JP2011043350A - 細胞画像解析装置、細胞画像解析方法、及びコンピュータープログラム - Google Patents
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Abstract
【解決手段】蛍光物質で染色された細胞が撮像された細胞画像を入力し、入力された細胞画像から、細胞核領域を抽出し、細胞画像の輝度値に基づき、細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出する。
【選択図】図2
Description
例えば、細胞膜の表面に抗体を付けることによって細胞膜を蛍光物質で染色し、染色後の細胞を顕微鏡にて撮像し、撮像された細胞画像から細胞膜を検出する技術も提案されている。
また、染色方法によっては、細胞膜のみを精度良く染色することができずに細胞質までもが染色される場合があり、このような場合には細胞質と細胞膜との境界を認識することが困難であった。
図1は、細胞画像解析装置の第一実施形態である細胞画像解析装置1aの機能構成を表す概略ブロック図である。細胞画像解析装置1aは、画像入力部101、細胞核領域抽出部102、細胞膜領域抽出部103を備える。細胞画像解析装置1aは、パーソナルコンピューターやワークステーション等の情報処理装置を用いて構成されても良いし、顕微鏡などに組み込まれた専用装置として構成されても良い。
細胞核領域抽出部102は、入力された細胞画像から細胞核が存在する領域(以下、「細胞核領域」という)を抽出し、細胞核領域の位置と範囲を表す情報を取得する。
具体的には、細胞膜領域抽出部103は、細胞画像の輝度の値(以下、「輝度の値」を「輝度値」という)に基づき、細胞核領域抽出部102によって抽出された細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出する。なお、ここでいう輝度とは、例えば濃淡画像においては濃淡を表す値であり、画像中の各画素(画素)の明るさを表す値である。
ステップS102において、細胞核領域抽出処理は以下に示す4つの処理のうちどの処理によって実現されても良い。どの処理を用いるかはユーザーによって選択されても良い。以下、細胞核領域抽出処理の具体的な処理内容について4つのパターンをそれぞれ説明する。
第一の細胞核領域抽出処理では、細胞核染色画像が用いられる。細胞核染色画像は細胞画像として画像入力部101によって入力される。図3は、細胞核染色画像の輝度値の概要を表す図である。細胞核染色画像では、細胞核を選択的に染色する蛍光物質を用いて細胞核の染色が行われている。そのため、細胞核染色画像では、細胞核が存在していない領域(A1の領域)は低い輝度値で撮像されており、細胞核が存在する領域(A2の領域)は高い輝度値で撮像されている。
細胞核染色画像では、一般的に細胞核領域は定型的であり統計値が有効に働くため、上記のように細胞核用第一閾値を用いた方法が有効である。
第二〜第四の細胞核領域抽出処理では、細胞核染色画像は用いられず、細胞膜染色画像が用いられる。細胞膜染色画像は細胞画像として画像入力部101によって入力される。図4は、細胞膜染色画像の輝度値の概要を表す図である。細胞膜染色画像では、細胞膜を選択的に染色する蛍光物質を用いる方法や、細胞膜の表面に抗体を付ける方法などによって細胞膜の染色が行われている。そのため、細胞膜染色画像では、細胞膜が最も高い輝度値で撮像されており、細胞質や焦点面からずれた細胞膜が次に高い輝度値で撮像されており、細胞核が存在している領域が次に高い輝度値で撮像されており、細胞が存在していない領域が最も低い輝度値で撮像されている。
このとき、細胞核領域抽出部102は、予め設定された細胞核面積用第一閾値を記憶しても良い。この場合、細胞核領域抽出部102は、細胞膜染色画像中で、細胞用閾値よりも高く且つ細胞核用第二閾値よりも低い輝度値を有する領域であって、細胞核面積用第一閾値よりも大きな面積を有する領域を全て細胞核領域として抽出する。この場合も、細胞核面積用第一閾値の値は、予め複数の実験を行い、細胞膜染色画像において細胞核が存在する領域の面積の大きさの統計をとることによって、実験環境に応じて最適に決定される。
第三の細胞核領域抽出処理では、細胞核領域抽出部102は、予め設定された細胞用閾値を記憶している。細胞用閾値の値は、予め複数の実験を行い細胞が存在する領域の輝度値の統計をとることによって、実験環境に応じて最適に決定される。細胞領域とは、細胞膜、細胞質、細胞核を含む細胞が存在する領域である。
第四の細胞核領域抽出処理では、細胞核領域抽出部102は、予め設定された細胞用閾値を記憶している。細胞用閾値の値は、予め複数の実験を行い細胞が存在する領域の輝度値の統計をとることによって、実験環境に応じて最適に決定される。細胞領域とは、細胞膜、細胞質、細胞核を含む細胞が存在する領域である。
ステップS103において、細胞膜領域抽出処理は以下に示す2つの処理のうちどちらの処理によって実現されても良い。どちらの処理を用いるかはユーザーによって選択されても良い。以下、細胞膜領域抽出処理の具体的な処理内容について2つのパターンをそれぞれ説明する。
第一の細胞膜領域抽出処理では、細胞膜領域抽出部103は、細胞膜染色画像中で、細胞核領域抽出部102によって記憶される細胞用閾値よりも高い輝度値を有する領域内から、極大値画素の集合によって構成される領域を細胞膜領域として抽出する。図4からも明らかなように、細胞膜染色画像では、細胞膜領域と細胞質領域とではそれぞれの輝度値が異なるため、その境界に位置する画素は周辺との輝度値変化が極大値となる。そこで、極大値画素を抽出することによって、細胞膜領域を抽出することが可能である。
第二の細胞膜領域抽出処理では、細胞膜領域抽出部103は、細胞膜染色画像中で、まず細胞核領域の境界線の外側に、所定の基準により帯状領域を設定する。図5は、帯状領域の概略を示す概略図である。図5において、A2の領域は細胞核領域を表し、A0は帯状領域を表す。図示されるように、帯状領域は、細胞核領域の境界線の各点から距離W1離れた点の集合によって表される境界線L1と、細胞核領域の境界線の各点から距離(W1+W2)離れた点の集合によって表される境界線L2との間の領域として定義される。なお、上記の帯状領域の設定方法は所定の基準の一例であり、帯状領域を細胞核領域の境界線に基づいて設定するための所定の基準は他の基準が適用されても良い。また、W1及びW2の値は、予め複数の実験を行い、細胞膜を検出しようとする対象となる細胞において細胞膜が存在する領域と細胞核との距離の統計をとることによって、実験環境に応じて最適に決定される。
第二の細胞膜領域抽出処理でも、細胞核領域の外側に設定された帯状領域内に位置することを条件に細胞膜領域を抽出するため、誤って細胞核領域の境界線が細胞膜領域として抽出されることを防止できるとともに、細胞核領域から離れすぎた位置のノイズを誤って細胞膜領域として抽出してしまうことを防止することができる。
第三の細胞核領域抽出処理、第一の細胞膜領域抽出処理、第二の細胞膜領域抽出処理において、細胞核領域抽出部102又は細胞膜領域抽出部103は、極大値画素に代えて、周辺との輝度値変化が閾値を超えている画素を検出し、このような画素によって囲まれる領域を細胞核領域又は細胞膜領域として抽出しても良い。この場合の閾値は、細胞核領域抽出部102又は細胞膜領域抽出部103に対して予め設定される。
図7は、細胞画像解析装置の第二実施形態である細胞画像解析装置1bの機能構成を表す概略ブロック図である。細胞画像解析装置1bは、画像入力部101、細胞核領域抽出部102、細胞膜領域抽出部103、修正部104を備える。細胞画像解析装置1bが備える細胞画像解析装置1bは、パーソナルコンピューターやワークステーション等の情報処理装置を用いて構成されても良いし、顕微鏡などに組み込まれた専用装置として構成されても良い。
画像入力部101、細胞核領域抽出部102、細胞膜領域抽出部103の構成は第一実施形態の細胞画像解析装置1aの各構成と同じであるため説明を省略する。
図9は、複数個の細胞が互いに隣接して一つの塊を形成している場合の細胞画像の例を示す図である。この場合、修正部104は、まず塊の外郭を成す線LLを検出する。次に、修正部104は、塊に含まれる細胞のうち、外郭を成す線LLに接する部分の長さが最も長い細胞を検出する。次に、修正部104は、検出された細胞について、隣接する他の細胞との細胞膜領域の切り分けの処理を繰り返し行う。修正部104は、検出された細胞について隣接する全ての他の細胞との切り分け処理が完了すると、この細胞を上記塊に含まれない細胞として認識し、改めて塊の外郭を成す線LLを検出する。そして、修正部104は、塊に含まれる細胞のうち、外郭を成す線LLに接する部分の長さが最も長い細胞を検出し、上記の処理を繰り返す。
Claims (6)
- 蛍光物質で染色された細胞が撮像された細胞画像を入力する画像入力部と、
入力された細胞画像から、細胞核領域を抽出する細胞核領域抽出部と、
前記細胞画像の輝度値に基づき、前記細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出する細胞膜領域抽出部と、
を備える細胞画像解析装置。 - 前記細胞膜領域抽出部は、前記細胞画像において周辺との輝度値変化が予め設定された所定条件を満たす画素の集合により構成される領域であって、前記細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出することを特徴とする請求項1に記載の細胞画像解析装置。
- 前記細胞膜領域抽出部は、前記細胞核領域の境界線に基づいて所定の基準により設定される帯状領域内に存在する領域であって、周辺との輝度値変化が予め設定された所定条件を満たす画素の集合により構成される領域を細胞膜領域として抽出することを特徴とする請求項1に記載の細胞画像解析装置。
- 前記細胞膜領域抽出部によって、互いに隣接する細胞の細胞膜領域が検出された場合に、各細胞の接していない部分の細胞膜領域の厚みをそれぞれ検出し、検出されたそれぞれの厚みにしたがって接している部分の細胞膜領域をそれぞれの細胞膜領域に切り分ける修正部をさらに備えることを特徴とする請求項1〜3のいずれかに記載の細胞画像解析装置。
- 細胞画像解析装置が、蛍光物質で染色された細胞が撮像された細胞画像を入力する画像入力ステップと、
前記細胞画像解析装置が、入力された細胞画像から、細胞核領域を抽出する細胞核領域抽出ステップと、
前記細胞画像解析装置が、前記細胞画像の輝度値に基づき、前記細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出する細胞膜領域抽出ステップと、
を備える細胞画像解析方法。 - 蛍光物質で染色された細胞が撮像された細胞画像を入力する画像入力ステップと、
入力された細胞画像から、細胞核領域を抽出する細胞核領域抽出ステップと、
前記細胞画像の輝度値に基づき、前記細胞核領域の外側に位置する細胞膜領域を抽出する細胞膜領域抽出ステップと、
を情報処理装置に対して実行させるためのコンピュータープログラム。
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