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Gebiet der
Erfindung
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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein Nachweis- und/oder Quantifizierungsverfahren
für ein
Zielmolekül
aufgrund seiner Bindung an ein Einfangmolekül, das auf der Oberfläche einer
Platte fixiert ist.
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Die
vorliegende Erfindung betrifft auch eine Platte mit einem auf dessen
Oberfläche
fixierten nicht spaltbaren Einfangmolekül, deren Herstellungsverfahren
und ein Diagnose- und/oder
Lesegerät
für diese
Platte oder diese Platte umfassend.
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Allgemeiner
Stand der Technik
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Das
vollständige
Nachweisverfahren für
ein Zielmolekül
(wie eine von einem Mikroorganismus erhaltene Nukleotidsequenz)
verlangt die folgenden Schritte:
- – mögliche Herstellung
einer Probe,
- – mögliche Amplifikation
des "gereinigten" Moleküls,
- – Bindung
des Moleküls
an ein "Einfangmolekül" (d. h. Sequenz oder
Rezeptor), das vorzugsweise auf einem festen Träger fixiert ist,
- – dessen
Markierung und schließlich
- – die
Analyse des durch die Markierung erhaltenen Signals.
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Somit
besteht ein Bedarf an einer möglicherweise
vereinfachten automatischen Vorrichtung und einem ebensolchen Verfahren,
die mehrere (oder möglicherweise
alle) diese Schritte durchführen
können,
insbesondere die Analyse des erhaltenen Signals, und die innerhalb
einer großen
Anzahl von komplexen Molekülen
das nachzuweisende spezifische Molekül oder den nachzuweisenden
Mikroorganismus erkennen können.
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Das
Streben nach einer Miniaturisierung der Bindung von Molekülen auf
einer vorbestimmten kleinen Oberfläche und die Identifizierung
dieser Stelle führte
zur Verwendung von mikroelektronischen Schaltkreisen für den Bau
eines als DNS-Chips entwickelten Netzes (US-Patent 5,632,957, US-Patent 5,605,662
und WO 94/22889).
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Ein
anderer Ansatz für
die Analyse einer großen
Anzahl biologischer Moleküle
ist der Biochip. Diese biologischen Moleküle können entweder durch direkte
Synthese der Einfangmoleküle
auf der Oberfläche
von Biochips (WO 97/29212) oder durch Fixieren dieser Einfangmoleküle nach
deren Synthese oder Isolierung (WO 98/28444) gebildet werden. Einer
der Nachteile dieser Technik ist die Verwendung von komplizierten
und teuren Instrumenten zum Lesen der Signale mit sehr geringer
Stärke.
Außerdem sollten
diese Instrumente zur Durchführung
von quantitativen Versuchen spezifische Software für die Identifizierung
zur Lokalisierung der Flecken und für die Integration der Signale
umfassen.
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Elektronische
Vorrichtungen können
den Transport von und das Anbinden an spezifische Bindungsgruppierungen,
wie eingefangene Oligonukleotide oder Antikörper, an spezifischen Mikrostellen steuern,
um die Chips zu selbst adressierbaren Vorrichtungen zu machen. Zum
Fixieren der Moleküle wird
eine Mikroelektrode positiv geladen, um Oligonukleotide auf deren
Oberfläche
anzuziehen. Nach der Bindung mit Zielmolekülen, wie DNS oder Antigenen,
erfolgt der Nachweis mittels eines Mikroskopnachweissystems vom
Epifluoreszenztyp zum Lokalisieren der Mikroelektrode, an die die
Zielmoleküle gebunden
sind.
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Diese
Technik wurde für
DNS-Bindeproteine angepasst, die an Substraten haften, um auf diesem Substrat
ein Netzwerk zu bilden, was einen Mikroschaltkreis ergibt (US-Patent
5,561,071).
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Die
Anzahl anwendbarer Einfangmoleküle
ist jedoch aufgrund der Tatsache, dass derartige Einfangmoleküle einzeln
an jeder Mikroelektrode der Vorrichtung fixiert werden müssen, begrenzt.
Die zweite Begrenzung ist die Auflösung, die bei der Unterscheidung
zwischen Signalen von benachbarten Elektroden aufgrund der Dispersion
der gesendeten Signale erhalten wird. Schließlich muss das gesendete Signal
vor der Verarbeitung analysiert und interpretiert werden.
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Demgemäß ist es
erforderlich, eine größere Anzahl "Einfangmoleküle" auf einem festen
Träger bereitzustellen,
um die Identifizierung und/oder Quantifizierung spezifischer Zielmoleküle, Zielmikroorganismen
oder Teile davon zu ermöglichen.
Klassische Nachweisträger
und -mittel können
jedoch nicht so einfach an derartige Anwendungen angepasst werden,
da sie durch die Anzahl der "Einfangmoleküle", die sie enthalten
können,
die Unterscheidung der Signale und die Spezifität oder Wiederholbarkeit des
Versuchs begrenzt sind (siehe US-Patent 5,567,294). Außerdem sind
die Lesegeräte
zu kompliziert und teuer.
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Die
Schrift WO 98/01533 beschreibt ein spaltbares Signalelement, umfassend
einen spaltbaren Spacer mit einem am Substrat haftenden Ende (bei
dem es sich um eine Compact Disc handeln kann), einem auf das Signal
reagierenden Ende (das mit metallischen Kügelchen, insbesondere Goldkügelchen,
verbunden sein kann) und einem ersten Seitenteil, das an eine erste
Stelle an einem ausgewählten
Analyten bindet, und einem zweiten Seitenteil, das an eine zweite
Stelle an dem ausgewählten
Analyten bindet. Das Signal wird beim Fixieren des Analyten am ersten
Seitenteil und am zweiten Seitenteil gemessen. Danach wird der Spacer
abgespaltet und die Fixierung des Analyten ermöglicht das Erkennen eines positiven
Signals. Dieses komplexe und teure Nachweisverfahren und -gerät neigt
zu verschiedenen falsch positiven oder falsch negativen Ergebnissen
beim Nachweis verschiede ner komplexer Analyten, die verschiedene
Wechselwirkungen mit den spaltbaren Signalelementen ausbilden.
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Die
Schrift WO 97/21090 beschreibt eine Platte, umfassend einen festen
Träger,
einen Eingang für
eine zu analysierende biologische Probe und Mikrokanäle im Inneren
des festen Trägers
für verschiedene
Behandlungen der Probe. Die andere Seite des flachen festen Trägers in
Form einer Platte umfasst elektromagnetisch kodierte Anweisungen zur
Steuerung der Rotation dieser Platte. Die biologischen Proben liegt
in einer Flüssigkeit
vor, die entsprechend einer Zentripetalbewegung verschiedenen Mikrokanälen differenziert
zugeführt
werden kann.
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Die
Schrift WO 96/09548 beschreibt eine Vorrichtung und ein Verfahren
zur Durchführung
der Analyse biologischer, chemischer oder biochemischer Proben auf
einer optischen durchsichtigen Platte. Die allgemeine optische Analysentechnik kann
durch Abtasten der Oberfläche,
an der eine Probe befestigt wurde, mit einem Lichtstrahl, der im
Wesentlichen auf die Oberfläche
fokussiert ist, auf eine Compact Disc übertragen werden. Positionscodes können in
diskreten Bereichen um die innerste Spur eingeprägt werden, wobei diese bei
jedem Positionswechsel um eins erhöht werden. Die Codes werden von
Spur zu Spur erhöht.
Alternativ können
Adresseninformationen anhand einer Spursektoranordnung auf die gleiche
Weise verteilt werden, wobei die Servocodes auf magnetischen Disketten
und Festplatten kodiert werde. Bei diesem System stört biologisches
Material, das an der oberen Oberfläche anhaftet, Licht, das die
Platte anregt. Licht, das von der reflektierenden Schicht reflektiert
wird, wird durch die digital auf der Platte kodierten Informationen
moduliert, sodass die Ausgabe des Nachweisgeräts ähnlich moduliert ist
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Kurzdarstellung
der Erfindung
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Die
vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zum Nachweis und/oder
der Quantifizierung eines in einer Probe vorhandenen Zielmoleküls, umfassend
die folgenden Schritte:
- – Ermöglichen einer Bindung zwischen
dem Zielmolekül
und einem Einfangmolekül,
das direkt an einer Seite der Oberfläche eines festen Trägers bestehend
aus einer Compact Disc (CD) oder DVD fixiert ist, die gespeicherte
Daten umfasst, die von einem CD-Lesegerät gelesen werden können, wobei
die Bindung ein Signal ergibt,
- – Ermöglichen
des Nachweises und/oder der Quantifizierung des Signals mit der
Maßgabe, dass
das Signal nicht durch Spalten des Einfangmoleküls erhalten wird, und
- – wobei
das Signal in Bereichen gelesen wird, die sich von Bereichen, die
die gespeicherten Daten umfassen, unterscheiden und wobei die Einfang- und/oder
die Zielmoleküle
entweder Nukleinsäuremoleküle oder
Proteine sind, dadurch gekennzeichnet, dass sich das Einfangmolekül in einem bestimmten
Bereich der Platte befindet, der auf beiden Seiten der Platte weder
Groove-Daten noch
gespeicherte Daten umfasst.
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Ein
anderer Aspekt der vorliegenden Erfindung betrifft eine Compact
Disc (CD) oder DVD, umfassend gespeicherte Daten, die von einem
CD-Lesegerät
gelesen werden können,
dadurch gekennzeichnet, dass sie weiterhin in fest zugeordneten
Bereichen, die auf beiden Seiten der Platte keine Groove-Daten oder
gespeicherten Daten umfassen und die sich von den Bereichen unterscheiden,
die lesbare gespeicherte Daten umfassen, direkt auf einer Seite
der Oberfläche
der Compact Disc fixierte nicht spaltbare Einfangmoleküle (vorzugsweise Nukleotidsequenzen,
Antigene, Antikörper,
Rezeptoren, Rezeptorliganden oder eine Kombination davon) umfasst,
die den Nachweis und/oder die Quantifizierung einer Bindung mit
Zielmolekülen
ermöglichen
und wobei die Einfangmoleküle
und die Zielmoleküle
entweder Nukleinsäuren
oder Proteine sind.
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Vorteilhafterweise
sind die Einfang- und Zielmoleküle
beim erfindungsgemäßen Verfahren
oder auf der erfindungsgemäßen Compact
Disc (CD) oder DVD jeweils entweder Antigene oder Antikörper oder Rezeptors
oder Liganden dieser Rezeptoren.
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Vorzugsweise
wird der Nachweis und/oder die Quantifizierung des Signals durch
Reflexion, Absorption oder Beugung eines Lichtstrahls (vorzugsweise
eines Laserstrahls) oder durch die Veränderung eines elektromagnetischen
Felds erhalten.
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Gemäß einer
anderen erfindungsgemäßen Ausführungsform
wird der Nachweis und/oder die Quantifizierung des Signals durch
das Aussenden von fluoreszierendem Licht nach Anregung der gebundenen
Einfang- und Zielmoleküle
durch einen Lichtstrahl erhalten.
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Gemäß einer
weiteren erfindungsgemäßen Ausführungsform
wird der Nachweis und/oder die Quantifizierung des Signals durch
die direkte Aussendung eines Lichtstrahls oder Veränderung
eines magnetischen Feldes erhalten, die das Ergebnis der Bindung
des Zielmoleküls
an dessen Einfangmolekül ist.
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Vorzugsweise
wird das Aussenden eines Lichtstrahls durch ein gebundenes Molekül, ausgewählt aus
der Gruppe, bestehend aus Molekülen
mit chemolumineszentem, biolumineszentem, fluorlumineszentem und/oder
elektrolumineszentem Licht, erzeugt.
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Gemäß einer
anderen erfindungsgemäßen Ausführungsform
erzeugt die Bindung zwischen den Ziel- und den Einfangmolekülen einen
Niederschlag (vorzugsweise einen undurchsichtigen oder magnetischen
Niederschlag, wie einen kolloidalen Metallreagenzniederschlag oder
Silberniederschlag) auf der Oberfläche der Compact Disc (CD) oder
DVD und/oder die Korrosion einer oder mehrerer Schicht(en) der Oberfläche der
Compact Disc (CD) oder DVD erzeugt.
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Erfindungsgemäß ermöglicht die
Bindung zwischen den Ziel- und
den nicht spaltbaren Einfangmolekülen das Fixieren eines oder
mehrerer Moleküle,
die zum Nachweis und/oder zur Quantifizierung eines sich durch die
Bindung ergebenden Signals verwendet werden, oder die Bindung zwischen
den Ziel- und den nicht spaltbaren Einfangmolekülen ermöglicht das Fixieren eines oder
mehrerer Mikrokügelchen
oder magnetischen Teilchen, die zum Nachweis und/oder der Quantifizierung
eines sich durch die Bindung ergebenden Signals verwendet werden.
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Vorzugsweise
wird das Signal in dem erfindungsgemäßen Verfahren erhalten, wenn
sich die Platte um ihre Achse (A) dreht und bei den gespeicherten
Daten handelt es sich um Daten, die von einem CD-Lesegerät gelesen
und erkannt werden, und um Daten, die zur Behandlung und Auswertung
des Signals verwendet werden, das sich durch die Bindung zwischen
den Einfang- und den Zielmolekülen ergibt.
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Ein
anderer Aspekt der vorliegenden Erfindung betrifft ein Herstellungsverfahren
für die
erfindungsgemäße Compact
Disc (CD) oder DVD, wobei das Fixieren nicht spaltbarer Einfangmoleküle auf der Oberfläche der
Compact Disc (CD) oder DVD durch eine Fotoaktivierung erhalten wird.
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Das
Herstellungsverfahren umfasst vorzugsweise den Schritt einer Fixierung
von nicht spaltbaren Einfangmolekülen in bestimmten, fest zugeordneten Bereichen,
die sich von den Bereichen, die gespeicherte Daten umfassen, unterscheiden,
auf einer Seite der Oberfläche
einer Platte umfassend gespeicherte Daten mittels einer kovalenten
Bindung zwischen einem Ende der Einfangmoleküle und der Oberflächenschicht
der Platte.
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Ein
weiterer Aspekt der vorliegenden Erfindung betrifft einen Diagnose-Kit
umfassend die erfindungsgemäße Compact
Disc (CD) oder DVD und die Reagenzien, die die Bindung zwischen
einem Zielmolekül
und dessen Einfangmolekül
ermöglichen.
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Ein
letzter Aspekt der vorliegenden Erfindung betrifft ein Nachweis-
und/oder Lesegerät,
das den Nachweis und/oder die Quantifizierung des Signals, das sich
durch die Bindung zwischen einem in einer Probe vorhandenen Zielmolekül und dessen Einfangmolekül ergibt,
und das die erfindungsgemäße Compact
Disc (CD) oder DVD oder den erfindungsgemäßen Kit umfasst sowie Mittel
zum Nachweis und/oder zur Quantifizierung des Signals.
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Vorzugsweise
ist das Nachweis- und/oder Lesegerät ein Lesegerät für Compact
Discs (CD), das vorzugsweise einen ersten Lesekopf zum Lesen von
gespeicherten Daten auf der Compact Disc (CD) oder DVD und einen
zweiten Lesekopf zum Nachweis und/oder zur Quantifizierung des Signals,
das sich durch die Bindung zwischen dem Zielmolekül und dessen
Einfangmolekül
ergibt, umfasst.
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Technische
Merkmale der Platte
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Der
Begriff "Platte" bedeutet einen flachen festen
Träger
(üblicherweise
in Form einer Platte), der ein Loch umfasst, welches dessen Rotation
um eine im Zentrum des Lochs befindliche Achse (A) ermöglicht,
und der aus einem starren Material hergestellt ist, welches üblicherweise
eine oder mehrere Polymerschichten umfasst und welches durch eine oder
mehrere Metallschichten (wie dünne
Gold- oder Aluminiumschichten) bedeckt ist, um ein Eindringen und
Reflektieren eines Lichtstrahls, vorzugsweise eines Laserstrahls, zu
ermöglichen,
der zum Nachweis und zum Lesen von zuvor auf der Platte gespeicherten
Daten verwendet wird (siehe 1).
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Die
Konfiguration der Polymer- und Metallschichten ist so beschaffen,
dass das Eindringen und Reflektieren des Laserstrahls nur ausgewählte Schichten
betrifft. Die Platte kann beispielsweise eine oberste Schicht umfassen,
die das Eindringen des Laserstrahls ermöglicht, der nur von einer zweiten Metallschicht
reflektiert wird.
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Die
Definition einer "Platte" umfasst jeden festen
Träger,
wie eine CD oder eine "DVD", die Daten umfasst,
die von einem CD-Lesegerät
(durch Eindringen und Reflektieren eines Laserstrahls) gelesen werden
können.
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"Daten, die von einem
CD-Lesegerät
gelesen werden können" bedeutet möglicherweise
gespeicherte Daten (d. h. über
die Merkmale von Einfangmolekülen
auf spezifischen Bereichen des festen Trägers) oder Daten, die zur Behandlung
eines Signals verwendet werden, welche das Ergebnis einer Bindung
zwischen einem Zielmolekül
und einem Einfangmolekül
ist.
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Ein
oder mehrere Abschnitte einer Platte, wie einer Compact Disc, sind
für die
Datenverarbeitung üblicher
digitaler Schreib-/Lesetechniken (CD-Spuren, siehe 3 bis 5 und 7)
bestimmt. Spezifische Daten für
die Verarbeitung und Analyse sind auf der Oberfläche der Compact Disc mittels
digitaler Aufnahmeeinrichtungen aufgenommen. In weiteren bevorzugten
Ausführungsformen
umfasst der Read-only-Speicher (ROM) auf der Platte Compact-Disc-Informationen,
Anweisungen, Versuchsprotokolle, Datenanalysen und statistische
Verfahren, auf die ein Anwender, der die Platte bedient und den
Bindungsort und das Bindungsergebnis von Einfang- und Zielmolekülen erfasst,
Zugriff hat.
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Darüber hinaus
kann die Platte elektronische Schaltkreise enthalten, einschließlich Mikroprozessoren
für die
Koordinierung der Plattenfunktionen und Vorrichtungen für die Kommunikation
mit dem Plattenbedienungs- und/oder Lesegerät oder anderen Vorrichtungen.
Die Platte umfasst am meisten bevorzugt Detektoren und Sensoren
oder Komponenten dieser Vorrichtungen und Energiequellen für verschiedene
Nachweisstrategien (wie Stromquellen für elektrochemische Systeme,
Quellen elektromagnetischer Strahlung für Spektroskopiesysteme) oder
Materialien, wie optisch durchsichtige Materialien, die den Betrieb
solcher Detektoren und Sensoren, Betätigungsorgane, Kommunikations-
und Datenverarbeitungsvorrichtungen sowie die Datenerzeugung damit erleichtern,
wobei die Kommunikation zwischen der Platte und dem Abspiel-/Lesegerät unter
Verwendung von elektromagnetischer (Laser, Infrarot, Hochfrequenz,
Mikrowellen) elektrischer oder anderer Mittel vermittelt wird; weiterhin
Schaltkreise zur Steuerung von Abläufen und Verfahren auf der
Platte, einschließlich
Systemdiagnosen, Versuchsprotokolle und Analysen der Versuchsdaten.
Diese liegen in Form von ASICs oder ROM, die nur bei der Herstellung
programmiert werden, FGPA EPROM, Flash-Speicher (mit UV zu löschender
EPROM) oder programmierbaren IC-Schaltmatrices oder ähnlichen Schaltmatrices
vor, die vom Anwender über
die Plattformmanipulierungsvorrichtung oder andere Vorrichtungen
programmierbar sind. Zu den erfindungsgemäßen Komponenten gehören auch
CPU- und Mikroprozessoreinheiten und damit verbundener RAM, die
mit einer Assemblersprache oder einer höheren Sprache operieren, die über die
Plattenkommunikation programmierbar ist, sowie Komponenten für die Vermittlung
der Kommunikation mit anderen Vorrichtungen, einschließliche Fax/Modem-Kommunikation mit
Fernanzeige- oder Datenanalysesystemen.
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Ein
bemerkenswerter Aspekt der erfindungsgemäßen Platte ist die Dichte der
mikroskopischen Anordnung der Muster möglicherweise zuvor auf der Platte
gespeicherten Daten, die im Plattenmaterial eingebettet sind. Dabei
handelt es sich um einen optischen Speicher, der einen Laserstrahl
zum Nachweis von Vertiefungen auf der Oberfläche der reflektierenden Platte
verwendet. Die Fähigkeit,
Daten in einem derart hohen Ausmaß zu komprimieren und wieder
genau auszulesen, verleiht der erfindungsgemäßen Platte eines ihrer charakteristischen
Merkmale, die Fähigkeit
enorme Datenmengen (bei einer Compact Disc für Audiodaten beträgt die Speichermenge
ungefähr
650 MB Daten) zu speichern.
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Die
erfindungsgemäße Platte
kann so eingerichtet werden, dass verschiedene Laserstrahlen in die
verschiedenen Polymer- und Metallschichten eindringen und von ihnen
reflektiert werden können.
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Laservorrichtungen
für das
Aussenden eines Laserstrahls und das Lesen eines reflektierten Laserstrahls
können
beispielsweise vorteilhafterweise ein Hologramm umfassen, das zwischen
der Platte und einem Fotometer angeordnet ist.
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Die
Platte hat im Allgemeinen eine Dicke von 1,2 mm und einen Durchmesser
von 12 cm (4,72 Zoll), es gibt aber auch kleinere Träger, die
an spezifische Anwendungen (wie die Bindung zwischen einem Einfang-
und einem Zielmolekül
in einer Petrischale) angepasst werden können, und die Dicke kann an
die technischen Voraussetzungen des erfindungsgemäß verwendeten
Einfangmoleküls
und Nachweisverfahrens angepasst werden.
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Die
Platte kann Rillen zum Steuern des Lesens durch den Laserstrahl
enthalten. In diesen Rillen sind "gespeicherte" Daten enthalten, die anschließend analysiert
und vorteilhafterweise in digitale Daten umgesetzt werden. Die gespeicherten
Daten liegen vorzugsweise in Form binärer Informationen vor. Diese
Rillen umfassen vorzugsweise fixierte nicht spaltbare Einfangmoleküle.
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Über den
intensiven, eng fokussierten Strahl stellt der Laser ein Mittel
für die
genaue Ermittlung und Erfassung des Durchlaufs Tausender winzig
kleiner Vertiefungen auf der sich schnell drehenden Plattenoberfläche bereit.
Dieses Nachweisverfahren erzeugt keine Reibung, da der Nachweis
auf der Messung von Phasenverschiebungen des reflektierten Lichts
beruht. Diese Technik ermöglicht
den Nachweis erheblich verdichteter Daten, da der sorgfältig fokussierte
Laserstrahl mit Lichtgeschwindigkeit auf extrem kleine Veränderungen
der Plattenoberfläche
reagieren kann.
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Licht,
das typischerweise von natürlichen oder
künstlichen
Quellen stammt, besteht aus Photonen, deren Bewegungen willkürliche Wellenmuster darstellen,
selbst wenn sie von Lichtstrahlen derselben Frequenz stammen. Lichtstrahlen
dieser Art gelten als inkohärent,
was bedeutet, dass sich die Wellen in alle Richtungen ausbreiten.
Verglichen damit wird das mit Lasern verbundene Licht vorteilhafterweise
als kohärent
betrachtet.
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Ein
Laserstrahl wird erzeugt, wenn eine Energiequelle in das eingeführt wird,
was als aktives Medium bezeichnet wird. Ein Paar Spiegel, die an
jeder Seite eines aktiven Mediums angeordnet sind, werden zur Kanalisierung
eines Teils des Strahls, die darauf einfällt, verwendet. Das aktive
Medium kann aus einer gasförmigen
Mischung (wie Helium und Neon) oder Ionen in einer kristallinen
Matrix (wie sie in den Galliumarsenid-Lasern anzutreffen ist, die üblicherweise
für Compact
Disc (CD) -Laufwerke und -Aufnahmegeräte verwendet werden) bestehen.
Die Materialien und die Energiequelle, die zur Anregung des Lichts
verwendet werden, bestimmen die Stärke und Intensität des gebildeten
Strahls. Die in CD-Ausrüstung
verwendeten Laser haben üblicherweise eine äußerst geringe
Leistung.
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Der
Laser eines CD-Laufwerks ist auf die sich drehende Platte gerichtet
und das reflektierte Licht passiert durch eine Linse und trifft
auf eine Fotodiode (siehe 3 bis 5).
Daten auf der Plattenoberfläche
sind in Form von Löchern
(Pits, Vertiefungen auf der Platte) und Flächen (Lands, Oberfläche der
Platte) oder Plattenspuren kodiert.
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Logische
Zeitschaltungen, die mit der Fotodiode verbunden sind, können den
Unterschied zwischen dem vom Licht zurückgelegten Weg (beim Auftreffen
auf der Plattenoberfläche)
und dem zurückgelegten
Weg (beim Auftreffen auf eine Vertiefung auf der Plattenoberfläche) erfassen.
Dieser Unterschied wird als Phasenverschiebung des Lichtstrahls
erkannt.
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Wie
bei allen digital kodierten Informationen kann das Muster aus aufeinander
folgenden Löchern und
Flächen – das von
der Fotodiode als eine elektronische Reihe von 1en und 0en weitergegeben
wird sehr viel komplexere analoge Entsprechungen darstellen, wie
im vorliegenden Fall das Ausmaß der Bindung
zwischen einem Zielmolekül
und seinem Einfangmolekül.
Diese Information, die als Löcher auf
der Oberfläche
der erfindungsgemäßen Platte dargestellt
ist, ist das Ergebnis der Bindung zwischen den "Einfang-" und den "Zielmolekülen".
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Die
erfindungsgemäße Platte,
auf deren Oberfläche
das Einfangmolekül
fixiert ist, kann eine Schutzschicht umfassen, die möglicherweise
aus organischen Verbindungen hergestellt ist, die den Schutz und
die Stabilisierung von "Einfangmolekülen" ermöglichen
oder verbessern, wie eine Schicht aus Protein- und/oder Saccharidverbindungen,
wie Albumin, Disacchariden (wie Trehalose usw.).
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Die
Zusammensetzung einer solchen Schicht wird vom Fachmann entsprechend
des spezifischen verwendeten Einfangmoleküls angepasst. Falls erforderlich
kann eine derartige Zusammensetzung angepasst werden, um es dem
Laserstrahl zu ermöglichen,
ohne Schwierigkeiten durch diese Schicht hindurch zu lesen und die
Bindung zwischen einem "Zielmolekül" und dessen "Einfangmolekül" oder das Ergebnis
dieser Bindung zu erkennen. Falls erforderlich, kann die Schicht
vor oder nach der Bindung von Einfang- und Zielmolekül weggelassen werden.
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Eine
erfolgreiche Kommunikation mittels nichts anderem als einer Reihe
von Löchern
in einer Platte verlangt eine computergestützte Verarbeitung und etwas
bereits erhältliche
hoch technologische Hexerei. Zu keinem Zeitpunkt berührt der
Lesemechanismus des Lasers die Plattenoberfläche; alle Daten werden vorzugsweise
mittels Reflexion des Lasers übertragen.
Bei einer normalen Audio-CD braucht der Laserstrahl einen gewissen
Zeitraum für die
Rückkehr,
wenn er von den Flächen
reflektiert wird, der Zeitraum ist jedoch länger, wenn er von den Löchern geschluckt
und reflektiert wird. Die Tiefe der Löcher wird mit ¼ der Wellenlänge des
Laserlichts bestimmt. Wenn der reflektierte Strahl aus dem Loch den
Strahl aus der Spiegelebene auslöscht,
wird ein Signalübergang
erhalten. Signalübergänge (durch den
Anfang oder das Ende eines Lochs signalisiert) stellen binäre 1en dar.
Kein Signalübergang
ist das Anzeichen einer binären
0.
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Ein
besonderes Merkmal kommerzieller CD-Laufwerke ist deren Eigenschaft,
solche Löcher zu
lesen und Daten mit 900 Kb/s weiterzuleiten, was diese Laserreflexionstechnik
besonders geeignet für das
Lesen nicht nur von erfassten Löchern,
sondern auch des Ergebnisses der Bindung macht.
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Um
während
des Lesens der Datenmuster die Synchronisierung zu erhalten, verwendet
das CD-Laufwerk einen selbsttaktenden Mechanismus, der üblicherweise
in Festplatten verwendet und als Lauflängenbegrenzung bezeichnet wird.
Da die Daten in finiten Abschnitten auf der spiralförmigen Spur vorliegen,
wobei sich jeder Datenabschnitt ungefähr 300 Nanometer erstreckt,
kann der CD-Mikrocontroller durch Synchronisieren der Drehzahl der
Plattenrotation und dem Auftreten von Übergängen regelmäßige Taktsignale erzeugen.
Zwar verwenden zahlreiche Formen der Datenspeicherung 8-Bit-Sequenzen
zum Speichern von Daten-Bytes, eine normale CD verlangt jedoch ein
14-Bit-Muster, um die Schaffung von Kombinationen aus 1en und 0en
zu verhindern, die ein Dekodieren der gespeicherten Daten verhindern.
Diese modifizierte Speicherform wird EFM (Acht-in-vierzehn-Modulation)
genannt. Weitere 3 Bit, Merging-Bits genannt, dienen als Separatoren zwischen
den 14-Bit-Abschnitten, was zu einem 17-Bit-Muster führt, das
ein einziges Daten-Byte aus 8 Bit darstellt.
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Eine
weitere wesentliche Datenaufteilung auf Bit-Ebene ist der Rahmen,
der 588 Bits enthält. Ein
Rahmen umfasst eine Sammlung aus Bits: einige stehen für Daten,
andere ermöglichen
die Synchronisation des Lasers mit der Drehbewegung der Platte und
noch andere tragen zu der Fehlerkorrekturfähigkeit von CD-Ausrüstung bei.
In dieser Bit-Sammlung können
nur vierundzwanzig 17-Bit-Einheiten (insgesamt 408 Bit) in 8-Bit-Bytes
umgesetzt werden. Viele weitere Bits sind zur Übertragung der Informationen in
nur zwei Dutzend Daten-Bytes erforderlich.
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Die
erfindungsgemäße Platte
kann jede beliebige "äußere" Form aufweisen.
wie vorstehend erwähnt,
ist die Form der Platte vorzugsweise kreisförmig oder elliptisch, die äußere Form
kann aber beispielsweise sechseckig, achteckig sein oder die Form
eines Quadrats oder Dreiecks aufweisen, das die Rotation der Platte
um die zentrale Achse (A) ermöglicht.
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Die
erfindungsgemäß Platte
kann den Normen für
eine CD-ROM XA, CD-DVD, Audio-CD, CD-ROM, CD-I, bespielbarer CD
und Foto- oder Video-CD (CD-ROM und CD-i-Bridge) usw. entsprechen.
Diese CD-Standards können
sich aufgrund der Art der Datenspeicherung, Genauigkeit und Menge der
Informationen unterscheiden.
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Bestimmte
Bereiche der erfindungsgemäßen Platte
können
für das
Lesen der Reaktion bestimmt sein, die das Ergebnis der Bindung zwischen
den Ziel- und den Einfangmolekülen
ist. Diese bestimmten Bereiche sind Teile der erfindungsgemäßen Plattenoberfläche oder
eines Bereichs der Platte, auf der ein zweites Material fixiert
ist und dessen Oberfläche
die Einfangmoleküle
umfasst. Bei diesen Bereichen kann es sich um einen Hohlraum in
der Platte handeln. Das zweite Material ist ein Kunststoffstreifen,
auf dem die Bindung zwischen den Ziel- und Einfangmolekülen bereits
stattgefunden hat und der anschließend auf der Platte für das bestimmte
Lesen fixiert wird.
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Vorteilhafterweise
kann jeder Streifen mit mehreren unterschiedlichen Einfangmolekülen geladen
werden, die spezifisch mit derselben Probe oder verschiedenen Proben,
die analysiert werden sollen, reagieren. Danach kann das Signal
einzeln oder gleichzeitig von derselben Platte gelesen werden. Eine
klassische Platte wie eine Compact Disc sollte in der Lage sein
20 oder mehr derartiger Streifen zu hantieren.
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Bevorzugte
Ausführungsform,
die besonders vorteilhaft für
die Herstellung und den Betrieb der erfindungsgemäßen Compact
Disc sind, haben Abmessungen innerhalb eines oder mehrerer von vier bereits
vorhandenen Formaten.
- – 6-cm-Compact Disc (CD) mit
einem Radius von ungefähr
3,8 cm und einer Dicke von ungefähr
1 mm,
- – 12-cm-CD
mit einem Radius von ungefähr
6 cm und einer Dicke von 1 mm,
- – 20-cm-CDV
(im Handel als "Laservision"-Platte bezeichnet)
mit einem Radius von 10 cm und einer Dicke von 2 mm, und
- – 30-cm-CDV-Disc
mit einem Radius von 15 cm und einer Dicke von 2 mm.
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Die
Lebenserwartung von Daten, die auf einem abgedeckten Magnetband
gespeichert sind, liegt im Bereich von 6 bis 12 Jahren. Schätzungen der
Lebensdauer bespielbarer Compact Discs legen im Allgemeinen ein
Jahrhundert stabile Datenlagerung nahe.
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Die
Lebensdauer der erfindungsgemäßen spezifischen
Platte ist kürzer
und üblicherweise durch
Metallkorrosion und die mögliche
Denaturierung des auf der festen Oberfläche fixierten Einfangmoleküls begrenzt.
Die auf der CD gespeicherten Daten können in den bekannten konzentrischen
Kreisen (als Spuren bezeichnet) der Welt der Festplattenlaufwerke
oder in einer kontinuierlichen Spirale, wie auf den Schallplatten
der Vergangenheit, vorliegen.
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Eine
besondere Eigenschaft der Compact Disc und ihrer kodierten Informationen
ist die Spurlagenregelung. In im Handel erhältlichen CD-Aufnahmegeräten finden
sich verschiedene Systeme zur Steuerung der Bewegung des gesamten
optischen Tonabnehmers darin radial über die Platte hinweg und zur
Suche an einer der bis zu 20.000 verschiedenen radialen Spuren auf
der CD. Diese Technik kann vorteilhafterweise an das Lesen des Signals
angepasst werden, das das Ergebnis der Bindung zwischen den Ziel-
und den Einfangmolekülen
ist. Das Lesen des Signals und das Lesen der bereits zuvor gespeicherten
Informationen kann mit demselben Gerät oder mit zwei verschiedenen
Lesegeräten
erfolgen, die dasselbe Laserstrahl-Lesegerät oder zwei Laserstrahl-Lesegeräte darstellen
können.
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Die
Korrektur der radialen Spursteuerung (Identifizierung einer Bindung
an einem Einfangmolekül
mittels eines Lichtstrahls) wird mittels spezifischer Systeme durchgeführt, wie
demjenigen, das im The CD-ROM Handbook, 2. Ausgabe (Chris Sherman, Herausgeber,
Intertext Publication, McGraw Hill Inc.) beschrieben ist. Die CD-Laufwerke
verwenden zur Positionierung des Laserlesekopfes auch spezielle Geräte-Servomechanismen.
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Die
Platte enthält
vorzugsweise im Mikroformat hergestellte mechanische und/oder optische Steuerelemente
auf Plattformen, die aus beispielsweise Kunststoff, Siliciumdioxid,
Quarz, Metall oder Keramik und/oder Mikrokanälen hergestellt sind, wie in
der Schrift WO 97/21090 beschrieben. Für die Zwecke dieser Erfindung
bezeichnet der Begriff "im Mikroformat
hergestellt" Verfahren,
die die Herstellung dieser Strukturen im Submillimeterbereich ermöglichen.
Zu diesen Verfahren gehören,
ohne darauf beschränkt
zu sein, Fotolithografie, Ätzen,
Einprägen
und andere nano- oder mikrotechnische Mittel, die dem Fachmann bekannt
sind.
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Weitere
Beschreibungen eines festen CD-Trägers gehen aus den folgenden
Veröffentlichungen
hervor: The CD-ROM Handbook, 2. Ausgabe (Chris Sherman Herausgeber,
Intertext Publication, McGraw-Hill Inc.), The Complete Recordable
CD Guide (Lee Purcell & David
Martin, Sybex Editions), Digital Audio and Compact-disc Technology,
2. Ausgabe (Luc Bart, Luc Theunissen und Guido Vergult, Sony Service
Center Europe, Ed. BH Newnes).
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"Zielmoleküle" und "Einfangmoleküle"
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Bei
den "Ziel-" und "Einfangmolekülen" kann es sich um
jede Art von biologischer und chemischer Verbindung handeln, die
eine Bindung (oder eine spezifische Fixierung) zwischen diesen erreichen kann,
wobei die Bindung oder das Ergebnis der Bindung durch ein Lesegerät, vorzugsweise
unter Verwendung eines Lichtstrahls, vorzugsweise eines Laserstrahls,
erkannt wird.
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Das "Zielmolekül" ist vorzugsweise
in einer Probe, ausgewählt
aus der Gruppe, bestehend aus Blut, Urin, Rückenmarksflüssigkeit, Plasma, Speichel,
Samen, Fruchtwasser, Luft, Wasser, Erde oder aufgespaltene biologische
Materie, vorhanden.
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Die "Zielmoleküle" und die nicht spaltbaren "Einfangmoleküle" sind vorzugsweise
synthetische oder natürliche
Moleküle,
ausgewählt
aus der Gruppe, bestehend aus Nukleinsäuren, Antikörpern, Sacchariden, Lipiden,
Peptiden, Proteinen, Lecithinen, Katalysatoren, Rezeptoren, Agonisten
oder Antagonisten von Rezeptoren, Fluorophoren, Chromorphoren, Chelaten,
Haptenen, Ionen, Molekülen
unterschiedlicher chiraler Struktur, neuen synthetischen chemischen
Makromolekülen,
Teilen oder Kombinationen davon.
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Ein "nicht spaltbares
Einfangmolekül" bedeutet ein Molekül, das einen
abspaltbaren Spacer, wie in der Schrift WO 98/01533 beschrieben,
weder umfasst noch braucht, um den Nachweis einer Bindung zwischen
einem Zielmolekül
(oder Analyten) und einem Einfangmolekül zu ermöglichen oder zuzulassen. Erfindungsgemäß ermöglicht die
einfache Bindung zwischen einem Zielmolekül und einem Einfangmolekül anschließend die
Erzeugung eines Signals, das zuvor nicht vorhanden war und das von
einem Lesegerät
unter Verwendung eines Lichtstrahls, vorzugsweise eines Laserstrahls,
ohne eine spezifische Spaltung des Einfangmoleküls zu verlangen, direkt oder
indirekt erkannt werden kann.
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Der
Nachweis und/oder die Quantifizierung des erfindungsgemäßen Zielmoleküls oder
des erfindungsgemäßen nicht
spaltbaren Einfangmoleküls
erfolgt vorteilhafterweise zum Erhalt der Überwachung, der Untersuchung
und des charakteristischen Verhaltens pathogener, therapeutischer,
toxischer und/oder anderer verbesserter Eigenschaften des Zielmoleküls.
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Die
Antigen-Antikörper-Bindung
ermöglicht den
Nachweis von Antigenen oder Antikörpern und wird bei diagnostischen
Tests auf der Grundlage der Nachweisverfahren RIA und ELISA verwendet.
Die Liganden/Rezeptoren wurden im Wesentlichen in der pharmakologischen
Forschung für
die Untersuchung neuer Moleküle
(Agonisten, Antagonisten oder umgekehrt wirkende Agonisten von Rezeptoren)
entwickelt. Der Nachweis von Nukleotidsequenzen ist dank des zunehmenden
Wissens über
die Sequenz zahlreicher Gene und der Entwicklung von Amplifikations-,
Hybridisierungs-, Trennungs- und Reinigungstechniken ein hoch entwickeltes
Gebiet (siehe z. B. J. Sambrook, E.F. Fritsch und T. Maniatis, Molecular cloning:
laboratory manual, 2. Ausgabe, Cold Spring, Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, New York, 1989).
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Ein
erstes beliebtes Nachweis- und Amplifikationsverfahren für Nukleotidsequenzen
umfasst den Schritt einer Polymerase-Kettenbindung (PCR) (US-Patent
4,683,195 und 4,683,202) oder andere Amplifikationen, wie die Ligase-Kettenbindung
(LCR) (Wu und Wallace, 1989, Genomics 4:560569), Amplifikationssysteme
auf Transkriptionsbasis (Kwoh et al. 1989, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA, 86:1173–1177) oder
die Cycling-Probe-Bindung (CPR) (Duck et al., 1990, Biotechniques
9:142–147
und US-Patent 5,011,769).
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Der
Nachweis, die Quantifizierung und die Erfassung von Signalen des
Nachweises und/oder der Quantifizierung von Nukleotidsequenzen wird nach
der Hybridisierung einer Nukleotidsequenz an einer Einfangprobe
(entweder Einzel- oder Sandwich-Hybridisierung) durch die Markierung
einer der Sequenzen erhalten, wodurch ein Nachweissignal erzeugt
wird, dessen Änderung
durch das erfindungsgemäße Lesegerät erfasst
werden kann.
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Für DNS-Sequenzen
stehen zahlreiche Nachweisverfahren zur Verfügung (Nachweis durch ihre eigene
Extinktion bei 260 nm oder durch ihre Fluoreszenz in Gegenwart von
Ethydiumbro mid). Die Verwendung von radioaktiver Markierung wie 32P, das in die Nukleotidsequenzen inkorporiert
wird, ermöglicht
einen empfindlichen Nachweis, wird aber aufgrund der Strengen Sicherheitsgesetzgebung
nicht für
Routineversuche empfohlen.
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Außerdem können Nukleotidsequenzen
mit Molekülen
(beispielsweise Fluorescein, Rhodamin, Ruthenium oder Lanthanid-Chelat,
die direkt nachweisbar sind) oder derart markiert werden, dass ein Enzymkonjugat
gebunden wird, Eine Markierung wird auch durch die Verwendung von
Biotin oder einem Hapten und einem an Streptavidin oder einen entsprechenden
Antikörper
konjugierten Enzym erreicht. Vorteilhafterweise können entsprechend
dem Produkt der Verbindung verschiedene Signale erzielt werden.
Beispielweise ergeben Peroxidase und alkalische Phosphatase bei
Verwendung von TMB (Tetramethylbenzidin) oder 5-Brom-4-chlor-3-indolylphosphat als
Substrat ein gefärbtes
Produkt. Bei Verwendung von Luminol oder AMPPD (3-(2'-Spiroadamantan)-4-methoxy-4-(3'-phosphoryloxy)-1,2-dioxethan) als
Substrate kann eine Lichtaussendung erreicht werden.
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DAB
(Diaminobenzidin) kann nach einer durch Peroxidase katalysierten
Oxidation einer Bindung in ein unlösliches Produkt umgewandelt
werden. Pyruvatkinase kann ebenfalls zur Herstellung von ATP verwendet
werden, das durch Luciferase umgewandelt wird, um nachweisbares
Licht (Biolumineszenz-Nachweisverfahren)
zu erhalten.
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Vorteilhafterweise
können
neue Techniken, wie Plasmonoberflächenresonanz oder Lichtwellenleiter
zum Nachweis von nicht markierten Zielmolekülbindungen und die anschließende Bindungskinetik
verwendet werden (Gotoh et al. 195, DNA Res. 2:285–293, Stimpson
et al. 1995, Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 92, 6379–6383).
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Fixierung
des nicht spaltbaren Einfangmoleküls auf der Oberfläche der
Compact Disc
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Die
nicht spaltbaren Einfangmoleküle
werden vorzugsweise in bestimmten Abständen auf einer CD fixiert,
um eine spezifische Unterscheidung jeder Bindung zwischen einem
bestimmten nicht spaltbaren Einfangmolekül und seinem Zielmolekül mittels
einer Lichtstrahl-Nachweisvorrichtung oder einer anderen Vorrichtung
zu ermöglichen.
Bei einem spezifischen Nachweis wird bevorzugt, dass sich die Einfangmoleküle in einem
bestimmten Bereich der Platte befinden, der keine Rillen oder zuvor
gespeicherten Informationen umfasst, um falsch positive Ergebnisse
zu vermeiden, die sich aus einem Signal aufgrund einer zuvor gespeicherten
Information ergeben können.
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Der
Ort des nicht spaltbaren "Einfangmoleküls" auf der externen
Oberfläche
der Compact Disc kann mittels herkömmlicher physikalischer Verfahren unter
Verwendung von mikrolithografischen und/oder mikrospanenden Inkubationstechniken
adressiert werden, die die nicht spaltbaren Einfangmoleküle an bestimmten
Stellen festhalten, wo sie fixiert werden. Ein alternatives Verfahren
ist die Verwendung von fotoaktivierbaren chemischen Gruppen, die
die Fixierung von nicht spaltbaren Einfangmolekülen an bestimmten behandelten
Stellen ermöglichen,
wie einem Teil der externen Oberfläche, die durch einen Lichtstrahl
(wie einem fokussierten Laserstrahl) behandelt wurde oder durch
einen selektiven Ionenstrahl oder selektive Plasmabehandlung behandelt wurde
(siehe Schrift WO 96/15223).
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Vorteilhafterweise
enthält
die externe Oberfläche
der erfindungsgemäßen Compact
Disc Daten, die das Lesen der Platte in einem CD-Lesegerät auf Laserbasis
(Informationen, die üblicherweise
als eine Reihe von Löchern
in den Rillen der Platte gespeichert sind und die zum Auffinden
des nicht spaltbaren Einfangmoleküls auf der Oberfläche der
Platte erforderlich sind) ermöglichen.
Dies kann durch die Gegenwart von geeigneten Löchern oder vorspringenden Vertiefungen,
die den Löchern
in den Rillen der Platte entsprechen, erreicht werden. Die Adressierung
(Fixierung) des nicht spaltbaren Einfangmoleküls auf der Oberfläche wird
am besten unter Verwendung solcher Daten und unter Verwendung eines Laserstrahls
erreicht, der Teil der Gesamtvorrichtung ist und, wenn möglich, dieselbe
Laserstrahlquelle, die zum Lesen der CD-Informationen verwendet wird.
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Die
Fixierung der nicht spaltbaren Einfangmoleküle auf der Platte wird unter
Verwendung herkömmlicher
Verfahren auf der Grundlage entweder kovalenter oder nicht kovalenter
Bindungen erreicht. Die bevorzugte Ausführungsform ist die kovalente
Fixierung an einem der Molekülenden,
was eine stabile Fixierung und eine Homogenität beim Anbieten des nicht spaltbaren
Einfangmoleküls
auf der Oberfläche für die Bindung
an das Zielmolekül
ermöglicht.
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Eine
fotoaktivierbare chemische Gruppe wie Azidonitrophenyl kann an den
Enden jedes Moleküls mit
einer freien Aminogruppe beispielsweise unter Verwendung einer heterobifunktionellen
Reagenz, wie Sulfosuccinimidyl-6-(4'-azido-2'-nitrophenylaminohexanoat
(Pierce, Rockford, IL, USA) fixiert werden. Eine derartige fotoaktivierbare
Gruppe reagiert nur an der Stelle, an der Licht auftrifft, wie mittels
Laserstrahl (Dontha, N. et al. 1997, Anal. Chem. 69:2619–2625),
und auf diese Weise kann die Fixierung einer bestimmten Probe auf
der Platte korrekt adressiert werden. Es gibt andere chemische Fixierungen,
wie die Fixierung des 5'-Phosphatgruppenendes
einer Nukleinsäure
am Amin durch Carbodiimid oder Einfangen in Polypyrrolpolymeren.
Polymeroberflächen
können
carboxyliert und aminiert werden, um die Fixierung der meisten biologischen Moleküle mittels
in der organischen Chemie gut bekannter Bindungen zu ermöglichen
(Zammatteo et al. 1996, Anal. Biochem. 236:85–94).
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Eine
besondere Möglichkeit
der physikalischen Adressierung der Einfangprobe ist die Ausnutzung
der Zentripetalkraft, die durch die Rotation der Platte erzeugt
wird. Die Flüssigkeit
wird durch Einlasslöcher
in die Platte gespritzt und anschließend durch Mikrokanäle bis zu
den Bindungskammern geführt
(siehe Internationale Patentanmeldung WO 97/21090).
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Bindung zwischen nicht
spaltbaren "Einfang-" und "Zielmolekülen"
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Die
Bindung (oder Fixierung) des Zielmoleküls an sein nicht spaltbares
Einfangmolekül
wird unter herkömmlichen
und reproduzierbaren Bedingungen durchgeführt, die inzwischen entweder
aus der Nukleotidhybridisierung (Hybridisierung vorzugsweise unter
herkömmlichen
strengen Bedingungen., wie derjenigen, die von Sambrook et al.,
9.31–9.58
in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, Laboratory
Press, Cold Spring Harbor, New York (1989) beschrieben sind), durch
Antigen-/Antikörper-Bindungen,
durch die Rezeptor-/Liganden-Bindung oder andere Molekülwechselwirkungen,
wie Protein/Nukleotide oder chemische Erkennung/chemische Molekülerkennung,
bekannt sind.
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Die
Moleküle
enthalten vorzugsweise (entweder natürlich oder durch Modifikation)
eine funktionelle chemische Gruppe (primäres Amin, Sulfhydryl, Aldehyd
usw.), eine übliche
Sequenz (Nukleinsäuren),
ein Epitop (Antikörper),
ein Hapten oder eine Ligandengruppe, um die Bindung zu ermöglichen.
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Die
Bindung zwischen dem Zielmolekül
und seinem nicht spaltbaren Einfangmolekül kann von der spezifischen
Affinität
der Moleküle,
den allosterischen Eigenschaften jedes Moleküls, ihrer Ionenumgebung, der
Ionenladung des Moleküls
und einer möglichen
kovalenten Reaktion zwischen dem Zielmolekül und seinem nicht spaltbaren
Einfangmolekül abhängen. Die
Bedingungen sind vorzugsweise die bereits für je den Bindungstyp in der
Literatur Beschriebenen und können
vom Fachmann zur Vermeidung von falsch positiven oder negativen
Nachweisen angepasst werden.
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Das
optische Nachweissystem zum Lesen der Bindung kann vorzugsweise
eine Fotodiode umfassen, die einen kleinen Lichtstrahl erkennen
kann und die sich entlang einer eindimensionalen Achse bewegt, um
den Radius der Platte abzudecken (siehe 4). Zusammen
mit der Rotation der Platte wird durch diese fokussierte Fotoerkennung
die gesamte Oberfläche
der Platte abgetastet und so die Gegenwart des Zielmoleküls an jedem
Ort auf der Platte untersucht. Die bevorzugte Nachweisvorrichtung
ist die Fotodiode im Handel erhältlicher
CD-Lesegeräte,
die für
Musik-, Video- oder Software-CDs benutzt werden (siehe 5).
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Das
Fotosystem kann nachlaufgeregelt sein, damit die Nachweisoberfläche immer
im Brennpunkt ist. Wenn für
den Signalnachweis ein zweites optisches Nachweissystem bereitgestellt
wird, kann auch dieses nachgelaufgeregelt sein oder zu dieser Regelung
mit dem anderen verbunden sein, oder es kann vom ersten Daten erhalten,
um seine Scharfeinstellung und seine Spurlagenregelung der Platte
zu justieren. Die Daten, die durch das ununterbrochene Lesen der
Plattenoberfläche
erhalten werden, können
auch auf einem Computer gespeichert, falls erforderlich neu formatiert
und auf die Definition der Lochfindung analysiert werden.
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Das
fotometrische Signal wird erhalten, sobald die Bindung zwischen
dem Zielmolekül
und seinem nicht spaltbaren Einfangmolekül die Bildung eines fotometrischen
Signals ermöglicht.
Vorteilhafterweise basiert der Nachweis und/oder die Quantifizierung
der Bindung (Bindung des Zielmoleküls an seinem nicht spaltbaren
Einfangmolekül)
auf dem Grundsatz des binären
Nachweissystems für
CDs, der sich die Abweichung der Laserstrahlreflexion zu Nutze macht.
Eine Störung der
Laserreflexion wird erhalten, wenn der Laserstrahl ein Loch in der
Rille entdeckt.
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Gemäß einer
ersten erfindungsgemäßen Ausführungsform
ist das Loch vorteilhafterweise ein Niederschlag, der das Ergebnis
einer Bindung zwischen den Zielmolekülen und den nicht spaltbaren Einfangmolekülen ist.
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Gemäß einer
anderen bevorzugten Ausführungsform
kann die Störung
der Laserreflexion auch durch einen korrosiven Angriff auf eine
oder mehrere Schichten der Compact Disc. Die Bindung zwischen dem
Zielmolekül
und seinem nicht spaltbaren Einfangmolekül kann beispielsweise durch
eine begrenzte Modifikation der Schicht provoziert werden, was eine
Vertiefung in dieser Schicht bildet (siehe 3). Solche
Vertiefungen in der Schicht werden üblicherweise als "Kegel" oder "Bumps" bezeichnet, aber
auch als negative Löcher
identifiziert (siehe die Schrift Recordable CD Guide, Lee Purcell & David Martin,
Sybex Editions). Diese Störungen
werden von dem Laserstrahl als Löcher
erkannt, die sich von Flächen
unterscheiden. Die Bindung zwischen dem Zielmolekül und seinem
nicht spaltbaren Einfangmolekül
kann auch direkt durch eine Lichtaussendung erkannt und quantifiziert
werden, die nur dann erhalten wird, wenn die Bindung erfolgt.
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Gemäß einer
weiteren bevorzugten erfindungsgemäßen Ausführungsform ermöglicht die
Bindung des Zielmoleküls
an sein nicht spaltbares Einfangmolekül die Fixierung eines oder
mehrerer Moleküle,
was eine Lichtaussendung durch ein chemolumineszentes, biolumineszentes,
fluorlumineszentes und/oder elektrolumineszentes Lichtsystem erzeugt oder
ein magnetisches und/oder elektrisches Feld erzeugt, das mittels
spezifischer Lesegeräte 7 (siehe 1 und 4)
erkannt werden kann.
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Diese
Systeme können
auf der Verwendung von spezifischen Enzymen (Peroxidase, alkalische Phosphatase,
Pyruvatkinase usw.) basieren, die das Aussenden und den Nachweis
von Licht ermöglichen oder
verbessern.
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Es
kann auch ein markiertes Zielmolekül 6 oder nach Einfangen
des Zielmoleküls
ein zweites markiertes reaktives Molekül verwendet werden. Dieses
markierte Molekül
kann der erste Teil eines Bindungspaares, wie Nukleinsäure 2,
in einem Sandwich-Hybridisierungsversuch unter Verwendung von mit
Biotin 1 oder Hapten markierten Proben sein und auf ähnliche
Weise bei einer Antikörper-/Antigen-Sandwichbindung
unter Verwendung ähnlich markierter
reaktiver Moleküle.
Nach einem Waschschritt kann das Biotin oder Hapten mit enzymkonjugierten
Streptavidin oder Antikörpern
reagiert werden, die dann als der zweite Teil des Bindungspaares gelten.
Es können
Enzyme, wie Peroxidase, alkalische Phosphatase, Pyruvatkinase oder
Dehydrogenasen, verwendet werden.
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Um
ein unlösliches
Produkt zu erhalten, wird ein für
das Enzym spezifische Substrat ausgewählt. DAB kann beispielsweise
in Gegenwart einer Peroxidase oxidiert werden und bildet ein unlösliches
Produkt. Dieses Produkt fällt
auf das nicht spaltbare Einfangmolekül aus und ein solcher Niederschlag
bildet entsprechend der Plattenvorderfläche Bumps oder Kegel auf der
Oberfläche
der Platte, auf die der (Laser)Strahl auftrifft. Die Intensität des reflektierten
(Laser)Strahls wird beim Anstrahlen des Niederschlags verringert
und es kann eine Störung
der (Laser)Reflexion erhalten werden. Eine derartige Störung wird von
der fotosensitiven Nachweisvorrichtung als Loch auf der Oberfläche der
Platte analysiert.
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Die
Gegenwart des Niederschlags zeigt sich als eine messbare Extinktion,
wenn dies von der Lichtübertragung
durch einen durchsichtigen Teil der Platte erkannt wird.
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Ein
weiteres unlösliches
Produkt wird erhalten, wenn kolloides metallisches Gold, das beispielsweise
an Streptavidin 3 gebunden ist, verwendet wird. Das kolloide
Gold katalysiert die Reduktion von Silber (Ag) 4 unter Ausbildung
eines Ag-Niederschlags, wenn die Bindung erhalten wird. Silberablagerungen
können
entweder die Reflexion eines (Laser)Strahls im Vergleich zu den
Gold- oder Aluminiumschichten, die üblicherweise auf einer Platte 5 vorhanden
sind, senken und kann auch einen Teil des Lichts reflektieren, wenn
kein anderes Metall vorhanden ist. Der Niederschlag, der Licht gegenüber undurchlässig ist,
kann auch durch die Absorption von Licht in einem Übertragungsversuch
durch die Platte erkannt werden (siehe 2 und 6).
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Es
besteht auch die Möglichkeit,
Mikrokügelchen
zu verwenden, die Bindungsmoleküle
(zweites Bindungspaar) tragen, was die Erkennung eines am Zielmolekül haftenden
ersten Bindungspaars ermöglicht.
Diese Mikrokügelchen
befinden sich auf der Oberfläche
der Platte, wo die Bindung des Zielmoleküls an sein nicht spaltbares
Bindungsmolekül
erreicht wurde. Diese Kügelchen
beugen den (Laser)Lichtstrahl und erzeugen eine Störung der
(Laser)Reflexion. Diese Störungen
der (Laser)Reflexion werden von der fotosensitiven Nachweisvorrichtung erkannt
und als die Löcher
auf der Oberfläche
der Platte analysiert.
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Gemäß einer
weiteren erfindungsgemäßen Ausführungsform
wird der Nachweis durch Markierung des Zielmoleküls (mit einem fluoreszierenden Molekül) erreicht.
Der (Laser)Lichtstrahl tastet die Oberfläche der Compact Disc ab und
analysiert die erfasste Fluoreszenz. Es stehen zahlreiche fluoreszierende
Moleküle,
die mit dem Zielmolekül
verbunden sind, zur Verfügung,
wie Fluorescein, Phycoerythrin, Rhodamin oder Lanthanid-Chelate,
mit denen Nukleinsäuren,
Antikörper
oder Mikrokügelchen
zum direkten oder indirekten Markieren des Zielmoleküls problemlos
markiert werden können.
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Das
erfasste Signal kann entweder als binäres Signal oder absoluter Wert
gelesen werden. Das binäre
Signal wird vorteilhafterweise schnell in Form elektronischer computergestützter Daten
verarbeitet und mittels geeigneter Software analysiert. Diese Software
wandelt die Information in Daten um, mit denen der erhaltene Nachweis
analysiert und die Bindung zwischen dem Zielmolekül und seinem
nicht spaltbaren Einfangmolekül
quantifiziert werden können.
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Vorzugsweise
kann die erfindungsgemäße Platte
weitere Löcher
umfassen, vorzugsweise in der Rille neben dem nicht spaltbaren Einfangmolekül, die Informationen über die
Art, die Menge und die Spezifität
des benachbarten nicht spaltbaren Einfangmoleküls enthalten.
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Gemäß einer
spezifischen erfindungsgemäßen Ausführungsform
trägt die
erfindungsgemäße Platte
eine fixierte oligonukleotide Einfangprobe, um einen Nachweis, eine
Amplifikation und möglicherweise
eine Quantifizierung einer Nukleinsäuresequenz auf demselben festen
Träger
(der Oberfläche der
erfindungsgemäßen Platte)
zu ermöglichen.
In einer alternativen Ausführungsform
umfasst die Platte fixierte PCR-Starter,
um die Herstellung von Ampliconen und die Fixierung von Ampliconen
auf der externen Oberfläche
der Platte zu erreichen, was anschließend deren Nachweis (gemäß dem von
Rasmussen et al. 1991, Anal. Biochem. 198:138–205 beschriebenen Verfahren)
ermöglicht.
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Die
erfindungsgemäße Platte
wird in einem Diagnose-Rit, in einer Diagnose- und Lesegerät, verwendet,
das das automatische Lesen einer präparierten Probe einer chemischen
oder biologischen Verbindung, möglicherweise
mittels einer früheren
Behandlung der chemischen oder biologischen Verbindung (wie genetische
Amplifikation einer Nukleotidsequenz) ermöglicht.
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Die
Vorrichtung ist vorzugsweise ein System, in dem mehrere Schritte
oder Unterschritte in einem integrierten System kombiniert sind,
wie ein automatisches Nukleinsäurediagnosesystem,
das die Schritte der Reinigung der Nukleinsäuresequenzen in einer Probe,
deren mögliche
Amplifikation (mittels bekannter genetischer Amplikationsverfahren),
deren Diagnose und möglicherweise
deren Quantifizierung ermöglicht.
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Beispiel 1: Nachweis von
DNS auf CD
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Das
Ziel dieses Versuchs war der Nachweis spezifischer DNS durch direkte
Hybridisierung an einer Einfangprobe, die an einen CD-Träger gebunden war.
Der Nachweis erfolgte durch kolorimetrische Messung. Die Einfangprobe
wurde an eine aminierte Polycarbonat-CD gebunden, dann wurde die
Hybridisierung mit komplementärer
biotinylierter DNS durchgeführt
und die positive Hybridisierung mit Streptavidin-Peroxidase erkannt.
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1. Aminierung
der Polycarbonat-CD
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Die
CDs wurden zunächst
durch 30 min langes Einlegen in 1 N NaOH-Lösung bei Raumtemperatur carboxyliert.
Nach 3-maligem Waschen mit Wasser wurden die carboxylierten CDs
2 Stunden lang bei Raumtemperatur in einer Pufferlösung aus 0,1
M MES, pH 6, die 1 mg/ml wasserlösliches
Carbodiimid und 1 mM N-Methylpropan-1,3-diamin enthielt, eingelegt.
Nach 3-maligem Waschen mit 0,1 M MES-Puffer, pH 6, und 3-maligem
Waschen mit Wasser wurden die aminierten CDs 30 min lang bei 37 °C getrocknet.
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2. Fixierung
der Einfangproben auf aminierten CDs
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Es
wurden 2 Lösungen
vorbereitet, eine mit einer CMV-Einfangprobe, die andere mit einer HIV-Einfangprobe.
Bei diesen Lösungen
handelte es sich um 0,01 M MeIM-Puffer, pH 7,5, der die denaturierte
DNS-Einfangprobe (CMV oder HIV) in einer Konzentration von 2 μg/ml und
Carbodiimid in einer Konzentration von 1,6 mg/ml enthielt.
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3 × 20 μl dieser
Lösungen
wurde auf zwei aminierte CDs getüpfelt
und diese CDs wurden 5 Stunden lang in feuchter Atmosphäre bei 50 °C inkubiert.
Nach 3-maligem, 5-minütigem
Waschen mit 0,4 N NaOH + 0,25 % TweenTM bei
50 °C wurden
die CDs 3 Mal mit Wasser gespült
und 30 min lang bei 37 °C getrocknet.
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3. Hybridisierung
von biotinylierter DNS von CMV auf CDs
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Beide
CDs wurden zum Denaturieren der Einfangprobe 5 min lang in 0,2 N
NaOH eingelegt und anschließend
mit 0,1 M Maleatpuffer, pH 7,5, mit 0,15 M NaCl gespült. Die
CDs wurden dann in eine Hybridisierungslösung, die 100 μg/ml denaturierte DNS
von Lachssperma, SSC 4X, Denhardt 5X und denaturierte biotinylierte
DNS von CMV in einer Konzentration von 70 ng/ml enthielt, 2 Stunden
lang bei 65 °C
eingelegt. Nach dem Hybridisierungsschritt wurden die CDs 3 Mal
mit 0,01 M Maleatpuffer mit 15 mM NaCl und 0,3 % TweenTM bei
Raumtemperatur gewaschen.
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Die
erste CD wurde dann 45 min bei Raumtemperatur in 0,1 M Maleatpuffer
mit 0,15 M NaCl, 0,1 % Milchpulver und 1 μg/ml Streptavidin-Peroxidase eingelegt.
Nach der Konjugatinkubation wurden beide CDs 3 Mal mit 0,01 M Maleatpuffer
mit 15 mm NaCl und 0,3 % TweenTM bei Raumtemperatur
gewaschen.
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4. Nachweis
hybridisierter DNA
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Die
erste CD wurden dann 10 min lang in TMBTM-Lösung (Medgenix)
eingelegt. 1 min nach dieser Inkubation wurde eine Aufnahme dieser
CD gemacht, um das Erscheinen der blauen Farbe dort zu beobachten,
wo eine Hybridisierung aufgetre ten war. Das Ergebnis kann durch
Absorption von durch die CD gesendetem Licht erhalten werden.
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Beispiel 2: Nachweis von
DNS auf CD mittels Maser-Nachweis
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Die
DNS-Einfangprobe wurde auf die CD-Oberfläche getüpfelt und die Hybridisierung
mit der Ziel-DNA war mit der aus Beispiel 1 identisch. Zum Nachweis
der biotinylierten hybridisierten DNS wurde die CD 45 min bei Raumtemperatur
in 0,1 M Maleatpuffer mit 0,15 M NaCl, 0,1 % Milchpulver und 1 μg/ml Streptavidin-kolloidem
Gold (Sigma, St-Louis, USA) eingelegt. Die CD wurde weitere 30 min
lang in eine Lösung
aus gleichen Anteilen Lösung
A und B des Silver Enhancement Kit (Sigma, St Louis, USA) eingelegt,
um dort einen Niederschlag zu verursachen, wo eine positive Hybridisierung
stattgefunden hatte. Die CD wurde erneut mit einer Goldschicht bedeckt,
um die auf die CD geschriebenen Informationen in einem Laser-CD-Spieler
zu lesen und um die durch den Silberniederschlag verursachte Interferenz zu
lesen (2 und 3).
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Beispiel 3: Nachweis von
Protein auf CD mittels Lichtabsorption
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Die
verwendeten CDs enthielten teilweise auf Löcher eingeprägte Daten
und dieser Teil wurde mit Gold überdeckt.
Die Fixierung der Einfangmoleküle
erfolgte auf der Peripherie der CD direkt auf der Kunststoffoberfläche.
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1. Carboxylierung
der CD
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Die
CDs wurden zunächst
30 min lang bei Raumtemperatur in 1 N NaOH eingelegt, anschließend 3 Mal
mit Wasser gespült
und bei 30 min lang bei 37 °C
getrocknet.
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2. Fixierung
der Antikörper
auf den CDs
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Es
wurden drei verschiedene Antikörper
auf der carboxylierten CD fixiert: Antikörper für bovines Serumalbumin, Antikörper für Fluorescein
(negative Kontrolle) und Antikörper
für Streptavidin
(positive Kontrolle).
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20 μl von drei
verschiedenen Lösungen
aus 0,02 M NaCl-Boratpuffer, pH 8,2 mit 1 mg/ml Carbodiimid (Acros)
und 10 μg/ml
einer der drei verschiedenen Antikörper wurden auf drei verschiedene
Teile der CD getüpfelt.
Diese wurden über
Nacht bei 4 °C inkubiert
und dann 10 min lang mit 0,1 M Glycinpuffer, pH 9,2, mit 0,1 % Casein
gespült,
dann zweimal 5 min lang mit 0,1 M Glycinpuffer, pH 9,2, mit 0,1 TweenTM 20 und schließlich zweimal mit 0,1 M Glycinpuffer,
pH 9,2. Die CDs wurden 30 min lang bei 37 °C getrocknet.
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3. Nachweis
von bovinem Serumalbumin mittels der ELISA-Technik auf der CD
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Die
CDs mit den auf der Oberfläche
fixierten drei verschiedenen Antikörpern wurden bei Raumtemperatur
in eine Lösung
aus 10 μg/ml
Serumalbumin in PBS mit 0,1 % Casein eingelegt. Die Inkubation dauerte
90 min. Die CDs wurden 3 Mal mit PBS mit 0,1 % TweenTM 20
gespült
und dann 45 min lang in 20 μg/ml
biotinylierten Antikörpern
für Serumalbumin
in PBS mit 0,1 % Casein eingelegt. Sie wurden dann 3 Mal mit PBS
mit 0,1 % TweenTM 20 gespült und dann
wurden die CDs 45 min lang in einer Lösung aus PBS mit 0,1 % Casein
oder 1 μg/ml
Streptavidin-Peroxidase eingelegt. Die CDs wurden 3 Mal mit PBS
mit 0,1 % TweenTM 20 gespült. Zum
Nachweis wurde die CD, auf der Streptavidin-Peroxidase fixiert war,
in eine TMB-Lösung eingelegt
und nach 2, 4 und 6 min mit einer Kamera Aufnahmen gemacht, um die
blaue Farbe dort zu sehen, wo wir Antikörper für BSA und Streptavidin aufgetüpfelt hatten.
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Beispiel 4: Nachweis von
Proteinen auf CD mittels Laser-Nachweis
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Das
Albumin wurde auf die CD-Oberfläche getüpfelt und
die Reaktion mit den Antikörpern
war mit der aus Beispiel 3 identisch. Das Konjugat, das für die Reaktion
gegen biotinylierte Antikörper
verwendet wurde, war ein Streptavidin-Gold. Es wurde 45 min lang
in eine PBS-Lösung
mit 0,1 % Casein in einer Konzentration von 1 μg/ml inkubiert. Das Streptavidin-Gold
diente als Zentrum der Silberreduktion. Eine Lösung aus "Silver Enhancement" (Sigma) wurde 15 min lang bei Raumtemperatur
verwendet. Der Silberniederschlag wurde an der Stelle beobachtet, an
der Antikörper
für BSA
und Streptavidin aufgetüpfelt
waren. Aufgrund des Niederschlags und der Größe des Niederschlags, die ungefähr 1 μm Durchmesser
betrug, wurde eine Veränderung
der Lichtabsorption beobachtet. Die Gegenwart von Löchern wurde anhand
der Reflexion des Laserstrahls festgestellt (5).
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Beispiel 5: Magnetischer
Nachweis von DNA oder Protein auf der CD
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Der
Nachweis von hybridisierter DNS oder ebensolchem Protein auf einem
CD-Träger
kann mittels eines Magnetverfahrens erreicht werden. An DNS der
Antikörper
gebundenes Biotin kann durch Streptavidin, das an eine Eisenflüssigkeit
(Immunicon, Hungtinton Valley, PA, USA) konjugiert ist, erkannt
werden. Dieses Konjugat ist entsprechend der Größe der Ferritkerne der Eisenflüssigkeit
magnetisch oder paramagnetische und kann damit in einem Magnetfeld
erkannt werden (7).