JP2012501959A - Ｙｅｒｓｉｎｉａｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物 - Google Patents
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Abstract
特に組み合わせて使用される場合に、免疫化の目的に特に適したいくつかのＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が開示される。一実施形態において、本発明は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、および（３）ＹＰＯ３４８９抗原から成る群から選択される２種以上（つまり２種または３種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物を提供する。これらの３種の抗原は、「第１の抗原群」を形成する。第１の抗原群内では、ＹＰＯ３４８９抗原が好ましい。
Description
この出願は、２００７年９月４日に出願された、英国特許出願第０７１７１８７．９号（この全体の内容は、参考として本明細書に援用される）からの優先権を主張する。
政府の支援
この発明は、全体または部分的に、ＵＳ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓからの助成金Ｎｏ．１Ｕ０１ Ａ１５６５１３−０１によって支援された。米国政府は、本発明において一定の権利を有し得る。
この発明は、全体または部分的に、ＵＳ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓからの助成金Ｎｏ．１Ｕ０１ Ａ１５６５１３−０１によって支援された。米国政府は、本発明において一定の権利を有し得る。
本発明は、免疫学およびワクチン学の分野におけるものである。特に、本発明は、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓに由来する抗原および免疫化におけるそれらの使用に関する。
腺、敗血性、および肺ペストという、人において認識されている３つの形態のペストがある。すべてはＹｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ細菌によって引き起こされ、この細菌はまた、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｅｓｔｉｓ、およびＰｅｓｔｉｓｅｌｌａ ｐｅｓｔｉｓとしても公知である。Ｙ．ｐｅｓｔｉｓは、豪州を除いた世界中のすべての大陸で風土病性があり［１］（非特許文献１）、年間、約１７００例のペストをもたらす。これは、グラム陰性非運動性好気性桿菌である。
腺ペストは、疾患の最も共通した形態であり、感染した動物に以前から寄生していたノミの刺傷の結果、発症する。感染の最初の部位から、細菌は、流入領域リンパ節に広まり、これらは、腫大し、圧痛があるようになって、横痃を形成する。
敗血性ペストは、横痃の発生を伴わない菌血症がある場合に起こり、体温の上昇、悪寒、頭痛、倦怠感、および胃腸障害によって特徴づけられる。これらの症状の一般的な性質のために、ペストの診断は、遅れることが多く、医学的介入があっても、おそらく、全身性炎症反応症候群の誘発の結果として、５０％の患者が死亡する。
ペストのうちで最も恐れられる形態は、肺炎に至る、肺胞腔のコロニー形成がある場合に発症して、肺ペストを引き起こす。肺ペストは、咳によって発生する、細菌を含有する風媒性の飛沫によって伝染され、これは、感受性の個体によって吸入され得る。この疾患の肺形態は、この疾患が進行する迅速性（１〜３日）、感染した個体における高い死亡率（約１００％）、および人から人への疾患の迅速な蔓延のために恐れられている。
肺ペストの高い感染力および死亡数により、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓは、生物学的脅威となる可能性が高い作用因子であると考えられる［２］（非特許文献２）。
米国において許可された唯一のペストワクチンは、「ＵＳＰワクチン」であり、これは、ホルムアルデヒドで死滅させたＹ．ｐｅｓｔｉｓの調製物であるが、これは、もはや生産されていない。このワクチンは、主な免疫原であるＦ１莢膜タンパク質を利用するものである。これは、皮下抗原曝露に対して有効であることが示されているが、これは、エアロゾル抗原曝露に対して有効ではなく［３］、好ましくない副作用が報告されている。ワクチンはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＦ１−変異体に対して保護するものではなく、この変異体は、げっ歯類において等しく病原性があり［４、５］、少なくとも１つの致命的なヒトの症例から単離されている［６］。
より最近の研究は、組換えサブユニットワクチンに注目している。精製または組換えＦ１抗原は、Ｖ抗原と同様に［８］、腺ペストおよび肺ペスト［７］の両方に対して保護をもたらすことができる。
これらの研究は、人における使用のための組換えＹ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質に基づく効果的なサブユニットワクチンの開発が実現可能であることを示す。
Ｆ１抗原およびＶ抗原は、予防ワクチンに含めるのに有望な候補であるが、これらの抗原のみで、ヒトにおける十分な保護をもたらすかどうか、またはそれらが免疫療法ワクチンにおいて有用であるかどうかは不明である。したがって、参照文献９は、ワクチン使用のためのいくつかのさらなる抗原の同定を報告する。
したがって、すべての潜在的な変異体および工学的に作製された株に対して広く保護的な多価ワクチンを開発する必要が依然としてある［２］（非特許文献２）。
ＰｅｒｒｙおよびＦｅｔｈｅｒｓｔｏｎｅ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｒｅｖ（１９９７）１０：３５〜６６
Ｉｎｇｌｅｓｂｙら、Ｊａｍａ（２００１）２８３：２２８１〜９０
有効なＹ．ｐｅｓｔｉｓワクチンは、いくつかの抗原成分を必要とし、これらの成分は、Ｆ１抗原またはＶ抗原を含んでいてもよく、または含んでいなくてもよいと考えられる。
この点を考慮し、参照文献９において、特に組み合わせて使用される場合に、免疫化の目的に特に適した、様々な、表面に露出したＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が同定された。抗原は、細菌表面上に露出しており、「表面シェービング」技術を使用して、または細胞表面Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質についてｉｎ ｓｉｔｕ標識されたタンパク質を検出することによって同定された。
したがって、本発明は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、および（３）ＹＰＯ３４８９抗原から成る群から選択される２種以上（つまり２種または３種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物を提供する。これらの３種の抗原は、「第１の抗原群」を形成する。第１の抗原群内では、ＹＰＯ３４８９抗原が好ましい。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、および（５）ＹＰＯ１６０４抗原から成る群から選択される２種以上（つまり２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。これらの５種の抗原は、「第２の抗原群」を形成し、これは、第１の抗原群のうちの３種の抗原を含む。第２の抗原群内で、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ４００３抗原、および／またはＹＰＯ１６０４抗原が好ましい。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および（２１）ＹＰＯ１０７０抗原から成る群からの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。これらの２１種の抗原は、「第３の抗原群」を形成し、これは、第２の抗原群からの５種の抗原を含む。第３の抗原群内で、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、および／またはＹＰＯ１０７０抗原が好ましい。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ１７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原から成る群からの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３ ３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。これらの３６種の抗原は、「第４の抗原群」を形成し、これは、第１、第２、または第３の抗原群と重複しない。第４の抗原群内では、ＹＰＯ０５０２抗原が好ましい。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）および第４の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
生物学的機能が公知であるまたは公知でない他のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の免疫原性は、第１の抗原群ならびに／または第２および／もしくは第３の抗原群ならびに／または第４の抗原群からの１つまたは複数のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原との組合せによって改善することができる。生物学的機能が公知であるまたは公知でないそのような他のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原は、Ｆ１抗原および／またはＶ抗原を含む。これらの２種の抗原は、「第５の抗原群」を形成する。
したがって、本発明は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）および第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第４の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３ ３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）、第４の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、および第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および（２６）ＹＰＯ４０４０抗原から成る群からの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。これらの２６種の抗原は、「第６の抗原群」を形成し、これは、第１、第２、第３、第４、または第５の抗原群と重複しない。第６の抗原群内で、ＹＰＯ３９８２抗原、ＹＰＯ０４９９抗原、および／またはＹＰＯ０５０５抗原が好ましい。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１種）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）および第６の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第４の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３ ３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第６の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第６の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）、第４の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、および第６の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および（５）ＹＰＯ２１９０抗原から成る群からの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む。これらの５種の抗原は、「第７の抗原群」を形成し、これは、第１、第２、第３、第４、第５、または第６の抗原群と重複しない。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）および第７の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第４の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３ ３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第７の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第５の抗原群から選択される１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第７の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第６の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原および第７の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。
本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０種、または２１種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは第２の群からの、より好ましくは第１の抗原群からの抗原を含む）、第４の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５種、または３６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第５の抗原群からの１または２種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第６の抗原群から選択される１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または２６種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、および第７の抗原群のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４種、または５種すべて）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物をも提供する。本発明はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む組成物であって、前記組合せが、第３の抗原群からのａ抗原、第４の抗原群からのｂ抗原、および第５の抗原群からのｃ抗原を含み、ａは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１から選択され、ｂは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０ ３１、３２、３３、３４、３５、または３６から選択され、ｃは、０、１、または２から選択されるが、但し、ａ＋ｂ＋ｃは、少なくとも２（たとえば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）とすることを条件とする組成物をも提供する。好ましくは、ａは、０ではない。好ましくは、ｃは、０ではない。
そのような組成物は、任意選択で、第６の抗原群からのｄ抗原を含んでいてもよく、ｄは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６から選択されるが、但し、ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄは、少なくとも２（たとえば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）とすることを条件とする。好ましくは、ａは、０ではない。好ましくは、ｃは、０ではない。
そのような組成物は、任意選択で、第７の抗原群からのｅ抗原を含んでいてもよく、ｅは、０、１、２、３、４、または５から選択されるが、但し、ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ＋ｅは、少なくとも２（たとえば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）とすることを条件とする。好ましくは、ａは、０ではない。好ましくは、ｃは、０ではない。
上記の組成物はまた、第１、第２、第３、第４、第５、または第６の抗原群のうちのいずれかのメンバーではない、さらなるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含んでいてもよい。たとえば、組成物は、ペスチシン（ＹＰＰＣＰ１．０５ｃ）、Ｗ抗原、ｐＨ６抗原（ＹＰＯ１３０３）、ＦｅまたはＭｎスーパーオキシドジスムターゼ（Ｆｅ ＹＰＯ２３８６、Ｍｎ ＹＰＯ４０６１）、ＹＯＰ抗原（たとえばＹＰＣＤ１．３４ｃ）、鉄調節膜タンパク質（たとえばＹＰＯ１３１３）、マウス毒素（ＹＰＭＴ１．７４）、ヘミン貯蔵タンパク質（たとえばＹＰＯ０２８１）などを含んでいてもよい。好ましくは、本発明による組成物は、参照文献１０において記載されているＯｐｐＡ抗原（ＹＰＯ２１８２）をさらに含んでいてもよい。
本発明の組成物において提供されるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数に上限がある。好ましくは、本発明の組成物におけるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数は、２０種未満（たとえば１９種未満、１８種未満、１７種未満、１６種未満、１５種未満、１４種未満、１３種未満、１２種未満、１１種未満、１０種未満、９種未満、８種未満、７種未満、６種未満、５種未満、４種未満、または３種未満）である。特に、本発明の組成物におけるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数は、好ましくは、６種未満、５種未満、または４種未満である。
第３の抗原群から選択される好ましい抗原は、第２の抗原群中にある抗原であり、第２の抗原群から選択される好ましい抗原は、第１の抗原群中にある抗原である。
本発明による好ましい組成物は、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上（つまり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種、または１３種すべて）を含む。
本発明による好ましい組成物は、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３種、または４種すべて）を含んでいてもよい。好ましくは、本発明による組成物は、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ４００３抗原の４種すべてを含む。
本発明によるさらに好ましい組成物は、ＹＰＯ００６５抗原、ＹＰＯ００８６抗原、ＹＰＯ０４９６抗原、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０１抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ０８６０抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１２２４抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２５０６抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３０６１抗原、ＹＰＯ３０６５抗原、ＹＰＯ３３８２抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ３５５１抗原、ＹＰＯ３５５３抗原、ＹＰＯ３５７９抗原、ＹＰＯ３６３１抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ３９８７抗原、ＹＰＯ１３５４抗原、ＹＰＯ２１９０抗原、およびＹＰＯ３４１７抗原のうちの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０種、または３１種すべて）を含んでいてもよい。本発明による特に好ましい組成物は、（ｉ）ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原、（ｉｉ）ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原、または（ｉｉｉ）ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む。
本発明によるさらなる好ましい組成物は、ＹＰＯ０４６８抗原（ＤｎａＫ）、ＹＰＯ０３５１抗原（ＧｒｏＥＬ）、ＹＰＯ０２０３抗原（ＥＦ−Ｔｕ）、およびＹＰＯ１２２２抗原（ＯｍｐＣ）のうちの１つまたは複数を含んでいてもよい。組成物はまた、任意選択で、ＹＰＯ１７９２抗原（ＦＩｈＥ）を含んでいてもよい。
そのような好ましい組成物はまた、任意選択で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含んでいてもよい。
第１の抗原群
（１）ＹＰＯ０５１２
「ＹＰＯ０５１２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８４３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５１２のアミノ酸配列を、配列番号１として本明細書において示す。さらに、ＹＰＯ０５１２は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが仮定される。
（１）ＹＰＯ０５１２
「ＹＰＯ０５１２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８４３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５１２のアミノ酸配列を、配列番号１として本明細書において示す。さらに、ＹＰＯ０５１２は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５１２タンパク質は、（ａ）配列番号１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５１２タンパク質は、配列番号１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２）ＹＰＯ０５６３
「ＹＰＯ０５６３」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８９１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５６３のアミノ酸配列を、配列番号３として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質（ｅｘｐｏｒｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）であり、さらに分泌モニター前駆体（ＳｅｃＭ）タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５６３」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８９１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５６３のアミノ酸配列を、配列番号３として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質（ｅｘｐｏｒｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）であり、さらに分泌モニター前駆体（ＳｅｃＭ）タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５６３タンパク質は、（ａ）配列番号３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５６３タンパク質は、配列番号３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３）ＹＰＯ３４８９
「ＹＰＯ３４８９」配列は、「リポタンパク質ＮｌｐＩ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６３５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４８９のアミノ酸配列を、配列番号１７として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３４８９」配列は、「リポタンパク質ＮｌｐＩ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６３５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４８９のアミノ酸配列を、配列番号１７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３４８９タンパク質は、（ａ）配列番号１７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３４８９タンパク質は、配列番号１７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第２の抗原群
（４）ＹＰＯ４００３
「ＹＰＯ４００３」配列は、ｄｐｐＡとして公知である「周辺質ジペプチド輸送タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４００３のアミノ酸配列を、配列番号２１として本明細書において示す。
（４）ＹＰＯ４００３
「ＹＰＯ４００３」配列は、ｄｐｐＡとして公知である「周辺質ジペプチド輸送タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４００３のアミノ酸配列を、配列番号２１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ４００３タンパク質は、（ａ）配列番号２１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ４００３タンパク質は、配列番号２１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（５）ＹＰＯ１６０４
「ＹＰＯ１６０４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１８７２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１６０４のアミノ酸配列を、配列番号９として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ１６０４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１８７２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１６０４のアミノ酸配列を、配列番号９として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１６０４タンパク質は、（ａ）配列番号９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１６０４タンパク質は、配列番号９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第３の抗原群
（６）ＹＰＯ３０６１
「ＹＰＯ３０６１」配列は、ｎｌｐＢとして公知である「リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２３８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０６１のアミノ酸配列を、配列番号１１として本明細書において示す。
（６）ＹＰＯ３０６１
「ＹＰＯ３０６１」配列は、ｎｌｐＢとして公知である「リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２３８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０６１のアミノ酸配列を、配列番号１１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３０６１タンパク質は、（ａ）配列番号１１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３０６１タンパク質は、配列番号１１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（７）ＹＰＯ３５５９
「ＹＰＯ３５５９」配列は「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７０３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５９のアミノ酸配列を、配列番号１８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３５５９」配列は「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７０３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５９のアミノ酸配列を、配列番号１８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３５５９タンパク質は、（ａ）配列番号１８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３５５９タンパク質は、配列番号１８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（８）ＹＰＯ３３８２
「ＹＰＯ３３８２」配列は、ｈｔｒＡまたはｄｅｇＰとしても公知である「包括的ストレス要求タンパク質ＧｓｒＡ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５３１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３８２のアミノ酸配列を、配列番号１５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３３８２」配列は、ｈｔｒＡまたはｄｅｇＰとしても公知である「包括的ストレス要求タンパク質ＧｓｒＡ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５３１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３８２のアミノ酸配列を、配列番号１５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３３８２タンパク質は、（ａ）配列番号１５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３３８２タンパク質は、配列番号１５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（９）ＹＰＯ０８６０
「ＹＰＯ０８６０」配列は、「糖結合周辺質タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１６８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８６０のアミノ酸配列を、配列番号５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０８６０」配列は、「糖結合周辺質タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１６８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８６０のアミノ酸配列を、配列番号５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０８６０タンパク質は、（ａ）配列番号５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０８６０タンパク質は、配列番号５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１０）ＹＰＯ００８６
「ＹＰＯ００８６」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４３７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００８６のアミノ酸配列を、配列番号２として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ００８６」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４３７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００８６のアミノ酸配列を、配列番号２として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ００８６タンパク質は、（ａ）配列番号２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ００８６タンパク質は、配列番号２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１１）ＹＰＯ３６３１
「ＹＰＯ３６３１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７７３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６３１のアミノ酸配列を、配列番号１９として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ３６３１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７７３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６３１のアミノ酸配列を、配列番号１９として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３６３１タンパク質は、（ａ）配列番号１９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３６３１タンパク質は、配列番号１９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１２）ＹＰＯ２８８１
「ＹＰＯ２８８１」配列は、「推定線毛生合成タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３０７３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２８８１のアミノ酸配列を、配列番号１０として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２８８１」配列は、「推定線毛生合成タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３０７３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２８８１のアミノ酸配列を、配列番号１０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２８８１タンパク質は、（ａ）配列番号１０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２８８１タンパク質は、配列番号１０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１３）ＹＰＯ３３４３
「ＹＰＯ３３４３」配列は、「推定細胞外溶質結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３４９３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３４３のアミノ酸配列を、配列番号１３として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３３４３」配列は、「推定細胞外溶質結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３４９３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３４３のアミノ酸配列を、配列番号１３として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３３４３タンパク質は、（ａ）配列番号１３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３３４３タンパク質は、配列番号１３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１４）ＹＰＯ３３６１
「ＹＰＯ３３６１」配列は、「４−ジホスホシチジル−２Ｃ−メチル−Ｄ−エリスリトールシンターゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５１１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３６１のアミノ酸配列を、配列番号１４として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３３６１」配列は、「４−ジホスホシチジル−２Ｃ−メチル−Ｄ−エリスリトールシンターゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５１１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３６１のアミノ酸配列を、配列番号１４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３３６１タンパク質は、（ａ）配列番号１４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３３６１タンパク質は、配列番号１４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１５）ＹＰＯ３４３０
「ＹＰＯ３４３０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５７９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４３０のアミノ酸配列を、配列番号１６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３４３０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５７９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４３０のアミノ酸配列を、配列番号１６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３４３０タンパク質は、（ａ）配列番号１６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３４３０タンパク質は、配列番号１６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１６）ＹＰＯ１４１１
「ＹＰＯ１４１１」配列は、「推定外膜ポリンＣタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６９１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４１１のアミノ酸配列を、配列番号８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１４１１」配列は、「推定外膜ポリンＣタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６９１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４１１のアミノ酸配列を、配列番号８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１４１１タンパク質は、（ａ）配列番号８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１４１１タンパク質は、配列番号８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１７）ＹＰＯ３９３５
「ＹＰＯ３９３５」配列は、「膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４０６３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９３５のアミノ酸配列を、配列番号２０として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３９３５」配列は、「膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４０６３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９３５のアミノ酸配列を、配列番号２０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３９３５タンパク質は、（ａ）配列番号２０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３９３５タンパク質は、配列番号２０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１８）ＹＰＯ０８０９
「ＹＰＯ０８０９」配列は、「一般的な分泌経路タンパク質Ｋ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１２１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８０９のアミノ酸配列を、配列番号４として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０８０９」配列は、「一般的な分泌経路タンパク質Ｋ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１２１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８０９のアミノ酸配列を、配列番号４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０８０９タンパク質は、（ａ）配列番号４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０８０９タンパク質は、配列番号４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１９）ＹＰＯ１１２３
「ＹＰＯ１１２３」配列は、「ＴｏｌＡコリシン移入膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１４２３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１１２３のアミノ酸配列を、配列番号７として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１１２３」配列は、「ＴｏｌＡコリシン移入膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１４２３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１１２３のアミノ酸配列を、配列番号７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１１２３タンパク質は、（ａ）配列番号７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１１２３タンパク質は、配列番号７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２０）ＹＰＯ３０６５
「ＹＰＯ３０６５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２４２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０６５のアミノ酸配列を、配列番号１２として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３０６５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２４２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０６５のアミノ酸配列を、配列番号１２として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３０６５タンパク質は、（ａ）配列番号１２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号１２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３０６５タンパク質は、配列番号１２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号１２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号１２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号１２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２１）ＹＰＯ１０７０
「ＹＰＯ１０７０」配列は、ｒｃｓＦとして公知である「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３７１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０７０のアミノ酸配列を、配列番号６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１０７０」配列は、ｒｃｓＦとして公知である「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３７１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０７０のアミノ酸配列を、配列番号６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１０７０タンパク質は、（ａ）配列番号６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１０７０タンパク質は、配列番号６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第４の抗原群
（１）ＹＰＯ０１０２
「ＹＰＯ０１０２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４４９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０１０２のアミノ酸配列を、配列番号４４として本明細書において示す。
（１）ＹＰＯ０１０２
「ＹＰＯ０１０２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４４９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０１０２のアミノ酸配列を、配列番号４４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０１０２タンパク質は、（ａ）配列番号４４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０１０２タンパク質は、配列番号４４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２）ＹＰＯ０５７０
「ＹＰＯ０５７０」配列は、「推定膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８９９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５７０のアミノ酸配列を、配列番号３５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０５７０」配列は、「推定膜タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８９９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５７０のアミノ酸配列を、配列番号３５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５７０タンパク質は、（ａ）配列番号３５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５７０タンパク質は、配列番号３５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３）ＹＰＯ１０５３
「ＹＰＯ１０５３」配列は、「陽イオン性１９ｋＤａ外膜タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３５３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０５３のアミノ酸配列を、配列番号３３として本明細書において示す。このタンパク質は、タンパク質のＯｍｐＨファミリーのメンバーであることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ１０５３」配列は、「陽イオン性１９ｋＤａ外膜タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３５３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０５３のアミノ酸配列を、配列番号３３として本明細書において示す。このタンパク質は、タンパク質のＯｍｐＨファミリーのメンバーであることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１０５３タンパク質は、（ａ）配列番号３３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１０５３タンパク質は、配列番号３３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（４）ＹＰＯ１４３５
「ＹＰＯ１４３５」配列は、「推定外膜ポリンＡタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１７１３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４３５のアミノ酸配列を、配列番号３２として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１４３５」配列は、「推定外膜ポリンＡタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１７１３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４３５のアミノ酸配列を、配列番号３２として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１４３５タンパク質は、（ａ）配列番号３２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１４３５タンパク質は、配列番号３２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（５）ＹＰＯ２６７４
「ＹＰＯ２６７４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２８７９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２６７４のアミノ酸配列を、配列番号２６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２６７４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２８７９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２６７４のアミノ酸配列を、配列番号２６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２６７４タンパク質は、（ａ）配列番号２６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２６７４タンパク質は、配列番号２６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（６）ＹＰＯ２２９２
「ＹＰＯ２２９２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２５１６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２２９２のアミノ酸配列を、配列番号２９として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２２９２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２５１６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２２９２のアミノ酸配列を、配列番号２９として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２２９２タンパク質は、（ａ）配列番号２９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２２９２タンパク質は、配列番号２９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（７）ＹＰＯ３０５０
「ＹＰＯ３０５０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２２７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０５０のアミノ酸配列を、配列番号２５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３０５０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２２７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０５０のアミノ酸配列を、配列番号２５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３０５０タンパク質は、（ａ）配列番号２５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３０５０タンパク質は、配列番号２５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（８）ＹＰＯ２６１５
「ＹＰＯ２６１５」配列は、「推定アミノ酸結合タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２８２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２６１５のアミノ酸配列を、配列番号２７として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２６１５」配列は、「推定アミノ酸結合タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２８２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２６１５のアミノ酸配列を、配列番号２７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２６１５タンパク質は、（ａ）配列番号２７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２６１５タンパク質は、配列番号２７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（９）ＹＰＯ１５０７
「ＹＰＯ１５０７」配列は、「ガラクトース結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１７８０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１５０７のアミノ酸配列を、配列番号３１として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１５０７」配列は、「ガラクトース結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１７８０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１５０７のアミノ酸配列を、配列番号３１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１５０７タンパク質は、（ａ）配列番号３１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１５０７タンパク質は、配列番号３１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１０）ＹＰＯ４１１１
「ＹＰＯ４１１１」配列は、「推定周辺質溶質結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４２１９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４１１１のアミノ酸配列を、配列番号４７として本明細書において示す。
「ＹＰＯ４１１１」配列は、「推定周辺質溶質結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４２１９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４１１１のアミノ酸配列を、配列番号４７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ４１１１タンパク質は、（ａ）配列番号４７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ４１１１タンパク質は、配列番号４７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１１）ＹＰＯ００１５
「ＹＰＯ００１５」配列は、「分泌チオール：ジスルフィド交換タンパク質ＤｓｂＡ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０３６９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００１５のアミノ酸配列を、配列番号４６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ００１５」配列は、「分泌チオール：ジスルフィド交換タンパク質ＤｓｂＡ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０３６９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００１５のアミノ酸配列を、配列番号４６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ００１５タンパク質は、（ａ）配列番号４６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ００１５タンパク質は、配列番号４６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１２）ＹＰＯ０１９５
「ＹＰＯ０１９５」配列は、「ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５３４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０１９５のアミノ酸配列を、配列番号４３として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０１９５」配列は、「ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５３４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０１９５のアミノ酸配列を、配列番号４３として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０１９５タンパク質は、（ａ）配列番号４３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０１９５タンパク質は、配列番号４３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１３）ＹＰＯ２３４２
「ＹＰＯ２３４２」配列は、「チオールペルオキシダーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２５６６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２３４２のアミノ酸配列を、配列番号２８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２３４２」配列は、「チオールペルオキシダーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２５６６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２３４２のアミノ酸配列を、配列番号２８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２３４２タンパク質は、（ａ）配列番号２８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２３４２タンパク質は、配列番号２８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１４）ＹＰＯ０５０１
「ＹＰＯ０５０１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０１のアミノ酸配列を、配列番号３７として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０１は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０１のアミノ酸配列を、配列番号３７として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０１は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０１タンパク質は、（ａ）配列番号３７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０１タンパク質は、配列番号３７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１５）ＹＰＯ０５０２
「ＹＰＯ０５０２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０２のアミノ酸配列を、配列番号３６として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０２は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０２のアミノ酸配列を、配列番号３６として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０２は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０２タンパク質は、（ａ）配列番号３６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０２タンパク質は、配列番号３６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１６）ＹＰＯ０８１９
「ＹＰＯ０８１９」配列は、「推定炭酸脱水酵素」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１３０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８１９のアミノ酸配列を、配列番号３４として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０８１９」配列は、「推定炭酸脱水酵素」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１３０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８１９のアミノ酸配列を、配列番号３４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０８１９タンパク質は、（ａ）配列番号３４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０８１９タンパク質は、配列番号３４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１７）ＹＰＯ３６４４
「ＹＰＯ３６４４」配列は、「主な寒冷ショックタンパク質Ｃｓｐａｌ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４４のアミノ酸配列を、配列番号２２として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３６４４」配列は、「主な寒冷ショックタンパク質Ｃｓｐａｌ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４４のアミノ酸配列を、配列番号２２として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３６４４タンパク質は、（ａ）配列番号２２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３６４４タンパク質は、配列番号２２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１８）ＹＰＯ１７４６
「ＹＰＯ１７４６」配列は、「寒冷ショックタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２００３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１７４６のアミノ酸配列を、配列番号３０として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１７４６」配列は、「寒冷ショックタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２００３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１７４６のアミノ酸配列を、配列番号３０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１７４６タンパク質は、（ａ）配列番号３０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１７４６タンパク質は、配列番号３０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１９）ＹＰＯ０３５１
「ＹＰＯ０３５１」配列は、「６０ｋＤａシャペロニン」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０６８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０３５１のアミノ酸配列を、配列番号３９として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０３５１」配列は、「６０ｋＤａシャペロニン」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０６８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０３５１のアミノ酸配列を、配列番号３９として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０３５１タンパク質は、（ａ）配列番号３９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０３５１タンパク質は、配列番号３９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。ＹＰＯ０３５１抗原は、参照文献１２において抗原タンパク質としての使用に適した外膜タンパク質であることが示された。
（２０）ＹＰＯ０４６８
「ＹＰＯ０４６８」配列は、「シャペロンタンパク質ＤｎａＫ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０７９７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４６８のアミノ酸配列を、配列番号３８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０４６８」配列は、「シャペロンタンパク質ＤｎａＫ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０７９７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４６８のアミノ酸配列を、配列番号３８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０４６８タンパク質は、（ａ）配列番号３８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号３８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０４６８タンパク質は、配列番号３８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号３８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号３８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号３８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。ＹＰＯ０４６８抗原は、参照文献１２において抗原タンパク質としての使用に適した外膜タンパク質であることが示された。
（２１）ＹＰＯ０２０３
「ＹＰＯ０２０３」配列は、「伸長因子Ｔｕ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５４２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２０３のアミノ酸配列を、配列番号４２として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０２０３」配列は、「伸長因子Ｔｕ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５４２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２０３のアミノ酸配列を、配列番号４２として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０２０３タンパク質は、（ａ）配列番号４２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０２０３タンパク質は、配列番号４２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。ＹＰＯ０２０３抗原は、参照文献１２において抗原タンパク質として使用に適した外膜タンパク質であることが示された。
（２２）ＹＰＯ０２１６
「ＹＰＯ０２１６」配列は、「３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ３」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５５３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２１６のアミノ酸配列を、配列番号４１として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０２１６」配列は、「３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ３」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５５３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２１６のアミノ酸配列を、配列番号４１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０２１６タンパク質は、（ａ）配列番号４１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０２１６タンパク質は、配列番号４１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２３）ＹＰＯ３５３６
「ＹＰＯ３５３６」配列は、「５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ９」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６８２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５３６のアミノ酸配列を、配列番号２４として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３５３６」配列は、「５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ９」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６８２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５３６のアミノ酸配列を、配列番号２４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３５３６タンパク質は、（ａ）配列番号２４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３５３６タンパク質は、配列番号２４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２４）ＹＰＯ０２３３
「ＹＰＯ０２３３」配列は、「３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ４」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５７１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２３３のアミノ酸配列を、配列番号４０として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０２３３」配列は、「３０Ｓリボソームタンパク質Ｓ４」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０５７１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０２３３のアミノ酸配列を、配列番号４０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０２３３タンパク質は、（ａ）配列番号４０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０２３３タンパク質は、配列番号４０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２５）ＹＰＯ００６７
「ＹＰＯ００６７」配列は、「タンパク質排出タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４１８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００６７のアミノ酸配列を、配列番号４５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ００６７」配列は、「タンパク質排出タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４１８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００６７のアミノ酸配列を、配列番号４５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ００６７タンパク質は、（ａ）配列番号４５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ００６７タンパク質は、配列番号４５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２６）ＹＰＯ０３６４３
「ＹＰＯ３６４３」配列は、「主な寒冷ショックタンパク質Ｃｓｐａ２」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４３のアミノ酸配列を、配列番号２３として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３６４３」配列は、「主な寒冷ショックタンパク質Ｃｓｐａ２」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４３のアミノ酸配列を、配列番号２３として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３６４３タンパク質は、（ａ）配列番号２３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号２３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３６４３タンパク質は、配列番号２３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号２３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号２３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号２３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２７）ＹＰＯ３３７５
「ＹＰＯ３３７５」配列は、「スーパーオキシドジスムターゼ［Ｃｕ−Ｚｎ］前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５２４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３７５のアミノ酸配列を、配列番号５８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３３７５」配列は、「スーパーオキシドジスムターゼ［Ｃｕ−Ｚｎ］前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５２４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３３７５のアミノ酸配列を、配列番号５８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３３７５タンパク質は、（ａ）配列番号５８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３３７５タンパク質は、配列番号５８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２８）ＹＰＯ０４９４
「ＹＰＯ０４９４」配列は、「生存タンパク質ＳｕｒＡ前駆体（ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９４のアミノ酸配列を、配列番号５３として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０４９４」配列は、「生存タンパク質ＳｕｒＡ前駆体（ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９４のアミノ酸配列を、配列番号５３として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０４９４タンパク質は、（ａ）配列番号５３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０４９４タンパク質は、配列番号５３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２９）ＹＰＯ１０５２
「ＹＰＯ１０５２」配列は、「推定表面抗原」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３５２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０５２のアミノ酸配列を、配列番号５１として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１０５２」配列は、「推定表面抗原」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１３５２を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１０５２のアミノ酸配列を、配列番号５１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１０５２タンパク質は、（ａ）配列番号５１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１０５２タンパク質は、配列番号５１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３０）ＹＰＤ１９０６
「ＹＰＯ１９０６」配列は、「ペスチシン／エルシニアバクチン受容体タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２１５４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１９０６のアミノ酸配列を、配列番号５６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１９０６」配列は、「ペスチシン／エルシニアバクチン受容体タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２１５４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１９０６のアミノ酸配列を、配列番号５６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１９０６タンパク質は、（ａ）配列番号５６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１９０６タンパク質は、配列番号５６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３１）ＹＰＯ０６６３
「ＹＰＯ０６６３」配列は、「ＡＢＣ輸送体外膜成分」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０９８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０６６３のアミノ酸配列を、配列番号５４として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０６６３」配列は、「ＡＢＣ輸送体外膜成分」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０９８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０６６３のアミノ酸配列を、配列番号５４として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０６６３タンパク質は、（ａ）配列番号５４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０６６３タンパク質は、配列番号５４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３２）ＹＰＯ１２２２
「ＹＰＯ１２２２」配列は、「外膜タンパク質Ｃ、ポリン」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１５１１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１２２２のアミノ酸配列を、配列番号５５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１２２２」配列は、「外膜タンパク質Ｃ、ポリン」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１５１１を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１２２２のアミノ酸配列を、配列番号５５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１２２２タンパク質は、（ａ）配列番号５５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１２２２タンパク質は、配列番号５５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。ＹＰＯ１２２２抗原は、参照文献１２において抗原タンパク質として使用に適した外膜タンパク質であることが示された。
（３３）ＹＰＯ２９０５
「ＹＰＯ２９０５」配列は、「付着侵入部位タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３０９６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２９０５のアミノ酸配列を、配列番号５７として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２９０５」配列は、「付着侵入部位タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３０９６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２９０５のアミノ酸配列を、配列番号５７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２９０５タンパク質は、（ａ）配列番号５７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２９０５タンパク質は、配列番号５７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３４）ＹＰＯ４０７０
「ＹＰＯ４０７０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１８３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４０７０のアミノ酸配列を、配列番号５２として本明細書において示す。
「ＹＰＯ４０７０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１８３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４０７０のアミノ酸配列を、配列番号５２として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ４０７０タンパク質は、（ａ）配列番号５２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ４０７０タンパク質は、配列番号５２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７
「ＹＰＰＣＰ１．０７」配列は、「プラスミノーゲン活性化因子プロテアーゼ前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６０８２６８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見つけられるように完全長ＹＰＰＣＰ１．０７のアミノ酸配列を、配列番号５０として本明細書において示す。
「ＹＰＰＣＰ１．０７」配列は、「プラスミノーゲン活性化因子プロテアーゼ前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６０８２６８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見つけられるように完全長ＹＰＰＣＰ１．０７のアミノ酸配列を、配列番号５０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＰＣＰ１．０７タンパク質は、（ａ）配列番号５０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＰＣＰ１．０７タンパク質は、配列番号５０の変異体（たとえば対立形質変異体、多型形態、相同体、オルソログ、パラログ、突然変異体など）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３６）ＹＰＭＴ１．４２
「ＹＰＭＴ１．４２」配列は、「推定周辺質タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６０８２８２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＭＴ１．４２のアミノ酸配列を、配列番号５９として本明細書において示す。
「ＹＰＭＴ１．４２」配列は、「推定周辺質タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６０８２８２８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＭＴ１．４２のアミノ酸配列を、配列番号５９として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＭＴ１．４２タンパク質は、（ａ）配列番号５９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号５９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＭＴ１．４２タンパク質は、配列番号５９の変異体（たとえば対立形質変異体、多型形態、相同体、オルソログ、パラログ、突然変異体など）を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号５９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号５９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号５９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第５の抗原群
（１）Ｆ１抗原
「Ｆ１」抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのエンベロープまたはカプセルタンパク質であり、その名称は「画分１」に由来する。これはまた、「ｃａｆ１」としても公知であり、プラスミド上でコードされる。Ｆ１遺伝子のクローニングおよび配列決定は、参照文献１３において１９９０年において報告された（ＧＩ：１１５４３７）。参照文献１１において、Ｆ１抗原は、「ＹＰＭＴ１．８４」と呼ばれる（ＧＩ：１６０８２８７６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株からの完全長Ｆ１のアミノ酸配列を、配列番号４８として本明細書において示す。
（１）Ｆ１抗原
「Ｆ１」抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのエンベロープまたはカプセルタンパク質であり、その名称は「画分１」に由来する。これはまた、「ｃａｆ１」としても公知であり、プラスミド上でコードされる。Ｆ１遺伝子のクローニングおよび配列決定は、参照文献１３において１９９０年において報告された（ＧＩ：１１５４３７）。参照文献１１において、Ｆ１抗原は、「ＹＰＭＴ１．８４」と呼ばれる（ＧＩ：１６０８２８７６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株からの完全長Ｆ１のアミノ酸配列を、配列番号４８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＦ１タンパク質は、（ａ）配列番号４８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＦ１タンパク質は、配列番号４８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４８からのエピトープを含み、参照文献１３は、アミノ酸１００および１５０の間に位置する領域が、そのようなエピトープを含有することを示唆する。他の好ましい断片は、配列番号４８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。たとえば、参照文献９７は、２１ｍｅｒのＮ末端シグナルペプチドが削除されたＦ１タンパク質を開示する。
（２）Ｖ抗原
Ｖ抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの主な病原性因子として認識される。参照文献１１において、Ｆ１抗原は、「ＹＰＣＤ１．３１ｃ」と呼ばれ、「抗宿主タンパク質／調節因子」をコードする（ＧＩ：５８３２４５１を参照されたい）。これはまた、「低カルシウム応答Ｖ」である「ＩｃｒＶ」として公知である。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株からの完全長Ｖ抗原のアミノ酸配列を、配列番号４９として本明細書において示す。参照文献１４は、２種以外のすべては同一である、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの２２種の種々の株についてＶ抗原配列を報告する。
Ｖ抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの主な病原性因子として認識される。参照文献１１において、Ｆ１抗原は、「ＹＰＣＤ１．３１ｃ」と呼ばれ、「抗宿主タンパク質／調節因子」をコードする（ＧＩ：５８３２４５１を参照されたい）。これはまた、「低カルシウム応答Ｖ」である「ＩｃｒＶ」として公知である。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株からの完全長Ｖ抗原のアミノ酸配列を、配列番号４９として本明細書において示す。参照文献１４は、２種以外のすべては同一である、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの２２種の種々の株についてＶ抗原配列を報告する。
本発明での使用に好ましいＶ抗原は、（ａ）配列番号４９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号４９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのタンパク質は、配列番号４９の変異体を含む。たとえば、ＧＩ：１７３８０４０９は、配列変異体（Ｋ１８Ｎ、Ｋ７２Ｒ、Ｉ１３５Ｖ、Ｃ２７３Ｓ、および３２４ＳＧＫ３２６がＲと交換された突然変異体）を報告する。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号４９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号４９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号４９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第６の抗原群
（１）ＹＰＯ０４５７
「ＹＰＯ０４５７」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０７８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４５７のアミノ酸配列を、配列番号６１として本明細書において示す。このタンパク質は、推定外膜タンパク質であることが本明細書において仮定される。
（１）ＹＰＯ０４５７
「ＹＰＯ０４５７」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０７８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４５７のアミノ酸配列を、配列番号６１として本明細書において示す。このタンパク質は、推定外膜タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０４５７タンパク質は、（ａ）配列番号６１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０４５７タンパク質は、配列番号６１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２）ＹＰＯ０５１４
「ＹＰＯ０５１４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８４５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５１４のアミノ酸配列を、配列番号６２として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５１４は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成し、ＯｍｐＡ−ファミリーメンバータンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５１４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８４５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５１４のアミノ酸配列を、配列番号６２として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５１４は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成し、ＯｍｐＡ−ファミリーメンバータンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５１４タンパク質は、（ａ）配列番号６２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５１４タンパク質は、配列番号６２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３）ＹＰＯ０６９４
「ＹＰＯ０６９４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１０１５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０６９４のアミノ酸配列を、配列番号６３として本明細書において示す。このタンパク質は、推定膜タンパク質およびさらに、線毛成分であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０６９４」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１０１５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０６９４のアミノ酸配列を、配列番号６３として本明細書において示す。このタンパク質は、推定膜タンパク質およびさらに、線毛成分であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０６９４タンパク質は、（ａ）配列番号６３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０６９４タンパク質は、配列番号６３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（４）ＹＰＯ０８０５
「ＹＰＯ０８０５」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１１７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８０５のアミノ酸配列を、配列番号６４として本明細書において示す。このタンパク質は、病原性関連分泌装置のメンバーであることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０８０５」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１１１７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０８０５のアミノ酸配列を、配列番号６４として本明細書において示す。このタンパク質は、病原性関連分泌装置のメンバーであることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０８０５タンパク質は、（ａ）配列番号６４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０８０５タンパク質は、配列番号６４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（５）ＹＰＯ０９８２
「ＹＰＯ０９８２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１２８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０９８２のアミノ酸配列を、配列番号６５として本明細書において示す。
「ＹＰＯ０９８２」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１２８６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０９８２のアミノ酸配列を、配列番号６５として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０９８２タンパク質は、（ａ）配列番号６５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０９８２タンパク質は、配列番号６５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（６）ＹＰＯ１３５４
「ＹＰＯ１３５４」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６３４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１３５４のアミノ酸配列を、配列番号６６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１３５４」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６３４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１３５４のアミノ酸配列を、配列番号６６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１３５４タンパク質は、（ａ）配列番号６６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１３５４タンパク質は、配列番号６６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（７）ＹＰＯ１４０８
「ＹＰＯ１４０８」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４０８のアミノ酸配列を、配列番号６７として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質およびＩＶ型分泌系のメンバーであることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ１４０８」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１６８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１４０８のアミノ酸配列を、配列番号６７として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質およびＩＶ型分泌系のメンバーであることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１４０８タンパク質は、（ａ）配列番号６７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１４０８タンパク質は、配列番号６７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（８）ＹＰＯ１７９２
「ＹＰＯ１７９２」配列は、「鞭毛タンパク質ＦＩｈＥ前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２０４６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１７９２のアミノ酸配列を、配列番号６８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１７９２」配列は、「鞭毛タンパク質ＦＩｈＥ前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２０４６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１７９２のアミノ酸配列を、配列番号６８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１７９２タンパク質は、（ａ）配列番号６８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１７９２タンパク質は、配列番号６８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。ＹＰＯ１７９２抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓを用いる致死的呼吸器系抗原曝露に対して、免疫化に有効な抗原であることが示された［１５］。
（９）ＹＰＯ２５０６
「ＹＰＯ２５０６」配列は、「外膜タンパク質Ｘ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２７２７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２５０６のアミノ酸配列を、配列番号６９として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２５０６」配列は、「外膜タンパク質Ｘ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２７２７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２５０６のアミノ酸配列を、配列番号６９として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２５０６タンパク質は、（ａ）配列番号６９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号６９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２５０６タンパク質は、配列番号６９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号６９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号６９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号６９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１０）ＹＰＯ２７１３
「ＹＰＯ２７１３」配列は、「ｓｉｇｍａＥの周辺質の負の調節因子」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２９１７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２７１３のアミノ酸配列を、配列番号７０として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２７１３」配列は、「ｓｉｇｍａＥの周辺質の負の調節因子」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２９１７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２７１３のアミノ酸配列を、配列番号７０として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２７１３タンパク質は、（ａ）配列番号７０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２７１３タンパク質は、配列番号７０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１１）ＹＰＯ２９５０
「ＹＰＯ２９５０」配列は、「推定線毛タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３１３３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２９５０のアミノ酸配列を、配列番号７１として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２９５０」配列は、「推定線毛タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３１３３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２９５０のアミノ酸配列を、配列番号７１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２９５０タンパク質は、（ａ）配列番号７１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２９５０タンパク質は、配列番号７１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１２）ＹＰＯ３０２６
「ＹＰＯ３０２６」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２０３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０２６のアミノ酸配列を、配列番号７２として本明細書において示す。このタンパク質は、ピリン成分であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ３０２６」配列は、「推定リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３２０３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３０２６のアミノ酸配列を、配列番号７２として本明細書において示す。このタンパク質は、ピリン成分であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３０２６タンパク質は、（ａ）配列番号７２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３０２６タンパク質は、配列番号７２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１３）ＹＰＯ３４１７
「ＹＰＯ３４１７」配列は、「ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５６６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４１７のアミノ酸配列を、配列番号７３として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３４１７」配列は、「ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３５６６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３４１７のアミノ酸配列を、配列番号７３として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３４１７タンパク質は、（ａ）配列番号７３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３４１７タンパク質は、配列番号７３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１４）ＹＰＯ３５５１
「ＹＰＯ３５５１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６９５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５１のアミノ酸配列を、配列番号７４として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ３５５１」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６９５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５１のアミノ酸配列を、配列番号７４として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３５５１タンパク質は、（ａ）配列番号７４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３５５１タンパク質は、配列番号７４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１５）ＹＰＯ３６４６
「ＹＰＯ３６４６」配列は、「外膜リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４６のアミノ酸配列を、配列番号７５として本明細書において示す。このタンパク質は、膜の完全性において役割を果たすことが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ３６４６」配列は、「外膜リポタンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７８８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３６４６のアミノ酸配列を、配列番号７５として本明細書において示す。このタンパク質は、膜の完全性において役割を果たすことが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３６４６タンパク質は、（ａ）配列番号７５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３６４６タンパク質は、配列番号７５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１６）ＹＰＯ３９８２
「ＹＰＯ３９８２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１０９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９８２のアミノ酸配列を、配列番号７６として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３９８２」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１０９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９８２のアミノ酸配列を、配列番号７６として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３９８２タンパク質は、（ａ）配列番号７６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３９８２タンパク質は、配列番号７６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１７）ＹＰＯ００６５
「ＹＰＯ００６５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４１６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００６５のアミノ酸配列を、配列番号７７として本明細書において示す。このタンパク質は、推定膜タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ００６５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０４１６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ００６５のアミノ酸配列を、配列番号７７として本明細書において示す。このタンパク質は、推定膜タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ００６５タンパク質は、（ａ）配列番号７７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ００６５タンパク質は、配列番号７７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１８）ＹＰＯ０４９９
「ＹＰＯ０４９９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９９のアミノ酸配列を、配列番号７８として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０４９９は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０４９９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９９のアミノ酸配列を、配列番号７８として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０４９９は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０４９９タンパク質は、（ａ）配列番号７８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０４９９タンパク質は、配列番号７８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（１９）ＹＰＯ０５０５
「ＹＰＯ０５０５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０５のアミノ酸配列を、配列番号７９として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０５は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０５」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３５を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０５のアミノ酸配列を、配列番号７９として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０５は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０５タンパク質は、（ａ）配列番号７９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号７９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０５タンパク質は、配列番号７９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号７９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号７９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号７９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２０）ＹＰＯＯ５００
「ＹＰＯ０５００」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５００のアミノ酸配列を、配列番号８０として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５００は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５００」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５００のアミノ酸配列を、配列番号８０として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５００は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５００タンパク質は、（ａ）配列番号８０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５００タンパク質は、配列番号８０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２１）ＹＰＯ０５０３
「ＹＰＯ０５０３」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０３のアミノ酸配列を、配列番号８１として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０３は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０３」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０３のアミノ酸配列を、配列番号８１として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０３は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０３タンパク質は、（ａ）配列番号８１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０３タンパク質は、配列番号８１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２２）ＹＰＯ０５０６
「ＹＰＯ０５０６」配列は、「推定Ｃｌｐ ＡＴＰアーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０６のアミノ酸配列を、配列番号８２として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０６は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０６」配列は、「推定Ｃｌｐ ＡＴＰアーゼ」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０６のアミノ酸配列を、配列番号８２として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０６は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０６タンパク質は、（ａ）配列番号８２に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８２の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０６タンパク質は、配列番号８２の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８２からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８２のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８２のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２３）ＹＰＯ０５０８
「ＹＰＯ０５０８」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０８のアミノ酸配列を、配列番号８３として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０８は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０８」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３８を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０８のアミノ酸配列を、配列番号８３として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０８は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０８タンパク質は、（ａ）配列番号８３に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８３の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０８タンパク質は、配列番号８３の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８３からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８３のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８３のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２４）ＹＰＯ０５０９
「ＹＰＯ０５０９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０９のアミノ酸配列を、配列番号８４として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０９は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ０５０９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８３９を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０５０９のアミノ酸配列を、配列番号８４として本明細書において示す。しかしながら、ＹＰＯ０５０９は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０５０９タンパク質は、（ａ）配列番号８４に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８４の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０５０９タンパク質は、配列番号８４の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８４からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８４のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８４のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２５）ＹＰＯ３５７９
「ＹＰＯ３５７９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７２３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５７９のアミノ酸配列を、配列番号８５として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ３５７９」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３７２３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５７９のアミノ酸配列を、配列番号８５として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３５７９タンパク質は、（ａ）配列番号８５に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８５の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３５７９タンパク質は、配列番号８５の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８５からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８５のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８５のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２６）ＹＰＯ４０４０
「ＹＰＯ４０４０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１６０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４０４０のアミノ酸配列を、配列番号８６として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であり、さらに線毛成分であることが本明細書において仮定される。
「ＹＰＯ４０４０」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１６０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ４０４０のアミノ酸配列を、配列番号８６として本明細書において示す。このタンパク質は、推定排出タンパク質であり、さらに線毛成分であることが本明細書において仮定される。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ４０４０タンパク質は、（ａ）配列番号８６に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８６の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ４０４０タンパク質は、配列番号８６の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８６からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８６のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８６のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
第７の抗原群
（１）ＹＰＯ０４９６
「ＹＰＯ０４９６」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９６のアミノ酸配列を、配列番号８７として本明細書において示す。
（１）ＹＰＯ０４９６
「ＹＰＯ０４９６」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２０８２６を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ０４９６のアミノ酸配列を、配列番号８７として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ０４９６タンパク質は、（ａ）配列番号８７に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８７の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ０４９６タンパク質は、配列番号８７の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８７からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８７のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８７のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（２）ＹＰＯ１２２４
「ＹＰＯ１２２４」配列は、「推定ペニシリン結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１５１３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１２２４のアミノ酸配列を、配列番号８８として本明細書において示す。
「ＹＰＯ１２２４」配列は、「推定ペニシリン結合タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２１５１３を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ１２２４のアミノ酸配列を、配列番号８８として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ１２２４タンパク質は、（ａ）配列番号８８に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８８の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ１２２４タンパク質は、配列番号８８の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８８からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８８のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８８のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（３）ＹＰＯ３５５３
「ＹＰＯ３５５３」配列は、「増強リコピン生合成タンパク質２」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６９７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５３のアミノ酸配列を、配列番号８９として本明細書において示す。
「ＹＰＯ３５５３」配列は、「増強リコピン生合成タンパク質２」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２３６９７を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３５５３のアミノ酸配列を、配列番号８９として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３５５３タンパク質は、（ａ）配列番号８９に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号８９の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３５５３タンパク質は、配列番号８９の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号８９からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号８９のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号８９のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（４）ＹＰＯ３９８７
「ＹＰＯ３９８７」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１１４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９８７のアミノ酸配列を、配列番号９０として本明細書において示す。このタンパク質は、排出タンパク質であることが示唆されている。
「ＹＰＯ３９８７」配列は、「仮想タンパク質」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２４１１４を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ３９８７のアミノ酸配列を、配列番号９０として本明細書において示す。このタンパク質は、排出タンパク質であることが示唆されている。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ３９８７タンパク質は、（ａ）配列番号９０に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号９０の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ３９８７タンパク質は、配列番号９０の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号９０からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号９０のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号９０のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
（５）ＹＰＯ２１９０
「ＹＰＯ２１９０」配列は、「付着侵入部位タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２４２０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２１９０のアミノ酸配列を、配列番号９１として本明細書において示す。
「ＹＰＯ２１９０」配列は、「付着侵入部位タンパク質前駆体」として参照文献１１において注釈付けられた（ＧＩ：１６１２２４２０を参照されたい）。参照の目的で、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株において見られる完全長ＹＰＯ２１９０のアミノ酸配列を、配列番号９１として本明細書において示す。
本発明での使用に好ましいＹＰＯ２１９０タンパク質は、（ａ）配列番号９１に５０％以上（たとえば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、もしくはそれ以上）の同一性を有し、かつ／または（ｂ）配列番号９１の少なくともｎ個の連続したアミノ酸の断片であるアミノ酸配列を含み、ｎは、７以上（たとえば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、もしくはそれ以上）である。これらのＹＰＯ２１９０タンパク質は、配列番号９１の変異体を含む。（ｂ）の好ましい断片は、配列番号９１からのエピトープを含む。他の好ましい断片は、配列番号９１のＣ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸および／または配列番号９１のＮ末端から１つもしくは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５個、もしくはそれ以上）のアミノ酸を欠く。他の断片は、１つまたは複数のタンパク質ドメインを含まない。
３型分泌系
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０４、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０７、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１０、ＹＰＯ０５１１、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５１３、ＹＰＯ０５１４、ＹＰＯ０５１５、およびＹＰＯ０５１６は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。分析から、これらのタンパク質およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａのＩｃｍＦ関連相同タンパク質（ＩＡＨＰ）遺伝子クラスターとしても公知であるＩｃｍ／Ｄｏｔ分泌系のタンパク質の間の配列類似性が明らかとなっている［１６−２０］。さらに、ＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５０６は、Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ ｔａｒｄａにおいて分泌系を形成するＥＶＰクラスターのタンパク質との配列類似性を有する［２１］。さらなる３型分泌系は、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅにおいて最近記載された。このＶｉｂｒｉｏ系のエレメントは、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓクラスターＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５１６のタンパク質と同一性を有する系のタンパク質と同一性を有する。
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０４、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０７、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１０、ＹＰＯ０５１１、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５１３、ＹＰＯ０５１４、ＹＰＯ０５１５、およびＹＰＯ０５１６は、３型分泌系（ＴＴＳＳ）の一部を形成することが本明細書において仮定される。分析から、これらのタンパク質およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａのＩｃｍＦ関連相同タンパク質（ＩＡＨＰ）遺伝子クラスターとしても公知であるＩｃｍ／Ｄｏｔ分泌系のタンパク質の間の配列類似性が明らかとなっている［１６−２０］。さらに、ＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５０６は、Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ ｔａｒｄａにおいて分泌系を形成するＥＶＰクラスターのタンパク質との配列類似性を有する［２１］。さらなる３型分泌系は、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅにおいて最近記載された。このＶｉｂｒｉｏ系のエレメントは、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓクラスターＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５１６のタンパク質と同一性を有する系のタンパク質と同一性を有する。
これらのタンパク質のうち、ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１２、およびＹＰＯ０５１４は、表面に露出しており、そのため、免疫抗原として有用であると考えられる。
したがって、本発明の特に好ましい組成物は、ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯＯ５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１２、および／またはＹＰＯ０５１４の１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、または１１種すべて）を含む。ＹＰＰ０４９９およびＹＰＰ０５０２は、別々にまたは任意選択で１つもしくは複数のさらなるＴＴＳＳタンパク質と組み合わせて免疫化に使用することができる。
上記に述べられるように、特に好ましい組成物は、ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５０２、およびＹＰＯ０５０５を含む。
融合およびハイブリッドポリペプチド
本発明において使用されるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原は、個々の独立したポリペプチドとして組成物中に存在してもよい。しかしながら、複数の抗原が使用される場合、それらは、独立したポリペプチドとして存在する必要はない。その代わりに、少なくとも２種（たとえば２、３、４、５種、またはそれ以上）の抗原は、単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現させることができる。ハイブリッドポリペプチドは、２つの主な利点を提供する。第１に、それ自体では不安定であり、または発現が不十分である可能性があるポリペプチドは、問題を克服する、適したハイブリッドパートナーを追加することによって補助することができ、第２に、共に抗原として有用な２種のポリペプチドを産生するために、たった１回の発現および精製を用いる必要があるだけであるので、市販の製品は、単純化される。Ｆ１およびＶ抗原は、たとえば、ハイブリッドとして発現させることができる［２２］。
本発明において使用されるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原は、個々の独立したポリペプチドとして組成物中に存在してもよい。しかしながら、複数の抗原が使用される場合、それらは、独立したポリペプチドとして存在する必要はない。その代わりに、少なくとも２種（たとえば２、３、４、５種、またはそれ以上）の抗原は、単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現させることができる。ハイブリッドポリペプチドは、２つの主な利点を提供する。第１に、それ自体では不安定であり、または発現が不十分である可能性があるポリペプチドは、問題を克服する、適したハイブリッドパートナーを追加することによって補助することができ、第２に、共に抗原として有用な２種のポリペプチドを産生するために、たった１回の発現および精製を用いる必要があるだけであるので、市販の製品は、単純化される。Ｆ１およびＶ抗原は、たとえば、ハイブリッドとして発現させることができる［２２］。
ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群からの２種以上のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列および第２の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列および第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第２の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列および第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１、第２、および／または第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列ならびに第４の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１、第２、および／または第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列ならびに第５の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１、第２、および／または第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列ならびに第６の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。ハイブリッドポリペプチドは、第１、第２、および／または第３の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列ならびに第７の抗原群からの１つまたは複数のポリペプチド配列を含んでいてもよい。
本発明における使用のためのハイブリッドはまた、第２、第３、第４、第５、第６、および第７の抗原群から選択される抗原の組合せを含んでいてもよい。
２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原からのアミノ酸配列から成るハイブリッドが好ましい。特に、２、３、４、または５種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原からのアミノ酸配列から成るハイブリッドが好ましい。特に、２または３種のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原からのアミノ酸配列から成るハイブリッドが好ましい。
本発明による好ましいハイブリッドタンパク質は、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上（つまり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種、または１３種すべて）を含む。
本発明による、特に好ましいハイブリッドタンパク質は、（ｉ）ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ４００３抗原、およびＹＰＯ１６０４抗原、（ｉｉ）ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原、（ｉｉｉ）ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原、または（ｉｖ）ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む。
異なるハイブリッドポリペプチドは、単一製剤として一緒に混合してもよい。そのような組合せ内では、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原は、複数のハイブリッドポリペプチド中におよび／または非ハイブリッドポリペプチドとして存在してもよい。しかしながら、抗原は、両方としてではなくハイブリッドまたは非ハイブリッドのどちからとして存在することが好ましい。
ハイブリッドポリペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって表すことができ、ここで、Ｘは、上記に記載されているＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原のアミノ酸配列であり、Ｌは、任意のリンカーアミノ酸配列であり、Ａは、任意のＮ末端アミノ酸配列であり、Ｂは、任意のＣ末端アミノ酸配列であり、ｎは、２以上の整数（たとえば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５）である。最も好ましくは、ｎは、２または３である。
−Ｘ−部分が、その野生型形態においてリーダーペプチド配列を有する場合、これは、ハイブリッドタンパク質において含まれていてもよく、または含まれていなくてもよい。いくつかの実施形態において、リーダーペプチドは、ハイブリッドタンパク質のＮ末端に位置する−Ｘ−部分のリーダーペプチドを除いて削除され、つまり、Ｘ１のリーダーペプチドは、保持されるが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドは含まれない。これは、リーダーペプチドをすべて削除し、部分−Ａ−としてＸ１のリーダーペプチドを使用することと等価である。
｛−Ｘ−Ｌ−｝のそれぞれのｎの実例について、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、存在していてもよく、または存在していなくてもよい。たとえば、ｎ＝２である場合、ハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであってもよい。（１つまたは複数の）リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、典型的には短い（たとえば２０個以下のアミノ酸、つまり２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１）。例として、クローニングを促進する短いペプチド配列、ポリグリシンリンカー（つまりＧｌｙｎを含む、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）、およびヒスチジンタグ（つまり、Ｈｉｓｎ、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）を含む。他の適したリンカーアミノ酸配列は、当業者らに明白であろう。有用なリンカーは、ＧＳＧＧＧＧ（配列番号６０）であり、Ｇｌｙ−Ｓｅｒジペプチドは、ＢａｍＨＩ制限部位から形成され、したがって、クローニングおよび操作を支援し、（Ｇｌｙ）４テトラペプチドは、典型的なポリグリシンリンカーである。
−Ａ−は、任意のＮ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（たとえば４０個以下のアミノ酸、つまり４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個）。例として、タンパク質輸送を指示するためのリーダー配列またはクローニングもしくは精製を促進する短いペプチド配列（たとえば、ヒスチジンタグ、つまり、Ｈｉｓｎ、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、もしくはそれ以上）を含む。他の適したＮ末端アミノ酸配列は、当業者らに明らかであろう。Ｘ１が、それ自体のＮ末端メチオニンを欠く場合、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ末端メチオニンを提供するオリゴペプチド（たとえば、１、２、３、４、５、６、７、または８個のアミノ酸を有する）である。
−Ｂ−は，任意のＣ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には短い（たとえば４０個以下のアミノ酸、つまり３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個）。例として、タンパク質輸送を指示するための配列、クローニングもしくは精製を促進する短いペプチド配列（たとえばヒスチジンタグ、つまりＨｉｓｎ、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、もしくはそれ１０以上）、またはタンパク質安定性を増強する配列を含む。他の適したＣ末端アミノ酸配列は、当業者らに明らかであろう。
本発明の好ましい融合タンパク質組成物は、０８０９＿ＧＳＴ、０８０９＿Ｈｉｓ、０４９９＿ＧＳＴ、０４９９＿Ｈｉｓ、１０７０＿ＧＳＴ、１０７０＿Ｈｉｓ、３４８９＿ＧＳＴ、３４８９＿Ｈｉｓ、１３５４＿ＧＳＴ、１３５４＿Ｈｉｓ、３６３１＿ＧＳＴ、３６３１＿Ｈｉｓ、１６０４＿ＧＳＴ、１６０４＿Ｈｉｓ、４００３＿ＧＳＴ、４００３＿Ｈｉｓ、０５００＿Ｈｉｓ、０５０１＿Ｈｉｓ、０５０２＿Ｈｉｓ、０５０２＿ＧＳＴ、０５０３＿Ｈｉｓ、０５０３＿ＧＳＴ、０５０５＿Ｈｉｓ、０５０５ＧＳＴ、０５０６＿Ｈｉｓ、０５０８＿ＧＳＴ、および／または０５０９＿ＧＳＴの１つまたは複数（つまり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種、またはそれ以上）を含む。この命名法によれば、それぞれの抗原は、Ｎ末端ＧＳＴタグまたはＣ末端ｈｉｓタグを有していてもよい。そのため、たとえば、３４８９＿Ｈｉｓは、Ｃ末端ｈｉｓタグを有するＹＰＯ３４８９であり、０８０９＿ＧＳＴは、Ｎ末端ＧＳＴタグを有するＹＰＯ０８０９である。
特に好ましい組合せは、（１）０８０９＿ＧＳＴおよび０４９９＿ＧＳＴ、（２）１０７０＿ＧＳＴおよび３４８９＿Ｈｉｓ、（３）１３５４＿Ｈｉｓおよび３６３１＿Ｈｉｓ、ならびに／または（４）１６０４＿Ｈｉｓおよび４００３＿Ｈｉｓを含む。そのような好ましい組合せは、ミョウバンおよび／またはＣｐＧをさらに含む免疫原性組成物において見出すことができる。
本発明はまた、本発明のハイブリッドポリペプチドをコードする核酸をも提供する。用語「核酸」は、ＤＮＡおよびＲＮＡ、さらに、修飾バックボーン（たとえばホスホロチオエートなど）を含有するもの、さらにペプチド核酸など（ＰＮＡ）のようなそれらの類似体を含む。
本発明で使用されるポリペプチド
本発明で使用されるポリペプチドは、様々な形態を取ることができる（たとえば天然、融合物、グリコシル化、非グリコシル化、脂質付加、非脂質付加、リン酸化、非リン酸化、ミリストイル化、非ミリストイル化、単量体、多量体、粒子、変性など）。Ｆ１は、たとえば、多量体糖タンパク質形態を含む様々な形態において存在することが公知である。リポタンパク質は、免疫原としての使用のために特に好ましい。
本発明で使用されるポリペプチドは、様々な形態を取ることができる（たとえば天然、融合物、グリコシル化、非グリコシル化、脂質付加、非脂質付加、リン酸化、非リン酸化、ミリストイル化、非ミリストイル化、単量体、多量体、粒子、変性など）。Ｆ１は、たとえば、多量体糖タンパク質形態を含む様々な形態において存在することが公知である。リポタンパク質は、免疫原としての使用のために特に好ましい。
本発明で使用されるポリペプチドは、様々な手段（たとえば組換え発現、細胞培養からの精製、化学合成など）によって調製することができる。組換え発現タンパク質は、特にハイブリッドポリペプチドにとって好ましい。
本発明で使用されるポリペプチドは、好ましくは、精製されたまたは実質的に精製された形態において提供され、つまり、他のポリペプチドが実質的になく（たとえば、自然発生ポリペプチドがない）、特に、他のＹｅｒｓｉｎｉａまたは宿主細胞ポリペプチドがなく、一般に、少なくとも約５０％純粋であり（重量）、通常、少なくとも約９０％純粋であり、つまり、約５０％未満、より好ましくは、約１０％未満（たとえば５％）の組成物は、他の発現ポリペプチドから構成される。したがって、組成物における抗原は、分子が発現される全有機体から分離される。
本発明で使用されるポリペプチドは、好ましくは、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓポリペプチドである。
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸多量体を指す。多量体は、線状であってよくまたは分岐していてもよく、これは、修飾アミノ酸を含んでいてもよく、これは、非アミノ酸によって中断されてもよい。用語はまた、自然にまたは干渉、たとえばジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化、または標識成分との結合などの他の操作もしくは修飾によって修飾されたアミノ酸多量体を包含する。たとえばアミノ酸の１つまたは複数のアナログ（たとえば非天然アミノ酸などを含む）および当技術分野において公知である他の修飾を含有するポリペプチドもまた含まれる。ポリペプチドは、単一鎖または結合鎖として存在し得る。
本発明は、配列−Ｐ−Ｑ−または−Ｑ−Ｐ−を含むポリペプチドであって、−Ｐ−は、上記に定義されるアミノ酸配列であり、−Ｑ−は、上記に定義される配列ではないポリペプチドを提供する、つまり、本発明は、融合タンパク質を提供する。Ｆ１の融合タンパク質は、たとえば参照文献９７から公知であり、異種アンカードメインは、通常なら分泌されるタンパク質の細胞表面提示を可能にするように付着される。−Ｐ−のＮ末端コドンがＡＴＧではなく、このコドンが、ポリペプチドのＮ末端に存在しない場合、これは、Ｍｅｔとしてではなく、そのコドンの標準アミノ酸として翻訳される。しかしながら、このコドンが、ポリペプチドのＮ末端にある場合、これは、Ｍｅｔとして翻訳される。本発明で使用されるポリペプチドは、ＧＳＴ融合タンパク質および／またはＨｉｓタグつき融合タンパク質として調製することができる。
本発明はまた、本発明のポリペプチドを産生するための方法であって、ポリペプチド発現を誘発する条件下で、本発明の核酸を用いて形質転換された宿主細胞を培養するステップを含む方法をも提供する。
本発明は、本発明のポリペプチドを産生するための方法であって、化学的手段によってポリペプチドの少なくとも一部を合成するステップを含む方法を提供する。
株
本発明のポリペプチドは、次亜種Ａｎｔｉｑｕａ、Ｍｅｄｉａｅｖａｌｉｓ、Ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、および／またはＭｉｃｒｏｔｕｓのＹ．ｐｅｓｔｉｓにおいて見られるアミノ酸配列を含んでいてもよく、次亜種ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓが好ましい［２３］。
本発明のポリペプチドは、次亜種Ａｎｔｉｑｕａ、Ｍｅｄｉａｅｖａｌｉｓ、Ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、および／またはＭｉｃｒｏｔｕｓのＹ．ｐｅｓｔｉｓにおいて見られるアミノ酸配列を含んでいてもよく、次亜種ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓが好ましい［２３］。
本発明のポリペプチドは、リボタイプＡ、Ｂ、Ｃ、Ｑ、Ｒ、および／またはＴのＹ．ｐｅｓｔｉｓにおいて見られるアミノ酸配列を含んでいてもよい。
本発明の好ましいポリペプチドは、参照文献２３および９４において挙げられる株を含む、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ株ＣＯ９２［１１］、ＫＩＭ［２４］、９１００１［２５］、６８５などにおいて見られるアミノ酸配列を含む。配列はまた、Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（全ゲノム配列は、ＧＩ：５１５８７６４１として入手可能［２６］）またはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａなどの他のＹｅｒｓｉｎｉａ種において見出すことができる。
ハイブリッドポリペプチドが使用される場合、ハイブリッド内の個々の抗原（つまり個々の−Ｘ−部分）は、１つまたは複数の株からのものであってもよい。ｎ＝２である場合、たとえば、Ｘ２は、Ｘ１と同じ株または異なる株からのものであってもよい。ｎ＝３である場合、株は（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３、または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２などであってもよい。
異種宿主
本発明のポリペプチドの発現をＹｅｒｓｉｎｉａで起こすことができるが、本発明は、好ましくは異種宿主を利用する。異種宿主は、原核生物（たとえば細菌）または真核生物であってもよい。これは、好ましくは、Ｅ．ｃｏｌｉであるが、他の適した宿主は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（たとえばＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などを含む。
本発明のポリペプチドの発現をＹｅｒｓｉｎｉａで起こすことができるが、本発明は、好ましくは異種宿主を利用する。異種宿主は、原核生物（たとえば細菌）または真核生物であってもよい。これは、好ましくは、Ｅ．ｃｏｌｉであるが、他の適した宿主は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（たとえばＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などを含む。
免疫原性組成物および医薬
本発明の組成物は、好ましくは、ワクチン組成物などの免疫原性組成物である。組成物のｐＨは、好ましくは、６および８の間、好ましくは約７であり、ｐＨは、バッファーの使用によって維持することができる。リン酸バッファーは典型的である。組成物は、無菌および／または発熱物質不含であってもよい。組成物は、グルテン不含であってもよい。組成物は、ホルムアルデヒド、フェノール、ウシ心臓抽出物、酵母抽出物、および／または寒天が実質的になくてもよい。組成物は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＤＮＡがなくてもよい。組成物は、ヒトに対して等張であってもよい。
本発明の組成物は、好ましくは、ワクチン組成物などの免疫原性組成物である。組成物のｐＨは、好ましくは、６および８の間、好ましくは約７であり、ｐＨは、バッファーの使用によって維持することができる。リン酸バッファーは典型的である。組成物は、無菌および／または発熱物質不含であってもよい。組成物は、グルテン不含であってもよい。組成物は、ホルムアルデヒド、フェノール、ウシ心臓抽出物、酵母抽出物、および／または寒天が実質的になくてもよい。組成物は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＤＮＡがなくてもよい。組成物は、ヒトに対して等張であってもよい。
本発明によるワクチンは、予防的なもの（つまり感染症を防ぐ）または治療的なもの（つまり感染症を治療する）であってもよいが、典型的には予防的なものであろう。したがって、本発明は、Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染症に感受性の動物における、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染症の治療的または予防的治療のための方法であって、本発明の治療または予防量の免疫原性組成物を上述の動物に投与するステップを含む方法を含む。
特に複数の用量形式でパッケージされる場合、組成物は、防腐剤を含んでいてもよい。
組成物は、界面活性剤、たとえばＴｗｅｅｎ８０などのＴｗｅｅｎ（ポリソルベート）を含んでいてもよい。界面活性剤は、低いレベル、たとえば＜０．０１％で一般に存在する。
組成物は、浸透圧を生じさせるためにナトリウム塩（たとえば塩化ナトリウム）を含んでいてもよい。１０±２ｍｇ／ｍｌ ＮａＣｌの濃度は、典型的である。
組成物は、特に、それらが凍結乾燥されることになっている場合、またはそれらが凍結乾燥された物質から再構成される物質を含む場合、たとえば約１５〜３０ｍｇ／ｍｌ（たとえば２５ｍｇ／ｍｌ）の糖アルコール（たとえばマンニトール）または二糖（たとえばスクロースもしくはトレハロース）を含んでいてもよい。
本発明の免疫原性組成物はまた、１つまたは複数の免疫調節剤を含んでいてもよい。好ましくは、１つまたは複数の免疫調節剤は、１つまたは複数のアジュバントを含む。アジュバントは、さらに下記に論じられる、ＴＨ１アジュバントおよび／またはＴＨ２アジュバントを含んでいてもよい。
本発明の組成物において使用してもよいアジュバントは、次のものを含むが、これらに限定されない。
Ａ．ミネラル含有組成物
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したミネラル含有組成物は、アルミニウム塩およびカルシウム塩などのミネラル塩を含む。本発明は、水酸化物（たとえばオキシ水酸化物）、リン酸塩（たとえばヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩などのミネラル塩［たとえば参照文献２７の８＆９章を参照されたい］または異なるミネラル化合物の混合物を含み、化合物は、任意の適した形態（たとえばゲル、結晶、非結晶など）を取り、吸着が好ましい。ミネラル含有組成物はまた、金属塩の粒子として製剤されてもよい［２８］。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したミネラル含有組成物は、アルミニウム塩およびカルシウム塩などのミネラル塩を含む。本発明は、水酸化物（たとえばオキシ水酸化物）、リン酸塩（たとえばヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩などのミネラル塩［たとえば参照文献２７の８＆９章を参照されたい］または異なるミネラル化合物の混合物を含み、化合物は、任意の適した形態（たとえばゲル、結晶、非結晶など）を取り、吸着が好ましい。ミネラル含有組成物はまた、金属塩の粒子として製剤されてもよい［２８］。
リン酸アルミニウム塩は、特に、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ糖類抗原を含む組成物において、特に好ましく、典型的なアジュバントは、０．６ｍｇ Ａｌ３＋／ｍｌで含まれる、０．８４および０．９２の間のＰＯ４／Ａｌモル比を有する非結晶アルミニウムヒドロキシリン酸塩である。低用量のリン酸アルミニウム塩を用いる吸着は、たとえば、用量当たり、結合体当たり、５０および１００μｇ Ａｌ３＋の間で使用してもよい。組成物において複数の結合体がある場合、すべての結合体が吸着される必要はない。
Ｂ．油乳濁液
本発明におけるアジュバントとしての使用に適した油乳濁液組成物は、ＭＦ５９［参照文献２７の１０章、参照文献２９もまた参照されたい］（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｚｅｒを使用してサブミクロン粒子に製剤される５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０、および０．５％Ｓｐａｎ８５）などのスクアレン−水乳濁液を含む。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および非完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）もまた使用してもよい。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適した油乳濁液組成物は、ＭＦ５９［参照文献２７の１０章、参照文献２９もまた参照されたい］（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｚｅｒを使用してサブミクロン粒子に製剤される５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０、および０．５％Ｓｐａｎ８５）などのスクアレン−水乳濁液を含む。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および非完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）もまた使用してもよい。
Ｃ．サポニン製剤［参照文献２７の２２章］
サポニン製剤もまた、本発明におけるアジュバントとして使用してもよい。サポニンは、広範囲の植物種の樹皮、葉、幹、根、およびさらに花において見られる異種の群のステロール配糖体およびトリテルペノイド配糖体である。Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ Ｍｏｌｉｎａ木の樹皮からのサポニンは、アジュバントとして広く研究されてきた。サポニンはまた、Ｓｍｉｌａｘ ｏｒｎａｔａ（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ｂｒｉｄｅｓ ｖｅｉｌ）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ｓｏａｐ ｒｏｏｔ）から市販で得ることができる。サポニンアジュバント製剤は、ＱＳ２１などの精製製剤およびＩＳＣＯＭなどの脂質製剤を含む。ＱＳ２１は、Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）として売られている。
サポニン製剤もまた、本発明におけるアジュバントとして使用してもよい。サポニンは、広範囲の植物種の樹皮、葉、幹、根、およびさらに花において見られる異種の群のステロール配糖体およびトリテルペノイド配糖体である。Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ Ｍｏｌｉｎａ木の樹皮からのサポニンは、アジュバントとして広く研究されてきた。サポニンはまた、Ｓｍｉｌａｘ ｏｒｎａｔａ（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（ｂｒｉｄｅｓ ｖｅｉｌ）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ｓｏａｐ ｒｏｏｔ）から市販で得ることができる。サポニンアジュバント製剤は、ＱＳ２１などの精製製剤およびＩＳＣＯＭなどの脂質製剤を含む。ＱＳ２１は、Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）として売られている。
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを使用して精製されている。ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃを含む、これらの技術を使用する特異的な精製画分が同定されている。好ましくは、サポニンは、ＱＳ２１である。ＱＳ２１の産生方法は、参照文献３０において開示されている。サポニン製剤はまた、コレステロールなどのステロールを含んでいてもよい［３１］。
サポニンおよびコレステロールの組合せは、免疫賦活性複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる特有の粒子を形成するのに使用することができる［参照文献２７の２３章］。ＩＳＣＯＭはまた、典型的には、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンなどのリン脂質を含む。任意の公知であるサポニンは、ＩＳＣＯＭにおいて使用することができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭは、ＱｕｉｌＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣの１つまたは複数を含む。ＩＳＣＯＭは、参照文献３１〜３３においてさらに記載されている。任意選択で、ＩＳＣＯＭは、補助的な界面活性剤が欠けていてもよい［３４］。
サポニンベースのアジュバントの開発の総説は、参照文献３５および３６において見出すことができる。
Ｄ．ビロソームおよびウイルス様粒子
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）もまた、本発明においてアジュバントとして使用することができる。これらの構造は、一般に、任意選択でリン脂質と組み合わせられるまたは製剤される、ウイルスからの１つまたは複数のタンパク質を含有する。それらは、一般に非病原性で、非複製的であり、天然ウイルスゲノムのいずれも一般に含有しない。ウイルスタンパク質は、組換えで産生することもでき、またはウイルス全体から単離することもできる。ビロソームまたはＶＬＰにおける使用に適したこれらのウイルスタンパク質は、インフルエンザウイルス（ＨＡまたはＮＡなど）、Ｂ型肝炎ウイルス（コアまたはカプシドタンパク質など）、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノーウォークウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡファージ、Ｑβ−ファージ（コートタンパク質など）、ＧＡファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１など）に由来するタンパク質を含む。ＶＬＰは、参照文献３７〜４２においてさらに論じられる。ビロソームは、たとえば参照文献４３においてさらに論じられる。
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）もまた、本発明においてアジュバントとして使用することができる。これらの構造は、一般に、任意選択でリン脂質と組み合わせられるまたは製剤される、ウイルスからの１つまたは複数のタンパク質を含有する。それらは、一般に非病原性で、非複製的であり、天然ウイルスゲノムのいずれも一般に含有しない。ウイルスタンパク質は、組換えで産生することもでき、またはウイルス全体から単離することもできる。ビロソームまたはＶＬＰにおける使用に適したこれらのウイルスタンパク質は、インフルエンザウイルス（ＨＡまたはＮＡなど）、Ｂ型肝炎ウイルス（コアまたはカプシドタンパク質など）、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノーウォークウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡファージ、Ｑβ−ファージ（コートタンパク質など）、ＧＡファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１など）に由来するタンパク質を含む。ＶＬＰは、参照文献３７〜４２においてさらに論じられる。ビロソームは、たとえば参照文献４３においてさらに論じられる。
Ｅ．細菌または微生物誘導体
本発明における使用に適したアジュバントは、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の無毒性誘導体、脂質Ａ誘導体、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、ならびにＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体などの細菌または微生物誘導体を含む。
本発明における使用に適したアジュバントは、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の無毒性誘導体、脂質Ａ誘導体、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、ならびにＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体などの細菌または微生物誘導体を含む。
ＬＰＳの無毒性誘導体は、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシルＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）を含む。３ｄＭＰＬは、４、５、または６アシル化鎖との３デ−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａの混合物である。３デ−Ｏ−アシル化モノホスホリル脂質Ａの好ましい「小粒子」形態は、参照文献４４において開示されている。３ｄＭＰＬのそのような「小粒子」は、０．２２μｍ膜を通して無菌濾過されるのに十分に小さい［４４］。他の無毒性ＬＰＳ誘導体は、アミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体、たとえばＲＣ−５２９などのモノホスホリル脂質Ａ模倣物を含む［４５、４６］。
脂質Ａ誘導体は、ＯＭ−１７４などの、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉからの脂質Ａの誘導体を含む。ＯＭ−１７４は、たとえば参照文献４７および４８において記載されている。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適した免疫賦活性オリゴヌクレオチドは、ＣｐＧモチーフ（リン酸結合によってグアノシンに連結された非メチル化シトシンを含有するジヌクレオチド配列）を含有するヌクレオチド配列を含む。二本鎖ＲＮＡおよびパリンドローム配列またはポリ（ｄＧ）配列を含有するオリゴヌクレオチドもまた、免疫賦活性であることが示された。
ＣｐＧは、ホスホロチオエート修飾などのヌクレオチド修飾／アナログを含むことができ、二本鎖または一本鎖とすることができる。参照文献４９、５０、および５１は、可能なアナログ置換、たとえばグアノシンの２’−デオキシ−７−デアザグアノシンへの交換を開示する。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参照文献５２〜５７においてさらに論じられる。
モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴなどのＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９を対象とし得る［５８］。ＣｐＧ配列は、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮなど、Ｔｈ１免疫応答を誘発するのに特異的であってもよく、またはＣｐＧ配列は、ＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮなど、Ｂ細胞応答を誘発するのに特異的であってもよい。ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮおよびＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮは、参照文献５９〜６１において論じられる。好ましくは、ＣｐＧは、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮである。
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’端が受容体認識されやすいように構築される。任意選択で、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列は、「イムノマー」を形成するためにそれらの３’端で付着することができる。たとえば、参照文献５８および６２〜６４を参照されたい。
細菌ＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体は、本発明においてアジュバントとして使用してもよい。好ましくは、タンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ易熱性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または百日咳（「ＰＴ」）に由来する。粘膜アジュバントとしての解毒ＡＤＰリボシル化毒素の使用は、参照文献６５および参照文献６６において非経口アジュバントとして記載されている。毒素またはトキソイドは、好ましくは、ＡおよびＢサブユニットの両方を含むホロ毒素の形態をしている。好ましくは、Ａサブユニットは、解毒突然変異を含有し、好ましくは、Ｂサブユニットは、突然変異していない。好ましくは、アジュバントは、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２などの解毒ＬＴ突然変異体である。アジュバントとしてのＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体、特にＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２の使用は、参照文献６７〜７４において見出すことができる。アミノ酸置換についての数についての言及は、好ましくは、その全体が参照によって本明細書において明確に組み込まれる参照文献７５において記載されているＡＤＰリボシル化毒素のＡおよびＢサブユニットのアライメントに基づく。
Ｆ．ヒト免疫調節薬
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したヒト免疫調節薬は、インターロイキン（たとえばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［７６］など）［７７］などのサイトカイン、インターフェロン（たとえばインターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子を含む。好ましい免疫調節薬は、ＩＬ−１２である。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したヒト免疫調節薬は、インターロイキン（たとえばＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［７６］など）［７７］などのサイトカイン、インターフェロン（たとえばインターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子を含む。好ましい免疫調節薬は、ＩＬ−１２である。
Ｇ．生体接着剤および粘膜接着剤
生体接着剤および粘膜接着剤もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい。適した生体接着剤は、エステル化ヒアルロン酸マイクロスフェア［７８］またはポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体などの粘膜接着剤を含む。キトサンおよびその誘導体もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい［７９］。
生体接着剤および粘膜接着剤もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい。適した生体接着剤は、エステル化ヒアルロン酸マイクロスフェア［７８］またはポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体などの粘膜接着剤を含む。キトサンおよびその誘導体もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい［７９］。
Ｈ．微粒子
微粒子もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい。ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）と共に、生物分解性であり、無毒性である物質（たとえばポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成される微粒子（つまり直径が約１００ｎｍ〜１５０μｍ、より好ましくは、直径が約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは、直径が約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）は、好ましく、任意選択で、負電荷表面（たとえばＳＤＳを用いて）または正電荷表面（たとえばＣＴＡＢなどの陽イオン性界面活性剤を用いて）を有するように処理される。
微粒子もまた、本発明においてアジュバントとして使用してもよい。ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）と共に、生物分解性であり、無毒性である物質（たとえばポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成される微粒子（つまり直径が約１００ｎｍ〜１５０μｍ、より好ましくは、直径が約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは、直径が約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）は、好ましく、任意選択で、負電荷表面（たとえばＳＤＳを用いて）または正電荷表面（たとえばＣＴＡＢなどの陽イオン性界面活性剤を用いて）を有するように処理される。
Ｉ．リポソーム（参照文献２７の１３および１４章）
アジュバントとしての使用に適したリポソーム製剤の例は、参照文献８０〜８２において記載されている。
アジュバントとしての使用に適したリポソーム製剤の例は、参照文献８０〜８２において記載されている。
Ｊ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル製剤
本発明における使用に適したアジュバントは、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルを含む［８３］。そのような製剤は、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性物質［８４］およびオクトキシノールなどの少なくとも１つの補助的な非イオン性界面活性物質と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性物質［８５］をさらに含む。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
本発明における使用に適したアジュバントは、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルを含む［８３］。そのような製剤は、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性物質［８４］およびオクトキシノールなどの少なくとも１つの補助的な非イオン性界面活性物質と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性物質［８５］をさらに含む。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
Ｋ．ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ）
ＰＣＰＰ製剤は、たとえば参照文献８６および８７において記載されている。
ＰＣＰＰ製剤は、たとえば参照文献８６および８７において記載されている。
Ｌ．ムラミルペプチド
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したムラミルペプチドの例は、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−トレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミンＭＴＰ−ＰＥ）を含む。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したムラミルペプチドの例は、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−トレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミンＭＴＰ−ＰＥ）を含む。
Ｍ．イミダゾキノロン化合物
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したイミダゾキノロン化合物の例は、参照文献８８および８９においてさらに記載されているＩｍｉｑｕａｍｏｄおよびその相同体（たとえば「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ ３Ｍ」）を含む。
本発明におけるアジュバントとしての使用に適したイミダゾキノロン化合物の例は、参照文献８８および８９においてさらに記載されているＩｍｉｑｕａｍｏｄおよびその相同体（たとえば「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ ３Ｍ」）を含む。
本発明はまた、上記で特定されるアジュバントの１つまたは複数の態様の組合せを含んでいてもよい。たとえば、以下のアジュバント組成物は、本発明において使用してもよい：（１）サポニンおよび水中油型乳濁液［９０］、（２）サポニン（たとえばＱＳ２１）＋無毒性ＬＰＳ誘導体（たとえば３ｄＭＰＬ）［９１］、（３）サポニン（たとえばＱＳ２１）＋無毒性ＬＰＳ誘導体（たとえば３ｄＭＰＬ）＋コレステロール、（４）サポニン（たとえばＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（任意選択で＋ステロール）［９２］、（５）たとえばＱＳ２１および／または水中油型乳濁液との３ｄＭＰＬの組合せ［９３］、（６）サブミクロン乳濁液にマイクロ流動化したまたはより大きな粒子サイズの乳濁液を生成するためにボルテックスをかけた１０％スクアレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０（商標）、５％プルロニックブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含有するＳＡＦ、（７）２％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０、ならびにモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）、から成る群からの１つまたは複数の細菌細胞壁成分、好ましくはＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ（商標））を含有するＲｉｂｉ（商標）アジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）、ならびに（８）１つまたは複数のミネラル塩（アルミニウム塩など）＋ＬＰＳの無毒性誘導体（３ｄＭＰＬなど）。
免疫賦活性剤として作用する他の物質は、参照文献２７の７章において開示されている。
水酸化アルミニウム塩および／またはリン酸アルミニウム塩アジュバントの使用は、特に好ましく、抗原は、これらの塩に一般に吸着される。リン酸カルシウム塩は、他の好ましいアジュバントである。他の好ましいアジュバントの組合せは、ＣｐＧおよびミョウバンまたはｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄおよびミョウバンなどのＴｈ１およびＴｈ２アジュバントの組合せを含む。
アルミニウム塩などのミネラル塩およびＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチドの組合せの使用は、免疫応答の増強をもたらす。そのため、本発明は、ＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチド、アルミニウム塩などのミネラル塩、および上記に定義される１つまたは複数のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物を提供する。本発明はまた、ＡＤＰリボシル化毒素（解毒ＡＤＰリボシル化毒素など）、ＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチド、および上記に定義される１つまたは複数のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物を提供する。
本発明の組成物は、好ましくは、Ｙｅｒｓｉｎｉａ細胞内感染症に有効に対処するために細胞性免疫応答および体液性免疫応答の両方を誘発するであろう。この免疫応答は、好ましくは、Ｙｅｒｓｉｎｉａへの曝露に際して速やかに応答することができる持続性の（たとえば中和）抗体および細胞性免疫を誘発するであろう。
２つのタイプのＴ細胞、ＣＤ４およびＣＤ８細胞は、一般に、細胞性免疫および体液性免疫を開始するおよび／または増強するのに必要であると考えられる。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＣＤ８共受容体を発現することができ、一般に、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）と呼ばれる。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示される抗原を認識することができ、それと相互作用することができる。
ＣＤ４ Ｔ細胞は、ＣＤ４共受容体を発現することができ、一般にＴヘルパー細胞と呼ばれる。ＣＤ４ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原ペプチドを認識することができる。ＭＨＣクラスＩＩ分子との相互作用に際して、ＣＤ４細胞は、サイトカインなどの因子を分泌することができる。これらの分泌されたサイトカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、マクロファージ、および免疫応答に参加する他の細胞を活性化することができる。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、２つの機能的に別個のサブセット：それらのサイトカインおよびエフェクター機能において異なるＴＨ１表現型およびＴＨ２表現型にさらに分類することができる。
活性化ＴＨ１細胞は、細胞性免疫を増強し（抗原特異的ＣＴＬ産生の増加を含む）、そのため、細胞内感染症に対する応答に特に有用である。活性化ＴＨ１細胞は、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βの１つまたは複数を分泌することができる。ＴＨ１免疫応答は、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞、およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を活性化することによって、局所的炎症反応をもたらすことができる。ＴＨ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２を用いてＢおよびＴ細胞の成長を刺激することによって、免疫応答を拡大するように作用し得る。ＴＨ１に刺激されたＢ細胞は、ＩｇＧ２ａを分泌することができる。
活性化ＴＨ２細胞は、抗体産生を増強し、そのため、細胞外感染症に対する応答に有用である。活性化ＴＨ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０の１つまたは複数を分泌することができる。ＴＨ２免疫応答は、ＩｇＧ１、ｌｇＥ、ＩｇＡ、および将来の保護のための記憶Ｂ細胞の産生をもたらすことができる。
免疫応答の増強は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答の増強の１つまたは複数を含み得る。
ＴＨ１免疫応答は、ＣＴＬの増加、ＴＨ１免疫応答と関連するサイトカインの１つもしくは複数の増加（ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βなど）、活性化マクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａの産生の増加の１つまたは複数を含んでいてもよい。好ましくは、ＴＨ１免疫応答の増強は、ＩｇＧ２ａ産生の増加を含むであろう。
ＴＨ１免疫応答は、ＴＨ１アジュバントを使用して誘発することができる。ＴＨ１アジュバントは、一般に、アジュバントを伴わない抗原の免疫化に比べて、ＩｇＧ２ａ産生のレベルの増加を誘発するであろう。本発明における使用に適したＴＨ１アジュバントは、たとえばサポニン製剤、ビロソームおよびウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の無毒性誘導体、免疫賦活性オリゴヌクレオチドを含んでいてもよい。ＣｐＧモチーフを含有するオリゴヌクレオチドなどの免疫賦活性オリゴヌクレオチドは、本発明における使用のための、好ましいＴＨ１アジュバントである。
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２免疫応答と関連するサイトカインの１つもしくは複数の増加（ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０など）またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、および記憶Ｂ細胞の産生の増加の１つまたは複数を含んでいてもよい。好ましくは、ＴＨ２免疫応答の増強は、ＩｇＧ１産生の増加を含むであろう。
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２アジュバントを使用して誘発することができる。ＴＨ２アジュバントは、一般に、アジュバントを伴わない抗原の免疫化に比べて、ＩｇＧ１産生のレベルの増加を誘発するであろう。本発明における使用に適したＴＨ２アジュバントは、たとえばミネラル含有組成物、油乳濁液、ならびにＡＤＰリボシル化毒素およびその解毒誘導体を含む。アルミニウム塩などのミネラル含有組成物は、本発明における使用のための、好ましいＴＨ２アジュバントである。
好ましくは、本発明は、ＴＨ１アジュバントおよびＴＨ２アジュバントの組合せを含む組成物を含む。好ましくは、そのような組成物は、ＴＨ１応答の増強およびＴＨ２応答の増強、つまり、アジュバントを伴わない免疫化に比べて、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａ産生の両方の産生の増加を誘発する。さらに好ましくは、ＴＨ１およびＴＨ２アジュバントの組合せを含む組成物は、単一のアジュバントを用いる免疫化に比べて（つまり、ＴＨ１アジュバントを単独で用いる免疫化またはＴＨ２アジュバントを単独で用いる免疫化に比べて）、ＴＨ１免疫応答の増加および／またはＴＨ２免疫応答の増加を誘発する。
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答は、ＴＨ１応答の増強およびＴＨ２応答の増強の一方または両方をもたらす。
免疫応答の増強は、全身性または粘膜免疫応答の一方または両方であってもよい。好ましくは、免疫応答は、全身性免疫応答の増強および粘膜免疫応答の増強の一方または両方をもたらす。好ましくは、粘膜免疫応答は、ＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答は、ＩｇＡの産生の増加を含む。
治療および医学的使用の方法
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上（つまり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種、または１３種すべて）を含む組合せを提供する。
治療および医学的使用の方法
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上（つまり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種、または１３種すべて）を含む組合せを提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上（つまり２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種、または１３種すべて）を含む組合せの使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原を含む組合せを提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原を含む組合せの使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原を含む組合せを提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原を含む組合せの使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原を含む組合せを提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原を含む組合せの使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む組合せを提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む組合せの使用を提供する。
本発明は、ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原の１つまたは複数を提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原の１つまたは複数の使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ１７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原の１つまたは複数を提供する。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ １７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原の１つまたは複数の使用をも提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原の１つまたは複数を提供する。
本発明は、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原の１つまたは複数の使用を提供する。
本発明は、（ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原の１つまたは複数を提供する。
本発明は、哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原の１つまたは複数の使用を提供する。
これらの医薬は、好ましくはワクチンである。
本発明はまた、哺乳動物において免疫応答を惹起するための方法であって、有効量の本発明の組成物を投与するステップを含む方法を提供する。免疫応答は、好ましくは、保護的なものであり、好ましくは、抗体および／または細胞性免疫を含む。この方法は、追加免疫応答を起こすことができる。
これらの使用および方法によって哺乳動物において免疫応答を起こすことによって、哺乳動物を、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染症から保護することができる。特に、哺乳動物を、腺ペスト、敗血性ペスト、および／または肺ペストを含むペストから保護することができる。他の関連する疾患は、皮膚結合織ペストおよびペスト髄膜炎を含む。医薬は、好ましくは、肺ペストから哺乳動物を保護するためのものである。
本発明の組成物は、好ましくは、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｑ、Ｒ、および／またはＴの１つまたは複数を含むＹ．ｐｅｓｔｉｓリボタイプから保護することができる［９４および９５］。
本発明の組成物は、好ましくは、ａｎｔｉｑｕａ、ｍｅｄｉａｅｖａｌｉｓ、ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、および／またはｍｉｃｒｏｔｕｓの１つまたは複数を含むＹ．ｐｅｓｔｉｓ次亜種から保護することができる［９６］。
本発明はまた、第１の成分および第２の成分を含むキットであって、第１の成分も、第２の成分も、上記に記載されている本発明の組成物ではないが、第１の成分および第２の成分は、上記に記載されている本発明の組成物を提供するように組み合わせることができるキットを提供する。キットは、以下のもの：説明書、注射器もしくは他の送達デバイス、アジュバント、または薬学的に許容できる製剤溶液の１つまたは複数を含む第３の成分をさらに含んでいてもよい。
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物を用いてあらかじめ充填された送達デバイスを提供する。
哺乳動物は、好ましくはヒトである。ワクチンが、予防的な使用のためのものである場合、ヒトは、好ましくは、小児（たとえばよちよち歩きの幼児もしくは幼児）またはティーンエイジャーであり、ワクチンが、治療的な使用のためのものである場合、ヒトは、好ましくは、ティーンエイジャーまたは成人である。小児に使用するためのワクチンはまた、たとえば安全性、投薬量、免疫原性などを評価するために成人に投与することができる。
治療法の効能をチェックするための１つの方法では、本発明の組成物の投与の後にＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染症をモニターする。予防的な治療の効能をチェックするための１つの方法では、組成物の投与の後に、本発明の組成物中のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に対する免疫応答を全身的に（ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの産生のレベルをモニターすることなど）ならびに／または粘膜で（ＩｇＡ産生のレベルをモニターすることなど）モニターする。典型的には、血清Ｙｅｒｓｉｎｉａ特異的抗体応答は、抗原曝露前ではなく免疫化後に決定されるのに対して、粘膜Ｙｅｒｓｉｎｉａ特異的抗体身体応答は、免疫化後および抗原曝露後に決定される。組成物の保護効果は、参照文献８のマウスエアロゾル抗原曝露モデルを含む標準的な動物モデルにおいて試験することができる。
本発明の組成物の免疫原性を評価するための他の方法は、免疫ブロットおよび／またはマイクロアレイによって患者血清または粘膜分泌物をスクリーニングするために、タンパク質を組換えで発現させることである。タンパク質および患者のサンプルの間の陽性反応は、患者が、当該タンパク質に対する免疫応答を開始したことを示す。この方法はまた、抗原内の免疫優性抗原および／またはエピトープを同定するのに使用することもできる。
本発明のワクチン組成物は、宿主、たとえばヒトへの投与の前に、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて評価することができる。たとえば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ中和は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに対するワクチン組成物を試験するのに適している。
ワクチン組成物の有効性はまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染症の動物モデル、たとえばモルモットまたはマウスにワクチン組成物を用いて抗原曝露することによって、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて決定することもできる。たとえば、参照文献９７は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに対するマウスの免疫化、次に、Ｆ１抗原を用いる抗原曝露を記載する。投与される組成物は、抗原曝露株と同じ株に由来してもよく、または由来しなくてもよい。好ましくは、組成物は、抗原曝露株と同じ株に由来する。ｉｎ ｖｉｖｏ有効性モデルは、（ｉ）ヒトに感染性のＹ．ｐｅｓｔｉｓ株を使用するマウス感染モデル、（ｉｉ）マウスにおいて特に病原性のある株などのマウス適応Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ株を使用するマウス疾患モデル、および（ｉｉｉ）ヒトの株を使用する霊長動物モデルを含むが、これらに限定されない。
本発明の組成物は、一般に、患者に直接投与されるだろう。直接送達は、非経口注射によって（たとえば皮下に、腹腔内に、静脈内に、筋肉内に、もしくは組織の間質腔に）または直腸、経口（たとえば錠剤、噴霧剤）、膣、局所、経皮（たとえば参照文献９８を参照されたい）もしくは経皮的（たとえば参照文献９９および１００を参照されたい）、鼻腔内（たとえば参照文献１０１を参照されたい）、眼、耳、肺、または他の粘膜投与などによって粘膜的に行うことができる。
本発明は、全身性および／または粘膜免疫を誘発するのに、好ましくは、全身性および／または粘膜免疫の増強を誘発するのに使用できる。
好ましくは、全身性および／または粘膜免疫の増強は、ＴＨ１および／またはＴＨ２免疫応答の増強において反映される。好ましくは、免疫応答の増強は、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの産生の増加を含む。
投薬治療は、単回投与スケジュールまたは複数回投与スケジュールとすることができる。複数回投与は、初回免疫スケジュールおよび／または追加免疫スケジュールにおいて使用してもよい。複数回投与スケジュールにおいて、同じまたは異なる経路、たとえば非経口初回および粘膜追加免疫、粘膜初回および非経口追加免疫などによって様々な投与を行うことができる。
Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染症は、身体の様々な領域を冒すため、本発明の組成物は、様々な形態で調製され得る。たとえば、組成物は、注射液として、液状の液剤または懸濁剤のいずれかとして調製できる。注射の前の、液状の媒体中の液剤または懸濁剤に適した固形形態を調製することもできる（たとえば凍結乾燥組成物またはスプレーフリーズドライ組成物）。組成物は、たとえば軟膏、クリーム、または散剤として局所投与用に調製することができる。組成物は、たとえば錠剤もしくはカプセル剤として、噴霧剤として、またはシロップ剤として（任意選択で香味をつけて）経口投与用に調製することができる。組成物は、細かい散剤または噴霧剤を使用して、たとえば吸入器として、肺投与用に調製することができる。組成物は、坐薬またはペッサリーとして調製されてもよい。組成物は、たとえば点滴剤として、鼻、耳、または眼投与用に調製することができる。組成物は、組み合わせた組成物が患者への投与の直前に再構成されるように設計したキット形態の組成物であってもよい。そのようなキットは、液状の形態の１つまたは複数の抗原および１つまたは複数の凍結乾燥抗原を含んでいてもよい。
組成物が、使用の前に即時調製されることになっており（たとえば、成分が、凍結乾燥形態で提供され）、キットとして提供される場合、キットは、２本のバイアルを含んでいてもよく、またはキットは、１本の既に充填されている注射器および１本のバイアルを含んでいてもよく、注射器の内容物は、注射の前に、バイアルの内容物を再活性化するのに使用される。
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の（１つまたは複数の）抗原および必要に応じて他の成分を含む。「免疫学的有効量」とは、単回投与におけるまたは系列の一部としての個体へのその量の投与は、治療または予防に有効であることを意味する。この量は、治療されることとなる個体の健康状態および体調、年齢、治療されることとなる個体の分類学的グループ（たとえば非ヒト霊長動物、霊長動物など）、抗体を合成するための個体の免疫系の能力、所望される保護の程度、ワクチンの製剤、治療する医者の医学的状態の評価、ならびに他の関連因子に依存して変動する。量は、日常的な試行を通して決定することができる比較的広い範囲に入ることが期待される。
組成物のさらなる成分
本発明のＹｅｒｓｉｎｉａ抗原は、薬学的に許容できる担体と組み合わせることができる。そのような担体は、それ自体、組成物を受けている個体に有害な抗体の産生を誘発しない任意の担体を含む。そのような担体は、当業者らに周知である。組成物はまた、水、生理食塩水、グリセロールなどの希釈剤を含有していてもよい。さらに、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質、およびその他同種のものなどの補助物質が存在してもよい。無菌発熱物質不含リン酸緩衝生理的食塩水は、典型的な担体である。薬学的に許容できる賦形剤の完全な議論は、参照文献１０２において入手可能である。
本発明のＹｅｒｓｉｎｉａ抗原は、薬学的に許容できる担体と組み合わせることができる。そのような担体は、それ自体、組成物を受けている個体に有害な抗体の産生を誘発しない任意の担体を含む。そのような担体は、当業者らに周知である。組成物はまた、水、生理食塩水、グリセロールなどの希釈剤を含有していてもよい。さらに、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質、およびその他同種のものなどの補助物質が存在してもよい。無菌発熱物質不含リン酸緩衝生理的食塩水は、典型的な担体である。薬学的に許容できる賦形剤の完全な議論は、参照文献１０２において入手可能である。
本発明は、（ａ）上記に記載されているＹｅｒｓｉｎｉａ抗原を調製するステップと、（ｂ）抗原を１つまたは複数の薬学的に許容できる担体と混合するステップと、（ｃ）バイアルまたは注射器などの容器に抗原／担体混合物をパッケージして、医薬品を提供するステップとを含む、医薬品を調製するための方法をさらに提供する。注射器への挿入は、工場または診察室において行うことができる。
組成物はまた、非Ｙｅｒｓｉｎｉａ免疫原を含むこともできる。したがって、組成物は、炭疽菌感染症から保護するためのＢａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓからの免疫原（たとえばＰＡ抗原［１０３］、芽胞抗原など）、野兎病から保護するための、Ｆ．ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓなどのＦｒａｎｃｉｓｅｌｌａ属における細菌からの免疫原、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属における細菌からの免疫原、Ｂ．ａｂｏｒｔｕｓ、Ｂ．ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、またはＢ．ｓｕｉｓ、などの、ブルセラ症から保護するためのＢｒｕｃｅｌｌａ属における細菌からの免疫原、鼻疽から保護するためのＢ．ｍａｌｌｅｉまたは類鼻疽を予防するためのＢ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉなどのＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ属における細菌からの免疫原、オウム病から保護するための、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉなどのＣｈｌａｍｙｄｉａ属における細菌からの免疫原、ボツリヌス中毒から保護するためのＣ．ｂｏｔｕｌｉｎｕｍまたはイプシロン毒素から保護するためのＣ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓなどのＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属における細菌からの免疫原、野兎病から保護するためのＦ．ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓなどのＦｒａｎｃｉｓｅｌｌａ属における細菌からの免疫原、コレラから保護するためのＶｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ細菌からの免疫原、Ｑ熱から保護するためのＣｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ細菌からの免疫原、出血熱から保護するためのエボラウイルスおよび／またはマールブルグウイルスおよび／またはラッサウイルスおよび／またはマチュポウイルスからの免疫原、発疹チフス熱から保護するためのＲ．ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ細菌などのＲｉｃｋｅｔｔｓｉａ属における細菌またはＲ．ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉからの免疫原、Ｃ．ｉｍｍｉｔｉｓまたはＣ．ｐｏｓａｄａｓｉｉなどのＣｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ属における菌類からの免疫原などの１つまたは複数を含んでいてもよい。
核酸免疫化
上記に記載されている免疫原性組成物は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓからのポリペプチド抗原を含む。しかしながら、すべての場合において、ポリペプチド抗原は、核酸免疫化に基づく組成物、方法、および使用を提供すためにそれらのポリペプチドをコードする核酸（典型的にはＤＮＡ）と交換することができる。核酸免疫化は、現在、開発されている分野であり（たとえば参照文献９７および１０４〜１１１などを参照されたい）、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓワクチンに適用されてきた［１１２〜１１７］。
上記に記載されている免疫原性組成物は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓからのポリペプチド抗原を含む。しかしながら、すべての場合において、ポリペプチド抗原は、核酸免疫化に基づく組成物、方法、および使用を提供すためにそれらのポリペプチドをコードする核酸（典型的にはＤＮＡ）と交換することができる。核酸免疫化は、現在、開発されている分野であり（たとえば参照文献９７および１０４〜１１１などを参照されたい）、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓワクチンに適用されてきた［１１２〜１１７］。
免疫原をコードする核酸は、患者への送達の後に、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて発現され、その後、発現された免疫原は免疫系を刺激する。有効成分は、典型的には、（ｉ）プロモーター、（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結される免疫原をコードする配列、および任意選択で（ｉｉｉ）選択可能マーカーを含む核酸ベクターの形態を取るであろう。好ましいベクターは、（ｉｖ）複製開始点および（ｖ）（ｉｉ）の下流の、（ｉｉ）に作動可能に連結される転写ターミネーターをさらに含んでいてもよい。一般に、（ｉ）および（ｖ）は、真核生物であり、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は、原核生物であろう。
好ましいプロモーターは、たとえばサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）からのウイルスプロモーターである。ベクターはまた、プロモーターに加えて、プロモーターと機能的に相互作用する転写調節配列（たとえばエンハンサー）を含んでいてもよい。好ましいベクターは、最初期ＣＭＶエンハンサー／プロモーターを含み、より好ましいベクターはまた、ＣＭＶイントロンＡをも含む。プロモーターは、免疫原をコードする下流配列に作動可能に連結され、免疫原コード配列の発現は、プロモーターのコントロール下にある。
マーカーが使用される場合、それは、好ましくは、微生物宿主において（たとえば原核生物において、細菌において、酵母において）機能する。マーカーは、好ましくは、原核生物選択可能マーカーである（たとえば、原核生物プロモーターのコントロール下で転写される）。便宜上、典型的なマーカーは、抗生物質抵抗性遺伝子である。
本発明のベクターは、好ましくは、プラスミドなどの自己複製エピソームまたは染色体外ベクターである。
本発明のベクターは，好ましくは，複製開始点を含む。複製開始点が，真核生物においてではなく原核生物において活性であることは好ましい。
したがって、好ましいベクターは、免疫原コード配列の転写を駆動するための真核生物プロモーター以外は、ベクターの選択のための原核生物マーカー、原核生物複製開始点を含む。そのため、ベクターは、（ａ）ポリペプチド発現を伴わないで、原核生物宿主において増幅され、選択されるが、（ｂ）増幅を伴わないで、真核生物宿主において発現される。この配置は、核酸免疫化ベクターにとって理想的である。
本発明のベクターは、コード配列の下流に、真核生物転写ターミネーター配列を含んでいてもよい。これは、転写レベルを増強することができる。コード配列が、それ自体のものを有していない場合、本発明のベクターは、好ましくは、ポリアデニル化配列を含む。好ましいポリアデニル化配列は、ウシ成長ホルモンからのものである。
本発明のベクターは、複数のクローニング部位を含んでいてもよい。
免疫原およびマーカーをコードする配列に加えて、ベクターは、第２の真核生物コード配列を含んでいてもよい。ベクターはまた、免疫原と同じ転写物からの、第２の真核生物ポリペプチドの翻訳を可能にするために、上述の第２の配列の上流にＩＲＥＳを含んでいてもよい。その代わりに、免疫原コード配列は、ＩＲＥＳの下流であってもよい。
本発明のベクターは、２つの５’プリンおよび２つの３’ピリミジンが側面に位置する、グアノシンに先行するシトシンを共通して有する非メチル化ＣｐＧモチーフ、たとえば非メチル化ＤＮＡ配列を含んでいてもよい。それらの非メチル化形態において、これらのＤＮＡモチーフは、いくつかのタイプの免疫細胞の強力な刺激物質であることが実証された。
ベクターは、標的とする形で送達してもよい。受容体媒介性のＤＮＡ送達技術は、たとえば参照文献１１８〜１２３において記載されている。核酸を含有する治療組成物は、遺伝子治療プロトコールにおける局所的投与のために約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲において投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲もまた遺伝子治療プロトコールの間に使用することができる。作用の方法（たとえば、コードされた遺伝子産物のレベルを増強するまたは阻害するための）ならびに形質転換および発現の効果などの因子は、最大の効果に必要とされる投薬量に影響を与えるであろう考慮すべき事柄である。より高い発現が、組織のより大きな領域に対して所望される場合、投与の連続したプロトコールにおける大量のベクターもしくは同じ量の再投与、または異なる隣接もしくは近接組織部分への数回の投与は、陽性の治療成果を達成するために必要となり得る。すべての場合において、臨床試験における日常的な実験で、最適な治療効果のための特定の範囲が決定される。
ベクターは、遺伝子送達媒体を使用して送達することができる。遺伝子送達媒体は、ウイルスまたは非ウイルス起源のものとすることができる（一般に、参照文献１２４〜１２７を参照されたい）。
所望される核酸の送達のためのウイルスベースのベクターおよび所望される細胞における発現は、当技術分野において周知である。例示的なウイルスベースの媒体は、組換えレトロウイルス（たとえば参照文献１２８〜１３８）、アルファウイルスベースのベクター（たとえばシンドビスウイルスベクター）、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７、ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３、ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３、ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０、ＡＴＣＣ ＶＲ １２４９、ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）、これらのウイルスのハイブリッドまたはキメラもまた使用してもよい）、ポックスウイルスベクター（たとえば牛痘、鶏痘、カナリア痘、修飾牛痘アンカラなど）、アデノウイルスベクター、ならびにアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（たとえば、参照文献１３９〜１４４を参照されたい）を含むが、これらに限定されない。死滅アデノウイルスに連結されるＤＮＡの投与もまた用いることができる［１４５］。
死滅アデノウイルスのみに連結されるまたは連結されていないポリカチオン圧縮ＤＮＡ［たとえば１４５］、リガンド連結ＤＮＡ［１４６］、真核細胞送達媒体細胞［たとえば参照文献１４７〜１５１］、および細胞膜との核電荷中和または融合を含むが、これらに限定されない非ウイルス送達媒体および方法もまた用いることができる。裸のＤＮＡもまた用いることができる。例示的な裸のＤＮＡの導入方法は、参照文献１５２および１５３において記載されている。遺伝子送達媒体として作用することができるリポソーム（たとえば免疫リポソーム）は、参照文献１５４〜１５８において記載されている。補助的なアプローチは、参照文献１５９および１６０において記載されている。
使用に適したさらなる非ウイルス送達は、参照文献１６０において記載されているアプローチなどの機械的な送達系を含む。さらに、コード配列およびそのようなものの発現の産物は、光重合ヒドロゲル物質の沈着または電離放射線の使用を通して送達することができる［たとえば、参照文献１６１および１６２］。コード配列の送達に使用することができる遺伝子送達のための他の従来の方法は、たとえば、携帯型遺伝子導入パーティクルガンの使用［１６３］または移入された遺伝子の活性化のための電離放射線の使用［１６１および１６４］を含む。
ＰＬＧ｛ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）｝微粒子を使用する送達ＤＮＡは、たとえば微粒子への吸着による特に好ましい方法であり、これらは、任意選択で、負電荷表面（たとえばＳＤＳを用いて処理される）または正電荷表面（たとえばＣＴＡＢなどの陽イオン性界面活性剤を用いて処理される）を有するように処理される。
抗体
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に対する抗体は、受動免疫化に使用することができる［１６５］。したがって、本発明は、第１、第２、第３、第４の抗原群における抗原に対する特異的な抗体を提供する。本発明はまた、療法におけるそのような抗体の使用をも提供する。本発明はまた、医薬の製造におけるそのような抗体の使用をも提供する。本発明はまた、有効量の本発明の抗体を投与するステップを含む、哺乳動物を治療するための方法をも提供する。免疫原性組成物について上記に記載されているように、これらの方法および使用は、哺乳動物をＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染症から保護することを可能にする。
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に対する抗体は、受動免疫化に使用することができる［１６５］。したがって、本発明は、第１、第２、第３、第４の抗原群における抗原に対する特異的な抗体を提供する。本発明はまた、療法におけるそのような抗体の使用をも提供する。本発明はまた、医薬の製造におけるそのような抗体の使用をも提供する。本発明はまた、有効量の本発明の抗体を投与するステップを含む、哺乳動物を治療するための方法をも提供する。免疫原性組成物について上記に記載されているように、これらの方法および使用は、哺乳動物をＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染症から保護することを可能にする。
用語「抗体」は、抗原に結合することができる完全な免疫グロブリン分子およびその断片を含む。これらは、ハイブリッド（キメラ）抗体分子［１６６、１６７］、Ｆ（ａｂ’）２断片およびＦ（ａｂ）断片ならびにＦｖ分子、非共有結合ヘテロ二量体［１６８、１６９］、単一鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）［１７０］、二量体および三量体抗体断片構築物、ミニボディー（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）［１７１、１７２］、ヒト化抗体分子［１７３〜１７５］、ならびにそのような分子から得られる任意の機能的断片、ならびにファージディスプレイなどの従来にないプロセスを通して得られる抗体を含む。好ましくは、抗体は、モノクローナル抗体である。モノクローナル抗体を得るための方法は、当技術分野において周知である。
ヒト化抗体または完全ヒト抗体が好ましい。
全般
抗原は、「ＹＰＯ」（またはある場合において「ＹＰＰＣＰ」）命名法への参照によって上記に定義される。この命名法は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＣＯ９２株におけるオープンリーディングフレームの特有の同定のために参照文献１１において使用されるナンバリングを指す。任意の「ＹＰＯ」または「ＹＰＰＣＰ」番号についての基本参照配列は、公的な遺伝子データベースにおいて容易に見出すことができる。たとえば、受入番号ＮＣ＿００３１４３（ＧＩ：１６１２０３５３）は、完全ＣＯ９２ゲノム配列（４，６５３，７２８ｂｐ）であり、個々のＹＰＯ配列は、ゲノム配列の「ｆｅａｔｕｒｅｓ」セクションにおいて「ｌｏｃｕｓ ｔａｇ」エントリーとして与えられる。同様に、ＮＣ＿００３１３２（ＧＩ：１６０８２６７９）は、ｐＰＣＰｌプラスミドの完全配列であり、「ｌｏｃｕｓ＿ｔａｇ」フィールドはＹＰＰＣＰ番号を与える。したがって、任意の所与のＹＰＯまたはＹＰＰＣＰ番号についてのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、明確に確立することができる。しかしながら、便宜上、公知である配列は、本明細書と共に提出された配列表において含まれる。
抗原は、「ＹＰＯ」（またはある場合において「ＹＰＰＣＰ」）命名法への参照によって上記に定義される。この命名法は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＣＯ９２株におけるオープンリーディングフレームの特有の同定のために参照文献１１において使用されるナンバリングを指す。任意の「ＹＰＯ」または「ＹＰＰＣＰ」番号についての基本参照配列は、公的な遺伝子データベースにおいて容易に見出すことができる。たとえば、受入番号ＮＣ＿００３１４３（ＧＩ：１６１２０３５３）は、完全ＣＯ９２ゲノム配列（４，６５３，７２８ｂｐ）であり、個々のＹＰＯ配列は、ゲノム配列の「ｆｅａｔｕｒｅｓ」セクションにおいて「ｌｏｃｕｓ ｔａｇ」エントリーとして与えられる。同様に、ＮＣ＿００３１３２（ＧＩ：１６０８２６７９）は、ｐＰＣＰｌプラスミドの完全配列であり、「ｌｏｃｕｓ＿ｔａｇ」フィールドはＹＰＰＣＰ番号を与える。したがって、任意の所与のＹＰＯまたはＹＰＰＣＰ番号についてのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、明確に確立することができる。しかしながら、便宜上、公知である配列は、本明細書と共に提出された配列表において含まれる。
「ＧＩ」ナンバリングもまた上記に使用される。ＧＩ番号または「ＧｅｎＩｎｆｏ識別子」は、配列がそのデータベースに追加された場合に、ＮＣＢＩによって処理される、それぞれの配列レコードに連続して割り当てられる一連の数字である。ＧＩ番号は、配列レコードの受入番号に似ていない。配列が更新された（たとえば修正のためにまたはさらに多くの注釈または情報を追加するために）場合、配列に、新しいＧＩ番号が与えられる。したがって、与えられたＧＩ番号と関連する配列は決して変更されない。
本発明が「エピトープ」に関係する場合、このエピトープは、Ｂ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであってもよい。そのようなエピトープは、経験的に同定することができる（たとえば、ＰＥＰＳＣＡＮ［１７６、１７７］もしくは同様の方法を使用して）またはそれらは、予測することができる（たとえばＪａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原インデックス［１７８］、マトリックスベースのアプローチ［１７９］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［１８０、１８１］、ニューラルネットワーク［１８２］、ＯｐｔｉＭｅｒ＆ＥｐｉＭｅｒ［１８３、１８４］、ＡＤＥＰＴ［１８５］、Ｔｓｉｔｅｓ［１８６］、親水性［１８７］、抗原インデックス［１８８］、または参照文献１８９において開示されている方法などを使用して）。エピトープは、抗体の抗原結合部位またはＴ細胞抗原受容体によって認識され、それに結合する、抗原の部分であり、それらはまた、「抗原決定基」と呼ばれてもよい。
配列番号の変異体は、対立形質変異体、多型形態、相同体、オルソログ、パラログ、突然変異体などを含む。
本発明のポリペプチドは、ＣＯ９２参照配列と比較して、１つまたは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９個など）の保存的アミノ酸の交換つまり、あるアミノ酸の、関連する側鎖を有する他のアミノ酸との交換を含む。遺伝学的にコードされるアミノ酸は、４つのファミリーに一般に分類される：（１）酸性、つまりアスパラギン酸、グルタミン酸、（２）塩基性、つまりリシン、アルギニン、ヒスチジン、（３）無極性、つまりアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、および（４）無電荷極性、つまりグリシン、アスパラギン、グルタミン、シスチン、セリン、トレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、芳香族アミノ酸として時に一緒に分類される。一般に、これらのファミリー内の単一アミノ酸の置換は、生物学的活性に対して主な効果を有していない。ポリペプチドはまた、ＣＯ９２配列と比べて、１つまたは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９個など）の単一のアミノ酸の削除を含んでいてもよい。ポリペプチドはまた、ＣＯ９２配列と比べて、１つまたは複数（たとえば１、２、３、４、５、６、７、８、９個など）の挿入（たとえば１、２、３、４、または５個のアミノ酸のそれぞれ）を含んでいてもよい。
抗原「ドメイン」が含まれない場合、これは、シグナルペプチド、細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞外ドメインなどが含まれないことを伴ってもよい。
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」を包含し、たとえば、Ｘを「含む」組成物は、排他的にＸから成ってもよく、または補助的なものを含んでいてもよく、たとえばＸ＋Ｙであってもよい。
数値ｘに関しての用語「約」は、たとえばｘ±１０％を意味する。
所望される場合、抗原は、免疫原性を増強するために担体タンパク質に結合することができる。
２つのアミノ酸配列の間の配列同一性パーセンテージへの言及は、アライメントした場合に、アミノ酸のパーセンテージが、２つの配列を比較した際に同じであることを意味する。このアライメントおよび相同性パーセントまたは配列同一性パーセントは、当技術分野において公知であるソフトウェアプログラム、たとえば参照文献１９０のセクション７．７．１８において記載されているものを使用して、決定することができる。好ましいアライメントは、１２のギャップ開始ペナルティーおよび２のギャップ伸長ペナルティー、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスを用いて、アフィンギャップ検索を使用して、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参照文献１９１において開示されている。
本発明において使用される抗原を選択し、得るのに使用される方法は、参照文献９において開示されている。
マウス免疫化研究
２３種の抗原をさらなる調査のために選んだ。いくつかの抗原を個々に試験したが、２〜４種の抗原の組合せを試験した。全体で、１０匹のマウス（Ｓｗｉｓｓ Ｗｅｂｓｔｅｒ、５〜７週齢のメス）の１９グループを、ＭＦ５９＋１０μｇ ＣｐＧ（ＯＤＮ１８２６）と共に製剤した抗原の組合せ（１０μｇのそれぞれの抗原を含有する）の３ｉ．ｐ．用量を用いて２週間の間隔で免疫した。最近の研究は、ＭＦ５９アジュバントを有する抗原製剤が、一般に、ミョウバン製剤よりも免疫原性であることを示した。１０匹のアジュバントのみの免疫マウスのグループおよびＦ１−Ｖ抗原融合物（マウスにおいて保護的であることが公知である抗原）を用いて免疫したマウスのグループもまた、ネガティブおよびポジティブコントロールとしてそれぞれ含まれた。第３の免疫化投与の約４週間後に、動物に、７５ＬＤ５０の病原性Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株を用いて皮下に抗原曝露し、生存を、感染後の２０日間、モニターした。Ｆ１−Ｖを用いて免疫したグループは９０％の生存を示した。
２３種の抗原をさらなる調査のために選んだ。いくつかの抗原を個々に試験したが、２〜４種の抗原の組合せを試験した。全体で、１０匹のマウス（Ｓｗｉｓｓ Ｗｅｂｓｔｅｒ、５〜７週齢のメス）の１９グループを、ＭＦ５９＋１０μｇ ＣｐＧ（ＯＤＮ１８２６）と共に製剤した抗原の組合せ（１０μｇのそれぞれの抗原を含有する）の３ｉ．ｐ．用量を用いて２週間の間隔で免疫した。最近の研究は、ＭＦ５９アジュバントを有する抗原製剤が、一般に、ミョウバン製剤よりも免疫原性であることを示した。１０匹のアジュバントのみの免疫マウスのグループおよびＦ１−Ｖ抗原融合物（マウスにおいて保護的であることが公知である抗原）を用いて免疫したマウスのグループもまた、ネガティブおよびポジティブコントロールとしてそれぞれ含まれた。第３の免疫化投与の約４週間後に、動物に、７５ＬＤ５０の病原性Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株を用いて皮下に抗原曝露し、生存を、感染後の２０日間、モニターした。Ｆ１−Ｖを用いて免疫したグループは９０％の生存を示した。
表１は、それぞれの免疫マウスグループについての動物の生存および死亡までの時間を示す。オプソニン化貪食作用および／または血中殺菌アッセイ（ＯＰＡ／ＢＢＡ）において陽性であることが分かった、抗原を用いて免疫した３つの動物グループ（グループ６、８、および１４）は、生存者の割合において２０％の増加を示した。それらのうちの２つ（グループ８および１４）もまた、コントロールグループと比較して、それらの死亡までの時間において増加を示した。ＯＰＡ／ＢＢＡアッセイにおいて陽性であることが分かった、抗原を用いて免疫した、４つのさらなるグループ（２、４、１１、２０）は、生存者の割合において１０％の増加を示した。プロテオミクスアプローチによって同定された３つの抗原の組合せを用いて免疫した動物のうちの１つのグループ（グループ１５）は、ネガティブコントロールグループと比較して、生存動物の割合（５０％生存）および生存曲線において著しい差異を示した。そのため、抗原のこの組合せは、単独でおよびＦ１−Ｖワクチンと組み合わせて有用となるであろう。
本発明は、ほんの一例として記載されるものであり、本発明の範囲および精神内にとどまりながら、変更が加えることができることが理解されるであろう。
配列表の簡単な説明
Claims (53)
- ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原を含む免疫原性組成物。
- 請求項１に記載のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原を含む、免疫原性組成物。
- 請求項１に記載のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原を含む、免疫原性組成物。
- 請求項１に記載のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む、免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、ＹＰＯ００６５抗原、ＹＰＯ００８６抗原、ＹＰＯ０４９６抗原、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０１抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ０８６０抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１２２４抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２５０６抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３０６１抗原、ＹＰＯ３０６５抗原、ＹＰＯ３３８２抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ３５５１抗原、ＹＰＯ３５５３抗原、ＹＰＯ３５７９抗原、ＹＰＯ３６３１抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ３９８７抗原、ＹＰＯ１３５４抗原、ＹＰＯ２１９０抗原、およびＹＰＯ３４１７抗原から成る群から選択される２種以上の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、および（３）ＹＰＯ３４８９抗原から成る群から選択される２種以上の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、および（５）ＹＰＯ１６０４抗原から成る群から選択される２種以上の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および（２１）ＹＰＯ１０７０抗原から成る群からの１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ１７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原から成る群からの１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原から成る群からの１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および（５）ＹＰＯ２１９０抗原から成る群からの１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１０に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１１に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１１に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１１に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１１に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１２に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１２に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１１に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原および請求項１２に記載の群の１つまたは複数の抗原を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項１２に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項９に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１０に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１１に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、請求項１２に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原、ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物であって、前記組合せが、請求項６に記載の群から選択される１つまたは複数の抗原ならびにＹ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方を含む免疫原性組成物。
- Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原の一方または両方をさらに含む、請求項１から５のいずれか一項に記載のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組合せを含む免疫原性組成物。
- ２０種未満のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む、請求項１から２７のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 前記抗原の少なくとも１つが、融合タンパク質である、請求項１から２８のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- 少なくとも２つの前記抗原が、単一ポリペプチド鎖として発現される、請求項１から２８のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- １つまたは複数の免疫調節剤を含む、請求項１から３０のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上を含む組合せ。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの２種以上を含む組合せの使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原を含む組合せ。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原を含む組合せの使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原を含む組合せ。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、およびＹＰＯ０５０５抗原を含む組合せの使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原を含む組合せ。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、およびＹＰＯ０８０９抗原を含む組合せの使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む組合せ。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、およびＹＰＯ３９８２抗原を含む組合せの使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つまたは複数。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０５１２抗原、（２）ＹＰＯ０５６３抗原、（３）ＹＰＯ３４８９抗原、（４）ＹＰＯ４００３抗原、（５）ＹＰＯ１６０４抗原、（６）ＹＰＯ３０６１抗原、（７）ＹＰＯ３５５９抗原、（８）ＹＰＯ３３８２抗原、（９）ＹＰＯ０８６０抗原、（１０）ＹＰＯ００８６抗原、（１１）ＹＰＯ３６３１抗原、（１２）ＹＰＯ２８８１抗原、（１３）ＹＰＯ３３４３抗原、（１４）ＹＰＯ３３６１抗原、（１５）ＹＰＯ３４３０抗原、（１６）ＹＰＯ１４１１抗原、（１７）ＹＰＯ３９３５抗原、（１８）ＹＰＯ０８０９抗原、（１９）ＹＰＯ１１２３抗原、（２０）ＹＰＯ３０６５抗原、および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つまたは複数の使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ １７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つまたは複数。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０１０２抗原、（２）ＹＰＯ０５７０抗原、（３）ＹＰＯ１０５３抗原、（４）ＹＰＯ１４３５抗原、（５）ＹＰＯ２６７４抗原、（６）ＹＰＯ２２９２抗原、（７）ＹＰＯ３０５０抗原、（８）ＹＰＯ２６１５抗原、（９）ＹＰＯ１５０７抗原、（１０）ＹＰＯ４１１１抗原、（１１）ＹＰＯ００１５抗原、（１２）ＹＰＯ０１９５抗原、（１３）ＹＰＯ２３４２抗原、（１４）ＹＰＯ０５０１抗原、（１５）ＹＰＯ０５０２抗原、（１６）ＹＰＯ０８１９抗原、（１７）ＹＰＯ３６４４抗原、（１８）ＹＰＯ１７４６抗原、（１９）ＹＰＯ０３５１抗原、（２０）ＹＰＯ０４６８抗原、（２１）ＹＰＯ０２０３抗原、（２２）ＹＰＯ０２１６抗原、（２３）ＹＰＯ３５３６抗原、（２４）ＹＰＯ０２３３抗原、（２５）ＹＰＯ００６７抗原、（２６）ＹＰＯ３６４３抗原、（２７）ＹＰＯ３３７５抗原、（２８）ＹＰＯ０４９４抗原、（２９）ＹＰＯ１０５２抗原、（３０）ＹＰＯ１９０６抗原、（３１）ＹＰＯ０６６３抗原、（３２）ＹＰＯ１２２２抗原、（３３）ＹＰＯ２９０５抗原、（３４）ＹＰＯ４０７０抗原、（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原、および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つまたは複数の使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つまたは複数。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０４５７抗原、（２）ＹＰＯ０５１４抗原、（３）ＹＰＯ０６９４抗原、（４）ＹＰＯ０８０５抗原、（５）ＹＰＯ０９８２抗原、（６）ＹＰＯ１３５４抗原、（７）ＹＰＯ１４０８抗原、（８）ＹＰＯ１７９２抗原、（９）ＹＰＯ２５０６抗原、（１０）ＹＰＯ２７１３抗原、（１１）ＹＰＯ２９５０抗原、（１２）ＹＰＯ３０２６抗原、（１３）ＹＰＯ３４１７抗原、（１４）ＹＰＯ３５５１抗原、（１５）ＹＰＯ３６４６抗原、（１６）ＹＰＯ３９８２抗原、（１７）ＹＰＯ００６５抗原、（１８）ＹＰＯ０４９９抗原、（１９）ＹＰＯ０５０５抗原、（２０）ＹＰＯ０５００抗原、（２１）ＹＰＯ０５０３抗原、（２２）ＹＰＯ０５０６抗原、（２３）ＹＰＯ０５０８抗原、（２４）ＹＰＯ０５０９抗原、（２５）ＹＰＯ３５７９抗原、および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つまたは複数の使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つまたは複数。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、（１）ＹＰＯ０４９６抗原、（２）ＹＰＯ１２２４抗原、（３）ＹＰＯ３５５３抗原、（４）ＹＰＯ３９８７抗原、および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つまたは複数の使用。
- （ｉ）免疫原としての、（ｉｉ）療法における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における使用のための、ＹＰＯ０４９９抗原およびＹＰＯ０５０２抗原の一方または両方。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための医薬の製造における、ＹＰＯ０４９９抗原およびＹＰＯ０５０２抗原の一方または両方の使用。
- 哺乳動物において免疫応答を惹起するための方法であって、有効量の、請求項１から３１のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
- 療法における使用のための、請求項１から１２のいずれか一項に記載の抗原に対して特異的な抗体。
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