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EP4413017A1 - Polypeptides neutralisants et leurs applications - Google Patents

Polypeptides neutralisants et leurs applications

Info

Publication number
EP4413017A1
EP4413017A1 EP22800183.0A EP22800183A EP4413017A1 EP 4413017 A1 EP4413017 A1 EP 4413017A1 EP 22800183 A EP22800183 A EP 22800183A EP 4413017 A1 EP4413017 A1 EP 4413017A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
polypeptide
seq
formula
cov
sars
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
EP22800183.0A
Other languages
German (de)
English (en)
Inventor
Bernard Delmas
Stéphanie THEBAULT
Nicolas MEUNIER
Nathalie LEJAL
Philippe Minard
Marielle VALERIO-LEPINIEC
Agathe URVOAS
Sophie LE PODER
Bernard Klonjkowski
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institut National de la Recherche Pourl'agriculture L'alimentation Et L'environnement
Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Universite de Versailles Saint Quentin en Yvelines
Ecole Nationale Veterinaire dAlfort
Commissariat a lEnergie Atomique et aux Energies Alternatives CEA
Universite Paris Saclay
Original Assignee
Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Commissariat a lEnergie Atomique CEA
Universite de Versailles Saint Quentin en Yvelines
Ecole Nationale Veterinaire dAlfort
Institut National de Recherche pour lAgriculture lAlimentation et lEnvironnement
Commissariat a lEnergie Atomique et aux Energies Alternatives CEA
Universite Paris Saclay
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Centre National de la Recherche Scientifique CNRS, Commissariat a lEnergie Atomique CEA, Universite de Versailles Saint Quentin en Yvelines, Ecole Nationale Veterinaire dAlfort, Institut National de Recherche pour lAgriculture lAlimentation et lEnvironnement, Commissariat a lEnergie Atomique et aux Energies Alternatives CEA, Universite Paris Saclay filed Critical Centre National de la Recherche Scientifique CNRS
Publication of EP4413017A1 publication Critical patent/EP4413017A1/fr
Pending legal-status Critical Current

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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A61P31/14—Antivirals for RNA viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/005—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from viruses
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C07K2319/20—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand
    • C07K2319/21—Fusion polypeptide containing a tag with affinity for a non-protein ligand containing a His-tag
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
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    • C12N2740/00011—Details
    • C12N2740/10011—Retroviridae
    • C12N2740/13011—Gammaretrovirus, e.g. murine leukeamia virus
    • C12N2740/13041—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2740/13043—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/20011—Coronaviridae
    • C12N2770/20022—New viral proteins or individual genes, new structural or functional aspects of known viral proteins or genes

Definitions

  • the present description relates to new artificial polypeptides, in particular to new HEAT-like alpha-helical repeat proteins (aRep).
  • the present description also relates to the use of these novel polypeptides as medicaments, in particular for the treatment and/or prevention of diseases and/or conditions caused by an infection with a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2.
  • Viruses are one of the main causes of disease in the world. Viruses are generally defined as small, non-living infectious agents that replicate only within living cells, as they do not possess a fully autonomous replication mechanism. Although of various shapes and sizes, they generally consist of a viral particle (called a "virion"), consisting of a protein envelope which includes at least one nucleic acid molecule and possibly, depending on the type of virus, one or more several proteins or nucleoproteins.
  • a viral particle consisting of a protein envelope which includes at least one nucleic acid molecule and possibly, depending on the type of virus, one or more several proteins or nucleoproteins.
  • therapeutic solutions have been designed to interfere with one or more of these mechanisms.
  • viruses are classified according to their genome type.
  • the current classification of viruses, as of 2018, includes seven different groups:
  • dsDNA double-stranded DNA virus
  • sDNA single-stranded DNA virus
  • dsRNA double-stranded RNA virus
  • RNA virus (+) strand or sense (+) ssRNA RNA virus (+) strand or sense (+) ssRNA
  • RNA virus (-) stranded or antisense ((-)ssRNA) RNA virus; - Group VI: single-stranded RNA viruses with DNA intermediates (sRNA-TR)
  • dsDNA-TR double-stranded DNA virus with RNA intermediates
  • RNA viruses especially single-stranded RNA viruses, and more specifically infections with RNA viruses belonging to group IV of the Baltimore classification.
  • coronavirus 2019 (COVID-19)
  • SARS-CoV-2 also known as coronavirus 2019 (COVID-19)
  • coronavirus 2019 (COVID-19)
  • This new coronavirus belongs to the Coronaviridae family, of the SARS-CoV species and is part of group IV of the Baltimore classification.
  • the World Health Organization has officially declared the COVID-19 pandemic a public health emergency of international concern.
  • This new coronavirus spreads mainly through the respiratory tract and causes acute respiratory illnesses.
  • the elderly and those with underlying illnesses are susceptible to infection and prone to serious outcomes, which may be associated with acute respiratory distress syndrome (ARDS).
  • ARDS acute respiratory distress syndrome
  • Infection with the SARS-CoV-2 virus begins in the nasal cavities, with the virus replicating to high titers in the olfactory epithelia before reaching the lower respiratory tract. Infection of the olfactory epithelium leads to massive lesions which may explain the high prevalence of loss of smell (anosmia).
  • This coronavirus is a single-stranded, positive-sense, approximately 30 kilobase RNA virus that replicates in the cytoplasm of host cells.
  • This virus is enveloped and comprises, on its surface, peplomeric structures called spicules made up of the Spike (S) protein.
  • the Spike or S protein is a membrane glycoprotein (200-220 kDa) which is in the form of spicules or "Spike” emerging from the surface of the viral envelope.
  • This surface protein binds to the cell receptor ACE2 which is expressed in many tissues. It contains 2 subunits (SI and S2), SI including the receptor binding domain (RBD), containing the receptor binding motif (RBM, receptor binding motif) and S2 containing the fusion peptide allowing the induction of the fusion of the viral envelope with the cell membrane.
  • Protein S is the main target of the neutralizing antibody response.
  • Several therapeutic strategies are currently being explored, including limiting the spread of infection by viruses of the SARS-CoV species by blocking virus replication. This can be done by preventing virus entry into target cells in the lungs and other tissues by targeting the S protein and primarily its RBD domain (Spike protein S-subunit receptor binding domain).
  • This neutralization of the S protein can be done, in particular, thanks to natural or artificial proteins, such as:
  • VHH Recombinant Llama Antibodies
  • the present invention aims to meet all or part of these needs.
  • the inventors have developed new polypeptides for treating and/or preventing an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular an infection with a SARS-CoV-2 virus.
  • a plurality of artificial polypeptides called aReps, as defined in the present description exhibited neutralizing activity for the SARS-CoV-2 virus.
  • human monoclonal antibodies Barnes et al. Nature 588, 682-687, 2020; Baum et al. Science 370, 1110-1115, 2020; Chen et al N. Engl. J. Med, 2020; Fagre et al.
  • these artificial polypeptides have the advantage of having a low production cost and facilitated production in E. coli bacteria.
  • the artificial polypeptides of the present description are not very immunogenic, or even non-immunogenic.
  • HEAT-like alpha-helical repeat proteins aReps
  • aReps HEAT-like alpha-helical repeat proteins
  • the polypeptides according to the present description would also exhibit better virus neutralizing activity when these polypeptides are in a form of homologous or heterologous multimerization. These polypeptides are thus referred to as composite polypeptides in the present description.
  • polypeptides described here also have the advantage of being highly soluble in water.
  • the present invention aims to provide new polypeptides and pharmaceutical compositions comprising such polypeptides.
  • These new polypeptides or pharmaceutical compositions which can be implemented as a medicament for treating and/or preventing diseases or conditions caused by an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular the SARS-CoV-2 virus.
  • polypeptides in the nasal cavity would be increased when the polypeptides were combined with a protein domain of the StcE protein of enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) bacteria.
  • Polypeptides can also be combined with biodegradable nanoparticles before being administered to an individual.
  • polypeptides as described here would also have the advantage of being administered by the nasal route and would prevent the multiplication of the virus, thus allowing a therapeutic benefit and a prophylactic protection.
  • - Nt consists of a peptide chosen from SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 and SEQ ID NO. 53;
  • - Ct consists of a peptide having a length of 1 to 100 amino acids
  • SBP consists of a peptide, whose variable amino acids are identical or different from one SBP to another, of formula (II) NH2 - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-VR-X3-X4-AA-X5-ALG-X6-I - COOH (II) in which:
  • - XI is an amino acid chosen from A (Alanine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), S (Serine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophan), Y (Tyrosine);
  • - X2 is an amino acid chosen from N (Asparagine), A (Alanine), D (Aspartic acid), T (Threonine), R (Arginine), S (Serine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Glutamic Acid), L (Leucine), F (Phenylalanine), W (Tryptophan), N (Asparagine), ;
  • - X3 is an amino acid chosen from I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Threonine), V (Valine), L (Leucine), A ( Alanine), F (Phenylalanine), E (Glutamic Acid), S (Serine), M (Methionine), W (Tryptophan);
  • - X4 is an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine);
  • - X5 is an amino acid chosen from A (Alanine), S (Serine), R (Arginine), T (Threonine), N (Asparagine), F (Phenylalanine), V (Valine), G (Glycine), L ( Leucine), D (Aspartic Acid), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Glutamic Acid), W (Tryptophan), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine); And
  • - X6 is an amino acid chosen from K (Lysine), Q (Glutamine), E (Glutamic Acid).
  • the SBP of formula (II) as described herein may comprise:
  • - X4 this being an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V ( Valine), N (Asparagine);
  • the integer z, of the polypeptide of formula (I) can be an integer from 3 to 8.
  • Nt of the polypeptide of formula (I), can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 and SEQ ID NO. 29.
  • Ct, of the polypeptide of formula (I) can consist of a polypeptide having a length of 1 to 50 amino acids.
  • Ct, of the polypeptide of formula (I) can consist of a polypeptide having a length of 1 to 36 amino acids, more preferably of a polypeptide of 36 amino acids.
  • Ct, of the polypeptide of formula (I) may consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 18.
  • the polypeptide of formula (I) can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9, SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 30, SEQ ID NO. 31, SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 and SEQ ID NO. 4L
  • polypeptide of formula (I) can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, and SEQ ID NO. 10.
  • the present description also relates to a composite polypeptide comprising a plurality of polypeptides of formula (I) according to the present description or a polypeptide of formula (I) covalently linked by its amino acid residue to the N-terminal end to a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • a composite polypeptide according to the description can consist of a dimer or a trimer of a polypeptide of formula (I) as described in the present description.
  • a polypeptide dimer can be a composite polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO.1 or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO.
  • a polypeptide dimer can be a composite polypeptide of amino acid sequence SEQ ID NO. 12 or SEQ ID NO. 13.
  • a polypeptide trimer can be a composite polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO.1 or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-COOH.
  • the polypeptide of formula (I) can be linked by a linker peptide, preferably a linker peptide of sequence SEQ ID NO. 19.
  • a polypeptide of formula (I) can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 and SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 and SEQ ID NO. 15.
  • a polypeptide of formula (I) according to the present description or a composite polypeptide according to the present description can be conjugated to an adhesion protein having at least about 90% amino acid identity with a sequence in amino acids SEQ ID NO. 66.
  • a polypeptide of formula (I) according to the present description or a composite polypeptide according to the present description can be conjugated to an adhesion protein having an amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • a polypeptide of formula (I) according to the present description or a composite polypeptide according to the present description can be associated with a biodegradable nanoparticle as described in the present description.
  • the present description also relates to a pharmaceutical composition
  • a pharmaceutical composition comprising a polypeptide of formula (I) or a polypeptide composite as described in the present description, in combination with at least one pharmaceutically or physiologically acceptable vehicle.
  • the present description also relates to a polypeptide of formula (I), a composite polypeptide or a pharmaceutical composition as described in the present description, for use as a medicament.
  • the present description also relates to a polypeptide of formula (I), a composite polypeptide or a pharmaceutical composition as described in the present description, for use in the treatment and/or prevention in an individual of a condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, specifically SARS-CoV-2.
  • the present description also relates to a method for treating and/or preventing a condition caused by an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, in individual in need, comprising a step of administering to the individual a polypeptide of formula (I), a composite polypeptide or a pharmaceutical composition as described in the present description.
  • the present description also relates to the use of a polypeptide of formula (I), of a composite polypeptide or of a pharmaceutical composition as described in the present description for obtaining a medicinal product intended for treating and/or preventing a condition caused by an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, in an individual in need thereof.
  • Figure 1 shows that aReps C2, C12, F9, Gl, H10 and H12 have low dissociation rates unlike aReps C7, D7 and F7.
  • Figure 1 represents the binding of aReps H7 (negative control), C7, H10, C12, F9, F7, D7, Gl and C2 concentrated at 1 pM on the RBD domain of the SARS-CoV-2 virus by bi-layer interferometry. Abscissa: The time in seconds.
  • Y-axis Thickness of the bi-layer on the sensor (expressed in nm)
  • Figure 2 shows that aReps C2 and F9 have high binding affinity for the RBD domain and the S1 subunit (the N-ter domain of the S protein) of the SARS-CoV-2.
  • [Fig 2A-2B-2C-2D] and [Fig 2E] represent the binding of aReps C2, F9 and the dimer F9-C2 to the RBD domain of the SI subunit analyzed by bi-layer interferometry.
  • 2A represents the binding of aRep C2 to the RBD domain.
  • There 2B shows the binding of aRep C2 to the S1 subunit.
  • 2C represents the binding of aRep F9 to the RBD domain.
  • the 2D represents the binding of the aRep F9 on the SL subunit
  • the [FIG 2E] represents the binding of the composite aRep F9-C2 on the SL subunit Abscissa: Time in seconds.
  • Y-axis Thickness of the bi-layer on the sensor (expressed in nm).
  • Figure 3 shows that aReps C2, C7, F9 and H12 neutralize pseudotyped particles of the S protein and the SARS-CoV-2 virus and protect against infection depending on their concentrations. Three biological replicates per concentration were performed. The error bars represent the standard deviation from the mean.
  • the 3A represents the rate of infection of HEK-293T cells expressing ACE2 by pseudotyped particles of the murine leukemia virus (MLV) carrying the S protein of SARS-CoV-2 in the presence of aReps H12, C2, Gl , F9, C7 and H7 (negative control) after 24 h of contacting.
  • MLV murine leukemia virus
  • Abscissa aReps tested at concentrations of (a) 3 pM (black), (b) 600 nM (medium gray) or (c) 60 nM (dark gray) in cell culture medium and (d) VS VG (control of specificity of infection inhibition): cells infected with MLV-like particles carrying the G protein of vesicular stomatitis virus (VSVG) with the aReps tested at the concentration of 3 pM (from left to right) H12, C2, Gl, F9, C7, H7 or phosphate buffered saline (PBS).
  • Y-axis Percentage infection rate of HEK 293T cells by particles pseudotyped with protein S (SARS-CoV-2) or G (VSVG).
  • Abscissa Concentration of aReps C2, C7, F9, Gl, H12 and H7 in the cell culture medium in log10 (nM). Cells were infected without aRep (virus alone) or uninfected (medium alone).
  • Y-axis Viability of Vero-E6 cells infected with the SARS-CoV-2 virus in the presence of aReps (in arbitrary luminescence units).
  • Figure 4 shows that the composite aRep F9-C2 neutralizes infection of HEK 293T cells by MLV-like particles carrying protein S or by the SARS-CoV-2 virus. Three biological replicates per concentration. The error bars represent the standard deviation from the mean.
  • 4A represents inhibition of infection of ACE2-expressing HEK-293T cells by MLV-like particles with SARS-CoV-2 protein S in the presence of composite aRep F9-C2 and aReps F9, C2 and H7 (negative control).
  • Abscissa HEK-293T cells in the presence of mixtures of (a) 100 nM (black), (b) 10 nM (dark gray), (c) 1 nM (medium gray) aRep with particles pseudo-typed with the SARS-CoV-2 protein S or (d) MLV-like particle infected cells carrying Vesicular stomatitis virus G protein (VSVG - light gray) with aReps at 3 pM concentration ( witness of specificity of infection inhibition).
  • Y-axis Percentage infection rate of HEK 293T cells by particles pseudotyped with protein S (SARS-CoV-2) or G (VSVG).
  • 4B represents inhibition of infection of Vero-E6 cells by SARS-CoV-2 viruses.
  • Y-axis Viability of Vero-E6 cells infected with the SARS-CoV-2 virus in the presence of aReps (in arbitrary luminescence units).
  • Figure 5 shows that C2-foldon and F9-foldon composite aReps have similar or even greater neutralizing activity on SARS-CoV-2 infection compared to F9 and C2 aReps alone and F9-C2.
  • Three biological replicates per concentration were performed. Error bars represent the standard deviation from the mean Abscissa: Concentration in pM of aReps C2-foldon ( ⁇ ), F9-foldon (star), F9-C2 (A), F9 ( ⁇ ), C2 (•) and H7 (o) in the culture medium of cells infected with SARS-CoV-2.
  • Y-axis Viability of Vero-E6 cells infected with the SARS-CoV-2 virus in the presence of aReps (in arbitrary luminescence units).
  • Figure 6 shows that aReps F9, C2 and F9-C2 have neutralizing activity on SARS-CoV-2 protein S mutants.
  • the four variants analyzed (alpha, beta, gamma and kappa) are all more sensitive to the neutralization of the F9-C2 composite aRep than the F9 and C2 aReps alone, highlighting the cooperative effect associated with the fusion of F9 and C2 .
  • 6a represents the inhibition of the infection of HEK-293T cells expressing ACE2 by retroviruses pseudotyped with the S protein of SARS-CoV-2 (from the Wuhan-Hu-1 isolate).
  • Abscissa HEK-293T cells in the presence of mixtures of (top to bottom) 500 nM, 250 nM, 100 nM, 50 nM or 10 nM of aRep with particles pseudo-typed with the S protein of SARS-CoV-2, and VSVG (control of specificity of the inhibition of infection): Cells infected with pseudo-particles of MLV carrying the G protein of the virus of vesicular stomatitis (VSVG) with the aReps at a concentration of 3 mM.
  • Y-axis Percentage infection rate of HEK 293 T cells by particles pseudo-typed with protein S (SARS-CoV-2) or G (VSVG).
  • FIG. 7 (FIGS. 7A, 7B) shows that the composite aRep F9-C2 allows a reduction in the infection by SARS-CoV-2 in vivo in comparison with the control aRep H7 on a hamster model.
  • SARS-CoV-2 protein E represents the relative expression of SARS-CoV-2 protein E reflecting the presence of the virus in the presence of aRep H7 (white dot) or F9-C2 (black dot) in the olfactory mucosa and day-to-day lungs 1 (D 1) or day 3 (D3) post infection.
  • Abscissa Sampling on D1 and D3 post-infection of the olfactory mucosa and lungs of hamsters that received nasal inoculation with aRep H7 or F9-C2 1 hour before infection with the SARS-CoV-2 virus.
  • Y-axis Relative log expression of SARS-CoV-2 virus E protein.
  • 7B represents the viral titer of nasal smears reflecting the production of the SARS-CoV-2 virus by the nasal cavity of infected hamsters on 3 days post infection. Abscissa: Days post-infection with SARS-CoV-2 (dpi). Y-axis: Viral titer of nasal smears (log TCID50) of hamsters that received aRep H7 or F9-C2 by nasal inoculation 1 hour before infection with the SARS-CoV-2 virus.
  • Figure 8 represents four photos taken by fluorescence optical microscopy in the nasal cavity of mice 1 h and 6 h after the administration by instillation of aRep C2 polypeptides or of aRep C2 polypeptides conjugated to adhesion protein X409 (C2-X409 ).
  • Photo top left The aRep C2 polypeptide is present on the surface of the epithelium (OE) in the nasal cavity 1 h post-administration.
  • Bottom left photo The aRep C2 polypeptide is present in the lamina intestinal (LP) of the nasal cavity 6 h post-administration.
  • Photo top right The aRep C2-X409 polypeptide is present on the surface of the epithelium (OE) in the nasal cavity 1 h post-administration.
  • Bottom right photo The aRep C2-X409 polypeptide is present on the surface of the epithelium (OE) in the nasal cavity 6 h post-administration.
  • alphaRep or "aRep” protein is meant a polypeptide or artificial protein comprising n repeats of a motif of 31 amino acids derived from HEAT proteins in which only 6 of them are variable and form the concave surface of the polypeptide.
  • These polypeptides are capable of binding a ligand of interest or of neutralizing viruses, in particular viruses of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2.
  • an aRep protein corresponds to a polypeptide of formula (I) as described and illustrated in the present description.
  • a polypeptide of formula (I) as described and illustrated herein may correspond to an aRep C2 polypeptide, an aRep C7 polypeptide, an aRep F9 polypeptide or an aRep H12 polypeptide.
  • Terms such as "C2 polypeptide”, “aRep C2” or “C2" may be used herein to refer to an "aRep C1 polypeptide". These terms apply equally to all of the aRep polypeptides described herein.
  • target cell is meant here a cell which expresses a target antigen capable of being recognized by a polypeptide according to the present description, in particular a cell which expresses the cellular receptor ACE2 capable of being recognized by the S protein, in particular the RBD domain, viruses of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, and to confer susceptibility to the virus.
  • a target cell can be a lung cell, an arterial cell, a heart cell, a kidney cell, or a digestive tract cell.
  • a "condition caused by infection" by a virus of the species SARS-CoV may be selected from a list including or consisting of: severe respiratory distress syndrome, cardiovascular condition, a vascular condition, a gastrointestinal condition or a neurological condition.
  • patients presenting, or at risk of presenting, a condition linked to an infection with a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2 can also be taken into account.
  • conditions caused by infection with a virus of the species SARS-CoV including SARS-CoV-2, which are particularly considered include: pulmonary fibrosis, vasculitis, Kawasaki disease and lesions or tissue destruction, particularly injury and destruction of lung tissue and endothelia.
  • mammals considered include, but are not limited to, domestic animals (e.g. cattle, sheep, cats, dogs, and horses), primates (e.g. humans and non-humans), rabbits, and rodents (e.g. example, mice and rats). According to a particular embodiment, an individual is a human being.
  • a pharmaceutically or physiologically acceptable vehicle is a vehicle recognized as satisfying, in particular, the criteria of safety, compatibility and inertness required for use in the pharmaceutical field.
  • a physiologically acceptable vehicle is a substance or composition whose administration to an individual is not accompanied by significant deleterious effects.
  • such a vehicle is compatible with oral or rectal administration, and is preferably suitable for administration by the oral route.
  • a pharmaceutically or physiologically acceptable vehicle mention may be made of sterile water, saccharides such as sucrose or sucrose, starches, sugar alcohols such as sorbitol, polymers such as PVP or PEG, lubricating agents, such as magnesium stearate, preservatives, coloring or flavoring agents.
  • prevent and “prevention” (and variants of these expressions) with regard to a physiological disorder or a disease caused by an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV -2, relates to the prophylactic treatment of the disease or disorder, for example in an individual infected with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2, and at risk of developing a disease or disorder related to this infection.
  • Preventing includes, but is not limited to, preventing or slowing the development of disease, and/or maintaining one or more disease symptoms at or less than a desired level.
  • the term “prevent” does not require 100% elimination of the possibility or probability of occurrence of the disease or disorder. This term rather designates the reduction to a lesser degree of the risk or the probability of occurrence of a given phenomenon linked to an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2.
  • prevention can be complete, i.e. the absence of symptoms or detectable disease, or partial, such that there are fewer symptoms or the symptoms are of less intensity although that the virus remains detectable in the infected individual.
  • SARS-CoV designates a virus belonging to the viral species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus and is a member of the genus Betacoronavirus and the subgenus Sarbecovirus (subgroup B) in the Coronaviridae family and the Orthocoronavirinae subfamily.
  • SARS-CoV includes, in a non-exhaustive manner, SARS-CoV (or SARS-CoV-1) strains, SARSr-CoV WIV1, SARSr-CoV HKU3, SARSr-CoV RP3, SARS-CoV-2 ; including the strains responsible for COVID-19, their mutants and variants.
  • viruses of the SARS-CoV species are preferably SARS-CoV-2 viruses.
  • viruses of the SARS-CoV species include an RBD domain on protein S, conserved between each strain of the species (Jaimes et al. Journal of Molecular Biology (2020) 432, 3309-3325).
  • a virus of the SARS-CoV species is characterized by at least one RBD domain having at least 72% amino acid identity with the protein of sequence SEQ ID NO. 56.
  • a virus of the SARS-CoV species is characterized by at least one protein of sequence SEQ ID NO. 56 (RBD domain).
  • a virus of the SARS-CoV species can be a SARS-CoV-2.
  • SARS-CoV-2 is meant a virus belonging to the SARS-CoV species, to the Coronaviridae family and belonging to group IV of the Baltimore classification.
  • SARS-CoV-2 is also called coronavirus 2019 (COVID-19) and means “severe acute respiratory syndrome coronavirus 2” in English.
  • SARS-CoV-2 is a virus that spreads mainly through the respiratory tract and causes acute respiratory illnesses.
  • the SARS-CoV-2 virus collectively refers to all strains responsible for COVID-19 and its mutants, such as the wild form Wuhan-Hu-1 (NCBI Reference Sequence: NC_045512.2), the alpha variant carrying the N501 Y substitution according to the EU numbering, compared to the S protein of SARS-CoV-2 (Bl1.7), the beta variant carrying the substitutions K417H, E484K, N501Y in the RBD domain according to the EU numbering, compared to the S protein of SARS-CoV-2 (B.1.351), the gamma variant carrying the substitutions K417T, E484K and N501Y in the RBD domain according to EU numbering, compared to the S protein of SARS-CoV-2 (Pl), the delta variant (B.1.617.2) carrying the substitutions L452R and T478K in the RBD domain according to the EU numbering, and the kappa variant (Bl617.1) carrying the substitutions L452R and E484Q in the RBD
  • SARS-CoV-2 is described in particular in the document Dhama K, Khan S, Tiwari R, et al. Coronavirus Disease 2019-COVID-19. Clin Microbiol Rev. 2020;33(4):e00028-20. Published 2020 Jun 24. Doi:10.1128/CMR.00028-20.
  • S protein or “Spike protein” is understood to mean a membrane glycoprotein (200-220 kDa) present on the surface of the viral envelope of viruses of the SARS-CoV species which binds to the cellular receptor ACE2.
  • the S protein contains 2 subunits (S1 and S2), S1 including the receptor binding domain (RBD) containing the receptor binding motif (RBM) and S2 containing the peptide of fusion allowing the induction of the fusion of the viral envelope with the cell membrane.
  • RBD receptor binding domain
  • RBM receptor binding motif
  • S protein of SARS-CoV-2 is registered under the reference Gene ID: 43740568.
  • protein E or “envelope protein” is meant a polypeptide of 100 residues which contains at least one helical transmembrane domain ⁇ and a group of 2-3 juxtamembrane cysteines.
  • Protein E is involved in several processes of the virus life cycle, such as assembly, budding, envelope formation and pathogenesis. Protein E contributes to assembly and release of the virion from the infected cell, following the secretory pathway, which makes it a good indicator of the presence of the virus in the tissues.
  • the SARS-CoV-2 protein E is referenced under the reference Gene ID: 43740570.
  • RBD domain or "receptor-binding domain” or “receptor-binding domain” or “receptor-binding motif” is meant an immunogenic region of a peptide sequence of a virus which binds to an endogenous peptide sequence specific for the ACE2 membrane receptor of a target cell to allow entry of the virus into said target cell.
  • the RBD domain is present in the SI subunit of the S protein and located between residues Arg319 and Phe541 of the S protein of viruses of the SARS-CoV species, more particularly SARS CoV-1 and SARS-CoV- 2.
  • An example of an RBD domain is represented by the amino acid sequence SEQ ID NO. 56.
  • the terms “therapeutically effective amount” and “prophylactically effective amount” refer to an amount of active ingredient, such as the polypeptide of formula (I), which provides therapeutic benefit in the treatment, prevention or management of the pathological processes under consideration.
  • the specific amount which is therapeutically effective can be readily determined by a physician and may vary depending on such factors as the type and stage of disease processes under consideration, medical history, sex, weight and age of the patient, his or her diet, and the administration of other therapeutic agents.
  • the terms “treating”, “treatment”, “therapy” or “therapeutic” refer to the administration or consumption of an active ingredient, that is to say a polypeptide according to the present description, or of a pharmaceutical composition comprising such a polypeptide for the purpose of curing, alleviating, reducing, attenuating, or ameliorating a disease or a pathological disorder, or one or more symptoms associated, or to prevent or slow the progression of such symptom(s) or disease, or to arrest the development of such symptom(s), or disease or pathological disorder in a statistically significant manner.
  • treating includes any approach to achieve a beneficial effect or desired result with respect to a disease or condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2, in an individual.
  • Beneficial or desired clinical outcomes may include, but are not limited to, alleviation or improvement of the condition or disease caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2, or of one or more symptoms caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2; the decrease or reduction in the extent of the disease, the stabilization, that is to say the absence of aggravation of a disease or condition caused by an infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2, or one or more symptoms caused by an infection with a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2; the prevention of a disease or condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in
  • treatment includes any cure, amelioration, reduction or cessation of a disease or condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS- CoV-2, or one or more symptoms of such a disease.
  • a "reduction" of a symptom or disease means a decrease in the severity or frequency of the disease or symptom, or the elimination of the disease or symptom.
  • a polypeptide comprising "1 to 100 amino acids” includes a polypeptide comprising 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 61, 62, 63, 64, 65, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 and 100 amino acids.
  • identity percentage between two amino acid sequences means the percentage of identical residues between the two sequences to be compared, obtained after optimal alignment, this percentage being purely statistical and the differences between the two sequences being randomly distributed over their length.
  • the optimal alignment of the sequences to be compared can be achieved, in addition to the manual comparison, by means of BLAST P.
  • nano refers to a special state of subdivision implying that a particle has an average dimension less than about 1000 nanometers (1000 x 10'9 meters).
  • each minimum numerical limitation given in this description includes any upper numerical limitation, as if such upper numerical limitations were expressly written herein.
  • the expression “at least 72%” includes all numerical values from 72, above 72 and up to 100.
  • each numeric range given throughout the description includes each narrower numeric range included within such wider numeric range, as if those narrower numeric ranges were all expressly written.
  • the expression "between 2 and 5" includes all values from 2 to 5, including 2, 3, 4 and 5.
  • the present invention provides an artificial, isolated or recombinant polypeptide or protein.
  • This polypeptide is capable of binding to the RBD domain of the S protein of viruses of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, and of affecting the entry of the virus into the target cell.
  • - Nt consists of a peptide chosen from SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 and SEQ ID NO. 53;
  • - Ct consists of a peptide having a length of 1 to 100 amino acids
  • - SBP consists of a peptide, whose variable amino acids are identical or different from one SBP to another, of formula (II)
  • - Xi is an amino acid chosen from A (Alanine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), S (Serine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophan), Y (Tyrosine);
  • - X 2 is an amino acid chosen from N (Asparagine), A (Alanine), D (Aspartic acid), T (Threonine), R (Arginine), S (Serine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Glutamic Acid), L (Leucine), F (Phenylalanine), W (Tryptophan), N (Asparagine);
  • - X3 is an amino acid chosen from I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Threonine), V (Valine), L (Leucine), A ( Alanine), F (Phenylalanine), E (Glutamic Acid), S (Serine), M (Methionine), W (Tryptophan);
  • - X4 is an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine);
  • - X5 is an amino acid chosen from A (Alanine), S (Serine), R (Arginine), T (Threonine), N (Asparagine), F (Phenylalanine), V (Valine), G (Glycine), L ( Leucine), D (Aspartic acid), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Glutamic Acid), W (Tryptophan), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine); And
  • - X ⁇ is an amino acid chosen from K (Lysine), Q (Glutamine), E (Glutamic Acid).
  • the SBP of formula (II), included in the polypeptide of formula (I), consists of:
  • - Xi is an amino acid chosen from A (Alanine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), S (Serine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophan);
  • - X2 is an amino acid chosen from N (Asparagine), A (Alanine), D (Aspartic acid), T (Threonine), R (Arginine), S (Serine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Glutamic Acid), L (Leucine), F (Phenylalanine), W (Tryptophan);
  • - X3 is an amino acid chosen from I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Threonine), V (Valine), L (Leucine), A ( Alanine), F (Phenylalanine);
  • - X4 is an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine);
  • - X5 is an amino acid chosen from A (Alanine), S (Serine), R (Arginine), T (Threonine), N (Asparagine), F (Phenylalanine), V (Valine), G (Glycine), L ( Leucine), D (Aspartic Acid), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Glutamic Acid), W (Tryptophan), N (Asparagine), Q (Glutamine); And
  • - X ⁇ is an amino acid chosen from K (Lysine), Q (Glutamine), E (Glutamic Acid).
  • z can be an integer from 3 to 8.
  • Nt can be chosen from the amino acid sequences SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 and SEQ ID NO. 29.
  • Nt can be chosen from the amino acid sequences SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 26, and SEQ ID NO. 29.
  • Nt consists of an amino acid sequence SEQ ID NO. 20.
  • Ct includes l; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8; 9; 10; 11; 12; 13; 14; 15; 16; 17; 18; 19; 20; 21; 22; 23; 24; 25; 26; 27; 28; 29; 30 ; 31;
  • the Ct portion of the polypeptide of the present description comprises less than 70 amino acids. In certain embodiments, the Ct portion of the polypeptide of the present description comprises less than 50 amino acids.
  • the Ct part of the polypeptide of the present description comprises less than 40 amino acids.
  • the Ct portion of the polypeptide of the present description comprises 36 amino acids.
  • Ct consists of a peptide having a length of 1 to 50 amino acids.
  • Ct consists of a peptide having a length of 1 to 36 amino acids.
  • Ct consists of an amino acid sequence SEQ ID NO. 18.
  • the SBP of formula (II), included in the polypeptide of formula (I), comprises:
  • - Xi is an amino acid chosen from A (Alanine), E (Glutamic Acid), S (Serine), P (Proline), G (Glycine), R (Arginine), W (Tryptophan);
  • - X2 is an amino acid chosen from N (Asparagine), A (Alanine), D (Aspartic acid), R (Arginine), S (Serine), Y (Tyrosine), E (Glutamic acid), L (Leucine), F (Phenylalanine);
  • - X3 is an amino acid chosen from I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), K (Lysine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phenylalanine);
  • - X4 is an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), A (Alanine), R (Arginine), N (Asparagine);
  • - X5 is an amino acid chosen from A (Alanine), S (Serine), R (Arginine), T (Threonine), N (Asparagine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), W ( Tryptophan); And
  • - X ⁇ is an amino acid chosen from K (Lysine), Q (Glutamine), E (Glutamic Acid).
  • polypeptide of formula (I) can be chosen from SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO.
  • SEQ ID NO. 31 SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 and SEQ ID NO. 41.
  • polypeptide of formula (I) can be chosen from SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9 and SEQ ID NO. 10.
  • the polypeptide of formula (I) does not consist of a polypeptide of SEQ ID NO. 8. According to certain other preferred embodiments, the polypeptide of formula (I) can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 and SEQ ID NO. 10.
  • polypeptide of formula (I) can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7 and SEQ ID NO. 10.
  • polypeptide of formula (I) can be the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1 (C2).
  • polypeptide of formula (I) can be the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 2 (C7).
  • polypeptide of formula (I) can be the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 7 (F9).
  • polypeptide of formula (I) can be the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 10 (H12).
  • the present description relates to a composite polypeptide comprising a plurality of polypeptides of formula (I) as described here or a polypeptide of formula (I) covalently linked to a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • polypeptide of formula (I) also denotes the composite polypeptide since the latter comprises at least one polypeptide of formula (I).
  • a composite polypeptide according to the present description can consist of a dimer or a trimer of a polypeptide of formula (I) of the present description.
  • dimer is meant a protein composed of two polypeptides of formula (I) which may be either identical in the case of a homodimer, or different in the case of a heterodimer.
  • the two polypeptides of formula (I) being able to be linked by a linker peptide.
  • trimer is understood to mean a protein composed of three polypeptides of formula (I) which may be either identical in the case of a homotrimer, or different in the case of a heterotrimer.
  • the three polypeptides of formula (I) being able to be linked by a linker peptide.
  • the inventors have demonstrated that the homologous or heterologous multimerization of a polypeptide of formula (I) makes it possible, without wishing to be bound by any theory, to increase the neutralizing activity of the polypeptide of formula (I).
  • polypeptides of formula (I) included in a composite polypeptide according to the present description are linked directly to each other, therefore in the absence of a linking peptide.
  • polypeptides of formula (I) are linked non-covalently or covalently.
  • the polypeptides of formula (I) are linked by a linking peptide in a covalent manner.
  • a composite polypeptide comprising a polypeptide dimer of formula (I) consists of a composite polypeptide of construct (Chem 1) such as:
  • the [linking peptide] comprises a polypeptide sequence of 1 to 100 amino acids, preferably 1 to 50 amino acids, more preferably the [linking peptide] consists of a peptide of SEQ ID NO. 19, where preferably the [polypeptide of formula (I)] a , the [linker peptide] and the [polypeptide of formula (I)] b are covalently linked.
  • the composite polypeptide consists of a polypeptide of construct (Chem 1), in which the [polypeptide of formula (I)] a and the [polypeptide of formula (I)] b are identical or different.
  • the composite polypeptide consists of a polypeptide of construct (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] has consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a polypeptide of construct (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] has consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a polypeptide of construct (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] has consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a polypeptide of construct (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] has consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), in which when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide consists of a construct polypeptide (Chem 1), wherein when the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of SEQ ID NO. 10, the [polypeptide of formula (I)]b consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54.
  • the [polypeptide of formula (I)] a and the [polypeptide of formula (I)] b, of a composite polypeptide consisting of a polypeptide of construct (Chem 1) do not consist of polypeptides of sequence SEQ ID NO. 8.
  • a polypeptide dimer as described herein may be a composite polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO.1 or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-COOH.
  • the composite polypeptide can be chosen from the following dimers of the polypeptide of formula (I): NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.
  • the composite polypeptide as described here can be chosen from the following polypeptide dimers of formula (I) C2-C2, F9-F9, H12-H12, C7-C7, C2-F9, F9-C2, C2- H12, H12-C2, C2-C7, C7-C2, F9-H12, H12-F9, F9-C7, C7-F9, H12-C7 and C7-H12.
  • a polypeptide dimer can be a composite polypeptide of amino acid sequence SEQ ID NO. 12 or SEQ ID NO. 13.
  • the composite polypeptide can be the F9-C2 dimer or the C2-F9 dimer.
  • the composite polypeptide may comprise a polypeptide of formula (I) linked, preferably, non-covalently via its amino acid residue at the N-terminal end to a polypeptide of sequence SEQ ID NO . 54.
  • polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54 can also be linked, preferably non-covalently, to the amino acid residue located at the C-terminal end of the polypeptide of formula (I).
  • polypeptide of sequence SEQ ID NO. 54 is referred to as "Foldon" in this description.
  • the inventors have demonstrated that the homologous multimerization of a polypeptide of formula (I) with a "foldon" sequence makes it possible, without wishing to be bound by any theory, to increase the neutralizing activity of the polypeptide of formula (I) by allowing better multimerization of the polypeptide of formula (I).
  • a composite polypeptide can consist of a composite polypeptide of construct (Chem 2) such as:
  • the [polypeptide of formula (I)] a is chosen from the various embodiments of the polypeptide of formula (I), as defined in the present description, where, preferably, the [polypeptide of formula (I)] a and the polypeptide [SEQ ID NO. 54] are non-covalently linked.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide comprises a construct polypeptide (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a consists of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide as described herein can also be chosen from composite polypeptides of construct NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH and NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.
  • the composite polypeptide can be chosen from the composite polypeptides C2-foldon, C7-foldon, F9-foldon and H12-foldon.
  • the composite polypeptide may be a composite polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 54]-COOH or NH2- [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.
  • the composite polypeptide can be chosen from the composite polypeptide C2-foldon or F9-foldon.
  • the composite polypeptide when it is in a dimerized form, can preferably be chosen from the composite polypeptides of sequence SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 and SEQ ID NO. 15.
  • a composite polypeptide may comprise a polypeptide trimer of formula (I) consisting of a composite polypeptide of construction (Chem 3) such as:
  • binding peptide_1 and [binding peptide_2], identical or different, each comprise a peptide of 1 to 100 amino acids, preferably 1 to 50 amino acids.
  • [linker peptide_1] and/or [linker_2 peptide] consists of a peptide of sequence SEQ ID NO. 19, wherein, preferably, [polypeptide of formula (I)] a , [linker peptide_1], [polypeptide of formula (I)]t>, [linker peptide_2], and [polypeptide of formula (I)] c are covalently linked.
  • the composite polypeptide of the present description can consist of a polypeptide of construct (Chem 2), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)], and the [ polypeptide of formula (I)] c are identical or different.
  • [polypeptide of formula (I)] a , [polypeptide of formula (I)] and [polypeptide of formula (I)] c are identical.
  • [polypeptide of formula (I)] a , [polypeptide of formula (I)] and [polypeptide of formula (I)] c are all different from each other.
  • polypeptides among [polypeptide of formula (I)] a , [polypeptide of formula (I)] and [polypeptide of formula (I)] c are identical, the third polypeptide of formula (I ) being different from the other two.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 1.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 2.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 4.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 5.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 6.
  • the polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 7.
  • the composite polypeptide may consist of a polypeptide of construction (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 9.
  • the composite polypeptide may consist of a construction polypeptide (Chem 3), in which the [polypeptide of formula (I)] a , the [polypeptide of formula (I)] b and the [polypeptide of formula (I)] c consist of a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 10.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO.1 or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l or SEQ ID NO. 2 or SEQ ID NO. 7 or SEQ ID NO. 10]-COOH.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a polypeptide of construct NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH or NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a C2-C2-C2, C7-C7-C7, F9-F9-F9 or H12-H12-H12 polypeptide.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a polypeptide of construct [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1] or of construction [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7],
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a C2-C2-C2 or F9-F9-F9 polypeptide.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a polypeptide of construct [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1].
  • the composite polypeptide in a trimerized form may consist of a polypeptide of amino acid sequence SEQ ID NO. 11.
  • the composite polypeptide in a trimerized form can consist of a C2-C2-C2 polypeptide.
  • the composite polypeptide of the present description can be chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 and SEQ ID NO. 15.
  • a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide as described herein can be coupled to an adhesion protein.
  • Such coupling to an adhesion protein makes it possible to increase the therapeutic efficacy of the polypeptide of formula (I), or of the composite polypeptide, once administered nasally or orally to an individual.
  • the inventors have discovered that the conjugation of a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide as described here with an adhesion protein allows the attachment of the polypeptide to mucins and thus increases the half-life time of the polypeptide and its therapeutic or preventive effect against an infection of a virus of the SARS-CoV species in an individual.
  • this adhesion protein is encoded by a section of the gene encoding the StcE protein (secreted protease of Cl esterase inhibitor from EHEC) of the bacterium E. coli.
  • the StcE protein is a 898 amino acid protein (SEQ ID NO.65) encoded by the ZL7031 gene (transcript AAC70099 of plasmid pO157), present on plasmid pO157 (GenBank accession no. #AF074613, position 23016-25712 on plasmid pO157) of the bacterium Escherichia coli 0157:H7 (Lathem et al. Molecular Microbiology, 45: 277-288; Grys et al. Infect Immun. 2005 Mar; 73(3): 1295-303).
  • An adhesion protein according to the present description capable of binding to mucins is in particular described in the document Nason et al. Nature communications (2021) 12:4070 and is referred to as module X409.
  • an adhesion protein according to the present description exhibits at least about 90% amino acid identity with the amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • an adhesion protein according to the present disclosure has at least about 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% or 100 % identity in amino acids with an amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • an adhesion protein according to the present description consists of an amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • Mucus is a viscous substance covering the cells of an organism in contact with the external environment, in in particular, it may be the mucus covering the nasal or oral cavity of an individual (Nason et al. Nature communications (2021) 12:4070).
  • a polypeptide of formula (I) as described herein or a composite polypeptide as described here can be conjugated, covalently or non-covalently, to an adhesion protein having at least 90% of identity in amino acids with the amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • a polypeptide of formula (I) as described herein or a composite polypeptide as described here can be conjugated, covalently or non-covalently, to an adhesion protein having at least approximately 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% or 99% amino acid identity with the amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • a polypeptide of formula (I) as described here or a composite polypeptide as described here can be conjugated, covalently or non-covalently, to an adhesion protein of amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • a polypeptide of amino acid sequence SEQ ID NO.1, SEQ ID NO. 2, SEQID NO. 7 or SEQ ID NO.10 can be conjugated, covalently or non-covalently, to an adhesion protein of amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • a composite polypeptide of amino acid sequence SEQ ID NO.11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 or SEQ ID NO.15 can be conjugated, covalently or non-covalently, to an adhesion protein of amino acid sequence SEQ ID NO. 66.
  • the adhesion protein can be conjugated to the N-terminus of the polypeptide or of the composite polypeptide,
  • the adhesion protein can be conjugated to the C-terminus of the polypeptide or the composite polypeptide.
  • any appropriate conjugation reaction can be used, with, if necessary, any appropriate linker well known to those skilled in the art.
  • a recombinant DNA sequence coding for a fusion protein consisting of an aRep polypeptide of formula (I) bound to an adhesion protein by means of a binding protein sequence (linker ) more or less long.
  • Recombinant DNA encoding the fusion protein can be prepared using cloning technology, and inserted into an autonomously replicable vector to prepare recombinant DNA.
  • a linker protein sequence can generally be attached between the C-terminus of one part of the fusion protein and the N-terminus of the other part.
  • binding protein sequences are known in the art and for example described in Chen et al. Adv Drug Deliv Rev; 65(10): 1357-69 (2013).
  • the binding protein sequence can therefore be any binding protein sequence known in the art, so long as the binding protein sequence does not interfere with the function of either or both parts of the fusion protein.
  • a binding protein sequence suitable for the fusion protein may comprise two or more, five or more, 10 or more, 15 or more, or 20 or more amino acid residues.
  • compositions comprising a polypeptide of formula (I) according to the present description and/or a composite polypeptide of formula (I) in a dimerized or trimerized form, formulated with a pharmacologically or pharmaceutically acceptable excipient or vehicle.
  • compositions may comprise one or more combinations of the polypeptide of formula (I) according to the present description (for example, two or more different ones).
  • a pharmaceutical composition described herein may comprise a combination of polypeptides of formula (I) that bind to different epitopes of a target virus.
  • the pharmaceutical composition comprises at least about 1 mg/ml, 5 mg/ml, 10 mg/ml, 50 mg/ml, 100 mg/ml, 150 mg/ml, 200 mg/ml, 1 -300 mg / ml or about 100-300 mg / ml of polypeptide of formula (I) and/or of composite polypeptide of formula (I) in a dimerized or trimerized form.
  • compositions described here can also be administered in combination therapy, i.e. in combination with other agents.
  • the combination therapy can include a polypeptide of formula (I) described herein in combination with at least one antiviral agent and/or one antipathogenic agent.
  • compositions described herein may include one or more pharmaceutically acceptable salts.
  • pharmaceutically acceptable salt is meant a salt which retains the desired biological activity of the parent compound and which does not impart undesirable toxic effects.
  • Acid addition salts and base addition salts are examples of such salts.
  • Acid addition salts include non-toxic inorganic acids such as hydrochloric acid, nitric acid, phosphoric acid, sulfuric acid, hydrobromic acid, hydriodic acid, phosphoric acid, and aliphatic mono- and dicarboxylic acids, phenyl-substituted alkanoic acids, hydroxyalkanes. Salts derived from non-toxic organic acids such as acids, aromatic acids, aliphatic and aromatic sulfonic acids are included.
  • Base addition salts include, for example, alkaline earth metals such as sodium, potassium, magnesium and calcium, as well as N,N'-dibenzylethylenediamine, N-methylglucamine, chloroprocaine, choline, diethanolamine , ethylenediamine, procaine and others. Salts derived from toxic organic amines are included.
  • compositions described herein may also include a pharmaceutically acceptable antioxidant.
  • pharmaceutically acceptable antioxidants include (1) water-soluble antioxidants such as ascorbic acid, cysteine hydrochloride, sodium bisulfate, sodium metabisulfite, sodium sulfite, etc. (2) oil-soluble antioxidants, oxidizing agents such as ascorbyl palmitate, butylated hydroxyanisole (BHA), butylated hydroxy toluene (BHT), lecithin, propyl gallate, alpha -tocopherol and others; and (3) metal chelators such as citric acid, ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), sorbitol, tartaric acid, phosphoric acid and others are included.
  • water-soluble antioxidants such as ascorbic acid, cysteine hydrochloride, sodium bisulfate, sodium metabisulfite, sodium sulfite, etc.
  • oil-soluble antioxidants such as ascorbyl palmitate, butylated hydroxyanisole (BHA),
  • aqueous or non-aqueous carriers examples include water, ethanol, polyols (eg, glycerol, propylene glycol, polyethylene glycol, etc.) and suitable mixtures thereof, vegetable oils such as olive oil and injectable organic esters such as ethyl oleate.
  • Appropriate fluidity can be maintained, for example, by maintaining the required particle size in the case of dispersion and by using surfactants.
  • compositions may also contain adjuvants such as preservatives, wetting agents, emulsifying agents and dispersing agents. Prevention of the presence of microorganisms can be ensured both by the sterilization methods described above and by the inclusion of various antibacterial and antifungal agents such as parabens, chlorobutanol, phenol, sorbic acid and others. It may also be desirable to include in the pharmaceutical composition isotonic agents such as sugars, sodium chloride. Besides, the inclusion of agents that delay absorption, such as aluminum monostearate and gelatin, may delay the absorption of injectable pharmaceutical forms.
  • adjuvants such as preservatives, wetting agents, emulsifying agents and dispersing agents. Prevention of the presence of microorganisms can be ensured both by the sterilization methods described above and by the inclusion of various antibacterial and antifungal agents such as parabens, chlorobutanol, phenol, sorbic acid and others. It may also be desirable to include in the pharmaceutical composition isotonic agents
  • Pharmaceutically acceptable carriers include sterile aqueous solutions or dispersions and sterile powders for the extemporaneous preparation of sterile injectable solutions or dispersions.
  • the use of such carriers and agents for pharmaceutically active substances is well known in the art. Except to the extent that a conventional medium or agent is incompatible with the active ingredient, its use in the pharmaceutical compositions described herein is contemplated. Additional active substances can also be incorporated into the compositions.
  • a pharmaceutical composition should generally be sterile and stable under the conditions of manufacture and storage.
  • the composition can be formulated as a solution, microemulsion, solution, microemulsion, liposome, or other ordered structure suitable for high drug concentration.
  • the carrier can be a solvent or a dispersion medium containing, for example, water, ethanol, polyol (for example, glycerol, propylene glycol and liquid polyethylene glycol, and others), and suitable mixtures thereof.
  • Appropriate fluidity can be maintained, for example, by the use of a coating such as lecithin, by maintaining the required particle size in the case of a dispersion and by the use of surfactants.
  • isotonic agents for example sugars, polyalcohols such as mannitol and sorbitol, or sodium chloride in the composition. Delayed absorption of injectable compositions can be caused by the inclusion in the composition of an agent that delays absorption, for example, monostearate salts and gelatin.
  • Sterile injectable solutions can be prepared by including the active compound, i.e. polypeptides of formula (I) and/or composite polypeptides described herein, in the required amount in a suitable solvent, optionally with one or a combination of the ingredients listed above, followed by sterilization by microfiltration.
  • dispersions are prepared by incorporating the active compound into a sterile vehicle which contains a basic dispersion medium and the necessary other ingredients from those listed above.
  • the preferred method of preparation is a drying method under vacuum, in which a powder of the active principle plus any other desired ingredient is produced from the previously sterilized filtered solution, and lyophilization.
  • the amount of active ingredient that may be combined with carrier materials to produce a single dosage form may vary depending on the subject being treated and the particular mode of administration.
  • the amount of active ingredient, i.e. the polypeptides of formula (I) described herein, which can be combined with a carrier material to produce a single dosage form will generally be the amount of the composition which produces a therapeutic effect.
  • the quantity of active principle that is to say of the polypeptides of formula (I) and/or of the composite polypeptides described here, is from approximately 0.01% to approximately 99% with respect to the quantity of final composition, preferably from about 0.1% to about 70% relative to the amount of final composition, most of the time combined with a pharmaceutically acceptable carrier.
  • Dosage regimens are adjusted to achieve the desired optimal response (eg, therapeutic response).
  • a single bolus administration is possible and several divided doses can be administered over a long period, or the dose can be reduced or increased proportionally as indicated in an imminent treatment situation.
  • the formulation of parenteral compositions is in the form of unit doses, in particular to facilitate administration and uniformity of dosage.
  • parenteral administration refers to modes of administration other than enteral and topical administration, generally by injection, intravenous, intramuscular, intra-arterial, intrathecal, intracapsular, intra-orbital, intracardiac, intradermal, intraperitoneal, transtracheal, intranasal , subcutaneous, epidermal, intra-articular, subcapsular, subarachnoid, intraspinal, epidural and intrastemal, including but not limited to injections and infusions.
  • a unit dosage form refers to a unit physically suitable as a single dose for the individual to be treated; each unit, together with the required pharmaceutical carrier, produces the desired therapeutic effect.
  • the dosage varies between approximately 0.0001 and 100 mg, more generally between 0.01 and 5 mg per kg of body weight. of the host.
  • the dosage is between 0.3 mg/kg body weight, 1 mg/kg body weight, 3 mg/kg body weight, 5 mg/kg body weight or 10 mg/kg body weight, or 1- 10mg/kg.
  • a treatment regimen may be once-daily, twice-daily, three-times-daily, or four-times-daily administration over a 7-day period.
  • the dosage regimens for the administration of a pharmaceutical composition according to the present description comprise 1 mg/kg of body weight or 3 mg/kg of body weight by intranasal, intraperitoneal or intravenous administration.
  • the composition is administered (i) 3 times per day for 7 days, followed by (ii) once per day for 7 days.
  • the dosage regimens for the administration of a pharmaceutical composition according to the present description comprise 15 mg/0.1 ml or 20 mg/0.1 ml by nasal administration.
  • the composition is administered (i) 3 times per day in each nostril for 7 days, followed by (ii) 1 time per day in each nostril for 7 days.
  • the pharmaceutical composition is used for prophylactic or therapeutic treatment.
  • the dosage and frequency of administration may vary depending on whether the treatment is prophylactic or therapeutic.
  • relatively low doses are administered over long periods at relatively infrequent intervals. Some patients continue to receive treatment for the rest of their lives.
  • relatively high doses at relatively short intervals may be required until disease progression is reduced or halted, preferably until the patient exhibits partial or complete improvement in symptoms of disease. Thereafter, the patient may be given a prophylactic regimen.
  • the actual dosage levels of the active principles of the pharmaceutical compositions according to the present description are not toxic for the patient in order to obtain the desired therapeutic response for the individual, in particular the composition and the mode of administration. It is possible to vary them to obtain an effective amount of active principle.
  • the dosage level selected depends on the particular composition used, or the activity of its ester, salt or amide, route of administration, time of administration, rate of elimination of the particular compound used, duration of treatment, other drugs, compounds and /or substances used in combination with a particular composition, age, sex, weight, condition, general health and medical history of the individual to be treated, and similar factors well known in the medical field.
  • the dosage level may also vary depending on various pharmacokinetic factors.
  • a therapeutically effective dose can prevent or delay the onset of a disease or condition related to infection by a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2.
  • laboratory tests used to diagnose disease include chemistry, hematology, serology, and radiology.
  • clinical or biochemical tests that monitor any of the above can be used to determine if a particular treatment is a therapeutically effective dose to treat disease.
  • One skilled in the art can determine such amounts depending on such factors as the size of the individual, the severity of the individual's symptoms, and the particular composition or route of administration chosen.
  • a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide as described herein can be associated with a biodegradable nanoparticle in order to control the release of the polypeptide once administered to an individual.
  • a biodegradable nanoparticle associated with a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide can be incorporated into a pharmaceutical composition as described here to provide a controlled delivery system for the polypeptide once administered to an individual.
  • a biodegradable nanoparticle suitable for the present description can consist of non-toxic biodegradable polymers. Such a nanoparticle is in particular described, for example, in the document Soppimath et al. J Control Release. 2001 Jan 29;70(l-2):l-20 or Al-Halifa et al. Frontiers in Immunology. Flight. 10. 2019.
  • a biodegradable nanoparticle can be used as a delivery vehicle based on the attachment of a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide to the surface of the nanoparticle.
  • a biodegradable nanoparticle can be composed of biodegradable polymers.
  • a biodegradable polymer constituting a nanoparticle can be chosen from poly-lactic-co-glycolic acids (PLGA), poly-lactic acid (PLA), poly-caprolactone (PCL), polyglycolide (PGA), poly(alkyl cyanoacrylate) (PACA), poly(amino acid) and a mixture thereof.
  • the use of a biodegradable nanoparticle can have the advantage of protecting the polypeptide from early degradation after in vivo administration, but also of controlling the release of the polypeptide in terms of localization but also of duration.
  • the nanoparticle is naturally degraded and thus allows the release of the polypeptide in the organism where it was administered.
  • a biodegradable nanoparticle has a set of physicochemical characteristics, including size, surface charge, reactivity, shape, porosity and hydrophobicity. As will be appreciated by those skilled in the art, these physicochemical properties will be determined and adapted according to the type of administration chosen and the characteristics of the polypeptide chosen. Thus, the person skilled in the art can, using his general knowledge, adapt the physicochemical properties of the biodegradable nanoparticle so that the nanoparticle is suitable for an association and an effective release of a polypeptide as described here. A person skilled in the art can in particular modify the polymer concentration and/or the synthesis method for this purpose.
  • Biodegradable nanoparticles can be synthesized by nano precipitation. Such a nanoparticle synthesis method is in particular described in the document Stephan et al., International Journal of Pharmaceutics, Volume 532, Issue 1, 2017, Pages 66-81, the document Megy, S. et al. Nanomate. Basel Switz. 10, E2209 (2020) or Lamrayah, M. et al. Int. J.Pharm. 568, 118569 (2019).
  • the polypeptides are then adsorbed onto the surface of the nanoparticle before being introduced into an appropriate pharmaceutical composition and administered to an individual.
  • the polypeptide is thus found on the surface of the nanoparticle to then be released in the body once the nanoparticle has biodegraded.
  • compositions according to the present description can be administered according to one or more methods known in the field, by one or more routes of administration.
  • routes of administration As will be appreciated by those skilled in the art, the route of administration and/or mode of administration will vary depending on the desired result.
  • compositions according to the present description or the polypeptides of formula (I) according to the present description can be administered orally, parenterally, by inhalation, by aerosol, by spraying, by the topical route, by the rectal, nasal, buccal, vaginal, ophthalmological or via an implanted reservoir.
  • compositions according to the present description or the polypeptides of formula (I) according to the present description are administered orally, intraperitoneally, intravenously, intranasally or by inhalation.
  • Sterile injectable forms of the compositions of this invention may be aqueous or oleaginous suspensions. These suspensions can be formulated according to techniques known in the art using suitable dispersing or wetting agents and suspending agents.
  • compositions according to the present description can be administered intranasally.
  • the infection by the SARS-CoV-2 virus starting in the nasal cavities and replicating in the upper airways before reaching the lower respiratory tract the administration of a composition pharmaceutical as described above intranasally and / or orally has the advantage of blocking and neutralizing the multiplication of the virus before its progression and the infection of the cells in the airways inside the lungs, in particular the bronchi, bronchioles and alveoli.
  • Administration by the nasal route or by the oral route thus has the advantage of making it easier for the individual to take the pharmaceutical composition and of providing prophylactic protection for the individual.
  • compositions according to the present description can also be administered by nasal aerosol or by inhalation.
  • a pharmaceutical composition as described herein may comprise a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide coupled to an adhesion protein as defined herein. All of the characteristics and particular modes relating to the polypeptide of formula (I), to the composite polypeptide and to the pharmaceutical composition comprising it, also apply to the uses and methods targeted according to the present description.
  • polypeptide of formula (I), said composite polypeptide according to the present description or said pharmaceutical composition comprising said polypeptide of formula (I) or composite polypeptide can be implemented as a medicament.
  • the uses and methods as described herein can be carried out in vitro, in vivo or ex vivo.
  • the present description relates to a polypeptide of formula (I), a composite polypeptide or a pharmaceutical composition according to the present description for use as a medicament.
  • the present description relates to a polypeptide of formula (I) or a pharmaceutical composition comprising a polypeptide of formula (I):
  • - Nt consists of a peptide chosen from SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 and SEQ ID NO. 53;
  • - Ct consists of a peptide having a length of 1 to 100 amino acids
  • - SBP consists of a peptide, whose variable amino acids are identical or different from one SBP to another, of formula (II)
  • - Xi is an amino acid chosen from A (Alanine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), S (Serine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophan), Y (Tyrosine);
  • - X2 is an amino acid chosen from N (Asparagine), A (Alanine), D (Aspartic acid), T (Threonine), R (Arginine), S (Serine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Glutamic Acid), L (Leucine), F (Phenylalanine), W (Tryptophan), N (Asparagine), ;
  • - X3 is an amino acid chosen from I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Threonine), V (Valine), L (Leucine), A ( Alanine), F (Phenylalanine), E (Glutamic Acid), S (Serine), M (Methionine), W (Tryptophan);
  • - X4 is an amino acid chosen from S (Serine), E (Glutamic Acid), T (Threonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine);
  • - Xs is an amino acid chosen from A (Alanine), S (Serine), R (Arginine), T (Threonine), N (Asparagine), F (Phenylalanine), V (Valine), G (Glycine), L ( Leucine), D (Aspartic Acid), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Glutamic Acid), W (Tryptophan), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine); And
  • - X ⁇ is an amino acid chosen from K (Lysine), Q (Glutamine), E (Glutamic Acid), for its use as a medicament.
  • the present description relates to a polypeptide of formula (I) chosen from the polypeptides of sequence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, and SEQ ID NO. 10 or a composite polypeptide comprising such a polypeptide of formula (I), for its use as a medicament.
  • a pharmaceutical composition according to the present description, a polypeptide of formula (I) according to the present description or a composite polypeptide according to the present description can in particular be used in a therapeutic method for treating and /or prevent a disease or condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2, in an individual in need thereof.
  • a pharmaceutical composition according to the present description, a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide according to the present description can be used in a therapeutic method for treating and/or preventing a disease or a condition caused by infection with a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2 in an individual in need thereof.
  • a condition caused by infection by a virus of the species SARS-CoV, in particular SARS-CoV-2 can be a severe respiratory distress syndrome, a cardiovascular condition, a vascular condition, a gastrointestinal or neurological condition.
  • a disease caused by infection with a virus of the SARS-CoV species, particularly SARS-CoV-2 may be COVID-19.
  • a pharmaceutical composition according to the present description, a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide according to the present description for use in a method of treating or preventing an infection by a virus of the SARS-CoV species, particularly SARS-CoV-2, is intended to reduce inflammation associated with virus infection.
  • a pharmaceutical composition according to the present description, a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide according to the present description for use in a method of treating or preventing an infection by a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, is intended to reduce the viral load of the virus.
  • a pharmaceutical composition according to the present description, a polypeptide of formula (I) or a composite polypeptide according to the present description may be particularly suitable for use in a method of treatment or prevention of an infectious disease , in particular for inhibiting or destroying cells infected with a virus of the SARS-CoV species, in particular SARS-CoV-2, infectious.
  • an infectious disease may be a respiratory infectious disease called COVID-19.
  • polypeptide of formula (I), the composite polypeptide or the pharmaceutical composition as described herein can also be used in combination with another therapy using antivirals or antipathogens.
  • a polypeptide of formula (I) can be administered in combination with one or more molecules targeting enzymes, such as proteases, encoded by the SARS-CoV-2 genome or the viral RNA polymerase.
  • a virus of the SARS-CoV species is characterized by at least one RBD domain having at least 72% amino acid identity with the protein of sequence SEQ ID NO. 56.
  • a virus of the SARS-CoV species is characterized by at least one protein of sequence SEQ ID NO. 56.
  • a virus of the SARS-CoV species may be a SARS-CoV-2 virus.
  • a SARS-CoV-2 virus comprises the wild-type strain of SARS-CoV-2 and/or one of its variants.
  • the wild strain of SARS-CoV-2 consists of the Wuhan-Hu-1 form (NCBI Reference Sequence: NC_045512.2).
  • a variant of SARS-CoV-2 can be selected from the alpha variant, the beta variant, the gamma variant, the delta variant, and the kappa variant.
  • the alpha variant carries the N501Y substitution in the RBD domain according to EU numbering, compared to the S protein of wild-type SARS-CoV-2.
  • the beta variant carries the substitutions K417H, E484K and N501Y in the RBD domain according to the EU numbering, compared to the S protein of wild-type SARS-CoV-2.
  • the gamma variant carries the substitutions K417T, E484K and N501Y in the RBD domain according to EU numbering, compared to the S protein of wild-type SARS-CoV-2.
  • the delta variant carries the L452R and T478K substitutions in the RBD domain according to EU numbering, compared to the S protein of wild-type SARS-CoV-2.
  • the kappa variant carries the L452R and E484Q substitutions in the RBD domain according to EU numbering, compared to the S protein of wild-type SARS-CoV-2.
  • the SI subunit consisting of the first 681 amino acids of the S protein was fused at its C-terminal end to a histidine tag (8xHis) for expression in HEK-293T cells and purification (provided by CreativeDiagnostics).
  • a DNA segment coding for the RBD domain (highlighted in bold in SEQ ID NO. 55) placed downstream of a segment coding for a signal peptide and upstream of a sequence coding for a His-Tag was expressed by transient transfection of HEK-293T cells using the pCI expression vector.
  • the RBD domain (SEQ ID NO. 56, highlighted in bold in SEQ ID NO. 57) is positioned between a signal peptide to ensure its translocation and a histidine tag (SEQ ID NO. 57).
  • RBD domain Purification of the RBD domain was performed by Ni-NTA affinity chromatography followed by gel filtration and concentration. Then, 0.3 mg of SI and 5 mg of RBD domain were used for aReps screening.
  • aRep genes corresponding to proteins having a high binding affinity to the S1 subunit and of the RBD domain were subcloned using the BamHI-HindIII restriction sites in the plasmid pQE81 for amplification.
  • pQE81 derivatives were used for transformation of Rosetta E. coli cells and the resulting clones were grown at 37°C in 2XYT broth supplemented with ampicillin (100 ⁇ g/ml) and chloramphenicol (40 ⁇ g/ml ) under stirring. When the absorbance at 600 nm reached 0.8 to 1, the expression of the protein aRep was induced by adding 0.5-1 mM IPTG, and cells were then incubated for 4-12 hours at 28°C or 37°C with shaking.
  • the bacteria were pelleted by centrifugation (5,000 x g for 30 minutes at 4°C), and the bacterial cell pellets were resuspended in 200 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.4 to 8, depending on the point. isoelectric of the protein, containing a cocktail of protease inhibitors (Roche Diagnostics GmbH), then lysed by sonication in ice (5 times x (30 s of rest and 30 s of sonication at approximately 40% amplitude) using a QSONICA Q700 sonicator). Bacterial cell lysates were clarified by centrifugation at 10,000 x g for 30 minutes at 4°C.
  • the soluble recombinant aReps proteins, labeled 6xHis, were purified by affinity chromatography on HisTrap columns (GE Healthcare Life Sciences) and eluted by an imidazole buffer gradient (equilibration buffer: 40 mM Imidazole, 300 mM NaCl, 20 mM Tris pH8, Elution Buffer: IM Imidazole, 300 mM NaCl, 20 mM Tris pH 8).
  • the fractions of interest were pooled and injected into a Superdex S200 gel filtration previously equilibrated with PB S.
  • the resulting fractions were analyzed by SDS-PAGE and the fractions containing the purified aReps were pooled and frozen at -20°C.
  • the His-tagged RBD or SI protein of SARS-CoV-2 was loaded onto HislK biosensors (Pali ForteBio) to a loading threshold of 1 nm.
  • HislK biosensors Pali ForteBio
  • assay buffer PBS [pH 7.4], 0.1% bovine serum albumin, 0.05% Tween 20
  • the ligand-loaded sensors were immersed in concentrations known to aReps for an association phase followed by a dissociation phase induced by the replacement of the solutions containing the aReps by the buffer alone.
  • Association and dissociation curves were globally fitted to a 1:1 binding model. Binding curves were fitted using the "association then dissociation" equation in GraphPad Prism to calculate the dissociation constant (KD). The lower the KD value, the higher the binding affinity between the aReps and its target, RBD or SI.
  • Supernatants containing pseudotyped particles were harvested at 48 h, 72 h and 96 h after transfection, pooled and filtered through 0.45 ⁇ m pore membranes. The day before transduction, 50,000 HEK293T cells expressing ACE2 were placed in each well of a 24-well plate. The amount of pseudotyped particles used per well is established beforehand to obtain a signal of approximately 10 5 (in arbitrary fluorescence units) three days after transduction. 10 in 10 dilutions of the alphaReps were made in complete medium (DMEM + 2% FBS + PSG) and were preincubated for 1 h at room temperature with the SARS-CoV-2PPs in a final volume of 200 pL.
  • complete medium DMEM + 2% FBS + PSG
  • SARS-CoV-2 isolate France/IDF0372/2020, was provided by the National Reference Center for Respiratory Viruses hosted by the Pasteur Institute (Paris, France) Mutant neutralization experiments were performed with pseudo -types of protein S mutants representative of the RBD of the different variants tested.
  • Viral stocks were prepared by propagation in Vero E6 cells in Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) supplemented with 2% (v/v) fetal bovine serum (FBS, Invitrogen). Viral titers were determined by the plaque assay. All plaque assays involving live SARS-CoV-2 were performed in an approved laboratory, in biosafety level 3 (BSL-3) containment.
  • DMEM Dulbecco's Modified Eagle's Medium
  • FBS fetal bovine serum
  • Cell viability was measured by removing 100 ⁇ l of supernatant from all wells and adding 100 ⁇ l of CellTiter-Glo reagent as described in the manufacturer's protocol (CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay). The luminescence was read after 2 minutes of shaking on an orbital shaker and quantified using the Infinite M200Pro TECAN device.
  • the SARS-CoV-2 isolate (BetaCoV/IdF0372/2020) was provided by Pr. Manuguerra (Institut Pasteur). After two amplification passages on the VeroEô line (ATCC) the seed stock was titrated in VeroEô cells to a concentration of 6.0 log10 TCID50/ml. Seed stock was thawed and diluted in cold phosphate buffered saline (PBS) before infection.
  • PBS cold phosphate buffered saline
  • the experiments were carried out on 16 male Syrian golden hamsters (Mesocricetus auratus) aged 10 weeks and supplied by the company Janvier Labs. The animals were housed alone in a cage in a BSL-III security level animal facility.
  • the animals were bred according to INRAE guidelines in compliance with resolution No. 493 on the protection of animal welfare within the European Union. The animals were checked daily for overt signs of disease.
  • Two groups of eight hamsters were instilled intranasally with 0.8 mg of composite aRep F9-C2 or 0.8 mg of aRep H7 (control aReps recognizing an influenza virus protein. SEQ ID NO. 63) in a volume of 80 ⁇ L of PBS. After 1 h, the animals were infected intranasally with 5.10 3 TCID50 of SARS-CoV-2 (diluted in 80 pL of DMEM. The animals were weighed daily and daily nasal swabs made it possible to measure the rate of production of particles viral infections during the infection. Subsequently, the animals were euthanized after 1 or 3 days post infection (D1/D3, i.e. 4 hamsters per group). On each animal, the olfactory mucosa (major site of viral replication in the respiratory sphere) and part of the lungs were removed for molecular analyses.
  • a first test was carried out by measuring the rate of attachment and dissociation of aReps concentrated at 1 pM on the RBD domain (Fig. 1). At this concentration, aReps C2, C12, F9, Gl, H10 and H12 have low dissociation rates unlike C7, D7 and F7.
  • the dissociation constant (KD) was calculated for the C2 and F9 aReps on the RBD domain and SI subunit (Fig. 2A-2B-2C-2D). They are 0.29 nM for C2 and F9 (Figs 2A and 2C) on RBD and 0.31 nM for C2 (Fig. 2B) and 1.16 nM for F9 (Fig. 2D) on SI domain, this which makes them monovalent ligands of interest.
  • the avidity of the F9-C2 composite aRep is 0.091 nM, providing increased efficiency compared to F9 or C2 alone (Fig. 2E).
  • the neutralizing power of aReps was measured by pre-incubating aRep dilutions with pseudotyped particles expressing the S protein of SARS-CoV-2 before depositing the mixture on target cells, as described previously.
  • the ability of virions to infect target cells is measured by the expression of a reporter gene, that of firefly luciferase, present in the virions.
  • Pseudotyped particles contain a reporter gene (firefly luciferase) that quantifies the ability of alphaReps to block infection.
  • the infection is calibrated beforehand in the absence of alphaRep to obtain a signal/background ratio greater than 1000.
  • aRep H7 does not neutralize the virus.
  • a first consisted in constructing dimers covalently associating the aReps C2 and F9, namely the constructs C2-F9 (SEQ ID NO. 13) and F9-C2 (SEQ ID NO. 12) in which the two aReps are separated by a spacer domain of 25 amino acids consisting of serines and glycines (SEQ ID NO. 19).
  • a second strategy consisted in multimerizing a sequence allowing trimerization, called here Foldon (SEQ ID NO. 54), at the C-terminal end of aReps.
  • the non-covalently trimerizing aRep-foldon protein The non-covalently trimerizing aRep-foldon protein.
  • the F9-C2 and C2-foldon composite constructs (SEQ ID NO. 14) were expressed efficiently.
  • F9-C2 and C2-foldon composite constructions are highly water soluble. This allows, in particular, a better production yield.
  • the neutralizing power of F aRep composite F9-C2 was quantified as before by mixing dilutions of F aRep composite F9-C2 with fixed amounts of particles pseudo-typed with protein S or SARS-CoV-2 virus (Fig. 4A-AB).
  • the pseudo-typed particles contain a reporter gene (firefly luciferase) which makes it possible to quantify the inhibitory power of alphaReps.
  • the infection is calibrated beforehand to obtain a signal / background ratio greater than 1000.
  • the F9-C2 construct very effectively neutralizes particles pseudotyped with protein S as well as the SARS-CoV-2 virus and more effectively than C2 alone as well as F9 and C2 together (F9+C2).
  • LTC50 of F9-C2 on SARS-CoV-2 is 8 nM while those of C2 and F9 are around 250 nM (Table 1).
  • Fig. 5 shows that C2-foldon neutralizes SARS-CoV-2 more effectively than C2 alone, and that its neutralizing activity is of the same order of magnitude, or even greater, than that of the composite aRep F9-C2.
  • the C2-C2-C2 composite aRep also has superior neutralizing activity to C2 alone (not shown). These couplings increase the avidity for the S protein of SARS-CoV-2.
  • Pseudotyped MLVs carrying the RBD domain-specific mutations of the alpha, beta, gamma and delta/kappa variants were produced to carry out infections of HEK-293T-ACE2 cells.
  • the S proteins produced carry the N501Y mutation (representative of the alpha variant), the mutations K417N, E484K, N501Y (representative of the beta variant), K417T, E484K, N501Y (representative of the gamma variant) and L452R, E484Q (representative of the delta/ kappa).
  • Figs 6a-6b and Figs 6c-6d-6e show that the neutralizing power of F9-C2 is not or only slightly affected on the mutants representative of the alpha and beta variants if they are compared to the type strain Wuhan-Hu-1 .
  • the neutralizing power of F9-C2 is moderately affected on the representative mutant of the gamma variant.
  • the mutant representative of the delta and kappa variants is less well neutralized by F9-C2 than its counterparts.
  • the four variants analyzed are all more sensitive to the neutralization of F9-C2 than F9 and C2 alone, underlining the cooperative effect associated with the multimerization of F9 and C2.
  • Antiviral activity of composite aRep F9-C2 in vivo in a hamster model The antiviral activity of composite aRep F9-C2 was measured in the Syrian golden hamster model, which reflects the non-severe syndromes of human infections in terms of cell tropism, weight loss and kinetics of SARS-CoV-2 presence.
  • Nasal inoculation of the composite aRep F9-C2 1 h before SARS-CoV-2 infection limits the presence of the virus in the olfactory mucosa by a factor of 30 on D1 and by a factor of 2.3 on D3 post infection compared to nasal inoculation of an aRep (H7) unrelated to SARS-CoV-2 (Fig. 7A). In the lungs, it is limited by a factor of 5 and 2.5 on D1 and D3, respectively.
  • the antiviral efficacy of aReps was also evaluated by measuring the production of infectious viral particles produced in the nasal cavity of infected animals. It is reduced by a factor of 50 on D2 at the peak of production (Fig. 7B).
  • the aReps of the present disclosure exhibit highly specific activity for the S protein of SARS-CoV-2 and provide strong neutralization of the SARS-CoV-2 virus in vitro and in vivo.
  • C2, F9 and H12 have a strong neutralizing and protective activity, more particularly C2.
  • Homologous (C2-C2-C2 or C2-foldon) or heterologous (F9-C2) multimerization of aRep increases neutralizing activity.
  • the composite aRep F9-C2 has protective activity in a hamster infection model.
  • a polypeptide formula (I) or a composite polypeptide according to the present description is capable of treating and/or preventing a condition caused by an infection with SARS-CoV-2.
  • the aRep polypeptide is present longer at the surface of the nasal cavity and remains in contact with antigens, in particular viruses, improving its therapeutic or preventive efficacy against an infection with a virus.
  • SEQ ID NO. 17 MRGSHHHHHH
  • SEQ ID NO. 19 binding peptide: GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
  • SEQ ID NO. 36 aRep DIO:
  • SEQ ID NO. 40 aRep G5:
  • SEQ ID NO. 51 (Nt of G3): MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI
  • SEQ ID NO. 55 segment d'ADN codant pour « peptide signal-RBD-His tag » ctcgagATGGGCATCCTGCCCAGCCCCGGAATGCCCGCTCTGCTGTCCCTGGTGTCCC TGCTGTCCGTGCTGCTGATGGGCTGCGTGGCCGAGACCGGCACCAGAGTGCAGCC CACCGAGTCCATCGTGCGCTTTCCCAACATCACAAACCTGTGCCCCTTCGGC GAGGTGTTCAACGCCACCAGGTTCGCCAGCGTGTACGCTTGGAATAGAAAGA GAATCTAACTGCGTGGCCGACTACTCCGTGCTGTACAACAGCGCCAGCTT CAGCACCTTCAAGTGCTATGGCGTGAGCCCCACAAAGCTGAACGATCTGTGT TTCACCAACGTGTACGCCGACTCCTTCGTGATTAGAGGCGACGAGGTGAGGC AGATTGCCCCAGGCCAGACCGGCAAGATCGCCGACTATAACTACAAACTGCC CGACGACTTCACCGGCTGCGTGATCG
  • SEQ ID NO. 57 Peptide signal-RBD-His tag
  • SEQ ID NO. 60 ACTGCCGCATCCTCTTCCT
  • SEQ ID NO. 61 TCGTTGCCAATGGTGATGAC
  • Nter to Cter 1st X being A, E, T, S, P, V, G, L, K, R, W or Y; 2nd X being N, A, D, T, R, S, Q, Y, G, E, L, F, W or N; 3rd X being I, Q, R, Y, K, T, V, L, A, F, E, S, M or W; 4th X being S, E, T, A, R, G, L, V or N; 5th X being A, S, R, T, N, F, G, G, L, D, Y, K, R, E, W, N or Q; 6th X being K, Q or E
  • SEQ ID NO. 64 SARS-CoV-2 RBD domain gene
  • SEQ ID NO. 65 StcE protein
  • SEQ ID NO. 66 Adhesion protein (X409)
  • CoV-AbDab the coronavirus antibody database.

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Abstract

Polypeptides neutralisants et leurs applications La présente invention vise à proposer de nouveaux polypeptides de formule (I) et des compositions pharmaceutiques comprenant de tels polypeptides. Ces nouveaux polypeptides de formule (I) ou compositions pharmaceutiques pouvant être mis en œuvre en tant que médicament pour traiter et/ou prévenir des maladies ou conditions provoquées par une infection par un virus de l'espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2.

Description

Description
Titre : Polypeptides neutralisants et leurs applications
Domaine technique
La présente description concerne de nouveaux polypeptides artificiels, en particulier de nouvelles protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aRep). La présente description concerne également l’utilisation de ces nouveaux polypeptides en tant que médicament, en particulier pour le traitement et/ou la prévention de maladies et/ou conditions provoquées par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2.
Technique antérieure
Les virus sont l'une des principales causes de maladies dans le monde. Les virus sont généralement définis comme de petits agents infectieux non vivants qui ne se répliquent qu'au sein de cellules vivantes, car ils ne possèdent pas de mécanisme de réplication complètement autonome. Bien que de formes et de tailles diverses, ils consistent généralement en une particule virale (appelée "virion"), constituée d'une enveloppe protéique qui comprend au moins une molécule d'acide nucléique et éventuellement, selon le type de virus, une ou plusieurs protéines ou nucléoprotéines.
Même si leur cycle de réplication varie fortement d'une espèce à l'autre, il est généralement admis que le cycle de vie des virus comprend six étapes fondamentales : l'attachement, la pénétration, le désenrobage, la réplication, l'assemblage et la libération.
En fonction de la nature du virus ciblé, des solutions thérapeutiques ont été conçues pour interférer avec un ou plusieurs de ces mécanismes.
Les virus sont classés en fonction de leur type de génome. La classification actuelle des virus, en 2018, comprend sept groupes différents :
- Groupe I : virus à ADN double brin (ADNdb) ;
- Groupe II : virus à ADN simple brin (ADNs) ;
- Groupe III : virus à ARN double brin (ARNdb) ;
- Groupe IV : virus à ARN (+) brin ou sens ((+)ssRNA) ;
- Groupe V : virus à ARN (-) brin ou antisens ((-)ssRNA) ; - Groupe VI : virus à ARN simple brin ayant des intermédiaires d'ADN (ARNs-TR)
; et
- Groupe VII : virus à ADN double brin ayant des intermédiaires d'ARN (ADNdb- TR).
Il existe peu de remèdes pour les maladies causées par des infections par des virus à ARN, en particulier les virus à ARN monocaténaires, et plus spécifiquement les infections par des virus à ARN appartenant au groupe IV de la classification de Baltimore.
En décembre 2019, un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), également appelé coronavirus 2019 (COVID-19), a récemment été découvert. Ce nouveau coronavirus appartient à la famille des Coronaviridae, de l’espèce SARS-CoV et fait partie du groupe IV de la classification de Baltimore.
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a officiellement déclaré la pandémie de COVID-19 comme une urgence de santé publique de portée internationale. Ce nouveau coronavirus se propage principalement par les voies respiratoires et provoque des maladies respiratoires aiguës. Les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies sous-jacentes sont sensibles à l'infection et sujettes à des issues graves, qui peuvent être associées à un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). L'infection par le virus du SARS-CoV-2 débute dans les cavités nasales, le virus se répliquant à des titres élevés dans les épithéliums olfactifs avant d'atteindre les voies respiratoires inférieures. L'infection de l'épithélium olfactif entraîne des lésions massives qui peuvent expliquer la forte prévalence de la perte de l'odorat (anosmie).
Ce coronavirus est un virus à ARN monocaténaire, de polarité positive, d'approximativement 30 kilobases qui se réplique dans le cytoplasme des cellules hôtes. Ce virus est enveloppé et comprend, à sa surface, des structures péplomériques dénommées spicules constitués de la protéine Spike (S).
La protéine Spike ou S est une glycoprotéine membranaire (200-220 kDa) qui se présente sous la forme de spicules ou "Spike" émergeant de la surface de l'enveloppe virale. Cette protéine S de surface se lie au récepteur cellulaire ACE2 qui est exprimé dans de nombreux tissus. Elle contient 2 sous-unités (SI et S2), SI incluant le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain) contenant le motif de liaison au récepteur (RBM, receptor binding motif) et S2 contenant le peptide de fusion permettant l’induction de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire. La protéine S est la principale cible de la réponse anticorps neutralisante. Plusieurs stratégies thérapeutiques sont actuellement explorées, notamment la limitation de la propagation de l'infection par les virus de l’espèce SARS-CoV en bloquant la réplication du virus. Cela peut se faire en empêchant l'entrée du virus dans les cellules cibles des poumons et des autres tissus en ciblant la protéine S et principalement son domaine RBD (domaine de liaison au récepteur de la sous unité SI de la protéine Spike).
Cette neutralisation de la protéine S peut se faire, notamment, grâce à des protéines naturelles ou artificielles, telles que :
- les anticorps monoclonaux humains dont le coût est conséquent et réservés à des cas très particuliers,
- les dérivés de VHH (Recombinant Llama Antibodies) qui devraient être utilisés en chimérisant les VHH pour faire des VHH-Fc pouvant être reconnus par le système immunitaire du patient,
- les DARPins (Designed Ankyrin Repeat Proteins), et
- les miniprotéines développées par le groupe de David Baker (University of Washington, Seattle).
La mise en œuvre de ces solutions thérapeutiques est très incertaine à l'heure actuelle et nécessite l'exploration d'autres options. Ainsi, il existe un besoin de nouveaux composés pour traiter ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV- 2.
Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité neutralisante contre un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2.
Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2.
Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, dont le coût de production est faible.
Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, avec un meilleur rendement de production.
Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité neutralisante contre un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, provoquant peu, voire aucune, réaction immunitaire chez un individu. Il existe un besoin de nouveaux composés thérapeutiques permettant la neutralisation de la multiplication d’un virus de l’espèce SARS-CoV.
Il existe un besoin de nouvelles compositions pharmaceutiques afin de traiter et/ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2.
La présente invention a pour but de répondre à tout ou une partie de ces besoins.
Exposé de la présente description
Les inventeurs ont développé de nouveaux polypeptides pour traiter et/ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier une infection avec un virus SARS-CoV-2. De manière inattendue, les inventeurs ont observé qu’une pluralité de polypeptides artificiels, appelés aReps, tels que définis dans la présente description présentaient une activité neutralisante pour le virus SARS-CoV-2. De manière surprenante, et contrairement à l’enseignement de l’art antérieur concernant des anticorps monoclonaux humains (Barnes et al. Nature 588, 682-687, 2020 ; Baum et al. Science 370, 1110-1115, 2020 ; Chen et al. N. Engl. J. Med, 2020 ; Fagre et al. Front Immunol 11:614256, 2020 ; Hansen et al. Science 369, 1010- 1014, 2020 ; Li et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117, 29832-29838, 2020 ; Li et al. Cell 183, 429-441.e416, 2020 ; Raybould et al. . Bioinformatics, btaa739, 2020), des nanobodies/VHH (Custodio et al. Nat Commun, 2020 ; Czajka et al. Trends in Microbiology 29, 195-203 ; Güttler et al. EMBO J. el07985, 2021 ; Hanke et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 27, 846-854, 2020 ; Ma et al. J Virol. 95:e02438-20, 2021 ; Schoof et al. Science 370, 1473-1479, 2020 ; Wrapp et al. Cell 181, 1004-1015.el015, 2020 ; Xiang et al. Science, 2020), des petites protéines inhibitrices (Cao et al. Science 370:426-431, 2020) ou des DARPINs (Walser et al. 2020), ces polypeptides ont une forte affinité au domaine RBD de la sous-unité SI de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, notamment les polypeptides aReps C2, H12, C7 et F9.
En outre, ces polypeptides artificiels présentent l’avantage d’avoir un faible coût de production et une production facilitée dans des bactéries E. coli.
De plus, du fait de leur petite taille (par exemple, 170 acides aminés pour le polypeptide C2) les polypeptides artificiels de la présente description sont peu immunogènes, voire non immunogènes.
Ces nouveaux composés sont des protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aReps) qui ont la capacité de reconnaître et de se lier spécifiquement au domaine RBD de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du virus SARS-CoV-2, afin de neutraliser et bloquer l’attachement du virus à sa cellule cible. Les polypeptides selon la présente description présenteraient également une meilleure activité de neutralisation du virus lorsque ces polypeptides sont sous une forme de multimérisation homologue ou hétérologue. Ces polypeptides sont ainsi appelés polypeptides composites dans la présente description.
Les polypeptides décrits ici présentent aussi l’avantage d’être hautement solubles dans l’eau.
Ainsi la présente invention vise à proposer de nouveaux polypeptides et compositions pharmaceutiques comprenant de tels polypeptides.
Ces nouveaux polypeptides ou compositions pharmaceutiques pouvant être mis en œuvre en tant que médicament pour traiter et/ou prévenir des maladies ou conditions provoquées par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le virus SARS-CoV-2.
Le temps de demi-vie de ces polypeptides dans la cavité nasale serait augmenté lorsque les polypeptides seraient combinés à un domaine protéique de la protéine StcE de la bactérie E. coli entérohémorragiques (EHEC). Les polypeptides peuvent également être associés à des nanoparticules biodégradables avant d’être administrés à un individu.
Par ailleurs, les polypeptides tels que décrits ici présenteraient également l’avantage d’être administrés par la voie nasale et empêcheraient la multiplication du virus, permettant ainsi un bénéfice thérapeutique et une protection prophylactique.
Résumé de la présente description
Selon l’un de ses objets, la présente description concerne un polypeptide de formule (I)
NH2-[Nt]-[SBP]z-[Ct]-COOH (I), dans laquelle :
- z est un nombre entier de 1 à 10 ;
- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;
- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et
- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II) NH2 - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :
- XI est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;
- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine), ;
- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;
- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;
- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et
- X6 est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).
Selon certains modes de réalisation, le SBP de formule (II) tel que décrit ici peut comprendre :
- XI, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;
- X2, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane) ;
- X3, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;
- X4, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine);
- X5, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine) ; et
- X6, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).
Selon certains modes de réalisation, le nombre entier z, du polypeptide de formule (I), peut être un nombre entier de 3 à 8.
Selon certains modes de réalisation, Nt, du polypeptide de formule (I), peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 et SEQ ID NO. 29.
Selon certains modes de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide ayant une longueur de 1 à 50 acides aminés.
Selon certains modes préférés de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide ayant une longueur de 1 à 36 acides aminés, de manière plus préférée en un polypeptide de 36 acides aminés.
Selon certains modes de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 18.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9, SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 30, SEQ ID NO. 31, SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 et SEQ ID NO. 4L
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, et SEQ ID NO. 10.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide composite comprenant une pluralité de polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide de formule (I) lié de façon covalente par son résidu d’acide aminé à l’extrémité N-terminale à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide composite selon la description peut consister en un dimère ou un trimère de polypeptide de formule (I) tel que décrit dans la présente description. Selon certains modes de réalisation, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO.
7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou
SEQ ID NO. 10]-COOH.
Selon certains modes particuliers de réalisation, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 12 ou SEQ ID NO. 13.
Selon certains modes particuliers de réalisation, un trimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.
Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite sous la forme d’un dimère ou d’un trimère du polypeptide de formule (I) tel que décrit ici, le polypeptide de formule (I) peuvent être lié par un peptide de liaison, de préférence un peptide de liaison de séquence SEQ ID NO. 19.
Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, un polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.
Selon certains autres modes de réalisation d’un polypeptide composite selon la présente description, le polypeptide composite peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être conjugué à une protéine d’adhérence ayant au moins environ 90 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être conjugué à une protéine d’adhérence ayant une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être associé à une nanoparticule biodégradable telle que décrite dans la présente description.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également une composition pharmaceutique comprenant un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tels que décrits dans la présente description, en combinaison avec au moins un véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description, pour utilisation en tant que médicament.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description, pour utilisation dans le traitement et/ou la prévention chez un individu d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS- CoV, en particulier le SARS-CoV-2.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également une méthode de traitement et/ou de prévention d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez individu en ayant besoin, comprenant une étape d’administration à l’individu d’un polypeptide de formule (I), d’un polypeptide composite ou d’une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description.
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également l’utilisation d’un polypeptide de formule (I), d’un polypeptide composite ou d’une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description pour l'obtention d'un médicament destiné à traiter et/ou prévenir une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez individu en ayant besoin.
Brève description des dessins
La figure 1 montre que les aReps C2, C12, F9, Gl, H10 et H12 ont de faibles vitesses de dissociation contrairement aux aReps C7, D7 et F7. La Figure 1 représente la fixation des aReps H7 (contrôle négatif), C7, H10, C12, F9, F7, D7, Gl et C2 concentrées à 1 pM sur le domaine RBD du virus SARS-CoV-2 par interférométrie bi-couche. Abscisse : Le temps en secondes. Ordonnée : Epaisseur de la bi-couche sur le capteur (exprimée en nm)
La figure 2 (figures 2A, 2B, 2C, 2D, 2E) montre que les aReps C2 et F9 ont une affinité de liaison élevée pour le domaine RBD et la sous-unité SI (le domaine N-ter de la protéine S) du SARS-CoV-2. Les [Fig 2A-2B-2C-2D] et [Fig 2E] représentent la fixation des aReps C2, F9 et du dimère F9-C2 sur le domaine RBD de la sous-unité SI analysée par interférométrie bi-couche. La 2A représente la fixation de l'aRep C2 sur le domaine RBD. La 2B représente la fixation de l'aRep C2 sur la sous-unité SI. La 2C représente la fixation de l'aRep F9 sur le domaine RBD. La 2D représente la fixation de l'aRep F9 sur la sous-unité SL La [Fig 2E] représente la fixation de l'aRep composite F9-C2 sur la sous-unité SL Abscisse : Le temps en secondes. Ordonnée : Epaisseur de la bi-couche sur le capteur (exprimée en nm).
La figure 3 (figures 3A, 3B) montre que les aReps C2, C7, F9 et H12 neutralisent des particules pseudo-typées de la protéine S et du virus SARS-CoV-2 et protègent de l’infection en fonction de leurs concentrations. Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard par rapport à la moyenne.
La 3A représente le taux d’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des particules pseudo-typées du virus de la leucémie murine (MLV) porteuses de la protéine S du SARS-CoV- 2 en présence des aReps H12, C2, Gl, F9, C7 et H7 (contrôle négatif) après 24 h de mise en contact. Abscisse : aReps testées aux concentrations de (a) 3 pM (noir), (b) 600 nM (gris moyen) ou (c) 60 nM (gris foncé) dans le milieu de culture cellulaire et (d) VS VG (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection) : cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG) avec les aReps testées à la concentration de 3 pM (de gauche à droite) H12, C2, Gl, F9, C7, H7 ou du tampon phosphate salin (PBS). Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293T par des particules pseudo-typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG).
La 3B représente le taux d’infection de cellules Vero-E6 par le virus SARS-CoV-2 en présence ou non d’ aReps dans du milieu DMEM (n=3). Abscisse : Concentration des aReps C2, C7, F9, Gl, H12 et H7 dans le milieu de culture cellulaire en loglO (nM). Des cellules ont été infectées sans aRep (virus seul) ou non infectées (milieu seul). Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).
La figure 4 (figures 4A, 4B) montre que l’aRep composite F9-C2 neutralise l’infection des cellules HEK 293T par des particules pseudo-typés du MLV porteuses de la protéine S ou par le virus SARS-CoV-2. Trois réplicats biologiques par concentration. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne.
La 4A représente l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des particules pseudo-typés du MLV avec la protéine S du SARS-CoV-2 en présence de l’aRep composite F9-C2 et des aReps F9, C2 et H7 (témoin négatif). Abscisse : Cellules HEK-293T en présence de mélanges de (a) 100 nM (noir), (b) 10 nM (gris foncé), (c) 1 nM (gris moyen) d’aRep avec des particules pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2 ou (d) par des cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG - gris clair) avec les aReps à la concentration de 3 pM (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection). Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293T par les particules pseudo-typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG).
La 4B représente l’inhibition de l’infection de cellules Vero-E6 par des virus du SARS-CoV-2.
Abscisse Concentration en pM des aReps C2, F9-C2, F9 + C2 et H7 dans le milieu de culture de cellules infectées. Des cellules ont été infectées sans aRep (virus seuls) ou non infectées
(cellules seules). Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).
La figure 5 montre que les aReps composites C2-foldon et F9-foldon ont une activité neutralisante similaire, voire supérieure, sur l’infection par la SARS-CoV-2 comparé aux aReps F9 et C2 seuls et F9-C2. Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne Abscisse : Concentration en pM des aReps C2-foldon (■), F9-foldon (étoile), F9-C2 ( A), F9 (▼), C2 (•) et H7 (o) dans le milieu de culture de cellules infectées par le SARS-CoV-2. Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).
La figure 6 (figures 6a, 6b, 6c, 6d, 6e) montre que les aReps F9, C2 et F9-C2 ont une activité neutralisante sur des mutants de la protéine S du SARS- CoV-2. Les quatre variants analysés (alpha, beta, gamma et kappa) sont tous plus sensibles à la neutralisation de l’aRep composite F9-C2 que les aReps F9 et C2 seuls, soulignant l’effet coopératif associé à la fusion du F9 et du C2. La 6a représente l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des rétrovirus pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2 (de l’isolat Wuhan- Hu-1). Il est également représenté l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des rétrovirus pseudo-typés avec des mutants de la protéine S : N501Y (6b), K417N, E484K, N501Y (6c), K417T, E484K, N501Y (6d) et L452R, E484Q (6e). Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne. Abscisse : Cellules HEK-293T en présence de mélanges de (haut en bas) 500 nM, 250 nM, 100 nM, 50 nM ou 10 nM d’aRep avec des particules pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2, et VSVG (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection) : Cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG) avec les aReps à la concentration de 3 mM. Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293 T par les particules pseudo -typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG). La figure 7 (figures 7A, 7B) montre que 1’aRep composite F9-C2 permet une diminution de l’infection par le SARS-CoV-2 in vivo en comparaison à l’aRep contrôle H7 sur un modèle d’hamster.
La 7A représente l’expression relative de la protéine E du SARS-CoV-2 reflétant la présence du virus en présence de l’aRep H7 (point blanc) ou F9-C2 (point noir) dans la muqueuse olfactive et les poumons à jour 1 (J 1 ) ou jour 3 (J3) post infection. Abscisse : Prélèvement à J1 et J3 postinfection de la muqueuse olfactive et des poumons des hamsters ayant reçus par inoculation nasale de l’aRep H7 ou F9-C2 1 h avant infection avec le virus SARS-CoV-2. Ordonnée : Expression relative en log de la protéine E du virus SARS-CoV-2.
La 7B représente le titre viral des frottis nasaux reflétant la production du virus SARS-CoV-2 par la cavité nasale des hamsters infectés sur 3 jours post infection. Abscisse : Jours postinfection par le SARS-CoV-2 (jpi). Ordonnée : Titre viral des frottis nasaux (log TCID50) des hamsters ayant reçus par inoculation nasale de l’aRep H7 ou F9-C2 1 h avant infection avec le virus SARS-CoV-2.
La figure 8 représente quatre photos prises par microscopie optique à fluorescence dans la cavité nasale de souris 1 h et 6 h après l’administration par instillation de polypeptides aRep C2 ou de polypeptides aRep C2 conjugués à la protéine d’adhérence X409 (C2-X409). Photo en haut à gauche : Le polypeptide aRep C2 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 1 h post-administration. Photo en bas à gauche : Le polypeptide aRep C2 est présent dans la lamina propria (LP) de la cavité nasale 6 h post-administration. Photo en haut à droite : Le polypeptide aRep C2-X409 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 1 h post-administration. Photo en bas à droite : Le polypeptide aRep C2-X409 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 6 h post-administration.
Description détaillée
Définitions
Les termes utilisés dans la présente description sont utilisés avec leur signification habituelle dans le domaine technique considéré, et au regard du contexte de la description dans lesquelles les termes sont utilisés. Certains termes sont davantage discutés ci-dessous, ou ailleurs dans la description, pour fournir des indications supplémentaires au regard de la présente description et de sa mise en œuvre. Les définitions qui suivent sont fournies pour la description et les revendications. Par protéine « alphaRep » ou « aRep », on entend un polypeptide ou protéine artificielle comprenant n répétitions d’un motif de 31 acides aminés dérivé des protéines HEAT dans lequel seulement 6 d’entre eux sont variables et forment la surface concave du polypeptide. Ces polypeptides sont capables de lier un ligand d’intérêt ou de neutraliser des virus, en particulier des virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2. Dans le contexte de la présente description, une protéine aRep correspond à un polypeptide de formule (I) tel que décrit et illustré dans la présente description. Par exemple, un polypeptide de formule (I) tel que décrit et illustré ici peut correspondre à un polypeptide aRep C2, un polypeptide aRep C7, un polypeptide aRep F9 ou un polypeptide aRep H12. Les expressions comme « polypeptide C2 », « aRep C2 » ou « C2 » peuvent être utilisées dans la présente description pour désigner un « polypeptide aRep Cl ». Ces expressions s’appliquent également à tous les polypeptides aRep décrits ici.
Par "cellule cible", on entend ici une cellule qui exprime un antigène cible capable d’être reconnu par un polypeptide selon la présente description, notamment une cellule qui exprime le récepteur cellulaire ACE2 capable d’être reconnu par la protéine S, notamment le domaine RBD, des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, et de conférer la susceptibilité au virus. Par exemple, une cellule cible peut être une cellule pulmonaire, une cellule artérielle, une cellule cardiaque, une cellule rénale ou une cellule de l’appareil digestif.
La description des différents modes de réalisation de la présente description comprend les modes de réalisation incluant « comprenant », « ayant » et « consistant en ». Les mots « avoir » et « comprendre », ou des variantes telles que « a », « ont », « comprend » ou « comprenant » doivent être compris comme impliquant l’inclusion du ou des éléments indiqués (comme un élément d’une composition ou une étape de méthode) mais pas l’exclusion d’autres éléments. Le terme « consistant en » implique l’inclusion du ou des éléments indiqués, à l’exclusion de tout élément supplémentaire.
Tel qu'utilisé dans la présente description, une « condition provoquée par une infection » par un virus de l’espèce SARS-CoV, peut être choisi dans une liste comprenant ou consistant en : un syndrome de détresse respiratoire sévère, un état cardiovasculaire, un état vasculaire, un état gastro-intestinal ou un état neurologique. Avantageusement, les patients présentant, ou risquant de présenter, une affection liée à une infection à un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, peuvent également être pris en compte.
Par exemple, les conditions provoquées par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2, qui sont particulièrement prises en compte comprennent : la fibrose pulmonaire, la vascularite, la maladie de Kawasaki et les lésions ou la destruction des tissus, en particulier les lésions et la destruction des tissus pulmonaires et des endothéliums.
Le terme « individu » tel qu’utilisé dans la présente description désigne en particulier un mammifère. Les mammifères considérés incluent les, mais ne sont pas limités aux, animaux domestiques (par exemple, bovins, ovins, chats, chiens, et chevaux), les primates (par exemple humains et non-humains), les lapins et les rongeurs (par exemple, les souris et les rats). Selon un mode de réalisation particulier, un individu est un être humain.
Par « pharmaceutiquement acceptable » ou « physiologiquement acceptable » on entend signifier que le véhicule (support, diluant, ou excipient) doit être compatible avec les autres ingrédients de la formulation, et non nocif pour l’individu à qui la composition le comprenant est administrée. Un véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable est un véhicule reconnu comme satisfaisant, notamment, aux critères d’innocuité, de compatibilité, et d’inertie requis pour une mise en œuvre dans le domaine pharmaceutique. En particulier, un véhicule physiologiquement acceptable est une substance ou composition dont l’administration à un individu ne s’accompagne pas d’effets délétères significatifs. En particulier, un tel véhicule est compatible avec une administration orale ou rectale, et de préférence est adapté à une administration par la voie orale. A titre d’exemples de véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable, il est possible de citer l’eau stérile, les saccharides tels que le sucrose ou le saccharose, les amidons, les sucres alcools tels que le sorbitol, les polymères tels que le PVP ou le PEG, les agents lubrifiants, tels que le stéarate de magnésium, les conservateurs, les agents colorants ou de saveurs.
La liste des sources, ingrédients et composants indiqués ci-après sont compris comme étant décrits de telle sorte que toutes combinaisons et mélanges de ceux-ci sont également envisagés dans le cadre de la présente invention. Les termes « prévenir » et « prévention » (et les variantes de ces expressions) au regard d’un désordre physiologique ou d’une maladie provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, concerne le traitement prophylactique de la maladie ou du désordre, par exemple chez un individu infecté par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, et à risque de développer une maladie ou un désordre lié à cette infection. Prévenir inclut, mais n’est pas limité à, la prévention ou le ralentissement du développement de la maladie, et/ou le maintien d’un ou plusieurs symptômes de maladie à un niveau désiré ou un niveau moindre. Le terme « prévenir » ne requiert pas l’élimination à 100 % de la possibilité ou de la probabilité de survenue de la maladie ou du désordre. Ce terme désigne plutôt la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d’occurrence d’un phénomène donné lié à une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2. Comme indiqué, la prévention peut être complète, c’est-à-dire l’absence de symptômes ou de maladie détectable, ou partielle, de telle sorte qu’il y ait moins de symptômes ou que les symptômes soient d’intensité moindre bien que le virus reste détectable chez l’individu infecté.
Dans le contexte de la présente invention, le terme « SARS-CoV » désigne un virus appartenant à l'espèce virale Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus et est membre du genre Betacoronavirus et du sous-genre Sarbecovirus (sous-groupe B) dans la famille Coronaviridae et la sous-famille Orthocoronavirinae. Le terme SARS-CoV comprend, de manière non exhaustive, les souches SARS-CoV (ou SARS-CoV- 1), le SARSr-CoV WIV1, le SARSr-CoV HKU3, le SARSr-CoV RP3, le SARS-CoV-2 ; y compris les souches responsables de la COVID-19, leurs mutants et variants. Les virus de 1‘espèce SARS-CoV sont de préférence des virus SARS-CoV-2. Comme cela est connu, les virus de l’espèce SARS-CoV comprennent un domaine RBD sur la protéine S, conservé entre chaque souche de l’espèce (Jaimes et al. Journal of Molecular Biology (2020) 432, 3309-3325). Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins un domaine RBD ayant au moins 72% d’identité en acides aminés avec la protéine de séquence SEQ ID NO. 56. Selon certains modes de réalisation préférés, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins une protéine de séquence SEQ ID NO. 56 (domaine RBD). Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS- CoV peut être un SARS-CoV-2. Par « SARS-CoV-2 » on entend un virus appartenant à l’espèce SARS-CoV, à la famille des Coronaviridae et faisant partie du groupe IV de la classification de Baltimore. SARS-CoV-2 est également appelé coronavirus 2019 (COVID-19) et signifie « severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ” en anglais. SARS-CoV-2 est un virus qui se propage principalement par les voies respiratoires et provoque des maladies respiratoires aiguës. Le virus SARS-CoV-2 désigne collectivement toutes les souches responsables de la COVID-19 et ses mutants, tels que la forme sauvage Wuhan-Hu-1 (NCBI Reference Sequence : NC_045512.2), le variant alpha portant la substitution N501 Y selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (B.l.1.7), le variant beta portant les substitutions K417H, E484K, N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (B.1.351), le variant gamma portant les substitutions K417T, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (P.l), le variant delta (B.1.617.2) portant les substitutions L452R et T478K dans le domaine RBD selon la numérotation EU, et le variant kappa (B.l.617.1) portant les substitutions L452R et E484Q dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2.
Le SARS-CoV-2 est notamment décrit dans le document Dhama K, Khan S, Tiwari R, et al. Coronavirus Disease 2019-COVID-19. Clin Microbiol Rev. 2020;33(4):e00028-20. Published 2020 Jun 24. Doi:10.1128/CMR.00028-20.
Dans le contexte de la présente description, on entend par « protéine S » ou « protéine Spike » une glycoprotéine membranaire (200-220 kDa) présente à la surface de l'enveloppe virale des virus de l’espèce SARS-CoV qui se lie au récepteur cellulaire ACE2. La protéine S contient 2 sous-unités (S 1 et S2), S 1 incluant le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain) contenant le motif de liaison au récepteur (RBM, receptor binding motif) et S2 contenant le peptide de fusion permettant l’induction de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire. La protéine S du SARS-CoV-2 est enregistré sous la référence Gene ID : 43740568.
Dans le contexte de la présente description, on entend par « protéine E » ou « protéine d’enveloppe » un polypeptide de 100 résidus qui contient au moins un domaine transmembranaire hélicoïdal a et un groupe de 2-3 cystéines juxtamembranaires. La protéine E intervient dans plusieurs processus du cycle de vie du virus, tels que l'assemblage, le bourgeonnement, la formation de l'enveloppe et la pathogénèse. La protéine E contribue à l’assemblage et à la libération du virion hors de la cellule infectée, en suivant la voie de sécrétion ce qui en fait un bon indicateur de la présence du virus dans les tissus. La protéine E du SARS-CoV-2 est référencée sous la référence Gene ID : 43740570.
Par « domaine RBD » ou « domaine récepteur-grippant » ou « domaine de liaison au récepteur » ou « motif de liaison au récepteur » on entend une région immunogène d’une séquence peptidique d’un virus qui se lie à une séquence peptidique endogène spécifique du récepteur membranaire ACE2 d’une cellule cible pour permettre l’entrée du virus dans ladite cellule cible. Particulièrement, le domaine RBD est présent dans la sous- unité SI de la protéine S et localisé entre les résidus Arg319 et Phe541 de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, plus particulièrement SARS CoV-1 et SARS-CoV-2. Un exemple de domaine RBD est représenté par la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 56.
Dans le contexte de la présente invention, les termes « quantité thérapeutiquement efficace » et « quantité prophylactiquement efficace » se réfèrent à une quantité de principe actif, tel que le polypeptide de formule (I), qui fournit un avantage thérapeutique dans le traitement, la prévention ou la gestion des processus pathologiques considérés. La quantité spécifique qui est thérapeutiquement efficace peut être facilement déterminée par un médecin et peut varier en fonction de facteurs tels que le type et le stade des processus pathologiques considérés, les antécédents médicaux, le sexe, le poids et l’âge du patient, son régime alimentaire, et l’administration d’autres agents thérapeutiques.
Dans le contexte de la présente invention, les termes « traiter », « traitement », « thérapie » ou « thérapeutique » se réfèrent à l’administration ou la consommation d’un actif, c’est-à-dire un polypeptide selon la présente description, ou d’une composition pharmaceutique comprenant un tel polypeptide à des fins curatives, de soulagement, de réduction, d’atténuation, ou d’amélioration d’une maladie ou d’un désordre pathologique, ou d’un ou plusieurs symptômes associés, ou pour prévenir ou ralentir la progression de ce ou ces symptômes ou de cette maladie, ou pour arrêter le développement de ce ou ces symptômes, ou de cette maladie ou de ce désordre pathologique d’une manière statistiquement significative. Plus particulièrement, « traiter » ou « traitement » incluent toute approche pour obtenir un effet bénéfique ou un résultat désiré à l’égard d’une maladie ou d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2, chez un individu. Les résultats cliniques bénéfiques ou souhaités peuvent inclure, mais sans s’y limiter, l’atténuation ou l’amélioration de la condition ou maladie provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes provoqués par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 ; la diminution ou la réduction de l’étendue de la maladie, la stabilisation, c’est-à-dire l’absence d’aggravation d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes provoqués par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 ; la prévention d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; la prévention de la propagation d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; le ralentissement d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; la diminution de la réapparition d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; et l’interruption d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie. En d’autres termes, le « traitement » tel qu’utilisé ici comprend toute guérison, amélioration, réduction ou interruption d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie. Une « réduction » d’un symptôme ou d’une maladie signifie une diminution de la gravité ou de la fréquence de la maladie ou du symptôme, ou l’élimination de la maladie ou du symptôme.
Tel qu’utilisé dans la présente description et les revendications, les formes singulières « un », « une », « le » et « la » incluent la pluralité, sauf indication contraire et explicite du contexte.
Un polypeptide comprenant « l à 100 acides aminés » inclut un polypeptide comprenant 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 et 100 acides aminés.
On entend par "pourcentage d'identité" entre deux séquences d'acides aminés le pourcentage de résidus identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après alignement optimal, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties aléatoirement sur leur longueur. L'alignement optimal des séquences à comparer peut être réalisé, en plus de la comparaison manuelle, au moyen de BLAST P.
Tel qu'utilisé ici, le préfixe "nano" fait référence à un état spécial de subdivision impliquant qu'une particule a une dimension moyenne inférieure à environ 1000 nano mètres (1000 x 10’9 mètres).
Chaque limitation numérique minimale donnée dans cette description comprend toute limitation numérique supérieure, comme si ces limitations numériques supérieures étaient expressément écrites ici. Par exemple, l’expression « au moins 72 % » comprend toutes les valeurs numériques à compter de 72, au-delà de 72 et jusqu’à 100.
Chaque plage numérique donnée tout au long de la description comprend chaque plage numérique plus étroite incluse dans une telle plage numérique plus large, comme si ces plages numériques plus étroites étaient toutes expressément écrites. Par exemple, l’expression « entre 2 et 5 » comprend toutes les valeurs de 2 à 5, notamment 2, 3, 4 et 5.
Toutes les listes indiquées dans la description, telles que, par exemple, les listes d’ingrédients, sont destinées et doivent être interprétées comme des groupes Markush. Ainsi, toutes les listes peuvent être lues et interprétées comme des éléments « sélectionnés dans le groupe constitué de » ... liste des éléments ... « et leurs combinaisons et mélanges ».
Il peut être fait référence ci-après à des noms commerciaux de composants comprenant divers ingrédients utilisés dans la présente description. Les inventeurs n’ont pas l’intention d’être limités à des matériaux sous un nom commercial particulier. Des matériaux équivalents (par exemple, ceux obtenus d’une source différente sous un nom ou un numéro de référence différent) à ceux indiqués ici par un nom commercial peuvent être substitués et utilisés dans la description ci-après. Polypeptide (Protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aReps))
La présente invention fourni un polypeptide ou protéine artificielle, isolé ou recombinant. Ce polypeptide étant capable de se lier au domaine RBD de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du SARS-CoV-2, et d’affecter l’entrée du virus dans la cellule cible.
La présente description concerne ainsi un polypeptide de formule (I)
NH2-[Nt]-[SBP]z-[Ct]-COOH (I), dans laquelle :
- z est un nombre entier de 1 à 10 ;
- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;
- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et
- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II)
NH2 - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :
- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;
- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine) ;
- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;
- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;
- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et
- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).
Selon certains autres modes de réalisation, le SBP de formule (II), compris dans le polypeptide de formule (I), consiste en :
- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;
- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane) ;
- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;
- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine) ;
- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine) ; et
- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).
Selon certains modes de réalisation, z peut être un nombre entier de 3 à 8.
Selon certains modes de réalisation, Nt peut être choisi parmi les séquences en acides aminés SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 et SEQ ID NO. 29.
Selon certains modes de réalisation préférés, Nt peut être choisi parmi les séquences en acides aminés SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 26, et SEQ ID NO. 29.
En particulier, Nt consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 20.
Dans certains modes de réalisation, Ct comprend l ; 2 ; 3 ; 4 ; 5 ; 6 ; 7 ; 8 ; 9 ; 10 ; 11 ; 12 ; 13 ; 14 ; 15 ; 16 ; 17 ; 18 ; 19 ; 20 ; 21 ; 22 ; 23 ; 24 ; 25 ; 26 ; 27 ; 28 ; 29 ; 30 ; 31 ;
32 ; 33 ; 34 ; 35 ; 36 ; 37 ; 38 ; 39 ; 40 ; 41 ; 42 ; 43 ; 44 ; 45 ; 46 ; 47 ; 48 ; 49 ; 50 ; 51 ; 52 ;
53 ; 54 ; 55 ; 56 ; 57 ; 58 ; 59 ; 60 ; 61 ; 62 ; 63 ; 64 ; 65 ; 66 ; 67 ; 68 ; 69 ; 70 ; 71 ; 72 ; 73 ;
74 ; 75 ; 76 ; 77 ; 78 ; 79 ; 80 ; 81 ; 82 ; 83 ; 84 ; 85 ; 86 ; 87 ; 88 ; 89 ; 90 ; 91 ; 92 ; 93 ; 94 ;
95 ; 96 ; 97 ; 98 ; 99 ; ou 100 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 70 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 50 acides aminés.
Dans certains modes de réalisation, la partir Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 40 acides aminés.
Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend 36 acides aminés.
Selon certains modes de réalisation préférés, Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 50 acides aminés.
Selon certains modes de réalisation préférés, Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 36 acides aminés.
En particulier, Ct consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 18.
Selon certains modes de réalisation préférés, le SBP de formule (II), compris dans le polypeptide de formule (I), comprend :
- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), P (Proline), G (Glycine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;
- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), R (Arginine), S (Sérine), Y (Tyrosine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine) ;
- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), K (Lysine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;
- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), A (Alanine), R (Arginine), N (Asparagine) ;
- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), W (Tryptophane) ; et
- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID
NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9, SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 30, SEQ
ID NO. 31, SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 et SEQ ID NO. 41.
Selon certains modes de réalisation préférés, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9 et SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) ne consiste pas en un polypeptide de SEQ ID NO. 8. Selon certains autres modes préférés de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1 (C2).
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 2 (C7).
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 7 (F9).
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 10 (H12).
Polypeptide composite
Selon un autre de ses objets, la présente description concerne un polypeptide composite comprenant une pluralité de polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide de formule (I) lié de façon covalente à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Il est ainsi entendu dans la présente description que le polypeptide de formule (I) désigne également le polypeptide composite puisque celui-ci comprend au moins un polypeptide de formule (I).
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide composite selon la présente description peut consister en un dimère ou un trimère d’un polypeptide de formule (I) de la présente description.
On entend par « dimère » une protéine composée de deux polypeptides de formule (I) qui peuvent être soit identiques dans le cas d’un homodimère, soit différents dans le cas d’un hétérodimère. Les deux polypeptides de formule (I) pouvant être liés par un peptide de liaison.
On entend par « trimère » une protéine composée de trois polypeptides de formule (I) qui peuvent être soit identiques dans le cas d’un homotrimère, soit différents dans le cas d’un hétérotrimère. Les trois polypeptides de formule (I) pouvant être liés par un peptide de liaison. Les inventeurs ont mis en évidence que la multimérisation homologue ou hétérologue d’un polypeptide de formule (I) permet, sans vouloir être lié par aucune théorie, d’augmenter l’activité neutralisante du polypeptide de formule (I).
Selon certains modes de réalisation, plusieurs polypeptides de formule (I) consécutifs compris dans un polypeptide composite selon la présente description, sont liés indirectement les uns aux autres par l’intermédiaire d’un peptide de liaison, c’est-à-dire que les polypeptides de formule (I) consécutifs sont séparés les uns des autres par un peptide de liaison.
Selon certains autres modes de réalisation, plusieurs polypeptides de formule (I) consécutifs compris dans un polypeptide composite selon la présente description, son liés directement les uns des autres, donc en l’absence d’un peptide de liaison.
Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, les polypeptides de formule (I) sont liés de façon non-covalente ou de façon covalente.
Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, les polypeptides de formule (I) sont liés par un peptide de liaison de façon covalente.
En particulier, un polypeptide composite comprenant un dimère de polypeptide de formule (I) consiste en un polypeptide composite de construction (Chem 1) tel que :
[Chem 1]
[polypeptide de formule (l)]a - [peptide de I iaisonjx - [polypeptide de formule (I)] b dans laquelle :
- le [polypeptide de formule (I)]a et le [polypeptide de formule (I)]t>, identiques ou différents, sont choisis parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description,
- - X est un entier égal à 0 ou 1 ; et
- le [peptide de liaison] comprend une séquence polypeptidique de 1 à 100 acides aminés, de préférence de 1 à 50 acides aminés, plus préférentiellement le [peptide de liaison] consiste en un peptide de SEQ ID NO. 19, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)]a, le [peptide de liaison] et le [polypeptide de formule (I)]b sont liés de façon covalente.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a et le [polypeptide de formule (I)]b sont identiques ou différents.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de SEQ ID NO. 10, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)]a et le [polypeptide de formule (I)]b, d’un polypeptide composite consistant en un polypeptide de construction (Chem 1) ne consistent pas en des polypeptides de séquence SEQ ID NO. 8.
Selon certains modes de réalisation, un dimère de polypeptide tel que décrit ici peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut être choisi parmi les dimères de polypeptide de formule (I) suivants : NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]- [SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 2]- [SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]- [SEQ ID NO. 2]-COOH et NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH.
Autrement dit, le polypeptide composite tel que décrit ici peut être choisi parmi les dimères de polypeptide de formule (I) suivants C2-C2, F9-F9, H12-H12, C7-C7, C2-F9, F9-C2, C2-H12, H12-C2, C2-C7, C7-C2, F9-H12, H12-F9, F9-C7, C7-F9, H12-C7 et C7-H12. Selon certains modes de réalisation préférés, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 12 ou SEQ ID NO. 13.
Autrement dit, le polypeptide composite peut être le dimère F9-C2 ou le dimère C2- F9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut comprendre un polypeptide de formule (I) lié, de préférence, de façon non-covalente par son résidu d’acide aminé à l’extrémité N-terminale à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54 peut également être lié, de préférence de façon non-covalente, au résidu d’acide aminé situé à l’extrémité C-terminale du polypeptide de formule (I).
Le polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54 est nommé « foldon » dans la présente description.
Les inventeurs ont mis en évidence que la multimérisation homologue d’un polypeptide de formule (I) avec une séquence « foldon » permet, sans vouloir être lié par aucune théorie, d’augmenter l’activité neutralisante du polypeptide de formule (I) en permettant une meilleure multimérisation du polypeptide de formule (I).
En particulier, un polypeptide composite peut consister en un polypeptide composite de construction (Chem 2) tel que :
[Chem 2]
[polypeptide de formule (l)]a - [SEQ ID NO. 54]b dans laquelle :
- le [polypeptide de formule (I)]a est choisi parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)]a et le polypeptide [SEQ ID NO. 54] sont liés de façon non-covalente.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite tel que décrit ici peut également être choisi parmi les polypeptides composites de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]- [SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH et NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.
Autrement dit, le polypeptide composite peut être choisi parmi les polypeptides composites C2-foldon, C7-foldon, F9-foldon et H12-foldon.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 54]-COOH ou NH2- [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.
Autrement dit, le polypeptide composite peut être choisi parmi le polypeptide composite C2-foldon ou F9-foldon. Le polypeptide composite, lorsqu’il est sous une forme dimérisée, peut être de préférence choisi parmi les polypeptides composites de séquence SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15.
Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide composite peut comprendre un trimère de polypeptide de formule (I) consistant en un polypeptide composite de construction (Chem 3) tel que :
[Chem 3]
[polypeptide de formule (l)l9- [peptide de liaison_l] - [polypeptide de formule (!)]>>- [peptide de liaison_2J - [polypeptide de formule (l)]t dans laquelle :
- le [polypeptide de formule (I)]a, [polypeptide de formule (I)]t>, et le [polypeptide de formule (I)]c sont choisis parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description, et
- [peptide de liaison_l] et [peptide de liaison_2], identiques ou différents, comprennent chacun un peptide de 1 à 100 acides aminés, de préférence de 1 à 50 acides aminés.
Dans certains modes de réalisation, le [peptide de liaison_l] et/ou le [peptide de liaison_2] consiste en un peptide de séquence SEQ ID NO. 19, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)]a, le [peptide de liaison_l], le [polypeptide de formule (I)]t>, le [peptide de liaison_2], et le [polypeptide de formule (I)]c sont liés de façon covalente.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite de la présente description peut consister en un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)]c sont identiques ou différents.
Dans certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)]c sont identiques.
Dans certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)]c sont tous différents, l’un par rapport aux deux autres.
Dans certains modes de réalisation, deux polypeptides parmi le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)]c sont identiques, le troisième polypeptide de formule (I) étant différent des deux autres. Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide peut consister consiste en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)]a, le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)]c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.
Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]- [SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH ou NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH.
Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2, C7-C7-C7, F9-F9-F9 ou H12-H12-H12.
Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1] ou de construction [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7],
Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2 ou F9-F9-F9.
Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1].
Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 11.
Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2.
Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite de la présente description peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15. Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être couplé à une protéine d’adhérence.
Un tel couplage à une protéine d’adhérence permet d’augmenter l’efficacité thérapeutique du polypeptide de formule (I), ou du polypeptide composite, une fois administré par voie nasale ou orale à un individu.
Les inventeurs ont découvert que la conjugaison d’un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici avec une protéine d’adhérence permettait la fixation du polypeptide à des mucines et augmenterait ainsi le temps de demi -vie du polypeptide et son effet thérapeutique ou de prévention contre une infection d’un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu.
Plus particulièrement, cette protéine d’adhérence est codée par une section du gène codant pour la protéine StcE (secreted protease of Cl esterase inhibitor from EHEC) de la bactérie E. coli.
La protéine StcE est une protéine de 898 acides aminés (SEQ ID NO.65) codée par le gène ZL7031 (transcript AAC70099 du plasmide pO157), présent sur le plasmide pO157 (GenBank accession no. #AF074613, position 23016-25712 sur le plasmide pO157) de la bactérie Escherichia coli 0157 :H7 (Lathem et al. Molecular Microbiology, 45 : 277-288 ; Grys et al. Infect Immun. 2005 Mar ;73(3) : 1295-303).
Une protéine d’adhérence selon la présente description capable de se lier à des mucines est notamment décrite dans le document Nason et al. Nature communications (2021) 12 :4070 et est désignée comme le module X409.
Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description présente au moins environ 90 % d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description présente au moins environ 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Une mucine sur laquelle une protéine d’adhérence peut se lier est bien connue par l’homme de l’art et désigne une glycoprotéine composant le mucus. Le mucus est une substance visqueuse recouvrant les cellules d’un organisme en contact avec le milieu extérieur, en particulier il peut s’agir du mucus recouvrant la cavité nasale ou buccale d’un individu (Nason et al. Nature communications (2021) 12 :4070).
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence ayant au moins 90 % d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence ayant au moins environ 90%, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99% d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide de séquence en acides aminés SEQ ID NO.l, SEQ ID NO. 2, SEQID NO. 7 ou SEQ ID NO.10 peut être conjugué, de façon covalente ou non-covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO.l l, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQID NO. 14 ou SEQ ID NO.15 peut être conjugué, de façon covalente ou non-covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
Selon certains modes de réalisation, la protéine d’adhérence peut être conjuguée à l’extrémité N-terminal du polypeptide ou du polypeptide composite,
Selon certains autres modes de réalisation, la protéine d’adhérence peut être conjuguée à l’extrémité C-terminal du polypeptide ou du polypeptide composite.
Pour produire un polypeptide couplé à une protéine d’adhérence tel que défini ci- dessus, toute réaction de conjugaison appropriée peut être utilisée, avec, si nécessaire, tout lieur approprié, bien connu de l’homme du métier. A titre d’exemple, il pourra ainsi être construit une séquence d’ADN recombinant codant pour une protéine de fusion constituée d’un polypeptide aRep de formule (I) lié à une protéine d’adhérence grâce à une séquence protéique de liaison (linker) plus ou moins longue. L’ADN recombinant codant pour la protéine de fusion peut être préparé par l’utilisation d’une technologie de clonage, et inséré dans un vecteur réplicable de manière autonome pour préparer un ADN recombinant. Une séquence protéique de liaison peut en générale être fixée entre l’extrémité C- terminale d’une partie de la protéine de fusion et l’extrémité N-terminale de l’autre partie. Les séquences protéiques de liaison appropriées sont connues dans l’art et par exemple décrits dans Chen et al. Adv Drug Deliv Rev ; 65(10) : 1357-69 (2013). La séquence protéique de liaison peut donc être toute séquence protéique de liaison connue dans l’art, tant que la séquence protéique de liaison n’interfère pas avec la fonction de l’une ou des deux parties de la protéine de fusion. Une séquence protéique de liaison adaptée à la protéine de fusion peut comprendre deux ou plus, cinq ou plus, 10 ou plus, 15 ou plus, ou 20 ou plus de résidus d’acides aminés.
Compositions pharmaceutiques
Il est également prévu des compositions pharmaceutiques, comprenant un polypeptide de formule (I) selon la présente description et/ou un polypeptide composite de formule (I) sous une forme dimérisée ou trimérisée, formulées avec un excipient ou un véhicule pharmacologiquement ou pharmaceutiquement acceptable.
Ces compositions pharmaceutiques peuvent comprendre une ou plusieurs combinaisons de polypeptide de formule (I) selon la présente description (par exemple, deux ou plusieurs différents). Par exemple, une composition pharmaceutique décrite ici peut comprendre une combinaison de polypeptides de formule (I) qui se lient à différents épitopes d’un virus cible.
Dans certains cas, la composition pharmaceutique comporte au moins environ 1 mg / ml, 5 mg / ml, 10 mg / ml, 50 mg / ml, 100 mg / ml, 150 mg / ml, 200 mg / ml, 1 -300 mg / ml ou environ 100-300 mg / ml de polypeptide de formule (I) et/ou de polypeptide composite de formule (I) sous une forme dimérisé ou trimérisé.
Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent également être administrées en thérapie combinée, c’est-à-dire en combinaison avec d’autres agents. Par exemple, la thérapie combinée peut inclure un polypeptide de formule (I) décrit ici en combinaison avec au moins un agent antiviral et/ou un agent antipathogène.
Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent comprendre un ou plusieurs sels pharmaceutiquement acceptables. Par « sel pharmaceutiquement acceptable », on entend un sel qui conserve l’activité biologique souhaitée du composé d’origine et qui ne communique pas d’effets toxiques indésirables. Les sels d’addition d’acide et les sels d’addition de base sont des exemples de tels sels. Les sels d’addition d’acide comprennent les acides inorganiques non toxiques tels que l’acide chlorhydrique, l’acide nitrique, l’acide phosphorique, l’acide sulfurique, l’acide bromhydrique, l’acide iodhydrique, l’acide phosphorique, et les acides mono- et dicarboxyliques aliphatiques, les acides alcanoïques substitués par un phényle, les hydroxyalcanes. Les sels dérivés d’acides organiques non toxiques tels que les acides, les acides aromatiques, les acides sulfoniques aliphatiques et aromatiques sont inclus. Les sels d’addition aux bases comprennent, par exemple, les métaux alcalino-terreux tels que le sodium, le potassium, le magnésium et le calcium, ainsi que le N,N'-dibenzyléthylènediamine, N-méthylglucamine, chloroprocaïne, choline, diéthanolamine, éthylènediamine, procaïne et autres. Les sels dérivés d’amines organiques toxiques sont inclus.
Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent également inclure un antioxydant pharmaceutiquement acceptable. Les exemples d’antioxydants pharmaceutiquement acceptables comprennent (1) les antioxydants hydrosolubles tels que l’acide ascorbique, le chlorhydrate de cystéine, le bisulfate de sodium, le métabisulfite de sodium, le sulfite de sodium, etc. (2) les antioxydants solubles dans l’huile, les agents oxydants tels que le palmitate d’ascorbyle, l’hydroxyanisole butylé (BHA), 1’ hydroxy toluène butylé (BHT), la lécithine, le gallate de propyle, l’alpha-tocophérol et autres ; et (3) les chélateurs de métaux tels que l’acide citrique, l’acide éthylènediaminetétra- acétique (EDTA), le sorbitol, l’acide tartrique, l’acide phosphorique et autres sont inclus.
Les exemples de supports aqueux ou non aqueux appropriés qui peuvent être utilisés dans les compositions pharmaceutiques décrites ici comprennent l’eau, l’éthanol, les polyols (par exemple, glycérol, propylène glycol, polyéthylène glycol, etc.) et leurs mélanges appropriés, les huiles végétales telles que l’huile d’olive et les esters organiques injectables tels que l’oléate d’éthyle. La fluidité appropriée peut être maintenue, par exemple, en conservant la taille de particules requise dans le cas d’une dispersion et en utilisant des agents de surface.
Ces compositions pharmaceutiques peuvent également contenir des adjuvants tels que des conservateurs, des agents mouillants, des agents émulsifiants et des agents dispersants. La prévention de la présence de micro-organismes peut être assurée à la fois par les méthodes de stérilisation décrites ci-dessus et par l’inclusion de divers agents antibactériens et antifongiques tels que les parabènes, le chlorobutanol, le phénol, l’acide sorbique et autres. Il peut également être souhaitable d’inclure dans la composition pharmaceutiques des agents isotoniques tels que les sucres, le chlorure de sodium. En outre, l’inclusion d’agents qui retardent l’absorption, tels que le monostéarate d’aluminium et la gélatine, peut retarder l’absorption de formes pharmaceutiques injectables.
Les supports pharmaceutiquement acceptables comprennent les solutions ou dispersions aqueuses stériles et les poudres stériles pour la préparation extemporanée de solutions ou dispersions injectables stériles. L’utilisation de tels supports et agents pour les substances pharmaceutiquement actives est bien connue dans le domaine. Sauf dans la mesure où un milieu ou agent conventionnel est incompatible avec le principe actif, son utilisation dans les compositions pharmaceutiques décrites ici est envisagée. Des substances actives supplémentaires peuvent également être incorporées dans les compositions.
Une composition pharmaceutique doit généralement être stérile et stable dans les conditions de fabrication et de stockage. La composition peut être formulée sous forme de solution, microémulsion, solution, microémulsion, liposome ou autre structure ordonnée adaptée à une concentration élevée de médicament. Le support peut être un solvant ou un milieu de dispersion contenant, par exemple, de l’eau, de l’éthanol, du polyol (par exemple, du glycérol, du propylène glycol et du polyéthylène glycol liquide, et autres), et des mélanges appropriés de ceux-ci. La fluidité appropriée peut être maintenue, par exemple, par l’utilisation d’un revêtement tel que la lécithine, par le maintien de la taille de particules requise dans le cas d’une dispersion et par l’utilisation d’agents de surface. Dans de nombreux cas, il sera préférable d’inclure des agents isotoniques, par exemple des sucres, des polyalcools tels que le mannitol et le sorbitol, ou du chlorure de sodium dans la composition. L’absorption retardée des compositions injectables peut être provoquée par l’inclusion dans la composition d’un agent qui retarde l’absorption, par exemple, les sels de monostéarate et la gélatine.
Les solutions injectables stériles peuvent être préparées en incluant le composé actif, c’est-à-dire des polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites décrits ici, en quantité requise dans un solvant approprié, éventuellement avec un ou une combinaison des ingrédients énumérés ci-dessus, puis en stérilisant par microfiltration. En général, les dispersions sont préparées en incorporant le composé actif dans un véhicule stérile qui contient un milieu de dispersion de base et les autres ingrédients nécessaires parmi ceux énumérés ci-dessus. Dans le cas des poudres stériles pour la préparation de solutions injectables stériles, la méthode de préparation préférée est une méthode de séchage sous vide, dans laquelle une poudre du principe actif plus tout autre ingrédient souhaité est produite à partir de la solution filtrée préalablement stérilisée, et la lyophilisation.
La quantité de principe actif qui peut être combinée avec les matériaux de support pour produire une forme de dosage unique peut varier selon le sujet traité et le mode d’administration particulier. La quantité de principe actif, c’est à dire des polypeptides de formule (I) décrits ici, qui peut être combinée avec un matériau de support pour produire une forme de dosage unique sera généralement la quantité de la composition qui produit un effet thérapeutique.
Selon certains modes de réalisation, la quantité de principe actif, c’est à dire des polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites décrits ici, est d’environ 0,01 % à environ 99 % par rapport à la quantité de composition finale, de préférence d’environ 0,1 % à environ 70 % par rapport à la quantité de composition finale, la plupart du temps combinée avec un support pharmaceutiquement acceptable.
Les schémas posologiques sont ajustés pour obtenir la réponse optimale souhaitée (par exemple, une réponse thérapeutique). Selon certains modes de réalisation, une seule administration en bolus est possible et plusieurs doses divisées peuvent être administrées sur une longue période, ou la dose peut être réduite ou augmentée proportionnellement comme indiqué dans une situation de traitement imminent. De préférence, la formulation de compositions parentérales est sous forme de doses unitaires, notamment pour faciliter l’administration et l’uniformité du dosage.
Le terme "administration parentérale" désigne les modes d’administration autres que l’administration entérale et topique, généralement par injection, intraveineuse, intramusculaire, intra-artérielle, intrathécale, intracapsulaire, intra-orbitale, intracardiaque, intradermique, intrapéritonéale, transtrachéale, intranasale, sous-cutanée, épidermique, intra-articulaire, sous-capsulaire, sous-arachnoïdienne, intraspinale, épidurale et intrastemale, y compris, mais sans s’y limiter, les injections et perfusions.
Selon certains modes de réalisation, une forme de dosage unitaire désigne une unité physiquement qui convient comme dose unique pour l’individu à traiter ; chaque unité, associée au support pharmaceutique requis, produit l’effet thérapeutique souhaité.
Selon certains modes de réalisation, pour l’administration de polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites, le dosage varie entre environ 0,0001 et 100 mg, plus généralement entre 0,01 et 5 mg par kg de poids corporel de l’hôte. Par exemple, la posologie est comprise entre 0,3 mg/kg de poids corporel, 1 mg/kg de poids corporel, 3 mg/kg de poids corporel, 5 mg/kg de poids corporel ou 10 mg/kg de poids corporel, ou 1-10 mg/kg.
Selon certains modes de réalisation, un régime de traitement peut être une administration une fois par jour, deux fois par jour, trois fois par jour ou quatre fois par jour sur une période de 7 jours.
Selon certains modes de réalisation, les schémas posologiques pour l’administration d’une composition pharmaceutique selon la présente description comprennent 1 mg/kg de poids corporel ou 3 mg/kg de poids corporel par administration intranasale, intrapéritonéale ou intraveineuse. Notamment, la composition est administrée (i) 3 fois par jour pendant 7 jours, suivies de (ii) 1 fois par jour pendant 7 jours.
Selon certains modes de réalisation, les schémas posologiques pour l’administration d’une composition pharmaceutique selon la présente description comprennent 15 mg/0,1 ml ou 20 mg/0.1 ml par administration par voie nasale. Notamment, la composition est administrée (i) 3 fois par jour dans chaque narine pendant 7 jours, suivies de (ii) 1 fois par jour dans chaque narine pendant 7 jours.
Selon certains modes de réalisation, la composition pharmaceutique est utilisée pour un traitement prophylactique ou thérapeutique. Le dosage et la fréquence d’administration peuvent varier selon que le traitement est prophylactique ou thérapeutique. Dans les applications prophylactiques, des doses relativement faibles sont administrées sur de longues périodes à des intervalles relativement peu fréquents. Certains patients continuent à recevoir un traitement pour le reste de leur vie. Dans les applications thérapeutiques, des doses relativement élevées à des intervalles relativement courts peuvent être nécessaires jusqu’à ce que la progression de la maladie soit réduite ou interrompue, de préférence jusqu’à ce que le patient présente une amélioration partielle ou complète des symptômes de la maladie. Par la suite, le patient peut se voir administrer un régime prophylactique.
Les niveaux de dosage réels des principes actifs des compositions pharmaceutiques selon la présente description ne sont pas toxiques pour le patient afin d’obtenir la réponse thérapeutique souhaitée pour l’individu, en particulier la composition et le mode d’administration. Il est possible de les faire varier pour obtenir une quantité efficace de principe actif. Le niveau de dosage sélectionné dépend de la composition particulière utilisée, ou de l’activité de son ester, sel ou amide, de la voie d’administration, du temps d’administration, du taux d’élimination du composé particulier utilisé, de la durée du traitement, des autres médicaments, composés et/ou substances utilisés en combinaison avec une composition particulière, de l’âge, du sexe, du poids, de l’état, de la santé générale et des antécédents médicaux de l’individu à traiter, ainsi que de facteurs similaires bien connus dans le domaine médical. Le niveau de dosage peut également varier en fonction de divers facteurs pharmacocinétiques.
Selon certains modes de réalisation, une dose thérapeutiquement efficace peut prévenir ou retarder l’apparition d’une maladie ou condition liée à une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du SARS-CoV-2. Par exemple, les tests de laboratoire utilisés pour diagnostiquer une maladie comprennent la chimie, l’hématologie, la sérologie et la radiologie. En conséquence, les essais cliniques ou biochimiques qui surveillent l’un des éléments ci-dessus peuvent être utilisés pour déterminer si un traitement particulier est une dose thérapeutiquement efficace pour traiter la maladie. Un homme de l’art peut déterminer de telles quantités en fonction de facteurs tels que la taille de l’individu, la gravité des symptômes de l’individu, et la composition particulière ou la voie d’administration choisie.
Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être associé à une nanoparticule biodégradable afin de contrôler la libération du polypeptide une fois administrée à un individu.
En particulier, une nanoparticule biodégradable associée à un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite peut être incorporée dans une composition pharmaceutique telle que décrite ici pour fournir un système de délivrance contrôlé du polypeptide une fois administrée à un individu.
Une nanoparticule biodégradable adaptée à la présente description peut être constituée de polymères biodégradables non-toxiques. Une telle nanoparticule est notamment décrite, par exemple, dans le document Soppimath et al. J Control Release. 2001 Jan 29;70(l-2):l-20 ou le document Al-Halifa et al. Frontiers in Immunology. Vol. 10. 2019.
Selon certains modes de réalisation, une nanoparticule biodégradable peut être utilisée comme véhicule d'administration basé sur l’attachement d’un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite à la surface de la nanoparticule. Selon certains modes de réalisation, une nanoparticule biodégradable peut être composée de polymères biodégradables.
Selon certains modes de réalisation, un polymère biodégradable constituant une nanoparticule peut être choisi parmi les acides poly-lactiques-co-glycoliques (PLGA), l’acide poly-lactique (PLA), le poly-caprolactone (PCL), le polyglycolide (PGA), le poly(cyanoacrylate d’alkyle) (PACA), le poly(acide aminé) et un mélange de ceux-ci.
En particulier, l’utilisation d’une nanoparticule biodégradable peut présenter l’avantage de protéger le polypeptide d’une dégradation précoce après administration in vivo mais également de contrôler la libération du polypeptide en termes de localisation mais aussi de durée. La nanoparticule est naturellement dégradée et permet ainsi le relargage du polypeptide dans l’organisme où celui-ci a été administré.
Une nanoparticule biodégradable possède un ensemble de caractéristiques physicochimiques, notamment la taille, la charge de surface, la réactivité, la forme, la porosité ou encore l’hydrophobicité. Comme l’appréciera l’homme du métier, ces propriétés physicochimiques seront déterminées et adaptées selon le type d’administration choisi et les caractéristiques de polypeptide choisi. Ainsi, l’homme du métier peut, à l’aide de ses connaissances générales, adapter les propriétés physicochimiques de la nanoparticule biodégradable afin que la nanoparticule soit adaptée pour une association et un relargage efficace d’un polypeptide tel que décrit ici. L’homme du métier peut notamment modifier la concentration en polymère et/ou la méthode de synthèse à cette fin.
Les nanoparticules biodégradables peuvent être synthétisées par nano précipitation. Une telle méthode de synthèse de nanoparticule est notamment décrite dans le document Claudia et al., International Journal of Pharmaceutics, Volume 532, Issue 1, 2017, Pages 66-81, le document Megy, S. et al. Nanomater. Basel Switz. 10, E2209 (2020) ou le document Lamrayah, M. et al. Int. J. Pharm. 568, 118569 (2019).
Une fois les nanoparticules synthétisées, les polypeptides sont ensuite adsorbés à la surface de la nanoparticule avant d’être introduit dans une composition pharmaceutique appropriée et administrée à un individu. En particulier, le polypeptide se retrouve ainsi à la surface de la nanoparticule pour ensuite être libéré dans l’organisme une fois que la nanoparticule se sera biodégradée.
Les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent être administrées selon une ou plusieurs méthodes connues dans le domaine, par une ou plusieurs voies d’administration. Comme l’appréciera l’homme du métier, la voie d’administration et/ou le mode d’administration variera en fonction du résultat souhaité.
Selon certains modes de réalisation préférées, les compositions pharmaceutiques selon la présente description ou des polypeptides de formule (I) selon la présente description peuvent être administrés par voie orale, parentérale, par inhalation, en aérosol, par pulvérisation, par voie topique, par voie rectale, nasale, buccale, vaginale, ophtalmologique ou via un réservoir implanté.
De préférence, les compositions pharmaceutiques selon la présente description ou les polypeptides de formule (I) selon la présente description sont administrées par voie orale, intrapéritonéale, intraveineuse, intranasale ou par inhalation. Les formes injectables stériles des compositions de cette invention peuvent être des suspensions aqueuses ou oléagineuses. Ces suspensions peuvent être formulées selon les techniques connues dans l'art en utilisant des agents dispersants ou mouillants et des agents de mise en suspension appropriés.
Selon certains modes particuliers de réalisation, les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent être administrées par voie intranasale.
Sans vouloir être lié par une quelconque théorie, l'infection par le virus du SARS- CoV-2 débutant dans les cavités nasales et se répliquant dans les voies aériennes supérieures avant d'atteindre les voies respiratoires inférieures, l’administration d’une composition pharmaceutique telle que décrite ci-dessus par voie intranasale et/ou par voie orale présente l’avantage de bloquer et neutraliser la multiplication du virus avant sa progression et l’infection des cellules dans les voies aériennes à l'intérieur des poumons, notamment les bronches, les bronchioles et les alvéoles.
L’administration par voie nasale ou par voie orale présente ainsi l’avantage de faciliter la prise de la composition pharmaceutique par l’individu et de procurer une protection prophylactique de l’individu.
Selon certains modes particuliers de réalisation, les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent également être administrées par aérosol nasal ou par inhalation.
Une composition pharmaceutique telle que décrite ici peut comprendre un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite couplé à une protéine d’adhérence telle que définie ici. L’ensemble des caractéristiques et modes particuliers relatifs au polypeptide de formule (I), au polypeptide composite et à la composition pharmaceutique le comprenant, s’applique également aux utilisations et méthodes visés selon la présente description.
Utilisations
Comme indiqué précédemment, ledit polypeptide de formule (I), ledit polypeptide composite selon la présente description ou ladite composition pharmaceutique comprenant ledit polypeptide de formule (I) ou polypeptide composite peut être mis en œuvre comme médicament.
Selon certains modes de réalisation, les utilisations et méthodes telles que décrites ici peuvent être réalisées in vitro, in vivo ou ex vivo.
Ainsi, selon certains modes de réalisation, la présente description concerne un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique selon la présente description pour utilisation en tant que médicament.
Selon un mode particulier de réalisation, la présente description concerne un polypeptide de formule (I) ou une composition pharmaceutique comprenant un polypeptide de formule (I) :
NH2-[Nt]-[SBP]z-[Ct]-COOH (I), dans laquelle :
- z est un nombre entier de 1 à 10 ;
- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;
- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et
- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II)
NH2 - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :
- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;
- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine), ;
- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;
- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;
- Xs est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et
- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique), pour son utilisation en tant que médicament.
En particulier, la présente description concerne un polypeptide de formule (I) choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, et SEQ ID NO. 10 ou un polypeptide composite comprenant un tel polypeptide de formule (I), pour son utilisation en tant que médicament.
Selon un autre objet de la présente invention, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut notamment être utilisé(e) dans une méthode thérapeutique pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2, chez un individu en ayant besoin.
Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description peut être utilisé(e) dans une méthode thérapeutique pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2 chez un individu en ayant besoin. Selon certains modes de réalisation, une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 peut être un syndrome de détresse respiratoire sévère, un état cardiovasculaire, un état vasculaire, un état gastrointestinal ou un état neurologique.
Selon certains modes de réalisation, une maladie provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, peut-être la COVID- 19.
Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d'une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, est destiné(e) à réduire l'inflammation associée à l’infection par le virus.
Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d'une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, est destiné(e) à réduire la charge virale du virus.
Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description peut convenir en particulier pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d’une maladie infectieuse, notamment pour inhiber ou détruire les cellules infectées par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2, infectieux.
Selon un mode de réalisation, une maladie infectieuse peut être une maladie infectieuse respiratoire appelée COVID-19.
Il est également prévu une méthode de traitement et/ou de prévention d’une maladie ou condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez un individu en ayant besoin, comprenant l’administration à l’individu d’un polypeptide selon la présente description ou d’une composition pharmaceutique selon la présente description.
En plus des thérapies selon la présente description, le polypeptide de formule (I), le polypeptide composite ou la composition pharmaceutique tels que décrits ici peuvent également être utilisés en combinaison avec une autre thérapie utilisant des antiviraux ou anti pathogènes. A titre d’exemple, un polypeptide de formule (I) peut être administré en combinaison avec une ou plusieurs molécules ciblant des enzymes, comme les protéases, codées par le génome du SARS-CoV-2 ou l’ARN-polymérase virale.
Il est également prévu l’utilisation d’un polypeptide de formule (I) ou polypeptide composite selon la présente description pour l’obtention d'un médicament destiné à traiter et/ou prévenir une maladie ou condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez un individu en ayant besoin.
Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins un domaine RBD ayant au moins 72% d’identité en acides aminés avec la protéine de séquence SEQ ID NO. 56.
Selon certains modes de réalisation préférés, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins une protéine de séquence SEQ ID NO. 56.
Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV peut être un virus SARS-CoV-2.
Selon certains modes de réalisation, un virus SARS-CoV-2 comprend la souche sauvage du SARS-CoV-2 et/ou l’un de ses variants.
La souche sauvage du SARS-CoV-2 consiste en la forme Wuhan-Hu-1 (NCBI Reference Sequence : NC_045512.2).
Selon certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 peut être choisi parmi le variant alpha, le variant beta, le variant gamma, le variant delta, et le variant kappa.
Le variant alpha porte la substitution N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.
Le variant beta porte les substitutions K417H, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.
Le variant gamma porte les substitutions K417T, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.
Le variant delta porte les substitutions L452R et T478K dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage. Le variant kappa porte les substitutions L452R et E484Q dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.
Exemples
Exemple 1 : Matériel et méthodes
1. Production recombinante des domaines SI et RBD du spicule du SARS-CoV- 2
La sous-unité SI constituée des 681 premiers acides aminés de la protéine S a été fusionnée à son extrémité C-terminale à un tag histidine (8xHis) pour expression en cellules HEK-293T et purification (fourni par CreativeDiagnostics). Un segment d’ADN codant pour le domaine RBD (en exergue en gras dans SEQ ID NO. 55) placé en aval d’un segment codant pour un peptide signal et en amont d’une séquence codant pour un His-Tag a été exprimé par transfection transitoire de cellules HEK-293T en utilisant le vecteur d’expression pCI.
Le domaine RBD (SEQ ID NO. 56, en exergue en gras dans SEQ ID NO. 57) est positionné entre un peptide signal pour assurer sa translocation et un tag histidine (SEQ ID NO. 57).
La purification du domaine RBD a été réalisée par chromatographie d’affinité Ni- NTA suivie d’une filtration sur gel et concentration. Ensuite, 0,3 mg de SI and 5 mg de domaine RBD ont été utilisés pour criblage des aReps.
2. Expression et purification des protéines aReps
Les gènes aRep correspondant à des protéines ayant une forte affinité de liaison à la sous-unité SI et du domaine RBD ont été sous-clonés en utilisant les sites de restriction BamHI-HindlII dans le plasmide pQE81 pour l'amplification. Les dérivés pQE81 ont été utilisés pour la transformation des cellules Rosetta E. coli et les clones résultants ont été cultivés à 37 °C dans un bouillon 2XYT complété par de l'ampicilline (100 pg/ml) et du chloramphénicol (40 pg/ml) sous agitation. Lorsque l'absorbance à 600 nm a atteint 0,8 à 1, l'expression de la protéine aRep a été induite par l'ajout de 0,5 à 1 mM d'IPTG, et les cellules ont ensuite été incubées pendant 4 à 12 heures à 28°C ou 37°C sous agitation.
Ensuite, les bactéries ont été culottées par centrifugation (5 000 x g pendant 30 minutes à 4°C), et les culots cellulaires bactériens ont été remis en suspension dans 200 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7,4 à 8, selon le point isoélectrique de la protéine, contenant un cocktail d'inhibiteurs de protéase (Roche Diagnostics GmbH), puis lysés par sonication dans la glace (5 fois x (30 s de repos et 30 s de sonication à environ 40 % d'amplitude) en utilisant un sonicateur Q700 QSONICA). Les lysats de cellules bactériennes ont été clarifiés par centrifugation à 10 000 x g pendant 30 minutes à 4 °C.
Les protéines aReps recombinantes solubles, étiquetées 6xHis, ont été purifiées par chromatographie d'affinité sur des colonnes HisTrap (GE Healthcare Life Sciences) et éluées par un gradient de tampon imidazole (tampon d'équilibrage : 40 mM Imidazole, 300 mM NaCl, 20 mM Tris pH8, Tampon d'élution : Imidazole IM, NaCl 300 mM, Tris 20 mM pH 8). Les fractions d'intérêt ont été regroupées et injectées dans une filtration sur gel Superdex S200 préalablement équilibrée avec du PB S.
Les fractions résultantes ont été analysées par SDS-PAGE et les fractions contenant les aReps purifiés ont été regroupées et congelées à -20°C.
3. Détermination des affinités de liaison des aReps
Les expériences de cinétique de liaison ont été réalisées sur un système Octet (Octet RED96) (ForteBio, Molecular Devices) en mode 8 canaux.
La protéine RBD ou SI étiquetée His du SARS-CoV-2 a été chargée sur des biocapteurs HislK (Pali ForteBio) jusqu'à un seuil de charge de 1 nm. Après une étape de base dans un tampon d'essai (PBS [pH 7,4], 0,1 % d'albumine sérique bovine, 0,05 % de Tween 20), les capteurs chargés de ligands ont été plongés dans des concentrations connues d'aReps pour une phase d'association suivie d'une phase de dissociation induite par le remplacement des solutions contenant les aReps par le tampon seul. Les courbes d'association et de dissociation ont été globalement ajustées à un modèle de liaison 1:1. Les courbes de liaison ont été ajustées en utilisant l'équation "association puis dissociation" dans GraphPad Prism pour calculer la constante de dissociation (KD). Plus la valeur KD est faible, plus l'affinité de liaison entre l’aReps et sa cible, RBD ou SI, est élevée.
4. Tests de neutralisation de pseudotypes du SARS-CoV-2 par les aReps Les particules MLV pseudo-typées avec la protéine S du SARS-CoV-2 (SARS- CoV-2PP) et protéine G du VSV (contrôle) et conduisant l'expression du gène de la luciférase Firefly ont été produites comme décrit précédemment (Millet et Whittaker, 2016, Bio Protoc. 6:e2035), avec un plasmide codant pour une séquence optimisée en codon humain du gène S (numéro d'accession Genebank : MN908947) ou gène G (contrôle) du VS VG (Sun et al. J Biol Chem. 2008 Mar 7; 283(10):6418-27). Les surnageants contenant les particules pseudo-typées ont été récoltés à 48 h, 72 h et 96 h après la transfection, regroupés et filtrés à travers des membranes à pores de 0,45 pm. La veille de la transduction, 50000 cellules HEK293T exprimant l'ACE2 ont été placées dans chaque puits d'une plaque à 24 puits. La quantité de particules pseudo-typées utilisées par puits est préalablement établie pour obtenir un signal d’environ 105 (en unités de fluorescence arbitraire) trois jours après transduction. Des dilutions de 10 en 10 des alphaReps ont été réalisées dans un milieu complet (DMEM + 2% FBS + PSG) et ont été préincubées pendant 1 h à température ambiante avec les SARS-CoV-2PP dans un volume final de 200 pL. Ces mélanges ont été déposés dans chacun des puits contenant les cellules HEK293T - ACE2 pour effectuer la transduction. Trois jours après la transduction, les cellules ont été trypsinées et l'activité luciférase a été mesurée comme indiqué par le fabricant (Promega) sur un appareil TECAN Infinite M200Pro. Les titres de neutralisation ont été définis comme la dilution d'aRep qui entraîne une diminution de 50% de l'infectivité. Des particules rétro virales pseudo - typées avec la glycoprotéine G du virus de la stomatite vésiculaire (VSVpp) ont été utilisées pour contrôler la spécificité de la neutralisation.
5. Test de neutralisation du SARS-CoV-2 et ses mutants par les aReps
Le SARS-CoV-2, isolat France/IDF0372/2020, a été fourni par le Centre national de référence des virus respiratoires hébergé par l'institut Pasteur (Paris, France) Les expériences de neutralisation sur les mutants ont été effectuées avec des pseudo-types de mutants de la protéine S représentatifs du RBD des différents variants testés. Les stocks viraux ont été préparés par propagation dans des cellules Vero E6 dans du milieu d'Eagle modifié de Dulbecco (DMEM) complété par 2% (v/v) de sérum bovin fœtal (FBS, Invitrogen). Les titres viraux ont été déterminés par le test des plaques. Tous les essais de plaque impliquant le SARS-CoV-2 vivant ont été réalisés dans un laboratoire agréé, dans un confinement de niveau de biosécurité 3 (BSL- 3). Toutes les expériences ont été réalisées dans au moins trois répétitions biologiquement indépendantes. Les essais de neutralisation du SARS-CoV-2 infectieux ont été réalisés sur des cellules Vero E6 (CRL-1586, ATCC) comme suit. Brièvement, les aReps ont été diluées en série trois fois ou dix fois dans du DMEM contenant 2 % (v/v) de FBS (Invitrogen) et mélangées avec 104 unités formatrices de plaques (PFU) de SARS-CoV-2 pendant une heure à 37 °C, 5 % de CO2. Le mélange a ensuite été utilisé pour inoculer des cellules Vero E6 ensemencées dans des plaques à puits P96, pendant une heure à 37 °C, 5 % de CO2. Des conditions contrôles ont été testés avec les cellules seules (milieu seul) et virus seul dans le milieu. Les cellules ont été incubées pendant 3 jours supplémentaires. La viabilité cellulaire a été mesurée en prélevant 100 pl de surnageant dans tous les puits et en ajoutant 100 pl de réactif CellTiter-Glo comme décrit dans le protocole du fabricant (CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay). La luminescence a été lue après 2 minutes d'agitation sur un agitateur orbital et quantifiée en utilisant l'appareil Infinite M200Pro TECAN.
6. Etude de l’efficacité antivirale des aReps in vivo sur le modèle hamster Virus
L’isolat de SARS-CoV-2 (BetaCoV/IdF0372/2020) a été fourni par le Pr. Manuguerra (Institut Pasteur). Après deux passages d’amplification sur la lignée VeroEô (ATCC) le stock de semences a été titré dans des cellules VeroEô à une concentration de 6,0 loglO TCID50/ml. Le stock de semences a été décongelé et dilué dans une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) froide avant l'infection.
Infection et traitement des hamsters
Animaux
Les expériences ont été réalisées sur 16 hamsters dorés Syriens mâles Mesocricetus auratus) âgés de 10 semaines et fournis par la société Janvier Labs. Les animaux ont été hébergés seul par cage au sein d’une animalerie de niveau de sécurité BSL-III.
Les animaux ont été élevés selon les directives de l’INRAE dans le respect de la résolution n° 493 relative à la protection du bien-être animal au sein de l’Union européenne. Les animaux ont été contrôlés quotidiennement pour détecter les signes manifestes de maladie.
Design de l ’étude
Deux groupes de huit hamsters ont été instillés en intranasal avec 0.8 mg d’aRep composite F9-C2 ou 0.8 mg d’aRep H7 (aReps contrôle reconnaissant une protéine du virus de la grippe. SEQ ID NO. 63) dans un volume de 80 pL de PBS. Après 1 h, les animaux ont été infectés en intranasale avec 5.103 TCID50 de SARS- CoV-2 (dilué dans 80pL de DMEM. Les animaux ont été pesés chaque jour et des frottis nasaux quotidiens ont permis de mesurer le taux de production de particules virales durant l’infection. Par la suite, les animaux ont été euthanasiés au bout de 1 ou 3 jours post infection (J1/J3, soit 4 hamsters par groupes). Sur chaque animal, la muqueuse olfactive (site majeur de réplication du virus dans la sphère respiratoire) et une partie des poumons ont été prélevés pour des analyses moléculaires.
Tests virologiques
Les frottis nasaux quotidiens ont été effectués sont le protocole décrit dans le document Montrache -Leroy et al., 2021. J Gen Virol. Mar; 102(3).
Une fois les animaux euthanasiés à J1 ou J3, une partie des poumons et l’épithélium olfactif ont été broyés en trizol pour extraire l’ARNm et la quantité de virus a été mesurée par RT-qPCR en se focalisant sur le gène codant pour la protéine E (protéine d’enveloppe du SARS- CoV-2) et en normalisant sur l’expression de l’actine.
Exemple 2 : Résultats
1. Les alphaReps
Vingt-deux clones positifs (Bl, B4, B12, Cl, C2, C4, C7, C12, D3, D7, D10, E6, E12, F2, F7, F9, Gl, G3, G5, H6, H10 et H12) ont été sélectionnés comme étant spécifiques du domaine RBD. Le séquençage des clones a révélé des aReps de différentes tailles, constituées essentiellement de 3 à 8 répétitions du motif de 31 acides aminés. Les huit clones C2, C7, C12, D7, F7, F9, Gl, H10 et H12 ont été identifiés comme ayant le plus fort signal dans le test ELISA et ont été retenus pour caractérisation plus approfondie. Mesure d’affinité des aReps pour le RBD du SARS-CoV-2
Un premier essai a été réalisé en mesurant la vitesse de fixation et de dissociation des aReps concentrées à 1 pM sur le domaine RBD (Fig. 1). A cette concentration, les aReps C2, C12, F9, Gl, H10 et H12 ont de faibles vitesses de dissociation contrairement aux C7, D7 et F7.
La constante de dissociation (KD) a été calculée pour les aReps C2 et F9 sur le domaine RBD et sous-unité SI (Fig. 2A-2B-2C-2D). Elles sont de 0.29 nM pour C2 et F9 (Figs 2A et 2C) sur RBD et de 0,31 nM pour le C2 (Fig. 2B) et de 1,16 nM pour le F9 (Fig. 2D) sur domaine SI, ce qui en fait des ligands monovalents d’intérêt.
L’avidité de l’aRep composite F9-C2 est de 0,091 nM, apportant une efficacité accrue en comparaison à F9 ou C2 seules (Fig. 2E).
Pouvoir neutralisant des aReps sur des particules pseudotypées du SARS-CoV-2 et le virus lui-même
Dans un premier temps, le pouvoir neutralisant des aReps a été mesuré en pré incubant des dilutions d’aRep avec des particules pseudo-typés exprimant la protéine S du SARS-CoV-2 avant dépôt du mélange sur cellules cibles, comme décrit précédemment. La capacité des virions à infecter des cellules cibles est mesurée par l’expression d’un gène reporter, celui de la luciférase de la luciole, présent dans les virions. Les particules pseudo-typées contiennent un gène reporteur (la luciférase de la luciole) qui permet de quantifier la capacité des alphaReps à bloquer l’infection. L’infection est préalablement calibrée en absence d’alphaRep pour obtenir un rapport signal / bruit de fond supérieur à 1000. La Fig. 3A montre que les aReps C2, C7, F9 et H12 neutralisent le lentivirus pseudo-typé de la protéine S avec une efficacité dépendante de leurs concentrations. L’aRep Gl, qui a été sélectionné pour se fixer sur le RBD, et l’aRep H7, qui ne reconnaît pas la protéine S, ne neutralisent pas la protéine. Ces résultats suggèrent que l’aRep Gl ne soit pas capable de bloquer l’interaction S-ACE2 en se fixant sur un domaine éloigné du domaine d’interaction à ACE2. Aucun des aReps ne neutralise un pseudo type porteur de la protéine G du virus de la stomatite vésiculaire (VSVG).
Dans un second temps, des dilutions d’ aReps ont été co-incubés avec du SARS- CoV-2 avant dépôt sur cellules sensibles (Fig. 3B). La survie des cellules à l’infection est quantifiée par meure de la quantité d’ATP intracellulaire dans les puits infectés. Les quatre aReps C2, C7, F9 et H12 protègent de l’infection en fonction de leurs concentrations, 1’aRep C2 possédant le plus fort pouvoir neutralisant avec un IC50 de 0,27 pM. L’aRep H7 ne neutralise pas le virus.
Rationnel pour augmenter la spécificité de liaison des aReps neutralisants
Deux stratégies ont prévalu à la génération d’assemblages covalent ou non-covalent d’aRep afin d’en augmenter l’avidité pour la protéine S, et donc leur pouvoir neutralisant. Une première a constitué à construire des dimères associant de façon covalente les aReps C2 et F9, à savoir les constructions C2-F9 (SEQ ID NO. 13) et F9-C2 (SEQ ID NO. 12) dans lesquelles les deux aReps sont séparées par un domaine espaceur de 25 acides aminés constitué de sérines et de glycines (SEQ ID NO. 19). Une seconde stratégie a constitué à multimériser une séquence permettant la trimérisation, appelée ici Foldon (SEQ ID NO. 54), à l’extrémité C-terminale des aReps. La protéine aRep-foldon se trimérisant de façon non covalente. Les constructions composites F9-C2 et C2-foldon (SEQ ID NO. 14) ont été exprimées efficacement. Les constructions composites F9-C2 et C2-foldon sont hautement solubles dans l’eau. Cela permet, notamment, un meilleur rendement de production.
Pouvoir neutralisant de la construction aRep composite F9-C2
Le pouvoir neutralisant de F aRep composite F9-C2 a été quantifié comme précédemment par mélange de dilutions de F aRep composite F9-C2 avec des quantités fixes de particules pseudo-typés avec la protéine S ou de virus SARS-CoV-2 (Fig. 4A-AB). De la même manière, les particules pseudo-typées contiennent un gène reporteur (la luciférase de la luciole) qui permet de quantifier le pouvoir inhibiteur des alphaReps. L’infection est préalablement calibrée pour obtenir un rapport signal / bruit de fond supérieur à 1000. La construction F9-C2 neutralise très efficacement les particules pseudo-typées avec la protéine S ainsi que le virus SARS-CoV-2 et plus efficacement que C2 seul ainsi que F9 et C2 ensemble (F9+C2). LTC50 du F9-C2 sur le SARS-CoV-2 est de 8 nM alors que ceux de C2 et F9 sont de l’ordre d’environ 250 nM (Tableau 1).
Tableau 1 aREP [C®°
(pM)
C2 0 27
C2 +F9 0 28
F9-C2 0 008
Pouvoir neutralisant des constructions composites aRep C2-C2-C2, C2-foldon et
F9-foldon.
Les fusions des cadres de lecture de l’aRep F9, de trois aRep C2 (SEQ ID NO. 11) ou avec le polypeptide Foldon (C2-foldon) permettent d’accroitre leur activité neutralisante. La Fig. 5 montre que le C2-foldon neutralise le SARS-CoV-2 plus efficacement que le C2 seul, et que son activité neutralisante est du même ordre de grandeur, voire supérieure, à celle de l’aRep composite F9-C2. L’aRep composite C2-C2-C2 a également une activité neutralisante supérieure au C2 seul (non illustré). Ces couplages augmentent l’avidité pour la protéine S du SARS-CoV-2.
Activité neutralisante de l’aRep composite F9-C2 sur les variants du SARS-CoV- 2
Des MLV pseudo-typés portant les mutations spécifiques du domaine RBD des variants alpha, béta, gamma et delta/kappa ont été produits pour réaliser des infections de cellules HEK-293T-ACE2. Les protéines S produites portent la mutation N501Y (représentative du variant alpha), les mutations K417N, E484K, N501Y (représentatives du variant béta), K417T, E484K, N501Y (représentatives du variant gamma) et L452R, E484Q (représentatives des variants delta/kappa). Les Figs 6a-6b et Figs 6c-6d-6e montrent que le pouvoir neutralisant du F9-C2 n’est pas ou peu affecté sur les mutants représentatifs des variants alpha et béta si on les compare à la souche type Wuhan-Hu-1. Le pouvoir neutralisant du F9-C2 est modérément affecté sur le mutant représentatif du variant gamma. Le mutant représentatif des variants delta et kappa est moins bien neutralisé par le F9-C2 que ses homologues. Les quatre variants analysés sont tous plus sensibles à la neutralisation du F9-C2 que les F9 et C2 seuls, soulignant l’effet coopératif associé à la multimérisation du F9 et du C2. Activité antivirale de l’aRep composite F9-C2 in vivo chez un modèle de hamster L’activité antivirale de l’aRep composite F9-C2 a été mesurée sur le modèle du hamster doré Syrien qui reflète les syndromes non sévères des infections humaines en termes de tropisme cellulaire, perte de poids et cinétique de présence du SARS-CoV-2. L’inoculation nasale de l’aRep composite F9-C2 1 h avant l’infection au SARS-CoV-2 limite la présence du virus dans la muqueuse olfactive d’un facteur 30 à J1 et d’un facteur 2,3 à J3 post infection par rapport à l’inoculation nasale d’une aRep (H7) sans lien avec le SARS-CoV-2 (Fig. 7A). Au niveau des poumons, elle est limitée d’un facteur 5 et 2,5 à J1 et J3 , respectivement.
L’efficacité antiviral des aReps a aussi été évaluée en mesurant la production de particules virales infectieuses produites au niveau de la cavité nasale des animaux infectés. Elle est réduite d’un facteur 50 à J2 au pic de la production (Fig. 7B).
En conclusion, les aReps de la présente divulgation présentent une activité hautement spécifiques de la protéine S du SARS-CoV-2 et permettent une forte neutralisation du virus SARS-CoV-2 in vitro et in vivo.
Parmi ces aReps identifiés, C2, F9 et H12 ont un forte activité neutralisante et protectrice, plus particulièrement C2. La multimérisation homologue (C2-C2-C2 ou C2-foldon) ou hétérologue (F9-C2) des aRep permet d’augmenter l’activité neutralisante. L’aRep composite F9-C2 a une activité protectrice dans un modèle d’infection hamster.
Ainsi, un polypeptide formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description est capable de traiter et/ou prévenir une condition provoquée par une infection au SARS-CoV-2.
Augmentation du temps de demi-vie d’un polypeptide aRep dans la cavité nasale et ainsi son efficacité in vivo
La comparaison des photos en figure 8 révèle que le polypeptide aRep C2 reste présent dans la cavité nasale dans la couche de mucus située au-dessus de l’épithélium (OE) 6 h post-administration lorsqu’il est conjugué à la protéine d’adhérence X409 (photo en bas à droite). A l’inverse le polypeptide aRep C2 non conjugué n’est plus présent à la surface de l’épithélium dans la cavité nasale 6 h post-administration et est seulement révélé dans la lamina propria (LP) (photo en bas à gauche). La conjugaison d’un polypeptide, tel que le polypeptide aRep C2, avec une protéine d’adhérence X409 permet la fixation du polypeptide à des mucines dans la cavité nasale et d’augmenter ainsi le temps de demi-vie du polypeptide in vivo.
Ainsi, le polypeptide aRep est présent plus longtemps à la surface de la cavité nasale et reste au contact des antigènes, notamment des virus, améliorant son efficacité thérapeutique ou de prévention contre une infection à un virus.
Référence à des séquences
SEQ ID NO. 1 - aRep C2 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 2 - aRep C7 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSKIVRFFAAVALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTDVRQTAATALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDSTVRQAAANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRYSAASALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 3 - aRep C12 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDR I
GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDSRVRKTAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRTSAAVALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 4 - aRep D7 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTNVRVAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRQSAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVNVRQAAASALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 5 - aRep E12 : MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSSNVRFSAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVNVRLRAALALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRVAAAVALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAQVRLSAADALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGAVRASAAYALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRARAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRLTAAKALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDLGVRYGAATALGEI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 6 - aRep F7 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSLIVRDDAADALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGEVRLSAARALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGAVRRLAADALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRLRAALALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDKNVRRVAAEALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 7 - aRep F9 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 8 - aRep G1 : MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDR I
GDERAVEPLIKALKDEDGAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRQRAAD ALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHGSLIS
SEQ ID NO. 9 - aRep H10 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSMLVRSYAANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDLAVRRAAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAARALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDPWVRRAAAYALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDPWVRKTAAEALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTNVRYRAAQALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAEVRRVAAVALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRYGAAVALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 10 - aRep H12 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDS GH VRVFAAY ALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRISAAN ALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAAEALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSNVRRNAARALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRKAAAL ALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSYVRQSAAEALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 11 - aRep C2-C2-C2 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAY ALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 12 - aRep F9-C2 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 13 - aRep C2-F9 : MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 14 - aRep C2-foldon :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL
SEQ ID NO. 15 - aRep F9-foldon :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL
SEQ ID NO. 16 : GDERAVEPLIKALKDED
SEQ ID NO. 17 : MRGSHHHHHH
SEQ ID NO. 18 (Ct) : GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHXSLIS X étant K ou G
SEQ ID NO. 19 - peptide de liaison : GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
SEQ ID NO. 20 (Nt de C2) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI
SEQ ID NO. 21 (Nt de C7) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSKIVRFFAAVALGKI
SEQ ID NO. 22 (Nt de C12) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI
SEQ ID NO. 23 (Nt de D7) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI
SEQ ID NO. 24 (Nt de E12) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSSNVRFSAAFALGKI
SEQ ID NO. 25 (Nt de F7) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLIVRDDAADALGKI SEQ ID NO. 26 (Nt de F9) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI
SEQ ID NO. 27 (Nt de Gl)
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI
SEQ ID NO. 28 (Nt de H10) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSMLVRSYAANALGKI
SEQ ID NO. 29 (Nt de H12) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGHVRVFAAYALGKI
SEQ ID NO. 30 : aRep Bl :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSMGVRASAAFALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQTAARALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDSDVRLSAAAALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDPDVRFSAAQALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDPWVRSSAASALGEI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 31 : aRep B4 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSTQVRIDAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAYALGQI GDERAVEPLIKALKDEDSNVRIEAARALGQI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 32 : aRep B12 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRVIAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPDVRIRAAFALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAAEALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGAVRETAASALGKI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 33 : aRep Cl :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDS QT VRIV AANALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAGALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDKNVRLNAATALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRIRAARALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRTAAAYALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRAVREAAAEALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 34 : aRep C4 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSVPVRDNAAVALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDSRVRQRAAKALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 35 : aRep D3 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDS GLVRIIAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTNVRVAAAGALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDPSVRQSAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVNVRQAAASALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 36 : aRep DIO :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSNSVRSSAADALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPWVRETAAFALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDRYVRISAAFALGKI
GDERAVKPLIKALKDEDYSVRQSAAEALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDAEVRIAAARALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRLSAAKALGKI GDERAVEPLIKALKDEDWRVRFSAAEALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDYEVRRAAATALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDVNVRYSAAIALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 37 : aRep E6 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRTYAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPDVRIAAANALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVNVRLAAAEALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 38 : aRep F2 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSKQVRYVAADALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTDVRLTAARALGKI
GDEHAVEPLIKALKDEDAAVRQSAAAALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDKNVRSEAAQALGEI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 39 : aRep G3 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI
GDERAVEPLIKALKDEDSAVRMAAAVALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGFVRQRAAAALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 40 : aRep G5 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSAHVRNVAATALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRWSAAVALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTDVRSRAALALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVFVRWRAAEALGKI GDERAVEPLIKALKDEDRYVRYAAALALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRIAAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPTVRFSAARALGEI
GDERAVEPLIKALKDEDAEVRREAAEALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDPWVRYAAAEALGEI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 41 : aRep H6 :
MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSQMVRFIAASALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDARVRQSAARALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDVEVRMSAARALGQI
GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAALALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRQEAAKALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 42 (Nt de Bl) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSMGVRASAAFALGKI
SEQ ID NO. 43 (Nt de B4) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSTQVRIDAAAALGKI
SEQ ID NO. 44 (Nt de B12) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRVIAAYALGKI
SEQ ID NO. 45 (Nt de Cl) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSQTVRIVAANALGKI
SEQ ID NO. 46 (Nt de C4) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVPVRDNAAVALGKI
SEQ ID NO. 47 (Nt de D3) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI SEQ ID NO. 48 (NT de DIO) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSNSVRSSAADALGKI
SEQ ID NO. 49 (Nt de E6) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRTYAAAALGKI
SEQ ID NO. 50 (Nt de F2) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSKQVRYVAADALGKI
SEQ ID NO. 51 (Nt de G3) : MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI
SEQ ID NO. 52 (Nt de G5) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSAHVRNVAATALGKI
SEQ ID NO. 53 (Nt de H6) :
MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSQMVRFIAASALGKI
SEQ ID NO. 54 (foldon) :
GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL
SEQ ID NO. 55 : segment d’ADN codant pour « peptide signal-RBD-His tag » ctcgagATGGGCATCCTGCCCAGCCCCGGAATGCCCGCTCTGCTGTCCCTGGTGTCCC TGCTGTCCGTGCTGCTGATGGGCTGCGTGGCCGAGACCGGCACCAGAGTGCAGCC CACCGAGTCCATCGTGCGCTTTCCCAACATCACAAACCTGTGCCCCTTCGGC GAGGTGTTCAACGCCACCAGGTTCGCCAGCGTGTACGCTTGGAATAGAAAGA GAATCTCTAACTGCGTGGCCGACTACTCCGTGCTGTACAACAGCGCCAGCTT CAGCACCTTCAAGTGCTATGGCGTGAGCCCCACAAAGCTGAACGATCTGTGT TTCACCAACGTGTACGCCGACTCCTTCGTGATTAGAGGCGACGAGGTGAGGC AGATTGCCCCAGGCCAGACCGGCAAGATCGCCGACTATAACTACAAACTGCC CGACGACTTCACCGGCTGCGTGATCGCCTGGAACTCTAACAATCTGGACAGT AAGGTGGGGGGAAACTACAACTACCTGTACAGACTGTTCAGAAAGAGCAACC TGAAGCCCTTCGAAAGAGACATCAGCACAGAGATCTACCAGGCCGGCAGCAC CCCCTGCAACGGAGTGGAGGGATTCAACTGCTACTTCCCCCTGCAGAGCTAC GGCTTCCAGCCCACCAACGGCGTGGGCTACCAGCCCTACCGCGTGGTGGTGC TGTCTTTTGAGCTGCTGCACGCCCCCGCCACCGTGTGTGGACCTAAGAAGTC CACCAACCTGGTGAAAAACAAATGCGTGAACTTCGGGAGCGGCAGAGAGAACC
TGTATTTTCAGGGCGGCGGCCACCACCACCACCATCACCACCACTAAgcggccgc
SEQ ID NO. 56 : (Domaine RBD)
RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLY NSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPD DFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEG FNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF
SEQ ID NO. 57 : Peptide signal-RBD-His tag
MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGTRVQPTESIVRFPNITNLCPF GEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNV YADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYL YRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVV VLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFGSGRENLYFQGGGHHHHHHHH
SEQ ID NO. 58 (Amorce sens Protéine E) : ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT
SEQ ID NO. 59 (Amorce antisens Protéine E): ATATTGCAGCAGTACGCACACA
SEQ ID NO. 60 : ACTGCCGCATCCTCTTCCT
SEQ ID NO. 61 : TCGTTGCCAATGGTGATGAC
SEQ ID NO. 62 : X1X2VRX3X4AAX5ALGX6I
De Nter à Cter: 1er X étant A, E, T, S, P, V, G, L, K, R, W ou Y; 2nd X étant N, A, D, T, R, S, Q, Y, G, E, L, F, W ou N; 3e X étant I, Q, R, Y, K, T, V, L, A, F, E, S, M ou W; 4e X étant S, E, T, A, R, G, L, V ou N; 5e X étant A, S, R, T, N, F, V, G, L, D, Y, K, R, E, W, N ou Q ; 6e X étant K, Q ou E
SEQ ID NO. 63 : alpha Rep H7 MRGSHHHHHH
TDPEKVEMYIKNLQDDSNAVRYSAATALGKI
RDERAVEPLIKALKDEDGYVRYAAAEALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAQALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDENVRWSAALALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDYAVRRNAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDRFVRTAAAKALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTLVREDAARALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDTDVRRAAARALGKI
GDERAVEPLIKALKDEDWLVRLSAARALGKI
GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS
SEQ ID NO. 64 : Gène du domaine RBD du SARS-CoV-2
AGAGTGCAGCCCACCGAGTCCATCGTGCGCTTTCCCAACATCACAAAC
CTGTGCCCCTTCGGCGAGGTGTTCAACGCCACCAGGTTCGCCAGCGTGTACGCTTG
GAATAGAAAGAGAATCTCTAACTGCGTGGCCGACTACTCCGTGCTGTACAACAGC
GCCAGCTTCAGCACCTTCAAGTGCTATGGCGTGAGCCCCACAAAGCTGAACGATC
TGTGTTTCACCAACGTGTACGCCGACTCCTTCGTGATTAGAGGCGACGAGGTGAGG
CAGATTGCCCCAGGCCAGACCGGCAAGATCGCCGACTATAACTACAAACTGCCCG
ACGACTTCACCGGCTGCGTGATCGCCTGGAACTCTAACAATCTGGACAGTAAGGT
GGGGGGAAACTACAACTACCTGTACAGACTGTTCAGAAAGAGCAACCTGAAGCCC
TTCGAAAGAGACATCAGCACAGAGATCTACCAGGCCGGCAGCACCCCCTGCAACG
GAGTGGAGGGATTCAACTGCTACTTCCCCCTGCAGAGCTACGGCTTCCAGCCCACC
AACGGCGTGGGCTACCAGCCCTACCGCGTGGTGGTGCTGTCTTTTGAGCTGCTGCA
CGCCCCCGCCACCGTGTGTGGACCTAAGAAGTCCACCAACCTGGTGAAAAACAAA TGCGTGAACTTCGG
SEQ ID NO. 65 : Protéine StcE
MNTKMNERWRTPMKLKYLSCTILAPLAIGVFSATAADNNSAIYFNTSQPIN
DLQGSLAAEVKFAQSQILPAHPKEGDSQPHLTSLRKSLLLVRPVKADDKTPVQVEARD
DNNKILGTLTLYPPSSLPDTIYHLDGVPEGGIDFTPHNGTKKIINTVAEVNKLSDASGSSI
HSHLTNNALVEIHTANGRWVRDIYLPQGPDLEGKMVRFVSSAGYSSTVFYGDRKVTL
S VGNTLLFKYVNGQWFRS GELENNRIT YAQHIWS AELPAHWIVPGLNLVIKQGNLS GR LNDIKIGAPGELLLHTIDIGMLTTPRDRFDFAKDKEAHREYFQTIPVSRMIVNNYAPLH LKEVMLPTGELLTDMDPGNGGWHSGTMRQRIGKELVSHGIDNANYGLNSTAGLGEN
SHPYVVAQLAAHNSRGNYANGIQVHGGSGGGGIVTLDSTLGNEFSHEVGHNYGLGH
YVDGFKGSVHRSAENNNSTWGWDGDKKRFIPNFYPSQTNEKSCLNNQCQEPFDGHKF
GFDAMAGGSPFSAANRFTMYTPNSSAIIQRFFENKAVFDSRSSTGFSKWNADTQEMEP YEHTIDRAEQITASVNEESESKMAEEMAEYAVVKVHMWNGNWTRNIYIPTASADNR
GSIETINHEAGYNSYEFINGDEKVVSQGYKKSFVSDGQFWKERDVVDTREARKPEQFG
VPVTTEVGYYDPEGTESSYIYPAMYGAYGFTYSDDSQNESDNDCQEQVDTKEGQERF
REANHRANNTVMNKFHINVPTESQPTQATEVCNNKIEDTKSETPAPEGETYTVNGQA
LPAKENEGCIVSVNSGKRYCLPVGQRSGYSLPDWIVGQEVYVDSGAKAKVLLSD WDNLSYNRIGEFVGNVNPADMKKVKA WNGQ YLDFSKPRSMRV VYK
SEQ ID NO. 66 : Protéine d’adhérence (X409)
GQ AEPAKENEGCIVS VNS GKRYCEPVGQRS GYSEPDWIVGQE VYVDS GA
KAKVEESDWDNESYNRIGEFVGNVNPADMKKVKAWNGQYEDFSKPRSMRVVYK
Liste des documents cités
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Claims

Revendications
1. Un polypeptide choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, et SEQ ID NO. 10.
2. Un polypeptide composite comprenant (a) une pluralité de polypeptide selon la revendication 1 ou (b) un polypeptide selon la revendication 1 lié de façon covalente par son résidu d’acide aminé à l’extrémité N-terminale à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.
3. Le polypeptide composite selon la revendication 2, la pluralité de polypeptide étant un dimère ou un trimère de polypeptide selon la revendication 1.
4. Le polypeptide composite selon la revendication 3, un dimère de polypeptide étant un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.
5. Le polypeptide composite selon la revendication 3 ou 4, un dimère de polypeptide étant un polypeptide composite de séquence SEQ ID NO. 12 ou SEQ ID NO. 13.
6. Le polypeptide composite selon la revendication 3, un trimère de polypeptide étant un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.
7. Le polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 3 à 6, le polypeptide composite étant choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15.
8. Le polypeptide selon la revendication 1, le polypeptide étant conjugué à une protéine d’adhérence ayant au moins 90 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
9. Le polypeptide selon la revendication 8, la protéine d’adhérence ayant une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
10. Le polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 2 à 7, le polypeptide composite étant conjugué à une protéine d’adhérence ayant au moins 90 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
11. Le polypeptide composite selon la revendication 10, la protéine d’adhérence ayant une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.
12. Le polypeptide selon la revendication 1, le polypeptide étant associé à une nanoparticule biodégradable.
13. Le polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 2 à 7, le polypeptide composite étant associé à une nanoparticule biodégradable.
14. Une composition pharmaceutique comprenant un polypeptide selon l’une quelconque des revendications 1, 8, 9 et 12 ou un polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 2 à 7, 10, 11 et 13 en combinaison avec au moins un véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable.
15. Un polypeptide selon l’une quelconque des revendications 1, 8, 9 et 12, un polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 2 à 7, 10, 11 et 13, ou une composition pharmaceutique selon la revendication 14, pour utilisation en tant que médicament.
16. Un polypeptide selon l’une quelconque des revendications 1, 8, 9 et 12, un polypeptide composite selon l’une quelconque des revendications 2 à 7, 10, 11 et 13, ou une composition pharmaceutique selon la revendication 14, pour utilisation dans le traitement et/ou la prévention chez un individu d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV.
17. Un polypeptide ou un polypeptide composite pour une utilisation selon la revendication 16, dans laquelle le virus de l’espèce SARS-CoV est un virus SARS-CoV-2.
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