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ES2883249T3 - Métodos y materiales para evaluar y tratar el cáncer - Google Patents

Métodos y materiales para evaluar y tratar el cáncer Download PDF

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ES2883249T3
ES2883249T3 ES16765644T ES16765644T ES2883249T3 ES 2883249 T3 ES2883249 T3 ES 2883249T3 ES 16765644 T ES16765644 T ES 16765644T ES 16765644 T ES16765644 T ES 16765644T ES 2883249 T3 ES2883249 T3 ES 2883249T3
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Spain
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cancer
amplification
tio
inhibitor
ich
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English (en)
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Barbara A Pockaj
Michael T Barrett
Mitesh J Borad
Karen S Anderson
Ramesh K Ramanathan
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Mayo Foundation for Medical Education and Research
Original Assignee
Mayo Foundation for Medical Education and Research
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Abstract

Un método para identificar a un mamífero que tiene cáncer como uno que probablemente tenga un resultado favorable, en donde dicho método comprende: (a) detectar la ausencia de una combinación de una amplificación de PD-L1, una amplificación de PD-L2, y una amplificación de JAK2 en células cancerosas obtenidas de dicho mamífero, y (b) clasificar a dicho mamífero como uno que probablemente tenga un resultado favorable según, al menos en parte, dicha ausencia.

Description

D E S C R IP C IÓ N
M é to d o s y m a te ria le s p a ra e v a lu a r y tra ta r el c á n c e r
R E F E R E N C IA C R U Z A D A A S O L IC IT U D E S R E L A C IO N A D A S
La p re se n te so lic itud re iv in d ica el b e n e fic io de la S o lic itud de P a ten te P ro v is io na l de E s ta d os U n id os No. de se rie 62 /134 ,188 , p re se n ta d a e l d ía 17 de m arzo de 2015.
A N T E C E D E N T E S
1. C a m p o Técn ico
El p re se n te d o c u m e n to se re fie re a m é to d o s y m a te ria le s im p lica d o s en la e va lu a c ió n d e l c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a). P o r e je m p lo , e l p re se n te d o cu m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra d e te rm in a r si es p ro b a b le o no q ue un p a c ie n te con c á n c e r (p. e j., un p a c ie n te con c á n c e r de m a m a) q u e tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s d e l re c e p to r de e s tró g e n o n e g a tivo (E R -), re ce p to r de p ro g e s te ro n a n e g a tivo (P g R -), y re c e p to r 2 de fa c to r de c re c im ie n to e p id é rm ico hum a no n e g a tivo (H E R 2 -) te n g a un re su lta d o fa v o ra b le o no fa v o ra b le y /o si es p ro b a b le q u e re sp o n d a a un tra ta m ie n to p ara el c á n c e r q u e inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. El p rese n te d o c u m e n to ta m b ié n p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s im p lica d o s en e l tra ta m ie n to de m a m ífe ro s q ue tie n e n c á n c e r ER-/P g R -/H E R 2 -(p. e j., c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -) m e d ia n te a d m in is tra c ió n de un in h ib id o r de PD-1 y /o un in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
2. In fo rm a c ió n S o b re A n te c e d e n te s
El c á n c e r de m a m a es un c á n c e r q ue se d e s a rro lla a p a rt ir de te jid o de la m a m a y es e l c á n c e r in va s ivo m ás com ú n en las m u je res . El c á n c e r de m a m a se tra ta , n o rm a lm e n te , con c iru g ía , la cua l p ue de e s ta r se g u id a de q u im io te ra p ia o ra d io te ra p ia , o ta n to q u im io te ra p ia co m o ra d io te rap ia .
B a lko JM y o tro s d e sc rib e n en C a n c e r R esea rch , d e l 15 de d ic ie m b re de 2013, en la p á g in a S6-01 q u e las a m p lif ic a c io n e s de JA K 2 se e n riq u e ce n en los c á n c e re s de m a m a tr ip le n eg a tivo s (T N B C , p o r sus s ig la s en ing lés) d e sp u é s de la q u im io te ra p ia n e o a d yu va n te y p re d ice n un p ro n ó s tico p ob re .
G reen M R y o tro s d e sc rib e n en B lood , vo l. 116, no. 17, d e l 28 de o c tu b re de 2010, en las p á g in a s 3268 -3277 , q u e un a n á lis is in te g ra d o ha re ve la do u n a a m p lif ica c ió n de 9p24.1 s e le c tiva , e xp re s ió n a u m e n ta d a d e l liga n do de PD -1, y m a yo r ind u cc ión m e d ia n te JA K 2 en el lin fo m a de H od gk in con e sc le ro s is n o d u la r y lin fo m a de c é lu la s g ra n d e s B p rim a rio m e d ia s tín ico .
W u J y o tro s d e sc rib e n en O n cog en e , vo l. 31, no. 3, de l 13 de ju n io de 2011, en las p á g in a s 333 -341, u n a id e n tifica c ió n y a n á lis is fu n c io n a l de g e n e s a m p lif ica d o s de 9 p24 en e l c á n c e r de m a m a hum a no .
El d o c u m e n to EP 2650 682 A1 d e sc rib e un m é to do p a ra e l p ro n ó s tico de m e tá s ta s is ó se a en el c á n c e r de m a m a trip le n e g a tivo q u e co m p re n d e d e te rm in a r si e l g en c -M A F se a m p lif ica en u na m u e s tra de tu m o r p rim a rio .
H ao Y y o tro s d e sc rib e n en C lin ic a l C a n c e r R esea rch , vo l. 20, no. 10, de l 7 de m arzo de 2014, en las p á g in a s 2674 ­ 2683 , q u e la inh ib ic ió n de JA K 2 se le c tiva re du ce , de m a n e ra e sp e c ífica , e l c re c im ie n to de l lin fo m a de H od gk in y de l lin fo m a de c é lu la s g ra n d e s B m e d ia s tín ico in v itro e in vivo.
C h a se A y o tro s d e sc rib e n en H a e m a to lo g ica , The H e m a to lo g y Jo u rn a l, vo l. 98, no. 3, d e l 8 de a g o s to de 2012, en las p á g in a s 404 -408 , e l ru xo litin ib co m o u na te ra p ia d ir ig id a p o te n c ia l p a ra p a c ie n te s con re a rre g lo s de JA K 2.
B a rre tt M T y o tro s d e sc rib e n en O n co ta rg e t, vo l. 6, no. 28, de l 3 de ju lio de 2015 , en las p á g in a s 26483 -26493 , q ue u n a a m p lif ica c ió n de g e n e s de 9p24.1 d ir ig id a a JA K 2 , PD-L1 y P D -L2 se e n riq u e ce en e l c á n c e r tr ip le n eg a tivo de a lto riesgo .
C O M P E N D IO
La p re se n te inve nc ión se d e fin e p o r las re iv in d ica c io n e s in d e p e n d ie n te s . Las re iv in d ica c io n e s d e p e n d ie n te s re p re se n ta n re a liza c io n e s a d ic io n a le s de la inve nc ión .
El p re se n te d o c u m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s im p lica d o s en la e va lu a c ió n de l c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m am a). P or e je m p lo , e l p re se n te d o cu m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra d e te rm in a r si es p ro b a b le o no q u e un p ac ie n te con c á n c e r (p. e j., un p a c ie n te con c á n c e r de m a m a) q u e tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s E R -/P g R -/H E R 2 - te n g a un re su lta d o fa v o ra b le o no fa vo ra b le . S eg ú n se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria , los p a c ie n te s con c á n c e r q ue tie n e n c á n c e r ER-/P g R -/H E R 2 -(p. e j., c á n c e r de m a m a) p ue de n e va lu a rse p a ra d e te rm in a r si las c é lu la s ca n c e ro s a s tie n e n o no una a m p lif ica c ió n de á c id o s n u c le ico s en u n a u b ica c ió n 9p24.1 q u e inc lu ye á c ido n u c le ico q ue c o d ific a e l liga n do 1 de m u erte p ro g ra m a d a (P D -L 1, p o r sus s ig la s en ing lés), liga n do 2 de m u erte p ro g ra m a d a (P D -L 2 , p o r sus s ig la s en ing lé s), y p o lip é p tid o s de J a n u s q u in a s a 2 (JA K 2 , p o r sus s ig la s en ing lé s). Los p a c ie n te s con c á n c e r con cé lu la s ca n c e ro s a s q ue tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p u e d e n c la s if ica rs e co m o u no s q ue p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o no fa v o ra b le com o , p o r e je m p lo , re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co años p o s te rio re s al d ia g n ó s tico in ic ia l o un tie m p o de s u p e rv ive n c ia in fe rio r a c in co a ño s, m ie n tra s q u e los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q u e no tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ue de n c la s if ica rse co m o unos q u e p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o fa v o ra b le com o , p o r e je m p lo , a u se n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co año s p o s te rio re s al d ia g n ó s tic o in ic ia l o un tie m p o de s u p e rv ive n c ia s u p e r io r a c in co años.
El p re se n te d o c u m e n to ta m b ié n p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra d e te rm in a r si es p ro b a b le o no q ue un p a c ie n te con c á n c e r (p. e j., un p a c ie n te con c á n c e r de m a m a) q ue tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s E R -/P g R -/H E R 2 - re sp o n d a a un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. S e g ú n se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria , los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s c a n c e ro s a s q ue tie n e n una a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ue de n c la s if ica rs e co m o uno s q u e p ro b a b le m e n te re sp o n d a n a un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en c o m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
A d e m á s, e l p re se n te d o cu m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra tra ta r a un p a c ie n te con c á n c e r (p. e j., un p ac ie n te con c á n c e r de m a m a) q ue tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s ER-/P g R -/H E R 2 - m e d ia n te a d m in is tra c ió n de un tra ta m ie n to p ara el c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. S egún se d e sc rib e en la p re se n te m em oria , los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s E R -/P g R -/H E R 2 - q ue tie n e n una a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ue de n tra ta rse con un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. En a lg u n o s caso s, un m é to d o p a ra tra ta r el c á n c e r p ue de in c lu ir d e te c ta r la p re se n c ia de c é lu la s ca n ce ro sa s q ue co n tie n e n u n a a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 a n te s de in ic ia r un tra ta m ie n to p a ra e l c á n c e r q u e inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en c o m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
El te n e r la ca p a c id a d de id e n tif ic a r p a c ie n te s con c á n c e r q ue p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o fa v o ra b le o no fa v o ra b le y /o q ue p ro b a b le m e n te re sp o n d a n a un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q u e inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2 p ue de p e rm itir a m é d icos y p a c ie n te s p ro c e d e r con o p c io n e s de tra ta m ie n to a d e cu a d a s . P o r e je m p lo , un p a c ie n te id e n tifica d o co m o uno q ue tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s E R -/P g R -/H E R 2 - q ue co n tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p u e d e tra ta rs e con un in h ib id o r de PD-1 y/o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
En g e n e ra l, un a sp e c to d e l p re se n te d o c u m e n to re p re se n ta un m é to d o p a ra id e n tif ic a r a un m a m ífe ro q ue tie n e c á n c e r co m o uno q ue p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o fa vo ra b le . El m é to do co m p re n d e , (a) d e te c ta r la a u s e n c ia de una c o m b in a c ió n de u n a a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L 2 y u na a m p lif ica c ió n de JA K 2 en cé lu la s ca n c e ro s a s o b te n id a s d e l p a c ie n te , y (b) c la s if ic a r al p a c ie n te co m o u no q ue p ro b a b le m e n te te n g a un re su ltad o fa v o ra b le seg ún , al m e no s en p arte , la a use n c ia . El m a m ífe ro p u e d e s e r un hum a no . El c á n c e r p u e d e s e r c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , o ca rc in o m a co lo rre c ta l. El re su lta d o fa v o ra b le p ue de s e r la a u se n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c inco a ñ o s s ig u ie n te s al d ia g n ó s tico in ic ia l. El re su lta d o fa v o ra b le p u e d e s e r un tie m p o de su p e rv iv e n c ia s u p e r io r a c in co años.
En o tro a sp e c to , e l p re se n te d o cu m e n to re p re se n ta un m é to do p a ra id e n tif ic a r a un m a m ífe ro q u e tie n e c á n c e r com o u no q u e p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o no fa vo ra b le . El m é to do co m p re n d e , (a) d e te c ta r la p re se n c ia d e una c o m b in a c ió n de u n a a m p lif ica c ió n de P D -L1, u na a m p lifica c ió n de P D -L 2 y u na a m p lif ica c ió n de JA K 2 en cé lu la s ca n c e ro s a s o b te n id a s de l p ac ie n te , y (b) c la s if ica r al p a c ie n te co m o u no q u e p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o no fa v o ra b le seg ún , al m e no s en p arte , la p re se n c ia . El m a m ífe ro p ue de s e r un hum a no . El c á n c e r p u e d e se r c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , o ca rc in o m a co lo rre c ta l. El re su lta d o no fa v o ra b le p u e d e s e r la re c id iva o re cu rre n c ia d e l c á n c e r d e n tro de los c in co a ño s s ig u ie n te s al d ia g n ó s tic o in ic ia l. El re su lta d o no fa v o ra b le p ue de se r un tie m p o de s u p e rv ive n c ia in fe rio r a c in co años.
En o tro a sp ec to , e l p re se n te d o cu m e n to re p re se n ta u n a co m p o s ic ió n p a ra su uso en el tra ta m ie n to de un m a m ífe ro q u e tie n e cá n ce r. La co m p o s ic ió n co m p re n d e , (a) un in h ib id o r de PD-1 o in h ib id o r de P D -L1, y (b) un in h ib id o r de JA K 2. El c á n c e r es c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , o ca rc in o m a co lo rre c ta l. Las c é lu la s de l c á n c e r tie n e n u n a co m b in a c ió n de u n a a m p lifica c ió n de P D -L 1 , u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, y u n a a m p lif ica c ió n de JA K 2. El m a m ífe ro p u e d e se r un hum a no . La co m p o s ic ió n p a ra e l uso p u e d e c o m p re n d e r el in h ib id o r de P D -1. El in h ib id o r de PD-1 p u e d e s e r p e m b ro lizu m a b , n ivo lum a b , M E D I0680 (A M P -514 ) o C T-011 (p id ilizu m a b ). La co m p o s ic ió n p a ra el uso p u e d e c o m p re n d e r el in h ib id o r de P D -L1. El in h ib id o r de PD-L1 p ue de s e r M P D L 3280 A , M S B 0010718 C , M E D I4736 o B M S -936559. El in h ib id o r de JA K 2 p u e d e s e r ru xo litin ib o pacritin ib .
A m e no s q ue se d e fin a n de o tra m a ne ra , to d o s los té rm in o s té c n ico s y c ie n tíf ico s u tiliza d o s en la p re se n te m e m o ria tie n e n el m ism o s ig n ifica d o q u e co m ú n m e n te se les d a p o r c u a lq u ie r p e rso n a con e xp e rie n c ia o rd in a r ia en la té c n ica a la cua l p e rte n e ce la p re se n te inve nc ión . A u n q u e m é to d o s y m a te ria le s s im ila re s o e q u iva le n te s a a q u e llo s d e sc rito s en la p re se n te m e m o ria p ue de n u sa rse p a ra p o n e r en p rá c tica la inve n c ió n , m ás a ba jo se d e sc rib e n m é to d o s y m a te ria le s a d e cu a d o s . En ca so de co n flic to e n tre la p re se n te m e m o ria d e sc rip tiv a y u na re fe re n c ia d e s c rita en la p re se n te m em oria , la p re se n te m e m o ria d e sc rip tiva , inc lu id a s las d e fin ic io n e s , p re va le ce rá . A d e m á s, los m a te ria les , m é to d o s y e je m p lo s son so la m e n te ilu s tra tivo s y no p re te nd en se r re s tr ic tivos .
Los d e ta lle s de u n a o m ás re a liza c io n e s de la inve n c ió n se d e sc rib e n en los d ib u jo s a n e xo s y en la d e sc rip c ió n de más a ba jo . O tras c a ra c te rís tica s , o b je to s y v e n ta ja s de la inve nc ión se rán a p a re n te s a p a rtir de la d e sc rip c ió n y de los d ib u jo s , y a p a rtir de las re iv in d ica c io n e s .
D E S C R IP C IÓ N DE L O S D IB U J O S
F ig u ra 1. H is to g ra m a s de c ito m e tría de flu jo de co n te n id o de A D N y p o b la c io n e s con tu m o r c la s if ica d a s p o r g rá fico s de f lu jo de to d o el g e n o m a y c ro m o s o m a 9 a C G H . A ) C á n ce r c o lo rre c ta l (C R C ) y B -C ) c á n c e r de m a m a trip le n ega tivo (T N B C ) con a m p licó n de 9p24.1 de a lto n ive l (re la c ión log2 >1). Las fle c h a s a zu le s d e n o ta n locus de P D -L1, P D -L2, JA K 2.
F ig u ra 2. El a m p licó n de 9 p24 en un g e n o m a de c á n c e r de m a m a trip le n eg a tivo . A ) H is to g ra m a de flu jo de p ob lac ión T N B C 3.2 N c la s if ica d a a p a rtir de te jid o e m b e b id o en p a ra fin a y fija d o con fo rm a lin a (F FP E , p o r sus s ig la s en ing lés). B) G rá fico de c ro m o s o m a 9 C G H y d e te cc ió n de a m p licó n de 9p24. C ) V is ta de a m p licó n e sp e c ífica al g en . El á rea con so m b ra ro ja d e n o ta u n a reg ión a b e rra n te con n ú m e ro de co p ia d e fin id o p o r A D M 2. D) E xp res ión de l g en de JA K 2, PD-L1 y P D -L2 en T N B C . U na PC R c u a n tita tiv a en tie m p o real se ha lleva do a ca b o u tiliza n d o e l m é to do de la cu rva e s tá n d a r. Los n ive les de e xp re s ió n d e l g en o b je tivo se han n o rm a liza d o en la m e d ia g e o m é tric a de d o s g e n e s de re fe re n c ia (T F R C y M R P L 19 ) se le cc io n a d o s co m o u no s q u e e fe c tiv a m e n te n o rm a liza n e l A R N d e riva d o de te jid o FFP E , y se han n o rm a liza d o en un c o n ju n to de A R N p re p a ra d o s a p a rtir de un tu m o r de m a m a n orm a l y a p a rtir de tre s tu m o re s de m a m a F FP E (T N B C , ER+ and HER2+). Las co m p a ra c io n e s y c o rre la c io n e s e n tre los n ive le s de e xp re s ió n de los g e n e s P D -L1, P D -L2 y JA K 2 y e s ta d o de n ú m e ro de co p ia de l c ro m o s o m a 9p24.1 se han lleva do a ca b o u tiliza n d o u n a p ru e b a t no e m p a re ja d a y la v a r ia c ió n e n tre g ru p o s se ha c a lcu la d o u sa n d o u na p ru e b a A N O V A (P rism a G ra p h P a d 6).
F ig u ra 3. M a peo de la re g ión m ás c o rta de s u p e rp o s ic ió n (S R O , p o r sus s ig la s en ing lé s) d e l a m p licó n de P D -L 1 , PD-L2, JA K 2 (P D J). G rá fico s d e l c ro m o s o m a 9 C G H de a lto n ive l y a m p licó n de 9p24.1 fo ca l en g e n o m a s de l c á n c e r co lo rre c ta l (pane l s u p e r io r A, B) y d e l c á n c e r de m a m a (p ane l in fe rio r A, B). Las á rea s so m b re a d a s d e n o ta n in te rva lo s a b e rra n te s con n ú m e ro de co p ia d e fin id o p o r A D M 2.
F ig u ra 4. U na ta b la q u e re sum e a m p lico n e s de PDJ en T N B C .
F ig u ra 5. A n á lis is de e xp re s ió n d e l g en de JA K 2 y PD-L1 en 15 T N B C sin d a tos de a C G H . Los n ive les de e xp re s ió n d e l g en o b je tivo se han n o rm a liza d o en la m e d ia g e o m é tric a de los d o s g e n e s de re fe re n c ia y se han n o rm a liza d o en un c o n ju n to de A R N p re p a ra d o s a p a rtir de un tu m o r de m a m a n orm a l y a p a rtir de 3 tu m o re s de m a m a F FP E (T N B C , ER+ y HER2+). T N B C s M i585 tu vo u n a e xp re s ió n e le v a d a de re cu rre n c ia de JA K 2 y P D -L 1.
F ig u ra 6. U na ta b la q u e re sum e co m p a ra c io n e s de c o rre la c io n e s c lín ica s e n tre p a c ie n te s con y sin a m p lifica c ió n de PDJ.
F ig u ra 7. D e le c ió n h o m o c ig ó tica de PTEN en un g e n o m a de c á n c e r de m a m a trip le neg a tivo PDJ+. A ) H is to g ra m a de c ito m e tría de f lu jo de co n te n id o de A D N de p ob la c ió n T N B C 5.0N c la s if ica d a a p a rtir de te jid o FFP E . B -C ) G rá fico s de c ro m o s o m a 10 y c ro m o s o m a 9 C G H . D) V is ta e sp e c ífica d e l gen de d e le c ió n h o m o c ig ó tica de P TE N . El á rea so m b re a d a en azu l d e n o ta u na reg ión a b e rra n te con n ú m e ro de co p ia d e fin id o p o r A D M 2.
F ig ura 8. A m p licó n de PDJ p re se n te en el ca rc in o m a co lo rre c ta l p rim a rio y u n a b io p s ia de g a n g lio lin fá tico c o rre sp o n d ie n te . A ) V is ta e sp e c ífica de l g en de a m p licó n de 9p24.1 c o m p a rtid a en g a n g lio p rim a rio (su p e rio r) y g a n g lio lin fá tico (in fe rio r). B) G rá fico s de c ro m o s o m a 9 C G H de g a n g lio p rim a rio (su p e rio r) y g a n g lio lin fá tico (in fe rio r). El á rea so m b re a d a en azu l y ro jo d e n o ta u n a re g ión a b e rra n te con n ú m e ro de co p ia d e fin id o p o r A D M 2.
F ig u ra 9. D e le c ió n de PTEN en un g e n o m a de c á n c e r de m a m a trip le n eg a tivo PDJ+. A ) H is to g ra m a de c ito m e tría de flu jo de co n te n id o de A D N de p o b la c ió n T N B C 3.9 N c la s if ica d a a p a rtir de te jid o FFPE. B -C ) G rá fico s de c ro m o s o m a 10 y c ro m o s o m a 9 C G H . D) V is ta e sp e c ífica d e l g en de d e le c ió n de PTEN . El á re a so m b re a d a en azu l d e n o ta u na re g ión a b e rra n te con n úm e ro de co p ia d e fin id o p o r A D M 2.
F ig u ra 10. R e su lta d o s c lín ico s p a ra p a c ie n te s T N B C con o sin a m p licó n de PDJ. A ) S u p e rv ive n c ia lib re de p rog re s ión . S u p e rv ive n c ia lib re de e n fe rm e d a d in fe rio r en 5 a ño s 25 ,0 % vs. 66 ,0% , p = 0 ,005. B) S u p e rv ive n c ia g loba l. S u p e rv ive n c ia g lo b a l in fe rio r en 5 a ños 25 ,0 % vs. 69 ,0% , p = 0 ,004. El se g u im ie n to m e d io es de 4 ,7 a ño s (ran go de 0 ,9 -12 ,0 años).
D E S C R IP C IÓ N D E T A L L A D A
El p re se n te d o cu m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s im p lica d o s en la e va lu a c ió n d e l c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m am a, g lio b la s to m a , ca rc in o m a co lo rre c ta l, ca rc in o m a de p rós ta ta , ca rc in o m a de ve jig a , o cá n c e re s p rim a rio s o m e ta s tá tico s q ue su rge n en te jid o s só lid o s o h e m a to p o yé tico s ). P o r e je m p lo , e l p re se n te d o c u m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra d e te rm in a r si es p ro b a b le o no q u e un m a m ífe ro q ue tie n e c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , ca rc in o m a co lo rre c ta l, ca rc in o m a de ve jig a , ca rc in o m a de c é lu la s re na les o lin fo m a) te n g a un re su ltad o fa v o ra b le o no fa vo ra b le . C u a lq u ie r m a m ífe ro a d e cu a d o q u e te n g a c á n c e r p u e d e e va lu a rse co m o se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria . P or e je m p lo , p ue de n e va lu a rse h um a no s , p e rros , g a tos , c a b a llo s , g a n a d o , ce rd o s , o ve ja s , cab ra s , m o no s, s im ios , h ám s te res , ra tas y ra tones.
S eg ú n se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria , los p a c ie n te s con c á n c e r q ue tie n e n c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -) p ue de n e va lu a rse p a ra d e te rm in a r si las cé lu la s c a n c e ro s a s tie n e n o no u n a a m p lif ica c ió n de ácido n u c le ico en u na u b ica c ió n 9p24.1 q ue inc lu ye á c id o n uc le ico q ue co d ifica los p o lip é p tid o s de P D -L1, P D -L 2 y JA K 2. Los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q u e tie n e n u na a m p lifica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ueden c la s if ica rs e co m o u no s q u e p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o no fa vo ra b le . Un re su lta d o no fa v o ra b le p ue de se r re c id iva o re cu rre n c ia d e l c á n c e r d e n tro de los c in co a ños (p. e j., d e n tro de uno , d os , tre s , cu a tro o c in co año s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tic o in ic ia l. En a lg u n o s caso s, un re su lta d o no fa v o ra b le p ue de s e r un tie m p o de su p e rv ive n c ia in fe rio r a c in co a ño s (p. e j., in fe rio r a uno , dos, tre s , cu a tro o c in co a ños). Los p a c ie n te s con c á n c e r con cé lu las c a n c e ro s a s q ue no tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ue de n c la s if ica rs e co m o u no s q u e p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o fa vo ra b le . Un re su lta d o fa v o ra b le p ue de s e r la a u se n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co año s o m ás (p. e j., se is , s ie te , o ch o , nueve , d ie z o m ás a ñ o s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tico in ic ia l. En a lg u n o s caso s, un re su lta d o fa v o ra b le p u e d e s e r un tie m p o de su p e rv iv e n c ia s u p e r io r a c inco a ños (p. e j., se is , s ie te , o ch o , nueve , d ie z o m ás años).
En a lg u n o s caso s, los p a c ie n te s con c á n c e r q u e tie n e n c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -) p ueden e va lu a rse p a ra d e te rm in a r si las c é lu la s ca n c e ro s a s tie n e n o no u n a a m p lif ica c ió n de á c ido n u c le ico en u na u b ica c ió n 9p24.1 q u e inc lu ye á c id o n u c le ico q u e co d ific a un p o lip é p tid o de P D -L1, un p o lip é p tid o de P D -L2 o un p o lip é p tid o de JA K 2. En a lg u n o s caso s, los p a c ie n te s con c á n c e r q u e tie n e n c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -) p ue de n e va lu a rse p a ra d e te rm in a r si las c é lu la s ca n c e ro s a s tie n e n o no u n a a m p lif ica c ió n de á c ido n u c le ico en u na u b ica c ió n 9p24.1 q u e inc lu ye á c id o n u c le ico q u e c o d ific a u n a co m b in a c ió n de un p o lip é p tid o de P D -L 1, un p o lip é p tid o de PD -L2, y un p o lip é p tid o de JA K 2 (p. e j., u na a m p lifica c ió n de á c id o n u c le ico q u e c o d ific a un p o lip é p tid o de PD-L1 y un p o lip é p tid o de P D -L2, o u n a a m p lifica c ió n de á c id o n u c le ico q ue c o d ific a un p o lip é p tid o de JA K 2 y un p o lip é p tid o de P D -L1). Los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q ue tie n e n u na a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, o u na a m p lifica c ió n de JA K 2 (o co m b in a c io n e s de e lla s ) p u e d e n c la s if ica rse co m o u nos q u e p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o no fa vo ra b le . Un re su lta d o no fa v o ra b le p u e d e s e r re c id iva o re cu rre n c ia d e l c á n c e r d e n tro de los c in co a ños (p. e j., d e n tro de uno , dos, tre s , cu a tro o c in co a ño s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tico in ic ia l. En a lg u n o s caso s, un re su lta d o no fa v o ra b le p ue de s e r un tie m p o de su p e rv iv e n c ia in fe rio r a c inco a ño s (p. e j., in fe rio r a uno , d os , tre s , cu a tro o c in co a ños). Los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q ue no tie n e n u na a m p lifica c ió n de PD -L1, u na a m p lifica c ió n de P D -L2, y u n a a m p lifica c ió n de JA K 2 p u e d e n c la s if ica rs e co m o uno s q ue p ro b a b le m e n te ten ga n un re su lta d o fa vo ra b le . Un re su lta d o fa v o ra b le p u e d e se r la a u se n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co a ños o m ás (p. e j., se is , s ie te , o ch o , nueve , d ie z o m ás a ñ o s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tic o in ic ia l. En a lg u no s ca so s , un re su lta d o fa v o ra b le p u e d e se r un tie m p o de su p e rv iv e n c ia s u p e r io r a c in co año s (p. e j., se is, s ie te , ocho, n ue ve , d ie z o m ás años).
En a lg u n o s caso s, los p a c ie n te s con c á n c e r q u e tie n e n c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -) p ueden e va lu a rse p a ra d e te rm in a r si las c é lu la s ca n c e ro s a s tie n e n o no u n a a m p lif ica c ió n de á c ido n u c le ico en u na u b ica c ió n 9p24.1 q u e re su lta en un n ive l a u m e n ta d o de A R N m q u e c o d ific a un p o lip é p tid o de P D -L1, un p o lip é p tid o de PD -L2 y /o un p o lip é p tid o de JA K 2. Los p a c ie n te s con c á n c e r con cé lu la s ca n c e ro s a s q u e tie n e n u n a a m p lifica c ió n de P D -L 1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2 y/o u n a a m p lif ica c ió n de JA K 2 q ue re su lta en un n ive l a u m e n ta d o de A R N m q u e co d ific a un p o lip é p tid o de P D -L1, un p o lip é p tid o de P D -L2 y /o un p o lip é p tid o d e JA K 2 p ue de n c la s if ica rs e co m o u n o s que p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o no fa vo ra b le . Un re su lta d o no fa v o ra b le p u e d e s e r re c id iva o re cu rre n c ia d e l c á n c e r d e n tro de los c in co año s (p. e j., d e n tro de uno , dos, tre s , cu a tro o c in co a ño s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tic o in ic ia l. En a lg u n o s caso s, un re su lta d o no fa v o ra b le p u e d e s e r un tie m p o de s u p e rv ive n c ia in fe rio r a c in co año s (p. e j., in fe rio r a uno , d os , tre s , cu a tro o c in co a ños). Los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q ue no tie n e n u na a m p lifica c ió n de P D -L 1, u na a m p lif ica c ió n de P D -L2 y u n a a m p lif ica c ió n de JA K 2 q u e re su lta en un n ive l a u m e n ta d o de A R N m que co d ifica un p o lip é p tid o de P D -L1, un p o lip é p tid o de PD -L2 y un p o lip é p tid o de JA K 2 p u e d e n c la s if ica rs e co m o unos q u e p ro b a b le m e n te te n g a n un re su lta d o fa vo ra b le . Un re su lta d o fa v o ra b le p u e d e s e r la a u s e n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co a ños o m á s (p. e j., se is , s ie te , och o , nueve , d ie z o m ás a ñ o s) p o s te rio re s al d ia g n ó s tico in ic ia l. En a lg u n o s caso s, un re su lta d o fa v o ra b le p u e d e s e r un tie m p o de su p e rv iv e n c ia s u p e r io r a c inco a ño s (p. e j., se is , s ie te , o ch o , n ue ve , d ie z o m ás años).
El p re se n te d o c u m e n to ta m b ié n p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra d e te rm in a r si es p ro b a b le o no q u e un m a m ífe ro (p. e j., un h u m a n o ) con c á n c e r (p. e j., con c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , ca rc in o m a co lo rre c ta l, ca rc in o m a de ve jig a , c a rc in o m a de c é lu la s re na les , o lin fo m a) re sp o n d a a un tra ta m ie n to p a ra e l c á n c e r q u e inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o un in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. S eg ú n se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria , los m a m ífe ro s (p. e j., h u m a n o s ) co n c é lu la s ca n c e ro s a s q ue tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 p ue de n c la s if ica rs e co m o u nos q u e p ro b a b le m e n te re sp o n d a n a un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q u e inc luye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. En a lg u n o s caso s, los m a m ífe ro s (p. e j., h u m a n o s ) con c é lu la s ca n c e ro s a s q u e tie n e n u n a a m p lif ica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, o u na a m p lif ica c ió n de JA K 2 (o co m b in a c io n e s de e lla s ) p ue de n c la s if ica rs e co m o uno s q u e p ro b a b le m e n te re sp o n d a n a un tra ta m ie n to p a ra el c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en co m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
C u a lq u ie r m é to d o a p ro p ia d o p u e d e u tiliza rse p a ra d e te rm in a r si las c é lu la s ca n c e ro s a s de un m a m ífe ro tie n e n o no u na a m p lifica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 , o u n a a m p lif ica c ió n de P D -L1, o u na a m p lifica c ió n de P D -L2 , o una a m p lif ica c ió n de JA K 2 (o u na co m b in a c ió n de e lla s ). P o r e je m p lo , las té cn ica s de S ou th e rn b lo t, té cn ica s b a sa d a s en PC R, té c n ica s de h ib rid ac ió n flu o re sc e n te in s itu (F IS H , p o r sus s ig la s en ing lé s), o té c n ica s de se cu e n c ia c ió n pueden u tiliza rse p a ra d e te c ta r la p re se n c ia o a u se n c ia de u n a a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2. P o r e je m p lo , u n a té cn ica F ISH p u e d e d ise ñ a rse p a ra u sa r so n d a s e sp e c ífica s de c e n tró m e ro com o , p o r e je m p lo , V ys is C E P 3 (S p e c tru m Red) y V ys is C E P 7 (S p e c tru m G ree n ) (V ys is Inc., A b b o tt L a b o ra to rie s , D ow ne rs G rove , IL) p a ra d e te rm in a r n ú m e ro s de co p ia de ce n tró m e ro s . P ara el a n á lis is de co p ia de g en de PD-L1 y JA K 2, p ue de n u sa rse so n d a s F ISH m a p e a d a s al c ro m o s o m a 9p24.1 -p te l (h ttp ://g e n o m e .u c sc .e d u /c g i-b in /h g T ra cks? d b = h g 19 & p o s itio n = ch r9 % 3 A 1 -7293900 & h g s id = 418127357 _ E A T u 0 e 1 D 1 k th x m tW C 3 S m n k e H o W ie ) y V ys is C E P 9 (S p e c tru m G ree n). A n te s de la h ib rid a c ió n , los p o rta o b je to s p u e d e n tra ta rse , p o r e je m p lo , según e l p ro to co lo de K it de R ea c tivo s de P re tra ta m ie n to de P a ra fin a (V ys is ). La h ib rid a c ió n y lava do s p o s th ib rid a c ió n p u e d e n lleva rse a cab o , y las im á g e n e s p ue de n o b te n e rse u sa n d o un m ic ro sco p io Z e iss A x io p la n 2 o m ic ro sco p io de flu o re sc e n c ia s im ila r (Z e iss , F e ldbach , S u iza ) e q u ip a d o con u n a cá m a ra d ig ita l IS IS o e q u iva le n te (M e ta S ys te m s , A ltlu ssh e im , A le m a n ia ). Las im á ge ne s F ISH p ue de n a dq u irirse con un o b je tivo 100 x (P la n -A p o ch ro m a t, Z e iss ), y las m u e s tra s p ue de n e va lu a rse p a ra v e r if ic a r la p re se n c ia o a u se n c ia de u n a a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2.
A d e m á s, e l p re se n te d o cu m e n to p ro ve e m é to d o s y m a te ria le s p a ra tra ta r e l c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , ca rc in o m a co lo rre c ta l, ca rc in o m a de ve jig a , ca rc in o m a de c é lu la s re na les o lin fo m a ) m e d ia n te a d m in is tra c ió n de un tra ta m ie n to p ara el c á n c e r q u e inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en c o m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. P o r e je m p lo , un m a m ífe ro q u e tie n e c á n c e r (p. e j., c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a , ca rc in o m a co lo rre c ta l, ca rc in o m a de ve jig a , ca rc in o m a de c é lu la s rena les , o lin fo m a) d o n d e las c é lu la s ca n c e ro s a s tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L2 JJA K 2 (o u n a a m p lif ica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, u n a a m p lif ica c ió n de JA K 2 , o u n a c o m b in a c ió n de e lla s ) p ue de tra ta rs e con un tra ta m ie n to p a ra e l c á n ce r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en c o m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2. En a lg u n o s casos, un m é to do p a ra tra ta r e l c á n c e r p ro v is to en la p re se n te m e m o ria p u e d e in c lu ir d e te c ta r la p re se n c ia de cé lu la s ca n c e ro s a s q u e co n tie n e n u na a m p lifica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 (o u na a m p lifica c ió n de P D -L1, u na a m p lifica c ió n de P D -L2, u n a a m p lifica c ió n de JA K 2 , o u na c o m b in a c ió n de e lla s ) a n tes de in ic ia r un tra ta m ie n to p a ra e l c á n c e r q ue inc lu ye un in h ib id o r de PD-1 y /o in h ib id o r de PD-L1 en c o m b in a c ió n con un in h ib id o r de JA K 2.
C u a lq u ie r m a m ífe ro a d e cu a d o q u e te n g a c é lu la s ca n c e ro s a s q ue co n tie n e n u n a a m p lifica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 (o u n a a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, u n a a m p lifica c ió n de JA K 2 , o u n a c o m b in a c ió n de e llas) p u e d e tra ta rs e según se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria . P o r e je m p lo , los h u m a n o s y o tro s p rim a te s com o , p o r e je m p lo , m onos, q ue tie n e n c é lu la s ca n c e ro s a s q u e co n tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 (o u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, u na a m p lifica c ió n de JA K 2 , o u n a co m b in a c ió n de e lla s ) p ueden tra ta rs e con u no o m ás (p. e j., uno , dos, tre s , cua tro , o m ás) in h ib id o re s de PD-1 y /o u no o m á s (p. e j., uno , dos, tres, cua tro , o m ás) in h ib id o re s de PD-L1 en c o m b in a c ió n con u no o m ás (p. e j., uno , d os , tre s , cu a tro , o m ás) in h ib id o re s de JA K 2. En a lg u n o s caso s, los p erros , g a tos , c a b a llo s , va ca s , ce rd o s , o ve jas , ra ton es y ra tas p ue de n tra ta rs e con u no o m ás in h ib id o re s de PD-1 y /o u no o m ás in h ib id o re s de PD-L1 en co m b in a c ió n con u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 seg ún se d e sc rib e en la p re se n te m e m oria .
U na ve z id e n tifica d o co m o u no q u e tie n e c é lu la s ca n c e ro s a s q u e co n tie n e n u n a a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 (o u na a m p lifica c ió n de P D -L 1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, u n a a m p lifica c ió n de JA K 2 , o u n a c o m b in a c ió n de e llas), al m a m ífe ro se le p ue de n a d m in is tra r u no o m ás in h ib id o re s de PD-1 y /o u no o m ás in h ib id o re s de PD-L1 en c o m b in a c ió n con u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2. E je m p lo s de in h ib id o re s de PD-1 inc lu ye n , p e ro s in lim itac ió n a, p e m b ro lizu m a b , n ivo lu m a b , M E D I0680 (A M P -514 ) y C T -011 (p id ilizu m a b ). E je m p lo s de in h ib id o re s de PD-L1 inc luyen , p e ro sin lim ita c ió n a, M P D L 3280 A , M S B 0010718 C , M E D I4736 y B M S -936559. E jem p lo s de in h ib id o re s de JA K 2 inc lu ye n , p e ro sin lim ita c ió n a, ru xo litin ib y p a c ritin ib . En a lg u n o s caso s, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L2 p ue de n u sa rse a d e m á s de o en lu g a r de in h ib id o re s de PD-1 y /o in h ib id o re s de P D -L 1. P o r e je m p lo , p ue de n a d m in is tra rse al m a m ífe ro u no o m ás in h ib id o re s de P D -L2 en c o m b in a c ió n con u no o m á s in h ib id o re s de JA K 2. Un e je m p lo de un in h ib id o r de P D -L2 inc luye , p e ro sin lim itac ió n a, A M P -224.
En a lg u n o s ca so s , u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, uno o m ás in h ib id o re s de PD -L2, y /o u no o m á s in h ib id o re s de JA K 2 p ue de n fo rm u la rs e en u na o m ás co m p o s ic io n e s fa rm a c é u tic a m e n te a ce p ta b le s p a ra su a d m in is tra c ió n a un m a m ífe ro q u e tie n e c á n c e r (p. e j., c á n c e r con c é lu la s ca n c e ro s a s q u e co n tie n e n u na a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 (o u na a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L2, u n a a m p lifica c ió n de JA K 2 , o u na co m b in a c ió n de e lla s )). P o r e je m p lo , u n a ca n tid a d te ra p é u tica m e n te e fe c tiv a de un in h ib id o r de PD-1 p u e d e fo rm u la rs e ju n to con un in h ib id o r de JA K 2 y uno o m ás p o rta d o re s fa rm a c é u tic a m e n te a ce p ta b le s (a d itivo s ) y /o d ilu ye n te s . U na co m p o s ic ió n fa rm a c é u tic a p ue de fo rm u la rs e p a ra la a d m in is tra c ió n en fo rm a só lid a o líqu ida , inc lu ido s , sin lim itac ió n , s o lu c io n e s e s té rile s , su sp e n s io n e s , fo rm u la c io n e s de lib e ra c ió n so s te n id a , c o m p rim id o s , cáp su la s , p a s tilla s , p o lvo s y g rá n u lo s .
P o rtad o res , re llen os y ve h ícu lo s fa rm a c é u tic a m e n te a ce p ta b le s q u e p u e d e n u sa rse en u n a co m p o s ic ió n fa rm a c é u tic a d e s c rita en la p re se n te m e m o ria inc lu ye n , p e ro sin lim itac ió n a, in te rca m b ia d o re s de iones, a lú m in a , e s te a ra to de a lu m in io , lec itina , p ro te ín a s de su e ro com o , p o r e je m p lo , a lb ú m in a sé r ica hum a na , s u s ta n c ia s de so lu c io n e s a m o rtig u a d o ra s com o , p o r e je m p lo , fo s fa to s , g lic in a , á c id o só rb ico , so rb a to de po tas io , m e zc la s de a c ilg licé rid o s p a rc ia le s de á c id o s g ra so s v e g e ta le s sa tu ra d o s , a gu a , sa les o e le c tro lito s com o , p o r e je m p lo , su lfa to de p ro ta m ina , fo s fa to de h id ró g e n o de d iso d io , fo s fa to de h id ró g e n o de p o tas io , c lo ru ro de sod io , sa le s de z inc , s ílice co lo ida l, tr is ilica to de m a g n e s io , p o liv in ilp irro lid o n a , s u s ta n c ia s b a sa d a s en c e lu lo sa , g lico l de p o lie tile n o , ca rb o x im e tilce lu lo sa de sod io , p o lia c rila to s , ce ras , p o lím e ro s de b lo q u e de p o lie tile n o -p o lio x ip ro p ile n o , g lico l de p o lie tile n o y g ra s a de lana.
U na co m p o s ic ió n fa rm a c é u tic a q ue c o n tie n e u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p u e d e d ise ñ a rse p a ra la a d m in is tra c ió n o ra l o p a re n te ra l ( in c lu id a s su b cu tá n e a , in tra m u scu la r, in tra ve n o sa e in tra d é rm ica ). C u a n d o se a d m in is tra o ra lm e n te , u n a co m p o s ic ió n fa rm a c é u tic a q ue c o n tie n e u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, u no o m á s in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p u e d e s e r en la fo rm a de u n a p as tilla , co m p rim id o o cá p su la . C o m p o s ic io n e s a d e cu a d a s p a ra la a d m in is tra c ió n p a re n te ra l inc lu ye n so lu c io n e s de inye cc ió n e s té rile s a cu o sa s y no a cu o sa s q ue p ue de n c o n te n e r a n tio x id a n te s , so lu c io n e s a m o rtig u a d o ra s , b a c te rio e s ta to s , y so lu to s q u e hacen q u e la fo rm u la c ió n se a iso tó n ica con la sa n g re d e l re ce p to r p re v is to ; y su sp e n s io n e s e s té rile s a cu o sa s y no a cu o sa s q ue p u e d e n inc lu ir a g e n te s de su sp e n s ió n y a g e n te s de e n g ro sa m ie n to . Las fo rm u la c io n e s p u e d e n p re se n ta rse en co n te n e d o re s u n id os is o m u ltid os is , p o r e je m p lo , a m p o lla s y v ia le s se lla do s, y p ue de n a lm a ce n a rse en u n a co n d ic ió n co n g e la d a en seco ( lio filiza d a ) q u e so lo re qu ie re la a d ic ión d e l p o rta d o r líqu ido e sté ril, p o r e je m p lo , a g u a p a ra inye cc io ne s, in m e d ia ta m e n te an tes d e l uso. Las s o lu c io n e s y s u sp e n s io n e s de inye cc ió n e x te m p o rá n e a s p ue de n p re p a ra rse a p a rtir de p o lvos e s té rile s , g rá n u lo s y co m p rim id o s .
D ich as s o lu c io n e s de inye cc ió n p ue de n s e r en la fo rm a de, p o r e je m p lo , u n a su sp e n s ió n a cu o sa u o le a g in o sa in ye c ta b le e s té ril. D icha su sp e n s ió n p ue de fo rm u la rs e u tiliza n d o , p o r e je m p lo , a g e n te s d isp e rsa d o re s o h u m e cta n te s a d e cu a d o s (com o, p o r e je m p lo , T w ee n 80) y a g e n te s de su sp e n s ió n . La p re p a ra c ió n in ye c ta b le e sté ril p ue de se r una so lu c ió n o su sp e n s ió n in ye c ta b le e s té ril en un d ilu y e n te o d iso lve n te no tó x ico p a re n te ra lm e n te a ce p ta b le , p o r e je m p lo , u na so lu c ió n en 1, 3 -b u ta n e d io l. E jem p lo s de v e h ícu lo s y d is o lve n te s a ce p ta b le s q ue p ue de n u sa rse inc lu ye n , pero s in lim ita c ió n a, m a n ito l, a gu a , so lu c ió n R in g e r y so lu c ió n iso tó n ica de c lo ru ro sód ico . A d e m á s, a ce ite s fijo s e s té rile s p u e d e n u tiliza rse co m o un d iso lve n te o m e d io de su sp e n s ió n . En a lg u n o s caso s, un a ce ite fijo b la n d o p ue de usa rse com o , p o r e je m p lo , m o no - o d ig licé r id o s s in té tico s . Los á c id os g ra so s com o , p o r e je m p lo , á c id o o le ico y sus d e riva d o s de a c ilg licé rid o s , p ue de n u sa rse en la p re p a ra c ió n de in ye cta b le s , al igua l q u e los a ce ite s n a tu ra le s fa rm a c é u tic a m e n te a ce p ta b le s com o, p o r e je m p lo , a ce ite de o liva o a ce ite de ric ino , in c lu id o s a q u e llo s en sus v e rs io n e s p o lio x ie tila d a s . En a lg u n o s caso s, d ich a s so lu c io n e s o s u sp e n s io n e s de a ce ite p ue de n c o n te n e r un d ilu ye n te o d is p e rsa n te de a lco ho l de ca d e n a larga.
En a lg u n o s caso s, u n a co m p o s ic ió n fa rm a c é u tic a m e n te a ce p ta b le q ue inc lu ye u no o m ás in h ib id o re s de PD -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p u e d e a d m in is tra rse de fo rm a loca l o s is té m ica . P o r e je m p lo , u na co m p o s ic ió n q u e c o n tie n e un in h ib id o r de JA K 2 p u e d e a d m in is tra rse lo ca lm e n te m e d ia n te inye cc ió n en las les io ne s en la c iru g ía o m e d ia n te a d m in is tra c ió n s u b c u tá n e a de u na fo rm u la c ió n de lib e ra c ió n so s te n id a . En a lg u n o s caso s, u n a co m p o s ic ió n q u e c o n tie n e u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L1, u no o m á s in h ib id o re s de P D -L2 y/o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p u e d e a d m in is tra rse s is té m ica m e n te , o ra lm e n te o m e d ia n te inye cc ió n a un m a m ífe ro (p. e j., un h um a no ).
Las d os is e fe c tiva s p ue de n v a r ia r d e p e n d ie n d o de la g ra ve d a d d e l cá n ce r, la v ía de a d m in is tra c ió n , la e da d y e l e s ta do de sa lud g e n e ra l d e l su je to , e l u so de e xc ip ie n te , la p o s ib ilid a d de co -u tiliza c ió n con o tros tra ta m ie n to s te ra p é u tico s com o , p o r e je m p lo , uso de a g e n te s q u im io te ra p é u tic o s , y la o p in ió n de l m é d ico tra ta n te . E jem p lo s de a ge n tes q u im io te ra p é u tic o s q ue p ueden u sa rse en co m b in a c ió n con u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 inc lu ye n , p e ro s in lim itac ió n a, te ra p ia s con ta xa n o s , te ra p ia s con a n tra c ic lin a s , te ra p ia s con g e m c ita b in a y o tra s q u im io te ra p ia s . E jem p lo s de te ra p ia s con ta xa n o s inc lu ye n , p e ro sin lim ita c ió n a, tra ta m ie n to s p a ra el c á n c e r q u e im p lica n la a d m in is tra c ió n de a g e n te s de ta xa n o s com o , p o r e je m p lo , p ac lita xe l, p ac lita xe l u n id o a a lb ú m in a en n a n o p a rtícu la s (n a b -p a c lita xe l), d o ce ta xe l, u o tro s a g e n te s a lte ra d o re s de m ic ro tú b u lo s com o , p o r e je m p lo , v in b la s tin a , v in c ris tin a , o v in o re lb in a . En a lg u n o s caso s, los fá rm a c o s u sa d o s p a ra tra ta r la g o ta o la co lc h ic in a p ue de n u tiliza rse co m o un in h ib id o r m itó tico p a ra tra ta r a un m a m ífe ro con cá n ce r. E jem p lo s de te ra p ia s con a n tra c ic lin a inc lu ye n , p e ro s in lim itac ió n a, tra ta m ie n to s p a ra e l c á n c e r q ue im p lica n a d m in is tra r a g e n te s de a n tra c ic lin a com o , p o r e je m p lo , d o xo rru b ic in a , d o x o rru b ic in a lipo som a l, y e p irru b ic in a . O tros q u im io te rá p ic o s q u e p u e d e n u sa rse c lín ic a m e n te p a ra el c á n c e r de m a m a inc lu ye n , p e ro sin lim ita c ió n a, c ic lo fo s fa m id a , 5 -flu o ro u ra c ilo , c a p e c ita b in a , ixab ep ilon a , e rib u lin a , p a lb o c ic lib , y m e to tre xa to .
U na ca n tid a d e fe c tiv a de u na co m p o s ic ió n q ue c o n tie n e uno o m ás in h ib id o re s de P D -1, uno o m ás in h ib id o re s de PD-L 1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p ue de se r c u a lq u ie r ca n tid a d q u e re su lte en u n a e fica c ia c lín ica m e n te re le va n te de la a fe cc ió n q ue se e s té tra ta n d o (p. e j., cá n ce r). S i un m a m ífe ro p a rtic u la r no re sp o n d e a u na ca n tid a d p a rticu la r, e n to n ce s la ca n tid a d de in h ib id o r (p. e j., in h ib id o r de P D -1, in h ib id o r de P D -L 1, in h ib id o r de P D -L2 y /o in h ib id o r de JA K 2 ) p ue de a u m e n ta rse , p o r e je m p lo , al d ob le . D espu és de re c ib ir d ich a ca n tid a d m ás a lta , e l m a m ífe ro p ue de m o n ito re a rse p a ra e va lu a r la ca p a c id a d de re sp u e s ta al tra ta m ie n to y los s ín to m a s de to x ic id a d , y p u e d e n re a liza rse a ju s te s de m a n e ra a co rd e . La ca n tid a d e fe c tiv a p u e d e p e rm a n e c e r co n s ta n te o p uede a ju s ta rse co m o u na e sc a la m óvil o d os is va r ia b le d e p e n d ie n d o de la re sp u e s ta d e l m a m ífe ro al tra ta m ie n to . V a rios fa c to re s p ue de n in flu ir en la ca n tid a d e fe c tiv a real u tiliz a d a p a ra u n a a p lica c ió n p a rticu la r. P o r e je m p lo , la fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n , la d u ra c ió n de l tra ta m ie n to , e l u so de m ú ltip le s a g e n te s de tra ta m ie n to , la v ía de a d m in is tra c ió n , y la g ra ve d a d de la a fe cc ió n (p. e j., c á n ce r) p ue de n re q u e rir un a u m e n to o u n a re du cc ió n de la ca n tid a d e fe c tiv a real a d m in is tra d a .
La fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n p u e d e s e r c u a lq u ie r fre cu e n c ia q u e re d u zca la g ra ve d a d de un s ín to m a de una a fe cc ió n a tra ta rs e (p. e j., cá n ce r). P or e je m p lo , la fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n p ue de se r de a lre d e d o r de u n a ve z a la se m a n a a a lre d e d o r de tre s v e ce s al d ía , o de a lre d e d o r de d o s v e ce s al m es a a lre d e d o r de se is v e ce s al d ía , o de a lre d e d o r de d o s v e ce s a la s e m a n a a a lre d e d o r de u n a ve z al d ía . La fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n p ue de p e rm a n e c e r co n s ta n te o p ue de se r va r ia b le d u ra n te la d u ra c ió n de l tra ta m ie n to . Un c ic lo de tra ta m ie n to con u n a co m p o s ic ió n que co n tie n e u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m á s in h ib id o re s de JA K 2 p ue de in c lu ir p e río d o s de d e sca n so . P o r e je m p lo , u n a co m p o s ic ió n q ue co n tie n e uno o m ás in h ib id o re s de P D -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o u no o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p ue de a d m in is tra rse d ia ria m e n te a lo la rgo de un p e río d o de d o s se m a n a s se g u id o de un p e río d o de d e sca n so de d os sem a na s , y d ich o ré g im en p u e d e re p e tirse m ú ltip le s ve ce s . A l igua l q ue con la ca n tid a d e fe c tiva , va r io s fa c to re s p ue de n in flu ir en la fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n rea l u tiliz a d a p a ra u n a a p lica c ió n p a rticu la r. P o r e je m p lo , la ca n tid a d e fe c tiva , la d u ra c ió n de l tra ta m ie n to , e l u so de m ú ltip le s a g e n te s de tra ta m ie n to , la v ía de a d m in is tra c ió n , y la g ra ve d a d de la a fe cc ió n (p. e j., cá n ce r) p u e d e n re q u e rir un a u m e n to o u n a re d u cc ió n de la fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n .
U na d u ra c ió n e fe c tiv a p a ra a d m in is tra r u na co m p o s ic ió n q ue c o n tie n e uno o m ás in h ib id o re s de PD -1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, uno o m ás in h ib id o re s de P D -L2 y /o uno o m ás in h ib id o re s de JA K 2 p u e d e se r c u a lq u ie r d u ra c ió n q ue re d u zca la g ra ve d a d de un s ín to m a de la a fe cc ió n a tra ta rs e (p. e j., c á n ce r). Po c o n s ig u ie n te , la d u ra c ió n e fe c tiva p u e d e v a r ia r de v a r io s d ía s a v a r ia s se m a n a s , m e se s o años. En g e n e ra l, la d u ra c ió n e fe c tiva p a ra el tra ta m ie n to del c á n c e r p ue de e n co n tra rse en un rango de d u ra c ió n de se is m e se s a un año. M ú ltip le s fa c to re s p ue de n in flu ir en la d u ra c ió n e fe c tiv a real u tiliz a d a p a ra un tra ta m ie n to p a rticu la r. P o r e je m p lo , u n a d u ra c ió n e fe c tiv a p ue de v a r ia r con la fre cu e n c ia de a d m in is tra c ió n , ca n tid a d e fe c tiva , uso de m ú ltip le s a g e n te s de tra ta m ie n to , v ía de a d m in is tra c ió n , y g ra ve d a d de la a fe cc ió n q ue se e s té tra ta n d o .
La inve nc ión se d e s c rib irá m ás en los s ig u ie n te s e je m p lo s , los c u a le s no lim itan el a lca n ce de la inve n c ió n d e s c rita en las re iv in d ica c io n e s .
E JE M P L O S
E je m p lo 1 - La a m p lifica c ió n de PD-L1 y JA K 2 d ir ig id a al c ro m o s o m a 9 p24 de a lto n ive l se c o rre la c io n a con u na p e o r su p e rv iv e n c ia lib re de e n fe rm e d a d y su p e rv ive n c ia g lo b a l en el c á n c e r de m a m a trip le n eg a tivo
M u e s tra s C lín icas
El c á n c e r de m a m a tr ip le n eg a tivo (T N B C ) es un su b g ru p o de los tu m o re s de la m a m a q u e no e xp re sa n ive les c lín ic a m e n te s ig n ifica tivo s d e l re c e p to r de e s tró g e n o (ER , p o r sus s ig la s en ing lés), re ce p to r de p ro g e s te ro n a (PgR , p o r sus s ig la s en ing lé s) y H E R 2. Se han o b te n id o m u e s tra s de T N B C , ER+ y HER2+. Los e sp e c ím e n e s de tu m o r se han o b te n id o de m u e s tra s de c á n c e r de m a m a a rch iva d a s e m b e b id a s en p a ra fin a y fija d a s con fo rm a lin a (F FP E ) o b te n id a s al m o m en to de la re secc ión q u irú rg ic a d e fin itiva . T o d o s los cá n c e re s de m a m a se han so m e tid o a una re v is ió n p a to ló g ica y se han e va lu a d o m e d ia n te in m u n o h is to q u ím ica p a ra e va lu a r ER y PgR , y m e d ia n te in m u n o h is to q u ím ica con o sin F ISH p a ra H er2 /n e u b a jo lin e a m ie n to s C L IA /C A P . T a m b ié n se han o b te n id o m u es tra s de T N B C de l B io b a n co de la F u nd ac ió n de Inve s tig a c ió n sob re el C á n ce r de M a m a In fla m a to rio (IB C R F , p o r sus s ig las en ing lé s). D atos de T N B C a d ic io n a le s c la s if ica d o s p o r flu jo se han o b te n id o de un e s tu d io p rev io de g e n o m a s de c á n c e r de m a m a (P rzyb y tko w sk i y o tros , B M C G e n om ics , 15 :579 (2014 )). T a m b ié n se han o b te n id o m u e s tra s de PDA, g lio b la s to m a y co lon .
P re p a ra c ió n d e la m u e s tra F F P E
C on a n te r io r id a d a la c la s ifica c ió n , e l e xce so de p a ra fin a se ha re tira d o con un e sca lp e lo de c u a lq u ie r lado de ro llos de 40 -60 gm y luego se han p ro ce sa d o seg ún se d e sc rib e en o tra p a rte (H o lle y y o tros , P L o S O ne, 7 :e 50586 (2012 )). B re ve m e n te , c a d a p ie za s e cc io n a d a se ha re co g id o en tu b o s de m ic ro ce n tr ífu g a in d iv id u a le s , luego se ha lava do tres v e c e s con 1 m L de x ile n o d u ra n te 5 m in u to s p a ra re tira r la p a ra fin a re s ta n te . C a d a m u e s tra se ha re h id ra ta d o en la va d o s s e cu e n c ia le s de e ta n o l (100 % 5 m in u to s x2, luego 95% , 70% , 50 % y 30 % e ta n o l) y se ha lava do 2 v e ce s en 1 m L 1 m M E D TA pH 8,0. Un 1 m L de a lícu o ta de 1 m M E D T A pH 8 ,0 se ha a ñ a d id o a las m u e s tra s e in cu b a d o a 95°C d u ra n te 80 m in u to s p a ra fa c ilita r la e lim in a c ió n de u n io n e s c ru za d a s de p ro te ín a s p re se n te s en el te jid o FFPE. L uego , las m u e s tra s se han e n fria d o a te m p e ra tu ra a m b ie n te d u ra n te > 5 m in u tos , se g u id o de la a d ic ión de 300 gL de PBS pH 7 ,4 y ce n tr ifu g a d o su a ve d u ra n te 2 m in u tos a 3 ,6 x g. El so b re n a d a n te se ha re tira d o con c u id a d o , y el s e d im e n to se ha lava do tre s v e ce s con 1 m L de PBS pH 7 ,4 /0 ,5 m M C a C l2 p a ra re tira r ED TA. C a d a m u e s tra se ha d ig e rid o d u ra n te la n oche (6 -17 ho ra s ) en 1 m L de un có c te l e n z im á tic o fre sc a m e n te p re p a ra d o q u e c o n te n ía 50 u n id a d e s /m L de c o la g e n a s a tip o 3, 80 u n id a d e s /m L de c o la g e n a s a p u rifica d a , y 100 u n id a d e s /m L de h ia lu ro n id a sa en PBS pH 7 ,4 /0 ,5 m M C a C l2 de so lu c ió n a m o rtig u a d o ra . D e spu és de la d ig e s tió n d u ra n te la noche , 500 L N S T de so lu c ió n a m o rtig u a d o ra (146 m M N aC l, 10 m M T ris -H C l, pH 7,5, 1 m M C a C l2 , 0 ,5 m M M gSÜ4, 21 m M M g C l2 , 0 ,05% de a lb ú m in a sé r ica b ov ina , 0 ,2 % de N on ide t P40 (S ig m a )) con 4 ,6 -d ia m id in o -2 -fe n ilin d o l (D A P I; 10 g g /m L ) se ha a ñ a d id o a ca d a m u e s tra p a ra fa c ilita r la se d im e n ta c ió n . Las m u e s tra s se han ce n tr ifu g a d o d u ra n te 5 m in u tos a 3000 x g, d e s p u é s de lo cu a l los se d im e n to s se han re su sp e n d id o en 750 gL de N S T /10 % de sue ro fe ta l b o v in o y luego han a tra ve sa d o u na a g u ja 25 G 10-20 ve ce s . Un so lo ro llo de 50 gm se ha u sa do de c a d a b lo q u e de te jid o F FP E p ara o b te n e r su fic ie n te s n ú m e ro s de n úc leo s in ta c to s p a ra la p o s te rio r c la s if ica c ió n y e n sa yo s m o le cu la re s .
C ito m e tría d e flu jo
Las b io p s ia s se han fra g m e n ta d o en p re se n c ia de so lu c ió n a m o rtig u a d o ra de N S T y DAPI seg ún se d e sc rib e en o tra p a rte (G a lip ea u y o tro s , P L o S M ed, 4 :e 67 (2007 ); M a ley y o tros ., N at. G enet., 38 :468 -473 (2006 ); y R ab ino v itch y o tros , A m . J. G a s tro e n te ro l., 96 :3071 -3083 (2001 )). C on a n te rio rid a d a la c la s if ica c ió n , ca d a m u e s tra se ha f iltra d o a tra vé s de u na m a lla de 35 pm y se ha re co g id o en un tu b o de fo n d o re d o n d o de p o lip ro p ile n o de 5 m L. La m a lla se ha e n ju a g a d o con o tro s 750 pL a d ic io n a le s de N S T /10 % de sue ro fe ta l b o v in o y se ha co lo ca d o so b re h ie lo m ie n tra s se p ro ce sa b a n las m u e s tra s re s ta n te s . El v o lu m e n to ta l en el tu b o p a ra ca d a m u e s tra ha s ido a p ro x im a d a m e n te de 1,5 m L. Un v o lu m e n igua l de 20 p g /m L DAPI se ha a ñ a d id o a ca d a tu b o p a ra lo g ra r u na co n ce n tra c ió n f in a l de 10 p g /m L DAPI p a ra la c la s if ica c ió n d e l flu jo con un c itó m e tro BD In flux con e xc ita c ió n u ltra v io le ta (B e c to n -D ick in so n , S an Jose , C A). Las co n fig u ra c io n e s ó p tim a s p a ra c la s if ica r m u e s tra s F FP E con el c la s if ica d o r In flux han s ido las s ig u ie n te s : La fo rm a c ió n de g o ta s se ha lo g ra do con a m p litu d p ie z o e lé c tr ic a de 6 -10 v o ltio s y u n a fre cu e n c ia de ca íd a de 30 herc ios. El m o do de c la s if ica c ió n se ha e s ta b le c id o en un re n d im ie n to de p u re za con un re ta rdo de ca íd a de 31 ,5 -32. La p res ió n d e l flu id o de la e n v o ltu ra ha s ido , n o rm a lm e n te , de 17-18 psi con u n a b o q u illa de 100 um .
P ara los e n sa yo s de co n te n id o de A D N de un so lo p a rá m e tro , la e m is ió n de DAPI se ha re co g id o a > 450 nm . El co n te n id o de A D N y el c ic lo c e lu la r se han a n a liza d o e n to n ce s u sa n d o el p ro g ra m a de so ftw a re M u ltiC yc le (P h o e n ix F lo w S ys te m s , S an D iego, CA).
E x tra cc ió n de A D N
El A D N de los n úc leo s c la s if ica d o s se ha e x tra íd o u tiliz a n d o un p ro to co lo m o d ifica d o de Q IA a m p ® D N A M ic ro K it de Q ia g en (V a len c ia , C A). B re ve m e n te , ca d a m u e s tra c la s if ica d a se ha re su sp e n d id o en u na so lu c ió n a m o rtig u a d o ra de 180 pL A T L y 20 pL de p ro te in a sa K (20 m g /m L), luego se ha in cu b a d o d u ra n te 3 horas a 56°C p a ra la lis is com p le ta . Las m u e s tra s se han u n id o y lava do seg ún las in s tru cc io n e s de Q IA a m p ® D N A M icro K it, se han e lu id o en 50 pL de H2O, luego se han s e d im e n ta d o d u ra n te la n oche con 5 pL de a ce ta to de sod io 3 M y 180 pL de E tO H al 100% . C ada m u e s tra se ha ce n tr ifu g a d o e n to n ce s d u ra n te 30 m in u tos a 20.000 x g, y se ha lava do en 1 m L de E tO H al 70 % d u ra n te 30 m in u tos a 20.000 x g. Las m u e s tra s se han d e ca n ta d o con cu id a d o , y e l s e d im e n to de A D N se han se ca d o m e d ia n te v a c ío rá p ido y luego se ha re su sp e n d id o en un p e q u e ñ o v o lu m e n (p. e j., 10 -50 pL) de H 2O p a ra c o n ce n tra c io n e s fin a le s a d e cu a d a s p a ra u n a c u a n tif ica c ió n p rec isa .
A n á lis is d e a C G H
Los A D N se han tra ta d o con D N A sa 1 con a n te r io r id a d al e tiq u e ta d o b a sa d o en K len o w . P la n tilla s de re fe re n c ia de a lto peso m o le cu la r se han d ig e rid o d u ra n te 30 m in u tos m ie n tra s las m u e s tra s de A D N d e riva d a s de F FP E m ás p e q u e ñ a s fra g m e n ta d a s se han d ig e rid o d u ra n te so lo 1 m inu to . En c a d a caso , 1 pL de so lu c ió n a m o rtig u a d o ra de re a cc ió n de 10x D N a sa 1 y 2 pL de so lu c ió n a m o rtig u a d o ra de d ilu c ió n de D N a sa 1 se han a ñ a d id o a 7 pL de la m u e s tra de A D N y se han in cu b a d o a te m p e ra tu ra a m b ie n te y lue g o se han tra n s fe r id o a 70°C d u ra n te 30 m in u tos p a ra d e s a c tiv a r D N a sa 1. La m u e s tra y las p la n tilla s de re fe re n c ia se han luego e tiq u e ta d o con C y-5 d U T P y C y-3 d U T P , re sp e c tiva m e n te , m e d ia n te e l uso de un k it de e tiq u e ta d o B io P rim e (In v itrog en , C a rlsb ad , C A ) seg ún se d e sc rib e en o tra p a rte (R u iz y o tros , P roc. N atl. A ca d . Sci. USA, 108 :12054 -12059 (2011 )). T o d a s las re a cc io n e s al e tiq u e ta d o se han e va lu a d o u sa n d o un e n sa yo N a n o d ro p (N a no drop , W ilm in g to n , DE) con a n te rio rid a d a la m e zc la e h ib rid ac ió n a m a trice s C G H (A g ile n t T e ch n o lo g ie s , S a n ta C la ra , C A ) d u ra n te 40 hora s en un horn o g ira to rio a 65°C . T o d o s los p o rta o b je to s de m ic ro m a tr ice s se han e sca n e a d o u sa n d o un e s c á n e r de A D N A g ile n t 2565C , y las im á g e n e s se han a n a liza d o con A g ile n t F e a tu re E x trac tion ve rs ió n 10.7 m e d ia n te e l u so de co n fig u ra c io n e s p o r d e fe c to . Los d a tos aC G H se han e va lu a d o con u na serie de m é tr ica Q C y luego se han a n a liza d o u sa n d o un a lg o ritm o de d e te cc ió n de a b e rra c ió n (A D M 2 ) (L ipso n y o tros , J. C om p ut. B io l., 13 :215 -228 (2006 )). El ú ltim o id e n tifica to d o s los in te rva lo s a b e rra n te s en u na m u e s tra d a d a con re la c io n e s lo g a rítm ica s co h e re n te m e n te a ltas o b a ja s seg ún la p un tu ac ió n e s ta d ís tic a d e riv a d a de las re la c io n e s lo g a rítm ica s n o rm a liza d a s p ro m e d io de to d a s las so n d a s en e l in te rva lo g e n ó m ico m u ltip lica d a s p o r la ra íz c u a d ra d a de l n úm e ro de d ich a s son da s . D ich a p u n tu a c ió n re p re se n ta e l d e sv ío de l p ro m e d io de las re la c io n e s lo g a rítm ica s n o rm a liza d a s de su v a lo r d e ce ro e sp e ra d o y es p ro p o rc io n a l a la a ltu ra h (re la c ió n lo g a rítm ica p ro m e d io a b so lu ta ) de l in te rva lo g e n ó m ico , y a la ra íz c u a d ra d a del n ú m e ro de so n d a s en el in te rva lo .
A n á lis is d e e xp re s ió n
El A R N to ta l se ha e x tra íd o de u n a se cc ión de 50 pm de g ro s o r de te jid o co m p le to u tiliza n d o el k it R n e a sy F FP E R N A Iso la tion (Q iag en ). La c u a n tif ica c ió n de A R N se ha lle va d o a ca b o u sa n d o un flu o ró m e tro Q u b it 2.0 (L ife T e ch n o lo g ie s ) y e l k it de m a triz Q u b it R N A HS (so n d a s m o le cu la re s ). La tra n s c rip c ió n in ve rsa se ha lleva do a ca b o u sa n d o e l kit S u p e rS c rip t® V IL O ™ c D N A S yn th e s is (L ife T e ch n o lo g ie s ) y 200 ng de A R N p o r re acc ión , con re a cc io n e s tr ip lica d a s lle va d a s a ca b o p a ra ca d a m u e s tra (P iscu o g lio y o tros , M ol. O nco l., 8 :1588 -1602 (2014 )). C ad a u na de las 31 m u es tra s ha p ro d u c id o s u fic ie n te re n d im ie n to y ca lid a d de A R N . U na PCR en tie m p o rea l c u a n tita tiv a se ha lleva do a ca b o p ara C D 274 , P D C D 1L G 2 , y JA K 2 (H s01125301 _ m l, H s01057777 _ m l, H s00234567 _ m l, re sp e c tiva m e n te ; Life T e ch n o lo g ie s ) con q u ím ica T a q M a n ® en el P rism a A B I 7900 H T (A p p lie d B io sys te m s), m e d ia n te el uso de l m é to d o de la c u rva e s tá n d a r. D os g e n e s de re fe re n c ia se han u tiliza d o , t F r C y M R P L19 (H s00174609 _ m l y H s00608519 _ m l, re sp e c tiva m e n te ; L ife T e ch n o lo g ie s ), p re v ia m e n te se le cc io n a d o s co m o uno s q u e n o rm a liza n , de m a n e ra e fe c tiva , la d e g ra d a c ió n de F F P E - A R N . Los n ive les de e xp re s ió n d e l gen o b je tivo se han n o rm a liza d o en la m e d ia g e o m é tric a de los d o s g e n e s de re fe re n c ia y se han n o rm a liza d o en un c o n ju n to de A R N p re p a ra d o s a p a rtir de un tu m o r de m am a n o rm a l y a p a rtir de 3 tu m o re s de m a m a F FP E (T N B C , e R+ y HER2+). T o d a s las c o m p a ra c io n e s y co rre la c io n e s e s ta d ís tica s e n tre los n ive les de e xp re s ió n de los g e n e s P D -L1, P D -L2 y JA K 2 y e s ta d o de n ú m e ro de co p ia del c ro m o s o m a 9p24.1 se han lleva do a ca b o u tiliza n d o u n a p ru e b a t no e m p a re ja d a , y la va r ia c ió n e n tre g ru p o s se ha c a lcu la d o u sa n d o u n a p ru e b a A N O V A (P rism a G ra p h P a d 6). Los p -va lo re s< 0 ,05 se han co n s id e ra d o s ig n ifica tivo s .
A n á lis is e s ta d ís tico
Las c o m p a ra c io n e s de g ru p o s han u tiliza d o p ru e b a s t de d os m u e s tra s p a ra v a r ia b le s c o n tin u a s y te s ts de ch i cu a d ra d o p a ra va r ia b le s ca te g ó rica s . El t ie m p o h as ta la re cu rre n c ia se ha d e fin id o co m o e l t ie m p o d e sd e la c iru g ía p rim a ria h as ta la p rim e ra re cu rre n c ia loca l, re g io na l o d is ta n te . El a n á lis is de su p e rv iv e n c ia g lo b a l ha inc lu ido to d a s las m u erte s co m o e ve n to s in d e p e n d ie n te m e n te de la cau sa . La ta s a de re cu rre n c ia y la ta s a de su p e rv iv e n c ia g lo b a l en 5 a ños se han e s tim a d o u sa n d o e l m é to do de K ap lan y M e ier. El t ie m p o h as ta la re cu rre n c ia y la su p e rv ive n c ia g lo b a l se han c o m p a ra d o e n tre g ru p o s m e d ia n te e l u so de la p ru e b a de ra ng o s lo g a rítm ico s . El se g u im ie n to m e d io ha s ido de 4 ,7 a ñ o s (ran go de 0 ,9 -12 años). P -va lo re s < 0 ,05 se han c o n s id e ra d o e s ta d ís tic a m e n te s ig n ifica tivo s .
R e su lta d o s
Las m u e s tra s de tu m o re s de 326 su je to s se han e va lu a d o p a ra a b e rra c io n e s de n úm e ro de cop ia . Los te jid o s han in c lu id o c á n c e r de m a m a trip le n e g a tivo (T N B C ) n=41, c á n c e r de m a m a HER2+ n=15 , c á n c e r de m a m a E R H E R 2-n=8, a d e n o ca rc in o m a p a n c re á tico n=150 (in c lu id a s 30 m e tá s ta s is de h ígado), ca rc in o m a co lo rre c ta l n=68 , y g lio b la s to m a n=44. C on e l fin de v a lo ra r de m a n e ra p re c isa los g e n o m a s de d ich o s tu m o re s de te jid o só lid o , se ha u sa do la c ito m e tría de f lu jo b a sa d a en co n te n id o de A D N p a ra id e n tif ic a r y p u rif ic a r p o b la c io n e s d is tin ta s de p o b la c io n e s d ip lo id e s , te tra p lo id e s , y a n e u p lo id e s de c a d a te jid o (H o lle y y o tros , P L o S O ne, 7 :e 50586 (2012 ); y Ruiz y o tros , Proc. N atl. A ca d . Sci. USA, 108 :12054 -12059 (2011 )). E s tas han inc lu ido ta n to m u e s tra s c lín ic a s fre sca s c o n g e la d a s co m o e m b e b id a s en p a ra fin a y fija d a s con fo rm a lin a (F F P E ).
Los g e n o m a s de c a d a p o b la c ió n de c é lu la s tu m o ro s a s c la s if ica d a se han in te rro g a d o luego con m a trice s C G H de o lig o n u c le ó tid o de g e n o m a co m p le to . Los in te rva lo s a b e rra n te s de n úm e ro de co p ia se han id e n tifica d o , y sus lím ites g e n ó m ic o s se han m a p e a d o u sa n d o un a lg o ritm o de g ra m o s de p aso (L ipson y o tros , J. C om p u t. B io l., 13 :215 -228 (2006 )). Los a m p lico n e s se han c la s if ica d o luego d e n tro de c a d a m u e s tra según su c a m b io de p lie g u e y su p re va le n c ia g lo b a l en g e n o m a s d e l tu m o r. Un a m p licó n de a lto n ive l y de a lto rango re cu rre n te (re la c ión log2 >1) q ue e s ta b a d ir ig id o a 9p24.1 se ha d e te c ta d o en 12/41 T N B C , 2 /68 c a rc in o m a s de co lo n y 2 /44 g lio b la s to m a s (F ig u ra s 1 y 2). P o r el co n tra rio , d ich o a m p licó n ha e s ta d o a u se n te en tu m o re s de m a m a ER+ (n=8 ) y HER2+ (n = 15), y en a d e n o ca rc in o m a s d u c ta le s p a n c re á tico s (n =150 ). La reg ión de s u p e rp o s ic ió n m á s c o rta (S R O ) ha a b a rca d o 777 kb y ha in c lu id o los lig a n d o s de PD-1 (PD-L1 y P D L2) y loci de Ja n u s q u in a s a 2 (JA K 2 ) (F igu ra 3). La a ltu ra de d ich o a m p licó n re cu rre n te ha inc lu ido re la c io n e s m e d ia s log2 >4 co h e re n te s con la a m p lifica c ió n de co n d u c to re s g e n ó m ico s com o , p o r e je m p lo , H E R 2 y M Y C d e s c rito s en el c á n c e r de m a m a y o tro s g e n o m a s de tu m o re s só lid o s (F ig u ra 4).
C on el fin de d e te rm in a r e l e fe c to de l a m p licó n PDJ en la e xp re s ió n de JA K 2 , PD-L1 y P D -L2, 31 m u e s tra s de T N B C se han se le cc io n a d o ; 16 de las cu a le s se han p e rfila d o p a ra el a n á lis is de n ú m e ro de co p ia y p ara el a n á lis is q R T -PCR. U na m u e s tra a g ru p a d a q u e c o n tie n e te jid o de m a m a n orm a l no re la c io n a d o , T N B C ind iv id u a l, te jid o s de tu m o re s ER+ y HER2+ se ha u sa do p a ra g e n e ra r u na c u rva e s tá n d a r p a ra v a lo ra r la e xp re s ió n de JA K 2 , PD-L1 y P D -L2. Los tu m o re s con un a m p licó n de a lto n ive l (4 /16 T N B C v a lo ra d o s p o r q R T -P C R ) te n ía n u n a e xp re s ió n s ig n ifica tiva m e n te m á s a lta de los g e n e s JA K 2 y PD-L1 en c o m p a ra c ió n con a q u e llo s sin e l a m p licó n (F ig u ra 2). Los ú ltim o s han inc lu ido m u e s tra s con g a n a n c ia s de n ú m e ro de co p ia s de b a jo n ive l (re la c ión log2 >0 y <1) en 9p24.1 in c lu id o s a u m e n to s de to d o e l b razo 9p y p o liso m ía de l c ro m o s o m a 9. A d e m á s, o tro T N B C con e xp re s ió n e le va d a c o n cu rre n te de JA K 2 y PD-L1 se ha id e n tifica d o en e l su b co n ju n to de 15 tu m o re s sin d a to s aC G H (F ig u ra 5). La e xp re s ió n de P D -L2 ta m b ié n ha s id o e le va d a en p re se n c ia de l a m p licó n PDJ, sin e m b a rg o , no ha a lca n za d o s ig n ific a n c ia e s ta d ís tic a (p < 0 ,0645 ).
Los d a to s c lín ic o s han e s ta d o d isp o n ib le s en 36 de 41 (88% ) de los p a c ie n te s T N B C q u e se han c la s if ica d o p o r flu jo y luego p e rfila d o p a ra el n úm e ro de co p ia (F ig u ra 6). se ha o b s e rva d o q ue los p a c ie n te s con a m p licó n PDJ de a lto n ive l (n =8 ) tie n e n tu m o re s m ás g ra n d e s (m e d ia de 3 ,9 cm vs. 1,9 cm , p = 0 ,04 ) y u na in c id e n c ia m ás a lta de m e tá s ta s is de g a n g lio s lin fá tico s (75% vs . 26% , p= 0 ,01 ). La in filtra c ión lin fo c ítica se ha o b s e rva d o en 4 de los 36 pac ien tes , n in g u n o de los cu a le s te n ía a m p licó n PDJ en su g e n o m a de tu m o r. V e in tin u e ve de d ich o s 36 p a c ie n te s T N B C han re c ib id o q u im io te ra p ia d e sp u é s de la te ra p ia q u irú rg ic a d e fin itiva . La ta s a de re cu rre n c ia en 5 a ños ha s ido de l 70 ,8% en los p a c ie n te s con PDJ a m p lifica d o , y d e l 29 ,9 % en los p a c ie n te s sin a m p lifica c ió n (p = 0 ,01 ). La ta s a de su p e rv ive n c ia lib re de e n fe rm e d a d en 5 a ños ha s ido de l 25 % en los p a c ie n te s con PDJ a m p lifica d o , y de l 66 % en los p a c ie n te s sin a m p lif ica c ió n (p = 0 ,005 ) (F igu ra 10). La su p e rv iv e n c ia g lo b a l (O S , p o r sus s ig la s en ing lé s) en 5 año s ha s id o d e l 25% en los p a c ie n te s con PDJ a m p lifica d o , en c o m p a ra c ió n con e l 69 % en los p a c ie n te s sin a m p lifica c ió n (p = 0 ,004 ) (F igu ra 10).
D ich os re su lta d o s ind ican q u e u na a m p lif ica c ió n fo ca l d e l c ro m o s o m a 9p24.1 q ue im p lica P D -L 1, P D -L 2 y JA K 2 o cu rre en u n a p ro p o rc ió n s ig n ific a tiv a de T N B C . D ich os re su lta d o s ta m b ié n d e m u e s tra n q ue la p re se n c ia de l a m p licó n PDJ d e fin e un su b co n ju n to c lín ic a m e n te s ig n ifica tivo de p a c ie n te s T N B C de a lto riesgo . A d e m á s, d ich o s re su ltad o s d e m u e s tra n q ue los p a c ie n te s con c á n c e r con c é lu la s ca n ce ro sa s q ue no e xp re sa n n ive les c lín ic a m e n te s ig n ifica tivo s d e l ER, PgR y H E R 2 y co n tie n e n un a m p licó n PDJ a m p lifica d o p u e d e n tra ta rs e con u na c o m b in a c ió n de (a) u no o m ás in h ib id o re s de PD-L1 y u no o m á s in h ib id o re s de JA K 2 , (b) u no o m ás in h ib id o re s de PD-1 y u no o m á s in h ib id o re s de JA K 2, o (c) uno o m ás in h ib id o re s de P D -L 1, u no o m ás in h ib id o re s de P D -1, y uno o m ás in h ib id o re s de JA K 2.
E je m p lo 2 - D e tecc ión de cé lu la s ca n c e ro s a s q ue tie n e n u na a m p lifica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2
S o n d a s e sp e c ífica s de ce n tró m e ro com o , p o r e je m p lo , V ys is C E P 3 (S p e c tru m R ed) y V ys is C E P 7 (S p e c tru m G ree n ) (V ys is Inc., A b b o tt L a b o ra to rie s , D ow ne rs G rove , IL) se usan p a ra d e te rm in a r n ú m e ro s de c o p ia s de ce n tró m e ro s . P ara el a n á lis is de c o p ia s d e l g en de PD-L1 y JA K 2 , se usan so n d a s F ISH m a p e a d a s al c ro m o s o m a 9 p 24.1 -p te l (h ttp ://g e n o m e .u csc .e d u /cg i-b in /h g T ra cks? d b = h g 19 & p o s itio n = ch r9 ° / o 3 A 1 -7293900 & h g s id = 418127357 _ E A T u 0 e 1 D 1 k th x m tW C 3 S m n k e H o W ie ) y V ys is C E P 9 (S p e c tru m G ree n). A n te s de la h ib rid a c ió n , los p o rta o b je to s se tra ta n seg ún e l p ro to co lo K it de R ea c tivo s de P re tra ta m ie n to de P ara fin a (V ys is ). La h ib rid a c ió n y los la va d o s p o s th ib rid a c ió n se llevan a ca b o seg ún el p ro ce d im ie n to V ys is LS I. Las im á g e n e s se o b tien en m e d ia n te e l u so de un Z e iss A x io p la n 2 o m ic ro sco p io de f lu o re sc e n c ia s im ila r (Z e iss , F e ldbach , S u iza ) e q u ip a d o con u n a cá m a ra d ig ita l IS IS o e q u iva le n te (M e ta S ys te m s , A ltlu ssh e im , A le m a n ia ). T o d a s las im á g e n e s F ISH se a dq u ie re n con un o b je tivo 100 x (P la n -A p o ch ro m a t, Z e iss ).
E je m p lo 3 - T ra ta m ie n to de p a c ie n te s con c á n c e r q ue tie n e n c é lu la s ca n c e ro s a s E R -/P g R -/H E R 2 - q ue tie n e n una a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2
Los p a c ie n te s con tu m o re s con a m p lif ica c ió n de P D -L 1 /P D -L 2 /JA K 2 se tra ta n u sa n d o in h ib id o re s de P D -1, P D -L 1, PD-L2 y /o JA K 2 o in m u n o te ra p ia d ir ig id a de inh ib ic ió n de PD -1, P D -L1, P D -L2 y /o JA K 2. D ich os tra ta m ie n to s se a d m in is tra n so lo s o en c o m b in a c ió n con in m u n o te ra p ia (p. e j., va c u n a o b lo q u e o de C T L A -4 ) y /o q u im io te ra p ia (c ic lo fo s fa m id a (a lre d e d o r de 600 m g /m 2 ca d a tre s se m a n a s d u ra n te cu a tro c ic lo s ), d o ce ta xe l (a lre d e d o r de 75 m g /m 2 ca d a tre s se m a n a s d u ra n te cu a tro c ic lo s ), d o x o rru b ic in a (a lre d e d o r de 60 m g /m 2 c a d a 2-3 se m a n a s d u ra n te cua tro c ic lo s ), c ic lo fo s fa m id a (a lre d e d o r de 600 m g /m 2 c a d a tre s se m a n a s d u ra n te cu a tro c ic lo s ), p a c lita xe l (a lre d e d o r de 175 m g /m 2 ca d a d o s se m a n a s d u ra n te cu a tro c ic lo s , o a lre d e d o r de 80 m g /m 2 s e m a n a lm e n te d u ra n te 12 sem a n a s ), c isp la tin o , ca rb o p la tin o , g e m c ita b in a y /o in h ib id o re s de PA R P d ir ig id o s ).

Claims (14)

R E IV IN D IC A C IO N E S
1. Un m é to d o p a ra id e n tif ic a r a un m a m ífe ro q ue tie n e c á n c e r co m o uno q u e p ro b a b le m e n te te n g a un re su ltad o fa vo ra b le , en d o n d e d ich o m é to do co m p re n d e :
(a) d e te c ta r la a u se n c ia de u na co m b in a c ió n de u n a a m p lif ica c ió n de P D -L1, u na a m p lifica c ió n de P D -L2 , y una a m p lif ica c ió n de JA K 2 en c é lu la s ca n c e ro s a s o b te n id a s de d ich o m a m ífe ro , y
(b) c la s if ic a r a d ich o m a m ífe ro co m o u no q ue p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o fa v o ra b le seg ún , al m e no s en parte , d ich a a usen c ia .
2. El m é to do de la re iv in d ica c ió n 1, en d o n d e d ich o m a m ífe ro es un hum ano .
3. El m é to do de la re iv in d ica c ió n 1, en d o n d e d ich o c á n c e r es c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a o ca rc in o m a co lo rre c ta l.
4. El m é to do de la re iv in d ica c ió n 1, en d o n d e d ich o re su lta d o fa v o ra b le co m p re n d e la a u se n c ia de re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co a ño s s ig u ie n te s al d ia g n ó s tic o in ic ia l.
5. El m é to d o de la re iv in d ica c ió n 1, en d o n d e d ich o re su lta d o fa v o ra b le co m p re n d e un tie m p o de s u p e rv ive n c ia s u p e rio r a c in co años.
6. Un m é to do p a ra id e n tif ic a r a un m a m ífe ro q u e tie n e c á n c e r co m o u no q ue p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o no fa vo ra b le , en d o n d e d ich o m é to do co m p re n d e :
(a) d e te c ta r la p re se n c ia de u n a co m b in a c ió n de u na a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lif ica c ió n de P D -L2, y una a m p lif ica c ió n de JA K 2 en c é lu la s ca n c e ro s a s o b te n id a s de d ich o m a m ífe ro , y
(b) c la s if ic a r a d ich o m a m ífe ro co m o u no q u e p ro b a b le m e n te te n g a un re su lta d o no fa v o ra b le seg ún , al m e no s en p arte , d ic h a p rese nc ia .
7. El m é to d o de la re iv in d ica c ió n 6, en d o n d e d ich o c á n c e r es c á n c e r de m a m a E R -/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a o ca rc in o m a co lo rre c ta l.
8. El m é to do de la re iv in d ica c ió n 6, en d o n d e d ich o re su lta d o no fa v o ra b le co m p re n d e la re c id iva o re cu rre n c ia de l c á n c e r d e n tro de los c in co a ños s ig u ie n te s al d ia g n ó s tico in ic ia l.
9. El m é to d o de la re iv in d ica c ió n 6, en d o n d e d ich o re su lta d o no fa v o ra b le co m p re n d e un tie m p o de su p e rv ive n c ia in fe rio r a c in co años.
10. U na co m p o s ic ió n p a ra su u so en e l tra ta m ie n to de un m a m ífe ro q ue tie n e cá n ce r, en d o n d e d ich a co m p o s ic ió n co m p re n d e :
(a) un in h ib id o r de PD-1 o in h ib id o r de P D -L1, y
(b) un in h ib id o r de JA K 2,
en d o n d e d ich o c á n c e r es un c á n c e r de m a m a ER-/P g R -/H E R 2 -, g lio b la s to m a o ca rc in o m a co lo rre c ta l, y en d o n d e las c é lu la s de d ich o c á n c e r tie n e n u na c o m b in a c ió n de u n a a m p lifica c ió n de P D -L1, u n a a m p lifica c ió n de P D -L 2 y u n a a m p lifica c ió n de JA K 2.
11. La co m p o s ic ió n p a ra el u so de la re iv in d ica c ió n 10, en d o n d e d ich o m a m ífe ro es un hum ano .
12. La co m p o s ic ió n p a ra e l uso de la re iv in d ica c ió n 10, en d o n d e d ich a co m p o s ic ió n co m p re n d e d ich o in h ib id o r de PD-1, o p c io n a lm e n te en d o n d e d ich o in h ib id o r de PD-1 es p e m b ro lizu m a b , n ivo lu m a b , M E D I0680 (A M P -514 ), o C T -011 (p id ilizu m a b ).
13. La co m p o s ic ió n p a ra e l uso de la re iv in d ica c ió n 10, en d o n d e d ich a co m p o s ic ió n co m p re n d e d ich o in h ib id o r de PD-L 1, o p c io n a lm e n te en d o n d e d ich o in h ib id o r de PD-L1 es M P D L 3280 A , M S B 0010718 C , M E D I4736 , o B M S -936559.
14. La co m p o s ic ió n p a ra el u so de la re iv in d ica c ió n 10, en d o n d e d ich o in h ib id o r de JA K 2 es ru xo litin ib o pacritin ib .
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Families Citing this family (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2016507066A (ja) 2013-02-08 2016-03-07 インスティテュート フォー ミエローマ アンド ボーン キャンサー リサーチ 多発性骨髄腫、慢性リンパ球性白血病、およびｂ細胞非ホジキンリンパ腫の改善された診断方法、予後予測方法、およびモニタリング方法
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US11680298B2 (en) * 2016-09-07 2023-06-20 Agency For Science, Technology And Research Method of identifying risk of cancer and therapeutic options
WO2018231944A1 (en) 2017-06-13 2018-12-20 Berenson James R Diagnostic, prognostic, and monitoring methods for solid tumor cancers
AU2019214956B2 (en) * 2018-01-31 2025-06-26 Dovetail Genomics, Llc Sample prep for DNA linkage recovery
US20220000872A1 (en) * 2018-10-31 2022-01-06 Oncotracker, Inc. Method of enhancing immune-based therapy
WO2020239558A1 (en) 2019-05-24 2020-12-03 Pfizer Inc. Combination therapies using cdk inhibitors
US20230416829A1 (en) * 2020-11-10 2023-12-28 Caris Mpi, Inc. Immunotherapy Response Signature
WO2023057882A1 (en) 2021-10-05 2023-04-13 Pfizer Inc. Combinations of azalactam compounds with a pd-1 axis binding antagonist for the treatment of cancer
WO2023079428A1 (en) 2021-11-03 2023-05-11 Pfizer Inc. Combination therapies using tlr7/8 agonist

Family Cites Families (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA3016482A1 (en) 1999-11-30 2001-06-07 Mayo Foundation For Medical Education And Research B7-h1, a novel immunoregulatory molecule
US7794710B2 (en) 2001-04-20 2010-09-14 Mayo Foundation For Medical Education And Research Methods of enhancing T cell responsiveness
AU2005295038B2 (en) 2004-10-06 2012-05-17 Mayo Foundation For Medical Education And Research B7-H1 and methods of diagnosis, prognosis, and treatment of cancer
DE102010029577A1 (de) * 2010-06-01 2011-12-01 BSH Bosch und Siemens Hausgeräte GmbH Verblendungsteil für ein Haushaltsgerät, Haushaltsgerät und Verfahren zur Herstellung eines Verblendungsteils eines Haushaltsgerätes
SG10201604654RA (en) 2012-01-25 2016-07-28 Dnatrix Inc Biomarkers and combination therapies using oncolytic virus and immunomodulation
EP2650682A1 (en) 2012-04-09 2013-10-16 Fundació Privada Institut de Recerca Biomèdica Method for the prognosis and treatment of cancer metastasis
WO2014151290A2 (en) 2013-03-15 2014-09-25 Janssen Pharmaceutica Nv Assay for predictive biomarkers
AR095363A1 (es) * 2013-03-15 2015-10-14 Genentech Inc Biomarcadores y métodos para el tratamiento de condiciones relacionadas con pd-1 y pd-l1
JOP20200094A1 (ar) * 2014-01-24 2017-06-16 Dana Farber Cancer Inst Inc جزيئات جسم مضاد لـ pd-1 واستخداماتها
WO2015116868A2 (en) * 2014-01-29 2015-08-06 Caris Mpi, Inc. Molecular profiling of immune modulators
AU2015229103C9 (en) * 2014-03-14 2020-11-26 Immutep S.A.S Antibody molecules to LAG-3 and uses thereof

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Chen et al. Non-drug efflux function of ABCC5 promotes enzalutamide resistance in castration-resistant prostate cancer via upregulation of P65/AR-V7
Hong et al. Molecular landscape of pediatric type IDH wildtype, H3 wildtype hemispheric glioblastomas
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Mitsudomi PL03. 06 The Future of Targeted Therapy