JP7218361B2 - 高速流動合成を介してホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーを調製するための方法 - Google Patents
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- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
- C12N2310/314—Phosphoramidates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
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-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
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Description
本出願は、2017年9月25日に出願された米国仮特許出願第62/562,741号の優先権を主張するものであり、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示を記載するために使用される種々の用語の定義を、以下に列挙する。これらの定義は、具体的な事例において別段限定されない限り、個々にまたはより大きい群の一部としてのいずれかで、本明細書および特許請求の範囲の全体を通して使用される場合の用語に当てはまる。
ルイス酸を使用する効率的なPMO合成が、本明細書において提供される。フロースルーPMO合成手順(本明細書においては、「連続合成」または「高速流動合成」とも称される)も、本明細書において提供される。
nは、9~39の整数であり、
Tは、OHまたは
各R2は、各出現について独立して、
を調製するための方法であって、
(a)式(A1)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される]
を、ブロック解除剤と接触させて、式(II)の化合物:
R1は、支持媒体である]
を形成するステップと、
(b)式(II)の化合物を、式(A2)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と接触させて、式(A3)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するステップと、
(c)式(A3)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
R4は、
を形成するステップと、
(d)式(IV)の化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と接触させて、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するステップと、
(e)(e1)直前のステップによって形成された生成物を、ブロック解除剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
と接触させて、式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、R7が式(A5a)のものである場合、n-1であるか、またはYは、R7が式(A5b)のものである場合、n-2であるステップと、
(f)式(A9)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(g)式(A10)の化合物を、開裂剤と接触させて、式(A11)の化合物:
R9は、
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(h)式(A11)の化合物を、脱保護剤と接触させて、式(I)のオリゴマー化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
モルホリノオリゴマーを調製するための連続的(フロースルー)方法が、本明細書において提供される。
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を調製するための連続的方法であって、
(a)ブロック解除剤を、式(A3)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と、反応容器内で接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
R4は、
を形成するステップと、
(b)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(c)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(d)式(IV)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(e)反応容器に、ルイス酸および式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を導入し、それにより、式(A4)の化合物が、式(IV)の化合物と接触して、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するようにするステップと、
(f)式(A5)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(g)(g1)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g2)ブロック解除剤を反応容器に導入し、それにより、それが直前のステップによって形成された生成物と接触するようにするステップ、
(g3)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g4)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g5)直前のステップによって形成された生成物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g6)直前のステップによって形成された生成物を含有する反応容器に、ルイス酸および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を導入し、それにより、式(A8)の化合物が、直前のステップによって形成された化合物と接触して、式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するようにするステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、R7が式(A5a)のものである場合、n-1であるか、またはYは、R7が式(A5b)のものである場合、n-2であるステップと、
(h)式(A9)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄して、式(A8)の化合物を除去するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(i)式(A9)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄して、カップリング溶媒を除去するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(j)ブロック解除剤を、式(A9)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、10~40の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(k)開裂剤を、式(10)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A11)の化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を調製するための連続的方法であって、
(a)ブロック解除剤を、式(A3)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される]
と、反応容器内で接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
を形成するステップと、
(b)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(c)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(d)式(IV)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(e)反応容器に、ルイス酸および式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を導入し、それにより、式(A4)の化合物が、式(IV)の化合物と接触して、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するようにするステップと、
(f)式(A5)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(g)(g1)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g2)ブロック解除剤を反応容器に導入し、それにより、それが直前のステップによって形成された生成物と接触するようにするステップ、
(g3)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g4)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g5)直前のステップによって形成された生成物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g6)直前のステップによって形成された生成物を含有する反応容器に、ルイス酸および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を導入し、それにより、式(A8)の化合物が、直前のステップによって形成された化合物と接触して、式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するようにするステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、n-1であるステップと、
(h)式(A9)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄して、式(A8)の化合物を除去するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(i)式(A9)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄して、カップリング溶媒を除去するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(j)ブロック解除剤を、式(A9)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(k)開裂剤を、式(10)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A11)の化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法が、本明細書において提供される。
フロースルー反応器内でモルホリノオリゴマーを調製するための連続的(フロースルー)方法が、本明細書において提供される。
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を調製するための連続的方法であって、
(a)ブロック解除剤を、式(A3)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と、反応容器内で接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
R4は、
を形成するステップと、
(b)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(c)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(d)式(IV)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(e)反応容器に、ルイス酸および式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を導入し、それにより、式(A4)の化合物が、式(IV)の化合物と接触して、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するようにするステップと、
(f)式(A5)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(g)(g1)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g2)ブロック解除剤を反応容器に導入し、それにより、それが直前のステップによって形成された生成物と接触するようにするステップ、
(g3)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g4)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g5)直前のステップによって形成された生成物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g6)直前のステップによって形成された生成物を含有する反応容器に、ルイス酸および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を導入し、それにより、式(A8)の化合物が、直前のステップによって形成された化合物と接触して、式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するようにするステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、R7が式(A5a)のものである場合、n-1であるか、またはYは、R7が式(A5b)のものである場合、n-2であるステップと、
(h)式(A9)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄して、式(A8)の化合物を除去するステップであって、洗浄するステップが、カップリング溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(i)式(A9)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄して、カップリング溶媒を除去するステップであって、洗浄するステップが、洗浄溶媒を反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(j)ブロック解除剤を、式(A9)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、10~40の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(k)開裂剤を、式(10)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A11)の化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含み、
方法が、フロースルー反応器内で実施され、フロースルー反応器が、少なくとも、
(a)それぞれポンプが装備された1つまたは複数の供給ラインを備え、供給ラインの入口ゾーンが、中和剤、カップリング溶媒、ブロック解除剤、洗浄溶媒および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を含む容器に独立して接続されており、式(A8)の化合物が、カップリング溶媒に溶解されている、供給ゾーンと、
(b)1つまたは複数の供給ラインの出口ゾーンに接続されており、PMO合成樹脂を含有する、反応ゾーンと、
(c)廃棄物ストリームまたは生成物が独立して収集され得る出口ゾーンと、
(d)圧力制御デバイスと、
(e)供給ゾーンおよび反応ゾーンの温度を独立して制御する手段と
を備える、方法が、本明細書において提供される。
モルホリノベースのサブユニットの重要な特性は、1)安定な非荷電または正に荷電された骨格連結によってオリゴマー形態で連結される能力;2)ヌクレオチド塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、ウラシル、5-メチル-シトシンおよびヒポキサンチン)を支持し、それにより、形成されたポリマーが、標的RNAを含む相補的塩基標的核酸とハイブリダイズすることができる能力;3)哺乳動物の細胞に能動的にまたは受動的に輸送されるオリゴマーの能力;ならびに4)RNアーゼおよびRNアーゼH分解にそれぞれ抵抗する、オリゴマーおよびオリゴマー:RNAヘテロ二本鎖の能力を含む。
等のそのような非限定的な例を含む活性化モルホリノサブユニットから調製される。
NCP2アンカー合成
1.メチル4-フルオロ-3-ニトロベンゾエート(1)の調製
A.(Z)-メチル4-(3-ヒドロキシ-1-メトキシ-1-オキソブタ-2-エン-2-イル)-3-ニトロベンゾエート(2)
A.1-(2-ニトロ-4(4-トリチルピペラジン-1-カルボニル)フェニル)プロパン-2-オンの調製
アンカー負荷樹脂合成
テフロン(登録商標)ストップコック付きの75Lの固相合成反応器に、約52LのNMPおよび2300gのアミノメチルポリスチレン樹脂を投入した。樹脂をNMP中で撹拌して、約2時間膨潤させ、次いで、排液した。樹脂を、洗浄1回につき約4LのDCMで2回、次いで、洗浄1回につき39Lの中和溶液で2回、次いで、洗浄1回につき39LのDCMで2回洗浄した。NCP2アンカー溶液を、撹拌中の樹脂溶液にゆっくりと添加し、室温で24時間撹拌し、排液した。樹脂を、洗浄1回につき39LのNMPで4回、洗浄1回につき39LのDCMで6回洗浄した。樹脂を、DEDCキャッピング溶液の1/2で30分間処理および撹拌し、排液し、DEDCキャッピング溶液の第2の1/2で30分間処理および撹拌し、排液した。樹脂を、洗浄1回につき39LのDCMで6回洗浄し、次いで、オーブン内で乾燥させて、3573.71gの一定重量のアンカー負荷樹脂とした。
活性化EG3テイルの調製
1.トリチルピペラジンフェニルカルバメート35の調製
ジスルフィドアンカー合成
A.活性化EG3テイル
G.アンカー負荷樹脂:ジスルフィド
A.樹脂膨潤
250mgのアンカー負荷樹脂およびNMPを、シラン化された反応器に投入し、3時間撹拌した。NMPを排液し、アンカー負荷樹脂を、DCMで2回、30%TFE/DCMで5回洗浄した。
アンカー負荷樹脂を30%TFE/DCMで3回洗浄し、排液し、CYTFA溶液で15分間洗浄し、排液し、再度CYTFA溶液で15分間洗浄し、排液せずに、これに1:1 NEM/DCMを投入し、懸濁物を2分間撹拌し、排液した。樹脂を中和溶液で5分間2回洗浄し、排液し、次いで、DCMでそれぞれ2回洗浄し、排液した。DMI中の活性化EG3テイルおよびNEMの溶液を樹脂に投入し、室温で3時間撹拌し、排液した。樹脂を、中和溶液で各洗浄につき5分間2回、DCMで1回洗浄し、排液した。NMP中の安息香酸無水物およびNEMの溶液を投入し、15分間撹拌し、排液した。樹脂を中和溶液とともに5分間撹拌し、次いで、DCMで1回、30%TFE/DCMで2回洗浄した。樹脂を30%TFE/DCMに懸濁し、14時間保った。
i.カップリング前処理
表4に記載されている通りの各カップリングサイクルの前に、樹脂を、1)30%TFE/DCMで洗浄し、2)a)CYTFA溶液で15分間処理し、排液し、b)CYTFA溶液で15分間処理し、これに、1:1 NEM/DCMを添加し、撹拌し、排液し、3)中和溶液とともに3回撹拌し、4)DCMで2回洗浄した。表4を参照されたい。
各サブユニット溶液を表4に記載されている通りに排液した後、樹脂を、1)DCMで洗浄し、2)30%TFE/DCMで2回洗浄した。次のカップリングサイクルの前に樹脂を一定期間保った場合、第2のTFE/DCM洗浄液は排液せず、樹脂を前記TFE/DCM洗浄溶液中に保持した。表4を参照されたい。
カップリングサイクルは、表4に記載されている通りに実施した。
最終カップリングステップを表4に記載されている通りに実施した後、樹脂を、IPAで8回洗浄し、真空下、室温で約63.5時間乾燥させて、1.86gの乾燥重量とした。
上記の樹脂結合エテプリルセン(Eteplisen)粗製薬物質を2つのロットに分け、各ロットを次の通りに処理した。929mgのロットの樹脂を、1)NMPとともに2時間撹拌し、次いで、NMPを排液し、2)30%TFE/DCMで3回洗浄し、3)CYTFA溶液で15分間、および4)CYTFA溶液で15分間処理し、次いでこれに、NEM/DCMの1:1溶液を添加し、2分間撹拌し、排液した。樹脂を中和溶液で3回処理し、DCMで6回、NMPで8回洗浄した。樹脂を、2.3mLのNMP中の510mgのDTTおよび992mgのDBUの開裂溶液で2時間処理して、エテプリルセン粗製薬物質を樹脂から剥離した。開裂溶液を排液し、別個の容器内に保持した。反応器および樹脂を1.6mLのNMPで洗浄し、これを開裂溶液と合わせた。
合わせた開裂溶液およびNMP洗浄液を圧力容器に移し、これに、冷凍庫内で-10℃~-25℃の温度に冷やした13.3mLのNH4OH(NH3・H2O)を添加した。圧力容器を密閉し、45℃に16時間加熱し、次いで、25℃に冷却させた。エテプリルセン粗製薬物質を含有するこの脱保護溶液を、精製水で3:1に希釈し、2Mリン酸でpHを3.0に、次いで、NH4OHでpH8.03に調整した。
流動合成装置の設計
流動PMO合成装置を(図4)に示す。試薬リザーバーは、乾燥窒素の陽圧を維持し、溶媒の無水輸送を可能にするための頂部が装備されたGL45ネジ式培地ボトルであった。各試薬リザーバーを、4つの位置のSwagelok SS-43ZFS2手動切換弁上の4つの選択可能なポートの1つに接続した。加圧溶媒の吸い上げを防止するために、使用しないときには接続を断つことができるSwagelok(SS-QM2-B-200KRおよびSS-QM2-S-200)シャットオフクイックコネクトを介して、共通のポートをHPLCポンプに接続した。HPLCポンプは、25ml/分ステンレス鋼ポンプヘッド付きのVarian 210であった。低圧(入口側)管状材料は、外径1/8インチ、内径1/16インチのPFAであった。HPLCポンプ出口を、40psi背圧調節器(P-785)およびオスルアーロッククイックコネクト(Idex P-655)に、外径1/16インチ、内径0.030インチのPFA管状材料を使用して接続した。HPLCポンプを使用するときは、このクイックコネクトを、反応器入口ライン上のメスルアーロッククイックコネクトに嵌合させた。HPLCポンプを使用しないときには、反応器入口ラインをシリンジポンプ(Harvard Apparatus PhD3000)上のカップリング試薬のシリンジに付着させた。
試薬リザーバーに、孔付きGL-45キャップを用いて使用するための機械加工アダプター(Chemglass)を提供した。これらのアダプターは、3つの1/4-28ネジ式ポートを有していた(図7)。2つのポートは1/8インチの貫通孔を有し、第3のものは1/16インチの貫通孔を有していた。第1の孔は試薬回収ラインに使用した。第2のものは充填ポートとして使用し、第3は窒素ガス供給(4psi)に使用した。試薬回収ラインは、試薬リザーバーの底部に挿入され、スーパーフランジレスフィッティング(Idex XP-131)を用いて適所に密閉された、1/8インチのラインであった。窒素ガスを、1/16インチの貫通孔に対して据え付けられ、スーパーフランジレスフィッティングを用いて密閉された、1/8インチのラインによって供給した。充填ポートは、外径1/8インチ、内径0.1インチの薄壁ステンレス鋼管からなり、これは、機械加工アダプターの底部の真下に挿入され、スーパーフランジレスフィッティングで適所に密閉された。自由側に、使用しないときには密閉されているがわずかに高い圧力下で無水溶媒の第2のリザーバーからリザーバーを充填するために使用され得る、シャットオフクイックコネクト(Swagelok SS-QM2-B-200KR)を取り付けた。第2のリザーバーは同様の設計のものであり、10psiアルゴンを使用して、乾燥溶媒を移した。充填中に、窒素系を、5psi背圧調節器およびオイルバブラーを通じて通気した。
流動合成のための一般的手順
流動合成のために下記の手順を使用した。樹脂を、反応器にロードし、反応器をHPLCポンプに接続し、ハロゲン化洗浄溶媒を10mL/分で送達して、空気を除去した。流動を停止し、樹脂を10分間膨潤させた。流動プロトコールは、10mL/分で60秒間の初期ハロゲン化溶媒洗浄で開始した。脱トリチル化は、100mMのトリフルオロ酢酸ピリジンを用い、同じ流量で120秒間実施した。脱トリチル化ステップは、コリドン、ルチジンまたは4-シアノピリジンを使用して実施することもできる(図3A、図3B、図3Cおよび図3D)。30秒間のハロゲン化溶媒洗浄後、5%DIEAまたはNEMを用いて中和を60秒間実施した。次いで、樹脂を、ハロゲン化溶媒およびDMIで、60秒間それぞれ10mL/分で洗浄した。次いで、カップリングステップのためにHPLCポンプを止めた。カップリング溶液(乾燥DMI中、0.2Mサブユニット、0.4M DIEAまたはNEM、および0.21M LiBr)を、10mLのシリンジに入れ、シリンジポンプを介し、3mL/分で1分間(0.5mmolモノマー)または2分間(1mmolモノマー)かけて送達した。モノマーは、臭化リチウムの存在下、90℃~110℃の間の温度で安定であることが決定された(図1)。溶液のすべてを送達する場合、HPLCポンプは、DMIを3mL/分で3分間送達した。このプロトコールを、各残留物について合成が完了するまで繰り返した。完成した樹脂を反応器から除去し、フリットシリンジ(Torviq)中のDCMで5回洗浄し、真空下で乾燥させた。開裂を上記の通りに実施した。
本出願全体を通して引用されるすべての参考文献(文献参照、発行済み特許、公開された特許出願および同時係属中の特許出願を含む)の内容は、これによりその全体が本明細書に明示的に組み込まれる。別段の定義がない限り、本明細書において使用されるすべての技術的および科学的用語は、当業者に一般的に公知の意味と一致する。
当業者ならば、日常実験以上のものを使用することなく、本明細書において記載されている開示の具体的な実施形態の多くの均等物を認識または解明することができるであろう。そのような均等物は、下記の特許請求の範囲によって包含されるように意図されている。
本発明の好ましい実施形態によれば、例えば、以下が提供される。
(項1)
式(I)のオリゴマー化合物:
であって、式中、
nは、9~39の整数であり、
Tは、OHまたは
であり、
各R 2 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(I)のオリゴマー化合物
を調製するための方法であって、
(a)式(A1)の化合物:
であって、式中、
Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される、式(A1)の化合物
を、ブロック解除剤と接触させて、式(II)の化合物:
であって、式中、Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体である、式(II)の化合物
を形成するステップと、
(b)式(II)の化合物を、式(A2)の化合物:
であって、式中、R 5 は、
であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
からなる群より選択される、式(A2)の化合物
と接触させて、式(A3)の化合物:
であって、式中、
Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 5 は、
であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
からなる群より選択される、式(A3)の化合物
を形成するステップと、
(c)式(A3)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(IV)の化合物:
であって、式中、Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 6 は、
であり、
R 4 は、
からなる群より選択される、式(IV)の化合物
を形成するステップと、
(d)式(IV)の化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A4)の化合物:
であって、式中、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
からなる群より選択される、式(A4)の化合物
と接触させて、式(A5)の化合物:
であって、式中、R 7 は、式(A5a)または式(A5b):
のものであり、
Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
から選択される、式(A5)の化合物
を形成するステップと、
(e)(e1)直前のステップによって形成された生成物を、ブロック解除剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A8)の化合物:
であって、式中、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、式(A8)の各化合物について独立して、
からなる群より選択される、式(A8)の化合物
と接触させて、
式(A9)の化合物:
であって、式中、R 8 は、
であり、
Bは、
であり、
nは、9~39の整数であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A9)の化合物
を形成するステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、R 7 が式(A5a)のものである場合、n-1であるか、またはYは、R 7 が式(A5b)のものである場合、n-2であるステップと、
(f)式(A9)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(A10)の化合物:
であって、式中、R 9 は、
であり、
Bは、
であり、
nは、9~39の整数であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A10)の化合物
を形成するステップと、
(g)式(A10)の化合物を、開裂剤と接触させて、式(A11)の化合物:
であって、式中、
R 9 は、
であり、
Cは、
またはHであり、
nは、9~39の整数であり、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A11)の化合物
を形成するステップと、
(h)式(A11)の化合物を、脱保護剤と接触させて、式(I)のオリゴマー化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法。
(項2)
ステップ(d)または(e2)の一方が、直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させるステップをさらに含む、上記項1に記載の方法。
(項3)
ステップ(a)、(c)、(e1)および(f)が、各ステップのブロック解除された化合物を、中和剤と接触させるステップをさらに含む、上記項1から2のいずれか一項に記載の方法。
(項4)
式(A4)および式(A8)の化合物が、それぞれ独立して、N-エチルモルホリンおよびジメチルイミダゾリジノンを含む溶液中にある、上記項1から3のいずれか一項に記載の方法。
(項5)
前記開裂剤が、ジチオトレイトールおよび1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エンを含む、上記項1から4のいずれか一項に記載の方法。
(項6)
ステップ(a)~(g)について、Bが、
であり、ステップ(h)について、Cが、
である、上記項1から5のいずれか一項に記載の方法。
(項7)
ステップ(a)、(b)、(c)、(d)、(e1)、(e2)、(f)、(g)または(h)のいずれかが、バッチ式合成でまたは連続合成で行われる、上記項1に記載の方法。
(項8)
式(A11)のオリゴマー化合物:
であって、式中、R 9 は、
であり、
Cは、
であり、
nは、9~39の整数であり、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A11)のオリゴマー化合物
を調製するための連続的方法であって、
(a)ブロック解除剤を、式(A3)の化合物:
であって、式中、Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 5 は、
であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される、式(A3)の化合物
と、反応容器内で接触させて、式(IV)の化合物:
であって、式中、Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 6 は、
である、式(IV)の化合物
を形成するステップと、
(b)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(c)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(d)式(IV)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(e)前記反応容器に、ルイス酸および式(A4)の化合物:
であって、式中、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
からなる群より選択される、式(A4)の化合物
を導入し、それにより、式(A4)の化合物が、式(IV)の化合物と接触して、式(A5)の化合物:
であって、式中、R 7 は、式(A5a)または式(A5b):
のものであり、
Bは、
であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、
から選択される、式(A5)の化合物
を形成するようにするステップと、
(f)式(A5)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(g)(g1)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g2)ブロック解除剤を前記反応容器に導入し、それにより、それが直前のステップによって形成された生成物と接触するようにするステップ、
(g3)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g4)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g5)直前のステップによって形成された生成物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g6)直前のステップによって形成された生成物を含有する前記反応容器に、ルイス酸および式(A8)の化合物:
であって、式中、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、式(A8)の各化合物について独立して、
からなる群より選択される、式(A8)の化合物
を導入し、それにより、式(A8)の化合物が、直前のステップによって形成された化合物と接触して、式(A9)の化合物:
であって、式中、R 8 は、
であり、
Bは、
であり、
nは、9~39の整数であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A9)の化合物
を形成するようにするステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、n-1であるステップと、
(h)式(A9)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄して、式(A8)の化合物を除去するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(i)式(A9)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄して、前記カップリング溶媒を除去するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(j)ブロック解除剤を、式(A9)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A10)の化合物:
であって、式中、R 9 は、
であり、
Bは、
であり、
nは、9~39の整数であり、
R 1 は、支持媒体であり、
R 4 は、各出現について独立して、
からなる群より選択される、式(A10)の化合物
を形成するステップと、
(k)開裂剤を、式(10)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A11)の化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法。
(項9)
ステップ(a)、(g2)および(j)が、各それぞれのステップのブロック解除された化合物を、中和剤と接触させるステップをさらに含む、上記項8に記載の方法。
(項10)
前記洗浄溶媒が、ハロゲン化溶媒である、上記項8から9のいずれか一項に記載の方法。
(項11)
前記カップリング溶媒が、1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノンまたはN-メチル-2-ピロリドンである、上記項8から10のいずれか一項に記載の方法。
(項12)
ステップ(a)~(j)について、Bが、
であり、ステップ(k)について、Cが、
である、上記項8から11のいずれか一項に記載の方法。
(項13)
ステップ(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g1)、(g2)、(g3)、(g4)、(g5)、(g6)、(h)、(i)、(j)および(k)のいずれかが、必要に応じてバッチ式方法で行われる、上記項8から12のいずれかに記載の方法。
(項14)
前記方法が、フロースルー反応器内で実施され、前記フロースルー反応器が、少なくとも、
(a)それぞれポンプが装備された1つまたは複数の供給ラインを備え、前記供給ラインの入口ゾーンが、中和剤、カップリング溶媒、ブロック解除剤、洗浄溶媒および式(A8)の化合物:
であって、式中、
R 3 は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R 4 は、式(A8)の各化合物について独立して、
からなる群より選択される、式(A8)の化合物
を含む容器に独立して接続されており、式(A8)の化合物が、カップリング溶媒に溶解されている、供給ゾーンと、
(b)前記1つまたは複数の供給ラインの出口ゾーンに接続されており、PMO合成樹脂を含有する、反応ゾーンと、
(c)廃棄物ストリームまたは生成物が独立して収集され得る出口ゾーンと、
(d)圧力制御デバイスと、
(e)前記供給ゾーンおよび前記反応ゾーンの温度を独立して制御する手段と
を備える、上記項8に記載の方法。
(項15)
前記フロースルー反応器が、エテプリルセンの調製に使用される、上記項14に記載の方法。
(項16)
前記ブロック解除剤が、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸およびトリフルオロ酢酸からなる群より選択される、上記項1から15のいずれか一項に記載の方法。
(項17)
各ステップにおいて使用される前記ブロック解除剤が、ハロゲン化酸を含む溶液である、上記項1から16のいずれか一項に記載の方法。
(項18)
前記ルイス酸が、LiCl、LiBr、LiIおよびLiOTfからなる群より選択される、上記項1から17のいずれか一項に記載の方法。
(項19)
前記中和剤が、ハロゲン化溶媒およびイソプロピルアルコールを含む溶液中にある、上記項1から18のいずれか一項に記載の方法。
(項20)
前記中和剤が、モノアルキル、ジアルキルまたはトリアルキルアミンである、上記項1から19のいずれか一項に記載の方法。
Claims (20)
- 式(I)のオリゴマー化合物:
nは、9~39の整数であり、
Tは、OHまたは
各R2は、各出現について独立して、
を調製するための方法であって、
(a)式(A1)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される、式(A1)の化合物
を、ブロック解除剤と接触させて、式(II)の化合物:
R1は、支持媒体である、式(II)の化合物
を形成するステップと、
(b)式(II)の化合物を、式(A2)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と接触させて、式(A3)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するステップと、
(c)式(A3)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
R4は、
を形成するステップと、
(d)式(IV)の化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
と接触させて、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するステップと、
(e)(e1)直前のステップによって形成された生成物を、ブロック解除剤と接触させるステップ、および
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、ルイス酸触媒の存在下、式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
と接触させて、
式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、R7が式(A5a)のものである場合、n-1であるか、またはYは、R7が式(A5b)のものである場合、n-2であるステップと、
(f)式(A9)の化合物を、ブロック解除剤と接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(g)式(A10)の化合物を、開裂剤と接触させて、式(A11)の化合物:
R9は、
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(h)式(A11)の化合物を、脱保護剤と接触させて、式(I)のオリゴマー化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法。 - ステップ(d)または(e2)の一方が、直前のステップによって形成された化合物を、キャッピング剤と接触させるステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- ステップ(a)、(c)、(e1)および(f)が、各ステップのブロック解除された化合物を、中和剤と接触させるステップをさらに含む、請求項1から2のいずれか一項に記載の方法。
- 式(A4)および式(A8)の化合物が、それぞれ独立して、N-エチルモルホリンおよびジメチルイミダゾリジノンを含む溶液中にある、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記開裂剤が、ジチオトレイトールおよび1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エンを含む、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(a)、(b)、(c)、(d)、(e1)、(e2)、(f)、(g)または(h)のいずれかが、バッチ式合成でまたは連続合成で行われる、請求項1に記載の方法。
- 式(A11)のオリゴマー化合物:
Cは、
nは、9~39の整数であり、
R4は、各出現について独立して、
を調製するための連続的方法であって、
(a)ブロック解除剤を、式(A3)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R5は、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択される、式(A3)の化合物
と、反応容器内で接触させて、式(IV)の化合物:
R1は、支持媒体であり、
R6は、
を形成するステップと、
(b)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(c)式(IV)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(d)式(IV)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(e)前記反応容器に、ルイス酸および式(A4)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を導入し、それにより、式(A4)の化合物が、式(IV)の化合物と接触して、式(A5)の化合物:
Bは、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、
を形成するようにするステップと、
(f)式(A5)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(g)(g1)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g2)ブロック解除剤を前記反応容器に導入し、それにより、それが直前のステップによって形成された生成物と接触するようにするステップ、
(g3)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒および中和剤で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒および中和剤を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g4)直前のステップによって形成された生成物を、洗浄溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g5)直前のステップによって形成された生成物を、カップリング溶媒で洗浄するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップ、
(g6)直前のステップによって形成された生成物を含有する前記反応容器に、ルイス酸および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を導入し、それにより、式(A8)の化合物が、直前のステップによって形成された化合物と接触して、式(A9)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、各出現について独立して、
を形成するようにするステップ
の逐次的ステップのY回繰り返しを実施するステップであって、Yは、n-1であるステップと、
(h)式(A9)の化合物を、カップリング溶媒で洗浄して、式(A8)の化合物を除去するステップであって、前記洗浄するステップが、カップリング溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(i)式(A9)の化合物を、洗浄溶媒で洗浄して、前記カップリング溶媒を除去するステップであって、前記洗浄するステップが、洗浄溶媒を前記反応容器に通過させることを含む、ステップと、
(j)ブロック解除剤を、式(A9)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A10)の化合物:
Bは、
nは、9~39の整数であり、
R1は、支持媒体であり、
R4は、各出現について独立して、
を形成するステップと、
(k)開裂剤を、式(10)の化合物と、反応容器内で接触させて、式(A11)の化合物を形成するステップと
の逐次的ステップを含む、方法。 - ステップ(a)、(g2)および(j)が、各それぞれのステップのブロック解除された化合物を、中和剤と接触させるステップをさらに含む、請求項8に記載の方法。
- 前記洗浄溶媒が、ハロゲン化溶媒である、請求項8から9のいずれか一項に記載の方法。
- 前記カップリング溶媒が、1,3-ジメチル-2-イミダゾリジノンまたはN-メチル-2-ピロリドンである、請求項8から10のいずれか一項に記載の方法。
- ステップ(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g1)、(g2)、(g3)、(g4)、(g5)、(g6)、(h)、(i)、(j)および(k)のいずれかが、必要に応じてバッチ式方法で行われる、請求項8から12のいずれかに記載の方法。
- 前記方法が、フロースルー反応器内で実施され、前記フロースルー反応器が、少なくとも、
(a)それぞれポンプが装備された1つまたは複数の供給ラインを備え、前記供給ラインの入口ゾーンが、中和剤、カップリング溶媒、ブロック解除剤、洗浄溶媒および式(A8)の化合物:
R3は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチルおよびトリメトキシトリチルからなる群より選択され、
R4は、式(A8)の各化合物について独立して、
を含む容器に独立して接続されており、式(A8)の化合物が、カップリング溶媒に溶解されている、供給ゾーンと、
(b)前記1つまたは複数の供給ラインの出口ゾーンに接続されており、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)合成樹脂を含有する、反応ゾーンと、
(c)廃棄物ストリームまたは生成物が独立して収集され得る出口ゾーンと、
(d)圧力制御デバイスと、
(e)前記供給ゾーンおよび前記反応ゾーンの温度を独立して制御する手段と
を備える、請求項8に記載の方法。 - 前記フロースルー反応器が、エテプリルセンの調製に使用される、請求項14に記載の方法。
- 前記ブロック解除剤が、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸およびトリフルオロ酢酸からなる群より選択される、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
- 各ステップにおいて使用される前記ブロック解除剤が、ハロゲン化酸を含む溶液である、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ルイス酸が、LiCl、LiBr、LiIおよびLiOTfからなる群より選択される、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
- 前記中和剤が、ハロゲン化溶媒およびイソプロピルアルコールを含む溶液中にある、請求項3または8から18のいずれか一項に記載の方法。
- 前記中和剤が、モノアルキル、ジアルキルまたはトリアルキルアミンである、請求項3または8から19のいずれか一項に記載の方法。
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