JP7072850B2 - Slab-type electrophoresis gel and its use - Google Patents
Slab-type electrophoresis gel and its use Download PDFInfo
- Publication number
- JP7072850B2 JP7072850B2 JP2018110731A JP2018110731A JP7072850B2 JP 7072850 B2 JP7072850 B2 JP 7072850B2 JP 2018110731 A JP2018110731 A JP 2018110731A JP 2018110731 A JP2018110731 A JP 2018110731A JP 7072850 B2 JP7072850 B2 JP 7072850B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- gel
- electrophoresis
- slab
- agarose
- weight
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 title claims description 135
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 claims description 55
- LUEWUZLMQUOBSB-FSKGGBMCSA-N (2s,3s,4s,5s,6r)-2-[(2r,3s,4r,5r,6s)-6-[(2r,3s,4r,5s,6s)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2r,4r,5s,6r)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](CO)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](OC3[C@H](O[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H]3O)CO)[C@@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O LUEWUZLMQUOBSB-FSKGGBMCSA-N 0.000 claims description 39
- 229920002581 Glucomannan Polymers 0.000 claims description 39
- 229940046240 glucomannan Drugs 0.000 claims description 39
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 11
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 11
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 10
- 239000002994 raw material Substances 0.000 claims description 7
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 241
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 53
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 52
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 39
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 21
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 21
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 19
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 16
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 238000001879 gelation Methods 0.000 description 15
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 15
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 12
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 12
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 11
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 11
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 10
- OMDQUFIYNPYJFM-XKDAHURESA-N (2r,3r,4s,5r,6s)-2-(hydroxymethyl)-6-[[(2r,3s,4r,5s,6r)-4,5,6-trihydroxy-3-[(2s,3s,4s,5s,6r)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxyoxan-2-yl]methoxy]oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1OC[C@@H]1[C@@H](O[C@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)O1 OMDQUFIYNPYJFM-XKDAHURESA-N 0.000 description 9
- 229920000926 Galactomannan Polymers 0.000 description 9
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 9
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 9
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 8
- 235000001206 Amorphophallus rivieri Nutrition 0.000 description 7
- 244000247812 Amorphophallus rivieri Species 0.000 description 7
- 229920002752 Konjac Polymers 0.000 description 7
- 239000000252 konjac Substances 0.000 description 7
- 235000010485 konjac Nutrition 0.000 description 7
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 7
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 7
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000004417 polycarbonate Substances 0.000 description 6
- 229920000515 polycarbonate Polymers 0.000 description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 235000013312 flour Nutrition 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- NIXOWILDQLNWCW-UHFFFAOYSA-N acrylic acid group Chemical group C(C=C)(=O)O NIXOWILDQLNWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 4
- 238000005452 bending Methods 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 229920000161 Locust bean gum Polymers 0.000 description 3
- 239000002390 adhesive tape Substances 0.000 description 3
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 3
- 210000001520 comb Anatomy 0.000 description 3
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 3
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 3
- 239000000711 locust bean gum Substances 0.000 description 3
- 235000010420 locust bean gum Nutrition 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 3
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 3
- MPVDXIMFBOLMNW-ISLYRVAYSA-N 7-hydroxy-8-[(E)-phenyldiazenyl]naphthalene-1,3-disulfonic acid Chemical compound OC1=CC=C2C=C(S(O)(=O)=O)C=C(S(O)(=O)=O)C2=C1\N=N\C1=CC=CC=C1 MPVDXIMFBOLMNW-ISLYRVAYSA-N 0.000 description 2
- 229920000114 Corrugated plastic Polymers 0.000 description 2
- SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N Dodecane Natural products CCCCCCCCCCCC SNRUBQQJIBEYMU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003929 acidic solution Substances 0.000 description 2
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 2
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 2
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 2
- JGBUYEVOKHLFID-UHFFFAOYSA-N gelred Chemical compound [I-].[I-].C=1C(N)=CC=C(C2=CC=C(N)C=C2[N+]=2CCCCCC(=O)NCCCOCCOCCOCCCNC(=O)CCCCC[N+]=3C4=CC(N)=CC=C4C4=CC=C(N)C=C4C=3C=3C=CC=CC=3)C=1C=2C1=CC=CC=C1 JGBUYEVOKHLFID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011544 gradient gel Substances 0.000 description 2
- 239000004519 grease Substances 0.000 description 2
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 239000000213 tara gum Substances 0.000 description 2
- 235000010491 tara gum Nutrition 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WGJNQJUOVHDPDM-UHFFFAOYSA-N 2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O.OP(O)(O)=O.OP(O)(O)=O.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O WGJNQJUOVHDPDM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000005956 Cosmos caudatus Nutrition 0.000 description 1
- 241000701959 Escherichia virus Lambda Species 0.000 description 1
- 229920000057 Mannan Polymers 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YXVHVBFCVDBUMB-UHFFFAOYSA-N acetic acid 2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.CC(O)=O.CC(O)=O.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O YXVHVBFCVDBUMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 238000009434 installation Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 239000004570 mortar (masonry) Substances 0.000 description 1
- 229920001296 polysiloxane Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 239000008213 purified water Substances 0.000 description 1
- 239000012146 running buffer Substances 0.000 description 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 1
Images
Landscapes
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Description
本発明は、スラブ型電気泳動用ゲルおよびその利用に関する。 The present invention relates to a slab-type electrophoresis gel and its use.
タンパク質を分子量の違いにより分離分析する方法はsodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel elelctrophoresis（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）として知られ、これまで多くの研究分野で汎用されている。このＳＤＳ－ＰＡＧＥに用いられるゲルは自作することができ、例えば、非特許文献１にゲルの作製方法が記載されている。また、スラブ型ゲルのプレキャストゲルとして各種が市販されている。例えば、Mini-Proteanシリーズ(BioRad)、TruPageＴＭプレキャストゲル(Sigma-Aldrich)、e-PAGELミニサイズ既製ゲル(ATTO株式会社製)およびSuperSepＴＭ（和光純薬）等が挙げられる。また、２００ｂｐ程度までの低分子ＤＮＡを分離分析するためのＰＡＧＥも市販されており、NuPAGE（登録商標） (Thermo Fisher Sceintific)、SuperSepＴＭ DNA（和光純薬）等がある。
A method for separating and analyzing proteins according to their molecular weights is known as sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel elelctrophoresis (SDS-PAGE), and has been widely used in many research fields. The gel used for this SDS-PAGE can be made by oneself. For example, Non-Patent
しかしながら、上述のようなスラブ型電気泳動用ゲルについての従来技術では、泳動試料が直線的に電気泳動されず、電気泳動像が八の字に曲がるという現象が起きる場合があった。また、上述のような従来技術では、２００ｂｐ以上のＤＮＡの分離能が悪くなる場合があり、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有するスラブ型電気泳動用ゲルを簡便に作製することが求められていた。 However, in the conventional technique for the slab-type electrophoresis gel as described above, the electrophoretic sample may not be electrophoresed linearly, and the electrophoretic image may bend into a figure of eight. Further, in the above-mentioned conventional technique, the separation ability of DNA of 200 bp or more may be deteriorated, and it is possible to easily prepare a slab-type electrophoresis gel having a high separation ability in nucleic acids having a wide range of molecular weights. I was asked.
本発明の一態様は、前記の問題点に鑑みてなされたものであり、泳動試料が直線的に電気泳動されず、電気泳動像が八の字に曲がるという現象（以下、「八の字現象」とも称する）を抑制することができるスラブ型電気泳動用ゲルを提供することを目的とした。さらに本発明の一態様は、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有するスラブ型電気泳動用ゲルを簡便に提供することを目的とする。 One aspect of the present invention has been made in view of the above-mentioned problems, and the phenomenon that the electrophoretic sample is not linearly electrophoresed and the electrophoretic image bends into a figure eight (hereinafter, "figure eight phenomenon"). It is an object of the present invention to provide a slab-type electrophoresis gel capable of suppressing (also referred to as). Furthermore, one aspect of the present invention is an object of simply providing a slab-type electrophoresis gel having a high separation ability in nucleic acids having a wide range of molecular weights.
前記の課題を解決するために、本発明者が鋭意研究を行った結果、アガロースとグルコマンナンとを含み、ゲルの内部に中空板を備えたスラブ型電気泳動用ゲルを用いることにより、電気泳動像が八の字に曲がることなく、泳動試料が直線的に電気泳動され、さらに、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有するスラブ型電気泳動用ゲルを簡便に作製できることを見出し、本発明を完成させるに至った。本発明は以下の態様を含む。
〔１〕ゲル基材として少なくともアガロースを含むスラブ型電気泳動用ゲルであって、
グルコマンナンを０．０５重量％以上含み、
貫通孔を備える中空板をゲル内部に備え、
上記貫通孔の開口部が電気泳動方向と面するように設けられ、上記貫通孔が電気泳動方向と平行に設けられている、スラブ型電気泳動用ゲル。
〔２〕上記グルコマンナンを０．０５重量％以上０．３重量％以下含む、〔１〕に記載のスラブ型電気泳動用ゲル。
〔３〕上記アガロースを０．３重量％以上２．０重量％以下含む、〔１〕または〔２〕に記載のスラブ型電気泳動用ゲル。
〔４〕〔１〕から〔３〕のいずれかに記載のスラブ型電気泳動用ゲルを用いる、電気泳動方法。
〔５〕中空板並びに電気泳動用ゲルの原料としてグルコマンナンおよびアガロースを備える、スラブ型電気泳動用ゲル製造キット。
As a result of diligent research conducted by the present inventor in order to solve the above-mentioned problems, electrophoresis is performed by using a slab-type electrophoresis gel containing agarose and glucomannan and having a hollow plate inside the gel. We found that the migration sample can be linearly electrophoresed without the image bending into a figure eight, and that a slab-type electrophoresis gel having high resolution in nucleic acids having a wide range of molecular weights can be easily prepared. It came to complete the invention. The present invention includes the following aspects.
[1] A slab-type electrophoresis gel containing at least agarose as a gel base material.
Contains 0.05% by weight or more of glucomannan
A hollow plate with a through hole is provided inside the gel,
A slab-type electrophoresis gel in which the opening of the through hole is provided so as to face the electrophoresis direction, and the through hole is provided in parallel with the electrophoresis direction.
[2] The slab-type electrophoresis gel according to [1], which contains 0.05% by weight or more and 0.3% by weight or less of the above glucomannan.
[3] The slab-type electrophoresis gel according to [1] or [2], which contains the above agarose in an amount of 0.3% by weight or more and 2.0% by weight or less.
[4] An electrophoresis method using the slab-type electrophoresis gel according to any one of [1] to [3].
[5] A slab-type electrophoresis gel production kit comprising glucomannan and agarose as raw materials for a hollow plate and an electrophoresis gel.
本発明の一態様によれば、前記の問題点に鑑みてなされたものであり、泳動試料が直線的に電気泳動されず、電気泳動像が八の字に曲がるという現象を抑制することができるスラブ型電気泳動用ゲルを提供することができる。さらに本発明の一態様は、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有するスラブ型電気泳動用ゲルを簡便に提供することができる。 According to one aspect of the present invention, this is done in view of the above-mentioned problems, and it is possible to suppress the phenomenon that the electrophoretic sample is not linearly electrophoresed and the electrophoretic image bends in a figure of eight. A slab-type electrophoresis gel can be provided. Further, one aspect of the present invention can easily provide a slab-type electrophoresis gel having a high separation ability in nucleic acids having a wide range of molecular weights.
以下、本発明の実施の形態の一例について詳細に説明するが、本発明は、これらに限定されない。なお、本明細書において特記しない限り、数値範囲を表す「Ａ～Ｂ」は、「Ａ以上、Ｂ以下」を意味する。 Hereinafter, an example of an embodiment of the present invention will be described in detail, but the present invention is not limited thereto. Unless otherwise specified in the present specification, "A to B" representing a numerical range means "A or more and B or less".
本明細書において、スラブ型電気泳動用ゲルを単に「電気泳動用ゲル」または「ゲル」と称する場合もある。異なる組成のゲルにおいて同じ泳動試料を泳動させた場合、ゲル中にてサイズの異なる核酸のバンド間の距離が離れているゲルの方が、分離能が高いと言える。 In the present specification, the slab-type electrophoresis gel may be simply referred to as "electrophoretic gel" or "gel". When the same migration sample is run on gels having different compositions, it can be said that gels in which the distances between bands of nucleic acids having different sizes are separated in the gel have higher separability.
〔１．スラブ型電気泳動用ゲル〕
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルは、ゲル基材として少なくともアガロースを含むスラブ型電気泳動用ゲルであり、グルコマンナンを０．０５重量％以上含み、貫通孔を備える中空板をゲル内部に備え、上記貫通孔の開口部が電気泳動方向と面するように設けられ、上記貫通孔が電気泳動方向と平行に設けられている。
[1. Slab type electrophoresis gel]
The slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention is a slab-type electrophoresis gel containing at least agarose as a gel base material, and is a hollow plate containing 0.05% by weight or more of glucomannan and having through holes. Is provided inside the gel, the opening of the through hole is provided so as to face the electrophoresis direction, and the through hole is provided parallel to the electrophoresis direction.
電気泳動用ゲルは、グルコマンナンを０．０５重量％以上含み、０．１重量％以上含むことが好ましく、０．２重量％以上含むことがより好ましい。グルコマンナンを０．０５重量％以上含むことで、強度に優れ、かつ高い分離能を有する電気泳動用ゲルを得ることができる。また、電気泳動用ゲルにおけるグルコマンナンの含有量の上限値は、０．３重量％以下であることが好ましく、０．１５重量％以下であることがより好ましい。電気泳動用ゲルにおけるグルコマンナンの含有量が０．３重量％以下であれば、低分子領域（２Ｋｂｐ以下）でのＤＮＡ分離能が向上するため好ましい。 The gel for electrophoresis contains 0.05% by weight or more of glucomannan, preferably 0.1% by weight or more, and more preferably 0.2% by weight or more. By containing 0.05% by weight or more of glucomannan, an electrophoresis gel having excellent strength and high resolving ability can be obtained. The upper limit of the content of glucomannan in the gel for electrophoresis is preferably 0.3% by weight or less, and more preferably 0.15% by weight or less. When the content of glucomannan in the gel for electrophoresis is 0.3% by weight or less, it is preferable because the DNA separation ability in the small molecule region (2 Kbp or less) is improved.
グルコマンナンとして、市販品のグルコマンナンを用いてもよく、市販品を適宜精製したグルコマンナンを用いてもよい。 As the glucomannan, a commercially available glucomannan may be used, or a commercially available purified glucomannan may be used.
ゲル基材は、少なくともアガロースを用いる。ゲル基材としてさらに、アガー等の電気泳動用ゲルの原料として一般的に知られている原料を用いてもよい。アガロースおよびアガー等は、市販品を用いてもよい。市販のアガロースとしては、Agarose H（ニッポンジーン社製）およびAgarose S（ニッポンジーン社製）等が挙げられる。市販のアガーとしては、精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）等が挙げられる。 At least agarose is used as the gel base material. Further, as the gel base material, a raw material generally known as a raw material for an electrophoresis gel such as agar may be used. Commercially available products may be used for agarose, agar and the like. Examples of commercially available agarose include Agarose H (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) and Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.). Examples of commercially available agar include refined agar powder (manufactured by Nacalai Tesque Co., Ltd.).
アガロースの含有量は、０．３重量％以上であることが好ましい。アガロースの含有量が０．３重量％以上であれば、取扱い性に優れるゲルを得ることができる。また、アガロースの含有量は２．０重量％以下であることが好ましい。アガロースの含有量が２．０重量％以下であれば、濃度が均一なゲル化用溶液を容易に得ることができる。 The content of agarose is preferably 0.3% by weight or more. When the content of agarose is 0.3% by weight or more, a gel having excellent handleability can be obtained. Further, the content of agarose is preferably 2.0% by weight or less. When the content of agarose is 2.0% by weight or less, a gelling solution having a uniform concentration can be easily obtained.
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルは、均一濃度ゲルであっても、多段式ゲルおよび濃度勾配ゲル等の濃度が均一ではないゲルであってもよい。多段式ゲルとは、１枚のゲルにおいて、複数の異なる組成のゲル層が含まれているゲルを意図する。グルコマンナンを含む電気泳動用ゲルは、強度に優れている。そのため、例えば、電気泳動用ゲルにゲルスロットを設けるためのスロットゲルとして使用することができる。本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルとして、複数の異なる組成のゲル層のうち、少なくとも１つのゲル層が、ゲル基材として少なくともアガロース、さらに、所定量のグルコマンナンを含んでいる多段式ゲルも包含される。すなわち、本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルとして、例えば、スロットゲルとして、ゲル基材として少なくともアガロース、さらに、所定の量のグルコマンナンを含むゲルを備え、分離ゲルとして、別の異なる組成のゲルを備えるゲルも包含される。 The slab-type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention may be a uniform concentration gel or a gel having a non-uniform concentration such as a multi-stage gel and a concentration gradient gel. The multi-stage gel is intended to be a gel containing a plurality of gel layers having different compositions in one gel. Electrophoretic gels containing glucomannan have excellent strength. Therefore, for example, it can be used as a slot gel for providing a gel slot in the gel for electrophoresis. As a slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention, at least one gel layer among a plurality of gel layers having different compositions contains at least agarose as a gel base material and a predetermined amount of glucomannan. Also included are multi-stage gels. That is, as a slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention, for example, as a slot gel, a gel containing at least agarose as a gel base material and a predetermined amount of glucomannan is provided, and the gel is separately as a separation gel. Also included are gels with different compositions of gels.
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルがスロットゲルを備える多段式ゲルである場合、当該スロットゲルは、グルコマンナンの含有量が０．１重量％から０．３重量％であり、かつ、アガロースの含有量が０．８重量％から１．０重量％であることが好ましい。スロットゲルは、グルコマンナンの含有量が０．３重量％であり、かつ、アガロースの含有量が１．０重量％であることがより好ましい。 When the slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention is a multi-stage gel including a slot gel, the slot gel has a glucomannan content of 0.1% by weight to 0.3% by weight. Moreover, the content of agarose is preferably 0.8% by weight to 1.0% by weight. It is more preferable that the slot gel has a glucomannan content of 0.3% by weight and an agarose content of 1.0% by weight.
分離ゲルを構成するゲル層の組成を色々に選択しこれを組み合わせることにより、解析するＤＮＡのサイズに即し最適化された、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有する多段式ゲルを簡便に作製できる。多段式ゲルの構成として、例えば、（ｉ）任意の濃度のアガロースゲル層と任意の濃度のグルコマンナンゲル層とを組み合わせた多段式ゲル、（ｉｉ）任意の２つの濃度の異なるグルコマンナンゲル層を組み合わせた多段式ゲル、（ｉｉｉ）任意の３つの濃度の異なるアガロースゲル層を組み合わせた多段式ゲルが挙げられる。 By selecting various gel layer compositions that make up the separation gel and combining them, a multi-stage gel with high separation ability in nucleic acids with a wide range of molecular weights optimized for the size of the DNA to be analyzed can be obtained. Can be easily manufactured. As the composition of the multi-stage gel, for example, (i) a multi-stage gel in which an agarose gel layer having an arbitrary concentration and a glucomannan gel layer having an arbitrary concentration are combined, and (ii) any two glucomannan gel layers having different concentrations. Examples thereof include a multi-stage gel in which the above is combined, and (iii) a multi-stage gel in which arbitrary three agarose gel layers having different concentrations are combined.
所定の量のグルコマンナンを含む電気泳動用ゲルを用いることにより、濃度依存的に低分子領域でのＤＮＡ分離能を向上させることができる。さらに、グルコマンナンの濃度が異なるゲル層を複数組み合わせた電気泳動用ゲルを用いることにより広範な範囲の分子量領域でＤＮＡを分離分析できる。 By using an electrophoresis gel containing a predetermined amount of glucomannan, the DNA separation ability in a small molecule region can be improved in a concentration-dependent manner. Furthermore, by using a gel for electrophoresis in which a plurality of gel layers having different concentrations of glucomannan are combined, DNA can be separated and analyzed in a wide range of molecular weight regions.
また、加熱溶解した２つの任意のゲル化用溶液がゲル化しない温度（例えば、７０℃程度）で濃度勾配作製器を用いることにより、連続的な濃度勾配を有する濃度勾配ゲルを作製することができる。 Further, it is possible to prepare a concentration gradient gel having a continuous concentration gradient by using a concentration gradient preparation device at a temperature (for example, about 70 ° C.) at which two heat-dissolved solutions for gelation do not gel. can.
この事は、実に多彩なＤＮＡ分離能をもつ、ゲル基材がアガロースであるスラブ型ゲルを自由自在に創作できることを意味する。その点から、本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルはアガロースゲルの概念を変える発明だと言える。本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルがプレキャストゲルとして商品化され市販されれば、新規の核酸（すなわち、ＤＮＡおよびＲＮＡ）分離分析ゲルとして、核酸の解析に関わる多くの分野およびこれを支援する産業分野で貢献するものと発明者は考えている。 This means that it is possible to freely create a slab-type gel in which the gel base material is agarose, which has a wide variety of DNA separation abilities. From this point, it can be said that the slab-type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention is an invention that changes the concept of an agarose gel. If the slab-type electrophoresis gel according to one embodiment of the present invention is commercialized as a precast gel and put on the market, it will be used as a novel nucleic acid (that is, DNA and RNA) separation and analysis gel in many fields related to nucleic acid analysis. The inventor believes that it will contribute in the industrial field that supports this.
（中空板）
図３の（Ｂ）は、本発明の一実施形態において使用され得る中空板の断面図である。本発明の一実施形態において、中空板４は、中空板４の表面と裏面とを形成する一対の平板４ａ間に、支持部材４ｂにより貫通孔４ｃが形成されている構造体を意図する。当該貫通孔４ｃは、両方の端部において開口部を有しており、貫通孔４ｃにおいて中空板４は貫通している。中空板としては、例えば、プラスチック段ボール等が挙げられる。本発明の一実施形態において、ゲルの内部に設けられた中空板によってゲルが支えられているため、作製したゲルがガラス板から下方に脱落するのを防止することができる。
(Hollow plate)
FIG. 3B is a cross-sectional view of a hollow plate that can be used in one embodiment of the present invention. In one embodiment of the present invention, the
また、貫通孔が電気泳動方向と平行に設けられているため、中空板にはゲル内の泳動試料（例えば、ＤＮＡ）の移動を均一にする効果がある。中空板を用いない場合、ゲル内の泳動試料（例えば、ＤＮＡ）が八の字状に電気泳動されることがある。一般に、２枚のガラス板に挟まれたゲルを作製し、当該ゲルを泳動槽に装着する際、図７に示すように、電気泳動槽７１において、外側ガラス板７４と内側ガラス板７５との両端にくさび７２を打つ。この操作によりガラス板の中央が僅かに曲がるため、ゲル７３も曲がり、さらにゲル７３は僅かに下方に押し出される。つまり、ゲル７３の中央部の厚さが、ゲル７３の両端よりも薄くなる。この状態において、定電圧で泳動すると、ゲル７３の厚い箇所は薄い箇所に比べて電気抵抗が低下し通電されやすいため、電気泳動試料の八の字現象が起こることになる。中空板はガラス板の湾曲を防止するため、この現象を防止することができる。
Further, since the through holes are provided parallel to the electrophoresis direction, the hollow plate has an effect of making the movement of the migration sample (for example, DNA) in the gel uniform. When the hollow plate is not used, the migration sample (for example, DNA) in the gel may be electrophoresed in a figure eight shape. Generally, when a gel sandwiched between two glass plates is prepared and the gel is attached to the migration tank, as shown in FIG. 7, in the
ゲル内部に設けられる中空板の数は、ガラス板に納まる範囲内であれば特に限定されず、１つ以上であれば複数の中空板を設けてもよい。 The number of hollow plates provided inside the gel is not particularly limited as long as it fits in the glass plate, and a plurality of hollow plates may be provided as long as it is one or more.
中空板の大きさは、ガラス板の幅の範囲内であれば特に限定されず、用いる電気泳動槽の大きさおよびガラス板の大きさ等に合わせて適宜決定すればよい。 The size of the hollow plate is not particularly limited as long as it is within the width of the glass plate, and may be appropriately determined according to the size of the electrophoresis tank to be used, the size of the glass plate, and the like.
貫通孔の大きさも、ガラス板の幅の範囲内であれば特に限定されず、用いる電気泳動槽の大きさおよびコームの大きさに合わせて適宜決定すればよい。 The size of the through hole is not particularly limited as long as it is within the width of the glass plate, and may be appropriately determined according to the size of the electrophoresis tank to be used and the size of the comb.
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルにおいて、中空板を設ける位置は、本発明の効果が得られる限りにおいて特に限定されるものではない。ただし、ガラス板の湾曲を防止し易く、かつ泳動試料の電気泳動に干渉し難い位置であるという理由により、電気泳動ゲルにおける電気泳動方向のできるだけ下流側に中空板が設けられていることが好ましい。 In the slab-type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention, the position where the hollow plate is provided is not particularly limited as long as the effect of the present invention can be obtained. However, it is preferable that the hollow plate is provided as downstream as possible in the electrophoresis direction in the electrophoresis gel because it is a position where it is easy to prevent the glass plate from bending and it is difficult to interfere with the electrophoresis of the migration sample. ..
（その他の構成）
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルは、電気泳動に必要な部材をさらに備えていてもよい。例えば、上記ゲルは、ゲルにウェルを形成するためのコームを備えていてもよい。また、上記ゲルは、ゲルを支持するためのガラス板および／またはスペーサーを備えていてもよい。
(Other configurations)
The slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention may further include members necessary for electrophoresis. For example, the gel may include a comb to form a well in the gel. Further, the gel may be provided with a glass plate and / or a spacer for supporting the gel.
コームのそれぞれの櫛の幅は２．６ｍｍまたは３．４ｍｍ、櫛同士の間隔は１．４ｍｍまたは２．６ｍｍのものが汎用されているが、用いる電気泳動槽の大きさおよび所望のサンプル数等に合わせて、これらのサイズが任意であるコームを用いてもよい。コームをゲルに挿入する深さは５ｍｍから７ｍｍ程度が望ましいが、１０ｍｍ以下であれば任意の深さでよい。 The width of each comb of the comb is 2.6 mm or 3.4 mm, and the distance between the combs is 1.4 mm or 2.6 mm. You may use a comb in which these sizes are arbitrary. The depth at which the comb is inserted into the gel is preferably about 5 mm to 7 mm, but any depth may be used as long as it is 10 mm or less.
上記ガラス板は、長さ１００ｍｍ×幅１００ｍｍ×厚さ１ｍｍのものが汎用されている。使用する電気泳動槽に合わせて、ガラス板のサイズを適宜決定できる。また、ガラス板の代わりに、アクリル板またはポリカーボネート板を用いてもよい。上述の汎用されているサイズのガラス板の代わりに使用する際は、そのサイズは、例えば、長さ１００ｍｍ×幅１００ｍｍ×厚さ２ｍｍである。また、ガラス板と、アクリル板またはポリカーボネート板との組み合わせでもよい。 The glass plate having a length of 100 mm, a width of 100 mm, and a thickness of 1 mm is generally used. The size of the glass plate can be appropriately determined according to the electrophoresis tank to be used. Further, an acrylic plate or a polycarbonate plate may be used instead of the glass plate. When used in place of the above-mentioned general-purpose size glass plate, the size is, for example, 100 mm in length × 100 mm in width × 2 mm in thickness. Further, a combination of a glass plate and an acrylic plate or a polycarbonate plate may be used.
冷却効果をもつ電気泳動槽を用いる場合は、ガラス板、アクリル板およびポリカーボネート板のいずれであってよく、これらの選択によってＤＮＡの分離能に影響はない。プラスチック板はガラス板よりも形成が容易で加工しやすく、低廉であり経済的でもある。また、ポリカーボネート板は軽量であり、且つ耐熱性に優れる。また、ポリカーボネートは、衝撃にも強く丈夫な素材としてガラスや他のプラスチックを凌ぐ。 When an electrophoresis tank having a cooling effect is used, it may be a glass plate, an acrylic plate or a polycarbonate plate, and the selection thereof does not affect the DNA separation ability. Plastic plates are easier to form, easier to process, cheaper and more economical than glass plates. In addition, the polycarbonate plate is lightweight and has excellent heat resistance. Polycarbonate also surpasses glass and other plastics as a shock-resistant and durable material.
また、冷却効果をもたない電気泳動槽を用いる場合も、ガラス板、アクリル板およびポリカーボネート板のいずれであってよく、これらの選択によってＤＮＡの分離能に影響はないが、ガラス板を用いることが好ましい。 Further, when using an electrophoresis tank having no cooling effect, any of a glass plate, an acrylic plate and a polycarbonate plate may be used, and the selection thereof does not affect the DNA separation ability, but the glass plate should be used. Is preferable.
本発明の一実施形態において、スペーサーやコームとして、中空板を利用してもよい。スペーサーとしては、例えば、図３の（Ｃ）に記載されるような、２つの貫通孔をもつ縦長のもの（例えば、長さ１００ｍｍ×幅８～１０ｍｍ×厚さ２．５ｍｍ）がよい。また、コームとしては、例えば、図３の（Ｂ）に記載されるような、貫通孔４ｃに対し垂直に切断したプラスチック段ボール（例えば、長さ７５ｍｍ×幅８ｍｍ×厚さ２．５ｍｍ）が利用できる。中空板をコームとして用いる場合は、ゲル化用溶液がゲル化した後、電気泳動用ゲルに約１ｍｍ埋まるように中空板をゲル上層に挿入するとよい。中空板をゲル上層に挿入することにより、従来のように電気泳動用ゲルにウェルを作製する必要がなく、中空板の貫通孔にＤＮＡ溶液を直接注入し電気泳動を開始することができる。中空板をゲル上層に挿入し、ウェルとして用いると、この大きさで２１種のサンプルの分析が可能であり、従来のコームを用いた場合より、多くのサンプルを分析できる利点がある。ゲル下層とコームの各中空板とに挟まれたことにより、ゲルの脱落防止はより確実なものとなり、プレキャストゲルとして市販する際に有益な事項である。
In one embodiment of the present invention, a hollow plate may be used as a spacer or a comb. As the spacer, for example, a vertically long spacer having two through holes (for example, length 100 mm × width 8 to 10 mm × thickness 2.5 mm) as shown in FIG. 3C is preferable. Further, as the comb, for example, a plastic corrugated cardboard (for example,
（スラブ型電気泳動用ゲルの作製方法）
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルの作製は、例えば、Molecular Cloning: A LABORATORY MANUAL, T. Maniatis, EF Fritsch, J. Sambrook, Cold Spring Harbor Laboratory, 1982を参考にして常法により実施してもよい。
(Method for producing slab type electrophoresis gel)
The preparation of a slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention is carried out by a conventional method with reference to, for example, Molecular Cloning: A LABORATORY MANUAL, T. Maniatis, EF Fritsch, J. Sambrook, Cold Spring Harbor Laboratory, 1982. It may be carried out by.
図１～図３は、タンパク質の分離分析に用いられるＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル作製用部材を用いて、本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルを作製する方法を図示している。なお、以下に示す寸法は、タンパク質用のＰＡＧＥゲル作製用資材（和光純薬製、製品名：SuperSep Ace）および泳動槽（コスモバイオ株式会社製、製品名：DPE-1020 10x10ミニゲル用）を利用する場合の寸法を例示している。 FIGS. 1 to 3 illustrate a method for producing a slab-type electrophoresis gel according to an embodiment of the present invention, using an SDS-PAGE gel-forming member used for protein separation analysis. The dimensions shown below use the PAGE gel preparation material for protein (manufactured by Wako Pure Chemical Industries, Ltd., product name: SuperSep Ace) and the electrophoresis tank (manufactured by Cosmo Bio Co., Ltd., product name: DPE-1020 10x10 for mini gel). The dimensions of the case are illustrated.
図１の（Ａ）は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル用のコーム１、スペーサー２、ガラス板３、及びプラスチック製の中空板４の外観を示す図である。中空板４として、例えば、商品名「養生プラダン」（PD-1892SY, ポリプロビレン製）を用いることができる。この商品は、弾力性の高いプラスチック段ボールであり、厚さ２．５ｍｍ、長さ１８２０ｍｍ、幅９１０ｍｍ、貫通孔の幅が３．５ｍｍである。これを回転式カッターで目的のサイズに切断し、厚さ２．５ｍｍ、長さ６３ｍｍ、幅７ｍｍの中空板４を得る。この板を両端の２ｍｍ厚のスペーサー２と７ｍｍ程度離してガラス板３に平行な位置でガラス板３に接着剤により装着する。中空板４の貫通孔が電気泳動用ゲルと垂直になるため、熱溶解したゲル溶液の流入が容易になる。また、中空板４は電気泳動において泳動パターンへの影響も無く物理的な障害ともならない。
FIG. 1A is a diagram showing the appearance of a
次に、厚さ２ｍｍのスペーサー２にシリコングリースを塗付けた後、２枚のガラス板３で挟み込み、ダブルクリップで止める。図１の（Ｂ）および図１の（Ｃ）には、それぞれ、本発明の一実施形態の電気泳動用ゲルを作製するための部材を組み立てた際の横断面図および上面図を示す。図１の（Ｂ）および図１の（Ｃ）が示すように、スペーサー２を２枚のガラス板３で挟み込み、ダブルクリップで止めることにより、スペーサーの厚さに応じてガラス間隙を形成することができる。また、中空板４側のガラス板３の下部は接着テープでシールしておく。これにより、ゲル化用溶液を流し込むためのガラス間隙を作製することができる。なお、以下に述べる最下層ゲルをゲル化用溶液に直接浸すことにより事前に作製しておく場合、最下層ゲルをガラス間隙に設置することで、シール操作の代わりとすることができる。
Next, after applying silicon grease to the
このように組み立てられたガラス間隙にゲル化用溶液（例えば、ＴＡＥに加熱溶解させた１重量％アガロースＳ約１６ｍＬ）を、例えば、図２中、２点破線で示した位置まで（例えば、ガラス板先端から約１０ｍｍ）加え、室温に暫く放置することによりゲル化させる。これにより、最下層ゲルを作製することができる。この上層に、ＴＡＥに加熱溶解させた任意の濃度のグルコマンナンを含むアガロースＳを注ぐ。その後、図２のようにガラス間隙にコームを挿入し、ゲルをゲル化させる。このゲル作製のステップは最初の段階（すなわち、最下層ゲルを作製する段階）を省き、１段階で実施してもよい。 A gelling solution (for example, about 16 mL of 1 wt% agarose S heated and dissolved in TAE) is placed in the glass gap thus assembled, for example, up to the position indicated by the two dashed lines in FIG. 2 (for example, glass). Add about 10 mm from the tip of the plate) and leave it at room temperature for a while to gel it. This makes it possible to prepare a bottom layer gel. Agarose S containing any concentration of glucomannan that has been heat-dissolved in TAE is poured into this upper layer. Then, as shown in FIG. 2, a comb is inserted into the glass gap to gel the gel. This gel preparation step may be carried out in one step, omitting the first step (that is, the step of preparing the bottom layer gel).
最後に、図３の（Ａ）に示すように、コーム１をゲルから脱着することにより、スロット５およびウェル６を備えた電気泳動用ゲルを作製することができる。
Finally, as shown in FIG. 3A, the
〔２．電気泳動方法〕
本発明の一実施形態に係る電気泳動方法は、本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルを用いる。
[2. Electrophoresis method]
As the electrophoresis method according to the embodiment of the present invention, the slab type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention is used.
以下に、タンパク質のＳＤＳ－ＰＡＧＥゲル用の泳動槽に、本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルを装着する場合を例示する。この時、ゲルのウェル側が陰極側、中空板側が陽極側になるようにする。その後、分析すべき電気泳動試料をウェルに注ぎＴＡＥ緩衝液を泳動槽に注ぎ、例えば、６０Ｖで２時間程度、泳動する。電気泳動試料と同時に色素Orange Gをロードしていれば、色素Orange Gがゲル先端に到達したタイミングで電気泳動を終了させてもよい。 Hereinafter, a case where the slab-type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention is attached to the migration tank for SDS-PAGE gel of protein will be illustrated. At this time, the well side of the gel is on the cathode side and the hollow plate side is on the anode side. Then, the electrophoresis sample to be analyzed is poured into the well, the TAE buffer is poured into the electrophoresis tank, and the electrophoresis is performed at 60 V for about 2 hours, for example. If the dye Orange G is loaded at the same time as the electrophoresis sample, the electrophoresis may be terminated when the dye Orange G reaches the tip of the gel.
次に、ガラス板の間にスパーテルを挿入してガラス板の一方を剥がす。さらに、中空板の直上をガラス板にそってスパーテルで切断し、ゲルをエチジウムブロミドで染色し、ＵＶＰ装置にて紫外線照射し蛍光を写真撮影する。本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲルは強度に優れ、しなやかであるため、例えば写真撮影時に破損することはない。尚、ＤＮＡ溶液にＧｅｌＲｅｄを予め添加しておき、泳動後、直接、写真撮影することもできる。また、泳動用緩衝液はＴＡＥ緩衝液またはＴＰＥ緩衝液であっても構わない。 Next, insert a spatula between the glass plates and peel off one of the glass plates. Further, the area directly above the hollow plate is cut with a spatula along the glass plate, the gel is dyed with ethidium bromide, the gel is irradiated with ultraviolet rays by a UVP device, and the fluorescence is photographed. Since the slab-type electrophoresis gel according to the embodiment of the present invention has excellent strength and is supple, it will not be damaged during photography, for example. It is also possible to add GelRed to the DNA solution in advance and take a picture directly after the electrophoresis. Further, the running buffer may be a TAE buffer or a TPE buffer.
ゲルの理想的な厚さである４ｍｍの中空板をゲルプレートの同様に位置に設置すれば、サブマリン型ゲルの作製にも中空板を利用できる。中空板の設置は、電気泳動には影響はなく、サブマリンプレキャストゲルの作製においてゲルの脱落防止として同様に有効である。 If a hollow plate having a thickness of 4 mm, which is an ideal thickness of the gel, is installed at the same position as the gel plate, the hollow plate can be used for producing a submarine type gel. The installation of the hollow plate has no effect on electrophoresis and is similarly effective in preventing the gel from falling off in the preparation of the submarine precast gel.
〔３．スラブ型電気泳動用ゲル製造キット〕
本発明の一実施形態に係るスラブ型電気泳動用ゲル製造キットは、中空板並びに電気泳動用ゲルの原料としてグルコマンナンおよびアガロースを備える。それゆえ、上述のように、泳動試料が八の字に曲がることなく直線的に電気泳動され、さらに、広範な範囲の分子量の核酸において高い分離能を有する電気泳動用ゲルを簡便に作製できる。以下では、電気泳動用ゲル製造キットを単に「キット」とも称する。また、〔１．電気泳動用ゲル〕で既に説明した事項については、以下では説明を省略し、適宜、上述の記載を援用する。
[3. Gel production kit for slab type electrophoresis]
The slab-type electrophoresis gel production kit according to an embodiment of the present invention comprises a hollow plate and glucomannan and agarose as raw materials for the electrophoresis gel. Therefore, as described above, the electrophoretic sample can be linearly electrophoresed without bending into a figure eight, and an electrophoretic gel having a high resolution in nucleic acids having a wide range of molecular weights can be easily prepared. Hereinafter, the gel production kit for electrophoresis is also simply referred to as a “kit”. In addition, [1. With respect to the matters already described in [Etrophoresis gel], the description thereof will be omitted below, and the above description will be incorporated as appropriate.
上記キットは、緩衝液として、ＴＡＥ緩衝液またはＴＰＥ緩衝液をさらに備えていてもよい。電気泳動用ゲルの原料を当該緩衝液に溶解させてゲル化用溶液を得ることができる。当該ゲル化用溶液をゲル化させることにより、ゲルを作製することができる。 The kit may further include a TAE buffer or a TPE buffer as the buffer. The raw material of the gel for electrophoresis can be dissolved in the buffer solution to obtain a gelation solution. A gel can be prepared by gelling the gelation solution.
上記緩衝液は、使用される際の濃度に比べて高い濃度にて調製されたストック溶液であってもよい。例えば、ストック溶液は、使用される際の濃度に比べて５倍、１０倍、または５０倍の濃度であってもよい。当該ストック溶液を希釈して、ゲルの作製に使用することができる。 The buffer solution may be a stock solution prepared at a concentration higher than the concentration at the time of use. For example, the stock solution may be 5 times, 10 times, or 50 times the concentration at the time of use. The stock solution can be diluted and used to make a gel.
また、上記キットは、トリス－酢酸－エチレンジアミン四酢酸の粉末またはトリス－リン酸－エチレンジアミン四酢酸の粉末を備えていてもよい。これらの粉末を水に溶解させることによって、ＴＡＥ緩衝液またはＴＰＥ緩衝液を得ることができる。 The kit may also include tris-acetic acid-ethylenediaminetetraacetic acid powder or tris-phosphate-ethylenediaminetetraacetic acid powder. By dissolving these powders in water, TAE buffer or TPE buffer can be obtained.
上記キットは、中空板、電気泳動用ゲルの原料および緩衝液以外に、ゲルを作製するための部材を備えていてもよい。例えば、上記キットは、ゲル化用溶液が流し込まれるガラス間隙を形成するためのガラス板を備えていてもよい。また、上記キットは、ゲルにウェルを形成するためのコームを備えていてもよい。 In addition to the hollow plate, the raw material for the gel for electrophoresis, and the buffer solution, the kit may include a member for producing the gel. For example, the kit may include a glass plate for forming a glass gap into which the gelling solution is poured. The kit may also include a comb to form a well in the gel.
本発明は上述した各実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態についても本発明の技術的範囲に含まれる。 The present invention is not limited to the above-described embodiments, and various modifications can be made within the scope of the claims, and the embodiments obtained by appropriately combining the technical means disclosed in the different embodiments. Is also included in the technical scope of the present invention.
（実施例１）
（１）ガラクトマンナンの精製
下記の〔ａ〕～〔ｈ〕によりガラクトマンナンを精製した。
〔ａ〕タラガム由来のガラクトマンナン（VIDOGUM SP175、ユニテックフーズ社製）１ｇを１００ｍＬの精製水に加え、マイクロウェーブオーブンにて１００℃で２分間加熱し、ガラクトマンナンを溶解させた。これを室温まで冷却した後、５℃にて一晩放置した。
〔ｂ〕〔ａ〕により得られた溶液を遠心管に分取し、室温で８０００×ｇ、１０分間遠心した。
〔ｃ〕〔ｂ〕により得られた溶液から上清を遠心管に分取し、沈殿物を除去した。このとき、除去された沈殿物は約０．４ｇであった。
〔ｄ〕〔ｃ〕により沈殿物が除去された上清に酢酸２０ｍＬ（特級試薬、和光純薬製）を加えることにより酸性溶液とした。酸性溶液：エタノール＝１：１となるように１００％エタノールを当該酸性溶液にさらに加え、遠心管の蓋をし、上下に２～３回程度、素早く振盪した。混合すると速やかに、白い繊維状の物質が出現した。
〔ｅ〕上記遠心管を室温で８０００×ｇ、１０分間遠心させ、得られた沈殿物を回収した。
〔ｆ〕当該沈殿物にエタノールを１０ｍＬ加え、よく振盪し、残存している酢酸を除去した。その後、再度、室温で８０００×ｇ、１０分間遠心させた。
〔ｇ〕得られた沈殿物を回収し、６０℃で１時間放置し、完全に乾燥させた。
〔ｈ〕乾燥させた上記得られた沈殿物を乳鉢に移し、乳棒で粉砕した。
(Example 1)
(1) Purification of galactomannan Galactomannan was purified by the following [a] to [h].
[A] 1 g of galactomannan derived from taragum (VIDOGUM SP175, manufactured by Unitech Foods) was added to 100 mL of purified water and heated in a microwave oven at 100 ° C. for 2 minutes to dissolve galactomannan. After cooling this to room temperature, it was left at 5 ° C. overnight.
[B] The solution obtained in [a] was separated into a centrifuge tube and centrifuged at 8000 × g for 10 minutes at room temperature.
[C] The supernatant was collected in a centrifuge tube from the solution obtained in [b], and the precipitate was removed. At this time, the amount of the precipitate removed was about 0.4 g.
[D] An acidic solution was prepared by adding 20 mL of acetic acid (special grade reagent, manufactured by Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) to the supernatant from which the precipitate had been removed by [d] and [c]. 100% ethanol was further added to the acidic solution so that the acid solution: ethanol = 1: 1, the centrifuge tube was covered, and the mixture was quickly shaken up and down about 2 to 3 times. Upon mixing, a white fibrous substance appeared immediately.
[E] The centrifuge tube was centrifuged at 8000 × g for 10 minutes at room temperature, and the obtained precipitate was collected.
[F] 10 mL of ethanol was added to the precipitate and shaken well to remove residual acetic acid. Then, it was centrifuged again at room temperature at 8000 × g for 10 minutes.
[G] The obtained precipitate was collected, left at 60 ° C. for 1 hour, and completely dried.
[H] The dried precipitate obtained above was transferred to a mortar and pestle and pulverized with a pestle.
（２）ゲルの作製および電気泳動
「養生プラダン」（PD-1892SY, アイリスオーヤマ社製）を回転式カッターで切断し、厚さ２．５ｍｍ、長さ６３ｍｍ、幅７ｍｍの中空板を得た。この中空板を、両端の２ｍｍ厚のスペーサーと７ｍｍ程度離してガラス板に平行な位置でガラス板に接着剤により装着した。
(2) Preparation of gel and electrophoresis "Curing Pradan" (PD-1892SY, manufactured by Iris Ohyama Co., Ltd.) was cut with a rotary cutter to obtain a hollow plate having a thickness of 2.5 mm, a length of 63 mm and a width of 7 mm. This hollow plate was attached to the glass plate with an adhesive at a position parallel to the glass plate at a position about 7 mm apart from the spacers having a thickness of 2 mm at both ends.
次に、２ｍｍのスペーサーにシリコングリースを塗付け２枚のガラス板で挟み込み、ダブルクリップで止めた。中空板側のガラス板の下部を接着テープでシールした。 Next, silicone grease was applied to a 2 mm spacer, sandwiched between two glass plates, and fastened with a double clip. The lower part of the glass plate on the hollow plate side was sealed with adhesive tape.
このように組み立てられたガラス間隙に後述の組成のゲル化用溶液を１５．３ｍＬ加え、２ｍｍ厚の１６サンプル用コームを挿入し、室温に放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。その後、コームをゲルから静かに外すことにより実施例１の電気泳動用ゲルを作製した。ゲルを泳動槽（スラブ型（第一化学薬品株式会社、商品名 カセット電気泳動槽「DAIICH」ミニ二連式））に装着し、各スロットに５μＬの電気泳動試料を静かに添加した。室温にて以下の条件で泳動後、ガラス板の間にスパーテルを挿入し一方側を持ち上げた。他方のガラス板に残っているゲルを静かに染色液に押し出した。 15.3 mL of the gelling solution having the composition described below was added to the glass gap thus assembled, a comb for 16 samples having a thickness of 2 mm was inserted, and the gelation solution was gelled by leaving it at room temperature. Then, the comb was gently removed from the gel to prepare an electrophoresis gel of Example 1. The gel was mounted in a migration tank (slab type (Daiichi Chemicals Co., Ltd., trade name: cassette electrophoresis tank "DAIICH" mini-dual type)), and 5 μL of electrophoresis sample was gently added to each slot. After running under the following conditions at room temperature, a spatula was inserted between the glass plates and one side was lifted. The gel remaining on the other glass plate was gently extruded into the stain.
（３）ゲルの撮影
アガロースゲル撮影装置（ＵＶイルミネーター；Model BioDoc-It（登録商標） Imaging system, ＵＶＰ社製）を用いて電気泳動を行った後の電気泳動用ゲルを撮影した。
(3) Imaging of gel The gel for electrophoresis after electrophoresis was photographed using an agarose gel imaging device (UV illuminator; Model BioDoc-It (registered trademark) Imaging system, manufactured by UVP).
＜泳動等の条件＞
・ゲル化用溶液：アガロースが０．８重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）を、アガーが０．２重量％となるように精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）を、ガラクトマンナンが０．１重量％となるように、上述のように精製したガラクトマンナンを、グルコマンナンが０．０７５重量％となるように、コンニャク精粉（茂木食品工業株式会社、群馬県下仁田市）をそれぞれＴＡＥ緩衝液に加えた。
・ゲル板のサイズ（内寸）：幅１００ｍｍ、縦長１００ｍｍ、厚さ１ｍｍ
・電気泳動試料：レーン１；０．１～２０ＫｂｐのＤＮＡ（Gene Ladder wide 2, ニッポンジーン社製）；レーン２；０．１～１０ＫｂｐのＤＮＡ（Gene Ladder Fast 2, ニッポンジーン社製）；レーン３；０．１～２ＫｂｐのＤＮＡ（Gene Ladder 100, ニッポンジーン社製）；レーン４；５０ｂｐのDNA Ladder（TAKARA社製）（これらの電気泳動試料には予めGelRedを添加した）
・泳動条件：泳動緩衝液；１×ＴＡＥ、６０Ｖ、１．５時間
実施例１より、ゲル基材として少なくともアガロースを含み、さらにグルコマンナンを含み、中空板を内部に備える電気泳動用ゲルを用いて電気泳動を行うと、２Ｋｂｐ領域までの低分子ＤＮＡの高い分離能が得られることがわかる。このことは、本発明の一実施形態に係る電気泳動方法により、今日、汎用されているサブマリン型ゲルを用いた電気泳動方法と同等のＤＮＡの分離能を得られることを示す。
<Conditions such as electrophoresis>
-Glucomannan solution: Agarose S (manufactured by Nippon Gene) so that the agarose content is 0.8% by weight, and purified agar powder (manufactured by Nakaraitesk Co., Ltd.) so that the agarose content is 0.2% by weight. Galactomannan purified as described above so that the amount of mannan is 0.1% by weight, and konjac refined so that the amount of glucomannan is 0.075% by weight (Mogi Food Industry Co., Ltd., Shimonita City, Gunma Prefecture). Was added to the TAE buffer, respectively.
-Gel plate size (inner dimensions): width 100 mm, length 100 mm,
Electrophoretic sample:
-Migration conditions: migration buffer; 1 x TAE, 60V, 1.5 hours From Example 1, an electrophoresis gel containing at least agarose as a gel base material, further containing glucomannan, and having a hollow plate inside was used. It can be seen that high resolution of low molecular weight DNA up to the 2Kbp region can be obtained by performing electrophoresis. This indicates that the electrophoresis method according to the embodiment of the present invention can obtain the same DNA separation ability as the electrophoresis method using a submarine type gel which is widely used today.
（実施例２）
実施例１と同様に組み立てられたガラス間隙に、最下層ゲルが２ｃｍの高さとなるように、最下層ゲル用のゲル化用溶液を３．４ｍＬ加え、室温で２０分間放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。その後、その上層の分離ゲル（Ａ）が３ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液を５．１ｍＬ加え、室温で２０分間放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。さらにその上層の分離ゲル（Ｂ）が３ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液を５．１ｍＬ加え、室温で２０分間放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。そして最上層にストットゲルが１ｃｍ高さとなるように、スロットゲル用のゲル化用溶液を１．７ｍＬ加え、２ｍｍ厚の１６サンプル用コームを挿入し、室温に放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。その後、コームをゲルから静かに外すことにより、実施例２の電気泳動用ゲルを作製した。
(Example 2)
To the glass gap assembled in the same manner as in Example 1, 3.4 mL of the gelling solution for the bottom layer gel was added so that the bottom layer gel had a height of 2 cm, and the gel was gelled by leaving it at room temperature for 20 minutes. The solution was gelled. Then, 5.1 mL of the gelling solution for the separation gel (A) is added so that the separation gel (A) on the upper layer has a height of 3 cm, and the gelation solution is gelled by leaving it at room temperature for 20 minutes. I made it. Further, 5.1 mL of the gelling solution for the separation gel (B) was added so that the separation gel (B) on the upper layer had a height of 3 cm, and the gelation solution was gelled by leaving it at room temperature for 20 minutes. I let you. Then, add 1.7 mL of gelling solution for slot gel to the top layer so that the height of the stot gel is 1 cm, insert a comb for 16 samples with a thickness of 2 mm, and leave it at room temperature to gel the gelling solution. I made it. Then, the comb was gently removed from the gel to prepare an electrophoresis gel of Example 2.
＜泳動等の条件＞
・最下層ゲル用のゲル化用溶液：アガロースが１．０重量％となるように、Agarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．８重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）を、アガーが０．２重量％となるように精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）を、ガラクトマンナンが０．１重量％となるように実施例１の精製方法でタラガムを精製することにより得られたガラクトマンナンを、グルコマンナンが０．０７５重量％となるようにコンニャク精粉（茂木食品工業株式会社、群馬県下仁田市）を、それぞれＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．８重量％となるように、Agarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・電気泳動試料：実施例１と同じ
・泳動条件：泳動緩衝液；１×ＴＡＥ、６０Ｖ、１．５時間
実施例２を実施例１と比較すると、実施例２では、１００ｂｐ～２Ｋｂの良好な分離に加え、２Ｋｂ～１０Ｋｂまで高分子ＤＮＡ領域にも優れた分離能が得られることがわかる。このことは、中空板を備える多段式ゲルを用いることにより、ゲルの解析領域を最適化できることを意味している。
<Conditions such as electrophoresis>
-Gelification solution for the bottom layer gel: Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 1.0% by weight.
-Gelification solution for separation gel (A): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) so that the agarose content is 0.8% by weight, and refined agar powder (Nakaraitesuku) so that the agarose content is 0.2% by weight. (Manufactured by Co., Ltd.), the galactomannan obtained by purifying the tara gum by the purification method of Example 1 so that the galactomannan content is 0.1% by weight, and the glucomannan content is 0.075% by weight. Konjac refined powder (Mogi Food Industry Co., Ltd., Shimonita City, Gunma Prefecture) was added to each TAE buffer.
-Gelification solution for separation gel (B): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 0.8% by weight.
-Electrophoresis sample: Same as Example 1-Ephoresis conditions: Migration buffer; 1 x TAE, 60V, 1.5 hours Comparing Example 2 with Example 1, in Example 2, 100 bp to 2 Kb is good. It can be seen that in addition to the separation, excellent separation ability can be obtained in the high molecular weight DNA region from 2Kb to 10Kb. This means that the analysis area of the gel can be optimized by using the multi-stage gel provided with the hollow plate.
（実施例３）
実施例１と同様に組み立てられたガラス間隙に、分離ゲル（Ａ）が４．５ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液を７．７ｍＬ加え、室温で２０分間放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。さらにその上層の分離ゲル（Ｂ）が４．５ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液を７．７ｍＬ加え、２ｍｍ厚の１６サンプル用コームを挿入し、室温に放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。その後、コームをゲルから静かに外すことにより、実施例３の電気泳動用ゲルを作製した。
(Example 3)
To the glass gap assembled in the same manner as in Example 1, 7.7 mL of the gelation solution for the separation gel (A) was added so that the separation gel (A) had a height of 4.5 cm, and the temperature was room temperature for 20 minutes. The gelling solution was gelled by leaving it to stand. Further, add 7.7 mL of the gelation solution for the separation gel (B) so that the separation gel (B) on the upper layer has a height of 4.5 cm, insert a comb for 16 samples having a thickness of 2 mm, and bring the temperature to room temperature. The gelling solution was gelled by leaving it to stand. Then, the comb was gently removed from the gel to prepare an electrophoresis gel of Example 3.
＜泳動等の条件＞
・分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．５重量％、アガーが０．２重量％、グルコマンナンが０．０５重量％となるように、それぞれ、Agarose S（ニッポンジーン社製）、精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）、グルコマンナン（コンニャク製粉、茂木食品工業社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．５重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）を、アガーが０．２重量％となるように精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）を、ガラクトマンナンが０．３重量％となるように、実施例１の精製方法でローカストビーンガム由来のガラクトマンナン（Locust bean gum（Sigma-Aldrich社製））を精製することにより得られたガラクトマンナン、グルコマンナンが０．０７５重量％となるようにコンニャク製粉（茂木食品工業社製）を、それぞれＴＡＥ緩衝液に加えた。
・電気泳動試料：実施例１と同じ
・泳動条件：泳動緩衝液；１×ＴＰＥ、６０Ｖ、２時間
実施例３では、実施例１、実施例２にない広範な分子量領域で高い分離能を示すＤＮＡ分離パターンが得られたことがわかる。
<Conditions such as electrophoresis>
-Gelification solution for separation gel (A): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) so that agarose is 0.5% by weight, agar is 0.2% by weight, and glucomannan is 0.05% by weight, respectively. ), Purified agar powder (manufactured by Nakaraitesk Co., Ltd.), and glucomannan (manufactured by Konjac Flour Milling Co., Ltd., Mogi Food Industry Co., Ltd.) were added to the TAE buffer.
-Gelification solution for separation gel (B): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) so that the agarose content is 0.5% by weight, and refined agar powder (Nakaratesk) so that the agar content is 0.2% by weight. By purifying locust bean gum (Locust bean gum (manufactured by Sigma-Aldrich)) derived from locust bean gum by the purification method of Example 1 so that galactomannan is 0.3% by weight. Konjac flour (manufactured by Mogi Food Industry Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the obtained galactomannan and glucomannan were 0.075% by weight.
-Electrophoresis sample: Same as Example 1-Transphoresis condition: Migration buffer; 1 x TPE, 60V, 2 hours In Example 3, high resolution is exhibited in a wide molecular weight region not found in Examples 1 and 2. It can be seen that the DNA separation pattern was obtained.
（実施例４）
実施例１と同様に組み立てられたガラス間隙に、最下層ゲルが２ｃｍの高さとなるように、最下層ゲル用のゲル化用溶液を３．４ｍＬ加え、室温で３０分間放置することでゲル化させた。その後、その上層の分離ゲル（Ａ）が２ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液を３．４ｍＬ加え、室温で３０分間放置することでゲル化させた。さらにその上層の分離ゲル（Ｂ）が２ｃｍの高さとなるように、分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液を３．４ｍＬ加え、室温で３０分間放置することでゲル化させた。その後、分離ゲル（Ｃ）が２ｃｍの高さになるように分離ゲル（Ｃ）を３．４ｍＬ加え、室温で３０分放置しゲル化させた。そして最上層にストットゲルが１ｃｍ高さとなるように、スロットゲル用のゲル化用溶液を１．７ｍＬ加えた後、２ｍｍ厚の１６サンプル用コームを挿入し、室温に放置することでゲル化させた。その後、コームをゲルから静かに外すことにより、実施例４の電気泳動用ゲルを作製した。
(Example 4)
To the glass gap assembled in the same manner as in Example 1, 3.4 mL of the gelling solution for the bottom layer gel was added so that the bottom layer gel had a height of 2 cm, and the gel was gelled by leaving it at room temperature for 30 minutes. I let you. Then, 3.4 mL of the gelling solution for the separation gel (A) was added so that the separation gel (A) on the upper layer had a height of 2 cm, and the gel was gelled by leaving it at room temperature for 30 minutes. Further, 3.4 mL of a gelling solution for the separation gel (B) was added so that the separation gel (B) on the upper layer had a height of 2 cm, and the gel was gelled by leaving it at room temperature for 30 minutes. Then, 3.4 mL of the separation gel (C) was added so that the separation gel (C) had a height of 2 cm, and the mixture was allowed to stand at room temperature for 30 minutes for gelation. Then, 1.7 mL of gelling solution for slot gel was added to the uppermost layer so that the height of the stot gel was 1 cm, and then a comb for 16 samples with a thickness of 2 mm was inserted and left at room temperature for gelation. .. Then, the comb was gently removed from the gel to prepare an electrophoresis gel of Example 4.
＜泳動等の条件＞
・スロットゲル用のゲル化用溶液：アガロースが１．０重量％、グルコマンナンが０．１重量％となるように、それぞれ、Agarose S（ニッポンジーン社製）、グルコマンナン（コンニャク製粉、茂木食品工業社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・最下層用ゲルのゲル化用溶液：アガロースが１．０重量％となるように、Agarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ａ）用のゲル化用溶液：アガロースが２．０重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ｂ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．８重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・分離ゲル（Ｃ）用のゲル化用溶液：アガロースが０．６重量％となるようにAgarose S（ニッポンジーン社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・電気泳動試料：実施例１と同じ
・泳動条件：泳動緩衝液；１×ＴＡＥ、６０Ｖ、１時間３０分
実施例４では、５００ｂｐ～１０ｋｂｐまでの各ＤＮＡがほぼ均等に配置するように分離され、これは実施例１～３のゲルとは異なる泳動パターンであることがわかる。
<Conditions such as electrophoresis>
-Gelification solution for slot gel: Agarose S (manufactured by Nippon Gene) and glucomannan (konjac flour, Mogi Food Industry) so that agarose is 1.0% by weight and glucomannan is 0.1% by weight, respectively. Was added to the TAE buffer.
-Gelification solution for the bottom layer gel: Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 1.0% by weight.
-Gelification solution for separation gel (A): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 2.0% by weight.
-Gelification solution for separation gel (B): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 0.8% by weight.
-Gelification solution for separation gel (C): Agarose S (manufactured by Nippon Gene Co., Ltd.) was added to the TAE buffer so that the agarose content was 0.6% by weight.
-Electrophoresis sample: Same as Example 1-Electrophoresis condition: Migration buffer; 1 x TAE, 60V, 1 hour 30 minutes In Example 4, each DNA from 500bp to 10kbp was separated so as to be arranged almost evenly. It can be seen that this is a migration pattern different from that of the gels of Examples 1 to 3.
（比較例１）
加熱溶解により後述の組成のゲル化用溶液を調製し、接着テープで３辺がシールされた２ｍｍ厚のガラス製のゲル板に流し込んだ。これに２ｍｍ厚の１６サンプル用コームをセットし、室温に放置することでゲル化用溶液をゲル化させた。コームをゲル板から静かに外した後、ゲルを泳動槽に装着し、各スロットに５μＬの電気泳動試料を静かに添加した。室温にて以下の条件で泳動後、ガラス板の間にスパーテルを挿入し一方側を持ち上げた。他方のガラス板に残っているゲルを静かに染色液に押し出し、写真撮影した。ゲルの撮影は、実施例１と同様に行った。
(Comparative Example 1)
A gelling solution having the composition described below was prepared by heating and melting, and poured into a 2 mm thick glass gel plate whose three sides were sealed with an adhesive tape. A comb for 16 samples having a thickness of 2 mm was set therein, and the solution for gelation was gelled by leaving it at room temperature. After gently removing the comb from the gel plate, the gel was placed in the migration tank and 5 μL of the electrophoresis sample was gently added to each slot. After running under the following conditions at room temperature, a spatula was inserted between the glass plates and one side was lifted. The gel remaining on the other glass plate was gently extruded into the stain and photographed. The gel was photographed in the same manner as in Example 1.
＜泳動等の条件＞
・ゲル化用溶液：アガロースが１重量％、グルコマンナンが０．２重量％になるように、それぞれアガロース（Agarose S, ニッポンジーン社製）、グルコマンナン（コンニャク製粉、茂木食品工業社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・泳動条件：泳動バッファー；ＴＡＥ、６Ｖ／ｃｍ、９０ｍｉｎ
・電気泳動試料：レーン１；０．１～２０ＫｂｐのＤＮＡ(Gene Ladder wide 2, ニッポンジーン社製);レーン２；０．１～１０ＫｂｐのＤＮＡ(Gene Ladder Fast 2, ニッポンジーン社製);レーン３；５０ｂｐ DNA Ladder (TAKARA社製);レーン４；０．１～２ＫｂｐのＤＮＡ(Gene Ladder 100，ニッポンジーン社製)；一番左のレーン；ＰＣＲ増幅により調製した550 bp,700bpの２つを加えたLambda phage/HindIII I digest(λ/HindIII)（ニッポンジーン社製）
比較例１の結果より、中空板を備えていない電気泳動用ゲルでは、泳動試料が八の字に曲がって電気泳動されることがわかった。
<Conditions such as electrophoresis>
・ Gelling solution: TAE agarose (Agarose S, manufactured by Nippon Gene) and glucomannan (konjac flour, manufactured by Mogi Food Industry Co., Ltd.) so that agarose is 1% by weight and glucomannan is 0.2% by weight, respectively. Added to buffer.
-Migration conditions: migration buffer; TAE, 6V / cm, 90min
Electrophoresis sample:
From the results of Comparative Example 1, it was found that the migration sample was bent into a figure eight and electrophoresed in the electrophoresis gel without the hollow plate.
（実施例５）
実施例１で用いた「養生プラダン」を、２つの貫通孔を有するように長さ１００ｍｍ×幅８ｍｍ×厚さ２．５ｍｍに切断することにより、スペーサーを作製した。実施例１で用いた「養生プラダン」を、貫通孔に対して垂直に長さ７５ｍｍ×幅８ｍｍ×厚さ２．５ｍｍに切断することにより、コームを作製した。実施例１において、これらのスペーサーおよびコームを用いたこと以外は実施例１と同様の電気泳動用ゲルの作製部材を用いて、電気泳動用ゲルを作製し、電気泳動を行った。なお、ゲル化溶液として、以下の組成の溶液を用いた。
(Example 5)
A spacer was produced by cutting the "curing corrugated plastic" used in Example 1 into a length of 100 mm, a width of 8 mm, and a thickness of 2.5 mm so as to have two through holes. A comb was prepared by cutting the "curing corrugated plastic" used in Example 1 into a length of 75 mm, a width of 8 mm, and a thickness of 2.5 mm perpendicular to the through hole. In Example 1, an electrophoresis gel was prepared using the same members for producing an electrophoresis gel as in Example 1 except that these spacers and combs were used, and electrophoresis was performed. A solution having the following composition was used as the gelling solution.
＜泳動等の条件＞
・ゲル化用溶液：アガロースが０．５重量％、アガーが０．２重量％、グルコマンナンが０．１５重量％となるように、それぞれ、Agarose S（ニッポンジーン社製）、精製寒天末（ナカライテスク株式会社製）、グルコマンナン（コンニャク製粉、茂木食品工業社製）をＴＡＥ緩衝液に加えた。
・ＤＮＡサイズマーカー：実施例１と同じ
・泳動条件：泳動緩衝液；１×ＴＰＥ、６０Ｖ、１時間３０分
実施例５より、実施例１と同様に好適なＤＮＡ泳動像が得られ、さらにサンプル間の空間が無くなっていることがわかる。これらの結果から、スペーサーやコームが中空板からなる電泳動用ゲルの作製方法も有効であることがわかる。
<Conditions such as electrophoresis>
-Gelification solution: Agarose S (manufactured by Nippon Gene) and purified agar powder (Nakarai) so that agarose is 0.5% by weight, agar is 0.2% by weight, and glucomannan is 0.15% by weight, respectively. (Manufactured by Tesk Co., Ltd.) and glucomannan (manufactured by Konjac Flour Milling Co., Ltd., Mogi Food Industry Co., Ltd.) were added to the TAE buffer solution.
-DNA size marker: Same as Example 1-Transportation conditions: Migration buffer; 1 x TPE, 60V, 1 hour 30 minutes From Example 5, a suitable DNA migration image similar to that of Example 1 was obtained, and a sample was further obtained. It can be seen that the space between them has disappeared. From these results, it can be seen that a method for producing an electrophoresis gel in which spacers and combs are made of hollow plates is also effective.
本発明は、電気泳動を伴う解析が行われる様々な分野に利用することができる。 The present invention can be used in various fields in which analysis involving electrophoresis is performed.
Claims (5)
グルコマンナンを０．０５重量％以上含み、
貫通孔を備える中空板をゲル内部に備え、
上記貫通孔の開口部の開口面が電気泳動方向と面するように設けられ、上記貫通孔が電気泳動方向と平行に設けられている、スラブ型電気泳動用ゲル。 A slab-type electrophoresis gel containing at least agarose as a gel base material.
Contains 0.05% by weight or more of glucomannan
A hollow plate with a through hole is provided inside the gel,
A slab-type electrophoresis gel in which the opening surface of the opening of the through hole is provided so as to face the electrophoresis direction, and the through hole is provided in parallel with the electrophoresis direction.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2018110731A JP7072850B2 (en) | 2018-06-08 | 2018-06-08 | Slab-type electrophoresis gel and its use |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2018110731A JP7072850B2 (en) | 2018-06-08 | 2018-06-08 | Slab-type electrophoresis gel and its use |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2019211452A JP2019211452A (en) | 2019-12-12 |
| JP7072850B2 true JP7072850B2 (en) | 2022-05-23 |
Family
ID=68845166
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2018110731A Active JP7072850B2 (en) | 2018-06-08 | 2018-06-08 | Slab-type electrophoresis gel and its use |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP7072850B2 (en) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014506681A (en) | 2011-02-24 | 2014-03-17 | バイオ−ラッド ラボラトリーズ インコーポレーティッド | Dimensional stabilization method of slab gel cassette to prevent deformation caused by gel swelling |
Family Cites Families (6)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPS58213001A (en) * | 1982-06-03 | 1983-12-10 | Nippon Chemiphar Co Ltd | Production of konjak glucomannan for use in electrophoretic gel matrix |
| JPS6291848A (en) * | 1985-10-17 | 1987-04-27 | Fuji Photo Film Co Ltd | Supporting medium for electrophoresis for determining base sequence of nucleic acid and supporting substrate thereof |
| AU652714B2 (en) * | 1989-01-13 | 1994-09-08 | Fmc Corporation | Polysaccharide resolving gels and gel systems for stacking electrophoresis |
| JPH0738850Y2 (en) * | 1989-12-07 | 1995-09-06 | アロカ株式会社 | Gel injection jig for electrophoresis and electrophoresis device |
| JPH04248460A (en) * | 1991-02-04 | 1992-09-03 | Kurita Water Ind Ltd | Sol for zone electrophoresis |
| US5989403A (en) * | 1997-12-12 | 1999-11-23 | Fmc Corporation | Electrophoresis assembly with filling means |
-
2018
- 2018-06-08 JP JP2018110731A patent/JP7072850B2/en active Active
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014506681A (en) | 2011-02-24 | 2014-03-17 | バイオ−ラッド ラボラトリーズ インコーポレーティッド | Dimensional stabilization method of slab gel cassette to prevent deformation caused by gel swelling |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2019211452A (en) | 2019-12-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Wu et al. | Viscosity‐adjustable block copolymer for DNA separation by capillary electrophoresis | |
| EP1907833B1 (en) | Separation of analytes by molecular mass and charge | |
| Fischer et al. | Separation of random fragments of DNA according to properties of their sequences. | |
| US6146511A (en) | Electrophoretic nucleic acid purification method | |
| AU1649601A (en) | Polyacrylamide precast gels for electrophoresis, process for producing the same and electrophoresis method by using the gels | |
| JP7072850B2 (en) | Slab-type electrophoresis gel and its use | |
| KR101791504B1 (en) | Gel electrophoresis device for loading large sample volumes | |
| US7033477B2 (en) | Electrophoresis gel assembly | |
| JP7273996B2 (en) | Molecular weight marker for electrophoresis, nucleic acid fractionation method, and nucleic acid size analysis method | |
| Westermeier | Gel electrophoresis | |
| JP2000517431A (en) | Electrophoresis gel with improved selectivity | |
| Krasilnikova et al. | Analysis of triplet repeat replication by two-dimensional gel electrophoresis | |
| JPH10502738A (en) | Separation of nucleic acids by capillary electrophoresis with temperature gradient in viscous polymer solution | |
| Gao et al. | Star-shaped polymers for DNA sequencing by capillary electrophoresis | |
| TWI809139B (en) | Electrophoresis method, electrophoresis system and container for electrophoresis | |
| Duro et al. | Methods for recovering nucleic acid fragments from agarose gels | |
| Ide et al. | Analysis of DNA replication in Saccharomyces cerevisiae by two‐dimensional and pulsed‐field gel electrophoresis | |
| JP7053011B2 (en) | Manufacturing method of gel additive and utilization of gel additive | |
| JP3541971B2 (en) | Analysis method using electrophoresis device | |
| EP0263123A1 (en) | Electrophoresis gel and method of production | |
| US20030164297A1 (en) | Electrophoretic inorganic porous material | |
| JPH01302153A (en) | Manufacture of gel for electrophoresis | |
| JP7492015B2 (en) | Electrophoresis apparatus and method for recovering biological material | |
| Wehr et al. | Sieving matrix selection | |
| Sharma et al. | 1. Department of Genetics, Development and Cell Biology, Iowa State University, Ames, IA 50011 2. Department of Agronomy, Iowa State University, Ames, IA 50011 e-mail: thomasp@ iastate. edu |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210408 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20220215 |
|
| A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20220216 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220314 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20220405 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20220428 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7072850 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |