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JP2020505375A - サルコリピン発現を減少させ、筋ジストロフィおよび心筋症を予防および治療するための組成物および使用方法 - Google Patents

サルコリピン発現を減少させ、筋ジストロフィおよび心筋症を予防および治療するための組成物および使用方法 Download PDF

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JP2020505375A JP2019539776A JP2019539776A JP2020505375A JP 2020505375 A JP2020505375 A JP 2020505375A JP 2019539776 A JP2019539776 A JP 2019539776A JP 2019539776 A JP2019539776 A JP 2019539776A JP 2020505375 A JP2020505375 A JP 2020505375A
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ジェイ. バブー,ゴパル
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ラトガース,ザ ステート ユニバーシティ オブ ニュー ジャージー
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Abstract

細胞におけるサルコリピン(SLN)の発現または活性を阻害するため、ならびに被験体(例えばデュシェンヌ型筋ジストロフィ(DMD)を有するまたはDMDを有する素因があるヒト患者)においてDMD、およびいくつかの実施形態ではさらに心筋症を予防または治療するための組成物、組換えウイルス、および組換えウイルスベクターは、治療有効量のSLN阻害剤を含む。これらの組成物、組換えウイルス、および組換えウイルスベクターを使用する方法も本明細書に記載される。これらの組成物、組換えウイルス、および組換えウイルスベクターならびに使用方法は、SLNの発現および/または活性の低下に基づくDMDおよび関連する心筋症の新規治療法を提供する。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2017年1月23日に出願された米国仮特許出願第62/449,371号、2017年10月20日に出願された米国仮特許出願第62/575,089号、および2017年11月21日に出願された米国仮特許出願第62/589,273号の優先権を主張するものであり、それらの開示は、全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、EFS−Webを介してASCII形式で提出されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。2018年1月22日に作成された前記ASCIIコピーは、096738−00567_ST25.txtと名付けられ、3.7キロバイトの大きさである。
連邦政府による資金提供を受けた研究
本発明は、アメリカ国立衛生研究所によって授与された助成金番号1R01AR069107−01A1の下で政府支援を受けてなされた。米国政府は本発明において一定の権利を有する。
発明の分野
本発明は、一般に医学、分子生物学、およびウイルス学の分野に関する。特に、本発明は、細胞におけるサルコリピン(SLN)発現を減少させ、被験体におけるデュシェンヌ型筋ジストロフィ(DMD)および関連する心筋症を予防および治療するための組成物、ベクター、ウイルス、キットおよび方法に関する。
筋ジストロフィの最も一般的で重篤な形態であるDMDは、筋肉中のジストロフィンタンパク質の欠損によって引き起こされるX連鎖疾患であるDMDは、男性3,600人におよそ1人が罹患する衰弱性疾患である。DMDは、10代後半または20代前半までに死に至る、筋力低下、歩行の喪失ならびに最終的な呼吸および心臓への影響(呼吸不全および心不全に陥る)を特徴とする筋ジストロフィの一形態である。DMDは主に神経筋障害として分類されるが、心臓病がその病因に決定的な役割を果たす。ほとんどすべてのDMD患者は、特に10歳代の間に臨床的な心臓症状を示す。呼吸サポートは改善されたが、心筋症(心不全および不整脈につながる)は罹患率および死亡率のますます重要な原因になっている。現在のところ、DMDの治療法はない。ジストロフィン発現の回復、エクソンスキッピング、幹細胞置換療法、類似体上方調節および遺伝子置換を含む治療戦略は、呼吸器および心臓の組織および線維化を対象とする大きな課題に直面している。したがって、DMD患者の疾患の進行を防止するまたは遅らせる新しい治療法が必要とされている。
蓄積された証拠は、細胞内Ca2+(Ca2+i)の異常な上昇が、DMDにおいて疾患進行を開始させ、持続させる重要な初期病原性事象であることを示唆する。筋小胞体のCa2+ATPアーゼ(SERCA)ポンプの正常な機能は、サイトゾルからのCa2+除去および適切な筋収縮の70%以上を占める。したがって、SERCA活性の低下は、DMDにおけるCa2+i過負荷および筋機能不全の主要な原因と見なされてきた。
被験体(例えばDMD、心筋症、またはDMDと心筋症を有する被験体)におけるSLN発現または活性を低下させ、ならびに被験体においてDMDを、いくつの実施形態では心筋症も、予防、改善または治療するための組成物、ベクター、ウイルス、キットおよび方法を本明細書で説明する。組成物、ベクター、ウイルス、キット、および方法にはすべて、SLNの発現または活性の阻害剤が含まれる。SLNはSERCAポンプの阻害剤である。DMD患者および動物モデルの筋肉中でSLNが異常に上昇すること、SLNの上方調節がDMDの骨格筋および心筋の両方でSERCA機能不全の分子基盤であること、ならびにSLNがDMDにおける横隔膜および骨格筋病変ならびに心筋症の治療のための治療標的であることが発見された。ここで述べる実験結果は、DMDのより重度のジストロフィン/ユートロフィン二重欠損(mdx:utr−/−)マウスモデルにおいて、SLN遺伝子の1つの対立遺伝子の生殖系列不活性化がSLN発現を正常化し、SERCA機能を回復し、骨格筋および心臓病変を軽減し、筋再生を改善し、寿命を最大5倍延長させたことを実証する。これらの所見を治療戦略につなげるために、1ヶ月齢のmdx:utr−/−マウスにおいてAAV媒介RNA干渉を介してSLN発現をノックダウンした。rAAV処置は、SLN発現を著しく減少させ、筋病変を減弱させ、横隔膜、骨格筋、および心機能を改善した。これらのデータは、SLN減少がDMDのための治療アプローチであることを示す。
したがって、細胞におけるサルコリピン(SLN)発現または活性を低下させるための治療有効量で、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含むrAAVベクターを含む組換えAAV(rAAV)を本明細書で説明する。核酸配列は、例えば配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11のうちの1つであり得る。rAAVは、例えば血清型9(AAV9)であり得る。
これらのrAAVのいずれかを含む組成物も本明細書で述べる。本明細書で述べる組成物は、μ−dysをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む第2のrAAVベクターを含む第2のrAAVをさらに含むことができる。第2のrAAVは、例えば血清型9(AAV9)であり得る。
さらに、細胞におけるSLN発現または活性を減少させるための治療有効量で、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む組換えウイルスベクターを含む組換えウイルスを含む組成物を本明細書で述べる。組成物は、μ−dysをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む第2の組換えウイルスベクターを含む第2の組換えウイルスをさらに含むことができる。
さらに、細胞におけるSLN発現を減少させる方法を本明細書で説明する。この方法は、本明細書で述べるように、細胞を任意のrAAVと接触させることを含む。
被験体(例えば哺乳動物)においてデュシェンヌ型筋ジストロフィ(DMD)を予防または治療する方法も本明細書で述べる。この方法は、本明細書で述べる任意のrAAVを被験体に投与することを含む。典型的な実施形態では、本明細書で述べるrAAVのいずれかの投与は、被験体において関連する心筋症を予防または治療する。この方法では、本明細書で述べるrAAVまたは組成物を、例えばDMDの症状または病変の発症前に、被験体に投与することができる。この方法では、被験体(例えば哺乳動物)に、例えば注射によってrAAVまたは組成物を投与する。
被験体(例えば哺乳動物)における心筋症を治療する方法を本明細書でさらに説明する。この方法は、本明細書で述べるようにrAAVまたは組成物を被験体に投与することを含む。
また、細胞におけるSLN発現を減少させるため、または被験体においてDMDを予防または治療するためのキットを本明細書で説明する。キットは、本明細書で述べる1つ以上のrAAV、または本明細書で述べる組成物、使用説明書、および包装を含む。
本明細書で使用される場合、「タンパク質」および「ポリペプチド」は、長さまたは翻訳後修飾、例えばグリコシル化、リン酸化、アセチル化またはニトロシル化に関わりなく、アミノ酸の任意のペプチド結合鎖を意味するために同義に使用される。
「サルコリピンタンパク質」、「SLNタンパク質」、「サルコリピンポリペプチド」および「SLNポリペプチド」という用語は、天然のヒトSLNタンパク質[MGINTRELFLNFTIVLITVILMWLLVRSYGY](配列番号1)、アクセッション番号、NP_003054.1などのSLN遺伝子の発現産物、または前記と少なくとも65%(しかし好ましくは75、80、85、90、95、96、97、98、または99%)のアミノ酸配列同一性を共有し、天然SLNタンパク質の機能的活性を示すタンパク質を意味する。タンパク質の「機能的活性」は、タンパク質の生理学的機能に関連するあらゆる活性である。例えば、天然SLNタンパク質の機能的活性には、SLNのリン酸化、脱リン酸化、ニトロシル化および/またはユビキチン化が含まれ得る。
本明細書で使用される「精製された」とは、他の多くの化合物または実体から分離されていることを意味する。化合物または実体(例えば核酸、タンパク質、ウイルス、ウイルスベクター)は、部分的に精製され得る、実質的に精製され得る、または純粋であり得る。化合物または実体は、他のすべての化合物または実体が実質的に除去されている、すなわち、好ましくは少なくとも約90%、より好ましくは少なくとも約91%、92%、93%、94%、95%、96%除去されている場合、純粋と見なされる。
「単離された」または「生物学的に純粋な」という語句は、その天然の状態で見出される通常それに付随する成分を実質的または本質的に含まない物質を指す。
本明細書で使用される場合、「SLN過剰発現」、「SLNの過剰発現」および「SLNの異常な上昇」という語句は、正常レベルまたは正常組織と比較してSLN mRNAおよびタンパク質発現のレベルの増加を意味するために交換可能に使用される。
「遺伝子」という用語は、特定のタンパク質をコードする核酸分子、または特定の場合には機能的または構造的RNA(リボ核酸)分子を意味する。
本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸分子」は、RNAおよびDNA(デオキシリボ核酸)などの2つ以上のヌクレオチドの鎖を意味する。
本明細書で使用される場合、「発現制御配列」という語句は、レシピエント細胞におけるコード配列の複製、転写および翻訳を調節する核酸を指す。発現制御配列の例には、プロモータ配列、ポリアデニル化(pA)シグナル、イントロン、転写終結配列、エンハンサー、上流調節ドメイン、複製起点、および内部リボソーム進入部位(「IRES」)が含まれる。「プロモータ」という用語は、RNAポリメラーゼが結合し、下流(3’方向)のコード配列の転写を開始させるDNA調節配列を指すために本明細書で使用される。
本明細書で使用される場合、「作動可能な連結」および「作動可能に連結された」という用語は、意図された方法で機能することを可能にするための、そのように記述された成分の物理的または機能的並置を指す。核酸と作動可能に連結された発現制御エレメントの例では、制御エレメントが核酸の発現を調節する関係にある。
「SLN遺伝子」、「SLNポリヌクレオチド」および「SLN核酸」という用語は、天然のヒトSLNをコードする核酸配列、例えば天然のヒトSLN遺伝子(RefSeqアクセッション番号:NM_003063.2)、SLN cDNAが転写され得る配列を有する核酸、および/または前記の対立遺伝子変異体およびホモログを意味する。この用語は、二本鎖DNA、一本鎖DNA、およびRNAを包含する。
本明細書で使用される場合、「shRNA」および「ショートヘアピンRNA」という用語は、RNA干渉(RNAi)を介して標的遺伝子発現をサイレンシングするために使用できるタイトなヘアピンターンを有する任意の人工RNA分子を意味する。shRNAは、「干渉RNA」および「RNA干渉分子」という用語に包含される。
「ベクター」は、関心対象の核酸を細胞の内部に送達するために使用できる物質の組成物であり、連結された別の核酸を輸送できる核酸分子を含む。直鎖状ポリヌクレオチド、イオン性または両親媒性化合物と会合したポリヌクレオチド、プラスミド、およびウイルスを含むがこれらに限定されない多数のベクターが当技術分野で公知である。したがって、「ベクター」という用語には、自律複製するプラスミドまたはウイルスが含まれる。ウイルスベクターの例には、AAVベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクターなどが含まれるが、これらに限定されない。発現構築物は、生細胞において複製することができ、または合成的に作製することができる。作動可能に連結された遺伝子の発現を指令することができるベクターは、しばしば「発現ベクター」と称される。本出願の目的のために、「発現構築物」、「発現ベクター」、および「ベクター」という用語は、本発明の適用を一般的な例示的意味で実証するために交換可能に使用され、本発明を限定することを意図しない。
組換え「ウイルスベクター」は、ウイルスから野生型ゲノムを除去する分子的方法を使用して、それを異種ポリヌクレオチド配列(例えば治療用遺伝子または他の治療用核酸発現カセット)などの非天然核酸で置き換えることによって、ウイルス(例えばAAV)の野生型ゲノムから誘導される。「組換えAAVベクター」または「rAAVベクター」または「rAAVベクターゲノム」は、AAVの野生型ゲノムから誘導される。典型的には、AAVの場合、野生型AAVゲノムの一方または両方の逆方向末端反復(ITR)配列がrAAVベクター内に保持される。組換えウイルスベクター(例えばrAAV)配列は、エクスビボ、インビトロまたはインビボで、細胞のその後の感染(形質転換)のためにウイルス(本明細書では「粒子」または「ビリオン」とも称される)にパッケージングすることができる。rAAVベクター配列がAAV粒子にキャプシド化またはパッケージングされる場合、粒子は「rAAV」と称され得る。そのような粒子またはビリオンは、典型的にはベクターゲノムをキャプシド化またはパッケージングするタンパク質を含む。特定の例には、ウイルスエンベロープタンパク質が含まれ、AAVの場合は、キャプシドタンパク質(VP1、VP2、VP3)が含まれる。本明細書で述べる実験では、試験したrAAVはAAV9.shSLNであった。本明細書で使用される場合、「血清型」という用語は、他のAAV血清型とは血清学的に異なるキャプシドを有するAAVを指すために使用される特徴である。血清学的特徴は、別のAAVと比較して、1つのAAVに対する抗体間の交差反応性の欠如に基づいて決定される。そのような交差反応性の違いは、通常、キャプシドタンパク質配列/抗原決定基の違いに起因する(例えばAAV血清型のVP1、VP2、および/またはVP3配列の違いに起因する)。組換えベクター(例えばrAAVベクターまたはプラスミド)、組換えウイルスまたはビリオン(組換えウイルス粒子)、ならびにその方法および使用は、任意のウイルス株または血清型を含む。rAAVベクターは、ベクターをパッケージングするキャプシドタンパク質の1つ以上とは異なるAAV血清型ゲノムに基づき得る。rAAVベクター(例えば組換えウイルスゲノム)を含むrAAV(粒子)は、異なる血清型、血清型の混合物、または異なる血清型のハイブリッドまたはキメラ、例えばAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、またはRh10血清型のVP1、VP2またはVP3キャプシドタンパク質などからの少なくとも1つのキャプシドタンパク質を含み得る。
「患者」、「被験体」および「個体」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、治療される、診断される、および/または生物学的試料を得るための哺乳動物(例えばヒト)被験体を意味する。典型的には、被験体は、DMDに罹患しているかまたは罹患する可能性があり、いくつかの実施形態では、DMDおよび関連する心筋症およびジストロフィ心筋症に罹患しているかまたは罹患する可能性がある。特定の実施形態では、被験体は青年男性である。別の特定の実施形態では、被験体は成人男性である。
本明細書で使用される場合、「結合する」、または「〜と相互作用する」とは、1つの分子が試料または生物中の特定の第2の分子を認識して付着するが、試料中の他の構造的に無関係な分子を実質的に認識しないまたはそれに付着しないことを意味する。一般に、第2の分子に「特異的に結合する」第1の分子は、その第2の分子に対して約10〜1012モル/リットルを超える結合親和性を有し、共有結合および非共有結合(水素結合、疎水性、イオン性、およびファンデルワールス)であり得る正確な「ハンドイングローブ」ドッキング相互作用を含む。
核酸、ペプチド、ポリペプチド、細胞、プローブまたは抗体に関して、「標識された」という用語は、検出可能な物質を核酸、ペプチド、ポリペプチド、細胞、プローブまたは抗体にカップリングする(すなわち物理的に結合する)ことによる核酸、ペプチド、ポリペプチド、細胞、プローブまたは抗体の直接標識を包含することを意図する。
核酸分子またはポリペプチドに言及する場合、「天然」という用語は、天然に存在する(例えば野生型(WT))核酸またはポリペプチドを指す。
本明細書で使用される場合、「治療薬」という用語は、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を治癒する、治療する、緩和する、軽減する、変化させる、矯正する、和らげる、改善する、または影響を及ぼすことができる任意の分子、化学物質、組成物、薬物、または生物学的作用物質を包含することを意図する。「治療薬」という用語には、shRNA、小分子、アンチセンス試薬、核酸、siRNA、抗体、酵素、ポリペプチド、ペプチド、組換えウイルス、有機または無機分子、天然または合成化合物などが含まれる。
本明細書で使用される場合、「治療」および「療法」という用語は、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を治癒する、治療する、緩和する、軽減する、変化させる、矯正する、和らげる、改善する、または影響を及ぼすことを目的とした、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を有する患者への治療薬の適用もしくは投与、または前記患者から単離された組織もしくは細胞株への治療薬の適用もしくは投与として定義される。本明細書で述べる組成物の方法および使用には、治療効果または有益な効果をもたらす治療方法が含まれる。本明細書に開示される組成物の方法および使用の特定の態様では、核酸の発現は、哺乳動物(例えばDMDに罹患しているヒト)に治療的利益を提供する。様々な実施形態では、1つ以上の有害な(例えば身体的)症状、障害、疾病、疾患、または疾患に起因するもしくは関連する合併症(例えばDMDに関連する心筋症)を阻害する、減少させる、または低減させることがさらに含まれる。
「治療有効量」および「有効投与量」という語句は、治療的に(例えば臨床的に)望ましい結果を生じさせるのに十分な量を意味する;例えば、結果は、細胞におけるSLNの発現または活性の低下、被験体(例えばヒトを含む哺乳動物)におけるDMDの予防または治療、DMDに罹患している被験体における心機能の増加などであり得る。
本明細書で使用される場合、「配列同一性」とは、サブユニットの一致を最大化するために、すなわちギャップと挿入を考慮して、2つの配列を整列させる場合、2つの配列の対応する位置にある同一のサブユニットの割合を意味する。配列同一性は、2つの配列の両方のサブユニット位置が同じヌクレオチドまたはアミノ酸で占められている場合に存在し、例えば2つのDNA分子のそれぞれにおいて所与の位置がアデニンで占められている場合、分子はその位置で同一である。例えば、10ヌクレオチド長の配列中の7つの位置が2番目の10ヌクレオチド配列中の対応する位置と同一である場合、2つの配列は70%の配列同一性を有する。配列同一性は、任意の適切な配列解析ソフトウェアを使用して測定することができる。
核酸分子中の突然変異に言及する場合、「サイレントな」変化とは、ヌクレオチド配列中の1つ以上の塩基対を置換するが、その配列によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は変化させないものである。「保存的」変化とは、核酸配列によってコードされるポリペプチドの少なくとも1つのアミノ酸が同様の特性を有する別のアミノ酸で置換されるように、核酸のタンパク質コード領域の少なくとも1つのコドンが変化したものである。
本明細書で述べるものと類似または等価の組成物、ベクター、ウイルス、キット、および方法を本発明の実施または試験において使用することができるが、適切な組成物、ベクター、ウイルス、キット、および方法を以下で説明する。本明細書で言及されるすべての出版物、特許出願、特許、ならびにGenBank引用およびATCC引用などの他の参考文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾する場合は、定義を含む本明細書が支配する。以下で論じる特定の実施形態は単なる例示であり、限定することを意図するものではない。
図1は、DMDモデルの心室におけるSLNの上方調節を示す。図1(a):mdxマウスおよびmdx:utr−/−マウスの心室におけるSLN上方調節を示す代表的なウェスタンブロット(クロップされていない)。SERCA2aおよびPLNレベルは変化しない。図1(b):定量化は、SLNレベルがmdxマウスの心室と比較してmdx:utr−/−マウスの心室では有意に高いことを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。図1(c):Ca2+依存性SR Ca2+取り込みの速度および図1(d)Ca2+取り込みのVmaxは、mdxおよびmdx:utr−/−マウスの両方の心室で有意に低下する。図1(e):WTマウスとDMDマウス間でのCa2+取り込みのEC50は不変である。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。3〜4ヶ月齢のマウスからの組織を上記のすべての実験に使用する。 図2は、DMDの犬の筋肉におけるSLN上方調節を示す。図2(a):DMDの犬および非DMDの犬のECU筋肉におけるSLNおよびSERCAアイソフォームのタンパク質レベルを示す代表的なウェスタンブロット。このウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図15aに示す。図2(b):定量化は、DMDの犬のECUでは、SLNおよびSERCA1レベルが有意に上昇し、一方SERCA2aレベルが有意に低下することを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。図2(c):Ca2+依存性SR Ca2+取り込みの速度、および図2(d)Ca2+取り込みのVmaxは、DMDの犬のECU筋肉において有意に低下する。図2(e):非DMDおよびDMDの犬の組織間で、Ca2+取り込みのEC50は不変である。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。 図3は、DMD患者の心臓と筋肉におけるSLN上方調節を示す。図3(a):DMD患者の四頭筋におけるSLN、SERCA1、SERCA2aおよびCSQタンパク質レベルのウェスタンブロット分析。図3(b):定量化は、群あたりn=2で、非DMD対照群と比較して、DMD患者の四頭筋ではSLNが約1.5倍上方調節され、SERCA2aが50%未満下方調節されることを示す。図3(c):ヒト心室生検におけるSLN、SERCA2a、PLNおよびCSQタンパク質のウェスタンブロット分析。図3(d):定量化は、群あたりn=2で、DMD患者からの心室生検でSLNレベルが異常に高いことを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。このウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図15b〜15cに示す。 図4は、SLN発現の減少がmdx:utr−/−マウスの寿命を延長させることを示す。図4(a):年齢および性別が一致するWTおよびmdx:utr−/−対象マウスの体重と比較したmdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの体重。この実験には3〜4ヶ月齢のマウスを使用した。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。**他の群とは有意に異なる(p<0.005、ウェルチの補正を伴うt検定)。図4(b):Kaplan−Meier生存曲線は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの寿命が、ノンパラメトリックログランク検定で決定されたmdx:utr−/−対照の寿命と比較して増加していることを示す;p<0.0001。図4(c):Ca2+依存性SR Ca2+取り込みの増加;図4(d):Ca2+取り込みのVmaxの増加;および図4(e):mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの横隔膜のEC50値の減少は、SERCA機能の改善を示す。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。**他の群とは有意に異なる(p<0.0005、ウェルチの補正によるt検定)。WTおよびmdx:utr−/−マウスとは有意に異なる(p<0.005、ウェルチ補正によるt検定)。図4(f)、図4(g)および図4(h):それぞれ横隔膜、胸筋、および四頭筋のSLN、SERCA1、SERCA2a、およびCSQタンパク質の代表的なウェスタンブロット分析および定量化。組織は3〜4ヶ月齢のマウスからのものである。ウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図14(a)、14(b)、および14(c)に示す。データは平均値±標準誤差として表している。各群のn数は、棒グラフ内に表示している。他の群とは有意に異なる、p<0.05、ウェルチ補正によるt検定。 図4は、SLN発現の減少がmdx:utr−/−マウスの寿命を延長させることを示す。図4(a):年齢および性別が一致するWTおよびmdx:utr−/−対象マウスの体重と比較したmdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの体重。この実験には3〜4ヶ月齢のマウスを使用した。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。**他の群とは有意に異なる(p<0.005、ウェルチの補正を伴うt検定)。図4(b):Kaplan−Meier生存曲線は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの寿命が、ノンパラメトリックログランク検定で決定されたmdx:utr−/−対照の寿命と比較して増加していることを示す;p<0.0001。図4(c):Ca2+依存性SR Ca2+取り込みの増加;図4(d):Ca2+取り込みのVmaxの増加;および図4(e):mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの横隔膜のEC50値の減少は、SERCA機能の改善を示す。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。**他の群とは有意に異なる(p<0.0005、ウェルチの補正によるt検定)。WTおよびmdx:utr−/−マウスとは有意に異なる(p<0.005、ウェルチ補正によるt検定)。図4(f)、図4(g)および図4(h):それぞれ横隔膜、胸筋、および四頭筋のSLN、SERCA1、SERCA2a、およびCSQタンパク質の代表的なウェスタンブロット分析および定量化。組織は3〜4ヶ月齢のマウスからのものである。ウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図14(a)、14(b)、および14(c)に示す。データは平均値±標準誤差として表している。各群のn数は、棒グラフ内に表示している。他の群とは有意に異なる、p<0.05、ウェルチ補正によるt検定。 図5は、SLN発現の減少が筋病変を改善することを示す。図5(a):カルパイン活性は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの胸筋において正常レベルに回復する。データは、2回重複して実施した5つの独立した実験の平均値±平均誤差(ウェルチ補正によるt検定)として表示する。各群のn数はバー内に表示している。図5(b):代表的なH&Eおよびマッソン三色染色した四頭筋および横隔膜筋。矢印は、mdx:utr−/−マウスにおける増加した単核細胞浸潤(壊死の指標)およびコラーゲン(青色)の蓄積(線維症の指標)を示す。元の倍率は20倍である。スケールバー、100μm。図5(c)、図5(d)、図5(e)、図5(f):定量化は、mdx:utr−/−対照と比較して、mdx:utr−/−:sln+/−マウスの横隔膜と四頭筋の両方、およびtKOマウスの四頭筋において壊死および線維化領域が有意に減少したことを示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。3〜4ヶ月齢のマウスからの組織を上記のすべての実験に使用する。 図5は、SLN発現の減少が筋病変を改善することを示す。図5(a):カルパイン活性は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの胸筋において正常レベルに回復する。データは、2回重複して実施した5つの独立した実験の平均値±平均誤差(ウェルチ補正によるt検定)として表示する。各群のn数はバー内に表示している。図5(b):代表的なH&Eおよびマッソン三色染色した四頭筋および横隔膜筋。矢印は、mdx:utr−/−マウスにおける増加した単核細胞浸潤(壊死の指標)およびコラーゲン(青色)の蓄積(線維症の指標)を示す。元の倍率は20倍である。スケールバー、100μm。図5(c)、図5(d)、図5(e)、図5(f):定量化は、mdx:utr−/−対照と比較して、mdx:utr−/−:sln+/−マウスの横隔膜と四頭筋の両方、およびtKOマウスの四頭筋において壊死および線維化領域が有意に減少したことを示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。3〜4ヶ月齢のマウスからの組織を上記のすべての実験に使用する。 図6は、SLN発現の減少が筋肉の再生を改善し、線維型移行を防ぐことを示す。図6(a):線維サイズ測定に使用される四頭筋のWGA染色切片の代表的な画像。元の倍率は10倍である。棒グラフに示されている筋線維サイズの最小の「フェレット」直径変動係数(VC)の測定値は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの四頭筋で線維サイズのVCが有意に減少していることを示す。データは、4つの独立した実験の平均値±標準誤差として提示している。他の群とは有意に異なる(p<0.05、ウェルチ補正によるt検定)。スケールバー、100μm。図6(b):eMyHCまたはI型MyHCで免疫染色され、WGAで染色された胸筋切片の代表的な画像。元の倍率は10倍である。スケールバー、100μm。eMyHCおよびI型MyHCに陽性の筋線維の定量化を棒グラフ中に示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。NS−統計的に有意ではない。3〜4ヶ月齢のマウスからの組織を上記のすべての実験に使用する。 図6は、SLN発現の減少が筋肉の再生を改善し、線維型移行を防ぐことを示す。図6(a):線維サイズ測定に使用される四頭筋のWGA染色切片の代表的な画像。元の倍率は10倍である。棒グラフに示されている筋線維サイズの最小の「フェレット」直径変動係数(VC)の測定値は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの四頭筋で線維サイズのVCが有意に減少していることを示す。データは、4つの独立した実験の平均値±標準誤差として提示している。他の群とは有意に異なる(p<0.05、ウェルチ補正によるt検定)。スケールバー、100μm。図6(b):eMyHCまたはI型MyHCで免疫染色され、WGAで染色された胸筋切片の代表的な画像。元の倍率は10倍である。スケールバー、100μm。eMyHCおよびI型MyHCに陽性の筋線維の定量化を棒グラフ中に示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。NS−統計的に有意ではない。3〜4ヶ月齢のマウスからの組織を上記のすべての実験に使用する。 図7は、SLN発現の減少がmdx:utr−/−マウスの骨格筋機能を改善することを示す。図7(a):握力測定装置を使用して測定した前肢の強さは、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスにおける筋肉強度の改善を示す。3〜4ヶ月齢の雄性および雌性マウスをこの試験に使用した。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差(ウェルチ補正によるt検定)として提示している。#mdx:utr−/−に対してp<0.0001。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスに対してp<0.05。図7(b)および図7(e):それぞれEDLおよび半横隔膜の2Hzでの単収縮力の代表的なトレース。図7(c)および図7(f):2HzでEDLおよび半横隔膜によって生成される最大力は、mdx:utr−/−マウスと比較してmdx:utr−/−:sln+/−マウスでは有意に増加する。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。図7(d)および図7(g):mdx:utr−/−:sln+/−マウスのEDLおよび半横隔膜によって生成される力がすべての周波数で有意に増加することを示す力周波数曲線。EDLおよび半横隔膜は3〜4ヶ月齢のマウスからのものである。 図7は、SLN発現の減少がmdx:utr−/−マウスの骨格筋機能を改善することを示す。図7(a):握力測定装置を使用して測定した前肢の強さは、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスにおける筋肉強度の改善を示す。3〜4ヶ月齢の雄性および雌性マウスをこの試験に使用した。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差(ウェルチ補正によるt検定)として提示している。#mdx:utr−/−に対してp<0.0001。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスに対してp<0.05。図7(b)および図7(e):それぞれEDLおよび半横隔膜の2Hzでの単収縮力の代表的なトレース。図7(c)および図7(f):2HzでEDLおよび半横隔膜によって生成される最大力は、mdx:utr−/−マウスと比較してmdx:utr−/−:sln+/−マウスでは有意に増加する。各群のn数はバー内に表示している。データは平均値±標準誤差として提示している。図7(d)および図7(g):mdx:utr−/−:sln+/−マウスのEDLおよび半横隔膜によって生成される力がすべての周波数で有意に増加することを示す力周波数曲線。EDLおよび半横隔膜は3〜4ヶ月齢のマウスからのものである。 図8は、SLN発現の減少が筋収縮を改善することを示す。図8(a)および図8(b):mdx:utr−/−:sln+/−マウスからのEDL筋は、mdx:utr−/−マウスと比較して2Hzで、10%〜90%の上昇勾配で表される収縮速度の増加および90%〜10%の減衰勾配で表される弛緩速度の増加を示す。図8(c)および図8(d);これらの変化は、mdx:utr−/−:sln+/−マウスの横隔膜ではあまり顕著ではなかった。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。他の群とは有意に異なる(p<0.05)。 図9は、SLN発現の減少がDMDの心機能を改善することを示す。図9(a):WT、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの心房および心室のSERCA2a、SLN、PLN、CSQおよびRyRタンパク質レベルを示す代表的なウェスタンブロット(クロップされていない)。図9(b):3〜4ヶ月齢のWT、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスのベースラインにおける左心室の代表的なMモード心エコー検査画像。 図9は、SLN発現の減少がDMDの心機能を改善することを示す。図9(a):WT、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの心房および心室のSERCA2a、SLN、PLN、CSQおよびRyRタンパク質レベルを示す代表的なウェスタンブロット(クロップされていない)。図9(b):3〜4ヶ月齢のWT、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスのベースラインにおける左心室の代表的なMモード心エコー検査画像。 図10は、SLN発現の除去がmdx:utr−/−マウスの心筋症を予防することを示す。すべての心臓試験は3〜4ヶ月齢のマウスで実施する。図10(a):代表的なH&Eおよびマッソン三色染色した心室組織切片。元の倍率は10倍である。スケールバー、100μm。棒グラフは、SLNの減少または切除がmdx:utr−/−心臓の線維化および壊死を有意に低減したことを示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。図10(b)および図10(c):心エコー測定は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスにおいて左心室(LV)駆出率(EF)および左室内径短縮率(FS)が正常値に回復することを実証する。**他の群に対してp<0.0001;群あたりn=6。データは平均値±標準誤差(ウェルチの補正によるt検定)として提示している。 図10は、SLN発現の除去がmdx:utr−/−マウスの心筋症を予防することを示す。すべての心臓試験は3〜4ヶ月齢のマウスで実施する。図10(a):代表的なH&Eおよびマッソン三色染色した心室組織切片。元の倍率は10倍である。スケールバー、100μm。棒グラフは、SLNの減少または切除がmdx:utr−/−心臓の線維化および壊死を有意に低減したことを示す。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。データは平均値±標準誤差として提示している。図10(b)および図10(c):心エコー測定は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスにおいて左心室(LV)駆出率(EF)および左室内径短縮率(FS)が正常値に回復することを実証する。**他の群に対してp<0.0001;群あたりn=6。データは平均値±標準誤差(ウェルチの補正によるt検定)として提示している。 図11は、出生後のAAV9.shSLN治療がmdx:utr−/−マウスにおけるDMDおよび関連する心筋症を改善することを示す。1ヶ月齢の雄性および雌性マウスにAAVまたは生理食塩水を注射し、注射の12週間後に実験を行った。図11(a)および図11(b):代表的なウェスタンブロットは、AAV9.shSLN処置が骨格筋(胸筋)および心筋(心室筋)のSLN発現を有効に低減することを示す。ウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図14(d)および14(e)に示す。AAV処置は、mdx:utr−/−マウスの胸筋のSERCA2aおよびCSQレベルを低下させた。図11(c)および図11(d):H&E染色した組織切片における単核細胞浸潤のある領域の定量化は、生理食塩水を注射したmdx:utr−/−対照と比較して、AAV処置したmdx:utr−/−マウスの四頭筋および心室の両方で細胞壊死が有意に減少することを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。図11(e):LV EF;図11(f):前肢の筋力;および図11(g)、図11(h):2HzでEDLおよび半横隔膜によって生成される最大単収縮力は、生理食塩水を注射したmdx:utr−/−対照と比較して、AAV処置マウスでは有意に改善される。**他の群に対してp<0.0001。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。 図11は、出生後のAAV9.shSLN治療がmdx:utr−/−マウスにおけるDMDおよび関連する心筋症を改善することを示す。1ヶ月齢の雄性および雌性マウスにAAVまたは生理食塩水を注射し、注射の12週間後に実験を行った。図11(a)および図11(b):代表的なウェスタンブロットは、AAV9.shSLN処置が骨格筋(胸筋)および心筋(心室筋)のSLN発現を有効に低減することを示す。ウェスタンブロットのクロップされていないスキャンを図14(d)および14(e)に示す。AAV処置は、mdx:utr−/−マウスの胸筋のSERCA2aおよびCSQレベルを低下させた。図11(c)および図11(d):H&E染色した組織切片における単核細胞浸潤のある領域の定量化は、生理食塩水を注射したmdx:utr−/−対照と比較して、AAV処置したmdx:utr−/−マウスの四頭筋および心室の両方で細胞壊死が有意に減少することを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。図11(e):LV EF;図11(f):前肢の筋力;および図11(g)、図11(h):2HzでEDLおよび半横隔膜によって生成される最大単収縮力は、生理食塩水を注射したmdx:utr−/−対照と比較して、AAV処置マウスでは有意に改善される。**他の群に対してp<0.0001。データは平均値±標準誤差として提示している。各群のn数およびp値(ウェルチの補正によるt検定)をグラフ内に示す。 図12は、AAV9.shSLN処置がマウスのDMDを軽減し、AAV処置群の単核細胞浸潤を減少させたことを示す。図12(a)および図12(b):ウェスタンブロットからのシグナルの定量化は、AAV処置がmdx:utr−/−マウスの骨格筋(胸筋)と心室の両方でSLNタンパク質発現を有意に減少させたことを示す。さらに、AAV処置は、mdx:utr−/−マウスの胸筋におけるSERCA2aおよびCSQ発現の誘導を抑制する。データは平均値±標準誤差として提示している。他の群とは有意に異なる(群あたりn=4、p<0.05、ウェルチ補正によるt検定)。図12(c):四頭筋および心室切片の代表的なH&E染色は、AAV処置群の単核細胞浸潤の減少を示す。元の倍率は5倍である。挿入図は壊死領域に焦点を合わせた40倍である。矢印は、単核細胞浸潤を伴う壊死領域を示す。スケールバーは100μmである。 図13は、AAV9.shSLN処置がDMDマウスの筋機能を改善することを示す。図13(a)および図13(b):AAV処置マウスからのEDLは、mdx:utr−/−マウスと比較して2Hzで、10%〜90%の上昇勾配で表される収縮速度の増加および90%〜10%の減衰勾配で表される弛緩速度を示す。図13(c)および図13(d):これらの変化は、AAV処置したmdx:utr−/−マウスの横隔膜ではあまり顕著ではなかった。各群のn数をバー内に示す。**他の群とは有意に異なる(p<0.005、ウェルチの補正によるt検定)。図13(e)および図13(f):力−周波数の関係曲線は、AAV処置したmdx:utr−/−マウスのEDLと横隔膜の両方においてすべての周波数で筋力が有意に改善されることを示す。データは平均値±標準誤差として提示している。 図14は、クロップされていないウェスタン画像である。ウェスタン画像は、図14(a):図4(f);図14(b):図4(g); 図14(c):図4(h); 図14(d):図11(a);および図14(e):図11(b)に示されている画像に対応する。 図14は、クロップされていないウェスタン画像である。ウェスタン画像は、図14(a):図4(f);図14(b):図4(g); 図14(c):図4(h); 図14(d):図11(a);および図14(e):図11(b)に示されている画像に対応する。 図15は、クロップされていないウェスタン画像である。ウェスタン画像は、図15(a):図2a; 図15(b):図6aおよび図15(c):図6cに示されている画像に対応する。 図16は、SLNタンパク質レベルが、正常な(対照)犬の筋芽細胞と比較して、犬のジストロフィ筋芽細胞および3日間分化した筋管において増加したことを示す。正常な筋管と比較して、ジストロフィ筋管では主要なアイソフォームであるSERCA1は減少し、SERCA2aは増加する。 図17は、犬特異的SLN shRNA(AAV9.cshSLN)を発現するAAV 9で処置すると、3日間分化した犬ジストロフィ筋管でSLNタンパク質レベルが低下することを示す。GAPDHを負荷対照として使用した。 図18(A)(ウェスタンブロット分析)および18(B)(定量化)は、HEK293細胞でのコトランスフェクション実験におけるヒトSLN発現の減少に対する様々なショートヘアピンRNAの作用を示す。
細胞におけるSLN発現を減少させ、被験体(例えばヒト)におけるDMD、およびいくつかの実施形態では心筋症を予防および治療するための治療有効量のSLN阻害剤を含む組成物、ベクター、ウイルス、およびキットを本明細書で説明する。これらの組成物、ベクター、ウイルス、ならびにこれらの組成物、ベクター、およびウイルスを含むキットを使用する方法も本明細書で説明する。本明細書で述べる実験結果は、SLN発現を減少させ、筋病変を減弱させ、横隔膜、骨格筋および心機能を改善し、ならびに寿命を延長させるためのSLN発現の阻害剤の治療的有用性を実証する。本明細書で述べる実験結果はまた、被験体においてDMDを予防するためにSLN発現を阻害することの治療的有用性も実証する。これらの組成物、ベクターおよびキットは、DMDおよび関連する心筋症の新規治療法である。
生物学的方法
従来の分子生物学技術を含む方法を本明細書で説明する。そのような技術は一般に当技術分野で公知であり、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,3rd ed.,vol.1−3,ed.Sambrook et al.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,2001;The Condensed Protocols From Molecular Cloning:A Laboratory Manual,by Joseph Sambrook et al.,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,2006;およびCurrent Protocols in Molecular Biology,ed.Ausubel et al.,Greene Publishing and Wiley−Interscience,New York,1995(定期的更新を含む)などの方法論論文に詳述されている。遺伝子導入および遺伝子治療の従来の方法も、本発明での使用に適合させ得る。例えば、Gene Therapy:Principles and Applications,ed.T.Blackenstein,Springer Verlag,1999;Gene Therapy Protocols (Methods in Molecular Medicine),ed.P.D.Robbins,Humana Press, 1997;Viral Vectors for Gene Therapy:Methods and Protocols,ed.Otto−Wilhelm Merten and Mohammed Al−Rubeai,Humana Press,2011;およびNonviral Vectors for Gene Therapy:Methods and Protocols,ed.Mark A.Findeis,Humana Press,2010参照。ウイルスベクターを構築および使用する方法は当技術分野で公知である(例えば、Miller and Rosman,BioTechniques 1992,7:980−990参照)。rAAVの大規模生産の方法は、Urabe M.J.(2006)Virol.80:1874−1885;Kotin R.M.(2011)Hum.Mol.Genet.20:R2−6;Kohlbrenner E.et al.(2005)Mol.Ther.12:1217−1225;およびMietzsch M.(2014)Hum.Gene Ther.25:212−222に記載されている。rAAV遺伝子治療法の総説については、Samulski,RJand Muzyczka,N.(2014)AAV−Mediated Gene Therapy for Research and Therapeutic Purposes,Annu.Rev.Virol.1:427−451参照。rAAVベクター、変異体、キメラ、およびrAAVベクター媒介遺伝子導入法は、米国特許第9,840,719号に記載されている。
SLNの発現および活性を低下させ、DMDおよび関連する心筋症を予防および治療するための組成物およびベクター
SLN発現および/または活性を低下させるための本明細書で述べる組成物は、治療有効量のSLN阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、治療有効量とは、被験体のジストロフィ筋肉のSERCA機能を改善するのに有効な量である。組成物は、薬学的に許容される担体も含むことができる。SLN発現の減少には、SLN転写の減少およびSLN RNAのプロセシングの阻害が含まれる。SLN活性の低下には、SLNの阻害作用の低下、SERCAとSLNとの相互作用の減少、およびSLNが膜に到達することの防止が含まれる。RNA分子を含む、SLN発現および/または活性を低下させる任意の治療分子を使用し得る。RNA分子の例には、shRNA、RNAi、およびマイクロRNA(miRNA)などの干渉RNA分子が含まれる。
干渉RNAをSLNの阻害剤として使用する場合、干渉RNAは、典型的には発現ベクターまたはウイルスベクターに含まれる。ベクターは、エピソーム、例えばプラスミド、ウイルス由来ベクターであってもよく、または相同組換えもしくはランダムな組み込みを介して標的細胞ゲノムに組み込まれてもよい。任意の適切な発現ベクター(例えばウイルスベクター)を使用することができる。ウイルスは、その遺伝子を宿主細胞に効率的に送達する自然に進化したビヒクルであり、したがって治療用核酸の送達のための望ましいベクター系である。好ましいウイルスベクターは、宿主細胞に対して低い毒性を示し、関心対象の核酸の治療量を産生/送達する(いくつかの実施形態では、組織特異的に)。哺乳動物細胞への遺伝子導入のために、多くのウイルスベースの系が開発されている。例えば、AAVは遺伝子送達システムのための便利なプラットフォームを提供する。別の例として、レトロウイルスは遺伝子送達システムのための便利なプラットフォームを提供する。さらに他の例では、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、アルファウイルスベクター、またはレンチウイルスベクターが使用される。選択した核酸配列をベクター(ベクターゲノム)に挿入し、当技術分野で公知の技術を用いてウイルス粒子にパッケージングする(例えばrAAVベクターをrAAV粒子にパッケージングする)ことができる。次いで、組換えウイルスを単離し、被験体の細胞に送達することができる。
本明細書で述べる実験では、SLNに特異的なshRNAを使用してSLN発現を減少させ、これらの実験では、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列をrAAV(血清型9)ベクターに含めた。任意の適切なrAAVベクターを使用することができる。組換えAAVベクターには、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74またはAAV−2i8、およびその変異体が含まれる。rAAVの例には、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74もしくはAAV−2i8のいずれかのキャプシド配列、またはAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74もしくはAAV−2i8のキャプシド変異体が含まれ得る。特定のキャプシド変異体には、アミノ酸置換、欠失または挿入/付加を有するキャプシド配列などの、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、Rh10、Rh74またはAAV−2i8のキャプシド変異体が含まれる。AAVベクターは、シスまたはトランスで機能する追加エレメントを含むことができる。特定の実施形態では、ベクターゲノムを含むrAAVベクターはまた、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列の5’もしくは3’末端に隣接する1つ以上の逆方向末端反復(ITR)配列、構成的もしくは調節可能な制御エレメントまたは組織特異的発現制御エレメントなどの、核酸配列の転写を駆動する発現制御エレメント(例えばプロモータもしくはエンハンサー)、および/または核酸配列の3’に位置するポリアデニン配列も有する。
典型的な実施形態では、筋向性を有するAAV血清型を使用する。例えば、ヒトでは、AAV2およびAAV9が高い筋向性を有する(インビボでの組織向性の総説については、Nonnenmacher M.and Weber T.(2012)Gene Ther.19:649−658;Agbandje−McKenna M.and Kleinschmidt J.(2011)AAV capsid and cell interactions−In Adeno−Associated Virus:Methods and Protocols,ed.RO Snyder,P Moullier,p.47−92,Humana Press,Clifton,NJ;およびAsokan A.et al.(2012)Mol.Ther.4:699−708参照)。いくつかの実施形態では、rAAV8を使用することができる。
治療薬を送達するための改善された特徴を有するrAAVベクターおよびrAAV(ビリオン)を作製する方法は、当技術分野で周知である。例えば、より高い形質導入頻度または増加した筋向性を有する新しいキャプシド変異体を有するrAAVを使用することができる。例えば、キャプシドライブラリを、指向性進化と呼ばれる工程(Bartel M.A.(2012)Gene Ther.19:694−700)でスクリーニングして、特定の組織または細胞型に感染させるための濃縮されたキャプシドを選択することができる。別の例として、特定の細胞型(例えば心筋特異的)を標的とするリガンドで修飾されたキャプシドを有するrAAVを使用することができる。別の例として、偽型rAAV(第2の血清型(すなわち第1のAAV血清型とは異なるもの)の少なくとも1つのAAV Capタンパク質を含むAAVキャプシドによってキャプシド化またはパッケージングされる第1のAAV血清型に由来する核酸またはゲノム)を使用することができる。キャプシド修飾に加えて、本明細書で述べるrAAVは、組織特異的プロモータ(例えば筋特異的プロモータ)および誘導性プロモータを含み得る。rAAV遺伝子治療法の総説については、Samulski,R.J.and Muzyczka,N.(2014)AAV−Mediated Gene Therapy for Research and Therapeutic Purposes,Annu.Rev.Virol.1:427−451参照。rAAV、変異体、キメラ、およびrAAV媒介遺伝子導入法はまた、米国特許第9,840,719号に記載されている。
rAAVは、任意の適切な方法を用いて作製することができる。rAAVの大規模生産の方法は公知であり、Urabe M.J.(2006)Virol.80:1874−1885;Kotin R.M.(2011)Hum.Mol.Genet.20:R2−6;Kohlbrenner E.et al.(2005)Mol.Ther.12:1217−1225;Mietzsch M.(2014)Hum.Gene Ther.25:212−222;ならびに米国特許第6,436,392号、同第7,241,447号、および同第8,236,557号に記載されている。例えば、Bac−to−Bacシステム(Invitrogen)を使用することができる。本明細書で述べる実験では、プラスミドpFB−ITR−sh−SLNを使用して、Bac−to−Bacシステム(Invitrogen)を用いて組換えバキュロウイルスを作製した。AAV9.shSLNをSf9昆虫細胞において作製し、主として以前にUrabe M.et al.(2002)Human Gene Ther 13:1935−1942に記載されたように(BacVPの代わりにBacCap9を使用したことを除く)精製した。この方法では、イオジキサノール勾配超遠心分離によってウイルスを精製し、乳酸加リンガー液に対して透析した。
本明細書で述べるベクターは、典型的には1つ以上の発現制御エレメントを含む。発現制御エレメントには、多くの異なる細胞型でポリヌクレオチド(核酸)の発現を駆動することができる遍在性または無差別プロモータ/エンハンサーが含まれる。そのようなエレメントには、サイトメガロウイルス(CMV)前初期プロモータ/エンハンサー配列、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモータ/エンハンサー配列、および様々な哺乳動物細胞型で活性な他のウイルスプロモータ/エンハンサー、または自然界には存在しない合成エレメント、SV40プロモータ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ(DHFR)プロモータ、細胞質β−アクチンプロモータ、ホスホグリセロールキナーゼ(PGK)プロモータなどが含まれるが、これらに限定されない。
発現制御エレメントには、本明細書では「組織特異的発現制御エレメント/プロモータ」と称される、特定の組織または細胞型で活性なものが含まれる。組織特異的発現制御エレメントは、典型的には特定の細胞または組織(例えば筋肉)において活性である。発現制御エレメントはまた、調節可能な方法で発現を付与することができる、すなわちシグナルまたは刺激が、作動可能に連結された核酸の発現を増加または減少させる。シグナルまたは刺激に応答して作動可能に連結された核酸の発現を増加させる調節可能なエレメントは、「誘導性エレメント」とも称される(すなわちシグナルによって誘導される)。シグナルまたは刺激に応答して作動可能に連結された核酸の発現を減少させる調節可能なエレメントは、「抑制性エレメント」と称される(すなわちシグナルが除去されるかまたは存在しない場合に発現が増加するように、シグナルが発現を減少させる)。典型的には、そのようなエレメントによって与えられる増加または減少の量は、存在するシグナルまたは刺激の量に比例する;シグナルまたは刺激の量が多いほど、発現の増加または減少が大きくなる。
発現制御エレメントには、ネイティブエレメント(1つまたは複数)も含まれる。ネイティブ制御エレメント(例えばプロモータ)は、核酸の発現が天然の発現を模倣し得ることが望ましい場合に使用し得る。ネイティブエレメントは、核酸の発現が一時的にもしくは発生過程で、または組織特異的に、または特定の転写刺激に応答して調節されるべきである場合に使用し得る。イントロン、ポリアデニル化部位またはコザックコンセンサス配列などの他のネイティブ発現制御エレメントも使用し得る。
任意の適切な非ウイルス送達方法も使用することができる。SLNのShRNAまたはsiRNAの非ウイルス媒介送達は、例えばsiRNAまたはshRNAを、例えばPEI、ポリ−l−リシンおよびデンドリマーなどの天然または合成ポリマーに結合することによって達成することができる。これらのポリマーは、siRNAをヌクレアーゼ攻撃から保護し、siRNAのシステムへの更新を増強する。
いくつかの実施形態では、DMD、およびいくつかの実施形態では心筋症を予防または治療するための組成物は、SLNの阻害剤および公知のDMD治療薬を含むことができる。例えば、そのような組成物は、SLNに特異的な干渉RNA分子(例えばSLNに特異的なshRNA)および公知のDMD治療薬を含むことができる。公知のDMD治療薬の例には、エテプリルセンおよびマイクロジストロフィン(μ−dys)が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、SLN発現を減少させる核酸を、μ−dysをコードする核酸と組み合わせる、併用遺伝子治療を使用することができる。例えば、DMDの予防または治療のための組成物は、AAV9.shSLNとμ−dysを発現するウイルスベクター(例えばAAV9μdys)の両方を含むことができる。
SLNの発現および活性を低下させ、被験体におけるDMDおよび関連する心筋症を予防および治療する方法
細胞におけるSLN発現または活性を低下させる方法を本明細書で説明する。これらの方法は、細胞を本明細書で述べるベクター、ウイルス、または組成物と接触させることを含む。また、被験体におけるDMD、およびいくつかの実施形態では被験体における関連する心筋症も予防および治療する方法を本明細書で説明する。典型的には、組成物、ベクター、およびウイルスを被験体(例えばヒト患者)の適切な標的細胞に送達する。典型的な標的細胞は、SLNのレベルが上昇している(上方調節されている)任意の筋肉細胞である。
この方法は、本明細書で述べる組成物、ベクターおよびウイルスのいずれかの投与を含む。本明細書で述べる組成物、ベクターまたはウイルスの被験体への投与は、被験体におけるDMDの予防、改善、または治療(例えばDMDの症状または病変の予防、緩和または軽減)、およびいくつかの実施形態では、さらに関連する心筋症の予防、改善、または治療(例えば心筋症の症状または病変の予防、緩和または軽減)をもたらす。典型的な実施形態では、DMDを有する被験体への組成物、ウイルスまたはベクターの投与は、SLN発現を減少させ、SERCA機能を回復し、LV収縮機能および心臓リモデリングを改善し、前肢筋力を改善し、寿命を延長させる。DMDを有する素因がある被験体においてDMDを予防するための実施形態では、ジストロフィン遺伝子中に突然変異(1つまたは複数)を有する被験体に組成物、ウイルスまたはベクターを投与する。DMDモデル由来の筋芽細胞(始原筋細胞)におけるSLN上方調節は、SLN上方調節がジストロフィン欠損/変異筋細胞の固有の特徴であることを示唆する。したがって、SLN発現を低下させるための組成物、ウイルス、またはベクターの投与は、症状が現れる前であっても突然変異が同定されるとすぐに実施することができる。有害な症状、状態、合併症などが発生する前に、被験体への投与またはインビボ送達を行うことができる。
上述したように、併用療法は、被験体におけるDMDおよび関連する心筋症を予防または治療するために使用し得る。いくつかの実施形態では、併用療法は、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列および公知のDMD治療薬を投与することを含む。そのような実施形態の一例では、第1のAAV9.shSLNを被験体に投与し、μ−dysを発現する第2のウイルスベクターを含む第2のウイルス(例えばAAV9μdys)を被験体に投与する。そのような実施形態では、2つのウイルスを同じ組成物で同時に投与するか、または異なる時点で投与することができる(例えば2つの異なる組成物を2つの異なる時点で投与する)。併用療法の別の例では、AAV9.shSLNを、薬剤(例えばエテプリルセンなどのDMD薬剤)などの別のDMD治療薬と組み合わせて被験体に投与する。任意の併用療法では、2つ以上の治療薬を同時にまたは連続的に、例えば2つ以上の異なる時点で投与することができる。典型的には、そのような併用療法はジストロフィン機能を回復し、SERCA機能を改善し、ならびに骨格および心筋の両方の病変を軽減する。併用療法の一実施形態では、SLN発現を減少させる組成物とμ−dysレベルまたは発現を増加させる組成物を同じ注射または注入量で混合する。
そのような組成物、ウイルスまたはベクターを被験体に投与する任意の適切な方法を使用し得る。これらの方法では、組成物、ウイルス、およびベクターは、任意の適切な経路によって、例えば筋肉内経路で、静脈内注射によって全身的に、経口的に、鼻腔内送達などによって被験体に投与することができる。組成物は、血管によってアクセス可能な部位にカテーテルによって投与し得る。
いくつかの実施形態では、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含むrAAVは、動脈または門脈へのボーラス注射によって被験体に投与される。静脈内注射によって投与される場合、組成物は、単回ボーラス、複数回注射、または持続注入(例えば静脈内、腹膜透析、ポンプ注入)によって投与され得る。他の実施形態では、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含むrAAVは、筋肉への四肢注入によって被験体に投与される(Sun B.et al.(2010)Gene Ther.17:1500−1505)。非経口投与の場合、組成物は、好ましくは発熱物質を含まない滅菌形態で製剤化される。上記のように、本明細書で述べる組成物は、無菌注射に適した形態であり得る。そのような組成物を調製するために、適切な活性治療薬(1つまたは複数)(例えばSLNに特異的なshRNA、それをコードするベクター、組換えウイルス)を非経口的に許容される液体ビヒクルに溶解または懸濁する。使用され得る許容されるビヒクルおよび溶媒には、水、適切な量の塩酸、水酸化ナトリウムまたは適切な緩衝液の添加によって適切なpHに調整された水、1,3−ブタンジオール、リンガー液、および等張塩化ナトリウム溶液およびデキストロース溶液がある。水性製剤はまた、1つ以上の防腐剤(例えばp−ヒドロキシ安息香酸メチル、エチルまたはn−プロピル)を含み得る。治療薬の1つが水にやや溶けにくいまたは溶けにくい場合、溶解促進剤または可溶化剤を添加することができ、または溶媒は10〜60%w/wのプロピレングリコールなどを含んでもよい。本明細書で述べる組成物、ウイルスおよびウイルスベクターは、従来の薬務に従って任意の適切な製剤中で哺乳動物(例えばげっ歯動物、ヒト、非ヒト霊長動物、犬、ネコ、ヒツジ、ウシ)に投与し得る(例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.),ed.A.R.Gennaro,Lippincott Williams & Wilkins,(2000) and Encyclopedia of Pharmaceutical Technology,eds.J.Swarbrick and J.C.Boylan,Marcel Dekker,New York (1988−1999)、この分野およびUSP/NFにおける標準テキスト参照)。例示的な薬学的に許容される担体および希釈剤、ならびに医薬製剤の説明は、Remington:上記参照、に見出すことができる。組成物を安定化および/または保存するために他の物質を組成物に添加してもよい。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」および「生理学的に許容される」という用語は、1つ以上の投与経路、インビボ送達または接触に適した生物学的に許容される製剤、気体、液体もしくは固体、またはそれらの混合物を意味する。「薬学的に許容される」または「生理学的に許容される」組成物は、生物学的またはその他の点で望ましくない物質ではなく、例えば物質は、実質的に望ましくない生物学的作用を引き起こすことなく被験体に投与され得る。したがって、そのような医薬組成物は、例えばウイルスベクターまたはウイルス粒子を被験体に投与する際に使用され得る。
本明細書で使用される「単位剤形」は、治療される被験体のための単位投与量として適した物理的に別個の単位を指し、各単位は、任意に、1つ以上の用量で投与された場合に所望の効果(例えば予防効果または治療効果)を生じさせるように計算される医薬担体(賦形剤、希釈剤、ビヒクルまたは充填剤)と関連してあらかじめ定められた量を含有する。単位剤形は、例えば、液体組成物、または凍結乾燥状態の組成物を含み得るアンプルおよびバイアル内に存在してもよく、例えば滅菌液体担体は、投与またはインビボ送達の前に添加することができる。個々の単位剤形は、複数回用量キットまたは容器に含めることができる。ウイルスベクター(例えばAAVベクター)、ウイルスおよびその医薬組成物は、投与の容易さおよび投与量の均一性のために、単一または複数の単位剤形で包装することができる。
本明細書で述べる治療方法は、一般に、治療有効量の本明細書で述べる組成物またはベクターを、哺乳動物、特にヒトを含む、それを必要とする被験体(例えば動物、ヒト)に投与することを含む。そのような治療は、疾患、障害、またはその症状(例えばDMD、心筋症)に罹患している、有している、罹患しやすい、またはその危険性がある被験体、特にヒトに適切に投与される。「危険性がある」被験体の決定は、被験体または医療提供者の診断試験または見解による客観的または主観的な決定によって行われ得る。
追加の実施形態
本明細書で述べる組成物、ベクター、ウイルス、および方法を使用して、SLNが上昇している組織のSLN発現を減少させることができる。例えば、SLNは僧帽弁逆流の患者の心室、およびたこつぼ型心筋症の患者、およびエメリー・ドレイフス型筋ジストロフィの筋肉においても上昇するため、SLNをこれらの疾患で標的とすることができ、本明細書で述べる組成物、ウイルスおよびベクターを投与することによってSLN発現を減少させ得る。
有効用量
本明細書で述べる組成物、ウイルスおよびベクターは、好ましくは有効量、すなわち治療される哺乳動物において望ましい結果(例えばSLN発現の減少、SERCA機能の回復、LV収縮機能と心臓リモデリングの改善、前肢筋力の改善、寿命の延長)をもたらすことができる量で哺乳動物(例えばヒト)に投与される。そのような治療有効量は、標準的な方法に従って決定することができる。本発明の方法で利用される組成物およびベクターの毒性および治療効果は、標準的な製薬手順によって決定することができる。医学および獣医学の分野で周知のように、1被験体についての投与量は、被験体の大きさ、体表面積、年齢、投与される特定の組成物、投与の時間と経路、全般的な健康、および同時に投与されている他の薬剤を含む多くの因子に依存する。本明細書で述べる組成物、ウイルスまたはベクターの送達用量は、前臨床効果および安全性に基づいて決定される。
キット
SLNの発現または活性を阻害し、被験体のDMDおよび関連する心筋症を予防および治療するためのキットを本明細書で説明する。典型的なキットには、薬学的に許容される担体(例えば生理学的緩衝液)と治療有効量のSLN阻害剤(例えばSLNに特異的なshRNA)を含有する組成物、および使用説明書が含まれる。いくつかの実施形態では、キットはまた、公知のDMD治療薬(例えばSLNに特異的なshRNAをコードする第1のベクターおよびμDysをコードする第2のベクター、またはウイルスベクターを含む組換えウイルスを含むキット)も含む。そのようなキットは併用療法に使用することができる。キットはまた、典型的には容器と包装も含む。本明細書で述べる組成物およびベクターの調製および使用のための説明資料が一般的に含まれる。説明資料は、典型的には書面または印刷物を含むが、これらに限定されない。そのような指示を保存し、それらをエンドユーザーに伝えることができる任意の媒体は、本明細書のキットに包含される。そのような媒体には、電子記憶媒体(例えば磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ)、光学媒体(例えばCD ROM)などが含まれるが、これらに限定されない。そのような媒体には、そのような説明資料を提供するインターネットサイトのアドレスが含まれ得る。
データおよび分析
本明細書で述べる組成物、ウイルス、ベクター、キットおよび方法の使用は、従来の生物学的方法、ソフトウェアおよびシステムを使用し得る。有用なコンピュータソフトウェア製品は、典型的には、方法の論理的工程を実行するためのコンピュータ実行可能命令を有するコンピュータ可読媒体を含む。適切なコンピュータ可読媒体には、フロッピー(登録商標)ディスク、CD−ROM/DVD/DVD−ROM、ハードディスクドライブ、フラッシュメモリ、ROM/RAM、磁気テープなどが含まれる。コンピュータ実行可能命令は、適切なコンピュータ言語またはいくつかの言語の組み合わせで書かれていてもよい。基礎計算生物学の方法は、例えばSetubal and Meidanis et al.,Introduction to Computational Biology Methods(PWS Publishing Company,Boston,1997);Salzberg,Searles,Kasif,(Ed.),Computational Methods in Molecular Biology,(Elsevier, Amsterdam,1998);Rashidi and Buehler,Bioinformatics Basics:Application in Biological Science and Medicine(CRC Press, London, 2000)およびOuelette and Bzevanis Bioinformatics:A Practical Guide for Analysis of Gene and Proteins(Wiley & Sons,Inc.,2nd ed.,2001)に記載されている。米国特許第6,420,108号参照。
本明細書で述べる組成物、ウイルス、ベクター、キットおよび方法はまた、試薬設計、データの管理、および分析などの様々な目的のために様々なコンピュータプログラム製品およびソフトウェアを利用し得る。米国特許第5,593,839号、同第5,795,716号、同第5,733,729号、同第5,974,164号、同第6,066,454号、同第6,090,555号、同第6,185,561号、同第6,188,783号、同第6,223,127号、同第6,229,911号および同第6,308,170号参照。さらに、本明細書で述べる実施形態は、インターネットなどのネットワークを介してデータ(例えば実験結果、分析)および他の種類の情報を提供するための方法を含む。
本発明を以下の特定の実施例によってさらに説明する。実施例は例示のみを目的として提供され、決して本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。
実施例1
サルコリピン発現の低減はマウスのDMDおよび関連する心筋症を軽減する
ここで、SLNレベルを低減すると、DMDの重度のジストロフィン/ユートロフィン二重変異体(mdx:utr−/−)マウスモデルのジストロフィ病変が改善されることが示される。SLN遺伝子の1つの対立遺伝子の生殖系列不活性化は、SLN発現を正常化し、SERCA機能を回復し、骨格筋と心臓病変を軽減し、筋肉の再生を改善し、寿命を延長させる。これらの所見を治療戦略につなげるために、1ヶ月齢のmdx:utr−/−マウスのAAV9媒介RNA干渉においてSLN発現をノックダウンした。AAV処置は、SLN発現を著明に減少させ、筋病変を減弱させ、横隔膜、骨格筋および心機能を改善した。合わせて考慮すると、これらの所見は、SLNの低減がDMDの治療アプローチであることを示す。
SLNの上方調節がDMDの骨格筋および心臓における一般的な分子変化であるかどうかを判定するために、DMDマウスの心室のSLNタンパク質レベルを分析した。結果は、mdxおよびmdx:utr−/−マウスの両方の心室でSLNレベルが異常に高かったことを示す。さらに、SLNレベルは、mdxマウスの心室と比較してmdx:utr−/−マウスの心室では約2倍高かった(図1a−1b)。SERCA2aおよびホスホランバン(PLN)の発現レベルは、ジストロフィ心臓で変化していなかった。しかしながら、Ca2+依存性Ca2+取り込みの速度(図1c)およびCa2+取り込みの最大速度(Vmax)(図1d)は有意に低下し、一方、Ca2+取り込みのEC50はDMDマウスの心室で変化していなかった(図1e)。犬のDMDモデルの骨格筋でも同様の変化が観察された。SLNタンパク質の発現は、非DMD対照のものと比較して、罹患犬の尺側手根伸筋(ECU)で有意に増加した(図2a〜2b)。さらに、これらの筋肉ではSERCA 1レベルは有意に増加し、SERCA2aレベルは減少した(図2a〜2b)。SERCAアイソフォームの変化に関わりなく、Ca2+依存性Ca2+取り込みの速度(図2c)およびCa2+取り込みのVmax(図2d)は、ジストロフィの犬の筋肉では有意に低下した。Ca2+活性化のEC50は、非DMD犬とDMD犬の組織間で有意差はなく(図2e)、SERCAポンプのCa2+親和性は変化しなかったことを示す。動物モデルと同様に、SLNレベルはDMD患者の四頭筋(図3a〜3b)と心室(図3c〜3d)の両方で増加した。これらの所見は、DMD患者とDMDモデルの両方のジストロフィン欠損骨格筋および心筋における一般的な分子変化としてのSLN上方調節を明らかにした。
SLNの除去は、mdx:utr−/−マウスの寿命を延長させる。DMDにおけるSLN上方調節の役割を決定するために、SLNハプロ不全のmdx:utr−/−ノックアウト(mdx:utr−/−:sln+/−)およびSLN欠損mdx:utr−/−(mdx:utr−/−:sln−/−)トリプルノックアウト(tKO)マウスを作製した。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOの仔犬は正常に出産された。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの体重は正常化され(図4a)、寿命は有意に延長された(図4b;ノンパラメトリックログランク検定によりp<0.0001)。生存期間の中央値は、mdx:utr−/−の同腹仔の生存期間(73日)と比較して、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスでそれぞれ446日および358日増加した。これらの所見は、SLNの減少または除去がmdx:utr−/−マウスの生存期間を著明に改善することを示唆する。
SLN発現の低減は、DMDのSERCA機能を回復する。SLN遺伝子の1つの対立遺伝子の欠失は、mdx:utr−/−マウスの横隔膜におけるSR Ca2+取り込みの速度(図4c)およびVmax(図4d)をWTマウス近くに改善した。SLNの完全な喪失は、tKO横隔膜のCa2+取り込みの速度のさらなる上昇をもたらしたが、Ca2+取り込みのVmaxは、WT対照と統計的に差がなかった(図4d)。さらに、Ca2+活性化のEC50は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの両方の横隔膜で有意に低下し(図4e)、SLN欠損ジストロフィ筋肉のCa2+イオンに対するSERCAポンプの見かけの親和性の増加を示す。合わせると、これらの所見は、SLNの上方調節がジストロフィ筋肉のSERCA機能不全の主な原因であることを示唆する。
SLNの除去が、ジストロフィ横隔膜、四頭筋および胸筋におけるSERCAアイソフォームおよびカルセクエストリン(CSQ)の発現レベルに影響を及ぼすかどうかを判定した。1つのSLN対立遺伝子の欠失は、横隔膜、胸筋および四頭筋のSLNタンパク質発現をWT対照近くに減少させた(図4f〜4h)。さらに、結果は、SLNの減少または除去がSERCAアイソフォームの発現を回復し、ならびにこれらの筋肉のCSQレベルを正常化することを示した(図4f〜4h)。合わせて考慮すると、これらの所見は、SLNハプロ不全が、SLN発現を正常化し、ジストロフィ筋肉のSR機能を回復するのに十分であることを示唆する。
SLN発現の低減は、筋肉の病態生理を改善する。次に、SERCA機能の増強を介したCa2+ サイクリングの改善が、Ca2+依存性プロテアーゼ活性を低下させ、筋損傷を防止するかどうかを判定した。SLN発現の低減または除去は、代表的な、重度に罹患したジストロフィ筋肉である胸筋のカルパイン活性を減弱させた(図5a)。組織病理学的分析(図5b)および定量化は、mdx:utr−/−:sln+/−マウスの横隔膜(図5c〜5d)および四頭筋(図5e〜5f)の両方ならびにtKOマウスの四頭筋における壊死および線維化の有意な減少を示した。これらの改善は、tKO横隔膜ではあまり顕著ではなく、mdx:utr−/−対照と統計的に差がなかった。次に、小麦胚芽凝集素(WGA)染色後の最小フェレット直径変動係数(VC)を測定することによって四頭筋の筋線維サイズを決定した(図6a)。VCはmdx:utr−/−マウスの筋肉で有意に増加しており、線維サイズの不均一性を示した。他方で、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの筋肉では、VCが有意に低下し、小さな再生分割線維および肥大線維の減少を示した。次に、SLN除去が筋肉の再生過程および線維型移行に影響を与えるかどうかを判定した。免疫染色および定量化は、胚性ミオシン重鎖(eMyHC)またはI型MyHCを発現する線維が、mdx:utr−/−マウスの胸筋で有意に高く(図6b)、ジストロフィ四頭筋に関する以前の所見と一致することを示した。これに対し、これらのタンパク質を発現する線維の数は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの筋肉では有意に減少した(図6b)。これらの所見は、SLN発現の低減が筋再生過程を改善し、ジストロフィ筋肉の線維型移行を防止できることを示唆する。
次に、筋力学へのSLN除去の影響を検討した。前肢筋の握力は、mdx:utr−/−同腹仔のものと比較して、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスでは有意に増加した(図7a)。これらの試験を、ジストロフィ長趾伸筋(EDL;あまり影響を受けない)および横隔膜(より深刻な影響を受ける)筋の等尺性収縮特性を測定することによって拡張した。2Hzでの単収縮張力(図7b〜7c)、10%〜90%の上昇勾配(収縮速度)および90%〜10%の減衰勾配(弛緩速度)(図8a〜8b)ならびに力−周波数曲線(図7d)は、mdx:utr−/−:sln+/−マウスのEDL筋で有意に増加した。これらの収縮パラメータは、tKOマウスのEDLでも増加したが、統計的に有意なレベルではなかった。EDLの最大力の半分の刺激周波数は、実験群間で変化しないままであった[WT=27±3(n=7)、mdx:utr−/−=28±3(n=5)、mdx:utr−/−: sln+/−=26±2(n=8)およびtKO=28±1(n=5)Hz;ウェルチの補正による対応のないt検定]。mdx:utr−/−マウスの横隔膜機能へのSLN除去の影響はあまり顕著ではなかった。2Hzでの単収縮張力は、mdx:utr−/−:sln+/−の半横隔膜で有意に増加したが、tKOマウスでは有意に増加しなかった(図7e〜7f)。2Hzでのmdx:utr−/−:sln+/−およびtKOの半横隔膜から得られた10%〜90%の上昇勾配および90%〜10%の減衰勾配は、わずかに増加する傾向を示したが、mdx:utr−/−対照のものと有意差はなかった(図8c〜8d)。同様に、mdx:utr−/−:sln+/−からの半横隔膜の力−周波数曲線は上方にシフトしたが、tKOマウスではより小さな程度であった(図7g)。半横隔膜の最大力の半分の刺激周波数は、4つすべてのマウス群で変化しないままであった[WT=11±0.3(n=6)、mdx:utr−/−=13±0.8(n=5)、mdx:utr−/−:sln+/−=12±0.5(n=6)およびtKO=14±1.2(n=6)Hz;ウェルチの補正による対応のないt検定]。これらの機能データは、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの横隔膜で見られる相違と構造の改善を裏付けた(図5b)。これらの所見は、SLN発現の低減がジストロフィ骨格筋の機能的特性を改善するのに十分であることを示唆する。
SLNの除去はジストロフィ心筋症を改善する。次に、SLNの除去がmdx:utr−/−マウスの心臓病変を改善するかどうかを判定した。ウェスタンブロット分析(図9a)および定量化は、1つのSLN対立遺伝子の喪失が心房(mdx:utr−/−=1.7±0.2対mdx:utr−/−:sln+/−=0.9±0.1倍;n=4、p<0.05;ウェルチの補正によるt検定)およびmdx:utr−/−マウスの心室でのSLNタンパク質発現をWTレベル近くに減少させるのに十分であることを示した。SLN除去は、SERCA2a、PLN、リアノジン受容体(RyR)、およびCSQの発現レベルに影響を及ぼさなかった(図9a)。H&Eおよび三色染色ならびに定量化は、mdx:utr−/−対照と比較して、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKO心室では単核細胞浸潤および線維化が有意に減少することを示した(図10a)。心エコー検査で評価した心機能(図9b)は、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの左室(LV)駆出率(EF;図10b)および左室内径短縮率(FS;図10c)の増加から明らかなように、左室機能の著明な改善を示した。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスでは、LV内径拡張末期(LVIDd)の有意な減少と共に、心室中隔収縮末期(IVS)および後壁厚の増加が存在した(表1)。この所見は、これらのマウスの心臓が、心機能の改善に寄与する特異的求心性リモデリングを受けることを示唆した。これらの所見は、SLNレベルを正常化することが、マウスの心機能を維持し、ジストロフィ心筋症を軽減するのに十分であることを示す。これらの試験はまた、1×1011vgが、毒性を伴わずにmdxマウスのSLN発現を正常化するのに十分であることも示唆する。
IVSd−心室中隔拡張末期、IVSs−心室中隔収縮末期、LVIDd−左室内径拡張末期、LVIDs−左室内径収縮末期、LVPWd−左室後壁拡張末期、LVPWs−左室後壁収縮末期、FS−左室内径短縮率、EF−駆出率、HR−心拍数。WTに対してp<0.005;他の群に対してp<0.05;**他の群に対してp<0.0001;WTおよびmdx:utr−/−:sln+/−に対してp<0.05;++WTおよびmdx:utr−/−に対してp<0.05;群あたりn=6。データは平均値±標準誤差として提示している。
出生後のAAV9 SLN shRNA遺伝子治療はDMDを軽減する。上記の試験からの所見は、SLN発現の正常化が、筋肉の病態生理、横隔膜機能および心筋症を含む重度のDMD表現型を軽減するのに十分であることを示唆する。これらの所見を治療戦略につなげるために、SLN特異的ショートヘアピンRNA(shSLN)のAAV9媒介発現を介して1ヶ月齢のmdx:utr−/−マウスにおいて出生後にSLN発現をノックダウンした。12週間のAAV9.shSLN処置は、mdx:utr−/−マウスの骨格筋(生理食塩水で処置した対照に対して0.22倍、p<0.05)およびLV(WTに類似)の両方でSLN発現を有意に減少させた(図11a〜11bおよび図12a〜12b)。mdx:utr−/−心筋では、AAV処置はSERCA2a、PLN、CSQ、およびRyRのタンパク質発現に影響を及ぼさなかった(図11b)。他方で、AAV処置は、mdx:utr−/−マウスの胸筋のSERCA2a(p<0.05)およびCSQ(p<0.07)タンパク質レベルを低下させた(図11aおよび図12a)。これらのデータは、mdx:utr−/−:sln+/−マウスに関する所見と一致しており(図4g)、SLN発現の出生後減少もmdx:utr−/−マウスのSR機能を回復できることを示唆する。
次に、AAV遺伝子治療がmdx:utr−/−マウスの心筋および骨格筋の病態生理を軽減するかどうかを判定した。これらの試験の結果は、mdx:utr−/−:sln+/−マウスからのデータを模倣する。H&E染色(図12c)および定量化は、単核細胞の浸潤および細胞壊死が、AAV処置したmdx:utr−/−マウスの骨格筋(図11c)および心室(図11d)の両方で有意に減少したことを示した。AAV処置はまた、mdx:utr−/−マウスのLV収縮機能および心臓リモデリングも改善した(図11eおよび表2)。前肢筋力は、AAV処置したmdx:utr−/−マウスで有意に改善された(図11f)。さらに、2Hzで10%〜90%の上昇勾配および90%〜10%の減衰勾配として測定された単収縮張力(図11g〜11h)ならびに力−周波数関係(図13a〜13f)は、AAV処置群のEDLおよび半横隔膜の両方で有意に増加し、筋力学の改善を示した。合わせると、これらの所見は、SLN発現のAAVを介した出生後減少がmdx:utr−/−マウスの重度の筋ジストロフィおよび関連する心筋症を軽減するのに十分であることを示唆する。SLNの減少または完全な喪失のいずれかが、LV機能を等しく改善し、mdx:utr−/−マウスの心筋線維化および壊死を減少させることが示された。
要約すると、これらの所見は、SLN発現の減少がジストロフィ筋肉のSERCA機能を改善するのに十分であることを示唆する。AAV9.shSLNの全身注射は、心臓および骨格筋の両方でSLN発現を減少させた。さらに、SLNタンパク質発現の減少は重度の筋ジストロフィ表現型を改善し、mdx:utr−/−マウスの寿命を延長させた。これらの所見はまた、SLN発現の減少が筋再生過程を改善し、ジストロフィ筋肉の線維型移行を防ぐことができることを示唆する。
方法
動物試験:この試験でマウスを使用するすべての実験手順は、New Jersey Medical School,Rutgers,Newark,NJの施設内動物管理使用委員会(IACUC)によって承認された。正常およびDMD犬由来の組織試料は、University of Missouri,Columbia,MOのIACUCによって承認された試験からのものであった。
マウス:C57BL/6背景の3〜4ヶ月齢の雄性および雌性マウスを、この試験で述べるすべての実験に使用した。mdx:utr−/−:sln+/−およびtKO(mdx:utr−/−:sln−/−)マウスは、mdx:utr+/−マウスをsln−/−マウスに交配することによって作製した。これらのマウスを5世代交配して、同質遺伝子背景のmdx:utr+/−:sln+/−マウスを得た。次に、雄性と雌性のmdx:utr+/−:sln+/−マウスを交配して、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスを作製した。マウスは、温度22〜24℃、湿度60〜70%で、12時間の明暗サイクルの下で飼育し、通常固形飼料を自由に摂取させた。マウスの遺伝子型は、以前に公開された配列を使用したPCR分析によって同定した。動物の数はパイロット試験に基づいて事前に決定し、サンプルサイズはこの分野で一般的に用いられるものと同様であった。データ分析から除外された試料、マウス、またはデータ点はなかった。遺伝子型を除いて、動物は無作為化しなかった。心エコー検査および筋力測定のために、試験担当者を遺伝子型について盲検化した。様々な生化学的、組織病理学的および機能的分析に使用した組織を以下に示す。
実験犬:犬に関連するすべての実験は、University of MissouriのIACUCによって承認され、NIHガイドラインに従って実施された。すべての実験犬は、ゴールデンレトリバー、ラブラドールレトリバー、コーギーおよびビーグル犬からなる混合遺伝的背景にあり、University of Missouriの施設内で人工授精によって作製された。罹患犬は、ジストロフィンの発現を抑制するジストロフィン遺伝子の様々な突然変異を担持する。遺伝子型は、公開されているプロトコルに従ってポリメラーゼ連鎖反応によって決定した。診断は、罹患犬における血清クレアチンキナーゼレベルの有意の上昇によって確認された。すべての実験犬を特定病原体除去動物飼育施設に収容し、12時間の明/12時間の暗サイクルの下で飼育した。罹患犬は一段高い壇の犬舎に収容し、正常犬は通常の床の犬舎に収容した。年齢と大きさに応じて、2匹以上の犬を一緒に収容し、社会化を促進した。正常犬にはドライPurina Lab Diet 5006食餌を与え、罹患犬にはウェットPurina Proplan Puppy食餌を与えた。犬には清浄な飲料水を自由に摂取させた。犬舎では豊かさのために犬用のおもちゃを許可した。犬を、全体的な健康状態と活動について飼育担当者が毎日観測した。何らかの異常な変化(挙動、活動、食物と水の消費、および臨床症状など)について、University of Missouriの動物研究室の獣医が完全な理学的検査を実施した。この試験では、雄性と雌性の両方の犬を使用した。非DMD対照は1.73〜31ヶ月齢の年齢範囲にあり、DMD犬は6.8〜11.9ヶ月齢の年齢範囲にあった。実験被験体は、動物の安楽死に関する2013年AVMAガイドラインに従って試験の終わりに安楽死させた。新鮮解剖したECU筋を液体窒素中で約0.5〜1cmのブロックとして瞬間凍結した。凍結した筋組織は、使用時まで−80℃の冷凍庫に保管した。
ヒト試料:NIH NeuroBioBankネットワークのメンバーであるUniversity of Maryland Brain and Tissue Bankから入手した2つの非DMDおよび2つのDMD男性心室試料をこの試験に使用した。すべての試料は死後に解剖された。DMD1の死因は15歳での心不全に帰せられ、一方、DMD2の死因は17歳での肺血栓塞栓症によるものであった。これらの試料の研究使用は、Rutgers New Jersey Medical Schoolの施設内審査委員会(IRB)によって承認された。
ヒトの四頭筋組織の研究使用は、Ohio State University/Nationwide Children’s HospitalのIRBによって承認され、関連するガイドラインおよび規制に従って実施された。2つの非DMDヒト四頭筋は、4歳と6歳の正常な小児からのものであった。2つのDMD四頭筋は、11歳と15歳のDMD患者からのものであった。組織を分析したすべての被験者からインフォームドコンセントを得た。
AAV9.shSLNの作製およびmdx:utr−/−マウスへの送達:shSLN配列(ACTTCACAGTTGTCCTCATCACTCGAGTGATGAGGACAACTGTGAAG)(配列番号2)を、最初にHindIIIおよびBamHI部位を使用してプラスミドpds−shPLBにクローニングし、shPLB配列を置き換えた。975bpのAAVカセット全体(ITR−U6−プロモータ−shSLN−bgHpA−ITR)およびITRに隣接するプラスミド骨格領域の一部をBspHIで消化し、NcoI部位でpFastBacDualに挿入した。得られたプラスミド「pFB−ITR−sh−SLN」を使用して、Bac−to−Bacシステム(Invitrogen)を用いて組換えバキュロウイルス「Bac−ITR−sh−SLN」を作製した。AAV9.shSLNを、以前に記載されているようにSf9昆虫細胞で作製した(Urabe et al.,Hum.Gene Ther.13,1935−1943(2002))。簡単に説明すると、Sf9昆虫細胞株にBac−ITR−sh−SLN、BacRepおよびBacCap9ウイルスを感染させた。感染3日後、細胞を回収し、イオジキサノール勾配超遠心分離によってAAVを精製し、乳酸加リンガー液に対して透析した。ウイルス力価を、bGH領域に結合するプライマー(順方向:5’TGCCTTCCTTGACCCT(配列番号:3);逆方向:5’CCTTGCTGTCCTGCCC(配列番号:4))およびAAV2参照標準物質(ATCC)の希釈物を用いたqPCRによって決定し、標準曲線を作成した。
AAV9.shSLN注射試験では、1ヶ月齢の雄性および雌性mdx:utr−/−マウスを使用した。マウスを2つの群:AAV処置群と生理食塩水処置群に分けた。群あたり6匹のマウスを使用した。AAV9.shSLNベクター(1×1011ゲノム)を単回ボーラス尾静脈注射によってマウスに送達した。Mモード心エコー検査によって前肢の強さと心機能を測定した後、マウスを16週齢で犠死させ、組織を機能的および生化学的試験に使用した。
等尺性力の測定:単離された筋組織の等尺性力を前述のように決定した。簡単に説明すると、安楽死後直ちに半横隔膜とEDLを採取し、低温酸素化リンガー液(ミリモル/リットルで、135NaCl、5KCl、1MgCl、2CaCl、1NaHPO、15NaHCO、および5.5グルコース)中に保持した。半横隔膜およびEDL調製物を、室温(〜22℃)で酸素化(95%O〜5%CO)リンガー液を含むRodnotiチャンバ(Rodnoti Glass Technology,Inc.,CA,USA)に取り付けた。一方の腱はRodnotiチャンバの底部に取り付け、もう一方の腱はGrass力変換器に取り付けた。筋の直接刺激のために、Grass刺激装置によって生成された1ミリ秒の長い正方形の電気パルスを送達するためのRodonotiチャンバの内壁に取り付けた2つの平行プレート(1×1cm)銀電極。筋を力の発生に最適な長さ(Lo)に調整した。プロトコルの最後に、それぞれノギスと体重計を使用して筋の長さと重量を測定した。閾値刺激を検出するために、最大収縮力が達成されるまで刺激電圧を上げた。筋力の生成を調べるために2〜150Hzの範囲の40閾値上(閾値の120%)刺激を適用した。PCLAMPソフトウェア(バージョン10.1、Axon Instruments)を使用して応答シグナルをデジタル化し(Digidata 1440A Axon Instruments)、取得し、分析した。力の正規化のための筋の断面積(CSA)を、前述のように以下の式を使用して計算した。CSA=m/(Lo×L/Lo×1.06mg/mm)、ここで、「m」は筋量(mg)、Loは最適な筋長、L/Loは線維長と筋長の比(EDLについては0.45、横隔膜については1)および1.06mg/mmは筋密度である。
組織学的分析:WT、mdx:utr−/−、mdx:utr−/−:sln+/−およびtKOマウスの様々な骨格および心臓組織の5ミクロンパラフィン切片を、標準的な手順に従ってヘマトキシリンとエオシン(H&E)およびマッソンの三色で染色した。線維化を示す三食染色による赤色染色コラーゲン領域およびH&Eで染色された単核細胞を含む壊死領域を、NIH ImageJ 1.43uプログラムを用いて計算した。
免疫蛍光:eMyHC(BF45)および1型MyHC(BAF8)に特異的なマウスモノクローナル抗体をDevelopmental Studies Hybridoma Bankから購入した。組織を10ミクロンで凍結切片化し、eMyHC(1:10)または1型MyHC(1:5)に特異的な抗体を使用して4℃で一晩免疫染色し、前述のように処理した。線維サイズの測定のために、組織切片をWGAで染色した(フルオロフォア結合、1:100、カタログ番号W11262、Life Technologies)。Zeiss Axiovert 100M Base上でZeiss LSM 510を使用して画像を取得し、NIS Elementsを使用して処理した。ImageJ 1.43uプログラムを使用して、WGA染色切片に関して筋線維サイズの最小「フェレット」直径変動係数を計算した。
ウェスタンブロット分析:マウス組織を解剖し、滅菌PBSですすぎ、液体窒素で瞬間凍結した。マウス、イヌまたはヒト組織の均質化を、PMSF(1ミリモル)、NaVO(5ミリモル)、オカダ酸(10ナノモル)、NaF(1ミリモル)、およびベンズアミジン(1ミリモル)を添加した溶解緩衝液(ミリモル/リットルで、50トリス、pH7.4、150NaCl、1EDTAおよび0.5%NP−40)中で実施した。等量の全タンパク質抽出物を、事前に染色した分子量マーカーと共にドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル(SDS−PAGE)で分離し、室温で1時間ニトロセルロース膜に転写した。転写後、膜をポンソーSで染色し、試験した各タンパク質の分子量に基づいて小さな細片に切断した。次に、膜細片をリン酸緩衝生理食塩水中の3%乳でブロックし、SLN(抗ウサギ、1:3000)、SERCA1(抗ウサギ、1:2000、カスタムメイド)、SERCA2a(抗ウサギ、1:5000、カスタムメイド)、PLN(抗ウサギ、1:3000、カスタムメイド)、心臓アイソフォームと骨格アイソフォームの両方を認識するCSQ(抗ウサギ、1:5000、Affinity Bio Reagents)、RyR(抗マウス、1:1000、Affinity BioReagents)またはGAPDH(抗マウス、1:10,000、Sigma)に特異的な抗体を使用して4℃で一晩プローブした。膜を適切な二次抗体と共に室温で45分間インキュベートし、Bio−Rad ChemiDoc MPイメージングシステムを使用してSuperSignal West Dura Substrateキット(ThermoFisher Scientific)で視覚化した。Image Labバージョン5.1ソフトウェアを使用してシグナルの定量化を行い、次いでGAPDHレベルに正規化した。ウェスタンブロットを少なくとも3回繰り返した。ウェスタン画像のクロップされていないスキャンを図14および15に示す。
握力測定:握力測定装置(Columbus Instruments)を使用して筋機能の評価を記録した。握力測定装置を水平に配置し、マウスをその尾で支えて、三角形のプルバーをしっかりと握らせた。マウスが三角形のプルバーをしっかりと握った後、マウスを装置と平行に後方に引いた。解放時にバーに加えられた力をピーク握力(ニュートン)として記録した。これを3回繰り返し、各マウスの平均力を決定した。握力の値を各動物の体重(g)で正規化して、握力(N/g)比を得た。
SR Ca2+の取り込み:SR Ca2+の取り込みを、前述のようにMilliporeろ過技術に従って測定した。簡単に説明すると、約150μgの全タンパク質抽出物を、1.5mlのCa2+取り込み培地(ミリモル/リットルで、40イミダゾール、pH7.0、100KCl、5MgCl、5NaN、5シュウ酸カリウム、および0.5EGTA)ならびに様々な濃度のCaCl中37℃でインキュベートして、0.03〜3μmol/Lの遊離Ca2+(1μCi/μmol 45Ca2+を含む)を得た。SR Ca2+取り込みの最大刺激を得るために、基質を添加してCa2+取り込みを開始する直前に、ルテニウムレッドを最終濃度1μmolまで添加した。ATPを5mmolの最終濃度まで添加することによって反応を開始し、ろ過によって1分で終了した。各アッセイは二重に行った。SR Ca2+の取り込みの速度およびEC50に必要なCa2+濃度を、GraphPad Prism v6.01ソフトウェアを使用した非線形曲線適合分析によって決定した。
カルパインアッセイ:タンパク質抽出物中の活性化カルパインを、カルパイン活性アッセイキット(Abcam、カタログ番号ab65308)を使用して測定した。簡単に説明すると、胸筋の細胞質タンパク質抽出物を、抽出手順中のカルパインの自動活性化を防ぐ抽出緩衝液を用いて調製した。カルパイン活性は、カルパイン基質Ac−LLY−AFCを用いた蛍光アッセイを使用して測定した。活性を相対蛍光単位(RFU)/mgタンパク質として表した。
心エコー検査:マウスを2.5%トリブロモエタノールで麻酔し、前述のように高周波トランスデューサ(30MHz)を備えた高解像度超音波装置VisualSonic/Vevo 770システムを使用して心エコー検査を実施した。左室(LV)寸法、壁の厚さ、左室内径短縮率(FS)、およびLV駆出率(EF)をLV Mモード画像から測定した。
統計分析:線維サイズの結果測定、線維化と壊死の定量化、および筋肉力学については、確立されたDMD標準操作手順に従った。すべての統計分析は、GraphPad Prism v6.01ソフトウェアを使用して実施した。結果は平均値±標準誤差として提示する。ウェルチの補正による両側の対応のないスチューデントの「t」検定を使用して差を決定した。必要に応じて、複数群比較のために、ポストホックボンフェローニ補正による二元配置分散分析(ANOVA)を使用した。p<0.05の値を有意と見なした。カプラン・マイヤー生存分析を使用して生存率曲線を作成し、ログランク(マンテル・コックス)検定を使用してデータを分析した。
実施例2
犬のジストロフィ筋芽細胞のSLNタンパク質レベルの増加
SLNはジストロフィ犬の筋芽細胞で上方調節される(図16)。AAV9を使用して発現させた犬特異的shSLN(5’−ctgtttctcaacttcactattgtttcaagagaacaatagtgaagttgagaaacag−3’)(配列番号5)は、ジストロフィ犬の筋芽細胞におけるSLN発現を減少させた(図17)。
実施例3
AAV9.shSLNとAAV9μdysを組み合わせた遺伝子治療
SLN発現の低減はDMDを緩和するのに有益であった;しかしながら、このアプローチではジストロフィンの欠乏は矯正されない。AAVを介したマイクロジストロフィン(μ−dys)治療はジストロフィン機能を回復することができる。しかし、多くのグループからの試験は、μ−dysがジストロフィ筋肉の収縮力を正常化できないことを示している。SLN減少とμ−dys療法の組み合わせは、これらの問題を克服し、より良好な保護をもたらし得る。したがって、1ヶ月齢のmdxおよびmdx:utr−/−マウスを、尾静脈注射によって各マウスあたりそれぞれ1×1011vgおよび5×1012vgの用量のAAV9.shSLNおよびY731F AAV9.ΔR2 μDysで処置する(Yue et al.(2015)Hum Mol Genet.24(20):5880−90)。これらのマウスを、上記のように構造的および機能的矯正に関して注射の12週間後に評価する。データを単一ベクターで処置したマウスと比較する。
AAV9.shSLNの1×1011〜1×1012vgの範囲は、非特異的な毒性を伴わずにインビボでSLN発現を減少させる高い効果が期待される。AAV9.shSLNとAAV9.μ−dysを組み合わせた遺伝子治療は、いずれかの治療単独よりも優れた構造的および機能的保護をもたらすはずであると予想される。
AAV9.shSLNおよびAAV9.shSLN/AAV9.μ−dysで処置したmdx:utr−/−マウスの寿命が延長することが予想される。したがって、mdx:utr−/−マウスの処置時間を増加し、生存期間に応じて検査する。
本明細書で使用される場合、「マイクロジストロフィン」、「マイクロ−ジストロフィン」、および「μ−dys」という用語は、一般に、コード配列の大部分を欠くジストロフィン配列を意味する。本明細書で述べるベクター、組成物、および方法では、任意の適切なマイクロジストロフィン配列を使用することができる。ヒトでは、マイクロジストロフィン療法は、典型的にはヒトμ−dysまたはヒト最適化μ−dys(例えば、Kornegay et al.,Mol.Ther.18,1501−1508,2010)を含み、典型的にはエクソン18〜58の間にジストロフィン変異を有する患者向けである。ジストロフィンのN末端アクチン結合ドメインとC末端ドメインはジストログリカン複合体(DGC)構築に必要であり、ジストロフィンタンパク質の機能に重要であることがいくつかの試験で示されているため、典型的な実施形態では、これらのドメインを含むマイクロジストロフィン遺伝子を合成し、筋特異的プロモータの下に置き、上記のようにrAAVを使用して送達し、発現させる。ヒトマイクロジストロフィン配列の一例は、J.R.Mendell et al.,N Engl J Med.2010 Oct 7;363(15):1429−37に記載されているものであり、その中で、rAAVベクターは、ヒトジストロフィン遺伝子のアミノ末端アクチン結合ドメイン(ABD)、5つのロッドリピートドメイン(R1、R2、R22、R23およびR24)、3つのヒンジドメイン(H1、H3およびH4)、ならびにシステインリッチ(CR)ドメインをコードしている。そのようなマイクロジストロフィン配列は、本明細書で述べるベクター、組成物および方法において使用することができる。ヒトジストロフィン遺伝子配列は公知であり、入手可能である。
実施例4
ヒトshSLN配列
ヒト被験者(例えばDMDまたはDMDと心筋症を有する被験者)におけるSLN発現または活性を低下させ、DMD、およびいくつかの実施形態では心筋症も予防、改善、または治療するために使用し得るヒトshSLN配列の例は、
shRNA1:ctgtgaaaatggggataaacacc TTCAAGAGA ggtgtttatccccattttcacag(配列番号6)
shRNA2:GTCTTGATTACGGTTATTCTTCTCGAGAAGAATAACCGTAATCAAGAC(配列番号7)
を含む。
さらなるヒトshSLN配列には、例えば配列番号6または配列番号7と85%以上(例えば90%、95%、99%)の配列同一性を有するものが含まれる。
ヒトSLNに特異的なshRNA配列を同定し、試験した。これらの配列は、細胞培養系においてヒトSLN発現を有効に減少させた。ヒトSLN(hshSLN)に特異的な潜在的shRNAを選択するために、shRNA発現プラスミド(pLKO.1 puroベクター、Sigma−Aldrich)にクローニングしたいくつかの小さな干渉RNA配列を、ヒトSLN cDNA構築物とのヒト細胞株、HEK293のコトランスフェクションによってスクリーニングした。対照として、ヒトSLN発現に影響を及ぼさないマウスshSLN(mshSLN)を発現するプラスミドを、ヒトSLN cDNAと共にトランスフェクトした。ヒトSLNタンパク質レベルを有効に低下させる5つの異なるショートヘアピン配列が見出された。表3は、これら5つのshRNA配列のDNA配列情報を示す。5つのshRNA配列の中で、hshSLN1とhshSLN3は、SLNタンパク質レベルの低下において非常に高い効果を有していた。これら2つのshRNAは、SLNタンパク質レベルを90%超減少させた(図18)。hshSLN2とhshSLN5はSLNタンパク質レベルを〜50%に、shSLN4は〜30%に減少させた(図18)。これらの情報に基づき、ヒトSLNに特異的なshRNAの選好順序は次のとおりである:
1)hshSLN1
2)hshSLN3
3)hshSLN2
4)hshSLN5
5)hshSLN4
さらなるヒトshSLN配列には、例えば配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10または配列番号11と85%以上(例えば90%、95%、99%)の配列同一性を有するものが含まれる。
実施例5
ヒトSLN mRNA配列
1 agtccagaca gcctgggagg ggagaaggag ttggagctca agttggagac agcgaggaga
61 aacctgccat agccagggtg tgtctttgat cctcttcagg aggtgaggag aagccagagg
121 tccttggtgt gccctcagaa atctgcctgc agttctcacc aagccgctgt gaaaatgggg
181 ataaacaccc gggagctgtt tctcaacttc actattgtct tgattacggt tattcttatg
241 tggctccttg tgaggtccta tcagtactga gaggccatgc catggtcctg ggattgactg
301 agatgctccg gagctgcctg ctctatgccc tgagacccca ctgctgtcat tgtcacagga
361 tgccattctc catccgaggg cacctgtgac ctgcactcac aatatctgct atgctgtagt
421 gctaggattg attatgtgtt ctccaaagat gctgctccca agggctgcca agtgtttgcc
481 agggaacggt agatttattc cccaactctt aactgaaaat gtgttagaca agccacaaag
541 ttaaaattaa actggattca tgatgatgta ggattgttac aagcccctga tctgtctcac
601 cacacatccc ttcaacccac acggtctgca accaaactct aattcaacct gccagaagga
661 atgttagagg aagtctttgt cagcccttat agctatcatg tgaataaagt taagtcaact
721 tcaaaaacaa aaaaaaaa(配列番号12)。
他の実施形態
本明細書に開示されるすべての核酸、核酸名、遺伝子、遺伝子名、および遺伝子産物は、本明細書に開示される組成物、ウイルス、ベクター、キット、および方法が適用可能なあらゆる種のホモログに対応することを意図している。したがって、これらの用語には、ヒト、マウスおよびイヌの核酸、遺伝子および遺伝子産物が含まれるが、これらに限定されない。特定の種からの核酸、遺伝子または遺伝子産物が開示される場合、この開示は例示のみを意図し、それが現れる文脈が明確に指示しない限り、限定として解釈されるべきではないことが理解される。組成物、ウイルス、ベクター、キット、および方法の工程の一部または全部において改善が行われ得る。本明細書で提供されるありとあらゆる例、または例示的な言語(例えば「など」)の使用は、本発明を明らかにすることを意図し、特に特許請求されない限り、本発明の範囲に限定を課すものではない。本発明または好ましい実施形態の性質または利点に関する本明細書のいかなる記述も限定することを意図するものではなく、添付の特許請求の範囲はそのような記述によって限定されると見なされるべきではない。より一般的には、本明細書中のいかなる言語も、特許請求されていない要素が本発明の実施に不可欠であることを示すと解釈されるべきではない。本発明は、適用される法律によって許可されるように、本明細書に添付される特許請求の範囲に列挙される主題のすべての修正および等価物を含む。さらに、そのすべての可能な変形における上記要素の任意の組み合わせは、本明細書で特に指示しない限り、または文脈によって明らかに禁忌でない限り、本発明に包含される。

Claims (17)

  1. 細胞におけるサルコリピン(SLN)発現または活性を低下させるための治療有効量で、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含むrAAVベクターを含む組換えAAV(rAAV)。
  2. 前記核酸配列が、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11からなる群より選択される、請求項1に記載のrAAV。
  3. 前記rAAVが血清型9(AAV9)である、請求項1に記載のrAAV。
  4. 請求項1、請求項2または請求項3に記載のrAAVを含む組成物。
  5. μ−dysをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む第2のrAAVベクターを含む第2のrAAVをさらに含む、請求項4に記載の組成物。
  6. 前記第2のrAAVが血清型9(AAV9)である、請求項5に記載の組成物。
  7. 細胞におけるサルコリピン(SLN)発現または活性を低下させるための治療有効量で、SLNに特異的なshRNAをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む組換えウイルスベクターを含む組換えウイルスを含む組成物。
  8. μ−dysをコードする核酸配列を含む異種ポリヌクレオチド配列を含む第2の組換えウイルスベクターを含む第2の組換えウイルスをさらに含む、請求項7に記載の組成物。
  9. 細胞におけるSLN発現を減少させる方法であって、前記細胞を請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物と接触させることを含む、方法。
  10. 被験体のデュシェンヌ型筋ジストロフィ(DMD)を予防または治療する方法であって、請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物を前記被験体に投与することを含む、方法。
  11. 前記被験体が哺乳動物である、請求項10に記載の方法。
  12. 請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物の投与が、前記被験体における関連する心筋症を予防または治療する、請求項10に記載の方法。
  13. 請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物を、DMDの症状または病変の発症前に前記被験体に投与する、請求項10に記載の方法。
  14. 前記哺乳動物に請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物を注射によって投与する、請求項11に記載の方法。
  15. 被験体の心筋症を治療する方法であって、請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物を前記被験体に投与することを含む、方法。
  16. 前記被験体が哺乳動物である、請求項15に記載の方法。
  17. 細胞におけるSLN発現を減少させる、または被験体のDMDを予防もしくは治療するためのキットであって、
    (a)請求項1、請求項2もしくは請求項3に記載のrAAV、または請求項4、請求項5、請求項6、請求項7もしくは請求項8に記載の組成物;
    (b)使用説明書;および
    (c)包装
    を含む、キット。
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