JP5823031B2 - 小胞捕捉デバイスおよびそれを用いるための方法 - Google Patents
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Description
発明の分野
本開示は、細胞から生体液中へと放出される、エキソソーム、小胞、ならびに他の循環性膜結合核酸および/またはタンパク質含有構造の捕捉のための、組成物、デバイス、および方法に関する。
現在、疾患の診断または予後のために患者から抽出された生体液試料(例えば、血液、尿等)に対して多くの診断試験が行われている。この診断または予後は、健康な患者には存在しないかまたは以前得た患者試料から変化している、バイオマーカーまたは生化学的パターンの同定に由来するものであってもよい。しかしながら、これらの診断試験は、典型的には、流体試料中における、公知のおよび十分に特徴づけられているバイオマーカー(例えば、電解質、尿素、クレアチニン、グルコース、例えばアルブミン、免疫グロブリンおよび同様物などの、血漿タンパク質、例えばチアミン、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンB6、葉酸、ビタミンD、ビオチン、または鉄などの、生体化合物)の存在に基づくものである。一部の診断試験は、罹病細胞に特有の特異的バイオマーカー(例えば、細胞表面タンパク質)の検出に向けられたものである。一部の診断試験は、特定の疾患関連遺伝子の発現レベルを研究するために、核酸の単離および増幅を通じて疾患状態を検出または同定するよう設計されものである。
胞捕捉材料と、生体液試料受容領域と、を含み、当該試料負荷領域から当該試料受容領域への前記生体液試料の通過が結果として当該小胞捕捉材料上または当該小胞捕捉材料中に当該生体液試料内の小胞の捕捉をもたらす、小胞捕捉デバイスも提供される。
施形態においては、当該通過は、当該デバイスの低速遠心分離を通じて達成される。一部の実施形態においては、当該方法は、RNAを含む小胞を捕捉すること、富化すること、および/または凝縮すること、非小胞材料を当該デバイスから除去すること、ならびに、当該小胞捕捉材料中または当該小胞捕捉材料上の当該小胞を溶解緩衝液で溶解し、それにより小胞関連RNAを当該小胞から単離すること、をさらに含む。
これらに限定されるものではないが例えばDNA、RNA(例えばmRNA、miRNAまたはマイクロRNA、およびsiRNAなど)、およびタンパク質などを含む、特異的バイオマーカーの同定は、健康状態または疾患の診断、予後、またはセラノーシスに使用されるバイオシグネチャーをもたらし得る。例えば、参照により本明細書に組み入れられる、Jiang Q., Wang Y., Hao Y., Juan L., Teng M., Zhang X., Li M., Wang G., Liu
Y., (2009) miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease. Nucleic Acids Res 37:D98-104を参照のこと。DNAおよびRNAは
典型的には細胞内環境中に含有されているものであるが、これらの核酸は細胞外にも存在する。時として、DNAおよび/またはRNAは、裸である(例えば、封じ込められていないか、または、別の構造もしくは化合物に関連していない)。RNAを分解する、RNAseは、一部の疾患状態において、例えば、特定のがんにおいて、増加することが知られている。血漿、血清、尿、または他の生体液などの、細胞外環境は、かなりの量のRNAseを含有することが知られている。この状況を考慮すると、細胞外DNA、RNA、または他のバイオマーカーは、それらのレベルが細胞内メッセージの真のレベルを表すものではない可能性があるからというだけでなく、それら核酸の不安定性および質の悪さにも起因して、多くの場合、細胞外試料中の無意味な分解産物とみなされる。
は、腫瘍細胞から循環中へとまたは体液中へと流れ出たエキソソームである。CTEは、典型的には、起源細胞特異的エキソソームの場合と同様に、非常に特異的な、体液からのそれらの単離を可能にする、特有のバイオマーカーを有する。本明細書において開示されているいくつかの実施形態により成し遂げられているように、そのようなタイプの小胞のうちのいずれかの選択的単離は、数多くの疾患の診断または予後において有用であり得る、それらのRNA(例えばmRNA、マイクロRNA、およびsiRNAなど)の単離お
よび分析を可能にする。
試料操作の増加は、小胞を単離する困難性を増加させ得り、ユーザーエラー、混入、および/または試料喪失の起こりやすさを増加させる。
ルターは、細孔を含む。本明細書で用いられているように、「細孔」という語には、それらの通常の意味が与えられるものとし、これらの語は、小胞捕捉材料を通るまっすぐなまたは回旋状の通路も指すものであることとする。一部の実施形態においては、当該フィルターを構成する当該材料は、そのフィルターを通るまっすぐでない通路を提供する。例えば、一部の実施形態においては、当該小胞捕捉材料は、繊維中の間隙を通る特定の物質の通過を可能にする複数の繊維を含むが、細孔自体を有しない。
の非タンパク質を含む小胞マーカーを認識するよう構成される。
百(100)μLのラット血漿を、種々の小胞捕捉材料(図1中に示されているA〜K)が各試料受け取りウェルの底に入った、本明細書に記載の小胞捕捉デバイスに2回反復して適用した。通過分画を回収し、2×溶解緩衝液と混合した。結果として生じた溶解物は、オリゴ(dT)固定化マイクロプレートを用いるポリ(A)+RNA調製およびcDNA合成の対象であった。オリゴ(dT)固定化マイクロプレートに関するさらなる情報は、2010年6月29日付で発行された、米国特許第7,745,180号、およびMitsuhashi et al., Quantification of mRNA in whole blood by assessing recovery of RNA and efficiency of cDNA synthesis. Clin. Chem. 52:634-642, 2006中に見い出すことができる。これら文献のそれぞれの開示は、本明細書において参照により組み入れられる。次いで、種々のmRNA(群特異的成分(gc)、アポリポタンパク質H(アポh)、溶質輸送体有機アニオントランスポーターファミリーメンバー1b2(slco1b2)、プラスミノーゲン(plg)、α1‐ミクログロブリン/ビクニン前駆体(ambp)、およびアルブミン(alb))を、リアルタイムPCRによって定量化した。コントロールとして、元のラット血漿試料のアリコートも、2×溶解緩衝液と混合し、mRNAを、同時に、定量化した。増幅させた各遺伝子の量を、100%として示す(図1A〜1F中の黒い横線)。通過分画(例えば、小胞欠失試料)中のmRNAの値は、元の血漿試料の値を用いることにより、%コントロールとして表した。吸着(例えば、それらのフィルターによる捕捉小胞)を測定する2回反復して行った実験を、図1A〜1Fにおいて、白丸(○)で示す。通過分画から単離し、増幅させた、6種類の異なるmRNAのそれぞれの量は、血漿を濾過した場合には、減少した。試験した各フィルターについての%コントロールの値の、より低い値は、それらフィルターによる小胞の捕捉の程度がより大きいことを表すものである(通過分画中に存在する小胞がより少ないことは、PCR産物のより低い産生をもたらし、それゆえ、より低い%コントロールをもたらす)。したがって、これらの結果は、フィルターA:ガラス繊維(GF/F)、B:ニトロセルロース(NC)、E:ナノアルミナ繊維、およびK:白血球捕捉膜が、小胞を捕捉することにおいて、うまく働く、ということを指し示している。
単一ドナーからの4mLずつの尿試料を、本明細書に記載の小胞捕捉デバイスに(X軸)またはシリカ粒子が詰められたスピンカラム(キアゲン社製RNeasy Mini‐prep)に(Y軸)適用した。2,000×gでの5分間の遠心分離後、溶解緩衝液を、適用し、55℃で30分間インキュベートした。次いで、溶解物を、mRNA精製のためにオリゴ(dT)固定化マイクロプレートへと移動させ、続いて、cDNA合成およびリアルタイムPCRを行ったが、これらは、確立されたプロトコル(例えば、米国特許第7,745,180号に記載されているもの)に従って行った。実験は、3回反復して行った。図2に示されているように、mRNAを、ガラス繊維またはシリカ粒子のいずれかを用いて検出したが、ガラス繊維は、シリカ粒子の回収率よりも、より良好な回収率を示した。
単一ドナーからの1000μLの唾液試料10個を、ガラス繊維フィルターを含む、記載されているような小胞捕捉デバイスに適用した。2,000×gでの5分間の遠心分離後、溶解緩衝液を、適用し、55℃で30分間インキュベートした。次いで、溶解物を、mRNA精製のためにオリゴ(dT)固定化マイクロプレートへと移動させ、続いて、cDNA合成およびリアルタイムPCRを行ったが、これらは、上記にて考察され且つ米国特許第7,745,180号にてさらに記載されているプロトコルに従って行った。図3に示されているように、種々のmRNA(ACTB、B2M、IL8、およびトリプシン)が、唾液から検出された。したがって、本明細書において開示されている、フィルターに基づく方法およびデバイスは、(より能率化されたプロトコルに起因して)コストのかかる超遠心分離を必要とせず且つ混入のリスクの減少を伴って、唾液試料からエキソソームを捕捉する能力を有する。
ヒト尿を、ガラス繊維フィルターに適用し、その後、水で洗浄した。次いで、小胞が載ったフィルターを、走査型電子顕微鏡(SEM)によって分析した。図4に示されているように、小さな小胞様材料が、フィルターの網目によってトラップされていた(4Aおよび4B中の白い矢印)。小胞も、繊維表面に付着していた(4Cおよび4D中の白い矢印)。時折、小胞の凝集体も、フィルターによってトラップされていた(4Eおよび4F中の白い矢印)。上記にて考察した方法に従い、このフィルターが、少なくともβ‐アクチン(ACTB)、溶質輸送体ファミリー12A1(SLC12A1)、およびウロモジュリン(UMOD)のmRNAを含有する、ということを確認した。これらは、すべて、尿試料からの診断マーカーまたはコントロールマーカーとして使用することができるであろうマーカーである。よって、本明細書において開示されているデバイスおよび方法は、コストのかかる超遠心分離を必要とせず且つ混入のリスクの減少を伴って、尿試料からの小胞の捕捉に十分適している。
尿は、有用なバイオマーカーに加え、種々の塩を含有する。これらの塩、特に、塩結晶は、SEM視覚化において、エキソソームの視覚化を覆い隠し得る。したがって、フィルター上のエキソソームのSEM分析を行う前に、いくつかの実施形態においては、当該フィルターは、塩を排除するために水で洗浄されるべきである。しかしながら、他の実施形態においては、塩は干渉せず、フィルター洗浄は必要とされない。図5に示されているように、種々のmRNA(ACTB、ALB、SLC12A1、およびUMOD)を、ガラス繊維フィルタープレートから、水による洗浄あり(Y軸)またはなし(X軸)で定量化した。これらの結果が指し示しているのは、水で洗浄することは、mRNAの検出に著しく影響を与えることはなかった、ということである。したがって、エキソソームは、エキソソーム単離の伝統的な方法(例えば、超遠心分離、複数チューブへの複数溶質移動、および/または複数回の精製を必要とする方法)に比べて、不純物がより少なく且つ混入がより低レベルな状態で、単離することができる。いくつかの実施形態においては、生体試料の供給源に応じて、不純物をさらに除去するべく、また、富化された高純度のエキソソーム捕捉をもたらすべく、水およびさらなる流体で洗浄することが組み入れられる。
種々の量のヒト尿を、ガラス繊維フィルターに適用し、続いて、上記で記載されているようにmRNA定量化を行った。図7(△)に示されているように、ACTB、UMOD、およびSLC12A1のmRNAは、用量依存的に定量化された。フィルターに適用した最大尿量は、(96ウェルフィルタープレートの単一のウェルに対して)3mLであった。並行して、同じ尿アリコートのうちの複数のアリコートを、小胞を単離するために、当該分野で確立された超遠心分離プロトコル(40,000×gで30分間)に従わせた。結果として生じた小胞ペレットを、1×溶解緩衝液中に溶解させ、続いて、mRNA調
製、cDNA合成およびリアルタイムPCRを行った(●)。図7に示されているように、これらの、フィルターに基づく方法およびデバイスは、伝統的な超遠心分離法と著しく異なるものではない結果をもたらした。しかしながら、上記考察は、超遠心分離とは違って、これらの、フィルターに基づく方法およびデバイスは、試料の単離または富化の際の操作を受け入れることが可能である、ということを説明している。これらの操作には、これらに限定されるものではないが例えばフィルター上での溶解、緩衝液により洗浄すること、水により洗浄すること、等が含まれる。したがって、これらの、フィルターに基づく方法は、所望のバイオマーカーの検出における感度を犠牲にしない、非常に汎用性が高く且つ使いやすい、超遠心分離に対する代替法である。
材料のゼータ電位は、その材料の、粒子を引きつける能力の、1つの尺度である。上記開示に基づけば、生体液から小胞を引きつける(例えば、濾過する)能力は、小胞関連バイオマーカーの分析において有益である。小胞上の全体的な表面電荷は、その小胞の脂質およびタンパク質構成、ならびにその小胞が含有される流体のpHに依存することとなるが、小胞捕捉媒体は、小胞に対する改善された引力を提供するために選択(およびまたは修飾され)てもよい。図8A〜8Bに示されているように、ポリスチレン小胞捕捉材料についてのゼータ電位は、マイナス5.72mVと算出された。図9A〜9Bは、マイナス1.71mVと算出された、PVDFイモビロン‐P小胞捕捉材料についてのゼータ電位を示す。図10A〜10Bは、マイナス2.60mVと算出された、ガラス繊維についてのゼータ電位を示す。最後に、図11A〜11Bは、プラス1.03mVと算出された、ナイロン・ニトランについてのゼータ電位を示す。図8B、9B、10B、および11Bにおいても示されているように、各小胞捕捉材料は、様々な引きつける強度を示した(y軸)が、この引きつける強度は、その材料の、小胞を保持する能力を表すものである。これらのデータは、捕捉されることとなる小胞の電荷次第では、特定の材料(または材料の組み合わせ)が、特定の小胞タイプに最適に適したものであり得る、とのことを示唆している。例えば、標的小胞がプラスに帯電している場合には、ポリスチレン小胞捕捉材料は、その流体から小胞を捕捉するための、最も大きな引力をもたらし得る。しかしながら、上記にて考察したように、一部の実施形態においては、当該小胞捕捉材料からの小胞の放出も重要である。よって、これら引力(ゼータ電位)は、いくつかの実施形態においては、引きつける強度とバランスがとられる(その材料からの小胞の放出と逆相関する)。一部の実施形態においては、当該小胞捕捉材料は、(上記にて考察したように)それらの小胞捕捉プロファイルを調整するために修飾されてもよい。
Claims (15)
- 生体液から小胞を単離する方法であって、
(a)前記小胞を含む生体液試料を準備すること、
(b)前記生体液試料の少なくとも一部分を小胞捕捉デバイスの試料負荷領域中へと負荷すること、
(c)前記生体液試料を前記試料負荷領域から前記小胞捕捉デバイス中のガラス様材料を含む小胞捕捉材料を通して通過させ、上清を得ること、ならびに
(d)前記上清を前記小胞捕捉デバイスの試料受容領域へ通過させることおよびその上清を捨てること、
を含み、
前記通過が結果として前記小胞捕捉材料上または前記小胞捕捉材料中に前記生体液試料からの前記小胞の捕捉をもたらす、方法であって、
前記小胞捕捉材料が、少なくともガラス繊維の第一層および第二層を含む、方法。 - 前記小胞捕捉材料が、
(A)直径で0.6ミクロン〜1.6ミクロンの大きさの小胞、
(B)大きさが0.020〜1.0ミクロンの範囲のエキソソームまたは他の小胞、
の少なくとも何れかを捕捉する、請求項1に記載の方法。 - 工程(c)が、直径で1.6ミクロン以上である前記生体試料からの材料を捕捉するよう前記生体液を前記ガラス繊維の第一層を通して通過させることを含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 工程(c)が、直径で0.6ミクロン〜0.8ミクロンの最小サイズを有し且つ1.6ミクロン未満の最大サイズを有する小胞を捕捉するよう前記生体液を前記ガラス繊維の第二層を通して通過させることをさらに含む、請求項1〜3の何れか一項に記載の方法。
- 前記小胞捕捉材料が、非ガラス様材料をさらに含む、請求項1〜4の何れか一項に記載
の方法。 - 前記非ガラス様材料が、ニトロセルロースを含む、請求項5に記載の方法。
- 前記通過が、前記デバイスに対する真空圧の印加、前記デバイスに対する陽圧の印加、又は前記デバイスの低速遠心分離、の少なくとも何れかを通じて達成される、請求項1〜6の何れか一項に記載の方法。
- 前記小胞捕捉デバイスが、マルチウェルプレート形式で構成される、請求項1〜7の何れか一項に記載の方法。
- 前記小胞捕捉材料から前記小胞を溶出することをさらに含む、請求項1〜8の何れか一項に記載の方法。
- バイオマーカーを単離する方法であって、
少なくとも1つのバイオマーカーを含む小胞を請求項1〜9の何れか一項に記載の方法に従って生体液試料から捕捉すること、
非小胞材料を前記デバイスから除去すること、および
前記小胞捕捉材料中または前記小胞捕捉材料上の前記捕捉された小胞を溶解緩衝液で溶解し、それによりバイオマーカーを前記小胞から単離すること、
を含む、方法。 - 前記バイオマーカーが、RNA、DNA、タンパク質、および炭水化物からなる群より選択される、請求項10に記載の方法。
- 前記RNAが、mRNA、miRNA、rRNA、tRNA、およびvRNAからなる群より選択されるタイプのものである、請求項11に記載の方法。
- 生体液試料負荷領域と、
少なくともガラス繊維の第一層および第二層を含む小胞捕捉材料であって、前記第一層が前記第二層より前記試料負荷領域に近く、
前記ガラス繊維の第一層が直径で1.6ミクロン以上である前記生体試料からの材料を捕捉し、
前記ガラス繊維の第二層が直径で0.6ミクロン〜0.8ミクロンの最小サイズを有し且つ1.6ミクロン未満の最大サイズを有する小胞を捕捉する、
小胞捕捉材料と、
生体液試料受容領域と、
を含み、前記試料負荷領域から前記試料受容領域への前記生体液試料の通過が結果として前記小胞捕捉材料上または前記小胞捕捉材料中に前記生体液試料内の小胞の捕捉をもたらす、小胞捕捉デバイス。 - 前記小胞捕捉デバイスが、前記生体液試料を前記試料負荷領域から前記小胞捕捉材料を通して前記試料受容領域中へと通過させるために、真空源に接続されるよう、陽圧を受けるよう、又は遠心分離機中に配置されるよう、構成される、請求項13に記載のデバイス。
- 前記小胞捕捉材料が、50%よりも大きい保持率を有する、請求項13又は14に記載のデバイス。
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