JP7353576B2 - Cd33、nkg2d、及びcd16に結合する多重特異性結合タンパク質、ならびにその使用方法 - Google Patents
Cd33、nkg2d、及びcd16に結合する多重特異性結合タンパク質、ならびにその使用方法 Download PDFInfo
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Description
本出願は、2018年2月20日に出願された米国仮特許出願第62/632,756号及び2018年5月28日に出願された米国仮特許出願第62/677,137号の利益及び優先権を主張するものであり、その開示の全体は、全ての目的について、参照により本明細書に援用される。
本出願は、電子的に提出されたASCII形式の配列表を含み、当該配列表は、その全体が参照により本明細書に援用される。2019年2月20日に作成された当該ASCIIのコピーの名称は、DFY_070WO_SL25.txtであり、サイズは、571,170バイトである。
本発明は、CD33(Siglec-3)に結合し、抗CD33モノクローナル抗体と比較して高い効力及び標的細胞の最大溶解を呈する、多重特異性結合タンパク質に関する。
(1)配列番号81に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号82に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29379]、
(2)配列番号83に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号84に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29463]、
(3)配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号86に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27744]、
(4)配列番号87に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27749]、
(5)配列番号191に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[A49MI]、または
(6)配列番号89に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号90に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29378]
を含み得る。
(a)NKG2Dに結合するFabフラグメントを含む第1の抗原結合部位と、
(b)重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む、CD33に結合する一本鎖可変フラグメント(scFv)を含む第2の抗原結合部位と、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部分、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位とを含み、scFvは、CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部分、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位に、Ala-SerまたはGly-Ala-Serを含むヒンジを介して連結される、タンパク質を提供する。
少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号294に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号295に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号296に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号297に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号298に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号299に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号300に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号301に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号302に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号303に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号418に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号419に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。特定の実施形態において、CD33に結合する第2の抗原結合部位は、配列番号420に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号421に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
特定の実施形態において、本発明は、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメインと、配列番号2に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメインとを含む、抗原結合部位を提供する。特定の実施形態において、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメインを含む抗原結合部位は、配列番号21のアミノ酸配列によって表されるCDR1配列と、配列番号22のアミノ酸配列によって表されるCDR2配列と、配列番号23のアミノ酸配列によって表されるCDR3配列とを含む。特定の実施形態において、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメインを含む抗原結合部位は、配列番号434のアミノ酸配列によって表されるCDR1配列と、配列番号22のアミノ酸配列によって表されるCDR2配列と、配列番号435のアミノ酸配列によって表されるCDR3配列とを含む。特定の実施形態において、配列番号2のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体軽鎖可変ドメインを含む抗原結合部位は、配列番号24のアミノ酸配列によって表されるCDR1配列と、配列番号25のアミノ酸配列によって表されるCDR2配列と、配列番号26のアミノ酸配列によって表されるCDR3配列とを含む。
一態様において、本発明は、ヒトCD33及び/またはカニクイザル/アカゲザル(cyno)CD33の細胞外ドメイン上のエピトープに結合する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、ヒトCD33及び/またはカニクイザル/アカゲザル(cyno)CD33の細胞外ドメイン上の1つ以上の立体構造エピトープを認識及び結合する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、ヒトCD33の細胞外ドメイン上の1つ以上の立体構造エピトープを認識及び結合するが、cyno CD33の細胞外ドメイン上の1つ以上の立体構造エピトープは認識及び/または結合しない、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、R69GアレルのヒトCD33に結合する、抗原結合部位を提供する。特定の実施形態において、本発明は、R69GアレルのヒトCD33に結合する抗原結合部位を提供し、抗原結合部位は、EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYGMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGGPYYDSSGYFVYYGMDVWGQGTTVTVSS[配列番号1]のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変ドメインは、配列番号1に対して少なくとも95%同一である。いくつかの実施形態において、重鎖可変ドメインは、配列番号1のアミノ酸配列FTFSSYGMS[配列番号21]を第1の相補性決定領域1(「CDR1」)として、NIKQDGSEKYYVDSVKG[配列番号22]を第2のCDR(「CDR2」)として、及びAREGGPYYDSSGYFVYYGMDV[配列番号23]を第3のCDR(「CDR3」)として、含む。特定の実施形態において、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインと一緒になって、CD33に結合することが可能な抗原結合部位を形成する。例えば、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体重鎖可変ドメインは、アミノ酸配列DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYESFPTFGGGTKVEIK[配列番号2]に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体軽鎖可変ドメインと対になることができる。特定の実施形態において、配列番号1のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体重鎖可変ドメインは、配列番号2のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であり、配列番号2のアミノ酸配列RASQSISSWLA[配列番号24]をCDR1として、DASSLES[配列番号25]をCDR2として、及びQQYESFPT[配列番号26]をCDR3として含む、抗体軽鎖可変ドメインと対になることができる。
一態様において、本発明は、野生型ヒトCD33に結合するが、R69GアレルのヒトCD33には結合しない重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。特定の実施形態において、本発明は、R69GアレルのヒトCD33に結合しない抗原結合部位を提供し、抗原結合部位は、QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFSDYYMHWVRQAPGQGLEWMGMINPSWGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCAREAADGFVGERYFDLWGRGTLVTVSS[配列番号7]のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変ドメインは、配列番号7に対して少なくとも95%同一である。いくつかの実施形態において、重鎖可変ドメインは、配列番号7のアミノ酸配列YTFSDYYMH[配列番号39]をCDR1として、MINPSWGSTSYAQKFQG[配列番号40]をCDR2として、及びAREAADGFVGERYFDL[配列番号41]をCDR3として、組み込む。特定の実施形態において、配列番号7のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む抗体重鎖可変ドメインは、軽鎖可変ドメインと一緒になって、CD33に結合することが可能な抗原結合部位を形成する。例えば、配列番号7のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体重鎖可変ドメインは、アミノ酸配列DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLYSNGYNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSNRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQDVALPITFGGGTKVEIK[配列番号8]に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体軽鎖可変ドメインと対になることができる。特定の実施形態において、配列番号7のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である抗体重鎖可変ドメインは、配列番号8のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であり、配列番号8のアミノ酸配列RSSQSLLYSNGYNYLD[配列番号42]をCDR1として、LGSNRAS[配列番号43]をCDR2として、及びMQDVALPIT[配列番号44]をCDR3として含む、抗体軽鎖可変ドメインと対になることができる。
一態様において、本発明は、R69を含むヒトCD33上のユニークエピトープに結合する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。特定の実施形態において、本発明は、R69を含むヒトCD33上のユニークエピトープに結合する抗原結合部位を提供し、抗原結合部位は、QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFSDYYMHWVRQAPGQGLEWMGMINPSWGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCAREAADGFVGERYFDLWGRGTLVTVSS[配列番号7]のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む、重鎖可変ドメインを含む。
一態様において、本発明は、S128NアレルのヒトCD33に結合する、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、野生型ヒトCD33に結合するが、S128NアレルのヒトCD33には結合しない重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、S128を含むヒトCD33上のユニークエピトープに結合する重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、グリコシル化感受性的にヒトCD33のVドメインに結合する、例えば、Vドメインが脱グリコシル化している場合にのみ、CD33のVドメインに結合する、重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
一態様において、本発明は、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、または302のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含み、標的CD33のグリコシル化プロファイルに関係なく、ヒトCD33の細胞外ドメインに結合する、重鎖可変ドメインを含む、抗原結合部位を提供する。
特定の実施形態において、本発明は、配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、または302のアミノ酸配列に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメインを含むヒトCD33抗原結合部位を含み、ヒトCD33に結合する抗原結合部位と同一または異なる第2の抗原結合部位を更に含む、タンパク質を提供する。
配列番号1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、及び/または302の抗体重鎖可変ドメインは、任意選択により、CH1ドメインの有無にかかわらず、ヒンジ、CH2及びCH3ドメインを含むIgG定常領域などの抗体定常領域に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列に結合され得る。いくつかの実施形態において、定常領域のアミノ酸配列は、ヒトIgG1定常領域、IgG2定常領域、IgG3定常領域、またはIgG4定常領域などのヒト抗体定常領域に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である。いくつかの他の実施形態において、定常領域のアミノ酸配列は、ウサギ、イヌ、ネコ、マウス、またはウマなどの別の哺乳動物に由来する抗体定常領域に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一である。定常領域には、ヒトIgG1定常領域と比較して、例えば、Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411及び/またはK439に、1つ以上の変異が組み込まれてもよい。例示的な置換としては、例えば、Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、T350V、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、T394W、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D、及びK439Eが挙げられる。
特定の実施形態において、本発明は、がん細胞上のCD33ならびにナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体に結合して、ナチュラルキラー細胞を活性化するタンパク質(例えば、多重特異性結合タンパク質)中の抗原結合部位を提供する。本明細書で使用されるとき、「抗体」という用語は、1つ以上の抗原結合部位(例えば、CD33に結合する抗原結合部位)を含むタンパク質(例えば、多重特異性結合タンパク質)を包含し、単一特異的抗体に限定されない。特定の実施形態において、タンパク質(例えば、多重特異性結合タンパク質)または抗体はまた、三重特異性NK細胞結合治療(TriNKET)とも呼ばれる、三重特異性抗体である。タンパク質(例えば、多重特異性結合タンパク質)は、本明細書に記載される医薬組成物及び治療法に有用である。CD33、ならびにナチュラルキラー細胞上のNKG2D受容体及びCD16受容体に結合する抗原結合部位を含むタンパク質の結合は、ナチュラルキラー細胞によるがん細胞の破壊活性を増強する。がん細胞上のCD33に結合する抗原結合部位を含むタンパク質(例えば、多重特異性結合タンパク質)の結合は、がん細胞をナチュラルキラー細胞に近づけ、これにより、ナチュラルキラー細胞によるがん細胞の直接的及び間接的な破壊を促進する。例示的な多重特異性結合タンパク質の更なる説明は、以下に記載される。
SYSMN[配列番号192]のアミノ酸配列を含むCDR1、
SISSSSSYIYYADSVKG[配列番号112]のアミノ酸配列を含むCDR2、及び
GAPXGAAAGWFDP[配列番号527]のアミノ酸配列を含むCDR3(配列中、Xは、A、V、L、I、P、F、W、G、S、T、C、N、Q、またはYである)を含む、重鎖可変ドメインと、
RASQGISSWLA[配列番号114]のアミノ酸配列を含むCDR1、
AASSLQS[配列番号115]のアミノ酸配列を含むCDR2、及び
QQGVSFPRT[配列番号116]のアミノ酸配列を含むCDR3を含む、軽鎖可変ドメインとを含む。
(1)配列番号81に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号82に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29379]、
(2)配列番号83に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号84に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29463]、
(3)配列番号85に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号86に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27744]、
(4)配列番号87に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27749]、
(5)配列番号191に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[A49MI]、または
(6)配列番号89に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号90に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-29378]を含む。
(1)配列番号124に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号125に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27705]、
(2)配列番号129に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号130に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27724]、
(3)配列番号131に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号132に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27740]、
(4)配列番号133に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号134に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27741]、
(5)配列番号135に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号136に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-27743]、
(6)配列番号137に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号138に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-28153]、
(7)配列番号139に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号140に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン[ADI-28226(C26)]、
(8)配列番号141に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号142に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号143に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号144に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号145に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号146に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(11)配列番号147に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号148に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(12)配列番号149に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号150に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(13)配列番号151に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号152に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(14)配列番号153に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号154に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(15)配列番号155に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号156に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(16)配列番号157に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号158に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(17)配列番号159に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号160に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(18)配列番号161に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号162に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(19)配列番号163に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号164に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(20)配列番号165に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号166に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(21)配列番号167に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号168に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(22)配列番号175に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号176に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(23)配列番号583に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号584に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(24)配列番号585に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号580に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む。
Ab1 scFv(LC-HC)-Fc(Q347R、D399V、F405T、及びS354Cの置換)
I07 scFv(LC-HC)-Fc(Q347R、D399V、F405T、及びS354Cの置換)
A49 VH-CH1-Fc(K360E、K409W、及びY349Cの置換)
A49 VH-CH1-Fc(Q347R、D399V、F405T、及びS354Cの置換)
A49MI VH-CH1-Fc(K360E、K409W、及びY349Cの置換)
A49MI VH-CH1-Fc(Q347R、D399V、F405T、及びS354Cの置換)
I07 scFv-Fc(si)
H76 scFv-Fc
一態様において、本発明は、CD33への結合に対して、本明細書に記載されるCD33結合部位と競合する抗原結合部位を含む、タンパク質を提供する。特定の実施形態において、本発明は、ヒト及びカニクイザルCD33への結合について、配列番号1のアミノ酸配列を有する抗体重鎖及び配列番号2のアミノ酸配列を有する抗体軽鎖を含む抗体と競合する抗原結合部位を含む、タンパク質を提供する。
本開示の別の態様は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位を含む、分子または複合体を提供する。例示的な分子または複合体としては、キメラ抗原受容体(CAR)、T細胞エンゲージャー(例えば、CD33/CD3指向性二重特異性T細胞エンゲージャー)、免疫サイトカイン、抗体-薬物コンジュゲート、及びイムノトキシンが挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、本開示は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位(例えば、表1参照)を含むCD33標的化CARを提供する。CD33標的化CARは、FabフラグメントまたはscFvを含み得る。
特定の実施形態において、本開示は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位を含む、CD33/CD3指向性二重特異性T細胞エンゲージャーを提供する。特定の実施形態において、CD33/CD3指向性二重特異性T細胞エンゲージャーは、配列番号187に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、CD33/CD3指向性二重特異性T細胞エンゲージャーは、配列番号197に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。
特定の実施形態において、本開示は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位と、サイトカインとを含む、免疫サイトカインを提供する。当該技術分野において知られている任意のサイトカイン(例えば、炎症促進性サイトカイン)を使用することができ、これらには、限定するものではないが、IL-2、IL-4、IL-10、IL-12、IL-15、TNF、IFNα、IFNγ、及びGM-CSFが含まれる。より例示的なサイトカインは、米国特許第9,567,399号に開示されている。特定の実施形態において、抗原結合部位は、化学結合(例えば、共有結合的または非共有結合的化学結合)によって、サイトカインに接続される。特定の実施形態において、抗原結合部位は、ポリペプチドの融合によって、サイトカインに接続される。免疫サイトカインは、CD33に結合する抗原結合部位に接続されたFcドメインを更に含み得る。特定の実施形態において、免疫サイトカインは、配列番号187に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、免疫サイトカインは、配列番号197に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、サイトカインは、直接的にまたはリンカーを介して、Fcドメインに接続される。
特定の実施形態において、本開示は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位と、細胞傷害性薬物部分とを含む、抗体-薬物コンジュゲートを提供する。例示的な細胞傷害性薬物部分は、国際特許出願公開第WO2014/160160号及び同第WO2015/143382号に開示されている。特定の実施形態において、細胞傷害性薬物部分は、アウリスタチン、N-アセチル-カリケアミシンγ、メイタンシノイド、ピロロベンゾジアゼピン、及びSN-38から選択される。抗原結合部位は、化学結合(例えば、共有結合的または非共有結合的化学結合)によって、細胞傷害性薬物部分に接続され得る。特定の実施形態において、抗体-薬物コンジュゲートは、CD33に結合する抗原結合部位に接続されたFcドメインを更に含む。特定の実施形態において、抗体-薬物コンジュゲートは、配列番号187に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、抗体-薬物コンジュゲートは、配列番号197に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、細胞傷害性薬物部分は、直接的にまたはリンカーを介して、Fcドメインに接続される。
特定の実施形態において、本開示は、本明細書で開示されるCD33に結合する抗原結合部位と、細胞傷害性ペプチド部分とを含む、イムノトキシンを提供する。当該技術分野において知られている任意の細胞傷害性ペプチド部分を使用することができ、これらには、限定するものではないが、リシン、ジフテリア毒素、及びシュードモナス外毒素Aが含まれる。より例示的な細胞傷害性ペプチドは、国際特許出願公開第WO2012/154530号及び同第WO2014/164680号に開示されている。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、化学結合(例えば、共有結合的または非共有結合的化学結合)によって、タンパク質に接続される。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、ポリペプチドの融合によって、タンパク質に接続される。イムノトキシンは、CD33に結合する抗原結合部位に接続されたFcドメインを更に含み得る。特定の実施形態において、イムノトキシンは、配列番号187に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、イムノトキシンは、配列番号197に対して少なくとも90%(例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態において、細胞傷害性ペプチド部分は、直接的にまたはリンカーを介して、Fcドメインに接続される。
本発明は、本明細書に記載される多重特異性結合タンパク質及び/または本明細書に記載される医薬組成物を使用して、がんを治療するための方法を提供する。方法は、それを必要とする患者に、本明細書に記載される多重特異性結合タンパク質の治療上有効な量を投与することによって、CD33を発現する種々のがんを治療するために使用され得る。
本発明の別の態様は、併用治療を提供する。本明細書に記載される多重特異性結合タンパク質は、がんを治療するための追加の治療薬と組み合わせて使用される。
本開示はまた、本明細書に記載されるタンパク質の治療上有効な量を含有する医薬組成物を特徴とする。組成物は、様々な薬物送達システムでの使用のために製剤化され得る。1つ以上の生理学的に許容される賦形剤または担体もまた、適切な製剤のために組成物に含まれ得る。本開示での使用に好適な製剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Company,Philadelphia,Pa.,17th ed.,1985に見出される。薬物送達法に関する簡潔な総論については、例えば、Langer(Science 249:1527-1533,1990)を参照されたい。
異なるCD33バリアント(ヒトCD33 ECD、cyno CD33 ECD、ヒトCD33のVドメイン、CドメインまたはヒトCD33及び選択したCD33 SNP)を用いた、抗CD33抗体の一連のFabフラグメントのカイネティクス及び親和性を、Biacore 8K機器(GE Healthcare)を使用した表面プラズモン共鳴によって評価した。抗Fab抗体を、標準的なアミンカップリング化学反応を使用して、CM5チップ上に固定した。CD33 FABを抗Fabチップ上に約100RUの密度で捕捉した。異なる濃度の可溶性単量体CD33またはそのドメインを含有する溶液を、捕捉させたFAB表面及びコントロール表面に、30μl/分、37℃で注入した。各表面は、サイクル間で、10mMグリシン(pH1.8)を素早く注入することによって再生した。反応速度定数を得るために、Biacore 8K Evaluationソフトウェア(GE Healthcare)を使用して、ダブルリファレンスを行ったデータを1:1相互作用モデルにフィッティングした。平衡結合定数KDを結合速度定数の比kd/kaによって決定した。
ForteBio親和性測定を、Estep et al.,High throughput solution-based measurement of antibody-antigen affinity and epitope binning.Mabs 5(2),270-278(2013)に概ね記載されているようにOctet HTXで実施した。簡潔に述べると、ForteBio親和性測定は、IgGをAHCセンサー上にオンラインでローディングすることによって実施した。センサーをアッセイバッファーで30分間オフラインで平衡化し、次いで、ベースライン確立のためにオンラインで60秒間モニタリングした。IgGをロードしたセンサーを100nM抗原に3分間曝露し、その後、解離速度測定のために、アッセイバッファーに3分間移した。1:1結合モデルを使用して、全てのカイネティクスを解析した。結果を表11に示す。
表11.BLIによって測定した、IgG抗体へのヒトCD33結合のカイネティクスパラメーター。
ヒトCD33とcyno CD33の間の相同性は非常に高いにもかかわらず(ECDでは87%)、市販の抗CD33抗体、例えば、リンツズマブ、マイロターグなどのほとんどは、cyno CD33との交差反応性がない。図2は、全長ヒトCD33及びcyno CD33のアラインメントを示し、ECDドメイン中の一次配列の差が強調されている。
表12.SPRにより37℃で測定した、Fabに対するヒトCD33 ECD及びcyno CD33 ECD結合のカイネティクスパラメーター。結合なしとは、最高濃度100nMでシグナルがないことと定義される。
各CD33抗体のFabフラグメントとCD33との間の結合界面をマッピングした。図5A~5Tは、ヒトCD33の個々のドメイン(Vドメイン及びCドメイン)に対する種々のCD33抗体のFabフラグメントの結合を示す。試験したいずれの抗体でも、Cドメインへの結合は観察されなかった。ADI-11815は、VドメインまたはCドメインのいずれにも結合しなかったことから、ユニークな立体構造エピトープを必要とすることが示唆された。
表13.37℃で実施した、ヒトCD33の組み換え全長ECD及びVドメインに対するFAB結合のBiacore解析。アスタリスクは、Vドメインに部分的に位置する立体構造エピトープに結合する抗体を示す。
抗CD33抗体がグリコシル化CD33を認識する能力をアッセイした。表14は、抗体が、そのグリコシル化状態にかかわらず、Vドメインを認識することを示す。ヒトCD33は、高度にグリコシル化されており、2つのグリコシル化部位がVドメインに位置する。種々の細胞におけるCD33のグリコシル化レベルの違いは、文献に報告されている。グリコシル化は、標的への抗体結合を潜在的に阻害し得る。いくつかの試料において、試験前にVドメインをPNGaseによって脱グリコシル化した。脱グリコシル化状態は、SDS-PAGE及びMSでのシフトによって確認した。表14で試験した全ての抗体は、ADI-10163、ADI-10165、ADI-10167、及びADI-10173を除き、完全にグリコシル化したバージョンと同様に、脱グリコシル化したV CD33に結合した。
表14.37℃で実施した、完全にグリコシル化したVドメイン及び脱グリコシル化したVドメインへのFAB結合のBiacore解析。
抗CD33抗体がCD33中のR69G変異を認識する能力をアッセイした。CD33に関しては、いくつかのSNPが記載されているが、R69Gが特に顕著であり、集団の39~42%で生じる。表15は、R69G変異を含有するヒトCD33に結合する抗体を示す。
表15.CD33 R69GへのFAB結合のBiacore解析。
抗CD33抗体がCD33中のS128N変異を認識する能力をアッセイした。表16は、S128N変異を含有するヒトCD33への抗体結合を示す。ヒトCD33へのADI-10152、ADI-10154、ADI-10157、ADI-10158、ADI-10163、ADI-10164、ADI-10165、ADI-10167、ADI-10168、及びADI-10173の結合親和性は、S128N SNPによって低下した。
表16.CD33 S128NへのFAB結合のBiacore解析。
ADI-11815のCD33結合ドメインの結合エピトープをアッセイした。図6及び表17は、ADI-11815がユニークな立体構造エピトープを有することを示す。この抗体は、ヒトCD33の全長ECDに結合するが、個々のドメインには結合せず、リンツズマブとクロスブロックしない。
表17.ヒトCD33の種々のドメイン及びSNP R69GへのADI-11815 Fab結合のカイネティクスパラメーター。
ADI-11815を含む、CD33結合ドメインの結合エピトープをアッセイした。図7及び表18は、ADI-11801が認識するCD33上のエピトープを示す。ヒトCD33 ECDへのその結合は、R69G変異によって阻害された。
表18.CD33の種々のドメイン及びSNP R69GへのADI-11801 Fab結合のカイネティクス。
NKG2D結合ドメイン及びCD33結合ドメインを含むTriNKETがNKG2Dに結合する能力をアッセイした。ヒトNKG2D細胞及びヒトKHYG-1細胞を形質導入したEL4細胞を使用して、細胞に発現したヒトNKG2Dへの結合を試験した。TriNKETを最高濃度まで希釈し、次いで、系列希釈した。mAbまたはTriNKET希釈液を使用して細胞を染色し、TriNKETまたはmAbの結合を、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。細胞をフローサイトメトリーによって解析し、結合MFIを二次抗体コントロールに対して正規化して、バックグラウンド値に対する倍数を得た。
NKG2D結合ドメイン及びCD33結合ドメインを含むTriNKETがCD33に結合する能力をアッセイした。ヒトAML細胞株Molm-13を使用して、細胞表面上に発現されたCD33に対するモノクローナル抗体の結合を評価した。mAbを2μg/mLに希釈し、mAb希釈液を使用して細胞を染色した。結合した抗体を、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。細胞をフローサイトメトリーによって解析し、細胞に発現したCD33への結合を、アイソタイプ染色及び未染色の細胞集団と比較した。
細胞表面上のCD33に結合した後のTriNKETの内在化をアッセイした。ヒトAML細胞株Molm-13を使用して、細胞表面上に発現されたCD33に結合したモノクローナル抗体の内在化を評価した。モノクローナル抗体を2μg/mLに希釈し、mAb希釈液を使用して細胞を染色した。CD33の表面染色後、試料を分割し、試料の半分を37℃で一晩置いて内在化を促進し、抗体に結合した試料の残り半分を、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。二次抗体で染色した後、細胞を固定し、翌日の解析のために4℃で一晩保存した。37℃で24時間後、試料をインキュベーターから取り出し、細胞の表面上の結合した抗体を、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。試料を固定し、全ての試料を同じ日に解析した。抗体の内在化は、次に従って算出した:内在化率(%)=(1-(24時間後の試料のMFI/ベースラインのMFI))*100%。
NKG2D結合ドメイン及びCD33結合ドメインを含むTriNKETが初代NK細胞を活性化する能力をアッセイした。PBMCを、密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バッフィーコートから単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞単離用に調製した。NK細胞を、磁気ビーズによるネガティブセレクション法を使用して、単離した。単離したNK細胞の純度は、典型的に、>90% CD3-CD56+であった。単離したNK細胞を、活性化のために100ng/mLのIL-2を含有する培地中で培養するか、またはサイトカインなしで一晩静置した。IL-2で活性化したNK細胞は、24~48時間後のいずれかに使用し、休止期NK細胞は、常に、精製の翌日に使用した。
NKG2D結合ドメイン及びCD33結合ドメインを含むTriNKETがCD33発現細胞に対するNK細胞の細胞傷害性を誘導する能力をアッセイした。PBMCを、密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バッフィーコートから単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞単離用に調製した。NK細胞を、磁気ビーズによるネガティブセレクション法を使用して、単離した。単離したNK細胞の純度は、典型的に、>90% CD3-CD56+であった。単離したNK細胞を、100ng/mLのIL-2を含有する培地中で培養するか、またはサイトカインなしで一晩静置した。IL-2活性化または休止期NK細胞を翌日に細胞傷害性アッセイに使用した。
目的の標的を発現するヒトがん細胞株を培養物から回収し、細胞をHBSで洗浄し、BATDA試薬(Perkin Elmer AD0116)で標識するために、成長培地中に106/mLで再懸濁した。標的細胞の標識については、製造元の説明に従った。標識後、細胞をHBSで3回洗浄し、0.5~1.0×105/mLで培地中に再懸濁した。バックグラウンドウェルを調製するために、標識した細胞のアリコートを脇に置き、細胞を培地から遠心分離した。ペレット化された細胞を乱さないように、100μlの培地を慎重にトリプリケートでウェルに加えた。100μlのBATDA標識細胞を96ウェルプレートの各ウェルに加えた。標的細胞からの自然遊離のためのウェルを取っておき、標的細胞の最大溶解のためのウェルを、1%Triton-Xを添加することによって調製した。目的の腫瘍標的に対するモノクローナル抗体またはTriNKETを培地に希釈し、50μlの希釈したmAbまたはTriNKETを各ウェルに加えた。休止期及び/または活性化NK細胞を培養物から回収し、細胞を洗浄し、所望のE:T比に応じて105~2.0×106/mLで培地中に再懸濁した。50μlのNK細胞をプレートの各ウェルに加えて、合計200μlの培養液量にした。アッセイを展開する前に、プレートを37℃、5%CO2で、2~3時間インキュベートした。
I07 mAbは、CD33に対して高結合親和性のモノクローナル抗体として特定された。I07のFcバリアントであるI07-F405Lの重鎖及び軽鎖アミノ酸配列を以下に記載する。I07-F405L mAbは、Fc CH3ドメイン中の位置405(EUナンバリングによる)にPheのLeuへの置換を含んだ。Lysは、任意選択により、重鎖のC末端に含まれ得る。
I07-F405L mAb重鎖
I07-F405L mAb軽鎖
A49-F3’-TriNKET-I07のCD33への結合能力について、CD33を発現するヒトがん細胞株を使用して評価した。簡潔に述べると、CD33を発現するヒトAML細胞株Mv4-11及びMolm-13を、系列希釈したA49-F3’-TriNKET-I07溶液及びI07-F405L mAb溶液とともにインキュベートした。AML細胞に対するA49-F3’-TriNKET-I07またはI07-F405L mAbの結合は、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体を使用して検出した。細胞をフローサイトメトリーによって解析し、結合MFIを、細胞を二次抗体のみとインキュベートしたコントロール群のMFIに対して正規化することによって、バックグラウンド値に対する倍数を算出した。
CD33に結合した際のA49-F3’-TriNKET-I07及びI07-F405L mAbの内在化を、細胞表面上にCD33を発現するヒトAML細胞株EOL-1及びMolm-13を使用して評価した。簡潔に述べると、細胞を、2μg/mLのA49-F3’-TriNKET-I07またはI07-F405L mAbとともに20分間、室温でインキュベートした。次いで、細胞試料を3分割した。第1及び第2の部分を37℃でそれぞれ2時間及び24時間静置して、抗体を内在化させた。次いで、細胞をフルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体とともにインキュベートし、フローサイトメトリー解析のために固定化した。ベースラインレベルを設定するために使用する細胞試料の第3の部分は、37℃でのインキュベーションをすることなく、フルオロフォア結合抗ヒトIgG二次抗体とともにインキュベートした。二次抗体で染色した後、細胞を固定し、翌日(試料の最初の半分の準備ができたとき)の解析のために4℃で保存した。細胞表面に結合したA49-F3’-TriNKET-I07及びI07-F405L mAbの量を同日にフローサイトメトリーによって解析した。抗体の内在化は、次に従って算出した:内在化率(%)=(1-(24時間後の試料のMFI/ベースライン試料のMFI))×100%。
A49-F3’-TriNKET-I07がヒトAML細胞に対する初代NK細胞の細胞傷害性を誘導する能力を、DELFIA細胞傷害性アッセイを使用して評価した。簡潔に述べると、PBMCを、密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バッフィーコートから単離した。単離したPBMCを洗浄し、NK細胞を、磁気ビーズによるネガティブセレクション法を使用して、単離した。単離したNK細胞の純度は、典型的に、>90%CD3-CD56+であった。単離したNK細胞をサイトカインなしで一晩静置した。
I07-DE mAb重鎖
280-31-01(mut)-DE重鎖
280-31-01(mut)-DE軽鎖
NKG2Dは、NK細胞上、及びCD8+T細胞を含む多くのT細胞上に発現している。A49-F3’-TriNKET-I07がヒトAML細胞に対する初代CD8+T細胞の細胞傷害性を誘導する能力を、DELFIA細胞傷害性アッセイを使用して評価した。
血液細胞上のCD33の発現は、実施例9に記載の方法を使用して、フローサイトメトリーによって評価した。簡潔に述べると、ヒト全血をA49-F3’-TriNKET-I07またはフルオロフォア結合ヒトIgG1アイソタイプコントロール抗体とともにインキュベートした。A49-F3’-TriNKET-I07またはアイソタイプコントロール抗体の結合をフローサイトメトリーによって検出した。特定の種類の細胞に対する結合レベルを評価するために、NK細胞、CD8+T細胞、CD4+T細胞、B細胞、及び単球の表面マーカーに結合するフルオロフォア結合抗体をインキュベーションに加え、これらの抗体の結合の有無を、フローサイトメトリーデータを解析する際のゲーティングに使用した。
NK細胞は、形質転換した細胞またはストレスを受けた細胞を感知し、それらを殺傷する自然な能力を有するが、健康な細胞は殺傷しない。A49-F3’-TriNKET-I07が天然の選択的NK細胞細胞傷害性を保持する能力を、AML細胞Molm-13及びヒト初代単球を標的細胞として使用して試験した。Molm-13細胞をDSMZ細胞バンクから得た。ヒト初代単球をヒト末梢血から単離した。簡潔に述べると、PBMCを、密度勾配遠心分離を使用して、ヒト末梢血バッフィーコートから単離した。単球をネガティブセレクションによって単離した。ヒト初代単球及びAML細胞Molm-13上のCD33発現をフローサイトメトリー解析によって確認した(図42A~42B)。
本明細書において参照される特許文書及び科学論文のそれぞれの開示全体は、全ての目的について、参照により援用される。
本発明は、その趣旨または本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化され得る。したがって、前述の実施形態は、あらゆる点において、本明細書に記載される本発明を限定するものではなく、例示であるとみなされる。ゆえに、本発明の範囲は、前述の説明ではなく、添付の特許請求の範囲によって示されるものであり、特許請求の範囲の均等性の意味及び範囲内にある変更は全て本発明内に包含されることが意図される。
本件出願は、以下の態様の発明を提供する。
(態様1)
(a)NKG2Dに結合するFabフラグメントを含む第1の抗原結合部位と、
(b)重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインを含む、CD33に結合する一本鎖可変フラグメント(scFv)を含む第2の抗原結合部位と、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部分、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位とを含み、前記scFvは、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインもしくはその一部分、またはCD16に結合する前記第3の抗原結合部位に、Ala-SerまたはGly-Ala-Serを含むヒンジを介して連結される、タンパク質。
(態様2)
前記scFvが、前記抗体Fcドメインに連結される、態様1に記載のタンパク質。
(態様3)
前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインとジスルフィド架橋を形成する、態様1または2に記載のタンパク質。
(態様4)
前記ジスルフィド架橋が、前記重鎖可変ドメインのC44と前記軽鎖可変ドメインのC100との間に形成される、態様3に記載のタンパク質。
(態様5)
前記scFvが、前記抗体Fcドメインに連結され、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインが、前記scFvの前記重鎖可変ドメインのN末端に配置され、前記scFvの前記重鎖可変ドメインにフレキシブルリンカー(GlyGlyGlyGlySer) 4 ((G4S) 4 )を介して連結され、前記Fabが、前記抗体Fcドメインに連結される、態様1~4のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様6)
前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインにフレキシブルリンカーを介して連結される、態様2~4のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様7)
前記フレキシブルリンカーが、(GlyGlyGlyGlySer) 4 ((G4S) 4 )を含む、態様6に記載のタンパク質。
(態様8)
前記scFvの前記重鎖可変ドメインが、前記scFvの前記軽鎖可変ドメインのN末端またはC末端に配置される、態様2~4、6または7のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様9)
前記scFvの前記軽鎖可変ドメインが、前記scFvの前記重鎖可変ドメインのN末端に配置される、態様8に記載のタンパク質。
(態様10)
前記Fabフラグメントが、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインもしくはその一部分またはCD16に結合する前記第3の抗原結合部位に連結される、態様1~9のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様11)
前記Fabフラグメントの前記重鎖部分が、重鎖可変ドメイン及びCH1ドメインを含み、前記重鎖可変ドメインが、前記CH1ドメインに連結される、態様10に記載のタンパク質。
(態様12)
前記Fabフラグメントが、前記抗体Fcドメインに連結される、態様10または11に記載のタンパク質。
(態様13)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
(1)配列番号192、112、及び193のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(2)配列番号93、94、及び95のアミノ酸配列によってそれぞれ表される相補性決定領域1(CDR1)、相補性決定領域2(CDR2)、及び相補性決定領域3(CDR3)配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号96、97、及び98のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(3)配列番号99、100、及び101のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号102、103、及び104のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(4)配列番号105、106、及び107のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号108、109、及び110のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(5)配列番号192、112、及び195のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(6)配列番号117、118、及び119のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号120、121、及び122のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(7)配列番号192、112、及び588のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(8)配列番号192、112、及び591のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号192、112、及び594のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号192、112、及び597のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(11)配列番号192、112、及び123のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、態様1~12のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様14)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
(1)配列番号87に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(2)配列番号81に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号82に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(3)配列番号83に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号84に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(4)配列番号85に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号86に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(5)配列番号191に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(6)配列番号89に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号90に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(7)配列番号586に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(8)配列番号589に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号592に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号595に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(11)配列番号91に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、態様1~13のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様15)
CD33に結合する前記第2の抗原結合部位が、重鎖CDR1(CDRH1)、重鎖CDR2(CDRH2)、及び重鎖CDR3(CDRH3)を含む重鎖可変ドメインと、軽鎖CDR1(CDRL1)、軽鎖CDR2(CDRL2)、及び軽鎖CDR3(CDRL3)を含む軽鎖可変ドメインとを含み、CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及びCDRL3のアミノ酸配列が、配列番号181、46、182、48、49、及び50;434、22、435、24、25、及び26;181、28、436、30、31、及び32;183、34、184、36、185、及び38;437、40、438、42、43、及び44;181、52、439、54、55、及び56;440、58、441、60、61、及び62;442、64、443、66、67、及び68;181、70、444、72、73、及び74;445、76、446、78、79、及び80;304、305、306、307、308、及び309;310、311、312、313、314、及び315;316、317、318、319、320、及び321;322、323、324、325、326、及び327;328、329、330、331、332、及び333;334、335、336、337、338、及び339;340、341、342、343、344、及び345;346、347、348、349、350、及び351;352、353、354、355、356、及び357;358、359、360、361、362、及び363;364、365、366、367、368、及び369;370、371、372、373、374、及び375;376、377、378、379、380、及び381;382、383、384、385、386、及び387;388、389、390、391、392、及び393;394、395、396、397、398、及び399;400、401、402、403、404、及び405;406、407、408、409、410、及び411;412、413、414、415、416、及び417;422、423、424、425、426、及び427;または428、429、430、431、432、及び433にそれぞれ記載される、態様1~14のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様16)
CD33に結合する前記第2の抗原結合部位が、
(a)配列番号9に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号10に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(b)配列番号1に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号2に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(c)配列番号3に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号4に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(d)配列番号5に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号6に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(e)配列番号7に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号8に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(f)配列番号11に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号12に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(g)配列番号13に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号14に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(h)配列番号15に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号16に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(i)配列番号17に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号18に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(j)配列番号19に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号20に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(k)配列番号266に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号267に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(l)配列番号268に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号269に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(m)配列番号270に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号271に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(n)配列番号272に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号273に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(o)配列番号274に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号275に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(p)配列番号276に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号277に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(q)配列番号278に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号279に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(r)配列番号280に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号281に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(s)配列番号282に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号283に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(t)配列番号284に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号285に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(u)配列番号286に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号287に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(v)配列番号288に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号289に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(w)配列番号290に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号291に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(x)配列番号292に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号293に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(y)配列番号294に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号295に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(z)配列番号296に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号297に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(aa)配列番号298に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号299に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(bb)配列番号300に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号301に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(cc)配列番号302に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号303に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(dd)配列番号418に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号419に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(ee)配列番号420に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号421に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、態様1~15のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様17)
配列番号188、198、206~223、及び447~488から選択される配列を含む、態様1~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様18)
抗体Fcドメインに連結されたscFvを含み、前記抗体Fcドメインに連結された前記scFvが、配列番号187、配列番号197、配列番号224、配列番号225、配列番号226、配列番号227、配列番号228、配列番号229、配列番号230、配列番号231、配列番号232、配列番号233、配列番号234、配列番号235、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号242、及び配列番号243から選択される配列によって表される、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様19)
配列番号189、配列番号196、配列番号244、及び配列番号245から選択される配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様20)
配列番号188、198、206~223、及び447~488から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様21)
配列番号188、198、206~223、及び447~488から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも95%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様22)
配列番号188、198、206~223、及び447~488から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様23)
配列番号187、配列番号197、配列番号224、配列番号225、配列番号226、配列番号227、配列番号228、配列番号229、配列番号230、配列番号231、配列番号232、配列番号233、配列番号234、配列番号235、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号242、及び配列番号243から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様24)
配列番号187、配列番号197、配列番号224、配列番号225、配列番号226、配列番号227、配列番号228、配列番号229、配列番号230、配列番号231、配列番号232、配列番号233、配列番号234、配列番号235、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号242、及び配列番号243から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも95%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様25)
配列番号187、配列番号197、配列番号224、配列番号225、配列番号226、配列番号227、配列番号228、配列番号229、配列番号230、配列番号231、配列番号232、配列番号233、配列番号234、配列番号235、配列番号236、配列番号237、配列番号238、配列番号239、配列番号240、配列番号241、配列番号242、及び配列番号243から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である配列を含む、態様2~16のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様26)
(a)NKG2Dに結合する第1の抗原結合部位と、
(b)表1に列挙される重鎖可変ドメインに対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び表1に列挙される軽鎖可変ドメインに対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、CD33に結合する第2の抗原結合部位と、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメインもしくはその一部分、またはCD16に結合する第3の抗原結合部位とを含む、タンパク質。
(態様27)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
(1)配列番号192、112、及び193のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(2)配列番号93、94、及び95のアミノ酸配列によってそれぞれ表される相補性決定領域1(CDR1)、相補性決定領域2(CDR2)、及び相補性決定領域3(CDR3)配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号96、97、及び98のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(3)配列番号99、100、及び101のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号102、103、及び104のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(4)配列番号105、106、及び107のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号108、109、及び110のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(5)配列番号192、112、及び195のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(6)配列番号117、118、及び119のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号120、121、及び122のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(7)配列番号192、112、及び588のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(8)配列番号192、112、及び591のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号192、112、及び594のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号192、112、及び597のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(11)配列番号192、112、及び123のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む重鎖可変ドメインと、配列番号114、115、及び116のアミノ酸配列によってそれぞれ表されるCDR1、CDR2、及びCDR3配列を含む軽鎖可変ドメインとを含む、態様26に記載のタンパク質。
(態様28)
NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、
(1)配列番号87に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(2)配列番号81に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号82に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(3)配列番号83に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号84に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(4)配列番号85に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号86に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(5)配列番号191に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(6)配列番号89に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号90に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(7)配列番号586に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(8)配列番号589に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(9)配列番号592に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、
(10)配列番号595に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメイン、または
(11)配列番号91に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖可変ドメイン及び配列番号88に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖可変ドメインを含む、態様26~27のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様29)
CD33に結合する前記第2の抗原結合部位が、重鎖CDR1(CDRH1)、重鎖CDR2(CDRH2)、及び重鎖CDR3(CDRH3)を含む重鎖可変ドメインと、軽鎖CDR1(CDRL1)、軽鎖CDR2(CDRL2)、及び軽鎖CDR3(CDRL3)を含む軽鎖可変ドメインとを含み、CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及びCDRL3のアミノ酸配列が、配列番号181、46、182、48、49、及び50;434、22、435、24、25、及び26;181、28、436、30、31、及び32;183、34、184、36、185、及び38;437、40、438、42、43、及び44;181、52、439、54、55、及び56;440、58、441、60、61、及び62;442、64、443、66、67、及び68;181、70、444、72、73、及び74;445、76、446、78、79、及び80;304、305、306、307、308、及び309;310、311、312、313、314、及び315;316、317、318、319、320、及び321;322、323、324、325、326、及び327;328、329、330、331、332、及び333;334、335、336、337、338、及び339;340、341、342、343、344、及び345;346、347、348、349、350、及び351;352、353、354、355、356、及び357;358、359、360、361、362、及び363;364、365、366、367、368、及び369;370、371、372、373、374、及び375;376、377、378、379、380、及び381;382、383、384、385、386、及び387;388、389、390、391、392、及び393;394、395、396、397、398、及び399;400、401、402、403、404、及び405;406、407、408、409、410、及び411;412、413、414、415、416、及び417;422、423、424、425、426、及び427;または428、429、430、431、432、及び433にそれぞれ記載される、態様26~28のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様30)
前記重鎖可変ドメイン及び前記軽鎖可変ドメインが、同じポリペプチド上に存在する、態様27~29のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様31)
前記第2の抗原結合部位の前記重鎖可変ドメイン及び前記軽鎖可変ドメインが、同じポリペプチド上に存在する、態様27~30のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様32)
前記タンパク質が、10nMのK D またはそれより弱い親和性でNKG2Dに結合し、任意選択により、前記K D は、Biacore表面プラズモン共鳴(SPR)解析によって測定される、態様1~31のいずれか1項に記載のタンパク質。
(態様33)
態様1~32のいずれか1項に記載のタンパク質と、薬学的に許容される担体とを含む、製剤。
(態様34)
CD33発現癌を治療する方法であって、態様1~32のいずれか1項に記載のタンパク質、または態様33に記載の製剤の有効量を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
(態様35)
前記がんが、急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、慢性リンパ性白血病(CML)、CMLの骨髄急性転化、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性リンパ芽球性リンパ腫、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、及び古典的ホジキンリンパ腫からなる群から選択される、態様34に記載の方法。
(態様36)
前記AMLが、未分化型急性骨髄芽球性白血病、最小分化型急性骨髄芽球性白血病、分化型急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病(APL)、急性骨髄単球性白血病、好酸球増加症を伴う急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、急性巨核芽球性白血病(AMKL)、急性好塩基球性白血病、線維症を伴う急性汎骨髄症、及び芽球形質細胞様樹状細胞腫瘍(BPDCN)から選択される、態様35に記載の方法。
(態様37)
前記AMLが、AML白血病幹細胞(LSC)上のCLL-1の発現を特徴とする、態様35または36に記載の方法。
(態様38)
前記LSCが、CD34、CD38、CD123、TIM3、CD25、CD32、及びCD96から選択される細胞膜マーカーを更に発現する、態様37に記載の方法。
(態様39)
前記AMLが微小残存病変(MRD)である、態様35~37のいずれか1項に記載の方法。
(態様40)
前記MRDが、FLT3-ITD((Fms様チロシンキナーゼ3)-遺伝子内縦列重複(ITD))、NPM1(ヌクレオフォスミン1)、DNMT3A(DNAメチルトランスフェラーゼ遺伝子DNMT3A)、及びIDH(イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1及び2(IDH1及びIDH2))から選択される変異の有無によって特徴づけられる、態様39に記載の方法。
(態様41)
前記MDSが、多血球系異形成を伴うMDS(MDS-MLD)、単一血球系統の異形成を伴うMDS(MDS-SLD)、環状鉄芽球を伴うMDS(MDS-RS)、芽球増加を伴うMDS(MDS-EB)、単独染色体異常del(5q)を伴うMDS、及び未分類型MDS(MDS-U)から選択される、態様35に記載の方法。
(態様42)
前記MDSが、原発性MDSまたは二次性MDSである、態様35または41に記載の方法。
(態様43)
前記ALLが、B細胞急性リンパ芽球性白血病(B-ALL)及びT細胞急性リンパ芽球性白血病(T-ALL)から選択される、態様35に記載の方法。
(態様44)
前記MPNが、真性赤血球増加症、本態性血小板血症(ET)、及び骨髄線維症から選択される、態様35に記載の方法。
(態様45)
前記非ホジキンリンパ腫が、B細胞リンパ腫及びT細胞リンパ腫から選択される、態様35に記載の方法。
(態様46)
前記リンパ腫が、慢性リンパ性白血病(CLL)、リンパ芽球性リンパ腫(LPL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、バーキットリンパ腫(BL)、縦隔原発大細胞型B細胞リンパ腫(PMBL)、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、毛様細胞性白血病、形質細胞骨髄腫(PCM)または多発性骨髄腫(MM)、成熟T/NK細胞腫瘍、及び組織球腫瘍から選択される、態様35に記載の方法。
Claims (22)
- (a)NKG2Dに結合するFabフラグメントを含む第1の抗原結合部位であって、前記Fabフラグメントは、配列番号114に記載のアミノ酸配列、配列番号115に記載のアミノ酸配列、配列番号116に記載のアミノ酸配列、配列番号111又は配列番号192に記載のアミノ酸配列、配列番号112に記載のアミノ酸配列、及び、配列番号113又は配列番号193に記載のアミノ酸配列を含む、前記第1の抗原結合部位と、
(b)CD33に結合する一本鎖可変フラグメント(scFv)を含む第2の抗原結合部位であって、前記scFvは、配列番号48に記載のアミノ酸配列、配列番号49に記載のアミノ酸配列、配列番号50に記載のアミノ酸配列、配列番号45又は配列番号181に記載のアミノ酸配列、配列番号46に記載のアミノ酸配列、及び、配列番号47又は配列番号182に記載のアミノ酸配列を含む、前記第2の抗原結合部位と、
(c)CD16に結合するのに十分な抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分と
を含む、タンパク質。 - 前記FabフラグメントのC末端が、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分に連結される、請求項1記載のタンパク質。
- NKG2Dに結合する前記第1の抗原結合部位が、配列番号87に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である重鎖可変ドメインアミノ酸配列、及び、配列番号88に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む、請求項1又は2記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvの軽鎖可変ドメインが、前記scFvの重鎖可変ドメインのN末端に配置される、請求項1~3のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvの軽鎖可変ドメインが、前記scFvの重鎖可変ドメインにリンカーを介して連結され、前記リンカーが、(GlyGlyGlyGlySer) 4 ((G4S) 4 )(配列番号186)に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~4のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記scFvの重鎖可変ドメインと前記scFvの軽鎖可変ドメインとの間にジスルフィド架橋が形成される、請求項1~5のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記ジスルフィド架橋が、Kabatナンバリングに従ってナンバリングして、前記重鎖可変ドメインのC44と前記軽鎖可変ドメインのC100との間に形成される、請求項6記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvの重鎖可変ドメインのC末端が、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分のN末端に連結される、請求項1~7のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvの重鎖可変ドメインのC末端が、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分のN末端に、Ala-Ser又はGly-Ala-Serを含むリンカーを介して連結される、請求項1~8のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvが、配列番号9に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である重鎖可変ドメインアミノ酸配列、及び、配列番号10に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも99%同一である軽鎖可変ドメインアミノ酸配列を含む、請求項1~9のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記第2の抗原結合部位のscFvが、配列番号188に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、ヒトIgG1抗体のヒンジ領域及びCH2ドメインを含む、請求項1~11のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、ヒトIgG1抗体のアミノ酸234~332に対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1~11のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、ヒトIgG1のFcドメインに対して少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含み、KabatにおけるEUインデックスに従ってQ347、Y349、T350、L351、S354、D356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411、又はK439である1つ以上の位置でヒトIgG1のFcドメインとは異なる、請求項1~11のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、ヘテロ二量体を形成するための置換を含むヒトIgG1のFcドメインである、請求項1~11のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、KabatにおけるEUインデックスに従ってY349C、K360E及びK409Wの置換を含むヒトIgG1のFcドメインである、請求項1~15のいずれか1項記載のタンパク質。
- CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメインが、KabatにおけるEUインデックスに従ってS354C、Q347R、D399V、及びF405Tの置換を含むヒトIgG1のFcドメインである、請求項1~16のいずれか1項記載のタンパク質。
- 前記タンパク質が、
(a)配列番号189に記載のアミノ酸配列を含む第1のポリペプチド、
(b)配列番号187に記載のアミノ酸配列を含む第2のポリペプチド、及び
(c)配列番号190に記載のアミノ酸配列を含む第3のポリペプチドを含み、
前記第1のポリペプチドが、ヘテロ二量体化及び少なくとも1つのジスルフィド結合を介して前記第2のポリペプチドに連結され、前記第3のポリペプチドが、ジスルフィド結合を介して前記第1のポリペプチドに連結される、請求項1~17のいずれか1項記載のタンパク質。 - NKG2Dに結合する前記Fabフラグメントを含む前記第1の抗原結合部位と、CD33に結合する前記一本鎖可変フラグメント(scFv)を含む前記第2の抗原結合部位と、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分とが、図19に表されるように連結される、請求項1~18のいずれか1項記載のタンパク質。
- NKG2Dに結合する前記Fabフラグメントを含む前記第1の抗原結合部位と、CD33に結合する前記一本鎖可変フラグメント(scFv)を含む前記第2の抗原結合部位と、CD16に結合するのに十分な前記抗体Fcドメイン又はCD16に結合するのに十分なその一部分とが、図44に表されるように連結される、請求項1~18のいずれか1項記載のタンパク質。
- 請求項1~20のいずれか1項記載のタンパク質を含む、製剤。
- 治療における使用のための、請求項1~20のいずれか1項記載のタンパク質又は請求項21記載の製剤。
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