JP2021528984A - 成体幹細胞の拡大と誘導のインビトロでの誘発 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、2018年7月2日に出願された米国仮出願第62/692,862号の「CD34‐陽性成体幹細胞の拡大のインビトロでの誘発」の優先権を主張する。その内容全体は、参照としてここに組み込まれる。
本発明は、一般に、いくつかの特定のタンパク質因子と併せてある小分子の非コードRNA(snRNA)を使用して、例えば、塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF‐2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/β-カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)からなる一つ以上の特定の因子と併せて小分子のヘアピン状のRNA(shRNA)、マイクロRNA前駆体(pre‐miRNA)および/または短鎖干渉RNA(siRNA)を使用して、成体幹細胞(ASC)の拡大および/または誘導をインビトロで誘発する組成物とその使用方法に関する。特に、本発明は、5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’と相同な共有配列を含有するmiR‐302‐擬似shRNA、pre‐miRNAおよび/またはsiRNAを使用して、さらにbFGF/FGF‐2、LIF、IGF、EGF、PDGF、VEGF、TGF、TNF、SCF、HOX、ノッチ、GSK、Wnt/β‐カテニン、インターロイキンおよび/またはBMPから選択した一つ以上の特定の因子と併せて使用して、CD34‐陽性成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大および/または誘導をインビトロで誘発する組成物とその使用方法に関する。誘発されたASCの拡大と誘導の原理は、最近生体内での皮膚創傷治癒モデルに見つけた誘導性の成体幹細胞の対称分裂の新たなメカニズムに関係がある。得られた増幅されたASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫および多くの種類の癌を含むがこれに限定されていない、様々な老化と細胞障害関連の疾患の治療に役立つ。特に、本発明は、損傷および/または老化した組織と臓器を生体内で修復し、活性化させるように、無制限的に増幅した自身のASCを体に提供することにより老化を防ぐと共に、老化関連の変性疾患の治療にも役立つ。
発明者らの最初の誘発性の生体内のASC拡大モデルは、iPSCから分離されたmiR‐302の前駆体(pre‐miR‐302)を使用して2011年に確立された。マウスの皮膚創傷治癒モデルを使用して、pre‐miR‐302の治療の後、生体内でASC状の拡大ポーチ(まだCD34陰性)の発生が観察された(Chen他、2013;Lin SL、2018)。CD34がマウスのASCではなく人間と豚のASCに対して有効な幹細胞標識であるので、本発明者らは、同じ治療方法を使用して、2014年に豚の皮膚創傷治癒モデルを確立し、生体内における類似のポーチ状のCD34+ASC拡大を示した(図1〜図5)。その結果、現在、生体内、生体外とインビトロでのASC拡大と誘導のメカニズムを研究するための豚(CD34‐陽性)とマウス(CD34‐陰性)の両方のASC拡大モデルがある。
LCMとマイクロアレイ分析(図1、図2と図6)を用いて、インビトロでCD34+ASC拡大を誘発するいくつかの特定の因子を確認した。開始CD34+ASCは、酵素解離されたヒトまたは豚からの皮膚細胞から分離することができる(図6、上方パネル)。確認された特定の因子(例えば、bFGF/FGF2、LIF、および他の任意な創傷治癒関連の因子)を補充されるフィーダーフリーMSC拡大培養条件下で、miR‐302またはそのsiRNA/shRNA擬似の治療は、インビトロでの治療毎に、分離された皮膚CD34+ASCの増殖を20以上〜100倍(一つの細胞培養継代において約≧6〜8の細胞分裂)に誘発できることが確認した。3〜4日毎に、新たなmiR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子で補充される細胞培養媒質を更新することにより、5〜6代以上の誘発されたCD34+ASC(iCD34+ASC)を繰り返し培養でき、最終的にインビトロでの10以上〜10億倍のCD34+ASCの純増になる。LIFはASC拡大に必要であると確認されたSSCD関連の遺伝子の一つであるが、他の任意な治癒関連の特定の因子は、必須ではなく、miR‐302-誘発されたASC拡大の効果を強化可能であり、それらには、IGF、EGF、PDGF、VEGF、TGF、TNF、SCF、HOX、ノッチ、GSK、Wnt/β-カテニン、インターロイキンおよび/またはBMPがある。
異なる組織/臓器における内在環境が生体内のiCD34+ASC分化の細胞の運命を案内し影響を与えると考えている。iCD34+ASC分化を測定するために、NOD‐SCIDマウス(n=3)を使用した生体内移植モデルを利用した。また、生体内の細胞分布と分化を追跡するために、赤色蛍光タンパク質(RFP)発現レンチウイルスベクターのpLVX‐EF1a‐HcRed‐N1(Clontech)でこれらのiCD34+ASCを標識した後、得られたRFP-陽性のCD34+ASCをフローサイトメトリーにより選択した。その後、ほぼ5×105のRFP標識されたiCD34+ASCをそれぞれNOD‐SCIDマウスの尾静脈に注射することにより移植が完成した。移植から3週間後、数多くのRFP‐陽性のCD34+ASCとその分化された細胞が骨髄、脳、心臓、肺、脾臓、甲状腺などの多くの生体内組織と臓器に生存し、成長続けることが観察され、ほとんどが外胚葉と中胚葉のいずれに由来するが、内胚葉系譜に由来するものは少ない。その結果、図7は、移植されたCD34+ASCとその分化された組織細胞が生体内の骨髄、脳、および甲状腺組織に大量に存在することを明らかに示す。
本発明の理解を容易にするため、多くの用語が以下に定義される。
ヌクレオチド:糖鎖部分(ペントース)と、リン酸塩と、含窒素複素環塩基からなるDNAまたはRNAの単量体単位である。塩基がグリコシド炭素(ペントースの1’の炭素)を介して糖鎖部分に連結され、その塩基と糖の組合せがヌクレオシドである。ペントースの3’または5’の位置に結合する少なくとも一つのリン酸塩基を含むヌクレオシドがヌクレオチドである。DNAとRNAは、それぞれデオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドと呼ばれる異なるタイプのヌクレオチド単位から構成される。
エクソン:タンパク質読み取りフレーム(cDNA)をコードする遺伝子転写配列の一部であり、例えば、細胞遺伝子のcDNA、増殖因子、インスリン、抗体およびそのアナログ/ホモログと誘導体がある。
センス:ホモログmRNAと同じ配列順序と組成物を有す核酸分子である。センス構造は、「+」、「s」または「センス」の符号で示す。
ホモログまたはホモロジー:ポリヌクレオチドと遺伝子またはmRNA配列の間の類似性を示す用語である。核酸配列は、例えば遺伝子またはmRNA配列と部分的にまたは完全に相同(ホモログ)であってもよい。ホモロジーは、ヌクレオチドの合計数に対する類似のヌクレオチドの数量により決定される割合として示すことがある。
相補ヌクレオチド配列:他の一本鎖におけるヌクレオチドの配列と十分に相補であって、結果として生じる水素結合でこの二つの鎖の間に特定的にハイブリッド化する、DNAまたはRNAの一本鎖分子におけるヌクレオチドの配列である。
イントロン切除:RNAスプライシング、エキソソーム消化、ナンセンス媒介腐敗(NMD)プロセシング、およびその組合せを含むRNAプロセシング、成熟と分解を担う細胞メカニズムである。
癌組織:皮膚癌、前立腺癌、乳腺癌、肝臓癌、肺癌、脳腫瘍/癌、リンパ腫、白血病およびその組合せからなる群に由来する腫瘍性組織である。
抗体:事前選択された配位子を結合可能な受容体をコードする、事前に選択、保存されるドメイン構造を有するペプチドまたはタンパク質分子である。
5’末端に5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’(SEQ.ID.NO.7)の共有配列があるmiR‐302状のpre‐miRNA、shRNAおよび/またはsiRNAを使用して、さらに塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF‐2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/beta‐カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)を含むがそれに制限されていない創傷治癒関連の特定の因子と併せて使用して、インビトロで成体幹細胞(ASC)の拡大および/または誘導を誘発する組成物とその使用方法である。その結果得られた増幅されたASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、多くの種類の癌と老化を含むがそれに限定されない様々な老化と細胞障害関連のヒトの疾患の治療に役立つ。
開始CD34+ASCは、本発明者らのプロトコルに従って毛包から(Lin他、2011)、またはAasenのプロトコルを使用して酵素解離皮膚細胞から(Nat.Protocols 5、371〜382、2010)得られても良いし、単にヘパリンにより治療された周辺血液細胞のバフィーコート部分から得られてもよい。組織試料は新鮮に保持し、すぐに4mg/mLのコラゲナーゼIと0.25%のTrypLEの混合物で細胞密度に応じて15〜45分間処理し、HBSS含有トリプシン抑制剤で2回洗浄した後、0.3mLのフィーダーフリーMSC拡大SFM培養媒質(ASC培養媒質、IrvineScientific、CA)を含有する新しい滅菌されたマイクロチューブに転送しなければならない。その後、マイクロチューブインキュベータに37℃で1分間振ることにより細胞をさらに解離し、配合されたmiR‐302/pre‐miR‐302、LIF、およびbFGF/FGF2、または他の任意な特定の因子を補充した、1mLのフィーダーフリーMSC拡大SFM培養媒質を含有する35mmのマトリゲルで被覆した培養皿に0.3mLの細胞懸濁液全体を転送した。利用するmiR‐302/pre‐miR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および他の任意な特定の因子の濃度はそれぞれ0.001マイクログラム/mL〜500マイクログラム/mL(0.001〜500μg/mL)であり、最も好ましくは、ASC培養媒質における利用する濃度は、miR‐302/pre‐miR‐302について10〜200マイクログラム/mL(10〜200μg/mL)であり、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子について2〜20ナノグラム/mL(2〜20ng/mL)である。ASC培養媒質とすべての補充物を3〜4日あたり更新する必要がある。CD34+ASCを多くのポーチ状の拡大コロニーに成長させ、別々に収集し、さらに、細胞をTrypLEに1分間曝してHBSS含有トリプシン抑制剤で2回洗浄することにより約50%〜60%が合流するように継代させることができる。より多くのASC拡大のため、配合されたpre‐miR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子を補充した新たなASC培養媒質に分離されたCD34+ASCを1:5〜1:500の希釈度で再配置した。
Lin SLのプロトコルに従って、天然miR‐302とpre‐miR‐302をhESCとiPSCのいずれかまたはその両方の細胞質から抽出することができる(Lin SL、2018)。細胞質を収集するために、超遠心分離によりESCまたはiPSCを4℃で30分間かけて17,500gで分断し、さらに、製造者の指示に従って、懸濁液を0.01のミクロンの超フィルターカラム(30kDa/100ヌクレオチド‐カットオフ、Amicon Ultra‐0.5 30K)に通すことによりろ過する(Millipore、Billerica、MA)。それぞれ10〜12億個のESCまたはiPSCからほぼ0.8〜1mLのESCまたはiPSCの細胞質を復元することができる。miR‐302とpre‐miR‐302を抽出するために、さらに、ESCまたはiPSCの細胞質を0.001ミクロンのナノフィルターカラム(3kDa/10ヌクレオチド‐カットオフ、Amicon Ultra‐0.5 3K)で純化し通液部分から復元される一方、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によるさらなる純化をするために、すべての小分子RNAをナノフィルターに収集し二重オートクレーブによりDEPCで処理されたddH2O(pH5.5〜5.6)に溶解する。このように得られた小分子RNAのサイズは、pre‐miRNA/miRNAといくつかのtRNAを含めて約10〜110のヌクレオチド(または3〜30kDa)の範囲にある。miRNAマイクロアレイ分析を使用して、90%以上の分離された小分子RNAがpre‐miR‐302とmiR‐302であることを確認し、これがESCとiPSCにおける最も豊富で安定した小分子RNAである。あるいは、天然miRNAs/pre‐miRNAの代わりに、合成のmiR‐302-擬似siRNAおよび/またはshRNAを使用してもよい。さらに、miR‐302/pre‐miR‐302の生産と抽出に、ESCとiPSCの代わりに細菌性細胞を使用してもよい。
まず、分離された小分子RNAの純度と量をUV260nm/280nmで2%〜3%の低融点アガロースゲル電気泳動と分光光度計により評価した(Bio−Rad、Hercules、CA)。そして、各々の試料から分離された約10μgの小分子RNAを使用して、LC Sciences(San Diego、CA)によりマイクロ配列分析をそれぞれ行った。各々のマイクロアレイチップをCy3またはCy5染料でラベル化された単一試料によりハイブリッド化した。製造者のプロトコルに従って背景差分、データ正規化と統計計算を行った。デュアル試料測定について、p値計算を行って3倍以上の差をつけて発現した転写物の一覧(黄色‐赤シグナル)を作成した。RT−qPCRについて、製造者の指示に従って、hsa‐miR‐302aに対する一連のTaqManプライマーとそれに関連するReal−Time PCRキット(Life Technologies、Grand Island、NY)を使用した。ABI7300 Real−Time PCRシステムでシグナルを検出した(Applied Biosystems、Life Technologies)。
既報の通り、組織試料を埋め込み、切片し免疫染色した(Linなど、2008と2010)。主な抗体は、緑色蛍光染料でラベル化したCD34の抗体である(Santa Cruz&Sigma)。あるいは、蛍光染料でラベル化したヤギの抗ウサギ抗体または馬の抗マウス抗体を二次抗体として使用した(Invitrogen‐Molecular Probes、Carlsbad、CA)。Metamorph撮像プログラム(Nikon)で蛍光80i顕微鏡の定量システムに100倍または200倍の倍率で陽性結果を検査し分析した。
DNA単離キット(Roche)を使用して2,000,000個以下の細胞からゲノムのDNAを分離し、1μgの分離されたDNAをさらに製造者の示唆に従って、バイサルファイト(CpGenomeDNA修飾キット、Chemicon、Temecula、CA)で処理した。バイサルファイト処理は、すべてのメチル化されないシトシンをウラシルに変換した一方、メチル化されたシトシンをシトシンとして残した。バイサルファイトDNA配列決定について、PCRプライマーの5’‐GAGGCTGGAG CAGAAGGATT GCTTTGG‐3’(SEQ.ID.NO.12)と5’‐CCCTCCTGAC CCATCACCTC CACCACC‐3’(SEQ.ID.NO.13)で遺伝子Oct4のプロモーター領域を増幅させた。PCRについて、バイサルファイト修飾したDNA(50ng)を1xPCR緩衝液にプライマー(総計100pmol)と混合し、2分間かけて94℃に加熱した後、すぐに、氷で冷やした。次に、高精度拡大PCRキット(Roche)により94℃で1分間、70℃で3分間のように、PCRを25サイクル行った。正しいサイズのPCR産物をさらに3%のアガロースゲル電気泳動で分留し、ゲル抽出フィルタ(Qiagen)で純化して、DNA配列決定に用いた。その後、変換したDNA配列における変化しないシトシンを未変換のDNA配列と比較することにより、DNAメチル化部位の詳しいプロファイルを作成した。
1mlの事前冷却されたメタノールの70%のPBSにおいて−20℃で再懸濁により1時間かけて細胞のトリプシン化、顆粒化、固定を行った。それらの細胞を顆粒化し、1mlのPBSで1度洗浄した後、再度顆粒化し、1mlの1mg/mlのヨウ化プロピジウム、0.5μg/mlのPBSにおけるRNAseに37℃で30分間再懸濁した。その後、約15,000個の細胞をBD FACSCalibur(San Jose、CA)上で分析した。パルス面積に対しるパルス幅をプロットし単一細胞をゲーティングすることにより、細胞ナダブレットを排除した。「Watson Pragmatic」アルゴリズムによるソフトウェアパッケージFlowjoを使用して収集されたデータを分析した。
ランドレースは、中東欧諸国に最も多く存在する垂れ耳の白い豚の品種である。皮膚創傷モデルの確立に用いられた雄のランドレース豚は、特別に指定された人員と充分な資格のある獣医師に監督されるATITにより提供しケアをした。それらの監視の下、台湾の動物愛護法に従った適切なケアをした上でこれらの動物を提供した。これらの豚は、平均3カ月の年齢があり、それぞれ18〜23kgの体重を持つ。研究の最後に、すべての動物を安楽死させた。
すべてのデータを平均と標準偏差(SD)として示した。各試験組の平均値はMicrosoft ExcelのAVERAGEで計算した。SDはSTDEVで計算が行われた。データの統計分析を一元配置ANOVAにより行った。TukeyとDunnettのt事後測定を利用して各組のデータ差異の顕著さを確認した。p<0.05の場合、顕著であると考えられる(SPSS v12.0、Claritas Inc)。
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14.Ying QL、Nichols J、Chambers IとSmith A、(2003)、Idタンパク質のBMP誘発は、STATと共同で分化を抑制し胚性幹細胞の自己複製を継続させる、Cell、115、281〜292。
15.Ying SY、Fang WとLin SL、(2018)miR‐302を媒介とした誘導性多能性幹細胞(iPSC):複数の相乗的再プログラムメカニズム、Methods Mol. Biol.1733、283〜304。
16.Yu他(2007)、ヒト体細胞由来の誘性多能性幹細胞株、Science、318、1917〜1920。
17.Linの欧州特許EP2198025。
18.Linの米国特許第9,387,251号。
19.Linの米国特許第9,394,538号。
20.Linの米国特許第9,422,559号。
21.Linの米国特許第9,567,591号。
22.Linの米国特許第9,879,263号。
23.Linの米国特願第12/318,806号。
24.Linの米国特願第13/572,263号。
Claims (24)
- (a)少なくともSEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAを提供することと、
(b)少なくともLIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子を提供することと、
(c)インビトロでの細胞培養条件下、(a)のSEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAと(b)のLIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子を混合させてCD34+ASCの拡大と誘導を誘発し維持することとを含む、CD34‐陽性の成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大と誘導をインビトロで誘発する組成物と方法。 - 前記CD34+ASCは皮膚成体幹細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは造血幹細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは神経幹細胞である、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは、生体内で成体幹細胞ニッチまたはポーチを形成することができる、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは、造血、神経、皮膚、髪、甲状腺の組織細胞のタイプに分化できる、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは多能性を持つ、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、少なくともヘアピン状のステムループ構造を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、少なくともヘアピン状のマイクロRNA前駆体を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはmiR‐302前駆体(pre‐miR‐302)である、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはSEQ.ID.NO.1、SEQ.ID.NO.2、SEQ.ID.NO.3、またはSEQ.ID.NO.4、あるいはその組合せである、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはmiR‐302擬似siRNAである、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、CD34+ASCにおいて、さらにSEQ.ID.NO.8、SEQ.ID.NO.9、SEQ.ID.NO.10、またはSEQ.ID.NO.11に加工することができる、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、AOF2(KDM1アールまたはLSD1とも呼ばれる)、DNMT1、HDAC2またはHDAC4を下方制御することができる、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはDNA脱メチル化を引き起こすことができる、請求項1に記載の方法。
- 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、CD34+ASCの多能性を強化し維持することができる、請求項1に記載の方法。
- 前記LIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子は、さらに少なくとも、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/beta‐カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)から選択される任意の因子を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記インビトロでの細胞培養条件は、37℃でのフィーダーフリーMSC拡大培養媒質である、請求項1に記載の方法。
- 前記インビトロでの細胞培養条件は、さらにマトリゲルを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは創傷治癒に役立つ、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは新しい薬の発見に役立つ、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは医薬および/または治療応用の開発に役立つ、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、脱毛、多くの種類の癌と老化の治療に有用な治療法の開発に役立つ、請求項1に記載の方法。
- 前記CD34+ASC拡大は、誘導性の対称的な成体幹細胞分裂メカニズムである、請求項1に記載の方法。
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