間反応させた。それか
ら、飽和フェノール−クロロホルム水溶液(1:1)2
00μlを加え、分層した水層200μlをニトロセル
ロースを底に敷いた96ウエルのマイクロプレートに入
れた。各ウェルの水層を吸引テ過後85℃で1時間イン
キュベートし、PBSで1回洗浄した。
これに前項で得られた標識一本領DNA 100n9を
含む溶液200μlを加え、65℃で18時間加温した
。このフィルターを0.1M酢酸−10μMEDTA 
−I M NaCLpH7,0で4回洗浄後、このフィ
ルタを切りとシ、ルミノボトメ−ター中でH2O22m
M、POD 10 U 、NazCO3o、 I M 
pH9,5を200μl含む発光管に移し、発光強度を
測定した。
得られた結果を第2図に示す。
【図面の簡単な説明】
図面はいずれもHBウイ−ルス性肝炎患者血清について
本発明の方法で測定した結果を示すものでらシ、第1図
は一実施例における血清希釈率と発色スポットの反射強
度の関係を、そして第2図は他の実施例における血清希
釈率と化学発光強度の関係をそれぞれ示している。 特許出願人 富士レビオ株式会社 代理人弁理士 1) 中 政 浩

Claims (1)

    【特許請求の範囲】
  1. 測定対象である一本鎖ポリヌクレオチドを、標識物を有
    する高分子化合物が5′端又は3′端に結合されかつ該
    測定対象一本鎖Iリヌクレオチドと二本鎖、j? IJ
    ヌクレオチドを形成しうる一本鎖ポリヌクレオチドと接
    触させることを特徴とするポリヌクレオチrの測定方法
JP59112519A 1984-06-01 1984-06-01 ポリヌクレオチドの測定法 Granted JPS60256059A (ja)

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JP59112519A JPS60256059A (ja) 1984-06-01 1984-06-01 ポリヌクレオチドの測定法

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JPH0551280B2 JPH0551280B2 (ja) 1993-08-02

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