JP6027608B2 - 核酸配列データのアセンブリに関する方法 - Google Patents
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Description
(1)参照配列アライメントが開始される。
いくつかの態様を記載しておく。
〔態様1〕
核酸断片リードを含む核酸配列データの連続するヌクレオチド配列セグメントへのアセンブリに関する方法であって、
(a)複数の核酸断片リードから複数の核酸配列データを得るステップ;
(b)前記複数の核酸配列データを参照配列に整列するステップ;
(c)ステップ(b)のアライメント出力内で、1つ以上のギャップ又は前記参照配列と非アセンブリの又は不整合の領域を検出するステップ;
(d)前記ギャップ又は非アセンブリの前記領域にマッピングしている核酸配列データのデノボ配列アセンブリを実行するステップ;及び
(e)連続するヌクレオチド配列セグメントを得るために、ステップ(b)のアライメント出力及びステップ(d)のアセンブリ出力を組み合わせるステップ;
を含む、方法。
〔態様2〕
前記複数の核酸配列データは、統一されたフォーマットに変換される、
態様1に記載の方法。
〔態様3〕
前記のステップ(c)の検出は、フィルタ又は閾を実装することによって実行される、
態様1又は2に記載の方法。
〔態様4〕
前記フィルタ又は閾は、ベースクオリティ、包括度、周囲領域の複雑度又は不整合長さのフィルタ又は閾値である、
態様3に記載の方法。
〔態様5〕
整列するステップ(b)の前に、従来の多型、高可変領域、疾患関連突然変異又は一時的変異、反復、低mapability領域、CPGアイランド又は特定の生物物理学特徴を有する領域に関連する核酸配列データのマスキングが実行される、
態様1乃至4のいずれか一項に記載の方法。
〔態様6〕
前記のマスキングされた核酸配列データが、ステップ(d)のデノボ配列アセンブリの対象とされる、
態様5に記載の方法。
〔態様7〕
ステップ(b)は、参照アライメントアルゴリズムで、好ましくはBFAST、ELAND、GenomeMapper、GMAP、MAQ、MOSAIK、PASS、SeqMap、SHRiMP、SOAP、SSAHA又はCLDで、より好ましくはBowtie又はBWAで実行される、
態様1乃至6のいずれか一項に記載の方法。
〔態様8〕
ステップ(c)は、デノボアセンブリアルゴリズムで、好ましくはAAPATHS、Edena、EULER−SR、MIRA2、SEQAN、SHARCGS、SSAKE、SOAPdenovo、VCAKEで、より好ましくはABySS又はVelvetで実行される、
態様1乃至7のいずれか一項に記載の方法。
〔態様9〕
前記参照配列は、本質的に完全な原核生物の、真核生物の又はウイルスのゲノム配列、又はそれらの一部分であり、好ましくはヒトゲノム配列、動物ゲノム配列、植物ゲノム配列、細菌ゲノム配列、又はそれらの一部分である、
態様1乃至8のいずれか一項に記載の方法。
〔態様10〕
前記参照配列は、核酸配列データがアセンブリされる、有機体に系統発生学的に関連する、群又は分類群から選択される、
態様9に記載の方法。
〔態様11〕
前記参照配列は、エクソン配列、プロモータ配列、エンハンサ配列、転写因子結合部位又はそれらの任意の集団又は副集団を含む群から選択される、制御力を有するゲノムサブポーションである、
態様9に記載の方法。
〔態様12〕
前記参照配列は、モノマー、ダイマー及び/又はトリマーの存在といった、配列組成パラメータに基づく、又はスタッキング・エネルギー、プロペラツイスト、曲げ性、二本鎖の安定性、破壊エネルギー、自由エネルギー、DNA変性又はDNA曲げ剛性といった生物物理学的核酸特性に基づく、仮想配列である、
態様1乃至11のいずれか一項に記載の方法。
〔態様13〕
プロセッサにより実行される場合に、態様1乃至12のいずれか一項に記載の方法のステップを実行するように適合されている、核酸断片リードを含む核酸配列データの連続するヌクレオチド配列セグメントへのアセンブリに関するコンピュータプログラム。
〔態様14〕
コンピュータプロセッサ、メモリ及びデータ格納デバイスを含み、前記メモリは、態様13に記載のコンピュータプログラムを実行するプログラム命令を有する、
核酸断片リードを含む核酸配列データを連続するヌクレオチド配列セグメントへと変換する配列アセンブリシステム。
〔態様15〕
シーケンサデバイスに関連付けられる又は接続される、又は医療上決定支援システム、好ましくは診断決定支援システムである、
態様14に記載のシステム。
(実施例1−AVPR1A遺伝子の正確な反復内容を制定するための、配列リードの参照及びデノボアライメント)
AVPR1A遺伝子の反復内容(反復の数)は日ごろの行いに関連するので、それは重大な健康的意義を有する。したがって、実験的な評価は、AVPR1A遺伝子の正確な反復内容を制定するために、配列リードの参照及びデノボアライメントに基づいて実行された。
Claims (15)
- 核酸断片リードを含む核酸配列データの連続するヌクレオチド配列セグメントへのアセンブリを行うための、コンピュータによって実行される方法であって、
(a)受領手段によって、複数の核酸断片リードから複数の核酸配列データを受領するステップ;
(b)参照配列整列手段によって、前記複数の核酸配列データを参照配列に整列するステップ;
(c)検出手段によって、ステップ(b)のアライメント出力内で、1つ以上のギャップ又は前記参照配列と非アセンブリの又は不整合の領域を検出するステップ;
(d)デノボ配列アセンブリ手段によって、前記ギャップ又は非アセンブリの前記領域にマッピングしている核酸配列データのデノボ配列アセンブリを実行するステップ;及び
(e)組み合わせ手段によって、連続するヌクレオチド配列セグメントを得るために、ステップ(b)のアライメント出力及びステップ(d)のアセンブリ出力を組み合わせるステップ;
を含む、方法。 - 前記複数の核酸配列データは、変換手段によって、統一されたフォーマットに変換される、
請求項1に記載の方法。 - 前記のステップ(c)の検出は、フィルタ又は閾を実装することによって実行される、
請求項1又は2に記載の方法。 - 前記フィルタ又は閾は、ベースクオリティ、包括度、周囲領域の複雑度又は不整合長さのフィルタ又は閾値である、
請求項3に記載の方法。 - 整列するステップ(b)の前に、従来の多型、高可変領域、疾患関連突然変異又は一時的変異、反復、低mapability領域、CPGアイランド又は特定の生物物理学特徴を有する領域に関連する核酸配列データのマスキングが、マスキング手段によって実行される、
請求項1乃至4のいずれか一項に記載の方法。 - 前記のマスキングされた核酸配列データが、ステップ(d)のデノボ配列アセンブリの対象とされる、
請求項5に記載の方法。 - ステップ(b)は、参照アライメントアルゴリズムで、好ましくはBFAST、ELAND、GenomeMapper、GMAP、MAQ、MOSAIK、PASS、SeqMap、SHRiMP、SOAP、SSAHA又はCLDで、より好ましくはBowtie又はBWAで実行される、
請求項1乃至6のいずれか一項に記載の方法。 - ステップ(c)は、デノボアセンブリアルゴリズムで、好ましくはAAPATHS、Edena、EULER−SR、MIRA2、SEQAN、SHARCGS、SSAKE、SOAPdenovo、VCAKEで、より好ましくはABySS又はVelvetで実行される、
請求項1乃至7のいずれか一項に記載の方法。 - 前記参照配列は、本質的に完全な原核生物の、真核生物の又はウイルスのゲノム配列、又はそれらの一部分であり、好ましくはヒトゲノム配列、動物ゲノム配列、植物ゲノム配列、細菌ゲノム配列、又はそれらの一部分である、
請求項1乃至8のいずれか一項に記載の方法。 - 前記参照配列は、核酸配列データがアセンブリされる、有機体に系統発生学的に関連する、群又は分類群から選択される、
請求項9に記載の方法。 - 前記参照配列は、エクソン配列、プロモータ配列、エンハンサ配列、転写因子結合部位又はそれらの任意の集団又は副集団を含む群から選択される、制御力を有するゲノムサブポーションである、
請求項9に記載の方法。 - 前記参照配列は、モノマー、ダイマー及び/又はトリマーの存在といった、配列組成パラメータに基づく、又はスタッキング・エネルギー、プロペラツイスト、曲げ性、二本鎖の安定性、破壊エネルギー、自由エネルギー、DNA変性又はDNA曲げ剛性といった生物物理学的核酸特性に基づく、仮想配列である、
請求項1乃至11のいずれか一項に記載の方法。 - 請求項1乃至12のいずれか一項に記載の方法をコンピュータに実行させるためのコンピュータプログラム。
- コンピュータプロセッサと、請求項13に記載のコンピュータプログラムを記憶しているメモリと、データ格納デバイスとを有する、
核酸断片リードを含む核酸配列データを連続するヌクレオチド配列セグメントへと変換する配列アセンブリシステム。 - シーケンサデバイスに関連付けられる又は接続される、又は医療上決定支援システム、好ましくは診断決定支援システムである、
請求項14に記載のシステム。
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