FR2838750A1 - New nucleic acid from Photorhabdus luminescens, useful for producing insecticidal polypeptides and insect resistant transgenic plants - Google Patents
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Abstract
Description
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L'invention concerne notamment des séquences nucléotidiques isolées de Photorhabdus luminescens, des toxines codées par lesdites séquences, des procédés d'obtention de telles toxines, des compositions comprenant de telles toxines destinées à la lutte contre des insectes ravageurs des cultures ou nuisibles (car vecteurs de maladies) pour l'homme et les animaux, des plantes transformées exprimant de telles toxines. The invention particularly relates to isolated nucleotide sequences of Photorhabdus luminescens, toxins encoded by said sequences, processes for obtaining such toxins, compositions comprising such toxins for the control of crop pests or pests (car vectors diseases) for humans and animals, transformed plants expressing such toxins.
Il existe un très grand nombre d'agents insecticides chimiques destinés à lutter contre les insectes. Toutefois, certains des produits existants posent des problèmes de sélectivité contre telle ou telle catégorie d'insectes et de résistance contre ces substances. There is a very large number of insecticidal chemical agents for the control of insects. However, some of the existing products pose problems of selectivity against a particular category of insects and resistance against these substances.
De très nombreux types d'insectes sont à l'origine de graves dégâts sur les plantes de grande culture, notamment céréalières, florales, fruitières. Différentes techniques alternatives ont été développées, en particulier la lutte biologique par d'autres insectes ou par des agents biologiques tels que des bactéries capables de produire des toxines insecticides. On connaît également des plantes transgéniques exprimant de telles toxines insecticides. Very many types of insects are causing serious damage to field crops, including cereals, flowers, fruit. Various alternative techniques have been developed, in particular biological control by other insects or by biological agents such as bacteria capable of producing insecticidal toxins. Transgenic plants expressing such insecticidal toxins are also known.
Par exemple le document WO 99/54472 décrit des toxines insecticides isolées de Xenorhabdus nematophilus, et des séquences nucléotidiques codant pour de telles toxines. For example, WO 99/54472 discloses insecticidal toxins isolated from Xenorhabdus nematophilus, and nucleotide sequences encoding such toxins.
Le document US 6 281 413 décrit des toxines insecticides isolées de Photorhabdus luminescens. Photorhabdus luminescens est une bactérie entomopathogène, commensale intestinale d'un nématode du genre Heterorhabditis. Ces nématodes colonisent les larves d'insectes qu'ils détruisent et sur lesquelles ils se développent. US 6,281,413 discloses insecticidal toxins isolated from Photorhabdus luminescens. Photorhabdus luminescens is an entomopathogenic, commensal intestinal bacterium of a nematode of the genus Heterorhabditis. These nematodes colonize insect larvae that they destroy and develop.
Il existe toujours un besoin important de trouver des toxines efficaces contre les insectes nuisibles, en particulier contre des diptères (moustiques notamment) et des lépidoptères. L'invention vise à obtenir des plantes et/ou des compositions contenant de telles toxines capables d'inactiver ou de détruire des insectes ravageurs des plantes cultivées ou des insectes nuisibles vecteurs d'agents pathogènes pour l'homme, les animaux ou les plantes. L'invention vise également l'utilisation de There is still a great need to find toxins that are effective against pests, especially against Diptera (especially mosquitoes) and Lepidoptera. The invention aims to obtain plants and / or compositions containing such toxins capable of inactivating or destroying insect pests of cultivated plants or harmful insects vectors of pathogens for humans, animals or plants. The invention also aims at the use of
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telles toxines, pour des traitements-préventifs ou curatifs- des cultures contre des ravageurs. such toxins, for treatment-preventive or curative- crops against pests.
A cet effet, les inventeurs ont réussi à identifier à l'aide d'une banque de BAC (chromosome artificiel bactérien), préparée à partir de Photorhabdus luminescens, des séquences nucléotidiques codant pour des toxines insecticides particulièrement efficaces contre des diptères, notamment les espèces de moustiques Aedes aegypti, Culex pipiens, Anopheles gambiae et Anopheles stephensie, et des lépidoptères notamment du genre Plutella. For this purpose, the inventors have succeeded in identifying, using a library of BAC (artificial bacterial chromosome), prepared from Photorhabdus luminescens, nucleotide sequences coding for insecticidal toxins particularly effective against dipterans, especially the species. mosquitoes Aedes aegypti, Culex pipiens, Anopheles gambiae and Anopheles stephensie, and Lepidoptera including Plutella genus.
A cet effet l'invention a pour objet selon un premier aspect une séquence nucléotidique isolée de Photorhabdus luminescens comprenant une séquence nucléotidique choisie parmi SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4, ladite séquence nucléotidique codant pour au moins un polypeptide actif contre des insectes. For this purpose, the subject of the invention is, according to a first aspect, a nucleotide sequence isolated from Photorhabdus luminescens comprising a nucleotide sequence chosen from SEQ ID No. 2 and SEQ ID No. 4, said nucleotide sequence coding for at least one active polypeptide against insects.
La séquence SEQ ID N 2 correspond aux nucléotides nt 8113 à nt 8514 de la séquence SEQ ID N 1 qui est la séquence nucléotidique d'un BAC, désigné BAC 1A2, déposé le 12 juillet 2001 à la CNCM sous le numéro 1-2699. Le BAC1A2 est un fragment d'ADN génomique de Photorhabdus luminescens subsp.laumondii, souche TT01 (Fischer-Le Saux M. et al. 1998. Appl. Environ. Microbiol., vol 64, 4246), cloné dans le vecteur pBeloBAC11(Kim V.J. et al. 1996. Genomics, vol 34, 213) dans la bactérie E .coli DH10B TH (Calvin N. M. and Hanawalt P. C, 1998, J. The sequence SEQ ID No. 2 corresponds to the nucleotides nt 8113 to nt 8514 of the sequence SEQ ID N1 which is the nucleotide sequence of a BAC, designated BAC 1A2, deposited on July 12, 2001 at the CNCM under the number 1-2699. BAC1A2 is a genomic DNA fragment of Photorhabdus luminescens subsp.laumondii strain TT01 (Fischer-Le Saux M. et al., 1998. Appl., Environ Microbiol., Vol 64, 4246), cloned into the vector pBeloBAC11 (Kim VJ et al., 1996. Genomics, vol 34, 213) in E. coli DH10B TH (Calvin NM and Hanawalt P. C, 1998, J.
Bacteriol., 170, 2796). Bacteriol., 170, 2796).
La séquence SEQ ID N 4 correspond aux nucléotides nt 8544 à nt 9803 de la séquence SEQ ID N 1de ce BAC 1 A2. The sequence SEQ ID No. 4 corresponds to nucleotides No. 8544 to No. 9803 of the sequence SEQ ID No. 1 of this BAC 1 A2.
L'invention concerne également les séquences nucléotidiques choisies parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 70% d'identité avec
SEQ ID N 2 ou SEQ ID N 4 ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N 2 ou SEQ ID N 4 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire d'une séquence définie en a) ou b) ; d) un fragment représentatif d'une séquence définie en a), b) ou c), d'au moins 10, de préférence au moins 20 paires de base ; The invention also relates to the nucleotide sequences chosen from: a) a nucleotide sequence comprising at least 70% identity with
SEQ ID N 2 or SEQ ID N 4; b) a nucleotide sequence hybridizing under conditions of high stringency with SEQ ID N 2 or SEQ ID N 4; c) a nucleotide sequence complementary to a sequence defined in a) or b); d) a fragment representative of a sequence defined in a), b) or c), of at least 10, preferably at least 20 base pairs;
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e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c) , d) ou e) ; ladite séquence codant pour au moins un polypeptide actif contre des insectes. e) a nucleotide sequence comprising a sequence as defined in a), b), c) or d); f) a modified nucleotide sequence of a nucleotide sequence as defined in a), b), c), d) or e); said sequence encoding at least one polypeptide active against insects.
Dans le présent document, on utilisera l'expression séquence nucléotidique à expression insecticide pour désigner ces séquences nucléotidiques SEQ ID N 2, SEQ ID N 4, et les séquences variants définies en a) à f). In the present document, the expression nucleotide sequence with insecticidal expression will be used to designate these nucleotide sequences SEQ ID N 2, SEQ ID N 4, and the variant sequences defined in a) to f).
La séquence SEQ ID n 2 correspond à un cadre ouvert de lecture désigné ORF1 et code pour la protéine de 133 acides aminés de séquence SEQ ID N 3. The sequence SEQ ID No. 2 corresponds to an open reading frame designated ORF1 and codes for the 133 amino acid protein of sequence SEQ ID No. 3.
La séquence SEQ ID N 4 correspond à un cadre ouvert de lecture désigné ORF2 et code pour la protéine de 419 acides aminés de séquence SEQ ID N 5. The sequence SEQ ID No. 4 corresponds to an open reading frame designated ORF2 and codes for the 419 amino acid protein of sequence SEQ ID No. 5.
Les séquences SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5 se distinguent nettement de l'art antérieur. Aucune similarité significative n'a été identifiée, en utilisant par exemple le programme BESTFIT connu de l'homme du métier, entre ces séquences et les séquences SEQ ID N 12,13,14 du document US 6 281 413. The sequences SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 3, SEQ ID No. 4, SEQ ID No. 5 are clearly distinguishable from the prior art. No significant similarity has been identified, for example using the BESTFIT program known to those skilled in the art, between these sequences and the sequences SEQ ID N 12,13,14 of US 6,281,413.
Seule une faible similarité (toujours inférieure à 50%) entre la séquence SEQ ID N 3, et les protéines codées par l'ORF 1 du document W099/54472 (SEQ ID N 2, SEQ ID N 5, SEQ ID N 9, SEQ ID N 13) a été notée. Only a low similarity (always less than 50%) between the sequence SEQ ID No. 3, and the proteins encoded by the ORF 1 of the document WO99 / 54472 (SEQ ID No. 2, SEQ ID No. 5, SEQ ID No. 9, SEQ ID N 13) was noted.
De même, seule une faible similarité (toujours inférieure à 50%) entre la séquence SEQ ID N 5, et les protéines codées par l'ORF 2 du document W099/54472 (SEQ ID N 3, SEQ ID N 7, SEQ ID N 11, SEQ ID N 14) a été notée. Similarly, only a low similarity (always less than 50%) between the sequence SEQ ID No. 5 and the proteins encoded by ORF 2 of document WO99 / 54472 (SEQ ID No. 3, SEQ ID No. 7, SEQ ID No. 11, SEQ ID N 14) was noted.
Par l'expression activité insecticide ou composé actif contre des insectes , on entend que les toxines sont capables de lutter contre des insectes, en les tuant ou en les inactivant par exemple par une baisse ou une perte d'appétit vis-à-vis des plantes d'intérêt cultivées. Le résultat est typiquement la destruction, ou la baisse de croissance et/ou de la reproduction de l'insecte nuisible cible. Par insecticide , on entend également biopesticide . By the term insecticidal activity or active compound against insects, it is meant that the toxins are capable of controlling insects, by killing them or by inactivating them for example by a decrease or a loss of appetite with respect to insects. cultivated plants of interest. The result is typically the destruction, or decrease in growth and / or reproduction of the target pest. By insecticide is also meant biopesticide.
La liste d'insectes ci-dessus (diptères, notamment les espèces de moustiques du appartenant au genres Aedes, Culex, Anopheles, et lépidoptères notamment Plutella) n'est pas exhaustive : l'efficacité insecticide des séquences selon l'invention sur d'autres insectes peut être criblée sans effort excessif par l'homme du métier, The list of insects above (Diptera, in particular the mosquito species belonging to the genera Aedes, Culex, Anopheles, and Lepidoptera including Plutella) is not exhaustive: the insecticidal efficacy of the sequences according to the invention on other insects can be screened without undue effort by those skilled in the art,
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maintenant que sont connus le BAC 1 A2 et le protocole de test d'activité biologique, notamment à l'aide des techniques appropriées présentées dans la description détaillée, en particulier des exemples 2 et 3. Des tests semblables, utilisant par exemple une autre espèce d'insecte cible, permettent également de mesurer ladite activité insecticide. now that the BAC 1 A2 and the biological activity test protocol are known, notably using the appropriate techniques presented in the detailed description, in particular examples 2 and 3. Similar tests, using for example another species target insect, also measure said insecticidal activity.
Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADN. Ces acides nucléiques sont isolés de leur environnement naturel, et sont naturels ou artificiels. By nucleic acid, nucleic or nucleic acid sequence, polynucleotide, oligonucleotide, polynucleotide sequence, nucleotide sequence, terms which will be used indifferently in the present description, is meant to designate a precise sequence of nucleotides, modified or otherwise, to define a fragment or a region of a nucleic acid, with or without unnatural nucleotides, and which may correspond to both a double-stranded DNA, a single-stranded DNA and transcripts of said DNA. These nucleic acids are isolated from their natural environment, and are natural or artificial.
Par "séquence nucléotidique homologue", on entend toute séquence nucléotidique qui diffère des séquences nucléotidiques comprenant SEQ ID N 2 ou SEQ ID N 4 (en particulier qui diffère des séquences SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4) par substitution, délétion, et/ou insertion d'un nucléotide ou d'un nombre réduit de nucléotides, à des positions telles que ces séquences nucléotidiques homologues possèdent une activité insecticide telle que décrite précédemment. De préférence, une telle séquence nucléotidique homologue est identique à au moins 70,75 % des séquences nucléotidiques SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4, de préférence au moins 80, 85 %, de préférence encore au moins 90,92, 95, 98,99%. By "homologous nucleotide sequence" is meant any nucleotide sequence which differs from the nucleotide sequences comprising SEQ ID No. 2 or SEQ ID No. 4 (in particular which differs from the sequences SEQ ID No. 2 and SEQ ID No. 4) by substitution, deletion, and or insertion of a nucleotide or a reduced number of nucleotides, at positions such that these homologous nucleotide sequences possess an insecticidal activity as described above. Preferably, such a homologous nucleotide sequence is identical to at least 70.75% of the nucleotide sequences SEQ ID N 2 and SEQ ID N 4, preferably at least 80, 85%, more preferably at least 90.92, 95, 98.99%.
Par pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques, on entend désigner un pourcentage de nucléotides identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après leur meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé à l'aide d'algorithmes mathématiques. D'une manière préférée, non limitative, on peut citer différents algorithmes rappelés dans le document Fundamentals of database searching (review) Stephen F., Altschul, Bioinformatics : A trends Guide, 1998 :5 : 7-9, notamment les algorithmes de Karlin et Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 872264, modifié dans Karlin et Altschul (1993) The percentage of identity between two nucleic acid sequences is intended to denote a percentage of identical nucleotides between the two sequences to be compared, obtained after their better alignment, this percentage being purely statistical and the differences between the two sequences being randomly distributed. and over their entire length. Optimal sequence alignment for comparison can be achieved using mathematical algorithms. In a preferred, nonlimiting manner, mention may be made of the various algorithms mentioned in the document Fundamentals of Database Search (review) Stephen F., Altschul, Bioinformatics: A Trends Guide, 1998: 5: 7-9, in particular Karlin's algorithms and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 872264, modified in Karlin and Altschul (1993)
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Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 :5873-5877. pourra utiliser en particulier les programmes : -BLAST, notamment BLASTN, BLAST2 (Tatusova et al., 1999, "Blast 2 séquences - a new tool for comparing protein and nucleotide séquences", FEMS Microbiol Lett. 174 :247-250), gapped BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 5873-5877. In particular, the programs may be used: -BLAST, in particular BLASTN, BLAST2 (Tatusova et al., 1999, "Blast 2 sequences - a new tool for comparing protein and nucleotide sequences", FEMS Microbiol Lett., 174: 247-250), gapped BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res.
25(17) :3389-3402), -FASTA (Altschul S. F. et al., 1990, J. Mol. Biol., 403-410), -Clustal W (Thompson, J. D. et al., 1994, Nucleic Acids Res. 22, 4673-80), -BESTFIT. (17): 3389-3402), -FASTA (Altschul SF et al., 1990, J. Mol Biol., 403-410), -Clustal W (Thompson, JD et al., 1994, Nucleic Acids Res. 22, 4673-80), -BESTFIT.
L'algorithme BLAST est décrit en détail sur le site du NCBI http :ww.ncbi.nih.gov. The BLAST algorithm is described in detail on the NCBI site http: ww.ncbi.nih.gov.
De manière préférentielle, une telle séquence nucléotidique homologue hybride spécifiquement à la séquence complémentaire d'une séquence codant pour une toxine insecticide, dans des conditions stringentes. On utilisera par exemple les conditions suivantes : (1) préhybridation à 42 C pendant 3 heures en tampon phosphate (20mM, pH 7,5) contenant 5X SSC (IX SSC correspond à une solution 0.15M NaCl + 0. 015 M de citrate de sodium), 50% de formamide, 7% de sodium dodecyl sulfate (SDS), 10X de solution de Denhardt's, 5% de dextran sulfate et 1% d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la taille de la sonde (par exemple 42 C pour une sonde de taille supérieure à 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20 C en 2X SSC + 2% SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20 C en 0.1X SSC + 0.1% SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0.1X SSC + 0. 1% SDS pendant 30 minutes à 60 C pour une sonde de taille supérieur à 100 nucléotides. Preferably, such a homologous nucleotide sequence hybridizes specifically to the sequence complementary to a sequence coding for an insecticidal toxin, under stringent conditions. For example, the following conditions will be used: (1) prehybridization at 42 ° C. for 3 hours in phosphate buffer (20 mM, pH 7.5) containing 5 × SSC (IX SSC corresponds to a solution of 0.15 M NaCl + 0. 015 M citrate sodium), 50% formamide, 7% sodium dodecyl sulfate (SDS), 10X Denhardt's solution, 5% dextran sulfate and 1% salmon sperm DNA; (2) actual hybridization for 20 hours at a temperature dependent on the size of the probe (for example 42 C for a probe larger than 100 nucleotides) followed by 2 washes for 20 minutes at 20 C in 2X SSC + 2% SDS, 1 wash for 20 minutes at 20 C in 0.1X SSC + 0.1% SDS. The last wash is carried out in 0.1X SSC + 0.1% SDS for 30 minutes at 60 ° C. for a probe of size greater than 100 nucleotides.
Les conditions d'hybridations de fortes stringences décrites ci-dessus peuvent être adaptées par l'homme du métier pour les polynucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon les enseignements appropriés connus de l'homme du métier, notamment décrit dans Sambrook et al., (1989, Molecular cloning, A laboratory Manual, Cold Spring Harbor), Maniatis et al., 1982 (Molecular cloning, A laboratory Manual, Cold Spring Harbor Lab. CSH, N. Y. USA ou l'une de ses récentes rééditions et dans Ausubel et al., Eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, N.Y.) The hybridization conditions of high stringency described above can be adapted by those skilled in the art for polynucleotides of larger or smaller size, according to appropriate teachings known to those skilled in the art, in particular described in Sambrook et al. (1989, Molecular cloning, A laboratory Manual, Cold Spring Harbor), Maniatis et al., 1982 (Molecular cloning, A laboratory Manual, Cold Spring Harbor Lab., CSH, NY USA or one of its recent reissues and in Ausubel et al., Eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, NY)
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Par fragment nucléotidique , on entend d'une part tout fragment d' une séquence nucléotidique comprenant SEQ ID N 2 ou SEQ ID N 4 (en particulier tout fragment de SEQ ID N 2 ou SEQ ID N 4), ou tout fragment de séquences homologues à ces séquences, lesdits fragments codant pour un peptide à activité insecticide telle que définie précédemment. Ces fragments nucléotidiques présentent au moins 10 nucléotides, de préférence au moins 10,15, 30,45, 75,150, 300 nucléotides consécutifs de la séquence dont ils sont issus. Ces fragments nucléotidiques codent pour des peptides présentant une activité insecticide de préférence d'au moins 10, 20, 30, 50, 80,90%, voire plus de 100%, de l'activité insecticide des séquences SEQ ID N 3 et SEQ ID N 5 codées par les séquences à expression insecticide SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4. Pour tester cette activité insecticide, l'homme du métier dispose notamment de la méthode présentée dans les exemples détaillés décrits ci-après. Le présent document enseigne ainsi à l'homme du métier d'utiliser également les fragments ou les homologues définis précédemment, notamment d'utiliser les éléments fonctionnels de ces séquences qui déterminent l'expression insecticide, et donc de ne pas utiliser nécessairement les éléments non essentiels à cette expression. By nucleotide fragment, we mean on the one hand any fragment of a nucleotide sequence comprising SEQ ID N 2 or SEQ ID N 4 (in particular any fragment of SEQ ID N 2 or SEQ ID N 4), or any fragment of homologous sequences to these sequences, said fragments coding for a peptide with insecticidal activity as defined above. These nucleotide fragments have at least 10 nucleotides, preferably at least 10, 15, 30, 45, 75, 150, 300 consecutive nucleotides of the sequence from which they are derived. These nucleotide fragments encode peptides having an insecticidal activity preferably of at least 10, 20, 30, 50, 80.90% or even more than 100%, of the insecticidal activity of the sequences SEQ ID N 3 and SEQ ID N 5 encoded by the insecticidal expression sequences SEQ ID N 2 and SEQ ID N 4. To test this insecticidal activity, the skilled person has in particular the method presented in the detailed examples described below. The present document thus teaches those skilled in the art to also use the fragments or homologues defined above, in particular to use the functional elements of these sequences which determine the insecticidal expression, and therefore not to necessarily use the non-essential elements. essential to this expression.
L'invention concerne ainsi selon un aspect les séquences nucléotidiques qui comprennent au moins un tel fragment et ont une activité insecticide. The invention thus relates in one aspect to nucleotide sequences which comprise at least one such fragment and have insecticidal activity.
Par fragments représentatifs selon l'invention on entend également des sondes ou amorces, qui peuvent être utilisées dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquences nucléiques. Ces procédés peuvent faire intervenir des techniques d'amplification du type PCR (décrite par exemple dans le document US 4,683,202) ou PCR like, comme par exemple les techniques connues de l'homme du métier SDA (Strand Displacement Amplification), TAS (Transcription-based Amplification System), NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) LCR (Ligase Chain Reaction). Une sonde ou amorce se définit, au sens de l'invention, comme étant un fragment d'acide nucléique simple brin ou un fragment double brin dénaturé comprenant au moins 8 bases, de préférence au moins 10,15, 30 bases, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible. Representative fragments according to the invention also include probes or primers, which can be used in methods for detecting, identifying, assaying or amplifying nucleic sequences. These methods may involve amplification techniques of the PCR type (described for example in US Pat. No. 4,683,202) or PCR like, for example techniques known to those skilled in the art (Strand Displacement Amplification), TAS (Transcription- Based Amplification System), LCR (Ligase Chain Reaction), NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification). For the purposes of the invention, a probe or primer is defined as a single-stranded nucleic acid fragment or a denatured double-stranded fragment comprising at least 8 bases, preferably at least 10, 15, 30 bases, and having a hybridization specificity under specified conditions to form a hybridization complex with a target nucleic acid.
De telles sondes seront en particulier utilisables dans des programmes de sélection assistée par marqueur, par exemple pour suivre l'intégration du gène de la toxine Such probes will in particular be usable in marker-assisted selection programs, for example to monitor the integration of the toxin gene.
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dans la plante transformée. Pour cela au moins une de ces sondes est marquée, par exemple par un isotope radioactif, puis mise en contact avec de l'ADN génomique de la plante, préalablement digéré par des enzymes de restriction, dans des conditions permettant l'hybridation spécifique de la sonde marquée à l'ADN en question. in the transformed plant. For this at least one of these probes is labeled, for example by a radioactive isotope, and then placed in contact with genomic DNA of the plant, previously digested with restriction enzymes, under conditions allowing the specific hybridization of the labeled probe to the DNA in question.
Par séquence nucléotidique modifiée, on entend toute séquence nucléotidique obtenue typiquement par mutagénèse selon des techniques appropriées, et comportant des modifications par rapport aux séquences nucléotidiques SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4, ou les séquences variantes (séquences nucléotidiques définies a) à e) précédemment). Ces modifications peuvent entraîner selon une variante préférée une augmentation du niveau d'expression insecticide. On peut par exemple utiliser la mutagenèse dirigée site spécifique, décrite dans Upender et al., 1995, Biotechniques 18(1):29-30, ou des techniques de mutagénèse du type DNA shuffling décrite dans le document US 5 605 793. On peut par exemple obtenir des séquences mutées de SEQ ID N 2 et SEQ ID N 4, par délétions, et cribler des mutants actifs pour identifier des régions toutes particulièrement associées au niveau d'activité insecticide. By modified nucleotide sequence is meant any nucleotide sequence typically obtained by mutagenesis according to appropriate techniques, and comprising modifications with respect to the nucleotide sequences SEQ ID N 2 and SEQ ID N 4, or the variant sequences (nucleotide sequences defined a) to e ) previously). These modifications may result, according to a preferred variant, in an increase in the level of insecticidal expression. For example, site-specific site-specific mutagenesis, described in Upender et al., 1995, Biotechniques 18 (1): 29-30, or DNA shuffling mutagenesis techniques described in US 5,605,793 may be used. for example obtain mutated sequences of SEQ ID N 2 and SEQ ID N 4, by deletions, and screen for active mutants to identify regions all particularly associated with the level of insecticidal activity.
L'invention concerne selon un autre aspect un polypeptide insecticide codé par une séquence nucléotidique à expression insecticide telle que décrite précédemment. According to another aspect, the invention relates to an insecticidal polypeptide encoded by a nucleotide sequence with insecticidal expression as described above.
L'invention concerne également les polypeptides choisis parmi : a) un polypeptide de séquence SEQ ID N 3 ou SEQ ID N 5 ; b) un polypeptide homologue au polypeptide défini en a) comportant au moins
80 %, de préférence au moins 85 %, 87 %, 90 %, 95 % , 97 % 98 %, 99 % d'identité avec ledit polypeptide de a) ; c) un fragment d'au moins 10 acides aminés consécutifs, de préférence d'au moins 15,20, 23,25, 30,40, 50,100 amino-acides consécutifs d'un polypeptide défini en a), ou b); d) un polypeptide variant de polypeptide de séquences d'acides aminés défini en a), b), ou c) ; ledit polypeptide ayant une activité insecticide telle que décrite précédemment. The invention also relates to the polypeptides chosen from: a) a polypeptide of sequence SEQ ID No. 3 or SEQ ID No. 5; b) a polypeptide homologous to the polypeptide defined in a) comprising at least
80%, preferably at least 85%, 87%, 90%, 95%, 97% 98%, 99% identity with said polypeptide of a); c) a fragment of at least 10 consecutive amino acids, preferably at least 15,20, 23,25, 30,40, 50,100 consecutive amino acids of a polypeptide defined in a), or b); d) a polypeptide variant polypeptide of amino acid sequences defined in a), b), or c); said polypeptide having insecticidal activity as previously described.
On emploie dans ce texte indifféremment le terme polypeptide insecticide ou toxine insecticide pour désigner un polypeptide selon l'invention ayant une activité insecticide telle que décrite précédemment. Le terme polypeptide est utilisé pour désigner également une protéine ou un peptide. In this text, the term "insecticide polypeptide" or "insecticidal toxin" is used interchangeably to denote a polypeptide according to the invention having an insecticidal activity as described above. The term polypeptide is also used to refer to a protein or a peptide.
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De préférence un polypeptide selon l'invention est un polypeptide constitué de la séquence SEQ ID N 3 ou SEQ ID N 5 ou d'une séquence possédant au moins 80 % d'identité, de préférence au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 % d'identité avec la SEQ ID N 3 ou SEQ ID N 5 après alignement optimal. Par polypeptide dont la séquence d'acides aminés présentant un pourcentage d' identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 85 %, 90 %, 95 %, 98 % et 99 % après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les polypeptides présentant certaines modifications par rapport au polypeptide de référence, comme en particulier une ou plusieurs délétions, troncations, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une ou plusieurs substitutions. Preferably a polypeptide according to the invention is a polypeptide consisting of the sequence SEQ ID No. 3 or SEQ ID No. 5 or of a sequence having at least 80% identity, preferably at least 85%, 90%, 95% , 98% and 99% identity with SEQ ID N 3 or SEQ ID N 5 after optimal alignment. A polypeptide whose amino acid sequence has an identity percentage of at least 80%, preferably at least 85%, 90%, 95%, 98% and 99% after optimal alignment with a reference sequence is meant polypeptides having certain modifications relative to the reference polypeptide, such as in particular one or more deletions, truncations, an elongation, a chimeric fusion, and / or one or more substitutions.
Par fragment de polypeptide, on entend désigner un polypeptide comportant au minimum 10 acides aminés consécutifs, de préférence au moins 15,20, 25,30, 40,50, 100 amino-acides consécutifs. Les fragments de polypeptide selon l'invention obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolytique, par un réactif chimique, ou encore en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide font également partie de l'invention. By polypeptide fragment is meant a polypeptide comprising at least 10 consecutive amino acids, preferably at least 15,20, 25,30, 40,50, 100 consecutive amino acids. The polypeptide fragments according to the invention obtained by cleavage of said polypeptide by a proteolytic enzyme, by a chemical reagent, or by placing said polypeptide in a highly acidic environment also form part of the invention.
Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acides aminés consécutifs ou non consécutifs, peuvent être remplacés par des acides aminés équivalents . In the case of a substitution, one or more consecutive or non-consecutive amino acids may be replaced by equivalent amino acids.
L'expression acide aminé équivalent vise ici à désigner tout acide aminé susceptible d'être substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier les caractéristiques ou propriétés fonctionnelles essentielles souhaitées, en l'occurrence n'entraînant pas une perte de l'activité insecticide. Ces acides aminés équivalents peuvent être déterminés soit en s' appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur les résultats des essais d'activité biologique croisée auxquels les différents polypeptides sont susceptibles de donner lieu. A titre d'exemple, on mentionnera les possibilités de substitutions susceptibles d'être effectuées sans qu'il en résulte une modification approfondie des activités biologiques des polypeptides modifiés correspondants, les remplacements, par exemple, de la leucine par la valine ou l'isoleucine, de l'acide aspartique par l'acide glutamique, de la glutamine par l'asparagine, de l'arginine par la lysine etc., les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mêmes conditions. On entendra par polypeptide variant l'ensemble des polypeptides The expression "equivalent amino acid" is intended here to designate any amino acid that may be substituted for one of the amino acids of the basic structure without, however, modifying the essential characteristics or essential functional properties desired, in this case not entailing a loss of insecticidal activity. These equivalent amino acids can be determined either by relying on their structural homology with the amino acids to which they are substituted, or on the results of cross-biological activity tests to which the various polypeptides are likely to give rise. By way of example, mention may be made of the possibilities of substitutions that may be carried out without resulting in a thorough modification of the biological activities of the corresponding modified polypeptides, the replacements, for example, of leucine by valine or isoleucine. , aspartic acid with glutamic acid, glutamine with asparagine, arginine with lysine, etc., the reverse substitutions being naturally conceivable under the same conditions. By variant polypeptide is meant all the polypeptides
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mutés pouvant exister naturellement, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions de résidus d'amino-acides. Un polypeptide variant, un polypeptide homologue ou un fragment de polypeptide selon l'invention possède au moins 10 %, de préférence au moins 20,30, 50, 80 , 90%, voire plus de 100,120, 150%, de l'activité insecticide des séquences SEQ ID N 3 et SEQ ID N 5. mutations which may exist naturally, and which correspond in particular to truncations, substitutions, deletions and / or additions of amino acid residues. A variant polypeptide, a homologous polypeptide or a polypeptide fragment according to the invention has at least 10%, preferably at least 20.30, 50, 80, 90% or even more than 100.120, 150% of the insecticidal activity. sequences SEQ ID N 3 and SEQ ID N 5.
L'invention concerne également les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides tels que décrits précédemment. The invention also relates to the nucleotide sequences encoding the polypeptides as described above.
Dans le présent document, les expressions isolé et purifié se réfèrent à un niveau de pureté réalisable en utilisant les connaissances actuelles de l'homme du métier. In this document, isolated and purified expressions refer to a level of purity achievable using current knowledge of those skilled in the art.
Les molécules selon l'invention n'ont pas besoin d'être absolument pures (c'est à dire ne contenant absolument aucune molécules autres que des macromolécules cellulaires), mais devraient être suffisamment pures de sorte que l'homme du métier identifie qu'elles ne sont plus présentes dans l'environnement dans lequel elles ont été initialement trouvées (le milieu cellulaire). The molecules according to the invention need not be absolutely pure (that is to say containing absolutely no molecules other than cellular macromolecules), but should be sufficiently pure so that those skilled in the art will recognize that they are no longer present in the environment in which they were initially found (the cellular environment).
L'invention concerne selon un autre aspect une cassette d'expression comprenant une séquence promoteur liée de manière opérationnelle dans la plante transformée à une séquence nucléotidique selon l'invention codant pour une toxine insecticide, et à région de terminaison de la transcription. La préparation d'une cassette d'expression ADN peut être réalisée de différentes manières appropriées par l'homme du métier. According to another aspect, the invention relates to an expression cassette comprising a promoter sequence operably linked in the transformed plant to a nucleotide sequence according to the invention coding for an insecticidal toxin, and to a transcription termination region. The preparation of a DNA expression cassette can be performed in a variety of appropriate ways by those skilled in the art.
Par exemple, au moins une séquence nucléotidique à expression insecticide telle que définie précédemment, peut être clonée en aval du promoteur en utilisant des enzymes de restriction pour assurer son insertion dans une orientation appropriée au regard du promoteur de manière qu'il soit exprimé. Une fois cette séquence d'intérêt liée opérationnellement au promoteur, la cassette d'expression ainsi formée peut être clonée dans un plasmide ou autre vecteur. La séquence promoteur contrôle la transcription en un ARN messager fonctionnel codant pour une protéine insecticide. For example, at least one nucleotide sequence with insecticidal expression as defined above, can be cloned downstream of the promoter using restriction enzymes to ensure its insertion in a suitable orientation to the promoter so that it is expressed. Once this sequence of interest is operatively linked to the promoter, the expression cassette thus formed can be cloned into a plasmid or other vector. The promoter sequence controls transcription into a functional messenger RNA encoding an insecticidal protein.
La cassette d'expression peut être chimérique ou naturelle, mais typiquement elle est hétérologue vis-à-vis de l'hôte, ce qui implique l'introduction dans l'hôte par une transformation. On connaît un grand nombre de promoteurs de plantes, rappelés notamment dans le document W001/70778. On peut utiliser un promoteur constitutif The expression cassette may be chimeric or natural, but typically it is heterologous to the host, which involves introduction into the host by transformation. A large number of plant promoters are known, mentioned in particular in document W001 / 70778. A constitutive promoter can be used
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ou inductible, un promoteur spécifique d'un tissu, d'un organe, d'un stade de développement, par exemple spécifique du phloème afin de lutter contre des insectes qui prélèvent la sève élaborée. or inducible, a specific promoter of a tissue, an organ, a stage of development, for example specific to the phloem in order to fight against insects that take the elaborated sap.
Selon un mode de réalisation l'expression du gène d'intérêt est régulée, en plus de par la séquence promoteur, par l'utilisation de séquences appropriées capables de renforcer l'activité de cette séquence promoteur, telles que des introns, par exemple l'intron de l'actine 1 ou 2, l'intron DSV de la mosaïque jaune du tabac (Morris et al. According to one embodiment, the expression of the gene of interest is regulated, in addition to the promoter sequence, by the use of appropriate sequences capable of enhancing the activity of this promoter sequence, such as introns, for example intron of actin 1 or 2, the DSV intron of the tobacco yellow mosaic (Morris et al.
(1992), Virology, 187 :633), des séquences enhancers , par exemple certains éléments du promoteur CaMV35S et de gènes de l'octopine synthase (US 5 290 924), des séquences leaders (typiquement des séquences situées entre le site d'initiation de la transcription et le début de la séquence codante, en particulier des séquences leader consensus qui stabilisent l'ARNm et empêchent une initiation inappropriée de la transcription), par exemple le leader EMCV (Leroy-Stein et al., 1989, PNAS USA, 86 : 6126-6130), le leader TMV (Gallie et al., 1989, Molecular Biology of RNA, pages 237-256). Parmi les séquences terminateurs, on peut citer le terminateur nos (Bevan et al.,1983, Nucleic Acids Res. 11 (2), et le terminateur de gène d'histone (EPO 633 317). (1992), Virology, 187: 633), enhancer sequences, e.g. certain elements of the CaMV35S promoter and octopine synthase genes (US 5,290,924), leader sequences (typically sequences located between the site of initiation of transcription and the beginning of the coding sequence, particularly consensus leader sequences that stabilize the mRNA and prevent inappropriate transcription initiation), e.g., the EMCV leader (Leroy-Stein et al., 1989, PNAS USA , 86: 6126-6130), the TMV leader (Gallie et al., 1989, Molecular Biology of RNA, pages 237-256). Among the terminator sequences are the nos terminator (Bevan et al., 1983, Nucleic Acids Res., 11 (2), and the histone gene terminator (EPO 633 317).
Selon une variante, la cassette d'expression contient des séquences d'adressage subcellulaire, en particulier une séquence codant pour un peptide signal permettant la sécrétion de la protéine, ou une séquence codant pour un peptide de transit adressant la toxine dans les chloroplastes (par exemple le peptide de transit optimisé décrit dans le document EP 0 508 909). According to one variant, the expression cassette contains subcellular addressing sequences, in particular a sequence coding for a signal peptide allowing the secretion of the protein, or a sequence coding for a transit peptide that sends the toxin into the chloroplasts (by way of example). example the optimized transit peptide described in EP 0 508 909).
Selon un autre aspect l'invention concerne un vecteur de clonage et/ou d'expression comprenant une cassette d'expression telle que décrite précédemment. Selon une réalisation le vecteur est un type virus et comprend dans son génome une séquence polynucléotidique selon l'invention, liée opérationnellement à un promoteur inductible ou constitutif approprié. According to another aspect the invention relates to a cloning and / or expression vector comprising an expression cassette as described above. According to one embodiment, the vector is a virus type and comprises in its genome a polynucleotide sequence according to the invention, operably linked to an appropriate inducible or constitutive promoter.
Selon un autre aspect l'invention concerne une cellule hôte transformée avec les séquences nucléiques décrites ci-dessus. According to another aspect the invention relates to a host cell transformed with the nucleic sequences described above.
Selon un autre aspect l'invention concerne une cellule hôte comprenant une telle cassette d'expression. Typiquement l'organisme hôte est une bactérie, une levure, une cellule de plante, un champignon. According to another aspect, the invention relates to a host cell comprising such an expression cassette. Typically the host organism is a bacterium, a yeast, a plant cell, a fungus.
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Selon un autre aspect l'invention concerne un procédé de préparation d'un polypeptide mettant en #uvre au moins un vecteur ou une cellule tels que décrits précédemment. L'invention concerne aussi un polypeptide recombinant susceptible d'être obtenu par ce procédé. According to another aspect, the invention relates to a method for preparing a polypeptide using at least one vector or a cell as described above. The invention also relates to a recombinant polypeptide obtainable by this method.
Selon un autre aspect l'invention concerne un procédé de préparation d'un polypeptide synthétique utilisant une séquence d'acides aminés d'un polypeptide insecticide tel que défini précédemment. According to another aspect the invention relates to a process for preparing a synthetic polypeptide using an amino acid sequence of an insecticidal polypeptide as defined above.
Selon un autre aspect l'invention concerne l'utilisation d'une séquence nucléotidique, d'un vecteur, d'une cellule hôte tels que décrit précédemment pour la biosynthèse de polypeptides insecticides. Le terme une fait bien entendu référence à au moins une . According to another aspect the invention relates to the use of a nucleotide sequence, a vector, a host cell as described above for the biosynthesis of insecticidal polypeptides. The term, of course, refers to at least one.
Selon un autre aspect l'invention concerne les séquences nucléotidiques selon l'invention, enregistrées sur un support, dénommé support d'enregistrement, dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et l'exploitation desdites séquences. According to another aspect the invention relates to the nucleotide sequences according to the invention, recorded on a support, called recording medium, whose shape and nature facilitate the reading, analysis and exploitation of said sequences.
On pourra préférer parmi ces supports des supports lisibles par un ordinateur, tels que les supports magnétiques, optiques, électriques ou hybrides comme par exemple les disquettes ou disques floppy , les CD ROM ou les cassettes d'enregistrement. Computer-readable media such as magnetic, optical, electrical, or hybrid media such as floppy disks or disks, CD ROMs, or recording cassettes may be preferred among these media.
Selon un autre aspect l'invention concerne les cellules végétales transformées par un vecteur tel que défini précédemment, à l'aide d'un tel hôte cellulaire susceptible d'infecter lesdites cellules végétales en permettant l'intégration dans le génome de ces dernières, des séquences nucléotidiques promoteur initialement contenues dans le génome du vecteur utilisé. According to another aspect, the invention relates to plant cells transformed with a vector as defined above, with the aid of such a cellular host capable of infecting said plant cells by allowing integration into the genome of said cells, nucleotide promoter sequences initially contained in the genome of the vector used.
La transformation des plantes peut être obtenue par différentes techniques appropriées connues de l'homme du métier, notamment rappelées dans les références : Ed. DUNOD Physiologie végétale, Tome 2 Développement Heller, Esnault et Lance, 2000, Methods of Molecular Biology : Plantgene transfer and expression protocols, Hansen et al., 1999, Recent advances in the transformation of plants, Trends in plant science, vol 4, n 6, 226, S.B.Gelvin, The introduction and expression of transgenes in plants, Current opinion in biotechnology, 1998,227, Hellens et al., 2000, Trends in plant science, vol 5, n 10, A guide to Agrobacterium binary Ti Vectors, 446, Franken et al., Recombinant proteins from transgenic plants, Current opinion in biotechnology, 8 :411-416, et al., 1998, Insect-resistant The transformation of the plants can be obtained by various appropriate techniques known to those skilled in the art, in particular referred to in the references: Ed. DUNOD Plant Physiology, Volume 2 Development Heller, Esnault and Lance, 2000, Methods of Molecular Biology: Plantgene transfer and Expression protocols, Hansen et al., 1999, Recent advances in the transformation of plants, Trends in plant science, Vol 4, No. 6, 226, SBGelvin, The introduction and expression of transgenes in plants, Current opinion in biotechnology, 1998, 227, Hellens et al., 2000, Trends in plant science, Vol 5, No. 10, A guide to Agrobacterium binary Ti Vectors, 446, Franken et al., Recombinant proteins from transgenic plants, Current opinion in biotechnology, 8: 411- 416, et al., 1998, Insect-resistant
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transgenic plants, Tibtech, vol 16,168, Michelmore. M, 2000, Genomic approaches to plant disease résistance, Current opinion in biotechnology, 3:125-131. transgenic plants, Tibtech, vol 16,168, Michelmore. M, 2000, Genomic approaches to plant disease resistance, Current opinion in biotechnology, 3: 125-131.
Le terme transformation fait référence à une manipulation génétique de cellules végétales susceptibles d'être transformées tels que des cellules de cals, d'embryons, des cellules en suspension dans des cultures (cultures issues par exemple de cals, d'embryons, de tissus de feuilles, d'inflorescences jeunes, d'anthères) des plantes. Le terme "transgénique" ou "transformée" en référence à une cellule de plante, une partie de plante, fait référence à ces éléments comprenant un segment d'ADN (de manière préférée une séquence nucléotidique ou une cassette d'expression selon l'invention) présélectionné isolé purifié qui a été introduit dans ledit élément par une méthode de transformation génétique. The term transformation refers to a genetic manipulation of plant cells that can be transformed such as callus cells, embryos, cells suspended in cultures (cultures derived from, for example, calli, embryos, leaves, young inflorescences, anther) plants. The term "transgenic" or "transformed" with reference to a plant cell, a plant part, refers to those elements comprising a DNA segment (preferably a nucleotide sequence or an expression cassette according to the invention purified isolated pre-selected which has been introduced into said element by a method of genetic transformation.
On citera notamment : la transformation de protoplastes, les techniques biolistiques ou de bombardement de microprojectiles, la transformation à l'aide de bactéries notamment d'Agrobacterium ou de vecteurs viraux, des procédés directement in planta. These include: protoplast transformation, biolistic or microprojectile bombardment techniques, transformation using bacteria including Agrobacterium or viral vectors, directly in planta processes.
Dans le cas d'une transformation de protoplastes, les protoplastes sont typiquement isolés, soit mécaniquement, soit par voie enzymatique pour séparer les parois cellulaires. Les protoplastes sont obtenus typiquement à partir de lignées cellulaires de cals obtenus d'embryons immatures, d'inflorescences immatures, de mésocotyles, d'anthères. Les protoplastes peuvent être transformés par Agrobacterium ou par insertion directe d'ADN facilitée par un traitement au polyéthylène glycol ou par électroporation (Lazzeri, Methods Mol Biol., 49:95-106,1995). Dans certaines espèces, on peut isoler les protoplastes de mésophylles, méthode qui permet d'obtenir des résultats indépendants du génotype. In the case of protoplast transformation, protoplasts are typically isolated, either mechanically or enzymatically to separate cell walls. Protoplasts are typically obtained from callus cell lines obtained from immature embryos, immature inflorescences, mesocotyls, and anthers. Protoplasts can be transformed by Agrobacterium or by direct insertion of DNA facilitated by polyethylene glycol treatment or electroporation (Lazzeri, Methods Mol Biol., 49: 95-106, 1995). In some species, protoplasts can be isolated from mesophylls, a method that provides results independent of the genotype.
Parmi les méthodes biolistiques rappelées dans Finer et al., T. Particle bombardmentmediated transformation, Current Topics in Microbiology and Immunology, Vol. Among the biolistic methods recalled in Finer et al., T. Particle bombardment mediated transformation, Current Topics in Microbiology and Immunology, Vol.
240, on pourra utiliser notamment le bombardement par canon de particules recouvertes de l'ADN plasmidique d'intérêt, en particulier en utilisant un canon à particules de tungstène ou d'or . 240, can be used in particular the barrel bombardment of particles coated with the plasmid DNA of interest, in particular using a tungsten or gold particle gun.
On pourra préférer aux méthodes biolistiques des méthodes agrolistiques décrites dans Hansen et al. Agrolistic transformation of plant cells : intégration of T-strands Biolistic methods may be preferred to agrolistic methods described in Hansen et al. Agrolistic transformation of plant cells: integration of T-strands
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generated in planta. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93 : 14978-14983, notamment afin d'intégrer un faible nombre de copies du transgène. generated in planta. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93: 14978-14983, in particular in order to integrate a low copy number of the transgene.
De nombreuses techniques de transformation utilisant Agrobacterium sont utilisables, telles que celles décrites dans le document Zupan, J. et al. (2000) The transfer of DNA from Agrobacterium tumefaciens into plants : a feast of fondamental insights. Plant J. 23 :11-28, US 6 037 522, US 6 265 538. La transformation par Agrobacterium tumefaciens peut être effectuée pour des Dicotylédones (tabac, pomme de terre) et des Monocotylédones (blé, orge, sorgho, maïs, riz notamment) mêmes si ces dernières ne sont généralement pas leur hôte naturel. On utilisera notamment des techniques connues pour le blé (McCormac et al., Euphytica, vol 99(1) : 17-25,1998), le maïs (Ishidia et al., 1996, Nat Biotechnol.,14(6) :745-750,1996). Many transformation techniques using Agrobacterium are useful, such as those described in Zupan, J. et al. (2000) The transfer of DNA from Agrobacterium tumefaciens into plants: a feast of fundamental insights. Plant J. 23: 11-28, US 6 037 522, US 6,265,538. The Agrobacterium tumefaciens transformation can be carried out for Dicotyledonous (tobacco, potato) and Monocotyledonous (wheat, barley, sorghum, maize, rice). especially) even if they are not usually their natural host. In particular, known techniques will be used for wheat (McCormac et al., Euphytica, vol 99 (1): 17-25,1998), maize (Ishidia et al., 1996, Nat Biotechnol., 14 (6): 745 -750.1996).
En outre, dans la mesure où l'intégration des gènes se fait essentiellement au hasard dans le génome, on observe souvent une variabilité entre les plantes transgéniques. In addition, since gene integration occurs primarily at random in the genome, there is often variability among transgenic plants.
On cherchera à obtenir de préférence des transformants comprenant une copie unique du transgène, ségrégée comme un caractère mendélien avec une expression uniforme d'une génération à la suivante. On recherche ainsi une expression stable du transgène avec un niveau d'expression souhaité. Transformants comprising a single copy of the transgene, segregated as a Mendelian character with a uniform expression from one generation to the next will be sought to obtain. Stable expression of the transgene with a desired level of expression is thus sought.
L'homme du métier connaît un grand nombre de plasmides utilisables dans le cadre de l'invention, rappelés notamment dans le document Trends in plant science oct 2000 vol 5 n 10 p 446, et adaptera les conditions de transformation au plasmide utilisé. On pourra par exemple utiliser de manière préférée, certains plasmides Ti binaires, tels que pBIN19, pMON, pGREEN, dont la séquence accessible permet la définition de cartes de restriction précise. Those skilled in the art know a large number of plasmids usable in the context of the invention, recalled in particular in the document Trends in plant science oct 2000 vol 5 n 10 p 446, and adapt the transformation conditions to the plasmid used. For example, it is possible to use, in a preferred manner, certain binary Ti plasmids, such as pBIN19, pMON, pGREEN, the accessible sequence of which makes it possible to define precise restriction maps.
La transformation dite in planta, décrite notamment dans Bechtold et al.,1993, In planta Agrobacterium-mediated gene transfer by infiltration of adult Arabidopsis thaliana plants, C. R. Acad. Sci, Paris, Life Sciences 316, 1194-1199, et Clough et al, 1998, Floral dip : simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana, Plant J. 16,735-743, a l'avantage de ne pas nécessiter d'étape de culture de tissus. Le transgène est introduit dans des plantes intactes sous forme d'ADN nu ou par Agrobacterium, généralement au stade de la formation du zygote. The so-called in planta transformation, described in particular in Bechtold et al., 1993, In planta Agrobacterium-mediated gene transfer by infiltration of adult Arabidopsis thaliana plants, C.R. Acad. Sci, Paris, Life Sciences 316, 1194-1199, and Clough et al., 1998, Floral dip: simplified method for Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana, Plant J. 16,735-743, has the advantage of not requiring any step of tissue culture. The transgene is introduced into intact plants as naked DNA or Agrobacterium, usually at the zygote stage.
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Les techniques et les agents pour sélectionner les cellules végétales et/ou les tissus végétaux incorporant des séquences nucléotidiques marqueurs associées au gène d'intérêt sont également bien connues de l'homme de métier, et comprennent, de manière non exclusive, l'utilisation de gènes marqueurs tels que des gènes conférant des résistances à un antibiotique ou à des herbicides, ou de systèmes de sélection positive, cités par exemple dans Gelvin 1998, en particulier le système basé sur une sélection sur mannose, en présence du gène de sélection de la MPI (Mannose-6phosphate isomérase) (Hansen et Wright, 1999), ou de systèmes de sélection couplés à l'élimination des gènes marqueurs après sélection (Ebinuma et al., 1997). Enfin, les plantes transformées peuvent également être sélectionnées par criblage PCR en l'absence de gènes marqueurs de sélection (McGarvey et Kaper, 1991). Techniques and agents for selecting plant cells and / or plant tissues incorporating marker nucleotide sequences associated with the gene of interest are also well known to those skilled in the art, and include, but are not limited to, the use of marker genes such as genes conferring resistance to an antibiotic or to herbicides, or positive selection systems, cited for example in Gelvin 1998, in particular the system based on selection on mannose, in the presence of the gene for selection of the MPI (Mannose-6 Phosphate Isomerase) (Hansen and Wright, 1999), or selection systems coupled to the elimination of marker genes after selection (Ebinuma et al., 1997). Finally, the transformed plants can also be screened by PCR screening in the absence of selection marker genes (McGarvey and Kaper, 1991).
Selon un autre aspect l'invention concerne un procédé d'obtention d'une plante exprimant au moins une toxine insecticide selon l'invention dans ses tissus, comprenant l'introduction d'une cassette d'expression comprenant une séquence nucléotidique à expression insecticide telle que décrite précédemment dans au moins une cellule de plante, puis la culture de la cellule ainsi transformée de manière à régénérer une plante contenant dans son génome ladite cassette d'expression. Ladite cassette est intégrée de manière stable dans le génome. According to another aspect the invention relates to a process for obtaining a plant expressing at least one insecticidal toxin according to the invention in its tissues, comprising the introduction of an expression cassette comprising a nucleotide sequence with an insecticidal expression such as than previously described in at least one plant cell, then the culture of the cell thus transformed so as to regenerate a plant containing in its genome said expression cassette. Said cassette is stably integrated into the genome.
Selon une réalisation le procédé comprend en outre l'identification et la sélection des cellules transformées capables de régénérer des plantes exprimant des toxines insecticides par rapport à une plante non transformée. In one embodiment the method further comprises identifying and selecting transformed cells capable of regenerating plants expressing insecticidal toxins relative to an untransformed plant.
La sélection de produits de la transformation, c'est-à-dire résultant immédiatement du processus de transformation, et des plantes transgéniques en résultant, peut être réalisée de différentes manières. Les techniques de croissance de cultures de plantes sont connues de l'homme du métier, par exemple dans Mcormick, 1986, Plant Cell Reports, 5,80-84. L'ADN recombinant comprenant au moins une séquence nucléotidique selon l'invention est transmis au cours d'un cycle de reproduction de la plante transgénique à sa descendance de manière à être exprimé dans les plantes de la descendance. L'invention concerne donc également les tissus ou parties de plantes, plantes, ou graines contenant les séquences d'acide nucléique selon l'invention décrites précédemment. Le terme "tissu de plante" fait référence à n'importe quel tissu d'une plante, dans une plante ou dans une culture. Ce terme inclut des plantes The selection of transformation products, i.e. resulting immediately from the transformation process, and the resulting transgenic plants, can be achieved in different ways. Plant culture growth techniques are known to those skilled in the art, for example in Mcormick, 1986, Plant Cell Reports, 5, 80-84. The recombinant DNA comprising at least one nucleotide sequence according to the invention is transmitted during a reproductive cycle of the transgenic plant to its offspring so as to be expressed in the plants of the offspring. The invention therefore also relates to the tissues or parts of plants, plants, or seeds containing the nucleic acid sequences according to the invention described above. The term "plant tissue" refers to any tissue of a plant, plant or culture. This term includes plants
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entières, des cellules de plantes, des organes de plantes, des graines de plantes, des protoplastes, des cals, des cultures de cellules et toutes autres cellules de plantes organisées en tant qu'unité fonctionnelle et/ou structurelle. Des parties de plantes régénérées telles que des fleurs, des graines, des feuilles, des tiges, des fruits, du pollen, des tubercules et analogues sont également dans le cadre de l'invention. whole, plant cells, plant organs, plant seeds, protoplasts, calli, cell cultures and any other plant cells organized as a functional and / or structural unit. Parts of regenerated plants such as flowers, seeds, leaves, stems, fruits, pollen, tubers and the like are also within the scope of the invention.
Les tissus, parties de plantes, plantes ou graines, sont résistants aux insectes. The tissues, parts of plants, plants or seeds, are resistant to insects.
L'invention inclut les plantes transgéniques fertiles obtenues ainsi que leur descendance et le produit de cette descendance. Les plantes transgéniques hybrides, obtenues par le croisement d'au moins une plante selon l'invention avec une autre, font aussi partie de l'invention. Les plantes transgéniques selon l'invention comprennent notamment une plante transgénique TO ou RO, c'est-à-dire la première plante générée à partir de cellules de plantes transformées, la plante transgénique Tl ou RI c'est-à-dire la première génération de descendance, et les plantes de la descendance de générations suivantes obtenues qui comprennent et expriment l'ADN recombinant. Par exemple, on procédera selon les étapes suivantes : - obtention de plantes parentes d'une première lignée, et d'une deuxième lignée (lignée donneuse comprenant un transgène selon l'invention) - pollinisation de fleurs du premier parent par le pollen du deuxième parent - récolte des graines produites par le premier parent. The invention includes the resulting fertile transgenic plants as well as their offspring and the product of this offspring. Transgenic hybrid plants, obtained by crossing at least one plant according to the invention with another, also form part of the invention. The transgenic plants according to the invention comprise in particular a transgenic plant TO or RO, that is to say the first plant generated from transformed plant cells, the transgenic plant T1 or R1, that is to say the first one. generation of offspring, and subsequent offspring plants of subsequent generations that understand and express the recombinant DNA. For example, one will proceed according to the following steps: - obtaining of parent plants of a first line, and a second line (donor line comprising a transgene according to the invention) - pollination of flowers of the first parent by the pollen of the second parent - harvesting seeds produced by the first parent.
On peut effectuer des backcross afin d'obtenir l'introgression de l'ADN insecticide d'intérêt. Backcrossing can be performed to introgress the insecticidal DNA of interest.
Pour confirmer la présence de la cassette d'expression, et en particulier du gène de toxine d'intérêt selon l'invention dans les plantes régénérées, on peut utiliser un grand nombre de techniques appropriées, par exemple l'analyse PCR ou des techniques d'hybridation Southern blot, pour déterminer la structure de l'ADN recombinant, la détection de l'ARN transcrit à partir de l'ADN du gène d'intérêt exprimé dans des cellules de plantes transformées, des techniques de repérage de la production de protéines codées par le gène d'intérêt, telles que l'électrophorèse de protéines sur gel, des techniques Western blot. To confirm the presence of the expression cassette, and in particular the toxin gene of interest according to the invention in the regenerated plants, a large number of suitable techniques may be used, for example PCR analysis or assay techniques. Southern blot hybridization, to determine the structure of the recombinant DNA, the detection of RNA transcribed from the DNA of the gene of interest expressed in transformed plant cells, techniques for tracking the production of proteins encoded by the gene of interest, such as gel electrophoresis, Western blot techniques.
Les plantes transformées selon les méthodes décrites peuvent être des monocotylédones ou des dicotylédones, notamment le maïs, le blé, l'orge, le sorgho, la pomme de terre, le pois, le soja, le tabac, le colza, la tomate, le tournesol, le coton, The plants transformed according to the methods described may be monocotyledons or dicotyledons, in particular maize, wheat, barley, sorghum, potato, pea, soya, tobacco, rapeseed, tomato, sunflower, cotton,
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le riz, le haricot, le chou-fleur, le brocoli, la laitue, le radis, le céleri, l'épinard, l'oignon, l'ail, la carotte, la pomme, la poire, le melon, la cerise, la pêche, l'abricot, la framboise, la fraise, l'ananas, l'avocat, la banane, la canne à sucre. rice, beans, cauliflower, broccoli, lettuce, radish, celery, spinach, onion, garlic, carrot, apple, pear, melon, cherry, peach, apricot, raspberry, strawberry, pineapple, avocado, banana, sugar cane.
L'homme du métier sera en outre capable d'augmenter le niveau de production par les plantes transformées en augmentant le contenu en base GC des séquences codantes. En outre l'homme du métier utilisera des séquences le cas échéant modifiées pour obtenir une expression appropriée selon qu'il s'agisse de plantes monocotylédones ou dicotylédones. Those skilled in the art will further be able to increase the level of production by transformed plants by increasing the GC base content of the coding sequences. In addition, those skilled in the art will use optionally modified sequences to obtain an appropriate expression according to whether they are monocotyledonous or dicotyledonous plants.
Selon un autre aspect l'invention a pour objet une composition pour la lutte contre des insectes nuisibles ainsi que des procédés mettant en #uvre de telles compositions, ces compositions comprenant au moins une toxine insecticide ou composé insecticide selon l'invention telle que décrite précédemment. According to another aspect, the subject of the invention is a composition for the control of harmful insects as well as processes using such compositions, these compositions comprising at least one insecticidal toxin or insecticidal compound according to the invention as described above. .
Par composition insecticide, on entend une composition phytosanitaire ou pharmaceutique comprenant comme matière active une quantité efficace de toxine insecticide selon l'invention. Dans l'utilisation pour la protection de cultures, les compositions seront typiquement en association avec un support solide ou liquide, acceptable en agriculture et/ou un agent tensioactif également acceptable en agriculture. Dans le domaine pharmaceutique, les moustiques étant vecteurs de maladies pour l'homme et les animaux, les compositions pharmaceutiques comprendront les transporteurs pharmaceutiquement acceptables appropriés associés à la toxine insecticide. De tels transporteurs sont connus de l'homme du métier, par exemple décrits dans le document US 5 877 322. By insecticidal composition is meant a phytosanitary or pharmaceutical composition comprising as active ingredient an effective amount of insecticidal toxin according to the invention. In use for the protection of cultures, the compositions will typically be in association with a solid or liquid, agriculturally acceptable carrier and / or an agriculturally acceptable surfactant. In the pharmaceutical field, mosquitoes being disease vectors for humans and animals, the pharmaceutical compositions will comprise the appropriate pharmaceutically acceptable carriers associated with the insecticidal toxin. Such carriers are known to those skilled in the art, for example described in US 5,877,322.
Au sein des différentes variantes de compositions insecticides pour la protection des cultures selon la présente invention, le composé insecticide est mis en #uvre dans des quantités efficaces mais non phytotoxiques. Par quantité efficace et non phytotoxique, on entend une quantité de matière active suffisante pour permettre le contrôle ou la destruction des insectes présents ou susceptibles d'apparaître sur les cultures, et n'entraînant pour lesdites cultures aucun symptôme notable de phytotoxicité. Une telle quantité est susceptible de varier dans de larges limites selon l'insecte à combattre, le type de culture, les conditions climatiques, et les composés compris dans la composition insecticide selon l'invention. Cette quantité peut Within the various insecticide compositions for crop protection according to the present invention, the insecticidal compound is used in effective but non-phytotoxic amounts. By effective amount and non-phytotoxic means an amount of active material sufficient to allow control or destruction of insects present or likely to appear on crops, and causing for said crops no significant symptoms of phytotoxicity. Such an amount is likely to vary within wide limits depending on the insect to be combated, the type of culture, the climatic conditions, and the compounds included in the insecticidal composition according to the invention. This quantity can
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aisément être déterminée par des essais systématiques au champ, à la portée de l'homme du métier. easily be determined by systematic field trials, within the reach of the skilled person.
Selon une réalisation, une composition insecticide comprend au moins une cellule hôte telle que décrite précédemment. In one embodiment, an insecticidal composition comprises at least one host cell as described above.
Pour leur emploi dans la pratique, les différentes compositions insecticides selon l'invention sont typiquement associées à un support, solide ou liquide, utilisable dans le domaine de l'agriculture, et éventuellement à au moins un agent tensioactif et/ou un ou plusieurs agents auxiliaires. For their use in practice, the different insecticidal compositions according to the invention are typically associated with a support, solid or liquid, which can be used in the agricultural field, and optionally at least one surfactant and / or one or more agents. auxiliary.
En particulier, comme supports, sont utilisables les supports inertes et usuels ; de même que, comme agents tensioactifs, sont utilisables les agents tensioactifs usuels dans le domaine de la mise en formulation de compositions destinées à des usages en agriculture, notamment pour le traitement ou la protection des cultures. In particular, as supports, are used the inert and usual supports; as surfactants, the usual surfactants in the field of the formulation of compositions for use in agriculture, especially for the treatment or protection of crops, can be used.
Les compositions insecticides selon l'invention comprennent typiquement entre 0,00001 et 100%, de préférence entre 0,001 et 80%, de composé insecticide. Les proportions et pourcentages employées ou décrits dans ce texte sont des proportions ou pourcentages en poids. The insecticidal compositions according to the invention typically comprise between 0.00001 and 100%, preferably between 0.001 and 80%, of insecticidal compound. The proportions and percentages used or described in this text are proportions or percentages by weight.
Par le terme support, dans le présent exposé, on désigne une matière organique ou minérale, naturelle ou synthétique, avec laquelle la matière active est associée pour faciliter son application, notamment sur la plante, ou encore sur des graines ou sur le sol. Ce support est donc généralement inerte et il doit être acceptable en agriculture, notamment par la plante traitée. Le support éventuellement mis en #uvre pour la formulation de compositions selon l'invention peut être solide ou liquide. In the present description, the term "support" denotes an organic or inorganic material, natural or synthetic, with which the active ingredient is associated to facilitate its application, in particular on the plant, or on seeds or on the soil. This support is therefore generally inert and it must be acceptable in agriculture, especially by the treated plant. The support optionally used for the formulation of compositions according to the invention may be solid or liquid.
Comme exemples de supports solides utilisables pour la formulation de compositions selon l'invention, on peut mentionner les silicates naturels ou synthétiques, les résines, les cires, les poudres fines ou les granules d'argile, notamment d'argile kaolinique, de terre de diatomées, de bentonite ou d'argile acide, l'oxyde de silicium hydraté synthétique, les talcs, les céramiques, d'autres minéraux dont la séricite, le quartz, le soufre, le charbon actif, le carbonate de calcium, la silice hydratée, ou encore les engrais industriels comme le sulfate d'ammonium, le phosphate d'ammonium, le nitrate d'ammonium, l'urée ou le chlorure d'ammonium. As examples of solid supports that can be used for the formulation of compositions according to the invention, mention may be made of natural or synthetic silicates, resins, waxes, fine powders or clay granules, in particular of kaolin clay, diatoms, bentonite or acidic clay, synthetic hydrated silicon oxide, talcs, ceramics, other minerals including sericite, quartz, sulfur, activated carbon, calcium carbonate, hydrated silica or industrial fertilizers such as ammonium sulphate, ammonium phosphate, ammonium nitrate, urea or ammonium chloride.
Comme exemples de supports liquides utilisables pour la formulation de compositions selon l'invention, on peut mentionner l'eau, les alcools et notamment le As examples of liquid carriers that can be used for the formulation of compositions according to the invention, mention may be made of water, alcohols and especially the
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méthanol ou l'éthanol, les cétones et notamment l'acétone, la méthyléthylcétone ou la cyclohéxanone, les fractions de pétrole, les hydrocarbures aromatiques dont le benzène, le toluène, le xylène, l'éthylbenzène ou le méthylnaphtalène, les hydrocarbures non aromatiques dont l'hexane, le cyclohexane, le kérosène ou le gazole, le gaz liquéfié, les esters dont l'acétate d'éthyle et l'acétate de butyle, les nitriles dont l'acétonitrile et l'isobutyronitrile, les éthers dont l'éther diisopropylique ou le dioxanne, les amides dont le N,N-diméthylformamide ou le N,Ndiméthylacétamide, les hydrocarbures halogénées dont le dichlorométhane, le trichloroéthane ou le tétrachlorure de carbone, le diméthylsulfoxyde, les huiles végétales dont l'huile de soja ou l'huile de coton. methanol or ethanol, ketones and especially acetone, methyl ethyl ketone or cyclohexanone, petroleum fractions, aromatic hydrocarbons including benzene, toluene, xylene, ethylbenzene or methylnaphthalene, non-aromatic hydrocarbons including hexane, cyclohexane, kerosene or gas oil, liquefied gas, esters including ethyl acetate and butyl acetate, nitriles including acetonitrile and isobutyronitrile, ethers including ether diisopropyl or dioxane, amides including N, N-dimethylformamide or N, N-dimethylacetamide, halogenated hydrocarbons including dichloromethane, trichloroethane or carbon tetrachloride, dimethylsulfoxide, vegetable oils including soybean oil or cotton oil.
L'agent tensioactif peut être un agent émulsionnant, dispersant ou mouillant de type ionique ou non ionique On peut, par exemple, citer des sels d'acides polyacryliques, des sels d'acides lignosulfoniques, des sels d'acides phénolsulfoniques ou naphtalènesulfoniques, des polycondensats d'oxyde d'éthylène sur des alcools gras ou sur des acides gras ou sur des amines grasses, des phénols substitués, notamment des alkylphénols ou des arylphénols, des sels d'esters d'acides sulfosucciniques, des dérivés de la taurine, notamment des alkyltaurates, des esters phosphoriques d'alcools ou de phénols polyoxyéthylés ; on peut tout particulièrement citer les sels d'alkylsulfonates, les alkylarylsulfonates, les éthers alkylaryliques, leurs dérivés polyoxyéthyléniques, les polyéthylèneglycoléthers, les esters de polyalcools, les dérivés de sucres, alcools et autres. The surfactant may be an emulsifying, dispersing or wetting agent of ionic or nonionic type. For example, mention may be made of polyacrylic acid salts, lignosulfonic acid salts, phenolsulphonic or naphthalenesulphonic acid salts, polycondensates of ethylene oxide with fatty alcohols or with fatty acids or with fatty amines, substituted phenols, in particular alkylphenols or arylphenols, salts of sulphosuccinic acid esters, taurine derivatives, in particular alkyltaurates, phosphoric esters of polyoxyethylated alcohols or phenols; mention may be made especially of alkylsulfonate salts, alkylarylsulfonates, alkylaryl ethers, their polyoxyethylene derivatives, polyethylene glycol ethers, polyalcohol esters, sugar derivatives, alcohols and others.
La présence d'au moins un agent tensioactif est généralement appropriée lorsque au moins une des matières actives et/ou le support inerte ne sont pas solubles, notamment dans l'eau, dans le cas où l'agent vecteur de l'application est l'eau. The presence of at least one surfactant is generally appropriate when at least one of the active substances and / or the inert support are not soluble, especially in water, in the case where the application vector agent is 'water.
Les compositions insecticides selon l'invention peuvent également contenir toute sorte d'autres ingrédients ou agents tels que, par exemple, des colloïdes protecteurs, des adhésifs, des agents épaississants, des agents thixotropes, des agents de pénétration, des agents stabilisants dont le phosphate acide d'isopropyle, le 2,6-ditert-butyl-4-méthylphénol, le 2-tert-butyl-4-méthoxyphénol et le 3-tert-butyl-4méthoxyphénol, des huiles végétales ou minérales, des acides gras ou leurs esters, des agents séquestrants, des agents dispersants dont la caséine, la gélatine, des The insecticidal compositions according to the invention may also contain any kind of other ingredients or agents such as, for example, protective colloids, adhesives, thickeners, thixotropic agents, penetrating agents, stabilizing agents including phosphate isopropyl acid, 2,6-ditert-butyl-4-methylphenol, 2-tert-butyl-4-methoxyphenol and 3-tert-butyl-4-methoxyphenol, vegetable or mineral oils, fatty acids or their esters , sequestering agents, dispersing agents including casein, gelatin,
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saccharides et notamment la poudre d'amidon, la gomme arabique, certains dérivés de la cellulose ou l'acide alginique, des dérivés de la lignine, la bentonite, des polymères synthétiques solubles dans l'eau, notamment l'alcool polyvinylique, la polyvinylpyrrolidone, les acides polyacryliques, etc., ainsi que d'autres matières actives connues pour leurs propriétés pesticides, notamment insecticides ou fongicides ; ou pour leurs propriétés favorisant la croissance des plantes, notamment des engrais ; ou pour leurs propriétés régulatrices de la croissance des plantes ou des insectes. saccharides and especially starch powder, gum arabic, certain cellulose derivatives or alginic acid, lignin derivatives, bentonite, water-soluble synthetic polymers, in particular polyvinyl alcohol, polyvinylpyrrolidone polyacrylic acids, etc., as well as other active ingredients known for their pesticidal properties, especially insecticides or fungicides; or for their properties promoting the growth of plants, especially fertilizers; or for their regulating properties of the growth of plants or insects.
Plus généralement le composé insecticide peut être associé à tous les additifs solides ou liquides correspondant aux techniques habituelles de la mise en formulation, particulièrement la mise en formulation de produits ou compositions destinées à des usages ou à des utilisations en agriculture ou en hygiène publique. More generally the insecticidal compound can be combined with any solid or liquid additives corresponding to the usual techniques of formulation, particularly the formulation of products or compositions intended for uses or uses in agriculture or public hygiene.
Ainsi, les compositions selon l'invention peuvent prendre la forme d'assez nombreuses formulations parmi lesquelles on peut citer les solutions huileuses, les concentrés émulsionnables, les poudres mouillables, les formulations fluides et notamment les suspensions aqueuses ou les émulsions aqueuses, les granulés, les poudres, les aérosols, les formulations pour nébulisation notamment les formulations pour brumisation, les formulations à très bas volume, les pâtes, les émulsions, les suspensions concentrées, de même que d'éventuels mélanges, associations ou combinaisons de ces différentes formes. Thus, the compositions according to the invention can take the form of quite a number of formulations among which mention may be made of oily solutions, emulsifiable concentrates, wettable powders, fluid formulations and in particular aqueous suspensions or aqueous emulsions, granules, powders, aerosols, nebulizing formulations, especially misting formulations, very low volume formulations, pastes, emulsions, concentrated suspensions, as well as any mixtures, combinations or combinations of these different forms.
Le plus souvent, pour les formulations de type poudres pour poudrage ou dispersion, la teneur en composé insecticide peut aller jusqu'à 100%; de même, pour les formulations sous forme de granulés, notamment ceux obtenus par extrusion, par compactage, par imprégnation d'un support granulé, par granulation à partir d'une poudre, la teneur en composé insecticide dans ces granulés est le plus souvent comprise entre 0,5 et 80%. In most cases, for formulations of the dust or dispersion powder type, the content of insecticidal compound may be up to 100%; likewise, for formulations in the form of granules, in particular those obtained by extrusion, by compacting, by impregnation of a granulated support, by granulation from a powder, the content of insecticidal compound in these granules is most often included between 0.5 and 80%.
Les compositions insecticides selon l'invention, dites compositions concentrées, comprenant un composé insecticide qui sont sous forme de concentrés émulsionnables ou solubles comprennent le plus souvent de 25 à 100% de matières actives, les émulsions ou solutions prêtes à l'application contenant, quant à elles, de 0,00001à 20% de matières actives. The insecticidal compositions according to the invention, referred to as concentrated compositions, comprising an insecticidal compound which are in the form of emulsifiable or soluble concentrates, generally comprise from 25 to 100% of active ingredients, the emulsions or solutions ready for application containing, as to them, from 0.00001 to 20% of active ingredients.
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Selon une réalisation, la matière active A est combinée le cas échéant à au moins une autre matière active ou composé insecticide issue de Photorhabdus luminescens ou d'autres microorganismes. According to one embodiment, the active ingredient A is combined, where appropriate, with at least one other active ingredient or insecticidal compound derived from Photorhabdus luminescens or other microorganisms.
En plus du solvant, les concentrés émulsionnables peuvent contenir, lorsque c'est nécessaire, 2 à 20% d'additifs appropriés tels les agents stabilisants, les agents tensioactifs, les agents de pénétration, les inhibiteurs de corrosion, les colorants ou les adhésifs précédemment cités. In addition to the solvent, the emulsifiable concentrates may contain, when necessary, 2 to 20% of suitable additives such as stabilizing agents, surfactants, penetrating agents, corrosion inhibitors, dyes or adhesives previously cited.
Les compositions insecticides selon l'invention sous forme de suspensions concentrées, également applicables en pulvérisation, sont préparées de manière à obtenir un produit fluide, stable, ne se déposant pas ; elles contiennent habituellement de 2 à 75% de matière active, de 0,5 à 15% d'agents tensioactifs, de 0,1 à 10% d'agents thixotropes, de 0 à 10% d'additifs appropriés, comme des agents anti-mousse, des agents inhibiteurs de corrosion, des agents stabilisants, des agents de pénétration et des adhésifs ; et, comme support, de l'eau ou un liquide organique dans lequel la, ou les, matière active est peu ou pas soluble, ou encore des mélanges de plusieurs de ces solvants, organiques ou non. The insecticidal compositions according to the invention in the form of concentrated suspensions, also applicable in spraying, are prepared in such a way as to obtain a fluid, stable product which does not settle; they usually contain from 2 to 75% of active ingredient, from 0.5 to 15% of surfactants, from 0.1 to 10% of thixotropic agents, from 0 to 10% of suitable additives, such as foam, corrosion inhibiting agents, stabilizing agents, penetrating agents and adhesives; and, as carrier, water or an organic liquid in which the or active ingredient is little or not soluble, or mixtures of several of these solvents, organic or otherwise.
Certaines matières organiques solides ou des sels minéraux peuvent être dissous dans le support pour freiner ou interdire la sédimentation ; ou bien encore de telles matières peuvent être employées comme agents antigels pour l'eau. Some solid organic materials or mineral salts may be dissolved in the support to inhibit or prevent sedimentation; or even such materials can be used as antifreezes for water.
Les compositions insecticides selon l'invention qui prennent la forme de poudres mouillables ou à pulvériser sont habituellement préparées de sorte qu'elles contiennent de 20 à 95% de matières actives. The insecticidal compositions according to the invention which take the form of wettable or sprayable powders are usually prepared so that they contain from 20 to 95% of active ingredients.
Par ailleurs, elles contiennent habituellement, outre un support solide, de 0 à 5% d'un agent mouillant, de 3 à 10% d'un agent dispersant, et, le cas échéant, de 0 à 10% d'un ou plusieurs agents stabilisants et/ou autres additifs, comme des agents de pénétration, des adhésifs, ou des agents anti-mottants, colorants, etc. Furthermore, they usually contain, in addition to a solid support, from 0 to 5% of a wetting agent, from 3 to 10% of a dispersing agent, and, where appropriate, from 0 to 10% of one or more stabilizing agents and / or other additives, such as penetrating agents, adhesives, anti-caking agents, dyes, etc.
Pour obtenir ces poudres à pulvériser ou poudres mouillables, sont intimement mélangées la ou les matières actives dans des mélangeurs appropriés avec les substances additionnelles, et on les broie avec des moulins ou autres broyeurs appropriés. On obtient alors des poudres à pulvériser dont la mouillabilité et la mise en suspension sont particulièrement avantageuses. In order to obtain these spraying powders or wettable powders, the active ingredient (s) are intimately mixed in appropriate mixers with the additional substances, and they are milled with suitable mills or other grinders. Spray powders are then obtained, the wettability and suspension of which are particularly advantageous.
On peut les mettre en suspension avec de l'eau à toute concentration désirée. They can be suspended with water at any desired concentration.
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Plutôt que des poudres mouillables, on peut réaliser des compositions insecticides selon l'invention qui soient sous forme de pâtes. Rather than wettable powders, it is possible to produce insecticidal compositions according to the invention which are in the form of pastes.
Les conditions et modalités de réalisation et d'utilisation de ces pâtes sont similaires à celles des poudres mouillables ou à pulvériser. The conditions and methods for producing and using these pastes are similar to those of the wettable or sprayable powders.
Comme cela a déjà été dit, les dispersions et émulsions aqueuses, par exemple les compositions insecticides obtenues en diluant à l'aide d'eau une poudre mouillable ou un concentré émulsionnable selon l'invention, sont comprises dans le cadre général de la présente invention. As has already been said, aqueous dispersions and emulsions, for example the insecticidal compositions obtained by diluting with water a wettable powder or an emulsifiable concentrate according to the invention, are included in the general scope of the present invention. .
Les émulsions peuvent être du type eau-dans-l'huile ou huile-dans-l'eau et elles peuvent avoir une consistance épaisse ou assez épaisse. The emulsions may be of the water-in-oil or oil-in-water type and may have a thick or fairly thick consistency.
De manière plus générale, les compositions selon l'invention peuvent prendre de nombreuses formes de formulations ; ainsi on peut employer ces compositions comprenant un composé insecticide en générateur d'aérosol ; appât (prêt à l'emploi) ; concentré pour préparation d'appâts ; appât en stoc ; suspension de capsules ; produit pour nébulisation a froid ; poudre pour poudrage ; concentré émulsionnable ; émulsion de type aqueux/aqueuse ; émulsion de type huileux/inverse ; granulé encapsulé ; granulé fin ; concentrée pour traitement de semences ; gaz comprimé ; produit générateur de gaz ; sur grain ; appât granulé ; granulé ; produit pour nébulisation a chaud ; macrogranulé ; microgranulé ; poudre à disperser dans l'huile ; suspension concentrée diluable dans l'huile ; liquide miscible dans l'huile ; pâte ; bâtonnet à usage agropharmaceutique ; appât en plaquette ; poudre pour traitement de semences à sec ; appât sur brisures ; semences traitées ou enrobées ; bougie fumigène ; cartouche fumigène ; fumigène ; granulé fumigène ; bâtonnet fumigène ; comprimé fumigène ; boite fumigène ; concentré soluble ; poudre soluble ; liquide pour traitement de semences ; suspension concentrée (= concentré fluidifiable) ; de piste ; liquide pour application à très bas volume ; suspension pour application à très bas volume ; produit diffuseur de vapeur ; granulés ou comprimés à disperser dans l'eau ; poudre mouillable pour traitement humide ; granulés ou comprimés solubles dans l'eau ; poudre soluble pour traitement de semences ; poudre mouillable. More generally, the compositions according to the invention can take many forms of formulations; thus, these compositions comprising an insecticidal compound can be used as an aerosol generator; bait (ready to use); concentrate for bait preparation; bait in stoc; suspension of capsules; product for cold fogging; powder for dusting; emulsifiable concentrate; emulsion of aqueous / aqueous type; oily / inverse type emulsion; encapsulated pellet; fine granulated; concentrated for seed treatment; compressed gas; gas generator product; on grain; granulated bait; granulated; product for hot nebulization; macrogranulated; microgranulated; powder dispersed in oil; concentrated suspension dilutable in oil; liquid miscible in oil; dough ; rod for agropharmaceutical use; plate bait; powder for dry seed treatment; bait on broken pieces; treated or coated seed; smoke candle; smoke cartridge; smoke; smoke granulate; smoke stick; smoke tablet; smoke box; soluble concentrate; soluble powder; seed treatment liquid; concentrated suspension (= flowable concentrate); track; liquid for very low volume application; suspension for very low volume application; vapor diffuser product; granules or tablets to be dispersed in water; wettable powder for wet treatment; granules or tablets soluble in water; soluble powder for seed treatment; wettable powder.
De nombreux exemples (notamment A à E) de compositions insecticides décrits dans le document FR2 805 971 peuvent être utilisées avec les toxines selon l'invention. Numerous examples (in particular A to E) of insecticidal compositions described in document FR 2 805 971 can be used with the toxins according to the invention.
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Par ailleurs, l'invention concerne un procédé de lutte contre des insectes comprenant l'application sur des plantes infectées par lesdits insectes d'une quantité efficace sur le plan insecticide d'une composition insecticide telle que décrite précédemment ou de vecteurs recombinants tels que décrits précédemment. Furthermore, the invention relates to a method of controlling insects comprising applying to plants infected with said insects an insecticidally effective amount of an insecticidal composition as described above or recombinant vectors as described. previously.
L'invention concerne également un procédé d'obtention de toxines insecticides comprenant : - l'obtention d'au moins une cellule hôte telle que décrite précédemment, - la culture dans des conditions appropriées pour l'expression d'une séquence nucléotidique selon l'invention conduisant à la production d'au moins une toxine active contre des insectes ; - la collecte de toxines produites. The invention also relates to a process for obtaining insecticidal toxins comprising: - obtaining at least one host cell as described above, - culturing under conditions suitable for the expression of a nucleotide sequence according to the invention. invention leading to the production of at least one active toxin against insects; - collection of toxins produced.
L'invention concerne également une souche comprenant un vecteur tel que décrit précédemment, déposée à la CNCM sous la référence plbac 1 a2 CNCM 1-2699. The invention also relates to a strain comprising a vector as described above, deposited at the CNCM under the reference plbac 1 a2 CNCM 1-2699.
D'autres avantages de l'invention apparaîtront lors de la description détaillée qui suit. Other advantages of the invention will become apparent in the detailed description which follows.
On décrit la démarche globale utilisée pour l'obtention d'une banque de BAC testés ensuite pour leur activité entomotoxique, puis les modes opératoires de manière détaillée. The global approach used to obtain a BAC library then tested for their entomotoxic activity is described, followed by the procedures in detail.
Dans un premier temps, la totalité de la séquence du génome de la bactérie entomopathogène Photorhabdus luminescens, souche TT01 a été identifiée (à l'exception de deux régions de séquences ambiguës). Plusieurs banques de fragments d'ADN génomique ont été construites selon des procédés décrits (L. Frangeul et al., 1999. Microbiology 145,2625-2634) et introduites par transformation chez Escherichia coli DH10B : une banque de petite taille (1 à 2 kb), une de taille moyenne (5 à 20 kb) et une banque BAC contenant des fragments de grande taille (50 kb en moyenne). L'approche choisie, de type "shotgun", implique le séquençage de fragments aléatoires de petite taille. Ces fragments ont été ensuite assemblés à l'aide des logiciels Phred et Phrap (développés par P. Green, Université de Washington) pour obtenir des séquences contiguës (contigs). Les extrémités séquencées de fragments de la banque de taille moyenne et celles de la banque BAC, et le séquençage de produits de PCR combinatoire, ont permis de relier ces Initially, the entire genome sequence of the entomopathogenic bacterium Photorhabdus luminescens strain TT01 was identified (with the exception of two regions of ambiguous sequences). Several libraries of genomic DNA fragments were constructed according to methods described (L. Frangeul et al., 1999. Microbiology 145, 2625-2634) and introduced by transformation into Escherichia coli DH10B: a small library (1 to 2 kb), a medium size (5 to 20 kb) and a BAC library containing large fragments (50 kb on average). The chosen "shotgun" approach involves the sequencing of small random fragments. These fragments were then assembled using Phred and Phrap software (developed by P. Green, University of Washington) to obtain contiguous sequences (contigs). The sequenced ends of medium sized library fragments and those of the BAC library, and the sequencing of combinatorial PCR products, made it possible to link these
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séquences contiguës et d'obtenir la séquence génomique, sous forme d'un contig de 5,7 Mb. Pour identifier des BAC présentant une activité insecticide, les inventeurs ont procédé en parallèle à deux méthodes. contiguous sequences and obtain the genomic sequence, in the form of a contig of 5.7 Mb. To identify BACs with insecticidal activity, the inventors proceeded in parallel to two methods.
Selon une première méthode, les inventeurs ont identifié par des recherches de similitude "in silico", à partir des séquences génomiques, des gènes potentiellement responsables d'une activité entomotoxique. According to a first method, the inventors have identified by research of similarity "in silico", from the genomic sequences, genes potentially responsible for an entomotoxic activity.
Selon une deuxième méthode, la banque BAC contenant des fragments d'ADN de Photorhabdus a été criblée en totalité afin d'identifier des clones d'Escherichia coli possédant une activité insecticide. Cette banque, construite à l'aide du vecteur pBeloBACl 1, a été déposée (CNCM n 1-2478) le 12 juillet 2001. In a second method, the BAC library containing Photorhabdus DNA fragments was completely screened to identify Escherichia coli clones with insecticidal activity. This library, constructed using the vector pBeloBACl 1, was deposited (CNCM No. 1-2478) on July 12, 2001.
Les inventeurs ont ainsi réussi à identifier un clone, désigné BAC1A2, ayant une activité entomotoxique. The inventors have thus succeeded in identifying a clone, designated BAC1A2, having an entomotoxic activity.
On décrit maintenant de manière détaillée les modes opératoires utilisés pour le séquençage et l'analyse du génome de Photorhabdus luminescens en particulier du BAC1A2 (EXEMPLE 1), et les tests d'activité entomopathogène sur les larves notamment d'Aedes (EXEMPLE 2), de Culex (EXEMPLE 3), de Plutella (EXEMPLE 4). The procedures used for the sequencing and the analysis of the genome of Photorhabdus luminescens, in particular BAC1A2 (EXAMPLE 1), and the entomopathogenic activity tests on larvae, in particular those of Aedes, are described in detail (EXAMPLE 2), Culex (EXAMPLE 3), Plutella (EXAMPLE 4).
EXEMPLE 1 : séquençage et analyse du génome de Photorhabdus luminescens Les inventeurs ont utilisé l'ADN de la souche TT01 de Photorhabdus luminescens pour entreprendre le séquençage de son génome dont la taille est de 5,7 millions de paires de bases. Différentes banques d'ADN génomique de Photorhabdus luminescens ont été construites à ces fins. A partir de clones de ces différentes banques 65 000 lectures de séquences d'environ 500 paires de bases de qualité ont été réalisées - correspondant à une couverture de 7 fois la longueur du génome-, couvrant ainsi environ 98-99 % de ce génome avec des séquences non redondantes. EXAMPLE 1: Sequencing and analysis of the genome of Photorhabdus luminescens The inventors used the DNA of strain TT01 of Photorhabdus luminescens to begin sequencing its genome whose size is 5.7 million base pairs. Different genomic DNA libraries of Photorhabdus luminescens have been constructed for these purposes. From clones of these different libraries 65,000 reads of sequences of about 500 base pairs of quality were performed - corresponding to a coverage of 7 times the length of the genome - thus covering about 98-99% of this genome with non-redundant sequences.
L'assemblage de ces séquences à l'aide d'outils informatiques (Ewing B. et al., 1998. Genome Res. 8,175-185; Ewing B. & Green P. 1998. Genome Res. 8 , 186- 194 ; Gordon et al. 1998. Genome Res. 8, 195-202 ; Contigs-Tool-Box, L. Frangeul et al., Résultats non publiés, Laboratoire de Génomique des Microorganismes Pathogènes, Institut Pasteur, Paris) a permis d'obtenir environ 450 contigs (séquences contiguës), le but final étant de relier ces contigs pour obtenir un contig Assembling these sequences using computer tools (Ewing B. et al., 1998. Genome Res., 8, 175-185; Ewing B. & Green P. 1998. Genome Res., 8, 186-194; et al., 1998. Genome Res.8, 195-202, Contigs-Tool-Box, L. Frangeul et al., Unpublished Results, Genomic Laboratory for Pathogenic Microorganisms, Institut Pasteur, Paris) yielded about 450 contigs (contiguous sequences), the ultimate goal being to connect these contigs to obtain a contig
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de 5 681 324 paires de base correspondant à la séquence génomique totale de Photorhabdus luminescens. of 5,681,324 base pairs corresponding to the total genomic sequence of Photorhabdus luminescens.
Les contigs obtenus ont été reliés à l'aide de différentes techniques brièvement résumées ci-dessous : - A l'aide de vecteurs à bas nombre de copies a été construit un "échafaudage" couvrant la totalité du génome. Afin de réaliser celui-ci, les inventeurs ont utilisé des banques d'ADN génomique de Photorhabdus luminescens en particulier une banque construite à l'aide de vecteurs BAC (une copie par cellule) dont les tailles moyennes des fragments d'ADN insérés sont d'environ 50 kb. Le séquençage des extrémités de ces fragments permet la prédiction des liens entre contigs adjacents. The contigs obtained were connected using various techniques briefly summarized below: - Using low copy number vectors was constructed a "scaffold" covering the entire genome. In order to achieve this, the inventors have used genomic DNA libraries of Photorhabdus luminescens, in particular a library constructed using BAC vectors (one copy per cell), the average sizes of the inserted DNA fragments being about 50 kb. Sequencing the ends of these fragments allows the prediction of links between adjacent contigs.
- La comparaison des extrémités des contigs obtenus avec le génome "témoin" d'une bactérie phylogénétiquement proche (Escherichia coli), dont la séquence est connue, a été utilisée pour prédire des liens entre contigs adjacents dans le génome étudié (Photorhabdus). The comparison of the ends of the contigs obtained with the "control" genome of a phylogenetically close bacterium (Escherichia coli), the sequence of which is known, was used to predict links between adjacent contigs in the studied genome (Photorhabdus).
- Différentes techniques de PCR (PCR combinatoire, reverse PCR, la technique de "marche sur le chromosome") ont ensuite été utilisées pour combler les brèches entre contigs adjacents. - Different PCR techniques (combinatorial PCR, reverse PCR, the "walk on the chromosome" technique) were then used to fill the gaps between adjacent contigs.
La banque d'ADN génomique a été obtenue dans le vecteur bactérien (pBeloBAC11, California Institute of Technology) selon les étapes suivantes : Etape 1 : culture bactérienne et moulage des bouchons - Ensemencement de 10 ml d'eau peptonée le soir avec une colonie unique de Photorhabdus luminescens, souche TT01 ; - Incuber une nuit avec agitation à 37 C ; - Mesure de la densité optique à 600 nm ; - Prélever un volume de culture contenant 2.109 bactéries sachant qu'une unité de DO équivaut à 5.108 bactéries/ml ; - Equilibrer chaque tube en ajoutant de l'eau peptonée stérile pour obtenir un volume final de 10 ml ; - Centrifuger les bactéries à 4 C pendant 20 min à 4000 rpm ; - Eliminer le surnageant et rependre le culot dans 5 ml de tampon de lavage ( 1 M NaCI, 1 OmM Tris-HCl pH = 7.6) ; The genomic DNA library was obtained in the bacterial vector (pBeloBAC11, California Institute of Technology) according to the following steps: Step 1: bacterial culture and plugging - Inoculation of 10 ml of peptone water in the evening with a single colony Photorhabdus luminescens strain TT01; - Incubate overnight with agitation at 37 C; - Measurement of optical density at 600 nm; - Take a culture volume containing 2,109 bacteria knowing that one unit of OD equals 5,110 bacteria / ml; - Equilibrate each tube by adding sterile peptone water to obtain a final volume of 10 ml; - Centrifuge the bacteria at 4 C for 20 min at 4000 rpm; - Remove the supernatant and resuspend the pellet in 5 ml of washing buffer (1 M NaCl, 1 OmM Tris-HCl pH = 7.6);
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Centrifuger les bactéries à 4 C pendant 20 min à 4000 rpm ; - Jeter le surnageant et reprendre le culot dans 1ml de TE IX ; - Faire fondre l'agarose low melting point et le conserver à 55 C ; - Préparer les moules pour la réalisation des bouchons en fermant un côté avec du parafilm et en les mettant sur glace ; - Mélanger dans un tube eppendorf de 2 ml, 1 ml du culot repris dans 1ml de TE IX et 1 ml de l'agarose low melting point à 55 C ; - Bien homogénéiser le mélange et déposer 100 [il par moule. Laisser les bouchons 10 min sur la glace ; - Préparer la solution de Protéinase K. Pour une barrette de bouchon, préparer 5 ml de solution 0.5M EDTA/0.5% N-lauryl sarcosine avec 2mg/ml de la Protéinase K dans un tube falcon de 30 ml ( la Protéinase K doit être ajoutée juste avant l'utilisation) ; - Incubation overnight à 55 C sans agitation dans un bain sec ou un bain-marie ; - Sortir les tubes contenant les bouchons de l'étuve et les placer 15 min dans la glace ; - Ouvrir le tube et mettre l'égouttoir pour éliminer la solution de Protéinase K sans perdre les bouchons ; - Préparer la solution de PMSF (Phenyl Methyl Sulfonyl Fluoride) en ajoutant 10 l PMSF/Isopropanol ( décongelé pendant 30 min à 55 C) dans 10 ml TE IX (préparée juste avant l'utilisation car le PMSF perd vite son activité en solution aqueuse) ; - Ajouter 5 ml de la solution PMSF/TE IX par tube et incuber 30 min a 55 C ; - Placer les bouchons pendant 15 min sur la glace ; - Ouvrir le tube et mettre l'égouttoir pour éliminer la solution de PMSF/TE IX; - Laver les bouchons en ajoutant 10 ml de TE IX pendant 20 min à température ambiante ; - Ouvrir le tube et mettre l'égouttoir pour éliminer le TE IX sans perdre les bouchons ; - Laver les bouchons encore 2 fois de la même façon avec TE IX ; - Pour la conservation des bouchons, vider les tubes et ajouter 10 ml d'ETDA 0.5 M pH 8 ; conservation à 4 C pendant plusieurs mois ; Centrifuge the bacteria at 4 C for 20 min at 4000 rpm; - Discard the supernatant and take the pellet in 1 ml of TE IX; - Melt the low melting point agarose and store at 55 ° C; - Prepare the molds for making the caps by closing one side with parafilm and putting them on ice; - Mix in a 2 ml eppendorf tube, 1 ml of the pellet taken up in 1 ml of TE IX and 1 ml of the agarose low melting point at 55 C; - Well homogenize the mixture and deposit 100 [il per mold. Leave the caps 10 minutes on the ice; - Prepare the Proteinase K solution. For a cap strip, prepare 5 ml of 0.5M EDTA / 0.5% N-lauryl sarcosine solution with 2 mg / ml Proteinase K in a 30 ml falcon tube (Proteinase K should be added just before use); Overnight incubation at 55 ° C without agitation in a dry bath or a water bath; - Remove the tubes containing the corks from the oven and place them for 15 minutes in the ice; - Open the tube and put the drip tray to remove Proteinase K solution without losing the caps; - Prepare the PMSF (Phenyl Methyl Sulfonyl Fluoride) solution by adding 10 l PMSF / Isopropanol (thawed for 30 min at 55 ° C.) in 10 ml TE IX (prepared just before use because the PMSF rapidly loses its activity in aqueous solution ); - Add 5 ml of the PMSF / TE IX solution per tube and incubate for 30 min at 55 ° C .; - Place the caps for 15 minutes on the ice; - Open the tube and put the drip tray to remove the PMSF / TE IX solution; - Wash the caps by adding 10 ml of TE IX for 20 min at room temperature; - Open the tube and put the drip tray to eliminate the TE IX without losing the plugs; - Wash the caps again 2 times in the same way with TE IX; - To preserve the caps, empty the tubes and add 10 ml of ETDA 0.5 M pH 8; conservation at 4 C for several months;
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- Si les bouchons sont utilisés tout de suite pour la restriction, on les conserve dans la solution de TE IX à 4 C pendant la nuit. If the caps are used immediately for the restriction, they are stored in the TE IX solution at 4 ° C. overnight.
Etape 2 : digestion partielle de l'ADN dans des morceaux d'agarose - les morceaux d'agarose sont lavés trois fois pendant 15 minutes à température ambiante dans une solution de TE (lx) sous agitation modérée ; - on équilibre les morceaux d'agarose deux fois dans 300 III d'un tampon de digestion Hind III (lx) (Boehringer ou Biolabs) pendant 30 minutes à température ambiante ; - on enlève le tampon de digestion et on ajoute un tampon de digestion Hind III glacé (1 ml par morceau d'agarose) contenant 20 U de Hind III (Boehringer ou Biolabs) ; - on incube pendant deux heures dans de la glace ; - on transfère les morceaux d'agarose dans un bain-marie à 37 C et on incube pendant 10 minutes à 30 minutes (en fonction de l'ADN contenu dans les morceaux d'agarose) ; et - on arrête la digestion par addition de 100 III d'une solution d'EDTA 250 mM (pH 8). Step 2: partial digestion of the DNA in pieces of agarose - the agarose pieces are washed three times for 15 minutes at room temperature in a solution of TE (1x) with moderate stirring; the agarose pieces are equilibrated twice in 300 μl of a Hind III digestion buffer (1x) (Boehringer or Biolabs) for 30 minutes at room temperature; the digestion buffer is removed and an ice-cold Hind III digestion buffer (1 ml per piece of agarose) containing 20 U of Hind III (Boehringer or Biolabs) is added; - incubate for two hours in ice; the pieces of agarose are transferred into a 37 C waterbath and incubated for 10 minutes to 30 minutes (depending on the DNA contained in the agarose pieces); and the digestion is stopped by the addition of 100 μl of a 250 mM EDTA solution (pH 8).
Etape 3 : de la taille
Séparation de l'ADN partiellement digéré réalisée par PFGE au moyen de l'appareillage CHEF DRIII (Bio-Rad) : - gel d'agarose à 1% LMP dans un tampon Tris-acétate-EDTA (lx) à 13 C ; - inverser le courant chaque 3 à 15 secondes à 6 V/cm pendant 16 heures ; - charger au moins deux morceaux d'agarose et le marqueur ; - colorer le marqueur et une ligne ou une partie de la ligne pour vérifier la digestion partielle ; - exciser les bandes (partie non colorée) de différentes tailles (i. e. de 50 à 100 kb et de 150 à 250 kb) ; - les bandes d'agarose peuvent être stockées à 4 C dans une solution de TE. Step 3: Size
Separation of partially digested DNA made by PFGE using CHEF DRIII (Bio-Rad) apparatus: - 1% LMP agarose gel in Tris-acetate-EDTA buffer (1x) at 13 C; - reverse the current every 3 to 15 seconds at 6 V / cm for 16 hours; - load at least two pieces of agarose and the marker; - color the marker and a line or part of the line to check the partial digestion; - excise strips (non-colored part) of different sizes (ie 50 to 100 kb and 150 to 250 kb); the agarose strips can be stored at 4 ° C. in a solution of TE.
Etape 4 : Préparation du vecteur Step 4: Preparation of the vector
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- isolement de pBeloBACl 11 par la méthode au chlorure de césium ; - digestion par Hind III ; - déphosphorylation avec CIP (Calf Intestine Phosphatase). isolation of pBeloBACl 11 by the cesium chloride method; digestion with Hind III; - dephosphorylation with CIP (Calf Intestine Phosphatase).
Etape 5 : ligation et transformation - les banques d'agarose contenant l'ADN sont fondues à 60 C pendant 10 minutes ; - on équilibre la solution fondue d'agarose/ADN pendant 15 minutes à 45 C ; - on ajoute de la gélase (Epicentre Technologies), à raison d'1 U pour 100 l de bande de gel (ne pas ajouter de tampon de digestion qui provoque certains problèmes au moment de la ligation) ; - on effectue la digestion pendant 1 heure à 45 C ; - on effectue la ligation dans 50 l d'une solution contenant pBeloBACII (2 l), de la ligase T4 (1 l à 1:10), un tampon T4 lOx (5ul), et la solution d'ADN/agarose (42 l), incubation 20 heures à 16 C ; - on chauffe le milieu de ligation pendant 15 minutes à 65 C ; - on dialyse le milieu de ligation contre un tampon Tris-EDTA en utilisant des membranes Millipore de taille de pore VS 0,025 mM ; - 1 ou 2 l de la solution de ligation sont introduites par électroporation dans les cellules E. coli DH10B (Gibco BRL) en utilisant des cuvettes d'électroporation de largeur 2 mm avec les réglages suivants 2,5 kV, 25 F et 200 Q ; - après électroporation on resuspend les cellules dans 600 III de milieu SOC ou NYZ puis on incube pendant 45 minutes à 37 C sous agitation ; - on étale 10 et 100 III de chaque suspension cellulaire dans un milieu agar LB contenant du chloramphénicol (12,5 ug/ml), X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl- P -D-galactoside ; 50 ug/ml) et de l'IPTG (isopropyl-p-D-thiogalactopyranoside ; 25 g/ml) ; et - on incube les boîtes ainsi obtenues pendant la nuit. Step 5: Ligation and transformation - the agarose libraries containing the DNA are melted at 60 ° C for 10 minutes; the molten agarose / DNA solution is equilibrated for 15 minutes at 45 ° C .; gelase (Epicenter Technologies) is added at the rate of 1 U per 100 l of gel strip (do not add a digestion buffer which causes certain problems at the time of ligation); the digestion is carried out for 1 hour at 45 ° C .; The ligation is carried out in 50 l of a solution containing pBeloBACII (2 l), T4 ligase (1 l at 1:10), a 10x T4 buffer (5 ul), and the DNA / agarose solution (42). 1), incubation for 20 hours at 16 ° C .; the ligation medium is heated for 15 minutes at 65 ° C .; the ligation medium was dialysed against a Tris-EDTA buffer using Millipore membranes of 0.025 mM pore size VS; - 1 or 2 l of the ligation solution are introduced by electroporation into E. coli DH10B cells (Gibco BRL) using 2 mm wide electroporation cuvettes with the following settings 2.5 kV, 25 F and 200 Q ; after electroporation, the cells are resuspended in 600 μl of SOC or NYZ medium and then incubated for 45 minutes at 37 ° C. with shaking; 10 and 100 μl of each cell suspension are spread in LB agar medium containing chloramphenicol (12.5 μg / ml), X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactoside; 50 μg / ml) and IPTG (isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside, 25 g / ml); and the boxes thus obtained are incubated overnight.
- la taille de l'insert moyen est de l'ordre de 50 kb. the size of the average insert is of the order of 50 kb.
Etape 6 : de l'ADN plasmidique et séquençage des inserts. Step 6: Plasmid DNA and sequencing inserts.
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L'extraction de l'ADN plasmidique a été effectuée par la technique de lyse alcaline en plaques 24 puits. Extraction of the plasmid DNA was performed by the alkaline lysis technique in 24-well plates.
Le séquençage des inserts des clones a été effectué par le KIT PE Big Dye selon les conditions préconisées par le fabricant en utilisant les oligonucléotides spécifiques de chaque vecteur. Sequencing of the inserts of the clones was carried out by the PE Big Dye KIT according to the conditions recommended by the manufacturer using the oligonucleotides specific for each vector.
Les réactions sont ensuite introduites dans le thermocycleur afin de subir 35 cycles composés des trois étapes suivantes : -Dénaturation 10 secondes à 96 C, -Hybridation 10 secondes à 50 C, -Élongation 4 minutes à 56 C. The reactions are then introduced into the thermocycler in order to undergo 35 cycles composed of the following three stages: Denaturation for 10 seconds at 96 ° C., hybridization for 10 seconds at 50 ° C., elongation for 4 minutes at 56 ° C.
On réalise ensuite une précipitation à l'éthanol à 76 % durant 20 minutes à température ambiante. Then precipitation is carried out with 76% ethanol for 20 minutes at room temperature.
Les plaques sont ensuite centrifugées 35 minutes à 2200g puis égouttées sur papier absorbant puis centrifugées retournées sur du papier absorbant pendant 1 minute à 500g afin de ne laisser aucune trace d'éthanol. The plates are then centrifuged for 35 minutes at 2200 g and then drained on absorbent paper and then centrifuged and returned to absorbent paper for 1 minute at 500 g in order to leave no trace of ethanol.
Les culots d'ADN sont ensuite : - soit repris dans une solution de formamide-EDTA-bleu dextrane, puis dénaturés pendant 2 minutes à 96 C ; les plaques sont ensuite immédiatement mises dans la glace, un aliquot étant alors déposé sur gel d'acrylamide d'un séquenceur automatique PE-377 ; - soit repris dans une solution d'EDTA 0,3mM ; un aliquot étant alors automatiquement déposé dans un séquenceur automatique PE-3700. The DNA pellets are then: either taken up in a formamide-EDTA-dextran blue solution and then denatured for 2 minutes at 96 ° C .; the plates are then immediately placed in the ice, an aliquot then being deposited on acrylamide gel of an automatic sequencer PE-377; - is taken up in a 0.3mM EDTA solution; an aliquot is then automatically deposited in a PE-3700 automatic sequencer.
Etape 7 : cartographie des clones BAC sur le génome de Photorhabdus luminescens Connaissant la presque totalité de la séquence du génome de la bactérie Photorhabdus luminescens, ainsi que les séquences des extrémités des inserts des clones des différentes librairies, les inventeurs ont effectué une cartographie permettant de positionner l'ensemble de ces clones sur le génome. Step 7: Mapping BAC clones on the genome of Photorhabdus luminescens Knowing almost the entire genome sequence of the bacterium Photorhabdus luminescens, as well as the sequences of the ends of the inserts of the clones of the various libraries, the inventors carried out a mapping allowing position all of these clones on the genome.
EXEMPLE 2 : tests d'activité entomopathogène sur les larves d'Aèdes, menés à partir de la banque de BAC décrite précédemment. EXAMPLE 2: entomopathogenic activity tests on Aedes larvae, conducted from the BAC library described above.
1) Protocole utilisé 1) Protocol used
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Pour le criblage de la banque de BACs, le test comprend tout d'abord deux étapes : Etape 1 : Les BACs sont cultivés dans des plaques comprenant 96 puits fermés par un parafilm dans un milieu LB (Luria-Bertani)/chloramphénicol à 12 ug/ml une nuit à 37 C, sous agitation à 250 rpm. Volume : 200 ul/puits. For the screening of the library of BACs, the test comprises first two steps: Step 1: The BACs are cultured in plates comprising 96 wells closed with a parafilm in LB medium (Luria-Bertani) / chloramphenicol at 12 μg / ml overnight at 37 C, with stirring at 250 rpm. Volume: 200 μl / well.
Etape 2 :
Le jour suivant les plaques sont centrifugées à 1100 g pendant 10 minutes et le LB (qui est toxique pour les larves Aedes) est aspiré. 200 l d'eau stérile sont alors ajoutés. 2nd step :
The next day the plates are centrifuged at 1100 g for 10 minutes and the LB (which is toxic to the Aedes larvae) is aspirated. 200 l of sterile water are then added.
Les bactéries peuvent alors se fixer et une mesure est effectuée de DO 595. The bacteria can then bind and a measurement is made of OD 595.
De même pour le criblage de BACs individuels, le test comprend deux premières étapes. Similarly for the screening of individual BACs, the test comprises two first steps.
Etape 1 : Dans ce cas, la culture de BACs en flacon est effectuée sur LB/chloramphénicol la nuit jusqu'à ce que le log de la DO 595 soit d'au moins 1. Step 1: In this case, the culture of BACs in vial is performed on LB / chloramphenicol overnight until the log of OD 595 is at least 1.
Etape 2 : Les bactéries sont alors centrifugées 10 minutes à 5000 rpm et le culot est lavé à l'eau distillée et à nouveau centrifugé. Les bactéries sont alors remises en suspension dans l'eau et échantillonnées en trois exemplaires (ou plus), dans des plaques de 96 puits. Step 2: The bacteria are then centrifuged for 10 minutes at 5000 rpm and the pellet is washed with distilled water and centrifuged again. The bacteria are then resuspended in water and sampled in triplicate (or more) in 96-well plates.
Une série de dilution dans l'eau peut être effectuée pour évaluer l'activité potentielle de ces échantillons. La concentration maximale peut entraîner une D0595 de 1 (aller à l'étape 3). A dilution series in water can be performed to evaluate the potential activity of these samples. The maximum concentration can result in a D0595 of 1 (go to step 3).
L'évaluation d'activité peut être effectuée également sur des échantillons des bactéries congelées secs. Dans ce cas, les bactéries sont mises en culture, lavées à l'eau stérile, remises en suspension dans un petit volume d'eau et congelées. Activity evaluation can also be performed on samples of dry frozen bacteria. In this case, the bacteria are cultured, washed with sterile water, resuspended in a small volume of water and frozen.
Etape 3 : Suite à ces étapes 1 et 2, variant selon le type de criblage, on procède à l'étape 3. Step 3: Following these steps 1 and 2, varying according to the type of screening, proceed to step 3.
Les #ufs d'Aedes aegypti sont agités dans l'eau pendant deux minutes ce qui entraîne leur éclosion. Environ 45 minutes après les larves nouvellement écloses sont The eggs of Aedes aegypti are stirred in water for two minutes, which causes them to hatch. About 45 minutes after the newly hatched larvae are
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réparties dans chaque puit. Chaque puit comprend 10 lde cette solution de larves contenant 5 à 10 larves. La structure de la pipette est adaptée en conséquence. distributed in each well. Each well contains 10 l of this larval solution containing 5 to 10 larvae. The structure of the pipette is adapted accordingly.
Les variations dans le nombre de larves par puit n'est pas déterminant puisque si le BAC est toxique, les larves sont tuées et les bactéries ne sont pas détruites. Variations in the number of larvae per well is not critical since if the BAC is toxic, the larvae are killed and the bacteria are not destroyed.
Etape 4 : On laisse les plaques à température ambiante et on mesure la DO 595 à différents moments après l'addition de larves d'Aedes, notamment à 24 heures et 48 heures. On voit à l'oeil nu si les larves se nourrissent de bactéries ou non. Généralement, l'altération de larves d'Aedes est constatée à environ 20 heures, la mort éventuelle entre 24 et 48 heures. Step 4: Leave the plates at room temperature and measure the OD 595 at different times after the addition of Aedes larvae, especially at 24 hours and 48 hours. We can see with the naked eye if the larvae feed on bacteria or not. Generally, Aedes larvae are observed at about 20 hours, possibly at 24 to 48 hours.
Etape 5 : mesure des résultats Comme contrôle positif on utilise des souches sauvages de Photorhabdus. Comme contrôles négatifs on utilise une souche E. coli DH10B (la souche utilisée pour les BACs) et un BAC témoin, c'est a dire la souche DH10B contenant le vecteur BAC sans fragment inséré. Step 5: Measurement of results As a positive control, wild strains of Photorhabdus are used. As negative controls, an E. coli strain DH10B (the strain used for the BACs) and a control BAC, that is to say the strain DH10B containing the BAC vector without inserted fragment, is used.
2) Résultats Dans ces essais sur larves d'Aedes, dans lesquels ont nourrit les Aedes avec E. coli exprimant chaque clone de BAC, on a criblé la banque complète de BAC. Les inventeurs ont identifié un BAC positif. Les résultats ont été répétés avec ce BAC de nombreuses fois et sont reproductibles. Ce BAC, plaque 1 ligne A colonne 2, désigné BAC1A2, cause la paralysie et/ou la mort des larves d'Aedes. Les contrôles utilisés dans ces essais incluent : un clone aléatoire BAC qui n'exerce pas d'effet contre les larves d'Aedes, la souche E. coli DH10B (la souche dans laquelle la banque de BAC a été clonée), une souche sauvage type Photorhabdus luminescensTTO1. 2) Results In these tests on Aedes larvae, in which the Aedes were fed with E. coli expressing each BAC clone, the complete library of BAC was screened. The inventors have identified a positive BAC. The results have been repeated with this BAC many times and are reproducible. This BAC, plate 1 line A column 2, designated BAC1A2, causes paralysis and / or death of Aedes larvae. Controls used in these assays include: a random BAC clone that does not exert an effect against Aedes larvae, E. coli strain DH10B (the strain in which the BAC library was cloned), a wild-type strain type Photorhabdus luminescensTTO1.
Les inventeurs ont observé l'altération des larves dans le cas du BAC 1A2 environ 20 heures après que les plaques soient infectées avec les larves. Les différences sont particulièrement visibles au bout de 48 heures après l'infection. Les larves commencent par ralentir leurs mouvements puis n'ont plus l'air de se nourrir du milieu contenant les bactéries autant que dans les puits contenant le clone aléatoire The inventors have observed larval alteration in the case of BAC 1A2 about 20 hours after the plates are infected with the larvae. The differences are particularly noticeable after 48 hours after infection. The larvae begin to slow down their movements and then no longer seem to feed on the medium containing the bacteria as well as in the wells containing the random clone
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BAC et le DH10B. Les larves se couchent ensuite dans le fond du puits, ne nagent plus jusqu'à la surface pour prélever de l'air. L'activité constatée avec le BAC 1A2 est similaire à celle observée avec un échantillon de Photorhabdus sauvage, alors que la souche d'E. coli DH10B est inactive. BAC and the DH10B. The larvae then lie down in the bottom of the well, no longer swim to the surface to collect air. The activity observed with BAC 1A2 is similar to that observed with a sample of wild-type Photorhabdus, whereas the strain of E. coli DH10B is inactive.
Dans les plaques de 96 puits utilisant Photorhabdus luminescens, on constate la mort de larves avec une D0595 pour les bactéries de 0,1 avant l'addition de larves d'Aedes. La mort est constatée également avec une DO de 0,5 pour le BAC 1A2. In the 96-well plates using Photorhabdus luminescens, larvae were killed with a D0595 for the bacteria of 0.1 before the addition of Aedes larvae. Death is also observed with an OD of 0.5 for BAC 1A2.
Dans les essais sur moustiques, le pourcentage de mortalité a été de 100 % avec le Photorhabdus de type sauvage, et de l'ordre de 90 à 95 % pour le BAC 1A2. In mosquito trials, the percentage of mortality was 100% with wild-type Photorhabdus, and in the range of 90-95% for BAC 1A2.
En outre, des tests de sensibilité à la chaleur ont été effectués. Photorhabdus, BAC1A2 et Ecoli DH10B ont été chauffés à différentes températures pour déterminer l'activité insecticide restante. Pour cela, une culture de Photorhabdus d'une nuit a été collectée puis mise en suspension dans de l'eau stérile. Des échantillons de 1 ml ont été chauffés à 30 C, 40 C, 50 C, 60 C, 70 C, 80 C ou à 100 C pendant 15 minutes. Les résultats ont montré que les larves sont mortes lorsque Photorhabdus était chauffé à 70 C. Les larves ont survécu et ont absorbé les bactéries lorsque la température était de 80 C ou plus. L'ensemble des essais réalisés montre que la toxine insecticide sécrétée par Photorhabdus est stable jusqu'environ 60 C. Des essais sur le BAC 1A2 montrent également une stabilité jusqu'à 60 C, les larves meurent dans les puits contenant du BAC 1A2 qui étaient chauffés à 60 C. In addition, heat sensitivity tests were performed. Photorhabdus, BAC1A2 and Ecoli DH10B were heated at different temperatures to determine the remaining insecticidal activity. For this, a night Photorhabdus culture was collected and then suspended in sterile water. 1 ml samples were heated at 30 ° C., 40 ° C., 50 ° C., 60 ° C., 70 ° C., 80 ° C. or at 100 ° C. for 15 minutes. The results showed that the larvae died when Photorhabdus was heated to 70 C. The larvae survived and absorbed the bacteria when the temperature was 80 C or higher. All the tests carried out show that the insecticidal toxin secreted by Photorhabdus is stable up to about 60 C. Tests on BAC 1A2 also show a stability up to 60 C, the larvae die in wells containing BAC 1A2 which were heated to 60 C.
Pour les échantillons contrôle DH10B et BAC aléatoire, des larves étaient capables de se nourrir de bactéries chauffées à toutes les températures testées. A l'inverse, les toxines obtenues par les inventeurs conservent leur activité insecticide typiquement plusieurs semaines stockés à environ 4 C. For the DH10B and random BAC control samples, larvae were able to feed on heated bacteria at all tested temperatures. In contrast, the toxins obtained by the inventors retain their insecticidal activity typically several weeks stored at about 4 C.
Le clone BAC 1 A2 (dépôt CNCM 1-2699), dont la taille du fragment inséré est de 60131 pdb, comprend : - un ensemble de gènes similaires à des gènes isolés chez Escherichia coli (gènes de ménage) ; - le gène de séquence SEQ ID N 4, codant pour la protéine de séquence SEQ ID
N 5, qui possède une homologie avec un gène d'estérase d'hormone juvénile The clone BAC 1 A2 (deposit CNCM 1-2699), the size of the inserted fragment is 60131 bps, comprises: a set of genes similar to genes isolated from Escherichia coli (housekeeping genes); the gene of sequence SEQ ID No. 4, coding for the protein of sequence SEQ ID
N 5, which has homology with a juvenile hormone esterase gene
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de coléoptère, flanqué du gène de séquence SEQ ID N 2 codant pour la protéine de séquence SEQ ID N 3. De plus un gène, codant pour un régulateur transcriptionnel, jouxte cet opéron putatif. Ces gènes (SEQ ID N 4 et SEQ ID N 2) étant vraisemblablement responsables de l'activité entomotoxique observée les inventeurs ont tout d'abord restreint la séquence du BAC 1 A2 à une région contenant principalement les gènes SEQ ID N 4 et
SEQ ID N 2. beetle, flanked by the SEQ ID N 2 sequence gene coding for the protein of sequence SEQ ID No. 3. In addition, a gene coding for a transcriptional regulator adjoins this putative operon. Since these genes (SEQ ID No. 4 and SEQ ID No. 2) were probably responsible for the entomotoxic activity observed, the inventors first restricted the sequence of BAC 1 A2 to a region containing mainly the SEQ ID N 4 genes and
SEQ ID N 2.
Les inventeurs ont en outre testé des sous-clones contenant les deux ORF du BAC 1A2 cités précédemment, à savoir l'ORFl codant à SEQ ID N 3 et l'ORF2 codant à SEQ ID N 5. The inventors have further tested subclones containing the two ORFs of BAC 1A2 cited above, namely ORF1 encoding SEQ ID No. 3 and ORF2 encoding SEQ ID No. 5.
Plus précisément, deux sous-clones, plg16g1et plgl6el2, ont été transformés dans E. coli souche DH10B. Le clone plgl6gl, déposé à la CNCM sous le numéro 1-2698, est un fragment d'ADN génomique de Photorhabdus luminescens, souche TT01 (Fischer - Le Saux M. et al. (1999) Int. J. Syst. Bacteriol., 49,1645-56), cloné dans le vecteur pSYX34 (Xu S . et Fomenkov A. (1994) - Biotechniques, vol 15,57) dans la bactérie E. coli XL10-Gold Kanr (Stratagene). Specifically, two subclones, plg16g1 and plgl6el2, were transformed into E. coli strain DH10B. The clone plgl6gl, deposited at the CNCM under the number 1-2698, is a genomic DNA fragment of Photorhabdus luminescens, strain TT01 (Fischer-Le Saux M. et al., (1999) Int.J. System Bacteriol. 49, 1645-56), cloned into the vector pSYX34 (Xu S. and Fomenkov A. (1994) - Biotechniques, vol 15,57) in E. coli XL10-Gold Kanr (Stratagene).
A partir d'échantillons congelés, on a mis en culture des bactéries Photorhabdus, BAC1A2, DH10B, plgl6gl et plg16e12. 200 l de chaque culture on été pipetés dans 12 puits d'une plaque de 96 puits. Des plaques ont été agitées pendant 10 minutes à 1000 rpm. Le surnageant a été éliminé. 200 l d'eau stérile ont été rajoutés dans chaque puit et les bactéries ont été remises en suspension. La DO 595 a été mesurée, chaque puit contenant environ 10 larves d'Aedes aegypti. Les deux clones, plgl6gl et plgl6el2 ont un effet insecticide sur les larves, qui est encore plus rapide et fort que l'effet de Photorhabdus et de BAC 1A2. Ce résultat est vraisemblablement lié au nombre de copie supérieur (5 copies par cellule) du vecteur pSYX34 en comparaison avec le vecteur pBELOBACll (1 copie par cellule). Les larves de contrôle (DH10B et eau) ne sont pas affectées et restent très actives. Les larves au contact de Photorhabdus ou du BAC 1A2 montrent un mouvement ralenti et restent dans le fond du puits. Les larves au contact des clones plg16g1et plg16e12 sont immobiles et semblent être mortes. From frozen samples, Photorhabdus, BAC1A2, DH10B, plgl6gl and plg16e12 bacteria were cultured. 200 l of each culture were pipetted into 12 wells of a 96 well plate. Plates were shaken for 10 minutes at 1000 rpm. The supernatant was removed. 200 l of sterile water were added to each well and the bacteria were resuspended. OD 595 was measured, with each well containing about 10 Aedes aegypti larvae. Both clones, plgl6gl and plgl6el2 have an insecticidal effect on larvae, which is even faster and stronger than the effect of Photorhabdus and BAC 1A2. This result is likely related to the higher copy number (5 copies per cell) of the pSYX34 vector compared to the pBELOBACll vector (1 copy per cell). Control larvae (DH10B and water) are unaffected and remain very active. Larvae in contact with Photorhabdus or BAC 1A2 show slow motion and remain in the bottom of the well. Larvae in contact with clones plg16g1 and plg16e12 are immobile and appear to be dead.
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EXEMPLE 3 : d'activité entomopathogène sur les larves de Culex pipiens, menés à partir de la banque de BAC décrite précédemment. EXAMPLE 3: entomopathogenic activity on Culex pipiens larvae, conducted from the BAC library described above.
Les larves ont été préparées de manière analogue à celles d'Aedes. The larvae were prepared analogously to those of Aedes.
Les inventeurs ont préparé : - un sous-clone (construction déposée à la CNCM sous le N 1-2752) contenant les gènes de séquence SEQ ID N 2 (ORF 1) et SEQ ID N 4 (ORF 2) : ces gènes ont été amplifiés par PCR et clonées à bout droit au site EcoRV du pBluescript SK. Ce plasmide est nommé pDIA700 clones n 10 (séquence vérifiée). The inventors have prepared: a subclone (construction deposited at the CNCM under the N 1-2752) containing the genes of sequence SEQ ID No. 2 (ORF 1) and SEQ ID No. 4 (ORF 2): these genes have been amplified by PCR and cloned at the EcoRV site of pBluescript SK. This plasmid is named pDIA700 clones n 10 (sequence verified).
- un sous-clone (construction déposée a la CNCM sous le N 1-2753) contenant les gènes de séquences SEQ ID N 2 (ORF 1) et SEQ ID N 4 (ORF 2), avec délétion de la partie 3' du gène de séquence SEQ ID N 4 ; le plasmide pDIA700 (n 10) a été restreint par EcoRI pour éliminer le dernier tiers de SEQ ID N 4. Ce plasmide est nommé pDIA701. a subclone (construction deposited at the CNCM under N 1-2753) containing the genes of SEQ ID No. 2 (ORF 1) and SEQ ID No. 4 (ORF 2), with deletion of the 3 'part of the gene sequence SEQ ID N 4; plasmid pDIA700 (# 10) was restricted with EcoRI to remove the last third of SEQ ID N 4. This plasmid is named pDIA701.
Les résultats obtenus ont été les suivants, démontrant que l'ORF 2 est essentiel pour l'activité insecticide contre Culex pipiens. The results obtained were as follows, demonstrating that ORF 2 is essential for insecticidal activity against Culex pipiens.
Résultats sur larves de Culex pipiens
Results on Culex pipiens larvae
<tb>
<tb> Locus <SEP> 1
<tb> pDIA700/10 <SEP> pDIA701 <SEP> Témoin
<tb> ORF1 <SEP> + <SEP> ORF2 <SEP> ORF1+ORF2 <SEP> tr.3' <SEP> eau
<tb> 24 <SEP> h <SEP> DO <SEP> 2 <SEP> DO <SEP> 2
<tb> Replicat <SEP> 1 <SEP> Mortes <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> V <SEP> ivantes <SEP> 0 <SEP> 11 <SEP> 11
<tb> Replicat <SEP> 2 <SEP> Mortes <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> Vivantes <SEP> 0 <SEP> 12 <SEP> 12
<tb> Total <SEP> Mortes <SEP> 20 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> Vivantes <SEP> 0 <SEP> 23 <SEP> 23
<tb> % <SEP> Mortalité <SEP> 100% <SEP> 0% <SEP> 0%
<tb> 48 <SEP> h
<tb> Replicat <SEP> 1 <SEP> Mortes <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> V <SEP> ivantes <SEP> 0 <SEP> 11 <SEP> 11
<tb> Replicat <SEP> 2 <SEP> Mortes <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> Vivantes <SEP> 0 <SEP> 12 <SEP> 12
<tb> Total <SEP> Mortes <SEP> 20 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> Vivantes <SEP> 0 <SEP> 23 <SEP> 23
<tb> % <SEP> Mortalité <SEP> 100% <SEP> 0% <SEP> 0%
<tb> <Tb>
<tb> Locus <SEP> 1
<tb> pDIA700 / 10 <SEP> pDIA701 <SEP> Control
<tb> ORF1 <SEP> + <SEP> ORF2 <SEP> ORF1 + ORF2 <SEP> tr.3 '<SEP> water
<tb> 24 <SEP> h <SEP> DO <SEP> 2 <SEP> DO <SEP> 2
<tb> Replicat <SEP> 1 <SEP> Dead <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> V <SEP> ivantes <SEP> 0 <SEP> 11 <SEP> 11
<tb> Replicat <SEP> 2 <SEP> Dead <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
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<tb>% <SEP> Mortality <SEP> 100% <SEP> 0% <SEP> 0%
<tb> 48 <SEP> h
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<tb> Replicat <SEP> 2 <SEP> Dead <SEP> 10 <SEP> 0 <SEP> 0
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<tb> Total <SEP> Dead <SEP> 20 <SEP> 0 <SEP> 0
<tb> Live <SEP> 0 <SEP> 23 <SEP> 23
<tb>% <SEP> Mortality <SEP> 100% <SEP> 0% <SEP> 0%
<Tb>
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D'autres séries de tests sur différentes espèces de moustiques ont démontré l'efficacité notamment chez Culex pipiens, Anopheles gambiae, Anopheles stephensie, résumée sur le tableau 1. Other series of tests on different species of mosquitoes have demonstrated the effectiveness especially in Culex pipiens, Anopheles gambiae, Anopheles stephensie, summarized in Table 1.
Tableau 1
Table 1
<tb>
<tb> STADE <SEP> LI <SEP> LI-L2 <SEP> L1 <SEP> L1
<tb> Culex <SEP> pipiens <SEP> Aedes <SEP> aegypti <SEP> Anopheles <SEP> gambiae <SEP> Anophele <SEP> stephensie
<tb> 48H <SEP> 48H <SEP> 48H <SEP> 48H
<tb> Photorhabdus <SEP> 16 <SEP> vivantes <SEP> 40 <SEP> vivantes <SEP> 6 <SEP> vivantes <SEP> 15 <SEP> vivantes
<tb> 59 <SEP> mortes <SEP> /75 <SEP> 35 <SEP> mortes <SEP> /75 <SEP> 69 <SEP> mortes/75 <SEP> 60 <SEP> mortes <SEP> /75
<tb> 79% <SEP> 47% <SEP> 92% <SEP> 80%
<tb> Bac <SEP> 1 <SEP> A2 <SEP> 5 <SEP> vivantes <SEP> 44 <SEP> vivantes <SEP> 7 <SEP> vivantes <SEP> 6 <SEP> vivantes <SEP>
<tb> 70 <SEP> mortes <SEP> /75 <SEP> 31 <SEP> mortes <SEP> /75 <SEP> 68 <SEP> mortes/75 <SEP> 69 <SEP> mortes <SEP> / <SEP> 75 <SEP>
<tb> 93% <SEP> 41% <SEP> 91% <SEP> 92%
<tb> P18F1 <SEP> 44 <SEP> vivantes <SEP> 62 <SEP> vivantes <SEP> 39 <SEP> vivantes <SEP> 41 <SEP> vivantes
<tb> contrôle <SEP> 31 <SEP> mortes <SEP> /75 <SEP> 13 <SEP> mortes <SEP> / <SEP> 75 <SEP> 36 <SEP> mortes <SEP> / <SEP> 75 <SEP> 34 <SEP> mortes <SEP> / <SEP> 75 <SEP>
<tb> négatif <SEP> (sans <SEP> 41% <SEP> 17% <SEP> 48 <SEP> % <SEP> 45%
<tb> insert)
<tb>
EXEMPLE 4 : tests d'activité entomopathogène sur les larves de Plutella xylostella, menés à partir de la banque de BAC décrite précédemment. <Tb>
<tb> STAGE <SEP> LI <SEP> LI-L2 <SEP> L1 <SEP> L1
<tb> Culex <SEP> pipiens <SEP> Aedes <SEP> aegypti <SEP> Anopheles <SEP> gambiae <SEP> Anopheles <SEP> stephensia
<tb> 48H <SEP> 48H <SEP> 48H <SEP> 48H
<tb> Photorhabdus <SEP> 16 <SEP> alive <SEP> 40 <SEP> alive <SEP> 6 <SEP> alive <SEP> 15 <SEP> alive
<tb> 59 <SEP> dead <SEP> / 75 <SEP> 35 <SEP> dead <SEP> / 75 <SEP> 69 <SEP> dead / 75 <SEP> 60 <SEP> dead <SEP> / 75
<tb> 79% <SEP> 47% <SEP> 92% <SEP> 80%
<tb> Bac <SEP> 1 <SEP> A2 <SEP> 5 <SEP> alive <SEP> 44 <SEP> alive <SEP> 7 <SEP> alive <SEP> 6 <SEP> alive <SEP>
<tb> 70 <SEP> dead <SEP> / 75 <SEP> 31 <SEP> dead <SEP> / 75 <SEP> 68 <SEP> dead / 75 <SEP> 69 <SEP> dead <SEP> / <SEP > 75 <SEP>
<tb> 93% <SEP> 41% <SEP> 91% <SEP> 92%
<tb> P18F1 <SEP> 44 <SEP> alive <SEP> 62 <SEP> alive <SEP> 39 <SEP> alive <SEP> 41 <SEP> alive
<tb> control <SEP> 31 <SEP> dead <SEP> / 75 <SEP> 13 <SEP> dead <SEP> / <SEP> 75 <SEP> 36 <SEP> dead <SEP> / <SEP> 75 <SEP> 34 <SEP> dead <SEP> / <SEP> 75 <SEP>
<tb> negative <SEP> (without <SEP> 41% <SEP> 17% <SEP> 48 <SEP>% <SEP> 45%
<tb> insert)
<Tb>
EXAMPLE 4: Entomopathogenic activity tests on Plutella xylostella larvae, conducted from the BAC library described above.
(i) Une série de tests a été effectuée selon le protocole suivant. Des bactéries (souche E. coli DH10B, contenant un plasmide pBeloBACll) ont été mises en culture une nuit dans 5 ml LB+chloramphenicol à 28 C sous agitation à 200 rpm. La D054o de chaque culture a été systématiquement prise. Chaque culture est diluée avec du LB jusqu'à obtenir une concentration de 5x107 bactéries/ml. Six feuilles (3 cm de diamètre) sont incubées dans une culture diluée pendant une heure avec 0,05 % Tween 20 (Sigma). Les feuilles traitées sont mises dans des plaques 6 puits et 5 larves sont placées dans chaque puits, soient 30 larves testées par clone. Chaque puits contient un support gélosé contenant 15 g/1 d'agar (Difco) et 1,5 g/1 d'antifongique (nipagine, Sigma). (i) A series of tests was performed according to the following protocol. Bacteria (strain E. coli DH10B, containing plasmid pBeloBAC11) were cultured overnight in 5 ml LB + chloramphenicol at 28 ° C. with shaking at 200 rpm. The D054o of each crop has been systematically taken. Each culture is diluted with LB to a concentration of 5x107 bacteria / ml. Six leaves (3 cm in diameter) are incubated in a diluted culture for one hour with 0.05% Tween 20 (Sigma). The treated leaves are put in 6-well plates and 5 larvae are placed in each well, ie 30 larvae tested per clone. Each well contains an agar medium containing 15 g / l agar (Difco) and 1.5 g / l antifungal (nipagin, Sigma).
De préférence, les larves utilisées pour ce test sont des larves en phase tardive du stade L2 (2eme stade larvaire), sélectionnées juste avant leur mue vers le stade L3. En Preferably, the larvae used for this test are late-stage larvae of the L2 stage (2nd instar larvae), selected just before their moulting to the L3 stage. In
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effet, les inventeurs ont observé que les larves étaient nettement plus sensibles à la bactérie à ce stade L2 et que les essais y étaient bien plus reproductibles. Indeed, the inventors have observed that the larvae were significantly more sensitive to the bacterium at this stage L2 and that the tests there were much more reproducible.
Les essais ont été effectués à 28 C avec une photopériode de 11h : 13h (nuit : jour). The tests were carried out at 28 C with a photoperiod of 11h: 13h (night: day).
Après 2 jours, les feuilles traitées ont été remplacées par des feuilles non traitées. Le niveau de mortalité des larves a été observé à 48h, 72h et 144h après le contact des larves avec les feuilles traitées Des contrôles ont été utilisés pour les tests de criblage, incluant : Photorhabdus TT01, et/ou le BAC8dlO (contenant le locus te) comme contrôles positifs. Les contrôles négatifs correspondant aux constructions sans insert ont été utilisées de façon adéquate (pBeloBACll dans E. coli DH10B pour les clones BAC, pSYX34 dans E.coli XL10 pour le sous-clone plgl6gl, E.coli XLIBlue pour les sous-clones pDIA). Tous ces bio-essais ont été réalisés avec une souche de Plutella xylostella originaire de la Martinique. After 2 days, the treated leaves were replaced by untreated leaves. The larval mortality level was observed at 48h, 72h and 144h after larval contact with treated leaves. Controls were used for screening tests, including: Photorhabdus TT01, and / or BAC8d10 (containing the locus te ) as positive controls. Negative controls corresponding to non-insert constructs were adequately used (pBeloBACll in E. coli DH10B for BAC clones, pSYX34 in E.coli XL10 for plgl6gl subclone, E.coli XLIBlue for pDIA subclones) . All these bioassays were made with a strain of Plutella xylostella native to Martinique.
Le taux de mortalité des larves a été corrigé par rapport au contrôle négatif à l'aide de l'équation Abbott (Abbott W. S., J. Econ. Entomol., 18 : 265-267). The mortality rate of the larvae was corrected against the negative control using the Abbott equation (Abbott W. S., J. Econ Entomol., 18: 265-267).
Les inventeurs ont démontré selon une première série de tests l'activité insecticide du BAC1A2 contre des lépidoptères notamment Plutella xylostella, lorsque les larves étaient au stade larvaire tardif L2.
The inventors have demonstrated, according to a first series of tests, the insecticidal activity of BAC1A2 against lepidopterans, in particular Plutella xylostella, when the larvae were in the late larval L2 stage.
<tb>
<tb> <Tb>
<Tb>
Clones <SEP> % <SEP> de <SEP> mortalité <SEP> ABBOTT
<tb> 48h <SEP> 72h <SEP> 144h
<tb> BAC <SEP> 1a02 <SEP> 30% <SEP> 50% <SEP> 58%
<tb> 26% <SEP> 26% <SEP> 26%
<tb> Plg <SEP> 16g1 <SEP> 43% <SEP> 58%pDIA700 <SEP> # <SEP> 96% <SEP> 100% <SEP> 100%
<tb> pDIA701 <SEP> # <SEP> 12% <SEP> 12% <SEP> 23%
<tb>
* un % de mortalité Abbott supérieur à 20% est considéré comme significatif # la concentration d'antifongique (nipagine) utilisée dans le milieu gélosé (pour le support des feuilles) a été diminuée de 5 fois lors des bio-essais réalisés avec les sous-clones pDIA. Clones <SEP>% <SEP> of <SEP> mortality <SEP> ABBOTT
<tb> 48h <SEP> 72h <SEP> 144h
<tb> BAC <SEP> 1a02 <SEP> 30% <SEP> 50% <SEP> 58%
<tb> 26% <SEP> 26% <SEP> 26%
<tb> Plg <SEP> 16g1 <SEP> 43% <SEP> 58% pDIA700 <SEP>#<SEP> 96% <SEP> 100% <SEP> 100%
<tb> pDIA701 <SEP>#<SEP> 12% <SEP> 12% <SEP> 23%
<Tb>
* a% of Abbott mortality greater than 20% is considered significant # the concentration of antifungal (nipagin) used in the agar medium (for the support of the leaves) was decreased by 5 times during the bioassays carried out with the sub -clones pDIA.
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(ii) Une autre série de tests sur Plutella a démontré l'effet insecticide, en utilisant le protocole suivant. (ii) Another series of tests on Plutella demonstrated the insecticidal effect, using the following protocol.
Initialement trois doses de bactéries gelées ont été testées sur Plutella : 0,014 g/5ml, 0,007g/5ml et 0,035g/5ml d'eau. 150 /1 de bactéries ont été ajoutées à la surface d'une coupelle de Plutella. La coupelle a été placée dans une hotte pour séchage. Initially three doses of frozen bacteria were tested on Plutella: 0.014 g / 5ml, 0.007g / 5ml and 0.035g / 5ml of water. 150/1 of bacteria were added to the surface of a Plutella dish. The cup was placed in a hood for drying.
Une fois les coupelles séchées, chacune est infestée par 10 larves de Plutella (âgées de 4 jours). On observe : - 100% de mortalité dans tous les traitements par Photorhabdus ; - 95% de mortalité pour le traitement à 0,0014g/5ml de BAC 1A2 ; - 90% de mortalité pour le traitement à 0,007g/5ml de BAC 1 A2 ; - une certaine mortalité pour le contrôle DH10B avec 42% pour le traitement
0,014g/5ml. Once the cups are dried, each is infested with 10 Plutella larvae (4 days old). We observe: - 100% mortality in all Photorhabdus treatments; - 95% mortality for treatment with 0.0014g / 5ml of BAC 1A2; - 90% mortality for treatment with 0.007g / 5ml of BAC 1 A2; - some mortality for DH10B control with 42% for treatment
0,014g / 5ml.
Ainsi, la souche sauvage de Photorhabdus a un effet insecticide fort sur les larves de Plutella. L'effet obtenu avec le BAC 1A2 est significativement supérieur par rapport au contrôle. Thus, the wild strain of Photorhabdus has a strong insecticidal effect on Plutella larvae. The effect obtained with the BAC 1A2 is significantly higher compared to the control.
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