[go: up one dir, main page]

FI112093B - Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet - Google Patents

Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet Download PDF

Info

Publication number
FI112093B
FI112093B FI20020176A FI20020176A FI112093B FI 112093 B FI112093 B FI 112093B FI 20020176 A FI20020176 A FI 20020176A FI 20020176 A FI20020176 A FI 20020176A FI 112093 B FI112093 B FI 112093B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
oligonucleotide
hybridization
dna
moving element
sequence
Prior art date
Application number
FI20020176A
Other languages
English (en)
Finnish (fi)
Other versions
FI20020176L (sv
FI20020176A0 (sv
Inventor
Alan Howard Schulman
Lars Goeran Paulin
Original Assignee
Boreal Plant Breeding Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Boreal Plant Breeding Ltd filed Critical Boreal Plant Breeding Ltd
Publication of FI20020176A0 publication Critical patent/FI20020176A0/sv
Priority to FI20020176A priority Critical patent/FI112093B/sv
Priority to US10/351,934 priority patent/US20030170705A1/en
Priority to RU2004126246/13A priority patent/RU2322507C2/ru
Priority to CA002472153A priority patent/CA2472153A1/en
Priority to EP03700822A priority patent/EP1468115A1/en
Priority to AU2003201974A priority patent/AU2003201974B2/en
Priority to CNB038076659A priority patent/CN100487135C/zh
Priority to PCT/FI2003/000071 priority patent/WO2003064686A1/en
Priority to JP2003564276A priority patent/JP2005515789A/ja
Publication of FI20020176L publication Critical patent/FI20020176L/sv
Application granted granted Critical
Publication of FI112093B publication Critical patent/FI112093B/sv
Priority to ZA200405089A priority patent/ZA200405089B/en

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (25)

1. Ett förfarande for att pävisa genetisk identitet, genetisk mängfald, genomisk variation eller polymorfism, särskilt allelisk variation och kodominant inom en bestämd 5 populationspool, kännetecknad av att forfarandet omfattar steg där man (a) later ett omärkt, enkelsträngat, valbart fragmenterat DNA-prov, som representerar provets totala DNA, hybridiseras med en eller flera serier av valbart parvisa eller parallella oligonukleotidsekvenser, av vilka var och en motsvarar en bindning vid 10 ätminstone en full eller en tom integrationspunkt hos ätminstone ett rörligt element (ME, engl. mobile element), varvid den oligonukleotidsekvens, som motsvarar den fulla integrationspunkten, omfattar tvä särskilda sekvensavsnitt av samma eller varierande längd, sä att ett av de särskilda sekvensavsnitten utgör ett avsnitt som ligger invid det nämnda rörliga elementet (ME) och det andra särskilda sekvensavsnittet utgör en 15 avslutande ända hos nämnda rörliga element (ME), och varvid den oligonukleotidsekvens, som motsvarar en torn integrationspunkt, omfattar tvä särskilda sekvensavsnitt, av vilka vart och ett bestär av de avsnitt som ligger invid det rörliga elementet (ME) och omringar dess integrationspunkt och var och en av nukleotidsekvensema är slumpartat bunden vid en bestämd identifierbar punkt pä en fast '; · ·' 20 bärare; (b) valbart ffagmenterar DNA-provet, som motsvarar det totala DNA:t, fysiskt, mekaniskt t eller enzymatiskt för att fa de rörliga elementen (ME) att ligga pä olika DNA-fragment; « * » · · 25 (c) gör det fragmenterade DNA-provet enkelsträngat och läter de nämnda enkelsträngade • DNA-provsffagmenten hybridiseras med de pä den fasta bäraren fästa enkelsträngade • < , - · ·. oligonukleotidsekvensema; • · * » 4 • * * ' I;, ‘ (d) arrangerar valbara, pä hybridiseringen följande behandlingar, som innefattar att man I i 30 avlägsnar enkelsträngat DNA-prov, som inte helt hybridi serats med de vid den fasta ‘ · '· bäraren fästa oligonukleotidsekvensema, med hjälp av tvättbehandlingar av olika skärpa 112093 och valfria urlakningsbehandlingar för att avlägsna enkelsträngade DNA-provsfragment som inte fullt motsvarar fästa polynukleotidsekvenser; (e) förser hybridiseringsprodukten med en registrerbar märkning, sorti gör det möjligt att 5 registrera hybridiseringsmönstret för varje oligonukleotidsekvensserie med hjälp av nägot förfarande som kan pävisa hybridiseringen och därmed möjliggöra utvädering av förekomsten av en full eller en torn integrationspunkt hos ätminstone ett rörligt element (ME); 10 (f) utvärderar det registrerbara hybridiseringsmönstret, där förekomsten av hybridisering med en vid ett fast material fäst oligonukleotidsekvens, som motsvarar en full punkt, betecknar en förekomst av ätminstone ett rörligt element (ME), medan förekomsten av hybridisering med en vid ett fast material fäst oligonukleotidsekvens, som motsvarar en torn punkt, betecknar avsaknad av ett rörligt element (ME) i integrationspunkten, medan 15 en avsaknad av hybridisering betecknar att integrationspunkten saknas.
2. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att man för vaije kromosom, som förekommer i populationspoolen, anordnat ätminstone en serie parvisa eller parallella oligonukleotidsekvenser för utvärdering av kodominant. : 20
: 3. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att man utnyttjar det ’: * ‘hybridiseringsmönster som registrerats för de oligonukleotidsekvenser, som motsvarar en :.., t full eller en tom integrationspunkt, för pävisande av kodominant. • < · ·...· 25
4. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att det särskilda sekvensavsnitt, som omfattar det avsnitt som ligger intill den oligonukleotidsekvens, som motsvarar en : .·* full punkt, är längre än det särskilda sekvensavsnitt, som omfattar den avslutande ändan • · ‘ · · ‘ hos det rörliga elementet (ME). • < · t > * • I I » 30
5. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att hybridiseringsreaktionen ; ·,· försiggär i förhällanden som möjliggör att det omärkta, enkelsträngade, valbart : ' ; ffagmenterade DNA-provet parvis förenas med de vid den fasta bäraren fösta oligonukleotidsekvensema. 57 112093
6. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att man genomför de pä hybridiseringen följande behandlingama i förhällanden som frigör allt DNA-prov som inte fullt hybridiserats med de vid den fasta bäraren fästa oligonukleotidsekvensema. 5
7. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att man registrerar hybridiseringsmönstret genom att man efter hybridiseringen och de pä hybridiseringen följande behandlingama förser DNA-provet med en registrerbar märkning. 10
8. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att man efter hybridiseringen och de pä hybridiseringen följande behandlingama valbart frigör DNA-provet ffän den fasta bäraren och därefter läter det hybridiseras med märkta oligonukleotidsekvenser som fUllständigt motsvarar var och en av de ursprungliga, vid den fasta bäraren fasta oligonukletidsekvensema, 15
9. Förfarande enligt patentkrav 1, kännetecknat av att registreringen är reversibel och att man äterställer den fasta bäraren i ursprungligt skick för att användas pä nytt.
10. Förfarande enligt nägot av patentkraven 1 tili 9, kännetecknat av att man : ; : 20 automatiserat de steg som innefattar hybridisering, efter hybridiseringen följande • *.. behandling, registering och utvärdering.
:..,: 11. En testförpackning för att pävisa genetisk identitet, genetisk mängfald, genomisk •. * ·; variation eller polymorfism, särskilt allelisk variation och kodominant i en *...· 25 populationspool enligt förfarandet i patentkraven 1 tili 10, kännetecknad av att testförpackningen omfattar fler än en mängd valbart parvisa eller parallella ·' ·* enkelsträngade oligonukleotidsekvenser, där var och en av oligonukleotidsekvensema » » I motsvarar en bindning i ätminstone en full eller torn integrationspunkt, varvid den t · :,· · oligonukleotidsekvens, som motsvarar den fulla integrationspunkten, omfattar tvä 30 särskilda sekvensavsnitt av samma eller varierande längd, varvid det ena särskilda : ‘ · sekvensavsnittet utgör ett intill det rörliga elementet (ME) beläget avsnitt och det andra ’; särskilda sekvensavsnittet utgör en avslutande ända av nämnda rörliga element (ME), och 112093 den oligonukleotidsekvens, som motsvarar den tomma integrationspunkten omfattar tvä intill nämnda rörliga element (ME) belägna och detsamma omringande avsnitt.
12. Testforpackning enligt patentkrav 11, kännetecknad av att det särskilda 5 sekvensavsnitt som motsvarar det intilliggande avsnittet är längre än det särskilda sekvensavsnitt som motsvarar det rörliga elementet (ME).
13. Testforpackning enligt patentkrav 11, kännetecknad av att det för vaije kromosom som förekommer i populationspoolen arrangerats minst en serie valbart 10 parvisa eller parallella oligonukleotidsekvenser.
14. Testforpackning enligt patentkrav 11, kännetecknad av att testförpackningen omfattar ätminstone ett par oligonukleotidsekvenser fästa vid en fast bärare, varvid en oligonukleotidsekvens motsvarar en full punkt och en oligonukleotidsekvens motsvarar 15 en torn punkt för att möjliggöra pävisandet av kodominant.
15. Testforpackning enligt nägot av patentkraven 11 tili 14, kännetecknad av att den fasta bäraren omfattar ett membran, ett filter, ett objektglas, en skiva, ett chip, en platta eller en mikroskäl och bestär av ett material som valts ur en grupp, som innehäller glas, : 20 plast, nitrocellulosa, nylon, polyakrylsyror eller silikoner.
• · • · ♦ ':": 16. Testforpackning enligt nägot av patentkraven 11 tili 15, kännetecknad av att den omfattar valfria reagenser, som innefattar markörer, tvättbuffrar, ändskyddsreagenser *. ’ ·: och/eller bruksanvisning. ..·* 25
17. Testforpackning enligt nägot av patentkraven 11 tili 16, kännetecknad av att : . ‘ oligonukleotidsekvensema är av en storlek som tilläter att det bildas en stabil ' ·. · * hybridiseringsprodukt mellan de vid den fasta bäraren fasta oligonukleotidema och DNA- » * :.: ! provet. 30 ; ’ .
: 18. Testforpackning enligt nägot av patentkraven 11 tili 17, kännetecknad av att :' : oligonukleotidsekvensema valbart är ändskyddade. 112093
19. Testförpackning enligt nägot av patentkraven 11 tili 18, kännetecknad av att registreringsbehandlingama är reversibla, vilket möjliggör att den fasta bäraren äterställs i ursprungligt skick för att användas pä nytt.
20. Bruk av förfarandet enligt nägot av patentkraven 1 tili 10 för att urskilja vilken som heist organism som awiker i fräga om minst en integrationspunkt hos minst ett rörligt element (ME) i vilken som heist given position.
21. Bruk av förfarandet enligt nägot av patentkraven 1 tili 10 för bestämning av 10 genotyp, fylogenetiska undersökningar, bestämning av föräldraskap, rättsmedicin, bestämning av sjukdomar hos människor, bestämning av haplotyp och släktträdsanalyser samt inom växt- och djurförädling för att pävisa genetisk identitet, genetisk mängfald, genomisk variation eller polymorfism och i synnerhet kodominant.
22. Bruk av förfarandet enligt nägot av patentkraven 1 tili 10 för effektivare och snabbare förädling.
23. Bruk av testförpackningen enligt nägot av patentkraven 11 tili 19 för att urskilja vilken som heist organism som awiker i fräga om minst en integrationspunkt hos minst ; : 20 ett rörligt element (ME) i vilken given position som heist.
24. Bruk av testförpackningen enligt nägot av patentkraven 11 tili 19 för bestämning av genotyp, identifiering, fylogenetiska undersökningar, bestämning av föräldraskap, '·· rättsmedicin, bestämning av sjukdomar hos människor, bestämning av haplotyp och ..· 25 släktträdsanalyser samt inom växt-och djurförädling.
25. Bruk av testförpackningen enligt nägot av patentkraven 11 tili 19 för effektivare * · · ’ och snabbare förädling. 30
FI20020176A 2002-01-30 2002-01-30 Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet FI112093B (sv)

Priority Applications (10)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI20020176A FI112093B (sv) 2002-01-30 2002-01-30 Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet
US10/351,934 US20030170705A1 (en) 2002-01-30 2003-01-27 Method and test kit for demonstrating genetic identity
EP03700822A EP1468115A1 (en) 2002-01-30 2003-01-29 Method and test kit for demonstrating genetic identity
CA002472153A CA2472153A1 (en) 2002-01-30 2003-01-29 Method and test kit for demonstrating genetic identity
RU2004126246/13A RU2322507C2 (ru) 2002-01-30 2003-01-29 Способ и аналитический набор для демонстрации генетической идентичности
AU2003201974A AU2003201974B2 (en) 2002-01-30 2003-01-29 Method and test kit for demonstrating genetic identity
CNB038076659A CN100487135C (zh) 2002-01-30 2003-01-29 用于证实遗传身份的方法和测试试剂盒
PCT/FI2003/000071 WO2003064686A1 (en) 2002-01-30 2003-01-29 Method and test kit for demonstrating genetic identity
JP2003564276A JP2005515789A (ja) 2002-01-30 2003-01-29 遺伝的同一性を証明するための方法および検査キット
ZA200405089A ZA200405089B (en) 2002-01-30 2004-06-25 Method and test kit for demonstrating genetic identity.

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI20020176A FI112093B (sv) 2002-01-30 2002-01-30 Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet
FI20020176 2002-01-30

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI20020176A0 FI20020176A0 (sv) 2002-01-30
FI20020176L FI20020176L (sv) 2003-07-31
FI112093B true FI112093B (sv) 2003-10-31

Family

ID=8562981

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI20020176A FI112093B (sv) 2002-01-30 2002-01-30 Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet

Country Status (10)

Country Link
US (1) US20030170705A1 (sv)
EP (1) EP1468115A1 (sv)
JP (1) JP2005515789A (sv)
CN (1) CN100487135C (sv)
AU (1) AU2003201974B2 (sv)
CA (1) CA2472153A1 (sv)
FI (1) FI112093B (sv)
RU (1) RU2322507C2 (sv)
WO (1) WO2003064686A1 (sv)
ZA (1) ZA200405089B (sv)

Families Citing this family (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
NZ620811A (en) 2005-05-09 2015-09-25 Theranos Inc Point-of-care fluidic systems and uses thereof
CN101365944B (zh) * 2005-12-02 2013-08-07 单倍体技术有限公司 基因作图和确定单倍型的方法
US11287421B2 (en) 2006-03-24 2022-03-29 Labrador Diagnostics Llc Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
US8741230B2 (en) 2006-03-24 2014-06-03 Theranos, Inc. Systems and methods of sample processing and fluid control in a fluidic system
CA3042430C (en) 2007-10-02 2022-10-11 Theranos Ip Company, Llc Modular point-of-care devices and uses thereof
FR2954322A1 (fr) * 2009-12-23 2011-06-24 Agronomique Inst Nat Rech Puce a adn pour la detection de polymorphismes aux sites d'insertion d'elements transposables
SG192069A1 (en) 2011-01-21 2013-08-30 Theranos Inc Systems and methods for sample use maximization
US9268915B2 (en) 2011-09-25 2016-02-23 Theranos, Inc. Systems and methods for diagnosis or treatment
US8475739B2 (en) 2011-09-25 2013-07-02 Theranos, Inc. Systems and methods for fluid handling
US20140170735A1 (en) 2011-09-25 2014-06-19 Elizabeth A. Holmes Systems and methods for multi-analysis
US9664702B2 (en) 2011-09-25 2017-05-30 Theranos, Inc. Fluid handling apparatus and configurations
US8435738B2 (en) 2011-09-25 2013-05-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US9619627B2 (en) 2011-09-25 2017-04-11 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US8840838B2 (en) 2011-09-25 2014-09-23 Theranos, Inc. Centrifuge configurations
US9632102B2 (en) 2011-09-25 2017-04-25 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-purpose analysis
US8380541B1 (en) 2011-09-25 2013-02-19 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results
US9810704B2 (en) 2013-02-18 2017-11-07 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
US10012664B2 (en) 2011-09-25 2018-07-03 Theranos Ip Company, Llc Systems and methods for fluid and component handling
MX344792B (es) 2011-09-25 2017-01-06 Theranos Inc Sistemas y métodos para múltiples análisis.
US9250229B2 (en) 2011-09-25 2016-02-02 Theranos, Inc. Systems and methods for multi-analysis
KR20150055002A (ko) 2012-09-11 2015-05-20 테라노스, 인코포레이티드 생물학적 서명을 이용한 정보 관리 시스템 및 방법
WO2014127285A1 (en) 2013-02-18 2014-08-21 Theranos, Inc. Systems and methods for collecting and transmitting assay results

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE4344742A1 (de) * 1993-06-09 1994-12-15 Boehringer Mannheim Gmbh Verfahren zur Immobilisierung von Nukleinsäuren
US5871917A (en) * 1996-05-31 1999-02-16 North Shore University Hospital Research Corp. Identification of differentially methylated and mutated nucleic acids
US5830665A (en) * 1997-03-03 1998-11-03 Exact Laboratories, Inc. Contiguous genomic sequence scanning
CA2310808A1 (en) * 1997-11-25 1999-06-03 Vlaams Interuniversitair Instituut Voor Biotechnologie Vzw Method of parallel screening for insertion mutants and a kit to perform this method
US20020031776A1 (en) * 1999-05-28 2002-03-14 Tullis Richard H. Enzymatic labeling and detection of DNA hybridization probes

Also Published As

Publication number Publication date
WO2003064686A1 (en) 2003-08-07
CN1646701A (zh) 2005-07-27
US20030170705A1 (en) 2003-09-11
CA2472153A1 (en) 2003-08-07
RU2322507C2 (ru) 2008-04-20
JP2005515789A (ja) 2005-06-02
FI20020176L (sv) 2003-07-31
RU2004126246A (ru) 2005-04-20
AU2003201974B2 (en) 2007-03-01
EP1468115A1 (en) 2004-10-20
FI20020176A0 (sv) 2002-01-30
ZA200405089B (en) 2005-06-20
CN100487135C (zh) 2009-05-13

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI112093B (sv) Förfarande och test kit för bestämmande av genetisk identitet
US11649494B2 (en) High throughput screening of populations carrying naturally occurring mutations
JP5389638B2 (ja) 制限断片に基づく分子マーカーのハイスループットな検出
US8685889B2 (en) Strategies for high throughput identification and detection of polymorphisms
US11319589B2 (en) Methods of determining the presence or absence of a plurality of target polynucleotides in a sample
AU2003201974A1 (en) Method and test kit for demonstrating genetic identity
JP2005515789A6 (ja) 遺伝的同一性を証明するための方法および検査キット
Karaca et al. Molecular markers in Salvia L.: past, present and future
KR101955074B1 (ko) 무 판별용 snp 마커
KR102416250B1 (ko) 독도강치 판별용 snp 마커 및 이의 용도
KR102237248B1 (ko) 소나무 개체식별 및 집단의 유전 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도
KR20230018185A (ko) 맥주보리 품종을 판별하기 위한 InDel 마커 및 이의 이용
KR20240052163A (ko) 신규 담배 품종 판별용 단일염기다형성 마커 조성물
AU2003220704A1 (en) Method for gene diagnosis of bovine HSP70 deficiency

Legal Events

Date Code Title Description
MM Patent lapsed