JP3529255B2

JP3529255B2 - ジャイレース遺伝子を指標とした微生物の同定・検出法

Info

Publication number: JP3529255B2
Application number: JP34331697A
Authority: JP
Inventors: 敏山本; 宏朗笠井; 祥子中村; 鈴木　　誠; 徹浜田
Original assignee: 株式会社海洋バイオテクノロジー研究所
Priority date: 1997-12-12
Filing date: 1997-12-12
Publication date: 2004-05-24
Anticipated expiration: 2017-12-12
Also published as: EP0935003B1; JPH11169175A; EP0935003A3; DE69812315T2; DE69812315D1; CA2253959A1; EP0935003A2

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、DNA ジャイレース
遺伝子を指標とした微生物の同定・検出法に関する。本
発明は、微生物の分類・同定、あるいはモニタリングを
必要とする医学、製薬、発酵工学、環境工学、食品産業
をはじめとした種々の産業分野に有用である。

【０００２】

【従来の技術】従来細菌をはじめとした微生物の同定に
は、培養による糖の資化性検査などの生化学的検査に主
に依存してきた。これらの検査は省力化のための自動化
など、多くの改良が試みられてきたが、依然として時間
がかかり、また検査項目が非常に多岐にわたり煩雑であ
る。また、培養条件の影響などにより、検査結果は必ず
しも信頼に値するものではない。また、シュードモナス
(Pseudom onas)属などの一部の細菌種は分類同定に有効
な特徴的な形質を有さず、生化学同定はほとんど役に立
たないことが経験的に知られている。

【０００３】近年では上記の生化学同定の欠点を補うも
のとして、16S rRNA遺伝子の塩基配列に基づく、細菌の
同定方法が用いられている(Larsen, N., G. J. Olsen,
B. L. Maidak, M. J. McCaughey, R. Overbeek, T. J.
Macke, T. L. Marsh, C. R.Woese. Nucleic Acids Re
s. 21, 3021-3023.)。本法によって、培養時の人為的な
過誤の影響を避け、より客観的な結果を迅速に得ること
が可能となった。しかしながら、 16S rRNA は数十億年
にわたって保存された塩基配列を有することから明らか
なように、非常に進化速度が遅い。このため、非常に近
縁な生物間ではほとんど塩基配列に違いがない。従っ
て、しばしば同属内の種を見分けることが出来なかった
(G. E. Fox, J. D. Wisotzkey, P. J. Jurtshuk. 199
2. Int J Syst Bacteriol 42, 166-170.)。これに対し
てタンパク質をコードする遺伝子群は、アミノ酸置換を
伴わない、いわゆる中立的な変異を許容することから、
16S rRNA遺伝子に比べ非常に早い進化を行っている。従
って、これらタンパク質をコードする遺伝子群を解析に
用いる事によって、16S rRNA遺伝子の解析におけるより
もより詳細で正確な結果が得られるものと期待される。
そこで、本発明者らは、DNAジャイレースのβサブユニ
ットをコードしているgyrB遺伝子により細菌の分類・同
定あるいはモニタリングを行う方法を開発・応用してき
た（Yamamoto, S., and S. Harayama. 1995. Appl. En
viron. Microbiol., 61: 1104-1109., Yamamoto, S., a
nd S. Harayama. 1996. Int. J. Syst. Bacteriol., 4
6: 506-511., Harayama, S., and S. Yamamoto, 1996.
p. 250-258, In T. Nakazawa, K.Furukawa, D. Haas,
S. Silver, (ed.), Molecular Biology of Pseudomona
s. ASM Press, Washington, D.C., 山本敏, 原山重
明, 「gyrB遺伝子塩基配列を用いた細菌の分子系統解
析」化学と生物第34巻第3号 p. 149-151 (199
6).,山本敏, 原山重明, 「シュードモナス属細菌の系
統分類」日本農芸化学会誌第71巻第9号 p. 894-897
(1997)）。

【０００４】

【発明が解決しようとする課題】上記のごとく、本発明
者らは、既に DNAジャイレースのβサブユニットをコー
ドしているgyrB遺伝子により細菌の分類・同定あるいは
モニタリングを行う方法を開発・応用して効果を上げて
いる。本法では、全細菌において保存性が高いアミノ酸
配列His-Ala- Gly-Gly-Lys-Phe-Aspおよび、Met-Thr-As
p-Ala-Asp-Val-Asp-Glyで表せるアミノ酸配列の逆翻訳
によって得られる核酸塩基配列を基にして設計されたPC
Rプライマーを用いて、gyrB遺伝子断片のPCR増幅および
増幅断片からの直接シークエンス決定を行う。DNA ジャ
イレースは細菌の生存に必須であるため、gyrB遺伝子は
ほぼ総ての細菌に存在している。また、アミノ酸をコー
ドしている遺伝子であるため、アミノ酸置換を伴わない
「中立的変異」を高頻度で起こしており、核酸塩基配列
は近縁の生物間でもかなり異なっている。この事から、
細菌の種あるいは亜種の判別に有効である事が示されて
きた。上記DNA ジャイレースのβサブユニット高保存性
アミノ配列に基づくプライマーは、大部分の細菌種で有
効である。しかし、必ずしも総ての細菌種に有効ではな
く、一部の細菌種では増幅産物が得られない。また一部
の細菌種ではタイプIV トポイソメラーゼをコードする
遺伝子の塩基配列も増幅されてしまうといった問題点が
あった。本発明は、上記プライマーの問題を解決し、広
範な微生物種の同定及び検出を可能にする手段を提供す
ることを目的とする。

【０００５】

【課題を解決するための手段】これまでに我々が独自に
蓄積してきたDNA ジャイレースのβサブユニットのアミ
ノ酸配列データとタイプIV トポイソメラーゼのアミノ
酸配列データの比較より、gyrB遺伝子を特異的に増幅す
る事が可能な PCRプライマーの設計に適したアミノ酸配
列を複数見いだした。この結果、これらのアミノ酸配列
の逆翻訳により得られる核酸配列から設計したPCRプラ
イマーを組み合わせて使用することにより、gyrB遺伝子
塩基配列のほぼ全長を迅速に決定することが可能となっ
た。以上の知見に基づき本発明は完成されたものであ
る。

【０００６】即ち、本発明は、以下の（ア）〜（シ）の
アミノ酸配列の一部又は全部をコードし、実質的なプラ
イマーとしての機能を有するオリゴヌクレオチドを、少
なくとも一方のPCRプライマーとして微生物のDNAを増幅
し、その塩基配列に基づき微生物の同定を行うことを特
徴とする微生物の同定法である。

【０００７】（ア）(ProまたはSer)-(AlaまたはThr)-(A
la、ValまたはLeu)-(GluまたはAsp)-(ValまたはThr)-(I
leまたはVal)-(Met、LeuまたはPhe)-Thr-(Val、Glnまた
はIle)-Leu-His-Ala-Gly-Gly-Lys-Phe-(AspまたはGly)-
(Asp、Gly、AsnまたはSer)-(Ser、Lys、Gly、Aspまたは
Asn) （イ）Gly-Gly-Thr-His （ウ）(IleまたはLeu)-Met-Thr-Asp-Ala-Asp-Val-Asp-G
ly-(AlaまたはSer)-His-Ile-Arg-Thr-Leu （エ）Arg-Lys-Arg-Pro-(GlyまたはAla)-Met-Tyr-Ile-G
ly-(SerまたはAsp)-Thr （オ）Gln-(ThrまたはPro)-(LysまたはAsn)-(Thr、As
p、Gly、Lys、Ser、PheまたはTyr)-Lys-Leu （カ）(TyrまたはPhe)-Lys-Gly-Leu-Gly-Glu-Met-Asn-
(AlaまたはPro) （キ）Val-Glu-Gly-Asp-Ser-Ala-Gly-Gly-Ser （ク）Lys-(HisまたはVal)-Pro-Asp-Pro-(GlnまたはLy
s)-Phe （ケ）Leu-Pro-Gly-Lys-Leu-Ala-Asp-Cys-(SerまたはGl
n)-(SerまたはGlu)-(LysまたはArg)-Asp-Pro-(Alaまた
はSer) （コ）Gln-Leu-(TrpまたはArg)-(GluまたはAsp)-Thr-Th
r-(MetまたはLeu)-(AspまたはAsn)-Pro （サ）Ala-(LysまたはArg)-(LysまたはArg)-Ala-Arg-Gl
u （シ）Phe-Thr-Asn-Asn-Ile-(ProまたはAsn)-(Thrまた
はGln)

【０００８】また、本発明は、以下の（ア）〜（シ）の
アミノ酸配列の一部又は全部をコードし、実質的なプラ
イマーとしての機能を有するオリゴヌクレオチドを、少
なくとも一方のPCR プライマーとして微生物のDNA を増
幅し、その塩基配列に基づき微生物の検出を行うことを
特徴とする微生物の検出法である。

【０００９】（ア）(ProまたはSer)-(AlaまたはThr)-(A
la、ValまたはLeu)-(GluまたはAsp)-(ValまたはThr)-(I
leまたはVal)-(Met、LeuまたはPhe)-Thr-(Val、Glnまた
はIle)-Leu-His-Ala-Gly-Gly-Lys-Phe-(AspまたはGly)-
(Asp、Gly、AsnまたはSer)-(Ser、Lys、Gly、Aspまたは
Asn) （イ）Gly-Gly-Thr-His （ウ）(IleまたはLeu)-Met-Thr-Asp-Ala-Asp-Val-Asp-G
ly-(AlaまたはSer)-His-Ile-Arg-Thr-Leu （エ）Arg-Lys-Arg-Pro-(GlyまたはAla)-Met-Tyr-Ile-G
ly-(SerまたはAsp)-Thr （オ）Gln-(ThrまたはPro)-(LysまたはAsn)-(Thr、As
p、Gly、Lys、Ser、PheまたはTyr)-Lys-Leu （カ）(TyrまたはPhe)-Lys-Gly-Leu-Gly-Glu-Met-Asn-
(AlaまたはPro) （キ）Val-Glu-Gly-Asp-Ser-Ala-Gly-Gly-Ser （ク）Lys-(HisまたはVal)-Pro-Asp-Pro-(GlnまたはLy
s)-Phe （ケ）Leu-Pro-Gly-Lys-Leu-Ala-Asp-Cys-(SerまたはGl
n)-(SerまたはGlu)-(LysまたはArg)-Asp-Pro-(Alaまた
はSer) （コ）Gln-Leu-(TrpまたはArg)-(GluまたはAsp)-Thr-Th
r-(MetまたはLeu)-(AspまたはAsn)-Pro （サ）Ala-(LysまたはArg)-(LysまたはArg)-Ala-Arg-Gl
u （シ）Phe-Thr-Asn-Asn-Ile-(ProまたはAsn)-(Thrまた
はGln)

【００１０】

【発明の実施の形態】以下、本発明を詳細に説明する。
本発明は、gyr Bの一部をPCR により特異的に増幅し、そ
の塩基配列に基づき微生物の同定又は検出を行う。ここ
で、「実質的なプライマーとしての機能を有するオリゴ
ヌクレオチド」とは、鋳型DNAの特定の部位に特異的に
ハイブリダイズすることのできる程度の長さのオリゴヌ
クレオチドを意味する。また、微生物とは、細菌のほ
か、酵母、かび類なども含む意である。

【００１１】PCR プライマーとしては、以下の（ア）〜
（シ）のアミノ酸配列の一部又は全部をコードし、実質
的なプライマーとしての機能を有するオリゴヌクレオチ
ドを使用することができる。なお、（ア）〜（シ）のア
ミノ酸配列とバチルス・ズブチルス168 株、エッシエリ
シア・コリK-12株、及びシュードモナス・プチダPRS200
株の３菌株のジャイレースβサブユニットのアミノ酸配
列との関係は図１に示す通りである。

【００１２】（ア）(ProまたはSer)-(AlaまたはThr)-(A
la、ValまたはLeu)-(GluまたはAsp)-(ValまたはThr)-(I
leまたはVal)-(Met、LeuまたはPhe)-Thr-(Val、Glnまた
はIle)-Leu-His-Ala-Gly-Gly-Lys-Phe-(AspまたはGly)-
(Asp、Gly、AsnまたはSer)-(Ser、Lys、Gly、Aspまたは
Asn) （イ）Gly-Gly-Thr-His （ウ）(IleまたはLeu)-Met-Thr-Asp-Ala-Asp-Val-Asp-G
ly-(AlaまたはSer)-His-Ile-Arg-Thr-Leu （エ）Arg-Lys-Arg-Pro-(GlyまたはAla)-Met-Tyr-Ile-G
ly-(SerまたはAsp)-Thr （オ）Gln-(ThrまたはPro)-(LysまたはAsn)-(Thr、As
p、Gly、Lys、Ser、PheまたはTyr)-Lys-Leu （カ）(TyrまたはPhe)-Lys-Gly-Leu-Gly-Glu-Met-Asn-
(AlaまたはPro) （キ）Val-Glu-Gly-Asp-Ser-Ala-Gly-Gly-Ser （ク）Lys-(HisまたはVal)-Pro-Asp-Pro-(GlnまたはLy
s)-Phe （ケ）Leu-Pro-Gly-Lys-Leu-Ala-Asp-Cys-(SerまたはGl
n)-(SerまたはGlu)-(LysまたはArg)-Asp-Pro-(Alaまた
はSer) （コ）Gln-Leu-(TrpまたはArg)-(GluまたはAsp)-Thr-Th
r-(MetまたはLeu)-(AspまたはAsn)-Pro （サ）Ala-(LysまたはArg)-(LysまたはArg)-Ala-Arg-Gl
u （シ）Phe-Thr-Asn-Asn-Ile-(ProまたはAsn)-(Thrまた
はGln) 上記の（ア）〜（シ）のアミノ酸配列の一部又は全部を
コードし、実質的なプライマーとしての機能を有するオ
リゴヌクレオチドのうち好ましいものとしては、以下の
オリゴヌクレオチドを例示することができる。

【００１３】（ア）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号２６で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチド、配列番号３０で表されるアミノ酸配列
をコードするオリゴヌクレオチド、配列番号５４、５
５、５６若しくは５７で表されるアミノ酸配列をコード
するオリゴヌクレオチドなどを例示することができ、こ
れらの中でも特に好ましいものとしては、それぞれ、配
列番号２５で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号２
９で表されるオリゴヌクレオチド、配列番号５３で表さ
れるオリゴヌクレオチドなどを例示することができる。

【００１４】（イ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号３４で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチド、配列番号３６若しくは３７で表される
アミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチドなどを例
示することができ、これらの中でも特に好ましいものと
しては、それぞれ、配列番号３３で表されるオリゴヌク
レオチド、配列番号３５で表されるオリゴヌクレオチド
などを例示することができる。

【００１５】（ウ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号２８で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチド、配列番号３２で表されるアミノ酸配列
をコードするオリゴヌクレオチド、配列番号４２で表さ
れるアミノ酸配列をコードするオリゴヌクレオチドなど
を例示することができ、これらの中でも特に好ましいも
のとしては、それぞれ、配列番号２７で表されるオリゴ
ヌクレオチド、配列番号３１で表されるオリゴヌクレオ
チド、配列番号４１で表されるオリゴヌクレオチドなど
を例示することができる。

【００１６】（エ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号４６若しくは４７で表されるアミノ酸配列をコ
ードするオリゴヌクレオチドなどを例示することがで
き、これらの中でも特に好ましいものとしては、配列番
号４５で表されるオリゴヌクレオチドなどを例示するこ
とができる。

【００１７】（オ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号３９若しくは４０で表されるアミノ酸配列をコ
ードするオリゴヌクレオチドなどを例示することがで
き、これらの中でも特に好ましいものとしては、配列番
号３８で表されるオリゴヌクレオチドなどを例示するこ
とができる。

【００１８】（カ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号４４で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチドなどを例示することができ、これらの中
でも特に好ましいものとしては、配列番号４３で表され
るオリゴヌクレオチドなどを例示することができる。

【００１９】（キ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号４９で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチドなどを例示することができ、これらの中
でも特に好ましいものとしては、配列番号４８で表され
るオリゴヌクレオチドなどを例示することができる。

【００２０】（ク）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号６３若しくは６４で表されるアミノ酸配列をコ
ードするオリゴヌクレオチドなどを例示することがで
き、これらの中でも特に好ましいものとしては、配列番
号６２で表されるオリゴヌクレオチドなどを例示するこ
とができる。

【００２１】（ケ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号５９で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチドなどを例示することができ、これらの中
でも特に好ましいものとしては、配列番号５８で表され
るオリゴヌクレオチドなどを例示することができる。

【００２２】（コ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号６６、６７若しくは６８で表されるアミノ酸配
列をコードするオリゴヌクレオチドなどを例示すること
ができ、これらの中でも特に好ましいものとしては、配
列番号６５で表されるオリゴヌクレオチドなどを例示す
ることができる。

【００２３】（サ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号５１若しくは５２で表されるアミノ酸配列をコ
ードするオリゴヌクレオチドなどを例示することがで
き、これらの中でも特に好ましいものとしては、配列番
号５０で表されるオリゴヌクレオチドなどを例示するこ
とができる。

【００２４】（シ）のアミノ酸配列に対応するオリゴヌ
クレオチド：配列番号６１で表されるアミノ酸配列をコードするオリ
ゴヌクレオチドなどを例示することができ、これらの中
でも特に好ましいものとしては、配列番号６０で表され
るオリゴヌクレオチドなどを例示することができる。

【００２５】gyrBがコードするアミノ酸配列の系統学的
な保存の程度は様々であり、上記配列は、必ずしも総て
の微生物種において保存されているとは限らない。従っ
て、目的とする微生物の分類的な位置を考慮してプライ
マーの選択はなされねばならない。なお、PCR増幅の
際、PCR プライマーの5'末端に任意のシークエンス反応
用の配列を付加しておけば、サブクローニング操作を行
うことなしに、直接PCR増幅産物から塩基配列を決定す
ることが可能である。

【００２６】

【実施例】〔実施例１〕配列番号２５及び配列番号２７
に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号２６及び配列番号２８のアミノ酸配
列に対応する）をプライマーとし、バクテロイデス・ヴ
ァルガタス（Bacteroides vulgat us）IFO14291 株由来
のDNA を鋳型としてPCR を行った。増幅されたDNA 断片
の塩基配列およびそれから推定されるアミノ酸配列を配
列番号１及び配列番号２に示す。なお、PCR の増幅条件
は以下の通りである。 PCR 増幅条件 96℃ 1分, 48℃ 1分, 72℃ 2分, 3サイクル 96℃ 1分, 48℃ 1分, 72℃ 2分, 3サイクル 96℃ 1分, 48℃ 1分, 72℃ 2分, 30サイクル合計36サイクルプライマー濃度各1μM dATP 各200μM Template DNA <1μg/100μL AmpliTaq^TMおよび添付の PCR Bufferを使用（Perkin Elmer）

【００２７】〔実施例２〕配列番号２９及び配列番号３
１に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号３０及び配列番号３２のアミノ酸配
列に対応する）をプライマーとし、ミコバクテリウム・
シミアエ（Mycobacterium simiae） KPM 1403株由来のD
NA を鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅条件は実施
例１と同様である。増幅されたDNA 断片の塩基配列およ
びそれから推定されるアミノ酸配列を配列番号３及び配
列番号４に示す。

【００２８】〔実施例３〕配列番号３３及び配列番号２
７に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号３４及び配列番号２８のアミノ酸配
列に対応する）をプライマーとし、キチノファガ・ピネ
ンシス（Chitinophaga pinensis） DSM 2588株由来のDN
A を鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅条件は実施例
１と同様である。増幅されたDNA 断片の塩基配列および
それから推定されるアミノ酸配列を配列番号５及び６に
示す。

【００２９】〔実施例４〕配列番号２５及び配列番号３
５に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号２６及び配列番号３６若しくは配列
番号３７のアミノ酸配列に対応する）をプライマーと
し、フラボバクテリウム・アクアチラ（Flavobacterium
aquatile）IAM 12316 株由来のDNA を鋳型としてPCR
を行った。PCRの増幅条件は実施例１と同様である。増
幅されたDNA 断片の塩基配列およびそれから推定される
アミノ酸配列を配列番号７及び配列番号８に示す。

【００３０】〔実施例５〕配列番号２９及び配列番号３
８に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号３０及び配列番号３９若しくは配列
番号４０のアミノ酸配列に対応する）をプライマーと
し、ミコバクテリウム・アシアティカム（Mycobacteriu
m asiaticum） ATCC 25274株由来のDNA を鋳型としてPC
R を行った。PCR の増幅条件は実施例１と同様である。
増幅されたDNA 断片の塩基配列およびそれから推定され
るアミノ酸配列を配列番号９及び配列番号１０に示す。

【００３１】〔実施例６〕配列番号４１及び配列番号４
３に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号４２及び配列番号４４のアミノ酸配
列に対応する）をプライマーとし、サイトファガ・ライ
チカ（Cytophaga lytica） IFO 16020 株由来のDNA を
鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅条件は実施例１と
同様である。増幅されたDNA 断片の塩基配列およびそれ
から推定されるアミノ酸配列を配列番号１１及び配列番
号１２に示す。

【００３２】〔実施例７〕配列番号４５及び配列番号４
８に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号４６若しくは配列番号４７及び配列
番号４９のアミノ酸配列に対応する）をプライマーと
し、シネココッカス sp.（Synechococcus sp.）PCC 630
1株由来のDNA を鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅
条件は実施例１と同様である。増幅されたDNA 断片の塩
基配列およびそれから推定されるアミノ酸配列を配列番
号１３及び配列番号１４に示す。

【００３３】〔実施例８〕配列番号５３及び配列番号６
２に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６
若しくは配列番号５７及び配列番号６３若しくは配列番
号６４のアミノ酸配列に対応する）をプライマーとし、
カウロバクター・クレセンタス（Caulobacter crescent
us）ATCC 15252株由来のDNA を鋳型としてPCR を行っ
た。PCR の増幅条件は実施例１と同様である。増幅され
たDNA 断片の塩基配列およびそれから推定されるアミノ
酸配列を配列番号１５及び配列番号１６に示す。

【００３４】〔実施例９〕配列番号５３及び配列番号５
８に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチド
（それぞれ配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６
若しくは配列番号５７及び配列番号５９のアミノ酸配列
に対応する）をプライマーとし、シュードモナス・プチ
ダ（Pseudomonas putida）ATCC 17484株由来のDNA を鋳
型としてPCR を行った。PCR の増幅条件は実施例１と同
様である。増幅されたDNA 断片の塩基配列およびそれか
ら推定されるアミノ酸配列を配列番号１７及び配列番号
１８に示す。

【００３５】〔実施例１０〕配列番号６５及び配列番号
５０に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチ
ド（それぞれ配列番号６６、配列番号６７若しくは配列
番号６８及び配列番号５１若しくは配列番号５２のアミ
ノ酸配列に対応する）をプライマーとし、シネココッカ
ス（Synechococcus ）sp. PCC 6301株由来のDNA を鋳型
としてPCR を行った。PCR の増幅条件は実施例１と同様
である。増幅されたDNA 断片の塩基配列およびそれから
推定されるアミノ酸配列を配列番号１９及び配列番号２
０に示す。

【００３６】〔実施例１１〕配列番号６０及び配列番号
３１に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチ
ド（それぞれ配列番号６１及び配列番号３２のアミノ酸
配列に対応する）をプライマーとし、カウロバクター・
クレセンタス（Caul obacter crescentus） ATCC 15252
株由来のDNA を鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅条
件は実施例１と同様である。増幅されたDNA 断片の塩基
配列およびそれから推定されるアミノ酸配列を配列番号
２１及び配列番号２２に示す。

【００３７】〔実施例１２〕配列番号２５及び配列番号
４３に記載の塩基配列により表されるオリゴヌクレオチ
ド（それぞれ配列番号２６及び配列番号４４のアミノ酸
配列に対応する）をプライマーとし、未同定株MBIC 154
4 由来のDNA を鋳型としてPCR を行った。PCR の増幅条
件は実施例１と同様である。増幅されたDNA 断片の塩基
配列およびそれから推定されるアミノ酸配列を配列番号
２３及び配列番号２４に示す。この塩基配列を、出願人
が保有する塩基配列データベースと照合した結果、未同
定株MBIC 1544 は、サイトファガ・ライチカであると同
定された。

【００３８】

【発明の効果】本発明により決定されるgyrB塩基配列を
用いて、未同定微生物株の分類あるいは同定を迅速・高
精度に行うことが可能である。また、様々なバイオプロ
セスにおけるリスクアセスメントにおいて必要とされ
る、特定微生物のモニタリング用PCRプライマーの設計
を容易に行い得る。また、菌叢変化のモニタリングにお
いて、精度の高いモニタリングの実施が可能となる。

【００３９】

【配列表】

配列番号：１配列の長さ：１２１２配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：バクテロイデス・ヴァルガタス株名：IFO 14291 GAC AAA GGT TCT TAC AAG GTT TCA GGC GGT CTG CAC GGT GTA GGT GTT 48 Asp Lys Gly Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val 1 5 10 15 TCT TGT GTG AAC GCC TTG TCT ACT CAC ATG ACC ACA CAG GTA TTC CGC 96 Ser Cys Val Asn Ala Leu Ser Thr His Met Thr Thr Gln Val Phe Arg 20 25 30 GGT GGC AAG ATC TAC CAG CAG GAA TAC AGC TGC GGA CAT CCT TTG TAT 144 Gly Gly Lys Ile Tyr Gln Gln Glu Tyr Ser Cys Gly His Pro Leu Tyr 35 40 45 TCT GTA AAA GAA GTA GGA ACA GCT GAT ATT ACC GGA ACA AAA CAG ACT 192 Ser Val Lys Glu Val Gly Thr Ala Asp Ile Thr Gly Thr Lys Gln Thr 50 55 60 TTC TGG CCG GAT GAT ACC ATC TTC ACT GTT ACC GAA TAT AAG TTT GAC 240 Phe Trp Pro Asp Asp Thr Ile Phe Thr Val Thr Glu Tyr Lys Phe Asp 65 70 75 80 ATT CTA CAG GCA CGT ATG CGT GAA TTG GCC TAC TTG AAC AAA GGT ATC 288 Ile Leu Gln Ala Arg Met Arg Glu Leu Ala Tyr Leu Asn Lys Gly Ile 85 90 95 ACC ATT TCA CTG ACC GAC CGC CGG ATC AAA GAA GAA GAT GGC AGC TTC 336 Thr Ile Ser Leu Thr Asp Arg Arg Ile Lys Glu Glu Asp Gly Ser Phe 100 105 110 AAG AAA GAA ATA TTC CAT TCG GAC GAA GGA GTG AAA GAG TTT GTA CGT 384 Lys Lys Glu Ile Phe His Ser Asp Glu Gly Val Lys Glu Phe Val Arg 115 120 125 TTC CTG AAC CGT AAC AAC GAA GCG CTG ATT AAT GAT GTC ATT TAT CTG 432 Phe Leu Asn Arg Asn Asn Glu Ala Leu Ile Asn Asp Val Ile Tyr Leu 130 135 140 AAT ACC GAA AAA AAC AAT ACC CCC ATT GAA TGT GCC ATC ATG TAC AAT 480 Asn Thr Glu Lys Asn Asn Thr Pro Ile Glu Cys Ala Ile Met Tyr Asn 145 150 155 160 ACA GGC TAT CGT GAA AGC CTG CAT TCG TAT GTA AAC AAT ATC AAT ACA 528 Thr Gly Tyr Arg Glu Ser Leu His Ser Tyr Val Asn Asn Ile Asn Thr 165 170 175 ATA GAA GGC GGT ACA CAC GAG GCC GGT TTC CGC AGC GCA TTA ACC CGT 576 Ile Glu Gly Gly Thr His Glu Ala Gly Phe Arg Ser Ala Leu Thr Arg 180 185 190 GTA CTG AAG AAA TAT GCG GAA GAT ACC AAA GCA CTG GAA AAA GCA AAA 624 Val Leu Lys Lys Tyr Ala Glu Asp Thr Lys Ala Leu Glu Lys Ala Lys 195 200 205 GTC GAG ATT TCG GGA GAG GAC TTC CGC GAA GGC TTG ATT GCC GTC ATT 672 Val Glu Ile Ser Gly Glu Asp Phe Arg Glu Gly Leu Ile Ala Val Ile 210 215 220 TCA GTG AAA GTA GCC GAG CCG CAG TTC GAA GGA CAG ACC AAG ACC AAG 720 Ser Val Lys Val Ala Glu Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr Lys 225 230 235 240 CTG GGC AAC AGC GAA GTG AGT GGT GCC GTG AAC CAA GCT GTA GGC GAA 768 Leu Gly Asn Ser Glu Val Ser Gly Ala Val Asn Gln Ala Val Gly Glu 245 250 255 GCG CTT ACA TAT TAT CTG GAA GAA CAT CCG AAA GAA GCA AAA CAG ATT 816 Ala Leu Thr Tyr Tyr Leu Glu Glu His Pro Lys Glu Ala Lys Gln Ile 260 265 270 GTT GAC AAA GTG ATC CTG GCT GCA ACA GCG CGT ATC GCC GCA CGC AAG 864 Val Asp Lys Val Ile Leu Ala Ala Thr Ala Arg Ile Ala Ala Arg Lys 275 280 285 GCA CGT GAA TCT GTT CAA AGA AAG AGT CCG ATG GGC GGT GGC GGA CTG 912 Ala Arg Glu Ser Val Gln Arg Lys Ser Pro Met Gly Gly Gly Gly Leu 290 295 300 CCG GGC AAA CTG GCC GAC TGC TCG AGC CGT AAT CCG GAG GAA TGT GAA 960 Pro Gly Lys Leu Ala Asp Cys Ser Ser Arg Asn Pro Glu Glu Cys Glu 305 310 315 320 CTA TTC CTG GTC GAG GGT GAC TCG GCA GGT GGT TCT GCC AAG CAA GGA 1008 Leu Phe Leu Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Gln Gly 325 330 335 CGT AGC CGT GCC TTC CAG GCA ATT CTA CCT TTG AGG GGT AAA ATC CTG 1056 Arg Ser Arg Ala Phe Gln Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu 340 345 350 AAT GTG GAA AAA GCG ATG TGG CAC AAG GCT TTT GAA AGC GAT GAG GTC 1104 Asn Val Glu Lys Ala Met Trp His Lys Ala Phe Glu Ser Asp Glu Val 355 360 365 AAT AAT ATC ATC ACC GCC CTG GGT GTC CGT TTC GGT GTG GAC GGA AAT 1152 Asn Asn Ile Ile Thr Ala Leu Gly Val Arg Phe Gly Val Asp Gly Asn 370 375 380 GAT GAC AGC AAA AAA GCG AAC ATC GAC AAG CTG CGT TAT CAC AAA GTG 1200 Asp Asp Ser Lys Lys Ala Asn Ile Asp Lys Leu Arg Tyr His Lys Val 385 390 395 400 GTG ATC ATG ACC Val Ile Met Thr

【００４０】配列番号：２配列の長さ：４０４配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：バクテロイデス・ヴァルガタス株名：ＩＦＯ１４２９１ＡｓｐＬｙｓＧｌｙＳｅｒＴｙｒＬｙｓＶａｌＳｅｒＧｌｙ
ＧｌｙＬｅｕＨｉｓＧｌｙＶａｌＧｌｙＶａｌ１５
１０１５ＳｅｒＣｙｓＶａｌＡｓｎＡｌａＬｅｕＳｅｒＴｈｒＨｉｓ
ＭｅｔＴｈｒＴｈｒＧｌｎＶａｌＰｈｅＡｒｇ２０２５
３０ＧｌｙＧｌｙＬｙｓＩｌｅＴｙｒＧｌｎＧｌｎＧｌｕＴｙｒ
ＳｅｒＣｙｓＧｌｙＨｉｓＰｒｏＬｅｕＴｙｒ３５４０
４５ＳｅｒＶａｌＬｙｓＧｌｕＶａｌＧｌｙＴｈｒＡｌａＡｓｐ
ＩｌｅＴｈｒＧｌｙＴｈｒＬｙｓＧｌｎＴｈｒ５０５５
６０ＰｈｅＴｒｐＰｒｏＡｓｐＡｓｐＴｈｒＩｌｅＰｈｅＴｈｒ
ＶａｌＴｈｒＧｌｕＴｙｒＬｙｓＰｈｅＡｓｐ６５７０
７５８０ＩｌｅＬｅｕＧｌｎＡｌａＡｒｇＭｅｔＡｒｇＧｌｕＬｅｕ
ＡｌａＴｙｒＬｅｕＡｓｎＬｙｓＧｌｙＩｌｅ８５
９０９５ＴｈｒＩｌｅＳｅｒＬｅｕＴｈｒＡｓｐＡｒｇＡｒｇＩｌｅ
ＬｙｓＧｌｕＧｌｕＡｓｐＧｌｙＳｅｒＰｈｅ１００１０５
１１０ＬｙｓＬｙｓＧｌｕＩｌｅＰｈｅＨｉｓＳｅｒＡｓｐＧｌｕ
ＧｌｙＶａｌＬｙｓＧｌｕＰｈｅＶａｌＡｒｇ１１５１２０
１２５ＰｈｅＬｅｕＡｓｎＡｒｇＡｓｎＡｓｎＧｌｕＡｌａＬｅｕ
ＩｌｅＡｓｎＡｓｐＶａｌＩｌｅＴｙｒＬｅｕ１３０１３５
１４０ＡｓｎＴｈｒＧｌｕＬｙｓＡｓｎＡｓｎＴｈｒＰｒｏＩｌｅ
ＧｌｕＣｙｓＡｌａＩｌｅＭｅｔＴｙｒＡｓｎ１４５１５０
１５５１６０ＴｈｒＧｌｙＴｙｒＡｒｇＧｌｕＳｅｒＬｅｕＨｉｓＳｅｒ
ＴｙｒＶａｌＡｓｎＡｓｎＩｌｅＡｓｎＴｈｒ１６５
１７０１７５ＩｌｅＧｌｕＧｌｙＧｌｙＴｈｒＨｉｓＧｌｕＡｌａＧｌｙ
ＰｈｅＡｒｇＳｅｒＡｌａＬｅｕＴｈｒＡｒｇ１８０１８５
１９０ＶａｌＬｅｕＬｙｓＬｙｓＴｙｒＡｌａＧｌｕＡｓｐＴｈｒ
ＬｙｓＡｌａＬｅｕＧｌｕＬｙｓＡｌａＬｙｓ１９５２００
２０５ＶａｌＧｌｕＩｌｅＳｅｒＧｌｙＧｌｕＡｓｐＰｈｅＡｒｇ
ＧｌｕＧｌｙＬｅｕＩｌｅＡｌａＶａｌＩｌｅ２１０２１５
２２０ＳｅｒＶａｌＬｙｓＶａｌＡｌａＧｌｕＰｒｏＧｌｎＰｈｅ
ＧｌｕＧｌｙＧｌｎＴｈｒＬｙｓＴｈｒＬｙｓ２２５２３０
２３５２４０ＬｅｕＧｌｙＡｓｎＳｅｒＧｌｕＶａｌＳｅｒＧｌｙＡｌａ
ＶａｌＡｓｎＧｌｎＡｌａＶａｌＧｌｙＧｌｕ２４５
２５０２５５ＡｌａＬｅｕＴｈｒＴｙｒＴｙｒＬｅｕＧｌｕＧｌｕＨｉｓ
ＰｒｏＬｙｓＧｌｕＡｌａＬｙｓＧｌｎＩｌｅ２６０２６５
２７０ＶａｌＡｓｐＬｙｓＶａｌＩｌｅＬｅｕＡｌａＡｌａＴｈｒ
ＡｌａＡｒｇＩｌｅＡｌａＡｌａＡｒｇＬｙｓ２７５２８０
２８５ＡｌａＡｒｇＧｌｕＳｅｒＶａｌＧｌｎＡｒｇＬｙｓＳｅｒ
ＰｒｏＭｅｔＧｌｙＧｌｙＧｌｙＧｌｙＬｅｕ２９０２９５
３００ＰｒｏＧｌｙＬｙｓＬｅｕＡｌａＡｓｐＣｙｓＳｅｒＳｅｒ
ＡｒｇＡｓｎＰｒｏＧｌｕＧｌｕＣｙｓＧｌｕ３０５３１０
３１５３２０ＬｅｕＰｈｅＬｅｕＶａｌＧｌｕＧｌｙＡｓｐＳｅｒＡｌａ
ＧｌｙＧｌｙＳｅｒＡｌａＬｙｓＧｌｎＧｌｙ３２５
３３０３３５ＡｒｇＳｅｒＡｒｇＡｌａＰｈｅＧｌｎＡｌａＩｌｅＬｅｕ
ＰｒｏＬｅｕＡｒｇＧｌｙＬｙｓＩｌｅＬｅｕ３４０３４５
３５０ＡｓｎＶａｌＧｌｕＬｙｓＡｌａＭｅｔＴｒｐＨｉｓＬｙｓ
ＡｌａＰｈｅＧｌｕＳｅｒＡｓｐＧｌｕＶａｌ３５５３６０
３６５ＡｓｎＡｓｎＩｌｅＩｌｅＴｈｒＡｌａＬｅｕＧｌｙＶａｌ
ＡｒｇＰｈｅＧｌｙＶａｌＡｓｐＧｌｙＡｓｎ３７０３７５
３８０ＡｓｐＡｓｐＳｅｒＬｙｓＬｙｓＡｌａＡｓｎＩｌｅＡｓｐ
ＬｙｓＬｅｕＡｒｇＴｙｒＨｉｓＬｙｓＶａｌ３８５３９０
３９５４００ＶａｌＩｌｅＭｅｔＴｈｒ

【００４１】配列番号：３配列の長さ：１２６３配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：ミコバクテリウム・シミアエ株名：KPM 1403 GGG GAG AAC AGT GGC TAC ACC GTC AGC GGC GGG TTG CAC GGG GTC GGA 48 Gly Glu Asn Ser Gly Tyr Thr Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly 1 5 10 15 GTG TCG GTG GTC AAC GCC CTG TCC ACC CGC CTG GAA GTC AAC GTC AAG 96 Val Ser Val Val Asn Ala Leu Ser Thr Arg Leu Glu Val Asn Val Lys 20 25 30 CGT GAC GGC TAT GAG TGG TTC CAG TAC TAC GAC CGG GCG GTG CCC GGC 144 Arg Asp Gly Tyr Glu Trp Phe Gln Tyr Tyr Asp Arg Ala Val Pro Gly 35 40 45 ACC CTC AAG CAA GGC GAG GCG ACC AAG AAG ACC GGC ACC ACG ATC CGG 192 Thr Leu Lys Gln Gly Glu Ala Thr Lys Lys Thr Gly Thr Thr Ile Arg 50 55 60 TTC TGG GCC GAT CCT GAG ATC TTC GAA ACC ACC CAG TAC GAC TTC GAG 240 Phe Trp Ala Asp Pro Glu Ile Phe Glu Thr Thr Gln Tyr Asp Phe Glu 65 70 75 80 ACG GTG GCG CGC CGG TTG CAG GAA ATG GCG TTC CTC AAC AAG GGC CTG 288 Thr Val Ala Arg Arg Leu Gln Glu Met Ala Phe Leu Asn Lys Gly Leu 85 90 95 ACC ATC AAC CTC ACC GAC GAA CGT GTC GAG CAG GAC GAG GTG GTC GAT 336 Thr Ile Asn Leu Thr Asp Glu Arg Val Glu Gln Asp Glu Val Val Asp 100 105 110 GAG GTG GTT AGC GAC ACC GCC GAG GCG CCG AAG TCA GCC GAG GAG CAG 384 Glu Val Val Ser Asp Thr Ala Glu Ala Pro Lys Ser Ala Glu Glu Gln 115 120 125 GCG GCC GAA TCG GCC AAG CCG CAC AAG GTC AAG CAC CGC ACG TTC CAC 432 Ala Ala Glu Ser Ala Lys Pro His Lys Val Lys His Arg Thr Phe His 130 135 140 TAC CCG GGT GGG TTG GTG GAT TTC GTC AAG CAC ATC AAT CGC ACC AAA 480 Tyr Pro Gly Gly Leu Val Asp Phe Val Lys His Ile Asn Arg Thr Lys 145 150 155 160 AAC CCG ATC CAG CAG AGC GTC ATC GAC TTC GAC GGC AAA GGA ACC GGG 528 Asn Pro Ile Gln Gln Ser Val Ile Asp Phe Asp Gly Lys Gly Thr Gly 165 170 175 CAC GAA GTC GAG ATC GCG ATG CAG TGG AAC GGT GGT TAT TCG GAG TCG 576 His Glu Val Glu Ile Ala Met Gln Trp Asn Gly Gly Tyr Ser Glu Ser 180 185 190 GTG CAC ACC TTC GCC AAC ACC ATC AAC ACC CAT GAG GGC GGC ACC CAC 624 Val His Thr Phe Ala Asn Thr Ile Asn Thr His Glu Gly Gly Thr His 195 200 205 GAG GAG GGC TTC CGC AGC GCG CTG ACC TCG GTG GTG AAC AAG TAC GCC 672 Glu Glu Gly Phe Arg Ser Ala Leu Thr Ser Val Val Asn Lys Tyr Ala 210 215 220 AAA GAC AAG AAG CTG CTC AAG GAC AAG GAT CCC AAC CTC ACC GGC GAC 720 Lys Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp Lys Asp Pro Asn Leu Thr Gly Asp 225 230 235 240 GAC ATC CGA GAA GGG CTG GCC GCG GTG ATC TCC GTG AAG GTC GCC GAG 768 Asp Ile Arg Glu Gly Leu Ala Ala Val Ile Ser Val Lys Val Ala Glu 245 250 255 CCG CAG TTC GAG GGC CAG ACT AAG ACG AAA CTC GGC AAC ACC GAG GTC 816 Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr Lys Leu Gly Asn Thr Glu Val 260 265 270 AAG TCG TTT GTC CAG AAA GTC TGT AAC GAA CAA CTC ACT CAC TGG TTC 864 Lys Ser Phe Val Gln Lys Val Cys Asn Glu Gln Leu Thr His Trp Phe 275 280 285 GAG GCG AAC CCG TCG GAA GCT AAA ACC GTT GTA AAC AAG GCG GTT TCG 912 Glu Ala Asn Pro Ser Glu Ala Lys Thr Val Val Asn Lys Ala Val Ser 290 295 300 TCG GCC CAG GCC CGC ATT GCG GCG CGT AAG GCG CGG GAG TTG GTG CGG 960 Ser Ala Gln Ala Arg Ile Ala Ala Arg Lys Ala Arg Glu Leu Val Arg 305 310 315 320 CGT AAG AGT GCT ACG GAT TTG GGT GGG TTG CCG GGC AAG TTG GCT GAT 1008 Arg Lys Ser Ala Thr Asp Leu Gly Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 325 330 335 TGC CGC TCG ACG GAT CCG CGG AAG TCT GAG CTG TAT GTG GTG GAA GGT 1056 Cys Arg Ser Thr Asp Pro Arg Lys Ser Glu Leu Tyr Val Val Glu Gly 340 345 350 GAT TCC GCG GGT GGG TCG GCG AAA AGT GGG CGT GAT TCG ATG TTC CAG 1104 Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Ser Gly Arg Asp Ser Met Phe Gln 355 360 365 GCG ATC TTG CCG CTG CGC GGC AAG ATC ATC AAC GTC GAA AAG GCC CGC 1152 Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Ile Asn Val Glu Lys Ala Arg 370 375 380 ATC GAT CGG GTG CTG AAA AAC ACC GAA GTC CAG GCC ATC ATC ACC GCG 1200 Ile Asp Arg Val Leu Lys Asn Thr Glu Val Gln Ala Ile Ile Thr Ala 385 390 395 400 CTG GGC ACC GGC ATC CAC GAC GAA TTC GAC ATC ACC AAA CTG CGT TAC 1248 Leu Gly Thr Gly Ile His Asp Glu Phe Asp Ile Thr Lys Leu Arg Tyr 405 410 415 CAC AAG ATC GTG TTG 1263 His Lys Ile Val Leu 420

【００４２】配列番号：４配列の長さ：４２１配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：ミコバクテリウム・シミアエ株名：KPM 1403 Gly Glu Asn Ser Gly Tyr Thr Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly 1 5 10 15 Val Ser Val Val Asn Ala Leu Ser Thr Arg Leu Glu Val Asn Val Lys 20 25 30 Arg Asp Gly Tyr Glu Trp Phe Gln Tyr Tyr Asp Arg Ala Val Pro Gly 35 40 45 Thr Leu Lys Gln Gly Glu Ala Thr Lys Lys Thr Gly Thr Thr Ile Arg 50 55 60 Phe Trp Ala Asp Pro Glu Ile Phe Glu Thr Thr Gln Tyr Asp Phe Glu 65 70 75 80 Thr Val Ala Arg Arg Leu Gln Glu Met Ala Phe Leu Asn Lys Gly Leu 85 90 95 Thr Ile Asn Leu Thr Asp Glu Arg Val Glu Gln Asp Glu Val Val Asp 100 105 110 Glu Val Val Ser Asp Thr Ala Glu Ala Pro Lys Ser Ala Glu Glu Gln 115 120 125 Ala Ala Glu Ser Ala Lys Pro His Lys Val Lys His Arg Thr Phe His 130 135 140 Tyr Pro Gly Gly Leu Val Asp Phe Val Lys His Ile Asn Arg Thr Lys 145 150 155 160 Asn Pro Ile Gln Gln Ser Val Ile Asp Phe Asp Gly Lys Gly Thr Gly 165 170 175 His Glu Val Glu Ile Ala Met Gln Trp Asn Gly Gly Tyr Ser Glu Ser 180 185 190 Val His Thr Phe Ala Asn Thr Ile Asn Thr His Glu Gly Gly Thr His 195 200 205 Glu Glu Gly Phe Arg Ser Ala Leu Thr Ser Val Val Asn Lys Tyr Ala 210 215 220 Lys Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp Lys Asp Pro Asn Leu Thr Gly Asp 225 230 235 240 Asp Ile Arg Glu Gly Leu Ala Ala Val Ile Ser Val Lys Val Ala Glu 245 250 255 Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr Lys Leu Gly Asn Thr Glu Val 260 265 270 Lys Ser Phe Val Gln Lys Val Cys Asn Glu Gln Leu Thr His Trp Phe 275 280 285 Glu Ala Asn Pro Ser Glu Ala Lys Thr Val Val Asn Lys Ala Val Ser 290 295 300 Ser Ala Gln Ala Arg Ile Ala Ala Arg Lys Ala Arg Glu Leu Val Arg 305 310 315 320 Arg Lys Ser Ala Thr Asp Leu Gly Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 325 330 335 Cys Arg Ser Thr Asp Pro Arg Lys Ser Glu Leu Tyr Val Val Glu Gly 340 345 350 Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Ser Gly Arg Asp Ser Met Phe Gln 355 360 365 Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Ile Asn Val Glu Lys Ala Arg 370 375 380 Ile Asp Arg Val Leu Lys Asn Thr Glu Val Gln Ala Ile Ile Thr Ala 385 390 395 400 Leu Gly Thr Gly Ile His Asp Glu Phe Asp Ile Thr Lys Leu Arg Tyr 405 410 415 His Lys Ile Val Leu 420

【００４３】配列番号：５配列の長さ：６６０配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：キチノファガ・ピネンシス株名：DSM 2588 GTA GCA GGC TTC CGC CGT GCG ATA ACC CGT ATC TTC AAG AGC TAT GGT 48 Val Ala Gly Phe Arg Arg Ala Ile Thr Arg Ile Phe Lys Ser Tyr Gly 1 5 10 15 GAT AAG AAC AAA ATG TTC GAA AAA ACC AAG ATC GAA GTA ACA GGT GAT 96 Asp Lys Asn Lys Met Phe Glu Lys Thr Lys Ile Glu Val Thr Gly Asp 20 25 30 GAC TTC CGT GAA GGT CTG AGC GCT ATC ATC AGC GTA AAA GTA CCT GAA 144 Asp Phe Arg Glu Gly Leu Ser Ala Ile Ile Ser Val Lys Val Pro Glu 35 40 45 CCA CAG TTC GAA GGC CAG ACC AAA ACC AAA CTC GGT AAC TCC GAT GTA 192 Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr Lys Leu Gly Asn Ser Asp Val 50 55 60 ATG GGG GTT GTG GAC AGT TCC GTA GCA GCC GTA CTG GAT GCC TAC CTG 240 Met Gly Val Val Asp Ser Ser Val Ala Ala Val Leu Asp Ala Tyr Leu 65 70 75 80 GAA GAA CAT CCC CGC GAA GCC AAG ATC ATT ATC AAT AAA GTG GTA CTG 288 Glu Glu His Pro Arg Glu Ala Lys Ile Ile Ile Asn Lys Val Val Leu 85 90 95 GCA GCA CAG GCG CGT GAA GCA GCC CGT AAA GCA CGC CAG ATG GTA CAG 336 Ala Ala Gln Ala Arg Glu Ala Ala Arg Lys Ala Arg Gln Met Val Gln 100 105 110 CGT AAG AGC GTA CTG AGT GGA AGC GGC TTG CCT GGT AAA CTG GCT GAC 384 Arg Lys Ser Val Leu Ser Gly Ser Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 115 120 125 TGC TCT GAA AAT GAT CCT GAA AAA TGT GAA CTG TAC CTG GTA GAG GGT 432 Cys Ser Glu Asn Asp Pro Glu Lys Cys Glu Leu Tyr Leu Val Glu Gly 130 135 140 GAC TCC GCA GGT GGT ACG GCT AAA CAA GGA CGT AAC CGT AGC TTC CAG 480 Asp Ser Ala Gly Gly Thr Ala Lys Gln Gly Arg Asn Arg Ser Phe Gln 145 150 155 160 GCG ATC CTG CCG CTC AGG GGT AAA ATC CTG AAC GTG GAG AAA GCC ATG 528 Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu Asn Val Glu Lys Ala Met 165 170 175 GAG CAT AAG ATA TAT GAG AAT GAG GAG ATT AAA AAC ATC TTC ACC GCA 576 Glu His Lys Ile Tyr Glu Asn Glu Glu Ile Lys Asn Ile Phe Thr Ala 180 185 190 CTT GGT GTA ACC ATC GGT ACG GAA GAA GAT GAC AAA GCC CTC AAC CTC 624 Leu Gly Val Thr Ile Gly Thr Glu Glu Asp Asp Lys Ala Leu Asn Leu 195 200 205 TCC AAA CTG CGC TAT CAC AAA CTG ATC ATC ATG ACG 660 Ser Lys Leu Arg Tyr His Lys Leu Ile Ile Met Thr 210 215 220

【００４４】配列番号：６配列の長さ：２２０配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：キチノファガ・ピネンシス株名：DSM 2588 Val Ala Gly Phe Arg Arg Ala Ile Thr Arg Ile Phe Lys Ser Tyr Gly 1 5 10 15 Asp Lys Asn Lys Met Phe Glu Lys Thr Lys Ile Glu Val Thr Gly Asp 20 25 30 Asp Phe Arg Glu Gly Leu Ser Ala Ile Ile Ser Val Lys Val Pro Glu 35 40 45 Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr Lys Leu Gly Asn Ser Asp Val 50 55 60 Met Gly Val Val Asp Ser Ser Val Ala Ala Val Leu Asp Ala Tyr Leu 65 70 75 80 Glu Glu His Pro Arg Glu Ala Lys Ile Ile Ile Asn Lys Val Val Leu 85 90 95 Ala Ala Gln Ala Arg Glu Ala Ala Arg Lys Ala Arg Gln Met Val Gln 100 105 110 Arg Lys Ser Val Leu Ser Gly Ser Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 115 120 125 Cys Ser Glu Asn Asp Pro Glu Lys Cys Glu Leu Tyr Leu Val Glu Gly 130 135 140 Asp Ser Ala Gly Gly Thr Ala Lys Gln Gly Arg Asn Arg Ser Phe Gln 145 150 155 160 Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu Asn Val Glu Lys Ala Met 165 170 175 Glu His Lys Ile Tyr Glu Asn Glu Glu Ile Lys Asn Ile Phe Thr Ala 180 185 190 Leu Gly Val Thr Ile Gly Thr Glu Glu Asp Asp Lys Ala Leu Asn Leu 195 200 205 Ser Lys Leu Arg Tyr His Lys Leu Ile Ile Met Thr 210 215 220

【００４５】配列番号：７配列の長さ：５３７配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：フラボバクテリウム・アクアチラ株名：IAM 12316 GAT AAA GAT TCT TAT AAA GTT TCG GGT GGA CTT CAC GGA GTT GGT GTT 48 Asp Lys Asp Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val 1 5 10 15 TCT TGC GTT AAT GCA CTT TCT GAT AAC CTA AAA GCA ACC GTT TTT AGA 96 Ser Cys Val Asn Ala Leu Ser Asp Asn Leu Lys Ala Thr Val Phe Arg 20 25 30 GAC GGA AAA GTG TAC GAG CAA GAA TAT GAA AAA GGT AAA GCA ATG TAT 144 Asp Gly Lys Val Tyr Glu Gln Glu Tyr Glu Lys Gly Lys Ala Met Tyr 35 40 45 CCG GTT AAG CAA GTT GGT GAA ACA ACA AAG CGA GGA ACA ATG GTT ACT 192 Pro Val Lys Gln Val Gly Glu Thr Thr Lys Arg Gly Thr Met Val Thr 50 55 60 TTT CAT CCT GAT AAA ACC ATT TTT ACT CAA ACA ATT GAG TAT TCT TAT 240 Phe His Pro Asp Lys Thr Ile Phe Thr Gln Thr Ile Glu Tyr Ser Tyr 65 70 75 80 GAT ACA CTT GCA GCA CGT ATG CGT GAA TTA TCT TTC CTG AAT AAA GGA 288 Asp Thr Leu Ala Ala Arg Met Arg Glu Leu Ser Phe Leu Asn Lys Gly 85 90 95 ATT ACA ATC ACA CTT ACA GAT AAA AGA CAT ACT AAA GAC AAC GGC GAT 336 Ile Thr Ile Thr Leu Thr Asp Lys Arg His Thr Lys Asp Asn Gly Asp 100 105 110 TTT GAA GGT GAA GTT TTT CAT TCT AAA GAA GGG CTT AAA GAA TTC GTT 384 Phe Glu Gly Glu Val Phe His Ser Lys Glu Gly Leu Lys Glu Phe Val 115 120 125 CGA TTT TTA GAT GCT GGT AGA GAA CCA ATT ATT TCT CAC GTA ATA AGC 432 Arg Phe Leu Asp Ala Gly Arg Glu Pro Ile Ile Ser His Val Ile Ser 130 135 140 ATG GAG CAC GAA AAA GGA GAA GTT CCT GTT GAG GTT GCT CTT GTT TAC 480 Met Glu His Glu Lys Gly Glu Val Pro Val Glu Val Ala Leu Val Tyr 145 150 155 160 AAT ACA AGT TAC TCC GAA AAT ATT TTC TCT TAC GTA AAT AAT ATT AAC 528 Asn Thr Ser Tyr Ser Glu Asn Ile Phe Ser Tyr Val Asn Asn Ile Asn 165 170 175 ACG CAC GAA 537 Thr His Glu

【００４６】配列番号：８配列の長さ：１７９配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：フラボバクテリウム・アクアチラ株名：IAM 12316 Asp Lys Asp Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val 1 5 10 15 Ser Cys Val Asn Ala Leu Ser Asp Asn Leu Lys Ala Thr Val Phe Arg 20 25 30 Asp Gly Lys Val Tyr Glu Gln Glu Tyr Glu Lys Gly Lys Ala Met Tyr 35 40 45 Pro Val Lys Gln Val Gly Glu Thr Thr Lys Arg Gly Thr Met Val Thr 50 55 60 Phe His Pro Asp Lys Thr Ile Phe Thr Gln Thr Ile Glu Tyr Ser Tyr 65 70 75 80 Asp Thr Leu Ala Ala Arg Met Arg Glu Leu Ser Phe Leu Asn Lys Gly 85 90 95 Ile Thr Ile Thr Leu Thr Asp Lys Arg His Thr Lys Asp Asn Gly Asp 100 105 110 Phe Glu Gly Glu Val Phe His Ser Lys Glu Gly Leu Lys Glu Phe Val 115 120 125 Arg Phe Leu Asp Ala Gly Arg Glu Pro Ile Ile Ser His Val Ile Ser 130 135 140 Met Glu His Glu Lys Gly Glu Val Pro Val Glu Val Ala Leu Val Tyr 145 150 155 160 Asn Thr Ser Tyr Ser Glu Asn Ile Phe Ser Tyr Val Asn Asn Ile Asn 165 170 175 Thr His Glu

【００４７】配列番号：９配列の長さ：７８３配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：ミコバクテリウム・アシアティカム株名：ATCC 25274 GGC GAG AAC AGC GGC TAC ACC GTC AGC GGT GGG TTG CAC GGA GTG GGC 48 Gly Glu Asn Ser Gly Tyr Thr Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly 1 5 10 15 GTG TCG GTG GTC AAC GCG CTG TCC ACC CGC CTG GAG GTC ACC ATC AAG 96 Val Ser Val Val Asn Ala Leu Ser Thr Arg Leu Glu Val Thr Ile Lys 20 25 30 CGC GAC GGG CAC GAG TGG TTT CAG TAC TAC GAC CGC GCC GTG CCC GGA 144 Arg Asp Gly His Glu Trp Phe Gln Tyr Tyr Asp Arg Ala Val Pro Gly 35 40 45 ACC CTC AAG CAG GGC GAG GCC ACC AAG AAG ACC GGA ACC ACG ATC AGG 192 Thr Leu Lys Gln Gly Glu Ala Thr Lys Lys Thr Gly Thr Thr Ile Arg 50 55 60 TTC TGG GCG GAC CCC GAA ATC TTC GAA ACC ACA CAG TAC GAC TTC GAG 240 Phe Trp Ala Asp Pro Glu Ile Phe Glu Thr Thr Gln Tyr Asp Phe Glu 65 70 75 80 ACC GTG GCG CGG CGG CTG CAG GAG ATG GCC TTC CTC AAC AAG GGC CTC 288 Thr Val Ala Arg Arg Leu Gln Glu Met Ala Phe Leu Asn Lys Gly Leu 85 90 95 ACC ATC AAC CTC ACC GAC GAA CGA GTG GAG CAG GAC GAG GTC GTC GAC 336 Thr Ile Asn Leu Thr Asp Glu Arg Val Glu Gln Asp Glu Val Val Asp 100 105 110 GAG GTC GTC AGC GAC ACC GCC GAG GCA CCG AAG TCC GCC GAA GAG AAG 384 Glu Val Val Ser Asp Thr Ala Glu Ala Pro Lys Ser Ala Glu Glu Lys 115 120 125 GCC GCG GAA TCG ACT GCG CCA CAC AAG GTC AAG CAC CGC ACC TTC CAC 432 Ala Ala Glu Ser Thr Ala Pro His Lys Val Lys His Arg Thr Phe His 130 135 140 TAC CCC GGC GGT CTG GTC GAC TTC GTC AAG CAC ATC AAC CGC ACC AAG 480 Tyr Pro Gly Gly Leu Val Asp Phe Val Lys His Ile Asn Arg Thr Lys 145 150 155 160 AGC CCG ATC CAG CAG AGC GTC ATC GAT TTC GAC GGC AAG GGC ACC GGC 528 Ser Pro Ile Gln Gln Ser Val Ile Asp Phe Asp Gly Lys Gly Thr Gly 165 170 175 CAC GAG GTC GAG ATC GCC ATG CAG TGG AAC GGC GGC TAC TCG GAG TCC 576 His Glu Val Glu Ile Ala Met Gln Trp Asn Gly Gly Tyr Ser Glu Ser 180 185 190 GTC CAC ACC TTC GCC AAC ACC ATC AAC ACG CAC GAG GGC GGC ACC CAC 624 Val His Thr Phe Ala Asn Thr Ile Asn Thr His Glu Gly Gly Thr His 195 200 205 GAG GAG GGC TTC CGC AGC GCG CTG ACG TCG GTG GTG AAC AAG TAC GCC 672 Glu Glu Gly Phe Arg Ser Ala Leu Thr Ser Val Val Asn Lys Tyr Ala 210 215 220 AAA GAC AAG AAA CTG CTG AAG GAC AAA GAT CCC AAC CTC ACC GGT GAC 720 Lys Asp Lys Lys Leu Leu Lys Asp Lys Asp Pro Asn Leu Thr Gly Asp 225 230 235 240 GAC ATC CGT GAG GGC TTG GCC GCG GTC ATC TCG GTG AAG GTC GCC GAG 768 Asp Ile Arg Glu Gly Leu Ala Ala Val Ile Ser Val Lys Val Ala Glu 245 250 255 CCA CAG TTC GAA GGC 783 Pro Gln Phe Glu Gly 260

【００４８】配列番号：１０配列の長さ：２６１配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：ミコバクテリウム・アシアティカム株名：ＡＴＣＣ２５２７４ＧｌｙＧｌｕＡｓｎＳｅｒＧｌｙＴｙｒＴｈｒＶａｌＳｅｒ
ＧｌｙＧｌｙＬｅｕＨｉｓＧｌｙＶａｌＧｌｙ１５
１０１５ＶａｌＳｅｒＶａｌＶａｌＡｓｎＡｌａＬｅｕＳｅｒＴｈｒ
ＡｒｇＬｅｕＧｌｕＶａｌＴｈｒＩｌｅＬｙｓ２０２５
３０ＡｒｇＡｓｐＧｌｙＨｉｓＧｌｕＴｒｐＰｈｅＧｌｎＴｙｒ
ＴｙｒＡｓｐＡｒｇＡｌａＶａｌＰｒｏＧｌｙ３５４０
４５ＴｈｒＬｅｕＬｙｓＧｌｎＧｌｙＧｌｕＡｌａＴｈｒＬｙｓ
ＬｙｓＴｈｒＧｌｙＴｈｒＴｈｒＩｌｅＡｒｇ５０５５
６０ＰｈｅＴｒｐＡｌａＡｓｐＰｒｏＧｌｕＩｌｅＰｈｅＧｌｕ
ＴｈｒＴｈｒＧｌｎＴｙｒＡｓｐＰｈｅＧｌｕ６５７０
７５８０ＴｈｒＶａｌＡｌａＡｒｇＡｒｇＬｅｕＧｌｎＧｌｕＭｅｔ
ＡｌａＰｈｅＬｅｕＡｓｎＬｙｓＧｌｙＬｅｕ８５
９０９５ＴｈｒＩｌｅＡｓｎＬｅｕＴｈｒＡｓｐＧｌｕＡｒｇＶａｌ
ＧｌｕＧｌｎＡｓｐＧｌｕＶａｌＶａｌＡｓｐ１００１０５
１１０ＧｌｕＶａｌＶａｌＳｅｒＡｓｐＴｈｒＡｌａＧｌｕＡｌａ
ＰｒｏＬｙｓＳｅｒＡｌａＧｌｕＧｌｕＬｙｓ１１５１２０
１２５ＡｌａＡｌａＧｌｕＳｅｒＴｈｒＡｌａＰｒｏＨｉｓＬｙｓ
ＶａｌＬｙｓＨｉｓＡｒｇＴｈｒＰｈｅＨｉｓ１３０１３５
１４０ＴｙｒＰｒｏＧｌｙＧｌｙＬｅｕＶａｌＡｓｐＰｈｅＶａｌ
ＬｙｓＨｉｓＩｌｅＡｓｎＡｒｇＴｈｒＬｙｓ１４５１５０
１５５１６０ＳｅｒＰｒｏＩｌｅＧｌｎＧｌｎＳｅｒＶａｌＩｌｅＡｓｐ
ＰｈｅＡｓｐＧｌｙＬｙｓＧｌｙＴｈｒＧｌｙ１６５
１７０１７５ＨｉｓＧｌｕＶａｌＧｌｕＩｌｅＡｌａＭｅｔＧｌｎＴｒｐ
ＡｓｎＧｌｙＧｌｙＴｙｒＳｅｒＧｌｕＳｅｒ１８０１８５
１９０ＶａｌＨｉｓＴｈｒＰｈｅＡｌａＡｓｎＴｈｒＩｌｅＡｓｎ
ＴｈｒＨｉｓＧｌｕＧｌｙＧｌｙＴｈｒＨｉｓ１９５２００
２０５ＧｌｕＧｌｕＧｌｙＰｈｅＡｒｇＳｅｒＡｌａＬｅｕＴｈｒ
ＳｅｒＶａｌＶａｌＡｓｎＬｙｓＴｙｒＡｌａ２１０２１５
２２０ＬｙｓＡｓｐＬｙｓＬｙｓＬｅｕＬｅｕＬｙｓＡｓｐＬｙｓ
ＡｓｐＰｒｏＡｓｎＬｅｕＴｈｒＧｌｙＡｓｐ２２５２３０
２３５２４０ＡｓｐＩｌｅＡｒｇＧｌｕＧｌｙＬｅｕＡｌａＡｌａＶａｌ
ＩｌｅＳｅｒＶａｌＬｙｓＶａｌＡｌａＧｌｕ２４５
２５０２５５ＰｒｏＧｌｎＰｈｅＧｌｕＧｌｙ２６０

【００４９】配列番号：１１配列の長さ：１９５配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：ＧｅｎｏｍｉｃＤＮＡ配列の特徴起源生物名：サイトファガ・ライチカ株名：IFO 16020 AGC CAC ATT GAA ACT TTA ATT CTT ACA TTC TTC TTC CGT TTT ATG CGA 48 Ser His Ile Glu Thr Leu Ile Leu Thr Phe Phe Phe Arg Phe Met Arg 1 5 10 15 GAA CTA ATA GAA GGC GGA CAC GTT TAC ATA GCA ACA CCA CCT TTA TAT 96 Glu Leu Ile Glu Gly Gly His Val Tyr Ile Ala Thr Pro Pro Leu Tyr 20 25 30 TTA GTT AAA AAA GGA ACT AAA AAG CGT TAT GCT TGG AAT GAT AAA GAA 144 Leu Val Lys Lys Gly Thr Lys Lys Arg Tyr Ala Trp Asn Asp Lys Glu 35 40 45 CGA GAT GAA ATA GCA GAT AGC TTT AAT GGT AGT GTA GGT ATC CAA AGA 192 Arg Asp Glu Ile Ala Asp Ser Phe Asn Gly Ser Val Gly Ile Gln Arg 50 55 60 TAT 195 Tyr 65

【００５０】配列番号：１２配列の長さ：６５配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：サイトファガ・ライチカ株名：IFO 16020 Ser His Ile Glu Thr Leu Ile Leu Thr Phe Phe Phe Arg Phe Met Arg 1 5 10 15 Glu Leu Ile Glu Gly Gly His Val Tyr Ile Ala Thr Pro Pro Leu Tyr 20 25 30 Leu Val Lys Lys Gly Thr Lys Lys Arg Tyr Ala Trp Asn Asp Lys Glu 35 40 45 Arg Asp Glu Ile Ala Asp Ser Phe Asn Gly Ser Val Gly Ile Gln Arg 50 55 60 Tyr 65

【００５１】配列番号：１３配列の長さ：１１７０配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：シネココッカスsp. 株名：PCC 6301 GTG GTG GAC AAC GCC GTC GAC AAA GCC TTG GCG GGC TAC TGC AAT ACC 48 Val Val Asp Asn Ala Val Asp Lys Ala Leu Ala Gly Tyr Cys Asn Thr 1 5 10 15 ATT GAT GTT CGT CTG CTC AAA GAC GGC TCC TGC CAA GTC ACC GAT AAC 96 Ile Asp Val Arg Leu Leu Lys Asp Gly Ser Cys Gln Val Thr Asp Asn 20 25 30 GGT CGC GGC ATT CCC ACA GAT ATT CAC CCC CAA ACC GGG AAG TCT GCT 144 Gly Arg Gly Ile Pro Thr Asp Ile His Pro Gln Thr Gly Lys Ser Ala 35 40 45 CTC GAA ACC GTG CTG ACG ATT CTG CAC GCG GGC GGC AAG TTT GGC GGT 192 Leu Glu Thr Val Leu Thr Ile Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Gly Gly 50 55 60 GGC GGT TAT AAG GTG TCG GGG GGT CTG CAC GGC GTC GGT GTG TCT GTC 240 Gly Gly Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser Val 65 70 75 80 GTC AAC GCC CTC TCA GAA TAT GTC GAA GTC ACC GTG TGG CGG GAA GGC 288 Val Asn Ala Leu Ser Glu Tyr Val Glu Val Thr Val Trp Arg Glu Gly 85 90 95 AAA ACC CAC CAA CAG CGC TTT GAA CAG GGC AAC CCG ATC GGG GAG TTG 336 Lys Thr His Gln Gln Arg Phe Glu Gln Gly Asn Pro Ile Gly Glu Leu 100 105 110 CAA GTT GCC CCG GAT GCC GAC GAT CGC CGC GGG ACA CAA GTT CGT TTC 384 Gln Val Ala Pro Asp Ala Asp Asp Arg Arg Gly Thr Gln Val Arg Phe 115 120 125 AAA CCA GAC GCC ACG ATC TTT TCT GAA ACA ACC GAG TTC GAT TAC GGC 432 Lys Pro Asp Ala Thr Ile Phe Ser Glu Thr Thr Glu Phe Asp Tyr Gly 130 135 140 ACC CTA GCA AGC CGA TTG AAG GAG CTA GCC TAT CTG AAT GCG GGC GTC 480 Thr Leu Ala Ser Arg Leu Lys Glu Leu Ala Tyr Leu Asn Ala Gly Val 145 150 155 160 CGC ATC GAC TTT ACC GAT GAG CGG CTG CAG CTC ACC AAG AAT CAC GAG 528 Arg Ile Asp Phe Thr Asp Glu Arg Leu Gln Leu Thr Lys Asn His Glu 165 170 175 CCC CAT CAA GAA ACC TAT TAC TTT GAA GGC GGT ATT CGC GAA TAC GTC 576 Pro His Gln Glu Thr Tyr Tyr Phe Glu Gly Gly Ile Arg Glu Tyr Val 180 185 190 GCC TAC ATG AAT ACC GAT AAA CAG GCG CTG CAC TCA GAG ATT ATC TTT 624 Ala Tyr Met Asn Thr Asp Lys Gln Ala Leu His Ser Glu Ile Ile Phe 195 200 205 GTG CAA TCC GAA AAA GAT GGC GTC CAA GTT GAA GCT GCA TTG CAA TGG 672 Val Gln Ser Glu Lys Asp Gly Val Gln Val Glu Ala Ala Leu Gln Trp 210 215 220 TGC GTT GAC GCC TAC AGC GAC AAC ATT CTG GGC TTT GCC AAC AAC ATC 720 Cys Val Asp Ala Tyr Ser Asp Asn Ile Leu Gly Phe Ala Asn Asn Ile 225 230 235 240 CGC ACG ATT GAC GGC GGC ACC CAT ATT GAG GGG CTC AAA ACT GTT CTG 768 Arg Thr Ile Asp Gly Gly Thr His Ile Glu Gly Leu Lys Thr Val Leu 245 250 255 ACG CGG ACG ATG AAC ACG ATC GCC CGC AAA CGG AAT AAA CGC AAG GAT 816 Thr Arg Thr Met Asn Thr Ile Ala Arg Lys Arg Asn Lys Arg Lys Asp 260 265 270 GCC GAC AAT AAC CTG TCG GGC GAG AAT ATT CGC GAA GGG TTA ACA GCG 864 Ala Asp Asn Asn Leu Ser Gly Glu Asn Ile Arg Glu Gly Leu Thr Ala 275 280 285 ATC GTT TCG GTC AAA GTT CCG GAT CCG GAA TTT GAA GGG CAA ACC AAA 912 Ile Val Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Glu Phe Glu Gly Gln Thr Lys 290 295 300 ACA AAG CTC GGC AAT ACC GAA GTT CGC GGC ATC GTC GAT ACG CTC GTG 960 Thr Lys Leu Gly Asn Thr Glu Val Arg Gly Ile Val Asp Thr Leu Val 305 310 315 320 GGC GAA ACG TTG ACG GAA TAT CTG GAA TTC CAT CCC AGC GTT GCC GAT 1008 Gly Glu Thr Leu Thr Glu Tyr Leu Glu Phe His Pro Ser Val Ala Asp 325 330 335 TTG ATC CTC GAA AAA GCG ATT CAA GCC TTT AAT GCG GCT GAG GCA GCG 1056 Leu Ile Leu Glu Lys Ala Ile Gln Ala Phe Asn Ala Ala Glu Ala Ala 340 345 350 CGA CGG GCA CGG GAA TTG GTG CGT CGC AAA TCA GTG CTG GAA TCT TCG 1104 Arg Arg Ala Arg Glu Leu Val Arg Arg Lys Ser Val Leu Glu Ser Ser 355 360 365 ACA TTG CCC GGT AAA TTA GCA GAC TGT TCC AGT CGC GAT CCC GGT GAA 1152 Thr Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp Cys Ser Ser Arg Asp Pro Gly Glu 370 375 380 TCT GAA ATC TTC ATC GTG 1170 Ser Glu Ile Phe Ile Val 385 390

【００５２】配列番号：１４配列の長さ：３９０配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：シネココッカスsp. 株名：PCC 6301 Val Val Asp Asn Ala Val Asp Lys Ala Leu Ala Gly Tyr Cys Asn Thr 1 5 10 15 Ile Asp Val Arg Leu Leu Lys Asp Gly Ser Cys Gln Val Thr Asp Asn 20 25 30 Gly Arg Gly Ile Pro Thr Asp Ile His Pro Gln Thr Gly Lys Ser Ala 35 40 45 Leu Glu Thr Val Leu Thr Ile Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Gly Gly 50 55 60 Gly Gly Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser Val 65 70 75 80 Val Asn Ala Leu Ser Glu Tyr Val Glu Val Thr Val Trp Arg Glu Gly 85 90 95 Lys Thr His Gln Gln Arg Phe Glu Gln Gly Asn Pro Ile Gly Glu Leu 100 105 110 Gln Val Ala Pro Asp Ala Asp Asp Arg Arg Gly Thr Gln Val Arg Phe 115 120 125 Lys Pro Asp Ala Thr Ile Phe Ser Glu Thr Thr Glu Phe Asp Tyr Gly 130 135 140 Thr Leu Ala Ser Arg Leu Lys Glu Leu Ala Tyr Leu Asn Ala Gly Val 145 150 155 160 Arg Ile Asp Phe Thr Asp Glu Arg Leu Gln Leu Thr Lys Asn His Glu 165 170 175 Pro His Gln Glu Thr Tyr Tyr Phe Glu Gly Gly Ile Arg Glu Tyr Val 180 185 190 Ala Tyr Met Asn Thr Asp Lys Gln Ala Leu His Ser Glu Ile Ile Phe 195 200 205 Val Gln Ser Glu Lys Asp Gly Val Gln Val Glu Ala Ala Leu Gln Trp 210 215 220 Cys Val Asp Ala Tyr Ser Asp Asn Ile Leu Gly Phe Ala Asn Asn Ile 225 230 235 240 Arg Thr Ile Asp Gly Gly Thr His Ile Glu Gly Leu Lys Thr Val Leu 245 250 255 Thr Arg Thr Met Asn Thr Ile Ala Arg Lys Arg Asn Lys Arg Lys Asp 260 265 270 Ala Asp Asn Asn Leu Ser Gly Glu Asn Ile Arg Glu Gly Leu Thr Ala 275 280 285 Ile Val Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Glu Phe Glu Gly Gln Thr Lys 290 295 300 Thr Lys Leu Gly Asn Thr Glu Val Arg Gly Ile Val Asp Thr Leu Val 305 310 315 320 Gly Glu Thr Leu Thr Glu Tyr Leu Glu Phe His Pro Ser Val Ala Asp 325 330 335 Leu Ile Leu Glu Lys Ala Ile Gln Ala Phe Asn Ala Ala Glu Ala Ala 340 345 350 Arg Arg Ala Arg Glu Leu Val Arg Arg Lys Ser Val Leu Glu Ser Ser 355 360 365 Thr Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp Cys Ser Ser Arg Asp Pro Gly Glu 370 375 380 Ser Glu Ile Phe Ile Val 385 390

【００５３】配列番号：１５配列の長さ：６９６配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：カウロバクター・クレセンタス株名：ATCC 15252 CAG AAC AGC TAC AAG GTC TCG GGC GGT CTG CAC GGC GTG GGC GTC TCG 48 Gln Asn Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser 1 5 10 15 GTC GTG AAC GCC CTG TCG GAT TGG CTG GAG CTG CTG ATC CAC CGC AAC 96 Val Val Asn Ala Leu Ser Asp Trp Leu Glu Leu Leu Ile His Arg Asn 20 25 30 GGC AAG GTC CAC CAG ATG CGC TTC GAG CGC GGC GAC GCG GTC ACC TCG 144 Gly Lys Val His Gln Met Arg Phe Glu Arg Gly Asp Ala Val Thr Ser 35 40 45 CTG AAG GTC ACC GGC GAC TCG CCC GTG CGG ACC GAG GGC CCC AAG GCC 192 Leu Lys Val Thr Gly Asp Ser Pro Val Arg Thr Glu Gly Pro Lys Ala 50 55 60 GGC GAG ACC CTG ACC GGT ACG GAA GTT ACG TTC TTT CCG TCG AAG GAC 240 Gly Glu Thr Leu Thr Gly Thr Glu Val Thr Phe Phe Pro Ser Lys Asp 65 70 75 80 ACC TTC GCC TTC ATC GAA TTC GAC CGG AAG ACG CTG GAG CAC CGC CTG 288 Thr Phe Ala Phe Ile Glu Phe Asp Arg Lys Thr Leu Glu His Arg Leu 85 90 95 CGC GAG CTG GCC TTC CTG AAC TCG GGC GTG ACG ATC TGG TTC AAG GAC 336 Arg Glu Leu Ala Phe Leu Asn Ser Gly Val Thr Ile Trp Phe Lys Asp 100 105 110 CAT CGC GAC GTC GAG CCG TGG GAA GAG AAG CTG TTC TAC GAG GGC GGC 384 His Arg Asp Val Glu Pro Trp Glu Glu Lys Leu Phe Tyr Glu Gly Gly 115 120 125 ATC GAG GCC TTC GTG CGC CAC CTC GAC AAG GCC AAG ACG CCG CTG CTG 432 Ile Glu Ala Phe Val Arg His Leu Asp Lys Ala Lys Thr Pro Leu Leu 130 135 140 AAG GCC CCG ATC GCC GTC AAG GGC GTC AAG GAC AAG GTC GAG ATC GAC 480 Lys Ala Pro Ile Ala Val Lys Gly Val Lys Asp Lys Val Glu Ile Asp 145 150 155 160 CTG GCC CTG TGG TGG AAC GAC AGC TAC CAC GAG CAG ATG CTG TGC TTC 528 Leu Ala Leu Trp Trp Asn Asp Ser Tyr His Glu Gln Met Leu Cys Phe 165 170 175 ACC AAC AAC ATC CCG CAG CGG GAT GGC GGC ACG CAC CTG TCG GCC TTT 576 Thr Asn Asn Ile Pro Gln Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Ser Ala Phe 180 185 190 CGC GCG GCC CTG ACC CGG ATC ATC ACC AGC TAC GCC GAG AGC TCC GGC 624 Arg Ala Ala Leu Thr Arg Ile Ile Thr Ser Tyr Ala Glu Ser Ser Gly 195 200 205 ATC CTG AAG AAG GAA AAG GTC AGC CTG GGC GGC GAA GAC AGC CGC GAG 672 Ile Leu Lys Lys Glu Lys Val Ser Leu Gly Gly Glu Asp Ser Arg Glu 210 215 220 GGC CTG ACC TGC GTG CTG TCG GTC 696 Gly Leu Thr Cys Val Leu Ser Val 225 230

【００５４】配列番号：１６配列の長さ：２３２配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：カウロバクター・クレセンタス株名：ATCC 15252 Gln Asn Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser 1 5 10 15 Val Val Asn Ala Leu Ser Asp Trp Leu Glu Leu Leu Ile His Arg Asn 20 25 30 Gly Lys Val His Gln Met Arg Phe Glu Arg Gly Asp Ala Val Thr Ser 35 40 45 Leu Lys Val Thr Gly Asp Ser Pro Val Arg Thr Glu Gly Pro Lys Ala 50 55 60 Gly Glu Thr Leu Thr Gly Thr Glu Val Thr Phe Phe Pro Ser Lys Asp 65 70 75 80 Thr Phe Ala Phe Ile Glu Phe Asp Arg Lys Thr Leu Glu His Arg Leu 85 90 95 Arg Glu Leu Ala Phe Leu Asn Ser Gly Val Thr Ile Trp Phe Lys Asp 100 105 110 His Arg Asp Val Glu Pro Trp Glu Glu Lys Leu Phe Tyr Glu Gly Gly 115 120 125 Ile Glu Ala Phe Val Arg His Leu Asp Lys Ala Lys Thr Pro Leu Leu 130 135 140 Lys Ala Pro Ile Ala Val Lys Gly Val Lys Asp Lys Val Glu Ile Asp 145 150 155 160 Leu Ala Leu Trp Trp Asn Asp Ser Tyr His Glu Gln Met Leu Cys Phe 165 170 175 Thr Asn Asn Ile Pro Gln Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Ser Ala Phe 180 185 190 Arg Ala Ala Leu Thr Arg Ile Ile Thr Ser Tyr Ala Glu Ser Ser Gly 195 200 205 Ile Leu Lys Lys Glu Lys Val Ser Leu Gly Gly Glu Asp Ser Arg Glu 210 215 220 Gly Leu Thr Cys Val Leu Ser Val 225 230

【００５５】配列番号：１７配列の長さ：８８８配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：シュードモナス・プチダ株名：ATCC 17484 GGC GGC CTG CAC GGT GTA GGC GTG TCG GTA GTG AAC GCA CTG TCT GAA 48 Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser Val Val Asn Ala Leu Ser Glu 1 5 10 15 GAG CTC GTC CTC ACC GTT CGC CGT AGC GGC AAG ATC TGG GAA CAG ACC 96 Glu Leu Val Leu Thr Val Arg Arg Ser Gly Lys Ile Trp Glu Gln Thr 20 25 30 TAC GTC CAT GGT GTT CCG CAG GAA CCG ATG AAG ATC GTT GGC GAC AGC 144 Tyr Val His Gly Val Pro Gln Glu Pro Met Lys Ile Val Gly Asp Ser 35 40 45 GAA ACC ACC GGC ACC CAG ATC CAC TTC AAG GCT TCC AGC GAA ACC TTC 192 Glu Thr Thr Gly Thr Gln Ile His Phe Lys Ala Ser Ser Glu Thr Phe 50 55 60 AAG AAC ATC CAC TTC AGC TGG GAC ATC CTG GCC AAG CGG ATT CGT GAA 240 Lys Asn Ile His Phe Ser Trp Asp Ile Leu Ala Lys Arg Ile Arg Glu 65 70 75 80 CTG TCC TTC CTC AAC TCC GGT GTC GGC ATC GTC CTC AAG GAT GAG CGC 288 Leu Ser Phe Leu Asn Ser Gly Val Gly Ile Val Leu Lys Asp Glu Arg 85 90 95 AGC GGC AAG GAA GAA CTG TTC AAG TAC GAA GGC GGC TTG CGC GCG TTC 336 Ser Gly Lys Glu Glu Leu Phe Lys Tyr Glu Gly Gly Leu Arg Ala Phe 100 105 110 GTT GAA TAC CTG AAC ACC AAC AAG ACC CCG GTC AAC CAG GTG TTC CAT 384 Val Glu Tyr Leu Asn Thr Asn Lys Thr Pro Val Asn Gln Val Phe His 115 120 125 TTC AAC ATC CAG CGC GAA GAC GGC ATC GGC GTA GAA ATC GCC CTG CAG 432 Phe Asn Ile Gln Arg Glu Asp Gly Ile Gly Val Glu Ile Ala Leu Gln 130 135 140 TGG AAC GAC AGC TTC AAC GAG AAC CTG TTG TGC TTC ACC AAC AAC ATT 480 Trp Asn Asp Ser Phe Asn Glu Asn Leu Leu Cys Phe Thr Asn Asn Ile 145 150 155 160 CCG CAG CGC GAT GGC GGT ACT CAC CTG GTG GGT TTC CGT TCC GCC CTG 528 Pro Gln Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Val Gly Phe Arg Ser Ala Leu 165 170 175 ACG CGT AAC CTC AAT ACG TAT ATC GAA GCC GAA GGC CTG GCG AAG AAG 576 Thr Arg Asn Leu Asn Thr Tyr Ile Glu Ala Glu Gly Leu Ala Lys Lys 180 185 190 CAC AAG GTC GCG ACC ACC GGT GAC GAT GCC CGT GAA GGC CTG GCC GCG 624 His Lys Val Ala Thr Thr Gly Asp Asp Ala Arg Glu Gly Leu Ala Ala 195 200 205 ATC ATT TCG GTA AAA GTG CCG GAT CCG AAG TTC AGC TCC CAG ACC AAG 672 Ile Ile Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Lys Phe Ser Ser Gln Thr Lys 210 215 220 GAC AAG CTG GTT TCT TCC GAA GTG AAG ACC GCG GTC GAA CAG GAA ATG 720 Asp Lys Leu Val Ser Ser Glu Val Lys Thr Ala Val Glu Gln Glu Met 225 230 235 240 GGC AAG TAC TTC TCC GAC TTC CTG CTG GAA AAC CCG AAC GAA GCC AAG 768 Gly Lys Tyr Phe Ser Asp Phe Leu Leu Glu Asn Pro Asn Glu Ala Lys 245 250 255 CTG GTT GTC GGC AAG ATG ATC GAC GCG GCA CGT GCT CGT GAA GCG GCG 816 Leu Val Val Gly Lys Met Ile Asp Ala Ala Arg Ala Arg Glu Ala Ala 260 265 270 CGC AAG ACC CGT GAG ATG ACC CGC CGC AAA GGC GCG CTG GAC ATC GCC 864 Arg Lys Thr Arg Glu Met Thr Arg Arg Lys Gly Ala Leu Asp Ile Ala 275 280 285 GGC CTG CCG GGC AAA CTG GCT GAC 888 Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 290 295

【００５６】配列番号：１８配列の長さ：２９６配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：シュードモナス・プチダ株名：ATCC 17484 Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val Ser Val Val Asn Ala Leu Ser Glu 1 5 10 15 Glu Leu Val Leu Thr Val Arg Arg Ser Gly Lys Ile Trp Glu Gln Thr 20 25 30 Tyr Val His Gly Val Pro Gln Glu Pro Met Lys Ile Val Gly Asp Ser 35 40 45 Glu Thr Thr Gly Thr Gln Ile His Phe Lys Ala Ser Ser Glu Thr Phe 50 55 60 Lys Asn Ile His Phe Ser Trp Asp Ile Leu Ala Lys Arg Ile Arg Glu 65 70 75 80 Leu Ser Phe Leu Asn Ser Gly Val Gly Ile Val Leu Lys Asp Glu Arg 85 90 95 Ser Gly Lys Glu Glu Leu Phe Lys Tyr Glu Gly Gly Leu Arg Ala Phe 100 105 110 Val Glu Tyr Leu Asn Thr Asn Lys Thr Pro Val Asn Gln Val Phe His 115 120 125 Phe Asn Ile Gln Arg Glu Asp Gly Ile Gly Val Glu Ile Ala Leu Gln 130 135 140 Trp Asn Asp Ser Phe Asn Glu Asn Leu Leu Cys Phe Thr Asn Asn Ile 145 150 155 160 Pro Gln Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Val Gly Phe Arg Ser Ala Leu 165 170 175 Thr Arg Asn Leu Asn Thr Tyr Ile Glu Ala Glu Gly Leu Ala Lys Lys 180 185 190 His Lys Val Ala Thr Thr Gly Asp Asp Ala Arg Glu Gly Leu Ala Ala 195 200 205 Ile Ile Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Lys Phe Ser Ser Gln Thr Lys 210 215 220 Asp Lys Leu Val Ser Ser Glu Val Lys Thr Ala Val Glu Gln Glu Met 225 230 235 240 Gly Lys Tyr Phe Ser Asp Phe Leu Leu Glu Asn Pro Asn Glu Ala Lys 245 250 255 Leu Val Val Gly Lys Met Ile Asp Ala Ala Arg Ala Arg Glu Ala Ala 260 265 270 Arg Lys Thr Arg Glu Met Thr Arg Arg Lys Gly Ala Leu Asp Ile Ala 275 280 285 Gly Leu Pro Gly Lys Leu Ala Asp 290 295

【００５７】配列番号：１９配列の長さ：５３１配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：シネココッカスsp. 株名：PCC 6301 TTG GTG CGT CGC AAA TCA GTG CTG GAA TCT TCG ACA TTG CCC GGT AAA 48 Leu Val Arg Arg Lys Ser Val Leu Glu Ser Ser Thr Leu Pro Gly Lys 1 5 10 15 TTA GCA GAC TGT TCC AGT CGC GAT CCC GGT GAA TCT GAA ATC TTC ATC 96 Leu Ala Asp Cys Ser Ser Arg Asp Pro Gly Glu Ser Glu Ile Phe Ile 20 25 30 GTG GAA GGG GAT TCG GCA GGT GGC AGT GCT AAA CAG GGG CGC GAT CGC 144 Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Gln Gly Arg Asp Arg 35 40 45 CGC TTC CAA GCC ATC CTG CCT CTG CGC GGC AAA ATC CTC AAC ATC GAG 192 Arg Phe Gln Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu Asn Ile Glu 50 55 60 AAA ACG GAC GAT GCC AAA ATC TAC AAA AAC ACT GAG ATC CAA GCC CTG 240 Lys Thr Asp Asp Ala Lys Ile Tyr Lys Asn Thr Glu Ile Gln Ala Leu 65 70 75 80 ATT ACA GCG CTG GGC CTC GGA ATT AAA GGG GAG GAA TTT GAT GCT TCC 288 Ile Thr Ala Leu Gly Leu Gly Ile Lys Gly Glu Glu Phe Asp Ala Ser 85 90 95 CAA CTG CGC TAC CAC CGT ATT GTG ATC ATG ACT GAC GCG GAC GTC GAT 336 Gln Leu Arg Tyr His Arg Ile Val Ile Met Thr Asp Ala Asp Val Asp 100 105 110 GGT GCG CAC ATC CGT ACC CTC TTG CTC ACC TTC TTC TAT CGC TAT CAG 384 Gly Ala His Ile Arg Thr Leu Leu Leu Thr Phe Phe Tyr Arg Tyr Gln 115 120 125 CGA TCG CTG CTG GAG CAG GGC TAC ATG TAC ATT GCC TGC CCG CCG CTG 432 Arg Ser Leu Leu Glu Gln Gly Tyr Met Tyr Ile Ala Cys Pro Pro Leu 130 135 140 TAC AAG TTG GAG CGG GGA CGT AAT CAC TAC TAT TGC TAC AAC GAA CGC 480 Tyr Lys Leu Glu Arg Gly Arg Asn His Tyr Tyr Cys Tyr Asn Glu Arg 145 150 155 160 GAA CTG CAG GAA CGG ATT GCG ACG TTC CCT GAA AAC GCC AAC TAT ACG 528 Glu Leu Gln Glu Arg Ile Ala Thr Phe Pro Glu Asn Ala Asn Tyr Thr 165 170 175 ATT 531 Ile

【００５８】配列番号：２０配列の長さ：１７７配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：シネココッカスsp. 株名：PCC 6301 Leu Val Arg Arg Lys Ser Val Leu Glu Ser Ser Thr Leu Pro Gly Lys 1 5 10 15 Leu Ala Asp Cys Ser Ser Arg Asp Pro Gly Glu Ser Glu Ile Phe Ile 20 25 30 Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Gln Gly Arg Asp Arg 35 40 45 Arg Phe Gln Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu Asn Ile Glu 50 55 60 Lys Thr Asp Asp Ala Lys Ile Tyr Lys Asn Thr Glu Ile Gln Ala Leu 65 70 75 80 Ile Thr Ala Leu Gly Leu Gly Ile Lys Gly Glu Glu Phe Asp Ala Ser 85 90 95 Gln Leu Arg Tyr His Arg Ile Val Ile Met Thr Asp Ala Asp Val Asp 100 105 110 Gly Ala His Ile Arg Thr Leu Leu Leu Thr Phe Phe Tyr Arg Tyr Gln 115 120 125 Arg Ser Leu Leu Glu Gln Gly Tyr Met Tyr Ile Ala Cys Pro Pro Leu 130 135 140 Tyr Lys Leu Glu Arg Gly Arg Asn His Tyr Tyr Cys Tyr Asn Glu Arg 145 150 155 160 Glu Leu Gln Glu Arg Ile Ala Thr Phe Pro Glu Asn Ala Asn Tyr Thr 165 170 175 Ile

【００５９】配列番号：２１配列の長さ：６６０配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：カウロバクター・クレセンタス株名：ATCC 15252 CGG GAT GGC GGC ACG CAC CTG TCG GCC TTT CGC GCG GCC CTG ACC CGG 48 Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Ser Ala Phe Arg Ala Ala Leu Thr Arg 1 5 10 15 ATC ATC ACC AGC TAC GCC GAG AGC TCC GGC ATC CTG AAG AAG GAA AAG 96 Ile Ile Thr Ser Tyr Ala Glu Ser Ser Gly Ile Leu Lys Lys Glu Lys 20 25 30 GTC AGC CTG GGC GGC GAA GAC AGC CGC GAG GGC CTG ACC TGC GTG CTG 144 Val Ser Leu Gly Gly Glu Asp Ser Arg Glu Gly Leu Thr Cys Val Leu 35 40 45 TCG GTC AAG GTC CCG GAT CCG AAG TTC AGC TCG CAG ACC AAG GAC AAG 192 Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Lys Phe Ser Ser Gln Thr Lys Asp Lys 50 55 60 CTG GTC TCG TCC GAA GTG CGC CCC GCC GTT GAG GGC CTG GTG TCG GAA 240 Leu Val Ser Ser Glu Val Arg Pro Ala Val Glu Gly Leu Val Ser Glu 65 70 75 80 GGT CTC TCG ACC TGG TTC GAG GAA CAT CCG AAC GAG GCC AAG GCG ATC 288 Gly Leu Ser Thr Trp Phe Glu Glu His Pro Asn Glu Ala Lys Ala Ile 85 90 95 GTG ACC AAG ATC GCC GAG GCC GCC GCC GCC CGC GAG GCC GCC CGC AAG 336 Val Thr Lys Ile Ala Glu Ala Ala Ala Ala Arg Glu Ala Ala Arg Lys 100 105 110 GCG CGA GAG CTG ACC CGC CGC AAG AGC GCG CTC GAC ATC ACC AGC CTG 384 Ala Arg Glu Leu Thr Arg Arg Lys Ser Ala Leu Asp Ile Thr Ser Leu 115 120 125 CCC GGC AAG CTC GCC GAC TGC TCG GAA CGC GAT CCG GCC AAG TCC GAG 432 Pro Gly Lys Leu Ala Asp Cys Ser Glu Arg Asp Pro Ala Lys Ser Glu 130 135 140 ATC TTC ATC GTC GAG GGC GAC TCG GCG GGC GGC TCG GCC AAG CAG GCC 480 Ile Phe Ile Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Gln Ala 145 150 155 160 CGC AAC CGC GAC AAC CAG GCC GTT CTG CCC CTG CGC GGC AAG ATC CTG 528 Arg Asn Arg Asp Asn Gln Ala Val Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu 165 170 175 AAC GTC GAG CGG GCC CGC TTC GAC AAG ATG CTG TCG TCC GAC CAG ATC 576 Asn Val Glu Arg Ala Arg Phe Asp Lys Met Leu Ser Ser Asp Gln Ile 180 185 190 GGC ACG CTG ATC ACC GCC CTG GGC GCG GGG ATC GGC CGC GAC GAC TTC 624 Gly Thr Leu Ile Thr Ala Leu Gly Ala Gly Ile Gly Arg Asp Asp Phe 195 200 205 AAC CCG GAC AAG GTG CGC TAC CAC AAG ATC GTG CTG 660 Asn Pro Asp Lys Val Arg Tyr His Lys Ile Val Leu 210 215 220

【００６０】配列番号：２２配列の長さ：２２０配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：カウロバクター・クレセンタス株名：ATCC 15252 Arg Asp Gly Gly Thr His Leu Ser Ala Phe Arg Ala Ala Leu Thr Arg 1 5 10 15 Ile Ile Thr Ser Tyr Ala Glu Ser Ser Gly Ile Leu Lys Lys Glu Lys 20 25 30 Val Ser Leu Gly Gly Glu Asp Ser Arg Glu Gly Leu Thr Cys Val Leu 35 40 45 Ser Val Lys Val Pro Asp Pro Lys Phe Ser Ser Gln Thr Lys Asp Lys 50 55 60 Leu Val Ser Ser Glu Val Arg Pro Ala Val Glu Gly Leu Val Ser Glu 65 70 75 80 Gly Leu Ser Thr Trp Phe Glu Glu His Pro Asn Glu Ala Lys Ala Ile 85 90 95 Val Thr Lys Ile Ala Glu Ala Ala Ala Ala Arg Glu Ala Ala Arg Lys 100 105 110 Ala Arg Glu Leu Thr Arg Arg Lys Ser Ala Leu Asp Ile Thr Ser Leu 115 120 125 Pro Gly Lys Leu Ala Asp Cys Ser Glu Arg Asp Pro Ala Lys Ser Glu 130 135 140 Ile Phe Ile Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Ser Ala Lys Gln Ala 145 150 155 160 Arg Asn Arg Asp Asn Gln Ala Val Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile Leu 165 170 175 Asn Val Glu Arg Ala Arg Phe Asp Lys Met Leu Ser Ser Asp Gln Ile 180 185 190 Gly Thr Leu Ile Thr Ala Leu Gly Ala Gly Ile Gly Arg Asp Asp Phe 195 200 205 Asn Pro Asp Lys Val Arg Tyr His Lys Ile Val Leu 210 215 220

【００６１】配列番号：２３配列の長さ：１４２２配列の型：核酸鎖の数：二本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：Genomic DNA 配列の特徴起源生物名：サイトファガ・ライチカ株名：MBIC 1544 GAT AAA GAT TCA TAC AAA GTA TCT GGT GGT TTA CAC GGT GTA GGT GTA 48 Asp Lys Asp Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val 1 5 10 15 TCT TGT GTA AAC GCA TTA TCT AAT AAT TTA AAA GCT ACT GTT TAC AGA 96 Ser Cys Val Asn Ala Leu Ser Asn Asn Leu Lys Ala Thr Val Tyr Arg 20 25 30 GAA GGT AAA ATA TGG GAG CAA GAG TAT GAA AGA GGT AAG GCT TTA TAT 144 Glu Gly Lys Ile Trp Glu Gln Glu Tyr Glu Arg Gly Lys Ala Leu Tyr 35 40 45 CCG GTA AAA AGT ATT GGA GAA ACA GAG GAA ACA GGT ACT ATA GTT ACT 192 Pro Val Lys Ser Ile Gly Glu Thr Glu Glu Thr Gly Thr Ile Val Thr 50 55 60 TTT TAC CCA GAT GAT ACT ATA TTT ACA CAA ACT ACA GAG TAT AAT TAT 240 Phe Tyr Pro Asp Asp Thr Ile Phe Thr Gln Thr Thr Glu Tyr Asn Tyr 65 70 75 80 GAA ACG CTT TCT AAC AGA ATG CGA GAG TTG GCT TAC CTT AAT AAG GGA 288 Glu Thr Leu Ser Asn Arg Met Arg Glu Leu Ala Tyr Leu Asn Lys Gly 85 90 95 GTT ACA ATT AGC ATT ACA GAT AAG AGA GTT AAA GAT GAA AAG GGA GAG 336 Val Thr Ile Ser Ile Thr Asp Lys Arg Val Lys Asp Glu Lys Gly Glu 100 105 110 TTT TTA TCT GAA GTT TTT TAC TCT GAA GAA GGA CTA AAA GAA TTT ATT 384 Phe Leu Ser Glu Val Phe Tyr Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Phe Ile 115 120 125 AAG TTT TTA GAC GGT AAC AGA GAA CAA CTA ATA CGT GAT GTT GTT TCA 432 Lys Phe Leu Asp Gly Asn Arg Glu Gln Leu Ile Arg Asp Val Val Ser 130 135 140 ATG GAA GGT GAA AAA AAC GGA ATT CCT GTT GAG GTT GCA ATG GTG TAC 480 Met Glu Gly Glu Lys Asn Gly Ile Pro Val Glu Val Ala Met Val Tyr 145 150 155 160 AAT ACA TCA TAT TCA GAA AAT CTT CAC TCT TAC GTA AAT AAT ATT AAT 528 Asn Thr Ser Tyr Ser Glu Asn Leu His Ser Tyr Val Asn Asn Ile Asn 165 170 175 ACA CAT GAA GGT GGT ACA CAC CTT TCA GGT TTT AGA AGA GGT TTA ACA 576 Thr His Glu Gly Gly Thr His Leu Ser Gly Phe Arg Arg Gly Leu Thr 180 185 190 TCA ACC TTA AAA AAG TAT GCA GAT GCA TCT GGA ATG TTA GAC AAA TTA 624 Ser Thr Leu Lys Lys Tyr Ala Asp Ala Ser Gly Met Leu Asp Lys Leu 195 200 205 AAG TTT GAG ATT CAG GGA GAT GAT TTT AGA GAA GGT TTA ACG GCT ATT 672 Lys Phe Glu Ile Gln Gly Asp Asp Phe Arg Glu Gly Leu Thr Ala Ile 210 215 220 GTG TCT GTT AAA GTT GCA GAA CCT CAG TTT GAA GGG CAA ACA AAA ACT 720 Val Ser Val Lys Val Ala Glu Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr 225 230 235 240 AAA TTA GGT AAC AGA GAA GTT TCT TCT GCA GTG AGC CAA GCT GTA TCA 768 Lys Leu Gly Asn Arg Glu Val Ser Ser Ala Val Ser Gln Ala Val Ser 245 250 255 GAA ATG CTT ACC AAC TAT TTA GAA GAA AAC CCA GAT GAT GCT AAG GTA 816 Glu Met Leu Thr Asn Tyr Leu Glu Glu Asn Pro Asp Asp Ala Lys Val 260 265 270 ATT GTA CAA AAA GTC ATT TTG GCA GCG CAA GCA CGT CAT GCG GCT ACA 864 Ile Val Gln Lys Val Ile Leu Ala Ala Gln Ala Arg His Ala Ala Thr 275 280 285 AAA GCC CGT GAA ATG GTA CAG CGT AAA ACG GTA ATG AGT ATA GGT GGT 912 Lys Ala Arg Glu Met Val Gln Arg Lys Thr Val Met Ser Ile Gly Gly 290 295 300 TTA CCA GGG AAA TTA TCA GAC TGT TCT GAG CAA GAT GCT ACA AAA TGC 960 Leu Pro Gly Lys Leu Ser Asp Cys Ser Glu Gln Asp Ala Thr Lys Cys 305 310 315 320 GAA GTA TTC CTT GTA GAG GGA GAT TCG GCG GGT GGT ACT GCT AAA CAA 1008 Glu Val Phe Leu Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Thr Ala Lys Gln 325 330 335 GGT AGG GAC AGA AAC TTT CAG GCA ATA TTA CCG CTT CGT GGT AAA ATC 1056 Gly Arg Asp Arg Asn Phe Gln Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile 340 345 350 TTA AAT GTT GAA AAA GCA ATG CAA CAT AAG GTT TTT GAA AAC GAA GAA 1104 Leu Asn Val Glu Lys Ala Met Gln His Lys Val Phe Glu Asn Glu Glu 355 360 365 ATA AAA AAT ATT TAC ACA GCT TTA GGT GTT ACT ATT GGT ACA GAA GAA 1152 Ile Lys Asn Ile Tyr Thr Ala Leu Gly Val Thr Ile Gly Thr Glu Glu 370 375 380 GAT AGT AAA GCC TTA AAC TTA GAA AAA TTA AGA TAC CAT AAA GTA GTT 1200 Asp Ser Lys Ala Leu Asn Leu Glu Lys Leu Arg Tyr His Lys Val Val 385 390 395 400 ATT ATG TGT GAT GCC GAT GTA GAT GGT AGC CAC ATT GAA ACT TTA ATC 1248 Ile Met Cys Asp Ala Asp Val Asp Gly Ser His Ile Glu Thr Leu Ile 405 410 415 CTT ACA TTC TTC TTC CGT TTT ATG AGG GAG TTA ATA GAA GGC GGT CAC 1296 Leu Thr Phe Phe Phe Arg Phe Met Arg Glu Leu Ile Glu Gly Gly His 420 425 430 GTT TAT ATA GCA ACC CCA CCT TTA TAC TTG GTA AAA AAG GGA ACA AAA 1344 Val Tyr Ile Ala Thr Pro Pro Leu Tyr Leu Val Lys Lys Gly Thr Lys 435 440 445 AAA CGT TAT GCT TGG AAT GAT AAA GAA CGA GAT GAG ATA GCA GAA AGC 1392 Lys Arg Tyr Ala Trp Asn Asp Lys Glu Arg Asp Glu Ile Ala Glu Ser 450 455 460 TTT AAT GGT AGT GTT GGT ATA CAA AGA TAT 1422 Phe Asn Gly Ser Val Gly Ile Gln Arg Tyr 465 470

【００６２】配列番号：２４配列の長さ：４７４配列の型：アミノ酸トポロジー：不明配列の種類：タンパク質配列の特徴起源生物名：サイトファガ・ライチカ株名：MBIC 1544 Asp Lys Asp Ser Tyr Lys Val Ser Gly Gly Leu His Gly Val Gly Val 1 5 10 15 Ser Cys Val Asn Ala Leu Ser Asn Asn Leu Lys Ala Thr Val Tyr Arg 20 25 30 Glu Gly Lys Ile Trp Glu Gln Glu Tyr Glu Arg Gly Lys Ala Leu Tyr 35 40 45 Pro Val Lys Ser Ile Gly Glu Thr Glu Glu Thr Gly Thr Ile Val Thr 50 55 60 Phe Tyr Pro Asp Asp Thr Ile Phe Thr Gln Thr Thr Glu Tyr Asn Tyr 65 70 75 80 Glu Thr Leu Ser Asn Arg Met Arg Glu Leu Ala Tyr Leu Asn Lys Gly 85 90 95 Val Thr Ile Ser Ile Thr Asp Lys Arg Val Lys Asp Glu Lys Gly Glu 100 105 110 Phe Leu Ser Glu Val Phe Tyr Ser Glu Glu Gly Leu Lys Glu Phe Ile 115 120 125 Lys Phe Leu Asp Gly Asn Arg Glu Gln Leu Ile Arg Asp Val Val Ser 130 135 140 Met Glu Gly Glu Lys Asn Gly Ile Pro Val Glu Val Ala Met Val Tyr 145 150 155 160 Asn Thr Ser Tyr Ser Glu Asn Leu His Ser Tyr Val Asn Asn Ile Asn 165 170 175 Thr His Glu Gly Gly Thr His Leu Ser Gly Phe Arg Arg Gly Leu Thr 180 185 190 Ser Thr Leu Lys Lys Tyr Ala Asp Ala Ser Gly Met Leu Asp Lys Leu 195 200 205 Lys Phe Glu Ile Gln Gly Asp Asp Phe Arg Glu Gly Leu Thr Ala Ile 210 215 220 Val Ser Val Lys Val Ala Glu Pro Gln Phe Glu Gly Gln Thr Lys Thr 225 230 235 240 Lys Leu Gly Asn Arg Glu Val Ser Ser Ala Val Ser Gln Ala Val Ser 245 250 255 Glu Met Leu Thr Asn Tyr Leu Glu Glu Asn Pro Asp Asp Ala Lys Val 260 265 270 Ile Val Gln Lys Val Ile Leu Ala Ala Gln Ala Arg His Ala Ala Thr 275 280 285 Lys Ala Arg Glu Met Val Gln Arg Lys Thr Val Met Ser Ile Gly Gly 290 295 300 Leu Pro Gly Lys Leu Ser Asp Cys Ser Glu Gln Asp Ala Thr Lys Cys 305 310 315 320 Glu Val Phe Leu Val Glu Gly Asp Ser Ala Gly Gly Thr Ala Lys Gln 325 330 335 Gly Arg Asp Arg Asn Phe Gln Ala Ile Leu Pro Leu Arg Gly Lys Ile 340 345 350 Leu Asn Val Glu Lys Ala Met Gln His Lys Val Phe Glu Asn Glu Glu 355 360 365 Ile Lys Asn Ile Tyr Thr Ala Leu Gly Val Thr Ile Gly Thr Glu Glu 370 375 380 Asp Ser Lys Ala Leu Asn Leu Glu Lys Leu Arg Tyr His Lys Val Val 385 390 395 400 Ile Met Cys Asp Ala Asp Val Asp Gly Ser His Ile Glu Thr Leu Ile 405 410 415 Leu Thr Phe Phe Phe Arg Phe Met Arg Glu Leu Ile Glu Gly Gly His 420 425 430 Val Tyr Ile Ala Thr Pro Pro Leu Tyr Leu Val Lys Lys Gly Thr Lys 435 440 445 Lys Arg Tyr Ala Trp Asn Asp Lys Glu Arg Asp Glu Ile Ala Glu Ser 450 455 460 Phe Asn Gly Ser Val Gly Ile Gln Arg Tyr 465 470

【００６３】配列番号：２５配列の長さ：３８配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TGTAAAACGA CGGCCAGTCA YGCNGGNGGN AARTTYGA 38

【００６４】配列番号：２６配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 His Ala Gly Gly Lys Phe Asp 1 5

【００６５】配列番号：２７配列の長さ：３６配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 CTGCGTTCGT ATATGAGCNC CRTCNACRTC NGCRTC 36

【００６６】配列番号：２８配列の長さ：１２配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Asp Ala Asp Val Asp Gly Ala His Ile Arg Thr Leu 1 5 10

【００６７】配列番号：２９配列の長さ：４１配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 GAAGTCATCA TGACCGTTCT GCAYGSNGGN GGNAARTTYG G 41

【００６８】配列番号：３０配列の長さ：１４配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Glu Val Leu Met Thr Val Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Gly 1 5 10

【００６９】配列番号：３１配列の長さ：４４配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成ＤＮＡ配列の特徴配列ＡＧＣＡＧＧＧＴＡＣＧＧＡＴＧＴＧＣＧＡＧＣＣＲＴＣＮＡＣＲＴＣ
ＮＧＣＲＴＣＮＧＴＧＡＴ 44

【００７０】配列番号：３２配列の長さ：１５配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Met Thr Asp Ala Asp Val Asp Gly Ser His Ile Arg Thr Leu Leu 1 5 10 15

【００７１】配列番号：３３配列の長さ：３２配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 CAGGAAACAG CTATGACCAR RTGNGTNCCN CC 32

【００７２】配列番号：３４配列の長さ：５配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Gly Gly Thr His Leu 1 5

【００７３】配列番号：３５配列の長さ：３４配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 GCAACGAGAT CAACACTCMN GARGGNGGNA CNCA 34

【００７４】配列番号：３６配列の長さ: １１配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Asn Asn Ile Asn Thr His Glu Gly Gly Thr His 1 5 10

【００７５】配列番号：３７配列の長さ: １１配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Asn Asn Ile Asn Thr Pro Glu Gly Gly Thr His 1 5 10

【００７６】配列番号：３８配列の長さ：３５配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TGTAAAACGA CGGCCAGTAR YTTNKYYTTN GTYTG 35

【００７７】配列番号：３９配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Gln Thr Lys Thr Lys Leu 1 5

【００７８】配列番号：４０配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Gln Thr Lys Asp Lys Leu 1 5

【００７９】配列番号：４１配列の長さ：３５配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TAGGCTAGCT GACCGTAAGA YGCNGAYRTN GAYGG 35

【００８０】配列番号：４２配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Asp Ala Asp Val Asp Gly 1 5

【００８１】配列番号：４３配列の長さ：３６配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 CCATAGCTGC GTAGCATTCA TYTCNCCNAR NCCYTT 36

【００８２】配列番号：４４配列の長さ：１２配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Lys Gly Leu Gly Glu Met Asn Ala Thr Gln Leu Trp 1 5 10

【００８３】配列番号：４５配列の長さ：４１配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 CAGGAAACAG CTATGACCAA RMGiCCNGSi ATGTAYATHG G 41

【００８４】配列番号：４６配列の長さ：８配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Lys Arg Pro Ala Met Tyr Ile Gly 1 5

【００８５】配列番号：４７配列の長さ：８配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Lys Arg Pro Gly Met Tyr Ile Gly 1 5

【００８６】配列番号：４８配列の長さ：３８配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列ＴＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＣＣＮＣＣＮＧＣＮＳＷＲＴＣ
ＮＣＣＹＴＣ３８

【００８７】配列番号：４９配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列ＧｌｕＧｌｙＡｓｐＳｅｒＡｌａＧｌｙＧ
ｌｙ１５

【００８８】配列番号：５０配列の長さ：３９配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TGTAAAACGA CGGCCAGTCA TNGTNGTNTC CCANARYTG 39

【００８９】配列番号：５１配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Gln Leu Trp Glu Thr Thr Met 1 5

【００９０】配列番号：５２配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Gln Leu Trp Asp Thr Thr Met 1 5

【００９１】配列番号：５３配列の長さ：４１配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 GAAGTCATCA TGACCGTTCT GCAYGCNGGN GGNAARTTYG A 41

【００９２】配列番号：５４配列の長さ：１４配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Glu Val Ile Met Thr Val Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Asp 1 5 10

【００９３】配列番号：５５配列の長さ：１４配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Glu Val Ile Met Thr Val Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Asn 1 5 10

【００９４】配列番号：５６配列の長さ：１４配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Glu Val Ile Met Thr Val Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Glu 1 5 10

【００９５】配列番号：５７配列の長さ：１４配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Glu Val Ile Met Thr Val Leu His Ala Gly Gly Lys Phe Lys 1 5 10

【００９６】配列番号：５８配列の長さ：３８配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TGTAAAACGA CGGCCAGTGC NGGRTCYTTY TCYTGRCA 38

【００９７】配列番号：５９配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Cys Gln Glu Lys Asp Pro Ala 1 5

【００９８】配列番号：６０配列の長さ：４０配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 GAAGTCATCA TGACCGTTCT GCAACNAAYA AYATHCCNCA 40

【００９９】配列番号：６１配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Thr Asn Asn Ile Pro Gln 1 5

【０１００】配列番号：６２配列の長さ：３８配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 TGTAAAACGA CGGCCAGTAA YTTNGGNTCN GGNACYTT 38

【０１０１】配列番号：６３配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Lys Val Pro Asp Pro Lys Phe 1 5

【０１０２】配列番号：６４配列の長さ：７配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Lys Val Pro Glu Pro Lys Phe 1 5

【０１０３】配列番号：６５配列の長さ：３５配列の型：核酸鎖の数：一本鎖トポロジー：直鎖状配列の種類：他の核酸合成DNA 配列の特徴配列 CAGGAAACAG CTATGACCGC NMRNMRNGCN MGNGA 35

【０１０４】配列番号：６６配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Ala Arg Arg Ala Arg Glu 1 5

【０１０５】配列番号：６７配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列 Ala Arg Lys Ala Arg Glu 1 5

【０１０６】配列番号：６８配列の長さ：６配列の型：アミノ酸トポロジー：直鎖状配列の種類：ペプチド配列の特徴配列ＡｌａＬｙｓＬｙｓＡｌａＡｒｇＧｌｕ１５

【図面の簡単な説明】

【図１】（ア）〜（シ）のアミノ酸配列とジャイレース
βサブユニットのアミノ酸配列との位置関係を示す図で
ある。

フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩＣ１２Ｒ 1:32）Ｃ１２Ｑ 1/68 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡＣ１２Ｒ 1:20） (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｒ 1:40） (Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:01） (Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:32） (Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:20） (Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｒ 1:40） (72)発明者中村祥子岩手県釜石市平田第３地割75番１株式会社海洋バイオテクノロジー研究所釜石研究所内 (72)発明者鈴木誠岩手県釜石市平田第３地割75番１株式会社海洋バイオテクノロジー研究所釜石研究所内 (72)発明者浜田徹岩手県釜石市平田第３地割75番１株式会社海洋バイオテクノロジー研究所釜石研究所内 (56)参考文献原山ら，用水と廃水，ｖｏｌ．39 （４），ｐｐ．316−322（1997) ＨｕａｎｇＷ．Ｍ．ｅｔａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．，ｖｏｌ．30，ｐｐ．79−107 （1996) ＷａｒｄＤ．ｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，ｖｏｌ．26（５），ｐｐ．897−910 （1997) ＳｐｒｉｎｇｅｒＡ．Ｌ．ｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，ｖｏｌ．21（８），ｐｐ．1805−1809 （1993) (58)調査した分野(Int.Cl.⁷，ＤＢ名) C12N 15/09 C12Q 1/68 ＢＩＯＳＩＳ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＷＰＩＤＳ／ＪＩＣＳＴ−Ｅｐｌｕｓ（ＳＴＮ)

Claims

(57)【特許請求の範囲】

【請求項１】次のアミノ酸配列の一部又は全部をコー
ドし、実質的なプライマーとしての機能を有するオリゴ
ヌクレオチドを、一方のPCRプライマーとして微生物のD
NAを増幅し、その塩基配列に基づき微生物の同定を行う
ことを特徴とする微生物の同定法。 Leu-Pro-Gly-Lys-Leu-Ala-Asp-Cys-(SerまたはGln)-(Se
rまたはGlu)-(LysまたはArg)-Asp-Pro-(AlaまたはSer)
【請求項２】次のアミノ酸配列の一部又は全部をコー
ドし、実質的なプライマーとしての機能を有するオリゴ
ヌクレオチドを、一方のPCRプライマーとして微生物のD
NAを増幅し、その塩基配列に基づき微生物の同定を行う
ことを特徴とする微生物の検出法。 Leu-Pro-Gly-Lys-Leu-Ala-Asp-Cys-(SerまたはGln)-(Se
rまたはGlu)-(LysまたはArg)-Asp-Pro-(AlaまたはSer)