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JP2019534875A - Ｔｅｒｔ免疫原性組成物及びそれを用いた治療方法 - Google Patents

Ｔｅｒｔ免疫原性組成物及びそれを用いた治療方法 Download PDF

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JP2019534875A JP2019517839A JP2019517839A JP2019534875A JP 2019534875 A JP2019534875 A JP 2019534875A JP 2019517839 A JP2019517839 A JP 2019517839A JP 2019517839 A JP2019517839 A JP 2019517839A JP 2019534875 A JP2019534875 A JP 2019534875A
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ザ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ペンシルバニア
ザ ウィスター インスティテュート オブ アナトミー アンド バイオロジー
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イノビオ ファーマシューティカルズ，インコーポレイティド
イノビオ ファーマシューティカルズ，インコーポレイティド
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Abstract

本明細書では、最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原を含む組成物、及びがんの治療方法、詳細には、腫瘍を治療し、腫瘍に対する防御を与える免疫原性組成物を開示する。
【選択図】なし

Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１６年９月３０日出願の米国仮特許出願第６２／４０２，６９５号及び米国仮特許出願第２０１７年３月７日出願の同第６２／４６８，１２４号に対する優先権を主張し、それらの全体が参照によって本明細書に援用される。
本明細書では、がんを治療するための組成物及び方法、詳細には、腫瘍増殖を治療し、腫瘍増殖に対する防御を与える免疫原性組成物を開示する。
がんは世界及び米国における主要な死因の一つであり、最も多い死因の第二位であって、全死亡の約四分の一を占める。がんは正常な細胞から腫瘍細胞に変化した一つの細胞から起こる。かかる変化は多くの場合、前がん性病巣から悪性腫瘍へと進行する多段階過程である。この進行には、加齢、遺伝性の寄与、ならびに（例えば、紫外線及び電離放射線などの）物理的発がん因子、（例えば、アスベスト、タバコの煙の成分などの）化学的発がん因子、及び（例えば、ある種のウイルス、細菌、及び寄生虫などの）生物学的発がん因子などの外的作因への曝露をはじめとする、多くの因子が寄与する。
がんの予防、診断及び治療は多くの異なる形態をとり得る。予防としては、（例えば、特定の遺伝子変異体などの）素因の検査、（例えば、喫煙、食生活、及び運動量などの）習慣の改変、ならびに（例えば、ヒトパピローマウイルス、Ｂ型肝炎ウイルスなどの）ウイルスに対するワクチン接種を挙げることができる。治療としては、化学療法、放射線療法、ならびに腫瘍またはがん性組織の外科的除去を挙げることができる。多数の予防及び治療方法が利用可能であるにも拘わらず、かかる方法は多くの場合、身近ながんの効果的な予防及び／または治療において、限定的な成功を収めるのみである。
従って、疾患の進行に対する保護の臨床上の管理を容易にするための、がんの予防及び／または治療用組成物及びがんの予防及び／または治療方法の特定及び開発に対するニーズが存在する。更に、がんに罹患した対象において、疾患の進行を遅延させる及び／または死亡率を減少させるために、より有効な治療が求められている。
一実施形態では、本発明は、コンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸分子を含む免疫原性組成物に関する。一実施形態では、コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、ａ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と、ｂ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、ｃ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、免疫原性組成物は、ａ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と、ｂ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、ｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を更に含む。
一実施形態では、免疫原性組成物は、ＭＡＧＥ Ａ１、ｇｐ１００、ウイルス抗原、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗原をコードするヌクレオチド配列を更に含む。一実施形態では、ウイルス抗原は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、またはヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）由来の抗原である。一実施形態では、ＨＢＶ抗原は、ＨＢＶコア抗原またはＨＢＶ表面抗原、またはこれらの組み合わせである。一実施形態では、ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ抗原、ＨＣＶ ＮＳ４Ｂ抗原、またはこれらの組み合わせである。一実施形態では、ＨＰＶ抗原は、ＨＰＶ６型Ｅ６抗原、ＨＰＶ６型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１１型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１１型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１６型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１６型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１８型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１８型Ｅ７抗原、またはこれらの組み合わせである。
一実施形態では、免疫原性組成物は、免疫チェックポイント阻害剤を含む。
一実施形態では、核酸分子は、ａ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、ｂ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、ｃ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む。
一実施形態では、免疫原性組成物は、ａ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、ｂ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、ｃ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を更に含む。
一実施形態では、核酸分子は、プラスミドである。
一実施形態では、免疫原性組成物は、１つ以上のプラスミドを含む。
一実施形態では、免疫原性組成物は、アジュバントを更に含む。一実施形態では、アジュバントは、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、またはＲＡＮＴＥＳである。
一実施形態では、本発明は、がんの治療または予防が必要な対象のがんを治療または予防する方法であって、コンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸分子を含む免疫原性組成物を対象に投与することを含む方法に関する。一実施形態では、投与の方法は、電気穿孔ステップを含む。一実施形態では、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を対象に投与することを更に含む。
一実施形態では、免疫原性組成物及び免疫チェックポイント阻害剤は、単一の製剤中で対象に投与される。一実施形態では、免疫原性組成物及び免疫チェックポイント阻害剤は別々に対象に投与される。
一実施形態では、がんは、メラノーマ、頭頸部癌、前立腺癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門癌、血液癌、卵巣癌、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される。
一実施形態では、本発明は、ａ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、ｂ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、ｃ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む核酸分子に関する。
一実施形態では、核酸分子は、ａ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、ｂ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、ｃ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を更に含む。
一実施形態では、核酸分子は、プラスミドである。
一実施形態では、本発明は、ａ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と、ｂ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、ｃ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含むアミノ酸分子に関する。
一実施形態では、アミノ酸分子は、更に、ａ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と、ｂ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、ｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含むフラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含む。
（Ａ）〜（Ｅ）は、ｐＴｙｒの構築を示す。 （Ａ）〜（Ｅ）は、ｐＴｙｒの構築を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、免疫化ストラテジー、及びＴｙｒ ＤＮＡワクチン接種による細胞媒介性免疫応答の誘導をそれぞれ示す実験結果を示す。 対照及び免疫化マウスのフロー蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、免疫化マウスにおけるチロシナーゼ特異性抗体の誘導を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、それぞれ、対照及び免疫化マウスにおける、腫瘍負荷後のカプラン−マイヤー生存率曲線及び腫瘍容積曲線を示す実験結果を示す。 免疫化及び非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ細胞数を示す実験結果を示す。 免疫化及び非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ細胞数を示す実験結果を示す。 ｐＶａｘ１及びｐＴｙｒによって免疫化されたマウスにおけるＭＤＳＣに対する染色を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、ＭＤＳＣによるＭＣＰ−１の分泌を示す実験結果を示す。 記載した動物の間におけるＴｙｒヌクレオチド配列の系統発生上の関係を示す実験結果を示す。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４１１としても知られる）ｐＰＲＡＭＥのプラスミドマップの概説図、（Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に対する、ＲＤ及び２９３Ｔ細胞の染色、並びに（Ｃ）非トランスフェクト細胞（「対照」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＰＲＡＭＥでトランスフェクトされた細胞（「ＰＲＡＭＥ−ｐＶＡＸ」）由来のライセート中のコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に関するウェスタンブロッティングを示す実験結果を示す。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４１１としても知られる）ｐＰＲＡＭＥのプラスミドマップの概説図、（Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に対する、ＲＤ及び２９３Ｔ細胞の染色、並びに（Ｃ）非トランスフェクト細胞（「対照」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＰＲＡＭＥでトランスフェクトされた細胞（「ＰＲＡＭＥ−ｐＶＡＸ」）由来のライセート中のコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原に関するウェスタンブロッティングを示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、マウス群に対してインターフェロン−ガンマ（ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｇａｍｍａ）（ＩＦＮ−γ）のスポット形成単位（ｓｐｏｔ ｆｏｒｍｉｎｇ ｕｎｉｔ）（ＳＦＵ）/１０６脾細胞をプロットしたグラフを示す実験結果を示す。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４０９としても知られる）ｐＮＹ−ＥＳＯ−１のプラスミドマップの概説図、（Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対する細胞の染色、並びに（Ｃ）非トランスフェクト細胞（「対照」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＮＹ−ＥＳＯ−１でトランスフェクトされた細胞（「ｐＮＹ−ＥＳＯ−１」）由来のＲＤ及び２９３Ｔライセート中のコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に関するウェスタンブロッティングを示す実験結果を示す。 （Ａ）（本明細書においてｐＧＸ１４０９としても知られる）ｐＮＹ−ＥＳＯ−１のプラスミドマップの概説図、（Ｂ）ＤＡＰＩを用いた核に対する、及びコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対する細胞の染色、並びに（Ｃ）非トランスフェクト細胞（「対照」）、ｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞（「ｐＶＡＸ」）、及びｐＮＹ−ＥＳＯ−１でトランスフェクトされた細胞（「ｐＮＹ−ＥＳＯ−１」）由来のＲＤ及び２９３Ｔライセート中のコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に関するウェスタンブロッティングを示す実験結果を示す。 マウス群に対してインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）のスポット形成単位（ＳＦＵ）/１０６脾細胞をプロットしたグラフを示す。 マウス群に対してインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）のスポット形成単位（ＳＦＵ）／１０６脾細胞をプロットしたグラフを示す。 種々のガンとそれらの関連するガン抗原（複数可）の一部を示す概説図を示す。 ＴＥＲＴコンストラクトの模式的設計を示す。合成コンセンサスｈＴＥＲＴを、５つの変異を有するヒトＴＥＲＴに対して、その機能を失わせるために設計した。天然ＲｈＴＥＲＴは、２つの変異を有するアカゲザルＴＥＲＴをコードするものである。両方のコンストラクトを最適化した。表は、最適化されたＴＥＲＴと、ヒト、アカゲザル、及びマウスで同定された天然ＴＥＲＴとの間のタンパク質相同性を示す。 （Ａ）〜（Ｂ）は、アカゲザル天然ペプチドに対するマウスＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γ応答の特性評価を示す。(Ａ)免疫スケジュール。マウス（各群ｎ＝８）をＩＭ／電気穿孔により天然ＲｈＴＥＲＴ及び合成コンセンサスｈＴＥＲＴで、０、２、及び４週目に免疫した。（Ｂ）アカゲザルペプチドを用いたＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定した、ワクチン接種したマウスから単離された脾細胞１００万個当たりのＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γのスポット形成単位（ＳＦＵ）の頻度。 （Ａ）〜（Ｃ）は、アカゲザルＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γ応答の特性評価を示す。(Ａ)免疫スケジュール。アカゲザル（各群ｎ＝５）をＩＭ／電気穿孔により天然ＲｈＴＥＲＴまたは合成コンセンサスｈＴＥＲＴ及びｒｈＩＬ−１２で、０、４、８、及び１２週目に免疫した。（Ｂ及びＣ）天然アカゲザルペプチド及び合成コンセンサスｈＴＥＲＴペプチドを用いたＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定した、ワクチン接種したマウスから単離された脾細胞１００万個当たりのＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γのスポット形成単位（ＳＦＵ）の頻度。 （Ａ）〜（Ｃ）は、アカゲザルＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γ応答の特性評価を示す。(Ａ)免疫スケジュール。アカゲザル（各群ｎ＝５）をＩＭ／電気穿孔により天然ＲｈＴＥＲＴまたは合成コンセンサスｈＴＥＲＴ及びｒｈＩＬ−１２で、０、４、８、及び１２週目に免疫した。（Ｂ及びＣ）天然アカゲザルペプチド及び合成コンセンサスｈＴＥＲＴペプチドを用いたＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定した、ワクチン接種したマウスから単離された脾細胞１００万個当たりのＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γのスポット形成単位（ＳＦＵ）の頻度。 合成コンセンサスｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）がマウスに強いＴ細胞応答を誘導し、ＴＣ−１腫瘍増殖を遅延させることを示す実験結果を示す。(左)マウスを、０、２０、４０、または６０μｇのｐＧＸ１４３４で２週間隔で３回免疫した。マウスのＴ細胞応答を５週目に評価したところ、ｐＧＸ１４３４が強いＴ細胞応答を誘導したことが示された。（右）マウスに２５×１０４個のＴＣ−１細胞を移植した。その後、マウスを、２５μｇのｐＧＸ１４３４で１週間隔で４回免疫した。腫瘍体積を３２日間にわたり測定したところ、ｐＧＸ１４３４で処置したマウスではナイーブマウスと比較して腫瘍体積が減少していることが示された。 マウスにおけるＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）の免疫原性を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）及びｍｕｔ−ｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４０６）がＴＣ−１腫瘍増殖の同様な制御を与えることを示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、非ヒト霊長類（ＮＨＰ）におけるｈＴＥＲＴの免疫原性を実証する実験の実験計画を示す。（Ａ）は、例示的な免疫スケジュールを示す。（Ｂ）は、異なる群に投与したコンストラクトを示した表を示す。ｐＧＸ１４３４：ｈＴＥＲＴ、ｐＧＸ１４０６：Ｍｕｔ−ｈＴＥＲＴ、ｐＧＸ１４４７：Ｍｕｔ−ｒｈＴＥＲＴ、ｐＧＸ１４０４：ＷＴ−１、ｐＧＸ１１０８：ＰＳＭＡ、ｐＧＸ６００６：ｒｈＩＬ−１２。 （Ａ）及び（Ｂ）は、ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴがＮＨＰにおいて自己寛容を破綻させることを実証する実験結果を示す。（Ａ）は、天然アカゲザルＴＥＲＴに対する応答が群１の動物でＰＤ３及びＰＤ４に検出されたことを示す実験結果を示す。（Ｂ）は、天然アカゲザルＴＥＲＴに対する応答が群２の動物でＰＤ３及びＰＤ４に検出されたことを示す実験結果を示す。 （Ａ）〜（Ｃ）は、ＳｙｎＣｏｎの設計が自己寛容を破綻させることを可能とすることを実証する実験結果を示す。（Ａ）は、異なるコンストラクトの天然配列に対する同一性（％）を示した表を示す。（Ｂ）は、ＴＥＲＴ特異的ＩＦＮγ応答を示す実験結果を示す。（Ｃ）は、アカゲザルＴＥＲＴ特異的ＩＦＮγ応答を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴのＮＨＰ免疫原性を実証する実験結果を示す。（Ａ）ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴ、ＰＳＭＡ、ＷＴ−１及びＩＬ−１２の組み合わせを用いて生じたＴＥＲＴ応答を示す実験結果を示す。（Ｂ）ｍｕｔ−ｈＴＥＲＴ、ＰＳＭＡ、ＷＴ−１及びＩＬ−１２の組み合わせを用いて生じたＴＥＲＴ応答を示す実験結果を示す。 （Ａ）〜（Ｃ）は、ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴのＮＨＰ免疫原性を実証する実験結果を示す。（Ａ）ＴＥＲＴ、ＰＳＭＡ、ＷＴ−１及びＩＬ−１２の組み合わせを用いて生じたＴＥＲＴ応答を示す実験結果を示す。（Ｂ）ＴＥＲＴ、ＰＳＭＡ、ＷＴ−１及びＩＬ−１２の組み合わせを用いて生じたＰＳＭＡ応答を示す実験結果を示す。（Ｃ）ＴＥＲＴ、ＰＳＭＡ、ＷＴ−１及びＩＬ−１２の組み合わせを用いて生じたＷＴ−１応答を示す実験結果を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、多価ＳｙｎＣｏｎワクチンの幅を実証する実験結果を示す。（Ａ）は、用いられた免疫スケジュールを示す。（Ｂ）は、免疫後に同定された抗原特異的Ｔ細胞の割合（％）を示す。 （Ａ）及び（Ｂ）は、多価ＳｙｎＣｏｎワクチンが腫瘍量を減少させ、生存率を高めることを示す実験結果を示す。（Ａ）は、用いられた免疫スケジュールを示す。（Ｂ）は、ＷＴ１、ＰＳＭＡ及びＳｙｎＣｏｎ ｍＴＥＲＴの組み合わせで免疫した動物の平均腫瘍体積及び生存率（％）を示す。
本発明は、合成コンセンサスＴＥＲＴ抗原を、単独で、または少なくとも１種類の更なるがん抗原もしくは免疫チェックポイントタンパク質の阻害剤と組み合わせて含む免疫原性組成物、及び疾患または障害を治療するための当該組成物の使用方法に関する。一実施形態では、免疫原性組成物は、ＴＥＲＴ及び少なくとも１種類の更なるがん抗原コンセンサス配列を含む。免疫原性組成物中に含有させることができるがん抗原コンセンサス配列としては、限定されるものではないが、チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、メラノーマ優先発現抗原（ＰＲＡＭＥ）、チロシナーゼ関連タンパク質１（Ｔｙｒｐ１）、がん・精巣抗原（ＮＹ−ＥＳＯ−１）、Ｂ型肝炎ウイルス抗原、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、前立腺６回膜貫通上皮抗原（ＳＴＥＡＰ）、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）、卵胞刺激ホルモン受容体（ＦＳＨＲ）、及びウィルムス腫瘍１抗原（ＷＴ−１）が挙げられる。一実施形態では、本発明の免疫原性組成物は、がんの予防または治療が必要な対象のがんを予防または治療するためのがん抗原の組み合わせを与えることができる。
上記核酸及びそれに対応したコードされる組換えがん抗原のアミノ酸配列の一つの設計方法は、天然がん抗原の全体のアミノ酸配列中の、特定のアミノ酸を変更する変異を導入することである。変異の導入は、当該がん抗原が哺乳類の対象間で普遍的に適用することができない程に当該がん抗原を大きく改変することはなく、例えばヒトまたは犬の対象に適用することができるが、該変異の導入は、得られるアミノ酸配列が許容範囲を超える、すなわち、免疫応答を生起させるために外来抗原と見なされるのに十分な程度に抗原を変化させる。別な方法は、対応する天然がん抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、または、少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する組換えがん抗原を作成することとし得る。いくつかの例において、上記組換えがん抗原は、相当する天然がん抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上記天然がん抗原は、特定のがんまたはがん腫瘍に通常に関与する抗原である。がん抗原によっては、該がん抗原のコンセンサス配列は哺乳類全体にわたる、または類の亜型内であり、またはウイルス株もしくは血清型全体にわたることができる。いくつかのがん抗原は、当該がん抗原のアミノ酸配列の野生型から大幅には変わらない。いくつかのがん抗原は、種間で大きく異なる核酸／アミノ酸配列を有するため、コンセンサス配列を生起させることができない。これらの例においては、許容範囲を超えて免疫応答を生起させることとなる組換えがん抗原は、該組換えがん抗原が、対応する天然がん抗原に対する、少なくとも８５％であり９９％までのアミノ酸配列同一性、少なくとも９０％であり９８％までの配列同一性、少なくとも９３％であり９８％までの配列同一性、少なくとも９５％であり９８％までの配列同一性を有する場合に生起される。いくつかの例において、上記組換えがん抗原は、対応する天然がん抗原に対する、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％のアミノ酸配列同一性を有する。上述の取り組みは、最終的な組換えがん抗原が、上記で議論したような未変異がん抗原のアミノ酸配列に対するパーセントで表した類似性を有するように、組み合わせることができる。
上記組換えがん抗原は、抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ ａｌｐｈａ）（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ）（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができる。
上記免疫原性組成物は、ＰＤ−１及びＰＤＬ−１などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。抗ＰＤ−１または抗ＰＤＬ−１抗体を用いることが、ＰＤ−１またはＰＤＬ−１がＴ細胞及び／またはＢ細胞の応答を抑制することを防止する。全体として、免疫系によって認識されるがん抗原を設計することが、がん細胞による他の形態の免疫抑制に打ち勝つことを助け、これらの免疫原性組成物は、（抗ＰＤ−１及び抗ＰＤＬ−１抗体療法などの）抑制療法または阻害療法と組み合わせて用い、更にＴ細胞及び／またはＢ細胞応答を増加させることができる。
１．定義
特に定義していない限り、本明細書で使用する全ての技術的用語及び科学的用語は、当業者が一般的に理解するものと同じ意味を有する。矛盾が生じる場合には、定義を含めて本明細書が優先となる。本発明の実施または試験において、本明細書中に記載されたものと同様または同等の方法及び材料を用いることはできるが、例示的な方法及び材料を以下に記載する。本明細書で言及する全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の引用文献は、引用によりそれらの全体が組み入れられる。なお、本明細書で開示した材料、方法、及び実施例は単なる例示であり、限定することを意図していない。本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を記載することのみを目的とするものであり、限定することを意図しない。
本明細書で用いられる「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）（ｓ）」、「を含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）（ｓ）」、「を有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「を有する（ｈａｓ）」、「できる（ｃａｎ）」、「を含む（ｃｏｎｔａｉｎ）（ｓ）」という用語、及びその変形は、付加的な行為あるいは構造の可能性を妨げない、制限しない移行句、用語、または単語であることを意図している。単数形である「ａ」、「ａｎｄ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上例外が明記されていない限り、複数形の意味を持つこともある。本開示は、明示的に記載されているかどうかに関わらず、本明細書に示される実施形態または要素「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」、及び「から実質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」他の実施形態も企図する。
本明細書中の数値範囲の記述について、同程度の精度でその間に入る各数が明示的に企図される。例えば、６〜９という範囲の場合、６及び９に加えて７及び８という数が企図され、６．０〜７．０という範囲の場合、６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、及び７．０という数が明示的に企図される。
本明細書で用いられる「アジュバント」は、本明細書の以下に記載される核酸分子及びコード核酸配列によりコードされる抗原の免疫原性を高めるために本明細書に記載の免疫原性組成物に添加される任意の分子を意味する。
本明細書で用いられる「抗体」は、クラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、もしくはＩｇＥの抗体、またはそのフラグメントもしくは誘導体（Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄを含む）、ならびにその一本鎖抗体、ダイアボディ、二重特異性抗体、二機能性抗体、及び誘導体を意味する。抗体は、哺乳動物の血清サンプルから単離された抗体、ポリクローナル抗体、親和性精製抗体、またはこれらの混合物のうち、所望のエピトープまたはそれに由来する配列に対する十分な結合特異性を示すものとすることができる。
本明細書で用いられる「コード配列」または「コード化核酸」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸（ＲＮＡまたはＤＮＡ分子）を意味する。コード配列は、核酸の投与先である個体または哺乳動物の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを更に含むことができる。
本明細書で用いられる「相補体」または「相補的」は、ある核酸が、ヌクレオチド間または核酸分子のヌクレオチド類似体間のワトソン・クリック（例えば、Ａ−／Ｕ及びＣ−Ｇ）またはフーグスティーン型塩基対を表わすことができることを意味する。
本明細書で用いられる「コンセンサス」または「コンセンサス配列」は、異なる生物由来の同一の遺伝子に関する、複数の配列のアライメント分析に基づくポリペプチド配列を意味する。コンセンサスポリペプチド配列をコードする核酸配列を調製することができる。コンセンサス配列を含むタンパク質及び／またはかかるタンパク質をコードする核酸分子を含む免疫原性組成物を用いて、抗原に対する幅広い免疫を誘導することができる。
本明細書で互換的に用いられる、「電気穿孔」、「電気透過処理」、「界面動電増強」（「ＥＰ」）は、生体膜に微細経路（細孔）を生じさせるための膜貫通電場パルスの使用を意味する。こうした微細経路の存在により、プラスミド、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、薬剤、イオン、及び水などの生体分子が、細胞膜の片側から他方の側に通過することが可能になる。
本明細書において核酸配列に関して用いられる「フラグメント」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドをコードする核酸配列、またはその一部を意味する。上記フラグメントは、以下に述べるタンパク質フラグメントをコードする種々のヌクレオチド配列の少なくとも１種より選択されるＤＮＡフラグメントとすることができる。フラグメントは、以下に述べる核酸配列の１種または複数種の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、以下に述べる核酸配列の少なくとも１種の、少なくとも２０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも３０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも４０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも６０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも７０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも８０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも９０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも１００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも１５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも２００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも２５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも３００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも３５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも４００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも４５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも５００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも５５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも６００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも６５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも７００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも７５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも８００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも８５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも９００のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも９５０のヌクレオチドまたはそれ以上、少なくとも１０００のヌクレオチドまたはそれ以上を含むことができる。
ポリペプチド配列に関して用いられる「フラグメント」または「免疫原性フラグメント」は、本明細書記載の抗原と交差反応する哺乳類中における免疫応答を誘発することができるポリペプチドを意味する。上記フラグメントは、以下の種々のアミノ酸配列の少なくとも１種より選択されるポリペプチドフラグメントとすることができる。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％を含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスタンパク質のフラグメントは、本明細書開示のタンパク質配列の、少なくとも２０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも３０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも４０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも５０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも６０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも７０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも８０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも９０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１００のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１１０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１２０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１３０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１４０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１５０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１６０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１７０のアミノ酸またはそれ以上、少なくとも１８０のアミノ酸またはそれ以上を含むことができる。
本明細書で用いられる用語「遺伝子コンストラクト」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子を指す。コード配列は、核酸分子の投与先である個体の細胞中の発現を誘導できるプロモーター及びポリアデニル化シグナルを含む調節エレメントと機能的に連結した、開始及び終了シグナルを含む。本明細書で用いられる「発現可能な形態」という用語は、個体の細胞中に存在しているときにコード配列が発現するように、タンパク質をコードするコード配列に機能的に連結している必要な調節要素を含んでいる遺伝子コンストラクトを指す。
本明細書において用いられる用語「相同性」は、相補性の程度を指す。部分的な相同性または完全な相同性（すなわち、同一性）が存在し得る。完全に相補的な配列が標的核酸へハイブリダイズすることを少なくとも部分的に阻害する部分的に相補的な配列は、機能的用語「実質的に相同な」を用いて表される。ｃＤＮＡまたはゲノムクローンなどの二本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で二本鎖核酸配列の鎖へハイブリダイズすることができるプローブを指す。一本鎖核酸配列に関して用いられる場合、本明細書において用いられる用語「実質的に相同な」とは、低ストリンジェンシー条件下で一本鎖核酸テンプレート配列へハイブリダイズすることができる（すなわち、該配列の補体である）プローブを指す。
本明細書において、２以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈で用いられる「同一」または「同一性」は、当該配列が指定領域にわたって指定の割合の同一残基を有することを意味する。この割合を計算するには、２の配列を最適に整列させ、指定領域にわたって２の配列を比較し、両配列の同一残基が発生する位置の数を確定して一致位置の数を得て、一致位置の数を指定領域の総位置数で割り、計算結果に１００を掛けることにより、配列同一性のパーセント値を得ることができる。２の配列の長さが異なるか、アライメントにより１または複数の付着末端が生じ、指定の比較領域に単一配列のみが含まれる場合には、単一配列の残基を計算の分母に含めるが、分子には含めない。ＤＮＡとＲＮＡを比較する場合には、チミン（Ｔ）とウラシル（Ｕ）を同等と見なすことができる。同一性の計算は、手動で行なう、またはＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ ２．０等のコンピューター配列アルゴリズムを使用して行うことができる。
本明細書で用いられる「免疫応答」は、抗原の導入に応答して、宿主の免疫系、例えば哺乳動物の免疫系が活性化することを意味する。この免疫応答は、細胞性もしくは体液性の形態、またはその両方とすることができる。
本明細書で用いられる「核酸」または「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、互いに共有結合している少なくとも２のヌクレオチドを意味する。一本鎖を表現することにより、相補鎖の配列も定義される。従って、核酸は、表現される一本鎖の相補鎖も包含する。ある核酸の多くの変異体を、所与の核酸として同一目的で使用できる。従って、核酸は、実質的に同一の核酸及びその相補体も包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列とハイブリダイズできるプローブを提供する。従って、核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。
核酸は一本鎖または二本鎖とすることができ、二本鎖と一本鎖の両方の配列の一部分を含むこともできる。核酸は、ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、またはハイブリッドとすることができ、核酸はデオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの組み合わせを含むことができ、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、及びイソグアニンを含む塩基の組み合わせを含むことができる。核酸は、化学合成法または組換え法により取得できる。
本明細書で用いられる「機能的に連結」は、遺伝子と空間的に接続しているプロモーターの制御下で遺伝子が発現することを意味する。プロモーターは、その制御下にある遺伝子の５’（上流）または３’（下流）に位置できる。プロモーターと遺伝子の間の距離は、プロモーターの派生元遺伝子において当該プロモーターが制御する遺伝子とプロモーターの間の距離とほぼ同一とすることができる。当技術分野で知られているように、プロモーター機能を失うことなく、この距離の変化に適応することができる。
本明細書で用いられる「ペプチド」、「タンパク質」、または「ポリペプチド」は、アミノ酸の結合配列を意味することができ、天然、合成、または、天然及び合成の修飾あるいはその組み合わせとすることができる。
本明細書で用いられる「プロモーター」は、核酸の細胞中発現を授与、活性化、または増強することのできる合成分子または天然由来分子を意味する。プロモーターは、発現を更に増強し、且つ／または空間的発現及び／またはその一時的発現を改変する目的で、１または複数の特定の転写調節配列を含むことができる。プロモーターは遠位のエンハンサーエレメントまたは抑制エレメントを含むこともでき、このエンハンサーエレメントまたは抑制エレメントは、転写開始部位から数千塩基対も離れた場所に位置できる。プロモーターは、ウイルス、細菌、真菌、植物、昆虫、及び動物を含む源に由来することができる。プロモーターは、発現が発生する細胞、組織、もしくは臓器に関して、もしくは発現が生じる発生段階に関して、恒常的もしくは差次的に遺伝子成分の発現を調節でき、または、例えば生理的ストレス、病原体、金属イオン、誘発剤等の外部刺激に応答して遺伝子成分の発現を調節できる。プロモーターの代表例として、バクテリオファージＴ７プロモーター、バクテリオファージＴ３プロモーター、ＳＰ６プロモーター、ｌａｃオペレータープロモーター、ｔａｃプロモーター、ＳＶ４０後期プロモーター、ＳＶ４０初期プロモーター、ＲＳＶ−ＴＲプロモーター、ＣＭＶＩＥプロモーター、ＳＶ４０初期プロモーター、ＳＶ４０後期プロモーター、及びＣＭＶ ＩＥプロモーターが挙げられる。
「シグナルペプチド」及び「リーダー配列」は、本明細書で互換的に用いられ、本明細書に記載のタンパク質のアミノ末端に結合することができるアミノ酸配列を指す。一般に、シグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質の局在化を指示する。本明細書で使用するシグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質を産生する細胞からタンパク質を分泌し易くすることができる。シグナルペプチド／リーダー配列は、細胞からの分泌時に、タンパク質（しばしば成熟タンパク質と呼ばれる）の残余から切断されることが多い。シグナルペプチド／リーダー配列は、タンパク質のアミノ末端（すなわち、Ｎ末端）に結合する。
本明細書で用いられる、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、例えば核酸の複合混合物において、第１の核酸配列（例えばプローブ）が第２の核酸配列（例えば標的）とハイブリダイズする際の条件を意味する。ストリンジェントな条件は配列に依存するため、状況によって異なる。ストリンジェントな条件は、所定のイオン強度ｐＨにおける特定の配列に対する融点（Ｔｍ）より約５〜１０℃低くなるように選択することができる。Ｔｍは、（規定のイオン強度、ｐＨ、及び核酸濃度下で）標的に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度とすることができる（標的配列は過剰に存在するので、Ｔｍにおいて、プローブの５０％が平衡状態で占有される）。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０〜８．３において約１．０Ｍ未満のナトリウムイオン、例えば約０．０１〜１．０Ｍのナトリウムイオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０〜５０ヌクレオチド）では最低約３０℃、長いプローブ（例えば約５０ヌクレオチド超）では最低約６０℃とすることができる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミド等の不安定化剤の添加によって達成することもできる。選択的または特異的ハイブリダイゼーションの場合、陽性シグナルはバックグラウンドハイブリダイゼーションの少なくとも２〜１０倍とすることができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件例には、以下の条件が含まれる：５０％ホルムアミド、５倍ＳＳＣ、及び１％ＳＤＳ、４２℃でのインキュベート。または、５倍ＳＳＣ、１％ＳＤＳ、６５℃でのインキュベート、０．２倍ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中６５℃での洗浄。
本明細書で用いられる「対象」は、本明細書に記載の免疫原性組成物で免疫を得ることを望むかまたは必要とする哺乳類を意味する。哺乳類は、ヒト、チンパンジー、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、マウス、またはラットとすることができる。
本明細書で用いられる、「実質的に相補的」は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１８０、２７０、３６０、４５０、５４０個、またはそれ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸の領域にわたって、第１の配列が第２の配列の相補体と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であること、あるいは、２つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味する。
本明細書で用いられる、「実質的に同一」は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１８０、２７０、３６０、４５０、５４０個またはそれ以上のヌクレオチドまたはアミノ酸の領域にわたって、第１の配列と第２の配列が少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であること、あるいは、核酸に関して、第１の配列が第２の配列の相補体と実質的に相補的である場合を意味する。
本明細書で用いられる、「治療」または「治療する」は、疾患を予防するか、抑制するか、抑圧するかまたは完全に除去することで動物を疾患から防御することを意味することができる。疾患を予防することは、その疾患の発症前に動物に本発明の免疫原性組成物を投与することを含む。疾患を抑制することは、その疾患の誘導後でその疾患の臨床的出現前に、動物に本発明の免疫原性組成物を投与することを含む。疾患を抑圧することは、その疾患の臨床的出現後に、動物に本発明の免疫原性組成物を投与することを含む。
核酸に関して本明細書で用いられる、「変異体」は、（ｉ）基準ヌクレオチド配列の一部分もしくはフラグメント；（ｉｉ）基準ヌクレオチド配列もしくはその一部分の相補体；（ｉｉｉ）基準核酸もしくはその相補体と実質的に同一の核酸；または（ｉｖ）ストリンジェントな条件下で、基準核酸、その相補体、もしくはその実質的に同一の配列とハイブリダイズする核酸を意味する。
ペプチドまたはポリペプチドに関して用いられる、「変異体」は、アミノ酸の挿入、欠失、または保存的置換によりアミノ酸配列が異なっているが、少なくとも１つの生物活性を保持しているものである。また、変異体は、基準タンパク質と実質的に同一のアミノ酸配列を有し、少なくとも１つの生物活性を保持するアミノ酸配列を有するタンパク質も意味することができる。アミノ酸の保存的置換、すなわち、あるアミノ酸を類似特性（例えば、荷電領域の親水性、程度、及び分布）の別のアミノ酸に置換することは、当技術分野では、通常は軽微な変化を伴うものと認識されている。こうした軽微な変化は、当技術分野で理解されているように、アミノ酸の疎水性親水性指標（ｈｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ ｉｎｄｅｘ）を検討することにより部分的に特定できる。Ｋｙｔｅら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５〜１３２（１９８２）。アミノ酸の疎水性親水性指標は、その疎水性と電荷の考察に基づく。類似の疎水性親水性指標を有するアミノ酸は置換可能であり、その後もタンパク質機能を維持することが当技術分野において公知である。一態様において、±２の疎水性親水性指標を有するアミノ酸が置換される。アミノ酸の親水性を用いて、生物機能を保持したタンパク質となる置換を明らかにすることもできる。ペプチドに関連してアミノ酸の親水性を検討することにより、そのペプチドの局所的な最大平均親水性を計算でき、抗原性及び免疫原性とよく相関すると報告されている有用な尺度となる。米国特許第４，５５４，１０１号（この文献は、参照により全体が本明細書に組み入れられる）。当技術分野で理解されているように、類似の親水性値を有するアミノ酸を置換すると、例えば免疫原性等の生物活性を保持したペプチドが得られる。親水性値が互いに±２以内のアミノ酸を用いて、置換を実施できる。アミノ酸の疎水性指標及び親水性値の両方とも、そのアミノ酸の特定の側鎖の影響を受ける。こうした知見と一致して、生物機能に適合するアミノ酸置換とは、アミノ酸の相対的類似性、特に当該アミノ酸の側鎖の相対的類似性に依存するものと理解されており、この相対的類似性は、疎水性、親水性、電荷、サイズ、その他の特性により明らかになる。
変異体は、完全遺伝子配列またはそのフラグメントの全長にわたって実質的に同一な核酸配列であってもよい。核酸配列は、遺伝子配列またはそのフラグメントの全長にわたって８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であってもよい。変異体は、アミノ酸配列またはそのフラグメントの全長にわたって実質的に同一なアミノ酸配列であってもよい。アミノ酸配列は、アミノ酸配列またはそのフラグメントの全長にわたって８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であってもよい。
本明細書で用いられる、「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味する。ベクターは、ウイルスベクター、バクテリオファージ、細菌人工染色体、または酵母人工染色体とすることができる。ベクターは、ＤＮＡベクターまたはＲＮＡベクターとすることができる。ベクターは、自己複製過剰染色体ベクター、及び一実施形態では、発現プラスミドである。ベクターは、１種または複数種の非相同核酸配列を含有するまたは包含することができる。
２．合成コンセンサスＴＥＲＴ
本発明は、ＴＥＲＴ抗原の最適化コンセンサス配列を提供する。一実施形態では、最適化コンセンサス配列によってコードされた抗原は、哺乳動物に免疫応答を誘導することができる。一実施形態では、最適化コンセンサス配列によってコードされた抗原は、抗原を免疫応答を誘導することができる免疫源として特に有効なものとするエピトープ（複数可）を含むことができる。
最適化コンセンサス配列は、２以上の天然のＴＥＲＴ抗原に由来するコンセンサス配列とすることができる。最適化コンセンサス配列は、コンセンサス配列及び／または発現を向上させるための改変を有することができる。改変には、コドン最適化、ＲＮＡ最適化、翻訳開始効率を高めるためのコザック配列の付加、及び／または免疫原性を高めるための免疫グロブリンリーダー配列の付加が挙げられる。最適化コンセンサス配列によってコードされるＴＥＲＴ抗原は、例えば、限定されるものではないが、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）または免疫グロブリン（ＩｇＧ）シグナルペプチドを含む免疫グロブリンシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、最適化コンセンサス配列によってコードされる抗原は、ヘマグルチニン（ＨＡ）タグを有することができる。最適化コンセンサス配列によってコードされるＴＥＲＴ抗原は、対応する天然抗原よりも強い細胞性及び／または体液性免疫応答を誘発するように設計することができる。最適化コンセンサス配列によってコードされるＴＥＲＴ抗原は、寛容を破綻させ、抗がん免疫療法と相乗作用を示すように設計することができる。
一実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴは、天然のヒトＴＥＲＴに対する寛容を破綻させるように設計される。一実施形態では、ヒト最適化コンセンサスＴＥＲＴをコードする配列は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載されるものである。一実施形態では、ヒト最適化コンセンサスＴＥＲＴによってコードされる抗原は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列を有する。
一実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴは、天然のマウスＴＥＲＴに対する寛容を破綻させるように設計される。一実施形態では、マウス最適化コンセンサスＴＥＲＴをコードする配列は、配列番号４９、または配列番号５１に記載されるものである。一実施形態では、マウス最適化コンセンサスＴＥＲＴによってコードされる抗原は、配列番号５０、または配列番号５２に記載されるアミノ酸配列を有する。
一実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴは、天然のアカゲザルＴＥＲＴに対する寛容を破綻させるように設計される。一実施形態では、アカゲザル最適化コンセンサスＴＥＲＴをコードする配列は、配列番号５３、または配列番号５５に記載されるものである。一実施形態では、マウス最適化コンセンサスＴＥＲＴによってコードされる抗原は、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列を有する。
一実施形態では、最適化コンセンサスによりコードされたＴＥＲＴ抗原は、１つ以上の調節エレメントと機能的に連結される。一実施形態では、調節エレメントは、リーダー配列である。一実施形態では、ＩｇＥのリーダーをコードする配列と機能的に連結された最適化コンセンサスＤＮＡ配列は、配列番号４５、配列番号４９、及び配列番号５３に記載されるものである。一実施形態では、ＩｇＥのリーダー配列と機能的に連結された、最適化コンセンサスによりコードされたＴＥＲＴ抗原は、配列番号４６、配列番号５０、及び配列番号５４に記載されるものである。
一実施形態では、調節エレメントは、開始コドンである。したがって、一実施形態では、本発明は、５’末端に開始コドンを有するヌクレオチド配列と機能的に連結された、配列番号４７、配列番号５１、配列番号５５に記載される核酸配列、またはそれらのフラグメントもしくはホモログに関する。一実施形態では、本発明は、Ｎ末端の開始コドンによってコードされたアミノ酸（例えばメチオニン）と機能的に連結された、配列番号４８、配列番号５２、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列、またはそれらのフラグメントもしくはホモログに関する。
一実施形態では、調節エレメントは、少なくとも１つの終止コドンである。したがって、一実施形態では、本発明は、３’末端に少なくとも１つの終止コドンを有するヌクレオチド配列と機能的に連結された、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載される核酸配列、またはそれらのフラグメントもしくはホモログに関する。一実施形態では、ヌクレオチド配列は、翻訳停止の効率を高めるために２個の終止コドンと機能的に連結される。
一実施形態では、ＴＥＲＴ抗原をコードする最適化コンセンサス配列は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列を有するペプチドをコードすることができる。一実施形態では、最適化コンセンサス配列は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載されるヌクレオチド配列を有することができる。いくつかの実施形態では、配列は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載されるヌクレオチド配列の全長にわたって少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するヌクレオチド配列とすることができる。他の実施形態では、配列は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列とすることができる。
いくつかの実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載される核酸配列の全長にわたって少なくとも約９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＤＮＡ配列からの転写産物であるＲＮＡによってコードされてもよい。いくつかの実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって少なくとも約９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードするＲＮＡによってコードされてもよい。
最適化コンセンサスコードＴＥＲＴ抗原は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、または配列番号８に記載されるアミノ酸配列を有するペプチドとすることができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を有することができる。
配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６と９５％相同なタンパク質の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、免疫原性フラグメントは、リーダー配列を含まない。
一実施形態では、最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原の免疫原性フラグメントは、完全長の最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原の少なくとも１つの免疫優性またはサブ免疫優性エピトープをコードする最適化コンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする。
いくつかの実施形態は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５の完全長の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含む、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５の免疫原性フラグメントに関する。免疫原性フラグメントは、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントと少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。いくつかの実施形態では、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。
３．免疫原性組成物
一実施形態では、本発明の免疫原性組成物は、合成コンセンサスＴＥＲＴ抗原、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。一実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、ヒトＴＥＲＴ抗原（ｈＴＥＲＴ）である。ｈＴＥＲＴは、テロメアの末端のＴＴＡＧＧＧタグを合成して染色体の短縮による細胞死を防止するヒトテロメラーゼ逆転写酵素である。過増殖細胞は、ｈＴＥＲＴの異常に高い発現を示す場合がある。ｈＴＥＲＴの異常発現は、ＨＣＶ及びＨＰＶに感染した過増殖細胞でも生じる場合がある。したがって、ＨＰＶ及びＨＣＶに対する免疫療法は、異常なレベルでｈＴＥＲＴを発現する細胞を標的化することによって向上させることができる。ＨＰＶ及びＨＣＶ抗原については、下記により詳しく述べる。一態様では、ｈＴＥＲＴがん抗原は、その全容を参照により援用する２０１３年１２月２３日出願の米国特許出願第１４／１３９，６６０号によって更に定義することができる。
一実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、非ヒトＴＥＲＴ抗原である。非ヒトＴＥＲＴ抗原としては、限定されるものではないが、マウスＴＥＲＴ（ｍＴＥＲＴ）及びアカゲザルＴＥＲＴ（ｒｈＴＥＲＴ）が挙げられる。
ＴＥＲＴ遺伝子をトランスフェクトした樹状細胞でＴＥＲＴを発現させることで、抗原特異的にＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞を誘導し、ＣＤ４＋Ｔ細胞を誘発することができる。したがって、老化を遅らせ、抗原提示細胞（ＡＰＣ）が選択された抗原を提示する能力を持続させるための抗原提示細胞（ＡＰＣ）内でのｈＴＥＲＴの発現の利用を、例えば本明細書に述べられる方法のような免疫療法で用いることができる。
ＴＥＲＴ抗原は、限定されるものではないが、悪性黒色腫、前立腺癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門癌、頭頸部癌、及び血液癌を含む任意の数のがんと関連付ける、またはこれらのがんにより発現させることができる。したがって、本明細書に述べられるＴＥＲＴ抗原を含む場合には、かかるワクチンを、限定されるものではないが、悪性黒色腫、前立腺癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門癌、頭頸部癌、及び血液癌を含む任意の数のがんを罹患した対象を治療するために使用することができる。
ＴＥＲＴ抗原は、抗原特異的Ｔ細胞及び／または高力価の抗体反応を誘導することにより、抗原を発現するがんまたは腫瘍を標的とした、または抗原を発現するがんまたは腫瘍に対する反応性を有する免疫応答を誘導または誘発することができる。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、細胞性、体液性、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であってよい。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を含み得る。他の実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、限定されるものではないが、例えば、ＭＨＣの提示をダウンレギュレートする因子、抗原特異的調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）をアップレギュレートする因子、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン類、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連線維芽細胞、免疫抑制細胞が産生する可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び下記により詳しく述べる免疫チェックポイント分子などの抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種類以上の免疫抑制因子を低減または阻害することができる。
ＴＥＲＴ抗原は、それに対する抗ＴＥＲＴ免疫応答を誘導することができる免疫原としてＴＥＲＴ抗原を特に効果的なものとするタンパク質エピトープを含み得る。ＴＥＲＴ抗原は、完全長の翻訳産物、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせを含み得る。ＴＥＲＴ抗原は、コンセンサスタンパク質を含むことができる。
ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸配列を、コドンの使用及び対応するＲＮＡ転写産物に関して最適化することができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、発現についてコドン及びＲＮＡ最適化することができる。いくつかの実施形態では、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を高めるためのコザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、翻訳停止の効率を高めるための複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）のリーダー配列をコードしてもよい。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列とペプチド結合によってそれぞれ連結されるようにＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードしたヌクレオチド配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチドを含まない、または有さない。
いくつかの実施形態では、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、異種核酸配列であってよく、かつ／または１以上の異種核酸配列を有することができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中の１以上のアミノ酸または残基が別のアミノ酸または残基にそれぞれ置き換えられる、すなわち置換されるように野生型ＴＥＲＴ抗原に対して変異させることができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸を、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中の１以上の残基が別の残基にそれぞれ置き換えられる、すなわち置換されるように野生型ＴＥＲＴ抗原に対して変異させることにより、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原、またはそれらの組み合わせが投与される哺乳動物において免疫系をＴＥＲＴに対して寛容でなくすことができる。ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸は、ＴＥＲＴ抗原またはコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列中のアルギニン５８９、アスパラギン酸１００５、またはアルギニン５８９及びアスパラギン酸１００５の両方がチロシン残基に置き換えられる、すなわち置換されるように野生型ＴＥＲＴ抗原に対して変異させることができる。
一態様では、ＴＥＲＴ抗原は、それぞれ配列番号２４及び配列番号５８のアミノ酸配列をコードする配列番号２３または配列番号５７の核酸配列であってよい。配列番号２３及び配列番号５７は、ＩｇＥリーダー配列に連結されたＴＥＲＴ抗原をコードする。一実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。
いくつかの実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、配列番号２３または配列番号５７に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。ＴＥＲＴ抗原は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＴＥＲＴ抗原と相同なタンパク質、ＴＥＲＴ抗原の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。配列と９５％以下の相同性、配列と９６％以下の相同性、配列と９７％以下の相同性、配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＴＥＲＴ抗原と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＴＥＲＴ抗原の免疫原性フラグメント、及びＴＥＲＴ抗原と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＴＥＲＴ配列と８０％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と８５％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９０％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９１％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９２％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９３％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９４％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９５％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９６％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９７％以下の同一性、完全長のＴＥＲＴ配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＴＥＲＴ配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＴＥＲＴ抗原と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号２３または配列番号５７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、ＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、配列番号２４または配列番号５８である。ＩｇＥリーダーに連結されたＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、配列番号２４または配列番号５８である。ＩｇＥリーダーに連結されたＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載されるタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２４または配列番号５８に記載される完全長のアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。タンパク質のフラグメントは、タンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号２４または配列番号５８の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号２４または配列番号５８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号２４または配列番号５８の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号１８と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号２４または配列番号５８の免疫原性フラグメントと同一なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号２４または配列番号５８に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１７４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２０４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２３４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２６４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２９４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３２４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３
３６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２３または配列番号５７のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。
フラグメントは、６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７５個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、８４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１０２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１０８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１１４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１３２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１３８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１４４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１６２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１６８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１７４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１９２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１９８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２０４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２２２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２２８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２３４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２５２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２５８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２６４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２８２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２８６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２９４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３０００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３０６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３１２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３１８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３２４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３３００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３３６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３４２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３４８０個よりも少ないヌクレオチド、及び、いくつかの実施形態では、３５１０個よりも少ないヌクレオチドを含むことができる。
配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号２４または配列番号５８のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。
フラグメントは、２４個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３６個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４２個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４８個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５４個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７２個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４７０個よりも少ないアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、１５００個よりも少ないアミノ酸を含むことができる。
一実施形態では、ＴＥＲＴ抗原は、合成コンセンサスＴＥＲＴ抗原である。特定の実施形態では、合成コンセンサスＴＥＲＴは、天然のＴＥＲＴ抗原に対して、１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、６個以上、７個以上、８個以上、９個以上、１０個以上、１５個以上、２０個以上、３０個以上、または５０個以上のアミノ酸変異を有する。
一実施形態では、コンセンサスｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号４６のアミノ酸配列をコードする配列番号４５の核酸配列であってよい。配列番号４５は、ＩｇＥリーダー配列に連結されたコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする。コンセンサスｈＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスｈＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。一実施形態では、コンセンサスｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号４８のアミノ酸配列をコードする配列番号４７の核酸配列であってよい。配列番号４７は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されないコンセンサスｈＴＥＲＴ抗原をコードする。
一実施形態では、コンセンサスｍＴＥＲＴ抗原は、配列番号５０のアミノ酸配列をコードする配列番号４９の核酸配列であってよい。配列番号４９は、ＩｇＥリーダー配列に連結されたコンセンサスｍＴＥＲＴ抗原をコードする。コンセンサスｍＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスｍＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。一実施形態では、コンセンサスｍＴＥＲＴ抗原は、配列番号５２のアミノ酸配列をコードする配列番号５１の核酸配列であってよい。配列番号５１は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されないコンセンサスｍＴＥＲＴ抗原をコードする。
一実施形態では、コンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号５４のアミノ酸配列をコードする配列番号５３の核酸配列であってよい。配列番号５３は、ＩｇＥリーダー配列に連結されたコンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原をコードする。コンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。一実施形態では、コンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原は、配列番号５６のアミノ酸配列をコードする配列番号５５の核酸配列であってよい。配列番号５５は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されないコンセンサスｒｈＴＥＲＴ抗原をコードする。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５に記載される核酸配列の全長にわたって少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＴＥＲＴ抗原は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、コンセンサスＴＥＲＴ抗原と相同なタンパク質、コンセンサスＴＥＲＴ抗原の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。配列と９５％以下の相同性、配列と９６％以下の相同性、配列と９７％以下の相同性、配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ抗原と特定の同一性（％）を有するタンパク質、コンセンサスＴＥＲＴ抗原の免疫原性フラグメント、及びコンセンサスＴＥＲＴ抗原と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と８０％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と８５％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９０％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９１％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９２％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９３％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９４％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９５％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９６％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９７％以下の同一性、完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９８％以下の同一性、及び完全長のコンセンサスＴＥＲＴ配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるコンセンサスＴＥＲＴ抗原と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントと、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、一実施形態では、コンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＴＥＲＴ抗原のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６に記載されるタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６と同一なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載される完全長のアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。タンパク質のフラグメントは、タンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４５個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７５個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、４８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、５４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、６６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、７８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、８４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、９６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１０８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１１４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１２６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１３８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１４４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１５６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１６８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１７４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１８６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、１９８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２０４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２１６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２２８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２３４０個以上のヌクレオチドを
含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２４６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２５８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２６４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２７６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２８８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、２９４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３０６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３１８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３２４０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３００個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３３６０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４２０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、免疫優性エピトープをコードする配列を含む、３４８０個以上のヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、または配列番号５５のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。
フラグメントは、６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７５個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、４８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、５４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、６６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、７８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、８４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、９６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１０２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１０８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１１４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１２６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１３２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１３８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１４４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１５６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１６２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１６８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１７４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１８６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１９２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、１９８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２０４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２１６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２２２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２２８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２３４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２４６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２５２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２５８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２６４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２７６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２８２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２８６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、２９４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３０００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３０６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３１２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３１８０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３２４０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３３００個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３３６０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３４２０個よりも少ないヌクレオチド、いくつかの実施形態では、３４８０個よりも少ないヌクレオチド、及び、いくつかの実施形態では、３５１０個よりも少ないヌクレオチドを含むことができる。
配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１５個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１８個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、２１個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、２４個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３６個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、４２個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、４８個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、５４個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６６個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、７２個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、２１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、２４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、２７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、３９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、４２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、４５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、４８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、５１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、５４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、５７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、６９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、７２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、７５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、７８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、８１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、８４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、８７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、９００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、９３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、９６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、９９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１０２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１０５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１０８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１１１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１１４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１１７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番
号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１２００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１２３０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１２６０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１２９０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１３２０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１３５０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１３８０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１４１０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１４４０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１４７０個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、免疫優性エピトープを含む配列を含む、１５００個以上のアミノ酸を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、または配列番号５６のフラグメントは、ＩｇＥリーダー配列のコード配列を含まない。
フラグメントは、２４個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３６個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４２個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４８個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５４個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７２個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、２９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、３８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、４７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、５９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、６８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、７７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、８９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、９８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１０７０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２００個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２３０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２６０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１２９０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３２０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３５０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１３８０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４１０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４４０個よりも少ないアミノ酸、いくつかの実施形態では、１４７０個よりも少ないアミノ酸、及びいくつかの実施形態では、１５００個よりも少ないアミノ酸を含むことができる。
本発明は抗がん免疫原性組成物に関する。該免疫原性組成物は１種または複数種のがん抗原を含むことができる。該免疫原性組成物は腫瘍の増殖を防止することができる。該免疫原性組成物は腫瘍の増殖を低減することができる。該免疫原性組成物は腫瘍細胞の転移を防止することができる。上記がん抗原に応じて、該免疫原性組成物は、限定されるものではないが、肝癌、前立腺癌、メラノーマ、血液癌、頭頚部癌、膠芽腫、再発性呼吸器乳頭腫症、肛門癌、子宮頸癌及び脳癌を治療することを対象とすることができる。
上記免疫原性組成物の開発における第一歩は、免疫系によって認識されず、自己抗原であるがん抗原を特定することである。特定されたがん抗原を、免疫系によって認識されるようにするために、自己抗原から外来抗原へと変化させる。組換えがん抗原の核酸及びアミノ酸配列の、自己抗原から外来抗原への再設計は、免疫系による抗原の許容範囲を超える。許容範囲を超えるために、下記に記載するようないくつかの再設計手段をがん抗原に対して適用することができる。
上記免疫原性組成物の組換えがん抗原は自己抗原とは認識されず、従って許容範囲を超える。許容範囲の逸脱は、抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体の応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができる。
特定の実施形態において、上記免疫原性組成物は、以下を誘導することにより、腫瘍排除を媒介するまたは腫瘍細胞の増殖を防止することができる。すなわち、（１）単球走化性タンパク質−１（ｍｏｎｏｃｙｔｅ ｃｈｅｍｏａｔｔｒａｃｔａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ−１）（ＭＣＰ−１）の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ｍｙｅｌｏｉｄ ｄｅｒｉｖｅｄ ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ ｃｅｌｌ）（ＭＤＳＣ）を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのＢ細胞応答を介する体液性免疫応答、（２）腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのＣＤ８＋などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ）（ＣＴＬ）の増加、（３）ヘルパーＴ細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ−γ及びＴＦＮ−αを介した炎症性反応の増加、あるいは、上記項目の組み合わせである。上記免疫原性組成物は、無腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、及び４５％増加させることができる。上記免疫原性組成物は、腫瘍の大きさを免疫化後に３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％低減することができる。上記免疫原性組成物は、単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ―１）、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。上記免疫原性組成物は、腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。
上記免疫原性組成物は、該免疫原性組成物を投与した対象における細胞性免疫応答を、該免疫原性組成物を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記免疫原性組成物は、該免疫原性組成物を投与した対象における細胞性免疫応答を、該免疫原性組成物を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
上記免疫原性組成物は、該免疫原性組成物を投与した対象におけるインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）濃度を、該免疫原性組成物を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記免疫原性組成物は、該免疫原性組成物を投与した対象におけるＩＦＮ−γ濃度を、該免疫原性組成物を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
上記免疫原性組成物は核酸ワクチンとすることができる。一実施形態では、核酸ワクチンはＤＮＡワクチンである。ＤＮＡワクチンは、米国特許第５，５９３，９７２号、第５，７３９，１１８号、第５，８１７，６３７号、第５，８３０，８７６号、第５，９６２，４２８号、第５，９８１，５０５号、第５，５８０，８５９号、第５，７０３，０５５号、及び第５，６７６，５９4号に開示され、これらは参照により全体が本明細書に組み入れられる。上記ＤＮＡワクチンは、該ワクチンが染色体に組み込まれることを阻害する要素または反応剤を更に含むことができる。
上記免疫原性組成物はＲＮＡワクチンとすることができる。該ＲＮＡワクチンは細胞中に導入することができる。ＲＮＡワクチンはＲＮＡワクチンが染色体に組み込まれることを阻害する要素または反応剤を更に含むことができる。
上記免疫原性組成物は、限定されないが、例えば、米国特許第４，５１０，２４５号、第４，７９７，３６８号、第４，７２２，８４８号、第４，７９０，９８７号、第４，９２０，２０９号、第５，０１７，４８７号、第５，０７７，０４４号、第５，１１０，５８７号、第５，１１２，７４９号、第５，１７４，９９３号、第５，２２３，４２４号、第５，２２５，３３６号、第５，２４０，７０３号、第５，２４２，８２９号、第５，２９４，４４１号、第５，２９４，５４８号、第５，３１０，６６８号、第５，３８７，７４４号、第５，３８９，３６８号、第５，４２４，０６５号、第５，４５１，４９９号、第５，４５３，３６４号、第５，４６２，７３４号、第５，４７０，７３４号、第５，４７４，９３５号、第５，４８２，７１３号、第５，５９１，４３９号、第５，６４３，５７９号、第５，６５０，３０９号、第５，６９８，２０２号、第５，９５５，０８８号、第６，０３４，２９８号、第６，０４２，８３６号、第６，１５６，３１９号及び第６，５８９，５２９号に記載されるワクチンなどの、弱毒生ワクチン、抗原を送達するための組換えベクターを用いたワクチン、サブユニットワクチン、及び糖タンパク質ワクチンとすることができ、上記特許はそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる。
本発明の免疫原性組成物は、当該ワクチン自体が疾病や死を引き起こすことのないように安全であること；疾病に対して防御するものであること；中和抗体を誘導すること；Ｔ細胞の防御応答を誘導すること；ならびに投与が容易であり、副作用が少なく、生物学的に安定であり、及び用量当たりのコストが低いことなどの、有効なワクチンに求められる特徴を有することができる。上記免疫原性組成物は、以下に議論するがん抗原を含有することにより、これらの特徴のいくつかまたは全てを達成することができる。
より詳細に後述するように、上記免疫原性組成物は、１種または複数種の免疫チェックポイント分子の１種または複数種の阻害剤（すなわち、免疫チェックポイント阻害剤）を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＨＣクラスによる提示、Ｔ細胞による提示及び／もしくはその分化、Ｂ細胞による提示及び／もしくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカインまたは免疫細胞の増殖及び／もしくは分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する、任意の核酸またはタンパク質である。これもより詳細に後述するように、上記免疫原性組成物は、ＰＤ−１、ＰＤＬ−１、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３及び／またはＬＡＧ３などのチェックポイント阻害剤に対する抗体と更に組み合わせて、細胞性免疫応答及び体液性免疫応答の両方の刺激を増加させてもよい。免疫チェックポイントタンパク質を標的とした抗体を使用することで、免疫チェックポイントタンパク質がＴ細胞及び／またはＢ細胞の応答を抑制することが防止される。
免疫原性組成物は、抗原、またはそのフラグメントもしくは変異体も含むことができる。抗原は、対象に免疫応答を誘導するものであればなんでもよい。抗原は、核酸配列、アミノ酸配列、またはこれらの組み合わせであってよい。核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、これらの変異体、これらのフラグメント、またはこれらの組み合わせとすることができる。核酸は、ペプチド結合によって抗原に連結されたリンカーまたはタグ配列をコードする更なる配列も含むことができる。アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、これらの変異体、これらのフラグメント、またはこれらの組み合わせとすることができる。
抗原は、例えば、ウイルス、寄生虫、細菌、真菌、または哺乳動物などの任意の数の生物に由来するタンパク質、核酸、またはこれらのフラグメント、またはこれらの変異体、またはこれらの組み合わせに含まれ得る。抗原は、自己免疫疾患、アレルギー、または喘息に関連するものでもよい。他の実施形態では、抗原は、がん、ヘルペス、インフルエンザ、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、またはヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）に関連するものでもよい。
いくつかの抗原は、強い免疫応答を誘導することができる。他の抗原は、弱い免疫応答を誘導することができる。抗原は、ＴＥＲＴ抗原と組み合わされる際により強い免疫応答を誘発することができる。
ａ．がん抗原
上記免疫原性組成物は１種または複数種のがん抗原を含むことができる。該がん抗原は核酸配列、アミノ酸配列、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、がん抗原にペプチド結合によって連結したリンカーまたはタグ配列をコードする更なる配列を含むことができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、それらの変異体、それらのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。がん抗原は組換えがん抗原とすることができる。
本発明との関連において、「腫瘍抗原」または「過剰増殖性疾患抗原」または「過剰増殖性疾患に関連した抗原」とは、がんなどの特定の過剰増殖性疾患に一般的な抗原のことを指す。本明細書で検討される抗原は、例として含まれるものに過ぎない。このリストは、除外的であることを意図したものではなく、当業者には更なる例がただちに明らかとなろう。
がん抗原、または腫瘍抗原は、免疫応答、特にＴ細胞媒介性免疫応答を誘発する腫瘍細胞によって産生されるタンパク質である。本発明の抗原結合部分の選択は、治療される特定の種類のがんに応じて決まる。腫瘍抗原は当該技術分野では周知のものであり、例えば、神経膠腫関連抗原、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、β−ヒト線毛性性腺刺激ホルモン、α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、レクチン反応性ＡＦＰ、サイログロブリン、ＲＡＧＥ−１、ＭＮ−ＣＡ ＩＸ、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、ＲＵ１、ＲＵ２（ＡＳ）、腸カルボキシルエステラーゼ、ｍｕｔ ｈｓｐ７０−２、Ｍ−ＣＳＦ、プロスターゼ、前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、ＰＡＰ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＬＡＧＥ−１ａ、ｐ５３、プロステイン、ＰＳＭＡ、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、サバイビン及びテロメラーゼ、前立腺がん腫瘍抗原−１ （ＰＣＴＡ−１）、ＭＡＧＥ、ＥＬＦ２Ｍ、好中球エラスターゼ、エフリンＢ２、ＣＤ２２、インスリン成長因子（ＩＧＦ）−Ｉ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦ−Ｉ受容体及びメソテリンが挙げられる。
一実施形態では、腫瘍抗原は、悪性腫瘍に関連した１種以上の抗原性がんエピトープを含む。悪性腫瘍は、免疫攻撃の標的抗原として機能し得る多くのタンパク質を発現する。これらの分子としては、限定されるものではないが、メラノーマにおけるＭＡＲＴ−１、チロシナーゼ、及びＧＰ１００、ならびに前立腺癌における前立腺性酸フォスファターゼ（ＰＡＰ）及び前立腺特異抗原（ＰＳＡ）などの組織特異抗原が挙げられる。他の標的分子は、がん遺伝子ＨＥＲ−２／Ｎｅｕ／ＥｒｂＢ−２などの形質転換関連分子群に属する。標的抗原の更に別の群として、腫瘍胎児性抗原などのがん胎児性抗原（ＣＥＡ）がある。Ｂ細胞リンパ腫では、腫瘍特異的イディオタイプ免疫グロブリンは、個々の腫瘍に固有の真に腫瘍特異的な免疫グロブリン抗原を構成する。ＣＤ１９、ＣＤ２０及びＣＤ３７などのＢ細胞分化抗原は、Ｂ細胞リンパ腫における標的抗原の別の候補である。これらの抗原のいくつか（ＣＥＡ、ＨＥＲ−２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、イディオタイプ）は、モノクローナル抗体を用いた受動免疫療法の標的として用いられているが、その成果は限定的である。
本発明において言及される腫瘍抗原の種類は、腫瘍特異抗原（ＴＳＡ）または腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）であってもよい。ＴＳＡは腫瘍細胞に固有であり、体内の他の細胞には発生しない。ＴＡＡ関連抗原は腫瘍細胞に固有ではなく、抗原に対する免疫寛容の状態を誘導することができない条件下では正常細胞でも発現する。腫瘍での抗原の発現は、免疫系が抗原に応答することを可能とする条件下で生じ得る。ＴＡＡは、免疫系が未成熟で応答できない胎児発生中に正常細胞で発現する抗原であってよく、または、正常細胞で極めて低いレベルで通常存在しているが腫瘍細胞では大幅に高いレベルで発現する抗原であってもよい。
ＴＳＡ抗原またはＴＡＡ抗原の非限定的な例としては、以下のものが挙げられる：ＭＡＲＴ−１／ＭｅｌａｎＡ（ＭＡＲＴ−Ｉ）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ １７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２などの分化抗原、およびＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ｐ１５などの腫瘍特異的多系列抗原；例えばＣＥＡなどの過剰発現する胎児抗原；例えばｐ５３、Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕなどの過剰発現する腫瘍遺伝子および変異した腫瘍抑制遺伝子；染色体転座によって生じる固有の腫瘍抗原；ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲなど；ならびに、例えばエプスタイン・バー・ウイルス抗原ＥＢＶＡ及びヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６及びＥ７などのウイルス抗原。他の大型のタンパク質ベースの抗原としては、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２、ＣＡ１９−９、ＣＡ７２−４、ＣＡＭ１７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、β−カテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１５、ｐ１６、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、α−フェトプロテイン、β−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ１２５、ＣＡ１５−３＼ＣＡ２７．２９＼ＢＣＡＡ、ＣＡ１９５、ＣＡ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼Ｐ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３＼ＥｐＣＡＭ、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０＼Ｍａｃ−２結合タンパク質＼シクロフィリンＣ関連タンパク質、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、及びＴＰＳが挙げられる。
ＴＥＲＴ抗原及び場合により１種以上の免疫チェックポイントタンパク質を標的とする１種以上の抗体を、腫瘍抗原、またはそのフラグメントもしくは変異体と関連付けるかまたは組み合わせることができる。がんマーカーは、特定のがん細胞に対して存在するか、または特定のがん細胞に対してアップレギュレートされた既知のタンパク質である。自己に対する寛容を破綻させるようにかかるマーカーを代表する抗原を生成する方法により、がんワクチンを作製することができる。かかるがんワクチンは、ＴＥＲＴ抗原、及び場合により免疫応答を増大させるために１種以上の免疫チェックポイントタンパク質を標的とした１種以上の抗体、及び場合により１種以上の更なる腫瘍抗原を含むことができる。以下は、いくつかの例示的な腫瘍抗原である。
（１）チロシナーゼ（Ｔｙｒ）
本発明の免疫原性組成物はがん抗原チロシナーゼ（Ｔｙｒ）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。チロシナーゼは、微生物及び植物及び動物の組織中に見出すことができる、チロシンヒドロキシラーゼ及びドーパオキシダーゼ触媒活性を有する銅含有酵素である。詳細には、チロシナーゼは、チロシンなどのフェノールの酸化によりメラニンまたはその他の色素の生成を触媒する。ＴＹＲ遺伝子の変異が、哺乳類における眼皮膚白皮症をもたらし、ＴＹＲ遺伝子の非病理学的遺伝子多型が皮膚の色素沈着の変化に寄与する。
更に、メラノーマなどのがんまたは腫瘍において、チロシナーゼは無制御になり、メラニン合成の増加に繋がり得る。従って、チロシナーゼはメラノーマに関連するがん抗原であり得る。メラノーマに罹患した対象において、チロシナーゼは細胞傷害性Ｔ細胞認識の標的となり得る。しかしながら、いくつかの例において、（メラノーマを始めとする）がんまたは腫瘍に対する免疫応答が抑制され、腫瘍形成及び／または増殖を支援する微小環境をもたらし、従って疾患進行に繋がり得る。
免疫抑制は骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）により助長されることが可能であり、該ＭＤＳＣは未成熟マクロファージ、顆粒球、樹状細胞、及び骨髄細胞の混合集団である。骨髄細胞は骨髄前駆細胞及び未成熟の骨髄細胞（ｉｍｍａｔｕｒｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌ）（ＩＭＣ）の不均質集団であり得る。ＭＤＳＣのマーカーとしては、Ｇｒ−１及びＣＤ１１ｂの発現（すなわち、Ｇｒ−１＋及びＣＤ１１ｂ＋細胞）を挙げることができる。
ＭＤＳＣの循環は慢性感染に起因して増加し、ＭＤＳＣ数の拡大は自己免疫及び炎症に関連し得る。特に、ＭＤＳＣの増殖（腫瘍またはがん性組織中での存在）が腫瘍の増殖ならびに免疫検出からの回避及び／または免疫調節を助長し、それ故に、ＭＤＳＣは抗がんワクチンに対する免疫応答に影響し得る。
ＭＤＳＣはＧタンパク質シグナル伝達調整因子２（Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ２）（Ｒｇｓ２）によって調節され、Ｒｇｓ２は腫瘍由来のＭＤＳＣ中で高度に発現し得る。Ｒｇｓ２はまた、例えば骨髄細胞などの種々の細胞中で広範に発現し得る。腫瘍を有するマウス由来のＭＤＳＣは、腫瘍を有さないマウス由来のＭＤＳＣと異なる作用を示し得る。かかる相違の一つは、ケモカインＭＣＰ−１生成の上方制御であることが可能であり、ＭＣＰ−１はＭＤＳＣにより分泌される。ＭＣＰ−１は、ＣＣＲ２、単球上に存在するＧタンパク質共役受容体（Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＧＰＣＲ）、内皮細胞、及びＴ細胞を通じたシグナル伝達により、細胞遊走を促進し得る。従って、ＭＣＰ−１は内皮細胞の遊走を引き起こし、それによって血管新生を促進し得る。中和抗体を介したＭＣＰ−１の阻止が血管新生を阻害することができ、従って、腫瘍の転移の低減及び生存率の増加に繋げることができる。このように、ＭＣＰ−１は血管新生因子と考えることができる。ＭＤＳＣはＭＣＰ−１分泌の他に増殖因子を分泌し、それによって更に腫瘍の増殖に寄与し得る。
Ｔｙｒ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
本明細書において実証されるように、Ｔｙｒ抗原は、がん細胞または腫瘍細胞（例えば、メラノーマ細胞）に対する抗原特異性Ｔ細胞及び高力価抗体応答を誘導する。詳細には、Ｔｙｒ抗原は、（１）単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ―１）の生成を阻止し、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻害し、腫瘍の増殖を抑制する抗体を生成するためのＢ細胞応答を介する体液性免疫応答、（２）腫瘍細胞を攻撃し、死滅させるためのＣＤ８＋などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）ヘルパーＴ細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ−γ及びＴＦＮ−αを介した炎症性反応の増加、あるいは、上記項目の組み合わせを誘導することによる、免疫媒介性の腫瘍排除のための重要な標的である。このように、Ｔｙｒ抗原（例えば、コンセンサスＴｙｒ抗原であり、より詳細には後述）を含む免疫原性組成物が、がんまたは腫瘍組織内に存在するＭＤＳＣ数を低減することにより免疫抑制を防止し、ＭＣＰ−１の生成または分泌を低減することによりがんまたは腫瘍組織の血管新生を阻止するため、これらの免疫原性組成物によって、腫瘍形成及び腫瘍増殖に対して防御免疫応答が提供される。従って、如何なる利用者も、腫瘍の形成、腫瘍の転移、及び腫瘍の増殖に対して広範な免疫を提供するＴｙｒ抗原を含むように、本発明の免疫原性組成物を設計することができる。
Ｔｙｒ抗原は、該抗原を、対抗する抗Ｔｙｒ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。Ｔｙｒ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。Ｔｙｒ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｅ）（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴｙｒ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴｙｒ抗原は核酸配列 配列番号１とすることができ、配列番号１はアミノ酸配列 配列番号２をコードする。配列番号１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴｙｒタンパク質をコードする。コンセンサスＴｙｒタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴｙｒタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号１に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原は、配列番号２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、Ｔｙｒコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、Ｔｙｒコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴｙｒコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記Ｔｙｒコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記Ｔｙｒコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴｙｒコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＴｙｒタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号１の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号１のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号１のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列は配列番号２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴｙｒタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号２と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号２の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号２の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号２に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号２の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号２に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（２）チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＴＹＲＰ１は、ＴＹＲＰ１遺伝子によりコードされ、７５ｋＤａの膜貫通型糖タンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。ＴＹＲＰ１は、チロシナーゼと同様に、小眼球症関連転写因子（Ｍｉｃｒｏｐｈｔｈａｌｍｉａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｆａｃｔｏｒ）（ＭＩＴＦ）に結合し得るＭボックスと呼ばれるｍｏｄｉｆｉｅｄを含み、ＭＩＴＦは色素沈着、細胞の増殖及び分化において、メラニン形成細胞内における中心的な役割を果たす。ＴＹＲＰ１はチロシナーゼの安定化を助けることが可能であり、ヘテロ二量体を形成することが可能であり、該二量体はチロシナーゼ媒介性の細胞毒性を弱毒化することによりメラニン形成細胞の早期の死を防止し得る。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ−１）はまた、メラニン形成細胞のメラニンの合成及び色素機構に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。従って、ＴＹＲＰ−１はメラノーマに関連する抗原であり得る。
ＴＹＲＰ−１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＴＹＲＰ−１抗原は、該抗原を、対抗する抗ＴＹＲＰ−１免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＴＹＲＰ−１抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＴＹＲＰ−１抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴＹＲＰ−１抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原は核酸配列 配列番号３とすることができ、配列番号３はアミノ酸配列 配列番号４をコードする。配列番号３はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質をコードする。コンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原は、配列番号３に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原は、配列番号４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−１抗原は、配列番号４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＴＹＲＰ−１コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＴＹＲＰ−１コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＴＹＲＰ−１コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＴＹＲＰ−１コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴＹＲＰ−１コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＴＹＲＰ−１タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号３のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号３のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号３のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号４に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号４と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスＴＹＲＰ−１タンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号４の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号４の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号４に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号４の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号４に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（３）チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２）
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ２、ドーパクロムトートメラーゼ（ｄｏｐａｃｈｒｏｍｅ ｔａｕｔｏｍｅｒａｓｅ）（ＤＣＴ）としても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、ＴＹＲＰ２／ＤＣＴ遺伝子によりコードされ、５１９のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、正常及び悪性の両方のメラニン形成細胞及びメラノーマ細胞中で発現する。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、チロシナーゼ及びＴＹＲＰ１と協同して、メラニン形成細胞中でのＬ−チロシンのメラニンへの転化において機能を果たす、十分に特徴付けされたメラニン形成細胞特異性酵素である。ＤＣＴは、詳細には、メラニン前駆体であるＬ−ドーパクロムの５，６−ジヒドロインドール−２−カルボン酸（５，６−ｄｉｈｙｄｒｏｉｎｄｏｌｅ−２−ｃａｒｂｏｘｙｌｉｃ ａｃｉｄ）（ＤＨＩＣＡ）への互変異性化を触媒し、ＤＨＩＣＡは続いて、（上述したように）ＴＹＲＰ１によって酸化され、ユーメラニンを形成する。研究により、ＴＹＲＰ２／ＤＣＴは、ＤＮＡ損傷性薬剤に対する特異性を有する、メラノーマ細胞の薬剤耐性の媒介物であり得ることが示されている。ＴＹＲＰ２／ＤＣＴはメラノーマ中で高度に発現することが度々報告されていることから、このメラニン形成細胞特異性酵素は、種々の抗がんＤＮＡ損傷性薬剤に対するメラノーマの固有の耐性表現型に寄与する重要な役割を果たしている。
チロシナーゼに関して上述した通り、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＹＲＰ−２）もまた、メラニンの合成に関与し、メラノーマに罹患した対象における免疫系によって認識され得る。更に、ＴＹＲＰ−２はメラノーマ細胞における薬剤耐性を媒介し得る。従って、ＴＹＲＰ−２はメラノーマに関連する抗原であり得る。
ＴＹＲＰ−２抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＴＹＲＰ−２抗原は、該抗原を、対抗する抗ＴＹＲＰ−２免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＴＹＲＰ−２抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＴＹＲＰ−２抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＴＹＲＰ−２抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原は核酸配列 配列番号５とすることができ、配列番号５はアミノ酸配列 配列番号６をコードする。配列番号５はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質をコードする。コンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原は、配列番号５に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原は、配列番号６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＴＹＲＰ−２抗原は、配列番号６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＴＹＲＰ−２コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＴＹＲＰ−２コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＴＹＲＰ−２コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＴＹＲＰ−２コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＴＹＲＰ−２コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＴＹＲＰ−２タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号５のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号５のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号５のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＴＹＲＰ−２タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号６の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号６に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号６の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号６に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（４）メラノーマ関連抗原４（Ｍｅｌａｎｏｍａ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ａｎｔｉｇｅｎ ４）（ＭＡＧＥＡ４）
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原メラノーマ関連抗原４（ＭＡＧＥＡ４）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＭＡＧＥ−Ａ４は、ＭＡＧＥ−Ａ４遺伝子によりコードされ、３１７のアミノ酸で構成されるタンパク質であり、雄の生殖細胞及び消化器癌、食道癌及び肺癌などの種々の組織型の腫瘍細胞中で発現する。ＭＡＧＥ−Ａ４は、腫瘍性タンパク質、ガンキリンに結合する。このＭＡＧＥ−Ａ４に特異的な結合はそのＣ末端により媒介される。研究により、外因性ＭＡＧＥ−Ａ４は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、ガンキリン過剰発現細胞の接着非依存性増殖を部分的に阻害することができ、ヌードマウスにおいて、これらの細胞から転位した腫瘍の形成を阻害することができることが示されている。この阻害はＭＡＧＥ−Ａ４とガンキリンとの間の結合に依存し、ガンキリンとＭＡＧＥ−Ａ４との間の相互作用がガンキリン媒介性の発癌を阻害することを示唆している。腫瘍組織中でのＭＡＧＥの発現は腫瘍の発生の原因ではなくその結果であり、ＭＡＧＥ遺伝子は、初期の腫瘍細胞を標的にして破壊することにより、免疫過程に関与するように思われる。
メラノーマ関連抗原４（ＭＡＧＥＡ４）は、胚発生ならびに腫瘍の形質転換及び／または進行に関与し得る。ＭＡＧＥＡ４は通常、精巣及び胎盤において発現する。しかしながら、ＭＡＧＥＡ４は、多くの異なる種類の腫瘍、例えば、メラノーマ、頭頚部扁平上皮癌、肺癌、及び乳癌において発現し得る。従って、ＭＡＧＥＡ４は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＭＡＧＥＡ４抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＭＡＧＥＡ４抗原は、該抗原を、対抗する抗ＭＡＧＥＡ４免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＭＡＧＥＡ４抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＭＡＧＥＡ４抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＴｙｒ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は核酸配列 配列番号７とすることができ、配列番号７はアミノ酸配列 配列番号８をコードする。配列番号７はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質をコードする。コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号７に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＭＡＧＥＡ４抗原は、配列番号８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＭＡＧＥＡ４コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＭＡＧＥＡ４コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＭＡＧＥＡ４タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号７のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号７のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号７のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列は配列番号８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列は配列番号８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＭＡＧＥＡ４タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号８に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号８と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号８の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号８の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号８に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号８の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号８に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（５）成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ）
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原成長ホルモン放出ホルモン（ＧＨＲＨ、成長ホルモン放出因子（ｇｒｏｗｔｈ−ｈｏｒｍｏｎｅ−ｒｅｌｅａｓｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）（ＧＲＦまたはＧＨＲＦ）またはソマトクリニンとしても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＧＨＲＨは、視床下部の弓状核で生成される４４アミノ酸ペプチドホルモンである。ＧＨＲＨは視床下部により分泌され、脳下垂体からの成長ホルモンの放出、成長、代謝、及び体の構造の調節剤の放出を刺激する。ＧＨＲＨはまた成長ホルモンの生成物も刺激する。ＧＨＲＨの拮抗物質は、例えば、骨肉腫、膠芽腫、前立腺癌、腎臓癌、膵臓癌、結腸直腸癌、及び乳癌などの種々のがんの増殖を阻害する。従って、ＧＨＲＨは種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＧＨＲＨ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＧＨＲＨ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＧＨＲＨ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＧＨＲＨ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＧＨＲＨ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＧＨＲＨ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＧＨＲＨ抗原は核酸配列 配列番号９とすることができ、配列番号９はアミノ酸配列 配列番号１０をコードする。配列番号９はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＧＨＲＨタンパク質をコードする。コンセンサスＧＨＲＨタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号９に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＧＨＲＨ抗原は、配列番号１０に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＧＨＲＨコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＧＨＲＨコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＧＨＲＨタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号９のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号９の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号９のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号９のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１０である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１０である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＧＨＲＨタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１０に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１０と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１０に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１０の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号１０の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１０の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１０に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１０の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１０に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（６）ＭＡＲＴ−１／メラン−Ａ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原ＭＡＲＴ−１（メラン−Ａとしても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＭＡＲＴ−１は、ＭＬＡＮＡ遺伝子によりコードされ、１１８のアミノ酸のタンパク質であり、単一の膜貫通ドメインを含有し、殆どのメラノーマ細胞中で発現する。ＭＡＲＴ−１は構造タンパク質と複合体を形成し、その発現、安定性、輸送及び、メラノソームの構造及び成熟に必要なプロセシングに影響を与える。従って、ＭＡＲＴ−１は哺乳類の色素沈着を調節するために必要不可欠である。メラノソームの成熟における欠陥が、がんに対する罹患性と結び付けられてきた。ＭＡＲＴ−１は、それに限定されないが、メラノーマを始めとする多数のがんにおいて発現し得る。
Ｔ細胞によって認識されるメラノーマ抗原（ｍｅｌａｎｏｍａ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｃｅｌｌｓ）（ＭＡＲＴ−１）としても知られるメラン−Ａは、メラニン形成細胞の分化抗原であり、正常な皮膚、網膜、及びメラニン形成細胞中に存在し得る。メラン−Ａは小胞体及びメラノソームと関連付けることができる。メラン−Ａは、メラノーマ細胞上の抗原として細胞傷害性Ｔ細胞によって認識され得るが、例えば、明細胞肉腫及びメラニン性神経線維腫などの、メラニン形成細胞起源またはその分化を有する（すなわち、細胞がメラノソームを有する。）その他の腫瘍にも関連し得る。従って、メラン−Ａは、メラノソームを有する細胞由来の種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
メラン−Ａ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
メラン−Ａ抗原は、該抗原を、対抗する抗メラン−Ａ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。メラン−Ａ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。メラン−Ａ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスメラン−Ａ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン−Ａ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスメラン−Ａ抗原は核酸配列 配列番号１１とすることができ、配列番号１１はアミノ酸配列 配列番号１２をコードする。配列番号１１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスメラン−Ａタンパク質をコードする。コンセンサスメラン−Ａタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン−Ａタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスメラン−Ａ抗原は、配列番号１１に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスメラン−Ａ抗原は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスメラン−Ａ抗原は、配列番号１２に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、メラン−Ａコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、メラン−Ａコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のメラン−Ａコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記メラン−Ａコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記メラン−Ａコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のメラン−Ａコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるメラン−Ａタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１１のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号１１の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号１１のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号１１のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスメラン−Ａタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスメラン−Ａタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１２である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスメラン−Ａタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１２に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１２と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１２に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１２の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号１２の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１２の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１２に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１２の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１２に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（７）ＮＹ−ＥＳＯ−１
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原ニューヨーク食道癌−１（ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＴＡＧ１とも呼ばれる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−１は、ＣＴＡＧ１Ｂ遺伝子によりコードされ、グリシンに富むＮ末端領域及び極端に疎水性のＣ末端領域を有する１８０のアミノ酸の長鎖タンパク質である。ＮＹ−ＥＳＯ−１は、正常な組織中では発現が制限されるが、がんにおいて多くの場合発生する。ＮＹ−ＥＳＯ−１は、限定されないが、膀胱癌、結腸直腸癌、食道癌、胃癌、肝細胞癌、頭頚部癌、メラノーマ、非小細胞性肺癌、卵巣癌、膵臓癌、滑膜癌及び前立腺癌を始めとする多数のがんにおいて発現し得る。
がん・精巣抗原（ＮＹ−ＥＳＯ−１）は精巣及び卵巣で発現し得る。ＮＹ−ＥＳＯ−１は種々のがんに関連し、体液性免疫応答を誘導し得る。がんまたは腫瘍に罹患した対象はＮＹ−ＥＳＯ−１に対する免疫原性をもつようになり得る。従って、ＮＹ−ＥＳＯ−１は種々の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与した対象におけるインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の濃度を、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与した対象におけるＩＦＮ−γ濃度を、ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、該抗原を、対抗する抗ＮＹ−ＥＳＯ−１免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−１抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は核酸配列 配列番号１３とすることができ、配列番号１３はアミノ酸配列 配列番号１４をコードする。配列番号１３はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質をコードする。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、配列番号１３に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原は、配列番号１４に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１３のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号１３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号１３のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号１３のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１４である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１４に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１４と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１４に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１４の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号１４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１４の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１４に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１４の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１４に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（８）ＮＹ−ＥＳＯ−２
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原ニューヨーク食道癌−２（ＮＹ−ＥＳＯ−２；がん・精巣抗原２、ＥＳＯ２、及びＬＡＧＥ１としても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−２は、がん・精巣抗原のＥＳＯ／ＬＡＧＥファミリーに属する自己免疫原性腫瘍抗原である。ＮＹ−ＥＳＯ−２は、メラノーマ、乳癌、膀胱癌及び前立腺癌を始めとする多数のがんにおいて発現することが可能であり、通常は精巣において発現する。加えて、ＮＹ−ＥＳＯ−２は、メラノーマ、非小細胞性肺癌、膀胱癌、前立腺癌及び頭頸部癌の腫瘍試料の２５〜５０％に観察され得る。ＮＹ−ＥＳＯ−２をコードする遺伝子はまた、メラノーマ特異性細胞傷害性Ｔリンパ球によって認識される腫瘍抗原である、ＣＡＭＥＬと名付けられたタンパク質をコードする別な読み取り枠も含有する。
ＮＹ−ＥＳＯ−１と同様に、ＮＹ−ＥＳＯ−２は精巣及び卵巣で発現し得る。ＮＹ−ＥＳＯ−２もまた、種々の癌に関連し、癌または腫瘍に罹患した対象において免疫原性となり得る。従って、ＮＹ−ＥＳＯ−２は多数の腫瘍に関連する抗原であり得る。
ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現する癌または腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍または癌の増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与した対象におけるインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の濃度を、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与した対象におけるＩＦＮ−γ濃度を、ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、該抗原を、対抗する抗ＮＹ−ＥＳＯ−２免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＮＹ−ＥＳＯ−２抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は核酸配列 配列番号１５とすることができ、配列番号１５はアミノ酸配列 配列番号１６をコードする。配列番号１はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質をコードする。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、配列番号１５に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原は、配列番号１６に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＮＹ−ＥＳＯ−２コンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１５のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号１５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号１５のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号１５のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質のアミノ酸配列は配列番号１６である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２タンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１６に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１６と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１６に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１６の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号１６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１６の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１６に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１６の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１６に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（９）ＰＲＡＭＥ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原ＰＲＡＭＥ、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＰＲＡＭＥは、ＰＲＡＭＥ遺伝子によってコードされ、５０９のアミノ酸から構成されるタンパク質であり、精巣、胎盤、子宮内膜、卵巣、副腎中、ならびにメラノーマ、肺癌、腎臓癌、及び頭頚部癌由来の組織中で発現する。ＰＲＡＭＥはまた、成人及び小児の急性白血病ならびに多発性骨髄腫においても発現する。ＰＲＡＭＥは、ＨＬＡ−Ａ２４によって提供される場合、細胞傷害性応答を誘発することができる免疫原性ナノペプチドを含有する。研究により、培養された細胞中におけるＰＲＡＭＥの過剰発現が、より遅い増殖速度の原因であるカスパーゼ非依存の細胞死を誘導することが示されている。他の研究により、ＰＲＡＭＥの過剰発現はまた、レチノイン酸受容体（ｒｅｔｉｎｏｉｃ ａｃｉｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＲＡＲ）のシグナル伝達に拮抗することによって増殖または生存を利し、腫瘍化の過程に原因として関与することが実証されている。ＲＡＲシグナル伝達の妨害により、細胞の増殖、発生及び分化の調節が損なわれる。
ＰＲＡＭＥは、がん・精巣抗原ＭＡＧＥ、ＢＡＧＥ、及びＧＡＧＥに類似した発現パターン、すなわち精巣における発現を有し得る。しかしながら、ＰＲＡＭＥはヒトメラノーマ及び急性白血病において発現し得る。ＰＲＡＭＥは細胞溶解性Ｔリンパ球によって認識され得る。従って、ＰＲＡＭＥはメラノーマ及び白血病に関連する抗原であり得る。
ＰＲＡＭＥ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象における細胞性免疫応答を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象における細胞性免疫応答と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象におけるインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の濃度を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、ＰＲＡＭＥ抗原は、ＰＲＡＭＥ抗原を投与した対象におけるＩＦＮ−γ濃度を、ＰＲＡＭＥ抗原を投与していない対象におけるＩＦＮ−γ濃度と比較して、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
ＰＲＡＭＥ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＲＡＭＥ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＲＡＭＥ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＲＡＭＥ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は核酸配列 配列番号１７とすることができ、配列番号１７はアミノ酸配列 配列番号１８をコードする。配列番号１７はＩｇＥリーダー配列に連結するコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質をコードする。コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質はＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグに連結することができる。その他の実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを有さなくともよい、すなわち該配列及び／または該タグに連結しなくてもよい。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１７に示される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列とすることができる。コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原は、配列番号１８に示されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列とすることができる。
いくつかの実施形態は、ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に相同なタンパク質、ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列に対する９５％までの相同性、コンセンサス配列に対する９６％までの相同性、コンセンサス配列に対する９７％までの相同性、コンセンサス配列に対する９８％までの相同性及び９９％までを有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるタンパク質に対して相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書における核酸コード配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態において、本明細書開示のコンセンサスタンパク質のコード配列に対して相同な、本明細書開示のコード配列を有する核酸分子は、本明細書開示の相同なタンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結するＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、全長のＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に対するパーセントで表した特定の同一性を有するタンパク質、上記ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び上記ＰＲＡＭＥコンセンサスタンパク質に対する同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する８０％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する８５％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９０％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９１％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９２％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９３％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９４％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９５％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９６％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９７％までの同一性、全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９８％までの同一性、及び全長のＰＲＡＭＥコンセンサス配列に対する９９％までの同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするかかる核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に示される免疫原性フラグメント及び本明細書に示されるＰＲＡＭＥタンパク質に対して上記に示されるものと類似のパーセントで表された同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列もまた提供される。
いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、上記核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を有さない。
いくつかの実施形態は、配列番号１７のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号１７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％とすることができる。フラグメントは、配列番号１７のフラグメントに対して少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であることができる。フラグメントは、配列番号１７のフラグメントに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であることができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
更に、コンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列は配列番号１８である。ＩｇＥリーダーに連結したコンセンサスＰＲＡＭＥタンパク質のアミノ酸配列はＨＡタグに連結していてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号１８に対して相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示されるコンセンサスタンパク質配列に対して９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号１８と同一であるタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して８５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９０％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９１％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９２％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９３％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９４％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９５％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９６％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９７％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９８％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号１８に示される全長コンセンサスアミノ酸配列に対して９９％同一であるアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態において、上記タンパク質はリーダー配列を有しない。いくつかの実施形態において、上記タンパク質はＩｇＥリーダーを有しない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号１８の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号１８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１８の免疫原性フラグメントに対して相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１８に対して９５％以上相同であるタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書におけるコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントに対して９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
配列番号１８の免疫原性フラグメントと同一のアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。かかる免疫原性フラグメントは、配列番号１８に示されるアミノ酸配列に対して８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるタンパク質の、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えば、ＩｇＥリーダーなどの免疫グロブリンリーダーであるリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、フラグメントはリーダー配列を有さない。いくつかの実施形態において、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーなどのリーダー配列を有さない。
タンパク質のＮ末端へのシグナルペプチドまたはリーダー配列の連結に関して本明細書において言及するように、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドコード配列を有さないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端メチオニンを置換する。
（１０）ＰＳＡ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原前立腺特異性抗原（ＰＳＡ；γ−セミノタンパク質またはカリクレイン−３（ｋａｌｌｉｋｒｅｉｎ−３）（ＫＬＫ３）としても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＰＳＡは前立腺上皮細胞及び前立腺癌細胞によって生成されるアンドロゲン制御セリンプロテアーゼであり、ＫＬＫ３遺伝子によってコードされる。ＰＳＡは前立腺癌の血清マーカーとしてしばしば用いられる。ＰＳＡは組織カリクレインファミリーの一員であり、活性な酵素を放出する酵素前駆体の開裂後に、精液の凝塊物中のセミノゲリンを開裂し、それによって精液を溶解して精子を自由に泳がせる。加えて、ＰＳＡの酵素活性は亜鉛濃度によって調節される、すなわち高い亜鉛濃度はＰＳＡの酵素活性を阻害する。
ＰＳＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＡ抗原は、配列番号６４のアミノ酸配列をコードする配列番号６３の核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＰＳＡ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＰＳＡ抗原は、配列番号６３に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＡ抗原は、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＡ抗原は、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＰＳＡコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＰＳＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＰＳＡコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＰＳＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＰＳＡコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＰＳＡコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＰＳＡコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＰＳＡタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号６３のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号６３の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号６３のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号６３のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＰＳＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６４である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６４である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＡタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号６４と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６４と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６４に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６４の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６４の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６４の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６４と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６４の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＡ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＡＰ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／または１種または複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１１）ＰＳＭＡ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原前立腺特異性膜抗原（ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｅｍｂｒａｎｅ ａｎｔｉｇｅｎ）（ＰＳＭＡ；グルタミン酸カルボキシペプチダーゼＩＩ（Ｇｌｕｔａｍａｔｅ ｃａｒｂｏｘｙｐｅｐｔｉｄａｓｅ ＩI）（ＧＣＰＩＩ）、Ｎ−アセチル−Ｌ−アスパルチル−Ｌ−グルタマートペプチダーゼＩ（Ｎ−ａｃｅｔｙｌ−Ｌ−ａｓｐａｒｔｙｌ−Ｌ−ｇｌｕｔａｍａｔｅ ｐｅｐｔｉｄａｓｅ Ｉ）（ＮＡＡＬＡＤａｓｅ Ｉ）、及びＮＡＡＧペプチダーゼとしても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＰＳＭＡは葉酸ヒドロラーゼ１（ｆｏｌａｔｅ ｈｙｄｒｏｌａｓｅ １）（ＦＯＬＨ１）遺伝子によってコードされる。ＰＳＭＡは膜中及び細胞外空間中に存在することが知られている亜鉛金属酵素である。ＰＳＭＡはヒト前立腺において高度に発現し、前立腺癌において上方制御される。ＰＳＭＡはまた、腎臓、乳房、及び結腸の固形腫瘍などのその他のがんにおいて過剰発現することも知られている。
ＰＳＭＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＭＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＭＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＭＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＭＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＭＡ抗原は、配列番号６６のアミノ酸配列をコードする配列番号６５の核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＭＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＭＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＰＳＭＡ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＰＳＭＡ抗原は、配列番号６５に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＭＡ抗原は、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＭＡ抗原は、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＰＳＭＡコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＰＳＭＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＰＳＭＡコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＰＳＭＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＰＳＭＡコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＰＳＭＡコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＰＳＭＡタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号６５のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号６５の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号６５のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号６５のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＰＳＭＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６６である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＭＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６６である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＭＡタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号６６と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６６と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６６に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６６の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６６の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６６の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６６と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６６の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＭＡＰ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＭＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／または１種または複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１２）ＳＴＥＡＰ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原前立腺の６回膜貫通上皮抗原（ｓｉｘ−ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ａｎｔｉｇｅｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｏｓｔａｔｅ）（ＳＴＥＡＰ）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＳＴＥＡＰはＳＴＥＡＰ１遺伝子によってコードされる金属還元酵素である。ＳＴＥＡＰは前立腺組織において広く発現し、がん細胞中で上方制御される。ＳＴＥＡＰは６回膜貫通タンパク質であることが予測され、細胞−細胞間結合に存在する細胞表面抗原である。
ＳＴＥＡＰ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＳＴＥＡＰ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＳＴＥＡＰ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＳＴＥＡＰ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＳＴＥＡＰ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原は、配列番号６８のアミノ酸配列をコードする配列番号６７の核酸配列であってよい。コンセンサスＳＴＥＡＰタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＳＴＥＡＰタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＳＴＥＡＰ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原は、配列番号６７に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原は、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原は、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＳＴＥＡＰコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＳＴＥＡＰコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態 では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＳＴＥＡＰコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＳＴＥＡＰコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＳＴＥＡＰコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＳＴＥＡＰタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号６７のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号６７の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号６７のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号６７のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＳＴＥＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６８である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＳＴＥＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６８である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＳＴＥＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号６８と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６８と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６８に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６８の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６８の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６８の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６８と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６８の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＳＴＥＡＰ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＳＴＥＡＰ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／または１種または複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１３）ＰＳＣＡ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原前立腺特異性幹細胞抗原（ｐｒｏｓｔａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ａｎｔｉｇｅｎ）（ＰＳＣＡ）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＰＳＣＡはグリコシルホスファチジルイノシトール（ｇｌｙｃｏｓｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）（ＧＰＩ）固着細胞表面タンパク質であり、アンドロゲン応答遺伝子によってコードされる。ＰＳＣＡはＧＰＩ固着細胞表面抗原のＴｈｙ−１／Ｌｙ−６ファミリーの一員である。ＰＳＣＡは前立腺癌、膀胱癌、及び膵臓癌を始めとする多くのがんにおいて上方制御される。
ＰＳＣＡ抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
ＰＳＣＡ抗原は、該抗原を、対抗する抗ＰＳＣＡ免疫応答を誘導することができる免疫原として特に有効にするタンパク質エピトープを含むことができる。ＰＳＣＡ抗原は全長翻訳産物、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むことができる。ＰＳＣＡ抗原はコンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＰＳＣＡ抗原は、配列番号７０のアミノ酸配列をコードする配列番号６９の核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＣＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＣＡタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＰＳＣＡ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＰＳＣＡ抗原は、配列番号６９に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＰＳＣＡ抗原は、配列番号７０に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＰＳＣＡ抗原は、配列番号７０に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＰＳＣＡコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＰＳＣＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＰＳＣＡコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＰＳＣＡコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＰＳＣＡコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＰＳＣＡコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＰＳＣＡタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号６９のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号６９の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号６９のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号６９のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＰＳＣＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号７０である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＣＡタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号７０である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＰＳＣＡタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号７０と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号７０と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号７０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号７０の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号７０の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号７０の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号７０と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号７０の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号７０に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸配列は、コドン使用頻度及び相当するＲＮＡ転写物に関して最適化することができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、発現に関して最適化されたコドン及びＲＮＡとすることができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を向上させるために、コザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、翻訳終了の効率を向上させるために、複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸はまた、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列もコードすることができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がペプチド結合によりコンセンサスＰＳＣＡ抗原のアミノ酸配列に連結するように、ＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸はまた、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列も含むことができる。いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチド配列を有さない、すなわち該ヌクレオチド配列を含まない。
いくつかの実施形態において、コンセンサスＰＳＣＡ抗原をコードする核酸は非相同な核酸配列とすることができ、及び／または１種または複数種の非相同な核酸配列を含むことができる。
（１４）ＭＡＧＥ Ａ１
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原メラノーマ関連抗原１（ｍｅｌａｎｏｍａ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ １）（ＭＡＧＥ Ａ１）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＭＡＧＥ Ａ１は、ＭＡＧＥ Ａ１遺伝子によりコードされ、２８０のアミノ酸のタンパク質であり、腫瘍細胞及び生殖細胞によって発現されることのみが見出されている。ＭＡＧＥ Ａ１が正常な生体組織中で抑制されることは、ＤＮＡのメチル化に基づく。これらの遺伝子は、多くの種類の腫瘍において、ゲノム全体での脱メチル化過程の中で活性になり、これが多くの場合腫瘍の発生を伴う。詳細には、悪性形質転換の間に、これらの遺伝子が活性化され、発現し、免疫系によって認識され攻撃を受ける抗原性標的になり得る。従って、ＭＡＧＥ遺伝子は、一部の初期の腫瘍細胞を標的として免疫破壊することによって免疫過程に関与する。ＭＡＧＥ Ａ１は、限定されないが、メラノーマ、肺癌及び食道扁平上皮癌を始めとする多くのがんにおいて発現し得る。
ＭＡＧＥ Ａ１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（１５）ＷＴ１
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原ウィルムス腫瘍１（Ｗｉｌｍ’ｓ ｔｕｍｏｒ １）（ＷＴ１）、そのフラグメント、その変異体を含むことができる。ＷＴ１は、プロリン／グルタミンリッチＤＮＡ−結合領域をＮ末端に、且つ、４の亜鉛フィンガーモチーフをＣ―末端に含む転写因子である。ＷＴ１は、泌尿生殖器系の正常な発達に関与しており、多くの因子、例えば、腫瘍抑制因子として知られるｐ５３、及び細胞毒性薬による治療後に多数の部位でＷＴ１を切断するセリンプロテアーゼＨｔｒＡ２と相互作用する。
ＷＴ１の変異は、腫瘍形成または癌形成、例えば、ウィルムス腫瘍またはＷＴ１を発現する腫瘍をもたらし得る。ウィルムス腫瘍は、限定されないが、例えば、肝組織、尿路系組織、リンパ組織、及び肺組織などの他の組織に転移する前に片方または両方の腎臓に形成されることが多い。従って、ウィルムス腫瘍は、転移性腫瘍と考えることができる。ウィルムス腫瘍は、通常、低年齢の子供（例えば、５歳未満）に散発型及び遺伝型の両方で起こる。ＷＴ１がん抗原は更に、２０１３年１２月２３日出願のＰＣＴ／ＵＳ１３／７５１４１に規定され、該出願はこれにより、参照によりその全体が組み入れられる。
ＷＴ−１抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
従って、上記免疫原性組成物を用いて、ウィルムス腫瘍を患っている対象を治療することができる。上記免疫原性組成物を、限定されないが、メラノーマ、前立腺癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門癌、頭頸部癌、及び血液癌を始めとする任意の数のがんに罹患した対象の治療に用いることができる。上記免疫原性組成物を用いて、ＷＴ１を発現するがんまたは腫瘍を有する対象を治療して、対象内におけるかかる腫瘍の発症を防ぐこともできる。ＷＴ１抗原は、天然の「正常」ＷＴ１遺伝子とは異なり得るため、ＷＴ１抗原発現腫瘍に対して治療または予防を提供することができる。従って、天然ＷＴ１遺伝子とは異なるＷＴ１抗原配列（すなわち、変異ＷＴ１遺伝子または変異ＷＴ１配列）が本明細書において提供される。
天然ＷＴ１遺伝子の転写産物は、様々なｍＲＮＡに加工され、得られたタンパク質は、免疫応答を誘導する価値が全て同じではない。本明細書に記載の変異ＷＴ１遺伝子により、選択的処理を避け、１つの全長転写産物を産生し、エフェクターＴ及びＢ細胞応答がより強く誘導される。第１の変異ＷＴ１配列は、改変ジンクフィンガーを有するＣＯＮ ＷＴ１、すなわち、ＣｏｎＷＴ１−Ｌと称される。配列番号１９は、改変ジンクフィンガーを有するＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１をコードする核酸配列である。配列番号２０は、改変ジンクフィンガーを有するＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１のアミノ酸配列である。第２の変異ＷＴ１配列は、ジンクフィンガーを有しないＣＯＮ ＷＴ１、すなわち、ＣｏｎＷＴ１−Ｓと称される。配列番号２１は、ジンクフィンガーを有しないＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１をコードする核酸配列である。配列番号２２は、改変ジンクフィンガーを有しないＷＴ１抗原ＣＯＮ ＷＴ１のアミノ酸配列である。
ＷＴ１抗原は、２以上の種由来のコンセンサス抗原（または免疫原）配列であり得る。ＷＴ１抗原は、コンセンサス配列、及び／または、改良発現用の改変を含み得る。改変には、コドン最適化、ＲＮＡ最適化、翻訳開始を増大させるためのコザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）の付加、及び／または、ＷＴ１抗原の免疫原性を増大させるための免疫グロブリンリーダー配列の付加を含み得る。ＷＴ１抗原は、限定されないが、例えば、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）シグナルペプチドまたは免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）シグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチドなどのシグナルペプチドを含み得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、血球凝集素（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ）（ＨＡ）タグを含み得る。ＷＴ１コンセンサス抗原は、対応するコドン最適化ＷＴ１抗原よりもより強く広範な細胞性及び／または体液性免疫応答を誘発するように設計されていてもよい。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、１または複数のジンクフィンガーに１または複数の変異を含み、それにより対応するコドン最適化ＷＴ１抗原よりもより強く広範な細胞性及び／または体液性免疫応答を誘発することができる。上記１または複数の変異は、１または複数のジンクフィンガーで亜鉛イオンに配位する１種または複数種のアミノ酸の置換であり得る。亜鉛イオンに配位する１種または複数種のアミノ酸は、ＣＣＨＨモチーフであり得る。従って、いくつかの実施形態において、上記１または複数の変異は、ＣＣＨＨモチーフの１、２、３、または４全てのアミノ酸の置換であり得る。
他の実施形態において、上記１または複数の変異は、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７が、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４が、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基であるものである。特に、上記１または複数の変異は、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４が、グリシン（Ｇ）であるものである。
他の実施形態において、１または複数のジンクフィンガーがＷＴ１コンセンサス抗原から除去され得る。１、２、３、または４全てのジンクフィンガーがＷＴ１コンセンサス抗原から除去され得る。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０をコードする核酸配列番号１９であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号１９に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
さらに他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４は、グリシン（Ｇ）である。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得るが、但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２０に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４は、グリシン（Ｇ）である。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２をコードする核酸配列番号２１であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２１に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する核酸配列であり得る。他の実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であり得る。
ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２のアミノ酸配列であり得る。いくつかの実施形態において、ＷＴ１コンセンサス抗原は、配列番号２２に記載の核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するアミノ酸配列であり得る。
配列番号２０及び配列番号２２の免疫原性フラグメントが得られる。免疫原性フラグメントは、配列番号２０及び／または配列番号２２の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントは、配列番号２０の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３４２、及び３４７が免疫原性フラグメントに存在する場合、これらの残基は、システイン（Ｃ）以外の任意の残基であり、配列番号２０の残基３３０、３３４、３６０、及び３６４が免疫原性フラグメントに存在する場合、これらの残基は、ヒスチジン（Ｈ）以外の任意の残基である。他の実施形態において、免疫原性フラグメントは、配列番号２０の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。但し、配列番号２０の残基３１２、３１７、３３０、３３４、３４２、３４７、３６０、及び３６４が免疫原性フラグメントに存在する場合、これらの残基は、グリシン（Ｇ）である。
いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）リーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントはリーダー配列を含まない。
配列番号２０及び２２の免疫原性フラグメントに同一性を有するアミノ酸配列をもつタンパク質の免疫原性フラグメントが得られる。かかるフラグメントは、配列番号２０及び／または配列番号２２に９５％以上の同一性を有するタンパク質の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性フラグメントに９６％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性フラグメントに９７％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性フラグメントに９８％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１タンパク質配列の免疫原性フラグメントに９９％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントはリーダー配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号１９及び配列番号２１の免疫原性フラグメントに関する。免疫原性フラグメントは、配列番号１９及び／または配列番号２１の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントはリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
配列番号１９及び配列番号２１の免疫原性フラグメントに同一性を有するヌクレオチド配列を持つ核酸の免疫原性フラグメントが得られる。かかるフラグメントは、配列番号１９及び／または配列番号２１に９５％以上の同一性を有する核酸の少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含み得る。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性フラグメントに９６％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性フラグメントに９７％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性フラグメントに９８％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書に記載のＷＴ１核酸配列の免疫原性フラグメントに９９％以上の同一性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントは、リーダー配列、例えば、ＩｇＥリーダー配列などの免疫グロブリンリーダー配列をコードする配列を含む。いくつかの実施形態において、免疫原性フラグメントはリーダー配列をコードするコード配列を有さない。
（１６）ＦＡＰ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＦＡＰ抗原は、抗原特異的Ｔ細胞及び／または高力価の抗体反応を誘導することにより、抗原を発現するがんまたは腫瘍を標的とした、または抗原を発現するがんまたは腫瘍に対する反応性を有する免疫応答を誘導または誘発することができる。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、細胞性、体液性、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であってよい。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を含み得る。他の実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、限定されるものではないが、例えば、ＭＨＣの提示をダウンレギュレートする因子、抗原特異的調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）をアップレギュレートする因子、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン類、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連線維芽細胞、免疫抑制細胞が産生する可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び下記により詳しく述べる免疫チェックポイント分子などの抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種類以上の免疫抑制因子を低減または阻害することができる。
ＦＡＰ抗原は、それに対する抗ＦＡＰ免疫応答を誘導することができる免疫原としてＦＡＰ抗原を特に効果的なものとするタンパク質エピトープを含み得る。ＰＳＭＡ抗原は、完全長の翻訳産物、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせを含み得る。ＦＡＰ抗原は、コンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＦＡＰ抗原は、配列番号６０のアミノ酸配列をコードする配列番号５９の核酸配列であってよい。コンセンサスＦＡＰタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＦＡＰタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＦＡＰ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＡＰ抗原は、配列番号５９に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＦＡＰ抗原は、配列番号６０に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＦＡＰ抗原は配列番号６０に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＦＡＰコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＦＡＰコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＦＡＰコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＦＡＰコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＦＡＰコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＦＡＰコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＦＡＰコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＦＡＰタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号５９のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号５９の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号５９のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号５９のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＦＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６０である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＦＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６０である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＦＡＰタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号６０と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６０と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６０に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６０の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６０の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６０の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６０と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６０の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６０に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸配列を、コドンの使用及び対応するＲＮＡ転写産物に関して最適化することができる。コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、発現についてコドン及びＲＮＡ最適化することができる。いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を高めるためのコザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、翻訳停止の効率を高めるための複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）のリーダー配列をコードしてもよい。コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がコンセンサスＦＡＰ Ｐ抗原のアミノ酸配列とペプチド結合によって連結されるようにＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードしたヌクレオチド配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチドを含まない、または有さない。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＡＰ抗原をコードする核酸は、異種核酸配列であってよく、かつ／または１以上の異種核酸配列を有することができる。
（１７）ＦＳＨＲ
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原卵胞刺激ホルモン受容体（ＦＳＨＲ）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ＦＳＨＲ抗原は、抗原特異的Ｔ細胞及び／または高力価の抗体反応を誘導することにより、抗原を発現するがんまたは腫瘍を標的とした、または抗原を発現するがんまたは腫瘍に対する反応性を有する免疫応答を誘導または誘発することができる。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、細胞性、体液性、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であってよい。いくつかの実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を含み得る。他の実施形態では、誘導または誘発される免疫応答は、限定されるものではないが、例えば、ＭＨＣの提示をダウンレギュレートする因子、抗原特異的調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）をアップレギュレートする因子、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン類、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連線維芽細胞、免疫抑制細胞が産生する可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び下記により詳しく述べる免疫チェックポイント分子などの抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種類以上の免疫抑制因子を低減または阻害することができる。
ＦＳＨＲ抗原は、それに対する抗ＦＳＨＲ免疫応答を誘導することができる免疫原としてＦＳＨＲ抗原を特に効果的なものとするタンパク質エピトープを含み得る。ＰＳＭＡ抗原は、完全長の翻訳産物、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせを含み得る。ＦＳＨＲ抗原は、コンセンサスタンパク質を含むことができる。
コンセンサスＦＳＨＲ抗原は、配列番号６２のアミノ酸配列をコードする配列番号６１の核酸配列であってよい。コンセンサスＦＳＨＲタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及びＨＡタグと連結することができる。他の実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲタンパク質は、ＩｇＥリーダー配列及び／またはＨＡタグを含まない、またはこれらと連結されなくともよい。コンセンサスＦＳＨＲ配列は、限定されるものではないが、開始コドン及び少なくとも１つの終止コドンを含む調節配列と機能的に連結されてもよい。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲ抗原は、配列番号６１に記載される核酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する核酸配列であってよい。他の実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲ抗原は、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列であってよい。コンセンサスＦＳＨＲ抗原は配列番号６２に記載されるアミノ酸配列の全長にわたって、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列であってよい。
いくつかの実施形態は、ＦＳＨＲコンセンサスタンパク質と相同なタンパク質、ＦＳＨＲコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及び相同タンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。コンセンサス配列と９５％以下の相同性、コンセンサス配列と９６％以下の相同性、コンセンサス配列と９７％以下の相同性、コンセンサス配列と９８％以下の相同性、及び９９％以下の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるタンパク質と相同なタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態は、本明細書の核酸コード配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質をコードする核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるコンセンサスタンパク質のコード配列と相同な本明細書に開示されるコード配列を有する核酸分子は、本明細書に開示される相同タンパク質配列をコードするコード配列の５’末端に連結されたＩｇＥリーダー配列をコードする配列を含む。
いくつかの実施形態は、完全長のＦＳＨＲコンセンサスタンパク質と特定の同一性（％）を有するタンパク質、ＦＳＨＲコンセンサスタンパク質の免疫原性フラグメント、及びＦＳＨＲコンセンサスタンパク質と同一性を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列に関する。完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と８０％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と８５％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９０％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９１％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９２％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９３％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９４％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９５％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９６％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９７％以下の同一性、完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９８％以下の同一性、及び完全長のＦＳＨＲコンセンサス配列と９９％以下の同一性を有する免疫原性タンパク質をコードするそのような核酸分子を提供することができる。同様に、本明細書に記載される免疫原性フラグメント及び本明細書に記載されるＦＳＨＲタンパク質と上記に示したような同様の同一性（％）を有するタンパク質の免疫原性フラグメントをコードする核酸配列も提供される。
いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＩｇＥリーダーをコードするコード配列を含まない。
いくつかの実施形態は、配列番号６１のフラグメントに関する。フラグメントは、配列番号６１の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であってよい。フラグメントは、配列番号６１のフラグメントと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同であってよい。フラグメントは、配列番号６１のフラグメントと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であってよい。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーをコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列をコードするコード配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列をコードするコード配列を含まない。
更に、コンセンサスＦＳＨＲタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６２である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＦＳＨＲタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号６２である。ＩｇＥリーダーに連結されたコンセンサスＦＳＨＲタンパク質のアミノ酸配列は、ＨＡタグに連結されてもよい。
いくつかの実施形態は、配列番号６２と相同なタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９５％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９６％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９７％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９８％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載されるコンセンサスタンパク質配列と９９％の相同性を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態は、配列番号６２と同一性を有するタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９１％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９２％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９３％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９４％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９６％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９７％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。いくつかの実施形態は、配列番号６２に記載される完全長のコンセンサスアミノ酸配列と９９％の同一性を有するアミノ酸配列を有する免疫原性タンパク質に関する。
いくつかの実施形態では、タンパク質は、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＩｇＥリーダーを含まない。コンセンサスタンパク質のフラグメントは、コンセンサスタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。配列番号６２の免疫原性フラグメントを提供することができる。免疫原性フラグメントは、配列番号６２の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６２の免疫原性フラグメントと相同なアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６２と９５％以上の相同性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９６％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９７％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９８％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態は、本明細書のコンセンサスタンパク質配列の免疫原性フラグメントと９９％の相同性を有する免疫原性フラグメントに関する。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
配列番号６２の免疫原性フラグメントと同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質の免疫原性フラグメントを提供することができる。そのような免疫原性フラグメントは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％を含むことができる。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列、例えば免疫グロブリンリーダー、例えばＩｇＥリーダーを含む。いくつかの実施形態では、フラグメントは、リーダー配列を含まない。いくつかの実施形態では、フラグメントは、例えばＩｇＥリーダーのようなリーダー配列を含まない。
タンパク質のＮ末端にシグナルペプチドまたはリーダー配列を連結することに関して本明細書で言及する場合、シグナルペプチド／リーダー配列は、シグナルペプチドのコード配列を含まないそのタンパク質をコードする核酸配列の開始コドンによってコードされるタンパク質のＮ末端のメチオニンを置換する。
コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸配列を、コドンの使用及び対応するＲＮＡ転写産物に関して最適化することができる。コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、発現についてコドン及びＲＮＡ最適化することができる。いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸配列は、翻訳の効率を高めるためのコザック配列（例えば、ＧＣＣ ＡＣＣ）を含むことができる。コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、翻訳停止の効率を高めるための複数の終止コドン（例えば、ＴＧＡ ＴＧＡ）を含むことができる。
コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）のリーダー配列をコードしてもよい。コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列のアミノ酸配列がコンセンサスＦＳＨＲ Ｐ抗原のアミノ酸配列とペプチド結合によって連結されるようにＩｇＥリーダー配列を更にコードすることができる。コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードしたヌクレオチド配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、ＩｇＥリーダー配列をコードするヌクレオチドを含まない、または有さない。
いくつかの実施形態では、コンセンサスＦＳＨＲ抗原をコードする核酸は、異種核酸配列であってよく、かつ／または１以上の異種核酸配列を有することができる。
（１８）ｇｐ１００
本発明の免疫原性組成物は、がん抗原糖タンパク質１００（ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ １００）（ｇｐ１００；Ｔｒｐ２及びプレメラノソームタンパク質（ｐｒｅｍｅｌａｎｏｓｏｍｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＰＭＥＬ）としても知られる）、そのフラグメント、またはその変異体を含むことができる。ｇｐ１００はＰＭＥＬ遺伝子によりコードされる。ｇｐ１００は、段階ＩからＩＩへのメラノソームの成熟に関与する際に、メラノソームの生合成において中心的な役割を果たす、６６１のアミノ酸から構成される７０ｋＤａの１型膜貫通糖タンパク質である。ｇｐ１００は多胞体内に線条を形成させ、プレメラノソームの生合成に直接関与する。ｇｐ１００は成熟したメラノソームに比較してプレメラノソームにおいて富化されるが、増殖する新生のメラニン形成細胞により及び腫瘍の増殖の間に過剰発現する。ｇｐ１００タンパク質は、メラノーマ患者の末梢血由来及び腫瘍浸潤リンパ球由来の細胞傷害性Ｔリンパ球によって認識される、種々の免疫原性エピトープを含む。
ｇｐ１００抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（１９）ウイルス抗原
上記がん抗原はウイルス抗原、そのフラグメント、またはその変異体とすることができる。上記ウイルス抗原はＢ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、またはヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）由来の抗原とすることができる。ＨＰＶとしては、後述するように、ＨＰＶ６、ＨＰＶ１１、ＨＰＶ１６、またはＨＰＶ１８とすることができる。
上記ウイルス抗原は抗原特異性Ｔ細胞及び／または高力価抗体応答を誘導し、それによって上記抗原を発現するがんまたは腫瘍に向かうまたはこれに反応性を有する免疫応答を誘導するまたは誘発することができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、細胞性免疫応答、体液性免疫応答、または細胞性及び体液性免疫応答の両方であることができる。いくつかの実施形態において、誘導されるまたは誘発される細胞性免疫応答としては、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）及び／または腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）の誘導または分泌を挙げることができる。その他の実施形態において、誘導されるまたは誘発される免疫応答は、限定されないが、例えば、ＭＨＣによる提示を下方制御する因子、抗原特異性の調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇｓ）、ＰＤ−Ｌ１、ＦａｓＬ、ＩＬ−１０及びＴＦＧ−βなどのサイトカイン、腫瘍関連マクロファージ、腫瘍関連繊維芽細胞、免疫抑制細胞によって生成される可溶性因子、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＭＤＳＣ、ＭＣＰ−１、及び免疫チェックポイント分子を上方制御する因子などの、上記抗原を発現する腫瘍またはがんの増殖を促進する１種または複数種の免疫抑制因子を低減または阻害することができ、上記免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。
（ａ）Ｂ型肝炎ウイルス抗原
上記ウイルス抗原はＢ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）由来の抗原、そのフラグメント、またはその変異体とすることができる。ＨＢＶ抗原は肝癌に関連し、または肝癌を発生させ得る。いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原は、プラスミド（複数可）などの、ＨＢＶ由来の１種または複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子（複数可）とすることができる。ＨＢＶ抗原は、全長であるかまたは全長タンパク質の免疫原性フラグメントとすることができる。
ＨＢＶ抗原はコンセンサス配列及び／または発現を向上させるための１または複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、コンストラクトの免疫原性を増加させるためのコドン最適化、ＲＮＡ最適化、及び高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスＨＢＶ抗原は、ＩｇＥまたはＩｇＧシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態において、ＨＡタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
ＨＢＶ抗原はＨＢＶコアタンパク質、ＨＢＶ表面タンパク質、ＨＢＶ ＤＮＡポリメラーゼ、遺伝子ＸによりコードされるＨＢＶタンパク質、それらのフラグメント、それらの変異体、またはそれらの組み合わせとすることができる。ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ａコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｂコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｃコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｄコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｅコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｆコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｇコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｈコアタンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ａ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｂ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｃ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｄ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｅ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｆ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｇ表面タンパク質、ＨＢＶ遺伝子型Ｈ表面タンパク質、それらのフラグメント、それらの変異体、またはそれらの組み合わせとすることができる。ＨＢＶ抗原はコンセンサスＨＢＶコアタンパク質、またはコンセンサスＨＢＶ表面タンパク質とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ａコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｂコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｃコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｄコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｅコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｆコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｇコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサスコア核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｈコアタンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサスコアタンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ａ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ａコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｂ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｂコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｃ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｃコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｄ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｄコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
いくつかの実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｅ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｅコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｆ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｆコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
更にその他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｇ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｇコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
その他の実施形態において、ＨＢＶ抗原はＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサス表面核酸配列コンストラクト、ＨＢＶ遺伝子型Ｈ表面タンパク質に対するコンセンサス配列に連結したＩｇＥリーダー配列、またはＨＢＶ遺伝子型Ｈコンセンサス表面タンパク質配列とすることができる。
（ｂ）Ｃ型肝炎ウイルス抗原
上記ウイルス抗原はＣ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）由来の抗原、そのフラグメント、またはその変異体とすることができる。ＨＣＶ抗原は肝癌に関連し、または肝癌を発生させ得る。いくつかの実施形態において、ＨＣＶ抗原は、プラスミド(複数可)などの、ＨＣＶ由来の１種または複数種の抗原をコードする非相同な核酸分子(複数可)とすることができる。ＨＣＶ抗原は、全長であるかまたは全長タンパク質の免疫原性フラグメントとすることができる。
ＨＣＶ抗原はコンセンサス配列及び／または発現を向上させるための１または複数の改変を含むことができる。上記改変コンセンサス配列には、コドン最適化、ＲＮＡ最適化、及びコンストラクトの免疫原性を増加させるための高効率免疫グロブリンリーダー配列の付加を始めとする遺伝的改変を含めることができる。コンセンサスＨＣＶ抗原は、ＩｇＥまたはＩｇＧシグナルペプチドなどの免疫グロブリンシグナルペプチド等のシグナルペプチドを含んでいてもよく、いくつかの実施形態においてＨＡタグを含んでいてもよい。該免疫原は、相当するコドン最適化免疫原よりもより強力でより広範な細胞性免疫応答を誘発するように設計することができる。
ＨＣＶ抗原は、ＨＣＶヌクレオカプシドタンパク質（すなわち、コアタンパク質）、ＨＣＶエンベローブタンパク質（例えば、Ｅ１及びＥ２）、ＨＣＶ非構造タンパク質（例えば、ＮＳ１、ＮＳ２、ＮＳ３、ＮＳ４ａ、ＮＳ４ｂ、ＮＳ５ａ、及びＮＳ５ｂ）、それらのフラグメント、それらの変異体、またはそれらの組み合わせとすることができる。
（ｃ）ヒトパピローマウイルス
上記ウイルス抗原はＨＰＶ由来の抗原、そのフラグメント、またはその変異体とすることができる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ１６型、１８型、３１型、３３型、３５型、４５型、５２型、及び５８型由来とすることができ、これらは子宮頸癌、直腸癌、及び／またはその他のがんを発生させる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６型及び／または１１型由来とすることができ、これらは尖圭コンジロームを発生させ、頭頚部癌の原因であることが知られている。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ１６型及び／または１８型由来とすることができ、これらは子宮頸癌を発生させる。ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６型、１１型及び／または１６型由来とすることができ、これらはＲＲＰ及び肛門癌を発生させる。ＨＰＶがん抗原は更に、２００７年７月３０日出願の米国特許第８，１６８，７６９号、２０１０年１月２１日出願の米国特許第８，３８９，７０６号、２０１１年１０月２１日出願の米国特許出願第１３／２７１，５７６号、及び２０１３年３月１２日出願の米国特許出願第６１／７７７，１９８号によって規定され、これらのそれぞれは、その全体が参照により組み入れられる。
ＨＰＶ抗原は、各ＨＰＶ型由来のＨＰＶ Ｅ６またはＥ７ドメインとすることができる。例えば、ＨＰＶ１６型（ＨＰＶ１６）に関し、ＨＰＶ１６抗原はＨＰＶ１６ Ｅ６抗原、ＨＰＶ１６ Ｅ７抗原、それらのフラグメント、変異体、または組み合わせを含むことができる。同様に、ＨＰＶ抗原はＨＰＶ６ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ１１ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ１６ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ１８ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ３１ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ３３ Ｅ６及び／もしくはＥ７、ＨＰＶ５２ Ｅ６及び／もしくはＥ７、またはＨＰＶ５８ Ｅ６及び／もしくはＥ７、それらのフラグメント、変異体あるいは組み合わせとすることができる。
（ｄ）ヘルペスウイルス
上記ウイルス抗原はヘルペスウイルス抗原であってもよい。ヘルペスウイルス抗原はＣＭＶ、ＨＳＶ１、ＨＳＶ２、ＶＺＶ、ＣｅＨＶ１、ＥＢＶ、ロゼオロウイルス、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス、及びＭｕＨＶの群より選択される抗原とすることができる。
コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＢ（配列番号２６）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＭ（配列番号２８）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＮ（配列番号３０）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＨ（配列番号３２）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＬ（配列番号３４）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＯ（配列番号３６）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ１２８（配列番号３８）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ１３０（配列番号４０）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ−１３１Ａ（配列番号４２）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ−８３（ｐｐ６５）（配列番号４４）。
配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３２、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４２、または配列番号４４をコードする配列を含む核酸配列。上記コンセンサスアミノ酸配列をコードする核酸分子が生起される。免疫原性組成物は、ヒトにおける安定性及び発現を最適化するために生起されるこの配列の群より選択される１種または複数種の免疫原性タンパク質のコンセンサス版をコードする１種または複数種の核酸配列を含んでいてもよい。コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＢをコードする核酸配列（配列番号２５）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＭをコードする核酸配列（配列番号２７）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＮをコードする核酸配列（配列番号２９）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＨをコードする核酸配列（配列番号３１）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＬをコードする核酸配列（配列番号３３）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ｇＯをコードする核酸配列（配列番号３５）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ１２８をコードする核酸配列（配列番号３７）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ１３０をコードする核酸配列（配列番号３９）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ−１３１Ａをコードする核酸配列（配列番号４１）、コンセンサスタンパク質ＨＣＭＶ−ＵＬ−８３（ｐｐ６５）をコードする核酸配列（配列番号４３）。上記核酸配列は更に５’末端に連結するコード化ＩｇＥリーダーを有することができる。
臨床分離物からの進化的分岐及び一般的な流通しているヒト株の中での広範な遺伝的差異の観点から、各免疫原性タンパク質に対するコンセンサスアミノ酸配列が生起された。ｇＢ、ｇＭ、ｇＨ、ｇＬ、ｇＥ、ｇＩ、ｇＫ、ｇＣ、ｇＤ、ＵＬ１２８、ＵＬ１３０、ＵＬ−１３１Ａ及びＵＬ−８３（ｐｐ６５）に対するコンセンサスアミノ酸配列は、ヒト臨床分離物由来の配列に基づくものであった。ｇＮタンパク質の大きな進化的分岐により、コンセンサス配列は、血液検査で最も陽性を示すｇＮ−４を代表する、７種の血清型の１種（ｇＮ−４ｃ）のみから生起された。同様に、ｇＯの場合には、特定の血清型が、ｇＮ−４ｃ血清型に連結するという報告から、コンセンサスアミノ酸配列は、８種の血清型の１種（ｇＯ−５）から生起された。
上述のように、上記ヘルペスウイルス抗原はコンセンサスヘルペスウイルスとすることができる。コンセンサスヘルペスウイルス抗原はシグナルペプチドを備えていてもよい。いくつかの実施形態において、ＩｇＥリーダーがＮ末端に連結する。本明細書に記載のように、コンセンサス配列のＮ末端に連結するシグナルペプチドに言及する場合には、詳細には、当該コンセンサス配列のＮ末端Ｘａａ残基がシグナルペプチドによって置換された実施形態を含むことが意図される。すなわち、本明細書において用いられるＸａａとは、任意のアミノ酸を指すまたはアミノ酸を指さないことが意図される。配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４に示される本明細書に記載のコンセンサス配列を含むタンパク質は、Ｎ末端Ｘａａを有さない配列を含んでいてもよい。
それぞれの特定の例において、ヘルペスウイルス免疫原性タンパク質コンセンサス配列のＮ末端に、ＩｇＥリーダー配列を含むアミノ酸配列が生起された。いくつかの実施形態において、２種以上のヘルペスウイルス抗原が、タンパク質分解開裂部位によって互いに連結した融合タンパク質として発現する核酸コンストラクトが提供される。フューリンタンパク質分解開裂部位は、コンストラクトによって発現される融合タンパク質においてヘルペスウイルス抗原に連結し得るタンパク質分解開裂部位の例である。上記ヘルペスファミリーのウイルスがん抗原は更に、米国特許出願第１３／９８２，４５７号に開示される任意の抗原とすることができ、該出願の内容はその全体が参照により組み入れられる。
４．免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせた免疫原性組成物
上記免疫原性組成物は、１種または複数種の免疫チェックポイント分子の１種または複数種の阻害剤（すなわち、免疫チェックポイント阻害剤）を更に含むことができる。免疫チェックポイント分子はより詳細に後述する。免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＨＣクラスによる提示、Ｔ細胞による提示及び／もしくはその分化、Ｂ細胞による提示及び／もしくはその分化、任意のサイトカイン、ケモカインまたは免疫細胞の増殖及び／または分化のための信号伝達などの免疫系における任意の要素の抑制を防止する任意の核酸またはタンパク質である。
かかる阻害剤は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列またはタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は酵素基剤、タンパク質もしくは核酸に結合するリガンド（またはその類似体）、あるいは生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば８００ドルトン未満の有機または無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列はタンパク質、ペプチド、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。
いくつかの実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は、抗原、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせをコードする１種または複数種の核酸配列とすることができる。その他の実施形態において、免疫チェックポイント阻害剤は抗原、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。
ａ．免疫チェックポイント分子
免疫チェックポイント分子は核酸配列、アミノ酸配列、低分子、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、それらの変異体、それらのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記核酸配列はまた、ペプチド結合により免疫チェックポイント阻害剤に連結するリンカー配列またはタグ配列をコードする更なる配列を含むこともできる。上記低分子は、酵素基剤、タンパク質もしくは核酸に結合するリガンド（またはその類似体）、または生物学的過程の調節剤として働く、低分子量、例えば８００ドルトン未満の有機または無機化合物とすることができる。上記アミノ酸配列は、タンパク質、ペプチド、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。免疫チェックポイント分子は、少なくとも１種類の免疫チェックポイントタンパク質の阻害剤であってよい。免疫チェックポイントタンパク質としては、限定されるものではないが、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３及びＬＡＧ３が上げられる。
ｂ．抗免疫チェックポイント分子抗体
上述のように、免疫チェックポイント阻害剤は抗体とすることができる。上記抗体は抗原（すなわち、上記の免疫チェックポイント分子）と結合または反応することができる。従って、上記抗体は、抗免疫チェックポイント分子抗体または免疫チェックポイント分子抗体と見なし得る。上記抗体は、に含まれる核酸配列によりコードすることができる。
上記抗体としては、重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを挙げることができる。上記重鎖ポリペプチドとしては、可変重鎖（ｖａｒｉａｂｌｅ ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ）（ＶＨ）領域及び／または少なくとも１種の定常重鎖（Ｃｏｎｓｔａｎｔ ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ）（ＣＨ）領域を含むことができる。上記少なくとも１種の定常重鎖領域としては、定常重鎖領域１（ＣＨ１）、定常重鎖領域２（ＣＨ２）、及び定常重鎖領域３（ＣＨ３）、及び／またはヒンジ領域を挙げることができる。
いくつかの実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはＶＨ領域及びＣＨ１領域を含むことができる。その他の実施形態において、上記重鎖ポリペプチドはＶＨ領域、ＣＨ１領域、ヒンジ領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域を含むことができる。
上記重鎖ポリペプチドは相補性決定領域（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）（「ＣＤＲ」）セットを含むことができる。上記ＣＤＲセットはＶＨ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらのＣＤＲは、重鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」によって示される。重鎖ポリペプチドのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３は抗原への結合または抗原の認識に寄与することができる。
上記軽鎖ポリペプチドは可変軽鎖（ｖａｒｉａｂｌｅ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ）（ＶＬ）領域及び／または定常軽鎖（ｃｏｎｓｔａｎｔ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ）（ＣＬ）領域を含むことができる。軽鎖ポリペプチドは相補性決定領域（「ＣＤＲ」）セットを含むことができる。上記ＣＤＲセットはＶＬ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらのＣＤＲは、軽鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」と表される。軽鎖ポリペプチドのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３は抗原への結合または抗原の認識に寄与することができる。
上記抗体は、それぞれ、ＣＤＲに土台を提供し、ＣＤＲの互いの相対的な空間的関係を規定する重鎖及び軽鎖フレームワーク（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）（「ＦＲ」）セットの間に組み付けられた重鎖及び軽鎖相補性決定領域（「ＣＤＲ」）セットを含み得る。ＣＤＲセットは、重鎖または軽鎖Ｖ領域の３の高度可変領域を含むことができる。これらの領域は、重鎖または軽鎖ポリペプチドのＮ末端から発して、それぞれ「ＣＤＲ１」、「ＣＤＲ２」、及び「ＣＤＲ３」と表される。従って、抗原結合部位は、各重鎖及び軽鎖Ｖ領域由来のＣＤＲセットを含む６のＣＤＲを含むことができる。
上記抗体は免疫グロブリン（Ｉｇ）とすることができる。Ｉｇは、例えば、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＧとすることができる。上記免疫グロブリンは重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。免疫グロブリンの重鎖ポリペプチドはＶＨ領域、ＣＨ１領域、ヒンジ領域、ＣＨ２領域、及びＣＨ３領域を含むことができる。免疫グロブリンの軽鎖ポリペプチドはＶＬ領域及びＣＬ領域を含むことができる。
加えて、タンパク質分解酵素パパインはＩｇＧ分子を優先的に開裂していくつかのフラグメントを生成し、その内の２つ（Ｆ（ａｂ）フラグメント）はそれぞれ無傷の抗原結合部位を含む共有結合性ヘテロ二量体を含む。酵素ペプシンはＩｇＧ分子を開裂してＦ（ａｂ’）２フラグメントを始めとするいくつかのフラグメントを与えることができ、Ｆ（ａｂ’）２は両方の抗原結合部位を含む。従って、上記抗体はＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２とすることができる。Ｆａｂは上記重鎖ポリペプチド及び軽鎖ポリペプチドを含むことができる。Ｆａｂの重鎖ポリペプチドは上記ＶＨ領域及びＣＨ１領域を含むことができる。Ｆａｂの軽鎖ポリペプチドは上記ＶＬ領域及びＣＬ領域を含むことができる。
上記抗体は多クローン性または単クローン性とすることができる。上記抗体はキメラ抗体、一本鎖抗体、親和性成熟抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、または完全なヒト抗体とすることができる。上記ヒト化抗体は、１種または複数種の非ヒト種由来の相補性決定領域（ＣＤＲ）及びヒト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する所望の抗原に結合する非ヒト種由来の抗体とすることができる。
（１）ＰＤ−１抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＰＤ−１抗体（本明細書においては「ＰＤ−１抗体」とも呼ばれる）、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。ＰＤ−１抗体はニボルマブとすることができる。上記抗ＰＤ−１抗体はＰＤ−１活性を阻害し、それによって腫瘍またはがんに対する免疫応答を誘導し、誘発し、または増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
（２）ＰＤ−Ｌ１抗体
上記抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体（本明細書においては「ＰＤ−Ｌ１抗体」とも呼ばれる）、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせとすることができる。上記抗ＰＤ−Ｌ１抗体はＰＤ−Ｌ１活性を阻害し、それによって腫瘍またはがんに対する免疫応答を誘導し、誘発し、または増加させ、腫瘍の増殖を低減することができる。
（３）ＣＴＬＡ４抗体
抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＣＴＬＡ４抗体（本明細書で「ＣＴＬＡ４抗体」とも呼ばれる）、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせであってよい。抗ＣＴＬＡ４抗体は、ＣＴＬＡ４活性を阻害することにより、腫瘍またはがんに対する免疫応答を誘導、誘発、または増大させ、腫瘍増殖を低減することができる。
（４）ＴＩＭ３抗体
抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＴＩＭ３抗体（本明細書で「ＴＩＭ３抗体」とも呼ばれる）、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせであってよい。抗ＴＩＭ３抗体は、ＴＩＭ３活性を阻害することにより、腫瘍またはがんに対する免疫応答を誘導、誘発、または増大させ、腫瘍増殖を低減することができる。
（５）ＬＡＧ３抗体
抗免疫チェックポイント分子抗体は、抗ＬＡＧ３抗体（本明細書で「ＬＡＧ３抗体」とも呼ばれる）、その変異体、そのフラグメント、またはそれらの組み合わせであってよい。抗ＬＡＧ３抗体は、ＬＡＧ３活性を阻害することにより、腫瘍またはがんに対する免疫応答を誘導、誘発、または増大させ、腫瘍増殖を低減することができる。
５．コンストラクト及びプラスミド
上記免疫原性組成物は、上述の抗原及び／または抗体をコードする核酸コンストラクトまたはプラスミドを含むことができる。上記核酸コンストラクトまたはプラスミドは、１種または複数種の非相同な核酸配列を含むまたは含有することができる。本明細書においては、上述の抗原及び／または抗体をコードする核酸配列を含むことができる遺伝子コンストラクトが提供される。上記遺伝子コンストラクトは、機能する染色体外分子として細胞内に存在する。上記遺伝子コンストラクトは、動原体、末端小粒またはプラスミドもしくはコスミドを含む線状微小染色体とすることができる。上記遺伝子コンストラクトは、１種または複数種の非相同な核酸配列を含むまたは含有することができる。
上記遺伝子コンストラクトは、上述の抗原及び／または抗体をコードする核酸により細胞にトランスフェクトするために有用であることができ、該トランスフェクション後に、該トランスフェクトされた宿主細胞は培養され、上述の抗原及び／または抗体の発現が起こる条件下に維持される。
安定性及び高い水準での発現のために、コード配列を最適化することができる。いくつかの例において、分子内結合に起因して形成される二次構造などのＲＮＡの二次構造形成を低減するために、コドンが選択される。
遺伝子コンストラクトは、上記に述べた抗原及び／または抗体を任意の順序で発現するプラスミドの形態とすることができる。
発現ベクター
ベクターは、環状プラスミドまたは直鎖状核酸であってよい。環状プラスミド及び直鎖状核酸は、適切な対象細胞内で特定のヌクレオチド配列の発現をもたらすことが可能である。ベクターは、終結シグナルに機能的に連結することができる、抗原をコードするヌクレオチド配列に機能的に連結されたプロモーターを有することができる。ベクターは、ヌクレオチド配列の適正な翻訳に必要な配列も含むことができる。対象とするヌクレオチド配列を含むベクターはキメラでもよく、これはその要素の少なくとも１つが他の要素の少なくとも１つに対して異種のものであることを意味する。発現カセット内のヌクレオチド配列の発現は、構成性プロモーター、または宿主細胞がなんらかの特定の外的刺激に曝露される場合にのみ転写を開始する誘導性プロモーターの制御下に置くことができる。多細胞生物の場合では、プロモーターは、特定の組織または臓器または発生の段階に特異的なものとすることもできる。
ＲＮＡベクター
一実施形態では、核酸はＲＮＡ分子である。したがって、一実施形態では、本明細書は１以上のＭＡＹＶ抗原をコードするＲＮＡ分子を提供する。ＲＮＡはプラス鎖とすることができる。したがって、いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、逆転写のようないずれの中間的複製ステップも必要とせずに細胞が翻訳することができる。本発明で有用なＲＮＡ分子は、５’キャップ（例えば、７−メチルグアノシン）を有することができる。このキャップはＲＮＡのインビボ翻訳を促進することができる。本発明で有用なＲＮＡ分子の５’ヌクレオチドは、５’三リン酸基を有することができる。キャップされたＲＮＡでは、これは５’−５’架橋を介して７−メチルグアノシンに連結され得る。ＲＮＡ分子は、３’ポリＡテールを有することができる。ＲＮＡは、その３’末端付近にポリＡポリメラーゼ認識配列（例えば、ＡＡＵＡＡＡ）も有することができる。本発明で有用なＲＮＡ分子は一本鎖であってよい。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ分子は、裸のＲＮＡ分子である。一実施形態では、ＲＮＡ分子は、ベクター内に含まれる。
一実施形態では、ＲＮＡは、５’及び３’ＵＴＲを有する。一実施形態では、５’ＵＴＲは０〜３０００ヌクレオチドの長さである。コード領域に付加される５’及び３’ＵＴＲの長さは、限定されるものではないが、ＵＴＲの異なる領域にアニールするＰＣＲ用のプライマーを設計することなどを含む異なる方法によって変化させることができる。この手法を用いることで、当業者であれば、転写されたＲＮＡのトランスフェクション後の最適な翻訳効率を得るために必要な５’および３’ＵＴＲの長さを改変することができる。
５’及び３’ＵＴＲは、対象とする遺伝子の天然に存在する内因性の５’及び３’ＵＴＲであってよい。あるいは、対象とする遺伝子に内在しないＵＴＲ配列を、順方向及び逆方向プライマーにＵＴＲ配列を組み込むか、または任意の他の鋳型の改変によって付加することもできる。対象とする遺伝子に内在しないＵＴＲ配列の使用は、ＲＮＡの安定性及び／または翻訳効率を改変するうえで有用となり得る。例えば、３’ＵＴＲ配列内の高ＡＵエレメントはＲＮＡの安定性を低下させ得ることが知られている。したがって、３’ＵＴＲを、当該技術分野では周知のＵＴＲの性質に基づいて転写後のＲＮＡの安定性を高めるように選択または設計することができる。
一実施形態では、５’ＵＴＲは、内因性遺伝子のコザック配列を有してもよい。あるいは、対象とする遺伝子に内在していない５’ＵＴＲが上記に述べたようにＰＣＲによって付加されている場合、５’ＵＴＲ配列を付加することによってコンセンサスコザック配列を設計しなおしてもよい。コザック配列は、特定のＲＮＡ転写産物の翻訳の効率を高めることができるが、効率的な翻訳を可能とするためにすべてのＲＮＡで必要とされるわけではないようである。多くのＲＮＡのコザック配列の必要条件は当該技術分野では周知のものである。他の実施形態では、５’ＵＴＲは、細胞内でＲＮＡゲノムが安定しているＲＮＡウイルス由来のものとすることができる。他の実施形態では、各種のヌクレオチド類似体を３’または５’ＵＴＲ内に用いることでＲＮＡのエキソヌクレアーゼによる分解を抑制することができる。
一実施形態では、ＲＮＡは、細胞内でのリボソームの結合、翻訳の開始、及びＲＮＡの安定性を決定する５’末端のキャップと３’ポリ（Ａ）テールの両方を有する。
一実施形態では、ＲＮＡはヌクレオシド改変されたＲＮＡである。ヌクレオシド改変ＲＮＡは、より高い安定性、免疫原性が低いかまたはないこと、及び向上した翻訳など、非改変ＲＮＡと比較して特定の利点を有している。
環状及び直鎖状ベクター
ベクターは、細胞ゲノム内に組み込まれることによって標的細胞を形質転換することができる、または染色体外に存在し得る（例えば、複製起点を有する自己複製プラスミド）環状プラスミドとすることができる。
ベクターは、ｐＶＡＸ、ｐｃＤＮＡ３．０、もしくはｐｒｏｖａｘ、または、抗原をコードするＤＮＡを発現し、細胞が配列を免疫系によって認識される抗原に翻訳することを可能とする他の任意の発現ベクターとすることができる。
電気穿孔によって対象に効率的に送達させることができ、１種以上の所望の抗原を発現することが可能な直鎖状核酸免疫原性組成物、または直鎖状発現カセット（「ＬＥＣ」）も提供される。ＬＥＣは、リン酸骨格を有さない任意の直鎖状ＤＮＡとすることができる。かかるＤＮＡは、１種以上の抗原をコードすることができる。ＬＥＣは、プロモーター、イントロン、終止コドン、及び／またはポリアデニル化シグナルを含むことができる。抗原の発現は、プロモーターによって制御することができる。ＬＥＣは、抗生物質耐性遺伝子及び／またはリン酸骨格を含まなくともよい。ＬＥＣは、所望の抗原遺伝子の発現と無関係な他のヌクレオチド配列を含まなくともよい。
ＬＥＣは、直鎖化できる任意のプラスミドに由来するものとすることができる。プラスミドは、抗原を発現することが可能なものとすることができる。プラスミドは、ｐＮＰ（Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／３４）またはｐＭ２（Ｎｅｗ Ｃａｌｅｄｏｎｉａ／９９）とすることができる。プラスミドは、ＷＬＶ００９、ｐＶＡＸ、ｐｃＤＮＡ３．０、もしくはｐｒｏｖａｘ、または、抗原をコードするＤＮＡを発現し、細胞が配列を免疫系によって認識される抗原に翻訳することを可能とする他の任意のプラスミドとすることができる。
ＬＥＣは、ｐｃｒＭ２とすることができる。ＬＥＣは、ｐｃｒＮＰとすることができる。ｐｃｒＮＰ及びｐｃｒＭＲは、それぞれｐＮＰ（Ｐｕｅｒｔｏ Ｒｉｃｏ／３４）及びｐＭ２（Ｎｅｗ Ｃａｌｅｄｏｎｉａ／９９）に由来するものとすることができる。
プロモーター、イントロン、終止コドン、及びポリアデニル化シグナル
上記ベクターは、上述の抗原及び／または抗体をコードする非相同な核酸を含むことができ、１種または複数種のがん抗原コード配列（複数可）の上流とすることができる開始コドンと、上述の抗原及び／または抗体のコード配列（複数可）の下流とすることができる終止コドンとを更に含むことができる。
ベクターはプロモーターを有することができる。プロモーターは、遺伝子発現をもたらし、単離された核酸の発現を調節することが可能な任意のプロモーターであってよい。かかるプロモーターは、本明細書に述べられる抗原配列を転写するＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼによる転写に必要とされるシス作用型配列エレメントである。異種核酸の発現をもたらすために用いられるプロモーターの選択は、特定の用途に応じて決まる。プロモーターは、天然の条件における転写開始部位からの距離とほぼ同じベクター内の転写開始部位からの距離に配置することができる。しかしながら、プロモーターの機能を喪失させることなくこの距離を変えることもできる。
上記開始コドン及び終止コドンは、上述の抗原及び／または抗体のコード配列（複数可）とインフレームとすることができる。上記ベクターは、上述の抗原及び／または抗体のコード配列（複数可）に機能的に連結するプロモーターを含むことができる。上述の抗原及び／または抗体のコード配列（複数可）に機能的に連結するプロモーターは、シミアンウイルス４０（ｓｉｍｉａｎ ｖｉｒｕｓ ４０）（ＳＶ４０）由来のプロモーター、マウス乳腺癌ウイルス（ｍｏｕｓｅ ｍａｍｍａｒｙ ｔｕｍｏｒ ｖｉｒｕｓ）（ＭＭＴＶ）プロモーター、ウシ免疫不全ウイルス（ｂｏｖｉｎｅ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＢＩＶ）長末端反復（ｌｏｎｇ ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｐｅａｔ）（ＬＴＲ）プロモーターなどのヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）プロモーター、モロニーウイルスプロモーター、トリ白血病ウイルス（ａｖｉａｎ ｌｅｕｋｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＡＬＶ）プロモーター、ＣＭＶ前初期プロモーター、エプスタイン・バー・ウイルス（Ｅｐｓｔｅｉｎ Ｂａｒｒ ｖｉｒｕｓ）（ＥＢＶ）プロモーター、またはラウス肉腫ウイルスＲｏｕｓ ｓａｒｃｏｍａ ｖｉｒｕｓ（ＲＳＶ）プロモーターなどのサイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）プロモーターとすることができる。上記プロモーターは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、またはヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子からのプロモーターとすることもできる。上記プロモーターは、筋肉または皮膚特異性プロモーターなどの組織特異性プロモーターとすることができ、天然もしくは合成とすることができる。かかるプロモーターの例は、米国特許出願公開第ＵＳ２００４０１７５７２７号に記載され、その内容は全体として本明細書に組み入れられる。
上記ベクターは、ポリアデニル化シグナルを含むことができ、該シグナルは、上述の抗原及び／または抗体のコード配列（複数可）の下流とすることができる。ポリアデニル化シグナルは、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル、ＬＴＲポリアデニル化シグナル、ウシ成長ホルモン（ｂｏｖｉｎｅ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ）（ｂＧＨ）ポリアデニル化シグナル、ヒト成長ホルモン（ｈｕｍａｎ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ）（ｈＧＨ）ポリアデニル化シグナル、またはヒトβ−グロビンポリアデニル化シグナルとすることができる。ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルは、ｐＣＥＰ４ベクター（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）由来のポリアデニル化シグナルとすることができる。
上記ベクターはまた、上述の抗原及び／または抗体の上流にエンハンサーも含むことができる。上記エンハンサーは発現にとって必要なものとすることができる。上記エンハンサーはヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチンまたはＣＭＶ、ＨＡ、ＲＳＶまたはＥＢＶなどのウイルスエンハンサーとすることができる。ポリヌクレオチド機能エンハンサーは、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，９６２，４２８号、及びＷＯ９４／０１６７３７に記載されており、それぞれの内容は参照により全体が組み入れられる。
ベクターは、エンハンサーと、機能的スプライスドナー部位及びアクセプター部位を含むイントロンとを含むことができる。ベクターは、効率的な終結を行うため、構造遺伝子の下流に転写終結領域を含むことができる。終結領域は、プロモーター配列と同じ遺伝子から得てもよく、または異なる遺伝子から得てもよい。
多重ベクター
免疫原性組成物は、単一のプラスミドのような単一の核酸分子の複数のコピー、または２種以上の異なるプラスミドのような２種以上の異なる核酸分子の複数のコピーを含むことができる。例えば、免疫原性組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種以上の複数の異なる核酸分子含むことができる。かかる組成物は、２、３、４、５、６種、またはそれよりも多いの複数の異なるプラスミドを含むことができる。
免疫原性組成物は、単一の抗原のコード配列を合わせて含むプラスミドなどの核酸分子を含むことができる。一実施形態では、抗原はＦＡＰである。免疫原性組成物は、複数の抗原のコード配列を合わせて含むプラスミドなどの核酸分子を含むことができる。例として、一実施形態では、抗原は、ＴＥＲＴ及び更なるがん抗原から選択される複数の抗原である。例示的な一実施形態では、抗原は、ＷＴ−１及びＴＥＲＴである。例示的な一実施形態では、抗原は、ＰＳＭＡ及びＴＥＲＴである。別の例示的な実施形態では、抗原は、ＴＥＲＴ、ＷＴ−１及びＰＳＭＡである。免疫原性組成物は、１種以上の抗原及び１種以上のがん抗原のコード配列を合わせて含むプラスミドなどの核酸分子を含むことができる。
複製起点
上記ベクターは、当該ベクターを染色体外に維持し、且つ、細胞中でベクターの複数のコピーを産生するために、哺乳類の複製起点も含むこともできる。上記ベクターはインビトロジェン（サンディエゴ、カリフォルニア州）からのｐＶＡＸ１、ｐＣＥＰ４またはｐＲＥＰ４とすることができ、これらは、エプスタイン・バー・ウイルスの複製起点と、核抗原ＥＢＮＡ−１のコード領域とを含むことができ、統合しないで高いコピー数のエピソーム複製を生起させることができる。上記ベクターは、ｐＶＡＸ１または本明細書に記載の変異体プラスミドなどの改変を伴うｐＶａｘ１変異体とすることができる。変異体ｐＶａｘ１プラスミドは骨格ベクタープラスミドｐＶＡＸ１（インビトロジェン、カールスバッド、カリフォルニア州）の２９９８塩基対の変異体である。ＣＭＶプロモーターは塩基１３７〜７２４に位置する。Ｔ７プロモーター／促進部位は塩基６６４〜６８３にある。マルチクローニングサイトは塩基６９６〜８１１にある。ウシＧＨポリアデニル化シグナルは塩基８２９〜１０５３にある。カナマイシン耐性遺伝子は塩基１２２６〜２０２０にある。ｐＵＣオリジンは塩基２３２０〜２９９３にある。
インビトロジェンより入手可能なｐＶＡＸ１の配列に基づいて、本明細書に記載されるプラスミド１〜６の骨格として用いられるｐＶＡＸ１の配列中に、以下の変異が見出された。
Ｃ＞Ｇ２４１ ＣＭＶプロモーター中
Ｃ＞Ｔ １９４２ 骨格、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル（ｂｏｖｉｎｅ ｇｒｏｗｔｈ ｈｏｒｍｏｎｅ ｐｏｌｙａｄｅｎｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｇｎａｌ）（ｂＧＨｐｏｌｙＡ）の下流
Ａ＞− ２８７６ 骨格、カナマイシン遺伝子の下流
Ｃ＞Ｔ ３２７７ ｐＵＣ複製起点（Ｏｒｉ）高コピー数変異（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １９８５を参照のこと）
Ｇ＞Ｃ ３７５３ ＲＮＡＳｅＨ部位の上流のｐＵＣ Ｏｒｉの最末端
骨格中、ＣＭＶプロモーターの上流で、塩基対２、３及び４がＡＣＴからＣＴＧに変化している。
上記ベクターの骨格はｐＡＶ０２４２とすることができる。上記ベクターは、複製欠損アデノウイルス５型（Ａｄ５）ベクターとすることができる。
上記ベクターは、調節配列も含むこともでき、これは、当該ベクターを投与された哺乳類またはヒト細胞中での遺伝子発現に十分に適することができる。本明細書開示の１種または複数種のがん抗原配列は、宿主細胞内においてコード配列をより効率的に転写することができるコドンを含むことができる。
上記ベクターは、ｐＳＥ４２０（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア）とすることができ、それを大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（Ｅ．Ｃｏｌｉ）中でのタンパク質産生のために用いることができる。上記ベクターは、ｐＹＥＳ２（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）とすることもでき、それを酵母のサッカロマイセス・セレビシエ株でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターは、ＭＡＸＢＡＣ（商標）完全バキュロウイルス発現系（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）のものとすることもでき、それを昆虫細胞中でのタンパク質産生に用いることができる。上記ベクターはまた、ｐｃＤＮＡ ＩまたはｐｃＤＮＡ３（インビトロジェン、サンディエゴ、カリフォルニア州）とすることもでき、それを哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ）（ＣＨＯ）細胞中でのタンパク質産生に用いてもよい。上記ベクターは、常法によりタンパク質を産生するための発現ベクターまたは系、及びＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ ａｎｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ（１９８９）を始めとする、容易に入手可能な出発物質とすることができ、Ｓａｍｂｒｏｏｋらは全体が参照により組み入れられる。
６．医薬組成物
上記免疫原性組成物は医薬組成物の形態とすることができる。該医薬組成物は上記免疫原性組成物を含むことができる。上記医薬組成物は約５ナノグラム〜約１０ｍｇの本発明の抗原をコードする核酸分子を含むことができる。いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は約２５ナノグラム〜約５ｍｇの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約５０ナノグラム〜約１ｍｇの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約０．１〜約５００マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１〜約３５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約５〜約２５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１０〜約２００マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１５〜約１５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２０〜約１００マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２５〜約７５マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３０〜約５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３５〜約４０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１００〜約２００マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約１０マイクログラム〜約１００マイクログラムの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２０マイクログラム〜約８０マイクログラムの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約２５マイクログラム〜約６０マイクログラムの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３０マイクログラム〜約５０マイクログラムの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は約３５マイクログラム〜約４５マイクログラムの核酸を含む。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約０．１〜約５００マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約１〜約３５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約２５〜約２５０マイクログラムの核酸を含有する。いくつかの好ましい実施形態において、上記医薬組成物は約１００〜約２００マイクログラムの核酸を含有する。
いくつかの実施形態において、本発明に係る医薬組成物は少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または１００ナノグラムの核酸を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５または１０００マイクログラムの核酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は少なくとも１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５もしくは１０ｍｇまたはそれを超える核酸を含むことができる。
いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または１００ナノグラム以下の核酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５、または１０００マイクログラム以下の核酸を含むことができる。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５または１０ｍｇ以下の核酸を含むことができる。
上記医薬組成物は、用いられる投与様式に従って、製剤目的の他の剤を更に含むことができる。医薬組成物が注射可能な医薬組成物である場合、該組成物は無菌であり、発熱因子を有さず、且つ微粒子を有さない。一実施形態では、等張性の製剤が用いられる。一般的に、等張性のための添加剤としては、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール及びラクトースを挙げることができる。いくつかの場合、リン酸緩衝生理食塩水などの等張溶液が用いられる。安定化剤としてはゼラチン及びアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態において、上記製剤に血管収縮剤が添加される。
上記免疫原性組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤を更に含むことができる。薬学的に許容し得る賦形剤は、ビヒクル、アジュバント、担体、または希釈剤としての機能的分子とすることができる。薬学的に許容し得る賦形剤は、界面活性剤を含み得るトランスフェクション促進剤、例えば免疫刺激複合体（ｉｍｍｕｎｅ−ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ）（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Ａを始めとするＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、スクアレン及びスクアレンなどの小胞、ヒアルロン酸、脂質、リポソーム、カルシウムイオン、ウイルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、もしくはナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤とすることができる。
上記トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマート（ＬＧＳ）を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、または脂質である。トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマートである。一実施形態では、ポリ−Ｌ−グルタマートは、６ｍｇ／ｍｌ未満の濃度で免疫原性組成物中に存在する。トランスフェクション促進剤は、界面活性剤、例えば免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質Ａを始めとするＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体ならびにスクアレン及びスクアレンなどの小胞を含むことができ、ヒアルロン酸を用いて、遺伝子コンストラクトと一体化させて投与することもできる。いくつかの実施形態において、上記免疫原性組成物は、トランスフェクション促進剤、例えば脂質、レシチンリポソームまたはＤＮＡリポソーム混合物（例えば、Ｗ０９３２４６４０参照）などの当該技術分野で公知の他のリポソームを始めとするリポソーム、カルシウムイオン、ウイルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、またはナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤を含むことができる。一実施形態では、トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマート（ＬＧＳ）を始めとするポリアニオン、ポリカチオン、または脂質である。免疫原性組成物中のトランスフェクション剤の濃度は、４ｍｇ／ｍｌ未満、２ｍｇ／ｍｌ未満、１ｍｇ／ｍｌ未満、０．７５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．５００ｍｇ／ｍｌ未満、０．２５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．１００ｍｇ／ｍｌ未満、０．０５０ｍｇ／ｍｌ未満、または０．０１０ｍｇ／ｍｌ未満である。
薬学的に許容可能な賦形剤は、アジュバントとすることができる。該アジュバントは、別のプラスミドから発現される他の遺伝子であることが可能であり、または、上記免疫原性組成物中に上記プラスミドと組み合わせてタンパク質として送達される。上記アジュバントはα−インターフェロン（ＩＦＮ−α）、β−インターフェロン（ＩＦＮ−β）、γ−インターフェロン、血小板由来増殖因子（ｐｌａｔｅｌｅｔ ｄｅｒｉｖｅｄ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ）（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ）（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘因性ケモカイン（ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｔ ｃｅｌｌ−ａｔｔｒａｃｔｉｎｇ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｔｈｙｍｕｓ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ｍｕｃｏｓａｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ）（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＭＨＣ、ＣＤ８０、欠失され、且つ、ＩｇＥ由来のシグナルペプチドを任意に含むシグナル配列を有するＩＬ−１５を始めとするＣＤ８６からなる群より選択することができる。アジュバントは、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、ＣＴＡＣＫ、ＴＥＣＫ、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１８、またはそれらの組み合わせとすることができる。代表的な実施形態において、アジュバントはＩＬ−１２である。
有用なアジュバントとすることができる他の遺伝子としては、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−ｌａ、ＭＩＰ−１ｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、変異体型ＩＬ−１８、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、神経成長因子、血管内皮細胞増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｌｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫリガンド、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０リガンド、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２及びその機能的フラグメントをコードするものが挙げられる。
７．特定のがん治療用の組み合わせ免疫原性組成物
上記免疫原性組成物は、特定のがんまたは腫瘍を治療するための、ＴＥＲＴ抗原と１種または複数種の上述のがん抗原との種々の組み合わせの形態とすることができる。１種または複数種のがん抗原の組み合わせに応じて、種々のがんまたはその他の腫瘍の種類が免疫原性組成物による標的とし得る。これらのがんとしては、メラノーマ、血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺癌腫、食道扁平上皮癌、膀胱癌、結腸直腸癌、食道癌、胃癌、肝細胞癌、頭頚部癌、脳癌、肛門癌、非小細胞性肺癌、膵臓癌、滑液癌、前立腺癌、精巣癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚癌及び胃癌を挙げることができる。
ａ．メラノーマ
上記免疫原性組成物は、メラノーマを治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、またはＧＰ１００−Ｔｒｐ２などの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、メラノーマの治療または予防のために、がん抗原チロシナーゼ、ＰＲＡＭＥ、またはＧＰ１００−Ｔｒｐ２の１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩのいずれかの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、メラノーマの治療または予防に適用し得る。
ｂ．頭頸部癌
上記免疫原性組成物は、頭頸部癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、１種または複数種のがん抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、頭頸部癌の治療または予防のために、がん抗原ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩのいずれかの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、頭頸部癌の治療または予防に適用し得る。
ｃ．再発性呼吸器乳頭種症／肛門癌
上記免疫原性組成物は、再発性呼吸器乳頭種症または肛門癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＨＰＶ ６、ＨＰＶ１１、またはＨＰＶ １６などの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、再発性呼吸器乳頭種症または肛門癌の治療または予防のために、がん抗原ＨＰＶ ６、ＨＰＶ１１、またはＨＰＶ１６の１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、再発性呼吸器乳頭種症または肛門癌の治療または予防に適用し得る。
ｄ．子宮頸癌
上記免疫原性組成物は、子宮頸癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７またはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７などの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、子宮頸癌の治療または予防のために、ＨＰＶ １６ Ｅ６／Ｅ７またはＨＰＶ １８ Ｅ６／Ｅ７などのがん抗原の１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、子宮頸癌の治療または予防に適用し得る。
ｅ．肝癌
上記免疫原性組成物は、肝癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶＮＳ３４Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ｂ、またはＨＣＶＮＳ４Ｂなどの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、肝癌の治療または予防のために、がん抗原ＨＢＶコア抗原、ＨＢＶ表面抗原、ＨＣＶＮＳ３４Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ａ、ＨＣＶＮＳ５Ｂ、またはＨＣＶＮＳ４Ｂの１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、肝癌の治療または予防に適用し得る。
ｆ．膠芽腫
上記免疫原性組成物は、膠芽腫を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、１種または複数種のがん抗原ＣＭＶとを含むことができる。該免疫原性組成物は更に、膠芽腫の治療または予防のために、ＣＭＶをがん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、膠芽腫の治療または予防に適用し得る。
ｇ．前立腺
上記免疫原性組成物は、前立腺癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、またはＳＴＥＡＰなどの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、前立腺癌の治療または予防のために、がん抗原ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、またはＳＴＥＡＰの１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１、またはＷＴＩの１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、前立腺癌の治療または予防に適用し得る。
ｈ．血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）
上記免疫原性組成物は、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＰＲＡＭＥ及びＷＴ１などの１種または複数種のがん抗原とを組み合わせることができる。該免疫原性組成物は更に、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液癌の治療または予防のために、がん抗原ＰＲＡＭＥ及びＷＴ１の１種または複数種を、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、またはＭＡＧＥ−Ａ１の１種または複数種と組み合わせることができる。がん抗原の他の組み合わせもまた、白血病、リンパ腫及び骨髄腫などの血液癌の治療または予防に適用し得る。
ｉ．卵巣がん
免疫原性組成物は、卵巣がんを治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、卵胞刺激ホルモン受容体（ＦＳＨＲ）などの１種以上のがん抗原とを組み合わせることができる。免疫原性組成物は更に、卵巣がんを治療または予防するために、ＦＳＨＲと、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、またはＭＡＧＥ−Ａ１の１つ以上とを組み合わせることができる。卵巣がんを治療または予防するためにがん抗原の他の組み合わせも適用することができる。
ｊ．他のがん
免疫原性組成物は、癌を治療または予防するために、ＴＥＲＴ抗原と、ＦＡＰなどの１種以上のがん抗原とを組み合わせることができる。免疫原性組成物は更に、癌を治療または予防するために、ＦＡＰと、がん抗原ＮＹ−ＥＳＯ−１、またはＭＡＧＥ−Ａ１の１つ以上とを組み合わせることができる。がんを治療または予防するためにがん抗原の他の組み合わせも適用することができる。
８．ワクチン接種方法
本明細書では、上述の１種または複数種のがん抗原の遺伝子コンストラクト及びタンパク質を供給するための医薬製剤を用いるがんの治療または予防方法が提供され、該医薬製剤は、上記遺伝子コンストラクト及びタンパク質を、特定の有効な免疫原であって、それに対抗して１種または複数種のがん抗原に対する免疫応答を誘導することができる免疫原とするエピトープを含む。治療上の及び／または予防上の免疫応答を誘導するために、免疫原性組成物の投与方法、すなわちワクチン接種方法を提供することができる。上記ワクチン接種過程は、哺乳類において、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原に対する免疫応答を生起させることができる。上記免疫原性組成物を個体に投与し、哺乳類の免疫系の活性を調節し免疫応答を高めることができる。上記免疫原性組成の投与は、細胞内で発現し、その上で、免疫系が細胞性応答、体液性応答、または細胞性応答及び体液性応答を認識及び誘導する細胞表面に送達される核酸分子としての、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原のトランスフェクションとすることができる。本明細書で議論される免疫原性組成物を哺乳類に投与することにより、哺乳類において、上記免疫原性組成物の投与を用いて、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原に対する免疫応答を誘導または誘発することができる。
哺乳類への上記免疫原性組成の投与、及びその上での上記ベクターの哺乳類の細胞内への送達に当たり、トランスフェクトされた細胞は、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原を発現し分泌することとなる。これらの分泌されるタンパク質、すなわち合成抗原は免疫系によって異物として認識され、免疫系は、上記１種または複数種のがん抗原に対して作成される抗体、及び上記１種または複数種のがん抗原に特異的に対抗するＴ細胞応答を含み得る免疫応答を開始することとなる。いくつかの例において、本明細書において議論される免疫原性組成物を投与した哺乳類は予備刺激された免疫系を有することとなり、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原を負荷された場合、上記予備刺激された免疫系が、後続の本明細書開示のがん抗原を、体液性免疫応答、細胞性免疫応答、または体液性及び細胞性免疫応答の両方のいずれかを通じて、速やかに取り除くことができることとなる。上記免疫原性組成物を個体に対して投与し、当該個体の免疫系の活性を調節し、それによって免疫応答を高めることができる。
免疫原性組成物の投与方法は米国特許第４，９４５，０５０号及び第５，０３６，００６号に記載され、これらの両方は、それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
哺乳類内で免疫応答を誘発するために、哺乳類に上記ワクチンを投与することができる。哺乳類は、ヒト、非ヒト霊長類、牛、豚、羊、ヤギ、レイヨウ、バイソン、水牛、ウシ属、鹿、ハリネズミ、象、ラマ、アルパカ、マウス、ラット、またはニワトリとすることができる。
上記免疫原性組成物の用量は、１μｇ〜１０ｍｇ−活性成分／ｋｇ−体重／回とすることができ、２０μｇ〜１０ｍｇ−成分／ｋｇ−体重／回とすることができる。上記免疫原性組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１日毎に投与することができる。有効な治療のための免疫原性組成物投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回またはそれを超える回数とすることができる。
ａ．免疫原性組成物による免疫応答の生起方法
上記免疫原性組成物を用いて、哺乳類における、治療上のまたは予防上の免疫応答を含む免疫応答を生起させることができる。上記免疫応答は、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原に向かう抗体及び／またはキラーＴ細胞を生起させる。かかる抗体及びＴ細胞は単離することができる。
いくつかの実施形態は、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原に対する免疫応答の生起方法を提供し、該方法は個体に対して上記免疫原性組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態は、１種または複数種の上述のがん抗原を発現するがんまたは腫瘍に対する、個体への予防的なワクチン接種方法を提供し、該方法は上記免疫原性組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態は、１種または複数種の上記がん抗原を発現するがんまたは腫瘍に罹患した個体への治療上のワクチン接種方法を提供し、該方法は上記免疫原性組成物を投与することを含む。上記免疫原性組成物の投与に先立つ、本明細書開示の１種または複数種のがん抗原を発現するがんまたは腫瘍の診断は、常法によって行うことができる。
ｂ．上記免疫原性組成物によるがん治療方法
上記免疫原性組成物を用いて、哺乳類またはそれを必要とする対象のがんまたは腫瘍（例えば、メラノーマ、頭頚部癌、子宮頸癌、肝癌、前立腺癌、血液癌、食道扁平上皮癌、胃癌）に反応性を有するまたはこれに向かう免疫応答を、哺乳類において生起または誘発することができる。誘発された免疫応答は癌または腫瘍の増殖を防止することができる。
上記誘発された免疫応答は、がん細胞または腫瘍細胞の転移を防止及び／または低減することができる。従って、上記免疫原性組成物を、該免疫原性組成物を投与される哺乳類または対象におけるがんまたは腫瘍を治療及び／または予防する方法に用いることができる。上記免疫原性組成物中に用いられる抗原に応じて、治療されるがんまたは腫瘍に基づく腫瘤としては、限定されないが、メラノーマ、血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺癌腫、食道扁平上皮癌、膀胱癌、結腸直腸癌、食道癌、胃癌、肝細胞癌、頭頚部癌、脳癌、肛門癌、非小細胞性肺癌、膵臓癌、滑液癌、前立腺癌、精巣癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚癌及び胃癌などの任意の種類のがんとすることができる。
いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、（１）単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）の生成を妨害する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻止し、腫瘍の増殖を抑制するＢ細胞応答を介する体液性免疫、（２）腫瘍細胞を攻撃して死滅させるＣＤ８＋などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）Ｔヘルパー細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ−γ及びＴＦＮ−αを介した炎症反応の増加、あるいは、上記の組み合わせを含むことにより、腫瘍細胞の除去を媒介し、または腫瘍細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答は、上記免疫原性組成物を投与された対象における種々の組織または系（例えば、脳または神経系等）に対する損傷またはその炎症を引き起こすことのない、体液性免疫応答及び／または抗原特異性細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を生起させることができる。
いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、対象において、無腫瘍生存率を増加させることができる、腫瘍量を低減することができる、腫瘍生存率を増加させることができる、またはそれらの組み合わせである。投与された免疫原性組成物は、対象において、無腫瘍生存率を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。投与された免疫原性組成物は、免疫化後の対象において、腫瘍量を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、及び７０％低減することができる。投与された免疫原性組成物は、対象における単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）、骨髄系由来サプレッサー細胞によって分泌されるサイトカインの増加を防止及び阻止することができる。いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、対象におけるがんまたは腫瘍組織内のＭＣＰ−１の増加を防止及び阻止し、それにより対象におけるがんまたは腫瘍組織の血管新生を低減することができる。
投与された免疫原性組成物は、対象において、腫瘍生存率を２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、及び７０％増加させることができる。いくつかの実施形態において、上記免疫原性組成物を末梢に投与して（より詳細に後述する）、当該免疫原性組成物を投与された対象において損傷を与えるまたは疾病もしくは死を引き起こすことなく、上記１種または複数種のがん抗原を発現するがんまたは腫瘍を除去する、すなわち削除するために、がんもしくは腫瘍細胞またはがんもしくは腫瘍組織を標的とする抗原特異性免疫応答を確立することができる。
投与された免疫原性組成物は、対象における細胞性免疫応答を約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、対象における細胞性免疫応答を約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
投与された免疫原性組成物は、対象におけるインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）濃度を約５０倍〜約６０００倍、約５０倍〜約５５００倍、約５０倍〜約５０００倍、約５０倍〜約４５００倍、約１００倍〜約６０００倍、約１５０倍〜約６０００倍、約２００倍〜約６０００倍、約２５０倍〜約６０００倍、または約３００倍〜約６０００倍増加させることができる。いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、対象におけるＩＦＮ−γ濃度を、約５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍、４００倍、４５０倍、５００倍、５５０倍、６００倍、６５０倍、７００倍、７５０倍、８００倍、８５０倍、９００倍、９５０倍、１０００倍、１１００倍、１２００倍、１３００倍、１４００倍、１５００倍、１６００倍、１７００倍、１８００倍、１９００倍、２０００倍、２１００倍、２２００倍、２３００倍、２４００倍、２５００倍、２６００倍、２７００倍、２８００倍、２９００倍、３０００倍、３１００倍、３２００倍、３３００倍、３４００倍、３５００倍、３６００倍、３７００倍、３８００倍、３９００倍、４０００倍、４１００倍、４２００倍、４３００倍、４４００倍、４５００倍、４６００倍、４７００倍、４８００倍、４９００倍、５０００倍、５１００倍、５２００倍、５３００倍、５４００倍、５５００倍、５６００倍、５７００倍、５８００倍、５９００倍、または６０００倍増加させることができる。
上記免疫原性組成物の用量は、１μｇ〜１０ｍｇ−活性成分／ｋｇ−体重／回とすることができ、２０μｇ〜１０ｍｇ−成分／ｋｇ−体重／回とすることができる。上記免疫原性組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１日毎に投与することができる。有効な治療のための免疫原性組成物投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回とすることができる。
（１）免疫チェックポイント標的化抗体との併用療法
本発明はまた、上述の免疫原性組成物を用いる哺乳類における免疫応答の増加方法にも関する。上述の免疫原性組成物は、上記がん抗原ならびに上述のＰＤ１抗体及び／またはＰＤＬ１抗体を含むことができる。上記組み合わせは単一の製剤中であることもでき、または別個であって続けて投与することもできる（初めにがん抗原、その後に免疫チェックポイント抗体、または初めに免疫チェックポイント抗体、その後にがん抗原のいずれであってもよい）。いくつかの実施形態において、上記がん抗原は、免疫チェックポイント抗体を対象に投与する約３０秒、１分、２分、３分、４分、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、０．２５時間、０．５時間、０．７５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、または８週前に投与することができる。他の実施形態において、免疫チェックポイント抗体は、上記がん抗原を対象に投与する約約３０秒、１分、２分、３分、４分、５分、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、０．２５時間、０．５時間、０．７５時間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、３６時間、４８時間、６０時間、７２時間、８４時間、９６時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、または８週前に投与することができる。
上記がん抗体と免疫チェックポイント抗体との組み合わせは、上記がん抗体のみを含む免疫原性組成物よりもより効率的に免疫系を誘導する。このより効率的な免疫応答は、特定のがんの治療及び／または予防において高い効能を提供する。上記免疫原性組成物において免疫チェックポイント抗体と組み合わせて用いられる上記抗原に応じて、治療されるがんまたは腫瘍に基づく腫瘤としては、限定されないが、メラノーマ、血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫）、肺癌腫、食道扁平上皮癌、膀胱癌、結腸直腸癌、食道癌、胃癌、肝細胞癌、頭頚部癌、脳癌、肛門癌、非小細胞性肺癌、膵臓癌、滑液癌、前立腺癌、精巣癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸乳頭腫症、皮膚癌及び胃癌などの任意の種類のがんとすることができる。
いくつかの実施形態において、上記免疫応答を約０．５倍〜約１５倍、約０．５倍〜約１０倍、または約０．５倍〜約８倍増加させることができる。あるいは、上記免疫原性組成物を投与された対象における免疫応答を、少なくとも約０．５倍、少なくとも約１．０倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２．０倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、少なくとも約４．５倍、少なくとも約５．０倍、少なくとも約５．５倍、少なくとも約６．０倍、少なくとも約６．５倍、少なくとも約７．０倍、少なくとも約７．５倍、少なくとも約８．０倍、少なくとも約８．５倍、少なくとも約９．０倍、少なくとも約９．５倍、少なくとも約１０．０倍、少なくとも約１０．５倍、少なくとも約１１．０倍、少なくとも約１１．５倍、少なくとも約１２．０倍、少なくとも約１２．５倍、少なくとも約１３．０倍、少なくとも約１３．５倍、少なくとも約１４．０倍、少なくとも約１４．５倍、または少なくとも約１５．０倍増加させることができる。
更に他の代わりの実施形態において、上記免疫原性組成物を投与された対象における上記免疫応答を、約５０％〜１５００約％、約５０％〜約１０００％、または約５０％〜約８００％増加させることができる。他の実施形態において、上記免疫原性組成物を投与された対象における上記免疫応答を、少なくとも約５０％、少なくとも約１００％、少なくとも約１５０％、少なくとも約２００％、少なくとも約２５０％、少なくとも約３００％、少なくとも約３５０％、少なくとも約４００％、少なくとも約４５０％、少なくとも約５００％、少なくとも約５５０％、少なくとも約６００％、少なくとも約６５０％、少なくとも約７００％、少なくとも約７５０％、少なくとも約８００％、少なくとも約８５０％、少なくとも約９００％、少なくとも約９５０％、少なくとも約１０００％、少なくとも約１０５０％、少なくとも約１１００％、少なくとも約１１５０％、少なくとも約１２００％、少なくとも約１２５０％、少なくとも約１３００％、少なくとも約１３５０％、少なくとも約１４５０％、または少なくとも約１５００％増加させることができる。
上記免疫原性組成物の用量は、１μｇ〜１０ｍｇ−活性成分／ｋｇ−体重／回とすることができ、２０μｇ〜１０ｍｇ−成分／ｋｇ−体重／回とすることができる。上記免疫原性組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、または３１日毎に投与することができる。有効な治療のための免疫原性組成物投与の回数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０回とすることができる。
（２）がん
上記免疫原性組成物を用いて、哺乳類またはそれを必要とする対象において、腫瘍に対して反応性を有するまたは腫瘍に向かう、哺乳類における免疫応答を生起させるまたは誘発させることができる。誘発される免疫応答は腫瘍の増殖を防止することができる。誘発される免疫応答は腫瘍の増殖を低減することができる。誘発される免疫応答はがん細胞または腫瘍細胞の転移を防止及び／または低減することができる。従って、上記免疫原性組成物は、当該免疫原性組成物を投与される哺乳類または対象において、がんを治療する及び／または予防する方法に用いることができる。
いくつかの実施形態において、上記投与された免疫原性組成物は、（１）単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）の生成を阻止する抗体を生起させ、それによって骨髄系由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）を阻害し、メラノーマの増殖を抑制するＢ細胞応答を介する体液性免疫、（２）メラノーマ細胞を攻撃して死滅させるＣＤ８＋などの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の増加、（３）Ｔヘルパー細胞応答の増加、及び（４）ＩＦＮ−γ及びＴＦＮ−αを介した炎症反応の増加、あるいは、上記の組み合わせを含むことにより、腫瘍細胞の除去を媒介し、または腫瘍細胞の増殖を防止することができる。
いくつかの実施形態において、投与された免疫原性組成物は、対象において、無腫瘍生存率を増加させることができ、腫瘍量を低減することができ、腫瘍生存率を増加させることができ、またはそれらの組み合わせである。投与された免疫原性組成物は、対象において、無腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、及び４５％増加させることができる。投与された免疫原性組成物は、免疫化後の対象において、腫瘍量を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％低減することができる。投与された免疫原性組成物は、対象の腫瘍組織の血管新生を低減することができる。投与された免疫原性組成物は、対象において、腫瘍生存率を３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、及び６０％増加させることができる。
９．投与経路
上記免疫原性組成物または医薬組成物を、経口、非経口、舌下、経皮、経直腸、経粘膜、局所、吸入、口腔投与、胸腔内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、鼻内、髄腔内、及び関節内、またはそれらの組み合わせを始めとする異なる経路で投与することができる。獣医学的使用では、通常の獣医学的実践に従い、上記組成物を適切に許容し得る配合剤として投与することができる。獣医は、特定の動物に最も適した投与レジメン及び投与経路を、容易に決定することができる。上記免疫原性組成物を、伝統的なシリンジ、針なし注射装置、「微粒子衝撃遺伝子銃」、または他の物理的方法、例えば電気穿孔法（ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ）（「ＥＰ」）、「水力学的方法」、または超音波により投与することができる。
ｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔法、リポソーム介在法、ナノ粒子促進法、組換えアデノウイルス、組換えアデノウイルス関連ウイルス及び組換えワクシニアウイルスなどの組換えベクターを用いる、及び用いないＤＮＡ注入（ＤＮＡワクチン投与とも称される）を含むいくつかの周知の技術により哺乳類に上記免疫原性組成物の上記ベクターを投与することができる。上記免疫原性組成物の上記１種または複数種のがん抗原は、ｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔を伴うＤＮＡ注入により投与することができる。
ａ．電気穿孔法
上記免疫原性組成物または医薬組成物は電気穿孔によって投与することができる。上記免疫原性組成物の電気穿孔による投与は、細胞膜に可逆的な孔を形成させるのに効果的なエネルギーパルスを、哺乳動物の所望の組織に送達するように構成することができる電気穿孔装置を用いて達成することができる。一実施形態では、エネルギーパルスは、ユーザーにより入力されたプリセット電流に近い定電流である。電気穿孔装置は、電気穿孔構成要素及び電極アセンブリまたはハンドルアセンブリを含むことができる。電気穿孔構成要素は、制御器、電流波形発生器、インピーダンステスター、波形ロガー、入力要素、ステータス報告要素、コミュニケーションポート、メモリー要素、電源、及び電源スイッチを始めとする電気穿孔装置の１種または複数種の様々な要素を含み、それらを組み込むことができる。電気穿孔は、プラスミドによる細胞のトランスフェクションを容易化するｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔装置、例えばＣＥＬＬＥＣＴＲＡ（登録商標）ＥＰシステム（Ｉｎｏｖｉｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、ブルーベル、ペンシルベニア州）またはＥｌｇｅｎエレクトロポレーター（Ｉｎｏｖｉｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．）を用いて達成することができる。
本発明の免疫原性組成物の投与を促進することができる電気穿孔装置及び電気穿孔法の例としては、内容が全体として参照により本明細書に組み入れられた、Ｄｒａｇｈｉａ−Ａｋｌｉらによる米国特許第７，２４５，９６３号、Ｓｍｉｔｈらにより提出された米国特許公開第２００５／００５２６３０号に記載されたそれらのものが挙げられる。投与を促進するのに用いることができる他の電気穿孔装置及び電気穿孔法としては、その全体として参照により本明細書に組み入れられた、２００６年１０月１７日出願の米国特許仮出願第６０／８５２，１４９号及び２００７年１０月１０日出願の同第６０／９７８，９８２号に対して３５ＵＳＣ１１９（ｅ）による利益を主張する、２００７年１０月１７日出願の同時係属中及び共有の米国特許出願第１１／８７４０７２号に提供されたものが挙げられる。
Ｄｒａｇｈｉａ−Ａｋｌｉらによる米国特許第７，２４５，９６３号には、体内または植物内の選択された組織の細胞中への生体分子の導入を促進するためのモジュラー電極システム及びその使用が記載されている。該モジュラー電極システムは、複数の針電極、皮下注射針、プログラム可能な定電流パルス制御器から複数の針電極への導電的連結を提供する電気コネクター、及び電源を含むことができる。オペレーターが、支持構造上に搭載された複数の針電極を掴み、体内または植物内の選択された組織にそれらをしっかりと挿入することができる。その後、皮下注射針を介して、生体分子を選択された組織へ投与する。プログラム可能な定電流パルス制御器を活性化して、定電流の電気パルスを複数の針電極に印加する。印加された定電流電気パルスは、複数の電極間での細胞への生体分子導入を促進する。米国特許第７，２４５，９６３号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
Ｓｍｉｔｈらにより提出された米国特許公開第２００５／００５２６３０号には、体内または植物内の選択された組織の細胞中への生体分子導入を効果的に促進するために用いることができる電気穿孔装置が記載されている。該電気穿孔装置は、操作がソフトウエアまたはファームウエアに特定される電気運動装置（ｅｌｅｃｔｒｏ−ｋｉｎｅｔｉｃ ｄｅｖｉｃｅ）（「ＥＫＤ装置」）を備える。ＥＫＤ装置は、ユーザー制御に基づく一列の電極とパルスパラメータ入力との間で一連のプログラム可能な定電流パルスパターンを生成し、電流波形データの保存及び取得を可能にする。電気穿孔装置は、針電極、注射針用の中央注入チャネル、及び取外し可能なガイドディスクのアレイを有する交換可能な電極ディスクも備える。米国特許公開第２００５／００５２６３０号の全体的内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
米国特許第７，２４５，９６３号及び米国特許公開第２００５／００５２６３０号に記載された電極アレイ及び方法は、筋肉などの組織だけでなく、他の組織または臓器にも深く浸透させるように適合させることができる。電極アレイの形態によって、注射針（ｔｏ ｄｅｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍ ｔｈｅ ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅ ｏｆ ｃｈｏｉｃｅ)が、標的臓器にも完全に挿入され、電極によって予め描かれた領域の標的組織に垂直に注射投与される。一実施形態では、米国特許第７，２４５，９６３号及び米国特許公開第２００５／００５２６３号に記載されるように、電極は、２０ｍｍ長及び２１ゲージである。
加えて、電気穿孔装置及びその使用を組み込んだいくつかの実施形態で予期される通り、以下の特許：１９９３年１２月２８日発行の米国特許第５，２７３，５２５号、２０００年８月２９日発行の米国特許第６，１１０，１６１号、２００１年７月１７日発行の同第６，２６１，２８１号、２００５年１０月２５日発行の同第６，９５８，０６０号、及び２００５年９月６日発行の米国特許第６，９３９，８６２号に記載された電気穿孔装置が存在する。更に、種々の装置のいずれかを用いたＤＮＡの投与に関係する２００４年２月２４日発行の米国特許第６，６９７，６６９号、及びＤＮＡの注入の方法が注目された２００８年２月５日発行の米国特許第７，３２８，０６４号に提示される主題を含む特許が、本明細書で企図される。先の特許は、全体として参照により組み入れられる。
１０．免疫原性組成物の製剤方法
本明細書において、本明細書で議論する免疫原性組成物を構成する免疫原性組成物の製造方法が提供される。上記核酸分子を、当該技術分野で公知の方法を用いて、大規模発酵タンクでの細胞培養物に接種するために用いることができる。
ＥＰ装置で用いられる本発明の核酸分子は、公知の装置及び技術の組み合わせを用いて調合または製造することができる。一実施形態では、該ＤＮＡプラスミドは、２００７年５月２３日出願の米国特許出願公開第２００９０００４７１６号に記載される最適化されたプラスミド製造技術を用いて製造される。いくつかの例において、これらの研究で用いた核酸分子は、１０ｍｇ／ｍＬ以上の濃度で調合することができる。該製造技術はまた、米国特許出願第６０／９３９７９２号に記載されたものに加えて、２００７年７月３日発行の許諾対象特許である米国特許第７，２３８，５２２号に記載されたものを始めとする、当業者に公知の様々な装置及びプロトコルも含むまたは組み入れている。先に参照した出願及び特許である、米国特許出願第６０／９３９，７９２号及び米国特許第７，２３８，５２２号はそれぞれが、それらの全体がこれらにより組み入れられる。
本発明は、以下の非限定的な実施例によって示される多くの態様を有する。
１１．実施例
実施例１
ｐＴｙｒの構築
図１Ａ及び図９に示すように、チロシナーゼ（Ｔｙｒ）は多くの異なる生物中に存在し得る。従って、図１Ａに示される生物由来のＴｙｒに相当する配列を整列させ、コンセンサスＴｙｒに関して最も共通性のあるアミノ酸及び／またはヌクレオチドを選択することによりコンセンサスＴｙｒを生成させた。各生物に関する相当するＴｙｒ配列はＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）より入手した。このように、上記コンセンサスＴｙｒは、種を跨いでＴｙｒ配列の保存要素を反映していた。
上記コンセンサスＴｙｒをコードする核酸配列を、ＩｇＥリーダー配列を含むように適合させた。詳細には、ＩｇＥリーダー配列を、フレーム中、コンセンサスＴｙｒ核酸配列の上流に融合させた（図１Ｂ）。次に、得られた配列をｐＶａｘ１発現ベクター中に挿入し、コザック配列がＩｇＥリーダー配列及びコンセンサスＴｙｒをコードする核酸配列の前に位置するように、チロシナーゼコンストラクトすなわちプラスミド（ｐＴｙｒ）を作成した。
制限酵素分析により、コンセンサスＴｙｒ核酸配列のｐＶａｘ１への挿入を確認した。図１Ｃに示すように、ＤＮＡアガロースゲル（すなわち、ＢａｍＨ１／Ｘｈｏ１と名付けられたレーン）上でコンセンサスＴｙｒ核酸配列はｐＶａｘ１プラスミドから分離され、これにより、ｐＶａｘ１ベクターはコンセンサスＴｙｒ核酸配列を含有することを確認した。
ＨｅＬａ細胞をｐＴｙｒによりトランスフェクトすることにより、コンセンサスＴｙｒの発現を確認した。ヒト抗Ｔｙｒ抗体によるウェスタンブロッティングにより、ＨｅＬａ細胞中のコンセンサスＴｙｒタンパク質の発現を確認した(図１Ｄ)。ＧＰＦ染色により、トランスフェクトされたＨｅＬａ細胞中のコンセンサスＴｙｒタンパク質の発現を更に確認した(図１Ｅ)。上記ウェスタンブロッティング及び染色実験の両方において、
実施例２
ｐＴｙｒのワクチン接種が細胞媒介性免疫応答を誘導した
上記ｐＴｙｒを用いてマウスにワクチン接種し、ｐＴｙｒにより細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。図２Ａに示す免疫ストラテジーを用いて、Ｃ５７／Ｂ６マウスを免疫化した。一部のマウスがｐＶａｘ１によって免疫化された一方、他のマウスはｐＴｙｒによって免疫化された。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスを更に以下の群：（１）ｐＴｙｒの５μｇ投与、（２）ｐＴｙｒの２０μｇ投与、（３）ｐＴｙｒの３０μｇ投与、及び（４）ｐＴｙｒの６０μｇ投与に分けた。
上記免疫化ストラテジーの３５日目において、Ｃ５７Ｂ／６マウスより脾細胞を単離し、インターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）の誘導をＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析により評価した。図２Ｂに示すように、ｐＴｙｒの２０μｇ投与が最も高い濃度のＩＦＮ−γを誘導した。
更に、ｐＴｙｒに対する細胞性免疫応答を、免疫化したＢａｌｂ／ｃマウス及びＣ５７Ｂ／６マウスにおいて評価した。マウスをｐＶａｘ１またはｐＴｙｒのいずれかによって免疫化した。３回目の免疫化の２週後に脾細胞を単離し、コンセンサスＴｙｒペプチドにより刺激した。刺激後に、ＩＦＮ−γ分泌脾細胞の数を、１種について３組の刺激剤ウェル中のスポット数の平均として算出した。このアッセイは、Ｃ５７／Ｂ６マウスがｐＴｙｒワクチン接種に対して好適であったことを示した（データは示さず）。
実施例３
ｐＴｙｒワクチン接種はサイトカイン、ＩＦＮ−γ及びＴＮＦ−αを増加させた
ｐＴｙｒ及びｐＶａｘ１によって免疫化されたマウスにおいてサイトカインの生成を調べた。マウスを図２Ａに示すストラテジーを用いて免疫化した。該免疫化ストラテジーの３５日目に、免疫化マウスから単離した細胞をＴｙｒペプチドで終夜刺激した。刺激後に、ＦＡＣＳにより多機能応答の分析を測定した。詳細には、上記分析はＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞を調べた。ＦＡＣＳは、サイトカインＩＬ−２、ＴＮＦ−α、及びＩＦＮ−γ陽性のＴ細胞の同定が可能であった。ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスに比較して、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおいては、ＣＤ４４ｈｉ細胞の内、相当な割合のＣＤ８＋Ｔ細胞がＩＦＮ−γを生成した（図３）。
実施例４
ｐＴｙｒワクチン接種に応答してＴｙｒ特異性抗体が生成される
ｐＴｙｒをワクチン接種したマウスにおける体液性免疫応答を調べた。詳細には、Ｃ５７ＢＩ／６マウス（ｎ＝４）をｐＴｙｒまたはｐＶａｘ１のいずれかによって、２週の間隔で３回免疫化した。各免疫化は２０μｇ／筋内注射及びこれに続くＭＩＤ−ＥＰを用いた電気穿孔により構成した。３回目の免疫化後（すなわち、３５日目）にマウスより血清を採取し、全ＩｇＧ特異性ＨＲＰ標識二次抗体を用いたＥＬＩＳＡによって抗体力価を測定した。血清は図４Ａに示すように希釈した。図４Ａに示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスによって、Ｔｙｒに対する特異性抗体が生成した。なお、図４Ａにおいて、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表し、図４Ａにおいて、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスは白抜きの三角で表す。
更に、免疫化マウス由来の血清を生理食塩水で１：２０、１：４０、１：８０、１：１６０、１：３２０、及び１：６４０で希釈した。各血清希釈液を、Ｔｙｒペプチドが入った個々のウェルに１種について３組で添加した（５０μｌ／ウェル）。９０日目及び１２０日目での再検査において、全ての免疫化群のマウスに関して、免疫前血清と比較してＴｙｒ特異性力価のピークの増加が検知された。各一連の希釈ポイントにおける３組の独立した実験の代表的な結果を図４Ｂに示す。これらのデータは、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおいて、ｐＴｙｒによる免疫化がＴｙｒ特異性抗体の生成を誘導することを更に示した。
実施例５
ｐＴｒｙをワクチン接種したマウスは腫瘍負荷に対して生存率が増加する
ｐＴｙｒを更に分析し、ｐＴｙｒワクチン接種が腫瘍からの保護を提供し得るかを決定した。詳細には、Ｃ５７ＢＩ／６マウス（群当たり１０頭）をｐＴｙｒまたはｐＶａｘ１のいずれかによって、２週の間隔で免疫化した。各免疫化は２０μｇ／筋内注射及びこれに続くＭＩＤ−ＥＰを用いた電気穿孔により構成した。３回目の免疫化の１週後（すなわち、３５日目）に、免疫化マウスに、腫瘍の径が２００ｍｍ２を超えるまで皮内にＢ１６メラノーマを負荷した。
続いて、免疫化マウスの群における無腫瘍生存率及び腫瘍容積を評価した。図５Ａ（カプラン−マイヤー生存率曲線）に示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは、ｐＶａｘ１をワクチン接種したマウスに比較して、無腫瘍生存率が向上し（すなわち、腫瘍負荷後４０日目以降４０％）（ｐ＝０．０５）、ｐＶａｘ１をワクチン接種したマウスは、腫瘍負荷後２０日目までに全て死亡した。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスはまた、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスに比較して腫瘍容積も低下した（すなわち、約５０％）（図５Ｂ）。なお、図５Ａ及び５Ｂの両方に関して、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスは塗り潰した四角で表し、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは塗り潰した丸で表す。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒワクチン接種がメラノーマに対する保護、すなわち無腫瘍生存率の増加及び腫瘍容積の低下を提供することを示した。
実施例６
ｐＴｙｒをワクチン接種したマウス由来の腫瘍においてＭＤＳＣ数が減少する
ｐＴｙｒによって免疫化したマウス及び非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ数を調べ、ｐＴｙｒのワクチン接種が、それぞれの群のマウス由来の腫瘍中のＭＤＳＣ濃度を変化させるかを調査した。詳細には、免疫化マウス及び非免疫化マウスにおいてＧｒ−１＋及びＣＤ１１ｂ＋細胞の割合を調べた。
図６及び７に示すように、ｐＴｙｒによって免疫化したマウス由来の腫瘍内においては、非免疫化マウスと比較して、ＭＤＳＣ濃度が顕著に低下した（ｐ＝０．０００４）。非免疫化マウスにおけるＭＤＳＣ数のパーセンテージは４０．００±４．８２６であった。ｐＴｙｒによって免疫化したマウスＭＤＳＣ数のパーセンテージは５．１０３±０．７７１８であった。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒによる免疫化が、ｐＴｙｒをワクチン接種したマウスの腫瘍内のＭＤＳＣ数を低減させたことを示した。
実施例７
ｐＴｙｒワクチン接種によりＭＣＰ−１濃度が低下する
ＭＤＳＣはサイトカインＭＣＰ−１を分泌することが可能であり、ＭＣＰ−１は内皮細胞の遊走による血管形成すなわち血管新生を促進する。上述のｐＴｙｒのワクチン接種の腫瘍中のＭＤＳＣ濃度に対する効果を前提として、ｐＴｙｒのワクチン接種後にＭＣＰ−１濃度を調べた。
図８Ａに示すように、Ｂ１６メラノーマ内のＭＤＳＣはＭＣＰ−１を分泌し得る。従って、ｐＴｙｒによって免疫化したマウス及びｐＶａｘ１によって免疫化したマウスにＢ１６メラノーマを負荷し、ｐＴｙｒ免疫化がＭＣＰ−１濃度を変化させるかを調べた。ナイーブマウスを更なる対照として含めた。負荷後に、ＭＤＳＣを腫瘍組織から直接単離し、ＭＣＰ−１サイトカイン濃度をＥＬＩＳＡにより分析した。実験は１種３組で行い、２回繰り返した。
図８Ｂに示すように、Ｂ１６メラノーマまたは腫瘍組織内のＭＤＳＣは顕著にＭＣＰ−１を分泌した（ｐＶａｘ１で免疫化したマウスを参照のこと）。しかしながら、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスは、ＭＣＰ−１濃度の顕著な増加はなかった。むしろ、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスにおけるＭＣＰ−１濃度は、ｐＶａｘ１によって免疫化したマウスよりも約３分の１の低さであった。従って、これらのデータは、ｐＴｙｒのワクチン接種が、ｐＴｙｒによって免疫化したマウスの腫瘍内のＭＤＳＣによるＭＣＰ−１分泌の水準を低減することを示した。
実施例８
ｐＰＲＡＭＥの構築
ＰＲＡＭＥに関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターまたはプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のＢａｍＨＩ及びＸｈｏＩ制限酵素部位に挿入し、ｐＧＸ１４１１（本明細書においてｐＰＲＡＭＥとしても知られる）を得た（図１０Ａを参照のこと）。
ｐＰＲＡＭＥがコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の発現をもたらすことを確認するために、ｐＶＡＸ及びｐＰＲＡＭＥをＲＤ細胞及び２９３Ｔ細胞中にトランスフェクトした。ＤＡＰＩを用いて細胞核を染色し、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原も蛍光染色した。この染色を、ＤＡＰＩとコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の染色との組み合わせと共に図１０Ｂに示す。これらの染色により、ＰＲＡＭＥコンセンサス抗原がｐＰＲＡＭＥから発現され、ｐＶＡＸでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原が検知されなかったこと（すなわち、負の対照）が実証された。
加えて、トランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスＰＲＡＭＥ抗原の発現を確認した(図１０Ｃ)。非トランスフェクト細胞及びｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞を負の対照として用いた（図１０Ｃの、それぞれ「対照」及び「ｐＶＡＸ」と名付けられたレーンを参照のこと）。図１０Ｃにおいて、β−アクチンの検知をローディング・対照として用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターｐＰＲＡＭＥが細胞内でのコンセンサスＰＲＡＭＥ抗体の発現をもたらすことが実証された。
実施例９
ｐＰＲＡＭＥのワクチン接種に対するインターフェロン−ガンマ応答
上述のｐＰＲＡＭＥを用いてマウスにワクチン接種し、ｐＰＲＡＭＥによって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＰＲＡＭＥを接種されなかった。第２、第３、第４、第５、及び第６の群のマウスは、それぞれ５μｇ、１０μｇ、１５μｇ、２５μｇ、及び５０μｇのｐＰＲＡＭＥの接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の誘導について評価した。図１１Ａ及び１１Ｂに示すように、各ｐＰＲＡＭＥの投与によって、負の対照であるナイーブマウスとは異なり、ＩＦＮ−γの生成または分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約３０００倍〜約４５００倍ＩＦＮ−γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＰＲＡＭＥ抗原をコードするｐＰＲＡＭＥのワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ−γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
実施例１０
ｐＮＹ−ＥＳＯ−１の構築
ＮＹ−ＥＳＯ−１に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターまたはプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のＢａｍＨＩ及びＸｈｏＩ制限酵素部位に挿入し、ｐＧＸ１４０９（本明細書においてｐＮＹ−ＥＳＯ−１としても知られる）を得た（図１２Ａを参照のこと）。
ｐＮＹ−ＥＳＯ−１がコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原の発現をもたらすことを確認するために、ｐＶＡＸ及びｐＮＹ−ＥＳＯ−１を細胞中にトランスフェクトした。ＤＡＰＩを用いて細胞核を染色し、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原も蛍光染色した。この染色を、ＤＡＰＩとコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原の染色との組み合わせと共に図１２Ｂに示す。これらの染色により、ＮＹ−ＥＳＯ−１コンセンサス抗原がｐＮＹ−ＥＳＯ−１から発現され、ｐＶＡＸでトランフェクトされた細胞中ではコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原が検知されなかったこと（すなわち、負の対照）が実証された。
更に、２９３Ｔ及びＲＤのトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティング分析を用いて、トランスフェクトされた細胞中のコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原の発現を確認した(図１２Ｃ)。非トランスフェクト細胞及びｐＶＡＸでトランスフェクトされた細胞を負の対照として用いた（図１２Ｃの、それぞれ「対照」及び「ｐＶＡＸ」と名付けられたレーンを参照のこと）。図１２Ｃにおいて、α−アクチンの検知をローディング・対照として用いた。まとめとして、トランスフェクトされた細胞の染色及びトランスフェクトされた細胞由来のライセートのウェスタンブロッティングにより、ベクターｐＮＹ−ＥＳＯ−１が細胞内でのコンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗体の発現をもたらすことが実証された。
実施例１１
ｐＮＹ−ＥＳＯ−１のワクチン接種に対するインターフェロン−ガンマ応答
上述のｐＮＹ−ＥＳＯ−１を用いてマウスにワクチン接種し、ｐＮＹ−ＥＳＯ−１によって細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＮＹ−ＥＳＯ−１を接種されなかった。第２及び第３の群のマウスは、それぞれ２５μｇ及び５０μｇのｐＮＹ−ＥＳＯ−１の接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の誘導について評価した。図１３に示すように、各ｐＰＲＡＭＥの投与によって、負の対照であるナイーブマウスとは異なり、ＩＦＮ−γの生成または分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約７００倍〜約１１００倍ＩＦＮ−γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−１抗原をコードするｐＮＹ−ＥＳＯ−１のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ−γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
実施例１２
ｐＮＹ−ＥＳＯ−２のワクチン接種に対するインターフェロン−ガンマ応答
ＮＹ−ＥＳＯ−２に関してコンセンサス配列を生起させ、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードするヌクレオチド配列を、発現ベクターまたはプラスミドｐＶＡＸ（本明細書においてｐＶＡＸ１としても知られる）のマルチクローニング部位に挿入し、ｐＮＹ−ＥＳＯ−２を得た。
このｐＮＹ−ＥＳＯ−２を用いてマウスにワクチン接種し、ｐＮＹ−ＥＳＯ−２により細胞性免疫応答が誘導されるかを評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを群に分けた。第１の群はナイーブであり、ｐＮＹ−ＥＳＯ−２を接種されなかった。第２及び第３の群のマウスは、それぞれ２５μｇ及び５０μｇのｐＮＹ−ＥＳＯ−２の接種を受けた。
免疫化後に、上記Ｃ５７ＢＬ／６マウスより脾細胞を単離し、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析によりインターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）の誘導について評価した。図１４に示すように、各ｐＮＹ−ＥＳＯ−２の投与によって、負の対照であるナイーブマウスとは異なり、ＩＦＮ−γの生成または分泌が誘導された。特に、非ワクチン接種マウスに比較して、ワクチン接種したマウスにおいて約４００倍〜約５００倍ＩＦＮ−γ濃度が増加した。従って、これらのデータは、コンセンサスＮＹ−ＥＳＯ−２抗原をコードするｐＮＹ−ＥＳＯ−２のワクチン接種が、非ワクチン接種と比較して増加したＩＦＮ−γ濃度によって証明されるように、細胞性免疫応答を誘導することを実証した。
前述の詳細な説明及び添付の実施例は単に例証であり、添付された特許請求の範囲及びそれらの等価物によってのみ定義される本発明の範囲の限定としてみなすべきではないことが理解される。
開示された実施形態に対する、様々な変更及び修正は当業者に明白であろう。そのような変更及び修正は、本発明の化学構造、代替物、誘導体、中間体、合成物、組成物、製剤または使用の方法に関するものを限定することなく含み、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく行うことができる。
実施例１３
合成コンセンサスｈＴＥＲＴ
本明細書に示される実験は、本明細書に述べられる方法を用いて設計及び作製された合成コンセンサスｈＴＥＲＴが、非ヒト霊長類で寛容を破綻させる能力を評価するために設計されたものである。アカゲザルＴＥＲＴとおよそ９６％の同一性を有する合成コンセンサスｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）を設計した。アカゲザルを、合成コンセンサスｈＴＥＲＴをコードするプラスミド、または天然のＲｈＴＥＲＴをコードするプラスミドのいずれかにより、ＩＬ１２アジュバントの存在下で免疫した。合成コンセンサスｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）をコードするヌクレオチド配列は配列番号４５により与えられる。合成コンセンサスｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）のアミノ酸配列は配列番号４６により与えられる。サルを４回免疫し、細胞性免疫応答をＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより評価した。天然ＲｈＴＥＲＴと比較して合成コンセンサスｈＴＥＲＴによる免疫は、より強力な免疫応答を誘発することが観察された（４００ＳＦＵ／１０６に対して１２００ＳＦＵ／１０６）。
５つの変異を有する合成コンセンサスｈＴＥＲＴを、ヒトＴＥＲＴについて、その機能を失わせるために設計した。天然ＲｈＴＥＲＴは、２つの変異を有するアカゲザルＴＥＲＴをコードするものとした。両方のコンストラクトを最適化した。ＴＥＲＴコンストラクトの模式的設計を図１６に示す（上）。図１６は、最適化されたＴＥＲＴと、ヒト、アカゲザル、及びマウスで同定された天然ＴＥＲＴとの間のタンパク質相同性も示す（図１６（下））。
アカゲザル天然ペプチドに対するマウスＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γ応答の特性を評価するために実験を行った。マウス（各群ｎ＝８）をＩＭ／電気穿孔により天然ＲｈＴＥＲＴ及び合成コンセンサスｈＴＥＲＴで、０、２、及び４週目に免疫した。ＤＮＡワクチンによる免疫スケジュールを図１７Ａに示す。ワクチン接種したマウスから単離された脾細胞１００万個当たりのＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γのスポット形成単位（ＳＦＵ）の頻度を、アカゲザルペプチドを用いたＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定した。ＲｈＴＥＲＴ及び合成コンセンサスｈＴＥＲＴによる免疫化が強い細胞性免疫応答を誘発することが観察された（図１７Ｂ）。
アカゲザルＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γ応答の特性を評価するために実験を行った。アカゲザル（各群ｎ＝５）をＩＭ／電気穿孔により天然ＲｈＴＥＲＴまたは合成コンセンサスｈＴＥＲＴ、及びｒｈＩＬ−１２で、０、４、８、及び１２週目に免疫した。ＤＮＡワクチンによる免疫スケジュールを図１８Ａに示す。ワクチン接種したマウスから単離された脾細胞１００万個当たりのＴＥＲＴ特異的ＩＦＮ−γのスポット形成単位（ＳＦＵ）の頻度を、天然アカゲザルペプチド及び合成コンセンサス（ＳｙｎＣｏｎ）ｈＴＥＲＴペプチドを用いたＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイにより測定した。合成コンセンサスｈＴＥＲＴは、ＲｈＴＥＲＴと比較して、非ヒト霊長類において寛容を破綻させるより高い能力を示すことが観察された（図１８Ｂ及び図１８Ｃ）。
更に、実験を行ってＴ細胞応答及び腫瘍増殖に対する合成コンセンサスｈＴＥＲＴ（ｐＧＸ１４３４）の効果を評価した。マウスを、０、２０、４０、または６０μｇのｐＧＸ１４３４で２週間隔で３回免疫した。マウスのＴ細胞応答を５週目に評価したところ、ｐＧＸ１４３４が強いＴ細胞応答を誘導したことが示された（図１９（左））。腫瘍増殖を評価するため、マウスに２５×１０４個のＴＣ−１細胞を移植した。その後、マウスを、２５μｇのｐＧＸ１４３４で１週間隔で４回免疫した。腫瘍体積を３２日間にわたり測定したところ、ｐＧＸ１４３４で処理したマウスではナイーブマウスと比較して腫瘍体積が減少していることが示された（図１９（右）、図２０及び図２１）。
本明細書に示される実験は、合成コンセンサスｈＴＥＲＴが寛容を破綻させ、強い細胞性免疫応答を誘導し、腫瘍増殖を低減させたことを実証するものである。合成コンセンサスｈＴＥＲＴは、ネオアンチゲン様免疫応答を誘発して寛容を破綻させる能力に関して天然の自己抗原よりも優れている。
実施例１４
ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴは、ＮＨＰの寛容を破綻させる
ＮＨＰにＩＬ−１２の存在下または非存在下で（図２２Ｂ、群１及び２）ｐＧＸ１４３４によって誘導した免疫応答を評価し、Ｗａｖｅ１抗原の組み合わせ（図２２Ｂ、群３）でｐＧＸ１４３４により誘導した免疫応答を評価するために実験を行った。ＳｙｎＣｏｎの設計が寛容を破綻させることができるか否かを判定し（図２２Ｂ、群４）、合成ＳｙｎＣｏｎ ｈＴＥＲＴがＮＨＰにおいて寛容を破綻させる能力を評価する（図２２Ｂ、群１〜４）ために更に実験を計画した。
実験計画を図２２Ａに示す。これらの実験で使用した製剤は、１．０ｍＬの２０×ＳＳＣ中、３．０ｍｇ／コンストラクトで１ｍＬの注射体積とした。
実験の結果を図２３〜図２６に示す。天然アカゲザルＴＥＲＴに対する応答が、ｐＧＸ１４３４＋ｐＧＸ６００６の群においてＰＤ３及びＰＤ４で検出された（図２３）。ｐＧＸ１４０６は、０．２０ｍｇのｐＧＸ６００６を含む多価Ｗａｖｅ１製剤中で組み合わされた場合にｐＧＸ１４３４と比較してより強いＴＥＲＴ応答を誘導している（図２５）。ＰＤ４のＳｙｎＣｏｎ ＰＳＭＡ及びＳｙｎＣｏｎ ＷＴ−１特異的応答はｐＧＸ１４３４及びｐＧＸ１４０６を含む群で同様であった。
ＷＴ−１、ＴＥＲＴ、及びＰＳＭＡの多価製剤は、ＩＦＮγ ＥＬＩＳｐｏｔによりマウスにおいて、またＣＤ８＋Ｔ細胞コンパートメントにおいてより強い免疫応答を誘導し（図２７）、ＷＴ１、ＰＳＭＡ、及びコンセンサスｍＴＥＲＴの組み合わせで免疫したマウスは低い腫瘍量及び高い生存率を示した（図２８）。
本明細書に示される実験は、合成コンセンサスｈＴＥＲＴが非ヒト霊長類において寛容を破綻させ、強い細胞性免疫応答を誘導したことを実証するものである。
実施例１５
配列

Claims (25)

  1. コンセンサスＴＥＲＴ抗原をコードする核酸分子を含む免疫原性組成物であって、前記コンセンサスＴＥＲＴ抗原が、
    ａ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と、
    ｂ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、
    ｃ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、前記完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、前記免疫原性組成物。
  2. ａ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と、
    ｂ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、
    ｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、前記完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を更に含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  3. ＭＡＧＥ Ａ１、ｇｐ１００、ウイルス抗原、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の抗原をコードする核酸を更に含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  4. 前記ウイルス抗原が、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、またはヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）由来の抗原である、請求項３に記載の免疫原性組成物。
  5. 前記ＨＢＶ抗原が、ＨＢＶコア抗原またはＨＢＶ表面抗原、またはこれらの組み合わせである、請求項４に記載の免疫原性組成物。
  6. 前記ＨＣＶ抗原が、ＨＣＶ ＮＳ３４Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ａ抗原、ＨＣＶ ＮＳ５Ｂ抗原、ＨＣＶ ＮＳ４Ｂ抗原、またはこれらの組み合わせである、請求項５に記載の免疫原性組成物。
  7. 前記ＨＰＶ抗原が、ＨＰＶ６型Ｅ６抗原、ＨＰＶ６型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１１型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１１型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１６型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１６型Ｅ７抗原、ＨＰＶ１８型Ｅ６抗原、ＨＰＶ１８型Ｅ７抗原、またはこれらの組み合わせである、請求項４に記載の免疫原性組成物。
  8. 免疫チェックポイント阻害剤を更に含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  9. 前記核酸分子が、
    ａ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、
    ｂ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、
    ｃ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、前記完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  10. ａ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、
    ｂ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、
    ｃ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、前記完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、請求項２に記載の免疫原性組成物。
  11. 前記核酸が、プラスミドである、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  12. １つ以上のプラスミドを含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  13. アジュバントを更に含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
  14. 前記アジュバントが、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、またはＲＡＮＴＥＳである、請求項１３に記載の免疫原性組成物。
  15. がんの治療または予防が必要な対象のがんを治療または予防する方法であって、請求項１に記載の免疫原性組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
  16. 前記投与が、電気穿孔ステップを含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 免疫チェックポイント阻害剤を前記対象に投与することを更に含む、請求項１５に記載の方法。
  18. 前記免疫原性組成物及び前記免疫チェックポイント阻害剤が単一の製剤中で前記対象に投与される、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記免疫原性組成物及び前記免疫チェックポイント阻害剤が別々に前記対象に投与される、請求項１７に記載の方法。
  20. 前記がんが、メラノーマ、頭頸部癌、前立腺癌、肝癌、子宮頸癌、再発性呼吸器乳頭腫症（ＲＲＰ）、肛門癌、血液癌、卵巣癌、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１５に記載の方法。
  21. ａ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、
    ｂ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、
    ｃ）配列番号４５、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５３、及び配列番号５５からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、前記完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
  22. ａ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と、
    ｂ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と９５％以上の同一性を有するヌクレオチド配列と、
    ｃ）配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２３、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、及び配列番号６９からなる群から選択されるヌクレオチド配列のフラグメントであって、前記完全長のヌクレオチド配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のヌクレオチド配列を更に含む、請求項２１に記載の核酸分子。
  23. 前記核酸が、プラスミドである、請求項２１に記載の核酸分子。
  24. ａ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と、
    ｂ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、
    ｃ）配列番号４６、配列番号４８、配列番号５０、配列番号５２、配列番号５４、及び配列番号５６からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、前記完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含む、アミノ酸分子。
  25. ａ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と、
    ｂ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列と、
    ｃ）配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２４、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６４、配列番号６６、配列番号６８、配列番号７０からなる群から選択されるアミノ酸配列のフラグメントであって、前記完全長のアミノ酸配列の少なくとも９５％を含む前記フラグメントと、からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸配列を更に含む、請求項２４に記載のアミノ酸分子。
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