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JPH07505290A - オリゴヌクレオチドの合成 - Google Patents

オリゴヌクレオチドの合成

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Publication number
JPH07505290A
JPH07505290A JP5517255A JP51725593A JPH07505290A JP H07505290 A JPH07505290 A JP H07505290A JP 5517255 A JP5517255 A JP 5517255A JP 51725593 A JP51725593 A JP 51725593A JP H07505290 A JPH07505290 A JP H07505290A
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JP
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formula
group
optionally substituted
oligonucleotide
oligonucleotides
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Pending
Application number
JP5517255A
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English (en)
Inventor
マクレアン,マイケル・ジョセフ
ホランド,デーヴィッド
ガーマン,アンドリュー・ジョーン
シェッパード,ロバート・チャールズ
Original Assignee
ゼネカ・リミテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ゼネカ・リミテッド filed Critical ゼネカ・リミテッド
Publication of JPH07505290A publication Critical patent/JPH07505290A/ja
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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07FACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
    • C07F9/02Phosphorus compounds
    • C07F9/547Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/655Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having oxygen atoms, with or without sulfur, selenium, or tellurium atoms, as the only ring hetero atoms
    • C07F9/65515Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having oxygen atoms, with or without sulfur, selenium, or tellurium atoms, as the only ring hetero atoms the oxygen atom being part of a five-membered ring
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
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    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 オリゴヌクレオチドのA 本発明はオリゴヌクレオチドの合成方法と、この方法の実施中に用いられる新規 な化合物とに関する。
オリゴヌクレオチド配列はリンカ−、アダプター、合成遺伝子の構成ブロック、 合成調節配列(synthetic regulatory 5equence )、プローブ、プライマーとして及びその他の目的に用いるためにルーチンに合 成されており、このような配列を製造するための幾つかの方法が開発されている 。これらの方法は、固相担体に適当に保護された第1ヌクレオチドを開裂可能な 結合によって最初に結合させた後に、成長するヌクレオチド鎖に個々のヌクレオ チドの前駆物質を連続的に反応させ、前駆物質の各付加が幾つかの化学反応を含 むことに基づく。現在、単独のオリゴヌクレオチドの製造に最も一般的に用いら れる方法はホスホロアミダイト(pbosphoramidite)化学に基づ く、これはカルーサース(Carutbers)等によって、Tetrahed ron Letters 1981.22(20)1859〜62頁に、コスタ −αoster)等によって、米国特許第4725677号に、及びエム、ジェ イ、ガイド(11,J、Ga1t)じオリゴヌクレオチド合成、実用的アプロー チ”、夏RL Press 0xford 35〜81頁)によって詳しく述べ られている。
ホスホロアミダイト化学を用いるオリゴヌクレオチドの製造を可能にする、数種 類の自動化DNA合成装置が現在、商業的に入手可能である。担体上の個々のヌ クレオチドの前駆物質の逐次反応によって単独(Ione)オリゴヌクレオチド が如何に形成されるかの具体的な説明は、Applied 旧osystems DNA合成装置モデル3808のプロトコール、特にその第2部に述べられてお り、これはここに参考文猷として関係する。
オリゴヌクレオチドの需要の急激な増加に応じて、商業的合成装置のスループッ トを増加させる、すなわち1日あたりに合成されるオリゴヌクレオチド数を増加 させる改良が望まれる。
我々は今回、成長するオリゴヌクレオチド鎖に必要に応じて導入される開裂可能 なリンカ一部分を用いて、同じ担体上に2個以上のオリゴヌクレオチドを合成す ることができるオリゴヌクレオチドの迅速かつ効果的な製造方法を開発した。
本発明の第1態様によると、下記工程・(+)固相担体に結合した開裂可能な第 4リンク(link)上に第1オリゴヌクレオチドを形成する工程と; (ti)該第1オリゴヌクレオチドに開裂可能なリンカ一部分を結合させる工程 と(+m)該開裂可能なリンカ一部分上に第2オリゴヌクレオチドを形成する工 程と(〜)該開裂可能な第1リンクと該開裂可能なリンカ一部分とを開裂させて 、複数のオリゴヌクレオチドを得る工程と を含む複数のオリゴヌクレオチドの合成方法において、開裂可能なリンカ一部分 が式(1)・ [式中、AIとA2の一方又は両方が式(a)。
(式中、R1とR2はそれぞれ独立的に、H1任意に置換されたアルキル、任意 に置換されたアルコキシ、任意に置換されたアリールオキシ、ハロゲン1、シア ノ、ニトロ、任意に保護されたヒドロキシ、任意に保護されたオキシカルボニル 、任意に保護されたNH2、又は電子吸引基であり:YはCH2、CH2CH2 、NHlS又はOである)で示される二価基であり:Eは有機スペーサー基であ り、AI又はA2によって表される残りの基は式(b):(式中、nは1〜5の 値を有し、星印で標識された炭素原子は式(1)中に示される酸素原子に結合し 、各R3は独立的にH又は任意に置換されたアルキルを表す)で示される基であ る] によって示される前記方法を提供する。
A1とAIが両方とも式(a)によって示されることが好ましく、nは好ましく は1〜3の値であり、より好ましくは2である。
担体は好ましくは、例えば自動化オリゴヌクレオチド合成に用いられるような固 相担体である。好ましい固相担体は、例えば、米国特許第4,458.066号 に開示されるような改質無機ポリマー、シリカゲル、ボラシル(Porasil ) C。
ケイソウ土PDMA、ポリスチレン、ポリアクリルアミド、シリカCPG (L CAA)又は、例えばAplied Biosystems DNA合成装置モ デル380Bに用いられるような、制御多孔質ガラス(controled p ore glass)である。オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの合 成に用いられるような通常の方法によって、例えば上記自動化オリゴヌクレオチ ド合成装置にホスホロアミダイト化学を用いることによって、個々のヌクレオチ ドの前駆物質から形成することができる。第1オリゴヌクレオチドは好ましくは 、技術上周知であるような、加水分解可能な基(例えば、塩基不安定性基(ha se−1abile group))によって担体に結合させる。
本発明の第1態様は、エム、ジェイ、ガイドによって述べられた上記方法に従っ て、固相担体上のデオキシリボースの3° ヒドロキシから3°〜5゛方向に逐 次構成される、式(1)の開裂可能なリンカ一部分によって分離された、2°− デオキシアデノシン(dA) 、2° −デオキシグアノシン(dG) 、2° −デオキシシチジン(d C)及び2°−デオキシチミジン(dT)のホスホロ アミダイトの種々な組合せを用いた2オリゴヌクレオチドの形成によって説明さ れる。合成後に、この配列は式: [式中、Xは開裂可能なリンクである]で示される。
リンカ一部分: と、第1オリゴヌクレオチドを固相担体に結合させるリンクXとを開裂した後に 、2個のオリゴヌクレオチドが得られる:このようにして、単独固相担体上に2 個のオリゴヌクレオチドが合成された。
開裂可能なリンカ一部分が第1オリゴヌクレオチドと第2オリゴヌクレオチドと を3°酸素と5′酸素によって、より好ましくは、各オリゴヌクレオチド上に1 つの、ホスフェート(phosphate)、ホスフィツト(phosphit e)、リン酸エステル、亜リン酸エステル又はH−ホスホン酸エステルによって 結合させることが好ましい。
開裂可能な第1リンクのアイデンティティ (identity)は重要である とは考えられないが、好ましくは塩基不安定性であり、例えば、塩基不安定性エ ステル基を含むリンクのような、自動化オリゴヌクレオチド合成装置に用いられ る、任意の開裂可能なリンクである。
例えば炭化水素鎖のような、開裂したリンカ一部分の有機残渣は、このような残 基が及ぼしうるような、オリゴヌクレオチドの性質への不利な影響を避けるため に、開裂工程(Iv)後にオリゴヌクレオチドに結合して留まらないことが好ま しい。
本発明の第1態様は、工程(i+)と(Uを任意の望ましい回数、例えば1〜1 00回、又は好ましくは1〜5回繰り返して、それぞれ開裂可能なリンカ一部分 によって結合された、さらに多くのオリゴヌクレオチドを製造することを含む。
容易に理解されるように、工程(紅)と(ffl)を繰り返すと、予め形成され たオリゴヌクレオチドに結合した開裂可能なリンカ一部分上に他のオリゴヌクレ オチドが形成され、このオリゴヌクレオチドは予め形成されたオリゴヌクレオチ ドと同じものでも又は異なるものでもよい。
開裂可能なリンカ一部分を塩基加水分解によって開裂して、個々のオリゴヌクレ オチドの混合物を得て、これを必要に応じて精製及び分離することができる。
例えばアンモニア水溶液、メチルアミンのような、任意の適当な塩基が使用可能 である。
この明細書において、′オリゴヌクレオチド1なる用語はオリゴデオキシリボヌ クレオチド、オリゴリボヌクレオチド及びこれらの類似体(例えば、保護基を有 するような類似体)を含み、メチルホスホネート及びホスホロチオエート又はホ スホロジチオエートジエステルバックボーンを有するようなものを含み、本発明 の方法によって、オリゴヌクレオチドがオリゴデオキシリボヌクレオチド、特に 2° −オリゴデオキシリボヌクレオチドと共に通常合成される。好ましいオリ ゴヌクレオチドはオリゴデオキシリボヌクレオチドであり、本質的に一本鎖であ り、好ましくは少なくとも2塩基から、より好ましくは少なくとも5塩基から、 特に10塩基から200塩基までの長さである。
DNA合成装置の使用者に対して、本発明の方法は装置をより効果的に使用し、 その結果、特にオリゴヌクレオチドの製造及び精製の費用を減するという利益を 与える。
従って、本発明によると、DNA合成装置はそのカラムのいずれがで、各オリゴ ヌクレオチドの間での再プログラム化なしに、2個以上のオリゴヌクレオチド( 同じ又は異なる)を製造することができる。従って、就業日外の時間に1個のオ リゴヌクレオチドの合成を完成した時に、合成装置は操作を介入せずに他のオリ ゴヌクレオチドの製造を続けることができる。このことはこのような装置の生産 性を有意に高めることができる。
本発明の方法はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)方法のためのプライマーの合成 に特に有用である。現在、合成されるオリゴヌクレオチドの大きな割合がこの目 的のためである。このようなプライマーは典型的にベアで必要であり、本発明の 方法はベアでのオリゴヌクレオチドの製造を可能にするので、好都合である。
このことは単一カラム合成装置を用いる場合に及び/又は時間外作業(out− of h。
urs working)のための重度に用いられる設備にとって特に有利であ る。
個々のヌクレオチドの前駆物質が5°酸素原子において保護されたヌクレオシド ホスホロアミダイトであり、任意に塩基保護されることが好ましい。例えば、緩 和な酸又はアルカリによる処理によって脱離可能である保護基によって、ヌクレ オシド塩基を保護する方法は技術上周知である。アデニンとシトシンは任意に置 換されたN−ベンゾイル基によって、グアニンはN−イソブチリル基によって保 護することができる。チミンとウラシルは一般に保護を必要としない。アデニン とグアニンはジメチルホルムアミド又はフェノキシアセチル基によっても保護す ることができ、シトシンはインブチリル基によって保護することができる。保護 されたオリゴヌクレオチドを担体から分離した後に、保護基を脱離することが好 ましい。用いる化学に依存して、保護基の脱離前、中又は後にリンカ一部分を開 裂することができる。保護基が塩基水溶液、特に濃アンモニア水溶液又はメチル アミンによる処理によって脱離可能であることが好ましい。本発明の好ましい実 施態様では、保護基の脱離とリンカ一部分の開裂とが1工程で実施されることが できるように、開裂可能なリンカ一部分は塩基性又はアルカリ性条件下で開裂可 能である。用いる典型的な塩基性条件は、保護されたオリゴヌクレオチドを塩基 と、例えば濃アンモニア水溶液、メチルアミン又は両方の混合物と、又は例えば メタノール性水酸化ナトリウムと混合することである。この反応は例えば室温( 20℃)〜100℃、より好ましくは50〜90℃、特に約55〜60℃の温度 において実施される。この反応は典型的に48時間、特に24時間までの期間に わたって、特に約5〜24時間にわたって実施される。開裂がこれらの条件下で 完成するように、リンカ一部分を選択することが好ましい。
開裂を実施するために、他の塩基、好ましくは揮発性塩基を用いることもできる 。これらは好都合には、好ましくは10〜70%の濃度での水中の有機アミシン 、例えばピペリジン、ジエチルアミン又はトリエチルアミンである。
この方法への使用に適した、個々のヌクレオチドの前駆物質の例としては、5°  −ジメトキシトリチル−N−4−ベンゾイル−2° −デオキシシチジン、5 ° −ジメトキシトリチル−N−2−インブチリル−2゛ 〜デオキシグアノシ ン、5° −ジメトキシトリチル−N−6−ベンゾイル−2゛ −デオキシアデ ノシン、及び5° −ジメトキシトリチルチミジンの2−シアノエチル−N、  N−ジイソプロピルアミノホスホロアミダイトが挙げられる。
オリゴリボヌクレオチドの合成のための前駆物質は、例えばオリゴデオキシリボ ヌクレオチドのための前駆物質と同じである、但し、この場合には、リボースの 2゛位置に保護されたヒドロキシル基、例えば、tert−ブチルジメチルシリ ルオキシ基が存在する、又はクルアケム(Cruache鳳)社からの2° − 0−Fpmpホスホロアミダイトである。
5°ホスフエート基を有するオリゴヌクレオチドの使用に関心が高まっている( 例えば、ヒグチ(Higuchi>とオフマン(Ocks+an) (1989 ) 、Nu c ]、 A cid Res、1ヱ(14)、5865頁を参照 のこと)。それ故、5°ホスフエート基を有するオリゴヌクレオチドを生成する 合成方法は重要である。
従って、本発明の方法は、他の態様として、工程(柑)がそれぞれ3゛位置と5 ゛位置にヒドロキシとホスフェートとから選択された基を有する望ましいオリゴ ヌクレオチドを生ずる。
式(1)の開裂可能なリンカ一部分は、通常のオリゴヌクレオチド合成と同様な 方法で、個々のヌクレオチドの前駆物質の代わりに、式(3)の試薬を用いて第 1オリゴヌクレオチドに結合させることができる。
従って、本発明は式(3): [式中、AI、A2、Eは前記で定義した通りであり、Zlは陛下安定性保護基 であり;−0−PAはホスホロアミダイト基、ホスフェート基又はH−ホスホネ ート基である] で示される化合物を提供する。
Zlによって表される、適当な陛下安定性保護基は当業者に自明であり、ティ。
ダブリュ、グリーン(T、 L Green)、Wiley Intersci enceによる“有機合成における保護基°に述べられている基を含む。このよ うな保護基の例には、メトキシトリチル(オリゴリボヌクレオチド合成のために のみ好ましい)、ジメトキシトリチル、ビキシル、インブチルオキシカルボニル 、t−ブチルジメチルシリル等の保護基がある。
Eは好ましくは炭素原子2〜15個、より好ましくは2〜6個の長さを有する有 機スペーサー基である。Eは好ましくは、任意にエーテル、チオエーテル、アミ ノ又はアミドによって割り込まれた、アルキル、アルケニル、アリール又はアラ ルキルスペーサー基である。Eによって表される好ましい基は、任意に置換され たフェニレン、Cト、アルキレン、より好ましくは−CH,CH,−である。
R1とR2は好ましくは、それぞれ独立的に、H:直鎖又は分枝鎖C1−6アル キル、特にメチル、エチル、プロピル、ブチル若しくはt−ブチル;又はC+− Sアルコキシ、特にメトキシ、エトキシ、プロポキシ及びブトキシ、特にメトキ シ;ハロゲン、シアノ、ニトロ、フェノキシ、任意に保護されたヒドロキシ:任 意に保護されたオキシカルボニル:又は任意に保護されたNH2である。
Yは好ましくは、CHI、CHt C)(z、NH又は01より好ましくはCH ,、CH2CHを又はol特にOである。
各R3は、独立的に、好ましくはCI4アルキル、特にメチル、エチル、プロピ ル若しくはブチル、又はより好ましくはHである。
任意の置換基はR1とR2に関して定義した通りである。
式(b)によって表される基の例として、−*CH2CH!−3o!−CHl− CH1−及び @CHCHs CHz SO2CHI CH2−が挙げられる。
理解されるように、−0−PAがH−ホスホネート又はホスホロアミダイトであ る場合に、これらは、例えばヨウ素又は過酸化物の水溶酸を用いる、この方法の 操作中にそれぞれリン酸ジエステル又はリン酸トリエステル基に酸化される。
H−ホスホネートの場合には、工程輸)後かっ工程(iv)前に酸化が行われる ことが好ましいが、ホスホロアミダイトの場合には、工程(i)及び工程(U中 に酸化が行われることが好ましい。
リン酸エステル基とH−ホスホネート基の例として、遊離酸形でそれぞれ式。
[式中、Z2は保護基、好ましくは塩基不安定性保護基、例えば2−クロロフェ ニル又は2.4−ジクロロフェニル基である]で示される基が挙げられる。
好ましくは、−0−PAは一般構造式:[式中、R6とR6は、それぞれ独立的 に、任意に置換されたアルキル、特にcトイアルキル:任意に置換されたアラル キル、特に任意に置換されたベンジル;炭素原子10個までを有するシクロアル キルとシクロアルキルアルキル、例えばシクロペンチル又はシクロヘキシルであ るか:又はR6とR1は、それらが結合する窒素原子と共に任意に置換されたピ ロリジン若しくはピペリジン環を形成するか:又はR5とR6は、それらが結合 する窒素原子と一緒に考える場合に、窒素、酸素及び硫黄から成る群からの1個 以上の付加的ペテロ原子を含む、飽和窒素複素環を形成する。RAとR,は好ま しくはイソプロピルである1で示されるホスホロアミダイトである。
R7は水素原子、又は保護基、例えばホスフェート保護基を表す。ホスフェート 保護基の例として、任意に置換されたアルキル基、例えばメチル、2−シアノエ チル、2−クロロフェニル、2. 2. 2−)ジハロ−1,1−ジメチルエチ ル、5−クロロキン−8−イル、2−メチルチオエチル及び、フェニル環が例え ばハロゲン(例えば塩素)又はNO2から選択される基によって任意に置換され る2−フェニルチオエチル基が挙げられる。R7は好ましくはメチルであり、よ り好ましくは2−シアノエチルである。
当業者によって理解されるように、本発明の化合物はシス形又はトランス形のい ずれでも存在することができる。しかし、化合物のトランス形は緩慢な開裂速度 を有するので、末端有機ホスフェート基を有するオリゴヌクレオチドを生じ、こ れは末端がブロックされる必要があるような場合に用いられる。
式(3)化合物は、本発明の方法によって説明したように、第1オリゴヌクレオ チドと第2オリゴヌクレオチドとの間に式で示される開裂可能なリンカ一部分を 結合させるために適した試薬である。適当な条件下、例えば濃水酸化アンモニウ ムによる処理下で、この化合物は開裂して、式(3)化合物の有機残基を含まな い目的オリゴヌクレオチドを生ずる。このことは、遊離の又はリン酸化した3° 又は5°末端を含むオリゴヌクレオチドが望ましい場合に、特に重要である。
式(3)化合物の有用性は上記式(2)の配列の製造に関して説明することがで きる。例えばA2が式(a)で表される場合には、式d (AGCTA)のオリ ゴヌクレオチドが5° −OH基を有して生じ Amが式(b)で表される場合 には、式d (AGCTA)のオリゴヌクレオチドが5−ホスフェート基を有し て生ずる。従って、式(3)化合物においてA2を(a)及びCb)から適当に 選択することによって、本発明の方法は、本発明の方法によって製造される第1 、第2及びその後のオリゴヌクレオチドが3°位置にヒドロキシ基を有し、5° 位置にヒドロキシを有するか又はホスフェート基を有するかを選択することがで きるという大きな利点を有する。
−0−PAがホスホロアミダイトである式(3)化合物は式。
を有する化合物を式:X’−PAの化合物とCHRCI□中で塩基としてジ(N −イソプロピル)エチルアミンを用いて反応させることによって製造することが できる。PAは、−〇−が存在しない点を除いては、−0−PAに関して上述し たように、好ましくはホスホロアミダイトであり、Z’1A’SE及びAmは前 記と同じであり、Xlは脱離基、例えばC1又はBrである。
式(3)中の一〇−PAが前述したようにリン酸エステル基である場合には、式 (3)化合物は式: を有する化合物を対応遊離リン酸エステルのトリアゾリド(triazolid e)とエム。
ジエイ、ガイドが上記文献に述べている方法と同じ方法を用いて反応させること によって製造することができる。
式(3)中の一〇−PAが前述したようにH−ホスホネート基である場合には、 を有する化合物をPct、と1. 2. 4−トリアゾールの存在下でビー、シ ー。
フローラ−(B、 C,Froebler)等のNuceic Ac1d Re 5earch (1981)、14.5399〜54o7頁が述べている方法と 同じ方法を用いて反応させることによって製造することができる。
式: を有する化合物は、例えば、式: を有する化合物を式80−A!−OHの化合物と、好ましくは適当な非プロトン 性溶媒中で、例えば上記DCCI又は1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3 −エチル力ルポジイミドのような適当な縮合剤を用いて反応させることによって 製造することができる。
式: を有する化合物は、式: Z’−0−AI−OHの化合物を式HChCE C0 xHの化合物の活性化形と、好ましくは適当な非プロトン性溶媒中で、モル当量 の塩基の存在下において反応させることによって製造することができる。ジカル ボン酸は活性化して、酸無水物、酸塩化物又は他の適当な誘導体として存在させ ることによってヒドロキシル基によって作用させることができるか、又はこの反 応を上述のようなカップリング剤の存在によって仲介させることができる。
式:Zl−0−A’−OHの化合物は、式:I(O−AI−OHの化合物を式Z l−CI(又はZlの他の適当な活性化形)と、好ましくは適当な非プロトン性 溶媒中で、モル当量の塩基の存在下において反応させることによって製造するこ とができる。
A1が上記式(a)である場合には、式: Zl−0−AI−OHの化合物は好 ましくは、メチルアミンを用いたメタノール中での式: Zl−0−A’−0− CO−ph化合物の脱ベンゾイル化によって製造される。式: Zl−0−AI −0−C0−ph化合物は、式:HO−A’−0−Co−Ph化合物とz’−x ’ <式中、X+は脱離基、例えばCIである)との反応によって製造される。
式(3)化合物とその前駆物質との上記製造方法では、Zl、A’、E、A2、 本発明の他の態様によると、好ましくは3“及び5゛酸素原子によって、式ニr 式中、AI%E及びA2は前記で定義した通りである]を有する開裂可能なリン カ一部分を含む1個以上の基を用いて連結させた2個以を有する開裂可能なリン カ一部分を各オリゴヌクレオチドに、H−ホスホネート、ホスフェート、ホスフ ィツト、リン酸エステル又は亜リン酸エステル結合を介して結合させることが好 ましい。オリゴヌクレオチドの中の1個を担体に結合させることが好ましい。
H−ホスホネート結合は式:HP (=O)−を有し、好ましいリン酸エステル 結合は式: −P (−〇)−0Ra−を有し、好ましいホスフィツト結合は式 ニーP (−ORB) −(式中、R6は前記と同じである)を有する。
本発明を下記非限定的実施例によって説明する:寒施透1 試墓へ上の製造 これは、以下の1〜4と番号を付けた製造法を用いて合成した。DMTは4゜4 ′ −ジメトキシトリチルである。
工 1− !己ヒA の ゛ : 0℃の乾燥ピリジン(100ml)中の1.4−アンヒドロエリトリトール(1 0,4g、100ミリモル)の溶液に、塩化ベンゾイル(14g、100ミリモ ル)を撹拌しながら滴加した。添加が終了したときに、溶液を室温に温度上昇さ せ、撹拌をさらに2時間続けた。この溶液に、4.4−ジメトキシトリチルクロ リド(37,4g、110ミリモル)と4− (N、N−ジメチルアミノ)ピリ ジン(100mg)とを加え、混合物を室温において16時間撹拌した。溶媒を 回転蒸発によって除去し、残渣をジクロロメタンに再溶解し、飽和炭酸水素ナト リウム溶液によって3回洗浄した。ジクロロメタン溶液を無水硫酸ナトリウムの 添加によって乾燥させ、濾過した。濾液をガム状になるまで蒸発させ、メチルア ミンによって飽和したメタノール中に再溶解した。得られた溶液を室温において 、TLCによって出発物質が検出されなくなるまでインキュベートした。溶媒を 回転蒸発によって除去し、残渣を最少量のジクロロメタン/メタノール(9/1 )に再溶解して、シリカクロマトグラフィーカラムに負荷した。同じ溶媒による 溶出によって、標題化合物を白色泡状物(22g、54%)として得た。
’HNMR: (δ、CDCl、):3.35.IH,多重線、CHOH;3. 5゜2H,二重線、−CHz−;3.75,8H,複合多重線、DMT−OCH ,6゜9、 4H,複合多重線、芳香族ニア、25−7. 5. 9H,複合多 重線、芳香族。
2− Aの造: 工程1からの生成物(Log、24.6ミリモル)を乾燥ピリジン(150ml )中に溶解し、無水コハク酸(Log、100ミリモル)を加えた。溶解が終了 したときに、4− (N、N−ジメチルアミノ)ピリジン(500mg)を加え 、溶液を室温において一晩撹拌した。溶媒を減圧下で蒸発させ、残留ピリジンを トルエンとの反復同時蒸発(repeted co−evaporation) によって除去した。残渣をジクロロメタン(500ml)中に再溶解して、水冷 10%クエン酸溶液によって3回洗浄した。有機層を分離し、乾燥させ(硫酸ナ トリウム)、濾過し、ガム状になるまで蒸発させて、これを最少量のジクロロメ タン/メタノール(9/1)に再溶解して、シリカクロマトグラフィーカラムに 負荷した。同じ溶媒による溶出によって、標題化合物を白色泡状物(9,7g、 78%)として得た。
’HNMR: (δ、CDCIg) + 2. 75. 4H,多重線、2xC OCH,;2、 9ト3.2. 2H,2疑似三重線、 −CHz ;3. 7 5. 8H,複合多重I1.2x−OCHsと CHt : 4.2.LH,複 合多重線、DMT−OCH。
5、O,LH,多重線、CF(OCo、6.9.4H,複合多重線、芳香族ニア 。
25−7. 5. 9F(、複合多重線、芳香族。
工 3− と八 の 造2 工程2からの生成物(10g、19.5ミリモル)を、1.4−アンヒドロエリ トリトール(10,4g、100ミリモル)を含む乾燥ピリジン(200ml) 中に溶解した。この溶液に、1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチル カルボジイミドヒドロクロリド(アルドリッヒ(Aldrich)、3. 75  g、19゜5ミリモル)を加えた。溶液を室温において一晩撹拌した、この時 点でジクロロメタン・メタノール(19: 1)にょるTLCは出発物質が存在 しないことを示した。溶媒を減圧下で蒸発させ、残留ピリジンをトルエンとの反 復同時蒸発によって除去した。残渣を酢酸エチル中に再溶解して、飽和炭酸水素 ナトリウム溶液によって3回、水によって1回洗浄した。有機層を分離し、乾燥 させ(硫酸ナトリウム)、濾過し、減圧下でガム状になるまで蒸発させて、これ を最少量のジクロロメタン メタノール(19:1)に再溶解して、シリカクロ マトグラフィーカラムに負荷した。同じ溶媒による溶出によって、標題化合物を 無色ガム状物(9゜5g、79%)として得た。
1)(NMR: (δ、CDC1g) : 2. 75−2. 9. 5H,多 重線、2xCOCHz+−OH:3.2.2H,多重線、 CHz ;3.65 −3.85,10H9複合多重線、2x 0CHxと2x CHt ;3. 9  4. 1. 2H,多重線、−CH2−;4.2.IH,複合多重線、DMT −0−CH,4,4,IH。
多重線、CHOH;5.0と5. 1. 2H,2多重線、2xCHOCO;6 .9゜4H,複合多重線、芳香族、7. 25−7. 5. 9H,複合多重線 、芳香族。
4− への°: 工程3からの生成物(2g、3. 3ミリモル)を、乾燥ジクロロメタン(50 ml)中に溶解し、この溶液を乾燥アルゴン流下で撹拌した。この溶液に、乾燥 ジイソプロピルエチルアミン(2,7m1.16ミリモル)と2−シアノエチル −N、 N−ジイソプロピルアミノクロロホスフィン(1,05m1.4.72 ミリモル)とを加えた。この溶液を乾燥アルゴン流下、室温において30分間撹 拌した、この時点でジクロロメタンコトリエチルアミン(19:1)によるTL Cは出発物質が存在しないことを示した。乾燥メタノール(5ml)の添加によ って反応を停止させ、溶液を酢酸エチル(200ml)によって希釈した。この 溶液を等量の飽和塩化ナトリウム溶液によって3回、水によって1回洗浄した。
有機層を分離し、乾燥させ(硫酸ナトリウム)、濾過し、ガム状になるまで減圧 下で蒸発させて、これを最少量のジクロロメタン:トリエチルアミン(19:1 )に再溶解して、シリカクロマトグラフィーカラムに負荷した。同じ溶媒による 溶出によって、標題化合物A1を無色ガム状物(1,8g、65%)として得た 。
’HNMR: (δ、CDCl5) :1. 1 1. 3. 12H,多重線 、4xCH、−,2,6,2H,多重線、CH2CN;2.8 3.2.6H, 多重線、2xCOCH2と−CH,−;3.5−3.9.14H,複合多重線、 2x 0CHs。
2x CHCCHs>、POCHz 、2x CHz ;4.0 4−2.3H 。
複合条[1線、−CHzとDMT−OCHs; 4.5.IH,多重線、CH− 0−P;5. 0. IH,多重線、CHOCo、5.3.IH,多重線、CH OCO;6゜8、 4H,多重線、芳香族、7. 2−7. 5. 9H,複合 多重線、芳香族。
実施例1 の2オリゴヌクレオチドの Applied Biosystems 3BOB DNA合成装置に添付され たプロトコールを用いて、固相担体上に第1(通常の)開裂可能なリンクを介し て、 5°−ジメトキシトリチル−N4−ベンゾイル−2° −デオキシシチジン、5 ° −ジメトキシトリチル−N!−インブチリル−2° −デオキシグアノシン 、5′ −ジメトキシトリチル−N“−ベンゾイル−2゛ −デオキシアデノシ ン、及び5°−ジメトキシトリチルチミジン(クルアヶム(Cruaches) )の3’ −(2−シアノエチル)−N、N−ジインプロピルアミノホスホロア ミダイトを個々のヌクレオチドの前駆物質として用いて、オリゴヌクレオチドを 形成した。開裂可能なリンカ一部分を第1オリゴヌクレオチドに試薬A1によっ て結合させた。試薬A1を無水アセトニトリル中にO,IMの濃度まで溶解し、 この溶液を含むボトルをDNA合成装置のスペア−試薬ポートの1つに取り付け た。(通常の)開裂可能なリンク(スクシニルグリシルグリシルアミノプロビル 、クルアヶム)を用いて結合した5°−保護ヌクレオシド(この場合にはデオキ シアデノシン)を有する制御多孔質ガラス又は固相担体を含むカラムを合成装置 に取り付けた。Applied Biosystems 380B DNA合成 装置に用いられる標準合成サイクルを用いて、下記配列: (5°)TTTTTTTTTT−L’ −TCGA (3’ )(開裂可能なリ ンカ一部分L°は試薬A1を用いて導入される)を合成するように、この合成装 置をプログラムした。カップリング(coapling)、酸化、キャッピング 及び脱トリチルに用いる反応工程の持続時間と試薬量は、試薬A1のカップリン グを含めて、各カップリングに関して同じであった。カラムの通常の濃アンモニ ア洗浄を実施して、オリゴヌクレオチドを回収ビン中に放出するように、この合 成装置をプログラムした。
このようにして、この合成装置は(a)3”−OH基と(通常の)開裂可能な第 1リンクとを用いて、制御多孔質ガラス担体に結合したオリゴヌクレオチドと、 ヌクレオチド前駆物質との連続反応によって配列(5°−3’ )TCGAの第 1オリゴヌクレオチドを形成する工程と; (b)第1オリゴヌクレオチドに開 裂可能なリンカ一部分を試薬A1によって結合させる工程と; (C)配列 ( 5°−3°)TTTTTTTTTTを有する開裂可能なリンカ一部分上に第2オ リゴヌクレオチドを形成して、式: [式中、−L’ −は次式: で示される開裂可能なリンカ−であり、式−P (0)(OCH2CHICN) −0−を有する基によって第1オリゴヌクレオチドと第2オリゴヌクレオチドと の5°酸素と3°酸素にそれぞれ結合する;Xはスクシニルグリシルグリシルア ミノプロピルスペーサーに含まれる開裂可能な第1リンクである]によって説明 されるように、開裂可能なリンカ一部分によって分離され、開裂可能なリンクに よって固相担体に結合した2個のオリゴヌクレオチドを生成する工程を実施する 。この合成装置は本発明の方法における工程(d)におけるようにアンモニウム 処理によって開裂可能な第1リンクXの開裂をも実施する。
アンモニウム溶液中に溶出したオリゴヌクレオチドを含むビンに、40%メチル アンモニウム水溶液1mlを加え、次に、このビンを55℃において16時間イ ンキュベートし、減圧下で蒸発乾固させた。残渣を水1ml中に再溶解した。
他の5個のオリゴヌクレオチドも上述したように通常の操作によって、但しメチ ルアミンによる処理を省略して合成した。これらは上記メチルアミン処理によっ て生成した生成物の分析に用いられる対照分子を表すように設計した。これらの オリゴヌクレオチドは下記配列を有した:1)(5・)−胃πππ(3°) 21 (5’l TCGA (3’) 31 +s’t ?0,2° fi (3’141 (S’l PO,” ’m ;^ (3′)S) +S’l τコ1−ττT門−丁cc^ (コ1)従って 、オリゴヌクレオチド1)と2)は開裂可能なリンクを含むオリゴヌクレオチド の開裂から予想される生成物と同じ長さと配列を有し、オリゴヌクレオチド3. 4及び5は開裂可能なリンクを含むオリゴヌクレオチドの部分開裂から予想され る生成物を表す。
上記工程(d)において製造されるオリゴヌクレオチド混合物をPharmac ia Mono−Qカラム上でのバッファーB中O〜25%バッファーAの線状 傾斜(linear gradient)を用いて、35分間にわたって分析し た、この場合にバッファーAは50mMトリス−クロリド(pH7,5)であり 、バッファーBは50mMトリス−クロリド7800mM塩化ナトリウム(pH 7,5)であった。これらの条件下で、対照オリゴヌクレオチド1)は29分間 の反応時間を有し、対照配列2)は9分間の反応時間を有し、対照配列3)は3 2分間の反応時間を有し、対照配列4)は13分間の反応時間を有し、対照配列 5)は39分間の反応時間を有した。
上記工[(d)で製造したオリゴヌクレオチド混合物のHPLCプロフィルはオ リゴヌクレオチド1と2の存在に一致するピークのみを示し、開裂可能なリンク の完全な切断が生じて、所望の生成物を生成したことを立証した。
天施倒l 1− への造: ;7. 25−7. 5 (9H,m、芳香族)。
工 2−Il己 八 の製造゛ 工程1からの生成物(4g、6. 2ミリモル)を、乾燥ジイソプロピルエチル アミン(4,4ml、25ミリモル)を含む乾燥ジクロロメタン(50ml)中 に溶解し、2−シアノエチル−N、N−ジイソプロピルアミノクロロホスフィン (1,67m1.7.44ミリモル)を滴加しながら、この溶液を乾燥アルゴン 流下で撹拌した。この溶液をアルゴン下、室温においてさらに30分間撹拌した 、このときにジクロロメタン:トリエチルアミン(19: 1)中でのTLCは 出発物質が存在しないことを示した。乾燥メタノール(5ml)の添加によって 反応を停止させ、溶液を酢酸エチル(200ml)によって希釈した。この溶液 をブライン(brine) (3x 200m l)と水(200ml)とによ って洗浄した。有機層を分離し、乾燥させ(MgS04)、濾過し、ガム状にな るまで蒸発させて、これを最少量のジクロロメタン:ヘキサン:トリエチルアミ ン(42: 55 : 3)に再溶解して、シリカクロマトグラフィーカラムに 負荷した。同じ溶媒による溶出とそれに続くジクロロメタン:トリエチルアミン (19・1)による溶出とによって、標題化合物を無色ガラス状物(3,8g、 72. 5%)として得た。
(2H,m、 −CHz−) ; 3.45−3.6 (6H,m、 C旦2S O!と2xC旦zOP); 3.7−4.O(IOH,m、2x−OCHs、C Hz−及び−C旦zsOJ ; 4.2 (IH,m、 DMT−QC旦) ;  4.5 (2H,m、 −C旦zOco); 5.O(IH,m、C旦0CO ) ; 6. 9 (4H,m、芳香族)ニア、2 7. 5 (9H,m、芳 香族)。
実施例A 試薬A1の代わりに無水アセトニトリル中にO,LMの濃度に溶解した試薬A1 を用いたことを除いて、実施例2の方法を繰り返して、固相担体に結合した2個 のオリゴデオキシリボヌクレオチドを合成した。
開裂可能なリンクによって固相担体に結合した2個の該オリゴヌクレオチドは実 施例2に記載した式によって説明されるが、この式において−L°−は式: によって示される開裂可能なリンカ−である。
本発明の方法の工程(d)後に見い出される2個の該オリゴヌクレオチドは実施 例2に述べたオリゴヌクレオチド1と4に同じであることが判明し、このことは 開裂可能なリンクの切断と、本発明の方法の工程(a)において形成されたオリ ゴヌクレオチドの5° −ヒドロキシルのホスホリル化とを実証した。
実施医旦 工程」二)聾1■グ隠造 これは、以下の(a)〜(f)と番号を付けた製造法を用いて合成した。DMT は4.4゛ −ジメトキシトリチルである。
−ジメトキシテトラヒドロフランの 造メカニカルスターラーを備えた、5リツ トル三つロフラスコ中のテトラヒドロフラン(500ml)中に2.5−ジヒド ロ−2,5−ジメトキシフラン(50g、アルドリッヒ、シス/トランス混合物 )を溶解した。フラスコの内容物を一5℃に冷却し、フラスコ内容物の温度を4 〜6℃の範囲に維持するような速度で激しく撹拌しながら、水(2250ml) 中の過マンガン酸カリウム(61,9g)を滴加した。この添加は80分間を要 した。反応混合物を次に15時間にわたって撹拌状態にして、室温に温度上昇さ せた。沈殿した二酸化マンガンをセリ力に通して濾別し、THF (200ml )によって洗浄した。無色透明な濾液を蒸発させ、残渣を酢酸エチル(200m l)と共に、フラスコ壁に付着した物質がなくなるまで、激しく振とうした。K OHの微細な沈殿をガラスシンター(glass 5innter)上で濾別し 、酢酸エチルで洗浄した。濾液を回転蒸発させて、標題化合物を金色シロップ( 24,4g、38.6%)として得た。この化合物は主として、di生成物(2 0%)で汚染されたメソ生成物(80%)であった。
13C−NMR: l成物 CHsO55,462ppm す工生成惣 CHso 56.451ppm(b)下記化合惣例警逍上 上記工程(a)からの生成物(1,7g)を乾燥ピリジン(10ml)中に溶解 し、4−N、N−ジメチルアミノピリジン(DMAP)(100mg)を加えた 。混合物をスワーリングして(swirled)、固体を溶解して、塩化ベンゾ イル(1,2m1)を加えた。この混合物を20℃において16時間放置した。
この混合物を回転蒸発させ、残留ピリジンをトルエンとの反復同時蒸発によって 除去した。
残留油状物を酢酸エチルとIMHCI(各40m1)とに分配した。有機層を水 、I M N a HCOs及び飽和ブライン(各40m1)によって連続的に 洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、回転蒸発させた。残留油状物 をジクロロメタン/メタノール(19/1)に再溶解して、シリカカラムに負荷 した。
同じ溶媒による溶出によって、目的化合物を白色固体(L l1g、38%)と CHxO: 55.680と55.951ppmC)(OHとCHOCOニア5 .016と77.973ppmCHOCHs: 107.136と109.89 9ppmCaHs: 128.576.129.300.i29.95及び13 3.952ppm 旦0: 166.076ppm (c)下記化合物Ω製造! 上記工程(b)からの生成物(2,47g) 、4. 4°−ジメトキシトリチ ルクo+)F (3,12g)及びDMAP (0,15g)を乾燥ピリジン( 20ml)中で室温において16時間撹拌した。溶媒を回転蒸発によって除去し 、残留ピリジンをトルエンとの反復同時蒸発によって除去した。残渣を酢酸エチ ルと水(各50m1)とに分配し、有機層をIM 炭酸水素ナトリウム溶液によ って、次に飽和ブライン(各20m1)によって洗浄し、硫酸マグネシウム上で 乾燥させ、濾過し、油状物になるまで回転蒸発させ、これをメタノール中メチル アミンの溶液(120m1.7.5M)中に溶解して、室温において24時間イ ンキュベートした。この溶液を濾過し、濾液を油状物になるまで回転蒸発させ、 これを最少量の石油(b、p、60〜80℃)/酢酸エチル(3/2)中に再溶 解して、シリカカラムに負荷した。同じ溶媒による溶出によって、目的化合物( 2,3g)を白色泡状物として得、これをもはや特徴づけ(character ization)を行わずに次の工程に直接用いた。
(d)試薬Δ1Ω製造工 上記工程(c)からの生成物(2,28g)を乾燥ピリジン(20ml)中に溶 解し、無水コハク酸(0,55g)とDMAP (0,4g)とを加えた。この 混合物をスヮーリングして、固体を溶解した後に、室温において」、6時間放置 した。溶媒を回転蒸発によって除去し、残留ピリジンをトルエンとの反復同時蒸 発によって除去した。残渣を酢酸エチルと10%(W/V)クエン酸(各50m 1)とに分配した。有機層を水と次に飽和ブライン(各50m1)とによって洗 浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、油状物になるまで蒸発させて、 これを最少量のジクロロメタン/メタノール(19/1)に再溶解して、シリカ カラムに負荷した。同じ溶媒による溶出によって、標題化合物を無色ガラス状物 (1゜98g、71.4%)として得た。
”C−NMR: OCCH! CH! COのcHt基:28.790pI)mと28,939p 1)mCHxOA r : 54. 988 ppmCHsOHx2 : 55 .251ppmCHxOAr : 56.039ppmCHODMTとCHOC Oニア5.518ppmと76.424ppmDMTの第4級C:106.57 2ppmと87.194ppmArCH:113.245ppm、127.82 1ppm、128.337ppm、129.160ppm、130.250pp m及び130.280ppmAr第4級C:139.893ppm、136.0 35ppm、144.855ppm及び158.859ppm Coo:170.879ppm Coo:177.540.ppm (e)下記化合物Ω製造: 溶解し、N、N−ジシクロへキシルカルボジイミド(0,384g、0.5me q)を加えた。フラスコをスワーリングすることによって固体を溶解した後に、 1時間20℃に放置した。ジシクロヘキシル尿素を濾別し、ジクロロメタン(3 g2ml)によって洗浄した。濾液と洗液を一緒にし、回転蒸発させた。これに 、乾燥ピリジン(6ml)中の工程(1)生成物(0,708g、1.27me q)の溶液を加えた。溶解が終了したときに、フラスコを20℃に39時間放置 し、次に回転蒸発させた。残留ピリジンをトルエンとの反復同時蒸発によって除 去した。残留油状物を最少量のジクロロメタン:メタノール(96:4)中に溶 解し、シリカカラムに負荷した。同じ溶媒による溶出によって、標題化合物を黄 色泡状物(0,764g、63.4%)を得た。
’HNMRδ(CDCIg):2.6−2.8 (4H,m、2xCOC旦、) ;3.25−3.5 (12H,4s、 4x−OCHs) ; 3.8 (6 H,s、 2H);5.O(2H,m、2xCHOCO);5.15 (2H, m、2xCHOCHs) ; 6. 9 (4H,m、芳香族) ;7. 1− 7. 55 (9H,m、芳香族)(f)試墓人主の型造。
工程(e)からの生成物(0,5g、0.702ミリモル)を、乾燥ジイソプロ ピルエチルアミン(0,495m1.2.81ミリモル)を含む乾燥ジクロロメ タン(15ml)中に溶解し、2−シアノエチル−N、 N−ジイソプロピルア ミノクロロホスフィン(0,189m1.0.843ミリモル)を滴加しながら 、この溶液を乾燥アルゴン流下で撹拌した。溶液をアルゴン下、室温においてさ らに30分間撹拌し、このときにジクロロメタンニトリエチルアミン(19:1 )中でのTLCは出発物質が存在しないことを示した。乾燥メタノール(5ml )の添加によって反応を停止させ、この溶液を酢酸エチル(200ml)によっ て希釈した。この溶液をブライン(3g200ml)と水(200ml)とによ って洗浄した。有機層を分離し、乾燥させ(MgSO<)、濾過し、ガム状物に なるまで蒸発させ、これを最少量のジクロ口メタン:ヘキサンコトリエチルアミ ン(42:55:3)中に再溶解し、シリカカラムに負荷した。同じ溶媒による 溶出と次のジクロロメタン:トリエチルアミン(19:1)による溶出とによっ て、標題化合物を無色ガラス状物(0,52g、81.3%)を得た。
’HNMRδ(CDCIg):1.1−1.3 (14H,m、2xC旦(CH s) 2) ; 2.5 (2H,m、 C旦2CN) ; 2.6−2.8  (4H,m、 2xCOC旦2):3.2 3.6 (14H,m、 4x−O CHsとC旦zOP);3゜8 (6H,s、2xArOC旦、):4.0 ( IH,DMT−QC旦);4.3(IH,m、 CHOCHs) ; 4.4− 4.6 (2H,m、 C旦ocHxとC旦OP) ; 5. O(2H,m、  2xC旦0CO);5.20 (2H,m、2xCHOCH3) ; 6.  9 (4H,m、芳香族) ; 7. 1−7. 5 (9H,m、芳香族)。
実施例旦 固相担体に結合した2個のオリゴヌクレオチドを合成するために、実施例2の方 法を繰り返したが、但し、この場合には、試薬A1の代わりに、O,IMの濃度 まで無水アセトニトリル中に溶解した試薬A3を用いた。
開裂可能なリンクによって固相担体に結合した2個のオリゴヌクレオチドは実施 例2に記載した式によって説明され、この式中、−L”−は式:によって示され る開裂可能なリンカ−である。
本発明の方法の工程(d)後に見い出される2個のオリゴヌクレオチドは実施例 2に述べたオリゴヌクレオチド1と2に同じであることが判明し、このことは該 開裂可能なリンクの切断と目的生成物の生成とを実証した。
補正書の翻訳文提出書 (特許法第184条の8) 平成 6年10月 3日

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.下記工程: (i)固相担体に結合した開裂可能な第1リンク上に第1オリゴヌクレオチドを 形成する工程と; (ii)該第1オリゴヌクレオチドに開裂可能なリンカー部分を結合させる工程 と; (iii)該開裂可能なリンカー部分上に第2オリゴヌクレオチドを形成する工 程と; (iv)該開裂可能な第1リンクと該開裂可能なリンカー部分とを開裂させて、 複数のオリゴヌクレオチドを得る工程と を含む複数のオリゴヌクレオチドの合成方法において、開裂可能なリンカー部分 が式(1) ▲数式、化学式、表等があります▼(1)[式中、A1とA2の一方又は両方が 式(a):▲数式、化学式、表等があります▼(a)(式中、R1とR2はそれ ぞれ独立的に、H、任意に置換されたアルキル、任意に置換されたアルコキシ、 任意に置換されたアリールオキシ、ハロゲン、シアノ、ニトロ、任意に保護され たヒドロキシ、任意に保護されたオキシカルボニル、任意に保護されたNH2、 又は電子吸引基であり;YはCH2、CH2CH2、NH、S又はOである)で 示される二価基であり;Eは有機スペーサー基であり;A1又はA2によって表 される残りの基は式(b):▲数式、化学式、表等があります▼(b)(式中、 nは1〜5の値を有し、星印で標識された炭素原子は式(1)中に示さされる酸 素原子に結合し;各R3は独立的にH又は任意に置換されたアルキルを表す)で 示される基である] によって示される前記方法。 2.開裂可能なリンカー部分の開裂が、それぞれ3′と5′位置に、ヒドロキシ 及びホスフェートから選択される基を有する複数のオリゴヌクレオチドを生ずる 請求項1記載の方法。 3.開裂可能なリンカー部分の開裂が、それぞれ3′位置に、ヒドロキシ基を有 する複数のオリゴヌクレオチドを生ずる請求項1又は2に記載の方法。 4.工程(i)〜(iii)を自動化オリゴヌクレオチド合成装置を用いて実施 し、工程(iv)を塩基性条件下で20〜100℃の温度において最大限48時 間まで実施する請求項1〜3のいずれかに記載の方法。 5.式(1)の開裂可能なリンカー部分が請求項6〜18のいずれかに記載の式 (3)化合物から誘導される請求項1〜4のいずれかに記載の方法。 6.式(3): ▲数式、化学式、表等があります▼(3)[式中、A1とA2の一方又は両方が 式(a):▲数式、化学式、表等があります▼(a)(式中、R1とR2はそれ ぞれ独立的に、H、任意に置換されたアルキル、任意にに置換されたアルコキシ 、任意に置換されたアリールオキシ、又は電子吸引基であり;YはCH2、CH 2CH2、NH、S又はOである)で示される二価基であり;Eは有機スペーサ ー基であり;A1又はA2によって表される残りの基は式(b)▲数式、化学式 、表等があります▼ (式中、nは1〜5の値を有し、星印で標識された炭素原子は式(3)中に示さ される酸素原子に結合し;各R3は独立的にH又は任意に置換されたアルキルを 表す)で示される基であり;Z1は酸不安定性保護基であり;−O−PAはホス ホロアミダイト基、リン酸エステル基又はH−ホスホネート基である]で示され る化合物。 7.A1とA2が両方とも式(a)を有する請求項6記載の化合物。 8.A1が式(a)を有する基であり、A2が式(b)を有する基である請求項 8記載の化合物。 9.YがO又はCH2である請求項6〜8のいずれかに記載の化合物。 10.Eが、任意にエーテル、チオエーテル、アミノ又はアミド基によって割り 込まれた、アルキル、アリール又はアラルキルスペーサー基である請求項6〜9 のいずれかに記載の化合物。 11.Eが任意に置換されたフェニレン又はC2−6アルキレンである請求項1 0記載の化合物。 12.R1とR2がそれぞれ独立的にH、アルキル又はアルコキシである請求項 6〜11のいずれかに記載の化合物。 13.R3が独立的にC1−4アルキル又はHである請求項6〜12のいずれか に記載の化合物。 14.Z1がジメトキシトリチルである請求項6〜13のいずれかに記載の化合 物。 15.O−PAが式: ▲数式、化学式、表等があります▼ [式中、R5とR6はそれぞれ独立的に、炭素数10までの、任意に置換された アルキル、任意に置換されたアラルキル、シクロアルキル及びシクロアルキルア ルキルであるか、又はそれらが結合する窒素原子と共に、任意に置換されたピロ リジン若しくはピペリジン環を形成するか、又はR5とR6は、それらが結合す る窒素原子と共に考えられる時に、窒素、酸素及び硫黄から成る群から選択され る1個以上の付加的ヘテロ原子を任意に含む飽和窒素複素環を形成し;R7は水 素又は保護基を表す] で示されるホスホロアミダイトである請求項6〜14のいずれかに記載の化合物 。 16.式(a)基において、Yが0であり、R1とR2が両方とも水素又はメト キシであり;式(b)基が−■CH2CH2−SO2−CH2−CH2−である 請求項6〜15のいずれかに記載の化合物。 17.A1とA2が両方とも式(a)を有し、YがOであり、R1とR2が両方 とも水素又はメトキシであり;Eが−CH2CH2−であり、Z1がジメトキシ トリチルであり、O−PAが式: ▲数式、化学式、表等があります▼ [式中、R5とR6はそれぞれイソプロピルであり、R7は2−シアノエチルで ある] で示されるホスホロアミダイトである請求項6〜16のいずれかに記載の化合物 。 18.A1が式(a)[式中、YがOであり、R1とR2が両方とも水素又はメ トキシである]を有し;A2が−■CH2CH2−SO2−CH2CH2−であ り、Z1がジメトキシトリチルであり、O−PAが式:▲数式、化学式、表等が あります▼ [式中、R5とR6は両方ともイソプロピルであり、R7は2−シアノエチルで ある] で示されるホスホロアミダイトである請求項6〜17のいずれかに記載の化合物 。 19.式: ▲数式、化学式、表等があります▼ [式中、A1、E、A2は請求項6〜18のいずれかで定羲された通りである] で示される開裂可能なリンカー部分を含む1個又は複数の基によって連結した2 個以上のオリゴヌクレオチドを含む化合物。 20.複数のオリゴヌクレオチドを合成するための請求項6〜18のいずれかで 定羲された化合物の使用。
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