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DE1073770T1 - Neuartiges Verfahren zur Identifizierung von Klonen mit einer gewünschten Biologischen Eigenschaft, ausgehend von einer Expressionsgenbank (2001/06) - Google Patents

Neuartiges Verfahren zur Identifizierung von Klonen mit einer gewünschten Biologischen Eigenschaft, ausgehend von einer Expressionsgenbank (2001/06)

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DE1073770T1
DE1073770T1 DE1073770T DE99924858T DE1073770T1 DE 1073770 T1 DE1073770 T1 DE 1073770T1 DE 1073770 T DE1073770 T DE 1073770T DE 99924858 T DE99924858 T DE 99924858T DE 1073770 T1 DE1073770 T1 DE 1073770T1
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DE
Germany
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clones
library
poly
expression
peptide
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
DE1073770T
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English (en)
Inventor
Konrad Buessow
Dolores Cahill
Hans Lehrach
Gerald Walter
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften
Original Assignee
Max Planck Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
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Claims (28)

Patentansprüche
1. Verfahren zur Identifizierung und/oder Charakterisierung von Clonen aus einer Expressionsbibliothek, wobei die Clone eine gewünschte biologische Eigenschaft verleihen, umfassend die folgenden Schritte:
(a) Analysieren auf die Expression von mindestens einem (Poly)Peptid, exprimiert als Fusionsprotein mit einem Expressionsprodukt eines rekombinanten Inserts eines Clons der Expressionsbibliothek, wobei die Clone der Expressionsbibliothek in einer Anordnung arrangiert sind; und
(b) Inkontaktbringen eines Liganden, der mit einem Polypeptid spezifisch interagiert, das durch das Insert eines Clons exprimiert wird, der die gewünschte biologische Eigenschaft verleiht, mit der Bibliothek oder einer ersten Kopie der Bibliothek von Clonen in einer Anordnung und Analysieren der Clone der Bibliothek auf das Vorliegen einer Interaktion; und/oder
(c) Durchführen einer Hybridisierung oder eines Oligonucleotid-Fingerprints mit einer für das Insert des Clons, der die gewünschte biologische Eigenschaft verleiht, spezifischen Nucleinsäure-Sonde mit der Bibliothek oder einer ersten Kopie oder einer zweiten Kopie der Bibliothek von Clonen, angeordnet in einer Anordnung und Analysieren der Bibliothek von Clonen auf das Vorliegen einer Hybridisierung; und
(d) Identifizieren und/oder Charakterisieren von Clonen, wobei eine Expression des mindestens einen (Poly)Peptids in Schritt (a) und/oder eine Interaktion in Schritt (b) und/oder eine spezifische Hybridisierung oder ein Oligonucleotid-Fingerprint in Schritt (c) nachgewiesen werden kann.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei das (Poly)Peptid, welches als Teil eines Fusionsproteins mit dem Expressionsprodukt des rekombinanten Inserts exprimiert wird, ein Antikörper oder ein Fragment oder ein Derivat eines
solchen, ein Tag, ein Enzym, ein Phagen-Protein oder Fragment davon oder ein Fusionsprotein ist.
3. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, wobei die Analyse auf die Expression eines (Poly)Peptids in Schritt (a) durchgeführt wird durch Inkontaktbringen eines Liganden, der unterschiedlich von dem Liganden aus Schritt (b) ist, der spezifisch mit dem (Poly)Peptid interagiert, und Analysieren der Bibliothek von Clonen, ob eine spezifische Interaktion vorkommt.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, wobei die Analyse auf die Expression eines (Poly)Peptids in Schritt (a) mit optischen Mitteln, vorzugsweise durch Massenspektrometrie durchgeführt wird.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, wobei die gewünschte biologische Eigenschaft Spezifität für eine Zelle, ein Gewebe, ein Entwicklungsstadium einer Zelle oder eines Gewebes, einen Mikroorganismus, vorzugsweise ein Bakterium, eine Pflanze oder einen Organismus ist.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei die Zelle oder das Gewebe eine normale Zelle oder normales Gewebe, eine erkrankte Zelle oder erkranktes Gewebe oder eine vorbehandelte Zelle oder vorbehandeltes Gewebe ist.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die Clone transformierte Bakterien, rekombinante Phagen, oder transformierte Zellen von Säugern, Insekten, Pilzen, Hefen oder Pflanzen sind.
8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, wobei die Anordnung im wesentlichen jener in den Schritten (a) bis (c) entspricht.
9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, wobei die Anordnung einem Gitter entspricht.
EP 1 073 77UT1
10. Verfahren nach Anspruch 9, wobei das Gitter die Größenordnung einer Mikrotiterplatte, eines Silika-Wafers, eines Chips, eines massenspektrometrischen Targets oder einer Matrix besitzt.
11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, wobei die Clone auf einem festen Träger fixiert sind.
12. Verfahren nach Anspruch 11, wobei der feste Träger ein Filter, eine Membran, ein magnetisches Kügelchen, ein Silika-Wafer, Glas, Metall, ein Chip, ein massenspektometrisches Target oder eine Matrix ist.
13. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 12, wobei mindestens einer der Liganden ein (Poly)Peptid, ein Phage oder ein Fragment davon, Blut, Serum, ein Toxin, ein Inhibitor, ein Wirkstoff oder ein Wirkstoff-Kandidat, ein nicht proteinartiger oder zum Teil proteinartiger Rezeptor, ein katalytisches Polymer, ein Enzym, eine Nucleinsäure, eine PNA, ein Virus oder ein Teil davon, eine Zelle oder ein Teil davon, eine anorganische Verbindung, ein Konjugat, ein Farbstoff, ein Gewebe oder ein Konjugat des Liganden ist.
14. Verfahren nach Anspruch 13, wobei das (Poly)Peptid ein Antikörper oder ein Fragment oder Derivat davon, ein Hormon oder ein Fragment davon oder ein Enzym oder ein Fragment oder ein Derivat davon ist.
15. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt (b) eine spezifische Interaktion ist.
16. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 14, wobei die Interaktion in Schritt (b) eine unspezifische Interaktion ist.
17. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 16, wobei die Hybridisierung in Schritt (c) unter stringenten Bedingungen zustande kommt.
18. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 16, wobei die Hybridisierung in Schritt (c) unter nicht-stringenten Bedingungen zustande kommt.
19. Verfahren nach einem der Ansprüche 2 bis 18, wobei das Tag c-myc, His-Tag,
FLAG, alkalische Phosphatase, EpiTAG™, V5-Tag, T7-Tag, Xpress™-Tag oder Strep-Tag, ein Fusionsprotein, vorzugsweise GST, eine Cellulosebindende Domäne, grünfluoreszierendes Protein, Maltose bindendes Protein oder lacZ ist.
20. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 19, wobei die Bibliothek von Clonen eine cDNA-Bibliothek umfasst.
21. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 20, wobei die Anordnung der Bibliothek und/oder die Kopien mit einer automatischen Vorrichtung hergestellt wird/werden.
22. Verfahren nach Anspruch 21, wobei die automatische Vorrichtung ein Sortierautomat und/oder ein Tropfenautomat und/oder ein Rasterautomat ist.
23. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 22, darüber hinaus umfassend die Sequenzierung des Nucleinsäureinserts des gewünschten Clons.
24. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 22, darüber hinaus umfassend die Identifizierung und/oder Charakterisierung des (Poly)Peptids, das von dem Insert des gewünschten Clons codiert wird.
25. Verfahren zur Herstellung eines Arzneimittels, umfassend das Formulieren des Inserts, gegebenenfalls enthalten in einem Vektor oder des Expressionsprodukts eines Inserts eines gewünschten Clons, das eine bestimmte biologische Eigenschaft verleiht, wobei das Insert oder Expressionsprodukt mit dem Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 24 identifiziert und/oder charakterisiert wird, mit einem pharmazeutisch verträglichen Träger.
26. Kit umfassend mindestens zwei Kopien von Expressionsbibliotheken gemäß der Definition in einem der Ansprüche 1 bis 22, fixiert an einen festen Träger.
• ·
27. Kit nach Anspruch 26, wobei eine der Kopien (Poly)Peptide umfasst, die durch Inserts dieser Clone exprimiert werden, und eine weitere Kopie eine genomische oder cDNA-Bibliothek umfasst.
28. Proteinanordnung wie in einem der Ansprüche 1 bis 24 beschrieben.
DE1073770T 1998-04-30 1999-04-30 Neuartiges Verfahren zur Identifizierung von Klonen mit einer gewünschten Biologischen Eigenschaft, ausgehend von einer Expressionsgenbank (2001/06) Pending DE1073770T1 (de)

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