DE10232773A1 - Proteins of the ubiquitin proteosome metabolic pathway, useful as targets for identifying fungicides for use in plant protection, also new nucleic acids, proteins and fungicides - Google Patents
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Abstract
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft die Bereitstellung von Proteinen des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges als Targets für Fungizide, die Bereitstellung von neuen Nukleinsäuresequenzen, funktioneller Äquivalente der vorstehend genannten Nukleinsäuresequenzen sowie die Verwendung der Genprodukte der vorstehend genannten Nukleinsäuresequenzen als neue Targets für Fungizide in einem Verfahren zur Identifizierung von antifungischen Verbindungen, welche die an der Ubiquitinierung und der nachfolgenden Protolyse im Proteasom beteiligten Proteine inhibieren. Des weiteren betrifft die Erfindung die Verwendung dieser Verbindungen identifiziert über das vorstehend genannte Verfahren als Fungizide.The present invention relates to the provision of proteins of the ubiquitin proteasome pathway as targets for Fungicides, the provision of new nucleic acid sequences, functional equivalents the above-mentioned nucleic acid sequences and the use of the gene products of the aforementioned nucleic acid sequences as new targets for Fungicides in a method of identifying antifungal Compounds that are involved in ubiquitination and subsequent Inhibit protolysis in the proteins involved in the proteasome. Furthermore The invention relates to the use of these compounds identified via the Processes mentioned above as fungicides.
Das grundlegende Prinzip, Fungizide über Inhibierung
eines definierten Targets zu identifizieren ist bekannt (z.B.
Die Detektion neuer Targets ist in der Praxis mit großen Schwierigkeiten verbunden, da die Hemmung eines Enzyms, das Bestandteil eines Stoffwechselweges ist, häufig das Wachstum oder die Infektiösistät des pathogenen Pilzes nicht weiter beeinflusst. Dies kann daran liegen, dass der pathogene Pilz auf alternative Stoffwechselwege ausweicht, deren Existenz nicht bekannt ist, oder dass das inhibierte Enzym nicht limitierend für den Stoffwechselweg ist. Die Targeteignung eines Genproduktes lässt sich daher auch mit Kenntnis der Genfunktion nicht vorhersagen.The detection of new targets is in practice with large Difficulties associated with the inhibition of an enzyme, the component of a metabolic pathway is common growth or infectivity of the pathogenic Fungus no longer affected. This may be because the pathogenic fungus switches to alternative metabolic pathways, the Existence is not known or that the inhibited enzyme is not limiting for is the metabolic pathway. The target suitability of a gene product can be therefore do not predict even with knowledge of gene function.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung besteht daher darin, fungizide Targets zu identifizieren sowie Verfahren bereitzustellen, welche zur Identifizierung von Verbindungen mit fungizider Wirkung geeignet sind.Object of the present invention therefore consists in identifying fungicidal targets and procedures provide which to identify connections with fungicidal activity are suitable.
Die Aufgabe wurde gelöst durch die Bereitstellung von Nukleinsäuresequenzen kodierend für Proteine des Ubiqutin Proteasom Stoffwechselweges, nämlich des Ubiquitin conjugating Enzymes E2, sowie Proteine der katalytischen und regulatorischen Untereinheit des 26s Proteasoms als neue Targets für Fungizide sowie durch die Bereitstellung von Nukleinsäuresequenzen kodierend für die vorstehend genannten Polypetide. Proteine der katalytische Untereinheit des 26s Proteasoms sind die Proteine des 19s Proteasoms. Proteine der regulatorischen Untereinheit des 26s Proteasoms sind Proteine des sog. 20s Proteasoms.The task was solved by the provision of nucleic acid sequences coding for Proteins of the Ubiqutin Proteasome pathway, namely the Ubiquitin conjugating enzymes E2, as well as catalytic proteins and regulatory subunit of the 26s proteasome as new targets for fungicides and by providing nucleic acid sequences coding for the above called polypeptides. Proteins of the catalytic subunit of 26s proteasomes are the proteins of the 19s proteasome. Proteins of regulatory Subunits of the 26s proteasome are proteins of the so-called 20s proteasome.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist daher die Verwendung von Proteinen des Ubiqutin Proteasom Stoffwechselweges kodiert durch eine Nukleinsäuresequenz umfassend
- a) einer Nukleinsäuresequenz mit der in SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15 oder SEQ ID NO:17 dargestellten Sequenz; oder
- b) einer Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes aus den durch Rückübersetzung der in SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 oder SEQ ID NO:18 dargestellten Aminosäuresequenzen ableiten läßt; oder
- c) funktionelle Äquivalente der SEQ ID NO:1 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:1, der SEQ ID NO:3 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:3, der SEQ ID NO:5 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:5, der SEQ ID NO:7 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:7, der SEQ ID NO:9 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:9, der SEQ ID NO:11 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:11, der SEQ ID NO:13 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:13, der SEQ ID NO:15 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:15 oder der SEQ ID NO:17 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:17;
- d) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes durch Rückübersetzung der Aminosäuresequenz eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:2, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:2 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:4, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:4 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:6, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:6 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:8, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:8 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:10, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:10 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:12, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:12 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:14, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:14 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:16, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:16 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:18, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:18 von mindestens 60% aufweist,
- a) a nucleic acid sequence with the SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 sequence shown; or
- b) a nucleic acid sequence which, on the basis of the degenerate genetic code, results from the back-translation of the sequences in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16 or SEQ ID NO: 18 derived amino acid sequences; or
- c) functional equivalents of SEQ ID NO: 1 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO : 5 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9 with an identity of at least 60 % to SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 13 , SEQ ID NO: 15 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 17;
- d) a nucleic acid sequence which, owing to the degenerate genetic code, is translated back by the amino acid sequence of a functional equivalent of SEQ ID NO: 2, which has an identity with SEQ ID NO: 2 of at least 60%, of a functional equivalent of SEQ ID NO: 4, which has an identity with SEQ ID NO: 4 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 6, which has an identity with SEQ ID NO: 6 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 8, which has an identity with SEQ ID NO: 8 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 10, which has an identity with SEQ ID NO: 10 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 12, which has an identity with SEQ ID NO: 12 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 14, which has an identity with SEQ ID NO: 14 of at least 60%, a functional equivalent eq equivalent of SEQ ID NO: 16, which has an identity with SEQ ID NO: 16 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 18, which has an identity with SEQ ID NO: 18 of at least 60%,
als Targets für Fungizide.as targets for fungicides.
An dieser Stelle werden nun einige der in der Beschreibung verwendeten Begriffe definiert. Proteine kodierend für ein Ubiquitin conjugating Enzymes E2 sowie Proteine des 26s Proteasoms werden im folgenden auch mit dem Begriff "Protein(e) des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges" wiedergegeben.At this point, some are now of the terms used in the description. Encoding proteins for a Ubiquitin conjugating enzyme E2 and proteins of the 26s proteasome are also given below with the term "protein (s) of the ubiquitin proteasome pathway".
"Affinitäts-Tag": Bezeichnet ein Peptid oder Polypeptid, dessen kodierende Nukleinsäuresequenz mit der ein Protein des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges kodierenden Nukleinsäuresequenz direkt oder mittels eines Linkers über gängige Klonierungstechniken fusioniert werden kann. Das Affinitäts-Tag dient zur Isolierung, Anreicherung und/oder gezielten Aufreinigung des rekombinanten Zielproteins mittels Affinitäts-Chromatographie aus Gesamtzellextrakten. Der oben erwähnte Linker kann vorteilhaft eine Protease-Schnittstelle (z.B. für Thrombin oder Faktor Xa) enthalten, wodurch das Affinitäts-Tag bei Bedarf vom Zielprotein abgespalten werden kann. Beispiele für gängige Affinitäts-Tags sind das "His-Tag" z.B. von Quiagen, Hilden, "Strep-Tag", das Myc-Tag" (Invitrogen, Carlsberg), das aus einer Chitin bindenden Domäne und einem Intein bestehende Tag von New England Biolabs, das Maltosebindende Protein (pMal) von New England Biolabs und das sogenannte CBD-Tag von Novagen. Der Affinitäts-Tag kann dabei am 5'oder 3'-Ende der kodierenden Nukleinsäuresequenz mit der für das Zielprotein kodierenden Sequenz angebracht sein."Affinity Tag": denotes an Peptide or polypeptide, the coding nucleic acid sequence with which encode a protein of the ubiquitin proteasome pathway nucleic acid sequence directly or via a linker using common cloning techniques can be merged. The affinity tag is for isolation, Enrichment and / or targeted purification of the recombinant target protein using affinity chromatography from total cell extracts. The linker mentioned above can be beneficial a protease interface (e.g. for Thrombin or factor Xa) contain, whereby the affinity tag at Can be split off from the target protein as required. Examples of common affinity tags are these "His-Tag" e.g. von Quiagen, Hilden, "Strep-Tag", the Myc-Tag "(Invitrogen, Carlsberg), the domain consisting of a chitin-binding domain and an intein New England Biolabs Day, the Maltose Binding Protein (pMal) from New England Biolabs and the so-called CBD tag from Novagen. The affinity day can be on 5 'or 3 'end of the coding nucleic acid sequence with the for the sequence coding for the target protein may be appropriate.
"Enzymatische Aktivität / Aktivitätstest": Der Begriff enzymatische Aktivität beschreibt einerseits die Fähigkeit eines Enzyms ein Substrat in ein Produkt umzuwandeln. Die enzymatische Aktivität kann in einem sogenannten Aktivitätstest über die Zunahme des Produktes, die Abnahme des Substrates (oder Eduktes) oder die Abnahme eines spezifischen Cofaktors oder über eine Kombination aus mindestens zwei der vorstehend genannten Parameter in Abhängigkeit einer definierten Zeitspanne bestimmt werden. Andererseits beschreibt der Begriff Aktivität, daß durch die Präsenz des Pro teins des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges in Organismen wie Hefen und Pilze Wachstums- und Überlebensfähigkeit vermittelt wird. Wird die Aktivität des an der Ubiquitinierung beteiligten Proteins gehemmt, so führt dies zu einem verminderten Wachstum oder Infektiosität oder einem Wachstumsstillstand, dem Verlust der Infektiosität oder einem Absterben des Organismus."Enzymatic activity / Activity test ": The term enzymatic activity describes the ability on the one hand of an enzyme to convert a substrate into a product. The enzymatic activity In a so-called activity test, the increase in the product, the removal of the substrate (or starting material) or the removal of one specific cofactor or over a combination of at least two of the above parameters dependent on within a defined period of time. On the other hand describes the term activity, that by the presence of the protein of the ubiquitin proteasome pathway in organisms how yeast and mushrooms are taught to grow and survive. Becomes the activity of the protein involved in ubiquitination is inhibited reduced growth or infectivity or growth arrest, the loss of infectivity or dying of the organism.
"Expressionskassette": Eine Expressionskassette enthält eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz funktionell verknüpft mit mindestens einem genetischen Kontrollelement wie einem Promotor sowie vorteilhaft mit einem weiteren Kontrollelement wie einem Terminator. Die Nukleinsäuresequenz der Expressionskasette kann beispielsweise eine genomische oder eine komplementäre DNA-Sequenz oder eine RNA-Sequenz sowie halb- oder vollsynthetische Analoga davon sein. Diese Sequenzen können in linearer oder zirkulärer Form, extra-chromosomal oder integriert in das Genom vorliegen. Die entsprechenden Nukleinsäuresequenzen können synthetisch hergestellt oder natürlich gewonnen werden oder eine Mischung aus synthetischen und natürlichen DNA-Bestandteilen enthalten, sowie aus verschiedenen heterologen Genabschnitten verschiedener Organismen bestehen."Expression cassette": An expression cassette contains a nucleic acid sequence according to the invention functionally linked with at least one genetic control element such as a promoter and advantageously with a further control element such as a terminator. The nucleic acid sequence the expression cassette can, for example, be a genomic or a complementary DNA sequence or an RNA sequence as well as semi or fully synthetic Analogues of it. These sequences can be in linear or circular form, extra-chromosomal or integrated into the genome. The corresponding nucleic acid sequences can synthetically manufactured or natural can be obtained or a mixture of synthetic and natural Contain DNA components, as well as from various heterologous Genetic sections of different organisms exist.
Auch artifizielle Nukleinsäuresequenzen sind hierbei geeignet, solange sie die Expression des Proteins des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges in einer Zelle oder einem Organismus ermöglichen. Beispielsweise können synthetische Nukleotid-Sequenzen erzeugt werden, die bezüglich der Kodon-Nutzung des von den zu transformierenden Organismen optimiert wurden.Also artificial nucleic acid sequences are suitable as long as they express the protein of Ubiquitin proteasome pathway in a cell or a cell Enable organism. For example synthetic nucleotide sequences are generated which are related to the Codon usage optimized by the organisms to be transformed were.
Alle vorstehend erwähnten Nukleotid-Sequenzen sind in an sich bekannter Weise durch chemische Synthese aus den Nukleotidbausteinen wie beispielsweise durch Fragment-Kondensation einzelner überlappender, komplementärer Nukleotidbausteine der Doppelhelix herstellbar. Die chemische Synthese von Oligonukleotiden kann beispielsweise, in bekannter Weise, nach der Phosphoamiditmethode (Voet, Voet, 2. Auflage, Wiley Press New York, Seite 896-897) erfolgen. Bei der Präparation einer Expressionskassette können verschiedene DNA-Fragmente so manipuliert werden, dass eine Nukleotid-Sequenz mit korrekter Leserichtung und korrektem Leseraster erhalten wird. Die Verbindung der Nukleinsäure-Fragmente untereinander erfolgt über allgemeine Klonierungstechniken wie sie beispielsweise in T. Maniatis, E.F. Fritsch und J. Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1989) sowie in T.J. Silhavy, M.L. Berman und L.W. Enquist, Experiments with Gene Fusions, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1984) und in Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994) beschrieben sind.All of the nucleotide sequences mentioned above are known per se by chemical synthesis from the Nucleotide building blocks such as by fragment condensation single overlapping, complementary Nucleotide building blocks of the double helix can be produced. Chemical synthesis of oligonucleotides can, for example, in a known manner the phosphoamidite method (Voet, Voet, 2nd edition, Wiley Press New York, pages 896-897). When preparing an expression cassette can Different DNA fragments are manipulated to form a nucleotide sequence is obtained with correct reading direction and correct reading frame. The connection of the nucleic acid fragments among themselves takes place over general cloning techniques such as those used in T. Maniatis, E. F. Fritsch and J. Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1989) and in T.J. Silhavy, M.L. Berman and L.W. Enquist, Experiments with Gene Fusions, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1984) and in Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994) are described.
"Funktionelle Verknüpfung": Unter einer funktionellen oder operativen Verknüpfung versteht man die sequenzielle Anordnung regulativer Sequenzen bzw. genetischer Kontrollelemente derart, daß jede der regulativen Sequenzen bzw. jedes der genetischer Kontrollelemente ihre Funktion bei der Expression der kodierenden Sequenz bestimmungsgemäß erfüllen kann."Functional Link ": Under a functional or operational link one understands the sequential arrangement of regulatory sequences or genetic control elements such that each of the regulatory sequences or each of the genetic control elements their function in the Expression of the coding sequence can meet the intended purpose.
"Funktionelle Äquivalente" beschreiben hier Nukleinsäuresequenzen, die unter Standardbedingungen mit der für das an der Ubiquitinierung beteiligte Protein kodierenden Nukleinsäuresequenz oder Teilen der für Protein des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges kodierenden Nukleinsäuresequenz hybridisieren und befähigt sind die Expression eines aktiven Proteins des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges in einer Zelle oder einem Organismus zu bewirken."Functional equivalents" describe here Nucleic acid sequences, which under standard conditions with that for the ubiquitination involved protein coding nucleic acid sequence or parts of the for protein of the nucleic acid sequence encoding the ubiquitin proteasome pathway hybridize and empowered are the expression of an active protein of the ubiquitin proteasome Cause metabolic pathway in a cell or an organism.
Zur Hybrisierung werden vorteilhaft kurze Oligonukleotide mit einer Länge von etwa 10-50bp, vorzugsweise 15-40bp [Längen ok?] beispielsweise der konservierten oder sonstigen Bereiche, die über Vergleiche mit anderen verwandten Genen in dem Fachmann bekannter Weise ermittelt werden können, verwendet. Es können aber auch längere Fragmente der erfindungsgemäßen Nukleinsäuren mit einer Länge von 100-500 by oder die vollständigen Sequenzen für die Hybridisierung verwendet werden. Je nach der verwendeten Nukleinsäure: Oligonukleotid, längeres Fragment oder vollständige Sequenz oder je nachdem welche Nukleinsäureart DNA oder RNA für die Hybridisierung verwendet werden, variieren diese Standardbedingungen. So liegen beispielsweise die Schmelztemperaturen für DNA:DNA-Hybride ca 10°C niedriger als die von DNA:RNA-Hybriden gleicher Länge.For hybridization, it is advantageous to use short oligonucleotides with a length of about 10-50 bp, preferably 15-40 bp [lengths ok?], For example the conserved or other areas, which are compared can be determined with other related genes in a manner known to those skilled in the art. However, longer fragments of the nucleic acids according to the invention with a length of 100-500 bp or the complete sequences can also be used for the hybridization. These standard conditions vary depending on the nucleic acid used: oligonucleotide, longer fragment or complete sequence or depending on the type of nucleic acid DNA or RNA used for the hybridization. For example, the melting temperatures for DNA: DNA hybrids are approx. 10 ° C lower than those of DNA: RNA hybrids of the same length.
Unter Standardhybridisierungsbedingungen sind beispielsweise je nach Nukleinsäure Temperaturen zwischen 42 und 58°C in einer wäßrigen Pufferlösung mit einer Konzentration zwischen 0,1 bis 5 × SSC (1 × SSC = 0,15 M NaCl, 15 mM Natriumcitrat, pH 7,2) oder zusätzlich in Gegenwart von 50% Formamid wie beispielsweise 42°C in 5 × SSC, 50% Formamid zu verstehen. Vorteilhafterweise liegen die Hybridisierungsbedingungen für DNA:DNA-Hybride bei 0,1 × SSC und Temperaturen zwischen etwa 20°C bis 65°C, bevorzugt zwischen etwa 30°C bis 45°C. Für DNA:RNA-Hybride liegen die Hybridisierungsbedingungen vorteilhaft bei 0,1 × SSC und Temperaturen zwischen etwa 30°C bis 65°C, bevorzugt zwischen etwa 45°C bis 55°C. Diese angegebenen Temperaturen für die Hybridisierung sind beispielhaft kalkulierte Schmelztemperaturwerte für eine Nukleinsäu re mit einer Länge von ca. 100 Nukleotiden und einem G + C-Gehalt von 50 % in Abwesenheit von Formamid. Die experimentellen Bedingungen für die DNA-Hybridisierung sind in einschlägigen Lehrbüchern der Genetik wie beispielsweise Sambrook et al., "Molecular Cloning", Cold Spring Harbor Laboratory, 1989, beschrieben und lassen sich nach dem Fachmann bekannten Formeln beispielsweise abhängig von der Länge der Nukleinsäuren, der Art der Hybride oder dem G + C-Gehalt berechnen. Weitere Informationen zur Hybridisierung kann der Fachmann folgenden Lehrbüchern entnehmen: Ausubel et al. (eds), 1985, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York; Hames and Higgins (eds), 1985, Nucleic Acids Hybridization: A Practical Approach, IRL Press at Oxford University Press, Oxford; Brown (ed), 1991, Essential Molecular Biology: A Practical Approach, IRL Press at Oxford University Press, Oxford.Under standard hybridization conditions for example, depending on the nucleic acid, temperatures are between 42 and 58 ° C in an aqueous buffer solution a concentration between 0.1 to 5 x SSC (1 x SSC = 0.15 M NaCl, 15 mM Sodium citrate, pH 7.2) or additional in the presence of 50% formamide such as 42 ° C in 5 × SSC, 50% To understand formamide. The hybridization conditions advantageously lie for DNA: DNA hybrids at 0.1 × SSC and temperatures between about 20 ° C up to 65 ° C, preferably between about 30 ° C. up to 45 ° C. For DNA: RNA hybrids the hybridization conditions are advantageously 0.1 × SSC and Temperatures between about 30 ° C up to 65 ° C, preferably between about 45 ° C up to 55 ° C. These specified temperatures for the hybridization are exemplary calculated melting temperature values for one Nucleic acid with a length of approximately 100 nucleotides and a G + C content of 50% in the absence of Formamide. The experimental conditions for DNA hybridization are in relevant textbooks genetics such as Sambrook et al., "Molecular Cloning", Cold Spring Harbor Laboratory, 1989, and can be described according to formulas known to the person skilled in the art for example dependent of length of nucleic acids, the type of hybrid or the G + C content. Further information For hybridization, the specialist can find the following textbooks: Ausubel et al. (eds), 1985, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York; Hames and Higgins (eds), 1985, Nucleic Acids Hybridization: A Practical Approach, IRL Press at Oxford University Press, Oxford; Brown (ed), 1991, Essential Molecular Biology: A Practical Approach, IRL Press at Oxford University Press, Oxford.
Unter einem funktionellen Äquivalent versteht man ferner insbesondere auch natürliche oder künstliche Mutationen der entsprechenden Nukleinsäuresequenzen des über die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen kodierten Proteins sowie deren Homologe aus anderen Organismen.Under a functional equivalent one also understands in particular also natural or artificial Mutations of the corresponding nucleic acid sequences of the nucleic acid sequences according to the invention encoded protein and their homologues from other organisms.
Somit werden beispielsweise auch solche Nukleotidsequenzen durch die vorliegende Erfindung mit umfasst, welche man durch Modifikation der Nukleinsäuresequenz des an der Ubiquitinierung beteiligten Proteins erhält. Beispielhaft können solche Modifikationen durch dem Fachmann geläufige Techniken, wie "Site Directed Mutagenesis", "Error Prone PCR", "DNA-shuffling" (Nature 370, 1994, pp.389-391) oder "Staggered Extension Process" (Nature Biotechnol. 16, 1998, pp.258-261) erzeugt werden. Ziel einer solchen Modifikation kann z.B. die Einfügung weiterer Restriktionsenzymschnittstellen, die Entfernung von DNA zur Verkürzung der Sequenz, der Austausch von Nukleotiden zur Codon-Optimierung oder das Hinzufügen weiterer Sequenzen sein. Proteine, die über modifizierte Nukleinsäuresequenzen kodiert werden, müssen trotz abweichender Nukleinsäuresequenz noch die gewünschten Funktionen besitzen.Thus, for example, too such nucleotide sequences are encompassed by the present invention, which is obtained by modifying the nucleic acid sequence at the ubiquitination protein involved. Exemplary such modifications by techniques familiar to the person skilled in the art, such as "site directed mutagenesis", "error prone PCR", "DNA shuffling" (Nature 370, 1994, pp.389-391) or "Staggered Extension Process "(Nature Biotechnol. 16, 1998, pp.258-261). Aim of such Modification can e.g. the insertion further restriction enzyme interfaces, the removal of DNA for shortening the sequence, the exchange of nucleotides for codon optimization or adding other sequences. Proteins that have modified nucleic acid sequences must be encoded despite a different nucleic acid sequence still the ones you want Have functions.
Der Begriff des funktionellen Äquivalents kann sich auch auf das durch die entsprechende Nukleinsäuresequenz kodierte Aminosäuresequenz beziehen. In diesem Fall beschreibt der Begriff funktionelles Äquivalent ein Protein, dessen Aminosäuresequenz mit der für das an der Ubiquitinierung beteiligten Proteins bis zu einem bestimmten Prozentsatz identisch oder homolog ist.The concept of the functional equivalent can also affect that through the appropriate nucleic acid sequence encoded amino acid sequence Respectively. In this case, the term describes the functional equivalent a protein whose amino acid sequence with the for the protein involved in ubiquitination to a certain level Percentage is identical or homologous.
Funktionelle Äquivalente umfassen somit natürlich vorkommende Varianten der hierin beschriebenen Sequenzen sowie künstliche, z.B. durch chemische Synthese erhaltene, an den Kodon-Gebrauch adaptierte Nukleinsäuresequenzen bzw. die davon abgeleiteten Aminosäuresequenzen.Functional equivalents thus include naturally occurring ones Variants of the sequences described here as well as artificial e.g. nucleic acid sequences obtained by chemical synthesis and adapted to codon use or the amino acid sequences derived therefrom.
"Genetische Kontrollsequenz": Der Begriff der genetischen Kontrollsequenzen äquivalent zu sehen mit dem Begriff "regulatorische Sequenz" beschreibt die Sequenzen, die einen Einfluss auf die Transkription und gegebenenfalls Translation der erfindungsgemäßen Nukleinsäuren in prokaryotischen oder eukaryontischen Organismen haben. Beispiele sind hierfür sind Promotoren, Terminatoren oder sogenannte "enhancer" Sequenzen. Zusätzlich zu diesen Kontrollsequenzen oder anstelle dieser Sequenzen kann die natürliche Regulation dieser Sequenzen vor den eigentlichen Strukturgenen noch vorhanden sein und gegebenenfalls genetisch so modifiziert worden sein, dass die natürliche Regulation ausgeschaltet und die Expression des Zielgens modifiziert, also erhöht oder erniedrigt wurde. Die Auswahl der Kontrollsequenz erfolgt abhängig vom Wirtsorganismus oder Ausgangsorganismus. Genetische Kontrollsequenzen umfassen ferner auch die 5'-untranslatierte Region, Introns oder die nichtkodierende 3'-Region von Genen. Als Kontrollsequenzen sind weiterhin solche zu verstehen, die eine homologe Rekombination bzw. Insertion in das Genom eines Wirtsorganismus ermöglichen oder die Entfernung aus dem Genom erlauben."Genetic Control sequence ": The concept of genetic control sequences should be seen as equivalent to that Term "regulatory Sequence "describes the sequences that have an impact on transcription and where appropriate Translation of the nucleic acids according to the invention into have prokaryotic or eukaryotic organisms. Examples are for this are promoters, terminators or so-called "enhancer" sequences. In addition to these control sequences or instead of these sequences can the natural regulation of these sequences be present before the actual structural genes and if necessary have been genetically modified so that natural regulation switched off and the expression of the target gene modified, so elevated or has been humiliated. The control sequence is selected depending on the Host organism or parent organism. Genetic control sequences also include the 5 'untranslated Region, introns or the 3 'non-coding region of genes. As control sequences are still to be understood as those that have a homologous recombination enable insertion into the genome of a host organism or allow removal from the genome.
"Homologie" oder "Identität" zwischen zwei Nukleinsäuresequenzen
oder Polypeptidsequenzen wird durch die Identität der Nukleinsäuresequenz/Polypeptidsequenz über die
jeweils gesamte Sequenzlänge
definiert, die durch Vergleich mit Hilfe des Programmalgorithmus
GAP (Wisconsin Package Version 10.0, University of Wisconsin, Genetics
Computer Group (GCG), Madison, USA) unter Einstellung folgender
Parameter berechnet wird:
Gap Weight: 50 Length Weight: 3
Average
Match: 10 Average Mismatch: –9
Anstelle
des Begriff homolog oder Homologie wird im Folgenden auch gleichbedeutend
der Begriff Identität verwendet."Homology" or "identity" between two nucleic acid sequences or polypeptide sequences is defined by the identity of the nucleic acid sequence / polypeptide sequence over the respective total sequence length, which can be determined by comparison using the program algorithm GAP (Wisconsin Package Version 10.0, University of Wisconsin, Genetics Computer Group (GCG ), Madison, USA) using the following parameters:
Gap Weight: 50 Length Weight: 3
Average Match: 10 Average Mismatch: –9
Instead of the term homologous or homology, the term identity is used synonymously below.
"Mutationen" umfassen Substitutionen (=Ersetzungen), Additionen (Hinzufügung), Deletionen (Löschung), Inversion (Veränderungen) oder Insertionen (Einfügungen) eines oder mehrerer Nukleotidreste, wodurch sich auch die entsprechende Aminosäuresequenz des Zielproteins mittels Substitution, Insertion oder Deletion einer oder mehrerer Aminosäuren verändern kann."Mutations" include substitutions (= Replacements), additions (addition), deletions (deletion), Inversion (changes) or insertions one or more nucleotide residues, whereby the corresponding amino acid sequence the target protein by substitution, insertion or deletion of a or more amino acids change can.
"Knock-Out-Transformanden" bezeichnet Einzelkulturen eines transgenen Organismus, in denen über Transformation ein spezifisches Gen gezielt inaktiviert wurde."Knock-out transformants" denotes individual cultures of a transgenic organism in which a specific Gene was specifically inactivated.
"Natürliche genetische Umgebung" meint den natürlichen chromosomalen Locus in dem Herkunftsorganismus. Im Fall einer genomischen Bibliothek ist die natürliche genetische Umgebung der Nukleinsäuresequenz bevorzugt zumindest noch teilweise erhalten. Die Umgebung flankiert die Nukleinsäuresequenz zumindest an 5'- oder 3'-Seite und hat eine Sequenzlänge von mindestens 50bp, bevorzugt mindestens 100 bp, besonders bevorzugt mindestens 500 bp, ganz besonders bevorzugt mindestens 1000 bp, am meisten bevorzugt mindestens 5000 bp."Natural genetic Environment "means the natural chromosomal locus in the organism of origin. In the case of a genomic Library is the natural one genetic environment of the nucleic acid sequence preferably at least partially preserved. The surrounding area flanked the nucleic acid sequence at least on 5'- or 3 'side and has a sequence length of at least 50 bp, preferably at least 100 bp, particularly preferred at least 500 bp, very particularly preferably at least 1000 bp, most preferably at least 5000 bp.
"Reaktionszeit" bezeichnet die Zeit, die man für die Durchführung eines Aktivitätstests bis zum Erhalt einer signifikanten Aussage über eine Aktivität benötigt und hängt sowohl vonder spezifischen Aktivität des im Test eingesetzten Proteins als auch von der verwendeten Methode und der Empfindlichkeit der verwendeten Geräte ab. Dem Fachmann ist die Ermittlung der Reaktionszeiten bekannt. Bei auf photometrischen Methoden basierenden Verfahren für die Identifizierung von Substanzen mit fungizider Wirkung liegen die Reaktionszeiten im allgemeinen zwischen > 0 bis 360 Minuten."Response time" means the time which one for the implementation an activity test until a significant statement about an activity is received and depends on both of the specific activity the protein used in the test and the method used and the sensitivity of the devices used. The expert is the Determination of the response times known. At on photometric Method based procedures for the identification of substances with fungicidal activity the reaction times generally between> 0 to 360 minutes.
"Rekombinante DNA" beschreibt eine Kombination von DNA-Sequenzen herstellbar durch rekombinante DNA-Technologie."Recombinant DNA "describes a combination of DNA sequences can be produced by recombinant DNA technology.
"Rekombinate DNA-Technologie": allgemein bekannte Techniken zur Fusionierung von DNA-Sequenzen (z.B. beschrieben in Sambrook et al., 1989, Cold Spring Habour, NY, Cold Spring Habour Laboratory Press)."Recombinant DNA technology ': generally known techniques for fusing DNA sequences (e.g. described in Sambrook et al., 1989, Cold Spring Habour, NY, Cold Spring Habour Laboratory Press).
"Replikationsursprünge" gewährleisten die Vermehrung der erfindungsgemäßen Expressionskassetten oder Vektoren in Mikroorganismen und Hef en z . B . der pBR322 on , ColE1 oder der P15A on in E . coli (Sambrook et al.: Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989) und der ARS1 on in Hefe (Nucleic Acids Research, 2000, 28(10): 2060-2068).Ensure "origins of replication" the multiplication of the expression cassettes according to the invention or vectors in microorganisms and yeasts, e.g. B. the pBR322 on , ColE1 or the P15A on in E. coli (Sambrook et al .: Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989) and the ARS1 on in yeast (Nucleic Acids Research, 2000, 28 (10): 2060-2068).
"Reportergene" kodieren für leicht quantifizierbare Proteine. Über Wachstums-, Fluoreszenz-, Chemo-, Biolumineszenz- oder Resistenzassay oder über eine photometrische Messung (Eigenfarbe) oder Enzymaktivität kann mittels dieser Gene eine Bewertung der Transformationseffizienz oder des Expressionsortes oder -zeitpunktes vorgenommen werden. Ganz besonders bevorzugt sind dabei Reporter-Proteine (Schenborn E, Groskreutz D. Mol Biotechnol."Reporter genes" code for easy quantifiable proteins. about Growth, fluorescence, chemo, bioluminescence or resistance assay or about a photometric measurement (intrinsic color) or enzyme activity can be done using of these genes an assessment of the transformation efficiency or the Expression location or time can be made. Most notably reporter proteins (Schenborn E, Groskreutz D. Mol Biotechnol.
1999; 13(1):29-44) wie das "green fluorescence Protein" (GFP) (Gerdes HH and Kaether C, FEBS Lett. 1996; 389(1):44-47; Chui WL et a1., Curr Biol 1996, 6:325-330; Leffel SM et al., Biotechniques. 23(5):912-8, 1997), die Chloramphenicolacetyltransferase, eine Luziferase (Giacomin, Plant Sci 1996, 116:59-72; Scikantha, J Bact 1996, 178:121; Millar et al., Plant Mol Biol Rep 1992 10:324-414), sowie Luziferasegene im allgemeinen die β-Galactosidase, oder die β-Glucuronidase (Jefferson et al., EMBO J. 1987, 6, 3901-3907) oder das Uraa-Gen.1999; 13 (1): 29-44) like "green fluorescence Protein "(GFP) (Gerdes HH and Kaether C, FEBS Lett. 1996; 389 (1): 44-47; Chui WL et a1., Curr Biol 1996, 6: 325-330; Leffel SM et al., Biotechniques. 23 (5): 912-8, 1997), chloramphenicol acetyl transferase, a luciferase (Giacomin, Plant Sci 1996, 116: 59-72; Scikantha, J Bact 1996, 178: 121; Millar et al., Plant Mol Biol Rep 1992 10: 324-414), and luciferase genes generally the β-galactosidase, or the β-glucuronidase (Jefferson et al., EMBO J. 1987, 6, 3901-3907) or the Uraa gene.
"Selektionsmarker" verleihen eine Resistenz
gegen Antibiotika, oder andere toxische Verbindungen: Beispielhaft
zu nennen seien hier das Neomycin-Phosphotransferase-Gen, das eine
Resistenz gegen die Aminoglycosid-Antibiotika Neomycin (G 418),
Kanamycin, Paromycin (Deshayes A et al., EMBO J. 4 (1985) 2731-2737),
das sul Gen kodierend für
eine mutierte Dihydropteroat Synthase (Guerineau F et al., Plant
Mol Biol. 1990; 15(1): 127-136), das Hygromycin B Phosphotransferase-Gen
(Gen Bank Accession NO: K 01193) und das shble Resistenzgen, das
eine Resistenz gegen die Bleomycin Antibiotika wie zB. Zeocin verleiht.
Weitere Beispiele für
Selektionsmarker-Gene sind Gene, die eine Resistenz gegen 2-Desoxyglucose-6-Phosphat (
"Signifikante Abnahme": bezogen auf die Aktivität des über eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz kodierten Polypeptides ist hier eine Aktivitätsabnahme des mit einer Testverbindung versetzten Polypeptides im Vergleich zur Aktivität des nicht mit der Testverbindung inkubierten gemeint, die außerhalb eines Meßfehlers liegt."Significant Decrease ": related on the activity of about a nucleic acid sequence according to the invention encoded polypeptide is a decrease in activity with a test compound added polypeptide compared to the activity of the test compound incubated meant the outside a measurement error lies.
"Target/Target Protein": ein am Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweg beteiligtes Protein, welches ein Enzym im klassischen Sinne sein kann oder z.B. ein Strukturprotein, ein für Entwicklungsprozesse relevantes Protein, Transportproteine, regulatorische Untereinheiten die einem Enzymkomplex eine Substrat- oder Aktivitätsregulation verleihen. Allen Targets oder Wirkorten gemein ist dabei, dass die funktionale Anwesenheit des Target Proteins es sentiell für das Überleben oder die normale Entwicklung, das Wachstum und/oder die Infektiosität des phytopathogenen Organismus sind."Target / Target Protein ": a on Ubiquitin proteasome pathway involved protein, which can be an enzyme in the classical sense or e.g. a structural protein, one for Development processes relevant protein, transport proteins, regulatory Subunits that regulate an enzyme complex substrate or activity to lend. It is common to all targets or action sites that the functional presence of the target protein makes it essential for survival or the normal development, growth and / or infectivity of the phytopathogenic Organism.
"Transformation" beschreibt einen Prozess zur Einführung heterologer DNA in eine pro- oder eukaryontische Zelle. Mit einer transformierten Zelle ist nicht nur das Produkt das Transformationsprozesses an sich beschrieben, sondern auch alle transgenen Nachkommen des durch die Transformation hergestellten transgenen Organismus'."Transformation" describes you Introduction process heterologous DNA in a pro- or eukaryotic cell. With a transformed cell is not just the product of the transformation process described per se, but also all transgenic descendants of the transgenic organism produced by the transformation '.
"Transgen": Bezogen auf eine Nukleinsäuresequenz, eine Expressionskassette oder einen Vektor enthaltend eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz oder einen Organismus transformiert mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz, Expressionskassette oder Vektor beschreibt der Ausdruck transgen alle solche durch gentechnische Methoden hergestellten Konstruktionen, in denen sich entweder die Nukleinsäuresequenz des Zielproteins oder eine mit der Nukleinsäuresequenz des Zielproteins funktionell verknüpfte genetische Kontrollsequenz oder eine Kombination der vorstehend genannten Möglichkeiten sich nicht in ihrer natürlichen genetischen Umgebung befinden oder durch gentechnische Methoden modifiziert wurden. Die Modifikation kann hier beispielsweise über Mutation eines oder mehrerer Nukleotidreste der entsprechenden Nukleinsäuresequenz erreicht werden."Transgene": Relating to one Nucleic acid sequence an expression cassette or a vector containing a nucleic acid sequence according to the invention or an organism transformed with a nucleic acid sequence according to the invention, Expression cassette or vector describes the expression transgenic all such constructions made by genetic engineering methods, in which either the nucleic acid sequence of the target protein or one with the nucleic acid sequence of the target protein functionally linked genetic control sequence or a combination of the above is not natural genetic environment or by genetic engineering methods were modified. The modification can here, for example, via mutation one or more nucleotide residues of the corresponding nucleic acid sequence can be achieved.
Für den zielgrichteten Abbau zahlreicher kurzlebiger Proteine in Eukaryoten ist der Ubiquitin Proteasom Weg verantwortlich. Die Proteine werden dazu zunächst mit einem oder mehreren Ubiquitinmolekülen markiert. Diese sogenannte Ubiquitinierung ist eine komplexer mehrstufiger Prozess, der die Ubiquitin Aktivierung durch das Ubiquitin aktivierende Enzym E1 und die Ubiquitin Konjugation über das Ubiquitin-konjugierende Enzym E2 einschließt. Die eigentliche Übertragung des Ubiquitin-konjugierenden Enzyms E2 kann auf zwei Wegen erfolgen. Zum einen kann das Ubiquitin direkt durch Kondensation der terminalen Carboxylgruppe des Ubiquitinrestes über eine Säureamidbindung mit dem Lysinrest des Zielproteins übertragen werden. Alternativ kann die Ubiqutinierung über die Ubiquitin-Protein-Ligase E3 erfolgen, die einen spezifischen Komplex mit dem Zielprotein und dem E2-Ubiquitin bildet und den Ubiquitinrest auf das Zielprotein überträgt (Schwarz S. E. et al. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 560-64).For the targeted degradation of numerous short-lived proteins in eukaryotes the ubiquitin proteasome pathway is responsible. The proteins are first of all labeled with one or more ubiquitin molecules. This so-called Ubiquitination is a complex, multi-step process that involves Ubiquitin activation by the ubiquitin activating enzyme E1 and the ubiquitin conjugation over includes the ubiquitin-conjugating enzyme E2. The actual transfer of the ubiquitin-conjugating enzyme E2 can be done in two ways. Firstly, the ubiquitin can be obtained directly by condensation of the terminal Carboxyl group of the ubiquitin residue via an acid amide bond with the lysine residue of the target protein become. Alternatively, ubiquitination via the ubiquitin protein ligase E3 are made that have a specific complex with the target protein and forms the E2-ubiquitin and transfers the ubiquitin residue to the target protein (black S.E. et al. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 560-64).
Die mit Ubiquitin markierten Proteine werden dann über mindestens zwei Wege dem proteolytischen Abbau zugeführt. Entweder erfolgt proteolytischer Abbau im Cytosol durch Proteasome oder Transmembranproteine werden auf das Signal hin internalisiert und der Ab bau findet lysosomal statt. Der nicht lysosomale proteolytische Abbau der ubiquitinmarkierten Proteinen erfolgt in einer ATP-abhängigen Reaktion im 26s Proteasom. Dieser Komplex setzt sich aus zwei Proteinaggregaten, dem 19s und dem 20s Partikel zusammen. Die zentrale katalytische Einheit ist das 20s Proteasom (Dick, T. P. et al. (1998) J. Biol. Chem. 273 (40), 25637-46). Die Regulation erfolgt durch die 19s Untereinheit. Es wird angenommen, dass dort das Substrat erkannt und entfaltet wird, um dann weiter in die katalytische Untereinheit geleitet zu werden (Glickman M. H. et al. (1998) Mol. Cell. Biol., 3149-62).The proteins labeled with ubiquitin are then over at least two routes to proteolytic degradation. Either there is proteolytic degradation in the cytosol by proteasomes or transmembrane proteins are internalized in response to the signal and the degradation takes place lysosomally instead of. The non-lysosomal proteolytic degradation of the ubiquitin-labeled Proteins occur in an ATP-dependent reaction in the 26s proteasome. This complex consists of two protein aggregates, the 19s and the 20s particle together. The central catalytic unit is the 20s proteasome (Dick, T.P. et al. (1998) J. Biol. Chem. 273 (40), 25637-46). The regulation takes place through the 19s subunit. It is assumed that the substrate is recognized and unfolded there is then passed on to the catalytic subunit (Glickman M.H. et al. (1998) Mol. Cell. Biol., 3149-62).
Nukleinsäuresequenzen kodierend für ein Ubiquitin-konjugierendes Enzym E2 sind aus Schizosaccharomyces pombe (Gen Bank Acc.No Q9PR4; Identität mit der SEQ ID NO:1 = 72,9%, Identität mit der SEQ ID NO:2 = 79,01%) und Colletotrichum gloeosporioides (Gen Bank Acc.No Q74196; Identität mit der SEQ ID NO:3 = 85,5%, Identität mit der SEQ ID NO:4 = 97,3%) bekannt.Nucleic acid sequences coding for an ubiquitin-conjugating Enzyme E2 are from Schizosaccharomyces pombe (Gen Bank Acc.No Q9PR4; identity with SEQ ID NO: 1 = 72.9%, identity with SEQ ID NO: 2 = 79.01%) and Colletotrichum gloeosporioides (Gen Bank Acc.No Q74196; identity with the SEQ ID NO: 3 = 85.5%, identity with SEQ ID NO: 4 = 97.3%).
Nukleinsäuresequenzen kodierend für die 20s Proteasom Untereinheit sind aus S. cerevisiae (Gen Bank Acc.No PSB6 YEAST; Identität mit der SEQ ID NO:5 = 72,4%, Identität mit der SEQ ID NO:6 = 72,2%, Gen Bank Acc.No PSB5 YEAST; Identität mit der SEQ ID NO:7 = 64,2%, Identität mit der SEQ ID NO:8 = 73,9%, Gen Bank Acc.No PSA2 YEAST; Identität mit der SEQ ID NO:11 = 64,1%, Identität mit der SEQ ID NO:12 = 72,8%), Neurospora crassa (Gen Bank Acc.No PSB2 NEUCR; Identität mit der SEQ ID NO:9 = 72,8%, Identität mit der SEQ ID NO:10 = 88,0%) und Schizosaccharomyces pombe (Gen Bank Acc.No PSA4-SCHPO; Identität mit der SEQ ID NO:13 = 68,3%, Identität mit der SEQ ID NO:14 = 69,6%) bekannt.Nucleic acid sequences coding for the 20s Proteasome subunit are from S. cerevisiae (Gen Bank Acc.No PSB6 YEAST; identity with SEQ ID NO: 5 = 72.4%, identity with SEQ ID NO: 6 = 72.2%, gene Bank Acc.No PSB5 YEAST; identity with SEQ ID NO: 7 = 64.2%, identity with SEQ ID NO: 8 = 73.9%, Gen Bank Acc.No PSA2 YEAST; Identity with SEQ ID NO: 11 = 64.1%, identity with SEQ ID NO: 12 = 72.8%), Neurospora crassa (Gen Bank Acc.No PSB2 NEUCR; identity with SEQ ID NO: 9 = 72.8%, identity with SEQ ID NO: 10 = 88.0%) and Schizosaccharomyces pombe (Gen Bank Acc.No PSA4-SCHPO; identity with the SEQ ID NO: 13 = 68.3%, identity with SEQ ID NO: 14 = 69.6%).
Nukleinsäuresequenzen kodierend für die regulatorische Untereinheit des 26s Proteasoms sind aus Aspergillus nidulans (Gen Bank Acc.No PRS6 ASPNG; Identität mit der SEQ ID NO:15 = 77,3%, Identität mit der SEQ ID NO:16 = 89,3%) und S. cerevisiae (Gen Bank Acc.No SUG2 YEAST; Identität mit der SEQ ID NO:17 = 67,2%, Identität mit der SEQ ID NO:18 = 71,9%) bekannt.Nucleic acid sequences coding for the regulatory Subunits of the 26s proteasome are from Aspergillus nidulans (Gen Bank Acc.No PRS6 ASPNG; identity with SEQ ID NO: 15 = 77.3%, identity with SEQ ID NO: 16 = 89.3%) and S. cerevisiae (Gen Bank Acc.No SUG2 YEAST; identity with the SEQ ID NO: 17 = 67.2%, identity with SEQ ID NO: 18 = 71.9%).
Überraschenderweise wurde gefunden, dass Komponenten des Ubiquitin-Proteasom Pathways aus phytopathogenen filamentösen Pilzen sich als Targets eignen.Surprisingly components of the ubiquitin proteasome pathway were found from phytopathogenic filamentous Mushrooms are suitable as targets.
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist daher die Verwendung von mindestens einem Protein des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges kodiert durch eine Nukleinsäuresequenz ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus
- a) einer Nukleinsäuresequenz mit der in SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15 oder SEQ ID NO:17 dargestellten Sequenz;
- b) einer Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes aus den durch Rückübersetzung der in SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 oder SEQ ID NO:18 dargestellten Aminosäuresequenzen ableiten läßt;
- c) funktionelle Äquivalente der SEQ ID NO:1 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:1, der SEQ ID N0:3 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID N0:3, der SEQ ID NO:5 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:5, der SEQ ID NO:7 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:7, der SEQ ID NO:9 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:9, der SEQ ID NO:11 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:11, der SEQ ID NO:13 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:13, der SEQ ID NO:15 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:15 oder der SEQ ID NO:17 mit einer Identität von mindestens 60% zu der SEQ ID NO:17; oder
- d) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes durch Rückübersetzung der Aminosäuresequenz eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:2, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:2 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:4, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:4 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:6, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:6 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:8, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:8 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:10, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:10 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:12, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:12 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:14, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:14 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:16, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:16 von mindestens 60% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:18, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:18 von mindestens 60% aufweist, ableiten läßt.
- a) a nucleic acid sequence with the SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 sequence shown;
- b) a nucleic acid sequence which, on the basis of the degenerate genetic code, results from the back-translation of the sequences in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16 or SEQ ID NO: 18 derived amino acid sequences;
- c) functional equivalents of SEQ ID NO: 1 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 1, SEQ ID N0: 3 with an identity of at least 60% to SEQ ID N0: 3, SEQ ID NO : 5 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9 with an identity of at least 60 % to SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 13 , SEQ ID NO: 15 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 with an identity of at least 60% to SEQ ID NO: 17; or
- d) a nucleic acid sequence which, owing to the degenerate genetic code, is translated back by the amino acid sequence of a functional equivalent of SEQ ID NO: 2, which has an identity with SEQ ID NO: 2 of at least 60%, of a functional equivalent of SEQ ID NO: 4, which has an identity with SEQ ID NO: 4 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 6, which has an identity with SEQ ID NO: 6 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 8, which has an identity with SEQ ID NO: 8 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 10, which has an identity with SEQ ID NO: 10 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 12, which has an identity with SEQ ID NO: 12 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 14, which has an identity with SEQ ID NO: 14 of at least 60%, a functional equivalent eq equivalent of SEQ ID NO: 16, which has an identity with SEQ ID NO: 16 of at least 60%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 18, which has an identity with SEQ ID NO: 18 of at least 60%, can be derived.
als Target für Fungizide. Die funktionellen Äquivalente gemäß c) oder d) zeichnen sich durch eine im wesentlichen gleiche Funktionalität aus, d.h. sie haben die physiologische Funktion eines Proteins des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges.as a target for fungicides. The functional equivalents according to c) or d) are characterized by essentially the same functionality, i.e. they have the physiological function of a protein of ubiquitin Proteasome pathway.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:1 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:1 von mindestens 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68% vorzugsweise mindestens 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73% bevorzugt mindestens 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 1 have an identity with SEQ ID No: 1 of at least 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68% preferably at least 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73% preferably at least 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% are particularly preferred at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:3 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:3 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85% besonders bevorzugt mindestens 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 3 have an identity with SEQ ID No: 3 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85% particularly preferably at least 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID N0:5 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:5 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID N0: 5 show an identity with SEQ ID No: 5 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% are particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:7 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:7 von mindestens 60%, 61%, 62%, 63%, 64% vorzugsweise mindestens 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73% bevorzugt mindestens 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 7 have an identity with SEQ ID No: 7 of at least 60%, 61%, 62%, 63%, 64% preferably at least 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73% preferred at least 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% are particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:9 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:9 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69%, 70%, 71%, 72% bevorzugt mindestens 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 9 show an identity with SEQ ID No: 9 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72% preferably at least 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very special preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :11 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:11 von mindestens 60%, 61%, 62%, 63%, 64% vorzugsweise mindestens 65%, 66%, 67%, 68% bevorzugt mindestens 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 11 have an identity with SEQ ID No: 11 of at least 60%, 61%, 62%, 63%, 64% preferably at least 65%, 66%, 67%, 68% preferably at least 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very special preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :13 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:13 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68% bevorzugt mindestens 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 13 demonstrate an identity with SEQ ID No: 13 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68% adds at least 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84 %, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% ,
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :15 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:15 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, besonders bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 15 have an identity with SEQ ID No: 15 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, particularly preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :17 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:17 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67% bevorzugt mindestens 68%,69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 17 have an identity with SEQ ID No: 17 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67% preferably at least 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% especially preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :2 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:2 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79% besonders bevorzugt mindestens 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 2 have an identity with SEQ ID No: 2 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79% are particularly preferred at least 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :4 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:4 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97% ganz besonders bevorzugt mindestens 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 4 have an identity with SEQ ID No: 4 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% are particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97% very particularly preferably at least 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :6 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:6 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72% bevorzugt mindestens 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 6 show an identity with SEQ ID No: 6 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72% preferred at least 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :8 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:8 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% bevorzugt mindestens 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 8 have an identity with SEQ ID No: 8 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74% preferably at least 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :10 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:10 von mindestens 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68% vorzugsweise mindestens 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73% bevorzugt mindestens 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, ganz besonders bevorzugt mindestens 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95 %, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 10 have an identity with SEQ ID No: 10 of at least 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68% preferably at least 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73%, 70%, 71%, 72%, 73% preferably at least 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, very particularly preferably at least 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:12 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:12 von mindestens 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67% vorzugsweise mindestens 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78% bevorzugt mindestens 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85% besonders bevorzugt mindestens 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 12 have an identity with SEQ ID No: 12 of at least 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67% preferably at least 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78% preferably at least 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85% particularly preferably at least 86%, 87%, 88%, 89%, 90% entirely particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :14 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:14 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73% bevorzugt mindestens 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 14 have an identity with SEQ ID No: 14 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73% preferably at least 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% especially preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :16 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:16 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%,68%,69% und 70% bevorzugt mindestens 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% ganz besonders bevorzugt mindestens 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 16 have an identity with SEQ ID No: 16 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69% and 70% preferably at least 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% are particularly preferred at least 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID :18 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:18 von mindestens 60% vorzugsweise mindestens 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72% bevorzugt mindestens 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID: 18 have an identity with SEQ ID No: 18 of at least 60%, preferably at least 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72% preferred at least 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferred at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% whole particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Die oben stehend genannten Nukleinsäuresequenzen stammen vorzugsweise aus einem pyhtopathogenen filamentösen Pilz, bevorzugt aus einem filamentösen, phytopathogenen Pilz der Gattung Alternaria, Podosphaera, Sclerotinia, Physalospora, Botrytis, Corynespora; Colletotrichum; Diplocarpon; Elsinoe; Diaporthe; Sphaerotheca; Cinula, Cercospora; Erysiphe; Sphaerotheca; Leveillula; Mycosphaerella; Phyllactinia; Gloesporium; Gymnosporangium, Leptotthrydium, Podosphaera; Gloedes; Cladosporium; Phomopsis; Phytopora; Phytophthora; Erysiphe; Fusarium; Verticillium; Glomerella; Drechslera; Bipolaris; Personospora; Phaeoisariopsis; Spaceloma; Pseudocercosporella; Pseudoperonospora; Puccinia; Typhula; Pyricularia; Rhizoctonia; Stachosporium; Uncinula; Ustilago; Gaeumannomyces oder Fusarium, besonders bevorzugt aus einem phytopathogenen filamentösen Pilz ausgewählt aus den Gattungen und Arten Alternaria, Podosphaera, Sclerotinia, Physalospora z.B. Physalospora canker, Botrytis z.B. Botrytis cinerea, Corynespora z.B. Corynespora melonis; Colletotrichum; Diplocarpon z.B. Diplocarpon rosae; Elsinoe z.B. Elsinoe fawcetti, Diaporthe z.B. Diaporthe citri; Sphaerotheca; Cinula z.B. Cinula neccata, Cercospora; Erysiphe z.B. Erysiphe cichoracearum and Erysiphe graminis; Sphaerotheca z.B. Sphaerotheca fuliginea; Leveillula z.B. Leveillula taurica; Mycosphaerella; Phyllactinia z.B. Phyllactinia kakicola; Gloesporium z.B. Gloesporium kaki; Gymnosporangium z.B. Gymnosporangium yamadae, Leptotthrydium z.B. Leptotthrydium pomi, Podosphaera z.B. Podosphaera leucotricha; Gloedes z.B. Gloedes pomigena; Cladosporium z.B. Cladosporium carpophilum; Phomopsis; Phytopora; Phytophthora z.B. Phytophthora infestans; Verticillium; Glomerella z.B. Glomerella cingulata; Drechslera; Bipolaris; Personospora; Phaeoisariopsis z.B. Phaeoisariopsis vitis; Spaceloma z.B. Spaceloma ampelina; Pseudocercosporella z.B. Pseudocercosporella herpotrichoides; Pseudoperonospora; Puccinia; Typhula; Pyricularia z.B. Pyricularia oryzae; Rhizoctonia; Stachosporium z.B. Stachosporium nodorum; Uncinula z.B. Uncinula necator; Ustilago; Gaeumannomyces species z.B. Gaeumannomyces graminis und Fu sarium-species z.B. Fusarium dimerium, Fusarium merismoides, Fusarium lateritium, Fusarium decemcellulare, Fusarium poae, Fusarium tricinctum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium chlamydosporum, Fusarium moniliforme, Fusarium proliferatum, Fusarium anthophilum, Fusarium subglutinans, Fusarium nygamai, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Fusarium culmorum, Fusarium sambucinum, Fusarium crookwellense, Fusarium avenaceum ssp. avenaceum, Fusarium avenaceum ssp. aywerte, Fusarium avenaceum ssp. nurragi, Fusarium hetrosporum, Fusarium acuminatum ssp. acuminatum, Fusarium acuminatum ssp. armeniacum, Fusarium longipes, Fusarium compactum, Fusarium equiseti, Fusarium scripi, Fusarium polyphialidicum, Fusarium semitectum and Fusarium beomiforme und Fusarium graminearum, ganz besonders bevorzugt aus einem phytopathogenen filamentösen Pilz ausgewählt aus der Gattung Fusarium wie z.B. Fusarium dimerium, Fusarium merismoides, Fusarium lateritium, Fusarium decemcellulare, Fusarium poae, Fusarium tricinctum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium chlamydosporum, Fusarium moniliforme, Fusarium proliferatum, Fusarium anthophilum, Fusarium subglutinans, Fusarium nygamai, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Fusarium culmorum, Fusarium sambucinum, Fusarium crookwellense, Fusarium avenaceum ssp. avenaceum, Fusarium avenaceum ssp. aywerte, Fusarium avenaceum ssp. nurragi, Fusarium hetrosporum, Fusarium acuminatum ssp. acuminatum, Fusarium acuminatum ssp. armeniacum, Fusarium longipes, Fusarium compactum, Fusarium equiseti, Fusarium scripi, Fusarium polyphialidicum, Fusarium semitectum und Fusarium beomiforme bevorzugt, wobei aus der Gattung Fusarium der Pilz Fusarium graminearum besonders bevorzugt ist.The nucleic acid sequences mentioned above preferably originate from a pyhtopathogenic filamentous fungus, preferably from a filamentous, phytopathogenic fungus of the genus Alternaria, Po dosphaera, Sclerotinia, Physalospora, Botrytis, Corynespora; Colletotrichum; Diplocarpon; Elsinoe; Diaporthe; Sphaerotheca; Cinula, Cercospora; Erysiphe; Sphaerotheca; Leveillula; Mycosphaerella; Phyllactinia; Gloesporium; Gymnosporangium, Leptotthrydium, Podosphaera; Gloedes; Cladosporium; Phomopsis; Phytopora; Phytophthora; Erysiphe; Fusarium; Verticillium; Glomerella; Drechslera; Bipolaris; Personospora; Phaeoisariopsis; Spaceloma; Pseudocercosporella; Pseudoperonospora; Puccinia; Typhula; Pyricularia; Rhizoctonia; Stachosporium; Uncinula; Ustilago; Gaeumannomyces or Fusarium, particularly preferably from a phytopathogenic filamentous fungus selected from the genera and species Alternaria, Podosphaera, Sclerotinia, Physalospora eg Physalospora canker, Botrytis eg Botrytis cinerea, Corynespora eg Corynespora melonis; Colletotrichum; Diplocarpon eg Diplocarpon rosae; Elsinoe, for example Elsinoe fawcetti, Diaporthe, for example, Diaporthe citri; Sphaerotheca; Cinula, e.g. Cinula neccata, Cercospora; Erysiphe, for example Erysiphe cichoracearum and Erysiphe graminis; Sphaerotheca eg Sphaerotheca fuliginea; Leveillula eg Leveillula taurica; Mycosphaerella; Phyllactinia, for example Phyllactinia kakicola; Gloesporium eg Gloesporium kaki; Gymnosporangium eg Gymnosporangium yamadae, Leptotthrydium eg Leptotthrydium pomi, Podosphaera eg Podosphaera leucotricha; Gloedes eg Gloedes pomigena; Cladosporium, for example Cladosporium carpophilum; Phomopsis; Phytopora; Phytophthora eg Phytophthora infestans; Verticillium; Glomerella, for example Glomerella cingulata; Drechslera; Bipolaris; Personospora; Phaeoisariopsis, for example Phaeoisariopsis vitis; Spaceloma, for example Spaceloma ampelina; Pseudocercosporella, for example Pseudocercosporella herpotrichoides; Pseudoperonospora; Puccinia; Typhula; Pyricularia, for example Pyricularia oryzae; Rhizoctonia; Stachosporium eg Stachosporium nodorum; Uncinula eg Uncinula necator; Ustilago; Gaeumannomyces species, e.g. Gaeumannomyces graminis and Fu sarium-species, e.g. Fusarium dimerium, Fusarium merismoides, Fusarium lateritium, Fusarium decemcellulare, Fusarium poae, Fusarium tricinctum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium chlamydosiumusumumililararumarifarium fifarium fifarium, Fusarium Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Fusarium culmorum, Fusarium sambucinum, Fusarium crookwellense, Fusarium avenaceum ssp. avenaceum, Fusarium avenaceum ssp. Ay values, Fusarium avenaceum ssp. nurragi, Fusarium hetrosporum, Fusarium acuminatum ssp. acuminatum, Fusarium acuminatum ssp. armeniacum, Fusarium longipes, Fusarium compactum, Fusarium equiseti, Fusarium scripi, Fusarium polyphialidicum, Fusarium semitectum and Fusarium beomiforme and Fusarium graminearum, very particularly preferably from a phytopathogenic filamentous fungus selected from the genus Fusariumususususususususususususususususususususususususususus), Fusarium graminearium, very particularly preferably from a phytopathogenic filamentous fungus selected from the genus Fusariumusususususususususususususususususususususususususususus) Fusarium decemcellulare, poae Fusarium, tricinctum, Fusarium sporotrichioides, Fusarium moniliforme chlamydosporum, Fusarium, Fusarium proliferatum anthophilum, Fusarium subglutinans, Fusarium nygamai, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Fusarium culmorum sambucinum, Fusarium, Fusarium crookwellense, Fusarium avenaceum ssp. avenaceum, Fusarium avenaceum ssp. Ay values, Fusarium avenaceum ssp. nurragi, Fusarium hetrosporum, Fusarium acuminatum ssp. acuminatum, Fusarium acuminatum ssp. armeniacum, Fusarium longipes, Fusarium compactum, Fusarium equiseti, Fusarium scripi, Fusarium polyphialidicum, Fusarium semitectum and Fusarium beomiforme are preferred, with the fungus Fusarium graminearum being particularly preferred from the genus Fusarium.
Des weiteren werden in der vorliegenden Erfindung Nukleinsäuresequenzen beansprucht, die für ein Protein des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges zur Verwendung als Target für Fungizide kodieren, umfassend:
- a) eine Nukleinsäuresequenz mit der in SEQ ID :1, SEQ ID :3, SEQ ID :5, SEQ ID :7, SEQ ID :9, SEQ ID :11, SEQ ID :13, SEQ ID :15 oder SEQ ID :17 dargestellten Sequenz; oder
- b) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes aus den durch Rückübersetzung der in SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:4, SEQ ID :6, SEQ ID :8, SEQ ID :10, SEQ ID :12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 oder SEQ ID NO:18 dargestellten Aminosäuresequenzen ableiten läßt;
- c) funktionelle Äquivalente der SEQ ID NO:1 mit einer Identität von mindestens 74% zu der SEQ ID NO:1, der SEQ ID NO:3 mit einer Identität von mindestens 86% zu der SEQ ID NO:3, der SEQ ID NO:5 mit einer Identität von mindestens 73% zu der SEQ ID NO:5, der SEQ ID NO:7 mit einer Identität von mindestens 65% zu der SEQ ID NO:7, der SEQ ID NO:9 mit einer Identität von mindestens 73% zu der SEQ ID NO:9, der SEQ ID NO:11 mit einer Identität von mindestens 65% zu der SEQ ID NO:11, der SEQ ID NO:13 mit einer Identität von mindestens 69% zu der SEQ ID NO:13, der SEQ ID NO:15 mit einer Identität von mindestens 78% zu der SEQ 2D NO:15 oder der SEQ ID NO:17 mit einer Identität von mindestens 68% zu der SEQ ID NO:17; oder
- d) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes durch Rückübersetzung der Aminosäuresequenz eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:2, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:2 von mindestens 80% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:4, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:4 von mindestens 98% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:6, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:6 von mindestens 73% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:8, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:8 von mindestens 75% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:10, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:10 von mindestens 89% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:12, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:12 von mindestens 74% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:14, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:14 von mindestens 71% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID N0:16, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:16 von mindestens 90% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:18, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:18 von mindestens 73% aufweist, ableiten läßt.
- a) a nucleic acid sequence with the SEQ ID: 1, SEQ ID: 3, SEQ ID: 5, SEQ ID: 7, SEQ ID: 9, SEQ ID: 11, SEQ ID: 13, SEQ ID: 15 or SEQ ID: 17 sequence shown; or
- b) a nucleic acid sequence which, on the basis of the degenerate genetic code, is obtained from the back-translation of the sequences in SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 4, SEQ ID: 6, SEQ ID: 8, SEQ ID: 10, SEQ ID: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16 or SEQ ID NO: 18 derived amino acid sequences;
- c) functional equivalents of SEQ ID NO: 1 with an identity of at least 74% to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 with an identity of at least 86% to SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO : 5 with an identity of at least 73% to SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 with an identity of at least 65% to SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9 with an identity of at least 73 % to SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11 with an identity of at least 65% to SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13 with an identity of at least 69% to SEQ ID NO: 13 , SEQ ID NO: 15 with an identity of at least 78% to SEQ 2D NO: 15 or SEQ ID NO: 17 with an identity of at least 68% to SEQ ID NO: 17; or
- d) a nucleic acid sequence which, owing to the degenerate genetic code, is converted back by the amino acid sequence of a functional equivalent of SEQ ID NO: 2, which has an identity with SEQ ID NO: 2 of at least 80%, of a functional equivalent of SEQ ID NO: 4, which has an identity with SEQ ID NO: 4 of at least 98%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 6, which has an identity with SEQ ID NO: 6 of at least 73%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 8, which has an identity with SEQ ID NO: 8 of at least 75%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 10, which has an identity with SEQ ID NO: 10 of at least 89%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 12, which has an identity with the SEQ ID NO: 12 from has at least 74%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 14, which has an identity with SEQ ID NO: 14 of at least 71%, a functional equivalent of SEQ ID N0: 16, which has an identity with SEQ ID NO: 14 16 of at least 90%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 18, which has an identity with SEQ ID NO: 18 of at least 73%, can be derived.
Die funktionellen Äquivalente gemäß c) oder d) zeichnen sich durch eine im wesentlichen gleiche Funktionalität aus, d.h. sie haben die physiologische Funktion eines Proteins des Ubiquitin Proteasom Stoffwechselweges.The functional equivalents according to c) or d) are characterized by essentially the same functionality, i.e. they have the physiological function of a protein of ubiquitin Proteasome pathway.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:1 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:1 von mindestens 74% vorzugsweise mindestens 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 1 have an identity with SEQ ID No: 1 of at least 74%, preferably at least 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:3 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:1 von mindestens 86% vorzugsweise mindestens 87%, 88% bevorzugt mindestens 89%, 90%, 91%, 92%, 93% besonders bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96% ganz besonders bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 3 have an identity with SEQ ID No: 1 of at least 86%, preferably at least 87%, 88% preferably at least 89%, 90%, 91%, 92%, 93% particularly preferred at least 94%, 95%, 96% very particularly preferably at least 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:5 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:5 von mindestens 73% vorzugsweise mindestens 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 5 show an identity with SEQ ID No: 5 of at least 73%, preferably at least 74% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:7 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:7 von mindestens 65% vorzugsweise mindestens 66%, 67%,68%,69%, 70%, 71%, 72%, 73% bevorzugt mindestens 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% besonders bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% ganz besonders bevorzugt mindestens 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 7 have an identity with SEQ ID No: 7 of at least 65%, preferably at least 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73% preferably at least 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% particularly preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% very particularly preferably at least 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:9 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:9 von mindestens 73% vorzugsweise mindestens 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 9 show an identity with SEQ ID No: 9 of at least 73%, preferably at least 74% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:11 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:11 von mindestens 73% vorzugsweise mindestens 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 11 have an identity with SEQ ID No: 11 of at least 73%, preferably at least 74% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:13 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:13 von mindestens 69% vorzugsweise mindestens 70%, 71%, 72%, 73%, 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 13 have an identity with SEQ ID No: 13 of at least 69%, preferably at least 70%, 71%, 72%, 73%, 74,% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ 2D NO:15 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:15 von mindestens 78% vorzugsweise mindestens 79%, 80%,81%, 82% bevorzugt mindestens 83%, 84%, 85%, 86%, 87% besonders bevorzugt mindestens 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ 2D NO: 15 show an identity with SEQ ID No: 15 of at least 78%, preferably at least 79%, 80%, 81%, 82% preferably at least 83%, 84%, 85%, 86%, 87% especially preferably at least 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferred at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:17 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:17 von mindestens 68% vorzugsweise mindestens 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 17 have an identity with SEQ ID No: 17 of at least 68%, preferably at least 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74, 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:2 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:2 von mindestens 80% vorzugsweise mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87% bevorzugt mindestens 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93% besonders bevorzugt mindestens 94%, 95%, 96% ganz besonders bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 2 have an identity with SEQ ID No: 2 of at least 80%, preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87% preferably at least 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93% particularly preferably at least 94%, 95%, 96% entirely particularly preferably at least 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:4 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:4 von mindestens 98% vorzugsweise mindestens 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 4 have an identity with SEQ ID No: 4 of at least 98%, preferably at least 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:6 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:6 von mindestens 73% vorzugsweise mindestens 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt Mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 6 show an identity with SEQ ID No: 6 of at least 73%, preferably at least 74% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferred at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:8 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:8 von mindestens 75% vorzugsweise mindestens 76%, 77%, 78%, 79%, 80% bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 8 have an identity with SEQ ID No: 8 of at least 75%, preferably at least 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% entirely particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:10 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:10 von mindestens 89% vorzugsweise mindestens 90%, 91% bevorzugt mindestens 92%, 93%, 94% besonders bevorzugt mindestens 95%, 96%, 97% ganz besonders bevorzugt mindestens 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 10 have an identity with SEQ ID No: 10 of at least 89%, preferably at least 90%, 91% preferably at least 92%, 93%, 94% particularly preferred at least 95%, 96%, 97% very particularly preferably at least 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:12 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:12 von mindestens 74% vorzugsweise mindestens 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% bevorzugt mindestens 81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 12 have an identity with SEQ ID No: 12 of at least 74%, preferably at least 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80% preferably at least 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:14 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:14 von mindestens 71% vorzugsweise mindestens 72%, 73%, 74,% 75%, 76%, 77%, 78% bevorzugt mindestens 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 14 have an identity with SEQ ID No: 14 of at least 71%, preferably at least 72%, 73%, 74,% 75%, 76%, 77%, 78% preferably at least 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:16 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:16 von mindestens 90% vorzugsweise mindestens 91%, 92%, 93%, 94% bevorzugt mindestens 95%, 96% besonders bevorzugt mindestens 97%, 98% ganz besonders bevorzugt mindestens 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 16 have an identity with SEQ ID No: 16 of at least 90%, preferably at least 91%, 92%, 93%, 94% preferably at least 95%, 96% particularly preferred at least 97%, 98% very particularly preferably at least 99%.
Funktionelle Äquivalente der Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:18 weisen eine Identität mit der SEQ ID No:18 von mindestens 73% vorzugsweise mindestens 74,% 75%, 76%, 77% bevorzugt mindestens 78%, 79%, 80%,81%, 82%, 83%, 84%, besonders bevorzugt mindestens 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%,91%, 92% ganz besonders bevorzugt mindestens 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% auf.Functional equivalents of the nucleic acid sequences SEQ ID NO: 18 have an identity with SEQ ID No: 18 of at least 73%, preferably at least 74% 75%, 76%, 77% preferably at least 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, particularly preferably at least 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92% very particularly preferably at least 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% on.
Die SEQ ID NO:1 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 74% zu der SEQ ID NO:1) und die SEQ ID NO:3 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 86% zu der SEQ ID NO:3) kodieren für ein Polypeptid mit der biologischen Aktivität eines E2(im folgenden als "E2" bezeichnet).The SEQ ID NO: 1 and its functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 74% to SEQ ID NO: 1) and SEQ ID NO: 3 as well as their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 86% to SEQ ID NO: 3) code for a polypeptide with the biological activity an E2 (hereinafter referred to as "E2").
Die SEQ ID NO:5 sowie deren funktionelle Äquivalente wie (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 73% zu der SEQ ID NO:5), SEQ ID NO:7 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 65% zu der SEQ ID NO:7), die SEQ ID NO:9 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 73% zu der SEQ ID NO:9), die SEQ ID NO:11 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 65% zu der SEQ ID NO:11), SEQ ID NO:13 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 69% zu der SEQ ID NO:13) kodieren für Polypeptide des 20s Proteasom (im folgenden als "20s" bezeichnet), deren Anwesenheit für die Funktionalität des 20s Proteasoms essentiell ist. Im 20s Proteasom befinden sich die die katalytischen Proteasezentren, d.h. die Proteolyse findet in dieser UE statt.The SEQ ID NO: 5 and its functional equivalents like (e.g. with an identity of at least 60% or 73% to SEQ ID NO: 5), SEQ ID NO: 7 as well their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 65% to SEQ ID NO: 7), SEQ ID NO: 9 as well as their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 73% to SEQ ID NO: 9), SEQ ID NO: 11 as well as their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 65% to SEQ ID NO: 11), SEQ ID NO: 13 as well their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 69% to SEQ ID NO: 13) code for polypeptides the 20s proteasome (hereinafter referred to as "20s"), their presence for the functionality of the 20s proteasome is essential. In the 20s proteasome are which are the catalytic protease centers, i.e. the proteolysis takes place held in this UE.
Die SEQ ID NO:15 sowie deren funktionelle Äquivalente wie (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 78% zu der SEQ ID NO:37), die SEQ ID NO:17 sowie deren funktionelle Äquivalente (z.B. mit einer Identität von mindestens 60% oder 68% zu der SEQ ID NO:39) kodieren für Polypeptide des 19s (im folgenden als "19s" bezeichnet) (hab ich das so richtig verstanden??) Proteasom, deren Anwesenheit für die Funktionalität des 26s Proteasoms essentiell ist. Das 19s Proteasom ist für die Bindung der ubiquitinierten Substratproteine an dem Proteasom zuständig.The SEQ ID NO: 15 and its functional equivalents like (e.g. with an identity of at least 60% or 78% to SEQ ID NO: 37), SEQ ID NO: 17 as well as their functional equivalents (e.g. with an identity of at least 60% or 68% to SEQ ID NO: 39) code for polypeptides of the 19s (hereinafter referred to as "19s") (hab I really understood that ??) proteasome, its presence for the functionality of the 26s Proteasomes is essential. The 19s proteasome is for binding of the ubiquitinated substrate proteins on the proteasome.
Die Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ 2D NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15, SEQ ID NO:17 sowie die oben definierten funktionellen Äquivalente der vorstehend genannten Nukleinsäuresequenzen werden im folgenden auch mit dem Begriff "erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenzen" bezeichnet. Die durch die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequnzen kodierten an Proteine des Ubiquitin Proteasom Stoffwechsels werden im folgenden als "UPS-Proteine" bezeichnet.The nucleic acid sequences SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ 2D NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 17 and those defined above functional equivalents of the above nucleic acid sequences are as follows also referred to with the term "nucleic acid sequences according to the invention". The by the nucleic acid sequences according to the invention encoded to proteins of the ubiquitin proteasome metabolism hereinafter referred to as "UPS proteins".
Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen können für die Herstellung von Hybridisierungssonden verwendet werden, über welche funktiolle Äquivalente der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen isoliert werden können. Die Herstellung dieser Sonden sowie die Durchführung der Experimente ist bekannt. Sie kann zum Beispiel über die gezielte Herstellung radioaktiver oder nicht radioaktiver Sonden mittels PCR und der Verwendung von entsprechend markierten Oligonukleotiden erfolgen mit anschließenden Hybridisierungsexperimenten. Die hierfür erforderlichen Technologien sind beispielsweise in T. Maniatis, E.F. Fritsch und J. Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1989) aufgeführt. Die entsprechenden Sonden können weiterhin mittels Standardtechnologien (Lit. SDM bzw. random Mutagenesis) so modifiziert werden, dass sie für weitere Zwecke eingesetzt werden können, z.B. als Sonde, die spezifisch zu mRNA sowie den entsprechenden codierenden Sequenzen hybridisiert zwecks Analyse der entsprechenden Sequenzen in anderen Organismen. Die Sonde kann z. B. zum Screening in einer genomischen oder cDNA Bank des entsprechenden Pilzes oder in einer Computer-Recherche nach analogen Sequenzen in elektronischen Datenbanken verwendet.The nucleic acid sequences according to the invention can for the Manufacture of hybridization probes are used, via which functional equivalents of the nucleic acid sequences according to the invention isolated can be. The manufacture of these probes and the conduct of the experiments are known. she can for example about the targeted manufacture of radioactive or non-radioactive probes by means of PCR and the use of appropriately labeled oligonucleotides followed by Hybridization experiments. The technologies required for this are described, for example, in T. Maniatis, E.F. Fritsch and J. Sambrook, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY (1989). The corresponding probes can still using standard technologies (Lit. SDM or random mutagenesis) be modified so that they can be used for other purposes can be e.g. as a probe that is specific to mRNA and the corresponding coding sequences hybridized for analysis of the corresponding Sequences in other organisms. The probe can e.g. B. for screening in a genomic or cDNA library of the corresponding fungus or in a computer research for analog sequences in electronic Databases used.
Weitere Anwendungen der oben beschriebenen Sonden sind die Analyse eventuell veränderter Expressionsprofile der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen in diversen Pilzen, bevorzugt phytopathogenen Pilzen speziell in Verbindung mit bestimmten Faktoren wie erhöhter Resistenz gegenüber Fungizide, der Detektion des Pilzes in Pflanzenmaterial sowie Detektion von entstehenden Resi stenzen. Der Begriff phytopathogene Pilze ist bereits oben definiert.Further applications of the probes described above are the analysis of possibly changed expression profiles of the nucleic acid sequences according to the invention in various fungi, preferably phytopathogenic fungi especially in connection with certain factors such as increased resistance to fungicides, the detection of the fungus in plant material and the detection of emerging resistances. The term phytopathogenic fungi has already been defined above.
Die Erhöhung der Resistenz gegen ein Fungizid, welches ein UPS Protein als Target hat, basiert häufig auf Mutation, z.B. dem Austausch von Aminosäuren verursacht durch eine Mutation in der Nukleinsäuresequenz, an für die Substratspezifität essentiellen Stellen wie z.B. im Bereich des aktiven Zentrums oder an anderen Stellen des Proteins, welche die Bindung des Substrates beeinflussen. Aufgrund der vorstehend beschriebenen Veränderungen kann die Bindung des als Fungizid wirkenden Inhibitors an das UPS Protein erschwert oder gar verhindert werden, so dass eine eingeschränkte oder keine fungizide Wirkung in den entsprechenden Kulturen zu beobachten ist.Increasing resistance to one Fungicide targeting a UPS protein is often based on Mutation, e.g. the exchange of amino acids caused by a Mutation in the nucleic acid sequence, on for the substrate specificity essential places such as in the area of the active center or elsewhere in the protein, which is the binding of the substrate influence. Due to the changes described above can bind the inhibitor acting as a fungicide to the UPS Protein can be difficult or even prevented, so that a restricted or no fungicidal activity was observed in the corresponding crops is.
Da die hierbei auftretenden Veränderungen oft nur wenige Basenpaare umfassen, können die oben beschriebenen Sonden basierend auf den erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen oder einen wie oben beschriebenen funktionellen Äquivalent wie oben beschrieben zur Detektion von entsprechend mutierten erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen in vollständig oder partiell resistenter phytopathogener Pilze verwendet werden.Because the changes that occur here often comprising only a few base pairs, those described above can be used Probes based on the nucleic acid sequences according to the invention or a functional equivalent as described above as described above for the detection of mutant nucleic acid sequences according to the invention in completely or partially resistant phytopathogenic fungi can be used.
Nach Isolation des entsprechenden Gen oder Genabschnitt des UPS Proteins aus dem entsprechenden resistenten Pilz mittels der oben erwähnten Sonden gefolgt von Sequenzierung und Vergleich mit der entsprechenden Wildtyp-Nukleinsäuresequenz stehen für die Analytik prinzipiell zwei Methoden zur Verfügung:After isolation of the corresponding Gene or gene segment of the UPS protein from the corresponding resistant Mushroom using the above mentioned Probes followed by sequencing and comparison with the corresponding one Wild-type nucleic acid sequence stand for analytics basically has two methods:
- 1. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Mittels gängiger Methoden werden zwei Primerpaare konstruiert, wobei das erste komplementär zu der Wildtypsequenz ist, das zweite komplementär zu der entsprechend mutierten Sequenz. Über PCR kann nun die entsprechend mutierte Spezies quantitativ und qualitativ nachgewiesen werden.1. According to one preferred embodiment includes the proof according to step ii and variant 3 of the inventive method comprising the following steps: Using common Methods two primer pairs are constructed, the first complementary to that Wild type sequence is the second complementary to that mutated accordingly Sequence. about PCR can now quantitatively and qualitatively identify the mutant species be detected.
- 2. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Durch die Veränderung der Basenabfolge können Restriktionsenzymschnittstellen entstehen oder verschwinden. Der entsprechende Bereich wird mittels flankierender Primer amplifiziert und im Anschluß mit dem oder den entsprechenden Restriktionsenzymen verdaut und/ oder sequenziert, wodurch das Vorhandensein der entsprechenden Mutation nachgewiesen werden kann.2. According to one preferred embodiment includes the proof according to step ii and variant 3 of the inventive method comprising the following steps: By changing the base sequence, restriction enzyme interfaces can arise or disappear. The corresponding area is created using flanking primer amplified and then with the corresponding Restriction enzymes are digested and / or sequenced, thereby increasing the presence the corresponding mutation can be detected.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung sind Expressionskassetten enthaltendAnother object of the invention are containing expression cassettes
a) genetische Kontrollsequenzen in funktioneller Verknüpfung mit einer Nukleinsäuresequenz umfassend
- a) eine Nukleinsäuresequenz mit der in SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15 oder SEQ ID NO:17 dargestellten Sequenz; oder
- b) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes aus den durch Rückübersetzung der in SEQ ID N?:2, SEQ ID N?:4, SEQ ID NO:6, SEQ ID NO:8, SEQ ID NO:10, SEQ ID NO:12, SEQ ID NO:14, SEQ ID NO:16 oder SEQ ID NO:18 dargestellten Aminosäuresequenzen ableiten läßt; oder
- c) funktionelle Äquivalente der SEQ ID NO:1 mit einer Identität von mindestens 74% zu der SEQ ID NO:1, der SEQ ID NO:3 mit einer Identität von mindestens 86% zu der SEQ ID NO:3, der SEQ ID NO:5 mit einer Identität von mindestens 73% zu der SEQ ID NO:5, der SEQ ID NO:7 mit einer Identität von mindestens 65% zu der SEQ ID NO:7, der SEQ ID NO:9 mit einer Identität von mindestens 73% zu der SEQ ID NO:9, der SEQ ID NO:11 mit einer Identität von mindestens 65% zu der SEQ ID NO:11, der SEQ ID NO:13 mit einer Identität von mindestens 69% zu der SEQ ID NO:13, der SEQ ID NO:15 mit einer Identität von mindestens 78% zu der SEQ ID NO:15 oder der SEQ ID NO:17 mit einer Identität von mindestens 68% zu der SEQ ID NO:17;
- d) eine Nukleinsäuresequenz, die sich aufgrund des degenerierten genetischen Codes durch Rückübersetzung der Aminosäuresequenz eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:2, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:2 von mindestens 80% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:4, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:4 von mindestens 98% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:6, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:6 von mindestens 73% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ 2D NO:8, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:8 von mindestens 75% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:10, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:10 von mindestens 89% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:12, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:12 von mindestens 74% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:14, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:14 von mindestens 71% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:16, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:16 von mindestens 90% aufweist, eines funktionellen Äquivalents der SEQ ID NO:18, das eine Identitiät mit der SEQ ID NO:18 von mindestens 73% aufweist, ableiten läßt;
- b) zusätzliche Funktionselemente; oder
- c) eine Kombination aus a) und b).
- a) genetische Kontrollsequenzen in funktioneller Verknüpfung mit einer erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz
- b) zusätzliche Funktionselemente; oder c) eine Kombination aus a) und b) in "in vitro" oder "in vivo" Testsystemen.
- a) a nucleic acid sequence with that in SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 sequence shown; or
- b) a nucleic acid sequence which, on the basis of the degenerate genetic code, is obtained from the back-translation of the sequences in SEQ ID N: 2, SEQ ID N: 4, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16 or SEQ ID NO: 18 derived amino acid sequences; or
- c) functional equivalents of SEQ ID NO: 1 with an identity of at least 74% to SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3 with an identity of at least 86% to SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO : 5 with an identity of at least 73% to SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7 with an identity of at least 65% to SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9 with an identity of at least 73 % to SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11 with an identity of at least 65% to SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13 with an identity of at least 69% to SEQ ID NO: 13 , SEQ ID NO: 15 with an identity of at least 78% with SEQ ID NO: 15 or SEQ ID NO: 17 with an identity of at least 68% with SEQ ID NO: 17;
- d) a nucleic acid sequence which, owing to the degenerate genetic code, is converted back by the amino acid sequence of a functional equivalent of SEQ ID NO: 2, which has an identity with SEQ ID NO: 2 of at least 80%, of a functional equivalent of SEQ ID NO: 4, which has an identity with SEQ ID NO: 4 of at least 98%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 6, which has an identity with SEQ ID NO: 6 of at least 73%, a functional equivalent of SEQ 2D NO: 8, which has an identity with SEQ ID NO: 8 of at least 75%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 10, which has an identity with SEQ ID NO: 10 of at least 89%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 12, which has an identity with SEQ ID NO: 12 of at least 74%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 14, which has an identity with SEQ ID NO: 14 of at least 71%, a functional equivalent eq equivalents of SEQ ID NO: 16, which have an identity with SEQ ID NO: 16 of at least 90%, a functional equivalent of SEQ ID NO: 18, which has an identity with SEQ ID NO: 18 of at least 73%, can be derived;
- b) additional functional elements; or
- c) a combination of a) and b).
- a) genetic control sequences in functional linkage with a nucleic acid sequence according to the invention
- b) additional functional elements; or c) a combination of a) and b) in "in vitro" or "in vivo" test systems.
Weiterer Gegenstand ist die Verwendung der oben genannten Ausführungsformen der Expressionskasetten (im folgenden als "erfindungsgemäße Expressionskassetten" bezeichnet) zur Expression eines UPS Proteins für in vitro oder in vivo Testsysteme. Die oben beschriebenen Expressionskasetten werden im folgenden als erfindungsgemäße Expressionskassetten bezeichnet.Another object is the use of the above-mentioned embodiments the expression cassettes (hereinafter referred to as "expression cassettes according to the invention") for Expression of a UPS protein for in vitro or in vivo test systems. The expression cassettes described above are hereinafter referred to as expression cassettes according to the invention.
Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfaßt eine erfindungsgemäße Expressionskassette am 5'-Ende der kodierenden Sequenz einen Promotor und am 3'-Ende Transkriptions-Terminations-Signal und gegebenenfalls weitere genetische Kontrollsequenzen, welche mit der dazwischen liegenden kodierenden Sequenz für das Gen des UPS-Proteins funktionell verknüpft sind.According to a preferred embodiment comprises an expression cassette according to the invention at the 5 'end of the coding Sequence a promoter and at the 3 'end Transcription termination signal and possibly further genetic Control sequences, which with the coding in between Sequence for the gene of the UPS protein functionally linked are.
Erfindungsgemäß sind auch Äquivalente der oben beschriebenen Expressionskassetten die zum Beispiel durch eine Kombination der einzelnen Nukleinsäuresequenzen auf einem Polynukleotid (Mehrfachkonstrukte), auf mehreren Polynukleotiden in einer Zelle (Kotransformation) oder durch sequenzielle Transformation zustande kommen können .Equivalents are also according to the invention of the expression cassettes described above, for example by a combination of the individual nucleic acid sequences on a polynucleotide (Multiple constructs), on several polynucleotides in one cell (Co-transformation) or by sequential transformation can come ,
Vorteilhafte genetische Kontrollsequenzen für die erfindungsgemäßen Expressionskassetten oder diese enthaltene Vektoren sind beispielsweise Promotoren wie cos-, tac-, trp-, tet-, lpp-, lac-, lacIq-, T7-, T5-, T3-, gal-, trc-, ara-, SP6-, λ-PR- oder im λ-PL- Promotor, die zur Expression der UPS Proteine in gram-negativen Bakterienstämmen verwendet werden können.Beneficial genetic control sequences for the Expression cassettes according to the invention or vectors contained therein are, for example, promoters such as cos, tac, trp, tet, lpp, lac, lacIq, T7, T5, T3, gal, trc, ara, SP6, λ-PR or in the λ-PL promoter, which for Expression of the UPS proteins used in gram-negative bacterial strains can be.
Weitere vorteilhafte genetische Kontrollsequenzen sind beispielsweise in den Promotoren amy und SPO2, die zur Expression der SSP in gram-positiven Bakterienstämmen verwendet werden können, sowie in den Hefe oder Pilzpromotoren AUG1, GPD-1, PX6, TEF, CUP1, PGK, GAP1, TPI, PH05, AOX1, GAL10/CYC1, CYC1, OliC, ADH, TDH, Kex2, MFa oder NMT oder Kombinationen der vorstehend genannten Promotoren enthalten (Degryse et al., Yeast 1995 Jun 15; 11(7):629-40; Romanos et a1. Yeast 1992 Jun;8(6):423-88; Benito et a1. Eur. J. Plant Pathol. 104, 207-220 (1998); Cregg et a1. Biotechnology (N Y) 1993 Aug;11(8):905-10; Luo X., Gene 1995 Sep 22;163(1):127-31; Nacken et al., Gene 1996 Oct 10;175(1-2): 253-60; Turgeon et a1., Mol Cell Biol 1987 Sep;7(9):3297-305) oder den Transkriptionsterminatoren NMT, Gcy1, TrpC, AOX1, nos, the PGK oder CYC1 (Degryse et al., Yeast 1995 Jun 15; 11(7):629-40; Brunelli et a1. Yeast 1993 Dec9(12): 1309-18; Frisch et a1., Plant Mol. Biol. 27 (2), 405-409 (1995); Scorer et al., Biotechnology (N.Y.) 12 (2), 181-184 (1994), Genbank acc. number Z46232; Zhao et al. Genbank acc number : AF049064; Punt et al., (1987) Gene 56 (1), 117-124), die zur Expression der SSP in Hefestämmen verwendet werden können.Further advantageous genetic control sequences are for example in the promoters amy and SPO2, which are used for expression the SSP can be used in gram-positive bacterial strains, as well in the yeast or fungal promoters AUG1, GPD-1, PX6, TEF, CUP1, PGK, GAP1, TPI, PH05, AOX1, GAL10 / CYC1, CYC1, OliC, ADH, TDH, Kex2, MFa or NMT or combinations of the above promoters (Degryse et al., Yeast 1995 Jun 15; 11 (7): 629-40; Romanos et a1. Yeast 1992 Jun. 8 (6): 423-88; Benito et a1. Eur. J. Plant Pathol. 104: 207-220 (1998); Cregg et a1. Biotechnology (NY) 1993 Aug; 11 (8): 905-10; luo X., Gene 1995 Sep 22; 163 (1): 127-31; Nacken et al., Gene 1996 Oct. 10; 175 (1-2): 253-60; Turgeon et al., Mol Cell Biol 1987 Sep; 7 (9): 3297-305) or the transcription terminators NMT, Gcy1, TrpC, AOX1, nos, the PGK or CYC1 (Degryse et al., Yeast 1995 Jun 15; 11 (7): 629-40; Brunelli et a1. Yeast 1993 Dec9 (12): 1309-18; Frisch et al., Plant Mol. Biol. 27 (2), 405-409 (1995); Scorer et al., Biotechnology (N.Y.) 12 (2), 181-184 (1994), Genbank acc. number Z46232; Zhao et al. Genbank acc number: AF049064; Punt et al., (1987) Gene 56 (1), 117-124) used to express SSP in yeast strains can be.
Als zur Expression in Insektenzellen geeignete genetische Kontrollelemente sind exemplarisch der Polyhedrin-Promotor sowie der p10-Promotor (Luckow, V.A. and Summers, M.D. (1988) Bio/Techn. 6, 47-55) sowie gegebenenfalls auch geeignete, dem Fachmann bekannte Terminatoren.As for expression in insect cells suitable genetic control elements are the polyhedrin promoter and the p10 promoter (Luckow, V.A. and Summers, M.D. (1988) Bio / Techn. 6, 47-55) and optionally also suitable ones known to the person skilled in the art Terminators.
Vorteilhafte genetische Kontrollsequenzen zur Expression der UPS Proteine in Zellkultur sind neben Polyadenylierungssequenzen zum Beispiel eukaryontische Promotoren viralen Ursprungs wie z.B. Promotoren des Polyoma, Adenovirus 2, Cytomegalovirus, HIV-Thymidinkinase oder Simian Virus 40 sowie gegebenenfalls auch geeignete, dem Fachmann bekannte Terminatoren.Beneficial genetic control sequences for expression of the UPS proteins in cell culture are in addition to polyadenylation sequences for example eukaryotic promoters of viral origin such as e.g. Promoters of polyoma, adenovirus 2, cytomegalovirus, HIV thymidine kinase or Simian Virus 40 and, if appropriate, also suitable ones to the person skilled in the art well-known terminators.
Unter zusätzlichen Funktionselementen b) sind beispielhaft aber nicht einschränkend Reportergene, Replikationsursprünge, Selektionsmarker und sogenannte Affinitäts-Tags, fusioniert mit der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz direkt oder mittels eines Linkers optional enthaltend eine Protease-Schnittstelle zu verstehen. Insbesondere bevorzugt sind weiterhin als zusätztliche Funktionselemente Sequenzen, die ein Targeting in die Vakuole, das Mitochondrium, das Peroxisom, das Endoplasmatische Retikulum (ER) oder durch ein Fehlen entsprechender operativer Sequenzen einen Verbleib im Kompartiment des Entstehens, dem Zytosol, ge währleisten (Kermode, Crit. Rev. Plant Sci. 15, 4 (1996), 285-423).Under additional functional elements b) are exemplary but not restrictive reporter genes, origins of replication, selection markers and so-called affinity tags, fused with the nucleic acid sequence according to the invention containing a protease interface either directly or by means of a linker to understand. Are also particularly preferred as additional ones Functional sequences that target the vacuole Mitochondrium, the peroxisome, the endoplasmic reticulum (ER) or a lack of corresponding operative sequences Ensure that it remains in the compartment of formation, the cytosol (Kermode, Crit. Rev. Plant Sci. 15, 4 (1996), 285-423).
Erfindungsgemäß sind ferner Vektoren, die mindestens eine Kopie der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen und/oder der erfindungsgemäßen Expressionskassetten enthalten.According to the invention are also vectors that at least one copy of the nucleic acid sequences according to the invention and / or the expression cassettes according to the invention contain.
Unter Vektoren sind außer Plasmiden auch alle anderen dem Fachmann bekannten Vektoren wie beispielsweise Phagen, Viren wie SV40, CMV, Baculovirus, Adenovirus, Transposons, IS-Elemente, Phasmide, Phagemide, Cosmide, lineare oder zirkuläre DNA zu verstehen. Diese Vektoren können autonom im Wirtsorganismus repliziert oder chromosomal repliziert werden bevorzugt ist eine chromosomale Replikation.Among vectors are plasmids also all other vectors known to the person skilled in the art, such as, for example Phages, viruses such as SV40, CMV, baculovirus, adenovirus, transposons, IS elements, phasmids, phagemids, cosmids, linear or circular DNA understand. These vectors can replicated autonomously in the host organism or replicated chromosomally chromosomal replication is preferred.
In einer weiteren Ausgestaltungsform des Vektors kann die erfindungsgemäße Nukleinsäurekonstrukt auch vorteilhafterweise in Form einer linearen DNA in die Organismen eingeführt werden und über heterologe oder homologe Rekombination in das Genom des Wirtsorganismus integriert werden. Diese lineare DNA kann aus einem linearisierten Plasmid oder nur aus dem Nukleinsäurekonstrukt als Vektor oder den verwendeten Nukleinsäuresequenzen bestehen.In a further embodiment of the vector, the nucleic acid construct according to the invention can also advantageously be introduced into the organisms in the form of a linear DNA and integrated into the genome of the host organism via heterologous or homologous recombination. This linear DNA can be from a linearized plasmid or only from the nucleic acid construct as a vector or the one used Nucleic acid sequences exist.
Weitere prokaryotische und eukaryotische Expressionssysteme sind genannt in Kapitel 16 und 17 in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989. Weitere vorteilhafte Vektoren werden in Hellens et al. (Trends in plant science, 5, 2000) beschrieben.More prokaryotic and eukaryotic Expression systems are mentioned in chapters 16 and 17 in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989. Other advantageous vectors are found in Hellens et al. (Trends in plant science, 5, 2000).
Die erfindungsgemäße Expressionskassette sowie davon abgeleitete Vektoren können zur Transformation von Bakterien, Cyanobakterien, Hefen, filamentösen Pilzen und Algen und eukaryontischen, nicht humanen Zellen (z.B. Insektenzellen) mit dem Ziel der rekombinanten Herstellung der UPS Proteine eingesetzt werden, wobei sich die Herstellung einer geeigneten Expressionskassette nach dem Organismus, in welchen das Gen exprimiert werden soll, richtet.The expression cassette according to the invention as well derived vectors can for the transformation of bacteria, cyanobacteria, yeasts, filamentous fungi and algae and eukaryotic, non-human cells (e.g. insect cells) are used with the aim of recombinant production of the UPS proteins, whereby the production of a suitable expression cassette the organism in which the gene is to be expressed, directed.
In einer weiteren vorteilhaften Ausführungsform können die im erfindungsgemäßen Verfahren verwendeten Nukleinsäuresequenzen auch alleine in einen Organismus eingebracht werden.In a further advantageous embodiment can those in the method according to the invention nucleic acid sequences used can also be introduced into an organism alone.
Sollen neben den Nukleinsäuresequenzen weitere Gene in den Organismus eingeführt werden, so können alle zusammen in einem einzigen Vektor oder jedes einzelne Gen in je einem Vektor in den Organismus eingebracht werden, wobei die verschiedenen Vektoren gleichzeitig oder sukzessive eingebracht werden können.Should be next to the nucleic acid sequences more genes can be introduced into the organism, so everyone can together in a single vector or each gene in each a vector can be introduced into the organism, the various Vectors can be introduced simultaneously or successively.
Hierbei kann das Einbringen der erfindungsgemäßen Nukleinsäure(n), der Expressionskassette oder des Vektors in die entsprechenden Organismen (Transformation) prinzipiell nach allen dem Fachmann bekannten Methoden erfolgen.The introduction of the nucleic acid (s) according to the invention, the expression cassette or the vector into the corresponding organisms (Transformation) in principle by all methods known to the person skilled in the art respectively.
Für die Transformation von Mikroorganismen kann der Fachmann entsprechende Methoden den Lehrbüchern von Sambrook, J. et al.For the transformation of microorganisms can be carried out by a person skilled in the art Methods the textbooks by Sambrook, J. et al.
(1989) Molecular cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, von F.M. Ausubel et al. (1994) Current protocols in molecular biology, John Wiley and Sons, von D.M. Glover et al., DNA Cloning Vo1.1, (1995), IRL Press (ISBN 019-963476-9), von Kaiser et al. (1994) Methods in Yeast Genetics, Cold Spring Habor Laboratory Press oder Guthrie et al. Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology, Methods in Enzymology, 1994, Academic Press entnehmen.(1989) Molecular cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, by F.M. Ausubel et al. (1994) Current protocols in molecular biology, John Wiley and Sons, by D.M. Glover et al., DNA Cloning Vo1.1, (1995), IRL Press (ISBN 019-963476-9), by Kaiser et al. (1994) Methods in Yeast Genetics, Cold Spring Habor Laboratory Press or Guthrie et al. Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology, Methods in Enzymology, 1994, Take Academic Press.
Bei der Transformation von filamentösen Pilzen bieten sich folgende Methoden an: Zum einen die Herstellung von Protoplasten und Transformation mit Hilfe von PEG (bliebe et al. (1997) Mycol. Res. 101 (7): 971-877; Proctor et al. (1997) Microbiol. 143, 2538-2591), zum anderen die Transformation unter zur Hilfe nahme von Agrobacterium tumefaciens (de Groot et al. (1998) Nat. Biotech. 16, 839-842).In the transformation of filamentous mushrooms The following methods are available: On the one hand, the production of Protoplasts and transformation using PEG (would remain et al. (1997) Mycol. Res. 101 (7): 971-877; Proctor et al. (1997) Microbiol. 143, 2538-2591), on the other hand the transformation under to help Agrobacterium tumefaciens (de Groot et al. (1998) Nat. Biotech. 16, 839-842).
Die durch Transformation mit einer der oben beschriebenen Ausführungsformen einer Expressionskassette oder eines Vektor hergestellten transgenen Organismen enthaltend als erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz SEQ ID NO:21, SEQ ID NO:23, SEQ ID NO:25, SEQ ID NO:27, SEQ ID NO:29, SEQ ID NO:31, SEQ ID NO:33, SEQ ID NO:35, SEQ ID NO:37 und SEQ ID NO:39 sowie die oben definierten funktionellen Äquivalente der vorstehend genannten Nukleinsäuresequenzen sowie die mittels Expression aus dem vorstehend genannten transgenen Organismus erhältliche rekombinante UPS Proteine sind Gegenstand der vorliegenden Erfindung. Transgene Organismen, enthaltend eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz werden auch als erfindungsgemäße Organismen bezeichnet.The one with transformation of the above-described embodiments an expression cassette or a vector produced transgenic Organisms containing as nucleic acid sequence SEQ ID NO: 21, SEQ according to the invention ID NO: 23, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 37 and SEQ ID NO: 39 as well as the functional equivalents defined above the above-mentioned nucleic acid sequences and the means Expression available from the above-mentioned transgenic organism recombinant UPS proteins are the subject of the present invention. Transgenic organisms containing a nucleic acid sequence according to the invention are also used as organisms according to the invention designated.
Organismen für die rekombinante Expression sind sind neben Bakterien, Hefen, Moose, Algen, Pilze auch eukaryontische Zellinien, bevorzugt Bakterien, Hefen und Pilze.Organisms for recombinant expression In addition to bacteria, yeasts, mosses, algae and fungi, they are also eukaryotic Cell lines, preferably bacteria, yeast and fungi.
Innerhalb der Bakterien sind Bakterien der Gattung Escherichia, Erwinia, Flavobacterium, Alcaligenes oder Cyanobakterien zum Beispiel der Gattung Synechocystis oder Anabena bevorzugt.Inside the bacteria are bacteria the genus Escherichia, Erwinia, Flavobacterium, Alcaligenes or Cyanobacteria, for example, of the genus Synechocystis or Anabena prefers.
Bevorzugte Hefen sind die Gattungen Saccharomyces, Schizosaccheromyces oder Pichia.Genes are preferred yeasts Saccharomyces, Schizosaccheromyces or Pichia.
Bevorzugte Pilze sind Aspergillus, Trichoderma, Ashbya, Neurospora, Fusarium, Beauveria, Mortierella, Saprolegnia, Pythium, oder weitere in Indian Chem Engr. Section B. Vol 37, No 1,2 (1995) beschriebene Pilze.Preferred mushrooms are Aspergillus, Trichoderma, Ashbya, Neurospora, Fusarium, Beauveria, Mortierella, Saprolegnia, Pythium, or others in Indian Chem Engr. Section B. Vol 37, No 1.2 (1995) mushrooms.
Prinzipiell sind als Wirtsorganismen auch transgene Tiere geeignet beispielsweise C. elegans.In principle, are as host organisms transgenic animals are also suitable, for example C. elegans.
Bevorzugt ist auch die Verwendung von Expressionsystemen und Vektoren, die öffentlich zugänglich oder kommerziell erhältich sind.Use is also preferred of expression systems and vectors that are publicly available or commercially available are.
Zur Verwendung in E. coli Bakterien sind die typischen vorteilhaften, kommerziell erhätlichen Fusions- und Expressionsvektoren pGEX [Pharmacia Biotech Inc; Smith, D.B. and Johnson, K.S. (1988) Gene 67:31-40], pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) and pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ) welches Glutathion S-transferase beinhaltet (GST), Maltose Bindeprotein, oder Protein A, die pTrc-Vektoren (Amann et a1., (1988) Gene 69:301-315) der "pKK233-2" von CLONTECH, Palo Alto, CA und die "pET"-, und die "pBAD"-Vektor-Serien von Stratagene, La Jolla zu nennen.For use in E. coli bacteria are the typical advantageous, commercially available Fusion and Expression Vectors pGEX [Pharmacia Biotech Inc; Smith, D.B. and Johnson, K.S. (1988) Gene 67: 31-40], pMAL (New England Biolabs, Beverly, MA) and pRIT5 (Pharmacia, Piscataway, NJ) which Contains glutathione S-transferase (GST), maltose binding protein, or Protein A, the pTrc vectors (Amann et al., (1988) Gene 69: 301-315) the "pKK233-2" from CLONTECH, Palo Alto, CA and the "pET" and "pBAD" vector series from Stratagene to call La Jolla.
Weitere vorteilhafte Vektoren zur Verwendung in Hefe sind pYep-Sec1 (Baldari, et a1., (1987) Embo J. 6:229-234), pMFa (Kurfan and Herskowitz, (1982) Cell 30:933-943), pJRY88 (Schultz et al., (1987) Gene 54:113-123), and pYES-Derivate, pGAPZ-Derivate, pPICZ-Derivate sowie die Vektoren des "Pichia Expression Kit" (Invitrogen Corporation, San Diego, CA). Vektoren für die Nutzung in filamentösen Pilzen sind beschrieben in: van den Hondel, C.A.M.J.J. & Punt, P.J. (1991) "Gene transfer systems and Vektor development for filamentous fungi, in: Applied Molecular Genetics of Fungi, J.F. Peberdy, et al., eds., p. 1-28, Cambridge University Press: Cambridge.Further advantageous vectors for use in yeast are pYep-Sec1 (Baldari, et al., (1987) Embo J. 6: 229-234), pMFa (Kurfan and Herskowitz, (1982) Cell 30: 933-943), pJRY88 ( Schultz et al., (1987) Gene 54: 113-123), and pYES derivatives, pGAPZ derivatives, pPICZ derivatives and the vectors of the "Pichia Expression Kit" (Invitrogen Corporation, San Diego, CA). Vectors for use in filamentous fungi are described in: van den Hondel, CAMJJ & Punt, PJ (1991) "Gene transfer systems and vector development for filamentous fungi, in: Applied Molecular Genetics of Fungi, JF Peberdy, et al., eds., p. 1-28, Cambridge University Press: Cambridge.
Alternativ können auch vorteilhaft Insektenzellexpressionsvektoren genutzt werden z.B. für die Expression in Sf9, Sf21 oder His Zellen, welche über rekombinante Baculoviren infiziert werden. Dies sind z.B. die Vektoren der pAc Serie (Smith et a1. (1983) Mol. Cell Biol. 3:2156-2165) und der pVL series (Lucklow and Summers (1989) Virology 170:31-39). Weiterhin genannt seien die Baculovirus Expressionssysteme "MaxBac 2.0 Kit" und "Insect Select System" von Invitrogen, Calsbald oder "BacPAK Baculovirus Expressionssystem" von CLONTECH, Palo Alto, CA. Alternativ können auch vorteilhaft Insektenzellexpressionsvektoren genutzt werden z.B. für die Expression in Sf9, Sf21 oder Hi5 Zellen, welche über rekombinante Baculoviren infiziert werden. Dies sind z.B. die Vektoren der pAc Serie (Smith et al. (1983) Mol. Cell Biol. 3:2156-2165) und der pVL series (Lucklow and Summers (1989) Virology 170:31-39). Weiterhin genannt seien die Baculovirus Expressionssysteme "MaxBac 2.0 Kit" und "Insect Select System" von Invitrogen, Calsbald oder "BacPAK Baculovirus Expressionssystem" von CLONTECH, Palo Alto, CA. Die Handhabung von Insektenzellen in Zellkultur sowie ihre Infektion zur Expression von Proteinen sind dem Fachmann bekannt und können in Analogie zu bekannten Methoden erfolgen (Luckow und Summers, Bio/Tech. 6, 1988, pp.47-55; Glover and Hames (eds) in DNA Cloning 2, A practical Approach, Expression Systems, Second Edition, Oxford University Press, 1995, 205-244).Alternatively, insect cell expression vectors can also be used advantageously are used e.g. For expression in Sf9, Sf21 or His cells, which via recombinant Baculoviruses get infected. These are e.g. the vectors of the pAc Series (Smith et al. (1983) Mol. Cell Biol. 3: 2156-2165) and the pVL series (Lucklow and Summers (1989) Virology 170: 31-39). Farther the Baculovirus expression systems "MaxBac 2.0 Kit" and "Insect Select System" from Invitrogen may be mentioned, Calsbald or "BacPAK Baculovirus Expression System "from CLONTECH, Palo Alto, CA. Alternatively, insect cell expression vectors can also be used advantageously are used e.g. For expression in Sf9, Sf21 or Hi5 cells, which via recombinant Baculoviruses get infected. These are e.g. the vectors of the pAc Series (Smith et al. (1983) Mol. Cell Biol. 3: 2156-2165) and the pVL series (Lucklow and Summers (1989) Virology 170: 31-39). Farther the Baculovirus expression systems "MaxBac 2.0 Kit" and "Insect Select System" from Invitrogen may be mentioned, Calsbald or "BacPAK Baculovirus Expression System "from CLONTECH, Palo Alto, CA. The handling of insect cells in cell culture as well their infection for the expression of proteins are known to the person skilled in the art and can in analogy to known methods (Luckow and Summers, Bio / Tech. 6, 1988, pp.47-55; Glover and Hames (eds) in DNA cloning 2, A practical Approach, Expression Systems, Second Edition, Oxford University Press, 1995, 205-244).
Des weiteren können zur Genexpression vorteilhaft Pflanzenzellen oder Algenzellen genutzt werden. Beispiele für Pflanzenexpressionsvektoren finden sich in Becker, D., et al. (1992) "New plant binary vectors with selectable markers located proximal to the left border", Plant Mol. Biol. 20: 1195-1197 oder in Bevan, M.W. (1984) "Binary Agrobacterium vectors for plant transformation", Nucl. Acid. Res. 12: 8711-8721.Furthermore, can be advantageous for gene expression Plant cells or algae cells can be used. Examples of plant expression vectors can be found in Becker, D., et al. (1992) "New plant binary vectors with selectable markers located proximal to the left border ", Plant Mol. Biol. 20: 1195-1197 or in Bevan, M.W. (1984) "Binary Agrobacterium vectors for plant transformation ", Nucl. Acid. Res. 12: 8711-8721.
Weiterhin können die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen in Säugerzellen exprimiert werden. Beispiel für entsprechende Expressionsvektoren sind pCDM8 und pMT2PC genannt in: Seed, B. (1987) Nature 329:840 oder Kaufuman et a1. (1987) EMBO J. 6:187-195). Dabei sind vorzugsweise zu nutzende Promotoren viralen Ursprungs wie z.B. Promotoren des Polyoma, Adenovirus 2, Cytomegalovirus oder Simian Virus 40. Weitere prokaryotische und eukaryotische Expressionssysteme sind genannt in Kapitel 16 und 17 in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989. Weitere vorteilhafte Vektoren werden in Hellens et al. (Trends in plant science, 5, 2000) beschrieben.Furthermore, the nucleic acid sequences according to the invention in mammalian cells be expressed. example for corresponding expression vectors are called pCDM8 and pMT2PC in: Seed, B. (1987) Nature 329: 840 or Kaufuman et a1. (1987) EMBO J. 6: 187-195). Promoters to be used are preferably viral Origin such as Promoters of polyoma, adenovirus 2, cytomegalovirus or Simian Virus 40. Other prokaryotic and eukaryotic expression systems are mentioned in Chapters 16 and 17 in Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd, ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989. Further advantageous vectors are in Hellens et al. (Trends in plant science, 5, 2000).
Sämtliche, oben beschriebenen Ausführungsformen der transgenen Organismen werden unter dem Begriff "erfindungsgemäßer transgener Organismus" zusammengefaßt.All, Embodiments described above of the transgenic organisms are called "transgenic invention Organism "summarized.
Ein weiterer Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung von Nuklein- oder Aminosäuresquenzen eines UPS Proteins in einem Verfahren zur Identifizierung von Verbindungen mit fun gizider Wirkung. Sämtliche Verfahren für die Identifizierung von Inhibitoren mit fungizider Wirkung werden im folgenden als erfindungsgemäße Verfahren bezeichnet.Another subject of the present Invention is the use of nucleic or amino acid sequences a UPS protein in a connection identification process with a fun gicidal effect. All Procedure for the identification of inhibitors with fungicidal activity in the following as the method according to the invention designated.
Eine bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahren die folgenden Schritte:
- i. Inkontaktbringen eines UPS Proteins kodiert durch eine erfindungsgemäße Nukleinsäursequenz mit einer oder mehreren Testsubstanzen unter Bedingungen, die die Bindung der Testsubstanz en) an das Nukleinsäuremolekül oder das Polypeptid, das über das vorstehend genannte Nukleinsäuremolekül kodiert wird, erlauben; und
- ii. Nachweis, ob die Testsubstanz an das UPS Protein aus i) bindet ; oder
- iii.Nachweis, ob die Testsubstanzen die Aktivität des UPS Proteins aus i) reduzieren oder blockieren; oder
- iv. Nachweis, ob die Testsubstanzen die Transkription, Translation oder Expression des UPS aus i) reduzieren oder blockieren.
- i. Bringing a UPS protein encoded by a nucleic acid sequence according to the invention into contact with one or more test substances under conditions which allow the binding of the test substance (s) to the nucleic acid molecule or the polypeptide which is coded via the aforementioned nucleic acid molecule; and
- ii. Evidence of whether the test substance binds to the UPS protein from i); or
- iii.Proof whether the test substances reduce or block the activity of the UPS protein from i); or
- iv. Evidence as to whether the test substances reduce or block the transcription, translation or expression of the UPS from i).
Der Nachweis gemäß Schritt ii des oben stehenden Verfahrens kann anhand von Techniken, welche die Wechselwirkung zwischen Protein und Ligand aufzeigen, detektieren, erfolgen. Hierbei kann entweder die Testverbindung oder das Enzym eine detektierbare Markierung enthalten, wie z.B. eine fluoreszierende, radioisotope, chemilumineszierende oder enzymatische Markierung. Beispiele für enzymatische Markierungen sind Horseraddish Peroxidase, alkalische Phosphatase oder Luzifierase. Die anschließende Detektion richtet sich nach der Markierung und ist dem Fachmann bekannt.Evidence according to step ii of the above The procedure can be based on techniques that interact point between protein and ligand, detect, take place. in this connection either the test compound or the enzyme can be a detectable Include markers such as a fluorescent, radioisotope, chemiluminescent or enzymatic labeling. Examples of enzymatic Labels are Horseraddish Peroxidase, Alkaline Phosphatase or lucifierase. The subsequent one Detection depends on the marking and is a specialist known.
Hierbei sind insbesondere fünf bevorzugte Ausführungsformen zu nennen, die in Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung auch für Hochdurchsatzmethoden (High Troughput Screening, HTS) geeignet sind:
- 1. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Über Fluoreszenz Korrelations Spektroskopie (FCS) (Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1994) 11753-11575) läßt sich die durchschnittliche Diffusionsrate eines Fluoreszenzmoleküls in Abhängigkeit zur Masse in einem kleinen Probenvolumen bestimmen. Durch Messen der Massenänderung bzw. der daraus resultierenden veränderten Diffunsionsrate einer chemischen Verbindung beim Binden an das erf.-Protein läßt sich FCS zur Bestimmung von Protein-Inhibitor-Wechselwirkungen einsetzten. Ein erfindungsgemäßes Verfahren kann direkt zur Messung der Bindung einer durch ein Fluoreszenzmolekül markierten Testerbindung aufgebaut werden. Alternativ kann das erfindungsgemäße Verfahren so konzipiert sein, dass eine durch ein Fluoreszenzmolekül markierte chemische Referenzverbindung durch zu testende weitere chemische Verbindungen verdrängt wird ("Verdrändungsassay"). Die so identifizierten Verbindugnen können als Inhibitoren geeignet sein.
- 2. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Fluoreszenzpolarisation nutzt die Eigenschaft eines mit polarisiertem Licht angeregten ruhenden Fluorophors ebenfalls wieder polarisiertes Licht zu emittieren. Kann der Fluorophor allerdings während des angeregten Zustands rotieren, so geht die Polarisation des emittierten Fluoreszenzlichts mehr oder weniger verloren. Bei sonst gleichen Bedingungen (z.B. Temperatur, Viskosität, Lösungsmittel) ist die Rotation eine Funktion der Molekülgröße, womit man über das Messsignal eine Aussage über die Größe des am Fluorophor gebundenen Rests treffen kann (Methods in Enzymology 246 (1995), pp. 283-300). Ein erfindungsgemäßes Verfahren kann direkt zur Messung der Bindung einer durch ein Fluoreszenzmolekül markierten Testerbindung an das Erf.-Protein aufgebaut werden. Alternativ kann das erfindungsgemäße Verfahren auch in Form des unter 1 beschriebenen "Verdrängungsassays" konzipiert sein. Die so identifizierten Verbindugnen können als Inhibitoren geeignet sein.
- 3. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Fluoreszenz-Resonanz Energie Tranfer" (FRET) basiert auf der strahlungslosen Energieübertragung zwischen zwei räumlich benachbarten Fluoreszenzmolekülen unter geeigneten Bedingungen. Eine Voraussetzung ist die Überlappung des Emissionsspektrums des Donormoleküls mit dem Anregungsspektrum des Akzeptormoleküls. Durch Fluoreszenzmarkierung des UPS Proteins und den Testverbindungen kann mittels FRET die Bindung gemessen werden (Cytometry 34, 1998, pp. 159-179). Alternativ kann das erfindungsgemäße Verfahren auch in Form des unter 1 beschriebenen "Verdrängungsassays" konzipiert sein. Eine besonders geeignete Ausführungsform der FRET Technologie ist die "Homogenous Time Resolved Fluorescence" (HTRF), wie sie von Packard BioScience vertrieben wird. Die so identifizierten Verbindugnen können als Inhibitoren geeignet sein.
- 4. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Surface Enhanced-Laser Desorption/Ionisation (SELDI) in Kombination mit einem Time of Flight Massenspektrometer (MALDI-TOF) ermöglicht die schnelle Analyse von Molekülen auf einem Träger und kann zur Analyse von Protein-Ligand Wechselwirkungen verwendet werden (Worral et al., (1998) Anal. Biochem. 70:750-756). In einer bevorzugten Ausführungsform immobilisiert man nun das UPS Protein auf einem geeigneten Träger und inkubiert diesen mit der zu untersuchenden chemischen Verbindung. Nach einem oder mehreren geeigneten Waschschritten kann die an das UPS Protein zusätzlich gebundenen Moleküle der chemischen Verbindung mittels der oben erwähnten Methodik detektieren und somit Inhibitoren selektieren. Die so identifizierten Verbindungen können als Inhibitoren geeignet sein.
- 5. Gemäß einer bevorzugten Ausführungsform umfasst der Nachweis gemäß Schritt ii und Variante 3 des erfindungsgemäße Verfahren umfassend die folgenden Schritte: Die Messung von Oberflächen Plasmonenresonanz basiert auf der Änderung des Brechnungsindexes an einer Oberfläche beim Binden einer chemischen Verbindung an ein auf besagter Oberfläche immobilisierten Protein. Da die Änderung des Brechungsindex für eine definierte Änderung der Massenkonzentration an der Oberfläche quasi für alle Proteine und Polypeptide identisch ist, kann diese Methode prinzipiell auf jedes Protein angewendet werden (Lindberg et al. Sensor Actuators 4 (1983) 299-304; Malmquist Nature 361 (1993) 186-187). Die Messung kann beipielsweise mit Hilfe der von Biacore (Freiburg) vertriebenen auf Oberflächen-Plasmonenresonanz basierenden Analyseautomaten in einem Durchsatz von derzeit bis zu 384 Proben pro Tag durchgeführt werden. Ein erfindungsgemäßes Verfahren kann direkt zur Messung der Bindung der Testverbindung an das UPS Protein aufgebaut werden. Alternativ kann das erfindungsgemäße Verfahren auch in Form des unter 1 beschriebenen "Verdrängungsassays" konzipiert sein. Die so identifizierten Verbindungen können als Inhibitoren geeignet sein.
- 1. According to a preferred embodiment, the detection according to step ii and variant 3 of the method according to the invention comprises the following steps: The fluorescence correlation spectroscopy (FCS) (Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1994) 11753-11575) can be used determine the average diffusion rate of a fluorescence molecule as a function of mass in a small sample volume. By measuring the change in mass or the resulting change in diffusion rate of a chemical compound when binding to the invented protein, FCS can be used to determine protein-inhibitor interactions. A method according to the invention can be used directly for measuring the binding a tester bond marked by a fluorescent molecule. Alternatively, the method according to the invention can be designed in such a way that a chemical reference compound marked by a fluorescence molecule is displaced by further chemical compounds to be tested ("displacement assay"). The compounds identified in this way can be suitable as inhibitors.
- 2. According to a preferred embodiment, the detection according to step ii and variant 3 of the method according to the invention comprises the following steps: Fluorescence polarization uses the property of a resting fluorophore excited with polarized light also to emit polarized light again. However, if the fluorophore can rotate during the excited state, the polarization of the emitted fluorescent light is more or less lost. Under otherwise identical conditions (eg temperature, viscosity, solvent) the rotation is a function of the molecular size, with which one can make a statement about the size of the residue bound to the fluorophore via the measurement signal (Methods in Enzymology 246 (1995), pp. 283- 300). A method according to the invention can be set up directly for measuring the binding of a tester bond marked by a fluorescent molecule to the Erf. protein. Alternatively, the method according to the invention can also be designed in the form of the "displacement assay" described under 1. The compounds identified in this way can be suitable as inhibitors.
- 3. According to a preferred embodiment, the detection according to step ii and variant 3 of the method according to the invention comprises the following steps: fluorescence resonance energy transfer "(FRET) is based on the radiation-free energy transfer between two spatially adjacent fluorescence molecules under suitable conditions. A prerequisite is Overlap of the emission spectrum of the donor molecule with the excitation spectrum of the acceptor molecule The binding can be measured by means of FRET by fluorescent labeling of the UPS protein and the test compounds (Cytometry 34, 1998, pp. 159-179). Alternatively, the method according to the invention can also be used in the form of 1 A particularly suitable embodiment of the FRET technology is the "Homogeneous Time Resolved Fluorescence" (HTRF), as sold by Packard BioScience. The compounds identified in this way can be used as inhibitors on.
- 4. According to a preferred embodiment, the detection according to step ii and variant 3 of the method according to the invention comprises the following steps: Surface enhanced laser desorption / ionization (SELDI) in combination with a time of flight mass spectrometer (MALDI-TOF) enables rapid analysis of molecules on a support and can be used for the analysis of protein-ligand interactions (Worral et al., (1998) Anal. Biochem. 70: 750-756). In a preferred embodiment, the UPS protein is now immobilized on a suitable carrier and incubated with the chemical compound to be investigated. After one or more suitable washing steps, the molecules of the chemical compound additionally bound to the UPS protein can be detected using the above-mentioned methodology and thus select inhibitors. The compounds identified in this way can be suitable as inhibitors.
- 5. According to a preferred embodiment, the detection according to step ii and variant 3 of the method according to the invention comprises the following steps: The measurement of surface plasmon resonance is based on the change in the refractive index on a surface when a chemical compound binds to a protein immobilized on said surface. Since the change in the refractive index for a defined change in the mass concentration at the surface is virtually identical for all proteins and polypeptides, this method can in principle be applied to any protein (Lindberg et al. Sensor Actuators 4 (1983) 299-304; Malmquist Nature 361 (1993) 186-187). The measurement can be carried out, for example, with the aid of the automated analyzers based on surface plasmon resonance sold by Biacore (Freiburg) in a throughput of currently up to 384 samples per day. A method according to the invention can be set up directly for measuring the binding of the test compound to the UPS protein. Alternatively, the method according to the invention can also be designed in the form of the "displacement assay" described under 1. The compounds identified in this way can be suitable as inhibitors.
Sämtliche, über die oben genannten Verfahren identifizierten Substanzen können anschließend in einer anderen Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahren auf ihre fungizide Wirkung überprüft werden.All of which Substances identified above can then be identified in another embodiment of the method according to the invention be checked for their fungicidal activity.
Auch besteht die Möglichkeit, über Aufklärung der dreidimensionalen Struktur des UPS Proteins mittels Röntgenstrukturanalyse weitere potentielle fungizide Wirkstoffe mittels "Molecular Modelling" zu detektieren. Die Herstellung von für die Röntgenstrukturanalyse benötigten Proteinkristallen sowie die entsprechenden Messungen und anschließenden Auswertungen dieser Messungen, die Detektion einer Bindungstelle im Protein sowie die Vorhersage möglicher Inhibitorstrukturen sind dem Fachmann bekannt. Über "Molecular Modelling" ist prinzipiell auch eine Optimierung der über die oben genannten Verfahren identifizierten Wirkstoffe möglich.There is also the possibility of clarifying the three-dimensional structure of the UPS protein using X-ray structure analysis to detect further potential fungicidal active ingredients by means of "molecular modeling". The production of for the X-ray structure analysis required Protein crystals as well as the corresponding measurements and subsequent evaluations of these measurements, the detection of a binding site in the protein as well the prediction of possible Inhibitor structures are known to the person skilled in the art. In principle, optimization is also about "Molecular Modeling" the over the active substances identified above are possible.
Eine bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahrens, das auf den Schritten i) und iii) basiert, besteht aus den folgenden Schritten:
- a) entweder ein UPS Protein in einem Organismus exprimiert wird oder ein Organismus, der naturgemäß ein UPS Protein enthält, kultiviert wird;
- b) das UPS Protein aus Schritt a) im Zellaufschluss des transgenen bzw. nicht transgenen Organismus, in partiell gereinigter Form oder in zur Homogenität gereinigten Form mit einer Testverbindung in Kontakt gebracht wird; und
- c) eine Verbindung selektiert wird, welche die Aktivität des UPS Proteins reduziert oder blockiert, wobei die Aktivität des mit der Testverbindung inkubierten UPS Proteins mit der Aktitivtät eines nicht mit einer Testverbindung inkubierten UPS Proteins ermittelt wird.
- a) either a UPS protein is expressed in an organism or an organism that naturally contains a UPS protein is cultivated;
- b) the UPS protein from step a) is brought into contact with a test compound in the cell disruption of the transgenic or non-transgenic organism, in partially purified form or in a form purified to homogeneity; and
- c) a compound is selected which reduces or blocks the activity of the UPS protein, the activity of the UPS protein incubated with the test compound being determined with the activity of a UPS protein not incubated with a test compound.
Hierbei werden in Schritt (c) Verbindungen selektiert, die eine signifikante Abnahme der Aktivität des UPS Proteins zur Folge haben, wobei eine Reduktion von mindestens 10 %, vorteilhaft mindestens 20%, bevorzugt mindestens 30 %, besonders bevorzugt um mindestens 50 % und ganz besonders bevorzugt um mindestens 70 % oder eine 100% Reduktion (Blockierung) erzielt wird.Here, connections are made in step (c) selected that a significant decrease in the activity of the UPS Result in a reduction of at least 10 %, advantageously at least 20%, preferably at least 30%, particularly preferably by at least 50% and very particularly preferably by at least 70% or a 100% reduction (blocking) is achieved.
Die das UPS Protein enthaltende Lösung kann aus dem Lysat des ursprünglichen Organismus oder des transgenen Organismus bestehen. Falls erforderlich kann das UPS Protein partiell oder vollständig über gängige Methoden aufgereinigen werden. Eine allgemeine Übersicht über gängige Techniken zur Reinigung von Proteinen sind beispielsweise in Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994); ISBN 0-87969-309-6 beschrieben. Bei rekombinanter Dar stellung kann eine Reinigung des mit einem Affinitäts-Tag fusionierten Polypeptides über Affinitätschromoatographie erfolgen.The solution containing the UPS protein can from the lysate of the original Organism or the transgenic organism. If necessary can partially or completely purify the UPS protein using common methods become. A general overview of common techniques for the purification of proteins are described, for example, in Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994); ISBN 0-87969-309-6. In the case of recombinant Dar a cleaning of the with a Affinity tag fused polypeptides over affinity chromatography respectively.
Das für in vitro Verfahren benötigte UPS Protein genannt kann somit entweder mittels heterologer Expression aus einem erfindungsgemäßen, transgenen Organismus exprimiert werden. Diese Methodik eignet sich insbesondere für E2. Alternativ kann das UPS auch aus einem Organismus, der ein UPS Protein enthält, isoliert werden, beispielsweise aus einem Pilz oder einer Hefe. Geeignete Hefen sind in den Gattungen Saccharomyces, Schizosaccheromyces oder Pichia enthalten. Geeignete Pilze sind Aspergillus, Trichoderma, Ashbya, Neurospora, Fusarium, Beauveria, Mortierella, Saprolegnia, Pythium, oder weitere Pilze, wie z.B. die eingangs erwähnten phytopathogenen filamentösen Pilze. Beispielsweise kann das 20s Proteasom oder 26s Proteasom aus einem geeigneten Organismus wie S. cerevisiae z.B. nach Groll et al. (1997 Nature 386, 463-471) isoliert werden.The UPS required for in vitro processes Protein can thus be called either by means of heterologous expression from a transgenic according to the invention Organism can be expressed. This methodology is particularly suitable for E2. Alternatively, the UPS can also come from an organism that contains a UPS protein contains, isolated from a mushroom or a yeast, for example. suitable Yeasts are in the genera Saccharomyces, Schizosaccheromyces or Pichia included. Suitable mushrooms are Aspergillus, Trichoderma, Ashbya, Neurospora, Fusarium, Beauveria, Mortierella, Saprolegnia, Pythium, or other mushrooms, e.g. the phytopathogenic filamentous fungi mentioned at the beginning. For example, the 20s proteasome or 26s proteasome from one suitable organism such as S. cerevisiae e.g. according to Groll et al. (1997 Nature 386, 463-471) can be isolated.
Die Bestimmung der Aktivität des UPS Proteins kann beispielsweise über einen enzymatischen Aktivitätstest erfolgen, d.h. durch Inkubation des erfindungsgemäßen Polypeptides mit einem geeigneten Substrat, wobei die Abnahme des Substrates oder der Anstieg des entstehenden Produktes verfolgt wird.Determining the activity of the UPS For example, protein can an enzymatic activity test take place, i.e. by incubation of the polypeptide according to the invention with a suitable substrate, the decrease in the substrate or the rise of the resulting product is tracked.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform wird der Umsatz des Substrates photometrisch verfolgt.In a particularly preferred embodiment the turnover of the substrate is monitored photometrically.
Eine besonders bevorzugte Ausführungsform dieses Verfahren zur Identifizierung von Inhibitoren für das E2 basiert auf einem Verfahren nach Boisclair et al (2000, J. Biomol. Screen. 5 (5) 319-28) beschrieben und umfaßt folgende Schritte:
- a) Beladung des E2 Proteins mit Ubiquitin;
- b) Markierung des Ubiquitins am E2 mit Allophycocyanin und eines geeigneten Akzeptorproteins mit Europium Chelat;
- c) Inkontaktbringung des markierten ubiquitinbeladenen E2 mit einer Testverbindung
- d) Reaktionsstart durch Zugabe des markierten Akzeptorproteins;
- e) Anregung der Europiummarkierung mit 340 nm;
- d) Messung der E2 Aktivität durch Detektion bei 665 nm.
- a) loading the E2 protein with ubiquitin;
- b) labeling the ubiquitin on E2 with allophycocyanin and a suitable acceptor protein with europium chelate;
- c) contacting the labeled ubiquitin-laden E2 with a test compound
- d) start of the reaction by adding the labeled acceptor protein;
- e) excitation of the Europium marking with 340 nm;
- d) Measurement of the E2 activity by detection at 665 nm.
Eine weitere besonders bevorzugte Ausführungsform dieses Verfahren zur Identifizierung von Inhibitoren für das 26s Proteasom oder der 20s Untereinheit des 26s Proteasoms basiert auf einem Verfahren nach Dick et al. ((1998) J. Biol. Chem. 273 (40), 25637-46) welches folgende Schritte umfasst:
- a) Inkontaktbringen des aufgereinigten 26s oder 20s Proteasoms mit einer Testverbindung;
- b) Zugabe eines geeigneten Substrates mit Fluorogener Abgangsgruppe;
- c) Bestimmung der Fluoreszenz der Abgangsgruppe (nach ca. 1-5h);
- d) nach Inkubation (ca. 1-5h) Anregung bei einer geeigneten Wellenlänge;
- e) Messung der Aktivität durch Detektion bei einer geeigneten Wellenlänge.
- a) contacting the purified 26s or 20s proteasome with a test compound;
- b) adding a suitable substrate with fluorogenic leaving group;
- c) determination of the fluorescence of the leaving group (after approx. 1-5 h);
- d) after incubation (approx. 1-5h) excitation at a suitable wavelength;
- e) measurement of the activity by detection at a suitable wavelength.
Beispiele für geeignete Substrate mit fluorogener Abgangsgruppe sind Benzyloxycarbonyl-Ala-Arg-Arg-7-amino-4-methylcoumarin (Z-GGL-AMC), Succinyl-Leu-Leu-Val-Tyr-7-amino-4 methylcoumarin, Benzyloxycarbonyl-Gly-Gly-Leu-7-amino-4 methylcoumarin, Benzyloxycarbonyl-Leu-Leu-Glu-beta-naphtylamid.Examples of suitable substrates with fluorogenic Leaving groups are benzyloxycarbonyl-Ala-Arg-Arg-7-amino-4-methylcoumarin (Z-GGL-AMC), succinyl-Leu-Leu-Val-Tyr-7-amino-4 methylcoumarin, Benzyloxycarbonyl-Gly-Gly-Leu-7-amino-4 methylcoumarin, benzyloxycarbonyl-Leu-Leu-Glu-beta-naphthylamide.
Geeignete Wellenlängen für Anregung und Messung sind bsp. 380nm/440 nm für AMC und 330nm/410 nm für beta-NA Eine bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemäßen Verfahrens, das auf den Schritten i) und iv) basiert, besteht aus den folgenden Schritten:
- i. der Herstellung eines transgenen Organismus enthaltend eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenzen;
- ii. das Aufbringen einer Testsubstanz auf den transgenen Organismus nach Anspruch a) und auf einen nicht-transgenen Organismus der gleichen Art;
- iii.das Bestimmen des Wachstums, der Überlebensfähigkeit und/oder der Ifektiosistät des transgenen und des nicht transgenen Organismus nach der Aufbringung der Testsubstanz; und
- iv. der Selektion von Testsubstanzen, die ein vermindertes Wachstum, Überlebensfähigkeit und/oder Infektiosität des nichttransgenen Organismus bewirken verglichen mit dem Wachstum des transgenen Organmismus bewirken.
- i. the production of a transgenic organism containing a nucleic acid sequence according to the invention;
- ii. the application of a test substance to the transgenic organism according to claim a) and to a non-transgenic organism of the same type;
- iii. determining the growth, survivability and / or ifectivity of the transgenic and non-transgenic organisms after application of the test substance; and
- iv. the selection of test substances which bring about a reduced growth, viability and / or infectivity of the non-transgenic organism compared to the growth of the transgenic organism.
Hierbei beträgt der Wachstumsunterschied bzw. der Unterschied bezüglich der Infektiosität in Schritt c) zur Selektion eines Inhibitors mit fungizider Wirkung mindestens 10%, vorzugsweise 20%, bevorzugt 30%, besonders bevorzugt 40% und ganz besonders bevorzugt 50%. Die Bestimmung der Infektiosität erfolgt nur, wenn es sich bei dem Organismus um einen phytopathogenen Pilz handelt.Here the growth difference is or the difference in infectivity in step c) for the selection of an inhibitor with a fungicidal action at least 10%, preferably 20%, preferably 30%, particularly preferred 40% and very particularly preferably 50%. Infectivity is determined only if the organism is a phytopathogenic fungus is.
Die Herstellung des transgenen Organismus kann durch Transformation des Organismus mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz, einer erfindungsgemäßen Expressionskassette oder eines Vektors enthaltend eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz oder eine erfindungsgemäßen Expressionskassette erfolgen.The production of the transgenic organism can by transforming the organism with a nucleic acid sequence according to the invention, an expression cassette according to the invention or a vector containing a nucleic acid sequence according to the invention or an expression cassette according to the invention.
Die transgenen Zellen bzw. Organismen sind hierbei Bakterien, Hefen, filamentöse Pilze oder eukaryontische Zelllinien, bevorzugt ein phytopathogene filamentöse Pilze, besonders bevorzugt die eingangs erwähnten phytopathogenen filamentösen Pilze. Diese transgenen Organismen bzw. Zellen weisen daher eine erhöhte Toleranz gegen chemische Verbindungen auf, welche das erfindungsgemäße Polypeptid inhibieren.The transgenic cells or organisms are bacteria, yeasts, filamentous fungi or eukaryotic Cell lines, preferably a phytopathogenic filamentous fungus, the phytopathogenic filamentous fungi mentioned above are particularly preferred. These transgenic organisms or cells therefore have an increased tolerance against chemical compounds, which the polypeptide of the invention inhibit.
Sämtliche, über die oben genannten Verfahren identifizierten Substanzen können anschließend in einem weiteren in vivo Aktivitätstest auf ihre fungizide Wirkung überprüft werden. Eine Möglichkeit besteht darin, die entsprechende Substanz in einem Agardiffusionstests wie z.B bei Zähner, H. 1965 Biologie der Antibiotika, Berlin, Springer Verlag beschrieben, zu testen. Durchgeführt wird der Test mit einer Kultur eines filamentösen phytopathogenen Pilzes, bevorzugt einer Kultur eines phytopathogenen, wobei die fungizide Wirkung z.B. über eingeschränktes Wachstum festgestellt werden kann. Hierbei sind unter dem Begriff phytopathogener Pilz die eingangs erwähnten Spezies zu verstehen.All of which Substances identified above can then be identified in another in vivo activity test be checked for their fungicidal activity. A possibility consists of testing the appropriate substance in an agar diffusion test like with teeth, H. 1965 Biology of antibiotics, Berlin, Springer Verlag described, to test. Carried out the test is carried out with a culture of a filamentous phytopathogenic fungus, preferably a culture of a phytopathogenic, the fungicidal Effect e.g. about limited growth can be determined. Here are under the term phytopathogenic Mushroom the ones mentioned at the beginning To understand species.
Nach dem erfindungsgemäßen Verfahren können auch mehrere Testverbindungen in einem erfindungsgemäßen Verfahren eingesetzt werden. Wenn durch eine Gruppe von Testverbindungen eine Beeinflussung des Targets erfolgt, dann ist es entweder möglich, die einzelnen Testverbindungen direkt zu isolieren oder die Gruppe von Testverbindungen in verschiedene Untergruppen zu teilen, z.B. wenn sie aus einer Vielzahl von verschiedenen Komponenten besteht, um so die Zahl der verschiedenen Testverbindungen im erfindungsgemäßen Verfahren zu reduzieren. Das erfindungsgemäße Verfahren wieder holt man dann mit der einzelnen Testverbindung oder der entsprechenden Untergruppe von Testverbindungen. Abhängig von der Komplexität der Probe können die oben beschriebenen Schritte mehrmals wiederholt werden, vorzugsweise bis die gemäß der erfindungsgemäßen Methode identifizierte Untergruppe nur noch eine geringe Anzahl von Testverbindungen oder nur noch eine Testverbindung umfaßt.According to the method according to the invention can also several test compounds in a method according to the invention be used. If through a group of test compounds one Influencing the target takes place, then it is either possible to isolate individual test compounds directly or the group of Divide test compounds into different subgroups, e.g. if it is made up of a variety of different components so the number of different test compounds in the method according to the invention to reduce. The method according to the invention then again with the individual test connection or the corresponding one Subset of test compounds. Depending on the complexity of the sample can the steps described above are repeated several times, preferably until according to the method of the invention Subgroup identified only a small number of test compounds or comprises only one test connection.
Das erfindungsgemäße Verfahren kann vorteilhaft in einem HTS durchgeführt werden.The method according to the invention can be advantageous carried out in a HTS become.
HTS ermöglicht das parallele Testen einer Vielzahl verschiedener Verbindungen.HTS enables parallel testing a variety of different connections.
In HTS bietet sich für die praktische Durchführung die Verwendung von Trägern an, die eines oder mehrere der erfindungsgemäßen Nukleinsäuremoleküle, einen oder mehrere die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz enthaltenden Vektoren, einen oder mehrere transgene Organismen, welche mindestens eine der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen enthalten oder eines oder mehrere (Poly)peptide codiert über die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen. Der verwendete Träger kann fest oder flüssig sein, ist bevorzugt fest, besonders bevorzugt eine Mikrotiterplatte. Die vorstehend genannten Träger sind ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung. Gemäß der am weit verbreitesten Technik werden 96-well Mikrotiterplatten verwendet, die in der Regel Volumina von 50 bis 500μl umfassen können. Neben den Mikrotiterplatten sind die weiteren Bestandteile eines HTS-Systems passend zu den 96-well Mikrotiterplatten wie viele Instrumente, Materialien, automatische Pipettiervorichtungen, Robotoren, automatisierte Plattenleser sowie Plattenwascher kommerziell erhältlich.In HTS offers for the practical execution the use of straps to one or more of the nucleic acid molecules according to the invention, a or more of the nucleic acid sequence according to the invention containing vectors, one or more transgenic organisms, which at least one of the nucleic acid sequences according to the invention contain or one or more (poly) peptides encoded via the nucleic acid sequences according to the invention. The carrier used can be solid or liquid is preferably solid, particularly preferably a microtiter plate. The carriers mentioned above are also the subject of the present invention. According to the on the most widespread technology uses 96-well microtiter plates, which can usually contain volumes from 50 to 500μl. In addition to the microtiter plates are the other components of a HTS system to match 96-well microtiter plates like many instruments, materials, automatic Pipetting devices, robots, automated plate readers as well Plate washer commercially available.
Neben den auf Mikrotiterplatten basierenden
HTS-Verfahren können
auch sogenannte "free
format assays" oder
Testsysteme, die zwischen den Proben keine physischen Barrieren
aufweisen, verwendet werden wie z.B. in Jayaickreme et al., Proc.
Natl. Acad. Sci U.S.A. 19 (1994) 161418; Chelsky, "Strategies for Screening
Combinatorial Libaries, First Annual Conference of The Society for
Biomolecular Screening in Philadelphia, Pa. (Nov. 710, 1995); Salmon
et al., Molecular Diversity 2 (1996), 5763 und
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung sind Verbindungen identifiziert nach den erfindungsgemäßen Verfahren. Diese Verbindungen werden im folgenden "selektierte Verbindungen" genannt. Sie weisen ein Molekulargewicht von kleiner als 1000 g/mol, vorteilhaft kleiner 500 g/mol, bevorzugt kleiner 400 g/mol, besonders bevor zugt kleiner 300 g/mol. Verbindungen mit fungizider Wirkung weisen einem Ki-Wert kleiner 1 mM, bevorzugt kleiner 1 μM, besonders bevorzugt kleiner 0,1 μM ganz besonders bevorzugt kleiner 0,01 μM aufweisen.The invention further relates to compounds identified by the methods according to the invention. These compounds are referred to below as "selected compounds". You assign a Mon molecular weight of less than 1000 g / mol, advantageously less than 500 g / mol, preferably less than 400 g / mol, particularly preferably less than 300 g / mol. Compounds with a fungicidal activity have a Ki value of less than 1 mM, preferably less than 1 μM, particularly preferably less than 0.1 μM, very particularly preferably less than 0.01 μM.
Die selektierte Verbindungen eigenen sich zur Bekämpfung phytopathogener Pilze. Beispiele für phytopathogene Pilze sind folgende Gattungen und Arten: Alternaria-Arten, Podosphaera-Arten, Sclerotinia-Arten, Physalospora canker an Gemüse und Obst, Botrytis cinerea (Grauschimmel) an Erdbeeren, Gemüse, Zierpflanzen und Reben, Corynespora melonis an Gurken, Erdbeeren; Colletotrichum-Arten an Gurken; Diplocarpon rosae an Rosen; Elsinoe fawcetti und Diaporthe citri an Citrus-Früchten; Sphaerotheca-Arten an Gurken, Kürbisgewächsen, Erdbeeren und Rosen; Cinula neccata an Gurken, Cercospora-Arten an Erdnüssen, Zuckerrüben, Eierpflanzen und Dattelpflaumen; Erysiphe cichoracearum und Sphaerotheca fuliginea an Kürbisgewächsen, Leveillula taurica an Piment; Mycosphaerella-Arten an Äpfeln und Japanischer Aprikose; Phyllactinia kakicola, Gloesporium kaki, an Japanischer Aprikose; Gymnosporangium yamadae, Leptotthrydium pomi, Podosphaera leucotricha und Gloedes pomigena an Äpfeln; Cladosporium carpophilum an Birnen und Japanischer Aprikose; Phomopsis-Arten an Birnen; Phytopora-Arten an Citrus Früchten, Kartoffeln, Zwiebeln; Phytophthora infestans an Kartoffeln und Tomaten, Erysiphe graminis (echter Mehltau) an Getreide, Fusarium- und Verticillium-Arten an verschiedenen Pflanzen, Glomerella cingulata an Tee; Drechslera bzw. Bipolaris-Arten an Getreide, Mycosphaerella-Arten an Bananen und Erdnüssen, Plasmopara viticola an Reben und Grapefruits, Personospora-Arten an Zwiebeln, Spinat und Chrysantemen; Phaeoisariopsis vitis und Spaceloma ampelina an Grapefruits; Pseudocercosporella herpotrichoides an Weizen und Gerste, Pseudoperonospora-Arten an Hopfen und Gurken, Puccinia-Arten und Typhula-Arten an Getreide, Pyrenophora teres an Gerste, Pyricularia oryzae an Reis, Rhizoctonia-Arten an Baumwolle, Reis und Rasen, Stachosporium nodorum an Weizen, Uncinula necator an Reben, Ustilago-Arten an Getreide und Zuckerrohr, Gaeumannomyces graminis an Hafer und Rüben sowie Venturia-Arten (Schorf) an Äpfeln und Birnen.Own the selected connections to fight phytopathogenic mushrooms. Examples of phytopathogenic fungi are the following genera and species: Alternaria species, Podosphaera species, Sclerotinia species, Physalospora canker on vegetables and fruits, Botrytis cinerea (Gray mold) on strawberries, vegetables, Ornamental plants and vines, Corynespora melonis on cucumbers, strawberries; Colletotrichum species on cucumbers; Diplocarpon rosae on roses; Elsinoe fawcetti and Diaporthe citri on citrus fruits; Sphaerotheca species Cucumbers, pumpkin family, strawberries and roses; Cinula neccata on cucumbers, Cercospora species on peanuts, sugar beets, egg plants and date plums; Erysiphe cichoracearum and Sphaerotheca fuliginea on pumpkin family, Leveillula taurica on allspice; Mycosphaerella species on apples and Japanese apricot; Phyllactinia kakicola, Gloesporium kaki, on Japanese apricot; Gymnosporangium yamadae, Leptotthrydium pomi, Podosphaera leucotricha and Gloedes pomigena on apples; Cladosporium carpophilum on pears and Japanese apricot; Phomopsis species on pears; Phytopora species on citrus fruits, potatoes, onions; Phytophthora infestans on potatoes and tomatoes, Erysiphe graminis (powdery mildew) on cereals, Fusarium and Verticillium species various plants, Glomerella cingulata on tea; Drechslera or Bipolaris species on cereals, Mycosphaerella species on bananas and peanuts, Plasmopara viticola on vines and grapefruits, Personospora species onions, spinach and chrysanthemums; Phaeoisariopsis vitis and Spaceloma ampelina on grapefruit; Pseudocercosporella herpotrichoides on wheat and barley, Pseudoperonospora species on hops and cucumbers, Puccinia species and Typhula species on cereals, Pyrenophora teres on barley, Pyricularia oryzae on rice, Rhizoctonia species on cotton, Rice and lawn, Stachosporium nodorum on wheat, Uncinula necator on vines, Ustilago species on cereals and sugar cane, Gaeumannomyces graminis on oats and beets as well as Venturia species (Scab) on apples and pears.
Die selektierte Verbindungen können auch in Form ihrer landwirtschaft brauchbaren Salze vorliegen. Unter landwirtschaftlich brauchbaren Salzen kommen vor allem die Salze derjenigen Kationen oder die Säureadditionssalze derjenigen Säuren in Betracht, deren Kationen beziehungsweise Anionen die fungizide Wirkung der über die erfindungsgemäßen Verfahren identifzierten Verbindungen mit fungizider Wirkung nicht negativ beeinträchtigen.The selected connections can also in the form of their agriculturally useful salts. Under agriculturally useful salts come mainly from the salts of those cations or the acid addition salts of those acids into consideration, the cations or anions of which are fungicidal Effect of over the method according to the invention identified compounds with fungicidal activity not negative affect.
Sämtliche, über die oben genannten Verfahren identifizierten Verbindungen sind, sofern sie Chiralitätszentren enthalten, sowohl als reine Enantiomere oder Diastereomere oder als deren Gemische sowie als Racemat Gegenstand der vorliegenden Erfindung.All of which Compounds identified above are provided, provided they chirality centers contain, both as pure enantiomers or diastereomers or as their mixtures and as a racemate the subject of the present Invention.
Die selektierten Verbindungen können chemisch synthetisierte oder mikrobiologisch produzierte Stoffe sein und z.B. in Zellextrakten von z.B. Pflanzen, Tieren oder Mikroorganismen auftreten. Das Reaktionsgemisch kann ein zellfreier Extrakt sein oder eine Zelle oder Zellkultur umfassen. Geeignete Methoden sind dem Fachmann bekannt und werden z.B. allgemein beschrieben in Alberts, Molecular Biology the cell, 3rd Edition (1994), z.B. Kapitel 17.The selected compounds can be chemical be synthesized or microbiologically produced substances and e.g. in cell extracts of e.g. Plants, animals or microorganisms occur. The reaction mixture can be a cell-free extract or comprise a cell or cell culture. Suitable methods are known to the person skilled in the art and are e.g. generally described in Alberts, Molecular Biology the cell, 3rd Edition (1994), e.g. Chapter 17.
Mögliche Testverbindungen können Expressionsbibliotheken wie z.B. cDNA-Expressionsbibliotheken, Peptide, Proteine, Nukleinsäuren, Antikörper, kleine organische Stoffe, Hormone, PNAs oder ähnliches sein (Milner, Nature Medicin 1 (1995), 879-880; Hupp, Cell. 83 (1995), 237-245; Gibbs, Cell. 79 (1994), 193-198 und darin zitierte Referenzen).Possible Test connections can Expression libraries such as cDNA expression libraries, peptides, Proteins, nucleic acids, Antibody, small organic substances, hormones, PNAs or the like (Milner, Nature Medicin 1 (1995), 879-880; Hupp, Cell. 1995, 83: 237-245; Gibbs, Cell. 79 (1994), 193-198 and references cited therein).
Fungizide Mittel, welche die selektierten Verbindungen enthalten, bekämpfen phytopathogene Pilze sehr gut, besonders bei hohen Aufwandmengen. In Kulturen wie Weizen, Reis, Mais, Soja und Baumwolle wirken sie gegen phytopathogene Pilze, ohne die Kulturpflanzen nennenswert zu schädigen. Dieser Effekt tritt vor allem bei niedrigen Aufwandmengen auf. Ob die mit Hilfe der erfindungsgemäßen Verfahren gefundenen fungiziden Wirkstoffe als totale oder selektive Fungizide wirken, hängt unter anderem von der angewandten Menge, ihrer Selektivität und weiteren Faktoren ab.Fungicidal agents which the selected Contain connections, fight phytopathogenic mushrooms very good, especially with high application rates. They work in crops such as wheat, rice, corn, soybeans and cotton against phytopathogenic fungi, without the crops worth mentioning to harm. This effect occurs especially at low application rates. If with the aid of the method according to the invention found fungicidal active ingredients as total or selective fungicides act depends among other things, the amount used, their selectivity and others Factors.
Die Substanzen können zur Bekämpfung der oben bereits erwähnten pathogenen Pilze verwendet werden.The substances can be used to combat the already mentioned above pathogenic fungi can be used.
In Abhängigkeit von der jeweiligen Applikationsmethode können die selektierten Verbindungen bzw. sie enthaltende Zusammensetzungen vorteilhaft zur Beseitigung der eingangs bereits erwähnten phytopathogenen Pilze verwendet werden.Depending on the particular Application method can the selected compounds or compositions containing them advantageous for eliminating the phytopathogenic agents already mentioned at the beginning Mushrooms are used.
Weiter Gegenstand der Erfindung ist ein Verfahren zur Herstellung der oben bereits erwähnten fungiziden Zusammensetzung, dadurch gekennzeichnet dass man selektierten Verbindungen mit für die Formulierung von Fungiziden geeigneten Hilfsmitteln formuliert.Another object of the invention a process for the preparation of the fungicides already mentioned above Composition, characterized in that selected compounds with for formulated the formulation of fungicides suitable aids.
Die selektierten Verbindungen können z.B. in Form von direkt versprühbaren wässrigen Lösungen, Pulvern, Suspensionen, auch hochprozentigen wäßrigen, öligen oder sonstigen Suspensionen bzw. Suspoemulsionen oder Dispersionen, emulgierbaren Konzentraten, Emulsionen, Öldispersionen, Pasten, Stäubemitteln, Streumitteln oder Granulaten formuliert werden und durch Versprühen, Vernebeln, Verstäuben, Verstreuen oder Gießen angewendet werden. Die Anwendungsformen richten sich nach den Verwendungszwecken und der Natur der selektierten Verbindungen und sollte in jedem Fall möglichst die feinste Verteilung der selektierten Verbindungen gewährleisten. Die fungiziden Zusammensetzung enthalten eine fungizid wirksame Menge mindestens einer selektierten Verbindung und für die Formulierung von fungiziden Zusammensetzungen übliche Hilfsstoffe.The selected compounds can be formulated, for example, in the form of directly sprayable aqueous solutions, powders, suspensions, also high-strength aqueous, oily or other suspensions or suspoemulsions or dispersions, emulsifiable concentrates, emulsions, oil dispersions, pastes, dusts, sprinkling agents or granules and by spraying , Atomizing, dusting, scattering or pouring can be used. The application forms depend on the purposes and the nature of the selected compounds and should in any case be the finest possible distribution of the se ensure selected connections. The fungicidal composition contains a fungicidally effective amount of at least one selected compound and auxiliaries customary for the formulation of fungicidal compositions.
Zur Herstellung von Emulsionen, Pasten oder wässrigen oder ölhaltigen Formulierungen sowie dispergierbaren Konzentraten (DC) können die selektierten Verbindungen in einem Öl oder Lösungsmittel gelöst oder dispergiert werden, wobei weitere Formulierungshilfsstoffe zur Homogenisierung zugesetzt werden können. Es können aber auch aus selektierter Verbindung, gegebenenfalls Lösungsmitteln oder Öl sowie optional weiteren Hilfsmitteln bestehende flüssige oder feste Konzentrate hergestellt werden, die zur Verdünnung mit Wasser geeignet sind. Hier zu nennen sind emulgierbare Konzentrate (EC, EW), Suspensionen (SC), lösliche Konzentrate (SL), dispergierbaren Konzentrate (DC), Pasten, Pastillen netzbaren Pulvern oder Granulaten, wobei die festen Formulierungen entweder in Wasser löslich (soluble) oder dispergierbar (wettable) sein können. Desweiteren können entsprechende Pulver bzw. Granulate oder Tabletten noch mit einem festen, den Abrieb oder eine vorzeitige Wirkstofffreisetzung verhinderenden Überzug ("coating") versehen werden.For the production of emulsions, pastes or watery or oily Formulations and dispersible concentrates (DC) can be used selected compounds dissolved in an oil or solvent or are dispersed, with further formulation auxiliaries for homogenization can be added. It can but also from a selected compound, optionally solvents or oil as well as optionally other aids existing liquid or solid concentrates are made that can be diluted with water are suitable. Emulsifiable concentrates (EC, EW), suspensions (SC), soluble concentrates (SL), dispersible concentrates (DC), pastes, pastilles wettable Powders or granules, the solid formulations being either soluble in water (soluble) or dispersible (wettable). Furthermore, corresponding Powder or granules or tablets still with a solid, the Abrasion or a premature drug release preventing coating ("coating").
Prinzipiell sind unter dem Begriff Hilfsmittel folgende Substanzklassen zu verstehen: Antischäumungsmittel, Verdicker, Netzmittel, Haftmittel, Dispergiermittel, Emulgiermittel, Bakterizide und/oder thixotrophe Agentien. Die Bedeutung der oben genannten Mittel ist dem Fachmann bekannt.In principle are under the term Assistants to understand the following substance classes: anti-foaming agents, Thickeners, wetting agents, adhesives, dispersants, emulsifiers, Bactericides and / or thixotrophic agents. The meaning of the above mentioned means is known to the expert.
SLs, EWs und ECs können durch
einfaches Mischen der entsprechenden Inhaltsstoffe hergestellt werden,
Pulver über
Mischen oder Vermahlen in speziellen Mühlentypen (z.Bsp. Hammermühlen). DC,
SCs und SEs werden üblicherweise über Naßvermahlung
("wet milling") hergestellt, wobei
ein SE aus einem SC durch Zugabe einer organischen Phase, die weitere
Hilfsmittel oder selektierte Verbindungen enthalten kann, hergestellt
werden kann. Die Herstellung ist bekannt. Pulver-, Streu- und Stäubemittel
können
vorteilhaft durch Mischen oder gemeinsames Vermahlen der wirksamen
Substanzen mit einem festen Trägerstoff
hergestellt werden. Granulate, z.B. Umhüllungs-, Imprägnierungs-
und Homogengranulate können
durch Bindung der selektierten Verbindungen an feste Trägerstoffe
hergestellt werden. Weitere Details der Herstellung sind dem Fachmann
bekannt, und z.Bsp. in folgenden Schriften aufgeführt:
Inerte flüssige und/oder feste Trägerstoffe geeignet für die erfindungsgemäßen Formulierungen sind dem Fachman in einer Vielzahl bekannt, wie z.Bsp. flüssige Zusatzstoffe wie Mineralölfraktionen von mittlerem bis hohem Siedepunkt, wie Kerosin oder Dieselöl, ferner Kohlenteeröle sowie Öle pflanzlichen oder tierischen Ursprungs, aliphatische, cyclische und aromatische Kohlenwasserstoffe, z.B. Paraffin, Tetrahydronaphthalin, alkylierte Naphthaline oder deren Derivate, alkylierte Benzole oder deren Derivate, Alkohole wie Methanol, Ethanol, Propanol, Butanol, Cyclohexanol, Ketone wie Cyclohexanon oder stark polare Lösungsmittel, z.B. Amine wie N-Methylpyrrolidon oder Wasser.Inert liquid and / or solid carriers suitable for the formulations according to the invention are known to the expert in a variety, such as. liquid additives like mineral oil fractions from medium to high boiling point such as kerosene or diesel oil coal as well as oils of vegetable or animal origin, aliphatic, cyclic and aromatic hydrocarbons, e.g. Paraffin, tetrahydronaphthalene, alkylated Naphthalenes or their derivatives, alkylated benzenes or their derivatives, Alcohols such as methanol, ethanol, propanol, butanol, cyclohexanol, Ketones such as cyclohexanone or strongly polar solvents, e.g. Amines like N-methylpyrrolidone or water.
Feste Trägerstoffe sind beispielsweise Mineralerden wie Kieselsäuren, Kieselgele, Silikate, Talkum, Kaolin, Kalkstein, Kalk, Kreide, Bolus, Löß, Ton, Dolomit, Diatomeenerde, Calcium- und Magnesiumsulfat, Magnesiumoxid, gemahlene Kunststoffe, Düngemittel, wie Ammoniumsulfat, Ammoniumphosphat, Ammoniumnitrat, Harnstoffe und pflanzliche Produkte wie Getreidemehl, Baumrinden-, Holz- und Nußschalenmehl, Cellulosepulver oder andere feste Trägerstoffe.Solid carriers are for example Mineral soils like silicas, Silica gels, silicates, talc, kaolin, limestone, lime, chalk, bolus, Loess, clay, Dolomite, diatomaceous earth, calcium and magnesium sulfate, magnesium oxide, ground plastics, fertilizers, such as ammonium sulfate, ammonium phosphate, ammonium nitrate, ureas and vegetable products such as flour, tree bark, wood and nutshell, Cellulose powder or other solid carriers.
Oberflächenaktive Stoffe (Tenside) geeignet für die erfindungsgemäßen Formulierungen sind dem Fachman in einer Vielzahl bekannt, wie z.Bsp. Alkali-, Erdalkali-, Ammoniumsalze von aromatischen Sulfonsäuren, z.B. Lignin-, Phenol-, Naphthalin- und Dibutylnaphthalinsulfonsäure, sowie von Fettsäuren, Alkyl- und Alkylarylsulfonaten, Alkyl-, Laurylether- und Fettalkoholsulfaten, sowie Salze sulfatierter Hexa-, Hepta- und Octadecanolen sowie von Fettalkoholglykolether, Kondensationsprodukte von sulfoniertem Naphthalin und seiner Derivate mit Formaldehyd, Kondensationsprodukte des Naphthalins bzw. der Naphthalinsulfonsäuren mit Phenol und Formaldehyd, Polyoxyethylenoctylphenolether, ethoxyliertes Isooctyl-, Octyl- oder Nonylphenol, Alkylphenyl-, Tributylphenylpolyglykolether, Alkylarylpolyetheralkohole, Isotridecylalkohol, Fettalkoholethylenoxid-Kondensate, ethoxyliertes Rizinusöl, Poly oxyethylenalkylether oder Polyoxypropylenalkylether, Laurylalkoholpolyglykoletheracetat, Sorbitester, Lignin-Sulfitablaugen oder Methylcellulose.Surfactants (surfactants) suitable for the formulations according to the invention are known to the expert in a variety, such as. Alkali-, Alkaline earth, ammonium salts of aromatic sulfonic acids, e.g. Lignin, phenol, naphthalene and dibutylnaphthalenesulfonic acid, as well of fatty acids, Alkyl and alkylaryl sulfonates, alkyl, lauryl ether and fatty alcohol sulfates, and salts of sulfated hexa-, hepta- and octadecanols and of Fatty alcohol glycol ether, condensation products of sulfonated naphthalene and its derivatives with formaldehyde, condensation products of naphthalene or the naphthalenesulfonic acids with Phenol and formaldehyde, polyoxyethylene octylphenol ether, ethoxylated Isooctyl, octyl or nonylphenol, alkylphenyl, tributylphenyl polyglycol ether, Alkylaryl polyether alcohols, isotridecyl alcohol, fatty alcohol ethylene oxide condensates, ethoxylated castor oil, Poly oxyethylene alkyl ether or polyoxypropylene alkyl ether, lauryl alcohol polyglycol ether acetate, Sorbitol esters, lignin sulfite liquors or methyl cellulose.
Die Applikation der fungiziden Zusammensetzungen bzw. der Wirkstoffe kann curativ, eradikativ oder protektiv erfolgen.Application of the fungicidal compositions or the active ingredients can be curative, eradicative or protective.
Die Aufwandmengen an fungiziden Wirkstoff (= Substanze und/oder Mittel) betragen je nach Bekämpfungsziel, Jahreszeit, Zielpflanzen und Wachstumsstadium 0.001 bis 3.0, vorzugsweise 0.01 bis 1.0 kg/ha.The application rates of fungicidal active ingredient (= Substance and / or agent) depending on the target, Season, target plants and stage of growth 0.001 to 3.0, preferably 0.01 to 1.0 kg / ha.
Die Erfindung wird durch die nun folgenden Beispiele erläutert, ist aber nicht auf diese beschränkt.The invention is by the now following examples, but is not limited to this.
Im Folgenden werden kurz die gentechnische Verfahren, die den folgenden Ausführungsbeispielen zugrunde liegen, beschrieben: Klonierungsverfahren wie z.B. Restriktionsspaltungen, DNA-Isolierung, Agarose-Gelelektrophorese, Reinigung von DNA-Fragmenten, Transfer von Nukleinsäuren auf Nitrozellulose und Nylon Membranen, Verknüpfen von DNA-Fragmenten, Transformation von E. coli Zellen, Anzucht von Bakterien, Sequenzanalyse rekombinanter DNA sowie Southern und Western Blots wurden wie in Sambrook et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989) und Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994); ISBN 0-87969-309-6 beschrieben durchgeführt.The genetic engineering processes on which the following exemplary embodiments are based are briefly described below: cloning processes such as restriction cleavages, DNA isolation, Agaro se gel electrophoresis, purification of DNA fragments, transfer of nucleic acids to nitrocellulose and nylon membranes, linking of DNA fragments, transformation of E. coli cells, cultivation of bacteria, sequence analysis of recombinant DNA as well as Southern and Western blots were carried out as in Sambrook et al ., Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989) and Ausubel, FM et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley-Interscience (1994); ISBN 0-87969-309-6.
Die im folgenden verwendeten Bakterienstämme (E. coli TOP 10) wurden von Invitrogen, Carlsberg, CA bezogen. Als F. Graminearum Wildtypstamm 8/1 kann z.B. der DSM:4527 verwendet werden.The bacterial strains used below (E. coli TOP 10) were obtained from Invitrogen, Carlsberg, CA. As F. Graminearum wild type strain 8/1 can e.g. the DSM: 4527 can be used.
Des weiteren wurden alle, im Folgenden verwendeten Chemikalien, sofern nicht anders erwähnt, in p.A. Qualität von den Firmen Fluka (Neu-Ulm), Merck (Darmstadt), Roth (Karlsruhe), Serva (Heidelberg) sowie Sigma (Deisenhofen) bezogen. Lösungen wurden mit aufbereitetem, pyrogenfreiem Wasser, im weiteren Text als H2O bezeichnet, aus einer Milli-Q Water System Wasseraufbereitungsanlage (Millipore, Eschborn) angesetzt. Restriktionsenzyme, DNA-modifizierende Enzyme und molekularbiologische Kits wurden von den Firmen AGS (Heidelberg), Amersham (Braunschweig), Biometra (Göttingen), Roche (Mannheim), Genomed (Bad Oeynnhausen), New England Biolabs (Schwalbach/Taunus), Novagen (Madison, Wisconsin, USA), Perkin-Elmer (Weiterstadt), Promega (Madison, Wisconsin, USA), Pharmacia (Freiburg) Qiagen (Hilden) und Stratagene (Heidelberg) bezogen. Sie wurden, soweit nicht anders erwähnt, nach Herstellerangaben verwendet.Furthermore, all chemicals used below, unless otherwise stated, were obtained in pA quality from Fluka (Neu-Ulm), Merck (Darmstadt), Roth (Karlsruhe), Serva (Heidelberg) and Sigma (Deisenhofen). Solutions were prepared with treated, pyrogen-free water, hereinafter referred to as H 2 O, from a Milli-Q Water System water treatment plant (Millipore, Eschborn). Restriction enzymes, DNA-modifying enzymes and molecular biological kits were made by the companies AGS (Heidelberg), Amersham (Braunschweig), Biometra (Göttingen), Roche (Mannheim), Genomed (Bad Oeynnhausen), New England Biolabs (Schwalbach / Taunus), Novagen ( Madison, Wisconsin, USA), Perkin-Elmer (Weiterstadt), Promega (Madison, Wisconsin, USA), Pharmacia (Freiburg), Qiagen (Hilden) and Stratagene (Heidelberg). Unless otherwise stated, they were used according to the manufacturer's instructions.
Alle für die gentechnischen Experimente verwendeten Medien und Puffer wurden entweder über Sterilfiltration oder Erhitzen im Autoklaven sterilisiert.All for genetic engineering experiments Media and buffer used were either via sterile filtration or heating sterilized in an autoclave.
Beispiele Es wurden insgesamt drei verschiedene cDNA-Banken aus F. graminearum hergestellt.Examples A total of three different cDNA libraries made from F. graminearum.
Das Myzel, auf dessen Basis die erste cDNA-Bank hergestellt wurde, stammt von Myzel eines Fusarium graminearum Stammes, der auf Vollmedium (1g KH2PO4, 1g KNO3, 0,5g MgSO4 × 7 H2O, 0,5g KCl, 20g Sorbitol ad 1000 ml H2O) angezogen wurde.The mycelium, on the basis of which the first cDNA bank was produced, comes from the mycelium of a Fusarium graminearum strain, which on complete medium (1 g KH 2 PO 4 , 1 g KNO 3 , 0.5 g MgSO 4 × 7 H 2 O, 0.5 g KCl, 20 g sorbitol ad 1000 ml H 2 O) was attracted.
Das Mycel, auf dessen Basis die zweite cDNA-Bank hergestellt wurde, stammt von Myzel eines Fusarium graminearum Stammes, der auf N-Mangelmedium (1g KH2PO4, 0,018 KNO3, 0,5g MgSO4 × 7 H2O, 0,5g KCL, 10g Glucose, 10g Saccharose ad 1000 ml H2O) angezogen wurde.The mycelium, on the basis of which the second cDNA bank was produced, comes from mycelium of a Fusarium graminearum strain which is based on N-deficient medium (1 g KH 2 PO 4 , 0.018 KNO 3 , 0.5 g MgSO 4 × 7 H 2 O, 0 , 5g KCL, 10g glucose, 10g sucrose ad 1000 ml H 2 O) was attracted.
Für die Herstellung der dritten cDNA-Bank dienten Konidien, die durch dreitägige Inkubation von Sporen eines Fusarium graminearum Stammes drei Tage auf einem Medium, das ein Auskeimen der Conidien ermöglicht(lg NH4H2PO4, 3g K2HPO4, 0,2g MgSO4 × 7 H2O, 5g NaCl, 40g Saccharose, 10g Glycerin ad 1000 ml H2O) erhalten wurden.For the production of the third cDNA bank, conidia were used, which were incubated for three days by incubating spores of a Fusarium graminearum strain for three days on a medium which allowed the conidia to germinate (1 g NH 4 H 2 PO 4 , 3 g K 2 HPO 4 , 0, 2g MgSO 4 × 7 H 2 O, 5g NaCl, 40g sucrose, 10g glycerol ad 1000 ml H2O) were obtained.
Die RNA Isolierung wurde mit dem pegGOLD RNAPureTM der Firma Promega nach Herstellerangaben durchgeführt. Die Menge wurde photometrisch quantifiziert und die RNA durch Geleelektrophorese auf ihre Qualität hin überprüft.The RNA isolation was carried out with the pegGOLD RNAPure ™ from Promega according to the manufacturer's instructions. The amount was quantified photometrically and the quality of the RNA was checked by gel electrophoresis.
Die Herstellung der cDNA Banken erfolgte die Erststrangsynthese nach der "Primer-Switch Methode" (Fa. Clontech, nach Herstellerangaben) mit Hilfe eines Oligo-dT-primers der einen Adapter mit einer NotI Bindungsstelle enthielt. Während der Erststrangsynthese wurde ein zweiter Oligonucleotid-Primer am 5' Ende des cDNA Erststranges eingeführt, welcher eine AscI Schnittstelle enthielt. Die Synthese des zweiten cDNA Stranges erfolgte mit den Adaptersequenzen als Primerbindungsstellen für die Amplifikationsprimer. Die Sequenzen wurden in den Vektor pUCminIV kloniert und sequenziert.The cDNA banks were produced the first strand synthesis after the "primer switch Method "(from Clontech, according to the manufacturer's instructions) with the help of an oligo-dT primer Included adapter with a NotI binding site. During the First strand synthesis became a second oligonucleotide primer at the 5 'end of the first strand cDNA introduced, which contained an AscI interface. The synthesis of the second cDNA strands were carried out with the adapter sequences as primer binding sites for the Amplification primers. The sequences were converted into the vector pUCminIV cloned and sequenced.
Die 3 cDNA-Banken wurden getrennt sequenziert. Im Anschluß wurden die erhaltenen Sequenzen mit bioinformatischen Methoden bearbeitet. Nach verschiedenen Prozessierungen wurde durch ein Clustering Contigs erstellt. Zum Clustern und zur Annotation wurden hierbei die Programme Harvester und Pedant pro der Firma Biomax, Martinsried verwendet. Contigs die aus Sequenzen bestanden, die in allen drei Banken vorkamen, wurden dabei heraus gefiltert und werden im folgenden als "house keeping Gene" bezeichnet.The 3 cDNA banks were separated sequenced. Following were the sequences obtained were processed using bioinformatic methods. After various processing, a clustering contigs created. The programs became clusters and annotations Harvesters and pedants used by Biomax, Martinsried. Contigs consisting of sequences that occurred in all three banks, were filtered out and are referred to below as "house keeping genes".
Diese so erhaltenen "house keeping" Gene wurden gegen die essentiellen Hefegene von Mips (s. z.B. ewes, H. W., D. Frishman, U.These "house keeping" genes thus obtained were used against the essential yeast genes of Mips (see e.g. ewes, H. W., D. Frishman, U.
Guldener, G. Mannhaupt, K. Mayer, M. Mokrejs, B. Morgenstern, M. Munsterkotter, S. Rudd, and B. Weil. MIPS: a database for genomes and Protein sequences. Nucleic Acids Res 30: 31-34, 2002. geblastet. (cutoff value 10-6). Die Nukleinsäuresequenzen SEQ ID NO:1, SEQ ID NO:3, SEQ ID NO:5, SEQ ID NO:7, SEQ ID NO:9, SEQ ID NO:11, SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:15 und SEQ ID NO:17, die als house keeping Gene identifiziert wurden und die gleichzeitig bei S. cerevisiae essentiell sind, sind daher essentiell für F. graminearum und stellen Targets für Fungizide dar. SEQUENZPROTOKOLL Guldener, G. Mannhaupt, K. Mayer, M. Mokrejs, B. Morgenstern, M. Munsterkotter, S. Rudd, and B. Weil. MIPS: a database for genomes and protein sequences. Nucleic Acids Res 30: 31-34, 2002. blasted. (cutoff value 10-6). The nucleic acid sequences SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 15 and SEQ ID NO: 17, which have been identified as house keeping genes and which are also essential for S. cerevisiae, are therefore essential for F. graminearum and represent targets for fungicides. SEQUENCE LISTING
Claims (21)
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Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
8130 | Withdrawal |