JP2005507638A - ヒトｇタンパク質共役型受容体９３８７０およびその使用 - Google Patents

Abstract

本発明は、単離した核酸分子、指定された９３８７０核酸分子であって、ＧＰＣＲをコードするものを提供する。本発明は、アンチセンス核酸分子、９３８７０核酸分子を含む組換え発現ベクター、発現ベクターを導入した宿主細胞、および９３８７０遺伝子を導入しまたは破砕した非ヒトトランスジェニック動物も提供する。本発明はさらに、単離した９３８ｚ７６０タンパク質、融合タンパク質、抗原ペプチド、および抗９３８７０抗体も提供する。本発明の組成物を利用する診断および治療方法も提供される。

Description

【技術分野】
【０００１】
本願は、２００１年３月１日に出願した米国仮出願第６０／２７２,６７７号の利益を主張するものであり、その内容を参照により本明細書に組み込む。
【背景技術】
【０００２】
Ｇタンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）は、ヘテロ三量体Ｇタンパク質を介して様々な数のリガンドのシグナル伝達を仲介する、７回膜貫通型ドメインタンパク質である（Ｓｔｒａｄｅｒ，Ｃ．Ｄ．他（１９９４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６３：１０１〜１３２）。Ｇタンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）は、Ｇタンパク質およびエフェクタータンパク質（例えば細胞内酵素やチャネル）と共に、モジュラー・シグナル伝達系の構成要素である。ＧＰＣＲの細胞外部分にリガンド結合すると、別のＧタンパク質が活性化され、別の細胞内エフェクター酵素およびイオン・チャネルの活性がモジュレートされる（Ｇｕｔｋｉｎｄ，Ｊ．Ｓ．（１９９８）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：１８３９〜１８４２；Ｓｅｌｂｉｅ，Ｌ．Ａ．およびＨｉｌｌ，Ｓ．Ｊ．（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．１９：８７〜９３）。
【０００３】
Ｇタンパク質は、α、β、およびγサブユニットからなるヘテロ三量体タンパク質のファミリーを表し、グアニンヌクレオチドに結合するものである。このようなタンパク質は、通常、細胞表面受容体（例えばＧＰＣＲ）に結合する。ＧＰＣＲにリガンド結合した後、コンフォメーションの変化がＧタンパク質に伝達され、それによりαサブユニットは結合ＧＤＰ分子をＧＴＰ分子に交換し、βγサブユニットから解離する。αサブユニットのＧＴＰ結合形態は、一般にエフェクター変調部分として機能し、サイクリックＡＭＰ（例えばアデニル酸シクラーゼの活性化によって）やジアシルグリセロール、イノシトールリン酸など第２のメッセンジャーを産生する。βおよびγサブユニットのより小さい供給源に関連付けられる、２０を超える種々のタイプのαサブユニットがヒトにおいて知られている。哺乳動物Ｇタンパク質の例には、Ｇ_i、Ｇ_o、Ｇ_q、Ｇ_s、およびＧ_tが含まれる（Ｌｏｄｉｓｈ Ｈ．他、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏｏｋｓ Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．、１９９５））。
【０００４】
ＧＰＣＲは、内分泌系、中枢神経系、および末梢生理的プロセスを含めたいくつかの系に極めて重要なものである。ＧＰＣＲ遺伝子および遺伝子産生物は、疾病の原因物質とも考えられている（Ｓｐｉｅｇｅｌ他（１９９３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：１１１９〜１１２５；ＭｃＫｕｓｉｃｋおよびＡｍｂｅｒｇｅｒ（１９９３）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．３０：１〜２６）。ＧＰＣＲの重要な生物学的役割および性質から、そのようなタンパク質をコードする新規な遺伝子を同定すると共に、正常および／または異常な様々な細胞プロセスを調節するのに使用される分子のモジュレーターを発見することが求められている。
【非特許文献１】
Ｓｔｒａｄｅｒ，Ｃ．Ｄ．他（１９９４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６３：１０１〜１３２
【非特許文献２】
Ｇｕｔｋｉｎｄ，Ｊ．Ｓ．（１９９８）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：１８３９〜１８４２
【非特許文献３】
Ｓｅｌｂｉｅ，Ｌ．Ａ．およびＨｉｌｌ，Ｓ．Ｊ．（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．１９：８７〜９３
【非特許文献４】
Ｌｏｄｉｓｈ Ｈ．他、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏｏｋｓ Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．、１９９５）
【非特許文献５】
Ｓｐｉｅｇｅｌ他（１９９３）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９２：１１１９〜１１２５
【非特許文献６】
ＭｃＫｕｓｉｃｋおよびＡｍｂｅｒｇｅｒ（１９９３）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．３０：１〜２６
【非特許文献７】
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＲｅｑＰｒｏｄｏｍＩＩ．ｐｌ？ｉｄ＿ｄｏｍ０＝ＰＤ０００００９＆ｐｒｏｄｏｍ＿ｒｅｌｅａｓｅ＝２０００．１
【非特許文献８】
ｈｔｔｏ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｅｔｄｅｓｃ？ｎａｍｅ＝７ｔｍ−１
【非特許文献９】
Ｚａｇｏｔｔａ Ｗ．Ｎ．他、（１９９６）Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｎｓｃｉ．１９：２３５〜６３
【非特許文献１０】
Ｄｏｈｌｍａｎ他（１９９１）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６０：６５３〜６８８
【非特許文献１１】
Ｊｕｐｐｎｅｒ他（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４：１０２４〜１０２６
【非特許文献１２】
Ｌｉｎ他（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４：１０２２〜１０２４
【非特許文献１３】
Ｎａｋａｎｉｓｈｉ他（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５８：５９７〜６０３
【非特許文献１４】
Ｋｌｅｉｎ他（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１４６７〜１４７２
【非特許文献１５】
Ｋｕｒｊａｎ Ｉ他（１９９２）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６１：１０９７〜１１２９
【非特許文献１６】
ｈｔｔｐ／／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＮｅｗＢｌａｓｔＰｒｏｄｏｍＩＩ
【非特許文献１７】
Ｃｏｒｐｅｔ他（１９９９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２７：２６３〜２６７
【非特許文献１８】
Ａｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９〜３４０２
【非特許文献１９】
Ｇｏｕｚｙ他（１９９９）Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２３：３３３〜３４０
【非特許文献２０】
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｎｉｃｅｄｏｃ．ｐｌ？ＰＤＯＣ００２１０
【非特許文献２１】
Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒ他（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎ ２８：４０５〜４２０
【非特許文献２２】
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｓｃ．ｅｄｕ／ｇｅｎｅｒａｌ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｆａｍ／ｐｆａｍ．ｈｔｍｌ
【非特許文献２３】
Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎ．Ｙ．（１９８９）、６．３．１〜６．３．６
【非特許文献２４】
ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４〜４５３（１９７０））
【非特許文献２５】
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍ
【非特許文献２６】
ＣＡＢＩＯＳ、４：１１〜１７（１９８９）
【非特許文献２７】
Ａｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜１０
【非特許文献２８】
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ．
【非特許文献２９】
Ｇａｕｌｔｉｅｒ他（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１５：６６２５〜６６４１
【非特許文献３０】
Ｉｎｏｕｅ他（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８）
【非特許文献３１】
Ｉｎｏｕｅ他（１９７）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０
【特許文献１】
米国特許第５，０９３，２４６号
【非特許文献３２】
Ｈａｓｅｌｈｏｆｆ他（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５８５〜５９１
【特許文献２】
米国特許第４，９８７，０７１号
【特許文献３】
米国特許第５，１１６，７４２号
【非特許文献３３】
Ｂａｒｔｅｌ他（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１４１１〜１４１８
【非特許文献３４】
Ｈｅｌｅｎｅ、１９９１、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．６：５６９〜５８４
【非特許文献３５】
Ｈｅｌｅｎｅ他（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７〜３６
【非特許文献３６】
Ｍａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ １４：８０７〜８１５
【非特許文献３７】
Ｈｙｒｕｐ他（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５〜２３
【非特許文献３８】
Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ他Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：１４６７０〜１４６７５
【非特許文献３９】
Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：６５５３〜６５５６
【非特許文献４０】
Ｌｅｍａｉｔｒｅ他（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：６８４〜６５２
【特許文献４】
ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０
【特許文献５】
ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４
【非特許文献４１】
Ｋｒｏｌ他（１９９８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８〜９７６
【非特許文献４２】
Ｚｏｎ、１９９８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９
【特許文献６】
米国特許第５，８５４，０３３号
【特許文献７】
米国特許第５，８６６，３３６号
【特許文献８】
米国特許第５，８７６，９３０号
【非特許文献４３】
Ａｒｋｉｎ他（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．ＵＳＡ ８９：７８１１〜７８１５
【非特許文献４４】
Ｄｅｌｇｒａｖｅ他（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｒ．６：３２７〜３３１
【非特許文献４５】
Ｃｏｌｃｈｅｒ他（１９９９）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８０：２６３〜２８０
【非特許文献４６】
Ｒｅｉｔｅｒ（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２：２４５〜２５２
【非特許文献４７】
Ｇｏｅｄｄｅｌ（１９９０、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ）
【非特許文献４８】
Ｓｍｉｔｈ他（１９８８）Ｇｅｎｅ ６７：３１〜４０
【非特許文献４９】
Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ、１９９０、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、１１９〜１２８
【非特許文献５０】
Ｗａｄａ他（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２１１１〜２１１８
【非特許文献５１】
Ｐｉｎｋｅｒｔ他（１９８７）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１：２６８〜２７７
【非特許文献５２】
Ｃａｌａｍｅ他（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５〜２７５
【非特許文献５３】
Ｗｉｎｏｔｏ他（１９８９）ＥＭＢＯＪ．８：７２９〜７３３
【非特許文献５４】
Ｂａｎｅｒｊｉ他（１９８３）Ｃｅｌｌ ３３：７２９〜７４０
【非特許文献５５】
Ｑｕｅｅｎ他（１９８３）Ｃｅｌｌ ３３：７４１〜７４８
【非特許文献５６】
Ｂｙｒｎｅ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：５４７３〜５４７７
【非特許文献５７】
Ｅｄｌｕｎｄ他（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：９１２〜９１６
【特許文献９】
米国特許第４，８７３，３１６号
【特許文献１０】
欧州特許出願公開第２６４，１６６号
【非特許文献５８】
Ｋｅｓｓｅｌ他（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３７４〜３７９
【非特許文献５９】
Ｃａｍｐｅｓ他（１９８９）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．３：５３７〜５４６
【非特許文献６０】
Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，Ｈ．他（１９８６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１：Ｒｅｖｉｅｗ
【特許文献１１】
米国特許第５，２７２，０７１号
【特許文献１２】
ＰＣＴ公開番号ＷＯ９１／０６６６７
【非特許文献６１】
Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８〜２６８５
【非特許文献６２】
Ｌａｍ、１９９７、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．１２：１４５
【非特許文献６３】
ＤｅＷｉｔｔ他（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６９０９
【非特許文献６４】
Ｅｒｂ他（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：１１４２２
【非特許文献６５】
Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８
【非特許文献６６】
Ｃｈｏ他（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１３０３
【非特許文献６７】
Ｃａｒｒｅｌｌ他（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９
【非特許文献６８】
Ｃａｒｅｌｌ他（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．ＩＮｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１
【非特許文献６９】
Ｇａｌｌｏｐ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３
【非特許文献７０】
Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １３：４１２〜４２１
【非特許文献７１】
Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８２〜８４
【非特許文献７２】
Ｆｏｄｏｒ、１９９３、Ｎａｔｕｒｅ ３６４：５５５〜５５６
【特許文献１３】
米国特許第５，２２３，４０９号
【非特許文献７３】
Ｃｕｌｌ他（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８６５〜１８６９
【非特許文献７４】
Ｓｃｏｔｔ他（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３８６〜３９０
【非特許文献７５】
Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ２４９：４０４〜４０６
【非特許文献７６】
Ｃｗｉｒｌａ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６３７８〜６３８２
【非特許文献７７】
Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０
【非特許文献７８】
ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ他（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１９０６〜１９１２
【特許文献１４】
米国特許第５，６３１，１６９号
【特許文献１５】
米国特許第４，８６８，１０３号
【非特許文献７９】
Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ他（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８〜２３４５
【非特許文献８０】
Ｓｚａｂｏ他（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９〜７０５
【非特許文献８１】
Ｒｉｖａｓ他（１９９３）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１８：２８４〜２８７
【非特許文献８２】
Ａｕｓｕｂｅｌ他編（１９９９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ
【非特許文献８３】
Ｈｅｅｇａａｒｄ、１９９８、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１１：１４１〜１４８
【非特許文献８４】
Ｈａｇｅ他（１９９７）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．Ａｐｐｌ．６９９：４９９〜５２５
【特許文献１６】
米国特許第４，１０９，４６９号
【特許文献１７】
米国特許第５，２８３，３１７号
【非特許文献８５】
Ｚｅｒｖｏｓ他（１９９３）Ｃｅｌｌ ７２：２２３〜２３２
【非特許文献８６】
Ｍａｄｕｒａ他（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６〜１２０５４
【非特許文献８７】
Ｂａｒｔｅｌ他（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １４：９２０〜９２４
【非特許文献８８】
Ｉｗａｂｕｃｈｉ他（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８：１６９３〜１６９６
【特許文献１８】
ＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／１０３００
【非特許文献８９】
Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏ他（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２０：９１９〜９２４
【非特許文献９０】
Ｆａｎ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６２２３〜６２２７
【非特許文献９１】
Ｖｅｒｍａ他（１９８８）Ｈｕｍａｎ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ
【非特許文献９２】
Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｗｅｌｃｈ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｌｉｂｒａｒｙからオンラインで入手可能なＶ．ＭｃＫｕｓｉｃｋ、Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ
【非特許文献９３】
Ｅｇｅｌａｎｄ他、１９８７、Ｎａｔｕｒｅ、３２５：７８３〜７８７
【非特許文献９４】
米国特許第５，２７２，０５７号
【特許文献１９】
米国特許第４，６８３，２０２号
【非特許文献９５】
Ｂａｒａｎｙ、１９９１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１８９〜１９３
【非特許文献９６】
Ｇｕａｔｅｌｌｉ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４〜１８７８
【非特許文献９７】
Ｋｗｏｈ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３〜１１７７
【非特許文献９８】
Ｌｉｚａｒｄｉ他（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７
【特許文献２０】
米国特許第５，４９８，５３１号
【非特許文献９９】
Ｃｒｏｎｉｎ他（１９９６）Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．７：２４４〜２５５
【非特許文献１００】
Ｋｏｚａｌ他（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．２：７５３〜７５９
【非特許文献１０１】
１９９５、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８
【非特許文献１０２】
Ｍｅｙｅｒ他（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２
【非特許文献１０３】
Ｃｏｔｔｏｎ他（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：４３９７
【非特許文献１０４】
Ｓａｌｅｅｂａ他（１９９２）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６〜２９５
【非特許文献１０５】
Ｈｓｕ他（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７〜１６６２
【特許文献２１】
米国特許第５，４５９，０３９号
【非特許文献１０６】
Ｏｒｉｔａ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２７６６
【非特許文献１０７】
Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４
【非特許文献１０８】
Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９
【非特許文献１０９】
Ｋｅｅｎ他（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ ７：５
【非特許文献１１０】
Ｍｙｅｒｓ他（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５
【非特許文献１１１】
ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ ２６５：１２７５３
【非特許文献１１２】
Ｓａｉｋｉ他（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３
【非特許文献１１３】
Ｓａｉｋｉ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６２３０
【非特許文献１１４】
Ｇｉｂｂｓ他（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８
【非特許文献１１５】
Ｐｒｏｓｓｎｅｒ、１９９３、Ｔｉｂｔｅｃｈ １１：２３８
【非特許文献１１６】
Ｇａｓｐａｒｉｎｉ他（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｂｅｓ ６：１
【非特許文献１１７】
Ｋｏｏｍｅｎ他（２０００）Ｊ．Ｍａｓｓ．Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．３５：２５８〜２６４
【非特許文献１１８】
Ｊａｍｅｓ（１９９４）ＡＩＤＳ Ｔｒｅａｔ．Ｎｅｗｓ Ａｒｃｈ．２０９
【特許文献２２】
米国特許第６，０３３，８６２号
【非特許文献１１９】
Ｈａｔｔｉｓ他（１９９１）Ｅｎｖ．Ｈｅａｌｔｈ Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．９０：２２９〜２３８
【非特許文献１２０】
Ｓｃｈｅｎｔａｇ（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６ Ｓｕｐｐｌ．３：Ｓ２１〜Ｓ２４
【非特許文献１２１】
Ｎｉｃｏｌａｕ（１９９９）Ａｍ，Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６ Ｓｕｐｐｌ．３：Ｓ１６〜Ｓ２０
【非特許文献１２２】
ＭｃＬｅｏｄ他（１９９９）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３５：１６５０〜１６５２
【特許文献２３】
米国特許第４，５２２，８１１号
【非特許文献１２３】
Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋ他（１９９７）Ｊ．ＡＩＤＳ Ｈｕｍ．Ｒｅｔｒｏｖｉｒ．１４：１９３
【特許文献２４】
米国特許第４，６７６，９８０号
【特許文献２５】
米国特許第５，３２８，４７０号
【非特許文献１２４】
Ｃｈｅｎ他（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４〜３０５７
【非特許文献１２５】
Ｏｓｂｏｒｎｅ他（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１：５〜９
【非特許文献１２６】
Ｐａｔｅｌ（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１：３２〜４６
【非特許文献１２７】
Ｈｅｒｌｙｎ（１９９９）Ａｎｎ．Ｍｅｄ．３１：６６〜７８
【非特許文献１２８】
Ｂｈａｔｔａｃｈａｒｙａ−Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ他（１９９８）ＣａｎｃｅｒＴｒｅａｔ．Ｒｅｓ．９４：５１〜６８
【非特許文献１２９】
Ｍａｒａｓｃｏ他（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：７８８９〜７８９３
【非特許文献１３０】
Ａｎｓｅｌｌ他（１９９６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７：８９〜９４
【非特許文献１３１】
Ｓｈｅａ（１９９４）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉ．２：１６６〜１７３
【非特許文献１３２】
Ｖｌａｔａｋｉｓ他（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ ３６１：６４５〜６４７
【非特許文献１３３】
Ｋｒｉｚ他（１９９５）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６７：２１４２〜２１４４
【非特許文献１３４】
Ｖａｉｃｋｕｓ，Ｌ．（１９９１）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．ｉｎ Ｏｎｃｏｌ．／Ｈｅｍｏｔｏｌ．１１：２６７〜９７
【非特許文献１３５】
Ｆｉｅｌｄｓ，Ｈ．Ｌ．（１９８７）Ｐａｉｎ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ
【非特許文献１３６】
Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ他（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３〜９８５
【非特許文献１３７】
Ｌｉｎｄｅｒ他（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：２５４〜２６６
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
本発明は、一部には、Ｇタンパク質共役型受容体タイプのタンパク質（ＧＰＣＲ）のサブファミリーＩに類似する新規なＧＰＣＲの発見に基づいており、これを本明細書では「９３８７０」と呼ぶ。９３８７０をコードするｃＤＮＡのヌクレオチド配列を配列番号１で示し、９３８７０ポリペプチドのアミノ酸配列を配列番号２で示す。さらに、コード領域のヌクレオチド配列を配列番号３で示す。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
したがって一態様で、本発明は、９３８７０タンパク質またはポリペプチド、例えば９３８７０タンパク質の生物学的に活性な部分をコードする核酸分子を特徴とする。好ましい実施形態で、単離核酸分子は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする。その他の実施形態で、本発明は、配列番号１、配列番号３で示されるヌクレオチド配列、および＿＿日に受託番号＿＿でＡＴＴＣに寄託されたプラスミドのＤＮＡインサートの配列（以下、「寄託済みヌクレオチド配列」）を有する単離９３８７０核酸分子を提供する。
【０００７】
さらに別の実施形態で、本発明は、配列番号１、配列番号３、および寄託済み核酸配列で示されるヌクレオチド配列に十分にまたは実質的に同一な（例えば自然発生する対立遺伝子変種）、核酸分子を提供する。その他の実施形態で、本発明は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列番号１、配列番号３、および寄託済みヌクレオチド配列のうち１つのヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする核酸分子であって、核酸が完全長９３８７０タンパク質またはその活性断片をコードする核酸分子を提供する。
【０００８】
関連する態様で、本発明は、本明細書で述べる９３８７０核酸分子を含んだ核酸構成をさらに提供する。ある実施形態で、本発明の核酸分子は、天然または異種調節配列に動作可能に結合する。また、本発明の９３８７０核酸分子を含有するベクターおよび宿主細胞、例えばポリペプチドの産生に適するベクターおよび宿主細胞も含まれる。
【０００９】
別の関連する態様で、本発明は、９３８７０をコードする核酸を検出するためのプライマーまたはハイブリダイゼーション・プローブとして適切な核酸断片を提供する。
【００１０】
さらに別の関連する態様では、９３８７０をコードする核酸分子のアンチセンスである単離核酸分子が提供される。
【００１１】
別の態様で、本発明は、９３８７０で仲介されまたはそれに関係する障害、例えば本明細書で述べるＧＰＣＲ障害などを治療し診断するのに利用可能なアッセイでの試薬や標的として有用な、９３８７０ポリペプチドとその生物学的に活性なまたは抗原性のある断片を特徴とする。別の実施形態で、本発明は、９３８７０活性を有する９３８７０ポリペプチドを提供する。好ましいポリペプチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、または７つの膜貫通ドメインを含む９３８７０タンパク質であり、好ましくは９３８７０活性、例えば本明細書で述べる９３８７０活性を有する９３８７０タンパク質である。好ましいポリペプチドは、少なくとも１つの受容体結合Ｇタンパク質膜貫通型ドメインを含む９３８７０タンパク質である。
【００１２】
その他の実施形態で、本発明は、９３８７０ポリペプチド、例えば配列番２で示されるアミノ酸配列またはＡＴＣＣ受託番号＿＿で寄託されたプラスミドのｃＤＮＡインサートによりコードされたアミノ酸配列；配列番号２で示されるアミノ酸配列またはＡＴＣＣ受託番号＿＿で寄託されたプラスミドのｃＤＮＡインサートによりコードされたアミノ酸配列に十分にまたは実質的に同一なアミノ酸配列；あるいは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列、またはＡＴＣＣ受託番号＿＿で寄託されたプラスミドのインサートのヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズされるヌクレオチド配列を有する核酸分子であって、核酸が完全長９３８７０タンパク質またはその活性な断片をコードするものである核酸分子によってコードされたアミノ酸配列を有する９３８７０ポリペプチドを提供する。
【００１３】
関連する態様で、本発明は、本明細書で述べる９３８７０核酸分子を含む核酸構成をさらに提供する。
【００１４】
関連する態様で、本発明は、融合タンパク質を形成するため非９３８７０ポリペプチドに動作可能に結合された９３８７０ポリペプチドまたは断片を提供する。
【００１５】
別の態様で、本発明は、９３８７０ポリペプチドと反応し、あるいはより好ましくは９３８７０ポリペプチドに特異的にまたは選択的に結合する抗体およびその抗原結合断片を特徴とする。
【００１６】
別の態様で、本発明は、９３８７０ポリペプチドまたは核酸の発現または活性をモジュレートする化合物のスクリーニング方法を提供する。
【００１７】
さらに別の態様で、本発明は、例えばスクリーニング済みの化合物を使用して、９３８７０ポリペプチドまたは核酸の発現または活性をモジュレートするためのプロセスを提供する。ある実施形態で、この方法は、異常なまたは不十分な細胞増殖または分化に関連する状態など、９３８７０ポリペプチドまたは核酸の異常な活性または発現に関係する状態を治療することを含む。
【００１８】
また本発明は、疾病の診断も含め、生体サンプル中の９３８７０ポリペプチドまたは核酸分子の活性または存否を決定するためのアッセイも提供する。
【００１９】
別の態様で、本発明は、複数のアドレスを有する２次元アレイを特徴とし、複数のアドレスのそれぞれは、複数のアドレスのその他のアドレスそれぞれに対してその位置が区別可能であり、複数のアドレスのそれぞれは、独自の捕捉プローブ、例えば核酸またはペプチド配列を有する。複数のアドレスのうち少なくとも１つのアドレスは、９３８７０分子を認識する捕捉プローブを有する。一実施形態で、捕捉プローブは核酸であり、例えば９３８７０核酸配列に相補的なプローブである。別の実施形態で、捕捉プローブはポリペプチドであり、例えば９３８７０ポリペプチドに特異的な抗体である。また、サンプルを前述のアレイに接触させ、サンプルとアレイとの結合を検出することによってサンプルを分析する方法も特徴とする。
【００２０】
他の態様で、本発明は、疾病の診断も含め、９３８７０ポリペプチドまたは核酸分子における遺伝子の変化の存否を決定するためのアッセイを提供する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
非翻訳領域を含む約１６８４ヌクレオチド長のヒト９３８７０配列（配列番号１）は、終止コドンを含む約９４２ヌクレオチドの予測メチオニン開始コード配列を含有する（配列番号１のコード化として示されるヌクレオチド；配列番号３）。コード配列は、３１３アミノ酸タンパク質をコードする（配列番号２）。
【００２２】
ヒト９３８７０をコードするヌクレオチド配列を含有するプラスミドは、＿＿日にアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（ＡＴＣＣ）、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ２０１１０−２２０９に寄託され、受託番号＿＿が与えられた。この寄託は、特許手続上微生物寄託の国際的承認に関するブダペスト条約の条項に従って維持されることになる。この寄託は単に当業者の便宜のため行ったもので、寄託が米国特許法第１１２条により求められていると認めるものではない。
【００２３】
９３８７０タンパク質には、Ｇタンパク質共役型受容体ファミリーのメンバーと同様の、特にＧタンパク質共役型受容体のサブファミリー１と同様の、いくつかの構造特性がある。本発明のタンパク質および核酸分子について述べる際の「ファミリー」という用語は、共通の構造ドメインまたはモチーフを有し、かつ本明細書で定義される十分なアミノ酸またはヌクレオチド配列相同性を有する２つ以上のタンパク質または核酸分子を意味する。そのようなファミリー・メンバーは、自然にまたは非自然的に発生させることができ、同じ種または異なる種から形成することができる。例えばファミリーには、ヒト由来の第１のタンパク質ならびにその他の異なるヒト由来のタンパク質を含めることができ、あるいはこれに相当する非ヒト由来の物質、例えばラットやマウスのタンパク質を含めることができる。ファミリーのメンバーは、共通の機能的特性を有してもよい。
【００２４】
７回膜貫通型タンパク質のＧタンパク質共役型受容体ファミリーは、タンパク質の広範囲に及ぶ群であり、例えばホルモンや神経伝達物質、臭気物質、光などによって引き起こされた細胞外シグナルを、グアニンヌクレオチド結合（Ｇ）タンパク質との相互作用によって変換する。Ｇタンパク質共役型受容体のＮ末端は、一般に膜の細胞外側に位置し、しばしばグリコシル化されており、一方Ｃ末端は、細胞質側にあり、一般にリン酸化されている。Ｇタンパク質共役型受容体は、一般に、７つの疎水性膜スパン型領域を有する。３つの細胞外ループと３つの細胞内ループとは交互に配されて、７つの膜貫通領域を結合する。一部のＧタンパク質共役型受容体は、シグナルペプチドを有する。一般に、Ｇタンパク質共役型受容体の最も保存されている部分は、膜貫通領域および最初の２つの細胞質ループである。保存アルギニン芳香族ダブレットが第２の細胞質ループのＮ末端先端に存在し、Ｇタンパク質との相互作用に関与する可能性がある。１３０８の代表的なＧＰＣＲのドメインのアライメントは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＲｅｑＰｒｏｄｏｍＩＩ．ｐｌ？ｉｄ＿ｄｏｍ０＝ＰＤ０００００９＆ｐｒｏｄｏｍ＿ｒｅｌｅａｓｅ＝２０００．１で見ることができる。したがって本発明の９３８７０タンパク質は、下記の構造的な特徴、すなわちＧタンパク質共役型受容体ファミリーには（１）Ｎ末端細胞外ドメイン、（２）７つの膜貫通ドメイン、（３）３つの細胞外ループ、（４）３つの細胞質ループであってその１つが保存アルギニン芳香族ダブレットを含むもの、および（５）Ｃ末端細胞膜質ドメインが含まれることを実証する構造的な特徴を含む。
【００２５】
一実施形態で、９３８７０タンパク質は少なくとも１つの細胞外ドメインを含む。Ｎ末端ドメインに位置する場合、本明細書ではその細胞外ドメインを、タンパク質のアミノ酸配列内の「Ｎ末端細胞外ドメイン」と呼ぶ。本明細書で使用する「Ｎ末端細胞外ドメイン」は、長さが約１〜１００のアミノ酸残基、好ましくは約１〜７５、より好ましくは約１〜５０、さらに好ましくは約１〜３０のアミノ酸残基を有するアミノ酸配列を含み、細胞の外側すなわち細胞外に位置する。「Ｎ末端細胞外ドメイン」のＣ末端アミノ酸残基は、自然発生する９３８７０または９３８７０様タンパク質の膜貫通ドメインのＮ末端アミノ酸残基に隣接する。例えばＮ末端細胞外ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基１〜２７あたりに位置する。
【００２６】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質は、「Ｎ末端細胞外ドメイン」を有し、または少なくとも約１〜１００、好ましくは約１〜５０、さらに好ましくは約１〜３０のアミノ酸残基を含む領域であって「Ｎ末端細胞外ドメイン」、例えばヒト９３８７０のＮ末端細胞外ドメイン（例えば配列番号２の残基１〜２７）に対して少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％相同な領域を有する。Ｎ末端細胞外ドメインは、細胞外シグナル、例えばリガンドまたは細胞表面受容体と相互に作用できること（例えば結合できること）が好ましい。Ｎ末端細胞外ドメインは、タンパク質とタンパク質の相互作用、シグナル伝達、および／または細胞接着を仲介することがより好ましい。
【００２７】
別の実施形態で、９３８７０タンパク質は、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、または好ましくは７つの膜貫通ドメインを含む。本明細書で使用する「膜貫通ドメイン」という用語は、原形質膜に広がる長さ約１５のアミノ酸残基のアミノ酸配列を含む。膜貫通ドメインは、少なくとも約２０、２３、２４、２５、３０、または３５のアミノ酸残基を含んで原形質膜に広がることがより好ましい。膜貫通ドメインは疎水性残基に富み、一般にαらせん構造を有する。好ましい実施形態では、膜貫通ドメインのアミノ酸の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上が疎水性であり、例えばロイシンやイソロイシン、チロシン、トリプトファンである。膜貫通ドメインは、例えばｈｔｔｏ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｅｔｄｅｓｃ？ｎａｍｅ＝７ｔｍ−１やＺａｇｏｔｔａ Ｗ．Ｎ．他（１９９６）Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｎｓｃｉ．１９：２３５〜６３に記載されており、その内容を参照により本明細書に援用する。ヒト９３８７０は、配列番号２のアミノ酸２８（細胞外末端）あたりからアミノ酸５１（細胞質末端）あたり；配列番号２のアミノ酸５８（細胞質末端）あたりからアミノ酸７９（細胞外末端）あたり；配列番号２のアミノ酸９８（細胞外末端）あたりからアミノ酸１１９（細胞質末端）あたり；配列番号２のアミノ酸１４０（細胞質末端）あたりからアミノ酸１６０（細胞外末端）あたり；配列番号２のアミノ酸１９２（細胞外末端）あたりからアミノ酸２１６（細胞質末端）あたり；配列番号２のアミノ酸２３６（細胞質末端）あたりからアミノ酸２５２（細胞外末端）あたり；配列番号２のアミノ酸２７６（細胞外末端）あたりからアミノ酸２９９（細胞質末端）あたりに延在する７つの膜貫通ドメインも有する。
【００２８】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質は、少なくとも１つの膜貫通ドメインを有し、または少なくとも１５、２０、２３、２４、２５、３０、または３５のアミノ酸残基を含む領域であって「膜貫通ドメイン」、例えばヒト９３８７０の少なくとも１つの膜貫通ドメイン（例えば配列番号２の残基２８〜５１、５８〜７９、９８〜１１９、１４０〜１６０、１９２〜２１６、２３６〜２５２、および２７６〜２９９）に対して少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％相同な領域を有する。膜貫通ドメインは、シグナルの伝達、例えば細胞膜を横断する細胞外シグナルの伝達に関与し、かつ／またはシグナル伝達経路を活性化することが好ましい。
【００２９】
別の実施形態で、９３８７０タンパク質は、少なくとも１つの細胞外ループを含む。本明細書で使用する「ループ」という用語は、少なくとも約４のアミノ酸残基、好ましくは約５〜１０、より好ましくは約１０〜２０、さらに好ましくは約２０〜３０のアミノ酸残基の長さを有するアミノ酸配列であって、タンパク質またはポリペプチド内の２つの膜貫通ドメインを接続するものを含む。したがってループのＮ末端アミノ酸は、天然の９３８７０または９３８７０様分子内の膜貫通ドメインのＣ末端アミノ酸に隣接し、ループのＣ末端アミノ酸は、天然の９３８７０または９３８７０様分子内の膜貫通ドメインのＮ末端アミノ酸に隣接する。本明細書で使用する「細胞外ループ」は、細胞の外側、すなわち細胞外に位置するアミノ酸配列を含む。例えば細胞外ループは、配列番号２のアミノ酸８０〜９７、１６１〜１９１、および２５３〜２７５あたりに見ることができる。
【００３０】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質は、少なくとも１つの細胞外ループを有し、または少なくとも約４のアミノ酸残基、好ましくは約５〜１０、より好ましくは約１０〜２０、より好ましくは約２０〜３０、最も好ましくは約３０〜４０のアミノ酸残基を有する領域であって「細胞外ループ」、例えばヒト９３８７０の少なくとも１つの細胞外ループ（例えば配列番号２の残基８０〜９７、１６１〜１９１、および２５３〜２７５）に対して少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％相同な領域を有する。
【００３１】
別の実施形態で、９３８７０タンパク質は、本明細書では細胞質ドメインとも呼ばれる少なくとも１つの細胞質ループを含む。本明細書で使用する「細胞質ループ」は、細胞内または細胞の細胞形質内に位置する少なくとも約４のアミノ酸残基、好ましくは約５〜１０、より好ましくは約１０〜２０、より好ましくは約２０〜３０、最も好ましくは約３０〜４０のアミノ酸残基の長さを有するアミノ酸配列を含む。例えば細胞質ループは、配列番号２のアミノ酸５２〜５７、１２０〜１３９、および２１７〜２３５あたりに見られる。
【００３２】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質は、少なくとも１つの細胞質ループを有し、または少なくとも約４のアミノ酸残基、好ましくは約５〜１０、より好ましくは約１０〜２０、より好ましくは約２０〜３０、最も好ましくは約３０〜４０のアミノ酸残基を含む領域であって「細胞質ループ」、例えばヒト９３８７０の少なくとも１つの細胞質ループ（例えば配列番号２の残基５２〜５７、１２０〜１３９、および２１７〜２３５）に対して少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％相同な領域を有する。細胞質ループ内で、ヒト９３８７０ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸１２１〜１２２あたりにアルギニン、チロシン（芳香族）ダブレットもそれぞれ有し、これはほとんどのＧタンパク質結合膜貫通型受容体の第２の細胞質ループのＮ末端先端に存在する保存アルギニン芳香族ダブレットに一致するものである。保存ダブレットは、Ｇタンパク質との相互作用に関与する。
【００３３】
別の実施形態で、９３８７０タンパク質は、本明細書ではＣ末端細胞質尾部とも呼ばれる「Ｃ末端細胞質ドメイン」をタンパク質の配列に含む。本明細書で使用する「Ｃ末端細胞質ドメイン」は、少なくとも約５のアミノ酸残基、好ましくは約１０〜５０のアミノ酸残基の長さを有するアミノ酸配列を含み、細胞内または細胞の細胞形質内に位置する。したがって「Ｃ末端細胞質ドメイン」のＮ末端アミノ酸残基は、自然発生する９３８７０または９３８７０様タンパク質中の膜貫通ドメインのＣ末端アミノ酸残基に隣接する。例えばＣ末端細胞質ドメインは、配列番号２のアミノ酸残基３００〜３１３あたりに見られる。
【００３４】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質は、Ｃ末端細胞質ドメインを有し、または少なくとも約５のアミノ酸残基、好ましくは約１０〜５０のアミノ酸残基を含む領域であって「Ｃ末端細胞質ドメイン」、例えばヒト９３８７０のＣ末端細胞質ドメイン（例えば配列番号２の残基３００〜３１３）に対して少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％相同な領域を有する。
【００３５】
構造上の類似性に基づき、ＧＰＣＲファミリーのメンバーを様々なサブファミリーに分類した：すなわちロドプシンおよびβ２アドレナリン受容体に代表される受容体を含みかつ現在のところ２００を超える独自のメンバーを含有するサブファミリーＩ（Ｄｏｈｌｍａｎ他（１９９１）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６０：６５３〜６８８により概説される）；副甲状腺ホルモン／カルシトニン／セクレチン受容体ファミリーを含むサブファミリーＩＩ（Ｊｕｐｐｎｅｒ他（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４：１０２４〜１０２６；Ｌｉｎ他（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５４：１０２２〜１０２４）；ＧＡＢＡ受容体など哺乳動物の向代謝性グルタミン受容体ファミリーを含むサブファミリーＩＩＩ（Ｎａｋａｎｉｓｈｉ他（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５８：５９７〜６０３）；Ｄ．ｄｉｓｃｏｉｄｅｕｍの走化性および発生を仲介することが知られているｃＡＭＰ受容体ファミリーを含むサブファミリーＩＶ（Ｋｌｅｉｎ他（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１４６７〜１４７２）；およびＳＴＥ２などの真菌性接合フェロモン受容体を含むサブファミリーＶ（Ｋｕｒｊａｎ Ｉ他（１９９２）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６１：１０９７〜１１２９により概説される）である。各ファミリー内で、明らかに異なる高度に保存されたモチーフが識別された。これらのモチーフは、受容体の構造的な完全性ならびにＧタンパク質との結合に極めて重要であることを示していた。
【００３６】
これらＧＰＣＲサブファミリーＩタンパク質のほとんどの保存部分は、膜貫通領域であり最初の２つの細胞質ループである。保存アルギニン芳香族ダブレットは、第２の細胞質ループのＮ末端先端に存在し、Ｇタンパク質との相互作用に関与する。
【００３７】
ヒト９３８７０ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸残基５６〜１２３あたりに位置する、ＰｒｏＤｏｍ ＰＤ０００００９から得られた受容体結合Ｇタンパク質受容体膜貫通ドメインも含む（２０００．１リリース；ｈｔｔｐ／／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＮｅｗＢｌａｓｔＰｒｏｄｏｍＩＩ）。９３８７０タンパク質配列における「受容体結合Ｇタンパク質膜貫通」ドメインの存在を確認して、問題のポリペプチドまたはタンパク質が特定のプロフィルを有するかどうかの決定を行うには、タンパク質のアミノ酸配列を、１３０８ファミリー・メンバーのデータベースに対して突き合わせればよい（ＢＬＡＳＴＰ２.０ａ１９ＭＰ−ＷａｓｈＵ（１９９８年２月５日）を使用して）。スコアの高いセグメント対を含有する配列はＰｒｏＤｏｍから報告される。本明細書で使用する「受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメイン」という用語は、長さが約２５〜１２５のアミノ酸残基、好ましくは約５０〜１００アミノ酸、より好ましくは約６０〜８０アミノ酸、または約６７アミノ酸のアミノ酸配列を含み、配列と、受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインとのアライメントに関するビット・スコアは少なくとも約５０であり、好ましくは約１００、より好ましくは約１２５またはそれ以上であり、Ｅ値は約３.７ｅ−６以下であり、より好ましくは約３.７ｅ−７以下、最も好ましくは約３.７−８以下である。
【００３８】
９３８７０タンパク質配列をさらにＧタンパク質共役型受容体と特定するために、ドメインのデータベース、例えばＰｒｏＤｏｍデータベースに対してタンパク質のアミノ酸配列を検索した（Ｃｏｒｐｅｔ他（１９９９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２７：２６３〜２６７）。ＰｒｏＤｏｍタンパク質ドメイン・データベースは、相同なドメインの自動コンパイルからなる。ＰｒｏＤｏｍの現行バージョンは、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ３８およびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースの帰納的ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴサーチ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９〜３４０２；Ｇｏｕｚｙ他（１９９９）Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２３：３３３〜３４０）を使用して構築される。データベースは、各ドメインごとにコンセンサス配列を自動的に生成する。ＢＬＡＳＴサーチはＨＭＭデータベースに対して行い、ＰｒｏＤｏｍ ＰＤ０００００９（２０００．１リリース；ｈｔｔｐ／／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＮｅｗＢｌａｓｔＰｒｏｄｏｍＩＩ）からＧＰＣＲに関するコンセンサスアミノ酸配列が得られた。ＰＤ０００００９からのコンセンサスアミノ酸配列は、マウスＧＰＣＲのアミノ酸５６〜１２３、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ：Ｐ５１６７６（配列番号５）である。９３８７０タンパク質配列をＧＰＣＲとしてさらに特定するため、ＰｒｏＤｏｍ ＰＤ０００００９（２０００．１リリース；ｈｔｔｐ／／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＮｅｗＢｌａｓｔＰｒｏｄｏｍＩＩ）から得られたＧＰＣＲに関する完全マウスアミノ酸配列を配列番号４として示し、これは、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ：Ｐ５１６７６のアミノ酸１〜３５６を表す。９３８７０タンパク質とＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ：Ｐ５１６７６（配列番号５）とのアライメントは、２つの配列の間に約２１％の配列同一性があることを実証している（ｂｌｏｓｕｍ６２．ｉｉｊ ｍａｔｒｉｘからのｍａｔｂｌａｓで計算）。
【００３９】
受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインには、ＰｒｏＤｏｍ 受託番号ＰＤ０００００９（２０００．１リリース；ｈｔｔｐ／／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｔｏｕｌｏｕｓｅ．ｉｎｒａ．ｆｒ／ｐｒｏｄｏｍ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＮｅｗＢｌａｓｔＰｒｏｄｏｍＩＩ）が割り当てられた。ＰｒｏＤｏｍにより予測された９３８７０内の受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインは、そのビット・スコアが１４１であり、Ｅ値が３．７ｅ−９である。マウスアミノ酸配列に対する、ヒト９３８７０の受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメイン（配列番号２のアミノ酸５６〜１２３）の上位スコア・アライメントを、（配列番号５）として示す。
【００４０】
受容体結合Ｇタンパク質ドメインは、一般に、下記のコンセンサス配列を有する。
【００４１】
［ＧＳＴＡＬＩＶＭＦＹＷＣ］−［ＧＳＴＡＮＣＰＤＥ−｛ＥＤＰＫＲＨ｝−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＮＱＧＡ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＦＴ］−［ＧＳＴＡＮＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＣ］−［ＤＥＮＨ］−Ｒ−［ＦＹＷＣＳＨ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］（配列番号６）
このコンセンサス配列は、配列番号２のアミノ酸残基１０９〜１２５に位置する。このコンセンサス配列パターンでは、パターン中の各要素がダッシュ（−）により分離され；角括弧［ ］は、その位置で受け入れられる特定の残基を示し；ｘは、その位置で任意の残基が受け入れられることを示し；ｘに続く括弧内の整数は、特定の要素の任意のアミノ酸反復が、その指定された数の残基、すなわちｘ（２）に対して受け入れられるものであることを示し；｛ ｝括弧は、その位置での特定のアミノ酸が、その括弧内に示されるもの以外のいずれかでよいことを示す。
【００４２】
本発明の９３８７０ポリペプチドは、ＰＲＯＳＩＴＥパターンＰＤＯＣ００２１０（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｎｉｃｅｄｏｃ．ｐｌ？ＰＤＯＣ００２１０）に示される受容体結合Ｇタンパク質受容体コンセンサス・パターンの７６％に相当する受容体結合Ｇタンパク質ドメインの一部を含有する。９３８７０ポリペプチドの受容体結合Ｇタンパク質コンセンサス・パターンは、配列番号２のアミノ酸残基１１４、１１８、１２０、および１２５で異なり、配列番号２のアミノ酸残基１１４では「ＬＩＶＭＮＱＧＡ」残基のいずれかの代わりに「Ｙ」を用い、配列番号２のアミノ酸残基１１８では「ＧＳＴＡＮＣ」残基のいずれかの代わりに「Ｌ」を用い、配列番号２のアミノ酸残基１２０では「ＤＥＮＨ」残基のいずれかの代わりに「Ｔ」を用い、配列番号２のアミノ酸残基１２５では「ＬＩＶＭ」残基のいずれかの代わりに「Ｆ」を用いる。
【００４３】
ヒト９３８７０タンパク質は、配列番号２のアミノ酸酸基１３〜１６および１７〜２０あたりに２つのＮ−グリコシル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅパターン番号ＰＳ００００１）を有し、配列番号２のアミノ酸残基１４〜１６および２６７〜２６９あたりに２つのタンパク質キナーゼＣリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅパターン番号ＰＳ００００５）を有し、配列番号２のアミノ酸残基１８〜２１、２２５〜２２８、および２８４〜２８７あたりには３つのカゼインキナーゼＩＩリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅパターン番号ＰＳ００００６）が位置し、配列番号２のアミノ酸残基１７６〜１７８あたりには１つのチロシンキナーゼリン酸化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅパターン番号ＰＳ００００７）が位置し、配列番号２のアミノ酸残基３８〜４３、９２〜９７、および３０５〜３１０あたりには３つのＮ−ミリスチル化部位（Ｐｒｏｓｉｔｅパターン番号ＰＳ００００８）が位置する。
【００４４】
ＰＦＡＭ識別子、ＰＳプレフィックス、およびＰＦプレフィックス・ドメイン識別番号に関する一般的情報は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒ他（１９９７）Ｐｒｏｔｅｉｎ ２８：４０５〜４２０およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｓｃ．ｅｄｕ／ｇｅｎｅｒａｌ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｆａｍ／ｐｆａｍ．ｈｔｍｌで見ることができる。
【００４５】
したがって本発明の一実施形態で、９３８７０は、少なくとも１つ、２つ、または３つ、好ましくは４つ、５つ、または６つ、最も好ましくは７つの膜貫通ドメイン、および／または少なくとも１つ、２つ、好ましくは３つの細胞質ループ、および／または少なくとも１つ、２つ、または好ましくは３つの細胞外ループを含む。別の実施形態で、９３８７０はさらに、Ｎ末端細胞外ドメインおよび／またはＣ末端細胞質ドメインを含む。別の実施形態で、９３８７０は、７つの膜貫通ドメイン、３つの細胞質ループ、３つの細胞外ループを含むことができ、さらにＮ末端細胞外ドメインおよび／またはＣ末端細胞質ドメインを含むことができる。
【００４６】
本発明の９３８７０分子はさらに、少なくとも１つのＮグリコシル化部位を含むことができる。９３８７０分子は、１つ、好ましくは２つのタンパク質キナーゼＣリン酸化部位を有することができる。９３８７０分子は、少なくとも１つ、２つ、好ましくは３つのカゼインキナーゼIIリン酸化部位を含むことができる。９３８７０分子は、少なくとも１つのチロシンキナーゼリン酸化部位を有することができる。９３８７０分子はさらに、少なくとも１つ、２つ、好ましくは３つのＮミリスチル化部位を含むことができる。
【００４７】
本発明の９３８７０ポリペプチドは９３８７０活性を変化させるので、以下に述べるように、９３８７０で仲介されまたはそれに関連する障害に対する新規な診断薬および治療薬の開発に有用と考えられる。
【００４８】
本明細書で使用する「９３８７０活性」、「９３８７０の生物活性」、または「９３８７０の機能的活性」は、生体内外で明らかにされたように、９３８７０タンパク質、ポリペプチド、または核酸分子によって、例えば９３８７０応答細胞や９３８７０基質、例えばタンパク質基質に生じた活性を指す。一実施形態で、９３８７０活性は、９３８７０標的分子に関連付けられたものなどの直接活性である。「標的分子」または「結合パートナー」は、自然状態で９３８７０タンパク質が結合しまたは９３８７０タンパク質と相互に作用する分子である。例示的な実施形態では、９３８７０リガンドがある。９３８７０活性は間接活性でもあり、例えば９３８７０タンパク質と９３８７０リガンドとの相互作用によって仲介される細胞シグナル伝達活性である。
【００４９】
上述の配列の類似性に基づき、本発明の９３８７０分子は、Ｇタンパク質共役型受容体サブファミリーＩのメンバーと同様の生物活性を有することが予測される。例えば本発明の９３８７０タンパク質は、以下の活性、すなわち（１）細胞外シグナルを調節し、感知し、かつ／または例えば骨芽細胞や好中球、巨核球、骨髄単核細胞などの細胞に伝達する能力と、（２）細胞外シグナルまたは細胞表面受容体と相互に作用する（例えば結合する）能力と、（３）シグナル伝達経路に寄与する細胞内分子を移動させる能力（例えばアデニル酸シクラーゼやホスファチジルイノシトール４，５−ビスホスフェート（ＰＩＰ₂）、イノシトール１,４,５−トリホスフェート（ＩＰ₃））と、（５）分子の生成または分泌を制御する能力と、（６）細胞成分の構造を変化させる能力と、（７）ＤＮＡの合成など、細胞増殖をモジュレートする能力と、（８）例えばそこに発現する細胞や組織など（例えば骨髄単核細胞（例えば顆粒球（例えば好中球）や骨芽細胞、巨核球））の細胞増殖、移行、分化、生存、および／または機能をモジュレートする能力と、（９）骨芽細胞によって骨基質（Ｉ型コラーゲン、プロテオグリカン、糖タンパク質）の有機成分の合成をモジュレートする能力と、（１０）環境刺激（例えば小分子、タンパク質リガンド）に対する細胞応答を感知し仲介する能力と、（１１）生物学的メッセンジャー（例えば分泌ホルモン）に対する細胞応答を感知し仲介する能力と、（１２）Ｇタンパク質にシグナル伝達する能力の、１つまたは複数を有する。このため９３８７０分子は、ＧＰＣＲに関連する障害を制御するための新規な診断標的および治療薬として働くことができる。
【００５０】
９３８７０受容体タンパク質によって仲介された応答は、その応答が現れる細胞のタイプによって異なる。例えば一部の細胞では、受容体タンパク質に対するリガンドの結合が、例えばホスファチジルイノシトールやサイクリックＡＭＰの物質代謝および代謝回転によって、化合物の放出やチャネルのゲーティング、細胞接着、移行、分化などの活性を刺激し、一方その他の細胞では、リガンドの結合によって異なる結果をもたらす。受容体タンパク質によってモジュレートされた細胞活性／応答とは関係なく、タンパク質はＧＰＣＲでありＧタンパク質と相互に作用して、細胞内の様々な細胞内シグナル伝達経路で例えばホスファチジルイノシトールやサイクリックＡＭＰの物質代謝および代謝回転を介して１つまたは複数の２次シグナルを生成することが、広く一般的である。本明細書で使用する「シグナル伝達経路」は、リガンドとＧＰＣＲ（９３８７０タンパク質）との結合による細胞機能／活性のモジュレーション（例えば刺激や阻害）を指す。そのような機能の例には、例えばホスファチジルイノシトール４,５−ビスホスフェート（ＰＩＰ₂）やイノシトール１,４,５−トリホスフェート（ＩＰ₃）、アデニル酸シクラーゼなど、シグナル伝達経路に寄与する細胞内分子の移動が含まれる。
【００５１】
本明細書で使用する「ホスファチジルイノシトール代謝回転および物質代謝」は、ホスファチジルイノシトール４，５−ビスホスフェート（ＰＩＰ₂）の代謝回転および物質代謝に関与する分子、ならびにこれらの分子の活性を指す。ＰＩＰ₂は、原形質膜の細胞質ゾルリーフレットに見られるリン脂質である。リガンドと受容体との結合により、一部の細胞では、原形質膜酵素ホスホリパーゼＣが活性化され、ＰＩＰ₂を加水分解して１,２−ジアシルグリセロール（ＤＡＧ）およびイノシトール１,４,５−トリホスファターゼ（ＩＰ₃）を生成することができる。形成されると、ＩＰ₃は小胞体表面に拡散することができ、ＩＰ₃受容体、例えばＩＰ₃結合部位を含むカルシウムチャネルタンパク質に結合することができる。ＩＰ₃結合によりチャネルが開放され、カルシウムイオンは細胞質内に放出される。ＩＰ₃は、特異的なキナーゼによりリン酸化して、イノシトール１,３,４,５−テトラホスフェート（ＩＰ₄）を形成することもできるが、これは細胞外媒体から細胞質内にカルシウムを入れることができる分子である。ＩＰ₃およびＩＰ₄をその後非常に素早く加水分解して、それぞれ不活性な生成物であるイノシトール１,４−ビホスフェート（ＩＰ₂）およびイノシトール１,３,４−トリホスフェートにすることができる。これら不活性な生成物は、細胞によって再生され、ＰＩＰ₂の合成に使用することができる。ＰＩＰ₂の加水分解によって生成されたその他の第２のメッセンジャー、すなわち１,２−ジアシルグリセロール（ＤＡＧ）は、細胞膜内に残ったままであり、酵素タンパク質キナーゼＣの活性化に役立てることができる。タンパク質キナーゼＣは、通常細胞の細胞質に可溶であることがわかっているが、細胞内カルシウム濃度が高くなると、この酵素が原形質膜に移動して、ＤＡＧにより活性化される。種々の細胞でのタンパク質キナーゼＣの活性化は、グリコーゲンシンターゼのリン酸化や様々な転写因子、例えばＮＦ−κＢのリン酸化などの、様々な細胞応答をもたらす。本明細書で使用する「ホスファチジルイノシトール活性」という用語は、ＰＩＰ₂またはその代謝産物の１つの活性を指す。
【００５２】
受容体が寄与する可能性がある別のシグナル伝達経路は、ｃＡＭＰ代謝回転経路である。本明細書で使用する「サイクリックＡＭＰ代謝回転および物質代謝」は、サイクリックＡＭＰ（ｃＡＭＰ）の代謝回転および物質代謝に関与する分子、ならびにこれら分子の活性を指す。サイクリックＡＭＰは、あるＧタンパク質共役型受容体のリガンド誘発性の刺激に応答して生成される、第２のメッセンジャーである。ｃＡＭＰシグナル伝達経路では、リガンドとＧＰＣＲとの結合によって酵素アデニルシクラーゼを活性化させることができ、これがｃＡＭＰの合成を触媒する。新たに合成されたｃＡＭＰは、ｃＡＭＰ依存性のタンパク質キナーゼを活性化することができる。この活性化キナーゼは、電圧ゲート型のカリウムチャネルタンパク質または関連するタンパク質をリン酸化することができ、活動電位の間カリウムチャネルの開放を不可能にする。カリウムチャネルの開放が不可能になると、通常はニューロンの膜を再分極するカリウムの流出が減少し、膜の脱分極が長くなる。
【００５３】
９３８７０分子およびそのモジュレーターは、本明細書で述べたＧＰＣＲに関連する障害、例えば免疫および炎症性の障害や、血小板障害、骨格または骨の代謝障害、骨髄単核細胞障害の１つまたは複数を制御するための、新規な治療薬として働くことができる。
【００５４】
ＧＰＣＲ関連の障害には、免疫および炎症性の疾患（例えば、糖尿病や関節炎（リウマチ様関節炎、若年性関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎を含む）、多発性硬化症、脳脊髄炎、重症筋無力症、全身性エリテマトーデス、自己免疫性甲状腺炎、皮膚炎（アトピー性皮膚炎および湿疹性皮膚炎を含む）、乾癬、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患（例えばクローン病や潰瘍性大腸炎）、アフタ性潰瘍、虹彩炎、結膜炎、角結膜炎、呼吸器の炎症（例えば喘息やアレルギー性喘息、慢性閉塞性肺疾患）、皮膚エリテマトーデス、強皮症、膣炎、直腸炎、薬疹、らい逆反応（leprosy reversal reactions）、らい性結節性紅斑、自己免疫性ブドウ膜炎、アレルギー性脳脊髄炎、急性壊死性脳症、特発性両側性進行性感音難聴、再生不良性貧血、真正赤血球性貧血、特発性血小板減少症、多発性軟骨炎、ヴェグナー肉芽腫症、慢性活動性肝炎、スティーヴェンス−ジョンソン症候群、特発性スプルー、扁平苔癬、グレーブス病、サルコイドーシス、原発性胆汁性肝硬変、後部ブドウ膜炎、および間質性肺線維症を含む）、移植片対宿主疾患、移植の症例、呼吸器炎症（喘息および慢性閉塞性肺疾患からなる）、およびアトピー性アレルギーなどのアレルギーを含めることができる。ＧＰＣＲ関連の免疫および炎症性障害のその他の例には、先天性のＸ染色体性小児性低ガンマグロブリン血症、一過性低ガンマグロブリン血症、後天性免疫グロブリン血症、選択的ＩｇＡ欠損症、慢性皮膚粘膜カンジダ症、または重症複合型免疫不全がある。
【００５５】
血小板の障害には、例えば化学療法が原因で骨髄中の巨核球数が減少したことに起因する血小板減少；白血病や、特発性あるいは薬物または毒素で誘発された骨髄無形症、希発性の遺伝性無巨核球性血小板減少などの浸潤性障害；無効血小板新生であって、例えば巨大赤芽球性貧血やアルコール毒性、ビタミンＢ１２または葉酸欠損、脊髄形成異常、あるいは希発性の遺伝性障害（例えばウィスコット−アルドリッチ症候群やメイ−ヘグリン異常）が原因であるもの；血小板分布の減少であって、例えば硬変や脾臓浸潤性疾患（例えばゴーシェ病）、髄外骨髄様化生による骨髄線維症が原因であるもの；血小板分布の増大であって、例えば単核食細胞系によるＩｇＧ被覆血小板の除去が原因であるもの（例えば、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、続発性免疫性血小板減少症（例えば全身性エリテマトーデス、リンパ腫、慢性リンパ球白血病）、薬物関連免疫性血小板減少症（例えばキニジンやアスピリン、ヘパリンによる）、輸血後紫斑症、および新生児性血小板減少症であって母性血小板自己抗体または母性血小板同種異型抗体によるもの）が含まれるが、これらに限定されない。また、静脈内凝固およびトロンビンにより血小板に誘発された障害に付随する血小板減少症であって、例えば産科合併症、転移性腫瘍、重症グラム陰性菌血症、血栓性の血小板減少性紫斑病、または重症の病気が原因であるものも含まれる。また、例えば大量出血に起因する希釈性血小板減少症も含まれる。血液の血小板障害には、本態性血小板増加症と、例えば脾摘や急性または慢性の炎症性疾患、溶血性貧血、癌腫、ホジキン病、リンパ滲出性障害、悪性リンパ腫に伴う血小板増加症も含まれるが、これらに限定されない。
【００５６】
９３８７０分子異常な発現および／または活性は、骨格の完全性または骨代謝に関連する障害を仲介する可能性がある。「骨格の完全性」は、骨または関節とこれらの構造を接続しその動きを制御する靭帯や腱、筋肉などの組織の形成または維持に対する直接的または間接的な作用を指す。「骨代謝」は、例えば骨形成や骨吸収など、最終的に骨の構造の完全性または血清中のカルシウムおよびリン酸の濃度に影響を及ぼす可能性のある骨構造の形成または退化での、直接的または間接的な作用を指す。この用語は、破骨細胞や骨芽細胞など、骨形成および退化をもたらす骨細胞内の９３８７０分子の作用によって仲介された活性も含む。これらの細胞は、他にも役割はあるが、とりわけ膠原性骨基質の合成およびリモデリングを担っている。リン酸カルシウムに加えてコラーゲンは、骨および骨関連骨格構造の主要な構造成分であり、したがってコラーゲンの合成および処理は骨または骨格構造に欠かせない。９３８７０分子は、骨に適切なコラーゲン基質をもたらすステップの１つまたは複数に関与することができる。別の実施形態で、９３８７０分子は、単球および単核食細胞の破骨細胞への分化に刺激を与えるなど、骨吸収破骨細胞の種々の働きを支えることができる。したがって、骨細胞の生成をモジュレートする９３８７０分子は骨形成および退化に影響を及ぼすことができ、そのため骨格または骨障害の治療に使用することができる。そのような障害の例には、骨形成不全症、骨粗しょう症、骨形成異常症、骨軟化症、くる病、嚢胞性線維性骨炎、エーラース−ダンロス症候群、腎性骨形成異常症、骨硬化症、抗痙攣治療、オステオペニア、骨線維形成不全症、続発性副甲状腺機能亢進症、副甲状腺機能低下症、上皮小体機能亢進症、硬変、閉塞性黄疸、薬物誘発性代謝、髄様癌、慢性腎疾患、くる病、サルコイドーシス、グルココルチコイド拮抗作用、吸収不良症候群、脂肪便、熱帯性スプルー、特発性高カルシウム血症、および乳熱が含まれるが、これらに限定されない。
【００５７】
９３８７０タンパク質、その断片、およびその配列番号２の配列の誘導体とその他の変種を、まとめて「本発明のポリペプチドまたはタンパク質」または「９３８７０ポリペプチドまたはタンパク質」と呼ぶ。そのようなポリペプチドまたはタンパク質をコードする核酸分子を、まとめて「本発明の核酸」または「９３８７０核酸」と呼ぶ。
【００５８】
本明細書で使用する「核酸分子」という用語は、ＤＮＡ分子（例えばｃＤＮＡやゲノムＤＮＡ）およびＲＮＡ分子（例えばｍＲＮＡ）と、例えばヌクレオチド類似体を使用することにより生成されたＤＮＡまたはＲＮＡの類似体を含む。核酸分子は１本鎖または２本鎖でよいが、２本鎖ＤＮＡであることが好ましい。
【００５９】
「単離しまたは精製した核酸分子」という用語は、核酸の自然源に含まれるその他の核酸分子から分離した核酸分子を含む。例えばゲノムＤＮＡについて、「単離した」という用語は、ゲノムＤＮＡが自然の状態で結合する染色体から分離した核酸分子を含む。「単離した」核酸は、核酸が導き出される生体のゲノムＤＮＡ中にある、もともと核酸の両側に配置された配列（すなわち核酸の５’および／または３’末端に位置付けられた配列）を、含まないことが好ましい。例えば様々な実施形態で、単離した核酸分子は、約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０.５ｋｂ、または０.１ｋｂ未満の５’および／または３’ヌクレオチド配列であって、核酸が導き出される細胞のゲノムＤＮＡ中の核酸分子の両側にもともと配置された配列を含有することができる。さらに、ｃＤＮＡ分子などの「単離した」核酸分子は、実質的にその他の細胞物質、または組換え技法によって生成する場合は培地を含まなくてよく、あるいは化学的に合成する場合は、実質的に化学前駆体またはその他の化学物質を含まなくてよい。
【００６０】
本明細書で使用する「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という文言は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を述べている。ストリンジェントな条件は当業者に知られており、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎ．Ｙ．（１９８９）、６．３．１〜６．３．６に見ることができる。その参考文献には水性および非水性の方法が記載されており、いずれも使用することができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の好ましい例は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でハイブリダイゼーションを行い、その後０．２×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中、約５０℃で１回または複数回洗浄することである。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の別の例は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でハイブリダイゼーションを行い、その後０.２×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中、５５℃で１回または複数回洗浄することである。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件のその他の例は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でハイブリダイゼーションを行い、その後０.２×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中、６０℃で１回または複数回洗浄することである。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中、約４５℃でハイブリダイゼーションを行い、その後０.２×ＳＳＣ、０.１％ＳＤＳ中、６５℃で１回または複数回洗浄することが好ましい。特に好ましいストリンジェントな条件（および本発明のハイブリダイゼーションの限度内に分子があるかどうかを決定するのにどの条件を適用すべきか実行者が確かではない場合に使用すべき条件）は、０.５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ（６５℃）の後、０.２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳ（６５℃）で１回または複数回洗浄することである。ストリンジェントな条件下で配列番号１または配列番号３の配列にハイブリダイズする本発明の単離核酸分子は、天然に生ずる核酸分子に相当することが好ましい。
【００６１】
本明細書で使用する「天然に生ずる」核酸分子は、自然に生じるヌクレオチド配列を有するＲＮＡまたはＤＮＡ分子を指す（例えば天然のタンパク質をコードする）。
【００６２】
本明細書で使用する「遺伝子」および「組換え遺伝子」という用語は、９３８７０タンパク質、好ましくは哺乳動物の９３８７０タンパク質をコードするオープン・リーディング・フレームを含む核酸分子であって、さらに非コード調節配列、およびイントロンを含むことができる核酸分子を指す。
【００６３】
「単離した」または「精製した」ポリペプチドまたはタンパク質は、タンパク質が得られる細胞または組織源からの細胞物質またはその他の汚染タンパク質を実質的に含まず、あるいは化学的に合成する場合は、化学前駆体またはその他の化学物質を実質的に含まない。一実施形態で、「実質的に含まない」という文言は、非９３８７０タンパク質（本明細書では「汚染タンパク質」とも呼ぶ）あるいは化学前駆体または非９３８７０化学物質を、約３０％、２０％、１０％未満、より好ましくは５％未満（乾燥重量で）有する９３８７０タンパク質調製物を意味する。９３８７０タンパク質またはその生物学的に活性なタンパク質を組換え技術により生成する場合は、培地、すなわちタンパク質調製物の体積の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、最も好ましくは約５％未満に相当する培地を実質的に含まないことも好ましい。本発明は、単離しまたは精製した調製物を、乾燥重量で少なくとも０.０１、０.１、１.０、および１０ミリグラム含む。
【００６４】
「非必須」アミノ酸残基は、生体活性を止めることなく、より好ましくは生体活性を実質的に変化させることなく、９３８７０野生型配列（例えば配列番号１または３の配列、あるいは受託番号＿＿でＡＴＣＣに寄託されたプラスミドのＤＮＡインサートのヌクレオチド配列）から変性させることのできる残基であり、一方「必須」アミノ酸残基はそのような変化をもたらすものである。例えば本発明のポリペプチドに沿って維持されるアミノ酸残基、例えば７つの膜貫通受容体ドメイン中に存在するものは、特に容易に変化しにくいと予測される。
【００６５】
「保存アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、同様の側鎖を有するアミノ酸残基に置き換わるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えばリシン、アルギニン、ヒスチジン）酸性側鎖を有するアミノ酸（例えばアスパラギン酸、グルタミン酸）、非帯電極性側鎖を有するアミノ酸（例えばグリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えばアラニン、ヴァリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えばトレオニン、ヴァリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。このため、予測される９３８７０タンパク質中の非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基に置き換わることが好ましい。あるいは別の実施形態では、飽和突然変異誘発などによって、９３８７０コード配列の全てまたは一部に沿ってランダムに突然変異体を導入することができ、得られた突然変異体を９３８７０生体活性に関しスクリーニングして、活性を保つ突然変異体を同定することができる。配列番号１または配列番号３、あるいは受託番号＿＿でＡＴＣＣに寄託されたプラスミドのＤＮＡインサートのヌクレオチド配列の突然変異誘発の後、コードされたタンパク質を組換え技術により発現させることができ、タンパク質の活性を決定することができる。
【００６６】
本明細書で使用する９３８７０タンパク質の「生体活性部分」は、９３８７０分子と非９３８７０分子との相互作用に寄与する９３８７０タンパク質の断片を含む。９３８７０タンパク質の生体活性部分は、例えば配列番号２で示されるアミノ酸配列など９３８７０タンパク質のアミノ酸配列であって、完全長９８７０タンパク質よりも少ないアミノ酸を含み９３８７０タンパク質の少なくとも１つの活性を示す配列に、十分に相同なまたはそこから得られたアミノ酸配列を含んだペプチドを含む。一般に生体活性部分は、９３８７０タンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフ、例えば細胞外シグナルを調節し感知しかつ／または例えば造血細胞などの細胞に伝達することができるドメインまたはモチーフ；細胞外シグナルまたは細胞表面受容体と相互に作用することができる（例えば結合することができる）ドメインまたはモチーフ；シグナル伝達経路（例えばアデニル酸シクラーゼやホスファチジルイノシトール４,５−ビスホスフェート（ＰＩＰ₂）、イノシトール１,４,５−トリホスフェート（ＩＰ₃））に寄与する細胞内分子を移動させることができるドメインまたはモチーフ；原形質膜の極性を調節することができるドメインまたはモチーフ；分子の生成または分泌を制御することができるドメインまたはモチーフ；細胞成分の構造を変化させることができるドメインまたはモチーフ；細胞増殖、例えばＤＮＡの合成をモジュレートすることができるドメインまたはモチーフ；および／または細胞の移行、増殖、および／または分化をモジュレートすることができるドメインまたはモチーフを含む。
【００６７】
９３８７０タンパク質の生体活性部分は、例えば長さが１０、２５、５０、１００、２００またはそれ以上のアミノ酸であるポリペプチドでよい。９３８７０タンパク質の生体活性部分は、９３８７０で仲介される活性、例えば本明細書で述べる生体活性をモジュレートする薬剤を開発するための標的として使用することができる。
【００６８】
配列同士の相同性または配列の同一性（「相同性および同一性」という用語は、本明細書では同義のものとして使用する）の計算は、下記の通りに行う。
【００６９】
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の同一性％を決定するには、最適な比較をするためにこれらの配列を突き合わせる（例えば、最適なアライメントを行うため、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、比較の際には非相同な配列を無視してよい）。好ましい実施形態では、比較のため突き合わせが行われる基準配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、さらに好ましくは少なくとも６０％、さらに好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である（３１３アミノ酸残基を有する配列番号２の９３８７０アミノ酸配列に第２の配列を突き合わせる場合、少なくとも９４、好ましくは少なくとも１２５、より好ましくは少なくとも１５７、さらに好ましくは少なくとも１８９、さらに好ましくは少なくとも２１９、２５０、２８２、または３１３のアミノ酸残基を突き合わせる）。次いで対応するアミノ酸の位置またはヌクレオチドの位置にあるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列におけるある位置を、それに対応する第２の配列内の位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドが占めている場合、分子はその位置で同一である（本明細書で使用するように、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」に等しい）。２つの配列同士の同一性％は、それらの配列によって共有される同一位置の数の関数であって、２つの配列の最適なアライメントを行うために導入する必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮に入れたものである。
【００７０】
２つの配列同士の配列比較および同一性％の決定は、数学的アルゴリズムを使用して行うことができる。好ましい実施形態で、２つのアミノ酸配列同士の同一性％は、ＧＣＧソフトウェア・パッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４〜４５３（１９７０））のアルゴリズムを使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックス、ギャップの重み１６、１４、１２、１０、８、６、または４と長さの重み１、２、３、４、５、または６を使用して決定する。別の好ましい実施形態で、２つのヌクレオチド配列同士の同一％は、ＧＣＧソフトウェア・パッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手可能）のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスとギャップの重み４０、５０、６０、７０、または８０および長さの重み１、２、３、４、５、または６を使用して決定する。特に好ましいパラメータの組（本発明の配列の同一性または相同性の限度内に分子があるかどうか決定するのにどのパラメータを適用すべきか実行者が確かではない場合に使用すべきもの）は、ギャップ・ペナルティが１２、ギャップ・エクステンド・ペナルティが４、フレームシフト・ギャップ・ペナルティが５のＢｌｏｓｓｕｍ ６２スコアリング・マトリックスである。
【００７１】
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列同士の同一性％は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれた、Ｅ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ、４：１１〜１７（１９８９））のアルゴリズムを使用して、ＰＡＭ１２０重み残基テーブル、ギャップ長さペナルティ１２、およびギャップ・ペナルティ４を使用して決定することができる。
【００７２】
本明細書で述べる核酸およびタンパク質配列は、例えばその他のファミリー・メンバーまたは関係する配列を同定するために、公開データベースに対して検索を実行するための「照会配列」として使用することができる。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２.０）を使用して実行することができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド・サーチは、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２により実行することができ、それによって、本発明の９３８７０核酸分子に相同なヌクレオチド配列が得られる。ＢＬＡＳＴタンパク質サーチは、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３により実行することができ、それによって、本発明の９３８７０タンパク質分子に相同なアミノ酸配列が得られる。比較のためギャップ・アライメントを得るには、Ａｌｔｓｃｈｕｌ他（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９〜３４０２に記載されているＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを使用することができる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えばＸＢＬＡＳＴやＮＢＬＡＳＴ）のデフォルト・パラメータを使用することができる。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ．を参照されたい。
【００７３】
本明細書で使用する「誤発現または異常発現」は、ＲＮＡまたはタンパク質レベルでの遺伝子発現の非野生型パターンを指す。これには、非野生型レベルでの発現、すなわち過発現または不足発現；遺伝子が発現する時間または段階が野生型とは異なる発現パターン、例えば所定の発生期間または段階での発現が多いまたは少ないもの（野生型に比べて）；所定の細胞タイプまたは組織タイプでの発現が減少する（野生型に比べて）という点で野生型とは異なる発現のパターン；発現したポリペプチドのスプライシング・サイズ、アミノ酸配列、トランジション後の修飾、または生体活性が、野生型とは異なる発現のパターン；環境刺激または細胞外刺激が遺伝子の発現に及ぼす影響が野生型とは異なる発現のパターン、例えば刺激の強さが大きいまたは小さい状態での発現が増大しまたは減少する（野生型に比べて）パターンが含まれる。
【００７４】
本明細書で使用する「被験体」は、例えばヒトなどの哺乳動物と、実験または動物または疾病モデルを指すことができる。被験体は、ヒト以外の動物、例えばウマやウシ、ヤギ、またはその他の家畜でもよい。
【００７５】
本発明で使用する「精製した細胞調製物」は、植物または動物の細胞の場合、細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ調製物を指し、完全に無傷の植物または動物ではない。培養した細胞または微生物細胞の場合は被験細胞が少なくとも１０％、より好ましくは５０％の調製物からなる。
【００７６】
本発明の様々な態様を、以下にさらに詳細に述べる。
【００７７】
単離核酸分子
一態様で本発明は、本明細書で述べる９３８７０ポリペプチド、例えば完全長９３８７０タンパク質またはその断片、例えば９３８７０タンパク質の生体活性部分をコードする、単離されまたは精製された核酸分子を提供する。また、例えば本発明のポリペプチド、９３８７０ｍＲＮＡをコードする核酸分子の同定に使用することも可能なハイブリダイゼーション・プローブとしての使用に適する核酸断片や、例えば核酸分子の増幅または突然変異に用いられるＰＣＲプライマーなど、そのようなプライマーとしての使用に適する断片も含まれる。
【００７８】
一実施形態で、本発明の単離核酸分子は、配列番号１に示されるヌクレオチド配列、または寄託されたヌクレオチド配列、またはこれらヌクレオチド配列のいずれかの一部を含む。一実施形態で、核酸分子は、ヒト９３８７０タンパク質をコードする配列（すなわち配列番号１のヌクレオチド１４７〜１０８５からの「コード領域」）、ならびに５’−非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド１〜１４６）または３’−非翻訳配列（配列番号１のヌクレオチド１０８６〜１６８４）を含む。あるいは核酸分子は、配列番号１のコード領域（例えば配列番号３のヌクレオチド１〜９３９に対応する、配列番号１の１４７〜１０８５、）のみ、例えば通常は被験配列に付随するフランキング配列がないものを含むことができる。別の実施形態で、核酸分子は、配列番号２の３１３アミノ酸残基タンパク質に対応する配列をコードする。
【００７９】
別の実施形態で、本発明の単離核酸分子は、配列番号１、配列番号３、寄託ヌクレオチド配列、またはこれらの配列のいずれかの一部のうち１つに示されるヌクレオチド配列の相補体である核酸分子を含む。その他の実施形態で、本発明の核酸分子は、配列番号１、配列番号３、および寄託ヌクレオチド配列の１つに示されるヌクレオチド配列に十分に相補的であるので、その配列を有する核酸とハイブリダイズすることができ、それによって安定な２本鎖分子が形成される。
【００８０】
一実施形態で、本発明の単離核酸分子は、配列番号１、配列番号３、寄託ヌクレオチド配列、およびこれらヌクレオチド配列のいずれかの、好ましくは同じ長さである一部の１つに示されるヌクレオチド配列の全長に対し、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％あるいはそれ以上相同なヌクレオチド配列を含む。
【００８１】
９３８７０核酸断片
本発明の核酸分子は、配列番号１および３と寄託ヌクレオチド配列のうち１つの核酸配列の一部のみ含むことができる。例えばそのような核酸分子は、プローブまたはプライマーとして使用できる断片、あるいは９３８７０タンパク質の一部であって例えば９３８７０タンパク質の免疫原性部分または生体活性部分をコードする断片を含むことができる。断片は、ヒト９３８７０の受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインである、配列番号２の残基５６〜１２３に対応する断片をコードするヌクレオチドを含むことができる。９３８７０遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の９３８７０ファミリー・メンバーまたはその断片、ならびにその他の種から得た９３８７０相同体またはその断片の同定および／またはクローニングに使用される、プローブおよびプライマーの生成を容易にする。
【００８２】
別の実施形態で、核酸は、コード領域の一部または全てを含んで５’−または３’−非コード領域のいずれか（または両方）に延びるヌクレオチド配列を含む。その他の実施形態は、本明細書で述べたアミノ酸断片をコードするヌクレオチド配列を含んだ断片を含む。核酸断片は、本明細書で述べる特定のドメインまたは部位あるいはその断片であって、特にその長さが少なくとも約２６３、２６５、２７０、２７５、２８０、またはそれ以上のアミノ酸である断片をコードすることができる。断片は、上述の特定のアミノ酸配列またはその断片に対応する核酸配列も含む。核酸断片は、本発明に先駆けて開示されたこれらの断片を包含するものと解釈すべきではない。
【００８３】
核酸断片は、本明細書で述べるドメイン、領域、または官能部位に対応する配列を含むことができる。核酸断片は、本明細書で述べる１つまたは複数のドメイン、領域、または官能部位も含むことができる。
【００８４】
９３８７０プローブおよびプライマーが提供される。一般にプローブ／プライマーは、単離されまたは精製されたオリゴヌクレオチドである。オリゴヌクレオチドは一般にストリンジェントな条件下で、配列番号１、配列番号３、寄託ヌクレオチド配列、および配列番号１、配列番号３、または寄託ヌクレオチド配列の天然に生ずる対立遺伝子変種または突然変異体のうち１つのセンスまたはアンチセンス配列の、少なくとも約７、１２、または１５、好ましくは約２０または２５、より好ましくは約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、または７５個の連続したヌクレオチドにハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【００８５】
好ましい実施形態で、核酸は、その長さが少なくとも５または１０塩基対でありかつ２００未満、より好ましくは１００未満、または５０未満の塩基対のプローブである。本明細書で開示する配列と同一か、あるいは１塩基の差があるか、あるいは５または１０塩基よりも少ないものであるべきである。この比較のためアライメントが必要である場合、最大の相同性が得られるようにこれらの配列を突き合わせるべきである。欠失または挿入、または不適性から得られた「ループ」アウト配列は、相違点があるものと考えられる。
【００８６】
プローブまたはプライマーは、例えば配列番号２のアミノ酸残基５６〜１２３あたりで受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインをコードする核酸のセンス鎖またはアンチセンス鎖から得ることができる。
【００８７】
別の実施形態では一組のプライマーが提供され、例えば９３８７０配列の選択領域を増幅するのに使用可能なＰＣＲでの使用に適するプライマーが提供される。プライマーは、長さが少なくとも５、１０、または５０塩基対でありかつ長さが１００〜２００塩基対未満であるべきである。プライマーは、本明細書に開示する配列または天然に生ずる変種と同一かまたは１塩基の差があるべきである。受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメインの下記の領域のいずれかの全てまたは一部を増幅するのに適するプライマーが提供される。例えば、９３８７０ポリペプチドの膜貫通ドメインのいずれか（すなわち配列番号２のアミノ酸残基２８〜５１、５８〜７９、９８〜１１９、１４０〜１６０、１９２〜２１６、２３６〜２５２、および２７６〜２９９）、または配列番号２の９３８７０ポリペプチドの細胞外ドメインのいずれか（すなわちアミノ酸残基８０〜９７、１６１〜１９１、および２５３〜２７５）、または配列番号２の９３８７０ポリペプチドの細胞内ドメインのいずれか（すなわちアミノ酸残基５２〜５９、１２０〜１３９、および２１７〜２３５）である。
【００８８】
核酸断片は、本明細書で述べるポリペプチドのエピトープ支持領域をコードすることができる。
【００８９】
「９３８７０ポリペプチドの生体活性部分」をコードする核酸断片は、９３８７０生体活性（例えば本明細書で述べる９３８７０タンパク質の生体活性）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、配列番号３、および寄託ヌクレオチド配列のうち１つのヌクレオチド配列の一部を単離し、９３８７０タンパク質のコード部分を発現させ（例えば生体外での組換え発現によって）、９３８７０タンパク質のコード部分の活性を評価することによって、調製できる。例えば、９３８７０の生体活性部分をコードする核酸断片は、受容体結合Ｇタンパク質膜貫通ドメイン、例えば配列番号２のアミノ酸残基５６〜１２３を含むことができる。９３８７０ポリペプチドの生体活性部分をコードする核酸断片は、長さが２５以上のヌクレオチドよりも長いヌクレオチド配列を含むことができる。
【００９０】
一実施形態で、核酸分子は、長さが５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７５０、８００、８５０、９００、またはそれ以上のヌクレオチドよりも長いヌクレオチド配列であって、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１、配列番号３、および寄託ヌクレオチド配列のうち１つの配列を有する核酸分子とハイブリダイズする配列を含む。
【００９１】
９３８７０核酸変種
本発明は、配列番号１、配列番号３、および寄託ヌクレオチド配列のうち１つに示されるヌクレオチド配列とは異なる配列を有する核酸分子をさらに包含する。そのような相違は、遺伝暗号の縮重に起因すると考えられる（すなわち、本明細書で開示するヌクレオチド配列によりコードされたものと同じ９３８７０タンパク質をコードする核酸をもたらす相違）。別の実施形態で、本発明の単離核酸分子は、配列番号２とは少なくとも１アミノ酸残基が異なるが、５、１０、２０、５０、または１００よりも少ないアミノ酸残基だけ異なるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする。この比較のためアライメントが必要な場合、最大の相同性になるようこれらの配列を突き合わせるべきである。欠失、挿入、または不適正からの「ループ」アウト配列は、相違点があるものと考えられる。
【００９２】
本発明の核酸は、特定の発現系に対して好ましくいかまたは好ましくないコドンを有するように選択することができる。例えば核酸は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、ヒト、昆虫、またはＣＨＯ細胞での発現に対して配列が最適化するように、少なくとも１つのコドン、好ましくはコドンの少なくとも１０％または２０％が変性したものでよい。
【００９３】
核酸変種は、対立遺伝子変種（同じ遺伝子座）や相同体（異なる遺伝子座）、定向進化体（異なる生体）などの自然に生ずるものでよく、あるいは自然に生じないものでよい。自然に生じない変種は、ポリヌクレオチド、細胞、または生体に利用できるものも含めた突然変異誘発技法によって作製することができる。変種は、ヌクレオチドの置換、欠失、逆位、および挿入を含むことができる。変種は、コード領域および非コード領域のいずれかまたは両方に生ずることができる。変種は、保存および非保存アミノ酸置換体の両方を生成することができる（コードされた生成物と比べた場合）。
【００９４】
好ましい実施形態で、核酸は、配列番号１と、配列番号３と、寄託ヌクレオチド配列に対し、例えば下記のように少なくとも１つのヌクレオチド残基が異なるが１０、２０、３０、または４０よりも少ないヌクレオチド残基だけ異なる配列、あるいは少なくとも１つのヌクレオチド残基が異なるが被験体である核酸の１％、５％、１０％、または２０％よりも少ないヌクレオチド残基だけ異なる配列を有する。この分析のため必要なら、最大の相同性が得られるようにこれらの配列を突き合わせるべきである。欠失または挿入、または不適正からの「ループ」アウト配列は相違点があるものと考えられる。
【００９５】
定向進化体、相同体、および対立遺伝子変種は、当技術分野で知られている方法を使用して同定することができる。これらの変種は、配列番号１、配列番号３、寄託ヌクレオチド配列、またはこれらの配列のうち１つの断片に示されるヌクレオチド配列に対し、５０％、少なくとも約５５％、典型的な場合は少なくとも約７０〜７５％、より典型的な場合は少なくとも約８０〜８５％、最も典型的な場合は少なくとも約９０〜９５％、またはそれ以上同一なポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。そのような核酸分子は、ストリンジェントな条件下、配列番号１、配列番号３、寄託ヌクレオチド配列、またはこれらの配列の１つの断片のうち１つのヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができると容易に特定できる。本発明の９３８７０ｃＤＮＡの定向進化体、相同体、および対立遺伝子変種に対応する核酸分子は、９３８７０遺伝子と同じ染色体または遺伝子座にマッピングすることによって単離することができる。
【００９６】
好ましい変種は、本明細書で述べる９３８７０生体活性のいずれか、例えばＧタンパク質共役型受容体を介した化学的またはタンパク質シグナルの変換などと相関関係のあるものを含む。
【００９７】
９３８７０（例えばヒト９３８７０）の対立遺伝子変種は、機能的および非機能的タンパク質の両方を含む。機能的対立遺伝子変種は、本明細書で述べる９３８７０生体活性のいずれかを仲介する能力を維持する、個体群内の９３８７０タンパク質の自然に生ずるアミノ酸配列変種である。
【００９８】
機能的対立遺伝子変種は、典型的な場合、配列番号２の１つまたは複数のアミノ酸の保存置換体のみ、またはタンパク質の非クリティカル領域にある非クリティカル残基の置換、欠失、挿入を含むことになる。非機能的対立遺伝子変種は、本明細書で述べる９３８７０生体活性のいずれかを仲介する能力を持たない、個体群内の９３８７０（例えばヒト９３８７０）タンパク質の自然に生ずるアミノ酸配列変種である。非機能的対立遺伝子変種は、典型的な場合、配列番号２のアミノ酸の非保存的置換、欠失、または挿入、または早期切断、あるいはタンパク質のクリティカルな残基またはクリティカルな領域での置換、挿入、欠失を含むことになる。
【００９９】
さらに、その他の９３８７０ファミリー・メンバーをコードする核酸分子、したがって配列番号１、配列番号３、および寄託ヌクレオチド配列のうち１つの９３８７０配列とは異なるヌクレオチド配列を有するものが、本発明の範囲に包含される。
【０１００】
アンチセンス核酸分子、リボザイム、および変性９３８７０核酸分子
別の態様で、本発明は、９３８７０のアンチセンスである単離核酸分子を特徴とする。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的なヌクレオチド配列であって、例えば２本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的なもの、またはｍＲＮＡ配列に相補的なものを含むことができる。アンチセンス核酸は、９３８７０コード鎖全体に相補的でよく、またはその一部（例えば配列番号３に対応するヒト９３８７０のコード領域）にのみ相補的でよい。別の実施形態で、アンチセンス核酸分子は、９３８７０をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」（例えば５’−および３’−非翻訳領域）のアンチセンスである。
【０１０１】
アンチセンス核酸は、９３８７０ｍＲＮＡの全コード領域に相補的になるよう設計することができるが、９３８７０ｍＲＮＡのコードまたは非コード領域の一部のみに対するアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば問題となっている標的遺伝子ヌクレオチド配列の−１０領域と＋１０領域の間である、９３８７０ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域に相補的でよい。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、長さが例えば約７、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、または８０ヌクレオチド残基、あるいはそれ以上でよい。
【０１０２】
本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で知られている手順を使用した化学合成および酵素連結反応を使用して構成することができる。例えばアンチセンス核酸（例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド）は、自然に生ずるヌクレオチドを使用して、あるいは分子の生物学的安定性が増すようにまたはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成された２本鎖構造の物理的安定性が増すように設計された様々に修正を加えたヌクレオチドを使用して、化学的に合成することができ、例えばホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドを使用することができる。アンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス配向になるようサブクローニングされる発現ベクターを使用して、生物学的に生成することもできる（すなわち挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、下記のサブセクションでさらに述べるように、問題となる標的核酸に対してアンチセンス配向になる）。
【０１０３】
本発明のアンチセンス核酸分子は一般に被験体に投与され（例えば、組織部位に直接注射することによって）、または９３８７０タンパク質をコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズしあるいはそこに結合するようにその位置で生成され、それによって、例えば転写および／または翻訳を妨げるなどしてタンパク質の発現を阻害する。あるいは、選択された細胞を目標として全身に投与できるように、アンチセンス核酸分子を変性させることができる。全身投与の場合、例えば細胞表面の受容体または抗原に結合するペプチドまたは抗体にアンチセンス核酸分子を結合させることによって、選択された細胞表面に発現した受容体または抗原に特異的に結合するように、アンチセンス分子を変性させることができる。アンチセンス核酸分子は、本明細書で述べるベクターを使用して細胞に送達することもできる。アンチセンス分子の細胞内濃度を十分なものにするため、強力なｐｏｌ IIまたはｐｏｌ IIIプロモーターの制御下でアンチセンス核酸分子が配置されるベクター構成が好ましい。
【０１０４】
さらに別の実施形態では、本発明のアンチセンス核酸分子はαアノマー核酸分子である。αアノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な２本鎖ハイブリッドを形成するが、これは通常のベータ単位とは対照的に、鎖が互いに平行に通るものである（Ｇａｕｌｔｉｅｒ他（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１５：６６２５〜６６４１）。アンチセンス核酸分子は、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅ他（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体（Ｉｎｏｕｅ他（１９７）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０）も含むことができる。
【０１０５】
さらに別の実施形態で、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。９３８７０コード核酸に対して特異性を有するリボザイムは、本明細書で開示する９３８７０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち配列番号１または配列番号３）に相補的な１つまたは複数の配列、およびｍＲＮＡの切断をもたらす既知の触媒配列（例えば米国特許第５,０９３,２４６号またはＨａｓｅｌｈｏｆｆ他（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５８５〜５９１参照）を有する配列を含むことができる。例えば、テトラヒメナＬ−１９ＩＶＳ ＲＮＡの誘導体を構成することができ、これは活性部位のヌクレオチド配列が、９３８７０コードｍＲＮＡにおいて切断されるヌクレオチオド配列に相補的なものである（例えば米国特許第４,９８７,０７１号；および米国特許第５,１１６,７４２号）。あるいは９３８７０ｍＲＮＡを使用して、ＲＮＡ分子のプールから、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡを選択することができる（例えばＢａｒｔｅｌ他（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１４１１〜１４１８）。
【０１０６】
９３８７０遺伝子発現は、９３８７０の調節領域（例えば９３８７０プロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内での９３８７０遺伝子の転写を妨げる３重らせん構造を形成することにより、阻害することができる（Ｈｅｌｅｎｅ、１９９１、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．６：５６９〜５８４；Ｈｅｌｅｎｅ他（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７〜３６；Ｍａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ １４：８０７〜８１５）。３重らせん形成のため標的にすることができる潜在的な配列は、いわゆる「スイッチバック」核酸分子を生成することによって増加させることができる。スイッチバック分子は５’から３’、３’から５’へと交互に合成され、したがってまず２本鎖構造の一方の鎖、次いで他方の鎖とハイブリダイズするようになり、プリンまたはピリミジンのかなりの大きさのストレッチを２本鎖構造の一方の鎖に存在させる必要がなくなる。
【０１０７】
また本発明は、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ分子も提供する。典型的な場合、そのような標識は、化学発光、蛍光、放射性、または比色性のものである。
【０１０８】
９３８７０核酸分子は、塩基部分、糖部分、またはリン酸骨格を変性させて、例えば安定性やハイブリダイゼーション、分子の可溶性を改善することができる。例えば、核酸分子のリン酸デオキシリボースの主鎖を変性させて、ペプチド核酸を生成することができる（Ｈｙｒｕｐ他（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５〜２３）。本明細書で使用する用語「ペプチド核酸」（ＰＮＡ）は、核酸の模擬体、例えばＤＮＡ模擬体を指し、これはリン酸デオキシリボースの主鎖が擬性ペプチド主鎖に置き換わり、４つの天然の核酸塩基が維持されるものである。ＰＮＡの中性主鎖は、低イオン強度の条件下で、ＤＮＡおよびＲＮＡに特異的なハイブリダイゼーションを可能にする。ＰＮＡオリゴマーの合成は、前掲のＨｙｒｕｐ他（１９９６）；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ他Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３：１４６７０〜１４６７５に記載されている標準の固相ペプチド合成プロトコルを使用して行うことができる。
【０１０９】
９３８７０核酸分子のＰＮＡは、治療および診断の応用分野で使用することができる。例えばＰＮＡは、例えば転写や翻訳の停止を誘発することによって、または複製を妨げることによって、配列に特異的な遺伝子発現モジュレーションを行うためのアンチセンスまたはアンチ遺伝子物質として使用することができる。９３８７０核酸分子のＰＮＡは、遺伝子内の単一塩基対突然変異の分析（例えばＰＮＡに支配されるＰＣＲクランプ）で；その他の酵素と組み合せて使用する場合には「人工制限酵素」として（例えば前掲のＨｙｒｕｐ他（１９９６）に記載されているＳＩヌクレアーゼ）；あるいはＤＮＡ配列決定またはハイブリダイゼーション用のプローブまたはプライマーとして（前掲のＨｙｒｕｐ他（１９９６）；前掲のＰｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ）使用することもできる。
【０１１０】
その他の実施形態で、オリゴヌクレオチドは、ペプチドなどその他の付属の基（例えば生体内で宿主細胞受容体を標的とするため）、あるいは細胞膜（例えばＬｅｔｓｉｎｇｅｒ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：６５５３〜６５５６、Ｌｅｍａｉｔｒｅ他（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：６８４〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０）または血液脳関門（例えばＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４参照）を通した輸送を容易にする物質を含むことができる。さらにオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションで誘発される切断物質（例えばＫｒｏｌ他（１９９８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８〜９７６）またはインターカレーションを起こす物質（例えばＺｏｎ、１９９８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９）で変性させることができる。このため、オリゴヌクレオチドは別の分子（例えばペプチド、ハイブリダイゼーション誘発型架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発型切断剤）に接合することができる。
【０１１１】
また本発明は、本発明の９３８７０核酸に相補的な少なくとも１つの領域を有する分子ビーコンオリゴヌクレオチドプライマーおよびプローブ分子も含み、２つの相補的な領域の場合は、サンプルに含まれる本発明の９３８７０核酸を定量するのに分子ビーコンが役立つように、一方が蛍光団を有し他方が消光剤を有するものである。分子ビーコン核酸は、例えば米国特許第５,８５４,０３３号、米国特許第５,８６６,３３６号、および米国特許第５,８７６,９３０号に記載されている。
【０１１２】
単離９３８７０ポリペプチド
別の態様で、本発明は、抗９３８７０抗体を増やしまたは試験する（より一般的には結合させる）ための免疫原または抗原として使用される、単離９３８７０タンパク質、または断片、例えば生体活性部分を特徴とする。９３８７０タンパク質は、標準的なタンパク質精製技法を使用して、細胞または組織源から単離することができる。９３８７０タンパク質またはその断片は、組換えＤＮＡ技法によって生成することができ、または化学的に合成することができる。
【０１１３】
本発明のポリペプチドは、同義遺伝子、代替転写事象、代替ＲＮＡスプライシング事象、代替翻訳および翻訳後事象の存在の結果生ずるものを含む。ポリペプチドは、天然の細胞内でポリペプチドが発現する場合に存在するのと実質的に同じ翻訳後修飾をもたらす系内、例えば培養細胞内で発現することができ、または天然の細胞内で発現する場合に存在する翻訳後修飾の変化または省略、例えばグリコシル化や切断をもたらす系内で発現することができる。
【０１１４】
好ましい実施形態で、９３８７０ポリペプチドは、当技術分野（例えば前掲のＳｔｒａｄｅｒ他およびそこに引用されている参考文献）で述べる下記の特徴の１つまたは複数を有する。９３８７０ポリペプチドの好ましい実施形態は、下記の特徴の１つまたは複数も有する。すなわち、
細胞外シグナルを調節し、感知し、かつ／または細胞内に伝達する能力を有し、
細胞外シグナルまたは細胞表面受容体と相互に作用する（例えば結合する）能力を有し、
シグナル伝達経路に寄与する細胞内分子を移動させる能力を有し（例えばアデニル酸シクラーゼやホスファチジルイノシトール４，５−ビスホスフェート（ＰＩＰ₂）、イノシトール１,４,５−トリホスフェート（ＩＰ₃））、
細胞の増殖、移行、分化、および／または生存をモジュレートする能力を有し、
その内部に発現する組織の細胞、例えば骨髄単核細胞や好中球、骨芽細胞、巨核球の機能、生存、モルホロジー、増殖、および／または分化をモジュレートする能力を有し、
配列番号２の９３８７０タンパク質の分子量、アミノ酸組成、またはその他の物理特性を有し、
全配列の類似性（同一性）が、配列番号２のポリペプチドの少なくとも６０〜６５％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも７５、８０、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％、またはそれ以上であり、
好ましくは配列番号２のアミノ酸残基１〜２７に対して約７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上が同一であるＮ末端細胞外ドメインを有し、
配列番号２のアミノ酸残基２８〜５１、５８〜７９、９８〜１１９、１４０〜１６０、１９２〜２１６、２３６〜２５２、２７６〜２９９に対して好ましくは約７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ以上が同一である少なくとも１つの膜貫通ドメインを有し、
配列番号２のアミノ酸残基３００〜３１３に対して好ましくは約７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上が同一であるＣ末端ドメインを有し、または
配列番号２のアミノ酸残基１２１〜１２２あたりに存在するアルギニン芳香族モチーフに同一なモチーフを有する。
【０１１５】
好ましい実施形態で、９３８７０タンパク質またはその断片は、配列番号２内の対応する配列に対し、あったとしてもわずかしか異ならない。一実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸残基が異なるが１５、１０、または好ましくは５よりも少ないアミノ酸残基が異なる。別の実施形態では、配列番号２内の対応配列に対して少なくとも１残基異なるが、残基の２０％、１５％、１０％、または５％より少ない分が、配列番号２内の対応配列とは異なる（この比較でアライメントが必要な場合。最大の相同性になるようこれらの配列を突き合わせるべきである）。欠失、挿入、または不適正からの「ループ」アウト配列は相違点があるものと考えられる。相違点は、好ましくは非必須アミノ酸残基での差または変更であり、あるいは１つの残基から次の残基への保存的置換に関与する。好ましい実施形態で、相違点は、９３８７０タンパク質Ｎ末端の膜貫通ドメイン、細胞外ドメイン、または第２の細胞質ループにはない。
【０１１６】
その他の実施形態は、配列番号２に対し、アミノ酸配列に１つまたは複数の変化を有するタンパク質を含む（例えば活性に必須ではないアミノ酸残基での変化）。そのような９３８７０タンパク質は、アミノ酸配列が配列番号２とはことなるが、それでも生体活性が維持されている。
【０１１７】
少なくとも下記のヒト組織および細胞系における９３８７０発現のＴａｑＭａｎ分析に基づく下記の発現パターン（以下の具体例で述べる）：正常な骨髄単核細胞、および好中球での高レベルの９３８７０発現、ヒト骨芽細胞、および巨核球での低レベルの９３８７０発現
一実施形態で、タンパク質は、配列番号２に対し、少なくとも約６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、またはそれ以上相同なアミノ酸配列を含む。
【０１１８】
配列番号２に対し、例えば配列番号２の１２０〜１３９アミノ酸残基に対応する領域の一方または両方が少なくとも１つのアミノ酸残基だけ異なりかつ１５、１０、または５よりも少ないアミノ酸残基が異なるアミノ酸配列であって、かつ配列番号２に対して９３８７０タンパク質の膜貫通ドメイン、Ｎ末端細胞外ドメイン、または第２の細胞質ループに対応する領域が異ならないアミノ酸配列を有する９３８７０タンパク質または断片が提供される（この比較でアライメントが必要な場合、最大の相同性が得られるようこれらの配列を突き合わせるべきである。欠失または挿入、または不適正からの「ループ」アウト配列は相違点があるものと考えられる）。いくつかの実施形態で、この相違点は、必須ではない残基にありまたは保存的置換であり、一方その他の実施形態では、この相違点は必須の残基にありまたは非保存的置換である。
【０１１９】
９３８７０タンパク質の好ましい生体活性部分は、下記の事項、すなわちＮ末端細胞外ドメインと、細胞外ループと、細胞質ループの少なくとも１つまたは複数を含むことができる。さらに、タンパク質のその他の領域が欠失するその他の生体活性部分は、組換え技法によって調製することができ（例えば、定義されたシグナル伝達カスケードを開始する当技術分野で知られているタンパク質の特徴的ドメインを９３８７０タンパク質の細胞内ドメインの代わりに用いてキメラ受容体を生成するため）、天然の９３８７０タンパク質の機能的活性の１つまたは複数を評価することができる。
【０１２０】
好ましい実施形態で、９３８７０タンパク質は、アミノ酸配列の配列番号２を有する。その他の実施形態で、９３８７０タンパク質は、配列番号２と実質的に同一である。さらに別の実施形態で、９３８７０タンパク質は配列番号２と実質的に同一であり、配列番号２のタンパク質の機能的活性を維持する。
【０１２１】
９３８７０キメラまたは融合タンパク質
別の態様で、本発明は、９３８７０キメラまたは融合タンパク質を提供する。本明細書で使用する９３８７０「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非９３８７０ポリペプチドに結合した９３８７０ポリペプチドを含む。「非９３８７０ポリペプチド」は、９３８７０タンパク質に実質的に相同ではないタンパク質、例えば９３８７０タンパク質とは異なるものであって同じかまたは異なる生体から得られたタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指す。融合タンパク質の９３８７０ポリペプチドは、９３８７０アミノ酸配列の全てまたは一部、例えば本明細書で述べる断片に対応させることができる。好ましい実施形態で、９３８７０融合タンパク質は、９３８７０タンパク質の少なくとも１つまたは複数の生体活性部分を含む。非９３８７０ポリペプチドは、９３８７０ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に融合することができる。
【０１２２】
融合タンパク質は、リガンドに対して親和性の高い部分を含むことができる。例えば融合タンパク質は、９３８７０配列がＧＳＴ配列のカルボキシル末端に融合するＧＳＴ−９３８７０融合タンパク質でよい。そのような融合タンパク質は、組換え９３８７０の精製を促進させることができる。あるいは融合タンパク質は、そのアミノ末端に異種シグナル配列を含有する９３８７０タンパク質でよい。ある宿主細胞（例えば哺乳動物宿主細胞）では、異種シグナル配列を使用することによって、９３８７０の発現および／または分泌を増大させることができる。
【０１２３】
融合タンパク質は、血清タンパク質の全てまたは一部、例えば免疫グロブリンの一部（例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、またはＩｇＥ）、例えば免疫グロブリンまたはヒト結成アルブミンのＦｃ領域および／またはヒンジＣ１およびＣ２配列を含むことができる。
【０１２４】
本発明の９３８７０融合タンパク質は、医薬品組成物に組み込んで、被験者の生体内に投与することができる。９３８７０融合タンパク質を使用して、９３８７０基質の生物学的利用能に影響を及ぼすことができる。例えば（ｉ）９３８７０タンパク質をコードする遺伝子の異常な変性または突然変異、（ii）９３８７０遺伝子の調節ミス、および（iii）９３８７０タンパク質の異常な翻訳修飾によって引き起こされた障害の治療に際し、９３８７０融合タンパク質は治療上有用と考えられる。
【０１２５】
さらに、本発明の９３８７０融合タンパク質を免疫原として使用して、被験体内で抗９３８７０抗体を生成し、９３８７０リガンドを精製し、スクリーニング・アッセイでは９３８７０と９３８７０基質との相互作用を阻害する分子を同定することができる。
【０１２６】
融合部分を既にコードする発現ベクターが市販されている（例えばＧＳＴペプチド）。９３８７０コード核酸は、融合部分がインフレームで９３８７０タンパク質に結合するように、そのような発現ベクターにクローニングすることができる。
【０１２７】
９３８７０タンパク質の変種
別の態様で、本発明は、例えば作動薬（擬似作用薬）としてまたは拮抗薬として機能する９３８７０ポリペプチドの変種も特徴とする。９３８７０タンパク質の変種は、突然変異誘発、例えば離散点突然変異、配列の挿入または欠失、または９３８７０タンパク質の切断によって生成することができる。９３８７０タンパク質の作動薬は、自然に生ずる形態の９３８７０タンパク質の活性と同様のもの、またはサブセットを十分維持することができる。９３８７０タンパク質の拮抗薬は、例えば９３８７０タンパク質の９３８７０仲介活性を競合的にモジュレートすることによって、天然形態の９３８７０タンパク質の活性の１つまたは複数を阻害することができる。このため、特異的な生物学的作用を、限られた機能を持つ変種で治療することによって引き出すことができる。天然形態のタンパク質の生体活性のサブセットを有する変種を用いた被験体の治療は、天然形態の９３８７０タンパク質による治療に比べて被験体内での副作用が少ないことが好ましい。
【０１２８】
９３８７０タンパク質の変種は、作動薬または拮抗薬の活性に関し、９３８７０タンパク質の突然変異体、例えば切断型突然変異体のコンビナトリアル・ライブラリーをスクリーニングすることによって同定することができる。
【０１２９】
９３８７０タンパク質コード配列の断片、例えばアミノ末端やカルボキシル末端、内部断片などのライブラリーは、９３８７０タンパク質の変種をスクリーニングしその後選択するための、断片の異型個体群を生成するのに使用することができる。
【０１３０】
システイン残基が付加しまたは欠失する変種、あるいはグリコシル化する残基が付加しまたは欠失する変種が特に好ましい。
【０１３１】
点突然変異または切断によって作製されたコンビナトリアル・ライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするための、また選択された性質を有する遺伝子産物に関するｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための方法。再帰的アンサンブル突然変異誘発（ＲＥＭ）、すなわちライブラリー内での機能的突然変異体の頻度を高める技法は、９３８７０変種を同定するために、スクリーニング・アッセイと組み合せて使用することができる（Ａｒｋｉｎ他（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．ＵＳＡ ８９：７８１１〜７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅ他（１９９３）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｒ．６：３２７〜３３１）。
【０１３２】
異型９３８７０ライブラリーの分析には細胞ベースのアッセイを活用することができる。例えば発現ベクターのライブラリーを、細胞系、例えば通常は基質に依存するやり方で９３８７０に応答する細胞系に、トランスフェクトすることができる。次いでトランスフェクトされた細胞を９３８７０に接触させ、９３８７０基質によるシグナル伝達に対して突然変異体の発現が及ぼす影響を、例えば細胞増殖および／または酵素活性の変化を測定することによって、検出することができる。次いで９３８７０基質によるシグナル伝達の阻害、あるいは増強作用を認める細胞からプラスミドＤＮＡを回収し、個々のクローンを特徴付けることができる。
【０１３３】
別の態様で、本発明は、例えば天然の９３８７０ポリペプチドの拮抗薬や作動薬、超作動薬など、非野生型活性を有するペプチドなど、９３８７０ポリペプチドを作製する方法を特徴とする。この方法は、９３８７０ポリペプチドの配列を変化させること、すなわち例えば本明細書に開示する非保存領域、ドメイン、または残基のうち１つまたは複数の残基を置換しまたは欠失させることによって配列を変化させること、および変化させたポリペプチドを所望の活性に関して試験することを含む。
【０１３４】
別の態様で、本発明は、自然に生ずる９３８７０ポリペプチドの生体活性を有する９３８７０ポリペプチドの断片または類似体を作製する方法を特徴とする。この方法は、例えば９３８７０ポリペプチドの１つまたは複数の残基を置換しまたは欠失させることによって配列を変化させること、すなわち例えば本明細書で述べる非保存領域、またはドメイン、または残基の配列を変化させること、および変化させたポリペプチドを所望の活性に関して試験することを含む。
【０１３５】
抗９３８７０抗体
別の態様で、本発明は、抗９３８７０抗体を提供する。本明細書で使用する「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子または免疫学的に活性なその部分、すなわち抗原結合部分を指す。免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分は、ｓｃＦＶおよびｄｃＦＶ断片、Ｆ(ａｂ)およびＦ(ａｂ’)₂断片であって、それぞれパパインやペプシンなどの酵素で抗体を処理することによって生成できるものを含む。
【０１３６】
抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、組換え抗体でよく、例えばキメラ抗体、人化抗体、完全ヒト抗体、非ヒト抗体、例えばマウス抗体や、あるいは１本鎖抗体でよい。好ましい実施形態で、抗体はエフェクター機能を有し、補体を固定することができる。抗体は、毒素または造影剤に結合することができる。
【０１３７】
完全長９３８７０タンパク質、または９３８７０の抗原性ペプチド断片は、免疫原として使用することができ、またはその他の免疫原、例えば細胞や膜調製物などで作製された抗９３８７０抗体を同定するのに使用することができる。９３８７０の抗原性ペプチドは、配列番号２に示すアミノ酸配列の少なくとも８アミノ酸残基を含むべきであり、９３８７０のエピトープを包含する。抗原性ペプチドは、好ましくは少なくとも１０アミノ酸残基を含み、より好ましくは少なくとも１５アミノ酸残基、さらに好ましくは少なくとも２０アミノ酸残基、最も好ましくは少なくとも３０アミノ酸残基を含む。
【０１３８】
配列番号２の、本明細書で述べる細胞外ドメインまたは領域あるいは細胞質ドメインまたは領域を含む９３８７０の断片は、抗体を作製するのに使用することができる。あるいは、本明細書に述べる配列番号２の膜貫通ドメインを含む９３８７０の断片を、抗体を作製するのに使用することができる。図１は、その他の抗９３８７０抗体を作製することのできる、疎水性または親水性の領域を示すのに使用することが可能なヒト９３８７０のハイドロパシー・プロットを示す。
【０１３９】
本明細書で述べるこれらの領域あるいはその他の領域またはドメインのいずれかに反応しまたは特異的でありまたは選択的である抗体が提供される。
【０１４０】
抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、タンパク質の表面に位置付けられた９３８７０の領域、例えば親水性領域（図１参照）であると共に、抗原性の高い領域である。例えば、ヒト９３８７０タンパク質配列のＥｍｉｎｉ表面確率分析を使用して、９３８７０タンパク質の表面に局在化する確率が特に高い領域であって、抗体生成を標的とするのに役立つ表面残基を構成し易い領域を示すことができる。好ましい実施形態では、抗体が、本明細書で述べる９３８７０タンパク質上の任意のドメインまたは領域のエピトープに結合する。
【０１４１】
好ましい実施形態で、抗体は、本明細書で述べる９３８７０タンパク質上の任意のドメインまたは領域のエピトープに結合する。
【０１４２】
例えばヒトの患者の治療上の処置（およびいくつかの診断適用例）など、反復投与を含む適用分野では、キメラ抗体、人化抗体が好ましいが、しかし最も好ましいのは完全ヒト抗体である。
【０１４３】
抗９３８７０抗体は、１本鎖抗体でよい。１本鎖抗体（ｓｃＦＶ）は、例えばＣｏｌｃｈｅｒ他（１９９９）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８８０：２６３〜２８０やＲｅｉｔｅｒ（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２：２４５〜２５２に記載されるように、設計製作することができる。同じ標的９３８７０タンパク質の種々のエピトープに特異的な多価抗体を生成するために、１本鎖抗体を２量体化しまたは多量体化することができる。
【０１４４】
好ましい実施形態で、抗体は、Ｆｃ受容体に結合する能力が低下しており、またはそのような能力を持っていない。例えば抗体は、Ｆｃ受容体への結合を支えないアイソタイプ、サブタイプ、断片、またはその他の突然変異体でよく、例えば、突然変異しまたは欠失したＦｃ受容体結合領域を有することができる。
【０１４５】
抗９３８７０抗体（例えばモノクローナル抗体）は、アフィニティ・クロマトグラフィや免疫沈降などの標準的な技法によって９３８７０を単離するのに使用することができる。さらに、抗９３８７０抗体は、タンパク質の発現の発生量およびパターンを評価するために、９３８７０タンパク質（例えば細胞溶解産物や細胞上澄み内）を検出するのに使用することができる。抗９３８７０抗体は、臨床検査手順の一部として組織中のタンパク質レベルをモニターするために、例えば所定の治療計画の有効性を決定するために、診断上使用することができる。検出は、検出可能な物質（すなわち抗体標識）に抗体を連結する（すなわち物理的に結合する）ことによって促進させることができる。検出可能な物質の例には、様々な酵素、補欠分子族、蛍光物質、ルミネッセント物質、生物ルミネッセント物質、および放射性物質が含まれる。適切な酵素の例には、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、βガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが含まれ、適切な補欠分子族複合体の例には、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが含まれ、適切な蛍光物質の例には、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロライド、またはフィコエリトリンが含まれ、ルミネッセント物質の例にはルミノールが含まれ、生物ルミネッセント物質の例には、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが含まれ、適切な放射性物質の例には¹²⁵Ｉ、¹³¹Ｉ、³⁵Ｓ、または³Ｈが含まれる。
【０１４６】
組換え発現ベクター、宿主細胞、および遺伝子操作された細胞
別の態様で、本発明は、本明細書で述べるポリペプチドをコードする核酸を含有するベクター、好ましくは発現ベクターを含む。本明細書で使用する「ベクター」という用語は、そこに結合してプラスミド、コスミド、またはウイルスベクターを含むことができる、別の核酸を輸送することが可能な核酸分子を指す。ベクターは、自律的複製が可能であり、または宿主ＤＮＡに組み込むことができる。ウイルスベクターには、例えば複製欠陥レトロウイルスやアデノウイルス、アデノ随伴ウイルスが含まれる。
【０１４７】
ベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適する形をした９３８７０核酸を含むことができる。組換え発現ベクターは、発現する核酸配列に作動可能に結合した１つまたは複数の調節配列を含むことが好ましい。「調節配列」という用語は、プロモーター、エンハンサー、およびその他の発現制御要素（例えばポリアデニル化シグナル）を含む。調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的発現を支配するもの、ならびに組織に特異的な調節および／または誘導配列が含まれる。発現ベクターの設計は、形質変換する宿主細胞の選択や所望のタンパク質の発現レベルなどの因子に応じて、様々に変えることができる。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入することができ、それによって、本明細書で述べた核酸によりコードした融合タンパク質またはポリペプチドを含めたタンパク質またはポリペプチドが生成される（例えば９３８７０タンパク質、９３８７０タンパク質の突然変異体の形、融合タンパク質など）。
【０１４８】
本発明の組換え発現ベクターは、原核細胞または真核細胞における９３８７０タンパク質の発現に合わせて設計することができる。例えば本発明のポリペプチドは、Ｅ．ｃｏｌｉ、昆虫細胞（例えばバキュロウイルス発現ベクターを使用して）、酵母細胞、または哺乳動物細胞で発現することができる。適切な宿主細胞について、Ｇｏｅｄｄｅｌ（１９９０、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ）でさらに論じられる。あるいは組換え発現ベクターは、例えばＴ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを使用して、生体外で、転写し翻訳することができる。
【０１４９】
原核細胞でのタンパク質の発現は、融合または非融合タンパク質の発現を支配する構成的または誘導性プロモーターを含むベクターを用いることにより、Ｅ．ｃｏｌｉで最もしばしば行われる。融合ベクターは、いくつかのアミノ酸を内部にコードするタンパク質に付加し、通常は、組換えタンパク質のアミノ末端に付加する。そのような融合ベクターは、一般に３つの目的、すなわち１）組換えタンパク質の発現を増大させること、２）組換えタンパク質の溶解度を高めること、および３）アフィニティ精製でのリガンドとして働くことによって組換えタンパク質の精製を助けることを実現する。しばしば、融合部分と組換えタンパク質との接合部にタンパク質分解切断部位が導入され、その結果、融合タンパク質を精製した後に、組換えタンパク質を融合部分から切り離すことが可能になる。このような酵素、およびそれと同源の認識配列は、Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。典型的な融合発現ベクターは、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ他（１９８８）Ｇｅｎｅ ６７：３１〜４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、ＭＡ）、およびｐＲＵＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）であって、それぞれグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはタンパク質Ａを標的組換えタンパク質に融合するものを含む。
【０１５０】
精製した融合タンパク質は、９３８７０活性のアッセイ（例えば、以下に詳細に述べる直接的アッセイまたは競合アッセイ）に使用することができ、または９３８７０タンパク質に特異的な抗体を生成するのに使用することができる。好ましい実施形態で、本発明のレトロウイルス発現ベクターで発現した融合タンパク質は、放射線照射を受けたレシピエントにその後移植される骨髄細胞を感染するのに使用することができる。次いで十分な時間が経過した後（例えば６週間）、被験レシピエントの病態を検査する。
【０１５１】
Ｅ．ｃｏｌｉでの組換えタンパク質発現を最大にするため、タンパク質分解によって組換えタンパク質を切断する能力が弱められた宿主菌株内でタンパク質を発現させる（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ、１９９０、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、１１９〜１２８）。別の方策は、各アミノ酸に対する個々のコドンがＥ．ｃｏｌｉ内で優先的に利用されるものになるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変化させることである（Ｗａｄａ他（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：２１１１〜２１１８）。そのような本発明の核酸配列の変更は、標準的なＤＮＡ合成技法によって行うことができる。
【０１５２】
９３８７０発現ベクターは、酵母発現ベクターや、例えばバキュロウイスル発現ベクターなど昆虫細胞内で発現させるためのベクター、または哺乳動物細胞での発現に適するベクターでよい。
【０１５３】
哺乳動物細胞で使用する場合、発現ベクターの制御機能はしばしばウイルス調節要素によって提供される。例えば一般に使用されるウイルスプロモーターは、ポリオーム、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０（ＳＶ４０）から得られる。
【０１５４】
別の実施形態で、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞タイプにおいて優先的に核酸の発現を支配することができる（例えば核酸を発現させるために、組織に特異的な調節要素を使用する）。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例には、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔ他（１９８７）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１：２６８〜２７７）、リンパ球特異的プロモーター（Ｃａｌａｍｅ他（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５〜２７５）、特にＴ細胞受容体（Ｗｉｎｏｔｏ他（１９８９）ＥＭＢＯＪ．８：７２９〜７３３）および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉ他（１９８３）Ｃｅｌｌ ３３：７２９〜７４０；Ｑｕｅｅｎ他（１９８３）Ｃｅｌｌ ３３：７４１〜７４８）のプロモーター、ニューロン特異的プロモーター（例えば神経フィラメントプロモーター；Ｂｙｒｎｅ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：５４７３〜５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄ他（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：９１２〜９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば乳清プロモーター；米国特許第４,８７３,３１６号および欧州特許出願公開第２６４,１６６号）が含まれる。分化調節性プロモーター、例えばマウスｈｏｘプロモーター（Ｋｅｓｓｅｌ他（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３７４〜３７９）やα胎児性タンパク質プロモーター（Ｃａｍｐｅｓ他（１９８９）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．３：５３７〜５４６）も包含される。
【０１５５】
本発明はさらに、アンチセンスの向きに発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。アンチセンスの向きにクローニングされた核酸に動作可能に結合された調節配列（例えばウイルスプロモーターおよび／またはエンハンサー）は、様々な細胞タイプで、アンチセンスＲＮＡの構成的で組織特異的なまたは細胞タイプに特異的な発現を支配するものを選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化ウイルスの形をとるものでよい。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の考察に関しては、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，Ｈ．他（１９８６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１：Ｒｅｖｉｅｗを参照されたい。
【０１５６】
別の態様で、本発明は、本明細書で述べる核酸分子を含んだ宿主細胞を提供し、例えば、組換え発現ベクター内の９３８７０核酸分子や、宿主細胞のゲノムの特的部位に相同的に組み換えることが可能な配列を含有する９３８７０核酸分子を含んだ宿主細胞を提供する。「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」という用語は、本明細書では同義のものとして使用する。そのような用語は、特定の被験細胞だけではなく、そのような細胞の子孫または潜在的子孫も指す。突然変異または環境の影響によって後の世代にはある変化が生じる可能性があるので、そのような子孫は実際には親細胞と同一ではないと考えられるが、本明細書で使用される用語の範囲内に包含される。
【０１５７】
宿主細胞は、任意の原核細胞または真核細胞でよい。例えば９３８７０タンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌細胞や昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞）、またはＣＯＳ細胞内で発現することができる。その他の適切な宿主細胞は当業者に知られている。
【０１５８】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換またはトランスフェクション技法により宿主細胞に導入することができる。本明細書で使用する「形質転換」および「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウムまたは塩化カルシルム共沈、ＤＥＡＥデキストラン仲介型トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションを含めた、異種核酸（例えばＤＮＡ）を宿主細胞に導入するための、当技術分野で理解されている様々な技法を指すものとする。
【０１５９】
本発明の宿主細胞は、９３８７０タンパク質を生成（すなわち発現）するために使用することができる。したがって、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して９３８７０タンパク質を生成するための方法を提供する。一実施形態で、この方法は、９３８７０タンパク質が生成されるように、適切な培地で、本発明の宿主細胞（９３８７０タンパク質をコードする組換え発現ベクターがその内部に導入される）を培養することを含む。別の実施形態で、この方法はさらに、培地または宿主細胞から９３８７０タンパク質を単離することを含む。
【０１６０】
別の実施形態で、本発明は、９３８７０導入遺伝子を含みまたは別の方法で９３８７０を誤発現する細胞または細胞の精製調製物を特徴とする。細胞調製物は、ヒト細胞または非ヒト細胞、例えば齧歯類細胞、例えばマウスやラットの細胞、ウサギ細胞、ブタ細胞からなるものでよい。好ましい実施形態で、これらの細胞は９３８７０導入遺伝子を含み、例えば９３８７０の非相同形態を含み、例えばヒトから得られた遺伝子を含む（この場合、非ヒト細胞である）。９３８７０導入遺伝子は、異常発現する可能性があり、例えば過発現や発現不足が生じる可能性がある。その他の好ましい実施形態で、これらの細胞は、内因性９３８７０を異常発現する遺伝子、例えばその発現が妨害され例えばその発現が不可能になる遺伝子を含む。そのような細胞は、突然変異しまたは異常発現した９３８７０対立遺伝子に関連する障害について研究するための、または薬物スクリーニングで使用するためのモデルとして働くことができる。
【０１６１】
別の態様で、本発明は、ヒト細胞、例えば造血幹細胞であって、被験９３８７０ポリペプチドをコードする核酸で形質転換されたものを含む。
【０１６２】
また、細胞、好ましくはヒト細胞であって、例えばヒト造血細胞や線維芽細胞など、通常は内因性９３８７０遺伝子の発現を制御しない調節配列の制御下に内因性９３８７０があるものも提供される。例えば細胞系や微生物など細胞内の内因性遺伝子の発現特性は、細胞のゲノムに異種ＤＮＡ調節要素を挿入し、挿入された調節要素が内因性９３８７０遺伝子に動作可能に結合できるようにすることによって、変更することができる。例えば通常は発現せず、または非常に低いレベルでしか発現しないような、「転写上サイレントな」内因性９３８７０遺伝子は、その細胞内で正常発現した遺伝子産物の発現を促進させることが可能な調節要素に挿入することによって、活性化することができる。記述されるような（例えば米国特許第５,２７２,０７１号；ＰＣＴ公開第ＷＯ９１／０６６６７号）異種ＤＮＡを挿入するには、標的相同組換えなどの技法を使用することができる。
【０１６３】
トランスジェニック動物
本発明は、非ヒトトランスジェニック動物を提供する。そのような動物は、９３８７０タンパク質の機能および／または活性の研究に有用であり、９３８７０活性のモジュレーターを同定しかつ／または評価するのに有用である。本明細書で使用する「トランスジェニック動物」は、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物、より好ましくはラットやマウスなどの齧歯類であって、その動物の細胞の１つまたは複数が導入遺伝子を含むものである。トランスジェニック動物のその他の例には、ヒト以外の霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが含まれる。導入遺伝子は、外因性ＤＮＡまたは再配列、例えば内因性染色体ＤＮＡの欠失であって、好ましくは、トランスジェニク動物の細胞のゲノムに組み込まれまたはそこに生じるものである。ある導入遺伝子は、トランスジェニック動物の１つまたは複数の細胞タイプまたは組織においてコードされた遺伝子産物の発現を支配することができ、その他の導入遺伝子、例えばノックアウトは、発現を低下させる。したがってトランスジェニック動物は、例えば内因性遺伝子と動物の細胞に導入された外因性ＤＮＡ分子との相同組換えによって、内因性９３８７０遺伝子が変化したものでよい（例えば動物の発生の前の動物の胚細胞）。
【０１６４】
導入遺伝子の発現効率を高めるため、導入遺伝子にはイントロン配列およびポリアデニル化シグナルも含めることができる。組織特異的調節配列は、９３８７０タンパク質の発現を特定の細胞に向けることができるよう、本発明の導入遺伝子に作動可能に結合することができる。トランスジェニック創始動物は、そのゲノム中の９３８７０導入遺伝子の存在、および／またはその動物の組織または細胞での９３８７０ｍＲＮＡの発現に基づいて確認することができる。次いでトランスジェニック創始動物を使用して、その導入遺伝子を持つ追加の動物を繁殖させることができる。さらに、９３８７０タンパク質をコードする導入遺伝子を持ったトランスジェニック動物をさらに繁殖させて、他の導入遺伝子を持つ他のトランスジェニック動物にすることができる。
【０１６５】
９３８７０タンパク質またはポリペプチドは、トランスジェニック動物または植物内で発現させることができ、例えばタンパク質またはポリペプチドをコードする核酸を、動物のゲノムに導入することができる。好ましい実施形態では、核酸を組織特異的プロモーター、例えば乳や卵に特異的なプロモーターの制御下に配置し、その動物により生産された乳または卵から回収する。適切な動物は、マウス、ブタ、ウシ、ヤギ、およびヒツジである。
【０１６６】
本発明は、本明細書で述べるトランスジェニック動物から得た細胞の個体群も含む。
【０１６７】
使用
本明細書で述べる核酸分子、タンパク質、タンパク質相同体、および抗体は、以下の方法、すなわちａ）スクリーニング・アッセイ、ｂ）予知医学（例えば診断アッセイや予後アッセイ、臨床試験のモニター、遺伝薬理学など）、およびｃ）処置方法（例えば治療や予防）の１つまたは複数で使用することができる。本発明の単離核酸分子は、以下にさらに詳細に述べるように、例えば９３８７０タンパク質を発現させ（例えば遺伝子治療の適用分野における宿主細胞内での組換え発現ベクターによる）、９３８７０ｍＲＮＡを検出し（例えば生体サンプル中で）、９３８７０遺伝子での遺伝的変化を検出し、９３８７０活性をモジュレートするのに使用することができる。９３８７０タンパク質は、９３８７０基質の不十分なまたは過剰な生成、あるいは９３８７０阻害剤の生成を特徴とする障害の治療に使用することができる。さらに、９３８７０タンパク質は、天然９３８７０基質のスクリーニング、９３８７０活性をモジュレートする薬物または化合物のスクリーニング、ならびに９３８７０タンパク質の不十分なまたは過剰な生成あるいは９３８７０野生型タンパク質に比べて活性が少なく異常でありまたは望ましくない９３８７０タンパク質形態の生成を特徴とする障害の治療に使用することができる。例示的な障害には、Ｇタンパク質共役型受容体活性が異常であるもの（例えば先天性定常的夜盲症や心筋症、家族性腎性尿崩症）が含まれる。さらに、本発明の抗９３８７０抗体は、９３８７０タンパク質の検出および単離、９３８７０タンパク質の生物学的利用能の調節、および９３８７０活性のモジュレーションに使用することができる。
【０１６８】
被験９３８７０ポリペプチドと相互に作用する能力、例えば結合する能力に関し、化合物を評価する方法が提供される。この方法は、被験９３８７０ポリペプチドに化合物を接触させること、および化合物が被験９３８７０ポリペプチドと相互に作用し、例えば結合しまたは複合体を形成する能力を評価することを含む。この方法は、例えば細胞を含まない系など生体外で、または２−ハイブリッド相互作用トラップ・アッセイなど生体内で実行することができる。この方法は、被験９３８７０ポリペプチドと相互に作用する自然に生ずる分子を同定することができる。この方法は、被験９３８７０ポリペプチドの天然または合成阻害剤を見出すのにも使用することができる。スクリーニング方法を、以下により詳細に論じる。
【０１６９】
スクリーニング・アッセイ
本発明は、モジュレーター、すなわち候補または試験化合物または物質（例えばタンパク質やペプチド、ペプチド類似体、ペプトイド、小分子、その他の薬剤）であって、９３８７０タンパク質に結合し、例えば９３８７０発現や９３８７０活性に刺激的なまたは阻害的な影響を及ぼし、または例えば９３８７０基質の発現や活性に刺激的なまたは阻害的な影響を及ぼすものを同定するための、スクリーニング方法（本明細書では「アッセイ」とも呼ぶ）を提供する。このように同定された化合物を使用して、治療プロトコルで標的遺伝子産物（例えば９３８７０遺伝子）の活性をモジュレートし、標的遺伝子産物の生物学的機能を作り出し、または正常な標的遺伝子相互作用を妨害する化合物を同定することができる。
【０１７０】
一実施形態で、本発明は、９３８７０タンパク質またはポリペプチドの基質あるいはその生体活性部分である候補または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。別の実施形態で、本発明は、９３８７０タンパク質またはポリペプチドあるいはその生体活性部分に結合しまたはモジュレートする候補または試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。
【０１７１】
本発明の試験化合物は、生物学的ライブラリー；ペプトイド・ライブラリー（ペプチド官能基を有するが、酵素分解しにくいにも関わらず生体活性を維持する新規な非ペプチド主鎖を有する分子のライブラリー；例えばＺｕｃｋｅｒｍａｎｎ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８〜２６８５）；空間的にアドレス可能な平行固相または液相ライブラリー；デコンボリューションを必要とする合成ライブラリー法；「ワンビーズ・ワンコンパウンド」ライブラリー法；およびアフィニティ・クロマトグラフィ選択を使用する合成ライブラリー法も含め、当技術分野で知られているコンビナトリアル・ライブラリー法での数多くの手法のいずれかを使用して得ることができる。生物学的ライブラリーおよびペプトイド・ライブラリーの手法はペプチド・ライブラリーに限られるが、その他４つの手法はペプチド、非ペプチドオリゴマー、または化合物の小分子ライブラリーに利用可能である（Ｌａｍ、１９９７、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓ．１２：１４５）。
【０１７２】
分子ライブラリーを合成する方法の例は、既に記載されている（例えばＤｅＷｉｔｔ他（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６９０９；Ｅｒｂ他（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏ他（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌ他（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌ他（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ。Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐ他（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３）。
【０１７３】
化合物のライブラリーは、溶解状態で（例えばＨｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８２〜８４）、チップ（Ｆｏｄｏｒ、１９９３、Ｎａｔｕｒｅ ３６４：５５５〜５５６）、細菌（米国特許第５,２２３,４０９号）、胞子（米国特許第５,２２３,４０９号）、プラスミド（Ｃｕｌｌ他（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１８６５〜１８６９）上に、またはファージ（Ｓｃｏｔｔ他（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；米国特許第５,２２３,４０９号）上に存在することができる。
【０１７４】
一実施形態で、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、９３８７０タンパク質またはその生体活性部分を発現する細胞を試験化合物に接触させて、試験化合物が９３８７０活性をモジュレートする能力を決定する。試験化合物が９３８７０活性をモジュレートする能力の決定は、例えば酵素活性の変化をモニターすることによって実現することができる。例えば細胞は、哺乳動物由来のものでよい。
【０１７５】
試験化合物が、９３８７０基質などの化合物に対する９３８７０結合をモジュレートしまたは９３８７０に結合する能力も、評価することができる。これは、例えば基質などの化合物と放射性同位元素または酵素標識とを結合して、複合体中の基質などの標識化合物を検出することにより、基質などの化合物と９３８７０との結合を決定できるようにすることによって実現される。あるいは９３８７０を放射性同位元素または酵素標識に結合し、それによって、試験化合物が複合体中の９３８７０基質に対する９３８７０結合をモジュレートする能力をモニターすることができる。例えば化合物（例えば９３８７０基質）は、¹²⁵Ｉ、³⁵Ｓ、¹⁴Ｃ、または³Ｈで直接的または間接的に標識することができ、放射性同位元素は、放射放出を直接カウントすることによって、またはシンチレーション・カウントすることによって検出できる。あるいは化合物を、例えばホースラディッシュペルオキシダーゼやアルカリ性ホスファターゼ、ルシフェラーゼで酵素標識することができ、酵素標識は、適切な基質から生成物への変換を決定することによって検出される。
【０１７６】
相互作用物のいずれかの標識を用いてまたは用いずに、９３８７０と相互に作用する化合物（例えば９３８７０基質）の能力を、評価することができる。例えば、化合物または９３８７０を標識せずに、化合物と９３８７０との相互作用を検出するには、マイクロフィジオメーターを使用することができる（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ他（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１９０６〜１９１２）。本明細書で使用する「マイクロフィジオメーター」（例えばCytosensor）は、光アドレス可能な電位差検出センサー（ＬＡＰＳ）を使用して細胞がその環境を酸化する速度を測定する分析機器である。この酸化速度の変化を、化合物と９３８７０との相互作用の指標として使用することができる。
【０１７７】
さらに別の実施形態では、無細胞アッセイが提供されるが、この場合、９３８７０タンパク質またはその生体活性部分を試験化合物に接触させ、９３８７０またはその生体活性部分に結合する試験化合物の能力を評価する。本発明のアッセイで使用される９３８７０タンパク質の好ましい生体活性部分は、非９３８７０分子との相互作用に寄与する断片、例えば表面確率スコアの高い断片を含む。
【０１７８】
本発明の無細胞アッセイでは、単離したタンパク質（例えば９３８７０タンパク質やその生体活性部分）の可溶形態および／または膜結合形態を使用することができる。膜結合形態のタンパクを使用する場合、可溶化剤を利用することが望ましいと考えられる。そのような可溶化剤の例には、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグリコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ、３−｛（３−コルアミドプロピル）ジメチルアミニオ｝−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳ）、３−｛（３−コルアミドプロピル）ジメチルアミニオ｝−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（ＣＨＡＰＳＯ）、またはＮ−ドデシル−Ｎ,Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネートなどの非イオン性界面活性剤が含まれる。
【０１７９】
無細胞アッセイは、標的遺伝子タンパク質と試験化合物とが相互に作用して結合し、それによって除去しかつ／または検出することができる複合体が形成されるような条件下および十分な時間で、これら２成分の反応混合物を調製することを含む。
【０１８０】
２種の分子の相互作用は、蛍光エネルギー伝達（ＥＦＴ；例えば米国特許第５，６３１,１６９号；米国特許第４,８６８,１０３号）を使用して検出することもできる。蛍光団標識は、第１のドナー分子の放出蛍光エネルギーが第２の「アクセプター」分子上の蛍光標識に吸収され、その吸収されたエネルギーによって蛍光が発せられるように、選択される。あるいは「ドナー」タンパク質分子は、トリプトファン残基の自然の蛍光エネルギーのみ利用することができる。種々の光の波長を放出する標識は、「アクセプター」分子標識が「ドナー」のもと区別できるように選択される。標識間のエネルギー伝達効率は、分子を隔てる距離に関連しているので、分子同士の空間的な関係を評価することができる。分子間に結合が生じる状況では、アッセイにおける「アクセプター」分子標識の蛍光放出が最大であるべきである。ＦＥＴ結合事象は、当技術分野で周知の標準的な蛍光検出手段によって（例えば蛍光計を使用して）、都合良く測定することができる。
【０１８１】
別の実施形態で、標的分子に結合する９３８７０タンパク質の能力の測定は、実時間生体分子相互作用分析（ＢＩＡ；例えばＳｊｏｌａｎｄｅｒ他（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８〜２３４５；Ｓｚａｂｏ他（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９〜７０５）を使用して行うことができる。「表面プラズモン共鳴」（ＳＰＲ）または「ＢＩＡ」は、いかなる相互作用物（例えばＢＩＡｃｏｒｅ）も標識することなく、生体に特異的な相互作用を実時間で検出する。結合表面での質量の変化（結合事象を示す）は、その表面付近の光の屈折率（ＳＰＲの光学的現象）に変化をもたらし、その結果、生体分子間の実時間反応の指標として使用できる検出可能なシグナルが得られる。
【０１８２】
一実施形態では、標的遺伝子産物または試験物質を固相に固着する。固相に固着された標的遺伝子産物／試験化合物複合体は、反応の終わりに検出することができる。標的遺伝子産物は、固体表面に固着することが好ましく、試験化合物（固着されていない）は、本明細書で論じる検出可能な標識で直接的または間接的に標識することができる。
【０１８３】
９３８７０、抗９３８７０抗体、またはその標的分子を固定化して、タンパク質の一方または両方の複合形態を非複合形態から容易に分離できるようにし、ならびにアッセイの自動化が可能になるようにすることが望ましい。候補化合物が存在しまたは存在しない状態での、試験化合物と９３８７０タンパク質との結合、または９３８７０タンパク質と標的分子との相互作用は、反応体を入れるのに適する任意の容器内で行うことができる。そのような容器の例には、微量定量プレート、試験管、および微量遠心管が含まれる。一実施形態では、タンパク質の１つまたは両方をマトリックスに結合させるドメインを付加する融合タンパク質を提供することができる。例えば、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／９３８７０融合タンパク質またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ／標的融合タンパク質を、グルタチオンＳｅｐｈａｒｏｓｅ（商標）ビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導化微量定量プレートに吸着させることができ、次いでこれを試験化合物、または試験化合物と非吸着標的タンパク質または９３８７０タンパク質のいずれかと合わせ、その混合物を、複合体形成が実行される条件下でインキュベートする（例えば塩およびｐＨが生理的な条件で）。インキュベーション後、ビーズまたは微量定量プレートのウェルを洗浄していかなる非結合成分も除去し、ビーズの場合はマトリックスを固定し、例えば上述のように直接的または間接的に複合体を判別する。あるいは、複合体をマトリックスから解離させることができ、９３８７０結合または活性のレベルを標準的な技法を使用して決定する。
【０１８４】
９３８７０タンパク質または標的分子をマトリックスに固定化するためのその他の技法は、ビオチンとストレプトアビジンの接合を使用することを含む。ビオチニル化９３８７０タンパク質または標的分子は、当技術分野で知られている技法（例えばビオチニル化キット、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を使用して、ビオチン−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミドから調製することができ、ストレプトアビジンで被覆した９６ウェル・プレート（Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル内に固定することができる。
【０１８５】
アッセイを実行するために、固定化していない成分を、固着された成分を含む被覆済みの表面に付加する。反応終了後、形成された全ての複合体が固体表面に固定されたままになるような条件下で、未反応成分を除去する（例えば洗浄することによって）。固体表面に固着した複合体の検出は、いくつかの方法で行うことができる。予め固定化していない成分を事前に標識した場合、表面に固定化した標識を検出したことは、複合体が形成されたことを示している。予め固定化していない成分を事前に標識しない場合、間接標識、例えば固定化成分に特異的な標識済み抗体を使用して、表面に固着された複合体を検出することができる（抗体は、直接的または間接的に標識することができ、例えば標識抗Ｉｇ抗体がある）。
【０１８６】
一実施形態で、このアッセイは、９３８７０タンパク質または標的分子と反応する抗体であって、かつ９３８７０タンパク質とその標的分子との結合を妨げない抗体を利用して行う。そのような抗体は、プレートのウェルに誘導体化することができ、結合していない標的または９３８７０タンパク質を、抗体接合によってウェル内に捕えることができる。そのような複合体を検出するための方法は、ＧＳＴ固定化複合体に関して既に述べたものの他、９３８７０タンパク質または標的分子との抗体反応を使用した複合体の免疫検出、ならびに９３８７０タンパク質または標的分子に関連した酵素活性の検出を利用する酵素結合アッセイを含む。
【０１８７】
あるいは、無細胞アッセイを液相で実行することができる。そのようなアッセイでは、分画遠心法（例えばＲｉｖａｓ他（１９９３）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１８：２８４〜２８７）；クロマトグラフィ（例えばゲル濾過クロマトグラフィやイオン交換クロマトグラフィ）；電気泳動（例えばＡｕｓｕｂｅｌ他編（１９９９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）；および免疫沈降（例えば前掲のＡｕｓｕｂｅｌ）を含むがこれらに限定されない多くの標準的な技法のいずれかによって、反応生成物を未反応成分から分離する。そのような樹脂およびクロマトグラフィ技法は、当業者に知られている（例えばＨｅｅｇａａｒｄ、１９９８、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１１：１４１〜１４８；Ｈａｇｅ他（１９９７）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｓｃｉ．Ａｐｐｌ．６９９：４９９〜５２５）。さらに、溶液から複合体をさらに精製することなく結合を検出するには、本明細書で述べた蛍光エネルギー伝達も都合良く利用することができる。
【０１８８】
好ましい実施形態で、アッセイは、９３８７０タンパク質またはその生体活性部分と、９３８７０に結合する既知の化合物とを接触させて、アッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物と試験化合物を接触させること、および試験化合物が９３８７０タンパク質と相互に作用する能力を測定することを含み、この試験化合物が９３８７０タンパク質と相互に作用する能力を測定することは、既知の化合物に比べ、試験化合物が９３８７０またはその生体活性部分に優先的に結合する能力または標的分子の活性をモジュレートする能力を測定することを含む。
【０１８９】
本発明の標的遺伝子は、タンパク質など１つまたは複数の細胞または細胞外高分子と生体内で相互に作用することができる。これを論ずるにあたり、そのような細胞および細胞外高分子を本明細書では「結合パートナー」と呼ぶ。そのような相互作用を妨害する化合物は、標的遺伝子産物の活性を調節するのに有用と考えられる。そのような化合物には、抗体やペプチド、小分子などの分子が含まれるがこれらに限定されない。この実施形態で使用される好ましい標的遺伝子／生成物は、本明細書で明らかにされた９３８７０遺伝子である。代替の実施形態で、本発明は、９３８７０標的分子の下流エフェクターの活性のモジュレーションによって、試験化合物が９３８７０タンパク質の活性をモジュレートする能力を決定するための方法を提供する。例えば上述のようにして、適切な標的上のエフェクター分子の活性を決定することができ、またはエフェクターと適切な標的との結合を決定することができる。
【０１９０】
標的遺伝子産物とその細胞または細胞外結合パートナーとの相互作用を妨げる化合物を同定するため、標的遺伝子産物とその結合パートナーとを含有する反応混合物を、その２つの生成物で複合体が形成されるような条件下で十分な時間、調製する。阻害剤を試験するために、試験化合物を存在させまた存在させない状態で反応混合物を得る。試験化合物は、初めに反応混合物中に含めることができ、あるいは標的遺伝子およびその細胞または細胞外結合パートナーを添加した後に添加することができる。試験化合物なしで、または偽薬と共に、対照反応混合物をインキュベートする。次いで標的遺伝子産物と細胞または細胞外結合パートナーとの任意の複合体の形成を検出する。対照反応であるが試験化合物を含有する反応混合物ではない場合の複合体の形成は、化合物が、標的遺伝子産物とその相互作用的結合パートナーとの相互作用を妨げることを示す。さらに、試験化合物および正常な標的遺伝子産物を含有する反応混合物内での複合体の生成も、試験化合物および突然変異標的遺伝子産物を含有する反応混合物内での複合体形成と比較することができる。この比較は、突然変異体であるが正常ではない標的遺伝子産物の相互作用を妨げる化合物を同定することが望ましい場合に重要と考えられる。
【０１９１】
これらのアッセイは、不均質または均質なフォーマットで実行することができる。不均質アッセイは、標的遺伝子産物または結合パートナーを固相に固着し、反応の終わりに固相に固着された複合体を検出することを含む。均質アッセイでは、全反応を液相で実行する。どちらの手法でも、試験される化合物に関して種々の情報が得られるよう、反応体を添加する順序は様々でよい。例えば、競合などによって標的遺伝子産物と結合パートナーとの相互作用を妨げる試験化合物は、試験物質の存在下で反応を実行することにより同定することができる。あるいは、前もって形成された複合体を壊す試験化合物、例えば複合体からの成分の１つを置換する結合定数が高い化合物は、複合体が形成された後に、反応混合物に試験化合物を添加することによって試験をすることができる。様々なフォーマットについて以下に簡単に述べる。
【０１９２】
不均質アッセイ・システムでは、標的遺伝子産物または相互に作用する細胞または細胞外結合パートナーを固体表面（例えば微量定量プレート）に固着し、一方、非固着種には直接的または間接的に標識を施す。固着種は、非共有または共有結合によって固定化することができる。あるいは、固着される種に特異的な固定化抗体を使用して、これらの種を固体表面に固着することができる。
【０１９３】
アッセイを実施するため、固定化種のパートナーを、試験化合物で被覆されまたは被覆されていない表面に曝す。反応終了後、未反応成分を除去し（例えば洗浄によって）、形成された全ての複合体が固体表面に固定化することになる。非固定化種に予め標識した場合、表面に固定化された標識が検出されることは、複合体が形成されたことを示している。非固定化種に予め標識しない場合は、間接標識を使用し、例えば当初非固定化種に特異的な標識抗体を使用して、表面に固着された複合体を検出することができる（抗体は、例えば標識抗Ｉｇ抗体で直接的に標識しまたは間接的に標識することができる）。反応成分の添加順序に応じ、複合体の形成を阻害しまたは事前に形成された複合体を壊す試験化合物を検出することができる。
【０１９４】
あるいは、反応は、試験化合物を存在させまたは存在させない状態で液相で行うことができ、反応生成物を未反応成分から分離して、例えば溶液中に形成された任意の複合体を固着させる結合成分の１つに特異的な固定化抗体、および固着した複合体を検出するその他のパートナーに特異的な標識抗体を使用して複合体を検出することができる。この場合も、液相への反応体の添加順序に応じて、複合体を阻害しまたは事前に形成された複合体を壊す試験化合物を同定することができる。
【０１９５】
本発明の代替の実施形態では、均質アッセイを使用することができる。例えば、標的遺伝子産物と、相互作用する細胞または細胞外結合パートナー産物との事前に形成された複合体は、標的遺伝子産物またはその結合パートナーが標識された状態で調製するが、その標識によって生成されたシグナルは、複合体の形成によって消えないものである（例えば、免疫アッセイのためこの手法を利用する米国特許第４，１０９，４６９号）。事前に形成された複合体からの様々な種の１つと競合し置換する試験物質の添加により、バックグラウンド上にシグナルが生成されることになる。このように、標的遺伝子産物−結合パートナーの相互作用を妨げる試験物質を同定することができる。
【０１９６】
さらに別の態様では、ツーハイブリッド・アッセイまたはスリーハイブリッド・アッセイで９３８７０タンパク質を「ベイト（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用して（例えば米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓ他（１９９３）Ｃｅｌｌ ７２：２２３〜２３２；Ｍａｄｕｒａ他（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６〜１２０５４；Ｂａｒｔｅｌ他（１９９３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １４：９２０〜９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉ他（１９９３）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８：１６９３〜１６９６；ＰＣＴ公開番号ＷＯ９４／１０３００）、９３８７０に結合しまたはそれと相互に作用するその他のタンパク質（「９３８７０結合タンパク質」または「９３８７０−ｂｐ」）および９３８７０活性に関与するその他のタンパク質を同定することができる。そのような９３８７０−ｂｐは、例えば９３８７０仲介型シグナル伝達経路の下流要素としての９３８７０タンパク質または９３８７０標的によるシグナルの活性化剤または阻害剤でよい。
【０１９７】
ツーハイブリッド系は、分離可能なＤＮＡ結合および活性化ドメインからなる、ほとんどの転写因子のモジュレーターの性質に基づく。簡単に言えば、アッセイは、２つの異なるＤＮＡ構成を利用する。一方の構成では、９３８７０タンパク質をコードする遺伝子が、既知の転写因子のＤＮＡ結合ドメイン（例えばＧＡＬ−４）をコードする遺伝子に融合する。他方の構成では、明らかにされていないタンパク質（「プレイ（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列のライブラリーからのＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合する（あるいは、９３８７０タンパク質を活性化剤ドメインに融合することができる）。「ベイト」および「プレイ」タンパク質は、生体内で相互に作用して９３８７０依存型複合体を形成し、転写因子のＤＮＡ結合および活性化剤ドメインが非常に接近した状態に配置される。このように接近して配置されることにより、転写因子に応答する転写調節部位に動作可能に結合されたレポーター遺伝子（例えばＬａｃＺ）の転写が可能になる。レポーター遺伝子の発言は検出することができ、機能的転写因子を含む細胞群体を単離して、９３８７０タンパク質と相互に作用するタンパウ質をコードするクローニング遺伝子を得るのに使用することができる。
【０１９８】
別の実施形態では、９３８７０発現のモジュレーターを同定する。例えば、細胞混合物または無細胞の混合物を候補化合物に接触させ、９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を、候補化合物が存在しない場合の９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルに対して評価する。候補化合物が存在する場合の９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物がない場合よりも多い場合、その候補化合物は、９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質発現の刺激物質であることが確認される。あるいは、候補化合物の存在下での９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物がないときよりも少ない場合（すなわち統計的に有意な状態で少ない）、その化合物は、９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質発現の阻害剤であることが確認される。９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、本明細書で述べた９３８７０ｍＲＮＡまたはタンパク質を検出するための方法によって、決定することができる。
【０１９９】
別の態様で、本発明は、本明細書で述べたアッセイの２つ以上の組合せに関する。例えばモジュレーション物質は、細胞ベースまたは無細胞のアッセイを使用して同定することができ、その物質が９３８７０タンパク質の活性をモジュレートする能力は、例えばある疾病に関する動物モデルなどの動物の生体内で確認することができる。
【０２００】
本発明はさらに、上述のスクリーニング・アッセイによって同定される新規な物質に関する。したがって、本明細書で述べたように明らかにされた物質（例えば９３８７０モジュレーション物質、アンチセンス９３８７０核酸分子、９３８７０特異的抗体、または９３８７０結合パートナー）を適切な動物モデルで使用して、そのような物質を用いた治療の効能、毒性、副作用、または作動メカニズムを決定することは、本発明の範囲内に包含される。さらに、上述のスクリーニング・アッセイにより同定された新規な物質を、本明細書で述べる治療に使用することができる。
【０２０１】
検出アッセイ
本明細書で明らかにされた核酸配列の一部または断片は、ポリヌクレオチド試薬として使用することができる。例えば、これら配列を使用して、（ｉ）遺伝病に関連する遺伝子領域を位置付けしまたは９３８７０を病気に関連付けるなどするため、染色体上のそれぞれの遺伝子をマップし、（ii）極めて小さい生体サンプルから個体を同定し（組織型別）、（iii）生体サンプルの法医学的特定を助けることができる。これらの適用例について、以下のサブセクションで述べる。
【０２０２】
染色体マッピング
９３８７０ヌクレオチド配列またはその一部を使用して、染色体上の９３８７０遺伝子の位置をマップすることができる。このプロセスは、染色体マッピングと呼ばれる。染色体マッピングは、９３８７０配列と病気に関連する遺伝子とを相互に関連付けるのに有用である。
【０２０３】
簡単に言うと、９３８７０遺伝子は、９３８７０ヌクレオチド配列（例えば配列番号１や配列番号２）からＰＣＲプライマー（好ましくは長さが１５〜２５塩基対）を調製することによって、染色体上にマップすることができる。次いでこのようなプライマーを、個々のヒト染色体を含有する融合体細胞のＰＣＲスクリーニングに使用することができる。９３８７０配列に対応するヒト遺伝子を含有するこのようなハイブリッドのみが、増幅断片をもたらすことになる。
【０２０４】
各細胞系が単一のヒト染色体または少数のヒト染色体および一組のマウス染色体を含有する融合体細胞のパネルにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体上に容易にマッピングすることが可能になる（Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏ他（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２０：９１９〜９２４）。
【０２０５】
その他のマッピング戦略、例えば記述されるような（Ｆａｎ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：６２２３〜６２２７）ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションや、標識済みのフローソートされた染色体による事前スクリーニング、染色体特異的ｃＤＮＡライブラリーへのハイブリダイゼーションによる事前選択などを使用して、９３８７０を染色体位置にマップすることができる。
【０２０６】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、１ステップで精密な染色体位置を得ることができる。ＦＩＳＨ技法は、５００〜６００塩基程度に短いＤＮＡ配列と共に使用することができる。しかし、１,０００塩基よりも大きいクローンは、簡単な検出を行うのに十分なシグナル強度を持つ独自の染色位置に結合する可能性が高い。妥当な時間で良好な結果を得るには、好ましくは１,０００塩基、より好ましくは２,０００塩基で十分である（ＦＩＳＨの概略に関しては、Ｖｅｒｍａ他（１９８８）Ｈｕｍａｎ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照されたい）。
【０２０７】
染色体マッピング用の試薬を個々に使用して、単一の染色体またはその染色体上の単一の部位をマークすることができ、あるいは、試薬のパネルを使用して、複数の部位および／または複数の染色体をマークすることができる。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、一般にマッピングを行うのに好ましい。コード配列は遺伝子ファミリー内に保存され易く、したがって染色体マッピング中にクロス・ハイブリダイゼーションの機会が増大する。
【０２０８】
配列が、精密な染色体位置にマップされると、その配列の染色体上での物理的な位置を遺伝子マップのデータに相関させることができる（そのようなデータは、例えばＪｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｗｅｌｃｈ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｌｉｂｒａｒｙからオンラインで入手可能なＶ．ＭｃＫｕｓｉｃｋ、Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎに見られる）。次いで同じ染色体領域にマップされた遺伝子と病気との関係を、記載されている（例えばＥｇｅｌａｎｄ他、１９８７、Ｎａｔｕｒｅ、３２５：７８３〜７８７）連鎖解析（物理的に隣接する遺伝子の相互遺伝）によって明らかにすることができる。
【０２０９】
さらに、９３８７０遺伝子に関連する病気の影響を受けまたは受けない個体間のＤＮＡ配列の差を決定することができる。影響を受けた個体の一部または全てであって影響を受けていない個体のいずれでもないものに突然変異が観察された場合、その突然変異は特定の病気の原因物質になり易い。影響を受けた個体と影響を受けていない個体との比較では、一般に、染色体スプレッドから目で見ることができまたはＤＮＡ配列に基づくＰＣＲを使用して検出することができる欠失や転座など、染色体の構造変化を最初に探すことが必要である。最終的に、いくつかの個体から得た遺伝子の完全な配列決定は、突然変異の存在が確認されるように、また突然変異と多型とが区別されるように、実行することができる。
【０２１０】
組織分類
９３８７０タンパク質は、例えば制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を使用して生体サンプルからの個体を同定するのに使用することができる。この技法では、個体のゲノムＤＮＡを１種または複数の制限酵素で消化し、例えばサザンブロット法で断片を分離し、同定用のバンドが得られるようプローブする。本発明の配列は、ＲＦＬＰ用の追加のＤＮＡマーカーとして有用である（米国特許第５,２７２,０５７号に記載）。
【０２１１】
さらに本発明の配列は、個体のゲノムの選択部分の、実際の塩基ごとのＤＮＡ配列を決定するのにも使用することができる。このため、本明細書で述べる９３８７０ヌクレオチド配列を使用して、配列の５’−および３’−末端に相同なＰＣＲプライマーを調製することができる。次いでこのようなプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し、その後、その配列を決定することができる。このように調製された個体からの対応するＤＮＡ配列のパネルは、対立遺伝子の相違によってそのようなＤＮＡ配列の独自の組を各個体が有するので、独自の個体同定を行うことができる。
【０２１２】
対立遺伝子の変種は、これらの配列のコード領域にある程度まで生じ、非コード領域にはかなりの程度で生じる。本明細書で述べる配列のそれぞれは、同定のため個体からのＤＮＡを比較する標準として、ある程度まで使用することができる。より多くの多型が非コード領域に生ずるので、個体を差別化するにはより少ない配列が必要である。配列番号１の非コード配列は、それぞれが１００塩基の非コード増幅配列をもたらすものであっておそらくは１０〜１,０００プライマーのパネルによって、確実な個体同定を行うことができる。配列番号３のように、予測されるコード配列を使用する場合、確実な個体同定を行うためにより適切な数のプライマーは、５００〜２,０００と考えられる。
【０２１３】
本明細書で述べる９３８７０ヌクレオチド配列からの試薬のパネルを使用して個体に関する独自の同定データベースを生成する場合、同じ試薬を後で使用して、その個体からの組織を確認することができる。独自の同定データベースを使用することによって、生きておりまたは死んでいる個体の確実な同定を、極めて小さい組織サンプルから行うことができる。
【０２１４】
法生物学での部分９３８７０配列の使用
ＤＮＡベースの同定技法は、法生物学でも使用することができる。そのような同定を行うには、ＰＣＲ技術を使用して、犯罪現場で発見されるような髪や皮膚などの組織、また例えば血液や唾液、精液などの体液といった、非常に小さい生体サンプルから得られたＤＮＡ配列を増幅することができる。次いで増幅した配列を標準物質と比較することができ、それによって、生体サンプルの出所の特定が可能なる。
【０２１５】
本発明の配列を使用して、ヒトゲノムの特定の遺伝子座を標的としたポリヌクレオチド試薬、例えばＰＣＲプライマーを提供することができ、それによって、例えば別の「同定マーカー」（すなわち、特定の個体に特有の別のＤＮＡ配列）を提供することにより、ＤＮＡベースの法医学的同定の信頼性を高めることができる。上述のように、実際のヌクレオチド配列情報は、制限酵素で生成された断片によって形成されたパターンの正確な代替物として、同定のために使用することができる。配列番号１の非コード領域を標的とする配列（例えば、長さが少なくとも２０ヌクレオチド残基であり、好ましくは少なくとも３０ヌクレオチド残基である断片）は、この用途に特に適切である。
【０２１６】
本明細書で述べる９３８７０ヌクレオチド配列は、ポリヌクレオチド試薬、例えば標識されまたは標識可能なプローブであって、例えばｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション技法で使用して造血細胞を含有する組織など特定の組織を同定することができる試薬を提供するために、さらに使用することができる。これは、出所が未知の組織を法医病理学者が取り扱う場合に非常に役立つと考えられる。そのような９３８７０プローブのパネルを使用して、組織を種および／または器官のタイプで識別することができる。
【０２１７】
同様に、汚染に関して組織培養物をスクリーニングするために（すなわち培養物中に異なるタイプの細胞の混合物が存在するかどうかをスクリーニングするために）、これらの試薬、例えば９３８７０プライマーまたはプローブを使用することができる。
【０２１８】
予知医学
本発明は、予後（予知）のため診断アッセイ、予後アッセイ、および臨床試験のモニターリングを使用し、それによって個体を治療する、予知医学の分野にも関する。
【０２１９】
一般に本発明は、被験体が、９３８７０ポリペプチドをコードする遺伝子の病変または誤発現に関連する障害の危険性があるかどうかを決定する方法を提供する。
【０２２０】
そのような障害には、例えば９３８７０ポリペプチドの誤発現に関連する障害、例えば免疫異常症や腫瘍疾患が含まれる。
【０２２１】
この方法は、以下の１つまたは複数、すなわち
被験体の組織内で、９３８７０遺伝子の発現に影響を及ぼす突然変異の存否を検出すること、すなわち遺伝子の発現を制御する領域内での突然変異、例えば５’−制御領域内での突然変異の存否を検出すること、
被験体の組織内で、９３８７０遺伝子の構造を変化させる突然変異の存否を検出すること、
被験体の組織内で、ｍＲＮＡレベルでの９３８７０遺伝子の誤発現を検出すること、例えば非野生型レベルのｍＲＮＡを検出すること、および
被験体の組織内で、タンパク質レベルでの遺伝子の誤発現を検出すること、例えば非野生型レベルの９３８７０ポリペプチドを検出することの１つまたは複数を含む。
【０２２２】
好ましい実施形態で、この方法は、９３８７０遺伝子からの１つまたは複数のヌクレオチドの欠失、遺伝子への１つまたは複数のヌクレオチドの挿入、点突然変異、例えば遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドの置換、遺伝子の全体的な染色体配列換え、例えば転座や逆位、欠失などの、少なくとも１つの存在を確認することを含む。
【０２２３】
例えば遺伝的病変の検出は、（ｉ）配列番号１、またはその自然に生ずる突然変異体からの、センスまたはアンチセンス配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域、あるいは９３８７０遺伝子にもともと関連付けられている５’−または３’−フランキング配列を含有するオリゴヌクレオチドを含むプローブ／プライマーを提供すること、（ii）プローブ／プライマーを組織の核酸に暴露すること、および核酸へのプローブ／プライマーのハイブリダイゼーションによって、例えばｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションによって、遺伝的病変の存否を検出することを含むことができる。
【０２２４】
好ましい実施形態で、誤発現の検出は、９３８７０遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写レベルの変化、遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写の非野生型スプライシング・パターンの存在、あるいは９３８７０ＲＮＡまたはタンパク質の非野生型レベルの少なくとも１つの存在を確認することを含む。
【０２２５】
本発明の方法は、出生前スクリーニング、すなわち被験体の子孫が障害を負う危険性があるか否かを決定するのに使用することができる。
【０２２６】
好ましい実施形態で、この方法は、９３８７０遺伝子の構造、障害を負う危険性を示す異常な構造を判別することを含む。
【０２２７】
好ましい実施形態で、本方法は、被験体からのサンプルを９３８７０タンパク質または核酸に対する抗体に接触させて、特に遺伝子とハイブリダイズさせることを含む。これらおよびその他の実施形態について以下に論じる。
【０２２８】
診断および予後アッセイ
生体サンプル中の９３８７０タンパク質または核酸の存在、レベル、または不在は、試験対象から生体サンプルを得て、９３８７０タンパク質または核酸の存在が生体サンプル中で検出されるようにその生体サンプルを、９３８７０タンパク質または９３８７０タンパク質をコードする核酸（例えばｍＲＮＡやゲノムＤＮＡ）を検出することができる化合物または薬剤に接触させることによって評価することができる。「生体サンプル」という用語は、被験体から分離した組織、細胞、および生物学的流体、ならびに被験体内に存在する組織、細胞、および体液を含む。好ましい生体サンプルは血清である。９３８７０遺伝子の発現レベルは、９３８７０遺伝子でコードしたｍＲＮＡの測定、９３８７０遺伝子でコードしたタンパク質の量の測定、または９３８７０遺伝子でコードしたタンパク質の活性の測定を含むがこれらに限定されないいくつかの方法で測定することができる。
【０２２９】
細胞内の９３８７０遺伝子に対応するｍＲＮＡのレベルは、ｉｎ ｓｉｔｕフォーマットおよびｉｎ ｖｉｔｒｏフォーマットの両方により測定することができる。
【０２３０】
単離したｍＲＮＡは、サザンまたはノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析、およびプローブ・アレイを含むがこれらに限定されないハイブリダイゼーションまたは増幅アッセイに使用することができる。ｍＲＮＡレベルを検出するための１つの好ましい診断法では、単離したｍＲＮＡを、検出される遺伝子でコードしたｍＲＮＡにハイブリダイズできる核酸分子（プローブ）に接触させる。核酸プローブは、例えば配列番号１の核酸など完全長９３８７０核酸や、寄託ヌクレオチド配列、またはその一部であって、長さが少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００ヌクレオチドでありストリンジェントな条件下で９３８７０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドなどでよい。診断アッセイでの使用に適するその他のプローブについてここに述べる。
【０２３１】
あるフォーマットでは、ｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）を表面に固定化してプローブに接触させるが、これは例えば単離したｍＲＮＡをアガロースゲル上に流し、そのｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に移すことによって行う。代替のフォーマットでは、プローブを表面に固定化し、ｍＲＮＡ（またはｃＤＮＡ）を例えば２次元遺伝子チップ・アレイ内でプローブに接触させる。当業者なら、既知のｍＲＮＡ検出法を、９３８７０遺伝子でコードしたｍＲＮＡのレベル検出に利用することができる。
【０２３２】
９３８７０でコードしたサンプル中のｍＲＮＡのレベルは、例えばＲＴ−ＰＣＲ（米国特許第４,６８３,２０２号）、リガーゼ連鎖反応（Ｂａｒａｎｙ、１９９１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１８９〜１９３）、自律型配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４〜１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３〜１１７７）、Ｑ−βレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ他（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、ローリング・サークル複製（米国特許第５，８５４，０３３号）、または任意のその他の核酸増幅法による核酸増幅を行い、その後、当技術分野で知られている技法を使用してその増幅された分子を検出することにより、評価することができる。本明細書で使用する増幅プライマーは、９３８７０遺伝子の５’−または３’−領域（それぞれ正鎖および負鎖、あるいはその逆も同様）にアニールすることができる１対の核酸分子と定義され、それらの間に短い領域を含んでいる。一般に増幅プライマーは、長さが約１０〜３０ヌクレオチドであり、長さが約５０〜２００ヌクレオチドの領域の両側に位置している。適切な条件下で適切な試薬を用いることにより、そのようなプライマーで、プライマー間にヌクレオチド配列を含む核酸分子を増幅することが可能になる。
【０２３３】
ｉｎ ｓｉｔｕ法では、細胞または組織のサンプルを調製／処理し、典型的な場合はスライド・ガラスである支持体に固定化し、次いで分析される９３８７０遺伝子をコードするｍＲＮＡにハイブリダイズすることができるプローブに接触させる。
【０２３４】
別の実施形態で、この方法は、９３８７０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを検出することができる化合物または薬剤に対照サンプルをさらに接触させ、この対照サンプル中の９３８７０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在と、試験サンプル中の９３８７０ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡの存在を比較することを含む。
【０２３５】
９３８７０でコードしたタンパク質のレベルを測定するには、様々な方法を使用することができる。一般にこれらの方法は、抗体などのタンパク質に選択的に結合する薬剤をサンプルに接触させて、そのサンプル中のタンパク質のレベルを評価することを含む。好ましい実施形態では、抗体に、検出可能な標識が施されている。抗体はポリクローナルでよく、より好ましくはモノクローナルである。無傷の抗体またはその断片（例えばＦａｂやＦ(ａｂ’)₂）を使用することができる。プローブまたは抗体に関して「標識した」という用語は、検出可能な物質とプローブまたは抗体とを連結（すなわち物理的結合）することによるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに検出可能な物質と反応させることによるプローブまたは抗体の間接標識を包含するものとする。検出可能な物質の例を本明細書に示す。
【０２３６】
検出方法は、生体サンプル中の９３８７０タンパク質を生体外ならびに生体内で検出するのに使用することができる。９３８７０タンパク質を検出するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技法には、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫沈降、免疫蛍光、酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、およびウェスタンブロット分析が含まれる。９３８７０タンパク質を検出するためのｉｎ ｖｉｖｏ技法は、標識した抗９３８７０抗体を被験体に導入することを含む。例えば抗体は、被験体内での存在および位置を標準的な画像形成技法により検出することができる放射性マーカーで、標識することができる。
【０２３７】
別の実施形態で、この方法は、９３８７０タンパク質を検出することができる化合物または薬剤に対照サンプルを接触させ、その対照サンプル中の９３８７０タンパク質の存在と試験サンプル中の９３８７０タンパク質の存在を比較することをさらに含む。
【０２３８】
本発明は、生体サンプル中の９３８７０の存在を検出するためのキットも含む。例えばこのキットは、生体サンプル中および標準物質中の９３８７０タンパク質またはｍＲＮＡを検出することが可能な化合物または薬剤を含むことができる。化合物または薬剤は、適切な容器にパックすることができる。キットは、９３８７０タンパク質または核酸を検出するのにこのキットを使用するための取扱説明書をさらに含むことができる。
【０２３９】
抗体ベースのキットの場合、このキットは、（１）本発明のマーカーに対応するポリペプチドに結合する第１の抗体（例えば固体支持体に結合されている）と、（２）ポリペプチドまたは第１の抗体に結合し、また検出可能な薬剤に接合される、第２の異なる抗体を含むことができる。
【０２４０】
オリゴヌクレオチド・ベースのキットの場合、このキットは、（１）本発明のマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸配列にハイブリダイズする、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチド、または（２）本発明のマーカーに対応する核酸分子の増幅に役立つ１対のプライマーを含むことができる。キットは、緩衝剤、保存剤、またはタンパク質安定化剤も含むことができる。キットは、検出可能な薬剤を検出するのに必要な成分（例えば酵素や基質）も含むことができる。キットは、アッセイを行って含有される試験サンプルと比較することができる、対照サンプルまたは一連の対照サンプルを含有することもできる。キットの各構成要素は個々の容器に包封することができ、これら様々な容器の全ては、このキットを使用して行われるアッセイの結果を解釈するための取扱説明書と共に、単一のパッケージ内に含めることができる。
【０２４１】
本明細書で述べる診断方法は、誤発現し、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に関連した疾病または障害があり、あるいはそのような病気または障害を発症する危険性のある被験体を、特定することができる。本明細書で使用する「望ましくない」という用語は、痛みなどの生体応答または細胞増殖の調節解除に関与する望ましくない現象を含む。
【０２４２】
一実施形態では、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に伴う疾病または障害が特定される。試験サンプルを被験体から得て、９３８７０タンパク質または核酸（例えばｍＲＮＡやゲノムＤＮＡ）について評価するが、この場合、９３８７０タンパク質または核酸のレベル、例えばその存否は、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に伴う疾病または障害があり、あるいはそのような疾病または障害の危険性がある被験体の診断に役立つものである。本明細書で使用する「試験サンプル」は、生物学的流体（例えば血清）、細胞サンプル、または組織も含めた問題の被験体から得られた生体サンプルを指す。
【０２４３】
本明細書で述べる予後アッセイは、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に伴う疾病または障害を治療するために、薬剤（例えば作動薬や拮抗薬、ペプチド模擬体、タンパク質、ペプチド、核酸、小分子、その他の薬物候補）を被験体に投与できるか否か決定する際に使用することができる。例えばそのような方法は、９３８７０発現または活性をモジュレートする薬剤で効果的に被験体を治療できるかどうか決定するのに使用することができる。
【０２４４】
本発明の方法は、９３８７０遺伝子の遺伝的変化を検出し、それによって、変化した遺伝子を持つ被験体に、ケモカイン相互作用や炎症、神経伝達、光受容、ホルモン受容など９３８７０タンパク質活性または核酸発現の調節ミスを特徴とする障害の危険性があるかどうか判別するのにも使用することができる。好ましい実施形態では、この方法は、９３８７０タンパク質をコードする遺伝子の完全性に影響を及ぼす変化または９３８７０遺伝子の誤発現の少なくとも１つを特徴とする遺伝的変化が、被験体からのサンプル中にあるか否かを検出することを含む。例えばそのような遺伝的変化は、１）９３８７０遺伝子からの１つまたは複数のヌクレオチドの欠失、２）９３８７０遺伝子への１つまたは複数のヌクレオチドの付加、３）９３８７０遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチドの置換、４）９３８７０遺伝子の染色体再配列、５）９３８７０遺伝子のメッセンジャーｍＲＮＡ転写レベルの変化、６）ゲノムＤＮＡのメチル化パターンなど、９３８７０遺伝子の異常な変更、７）９３８７０遺伝子のメッセンジャーｍＲＮＡ転写の非野生型スプライシング・パターンの存在、８）９３８７０タンパク質の非野生型レベル、９）９３８７０遺伝子の対立遺伝子欠損、および１０）９３８７０タンパク質の不適当な翻訳後修飾の少なくとも１つの存在を確認することによって検出できる。
【０２４５】
変化は、アンカーＰＣＲやＲＡＣＥ−ＰＣＲなどのポリメラーゼ連鎖反応で、あるいは連結連鎖反応（ＬＣＲ）で、プローブ／プライマーなしで検出することができ、９３８７０遺伝子の点突然変異を検出するには後者が特に有用と考えられる。この方法は、被験体からの細胞サンプルを採取するステップと、そのサンプルから核酸（例えばゲノムやｍＲＮＡ、またはその両方）を単離するステップと、９３８７０遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下（存在する場合）、９３８７０遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つまたは複数のプライマーに核酸サンプルを接触させるステップと、増幅産物の存否を検出するステップ、または増幅産物のサイズを検出するステップと、その長さを対照サンプルと比較するステップを含むことができる。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書で述べる突然変異の検出に使用される技法のいずれかと併せて予備増幅ステップとして使用することが望ましいと考えられる。
【０２４６】
代替の増幅方法には、自律型配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉ他（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４〜１８７８）、転写増幅システム（Ｋｗｏｈ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３〜１１７７）、Ｑ−βレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉ他（１９８８）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１１９７）、またはその他の核酸増幅法が含まれ、その後で、当業者に知られている技法を使用して、増幅した分子の検出を行う。
【０２４７】
別の実施形態で、サンプル細胞からの９３８７０遺伝子での突然変異は、制限酵素切断パターンの変化を検出することによって確認できる。例えば、サンプルおよび対照ＤＮＡを単離し、増幅し（任意選択で）、１つまたは複数の制限エンドヌクレアーゼで消化し、断片長サイズを、例えばゲル電気泳動によって決定し、比較する。サンプルと対照ＤＮＡとの断片長サイズに差があることは、サンプルＤＮＡに突然変異があることを示している。さらに、配列に特異的なリボザイム（例えば米国特許第５，４９８，５３１号）の使用は、リボザイム切断部位の発生または欠損による特異的な突然変異の存在のスコアをとるのに使用することができる。
【０２４８】
その他の実施形態で、９３８７０における遺伝子突然変異は、例えば２次元アレイや例えばチップ・ベースのアレイによって、ＤＮＡやＲＮＡなどの対照核酸にサンプルをハイブリダイズすることにより確認できる。そのようなアレイは複数のアドレスを含み、そのそれぞれの位置は、互いに区別できるものである。複数のアドレスのそれぞれには、異なるプローブが位置付けられている。アレイは高密度のアドレスを有することができ、例えば何百、何千ものオリゴヌクレオチド・プローブを含むことができる（Ｃｒｏｎｉｎ他（１９９６）Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．７：２４４〜２５５；Ｋｏｚａｌ他（１９９６）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．２：７５３〜７５９）。例えば、９３８７０における遺伝子突然変異は、記載されている（前掲のＣｒｏｎｉｎ他）光生成ＤＮＡプローブを含む２次元アレイで各にすることができる。簡単に言うと、プローブの第１のハイブリダイゼーション・アレイを使用して、サンプルおよび対照中のＤＮＡの長い伸長鎖全体をスキャンし、逐次オーバーラップするプローブの線形アレイを作製することによって配列間の塩基の変化を確認することができる。このステップにより、点突然変異の確認が可能になる。このステップの後、第２のハイブリダイゼーション・アレイを用い、検出される全ての変種または突然変異に相補的な、より小さい特殊なプローブ・アレイを使用することによって、特異的な突然変異の特徴付けを可能にする。各突然変異アレイは、平行なプローブの組からなり、一方は野生型遺伝子に相補的であり他方は突然変異遺伝子に相補的である。
【０２４９】
さらに別の実施形態では、当技術分野で知られている様々な配列決定反応のいずれかを使用して、９３８７０遺伝子を直接配列決定し、サンプル９３８７０の配列と対応する野生型（対照）配列とを比較することによって突然変異を検出することができる。診断アッセイを実行する場合は（１９９５、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８）、質量分析法による配列決定を含めた自動化配列決定手順を利用することができる。
【０２５０】
９３８７０遺伝子における突然変異を検出するためのその他の方法では、ＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ２重鎖での不適正塩基を検出するために、切断剤からの保護を行う方法を含む（Ｍｅｙｅｒ他（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２；Ｃｏｔｔｏｎ他（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａ他（１９９２）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６〜２９５）。
【０２５１】
さらに別の実施形態で、不適正切断反応は、細胞サンプルから得られた９３８７０ｃＤＮＡの点突然変異を検出しマッピングするよう規定された系内で、２本鎖ＤＮＡの不適正塩基対を認識する１つまたは複数のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡ不適正修復」酵素）を使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素はＧ／Ａ不適正でＡを切断し、ＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシラーゼはＧ／Ｔ不適正でＴを切断する（Ｈｓｕ他（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ １５：１６５７〜１６６２；米国特許第５,４５９,０３９号）。
【０２５２】
その他の実施形態では、９３８７０遺伝子の突然変異を確認するために、電気泳動移動度の変化を使用することになる。例えば、突然変異体と野生型核酸との電気泳動移動度の差を検出するには、１本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）を使用すればよい（Ｏｒｉｔａ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９）。サンプルおよび対照の９３８７０核酸の１本鎖ＤＮＡ断片は変性し、さらに復元される。１本鎖核酸の２次構造は配列によって様々であり、結果的に生じる電気泳動移動度の変化によって、単一の塩基の変化でさえ検出可能になる。ＤＮＡ断片は、標識プローブで標識しまたは検出することができる。アッセイの選択性は、２次構造が配列の変化に対してより感受性の高いＲＮＡ（ＤＮＡではなく）を使用することによって、高めることができる。好ましい実施形態で、対象となる方法は、電気泳動移動度の変化に基づいて２本鎖のヘテロ２重鎖分子を分離するために、ヘテロ２重鎖分析を利用する（Ｋｅｅｎ他（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ ７：５）。
【０２５３】
さらに別の実施形態では、変性剤の勾配を含むポリアクリルアミドゲルでの突然変異体または野生型断片の移動に関し、変性剤勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイを行う（Ｍｙｅｒｓ他（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５）。ＤＧＧＥを分析方法として使用する場合、例えばＰＣＲにより約４０塩基対の高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを加えることによって、確実に完全に変性しないようＤＮＡを修飾する。他の実施形態では、変性勾配の代わりに温度勾配を使用して、対照とサンプルのＤＮＡの移動度の差を明らかにする（ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｃｈｅｍ ２６５：１２７５３）。
【０２５４】
点突然変異を検出するためのその他の技法の例には、選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長法が含まれるが、これらに限定されない（Ｓａｉｋｉ他（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉ他（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：６２３０）。
【０２５５】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子に特異的な増幅技術を、本発明と併せて使用することができる。特異的な増幅に対するプライマーとして使用したオリゴヌクレオチドは、分子の中央（増幅がディファレンシャルハイブリダイゼーションに依存するように；Ｇｉｂｂｓ他（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８）、または一方のプライマーの末端の３’−末端であって、適切な条件下、不適正によりポリメラーゼ伸長を防止しまたは軽減することができる場所に（Ｐｒｏｓｓｎｅｒ、１９９３、Ｔｉｂｔｅｃｈ １１：２３８）、問題の突然変異を持つことができる。さらに、切断をベースとした検出がなされるように、新規な制限部位を突然変異の領域に導入することが望ましいと考えられる（Ｇａｓｐａｒｉｎｉ他（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｂｅｓ ６：１）。ある実施形態では、増幅用のＴａｑリガーゼを使用して増幅を行うことも考えられる（Ｂａｒａｎｙ、１９９１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：１８９）。そのような場合、５’−配列の３’−末端に完全な適正が存在する場合のみ連結反応が生じることになり、増幅の存否を探すことによって、特定の部位での既知の突然変異の存在を検出することが可能になる。
【０２５６】
本明細書で述べる方法は、例えば、本明細書で述べる少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含んだ事前にパックした診断用キットを使用することができ、これは例えば、９３８７０遺伝子に関わる疾患または病気の徴候または家族暦を示す患者を診断する臨床の場で都合良く使用することができるものである。
【０２５７】
代替マーカーとしての９３８７０分子の使用
本発明の９３８７０分子は、障害または病態のマーカーとして、病態の前駆体に対するマーカーとして、病態の素因に対するマーカーとして、薬物活性のマーカーとして、または被験体の薬理ゲノム・プロフィルのマーカーとしても有用である。本明細書で述べる方法を使用して、本発明の９３８７０分子の存否および／または量を検出することができ、生体内で１つまたは複数の生物学的状態と相関させることができる。例えば、本明細書の９３８７０分子は、１つまたは複数の障害または病態あるいは病態をもたらす状態に対する代替マーカーとしての役割をすることができる。本明細書で使用する「代替マーカー」は、客観的な生化学的マーカーであり、疾病または障害の存否あるいは疾病または障害の進行（例えば腫瘍の存否）に相関するものである。そのようなマーカーの存在または量は疾病に応じて様々である。したがってこれらのマーカーは、特定の治療方針が病態または障害を軽減するのに効果的であるかどうかを示すのに役立てることができる。代替マーカーは、標準的な方法を用いて病態または障害の存在または程度を評価することが困難な場合（例えば早期の腫瘍）、または潜在的に危険な臨床上の最終点に至る前に、疾病の進行を評価することが望ましい場合（例えば、心筋梗塞または完全に発症したＡＩＤＳの望ましくない臨床結果が生じるよりもかなり前に、コレステロール・レベルを代替マーカーとして使用して心臓血管疾患の評価を行うことができ、ＨＩＶ ＲＮＡレベルを代替マーカーと使用してＨＩＶ感染の分析を行うことができる）に、特に役立つものである。代替マーカーの使用の例が記載されている（例えば、Ｋｏｏｍｅｎ他（２０００）Ｊ．Ｍａｓｓ．Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．３５：２５８〜２６４；Ｊａｍｅｓ（１９９４）ＡＩＤＳ Ｔｒｅａｔ．Ｎｅｗｓ Ａｒｃｈ．２０９）。
【０２５８】
本発明の９３８７０分子は、薬力学マーカーとして使用することもできる。本明細書で使用する「薬力学マーカー」は、薬物効果に特に相関する客観的な生化学的マーカーである。薬力学マーカーの存在または量は、薬物が投与される病態または障害に関係せず、したがってマーカーの存在または量は、被験体内の薬物の存在または活性を示すものである。例えば薬力学マーカーは、薬物のレベルに関連してその組織内で発現しまたは転写されあるいは発現せず転写されないので、そのマーカーは生体組織中の薬物の濃度を示すことができる。このように薬物の分布または吸収は、薬力学マーカーによってモニターすることができる。同様に、薬力学マーカーの存在または量は、薬物の代謝産物の存在または量に関係付けられ、その結果、マーカーの存在または量は、生体内での薬物の相対的な分解速度を示すことになる。薬力学マーカーは、特に薬物を低用量で投与した場合、薬物効果の検出感度を高めるのに特に役立つものである。少量の薬物であっても、マーカー（例えば９３８７０マーカー）の転写および発現を複数回引き起こすのに十分であるので、増幅したマーカーは、薬物そのものよりもさらに容易に検出可能な量になる。またマーカーは、そのマーカー自体の性質に起因して、例えば本明細書で述べた方法を使用してより容易に検出することができ、９３８７０タンパク質マーカーに対して免疫ベース検出システムで抗９３８７０抗体を使用することができ、または９３８７０ｍＲＮＡマーカーを検出するために、９３８７０に特異的な放射性標識プローブを使用することができる。さらに、薬力学マーカーを使用することにより、可能な直接観察の範囲を超えて、薬物治療に起因するメカニズム・ベースの危険性の予測を行うことができる。薬力学マーカーの使用の例が記載されている（例えば米国特許第６，０３３，８６２号；Ｈａｔｔｉｓ他（１９９１）Ｅｎｖ．Ｈｅａｌｔｈ Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．９０：２２９〜２３８；Ｓｃｈｅｎｔａｇ（１９９９）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６ Ｓｕｐｐｌ．３：Ｓ２１〜Ｓ２４；Ｎｉｃｏｌａｕ（１９９９）Ａｍ，Ｊ．Ｈｅａｌｔｈ−Ｓｙｓｔ．Ｐｈａｒｍ．５６ Ｓｕｐｐｌ．３：Ｓ１６〜Ｓ２０）。
【０２５９】
本発明の９３８７０分子は、薬理ゲノム・マーカーとしても有用である。本明細書で使用する「薬理ゲノム・マーカー」は、被験体内での特異的な臨床薬物応答または感受性に相関する、客観的な生化学的マーカーである（例えば、ＭｃＬｅｏｄ他（１９９９）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ３５：１６５０〜１６５２）。薬理ゲノム・マーカーの存在または量は、薬物投与前の、特定の薬物またはクラスの薬物に対して予測される、被験体の応答に関係する。被験体内の１つまたは複数の薬理ゲノム・マーカーの存在または量を評価することによって、その被験体に最も適切な薬物療法、または成功の度合いがより大きいと予測される薬物療法を選択することができる。例えば、被験体内での特定の腫瘍マーカーに対するＲＮＡやタンパク質（例えば９３８７０タンパク質またはＲＮＡ）の存在または量に基づいて、被験体内に存在し得る特定の腫瘍の治療に最適な、薬物または治療過程を選択することができる。同様に、９３８７０ＤＮＡにおける特定配列の突然変異の存否は、９３８７０薬物応答に相関する。したがって薬理ゲノム・マーカーを使用することにより、治療を施す必要なく、各被験体ごとに最も適切な治療を適用することが可能になる。
【０２６０】
医薬組成物
本発明の核酸およびポリペプチド、その断片、ならびに抗９３８７０抗体および９３８７０の小分子モジュレーター（本明細書では「活性化合物とも呼ぶ」）は、医薬組成物に組み込むことができる。そのような組成物は、典型的な場合、核酸分子、タンパク質、または抗体および医薬品として許容される担体を含む。本明細書で使用する「医薬品として許容される担体」には、医薬品投与に適合する溶媒、分散媒、コーティング、抗菌および抗真菌剤、等張性および吸収遅延剤などが含まれる。補足の活性化合物もこの組成物に組み入れることができる。
【０２６１】
医薬組成物は、その意図される投与経路に適合するよう配合される。投与経路の例には、非経口投与、例えば静脈内投与、皮内投与、皮下投与、経口投与（例えば吸入）、経皮投与（局所的）、経粘膜投与、および直腸投与が含まれる。非経口、皮内、または皮下適用に使用される溶液または懸濁液は、以下の成分、すなわち注射用の水や生理食塩液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、その他の合成溶媒などの滅菌稀釈剤；ベンジルアルコールやメチルパラベンなどの抗菌剤；アスコルビン酸や亜硫酸水素ナトリウムなどの酸化防止剤；エチレンジアミン四酢酸などのキレート化剤；アセテートやシトレート、ホスフェートなどの緩衝液と、塩化ナトリウムやデキストロースなど張度を調整する薬剤を含むことができる。ｐＨは、塩酸や水酸化ナトリウムなど、酸または塩基で調整することができる。非経口製剤は、ガラス製またはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジ、または多回用量バイアル内に包封することができる。
【０２６２】
注射可能な用途に適する医薬品組成物は、滅菌水溶液（水溶性の場合）または分散液と、注射可能な滅菌溶液または分散液の直前調製用の滅菌粉末を含む。静脈内投与の場合、適切な担体は、生理食塩液、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、ＮＪ）、またはリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。全ての場合において、組成物は滅菌されていなければならず、容易に注射器に適用できる程度まで流体であるべきである。組成物は、製造および貯蔵条件下で安定であるべきであり、細菌や真菌などの微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。担体は、例えば水やエタノール、ポリオール（例えばグリセロールやプロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、およびこれらの適切な混合物を含有する溶媒または分散媒でよい。適正な流動性は、例えばレシチンなどのコーティングを使用することによって、分散液の場合は必要とされる粒径を維持することによって、また界面活性剤を使用することによって、維持することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌および抗真菌剤、例えばパラベンやクロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどによって、行うことができる。多くの場合、組成物中に等張剤、例えば糖や、マンニトールなどのポリアルコール、ソルビトール、塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射可能な組成物の長時間にわたる吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンを組成物中に含めることによって実現することができる。
【０２６３】
滅菌注射溶液は、上述の成分の１種または組合せと共に適切な溶媒に必要とされる量の活性化合物を混ぜ、その後、滅菌濾過することによって調製することができる。一般に分散液は、塩基性分散媒と上記のうち必要とされるその他の成分を含有する滅菌ビヒクルに活性化合物を混ぜることによって調製される。滅菌注射溶液を調製するための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は真空乾燥および凍結乾燥であり、活性成分と、任意の追加の所望の成分であってその前もって滅菌濾過した溶液からのものを合わせた粉末が得られる。
【０２６４】
経口組成物は、一般に、不活性な稀釈剤または食べられる担体を含む。経口療法を施すために、活性化合物を賦形剤と共に組み入れることができ、錠剤、トローチ、またはカプセル、例えばゼラチン・カプセルの形で使用される。経口組成物は、うがい薬として使用される流体担体を使用して調製することもできる。医薬品として相溶性のある結合剤および／または補助薬物質を、組成物の一部として含めることができる。錠剤、丸薬、カプセル、トローチなどは、下記の成分、すなわち微晶質セルロースやトラガントガム、ゼラチンなどの結合剤；デンプンやラクトースなどの賦形剤；アルギン酸やＰｒｉｍｏｇｅｌ（商標）、コーンスターチなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムやＳｔｅｒｏｔｅｓ（商標）などの潤滑剤；コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤；スクロースやサッカリンなどの甘味料；またはペパーミントやサリチル酸メチル、オレンジ・フレーバーなどの香料のいずれか、または同様の性質を持つ化合物のいずれかを含有することができる。
【０２６５】
吸入により投与する場合、化合物は、適切な噴射剤、例えば二酸化炭素などの気体が入っている加圧容器またはディスペンサー、あるいはネブライザーからエアロゾル・スプレイの形で送達される。
【０２６６】
全身投与も経粘膜または経皮手段によるものでよい。経粘膜または経皮投与では、浸透すべき障壁に適切な浸透剤を、配合物中に使用する。そのような浸透剤は、一般に当技術分野で知られており、例えば経粘膜投与では、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与は、点鼻スプレイまたは坐薬を使用することによって行うことができる。経皮投与では、一般に当技術分野で知られるように、活性化合物を、軟膏、膏薬、ゲル、またはクリームに配合する。
【０２６７】
直腸送達の場合、化合物は、坐薬（例えば、ココア・バターやその他のグリセリドなど従来の坐薬ベースと共に）または停留浣腸の形に調製することもできる。
【０２６８】
一実施形態で、活性化合物は、制御放出配合物など、体内から化合物が急速に排除されないよう保護する担体と共に調製し、インプラントおよびマイクロカプセル化送達システムが含まれる。エチレン酢酸ビニルやポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、ポリ乳酸など、生分解性の生体適合性ポリマーを使用することができる。そのような配合物の調製方法は、当業者に明らかにされよう。これらの材料は、Ａｌｚａ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業上入手することもできる。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に向けられたモノクローナル抗体を使用して感染細胞を標的としたリポソームを含む）も、医薬品として許容される担体として使用することができる。これらは、記述されている方法（例えば米国特許第４,５２２,８１１号）に従って調製することができる。
【０２６９】
経口または非経口組成物は、投与を容易にし用量を均一にするため、単回剤形で配合することが有利である。本明細書で使用する単回剤形は、治療する被験体に対する単回用量として適切な、物理的に分離した単位を指し、各単位は、必要とされる医薬品担体と共同して所望の治療効果が得られるよう計算された所定量の活性化合物を含有する。
【０２７０】
そのような化合物の毒性および治療効果は、細胞培養物または実験動物で、例えばＬＤ₅₀（個体群の５０％に致命的な用量）およびＥＤ₅₀（個体群の５０％に治療上効果的な用量）を決定するための標準的な製薬手順によって決定することができる。毒性と治療の効果の用量比は治療指数であり、比ＬＤ₅₀／ＥＤ₅₀で表すことができる。高い治療指数を示す化合物が好ましい。毒の副作用を示す化合物を使用することができるが、感染していない細胞に損傷が生じる可能性を最小限に抑えそれによって副作用を減少させるために、影響を受ける組織部位をそのような化合物で狙う送達システムを設計する際には、注意を払うべきである。
【０２７１】
細胞培養アッセイおよび動物での調査から得られたデータは、ヒトに使用される投薬量の範囲を策定するのに使用することができる。そのような化合物の投薬量は、毒性がわずかしかないか全くないＥＤ₅₀を含む循環濃度の範囲内であることが好ましい。投薬量は、使用される剤形および利用される投与経路に応じてこの範囲内で様々に変えることができる。本発明の方法で使用される任意の化合物では、治療上有効な用量を、細胞培養アッセイから初めに推定することができる。用量は、動物モデルに合わせて策定され、それによって、細胞培養で決定されたＩＣ₅₀（すなわち、最大症状の半分が阻害される試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を実現することができる。そのような情報は、ヒトに有用な用量をより正確に決定するのに使用することができる。血漿でのレベルは、例えば高性能液体クロマトグラフィによって測定することができる。
【０２７２】
本明細書で定義される、治療上有効な量のタンパク質またはポリペプチド（すなわち有効投薬量）は、体重１キログラムあたり約０.００１〜３０ミリグラム、好ましくは体重１キログラムあたり約０.０１〜２５ミリグラム、より好ましくは体重１キログラムあたり約０.１〜２０ミリグラム、さらに好ましくは１キログラムあたり約１〜１０ミリグラム、１キログラムあたり２〜９ミリグラム、１キログラムあたり３〜８ミリグラム、１キログラムあたり４〜７ミリグラム、または体重１キログラムあたり５〜６ミリグラムに及ぶ。タンパク質またはポリペプチドは、約１〜１０週間の間、好ましくは２〜８週間の間、より好ましくは約３〜７週間の間、さらに好ましくは約４、５、または６週間の間、週あたり１回投与すればよい。当業者なら、疾病または障害の重篤さや前の治療、被験体の全身の健康および／または年齢、その他の存在する疾病を含むがこれらに限定されないある要因が、被験体を効果的に治療するのに必要な投薬量およびタイミングに影響を及ぼす可能性があることを理解するであろう。さらに、治療上有効な量のタンパク質、ポリペプチド、または抗体による被験体の治療には、１回の治療が含まれ、または好ましくは一連の治療が含まれる。
【０２７３】
抗体の場合、好ましい投薬量は、体重１キログラムあたり０.１ミリグラムである（一般に１キログラムあたり１０〜２０ミリグラム）。抗体が脳内で作用する場合、１キログラムあたり５０〜１００ミリグラムの投薬量が通常は適切である。一般に、部分ヒト抗体および完全ヒト抗体は、人体内での半減期がその他の抗体よりも長い。したがって投薬量を少なくし、投与する頻度を少なくすることも、しばしば可能である。抗体を安定化し、吸収および組織の浸透（例えば脳内へ）を高めるために、脂質化などの変性を使用することができる。抗体を脂質化するための方法は、Ｃｒｕｉｋｓｈａｎｋ他（１９９７）Ｊ．ＡＩＤＳ Ｈｕｍ．Ｒｅｔｒｏｖｉｒ．１４：１９３に記載されている。
【０２７４】
本発明は、発現または活性をモジュレートする薬剤を包含する。薬剤は、例えば小分子でよい。例えばそのような小分子には、ペプチド、ペプチド模擬体（例えばペプトイド）、アミノ酸、アミノ酸類似体、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド類似体、ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、分子量がモルあたり約１０,０００グラム未満の有機または無機化合物（すなわちヘテロ有機および有機金属化合物を含む）、分子量がモルあたり約５,０００グラム未満の有機または無機化合物、分子量がモルあたり約１,０００グラム未満の有機または無機化合物、分子量がモルあたり約５００グラム未満の有機または無機化合物、およびこれらの塩、エステル、およびその他の医薬品として許容される形のものが含まれるが、これらに限定されない。
【０２７５】
例示的な用量には、被験体またはサンプルの重量１キログラムあたり小分子がミリグラムまたはマイクログラム単位の量のものが含まれる（例えばキログラムあたり約１マイクログラムからキログラムあたり約５００ミリグラム、キログラムあたり約１００マイクログラムからキログラムあたり約５ミリグラム、またはキログラムあたり約１マイクログラムからキログラムあたり約５０ミリグラム）。小分子の適切な用量は、モジュレートされる発現または活性に対する小分子の効力に応じて変化することが、さらに理解される。本発明のポリペプチドまたは核酸の発現または活性をモジュレートするために、これら小分子の１つまたは複数を動物（例えばヒト）に投与する場合、例えば医師、獣医師、または研究者は初めに比較的低い用量を処方して、その後、適切な応答が得られるまで用量を増やすことができる。さらに、任意の特定の動物被験体に対する特定の用量レベルは、使用される特定の化合物の活性、被験体の年齢、体重、全身の健康、性別、および食餌、投与時間、投与経路、排出速度、任意の薬物の組合せ、モジュレートされる発現または活性の程度を含めた様々な要因に応じて変わることが理解される。
【０２７６】
抗体（またはその断片）は、細胞毒や治療薬、放射性金属イオンなどの治療部分に接合することができる。細胞毒または細胞毒性の薬剤は、細胞に有害な何らかの薬剤を含む。その例には、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、ミトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルチシン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトキザントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロパノール、およびプロマイシン、およびこれらの類似体または同族体が含まれる。治療薬には、代謝拮抗物質（例えばメトトレキセートや６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルデカルバジン）、アルキル化剤（例えばメクロレタミンやチオエパクロラムブシル、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロトスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、ｃｉｓ−ジクロロジアミン白金（II）ＤＤＰＣシスプラチン）、アントラサイクリン（例えばダウノルビシン（以前はダウノマイシン）やドキソルビシン）、抗生物質（例えばダクチノマイシン（以前はアクチノマイシン）やブレオマイシン、ミトラマイシン、アントラマイシン（ＡＭＣ））、抗有糸分裂薬（例えばビンクリスチンやビンブラスチン）が含まれるがこれらに限定されない。
【０２７７】
本発明の接合体は、所与の生物学的応答を変更するために使用することができ、その薬物部分は、従来からの化学的治療薬に限定されると解釈するものではない。例えば薬物部分は、所望の生体活性を有するタンパク質またはポリペプチドでよい。そのようなタンパク質には、例えば、アブリンやリシンＡ、ゲロニン、シュードモナス属の外毒素、ジフテリア毒素などの毒素；腫瘍壊死因子やαインターフェロン、βインターフェロン、神経発育因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲン賦活剤などのタンパク質；または例えばリンホカインやインターロイキン−１、−２、および−６、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、顆粒球コロニー刺激因子、その他の増殖因子などの生物学的応答調節剤が含まれる。
【０２７８】
あるいは抗体を第２の抗体に接合して、米国特許第４,６７６,９８０号でＳｅｇａｌにより記述される抗体ヘテロ接合体を形成することができる。
【０２７９】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入することができ、遺伝子治療ベクターとして使用することができる。遺伝子治療ベクターは、例えば静脈内注射や局所投与（米国特許第５,３２８,４７０号）によって、または定位注入（例えばＣｈｅｎ他（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４〜３０５７）によって、被験体に送達することができる。遺伝子治療ベクターの医薬品調剤は、許容される稀釈剤に遺伝子治療ベクターを含むことができ、または遺伝子送達ビークルが埋め込まれた遅効性マトリックスを含むことができる。あるいは、レトロウイルスベクターなど組換え細胞から無傷の状態で完全遺伝子送達ベクターを生成することができる場合、その医薬品調剤は、遺伝子送達系を生成する１つまたは複数の細胞を含むことができる。
【０２８０】
医薬組成物は、投与のための取扱説明書と共に、容器、パック、またはディスペンサーに含めることができる。
【０２８１】
治療方法
本発明は、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に関連する障害の危険性があり（または障害を受け易く）またはそのような障害を持つ被験体を治療するための、予防方法および治療方法の両方を提供する。予防的治療法および実際に治すための治療法の両方に関し、そのような治療は、薬理ゲノム学の分野から得られた知識に基づいて特異的に調整しまたは修正することができる。本明細書で使用する「薬理ゲノム学」は、臨床開発中の薬物および市場に出ている薬物に、遺伝子配列決定や統計遺伝学、遺伝子発現分析などのゲノム技術を利用することを指す。より具体的にはこの用語は、患者の遺伝子が、薬物に対するその患者の応答をどのように決定するかという研究を指す（例えば患者の「薬物応答表現型」や「薬物応答遺伝子型」）。したがって本発明の別の態様は、本発明の９３８７０分子または９３８７０モジュレーターによる個体の予防的または治療的療法を、個体の薬物応答遺伝子型に合わせて調整するための方法を提供する。
【０２８２】
治療は、疾病、疾病の症状、または疾病に対する素因の治療、治癒、緩和、軽減、変化、矯正、改善、改良、または影響を及ぼす目的で、疾病、疾病の徴候、または疾病に対する素因を有する患者への治療薬の施用または投与と定義され、あるいはそのような患者から単離した組織または細胞系への治療薬の施用または投与と定義される。
【０２８３】
治療薬には、小分子、ペプチド、抗体、リボザイム、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれるがこれらに限定されない。
【０２８４】
薬理ゲノム学によって、臨床医または医師は、予防的または治療的療法から最も利益を得る患者にその療法を合わせることが可能になり、毒性薬物に関連した副作用を引き起こす患者の治療を避けることが可能になる。
【０２８５】
一実施形態で、本発明は、異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性に関連した被験体の疾病または状態を、その被験体に９３８７０あるいは９３８７０発現または少なくとも１つの９３８７０活性をモジュレートする薬剤を投与することによって防止するための方法を提供する。異常なまたは望ましくない９３８７０発現または活性によって引き起こされあるいはそのような発現または活性に寄与する疾病の危険性がある被験体は、例えば本明細書で述べる診断または予後アッセイのいずれかまたはそれらの組合せによって特定することができる。予防薬の投与は、９３８７０異常の特性を示す徴候発現の前に行うことができ、その結果、疾病または障害が予防され、あるいはその進行が遅くなる。９３８７０異常のタイプに応じ、被験体の治療をするために例えば９３８７０作動薬や９３８７０拮抗薬を使用することができる。適切な薬剤は、本明細書で述べるスクリーニング・アッセイに基づいて決定することができる。
【０２８６】
一部の９３８７０障害は、少なくとも部分的に、異常レベルの遺伝子産物によってまたは異常活性を示す遺伝子産物の存在によって、引き起こされる可能性がある。したがって、そのような遺伝子産物のレベルおよび／または活性の低下により、障害症状が改善されると考えられる。
【０２８７】
論じたように、首尾よく行われる９３８７０障害の治療は、標的遺伝子産物の発現または活性を阻害するのに役立つ技法によってもたらされる。例えば上述のアッセイを使用して特定された、負のモジュレーション活性を示すことが明らかにされた化合物は、９３８７０障害の徴候を予防しかつ／または改善するために本発明にしたがって使用することができる。そのような分子には、ペプチド、ホスフォペプチド、小有機または無機分子、または抗体（例えばポリクローナル、モノクローナル、ヒト、ヒト化、抗イディオタイプ、キメラまたは１本鎖抗体、およびＦａｂ、Ｆ(ａｂ’)₂およびＦａｂ発現ライブラリー断片、ｓｃＦＶ分子、およびこれらのエピトープ結合断片を含む）を含めることができるがこれらに限定されない。
【０２８８】
さらに、標的遺伝子の発現を阻害するアンチセンスおよびリボザイム分子も、標的遺伝子発現のレベルを低下させるために本発明にしたがって使用することができ、したがって標的遺伝子活性のレベルが効果的に低下する。さらに、標的遺伝子活性のレベルを低下させるため、３重らせん分子を利用することができる。アンチセンス、リボザイム、および３重らせん分子は既に述べたものである。
【０２８９】
突然変異遺伝子発現を減少させまたは阻害するためにアンチセンス、リボザイム、および／または３重らせん分子を使用することによって、正常な標的遺伝子の対立遺伝子によって生成されたＲＮＡの転写（３重らせん）および／または翻訳（アンチセンス、リボザイム）を減少させまたは阻害することも可能であり、その結果、存在する正常な標的遺伝子産物の濃度を、正常な表現型に必要とされるよりも下げることができる。そのような場合、正常な標的遺伝子活性を示す標的遺伝子ポリペプチドをコードし発現する核酸分子を、遺伝子治療法によって細胞に導入することができる。あるいは、標的遺伝子が細胞外タンパク質をコードする場合、細胞または組織の標的遺伝子活性の必須レベルを維持するために、正常な標的遺伝子タンパク質をその細胞または組織に同時投与することが好ましいと考えられる。
【０２９０】
９３８７０発現を特徴とする疾病を治療しまたは予防する際に核酸分子を利用することができる別の方法は、９３８７０タンパク質に特異的なアプタマー分子を使用することである。アプタマーは、タンパク質のリガンドに特異的に結合させる３次構造を有する核酸分子である（例えばＯｓｂｏｒｎｅ他（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１：５〜９；Ｐａｔｅｌ（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１：３２〜４６）。核酸分子は多くの場合、治療用タンパク質分子を用いる場合よりも都合良く標的細胞に導入することができるので、アプタマーは、多分化効果を発揮することができる薬物またはその他の分子を導入せずに９３８７０タンパク質活性を特に低下させることができる方法を提供する。
【０２９１】
標的遺伝子産物に特異的でありかつ標的遺伝子産物の活性を低下させる抗体を生成することができる。したがってそのような抗体は、９３８７０障害の治療に負のモジュレーション技法が適切である場合に投与することができる。
【０２９２】
抗体産生を刺激するために９３８７０タンパク質またはエピトープを動物またはヒト被験体に注射することがその被験体に有害である場合、抗イディオタイプ抗体を使用することによって、９３８７０に対する免疫応答を生成することが可能である（例えばＨｅｒｌｙｎ（１９９９）Ａｎｎ．Ｍｅｄ．３１：６６〜７８；Ｂｈａｔｔａｃｈａｒｙａ−Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ他（１９９８）ＣａｎｃｅｒＴｒｅａｔ．Ｒｅｓ．９４：５１〜６８）。抗イディオタイプ抗体を哺乳動物またはヒト被験体に導入する場合、９３８７０タンパク質に特異的であるべき抗抗イディオタイプ抗体の産生を刺激すべきである。９３８７０発現を特徴とする疾病を対象としたワクチンも、このように生成することができる。
【０２９３】
標的抗原が細胞内であり全抗体を使用する場合、抗体を内在化することが好ましいと考えられる。細胞内に、標的抗原に結合する抗体またはＦａｂ領域の断片を送達するには、リポフェクションまたはリポソームを使用することができる。抗体の断片を使用する場合は、標的抗原に結合する最小阻害断片が好ましい。例えば、抗体のＦｖ領域に対応するアミノ酸配列を有するペプチドを使用することができる。あるいは、細胞内標的抗原に結合する１本鎖中和抗体を投与することもできる。そのような１本鎖抗体は、例えば標的細胞群内で１本鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を発現させることによって投与することができる（例えばＭａｒａｓｃｏ他（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：７８８９〜７８９３）。
【０２９４】
標的遺伝子の発現、合成、および／または活性を阻害する特定された化合物は、ＧＰＣＲ障害を予防し、治療し、または改善するために治療上有効な用量で患者に投与することができる。治療上有効な用量は、障害の徴候の改善をもたらすのに十分な化合物の量を指す。
【０２９５】
そのような化合物の毒性および治療効果は、細胞培養物または実験動物で、例えばＬＤ₅₀（個体群の５０％に致命的な用量）およびＥＤ₅₀（個体群の５０％に治療上効果的な用量）を決定するための標準的な製薬手順によって決定することができる。毒および治療の効果の用量比は治療指数であり、比ＬＤ₅₀／ＥＤ₅₀で表すことができる。大きい治療指数を示す化合物が好ましい。毒の副作用を示す化合物を使用することができるが、感染していない細胞に損傷が生じる可能性を最小限に抑えそれによって副作用を減少させるために、影響を受ける組織部位をそのような化合物で狙う送達システムを設計する際には、注意を払うべきである。
【０２９６】
細胞培養アッセイおよび動物での調査から得られたデータは、ヒトに使用される投薬量の範囲を策定するのに使用することができる。そのような化合物の投薬量は、毒性がわずかしかないか全くないＥＤ₅₀を含む循環濃度の範囲内であることが好ましい。投薬量は、使用される剤形および利用される投与経路に応じてこの範囲内で様々に変えることができる。本発明の方法で使用される任意の化合物では、治療上有効な用量を、細胞培養アッセイから初めに推定することができる。用量は、動物モデルに合わせて策定され、それによって、細胞培養で決定されたＩＣ₅₀（すなわち、最大徴候の半分が阻害される試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を実現することができる。そのような情報は、ヒトに有用な用量をより正確に決定するのに使用することができる。血漿でのレベルは、例えば高性能液体クロマトグラフィによって測定することができる。
【０２９７】
個体に有効な用量を決定する別の例は、試験対象の血清中の「フリー（ｆｒｅｅ）な」および「結合した」化合物のレベルを直接アッセイする能力である。そのようなアッセイは、分子インプリンティング技法によって生成された抗体類似体および／または「バイオセンサー」を利用することができる。９３８７０活性をモジュレートすることができる化合物を鋳型または「インプリンティング分子」として使用して、触媒試薬による重合を行う前に重合性モノマーを空間的に組織化する。インプリントされた分子をその後除去することによって、化合物の反復「陰画」を含むポリマー・マトリックスが残り、その分子を生物学的アッセイ条件下で選択的に再結合することができる。この技法の詳細な内容は、当技術分野で明らかにされている（Ａｎｓｅｌｌ他（１９９６）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７：８９〜９４；Ｓｈｅａ（１９９４）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｓｃｉ．２：１６６〜１７３）。そのような「インプリント」アフィニティ・マトリックスは、リガンド結合アッセイに適しており、固定化したモノクローナル抗体成分の代わりに適切にインプリントしたマトリックスが用いられる（例えば、Ｖｌａｔａｋｉｓ他（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ ３６１：６４５〜６４７に記載されているマトリックス）。同位体標識を使用することによって、９３８７０の発現または活性をモジュレートする化合物の「フリー」濃度を容易にモニターすることができ、ＩＣ₅₀の計算に使用することができる。
【０２９８】
そのような「インプリント」アフィニティ・マトリックスは、標的化合物の局所的および選択的結合によってその光子放出特性が測定可能に変化する蛍光基を含むよう、設計することもできる。このような変化は、適切な光ファイバー機器を使用して実時間で容易にアッセイにかけることができ、試験対象における用量を、その個体のＩＣ₅₀に基づいて素早く最適化することが可能になる。そのような「バイオセンサー」の初歩的な例が、Ｋｒｉｚ他（１９９５）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６７：２１４２〜２１４４で論じられている。
【０２９９】
本発明の別の態様は、治療を目的として９３８７０発現または活性をモジュレートする方法に関する。したがって例示的な実施形態で、本発明のモジュレーション方法は、細胞を、その細胞に関連する９３８７０タンパク質活性の活性の１つまたは複数をモジュレートする９３８７０または薬剤に接触させることを含む。９３８７０タンパク質活性をモジュレートする薬剤は、核酸またはタンパク質、９３８７０タンパク質の自然に生ずる標的分子（例えば９３８７０基質または受容体）、９３８７０抗体、９３８７０作動薬または拮抗薬、９３８７０作動薬または拮抗薬のペプチド模擬体、またはその他の小分子など、本明細書で述べた薬剤でよい。
【０３００】
一実施形態で、薬剤は１つまたは複数の９３８７０活性を刺激する。そのような刺激性のある薬剤の例には、活性９３８７０タンパク質と９３８７０をコードする核酸分子が含まれる。別の実施形態で、薬剤は１つまたは複数の９３８７０活性を阻害する。そのような阻害剤の例には、アンチセンス９３８７０核酸分子、抗９３８７０抗体、および９３８７０阻害剤が含まれる。これらのモジュレーション方法は、生体外で（例えば薬剤と共に細胞を培養することによって）、あるいは生体内で（例えば被験体に薬剤を投与することによって）行うことができる。したがって本発明は、９３８７０タンパク質または核酸分子の異常なまたは望ましくない発現または活性を特徴とする疾病または障害に罹っている個体の治療方法を提供する。一実施形態で、この方法は、９３８７０発現または活性をモジュレート（例えばアップレギュレーションやダウンレギュレーション）する薬剤（例えば本明細書で述べたスクリーニング・アッセイによって特定された薬剤）または薬剤の組合せを投与することを含む。別の実施形態で、この方法は、低下し異常でありまたは望ましくない９３８７０発現または活性を補償する治療として、９３８７０タンパク質または核酸分子を投与することを含む。
【０３０１】
９３８７０活性の刺激は、９３８７０が異常にダウンレギュレートされかつ／または９３８７０活性が増すことによって有益な効果を及ぼす可能性がある状態で望ましい。例えば、９３８７０活性の刺激は、９３８７０がダウンレギュレートされかつ／または９３８７０活性が増すことによって有益な効果を及ぼす可能性がある状態で望ましい。同様に、９３８７０活性の阻害は、９３８７０が異常にアップレギュレートされかつ／または９３８７０活性の低下によって有益な効果を及ぼす可能性がある状態で望ましい。
【０３０２】
９３８７０分子は、上述の免疫および炎症性障害、血小板障害、骨格または骨代謝障害、骨髄単核細胞障害、ならびに以下に述べる細胞増殖および／または分化障害、ホルモン障害、神経障害、心臓血管障害、血管障害、ウイルス性疾患、肝臓障害、疼痛および代謝障害の１つまたは複数を制御するための新規な診断標的および治療標的として働くことができる。
【０３０３】
細胞増殖および／または分化障害の例には、癌、例えば癌腫、肉腫、転移性障害、または造血腫瘍障害、例えば白血病が含まれる。転移性腫瘍は、前立腺、結腸、肺、乳房、および肝臓由来のものも含むがこれらに限定されない多数の原発腫瘍タイプから生じる可能性がある。
【０３０４】
本明細書で使用する「癌」という用語（「過剰増殖」および「腫瘍性」という用語とも同義で使用される）は、自律的増殖能力を有する細胞を指し、すなわち細胞増殖が急速に広がることを特徴とする異常な状況または状態を指す。癌性疾患状態は、病的な状態、すなわち疾患状態を特徴付けまたは構成する状態、例えば悪性腫瘍増殖として分類することができ、あるいは非病的な状態、すなわち正常な状態とは言えないが疾患状態に関連しているわけではない状態、例えば創傷治癒に伴う細胞増殖などとして分類することができる。この用語は、組織病理学的なタイプまたは侵入期に関係なく、全てのタイプの癌性増殖または発癌プロセス、転移組織または悪性変換細胞、組織、または器官を含むものとする。「癌」という用語は、肺、乳房、甲状腺、リンパ球、胃腸、尿生殖路などに影響を及ぼすような様々な器官系の悪性腫瘍、ならびに最頻結腸癌、腎細胞癌、前立腺癌および／または睾丸腫瘍、肺の非小細胞癌、小腸の癌、および食道の癌などの悪性腫瘍を含む腺癌を含む。「癌腫」という用語は当技術分野で理解されており、呼吸器系癌腫、胃腸系癌腫、尿生殖系癌腫、睾丸癌、乳癌、前立腺癌、内分泌系癌腫、およびメラノーマを含む上皮または内分泌組織の悪性腫瘍を指す。例示的な癌腫には、子宮頚部、肺、前立腺、乳房、頭部、首、結腸、および卵巣の組織から形成するものが含まれる。「癌腫」という用語は、例えば癌性および肉腫性の組織からなる悪性腫瘍を含んだ癌肉腫も含む。「腺癌」は、腺組織から誘発された癌腫、または腫瘍細胞が認識可能な腺構造を形成する癌腫を指す。「肉腫」という用語は当技術分野で理解されており、間葉由来の悪性腫瘍を指す。
【０３０５】
本発明の９３８７０分子は、様々な増殖障害をモニターし、治療し、かつ／または診断するために使用することができる。そのような障害は、造血腫瘍障害を含む。本明細書で使用する「造血腫瘍障害」という用語は、造血由来の増殖性／腫瘍性細胞に関わる疾病であって、例えば骨髄性、リンパ球様、または赤血球系列、またはこれらの前駆細胞から生じるものを含む。典型的な場合、これらの疾病は、分化が不十分な急性白血病、例えば赤血球性白血病や急性巨核球性白血病から生じる。さらに例示的な骨髄性障害には、急性前骨髄球白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）（Ｖａｉｃｋｕｓ，Ｌ．（１９９１）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．ｉｎ Ｏｎｃｏｌ．／Ｈｅｍｏｔｏｌ．１１：２６７〜９７）含まれるがこれらに限定されず、リンパ球悪性腫瘍には、Ｂ−ｌｉｎｅａｇｅ ＡＬＬおよびＴ−ｌｉｎｅａｇｅ ＡＬＬを含む急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、ヘアリーセル白血病（ＨＬＬ）、およびワルデンストレーム大グロブリン血症（ＷＭ）が含まれるがこれらに限定されない。悪性リンパ腫の追加の形態には、非ホジキンリンパ腫およびその変種、末梢Ｔ細胞性リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大型顆粒リンパ性白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病、およびリード−ステンベルグ病が含まれるがこれらに限定されない。
【０３０６】
ＧＰＣＲ関連障害には、生体内でのホルモンの産生および／または調節が異常な状態や疾病などのホルモン障害を含めることができる。そのような障害および疾病の例には、Ｉ型およびＩＩ型糖尿病、脳下垂体障害（例えば成長異常）、甲状腺障害（例えば甲状腺機能低下症や甲状腺機能亢進症）、および生殖または妊孕障害（例えば、前立腺や子宮、膣などの生殖系器官に影響を及ぼす障害；被験体内での生殖ホルモンのレベルの平衡異常に関わる障害；被験体が生殖する能力に影響を及ぼす障害；第２次性徴の発現に影響を及ぼす障害、例えば副腎過形成）が含まれる。
【０３０７】
さらにＧＰＣＲに関連する障害は、神経障害である。そのような神経障害には、例えばニューロンに関わる障害と、神経膠星状細胞や乏突起神経膠細胞、脳室上衣細胞などのグリアに関わる障害；脳水腫、頭蓋内圧上昇およびヘルニア形成、および水頭症；神経管奇形や前脳奇形、後頭蓋窩奇形、脊髄空洞症および水脊髄症などの外表奇形および発育異常；周産期脳損傷；脳血管障害、例えば低酸素症や虚血、梗塞形成に関するものであり、低血圧症、低潅流、および低流量状態−全脳虚血および限局性脳虚血―梗塞形成であって局所血液供給の閉塞からのものを含み、頭蓋内出血であって、脳内（実質内）出血、クモ膜下出血、およびイチゴ状動脈瘤破裂を含み、血管奇形、高血圧性脳血管障害であって、裂孔梗塞、スリット出血、高血圧性脳症を含むもの；感染、例えば急性髄膜炎であって、急性化膿（細菌性）髄膜炎および急性無菌（ウイルス性）髄膜炎を含み、急性限局性化膿性感染であって、脳膿瘍、硬膜下蓄膿、および硬膜外膿瘍を含み、慢性細菌性髄膜脳炎であって、結核およびミコバクテリア症、神経梅毒、および神経ボレリア症（ライム病）を含み、ウイルス性髄膜脳炎であって、アルボ媒介性（アルボ）ウイルス脳炎、単純疱疹ウイルス１型、単純疱疹ウイルス２型、水痘−帯状疱疹ウイルス（帯状疱疹）、サイトメガロウイルス、ポリオ、狂犬病を含み、ヒト免疫不全ウイルス１型であって、ＨＩＶ−１髄膜脳炎（亜急性脳炎）、空胞性ミエロパシー、ＡＩＤＳ随伴ミオパシー、末梢神経疾患、子供のＡＩＤＳ、進行性多巣性白質脳症、亜急性硬化性全脳炎、真菌性髄膜脳炎、その他の感染性神経系疾患を含むもの；伝染性海綿状脳症（プリオン病）；脱髄疾患であって、多発性硬化症、多発性硬化症変種、急性散在性脳脊髄炎、および急性壊死性出血性脳炎、およびその他の脱髄疾患を含むもの；消耗性疾患、例えば大脳皮質に影響を及ぼす消耗性疾患であって、アルツハイマー病およびピック病であり、脳幹神経節および脳幹の消耗性疾患であって、パーキンソン症候群、特発性パーキンソン病（振戦麻痺）、進行性核上性麻痺、大脳皮質基底核変形症を含み、多発性萎縮症であって、線条体黒質変性、シャイ−ドレーガー症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、およびハンチントン病を含むもの；脊髄小脳変性症であって、脊髄脳症失調を含み、フリードライヒ失調症、および毛細血管拡張性運動失調、運動ニューロンに影響を及ぼす消耗性疾患であって、筋萎縮性側索硬化症（運動ニューロン疾患）、延髄脊髄萎縮症、および棘筋萎縮症を含むもの；先天性代謝異常、例えば白質萎縮症であって、クラッベ病、変染色性白質ジストロフィー、副腎白質ジストロフィー、ペリツェウス−メルバッハー病、およびキャナヴァン病を含み、ミトコンドリア脳筋症であって、リー病およびその他のミトコンドリア脳筋症を含むもの；毒性および後天性代謝異常であって、チアミン（ビタミンＢ₁）欠乏症やビタミンＢ₁₂欠乏症などのビタミン欠乏症を含み、代謝障害の神経後遺症であって、低血糖症、高血糖症、および肝性脳症を含み、中毒障害であって、一酸化炭素、メタノール、エタノールを含み、放射であって、メトトレキセートおよび放射の組合せで誘発された損傷を含むもの；腫瘍、例えばグリオームであって、神経膠星状細胞腫を含み、原線維性（拡散）星状細胞腫および多形性神経膠芽腫、毛様細胞性星状細胞腫、多形性黄色星状膠細胞腫、および脳幹神経膠腫、オリゴデンドログリオーム、および脳質上衣細胞腫および関連する傍室塊病変、ニューロン腫瘍を含み、低分化新生物であって、髄芽細胞腫を含み、その他の実質性腫瘍であって、原発性脳リンパ腫、胚細胞腫瘍、および松果体実質性腫瘍、髄膜腫、転移性腫瘍、経産婦腫瘍性症状を含み、末梢神経鞘腫瘍であって、神経鞘腫、神経線維腫、および悪性末梢神経鞘腫瘍（悪性神経鞘腫）を含み、神経皮膚症候群（母斑症）であって、神経線維腫症を含み、１型神経線維腫症（ＮＦ１）および２型神経線維腫症（ＮＦ２）、結節硬化症、およびフォンヒッペル−リンドウ病を含むものなどが含まれる。
【０３０８】
心臓血管障害には、心臓肥大症、左心不全、および右心不全を含むがこれらに限定されない心不全；狭心症、心筋梗塞、慢性虚血性心疾患、および突発性心臓病を含むがこれらに限定されない虚血性心疾患；全身性（左側）高血圧性心疾患および肺性（右側）高血圧性心疾患を含むがこれらに限定されない高血圧性心疾患；先天性２尖大動脈弁石灰化や僧帽弁輪石灰化などの石灰化によって引き起こされる弁膜変性および僧帽弁の粘液性退行変性（僧帽弁脱出）、リウマチ熱およびリウマチ性心疾患、感染性心内膜炎、非細菌性血栓性心内膜炎や紅斑性狼痕の心内膜炎（リブマン−サックス病）などの非感染性増殖、カルチノイド心疾患、人工弁の合併症を含むがこれらに限定されない弁膜性心疾患；拡張型心筋症、肥大性心筋症、収縮性心筋症、および心筋炎を含むがこれらに限定されない心筋疾患；心外膜液および心膜血症を含むがこれらに限定されない心膜疾患、急性心膜炎および治癒心膜炎を含む心膜炎、およびリウマチ性心疾患；粘液腫や脂肪腫、乳頭弾性線維腫、横紋筋腫、肉腫などの原発性心臓病を含むがこれらに限定されない腫瘍性心疾患、および非心臓腫瘍の心作用；左右短絡−後期チアノーゼであって、心房中隔欠損、心室中隔欠損、動脈管開存、房室中隔欠損など、右左短絡−初期チアノーゼであって、ファロー４徴、大血管転位、動脈幹、３尖弁閉鎖、総肺静脈還流異常など、閉塞性先天性異常であって、大動脈縮窄、肺動脈弁狭窄および閉鎖、大動脈弁狭窄および閉鎖など、心臓移植に伴う障害、およびうっ血性心不全を含むがこれらに限定されない先天性心疾患が含まれるがこれらに限定されない。
【０３０９】
血管に関わる障害には、内皮機能不全や内皮活性、内膜肥厚などの損傷に対する血管細胞壁の応答；動静脈瘻やアテローム性動脈硬化症、高血圧性血管疾患、例えば高血圧症などの先天性異常が含まれるがこれらに限定されない血管疾患；炎症性疾患−脈管炎であって、例えば巨細胞性（側頭）動脈炎や高安動脈炎、結節性多発性動脈炎（古典的）、川崎症候群（粘膜皮膚リンパ節症候群）、顕微鏡的多発性血管炎（顕微鏡的多発性動脈炎、過敏症または白血球破砕性血管炎）、ヴェグナー肉芽腫症、閉塞性血栓性血管炎（バージャー病）、その他の障害に伴う脈管炎、感染性動脈炎など；レイノー病；腹部大動脈瘤や梅毒性（ｌｕｅｔｉｃ）動脈瘤、大動脈解離などの動脈瘤および解離；静脈瘤や血栓性静脈炎および静脈血栓症、上大静脈（上大静脈症候群）、下大静脈閉塞（下大静脈症候群）、リンパ管炎など、静脈およびリンパ管の障害；血管腫、リンパ管腫、グロムス腫瘍（グロムス血管腫）、血管拡張症、細菌性血管腫症など、良性腫瘍および腫瘍のような状態を含む腫瘍、カポジ肉腫や血管内皮腫などの中程度（境界領域低級悪性腫瘍）腫瘍、血管肉腫や血管外皮細胞腫などの悪性腫瘍；バルーン血管形成術および関連する技法や血管置換などであって、大動脈冠動脈バイパス移植術など、血管疾患における治療的介入の病状が含まれるが、これらに限定されない。
【０３１０】
さらに９３８７０分子は、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、および単純疱疹ウイルス（ＨＳＶ）を含むがこれらに限定されないあるウイルス病（例えば肝疾患）の病因学において、重要な役割を果たすことができる。９３８７０活性のモジュレーターは、ウイルス病を制御するのに使用することができる。例えば９３８７０分子は、ウイルス感染に重要なウイルス性プロテアーゼ活性を媒介する際に、ある役割を果たすことができる。モジュレーターは、ウイルスに感染した組織またはウイルス関連の組織線維症、特に肝臓および肝線維症の治療および／または診断で使用することができる。また９３８７０モジュレーターは、ウイルス関連の癌腫、特に肝細胞癌の治療および／または診断にも使用することができる。
【０３１１】
本明細書で述べる方法によって治療しまたは診断することができる肝障害には、前から存在する線維の崩壊および凝縮を伴う細胞外マトリックスの産生と分解の平衡異常から生ずるものなど、肝臓内での線維組織の蓄積に伴う障害が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で述べる方法は、炎症性プロセスや、毒による損傷または肝血流量が変化したことによる組織損傷、感染（例えば細菌やウイルス、寄生虫）など、ホメオスタシスを妨げるプロセスを含めた広く様々な薬剤によって引き起こされた肝細胞壊死または損傷の診断または治療に使用することができる。例えばこの方法は、門脈圧亢進症や肝線維症など、肝損傷の早期検出に使用することができる。さらにこの方法は、先天性代謝異常に起因する肝線維症、例えばゴーシェ病（脂質異常）やグリコーゲン貯蔵障害、Ａ１アンチトリプシン欠損症などの蓄積障害；外因性物質の蓄積（例えば貯蔵）を媒介する障害であって、例えばヘモクロマトーシス（鉄過剰症候群）や銅蓄積症（ウィルソン病）、毒素代謝産物の蓄積をもたらす障害（例えばチロシン血症、果糖血症、ガラクトース血症）、およびペルオキシソーム障害（例えばツェルベーガー症候群）から生ずる線維症を検出するのに使用することができる。さらに、本明細書で述べた方法は、例えばメトトレキセートやイソニザイド、オキシフェニサチン、メチルドーパ、クロルプロマジン、トルブタミド、アルコールなど、様々な化学物質または薬物の投与に関連した肝損傷であって、肝臓内または肝臓外胆汁流の閉塞や肝循環の変化、例えば慢性心不全や静脈閉塞症、門脈血栓症、バッド−キアリ症候群から生じるものなど、血管障害の肝発現を示す肝損傷の、早期検出および治療に有用と考えられる。
【０３１２】
あるいは９３８７０は、代謝または疼痛障害を調節する際に重要な役割を果たすことができる。代謝平衡異常の疾病には、肥満症、神経性食欲不振、過食症、悪液質、脂質障害、および糖尿病が含まれるがこれらに限定されない。疼痛障害の例には、様々な形態の組織損傷中に引き起こされる疼痛応答、例えば炎症や感染、虚血であって、通常は痛覚過敏と呼ばれるもの（例えばＦｉｅｌｄｓ，Ｈ．Ｌ．（１９８７）Ｐａｉｎ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌに記載されている）；筋骨格障害に伴う疼痛、例えば関節痛；歯痛；頭痛；手術に伴う疼痛；過敏性腸症候群に関する疼痛；胸痛が含まれるが、これらに限定されない。
【０３１３】
薬理ゲノム学
本発明の９３８７０分子、ならびに薬剤、またはモジュレーターであって、本発明で述べたスクリーニング・アッセイによって明らかにされた９３８７０活性（例えば９３８７０遺伝子発現）に対する刺激または阻害作用を有するものを個体に投与して、異常なまたは望ましくない９３８７０活性に関連した９３８７０関連障害（例えば造血に伴う障害および免疫障害）の療法（予防的または治療的）を施すことができる。そのような療法と併せて、薬理ゲノム学（すなわち個体の遺伝子型と、外来化合物または薬物に対する個体の応答との関係に関する研究）も考慮に入れることができる。治療の代謝の差は、薬理学上活性な薬物の用量と血液濃度との関係を変えることによって、重篤な毒性または治療の失敗につながる可能性がある。したがって医師または臨床医は、９３８７０分子または９３８７０モジュレーターを投与すべきか否か決定すると共に、９３８７０分子または９３８７０モジュレーターによる療法での投薬量および／または治療プログラムを調整する際に、関連ある薬理ゲノム学研究で得られた知識の利用を考慮に入れることができる。
【０３１４】
薬理ゲノム学は、罹患した人物の薬物素因の変化および異常動作に起因する、薬物に対する応答の臨床上有意な遺伝的ばらつきを取り扱う（例えばＥｉｃｈｅｌｂａｕｍ他（１９９６）Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３〜９８５；Ｌｉｎｄｅｒ他（１９９７）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：２５４〜２６６）。一般に、２つのタイプの薬理遺伝的状態を区別することができる。薬物が身体に作用する方法を変化させる、単一因子として伝えられた遺伝的状態（変化した薬物動作）、または身体が薬物に作用する方法を変化させる、単一因子として伝えられた遺伝的状態（変化した薬物代謝）である。これらの薬理遺伝的状態は、まれな遺伝子欠損として、または天然に生ずる多型として生じる。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ欠損（Ｇ６ＰＤ）は一般的遺伝性酵素病であり、主な臨床上の合併症は、酸化剤（抗マラリア、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）摂取後およびソラマメ消費後の溶血である。
【０３１５】
「ゲノムワイド関連」と呼ばれる、薬物応答を予測する遺伝子を同定するための１つの薬理ゲノム学的手法は、主に、既に知られている遺伝子関連マーカーからなるヒトゲノムの高分解能マップを利用する（例えば「重対立遺伝子」遺伝子マーカー・マップであって、ヒトゲノム上の６０,０００〜１００,０００多型または可変部位からなり、そのそれぞれが２つの変種を有する）。そのような高分解能遺伝子マップは、特に観察される薬物応答または副作用に関連するマーカーを同定するために第II／III相薬物試験に参加している統計上有意な数の患者それぞれのゲノムのマップと比較することができる。あるいはそのような高分解能マップは、ヒトゲノムにおける数千万の既知の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）の組合せから生成することができる。本明細書で使用する「ＳＮＰ」は、ＤＮＡの伸長部の単一ヌクレオチド塩基で生じる一般的な変形である。例えばＳＮＰは、ＤＮＡ １００塩基ごとに１回生じると考えられる。ＳＮＰは疾病プロセスに関与可能であるが、大多数は疾病に関連していないと。そのようなＳＮＰの出現に基づいて遺伝子マップが与えられると、個々のゲノムにおけるＳＮＰの特定のパターンに応じて、個体を遺伝的カテゴリーにグループ分けすることができる。そのような手法では、遺伝的に類似する個体に共通の特性を考慮しながら、そのような遺伝的に類似する個体群に合わせて治療プログラムを調整することができる。
【０３１６】
あるいは、「候補遺伝子手法」と呼ばれる方法を利用して、薬物応答を予測する遺伝子を同定することができる。この方法によれば、薬物の標的をコードする遺伝子がわかっている場合（例えば本発明の９３８７０タンパク質）、その遺伝子の全ての共通変種は、個体群の中で公平に容易に同定することができ、１つの形の遺伝子に対して別の形のものを有することが特定の薬物応答に関連するかどうか、決定することができる。
【０３１７】
あるいは、「遺伝子発現プロファイリング」と呼ぶ方法を利用して、薬物応答を予測する遺伝子を同定することができる。例えば、薬物（例えば本発明の９３８７０分子または９３８７０モジュレーター）を投与した動物の遺伝子発現は、毒性に関係する遺伝子経路が刺激されたかどうかを示すことができる。
【０３１８】
上記薬理ゲノム学的手法の複数から生成された情報を使用して、個体の予防的または治療的療法に適切な投薬量および治療プログラムを決定することができる。この知識は、投薬または薬物選択に利用する場合、逆の反応または治療の失敗を回避することができ、したがって、本発明で述べた例示的なスクリーニング・アッセイの１つによって同定されたモジュレーターなど、９３８７０分子または９３８７０モジュレーターで被験体を治療するときに、その治療または予防効率を高めることができる。
【０３１９】
本発明はさらに、本発明の９３８７０遺伝子の１つまたは複数によってコードされた遺伝子産物の１つまたは複数の活性をモジュレートする薬剤を特定することに基づいた、新しい薬剤または組合せを特定するための方法であって、これらの産物を、治療薬に対する細胞の耐性に関連付けることができる方法を提供する。具体的には、本発明の９３８７０遺伝子によってコードされたタンパク質の活性を、薬剤耐性を克服するための薬剤を特定するための根拠として使用することができる。耐性タンパク質の１つまたは複数の活性を阻止することによって、標的細胞、例えば造血細胞は、非修飾標的細胞が耐性を持っていた薬剤による治療を受け易くなる。
【０３２０】
９３８７０タンパク質の発現または活性に対する薬剤（例えば薬物）の影響をモニターすることは、臨床試験で利用することができる。例えば、９３８７０遺伝子発現、タンパク質レベルを増大させ、または９３８７０活性をアップレギュレートするよう本明細書で述べたスクリーニング・アッセイによって決定された薬剤の有効性は、９３８７０遺伝子発現、タンパク質レベルが低下しまたは９３８７０活性がダウンレギュレートされた被験体の臨床試験でモニターすることができる。あるいは、９３８７０遺伝子発現、タンパク質レベルを低下させ、または９３８７０活性をダウンレギュレートするよう本明細書で述べたスクリーニング・アッセイによって決定された薬剤の有効性は、９３８７０遺伝子発現、タンパク質レベルが増大しまたは９３８７０活性がアップレギュレートされた被験体の臨床試験でモニターすることができる。そのような臨床試験では、９３８７０遺伝子、好ましくは例えば９３８７０関連障害に関わるその他の遺伝子の発現または活性を、特定の細胞の表現型の「読出し（ｒｅａｄ ｏｕｔ）」またはマーカーとして使用することができる。
【０３２１】
その他の実施形態
別の態様で、本発明は、複数の捕捉プローブを分析する方法を特徴とする。この方法は、例えば遺伝子発現を分析するのに有用である。この方法は、複数のアドレスを有する２次元アレイを提供することであって、複数のアドレスのそれぞれの位置が複数のアドレスのそれぞれと互いに区別可能であり、複数のアドレスのそれぞれが固有の捕捉プローブ、例えば核酸またはペプチド配列を有し、その捕捉プローブが、９３８７０を発現する細胞または被験体からのものでありまたは９３８７０で媒介される応答が引き起こされる細胞または被験体からのものであること；そのアレイを９３８７０核酸（好ましくは精製済み）、９３８７０ポリペプチド（好ましくは精製済み）、または抗９３８７０抗体に接触させることを含み、それによって複数の捕捉プローブを評価する。例えば核酸の場合、複数のアドレスでのハイブリダイゼーションと捕捉プローブとの結合が、例えば９３８７０核酸、ポリペプチド、または抗体に結合した標識から生成されたシグナルによって検出される。
【０３２２】
捕捉プローブは、例えば対照または刺激を受けていない組織または細胞から得られた核酸のサンプルなど、選択されたサンプルからの一組の核酸でよい。
【０３２３】
この方法は、９３８７０核酸、ポリペプチド、または抗体を、複数の捕捉プローブを有する第１のアレイ、および異なる複数の捕捉プローブを有する第２のアレイに接触させることを含むことができる。各ハイブリダイゼーションの結果を比較して、第１のサンプルと第２のサンプルとの発現の相違を分析することができる。第１の複数の捕捉プローブは、例えば野生型や、正常、非罹患などの対照サンプル、または例えば生物学的流体や組織、細胞サンプルなどの刺激を受けていないサンプルからのものでよい。第２の複数の捕捉プローブは、例えば突然変異型や疾病状態または障害状態の危険性があるような実験サンプル、または例えば生物学的流体や組織、細胞サンプルなどの刺激を受けたサンプルからのものでよい。
【０３２４】
複数の捕捉プローブは複数の核酸プローブでよく、そのそれぞれは９３８７０の対立遺伝子と特異的にハイブリダイズする。そのような方法は、被験体の診断に使用することができ、例えば疾病や障害の危険性を評価し、選択された治療が被験体に適切であるかどうか評価し、被験体が疾病または障害を持っているかどうか評価するのに使用することができる。
【０３２５】
この方法は、上述のＳＮＰの検出に使用することができる。
【０３２６】
別の態様で、本発明は、９３８７０を分析する方法、例えば構造や機能、他の核酸やアミノ酸配列との関連性を分析する方法を特徴とする。この方法は、９３８７０核酸またはアミノ酸配列を提供すること；９３８７０配列を、例えば核酸やタンパク質の配列のデータベースなど、配列の集まりからの複数の配列の１つまたは複数の好ましい配列と比較すること含み、それによって９３８７０を分析する。
【０３２７】
この方法は、９３８７０配列とデータベースの配列との同一性を評価することを含むことができる。この方法は、例えばインターネット上で、第２のサイトでデータベースにアクセスすることにより実行できる。好ましいデータベースには、ＧｅｎＢａｎｋ（商標）およびＳｗｉｓｓＰｒｏｔが含まれる。
【０３２８】
別の態様で、本発明は、例えばＳＮＰを同定しまたは９３８７０の特異的対立遺伝子を同定するのに有用な一組のオリゴヌクレオチドを特徴とする。この組は、複数のオリゴヌクレオチドを含み、そのそれぞれは、例えばＳＮＰや突然変異の部位など、呼掛け位置で異なるヌクレオチドを有している。好ましい実施形態で、複数のオリゴヌクレオチドは、互いにその配列が同一である（長さの相違は除く）。オリゴヌクレオチドには、異なる標識を付けることができ、その結果、１つの対立遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、第２の対立遺伝子とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと区別可能なシグナルを提供するようになる。
【０３２９】
９３８７０分子の配列は、その使用を容易にするために様々な媒体で提供される。配列は、単離された核酸またはアミノ酸分子以外に９３８７０分子を含有する製品として提供することができる。そのような製品は、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列あるいはそのサブセットを検査する際、それらが自然に存在しまたは精製された形のままでは直接適用できない手段を使用して製品を検査することが可能な形態で、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列、例えばオープン・リーディング・フレームを提供することができる。
【０３３０】
９３８７０ヌクレオチドまたはアミノ酸配列は、コンピュータの可読媒体に記録することができる。本明細書で使用する「コンピュータ可読媒体」は、コンピュータで直接読み取ってアクセスすることができる任意の媒体を指す。そのような媒体には、フロッピー・ディスクやハード・ディスク記憶媒体、磁気テープなどの磁気記録媒体；コンパクト・ディスクやＣＤ−ＲＯＭなどの光記録媒体；ＲＡＭやＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭなどの電気記憶媒体；汎用ハード・ディスク、および磁気／光記憶媒体などこれらカテゴリーのハイブリッドが含まれるがこれらに限定されない。媒体は、そこに本発明の９３８７配列情報が保持されるように適合されまたは構成される。
【０３３１】
本明細書で使用する「電子装置」という用語は、データまたは情報を記憶するよう構成され適合されたその他の機器の任意の適切な計算または処理装置を含むものとする。本発明と共に使用するのに適する電子装置には、独立型コンピュータ装置；ローカル・エリア・ネットワーク（ＬＡＮ）、ワイド・エリア・ネットワーク（ＷＡＮ）、インターネット、イントラネット、エクストラネットを含むネットワーク；パーソナル・デジタル・アシスタンス（ＰＤＡ）、携帯電話、ポケットベルなどの電子器具；ローカルおよび分散型処理システムが含まれる。
【０３３２】
本明細書で使用する「記録された」は、電子装置可読媒体に情報を記憶しコードするためのプロセスを指す。当業者なら、９３８７０配列情報を含む製品が生成されるよう既知の媒体に情報を記録するために、現在知られている方法のいずれかを容易に採り入れることができる。
【０３３３】
本発明の９３８７０ヌクレオチドまたはアミノ酸配列が記録されるコンピュータ可読媒体を生成するため、当業者なら、様々なデータ記憶構造が利用可能である。データ記録構造の選択は、一般に記憶された情報にアクセスするよう選択された手段に基づくことになる。さらに、様々なデータ・プロセッサ・プログラムおよびフォーマットを使用して、コンピュータ可読媒体に本発明のヌクレオチド配列情報を記憶することができる。配列情報は、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔやＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｗｏｒｄなど市販のソフトウェアでフォーマットされたワード・プロセシング・テキスト・ファイルに示すことができ、またはＤＢ２やＳｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなどのデータベース・アプリケーションに記憶されたＡＳＣＩＩファイルの形で示すことができる。当業者は、本発明のヌクレオチド配列が記録されているコンピュータ可読媒体を得るために、任意の数のデータ・プロセッサ構築フォーマット（例えばテキスト・ファイルやデータベース）を容易に適合させることができる。
【０３３４】
本発明の９３８７０ヌクレオチドまたはアミノ酸配列をコンピュータ可読形態で提供することによって、当業者は、様々な目的で配列情報に日常的にアクセスすることができる。例えば当業者は、コンピュータ可読形態の本発明のヌクレオチドまたはアミノ酸配列を使用して、標的配列または標的構造モチーフとデータ記憶手段に記憶された配列情報とを比較することができる。特定の標的配列または標的モチーフに一致する本発明の配列の断片または領域を特定するために、検索を行う。
【０３３５】
したがって本発明は、ＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害、あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害に対する素因を被験体が有するか否かを決定する方法を実行するための取扱説明書を保持する媒体を提供し、その決定方法は、被験体に関連する９３８７０配列情報を決定するステップ、この９３８７０配列情報に基づいて、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害を有するか否かを決定するステップ、および／またはその疾病、障害、または疾病前の状態に対して特定の治療を推奨するステップを含むものである。
【０３３６】
本発明はさらに、電子システムおよび／またはネットワークで、被験体が９３８７０またはＧＰＣＲ関連の疾病または障害、あるいは９３８７０に関連する疾病の素因を有するか否かを決定するための方法を提供し、この方法は、被験体に関連する９３８７０配列情報を決定するステップ、この９３８７０配列情報に基づいて、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０に関連する疾病または障害の素因を有するか否かを決定するステップ、および／またはその疾病、障害、または疾病前の状態に対して特定の治療を推奨するステップを含む。この発明はさらに、被験体に関連する表現型情報を受け取るステップ、および／または被験体に関連する表現型情報をネットワークから獲得するステップを含む。
【０３３７】
また本発明は、ネットワークで、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害、あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０に関連する疾病または障害の素因を有するか否かを決定するための方法も提供し、前記方法は、９３８７０配列情報および／またはそれに関連する情報を被験体から受け取るステップ、被験体に関連する表現型情報を受け取るステップ、９３８７０に対応しかつ／またはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害に対応する情報をネットワークから獲得するステップ、表現型情報、９３８７０情報（例えば配列情報および／またはそれに関連する情報）、および獲得した情報の１つまたは複数に基づいて、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害の素因を有するか否か決定するステップを含む。この方法は、疾病、障害、または疾病前の状態に対する特定の治療を推奨するステップをさらに含んでよい。
【０３３８】
また本発明は、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害、あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害の素因を有するか否かを決定するためのビジネス・メソッドも提供し、前記方法は、９３８７０に関連する情報（例えば配列情報および／またはそれに関連する情報）を受け取るステップ、被験体に関連する表現型情報を受け取るステップ、９３８７０に関連しかつ／またはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害に関連する情報をネットワークから獲得するステップ、表現型情報、９３８７０情報、および獲得した情報の１つまたは複数に基づいて、被験体がＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害あるいはＧＰＣＲまたは９３８７０関連の疾病または障害の素因を有するか否か決定するステップを含む。この方法は、疾病、障害、または疾病前の状態に対する特定の治療を推奨するステップをさらに含んでよい。
【０３３９】
また本発明は、本発明の９３８７０配列を含んだアレイも含む。アレイは、そのアレイ内の１つまたは複数の遺伝子の発現のアッセイを行うのに使用することができる。一実施形態で、アレイは、そのアレイ内の遺伝子の組織特異性を確認するために、組織内での遺伝子発現のアッセイを行うのに使用することができる。このように、発現に関して最大約７６００の遺伝子を同時にアッセイにかけることができ、その１つが９３８７０になり得る。このため、１つまたは複数の組織内で特異的に発現した一組の遺伝子を示すプロフィルを作り出すことが可能になる。
【０３４０】
そのような定性的情報の他、本発明では遺伝子発現の定量が可能である。したがって組織特異性だけではなく、組織内での一組の遺伝子の発現レベルを確認することができる。したがって遺伝子を、その組織発現自体および組織内での発現レベルに基づいて分類することができる。これは、例えば組織内での遺伝子発現の関係を確認する際に有用である。したがって、１つの組織を乱して、第２の組織内での遺伝子発現に対する影響を決定することができる。その意味で、生物学的刺激に応答する１つの細胞型の別の細胞型に対する作用を決定することができる。そのような決定は、例えば遺伝子発現のレベルで細胞と細胞の相互作用の影響を知るのに有用である。薬剤を、１つの細胞型を処理するために治療を目的としてそこに投与するが、その薬剤が別の細胞型に望ましくない影響を及ぼす場合、本発明は、分子ベースの望ましくない影響を決定するアッセイを提供し、したがってその望ましくない影響を打ち消す薬剤を同時投与し、またはその他の方法でその望ましくない影響を処理する機会を提供する。同様に、単一細胞型であっても、分子レベルで望ましくない生物学的作用を決定することができる。したがって、標的遺伝子以外の発現に対する薬剤の影響を確認し、打ち消すことができる。
【０３４１】
別の実施形態では、アレイを使用して、アレイ内の１つまたは複数の遺伝子の発現の時間経過をモニターすることができる。これは、例えば９３８７０関連の疾病または障害の発症、９３８７０関連の疾病または障害の進行、９３８７０関連の疾病または障害に関連する細胞の形質転換といったプロセスなど、本明細書で開示される様々な生物学的分野で行うことができる。
【０３４２】
またアレイは、同じ細胞または異なる細胞で、遺伝子の発現が他の遺伝子の発現に及ぼす影響を確認するのに有用である（例えば、他の遺伝子の発現に対する９３８７０発現の影響の確認）。これは例えば、最終的なまたは下流の標的を調節することができない場合に、治療的介入のために代わりの分子標的の選択を行う。
【０３４３】
またこのアレイは、正常なまたは異常な細胞で、１つまたは複数の遺伝子の差次的発現パターンを確認するのにも有用である。これは、診断または治療的介入のため分子標的としての役割を果たすことができる一組の遺伝子（例えば９３８７０を含む）を提供する。
【０３４４】
本明細書で使用する「標的配列」は、６以上のヌクレオチドまたは２以上のアミノ酸の任意のＤＮＡまたはアミノ酸配列でよい。当業者なら、標的配列が長くなるほど、その標的配列はランダムな出現状態でデータベース内に存在しにくくなることを、容易に理解することができる。標的配列の典型的な配列の長さは、約１０〜１００アミノ酸または約３０〜３００ヌクレオチド残基である。しかし、遺伝子発現およびタンパク質の処理に関与する配列断片など商用として重要な断片は、より短い長さのものでよいことが十分理解されよう。
【０３４５】
コンピュータ・ソフトウェアは公に利用可能であり、分析および他の配列との比較のため、コンピュータ可読媒体に提供された配列情報に当業者はアクセスすることができる。様々な既知のアルゴリズムが公に開示されており、検索手段を実行するための様々な市販のソフトウェアを本発明のコンピュータ・ベースのシステムで使用し、また使用することができる。そのようなソフトウェアの例には、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮ、およびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０３４６】
したがって本発明は、コンピュータ可読マトリックス上の配列を記録することを含む、９３８７０配列のコンピュータ可読記録を作製する方法を特徴とする。好ましい実施形態で、記録は、下記の１つまたは複数、すなわちＯＲＦの識別；ドメイン、領域、または部位の識別；転写開始部の識別；転写ターミネーターの識別；タンパク質またはその成熟形態の完全長アミノ酸配列；翻訳領域の５’末端の１つまたは複数を含む。
【０３４７】
別の態様で、本発明は、配列を分析する方法を特徴とする。この方法は、９３８７０配列または記録をコンピュータ可読形態で提供すること、この９３８７０配列と第２の配列を比較することを含み、それによって配列を分析する。比較は、配列の同一性に関して配列を比較すること、または１つの配列が他の配列に含まれるかどうか決定すること、すなわち比較する配列が９３８７０配列に含まれるかどうか決定することを含むことができる。好ましい実施形態で、９３８７０または第２の配列は、例えば第１のサイトで第１のコンピュータに記憶され、比較は、例えば第２のサイトで、第２の配列上で実行され、読み取られ、または記録される。例えば９３８７０または第２の配列は、１つのコンピュータの公のまたは私有のデータベースに記憶することができ、比較の結果は、第２のコンピュータ上で実行され、読み取られ、記録される。好ましい実施形態で、記録は、下記の１つまたは複数、すなわちＯＲＦの識別；ドメイン、領域、または部位の識別；転写開始部の識別；転写ターミネーターの識別；タンパク質またはその成熟形態の完全長アミノ酸配列；翻訳領域の５’末端の１つまたは複数を含む。
【０３４８】
本願全体を通して引用された全ての参考文献、特許、および公開特許出願を、参照により本明細書に組み込む。
【実施例】
【０３４９】
遺伝子発現分析
製造業者の指示（ＴｅｌＴｅｓ，Ｉｎｃ．）に従いＲＮＡ ＳＴＡＴ−６０を使用する一段階抽出法によって、様々なヒト組織からトータルＲＮＡを調製した。各ＲＮＡ調製物を、３７℃で１時間、ＤＮａｓｅ Ｉ（Ａｍｂｉｏｎ）で処理した。ＤＮＡｓｅ Ｉ処理は、サンプルが、内部増幅産物リファレンスとしてβ２ミクログロブリンを使用する蛍光の閾値レベルに達するのに少なくとも３８ＰＣＲ増幅サイクルを必要とする場合に終了するよう定めた。ＤＮａｓｅ Ｉ処理後のＲＮＡサンプルの完全性を、アガロースゲル電気泳動および臭化エチジウム染色によって確認した。フェノール抽出後、製造業者の指示（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）に従いＳＵＰＥＲＳＣＲＩＰＴ（商標）Ｃｈｏｉｃｅ Ｓｙｓｔｅｍを使用して、サンプルからｃＤＮＡを調製した。逆転写酵素を用いないＲＮＡの負の調節を、各ＲＮＡサンプルごとに模擬逆転写した。
【０３５０】
ヒト９３８７０発現を、様々な正常および罹患（例えば癌など）ヒト組織または細胞系から調製したｃＤＮＡ中で、ＴａｑＭａｎ（登録商標）定量ＰＣＲ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して測定した。
【０３５１】
プローブは、ヒト９３８７０遺伝子の配列に基づいて、ＰｒｉｍｅｒＥｘｐｒｅｓｓソフトウェア（ＰＥ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）により設計した。各ヒト９３８７０遺伝子プローブを、ＦＡＭ（６−カルボキシフルオレセイン）を使用して標識し、β２ミクログロブリン・リファレンス・プローブを、異なる蛍光色素、ＶＩＣで標識した。このように標的遺伝子と内部リファレンス遺伝子の標識を異ならせることによって、同じウェル内で測定することが可能になる。β２ミクログロブリンと標的遺伝子の両方に対する正および逆プライマーおよびプローブを、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）に加えた。プライマーとプローブの最終濃度は様々であるが、いずれも所与の実験では本質的に変わらなかった。典型的な実験は、正および逆プライマー２００ｎＭとβ２ミクログロブリンに対するプローブ１００ｎＭを合わせたもの、正および逆プライマー６００ｎＭと標的遺伝子に対するプローブ２００ｎＭを合わせたものを含んでいた。ＴａｑＭａｎマトリックス実験は、ＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ７７００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ）で行った。熱サイクラー条件は以下の通りであった。すなわち５０℃で２分間、９５℃で１０分間保持した後、９５℃で１５秒間、その後６０℃で１分間の２段階ＰＣＲを４０サイクル実行した。
【０３５２】
下記の方法を使用して、様々な組織でのヒト９３８７０遺伝子発現を、同じ組織でのβ２ミクログロブリン発現に対して定量的に計算した。閾値サイクル（Ｃｔ）の値は、統計的に有意な蛍光増加が検出されるサイクルと定義する。低いＣｔ値は、ｍＲＮＡ濃度が高いことを示す。ヒト９３８７０遺伝子のＣｔ値は、以下の式、_?Ｃｔ＝Ｃｔ_human93870−Ｃｔ_{β -2microglobulin}を使用して、β２ミクログロブリン遺伝子のＣｔ値を差し引いて_?Ｃｔ値を得ることにより正規化する。次いでヒト９３８７０遺伝子の発現が比較的低いレベルであることを示すｃＤＮＡサンプルに対して発現を校正する。次いで以下の式、_??Ｃｔ＝_?Ｃｔ−_sample−_?Ｃｔ−_calibratorに従い、校正サンプル（calibrator sample）に関する_?Ｃｔ値を各組識サンプルに関する_?Ｃｔ値から差し引く。次いで２^-??Ctで与えられる数式を使用して、相対発現を計算する。次いで試験をした組織それぞれでの標的ヒト９３８７０遺伝子の発現を、以下により詳細に論じるようにグラフで表す。
【０３５３】
結果は、正常な骨髄単核細胞および好中球での９３８７０発現が高レベルであり、ヒト骨芽細胞での９３８７０発現が中レベルであり、巨核球での９３８７０発現であることを示している。
【０３５４】
本願全体を通して引用された全ての参考文献、特許、および公開特許出願の内容を、参照により本明細書に援用する。
【０３５５】
均等物
当業者なら、本明細書で述べた本発明の特定の実施形態の多くの均等物を理解し、または通常の実験のみ使用して確認することができるであろう。そのような均等物は、添付の特許請求の範囲に包含されるものとする。
【図面の簡単な説明】
【０３５６】
【図１】ヒト９３８７０のハイドロパシー・プロットを示す図である。比較的疎水性の高い残基が水平破線の上方に示され、比較的親水性の高い残基が水平破線の下方に示されている。システイン残基（ｃｙｓ）は、ハイドロパシー曲線の下方に短い垂直線で示す。ヒト９３８７０のアミノ酸配列に相当する数がｘ軸に示される。本発明のポリペプチドは、疎水性配列の全てまたは一部であって、例えば破線上方の配列、例えば配列番号２のアミノ酸６０〜８０あたり、１４０〜１６０あたり、２１０〜２３０あたりの配列；親水性配列の全てまたは一部であって、例えば破線下方の配列、例えば配列番号２のアミノ酸１２５〜１３５あたり、１６０〜１７０あたり、２１０〜２３０あたりの配列；Ｃｙｓまたはグリコシル化部位を含む配列を含んだ断片を含む。

Claims (31)

1. ａ．配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも８０％が同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子と、
   ｂ．配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列の少なくとも６４０ヌクレオチドの断片を含む核酸分子と
   ｃ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子と、
   ｄ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドの断片をコードする核酸分子であって、断片が、配列番号２の少なくとも２６３個の連続するアミノ酸を含むものである核酸分子と、
   ｅ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に生ずる対立遺伝子変種をコードする核酸分子であって、核酸分子が、ストリンジェントな条件下、配列番号１または３あるいはその相補体を含む核酸分子にハイブリダイズするものである核酸分子と
   からなる群から選択された単離核酸分子。
2. 配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％同一である、請求項１に記載の単離核酸分子。
3. 配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列に対して少なくとも９５％同一である、請求項１に記載の単離核酸分子。
4. 配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドの断片をコードし、断片が、配列番号２の少なくとも３００個の連続するアミノ酸を含むものである、請求項１に記載の単離核酸分子。
5. ａ．配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列を含む核酸と、
   ｂ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子と
   からなる群から選択される、請求項１に記載の単離核酸分子。
6. ベクター核酸配列をさらに含む請求項１に記載の核酸分子。
7. 異種ポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含む、請求項１に記載の核酸分子。
8. 請求項１に記載の核酸分子を含有する宿主細胞。
9. 哺乳動物宿主細胞である請求項９に記載の宿主細胞。
10. 請求項１に記載の核酸分子を含有するヒト以外の哺乳動物の宿主細胞。
11. ａ．配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列あるいはその相補体を含む核酸に対して少なくとも８０％が同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるポリペプチドと、
    ｂ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に生ずる対立遺伝子変種であって、ポリペプチドが、配列番号１または配列番号３を含む核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされるものである変種と、
    ｃ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドの断片であって、配列番号２の少なくとも２６３個の連続するアミノ酸を含む断片と
    からなる群から選択された単離ポリペプチド。
12. 配列番号２の少なくとも３００個の連続するアミノ酸を含む断片を含む、請求項１１に記載の単離ポリペプチド。
13. 配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列あるいはその相補体を含む核酸に対して少なくとも９０％が同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるポリペプチドを含む、請求項１１に記載の単離ポリペプチド。
14. 配列番号１または配列番号３のヌクレオチド配列あるいはその相補体を含む核酸に対して少なくとも９５％が同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるポリペプチドを含む、請求項１１に記載の単離ポリペプチド。
15. 配列番号２のアミノ酸配列を含む請求項１１に記載の単離ポリペプチド。
16. 異種アミノ酸配列をさらに含む請求項１１に記載のポリペプチド。
17. 請求項１１に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
18. モノクローナル抗体である請求項１７に記載の抗体。
19. ａ．ｓｃＦＶ断片と、
    ｂ．ｄｃＦＶ断片と、
    ｃ．Ｆａｂ断片と、
    ｄ．Ｆ(ａｂ’)₂断片と
    からなる群から選択された免疫学的に活性な部分を含む請求項１８に記載の抗体。
20. 抗体が、
    ａ．キメラ抗体と、
    ｂ．ヒト化抗体と、
    ｃ．ヒト抗体と、
    ｄ．非ヒト抗体と、
    ｅ．１本鎖抗体と
    からなる群から選択される、請求項１８に記載の抗体。
21. ａ．配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドと、
    ｂ．配列番号２のアミノ酸配列の断片を含むポリペプチドであって、断片が、配列番号２の少なくとも２６３個の連続するアミノ酸を含むものであるポリペプチドと
    ｃ．配列番号２のアミノ酸配列、または受入れ番号＿＿としてＡＴＣＣに寄託されたプラスミドのｃＤＮＡインサートによってコードされたアミノ酸配列を含む、ポリペプチドの自然に生ずる対立遺伝子変種であって、ポリペプチドが、ストリンジェントな条件下、配列番号１または配列番号３あるいはその相補体を含む核酸分子にハイブリダイズする核酸分子によってコードされるものである変種と
    からなる群から選択されたポリペプチドを生成するための方法であって、核酸分子が発現する条件下で請求項８に記載の宿主細胞を培養することを含む方法。
22. サンプルと、請求項１１に記載のポリペプチドに選択的に結合する化合物とを接触させること、および
    化合物がサンプル中でポリペプチドに結合するか否か判別すること
    を含む、サンプル中の請求項１１に記載のポリペプチドの存在を検出するための方法。
23. ポリペプチドに結合する化合物が抗体である請求項２２に記載の方法。
24. 請求項１１に記載のポリペプチドに選択的に結合する化合物と使用説明書とを含むキット。
25. サンプルと、核酸分子に選択的にハイブリダイズする核酸プローブまたはプライマーとを接触させるステップと、
    核酸プローブまたはプライマーがサンプル中で核酸分子に結合するか否か判別するステップと
    を含む、サンプル中の請求項１に記載の核酸分子の存在を検出するための方法。
26. サンプルがｍＲＮＡ分子を含み、サンプルを核酸プローブに接触させる、請求項２５に記載の方法。
27. 請求項１に記載の核酸分子に選択的にハイブリダイズする化合物と使用説明書とを含むキット。
28. ポリペプチド、または請求項１１のポリペプチドを発現する細胞と、試験化合物とを接触させるステップと、
    ポリペプチドが試験化合物に結合するか否か判別するステップと
    を含む、請求項１１に記載のポリペプチドに結合する化合物を同定するための方法。
29. 試験化合物とポリペプチドとの結合が、
    ａ．試験化合物／ポリペプチド結合の直接結合による結合の検出と、
    ｂ．競合結合アッセイを使用した結合の検出と、
    ｃ．９３８７０で媒介されるシグナル伝達のためのアッセイを使用した結合の検出と
    からなる群から選択された方法によって検出される、請求項２８に記載の方法。
30. ポリペプチドの活性をモジュレートするのに十分な濃度で、ポリペプチドまたは請求項１１に記載のポリペプチドを発現する細胞を、ポリペプチドに結合する化合物に接触させることを含む、請求項１１に記載のポリペプチドの活性をモジュレートするための方法。
31. 請求項１１に記載のポリペプチドを試験化合物に接触させること、および
    ポリペプチドの活性に対する試験化合物の影響を決定し、それによってポリペプチドの活性をモジュレートする化合物を特定すること
    を含む、請求項１１に記載のポリペプチドの活性をモジュレートする化合物を特定するための方法。

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