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JP2021528984A - 成体幹細胞の拡大と誘導のインビトロでの誘発 - Google Patents

成体幹細胞の拡大と誘導のインビトロでの誘発 Download PDF

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JP2021528984A JP2020573012A JP2020573012A JP2021528984A JP 2021528984 A JP2021528984 A JP 2021528984A JP 2020573012 A JP2020573012 A JP 2020573012A JP 2020573012 A JP2020573012 A JP 2020573012A JP 2021528984 A JP2021528984 A JP 2021528984A
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Abstract

本発明は、一般に、5’末端に5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’の共有配列を含有するmiR‐302状のpre‐miRNA、shRNAsおよび/またはsiRNAを使用して、さらに、塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF−2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/beta‐カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)を含むがこれに限定されていないいくつかの創傷治癒関連の特定の因子と併せて、成体幹細胞(ASC)の拡大および/または誘導をインビトロで誘発する組成物とその使用方法に関する。本発明の原理は、最近生体内での皮膚創傷治癒モデルで見つかった誘導性の対称的なASC分裂の新たなメカニズムに関連する。これにより得られた増幅されたASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、多くの種類の癌と老化を含むがこれに限定されない、様々の老化と細胞障害関連のヒトの疾患の治療に役立つ。

Description

優先権:
本発明は、2018年7月2日に出願された米国仮出願第62/692,862号の「CD34‐陽性成体幹細胞の拡大のインビトロでの誘発」の優先権を主張する。その内容全体は、参照としてここに組み込まれる。
発明の分野:
本発明は、一般に、いくつかの特定のタンパク質因子と併せてある小分子の非コードRNA(snRNA)を使用して、例えば、塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF‐2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/β-カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)からなる一つ以上の特定の因子と併せて小分子のヘアピン状のRNA(shRNA)、マイクロRNA前駆体(pre‐miRNA)および/または短鎖干渉RNA(siRNA)を使用して、成体幹細胞(ASC)の拡大および/または誘導をインビトロで誘発する組成物とその使用方法に関する。特に、本発明は、5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’と相同な共有配列を含有するmiR‐302‐擬似shRNA、pre‐miRNAおよび/またはsiRNAを使用して、さらにbFGF/FGF‐2、LIF、IGF、EGF、PDGF、VEGF、TGF、TNF、SCF、HOX、ノッチ、GSK、Wnt/β‐カテニン、インターロイキンおよび/またはBMPから選択した一つ以上の特定の因子と併せて使用して、CD34‐陽性成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大および/または誘導をインビトロで誘発する組成物とその使用方法に関する。誘発されたASCの拡大と誘導の原理は、最近生体内での皮膚創傷治癒モデルに見つけた誘導性の成体幹細胞の対称分裂の新たなメカニズムに関係がある。得られた増幅されたASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫および多くの種類の癌を含むがこれに限定されていない、様々な老化と細胞障害関連の疾患の治療に役立つ。特に、本発明は、損傷および/または老化した組織と臓器を生体内で修復し、活性化させるように、無制限的に増幅した自身のASCを体に提供することにより老化を防ぐと共に、老化関連の変性疾患の治療にも役立つ。
幹細胞は、新しい細胞/組織の再生を促進し、損傷/老化した組織を修復および/または活性化させ、変性疾患を治療し、腫瘍/癌の発生及び進行を防ぐことに役立つ多数の有効成分を含有する生命の宝箱である。そのため、これらの幹細胞を新規薬物スクリーニング、識別、単離、および生産のツールとして使用することが考えられる。その結果、このように得られた薬物は、生物医学上の利用、研究用のデバイスおよび/または装置、診断および/または治療、およびその組み合わせなどの製薬・治療への応用を開発することに役立つ。
マイクロRNA(miRNA)は、ヒト胚性幹細胞(hESC)における主な有効成分の一つである。主要なhESC固有のmiRNAは、miR‐200、miR‐290〜295、miR‐302、miR‐371〜373、およびmiR‐520ファミリーの内のものを含むが、それらに限定されていない。なかでも、miR‐302ファミリーは、多能性維持と腫瘍抑制に重要な役割を果たすことが見出しされた(LinとYing、2008;Lin他、2008、2010と2011)。MiR‐302は、四つ(4)のセンスmiR‐302(a、b、c、d)と四つ(4)のアンチセンスmiR‐302*(a*、b*、c*、d*)配列を含む八つ(8)のファミリーメンバーを含有する。これらのセンスとアンチセンスメンバーは、部分的に相補的で、それぞれ二重らせん構造の形成が可能である。例えば、miR‐302の前駆体は、それぞれ、miR‐302aとa*(pre‐miR‐302a;SEQ.ID.NO.1)、miR‐302bとb*(pre‐miR‐302b;SEQ.ID.NO.2)、miR‐302cとc*(miR‐302c;SEQ.ID.NO.3)、およびmiR‐302dとd*(pre‐miR‐302d;SEQ.ID.NO.4)のデュプレックス(ステムアーム)で形成されるヘアピン状の小分子RNAであり、その一端(ステムループ)に塩基配列が連結される。miR‐302の機能を有効にするために、miR‐302の前駆体(pre‐miR‐302)は、まず、細胞RNase III型ダイサーによって成熟したmiR‐302とmiR‐302*に処理され、さらに、あるアルゴノート(AGO)タンパク質でRNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)を形成し、そして、標的遺伝子転写(mRNA)、特に発生遺伝子と癌遺伝子のmRNAのRNA干渉(RNAi)向けの分解と翻訳抑制のいずれか一方につながる(Linなど、2008、2010と2011)。
MiR‐302は、hESCと誘導型多能性幹細胞(iPSC)における最も豊富な非コードRNA(ncRNA)種である。本発明者らの先行研究から、hESCに見つかるレベルを超えるmiR‐302の異所性過剰発現が桑実期の初期の人間受精卵と同様な比較的遅い細胞サイクル速度(20〜24時間/サイクル)で人間の正常と癌組織細胞をhESC状のiPSCに再プログラム可能であることがわかっている(Linなど、2008、2010と2011;LinのEP2198025、U.S.9,567,591、U.S.9,394,538、および米国特願第12/318,806号)。相対休止は、これらのmiR‐302誘導型iPSCの特定の特性であるが、hESCと他の既報四因子誘導型(Oct4-Sox2-Klf4-c‐MycまたはOct4-Sox2-Nanog-Lin28)iPSCは、腫瘍/癌細胞と同様な増殖性が高い細胞サイクル速度(12〜15時間/サイクル)を示す(Takahashi他、2006;Yu他、2007;Wernig他、2007;Wang他、2008)。miR‐302の腫瘍抑制の効果を研究するために、本発明者らは、サイクリン依存性キナーゼ2(CDK2)とサイクリンDを含む二つのmiR‐302標的されたG1‐チェックポイントレギュレータの関与を確認した(Lin他、2010;LinのU.S. 9,394,538とU.S. 9,422,559)。細胞サイクルの進行は、陰性のレギュレータ、CDK抑制剤の外に、陽性の調節サブユニット、サイクリンと機能複合体を形成するサイクリン依存性キナーゼ(CDK)の活性化によって駆動されることが知られている(CKI、例えば、p14/p19Arf、p15Ink4b、p16Ink4a、p18Ink4c、p21Cip1/Waf1、p27Kip1など)。哺乳動物において、異なるサイクリン‐CDK複合体は、異なる細胞サイクル転換の調節に関与し、例えば、G1相進行のためのサイクリン‐D‐CDK4/6、G1からSへの転換のためのサイクリン‐E‐CDK2、S相進行のためのサイクリン‐A‐CDK2、およびM相への入りためのサイクリン‐A/B‐CDC2(サイクリン‐A/B‐CDK1)。その結果、本発明者らの研究は、miR‐302の腫瘍抑制の機能がG1からSへの転換におけるサイクリン‐E‐CDK2とサイクリン‐D‐CDK4/6の経路の共抑制に由来することを実証していた。
miR‐302は新規な抗癌薬物/ワクチンの設計と開発に役立つが、天然miR‐302とその前駆体が人間の多能性幹細胞、特にhESCのみに見つかっており、そのリソースが非常に限られるため、その生産性に問題がある。あるいは、合成小分子干渉RNA(siRNA)は、天然のiR‐302の前駆体(pre‐miR‐302)の擬似に用いられてもよいが、ヘアピン状のpre‐miR‐302構造のステムアーム領域がセンスmiR‐302とアンチセンスmiR‐302*の二つの不完全に相補的な鎖から形成されるため、完全に一致した合成siRNA‐302擬似では、配列がsiRNAのアンチセンス鎖から異なる天然miR‐302*の機能を置き換えることができない。例えば、siRNA‐302a擬似のアンチセンス鎖が5’‐UCACCAAAAC AUGGAAGCAC UUA‐3’(SEQ.ID.NO.5)である一方で、天然miR‐302a*は5’‐ACUUAAACGU GGAUGUACUU GCU‐3’(SEQ.ID.NO.6)である。miR‐302の完全な機能がそのセンスmiR‐302とアンチセンスmiR‐302*鎖の両方に由来するので、それらのsiRNA擬似を使用した先行報告は、実際の天然miR‐302の機能と異なる結果を示すことが多かった。さらに、センスmiR‐302とアンチセンスmiR‐302*配列の間に存在する高度(23%〜46%)の不一致ヌクレオチドのために、合成miR‐302とmiR‐302*は、特に、ステムループ構造の助け無しでは自然に正しい二重構造を形成する見込みがない。pre‐miRNAのステムループ構造の機能は、二つの不一致のセンスとアンチセンスmiRNA配列を十分に近く、長くして安定した正しい二重構造を形成させる。一方、本発明者らの最近のiPSCに関する発見は、pre‐miR‐302の生産に対して代替ソースを提供し得る(LinのEP2198025、U.S.9,567,591と米国特願第12/318,806号)。しかし、iPSCを成長させるための費用は、工業生産にとってやはり高すぎである。
iPSCの生成に加えて、本発明者らの最近の研究は、さらに、miR‐302が生体内でCD34‐陽性の成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大と誘導も誘発できることを発見した(LinのU.S.9,879,263と米国特願第15/661,346号)。成体幹細胞(ASC)集団の拡大を試みる先行技術は、GSK-3を使用したMoonの米国特許第7,850,960号、Wnt/β-カテニンシグナル経路を使用したMoonの米国特許第8,372,397号と欧州特許第EP2415480A2号、G‐CSF/GM‐CSFとSCFを使用したRuddの米国特願第11/614,345、およびWnt7aを使用したRudnickiの米国特願第13/266,428号。なお、人間のCD34‐陽性の造血幹細胞(HSC)の拡大を生体外で誘発することへのHOXB4とノッチ1/4の関与を示す科学報告も存在する(Antonchukなど、Cell 109: 39‐45、2002;Karlsson S. Blood 104: 2210‐2211、2004;Schiedlmeierなど、PNAS USA 104: 16952‐16957、2007)。また、Millerなどは、(PNAS USA 94: 13648‐13653、1997)は、さらに、IL‐6/11、flt3-配位子とスチール因子(SF)を使用してインビトロでマウス(CD34‐陰性)のHSC拡大を誘発することを実証している。しかし、Walasekなどがまとめた最近のレビューに記載されているように(Ann. N.Y. Acad. Sci. 1266: 138‐150、2012)、「生体外で拡大された造血幹細胞と前駆細胞(HSPC)の造血再構成と移植可能性を向上する試みは、十分な幹細胞量を生成できないことと開始細胞集団の過度の分化のために、ほとんど成功しなかった。造血幹細胞(HSC)が生体内での移植の後急速に拡大するが、インビトロでの研究の経験は、培養におけるHSPCの自己複製と分化の制御がまだ難しいことを示す。造血サイトカインに基づくプロトコルは、培養において未成熟の幹細胞が信頼性のある増幅をすることを支持することはできず、付加的な因子が必要であることを示す。」ことを明記する。特に、拡大されたASCを多数の継代のためにインビトロまたは生体外で繰り返し培養することができないことに注意すべきである。その結果、すべての先行技術は、最大で数十から数百倍までの開始ASC集団の増幅しか提供できなく、臨床治療への適用にとって十分でない。
従来のASC拡大の方法の低増幅率と乏しい多能性を考慮して、以上の問題を克服する新しい解決策が望まれる。明らかに、Walasekが言うように、この目的を達成するため、付加的な重要な因子が必要であるものの、その因子について誰も知らない。そこで、本発明者らの最近の研究において、タンパク質ではなく小分子のマイクロRNA(miRNA)、miR‐302を使用して先行技術のすべての問題を克服できる新しい重要な因子を確認した。細胞のゲノムにおいて、遺伝子のメチル化とヒストンのアセチル化などの天然バリアを解除することで様々のインビトロ、生体外と生体内条件でASC拡大および/または誘導を誘発するのに必要な遺伝子調節工程の完全なメカニズムを有効にするのに必要なDNA脱メチル化の機能が知られていないために、先行技術においてmiRNAが見落とされている。
欧州特許出願公開第2198025号明細書 米国特許第9,567,591号明細書 米国特許第9,394,538号明細書 米国特許第9,422,559号明細書 米国特許第9,879,263号明細書 米国特許第7,850,960号明細書 米国特許第8,372,397号明細書 欧州特許出願公開第2415480号明細書
Lin SL and Ying SY. (2008) Role of mir-302 microRNA family in stem cell pluripotency and renewal. Ying SY. (Ed.) Current Perspectives inMicroRNAs. Springer Publishers press, New York, pp 167-185 Lin SL, Chang D, Chang-Lin S, Lin CH, Wu DTS, Chen DT, and Ying SY. (2008) Mir-302 reprograms human skin cancer cells into a pluripotent ES-cell-like state. RNA 14, 2115-2124 Lin SL, Chang D, Ying SY, Leu D, and Wu DTS. (2010) MicroRNA miR-302 inhibits the tumorigenecity of human pluripotent stem cells by coordinate suppression of CDK2 and CDK4/6 cell cycle pathways. Cancer Res. 70, 9473-9482 Lin SL, Chang D, Lin CH Ying SY, Leu D, and Wu DTS. (2011) Regulation of somatic cell reprogramming through inducible mir-302 expression. Nucleic Acids Res. 39, 1054-1065 Takahashi et al. (2006) Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors. Cell 126, 663-676 Yu et al. (2007) Induced pluripotent stem cell lines derived from human somatic cells. Science 318, 1917-1920 Wemig et al. (2007) In vitro reprogramming of fibroblasts into a pluripotent ES-cell-like state. Nature 448, 318-324 Wang et al. (2008) Embryonic stem cell-specific microRNAs regulate the G1-S transition and promote rapid proliferation. Nat. Genet. 40, 1478-1483 Antonchuk et al. (2002) Cell 109: 39‐45 Karlsson S. (2004) Blood 104: 2210‐2211 Schiedlmeier et al. (2007) PNAS USA 104: 16952‐16957 Miller et al. (1997) PNAS USA 94: 13648‐13653 Walasek et al. (2012) Ann. N.Y. Acad. Sci. 1266: 138‐150
本発明の原理は、主としてmiR‐302のDNA脱メチル化機能に基づく。細胞においてDNA脱メチル化を誘発し、またASC拡大および/または誘導をインビトロ、生体外と生体内で有効にする同様な目的で、他の小分子RNA、例えばshRNA、siRNAとヘアピン状のpre‐miRNA、または同様な機能があるタンパク質因子と化学物質を使用してmiR‐302を置き替えることが考えられる。幹細胞が、多分化能(すなわち、hESCとiPSC)または多能性(すなわち、ASC)を保持と維持するために、高度に脱メチル化されたゲノムを含有することはよく知られている。細胞のゲノムにおいて、DNAメチル化は、ロックとしてあらゆる種類の細胞型固有の遺伝子の発現プロファイルを設定するので、すべての可能な体細胞から幹細胞に戻る逆の発達または再プログラムを禁止する。その結果、DNA脱メチル化は、幹細胞の再生および/または再プログラムにおいて多分化能または多能性を誘発し維持するように、ゲノムをロック解除し遺伝子発現のパターンを特有の幹細胞固有のプロファイルにリセットするのに必要な最も重要なステップである。このDNA脱メチル化工程を研究するために、本発明者らは、hESCとiPSCにおけるmiR‐302を媒介としてのDNA脱メチル化のメカニズムを始めて発見した(LinとYing、2008;Linなど、2008と2011;Yingなど、2018)。本発明者らの先行研究は、miR‐302がMECP1/2、AOF1/2(KDM1b/1aまたはLSD2/1とも呼ばれる)、DNMT1、HDAC2/4とMBD2のような多数の重要なエピジェネティックレギュレータを下方制御して、ゲノムDNA脱メチル化とiPSCの再プログラムを容易にする可能であることを明らかにしている(LinとYing、2008;Linなど、2008、2011と2013)。同じ理由で、miR‐302は、すべてまたは一部のこれらの重要なエピジェネティックレギュレータを下方制御してASCの再生と拡大を誘発し維持できる可能性がある。
マイクロRNA(miRNA)を媒介としての遺伝子調節の強度は、miRNAの濃度およびmiRNAとその標的遺伝子の間の親和性に依存する。言い換えれば、強い標的遺伝子は、miRNAに対してより高い親和性を示すので、抑制されるにはmiRNA濃度をより低くする必要があるが、逆もまた同様とする。その結果、異なる標的遺伝子は、使用するmiRNA濃度の異なるレベルで下方制御されえる。例えば、より高いmiR‐302濃度(hESCのH1とH9系におけるmiR‐302レベルより高い)を使用することにより、体細胞の再プログラムを誘導してhESC状のiPSCを形成できることが発見した一方で(Linなど、2008、2010と2011;LinのEP2198025、U.S.9,567,591、U.S.9,394,538、米国特願第12/318,806号)、本発明者らの最近の発明は、また、相対的に濃度の低いmiR‐302(hESCのH1とH9におけるmiR‐302レベルの約10%〜50%)を使用することにより、生体内でのCD34+ASCの拡大を誘発できることを示す(LinのU.S.9,879,263と米国特願第15/661,346号)。このことは、その二つの個別の現象のメカニズムは互いに異なる可能性が高く、僅かに異なるセットのmiR‐302の標的にされた遺伝子を含み得ることの根拠を示す。特に、miR‐302のみを使用することは、インビトロでの細胞培養ではなく、生体内で創傷治癒の条件下においてCD34+ASCの拡大のみを誘発し得るので、創傷治癒に関与する他の特定の因子は、インビトロでASCの拡大および/または誘導を誘発するのに必要なASC固有の遺伝子プロファイルを設定するように、miR‐302とともに機能する必要があることが考えられる。創傷治癒関連の特定の因子としては、塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF‐2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/β-カテニン経路シグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)が挙げられるが、これらに限定されていない。
miR‐302ファミリーは、hESCとiPSCにおいて最も豊富なmiRNAの種である。すべてのセンスmiR‐302ファミリーメンバーは、5’末端の十七(17)のヌクレオチド、つまり、5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’(SEQ.ID.NO.7)に同一なコンセンサス配列を共有し、全長の23-ヌクレオチドの成熟した配列に82%以上の相同性がある。オンラインの計算プログラムTARGETSCAN(http://www.targetscan.org/)とPICTAR‐VERT(http://pictar.mdc-berlin.de/)により予測された分析結果に基づいて、これらのセンスmiR‐302メンバーは、miR‐302a(SEQ.ID.NO.8)、miR‐302b(SEQ.ID.NO.9)、miR‐302c(SEQ.ID.NO.10)、およびmiR‐302d(SEQ.ID.NO.11)を有し、それらすべてが600以上の人間の遺伝子を含む同じ遺伝子の約98%以上に対して同時に標的することができる。また、miR‐302は、類似の機能があるmiR‐92、miR‐93、miR‐200、miR‐367、miR‐371、miR‐372、miR‐373、miR‐374、およびmiR‐520ファミリーメンバーと多くの重複の標的遺伝子を共有する。その標的遺伝子の大半は、初期の胚形成において細胞系譜固有の分化の開始または確立に関与する開発シグナルおよび/または転写因子である(Lin他、2008と2011;Ying他、2018)。また、その標的遺伝子の多くは癌遺伝子であるので、miR‐302とその関連するmiRNAは、さらに腫瘍抑制因子として機能して正常の幹細胞が腫瘍/癌細胞発生への再生または拡大という誤ったずれを防ぎ得る。
幹細胞研究は、新規な再生医療を開発する鍵を握る。そこで、本発明者らは、様々の人類の疾患を治療するため、幹細胞から新しい薬を選別、発見と分離することに研究の焦点を当てる。iPSCの登場により、この研究方向の進展は大きく推進した。本発明者らは、iPSCを使用して、miR‐302を含めて胚性幹細胞固有のmiRNA(ESC‐miRNA)が分解されるのを防ぎiPSCとESCの多分化能を維持する機能を保持する新規な砂糖様の化学物質群として、「グリシルグリセリン」を分離し確認する(Linの米国特許第9,387,251号)。本発明者らの最近の研究(Lin SL、2018)は、さらに、一部の分離されたグリシルグリセリン結合したESC-miRNA、特にmiR‐302を使用して、生体内でCD34‐陽性の成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大を誘発することにより無傷(完璧)な創傷治癒を強化できることを実証した。以前に類似のメカニズムの報告がないので、ここで、本発明は、(1)生体内とインビトロでのASC拡大のメカニズムに関与するmiR‐302と他の創傷治癒関連の特定の因子の新規な機能、(2)インビトロでCD34+ASCの拡大を誘発する最初の再構成モデル、および(3)得られた誘発されたCD34+ASC(iCD34+ASC)から由来する可能な体細胞組織の細胞型について、初の証拠付けを行う。本発明の誘発されたCD34+ASCのインビトロでの拡大と誘導は、無制限且十分な患者自身の成体幹細胞に対しインビトロで、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、多くの種類の癌、および老化などを含むがそれに制限されない様々の人間の疾患を治療するための生体内で自家移植治療法を行う能力を与える。自家移植は、免疫拒絶を防ぐ幹細胞治療法の最良の方法である。その結果、本発明は、確かに、新規な幹細胞治療法の革新的な開発の推進について確固たる基盤を築き、将来の再生医療に大きな影響をもたらす。
誘発された生体内のASC拡大モデル
発明者らの最初の誘発性の生体内のASC拡大モデルは、iPSCから分離されたmiR‐302の前駆体(pre‐miR‐302)を使用して2011年に確立された。マウスの皮膚創傷治癒モデルを使用して、pre‐miR‐302の治療の後、生体内でASC状の拡大ポーチ(まだCD34陰性)の発生が観察された(Chen他、2013;Lin SL、2018)。CD34がマウスのASCではなく人間と豚のASCに対して有効な幹細胞標識であるので、本発明者らは、同じ治療方法を使用して、2014年に豚の皮膚創傷治癒モデルを確立し、生体内における類似のポーチ状のCD34+ASC拡大を示した(図1〜図5)。その結果、現在、生体内、生体外とインビトロでのASC拡大と誘導のメカニズムを研究するための豚(CD34‐陽性)とマウス(CD34‐陰性)の両方のASC拡大モデルがある。
創傷治癒は、ASCの作用を研究する最も良い生体内モデルである。以前の理論において、ASCは、不対称的に分裂して一方に自身のコピー(ASC)と他方の分化された娘細胞(前駆細胞と呼ばれる)を生成でき、その前駆細胞がさらに損傷した組織を修復する様々な新しい組織細胞に分裂し分化することができる。そのため、完璧(無傷)な創傷治癒には、十分なASCによりすべての創傷された組織領域を完全に修復し復元するための豊富且つ新しい組織細胞を提供する必要がある。この場合、生体内の十分なASC集団の恒常性を維持することは重要なステップである。しかし、以前の「不対称的な幹細胞分裂」という理論は、汚染、毒物、放射線、ストレス、損傷、病気、ひいては老化を含むがこれらに限定されない、ASCを損傷する恐れのある多くの内部と環境的リスクのため、このようなASC恒常性を維持することができない。この問題を克服するように、miR‐302のDNA脱メチル化の機能を使用して対称的なASC分裂を誘発および/または強化することを試みた。
生体内の豚皮膚創傷治癒の治療モデル(図1と図3)を使用して、治療されないコントロールとmiR‐434‐擬似siRNA(miR‐434)の他のコントロール治療の結果に対比して、分離されたpre‐miR‐302(miR‐302)とiPSCの両方の溶解液の治療は、生体内ですべての試験された試料に速く無傷な創傷治癒を誘発できる(各組についてn=12/12)ことがわかった。より詳しくは、図5は、さらに、治療されないコントロール(すなわち試料190‐CR3)に対する、miR‐302の治療(すなわち試料190‐BR2)後の無傷な創傷治癒の組織学的な結果を示す。すべての定量測定の後、図4の折れ線グラフは、それぞれ、図3の異なる治療組の経時的創傷癒合率をまとめて示す。iPSC溶解液が大量のmiR‐302も含むので、miR‐302とiPSCの両方の溶解液の治療は第11日目に90%と高い創傷癒合率を達成しているが、他のコントロール治療は、同じ治癒結果を達成するためにさらに6日も必要である(第17日目)ことをしている。もっとも重要なことは、最初の3日間の創傷治癒期間において、miR‐302とiPSCの溶解液で治療された試料が既に10%以上〜20%の創傷収縮を示しているが、それは無傷な創傷治癒に必要な最も重要なステップである。創傷収縮が治癒中の組織修復の重要な段階として知られるので、創傷収縮の遅れは、治癒された組織の外観損傷と傷発生につながる。
緑色蛍光の抗CD34抗体による免疫組織化学(IHC)染色を使用して(図5)、miR‐302とiPSCの両方の溶解液で治療された皮膚に、拡大されたCD34+ASCのポーチの規則的な分布パターンが確認されたが、治療されない試料またはmiR‐434で治療された試料には確認されなかった。各々の拡大ポーチは、およそ20以上〜1200のCD34+ASCを含む。非対称的な幹細胞分裂ではこのような多くのASC拡大ポーチを生成できないので、miR‐302治療で誘発される「対称的な幹細胞分裂」のメカニズムに起因するはずである。特に、これらのCD34+ASCポーチは、真皮層と表皮層の接合領域にわたってランダムではなく規則的に分布され、通常、互いに約240〜290μmの距離をあけ、誘発されたCD34+ASCが皮膚組織における元のASCから特別に繁殖し拡大されており、ランダムな体細胞再プログラムではないことを示す。治療されない試料においても二つのCD34+ASCの間に同じ距離を示すが、治癒された組織領域にASC拡大の兆候がない。この二つのASCの間の規則的な距離は、皮膚組織における修復と復元システムの完全なネットワークを示し得る。
図1〜図5の結果から、本発明者らの研究は、(1)miR‐302治療が従来の抗生物質軟膏の治療より創傷癒合率を70以上〜90%増加し(図3と図4)、(2)miR‐302治療がすべての試験された試料に非常に少ない傷または無傷な創傷治癒につながり(n=12/12)(図3〜図5)、および(3)miR‐302治療がすべての治療された試料に生体内でCD34+ASC拡大を20以上〜1000倍増加し誘発する(n=12/12)(図5)ことを確認した。以上の発見に基づいて、ここで、生体内でCD34+ASC拡大を誘発し維持するために、創傷治癒条件でのmiR‐302の使用が必要であり、完璧な創傷治癒の結果を得られるという結論を出した。miR‐302と特定の創傷治癒関連の因子の併用は、インビトロでASC拡大を誘発し維持することを可能にすると考えられる。しかし、生体内創傷治癒関連の因子はたくさんあるので、ASC拡大のメカニズムにおける各々の機能的役割の重要性がまだ判明していない。そこで、本発明は、特定の因子の一部を明らかにする。
ASC拡大に関与する特定の因子を確認するために、さらに、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)と遺伝子マイクロアレイ分析を行って分離されたCD34+ASCの遺伝子プロファイルと生体内でのASC拡大の関連する遺伝子調節メカニズムを研究した(図1と図2)。確認された遺伝子プロファイルに基づいて、誘発されたASC拡大と誘導の工程(スデップ)は、(1)miR‐302がいくつかの重要なエピジェネティックな遺伝子、特にMECP1/2とHDAC2/4を下方制御して、細胞ゲノムにおいて特定のDNA脱メチル化のパターンを設定し、(2)特定のDNA脱メチル化のパターンが、そして、特定のセットの対称的な幹細胞分裂(SSCD)に関連した遺伝子の発現を誘発してそれらの下流のシグナル伝達経路を有効にし、(3)誘発されたSSCD関連の遺伝子と創傷治癒関連の特定の因子が共同でASC拡大を促進し維持することを含むことがわかった;しかしながら、もっとも重要なことは、特定のDNA脱メチル化条件下において、共同で作用し続けてASC拡大と誘導のメカニズム全体を完成させることである。この新しく確立されたメカニズムから、すべての先行技術の方法は、明らかに、インビトロまたは生体外でASC拡大を維持するためのこのような特定のDNA脱メチル化条件を提供できないので、臨床治療に必要な十分な増幅されるASCを生成できない。この問題を克服するために、本発明は、インビトロでのASC拡大と誘導の全工程を完了するように、miR‐302を媒介としたDNA脱メチル化を使用して創傷治癒関連の特定の因子と共同作用するのに必要な条件を設定する初の方法である。
誘発されたインビトロでのCD34 + ASC拡大モデル
LCMとマイクロアレイ分析(図1、図2と図6)を用いて、インビトロでCD34+ASC拡大を誘発するいくつかの特定の因子を確認した。開始CD34+ASCは、酵素解離されたヒトまたは豚からの皮膚細胞から分離することができる(図6、上方パネル)。確認された特定の因子(例えば、bFGF/FGF2、LIF、および他の任意な創傷治癒関連の因子)を補充されるフィーダーフリーMSC拡大培養条件下で、miR‐302またはそのsiRNA/shRNA擬似の治療は、インビトロでの治療毎に、分離された皮膚CD34+ASCの増殖を20以上〜100倍(一つの細胞培養継代において約≧6〜8の細胞分裂)に誘発できることが確認した。3〜4日毎に、新たなmiR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子で補充される細胞培養媒質を更新することにより、5〜6代以上の誘発されたCD34+ASC(iCD34+ASC)を繰り返し培養でき、最終的にインビトロでの10以上〜10億倍のCD34+ASCの純増になる。LIFはASC拡大に必要であると確認されたSSCD関連の遺伝子の一つであるが、他の任意な治癒関連の特定の因子は、必須ではなく、miR‐302-誘発されたASC拡大の効果を強化可能であり、それらには、IGF、EGF、PDGF、VEGF、TGF、TNF、SCF、HOX、ノッチ、GSK、Wnt/β-カテニン、インターロイキンおよび/またはBMPがある。
最も興味深いことに、すべての拡大されたiCD34+ASCが薄層のCD34+ASC誘導された膜により囲まれ(CD34発現は微弱または無し)、他のCD34‐陰性の組織細胞と直接接触することがない(図6、左下パネル)。その結果、さらなる増殖のための純粋なiCD34+ASCコロニーを容易に分離し収集することができる。今まで、核型分析に検出可能な変化なしで10代以上の拡大されたiCD34+ASCの培養及び維持に成功していた。その後、miR‐302の細胞培養媒質からの除去は、iCD34+ASCの分裂を中止するが、細胞の生存率に影響を与えない(図6、右下パネル)。培養媒質においてある特定の因子を欠くことによる異なる細胞培養条件で、iCD34+ASCは、特にインビトロ外胚葉系譜において、さらに数種の異なる組織細胞型に分化し得る(図6、神経と皮膚細胞型を含む右下パネル)。例えば、miR‐302とbFGF/FGF2の両方を除去したとき、神経細胞に分化される。あるいは、miR‐302とLIFの両方を除去したとき、皮膚型組織細胞に分化される。分離されたiCD34+ASCのヌードマウスへのさらなる移植は、特に外胚葉と中胚葉系譜において、生体内で様々な組織細胞型を形成する(図7)。以上の発見から、miR‐302とある特定の因子の併用は、インビトロでASC拡大と誘導を誘発し維持でき、増幅されたASCとASC分化された組織細胞のいずれかまたはその両方を使用する様々の細胞治療法に有用な誘発されたCD34+ASCを豊富且十分に生成する新規な方法の確立につながると結論付けた。
マウスとラットのESC再生の先行研究は、LIF/STAT3とBMP4/Idタンパク質を使用することにより血清またはフィーダを必要とすることなくインビトロでのESC再生を維持できることが報告されているので(Ying他、2003;Xu他、2005)、CD34+ASC拡大を誘導するLIF機能という最近の発見は、ESCとASC再生システムの両方に共有される類似または平行なメカニズムを示す。この状況に基づいて、LIFがCD34+ASCの中胚葉系譜への分化を遮断する一方で、bFGF/FGF2がCD34+ASCの神経外胚葉系譜への分化を防ぐことが発見した。その結果、LIFとbFGF/FGF2の相乗的作用は、CD34+ASCのすべての分化可能性を遮断し、幹細胞多能性を維持する。しかし、ESCとは異なり、ほとんどのASCは、複製老化を回避するように強いOct3/4とNanogを共発現することがない。したがって、ここで、ASCがどのように複製老化を回避して長く無制限のライフサイクルを達成するかが重要な問題である。そこで、先行研究(Lin他、2011;LinとYing、2013)は、さらに、miR‐302が直接AOF2/KDM1、DNMT1とHDAC2/4を抑制してテロメラーゼの逆転写酵素(TERT)の活動を強化しており、iPSC老化を防ぐことを示すので、ここで、AOF2/KDM1、DNMT1、HDAC2/4とそれらの下流TERTを含むがそれに制限されない、本発明におけるマイクロアレイで確認されたSSCD遺伝子は、iCD34+ASC老化を防ぐ機能があり、インビトロでの細胞培養においてiCD34+ASCの複製ライフと継代を延長する可能性が高いことを示唆する。
iCD34 + ASCの多能性誘導を示す生体内での移植モデル
異なる組織/臓器における内在環境が生体内のiCD34+ASC分化の細胞の運命を案内し影響を与えると考えている。iCD34+ASC分化を測定するために、NOD‐SCIDマウス(n=3)を使用した生体内移植モデルを利用した。また、生体内の細胞分布と分化を追跡するために、赤色蛍光タンパク質(RFP)発現レンチウイルスベクターのpLVX‐EF1a‐HcRed‐N1(Clontech)でこれらのiCD34+ASCを標識した後、得られたRFP-陽性のCD34+ASCをフローサイトメトリーにより選択した。その後、ほぼ5×10のRFP標識されたiCD34+ASCをそれぞれNOD‐SCIDマウスの尾静脈に注射することにより移植が完成した。移植から3週間後、数多くのRFP‐陽性のCD34+ASCとその分化された細胞が骨髄、脳、心臓、肺、脾臓、甲状腺などの多くの生体内組織と臓器に生存し、成長続けることが観察され、ほとんどが外胚葉と中胚葉のいずれに由来するが、内胚葉系譜に由来するものは少ない。その結果、図7は、移植されたCD34+ASCとその分化された組織細胞が生体内の骨髄、脳、および甲状腺組織に大量に存在することを明らかに示す。
とりわけ、移植されたiCD34+ASCは、生き残ることができ、さらに造血幹細胞(HSC)も存在する骨髄に多くの幹細胞ポーチ/ニッチを形成する。しかし、この二つタイプのCD34+ASCの関連の有無、またはその方法はまだ不明である。分化されたRFP‐陽性の血液細胞は、蛍光顕微鏡で血液塗抹検査によって確認されるように、移植から3週間経っても周辺の血流から見つかっているので、移植されたiCD34+ASCが生体内で少なくともいくつかのタイプの血液細胞に分化できることを示唆している。生体内で体に様々な造血細胞タイプを提供する点で、HSCと移植されたiCD34+ASCの生理的機能が交換可能であれば、患者自身のiCD34+ASCを使用して、特にストローク、心筋梗塞、AIDS、白血病、リンパ腫、および鎌状赤血球貧血を含むがこれらに限定されない多くの血液関連の疾患を治療できることが考えられる。また、このような自家移植は免疫拒絶を防ぐ治療法の最良の方法である。
さらに、図7に示すように、脳におけるiCD34+ASCポーチと関連するRFP‐陽性の神経細胞の発見は、様々の退行性神経関連の疾患の治療に役立つ新規な治療法を開発するもう一つの重要な根拠であり、その疾患は特にストローク、糖尿病、認知症、アルツハイマー、パーキンソン病と運動ニューロン疾患を含むが、これに限定されない。
ASC寿命とその特有な細胞分裂調節方法(すなわち、非対称的な幹細胞分裂vs対称的な幹細胞分裂)について、現在の知識は非常に限られている。また、HSCと他のCD34+ASCタイプとの間にどれだけ相違点および/または類似点があるか否かについては不明である。これらの問題を解決するように、本発明に示す現在のインビトロと生体内でのCD34+ASC拡大モデルは、これらの問題を研究する有用なツールになる。新しく確立されたこれらのiCD34+ASC拡大モデルを使用して、(1)miR‐302は生体内でCD34+ASC拡大を誘発する機能があり、完璧な創傷治癒に重要な役割を果たし、(2)miR‐302とbFGF/FGF2、LIFなどのある特定の因子の使用は、インビトロでCD34+ASC拡大を誘発でき、多くの研究と医療用の増幅iCD34+ASCを提供し、(3)拡大されたiCD34+ASCの生体内移植は、多くの臓器/組織において様々な分化された組織細胞を成長並びに形成することが可能であり、これらのiCD34+ASCは特に外胚葉と中胚葉系譜における多能性を示し、(4)移植されたiCD34+ASCは、骨髄、脳、脾臓と甲状腺においてポーチ状の幹細胞ニッチを成長並びに形成させ、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫と多くの種類の癌とともに老化の治療に役立つ新規な再生医療と治療法を開発する大きな可能性を示すことがわかった。
A.定義
本発明の理解を容易にするため、多くの用語が以下に定義される。
ヌクレオチド:糖鎖部分(ペントース)と、リン酸塩と、含窒素複素環塩基からなるDNAまたはRNAの単量体単位である。塩基がグリコシド炭素(ペントースの1’の炭素)を介して糖鎖部分に連結され、その塩基と糖の組合せがヌクレオシドである。ペントースの3’または5’の位置に結合する少なくとも一つのリン酸塩基を含むヌクレオシドがヌクレオチドである。DNAとRNAは、それぞれデオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドと呼ばれる異なるタイプのヌクレオチド単位から構成される。
オリゴヌクレオチド:二つ以上、好ましくは三つ以上、通常は十つ以上のDNAおよび/またはRNAを含む分子である。13つのヌクレオチド単量体より長いオリゴヌクレオチドはポリヌクレオチドとも呼ばれる。正確なサイズが多くの因子に依存し、その因子がオリゴヌクレオチドの最終的な機能または使用に依存する。オリゴヌクレオチドは、化学合成、DNA複製、RNA転写、逆転写、またはその組合せを含むいずれかの方式で生成され得る。
ヌクレオチドアナログ:アデニン(A)、チミン(T)、グアニン(G)、シトシン(C)またはウラシル(U)によって構造が異なるが、核酸分子における通常のヌクレオチドを置き換えるほど十分に類似しているプリンまたはピリミジンヌクレオチドである。
核酸組成物:核酸組成物は、一本鎖または二本鎖の分子構造におけるDNAまたはRNA配列、あるいは混合型DNA/RNA配列などのオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドという。
遺伝子:オリゴヌクレオチドまたはポリ塩基配列がRNAおよび/またはポリペプチド(タンパク質)をコードする核酸組成物である。遺伝子はRNAまたはDNAであってもよい。遺伝子は、小分子のヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)、rRNA、tRNA、snoRNA、snRNA、およびそのRNA前駆体と誘導体などの非コードRNAをコードしてもよい。あるいは、遺伝子は、メッセンジャーRNA(mRNA)およびそのRNA前駆体と誘導体など、タンパク質/ペプチド合成に重要なタンパク質コードRNAをコードしてもよい。遺伝子は、少なくともマイクロRNAまたはshRNA配列を含むタンパク質コードRNAをコードする場合もある。
RNA転写一次産物:RNA処理または修飾することなく遺伝子から直接転写されるRNA配列であり、mRNA、hnRNA、rRNA、tRNA、snoRNA、snRNA、プレマイクロRNA、ウイルスRNAおよびそのRNA前駆体と誘導体からなる群から選択されてもよい。
前駆体メッセンジャーRNA(pre‐mRNA):タンパク質コード遺伝子のRNA転写一次産物であり、転写という細胞内メカニズムを介して真核生物において真核生物のII型RNAポリメラーゼ(Pol‐II)メカニズムにより生成される。pre‐mRNA配列は、5’‐非翻訳領域(UTR)、3’‐UTR、エクソンとイントロンを含む。
イントロン:非タンパク質読み取りフレームをコードする遺伝子転写配列の一部であり、例えば、インフレームイントロン、5’‐UTRと3’‐UTRがある。
エクソン:タンパク質読み取りフレーム(cDNA)をコードする遺伝子転写配列の一部であり、例えば、細胞遺伝子のcDNA、増殖因子、インスリン、抗体およびそのアナログ/ホモログと誘導体がある。
メッセンジャーRNA(mRNA):pre‐mRNAエクソンの集合体であり、イントロン除去の後に細胞内RNAスプライシングメカニズム(スプライソソーム)により形成され、ペプチド/タンパク質合成用のタンパク質コードRNAとして働く。mRNAでコードされるペプチド/タンパク質は、酵素、増殖因子、インスリン、抗体およびそれらアナログ/ホモログと誘導体を含むが、これに限定されない。
相補DNA(cDNA):mRNA配列に相補的な配列を含み、イントロン配列を含まない一本鎖または二本鎖DNAである。
センス:ホモログmRNAと同じ配列順序と組成物を有す核酸分子である。センス構造は、「+」、「s」または「センス」の符号で示す。
アンチセンス:それぞれのmRNA分子に相補的な核酸分子である。アンチセンス構造は、「−」または「*」の符号として示し、あるいはDNAまたはRNAの前の「a」または「アンチセンス」で示し、例えば、「aDNA」または「aRNA」とする。
塩基対(bp):二本鎖DNA分子におけるアデニン(A)とチミン(T)、またはシトシン(C)とグアニン(G)の組合である。RNAにおいて、ウラシル(U)がチミンに置換される。一般に、この組合が水素結合を介して形成する。
塩基対(bp):二本鎖DNA分子におけるアデニン(A)とチミン(T)、またはシトシン(C)とグアニン(G)の組合である。RNAにおいて、ウラシル(U)がチミンに置換される。一般に、この組合が水素結合を介して達成する。例えば、センス塩基配列「5’‐A‐T‐C‐G‐U‐3’」は、そのアンチセンス配列「5’‐A‐C‐G‐A‐T‐3’」とともに完全な塩基対を形成することができる。
5’末端:一つのヌクレオチドの5’‐水酸基がホスホジエステル連鎖で次のヌクレオチドの3’‐水酸基に結合される連続的ヌクレオチドの5’位置にヌクレオチドがない末端である。一つ以上のリン酸塩などの他の基が末端に存在することがある。
3’末端:一つのヌクレオチドの5’-水酸基がホスホジエステル連鎖で次のヌクレオチドの3’-水酸基に結合される連続的ヌクレオチドの3’位置にヌクレオチドがない末端である。他の基、通常は水酸基が末端に存在することがある。
鋳型:核酸ポリメラーゼにより複製されている核酸分子である。鋳型は、ポリメラーゼによっては、一本鎖でもよく、二本鎖または部分的に二本鎖でもよい。合成された複製物は、鋳型、あるいは二本鎖または部分的に二本鎖鋳型の少なくとも一本の鎖に相補的になる。RNAとDNAはどちらも、5’から3’への方向に合成される。二重鎖核酸の二本の鎖は、二本の鎖の5’末端(また、必要に応じて、そしては3’末端)が二重鎖と相対する末端にあるように、常に揃っている。
保存される:塩基配列は、事前選択された配列に対し厳密な補体に非ランダムにハイブリッド化すると、この事前選択された(参照された)配列に対して保存される。
ホモログまたはホモロジー:ポリヌクレオチドと遺伝子またはmRNA配列の間の類似性を示す用語である。核酸配列は、例えば遺伝子またはmRNA配列と部分的にまたは完全に相同(ホモログ)であってもよい。ホモロジーは、ヌクレオチドの合計数に対する類似のヌクレオチドの数量により決定される割合として示すことがある。
相補的または相補性または相補:上記「塩基対(bp)」ルールによって言及される二つのポリヌクレオチド(すなわち、mRNAとcDNAの配列)の間の一致した塩基対のことを指す用語である。例えば、配列「5’‐A‐G‐T‐3’」は、配列「5’‐A‐C‐T‐3’」と相補的であり、「5’‐A‐C‐U‐3’」とも相補的である。相補は、二つのDNA鎖、DNA鎖とRNA鎖、または二つのRNA鎖に存在することがある。相補性は、「部分的」、あるいは「完全的」または「全面的」であってもよい。部分的な相補性または相補は、塩基対形成ルールに応じて一部の核酸塩基のみが一致したときに起こる。完全的または全面的な相補性または相補は、核酸鎖の間に塩基が完全または完璧に一致するときに起こる。核酸鎖の間の相補性の度合いは、核酸鎖の間のハイブリッド化の効率と強度に重要な影響を及ぼす。これは、核酸の間の結合に依存する増幅反応と検出方法にとって特に重要である。百分率の相補性または相補は、核酸の一つの鎖における塩基全体に対する不一致の塩基の数量である。よって、50%の相補は、半数の塩基が不一致であり、他の半数の塩基が一致であることを意味する。核酸の二つの鎖について、塩基の数が異なる場合でも、この二つの鎖が相補的であり得る。この場合、より短い鎖の塩基と対を形成する鎖における塩基に対応するより長い鎖の部分に相補が起こる。
相補塩基:通常、DNAまたはRNAが二本鎖構造を採るときに対を形成するヌクレオチドである。
相補ヌクレオチド配列:他の一本鎖におけるヌクレオチドの配列と十分に相補であって、結果として生じる水素結合でこの二つの鎖の間に特定的にハイブリッド化する、DNAまたはRNAの一本鎖分子におけるヌクレオチドの配列である。
ハイブリッド化するとハイブリッド化:塩基対形成を介して複合体を形成するのに十分に相補的であるヌクレオチド配列間のデュプレックスの形成である。プライマー(またはスプライス鋳型)が標的(鋳型)と「ハイブリッド化」するところ、このような複合体(またはハイブリッド)が十分に安定になって、DNA合成を開始させるDNAポリメラーゼにより要求されるプライミング機能を達成する。競合的に抑制される二つの相補的なポリヌクレオチドの間に、特定の、すなわちランダムでない相互作用がある。
転写後遺伝子サイレンシング:mRNAの分解または翻訳抑制のレベルでの標的遺伝子のノックアウトまたはノックダウン効果であり、通常、外来/ウイルスDNAまたはRNAの導入遺伝子あるいは小分子の抑制性RNAのいずれかにより引き起こされる。
RNA干渉(RNAi):真核生物における転写後遺伝子サイレンシングのメカニズムであり、小分子の抑制性RNA分子、例えば、マイクロRNA(miRNA)、小分子のヘアピンRNA(shRNA)と小分子の干渉RNA(siRNA)により引き起こされる。これらの小分子RNA分子は、通常、遺伝子のサイレンサーとして機能し、小分子RNAに対して完全または部分的な相補性がある細胞内遺伝子の発現に干渉する。
遺伝子サイレンシング効果:遺伝子機能が抑制された後の細胞応答であり、細胞サイクル減衰、G0/G1‐チェックポイント捕らえ、腫瘍抑制、抗造腫瘍能、癌細胞アポトーシス、およびその組合せからなるが、これに限定されない。
非コードRNA(ncRNA):細胞内翻訳メカニズムを介してペプチドまたはタンパク質を合成するのに用いられないRNA転写物である。非コードRNAは、マイクロRNA(miRNA)、小分子のヘアピンRNA(shRNA)、小分子の干渉RNA(siRNA)と二本鎖RNA(dsRNA)などの長い調節RNA分子と短い調節RNA分子を含む。これらの調節RNA分子は、通常、遺伝子のサイレンサーとして機能し、非コードRNAと完全または部分的に相補性がある細胞内遺伝子の発現に干渉する。
マイクロRNA(miRNA):マイクロRNAの配列と部分的な相補性がある標的遺伝子転写物(mRNA)に結合可能な一本鎖RNAである。成熟したマイクロRNAは、通常、長さについて約17〜27のオリゴヌクレオチドのサイズであり、マイクロRNAとその標的mRNAの間の相補性に応じて、直接細胞内mRNA標的を分解又はその標的mRNAのタンパク質への翻訳を抑制可能である。天然マイクロRNAは、ほぼすべての真核生物に見られ、ウイルス感染に対する防御として機能し、植物と動物の発育において特定の遺伝子発現の調節を可能にする。原則として、一つのマイクロRNAは複数の標的mRNAを標的として完全な機能性を実現することが多い一方、複数のmiRNAは、同じ遺伝子転写物を標的として遺伝子サイレンシングの効果を強化することも可能である。
マイクロRNA前駆体(Pre‐miRNA):細胞内RNaseIII型ダイサーエンドリボヌクレア−ゼと相互作用して、成熟したマイクロRNA配列と完全または部分的な相補性がある標的遺伝子または特定の群の標的遺伝子をサイレンシングできる一つまたは複数の成熟したマイクロRNA(miRNA)を生成するためのステムアームとステムループ領域を有するヘアピン状の一本鎖RNAである。pre‐miRNAのステムアームは完璧に(100%)または部分的に(不一致の)二重鎖ハイブリッドを形成し得るが、ステムループが二重鎖ステムアームの一端を接続して、アルゴノートタンパク質(AGO)でRNA誘導型サイレンシング複合体(RISC)に組み込むのに必要な円形またはヘアピンループの構造を形成する。
小分子の干渉RNA(siRNA):約18〜27の完璧に塩基対形成された二重鎖リボヌクレオチドのサイズであり、ほぼ完璧な相補性がある標的遺伝子転写物を分解可能な短い二本鎖RNAである。
小分子または短いヘアピンRNA(shRNA):不一致のループオリゴヌクレオチドで分裂されてヘアピン状の構造を形成する一対の部分的または完全に一致するステムアームヌクレオチド配列を含む一本鎖RNAである。多くの天然miRNAは、ヘアピン状のRNA前駆体、すなわち前駆体マイクロRNA(pre‐miRNA)により誘導される。
ベクター:異なる遺伝環境での運動と滞在が可能である組換えDNA(rDNA)のような組換え核酸組成物である。一般に、他の核酸がそこに連動的に連結される。ベクターは、ベクターとその接続されたセグメントが複製される細胞における自律的な複製が可能である。一つのタイプの好ましいベクターは、エピソーム、すなわち、染色体外複製が可能である核酸分子である。好ましいベクターは、核酸の自律的な複製と発現を可能とするものである。ここで、一つ以上のポリペプチドおよび/または非コードRNAに対して遺伝子エンコーディングの発現を誘導可能なベクターを「発現ベクター」または「発現可能ベクター」という。特に重要なベクターは、逆転写酵素によって生成されるmRNAからのcDNAのクローニングを可能にする。ベクターは、ウイルスまたはII型RNAポリメラーゼ(Pol‐IIまたはpol‐2)プロモーター、あるいはその両方、コザックコンセンサス翻訳開始部位、ポリアデニル化シグナル、複数の制限/クローニング部位、複製のpUC起源、複製可能な原核細胞において少なくとも薬剤耐性菌遺伝子を発現するSV40初期プロモーター、哺乳動物細胞における複製用の任意なSV40起源、および/またはテトラサイクリン応答性エレメントからなる成分を含んでも良い。ベクターの構造は、プラスミド、ウイルスベクター、トランスポゾン、レトロトランスポゾン、DNA導入遺伝子、ジャンプ遺伝子、およびその組合せからなる群から選ばれる線形または円形の一本または二本鎖DNAであってもよい。
プロモーター:ポリメラーゼ分子が認識もしくは結合し、RNA転写を開始する核酸である。本発明の目的では、プロモーターは、既知のポリメラーゼまたはその補因子結合部位、促進剤など、所望のポリメラーゼでRNA転写物の合成を開始できるあるゆる配列であってもよい。
シストロン:アミノ酸残基配列をコードし、上流と下流のDNA発現制御要素を含むDNA分子におけるヌクレオチド配列である。
イントロン切除:RNAスプライシング、エキソソーム消化、ナンセンス媒介腐敗(NMD)プロセシング、およびその組合せを含むRNAプロセシング、成熟と分解を担う細胞メカニズムである。
RNAプロセシング:RNAスプライシング、イントロン切除、エキソソーム消化、ナンセンス媒介腐敗(NMD)、RNA編集、RNAプロセシング、およびその組合せを含むRNA成熟、修飾と分解を担当する細胞メカニズムである。
標的細胞:体細胞、組織、幹細胞、生殖細胞、奇形腫細胞、腫瘍細胞、癌細胞、およびその組合せからなる群から選択される一つまたは複数の人類の細胞である。
癌組織:皮膚癌、前立腺癌、乳腺癌、肝臓癌、肺癌、脳腫瘍/癌、リンパ腫、白血病およびその組合せからなる群に由来する腫瘍性組織である。
遺伝子輸送:ポリソームトランスフェクション、リポソームトランスフェクション、化学トランスフェクション、エレクトロポレーション、ウイルス感染、DNA組み換え、トランスポゾン挿入、ジャンプ遺伝子挿入、マイクロ注入、遺伝子銃侵入、およびその組合せからなる群から選択される遺伝子工学の方法である。
遺伝子工学:DNA制限と連結、ホモログ組み換え、導入遺伝子組み込み、トランスポゾン挿入、ジャンプ遺伝子統合、レトロウイルス感染、およびその組合せからなる群から選択されるDNA組み換え方法である。
細胞サイクルレギュレータ:細胞分裂と増殖速度の制御に関与する細胞遺伝子であり、CDK2、CDK4、CDK6、サイクリン、BMI‐1、p14/p19Arf、p15Ink4b、p16Ink4a、p18Ink4c、p21Cip1/Waf1、p27Kip1、およびその組合せを含むが、それに限定されない。
腫瘍抑制効果:細胞抗腫瘍および/または抗癌メカニズムと応答であり、細胞サイクル減衰、細胞サイクル停止、腫瘍細胞成長抑制、細胞造腫瘍能抑制、腫瘍/癌細胞変換抑制、腫瘍/癌細胞アポトーシス誘発、正常細胞復元誘導、高悪性度癌細胞のより良性な低悪性度状態への再プログラム(腫瘍退行)、およびその組合せを含むが、それに限定されない。
癌治療効果:薬物治療から得られた細胞応答および/または細胞メカニズムであり、癌遺伝子発現の抑制、癌細胞増殖の抑制、癌細胞浸潤および/または移動の抑制、癌転移の抑制、癌細胞死の誘発、腫瘍/癌発生の防止、癌再発の防止、癌進行の抑制、損傷した組織細胞の修復、高悪性度癌のより良性な低悪性度状態への再プログラム(癌退行/寛解)、およびその組合せを含むが、それに限定されない。
遺伝子サイレンシング効果:遺伝子機能が抑制された後の細胞応答であり、癌遺伝子発現の抑制、細胞増殖の抑制、細胞サイクル停止、腫瘍抑制、癌退行、癌防止、細胞アポトーシス、細胞修復および/または活性化、細胞再プログラム、疾患細胞の相対正常状態への再プログラム(自然治癒)、およびその組合せからなるが、それに限定されない。
癌復帰:インビトロ、生体外または生体内で高悪性度癌の悪性特性を相対的に正常な低悪性度状態にリセットする再プログラムメカニズムである。
抗体:事前選択された配位子を結合可能な受容体をコードする、事前に選択、保存されるドメイン構造を有するペプチドまたはタンパク質分子である。
ヒト変性疾患(HDD):HDDは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、白血病、リンパ腫、多くの種類の癌および老化関連の疾患を含むが、それに限定されない。
医薬および/または治療応用:診断、幹細胞生成、幹細胞研究および/または治療法開発、組織/臓器修復および/または活性化、創傷治癒治療、腫瘍抑制、癌治療および/または防止、疾患治療、薬物生産、およびその組合せに役立つ生物医学上の利用、デバイスおよび/または機器である。
B.組成物と応用
5’末端に5’‐UAAGUGCUUC CAUGUUU‐3’(SEQ.ID.NO.7)の共有配列があるmiR‐302状のpre‐miRNA、shRNAおよび/またはsiRNAを使用して、さらに塩基性線維芽細胞増殖因子(bFGF)/線維芽細胞増殖因子2(FGF‐2)、白血病阻害因子(LIF)、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/beta‐カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)を含むがそれに制限されていない創傷治癒関連の特定の因子と併せて使用して、インビトロで成体幹細胞(ASC)の拡大および/または誘導を誘発する組成物とその使用方法である。その結果得られた増幅されたASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、多くの種類の癌と老化を含むがそれに限定されない様々な老化と細胞障害関連のヒトの疾患の治療に役立つ。
原則として、本発明は、生体内皮膚創傷治癒モデルにおいて最近発見された誘導性対称ASC分裂の新規なメカニズムに関する(LinのU.S.9,879,263号と米国特許出願第15/661,346号)。しかし、本発明者らの以前の発明は、インビトロでASC拡大を誘発するためにmiR‐302とともに使用する必要がある特定の因子を明らかにしない。この問題を克服するように、本発明は、さらに、インビトロでの誘導されたASC拡大のメカニズムに関与するすべての必須及び任意な特定の因子を開示する。
本特許または出願は、少なくとも一つの着色図面を含む。着色図面付き本特許または特許公報のコピーは、希望に応じて必要な経費を支払うことでUSPTOにより提供される。
特に、制限ではなく例示のためのみの図面は、以下の通りである。
図1は、miR‐302を媒介とした生体内の完璧(無傷)な創傷治癒メカニズムの提案モデルを示す。 図2は、生体内で分離された二つの異なる組織試料において差動的に発現された遺伝子を見つける為のLCM-マイクロアレイ分析の技術を示す。例えば、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション機器(LCM)を使用して、異なる試料領域から得られた二つの異なるタイプの組織細胞を収集することができる。その後、各々のmRNA/cDNAライブラリーは、LCMにより細分化された各々の組織細胞試料から別々に増幅し、収集された後、さらに、それぞれマイクロアレイ分析に用いられる。このLCMマイクロアレイ手段を利用して、生体内分離CD34+ASC、インビトロ誘発iCD34+ASCと他の非ASC組織細胞の間にある差動遺伝子発現パターンを研究し対比する。 図3は、抗生物質軟膏のみによる治療(最上行)、抗生物質軟膏と1mg/mLのmiR‐434‐擬似siRNAによる治療(2行目)、抗生物質軟膏と1mg/mLの分離されたmiR‐302前駆体による治療(3行目)、および抗生物質軟膏と5mg/mLの分離されたiPSC溶解液(最下行)の間の生体内創傷治癒速度の対比を示す。試料数量について、miR‐302とiPSC溶解液治療組においてn=12であり、空白コントロール(軟膏のみ)とmiR‐434治療組においてn=6である。 図4は、(A)iPSC溶解液(青いダイヤモンド)、(B)miR‐302前駆体(miR‐302;赤い正方形)、(C1)抗生物質軟膏のみ(空白コントロール;緑色の三角形)、および(C2)miR‐434‐擬似siRNA(紫色のクロス)の治療後の創傷癒合率(%)の経時的結果を示す。この結果は、iPSC溶解液とmiR‐302治療はいずれもが生体内で快速創傷治癒率を大きく向上させるが(p<0.01)、他のコントロールでは向上することができないことを実証している。 図5は、治療されない(最上部、190‐CR3)とmiR‐302により治療された(最下部;190‐BR2)生体内での皮膚試料の間の創傷治癒結果の対比を示す。分離されたpre‐miR‐302(20〜1000μg/mL)は、抗生物質軟膏とともに配合され、生体内で直接豚の背中の皮膚における2cm×2cmの開いた傷に塗られる。治療から約2〜3週間後、治癒された傷試料の一部は、細分化されてさらに組織学的検査用の組織切片にする。この結果は、miR‐302により治療された試料(完璧な治癒レートn=6/6)に傷跡がないか非常に少ない(無傷)である一方、ほとんどの治療されない(抗生物質軟膏のみで治療された)傷は大きな傷跡を残すことを示している。注目すべきは、治療されないコントロール傷と比較して、miR‐302により治療された試料(n=6/6)には非常に多量(≧40〜1000倍より多い)のCD34‐陽性の成体幹細胞集団(緑色蛍光抗体でラベル化されたCD34+ASC)が見つかっている。これらの結果は、miR‐302がCD34+ASC拡大と誘導を引き起こして組織修復と再生を強化する機能を持ち、ヒト変性疾患(HDD)に起因する病変に特に有利な治療効果があることを示している。 図6は、誘発されたインビトロでのCD34+ASC拡大と誘導の結果を示す。皮膚細胞解離とさらなる順次希釈をして単独の細胞コロニーを取得した後、CD34+ASCは、抗CD34による抗体蛍光免疫細胞化学染色を使用して確認された(最上部のパネル;緑色)。さらに、miR‐302と確認された特定の因子(例えば、bFGF/FGF2、LIF、および他の任意な創傷治癒の関連因子)を含む確立された培養条件で、これらの分離されたCD34+ASCを繰り返しインビトロで培養し増幅させる(左下の写真)。このように得られた増幅CD34+ASC(iCD34+ASCと呼ばれる)をさらに皮膚と神経外胚葉系譜におけるいくつかの異なる組織細胞タイプに分化してもよい(右下の写真)(n=25、p<0.001)。 図7は、生体内でiCD34+ASCをNOD−SCIDマウスに移植した結果を示す(n=3)。5×10個のiCD34+ASCを尾静脈注射により各々のマウスに移植した。iCD34+ASCは、pLVX‐EF1alpha‐HcRed‐N1レンチウイルスベクターにより搬送された赤色蛍光タンパク質(RFP)で全てラベル化された。移植から約3週間後、すべての主要な臓器と組織を別々に収集し組織切片スライドにした後、IHC染色と顕微鏡検査に使用して生体内で移植されたiCD34+ASC拡大ポーチとiCD34+ASCにより分化された組織細胞(すべてが赤色でラベル化された)を確認した。ここで三つの主要な分化された組織タイプを示すが、最新の結果に見られるiCD34+ASCにより分化された組織細胞のタイプは、骨髄、脳、心臓、肺、脾臓、甲状腺、腎臓、および肝臓を含むが、それに限定されておらず、その中で、ほとんどが外胚葉または中胚葉から由来し、内胚葉系譜から由来することは少ない。
以下の実験開示において、下記の略語を適用する。M(モル)、mM(ミリモル)、μm(マイクロモル)、mol(モル)、pmol(ピコモル)、gm(グラム)、mg(ミリグラム)、μg(マイクログラム)、ng(ナノグラム)、L(リットル)、ml(ミリリットル)、μl(マイクロリットル)、℃(摂氏度)、RNA(リボ核酸)、DNA(デオキシリボ核酸)、dNTP(デオキシリボヌクレオチドトリリン酸塩)、PBS(リン酸緩衝液)、NaCl(塩化ナトリウム)、HEPES(N‐2‐ヒドロキシエチルピペラジン‐N‐2‐エタンスルホン酸)、HBS(HEPES緩衝液)、SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)、トリスHCl(トリスヒドロキシメチルアミノメタン塩酸塩)、ATCC(米国タイプの培養収集、Rockville、MD)、hESC(ヒト胚性幹細胞)、および iPSC(誘導性多能性幹細胞)である。
1.インビトロでのCD34 + ASCの単離、培養と拡大
開始CD34+ASCは、本発明者らのプロトコルに従って毛包から(Lin他、2011)、またはAasenのプロトコルを使用して酵素解離皮膚細胞から(Nat.Protocols 5、371〜382、2010)得られても良いし、単にヘパリンにより治療された周辺血液細胞のバフィーコート部分から得られてもよい。組織試料は新鮮に保持し、すぐに4mg/mLのコラゲナーゼIと0.25%のTrypLEの混合物で細胞密度に応じて15〜45分間処理し、HBSS含有トリプシン抑制剤で2回洗浄した後、0.3mLのフィーダーフリーMSC拡大SFM培養媒質(ASC培養媒質、IrvineScientific、CA)を含有する新しい滅菌されたマイクロチューブに転送しなければならない。その後、マイクロチューブインキュベータに37℃で1分間振ることにより細胞をさらに解離し、配合されたmiR‐302/pre‐miR‐302、LIF、およびbFGF/FGF2、または他の任意な特定の因子を補充した、1mLのフィーダーフリーMSC拡大SFM培養媒質を含有する35mmのマトリゲルで被覆した培養皿に0.3mLの細胞懸濁液全体を転送した。利用するmiR‐302/pre‐miR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および他の任意な特定の因子の濃度はそれぞれ0.001マイクログラム/mL〜500マイクログラム/mL(0.001〜500μg/mL)であり、最も好ましくは、ASC培養媒質における利用する濃度は、miR‐302/pre‐miR‐302について10〜200マイクログラム/mL(10〜200μg/mL)であり、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子について2〜20ナノグラム/mL(2〜20ng/mL)である。ASC培養媒質とすべての補充物を3〜4日あたり更新する必要がある。CD34+ASCを多くのポーチ状の拡大コロニーに成長させ、別々に収集し、さらに、細胞をTrypLEに1分間曝してHBSS含有トリプシン抑制剤で2回洗浄することにより約50%〜60%が合流するように継代させることができる。より多くのASC拡大のため、配合されたpre‐miR‐302、LIF、bFGF/FGF2、および/または他の任意な特定の因子を補充した新たなASC培養媒質に分離されたCD34+ASCを1:5〜1:500の希釈度で再配置した。
2.マイクロRNAとPre-miRNAの単離と調製
Lin SLのプロトコルに従って、天然miR‐302とpre‐miR‐302をhESCとiPSCのいずれかまたはその両方の細胞質から抽出することができる(Lin SL、2018)。細胞質を収集するために、超遠心分離によりESCまたはiPSCを4℃で30分間かけて17,500gで分断し、さらに、製造者の指示に従って、懸濁液を0.01のミクロンの超フィルターカラム(30kDa/100ヌクレオチド‐カットオフ、Amicon Ultra‐0.5 30K)に通すことによりろ過する(Millipore、Billerica、MA)。それぞれ10〜12億個のESCまたはiPSCからほぼ0.8〜1mLのESCまたはiPSCの細胞質を復元することができる。miR‐302とpre‐miR‐302を抽出するために、さらに、ESCまたはiPSCの細胞質を0.001ミクロンのナノフィルターカラム(3kDa/10ヌクレオチド‐カットオフ、Amicon Ultra‐0.5 3K)で純化し通液部分から復元される一方、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)によるさらなる純化をするために、すべての小分子RNAをナノフィルターに収集し二重オートクレーブによりDEPCで処理されたddHO(pH5.5〜5.6)に溶解する。このように得られた小分子RNAのサイズは、pre‐miRNA/miRNAといくつかのtRNAを含めて約10〜110のヌクレオチド(または3〜30kDa)の範囲にある。miRNAマイクロアレイ分析を使用して、90%以上の分離された小分子RNAがpre‐miR‐302とmiR‐302であることを確認し、これがESCとiPSCにおける最も豊富で安定した小分子RNAである。あるいは、天然miRNAs/pre‐miRNAの代わりに、合成のmiR‐302-擬似siRNAおよび/またはshRNAを使用してもよい。さらに、miR‐302/pre‐miR‐302の生産と抽出に、ESCとiPSCの代わりに細菌性細胞を使用してもよい。
3.miRNAマイクロアレイとRT−qPCR分析
まず、分離された小分子RNAの純度と量をUV260nm/280nmで2%〜3%の低融点アガロースゲル電気泳動と分光光度計により評価した(Bio−Rad、Hercules、CA)。そして、各々の試料から分離された約10μgの小分子RNAを使用して、LC Sciences(San Diego、CA)によりマイクロ配列分析をそれぞれ行った。各々のマイクロアレイチップをCy3またはCy5染料でラベル化された単一試料によりハイブリッド化した。製造者のプロトコルに従って背景差分、データ正規化と統計計算を行った。デュアル試料測定について、p値計算を行って3倍以上の差をつけて発現した転写物の一覧(黄色‐赤シグナル)を作成した。RT−qPCRについて、製造者の指示に従って、hsa‐miR‐302aに対する一連のTaqManプライマーとそれに関連するReal−Time PCRキット(Life Technologies、Grand Island、NY)を使用した。ABI7300 Real−Time PCRシステムでシグナルを検出した(Applied Biosystems、Life Technologies)。
4.免疫染色測定
既報の通り、組織試料を埋め込み、切片し免疫染色した(Linなど、2008と2010)。主な抗体は、緑色蛍光染料でラベル化したCD34の抗体である(Santa Cruz&Sigma)。あるいは、蛍光染料でラベル化したヤギの抗ウサギ抗体または馬の抗マウス抗体を二次抗体として使用した(Invitrogen‐Molecular Probes、Carlsbad、CA)。Metamorph撮像プログラム(Nikon)で蛍光80i顕微鏡の定量システムに100倍または200倍の倍率で陽性結果を検査し分析した。
5.バイサルファイトDNA配列決定
DNA単離キット(Roche)を使用して2,000,000個以下の細胞からゲノムのDNAを分離し、1μgの分離されたDNAをさらに製造者の示唆に従って、バイサルファイト(CpGenomeDNA修飾キット、Chemicon、Temecula、CA)で処理した。バイサルファイト処理は、すべてのメチル化されないシトシンをウラシルに変換した一方、メチル化されたシトシンをシトシンとして残した。バイサルファイトDNA配列決定について、PCRプライマーの5’‐GAGGCTGGAG CAGAAGGATT GCTTTGG‐3’(SEQ.ID.NO.12)と5’‐CCCTCCTGAC CCATCACCTC CACCACC‐3’(SEQ.ID.NO.13)で遺伝子Oct4のプロモーター領域を増幅させた。PCRについて、バイサルファイト修飾したDNA(50ng)を1xPCR緩衝液にプライマー(総計100pmol)と混合し、2分間かけて94℃に加熱した後、すぐに、氷で冷やした。次に、高精度拡大PCRキット(Roche)により94℃で1分間、70℃で3分間のように、PCRを25サイクル行った。正しいサイズのPCR産物をさらに3%のアガロースゲル電気泳動で分留し、ゲル抽出フィルタ(Qiagen)で純化して、DNA配列決定に用いた。その後、変換したDNA配列における変化しないシトシンを未変換のDNA配列と比較することにより、DNAメチル化部位の詳しいプロファイルを作成した。
6.フローサイトメトリー
1mlの事前冷却されたメタノールの70%のPBSにおいて−20℃で再懸濁により1時間かけて細胞のトリプシン化、顆粒化、固定を行った。それらの細胞を顆粒化し、1mlのPBSで1度洗浄した後、再度顆粒化し、1mlの1mg/mlのヨウ化プロピジウム、0.5μg/mlのPBSにおけるRNAseに37℃で30分間再懸濁した。その後、約15,000個の細胞をBD FACSCalibur(San Jose、CA)上で分析した。パルス面積に対しるパルス幅をプロットし単一細胞をゲーティングすることにより、細胞ナダブレットを排除した。「Watson Pragmatic」アルゴリズムによるソフトウェアパッケージFlowjoを使用して収集されたデータを分析した。
7.皮膚創傷治癒モデルと生体内CD34 + ASC拡大
ランドレースは、中東欧諸国に最も多く存在する垂れ耳の白い豚の品種である。皮膚創傷モデルの確立に用いられた雄のランドレース豚は、特別に指定された人員と充分な資格のある獣医師に監督されるATITにより提供しケアをした。それらの監視の下、台湾の動物愛護法に従った適切なケアをした上でこれらの動物を提供した。これらの豚は、平均3カ月の年齢があり、それぞれ18〜23kgの体重を持つ。研究の最後に、すべての動物を安楽死させた。
Zoletil50(6mg/kg)を使用して動物を安楽死させ、後で背中を剃った。滅菌された手術用メスで六つ(6)の全層正方形の傷(各々が2cm×2cmまたは4cm)を生成し、各動物の右側と左側にそれぞれ三つの傷を付けた。各傷は、それぞれ、(A)iPSC溶解液(5mg/mL)、(B)配合されたmiR‐302前駆体(1mg/mL)と(C1)空白、または(C2)miR‐434siRNA(1mg/mL)を含有する0.5mLの抗生物質軟膏で局所処置を受けた。0、1、2、3、4、5、7、9、11、14と17日目に処置を行った。0、1、2、3、4、5、7、9、11、14、17と20日目にソニーのDSC−H9カメラで各傷の写真を撮った。各時点の傷の面積は、画像処理ソフトウェアのImage Pro Plus 7.0を用いて決定した。各処置時点の創傷治癒または癒合の割合は式(0日目の傷面積−N日目の傷面積)/0日目の傷面積×100に従って計算された。また、各傷から組織試料を収集し、H&E染色用の組織学切片の準備に用いられる前に、10%(v/v)のホルマリン溶液に浸した。
8.統計分析
すべてのデータを平均と標準偏差(SD)として示した。各試験組の平均値はMicrosoft ExcelのAVERAGEで計算した。SDはSTDEVで計算が行われた。データの統計分析を一元配置ANOVAにより行った。TukeyとDunnettのt事後測定を利用して各組のデータ差異の顕著さを確認した。p<0.05の場合、顕著であると考えられる(SPSS v12.0、Claritas Inc)。
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13.Xu RH、Peck RM、Li DS、Feng X、Ludwig TとThomson JA(2005)塩基性FGFとヒトES細胞のBMPシグナル維持の未分化増殖の抑制、Nat Methods、2、185〜190。
14.Ying QL、Nichols J、Chambers IとSmith A、(2003)、Idタンパク質のBMP誘発は、STATと共同で分化を抑制し胚性幹細胞の自己複製を継続させる、Cell、115、281〜292。
15.Ying SY、Fang WとLin SL、(2018)miR‐302を媒介とした誘導性多能性幹細胞(iPSC):複数の相乗的再プログラムメカニズム、Methods Mol. Biol.1733、283〜304。
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17.Linの欧州特許EP2198025。
18.Linの米国特許第9,387,251号。
19.Linの米国特許第9,394,538号。
20.Linの米国特許第9,422,559号。
21.Linの米国特許第9,567,591号。
22.Linの米国特許第9,879,263号。
23.Linの米国特願第12/318,806号。
24.Linの米国特願第13/572,263号。

Claims (24)

  1. (a)少なくともSEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAを提供することと、
    (b)少なくともLIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子を提供することと、
    (c)インビトロでの細胞培養条件下、(a)のSEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAと(b)のLIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子を混合させてCD34+ASCの拡大と誘導を誘発し維持することとを含む、CD34‐陽性の成体幹細胞(CD34+ASC)の拡大と誘導をインビトロで誘発する組成物と方法。
  2. 前記CD34+ASCは皮膚成体幹細胞である、請求項1に記載の方法。
  3. 前記CD34+ASCは造血幹細胞である、請求項1に記載の方法。
  4. 前記CD34+ASCは神経幹細胞である、請求項1に記載の方法。
  5. 前記CD34+ASCは、生体内で成体幹細胞ニッチまたはポーチを形成することができる、請求項1に記載の方法。
  6. 前記CD34+ASCは、造血、神経、皮膚、髪、甲状腺の組織細胞のタイプに分化できる、請求項1に記載の方法。
  7. 前記CD34+ASCは多能性を持つ、請求項1に記載の方法。
  8. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、少なくともヘアピン状のステムループ構造を含む、請求項1に記載の方法。
  9. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、少なくともヘアピン状のマイクロRNA前駆体を含む、請求項1に記載の方法。
  10. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはmiR‐302前駆体(pre‐miR‐302)である、請求項1に記載の方法。
  11. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはSEQ.ID.NO.1、SEQ.ID.NO.2、SEQ.ID.NO.3、またはSEQ.ID.NO.4、あるいはその組合せである、請求項1に記載の方法。
  12. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはmiR‐302擬似siRNAである、請求項1に記載の方法。
  13. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、CD34+ASCにおいて、さらにSEQ.ID.NO.8、SEQ.ID.NO.9、SEQ.ID.NO.10、またはSEQ.ID.NO.11に加工することができる、請求項1に記載の方法。
  14. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、AOF2(KDM1アールまたはLSD1とも呼ばれる)、DNMT1、HDAC2またはHDAC4を下方制御することができる、請求項1に記載の方法。
  15. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAはDNA脱メチル化を引き起こすことができる、請求項1に記載の方法。
  16. 前記SEQ.ID.NO.7を含む小分子RNAは、CD34+ASCの多能性を強化し維持することができる、請求項1に記載の方法。
  17. 前記LIFとbFGF/FGF2を含む創傷治癒関連の特定の因子は、さらに少なくとも、インスリン様成長因子(IGF)、上皮増殖因子(EGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、血管内皮増殖因子(VEGF)、トランスフォーミング増殖因子(TGF)、腫瘍壊死因子(TNF)、幹細胞因子(SCF)、ホメオボックスタンパク質(HOX)、ノッチ、GSK、Wnt/beta‐カテニンシグナル、インターロイキン、および/または骨形成タンパク質(BMP)から選択される任意の因子を含む、請求項1に記載の方法。
  18. 前記インビトロでの細胞培養条件は、37℃でのフィーダーフリーMSC拡大培養媒質である、請求項1に記載の方法。
  19. 前記インビトロでの細胞培養条件は、さらにマトリゲルを含む、請求項1に記載の方法。
  20. 前記CD34+ASCは創傷治癒に役立つ、請求項1に記載の方法。
  21. 前記CD34+ASCは新しい薬の発見に役立つ、請求項1に記載の方法。
  22. 前記CD34+ASCは医薬および/または治療応用の開発に役立つ、請求項1に記載の方法。
  23. 前記CD34+ASCは、アルツハイマー病、パーキンソン病、運動ニューロン疾患、ストローク、糖尿病、骨粗鬆症、心筋梗塞、血友病、貧血、AIDS、白血病、リンパ腫、脱毛、多くの種類の癌と老化の治療に有用な治療法の開発に役立つ、請求項1に記載の方法。
  24. 前記CD34+ASC拡大は、誘導性の対称的な成体幹細胞分裂メカニズムである、請求項1に記載の方法。
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