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JP2017538104A - 癌治療に対する臨床的感応性を予測するためのバイオマーカーの使用 - Google Patents

癌治療に対する臨床的感応性を予測するためのバイオマーカーの使用 Download PDF

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Abstract

治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与すること、対象由来の試料を得ること、対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を治療用化合物に応答する可能性があると診断することを含む、治療用化合物に応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって、当該治療用化合物は式（Ｉ）【化１】の化合物である、当該方法。【選択図】図１

Description

（１．分野）
本明細書に提供するのは、いくつかの実施形態において、癌（例えば、リンパ腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）、及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）のような白血病）のような種々の疾患及び障害に罹患している患者におけるある化合物に対する臨床的感応性及び治療応答を予測及びモニターする上でのｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のようなあるバイオマーカーの使用方法である。さらに提供するのは、当該方法を実施するためのキットである。また本明細書に提供するのは、ある実施形態において、疾患を治療する上での化合物の効能の判定方法である。
（２．背景）
癌は、所与の正常組織に由来する異常な細胞数の増加、これらの異常な細胞による隣接組織への浸潤、または局所リンパ節への及び遠隔部位への悪性細胞のリンパ性若しくは血液媒介性伝播（転移）を主として特徴とする。概して、癌は、固形癌及び血液媒介癌へと分けられる。固形癌の例としては、黒色腫、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵癌、及び小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）などが挙げられるが、これらに限定しない。
血液癌には概して、次の３つの主要なタイプ、すなわちリンパ腫、白血病、及び骨髄腫を含む。リンパ腫は、リンパ系において生じる癌を指す。リンパ腫には、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、及び末梢Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）などを含むが、これらに限定しない。白血病は、造血組織の悪性新生物を指す。急性白血病は、主として未分化の細胞集団を包含するのに対し、慢性白血病は、より成熟した細胞形態を包含する。急性白血病は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）及び急性骨髄芽球性白血病（ＡＭＬ）のタイプへと分けられる（Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，９４６〜９４９（１７ｔｈ ｅｄ．，１９９９））。慢性白血病は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）または慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）へと分けられる。（Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，９４９〜９５２（１７ｔｈ ｅｄ．，１９９９））。骨髄腫とは、骨髄中の形質細胞の癌である。骨髄腫は骨髄中の多くの部位で頻繁に生じるので、しばしば、多発性骨髄腫（ＭＭ）と呼ばれる。
現行の癌療法は、患者の新生物細胞を根絶するための手術、化学療法、ホルモン療法及び／または放射線治療を包含し得る（例えば、Ｓｔｏｃｋｄａｌｅ，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｖｏｌ．３，Ｃｈａｐｔｅｒ１２，Ｓｅｃｔｉｏｎ ＩＶ（Ｒｕｂｅｎｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｆｅｄｅｒｍａｎ ｅｄｓ．，１９９８を参照されたい）。近年、癌療法は、生物療法または免疫療法も包含し得る。これらのアプローチはすべて、患者に重大な欠点をもたらすことがある。
それゆえ、リンパ腫（例えば、ＮＨＬ）、ＭＭ、白血病（例えば、ＡＭＬ）、及び固形癌を含むがこれらに限定しない癌に罹患している患者を治療するために使用することのできる新たな方法、治療及び組成物に対する大きな需要が存在する。
多くの試験が、癌を治療するのに安全かつ有効に使用することのできる化合物を提供する目的で実施されてきた。これらの化合物の臨床上の効能は、最低数カ月の治療を通常必要とする、患者応答の点でしか測定できないので、容易に正確に予測することはできない。従来の方法の欠陥の点で、ある特定の化合物の薬力学的活性を検出、定量、及び特徴づける効率的な、高感度の、かつ正確な方法を開発する需要がある。本発明は、これらの及び他の需要を満たす。
（３．本発明の概要）
一態様において、本明細書に提供するのは、
（ａ）治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与すること、
（ｂ）試料を対象から得ること、
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること、及び
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって、
治療用化合物は、式Ｉ
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
本明細書に提供するのは：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって；
治療用化合物は、式Ｉ
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
ある実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルの変化は、バイオマーカーの参照レベルと比較して増加である。
ある実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルの変化は、バイオマーカーの参照レベルと比較して減少である。
また、本明細書に提供するのは：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
（ｄ）治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した対象へ、治療有効量の治療用化合物を投与すること
を含む、癌の治療方法であって；
治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ、または
ハロゲン；シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
ある実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルの変化は、バイオマーカーの参照レベルと比較して増加である。
ある実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルの変化は、バイオマーカーの参照レベルと比較して減少である。
また、本明細書に提供するのは：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、対象を、癌の治療に対して応答する可能性があると予測すること、
を含む、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって；
治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
本明細書に提供するのは：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、対象を、癌の治療に対して応答する可能性があると予測すること
を含む、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって；
治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
ある実施形態において、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも高い。ある実施形態において、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも低い。
また本明細書に提供するのは：
（ａ）治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与すること；
（ｂ）癌に罹患している対象から試料を得ること；、
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較し、ここで、参照と比較したレベルの変化は、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能を示すこと
を含む、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能のモニター方法であって；
治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、当該方法である。
ある実施形態において、参照と比較した高いレベルは、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能を示す。ある実施形態において、参照と比較した低いレベルは、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能を示す。
また本明細書に提供するのは、治療有効量の第二の作用因子または支持療法を投与することをさらに含む、癌の治療方法である。
ある実施形態において、第二の作用因子は、造血性増殖因子、サイトカイン、抗癌薬、抗生物質、ｃｏｘ−２阻害薬、免疫調節薬、免疫抑制薬、副腎皮質ステロイド、癌抗原若しくはその薬理学的に活性のある突然変異体へ特異的に結合する治療用抗体、またはこれらの誘導体である。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、参照は、対象へ治療用化合物を投与する前に、対象から得た対照試料を用いることによって調製され、ここで、対照試料は、試料と同じ源に由来する。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、参照は、癌に罹患していない健常対象者から得た対照試料を用いることによって調製され、ここで、対照試料は、試料と同じ源に由来する。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、癌はリンパ腫である。本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、癌は白血病である。ある実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。さらに他の実施形態において、白血病は、ＡＭＬである。
白血病について本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、白血病は、従来療法に対して再発性であり、難治性であり、または抵抗性である。
本明細書に提供する方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質である。ある実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接影響されるタンパク質（ＣＲＢＮ関連タンパク質のような）である。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって間接的に影響されるタンパク質（シグナル伝達経路によって影響される下流タンパク質のような）である。本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態において、ＣＡＰはＣＲＢＮの基質である。いくつかの実施形態において、ＣＡＰは、ある条件下でのＣＲＢＮの結合パートナーである。いくつかの実施形態において、ＣＡＰは、ＣＲＢＮの基質によって影響される下流因子である。
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）における機能を有する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路における機能を有する。
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、及びｅＲＦ３ｃからなる群から選択される、ｅＲＦ３ファミリーのメンバーである。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃであり、ここで、バイオマーカーのレベルは参照と比較して低下する。一実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ａである。別の実施形態において、バイオマーカーはｅＲＧ３ｂである。さらに別の実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｃである。
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択され、ここで、バイオマーカーのレベルは、参照と比較して増加する。一実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の実施形態において、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを判定することによって測定する。
本明細書に提供する種々の方法の他の実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、試料内のタンパク質を、バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合する第一の抗体と接触させることを含む。
一実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、
（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合し、かつここで、第二の抗体は、第一の抗体と比べてバイオマーカータンパク質上の異なるエピトープへ免疫特異的に結合すること、
（ｉｉ）バイオマーカータンパク質へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、
（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量に基づいて、バイオマーカータンパク質の量を判定すること
を含む。
別の実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、
（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、第一の抗体へ免疫特異的に結合すること、
（ｉｉ）第一の抗体へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、
（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量に基づいて、バイオマーカータンパク質の量を判定すること
を含む。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを判定することによって測定する。本明細書に提供する種々の方法の他の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを判定することによって測定する。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であり、式中：
ＸはＣＨ２であり；
ＹはＯであり；
Ｒ１３は、ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈである。
本明細書に提供する種々の方法のいくつかの実施形態において、治療用化合物は、１−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−３−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）尿素
Figure 2017538104
 またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形である。
化合物Ｃの結合によって誘導されるＣＲＢＮの新規の結合パートナーの識別を示す。図１の左部分は、ＦＬＡＧ−ＨＡ ＣＲＢＮ免疫沈降の銀染色ゲルを示し、当該ゲルを次に質量分析によって分析して、新規のＣＲＢＮ結合タンパク質を識別した。矢印は、ＤＤＢ１、ＧＳＰＴ１、ＰＡＢＰ１、及びＣＲＢＮの期待された位置を指す。図１の右部分では、ＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃを含む、化合物Ｃの結合によって誘導される新規のＣＲＢＮ結合タンパク質を確認する。図１の右部分ではさらに、化合物Ｃの濃度上昇がＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、及びＨＢＳ１Ｌの分解を誘導することを実証する。
化合物ＣがＣＲＢＮとその基質であるＩＫＺＦ１またはＧＳＰＴ１／２とのインビトロでの相互作用を促進し、レナリドマイドがＣＲＢＮとその基質であるＩＫＺＦ１との結合を促進するが、基質ＧＳＰＴ１またはＧＳＰＴ２との結合は促進しないことを示す。図２は、レナリドマイド誘導性ＣＲＢＮ−ＩＫＺＦ１間相互作用がＩＫＺＦ１における特異的な突然変異Ｑ１４６Ｈによって消失しないことも示す。
リンパ腫細胞株ＯＣＩ−ＬＹ１０におけるアイオロス、ＣＫ１ａ、及びＧＳＰＴ１のレベルが、化合物Ｃを用いた処理に応じて低下することを、ウェスタンブロット分析を用いて示す。
化合物Ｃが２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＧＳＰＴ１及びその結合パートナーｅＲＦ１の枯渇を誘導することを示す。図４は、化合物ＣがＧＳＰＴ１及びｅＲＴ１の分解を誘導すること、及びＧＳＰＴ１の過剰発現がこの分解効果を低下させることを示す。図４は、ＣＲＢＮ−／−細胞へのＣＲＢＮアイソフォーム２型（ＣＲＢＮｉｓｏ２）またはＣＲＢＮｉｓｏ２Ｗ３８５Ａ突然変異体の導入が、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の化合物Ｃ誘導性分解を回復させたことも示し、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の化合物Ｃ誘導性分解がＣＲＢＮ依存性であることを示唆する。
ＩＫＺＦ１／３またはＧＳＰＴ１／２の破壊に必須のヒトＣＲＢＮにおける特異的アミノ酸の識別を示す。図５は、ヒトＣＲＢＮｉｓｏ２における特異的突然変異Ｅ３７６ＶがＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解を消失させたが、ＩＫＺＦ１／３の化合物Ｃ誘導性分解を消失させなかったことを示し、ＧＳＰＴ１／２の破壊に対するＣＲＢＮにおけるＥ３７６の必須の役割を示唆する。図５は、ヒトＣＲＢＮｉｓｏ２における特異的突然変異Ｖ３８７Ｉが、ＩＫＺＦ１／３の化合物Ｃ誘導性分解を消滅させたが、ＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解を消滅させなったことも示し、ＩＫＺＦ１／３の破壊に対するＣＲＢＮにおけるＶ３８７の必須の役割を示唆する。
Ｖ３８０Ｅ及びＩ３９１Ｖの突然変異がそれぞれ、ＩＫＺＦ１／３及びＧＳＰＴ１／２の分解を惹起するためにマウスＣＲＢＮを再活性化するのに十分であることを示す。図６は、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型におけるＶ３０８Ｅ突然変異が、ＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解を回復させたのに対し、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型におけるＩ３９１Ｖ突然変異がＩＫＺＦ１／３のレナリドマイド誘導性分解及び化合物Ｃ誘導性分解の両方を回復させたことを示す。
ＧＳＰＴ１の過剰発現が、ＨＥＫ２９３ＦＴ細胞に対する化合物Ｃ耐性を与えたことを示す。図７の左パネルが、化合物Ｃ誘導性増殖阻害だがＧＳＰＴ１の過剰発現が、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対する耐性を創出したことを示す。図７の右パネルは、化合物ＣがＧＳＰＴ１の分解を誘導したこと、及びＣＭＶプロモーターがＧＳＰＴ１の最高レベルの過剰発現を与えたのに次いで、ＥＦ１αプロモーター及びＵｂｃＰプロモーターが続いたことを示す。図７の左右のパネルは、ＧＳＰＴ１の過剰発現と化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対する細胞耐性との相関を実証する。
ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＧＳＰＴ１−１、ｓｈＧＳＰＴ１−２、ｓｈＧＳＰＴ１−３、及びｓｈＧＳＰＴ１−４など）を発現する２９３ＦＴヒト胚性腎細胞が、細胞増殖に及ぼす種々の程度の阻害を呈したこと、ならびにｓｈＧＳＰＴ１−４を用いたＧＳＰＴ１の枯渇がｅＲＦ１及びＣＲＢＮのレベルも低下させたことを示す。
図９Ａ及び図９Ｂは、ＧＳＰＴ１の喪失がＨＥＫ２９３ＦＴ細胞を化合物Ｃ誘導性抗増殖性になりやすくしたことを示す。図９Ａは、化合物Ｃが増殖阻害を誘導して、ＧＳＰＴ１の枯渇がＨＥＫ２９３ＦＴ細胞における化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対する感受性を高めたことを示す。図９Ｂは、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡがＧＳＰＴ１の発現を低下させ、化合物ＣがＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の分解を誘導したことを示す。
図１０Ａ及び図１０Ｂは、ＧＳＰＴ１の枯渇が、ＭＭ細胞株を化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対して増感させたことを示す。図１０Ａは、化合物ＣがｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３を発現する細胞における抗増殖効果を高めたことを示す。図１０Ｂは、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対するこの増感がおそらくＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の枯渇によるものであったことを示す。
化合物Ｃが細胞増殖を阻害することを示す。図１１は、ヒト組織球性リンパ腫細胞株Ｕ９３７及び急性骨髄性白血病細胞株Ｍｏｌｍ−１３において、抗増殖性効果がＣＲＩＳＰＲゲノム編集ツールを用いたＣＲＢＮの枯渇によって消失して、ＥＦ１ａプロモーターを介した外来性ＧＳＰＴ１の過剰発現によって劇的に低下したことも示す。
図１２Ａ及び図１２Ｂは、ＧＳＰＴ１の枯渇が、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ３）細胞株を化合物Ｃに対して感作させたことを示す。図１２Ａは、化合物Ｃが抗増殖性効果を呈すること、かつＧＳＰＴ１の発現がｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３によって下方制御される場合に抗増殖性効果が高まったことを示す。は、図１２Ｂは、ｓｈＧＳＰＴ１−１及びｓｈＧＳＰＴ１−３の両方が、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の発現を低下させたことを示す。
化合物Ｃが、ＰＥＲＫ経路に沿った構成要素（ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、及びＧＡＤＤ４５Ａなど）のｍＲＮＡ発現を誘導することによって、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞における小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）のＰＥＲＫの支流の活性化を誘導したことを示す。図１３は、この誘導効果が、ＧＳＰＴ１のノックダウンを用いて細胞中で増大したことも示す。
化合物ＣがＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１など）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５など）のｍＲＮＡ発現を誘導することによって２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路を活性化したことを示す。
図１５Ａ及び図１５Ｂは、ＧＳＰＴ１の分解が、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＢＩＰ免疫反応性の喪失及びＥＲストレスをもたらしたが、急性アポトーシス性細胞死はもたらさなかったことを示す。図１５Ａは、化合物ＣがＧＳＰＴ１の分解を誘導したことを示す。図１５Ｂは、化合物Ｃの２０時間処理が、急性アポトーシス性細胞死において細胞構成要素に影響しなかったことを示す。
図１６Ａから図１６Ｃは、化合物Ｃ誘導性ＵＰＲが、ＤＦ１５細胞におけるアポトーシス性細胞死に先行したことを示す。図１６Ａは、化合物Ｃが、ＧＳＰＴ１、ＩＫＺＦ１、及びＩＫＺＦ３の分解を誘導したことを示す。図１６Ｂは、化合物Ｃが、ｐＥＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３のタンパク質レベルを増大させ、カスパーゼ３を分解し、ＰＡＲＰを分解したことを示す。図１６Ｃは、ＰＥＲＫ／ＥＩＦ２α／ＡＴＦ４経路に沿ったＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、及びＧＡＤＤ４５Ａの構成要素の化合物Ｃ誘導性ｍＲＮＡ発現を示す。
化合物Ｃが、ＤＦ１５ ＭＭ細胞におけるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路を活性化したこと、ならびに化合物ＣがＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、及びＨＹＯＵ１など）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５など）のｍＲＮＡ発現を誘導したことを示す。
図１８Ａから図１８Ｃは、化合物Ｃ誘導性ＵＰＲが、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１におけるアポトーシス性細胞死に先行したことを示す。図１８Ａは、化合物ＣがＧＳＰＴ１の分解を誘導したこと、ならびにｐＥＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＣＨＯＰ（ＤＤＩＴ３）のタンパク質レベルが化合物Ｃによる処理に応じて増大したことを示す。図１８Ｂは、切断型カスパーゼ８、ＢＩＤ、切断型カスパーゼ９、切断型カスパーゼ３、切断型カスパーゼ７、及び切断型ＰＡＲＰのレベルが化合物Ｃによる処理に応じて増大したこと、ならびにＭｃｌ−１及びｐＳ１１２−ＢＡＤのレベルが化合物Ｃによる処理に応じて低下したことを示す。図１８Ｃは、ＫＧ１細胞におけるＰＥＲＫ／ＥＩＦ２α／ＡＴＦ４経路に沿ったＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、及びＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ構成要素の化合物Ｃ誘導性ｍＲＮＡレベルを示す。
化合物Ｃが、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１におけるＵＰＲを誘導したこと、ならびに化合物Ｃが、ＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、及びＸＢＰ１など）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１など）のｍＲＮＡ発現を誘導したことを示す。
正常末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）における化合物Ｃ処理に対する応答を示す。図２０は、化合物Ｃが、ＧＳＰＴ１の発現を低下させたが、ｐ−ＥＩＦ２α、ＡＴＦ３（おそらくスプライシングバリアントにおける）及びＤＤＩＴ３のレベルを増大させ、このことが結果的に、切断型カスパーゼ３を増大させることによってカスパーゼ３を活性化したことを示す。この切断型カスパーゼ３は次に、ＰＡＲＰを切断することによってＰＡＲＰを失活させて、アポトーシスを誘導した。
異なる癌細胞株における化合物Ｃに対する感応性及び耐性の予測を示す。図２１は、化合物Ｃ誘導性ＥＲストレスが、化合物Ｃ誘導性アポトーシスに先行したことを示す。ＲＰＭＩ−８２２６細胞は、化合物Ｃ誘導性ＥＲストレス及び化合物Ｃ誘導性アポトーシスに対して耐性があったのに対し、ＫＧ１、ＤＦ１５、ＡＭＬ３、及び２９３ＦＴ細胞は、化合物Ｃに対する異なるレベルの感応性を呈した。
（５．本発明の詳細な説明）
本明細書に提供する方法は、生物学的試料中のある特定の分子（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはタンパク質）のレベルの変化、例えば、レベルの上昇及び／またはレベルの低下が、治療用化合物（例えば、化合物Ｃ、その医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、または多形）に対する、癌（例えば、リンパ腫、多発性骨髄腫、または白血病）に罹患しているまたは癌に罹患していると疑われる対象の応答性を予測するためのバイオマーカーとして使用することができるという発見に一部基づいている。
（５．１ 定義）
本明細書で使用する場合、「癌」という用語には、固形癌及び血液由来の癌を含むが、これらに限定しない。「癌」という用語は、膀胱、骨、血液、脳、乳房、子宮頚部、胸部、結腸、子宮内膜、食道、眼、頭部、腎臓、肝臓、リンパ節、肺、口腔、頚部、卵巣、膵臓、前立腺、直腸、皮膚、胃、精巣、咽喉、及び子宮の癌を含むがこれらに限定しない組織または器官の疾患を指す。具体的な癌としては、進行性悪性腫瘍、アミロイドーシス、神経芽腫、髄膜腫、血管周皮腫、多発性脳転移、多形膠芽腫、膠芽腫、脳幹膠腫、予後不良性悪性腫瘍、悪性神経膠腫、再発性悪性神経膠腫、退形成性星細胞腫、退形成性乏突起膠腫、神経内分泌腫瘍、直腸腺癌、デュークスＣ及びＤ大腸癌、切除不能大腸癌、転移性肝細胞癌、カポジ肉腫、核型急性骨髄芽球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、皮膚Ｂ細胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫、低悪性度濾胞性リンパ腫、悪性黒色腫、悪性中皮腫、悪性胸水中皮腫症候群、腹膜癌、漿液性乳頭状癌、婦人科肉腫、軟部組織肉腫、強皮症、皮膚血管炎、ランゲルハンス細胞組織球症、平滑筋肉腫、進行性骨化性線維異形成症、ホルモン不応性前立腺癌、切除した高リスク軟部組織肉腫、切除不能肝細胞癌、ワルデンシュトレーム・マクログロブリン血症、くすぶり型骨髄腫、緩徐進行性骨髄腫、卵管癌、アンドロゲン非依存性前立腺癌、アンドロゲン依存性第ＩＶ期非転移性前立腺癌、ホルモン不応性前立腺癌、化学療法不応性前立腺癌、乳頭状甲状腺癌、濾胞状甲状腺癌、甲状腺髄様癌、及び平滑筋腫が挙げられるが、これらに限定しない。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「治療する」、「治療すること」、及び「治療」という用語は、患者が特定の癌に罹患している間に生じる作用であって癌の重症度を低下させるまたは癌の進行を阻止若しくは遅延させる作用を指す。
「感応性」または「感応」という用語は、化合物を用いた治療に対して参照される場合、治療中の腫瘍または疾患の進行を弱化または低下させることにおいて、化合物の有効性の程度を指す関連用語である。「感応性の亢進」という用語は、例えば、化合物と関連した細胞または腫瘍の治療に対する参照において使用する場合、腫瘍治療の有効性における少なくとも約５％以上の亢進を指す。
本明細書で使用する場合、「化合物」及び「治療用化合物」という用語は、相互交換可能に使用し、式Ｉの化合物を含む。化合物の非限定例としては、以下の第５．７節において開示するものを含む。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、化合物の「治療有効量」は、癌の治療若しくは管理における治療上の利益を提供するのに、または癌の存在と関係した１つ以上の症状を遅延若しくは最小限にするのに十分な量である。化合物の治療有効量は、癌の治療または管理における治療上の利益を提供する、単独でのまたは他の両方と組み合わせた治療薬の量を意味する。「治療有効量」という用語は、全体的な療法を改善する、癌の症状若しくは原因を低下若しくは回避する、または別の治療薬の治療効能を亢進する量を包含することができる。当該用語は、研究者、獣医、医師、または臨床医によって探索中の、生物分子（例えば、タンパク質、酵素、ＲＮＡ、またはＤＮＡ）、細胞、組織、系統、動物、またはヒトの生物学的または医学的応答を惹起するのに十分な化合物の量も指す。
治療に対する参照において使用する場合の「応答性」または「応答性のある」という用語は、治療中の疾患、例えば、多発性骨髄腫または急性骨髄性白血病の症状を弱化または低下させる上での治療の有効性の程度を指す。例えば、「応答性の亢進」という用語は、細胞または対象の治療に対する参照において使用する場合、当該技術分野で公知の任意の方法を用いて測定する疾患の症状を弱化または低下させる上での有効性の亢進を指す。ある実施形態において、有効性の亢進は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％である。
本明細書で使用する場合、「有効な対象応答」、「有効な患者応答」、及び「有効な患者腫瘍応答」という用語は、患者に対する治療上の利益の何らかの増大を指す。「有効な患者腫瘍応答」は、例えば、腫瘍の進行速度の約５％、約１０％、約２５％、約５０％、または約１００％の低下であることができる。「有効な患者腫瘍応答」は、例えば、癌の身体症状の約５％、約１０％、約２５％、約５０％、または約１００％の低下であることができる。「有効な患者腫瘍応答」は、例えば、遺伝子発現、細胞計数、アッセイ結果、腫瘍の大きさなどのような何らかの適切な手段によって測定する場合の、患者の応答の約５％、約１０％、約２５％、約５０％、約１００％、約２００％、またはそれより多量の増大でもあることができる。
癌または癌関連疾患の改善は、完全な応答または部分的な応答として特徴づけることができる。「完全な応答」は、何らかのすでに異常なＸ線検査、骨髄、及び脳脊髄液（ＣＳＦ）または異常なモノクローナルタンパク質測定結果の正常化を伴う臨床的に検出可能な疾患が存在しないことを指す。「部分的な応答」は、新たな病変の非存在における測定可能な腫瘍量すべて（すなわち、対象中に存在する悪性細胞の数、または腫瘍量の測定された量若しくは異常なモノクローナルタンパク質の量）の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％の低下を指す。「治療」という用語は、完全な応答及び部分的な応答の両方を熟慮する。
「尤度」とい用語は概して、事象の確率の増大を指す。患者の腫瘍応答の有効性に対する参照において使用する場合の「尤度」という用語は概して、腫瘍の進行速度または腫瘍の細胞増殖が低下するであろう確率の亢進を熟慮する。患者の腫瘍応答の有効性に対する参照において使用する場合の「尤度」という用語は概して、腫瘍を治療する上で進行の亢進を証明し得る、ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のような、指標の亢進も意味することができる。
「予測する」という用語は概して、事前に判定または告知することを意味する。癌の治療の有効性を「予測する」ために使用する場合、「予測する」という用語は、癌の治療の転帰の尤度が、最初に、治療が始まる前に、または治療期間が実質的に進行する前に判定することができることを意味することができる。
「モニターする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、活性の監督、監察、調節、観察、追跡、または監視を指す。例えば、「化合物の有効性をモニターすること」という用語は、患者における腫瘍細胞培養物における癌を治療する上での有効性を追跡することを指す。同様に、個別に、または臨床試験においてのいずれかでの「モニターすること」という用語は、患者の服薬遵守に関連して使用する場合、処方されたように検査中の薬剤を患者が実際に服薬していることを追跡することまたは確認することを指す。モニターすることは、例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質のバイオマーカーの発現を追跡することによって実施することができる。
「腫瘍」は、本明細書で使用する場合、悪性であろうと良性であろうと新生物細胞の成長及び増殖をすべて、ならびに前癌性及び癌性の細胞及び組織をすべて指す。「新生物の」は、本明細書で使用する場合、悪性であろうと良性であろうと、異常な組織増殖を結果として生じる、調節不全のまたは調節されていない細胞増殖の何らかの形態を指す。したがって、「新生物細胞」には、調節不全のまたは調節されていない細胞増殖を有する悪性及び良性の細胞を含む。
本明細書で使用する場合、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」という用語は、ＣＲＢＮと直接的にまたは間接的に相互作用するまたはＣＲＢＮへ直接的にまたは間接的に結合するタンパク質、及びセレブロン経路の間接的な下流のエフェクターである何らかのタンパク質を指す。ある実施形態において、ある実施形態において、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」は、ＣＲＢＮの基質、例えば、ＣＲＢＮを包含するＥ３ユビキチンリガーゼ複合体のタンパク質基質、またはその下流の基質である。いくつかの実施形態において、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」は、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ｅＲＦ１、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ２、またはＩＫＺＦ３である。
本明細書で使用する場合の「調節する」とい用語は、活性または機能を亢進または低下させることなど、分子または生物学的機能の活性を制御することを指す。
「癌」及び「癌性の」という用語は、調節されていない細胞増殖を典型的に特徴とする哺乳類動物における生理学的容態を指し、または当該容態を説明する。癌の例としては、血液由来の癌（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫及び白血病）及び固形癌が挙げられるが、これらに限定しない。
「難治性の」または「耐性のある」という用語は、患者が、集中治療の後でさえ、当該患者のリンパ系、血液、及び／または血液形成組織（例えば、骨髄）に残った癌細胞（例えば、白血病細胞またはリンパ腫細胞）を有する環境を指す。
「生物マーカー」または「バイオマーカー」とは、物質の検出が例えば、癌の存在など、特定の生物学的状態を示す当該物質である。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、個々に判定することができる。他の実施形態において、いくつかのバイオマーカーは、同時に測定することができる。
いくつかの実施形態において、「バイオマーカー」は、疾患のリスク若しくは進行と、または所与の治療に対する当該疾患の感受性と相関し得るｍＲＮＡ発現のレベルの変化を示す。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡなどの核酸である。
追加の実施形態において、「バイオマーカー」は、疾患のリスク若しくは進行と、または治療に対する患者の感受性と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質発現のレベルの変化を示す。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ポリペプチド若しくはタンパク質、またはその断片であることができる。具体的なタンパク質の相対的なレベルは、当該技術で公知の方法によって判定することができる。例えば、イムノブロット、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）などの抗体ベースの方法、または他の方法を使用することができる。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で相互交換可能に使用する場合、ペプチド結合を通じて結合した、直列のアレイにおける３つ以上のアミノ酸からなるポリマーを指す。「ポリペプチド」という用語には、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体、オリゴペプチド、及びこれらに類するものを含む。本明細書で使用する場合の「ポリペプチド」という用語は、ペプチドも指すことができる。ポリペプチドを作るアミノ酸は天然であってもよく、または合成であってもよい。ポリペプチドは、生物学的試料から精製することができる。ポリペプチド、タンパク質、またはペプチドは、修飾されたポリペプチド、タンパク質、及びペプチド、例えば、糖ポリペプチド、糖タンパク質、または糖ペプチド、あるいはリポポリペプチド、リポタンパク質、またはリポペプチドも包含する。
本明細書で相互交換可能に使用する場合の「抗体」、「免疫グロブリン」、または「Ｉｇ」という用語は、抗原に対して特異的に結合する能力を保有する、完全に構築された抗体または抗体フラグメントを包含する。本明細書で提供する抗体には、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え作製した抗体、多重特異的抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（例えば、単一特異的、二重特異的などを含む）、ラクダ化抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、及び先のうちのいずれかのエピトープ結合フラグメントを含むが、これらに限定しない。特に、本明細書に提供する抗体には、免疫グロブリン分子及び免疫グロブリン分子の免疫学的に活性のある部分、すなわち、ＣＲＢＮ抗原へ免疫特異的に結合する抗原結合部位を含有する抗原結合ドメインまたは抗原結合分子を含む（例えば、抗ＣＲＢＮ抗体の１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ））。本明細書に提供する抗体は、免疫グロブリン分子のいずれかのクラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、及びＩｇＡ）またはいずれかのサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）に属することができる。いくつかの実施形態において、抗ＣＲＢＮ抗体は、完全なヒトモノクローナルＣＲＢＮ抗体など、完全にヒトである。ある実施形態において、本明細書に提供する抗体は、ＩｇＧ抗体、またはそのサブクラス（例えば、ヒトＩｇＧ１またはＩｇＧ４）である。
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、「抗原結合フラグメント」という用語、及び類似の用語は、抗原と相互作用して、結合因子において抗原に対する抗体の特異性及び親和性を付与するアミノ酸残基を含む当該抗体の一部を指す（例えば、ＣＤＲ）。抗原結合領域は、齧歯類（例えば、ウサギ、ラット、またはハムスター）及びヒトなど、何らかの動物種に由来することができる。いくつかの実施形態において、抗原結合領域は、ヒト起源に属する。
抗体の「定常部」または「定常ドメイン」という用語は、抗原への抗体の結合に直接関与しないが、Ｆｃ受容体との相互作用など、種々のエフェクター機能を呈する軽鎖及び重鎖のカルボキシ末端部分を指す。当該用語は、抗原結合部位を含有する免疫グロブリンの他の部分である可変ドメインに対してより保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の一部を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインならびに軽鎖のＣＬドメインを含有する。
本明細書で使用する場合の「エピトープ」という用語は、抗体の１つ以上の抗原結合領域へ結合することのできる、哺乳類動物（例えば、ヒト）など、動物における抗原性活性または免疫原性活性を有する、及び免疫応答を惹起することのできる抗原の表面上にある局在した領域を指す。免疫原性活性を有するエピトープは、動物における抗体応答を惹起するポリペプチドの部分である。抗原性活性を有するエピトープは、抗体が当該技術分野で周知の何らかの方法によって、例えば、本明細書に説明するイムノアッセイによって判定されるように抗体が免疫特異的に結合する、ポリペプチドの部分である。抗原性エピトープは必ずしも、免疫原性である必要はない。エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖など、分子に関して化学的に活性のある表面のグループ化からなり、特異的三次元構造特徴及び特異的帯電特徴を有する。エピトープに寄与するポリペプチドの領域は、ポリペプチドの連続的なアミノ酸であり得、またはエピトープは合わせて、ポリペプチドの２つ以上の非連続的領域に由来し得る。エピトープは、抗原の３次元表面特長であってもなくてもよい。
「完全ヒト抗体」及び「ヒト抗体」という用語は、本明細書で相互交換可能に使用し、ヒト可変部及び、いくつかの実施形態においては、ヒト定常部を含む抗体を指す。具体的な実施形態において、当該用語は、ヒト起源の可変部及び定常部を含む抗体を指す。「完全ヒト抗体」という用語には、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ． １９９１）によって説明されるようなヒト生殖系列免疫グロブリン配列に対応する可変部及び定常部を有する抗体を含む。
「組換えヒト抗体」という句には、宿主細胞へトランスフェクトした組換え発現ベクターを用いて発現させた抗体、組換え、コンビナトリアルヒト抗体ライブラリから単離した抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニック及び／またはトランスクロモソーマルである動物（例えば、マウスまたはウシ）から単離した抗体（例えば、Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９２，２０：６２８７〜６２９５を参照されたい）、あるいはヒト免疫グロブリン遺伝子配列から他のＤＮＡ配列へのスプライシングを包含する何らかの他の手段によって調製、発現、作製、または単離された抗体など、組換え手段によって調製、発現、作製、または単離されたヒト抗体を含む。このような組換えヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変部及び定常部を有することができる。Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．， Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ, Ｕ.Ｓ. Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ． １９９１）を参照されたい。しかしながら、ある実施形態において、このような組換えヒト抗体は、インビトロでの突然変異誘発（またはヒトＩｇ配列についてトランスジェニックの動物を使用する場合、インビボでの染色体突然変異誘発）へ供され、したがって、組換え抗体の重鎖可変部及び軽鎖可変部のアミノ酸配列とは、ヒト生殖系列重鎖可変部及び軽鎖可変部配列に由来及び関連しているものの、インビボではヒト抗体生殖系列レパートリー内で天然には存在しないかもしれない配列である。
抗体に対する参照において使用する場合の「重鎖」という用語は、重鎖定常ドメインのアミノ酸配列を基にしたアルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）及びミュー（μ）と呼ばれる５つの異なるタイプを指す。これらの異なるタイプの重鎖は、周知であり、４つのサブクラスのＩｇＧ、すなわち、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４を含む５つのクラスの抗体のＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｆＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭをそれぞれ生じる。いくつかの実施形態において、重鎖はヒト重鎖である。
「カバットの番号付け」という用語及び類似の用語は、当該技術分野で認識されており、抗体の重鎖及び軽鎖可変部またはその抗原結合部分における他のアミノ酸残基よりも可変性のある（すなわち、超可変性である）アミノ酸残基を番号付けする系を指す。Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．ＮＹ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１９７１，１９０：３８２〜３９１、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ． １９９１）。重鎖可変部については、超可変部は典型的には、ＣＤＲ１のためのアミノ酸位置３１〜３５、ＣＤＲ２のためのアミノ酸位置５０〜６５、及びＣＤＲ３のためのアミノ酸位置９５〜１０２に及ぶ。軽鎖可変部については、超可変部は典型的には、ＣＤＲ１のためのアミノ酸位置２４〜３４、ＣＤＲ２のためのアミノ酸位置５０〜５６、及びＣＤＲ３のためのアミノ酸位置８９〜９７に及ぶ。他の番号付けスキームは、当業者によって容易に理解されるであろう。
抗体に対する参照において使用する場合の「軽鎖」という用語は、定常ドメインのアミノ酸配列を基にしたカッパ（κ）またはラムダ（λ）と呼ばれる２つの異なるタイプを指す。軽鎖アミノ酸配列は、当該技術分野で周知である。ある実施形態において、軽鎖は、ヒト軽鎖である。
「モノクローナル抗体」という用語は、均質のまたは実質的に均質の抗体の集団から得た抗体を指し、各モノクローナル抗体は典型的には、抗原上の単一のエピトープを認識する。いくつかの実施形態において、「モノクローナル抗体」は、本明細書で使用する場合、単一のハイブリドーマまたは他の細胞によって産生される抗体であり、ここで、当該抗体は、例えばＥＬＩＳＡまたは当該技術分野で公知の他の抗原結合若しくは競合結合アッセイによって、あるいは本明細書に提供する実施例において判定されるようなエピトープのみへ免疫特異的に結合する。「モノクローナル」という用語は、抗体を作製するための何らかの特定の方法に制限されない。例えば、本明細書に提供するモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ １９７５，２５６：４９５〜４９７において説明されるようなハイブリドーマ法によって作製され得、または本明細書に説明するような技術を用いてファージライブラリから単離され得る。クローン細胞株の及びそれにより発現するモノクローナル抗体の調製のための他の方法は、当該技術分野で周知である。例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，５ｔｈ ｅｄ．２００２）を参照されたい。他のモノクローナル抗体を作製する他の例示的な方法は、本明細書の実施例において提供される。
本明細書で使用する場合の「ポリクローナル抗体」は、多くのエピトープを有するタンパク質に対する免疫原性応答において生じる抗体集団を指し、したがって、当該タンパク質内の同じまたは異なるエピトープへ向かう種々の異なる抗体を含む。ポリクローナル抗体の作製方法は、当該技術分野で公知である。例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ５ｔｈ ｅｄ． ２００２）を参照されたい。
「セレブロン」または「ＣＲＢＮ」という用語及び類似の用語は、ヒトＣＲＢＮタンパク質（例えば、これらの各々がその全体として参照により本明細書に組み込まれるヒトＣＲＢＮアイソフォーム１型、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号第ＮＰ＿０５７３８６、またはヒトＣＲＢＮアイソフォーム２型、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＰ＿００１１６６９５３）、及びそのＳＮＰバリアントを含む関連ポリペプチドなど、何らかのＣＲＢＮのアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す（「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」は、本明細書において相互交換可能に使用する）。関連ＣＲＢＮポリペプチドには、ある実施形態において、ＣＲＢＮ活性を保有する及び／または抗ＣＲＢＮ免疫応答を生じるのに十分である対立遺伝子バリアント（例えば、ＳＮＰバリアント）、スプライスバリアント、断片、誘導体、置換バリアント、欠失バリアント、挿入バリアント、融合ポリペプチド、及び種間ホモログを含む。
「可変部」または「可変ドメイン」という用語は、典型的には抗体間の配列において広範に異なっていて、当該抗体の特定の抗原へ各抗体の結合特異性を付与する、重鎖のアミノ末端における約１２０〜約１３０のアミノ酸及び軽鎖のアミノ末端における約１００〜約１１０のアミノ酸に及ぶ、抗体の軽鎖または重鎖の部分を指す。配列における可変性は、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる当該領域において濃縮されるが、可変ドメインにおけるより保存された領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。軽鎖及び重鎖のＣＤＲは主として、抗体と抗原との相互作用の原因となる。本明細書で使用するアミノ酸位置の番号付けは、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ． １９９１）にあるようなカバットの番号付けによる。いくつかの実施形態において、可変部はヒト可変部である。
本明細書において使用するような「発現した」または「発現」という用語は、遺伝子の２つの核酸鎖のうちの１つの領域に対して少なくとも一部相補的なＲＮＡ核酸分子を付与するための、遺伝子からの転写を指す。本明細書で使用するような「発現した」または「発現」という用語は、タンパク質、ポリペプチド、またはその一部を付与するための、ＲＮＡ分子からの翻訳も指す。
「レベル」という用語は、バイオマーカー分子の量、蓄積、または割合を指す。レベルは、例えば、遺伝子によってコードされる伝令ＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の合成の量若しくは割合、遺伝子によってコードされるポリペプチド若しくはタンパク質の合成の量若しくは割合、または細胞中若しくは生体液中に蓄積される生体分子の合成の量若しくは割合によって表すことができる。「レベル」という用語は、定常状態または非定常状態の条件下で判定される、試料中の分子の絶対量または当該分子の相対量を指す。
「上方調節された」ｍＲＮＡは概して、所与の処置または条件に関して高い。「下方調節された」ｍＲＮＡは概して、所与の処置または条件に対する応答におけるｍＲＮＡの発現レベルの低下を指す。いくつかの状況において、ｍＲＮＡレベルは、所与の処置または条件に関して変化しないままでいることができる。患者試料由来のｍＲＮＡは、非処置対照と比較すると、薬剤を用いて処理した場合に「上方調節され」ることができる。この上方調節は、例えば、比較対照ｍＲＮＡレベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１０００％、約５０００％、またはそれより多量の増加であることができる。あるいは、ｍＲＮＡは、ある化合物または他の薬剤の投与に対する応答において、「下方調節され」またはより低レベルで発現することができる。下方調節されたｍＲＮＡは、例えば、比較対照ｍＲＮＡレベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％またはそれより少量のレベルで存在することができる。
同様に、患者試料由来のポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルは、非処置の対照と比較すると、薬剤を用いて処置した場合、上昇することができる。この上昇は、比較対照タンパク質レベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１０００％、約５０００％、またはそれより多量であることができる。あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、ある化合物または他の薬剤の投与への応答において低下することができる。この低下は、例えば、比較対照タンパク質レベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％、またはそれより少量で存在することができる。
本明細書で使用するような「判定すること」、「測定すること」、「査定すること」、「評価すること」、及び「アッセイすること」という用語は概して、測定の何らかの形態を指し、要素が存在するかどうかを判定することを含む。これらの用語には、定量的及び／または定性的な判定を含む。評価は、相対的または絶対的であり得る。「の存在を評価すること」には、何か存在するものの量を判定すること、及び当該何か存在するものが存在か非存在かを判定することを含むことができる。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、２つの天然の核酸からなるものと類似の配列特異的様式で天然の核酸とハイブリッド形成することができる、例えば、ワトソン・クリック塩基対形成相互作用に関与することのできる、ヌクレオチド、例えば、デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチドから構成される何らかの長さのポリマー、または合成で製造した化合物を説明するために本明細書で相互交換可能に使用する。ポリヌクレオチド配列の脈絡において本明細書で使用する場合、「ｂａｓｅｓ（塩基）（または「ｂａｓｅ（塩基）」）」は、「ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（ヌクレオチド）」（または「ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ（ヌクレオチド）」）、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、公知のプリン塩基及びピリミジン塩基だけでなく、修飾された他の複素環式塩基も含有する当該部分を含むよう意図する。このような修飾には、メチル化プリン若しくはメチル化ピリミジン、アシル化プリン若しくはアシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたは他の複素環を含む。加えて、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語には、従来のリボース糖及びデオキシリボース糖だけでなく、他の糖も同様に含有する当該部分を含む。修飾されたヌクレオシドまたはヌクレオチドには、糖部分に関する修飾も含み、例えば、ここで、ヒドロキシル基のうちの１つ以上は、ハロゲン原子若しくは脂肪族基と置き換えられ、またはエーテル、アミン、若しくはこれらに類するものとして官能基を有する。「類似体」は、類似の構造を有する模倣体、誘導体、または他の類似の用語であるものとして文献中で認識される構造特長を有する分子を指し、例えば、非天然ヌクレオチド、２’修飾されたヌクレオシドなどのヌクレオチド模様体、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホナート、及び保護基若しくは連結部分など置換基を付加された何らかのポリヌクレオチドを組み込むポリヌクレオチドを含む。
「相補的」という用語は、ポリヌクレオチドの配列を基にしたポリヌクレオチド間の特異的な結合を指す。本明細書で使用する場合、第一のポリヌクレオチドと第二のポリヌクレオチドが、ストリンジェントな条件下でのハイブリッド形成アッセイにおいて互いに結合する場合、例えば、当該ポリヌクレオチドがハイブリッド形成アッセイにおいて所与のレベルまたは検出可能なレベルのシグナルを生じる場合、当該ポリヌクレオチドは相補的である。ポリヌクレオチドの複数の部分は、従来の塩基対形成則に従っている場合、互いに相補的であり、例えば、ＡはＴ（またはＵ）と対形成し、ＧはＣと対形成するが、わずかな領域（例えば、約３塩基よりも少数）のミスマッチ、挿入、または欠失した配列は存在し得る。
２つの核酸配列の脈絡における「配列同一性」または「同一性」は、指定の比較ウィンドウにわたって最大の一致で整列させた場合に同じである、付加、欠失、及び置換を考慮に入れることのできる２つの配列における残基を指す。
ポリヌクレオチドの脈絡における種々の文法形態での「実質的な同一性」または「相同的」という用語は概して、ポリヌクレオチドが所望の同一性、例えば、参照配列と比較して少なくとも６０％の同一性、好ましくは少なくとも７０％の同一性、より好ましくは少なくとも８０％の同一性、なおもより好ましくは少なくとも９０％の同一性、及びさらにより好ましくは少なくとも９５％の同一性を有する配列を含むことを意味する。ヌクレオチド配列が実質的に同一であるという別の指示は、２つの分子がストリンジェントな条件下で互いにハイブリッド形成する場合である。
「単離された」及び「精製された」という用語は、物質（ｍＲＮＡ、ＤＮＡ、またはタンパク質など）が存在する試料の実質的な部分を当該物質が含むような、すなわち、当該物質の天然のまたは単離されていない状態において典型的に認められる当該物質の部分よりも多量を含むような、当該物質の単離を指す。典型的には、試料の実質的な部分は、例えば、当該試料の１％超、２％超、５％超、１０％超、２０％超、５０％超、またはさらには通常最大約９０％〜１００％を含む。例えば、単離されたｍＲＮＡの試料は典型的には、少なくとも約１％の総ｍＲＮＡを含む。ポリヌクレオチドの精製技術は、当該技術分野で周知であり、例えば、ゲル電気泳動法、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、フローソーティング、及び密度による沈降を含む。
本明細書で使用する場合、「結合した」という用語は、直接的または間接的な結合を示す。化学構造の脈絡において、「ｂｏｕｎｄ（結合した）」（または「ｂｏｎｄｅｄ（結合した）」）は、２つの部分を直接的に接続する化学結合のまたは２つの部分を間接的に（例えば、結合基または当該分子の何らかの他の介在部分を介して）接続する化学結合の存在を指すことがある。化学結合は、共有結合、イオン結合、配位化合物、水素結合、ファンデルワールス相互作用、または疎水性スタッキングであり得、あるいは複数のタイプの化学結合の特徴を呈し得る。ある特定の場合において、「結合した」には、結合が直接的である実施形態、及び結合が間接的である実施形態を含む。
本明細書で使用する場合の「試料」という用語は、典型的には、関心対象の１つ以上の構成要素を含有する、流体形態にあるが必ずしもそうでなくてもよい、材料または材料の混合物に関する。
本明細書で使用する場合の「生物学的試料」は、生物学的組織または流体起源の試料を含む、インビボまたはインサイツで得た、到達した、または収集した、生物学的対象から得た試料を指す。生物学的試料には、前癌性または癌の細胞または組織を含有する生物学的対象の領域に由来する試料も含む。このような試料は、哺乳類動物から単離された器官、組織、及び細胞であることができるが、これらに限定しない。例示的な生物学的試料としては、細胞可溶化液、細胞培養物、細胞株、組織、口腔組織、消化管組織、器官、小器官、生物学的流体、血液試料、尿試料、皮膚試料、及びこれらに類するものが挙げられる。好ましい生物学的試料には、全血、部分的に精製した血液、末梢血単核球、組織生検、及びこれらに類するものを含むが、それらに限定しない。
本明細書で使用する場合の「分析物」という用語は、試料の公知のまたは未知の構成要素を指す。
本明細書で使用する場合の「捕捉因子」という用語は、因子に異種性混合物からのｍＲＮＡまたはタンパク質を結合させて濃縮させるのに十分な相互作用を通じて、ｍＲＮＡまたはタンパク質を結合する当該因子を指す。
本明細書で使用する場合の「プローブ」という用語は、特異的標的ｍＲＮＡバイオマーカー配列へ方向づけられる捕捉因子を指す。したがって、プローブセットの各プローブは、個々の標的ｍＲＮＡバイオマーカーを有する。プローブ／標的ｍＲＮＡ二重鎖とは、プローブをその標的ｍＲＮＡバイオマーカーへハイブリッド形成することによって形成される構造である。
「核酸プローブ」または「オリゴヌクレオチドプローブ」という用語は、本明細書で提供するｍＲＮＡバイオマーカーなど、相補的な配列の標的核酸へ、通常、水素結合を形成することにより相補的塩基対形成を通じて結合することのできる核酸を指す。本明細書で使用する場合、プローブには、天然の塩基（例えば、Ａ、Ｇ、Ｃ、またはＴ）または修飾された塩基（７−デアザグアノシン、イノシン、など）を含み得る。加えて、プローブ中の塩基は、ハイブリッド形成に干渉しない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって結合し得る。プローブが、ハイブリッド形成条件のストリンジェンシーによるプローブ配列との完全な相補性を欠失している標的配列を結合することがあることは、当業者によって理解されるであろう。プローブは好ましくは、タグ、例えば、発色団、発光団、色原体を用いて直接的に標識され、またはストレプトアビジン複合体が後に結合し得るビオチンを用いて間接的に標識される。プローブの有無についてのアッセイにより、対象の標的ｍＲＮＡバイオマーカーの有無を検出することができる。
「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、所望の特異性を準備するのに不十分な相補性の結合メンバー間の結合対の形成に対して概して不適合である一方で、当該アッセイにおける所望のレベルの特異性を準備するのに十分な相補性の核酸、例えば、プローブ及び標的ｍＲＮＡの結合対を生じるのに適合である条件を指す。「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は概して、ハイブリッド形成及び洗浄の条件の組み合わせを指す。
核酸に対する参照における「標識」または「検出可能な部分」は、核酸と結合する場合に、核酸を、例えば、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的手段によって検出可能にする組成物を指す。例示的な標識としては、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド状粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテン、及びこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定しない。「標識した核酸またはオリゴヌクレオチドプローブ」は概して、リンカー若しくは化学結合を通じて共有結合したか、または、核酸若しくはプローブの存在が、当該核酸若しくはプローブへ結合した標識の存在を検出することによって検出することができるような標識へのイオン結合、ファンデルワールス力、静電気的な引力、疎水性相互作用、若しくは水素結合を通じて非共有結合したかのいずれかであるものである。
本明細書で使用する場合の「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という用語は概して、少量の核酸、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡが例えば、米国特許第４，６８３，１９５号において説明されるように増幅する手順を指す。概して、関心対象の領域の末端からのまたは当該領域を越えての配列情報は利用可能である必要があり、それにより、オリゴヌクレオチドプライマーは設計でき、これらのプライマーは、増幅すべきテンプレートの反対鎖と配列において同一または類似であろう。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅した材料の両端で一致し得る。ＰＣＲは、特異的ＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡ由来の特異的ＤＮＡ配列、及び細胞全体のＲＮＡ、バクテリオファージ、またはプラスミド配列などから転写されたｃＤＮＡを増幅するために使用することができる。概しては、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．１９８７，５１：２６３〜２７３；ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，１９８９）を参照されたい。
ＰＣＲ法に対する参照において本明細書で使用する場合の「サイクル数」または「ＣＴ」という用語は、蛍光レベルが所与の設定閾値レベルを通過するＰＣＲサイクル数を指す。ＣＴ測定は、例えば、元の試料におけるｍＲＮＡのレベルを概算するために使用することができる。ＣＴ測定はしばしば、ある核酸のＣＴが別の核酸のＣＴから減算される場合「ｄＣＴ」または「ＣＴの差」のスコアの観点で使用される。
本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「医薬として許容し得る塩」という用語は、当該用語が指す化合物の非毒性の酸付加塩及び塩基付加塩を包含する。許容し得る非毒性酸付加塩には、当該技術分野で公知の有機酸及び無機酸に由来するものを含み、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、塞栓誘発酸（ｅｍｂｏｌｉｃ ａｃｉｄ）、エナント酸、及びこれらに類するものを含む。天然で酸性である化合物は、種々の医薬として許容し得る塩基を用いて塩を形成することができる。このような酸性化合物の医薬として許容し得る塩基付加塩を調製するのに使用することのできる塩基は、非毒性の塩基付加塩、すなわち、アルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩（特に、カルシウム塩、マグネシウム塩、ナトリウム塩、またはカリウム塩）などを含むが、これらに限定しない。薬理学的に許容し得るカチオンを含有する塩を形成するものである。適切な有機塩基には、Ｎ，Ｎ−ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（Ｎ−メチルグルカミン）、リジン、及びプロカインを含むが、これらに限定しない。
本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「溶媒和物」という用語は、非共有結合性分子間力によって結合した化学量論量または非化学量論量の溶媒をさらに含む、本明細書で提供する化合物またはその塩を意味する。溶媒が水である場合、溶媒和物は水和物である。
本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「共結晶」という用語は、結晶格子中に１つを超える化合物を含有する結晶形態を意味する。共結晶には、非イオン性相互作用を通じて結晶格子中で互いに結合した２つ以上の不揮発性化合物からなる結晶性分子複合体を含む。本明細書で使用する場合、共結晶には、結晶性分子複合体が治療用化合物及び１つ以上の追加の不揮発性化合物（複数可）（本明細書では対分子（複数可）と呼ぶ）を含有する医薬共結晶を含む。医薬共結晶における対分子は典型的には、例えば、食品添加物、保存料、医薬賦形剤、または他の有効医薬成分（ＡＰＩ）など、非毒性の医薬として許容し得る分子である。いくつかの実施形態において、医薬共結晶は、ＡＰＩの化学構造的完全性を損なうことなく、薬剤の物理化学的特性（例えば、溶解度、溶解速度、生物学的利用率、及び／または安定性）を亢進する。例えば、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，ＭＲＳ Ｂｕｌｌｅｔｉｎ ２００６，３１，８７５〜８７９、Ｔｒａｓｋ，Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ ２００７，４（３）：３０１〜３０９、Ｓｃｈｕｌｔｈｅｉｓｓ ＆ Ｎｅｗｍａｎ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｇｒｏｗｔｈ ＆ Ｄｅｓｉｇｎ ２００９，９（６）：２９５０〜２９６７、Ｓｈａｎ ＆ Ｚａｗｏｒｏｔｋｏ，Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ ２００８，１３（９／１０）：４４０〜４４６、及びＶｉｓｈｗｅｓｈｗａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．２００６，９５（３）：４９９〜５１６を参照されたい。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「立体異性体」という用語は、本発明の鏡像異性的に／立体異性的に純粋な及び鏡像異性的に／立体異性的に濃縮された化合物をすべて包含する。
本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「立体異性的に純粋な」は、化合物の１つの立体異性体を含みかつ当該化合物の他の立体異性体が実質的にない組成物を意味する。例えば、１つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に純粋な組成物は、当該化合物の反対の鏡像異性体が実質的にないであろう。２つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に純粋な組成物は、当該化合物の他のジアステレオマーが実質的にないであろう。典型的な立体的に純粋な化合物は、当該化合物の１つの立体異性体を約８０重量％超かつ当該化合物の他の立体異性体を約２０重量％未満、より好ましくは当該化合物の１つの立体異性体を約９０重量％超かつ当該化合物の他の立体異性体を約１０重量％未満、さらにより好ましくは当該化合物の１つの立体異性体を約９５重量％超かつ当該化合物の他の立体異性体を約５重量％未満、及び最も好ましくは当該化合物の１つの立体異性体を約９７重量％超かつ当該化合物の他の立体異性体を約３重量％未満含む。
本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「立体異性的に濃縮された」は、化合物の１つの立体異性体を約６０重量％超、好ましくは化合物の１つの立体異性体を約７０重量％超、より好ましくは約８０重量％超含む組成物を意味する。本明細書で使用する場合及び別段の記載がない限り、「鏡像異性的に純粋な」という用語は、１つのキラル中心を有する化合物からなる立体異性的に純粋な組成物を意味する。同様に、「立体異性的に濃縮された」という用語は、１つのキラル中心を有する化合物の立体異性的に濃縮された組成物を意味する。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「プロドラッグ」という用語は、生物学的条件（インビトロまたはインビボ）の下で加水分解、酸化、またはそれに代わるものとして反応することのできる化合物の誘導体を意味する。プロドラッグの例としては、生体加水分解可能なアミド、生体加水分解可能なエステル、生体加水分解可能なカルバマート、生体加水分解可能なカルボナート、生体加水分解可能なウレイド、及び生体加水分解可能なホスファート類似体など、生体加水分解可能な部分を含む化合物が挙げられるが、これらに限定しない。プロドラッグの他の例としては、−ＮＯ、−ＮＯ２、−ＯＮＯ、または−ＯＮＯ２部分を含む化合物が挙げられる。プロドラッグは典型的には、Ｂｕｒｇｅｒ’ｓ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，１７２〜１７８，９４９〜９８２（Ｍａｎｆｒｅｄ Ｅ．Ｗｏｌｆｆ，ｅｄ．，５ｔｈ ｅｄ． １９９５）、及びＤｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｐｒｏｄｒｕｇｓ（Ｈ．Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，ｅｄ．，Ｅｌｓｅｌｖｉｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８５）において説明されるものなど、周知の方法を用いて調製することができる。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「生体加水分解可能なカルバマート」、「生体加水分解可能なカルボナート」、「生体加水分解可能なウレイド」及び「生体加水分解可能なホスファート」という用語は、１）当該化合物の生物活性に干渉しないが当該化合物にインビボで、取り込み、作用の持続時間、若しくは作用の開始など、有利な特性を付与することができる、または２）生物学的に不活性であるがインビボで生物活性のある化合物へと転換する、のいずれかである化合物のカルバマート、カルボナート、ウレイド、及びホスファートをそれぞれ意味する。生体加水分解可能なカルバマートの例としては、低級アルキルアミン、置換エチレンジアミン、アミノ酸、ヒドロキシアルキルアミン、複素環式アミン及び複素芳香環式アミン、ならびにポリエーテルアミンが挙げられるが、これらに限定しない。
化合物が、当該原子のうちの１つ以上において原子同位体の非天然比を含有することができることも留意すべきである。例えば、化合物は、例えば、トリチウム（３Ｈ）、ヨウ素１２５（１２５Ｉ）、硫黄３５（３５Ｓ）、若しくは炭素１４（１４Ｃ）など、放射性同位体で放射性標識され得、または重水素（２Ｈ）、炭素１３（１３Ｃ）、若しくは窒素１５（１５Ｎ）などを用いて同位体濃縮され得る。本明細書で使用する場合、「アイソトポログ」は、同位体的に濃縮された化合物である。「同位体的に濃縮された」という用語は、原子の天然同位体組成以外の同位体組成を有する当該原子を指す。「同位体的に濃縮された」は、原子の天然同位体組成以外の同位体組成を有する少なくとも１つの当該原子を含有する化合物も指し得る。「同位体組成」という用語は、所与の原子について存在する各同位体の量を指す。放射性標識された及び同位体濃縮された化合物は、治療薬、例えば、癌及び炎症の治療薬、研究用試薬、例えば、結合アッセイ試薬、ならびに診断用試薬、例えばインビボ撮像剤として有用である。本明細書で説明するような化合物の同位体変種はすべて、放射性であろうとなかろうと、本明細書に提供する実施形態の範囲内に包含されるよう企図する。いくつかの実施形態において、化合物のアイソトポログが提供され、例えば、当該アイソトポログは、重水素、炭素１３、または窒素１５の濃縮化合物である。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するアイソトポログは、重水素の濃縮化合物であり、ここで、重水素化は、キラル中心に関して生じる。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、式Ｉの化合物のアイソトポログであり、ここで、重水素化は、キラル中心に関して生じる。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、化合物Ｃのアイソトポログであり、ここで、重水素化は、キラル中心に関して生じる。
本明細書で使用する場合、及び別段の記載がない限り、「アルキル」という用語は、本明細書で指定するような炭素原子数を有する飽和直鎖または分枝鎖炭化水素を指す。代表的な飽和直鎖アルキルには、−メチル、−エチル、−ｎ−プロピル、−ｎ−ブチル、−ｎ−ペンチル、及び−ｎ−ヘキシルを含むのに対し、飽和分枝鎖アルキルには、−イソプロピル、−ｓｅｃ−ブチル、−イソブチル、−ｔｅｒｔ−ブチル、−イソペンチル、２−メチルブチル、３−メチルブチル、２−メチルペンチル、３−メチルペンチル、４−メチルペンチル、２−メチルへキシル、３−メチルへキシル、４−メチルへキシル、５−メチルへキシル、２，３−ジメチルブチル、及びこれらに類するものを含む。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「シクロアルキル」という用語は、炭素原子間の二重結合を交互にすることまたは共鳴させることなく、３〜１５個の炭素原子を含有する飽和または部分的に飽和の環状アルキルを意味する。当該シクロアルキルは、１〜４個の環を含有することがある。非置換シクロアルキルの例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロへキシル、及びアダマンチルが挙げられるが、これらに限定しない。シクロアルキルは、後に定義するような置換基のうちの１つ以上で置換されてもよい。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「アルコキシ」という用語は、−Ｏ−（アルキル）を指し、この中でアルキルは本明細書に定義する。アルコキシの例としては、−ＯＣＨ３、−ＯＣＨ２ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）３ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）４ＣＨ３、及び−Ｏ（ＣＨ２）５ＣＨ３が挙げられるが、これらに限定しない。
本明細書で使用する場合、「アリール」という用語は、５〜１４個の環原子を含有する炭素環式芳香環を意味する。炭素環式アリール基の環原子はすべて炭素原子である。アリール環構造には、単環式、二環式、または三環式化合物など、１つ以上の環構造を、及び５，６，７，８−テトラヒドロナフチルなど、ベンゾ縮合炭素環式部分を、及びこれらに類するものを有する化合物を含む。代表的なアリール基には、フェニル、アントラセニル、フルオレニル、インデニル、アズレニル、フェナントレニル、及びナフチルを含む。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「ヘテロアリール」という用語は、５〜１４個の環原子を含有する芳香環を意味し、当該環原子のうち、少なくとも１つ（例えば、１個、２個、または３個）は、ヘテロ原子（例えば、窒素、酸素、または硫黄）である。ヘテロアリール環構造には、単環式、二環式、または三環式の化合物など、１つ以上の環構造を有する化合物、及び縮合複素環式部分を有する化合物を含む。ヘテロアリールの例としては、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル、ピリジル、フリル、ベンゾフラニル、チオフェニル、チアゾリル、ベンゾチオフェニル、ベンゾイソキサゾリル、ベンゾイソチアゾリル、キノリニル、イソキノリニル、ピロリル、インドリル、オキサゾリル、ベンゾキサゾリル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、チアゾリル、ベンゾチアゾリル、イソキサゾリル、ピラゾリル、イソチアゾリル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、トリアジニル、シノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、ベンゾキナゾリニル、キノキサリニル、アクリジニル、ピリミジル、オキサゾリル、ベンゾ［１，３］ジオキソール、及び２，３−ジヒドロ−ベンゾ［１，４］ジオキシンが挙げられるが、これらに限定しない。
本明細書で使用する場合、及び別段の記載がない限り、「複素環」という用語は、１個または２個の多重結合を任意に有する、炭素原子及び水素原子を含む単環式または多環式の環を意味し、当該環原子は、窒素、酸素、及び硫黄から独立して選択される少なくとも１個のヘテロ原子、特に１〜３個のヘテロ原子を含有する。複素環構造には、単環式、二環式、及び三環式の化合物を含むが、これらに限定しない。具体的な複素環は、単環または二環である。代表的な複素環には、モルホリニル、ピロリジノニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ヒダントイニル、バレロラクタミル、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロピリジニル、テトラヒドロピリミジニル、テトラヒドロチオフェニル、及びテトラヒドロチオピラニルを含む。複素環は、非置換または置換であり得る。
本明細書で使用する場合、及び別段の指定がない限り、「ヘテロシクロアルキル」という用語は、当該環における炭素原子のうちの少なくとも１つがヘテロ原子（例えば、窒素、酸素、または硫黄）によって置き換えられたシクロアルキル基を指す。
本明細書で使用する場合、及び別段の記載がない限り、「アルキレンジオキシ」という用語は、各末端に酸素原子を有する複数の−ＣＨ２基を指し、当該−ＣＨ２基は任意に、アルキル基で置換される。例としては、−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−（メチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（エチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（トリメチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（テトラメチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２−Ｏ−（α−メチルエチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ（Ｃ２Ｈ５）ＣＨ２−Ｏ−（α−エチルエチレンジオキシ）などが挙げられる。
本明細書で使用する場合、及び別段の記載がない限り、「アルキルチオ」という用語は、式Ｙ−Ｓ−を有する基を指し、式中Ｙは、先に定義したようなアルキルである。
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判断されるような特定の値について許容し得る誤差を意味し、当該値がどのように測定または判定されるかに一部よる。ある実施形態において、「約」または「およそ」という用語は、１、２、３、または４標準偏差内を意味する。ある実施形態において、「約」または「およそ」という用語は、所与の値または範囲の５０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、または０．０５％内を意味する。
図示した構造と当該構造へ付与した名称の間に矛盾がある場合、図示した構造により重きを置くことになっていることは留意されるべきである。加えて、構造または構造の部分の立体化学が、例えば、太線または破線で示されていない場合、当該構造または当該構造の部分は、その立体異性体をすべて包含するものとして解釈することになっている。
本明細書に提供する実施形態の実施は、別段の記載がない限り、当業者の儀中ｔ内である分子生物学、微生物学、及び免疫学の従来技術を採用するであろう。このような技術は、文献において完全に説明されている。参考に特に適した文書の例としては、以下、すなわち、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｄ ｅｄ． １９８９）、Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．，ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ，ＶｏｌｕｍｅsＩ−ＩＶ（１９８５）、Ｇａｉｔ，ｅｄ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（１９８４）、Ｈａｍｅｓ ＆ Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（１９８４）、Ｈａｍｅｓ ＆ Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（１９８４）、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）、Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．，２ｄ ｅｄ． １９８７）、ならびにＷｅｉｒ ＆ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第Ｉ巻〜第ＩＶ巻（１９８６）が挙げられる。
（５．２ バイオマーカー及びその使用方法）
本明細書に提供する方法は、ある特定のバイオマーカーの検出可能な増加または減少が癌（例えば、リンパ腫、多発性骨髄腫、または白血病）に罹患している、所与の治療（例えば、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形などの化合物）に対して応答性のある被験者において観察され、これらのバイオマーカーのレベルが、治療に対する被験者の応答性を予測するのに使用され得るという発見に一部基づいている。ある実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」とは、その変化及び／または検出が特定の生物学的状態を示す物質である。いくつかの実施形態において、その指標は、所与の治療（式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形などの化合物）に対する疾患、例えば、癌（例えば、リンパ腫、多発性骨髄腫、または白血病）の応答性である。ある実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
実施例において説明し、及び図面において示すように、ある特定のタンパク質及び／またはｍＲＮＡのレベルは、化合物Ｃによる治療に応じて変化する。これらのバイオマーカーには、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＰＥＲＫ、ｅＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤを含む。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＰＡＢＰ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ｅＥＦ１α、ＰＥＲＫ、ｅＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、カスパーゼ７、カスパーゼ３、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤからなる群から選択される。本明細書に提供するバイオマーカーの例としては、その種々のアイソフォーム、リン酸化型、切断型、修飾型、及びスプライシングバリアントが挙げられる。例えば、ＰＥＲＫには、ＰＥＲＫのリン酸化型を含む。ｅＩＦ２ａには、ｅＩＲ２ａのリン酸化型を含む。ＩＲＥ１には、ＩＲＥ１のリン酸化型を含む。ＢＡＤには、ＢＡＤのリン酸化型（例えば、ｐＳ１１２−ＢＡＤ）を含む。ＢＩＰには修飾型（例えば、Ｃ末端修飾型ＢＩＰ）を含む。ＡＴＦ３には、ＡＴＦ３のスプライシングバリアントを含む。カスパーゼ３には、カスパーゼ３の切断型を含む。カスパーゼ７には、カスパーゼ７の切断型を含む。カスパーゼ８には、カスパーゼ８の切断型を含む。カスパーゼ９には、カスパーゼ９の切断型を含む。ＰＡＲＰには、ＰＡＲＰの切断型を含む。
真核生物ペプチド鎖放出因子ＧＴＰ結合サブユニットｅＲＦ３ａは、ＧＳＰＴ１（Ｇ１期からＳ期への移行タンパク質１ホモログ）とも呼ぶ。終止コドンＵＡＡ、ＵＡＧ、及びＵＧＡに応じた翻訳の終止に関与し、哺乳類動物細胞増殖の調節にも関与する。ｅＲＧ３ａは、ｅＲＦ１の活性を刺激し、一過性ＳＵＲＦ複合体の構成要素であり、当該一過性ＳＵＲＦ複合体は、成熟前終止コドンを含有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構(ＮＭＤ)の脈絡でＵＰＦ１を失速したリボソームへ動員する。
真核生物ペプチド鎖放出因子ＧＴＰ結合サブユニットｅＲＦ３ｂは、ＧＳＰＴ２（Ｇ１期からＳ期への移行タンパク質２ホモログ）とも呼ぶ。ｅＲＦ３ａと同様、ｅＲＦ３ｂも、終止コドンＵＡＡ、ＵＡＧ、及びＵＧＡに応じた翻訳終止に関与し、一過性ＳＵＲＦ複合体の構成要素であり、当該一過性ＳＵＲＦ複合体は、成熟前終止コドンを含有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構(ＮＭＤ)の脈絡でＵＰＦ１を失速したリボソームへ動員する。ｅＲＦ３ｂは、ＥＴＦ１の放出因子活性の強力な刺激因子として役割を担っており、細胞周期の進行における役割を担っているかもしれないことが示唆されている。加えて、ｅＲＦ３ｂは、ＧＴＰアーゼ活性を呈することが示されており、当該ＧＴＰアーゼ活性は、リボソーム依存性及びＥＴＦ１依存性である。
ＨＢＳ１様タンパク質またはＨＢＳ１Ｌ（ｅＲＦ３ｃとも呼ぶ）は、ＧＴＰ結合伸長因子ファミリーのメンバーである。複数の組織において発現し、心臓及び骨格筋において最高に発現する。この遺伝子及びＭＹＢ遺伝子の遺伝子間領域は、胎児ヘモグロビンレベルを制御する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）であることが識別されており、この領域は、赤血球、血小板、及び単球の計数ならびに赤血球の体積及びヘモグロビンの含有量に影響する。この領域におけるＤＮＡ多型は、鎌状赤血球症における胎児ヘモグロビンレベル及び疼痛クリーゼと関係する。
活性化転写因子４（ＡＴＦ４）は、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質２（ＣＲＥＢ−２）としても公知の転写因子である。ＡＴＦ４は、ＡＰ−１ファミリー、ＣＲＥＢ、及びＣＲＥＢ様タンパク質を含むＤＮＡ結合タンパク質のファミリーに属する。
活性化転写因子３（ＡＴＦ３）は、転写因子の哺乳類動物活性化転写因子／ｃＡＭＰ応答エレメント結合（ＣＲＥＢ）タンパク質ファミリーに属する。ＡＴＦ３遺伝子は、癌細胞の遭遇するシグナルの多くを含む種々のシグナルによって誘導され、細胞ストレス応答の複雑な過程に関与する。
ＤＮＡ損傷誘導性転写産物３（ＤＤＩＴ３）は、転写因子のＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ）ファミリーのメンバーである。ＤＤＩＴ３は、Ｃ／ＥＢＰ相同タンパク質（ＣＨＯＰ）としても公知である。当該タンパク質は、Ｃ／ＥＢＰ及びＬＡＰ（肝臓活性化タンパク質）など、他のＣ／ＥＢＰメンバーとヘテロ二量体を形成して、これらのＤＮＡ結合活性を防止することによって、ドミナントネガティブ阻害因子として機能する。当該タンパク質は、脂質生成及び赤血球生成にも関係し、粗面小胞体ストレスによって活性化し、アポトーシスを促進する。ＤＤＩＴ３は、粗面小胞体（ＥＲ）ストレス応答における多機能性転写因子である。広範な種々の細胞ストレスに応じて必須の役割を担っており、細胞周期停止及びアポトーシスをＥＲストレスに応じて誘導する。
カゼインキナーゼ１アルファ（ＣＫ１α）は、モノマーセリン・トレオニンプロテインキナーゼのアルファ型アイソフォームである。ＣＫ１は、ＤＮＡ修復、細胞分裂、核の局在化、及び膜輸送を含む多くの細胞過程に関与する。
ポリ（Ａ）結合タンパク質１（ＰＡＢＰ１）は、ＲＮＡ認識モチーフを介して真核生物伝令ＲＮＡの３’−ポリ（Ａ）尾部へ結合し、核と細胞質の間を往復する。ＰＡＢＰ１のポリ（Ａ）への結合は、リボソームの動員及び翻訳開始を促進する。ＰＡＢＰ１は、３つのタンパク質コード遺伝子及びいくつかの偽遺伝子を含む小さな遺伝子ファミリーの一部である。
真核生物伸長因子１アルファ（ｅＥＦ１α）は、タンパク質合成中にアミノアシルｔＲＮＡをリボソームへ酵素で送達することによって生じる伸長因子１複合体のアルファサブユニットである。哺乳類動物ｅＥＦ１αは、ｅＥＦ１α１及びｅＥＦ１α２という、高いアミノ酸配列相同性を有する２つのアイソフォームを有する。ｅＥＦ１αは、タンパク質の核での搬出も担っている。ｅＥＦ１αの上方調節は、乳癌など、ある特定の癌において報告されている。
ＰＫＲ様ＥＲキナーゼ（ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ＡＫ３としても公知）は、タンパク質翻訳を阻害するＥＩＦ２アルファキナーゼである。ＰＥＲＫは、総合的なストレス応答（ＩＳＲ）及び小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）の両方に関与する粗面小胞体（ＥＲ）膜タンパク質である。ＰＥＲＫは、ＥＩＦ２ａをリン酸化して、その不活性化、ならびに翻訳開始の低下及びタンパク質合成の抑制をもたらす。
ＩＫＡＲＯＳファミリージンクフィンガー１（ＩＫＺＦ１、イカロスとしても公知）は、染色質再構築と関係するジンクフィンガーＤＮＡ結合タンパク質のファミリーに属する転写因子である。ＩＫＺＦ１の発現は、胎児及び成体の造血細胞及びリンパ球造生細胞の系統に制限され、リンパ球の分化の調節因子として機能する。ほとんどのアイソフォームは、共通のＣ末端ドメインを共有し、当該Ｃ末端ドメインは、ヘテロ二量体化またはホモ二量体化に、及び他のタンパク質との相互作用に必要な２つのジンクフィンガーモチーフを含有する。しかしながら、当該アイソフォームは、ＤＮＡを結合するＮ末端ジンクフィンガーモチーフの数、及び核局在性シグナルの存在に差があり、結果的に、ＤＮＡ結合特性を有する及び有さないメンバーを生じる。数種類のアイソフォームのみが、標的遺伝子のプロモーターにおける特異的中心ＤＮＡ配列エレメントに対する高い親和性結合を与える必要な３つ以上のＮ末端ジンクモチーフを含有する。ＤＮＡ非結合性アイソフォームは主として、細胞質において認められ、ドミナントネガティブ因子として機能すると考えられている。いくつかのドミナントネガティブアイソフォームの過剰発現はこれまで、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）など、Ｂ細胞悪性腫瘍と関係している。
ＩＫＡＲＯＳファミリージンクフィンガー３（ＩＫＺＦ３、アイオロスとしても公知）も、ジンクフィンガータンパク質のイカロスファミリーのメンバーである。このタンパク質ファミリーの３つのメンバー（イカロス、アイオロス、及びヘリオス）は、リンパ球分化の調節に関与する造血特異的転写因子である。ＩＫＺＦ３は、Ｂリンパ球の増殖及び分化において重要な転写因子である。ＩＫＺＦ３及びＩＫＺＦ１は両方とも、染色質再構築に関与することができる。ＩＫＺＦ３によるＢリンパ球における遺伝子発現の調節は、ＩＫＺＦ１ホモ二量体、ＩＫＺＦ１／ＩＫＺＦ３ヘテロ二量体、及びＩＫＺＦ３ホモ二量体の連続的な形成に必要であるように見えるので、複雑である。
真核生物放出因子１（ｅＲＦ１）は、ｍＲＮＡ配列における３つの終止コドンすべてを認識して、新生ポリペプチドを放出することによってタンパク質翻訳を終止するタンパク質である。ｅＲＦ１は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解（ＮＭＤ）機構を介して、成熟前終止したｍＲＮＡの分解を促進するＳＵＲＦ複合体の構成要素である。
ＳＥＣ２４Ｄは、小胞輸送に関与する、ＳＥＣ２３／ＳＥＣ２４ファミリーのＳＥＣ２４サブファミリーのメンバーである。ＳＥＣ２４Ｄは、小胞の成形、カーゴ選択及び濃縮に関係する。
ＤＮＡＪＢ９は、Ｊタンパク質ファミリーのメンバーである。Ｊタンパク質は、ｈｓｐ７０のＡＴＰアーゼ活性を調節する。ＤＮＡＪＢ９は、ＵＰＲ中にＥＲストレスによって誘導され、ストレスを受けた細胞をアポトーシスから防護する上で役割を担っている。
ＤＮＡＪＣ６もＪタンパク質ファミリーのメンバーであり、ＡＴＰアーゼ活性を刺激することによって分子シャペロン活性を調節する。ＤＮＡＪタンパク質は、最多３つの異なるドメイン、すなわち、通常Ｎ末端にある保存された７０アミノ酸Ｊドメイン、グリシン／フェニルアラニン（Ｇ／Ｆ）の豊富な領域、及びジンクフィンガードメインに類似している４個のモチーフを含有するシステインの豊富なドメインを有し得る。
Ｘボックス結合タンパク質１（ＸＢＰ１）は、Ｘボックスと呼ばれるプロモーターエレメントへ結合することによって、ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子を調節する転写因子である。ＸＢＰ１は、ｂＺＩＰタンパク質であり、Ｔ細胞白血病ウイルス１型プロモーターのプロモーターにおいて、エンハンサーへ結合する細胞転写因子として識別されている。ＸＢＰ１は、ウイルス転写活性化因子のＤＮＡ結合パートナーとして作用することによってウイルスタンパク質の発現を亢進させ得る。ＸＢＰ１は、ＥＲストレス中にＵＰＲを調節する転写因子として機能する。
ＥＲ分解エンハンサーマンノシダーゼアルファ様１（ＥＤＥＭ１）及びＥＲ分解エンハンサーマンノシダーゼアルファ様２（ＥＤＥＭ２）は、ＥＲ関連分解（ＥＲＡＤ）に直接関与し、ミスフォールドした糖タンパク質をＮ−グリカン非依存的な様式での分解に対して向ける。
低酸素状態上方調節１（ＨＹＯＵ１）は、熱ショックタンパク質７０ファミリーに属する。ＨＹＯＵ１の５’−ＵＴＲにおけるシス作用型セグメントは、ストレス依存性誘導に関与し、結果的に、低酸素条件下でＥＲにおけるＨＹＯＵ１の蓄積を生じる。ＨＹＯＵ１は、ＥＲにおけるタンパク質の折りたたみ及び分泌において重要な役割を担っている。ＨＹＯＵ１は、腫瘍においても、特に乳房腫瘍においても上方調節され、腫瘍の侵襲と関係している。
熱ショック７０ｋＤａタンパク質５（ＨＳＰＡ５、ＢＩＰとしても公知）は、熱ショックタンパク質７０ファミリーのメンバーである。ＢＩＰは、保持のためにＥＲ内腔へと逆行輸送するために、シス−ゴルジにおいてＫＤＥＬ受容体との結合を必要とするＥＲ内腔ＫＤＥＬタンパク質である。ＢＩＰは、ＵＰＲセンサーであるＰＥＲＫ、ＩＲＥ１、及びＡＴＦ６のＥＲ内腔ドメインと相互作用して、これらの活性化を防止する。ＢＩＰのＣ末端の免疫反応性の低下は、ＢＩＰの誤局在を示し、このことはおそらく、ＰＥＲＫ、ＩＲＥ１、及びＡＴＦ６からの脱離をもたらし、ＵＰＲを誘導する。
真核生物翻訳開始因子２ａ（ＥＩＦ２ａ）は、４０Ｓリボソームサブユニットへのメチオニル−ｔＲＮＡｉ結合を方向づけ、ピューロマイシン感応性８０Ｓ開始前複合体の形成を触媒する。ＩＬ−６シグナル伝達経路及びＴＧＦ−β受容体シグナル伝達は、ＥＩＦ２ａの関連経路のうちである。
プロテインホスファターゼ１調節サブユニット１５Ａ（ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ）は、そのｍＲＮＡレベルがＤＮＡ損傷剤及びストレスの多い増殖停止条件を用いた処理後に上昇する遺伝子の群に属する。ある特定の細胞株において、イオン化照射によるＰＰＰ１Ｒ１５Ａの誘導は、ｐ５３の状態に関わらず生じ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａの応答は、イオン化放射後のアポトーシスと相関する。ＧＰＣＲシグナル伝達は、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａと関連する経路のうちの１つである。
増殖停止及びＤＮＡ損傷誘導性４５アルファ（ＧＡＤＤ４５Ａ）は、ｍＲＮＡレベルがＤＮＡ損傷剤及びストレスの多い増殖停止条件を用いた処理後に上昇する遺伝子のファミリーのメンバーである。ＧＡＤＤ４５Ａは、ＭＴＫ１／ＭＥＫＫ４キナーゼを介するｐ３８／ＪＮＫ経路の活性化を仲介し、それにより環境ストレスに応答する。この遺伝子のＤＮＡ損傷誘導性転写は、ｐ５３依存性機序及びｐ５３非依存性機序の両方によって仲介される。
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１Ａ（ＴＮＦＲＳＦ１Ａ）は、ＴＮＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＴＮＦ−αについての主要な受容体のうちの１つである。ＴＮＦＲＳＦ１Ａは、ＮＦ−κＢを活性化し、アポトーシスを仲介し、炎症を調節する。抗アポトーシス性タンパク質ＢＣＬ２と関係するアタノジーン（ａｔｈａｎｏｇｅｎｅ）４（ＢＡＧ４／ＳＯＤＤ）ならびにアダプタータンパク質ＴＲＡＤＤ及びＴＲＡＦ２は、ＴＮＦＲＳＦ１Ａと相互作用し、したがって、ＴＮＦＲＳＦ１Ａによって仲介されるシグナル伝達における調節の役割を担っている。アダプター分子ＦＡＤＤは、カスパーゼ８を活性化型ＴＮＦＲＳＦ１Ａへと動員する。結果として生じる死滅誘導性シグナル伝達複合体（ＤＩＳＣ）は、カスパーゼ８のタンパク質分解性活性化を実施し、当該活性化は、システイン−アスパラギン酸プロテアーゼ（カスパーゼ）仲介性アポトーシスのその後のカスケードを開始する。
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１Ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）もＴＮＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＴＮＦＲＳＦ１Ｂは、ＴＮＦ受容体１と結合して、そのヘテロ複合体は、２つの抗アポトーシス性タンパク質ｃ−ＩＡＰ１及びｃ−ＩＡＰ２を動員し、当該抗アポトーシス性タンパク質は、Ｅ３ユビキチンリガーゼ活性を有する。ｃ−ＩＡＰ１は、ＴＮＦ受容体関連因子２のユビキチン化及び分解によって、ＴＮＦ誘導性アポトーシスを促進し、このことは抗アポトーシス性シグナルを仲介する。
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ）は、ＴＮＦ受容体ファミリーのメンバーであり、細胞内デスドメインを含有する。ＴＮＦ関連アポトーシス誘導性リガンド（ＴＮＦＳＦ１０／ＴＲＡＩＬ／ＡＰＯ−２Ｌ）による活性化の際に、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂは、アポトーシスシグナルを伝達する。アダプタータンパク質を含有するデスドメインであるＦＡＤＤは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂによって仲介されるアポトーシスに必要である。
カスパーゼ８は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼの連続的な活性化は、アポトーシスにおける中心的な役割を担っている。カスパーゼは、大プロテアーゼサブユニット、小プロテアーゼサブユニット、及びプロドメインから構成される不活性型酵素前駆体として存在する。カスパーゼの活性化は、大サブユニット及び小サブユニットからなるヘテロ二量体酵素を生じるために、タンパク質分解を必要とする。カスパーゼ８は、ＦＡＳ及び他のアポトーシス性刺激によって誘導されるプログラムされた細胞死に関与する。カスパーゼ８は、Ｎ末端のＦＡＤＤ様デスエフェクタードメインを通じてＦａｓ相互作用性タンパク質ＦＡＤＤと相互作用し得る。
ＢＨ３相互作用ドメイン（ＢＩＤ）は、アゴニストＢＡＸまたはアンタゴニストＢＣＬ２のいずれかとヘテロ二量体化するデスアゴニストである。ＢＩＤは、細胞死調節因子のＢＣＬ−２ファミリーのメンバーである。ＢＩＤは、カスパーゼ８によって誘導されるミトコンドリアの損傷を仲介する。カスパーゼ８は、ＢＩＤを切断し、次に、ＢＩＤのＣ末端部分をミトコンドリアへ転位置させて、チトクロムｃの放出を惹起する。
カスパーゼ９は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ９の活性化は、カスパーゼ活性化カスケードにおける最初のもののうちの１つである。カスパーゼ９は、自己タンパク質分解ならびに、チトクロムｃ及びアポトーシス性ペプチダーゼ活性化因子１からなるタンパク質複合体であるアポトソームによる活性化を受ける。カスパーゼ９は、腫瘍抑制因子であり、アポトーシスにおける中心的な役割を担っている。
カスパーゼ３も、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ３は、カスパーゼ６、７、及び９を切断及び活性化する。カスパーゼ３自体は、カスパーゼ８、９、及び１０によって加工される。
カスパーゼ７も、カスパーゼファミリーに属する。カスパーゼ７の前駆体は、カスパーゼ３及び１０によって切断される。これが細胞死刺激の際に活性化し、アポトーシスを誘導する。
ポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）は、分化、増殖、及び腫瘍の転換など、種々の重要な細胞過程を調節することに関与するタンパク質のファミリーである。ＰＡＲＰは、ＤＮＡ損傷からの細胞の回復に関与する分子レベルの事象も調節する。
Ｆａｓ細胞表面死受容体（ＦＡＳ）は、ＴＮＦ受容体ファミリーのメンバーである。ＦＡＳは、デスドメインを含有する。ＦＡＳは、プログラムされた細胞死を調節する上で中心的な役割を担っており、これまで種々の悪性腫瘍及び免疫系の疾患に関与している。ＦＡＳとそのリガンドとの相互作用は、Ｆａｓ関連デスドメインタンパク質（ＦＡＤＤ）、カスパーゼ８、及びカスパーゼ１０を含む死滅誘導性シグナル伝達複合体の形成を許容する。当該複合体におけるカスパーゼの自己タンパク質分解性プロセシングは、下流のカスパーゼカスケードを惹起し、アポトーシスをもたらす。
デスドメインを介したＦａｓ関連（ＦＡＤＤ）は、種々の細胞表面受容体と相互作用して、細胞アポトーシス性シグナルを仲介する。ＦＡＤＤは、そのＣ末端デスドメインを通じて、ＦＡＳ、ＴＮＦ受容体、ＴＮＦＲＳＦ２５、及びＴＮＦＳＦ１０／ＴＲＡＩＬ受容体によって動員することができ、これらの受容体によって開始される死滅シグナル伝達に関与する。ＦＡＤＤと当該受容体との相互作用は、ＦＡＤＤのＮ末端エフェクタードメインを明らかにし、したがって、当該Ｎ末端エフェクタードメインにカスパーゼ８を動員させ、それによりカスパーゼカスケードを活性化する。
イノシトール要求性酵素１（ＩＲＥ１、ＥＲＮ１としても公知）は、キナーゼドメイン及びエンドヌクレアーゼドメインを有する膜貫通ＥＲタンパク質である。ＩＲＥ１は、ＵＰＲ経路の一部として、ミスフォールドしたタンパク質の分解を調節する。ＩＲＥ１は、ＸＢＰ１タンパク質の活性化型が生じるよう、ＸＢＰ１ｍＲＮＡのスプライシングを触媒する。転写因子としての活性化型ＸＢＰ１は、ＥＲＡＤ経路に関与する遺伝子を上方調節し、ＸＢＰ１発現及びＥＲシャペロン合成を誘導する。
活性化転写因子６（ＡＴＦ６）は、ＥＲストレス中のＵＰＲのための標的遺伝子を活性化する。ＡＴＦは、膜貫通型ＥＲタンパク質であり、ＥＲストレスセンサー／トランスデューサーとして機能する。ＥＲストレス誘導性タンパク質分解の後、ＡＴＦは、ＥＲシャペロンをコードする遺伝子のプロモーター中に存在するＥＲストレス応答エレメント（ＥＲＳＥ）を介して、核転写因子として機能する。
骨髄系細胞白血病１（Ｍｃｌ−１）は、ＢＣＬ−２ファミリーのメンバーである。ＢＣＬ−２ファミリーのメンバーは、プログラムされた細胞死の調節因子である。選択的スプライシングは結果的に、複数の転写産物バリアントを生じる。最長の遺伝子産物（アイソフォーム１型）は、アポトーシスを阻害し、細胞の生存を亢進するのに対し、短めの遺伝子産物（アイソフォーム２型及びアイソフォーム３型）は、アポトーシスを促進し、細胞死を誘導する。
細胞死のＢＣＬ２関連アゴニスト（ＢＡＤ）は、ＢＣＬ−２ファミリーのメンバーである。ＢＡＤは、ＢＣＬ−ｘＬ及びＢＣＬ−２とヘテロ二量体を形成することならびにこれらの死滅抑制因子の活性を逆転させることによって細胞のアポトーシスを促進する。ＢＡＤのリン酸化は、そのアポトーシス促進性活性を調節する。プロテインキナーゼであるＡＫＴ及びＭＡＰキナーゼ、ならびにプロテインホスファターゼであるカルシニューリンは、ＢＡＤの調節に関与する。
本明細書に提供する種々の方法に関するある特定の実施形態において、バイオマーカーは、例えば、タンパク質間相互作用（例えば、ある特定のセレブロン（ＣＲＢＮ）基質またはその下流のエフェクター）を通じて、または種々の細胞経路（例えば、シグナル伝達経路）を通じて、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質のｃＤＮＡである。タンパク質ＣＲＢＮの少なくとも２つのアイソフォームが存在し、当該アイソフォームはそれぞれ、４４２及び４４１のアミノ酸長である。ＣＲＢＮは、サリドマイドへ結合して先天性欠損を生じる、鍵となる分子標的として近年識別された。Ｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１０，３２７：１３４５〜１３５０を参照されたい。損傷したＤＮＡ結合タンパク質１（ＤＤＢ１）は、ＣＲＢＮと相互作用することが発見され、したがって、サリドマイドと間接的に関係していた。その上、サリドマイドは、インビトロでのＣＲＢＮの自己ユビキチン化を阻害することができ、サリドマイドがＥ３ユビキチン−リガーゼ阻害因子であることを示唆した（同上）。重要なことに、この活性は、野生型の細胞においてはサリドマイドによって阻害されるが、サリドマイド結合を防止する突然変異したＣＲＢＮ結合部位を有する細胞では阻害されなかった（同上）。サリドマイド結合部位は、ＣＲＢＮにおける高度に保存されたＣ末端の１０４個のアミノ酸領域へとマッピングされた（同上）。ＣＲＢＮ、Ｙ３８４Ａ及びＷ３８６Ａにおける個々の点突然変異体は、サリドマイド結合についていずれも欠損性であり、二重突然変異体は、最も低いサリドマイド結合活性を有していた（同上）。ＣＲＢＮとサリドマイドの催奇性効果との連関は、ゼブラフィッシュ及びニワトリの胚に関する動物モデルにおいて確認された（同上）。
ＣＲＢＮに対するサリドマイド若しくは他の薬剤の結合、ＣＲＢＮ Ｅ３ユビキチン−リガーゼ複合体、またはＣＲＢＮの１つ以上の基質がこれらの薬剤の有益な効果に必要かどうかは、まだ確立されることになっていない。これらの薬剤とＣＲＢＮまたはＣＲＢＮ関連タンパク質との相互作用を理解することは、薬剤の効能及び／または毒性に関する分子レベルの機序を明瞭にすることを容易にするであろうし、効能及び毒性特性の改善された新たな薬剤の開発をもたらし得る。
実施例及び図１〜図３において示すように、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、及びＣＫ１ａなど、ある特定のＣＡＰのレベルは、化合物Ｃによる処理に応じて変化する。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、及びＣＫ１ａからなる群から選択されるＣＡＰである。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、及びｅＲＦ３ｃなど、ｅＲＦ３ファミリーメンバーである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ａである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｂである。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｃである。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＫＺＦ１である。さらに別の実施形態において、バイオマーカーはＩＫＺＦ３である。さらに別の実施形態において、バイオマーカーはＣＫ１ａである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、及びＣＫ１ａによって影響される細胞経路の結合パートナー、下流エフェクターまたは当該細胞経路における因子である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ１など、ｅＲＦ３ａの結合パートナーである。
実施例において示すように、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルは、化合物Ｃによる処理に応じて参照と比較した場合、低下する。これらのｅＲＦ３ファミリーメンバーの下方調節は結果的に、複数の効果のうち、とりわけ、タンパク質のミスフォールド及び／または凝集、タンパク質の誤配置、ならびにタンパク質の機能の直接的な変化を生じる。影響されるある細胞経路は、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）であり、これは、粗面小胞体（ＥＲ）と関連した細胞のストレス応答である。したがって、ＵＰＲまたはその下流経路に関与する因子またはタンパク質は、本開示によるバイオマーカーとして使用することができる。ＵＰＲと関連する経路には、ＰＥＲＫ／ＡＴＦ４／ＤＤＩＴ３シグナル伝達経路（またはＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路）及び関連するアポトーシス経路であるＸＢＰ１シグナル伝達経路（またはＸＢＰ１関連シグナル伝達経路）、ならびにＡＴＦ６シグナル伝達経路（ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路）を含むが、これらに限定しない。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＥＲストレス経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＵＰＲ経路における機能を有する。ある実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路における機能を有する。他の実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路における機能を有する。さらに他の実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナル伝達及びアポトーシス経路における機能を有する。
ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路は、ＵＰＲ活性化の際に活性化されるシグナル伝達経路のうちの１つである。ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路は、翻訳を減弱させ、ＥＲの翻訳過負荷を防止する。ＰＥＲＫは、その内腔ドメインのオリゴマー化及び自己リン酸化によって、それ自体を活性化する。活性化したＰＥＲＫは、ｅＩＦ２を直接的にリン酸化することによって翻訳の減弱を生じる。このことは、細胞周期に関与するタンパク質機構の翻訳の減弱も生じ、Ｇ１期における細胞周期停止を生じる。ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路には、ＰＥＲＫ経路によって直接的にまたは間接的に影響される何らかの下流経路を含む。ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路に関与する構成要素には、ＰＥＲＫ、ｅＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＤＤＩＴ３、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤを含むが、これらに限定しない。
ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路は、ＵＰＲ中に活性化される別のシグナル伝達経路である。ＵＰＲの活性化の際に、ＥＲ膜貫通受容体であるＩＲＥ１は、ホモ二量体化及びトランス自己リン酸化によってそれ自体を活性化する。活性化したＩＲＥ１内腔ドメインは、２５２ｂｐのイントロンをスプライシングすることによって転写因子ＸＢＰ１ｍＲＮＡを活性化することができる。活性化したＸＢＰ１は、これらの標的遺伝子のストレスエレメントプロモーターへ直接結合することによってＵＰＲ関連遺伝子の発現を上方調節する。ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路に関与する構成要素には、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１を含むが、これらに限定しない。
ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路も、ＵＰＲ中に活性化される。ＰＥＲＫ及びＩＲＥ１と同様に、ＡＴＦ６は、ＥＲ膜貫通受容体である。ＵＰＲ活性化中のＡＴＦ６からのＨＳＰＡ５の脱離の際、完全な９０ｋＤａ ＡＴＦ６がゴルジ体へと転位置し、当該ゴルジ体において、当該ＡＴＦ６はプロテアーゼによって切断され、活性化型５０ｋＤａ転写因子を形成し、当該転写因子は核へ転位置する。５０ｋＤａ ＡＴＦ６は、ＵＰＲにおいて上方調節される遺伝子の上流のストレスエレメントプロモーターへ結合する。ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路に関与する構成要素には、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５を含むが、これらに限定しない。
ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナル伝達及びアポトーシス経路は、ＵＰＲに関して活性化され得る下流経路である。ＵＰＲの主たる目的（タンパク質翻訳を減弱させること、ミスフォールドしたタンパク質を分解すること、及びシャペロンタンパク質の産生を増大させるシグナル伝達経路を活性化することなど）が達成されない場合、ＵＰＲはアポトーシスへと向かう。リガンドによる刺激の際、ＦＡＳ受容体は三量体化する。アダプタータンパク質であるＦＡＤＤは、ＦＡＳをプロカスパーゼ８及び１０へと架橋して、アポトーシス中に死滅誘導性シグナル伝達複合体（ＤＩＳＣ）を形成する。ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナル伝達及びアポトーシス経路に関与する構成要素には、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、カスパーゼ３、カスパーゼ７、及びＰＡＲＰを含むが、これらに限定しない。
例えば、実施例において示すように、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤなど、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路におけるタンパク質のレベルは、化合物Ｃによる処理に応じて変化する。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤからなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＥＲＫである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＩＦ２ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ４である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＤＤＩＴ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＧＡＤＤ４５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＴＮＦＲＳＦ１Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＴＮＦＲＳＦ１Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＳである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＦＡＤＤである。
実施例において説明するように、アポトーシス経路におけるタンパク質のレベルは、化合物Ｃによる処理の応答において変化する。このようなタンパク質には、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤを含む。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤからなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーはカスパーゼ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはカスパーゼ７である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはカスパーゼ８である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＢＩＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはカスパーゼ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＰＡＲＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＭｃｌ−１である。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＢＡＤである。
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１など、ＸＢＰ１関連経路におけるタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１からなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＩＲＥ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＸＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＳＥＣ２４Ｄである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＤＮＡＪＢ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＤＥＭ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＤＥＭ２である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＨＹＯＵ１である。
さらに他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５など、ＡＴＦ６関連経路におけるタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５からなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ６である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＸＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＤＥＭ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＥＤＥＭ２である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＨＹＯＵ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＨＳＰＡ５である。
いくつかの実施形態において、測定するバイオマーカーは、１つのバイオマーカーを含む。ある特定の実施形態において、測定するバイオマーカーは、２つのバイオマーカーを含む。他の実施形態において、測定するバイオマーカーは、３つのバイオマーカーを含む。ある特定の実施形態において、測定するバイオマーカーは、４つのバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、測定するバイオマーカーは、５つのバイオマーカーを含む。他の実施形態において、測定するバイオマーカーは、６つのバイオマーカーを含む。さらに他の実施形態において、測定するバイオマーカーは、７つのバイオマーカーを含む。ある特定の実施形態において、測定するバイオマーカーは、８つのバイオマーカーを含む。他の実施形態において、測定するバイオマーカーは、９つのバイオマーカーを含む。別の実施形態において、測定するバイオマーカーは、１０個以上のバイオマーカーを含む。
また、本明細書に提供するのは、本明細書に提供する化合物についての予測因子または予後因子としてのバイオマーカー、例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３を用いた癌の治療方法または管理方法である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、予測因子または予後因子としての本明細書に提供する１つ以上のバイオマーカー、例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを用いた化合物による処理のための癌患者、例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、または白血病の患者のスクリーニング方法または識別方法である。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、予測因子または予後因子としてのバイオマーカー（例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３）を用いた、本明細書に提供する化合物による療法に対するより高い応答率を有する患者の選択方法である。ある実施形態において、当該化合物は、化合物Ｃである。
一態様において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること、
を含む当該方法であって；
式中、当該治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
別の態様において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している前記対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象に由来する試料へ、治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
式中、当該治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
本明細書に提供する方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物を癌に罹患している対象由来の試料へ投与することは、インビトロで実施する。他の実施形態において、治療用化合物を癌に罹患している対象由来の試料へ投与することは、インビボで実施する。一実施形態において、当該細胞は、当該化合物とある時間、例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５５分、あるいは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４時間、あるいは２、３、またはそれより長い日数接触する。他の実施形態において、当該細胞は、癌に罹患している（または罹患していると疑われる）対象から得る。
いくつかの実施形態において、被験者の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも高い。
他の実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様において、対象が、治療用化合物に対して応答する可能性があるものと診断された場合、本明細書に提供する方法はさらに、治療有効量の治療用化合物を、治療用化合物に対して応答する可能性があるものと診断された対象へ投与することを含む。
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、癌の治療方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
（ｄ）治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した対象へ、治療有効量の治療用化合物を投与すること
を含む当該方法であって；
当該治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである
本明細書に提供する方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与することは、インビトロで実施する。本明細書に提供する方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与することは、インビボで実施する。他の実施形態において、治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与することは、インビボで実施する。一実施形態において、当該細胞は、ある時間、例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５５分間、あるいは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２，１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４時間、あるいは２、３、またはそれより長い日数、化合物と接触する。他の実施形態において、当該細胞は、癌に罹患している（または罹患していると疑われる）対象から得る。
いくつかの実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも高い。
他の実施形態において、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、バイオマーカーの参照レベルよりも低い。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物は、治療用化合物に対して応答する可能性がある患者へ投与する。また、本明細書に提供するのは、癌についてすでに治療したが、標準的な療法に対して非応答性である患者、及び先行治療されていない患者の治療方法である。本発明は、患者の年齢に関わらず、患者の治療方法も包含するが、いくつかの疾患または障害は、ある特定の年齢群においてより共通である。本発明はさらに、問題の疾患または容態を治療する試みにおいて手術を受けた患者、及び手術を受けていない患者の治療方法を包含する。癌に罹患している患者は、様々な臨床症状及び変化する臨床転帰を有するので、患者へ付与した治療は、当該患者の予後に応じて変化し得る。当業者は、過度の実験特異的二次作用因子を用いずに、手術のタイプ、及び個々の癌患者を治療するのに有効に使用することのできる非薬剤系標準療法のタイプを容易に判断することができるであろう。
ある実施形態において、本化合物の治療有効量または予防有効量は、１日当たり約０．００５〜約１，０００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約２５０ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．５〜約１００ｍｇ、１日当たり約１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．５〜約５０ｍｇ、１日当たり約１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．０２〜約２５ｍｇ、または１日当たり約０．０５〜約１０ｍｇである。
ある実施形態において、治療有効量または予防有効量は、１日当たり約０．００５〜約１，０００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５００ｍｇ、１日０当たり約０．０１〜約２５０ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．５〜約１００ｍｇ、１日当たり約１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．５〜約５０ｍｇ、１日当たり約１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．０２〜約２５ｍｇ、または隔日で約０．０５〜約１０ｍｇである。
ある実施形態において、治療有効量または予防有効量は、１日当たり、約０．１、約０．２、約０．５、約１、約２、約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約４０、約４５、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、または約１５０ｍｇである。
一実施形態において、本明細書に説明する容態のための、式Ｉの化合物またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の推奨１日用量の範囲は、１日当たり約０．５ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲内にあり、好ましくは、１日１回単回用量として、または１日を通して分割された用量で付与される。いくつかの実施形態において、薬用量は、１日当たり約１ｍｇ〜約５０ｍｇに及ぶ。他の実施形態において、薬用量は、１日当たり約０．５ｍｇ〜約５ｍｇに及ぶ。１日当たりの具体的な用量には、１日当たり０．１、０．２、０．５、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７，３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０ｍｇを含む。ある実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
具体的な実施形態において、推奨される開始薬用量は、１日当たり０．５、１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、または５０ｍｇであり得る。別の実施形態において、推奨される開始薬用量は、１日当たり０．５、１、２、３、４、または５ｍｇであり得る。用量は、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０ｍｇ／日へ段階的に増加され得る。具体的な実施形態において、本化合物は、約２５ｍｇ／日の量で、ＡＭＬを含む白血病に罹患している患者へ投与することができる。特定の実施形態において、本化合物は、約１０ｍｇ／日の量で、ＡＭＬを含む白血病に罹患している患者へ投与することができる。
ある特定の実施形態において、治療有効量または予防有効量は、約０．００１〜約１００ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約９ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約８ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約７ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約６ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約４ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約３ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２ｍｇ／ｋｇ／日、または約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇ／日である。
投与する用量は、ｍｇ／ｋｇ／日以外の単位で表すこともできる。例えば、非経口投与のための用量は、ｍｇ／ｍ２／日として表すことができる。当業者は、対象の身長若しくは体重のいずれかまたは両方があれば、用量をｍｇ／ｋｇ／日からｍｇ／ｍ２／日へと変換する方法が容易にわかるであろう（ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｃｄｅｒ／ｃａｎｃｅｒ／ａｎｉｍａｌｆｒａｍｅ．ｈｔｍを参照されたい）。例えば、６５ｋｇのヒトについての１ｍｇ／ｋｇ／日の用量は、３８ｍｇ／ｍ２／日にほぼ等しい。
ある特定の実施形態において、投与する化合物の量は、約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭ、または約１〜約２０μＭに及ぶ、定常状態での本化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。
他の実施形態において、投与する化合物の量は、約５〜約１００ｎＭ、約５〜約５０ｎＭ、約１０〜約１００ｎＭ、約１０〜約５０ｎＭ、または約５０〜約１００ｎＭに及ぶ、定常状態での本化合物の血漿濃度を提供するのに十分である。
本明細書で使用する場合、「定常状態での血漿濃度」という用語は、本明細書に提供する化合物、例えば、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の投与期間後に到達する濃度である。一旦、定常状態に到達すると、本化合物の血漿濃度の時間依存的曲線上にわずかなピーク及びトラフが存在する。
ある特定の実施形態において、投与する化合物の量は、約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭ、または約１〜約２０μＭに及ぶ、本化合物の最大血漿濃度（ピーク濃度）を提供するのに十分である。
ある特定の実施形態において、投与する化合物の量は、約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０１〜約２５μＭ、約０．０１〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭ、または約０．０１〜約２０μＭに及ぶ、本化合物の最小血漿濃度（トラフ濃度）を提供するのに十分である。
ある実施形態において、投与する化合物の量は、約１００〜約１００，０００ｎｇ・時／ｍＬ、約１，０００〜約５０，０００ｎｇ・時／ｍＬ、約５，０００〜約２５，０００ｎｇ・時／ｍＬ、または約５，０００〜約１０，０００ｎｇ・時／ｍＬに及ぶ、本化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を提供するのに十分である。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法のうちの１つを用いて治療することになっている患者は、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の投与の前に、抗癌療法を用いて治療されていない。ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法のうちの１つを用いて治療することになっている患者は、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の投与の前に抗癌療法を用いて治療されている。ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法のうちの１つを用いて治療することになっている患者は、抗癌療法に対する薬剤耐性が生じている。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
治療することになっている疾患及び対象の容態に応じて、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、経口、非経口（例えば、筋肉内、腹腔内、静脈内、ＣＩＶ、大槽内注射若しくは注入、皮下注射、またはインプラント）、吸入、鼻内、膣内、直腸内、舌下、または局所的な（ｔｏｐｉｃａｌ）（例えば、経皮または局所（ｌｏｃａｌ））投与経路によって投与され得る。式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、単独で、または適切な薬用量単位で各投与経路に適した、医薬として許容し得る賦形剤、担体、アジュバント、及びビヒクルとともに製剤化され得る。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
一実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、経口投与される。別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、非経口投与される。さらに別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、静脈内投与される。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、単回用量として（例えば、単回ボーラス注射または経口の錠剤若しくは丸薬）、または経時的に（例えば、経時的な連続注入または経時的な分割されたボーラス用量）送達することができる。本化合物は、必要な場合、反復して、例えば、患者が安定した疾患若しくは退縮を経験するまで、または患者が、疾患の進行若しくは許容され得ない毒性を経験するまで投与することができる。例えば、固形癌についての安定した疾患は概して、測定可能な病変の周径が最後の測定結果から２５％以上増加しなかったことを意味する（Ｔｈｅｒａｓｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ. ２０００，９２（３）：２０５〜２１６）。安定した疾患またはその欠失は、患者の症状、身体測定、及びＸ線、ＣＡＴ、ＰＥＴ、ＭＲＩ走査、または他の通常許容される評価様式を用いて撮像された腫瘍の可視化の評価など、当該技術分野で公知の方法によって判定される。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日１回（ＱＤ）で投与することができ、または１日２回（ＢＩＤ）、１日３回（ＴＩＤ）、及び１日４回（ＱＩＤ）など、1日あたり複数回の用量へと分割することができる。加えて、投与は、連続的（すなわち、連続した日数間で毎日、または毎日）または間欠的に、例えば、周期で（すなわち、数日、数週間、または数か月間の休薬期を含む）あることができる。本明細書で使用する場合、「毎日」という用語は、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形などの治療用化合物が、各日に１回または１回超投与されることを意味するよう意図する。「連続的な」という用語は、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形などの治療用化合物が、少なくとも１０日間〜５２週間の中断されない期間、毎日投与されることを意味するよう意図する。本明細書で使用する場合の「間欠的な」または「間欠的に」という用語は、規則的なまたは不規則ないずれかの間隔で停止及び開始することを意味するよう意図する。例えば、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の間欠的投与は、１週間当たり１〜６日間の投与、周期における投与（例えば、２〜８週間の連続した毎日の投与に次ぐ、最長１週間の投与なしの休薬期）、または交互の日での投与である。本明細書で使用する場合の「周期化」という用語は、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形などの治療用化合物が、毎日または持続的に投与されるが、休薬期を伴うことを意味するよう意図する。ある特定の実施形態において、休薬期は、治療期と同じ長さである。他の実施形態において、休薬期は、治療期とは異なる長さを有する。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
いくつかの実施形態において、投与頻度は、ほぼ日用量〜ほぼ月間用量の範囲である。ある特定の実施形態において、投与は、１日１回、１日２回、１日３回、１日４回、隔日に１回、１週間に２回、毎週１回、２週間ごとに１回、３週間ごとに１回、または4週間ごとに１回である。一実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日１回投与される。別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日２回投与される。さらに別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日３回投与される。なおも別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日４回投与される。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１日〜６か月まで、１週間〜３か月間、１週間〜４週間、１週間〜３週間、または１週間〜２週間、１日１回投与される。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１週間、２週間、３週間、または４週間、１日１回投与される。一実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、１週間、１日１回投与される。別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、２週間、１日１回投与される。さらに別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、３週間、１日１回投与される。なおも別の実施形態において、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形は、４週間、１日１回投与される。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
また本明細書に提供するのは、バイオマーカー（例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３）を用いた、治療用化合物に対する患者の応答性の、または治療用化合物の効能の予測方法またはモニター方法である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３レベルなど、予測因子または予後因子を用いた、癌（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、または白血病）に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の、治療用化合物に対する応答性の予測方法である。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、予測因子または予後因子としてバイオマーカー（例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３）レベルを用いた治療用化合物による対象における癌（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、または白血病）の治療の効能のモニター方法である。ある特定の実施形態において、本化合物は、化合物Ｃである。
したがって、さらに別の態様において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること、
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
さらに別の態様において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
本明細書に提供する方法に関するいくつかの実施形態において、癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与することは、インビトロで実施する。他の実施形態において、癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与することは、インビボで実施する。一実施形態において、当該細胞は、当該化合物とある時間、例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５５分、あるいは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４時間、あるいは２、３、またはそれより長い日数接触する。他の実施形態において、当該細胞は、癌に罹患している（または罹患していると疑われる）対象から得る。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも高い。
本明細書に提供する種々の方法に関する他の実施形態において、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得たバイオマーカーのレベルよりも低い。
さらに別の態様において、本明細書に提供するのは、癌に罹患している対象を治療する上での治療用化合物の効能のモニター方法であって：
（ａ）治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較し、ここで、参照と比較したレベルの変化は、対象における癌を治療する上で、治療用化合物の効能を示すこと
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、参照と比較して高いレベルは、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能を示す。
他の実施形態において、参照と比較して低いレベルは、対象における癌を治療する上での治療用化合物の効能を示す。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、本方法は、治療有効量の第二の活性のある作用因子または支持療法を投与することをさらに含む。第二の活性のある作用因子は、大分子（例えば、タンパク質）または小分子（例えば、合成の無機分子、有機金属分子、または有機分子）であることができる。いくつかの実施形態において、第二の活性のある作用因子は、造血性増殖因子、サイトカイン、抗癌薬、抗生物質、ｃｏｘ−２阻害薬、免疫調節薬、免疫抑制薬、副腎皮質ステロイド、癌抗原若しくはその薬理学的に活性のある突然変異体へ特異的に結合する治療用抗体、またはこれらの誘導体である。
いくつかの実施形態において、第二の活性のある作用因子は、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形の投与と関係した有害作用を緩和することのできる小分子である。多くの小分子の第二の活性のある作用因子は、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形と併用投与した場合（例えば、前、後、または同時に）、相乗効果を提供することができると考えられている。小分子の第二の活性のある作用因子の例としては、抗癌薬、抗生物質、免疫抑制薬、及びステロイドが挙げられるが、これらに限定しない。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、参照は、治療用化合物を対象へ投与することの前に対象から得た対照試料を用いることによって調製し、対照試料は、試料と同じ源に由来する。本明細書に提供する種々の方法に関する他の実施形態において、参照は、癌に罹患していない健常対象から得た対照試料を用いることによって調製し、対照試料は、試料と同じ源に由来する。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、癌は、固形癌及び血液由来の癌である。いくつかの実施形態において、癌は、固形癌である。いくつかの実施形態において、固形癌は、転移性である。いくつかの実施形態において、固形癌は、肝細胞癌、黒色腫、前立腺癌、卵巣癌、または膠芽腫である。いくつかの実施形態において、癌は、血液由来の腫瘍である。ある実施形態において、血液由来の腫瘍は、転移性である。本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、癌は、ＭＭである。ある特定の実施形態において、癌は、白血病である。本明細書に提供する癌には、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬなどの種々のタイプの白血病を含む。具体的な実施形態において、白血病はＡＭＬである。具体的な実施形態において、白血病は、従来の療法に対して再発性、難治性、または耐性である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供する癌は、ＮＨＬを含むがこれに限定しないリンパ腫である。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する癌は、ＤＬＢＣＬを含むがこれに限定しないＮＨＬである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、種々のタイプの癌を治療、予防、または管理することを包含する。一実施形態において、本明細書に提供する方法は、治療有効量の式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を投与することによって、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬなどの種々のタイプの白血病を治療、予防、または管理することを包含する。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、対象における急性白血病を治療、予防、または管理することを包含する。いくつかの実施形態において、急性白血病は、未分化型ＡＭＬ（Ｍ０）、骨髄芽球性白血病（Ｍ１）、骨髄芽球性白血病（Ｍ２）、前骨髄球性白血病（Ｍ３またはＭ３バリアント［Ｍ３Ｖ］）、骨髄単球性白血病（Ｍ４または好酸球性Ｍ４バリアント［Ｍ４Ｅ］、単球性白血病（Ｍ５）、赤白血病（Ｍ６）、及び巨核芽球性白血病（Ｍ７）を含むがこれらに限定しないＡＭＬである。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、未分化型ＡＭＬ（Ｍ０）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、骨髄芽球性白血病（Ｍ１）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、骨髄芽球性白血病（Ｍ２）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、前骨髄球性白血病（Ｍ３またはＭ３バリアント［Ｍ３Ｖ］）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、骨髄単球性白血病（Ｍ４または好酸球性Ｍ４バリアント［Ｍ４Ｅ］）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、単球性白血病（Ｍ５）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、赤白血病（Ｍ６）である。一実施形態において、急性骨髄性白血病は、巨核芽球性白血病（Ｍ７）である。したがって、対象におけるＡＭＬの治療方法、予防方法、または管理方法は、対象へ、急性骨髄性白血病を単独であるいは第二の活性のある作用因子と併用して治療、予防、あるいは管理するのに有効な量の本明細書に提供する化合物あるいはその鏡像異性体若しくは鏡像異性体の混合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、ＡＭＬを治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、対象におけるＡＬＬを治療、予防、または管理することを包含する。いくつかの実施形態において、ＡＬＬには、骨髄（Ｂ細胞）、胸腺（Ｔ細胞）、及びリンパ節の芽細胞において生じる白血病を含む。急性リンパ性白血病は、仏米英（ＦＡＢ）形態学的分類スキームによって、Ｌ１−成熟期出現リンパ芽球（Ｔ細胞またはプレＢ細胞）、Ｌ２−未成熟及び多形性の（種々の形状の）リンパ芽球（Ｔ細胞またはプレＢ細胞）、及びＬ３−リンパ芽球（Ｂ細胞またはバーキット細胞）と分類することができる。一実施形態において、ＡＬＬは、骨髄（Ｂ細胞）の芽細胞において生じる。一実施形態において、ＡＬＬは、胸腺（Ｔ細胞）において生じる。一実施形態において、ＡＬＬは、リンパ節において生じる。一実施形態において、ＡＬＬは、成熟期出現リンパ芽球（Ｔ細胞またはプレＢ細胞）を特徴とするＬ１型である。一実施形態において、ＡＬＬは、未成熟及び多形性の（種々の形状の）リンパ芽球（Ｔ細胞またはプレＢ細胞）を特徴とするＬ２型である。一実施形態において、ＡＬＬは、リンパ芽球（Ｂ細胞またはバーキット細胞）を特徴とするＬ３型である。ある特定の実施形態において、ＡＬＬは、Ｔ細胞白血病である。一実施形態において、Ｔ細胞白血病は、末梢Ｔ細胞白血病である。別の実施形態において、Ｔ細胞白血病は、Ｔ細胞リンパ芽球性白血病である。別の実施形態において、Ｔ細胞白血病は、皮膚Ｔ細胞白血病である。別の実施形態において、Ｔ細胞白血病は、成人Ｔ細胞白血病である。したがって、対象におけるＡＬＬの治療方法、予防方法、または管理方法は、対象へ、単独でまたは第二の活性のある作用因子と併用してＡＬＬを治療、予防、または管理するのに有効な量の本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、ＡＬＬを治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、対象におけるＣＭＬを治療、予防、または管理することを包含する。当該方法は、対象へ、単独でまたは第二の活性のある作用因子と併用して、慢性骨髄性白血病を治療、予防、または管理するのに有効な量の本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、ＣＭＬを治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、対象におけるＣＬＬを治療、予防、または管理することを包含する。当該方法は、対象へ、単独でまたは第二の活性のある作用因子と併用して、慢性リンパ性白血病を治療、予防、または管理するのに有効な量の本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、ＣＬＬを治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、治療有効量の式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形、あるいはその鏡像異性体若しくは鏡像異性体の混合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、互変異性体若しくはラセミ混合物を、リンパ腫に罹患している患者へ、単独でまたは第二の活性のある作用因子と併用して投与することを含む、ＮＨＬを含むリンパ腫の治療方法、予防方法、または管理方法である。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、リンパ腫を治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、ＤＬＢＣＬを含むがこれに限定しないＮＨＬの治療方法または管理方法である。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、腎機能不全に罹患している患者における疾患の治療方法、予防方法、または管理方法である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、腎機能不全に罹患している患者における癌の治療方法、予防方法、または管理方法である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、疾患、加齢、または他の患者因子によるがこれらに限定しない腎機能不全に罹患している患者に適した用量調整の提供方法である。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、治療有効量の式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形、あるいはその鏡像異性体若しくは鏡像異性体の混合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、水和物、立体異性体、互変異性体若しくはラセミ混合物を単独でまたは第二の活性のある作用因子と併用して、腎機能不全とともに再発性／難治性ＭＭに罹患している患者へ投与することを含む、腎機能不全またはその症状に罹患している患者における再発性／難治性ＭＭを含むＭＭの治療方法、予防方法、または管理方法である。いくつかの実施形態において、当該方法は、対象へ、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を、腎機能不全に罹患している患者における再発性／難治性ＭＭを治療、予防、または管理するのに有効な量の第二の活性のある作用因子と併用して投与するステップを含む。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＡＴＦ３、ＡＴＦ４、ＡＴＦ６、ＢＡＤ、ＢＩＤ、ＢＩＰ、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＣＫ１ａ、ＤＤＩＴ３、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ｅＥＦ１α、ＥＩＦ２ａ、ＦＡＤＤ、ＦＡＳ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＨＳＰＡ５、ＨＹＯＵ１、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＲＥ１、Ｍｃｌ−１、ＰＡＢＰ１、ＰＡＲＰ、ＰＥＲＫ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ｅＲＦ１、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＳＥＣ２４Ｄ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、及びＸＢＰ１からなる群から選択される。本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３からなる群から選択される。
具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｃである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、修飾されていないＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、Ｃ末端が修飾されているＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＤＥＬ抗体によって認識することのできない、Ｃ末端が修飾されたＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＢＩＰの修飾されていないＣ末端を認識するＢＩＰ抗体によって認識することのできない、Ｃ末端が修飾されたＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＫＤＥＬ抗体及びＢＩＰの修飾されていないＣ末端を認識するＢＩＰ抗体の両方によって認識することのできない、Ｃ末端が修飾されたＢＩＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＥＦ１αである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＥＲＫである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されていないＰＥＲＫである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されたＰＥＲＫである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＩＦ２ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されていないＥＩＦ２ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されたＥＩＦ２ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ３のスプライシングバリアントである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＳである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＤＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されていないＩＲＥ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されたＩＲＥ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ２である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＨＹＯＵ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＨＳＰＡ５である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ８である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、切断されたカスパーゼ８である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＢＩＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、切断されたカスパーゼ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、切断されたカスパーゼ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ７である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、切断されたカスパーゼ７である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、Ｍｃｌ−１である。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＢＡＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されていないＢＡＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、リン酸化されたＢＡＤ（例えば、ｐＳ１１２−ＢＡＤ）である。
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応じて低下する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ｅＲＦ１、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＢＩＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤからなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、治療用化合物に応じて、参照と比較して低下する。
他の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応じて上昇する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３からなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、治療用化合物に応じて、参照と比較して上昇する。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＥＩＦ２ａ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、切断型のカスパーゼ８、ＢＩＤ、切断型のカスパーゼ９、切断型のカスパーゼ３、切断型のカスパーゼ７、切断されたＰＡＲＰ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤからなる群から選択され、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応じて上昇する。
本明細書に提供する種々の方法に関するある特定の実施形態において、バイオマーカーは、例えば、タンパク質間相互作用（例えば、ある特定のＣＲＢＮ基質またはその下流のエフェクター）、または種々の細胞経路（例えば、シグナル伝達経路）を通じて、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響するタンパク質である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質のｃＤＮＡである。
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；及び
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること、
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象に由来する試料へ、治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；
（ｄ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、癌の治療方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；
（ｃ）対象の試料中のバイオマーカーのレベルが、参照レベルと比較して変化している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
（ｄ）治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した対象へ、治療有効量の治療用化合物を投与すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること、
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較して低下している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物による対象における癌の治療の効能のモニター方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のバイオマーカーのレベルを判定し、ここで、バイオマーカーはＣＡＰであること；
（ｄ）試料中のバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たバイオマーカーのレベルと比較し、ここで、参照と比較して変化したレベルは、対象における癌を治療する上で治療用化合物の効能を示すこと
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、ＣＡＰは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、及びＣＫ１ａからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、及びｅＲＦ３ｃなどのｅＲＦ３ファミリーのメンバーである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｂである。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｃである。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。さらに別の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ３である。さらに別の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＫ１ａである。他の実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、及びＣＫ１ａによって影響される細胞経路の結合パートナー、下流エフェクターまたは当該細胞経路における因子である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ１など、ｅＲＦ３ａの結合パートナーである。
実施例に示すように、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃなど、ｅＲＦ３ファミリーのメンバーのレベルは、化合物Ｃによる治療に応じて、参照と比較して低下する。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＧ３ｂ、及びｅＲＦ３ｃなど、ｅＲＦ３ファミリーのメンバーであり、バイオマーカーのレベルは、化合物Ｃによる処理に応じて低下する。したがって、本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃまたはそれらにより影響されるタンパク質（または因子）であり、ここで、バイオマーカーのレベルは、参照と比較して低下する。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｄ）対象の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルが、参照レベルと比較して低下している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象に由来する試料へ、治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｄ）対象の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルが、参照レベルと比較して低下している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、癌の治療方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｃ）対象の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルが、参照レベルと比較して低下している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
（ｄ）治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した対象へ、治療有効量の治療用化合物を投与すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルが、参照試料から得たｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルと比較して低下している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること、
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルが、参照試料から得たｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルと比較して低下している場合、対象を、癌を治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物による対象における癌の治療の効能のモニター方法であって：
（ａ）治療用化合物を癌に罹患している対象へ投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルを、参照試料から得たｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃのレベルと比較し、ここで、参照と比較して低下したレベルは、対象における癌を治療する上で、治療用化合物の効能を示すこと
を含む、当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａであり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ａであり、治療用化合物は化合物Ｃである。
別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｂであり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｂであり、治療用化合物は化合物Ｃである。
別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｃであり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはｅＲＦ３ｃであり、治療用化合物は化合物Ｃである。
これらのｅＲＦ３ファミリーのメンバーの下方調節は結果的に、とりわけ、タンパク質のミスフォールディング及び／または凝集、タンパク質の誤配置、ならびにタンパク質の機能の直接的な変化を生じる。影響されるある細胞経路は、粗面小胞体（ＥＲ）と関連した細胞ストレス応答である小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）である。したがって、ＵＰＲまたはその下流経路に関与する因子またはタンパク質は、本開示によるバイオマーカーとして使用することができる。ＵＰＲと関連する経路には、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路及び関連するアポトーシス経路、ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路、ならびにＡＴＦ６関連シグナル伝達経路を含むが、これらに限定しない。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＥＲストレス経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＵＰＲ経路における機能を有する。ある特定の実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路における機能を有する。他の実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路における機能を有する。さらに他の実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＦＡＳ／ＦＡＤＤシグナル伝達及びアポトーシス経路における機能を有する。
例えば、実施例において示すように、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路におけるタンパク質のレベルは、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤなど、化合物Ｃによる処理に応じて変化する。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するバイオマーカーは、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、及びＦＡＤＤからなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＥＲＫである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＩＦ２ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ａである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＳである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＦＡＤＤである。
本明細書に提供する種々の方法に関する他の実施形態において、バイオマーカーは、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路における機能を有する因子の群から選択される。いくつかの実施形態において、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路に関与するバイオマーカーは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象を識別すること、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性を予測すること、治療用化合物を用いた対象における癌の治療の効能をモニターすること、あるいは癌を治療することに使用する。
いくつかのより具体的な実施形態において、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路に関与するバイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３からなる群から選択され、ここで、バイオマーカーのレベルは、参照と比較して上昇する。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｄ）対象の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルが、参照レベルと比較して上昇している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であり、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｄ）対象の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルが、参照レベルと比較して上昇している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、癌の治療方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｃ）対象の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルが、参照レベルと比較して上昇している場合、対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
（ｄ）治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した対象へ、治療有効量の治療用化合物を投与すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルが、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルと比較して上昇している場合、対象を、治療用化合物による癌の治療に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象から試料を得ること；
（ｂ）癌に罹患している対象由来の試料へ治療用化合物を投与すること；
（ｃ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルが、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルと比較して上昇している場合、対象を、治療用化合物を用いた癌の治療に対して応答する可能性があると診断すること
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、本明細書に提供するのは、治療用化合物を用いた対象における癌の治療の効能のモニター方法であって：
（ａ）癌に罹患している対象へ治療用化合物を投与すること；
（ｂ）対象から試料を得ること；
（ｃ）対象由来の試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを判定すること；
（ｄ）試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルを、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、またはＤＤＩＴ３のレベルと比較し、ここで、参照と比較して高いレベルは、対象における癌を治療する上で治療用化合物の効能を示すこと
を含む当該方法であって；
ここで、治療用化合物は、式Ｉ：
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
１つの具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ４であり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ４であり、治療用化合物は化合物Ｃである。
具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ３であり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＡＴＦ３であり、治療用化合物は化合物Ｃである。
別の具体的な実施形態において、バイオマーカーはＤＤＩＴ３であり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。具体的な実施形態において、バイオマーカーはＤＤＩＴ３であり、治療用化合物は化合物Ｃである。
他の実施形態において、バイオマーカーは、アポトーシス経路における機能を有する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びｐＳ１１２−ＢＡＤからなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ３である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ７である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ８である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＢＩＤである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、カスパーゼ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＰＡＲＰである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、Ｍｃｌ−１である。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｐＳ１１２−ＢＡＤである。
いくつかの実施形態において、アポトーシス経路に関与するバイオマーカーは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象を識別すること、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性を予測すること、治療用化合物を用いた対象における癌の治療の効能をモニターすること、あるいは癌を治療することに使用する。
他の実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１など、ＸＢＰ関連経路における機能を有する。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１からなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＩＲＥ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ２である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＨＹＯＵ１である。いくつかの実施形態において、ＸＢＰ１関連経路に関与するバイオマーカーは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象を識別すること、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性を予測すること、治療用化合物を用いた対象における癌の治療の効能をモニターすること、あるいは癌を治療することに使用する。
さらに他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５など、ＡＴＦ６関連経路におけるタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５からなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ６である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ２である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＨＹＯＵ１である。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＨＳＰＡ５である。いくつかの実施形態において、ＡＴＦ６関連経路に関与するバイオマーカーは、治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象を識別すること、治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性を予測すること、治療用化合物を用いた対象における癌の治療の効能をモニターすること、あるいは癌を治療することに使用する。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのタンパク質レベルを判定することによって測定する。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、試料内のタンパク質をバイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合する第一の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合し、かつこの中で第二の抗体は、第一の抗体とは異なる、バイオマーカータンパク質上のエピトープへ免疫特異的に結合すること、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、及び（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量を基にして、バイオマーカータンパク質の量を判定することを含む。他の実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させることを含む。他の実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、第一の抗体へ免疫特異的に結合すること、（ｉｉ）第一の抗体へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、及び（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量を基にして、バイオマーカータンパク質の量を判定することを含む。
本明細書に提供する種々の方法に関する他の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを判定することによって測定する。
本明細書に提供する種々の方法に関するさらに他の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを判定することによって測定する。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物は、以下の第５．７節において説明する化合物である。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、治療用化合物は、式Ｉ
Figure 2017538104
 の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、
Figure 2017538104
Figure 2017538104
からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、治療用化合物は、
Figure 2017538104
Figure 2017538104
Figure 2017538104
Figure 2017538104
からなる群から選択される。
具体的な実施形態において、治療用化合物は、１−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−３−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）尿素
Figure 2017538104
 またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形である。
いくつかの実施形態において、治療用化合物は化合物Ｃであり、癌は、ＭＭ、リンパ腫、または白血病である。一実施形態において、癌はＭＭである。具体的な実施形態において、癌はリンパ腫である。いくつかの実施形態において、癌は白血病である。別の具体的な実施形態において、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬ、またはＡＭＬである。一実施形態において、白血病はＡＭＬである。
（５．３．バイオマーカーの検出方法及び定量方法）
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質など、生物試料由来のバイオマーカーのタンパク質レベルの検出方法及び定量方法であって、試料内のタンパク質を、バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合する第一の抗体と接触させることを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合し、かつここで、第二の抗体は、第一の抗体とは異なる、バイオマーカータンパク質上のエピトープへ免疫特異的に結合すること、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、及び（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量を基にして、バイオマーカータンパク質の量を判定することを含む。他の実施形態において、本明細書に提供する方法はさらに、（ｉ）第一の抗体へ結合したバイオマーカーを、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、第二の抗体は、第一の抗体へ免疫特異的に結合すること、（ｉｉ）第一の抗体へ結合した第二の抗体の存在を検出すること、及び（ｉｉｉ）第二の抗体における検出可能な標識の量を基にして、バイオマーカータンパク質の量を判定することを含む。
本明細書に提供する種々の方法に関するいくつかの実施形態において、本方法は、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質など、バイオマーカーのレベルを判定するための二重染色免疫組織化学的性質を用いることを含む。二重染色免疫組織化学アッセイにおいて、本明細書に提供するバイオマーカー及び別の癌バイオマーカーは、本明細書に提供するバイオマーカーを標的にする第一の標識された抗体及び癌バイオマーカーを標的にする第二の標識された抗体を用いて、同時に検出する。このようなアッセイは、本明細書に提供するバイオマーカーを検出及び測定するための特異性、正確性、及び感度を改善することができる。いくつかの実施形態において、癌バイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカーである。他の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＮＨＬバイオマーカーである。ある特定の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＤＬＢＣＬバイオマーカーである。いくつかの実施形態において、癌バイオマーカーは、ＭＭバイオマーカーである。他の実施形態において、癌バイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに他の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＡＭＬバイオマーカーである。
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法は、（ｉ）試料内のタンパク質を本明細書に提供するバイオマーカーへ免疫特異的に結合する第一の抗体と接触させ、（ｉｉ）試料内のタンパク質を癌バイオマーカーに免疫特異的に結合する第二の抗体（第二の抗体は、第二の検出可能な標識とカップリングしていること）と接触させ、（ｉｉｉ）タンパク質へ結合した第一の抗体及び第二の抗体の存在を検出すること、ならびに（ｉｖ）第一の抗体における検出可能な標識の量を基に、本明細書に提供するバイオマーカーのレベルを判定し、かつ第二の抗体における検出可能な標識の量を基に、癌バイオマーカーのレベルを判定することを含む。いくつかの実施形態において、癌バイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカーである。他の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＮＨＬバイオマーカーである。ある特定の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＤＬＢＣＬバイオマーカーである。いくつかの実施形態において、癌バイオマーカーは、ＭＭバイオマーカーである。他の実施形態において、癌バイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに他の実施形態において、癌バイオマーカーは、ＡＭＬバイオマーカーである。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、ＣＲＢＮまたは本明細書に提供するバイオマーカーなど、生物試料由来のバイオマーカーのＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）レベルの検出方法及び定量方法であり、（ａ）試料からＲＮＡを得ること、（ｂ）ＲＮＡを、ＲＮＡにおける配列へ特異的に結合するプライマーと接触させて、当該ＲＮＡに相補的な配列を有する第一のＤＮＡ分子を生じること、（ｃ）バイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するＤＮＡを増幅すること、及び（ｄ）増幅したＤＮＡの量を基に、バイオマーカーのＲＮＡレベルを判定することを含む。
いくつかの実施形態において、バイオマーカー（複数可）は、ＣＲＢＮ、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３など、本明細書に提供する他のバイオマーカー（複数可）と併用して評価する。
本明細書に提供する種々の方法に関するある特定の実施形態において、ステップのうちの２つ以上は、連続して実施する。本明細書に提供する方法に関する他の実施形態において、ステップのうちの２つ以上は、並行して実施する（例えば、同時に）。
ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＰＡＢＰ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ｅＥＦ１α、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１及びＢＡＤ、またはこれらの組み合わせなど、バイオマーカーのタンパク質レベルの検出方法及び定量方法のために本明細書に提供する例示的なアッセイは、ウェスタンブロット分析及び酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）（例えば、サンドイッチＥＬＩＳＡ）などのイムノアッセイである。ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＰＡＢＰ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ｅＥＦ１α、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１及びＢＡＤ、またはこれらの組み合わせなど、バイオマーカーのＲＮＡレベルの検出方法及び定量方法のために本明細書に提供する例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、例えば、定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。
ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質（例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３）、あるいはこれらの組み合わせなど、バイオマーカーのタンパク質レベルの検出方法及び定量方法のために本明細書に提供する例示的なアッセイは、ウェスタンブロット分析及び酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）（例えば、サンドイッチＥＬＩＳＡ）などのイムノアッセイである。ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質（例えば、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３）、あるいはこれらの組み合わせなど、バイオマーカーのＲＮＡのレベルの検出方法及び定量方法のために本明細書に提供する例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、例えば、定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。
（５．４．対象及び試料）
ある特定の実施形態において、本明細書に提供する種々の方法は、対象または個体（例えば、患者）由来の試料（例えば、生物試料）を使用する。対象は、癌（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病）に罹患している患者などの患者であることができる。対象は、哺乳類動物、例えば、ヒトであることができる。対象は、雄または雌であることができ、成体、子供、または幼児であることができる。試料は、癌（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病）の活動期中の時に、または癌（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病）が不活性である場合に、分析することができる。ある特定の実施形態において、対象由来の１つを超える試料を得ることができる。
ある実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する試料は、対象由来の体液を含む。体液の非限定例としては、血液（例えば、全血）、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、カウパー腺液、尿道球腺液、乳び、び粥、女性射精液（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、間質液、リンパ液、経血、母乳、粘液、胸水、膿、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣分泌液、嘔吐物、水、糞便、体内液（脳及び脊髄を取り囲んでいる脳脊髄液を含む）、滑液、細胞内液（細胞内部の流体）、及び硝子体液（眼球内部の流体）が挙げられる。いくつかの実施形態において、試料は、血液試料である。血液試料は、例えば、Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ，ｅｄｓ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０）において説明されるような従来技術を用いて得ることができる。白血球は、従来技術または市販のキット、例えば、ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ ｋｉｔ（Ｓｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カナダ、バンクーバー市）を用いて血液試料から分離することができる。白血球の下位集団、例えば、単核細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、またはリンパ球は、従来技術、例えば、磁気細胞分離（ＭＡＣＳ）（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、カリフォルニア州オーバーン市）または蛍光標示式細胞分取（ＦＡＣＳ）（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、カリフォルニア州サンノゼ市）を用いてさらに単離することができる。
一実施形態において、血液試料は、約０．１ｍＬ〜約１０．０ｍＬ、約０．２ｍＬ〜約７ｍＬ、約０．３ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．４ｍＬ〜約３．５ｍＬ、または約０．５ｍＬ〜約３ｍＬである。別の実施形態において、血液試料は、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、約１．０、約１．５、約２．０、約２．５、約３．０、約３．５、約４．０、約４．５、約５．０、約６．０、約７．０、約８．０、約９．０、または、約１０．０ｍＬである。
いくつかの実施形態において、本方法において使用する試料は、生検（例えば、腫瘍生検）を含む。生検は、いずれかの器官または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、結腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房、または他の器官に由来することができる。当業者によって公知のいずれかの生検技術は、対象から試料を単離するために使用することができ、例えば、切開生検、針生検（ｃｌｏｓｅ ｂｉｏｐｓｙ）、コア生検、切除生検、摘出生検、または穿刺吸引細胞診である。
一実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する試料は、対象が疾患または障害のための治療を受ける前に、対象から得る。別の実施形態において、試料は、対象が疾患または障害のための治療を受けている間に対象から得る。別の実施形態において、試料は、対象が疾患または障害のための治療を受けた後に対象から得る。種々の実施形態において、治療は、化合物（例えば、下記の第５．７節において提供する化合物）を対象へ投与することを含む。
（５．４．細胞のタイプ）
ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する試料は、癌（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病）細胞など、複数の細胞を含む。このような細胞には、いずれかのタイプの細胞、例えば、幹細胞、血球（例えば、末梢血単核細胞）、リンパ球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、または癌細胞を含む。
Ｂ細胞（Ｂリンパ球）には、例えば、血漿Ｂ細胞、記憶Ｂ細胞、Ｂ１細胞、Ｂ２細胞、辺縁体Ｂ細胞、及び濾胞性Ｂ細胞を含む。Ｂ細胞は、免疫グロブリン（抗体）及びＢ細胞受容体を発現することができる。
具体的な細胞集団は、市販の抗体（例えば、Ｑｕｅｓｔ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ（カリフォルニア州サン・フアン・カピストラーノ地区）製抗体またはＤａｋｏ（デンマーク）製抗体）の組み合わせを用いて得ることができる。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法における細胞は、ＰＢＭＣである。ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する試料は、疾患組織由来、例えば、癌（例えば、リンパ腫、ＭＭ、または白血病）に罹患している個体由来である。ある実施形態において、本明細書に提供する方法は、健常個体由来の細胞における遺伝子再構成を検出するのに有用である。ある特定の実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する細胞数は、単一の細胞から約１０９個の細胞に及ぶことができる。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する方法において使用する細胞数は、約１×１０４個、約５×１０４個、約１×１０５個、約５×１０５個、約１×１０６個、約５×１０６個、約１×１０７個、約５×１０７個、約１×１０８個、約５×１０８個、または約１×１０９個である。
対象から収集した細胞の数及びタイプは、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学（例えば、組織特異的または細胞マーカー特異的抗体を用いた染色）、蛍光標示式細胞分取（ＦＡＣＳ）、磁気細胞分取（ＭＡＣＳ）などの標準的な細胞検出技術を用いて細胞表面マーカーの変化を測定することによって、光学顕微鏡若しくは共焦点顕微鏡を用いて細胞の形態を検討することによって、及び／またはＰＣＲ及び遺伝子発現特性など、当該技術分野で周知の技術を用いて遺伝子発現の変化を測定することによってモニターすることができる。これらの技術は、１つ以上の特定のマーカーに対して陽性である細胞を識別するためにも使用することができる。
ある特定の実施形態において、細胞の部分集合は、本明細書に提供する方法において使用する。細胞の特定の集団の選別方法及び単離方法は、当該技術分野で周知であり、細胞の大きさ、形態、または細胞内若しくは細胞外マーカーを基にすることができる。このような方法には、フローサイトメトリー、フロー選別、ＦＡＣＳ、磁気細胞選別などのビーズ系分離、大きさを基にした分離（例えば、ふるい、障害物のアレイ、またはフィルタ）、マイクロ流体デバイスにおける選別、抗体系分離、沈降、アフィニティ吸着、アフィニティ抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャー法などを含むが、これらに限定しない。蛍光標示式細胞分取（ＦＡＣＳ）は、細胞を含む粒子を、粒子の蛍光特性を基に分離するための周知の方法である（Ｋａｍａｒｃｈ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８７，１５１：１５０〜１６５）。個々の粒子における経口部分のレーザー励起は結果的に、混合物から陽性粒子及び陰性粒子を電磁的に分離させるわずかな帯電を生じる。一実施形態において、細胞表面マーカー特異的抗体またはリガンドは、異なる蛍光標識を用いて標識する。細胞は、使用する抗体へ結合する能力を基にした細胞の分離を可能にする細胞分取装置を通じて処理される。ＦＡＣＳで分取した粒子は、９６穴または３８４穴のプレートの個々のウェルへと直接入れて、分離及びクローン化を容易にし得る。
一実施形態において、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）またはタンパク質は、腫瘍から精製し、バイオマーカーの存在または非存在は、遺伝子またはタンパク質の発現分析によって測定する。ある特定の実施形態において、バイオマーカーの存在または非存在は、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリー、または免疫蛍光によって測定する。他の実施形態において、バイオマーカーの存在または非存在は、ＥＬＩＳＡまたは当該技術分野で公知の他の類似の方法によって測定する。
（５．５．試料中のｍＲＮＡレベルの検出方法）
ｍＲＮＡレベルのいくつかの検出方法または定量方法は、当該技術分野で公知である。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、ＰＣＲベースの方法、及びこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定しない。バイオマーカー（例えば、ＣＲＢＮのｍＲＮＡまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡ、あるいはこれらの断片）のｍＲＮＡ配列は、ｍＲＮＡ配列に少なくとも部分的に相補的なプローブを調製するために使用することができる。プローブは次に、ＰＣＲベースの方法、ノーザンブロッティング、ディップスティック・アッセイ、及びこれらに類するものなど、いずれかの適切なアッセイを用いて、試料中のｍＲＮＡを検出するのに使用することができる。
他の実施形態において、生物試料における化合物の活性について検査するための核酸アッセイは調製することができる。アッセイは典型的には、固相支持体及び当該支持体と接触する少なくとも１つの核酸を含有し、ここで、核酸は、バイオマーカー（例えば、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質）のｍＲＮＡなど、患者における化合物による治療中に発現が変化したｍＲＮＡの少なくとも一部に対応する。本アッセイは、試料中のｍＲＮＡの発現変化を検出するための手段も有することができる。
本アッセイ法は、所望のｍＲＮＡ情報のタイプに応じて変化することができる。例示的な方法としては、ノーザンブロット及びＰＣＲベースの方法（例えば、ｑＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限定しない。ｑＲＴ−ＰＣＲなどの方法は、試料中のｍＲＮＡの量を正確に定量することもできる。
いずれかの適切なアッセイプラットフォームは、試料中のｍＲＮＡの存在を判定するために使用することができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルタ、ミクロスフェア、スライド、多重穴プレート、または光ファイバーの形態であり得る。アッセイ系は、ｍＲＮＡに対応する核酸が付着した固相支持体を有していることがある。固相支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球、多糖、毛細管、薄膜、プレート、またはスライドを含むことがある。アッセイ構成要素は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして、ともに調製及び包装することができる。
核酸は、所望の場合、標識したｍＲＮＡの集団を作製するために標識することができる。概して、試料は、当該技術分野で周知の方法を用いて（例えば、ＤＮＡリガーゼ、末端トランスフェラーゼを用いる、またはＲＮＡ骨格を標識することによるなど）標識することができる。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，３ｒｄ ｅｄ．１９９５）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．３ｒｄ ｅｄ．２００１）を参照されたい。いくつかの実施形態において、試料は、蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素（例えば、フルオレセインイソチオシアナート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６ カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥ））、ローダミン色素（例えば、ローダミン１１０（Ｒ１１０）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ）、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、５−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６））、シアニン色素（例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５及びＣｙ７）、Ａｌｅｘａ色素（例えば、Ａｌｅｘａ−ｆｌｕｏｒ−５５５）、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素（例えば、ヘキスト３３２５８）フェナントリジン色素（例えば、テキサスレッド）、エチジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポルフィリン色素、ポリメチン色素、ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、エオジン色素、テトラメチルローダミン、リサミン、ナフトフルオレセイン（Ｎａｐｔｈｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）、及びこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定しない。
いくつかの実施形態において、ｍＲＮＡ配列は、本明細書に提供するバイオマーカーの少なくとも１つのｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＰＡＢＰ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ｅＥＦ１α、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１及びＢＡＤのｍＲＮＡ、またはこれらの断片からなる群から選択される。
一実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３のｍＲＮＡ、またはこれらの断片からなる群から選択される。一実施形態において、ｍＲＮＡは、ｅＲＦ３ａ ｍＲＮＡである。別の実施形態において、ｍＲＮＡは、ｅＲＦ３ｂ ｍＲＮＡである。さらに別の実施形態において、ｍＲＮＡは、ｅＲＦ３ｃ ｍＲＮＡである。別の実施形態において、ｍＲＮＡは、ＡＴＦ４ ｍＲＮＡである。なおも別の実施形態において、ｍＲＮＡは、ＡＴＦ３ ｍＲＮＡである。他の実施形態において、ｍＲＮＡは、ＤＤＩＴ３ ｍＲＮＡである。核酸は、細胞または患者における化合物の処置の際に差次的に発現するｍＲＮＡ配列の少なくとも一部に各々対応する、固相支持体上の特定の参照可能な位置に存在し得る。
典型的なｍＲＮＡアッセイ法は、１）表面結合型対象プローブを得るステップ、２）ｍＲＮＡの集団を表面結合型プローブへ、特異的結合を準備するのに十分な条件下でハイブリッド形成するステップ、３）表面結合型プローブへ特異的に結合していない核酸を除去するためのハイブリッド形成後洗浄するステップ、及び４）ハイブリッド形成したｍＲＮＡを検出するステップを含有することができる。これらのステップの各々において使用する試薬及びそれらの使用条件は、特定の適用に応じて変化し得る。
ハイブリッド形成は、所望のようなストリンジェンシーにおいて変化し得る適切なハイブリッド形成条件下で実施することができる。典型的な条件は、相補的な結合メンバー間で、すなわち、試料中の表面結合型対象プローブと相補的ｍＲＮＡの間で固相表面上でプローブ／標的複合体を生じるのに十分である。ある特定の実施形態において、ストリンジェントなハイブリッド形成条件が採用され得る。
ハイブリッド形成は典型的には、ストリンジェントなハイブリッド形成条件下で実施する。標準的なハイブリッド形成技術（例えば、プローブに対する試料中の標的ｍＲＮＡ特異的な結合を準備するのに十分な条件下）は、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９２，２５８：８１８〜８２１及び国際特許出願公開第ＷＯ９３／１８１８６号において説明されている。一般的な技術に対するいくつかの指針は入手可能であり、例えば、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔｓ Ｉ ａｎｄ ＩＩ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ １９９３）である。インサイツハイブリッド形成に適した技術の説明については、Ｇａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８１，２１：４７０〜４８０、Ａｎｇｅｒｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｖｏｌ ７，ｐｇｓ ４３〜６５（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｓｅｔｌｏｗ ａｎｄ Ｈｏｌｌａｅｎｄｅｒ，ｅｄｓ．１９８５）を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリッド形成時間、洗浄条件のストリンジェンシー、及びこれらに類するものを含む、適切な条件の選択は、試料源、捕捉剤の同一性、期待される相補性の程度などを含む実験設計に依存するであろうし、当業者にとって通例の実験法として判断され得る。
当業者は、代替的だが同等なハイブリッド形成条件及び洗浄条件が、類似のストリンジェンシーの条件を提供するのに利用することができることを容易に認識するであろう。
ｍＲＮＡハイブリッド形成手順の後、表面結合型ポリヌクレオチドは典型的には、結合していない核酸を除去するために洗浄する。洗浄は、いずれかの簡便な洗浄プロトコルを用いて実施され得、ここで、洗浄条件は典型的には、先に説明した通り、ストリンジェントである。プローブに対する標的ｍＲＮＡのハイブリッド形成は次に、標準的な技術を用いて検出する。
ＰＣＲベースの方法など、他の方法も、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質の発現を検出するために使用することができる。ＰＣＲ法の例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，９２７，０２４号において認めることができる。ＲＴ−ＰＣＲ法の例は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，１２２，７９９号において認めることができる。蛍光インサイツＰＣＲの方法は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，１８６，５０７号において説明されている。
いくつかの実施形態において、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）は、ＲＮＡ標的の検出及び定量化の両方に使用することができる（Ｂｕｓｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．２００５，１０９：３６５〜３７９）。ｑＲＴ−ＰＣＲによって得た定量的な結果は概して、定性的なデータよりも情報価値がある。したがって、いくつかの実施形態において、ｑＲＴ−ＰＣＲベースのアッセイは、細胞系アッセイ中のｍＲＮＡレベルを測定するのに有用であることができる。ｑＲＴ−ＰＣＲ法は、患者の治療をモニターするのにも有用である。ｑＲＴ−ＰＣＲベースの方法の例は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，１０１，６６３号において認めることができる。
標準的な逆転写酵素ＰＣＲ及びアガロースゲルによる分析とは対照的に、ｑＲＴ−ＰＣＲは、定量的な結果を付与する。ｑＲＴ−ＰＣＲの追加の利点は、使用が相対的に簡単かつ便利なことである。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００などのｑＲＴ−ＰＣＲ用機器は市販されており、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙなどの試薬も市販されている。例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓは、製造元の説明書に従って使用することができる。これらのキットは、ヒト、マウス、及びラットのｍＲＮＡ転写産物の迅速で信頼できる検出及び定量化のための事前に配合された遺伝子発現アッセイである。例示的なｑＲＴ−ＰＣＲプログラムは、例えば、５０℃を２分間、９５℃を１０分間、９５℃を１５秒間に次いで、６０℃で１分間を４０サイクルである。
特定のアンプリコン蓄積と関係した蛍光シグナルが閾値（ＣＴと呼ばれる）を交差するサイクル数を判定するために、データは、例えば、同等のＣＴ相対的定量化算出法を用いる７５００ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎソフトウェア第１．３版を用いて分析することができる。この方法を用いて、結果は、発現レベルの倍数変化として表される。いくつかの実施形態において、閾値レベルは、ソフトウェアによって自動的に判定されるよう選択することができる。いくつかの実施形態において、閾値レベルは、ベースラインを上回るが増幅曲線の指数関数増殖領域内であるよう十分低く設定される。
（５．６．試料中のポリペプチドレベルまたはタンパク質レベルの検出方法）
いくつかのタンパク質検出方法及び定量方法は、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮによって直接的に若しくは間接的に影響されるタンパク質などのバイオマーカーのレベルを測定するために使用することができる。何らかの適切なタンパク質定量方法を使用することができる。いくつかの実施形態において、抗体ベースの方法を使用する。使用することのできる例示的な方法としては、イムノブロッティング（ウェスタンブロット）、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、フローサイトメトリー、サイトメトリービーズアレイ、質量分析、及びこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定しない。ＥＬＩＳＡのうちのいくつかのタイプは通常使用されており、これには直接的ＥＬＩＳＡ、間接的ＥＬＩＳＡ、及びサンドイッチＥＬＩＳＡを含む。
いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＣＫ１ａ、ＰＡＢＰ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ｅＥＦ１α、ＰＥＲＫ、ＥＩＦ２ａ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、ＡＴＦ６、ＨＳＰＡ５、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、及びＢＡＤのタンパク質からなる群から選択される。ある特定の実施形態において、バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質である。一実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃ、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、及びｅＲＦ３ｃからなる群から選択される。他の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＤＤＩＴ３からなる群から選択される。具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａである。別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｂである。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｃである。別の実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。なおも別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の具体的な実施形態において、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。
（５．７．化合物）
本明細書に提供する種々の化合物は、１つ以上のキラル中心を含有し、鏡像異性体の混合物（例えば、ラセミ混合物）またはジアステレオマーの混合物として存在することができる。本明細書に提供する方法は、このような化合物の立体異性体的に純粋な形態及び当該形態の混合物の使用を包含する。例えば、特定の化合物の等量のまたは非等量の鏡像異性体を含む混合物は、本明細書に提供する方法において使用され得る。これらの異性体は、キラルカラムまたはキラル分離剤など、標準的な技術を用いて非対称的に合成または分離され得る。Ｊａｃｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒｓ，Ｒａｃｅｍａｔｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８１）、Ｗｉｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ １９７７，３３：２７２５〜２７３６、Ｅｌｉｅｌ，Ｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｃａｒｂｏｎ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ（ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，ＮＹ，１９６２）、Ｗｉｌｅｎ，Ｔａｂｌｅｓ ｏｆ Ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｏｐｔｉｃａｌ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ, ｐ． ２６８ （Ｅｌｉｅｌ，ｅｄ．，Ｕｎｉｖ. ｏｆ Ｎｏｔｒｅ Ｄａｍｅ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｏｔｒｅ Ｄａｍｅ，ＩＮ，１９７２）を参照されたい。
いくつかの実施形態において、本発明は、式（Ｉ）：
Figure 2017538104
 の化合物またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を包含し、式中：
ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
ＹはＯまたはＳであり；
Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；
ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。
一実施形態において、ＸはＣＨ２である。別の実施形態において、ＸはＣ＝Ｏである。
一実施形態において、ＹはＯである。別の実施形態において、ＹはＳである。
一実施形態において、Ｒ１３は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキルである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１３は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１３は、プロピル、ブチル、ペンチル、またはヘキシルである。
一実施形態において、Ｒ１３は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシである。
一実施形態において、Ｒ１３は、シアノで任意に置換された５〜１０員のアリールまたはヘテロアリールである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１３は、シアノで任意に置換されたフェニルである。
一実施形態において、Ｒ１３は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシで任意に置換された５〜１０員のアリールまたはヘテロアリールである。ある特定の実施形態において、Ｒ１３は、メチレンジオキシで任意に置換されたフェニルである。
一実施形態において、Ｒ１３は、１つ以上のハロゲンで任意に置換された５〜１０員のアリールまたはヘテロアリールである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１３は、１つ以上のハロゲンで任意に置換されたフェニルである。
別の実施形態において、Ｒ１３は、それ自体１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシで任意に置換された５〜１０員のアリールまたはヘテロアリールである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１３は、それ自体１、２、または３つのハロゲンで任意に置換されたメチルまたはメトキシで任意に置換されたフェニルである。
別の実施形態において、Ｒ１３は、１つ以上のハロゲンでそれ自体任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオで任意に置換された５〜１０員のアリールまたはヘテロアリールである。
別の実施形態において、Ｒ１４は、Ｈである。別の実施形態において、Ｒ１４は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである。ある特定の具体的な実施形態において、Ｒ１４は、メチルである。
先の実施形態からなる組み合わせはすべて、本発明によって包含される。
例として、以下に列挙するもの、すなわち、
Figure 2017538104
Figure 2017538104
またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形が挙げられるがこれらに限定しない。
他の例としては、以下に列挙するもの、すなわち、
Figure 2017538104
Figure 2017538104
Figure 2017538104
Figure 2017538104
またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形が挙げられるが、これらに限定しない。
具体的な実施形態において、治療用化合物は、１−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−３−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）尿素
Figure 2017538104
 またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形である。
上述の詳細な説明及び添付の例は、単に実例であり、主題に関する制限としてとられるべきではない。開示した実施形態に対する種々の変更及び改変は、当業者に明白であろう。本明細書に提供する化学構造、置換基、誘導体、中間体、合成、製剤、及び／または使用方法を含むがこれらに限定しないこのような変更及び改変は、本明細書の精神及び範囲から逸脱することなくなされ得る。本明細書で引用する米国特許及び刊行物は、参照により組み込まれる。
（５．８ 医薬組成物）
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、式Ｉの化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形を含む医薬組成物である。いくつかの実施形態において、本明細書に提供する医薬組成物は、治療有効量の本明細書に提供する化合物のうちの１つ以上及び医薬として許容し得る担体、希釈剤、または賦形剤を含有する。いくつかの実施形態において、本化合物は、組成物における単一の医薬有効成分として製剤化され得、または他の有効成分と組み合わせられ得る。ある特定の実施形態において、式Ｉの化合物は、化合物Ｃである。
本化合物は、経口、注射、舌下及び頬側、直腸、膣内、眼内、耳内、鼻内、吸入、噴霧、皮膚、または経皮など、異なる投与経路に適した医薬組成物へと製剤化することができる。典型的には、先に説明した化合物は、当該技術分野で周知の技術及び手順を用いて医薬組成物へと製剤化される（例えば、Ａｎｓｅｌ，Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，（７ｔｈ ｅｄ．１９９９）を参照されたい）。
本組成物において、１つ以上の化合物または医薬として許容し得る塩の有効濃度は、適切な医薬担体またはビヒクルと混合される。ある特定の実施形態において、組成物中の化合物の濃度は、投与の際に、固形癌及び血液由来の癌を含む癌の症状及び／または進行のうちの１つ以上を治療、予防、または緩解させる量の送達に有効である。
活性化合物は、治療する患者に及ぼす望ましくない副作用の非存在下で、治療上有用な効果を発揮するのに十分な量にある。治療有効濃度は、本明細書に説明するインビトロ及びインビボの系において本化合物を検査することによって経験的に判定され得、次いで、ヒトのための薬用量についてそこから外挿される。医薬組成物における活性化合物の濃度は、活性化合物の吸収、組織分布、不活性化、及び排泄率、本化合物の物理化学的特徴、投薬スケジュール、及び投与する量、ならびに当業者に公知の他の因子によるであろう。
医薬として治療活性のある化合物及びその塩は、単位剤形または多重剤形で製剤化及び投与される。本明細書で使用する場合の単位剤形は、ヒト及び動物の対象に適しかつ当該技術分野で公知のように個々に包装された、物理的に分離した単位を指す。各単位用量は、必要とされる医薬担体、ビヒクル、または希釈剤との関係で、所望の治療効果を生じるのに十分な治療活性のある化合物の規定量を含有する。単位剤形の例としては、アンプル及び注射器、及び個々に包装された錠剤またはカプセル剤が挙げられる。単位剤形は、その除または乗で投与され得る。多重剤形は、分離された単位剤形において投与されるための単一の容器において包装された複数の同一の単位剤形である。多重剤形の例としては、バイアル、錠剤若しくはカプセルのボトル、またはパイント瓶若しくはガロン瓶が挙げられる。すなわち、多重剤形とは、包装で分離されていない複数の単位剤形である。
治療の精確な薬用量及び持続期間は、治療中の疾患に応じ、公知の検査プロトコルを用いてまたはインビボ若しくはインビトロでの検査データからの外挿によって経験的に判断され得ることは理解される。濃度及び薬用量値は、緩解されることになっている容態の重症度とともに変化し得ることも留意されるべきである。さらに、いずれかの特定の対象について、個々の需要と組成物の投与または監督する人間の専門的な判断とによって、具体的な薬用量投与計画が経時的に調整されるべきであること、及び本明細書に示す濃度範囲が例示的であるに過ぎず、請求した組成物の範囲または実施を制限するよう意図するものではないことはさらに理解されることになっている。
経口投与について、医薬として許容し得る非毒性組成物は、通常採用される賦形剤、例えば、医薬等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、タルク、セルロース誘導体、クロスカルメロースナトリウム、グルコース、スクロース、炭酸マグネシウム、またはサッカリンナトリウムのうちのいずれかの組み合わせによって形成される。このような組成物には、液剤、懸濁剤、錠剤、カプセル剤、散剤、持続放出製剤（インプラント及び微量封入した送達系などだがこれらに限定しない）、及び生分解性、生体適合性ポリマー（コラーゲン、エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリオルトエステル、ポリ乳酸、及びその他）を含む。これらの組成物の調製方法は、当業者に公知である。
非経口、皮内、皮下、または局所適用に使用する液剤または懸濁剤には、以下の構成要素、すなわち、滅菌済み希釈剤（水、生理食塩水、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、ジメチルアセトアミド、または他の合成溶媒）、抗菌薬（ベンジルアルコール及びメチルパラベンなど）、抗酸化薬（アスコルビン酸及び重硫酸ナトリウムなど）、キレート剤（エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）など）、緩衝剤（酢酸塩、クエン酸塩、及びリン酸塩など）、及び浸透圧の調整のための薬剤（塩化ナトリウムまたはデキストロースなど）のうちのいずれかを含むことができる。非経口調製物は、アンプル、ペン、使い捨て注射器、またはガラス、プラスチック、若しくは他の適切な材料でできた単回用量若しくは複数回用量のバイアル中に封入することができる。
本化合物が不十分な溶解度を呈する場合、化合物の可溶化方法を使用してもよい。このような方法は、当業者に公知であり、当該方法には、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）などの共溶媒を用いること、ＴＷＥＥＮ（登録商標）などの界面活性剤を用いること、または水酸化ナトリウム水溶液、重炭酸ナトリウム水溶液、若しくは塩化水素酸水溶液の中に本化合物を溶解させることを含むが、これらに限定しない。
徐放性調製物も調製することができる。徐放性調製物の適切な例としては、半透性マトリックスが、成形された物品、例えば、薄膜またはマイクロカプセルの形態にある、本明細書に提供する化合物を含有する固体の疎水性ポリマーからなる当該半透性マトリックスが挙げられる。徐放性マトリックスの例としては、イオン泳動パッチ、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリラート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド、Ｌ−グルタミン酸及びＬ−グルタミン酸エチルからなるコポリマー、非分解性エチレンビニルアセテート、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）(乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なミクロスフェア)などの分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、ならびにポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレンビニルアセテート及び乳酸−グリコール酸などのポリマーが、分子の放出を１００日間超可能にするが、ある特定のヒドロゲルは、タンパク質をより短時間放出する。封入した化合物が、長期間体内に留まる場合、３７℃の水分への曝露の結果として変性または凝集することがあり、結果的に生物活性を失い、構造に変化を生じ得る。合理的な戦略は、関与する作用機序に応じた安定化を考案することができる。例えば、凝集機序が、チオ−ジスルフィドの交換を通じて分子間Ｓ−Ｓ結合形成であると発見した場合、安定化は、スルフヒドリル残基を修飾すること、酸性溶液から凍結乾燥させること、水分含有量を制御すること、適切な添加剤を用いること、及び特定のポリマーマトリックス組成を生じる添加物によって達成され得る。
本明細書に提供するラクトース非含有組成物は当該技術分野で周知であり、そして例えば、米国薬局方（ＵＳＰ）において列挙される賦形剤を含有することができる。概して、ラクトース非含有組成物は、有効成分、結合剤／充填剤、及び潤滑剤を、医薬として適合性のあるかつ医薬として許容し得る量で含有する。例示的なラクトース非含有剤形は、有効成分、微結晶性セルロース、アルファ化デンプン、及びステアリン酸マグネシウムを含有する。
さらに包含されるのは、本明細書に提供する化合物を含有する無水医薬組成物及び剤形である。本明細書に提供する無水医薬組成物及び剤形は、当業者によって公知のように、無水または少量の水分を含有する成分及び少量の水分の条件または低湿度条件を用いて調製することができる。無水医薬組成物は、その無水性質が維持されるよう調製及び保管すべきである。したがって、無水組成物は、適切な製剤キットに含むことができるよう水への曝露を防止することが公知の材料を用いて包装される。適切な包装の例としては、気密性に密封したホイル、プラスチック、単位用量容器（例えば、バイアル）、ブリスターパック、及びストリップパックが挙げられるが、これらに限定しない。
有効成分を０．００１％〜１００％の範囲で、非毒性担体からなる平衡とともに含有する剤形または組成物は調製され得る。いくつかの実施形態において、熟慮される組成物は、約０．００５％から約９５％までの有効成分を含有する。他の実施形態において、熟慮される組成物は、約０．０１％から約９０％までの有効成分を含有する。ある特定の実施形態において、熟慮される組成物は、約０．１％から約８５％までの有効成分を含有する。他の実施形態において、熟慮される組成物は、約０．１％から約７５〜９５％までの有効成分を含有する。
組成物は、特製の所望の組み合わせを得るための他の活性のある化合物を含んでもよい。本明細書に提供する化合物、または本明細書に説明するその医薬として許容し得る塩はまた、固形癌または血液由来の癌など、先に本明細書に引用する疾患または医学的容態のうちの１つ以上を治療する上で価値があるよう、一般的な当該技術分野で公知の別の薬理学的作用因子とともに、治療目的または予防目的のために有利に投与され得る。このような併用療法が、本明細書に提供する治療に関する組成物及び方法のさらなる態様を構成することは理解されるべきである。
（５．８．１ 経口剤形）
経口医薬剤形は、固体、ゲル、または液体のいずれかである。固体剤形は、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、及びバルク粉末である。経口錠剤のタイプには、腸溶コーティング、糖衣、またはフィルムコートを施され得る圧縮された、噛み砕けるロゼンジ剤、及び錠剤を含む。カプセルは、硬質または軟質ゼラチンカプセルであり得るのに対し、顆粒及び粉末は、当業者に公知の他の成分の組み合わせを有する非発泡性形態または発泡性形態で提供され得る。
ある特定の実施形態において、製剤は、カプセル剤または錠剤など、固体剤形である。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤、及びこれらに類するものは、以下の成分、すなわち、結合剤、希釈剤、潤滑剤、滑剤、崩壊剤、着色料、甘味料、香料、湿潤剤、及びコーティング（例えば、腸溶コーティングまたはフィルムコート）のうちのいずれか１つ若しくはこれらからなる組み合わせ、または類似の性質の化合物を含有することができる。
結合剤の例としては、微結晶性セルロース、トラガカントゴム、グルコース溶液、アカシアゴム漿、ゼラチン溶液、スクロース、及びデンプンペーストが挙げられる。希釈剤には、例えば、ラクトース、スクロース、デンプン、カオリン、塩、マンニトール、リン酸二カルシウムを含む。潤滑剤には例えば、タルク、デンプン、ステアリン酸マグネシウム若しくはステアリン酸カルシウム、リコポディウム、及びステアリン酸を含む。滑剤には、コロイド状二酸化ケイ素を含むが、これに限定しない。崩壊剤には、例えば、クロスカルメロースナトリウム、グリコール酸デンプンナトリウム、アルギン酸、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、ベントナイト、メチルセルロース、アガー、及びカルボキシメチルセルロースを含む。着色料には、例えば、認可された公認水溶性ＦＤ及びＣ色素のうちのいずれか、これらの混合物、ならびにアルミニウム水和物上で懸濁した水不溶性ＦＤ及びＣ色素を含む。甘味料には例えば、スクロース、ラクトース、マンニトール、サッカリンなどの人工甘味料、及び何らかの数の噴霧乾燥した香料を含む。香料には、例えば、果実などの植物から抽出した天然香料、ならびにペパーミント及びサリチル酸メチルを含むがこれらに限定しない快適感を生じる化合物の合成配合物を含む。湿潤剤には、例えば、モノステアリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリル酸ジエチレングリコール及びポリオキシエチレンラウリルエーテルを含む。腸溶コーティングには、例えば、脂肪酸、脂肪、蝋、シェラック、アンモニア化シェラック、及び酢酸フタル酸セルロースを含む。フィルムコートには、例えば、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリエチレングリコール４０００、及び酢酸フタル酸セルロースを含む。
経口投与が所望である場合、化合物は、胃の酸性環境から防護する組成物中に提供され得る。例えば、本組成物は、胃の中でその完全性を維持して腸の中で活性化合物を放出する腸溶コーティングにおいて製剤化することができる。本組成物はまた、制酸成分または他のこのような成分と組み合わせて製剤化することもある。
液体経口剤形には、水溶液、エマルション、懸濁液、溶液、及び／または非発泡性顆粒から再構成した懸濁液ならびに発泡性顆粒から再構成した発泡性調製物を含む。水溶液には、例えば、エリキシル剤及びシロップ剤を含む。エマルションは、水中油または油中水のいずれかである。エリキシル剤は、透明な、甘味のある、水性アルコール（ｈｙｄｒｏａｌｃｏｈｏｌｉｃ）調製物である。エリキシル剤において使用する医薬として許容し得る担体には、溶媒を含む。シロップ剤は、糖、例えば、スクロースからなる濃縮した水溶液であり、保存料を含有してもよい。エマルションは、ある液体が別の液体中で小さな球状に分散した二相系である。エマルションにおいて使用する医薬として許容し得る担体は、非水性液体、乳化剤、及び保存料である。懸濁液は、医薬として許容し得る懸濁剤及び保存料である。非発泡性顆粒において使用し、液体経口剤形へと再構成されることになっている医薬として許容し得る物質には、希釈剤、甘味料、及び湿潤剤を含む。発泡性顆粒において使用し、液体経口剤形へと再構成されることになっている、医薬として許容し得る物質には、有機酸及び二酸化炭素源を含む。着色料及び香料は、先の剤形のすべてにおいて使用する。
溶媒には、グリセリン、ソルビトール、エチルアルコール、及びシロップを含む。保存料の例としては、グリセリン、メチルパラベン及びプロピルパラベン、ｂｅｎｚｏｉｃ ａｄｄ（安息香酸)、安息香酸ナトリウム、及びアルコールが挙げられる。エマルションにおいて利用する非水性液体の例としては、鉱油及び綿実油が挙げられる。乳化剤の例としては、ゼラチン、アカシア、トラガカント、ベントナイト、及びポリオキシエチレンソルビタンモノオレアートなどの界面活性剤が挙げられる。懸濁剤には、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ペクチン、トラガカント、ビーガム、及びアカシアを含む。希釈剤には、ラクトース及びスクロースを含む。甘味料には、スクロース、シロップ、グリセリン、及びサッカリンなどの人工甘味料を含む。湿潤剤には、プロピレングリコールモノステアラート、ソルビタンモノオレアート、ジエチレングリコールモノラウラート、及びポリオキシエチレンラウリルエーテルを含む。有機酸には、クエン酸及び酒石酸を含む。二酸化炭素源には、重炭酸ナトリウム及び炭酸ナトリウムを含む。
固体剤形については、例えば、プロピレンカーボネート、植物油、またはトリグリセリドにおける溶液または懸濁液がゼラチンカプセル中に封入される。このような溶液ならびにその調製物及び封入物は、米国特許第４，３２８，２４５号、第４，４０９，２３９号、及び第４，４１０，５４５号において開示されている。液体剤形については、例えば、ポリエチレングリコール中の溶液は、十分な量の医薬として許容し得る液体担体、例えば水で希釈され、投与のために容易に測定され得る。
あるいは、液体または半固体の経口製剤は、植物油、グリコール、トリグリセリド、プロピレングリコールエステル（例えば、プロピレンカーボネート）、及び他のこのような担体中に活性化合物または塩を溶解または分散させること、ならびに硬質または軟質ゼラチンカプセルシェル中にこれらの溶液または懸濁液を封入することによって調製され得る。他の有用な製剤には、本明細書に提供する化合物を含有するもの、１，２−ジメトキシメタン、ジグリム、トリグリム、テトラグリム、ポリエチレングリコール−３５０−ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール−５５０−ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール−７５０−ジメチルエーテル（ここで、３５０、５５０、及び７５０は、ポリエチレングリコールの概算平均分子量を指す）、ならびに酪酸ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、酪酸ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、没食子酸プロピル、ビタミンＥ、ヒドロキノン、ヒドロキシクマリン、エタノールアミン、レシチン、セファリン、アスコルビン酸、リンゴ酸、ソルビトール、リン酸、チオジプロピオン酸及びそのエステル、ならびにジチオカルバマートなどの１つ以上の抗酸化薬を含むがこれらに限定しないジアルキル化モノまたはポリアルキレングリコールを含むがそれらに限定しない。
他の製剤には、医薬として許容し得るアセタールを含む水性アルコール溶液を含むが、これに限定しない。これらの製剤において使用するアルコールは、プロピレングリコール及びエタノールを含むがこれらに限定しない１つ以上のヒドロキシル基を有する何らかの医薬として許容し得る水混和性溶媒である。アセタールには、アセトアルデヒドジエチルアセタールなどの低級アルキルアルデヒドのジ（低級アルキル）アセタールを含むがこれに限定しない。
（５．８．２ 注射剤、液剤、及びエマルション）
本組成物の非経口投与には、静脈内、皮下、及び筋肉内投与を含む。非経口投与のための組成物には、注射用に準備した滅菌済み液剤、凍結乾燥粉末など、使用直前に溶媒と組み合わせるのに容易な滅菌済み乾燥可溶性製剤、注射用に準備した滅菌済み懸濁剤、及び滅菌済みエマルションを含む。液剤は、水性または非水性のいずれかであり得る。単位用量の非経口調製物は、アンプル、バイアルまたは針付き注射器の中に包装される。非経口投与用の調製物はすべて、当該技術分野で公知及び実施されているように、滅菌済みでなければならない。
非経口調製物において使用する医薬として許容し得る担体には、水性ビヒクル、非水性ビヒクル、抗菌薬、等張剤、緩衝液、抗酸化薬、局所麻酔薬、懸濁剤及び分散剤、乳化剤、金属イオン封鎖剤またはキレート剤、ならびに他の医薬として許容し得る物質を含む。
水性ビヒクルの例としては、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、等張性デキストロース注射液、滅菌水注射液、デキストロース及び乳酸化リンゲル注射液を含む。非水性非経口ビヒクルには、綿実油、トウモロコシ油、ゴマ油、及びピーナッツ油など、植物起源の不揮発性油を含む。静菌性または静真菌性濃度の抗菌薬は、複数回用量の容器中に包装された非経口調製物へ添加されなければならず、当該抗菌薬には、フェノールまたはクレゾール、水銀、ベンジルアルコール、クロロブタノール、メチル及びプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸エステル、チメロサル、塩化ベンズアルコニウム、ならびに塩化ベンズエトニウムを含む。等張剤には、塩化ナトリウム及びデキストロースを含む。緩衝液には、リン酸及びクエン酸を含む。抗酸化薬には、重硫酸ナトリウムを含む。局所麻酔薬には、塩酸プロカインを含む。懸濁剤及び分散剤には、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリビニルピロリドンを含む。乳化剤には、ポリソルベート８０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０）を含む。金属イオンの金属イオン封鎖剤またはキレート剤にはＥＤＴＡを含む。医薬担体には、エチルアルコール、水混和性ビヒクル用のポリエチレングリコール及びプロピレングリコール、ならびにｐＨ調整用の水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸、または乳酸も含む。
注射剤は、局所及び全身の投与用に設計される。典型的には、治療有効薬用量は、治療する組織（複数可）に対する１％（ｗ／ｗ）超の活性化合物など、少なくとも約０．１％（ｗ／ｗ）〜約９０％（ｗ／ｗ）以上の濃度を含有するよう製剤化される。有効成分は、一度に投与され得、または複数の時間間隔で投与されるよういくつかのより少量の用量へと分割され得る。治療に関する精確な薬用量及び持続期間が、公知の検査プロトコルを経験的に用いてまたはインビボ若しくはインビトロでの検査データからの外挿によって判断され得ることは理解される。濃度及び薬用量の値はまた、治療する個体の年齢とともに変化し得ることは留意すべきである。いずれかの特定の対象について、具体的な薬用量投与計画が、個々の需要及び製剤の投与を投与または監督する人間の専門的な判断によって経時的に調整すべきであること、ならびに本明細書に示す濃度範囲が例示的であるに過ぎず、請求する製剤の範囲または実施を制限するよう意図するものではないことはさらに理解されるべきである。
（５．８．３ 凍結乾燥粉末）
また、本明細書の関心対象のうちにあるのは、液剤、エマルション、及び他の混合物としての投与のために再構成することのできる凍結乾燥粉末である。当該凍結乾燥粉末はまた、再構成され、固体またはゲルとして製剤化され得る。
滅菌済みの凍結乾燥粉末は、本明細書に提供する化合物またはその医薬として許容し得る塩を適切な溶媒中に溶解することによって調製される。溶媒は、粉末または粉末から調製した再構成した溶液の安定性または他の薬理学的構成要素を改善する賦形剤を含有してもよい。使用され得る賦形剤には、デキストロース、ソルビタール、フルクトース、トウモロコシシロップ、キシリトール、グリセリン、グルコース、スクロース、または他の適切な薬剤を含むが、これらに限定しない。溶媒は、クエン酸塩、リン酸塩、または当業者に公知の他の緩衝液などの緩衝液も含有し得る。一実施形態において、緩衝液は、ほぼ中性のｐＨを有する。その後の溶液の濾過滅菌後の当業者に公知の標準的な条件下での凍結乾燥は、所望の製剤を提供する。概して、結果として生じる溶液は、凍結乾燥用バイアルへと分注されるであろう。各バイアルは、単回薬用量（１０〜１０００ｍｇまたは１００〜５００ｍｇを含むが、これらに限定しない）または複数回薬用量の当該化合物を含有するであろう。凍結乾燥した粉末は、約４℃〜室温など、適切な条件下で保管することができる。
この凍結乾燥した粉末を注射用の水を用いて再構成することは、非経口投与における使用のための製剤を提供する。再構成用に、約１〜５０ｍｇ、約５〜３５ｍｇ、または約９〜３０ｍｇの凍結乾燥粉末を１ミリリットルの滅菌水または他の適切な担体当たりに添加する。精確な量は、選択した化合物による。このような量は、経験的に判断することができる。
（５．８．４ 局所投与）
局所用混合物は、局所及び全身への投与について説明したように調製する。結果として生じる混合物は、液剤、懸濁剤、エマルション、またはこれらに類するものであり得、クリーム、ゲル、軟膏、エマルション、液剤、エリキシル剤、ローション、懸濁剤、チンキ剤、ペースト、フォーム、エアゾール、灌注剤、スプレー剤、坐剤、包帯剤、皮膚パッチ、または局所投与に適した何らかの他の製剤として製剤化される。
本化合物またはその医薬として許容し得る塩は、吸入などによる局所適用のためのエアゾールとして製剤化され得る（例えば、炎症性疾患、特に喘息の治療に有用なステロイドの送達用のエアゾールを説明している米国特許第４，０４４，１２６号、第４，４１４，２０９号、及び第４，３６４，９２３号を参照されたい）。気道への投与のためのこれらの製剤は、噴霧器用のエアゾールまたは液剤の形態で、あるいはガス注入用の微粒子粉として、単独であるいはラクトースなどの不活性担体との併用であることができる。このような場合、製剤の粒子は、５０ミクロン未満または１０ミクロン未満の直径を有するであろう。
これらの溶液、特に眼科的使用に意図したものは、適切な塩を用いて０．０１％〜１０％の等張性溶液、ｐＨ約５〜７として製剤化され得る。
（５．８．５ 他の投与経路のための組成物）
経皮パッチ及び直腸投与などの他の投与経路も、本明細書で熟慮する。
例えば、直腸投与のための医薬剤形は、全身性効果のための直腸用坐剤、カプセル剤、及び錠剤である。本明細書で使用するような直腸坐剤は、直腸中への挿入のための固形本体を意味し、当該固形本体は、１つ以上の薬理学的にまたは治療上有効な成分を放出する体温で融解または軟化する。直腸用坐剤において利用する医薬として許容し得る物質には、基剤（またはビヒクル）及び融点を上昇させる薬剤を含む。基剤の例としては、例えば、ココアバター（テオブロマ油）、グリセリンゼラチン、カーボワックス（ポリオキシエチレングリコール）、ならびに脂肪酸のモノ、ジ及びトリグリセリドからなる適切な混合物が挙げられる。種々の基剤の組み合わせを使用してもよい。坐剤の融点を上昇させるための薬剤には、例えば、鯨蝋及び蝋を含む。直腸用坐剤は、圧縮法によってまたは鋳造によってのいずれかで調製され得る。直腸用坐剤の例示的な重量は、約２〜３グラムである。
直腸投与のための錠剤及びカプセル剤は、経口投与用製剤と同じ医薬として許容し得る物質を用いて、及び同じ方法によって製剤化される。
（５．８．６ 徐放性組成物）
本明細書に提供する有効成分は、徐放性手段によってまたは当業者に周知の送達装置によって投与することができる。例としては、それらの各々が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第３，８４５，７７０号、第３，９１６，８９９号、第３，５３６，８０９号、第３，５９８，１２３号、第４，００８，７１９号、第５，６７４，５３３号、第５，０５９，５９５号、第５，５９１，７６７号、第５，１２０，５４８号、第５，０７３，５４３号、第５，６３９，４７６号、第５，３５４，５５６号、第５，６３９，４８０号、第５，７３３，５６６号、第５，７３９，１０８号、第５，８９１，４７４号、第５，９２２，３５６号、第５，９７２，８９１号、第５，９８０，９４５号、第５，９９３，８５５号、第６，０４５，８３０号、第６，０８７，３２４号、第６，１１３，９４３号、第６，１９７，３５０号、第６，２４８，３６３号、第６，２６４，９７０号、第６，２６７，９８１号、第６，３７６，４６１号、第６，４１９，９６１号、第６，５８９，５４８号、第６，６１３，３５８号、第６，６９９，５００号、及び第６，７４０，６３４号において説明されているものが挙げられるが、これらに限定しない。このような剤形は、変動する比率の所望の放出特性を提供するために、例えば、ヒドロプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリックス、ゲル、浸透可能な膜、浸透圧系、多層コーティング、微粒子、リポソーム、ミクロスフェア、またはこれらの組み合わせを用いて、１つ以上の有効成分の緩徐な放出または徐放を提供するのに使用することができる。本明細書に説明されるものを含む、当業者に公知の適切な徐放性製剤は、本明細書に提供する有効成分とともに使用するために容易に選択することができる。
徐放性医薬製品はすべて、制御されていない対応物を上回って薬剤療法を改善する共通の目的を有する。一実施形態において、医学的処置における最適に設計した徐放性調製物の使用は、最短の時間で容態を治癒または制御するために採用される最少量の薬剤物質を特徴とする。ある特定の実施形態において、徐放性製剤の利点には、薬剤活性の延長、投薬頻度の低下、及び患者の服薬遵守の亢進を含む。加えて、徐放性製剤は、作用の開始時または薬剤の血中レベルなどの他の特徴に影響するのに使用することができ、したがって、副作用（例えば、有害作用）の発症に影響することができる。
たいていの徐放性製剤は、所望の治療効果を迅速に生じる量の薬剤（有効成分）をまず放出して、次に、延長した時間にわたってこのレベルの治療効果または予防効果を維持するよう設計される。体内におけるこの定常レベルの薬剤を維持するために、薬剤は、代謝され身体から排出される薬剤の量を置き換えるであろう速度で剤形から放出されなければならない。有効成分の徐放性は、ｐＨ、温度、酵素、水、他の生理学的条件、または化合物を含むがこれらに限定しない種々の条件によって刺激することができる。
ある特定の実施形態において、薬剤は、静脈内注入、埋め込み可能な浸透圧ポンプ、経皮パッチ、リポソーム、または他の投与様式を用いて投与され得る。一実施形態において、ポンプを使用してもよい。Ｓｅｆｔｏｎ， ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｆ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１９８７，１４：２０１〜２４０、Ｂｕｃｈｗａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ １９８０，８８：５０７〜５１６、Ｓａｕｄｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９８９，３２１：５７４〜５７９を参照されたい。別の実施形態において、ポリマー材料を使用することができる。さらに別の実施形態において、徐放系は、治療標的の近くに置くことができ、したがって、少量の全身用用量のみを必要とする。例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，Ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５−１３８（１９８４）を参照されたい。
いくつかの実施形態において、徐放性装置は、不適切な免疫活性化または腫瘍の部位の近くで対象の中へ導入される。他の徐放系は、Ｌａｎｇｅｒ（Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９０，２４９：１５２７〜１５３３）による総説において考察されている。有効成分は、固体内側マトリックス（例えば、ポリメチルメタクリラート、ポリブチルメタクリラート、可塑化または非可塑化ポリビニルクロリド、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタラート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン−酢酸ビニルコポリマー、シリコンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、アクリル酸及びメタクリル酸のエステルからなるヒドロゲルなどの親水性ポリマー、コラーゲン、交差架橋したポリビニルアルコールならびに交差架橋した部分的に加水分解した酢酸ポリビニル）中に分散させることができる。いくつかの実施形態において、内側マトリックスは、外側ポリマー膜（ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン／プロピレンコポリマー、エチレン／アクリル酸エチルコポリマー、エチレン／酢酸ビニルコポリマー、シリコンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩化ポリエチレン、塩化ポリビニル、酢酸ビニルとの塩化ビニルコポリマー、塩化ビニリデン、エチレン、プロピレン、イオノマーポリエチレンテレフタラート、ブチルゴムエピクロロヒドリンゴム、エチレン／ビニルアルコールコポリマー、エチレン／酢酸ビニル／ビニルアルコールターポリマー、及びエチレン／ビニルオキシエタノールコポリマー）によって取り囲まれている。ある特定の実施形態において、外側ポリマー膜は、体液中で不溶性である。次に、有効成分は、放出速度制御ステップにおいて外側ポリマー膜を通じて拡散する。このような非経口組成物中に含有される有効成分の百分率は、その具体的な性質、及び対象の需要による。
（５．８．７ 標的化製剤）
本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩は、治療する対象の特定の組織、受容体、または身体の他の領域を標的化するよう製剤化されることもあり得る。多くのこのようなターゲティング方法は、当業者に周知である。このようなターゲティング方法はすべて、本組成物における使用のために本明細書に熟慮されている。ターゲティング方法に関する非限定例については、例えば、第６，３１６，６５２号、第６，２７４，５５２号、第６，２７１，３５９号、第６，２５３，８７２号、第６，１３９，８６５号、第６，１３１，５７０号、第６，１２０，７５１号、第６，０７１，４９５号、第６，０６０，０８２号、第６，０４８，７３６号、第６，０３９，９７５号、第６，００４，５３４号、第５，９８５，３０７号、第５，９７２，３６６号、第５，９００，２５２号、第５，８４０，６７４号、第５，７５９，５４２号、及び第５，７０９，８７４号を参照されたい。
一実施形態において、腫瘍標的化リポソームなど、組織を標的化するリポソームを含むリポソーム懸濁剤も、医薬として許容し得る担体として適切であり得る。これらは、当業者に公知の方法によって調製され得る。例えば、リポソーム製剤は、米国特許第４，５２２，８１１号において説明されるように調製され得る。簡潔には、多層性ビヒクル（ＭＬＶ）などのリポソームは、フラスコの内側で卵ホスファチジルコリン及び脳ホスファチジルセリン（７：３のモル濃度比）を乾燥させることによって形成され得る。二価のカチオンを欠失するリン酸緩衝塩類溶液（ＰＢＳ）における本明細書に提供する化合物の溶液を添加し、脂質薄膜が分散するまでフラスコを振盪させる。結果として生じる小胞を洗浄して、封入されていない化合物を除去し、遠心分離によってペレット化し、次いでＰＢＳ中で再懸濁する。
（５．８．８ 製品）
本化合物または医薬として許容し得る塩は、包装材料、固形癌及び血液由来の腫瘍を含む癌の１つ以上の症状または進行の治療、予防、または緩解に使用する本明細書に提供する化合物またはその医薬として許容し得る塩、ならびに本化合物またはその医薬として許容し得る塩が、固形癌及び血液由来の腫瘍を含む癌の１つ以上の症状または進行の治療、予防、または緩解に使用されることを示すラベルを含有する製品として包装することができる。
本明細書に提供する製品は、包装材料を含有する。医薬製品を包装する上での使用のための包装材料は、当業者に周知である。例えば、米国特許第５，３２３，９０７号、第５，０５２，５５８号、及び第５，０３３，２５２号を参照されたい。医薬包装材料の例としては、ブリスターパック、ボトル、チューブ、吸入器、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、注射器、ペン、ボトル、ならびに選択した製剤と意図した投与及び治療様式とに適した何らかの包装材料が挙げられるが、これらに限定しない。本明細書に提供する化合物及び組成物の広範な範囲の製剤が熟慮される。
（５．９ バイオマーカーレベルを検出するためのキット）
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するためのキットである。ある特定の実施形態において、本キットは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡへ特異的に結合する１つ以上のプローブを含む。ある特定の実施形態において、本キットはさらに、洗浄溶液を含む。ある特定の実施形態において、本キットはさらに、ハイブリッド形成アッセイ、ｍＲＮＡ単離または精製手段、検出手段を実施するための試薬、ならびに陽性対照及び陰性対照を含む。ある特定の実施形態において、本キットはさらに、キットを使用するための説明書を含む。本キットは、在宅用途、臨床用途、または研究用途のために適合させることができる。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。ある特定の実施形態において、本キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体で被覆したディップスティック、洗浄溶液、アッセイを実施するための試薬、タンパク質単離または精製手段、検出手段を実施するための試薬、ならびに陽性対照及び陰性対照を含む。ある特定の実施形態において、本キットはさらに、キットを使用するための説明書を含む。本キットは、在宅用途、臨床用途、または研究用途のために適合させることができる。
このようなキットは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルタ、ミクロスフェア、スライド、多重穴プレート、または光ファイバーを採用することができる。本キットの固相支持体は例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球、多糖、毛細管、薄膜、プレート、またはスライドであることができる。生物試料は、例えば、細胞培養物、細胞株、組織、器官、小器官、生物流体、血液試料、尿試料、または皮膚試料であることができる。
別の実施形態において、本キットは、固相支持体、支持体へ付着した核酸（ここで、核酸は、少なくとも２０、５０、１００、２００、３５０、またはそれより多数の塩基のｍＲＮＡと相補的である）、及び生物試料中でｍＲＮＡの発現を検出するための手段を含む。
具体的な実施形態において、医薬キットまたはアッセイキットは、容器中に、化合物またはその医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器中に、ＲＮＡを単離するための構成要素を含む。別の具体的な実施形態において、医薬キットまたはアッセイキットは、容器中に、化合物または医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器中に、ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＲＴ−ＰＣＲ、ディープシークエンシング、またはマイクロアレイを実施するための構成要素を含む。
ある特定の実施形態において、本明細書に提供するキットは、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリー、または免疫蛍光によってバイオマーカーの発現を検出するための手段を採用する。他の実施形態において、バイオマーカーの発現は、ＥＬＩＳＡベースの方法論または当該技術分野で公知の他の類似の方法によって測定する。
別の具体的な実施形態において、医薬キットまたはアッセイキットは、容器中に、化合物またはその医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器中に、タンパク質を単離するための構成要素を含む。別の具体的な実施形態において、医薬キットまたはアッセイキットは、容器中に、化合物または医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器中に、フローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを実施するための構成要素を含む。
別の態様において、本明細書に提供するのは、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセット（例えば、１、２、３、４、５、またはそれより多数のバイオマーカー）の１つ以上の遺伝子産物の存在量を測定するのに必要な材料を供給するバイオマーカーを測定するためのキットである。このようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を測定するのに必要な材料及び試薬を含み得る。いくつかの実施形態において、このようなキットにはマイクロアレイを含み、ここで、マイクロアレイは、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの１つ以上の遺伝子産物とハイブリッド形成するオリゴヌクレオチドならびに／またはＤＮＡ及び／若しくはＲＮＡの断片、あるいはこれらの何らかの組み合わせから構成される。いくつかの実施形態において、このようなキットには、バイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセット、またはこの両方のＲＮＡ産物またはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーのいずれかのＰＣＲのためのプライマーを含み得る。いくつかの実施形態において、このようなキットには、ＰＣＲのためのプライマー及びｑＰＣＲのためのプローブを含み得る。いくつかの実施形態において、このようなキットには、複数のプライマー及び複数のプローブを含み得、ここで、プローブのうちのいくつかは、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの複数の遺伝子産物を同時に測定することができるよう異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態において、このようなキットにはさらに、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットのタンパク質産物に特異的な抗体を含み得る。このようなキットは追加的に、生物試料からＲＮＡ及び／またはタンパク質を単離するための材料及び試薬を含み得る。加えて、このようなキットには、生物試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための材料及び試薬を含み得る。いくつかの実施形態において、このようなキットには、患者が化合物に対して臨床的に感応性があるかどうかを予測するためにコンピュータ可読媒体に埋め込まれたコンピュータプログラム製品を含み得る。いくつかの実施形態において、本キットには、コンピュータ可読媒体上に埋め込まれたコンピュータプログラム製品を説明書とともに含み得る。
いくつかの実施形態において、このようなキットは、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの１つ以上の核酸産物の発現を測定する。本実施形態に従って、本キットは、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの特定の核酸産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含み得る。例えば、マイクロアレイまたはＲＴ−ＰＣＲキットは、患者における血液癌が化合物に対して臨床的に感応性があるかどうかを予測するために、特定の容態のために製造され得、本明細書に提供するバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの具体的なＲＮＡ転写産物のレベルを測定するのに必要な当該試薬及び材料のみを含有する。あるいは、いくつかの実施形態において、本キットは、本明細書に提供するバイオマーカー以外の遺伝子の特定の核酸産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含むことができる。例えば、ある特定の実施形態において、本キットは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、またはそれより多数の発現レベルを測定するのに必要な材料及び試薬を、本明細書に提供するバイオマーカー以外の少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な材料及び試薬に加えて含む。他の実施形態において、本キットは、本明細書に提供するバイオマーカーの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の、及び本明細書に提供するバイオマーカーではない１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、３００、３５０、４００、４５０、またはそれより多数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含有する。ある特定の実施形態において、本キットは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の、及び本明細書に提供するバイオマーカーではない１〜１０、１〜１００、１〜１５０、１〜２００、１〜３００、１〜４００、１〜５００、１〜１０００、２５〜１００、２５〜２００、２５〜３００、２５〜４００、２５〜５００、２５〜１０００、１００〜１５０、１００〜２００、１００〜３００、１００〜４００、１００〜５００、１００〜１０００または５００〜１０００の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含有する。
核酸マイクロアレイキットについて、本キットは概して、固相支持体表面へ付着したプローブを含む。１つのこのような実施形態において、プローブは、長さ１５０ヌクレオチドから８００ヌクレオチドに及ぶプローブを含むオリゴヌクレオチドまたは長めのプローブのいずれかであることができる。プローブは、検出可能な標識で標識してもよい。具体的な実施形態において、プローブは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子産物のうちの１つ以上に特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイを実施するための説明書、ならびにアッセイを実施することから結果的に生じるデータを解釈及び解析するための方法を含んでもよい。具体的な実施形態において、本キットは、患者における血液癌が化合物に対して臨床的に感応性があるかどうかを予測するための説明書を含む。本キットは、ハイブリッド形成試薬及び／または、プローブが標的核酸配列とハイブリッド形成する場合に生じるシグナルを検出するために必要な試薬も含み得る。概して、マイクロアレイキットのための材料及び試薬は、１つ以上の容器中にある。本キットの各構成要素は概して、それ自体の適切な容器中にある。
ある特定の実施形態において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、またはそれより多数の発現レベル、あるいはこれらの組み合わせを測定するのに必要な材料及び試薬を、本明細書に提供バイオマーカーの遺伝子以外の少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬及び材料に加えて含む。他の実施形態において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の発現レベル、あるいはこれらの何らかの組み合わせ、及び本明細書に提供するバイオマーカーではない１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、３００、３５０、４００、４５０、またはそれより多数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含有する。別の実施形態において、核酸マイクロアレイキットは、本明細書に提供するバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、またはそれより多数の発現レベル、あるいはこれらの何らかの組み合わせ、及び本明細書に提供するバイオマーカーではない１〜１０、１〜１００、１〜１５０、１〜２００、１〜３００、１〜４００、１〜５００、１〜１０００、２５〜１００、２５〜２００、２５〜３００、２５〜４００、２５〜５００、２５〜１０００、１００〜１５０、１００〜２００、１００〜３００、１００〜４００、１００〜５００、１００〜１０００または５００〜１０００の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬及び材料を含有する。
定量的ＰＣＲについて、本キットは概して、特定の核酸配列に特異的な、事前に選択したプライマーを含む。定量的ＰＣＲキットは、核酸を増幅するのに適した酵素（例えば、Ｔａｑポリメラーゼなどのポリメラーゼ）、デオキシヌクレオチド、及び増幅反応に必要とされる緩衝液も含み得る。定量的ＰＣＲキットは、容態と関係したまたは容態を示す核酸配列に特異的なプローブも含み得る。プローブは、フルオロフォアで標識されていてもまたはされていなくてもよい。プローブは、消光分子を用いて標識されていてもまたはされていなくてもよい。いくつかの実施形態において、定量的ＰＣＲキットは、酵素（例えば、ＡＭＶ、ＭＭＬＶ、及びこれらに類するものなどの逆転写酵素）及びデオキシヌクレオチドを備えた逆転写用のためのプライマー、ならびに逆転写反応に必要とされる緩衝液を含む、ＲＮＡを逆転写するのに適した構成要素も含む。定量的ＰＣＲキットの各構成要素は概して、それ自体の適切な容器中にある。したがって、これらのキットは概して、各個々の試薬、酵素、プライマー及びプローブに適した異なる容器を含む。さらに、定量的ＰＣＲキットは、反応を実施するための説明書、ならびに反応を実施することから結果的に生じるデータを解釈及び解析するための方法を含み得る。具体的な実施形態において、本キットは、患者における血液癌が化合物に対して臨床的に感応性があるかどうかを予測するための説明書を含有する。
抗体系キットについて、キットは、例えば、（１）関心対象のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質へ結合する第一の抗体（固相支持体へ付着していてもまたはしていなくてもよい）、ならびに（２）第一の抗体またはペプチド、ポリペプチド、若しくはタンパク質のいずれかへ結合して、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、放射性同位体、または酵素）へ結合した第二の異なる抗体を含むことができる。具体的な実施形態において、関心対象のペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質は、容態（例えば、疾患）と関係している、または容態を示す。抗体系キットは、免疫沈降を実施するためのビーズも含み得る。抗体系キットの各構成要素は概して、それ自体の適切な容器中にある。したがって、これらのキットは概して、各抗体及び試薬に適した異なる容器を含む。さらに、抗体系キットは、アッセイを実施するための説明書ならびにアッセイを実施することから結果的に生じるデータを解釈及び解析するための方法を含み得る。具体的な実施形態において、本キットは、患者における血液癌が化合物に対して臨床的に感応性があるかどうかを予測するための説明書を含有する。
一実施形態において、本明細書に提供するキットは、本明細書に提供する化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、若しくは水和物を含む。キットはさらに、本明細書に開示するものを含むがこれに限定しない追加の活性作用因子を含んでもよい。
本明細書に提供するキットはさらに、有効成分を投与するのに使用する装置を含んでもよい。このような装置の例としては、注射器、点滴バッグ、パッチ、及び吸入器が挙げられるが、これらに限定しない。
キットはさらに、移植用の細胞または血液、及び１つ以上の有効成分を投与するのに使用することのできる医薬として許容し得るビヒクルを含んでもよい。例えば、有効成分が非経口投与のために再構成されなければならない固体形態で提供される場合、キットは、有効成分が非経口投与に適した粒子状物質非含有滅菌済み溶液を形成するために溶解することができる適切なビヒクルの密封した容器を含むことができる。医薬として許容し得るビヒクルの例としては、注射ＵＳＰ用の水、水性ビヒクル（塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、デキストロース注射液、デキストロース及び塩化ナトリウム注射液、及び乳酸化リンゲル注射液などだがこれらに限定しない）、水混和性ビヒクル（エチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコールなどだがこれらに限定しない）、及び非水性ビヒクル（トウモロコシ油、綿実油、ピーナッツ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、及び安息香酸ベンジルなどだがこれらに限定しない）が挙げられるが、これらに限定しない。
本明細書に提供する方法及びキットに関するある特定の実施形態において、固相支持体は、タンパク質を精製し、試料を標識し、または固相アッセイを実施するのに使用する。本明細書に開示する方法を実施するのに適した固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、チューブ、多重穴プレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル、及び電極が挙げられる。固相が粒子状材料（例えば、ビーズ）である場合、一実施形態において、固相支持体の並行処理を可能にする多重穴プレートの穴の中に分布する。
上述に列挙した実施形態の何らかの組み合わせはまた、例えば、核酸プライマー、固相支持体、及びこれらに類するものなどだがそれらに限定しない１つ以上の試薬に関して、本明細書に提供する種々の方法及び／またはキットのうちのいずれかと関連して熟慮されることは留意される。
本発明のある特定の実施形態は、以下の非限定的な実施例によって説明される。
（６．実施例）
以下の実施例は、当業者に周知であり及び通例である標準的な技術を用いて実施するが、そうではない例外は詳細に説明する。本実施例は、単に説明目的であるよう意図する。
（６．１ １−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−３−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）尿素（化合物Ｃ））の調整
Figure 2017538104
 工程１：ＤＭＦ（３２５ｍＬ）中の４−ブロモ−２−メチル−安息香酸（１００ｇ、４６５ｍｍｏｌ）、ヨードメタン（９５ｇ、６７０ｍｍｏｌ）及び重炭酸ナトリウム（１１２ｇ、１３４０ｍｍｏｌ）の機械的に撹拌した混合物を８０℃で一晩加熱した。この反応混合物を室温へ冷却し、水（１５００ｍＬ）と４；１のヘキサン：酢酸エチル（１５００ｍＬ）の間で分画した。有機層を水で洗浄し、乾燥させた（Ｎａ２ＳＯ４）。この溶媒を真空下で除去し、１１０ｇの４−ブロモ−２−メチル−安息香酸メチルエステルを油として１００％の収率で生じ、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ２．５１（ｓ，３Ｈ），３．８４（ｓ，３Ｈ），７．４０−７．７８（ｍ，３Ｈ）であった。
工程２：アセトニトリル（７００ｍＬ）中の４−ブロモ−２−メチル−安息香酸メチルエステル（１１５ｇ、５００ｍｍｏｌ）、Ｎ−ブロモスクシンイミド（９０ｇ、５００ｍｍｏｌ）及びＡＩＢＮ（３．１ｇ）の機械的に撹拌した混合物を４５分間かけて加温して緩徐に還流させ、２１時間還流で保持した。この反応混合物を室温へ冷却し、飽和重亜硫酸ナトリウム水溶液で希釈し、真空下で濃縮した。この残渣を水と１：１のヘキサン：酢酸エチルの間で分画した。有機相を水、鹹水で洗浄して、シリカゲルのパッドで濾過した。溶媒を真空下で除去して、油／固体混合物を生じ、これをエーテル中に溶解して濾過した。この濾液を、ヘキサン−酢酸エチル勾配を用いてシリカゲル上でクロマトグラフィー処理し、４：１のヘキサン−酢酸エチルで生成物を溶出し、１０２ｇの４−ブロモ−２−ブロモメチル−安息香酸メチルエステルを６６％の収率で得、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ３．８７（ｓ，３Ｈ），４．９９（ｓ，２Ｈ），７．６７−７．９７（ｍ，３Ｈ）であった。
工程３：ＤＭＦ（４００ｍＬ）中の４−ブロモ−２−ブロモメチル−安息香酸メチルエステル（１２１ｇ、３９０ｍｍｏｌ）及び３−アミノ−ピペリジン−２，６−ジオンヒドロクロリド（６４．２ｇ、３９０ｍｍｏｌ）の機械的に撹拌した混合物を、トリエチルアミン（９８．５ｇ、９８０ｍｍｏｌ）を用いて７５分間かけて滴下して処理した。添加が完了した後、この反応混合物を室温で一晩撹拌した。この混合物を酢酸（５０ｍＬ）、水（２５００ｍＬ）及び１：１の酢酸エチル及びヘキサンからなる混合物（６００ｍＬ）で連続して反応停止した。この混合物を２０分間撹拌した後、固体を濾過し、水で洗浄し、一晩空気乾燥した。この固体を酢酸（２００ｍＬ）中で撹拌し、２時間還流した。この混合物を室温へ冷却し、濾過した。この固体をさらなる酢酸、ヘキサンで洗浄し、一晩空気乾燥させ、２５．４ｇの３−（５−ブロモ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを灰色の固体として、２０％の収率で生じ、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ１．９７−２．０４（ｍ，１Ｈ），２．３２−２．４６（ｍ，１Ｈ），２．５６−２．６３（ｍ，１Ｈ），２．８５−２．９７（ｍ，１Ｈ), ４．３４（ｄ，Ｊ＝１７．７Ｈｚ，１Ｈ），４．４７（ｄ，Ｊ＝１７．７Ｈｚ，１Ｈ），５．１１（ｄｄ，Ｊ＝１３．２Ｈｚ，Ｊ＝５．１Ｈｚ，１Ｈ），７．６７（ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，１Ｈ），７．７２（ｄｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，Ｊ＝１．５Ｈｚ，１Ｈ），７．８９（ｄ，Ｊ＝０．９Ｈｚ，１Ｈ），１１．００（ｓ，１Ｈ）であった。
工程４：ＤＭＦ（３００ｍＬ）中の３−（５−ブロモ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（２５．２ｇ、７８ｍｍｏｌ）、ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン（２．０ｇ）、トリス（ジベンジリデンアセトン）ジパラジウム（２．０ｇ）及び亜鉛シアニド（９．４ｇ、８０ｍｍｏｌ）の機械的に撹拌した混合物を１２０℃まで加熱し、この温度で１９時間撹拌した。この反応混合物を４０℃へ冷却し、さらに９．４ｇの亜鉛シアニド、２ｇのビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン及び２ｇのトリス（ジベンジリデンアセトン）ジパラジウムを添加した。この混合物を１２０℃で２時間撹拌し、水（９００ｍＬ）で反応停止した。固形物を濾過し、さらなる水で洗浄し、一晩空気乾燥した。この固体を熱酢酸（２００ｍＬ）中に２０分間撹拌した。この固体を濾過し、さらなる酢酸、酢酸エチル及びヘキサンで洗浄し、空気乾燥させて、３０．８ｇの粗２−（２，６−ジオキソ−ピペリジン−３−イル）−１−オキソ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−イソインドール−５−カルボニトリルを灰色の固体として生じ、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ１．９９−２．０６（ｍ，１Ｈ），２．３５−２．４５（ｍ，１Ｈ），２．５７−２．６３（ｍ, １Ｈ），２．８６−２．９８（ｍ，１Ｈ），４．４２（ｄ，Ｊ＝１７．７Ｈｚ，１Ｈ），４．５５（ｄ，Ｊ＝１７．７Ｈｚ，１Ｈ），５．１５（ｄｄ，Ｊ＝１３．２Ｈｚ，Ｊ＝５．１Ｈｚ，１Ｈ），７．９１（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，１Ｈ），７．９９（ｄｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，Ｊ＝０．９Ｈｚ，１Ｈ），８．１６（ｓ，１Ｈ），１１．０３（ｓ，１Ｈ）であった。
工程５：Ｎ−メチルピロリドン（３００ｍＬ）中の２−（２，６−ジオキソ−ピペリジン−３−イル）−１−オキソ−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−イソインドール−５−カルボニトリル（９．２ｇ、３４ｍｍｏｌ）、１０％パラジウム炭素（１．７ｇ）及び濃ＨＣｌ（５．３ｇ）の混合物を５８ポンド毎平方インチで一晩水素化した。この粗反応混合物をセライトで濾過し、この触媒を水で洗浄した。組み合わせた濾液を真空下で濃縮し、この生成物３−（５−アミノメチル−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンヒドロクロリドをこの残渣のイソプロパノール−水（１．９ｇ、１８％）からの分別再結晶によって単離し、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ１．８５−２．２０（ｍ，１Ｈ），２．３５−２．４５（ｍ，１Ｈ），２．５８−２．８０（ｍ，１Ｈ），２．８７−２．９９（ｍ，１Ｈ），４．１６（ｓ，２Ｈ），４．３５（ｄ，Ｊ＝１７．５Ｈｚ，１Ｈ），４．４９（ｄ，Ｊ＝１７．５Ｈｚ，１Ｈ），５．１３（ｄｄ，Ｊ＝１３．２Ｈｚ，Ｊ＝４．８Ｈｚ，１Ｈ），７．６３（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，１Ｈ），７．７２（ｓ，１Ｈ），７．７９（ｄ，Ｊ＝７．８Ｈｚ，１Ｈ），８．４３（ｂｒ，３Ｈ），１１．０１（ｓ，１Ｈ）であった。
工程６：ＴＨＦ（２５ｍＬ）中の３−（５−アミノメチル−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンヒドロクロリド（０．５ｇ、１．６ｍｍｏｌ）、３−クロロ−４−メチルフェニルイソシアナート（０．２７ｇ、１．６ｍｍｏｌ）及びＴＥＡ（０．３２ｇ、３．２ｍｍｏｌ）の混合物を４０℃までＮ２下で撹拌しながら加熱した。３時間後、追加部分の３−クロロ−４−メチルイソシアナート（０．１７ｇ、１．１ｍｍｏｌ）を添加し、撹拌を２時間進行させた。この混合物を濾過し、フィルタを酢酸エチルで洗浄した。この固体を１０ｍＬの１：１のアセトン−ＤＭＦで倍散し、濾過した。このフィルタをアセトンで洗浄し、この固体を真空下で乾燥させ、４３０ｍｇの生成物を６０％の収率で得、融点２５８〜２６０℃、ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ対称性Ｃ−１８，３．９×１５０ｍｍ，５μｍ，１ｍＬ／分，２４０ｎｍ，４０／６０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４，４．４９（９８．７５％）、１Ｈ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ１．９０−１．９６（ｍ，１Ｈ），２．１６（ｓ，３Ｈ），２．２５−２．３９（ｍ，１Ｈ），２．５０−２．５５（ｍ，１Ｈ），２．７８−２．９１（ｍ，１Ｈ），４．２４（ｄ，Ｊ＝１８．０Ｈｚ，１Ｈ），４．３３−４．４１（ｍ，３Ｈ），５．０４（ｄｄ，Ｊ＝１３．５Ｈｚ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，１Ｈ），６．７３（ｔ，Ｊ＝６．０Ｈｚ，１Ｈ），７．０４−７．１３（ｍ，２Ｈ），７．３６−７．４４（ｍ，２Ｈ），７．５９−７．４４（ｍ，２Ｈ），８．６９（ｓ，１Ｈ），１０．９２（ｓ，１Ｈ）； １３Ｃ ＮＭＲ（ＤＭＳＯ−ｄ６）δ１８．７，２２．５，３１．２，４２．８，４７．１，５１．５，１１６．４，１１７．６，１２１．９，１２２．９，１２６．９，１２７．４，１３０．３，１３１．０，１３３．０，１３９．６，１４２．４，１４４．７，１５５．１，１６７．９，１７１．０，１７２．９；Ｃ２２Ｈ２１ＣｌＮ４Ｏ４についての分析算出値：Ｃ，５９．９３；Ｈ，４．８０；Ｎ，１２．７１、実測値：Ｃ，５９．７７；Ｈ，４．６１；Ｎ，１２．６９であった。
（６．２ 化合物Ｃの結合によって誘導されるＣＲＢＮの新規の結合パートナーの識別）
ＦＬＡＧ−ＨＡでタグ付けしたＣＲＢＮを安定して発現する２９３ＨＥＫ細胞の全細胞可溶化物を１μＭの化合物ＣまたはＤＭＳＯビヒクル対照で処理した。ＦＬＡＧ−ＨＡ ＣＲＢＮと結合したタンパク質を、抗ＦＬＡＧアフィニティゲルで免疫沈降させ、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上で分離し、銀染色し、質量分析によって分析した。ＣＲＢＮが化合物Ｃと結合している場合にのみ、ＰＡＢＰ１、ＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃをＣＡＰとして識別した。図１の左側部分は、ＦＬＡＧ−ＨＡ ＣＲＢＮ免疫沈降物の銀染色ゲルを示す。矢印は、ＤＤＢ１、ＧＳＰＴ１、ＰＡＢＰ１、及びＣＲＢＮの期待される位置を指す。
イムノブロッティング分析を実施して、ＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃをＣＲＢＮ／化合物Ｃ複合体の真正の基質として確認した。ＨＡでタグ付けしたＨＢＳ１ＬまたはＦＬＡＧでタグ付けしたＧＳＰＴ２で一過性にトランスフェクトした２９３ＨＥＫ細胞を、示される濃度の化合物で８時間処理した。図１の右側部分は、ＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃが、化合物Ｃの結合によって誘導されるＣＲＢＮの結合パートナーであることを確認する。さらに、図１は、化合物Ｃの濃度上昇が、新規の結合タンパク質ＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃの分解を誘導することを実証する。
したがって、化合物Ｃの結合によって誘導されるＣＲＢＮの新たな結合パートナー、すなわちＧＳＰＴ１／ｅＲＦ３ａ、ＧＳＰＴ２／ｅＲＦ３ｂ、及びＨＢＳ１Ｌ／ｅＲＦ３ｃが識別され、化合物Ｃは、ＣＲＢＮ依存性経路をおそらく通じてこれらのタンパク質のレベルを変化させる。
（６．３ 化合物Ｃは、ＣＲＢＮとその基質ＩＫＺＦ１またはＧＳＰＴ１／２とのインビトロでの相互作用を促進する）
インビトロでの結合アッセイは、化合物Ｃが、ＣＲＢＮとその基質との相互作用を促進することを実証するために実施した。ＨＡでタグ付けした基質を発現するＣＲＢＮ−／−細胞を可溶化し、抗ＨＡ抗体とともにインキュベートして、基質を引き下ろした。ＧＳＰＴ１を特異的にノックダウンするｓｈＧＳＰＴ１を発現するＣＲＢＮ陽性細胞を可溶化した後、ＣＲＢＮ−／−細胞から得た基質と混合した。この混合物をＤＭＳＯ単独または化合物とともにインキュベートした。抗ＨＡ抗体を用いた免疫沈降を実施した。次に、イムノブロッティングを、抗ＣＲＢＮ抗体または抗ＨＡ抗体を用いて実施した。
図２に示すように、化合物Ｃは、ＣＲＢＮとその基質であるＩＫＺＦ１、ＧＳＰＴ１、またはＧＳＰＴ２との相互作用を促進する。示すように、レナリドマイドも、ＣＲＢＮとその基質であるＩＫＺＦ１との結合を促進するが、他の基質ＧＳＰＴ１またはＧＳＰＴ２との結合は促進しない。レナリドマイド誘導性ＣＲＢＮ−ＩＫＺＦ１相互作用は、ＩＫＺＦ１における特異的突然変異Ｑ１４６Ｈによって消失する。
（６．４ ＧＳＰＴ１レベルは、リンパ腫細胞株における化合物Ｃを用いた処理に応じて低下する）
リンパ腫細胞株ＯＣＩ−ＬＹ１０は、ＤＭＳＯ、１００μＭのサリドマイド、１０μＭのレナリドマイド、１μＭのポマリドマイド、１μＭの化合物Ａ、１０μＭの化合物Ａ、１００μＭの化合物Ｂ、または１００μＭの化合物Ｃを用いた６時間の処理の後のウェスタンブロット分析に使用した。細胞をＲＩＰＡ緩衝液で収集し、細胞可溶化液由来のタンパク質を、１０％ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミド（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）ゲル電気泳動法（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）によって分離した後、ＰＶＤＦ膜（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）へ転写した。イムノブロットに、アイオロス（９−９−７、Ｃｅｌｇｅｎｅ）、ＣＫ１ａ（Ａｂｃａｍ）、ＧＳＰＴ１（Ｓｉｇｍａ）、ＺＦＰ９１（ＬＳＢｉｏ）及びβ−アクチン（Ｌｉ−Ｃｏｒ）を認識する抗体でプローブ付けした。シグナルをＬｉ−Ｃｏｒ Ｏｄｙｓｓｅｙ撮像装置で検出した。図３は、ＧＳＰＴ１タンパク質レベルが、化合物Ｃによる処理に応じて低下するが、このリンパ腫細胞株におけるその他の処理化合物を用いた処理では低下しないことを示す。加えて、図３に示すように、アイオロス及びＣＫ１ａのタンパク質レベルも、化合物Ｃによる処理に応じて低下する。
（６．５ 化合物Ｃは、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＧＳＰＴ１及びその結合パートナーであるｅＲＦ１の枯渇を誘導する）
イムノブロッティングは、化合物Ｃが２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の枯渇を誘導することを実証する。ＣＲＢＮ＋／＋（２９３ＦＴ親）細胞を、ＣＲＢＮ−／−（ＣＲＩＳＰＲ）細胞、ＣＲＢＮアイソフォーム２型を発現するＣＲＢＮ−／−細胞、及びＷ３８５Ａ突然変異を有するＣＲＢＮアイソフォーム２型を発現するＣＲＢＮ−／−細胞と並行して処理した。図４に示すように、化合物Ｃは、ＣＲＢＮ＋／＋細胞におけるＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の分解を誘導するが、ＣＲＢＮ−／−細胞では誘導しない。ＣＲＢＮ＋／＋細胞におけるＧＳＰＴ１の過剰発現は、この分解効果を低下させる。その一方で、ＣＲＢＮｉｓｏ２またはＣＲＢＮｉｓｏ２ Ｗ３８５Ａ突然変異体をＣＲＢＮ−／−細胞へ導入すると、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の化合物Ｃ誘導性分解を回復させ、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の化合物Ｃ誘導性分解がＣＲＢＮ依存性であることを示唆する。
（６．６ ＩＫＺＦ１／３またはＧＳＰＴ１／２の破壊に必須である、ヒトＣＲＢＮにおける具体的なアミノ酸の同定）
ＩＫＺＦ１／３またはＧＳＰＴ１／２の破壊に必須である、ヒトＣＲＢＮにおける決定的なアミノ酸は、特異的突然変異によって同定する。ＣＲＢＮの各個々の基質を異なって、例えば、ＩＫＺＦ１−Ｖ５、ＦＬＡＧ−ＩＫＺＦ３、Ｍｙｃ−ＧＳＰＴ１、またはＨＡ−ＧＳＰＴ２とタグ付けした。これらをＣＲＢＮ−／−細胞においてＧＦＰと同時に発現させた。これらの細胞は、ヒトＣＲＢＮアイソフォーム２型、または対応するＤＮＡを用いたトランスフェクションによる種々の特異的変異体（ｈＣＲＢＮｉｓｏ２ Ｅ３７６Ｖ、ｈＣＲＢＮｉｓｏ２ Ｖ３８７Ｉ、またはｈＣＲＢＮｉｓｏ２ Ｗ３８５Ａ）も発現した。この細胞をＤＭＳＯ単独、１０μＭのレナリドマイド、または１μＭの化合物Ｃで処理した。
図５に示すように、ヒトＣＲＢＮなしでは、いずれの化合物も、検査したいかなる基質の分解も惹起しない。ヒトＣＲＢＮアイソフォーム２型を発現する細胞において、化合物Ｃは、ＩＫＺＦ１／３及びＧＳＰＴ１／２の破壊を誘導するのに対し、レナリドマイドは、ＩＫＺＦ１／３の破壊を惹起する。ヒトＣＲＢＮｉｓｏ２における特異的突然変異Ｅ３７６Ｖは、ＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解を消失させるが、ＩＫＺＦ１／３の化合物Ｃ誘導性分解は消失させず、ＧＳＰＴ１／２の破壊に対するＣＲＢＮにおけるＥ３７６の本質的な役割を示唆する。同様に、ヒトＣＲＢＮｉｓｏ２における特異的突然変異Ｖ３８７Ｉは、ＩＫＺＦ１／３の化合物Ｃ誘導性分解を消失させるが、ＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解は消失させず、ＩＫＺＦ１／３の破壊に対するＣＲＢＮにおけるＶ３８７の本質的な役割を示唆する。
さらに、ヒトＣＲＢＮｉｓｏ２における特異的突然変異Ｗ３８５Ａは、ＩＫＺＦ１／３のレナリドマイド誘導制分解を消失させ、ＩＫＺＦ１／３の破壊に対するＣＲＢＮにおけるＷ３８５の本質的な役割を示す。このことは、Ｗ３８５Ａ突然変異がＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の分解に及ぼす効果を何ら有さないことを示す図４と一致している。
（６．７ Ｖ３８０Ｅ及びＩ３９１Ｖ突然変異は、ＩＫＺＦ１／３及びＧＳＰＴ１／２の分解をそれぞれ惹起するためにマウスＣＲＢＮを再活性化するのに十分である）
おそらく、マウスＣＲＢＮ及びヒトＣＲＢＮの化合物結合ドメインにおける変化により、齧歯類動物及びヒトは、ある特定の処理化合物に対する異なる応答を呈する。この仮説を検査するために、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型の化合物結合ドメインにおけるＶ３８０Ｅ及びＩ３９１Ｖなどの特異的突然変異を生じさせた。野生型マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型または各突然変異体をＣＲＢＮ−／−細胞へ導入した。この細胞をＤＭＳＯ単独、１０μＭのレナリドマイド、または１μＭの化合物Ｃで処理した。図６に示すように、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型におけるＶ３８０Ｅ突然変異は、ＧＳＰＴ１／２の化合物Ｃ誘導性分解を回復させるのに対し、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型におけるＩ３９１Ｖ突然変異は、ＩＫＺＦ１／３のレナリドマイド誘導性分解及び化合物Ｃ誘導性分解の両方を回復させる。したがって、マウスＣＲＢＮアイソフォーム２型において、Ｖ３８０Ｅ及びＩ３９１Ｖ突然変異は、ＩＫＺＦ１／３及びＧＳＰＴ１／２の分解をそれぞれ惹起するのに十分である。
（６．８ ＧＳＰＴ１の過剰発現は、ＨＥＫ２９３ＦＴ細胞に対して化合物Ｃ耐性を与える）
化合物Ｃ誘導性増殖阻害に及ぼすＧＳＰＴ１の過剰発現の効果をＨＥＫ２９３ＦＴ細胞において検査した。３つの異なるプロモーターによって駆動されるＧＳＰＴ１を安定して発現する２９３細胞を作製した。これらの細胞へ、化合物Ｃを０、１ｎＭ、１０ｎＭ、１００ｎＭ、または１０００ｎＭの濃度で添加した。細胞増殖は、２日後にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存度アッセイ（ＲＬＵ−相対的発光単位）によって測定した。図７の左側部分に示すように、化合物Ｃは、親細胞における細胞増殖を阻害するが、異なるプロモーターによって駆動されるＧＳＰＴ１の過剰発現は、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対する種々の程度の耐性を与える。ＧＳＰＴ１の発現レベルは、図７の右側部分における化合物による処理の１０時間後に測定した。ＣＲＢＮ−／−細胞と比較して、ＧＳＰＴ１は、１００ｎＭまたは１０００ｎＭの化合物Ｃの処理の１０時間後に、ＣＲＢＮ＋／＋細胞において分解する。さらに、図７は、ＣＭＶプロモーター、次いでＥＦ１ａプロモーター及びＵｂｃＰプロモーターによって駆動されるＧＳＰＴ１の最高の過剰発現レベルを示す。これらの結果は、ＧＳＰＴ１の過剰発現と化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対する細胞耐性の間の相関を実証する。ＣＭＶ−ＧＳＰＴ１を発現する細胞は、最高レベルの化合物Ｃ耐性を呈する。したがって、ＧＳＰＴ１の過剰発現は、化合物Ｃ耐性をＨＥＫ２９３ＦＴ細胞へ与える。
（６．９ ＧＳＰＴ１の枯渇は、細胞増殖を阻害する）
細胞増殖に及ぼすＧＳＰＴ１（ｅＲＦ３ａ）の枯渇の効果は、種々のＧＳＰＴ１領域を特異的に標的化するｓｈＲＮＡを発現する２９３ＦＴヒト胚性腎細胞において判定した。図８において実証するように、感染７日後、発現ベクター単独またはＧＳＰＴ１特異的ではない対照ｓｈＲＮＡを有する細胞は、正常な細胞増殖を示すのに対し、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＧＳＰＴ１−１、ｓｈＧＳＰＴ１−２、ｓｈＧＳＰＴ１−３、及びｓｈＧＳＰＴ１−４など）を発現する細胞は、細胞増殖に及ぼす種々の程度の阻害を示す。
感染した細胞における種々の遺伝子の発現レベルも図８において測定した。発現ベクター単独または対照ｓｈＲＮＡと比較して、４つのＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡはすべて、ＧＳＰＴ１の発現を遮断する。特に、ｓｈＧＳＰＴ１−４はさらに、ｅＲＦ１及びＣＲＢＮの発現を阻害する。
したがって、ＧＳＰＴ１の枯渇は、おそらくｅＲＦ１／ＧＳＰＴ１（ｅＲＦ３ａ）複合体の失活により、細胞増殖を阻害する。
（６．１０ ＧＳＰＴ１の喪失は、ＨＥＫ２９３ＦＴ細胞を化合物Ｃ誘導性抗増殖性にしやすい）
化合物Ｃ誘導性抗増殖性に及ぼすＧＳＰＴ１の枯渇の効果を、ＨＥＫ２９３ＦＴ細胞において検討した。細胞に、発現ベクター単独、または対照ｓｈＲＮＡ若しくはＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡを含有するベクターを感染させた。次に、この細胞を異なる濃度の化合物Ｃで処理した。細胞増殖は、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存度アッセイ（ＲＬＵ−相対的発光単位）によって測定した。図９Ａに示すように、化合物Ｃは、ＣＲＢＮ−／−細胞における細胞増殖を阻害することができない。さらに、ＣＲＢＮ＋／＋親細胞、発現ベクター単独を感染させた細胞、またはＧＳＰＴ１に特異的ではない対照ｓｈＲＮＡを発現させる細胞は、化合物Ｃ誘導性抗増殖性に対する感応性を示す。ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡノックダウンによるＧＳＰＴ１の枯渇は結果的に、増殖阻害がさらにより低濃度の化合物処理で開始することを生じる。この結果は、ＧＳＰＴ１の枯渇したＨＥＫ２９３ＦＴ細胞が、化合物Ｃ誘導性抗増殖性に対する感応性の亢進を有していることを示唆する。
ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の発現レベルは、感染１８日後に測定した。図９Ｂに示すように、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡは、親細胞、発現ベクター単独を有する細胞、または対照ｓｈＲＮＡを発現する細胞と比較して、ＧＳＰＴ１の発現を低下させる。化合物Ｃは、ＣＲＢＮ−／−細胞を除く先の細胞すべてにおいてＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の分解を誘導する。したがって、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対するＨＥＫ２９３ＦＴ細胞感応性亢進はおそらく、ＧＳＰＴ１の枯渇による。
（６．１１ ＧＳＰＴ１の枯渇は、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対してＭＭ細胞株を増感させる）
化合物Ｃの抗増殖性効果に及ぼすＧＳＰＴ１の枯渇の効果を、ヒト多発性骨髄腫（ＭＭ）細胞株ＤＦ１５及びＲＰＭＩ−８２２６において判定した。処理化合物を０．０１ｎＭから０．１μＭまで滴定した。細胞増殖は、ｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３によるＧＳＰＴ１のノックダウンの９日後に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存度アッセイ（ＲＬＵ−相対的発光単位）によって測定した。図１０Ａに示すように、親細胞またはＧＳＰＴ１特異的ではない対照ｓｈＲＮＡを感染させた細胞と比較して、化合物Ｃは、ｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３を発現する細胞において抗増殖性効果の亢進を呈する。図１０Ｂに示すように、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対するこの増感はおそらく、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の枯渇による。
（６．１２ ＧＳＰＴ１の過剰発現は、Ｕ９３７細胞及びＭｏｌｍ１３細胞における化合物Ｃの抗増殖効果を弱める）
化合物Ｃの抗増殖効果に及ぼすＧＳＰＴ１の過剰発現の効果を、ヒト組織球性リンパ腫細胞株Ｕ９３７及びヒト白血病細胞株Ｍｏｌｍ１３において判定した。処理化合物は、０．１ｎＭから１μＭまで滴定した。細胞増殖は、処理４８時間後にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存度アッセイによって測定した。図１１に示すように、親細胞において、化合物Ｃは細胞増殖を阻害する。さらにＣＲＢＮ−／−細胞において、この抗増殖効果は完全に消失し、このことは、これらの化合物の抗増殖効果がＣＲＢＮ依存的であることを示唆する。しかしながら、外来性ＧＳＰＴ１が、図１１に示すように、ＥＦ１ａプロモーターを介して過剰発現すると、化合物Ｃの抗増殖効果は低下する。本結果は、ＧＳＰＴ１の過剰発現が、Ｕ９３７細胞及びＭｏｌｍ１３細胞における化合物の抗増殖効果を弱めることを示唆する。
（６．１３ ＧＳＰＴ１の枯渇は、化合物Ｃに対する急性骨髄性白血病（ＡＭＬ３）細胞株を増感させる）
化合物Ｃの抗増殖効果に及ぼすＧＳＰＴ１の枯渇の効果を、ヒト急性骨髄性白血病（ＡＭＬ３）細胞株において判定した。細胞に、対照ｓｈＲＮＡ、ｓｈＧＳＰＴ１−１、またはｓｈＧＳＰＴ１−３を発現するレンチウイルスベクターを７日間感染させた後、ＤＭＳＯ、０．０００１μＭから１μＭまでの化合物Ｃの滴定で処理した。処理２日後、細胞増殖を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存度アッセイによって測定した。図１２Ａに示すように、親細胞またはＧＳＰＴ１特異的ではない対照ｓｈＲＮＡを感染させた細胞と比較して、化合物Ｃは、ｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３を発現する細胞における抗増殖効果の亢進を呈する。図１２Ｂに示すように、化合物Ｃ誘導性増殖阻害に対するこの増感はおそらく、ＧＳＰＴ１及びｅＲＦ１の枯渇による。
（６．１４ 化合物Ｃは、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞における小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）のＰＥＲＫ支流の活性化を誘導する）
化合物Ｃ誘導性の小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）の機序を２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞において試験した。親細胞、ＣＲＢＮ−／−細胞、対照ｓｈＲＮＡを発現する細胞、またはＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡを発現する細胞を、ＤＭＳＯ、１ｎＭ、または１０ｎＭの化合物Ｃで処理した。処理２４時間後、ＵＰＲのＰＥＲＫ経路に沿ったバリアントの細胞構成要素のＲＮＡレベルを測定し、ＧＡＰＤＨで標準化した。図１３に示すように、ＣＲＢＮ−／−細胞を除き、化合物Ｃは、ＵＰＲのＰＥＲＫ経路に沿った構成要素であるＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、及びＧＡＤＤ４５Ａの発現を誘導する。この誘導効果は、ＧＳＰＴ１のノックダウンを有する細胞において亢進する。
（６．１５ 化合物Ｃは、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞におけるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路を活性化する）
化合物Ｃにより活性化するＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路の機序を２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞において試験した。親細胞、ＣＲＢＮ−／−細胞、対照ｓｈＲＮＡを発現する細胞、またはＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡを発現する細胞をＤＭＳＯ、１ｎＭ、または１０ｎＭの化合物Ｃで処理した。処理２４時間後、ＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路に沿ったバリアント細胞構成要素のＲＮＡレベルを測定し、ＧＡＰＤＨで標準化した。図１４に示すように、ＣＲＢＮ−／−細胞を除き、化合物Ｃは、ＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、及びＨＹＯＵ１）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５）の発現を誘導する。この誘導効果は、ＧＳＰＴ１ノックダウンを有する細胞において亢進する。
（６．１６ ＧＳＰＴ１の分解は、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞においてＢＩＰの喪失及びＥＲストレスをもたらすが、急性アポトーシス性細胞死はもたらさない）
ＧＳＰＴ１の化合物Ｃ誘導性分解の細胞効果を、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞においてさらに試験した。ＣＲＢＮ＋／＋細胞及びＣＲＢＮ−／−細胞をＤＭＳＯ単独、１ｎＭ、または１０ｎＭの化合物Ｃで処理した。２０時間後、粗面小胞体（ＥＲ）ストレス経路またはアポトーシス経路に沿った種々の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図１５Ａに示すように、化合物Ｃは、ＣＲＢＮ＋／＋細胞においてＧＳＰＴ１の分解を誘導する。ＢＩＰは、保持のためにＥＲ内腔へと逆輸送されるために、シス−ゴルジ体におけるＫＤＥＬ受容体との結合を必要とするＥＲ内腔ＫＤＥＬタンパク質である。ＧＳＰＴ１の喪失は、ｅＲＦ１／ＧＳＰＴ１複合体の失活をもたらし、それゆえ、ＢＩＰなどのデノボ合成したタンパク質の翻訳の読み過ごしをさせる。ＢＩＰのＣ末端に対する余剰の残基の付加は、ＫＤＥＬ受容体及びＢＩＰのＣ末端抗体によってそれぞれＫＤＥＬモチーフ及びＢＩＰのＣ末端エピトープの認識を遮断する。実際、ＫＤＥＬ抗体及びＢＩＰカルボキシル末端（ＢＩＰ−ＣＴ）を認識するＢＩＰ抗体の免疫反応性は、化合物Ｃによる処理によって用量依存的様式で劇的に低下する。しかしながら、ＢＩＰアミノ末端領域へ結合するＢＩＰ抗体は影響されない。ＢＩＰはＵＰＲセンサーであるＰＥＲＫ、ＩＲＥ１、及びＡＴＦ６のＥＲ内腔ドメインと相互作用してこれらの活性化を防止する。ＢＩＰのＣ末端の免疫反応性の低下は、ＢＩＰの誤局在を示し、このことはおそらく、ＰＥＲＫ、ＩＲＥ１、及びＡＴＦ６からのＢＩＰの脱離をもたらし、ＵＰＲを誘導する。しかしながら、図１５Ｂに示すように、急性アポトーシス性細胞死における細胞構成要素は、２９３ＦＴ ＨＥＫ細胞における化合物Ｃの２０時間の処理で影響されない。
（６．１７ 化合物Ｃ誘導性ＵＰＲは、ＤＦ１５細胞におけるアポトーシス性細胞死に先行する）
ＧＳＰＴ１の化合物Ｃ誘導性分解の細胞効果をＤＦ１５細胞においてさらに試験した。細胞をＤＭＳＯ単独または２０ｎＭの化合物Ｃで処理した。５時間後または１０時間後、ＵＰＲ経路またはアポトーシス経路に沿った種々の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図１６Ａに示すように、化合物Ｃは、ＧＳＰＴ１、ＩＫＺＦ１、及びＩＫＺＦ３の分解、ならびにＫＤＥＬモチーフ及びＢＩＰのＣ末端エピトープを認識する抗体の免疫反応性の喪失を誘導する。ＢＩＰの免疫反応性の喪失は、ＵＰＲの誘導を示す。同様に、図１６Ｂに示すように、化合物Ｃは、ｐＥＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断型カスパーゼ３、及び切断型ＰＡＲＰのレベルを亢進し、このことはアポトーシスの開始を示唆する。この亢進は、図１６Ｃにおいて定量化しており、ＤＦ１５ＭＭ細胞におけるＰＥＲＫ／ＥＩＦ２ａ／ＡＴＦ４経路に沿った構成要素であるＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、及びＧＡＤＤ４５Ａの化合物Ｃ誘導性発現を実証する。
（６．１８ 化合物Ｃは、ＤＦ１５ＭＭ細胞におけるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路を活性化する）
化合物Ｃにより活性化されるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路の機序を、ＤＦ１５ＭＭ細胞において試験した。細胞をＤＭＳＯまたは２０ｎＭの化合物Ｃで５、１０、または２３時間処理した。ＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路に沿ったバリアント細胞構成要素のＲＮＡレベルを測定し、ＧＡＰＤＨで標準化した。図１７に示すように、化合物Ｃは、ＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、及びＨＹＯＵ１など）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＨＹＯＵ１、及びＨＳＰＡ５）の発現を誘導する。
（６．１９ 化合物Ｃ誘導性ＵＰＲは、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１におけるアポトーシス性細胞死に先行する）
ＧＳＰＴ１の化合物Ｃ誘導性分解の細胞効果を、ＫＧ１細胞においてさらに試験した。細胞をＤＭＳＯ単独または２０ｎＭの化合物Ｃで処理した。ＵＰＲ経路またはアポトーシス経路に沿った種々の細胞構成要素の発現レベルを、処理後の種々の時点で測定した。本結果は、化合物ＣがＧＳＰＴ１の分解を誘導することを示した。同様に、化合物Ｃは、ＡＴＦ−４及びその下流標的であるＡＴＦ−３の発現を亢進した。ｐＥＩＦ２α、ＤＤＩＴ３、切断型カスパーゼ３、及び切断型ＰＡＲＰのレベルも亢進し、このことは、アポトーシスの開始を示唆した。本試験の代表的な結果は、図１８Ａ及び図１８Ｂに示す。図１８Ａは、化合物ＣがＧＳＰＴ１の分解を誘導すること、ならびにｐＥＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、及びＣＨＯＰ（ＤＤＩＴ３）のタンパク質レベルが化合物Ｃによる処理に応じて亢進することを示す。図１８Ｂは、切断型カスパーゼ８、ＢＩＤ、切断型カスパーゼ９、切断型カスパーゼ３、切断型カスパーゼ７、及び切断型ＰＡＲＰのレベルが、化合物Ｃによる処理に応じて亢進すること、ならびにＭｃｌ−１及びｐＳ１１２−ＢＡＤのレベルが、化合物Ｃにより処理に応じて低下することを示す。
ｍＲＮＡレベルは、図１８Ｃに示すように定量化し、ＫＧ１細胞におけるＰＥＲＫ／ＥＩＦ２ａ／ＡＴＦ４経路に沿った構成要素であるＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、及びＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの、化合物Ｃにより誘導される発現を実証した。
（６．２０ 化合物Ｃは、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１においてＵＰＲを誘導する）
化合物Ｃにより活性化されるＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路の機序をＫＧ１細胞において試験した。細胞をＤＭＳＯまたは２０ｎＭの化合物Ｃを用いて、２、４、または６時間処理した。ＸＢＰ１経路及びＡＴＦ６経路に沿ったバリアント細胞構成要素のＲＮＡレベルを測定し、ＧＡＰＤＨで標準化した。図１９に示すように、化合物Ｃは、ＸＢＰ１経路に沿った構成要素（ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、及びＸＢＰ１など）及びＡＴＦ６経路に沿った構成要素（ＸＢＰ１など）の発現を誘導する。
（６．２１ 正常末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）における化合物Ｃ処理に対する応答）
化合物Ｃによる処理に対するＰＢＭＣの応答を、ＰＢＭＣにおけるＧＳＰＴ１、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、及び下流のアポトーシス指標の発現を測定することによってモニターした。ＰＢＭＣを１ｎＭ、１０ｎＭ、１００ｎＭ、または１０００ｎＭの化合物Ｃで２０時間処理した。図２０に示すように、化合物Ｃは、ＧＳＰＴ１の発現を低下させるが、ｐ−ＥＩＦ２α、ＡＴＦ３（おそらくスプライシングバリアントにおける）及びＤＤＩＴ３のレベルを亢進させ、このことは、切断型カスパーゼ３を亢進させることによってカスパーゼ３を結果的に活性化する。切断型カスパーゼ３は次に、ＰＡＲＰを切断することによってＰＡＲＰを失活させ、アポトーシスを誘導する。したがって、ＧＳＰＴ１、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断型カスパーゼ３、及び切断型ＰＡＲＰは、化合物Ｃの毒性を予測するバイオマーカーとして機能することができる。
（６．２２ 異なる癌細胞株における化合物Ｃ類似体に対する感応性及び耐性の予測）
異なる癌細胞株は、化合物Ｃの処理に対する種々の感応性を呈する。ＧＳＰＴ１の依存性を、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡノックダウン実験によって示した。ＧＳＰＴ１分解効率は、ウェスタンブロットによって示した。ＡＴＦ３またはＤＤＩＴ３の誘導は、定量的ＲＴ−ＰＣＲによって測定した。図２１に示すように、化合物Ｃ誘導性ＥＲストレスは、化合物Ｃ誘導性アポトーシスに先行する。化合物Ｃ誘導性ＥＲストレスまたは化合物Ｃ誘導性アポトーシスに必要な時間を要約した。本明細書で検査した癌細胞株すべてのうち、ＲＰＭＩ−８２２６は、化合物Ｃ誘導性ＥＲストレス及びアポトーシスに対して耐性がある。ＫＧ１、ＤＦ１５、ＡＭＬ３、及び２９３ＦＴなどの他の細胞は、化合物Ｃに対する異なるレベルの感応性を呈する。高いＥＲ需要は、化合物Ｃの処理に対するある特定の癌細胞の感応性に寄与し得る。
上述から、具体的な実施形態が説明目的のために本明細書に説明されてきたが、種々の改変が、本明細書に提供するものの精神及び範囲から逸脱することなくなされ得ることは認識されるであろう。上記で引用した参考文献はすべて、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

Claims (47)

  1. 治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
    （ａ）前記癌に罹患している前記対象へ前記治療用化合物を投与すること；
    （ｂ）前記対象から試料を得ること；
    （ｃ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び
    （ｄ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること、
    を含む前記方法であって；
    前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
    ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  2. 治療用化合物に対して応答する可能性がある、癌に罹患している対象の識別方法であって：
    （ａ）前記癌に罹患している前記対象から試料を得ること；
    （ｂ）前記癌に罹患している前記対象に由来する前記試料へ、前記治療用化合物を投与すること；
    （ｃ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；及び
    （ｄ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること
    を含む前記方法であって；
    前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
    ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  3. 前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルの前記変化は、前記バイオマーカーの前記参照レベルと比較して増加である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルの前記変化は、前記バイオマーカーの前記参照レベルと比較して減少である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  5. 癌の治療方法であって:
    （ａ）前記癌に罹患している対象から試料を得ること；
    （ｂ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
    （ｃ）前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと比較して変化している場合、前記対象を、治療用化合物に対して応答する可能性があると診断すること；及び
    （ｄ）前記治療用化合物に対して応答する可能性があると診断した前記対象へ、治療有効量の前記治療用化合物を投与すること
    を含む前記方法であって；
    前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
    ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  6. 前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルの前記変化は、前記バイオマーカーの前記参照レベルと比較して増加である、請求項５に記載の方法。
  7. 前記対象の前記試料中の前記バイオマーカーのレベルの前記変化は、前記バイオマーカーの前記参照レベルと比較して減少である、請求項５に記載の方法。
  8. 治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
    （ａ）前記癌に罹患している前記対象へ前記治療用化合物を投与すること；
    （ｂ）前記対象から試料を得ること；
    （ｃ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記癌を前記治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること
    を含む前記方法であって；
    前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ、または
    ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  9. 治療用化合物に対する、癌に罹患しているまたは罹患していると疑われる対象の応答性の予測方法であって：
    （ａ）前記癌に罹患している前記対象から試料を得ること；
    （ｂ）前記癌に罹患している前記対象由来の前記試料へ前記治療用化合物を投与すること；
    （ｃ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること；
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較して変化している場合、前記対象を、前記癌を前記治療用化合物で治療することに対して応答する可能性があると診断すること
    を含む前記方法であって；
    前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
    ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  10. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルは、前記参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルよりも高い、請求項８または請求項９に記載の方法。
  11. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルは、前記参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルよりも低い、請求項８または請求項９に記載の方法。
  12. 癌に罹患している対象を治療する上での治療用化合物の効能のモニター方法であって:
    （ａ）前記治療用化合物を前記癌に罹患している前記対象へ投与すること；
    （ｂ）前記癌に罹患している前記対象から試料を得ること;
    （ｃ）前記対象由来の前記試料中のバイオマーカーのレベルを判定すること;
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較し、ここで、前記参照試料と比較した前記レベルの変化は、前記対象における前記癌を治療する上で、前記治療用化合物の前記効能を示すこと
    を含む、前記方法であって、
    前記治療用化合物は、式Ｉ
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２またはＣ＝Ｏであり；
    ＹはＯまたはＳであり；
    Ｒ１３は：（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキル；（Ｃ１〜Ｃ１０）アルコキシ；または
    ハロゲン；シアノ、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈまたは（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルである、前記方法。
  13. 前記参照試料と比較して高いレベルは、前記対象における前記癌を治療する上での前記治療用化合物の前記効能を示す、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記参照試料と比較して低いレベルは、前記対象における前記癌を治療する上での前記治療用化合物の前記効能を示す、請求項１２に記載の方法。
  15. 前記バイオマーカーは、ＣＲＢＮによって直接的にまたは間接的に影響されるタンパク質である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
  16. 治療有効量の第二の作用因子または支持療法を投与することをさらに含む、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記第二の作用因子は、造血性増殖因子、サイトカイン、抗癌薬、抗生物質、ｃｏｘ−２阻害薬、免疫調節薬、免疫抑制薬、副腎皮質ステロイド、癌抗原若しくはその薬理学的に活性のある突然変異体へ特異的に結合する治療用抗体、またはこれらの誘導体である、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記参照試料は、前記対象へ前記治療用化合物を投与する前に、前記対象から得た対照試料を用いることによって調製され、ここで、前記対照試料は、前記試料と同じ源に由来する、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記参照試料は、前記癌に罹患していない健常対象者から得た対照試料を用いることによって調製され、ここで、前記対照試料は、前記試料と同じ源に由来する、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記癌は、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫、または白血病である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記癌は、リンパ腫である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  22. 前記癌は、白血病である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  23. 前記白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、または急性骨髄性白血病である、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、請求項２２に記載の方法。
  25. 前記白血病は、従来療法に対して再発性であり、難治性であり、または抵抗性である、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質である、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記バイオマーカーは、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）における機能を有する、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  28. 前記バイオマーカーは、ＰＥＲＫ関連シグナル伝達経路における機能を有する、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  29. 前記バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナル伝達経路における機能を有する、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナル伝達経路における機能を有する、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、ｅＲＦ３ｃからなる群から選択される、ｅＲＦ３ファミリーのメンバーである、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａ、ｅＲＦ３ｂ、またはｅＲＦ３ｃであり、かつここで、前記バイオマーカーのレベルは、参照と比較して低下している、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記バイオマーカーは、ｅＲＦ３ａである、請求項３１に記載の方法。
  34. 前記バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｂである、請求項３１に記載の方法。
  35. 前記バイオマーカーは、ｅＲＦ３ｃである、請求項３１に記載の方法。
  36. 前記バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択され、かつここで、前記バイオマーカーのレベルは、参照と比較して増加する、請求項２６に記載の方法。
  37. 前記バイオマーカーは、ＡＴＦ４である、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記バイオマーカーは、ＡＴＦ３である、請求項３６に記載の方法。
  39. 前記バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である、請求項３６に記載の方法。
  40. 前記バイオマーカーのレベルは、前記バイオマーカーのタンパク質レベルを判定することによって測定される、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記試料内のタンパク質を、前記バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合する第一の抗体と接触させることを含む、請求項４０に記載の方法。
  42. 請求項４１に記載の方法であって、
    （ｉ）前記第一の抗体へ結合した前記バイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、前記第二の抗体は、前記バイオマーカータンパク質へ免疫特異的に結合し、かつここで、前記第二の抗体は、前記第一の抗体と比べて前記バイオマーカータンパク質上の異なるエピトープへ免疫特異的に結合すること、
    （ｉｉ）前記バイオマーカータンパク質へ結合した前記第二の抗体の存在を検出すること、及び
    （ｉｉｉ）前記第二の抗体における検出可能な標識の量に基づいて、前記バイオマーカータンパク質の量を判定すること
    をさらに含む、前記方法。
  43. 請求項４１に記載の方法であって、
    （ｉ）前記第一の抗体へ結合した前記バイオマーカータンパク質を、検出可能な標識を有する第二の抗体と接触させ、ここで、前記第二の抗体は、前記第一の抗体へ免疫特異的に結合すること、
    （ｉｉ）前記第一の抗体へ結合した前記第二の抗体の存在を検出すること、及び
    （ｉｉｉ）前記第二の抗体における検出可能な標識の量に基づいて、前記バイオマーカータンパク質の量を判定すること
    をさらに含む、前記方法。
  44. 前記バイオマーカーのレベルは、前記バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを判定することによって測定される、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
  45. 前記バイオマーカーのレベルは、前記バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを判定することによって測定される、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
  46. 前記治療用化合物は、式Ｉ：
    Figure 2017538104
     の化合物、またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形であって、式中：
    ＸはＣＨ２であり；
    ＹはＯであり；
    Ｒ１３は、ハロゲン；シアノ；（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレンジオキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルコキシ；それ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル；若しくはそれ自体が１つ以上のハロゲンで任意に置換された（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルチオのうちの１つ以上で任意に置換された５〜１０員のアリール若しくはヘテロアリールであり；かつ
    Ｒ１４は、Ｈである、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
  47. 前記治療用化合物は、１−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−３−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）尿素
    Figure 2017538104
     またはその医薬として許容し得る塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポログ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物、若しくは多形である、請求項１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
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