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ES2762403T3 - Biomarcadores - Google Patents

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ES2762403T3
ES2762403T3 ES13720130T ES13720130T ES2762403T3 ES 2762403 T3 ES2762403 T3 ES 2762403T3 ES 13720130 T ES13720130 T ES 13720130T ES 13720130 T ES13720130 T ES 13720130T ES 2762403 T3 ES2762403 T3 ES 2762403T3
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ES
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biomarkers
protein
alpha
subunit
binding
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ES13720130T
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English (en)
Inventor
Linda Janna Willemien Bosch
Wit Meike De
Morais De Carvalho Beatriz Pinto
Remondus Johannes Adriaan Fijneman
Gerrit Albert Meijer
Cornelia Ramona Jimenez
Sander Rogier Piersma
Viet Thang Pham
Gideon Oudgenoeg
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Vrije Universiteit Medisch Centrum VUMC
Original Assignee
Vrije Universiteit Medisch Centrum VUMC
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Priority claimed from NL2010276A external-priority patent/NL2010276C2/en
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Abstract

Un método para detectar la presencia de adenoma colorrectal avanzado, comprendiendo el método: examinar una muestra de heces obtenida de un individuo para dos o más biomarcadores que comprenden mieloperoxidasa (MPO) y uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (PRTN3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9) , inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), anexina A2 (ANXA2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5), en el que la presencia o aumento de la expresión de MPO y los uno o más biomarcadores, en relación con una muestra de control, es indicativo de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de adenoma colorrectal avanzado.

Description

DESCRIPCIÓN
Biomarcadores
Campo de la invención
La presente invención se refiere a la identificación de biomarcadores de precursores de cáncer colorrectal, es decir, adenomas de alto riesgo, y su uso en métodos de detección, así como a matrices para uso en métodos de detección de adenoma colorrectal avanzado.
Antecedentes de la invención
El cáncer colorrectal (CRC) es un problema de salud significativo. Es el tercer cáncer más común en todo el mundo, con más de 1.200.000 casos nuevos cada año, con un desenlace fatal para casi la mitad de los pacientes (Karsa LV, et al., Best Pract Res Clin Gastroenterol 2010; 24: 381-96). Debido a que el CRC se desarrolla durante muchos años, existe una excelente oportunidad para detectar la enfermedad en una etapa temprana, curable o incluso premaligna. Esto se puede lograr mediante la detección de individuos asintomáticos. Sin embargo, las pruebas de detección disponibles actualmente son engorrosas o conllevan un riesgo de complicaciones y un tratamiento excesivo como la colonoscopia.
La prueba inmunoquímica de sangre oculta en heces (iFOBT), también conocida como prueba inmunoquímica fecal (FIT), es una prueba ampliamente utilizada que detecta pequeñas trazas de sangre en las heces, derivadas de lesiones como tumores que sangran en el colon. La FIT es un método no invasivo que utiliza un anticuerpo dirigido contra la hemoglobina. Sin embargo, no todos los tumores de colon sangran y, por lo tanto, la FIT tiene una sensibilidad que deja margen para mejoramiento (Duffy MJ, et al., Int J Cancer 2011; 128: 3-11; van Veen W, Mali WP. [Colorrectal cancer screening: advice from the Health Council of the Netherlands]. Ned Tijdschr Geneeskd 2009; 153:A1441). Los marcadores adicionales que detectan otras características tumorales además del sangrado en las heces podrían aumentar esta sensibilidad y la posibilidad de identificar un tumor de colon. Los cambios moleculares resultantes del proceso neoplásico incluyen cambios en la expresión de proteínas. Las proteínas para las cuales se incrementa la expresión tienen el potencial de servir como biomarcadores informativos con alto desempeño diagnóstico. El documento US 5.552.292 divulga la detección del cáncer colorrectal mediante el uso de proteínas como la mieloperoxidasa como biomarcador en las heces.
Se han realizado varios estudios para identificar proteínas en heces y sangre que pueden usarse para la detección temprana de CRC y adenomas colorrectales de alto riesgo, pero la mayoría de estas proteínas no se han validado en un entorno de detección o han fallado en mejorar las pruebas actuales para detección temprana, tal como el antígeno carcinoembrionario (CEA) o la calprotectina (Bosch LJ, et al., Molecular tests for colorectal cancer screening. Clin Colorrectal Cancer 2011; 10: 8-23). Por lo tanto, sigue existiendo la necesidad de otros marcadores proteicos específicos tumorales para mejorar las posibilidades de detección no invasivo disponibles actualmente para CRC y adenomas de alto riesgo.
Los avances tecnológicos recientes en espectrometría de masas pueden impulsar el descubrimiento de nuevos marcadores de proteínas (de Wit M, et al., Gut 2011; Jimenez CR, et al., J Proteomics 2010; 73: 1873-95). Los enfoques basados en la espectrometría de masas en tándem ahora tienen el poder de analizar muestras de proteínas complejas y detectar proteínas en bajas concentraciones (Cox J, Mann M. Annu Rev Biochem 2011; 80: 273-99). Aunque la mayoría de los estudios de descubrimiento de biomarcadores se han realizado utilizando material de tejido y/o líneas celulares seguido por la validación en heces o sangre, la composición química de la muestra biológica utilizada para la detección puede afectar significativamente la naturaleza de los biomarcadores que pueden identificarse. Esto se aplica especialmente a las muestras de heces, en las que el pH bajo, la actividad de proteasa y glicosidasa de bacterias, enzimas y otras sustancias pueden alterar la detección específica de estos marcadores (Young GP, Bosch LJW. Curr Colorrectal Cancer Rep 2011; 7: 62 -70). Por lo tanto, la medición de moléculas directamente en la muestra biológica que se puede usar para la detección, es decir, las heces, podría ser un enfoque valioso para proporcionarnos biomarcadores confiables que sean estables en el entorno fecal. Un estudio reciente de Ang et al., ha mostrado la viabilidad del descubrimiento de biomarcadores de proteínas en muestras de heces humanas mediante espectrometría de masas (Ang CS, Nice EC. J Proteome Res 2010; 9: 4346-55).
La presente invención tiene como objetivo superar algunos o todos los problemas asociados con la técnica anterior.
Sumario de la invención
De acuerdo con un primer aspecto de la invención, se proporciona un método para la detección de la presencia de adenoma colorrectal avanzado, comprendiendo el método: cribar una muestra de heces obtenida de un individuo para dos o más biomarcadores que comprenden mieloperoxidasa (MPO) y uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear, 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (PRTN3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, ciado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), anexina A2 (ANXA2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5), en las que la presencia o aumento de la expresión de MPO y uno o más biomarcadores, en relación con una muestra de control, es indicativo de que el individuo está en riesgo de padecer o padece un adenoma colorrectal avanzado. En una segunda realización, el primer aspecto de la invención comprende la detección de dos o más de los biomarcadores adicionales.
En una tercera realización, el primer aspecto de la invención comprende la detección de cuatro o más de los biomarcadores adicionales.
En una cuarta realización, el primer aspecto de la invención comprende la detección de los dieciséis biomarcadores.
En una quinta realización, el primer aspecto de la invención, la muestra de heces se criba para los dos o más biomarcadores usando espectrometría de masas dirigida.
En una sexta realización, el primer aspecto de la invención, la muestra de heces se criba para los dos o más biomarcadores usando agentes de unión capaces de unirse a los dos o más biomarcadores.
En una séptima realización, el primer aspecto de la invención, los agentes de unión son anticuerpos o fragmentos de los mismos.
En la octava realización, dichos anticuerpos o fragmentos de los mismos se seleccionan del grupo que consiste en scFv, Fab y un dominio de unión de una molécula de inmunoglobulina.
En una novena realización, el primer aspecto de la invención, la detección se realiza usando una matriz, opcionalmente en la que la matriz es una matriz con base en perlas o una matriz basada en una superficie.
En una décima realización, el primer aspecto de la invención, la muestra de control comprende una muestra biológica de un individuo que se sabe que está libre de adenoma colorrectal avanzado.
En la undécima realización, el primer aspecto de la invención, la muestra biológica también se analiza mediante la prueba inmunoquímica fecal.
En un segundo aspecto, la invención se refiere al uso de dos o más biomarcadores que comprenden mieloperoxidasa (MPO), y uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear, 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (Pr Tn 3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), anexina A2 (ANXA2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5) como biomarcador en muestras de heces para diagnosticar o predecir la presencia de adenoma colorrectal avanzado en un individuo.
De acuerdo con un tercer aspecto, la invención se refiere al uso de una matriz para determinar si un individuo está en riesgo de padecer o padece adenoma colorrectal avanzado de acuerdo con el método del primer aspecto de la invención, la matriz comprende uno o más agentes de unión como se define en una cualquiera de las realizaciones 6 a 8 mencionadas anteriormente.
En un cuarto aspecto, la invención se refiere al uso de mieloperoxidasa (MPO) como biomarcador en muestras de heces para detectar la presencia de adenoma colorrectal avanzado.
Una o más características descritas para cualquier aspecto de la presente invención o realizaciones preferidas o ejemplos de las mismas, descritas en el presente documento, pueden usarse junto con una o más características descritas para cualquier otro aspecto de la presente invención o realizaciones preferidas o ejemplos de los mismos descritos en el presente documento. El hecho de que una característica solo pueda describirse en relación con un aspecto, realización o ejemplo no limita su relevancia a solo ese aspecto, realización o ejemplo si es técnicamente relevante para uno o más aspectos, realizaciones o ejemplos.
Descripción detallada de la invención
Cáncer colorrectal
El tipo de célula de cáncer de colon más común es el adenocarcinoma, que representa el 95% de los casos. Otros tipos más raros incluyen el linfoma y el carcinoma de células escamosas. El adenocarcinoma colorrectal surge de lesiones precursoras llamadas adenomas, de las cuales solo una minoría progresa a cáncer. Los adenomas que progresan a cáncer se denominan adenomas de alto riesgo.
Los marcadores de proteínas tienen un gran potencial para aplicarse en la detección de CRC con base en heces, porque pueden medirse en pequeños volúmenes de muestra con ensayos simples y relativamente baratos, de los cuales el FIT ampliamente utilizado es un excelente ejemplo (Bosch LJ, et al., Molecular tests for colorectal cancer screening. Clin Colorrectal Cancer 2011; 10; 8-23; Young GP, Bosch LJW. Curr Colorrectal Cancer Rep 2011; 7: 62­ 70; Oort FA, et al., Aliment Pharmacol Ther 2010; 31: 432-9).
El presente estudio ha identificado nuevos biomarcadores de proteínas mediante la aplicación de proteómica profunda a muestras de heces. De un total de 830 proteínas humanas detectadas, 134 se enriquecieron significativamente en muestras de heces de pacientes con CRC en comparación con las muestras de heces de control, de las cuales varias mostraron un mayor poder discriminatorio que la hemoglobina y/o complementariedad a la hemoglobina.
El enfoque de medir moléculas directamente en las heces es importante para revelar biomarcadores que son estables en el entorno fecal y detectables en el ambiente de moléculas bacterianas y relacionadas con alimentos.
La presente descripción se usa ventajosamente para la detección del cáncer colorrectal, es decir, el adenocarcinoma que se encuentra en el colon. Sin embargo, los métodos de la divulgación no deben considerarse como limitados únicamente a la detección de adenocarcinomas de colon. Más bien, los métodos de la invención también son útiles en la detección de adenomas colónicos avanzados o de alto riesgo, permitiendo así la identificación de un individuo en riesgo de desarrollar cáncer colorrectal debido a la presencia de un adenoma avanzado o de alto riesgo.
Las referencias en el presente documento para la detección del cáncer colorrectal pueden incluir la detección de adenomas colónicos avanzados y adenomas de alto riesgo, así como adenocarcinoma de colon.
También se espera que los biomarcadores identificados por la presente divulgación también puedan encontrar aplicación para el diagnóstico de adenocarcinomas presentes más arriba en el tracto gastrointestinal.
Por lo tanto, la presente divulgación también puede proporcionar un método para la detección de enfermedades gastrointestinales o cáncer gastrointestinal, comprendiendo el método: la detección de una muestra biológica, por ejemplo una muestra de heces, de un individuo para uno o más biomarcadores seleccionados del grupo definido en la Tabla 1, en la que la presencia o aumento de la expresión de uno o más biomarcadores en relación con una muestra de control es indicativo de que el paciente está en riesgo de sufrir o padece una enfermedad gastrointestinal o cáncer gastrointestinal.
Muestra para detección
La muestra para la detección puede incluir líneas celulares, biopsias, sangre completa, suero sanguíneo, esputo, heces, orina, líquido sinovial, líquido de heridas, líquido cefalorraquídeo, tejido de ojos, intestino, riñón, cerebro, piel, corazón, próstata, pulmón, mama, hígado, músculo o tejido conectivo, dicho tejido opcionalmente incrustado en parafina, portaobjetos de objetos histológicos y todas las combinaciones posibles de los mismos.
De acuerdo con la invención, la muestra biológica son heces. La muestra puede prepararse por cualquier método convencional para extraer proteínas de una muestra biológica. Un ejemplo del método se puede encontrar en Ang CS, Nice EC. J Proteome Res. 2010; 9: 4346-55.
Biomarcadores
La presente descripción proporciona un conjunto de biomarcadores que pueden detectarse directamente a partir de una muestra de heces y que han demostrado ser indicadores fiables de la presencia de adenomas o adenocarcinomas de colon avanzado en un individuo.
Los biomarcadores identificados se enumeran en la Tabla 1 y/o la Tabla 6. En una realización, los métodos de la invención detectan más de un biomarcador del grupo definido en la Tabla 1, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 1 y/o la Tabla 6. En una realización alternativa, los métodos de la invención detectan más de diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 1, por ejemplo, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, treinta, cuarenta, cincuenta, sesenta, setenta, ochenta, noventa, cien de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 1 y/o la Tabla 6.
Por lo tanto, los métodos de la divulgación para detectar la presencia o aumento de la expresión de uno o más de: componente C4B del complemento (grupo sanguíneo Chido) 2 (C4A/C4B); glutámico-oxaloacético transaminasa 2, mitocondrial (aspartato aminotransferasa 2) (GOT2); glucosa-6-fosfato isomerasa (GPI); transcetolasa (TKT); N-acilaminoacil-péptido hidrolasa (APEH); grupo de histonas 1, H4c (HIST4H4 (incluye otros)); proteína5 de unión a ácidos grasos (asociada a psoriasis) (FABP5); hexosaminidasa B (polipéptido beta) (HEXB); molécula de adhesión a células epiteliales (EPCAM); que recorre NME1-NME2 (NME1-NME2); superóxido dismutasa 2, mitocondrial (SOD2); factor de alargamiento de traducción Tu, mitocondrial (TUFM); glutatión sintetasa (GSS); anexina A2 (ANXA2); ATP sintasa, transporte de H+, complejo mitocondrial F1, polipéptido beta (ATP5B); proteína de choque térmico de 10 kDa (chaperonina 10) (HSPE1); glioxalasa I (GLO1); grupo de histonas 2, H2be (HIST2H2BE (incluye otros)); proteína S100 de unión a calcio A4 (S100A4); proteína S100 de unión a calcio A11 (S100A11); latexina (lX n ); miembro 11 de deshidrogenasa/reductasa (familia SDR) (DHRS11); N-acetilglucosaminidasa, alfa (NAg Lu ); translina (TSN); subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína) alfa tipo 4 (PSMA4); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína) alfa tipo-6 (PSMA6); sustrato 1 de toxina botulínica C3 relacionada con ras (familia rho, proteína pequeña Rac1 de unión a GTP) (RAC1); adenosilhomocisteinasa (AHCY); fucosidasa, alfa-L-1, tejido (FUCA1); proteína S100 de unión a calcio P (S100P); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína) beta tipo-2 (PSMB2); X-prolil aminopeptidasa (aminopeptidasa P) 1 (XPNPEP1); queratina 18 (KRT18); subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear de 80 kDa (NCBP1); manosidasa, alfa, clase 2B, miembro 1 (MAN2B1); proteína S100 de unión a calcio A6 (S100A6); proteína que contiene valosina (VCP); quinolinato fosforibosiltransferasa (QPRT); complejo mayor de histocompatibilidad, clase I, B (HLA-B); fosfoglicerato mutasa 1 (cerebro) (PGAM1); ectonucleótido pirofosfatasa/ fosfodiesterasa 3 (ENPP3); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10); mieloperoxidasa (Mp O); creatina quinasa, mitocondrial 1B (CKMT1A/CKMT1B); proteinasa 3 (PRTN3); elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE); dedo de zinc 1 tipo CW de la familia MOr C (MORC1); ubiquitina B (UBB); fosfolipasa A2, grupo IIA (plaquetas, líquido sinovial) (PLA2G2A); anhidrasa carbónica IV (CA4); factor de alargamiento G, mitocondrial 2 (GFM2); proteína S100 de unión a calcio A7 (S100A7); proteína que aumenta la permeabilidad bactericida (BPI); colágeno, tipo VI, alfa 5 (COL6A5); homeobox 8 de LIM (LHX8); proteína 3 secretora rica en cisteína (CRISP3); azurocidina (AZU1); hemicentina 1 (HMCN1); transglutaminasa 3 (polipéptido E, proteína-glutamina gamma-glutamiltransferasa) (TGM3); proteína quinasa alfa de unión a CDC42 (similar a DMPK) (CDC42BPA); catepsina G (CTSG); resistina (RETN); metilmalonil CoA mutasa (MUT); que contiene repetición armadillo, 4 ligado a X (ARMCX4); integrina alfa-M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM); canal de calcio, dependiente del voltaje, subunidad alfa-1E tipo R (CACNA1E); invasión y metástasis 2 de linfoma de células T (TIAM2); homólogo A defectuoso en la regulación del ciclo celular de histona HIR (S. cerevisiae) (HIRA); miembro 2 de la familia dopey (DOPEY2); proteína 3 de unión a integrina beta 1 (ITGB1BP3); canal de sodio, controlado por voltaje, tipo VII, alfa (SCN7A); Rab3C, miembro de la familia de oncogenes RAS (RAB3C); marco de lectura abierta 79 del cromosoma 9 (C9orf79); factor nuclear de células T activadas, citoplasmático, dependiente de calcineurina 4 (NFATC4); UDP-glucosa glicoproteína glucosiltransferasa 2 (UGGT2); cornulina (CRNN); proteína similar a quielina/cordina (KCP); molécula CD1E (CD1E); dominio de hélice superenrollada que contiene 18 residuos (CCDC18); leucotrieno A-4 hidrolasa (LTA4H); albúmina (ALB); alfa-2-macroglobulina (A2M); componente 3 del complemento (C3); hemoglobina, beta (HBB); transferrina (TF); hemoglobina, alfa 1 (HBA1/HBA2); lactotransferrina (LTF); ceruloplasmina (ferroxidasa) (CP); catalasa (CAT); componente específico del grupo (proteína de unión a la vitamina D) (GC); inhibidor de la serpina peptidasa, clado C (antitrombina), miembro 1 (SERPINC1); cadena gamma de fibrinógeno (FGG); proteína S100 de unión a calcio A8 (S100A8); ferritina, polipéptido ligero (FTL); actina beta (ACTB); fibronectina 1 (FN1); defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)); inhibidor de la serpina peptidasa, clado G (inhibidor de C1), miembro 1 (SERPING1); proteína 4 de unión a retinol, plasma (RBP4); peroxirredoxina 2 (PRDX2); cadena alfa de fibrinógeno (FGA); inhibidor de la serpina peptidasa, clado F (antiplasmina alfa-2, factor derivado del epitelio pigmentario), miembro 2 (SERPINF2); anhidrasa carbónica II (CA2); orosomucoide 1 (ORM1/ORM2); lactato deshidrogenasa A (LDHA); vitronectina (VTN); quininógeno-1 (KNG1); actina, alfa, músculo cardíaco 1 (ACTC1); alfa-2-glicoproteína 1 rica en leucina (LRG1); gamma-glutamil hidrolasa (conjugasa, folilpoligammaglutamil hidrolasa) (GGH); enolasa 1, (alfa) (ENO1); profilina 1 (PFN1); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 7 (SERPINA7); alfa-1-microglobulina/precursor de bikunina (AMBP); lamina A/C (LMNA); apolipoproteína D (APOD); proteína de interacción con el receptor de la hormona tiroidea 11 (TRIP11); proteína de unión del componente 4 del complemento, alfa (C4BPA); tropomiosina 4 (TPM4); filamina A, alfa (FLnA); haptoglobina (HP); hemopexina (HPX); hemoglobina, delta (HBD); cadena beta de fibrinógeno (FGB); proteína S100 de unión a calcio A9 (S100A9); componente 5 del complemento (C5); familia 26 portadora de soluto, miembro 3 (SLC26A3); componente 9 del complemento (C9); componente amiloide P, suero (APCS); glicoproteína alfa-1-B (A1BG); complemento tipo C3 (LOC100133511); inhibidor H4 inter-alfa (globulina) (glicoproteína sensible a calicreína en plasma) (ITIH4); componente C8 del complemento, polipéptido alfa (C8A); inhibidor H1 inter-alfa (globulina) (ITIH1); acil-CoA deshidrogenasa, cadena muy larga (ACADVL); ADNc FLJ60317, muy similar a aminoacilasa-1 (ACY1); proteína de 35 residuos que contiene un dominio de repetición de anquirina (ANKRD35); repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6); bleomicina hidrolasa (BLMH); antígeno 12 de células estromales de médula ósea (BST1); proteína hipotética LOC643677 (C13orf40); citidina desaminasa (CDA); quitinasa 1 (quitotriosidasa) (CHIT1); catepsina C (CTSC); catepsina S (CTSS); isoforma 2 del dedicador de la proteína 4 de citocinesis (DOCK4); glutatión reductasa (GSR); dominio hect (homólogo al terminal carboxilo E6-AP (UBE3A)) y el dominio 1 similar a r Cc 1 (CHC1) (RLD) (h Er C1); dominio hect y RLD 2 (HERC2); complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DR beta 5 (HLA-DRB5); isocitrato deshidrogenasa 1 (NADP ), soluble (IDH1); inhibidor inter-alfa (globulina) H2 (ITIH2); proteína no caracterizada KIAA1797 (KIAA1797); lisozima C (Ly Z); nebulina (NEB); quinasa 10 relacionada con NiMa (nunca en el gen a de mitosis) (NEK10); peptidasa D (PEPD); quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1); ribonucleasa T2 (RNASET2); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 1 (SERPINA1); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 3 (SERPINA3); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 3 (SERPINB3); dominio SET que contiene 2 residuos (SETD2); similar a shugoshina 2 (SGOL2); ácido siálico acetilesterasa (SIAE); envoltura nuclear 1, que contiene repetición de espectrina (SYNE1); transaldolasa 1 (TALDO1); receptor del gusto tipo 2 miembro 42 (TAS2R42); triosafosfato isomerasa 1 (TPI1); vinculina (VCL); proteína 16 de membrana de gránulos de zimógeno (ZG16); proteína hipotética LOC79887 (PLBD1); isoforma 1 de la subunidad A de repetición de anquirina reguladora de la proteína serina/treonina fosfatasa 6 (ANKRD28); cistatina-C (CST3); D-dopacromo descarboxilasa (DDT); proteína 1 asociada a sinapsis (SYAP1); subunidad alfa tipo 2 del proteasoma (PSMA2); homólogo de SUB1 (S. cerevisiae) (SUB1); glicoproteína 3 asociada a microfibrillas (MFAP3); catepsina D (CTSD); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 1 (PSMB1); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 5 (PSMB5); ADNc FLJ61112, muy similar a la proteína KCTD15 que contiene el dominio BTB/POZ (KCTD15); prolil-4-hidroxilasa, polipéptido beta (P4HB); glutatión peroxidasa 1 (GPX1); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5); isoforma 1 de colágeno, tipo IV, proteína de unión alfa 3 (antígeno de Goodpasture) (COL4A3BP); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 6 (PSMB6); queratina 20 (KRT20); subunidad pequeña 1 de calpaína (CAPNS1); peroxirredoxina 3 (Pr Dx 3); miembro 2 de la familia NACC, que contiene el dominio BEN y BTB (POZ) (NACC2); inhibidor 2 de disociación de Rho GDP (ARHGDIB); factor inhibidor de migración de macrófagos (MIF); proteína 6 de unión a Ran (RANBP6); homólogo 3 de spinster (Drosophila) (SPNS3); componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2); fumarilacetoacetasa (FAH); proteína 8 de choque térmico de 70 kDa (HSPA8); proteína 1 señal, unida a membrana, abundante en el cerebro (BASP1); Aminotransferasa de aminoácidos de cadena ramificada (BCAT2); moesina (MSN); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 8 (SERPINB8); glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD); isoforma 1 de la proteína UPF0557 C10orf119 (C10orf119); prosaposina (PSAP); factor 1 gamma de alargamiento de traducción eucariota (EEF1G); cuatro y medio dominios 1 de LIM (FHL1); carboxipeptidasa, tipo vitelogénica (CPVL); familia tipo tirosina ligasa de tubulina, miembro 3 (TTLL3); IPI: IPI00942608.1 | ENs Em BL: ENSP0000 (no mapeada; proteína de 26 kDa); subfamilia 2 de la proteína BstNI rica en prolina (PRB1/PRB2); protocadherina 8 (Pc Dh 8); proteína 1 tipo alfa-2-macroglobulina (A2ML1); guanina desaminasa (GDA); lipocalina 1 (LCN1); histona H1.4 (HIST1H1E); IPI: IPI00937064.1 | REFSEQ: XP_002342720 (ZAN); ribonucleoproteína nuclear heterogénea A2/B1 (HNRNPA2B1); aminopeptidasa 2 del retículo endoplasmático (ERAP2); 14-3-3 proteína zeta/delta (YWHAZ); receptor 39 acoplado a proteína G (GPR39); similar a proteína KIAA1783 (proteína KIAA1783); proteína de unión a apolipoproteína A-I (APOA1BP); dominio de pleckstrina y Sec7 que contiene 2 residuos (PSD2); prolilcarboxipeptidasa (angiotensinasa C) (PRCP); cadena alfa-1C de tubulina (TUBA1C); proteína 5 similar a calmodulina (CALML5); homólogo de proteína 3 relacionada con actina ARP3 (levadura) (ACTR3); miosina, cadena ligera 6, álcali, músculo liso y no muscular (MYL6); fosfoproteína estimulada por vasodilatador (VASP); homólogo de proteína 2 relacionada con actina ARP2 (levadura) (ACTR2); factor reumatoide (RF-IP18); fosfoglicerato quinasa 1 (PGK1); miembro F1 de la familia 35 portadora de soluto (SLC35F1); miembro F1 de la familia 35 portadora de soluto (SLC35F1); fosfatasa alcalina, hígado/hueso/riñón (ALPL); I tropomiosina 3 (TPM3); hexoquinasa 3 (HK3); vimentina (VIM); anexina A1 (ANXA1); IPI: IPI00930073.1 | TREMBL: B2R853 (KRT6C); queratina, citoesquelética 6C tipo II (KRT6C); miosina, cadena pesada 13, músculo esquelético (MYH13); progresión del ciclo celular 1 (CCPG1); proteína hipotética (H-INV); canal de calcio, dependiente del voltaje, tipo L, subunidad alfa 1D (CACNA1D); dominio LY6/PLAUR que contiene 5 residuos (LYPD5); dominio aarF que contiene quinasa 2 (ADCK2); miosina-Ic (MYO1C); proteína 2 de unión a la proteína precursora de amiloide beta (cola citoplasmática) (APPBP2); integrina alfa 2b (glicoproteína plaquetaria IIb del complejo IIb/IIIa, antígeno CD41) (ITGA2B); tubulina, beta 6 (TUBB6); tipo sinaptotagmina 4 (s Yt l 4); aquaporina 4 (AQP4); ciclo 42 de división celular (proteína de unión a GTP, 25 kDa) (CDC42); miosina, cadena ligera 12b , reguladora (MYL12B); proteína tipo L-Myc-2 (LOC100293553); RAP1B, miembro de la familia de oncogenes RAS (RAP1B); glicoproteína iX (plaquetas) (GP9); dextrina (DSTN); componente 1 del complemento, subcomponente q, cadena C (C1QC); sustrato 8 de la vía del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EPS8); fosfatasa 3 de doble especificidad (DUSP3); familia de genes homólogos de ras, miembro A (RHOA); miosina, cadena ligera 9, reguladora (MYL9); peptidilprolil isomerasa A (ciclofilina A) (PPIA); cofilina 1 (c Fl 1); y/o lactotransferrina (LTF), colágeno, tipo XII, alfa 1 (COL12A1), agrina (AGRN), proteína de unión a MYB (P160) 1a (MYBBP1A), proteína asociada al dominio de transformación/transcripción (TRRAP), anexina A6 (ANXA6), proteína 5 asociada al citoesqueleto (CKAP5), componente 5 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM5), importina 4 (IPO4), tipo neurobeachina 2 (NBEAL2), componente 4 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM4), 2'-5'-oligoadenilato sintetasa 3, 100 kDa (OAS3), componente 3 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM3), subunidad 1 de la enzima E1 activadora de NEDD8 (NAE1), motivo tripartita que contiene 28 residuos (TRIM28), fusionado en sarcoma (FUS), fenilalanil-tARN sintetasa, subunidad alfa (FARSA), antígeno de diferenciación nuclear de células mieloides (MNDA), supresor del homólogo Ty 16 (S. cerevisiae) (SUPT16H), polipéptido 5 de la caja DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) (DDX5), tenascina C (TNC), homólogo 7 de importación nuclear (S. cerevisiae) (NIP7), proteína 4 de unión a ADN helicasa del cromodominio (CHD4), regulador de la condensación cromosómica 2 (RCC2), ADN (citosina-5-)-metiltransferasa 1 (DNMT1), exportina 4 (XPO4), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 5 (épsilon) (CCT5), factor 9 de empalme rico en serina/arginina (SRSF9), espectrina, beta, no eritrocítica 2 (SPTBN2), inhibidor 1 de la metalopeptidasa TIMP (TIMP1), nidógeno 1 (NID1), ribonucleótido reductasa M1 (RRM1), factor 4 gamma de iniciación de la traducción eucariota, 1 (EIF4G1), componente del complejo 4 oligomérico de Golgi (COG4), polimerasa (dirigida al ADN), delta 1, subunidad catalítica de 125 kDa (POLD1), factor 3b de empalme, subunidad 2, 145 kDa (SF3B2), componente 2 exosómico (EXOSC2), componente 6 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM6), plastina 3 (PLS3), aldolasa B, fructosa-bisfosfato (ALDOB), homólogo de SMG1, fosfatidilinositol 3-quinasa relacionada con la quinasa (C. elegans) (SMG1), transición 1 de fase G1 a S (GSPT1), proteína reguladora de empalme tipo KH (k Hs RP), polipéptido 21 de la caja DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) (DDX21), proteína de transferencia de fosfatidilinositol, beta (PITPNB), homólogo de acuario (ratón) (AQR), ribonucleoproteína nuclear heterogénea tipo D (HNRPDL), anexina A3 (ANXA3), procesamiento del precursor 1, subunidad de ribonucleasa P/MRP (S. cerevisiae) (POP1), mantenimiento estructural de los cromosomas 2 (SMC2), dineína, citoplasmática 1, cadena intermedia ligera 2 (DYNC1LI2), peptidilprolil isomerasa D (PPID), clasificación de proteínas vacuolares 37 homólogo B (S. cerevisiae) (VPS37B), adrenérgico, beta, receptor quinasa 1 (ADRBK1), homólogo de control mitótico DIS3 (S. cerevisiae) (DIS3), polipéptido A de polimerasa I (ARN), 194 kDa (POLR1A), complejo t 1 (TCP1), placofilina 3 (PKP3), familia del dominio de ribonucleoproteína La, miembro 1B (LARP1B), poli (ADP-ribosa) polimerasa 1 (PARP1), molécula CD46, proteína reguladora del complemento (CD46), quinasa 2 activada por proteína p21 (Cdc42/Rac) (PAK2), casete de unión a ATP, subfamilia E (OABP), miembro 1 (ABCE1), peptidasa 14 específica de ubiquitina (tARN-guanina transglucosilasa) (USP14), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 3 (gamma) (CCT3), proteína 1 activadora de Ran GTPasa (RANGAP1), desoxitimidilato quinasa (timidilato quinasa) (DTYMK), N-miristoiltransferasa 1 (NMT1), tipo dinamina 1 (DNM1L), proteína 2 transmembrana inducida por interferón (1-8D) (IFITM2), miembro 1 de la familia de fermitina (FERMT1), cofactor D de plegado de tubulina (TBCD), factor 10 de empalme rico en serina/arginina (LOC100505793/SRSF10), quinasa tipo STE20 (Sl K), mucina 5AC, moco oligomérico/formador de gel (MUC5AC/MUC5B), metionil-tARN sintetasa (MARS), homólogo SMEK 1, supresor de mek1 (Dictyostelium) (SMEK1), caja 2 del grupo de alta movilidad (HMGB2), dominio que no contiene POU, de unión a octámero (NONO), factor de crecimiento transformante, inducido por beta, 68 kDa (TGFBI), fibulina 2 (FBLN2), proteína de unión a lipoproteína de alta densidad (HDLBP), colágeno, tipo IV, alfa 2 (COL4A2), copina I (Cp Ne 1), N(alfa)-acetiltransferasa 50, subunidad catalítica NatE (NAA50), homólogo de LSM7, pequeño ARN nuclear U6 asociado (S. cerevisiae) (LSM7), proteína 1 de reconocimiento específica de la estructura (SSRP1), importina 8 (IPO8), yippee tipo 5 (Drosophila) (YPEL5), fosfoglucomutasa 3 (PGM3), proteína 40 de dedo anular (RNF40), mantenimiento estructural de cromosomas 3 (SMC3), familia derivada de islotes de regeneración, miembro 4 (REG4), factor 3a de empalme, subunidad 3, 60 kDa (SF3A3), trombospondina 1 (THBS1), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 6A (zeta 1) (CCT6A), homólogo del factor 8 de procesamiento previo al ARNm PRP8 (S. cerevisiae) (PRPF8), simplequina (SYMPK), proteína 1 de unión al elemento alejado secuencia arriba (FUSE) (FUBP1), factor 1 auxiliar de a Rn nuclear pequeño U2 (U2AF1), huntingtina (HTT), factor 5B de iniciación de la traducción eucariota (EIF5B), proteína de esperma autoantigénica nuclear (unión a histona) (NASP), ribonucleoproteína K nuclear heterogénea (HNRNPK), proteína 1 de unión a la caja Y (YBX1), anexina A11 (ANXA11), tipo proteína RecQ (ADN helicasa tipo q 1 (RECQL), cortactina (CTTN), tubulina, beta 3 (TUBB3), tipo pirrolina-5-carboxilato reductasa (PYCRL), periplaquina (PPL), fosfoglucomutasa 1 tipo 2 (PGM2L1), marco 49 de lectura abierta del cromosoma 17 (C17orf49), homólogo 4 de cambio de ARNm (S. cerevisiae) (MRTO4), metiltransferasa tipo 1 (METTL1), antígeno de carcinoma de células escamosas reconocido por las células T 3 (SART3), proteína S100 de unión a calcio A13 (S100A13), tipo aminopeptidasa 1 (NPEPL1), quinasa 1 dependiente de ciclina (CDK1), componente n-recognina 1 de proteína ligasa ubiquitina E3 (UBR1), proteína 18 activadora de Rho GTPasa (ARHGAP18), partícula de reconocimiento de señal de 14 kDa (proteína de unión al ARN homóloga de Alu) (SRP14), péptido antimicrobiano catelicidina (CAMP), factor de empalme rico en prolina/glutamina (SFPQ), activador de proteína RAS p21 (proteína activadora de GTPasa) 1 (RASA1), proteína activadora de Ral GTPasa, subunidad beta (no catalítica) (Ra Lg APB), laminina, beta 1 (LAMB1), subunidad 2 de proteína activadora de GTPasa RAB3 (no catalítica) (RAB3GAP2), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 8 (theta) (CCT8), ribonucleoproteína nuclear heterogénea tipo L (HNRPLL), proteína 1 de unión a RAN (RANBP1), cinetocoro asociado 1 (KNTC1), disqueratosis congénita 1, disquerina (DKC1), caseína quinasa 2, polipéptido alfa 1 (CSNK2A1), dominio CAP-GLY que contiene la proteína enlazadora 1 (CLIP1), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 2 (beta) (CCT2), familia tipotirosina ligasa de tubulina, miembro 12 (TTLL12), ataxia telangiectasia mutada (ATM), factor de empalme 3a, subunidad 1, 120 kDa (SF3A1), proteína S20 ribosómica (RPS20), enzima E2O de conjugación de ubiquitina (UBE2O), región promotora translocada (para el oncogén MET activado) (TPR), BRCA2 y proteína de interacción con CDKN1A (BCCIP), proteína 5 asociada a gem (orgánulo nuclear) (GEMIN5), subunidad ribonucleasa P/MRP de 30 kDa (RPP30), pérdida de heterocigosidad, 12, región 1 cromosómica (LOH12CR1), proteína 2 de unión a sintaxina (STXBP2), enzima E2H que se conjuga con ubiquitina (UBE2H), homólogo B de la proteína 2 que interactúa con disco DIP2 (Drosophila) (DIP2B), RAP1, estimulador 1 de disociación de GTP-GDP (RAP1GDS1), ribonucleoproteína M nuclear heterogénea (HNRNPM), dominio 7 de LIM (LMO7), proteína 25 del motivo de unión a ARN (RBM25), familia de la aldehído deshidrogenasa 7, miembro A1 (ALDH7A1), factor 1 específico de escisión y poliadenilación, 160 kDa (CPSF1), calponina 2 (CNN2), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 7 (eta) (CCT7), lisil-tARN sintetasa (KARS), UDP-N-acteilglucosamina pirofosforilasa 1 (UAP1), proteína de choque térmico de 70 kDa tipo 4 (HSPA4L), proteína de 138 kDa (proteína de 138 kDa), thimet oligopeptidasa 1 (THOP1), glutarredoxina 3 (GLRX3), fosfoglicerato deshidrogenasa (PHGDH), homólogo de CDV3 (ratón) (CDV3), mantenimiento estructural de cromosomas 4 (SMC4), proteína 3 del motivo de unión a ARN (RNP1, Rr M) (RBM3), factor de crecimiento derivado de hepatoma (HDGF), ribonucleoproteína nuclear heterogénea U (factor A de unión al andamio) (HNRNPU), proteína 1 de unión al receptor nuclear (NRBP1), polipéptido B, de polimerasa (ARN) I, de 128 kDa (POLR1B), proteína fosfatasa 5, subunidad catalítica (PPP5C), glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD), arginasa, hígado (ARG1), 3-hidroxi-3-metilglutaril-CoA sintasa 1 (soluble) ( HMGCS1), enzima 2 activadora del modificador similar a la ubiquitina (UBA2), KIAA1033 (KIAA1033), anexina A4 (ANx A4), polipéptido 17 de la caja DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) (DDX17), familia de fosfoproteína 32 nuclear ácida (rica en leucina), miembro E (ANP32E), glucosamina (UDP-N-acetil)-2-epimerasa/N-acetilmannosamina quinasa (GNE), KIAA0368 (KIAA0368), homólogo B de clasificación de proteínas vacuolar 4 (S. cerevisiae) (VPS4B), proteína de replicación A1, 70 kDa (RPA1), factor 2 de iniciación de la traducción eucariota, subunidad 1 alfa, 35 kDa (EIF2S1), factor 3 de iniciación de la traducción eucariota, subunidad J (EIF3J), supresor del homólogo Ty 6 (S. cerevisiae) (SUPT6H), proteína 1 de choque térmico de 105 kDa/110 kDa (HSPH1), exportina 5 (XPO5), factor A de alargamiento de la transcripción (SII), 1 (TCEA1), antígeno B del síndrome de Sjogren (autoantígeno La) (SSB), proteína 1 de unión a AE (AEBP1), LIM y dominios 1 ricos en cisteína (LMCD1), factor 3 de unión al potenciador de interleuquina, 90 kDa (ILF3), dominio 61 de repetición de WD (WDR61), N(alfa)-acetiltransferasa 15, subunidad auxiliar NatA (NAA15), factor 4 de empalme rico en serina/arginina (SRSF4), proteína 20 de dedo anular (RNF20), lactamasa, beta 2 (LACTB2), homólogo de ribonucleoproteína NHP2 (levadura) (NHP2), marco de lectura abierto 28 del cromosoma 17 (C17orf28), CTP sintasa II (CTPS2), homólogo 1 de fascina, proteína de agolpamiento de actina (Strongylocentrotus purpuratus) (FSCN1), tARN nucleotidil transferasa, adición de CCA, 1 (TRNT1), proteína 1 rica en glutamina/lisina reguladora de empalme (SREK1), antígeno 1 estromal (STAG1), proteína de unión a oxisterol (OSBP), desoxiuridina trifosfatasa (DUT), dominio de hélice superenrollada que contiene 25 residuos (CCDC25), oncogén DEK (DEK), dominio de hélice superenrollada que contiene 72 residuos (CCDC72), polipéptido E de polimerasa (ARN) II (dirigido por ADN), 25 kDa (POLR2E), fosfoserina fosfatasa (PSPH), mantenimiento estructural de los cromosomas 1A (SMC1A), polipéptido 23 de la caja DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) (DDX23), homólogo de tARN metiltransferasa 11-2 (S. cerevisiae) (TRMT112), subunidad 2 homóloga fotomorfogénica constitutiva de COP9 (Arabidopsis) (COPS2), muerte celular programada 5 (PDCD5), quinasa 2 dependiente de ciclina (CDK2), subunidad 26S de proteasoma (prosoma, macropaína), sin ATPasa, 3 (PSMD3), proteína 2 de unión a RAN (RAn Bp2), proteína 1 de unión a ARNm SERPINE1 (SERBp1), N-acetilglucosamina transferasa (GlcNAc) enlazada a O (UDp-N-acetilglucosamina: polipéptido-N-acetilglucosaminil transferasa) (OGT), complejo sin SMC condensina I, subunidad D2 (NCAPD2), regulador de cromatina dependiente de actina, relacionado con SWI/SNF, asociado a la matriz, subfamilia c, miembro 2 (SMARCC2), homólogo de ribonucleoproteína NOP10 (levadura) (NOP10), inhibidor 5 de apoptosis (API5), tráfico de vesículas sensibles a LPS, que contiene beige y ancla (LRBA), receptor de partículas de reconocimiento de señal (proteína de acoplamiento) (SRPR), receptor de transferrina (p90, CD71) (TFRC), cremallera básica de leucina y dominios 2 W2 (BZW2), ribonucleasa, familia 3 de RNasa A (RNa Se 3), inhibidor de unión a diazepam (modulador del receptor GABA, proteína de unión a acil-CoA) (DBI), proteína 4 de unión a FK506, 59 kDa (FKBP4), marco 130 de lectura abierto del cromosoma 6 (C6orf130), cofactor de Br CA1 (COBRA1), endonucleasa 1 específica de la estructura de aleta (FEN1), glucano (1,4-alfa-), enzima ramificadora 1 (GBE1), polipéptido B de ribonucleoproteína nuclear pequeña (SNRPB2), cofactor NSFL1 (p97) (p47) (NSFL1C), acil-CoA tioesterasa 7 (ACOT7), familia del dominio NOP2/Sun, miembro 2 (NSUN2), TCP1 que contiene chaperonina, subunidad 4 (delta) (CCT4), peptidasa 6 relacionada con calicreína (KLK6), glutaminil-péptido ciclotransferasa (QPCT), atanógeno 6 asociado a BCL2 (BAG6), factor 3 de iniciación de la traducción eucariota, subunidad C (EIF3C/EIF3CL), ATPasa, que transporta H+, lisosomal de 56/58 kDa, V1 subunidad B2 (ATP6V1B2), matriz de metalopeptidasa 8 (colagenasa de neutrófilos) (MMP8), subunidad 26S del proteasoma (prosoma, macropaína), ATPasa, 5 (PSMC5), regulador de retroalimentación de GTP ciclohidrolasa I (GCHFR), poli(A) polimerasa alfa (PAPOLA), tipo hipocalcina 1 (HPCAL1), proteína 1 de unión a la proteína (dominio SH3) activadora de GTPasa (G3BP1), polipéptido A de polimerasa (ARN) III (dirigido por ADN), 155 kDa (POLR3A), actividad 2 viralicídica superasesina tipo 2 (S. cerevisiae) (SKIV2L2), polipéptido A de polimerasa (ARN) II (dirigido por ADN), 220 kDa (POLR2A), colágeno, tipo I, alfa 2 (COL1A2), fibrilarina (FBL), glutamil-prolil-tARN sintetasa (EPRS), ELAV (embrionaria letal, visión anormal, Drosophila) tipo 1 (antígeno Hu R) (ELAVL1), subunidad 2 de proteína de unión a la caperuza nuclear, 20 kDa (NCBp2), control general de GCN1 de la síntesis 1 de aminoácidos tipo 1 (levadura) (GCN1L1), histona acetiltransferasa 1 (HAT1), antígeno estromal 2 (STAG2), sorbitol deshidrogenasa (SORD), REX2, homólogo de ARN exonucleasa 2 (S. cerevisiae) (REXO2), ribonucleoproteína F nuclear heterogénea (HNRNPF), timopoyetina (TMPO) peptidasa 24 específica de ubiquitina (USP24), KIAA1967 (KIAA1967), componente 1 del complemento, subcomponente r (C1R), anexina A7 (ANXA7), tipo RuvB 2 (E. coli) (RUVBL2), acireductona dioxigenasa 1 (ADI1), factor 4A3 de iniciación de la traducción eucariota (EIF4A3), ribonucleoproteína U nuclear heterogénea tipo 2 (HNRNPUL2), n-recognina 4 componente de la proteína ligasa E3 ubiquitina (UBR4), regulador de cromatina dependiente de actina, asociado a la matriz, relacionado a SWI/SNF, subfamilia a, miembro 2 (SMARCA2), citocromo b5 reductasa 2 (CYB5R2), factor 3b de empalme, subunidad 3, 130 kDa (SF3B3), supresor 1 de la ruta de la proteína G (GPS1), detención mitótica deficiente MAD2 tipo 1 (levadura) (MAD2L1), fosfolipasa C, gamma 1 (PLCG1), factor 4H de iniciación de la traducción eucariota (EIF4H), factor 2 auxiliar de ARN nuclear pequeño U2 (U2AF2), proteína 1 de unión a tanquirasa 1, 182 kDa (TNKS1BP1), transglutaminasa 2 (polipéptido C, proteína-glutamina-gammaglutamiltransferasa) (TGM2), ribonucleoproteína L nuclear heterogénea (HNRNPL), inositol polifosfato-5-fosfatasa, 145 kDa (INPP5D), anexina A10 (ANXA10) homólogo de BUD31 (S. cerevisiae) (BUD31),
proteína de transferencia de fosfatidilinositol, alfa (PITPNA), leucil-tARN sintetasa (LARS), nicotinamida N-metiltransferasa (NNMT), subunidad 26S de proteasoma (prosoma, macropaína), no ATPasa, 12 (PSMD12), homólogo del Oncogene CT10 del virus de sarcoma de v-crk (aviar) (CRK), proteoglicano 2, médula ósea (activador de células asesinas naturales, proteína básica principal del gránulo de eosinófilos) (PRG2), versicano (VCAN), exportina, tARN (receptor de exportación nuclear para los tARN) (XPOT), homólogo de la proteína nucleolar EMG1 (S. cerevisiae) (EMG1), marco 73 de lectura abierto del cromosoma 11 (C11orf73), transportina 1 (TNPO1), proteína 2 de unión beta del factor de crecimiento transformante latente (LTBP2), dominio de choque frío que contiene E1, unión a ARN (CSDE1),
sulfirredoxina 1 (SRXN1), componente 1 de paraspeckle (PSPC1), proteína S3A ribosómica (RPS3A), modificador tipo ubiquitina ISG15 (ISG15), polipéptido B de polimerasa (ARN) II (dirigido por ADN), 140 kDa (POLR2B), factor de transcripción general IIi (GTF2I), proteína 2 de cromosoma sin histona NHP2 tipo 1 (S. cerevisiae) (NHP2L1), subunidad 26S del proteasoma (prosoma, macropaína), sin ATPasa, 10 (PSMD10), transductor de señal y activador de la transcripción 1, 91 kDa (STAT1), dominio de unión de GTP del factor de alargamiento Tu que contiene 1 residuo (EFTUD1), subunidad 23 del complejo mediador (MED23), factor 2C de iniciación de la traducción eucariota, 2 (EIF2C2), proteína 4B del motivo de unión de a Rn (Rb M4B), KIAA0664 (KIAA0664) factor de unión al núcleo, subunidad beta (CBFB),
proteína de unión a poli(A), citoplasmática 1 (PABPC1), nicotinamida fosforibosiltransferasa (NAMPT), proteína 2 de unión a ácido retinoico celular (CRABP2), interactuador 12 del receptor de la hormona tiroidea (TRIP12), homólogo de DnaJ (Hsp40), subfamilia C, miembro 9 (DNAJC9), dominio de transferencia de lípidos relacionado con StAR (START) que contiene 10 residuos (STARD10), proteína 213 de dedo anular (RNF213), factor 2B de iniciación de la traducción eucariota, subunidad 5 épsilon, 82 kDa (EIF2B5), homólogo 2 de bolA (E. coli) (BOLA2/BOLA2B), antígeno 5 expresado en meningioma (hialuronidasa) (MGEA5), Rab geranilgeraniltransferasa, subunidad alfa (RABGGTA), dominio de descarboxilasa dependiente de piridoxal que contiene 1 residuo (PDXDC1), componente 8 del exorna (EXOSC8), fosfoserina aminotransferasa 1 (PSAT1), factor 6 de iniciación de la traducción eucariota (EIF6), marco 13 de lectura abierto del cromosoma 16 (C16orf13), transductor de señal y activador de la transcripción 3 (factor de respuesta de fase aguda) (STAT3), proteína 1 de matriz extracelular similar a fibulina que contiene EGF (EFEMP1), defensina, alfa 6, específica de la célula de Paneth (DEFA6), pirofosfatasa (inorgánica) 1 (PPA1), glutatión peroxidasa 2 (gastrointestinal) (GPX2), homólogo D de unc-13 (C. elegans) (UNC13D), proteína tirosina fosfatasa, sin receptor tipo 6 (PTPN6), miosina XVlIIA (MYO18A), fibulina 1 (FBLN1), proteína ribosómica L19 (RPL19), homólogo diáfano 1 (Drosophila) (DIAPH1), homólogo de reparación por escisión del nucleótido MMS19 (S. cerevisiae) (MMS19), motivo 21 tipo nudix (fracción X ligada a nucleósido difosfato) (NUDT21), factor 3b de empalme, subunidad 5, 10 kDa (SF3B5), ribonucleoproteína que contiene el dominio SAP (SARNP), factor 2 de intercambio del nucleótido guanina del factor de ribosilación de a Dp (inhibido por brefeldina A) (ARFGEF2), proteína 1 de unión a guanilato, inducible por interferón (GBP1), dominio HECT, UBA y WWE que contiene 1 residuo (HUWE1), procesamiento del precursor 7, subunidad de ribonucleasa P/MRP (S. cerevisiae) (POP7), factor de iniciación de la traducción eucariota 2B, subunidad 3 gamma, 58 kDa (EIF2B3), N(alfa)-acetiltransferasa 10, subunidad catalítica NatA (NAA10), homólogo de DnaJ (Hsp40), subfamilia B, miembro 1 (DNAJB1), alfa quinasa 2 del factor 2 de iniciación de la traducción eucariota (EIF2AK2), dominio de unión a GTP del factor Tu de alargamiento que contiene 2 residuos (EFTUD2), grancalcina, proteína de unión a calcio con mano EF (GCA), molécula de adhesión celular neuronal (NRCAM), polipéptido 16 de caja DEAH (Asp-Glu-Ala-His) (DHX16), que contiene la pequeña repetición del tetratricopéptido rico en glutamina (TPR), alfa (SGTA), serina/treonina quinasa 10 (STK10), supresor de smu-1 del homólogo de mec-8 y unc-52 (C. elegans) (SMU1), homólogo del factor 4 de procesamiento de pre-ARNm PRP4 (levadura) (PRPF4), ribonucleoproteína nuclear heterogénea D (proteína 1 de unión a ARN del elemento rico en AU, 37 kDa) (HNRNPD), sintasa CTp (CTPS), factor de estimulación de escisión, 3' pre-ARN, subunidad 3, 77 kDa (CSTF3), factor de estimulación de escisión, 3' pre-ARN, subunidad 1, 50 kDa (CSTF1), ribonucleoproteína nuclear heterogénea 1 tipo U (HNRNPUL1), proteína ribosómica S5 (RPS5), proteína tirosina fosfatasa, tipo 11 sin receptor (PTPN11), ladinina 1 (LAD1), componente del complejo de Golgi oligomérico 2 (COG2), culina 2 (CUL2), proteína ribosómica s 17 (RPS17/RPS17L), subunidad 26S de proteasoma (prosoma, macropaína), sin ATPasa, 4 (PSMD4), anexina A1 (ANXA1), anexina A2 (ANXA2), ribonucleótido formiltransferasa 5-aminoimidazol-4-carboxamida/IMP ciclohidrolasa (ATIC), azurocidina 1 (AZU1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), quitinasa 1 tipo 3 (glicoproteína 39 de cartílago) (CHI3L1), carbamoil-fosfato sintasa 1, mitocondrial (CPS1), catepsina G (CTs G), defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)), eliminada en tumores malignos de cerebro 1 (DMBT1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), lipocalina 2 (LCN2), lectina, proteína de unión a 3, soluble, que se une a galactósido (LGALS3BP), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), metalopeptidasa 9 de matriz (gelatinasa B, gelatinasa de 92 kDa, colagenasa tipo IV de 92 kDa) (MMP9), mieloperoxidasa (MPO), mucina 5AC, moco oligomérico/formador de gel (MUC5AC/MUC5B), subunidad 1 de proteína de unión a la caperuza nuclear, 80 kDa (NCBP1), neurofibromina 1 (NF1), olfactomedina 4 (OLFM4), PDS5, regulador del mantenimiento de la cohesión, homólogo A (S. cerevisiae) (PDS5A), proteína 1 de reconocimiento de peptidoglucano (PGLYRP1), proteinasa 3 (PRTN3), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), regeneración 1 alfa derivada de islotes (REG1A), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5), homólogo A de unc-45 (C. elegans) (UNC45A).
En una realización, los métodos de la divulgación detectan uno o más biomarcadores, cuya presencia en una muestra es indicativa de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de cáncer colorrectal.
En una realización alternativa, los métodos de la divulgación detectan uno o más biomarcadores, cuya expresión aumentada en una muestra en relación con una muestra de control es indicativo de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de cáncer colorrectal.
En una realización preferida, los métodos de la divulgación detectan uno o más biomarcadores del grupo definido en la Tabla 2. Los biomarcadores proporcionados en la Tabla 2 representan un subconjunto preferido de los definidos en la Tabla 1, cuya expresión diferencial es relativa a las muestras de control se considera estadísticamente significativa. Por lo tanto, este grupo de biomarcadores representa un panel de biomarcadores a partir del cual se puede seleccionar cualquier número de biomarcadores para la detección.
Por lo tanto, en una realización, los métodos de la divulgación pueden detectar más de un biomarcador del grupo definido en la Tabla 2, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 2. En una realización alternativa, los métodos de la divulgación detectan más de diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 2, por ejemplo, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, treinta, cuarenta, cincuenta, sesenta, setenta, ochenta, noventa, cien de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 2. Por lo tanto, los métodos de la divulgación detectan la presencia o aumento de la expresión de uno o más de: componente C4B del complemento (grupo sanguíneo Chido) 2 (C4A/C4B); glutámico-oxaloacético transaminasa 2, mitocondrial (aspartato aminotransferasa 2) (GOT2); glucosa-6-fosfato isomerasa (GPI); transcetolasa (TKT); N-acilaminoacil-péptido hidrolasa (APEH); grupo de histonas 1, H4c (HIST4H4 (incluye otros)); proteína 5 de unión a ácidos grasos (asociada a psoriasis) (FABP5); hexosaminidasa B (polipéptido beta) (HEXB); molécula de adhesión celular epitelial (EPCa M); nucleósido difosfato quinasa (NME1-NME2); superóxido dismutasa 2, mitocondrial (SOD2); factor de alargamiento de traducción Tu, mitocondrial (TUFM); glutatión sintetasa (GSS); anexina A2 (ANXA2); ATP sintasa, transporte de H+, complejo mitocondrial F1, polipéptido beta (ATP5B); proteína de choque térmico de 10 kDa (chaperonina 10) (HSPE1); glioxalasa I (GLO1); grupo de histonas 2, H2be (HIST2H2BE (incluye otros)); proteína S100 de unión a calcio A4(S100A4); proteína S100 de unión a calcio A11 (S100A11); latexina (LXN); miembro 11 de deshidrogenasa/reductasa (familia SDR) (DHRS11); N-acetilglucosaminidasa, alfa (NAGLU); translina (TSN); subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína) alfa tipo 4 (PSMA4); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína) alfa tipo-6 (PSMA6); sustrato 1 de toxina botulínica C3 relacionada con ras (familia rho, proteína pequeña Rac1 de unión a GTP) (RAC1); adenosilhomocisteinasa (AHCY); fucosidasa, alfa-L-1, tejido (FUCA1); proteína S100 de unión a calcio P (S100P); subunidad de proteasoma (prosoma, macropaína) beta tipo-2 (PSMB2); X-prolil aminopeptidasa (aminopeptidasa P) 1 (XPNPEP1); queratina 18 (KRT18); subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear de 80 kDa (NCBP1); manosidasa, alfa, clase 2B, miembro 1 (MAN2B1); proteína S100 de unión a calcio A6 (S100A6); proteína que contiene valosina (VCP); quinolinato fosforibosiltransferasa (QPRT); complejo mayor de histocompatibilidad, clase I, B (HLA-B); fosfoglicerato mutasa 1 (cerebro) (PGAM1); ectonucleótido pirofosfatasa/fosfodiesterasa 3 (ENPP3); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10); mieloperoxidasa (MPO); creatina quinasa, mitocondrial 1B (CKMT1A/CKMT1B); proteinasa 3 (PRTN3); elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE); dedo de zinc 1 tipo CW de la familia MORC (MORC1); ubiquitina B (Ub B); fosfolipasa A2, grupo IIA (plaquetas, líquido sinovial) (PLA2G2A); anhidrasa carbónica IV (CA4); factor de alargamiento G, mitocondrial 2 (GFM2); proteína S100 de unión a calcio A7 (S100A7); proteína que aumenta la permeabilidad bactericida (BPI); colágeno, tipo VI, alfa 5 (COL6A5); homeobox 8 de LIM (LHX8); proteína 3 secretora rica en cisteína (CRISP3); azurocidina (AZU1); hemicentina 1, (HMCN1); transglutaminasa 3 (polipéptido E, proteína-glutamina gamma-glutamiltransferasa) (TGM3); proteína quinasa alfa de unión a CDC42 (similar a DMPK) (CDC42BPA); catepsina G (CTSG); resistina (ReTN); metilmalonil CoA mutasa (MUT); que contiene repetición armadillo, 4 ligado a X (ARMCX4); integrina alfa-M (ITGAM); canal de calcio, dependiente del voltaje, subunidad alfa-1E tipo R (CACNA1E); invasión y metástasis 2 de linfoma de células T (TIAM2); homólogo A defectuoso en la regulación del ciclo celular de histona HIR (S. cerevisiae) (HIRA); miembro 2 de la familia dopey (DOPEY2); proteína 3 de unión a integrina beta 1 (ITGB1BP3); canal de sodio, controlado por voltaje, tipo VII, alfa (SCN7A); Rab3C, miembro de la familia de oncogenes RAS (RAB3C); marco de lectura abierta 79 del cromosoma 9 (C9orf79); factor nuclear de células T activadas, dependiente de calcineurina 4 (NFATC4); UDP-glucosa glicoproteína glucosiltransferasa 2 (UGGT2); cornulina (CRNN); proteína similar a quielina/cordina (KCP); molécula CD1E (CD1E); dominio de hélice superenrollada que contiene 18 residuos (CCDC18); leucotrieno A-4 hidrolasa (LTA4H); albúmina (ALB); alfa-2-macroglobulina (A2M); componente 3 del complemento (C3); hemoglobina, beta (HBB); transferrina (TF); hemoglobina, alfa 1 (HBA1/HBA2); lactotransferrina (LTF); ceruloplasmina (ferroxidasa) (CP); catalasa (CAT); componente específico del grupo (proteína de unión a la vitamina D) (GC); inhibidor de la serpina peptidasa, clado C (antitrombina), miembro 1 (SERPINC1); cadena gamma de fibrinógeno (FGG); proteína S100 de unión a calcio A8 (S100A8); ferritina, polipéptido ligero (FTL); actina, beta (ACTB); fibronectina 1 (FN1); defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)); inhibidor de la serpina peptidasa, clado G (inhibidor de C1), miembro 1 (SERPING1); proteína 4 de unión a retinol, plasma (RBP4); peroxirredoxina 2 (PRDX2); cadena alfa de fibrinógeno (FGA); inhibidor de la serpina peptidasa, clado F (antiplasmina alfa-2, factor derivado del epitelio pigmentario), miembro 2 (SERPINF2); anhidrasa carbónica II (CA2); orosomucoide 1 (ORM1/ORM2); lactato deshidrogenasa A (LDHA); vitronectina (VTN); quininógeno-1 (KNG1); actina, alfa, músculo cardíaco 1 (ACTC1); alfa-2-glicoproteína 1 rica en leucina (LRG1); gamma-glutamil hidrolasa (conjugasa, folilpoligammaglutamil hidrolasa) (GGH); enolasa 1, (alfa) (ENO1); profilina 1 (PFN1); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 7 (SERPINA7); alfa-1-microglobulina/precursor de bikunina (AMBP); lamina A/C (LMNA); apolipoproteína D (APOD); proteína de interacción con el receptor de la hormona tiroidea 11 (TRIP11); proteína de unión del componente 4 del complemento, alfa (C4BPA); tropomiosina 4 (TPM4); filamina A, alfa (FLnA); haptoglobina (HP); hemopexina (HPX); hemoglobina, delta (HBD); cadena beta de fibrinógeno (FGB); proteína S100 de unión a calcio A9 (S100A9); componente 5 del complemento (C5); familia 26 portadora de soluto, miembro 3 (SLC26A3); componente 9 del complemento (C9); componente amiloide P, suero (APCS); glicoproteína alfa-1-B (A1BG); complemento tipo C3 (LOC100133511); inhibidor H4 inter-alfa (globulina) (glicoproteína sensible a calicreína en plasma) (ITIH4); componente C8 del complemento, polipéptido alfa (C8A); inhibidor inter-alfa (globulina) H1 (ITIH1).
En una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores capaces de diagnosticar o predecir CRC en un individuo que dio negativo en la prueba inmunoquímica fecal.
Por lo tanto, los métodos de la divulgación pueden detectar uno o más biomarcadores seleccionados del grupo definido en la Tabla 3. Los biomarcadores proporcionados en la Tabla 3 representan un subconjunto preferido de los definidos en la Tabla 1, que se ha encontrado que están presentes en niveles significativamente más altos en muestras de CRC que resultaron negativas de la prueba inmunoquímica fecal. Por lo tanto, el grupo de la Tabla 3 representa un panel de biomarcadores a partir del cual se puede seleccionar cualquier número de biomarcadores para la detección.
Por lo tanto, en una realización, los métodos de la divulgación pueden detectar más de un biomarcador del grupo definido en la Tabla 3, por ejemplo, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 3. En una realización alternativa, los métodos de la divulgación detectan más de diez de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 3, por ejemplo, once, doce, trece, catorce, quince, dieciséis, diecisiete, dieciocho, diecinueve, veinte, treinta, cuarenta, cincuenta, sesenta, setenta, ochenta, noventa, cien de los biomarcadores del grupo definido en la Tabla 3. Por lo tanto, los métodos de divulgación pueden detectar la presencia o el aumento de expresión de uno o más de: componente C4B del complemento (grupo sanguíneo Chido) 2 (C4A/C4B); glutámico-oxaloacético transaminasa 2, mitocondrial (aspartato aminotransferasa 2) (GOT2); glucosa-6-fosfato isomerasa (GPI); transcetolasa (TKT); N-acilaminoacil-péptido hidrolasa (APEH); hexosaminidasa B (polipéptido beta) (HEXB); molécula de adhesión celular epitelial (Ep Ca M); lectura de NME1-NME2 (NME1-NME2); factor de alargamiento de traducción Tu, mitocondrial (TUFM); glutatión sintetasa (GSS); glioxalasa I (GLO1); latexina (LXN); subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína) alfa tipo 4 (PSMA4); fucosidasa, alfa-L-1, tejido (FUCA1); queratina 18 (KRT18); subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear de 80 kDa (NCBP1); manosidasa, alfa, clase 2B, miembro 1 (MAN2B1); proteína S100 de unión a calcio A6 (S100A6); complejo mayor de histocompatibilidad, clase I, B (HLA-B); ectonucleótido pirofosfatasa/fosfodiesterasa 3 (ENPP3); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10); mieloperoxidasa (MPO); proteinasa 3 (PRTN3); fosfolipasa A2, grupo IIA (plaquetas, líquido sinovial) (PLA2G2A); anhidrasa carbónica IV (CA4); factor de alargamiento G, mitocondrial 2 (GFM2); proteína S100 de unión a calcio A7 (S100A7); proteína que aumenta la permeabilidad bactericida (BPI); colágeno, tipo VI, alfa 5 (COL6A5); homeobox 8 de LIM (l Hx 8); azurocidina (AZU1); hemicentina 1 (HMCN1); metilmalonil CoA mutasa (MUT); que contiene repetición armadillo, 4 ligado a X (ARMCX4); integrina alfa-M (ITGAM); canal de calcio, dependiente del voltaje, subunidad alfa-1E tipo R (CACNA1E); invasión y metástasis 2 de linfoma de células T (TIAM2); homólogo A defectuoso en la regulación del ciclo celular de histona HIR (S. cerevisiae) (HIRA); miembro 2 de la familia dopey (DOPEY2); canal de sodio, controlado por voltaje, tipo VII, alfa (SCN7A); marco de lectura abierta 79 del cromosoma 9 (C9orf79); UDP-glucosa glicoproteína glucosiltransferasa 2 (UGGT2); cornulina (CRNN); dominio de hélice superenrollada que contiene 18 residuos (CCDC18); alfa-2-macroglobulina (A2M); componente 3 del complemento (C3); hemoglobina, beta (HBB); transferrina (TF); hemoglobina, alfa 1 (HBA1/HBA2); lactotransferrina (LTF); ceruloplasmina (ferroxidasa) (CP); catalasa (CAT); cadena gamma de fibrinógeno (FGG); proteína S100 de unión a calcio A8 (S100A8); ferritina, polipéptido ligero (FTL); fibronectina 1 (FN1); defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)); inhibidor de la serpina peptidasa, clado G (inhibidor de C1), miembro 1 (SERPING1); proteína 4 de unión a retinol, plasma (RBP4); peroxirredoxina 2 (PRDX2); inhibidor de la serpina peptidasa, clado F (antiplasmina alfa-2, factor derivado del epitelio pigmentario), miembro 2 (SERPINF2); lactato deshidrogenasa (LDHA); vitronectina (VTN); quininógeno-1 (KNG1); alfa-2-glicoproteína 1 rica en leucina (LRG1); gamma-glutamil hidrolasa (conjugasa, folilpoligammaglutamil hidrolasa) (GGH); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 7 (SERPINA7); alfa-1-microglobulina/precursor de bikunina (AMBP); interactuador 11 receptor de la hormona tiroidea (TRIP11); proteína de unión al componente 4 del complemento, alfa (C4BPA); filamina A, alfa (FLNA); hemopexina (HPX); proteína S100 de unión a calcio A9 (S100A9); componente 5 del complemento (C5); familia 26 portadora de soluto, miembro 3 (SLC26A3); componente 9 del complemento (C9); componente amiloide P, suero (APCS); complemento tipo C3 (LOC100133511); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 3 (SERPINA3); catepsina S (CTSS); citidina desaminasa (CDA); similar a shugoshina 2 (SGOL2); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 3 (SERPINB3); dominio hect y RLD 2 (HERC2); triosafosfato isomerasa 1 (TPI1); isoforma 1 de colágeno, tipo IV, proteína de unión alfa 3 (antígeno de Goodpasture) (COL4A3BP); ribonucleasa T2 (RNASET2); glutatión reductasa (GSR); homólogo 3 de spinster (Drosophila) (SPNS3); ADNc FLJ60317, muy similar a aminoacilasa-1 (ACY1); inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 8 (SERPINB8); aminotransferasa de aminoácidos de cadena ramificada (BCAT2); ácido siálico acetilesterasa (SIAE); peptidasa D (PEPD); complejo mayor de histocompatibilidad, clase II, DR beta 5 (HLA-DRB5); dominio SET que contiene 2 residuos (SETD2); dominio hect (homólogo al terminal carboxilo E6-AP (UBE3A)) y el dominio 1 similar a RCC1 (CHC1) (RLD) (HERC1); isocitrato deshidrogenasa 1 (NADP+), soluble (IDH1); catepsina C (CTSC); inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 1 (SERPINA1); envoltura nuclear 1, que contiene repetición de espectrina (SYNE1); proteína 35 que contiene dominio de repetición de anquirina (ANKRD35); quinasa 10 relacionada con NIMA (nunca en el gen a de mitosis) (NEK10); inhibidor H2 inter-alfa (globulina) (ITIH2); acil-CoA deshidrogenasa, cadena muy larga (ACADVL); nebulina (NEB); proteína 16 de membrana de gránulos de zimógeno (ZG16); vinculina (VCL); isoforma 2 del dedicador de la proteína 4 de citoquinesis (DOCK4); proteína hipotética LOC643677 (C13orf40); proteína no caracterizada KIAA1797 (KIAA1797); repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6); transaldolasa 1 (TALDO1); receptor del gusto tipo 2 miembro 42 (TAS2R42); quitinasa 1 (quitotriosidasa) (CHIT1); quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1); antígeno 12 de células estromales de médula ósea (BST1); bleomicina hidrolasa (BLMH); lisozima C (LYZ).
En una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores que tienen un poder discriminatorio más alto que la hemoglobina. En otras palabras, el uno o más biomarcadores tienen una sensibilidad y especificidad más altas que la hemoglobina para detectar la presencia de adenoma avanzado o adenocarcinoma en una muestra.
Por lo tanto, en una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: proteína S100 de unión al calcio A8 (S100A8), componente C4B del complemento (grupo sanguíneo Chido) 2 (C4A/C4B), transferrina (TF), alfa-2-macroglobulina (A2M), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), proteinasa 3 (PRTN3), azurocidina (AZU1), lactotransferrina (LTF), hemopexina (HPX) y defensina, alfa 1 (DEFA1).
Por lo tanto, en una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: anexina A2 (ANXA2), azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1 incluye otros)), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), mieloperoxidasa (MPO), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear de 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (PRTN3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10) , anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidriloxidasa 1 (QSOX1), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5).
En una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, cuya presencia en una muestra es indicativa de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de cáncer colorrectal.
Por lo tanto, en una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo definido en la Tabla 4. Los biomarcadores proporcionados en la Tabla 4 representan un subconjunto preferido de los definidos en la Tabla 1, que se ha encontrado que se expresan solo en muestras de CRC, no en muestras de control. Por lo tanto, el grupo de la Tabla 4 representa un panel de biomarcadores a partir del cual se puede seleccionar cualquier número de biomarcadores para la detección.
En una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, cuya presencia en una muestra es indicativa de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de cáncer colorrectal.
Por lo tanto, en una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo definido en la Tabla 5. Los biomarcadores proporcionados en la Tabla 5 representan un subconjunto preferido de los definidos en la Tabla 1, que se identificaron en un conjunto de verificación independiente de muestras de heces.
Por lo tanto, en una realización adicional, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: glicoproteína alfa-1-B (A1BG), alfa-2-macroglobulina (A2M), actina, beta (ACTB), actina, alfa, músculo cardíaco 1 (ACTC1), albúmina (ALB), componente amiloide P, suero (APCS), N-acilaminoacil-péptido hidrolasa (APEH), apolipoproteína D (APOD), azurocidina 1 (AZU1), componente 3 del complemento (C3), componente 4B del complemento (grupo sanguíneo Chido) (C4A/C4B), componente 5 del complemento (C5), anhidrasa carbónica II (CA2), anhidrasa carbónica IV (CA4), catalasa (CAT), ceruloplasmina (ferroxidasa) (CP), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), enolasa 1, (alfa) (ENO1), filamina A, alfa (f LnA), fibronectina 1 (f N1), ferritina, polipéptido ligero (FTL), fucosidasa, alfa-L-1, tejido (FUCA1), gamma-glutamil hidrolasa (conjugasa, folilpoligammaglutamil hidrolasa) (GGH), glutámico-oxaloacético transaminasa 2, mitocondrial (aspartato aminotransferasa 2) (GOT2), glucosa-6-fosfato isomerasa (GPI), glutatión sintetasa (GSS), hemoglobina, alfa 1 (HBA1/HBA2), hemoglobina, beta (HBB), hemoglobina, delta (HBD), hexosaminidasa B (polipéptido beta) (HEXB), grupo de histonas 1, H4c (HIST4H4 (incluye otros)), complejo mayor de histocompatibilidad, clase I, B (HLA-B), haptoglobina (HP), hemopexina (HPX), proteína 1 de choque térmico de 10kDa (chaperonina 10) (HSPE1), lactato deshidrogenasa A (LDHA), complemento tipo C3 (LOC100133511), alfa-2-glicoproteína 1 rica en leucina (LRG1), lactotransferrina (Lt F), latexina (LXN), manosidasa, alfa, clase 2B, miembro 1 (MAN2B1), mieloperoxidasa (MPO), N-acetilglucosaminidasa, alfa (NAGLU), orosomucoide 1 (ORM1/ORM2), profilina 1 (PFN1) , fosfolipasa A2, grupo IIA (plaquetas, líquido sinovial) (PLA2G2A), proteinasa 3 (PRTN3), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo alfa, 4 (PSMA4), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo alfa, 6 (PSMA6), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 2 (PSMB2), proteína 4 de unión a retinol, plasma (RBP4), resistina (RETN), proteína S100 de unión a calcio A8 (S100A8), proteína S100 de unión a calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), inhibidor de la serpina peptidasa, clado C (antitrombina), miembro 1 (SERPINC1), inhibidor de la serpina peptidasa, clado F (antiplasmina, alfa-2, factor derivado del epitelio pigmentario), miembro 2 (SERPINF2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado G (inhibidor de C1), miembro 1 (SERPING1), superóxido dismutasa 2, mitocondrial (SOD2), transferrina (TF), transcetolasa (TKT), ubiquitina B (UBB), no mapeado por la invención (IPI00884078), no mapeado por la invención (proteína de 26 kDa, IPI00942608), alfa-2-macroglobulina tipo 1 (A2ML1), acil-CoA deshidrogenasa, cadena muy larga (ACADVL), no mapeado por la invención (ACY1), fosfatasa alcalina, hígado/hueso/riñón (ALPL), bleomicina hidrolasa (BLMH), antígeno 1 de células estromales de médula ósea (BST1), canal de calcio, dependiente del voltaje, tipo L, subunidad alfa 1D (CACNA1D), creatina quinasa, mitocondrial 1B (CKMT1A/CKMT1B), catepsina S (CTSS), fumarilacetoacetato hidrolasa (fumarilacetoacetasa) (FAH), guanina desaminasa (GDA) glutationa reductasa (GSR), ribonucleoproteína nuclear heterogénea A2/B1 (HNRNPA2B1), proteína de choque térmico de 70 kDa (HSPA8), queratina 6C (k Rt 6C), queratina 6C (KRT6C), lipocalina 1 (prealbúmina de lágrima) (LCN1), lisozima, (LYZ), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), peptidasa D (PEPD), dominio de fosfolipasa B que contiene 1 residuo (PLBD1), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo alfa, 2 (PSMA2), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta , 1 (PSMB1), subunidad del proteasoma (prosoma, macropaína), tipo beta, 6 (PSMB6), quiescina Q6 sulfhidriloxidasa 1 (QSOX1), ribonucleasa T2 (RNASET2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 1 (SERPINA1), inhibidor de la serpina peptidasa, clado A (antiproteinasa alfa-1, antitripsina), miembro 3 (SERPINA3), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 3 (SERPINB3), ácido siálico acetilesterasa (SIAE), triosafosfato isomerasa 1 (TPI1), homólogo de proteína de gránulos de zimógeno 16 (rata) (ZG16).
En una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, cuya presencia en una muestra es indicativa de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de cáncer colorrectal, cuyos biomarcadores se han seleccionado con base en la correlación con secretomas de tejido tumoral de colon.
Por lo tanto, en una realización, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo definido en la Tabla 7. Los biomarcadores proporcionados en la Tabla 7 representan un subconjunto preferido de aquellos definidos en la Tabla 6, que se ha encontrado que se expresan tanto en la emisión de tumores como en las muestras de heces. Por lo tanto, el grupo de la Tabla 7 representa un panel de biomarcadores a partir del cual se puede seleccionar cualquier número de biomarcadores para la detección. Por lo tanto, en una realización adicional, el método de la divulgación detecta uno o más biomarcadores, por ejemplo dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho, nueve, diez de los biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: anexina A2 (ANXA2), azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1 (incluye otros)), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), mieloperoxidasa (MPO), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear de 80 kDa (Nc BP1), proteinasa 3 (Pr Tn 3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescinaQ6 sulfhidriloxidasa 1 (QSOX1), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5).
Preferiblemente, el método de la divulgación tiene una precisión de al menos 75%, por ejemplo una precisión del 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o 100% . Preferiblemente, el método de la invención tiene una sensibilidad de al menos 75%, por ejemplo una sensibilidad del 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o 100%.
Preferiblemente, el método de la invención tiene una especificidad de al menos 75%, por ejemplo una especificidad del 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% o 100 %.
Por "precisión" se entiende la proporción de resultados correctos de un diagnóstico, por "sensibilidad" se entiende la proporción de todos los diagnósticos positivos que se clasifican correctamente como positivos, y por "especificidad" se entiende la proporción de todos los diagnósticos negativos que se clasifican correctamente como negativos. Los métodos de la invención pueden verificarse mediante colonoscopia posterior.
Métodos de detección
En una realización, la muestra biológica, por ejemplo una muestra de heces, puede detectarse mediante uno o más biomarcadores usando espectrometría de masas (dirigida).
El descubrimiento y la detección de marcadores de proteínas por LC-MS/MS y la detección de marcadores de proteínas basados en hipótesis por SRM-MS se han aplicado antes en muestras de heces humanas y murinas, respectivamente (Ang CS, Nice EC. J Proteome Res 2010; 9: 4346-55; Ang CS, et al., Electrophoresis 2011; 32: 1926­ 38; Ang CS, et al., J Chromatogr A 2010; 1217: 3330-40).
A pesar de la complejidad del material de heces, la presente divulgación ha detectado con éxito varias de estas proteínas de heces humanas previamente informadas. Además, el número de muestras incluidas y las proteínas identificadas correspondientes en el estudio actual supera el de estudios anteriores. Por lo tanto, los datos presentados aquí son la visión general más grande del proteoma de heces humano hasta la fecha.
Aunque se ha demostrado que la detección de muestras mediante las técnicas de espectrometría de masas descritas en el presente documento es eficaz, un método de detección preferido comprende un ensayo de detección basado en anticuerpos. La prueba inmunoquímica fecal (FIT) comprende un ensayo de detección basado en anticuerpos y, por lo tanto, un ensayo de detección basado en anticuerpos para uno o más de los biomarcadores identificados en la presente solicitud proporciona una detección complementaria que puede incorporarse fácilmente en el ensayo FIT existente.
Por lo tanto, en una realización de los métodos de la divulgación, la muestra biológica se analiza para uno o más biomarcadores usando un agente de unión capaz de unirse a uno o más biomarcadores.
Los agentes de unión (también denominados moléculas de unión) se pueden seleccionar de una biblioteca, en función de su capacidad para unirse a un motivo dado, como se describe a continuación.
En una realización, el primer agente de unión es un anticuerpo o un fragmento del mismo. Por lo tanto, un fragmento puede contener uno o más de los dominios pesados variables (Vh) o ligeros variables (Vl). Por ejemplo, el término fragmento de anticuerpo incluye moléculas similares a Fab (Better et al., Science 1988; 240, 1041); moléculas Fv (Skerra et al., Science 1988; 240, 1038); moléculas de Fv de cadena sencilla (ScFv) donde los dominios asociados Vh y Vl están unidos a través de un oligopéptido flexible (Bird et al., Science 1988; 242,423; Huston et a., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988; 85, 5879) y anticuerpos de un solo dominio (dAb) que comprenden dominios V aislados (Ward et al., Nature 1989; 341,544).
El término "variante de anticuerpo" incluye cualquier anticuerpo sintético, anticuerpo recombinante o híbridos de anticuerpo, tal como, pero sin limitación, una molécula de anticuerpo de cadena sencilla producida por presentación en fagos de regiones variable y/o constante de cadena ligera y/o pesada de inmunoglobulina u otra molécula inmunointeractiva capaz de unirse a un antígeno en un formato de inmunoensayo conocido por los expertos en la técnica.
Se puede encontrar una revisión general de las técnicas implicadas en la síntesis de fragmentos de anticuerpos que retienen sus sitios de unión específicos en Winter & Milstein Nature 1991; 349, 293-299.
En una realización, el anticuerpo o fragmento del mismo es un anticuerpo recombinante o fragmento del mismo (tal como un scFv). Por "moléculas de ScFv" se entiende moléculas en las que los dominios asociados Vh y Vl están unidos a través de un oligopéptido flexible.
Las ventajas de usar fragmentos de anticuerpos, en lugar de anticuerpos completos, son múltiples. Se eliminan las funciones efectoras de los anticuerpos completos, tales como la unión del complemento. Los fragmentos de anticuerpos Fab, Fv, ScFv y dAb pueden expresarse todos y secretarse a partir de E. coli, lo que permite la producción fácil de grandes cantidades de dichos fragmentos.
Los anticuerpos completos y los fragmentos F(ab')2 son "bivalentes". Por "bivalente" se entiende que dichos anticuerpos y los fragmentos F(ab')2 tienen dos sitios de combinación de antígeno. En contraste, los fragmentos Fab, Fv, ScFv y dAb son monovalentes y tienen un solo sitio de combinación de antígeno.
Los anticuerpos pueden ser monoclonales o policlonales. Los anticuerpos adecuados pueden prepararse mediante técnicas conocidas y no necesitan discusión adicional.
Además o alternativamente, el agente de unión puede ser un aptámero. Los aptámeros adecuados pueden prepararse mediante técnicas conocidas y no necesitan más discusión.
En una realización, los uno o más biomarcadores en la muestra de prueba se marcan con una fracción detectable. En una realización, los uno o más biomarcadores en la muestra de control se marcan con una fracción detectable (que puede ser la mismo o diferente de la fracción detectable usada para marcar la muestra de prueba).
Una "fracción detectable" es una que puede detectarse y determinarse la cantidad relativa y/o la ubicación de la fracción (por ejemplo, la ubicación en una matriz).
Las fracciones detectables son bien conocidas en la técnica. Una fracción detectable puede ser una fracción fluorescente y/o luminiscente y/o quimioluminiscente que, cuando se expone a condiciones específicas, puede detectarse. Por ejemplo, una fracción fluorescente puede necesitar exponerse a radiación (es decir, luz) a una longitud de onda e intensidad específicas para provocar la excitación de la fracción fluorescente, lo que le permite emitir fluorescencia detectable a una longitud de onda específica que puede detectarse.
Como alternativa, la fracción detectable puede ser una enzima que es capaz de convertir un sustrato (preferiblemente indetectable) en un producto detectable que se puede visualizar y/o detectar. Los ejemplos de enzimas adecuadas se analizan con más detalle a continuación en relación con, por ejemplo, ensayos de ELISA.
Como alternativa, la fracción detectable puede ser un marcador radiactivo, que puede incorporarse mediante métodos bien conocidos en la técnica.
Matrices
En una realización, los métodos de la presente invención pueden llevarse a cabo en una matriz.
Las matrices por sí mismas ya son bien conocidas en la técnica. Típicamente, están formadas por una estructura lineal o bidimensional que tiene regiones separadas (es decir, discretas) ("puntos"), cada una con un área finita, formada en la superficie de un soporte sólido. Una matriz también puede ser una estructura de perlas donde cada perla puede identificarse mediante un código molecular o código de color o identificarse en un flujo continuo. El análisis también se puede realizar secuencialmente cuando la muestra se pasa sobre una serie de puntos, cada uno de los cuales adsorbe la clase de moléculas de la solución.
El soporte sólido es típicamente vidrio o un polímero, siendo los polímeros usados más comúnmente celulosa, poliacrilamida, nylon, poliestireno, cloruro de polivinilo o polipropileno. Los soportes sólidos pueden estar en forma de tubos, perlas, discos, chips de silicio, microplacas, membrana de difluoruro de polivinilideno (PVDF), membrana de nitrocelulosa, membrana de nylon, otra membrana porosa, membrana no porosa (por ejemplo, plástico, polímero, perspex, silicio, entre otros), una pluralidad de pernos poliméricos, o una pluralidad de pozos de microtitulación, o cualquier otra superficie adecuada para inmovilizar proteínas, anticuerpos y otras moléculas adecuadas y/o realizar un inmunoensayo.
Los procesos de unión son bien conocidos en la técnica y generalmente consisten en unión covalente por entrecruzamiento o adsorción física de una molécula de proteína, anticuerpo o similar al soporte sólido. Mediante el uso de técnicas bien conocidas, tales como la impresión por contacto o sin contacto, el enmascaramiento o la fotolitografía, se puede definir la ubicación de cada punto.
Una vez que se han identificado y aislado las moléculas de unión adecuadas (discutidas anteriormente), la persona experta puede fabricar una matriz usando métodos bien conocidos en la técnica de la biología molecular.
En una realización, la detección puede comprender el uso de un ensayo que comprende un segundo agente de unión capaz de unirse a uno o más biomarcadores, teniendo el segundo agente de unión una fracción detectable.
En una realización, el segundo agente de unión es un anticuerpo o un fragmento del mismo (por ejemplo, como se describió anteriormente en relación con el primer agente de unión).
Típicamente, el ensayo es un ELISA (ensayo de inmunosorbente ligado a enzimas) que generalmente implica el uso de enzimas que dan un producto de reacción coloreado, generalmente en ensayos de fase sólida. Las enzimas como la peroxidasa de rábano picante y la fosfatasa se han empleado ampliamente. Una forma de amplificar la reacción de fosfatasa es usar NADP como sustrato para generar nAd que ahora actúa como una coenzima para un segundo sistema enzimático. La pirofosfatasa de Escherichia coli proporciona un buen conjugado porque la enzima no está presente en los tejidos, es estable y proporciona un buen color de reacción. También se pueden utilizar sistemas quimioluminiscentes basados en enzimas como la luciferasa.
La conjugación con la vitamina biotina también se utiliza, ya que esto puede detectarse fácilmente por su reacción con avidina o estreptavidina unida a enzimas a las que se une con gran especificidad y afinidad.
Los expertos en la materia apreciarán que existe un grado de fluidez en la composición de biomarcadores de las firmas de la invención. Por lo tanto, diferentes combinaciones de los biomarcadores pueden ser igualmente útiles en el diagnóstico, pronóstico y/o caracterización del cáncer colorrectal. De esta manera, cada biomarcador (ya sea solo o en combinación con uno o más de otros biomarcadores) contribuye a la firma.
Compuestos y métodos para tratar el CRC
La identificación de los biomarcadores como se define en la Tabla 1 y/o la Tabla 6 permite no solo la detección de adenomas de colon avanzados y adenocarcinomas de colon (cáncer colorrectal), sino que también permite métodos para tratar cánceres colorrectales y también proporciona compuestos para su uso en métodos de tratamiento de cánceres colorrectales.
Aunque el diagnóstico precoz del cáncer colorrectal a menudo permite la extirpación quirúrgica curativa del tumor, el diagnóstico posterior puede dar lugar a un tratamiento (quimio)terapéutico. Los agentes terapéuticos utilizados para tratar el cáncer colorrectal incluyen anticuerpos monoclonales, inhibidores de moléculas pequeñas y agentes quimioterapéuticos.
Los anticuerpos monoclonales terapéuticos típicos incluyen, pero sin limitación, bevacizumab, cetuximab o panitumumab. Los inhibidores típicos de moléculas pequeñas incluyen, entre otros, erlotinib, sorafenib o alisertib. Los agentes quimioterapéuticos típicos incluyen, pero sin limitación, 5-FU, capecitabina, irinotecano oxaliplatino o leucovorina o cualquier combinación de los mismos. Se pueden usar terapias combinadas de, por ejemplo, un anticuerpo monoclonal terapéutico y un inhibidor de molécula pequeña. Por lo tanto, se contempla cualquier combinación de dos o más de un anticuerpo monoclonal, un inhibidor de molécula pequeña y un agente quimioterapéutico.
Kit para realizar el método
El kit para realizar el método de acuerdo con la invención puede seleccionarse de cualquier ensayo y aparatos y equipos de procesamiento de datos adecuados.
La selección adecuada estará dentro de la capacidad de los expertos en la materia, y en el presente documento no es necesaria una descripción adicional.
"Que comprende"
El término "que comprende" y los términos relacionados en este documento deben interpretarse como que abarca "que consiste esencialmente en" y "que consiste en", estas dos expresiones son intercambiables con "que comprende" en todas las definiciones y discusión en esta patente para especificar extensiones alternativas de exclusión de elementos no especificados adicionales a los elementos mencionados.
El término "que comprende" y expresiones relacionadas significa "que incluye" y, por lo tanto, deja abierta la opción de incluir elementos no especificados, ya sean esenciales o no. El término "que consiste esencialmente en" y expresiones relacionadas permite la presencia de elementos que no afectan materialmente las características básicas y novedosas o funcionales de esa realización de la invención. El término "que consiste en" y expresiones relacionadas significa "que consiste solamente en" y, por lo tanto, excluye cualquier elemento no mencionado en esa descripción de la realización.
Breve descripción de las Figuras
La invención se describirá ahora adicionalmente mediante el siguiente ejemplo con referencia a las figuras adjuntas. El ejemplo se proporciona solo a modo de ejemplo, sin ninguna limitación prevista del alcance de la invención. La Figura 1A muestra el número de proteínas humanas detectadas en muestras de heces de 12 pacientes con CRC y de 10 pacientes de control. El diagrama de Venn muestra el número de proteínas detectadas en CRC o muestras de heces de control y su superposición;
La Figura 1B muestra la ubicación subcelular de las proteínas humanas identificadas. El gráfico circular muestra el porcentaje de diferentes ubicaciones subcelulares de las 830 proteínas humanas que se identificaron en 22 muestras de heces. Las proporciones fueron similares para pacientes con CRC y pacientes de control;
La Figura 2A muestra un diagrama de dispersión de cuantificaciones de proteínas de hemoglobina alfa medida por LC-MS/MS en comparación con la cuantificación de hemoglobina por FIT de muestras individuales de heces;
La Figura 2B muestra un diagrama de dispersión de las cuantificaciones de proteínas de la hemoglobina beta medida por LC-MS/MS en comparación con la cuantificación de hemoglobina por FIT de muestras individuales de heces; La Figura 2C muestra un diagrama de dispersión de cuantificaciones de proteínas de hemoglobina alfa y beta medidas por LC-MS/MS de muestras individuales de heces;
La Figura 2D muestra un diagrama de dispersión de cuantificaciones de proteínas de S100A8 y S100A9 medidas por LC-MS/MS de muestras individuales de heces. Los círculos rellenos representan muestras de heces de sujetos con CRC (n = 12), las cruces representan muestras de heces de sujetos sin neoplasia de colon (n = 10); y
La Figura 3 muestra un diagrama de dispersión de cuantificaciones de proteínas del componente 4B del complemento medido por LC-MS/MS en relación con los valores de FIT de muestras individuales de heces. La línea punteada muestra el corte de 75 ng/mL para FIT. Un valor de FIT inferior a 75 ng/mL se considera un resultado negativo de la prueba (Van Veen, NTG, 2009). Los círculos rellenos representan muestras de heces de sujetos con CRC (n = 12), las cruces representan muestras de heces de sujetos sin neoplasia de colon (n = 10).
Las Figuras 4 y 5 muestran gráficos de barras con la media de las áreas bajo las curvas de todas las transiciones de cada péptido en análisis por triplicado. Se representan de uno a cinco péptidos diferentes por proteína. Los péptidos se midieron por triplicado en agrupaciones de muestras de heces de controles (N, n = 5), pacientes con adenoma no avanzado (A, n = 5), pacientes con adenoma avanzado (AA, n = 5) y pacientes con CRC (CRC, n = 5). Las barras de error representan desviaciones estándar.
Tablas
Las siguientes tablas enumeran los biomarcadores de acuerdo con la divulgación, y pueden continuar durante varias páginas.
Tabla 1: Biomarcadores indicativos de cáncer colorrectal.
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Tabla 3 - Un subconjunto de biomarcadores de la Tabla 1 que se expresan diferencialmente en muestras CRC n iv ^ r FIT n r l i n n n m r nr l
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Tabla 4 - Un subconjunto de biomarcadores de la Tabla 1 que se encontró que se expresan solamente en muestras de CRC no en muestras de control
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Tabla 5: Un subconjunto de biomarcadores de la tabla 1 que se identificaron en un conjunto independiente verificación de muestras de heces
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Tabla 6: Proteínas que son significativamente más abundantes en secretamos de tumor de colon en comparación con secretomos de colon normal
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T a b l a 7 : U n s u b c o n j u n t o d e b i o m a r c a d o r e s d e l a T a b l a 1 q u e t a m b i é n f u e r o n s i g n i f i c a t i v a m e n t e m á s s e c r e t a d o s p o r l m r m r l n r l l n n r m l T l .
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5 L a i n v e n c i ó n s e d e s c r i b e a d i c i o n a l m e n t e m e d i a n t e l o s s i g u i e n t e s e j e m p l o s i l u s t r a t i v o s . E s t o s n o e s t á n d e s t i n a d o s a l i m i t a r e l a l c a n c e d e l a i n v e n c i ó n .
E j e m p l o 1
10 M a t e r i a l e s y m é t o d o s
M u e s t r a s d e h e c e s y e x t r a c c i ó n d e p r o t e í n a s .
S e o b t u v o e l c o n s e n t i m i e n t o i n f o r m a d o p o r e s c r i t o d e t o d o s l o s s u j e t o s q u e p r o p o r c i o n a r o n m u e s t r a s d e h e c e s y e s t e 15 e s t u d i o f u e a p r o b a d o p o r e l C o m i t é d e É t i c a M é d i c a d e l V U U n i v e r s i t y M e d i c a l C e n t e r , L o s P a í s e s B a j o s .
S e r e c o g i e r o n m u e s t r a s p a r c i a l e s d e h e c e s d e s u j e t o s d e r e f e r e n c i a q u e s e s o m e t i e r o n a u n a c o l o n o s c o p i a e n t r e n o v i e m b r e d e 2003 y j u n i o d e 2006 e n e l V U U n i v e r s i t y M e d i c a l C e n t e r e n Á m s t e r d a m , L o s P a í s e s B a j o s . S e r e c o g i e r o n m u e s t r a s p a r c i a l e s d e h e c e s a n t e s d e l a c o l o n o s c o p i a o d e s p u é s d e l d i a g n ó s t i c o e n l a c o l o n o s c o p i a y a n t e s d e l a 20 r e s e c c i ó n q u i r ú r g i c a d e s u s t u m o r e s ( V é a s e l a T a b l a 8 p a r a l a s c a r a c t e r í s t i c a s d e l p a c i e n t e ) .
C o n j u n t o i n d e p e n d i e n t e ( v e r i f i c a c i ó n ) d e m u e s t r a s d e h e c e s
S e r e c o g i e r o n m u e s t r a s d e h e c e s e n t e r a s h o m o g e n e i z a d a s d e s u j e t o s r e m i t i d o s y s o m e t i d o s a c o l o n o s c o p i a e n t r e 25 j u l i o d e 2009 y a b r i l d e 2011 e n e l V U U n i v e r s i t y M e d i c a l C e n t e r e n Á m s t e r d a m , L o s P a í s e s B a j o s . S e r e c o g i e r o n m u e s t r a s d e h e c e s e n t e r a s a n t e s d e l a c o l o n o s c o p i a ( V é a s e l a T a b l a 1 p a r a l a s c a r a c t e r í s t i c a s d e l p a c i e n t e ) . L o s p a r t i c i p a n t e s d e l e s t u d i o a g r e g a r o n i n m e d i a t a m e n t e t a m p ó n d e e s t a b i l i z a c i ó n a l a s m u e s t r a s d e h e c e s d e s p u é s d e l a d e f e c a c i ó n , l a s m u e s t r a s s e p r o c e s a r o n e n e l l a b o r a t o r i o c o n u n a p r o p o r c i ó n f i n a l d e h e c e s : t a m p ó n p / v d e 1 : 7 e n 72 h o r a s , y s e a l m a c e n a r o n a - 80 ° C h a s t a s u u s o . L o s e x t r a c t o s d e p r o t e í n a s s e p r e p a r a r o n c o m o s e d e s c r i b í o 30 a n t e r i o r m e n t e u s a n d o u n a m u e s t r a d e h e c e s h o m o g e n e i z a d a d e 2 m L c o m o m a t e r i a l d e p a r t i d a . S e m e z c l a r o n c a n t i d a d e s i g u a l e s d e e x t r a c t o s d e p r o t e í n a s y s e t r a t a r o n a d i c i o n a l m e n t e c o m o u n a m u e s t r a ú n i c a . S e c o m p u s i e r o n c u a t r o g r u p o s d e d i f e r e n t e s c a t e g o r í a s , e s d e c i r , c o n t r o l e s ( n = 5 ) e i n d i v i d u o s c o n a d e n o m a s n o a v a n z a d o s ( n = 5 ) , a d e n o m a s a v a n z a d o s ( n = 5 ) y C R C ( n = 5 ) ( V é a s e l a T a b l a 8 p a r a l a s c a r a c t e r í s t i c a s d e l p a c i e n t e ) .
35 T a b l a 8. C a r a c t e r í s t i c a s c l i n i c o p a t o l ó g i c a s d e l o s p a c i e n t e s
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a Esta columna representa un código numérico de anonimización
b Según la clasificación modificada de Astler Coller (Compton y Greene, CA Cancer J Clin 2004)
c corte > 75 ng/pL (van Veen, Ned tijdschriftGeneeskd, 2009)
En la recolección, las muestras de heces se almacenaron inmediatamente a 4 °C y se transfirieron a -20 °C en 36 horas. Las muestras de heces se descongelaron y después de realizar FIT (prueba inmunoquímica fecal; FIT), se tomó aproximadamente 1 g de muestra de cada muestra de heces para la extracción de proteínas. Para este estudio, se seleccionaron muestras de heces de 10 sujetos sin neoplasia de colon y 4 muestras de heces de pacientes con CRC con una puntuación FIT negativa junto a 8 muestras de heces de pacientes con CRC con una puntuación FIT positiva.
Las proteínas de las heces se extrajeron como se describió anteriormente (Ang CS, Nice EC. Targeted in-gel MRM: a hypothesis driven approach for colorectal cancer biomarker discovery in human feces. J Proteome Res 2010; 9: 4346­ 55) con pocas adaptaciones. En resumen, las muestras se homogeneizaron en un exceso de volumen de PBS de dos veces mediante agitación tipo vórtice y se centrifugaron a 4 °C durante 15 minutos a 16.000 g. Los sobrenadantes se centrifugaron una vez más a 4 °C durante 10 minutos a velocidad máxima. Después del último ciclo de centrifugado, los sobrenadantes se limpiaron de las partículas restantes mediante filtración a través de un filtro de PVDF de 0,22 pm (Millipore, Billerica, Ma , EE. UU.). Finalmente, las muestras se concentraron hasta aproximadamente 200 pL usando un filtro de corte de 3 kDa (Amicon Ultra, Millipore Corporation, Billerica, MA, EE. UU.).
Electroforesis en gel 1D-SDS y procesamiento de muestras para análisis proteómico
Se cargaron cantidades iguales de proteína aproximadamente 30 pg) y se separaron en geles de gradiente prefabricados al 4-12% (Invitrogen, Carlsbad, EE. UU.), Se fijaron en etanol al 50% que contenía ácido fosfórico al 3% cada una de las proteínas candidatas) y 6 para 2 péptidos de control externo. Los análisis de SRM en cada grupo se llevaron a cabo por triplicado.
Análisis de datos de SRM
El área bajo la curva (AUC) y el tiempo de retención de cada transición se determinaron usando el software Multiquant (AB SCIEX). Las transiciones obtenidas fueron verificadas por dos características; en primer lugar, se realizó una verificación del tiempo de retención para revelar falsos positivos o falsos negativos en la asignación de las transiciones. Si el tiempo de retención de tres transiciones pertenecientes a 1 péptido fue > 3 segundos, las tres transiciones se inspeccionaron manualmente para evaluar la exactitud de la asignación de las tres transiciones por el software Multiquant. Si esto ocurrió en más de una de las réplicas técnicas, entonces el péptido para esa muestra no se tuvo en cuenta. En segundo lugar, se verificó la consistencia de la relación entre dos áreas bajo la curva de dos transiciones (Transición 1/ Transición 2, Transición 2/ Transición 3 y Transición 1/ Transición 3) para cada péptido en el conjunto de CRC. Se calculó un porcentaje de desviación estándar relativa (RSD) de estas relaciones en el análisis por triplicado. Si la transición causada por el porcentaje de RSD para dos relaciones era > 20%, las transiciones se inspeccionaron manualmente y si solo una transición parecía ser incorrecta, las dos transiciones que resultaron en < 20% de RSD sobre todos los análisis se seleccionaron para un análisis posterior. Nuevamente, si las tres relaciones de transición tenían un porcentaje de RSD superior a 20, entonces el péptido para esa muestra no se tuvo en cuenta.
Búsqueda de bases de datos y análisis estadístico
Se realizaron búsquedas en los espectros de MS/MS contra la base de datos de IPI humana 3.62 (83.947 entradas) usando Sequest (versión 27, rev 12). Se usó Scaffold versión 3.00 (Proteomesoftware, Portland, OR) para organizar los datos y validar las identificaciones de péptidos usando PeptideProphet (probabilidad > 95%) y ProteinProphet (probabilidad de > 99% con 2 péptidos o más en una muestra) (Keller A, et al., Anal Chem 2002; 74: 5383-92; Nesvizhskii Al, et al., Anal Chem 2003; 75: 4646-58). Los programas de software SecretomeP y SignalP se usaron para la predicción de la secreción no clásica y la presencia de un péptido señal (Bendtsen JD, et al., Protein Eng Des Sel 2004; 17: 349-56; Bendtsen JD, et al., J Mol Biol 2004 ; 340: 783-95). Se buscaron los espectros de MS/MS de Q Exactive contra la base de datos IPI humana 3.68 usando MaxQuant 1.2.2.5. La desviación de masa máxima permitida se estableció en 20 ppm para MS y MS/MS. La metilación de cisteína carboxamida se estableció como modificación fija y la oxidación de metionina y la acetilación de la proteína N-terminal se establecieron como modificaciones variables. Las identificaciones se filtraron al 1% de FDR tanto a nivel de péptido como de proteína. Para cada proteína, el número de espectros de MS/MS asignados se sumó a las 10 fracciones y se exportó a Excel. Los recuentos normalizados se calcularon dividiendo los recuentos por proteína por la suma de todos los recuentos por muestra y la multiplicación por la suma promedio en todas las muestras. El análisis diferencial de proteínas presentes en muestras de heces de pacientes con CRC versus muestras de heces de controles sanos se realizó mediante la prueba betabinomial. La prueba beta-binomial toma en cuenta la variación dentro de la muestra y la variación entre muestras en un solo modelo estadístico (Pham TV, et al., Bioinformatics 2010; 26: 363-9).
Análisis de prueba inmunoquímica fecal
Las muestras FIT (OC-sensor®, Eiken Chemical Co., Tokio, Japón) se procesaron con el analizador de mesa OC sensor MICRO (Eiken Chemical) y se analizaron de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Se usó un corte de 75 ng/mL para determinar un resultado positivo de la prueba (van Veen W, Mali WP. [Colorectal cancer screening: advice from the Health Council of the Netherlands]. Ned Tijdschr Geneeskd 2009; 153:A1441).
Resultados
Identificación de proteínas humanas en muestras de heces
En total, se identificaron 830 proteínas humanas en al menos una de las 22 muestras de heces. De estas, 624 proteínas se identificaron tanto en muestras de heces de CRC como de control, 164 proteínas se detectaron solo en muestras de heces de CRC y 42 proteínas se detectaron solo en muestras de heces de control (véase la Figura 1A). En promedio, el número de proteínas identificadas fue consistente en todas las muestras y no difirió significativamente entre muestras de CRC y de control (326 y 296 proteínas, respectivamente).
La anotación primaria de la localización subcelular de las proteínas fue principalmente el citoplasma (35%) y el espacio extracelular (16%) y no difirió entre muestras de CRC y de control (véase Figura 1B). Cuando se examinaron las secuencias de proteínas para detectar señales de secreción con las herramientas de software, signal P que indica los péptidos señal y el secretoma P que indica la secreción no clásica, se predijo que el 38% de las proteínas tenían un péptido señal y se predijo que el 64% de la mayoría de las proteínas era una proteína secretada. Estos datos indican que un alto porcentaje de proteínas humanas en muestras de heces consiste en proteínas secretadas, por ejemplo, en comparación con solo el 13% de las proteínas con un péptido señal en un lisado de la línea celular (Piersma SR, et al., J Proteome Res 2010; 9: 1913-22).
Verificación de la cuantificación de proteínas por LC-MS/MS
La prueba inmunoquímica fecal (FIT) se usa en muchos países como una prueba no invasiva para la detección temprana de CRC, y se basa en la detección de hemoglobina. Para verificar los resultados obtenidos por LC-MS/MS, los recuentos espectrales de hemoglobina se compararon con los valores de FIT (ng/mL) determinados en las mismas muestras de heces. La proteína de hemoglobina adulta es un heterodímero que consta de dos cadenas a y dos cadenas p (Schechter a N. Blood 2008; 112: 3927-38). Como se puede ver en las Figuras 2A y 2B, los datos de LC-MS/MS en las cadenas de hemoglobina a y p se correlacionaron significativamente con los valores de FIT (ambos p = 0,04). Además, se observó una correlación muy fuerte entre los recuentos espectrales de la cadena a y p (véase la Figura 2C; correlación de Pearson de 0,98, p = 1,1 * 10'14).
Otra proteína que se ha detectado con frecuencia en las heces y asociada al CRC es la calprotectina (Bosch LJ, et al., Molecular tests for colorectal cancer screening. Clin Colorectal Cancer 2011; 10: 8-23). La calprotectina también es un heterodímero, que consiste en las subunidades S100A8 y S100A9 (Yui S, et al., Biol Pharm Bull 2003; 26: 753­ 60). Se observó una fuerte correlación entre los recuentos espectrales de S100A8 y S100A9 (vease la Figura 2D; correlación de Pearson de 0,92, p = 1,2 * 10'9), validando aún más los datos de LC-MS/MS obtenidos de las heces.
Estos resultados en hemoglobina y calprotectina muestran que LC-MS/MS en muestras de heces proporciona una cuantificación robusta de proteínas, y es un enfoque válido para el descubrimiento de marcadores de proteínas.
Origen de las proteínas de las heces humanas
Los mecanismos de cómo los biomarcadores derivados de tumores terminan en heces se pueden dividir ampliamente en marcadores filtrados, marcadores secretados y marcadores exfoliados (Osborn NK, Ahlquist DA. Gastroenterology 2005; 128: 192-206). La hemoglobina es un ejemplo típico de un marcador filtrado de vasos sanguíneos alterados en una lesión neoplásica. Los marcadores secretados y exfoliados pueden derivarse de las células epiteliales que recubren el lumen colorrectal, pero también pueden originarse en las células del estroma circundante, tal como las células inmunes. Un análisis de superposición con un conjunto de datos de proteínas plasmáticas obtenido previamente (datos no publicados) junto con las bases de datos Human Proteome Organisation (HUPO), Human Plasma Proteome Project (HPPP) públicamente disponibles (www.hupo.org/research/hppp; Omenn GS, et al., Proteomics 2005; 5: 3226-45; States DJ, et al., Nat Biotechnol 2006; 24: 333-8) (lista altamente confiable) reveló que el 21,6% de las 830 proteínas identificadas posiblemente se originan en la sangre. Para estimar cuántas de las 830 proteínas humanas identificadas se originan a partir de células epiteliales, se realizó un análisis de superposición con proteínas detectadas en líneas celulares de CRC (datos no publicados). Casi la mitad de estas proteínas también se identificaron en las líneas celulares de CRC que sugieren un origen epitelial.
Proteínas de heces que discriminan a los pacientes con CRC de los sujetos de control
El análisis de grupos jerárquicos no supervisados de proteínas humanas identificadas en todas las muestras de heces de CRC y control revelaron dos grupos. El grupo uno agrupó nueve muestras de heces de CRC y el grupo dos agrupó las diez muestras de heces de control y tres muestras de heces de CRC (datos no mostrados). Por lo tanto, las muestras de heces de pacientes con CRC muestran un patrón específico de expresión de proteínas en comparación con las heces de los sujetos de control. Por lo tanto, este patrón de expresión de proteínas se puede aplicar para discriminar la mayoría de las muestras de heces de CRC de las muestras de heces de control sin una selección adicional de proteínas específicas. El conjunto completo de datos de proteínas de heces se analizó con estadísticas beta binomiales para identificar posibles proteínas asociadas al cáncer (Pham TV, et al., Bioinformatics 2010; 26: 363­ 9). De las 830 proteínas de heces humanas, se detectaron de manera diferencial 221 proteínas, de las cuales los niveles de 134 proteínas fueron significativamente más altos en muestras de heces de CRC en comparación con las de control (p <0,05; Tabla 2), mientras que 87 proteínas fueron significativamente más bajas en las muestras de heces de control en comparación con lñas de CRC.
El análisis de agrupamiento basado en las 221 proteínas detectadas diferencialmente en muestras de heces de CRC y de control reveló también dos agrupamientos (datos no mostrados). Nuevamente, las nueve muestras de heces de CRC agrupadas en un grupo, y las mismas tres muestras de heces de CRC mencionadas anteriormente agrupadas junto con las muestras de heces de control en el segundo grupo.
Dentro del segundo grupo, las tres muestras de heces de CRC se agruparon con una muestra de control. El patrón de expresión de proteínas de estas tres muestras de heces de CRC contenía aspectos tanto de las muestras de heces de control como de las otras nueve muestras de heces de CRC, lo que indica que una selección de estas proteínas podría discriminar estas muestras de CRC de los controles.
Además, tres de cada cuatro pacientes con CRC negativo para FIT se agruparon junto con pacientes con CRC positivo para FIT. Por lo tanto, este grupo de proteínas contiene potenciales biomarcadores candidatos que complementan el FIT.
Verificación por nanoLC-MS/MS de semi-alto rendimiento
Para verificar estos resultados iniciales, se crearon cuatro grupos a partir de un conjunto independiente de 20 muestras de heces. Además de los casos de CRC y los controles negativos, también se incluyeron muestras de pacientes con adenomas. De hecho, dado que la mayoría de los adenomas no progresan a cáncer, con el propósito de la detección de CRC, solo la detección de adenomas con alto riesgo de progresión además del CRC es importante (Levin B et al., Gastroenterology 2008; 134: 1570-1595). Por lo tanto, se incluyeron grupos de muestras de heces de pacientes con adenoma no avanzado, así como adenomas avanzados (generalmente considerados de mayor riesgo de progresión). En estas muestras de verificación, se identificaron 414 proteínas humanas. De las 830 proteínas humanas identificadas en el conjunto de descubrimiento, 331 (40%) también se detectaron en el conjunto de verificación (Véase la Tabla 5). De las 134 proteínas humanas significativamente enriquecidas en muestras de heces de CRC, 63 (47%) también se detectaron en el grupo de verificación. Las proteínas detectadas tanto en el grupo de descubrimiento como en el de verificación representaron proteínas con una abundancia significativamente mayor (recuento espectral promedio de 15) en comparación con las proteínas que no se encontraron en el grupo de verificación (recuento espectral promedio de 4) (p = 3,5 * 10-27).
Prueba del concepto de biomarcadores de proteína candidatos para la validación mediante MS dirigida
De las 134 proteínas significativamente enriquecidas en muestras de heces de CRC, un subconjunto de proteínas con un posible origen epitelial (es decir, detectadas en líneas celulares de CRC), que se enriquecieron significativamente en pacientes con CRC negativo para FIT en comparación con los controles, y se recuperaron en el grupo de verificación en los grupos de adenoma avanzado y/o CRC (n = 29) se seleccionaron para una validación adicional. Los primeros resultados para 13 de estas proteínas confirmaron los resultados obtenidos por LC-MS/MS en el grupo de verificación. Estos incluyeron 6 proteínas detectadas en grupos de CRC y/o de adenoma avanzado mientras no se detectaron en controles o adenomas (por ejemplo, C4B y glucosa-6-fosfato isomerasa (GPI) (Figura 4); y 7 proteínas detectadas en niveles bajos en los controles y adenomas mientras está más presente en adenomas avanzados y CRC, por ejemplo, PRTn 3 y A2M (Figura 4).
Proteínas que complementan FIT para detectar CRC
Los nuevos biomarcadores para la detección temprana de CRC deberían funcionar significativamente mejor que FIT, o deberían complementar FIT, para aumentar la precisión del diagnóstico. Como se esperaba de su correlación con FIT, la hemoglobina a y p estaban significativamente más abundantemente presentes en muestras de heces de CRC en comparación con las de control. Los datos revelaron varias proteínas cuyos niveles fueron significativamente más altos en las muestras de heces de CRC en comparación con las muestras de heces de control con un poder discriminativo más alto que la hemoglobina. Es interesante ver si estas proteínas detectan las mismas muestras de CRC que la hemoglobina, o si detectan otras muestras de CRC. La Figura 3 muestra un ejemplo de una de estas proteínas (C4A/C4B) que detecta a todos los pacientes con CRC negativo para FIT, sin detectar el sujeto de control, alcanzando así una sensibilidad y especificidad del 100% en este entorno. Sin embargo, no solo las proteínas con un poder discriminativo más alto que la hemoglobina tienen potencial para complementar FIT.
Por esta razón, se investigaron proteínas que mostraron niveles significativamente más altos en las muestras de heces de CRC negativas para FIT en comparación con todos los controles. De hecho, de las 134 proteínas con niveles significativamente más altos en muestras de heces de CRC versus control, alrededor del 90% también mostró niveles significativamente más altos en las muestras de heces de CRC negativas para FIT. Esto indica que estos candidatos tienen un alto potencial para ser de valor agregado a la detección actual de hemoglobina.
El presente estudio ha realizado un análisis proteómico en profundidad en muestras de heces humanas, proporcionando una lista de 134 proteínas humanas que se han enriquecido significativamente en muestras de heces de pacientes con CRC, de las cuales varias mostraron un poder discriminativo muy significativo. Por lo tanto, se han identificado marcadores discriminativos para mejorar las pruebas FIT actuales.
Ejemplo 2
Generación de un conjunto de datos de biomarcadores a partir de tejido de CRC y tejido de colon normal emparejado con el paciente, para la detección en biofluidos.
Material y métodos
Pacientes
Se incluyeron en este estudio un total de cuatro pacientes que se sometieron a resección quirúrgica en el centro médico de la Universidad VU (Ámsterdam, Los Países Bajos). La recopilación, el almacenamiento y el uso de tejidos y datos de pacientes se realizaron de acuerdo con el Código para el uso secundario adecuado de tejidos humanos en Los Países Bajos (Societies DFOBS. Http://www.federa.org/). Un patólogo inspeccionó todas las muestras para obtener información sobre el tamaño del tumor, el tumor y el estadio ganglionar, el grado de diferenciación, la diferenciación mucínica. Para una visión general de las características clinicopatológicas, Véase la Tabla 1.
(Szklarczyk D, et al., Nucleic Acids Res. 2011; 39: D561-8). Para los análisis de ontología de grupos y genes se utilizó la plataforma Cytoscape para el análisis de redes (www.cytoscape.org) (Smoot ME et al., Bioinformatics 2011; 27: 431-2), utilizando los complementos ClusterONE versión 0.93 para la agrupación y BINGO versión 2.44 para el análisis de procesos biológicos dentro de las redes obtenidas con base en GO annotations Maere S et al., Bioinformatics 2005; 21: 3448-9 y Nepusz T et al., Nat Meth 2012; 9: 471-2). Además, los dominios transmembrana y las secuencias de péptidos señal se investigaron usando el servidor secretomeP 2.0 (Bendtsen JD et al., Protein Eng. Des. Sel. 2004; 17: 349-56).
Resultados
Identificación de proteínas secretadas en secretomas de tejido de CRC y normal
Se recogieron secretomas de tejido de cuatro CRC y se combinaron con tejido de colon normal adyacente como se describió anteriormente por Celis et al., (Celis JE et al., Mol. Cell Proteomics 2004; 3: 327-44) y se procesaron para espectrometría de masas. Se encontró que el tumor del paciente 4 era MSI y los tumores de los pacientes 1-3 eran microsatélites estables (detalles del paciente en la tabla 8). Se identificaron un total de 2703 proteínas no redundantes en las secreciones tumorales de los cuatro secretomos de tejido de CRC y sus contrapartes normales. En promedio, se identificaron 1986 proteínas por muestra, que van desde 1264 a 2292 proteínas.
Del total de 2703 proteínas, 2366 se identificaron en los secretomos tumorales así como en los secretomes de tejido normal, 283 solo en los secretomes tumorales y 54 solo en los secretomes de tejido normal. El número de proteínas identificadas fue significativamente mayor en los secretomas de CRC que en los secretomas de tejido normal (2198 y 1775 en promedio, respectivamente, p = 0,03), mientras que el número de identificaciones únicas en las muestras no difirió significativamente (figura complementaria 2b y c, P = 0,2). En total, se identificaron 961 de 2420 (40%) de proteínas en los cuatro secretomas de tejido normal y 1627 de 2649 (61%) en los cuatro secretomas de cáncer.
Proteínas enriquecidas en los secretomas de cáncer
Para obtener una visión general del conjunto de datos, se realizó una agrupación jerárquica no supervisada utilizando los datos del recuento espectral normalizado de todas las 2703 proteínas identificadas. Se identificaron dos grupos principales; uno que contiene la muestra de tejido normal del paciente 3 y el otro que contiene todas las demás muestras, esto podría explicarse por la menor cantidad de proteínas identificadas en esta muestra en comparación con las otras (N = 1264). En el segundo grupo nuevamente se formaron dos subgrupos; uno que contiene las otras tres muestras de tejido normal y el otro todas las muestras de cáncer. Dentro del grupo de cáncer, las muestras de los pacientes 1-3 formaron un grupo separado de la muestra del paciente 4, lo que puede explicarse por los diferentes antecedentes moleculares de esta muestra, es decir, este último tumor era MSI mientras que los tumores de los pacientes 1-3 eran microsatélites estables (tabla 8). En general, el análisis de conglomerados no supervisado indicó que el patrón de expresión de proteínas era más similar entre las cuatro muestras de tumor que entre el tumor emparejado y los tejidos normales del mismo paciente. Los biomarcadores potenciales deben enriquecerse en los secretomas tumorales en comparación con los secretomas de tejido normal. Para identificar tales proteínas, el conjunto completo de datos de proteínas se analizó adicionalmente con una prueba estadística para muestras emparejadas, es decir, teniendo en cuenta la relación entre muestras de tejido normal y cancerosas de pacientes individuales, para identificar proteínas asociadas a CRC (Pham TV et al., Expert Rev. Mol. Diagn. 2012; 12: 343-59). De las 2703 proteínas, 522 proteínas estaban significativamente diferencialmente presentes (P <0,05), 409 de las cuales eran más abundantes en secretomas tumorales en comparación con secretomas de tejido normal, lo que representa las proteínas de mayor valor probable para la discriminación entre pacientes con CRC y controles normales (Véase la tabla 6).
Análisis de superposición de proteínas enriquecidas en los secretomas de cáncer y las proteínas de heces.
Los biomarcadores de proteínas que pueden detectarse en sangre o heces son de interés ya que podrían aplicarse en un entorno clínico estándar junto con los marcadores usados habitualmente tales como CEA y CA19-9 o hemoglobina. La medición de moléculas directamente en la muestra biológica que se utilizará para la detección, es decir, las heces, puede producir biomarcadores que son estables y se pueden detectar de manera confiable en las muestras de heces. Un análisis de superposición con un conjunto de datos de proteínas de heces previamente obtenido (datos no publicados) reveló que 383 de las 2703 proteínas identificadas son posiblemente detectables en las heces. De las 409 proteínas significativamente más abundantes en las secretomas de CRC en comparación con los secretomas normales, 16 proteínas de estas también se detectaron en las heces (Véase la tabla 7).
Aplicabilidad industrial
La presente descripción proporciona así un conjunto de biomarcadores para la detección del cáncer colorrectal, o la susceptibilidad al cáncer colorrectal. Los biomarcadores permiten un diagnóstico precoz de manera que es posible la extirpación quirúrgica de un tumor en etapa temprana antes de la metástasis.
Lo anterior describe ampliamente la presente invención sin limitación a realizaciones particulares. Las variaciones y modificaciones serán fácilmente evidentes para los expertos en la materia. El alcance de la invención está definido por las siguientes reivindicaciones.

Claims (14)

REIVINDICACIONES
1. Un método para detectar la presencia de adenoma colorrectal avanzado, comprendiendo el método:
examinar una muestra de heces obtenida de un individuo para dos o más biomarcadores que comprenden mieloperoxidasa (MPO) y uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (Pr Tn 3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9) , inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), anexina A2 (ANXA2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5), en el que la presencia o aumento de la expresión de MPO y los uno o más biomarcadores, en relación con una muestra de control, es indicativo de que el individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo de adenoma colorrectal avanzado.
2. El método de la reivindicación 1, que comprende la detección de dos o más de los biomarcadores adicionales.
3. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, que comprende la detección de cuatro o más de los biomarcadores adicionales.
4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, que comprende la detección de los dieciséis biomarcadores.
5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la muestra de heces se analiza para los dos o más biomarcadores usando espectrometría de masas dirigida.
6. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que la muestra de heces se analiza para los dos o más biomarcadores usando agentes de unión capaces de unirse a los dos o más biomarcadores.
7. El método de la reivindicación 6, en el que los agentes de unión son anticuerpos o fragmentos de los mismos.
8. El método de la reivindicación 7, en el que los anticuerpos o fragmentos de los mismos se seleccionan del grupo que consiste en scFv, Fab y un dominio de unión de una molécula de inmunoglobulina.
9. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-4, en el que la detección se realiza usando una matriz, opcionalmente en la que la matriz es una matriz basada en perlas o una matriz basada en una superficie.
10. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la muestra de control comprende una muestra biológica de un individuo que se sabe que está libre de adenoma colorrectal avanzado.
11. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la muestra biológica también se analiza mediante la prueba inmunoquímica fecal.
12. Uso de dos o más biomarcadores que comprenden mieloperoxidasa (MPO), y uno o más biomarcadores seleccionados del grupo que consiste en: azurocidina 1 (AZU1), catepsina G (CTSG), defensina, alfa 1 (DEFA1), elastasa, expresada en neutrófilos (ELANE), integrina, alfa M (subunidad del receptor 3 del componente 3 del complemento) (ITGAM), subunidad 1 de la proteína de unión a la caperuza nuclear 80 kDa (NCBP1), proteinasa 3 (PRTN3), proteína S100 de unión al calcio A9 (S100A9), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 10 (SERPINB10), anexina A1 (ANXA1), repetición de IAP baculoviral que contiene 6 residuos (BIRC6), componente 2 del complejo de mantenimiento de minicromosomas (MCM2), quiescina Q6 sulfhidril oxidasa 1 (QSOX1), anexina A2 (ANXA2), inhibidor de la serpina peptidasa, clado B (ovoalbúmina), miembro 5 (SERPINB5) como biomarcador en muestras de heces para diagnosticar o predecir la presencia de adenoma colorrectal avanzado en un individuo.
13. Uso de una matriz para determinar si un individuo está en riesgo de sufrir o está sufriendo adenoma colorrectal avanzado de acuerdo con el método de cualquiera de las reivindicaciones 1-12, comprendiendo la matriz uno o más agentes de unión como se define en cualquiera de las reivindicaciones 6 a 8.
14. Uso de mieloperoxidasa (MPO) como biomarcador en muestras de heces para detectar la presencia de adenoma colorrectal avanzado.
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Families Citing this family (39)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9141756B1 (en) 2010-07-20 2015-09-22 University Of Southern California Multi-scale complex systems transdisciplinary analysis of response to therapy
CA2974651A1 (en) 2014-01-24 2015-07-30 Children's Hospital Of Eastern Ontario Research Institute Inc. Smc combination therapy for the treatment of cancer
JP6294118B2 (ja) * 2014-03-25 2018-03-14 三菱ケミカル株式会社 大腸癌マーカー及び大腸癌検出方法
EP3129511A2 (en) * 2014-04-11 2017-02-15 Oslo Universitetssykehus HF Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
US10613090B2 (en) * 2014-05-09 2020-04-07 Ascendant Diagnostics, LLC Methods of detecting cancer
US12320811B2 (en) 2014-05-09 2025-06-03 Ascendant Diagnostics, LLC Methods of detecting cancer
CN103969452B (zh) * 2014-05-30 2016-04-20 中国人民解放军第二军医大学 索拉菲尼个性化治疗肝癌的分型诊断试剂盒
WO2016048388A1 (en) 2014-09-26 2016-03-31 Somalogic, Inc. Cardiovascular risk event prediction and uses thereof
US20170363629A1 (en) * 2014-11-05 2017-12-21 Board Of Regents, The University Of Texas System Biomarkers and targets for cancer immunotherapy
JP2017538938A (ja) * 2014-12-11 2017-12-28 ウイスコンシン・アルムニ・リサーチ・ファンデーション 大腸癌の検出及び処置方法
US11686731B2 (en) 2015-01-05 2023-06-27 Ian Mills Prostate cancer markers and uses thereof
GB2545361B (en) * 2015-04-10 2018-01-24 Applied Proteomics Inc Methods of assessing colorectal cancer status
FR3037403A1 (fr) * 2015-06-12 2016-12-16 Centre Leon Berard Procede de prediction de la sensibilite d'une tumeur gastro-intestinale a un traitement inhibiteur
WO2017214189A1 (en) * 2016-06-06 2017-12-14 Oncocyte Corporation Methods and compositions for detection and diagnosis of bladder cancer
ES2946541T3 (es) * 2016-06-10 2023-07-20 Univ Warszawski Medyczny Métodos de diagnóstico y seguimiento utilizando proteínas en orina como marcadores en la nefropatía por IgA
CN106324261B (zh) * 2016-11-22 2018-02-09 中山瑞康医学检验有限公司 一种用于直肠癌检测的试剂盒
EP3602063A4 (en) * 2017-03-30 2021-01-06 Tel HaShomer Medical Research Infrastructure and Services Ltd. DIAGNOSIS METHODS AND KITS FOR EARLY DETECTION OF OVA CANCER
US20180306798A1 (en) * 2017-04-14 2018-10-25 Biotech Support Group LLC Monitoring Dysregulated Serum Complement, Coagulation, and Acute-Phase Inflammation Sub-Proteomes Associated with Cancer
CA3064702A1 (en) * 2017-05-23 2018-11-29 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut-Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis Novel stool-based protein biomarkers for colorectal cancer screening
EP3647788A4 (en) * 2017-06-30 2021-07-14 National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition BIOMARKER FOR THE DETECTION OF COLORECTAL CANCER
WO2019122538A1 (en) * 2017-12-22 2019-06-27 Tampereen Yliopisto Predictive biomarkers for treatment of eye diseases
EP3553522A1 (en) * 2018-04-12 2019-10-16 Koninklijke Philips N.V. Gingivitis diagnostic methods, uses and kits
KR102683693B1 (ko) 2018-04-26 2024-07-09 에이껜 가가꾸 가부시끼가이샤 변검체 검사 장치, 변검체 검사 방법
CN109652550B (zh) * 2019-01-21 2022-08-02 首都医科大学附属北京朝阳医院 circ-HUWE1作为胃癌和结直肠癌诊断生物标志物和治疗靶点的应用
WO2020218121A1 (ja) * 2019-04-24 2020-10-29 公益財団法人がん研究会 癌を検出する方法および検出試薬
CN110423812B (zh) * 2019-07-02 2023-07-25 南方医科大学 Skiv2l2（MTR4）基因在肿瘤治疗中的用途
KR102216386B1 (ko) * 2019-07-09 2021-02-17 주식회사 베르티스 암의 진단용 조성물
WO2021015619A1 (en) * 2019-07-23 2021-01-28 Stichting Het Nederlands Kanker Instituut-Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis Progression markers for colorectal adenomas
US20220404373A1 (en) * 2019-09-25 2022-12-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods for diagnosing and treating uveitis
WO2021076969A1 (en) * 2019-10-18 2021-04-22 Exact Sciences Development Company, Llc Multiple analyte fecal antigen testing
US20230320591A1 (en) * 2020-06-02 2023-10-12 Microbial Machines, Inc. Engineering microorganisms for diagnostic imaging
CN112980948B (zh) * 2020-08-28 2023-03-21 中山大学附属口腔医院 Nfat3作为治疗靶点在筛选或制备头颈部鳞状细胞癌药物中的应用
KR102737798B1 (ko) * 2020-12-02 2024-12-02 가톨릭대학교 산학협력단 갑상선 안구 질환 진단용 바이오마커 조성물 및 이의 용도
WO2022182661A1 (en) * 2021-02-23 2022-09-01 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods for prognosing, diagnosing, and treating colorectal cancer
CN113398269B (zh) * 2021-03-04 2022-08-02 深圳开悦生命科技有限公司 Rna解旋酶dhx33抑制剂在制备用于治疗肝癌的药物中的应用
WO2022187744A1 (en) * 2021-03-05 2022-09-09 University Of Central Florida Research Foundation, Inc. Chaperonin-containing tcp-1 inhibitors for the treatment of cancer
PL441319A1 (pl) 2022-05-31 2023-12-04 Uniwersytet Medyczny Im. Piastów Śląskich We Wrocławiu Zestaw biomarkerów białkowych i sposób diagnostyki raka jelita grubego in vitro
EP4293359A1 (en) * 2022-06-15 2023-12-20 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Zentralstelle für Technologietransfer Sulcus-proteins for the detection of peri-implantitis
CN116519954B (zh) * 2023-06-28 2023-10-27 杭州广科安德生物科技有限公司 一种结直肠癌检测模型构建方法、系统及生物标志物

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5552292A (en) * 1993-01-18 1996-09-03 Ikagaku Co., Ltd. Method of screening for colorectal cancer
CA2499709A1 (en) * 2002-06-19 2003-12-31 Yoichi Furukawa Method for diagnosis of colorectal tumors
US20070117164A1 (en) * 2003-04-08 2007-05-24 Raskov Hans H Method for detection of colorectal cancer in human samples
DE102004037860A1 (de) * 2004-08-04 2006-03-16 Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg Turmormarker zur Diagnose von Karzinomen und/oder davon abstammender Metastasen
US20090035801A1 (en) * 2005-12-27 2009-02-05 Power3 Medical Products, Inc. Twelve (12) protein biomarkers for diagnosis and early detection of breast cancer
EP2244714A4 (en) * 2008-02-08 2012-06-06 Poniard Pharmaceuticals Inc USE OF PICOPLATIN AND BEVACIZUMAB TO TREAT COLORECTAL CANCER
EP2259797A2 (en) * 2008-03-25 2010-12-15 Schering Corporation Methods for treating or preventing colorectal cancer
EP2310526A4 (en) * 2008-07-18 2011-11-02 Oragenics Inc COMPOSITIONS FOR THE DETECTION AND TREATMENT OF COLORECTAL CANCER

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